lowQualScore                  :                11                                      2222222                                                              
lowQualScore                  :         00     66 0 33 0  22222 222 333333 55555555 00 0000000 22222 111 1 2 11 0 1 0 1111 0  222 0 99999   0 00        1   
lowQualScore                  :         ..     .. . .. .  ..... ... ...... ........ .. ....... ..... ... . . .. . . . .... .  ... . .....   . ..        .   
lowQualScore                  :         99     77 6 44 6  88888 888 000000 55555555 88 5555555 66666 777 2 5 55 6 4 6 9999 6  555 6 55555   6 88        5   
consensus                     :    CCCCG--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-CC-CTGT-C--TGTCCGTCTGTC
Reference ( gi|112903 )       :    CCCCG--CAAAC--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-CTGT-C--TGTCCGTCCGTC
gi|112914                     :    CCCCG--CCAAC--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-CTGT-C--TGTCCGTCCGTC
gi|112902                     :    CCCCG--CAAAC--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----A-AT---CAA-CT-CTGT-C--TGTCCGTCTGTC
gi|112904                     :    CCCCA--CAAAC--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-CTGT-C--CATCCGTC
gi|112919                     :    CCCCG--CAATC--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-CTGT-T--TGTCTGTC
gi|112942                     :    CCCCA--CAAAC--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------A-----G---T-AAT--C-TAG-G----A-AT---C-A-CT-CTGT-C--TGTCCGTCTGTC
gi|112921                     :    CCCCG--CAAAC--A-A--G-TT-----TTGGG------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-CTGT-C--TGTCTGT
gi|112912                     :    CCCCG--CAAAC--A-AA-G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAGCG----A-AT---C-A-CT-CTGT-C--TGT-CGTCTGTC
gi|112928                     :    CCCCG--CAAAC--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----T---G-A-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-CTGT-C--TGTCTGTC
gi|112917                     :    CCCCG--CAAAC--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--GGGGGG--G-----G---T-A-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-CTGT-C--CGTCTGTC
gi|112948                     :    CCCCG--CAAAC--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------A-----G---T-AAT--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-CTGT-C--TGTC
gi|112943                     :    CTCCG--CAAAC--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---G-AAT--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-CTGT-C--TGTCTGTCttgtc
gi|112937                     :    CCCCG--CAAAC--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--GGGGGGGGG-----G---T-A-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-TTGT-C--TGTCTGTC
gi|112938                     :    CCCCG--CAAAC--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--GGGGG---G-----G---T-A-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-TTGT-C--TGTTTGTC
gi|112940                     :    CTCCG--CAAAG--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--GGGGGG--G-----G---T-A-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-CTGT-C--CGTCCGTC
gi|112915                     :    CCCCG--CAAAC--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAG-G------AT---C-A-CT-CTG--C--CGTCTGTC
gi|112922                     :    CCCCG--CAAAC--A-A--G-TT-----G---G------G--------G--GGGG----G-----G---T-A-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-TTGT-C--CGTCTGTC
gi|112901                     :    CCCCG--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----T-TT---C-A-CC-CTGT-C--TGTCTGTC
gi|112910                     :    CCCCG--CAAACGAA-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----ATTT---C-A-CC-CTGT-C--TGTCTGTC
gi|112929                     :    CCCTG--CAAAC--A-A--A-TT-----T---T------G--------G--G-------G-----G---TTA-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-TT-TTGT-C--TGTCTGTC
gi|112926                     :    CCCCG--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----GGGTT-A-T--A-TAG-G----T-TT---C-AACT-CCGT-C--TGTCCGTCTGTC
gi|112913                     :    CCCCG--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--GG------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----T-TT---C-A-CC-CTGT-C--TGTCTGTC
gi|112892                     :    CCTCG--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TTG-G----A-AT---C-A------GC-C--TGTCCGTCTGTC
gi|112891                     : cccCCTCG--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TTG-G----A-AT---C-A------GC-C--TGTCCGTCTGTC
gi|112946                     : cccCCCCG--CACAC--A-AG-G-TT-----T---G------G--------G--GGC-----G-----G---T-A-TA-A-TAG-G----A-AT---C-A----CCGT-C--TGTCCGTCTGTC
gi|112889                     :    CCCCG--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TTG-G----A-AT---C-A-GC-ATGT------TCCGTCTGTC
gi|112945                     :    CCCCG--CAAAC--G-A--A-GT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----T-TT---C-A-CC-CTGT-C--TGTC
gi|112941                     :    CCCCG--CAAACG-A-A--G-TT-----G---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--ATTAG-G----T-TT---C-A-CC-CTGTGC--TGTCCGTCTGCCt
gi|112944                     :    CCCCC--CCAAC--A-A----TT-----T---G------G--------G--GGGGGGG-G-----G---T-A-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-CTGT-C--CGTCTGTC
gi|112934                     :    CCCCG--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------GGGTTGG--G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----T-TT---C-AGCT-CTGT-C--TGTCTGTC
gi|112932                     :    CCCCG--CAAACG-A-A--G-TT-----TG--G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAG-T------TT---C-A-CC-CTGT-C--TGTCTGTC
gi|112925                     :    CCCCA--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------GAACAGG---T-A-T--A-TAG-G----T-TT---C-A-CC-CTGT-C--TGTCTGTC
gi|112911                     :    CCCCG--CAAAC--G-AAGG-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-TGTA-TAG-G----G-TTT--C-A-CC-CTGT-C--TGTCTGTC
gi|112952                     :    CCCAG--CAAAC--G-AC-G-TT-----T---G------GA-------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----T-TT---C-A-CC-CTGT-C--TGTCTGTC
gi|112936                     :   cCCCCG--CAAAC--A-A--A-GT-----T---G------G--------G--G-------GAGG--G---T-A-T--A-TAG-G----T-TT---C-A-CC-CTGT-C--CGTCTGTC
gi|112931                     :    CCCCA--CAATG--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--A-------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----G-TT---C-A-CC-CTGT-C--TGTC
gi|112933                     :  ccCCCCGGACAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--GGGGG---G-----G---T-A-T--A-TAG-G----T-TT---C-A-CC-CTGT-C--TGTCTGTCt
gi|112898                     :   cCCTCA--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G---------T-A-T--A-TTA-G----A-AT---C-A-GT-ATGC-C--TGTCCGTCTGTC
gi|112893                     :    CCCCG--CAAACG-A-A--G-TT-----T----------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TTG-G----A-AT---C-A-GC-ATGT-C--AGTCTGTC
gi|112900                     :    CCCCG--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----T---T-A-T--A-TTG-G----A-ACAG-C-A-AT-GCGT-T--TGTCTGTCTGT
gi|112947                     :    CCCCG--CCAAC--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-CTG-G----A-AT-------CT-GGGT----TGTCCGT
gi|112927                     :  ccCCCCC--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------GCG------G--G-------G-----G---T-AAT--A-TAG-G----T-TT---C-A-CTCCCGT-C---GTCCGTCTGTC
gi|112951                     :    CCCCA--CCAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------GAAG-------G-----G---T-A-T--A-TAG-GTTTCA-AT---C-A-C--CTGT-C---GTCTGTC
gi|112935                     :   cCCCCC--CAAACG-A-A--GATT-----T---G------G--------G--GG------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----T-TT---C-A-CA-CAGT-C--TGTCTGTC
gi|112920                     :    CCCTA--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--GG------G-----G---T-A-T--A-TAG-G----T-TT---C-A-CC-ATGT-C--TAT-TGTCTGTC
gi|112923                     :  ccCCCCG--CAACG--A-A--G-TT-----T---GGGGGGGG--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-CTG-G----A-AT---C-G-----GGT-T--TGTCCGTCCGTC
gi|112897                     :   cCCCCG--CAAAC--G-A--A-GT-----T---G------G--------G--G-------G-----G---G-G-T--A-TTT-G----A-AT---C-A-GC-ATGT-C--TGTCTGTC
gi|112949                     :    CCCCG--CAACG--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--GGAGGGGGG-----G---T-A-T--A-TTG-G----A-AT---T-A------GC-A--TGTCCGTCCGTC
gi|112894                     :    CCCCG--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G-------------T--A-TTG-G----A-AT---C-A------GC-A--TGCCCGTCTGTC
gi|112918                     :    CTCCG--CAAAC--TTC--G-TT-----T---GC-----G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TTG-G----A-AT---C-G-AC-CTGT-C--CGTCTGTC
gi|112906                     :    CCCCG--CAAACGTA-A--G-TT-----G---G------G--------G--GGGGG---G-----G---T-A-T--A-TTT-G----A-AT---C-A-GC-ATGT-C---GTCCGTCTGT
gi|112899                     :    CCCCG--CAAACG-A-A--G-TT-----TGGGG------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TTG-GA---A-AT---C-A-GC-ATGT-C--GG--CGTCC
gi|112896                     :    CCCCG--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------GAGGGGGGGG--G-------G-----G---G-G-T--A-TTG-G----A-AT---C-A------GC-A--TGTCCGTCTGTCtgt
gi|112930                     :    CCCCC--CAACG--A-A--G-TTG----T---G------G--------G--G-------G-----GG--T-A-T--A-CTG-G----A-AT---T-G-GT--TGT-C---GTCCGTCCGTC
gi|112895                     :   cCCCCC--CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--G-------G---------T-A-T--A-TTG-G------AT---C-A-GC-ATGT-CGTTGTCTGTC
gi|112907                     :    CCCCT--CAACA--A-A--G-TTG----T---G------G--------G--G-------G-----T---T-A-T--A-TTG-G----A-AT---C-A-----GGT-T--GGTCCGTCTGT
gi|112890                     :   cCCCCG--CAACG--A-A--G-TT-----T---GG-----G--------G--G-------G-----G---TAA-T--A-TCT-G----A-ATCAGC-A-TG-CCGT-C--TGTC
gi|112909                     :   cCCCCT--CAACA--A-A--G-TT-----G---T------G--------G--G-------G-----T---T-A-T--A-TTG-G----A-AT---C-A------GG-T--TGTCCGT-CGTC
gi|112908                     :   cCCCCT--CAACA--A-A--G-TT-----G---T------G--------G--G-------G-----T---T-A-T--A-TTG-G----A-AT---C-A------GG-T--TGTCCGT-CGTC
gi|112905                     :   cCCCCG--CAAAC--G-A--A-------------------G--------G--G-------T-----G---T-A-T--A-TTG-G----A-AT---C-A------GC-A--TACCCGTCTGT
gi|112924                     :    CCCCG--CAAACG-A-A--G-TTGGGGGG---G------G--------G--G-------G-----G---G-G-G--A-TTG-G----A-AC---C-A-GC-GTGT-C--GGTCTGTC
gi|112916                     :    CCCCC--CTAAC--A-AA-G-TT-----T---G------A--------G--GAAGG---G-----G---T-A-T--A-CTG-G----A-AT---T-G-GG-ATGT-C--TGTCTGT
gi|112950                     :     CCCG--CAAAG--A-A--G-TT-----T---G------G--------G--GGGGGGG-G-----G---T-A-T--A-TAG-G----A-AT---C-A-CT-CTGT-C--CGTCCGTC
gi|112939                     :         --CAAACG-A-A--G-TT-----T---G------G--------G--GGG-----G-----G---T-A-T--A-TAG-G----T-TT---C-A-CC-CTGT-C--TGTCTGT
gi|112953                     :    ccact--CAAAC--A----G-TT-----T---A------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--A-TTG-G----A-AT---T-G-TC-ATGT-T--TGTCTGT
gi|112954                     :                                     ------G--------G--G-------G-----G---T-A-T--G-TTG-G----A-AT---C-A-GC-ATGT-C--TGTTTGTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                            1111111                                         11111                    
lowQualScore                  :                           00     66  1 0 111111 2222 666666 11 22222222 00 7777777 11111 111 1 22 22222 0 1 0 222222  00 1 00000   0 00       0     
lowQualScore                  :                           ..     ..  . . ...... .... ...... .. ........ .. ....... ..... ... . .. ..... . . . ......  .. . .....   . ..       .     
lowQualScore                  :                           99     33  2 6 888888 6666 444444 44 88888888 88 3333333 55555 111 2 77 11111 6 2 6 333333  88 2 66666   6 88       6     
consensus                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCCGT-CTGTC
Reference ( family-312 )      :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112889                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A-G-CATGT------TCCGT-CTGTC
gi|112890                     :                      CCCCG--CAA-CG-AA-G-T------T----TG-----G--G--------G--G-------G-----G---TAA--T-----A-TCT-G----A-AT--C-A-G-CATG--------CCGT-CTGTC
gi|112891                     :                     cCCTCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112892                     :                   cccCCTCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112893                     :                   cccCCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T---------G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A-G-CATGT-C--AGTCTGT-C
gi|112894                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G--------------T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-A--TGCCCGT-CTGTC
gi|112895                     :                      CCCCC--CAAACG-AA-G-T------T----T---------G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G------AT--C-A-G-CATGT-CGTTGTCTGT-C
gi|112896                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--GAGGGGGGGG--G-------G-----G---G-G--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-A--TGTCCGT-CTGTC
gi|112897                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G--------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---G-G--T-----A-TTT-G----A-AT--C-A-G-CATGT-C--TGTCTGT-C
gi|112898                     :                      CCTCA--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G---------T-A--T-----A-TTA-G----A-AT--C-A-G-TATGC-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112899                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----TGGG---G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-GA---A-AT--C-A-G-CATGT-C--GG--CGTCCTGT
gi|112900                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TTG-G----A-ACAGC-A-A-TGCGT-T--TGTCTGT-CTGT
gi|112901                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112902                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--CAA-C-TCTGT-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112903                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCCGT-CCGTC
gi|112904                     :                      CCCCA--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--CATCCGT-C
gi|112905                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G--------------------------------G--G-------T-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-A--TACCCGT-CTGT
gi|112906                     :                      CCCCG--CAAACGTAA-G-T------TGGGGG------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTT-G----A-AT--C-A-G-CATGT-C---GTCCGT-CTGT
gi|112907                     :                      CCCCT--CAA-CA-AA-G-T------TG---T------G--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A-----GGT-T--GGTCCGT-CTGT
gi|112908                     :                     cCCCCT--CAA-CA-AA-G-T------T----G------T--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GG-T--TGTCCGT-C-GTC
gi|112909                     :                     cCCCCT--CAA-CA-AA-G-T------T----G------T--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GG-T--TGTCCGT-C-GTC
gi|112910                     :                     cCCCCG--CAAACG-AAAG-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----ATTT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112911                     :                      CCCCG--CAAACG-AAGG-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-ATGT-----A-TAG-G----GTTT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112912                     :                      CCCCG--CAAACA-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAGCG----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGT-CGT-CTGTC
gi|112913                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GG------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112914                     :                      CCCCG--CCAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCCGT-CCGTC
gi|112915                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G------AT--C-A-C-TCTG--------CCGT-CTGTC
gi|112916                     :                      CCCCC--CTAACA-AA-G-T------T----T------G--A--------G--GAAGG---G-----G---T-A--T-----A-CTG-G----A-AT--T-G-G-GATGT-C--TGTCTGT-
gi|112917                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGGG--G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-----T-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112918                     :                      CTCCG--CAAACT-TC-G-T------T----T------GC-G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-G-A-CCTGT-C--CGTCTGT-C
gi|112919                     :                      CCCCG--CAATC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-T--TGTCTGT-C
gi|112920                     :                      CCCTA--CAAACG-AA-G-T------T----TG-----G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CATGT-C--TAT-TGT-CTGTC
gi|112921                     :                    ccCCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----TTGG---G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCTGT-
gi|112922                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----G------G--G--------G--GGGG----G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-----T-T--TGTCCGT-CTGTC
gi|112923                     :                      CCCCG--CAA-CG-AA-G-T------T----TGGGGGGG--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-CTG-G----A-AT--C-G-----GGT-T--TGTCCGT-CCGTC
gi|112924                     :                     cCCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----G------G--G--------G--G-------G-----G---G-G--GGGGGGA-TTG-G----A-AC--C-A------GC-G--TGTCGGT-CTGTC
gi|112925                     :                      CCCCA--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------GAACAGG---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112926                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----GGGTT-A--T-----A-TAG-G----T-TT--CAA-C-TCCGT-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112927                     :                      CCCCC--CAAACG-AA-G-T------T----T------GGCG--------G--G-------G-----G---TAA--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-CTCCCGT-C---GTCCGT-CTGTC
gi|112928                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----T---G-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112929                     :                      CCCTG--CAAACA-AA-T-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-T-TTTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112930                     :                      CCCCC--CCAACG-AA-G-T------TG---TG-----G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-CTG-G----A-AT--T-G---GTTGT-C---GTCCGT-CCGTC
gi|112931                     :                      CCCCA--CAA-TG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--A-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----G-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTC
gi|112932                     :                    ccCCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----TG-----G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-T------TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-Ct
gi|112933                     :                      CCCCGGACAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGG---G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112934                     :                     cCCCCG--CAAACG-AA-G-TTTGGGGT----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-AGC-TCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112935                     :                      CCCCC--CAAACG-AA-GAT------T----T------G--G--------G--GG------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-ACAGT-C--TGTCTGT-C
gi|112936                     :                      CCCCG--CAAACA-AA-G-T------T----G------G--G--------G--GAG-----G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--CGTCTGT-C
gi|112937                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGGGGGG-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TTTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112938                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGG---G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TTTGT-C--TGTTTGT-C
gi|112939                     :                           --CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGG-----G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-
gi|112940                     :                 ccactCTCCG--CAAA-G-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGGG--G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--CGTCCGT-C
gi|112941                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----G------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----ATTAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGTGC--TGTCCGT-CTGCC
gi|112942                     :                      CCCCA--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------A-----G---T-AA-T-----C-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112943                     :                      CTCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---G-AA-T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112944                     :                                                      ------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-----T-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112945                     : cccccccaacaatttggggggCCCCG--CAAACG-AA-G-T------T-----------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTC
gi|112946                     :                      CCCCG--CACACA-AG-G-T------T----T------G--G--------G--GGC-----G-----G---T-A--TA----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-C--GT-C--TGTCCGT-CTGTCt
gi|112947                     :                      CCCCG--CCAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-CTG-G----A-AT--C-
gi|112948                     :                    ccCCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------A-----G---T-AA-T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCtgggttgtccgt
gi|112949                     :                      CCCCG--CAA-CG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGAGGGGGG-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--T-A-G-CATGT-C--CGTCCGT-Cttgtc
gi|112950                     :                       CCCG--CAAA-G-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGGGG-G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--CGTCCGT-C
gi|112951                     :                      CCCCA--CCAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------GAAG-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-GTTTCA-AT--C-A---CCTGT-C---GTCTGT-C
gi|112952                     :                     cCCCAG--CAAACG-AC-G-T------T----T------G--GA-------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112953                     :                          c--CAAAC---A-G-T------T----T------A--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--T-G-T-CATGT-T--TGTCTGT-
gi|112954                     :                                                             --G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----G-TTG-G----A-AT--C-A-G-CATGT-C--TGTTTGT-C





Alignments
lowQualScore                  :                                                                            1111111                                         11111                    
lowQualScore                  :                           00     66  1 0 111111 2222 666666 11 22222222 00 7777777 11111 111 1 22 22222 0 1 0 222222  00 1 00000   0 00       0     
lowQualScore                  :                           ..     ..  . . ...... .... ...... .. ........ .. ....... ..... ... . .. ..... . . . ......  .. . .....   . ..       .     
lowQualScore                  :                           99     33  2 6 888888 6666 444444 44 88888888 88 3333333 55555 111 2 77 11111 6 2 6 333333  88 2 66666   6 88       6     
consensus                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCCGT-CTGTC
Reference ( family-312 )      :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112889                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A-G-CATGT------TCCGT-CTGTC
gi|112890                     :                      CCCCG--CAA-CG-AA-G-T------T----TG-----G--G--------G--G-------G-----G---TAA--T-----A-TCT-G----A-AT--C-A-G-CATG--------CCGT-CTGTC
gi|112891                     :                     cCCTCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112892                     :                   cccCCTCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112893                     :                   cccCCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T---------G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A-G-CATGT-C--AGTCTGT-C
gi|112894                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G--------------T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-A--TGCCCGT-CTGTC
gi|112895                     :                      CCCCC--CAAACG-AA-G-T------T----T---------G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G------AT--C-A-G-CATGT-CGTTGTCTGT-C
gi|112896                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--GAGGGGGGGG--G-------G-----G---G-G--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-A--TGTCCGT-CTGTC
gi|112897                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G--------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---G-G--T-----A-TTT-G----A-AT--C-A-G-CATGT-C--TGTCTGT-C
gi|112898                     :                      CCTCA--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G---------T-A--T-----A-TTA-G----A-AT--C-A-G-TATGC-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112899                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----TGGG---G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-GA---A-AT--C-A-G-CATGT-C--GG--CGTCCTGT
gi|112900                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TTG-G----A-ACAGC-A-A-TGCGT-T--TGTCTGT-CTGT
gi|112901                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112902                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--CAA-C-TCTGT-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112903                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCCGT-CCGTC
gi|112904                     :                      CCCCA--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--CATCCGT-C
gi|112905                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G--------------------------------G--G-------T-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-A--TACCCGT-CTGT
gi|112906                     :                      CCCCG--CAAACGTAA-G-T------TGGGGG------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTT-G----A-AT--C-A-G-CATGT-C---GTCCGT-CTGT
gi|112907                     :                      CCCCT--CAA-CA-AA-G-T------TG---T------G--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A-----GGT-T--GGTCCGT-CTGT
gi|112908                     :                     cCCCCT--CAA-CA-AA-G-T------T----G------T--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GG-T--TGTCCGT-C-GTC
gi|112909                     :                     cCCCCT--CAA-CA-AA-G-T------T----G------T--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GG-T--TGTCCGT-C-GTC
gi|112910                     :                     cCCCCG--CAAACG-AAAG-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----ATTT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112911                     :                      CCCCG--CAAACG-AAGG-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-ATGT-----A-TAG-G----GTTT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112912                     :                      CCCCG--CAAACA-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAGCG----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGT-CGT-CTGTC
gi|112913                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GG------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112914                     :                      CCCCG--CCAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCCGT-CCGTC
gi|112915                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G------AT--C-A-C-TCTG--------CCGT-CTGTC
gi|112916                     :                      CCCCC--CTAACA-AA-G-T------T----T------G--A--------G--GAAGG---G-----G---T-A--T-----A-CTG-G----A-AT--T-G-G-GATGT-C--TGTCTGT-
gi|112917                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGGG--G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-----T-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112918                     :                      CTCCG--CAAACT-TC-G-T------T----T------GC-G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-G-A-CCTGT-C--CGTCTGT-C
gi|112919                     :                      CCCCG--CAATC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-T--TGTCTGT-C
gi|112920                     :                      CCCTA--CAAACG-AA-G-T------T----TG-----G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CATGT-C--TAT-TGT-CTGTC
gi|112921                     :                    ccCCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----TTGG---G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCTGT-
gi|112922                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----G------G--G--------G--GGGG----G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-----T-T--TGTCCGT-CTGTC
gi|112923                     :                      CCCCG--CAA-CG-AA-G-T------T----TGGGGGGG--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-CTG-G----A-AT--C-G-----GGT-T--TGTCCGT-CCGTC
gi|112924                     :                     cCCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----G------G--G--------G--G-------G-----G---G-G--GGGGGGA-TTG-G----A-AC--C-A------GC-G--TGTCGGT-CTGTC
gi|112925                     :                      CCCCA--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------GAACAGG---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112926                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----GGGTT-A--T-----A-TAG-G----T-TT--CAA-C-TCCGT-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112927                     :                      CCCCC--CAAACG-AA-G-T------T----T------GGCG--------G--G-------G-----G---TAA--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-CTCCCGT-C---GTCCGT-CTGTC
gi|112928                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----T---G-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112929                     :                      CCCTG--CAAACA-AA-T-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-T-TTTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112930                     :                      CCCCC--CCAACG-AA-G-T------TG---TG-----G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-CTG-G----A-AT--T-G---GTTGT-C---GTCCGT-CCGTC
gi|112931                     :                      CCCCA--CAA-TG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--A-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----G-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTC
gi|112932                     :                    ccCCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----TG-----G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-T------TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-Ct
gi|112933                     :                      CCCCGGACAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGG---G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112934                     :                     cCCCCG--CAAACG-AA-G-TTTGGGGT----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-AGC-TCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112935                     :                      CCCCC--CAAACG-AA-GAT------T----T------G--G--------G--GG------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-ACAGT-C--TGTCTGT-C
gi|112936                     :                      CCCCG--CAAACA-AA-G-T------T----G------G--G--------G--GAG-----G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--CGTCTGT-C
gi|112937                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGGGGGG-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TTTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112938                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGG---G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TTTGT-C--TGTTTGT-C
gi|112939                     :                           --CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGG-----G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-
gi|112940                     :                 ccactCTCCG--CAAA-G-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGGG--G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--CGTCCGT-C
gi|112941                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----G------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----ATTAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGTGC--TGTCCGT-CTGCC
gi|112942                     :                      CCCCA--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------A-----G---T-AA-T-----C-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112943                     :                      CTCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---G-AA-T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112944                     :                                                      ------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-----T-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112945                     : cccccccaacaatttggggggCCCCG--CAAACG-AA-G-T------T-----------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTC
gi|112946                     :                      CCCCG--CACACA-AG-G-T------T----T------G--G--------G--GGC-----G-----G---T-A--TA----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-C--GT-C--TGTCCGT-CTGTCt
gi|112947                     :                      CCCCG--CCAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-CTG-G----A-AT--C-
gi|112948                     :                    ccCCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------A-----G---T-AA-T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCtgggttgtccgt
gi|112949                     :                      CCCCG--CAA-CG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGAGGGGGG-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--T-A-G-CATGT-C--CGTCCGT-Cttgtc
gi|112950                     :                       CCCG--CAAA-G-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGGGG-G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--CGTCCGT-C
gi|112951                     :                      CCCCA--CCAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------GAAG-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-GTTTCA-AT--C-A---CCTGT-C---GTCTGT-C
gi|112952                     :                     cCCCAG--CAAACG-AC-G-T------T----T------G--GA-------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112953                     :                          c--CAAAC---A-G-T------T----T------A--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--T-G-T-CATGT-T--TGTCTGT-
gi|112954                     :                                                             --G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----G-TTG-G----A-AT--C-A-G-CATGT-C--TGTTTGT-C


blockSeqs                     :                                  GT  A   TTGGGG GGGG GGGGGG GC AGGGGGGG    GGGGGGG AACAG GGT A TG GGGGG   C   TTTCA      A CTCC 
blockSeqs                     :                                  G   G   .      G    GGG    C  A           GAGGGGG .     .   A A  A       T   AA         A GCTC 
blockSeqs                     :                                  G   .   .      G    TGG    .  .           GGGGGG  .     .   . A  .       T   AT         . GCA  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    G      .  .           GGGGG   .     .   . A  .       T   GT         . GCA  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    G      .  .           GGGGG   .     .   . .  .       T   A          . GCA  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    G      .  .           AAGG    .     .   . .  .       T   A          . GCA  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    G      .  .           GGGG    .     .   . .  .       T   A          . GTA  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           GGGG    .     .   . .  .       T   A          . GCA  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           GGG     .     .   . .  .       T   A          . ATG  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           AG      .     .   . .  .       T   A          . CCC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           GG      .     .   . .  .       T   A          . CTC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           GC      .     .   . .  .       A   A          . CTC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           G       .     .   . .  .       A   A          . CTC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           G       .     .   . .  .       A   T          . GCA  
blockSeqs                     :                                  A   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . CCC  
blockSeqs                     :                                  A   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       T   A          . CCC  
blockSeqs                     :                                  A   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       T   A          . CTC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       T   A          . CCC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       T   A          . CTC  
blockSeqs                     :                                  A   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       T   A          . CTC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . GGA  
blockSeqs                     :                                  A   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . ACC  
blockSeqs                     :                                  T   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . CTC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   T          . CCA  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . CTC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . CCC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       T   A          . CTC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . CTC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       T   A          . TTT  
blockSeqs                     :                                  A   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   T          . CCC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . CCC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . CCC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . CAC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       T   A          . CCC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       T   T          . CTT  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   T          . CTT  
blockSeqs                     :                                  A   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   T          . CCC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . CTC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . CCC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . CTC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       T   G          . CTC  
blockSeqs                     :                                  A   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   T          . CCC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   T          . CTC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   T          . GCA  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   T          . CTC  
blockSeqs                     :                                  G   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . CCC  
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . TCA  
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   T          . GCA  
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . GT   
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   T          . CC   
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . CC   
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . C    
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . C    
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   T          . C    
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . .    
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . .    
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . .    
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       T   A          . .    
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . .    
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       T   T          . .    
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . .    
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   A          . .    
blockSeqs                     :                                  .   .   .      .    .      .  .           .       .     .   . .  .       A   .          . .    
blockSeqs                     :                                                      .      .  .           .       .     .   . .  .       T   .          . .    
blockSeqs                     :                                                             .  .           .       .     .   . .  .       T   .          .      


blockSeqCons                  :                      
originalCons                  :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCCGT-CTGTC
finalCons                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCCGT-CTGTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                            1111111                                         11111                    
lowQualScore                  :                           00     66  1 0 111111 2222 666666 11 22222222 00 7777777 11111 111 1 22 22222 0 1 0 222222  00 1 00000   0 00       0     
lowQualScore                  :                           ..     ..  . . ...... .... ...... .. ........ .. ....... ..... ... . .. ..... . . . ......  .. . .....   . ..       .     
lowQualScore                  :                           99     33  2 6 888888 6666 444444 44 88888888 88 3333333 55555 111 2 77 11111 6 2 6 333333  88 2 66666   6 88       6     
consensus                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCCGT-CTGTC
Reference ( family-312 )      :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112889                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A-G-CATGT------TCCGT-CTGTC
gi|112890                     :                      CCCCG--CAA-CG-AA-G-T------T----TG-----G--G--------G--G-------G-----G---TAA--T-----A-TCT-G----A-AT--C-A-G-CATG--------CCGT-CTGTC
gi|112891                     :                     cCCTCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112892                     :                   cccCCTCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112893                     :                   cccCCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T---------G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A-G-CATGT-C--AGTCTGT-C
gi|112894                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G--------------T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-A--TGCCCGT-CTGTC
gi|112895                     :                      CCCCC--CAAACG-AA-G-T------T----T---------G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G------AT--C-A-G-CATGT-CGTTGTCTGT-C
gi|112896                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--GAGGGGGGGG--G-------G-----G---G-G--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-A--TGTCCGT-CTGTC
gi|112897                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G--------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---G-G--T-----A-TTT-G----A-AT--C-A-G-CATGT-C--TGTCTGT-C
gi|112898                     :                      CCTCA--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G---------T-A--T-----A-TTA-G----A-AT--C-A-G-TATGC-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112899                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----TGGG---G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-GA---A-AT--C-A-G-CATGT-C--GG--CGTCCTGT
gi|112900                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TTG-G----A-ACAGC-A-A-TGCGT-T--TGTCTGT-CTGT
gi|112901                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112902                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--CAA-C-TCTGT-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112903                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCCGT-CCGTC
gi|112904                     :                      CCCCA--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--CATCCGT-C
gi|112905                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G--------------------------------G--G-------T-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GC-A--TACCCGT-CTGT
gi|112906                     :                      CCCCG--CAAACGTAA-G-T------TGGGGG------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTT-G----A-AT--C-A-G-CATGT-C---GTCCGT-CTGT
gi|112907                     :                      CCCCT--CAA-CA-AA-G-T------TG---T------G--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A-----GGT-T--GGTCCGT-CTGT
gi|112908                     :                     cCCCCT--CAA-CA-AA-G-T------T----G------T--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GG-T--TGTCCGT-C-GTC
gi|112909                     :                     cCCCCT--CAA-CA-AA-G-T------T----G------T--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-A------GG-T--TGTCCGT-C-GTC
gi|112910                     :                     cCCCCG--CAAACG-AAAG-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----ATTT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112911                     :                      CCCCG--CAAACG-AAGG-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-ATGT-----A-TAG-G----GTTT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112912                     :                      CCCCG--CAAACA-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAGCG----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGT-CGT-CTGTC
gi|112913                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GG------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112914                     :                      CCCCG--CCAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCCGT-CCGTC
gi|112915                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G------AT--C-A-C-TCTG--------CCGT-CTGTC
gi|112916                     :                      CCCCC--CTAACA-AA-G-T------T----T------G--A--------G--GAAGG---G-----G---T-A--T-----A-CTG-G----A-AT--T-G-G-GATGT-C--TGTCTGT-
gi|112917                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGGG--G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-----T-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112918                     :                      CTCCG--CAAACT-TC-G-T------T----T------GC-G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--C-G-A-CCTGT-C--CGTCTGT-C
gi|112919                     :                      CCCCG--CAATC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-T--TGTCTGT-C
gi|112920                     :                      CCCTA--CAAACG-AA-G-T------T----TG-----G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CATGT-C--TAT-TGT-CTGTC
gi|112921                     :                    ccCCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----TTGG---G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCTGT-
gi|112922                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----G------G--G--------G--GGGG----G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-----T-T--TGTCCGT-CTGTC
gi|112923                     :                      CCCCG--CAA-CG-AA-G-T------T----TGGGGGGG--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-CTG-G----A-AT--C-G-----GGT-T--TGTCCGT-CCGTC
gi|112924                     :                     cCCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----G------G--G--------G--G-------G-----G---G-G--GGGGGGA-TTG-G----A-AC--C-A------GC-G--TGTCGGT-CTGTC
gi|112925                     :                      CCCCA--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------GAACAGG---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112926                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----GGGTT-A--T-----A-TAG-G----T-TT--CAA-C-TCCGT-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112927                     :                      CCCCC--CAAACG-AA-G-T------T----T------GGCG--------G--G-------G-----G---TAA--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-CTCCCGT-C---GTCCGT-CTGTC
gi|112928                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----T---G-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112929                     :                      CCCTG--CAAACA-AA-T-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----T---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-T-TTTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112930                     :                      CCCCC--CCAACG-AA-G-T------TG---TG-----G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-CTG-G----A-AT--T-G---GTTGT-C---GTCCGT-CCGTC
gi|112931                     :                      CCCCA--CAA-TG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--A-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----G-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTC
gi|112932                     :                    ccCCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----TG-----G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-T------TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-Ct
gi|112933                     :                      CCCCGGACAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGG---G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112934                     :                     cCCCCG--CAAACG-AA-G-TTTGGGGT----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-AGC-TCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112935                     :                      CCCCC--CAAACG-AA-GAT------T----T------G--G--------G--GG------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-ACAGT-C--TGTCTGT-C
gi|112936                     :                      CCCCG--CAAACA-AA-G-T------T----G------G--G--------G--GAG-----G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--CGTCTGT-C
gi|112937                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGGGGGG-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TTTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112938                     :                      CCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGG---G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TTTGT-C--TGTTTGT-C
gi|112939                     :                           --CAAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGG-----G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-
gi|112940                     :                 ccactCTCCG--CAAA-G-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGGG--G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--CGTCCGT-C
gi|112941                     :                      CCCCG--CAAACG-AA-G-T------T----G------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----ATTAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGTGC--TGTCCGT-CTGCC
gi|112942                     :                      CCCCA--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------A-----G---T-AA-T-----C-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112943                     :                      CTCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---G-AA-T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112944                     :                                                      ------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-----T-C--TGTCCGT-CTGTC
gi|112945                     : cccccccaacaatttggggggCCCCG--CAAACG-AA-G-T------T-----------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTC
gi|112946                     :                      CCCCG--CACACA-AG-G-T------T----T------G--G--------G--GGC-----G-----G---T-A--TA----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-C--GT-C--TGTCCGT-CTGTCt
gi|112947                     :                      CCCCG--CCAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-CTG-G----A-AT--C-
gi|112948                     :                    ccCCCCG--CAAAC--AA-G-T------T----T------G--G--------G--G-------A-----G---T-AA-T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--TGTCtgggttgtccgt
gi|112949                     :                      CCCCG--CAA-CG-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGAGGGGGG-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--T-A-G-CATGT-C--CGTCCGT-Cttgtc
gi|112950                     :                       CCCG--CAAA-G-AA-G-T------T----T------G--G--------G--GGGGGGG-G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----A-AT--C-A-C-TCTGT-C--CGTCCGT-C
gi|112951                     :                      CCCCA--CCAACG-AA-G-T------T----T------G--G--------GAAG-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-GTTTCA-AT--C-A---CCTGT-C---GTCTGT-C
gi|112952                     :                     cCCCAG--CAAACG-AC-G-T------T----T------G--GA-------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TAG-G----T-TT--C-A-C-CCTGT-C--TGTCTGT-C
gi|112953                     :                          c--CAAAC---A-G-T------T----T------A--G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----A-TTG-G----A-AT--T-G-T-CATGT-T--TGTCTGT-
gi|112954                     :                                                             --G--------G--G-------G-----G---T-A--T-----G-TTG-G----A-AT--C-A-G-CATGT-C--TGTTTGT-C