lowQualScore : 222222222 1111
lowQualScore : 2 8 1 2 9 1 888888888 66666 33333 5 22 2 00 111 0000 1 0 222 111 000 0 333 2222 2222 00 33 333333
lowQualScore : . . . . . . ......... ..... ..... . .. . .. ... .... . . ... ... ... . ... .... .... .. .. ......
lowQualScore : 2 5 8 9 1 8 111111111 77777 00000 5 99 2 88 000 8888 6 5 444 555 999 5 777 2222 2222 88 77 777777
consensus : AGGAAAA-TAAAACGT-GTTCGT-GGG-GA---------C----GT-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
Reference ( gi|103478 ) : AGGAAAA-TGAAACTT-GTTCGT-GGG-GA---------C----GT-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103471 : AGGAAAA-TAAAACAT-GTTCGT-GGA-GA---------C----GT-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---GAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103469 : AGGAAAA-TAAAACAT-GTTCGT-GGA-GA---------C----GT-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103479 : aacagcataattctatcaagattaaaAGAAAAA-TAAAACAT-GTTCGT-GGG-GA---------C----GT-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-A-G---TG--ACCC---A-CAAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103473 : AGGAAAA-TAAAACAT-GTTCGT-GTG-GA---------C----GT-----AA-A--TT-CGTGG--A---T---AAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103474 : AGGAAAA-TAAAACAT-GTTCGT-GGA-GA---------C----GT-----AA-A--TT-CGTGA--G---T---AAA-G-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----TCACGAACATT--G--GT-----CTCCCACGAACAATGATGA
gi|103477 : AGGAAAA-TAAAACAT-GTTCGT-GGG-AA---------T----GT-----TA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103468 : AGGAAAA-TTAAACAT-GTTCGT-GGG-GA---------C----GT-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-G-TACTTG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCGCGAACATT--G--GT-----CTCCCACGAACAATGATGA
gi|103476 : gaacggcaaaatgttataaagattaaaAGGAATA-TAAAACAT-GTTCGC-GGG-GA---------T----GT-----AA-A--TT-CATGG--G---C---AAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGACCATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103475 : AGGAAAACTAAAACAT-GTTCGTTGGG-GA---------C----AT-----AA-A--TT-CGTGG--G---C---AAC-A-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGAT
gi|103470 : AGGAAAA-TAAAACAT-CTTCTT-GAG--A---------C----AT-----AA-A--TT-CATGG--G---T---GAG-A-G---TG--ACCG---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103456 : AGAAACA-CCAAACTTCGTT------G-AA---------C----ATTT---GA-A--TT-CGTGGTTG---T-------G-G---TC--ATCA---A-CGAA---A----T----CCACGAAAATT--G--GT-----GTTCAATGAATAATGATGA
gi|103462 : ttcattatacatgtaccgatagctcatgatcgcagacaatgacagaacaagaacgagaaaatcttctatcAGAAACA-CCAAACTTCGTT------G-AA---------C----AT-----TT-A--TT-CGTGG--T---T-----GCG-G---TC--ATCA---A-TGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----GTTCAGCGAATAATGATGAaa
gi|103455 : ttcattatacatgtattgatcgctcacagtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaatatattctatcagaagcaccaaactgacggagcaagacacaggacaggaaaatattctatcAGAAACA-CCAAACTTCGTT------G-AA---------C----ATTT---GA-A--TT-CATGG--T---T-----GCG-G---TC--ATCA---A-CGAA---A----T----CCACGAAAATT--G--GT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103481 : ttcattatacatgtattgatcgctcacggtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaaaatcttctatcGAAAC-TAAAACAT-GTTCGT-GGG-GA---------C----AT-----AA-A--TT-CGTGG--G---C---AAC-A-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGAaa
gi|103482 : GAAAA-TCAAACAT-GTTCGT-GGG-AA---------C----GT-----AA-A--TT-TGTAG--G---T---AAA-GAG---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CTCCCATGAACAATGATGA
gi|103483 : AAA-TAAAACAT-GTTCGT-GGG-GA---------C----GT-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-A-G---TG--ACTC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103480 : gAAA-TAAAACAT-GTTCGT-GGG-GA---------C----AT-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103472 : gAAA-TAAAACAG-TTTCGT-GGG--A---------C----AT-----AA-A--TT-CGTGG--A-------AAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103485 : agAAACAT-GTTCGT-GGG-GA---------C----GT-----TA-A--TT-CATGG--G---T---AAG-G-G---TG--ACCC---A-TGAA---A----T----CCATGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103484 : AAACTT-GTTTGT-GAG-GA---------C----TT-----TA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-G-G---TA--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCTACGAACAATGATGA
gi|103486 : AAACAT-GTTCGT-GGG-AA---------C----AT-----AA-A--TT-CATGG--G---T---AAG-A-G---TG--ACCC---T-CGAA---A----T----CCATGAACATT--G--GC-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103471 : TT-GTTCGTGGGG-GA---------C-----C-----AATG--TT-CGTGG--A---TTTCGTG-G-G---TC--ACCC---T-C------A----C----CCACGAAT-TT--AC-GT------CTCCACGAACA
gi|103469 : aggaaaataaaacaTT-GTTTGT-GGG-GGACCAATGTTC----GT-----GG-A--TTTCGTGG--G---T---CAC-C-C---TT--ACCC---A-CGAATTTACGTCT----CCACGAACATtgatga
gi|103479 : aacagcataattctatcaagattaaaaggaaaataaaacTT-GTTCGTGGGG-GA---------C-----C-----AATG--TT-CGTGG--ATTTT---GTG-G-G---TC--ACTC---T-T------A----C----CCACGAAT-TT--AC-GT------CCCCACGAACAtgatga
gi|103473 : agaaaaataaaacaTT-GTTCGTGGGG-GA---------C-----C-----AATG--TT-CGTGG--A---TTTCGTG-G-G---TC--ACTC---T-T------A----T----CCACGAAT-TT--AC-GT------CCACACGAACAtgatga
gi|103483 : aggaaaataaaacaTT-GTTCGT-GGG-GGACCAATGTTC----GT-----GG-A--TTTCGTGA--G---T---CAC-T-C---TT--ACCC---A-CGAA--------T----TTACG------------------TCCCCACGAACAtgatga
gi|103480 : gaaataaaacaTT-GTTCGT-GGG-GGACCAATGTTC----GT-----GG-AT-TT-CGTGG--G---T---CAC-T-C---TT--ACCC---A-CGAATTTA----TGTCCCCACGAACATtgatga
gi|103474 : gaaataaaacTT-GTTCGT-GGGAGACCAATGTT-C----GT-----GA-AT-TT-CGTGG--G---T---CAC-C-T---TT--ACTC---A-CGAATTTACGTCT----CCACGAACATtgatga
gi|103477 : aggaaaataaaacTT-GTTTGT-GGG-GGACCAATGTTC----GT-----GG-A--TTTCGTGG--G---T---CAC-T-C---TT--ACCC---A-CGAA---T----T---------AACATT--------------CCCACGAACAtgatga
gi|103468 : aggaaaataaaacaTT-GTTCGT-GGGAGA---------CCAATGTTCGCGGA-T--TT-CGTGG--G---TC--AAG-T-ACC-TT--ACCC---A-CGAA--------T----TTACG------------------TCCCCACGAACAtgatga
gi|103481 : gaacggcaaaatgttataaagattaaaaggaaaattaaacaTT-GTTCGT-GGG-GGACCAATGTTC----GT-----GG-AT-TT-CGTGG--G---T---CAC-T-G---TT--GCCC---A-CGAATTTA----TGTCCCCACGAACATtgatga
gi|103487 : gaaactaaaacTT-GTTCGTGGGG-GA---------C-----C-----AATG--TT-CGTGG--A---TTTCGTG-G-G---TC--GCCC---T-T------A----C----CCACGAAT-TT--AT-GT------CCCCACGAAtgatga
gi|103485 : TT-GTTCGTGGGG-GA---------C-----C-----AATG--TT-CATGG--A---TTTCATG-G-G---TC--ACCC---T-T------A----C----CCATGA--ATT--AACGT------CCCCACGAACAtgatga
gi|103475 : aaacaTT-GTTCGT-GGG-GGACCAATGTTC----GT-----GG-AT-TT-CGTGG--G---T---CAC-T-G---TT--GCCC---A-CGAA---T----T-----------TAT------GT-----CCCCAACGAACAtgatga
gi|103489 : aggaaaactaaaacaTT-GTTTGT-GGG-GGACCAATGTTC----GT-----GG-A--TTTCGTGG--G---T---CAC-T-C---TT--ACCC---A-CGAA---T----T----T-----ACAT--------------CCCCACGAAtgat
gi|103484 : TT-GTTCGTAGGG-GA---------C-----C-----AATG--TT-CGTGG--A---TTTCGTG-G-G---TT--ACCC---T-T------A----C----CCACGA--ATTAAA--GT------CCTCACAAACAAtgatga
gi|103486 : aaacTT-GTTCGT-GGG-GG--------------GC-----CA-ATGTT-CATGG--A---TTTCGAG-G-G---TC--ACTC---T-T------A----C----CCATGAAT-TT--AT-GT------TCCCACGAACAtgatga
gi|103472 : aaacaTT-GTTCGTGGGG-GA---------C-----C-----AATG--TT-CGTGG--A---TTTCGTG-G-G---TC--ACTC---T-T-----------T----CCACGA--ATT--T--AT-----GTCCCACGAAtgatga
gi|103506 : agaaataaaacagtTT-GTTCGTGGGG-GA---------C-----C-----AATG--TT-CGTGG--A---TTTCATG-G-G---TC--ACCC---T-T------A----C----CCACGAAtgatga
gi|103505 : taaaTT-GTTCGTGGGG-GA---------C-----T-----AATG--TT-CGTGG--A---TTTCGTG-G-G---TC--ACCC---T-T------A----C----CCACGAAtgatga
gi|103501 : taaaTT-GTTCGT-GGG-GG---------A----AC-----AATG--TT-CGTGG--A---TTTCGTG-G-G---TC--ACCC---C-T------A----C----CCACGAAtgatga
gi|103487 : taaaTTCGT-GGG-GA---------C----AT-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-G-G---CG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGAtgatga
gi|103489 : TTCGT-GGG-GA---------T----GT-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103488 : TTCGT-AAG-GA---------C----AT-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103491 : A---------T----GT-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAA-A-G---TG--AGCC---A-CGAA---A----T----CCACGAAAATT--G--AT-----ACCCCACGAACAATGATGA
gi|103498 : T-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103497 : T-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103496 : T-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103506 : T-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-G-G---TG--ACCC---A-TGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103505 : T-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--A--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103504 : T-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAA-G-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--A--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103503 : T-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-G-A---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCATGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103492 : T-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAA-A-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103501 : T-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AGG-G-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--TT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103493 : T-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----GCCCCACGAACAGTGATGA
gi|103502 : T-----AA-A--TT-TGTGG--G---T---AAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----ACCCCACGAACAATGATGA
gi|103494 : T-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-G-G---TG--ACCA---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGAT
gi|103507 : T-----AA-A--TT-CGTGG--G---C---AAG-A-G---TG--ACCC---A-CAAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103495 : T-----AA-A--TT-CATGG--G---T---AAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACAAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103499 : T-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---ATG-A-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACAAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103500 : T-----AA-A--TT-CGTGG--G---T---AAA-A-A---TG--ACCA---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103457 : T-----GA-A--TT-CGTGG--T---T---GAG-G-----TC--ATCA---A-CGAA---A----T----CCACGAAAATT--G--GT-----GTTCAACGAATAATGATGA
gi|103460 : ttcattatacatgtattgatcgctcacgatcgcggacaatgacggaacaaaaacgcggaaatcttcgatcagaaacaccaaacttcgtttaacattT-----GA-A--TT-CATGG--T---T---GAG-G----------CCTTCAA-CGAA---A----T----CCACGAATATT--G--GT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103466 : ttctttgtacatgtattaaacgctcatgatcgcagaaaatgactgagcaagatcaggaaaatcttctatcagaagcaccaaacttcaacgaacattT-----GA-A--TT-CATGG--T---T---GAG-G-----TC--TTCC---A-CGAA---T----C----CCACGAAAATT--G--GT-----GCTCAACGAATAGTGATGAaa
gi|103458 : tgtacatgtattgatcattcacgatcgtggacaatgacggagcaggaacaggaaaatcttctatcagaagcaccaaacttcgatgaacattT-----GA-A--TT-TGTGG--T---T---GAG-A-----TC--TTCA---A-CGAA---A----T----CCACGAAAATT--G--GT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103461 : ttcattatacatgtattgatcgctcacgatcgtggacaacgacggagcaagaacaggaaaatattctatcagaagcaccaaacttcattgaacattT-----GA-A--TT-CGTGT--T---C---GAG-G-----TC--TTCA---A-CGAA---A----T----CCACGGAAATT--G--GT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103467 : ttcattatacacatattgatcgctcatgatcgtggagaaaggcgaagtaagaacaggaaaatattctatctgaagcaccaaatttcgatgaacattT-----GA-A--TT-CGTGG--T---T-----GCG-G---TC--ATCA---ATCGAA---A----T----CCACGAAAATT--G--GT-----GTTCAACG-ATAAT-ATGAaa
gi|103490 : ttgctcatgtcatgtgacaatagacggagcaagaacaggaaaatcttctatcagaaaccactaaaagttcgttgaacaattT-----GA-A--TT-CGTAG--T---T---GAA-G-----TC--TTCA---A-CAAA---A----T----CCACGGAAATT--G--GA-----GTTCAACAAATAATGATGAaa
gi|103459 : acattT-----GA-A--TT-CGTAG--T---T-------G-C---TGTCATCA---A-CGAA---A----T----CCACGAAAATT--G--GT-----a
gi|103509 : ttcatcatacatgtattgatcactcacggtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaaaatcttctatcagaaacaccaaataacttcgttgaacattA-A--TT-CGTGG--G---T---AAG-A-G---TG--GCCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGAgttaaaagaataatg
gi|103508 : A-A--TT-CATGG--G---T---AAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCTCCACGAACAATAATGA
gi|103510 : A-A--TT-CATGG--G---T---AAG-A-G---TG--ACCT---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACAAACAATGAT
gi|103463 : -A--TT-CATGG--T---T---GAG-G-TCT-TA--A------A-AGAA---A----T----CCACGACAATT--G--GT-----GTTCAACGAATAATGATG
gi|103465 : ttcattatacatgttttgatcgctcacgatcttggacaatgacgggggaagaacagggaaatattctatcagaagcatgaacatttgcAG-G-G---TC--GTCA---A-CGAA---A----T----CCACGAAAATT--G--GTAAATAATTTAGCGAATAATGATGAtaa
gi|103511 : ttcattatacatgtattgctcgctcacaatcgtggacgatgatggagcaagaacagtacaatcttctatcgaaagcaccaaactttgatgaacact-G-G---TG--ATCC---A-CGAA---A----T----CCATGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGAaa
gi|103512 : --ACCA---A-CGAA---A----T----CCACGAACATT--G--GT-----CCCCCACGAACAATGATGA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|103464 ): TTCATTATACATGTATTGATCGCTCATGATCACGGACAATGACGGAGCAAGCTAGAACAGGAAAATCTTCTATCAGAAACACCAAAACTTTGTGTTGAACACTATATGAAATGTGTGGTTGCGGTTTTTTCAAGTCGAATCACGAAATTGGTTGTTCAACGAAATTAGTGGATGTAAA
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 2 00 1 0 111 11 2 0 222 11 111 0 11111
lowQualScore : . .. . . ... .. . . ... .. ... . .....
lowQualScore : 2 00 7 3 444 00 1 7 222 00 222 7 88888
consensus : AGGAAAA-TAAAAC-ATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
Reference ( family-342 ) : AGGAAAA-TAAAAC-GTGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103455 : ---TGAATTCATGG--TT--GCG-G---TC--ATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGA
gi|103456 : ttcattatacatgtattgatcgctcacggtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaaaatcttctatcagaaacaccaaacttcgttgaacatt---TGAATTCGTGGTTGT----G-G---TC--ATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAATGAATAATGATGAaa
gi|103457 : ttcattatacatgtaccgatagctcatgatcgcagacaatgacagaacaagaacgagaaaatcttctatcagaaacaccaaacttcgttgaacatt---TGAATTCGTGG--TTGAG-G-----TC--ATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103458 : ttcattatacatgtattgatcgctcacgatcgcggacaatgacggaacaaaaacgcggaaatcttcgatcagaaacaccaaacttcgtttaacatt---TGAATTTGTGG--TTGAG-A-----TC--TTCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103459 : ttcattatacatgtattgatcgctcacgatcgtggacaacgacggagcaagaacaggaaaatattctatcagaagcaccaaacttcattgaacatt---TGAATTCGTAG--TT----G-C---TGTCATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----aa
gi|103460 : ttcatcatacatgtattgatcactcacggtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaaaatcttctatcagaaacaccaaataacttcgttgaacatt---TGAATTCATGG--TTGAG-G----------CCTTCAA-CGAAATCCACGAATATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAgttaaaagaataatg
gi|103461 : ttctttgtacatgtattaaacgctcatgatcgcagaaaatgactgagcaagatcaggaaaatcttctatcagaagcaccaaacttcaacgaacatt---TGAATTCGTGT--TCGAG-G-----TC--TTCA---A-CGAAATCCACGGAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103462 : ttcattatacacatattgatcgctcatgatcgtggagaaaggcgaagtaagaacaggaaaatattctatctgaagcaccaaatttcgatgaacattAGAAACA-CCAAAC----TTCGT-TGA-ACA---TTTATTCGTGG--TT--GCG-G---TC--ATCA---A-TGAAATCCACGAACATTGGT-----GTTCAGCGAATAATGATGAaa
gi|103463 : ttcattatacatgtattgatcgctcacagtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaatatattctatcagaagcaccaaactgacggagcaagacacaggacaggaaaatattctatcATTCATGG--TTGAG-G-TCT-TA--A------A-AGAAATCCACGACAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGaa
gi|103465 : ttcattatacatgttttgatcgctcacgatcttggacaatgacgggggaagaacagggaaatattctatcagaagcatgaacatttgcAG-G-G---TC--GTCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGTAAATAATTTAGCGAATAATGATGAtaa
gi|103466 : ttcattatacatgtattgctcgctcacaatcgtggacgatgatggagcaagaacagtacaatcttctatcgaaagcaccaaactttgatgaacact---TGAATTCATGG--TTGAG-G-----TC--TTCC---A-CGAATCCCACGAAAATTGGT-----GCTCAACGAATAGTGATGAaa
gi|103467 : tgtacatgtattgatcattcacgatcgtggacaatgacggagcaggaacaggaaaatcttctatcagaagcaccaaacttcgatgaacatt-TAAAA----GTTCGT-TGA-ACAATTTGAATTCGTGG--TT--GCG-G---TC--ATCA---ATCGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACG-ATAAT-ATGAaa
gi|103468 : ttgctcatgtcatgtgacaatagacggagcaagaacaggaaaatcttctatcagaaaccacAGGAAAA-TTAAAC-ATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-TACTTG--ACCC---A-CGAAATCCGCGAACATTGGT-----CTCCCACGAACAATGATGAaa
gi|103469 : gaacggcaaaatgttataaagattaaaAGGAAAA-TAAAAC-ATGTTCGT-GGAGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103470 : aacagcataattctatcaagattaaaAGGAAAA-TAAAAC-ATCTTCTT-GAG-ACA---TAAATTCATGG--GTGAG-A-G---TG--ACCG---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103471 : AGGAAAA-TAAAAC-ATGTTCGT-GGAGACG---TAAATTCGTGG--GTGAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103472 : AAA-TAAAACAGT-TTCGT-GGG-ACA---TAAATTCGTGG--A-AAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103473 : agAGGAAAA-TAAAAC-ATGTTCGT-GTGGACG---TAAATTCGTGG--ATAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103474 : AGGAAAA-TAAAAC-ATGTTCGT-GGAGACG---TAAATTCGTGA--GTAAA-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATTCACGAACATTGGT-----CTCCCACGAACAATGATGA
gi|103475 : AGGAAAACTAAAAC-ATGTTCGTTGGGGACA---TAAATTCGTGG--GCAAC-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGAT
gi|103476 : AGGAATA-TAAAAC-ATGTTCGC-GGGGATG---TAAATTCATGG--GCAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGACCATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103477 : AGGAAAA-TAAAAC-ATGTTCGT-GGGAATG---TTAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103478 : AGGAAAA-TGAAAC-TTGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103479 : AGAAAAA-TAAAAC-ATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CAAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103480 : AAA-TAAAAC-ATGTTCGT-GGGGACA---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103481 : gGAAAC-TAAAAC-ATGTTCGT-GGGGACA---TAAATTCGTGG--GCAAC-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103482 : GAAAA-TCAAAC-ATGTTCGT-GGGAACG---TAAATTTGTAG--GTAAA-GAG---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CTCCCATGAACAATGATGA
gi|103483 : AAA-TAAAAC-ATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACTC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103484 : gAAAC-TTGTTTGT-GAGGACT---TTAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TA--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCTACGAACAATGATGA
gi|103485 : AAAC-ATGTTCGT-GGGGACG---TTAATTCATGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-TGAAATCCATGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103486 : AAAC-ATGTTCGT-GGGAACA---TAAATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---T-CGAAATCCATGAACATTGGC-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103487 : TTCGT-GGGGACA---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---CG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103488 : TTCGT-AAGGACA---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103489 : TTCGT-GGGGATG---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103490 : ---TGAATTCGTAG--TTGAA-G-----TC--TTCA---A-CAAAATCCACGGAAATTGGA-----GTTCAACAAATAATGATGA
gi|103491 : acattATG---TAAATTCGTGG--GTAAA-A-G---TG--AGCC---A-CGAAATCCACGAAAATTGAT-----ACCCCACGAACAATGATGAa
gi|103492 : ---TAAATTCGTGG--GTAAA-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103493 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----GCCCCACGAACAGTGATGA
gi|103494 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCA---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGAT
gi|103495 : ---TAAATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACAAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103496 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103497 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103498 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103499 : ---TAAATTCGTGG--GTATG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACAAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103500 : ---TAAATTCGTGG--GTAAA-A-A---TG--ACCA---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103501 : ---TAAATTCGTGG--GTAGG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGTT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103502 : ---TAAATTTGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----ACCCCACGAACAATGATGA
gi|103503 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-A---TG--ACCC---A-CGAAATCCATGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103504 : ---TAAATTCGTGG--GTAAA-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTAGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103505 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTAGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103506 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-TGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103507 : ---TAAATTCGTGG--GCAAG-A-G---TG--ACCC---A-CAAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103508 : AATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCTCCACGAACAATAATGA
gi|103509 : AATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--GCCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103510 : AATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCT---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGAT
gi|103511 : -G-G---TG--ATCC---A-CGAAATCCATGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103512 : --ACCA---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|103464 ): TTCATTATACATGTATTGATCGCTCATGATCACGGACAATGACGGAGCAAGCTAGAACAGGAAAATCTTCTATCAGAAACACCAAAACTTTGTGTTGAACACTATATGAAATGTGTGGTTGCGGTTTTTTCAAGTCGAATCACGAAATTGGTTGTTCAACGAAATTAGTGGATGTAAA
Alignments
lowQualScore : 2 1 0 111 11 2 0 222 11 111 0 11111
lowQualScore : . . . ... .. . . ... .. ... . .....
lowQualScore : 2 7 3 444 00 1 7 222 00 222 7 88888
consensus : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
Reference ( family-342 ) : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103455 : ---TGAATTCATGG--TT--GCG-G---TC--ATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGA
gi|103456 : ttcattatacatgtattgatcgctcacggtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaaaatcttctatcagaaacaccaaacttcgttgaacatt---TGAATTCGTGGTTGT----G-G---TC--ATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAATGAATAATGATGAaa
gi|103457 : ttcattatacatgtaccgatagctcatgatcgcagacaatgacagaacaagaacgagaaaatcttctatcagaaacaccaaacttcgttgaacatt---TGAATTCGTGG--TTGAG-G-----TC--ATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103458 : ttcattatacatgtattgatcgctcacgatcgcggacaatgacggaacaaaaacgcggaaatcttcgatcagaaacaccaaacttcgtttaacatt---TGAATTTGTGG--TTGAG-A-----TC--TTCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103459 : ttcattatacatgtattgatcgctcacgatcgtggacaacgacggagcaagaacaggaaaatattctatcagaagcaccaaacttcattgaacatt---TGAATTCGTAG--TT----G-C---TGTCATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----aa
gi|103460 : ttcatcatacatgtattgatcactcacggtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaaaatcttctatcagaaacaccaaataacttcgttgaacatt---TGAATTCATGG--TTGAG-G----------CCTTCAA-CGAAATCCACGAATATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAgttaaaagaataatg
gi|103461 : ttctttgtacatgtattaaacgctcatgatcgcagaaaatgactgagcaagatcaggaaaatcttctatcagaagcaccaaacttcaacgaacatt---TGAATTCGTGT--TCGAG-G-----TC--TTCA---A-CGAAATCCACGGAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103462 : ttcattatacacatattgatcgctcatgatcgtggagaaaggcgaagtaagaacaggaaaatattctatctgaagcaccaaatttcgatgaacattAGAAACA-CCAAAC---TTCGT-TGA-ACA---TTTATTCGTGG--TT--GCG-G---TC--ATCA---A-TGAAATCCACGAACATTGGT-----GTTCAGCGAATAATGATGAaa
gi|103463 : ttcattatacatgtattgatcgctcacagtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaatatattctatcagaagcaccaaactgacggagcaagacacaggacaggaaaatattctatcATTCATGG--TTGAG-G-TCT-TA--A------A-AGAAATCCACGACAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGaa
gi|103465 : ttcattatacatgttttgatcgctcacgatcttggacaatgacgggggaagaacagggaaatattctatcagaagcatgaacatttgcAG-G-G---TC--GTCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGTAAATAATTTAGCGAATAATGATGAtaa
gi|103466 : ttcattatacatgtattgctcgctcacaatcgtggacgatgatggagcaagaacagtacaatcttctatcgaaagcaccaaactttgatgaacact---TGAATTCATGG--TTGAG-G-----TC--TTCC---A-CGAATCCCACGAAAATTGGT-----GCTCAACGAATAGTGATGAaa
gi|103467 : tgtacatgtattgatcattcacgatcgtggacaatgacggagcaggaacaggaaaatcttctatcagaagcaccaaacttcgatgaacatt-TAAAA---GTTCGT-TGA-ACAATTTGAATTCGTGG--TT--GCG-G---TC--ATCA---ATCGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACG-ATAAT-ATGAaa
gi|103468 : ttgctcatgtcatgtgacaatagacggagcaagaacaggaaaatcttctatcagaaaccacAGGAAAA-TTAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-TACTTG--ACCC---A-CGAAATCCGCGAACATTGGT-----CTCCCACGAACAATGATGAaa
gi|103469 : gaacggcaaaatgttataaagattaaaAGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGAGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103470 : aacagcataattctatcaagattaaaAGGAAAA-TAAAACATCTTCTT-GAG-ACA---TAAATTCATGG--GTGAG-A-G---TG--ACCG---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103471 : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGAGACG---TAAATTCGTGG--GTGAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103472 : AAA-TAAAACAGTTTCGT-GGG-ACA---TAAATTCGTGG--A-AAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103473 : agAGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GTGGACG---TAAATTCGTGG--ATAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103474 : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGAGACG---TAAATTCGTGA--GTAAA-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATTCACGAACATTGGT-----CTCCCACGAACAATGATGA
gi|103475 : AGGAAAACTAAAACATGTTCGTTGGGGACA---TAAATTCGTGG--GCAAC-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGAT
gi|103476 : AGGAATA-TAAAACATGTTCGC-GGGGATG---TAAATTCATGG--GCAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGACCATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103477 : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGGAATG---TTAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103478 : AGGAAAA-TGAAACTTGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103479 : AGAAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CAAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103480 : AAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACA---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103481 : gGAAAC-TAAAACATGTTCGT-GGGGACA---TAAATTCGTGG--GCAAC-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103482 : GAAAA-TCAAACATGTTCGT-GGGAACG---TAAATTTGTAG--GTAAA-GAG---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CTCCCATGAACAATGATGA
gi|103483 : AAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACTC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103484 : gAAACTTGTTTGT-GAGGACT---TTAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TA--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCTACGAACAATGATGA
gi|103485 : AAACATGTTCGT-GGGGACG---TTAATTCATGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-TGAAATCCATGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103486 : AAACATGTTCGT-GGGAACA---TAAATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---T-CGAAATCCATGAACATTGGC-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103487 : TTCGT-GGGGACA---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---CG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103488 : TTCGT-AAGGACA---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103489 : TTCGT-GGGGATG---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103490 : ---TGAATTCGTAG--TTGAA-G-----TC--TTCA---A-CAAAATCCACGGAAATTGGA-----GTTCAACAAATAATGATGA
gi|103491 : acattATG---TAAATTCGTGG--GTAAA-A-G---TG--AGCC---A-CGAAATCCACGAAAATTGAT-----ACCCCACGAACAATGATGAa
gi|103492 : ---TAAATTCGTGG--GTAAA-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103493 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----GCCCCACGAACAGTGATGA
gi|103494 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCA---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGAT
gi|103495 : ---TAAATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACAAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103496 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103497 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103498 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103499 : ---TAAATTCGTGG--GTATG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACAAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103500 : ---TAAATTCGTGG--GTAAA-A-A---TG--ACCA---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103501 : ---TAAATTCGTGG--GTAGG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGTT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103502 : ---TAAATTTGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----ACCCCACGAACAATGATGA
gi|103503 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-A---TG--ACCC---A-CGAAATCCATGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103504 : ---TAAATTCGTGG--GTAAA-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTAGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103505 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTAGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103506 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-TGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103507 : ---TAAATTCGTGG--GCAAG-A-G---TG--ACCC---A-CAAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103508 : AATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCTCCACGAACAATAATGA
gi|103509 : AATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--GCCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103510 : AATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCT---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGAT
gi|103511 : -G-G---TG--ATCC---A-CGAAATCCATGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103512 : --ACCA---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|103464 ): TTCATTATACATGTATTGATCGCTCATGATCACGGACAATGACGGAGCAAGCTAGAACAGGAAAATCTTCTATCAGAAACACCAAAACTTTGTGTTGAACACTATATGAAATGTGTGGTTGCGGTTTTTTCAAGTCGAATCACGAAATTGGTTGTTCAACGAAATTAGTGGATGTAAA
Alignments
lowQualScore : 2 1 0 111 11 2 0 222 11 111 0 11111
lowQualScore : . . . ... .. . . ... .. ... . .....
lowQualScore : 2 7 3 444 00 1 7 222 00 222 7 88888
consensus : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
Reference ( family-342 ) : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103455 : ---TGAATTCATGG--TT--GCG-G---TC--ATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGA
gi|103456 : ttcattatacatgtattgatcgctcacggtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaaaatcttctatcagaaacaccaaacttcgttgaacatt---TGAATTCGTGGTTGT----G-G---TC--ATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAATGAATAATGATGAaa
gi|103457 : ttcattatacatgtaccgatagctcatgatcgcagacaatgacagaacaagaacgagaaaatcttctatcagaaacaccaaacttcgttgaacatt---TGAATTCGTGG--TTGAG-G-----TC--ATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103458 : ttcattatacatgtattgatcgctcacgatcgcggacaatgacggaacaaaaacgcggaaatcttcgatcagaaacaccaaacttcgtttaacatt---TGAATTTGTGG--TTGAG-A-----TC--TTCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103459 : ttcattatacatgtattgatcgctcacgatcgtggacaacgacggagcaagaacaggaaaatattctatcagaagcaccaaacttcattgaacatt---TGAATTCGTAG--TT----G-C---TGTCATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----aa
gi|103460 : ttcatcatacatgtattgatcactcacggtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaaaatcttctatcagaaacaccaaataacttcgttgaacatt---TGAATTCATGG--TTGAG-G----------CCTTCAA-CGAAATCCACGAATATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAgttaaaagaataatg
gi|103461 : ttctttgtacatgtattaaacgctcatgatcgcagaaaatgactgagcaagatcaggaaaatcttctatcagaagcaccaaacttcaacgaacatt---TGAATTCGTGT--TCGAG-G-----TC--TTCA---A-CGAAATCCACGGAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103462 : ttcattatacacatattgatcgctcatgatcgtggagaaaggcgaagtaagaacaggaaaatattctatctgaagcaccaaatttcgatgaacattAGAAACA-CCAAAC---TTCGT-TGA-ACA---TTTATTCGTGG--TT--GCG-G---TC--ATCA---A-TGAAATCCACGAACATTGGT-----GTTCAGCGAATAATGATGAaa
gi|103463 : ttcattatacatgtattgatcgctcacagtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaatatattctatcagaagcaccaaactgacggagcaagacacaggacaggaaaatattctatcATTCATGG--TTGAG-G-TCT-TA--A------A-AGAAATCCACGACAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGaa
gi|103465 : ttcattatacatgttttgatcgctcacgatcttggacaatgacgggggaagaacagggaaatattctatcagaagcatgaacatttgcAG-G-G---TC--GTCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGTAAATAATTTAGCGAATAATGATGAtaa
gi|103466 : ttcattatacatgtattgctcgctcacaatcgtggacgatgatggagcaagaacagtacaatcttctatcgaaagcaccaaactttgatgaacact---TGAATTCATGG--TTGAG-G-----TC--TTCC---A-CGAATCCCACGAAAATTGGT-----GCTCAACGAATAGTGATGAaa
gi|103467 : tgtacatgtattgatcattcacgatcgtggacaatgacggagcaggaacaggaaaatcttctatcagaagcaccaaacttcgatgaacatt-TAAAA---GTTCGT-TGA-ACAATTTGAATTCGTGG--TT--GCG-G---TC--ATCA---ATCGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACG-ATAAT-ATGAaa
gi|103468 : ttgctcatgtcatgtgacaatagacggagcaagaacaggaaaatcttctatcagaaaccacAGGAAAA-TTAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-TACTTG--ACCC---A-CGAAATCCGCGAACATTGGT-----CTCCCACGAACAATGATGAaa
gi|103469 : gaacggcaaaatgttataaagattaaaAGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGAGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103470 : aacagcataattctatcaagattaaaAGGAAAA-TAAAACATCTTCTT-GAG-ACA---TAAATTCATGG--GTGAG-A-G---TG--ACCG---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103471 : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGAGACG---TAAATTCGTGG--GTGAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103472 : AAA-TAAAACAGTTTCGT-GGG-ACA---TAAATTCGTGG--A-AAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103473 : agAGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GTGGACG---TAAATTCGTGG--ATAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103474 : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGAGACG---TAAATTCGTGA--GTAAA-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATTCACGAACATTGGT-----CTCCCACGAACAATGATGA
gi|103475 : AGGAAAACTAAAACATGTTCGTTGGGGACA---TAAATTCGTGG--GCAAC-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGAT
gi|103476 : AGGAATA-TAAAACATGTTCGC-GGGGATG---TAAATTCATGG--GCAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGACCATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103477 : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGGAATG---TTAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103478 : AGGAAAA-TGAAACTTGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103479 : AGAAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CAAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103480 : AAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACA---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103481 : gGAAAC-TAAAACATGTTCGT-GGGGACA---TAAATTCGTGG--GCAAC-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103482 : GAAAA-TCAAACATGTTCGT-GGGAACG---TAAATTTGTAG--GTAAA-GAG---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CTCCCATGAACAATGATGA
gi|103483 : AAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACTC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103484 : gAAACTTGTTTGT-GAGGACT---TTAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TA--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCTACGAACAATGATGA
gi|103485 : AAACATGTTCGT-GGGGACG---TTAATTCATGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-TGAAATCCATGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103486 : AAACATGTTCGT-GGGAACA---TAAATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---T-CGAAATCCATGAACATTGGC-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103487 : TTCGT-GGGGACA---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---CG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103488 : TTCGT-AAGGACA---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103489 : TTCGT-GGGGATG---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103490 : ---TGAATTCGTAG--TTGAA-G-----TC--TTCA---A-CAAAATCCACGGAAATTGGA-----GTTCAACAAATAATGATGA
gi|103491 : acattATG---TAAATTCGTGG--GTAAA-A-G---TG--AGCC---A-CGAAATCCACGAAAATTGAT-----ACCCCACGAACAATGATGAa
gi|103492 : ---TAAATTCGTGG--GTAAA-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103493 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----GCCCCACGAACAGTGATGA
gi|103494 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCA---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGAT
gi|103495 : ---TAAATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACAAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103496 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103497 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103498 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103499 : ---TAAATTCGTGG--GTATG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACAAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103500 : ---TAAATTCGTGG--GTAAA-A-A---TG--ACCA---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103501 : ---TAAATTCGTGG--GTAGG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGTT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103502 : ---TAAATTTGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----ACCCCACGAACAATGATGA
gi|103503 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-A---TG--ACCC---A-CGAAATCCATGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103504 : ---TAAATTCGTGG--GTAAA-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTAGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103505 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTAGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103506 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-TGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103507 : ---TAAATTCGTGG--GCAAG-A-G---TG--ACCC---A-CAAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103508 : AATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCTCCACGAACAATAATGA
gi|103509 : AATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--GCCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103510 : AATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCT---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGAT
gi|103511 : -G-G---TG--ATCC---A-CGAAATCCATGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103512 : --ACCA---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
blockSeqs : C T ATT TT C ACT TCA AAATA
blockSeqs : . . . . C CT . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
finalCons : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|103464 ): TTCATTATACATGTATTGATCGCTCATGATCACGGACAATGACGGAGCAAGCTAGAACAGGAAAATCTTCTATCAGAAACACCAAAACTTTGTGTTGAACACTATATGAAATGTGTGGTTGCGGTTTTTTCAAGTCGAATCACGAAATTGGTTGTTCAACGAAATTAGTGGATGTAAA
Alignments
lowQualScore : 2 1 0 111 11 2 0 222 11 111 0 11111
lowQualScore : . . . ... .. . . ... .. ... . .....
lowQualScore : 2 7 3 444 00 1 7 222 00 222 7 88888
consensus : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
Reference ( family-342 ) : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103455 : ---TGAATTCATGG--TT--GCG-G---TC--ATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGA
gi|103456 : ttcattatacatgtattgatcgctcacggtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaaaatcttctatcagaaacaccaaacttcgttgaacatt---TGAATTCGTGGTTGT----G-G---TC--ATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAATGAATAATGATGAaa
gi|103457 : ttcattatacatgtaccgatagctcatgatcgcagacaatgacagaacaagaacgagaaaatcttctatcagaaacaccaaacttcgttgaacatt---TGAATTCGTGG--TTGAG-G-----TC--ATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103458 : ttcattatacatgtattgatcgctcacgatcgcggacaatgacggaacaaaaacgcggaaatcttcgatcagaaacaccaaacttcgtttaacatt---TGAATTTGTGG--TTGAG-A-----TC--TTCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103459 : ttcattatacatgtattgatcgctcacgatcgtggacaacgacggagcaagaacaggaaaatattctatcagaagcaccaaacttcattgaacatt---TGAATTCGTAG--TT----G-C---TGTCATCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGT-----aa
gi|103460 : ttcatcatacatgtattgatcactcacggtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaaaatcttctatcagaaacaccaaataacttcgttgaacatt---TGAATTCATGG--TTGAG-G----------CCTTCAA-CGAAATCCACGAATATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAgttaaaagaataatg
gi|103461 : ttctttgtacatgtattaaacgctcatgatcgcagaaaatgactgagcaagatcaggaaaatcttctatcagaagcaccaaacttcaacgaacatt---TGAATTCGTGT--TCGAG-G-----TC--TTCA---A-CGAAATCCACGGAAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGAaa
gi|103462 : ttcattatacacatattgatcgctcatgatcgtggagaaaggcgaagtaagaacaggaaaatattctatctgaagcaccaaatttcgatgaacattAGAAACA-CCAAAC---TTCGT-TGA-ACA---TTTATTCGTGG--TT--GCG-G---TC--ATCA---A-TGAAATCCACGAACATTGGT-----GTTCAGCGAATAATGATGAaa
gi|103463 : ttcattatacatgtattgatcgctcacagtcgtggacaatgacggagcaagaacaggaatatattctatcagaagcaccaaactgacggagcaagacacaggacaggaaaatattctatcATTCATGG--TTGAG-G-TCT-TA--A------A-AGAAATCCACGACAATTGGT-----GTTCAACGAATAATGATGaa
gi|103465 : ttcattatacatgttttgatcgctcacgatcttggacaatgacgggggaagaacagggaaatattctatcagaagcatgaacatttgcAG-G-G---TC--GTCA---A-CGAAATCCACGAAAATTGGTAAATAATTTAGCGAATAATGATGAtaa
gi|103466 : ttcattatacatgtattgctcgctcacaatcgtggacgatgatggagcaagaacagtacaatcttctatcgaaagcaccaaactttgatgaacact---TGAATTCATGG--TTGAG-G-----TC--TTCC---A-CGAATCCCACGAAAATTGGT-----GCTCAACGAATAGTGATGAaa
gi|103467 : tgtacatgtattgatcattcacgatcgtggacaatgacggagcaggaacaggaaaatcttctatcagaagcaccaaacttcgatgaacatt-TAAAA---GTTCGT-TGA-ACAATTTGAATTCGTGG--TT--GCG-G---TC--ATCA---ATCGAAATCCACGAAAATTGGT-----GTTCAACG-ATAAT-ATGAaa
gi|103468 : ttgctcatgtcatgtgacaatagacggagcaagaacaggaaaatcttctatcagaaaccacAGGAAAA-TTAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-TACTTG--ACCC---A-CGAAATCCGCGAACATTGGT-----CTCCCACGAACAATGATGAaa
gi|103469 : gaacggcaaaatgttataaagattaaaAGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGAGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103470 : aacagcataattctatcaagattaaaAGGAAAA-TAAAACATCTTCTT-GAG-ACA---TAAATTCATGG--GTGAG-A-G---TG--ACCG---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103471 : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGAGACG---TAAATTCGTGG--GTGAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103472 : AAA-TAAAACAGTTTCGT-GGG-ACA---TAAATTCGTGG--A-AAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103473 : agAGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GTGGACG---TAAATTCGTGG--ATAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103474 : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGAGACG---TAAATTCGTGA--GTAAA-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATTCACGAACATTGGT-----CTCCCACGAACAATGATGA
gi|103475 : AGGAAAACTAAAACATGTTCGTTGGGGACA---TAAATTCGTGG--GCAAC-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGAT
gi|103476 : AGGAATA-TAAAACATGTTCGC-GGGGATG---TAAATTCATGG--GCAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGACCATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103477 : AGGAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGGAATG---TTAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103478 : AGGAAAA-TGAAACTTGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103479 : AGAAAAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CAAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103480 : AAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACA---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103481 : gGAAAC-TAAAACATGTTCGT-GGGGACA---TAAATTCGTGG--GCAAC-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103482 : GAAAA-TCAAACATGTTCGT-GGGAACG---TAAATTTGTAG--GTAAA-GAG---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CTCCCATGAACAATGATGA
gi|103483 : AAA-TAAAACATGTTCGT-GGGGACG---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACTC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103484 : gAAACTTGTTTGT-GAGGACT---TTAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TA--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCTACGAACAATGATGA
gi|103485 : AAACATGTTCGT-GGGGACG---TTAATTCATGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-TGAAATCCATGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103486 : AAACATGTTCGT-GGGAACA---TAAATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---T-CGAAATCCATGAACATTGGC-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103487 : TTCGT-GGGGACA---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---CG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103488 : TTCGT-AAGGACA---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103489 : TTCGT-GGGGATG---TAAATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGATGA
gi|103490 : ---TGAATTCGTAG--TTGAA-G-----TC--TTCA---A-CAAAATCCACGGAAATTGGA-----GTTCAACAAATAATGATGA
gi|103491 : acattATG---TAAATTCGTGG--GTAAA-A-G---TG--AGCC---A-CGAAATCCACGAAAATTGAT-----ACCCCACGAACAATGATGAa
gi|103492 : ---TAAATTCGTGG--GTAAA-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103493 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----GCCCCACGAACAGTGATGA
gi|103494 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCA---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGAT
gi|103495 : ---TAAATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACAAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103496 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103497 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103498 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103499 : ---TAAATTCGTGG--GTATG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACAAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103500 : ---TAAATTCGTGG--GTAAA-A-A---TG--ACCA---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103501 : ---TAAATTCGTGG--GTAGG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGTT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103502 : ---TAAATTTGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----ACCCCACGAACAATGATGA
gi|103503 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-A---TG--ACCC---A-CGAAATCCATGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103504 : ---TAAATTCGTGG--GTAAA-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTAGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103505 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTAGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103506 : ---TAAATTCGTGG--GTAAG-G-G---TG--ACCC---A-TGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103507 : ---TAAATTCGTGG--GCAAG-A-G---TG--ACCC---A-CAAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103508 : AATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCTCCACGAACAATAATGA
gi|103509 : AATTCGTGG--GTAAG-A-G---TG--GCCC---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103510 : AATTCATGG--GTAAG-A-G---TG--ACCT---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACAAACAATGAT
gi|103511 : -G-G---TG--ATCC---A-CGAAATCCATGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
gi|103512 : --ACCA---A-CGAAATCCACGAACATTGGT-----CCCCCACGAACAATGATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|103464 ): TTCATTATACATGTATTGATCGCTCATGATCACGGACAATGACGGAGCAAGCTAGAACAGGAAAATCTTCTATCAGAAACACCAAAACTTTGTGTTGAACACTATATGAAATGTGTGGTTGCGGTTTTTTCAAGTCGAATCACGAAATTGGTTGTTCAACGAAATTAGTGGATGTAAA