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lowQualScore                  :            . .. ... ...  .  ..   . . . .. ....   . . ...     ..  ...... . .. .  .  ..... ..  ..  ..... . .. .  ............ ...    .. ...... .. ....     . . ... ......... . ...   . . . . .. .......  ... ..... .... .  . ......   .  .....  .  ........  ....    .  .     .   
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consensus                     :   AACTAGAAA-A--A---A-T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----G-C--C-AT-----------TA---AATA--T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----TT---T-----A----G-GC-A-N----TAA-TC-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTTGACC
Reference ( gi|46532 )        :   AACTAGAAA-A--A---A-T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAGAG--GG-A----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----G-C--C-AT-----------GA---AATA--T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----TT---T-----A----G-GC-A-T----TAA-TC-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGGTCTTTTACC
gi|46531                      :   AACTAGAAA-A--A---A-T-GT-GA--TGT-G-G-C-AA----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----G--TT--AA-----C-C--C-AT-----------TA---AATA--T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----TT---T-----A----G-GC-A-T----TAA-TC-----AA-TA-------TTG----ACTC-AGATCTTTGACC
gi|46540                      :   AACTAGAAA-A--A---A-T-GT-GA--TAT-G-G-C-CA-----AT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TGAGTTGG--TT--GA-----G-C--CCAT-----------GA---AATA--T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--TTA-----TT---T-----A----G-GC-A-T----TAA-TC-----AA-TA-------ATG----ACTC-TGATCTTTGACC
gi|46535                      :   AACTAGAAA-A--A---A-T-GT-GA--TGT-G-G-C-AA----CAT-C-A---CAGAG--GG-T----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----G-T--C-AT-----------TA---AATA--T-----GT--T----CCATT-T-A---A---------T-T---CGC-A-A-A-A--C-A-----TT---T-----A----G-GC-A-T----TAT-TC-----AA-TA-------TTG----ATTC-TGATCTATGACC
gi|46541                      :   AACTAGAAA-A--A---AAT-GT-GA--TTT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----G-C--C-AT-----------GA---A-TA--T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----TT---T-----A----A-GC-A-T----TAA-TC-----AA-TA-------TTG----ACT
gi|46536                      :   AACTAGAAA-AAAA---A-T-GT-GA--TGT-G-G-C-AA----CAT-T-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----C-C--C-AT-----------AA---AATA--T-----GT--T----CCATC-A-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----TT---T-----A----G-GC-A-----------C-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTTAACC
gi|46539                      :   AACTAGAAA-A--A---A-T-GT-GA--TGT-A-G-C-AA----TAT-C-A---CAGAA--GG-C----C-C--T-GC-TG-----G--TA--CA-----G-C--C-AT-----------TA---AATA--T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----TT---T-----A----G-GC-A-T----TAA-TC-----AA-TATTTATTTTTT----ACTC-TGATCTTTGAC
gi|46533                      :   AACTAGAAA-A--A---A-A-GT-GA--TGT-G-G-C-AA----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----G-T--T-AT-----------CA---AATG--T-----CT--T----CTATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----TT---T-----A----A-GT-A-A----TAA-TC-----AA-TA-------TTG----A--C-TGATCTTTGACC
gi|46538                      :   AACTAGAAA-A--A---A-A-GT-AA--TGT-G-G-C-AA----CAC-C-A---CAAAG--GG-C----C-C--C-AC-TG-----G--TT--GA-----G-T--T-AT-----------CA---AATA--T-----CT--T----CTATA-T-T---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----TT---T-----A----G-GC-A-A----TAA-TC-----AA-TA-------TTG----ACTC-CGATCTTTGAC
gi|46543                      :   AACTAGAAA-A--A-------GT-GA--TGT-G-G-C-AA----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--T-GC-TG-----G--TT--GA-----G-T--T-AA-----------TA---CATG--T-----CT--T----CTATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-T-----TT---T-----A----G-G-----------A-TC-----AA-TA-------GTG----ACTT-TGATCTTTGACCaat
gi|46542                      :   AACTTGAAA-A--A---A-A-GT-GA--TGT-G-G-C-AA----CAT-T-A---CAGAG--AG-T----A-C--C-AC-TG-----G--TT--GA-----G-C--C-AT-----------TG---AATA--T-----CT--T----CTATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----TT---T-----A----G-GCAA-TAAAATAA-AA-----AA-TA-------GCA----ACTT-TGATCTTTGACC
gi|46544                      :   AACTAGAAA-A--C---A---GT-GA--TGT-G-A-C-AA----CGT-C-A---CAGAG--GA-C----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----G-T--T-AT-----------TA---AATG--T-----CT--T----CTATC-T-A---A---------A-T---CAC-A-A-A-C--T-A-----TT---T-----G----G-AC-G-A----TAA-TA-----TT-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT
gi|46546                      :   AAATAGAAA-A--A---A---GT-AA--TGT-G-G-C-AA----CAT-C-A---CAGAG--GG-T----C-C--C-GA-TC-----G--TT--GA-----G-A--T-AT-----------TA---AATA--T-----CT--TAGAACTATC-T-A---A---------T-T---CAC-G-A-A-A--T-A-----TT---TC----AAATTG-GC-T-A----TAA-TC-----AA-TA-------GTG----ACTC-TCATCTTTGACga
gi|46534                      :   AACTAGAAA-A--A---A-AAGT-GA--TGT-G-G-C-AA----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----GC-TT--GG-----A-T--T-AT-----------CA---AATG--T-----CT--C----TAATC-T-A---A---------T-T---CAC---A-A-A--T-A-----TT---T-----A----ATGT-A-A----TAA-TC-----CA-TA-------TTG----ACT
gi|46545                      :   AAATAAAAA-A--A---A-A-GT-GA--TGT-C-G-C-AA----CAT-C-A---CAGAG--GA-C----C-C--C-AC-TA-----G--TT--GA-----G-C--C-AT-----------TA---AATA--T-----CT----------TC-T-A---A---------T-T---CACAA-A-A-A--T-A-----TT---T-----AG---G-GC-A------TAA-TCAAAATAA-TA-------TTG----AC-C-TGgactttggacccttgacaat
gi|46547                      :   AACTAGAAA-A--A---A-A-GT-GG--TGT-G-G-C-AA----CAT-C-A---CAAAG--GG-C----G-T--T-GC-TG-----G--TC--GT-----G-T--T-AT-----------TA---AATG--T-----CT--T----CTATC-G-A---A-----------T---CAC-A-A-T-T--T-T-----TT---TA----A----G-GT-A-A----TAA-TC-----AA-TA-------GTG----ACTT-TGGTCT
gi|46549                      :   AACAAGCAA-A--A---G-T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-T--C-GC-TG-----G--TT--GA-----G-C--C-ATTAATAGGAGTAGA---AGTAG-T-----GA--T----CC-TC-T-G---ATATATCACGT-T---CGC-A-A-G-A--T-AATTCTTT---T-----A----A-GA-A-G----TAG-TC-----AA-TA-------ATG----ACCT-TGACCTTTgtgac
gi|46551                      :   AAGTAGAAA-A--A---A-T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----G-C--C-AT-----------TA---Agatca
gi|46550                      :   AACTAGAAA-A--C---A-T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----C-C--C-AT-----------TA---A
gi|46553                      :   AACTAGAGA-A--A-----T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----G-C--T-AT-----------TA---Atagtagtagacggtttagtgatcctctgatgattgaccttgcttatatcacgttcgcaagataattcttttaagaaatagtcaataatgaccttgacctttgatca
gi|46555                      :   AACTAGAAA-A--A---A-T-AA-GA--TGT-G-G-C-CA----TAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----G-C--C-tagtagtagaaggtttagtgatcctctgatgattgaccttgcttatatcacgttcgcaagataattcttttaagaaatagtcaataaggacctagacctttgacca
gi|46554                      :   AACTAGAAA-A--A---A-T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GA-TG-----G--AT--GA-----T-C--C-AT-----------TA---A
gi|46548                      :   AACTAGAAA-A--A---A-A-G--GG--TGTTG-G-C-AA----TAT-C-A---CAAAG--GG-C----G-T--T-GC-TG-----G--TC--GT-----G-T--T-AT-----------TA---A-TG--T-----CT--T----CTATC-G-A---A---------T-----CAC-A-A-T-T--T-------TT---T-----A----A-GT-A-A----TAA-TC-----AA-TA-------GTG----ACTT-TGGTCTT
gi|46552                      :   AACTAGAAA-AAAA---A-T-GT-GA--AGT-G-G-C-AA----CAT-T-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----G--CT--GA-----G-C--C-AT-----------TA---Agac
gi|46557                      :   AACTAGAAA-A--AAAAA-T-GC-GA--TGTGG-G-C-CA----CAT-C-AG--CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----GGTTT--GA-----A-C--C-
gi|46556                      :   AACTAGGAA-A--A---A-A-GT-GA--TGT-G-G-C-AC----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----T-G--C-AC-TG-----G--TG--GA-----G-T--T-AC-----------TA---AAcatttaatagtt
gi|46559                      :   AACTAGAAA-A--A---A---GT-GA--TGC-A-G-T-GC----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-G--T-GC-TG-----G--TC--GA-----G-T--T-AT-----------
gi|46558                      :   AACTAGAAA-A--A---A-A-GT-GA--TGT-G-A-T-AA----CA--C-A---TGGAG--GG-C----CGC--C-GC-TG-----G---T--GA-------C--C-AT-----------------ATA--T-----GT--taga
gi|46561                      :   AACTAGAGACA--A---G-A-GT-GA--TGT-G-G-C-C-------T-C-AAATCAGAG--GG-G----C-C--C-GCTTG-----G--TT--GA-------C--C-AT-----------
gi|46560                      :   AACTAGATA-C--A---A---GT-GA--TGT-G-G-A-AC----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----T-C--C-GC-TG-----G--CC--AA-----G-tga
gi|46562                      :    ACTAGAAA-A--A---A-T-GT-GA--TGT-G-G-C-AA----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----T-C--C-AC-TG-----G--TT--GACCCTCA-C--C-AT-----------TA---AA-A--T-----GT--T----CCATC-T-AGTAA---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----TT---T-----A----G-GC-A-T----TAA-TC-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTTttactcataaacttagaaccaactaattta
gi|46563                      :    ACTAGAAA-A--A---G---GT-GA--TGT-G-G-C-AA----CAT-C-A---CAGAG--GGCG----C-C--CTGC-TG-----G--TTG-GA-----G-T--T-AT-----------CA---AACA--T-----CT--T----CTATC-T-----A---------T-T---CAC-ggacc
gi|46564                      :    ACTAGAAA-A--A---A-T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-------CAGAA--GG-T----C-C--C-GC-TG-----G--TT--TA-----C-A--C-ATTTA--------AA---AATA--T-----TT--T----CCATA-T-A---A---------
gi|46566                      :     CTAGAAA-A--A---A-T-GT-AA--TGT-G-G-C-CA----GAT-C-A---CAGAGCCAG-AGTGCC-C--C-GC-TG-----T--TT--GA-----G-C--C-AT-----------TA---AATA--T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAA-A-A-A-A--T-A-----TT---T-----A----G-GC-A-T----TAA-TC-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTTGACC
gi|46565                      :     CTAGAAA-A--A---A-A-GT-GA--TGT-G-G-C-AA----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----C-C--C-AT-----------TA---AATA--T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----TTTACT-----A----G-GC-A-A----TAA-TC-----AA-TA-------TT
gi|46567                      :      TAGAAA-A--A---A-A-GT-GA------------------CAT-C-A---CCGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----G-C--C-AT-----------TA---AATA--TCTTAACT--T----CTATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-AT----TT---T-----A----G-GCAA-TA---TAA-TC-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTTGACCattatacctttactgatttttcactat
gi|46568                      :      TAGAAA-A--A---AAT-GT-GA--T-T-G-G-C--A----CAT-C-----CAGAG--GA-C----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----G-C--C-AT-----------TATATAATA--T-----GT--T-----CATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A----A-----TT---T-----G----G-
gi|46569                      :      TAGAAA-AA-A---A-T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-CAA---CAGAG--GG-C----C-CCGC-GC-TG-----G--TT--GA-----G-C--CAAT-----------TA---AATA--
gi|46573                      :         AAA-A--A---A-A-GT-GA--TGT-C-G-C-AA----CAT-C-A---CAGAG--GA-C----C-C--C-AC-TA-----G--TT--GA-----G-C--C-AT-----------TA---AATA--T-----CT----------TC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----TT---T-----A----G-GC-A-A----TAA-TCAAT--AA-TA-------TTG----ACT
gi|46537                      :         AAG-A--A---A-TTGT-GA--TGT-G-G-G-CA----CAT---A---CAGAG--GG------C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----ACC--C-AT-----------AA---AATA--T-----GT--T-----CATC---A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T----------------------------A-T----TAG-CC-----AA-TA-------TTG-----CTC-TG
gi|46571                      : aacagaacAAA-A--A---A-G-GTCGACATGT-G-G-CACG----CAT-C-A---CAGAG--GG------C-C--C-GA-TG-----GC-TT--GA-----C-C--C-AT-----------TA---AATACTC-----GT--T----CCATC-TAA---A---------TGT---CAC-A-A-AGA--T-A-----TT---TACTCGA----G-GC-A-A----TAA-TC-----AAGTA-------TTC----ATTA-TAACCTTCTACaatttaacc
gi|46570                      :      agaAAA-A--A---A-G-GTCGACATGT-G-G-CACG----CAT-C-A---CAGAG--GG------C-C--C-GA-TG-----GC-TT--GA-----C-C--C-AT-----------TA---AATACTC-----GT--T----CCATC-TAA---A---------TGT---CAC-A-A-AGA--T-A-----TT---TACTCGA----G-GC-A-A----TAA-TC-----AAGTA-------TTC----ATTA-TAACCTTCTACtat
gi|46572                      :      agaAAA-A--A---A-T-GT-GA--TGT-G-G-CACA----CAT-C-A---CAGAG--GC-G----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----G-tat
gi|46576                      :      agaAAA-A--A---A---GT-GA--TGT-G-GCC-CACC--CAT-C-A----AGAG--GG------C-C--C-GC--G-----G--TT--GA-----C-C--C-AT-----------TC---AATA--
gi|46574                      :          AA-A--A---A-T-GT-GA--TGT-G-G-C-AA----CAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----C-T--T-AT-----------TA---AATA--T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----TT---T-----A----G-GC-A-T----TAA-TC-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTTGAC
gi|46577                      :          AA-A--A---A---GT-GA--TGT-G-G-C-AATTAACAT-C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----T--TT--GA-----G-C--C-AT-----------aat
gi|46531                      :                     -T-GT-GA--TGT-T-G-C-CA----CAT-C-A---CA
gi|46574                      :         aactagaaaaaa-T-GT-GA--TGT-T-G-C-CA----CAT-C-A---CAgagggccccgctggttaacccattaaatatgttccatctaattcacaaaatatttaggcattaatcaatattgactcagatctttgacc
gi|46535                      :                aaaaa-T-GT-GA--TGT-T-G-C-CA----CAT-C-A---CAgagggccccgctggttgacttattaaatatgttccatctaattcacaaaatatttaggcattaatcaatattgactctgatctttgacaat
gi|46541                      :         aactagaaaaaa-T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----AAT-C-A---CAgagggtcccgctggttgagtcattaaatatgttccatttaattcgcaaaacatttaggcattattcaatattgattctgatctatgacc
gi|46562                      :        aactagaaaaaaa-T-GT-GA--TGT-T-G-C-CA----CAT-C-A---CAgagggccccgctggttgagccatgaatatgttccatctaattcacaaaatatttaagcattaatcaatattgact
gi|46533                      :          actagaaaaaa-T-GT-GA--TGT-T-G-C-CA----CAT-C-A---Cgagggctccactggttgaccctcaccattaaaatgttccatctagtaattcacaaaatatttaggcattaatcaatattgactctgatctttggacc
gi|46565                      :        aactagaaaaaaa-T-GT-GA--TGT-T-G-C-CA----CAT-C-A---Cgagggccccgctggttgagttatcaaatgtcttctatctaattcacaaaatatttaagtaataatcaatattgactgatctttgacc
gi|46543                      :          ctagaaaaaaa-T-GT-GA--TGT-T-G-C-CA----CAT-C-A---Cgagggccccgctggttgacccattaaatatgttccatctaattcacaaaatatttactaggcaataatcaatattattatacctttactgatttttcactat
gi|46534                      :          aactagaaaaa-T-GT-GA--TGT-T-G-C-CA----CAT-C-A---Cgagggccctgctggttgagttaatacatgtcttctatctaattcacaaaatttttaggatcaatagtgactttgatctttgacc
gi|46549                      :       aactagaaaaaaaa-T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAgagggccccgctggcttggattatcaaatgtctctaatctaattcacaaatatttaatgtaataatccatattgactgactttggacccttgacaat
gi|46551                      :         aacaagcaaaag-T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAgagggcctcgctggttgagccattaataggagtagaagtagtgatcctctgatatatcacgttcgcaagataattcttttaagaagtagtcaataatgaccttgacctttgatca
gi|46550                      :         aagtagaaaaaa-T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAgagggccccgctggttgagccattaa
gi|46553                      :         aactagaaaaca-T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAgagggccccgctggttgacccattaatagtagtagacggtttagtgatcctctgatgattgaccttgcttatatcacgttcgcaagataattcttttaagaaatagtcaataatgaccttgacctttgatca
gi|46563                      :          aactagagaaa-T-GT-GA--TGT-T-G-C-CA----CAT-C-A---Cgagggccccgctggttgagctattaatagtagtagaaggtttagtgatcctctgatgattgaccttgcttatatcacgttcgcaagataattcttttaagaaatagtcaataaggacctagacctttgacca
gi|46554                      :          actagaaaaag-T-GT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAgagggcgccctgctggttggagttatcaaacatcttctatctattcac
gi|46572                      :         aactagaaaaaa-T-GT-GA--TGT-GTG-C-CA----CAT-C-A---CAgagggccccgatggatgatccattaa
gi|46564                      :                agaaaaaaaT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAgaggcgcccgctggttgag
gi|46569                      :              actagaaaaaaT-GA--TGT-G-G-C-CA----CAT-C-A---CAgaaggtcccgctggtttacacatttaaaaatattttccatataa
gi|46578                      :                  tagaaaaaaaA--TG--G-G-C-AA----CATAT-G---TAGAA--GG-A----T-C--C-TT-TG-----A--T---GAAT---G-CTAC-AT-----------G------TA--T-----GTCTT----TTATC-T-A---G---------T-T---CAC-A-A-G-A--T-T-----TT---T-----A----C-GT-T-A----TAG-TC-----AT-TA-------GTG----ACCT-TGACCTTTGACCacagagggccccgcgctggttgagccaattaaata
gi|46579                      :                            A--TG--G-G-C-AA----CATAT-G---TAGAA--GG-A----T-C--C-TT-TG-----A--T---GAAT---G-CTAC-AT-----------GT---AGTC--T-----TT--T------ATC-T-A---G---------T-T---CAC-A-A-G-A--T-T-----TT---T-----A----C-GT-T-A----TAG-TC-----AT-TA-------GTG----ACCT-TGACCTTTGACC
gi|46575                      :                                                  -C-A---CAGAG--GG-C----C-C--C-GC-TG-----G--CT--GA-----C-C--C-ATT----------AA---AATA--T-----GT--C----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----TT---T-----A----G-GC-A-T----TAA-TC-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTTGACC
gi|46583                      :                                                aaacaagtgtgctttaaaaa----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----G-C----AT-----------TA---AATA--T-----GT--T----ACATC-T-A---A---------T-T---CAC-AGA-A-A--T-A------T---T-----A----G-GC-ATT----TAATTC-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTTGAC
gi|46584                      :                                                                    ----C-C--C-GC-TG-----G--TTTGGA-----G-C--C-AT----------------AATA--T-----GT--T----ACATC-T-A---A---------T-T---CACAA-A-A-A--T-A------T---T-----A----G-GC-A-T----TAA-TC-----AA-TAG------TTG----ACTT-TGATTT
gi|46581                      :                                                                    ----C-C--C-GC-TG-----G--TT--GA-----C-C--C-AT-----------TA---AAAA--T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-TTTCCAC---A-A-A--T-A-----TT---TA----A----G-GC-A-T----TAA-TC-----AA-TA-------TTGAAAAACTCTTGATCTTT
gi|46582                      :                                                            agggccct----C-C--C-GC-TG---------T--A--------C--C-CT-----------TA---AATA--T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A------A-----TT---T-----A------GC-A-T----TAA-TC-----AA-AA-------TTG----ACTC-TTATCTTTGACCga
gi|46585                      :                                                                                c-TG-----G--TT--GA-----G-T--A-AT-----------TA---A-T---T-----TT--T----CTTTCGT-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-AAGT-A-----TT---T-----A----G-AC-A-T-----AA-TC-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGA-CTTTGACC
gi|46586                      :                                                                                                                                   A--T-----GTCCT----CCTTC-T-T---G---------T-T---CAC-A-AGA-A--T-------TT---T-----A----G-TC-A-A----TAG-TC-----CA-TA-------GTG----ACCT-TGACCTTTGACC
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gi|46593                      :                                                                                                                                                                              ---CAC-A-A-G-A--T-A-----TT---T-----A----G-GT-A-G----TAG-TC-----AA-TA-------GTG----ACTT-TGACCTATGACC

Unaligned ( gi|46580 ): ATCCAGACGCGGCCCCGACTGGTGTGAGTATTAAATTCTTCTAATCATTAAAATTTAGTCAATAATCATATATTGCCCTTTCTTTGA

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lowQualScore                  :                                                                                                                       9 11  55555  7  44  9   7 88 0000    9 333     11111 00   8 555   8  99999 44  88  9999999  6  444 444 55555  22  6666666 44444  44 8888     9 8 666 444444444 7 555   9 9 8 8 22 9 33333 9 666 00000 9999 9 9  666 22  9 666 99999  8  00000000  0000    0        1    
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Reference ( family-322 )      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG-C-CA----CATC-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----G-CC-AT---T---A-----AA--TA-------T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--NT--AA-T---C-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT-GACC
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gi|46532                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG-C-CA----CATC-A---CAGAG-----G--GAC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----G-CC-AT---G---A-----AA--TA-------T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGGTCTTT-TACC
gi|46533                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---A-GT-GA--TG-TGG-C-AA----CATC-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----G-TT-AT---C---A-----AA--TG-------T-----CT--T----CTATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----A-G-TA--AT--AA-T---C-----AA-TA-------TTG----A--C-TGATCTTT-GACC
gi|46534                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---AAGT-GA--TG-TGG-C-AA----CATC-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----GC-TT--GG-----A-TT-AT---C---A-----AA--TG-------T-----CT--C----TAATC-T-A---A---------T-T---CAC---A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----ATG-TA--AT--AA-T---C-----CA-TA-------TTG----A--C-TGACTTTG-GACC
gi|46535                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG-C-AA----CATC-A---CAGAG-----G--GTC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----G-TC-AT---T---A-----AA--TA-------T-----GT--T----CCATT-T-A---A---------T-T---CGC-A-A-A-A--C-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--TT--AT-T---C-----AA-TA-------TTG----ATTC-TGATCTAT-GACCcttgacaat
gi|46536                      :                                                                                                              AACTAGAAA-AAAAA---T-GT-GA--TG-TGG-C-AA----CATT-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----C-CC-AT---A---A-----AA--TA-------T-----GT--T----CCATC-A-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA-------------C-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT-AACC
gi|46537                      :                                                                                                                    AAG-A--AA---TTGT-GA--TG-TGG-G-CA----CAT--A---CAGAG-----G--G-C-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----ACCC-AT---A---A-----AA--TA-------T-----GT--T-----CATC---A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-------------------------T--AG-C---C-----AA-TA-------TTG-----CTC-TGA-ATTT-AACC
gi|46538                      :                                                                                                      aacagaacAACTAGAAA-A--AA---A-GT-AA--TG-TGG-C-AA----CACC-A---CAAAG-----G--GCC-C---CAC-TG-----G--TT--GA-----G-TT-AT---C---A-----AA--TA-------T-----CT--T----CTATA-T-T---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--AT--AA-T---C-----AA-TA-------TTG----ACTC-CGATCTTT-GAC
gi|46539                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TAG-C-AA----TATC-A---CAGAA-----G--GCC-C---TGC-TG-----G--TA--CA-----G-CC-AT---T---A-----AA--TA-------T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----AA-TATTTATTTTTT----ACTC-TGATCTTT-GACaat
gi|46540                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---T-GT-GA--TA-TGG-C-CA-----ATC-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TGAGTTGG--TT--GA-----G-CCCAT---G---A-----AA--TA-------T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--TTA-----T-T---T-----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----AA-TA-------ATG----ACTC-TGATCTTT-GACC
gi|46541                      :                                                                                                              AACTAGAAA-AA-AA---T-GT-GA--TT-TGG-C-CA----CATC-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----G-CC-A----T---G-----AA--TA-------T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----A-G-CA--TT--AA-T---C-----AA-TA-------TTG----ACT
gi|46542                      :                                                                                                              AACTTGAAA-A--AA---A-GT-GA--TG-TGG-C-AA----CATT-A---CAGAG-----A--GTA-C---CAC-TG-----G--TT--GA-----G-CC-AT---T---G-----AA--TA-------T-----CT--T----CTATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--ATAAAA-TAAAA-----AA-TA-------GCA----ACTT-TGATCTTT-GACC
gi|46543                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--A------GT-GA--TG-TGG-C-AA----CATC-A---CAGAG-----G--GCC-C---TGC-TG-----G--TT--GA-----G-TT-AA---T---A-----CA--TG-------T-----CT--T----CTATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-T-----T-T---T-----A----G-G----------A-T---C-----AA-TA-------GTG----ACTT-TGATCTTT-GACC
gi|46544                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--CA-----GT-GA--TG-TGA-C-AA----CGTC-A---CAGAG-----G--ACC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----G-TT-AT---T---A-----AA--TG-------T-----CT--T----CTATC-T-A---A---------A-T---CAC-A-A-A-C--T-A-----T-T---T-----G----G-A-CG--AT--AA-T---A-----TT-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT-GA
gi|46545                      :                                                                                                              AAATAAAAA-A--AA---A-GT-GA--TG-TCG-C-AA----CATC-A---CAGAG-----G--ACC-C---CAC-TA-----G--TT--GA-----G-CC-AT---T---A-----AA--TA-------T-----CT----------TC-T-A---A---------T-T---CACAA-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-GC--AT--AA-T---CAAAATAA-TA-------TTG----AC-C-TG
gi|46546                      :                                                                                                              AAATAGAAA-A--AA-----GT-AA--TG-TGG-C-AA----CATC-A---CAGAG-----G--GTC-C---CGA-TC-----G--TT--GA-----G-AT-AT---T---A-----AA--TA-------T-----CT--TAGAACTATC-T-A---A---------T-T---CAC-G-A-A-A--T-A-----T-T---TC----AAATTG-G-CT--AT--AA-T---C-----AA-TA-------GTG----ACTC-TCATCTTT-GAC
gi|46547                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---A-GT-GG--TG-TGG-C-AA----CATC-A---CAAAG-----G--GCG-T---TGC-TG-----G--TC--GT-----G-TT-AT---T---A-----AA--TG-------T-----CT--T----CTATC-G-A---A-----------T---CAC-A-A-T-T--T-T-----T-T---TA----A----G-G-TA--AT--AA-T---C-----AA-TA-------GTG----ACTT-TGGTCTGT-GAC
gi|46548                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---A-G--GG--TGTTGG-C-AA----TATC-A---CAAAG-----G--GCG-T---TGC-TG-----G--TC--GT-----G-TT-AT---T---------AA--TG-------T-----CT--T----CTATC-G-A---A-----------T---CAC---A-A-T--T-T-----T-T---T-----A----A-G-TA--AT--AA-T---C-----AA-TA-------GTG----ACTT-TGGTC-TT-GAC
gi|46549                      :                                                                                                              AACAAGCAA-A--AG---T-GT-GA--TG-TGG-C-CA----CATC-A---CAGAG-----G--GCC-T---CGC-TG-----G--TT--GA-----G-CC-AT---T---AATAGGAG--TAGAAGTAGT-----GA--T----CC-TC-T-G---ATATATCACGT-T---CGC-A-A-G-A--T-AATTCTT-T---T-----A----A-G-AA--GT--AG-T---C-----AA-TA-------ATG----ACCT-TGACCTTT-GATC
gi|46550                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--CA---T-GT-GA--TG-TGG-C-CA----CATC-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----C-CC-AT---T---A-----Aa
gi|46551                      :                                                                                                              AAGTAGAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG-C-CA----CATC-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----G-CC-AT---T---A-----Atagtagtagacggtttagtgatcctctgatgattgaccttgcttatatcacgttcgcaagataattcttttaagaaatagtcaataatgaccttgacctttgatca
gi|46552                      :                                                                                                              AACTAGAAA-AAAAA---T-GT-GA--AG-TGG-C-AA----CATT-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----G--CT--GA-----G-CC-AT---T---A-----A
gi|46553                      :                                                                                                              AACTAGAGA-A--A----T-GT-GA--TG-TGG-C-CA----CATC-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----G-CT-AT---T---A-----A
gi|46553                      :                                                                                                                                                                                                                                                                            ---------T-T---CGC-A-A-G-A--T-AATTCTT-T---T-----A----A-G-AA--AT--AG-T---C-----AA-TA-------AGG----ACCT-AGACCTTT-GACCtagtagtagaaggtttagtgatcctctgatgattgaccttgcttatatcacgttcgcaagataattcttttaagaaatagtcaataaggacctagacctttgacca
gi|46554                      : aactagagaaatgtgatgtggccacatcacagagggccccgctggttgagctattaatagtagtagaaggtttagtgatcctctgatgattgaccttgcttatatcacgAACTAGAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG-C-CA----CATC-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGA-TG-----G--AT--GA-----T-CC-AT---T---A-----Aa
gi|46555                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---T-AA-GA--TG-TGG-C-CA----TATC-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----G-CC-
gi|46556                      :                                                                                                              AACTAGGAA-A--AA---A-GT-GA--TG-TGG-C-AC----CATC-A---CAGAG-----G--GCT-G---CAC-TG-----G--TG--GA-----G-TT-AC---T---A-----AA--
gi|46557                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AAAAAT-GC-GA--TG-TGGGC-CA----CATC-AG--CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----GGTTT--GA-----ACCC-AT---T---T-----AA--TA-------------GT--T----
gi|46558                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---A-GT-GA--TG-TGA-T-AA----CA-C-A---TGGAG-----G--GCCGC---CGC-TG-----G---T--GA-------CC-AT--------------A--TA-------T-----GT--
gi|46559                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA-----GT-GA--TG-CAG-T-GC----CATC-A---CAGAG-----G--GCC-G---TGC-TG-----G--TC--GA-----G-TT-AT---T---A-----GA--
gi|46560                      :                                                                                                              AACTAGATA-C--AA-----GT-GA--TG-TGG-A-AC----CATC-A---CAGAG-----G--GCT-C---CGC-TG-----G--CC--AA-----G-TT-ACTCAT---A-----AACTTA-------------GA--A----CCAAC-T-A---A---------T-T---TA
gi|46561                      :                                                                                                              AACTAGAGACA--AG---A-GT-GA--TG-TGG-C-C-------TC-AAATCAGAG-----G--GGC-C---CGCTTG-----G--TT--GA-------CC-AT---T---G-----A
gi|46562                      :                                                                                                               ACTAGAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG-C-AA----CATC-A---CAGAG-----G--GCT-C---CAC-TG-----G--TT--GACCCTCA-CC-AT---T---A-----AA---A-------T-----GT--T----CCATC-T-AGTAA---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTTGGACC
gi|46563                      :                                                                                                               ACTAGAAA-A--AG-----GT-GA--TG-TGG-C-AA----CATC-A---CAGAG-----GGCGCC-C---TGC-TG-----G--TTG-GA-----G-TT-AT---C---A-----AA--CA-------T-----CT--T----CTATC-T-----A---------T-T---CAC-
gi|46564                      :                                                                                                               ACTAGAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG-C-CA----CAT------CAGAA-----G--GTC-C---CGC-TG-----G--TT--TA-----C-AC-AT---TTAAA-----AA--TA-------T-----TT--T----CCATA-T-A---A---------
gi|46565                      :                                                                                                                CTAGAAA-A--AA---A-GT-GA--TG-TGG-C-AA----CATC-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----C-CC-AT---T---A-----AA--TA-------T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-TTACT-----A----G-G-CA--AT--AA-T---C-----AA-TA-------TT
gi|46566                      :                                                                                                                CTAGAAA-A--AA---T-GT-AA--TG-TGG-C-CA----GATC-A---CAGAGCCAGAGT-GCC-C---CGC-TG-----T--TT--GA-----G-CC-AT---T---A-----AA--TA-------T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAA-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT-GACCattatacctttactgatttttcactat
gi|46567                      :                                                                                                                 TAGAAA-A--AA---A-GT-GA-----------------CATC-A---CCGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----G-CC-AT---T---A-----AA--TA-------TCTTAACT--T----CTATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-AT----T-T---T-----A----G-G-CAATAT--AA-T---C-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT-GACC
gi|46568                      :                                                                                                                 TAGAAA-A--AAA--T-GT-GA--T--TGG-C--A----CATC-----CAGAG-----G--ACC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----G-CC-AT---T---ATAT--AA--TA-------T-----GT--T-----CATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A----A-----T-T---T-----G----G-
gi|46569                      :                                                                                                                 TAGAAA-AA-AA---T-GT-GA--TG-TGG-C-CA----CATCAA---CAGAG-----G--GCC-CCG-CGC-TG-----G--TT--GA-----G-CCAAT---T---A-----AA--TA-------
gi|46570                      :                                                                                                                    AAA-A--AA---G-GTCGACATG-TGG-CACG----CATC-A---CAGAG-----G--G-C-C---CGA-TG-----GC-TT--GA-----C-CC-AT---T---A-----AA--TACT-----C-----GT--T----CCATC-TAA---A---------TGT---CAC-A-A-AGA--T-A-----T-T---TACTCGA----G-G-CA--AT--AA-T---C-----AAGTA-------TTC----ATTA-TAACCTT
gi|46571                      :                                                                                                                 agaAAA-A--AA---G-GTCGACATG-TGG-CACG----CATC-A---CAGAG-----G--G-C-C---CGA-TG-----GC-TT--GA-----C-CC-AT---T---A-----AA--TACT-----C-----GT--T----CCATC-TAA---A---------TGT---CAC-A-A-AGA--T-A-----T-T---TACTCGA----G-G-CA--AT--AA-T---C-----AAGTA-------TTC----ATTA-TAACCTTctactat
gi|46572                      :                                                                                                                 agaAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG-CACA----CATC-A---CAGAG-----G--CGC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----G-ctactat
gi|46573                      :                                                                                                                 agaAAA-A--AA---A-GT-GA--TG-TCG-C-AA----CATC-A---CAGAG-----G--ACC-C---CAC-TA-----G--TT--GA-----G-CC-AT---T---A-----AA--TA-------T-----CT----------TC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--AT--AA-T---CAAT--AA-TA-------TTG----ACT
gi|46574                      :                                                                                                                     AA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG-C-AA----CATC-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----C-TT-AT---T---A-----AA--TA-------T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT-GAC
gi|46575                      :                                                                                                                                                           C-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----G--CT--GA-----C-CC-AT---T---A-----AAA-TA-------T-----GT--C----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT-GACCaat
gi|46576                      :                                                                                                aaacaagtgtgctttaaaaaAAA-A--AA-----GT-GA--TG-TGGCC-CACC--CATC-A----AGAG-----G--G-C-C---CGC--G-----G--TT--GA-----C-CC-AT---T---C-----AA--TA-------
gi|46577                      :                                                                                                                     AA-A--AA-----GT-GA--TG-TGG-C-AATTAACATC-A---CAGAG-----G--GCC-C---CGC-TG-----T--TT--GA-----G-CC-AT---
gi|46578                      :                                                                                                                                                                                                                                     --TA-------T-----GTCTT----TTATC-T-A---G---------T-T---CAC-A-A-G-A--T-T-----T-T---T-----A----C-G-TT--AT--AG-T---C-----AT-TA-------GTG----ACCT-TGACCTTT-GACC
gi|46579                      :                                                                                                                                                                                                            atgggcaacatatgtagaaggatcctttgatgaatgctacatgT--T----TTATC-T-A---G---------T-T---CAC-A-A-G-A--T-T-----T-T---T-----A----C-G-TT--AT--AG-T---C-----AT-TA-------GTG----ACCT-TGACCTTT-GACC
gi|46581                      :                                                                                                                    atgggcaacatatgtagaaggatcctttgatgaatgctacatgtagtcAG-----G--GCC-CTCCCGC-TG-----G--TT--GA-----C-CC-AT---T---A-----AA--AA-------T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-TTTCCAC---A-A-A--T-A-----T-T---TA----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----AA-TA-------TTGAAAAACTCTTGATCTTT-GA
gi|46582                      :                                                                                                                                                                               CC-C---CGC-TG---------T--A--------CC-CT---T---A-----AA--TA-------T-----GT--T----CCATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A------A-----T-T---T-----A------G-CA--TT--AA-T---C-----AA-AA-------TTG----ACTC-TTATCTTT-GACC
gi|46583                      :                                                                                                                                                                                C-C---CGC-TG-----G--TT--GA-----G-C--AT---T---A-----AA--TA-------T-----GT--T----ACATC-T-A---A---------T-T---CAC-AGA-A-A--T-A-------T---T-----A----G-G-CAT-TT--AATT---C-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT-GAC
gi|46584                      :                                                                                                                                                                                C-C---CGC-TG-----G--TTTGGA-----G-CC-AT-------------AA--TA-------T-----GT--T----ACATC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A----A-----TAT---T-----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----AA-TAG------TTG----ACTT-TGATTT
gi|46585                      :                                                                                                                                                                                         -TG-----G--TT--GA-----G-TA-AT---T---A-----A---T--------T-----TT--T----CTTTCGT-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-AAGT-A-----T-T---T-----A----G-A-CA---T--AA-T---C-----AA-TA-------TTG----ACTC-TGA-CTTT-GACC
gi|46586                      :                                                                                                                                                                                                                                        A-------T-----GTCCT----CCTTC-T-T---G---------T-T---CAC-A-AGA-A--T-------T-T---T-----A----G-T-CA--AT--AG-T---C-----CA-TA-------GTG----ACCT-TGACCTTT-GACC
gi|46587                      :                                                                                                                                                                                                                                                       T--T----CTATC-T-T---G---------T-T---CAC-A-A-G-G--T-T-----T-T---TC----A----A-G-CA--AT--AG-T---C-----AA-TA-------GTG----ACTT-TGATCTTT-GACCat
gi|46588                      :                                                                                                                                                                                                                                                       T--T----CCATC-T-T---A---------T-T---CAC-A-ATG-A--T-------T-T---T-----A----A-G-CA--AT--AG-T---C-----AA-TG-------GTG----ACAT-TGACCTTT-GACC
gi|46589                      :                                                                                                                                                                                                                                                       T--T----CCACC-T-T---G---------T-T---CAC-A-A-G-A--T-T-----T-T---T-----A----A-GACA--AC--AG-T---C-----AA-TA-------GTG----ATCT-TGATCTTT-GACC
gi|46590                      :                                                                                                                                                                                                                                                        --T----TCAGC-T-A---A---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----T----A-G-CA--AT--AA-T---C-----AA-TAT------TTG----ACTT-TGA-CCTT-GAC
gi|46591                      :                                                                                                                                                                                                                                                           ----CCATG-T-T---G---------T-T---CAC-A-A-G-A--G-G-----T-T---T-----A----G-G-CA--AT--AG-T---C-----AA-TA-------CTG----ACTT-TGACCTAT-GACCaat
gi|46592                      :                                                                                                                                                                                                                                                                            ---------T-T---CAC-A-A-G-A--T-T-----T-T---T-----A----G-G-CA--AG--AG-T---C-----AA-TG-------GTG----ACCT-TGATTTTT-GACC
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Unaligned ( gi|46580 ): ATCCAGACGCGGCCCCGACTGGTGTGAGTATTAAATTCTTCTAATCATTAAAATTTAGTCAATAATCATATATTGCCCTTTCTTTGA

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Reference ( family-322 )      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG--CA-A----CAT-C-A---CAGA-G-----G--GCC-C---CG-C-TG-----G--T-T--GA-----G-CC-AT---T---A-----AA--TA-------T-----G---T--T----CCATC---T-AA---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--AT--AA-T---C-----A-A-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT-GACC
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gi|46547                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---A-GT-GG--TG-TGG--CA-A----CAT-C-A---CAAA-G-----G--GCG-T---TG-C-TG-----G--T-C--GT-----G-TT-AT---T---A-----AA--TG-------T-----C---T--T----CTATC---G-AA-----------T---CAC-A-A-T-T--T-T-----T-T---TA----A----G-G-TA--AT--AA-T---C-----A-A-TA-------GTG----ACTT-TGGTCTGT-GAC
gi|46548                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---A-G--GG--TGTTGG--CA-A----TAT-C-A---CAAA-G-----G--GCG-T---TG-C-TG-----G--T-C--GT-----G-TT-AT---T---------AA--TG-------T-----C---T--T----CTATC---G-AA-----------T---CAC---A-A-T--T-T-----T-T---T-----A----A-G-TA--AT--AA-T---C-----A-A-TA-------GTG----ACTT-TGGTC-TT-GAC
gi|46549                      :                                                                                                              AACAAGCAA-A--AG---T-GT-GA--TG-TGG--CC-A----CAT-C-A---CAGA-G-----G--GCC-T---CG-C-TG-----G--T-T--GA-----G-CC-AT---T---AATAGGAG--TAGAAGTAGT-----G---A--T----CC-TC---T-GATATATCACGT-T---CGC-A-A-G-A--T-AATTCTT-T---T-----A----A-G-AA--GT--AG-T---C-----A-A-TA-------ATG----ACCT-TGACCTTT-GATC
gi|46550                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--CA---T-GT-GA--TG-TGG--CC-A----CAT-C-A---CAGA-G-----G--GCC-C---CG-C-TG-----G--T-T--GA-----C-CC-AT---T---A-----Aa
gi|46551                      :                                                                                                              AAGTAGAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG--CC-A----CAT-C-A---CAGA-G-----G--GCC-C---CG-C-TG-----G--T-T--GA-----G-CC-AT---T---A-----Atagtagtagacggtttagtgatcctctgatgattgaccttgcttatatcacgttcgcaagataattcttttaagaaatagtcaataatgaccttgacctttgatca
gi|46552                      :                                                                                                              AACTAGAAA-AAAAA---T-GT-GA--AG-TGG--CA-A----CAT-T-A---CAGA-G-----G--GCC-C---CG-C-TG-----G--C-T--GA-----G-CC-AT---T---A-----A
gi|46553                      :                                                                                                              AACTAGAGA-A--A----T-GT-GA--TG-TGG--CC-A----CAT-C-A---CAGA-G-----G--GCC-C---CG-C-TG-----G--T-T--GA-----G-CT-AT---T---A-----A
gi|46553                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                   ---------T-T---CGC-A-A-G-A--T-AATTCTT-T---T-----A----A-G-AA--AT--AG-T---C-----A-A-TA-------AGG----ACCT-AGACCTTT-GACCtagtagtagaaggtttagtgatcctctgatgattgaccttgcttatatcacgttcgcaagataattcttttaagaaatagtcaataaggacctagacctttgacca
gi|46554                      : aactagagaaatgtgatgtggccacatcacagagggccccgctggttgagctattaatagtagtagaaggtttagtgatcctctgatgattgaccttgcttatatcacgAACTAGAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG--CC-A----CAT-C-A---CAGA-G-----G--GCC-C---CG-A-TG-----G--A-T--GA-----T-CC-AT---T---A-----Aa
gi|46555                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---T-AA-GA--TG-TGG--CC-A----TAT-C-A---CAGA-G-----G--GCC-C---CG-C-TG-----G--T-T--GA-----G-CC-
gi|46556                      :                                                                                                              AACTAGGAA-A--AA---A-GT-GA--TG-TGG--CA-C----CAT-C-A---CAGA-G-----G--GCT-G---CA-C-TG-----G--T-G--GA-----G-TT-AC---T---A-----AA--
gi|46557                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AAAAAT-GC-GA--TG-TGGG-CC-A----CAT-C-AG--CAGA-G-----G--GCC-C---CG-C-TG-----GGTT-T--GA-----ACCC-AT---T---T-----AA--TA-------------G---T--T----
gi|46558                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA---A-GT-GA--TG-TGA--TA-A----CA--C-A---TGGA-G-----G--GCCGC---CG-C-TG-----G----T--GA-------CC-AT--------------A--TA-------T-----G---T--
gi|46559                      :                                                                                                              AACTAGAAA-A--AA-----GT-GA--TG-CAG--TG-C----CAT-C-A---CAGA-G-----G--GCC-G---TG-C-TG-----G--T-C--GA-----G-TT-AT---T---A-----GA--
gi|46560                      :                                                                                                              AACTAGATA-C--AA-----GT-GA--TG-TGG--AA-C----CAT-C-A---CAGA-G-----G--GCT-C---CG-C-TG-----G--C-C--AA-----G-TT-ACTCAT---A-----AACTTA-------------G---A--A----CCAAC---T-AA---------T-T---TA
gi|46561                      :                                                                                                              AACTAGAGACA--AG---A-GT-GA--TG-TGG--C-------C-T-C-AAATCAGA-G-----G--GGC-C---CG-CTTG-----G--T-T--GA-------CC-AT---T---G-----A
gi|46562                      :                                                                                                               ACTAGAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG--CA-A----CAT-C-A---CAGA-G-----G--GCT-C---CA-C-TG-----G--T-T--GACCCTCA-CC-AT---T---A-----AA---A-------T-----G---T--T----CCATCTAGT-AA---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----A-A-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTTGGACC
gi|46563                      :                                                                                                               ACTAGAAA-A--AG-----GT-GA--TG-TGG--CA-A----CAT-C-A---CAGA-G-----GGCGCC-C---TG-C-TG-----G--T-TG-GA-----G-TT-AT---C---A-----AA--CA-------T-----C---T--T----CTATC---T--A---------T-T---CAC-
gi|46564                      :                                                                                                               ACTAGAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG--CC-A----CAT-------CAGA-A-----G--GTC-C---CG-C-TG-----G--T-T--TA-----C-AC-AT---TTAAA-----AA--TA-------T-----T---T--T----CCATA---T-AA---------
gi|46565                      :                                                                                                                CTAGAAA-A--AA---A-GT-GA--TG-TGG--CA-A----CAT-C-A---CAGA-G-----G--GCC-C---CG-C-TG-----G--T-T--GA-----C-CC-AT---T---A-----AA--TA-------T-----G---T--T----CCATC---T-AA---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-TTACT-----A----G-G-CA--AT--AA-T---C-----A-A-TA-------TT
gi|46566                      :                                                                                                                CTAGAAA-A--AA---T-GT-AA--TG-TGG--CC-A----GAT-C-A---CAGA-GCCAGAGT-GCC-C---CG-C-TG-----T--T-T--GA-----G-CC-AT---T---A-----AA--TA-------T-----G---T--T----CCATC---T-AA---------T-T---CAA-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----A-A-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT-GACCattatacctttactgatttttcactat
gi|46567                      :                                                                                                                 TAGAAA-A--AA---A-GT-GA------------------CAT-C-A---CCGA-G-----G--GCC-C---CG-C-TG-----G--T-T--GA-----G-CC-AT---T---A-----AA--TA-------TCTTAAC---T--T----CTATC---T-AA---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-AT----T-T---T-----A----G-G-CAATAT--AA-T---C-----A-A-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT-GACC
gi|46568                      :                                                                                                                 TAGAAA-A--AAA--T-GT-GA--T--TGG--CA------CAT-C-----CAGA-G-----G--ACC-C---CG-C-TG-----G--T-T--GA-----G-CC-AT---T---ATAT--AA--TA-------T-----G---T--T-----CATC---T-AA---------T-T---CAC-A-A-A-A----A-----T-T---T-----G----G-
gi|46569                      :                                                                                                                 TAGAAA-AA-AA---T-GT-GA--TG-TGG--CC-A----CAT-CAA---CAGA-G-----G--GCC-CCG-CG-C-TG-----G--T-T--GA-----G-CCAAT---T---A-----AA--TA-------
gi|46570                      :                                                                                                                    AAA-A--AA---G-GTCGACATG-TGG--CACG----CAT-C-A---CAGA-G-----G--G-C-C---CG-A-TG-----GC-T-T--GA-----C-CC-AT---T---A-----AA--TACT-----C-----G---T--T----CCATC---TAAA---------TGT---CAC-A-A-AGA--T-A-----T-T---TACTCGA----G-G-CA--AT--AA-T---C-----A-AGTA-------TTC----ATTA-TAACCTT
gi|46571                      :                                                                                                                 agaAAA-A--AA---G-GTCGACATG-TGG--CACG----CAT-C-A---CAGA-G-----G--G-C-C---CG-A-TG-----GC-T-T--GA-----C-CC-AT---T---A-----AA--TACT-----C-----G---T--T----CCATC---TAAA---------TGT---CAC-A-A-AGA--T-A-----T-T---TACTCGA----G-G-CA--AT--AA-T---C-----A-AGTA-------TTC----ATTA-TAACCTTctactat
gi|46572                      :                                                                                                                 agaAAA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG--CACA----CAT-C-A---CAGA-G-----G--CGC-C---CG-C-TG-----G--T-T--GA-----G-ctactat
gi|46573                      :                                                                                                                 agaAAA-A--AA---A-GT-GA--TG-TCG--CA-A----CAT-C-A---CAGA-G-----G--ACC-C---CA-C-TA-----G--T-T--GA-----G-CC-AT---T---A-----AA--TA-------T-----C---T----------TC---T-AA---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--AT--AA-T---CAAT--A-A-TA-------TTG----ACT
gi|46574                      :                                                                                                                     AA-A--AA---T-GT-GA--TG-TGG--CA-A----CAT-C-A---CAGA-G-----G--GCC-C---CG-C-TG-----G--T-T--GA-----C-TT-AT---T---A-----AA--TA-------T-----G---T--T----CCATC---T-AA---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----A-A-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT-GAC
gi|46575                      :                                                                                                                    AAC-A--AG---T-GT-GC--TT-T-----A-A----AAA-C-A---CAGA-G-----G--GCC-C---CG-C-TG-----G--C-T--GA-----C-CC-AT---T---A-----AAA-TA-------T-----G---T--C----CCATC---T-AA---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----A-A-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT-GACCaat
gi|46576                      :                                                                                                                   aAAA-A--AA-----GT-GA--TG-TGGCCCACC----CAT-C-A----AGA-G-----G--G-C-C---CG-C--G-----G--T-T--GA-----C-CC-AT---T---C-----AA--TA-------
gi|46577                      :                                                                                                                     AA-A--AA-----GT-GA--TG-TGG--CA-ATTAACAT-C-A---CAGA-G-----G--GCC-C---CG-C-TG-----T--T-T--GA-----G-CC-AT---
gi|46578                      :                                                                                                                                      A--TG--GG--CA-A----CATAT-G---TAGA-A-----G--GAT-C---CT-T-TG-----A--T----GAAT---G-CT-AC-------A-----TG--TA-------T-----G---TCTT----TTATC---T-AG---------T-T---CAC-A-A-G-A--T-T-----T-T---T-----A----C-G-TT--AT--AG-T---C-----A-T-TA-------GTG----ACCT-TGACCTTT-GACC
gi|46579                      :                                                                                                                                      A--TG--GG--CA-A----CATAT-G---TAGA-A-----G--GAT-C---CT-T-TG-----A--T----GAAT---G-C-------T---A-----CA--TG-------T-----AGTCT--T----TTATC---T-AG---------T-T---CAC-A-A-G-A--T-T-----T-T---T-----A----C-G-TT--AT--AG-T---C-----A-T-TA-------GTG----ACCT-TGACCTTT-GACC
gi|46580                      :                                                                                                                                                          AT-C-----CAGACGC----G--GCC-C---CGAC-TG-----G--TGT--GA-----G-T--AT---T---A-----AA--T---------------------T----CT-TC---T-AA---------T-----CAT-T-A-A-A----A-----T-T---T-----A----G-T-CA--AT--AA-T---C-----ATA-TA-------TTG----CCCT-T--TCTTT-GA
gi|46581                      :                                                                                                                                                                      A-G-----G--GCC-CTCCCG-C-TG-----G--T-T--GA-----C-CC-AT---T---A-----AA--AA-------T-----G---T--T----CCATC---T-AA---------T-TTTCCAC---A-A-A--T-A-----T-T---TA----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----A-A-TA-------TTGAAAAACTCTTGATCTTT-GA
gi|46582                      :                                                                                                                                                                                  CC-C---CG-C-TG----------T--A--------CC-CT---T---A-----AA--TA-------T-----G---T--T----CCATC---T-AA---------T-T---CAC-A-A-A------A-----T-T---T-----A------G-CA--TT--AA-T---C-----A-A-AA-------TTG----ACTC-TTATCTTT-GACC
gi|46583                      :                                                                                                                                                                                   C-C---CG-C-TG-----G--T-T--GA-----G-C--AT---T---A-----AA--TA-------T-----G---T--T----ACATC---T-AA---------T-T---CAC-AGA-A-A--T-A-------T---T-----A----G-G-CAT-TT--AATT---C-----A-A-TA-------TTG----ACTC-TGATCTTT-GAC
gi|46584                      :                                                                                                                                                                                   C-C---CG-C-TG-----G--T-TTGGA-----G-CC-AT-------------AA--TA-------T-----G---T--T----ACATC---T-AA---------T-T---CAC-A-A-A-A----A-----TAT---T-----A----G-G-CA--TT--AA-T---C-----A-A-TAG------TTG----ACTT-TGATTT
gi|46585                      :                                                                                                                                                                                             -TG-----G--T-T--GA-----G-TA-AT---T---A-----A---T--------T-----T---T--T----CTTTCG--T-AA---------T-T---CAC-A-A-A-AAGT-A-----T-T---T-----A----G-A-CA---T--AA-T---C-----A-A-TA-------TTG----ACTC-TGA-CTTT-GACC
gi|46586                      :                                                                                                                                                                                                                                             A-------T-----G---TCCT----CCTTC---T-TG---------T-T---CAC-A-AGA-A--T-------T-T---T-----A----G-T-CA--AT--AG-T---C-----C-A-TA-------GTG----ACCT-TGACCTTT-GACC
gi|46587                      :                                                                                                                                                                                                                                                            ---T--T----CTATC---T-TG---------T-T---CAC-A-A-G-G--T-T-----T-T---TC----A----A-G-CA--AT--AG-T---C-----A-A-TA-------GTG----ACTT-TGATCTTT-GACCat
gi|46588                      :                                                                                                                                                                                                                                                            ---T--T----CCATC---T-TA---------T-T---CAC-A-ATG-A--T-------T-T---T-----A----A-G-CA--AT--AG-T---C-----A-A-TG-------GTG----ACAT-TGACCTTT-GACC
gi|46589                      :                                                                                                                                                                                                                                                            ---T--T----CCACC---T-TG---------T-T---CAC-A-A-G-A--T-T-----T-T---T-----A----A-GACA--AC--AG-T---C-----A-A-TA-------GTG----ATCT-TGATCTTT-GACC
gi|46590                      :                                                                                                                                                                                                                                                                --T----TCAGC---T-AA---------T-T---CAC-A-A-A-A--T-A-----T-T---T-----T----A-G-CA--AT--AA-T---C-----A-A-TAT------TTG----ACTT-TGA-CCTT-GAC
gi|46591                      :                                                                                                                                                                                                                                                                   ----CCATG---T-TG---------T-T---CAC-A-A-G-A--G-G-----T-T---T-----A----G-G-CA--AT--AG-T---C-----A-A-TA-------CTG----ACTT-TGACCTAT-GACCaat
gi|46592                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                   ---------T-T---CAC-A-A-G-A--T-T-----T-T---T-----A----G-G-CA--AG--AG-T---C-----A-A-TG-------GTG----ACCT-TGATTTTT-GACC
gi|46593                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                               ---CAC-A-A-G-A--T-A-----T-T---T-----A----G-G-TA--GT--AG-T---C-----A-A-TA-------GTG----ACTT-TGACCTAT-GACC