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lowQualScore                  :         0   9 9  999999 8  777 33333 6666666  88 33333333  4 222 333   7 7 666 66 7 99 7  1111 6 8888888  3 000000 6 55 99999999 22 444444444 9 2222 88888 9 9 3 6    777 88   6 111 111 4444 3 888 99 99 6  7 99    7 5   
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Reference ( gi|65870 )        : ATTTCCTA-CAT-T-TT--G-T-A-CA---T-----T-A----CCA--T--------TG-C---A-T-CCA-T-A---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-T------G-C--C------C-A--G-T-G-----T-C-T--T--G--A-T-C-C-AGTG-A-T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--CGAA-A-AGG
gi|65871                      : ATTTCCTA-CAT-T-TT--G-T-A-TA---T-----T-A----TCA--T--------TG-C---A-T-CC--T-A---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-T------G-C--C------C-A--G-C-G-----T-C-T--T--G--A-T-C-C-AGTG-A-T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--CGAA-A-AAG
gi|65873                      : ATTTCCTA-CAT-T-TT--G-T-A-CA---T-----T-A----TCA--T--------TG-C---A-T-CCA-T-A---T--G----A-AA-T--G-C-------AG-T------G-C--C------C-A--G-C-G-----T-C-T--T--G--A-T-C-T-AGTG-A-T--CTT-C---T---C----G-G---T--G--T-CT-A--CGAA-A-AGG
gi|65875                      : ATTTCCTA-CAT-T-TT--G-C-A-TA---T-----T-AATTATCG--T--------TG-C---A-T-CCA-T-A---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-T------G-C--C------C-A--A-A-G-----T-C-T--T--G--A-T-C-C-AGTG-A-T--CTT-C---T---C----A-T---T--G--T-CT-A--CGAA-A-AGG
gi|65872                      : ATTTCCTA-CAT-T-TT--T-T-A-TA---T-----T-A----TCA--T--------TG-C---AAT-CCA-T-A---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-T------G-C--C------C-A--G-C-G-----T-C----T--G--A-T-C-C-AGTGAA-T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--CGAA-A-GGG
gi|65876                      : ATTTTCTA-CAT-T-TA--G-T-A-TA---T-----T-A----TCG--A--------TG-C---A---ACA-T-A---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-T------G-C--C------C-A--G-G-G-----A-C-T--T--G--A-T-C-C-AGTG-A-T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--CGAA-A-AGG
gi|65878                      : ATTTCCTA-CAT-T-AT--G-T-A-CA---T-------A----C-A--T--------TG-C---A-T-CCATT-A---T----G--A-AA-T--T-C-------AG-T------G-C--C------C-A--G-C-G-----T-C-T--T--G--AGT-C-C-AGTG-A-C--TTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--CGAAGA-AGG
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gi|65879                      : ATTTCGTA-CAT-T-TT--G-T-A-CA---T-----T-A----TCA--T--------TG-C---A-G-CCA-T-A---T--G-G--A-AA-------------------------------------------T-G-----T-C-T--T--G--A-T-C-C-A-TG-A-T--CTT-C---T---C----G-T---T--T--T-CT-A--CGAA-A-AGG
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gi|65882                      : ATTTCCTATCAT-T-TT--G-T-A-C----T-----T-A----TCA--T--------TG-T---A-T-CCC-T-A---T--G-G--A-A--T--G-C-------AGAT------G-C--C--------A--G-C-G-----T-C-T--T--A--A-T-C-C-AGTG-A------T-C---T---C----G-T---T--G--T--T-A--CGAA-A-GGG
gi|65883                      : ATTTCCTA-CAT-T-TTT-G-C-A-CA---A-----T-A----TCG--T--------TG-C---A-T-CCA-T-G---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-T------G-C--C------T-A--G-A-A-----T-C-T--T--G--A-T-C-C-AGCG-A-T--C---C---T---C----A----------------A--CGAA-A-AG
gi|65874                      : ATTTCATA-CAT-T-TA--GCT-A-CACT-T-----T-A----TCAG-T--------TG-CCAGA-T-CCA-T-A---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-T------G-CG-C------C-A--G-C-G-----T-C-CTAT--G--AGT-CAT-AGTG-A-T--CTT-C-------C----G-T---T--G--T-CT-A--CGAA-A-AAG
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gi|65886                      : ATTCCATA-TGC-T-TT--C-A-A-TA---T-----T-G----TCG--T--------TG-C---A---CCA-T-A---T--G-G--A-AA-A--G-C-------AG-T------G-A--C------T-A--G-T-T-----T-C-C--C--A--A-T-C-C-AGTA-T-T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--C-CT-A--CGGA-A-AGG
gi|65890                      : ATTCCCTA-TTC-T-TC--C-A-A-CA---T-----T-G----TCG--T--------TG-C---A-C-CCA-T-A---T--G-G--A-AA-A--G-C-------AG-G------G-C--C------T-A--G-T-T-----T-C-C--T--A--A-T-C-C-A----A-T--ATT-C---T---C----G-T---T--G--C-CT-A--CGGA-A-AGG
gi|65888                      : ATTTCCTA-TAT-T-----G-T-A-AA---T-------G----TCG--T--------TG-C---A-T-CCA-T-A---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-G------G-T--C------C-T--G-G-G-----T-C-G--T--G--A-T-C-C-AGTT-A-T--CTC-C---T---C----G-TA--T--G-------A--CAAA-C-AGG
gi|65896                      : ATTCCCTA-TGC-T-TT--------CAAGTT-----T-G----CCG--T--------TG-C---A-C-CCA-T-A---T--G-G--G-AA-A--G-C-------AG-T------G-C--T------T-T--G-T-T-----T-C-C--T--A--A-T-G-C-AGTA-T-T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--C-CT-A--CGGA-A-AGG
gi|65889                      : ATCCCCTA-TGC-T-TC--C-A-A-TA---T-----T-G----TTA--T--------TG-C---A-C-CCA-T-A---C--G-T--A-AA-A--G-C-------AG-T------G-C--C------T-A--G-T-T-----T-C-C--T--A--A-T-C-C-AGCA-T-T--CTT-C---C---C----G-T---T--G--C-CT-A--CGGA-A-AGG
gi|65895                      : ATTCCCTA-TAT-C-GT--A-T-A-CG---T-----T-G----TCG--TAATGTCGTTG-C---A-T-CAG-T-A---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-T------A-C--C------C-A--G-A-G-----T-CTT--T--G--A-TAA-C-AGGA-A-T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--TCCT-G--CGAA-A-
gi|65891                      : ATTTCCTA-TGC-T-CC--C-A-A-TA---T-----T-G----TCG--T--------TG-C---A-C-TCA-T-A---T--G-G--A-AA-G--G-C-------AG-T------G-C--C------T-A--G-T-T-----TCC-C--T--A--C-T-C-C-AGTA-T-T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--C-CT-A--TGGA-ATAGG
gi|65894                      : ATTTCCTA-CAT-T-TC--G-T---CG---TAATTAT-A----TTC--T--------TG-C---A-T-CCA-T-A---TTTG-G--A-AA-T--A-C-------AG-T------G----C------C-A--G-C-G-----TCC-T--T--G--A-T-C-A-TGTA-A-T--TCT-C---TCTCC----G-TCTGT--G--T-CT-AT-CGAA-A-AGG
gi|65880                      : ATTTCGTA-CATAT-TT--G---A-CA---T-------A----TCA--T--------TG-C---A-GGCCA-T-A---T--G-G--A-AA-----------------------------------------A-T-G-----T-C-T--T--G--A-T-C-G-TCTG-A-TGTCTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--CGAA-A-AGG
gi|65893                      : ATTCCCTA-TGC-T-TC--C-A-A-TA---T-----T-G----TCG--T--------TT-C---A-C-CCA-T-A---T--G-G--A-AA-A--A-C-------AG-T------G-C--C------T-A--G-T-T-----T-C-C--T--A--A-T-C-C-A-TA-T-T--CTT-C---T---T----G-T---T--G--C-CT-A--CCGA-A-AGG
gi|65897                      : ATTTCCTA-CTT-C-GT--A-T-A-CG---T-----T-G----TCG--A--------TG-C---A-T-TCA-T-A---T--G-C--A-AA-T--A-C-------AT-T------G-C--C------T----G-C-C-----T-C-T--T--A--A-T------------T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CC-A--CGAA-A-AGG
gi|65898                      : ATTCCCTA-TGC-T-TCCAA-T-A-C----T-----T-G----TCG--T--------TG-C---A-C-CCA-T-A---T--G-G--A-AAATA-G-C-------AT-T------G-C--C------CTA--G-T-T-----T-C-C-----GCTA-T-C-C-AGTG-T-T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--C-CT-A--CGGA-A-
gi|65899                      : ATTCCCTA-TGC-T-TC--C-A-A-AA---T-----T-G----TCG--T--------TG-A---A-C-CCA-T-A---T--G-G--A-AA---------------A-T------------------C-A--G-T-T-----T-C-C--T--A--A-T-C-C-AGTA-T-T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--C-CT-A--CGGA-T-AGG
gi|65900                      : ATTTCCCA-TGC-T-TC--C-A-A-TA---T-----T-G----TCA--C--------TG-C---A-C-CCA-T-A---T--G-G--A-AA-G--G-C-------AG-T------G-C--C------T-A--G-T-T-----T-C-C--TAAG--G-T-C-T-AGTA-A-
gi|65902                      : ATTCCCTA-TGC-T-CC--A---A-TA---T-----T-G----TCC--T--------TG-C---A-A-CCC-T-A---T--G-G--A-AA-A--G-C-------AG-T------G-C--CT-----C-A--C-C-GCTCTCT-C-T--C--A--C-T-CAC-ACCT-ATT--CTT-C---T---C----G-T---T--G--C-CT-A--CGGA-A-AGG
gi|65903                      :  TCTCCTA-CTA-T-TT--G-T-AACA---T-----T-A----TCA--T--------TGGC---A-T-C-A-T-A---T--G-G--A-AA-T--G-G-------AG-T------G-C--T------A-AG-G-T-G-----T---T--T--G--A-T-C-C-AGTG-A-T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--CGAA-A-AG
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gi|65912                      :   TTTCTA-CAT-T-TT--G-T-A-CA---T-----TTAT---CCAATT--------TG-C---A-T-C-A-T-AATTT--G-G--G-AA-A--GTC-------AG-T------G-A--C------A-G--G-C-G-----T-C-C--TTCG--A-TAC-C-AGTG-A-T--CTT-C---T---C----G-T---TGGG--T-CT-AG-CGAA-A-AAG
gi|65914                      :   TTCCTA-TGC-T-TC--C-A-A-TA---T-----T-G----A-A--T--------TG-G---A-C-CCA-T-A---T--G-G--A-AA-G--G-C-------AG-T------G-C--C------T-A--G-T-T-----T-C-C--T--A--A-T-C-C-AGTA-T-T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-
gi|65915                      :   TTCCTA-CA----TT--G-T-A-AA---TGA---T-G----TCA--C--------TG-C---A-T-CCA-C-A---T--G-G--A-A---------------------------------------A--G-G-G-----C-A-T--T--A--A-T-C-C-AGTG-A-T--CTT--------------G-T---T--G--T-CT-A--CGAA-A-GGG
gi|65917                      :     CTTA-CAT-TATT--G-TTA-CA---T-----T------TCA--T--------TG-C-----T-CCA-T-A---T--G-A--A-AA-T--G-C-------A--T------G-C--C------C-A--G-C-G-----T---T--T--GT-A-T-C-CCAGTG-A-T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--CGAA-
gi|65918                      :           AT-T-TC--C-T-A-GA---T-----T-A------------------TG-A---A-T-CCA-T-A---T--G-G--ATAA-T--G-CG------AGAT------GGC--C------C-A--G-C-G-----T-C-T--T--G--A-TAC-C-AGTG-A-T--CTT-C---T---C----G-T---A--G--T-CT-AACCGAA-A-AGG
gi|65919                      :               -TT--G-T-A-TACT-T-----T-G----TCG--T--------TG-C---A-T-CCA-T-A---T--G-G--A-AA-T--A-C-------AA-T------G-C--T------C-A--G-G-G-----T-C-T--A--G--A-T-C-C-AGTG-A-T--CTT-C---T---C----A-T---T--G--T-CT-A--CGAA-A-
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Reference ( family-319 )      :                                ATTTCCTA--CG-T-T-TC--G--T-A-C---A--T-----T-G----TC-G---T-T---G-C---A-T-CCAT-A---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-T------G-C--C-C--A--G-C----G-T-C---C--T--G--A-T-C-C-A---GTG-A--T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--CGAA-A-AGG
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gi|65887                      :                                ATTGCCTA--CA-T-T-TT--G--T-A-C---A--T-----T-A----TC-A---TGT---G-C---A-T-CCAT-A---T--G-G--A-AA-T--G-CTTGTGCTAG-TAGAACAG-C--C-CCTA--GACGGTGG-T-T---T--G--G--A-T-C-C-A---GTG-A--T--CTC-C---T---T----G-T---T--G----CT----CGAA-A-
gi|65888                      :                                ATTTCCTA--TA-T-T-----G--T-A-A---A--T-------G----TC-G---T-T---G-C---A-T-CCAT-A---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-G------G-T--C-C--T--G-G----G-T-C---G--T--G--A-T-C-C-A---GTT-A--T--CTC-C---T---C----G-TA--T--G-------A--CAAA-C-AGG
gi|65889                      :                                ATCCCCTA--TG-C-T-TC--C--A-A-T---A--T-----T-G----TT-A---T-T---G-C---A-C-CCAT-A---C--G-T--A-AA-A--G-C-------AG-T------G-C--C-T--A--G-T----T-T-C---C--T--A--A-T-C-C-A---GCA-T--T--CTT-C---C---C----G-T---T--G--C-CT-A--CGGA-A-AGG
gi|65890                      :                                ATTCCCTA--TT-C-T-TC--C--A-A-C---A--T-----T-G----TC-G---T-T---G-C---A-C-CCAT-A---T--G-G--A-AA-A--G-C-------AG-G------G-C--C-T--A--G-T----T-T-C---C--T--A--A-T-C-C-A-------A--T--ATT-C---T---C----G-T---T--G--C-CT-A--CGGA-A-AGG
gi|65891                      :                                ATTTCCTA--TG-C-T-CC--C--A-A-T---A--T-----T-G----TC-G---T-T---G-C---A-C-TCAT-A---T--G-G--A-AA-G--G-C-------AG-T------G-C--C-T--A--G-T----T-TCC---C--T--A--C-T-C-C-A---GTA-T--T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--C-CT-A--TGGA-ATAGG
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gi|65893                      :                                ATTCCCTA--TG-C-T-TC--C--A-A-T---A--T-----T-G----TC-G---T-T---T-C---A-C-CCAT-A---T--G-G--A-AA-A--A-C-------AG-T------G-C--C-T--A--G-T----T-T-C---C--T--A--A-T-C-C-A----TA-T--T--CTT-C---T---T----G-T---T--G--C-CT-A--CCGA-A-AGG
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gi|65895                      :                                      TA--CG-T-TGTC--G--T-A-----A--T-------G----TC-G---T-T---G-C---A-T-CAGT-A---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-T------A-C--C-C--A--G-A----G-T-CT--T--T--G--A-TAA-C-A---GGA-A--T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--TCCT-G--CGAA-A-
gi|65896                      :                 attccctatatcgtaATTCCCTA--TGCT-T-TCAAG--T----------T-----T-G----CC-G---T-T---G-C---A-C-CCAT-A---T--G-G--G-AA-A--G-C-------AG-T------G-C--T-T--T--G-T----T-T-C---C--T--A--A-T-G-C-A---GTA-T--T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--C-CT-A--CGGA-A-AGG
gi|65897                      :                                ATTTCCTA--C----T-TC--GTAT-A-C---G--T-----T-G----TC-G---A-T---G-C---A-T-TCAT-A---T--G-C--A-AA-T--A-C-------AT-T------G-C--C-T-----G-C----C-T-C---T--T--A--A-T----------------T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CC-A--CGAA-A-AGG
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gi|65920                      :                                              ttgta--G--T-A-C---G--T-----T-G----TC-G---T-T---G-C---A-T-CCAT-A---T--G-G--A-AA-C--G-CTTAG---AG-TCAG---G-CCGC-T--AACG-C----G-T-----C--T--C--A-T-C-C-A---GTG-A--T--ATT-C---C---A----GTT---T--GCCT-CT-A--CGAA-A-AG
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gi|65922                      :                                                         -A-T---A--T-----T-A----TC-A---T-T---G-C---A-T-CCAT-A---TA-G-G--A-AA-TATG-C-------AG-T------G-C--C-T--A--G-----------------T--G--G-T-C-C-A---GTG-A--T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--AGGA-A-
gi|65923                      :                                                         -A-T---A--T-----T-G----TC-A---T-T---G-C---A-C-CCAT-A---T--G-G--A-AA-G--G-CA------AG-T------G-C--C-T--A--GTT----T-T-C---C--T--A--A-T-C-C-A----TG----T--CTT-C---T---TCGCAG-T---T--G--T-CC-A--CGGA-A-
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gi|65925                      :                                                                        atat----TC-C---T-T---G-C---A-C-CCAT-G---T--G-G--A-AT-T--C-C-------AA-T------G-C--C-T--T--G-T----G-T-C---T--T--G--A-T-C-C-A---GCG-G--T--CAT-A---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--AGAA-A-AG
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Reference ( family-319 )      :                                ATTTCCTA--CG-T-T-TC--G--T-A-C---A--T-----T-G----TC-G---T-T---G-C---A-T-CCAT-A---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-T------G-C--C-C--A--G-C----G-T-C---C--T--G--A-T-C-C-A---GTG-A--T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--CGAA-A-AGG
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gi|65893                      :                                ATTCCCTA--TG-C-T-TC--C--A-A-T---A--T-----T-G----TC-G---T-T---T-C---A-C-CCAT-A---T--G-G--A-AA-A--A-C-------AG-T------G-C--C-T--A--G-T----T-T-C---C--T--A--A-T-C-C-A----TA-T--T--CTT-C---T---T----G-T---T--G--C-CT-A--CCGA-A-AGG
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gi|65895                      :                                      TA--CG-T-TGTC--G--T-A-----A--T-------G----TC-G---T-T---G-C---A-T-CAGT-A---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-T------A-C--C-C--A--G-A----G-T-CT--T--T--G--A-TAA-C-A---GGA-A--T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--TCCT-G--CGAA-A-
gi|65896                      :                 attccctatatcgtaATTCCCTA--TGCT-T-TCAAG--T----------T-----T-G----CC-G---T-T---G-C---A-C-CCAT-A---T--G-G--G-AA-A--G-C-------AG-T------G-C--T-T--T--G-T----T-T-C---C--T--A--A-T-G-C-A---GTA-T--T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--C-CT-A--CGGA-A-AGG
gi|65897                      :                                ATTTCCTA--C----T-TC--GTAT-A-C---G--T-----T-G----TC-G---A-T---G-C---A-T-TCAT-A---T--G-C--A-AA-T--A-C-------AT-T------G-C--C-T-----G-C----C-T-C---T--T--A--A-T----------------T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CC-A--CGAA-A-AGG
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gi|65923                      :                                                         -A-T---A--T-----T-G----TC-A---T-T---G-C---A-C-CCAT-A---T--G-G--A-AA-G--G-CA------AG-T------G-C--C-T--A--GTT----T-T-C---C--T--A--A-T-C-C-A----TG----T--CTT-C---T---TCGCAG-T---T--G--T-CC-A--CGGA-A-
gi|65924                      :                                                                            ----TT-G---T-T---GAC---A-A-CCAT-AA--T--G-G--A-AA------C-------AG-T------G-C--C-T--AA-G-T----T-T-C---C--T--A--A-T-C-C-A---GTA-T--T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--C-CT-A--CGGA-
gi|65925                      :                                                                        atat----TC-C---T-T---G-C---A-C-CCAT-G---T--G-G--A-AT-T--C-C-------AA-T------G-C--C-T--T--G-T----G-T-C---T--T--G--A-T-C-C-A---GCG-G--T--CAT-A---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--AGAA-A-AG
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gi|65930                      :                                                                                                                      --A-AA-A--G-T-------AG-T------G-C--C-T--A--G-T----T-T-C---A--T--A--A-T-C-C-G---GTA-T--T--ATT-C---T---C----G-T---T--G--C-CT-A--CGGA-A-AG
gi|65931                      :                                                                                                                      --A-AA----G-C-------AG-T------G-C--C-T--A--G-T----A-T-C---C--T--A--A-T-C-C-A---GTA-T--T--CGT-C---T---C----G-T---T--G--C-GT-A--CGGA-A-AAG
gi|65932                      :                                                                                                                                 -C-------AG-T------G-C--C-T--A--G-T----T-T-C---C--T--A--A-T-C-C-A---GTA-T--T--ATT-C---G---C----G-T---T--G--T-CT-A--CGGA-A-AGG
gi|65933                      :                                                                                                                                                                                    --G--G-T-C-C-A---GTG-A--T--CTT-C---T---C----G-T---T--A--T-TT-A--CGAA-A-AGG


blockSeqs                     :                                        TT GC   G  AAGT    CCAT  CT AATTA AATTA   CAAT  G CAT G CAG AT     T ATT TT         ATA    TTGTGCT  A AGAACA   CG CCT  AC ACGGTGG  C TCTC   GCT   G A     CAC   ATG         GTT CTC CGCA T CTG            AC      T
blockSeqs                     :                                        T  GC   A  GTAT    AC    .  GT    TA      AG    A T   A .   GG     G A   A          TAT    TTAG     A CAG      G  CT   A  CGC      T CTA    AAG   G A     .     AA          .   .   .    T A              T       T
blockSeqs                     :                                        .  A    .  CAAT    T     .  GA    A       CA    . .   . .   CT     . A   .          T      G        . .        .  TC   .  TTT      G CT     TCG   C A     .     AT          .   .   .    . .              G       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  GCT     T     .  .     A       A     . .   . .   TA     . .   .          T      A        . .        .  TT   .  CG       . TT     GT    . .     .     A           .   .   .    . .              G       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  TGC     C     .  .     A       A     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  C    .  CG       . T      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  GTT     C     .  .     A       A     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  C    .  CG       . C      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  GT      T     .  .     A       G     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  C    .  CG       . T      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  TT      T     .  .     G       G     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  C    .  AG       . T      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  GT      C     .  .     A       G     . .   . .   A      . .   .          T      .        . .        .  C    .  GG       . T      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  GC      C     .  .     A       A     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  C    .  TG       . T      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  GT      C     .  .     G       A     . .   . .   G      . .   .          T      .        . .        .  C    .  CG       . T      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  GT      C     .  .     A       A     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  C    .  TG       . T      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  GT      C     .  .     A       A     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  A    .  AG       . T      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  GT      C     .  .     A       A     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  T    .  CG       . T      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  GT      C     .  .     G       G     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  C    .  AA       . T      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  GT      A     .  .     G       T     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  C    .  AG       . T      A     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  TT      T     .  .     A       G     . .   . .   T      . .   .          A      .        . .        .  T    .  GG       . T      G     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  AT      T     .  .     G       G     . .   . .   C      . .   .          T      .        . .        .  C    .  TT       . T      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  GT      C     .  .     G       A     . .   . .   C      . .   .          T      .        . .        .  T    .  GG       . C      A     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  GT      A     .  .     G       G     . .   . .   C      . .   .          A      .        . .        .  T    .  TT       . T      A     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  T    .  CA      T     .  .     G       A     . .   . .   C      . .   .          A      .        . .        .  T    .  TT       . G      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  CA      C     .  .     T       G     . .   . .   T      . .   .          G      .        . .        .  T    .  TT       . C      G     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  CA      T     .  .     G       G     . .   . .   T      . .   .          G      .        . .        .  T    .  TT       . C      A     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  TC      T     .  .     A       G     . .   . .   C      . .   .          A      .        . .        .  C    .  TT       . C      A     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  CA      C     .  .     G       G     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  C    .  CG       . C      A     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  GT      C     .  .     G       C     . .   . .   C      . .   .          T      .        . .        .  T    .  AG       . C      T     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  GT      C     .  .     G       G     . .   . .   C      . .   .          A      .        . .        .  T    .  TT       . C      A     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  CA      A     .  .     G       G     . .   . .   C      . .   .          T      .        . .        .  T    .  CC       . T      G     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  CA      T     .  .     G       G     . .   . .   C      . .   .          A      .        . .        .  A    .  TT       . C      G     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  GT      C     .  .     G       G     . .   . .   A      . .   .          G      .        . .        .  T    .  TT       . C      A     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  GC      T     .  .     T       G     . .   . .   T      . .   .          G      .        . .        .  T    .  TT       . C      A     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  T    .  GC      T     .  .     G       A     . .   . .   C      . .   .          A      .        . .        .  T    .  TT       . C      A     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  CA      T     .  .     A       G     . .   . .   C      . .   .          T      .        . .        .  T    .  TT       . T      A     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  CA      T     .  .     G       C     . .   . .   C      . .   .          G      .        . .        .  C    .  TT       . C      C     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  CA      T     .  .     G       A     . .   . .   C      . .   .          G      .        . .        .  C    .  TT       . C      G     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  GT      T     .  .     G       A     . .   . .   T      . .   .          G      .        . .        .  C    .  GG       . C      A     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  GT      C     .  .     G       A     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  A    .  TG       . C      A     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  GT      T     .  .     G       A     . .   . .   C      . .   .          T      .        . .        .  T    .  CG       . C      G     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  CA      C     .  .     A       A     . .   . .   C      . .   .          T      .        . .        .  T    .  TT       . T      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  CA      T     .  .     A       A     . .   . .   T      . .   .          A      .        . .        .  C    .  TT       . T      A     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  GT      T     .  .     G       A     . .   . .   C      . .   .          G      .        . .        .  C    .  CA       . C      A     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  CT      A     .  .     G       A     . .   . .   T      . .   .          G      .        . .        .  C    .  TT       . C      A     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  GT      A     .  .     G       T     . .   . .   T      . .   .          G      .        . .        .  T    .  CG       . C      A     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  G    .  G       C     .  .     A       A     . .   . .   T      . .   .          G      .        . .        .  T    .  CG       . C      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  A    .  A       G     .  .     A       A     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  T    .  GG       . T      G     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                        .  .    .  A       C     .  .     G       G     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  T    .  CG       . T      C     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                                .  C       C     .  .     G       A     . .   . .   T      . .   .          T      .        . .        .  T    .  TG       . C      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                                   .       T     .  .     A       G     . .   . .   C      . .   .          C      .        . .        .  T    .  TT       . T      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                                           T     .  .     A       G     . .   . .   A      . .   .          T      .        . .        .  C    .  TG       . C      A     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                                           T     .  .     G       A     . .   . .   C      . .   .          G      .        . .        .  C    .  GG       . C      A     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .     .       A     . .   . .   .      . .   .          T      .        . .        .  T    .  GG       . T      G     . .     .     T           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .     .       G     . .   . .   .      . .   .          T      .        . .        .  T    .  TT       . T      G     . .     .     G           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                                                                  C     . .   . .   .      . .   .          T      .        . .        .  T    .  TT       . C      G     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                                                                  .     . .   . .   .      . .   .          A      .        . .        .  T    .  TT       . C      A     . .     .     A           .   .   .    . .              .       .
blockSeqs                     :                                                                                        . .   . .   .      . .   .          A      .        . .        .  T    .  TA       . A      A     . .     .     A           .   .   .    . .              .        
blockSeqs                     :                                                                                                           . .   .          A      .        . .        .  .    .  TT       . A      A     . .     .     T           .   .   .    . .              .        
blockSeqs                     :                                                                                                           . .   .          .      .        . .        .  .    .  G        . C      A     . .     .     T           .   .   .    . .              .        
blockSeqs                     :                                                                                                           . .   .          .      .        . .        .  .    .  G        . C      A     . .     .     T           .   .   .    . .              .        
blockSeqs                     :                                                                                                                            .      .        . .        .  .    .  T        . .      G     . .     .     T           .   .   .    . .              .        
blockSeqs                     :                                                                                                                            .      .        . .        .  .    .  .        . .      .     . .     .     A           .   .   .    . .              .        
blockSeqs                     :                                                                                                                            .      .        . .        .  .    .  .        . .      .     . .     .     .           .   .   .    . .              .        
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Reference ( family-319 )      :                                ATTTCCTA--CG-T-T-TC--G--T-A-C---A--T-----T-G----TC-G---T-T---G-C---A-T-CCAT-A---T--G-G--A-AA-T--G-C-------AG-T------G-C--C-C--A--G-C----G-T-C---C--T--G--A-T-C-C-A---GTG-A--T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--CGAA-A-AGG
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gi|65897                      :                                ATTTCCTA--C----T-TC--GTAT-A-C---G--T-----T-G----TC-G---A-T---G-C---A-T-TCAT-A---T--G-C--A-AA-T--A-C-------AT-T------G-C--C-T-----G-C----C-T-C---T--T--A--A-T----------------T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CC-A--CGAA-A-AGG
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gi|65901                      :                                ATTTCATA--TG-C-T-TC---------C---A--T-----A-T----TT-G---TAT---G-C---A-C-CCAT-AA--T--G-G--A-AA-G--G-C-------AG-T------G-C--T----A--G-T----T-TTC---C--T--A--A-A-T-C-A---GT--A--TTTCTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--CGGA-A-AGG
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gi|65915                      :                                  TTCCTA--CA-T-T-----G--T-A-A---A--TGA---T-G----TC-A---C-T---G-C---A-T-CCAC-A---T--G-G--A-AA-G--G--------------------------------G-C----A-T--------T--A--A-T-C-C-A---GTG-A--T--CTT--------------G-T---T--G--T-CT-A--CGAA-A-GGG
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gi|65922                      :                                                         -A-T---A--T-----T-A----TC-A---T-T---G-C---A-T-CCAT-A---TA-G-G--A-AA-TATG-C-------AG-T------G-C--C-T--A--G-----------------T--G--G-T-C-C-A---GTG-A--T--CTT-C---T---C----G-T---T--G--T-CT-A--AGGA-A-
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