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lowQualScore                  :    . . . ... . . . . . ... .  ... .. .  .. ... .. .  ... ..   ................  ...... ............. .... . ...  .. .  ... ... . ... . .  .... .. ... .. . .. . ... .. .. ..  . ....  . . . . . ....  ..     .    .  
lowQualScore                  :    9 8 4 222 6 5 8 7 9 555 7  000 55 2  77 333 55 7  666 00   8888888888888888  777777 0000000000000 9999 7 999  99 1  999 555 0 999 4 7  3333 99 111 66 3 55 7 555 99 66 22  7 1111  7 7 7 4 4 1111  33     7    0  
consensus                     : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-TTGTTAT
Reference ( gi|43230 )        : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-TTGTCAT
gi|43232                      : AGA-A-C-A-----C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---T--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-
gi|43237                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-GT---T---T-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAgtat
gi|43236                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-GT--C---C--C-AA---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----GA--TAACT-atgttttat
gi|43231                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---C---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GACC-A-T-T-A----AA--TAACT-gttttat
gi|43239                      : AGA-A-C-A-----C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--T---C--C-AG---A--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-gttta
gi|43240                      : AGA-A-C-A-----C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------AG------G-------------G----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--G---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-gtat
gi|43241                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACC-----A-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-A----T---C-C---G-G-TC----C--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-gtat
gi|43243                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT------C--C-AG---T--ACCG----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C-----G-TC----T--A---T--T-G--A-CTGAT--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-gttttat
gi|43244                      : AGA-A-C-G-T-G-A-A-T-TTG---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AT---T--ACC-----T-C--------GA------G-------------A----A-A---AA--T------T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-gtataat
gi|43245                      : AGA-A-C-G-T-A-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TTTTC---C--C-AG---T---CC-----T-C--------TG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---T-G-TC----T--A---T--T-G--A-T---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-gttttat
gi|43238                      : AGA-A-C-A-----C-A-T-T-G---A-GC---G--G-TT--C---C--C-GG---T--ACC-----T-C--------AG------G-------------A----A-A---AA--T-AG---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-gtat
gi|43246                      : AGA-A-C-A-----C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--T---T--T-T--A-C---T--G--A--TC-A----GC-C-A-T-T-A----AA--TAAgtat
gi|43247                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-GA--A-GC---T--G-TT------C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------G----A-A---AA--T-GT---T-----C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--AT-TC-A----GA-C-ACT-T-A----AA--TAACT-atgtat
gi|43242                      : AGA-A-C-A-----C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--T-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-T---T-A-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--gtataat
gi|43251                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-TCG---A-GC---T--G-T-------C--T-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-G---C-G-TC----T--A---T--TGG--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-AC---AA--TAAC
gi|43252                      : AGA-A-C-G-T-G-CCA-T-T-G---A-GC---T--GCTT--C---C--T-CA---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-GGAA-C---T--G--A--T--A----GA-C-A-C-T-A----AT--AAACT-gtatgtatta
gi|43254                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-GA--A-GC---T--G--T--C---C--C-AG---T--ACC-----G-C--------GG------G-------------AG---A-A---AA--T-AT---T---C-CG--G-G-TC----T--AG--T--T-G--A-----T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-G-C----AA--TAACT-gtatta
gi|43258                      : AGA-A-C-G-T-GGC-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--A-C-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AAACT-AT---T---C-C-----G-TC----T--A---T--T-G--A--------G--AATCC-A----GA-C-A-T-T-A----AAT-TAACT-gtat
gi|43256                      : AGAGA-C-G-T-G-C-AAT-T-G---A-GC---T----TT--C---C--C-AA---T--ACC-------C--------GGAGGGACG-------------G----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-GAGTTAA--TAACT-gtaata
gi|43248                      : AGA-A-C-G-T-GGC-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T---CC-----G-A--------GG------G-------------A----T-A---AG--T-AT---T---CGC---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A-----A-C-A-T-T-A----AA--gttttat
gi|43235                      : AGA-A-CCG-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C----AA---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----ACAC--AA--TGAT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC------GA-CAA-T-T-A----AA--TAAactgttttat
gi|43255                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-TTG---A-GC---TT-G-TT--C---C--C-AA---T--AC-----------------GA------GTGA----------A----A-A---GA--T-AT---T---C-C---G-GCTC----T--A---T--T-G--A-C---TCGA--A--TC-A-----A-C-A-T-T-A----AA--TAACTGTTGTTATtgtttt
gi|43234                      : AGA-A-C-A-----C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--G---CTTC-AG------ACC-----T-C--------GG------A-------------A----A-A---AC--TTAT---T---C-C---G-G-TC----T--A------T-G--A-C---TG-G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAA-T-CTGT
gi|43233                      : AGA-A-C-A-----C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--G---CTTC-AG------ACC-----T-C--------GG------A-------------A----A-A---AC--TTAT---T---C-C---G-G-TC----T--A------T-G--A-C---TG-G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAA-T-CTGTat
gi|43261                      : AGA-A---G-T-G-C-A-C-T-GTGGA-GC---T--GGTT--C---C--C-AAA--T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AG--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--AGG-T--T-GA-A-C---T--G--A--TCAA----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-at
gi|43259                      : AGA-ATC-G-T-G-C-T-C-T-G---A--C---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACC----------------GA------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C-----G-TC-------A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-AC---GA-C-A-T-T-A----AA--TAAgatttatta
gi|43260                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TC--C---C------------ACC-----C-CGA------GG------G-------------A----A-A---AA--T--T---T---CGC---G-G-TC----T--AT--T--T-G--A-C---T--G--A---C-A----GA-C-T-T-A-A----AA--TAAtgttttat
gi|43257                      : AGA-A-C-G-TTG-C-A-T-T-G---A-GC---TT-GCTT--C---C--C-AG------ACC-----C-CCCCCTCGGGG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-T-----T--A------T-G--A-C---T--G--G---C-A----GA-C---T-T-G----AA--TAACT-Ttgttttat
gi|43253                      : AGA-A-C-G-----C-A-T-T-G---A-GC---T--G-T-------C--T-AG---T--A-C-----T-C--------GG------G-------------G----A-A---AA--A-AT---C---C-------G-TC----T--A---T--T-GGAA-C---T--G--A--T--A----GA-C-A-T--------AA--TAACT-GTATTATgtat
gi|43249                      : AGA-A-A-G-T-G-C-A-T-T-T---G-AC---T--G-TT--C---C-----A---T--ACC-----G-G--------GGT-----G-------------A----T-A---AC--C-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--TCG--AGC---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-------A--TAACT-
gi|43263                      : AGA-A-C-GGT-G-CCA-T-CCG---A-GC---T--G-TT--C---C----AA---T--ACC-----G-A--------GG------A-------------A----A-A---AA--T-GT---TT--C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G----C---T--G--G--TC-A-----A-C-A-T-T------TA--TAACT-gtttt
gi|43250                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-GG--A-GC------G-TT--CTGTC--C-CG---T--ACG-----T-CTTCCG---GG------G-------------G----A-A---AA--T-GT---TT--C-C---G-G-TC-------A---T--T-G--A-C---T--GA-A--TC-A----GA-gttttat
gi|43262                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---CTAG-TT--CCCAC--C-AG---T--ACTCGTCGT-C--------GG------A-------------AC---A-ACTTAA--T-AT---T---C-C---GCG-TC----TTAG---T--T-G--A-A---C--AATA--TC-A----GA-C-A-TAT-A----AT--CAACT-
gi|43264                      : AGA-A-C-G---G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TG--CAC-C--C-AA---TTAACC-----G-A--------GG------AGGT----------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C-----G-TCTT--T--A---T--T-G--A-C---TG-G--A--TC-AAAGCGA-G-A-T-T-G----AG--AAACT-gtat
gi|43265                      :  GA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------GAA-----------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--AT-TC-A----GA-C-A-T-TAA----AA--TAACT-gtttta
gi|43266                      :  GA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GT---T--G-TT--C---C--C-TG---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-GT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-T---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-gtataat
gi|43267                      :  GA-A-C-G-T-G-C-G-T-T-G---A-GC---T--G-TT--T---C--C-AA---T--ACC-----T-A--------GG------G-------------A----A-C---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---A--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAA---TTGTgttttat
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gi|43269                      :  GA-A-CAG-T-G---A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---CG-C-A----T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G-----TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-gtttt
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gi|43271                      :   A-A-C-G-T-T-T-G-T-T-A---T-GA---T--G-TT--C---C--C-AG---C--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----T-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--T---T--T-G--A-C---T--G--G--TC-A----GA-G-A-T-T-A----AA--TAACT-att
gi|43272                      :   A-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AGAGAT--AC--------C--------GA------G-------------G----A-C---AA--T-AT---T---C-C---GTG-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A-----A-C-A-T-T------AA--TAACT-gtat
gi|43273                      :   A-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-G----T--G-T---C---C--C-A----T--ACC-------C--------AG------G-------------A----A-A---A---T-AT-------C-C---G-G-TC----T--A---TA-T-G--A-C---T--G--A--TC-A----TA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-gtataat
gi|43274                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-T----AA--TAACT-gaatattat
gi|43275                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--AAT-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-gtataat
gi|43276                      :    -A-C-G-TAG-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT------C--C-AA---T--ACCG----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--C---T--T-G--A-C---T--G--A--TC------GA-C-A-T-TAA----AA--TAAgttttat
gi|43277                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--CG--C--C-AGA--T--ACT-----C-C--------GG------GAAAAAAAAAAAAAA----A-A---AA--T-AT---T---T-CGGGG-G-TCTCTAT--A---T--T-G--G-CA--T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAtggtttat
gi|43278                      :      -C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-GT---T---C-T---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-actgtaata
gi|43279                      :      -C-G-T-G-C-A-TGT-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACG-------A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-ATGGTC---C-C---G-G-TC----T--AA--T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----TA--TAACT-gttttat
gi|43280                      :        -G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---A---T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--C--TC-A----GATC-A-T-T-A----AA--TAACT-gtttt
gi|43281                      :              -C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TC--C---C--C-AG---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------G----A-A---AC--A-GT---T---T-C---G-G-TC----T--T---T--T-T--A-C---T--A--A--TC-A----GC-C-A-T-G-A----AA--TAACTATTGTgttttat
gi|43282                      :                -A-T-T-G---A-GC---T--G-TTA-T---T--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-T---G-G-TC----T--A------T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A---T-A----AA--atta
gi|43283                      :                  -T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---A--C-AG---T--AC------T-G--------AG------G-------------T----A-A---AA--T-GT---C---C-C---A-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--C--GT-A----GA-C-A-T-T-A----AA--CAATT-
gi|43284                      :                    -T-G---A-AC---T--G-TT--C---C--C-A----T--ACT-----C-T--------AG------G-------------A----A-G---AA--T-GT---T---CTC---G-G-TC----T--ATATT--T-G--A-C---T--G--G--AT-A----GA-T-A-TGT-A----AA--TAACT-attctattat
gi|43285                      :                      -G---A-GCA--T--G-TT--C---C----AG---T--ATT-----T-C--------AG------G-------------ACGGGA-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-CT--T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AAATTAACT-ggatatatta
gi|43286                      :                                                   -AG---T--ACC-----T-C--------GG------GG------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-T---G-G-TC----T--A---T--G-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-------T-A----AA--TAgtataat
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gi|43288                      :                                                                                                             ---AA--T-AA---T---C-C---G-G-CC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-gtat
gi|43289                      :                                                                                                                            ---C-C---G-G-GC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-gtat
gi|43290                      :                                                                                                                                        -TC----T--A---T--T-G--A-C---T--T--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACT-gttttat





Alignments
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lowQualScore                  :    . . . ... . . . . . ... .  ... .. .  .. ... .. .  ... ..   ................  ...... ............. .... . ...  .. .  ... ... . ... . .  .... .. ... .. . .. . ... .. .. ..  . ....  . . . . . ....  ..    ... ....    
lowQualScore                  :    8 8 4 000 5 5 7 7 9 444 7  000 44 1  77 222 44 7  666 99   3333333333333333  777777 8888888888888 8888 7 999  99 0  999 555 0 888 3 7  3333 99 000 66 3 55 7 555 99 66 22  7 0000  6 7 7 3 3 0000  22    333 4444    
consensus                     : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAC---T-GTTTTAT
Reference ( family-332 )      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAC---T-TTGTTAT
gi|43230                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAC---T-TTGTCAT
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gi|43237                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-GT---T---T-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAA---T-GTTTTAT
gi|43238                      : AGA-A-C-A-----C-A-T-T-G---A-GC---G--G-TT--C---C--C-GG---T--ACC-----T-C--------AG------G-------------A----A-A---AA--T-AG---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAC---T-
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gi|43247                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-GA--A-GC---T--G-TT------C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------G----A-A---AA--T-GT---T-----C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--AT-TC-A----GA-C-ACT-T-A----AA--TAAC---T-atgtat
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gi|43253                      : AGA-A-C-G-----C-A-T-T-G---A-GC---T--G-T-------C--T-AG---T--A-C-----T-C--------GG------G-------------G----A-A---AA--A-AT---C---C-------G-TC----T--A---T--T-GGAA-C---T--G--A--T--A----GA-C-A-T--------AA--TAAC---T-GTATTAT
gi|43254                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-GA--A-GC---T--G--T--C---C--C-AG---T--ACC-----G-C--------GG------G-------------AG---A-A---AA--T-AT---T---C-CG--G-G-TC----T--AG--T--T-G--A-----T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-G-C----AA--TAAC---T-
gi|43255                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-TTG---A-GC---TT-G-TT--C---C--C-AA---T--AC-----------------GA------GTGA----------A----A-A---GA--T-AT---T---C-C---G-GCTC----T--A---T--T-G--A-C---TCGA--A--TC-A-----A-C-A-T-T-A----AA--TAAC---TGTTGTTATgtat
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gi|43257                      : AGA-A-C-G-TTG-C-A-T-T-G---A-GC---TT-GCTT--C---C--C-AG------ACC-----C-CCCCCTCGGGG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-T-----T--A------T-G--A-C---T--G--G---C-A----GA-C---T-T-G----AA--TAAC---T-T
gi|43258                      : AGA-A-C-G-T-GGC-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--A-C-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AAACT-AT---T---C-C-----G-TC----T--A---T--T-G--A--------G--AATCC-A----GA-C-A-T-T-A----AAT-TAAC---T-gtat
gi|43259                      : AGA-ATC-G-T-G-C-T-C-T-G---A--C---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACC----------------GA------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C-----G-TC-------A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-AC---GA-C-A-T-T-A----AA--TAAT---G-TT-TTATgtaata
gi|43260                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TC--C---C------------ACC-----C-CGA------GG------G-------------A----A-A---AA--T--T---T---CGC---G-G-TC----T--AT--T--T-G--A-C---T--G--A---C-A----GA-C-T-T-A-A----AA--TAAT---G-TT-TTAT
gi|43261                      : AGA-A---G-T-G-C-A-C-T-GTGGA-GC---T--GGTT--C---C--C-AAA--T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AG--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--AGG-T--T-GA-A-C---T--G--A--TCAA----GA-C-A-T-T-A----AA--TAACTGAT-TTATTA
gi|43262                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---CTAG-TT--CCCAC--C-AG---T--ACTCGTCGT-C--------GG------A-------------AC---A-ACTTAA--T-AT---T---C-C---GCG-TC----TTAG---T--T-G--A-A---C--AATA--TC-A----GA-C-A-TAT-A----AT--CAAC---T-
gi|43263                      : AGA-A-C-GGT-G-CCA-T-CCG---A-GC---T--G-TT--C---C----AA---T--ACC-----G-A--------GG------A-------------A----A-A---AA--T-GT---TT--C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G----C---T--G--G--TC-A-----A-C-A-T-T------TA--TAAC---T-GTTTTATgtat
gi|43264                      : AGA-A-C-G---G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TG--CAC-C--C-AA---TTAACC-----G-A--------GG------AGGT----------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C-----G-TCTT--T--A---T--T-G--A-C---TG-G--A--TC-AAAGCGA-G-A-T-T-G----AG--AAAC---T-GTTTTA
gi|43265                      :  GA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------GAA-----------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--AT-TC-A----GA-C-A-T-TAA----AA--TAAC---T-
gi|43266                      :  GA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GT---T--G-TT--C---C--C-TG---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-GT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-T---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAC---T-GTTTTATgtataat
gi|43267                      :  GA-A-C-G-T-G-C-G-T-T-G---A-GC---T--G-TT--T---C--C-AA---T--ACC-----T-A--------GG------G-------------A----A-C---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---A--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAT---T-GTTTTAT
gi|43268                      :  GA-A-CAG-T-G---A-T-T-G---A-GC---T--G-TT------C--C-AA---T--ACC-----TGA--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GAGC-A-T-T-A----AA--TAAC---T-
gi|43269                      :  GA-A-CAG-T-G---A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---CG-C-A----T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G-----TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAC---T-gtttt
gi|43270                      :  GA-A-C-A-T-T-T-A-T-T-G---ATACCCTT--G-TT--C---CG-CGAA---T--ACG-----T-CAT------GA------G-------------A----A-A---AA--A-AT---TTTTC-C---G-G-TC----T--A---TATT-G--A-C---T--G--A--TC-A----GATT-A-C-T-ACC--AA--TAAT---T-GTATTgtttt
gi|43271                      :   A-A-C-G-T-T-T-G-T-T-A---T-GA---T--G-TT--C---C--C-AG---C--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----T-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--T---T--T-G--A-C---T--G--G--TC-A----GA-G-A-T-T-A----AA--TAAC---T-
gi|43272                      :   A-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AGAGAT--AC--------C--------GA------G-------------G----A-C---AA--T-AT---T---C-C---GTG-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A-----A-C-A-T-T------AA--TAAC---T-gtat
gi|43273                      :   A-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-G----T--G-T---C---C--C-A----T--ACC-------C--------AG------G-------------A----A-A---A---T-AT-------C-C---G-G-TC----T--A---TA-T-G--A-C---T--G--A--TC-A----TA-C-A-T-T-A----AA--TAAC---T-gtataat
gi|43274                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-T----AA--TAAC---T-gaatattat
gi|43275                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--AAT-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAC---T-GTTTTATgtataat
gi|43276                      :    -A-C-G-TAG-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT------C--C-AA---T--ACCG----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--C---T--T-G--A-C---T--G--A--TC------GA-C-A-T-TAA----AA--TAA
gi|43277                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--CG--C--C-AGA--T--ACT-----C-C--------GG------GAAAAAAAAAAAAAA----A-A---AA--T-AT---T---T-CGGGG-G-TCTCTAT--A---T--T-G--G-CA--T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAtggtttat
gi|43278                      :      -C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-GT---T---C-T---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAC---T-GTTTTATactgtaata
gi|43279                      :      -C-G-T-G-C-A-TGT-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACG-------A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-ATGGTC---C-C---G-G-TC----T--AA--T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----TA--TAAC---T-
gi|43280                      :        -G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---A---T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--C--TC-A----GATC-A-T-T-A----AA--TAAC---T-GTTTTATgtttt
gi|43281                      :              -C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TC--C---C--C-AG---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------G----A-A---AC--A-GT---T---T-C---G-G-TC----T--T---T--T-T--A-C---T--A--A--TC-A----GC-C-A-T-G-A----AA--TAAC---TATTG
gi|43282                      :                -A-T-T-G---A-GC---T--G-TTA-T---T--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-T---G-G-TC----T--A------T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A---T-A----AA--atta
gi|43283                      :                  -T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---A--C-AG---T--AC------T-G--------AG------G-------------T----A-A---AA--T-GT---C---C-C---A-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--C--GT-A----GA-C-A-T-T-A----AA--CAAT---T-
gi|43284                      :                    -T-G---A-AC---T--G-TT--C---C--C-A----T--ACT-----C-T--------AG------G-------------A----A-G---AA--T-GT---T---CTC---G-G-TC----T--ATATT--T-G--A-C---T--G--G--AT-A----GA-T-A-TGT-A----AA--TAAC---T-attctattat
gi|43285                      :                      -G---A-GCA--T--G-TT--C---C----AG---T--ATT-----T-C--------AG------G-------------ACGGGA-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-CT--T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AAATTAAC---T-ggatatatta
gi|43286                      :                                                   -AG---T--ACC-----T-C--------GG------GG------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-T---G-G-TC----T--A---T--G-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-------T-A----AA--TAgtataat
gi|43287                      :                                                      ---T--ACC-----T-A--------AG------G-------------A----A-A---AA--T-ATA--T---C-C---G-G-TT----T--A---T--T-G--A-C---C--T--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AAC-TAAC---T-
gi|43288                      :                                                                                                             ---AA--T-AA---T---C-C---G-G-CC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAC---T-gtat
gi|43289                      :                                                                                                                            ---C-C---G-G-GC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAC---T-GTTTTATgtat
gi|43290                      :                                                                                                                                        -TC----T--A---T--T-G--A-C---T--T--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAC---T-





Alignments
lowQualScore                  :                                                               1111111111111111                                                                                                                                            
lowQualScore                  :    0 0 2 333 1 1 0 0 2 333 0  222 22 2  11 444 33 0  222 00   4444444444444444  222222 7777777777777 2222 0 111  00 2  111 222 2 111 1 0  2222 00 444 11 1 22 0 222 22 11 22  0 2222  2 0 0 1 1 3333  22 0  1 111    1    
lowQualScore                  :    . . . ... . . . . . ... .  ... .. .  .. ... .. .  ... ..   ................  ...... ............. .... . ...  .. .  ... ... . ... . .  .... .. ... .. . .. . ... .. .. ..  . ....  . . . . . ....  .. .  . ...    .    
lowQualScore                  :    8 8 4 000 5 5 7 7 9 444 7  000 44 1  77 222 44 7  666 99   3333333333333333  777777 8888888888888 8888 7 999  99 0  999 555 0 888 3 7  3333 99 000 66 3 55 7 555 99 66 22  7 0000  6 7 7 3 3 0000  22 7  4 222    3    
consensus                     : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTAT
Reference ( family-332 )      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTAT
gi|43230                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---T
gi|43231                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---C---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GACC-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-ttgtcat
gi|43232                      : AGA-A-C-A-----C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---T--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTa
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gi|43237                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-GT---T---T-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-A---TGTT-TTAT
gi|43238                      : AGA-A-C-A-----C-A-T-T-G---A-GC---G--G-TT--C---C--C-GG---T--ACC-----T-C--------AG------G-------------A----A-A---AA--T-AG---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGT
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gi|43241                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACC-----A-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT-------C-C---G-G-TC----C--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTATat
gi|43242                      : AGA-A-C-A-----C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--T-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-T---T-A-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--
gi|43243                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT------C--C-AG---T--ACCG----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C-----G-TC----T--A---T--T-G--A-CTGAT--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGT
gi|43244                      : AGA-A-C-G-T-G-A-A-T-TTG---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AT---T--ACC-----T-C--------GA------G-------------A----A-A---AA--T------T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTATataat
gi|43245                      : AGA-A-C-G-T-A-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TTTTC---C--C-AG---T---CC-----T-C--------TG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---T-G-TC----T--A---T--T-G--A-T---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGT
gi|43246                      : AGA-A-C-A-----C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--T---T--T-T--A-C---T--G--A--TC-A----GC-C-A-T-T-A----AA--T-AA-A---TGTat
gi|43247                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-GA--A-GC---T--G-TT------C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------G----A-A---AA--T-GT---T-----C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--AT-TC-A----GA-C-ACT-T-A----AA--T-AA-C---TGTat
gi|43248                      : AGA-A-C-G-T-GGC-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T---CC-----G-A--------GG------G-------------A----T-A---AG--T-AT---T---CGC---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A-----A-C-A-T-T-A----A-----AA-C---TGTT-TTATataat
gi|43249                      : AGA-A-A-G-T-G-C-A-T-T-T---G-AC---T--G-TT--C---C-----A---T--ACC-----G-G--------GGT-----G-------------A----T-A---AC--C-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--TCG--AGC---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-------A--T-AA-C---TGTT-TT
gi|43250                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-GG--A-GC------G-TT--CTGTC--C-CG---T--ACG-----T-CTTCCG---GG------G-------------G----A-A---AA--T-GT---TT--C-C---G-G-TC-------A---T--T-G--A-C---T--GA-A--TC-A----GA-
gi|43251                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-TCG---A-GC---T--G-T-------C--T-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-G---C-G-TC----T--A---T--TGG--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-AC---AA--T-AA-CGTATGTA-TTA
gi|43252                      : AGA-A-C-G-T-G-CCA-T-T-G---A-GC---T--GCTT--C---C--T-CA---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-GGAA-C---T--G--A--T--A----GA-C-A-C-T-A----AT--A-AA-C---TGTA-TTA
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gi|43254                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-GA--A-GC---T--G--T--C---C--C-AG---T--ACC-----G-C--------GG------G-------------AG---A-A---AA--T-AT---T---C-CG--G-G-TC----T--AG--T--T-G--A-----T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-G-C----AA--T-AA-C---TGT
gi|43255                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-TTG---A-GC---TT-G-TT--C---C--C-AA---T--AC-----------------GA------GTGA----------A----A-A---GA--T-AT---T---C-C---G-GCTC----T--A---T--T-G--A-C---TCGA--A--TC-A-----A-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTTGTTATat
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gi|43257                      : AGA-A-C-G-TTG-C-A-T-T-G---A-GC---TT-GCTT--C---C--C-AG------ACC-----C-CCCCCTCGGGG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-T-----T--A------T-G--A-C---T--G--G---C-A----GA-C---T-T-G----AA--T-AA-C---T
gi|43258                      : AGA-A-C-G-T-GGC-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--A-C-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AAACT-AT---T---C-C-----G-TC----T--A---T--T-G--A--------G--AATCC-A----GA-C-A-T-T-A----AAT-T-AA-C---TGTtgtat
gi|43259                      : AGA-ATC-G-T-G-C-T-C-T-G---A--C---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACC----------------GA------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C-----G-TC-------A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-AC---GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-----TGTT-TTATaata
gi|43260                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TC--C---C------------ACC-----C-CGA------GG------G-------------A----A-A---AA--T--T---T---CGC---G-G-TC----T--AT--T--T-G--A-C---T--G--A---C-A----GA-C-T-T-A-A----AA--T-AA-----TGTT-TTAT
gi|43261                      : AGA-A---G-T-G-C-A-C-T-GTGGA-GC---T--GGTT--C---C--C-AAA--T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AG--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--AGG-T--T-GA-A-C---T--G--A--TCAA----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGAT-TTAT
gi|43262                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---CTAG-TT--CCCAC--C-AG---T--ACTCGTCGT-C--------GG------A-------------AC---A-ACTTAA--T-AT---T---C-C---GCG-TC----TTAG---T--T-G--A-A---C--AATA--TC-A----GA-C-A-TAT-A----AT--C-AA-C---TGTta
gi|43263                      : AGA-A-C-GGT-G-CCA-T-CCG---A-GC---T--G-TT--C---C----AA---T--ACC-----G-A--------GG------A-------------A----A-A---AA--T-GT---TT--C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G----C---T--G--G--TC-A-----A-C-A-T-T-T----A---T-AA-C---TGTT-TTATat
gi|43264                      : AGA-A-C-G---G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TG--CAC-C--C-AA---TTAACC-----G-A--------GG------AGGT----------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C-----G-TCTT--T--A---T--T-G--A-C---TG-G--A--TC-AAAGCGA-G-A-T-T-G----AG--A-AA-C---TGTT-TTA
gi|43265                      :  GA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------GAA-----------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--AT-TC-A----GA-C-A-T-TAA----AA--T-AA-C---TGT
gi|43266                      :  GA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GT---T--G-TT--C---C--C-TG---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-GT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-T---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTATataat
gi|43267                      :  GA-A-C-G-T-G-C-G-T-T-G---A-GC---T--G-TT--T---C--C-AA---T--ACC-----T-A--------GG------G-------------A----A-C---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---A--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-T---TGTT-TTAT
gi|43268                      :  GA-A-CAG-T-G---A-T-T-G---A-GC---T--G-TT------C--C-AA---T--ACC-----TGA--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GAGC-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TT
gi|43269                      :  GA-A-CAG-T-G---A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---CG-C-A----T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G-----TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TT
gi|43270                      :  GA-A-C-A-T-T-T-A-T-T-G---ATACCCTT--G-TT--C---CG-CGAA---T--ACG-----T-CAT------GA------G-------------A----A-A---AA--A-AT---TTTTC-C---G-G-TC----T--A---TATT-G--A-C---T--G--A--TC-A----GATT-A-C-T-ACC--AA--T-AA-T---TGTA-TT
gi|43271                      :   A-A-C-G-T-T-T-G-T-T-A---T-GA---T--G-TT--C---C--C-AG---C--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----T-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--T---T--T-G--A-C---T--G--G--TC-A----GA-G-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGT
gi|43272                      :   A-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AGAGAT--AC--------C--------GA------G-------------G----A-C---AA--T-AT---T---C-C---GTG-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A-----A-C-A-T-T------AA--T-AA-C---TGTat
gi|43273                      :   A-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-G----T--G-T---C---C--C-A----T--ACC-------C--------AG------G-------------A----A-A---A---T-AT-------C-C---G-G-TC----T--A---TA-T-G--A-C---T--G--A--TC-A----TA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGataat
gi|43274                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-T----AA--T-AA-C---TGTaatattat
gi|43275                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--AAT-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTATataat
gi|43276                      :    -A-C-G-TAG-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT------C--C-AA---T--ACCG----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--C---T--T-G--A-C---T--G--A--TC------GA-C-A-T-TAA----AA--T-AA-----TGGT-TTAT
gi|43277                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--CG--C--C-AGA--T--ACT-----C-C--------GG------GAAAAAAAAAAAAAA----A-A---AA--T-AT---T---T-CGGGG-G-TCTCTAT--A---T--T-G--G-CA--T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAA-C---TGT
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Alignments
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Reference ( family-332 )      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTAT
gi|43230                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---T
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gi|43254                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-GA--A-GC---T--G--T--C---C--C-AG---T--ACC-----G-C--------GG------G-------------AG---A-A---AA--T-AT---T---C-CG--G-G-TC----T--AG--T--T-G--A-----T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-G-C----AA--T-AA-C---TGT
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gi|43257                      : AGA-A-C-G-TTG-C-A-T-T-G---A-GC---TT-GCTT--C---C--C-AG------ACC-----C-CCCCCTCGGGG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-T-----T--A------T-G--A-C---T--G--G---C-A----GA-C---T-T-G----AA--T-AA-C---T
gi|43258                      : AGA-A-C-G-T-GGC-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--A-C-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AAACT-AT---T---C-C-----G-TC----T--A---T--T-G--A--------G--AATCC-A----GA-C-A-T-T-A----AAT-T-AA-C---TGTtgtat
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gi|43274                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-T----AA--T-AA-C---TGTaatattat
gi|43275                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--AAT-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTATataat
gi|43276                      :    -A-C-G-TAG-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT------C--C-AA---T--ACCG----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--C---T--T-G--A-C---T--G--A--TC------GA-C-A-T-TAA----AA--T-AA-----TGGT-TTAT
gi|43277                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--CG--C--C-AGA--T--ACT-----C-C--------GG------GAAAAAAAAAAAAAA----A-A---AA--T-AT---T---T-CGGGG-G-TCTCTAT--A---T--T-G--G-CA--T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAA-C---TGT
gi|43278                      :      -C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-GT---T---C-T---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTATaata
gi|43279                      :      -C-G-T-G-C-A-TGT-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACG-------A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-ATGGTC---C-C---G-G-TC----T--AA--T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----TA--T-AA-C---TGTT-TT
gi|43280                      :        -G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---A---T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--C--TC-A----GATC-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTAT
gi|43281                      :              -C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TC--C---C--C-AG---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------G----A-A---AC--A-GT---T---T-C---G-G-TC----T--T---T--T-T--A-C---T--A--A--TC-A----GC-C-A-T-G-A----AA--T-AA-C---TATT-GTAT
gi|43282                      :                -A-T-T-G---A-GC---T--G-TTA-T---T--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-T---G-G-TC----T--A------T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A---T-A----AA--ta
gi|43283                      :                  -T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---A--C-AG---T--AC------T-G--------AG------G-------------T----A-A---AA--T-GT---C---C-C---A-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--C--GT-A----GA-C-A-T-T-A----AA--C-AA-T---TATT-CTAT
gi|43284                      :                    -T-G---A-AC---T--G-TT--C---C--C-A----T--ACT-----C-T--------AG------G-------------A----A-G---AA--T-GT---T---CTC---G-G-TC----T--ATATT--T-G--A-C---T--G--G--AT-A----GA-T-A-TGT-A----AA--T-AA-C---TGtat
gi|43285                      :                      -G---A-GCA--T--G-TT--C---C----AG---T--ATT-----T-C--------AG------G-------------ACGGGA-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-CT--T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AAATT-AA-C---TGTgatatatta
gi|43286                      :                                                   -AG---T--ACC-----T-C--------GG------GG------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-T---G-G-TC----T--A---T--G-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-------T-A----AA--T-Aataat
gi|43287                      :                                                      ---T--ACC-----T-A--------AG------G-------------A----A-A---AA--T-ATA--T---C-C---G-G-TT----T--A---T--T-G--A-C---C--T--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AAC-T-AA-C---TGT
gi|43288                      :                                                                                                             ---AA--T-AA---T---C-C---G-G-CC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTat
gi|43289                      :                                                                                                                            ---C-C---G-G-GC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTATat
gi|43290                      :                                                                                                                                        -TC----T--A---T--T-G--A-C---T--T--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGT


blockSeqs                     :        C TT  G C     T TGG    CCT TA C  TT TGT TT    AGA      CCCCCCTCGG        AGGGAC AAAAAAAAAAAAA CGGG   CTT     T  GGT TTT G GGG C    TCTA    TAT AT C GA   TGA CG AT AT    AAGC  C     A A AGTT  AT    T GTA    G
blockSeqs                     :        A GT  G C     C A      A   T  C  A  CCA TT    A        TCTTCCG           T      TGA           G      C       T  A   T   G G   T    TT      GG  A  G GA   A   G  A  T     C     G     G A CC    T     T .      .
blockSeqs                     :        A TA  . .     T G      .   T  G  .  AC  G     A        CGTCGTC           .      GGT           C      .       G  .   T   T .   .    .       G   .  . A    T   G  .  T     .     T     . . C     C     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     C A      .   .  .  .  G   G     .        CCGA              .      AA            .      .       .  .   .   . .   .    .       T   .  . .    .   G  .  .     .     T     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TCAT              .      G             .      .       .  .   .   . .   .    .       A   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GTC               .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TGA               .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GGA               .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        AA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GG                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .      .
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . T   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . .   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . .   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        CC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . .   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . .   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . .   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        GA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . .   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . .   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TG                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . .   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        CT                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . .   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :        . .   . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TC                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :              . .     . .      .   .  .  .  .   .     .        TA                .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :                .     . .      .   .  .  .  .   .     .        C                 .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :                      . .      .   .  .  .  .   .     .        C                 .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :                      . .      .   .  .  .  .   .     .        C                 .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :                      . .      .   .  .  .  .   .     .        A                 .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :                                                      .        .                 .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .     . .       
blockSeqs                     :                                                      .        .                 .      .             .      .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .               
blockSeqs                     :                                                                                                             .       .  .   .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .               
blockSeqs                     :                                                                                                                            .   . .   .    .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .     . . .     .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                           .       .   .  . .    .   .  .  .     .     .                               


blockSeqCons                  : 
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finalCons                     : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTAT





Alignments
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lowQualScore                  :    . . . ... . . . . . ... .  ... .. .  .. ... .. .  ... ..   ................  ...... ............. .... . ...  .. .  ... ... . ... . .  .... .. ... .. . .. . ... .. .. ..  . ....  . . . . . ....  .. .  . ...    .    
lowQualScore                  :    8 8 4 000 5 5 7 7 9 444 7  000 44 1  77 222 44 7  666 99   3333333333333333  777777 8888888888888 8888 7 999  99 0  999 555 0 888 3 7  3333 99 000 66 3 55 7 555 99 66 22  7 0000  6 7 7 3 3 0000  22 7  4 222    3    
consensus                     : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTAT
Reference ( family-332 )      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTAT
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gi|43253                      : AGA-A-C-G-----C-A-T-T-G---A-GC---T--G-T-------C--T-AG---T--A-C-----T-C--------GG------G-------------G----A-A---AA--A-AT---C---C-------G-TC----T--A---T--T-GGAA-C---T--G--A--T--A----GA-C-A-T--------AA--T-AA-C---TGTA-TTAT
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gi|43255                      : AGA-A-C-G-T-G-C-A-T-TTG---A-GC---TT-G-TT--C---C--C-AA---T--AC-----------------GA------GTGA----------A----A-A---GA--T-AT---T---C-C---G-GCTC----T--A---T--T-G--A-C---TCGA--A--TC-A-----A-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTTGTTATat
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gi|43272                      :   A-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AGAGAT--AC--------C--------GA------G-------------G----A-C---AA--T-AT---T---C-C---GTG-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A-----A-C-A-T-T------AA--T-AA-C---TGTat
gi|43273                      :   A-A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-G----T--G-T---C---C--C-A----T--ACC-------C--------AG------G-------------A----A-A---A---T-AT-------C-C---G-G-TC----T--A---TA-T-G--A-C---T--G--A--TC-A----TA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGataat
gi|43274                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-T----AA--T-AA-C---TGTaatattat
gi|43275                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--AAT-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTATataat
gi|43276                      :    -A-C-G-TAG-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT------C--C-AA---T--ACCG----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--C---T--T-G--A-C---T--G--A--TC------GA-C-A-T-TAA----AA--T-AA-----TGGT-TTAT
gi|43277                      :    -A-C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--CG--C--C-AGA--T--ACT-----C-C--------GG------GAAAAAAAAAAAAAA----A-A---AA--T-AT---T---T-CGGGG-G-TCTCTAT--A---T--T-G--G-CA--T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--TAAA-C---TGT
gi|43278                      :      -C-G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AG---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-GT---T---C-T---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTATaata
gi|43279                      :      -C-G-T-G-C-A-TGT-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACG-------A--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-ATGGTC---C-C---G-G-TC----T--AA--T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----TA--T-AA-C---TGTT-TT
gi|43280                      :        -G-T-G-C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---C--C-AA---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------A----A-A---A---T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--C--TC-A----GATC-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTAT
gi|43281                      :              -C-A-T-T-G---A-GC---T--G-TC--C---C--C-AG---T--ACC-----G-A--------GG------G-------------G----A-A---AC--A-GT---T---T-C---G-G-TC----T--T---T--T-T--A-C---T--A--A--TC-A----GC-C-A-T-G-A----AA--T-AA-C---TATT-GTAT
gi|43282                      :                -A-T-T-G---A-GC---T--G-TTA-T---T--C-AG---T--ACC-----T-C--------GG------G-------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-T---G-G-TC----T--A------T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A---T-A----AA--ta
gi|43283                      :                  -T-T-G---A-GC---T--G-TT--C---A--C-AG---T--AC------T-G--------AG------G-------------T----A-A---AA--T-GT---C---C-C---A-G-TC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--C--GT-A----GA-C-A-T-T-A----AA--C-AA-T---TATT-CTAT
gi|43284                      :                    -T-G---A-AC---T--G-TT--C---C--C-A----T--ACT-----C-T--------AG------G-------------A----A-G---AA--T-GT---T---CTC---G-G-TC----T--ATATT--T-G--A-C---T--G--G--AT-A----GA-T-A-TGT-A----AA--T-AA-C---TGtat
gi|43285                      :                      -G---A-GCA--T--G-TT--C---C----AG---T--ATT-----T-C--------AG------G-------------ACGGGA-A---AA--T-AT---T---C-C---G-G-TC----T--A---T--T-G--A-CT--T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AAATT-AA-C---TGTgatatatta
gi|43286                      :                                                   -AG---T--ACC-----T-C--------GG------GG------------A----A-A---AA--T-AT---T---C-T---G-G-TC----T--A---T--G-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-------T-A----AA--T-Aataat
gi|43287                      :                                                      ---T--ACC-----T-A--------AG------G-------------A----A-A---AA--T-ATA--T---C-C---G-G-TT----T--A---T--T-G--A-C---C--T--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AAC-T-AA-C---TGT
gi|43288                      :                                                                                                             ---AA--T-AA---T---C-C---G-G-CC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTat
gi|43289                      :                                                                                                                            ---C-C---G-G-GC----T--A---T--T-G--A-C---T--G--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGTT-TTATat
gi|43290                      :                                                                                                                                        -TC----T--A---T--T-G--A-C---T--T--A--TC-A----GA-C-A-T-T-A----AA--T-AA-C---TGT