lowQualScore : 1 111 111111111 1 3333333333333333333333333333 11111111111 1111111 88888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 22 1 2 1 1 0 000 11 1 22 222222222 333 0 222 3 11 222 6666666666666666666666666666 2222 0 33333 999 2222 111 00 00 0 11 22222222222 0 99 222 1 0 0 22 333 111 5555555 0 5 00 11111111111111111111111111111111111111111 11 00 1 88 333333 777777777777777 1 0 666 11111 3333 00 0
lowQualScore : .. . . . . . ... .. . .. ......... ... . ... . .. ... ............................ .... . ..... ... .... ... .. .. . .. ........... . .. ... . . . .. ... ... ....... . . .. ......................................... .. .. . .. ...... ............... . . ... ..... .... .. .
lowQualScore : 66 9 6 8 8 7 555 77 2 22 444444444 888 8 000 6 33 222 3333333333333333333333333333 5555 6 00000 000 6666 000 88 88 6 77 77777777777 6 00 444 2 6 6 11 666 999 9999999 6 1 99 22222222222222222222222222222222222222222 55 99 9 22 222222 777777777777777 9 6 666 77777 1111 99 7
consensus : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-G-AAAATGG--AT--T-TT-AAGA--T-G--GCAG--AC-GA---TT-TGG-C---AAAA-A----T-----CC---A-G---T----C----CGA-CTTA-----TA--NG----CG---GGT--C--AA-T--G--------NC-A-AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-CCAA--AA--A---A-----GG-GT-TC---A----------C------GAC--TTA--T-AG-GCG-GGC--CGAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
Reference ( gi|88517 ) : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGTTA-G-AAAGTGA--AT--T-TT-AAGA--C-G--ACAA--AC-AA---TT-TGA-C---AAAA-A----T-----CC---A-A---T----C----CGA-CTTA-----TA--TG----CG---GGT--C--AA-T--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-CCAA--AA--G---A-----GGTGT-TC---A----------C------GAC--TTA--T-AC-GCG-GGT--CGAC-C-------------T-AT-AT--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88514 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-G-AAAATGG--AT--T-TT-AAGA--T-G--GCAG--GC-AA---TT-TGC-C---AAAA-A----T-----CC---A-G---T----C----CGA-CTTA-----TA--TG----CG---GGT--C--AA-T--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---AT-CCGA--AA--G---A-----GGGGT-TC---C----------C------AAC--TTA--T-AC-GCG-GGT--CAAC-C-------------T-AT-AT--GCA-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88518 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-G-AAAATAG--AT--T-TT-AAGA--T-G--GCTG--AC-AA---TT-TCA-C---AAAA------T-----CC---A-G---T----C----CGA-CTTA-----TA--TG----AGTAGGGT--C--AA-T--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT------CT-CCGA--AA--G---G-----GGGGT-TC---C----------C------GAC--TTA--T-AC-GCG-GGT--CGAC-C-------------T-AT-AT--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88516 : CAAAGAAAT--GTAA-TTATTGCTA-C-AAAATGG--AT--T-TT-AAGA--T-G--GCAG--AC-AA---TT-TGA-C---AAAA-C----T-----CC---A-G---T----C----CGA-CTTA-----TA--TG----CG---GGT--C--AA-T--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TC--T---CT-CCGA--AA--G---A-----GGGGT-TC---C----------C------AAC--TTA--T-AC-ATG-GGT--CGAT-C-------------T-AT-AT--GCG-----AG----T--ATATA-CAGTA
gi|88522 : CAAAGAAAC--ACAG-TTCTTGCTA-G-AGAATGA--AT--T-TT-AAGA--T-G--GCAG--AT-AA---TT-TGA-C---AAAA-A----T-----TC---A-A---T----C----CGA-ATTA-----TA--TG----CG---GAT--C--AA-T--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-CCAA--CA--G---A-----GGGGT-TT---C----------C------GAC--TTA--T-AC-ACC-GGT--TAAG-C-------------T-AT-AT--TCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88519 : CAAGGAAAC--ACAG-TTCTTGCTA-G-AAAATGG--GT--A-TT-AAGA--T-G--GCAG--AC-AA---TT-TGA-C---AAAA-A----T-----CC---A-G---T----C----CGA-CTTAAT---TAAATG----CG---GGT--C--AA-A--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-CCGA--AA--G---A-----GGGGT-TC---C----------C------GAC--TTA--T-AC-GCG-GGT--CTAT-C-------------T-AT-AT--GCG-----AGTA--T--ATATA-CGGTA
gi|88520 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGC-A-G-AAAATGG--AT--T-TA-AAGA--T-G--GCAG--AC-AA---TT-TGA-C---AAAA-A----T-----CC---A-G---T----C----CGA-C-TA-----TA--TG----CG---GGT--C--AA-T--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-CA-AAA---A---TT--T---CT-CCGA--AA--G---A-----GGGGT-TC---C----------C------TAC--TTA--T-AC-GCG-GGT--CGAA-C-------------T--T-AT--GCT-----AG----T---TATA-CGGTA
gi|88521 : CAAAGAAAC--GTAA-TT---GCTA-G-AAAATGG--AT--T-TT-AAGG--CAG--ACAA--A--------T-TGA-C---AAAA-C----T-----CC---A-G---T----C----CGA-CTTA-----TA--TG----CG---GGT--C--AA-T--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-T--AAA---A---AT--T---TT-CCCA--AA--G---A-----GGGGT-TC---C----------T------GAC--TTA--T-AC-GCG-GGT--CGAC-C-------------T-AT-AT--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88515 : CAAAGAA-C--ACAA-ATCT-GCTA-G-AAAATGG--AT--T-TT-AAGA--T-G--GCAG--GC-AA---TT-TGC-C---AAAA-A----T-----CC---A-G---T----C----CGA-CTTA-----TA--TG----TC---GGT--C--AA-T--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---AT-CCGA--AA--G---G--------GT-TC---C----------C------GACTATTA--T-A--GCG-GGT--CAAC-C-------------T-AT-AT--GCA-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88523 : CAATGAAAT--GCAAGTTCTTGCTA-G-AAA-TGG--AT--T-T--AAGA--T-G--GCAC--AC-AAA--TT-GGA-C---AAAC-C----T-----CC---A-G---T----C----CGA-CTTA-----TA--TG----CG---GGT--C--AA-T--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-CCGA--AG--A---A-----AGGGT-TC--------------C------GAC--TTA--T-AT-GCG-GGT--CGAC-C-------------T-AT-AT--GCG-----AG----T--ATATA-TG
gi|88524 : CAAATAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-A-AAATTGG--AT--T-TT-AAGA--T-G--TCAA--AC-AA---TT-TGA-C---AAAA-C----T-----CC---T-G---T----C----TGA-CTTA-----TA--TG----CG---GGT--C--AA-T--T--------TC-A-AA--T-T-A-T-T-C--AAA---G---TT--T---CT-CCAA--GA--G---G-----GAT-T-CC---A-----------------GAA--TTA--T-AC-GCG-GGT--CGAC-C-------------T-AT-AT--GCG-----AT----G--ATATA-AGGTA
gi|88525 : CAAAGAAAC--ACAA-ATCTTGTTA-G-AAAATGA--GT--T-TT-AAGA--T-G--GCTG--AC-AA---TT-TGA-C---AAAA-A----T-----TC---A-G---T----C----CGA-CTTA-----TA--AG----AG---GGC--C--AG-T--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-CA-AAA---A---AT--T---CG-TCGA--AA--G---T-----GGGGT-TA---C----------C------GAC--TTA--T-AC-GCT-GCC--CGAC-T-------------T-AT-AT--CCG-----AA----T--ATATA-CGGTA
gi|88526 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-G-AAAATAG--AT-------AAGA--T-G--GTGA--AC-TA---TT-TGA-C---AA---------------------------------------TTTA-----TA--TC----AG---GGT--C--AA-T--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-CCGA--AA--G---A-----GGAGT-TC---C----------C------GAC--TTA--T-AC-GCA-GGT--CGAC-C-------------T-AT-AT--GAG-----AG----T--ATATG-CGATA
gi|88527 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-G-AAA-TGG--AT--T-TT-AAGATGT-G--ACAA-----------T-TGA-C---AAAA-A----T-----CCTATA-G---T----C----CGA-CGTA-----TA--TATGCTCG---GTT--CAAAA-T--GT-------TT-A-AAT-T-T-T-T-T-C--AGA---A---TT--T---CTGCCGA----------A-----TGTGT-TC---C----------CAAG---AAC--TTA--T-AC-ACT-GGT--GAAC-C-------------TAAT-AG--GTGGATATAA----T--GTATA-CGGTA
gi|88528 : CAAAGAA-C--AAAA-GTCTTGCTA-G-GAAATGG--AT--T-TT-GAGG--T-T--GCGG--AC-AA---TT-TGA-C---AAAA-C----T-----TC---A-G---T----C----CGA-CCTA-----TA--TG----AG---GGT--C--AA-T--G--------TT-G-AA--T-T-A-T-C-C--GA------------T---C--------------------------------------------------------TTA--T-AT-GCG-GGC--CGAC-CGATATGAAAATAGT-AT-GT--GCA-----AA----T--ATATA-CGGTA
gi|88529 : AAAGAAAC--ACAA-TTCTTGTTA-G-AAAATGG--AT--A-TT-GATA--T-G--GCGG--AA-AA---TT-TGT-C---AAAA-AT---T-----TC---A-G---T----C----CGA-C
gi|88530 : AAAGAAAC--ACAA-CTCTTGCTAGG-AAAATGGC-AT--TATTAAAGT--T-G--ACGT--AC-AA---TC-AGATT---AAAA-A----T-----TC---A-G---T----C----TGA-C--A-----TA--TGAA--AA---GGT--C--AA-C--G--------TC-A-TA--T-T-C-C-T-A--AAA---A---
gi|88531 : AAAAAACCCACAA-TTCTTCTTA-G-AAA------------TT---GA--T-G--GCAG--AC-AA---TT-TGA-C---AAAA------C-----CC---A-G---T----C----CGA-CTTA-----TA--TG----CG---GGT--C--AA-T--G--------TT-A-AG--T-T-C-T-T-C--GAA---A--------------------GA--G---G-----GG-GT-TC---C----------C------GAC--TTA--T-AC-GCG-GGT--CGAC-C-------------T-AT-AT--GCG-----AG----T--ATGTA-CAGTA
gi|88532 : AAGAAAT--ACAA-CTCTCACTA-G-AAAATGA--AT--A-TC-AAGA--T-G--GCAG--GA-TA---TT-TGA-T---AAAA-A----T-----TC---A-G---T----C----TGA-CTTA-----AA--AG----AG---GGT-----------G--------TT-A-GA--T-T-G-C-T-C--AAA---A---AT--A---CT-CTGA--AA--G---A-----GGGGT-T----A----------T------GGA--CTA--T-A--------------------------------AT-TT--GCA-----AG----T--ATATG-CAATA
gi|88533 : AAAAAT--GCGA-ATCTCTCTA-C-AAAATGG--ATATT-TT-AAAA----G--ATGG--GT-GAGTATT-TGA-CAAAAAAA-A----A-----CC-----A---T----C----CGA-TTTA-----TA--TG-----G---GGT-----GA-T--G--------TT-A-GA--T-T-T-T-T-C--AAA---A---AT--T---CT-CCAA--AG--A---A-----GGGGT-TG---T----------C------CAC--TTA--T-AT-GCG-GGC--CGAT-G-------------T-AT-AT--GCG-----AG----T--GAATA-CGGTA
gi|88534 : AAAC--ACA---TCTTGTTA-A-AAGCTG----T--T-----------------GG--AC-AA---TC-TGA-T---AAAA-AT---T-----TC---A-C---T----C----CAA-CTAA-----AA--AA----T-----GT--C--AA-T--G--------TC---AG--T-T-C-T-T-TGAAAA---A---CT--C---TT-TTAA--AAATA---A-----GG----TC---AT---------T------GAC--TTA--T-AT-GTG-GGT--AGAA-T-------------A-AT-AG--GTG-----AG----T--ATATA-CAATA
gi|88535 : AT--ACAA-TTGTTTTTA-GCAAAGTG---------TT-AAGT--T-G--ATGG--AC-AA---TT-TGG-T---AAAACA----G-----TC---A-A---T----C----CAA-CTTA-----TG--AA----AG---GTT--C--CA-T--A--------TC---AA--T-T-C-T-A-A--AGA---AAT-TT--T---CT-GGAAACAA--T---A-----G------C---A----------------------TTA--T-AC-ATG-GGT--TGAC-----------------AT-CT--GTG-----A
gi|88537 : TTGCTA-G-AAAATAGCGAT--T-TT-AAGA--T-GCCGCAGCCAC-AA---TT-TGA-C---AAAACG----T-----CC-----T---T----C----CG--CTTA------A---G----CG---GG
gi|88540 : TGG--AT--T-TG-AAAT--T-G--TCAA--CC-AA---TTCTGA-T---AAAA-AGT--T-----TT---A----------C----CGA-CTTA-----TA--CG----CG---AGT--G--AATT--G--------CA-A-AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---T
gi|88541 : --AT--T-TG-AAAT--T-G--TCAA--CC-GA---TTCTGG-C---AAAA-AGT--T-----TT---A----------C----CGA-CTTA-----TA--GG----CG---GGT--C--AA-T--G--------GC-A-AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TG------AT-CTAA--AA--A---A-----ACCACATC--------------C------GAC--CTA--T-AG-GCG-AAC--CGAT-T-------------T-AT-AG--CCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88553 : g--AT--T-TT-AATT--T-G--TCAA--CC-GA---TTCTGG-G---AAAA-AGT--T-----GT---A----------C----CGA-CTTA-----TA--GG----CG---GAT--C--AT-T--G--------GC-A-AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C-AA--AA--A---A------------C---A----------CAACC--GAC--TTA--T-AG-GCG-ACC--CGAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-TGGTA
gi|88544 : --AT--T-TG-AAAT--T-G--TCAA--CC-GA---TTATGG-C---AAAA-AG---T-----TG---T-A---C----CGTGGCGT-CTTA-----TA--GG----CG---GGT--C--AA-T--G--------GC-A-AA--A-T-CGT-T-C--AAA---A---GT--A---TT-ACAC--AA-------------------C--------------C------GAC--TTA--T-AG-GCG-AAC--CGAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-CAGTA
gi|88545 : g--AT--T-TG-AAAT--T-G--TCAA--CC-GA---TTCTGG-C---AAAA-GGT--T-----GT---A----------C----CGA-CTAA-----TA--AG----CG---GGT--C--AA-T--G--------GCAA-AA--T-C-C-T-T-C---AA---A---TTGAT---CT-CAAA--AA------------------TC---ACAAC------C------GAC--TTA--T-AG-TCC-AAT--CGAT-T-------------T-AT-ATAGGCG-----AG----T--AAATA-CGGTA
gi|88546 : g--AT--T-TG-AAAT--T-G--TCAA--CC-GA---TTCTGG-C---AAAA-G----TGTGTACC---G-A--------C----TAA-TTTAA----TA--AG----CG---GGT--C--AA-T--G--------GCAA-AA--T-C-C-T-T-C---AA---A---TTGAT---CT-CAAA--AA--C---A------------C---AAC--------C------GAC--TTA--T-AG-TCC-AAT--CGAT-T-------------T-AT-ATAGGCG-----AG----T--AAATA-CGGTA
gi|88550 : g--AT--T-TG-AAAT--T-G--TCAA--CC-GA---TTCTGG-C---CAAA-A---------------A-G---TTGTAC----CGA-CCTA-----TA--GG----TG---GGT--C--AA-T--G--------GC-A-AA--A-T-C-C-T-C-----------------------TCAA--AA--A---A------------C---A----------CAACC--GAC--TTA--C-AG-GCG-AAC--CGAC-T-------------T-AC-AG--ACG-----AG----T--ATATA-TGGTA
gi|88552 : g--AT--T-TG-AAAT--T-G--TCAA--CC-GG---TTCTGA-C---AAAA-AGT--T-----GT---A----------C----CGA-CTTG-----TA--CG----CG---GGT--C--AA-T--G--------GC-A-AA--A-T-C-C-T-G--AA------------T---CT--CAA--AA--A---A------------C---A----------C-------------------------AGC--CAGC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-CGATA
gi|88551 : g--AT--T-TG-AAAT--T-G--TCAA--CC-GA---TTCTGG-C---AAAA-A--------------------------------G---TTA-----TA--AG----CG---GGT--C--AA-T--G--------AC-A-AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-TAAA--AA--G----------------C---AAAAC------C------GAC--TTA--T-AG-GCG-AAC--TGAC-T-------------T-AT-A
gi|88555 : g--T-TT-AAAT--T-G--TCAA--CC-AA---TTCTGG-C---AAAA------T-----GT---T-A---TA---C----CGA-CTTA-----TA--AG----CG---G----C--GA-T--G--------GCAA-AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-TTAA--AA--A---A------------C---A----------T------AAC--T-------------------GACTT-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88556 : -TT-AAGA--T-G--TCAG--AC-AA---TT-TGA-C---AAAC-A----T-----CC---A-G---T----C----AGA-C--A-----TA--TG----CG---GGT--C--
gi|88547 : --ACAA--CT-AA---TTCTGG-C---AAAA-AGT--T-----CT---G-A-------------CGA-CTAA-----TA--GG----CA---GGT--C--AA-T--G--------G------------------C--AAA---A---TC------CT-ACAA--AA--------------TGA-TC---T----------C------AAC--ATA--A-AC-ACA-GG----GAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88542 : gatttgaaattgtcCAA--CC-GA---TTCTGG-C---AAAA-AG---T-----TG---A-A---C----A----CGA-CTTA-----TA--GG----CG---AGT--C--AA-T--G--------GC-A-AA--AAC-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-CAAA--AA------------------TC---A----------CAACC--GAC--TTA--A-AG-GCG-AAC--CGAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88543 : gatctgaaattgtCAA--CC-GA---TTCTGG-T---AAAA-A----G-----TT---G-A---A----C----CGA-CTTA-----TA--GG----CG---GGT--C--AA-T--G--------GC-A-AA--AAC-C-T-T-C--CAA---A---TG------AT-CTAA--AA--A---A-----A------C---A----------CAACC--GAC--TTA--T-AG-GCG-AAC--CGAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88554 : gatctgaaattgtCAA--TC-GA---TTCTGG-C---AAAA-------------C---G-T---TGTA-C----CGA-CTTA-----AA--GG----CG---AGT--C--AA-T--G--------GC-A-AAA-G-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--A---TT-TCAA--AA--A---A---------C-TC---AAC--------C------GAC--TTA--T-AG-GCG-AAC--CGAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-
gi|88539 : tttgaaatagtCAA--ATGAA---TC-T---C---AAAA-A----A-----CC---ACA---T----C----CGA-CTTA-----TA--GG----CG---AATACC--GA-T--C--------TT-A-
gi|88548 : aaatgtgatttgaaattgtccaactgattctgtcaaaaagttgtaccgacttatagggcgggtcatggcaaaatccttCAA--CC-GA---TTCTGG-C---AAAA------T-----GT---T-G---TA---C----CGA-TTTA-----TA--GG----CG---GGT--C--AA-T--GA-------CA-A-AA--T-A-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT--CAA--AA--A---A------------C---A----------C------AAC---------------------CGAC-T-------------T-AT-AG--GCA-----AG----T--ATATA-CGGTAtaggcgagtatatacggta
gi|88549 : ggtttgaaattgtCAA--CC-GA---TTCTGG-C---AAAA------T-----GT---T-G---TA---C----CGA-TTTA-----TA--GG----CG---GGT--C--AA-T--GA-------CA-A-AA--T-A-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT--CAA--AA--A---A------------C---A----------C------AAC---------------------CGACTT-------------T-AT-AG--GCA-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88538 : ggtttgaaattgtAA--CC-AA---TTCTGA-T---AAAA-AGT--T-----GT---A----------C----CGA-CTTA-----TA--GG----CG---GGT--C--AA-T--G--------GC-A-AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TG--A---C--CTAA--AA--A---A-----AACA---C---AAC--------C------GAC--TTA--T-AG-GCG-AAC--CGAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----C--ATATA-CGGTA
gi|88557 : aacattgatttgaaattgttAG--AC-AA---TT-TGA-C---AAAA-G----G-----CC---A-G---T----C----CGA-CTTA-----TA--TG----AG---GGT--C--AA-T--G--------TT-A-AA--G-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-
gi|88571 : ggtggtAA--AT-AA---TC-T---C---AAAA-A----C-----AC---A-A--------C----CGA-CTTA-----TA--GG----CG---AAC--C--AA-
gi|88579 : aaagttctaccgacttataggcgggtcaatggcaaaatccttcaA--AC-A----TT-TGT-C---AGAA-A----T-----AG---A-GGCTC----C----CGA-CTTA-----TA--CG----CG---GGT--C--GA-cttataggcgagtatatatggta
gi|88558 : gcgggtcaatgttaaattcttc--AC-AT---TC-TGG-C---AAAA-A---------------A-G---TTGTAC----CGAACTTA-----TA--AG----CG---GGT--C--AA-TTGG--------CA-A-AA--T-C-C-TCT-C--AAA--------T--G---AT-CTAA--AA--ACACA-----AACG-------A----------CT-----GAC--TTA--TTAG-GCGAGGT--T-AT-A-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTAcctatatgggagta
gi|88559 : C-GA---TTCTGG-C---AAAA-AG---T-----TG---A-A-------------CGA-CTTA-----TA--GG----CG---AGT--C--AA-T--G--------GCAA-AA--A-C-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-CAAA--AA------------------TCACAA----------C------GAC--TTA--A-AG-GCG-AAC--CGAC-T-------------TAAT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88560 : C-GA---TC-TGG-CTA-AAAA-A----C-----TT---G-A---TA---C----CGA-CTTA-----TA--GG----CG---GGT--C--AA-TGAG--------CA-A-AA--T-C-CGT-T-C--AAA---C---TGA-T---CT-GCAA--AA--T---A------------C---ACCGC------C------GAC--TTA--TAAG-GCG-AAC--CGAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88561 : C-GA---TTCTGG-C---AAAA------T-----AC---T-G---TA---C----CAA-CT-G-----TA--TG----CA---GGT--C--AA-T--G--------GC-GCAA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C-AA--AA--A---A------------C---A----------CAACC--GAC--TTA--T-AG-GCG-GAC--TAAC-A-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATAAA-CGGTA
gi|88562 : -AA---TT-TGA-C---AAAA-AA---T-----CC---T-G---T----C----CGG-CTTA-----TA--TG----TG---GGT--C--AA-T--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-C--AAAT--G---TT--T---CT-CTGA--AA--G---A-----GGGGT-TC---C----------C------GAC--TTA--C-AC-GCT-GGT--CGAT-C-------------T-AT-AT--GCG-----AG----A--ATATA-CGG
gi|88563 : -AA---TT-TGG-C---AAAA-A----G-----TT---G-G---T----TA---CGA-CTTA-----TA--AG----CG---GGT--C--AA-T--G--------CA-A-AA--T-C-C-T-T-C--AAATG-A---T--------T-CAAA--AA--C---ACACACGGACT-TT---ATAGGCCGAACC------GACT-TTA--T-AA-GCG-AA---CGAT-T-------------T-ATGGG--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88564 : ---TT-TGG-C---AAAA-A----G-----TT---A-T---A----C----CGA-CTTA-----TA--AG----CG---GGT--C--AA-C--G--------GC-A-AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C-AA--AA--A---A------------C---A----------CAACC--GAC--TTA--T-AG-GCG-AAC--CGAC-T-------------T-AT-AG--GTG-----AG----T--ATATA-TGGTA
gi|88565 : ---TC-TGG-C---AAAA-AGT--T-----GT---A----------C----CGA-CTTA-----TA--GG----CG---GGT--C--AA-T--G--------GC-A-AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C-AA--AA--A---A-----CACAT--C---A-----------------AAC--TTA--T-AG-GCG-AAC--CGAC-T-------------T-AT-AG--ACG-----AG----T--ATATA-CGGT
gi|88567 : ---TC-TGG-C---AAAA-A----G-----TC---G-A---A----C----CGA-CTAA-----TA--GG----CG---GGT--C--AA-T--G--------GC-A-AA--AAG-C-T-T-C--AAA---C---TGA-T---CT-C-AA--AA--A---A------------C---A----------CAACC--GAC--TTA--T-AG-GCG-AAC--CGAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88566 : ---TC-TGG-C---AAAA-A----G-----C----A-G---T----AG---CGA-CTTA-----TA--GG----CG---GGT--C--AA-T--G--------GC-A-AAA-T-C-C-T-C-C--AAA---A---TGA-T---CT-C-AA--AA--C---A------------C---AAC--------C------GAC--TTA--T-AGAGCG-AA---CGAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88568 : ---TC-TGG-C---AAAA-A----G-----TT---A-T---A----C----CGA-CTTA-----TA--AG----CA---GGT--C--AA-T--G--------GC-A-AAC-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT--AAA--AA--A---A-----CATA-------A----------CT-----GAC--TCA--A-AA-GCG-AGT----A----------------T-AT-AT--ACG------G----TACATATA-CGGT
gi|88536 : T-TGG-C---AAAA-AGTTAT-----CT---G-C---TA---C----CGA-CTTAATACATA--GG----CG---GGT--C--AA-T--G--------GC-A-AAAAT-C-C-T-TTC--AAA---A---AT--GAGGCT-TAAA--AA--C---A-----------CC---A----------CAACACCGAC--TTA--T-AG-GCG-AAC--CGAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AGC---T--ATATACCGGTA
gi|88570 : caacttcttgatttgaaaattgtctcaaagattc---AAAA-A----T-----CC---A-G---T----C----CGA-CTT------------------------------A-T--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--C---CT-CCGA--GA--G---A-----GG-GG-CC---A----------C------GAC--TTATGT-AC-GCG-GTT--CGAC-C-------------T-AT-AT--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88571 : AAA-G----T-----TC---T-A--------C----CGA-CTTA-----TA--GG----CG---GGT--C--AA-T--G--------GC-A-AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TAA-T---CT-CAAA--AA--C---A------------C---AAC--------C------GAC--TTA--T-AG-GCG-AAC--CAAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-TGGTA
gi|88569 : ----C----CGA-CTTA-----TA--AG----CG---AGT--C--AA-T--G--------GC-A-AAA-T-T-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C-AA--AA--A---A------------C---A----------CAACC--GAC--TTA--T-AA-GCG-AAC--CGAC-T-------------T-AT-AG--GAG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88574 : ttgcaaaacttgta----C----CGA-CTAA-----TA--GA----CG---GGT--C--AA-T--G--------GC-A-AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-CGAA--AA--C---A-----CATCT------------------------GAC--TTA--T-AG-GCG-AAG--CGAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATAAA-CGGTA
gi|88575 : ----C----CGA-CTTA-----TA--GG----CG---GGT--C--AA-T--G--------GA-A-AA--T-CAC-T-T-C--AAA--------T--G---AT-CTAA--AA--A---A-----CACAT-CC---G----------T------GAC--TTA--T-AG-GCG-AAC--CGAC-T-------------T-A--AG--GCG-----AG----T--A-ATA-CGGTA
gi|88572 : ----C----CGA-CTTA-----TA--GG----CA---GGT--C--AA-T--G--------GC-A-AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---ACGATT--T--------AA--AA--A---A-----------CC---A----------CATCC--GAA--TTA--T-AG-GCA-AAT--CGAC-T-------------T-AT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88573 : ----C----CGA-CTTA-----TA--GG----CG---GGT--C--AA-T--GACAAAATATT---AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-TTAA--AA--A---A-----AA----AC---C----------C------GAC--TTA--T-AG-GTG-AAC--TGAC-TAA-----------T-AT-AG--GCG-----AGTATAT--ATATA-CGGTA
gi|88539 : ----C----CGA-CTTA-----TA--GGG---CG---GGT--C--AT-G--G--------CA-A-AA--T-C-C-T-T-C--AAATGAA---TC--T---C----AA--AA--A---A-----------CC---A----------CATCC--GAC--TTA--T-AG-GCG-AATACCGAT-C-------------TTAT-AG--GCG-----AG----T--ATATA-CGGTA
gi|88577 : aaatgtgatttgaaattgtccaactgattctgtcaaaaagttgta----C----CGA-CTTA-----TA--AG----CG---GAT--C--AA-T--G--------GC-A-AA--A-T-C-T-T-C--AAA---A---TG--A---TC-CCAA--AA--A---A----------------A----------C------AAC---------------------CAAC-A-------------T-AT-A---GCG-----AG----T--ATATA-CG
gi|88576 : ----C----CGA-CTTA-----TA--AG----CG---GGT--C--AA-T--A--------TCAA-AA--T-C-C-T-T-C--AAAAGGA---TA--T-------CAA--AA--C---A------------C---ACAAC------C------GAC--TTA--T-AG-GCG-AGT--AGAT-C-------------C-AC-AT--AC
gi|88578 : ----C----CGA-CTTA-----TA--AG----CG---GGT--T--AA-T--C--------TT-A-AA--A---------A--AAA---A---AC--T---AC-CCAC--AA-------------------C--------------C------GAC--TTA--G-AG-GCG-AAT--CGAC-T-------------T-AT-AG--ACG-----AG----T--ACAT
gi|88579 : G----CG---GGT--C--AA-T--G--------TT-A-AA--T-T-C-T-T-C--AAC---A---TT--T---GT-CAGA--AA--T---A-----GAGGC-TC---C----------C------GAC--TTA--T-AC-GCG-GGT--CGAC-C-------------T-AT-AT--GGG-----AG----T--A
gi|88580 : ----CG---GGT--C--AA-T--G--------TT-A-TA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT------CT-CCAA--AA--G---A-----GGGGT-TC---C----------C------GAC--TTA--C-AC-GTG-GGT--TGAT-C-------------T-AT-AT--GCG-----AG----T--TTATA-CGGTA
gi|88581 : --T-T-C-T-T-C--AAA---A---AT--T---CT-CGGA--AA--A---G-----GGGGT-TA---C----------C------AAC--TTA--C-AA-GCG-GGT--CGAC-T-------------C-AT-AT--GCG-----AG----T--ATATA-CAGT
gi|88582 : -T-T-C--AAA---A---TT--T---TT-CCGA--AA--G---A-----GGGGT-TC---C----------C------GAT--ATA--TTAC-GCG-GAT--CGAC-C-------------T-AT-AT--GGG-----AG----T--ATATA-CGGTA
Alignments
lowQualScore : 11 22222222222222222222222 11 1111111111111111111 6666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 22 1 1 22 1 11 1 33 11 4 666666 22222 22 55 1 11 77777777777777777777777 333 0 1111 0 22222 111 1 1111 111 00 0 222 4 2222222 33 1 1 0 0 0 22 222 8888888888888888888 0 0 4444444444444444444444444444444444 11 00 1 555 3333 0 0 1 6666666666666 0 0 0 0 11111 3333 0
lowQualScore : .. . . .. . .. . .. .. . ...... ..... .. .. . .. ....................... ... . .... . ..... ... . .... ... .. . ... . ....... .. . . . . . .. ... ................... . . .................................. .. .. . ... .... . . . ............. . . . . ..... .... .
lowQualScore : 66 9 8 55 0 33 0 88 33 3 888888 66666 11 88 5 00 99999999999999999999999 000 6 3333 6 22222 111 2 9999 111 99 6 555 4 7777777 44 9 2 6 6 6 11 555 4444444444444444444 6 6 3333333333333333333333333333333333 55 99 3 444 3333 6 6 3 2222222222222 6 6 6 5 66666 9999 7
consensus : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GNTG--N---CA-G--AC-GATTC-TGG-C--AAAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ANG----CG---GGTC--AAT-G-N-C-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AA-AA-A-----AG-G-G--TTCA----------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGGG--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
Reference ( family-307 ) : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GATG--G---CA-G--AC-GATT--TGG-C--AAAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ANG----CG---GGTC--AAT-G-N-C-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AA-AA-A-----AG-G-G--TTCA----------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGGG--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88514 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GATG--G---CA-G--GC-AATT--TGC-C--AAAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AAT-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---AT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------AAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCA-A-C-C-------------T-A-T-ATGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88515 : CAAAGAA-C--ACAA-ATCT-GCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GATG--G---CA-G--GC-AATT--TGC-C--AAAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----TC---GGTC--AAT-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---AT-C--C----GA-A-----AG-G-G--TTCC----------C------GACTATTA--T-A---GCGGG--TCA-A-C-C-------------T-A-T-ATGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88516 : CAAAGAAAT--GTAA-TTATTGCTA-CAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GATG--G---CA-G--AC-AATT--TGA-C--AAAA-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AAT-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TC--T---CT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------AAC--TTA--T-A-C-ATGGG--TCG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CAGTA
gi|88517 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGTTA-GAAAGTG--A-AT--T-TT-AA--GACG--A---CA-A--AC-AATT--TGA-C--AAAA-A----T---C-C---AAT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AAT-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AA-AA-G-----AG-GTG--TTCA----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88518 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATA--G-AT--T-TT-AA--GATG--G---CT-G--AC-AATT--TCA-C--AAAA------T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----AGTAGGGTC--AAT-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT------CT-C--C-GA-AA-G-----GG-G-GG-TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88519 : CAAGGAAAC--ACAG-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-GT--A-TT-AA--GATG--G---CA-G--AC-AATT--TGA-C--AAAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----TAA-----TTAAATG----CG---GGTC--AAA-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCT-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AGTA--TATATA-CGGTA
gi|88520 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGC-A-GAAAATG--G-AT--T-TA-AA--GATG--G---CA-G--AC-AATT--TGA-C--AAAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-C-----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AAT-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-CA-AAA---A---TT--T---CT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------TAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCGAA-C-T-------------T-A-T---GCT-----AG----T-TATA-CGGTA
gi|88521 : CAAAGAAAC--GTAA-TT---GCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--G-----G---CA-G--AC-AAAT--TGA-C--AAAA-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AAT-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-TA-AAA---A---TT--T---TC-C--C-AA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------T------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88522 : CAAAGAAAC--ACAG-TTCTTGCTA-GAGAATG--A-AT--T-TT-AA--GATG--G---CA-G--AT-AATT--TGA-C--AAAA-A----T---T-C---AAT----C---CGA-AT----T-A-----T---ATG----CG---GATC--AAT-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AACAG-A-----GG-G-G--TTTC----------C------GAC--TTA--T-A-C-ACCGG--TTA-A-G-C-------------T-A-T-ATTCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88523 : CAATGAAAT--GCAAGTTCTTGCTA-GAAA-TG--G-AT--T-T--AA--GATG--G---CA-C--AC-AAAT--TGGAC--AAAC-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AAT-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--CGAA-GA-A-----AG-G-G--TTC-----------C------GAC--TTA--T-A-T-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-TG
gi|88524 : CAAATAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-AAAATTG--G-AT--T-TT-AA--GATG--T---CA-A--AC-AATT--TGA-C--AAAA-C----T---C-C---TGT----C---TGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AAT-T-T-C-A-------AA--T-T-A-T-T-C--AAA---G---TT--T---CT-C--C--A-AG-A-----GG-G-A--TTCC----------A------GAA--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AT----GATATA-AGGTA
gi|88525 : CAAAGAAAC--ACAA-ATCTTGTTA-GAAAATG--A-GT--T-TT-AA--GATG--G---CT-G--AC-AATT--TGA-C--AAAA-A----T---T-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----AG---GGCC--AGT-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-CAAAAA---A---TT--C---GT-C--G-AA-AG-T-----GG-G-G--TTAC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCTGC--CCG-A-C-T-------------T-A-T-ATCCG-----AA----TATATA-CGGTA
gi|88526 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATA--G-AT-------AA--GATG--G---TG-A--AC-TATT--TGA-C--AA---------------------------------TT----T-A-----T---ATC----AG---GGTC--AAT-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-GA-AA-G-----AG-GAG--TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCAGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGAG-----AG----TATATG-CGATA
gi|88527 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-G-AAATG--G-AT--T-TT-AA--GATG--T------G--AC-AA-T--TGA-C--AAAA-A----T---C-CTATAGT----C---CGA-CG----T-A-----T---ATATGCTCG---GTTCAAAAT-GTT-T-A-------AAT-T-T-T-T-T-C--AGA---A---TT--T---CTGC--C----GA-A-----TG-T-G--TTCC----------CAAG---AAC--TTA--T-A-C-ACTGG--TGA-A-C-C-------------TAA-T-AGGTGGATATAA----TGTATA-CGGTA
gi|88528 : CAAAGAA-C--AAAA-GTCTTGCTA-GGAAATG--G-AT--T-TT-GA--GGTT--G---CG-G--AC-AATT--TGA-C--AAAA-C----T---T-C---AGT----C---CGA-CC----T-A-----T---ATG----AG---GGTC--AAT-G-T-T-G-------AA--------------------------T--T---AT-C--C----------------G-A--T----------------------C--TTA--T-A-T-GCGGG--CCG-A-C-CGATATGAAAATAGT-A-T-GTGCA-----AA----TATATA-CGGTA
gi|88529 : AAAGAAAC--ACAA-TTCTTGTTA-GAAAATG--G-AT--A-TT-GA--TATG--G---CG-G--AA-AATT--TGT-C--AAAA-AT---T---T-C---AGT----C---CGA-C
gi|88530 : AAAGAAAC--ACAA-CTCTTGCTAGGAAAATG--GCAT--TATTAAA--GTTG--A---CG-T--AC-AATC--AGATT--AAAA-A----T---T-C---AGT----C---TGA-CA----T-A-----T---GAA----AA---GGTC--AAC-G-T-C-A-------TA--T-T-C-C-T-A--AAA---A---
gi|88531 : AAAAAACCCACAA-TTCTTCTTA-GAAA-------------TT-----GATG--G---CA-G--AC-AATT--TGA-C--AAAA------C---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AAT-G-T-T-A-------AG--T-T-C-T-T-C--GA------------------------AA-GA-G-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATGTA-CAGTA
gi|88532 : AAGAAAT--ACAA-CTCTCACTA-GAAAATG--A-AT--A-TC-AA--GATG--G---CA-G--GA-TATT--TGA-T--AAAA-A----T---T-C---AGT----C---TGA-CT----T-A-----A---AAG----AG---GG------T-G-T-T-A-------GA--T-T-G-C-T-C--AAA---A---AT--A---CT-C--T-GA-AA-G-----AG-G-G--GTTA----------T------GGA--CTA--T-A--------------A-T-T-------------T-------GCA-----AG----TATATG-CAATA
gi|88533 : AAAAAT--GCGA-ATCTCTCTA-CAAAATG--G-ATATT-TT-AAAAGATG--G---GT-G--AG-TATT--TGA-C--AAAA-A----AAAAC-C---A-T----C---CGA-TT----T-A-----T---ATG-----G---GGT---GAT-G-T-T-A-------GA--T-T-T-T-T-C--AAA---A---AT--T---CT-C--C-AA-AG-A-----AG-G-GG-TTGT----------C------CAC--TTA--T-A-T-GCGGG--CCG-A-T-G-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TGAATA-CGGTA
gi|88534 : AAAC--ACA---TCTTGTTA-AAAGCTG----------TT-G----------------G--AC-AATC--TGA-T--AAAA-A----T---TTC---ACT----C---CAA-CT----A-A-----A---AAA----TG-----TC--AAT-G-T-C-A-------GT--T-C-T-T-T-G--AAA---A---AC--T---CT-T--TTAA-AA-AT----AA-G-G--T-CA----------TT-----GAC--TTA--T-A-T-GTGGG--TAG-A-A-T-------------A-A-T-AGGTG-----AG----TATATA-CAATA
gi|88536 : --G-AT--T-TG-AA--AATT--GTCTCA-A--A--GATTCTTGG-C--AAAA-AGTTAT---C-T---GCTA---C---CGA-CT----T-AATACAT---AGG----CG---GGTC--AAT-G-G-C-A-------AAAAT-C-C-T-TTC--AAA---A---AT--GAGGCT-T--A-AA-AA-C-----A--------CCA----------CAACACCGAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AGC---TATATACCGGTA
gi|88537 : caacttcttTTGCTA-GAAAATAGCG-AT--T-TT-AA--GATGCCG---CA-GCCAC-AATT--TGA-C--AAAACG----T---C-C----TT----C---CG--CT------------T---AAG----CG---GG
gi|88538 : AACATT--G-AT--T-TG-AA--ATTG--T---TA-A--CC-AATTC-TGA-T--AAAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AAT-G-G-C-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TG--A---C--C--T-AA-AA-A-----AA-A------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----CATATA-CGGTA
gi|88539 : AAATGT-G-AT--T-TG-AA--ATTG--T---CC-A--ACTGATTC-TGT-C--AAAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGGG---CG---GGTC--A-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAATGAA---TC--T---C-------AA-AA-A-----A--------CCA----------CATCC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAATACCG-ATC-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88540 : TG--G-AT--T-TG-AA--ATTG--T---CA-A--CC-AATTC-TGA-T--AAAA-AGT--T---T-T---A------C---CGA-CT----T-A-----T---ACG----CG---AGTG--AAT-T-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---T
gi|88541 : --G-AT--T-TG-AA--ATTG--T---CA-A--CC-GATTC-TGG-C--AAAA-AGT--T---T-T---A------C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AAT-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A----T--G---AT-C--T-AA-AA-A-----AA-------CCACATC------C------GAC--CTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-T-T-------------T-A-T-AGCCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88542 : --G-AT--C-TG-AA--ATTG--T---CA-A--CC-GATTC-TGG-C--AAAA-AG---T---T-G---AAC----A---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---AGTC--AAT-G-G-C-A-------AA--AAC-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-C-----A-AA-A-----A--------TCA----------CAACC--GAC--TTA--A-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88543 : --G-AT--C-TG-AA--ATTG--T---CA-A--CC-GATTC-TGG-T--AAAA-A----G---T-T---GAA----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AAT-G-G-C-A-------AA--AAC-C-T-T-C--CAA---A---TGA-T---CT------AA-AA-A-----AA--------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88544 : --G-AT--T-TG-AA--ATTG--T---CA-A--CC-GATTA-TGG-C--AAAA-AGTTGT---A-C---CGT----GG--CGT-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AAT-G-G-C-A-------AAA-T-C-G-T-T-C--AAA---A---GT--A---TT-A--C-AC-AA-----------------C-----------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CAGTA
gi|88545 : --G-AT--T-TG-AA--ATTG--T---CA-A--CC-GATTC-TGG-C--AAAA-G----G---T-T----GTA---C---CGA-CT----A-A-----T---AAG----CG---GGTC--AAT-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C---AA---A---TTGAT---CT----C-AA-AA-A--------------TCACAAC------C------GAC--TTA--T-A-G-TCCAA--TCG-A-T-TTA-----------T-A-T-AGGCG-----AG----TAAATA-CGGTA
gi|88546 : --G-AT--T-TG-AA--ATTG--T---CA-A--CC-GATTC-TGG-C--AAAA-G----T----------GTGTA-C---CGA-CTAATTT-AA----T---AAG----CG---GGTC--AAT-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C---AA---A---TTGAT---CT-C--A-AA-AA-C-----A---------CAAC--------C------GAC--TTA--T-A-G-TCCAA--TCG-A-T-TTA-----------T-A-T-AGGCG-----AG----TAAATA-CGGTA
gi|88547 : --G-AT--T-TG-AA--ATTG--T---CACA--ACTAATTC-TGG-C--AAAA-AG---T---T-C---TG-----A---CGA-CT----A-A-----T---AGG----CA---GGTC--AAT-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-A-C--AAA---A---TGA-T---CT-CAAC-AT-AA-A---------------CA----------C------------------A-G-G--------G-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88548 : --G-GT--T-TG-AA--ATTG--T---CA-A--CC-GATTC-TGG-C--AAAA------T---G-T---TGTA---C---CGA-TT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AAT-G-A-C-A-------AAA-T-A-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA-----------------------------------------T-AGGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88549 : --G-GT--T-TG-AA--ATTG--T---CA-A--CC-GATTC-TGG-C--AAAA------T---G-T---TGTA---C---CGA-TT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AAT-G-A-CAA-------AA--T-A-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT----C-AA-AA-A-----A---------CA----------C------AA---------------------CCG-A-CTT-------------T-A-T-AGGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88550 : --G-AT--T-TG-AA--ATTG--T---CA-A--CC-GATTC-TGG-C--CAAA-A--------------AGTTGTAC---CGA-CC----T-A-----T---AGG----TG---GGTC--AAT-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T------------------------CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--C-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-C-AGACG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88551 : --G-AT--T-TG-AA--ATTG--T---CA-A--CC-GATTC-TGG-C--AAAA-A--------------------------G---T----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AAT-G-A-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-T-----A-AA-A-----AG--------CAAAAC------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CTG-A-C-T-------------T-A-T-A
gi|88552 : --G-AT--T-TG-AA--ATTG--T---CA-A--CC-GGTTC-TGA-C--AAAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT----T-G-----T---ACG----CG---GGTC--AAT-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-------GA---A---TC--T---------C-AA-AA-A-----A---------CA----------C-------------------------AG--CCA-G-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGATA
gi|88553 : -AT--T-TT-AA--TTTG--T---CA-A--CC-GATTC-TGG-G--AAAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GATC--ATT-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAC--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88554 : --T-TT-GA--AATA--GT--CA-A--TC-GATTC-TGG-C--AAAACG----T---T------GTA---C---CGA-CT----T-A-----A---AGG----CG---AGTC--AAT-G-G-C-A-------AAA-G-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--A---TT-T--C-AA-AA-A-----A-------CTCAAC--------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-
gi|88555 : --T-TT-AA--ATTG--T---CA-A--CC-AATTC-TGG-C--AAAA-T----G---T-T---ATA----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---G--C--GAT-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-T--T-AA-AA-A-----A---------CA----------T------AAC--T-------------------G-A-CTT-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88556 : -TT-AA--GATG--T---CA-G--AC-AATT--TGA-C--AAAC-A----T---C-C---AGT----C---AGA-C-------A-----T---ATG----CG---GGTC--
gi|88557 : --GGTG--G---TA-G--AC-AATT--TGA-C--AAAA-G----G---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----AG---GGTC--AAT-G-T-T-A-------AA--G-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-
gi|88558 : TC--TGG-C--AAAA-A--------------AGTTGTAC---CGAACT----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AATTG-G-C-A-------AAA-T-C-C-TCT-C--AAA--------T--G---AT-C--T-AA-AA-ACACAAAC-G-A--CT-------------------GAC--TTA--TTA-G-GCGAG--GTT-A-T-A-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88559 : acatC-GATTC-TGG-C--AAAA-A---------------GT----TGAACGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---AGTC--AAT-G-G-C-A-------AA--AAC-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-C-----A-AA-A-----A--------TCA----------CAAC---GAC--TTA--A-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-AAT-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88560 : C-GATC--TGG-CTAAAAA-A----C---T-T---GATA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AAT-G-AGC-A-------AAA-T-C-CGT-T-C--AAA---C---TGA-T---CT-G--C-AA-AA-T-----A---------CA----------CCGCC--GAC--TTA--T-AAG-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88561 : C-GATTC-TGG-C--AAAA------T---A-C---TGTA---C---CAA-CT------G-----T---ATG----CA---GGTC--AAT-G-G-C-GC------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGGA--CTA-A-C-A-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATAAA-CGGTA
gi|88562 : ATT--TGA-C--AAAA-AA---T---C-C---TGT----C---CGG-CT----T-A-----T---ATG----TG---GGTC--AAT-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAAT--G---TT--T---CT-C--TGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--C-A-C-GCTGG--TCG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----AATATA-CGG
gi|88563 : aATT--TGG-C--AAAA-A----G---T-T---GGT----TA--CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AAT-G-C-A-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAATG-A---TT------------C-AA-AA-ACACACAC-G-GACTTTATAGGCCGAACC------GACT-TTA--T-A-A-GCGAA--C-G-A-T-T-------------T-A-TGGGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88564 : aTT--TGG-C--AAAA-A----G---T-T---ATA----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AAC-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT----C-AA-AA-A-----A---------CACAAC------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGTG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88565 : TC--TGG-C--AAAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AAT-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----AC-A-C--ATCA-----------------AAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGACG-----AG----TATATA-CGGT
gi|88566 : TC--TGG-C--AAAA-A----G---C-----AGT----AG--CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AAT-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-C-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-C-----A---------CAAC--------C------GAC--TTA--T-A-GAGCGAA--C-G-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88567 : TC--TGG-C--AAAA-A----G---T-C---GAA----C---CGA-CT----A-A-----T---AGG----CG---GGTC--AAT-G-G-C-A-------AA--A-AGC-T-T-C--AAA---C---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88568 : TC--TGG-C--AAAA-A----G---T-T---ATA----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CA---GGTC--AAT-G-G-C-A-------AAC-T-C-C-T-T-C--AAA---A----T--G---AT-C--T-AA-AA-A-----AA--------CA----------T------AAC--T-------------------G-A-C-T-------------C-A-A-AAGCG-----AGTA--TATATA-CGGTA
gi|88569 : G-C--AAAA-C----T---T------GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---AGTC--AAT-G-G-C-A-------AAA-T-T-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-A-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGAG-----AG----TATATA-CGGTAcatatacggt
gi|88570 : tt--AAAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T------------------------------AT-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--C---CT-C--C-GA-GA-G-----AG-G-G--GCCA----------C------GAC--TTATGT-A-C-GCGGT--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88571 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AAT-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TAA-T---CT-C--A-AA-AA-C-----A---------CAAC--------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCA-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88572 : aaagttcta----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CA---GGTC--AAT-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---ACGATT--T-----------AA-AA-A-----A--------CCA----------CATCC--GAA--TTA--T-A-G-GCAAA--TCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88573 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AAT-G-A-C-AAAATATTAA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-T--T-AA-AA-A-----AA-A-A----CC----------C------GAC--TTA--T-A-G-GTGAA--CTG-A-C-TAA-----------T-A-T-AGGCG-----AGTATATATATA-CGGTA
gi|88574 : ----C---CGA-CT----A-A-----T---AGA----CG---GGTC--AAT-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C--G-AA-AA-----------------CA----------CATCT--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--GCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATAAA-CGGTA
gi|88575 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AAT-G-G-A-A-------AA--T-CAC-T-T-C--AAA--------T--G---AT-C--T-AA-AA-A-----AC-ACA--TCCG----------T------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A---AGGCG-----AG----TA-ATA-CGGTA
gi|88576 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AAT-A-T-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---AGGATA--T---C-------AA-AA-C-----A---------CA----------C------AAC---------------------CG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TAGAT
gi|88577 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GATC--AAT-G-G-C-A-------AA--A-T-C-T-T-C--AAA---A---TG--A---TC-C--C-AA-AA-A-----A----------A----------C------AA---------------------CCA-A-C-A-------------T-A-T-A-GCG-----AG----TATATA-CGccacatac
gi|88578 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GGTT--AAT-----------------------C-T-T----AAA---A-------------------AA-AA-A-----AC-T-A--CCCACAAC------C------GAC--TTA--G-A-G-GCGAA--TCG-A-C-T-------------T-A-T-AGACG-----AG----TACAT
gi|88579 : G----CG---GGTC--AAT-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAC---A---TT--T---GT-C--A-GA-AA-T-----AGAG-G--CTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGGG-----AG----TA
gi|88580 : ----CG---GGTC--AAT-G-T-T-A-------TA--T-T-C-T-T-C--AAA---A----T--T---CT-C--C-AA-AAGA-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--C-A-C-GTGGG--TTG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TTTATA-CGGTA
gi|88581 : --T-T-C-T-T-C--AAA---A---AT--T---CT-C--G-GA-AA-A-----GG-G-G--GTTA----------CC-----AAC--TTA--C-A-A-GCGGG--TCG-A-C-T-------------C-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CAGT
gi|88582 : -T-T-C--AAA---A---TT--T---TT-C--C-GA-AA-G-----AG-G-GG-TTCC----------C------GAT--ATA--TTA-C-GCGGA--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGGG-----AG----TATATA-CGGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|88535 ): ATACAATTGTTTTTAGCAAAGTGTTAAGTTGATGGACAATTTGGTAAAACAGTCAATCCAACTTATGAAAGGTTCCATATCAATTCTAAAGAAATTTTCTGGAAACAATAGCATTATACATGGGTTGACATCTGTGA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 11 1111111111111111111 6666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 22 1 1 22 1 11 1 44 11 1 1 222 11 33333 1 0 9 0 0 11 0 2 666666666666666666666 333 0 1111 0 22222 111 1 1111 111 00 0 0 222 6 2222222 11 1 0 0 0 0 11 222 9999999999999999999 0 0 2222222222222222222222222222222222 11 00 1 555 3333 0 0 1 6666666666666 0 0 0 0 11111 3333 0
lowQualScore : .. . . .. . .. . .. .. . . ... .. ..... . . . . . .. . . ..................... ... . .... . ..... ... . .... ... .. . . ... . ....... .. . . . . . .. ... ................... . . .................................. .. .. . ... .... . . . ............. . . . . ..... .... .
lowQualScore : 66 9 8 55 0 33 0 44 33 0 9 666 33 44444 7 7 4 7 7 00 7 1 888888888888888888888 000 6 3333 6 22222 111 2 9999 111 99 6 6 555 3 7777777 55 9 6 6 6 6 55 555 0000000000000000000 6 6 9999999999999999999999999999999999 55 99 3 444 3333 6 6 3 2222222222222 6 6 6 5 66666 9999 7
consensus : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GNT-G--TC--A-G--AC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ANG----CG---GGTC--AA-T-G-N-C-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AA-AA-A-----AG-G-G--TTCA----------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGGG--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
Reference ( family-307 ) : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GNT-G--NC--A-G--AC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ANG----CG---GGTC--AA-T-G-N-C-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AA-AA-A-----AG-G-G--TTCA----------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGGG--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88514 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-G--GC--A-G--GC-AAT-T-T-GC-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---AT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------AAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCA-A-C-C-------------T-A-T-ATGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88515 : CAAAGAA-C--ACAA-ATCT-GCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-G--GC--A-G--GC-AAT-T-T-GC-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----TC---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---AT-C--C----GA-A-----AG-G-G--TTCC----------C------GACTATTA--T-A---GCGGG--TCA-A-C-C-------------T-A-T-ATGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88516 : CAAAGAAAT--GTAA-TTATTGCTA-CAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-G--GC--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TC--T---CT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------AAC--TTA--T-A-C-ATGGG--TCG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CAGTA
gi|88517 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGTTA-GAAAGTG--A-AT--T-TT-AA--GAC-G--AC--A-A--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---C-C---AAT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AA-AA-G-----AG-GTG--TTCA----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88518 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATA--G-AT--T-TT-AA--GAT-G--GC--T-G--AC-AAT-TT-----C--ACAAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----AGTAGGGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT------CT-C--C-GA-AA-G-----GG-G-GG-TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88519 : CAAGGAAAC--ACAG-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-GT--A-TT-AA--GAT-G--GC--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----TAA-----TTAAATG----CG---GGTC--AA-A-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCT-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AGTA--TATATA-CGGTA
gi|88520 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGC-A-GAAAATG--G-AT--T-TA-AA--GAT-G--GC--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT------A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-CA-AAA---A---TT--T---CT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------TAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCGAA-C-T-------------T-A-T---GCT-----AG----T-TATA-CGGTA
gi|88521 : CAAAGAAAC--GTAA-TT---GCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GG------C--A-G--AC-AAA-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-T--AAA---AA--TT--T---TC-C--C-AA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------T------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88522 : CAAAGAAAC--ACAG-TTCTTGCTA-GAGAATG--A-AT--T-TT-AA--GAT-G--GC--A-G--AT-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---T-C---AAT----C---CGA-AT----T-A-----T---ATG----CG---GATC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AACAG-A-----GG-G-G--TTTC----------C------GAC--TTA--T-A-C-ACCGG--TTA-A-G-C-------------T-A-T-ATTCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88523 : CAATGAAAT--GCAAGTTCTTGCTA-GAAA-TG--G-AT--T-T--AA--GAT-G--GC--A-C--AC-AAA-TTG-GA-C--A-AAC-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--CGAA-GA-A-----AG-G-G--TTC-----------C------GAC--TTA--T-A-T-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-TG
gi|88524 : CAAATAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-AAAATTG--G-AT--T-TT-AA--GAT-G--TC--A-A--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---C-C---TGT----C---TGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-T-T-C-A-------AA--T-T-A-T-T-C--AAA---G---TT--T---CT-C--C--A-AG-A-----GG-G-A--TTCC----------A------GAA--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AT----GATATA-AGGTA
gi|88525 : CAAAGAAAC--ACAA-ATCTTGTTA-GAAAATG--A-GT--T-TT-AA--GAT-G--GC--T-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---T-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----AG---GGCC--AG-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-CAAAAA---A---TT--C---GT-C--G-AA-AG-T-----GG-G-G--TTAC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCTGC--CCG-A-C-T-------------T-A-T-ATCCG-----AA----TATATA-CGGTA
gi|88526 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATA--G-AT-------AA--GAT-G--GT--G-A--AC-TAT-T-T-GA-C--A-A---------------------------------TT----T-A-----T---ATC----AG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-GA-AA-G-----AG-GAG--TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCAGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGAG-----AG----TATATG-CGATA
gi|88527 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-G-AAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-G--T-----G--AC-AAT---T-GA-C--A-AAA-A----T---C-CTATAGT----C---CGA-CG----T-A-----T---ATATGCTCG---GTTCAAAA-T-GTT-T-A-------AAT-T-T-T-T-T-C--AGA---A---TT--T---CTGC--C----GA-A-----TG-T-G--TTCC----------CAAG---AAC--TTA--T-A-C-ACTGG--TGA-A-C-C-------------TAA-T-AGGTGGATATAA----TGTATA-CGGTA
gi|88528 : CAAAGAA-C--AAAA-GTCTTGCTA-GGAAATG--G-AT--T-TT-GA--GGT-T--GC--G-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---T-C---AGT----C---CGA-CC----T-A-----T---ATG----AG---GGTC--AA-T-G-T-T-G-------AA--------------------------T--T---AT-C--C----------------G-A--T----------------------C--TTA--T-A-T-GCGGG--CCG-A-C-CGATATGAAAATAGT-A-T-GTGCA-----AA----TATATA-CGGTA
gi|88529 : AAAGAAAC--ACAA-TTCTTGTTA-GAAAATG--G-AT--A-TT-GA--TAT-G--GC--G-G--AA-AAT-T-T-GT-C--A-AAA-AT---T---T-C---AGT----C---CGA-C
gi|88530 : AAAGAAAC--ACAA-CTCTTGCTAGGAAAATG--GCAT--TATTAAA--GTT-G--AC--G-T--AC-AA--TCA-GATT--A-AAA-A----T---T-C---AGT----C---TGA-CA----T-A-----T---GAA----AA---GGTC--AA-C-G-T-C-A-------TA--T-T-C-C-T-A--AAA---A---
gi|88531 : AAAAAACCCACAA-TTCTTCTTA-GAAA-------------TT-----GAT-G--GC--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA------C---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AG--T-T-C-T-T-C--GA------------------------AA-GA-G-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATGTA-CAGTA
gi|88532 : AAGAAAT--ACAA-CTCTCACTA-GAAAATG--A-AT--A-TC-AA--GAT-G--GC--A-G-----GATATTT-GA-T--A-AAA-A----T---T-C---AGT----C---TGA-CT----T-A-----A---AAG----AG---GG-------T-G-T-T-A-------GA--T-T-G-C-T-C--AAA---A---AT--A---CT-C--T-GA-AA-G-----AG-G-G--GTTA----------T------GGA--CTA--T-A--------------A-T-T-------------T-------GCA-----AG----TATATG-CAATA
gi|88533 : AAAAAT--GCGA-ATCTCTCTA-CAAAATG--G-ATATT-TT-AAAAGAT-G--GG--T-G--AG-TAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----AAAAC-C---A-T----C---CGA-TT----T-A-----T---ATG-----G---GGT---GA-T-G-T-T-A-------GA--T-T-T-T-T-C--AAA---A---AT--T---CT-C--C-AA-AG-A-----AG-G-GG-TTGT----------C------CAC--TTA--T-A-T-GCGGG--CCG-A-T-G-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TGAATA-CGGTA
gi|88534 : AAAC--ACA---TCTTGTTA-AAA---------------------GCT-G--TT--G-G--AC-AAT--CT-GA-T--A-AAA-A----T---TTC---ACT----C---CAA-CT----A-A-----A---AAA----TG-----TC--AA-T-G-T-C-A-------GT--T-C-T-T-T-G--AAA---A---AC--T---CT-T--TTAA-AA-AT----AA-G-G--T-CA----------TT-----GAC--TTA--T-A-T-GTGGG--TAG-A-A-T-------------A-A-T-AGGTG-----AG----TATATA-CAATA
gi|88536 : --G-AT--T-TG-AA--AATTG--TCTCA-A--A--GAT-TCTTGG-C--A-AAA-AGTTAT---C-T---GCTA---C---CGA-CT----T-AATACAT---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAAAT-C-C-T-TTC--AAA---A---AT--GAGGCT-T--A-AA-AA-C-----A--------CCA----------CAACACCGAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AGC---TATATACCGGTA
gi|88537 : caacttcttTTGCTA-GAAAATAGCG-AT--T-TT-AA--GAT-GCCGC--A-GCCAC-AAT-T-T-GA-C--A-AAACG----T---C-C----TT----C---CG--CT------------T---AAG----CG---GG
gi|88538 : AACATT--G-AT--T-TG-AA--ATT-G--TT--A-A--CC-AAT-TCT-GA-T--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TG--A---C--C--T-AA-AA-A-----AA-A------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----CATATA-CGGTA
gi|88539 : AAATGT-G-AT--T-TG-AA--ATT-G--TC--C-A--ACTGAT-TCT-GT-C--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGGG---CG---GGTC--A--T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAATGAA---TC--T---C-------AA-AA-A-----A--------CCA----------CATCC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAATACCG-ATC-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88540 : TG--G-AT--T-TG-AA--ATT-G--TC--A-A--CC-AAT-TCT-GA-T--A-AAA-AGT--T---T-T---A------C---CGA-CT----T-A-----T---ACG----CG---AGTG--AATT-G-C-A-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---T
gi|88541 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-G--TC--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-AGT--T---T-T---A------C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A----T--G---AT-C--T-AA-AA-A-----AA-------CCACATC------C------GAC--CTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-T-T-------------T-A-T-AGCCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88542 : --G-AT--C-TG-AA--ATT-G--TC--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-AG---T---T-G---AAC----A---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---AGTC--AA-T-G-G-C-A-------AA--AAC-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-C-----A-AA-A-----A--------TCA----------CAACC--GAC--TTA--A-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88543 : --G-AT--C-TG-AA--ATT-G--TC--A-A--CC-GAT-TCT-GG-T--A-AAA-A----G---T-T---GAA----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AA--AAC-C-T-T-C--CAA---A---TGA-T---CT------AA-AA-A-----AA--------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88544 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-G--TC--A-A--CC-GAT-TAT-GG-C--A-AAA-AGTTGT---A-C---CGT----GG--CGT-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-G-T-T-C--AAA---A---GT--A---TT-A--C-AC-AA-----------------C-----------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CAGTA
gi|88545 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-G--TC--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAAGG----T---T------GTA---C---CGA-CT----A-A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C---AA---A---TTGAT---CT----C-AA-AA-A--------------TCACAAC------C------GAC--TTA--T-A-G-TCCAA--TCG-A-T-TTA-----------T-A-T-AGGCG-----AG----TAAATA-CGGTA
gi|88546 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-G--TC--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-G----T----------GTGTA-C---CGA-CTAATTT-AA----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C---AA---A---TTGAT---CT-C--A-AA-AA-C-----A---------CAAC--------C------GAC--TTA--T-A-G-TCCAA--TCG-A-T-TTA-----------T-A-T-AGGCG-----AG----TAAATA-CGGTA
gi|88547 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-G--TC--ACA--ACTAAT-TCT-GG-C--A-AAA-AGT--T---C-T---GA---------CGA-CT----A-A-----T---AGG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-A-C--AAA---A---TGA-T---CT-CAAC-AT-AA-A---------------CA----------C------------------A-G-G--------G-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88548 : --G-GT--T-TG-AA--ATT-G--TC--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C----AAA-A----T---G-T---TGTA---C---CGA-TT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-A-CAA-------AA--T-A-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT----C-AA-AA-A-----A---------CA----------C------AA---------------------CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88549 : --G-GT--T-TG-AA--ATT-G--TC--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C----AAA-A----T---G-T---TGTA---C---CGA-TT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-A-CAA-------AA--T-A-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT----C-AA-AA-A-----A---------CA----------C------AA---------------------CCG-A-CTT-------------T-A-T-AGGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88550 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-G--TC--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--C-AAA-A--------------AGTTGTAC---CGA-CC----T-A-----T---AGG----TG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T------------------------CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--C-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-C-AGACG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88551 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-G--TC--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A--------------------------G---T----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-A-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-T-----A-AA-A-----AG--------CAAAAC------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CTG-A-C-T-------------T-A-T-A
gi|88552 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-G--TC--A-A--CC-GGT-TCT-GA-C--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT----T-G-----T---ACG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-------GA---A---TC--T---------C-AA-AA-A-----A---------CA----------C-------------------------AG--CCA-G-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGATA
gi|88553 : -AT--T-TT-AA--TTT-G--TC--A-A--CC-GAT-TCT-GG-G--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GATC--AT-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAC--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88554 : --T-TT-GA--AATAG--TC--A-A--TC-GAT-TCT-GG-C--A-AAACG----T---T------GTA---C---CGA-CT----T-A-----A---AGG----CG---AGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--G-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--A---TT-T--C-AA-AA-A-----A-------CTCAAC--------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-
gi|88555 : --T-TT-AA--ATT-G--TC--A-A--CC-AAT-TCT-GG-C--A-AAA-T----G---T-T---ATA----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---G--C--GA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-T--T-AA-AA-A-----A---------CA----------T------AAC--T-------------------G-A-CTT-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88556 : -TT-AA--GAT-G--TC--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAC-A----T---C-C---AGT----C---AGA-C-------A-----T---ATG----CG---GGTC--
gi|88557 : --GGT-G--GT--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-G----G---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----AG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--G-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-
gi|88558 : AT-TCT-GG-C--A-AAA-A--------------AGTTGTAC---CGAACT----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-TTG-G-C-A-------AAA-T-C-C-TCT-C--AAA--------T--G---AT-C--T-AA-AA-ACACAAAC-G-A--CT-------------------GAC--TTA--TTA-G-GCGAG--GTT-A-T-A-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88559 : acC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A---------------GT----TGAACGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---AGTC--AA-T-G-G-C-A-------AA--AAC-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-C-----A-AA-A-----A--------TCA----------CAAC---GAC--TTA--A-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-AAT-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88560 : C-GAT--CT-GG-CTAA-AAA-A----C---T-T---GATA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-AGC-A-------AAA-T-C-CGT-T-C--AAA---C---TGA-T---CT-G--C-AA-AA-T-----A---------CA----------CCGCC--GAC--TTA--T-AAG-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88561 : C-GAT-TCT-GG-C--A-AAA------T---A-C---TGTA---C---CAA-CT------G-----T---ATG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C-GC------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGGA--CTA-A-C-A-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATAAA-CGGTA
gi|88562 : -TTT-GA-C--A-AAA-AA---T---C-C---TGT----C---CGG-CT----T-A-----T---ATG----TG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAAT--G---TT--T---CT-C--TGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--C-A-C-GCTGG--TCG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----AATATA-CGG
gi|88563 : aa-TTT-GG-C--A-AAA-A----G---T-T---GGT----TA--CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-C-A-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAATG-A---TT------------C-AA-AA-ACACACAC-G-GACTTTATAGGCCGAACC------GACT-TTA--T-A-A-GCGAA--C-G-A-T-T-------------T-A-TGGGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88564 : aa-TTT-GG-C--A-AAA-A----G---T-T---ATA----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-C-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGTG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88565 : -TCT-GG-C--A-AAA-AG---T---T------GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT----C-AA-AA-A-----AC-A-C--ATCA-----------------AAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGACG-----AG----TATATA-CGGT
gi|88566 : -TCT-GG-C--A-AAA-A----G---C-----AGT----AG--CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-C-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-C-----A---------CAAC--------C------GAC--TTA--T-A-GAGCGAA--C-G-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88567 : -TCT-GG-C--A-AAA-A----G---T-C---GAA----C---CGA-CT----A-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--A-G-C-T-T-C--AAA---C---TGA-T---CT----C-AA-AA-A-----A---------CACAAC------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88568 : -TCT-GG-C--A-AAA-A----G---T-T---ATA----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAC-T-C-C-T-T-C--AAA---A----T--G---AT-C--T-AA-AA-A-----AA--------CA----------T------AAC--T-------------------G-A-C-T-------------C-A-A-AAGCG-----AGTA--TATATA-CGGTA
gi|88569 : G-C--A-AAA-C----T---T------GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---AGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-T-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-A-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGAG-----AG----TATATA-CGGTAcatatacggt
gi|88570 : tt--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T------------------------------A-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--C---CT-C--C-GA-GA-G-----AG-G-G--GCCA----------C------GAC--TTATGT-A-C-GCGGT--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88571 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TAA-T---CT-C--A-AA-AA-C-----A---------CAAC--------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCA-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88572 : aaagttcta----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---ACGATT--T-----------AA-AA-A-----A--------CCA----------CATCC--GAA--TTA--T-A-G-GCAAA--TCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88573 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-A-C-AAAATATTAA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-T--T-AA-AA-A-----AA-A-A----CC----------C------GAC--TTA--T-A-G-GTGAA--CTG-A-C-TAA-----------T-A-T-AGGCG-----AGTATATATATA-CGGTA
gi|88574 : ----C---CGA-CT----A-A-----T---AGA----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C--G-AA-AA-----------------CA----------CATCT--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--GCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATAAA-CGGTA
gi|88575 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-A-A-------AA--T-CAC-T-T-C--AAA--------T--G---AT-C--T-AA-AA-A-----AC-ACA--TCCG----------T------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A---AGGCG-----AG----TA-ATA-CGGTA
gi|88576 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-A-T-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---AGGATA--T---C-------AA-AA-C-----A---------CA----------C------AAC---------------------CG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TAGAT
gi|88577 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GATC--AA-T-G-G-C-A-------AA--A-T-C-T-T-C--AAA---A---TG--A---TC-C--C-AA-AA-A-----A----------A----------C------AA---------------------CCA-A-C-A-------------T-A-T-A-GCG-----AG----TATATA-CGccacatac
gi|88578 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GGTT--AA-T-----------------------C-T-T----AAA---A-------------------AA-AA-A-----AC-T-A--CCCACAAC------C------GAC--TTA--G-A-G-GCGAA--TCG-A-C-T-------------T-A-T-AGACG-----AG----TACAT
gi|88579 : G----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAC---A---TT--T---GT-C--A-GA-AA-T-----AGAG-G--CTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGGG-----AG----TA
gi|88580 : ----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------TA--T-T-C-T-T-C--AAA---A----T--T---CT-C--C-AA-AAGA-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--C-A-C-GTGGG--TTG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TTTATA-CGGTA
gi|88581 : --T-T-C-T-T-C--AAA---A---AT--T---CT-C--G-GA-AA-A-----GG-G-G--GTTA----------CC-----AAC--TTA--C-A-A-GCGGG--TCG-A-C-T-------------C-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CAGT
gi|88582 : -T-T-C--AAA---A---TT--T---TT-C--C-GA-AA-G-----AG-G-GG-TTCC----------C------GAT--ATA--TTA-C-GCGGA--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGGG-----AG----TATATA-CGGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|88535 ): ATACAATTGTTTTTAGCAAAGTGTTAAGTTGATGGACAATTTGGTAAAACAGTCAATCCAACTTATGAAAGGTTCCATATCAATTCTAAAGAAATTTTCTGGAAACAATAGCATTATACATGGGTTGACATCTGTGA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 11 1111111111111111111 6666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 22 1 1 22 1 11 1 44 11 1 1 333 11 33333 1 0 9 0 0 11 0 2 666666666666666666666 333 0 00 111 11111 111 1 1111 111 00 0 0 222 7 2222222 00 1 0 0 0 0 11 222 9999999999999999999 0 0 2222222222222222222222222222222222 11 00 1 555 3333 0 0 1 6666666666666 0 0 0 0 11111 3333 0
lowQualScore : .. . . .. . .. . .. .. . . ... .. ..... . . . . . .. . . ..................... ... . .. ... ..... ... . .... ... .. . . ... . ....... .. . . . . . .. ... ................... . . .................................. .. .. . ... .... . . . ............. . . . . ..... .... .
lowQualScore : 66 9 8 55 0 33 0 44 33 0 9 333 33 44444 7 7 4 7 7 00 7 1 888888888888888888888 000 6 99 777 66666 111 2 9999 111 99 6 6 555 0 7777777 99 9 6 6 6 6 55 555 0000000000000000000 6 6 9999999999999999999999999999999999 55 99 3 444 3333 6 6 3 2222222222222 6 6 6 5 66666 9999 7
consensus : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GNT-GT--C--A-G--AC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ANG----CG---GGTC--AA-T-G-N-C-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AA-AA-A-----AG-G-G--TTCA----------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGGG--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
Reference ( family-307 ) : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GNT-GT--C--A-G--AC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ANG----CG---GGTC--AA-T-G-N-C-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AA-AA-A-----AG-G-G--TTCA----------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGGG--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88514 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--GC-AAT-T-T-GC-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---AT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------AAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCA-A-C-C-------------T-A-T-ATGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88515 : CAAAGAA-C--ACAA-ATCT-GCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--GC-AAT-T-T-GC-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----TC---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---AT-C--C----GA-A-----AG-G-G--TTCC----------C------GACTATTA--T-A---GCGGG--TCA-A-C-C-------------T-A-T-ATGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88516 : CAAAGAAAT--GTAA-TTATTGCTA-CAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TC--T---CT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------AAC--TTA--T-A-C-ATGGG--TCG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CAGTA
gi|88517 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGTTA-GAAAGTG--A-AT--T-TT-AA--GAC-GA--C--A-A--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---C-C---AAT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AA-AA-G-----AG-GTG--TTCA----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88518 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATA--G-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--T-G--AC-AAT-TT-----C--ACAAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----AGTAGGGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT------CT-C--C-GA-AA-G-----GG-G-GG-TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88519 : CAAGGAAAC--ACAG-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-GT--A-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--TA--A-----TTAAATG----CG---GGTC--AA-A-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCT-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AGTA--TATATA-CGGTA
gi|88520 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGC-A-GAAAATG--G-AT--T-TA-AA--GAT-GG--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT------A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-CA-AAA---A---TT--T---CT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------TAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCGAA-C-T-------------T-A-T---GCT-----AG----T-TATA-CGGTA
gi|88521 : CAAAGAAAC--GTAA-TT---GCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GG------C--A-G--AC-AAA-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-T--AAA---AA--TT--T---TC-C--C-AA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------T------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88522 : CAAAGAAAC--ACAG-TTCTTGCTA-GAGAATG--A-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--AT-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---T-C---AAT----C---CGA-AT--T---A-----T---ATG----CG---GATC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AACAG-A-----GG-G-G--TTTC----------C------GAC--TTA--T-A-C-ACCGG--TTA-A-G-C-------------T-A-T-ATTCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88523 : CAATGAAAT--GCAAGTTCTTGCTA-GAAA-TG--G-AT--T-T--AA--GAT-GG--C--A-C--AC-AAA-TTG-GA-C--A-AAC-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--CGAA-GA-A-----AG-G-G--TTC-----------C------GAC--TTA--T-A-T-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-TG
gi|88524 : CAAATAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-AAAATTG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GT--C--A-A--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---C-C---TGT----C---TGA-CT--T---A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-T-T-C-A-------AA--T-T-A-T-T-C--AAA---G---TT--T---CT-C--C--A-AG-A-----GG-G-A--TTCC----------A------GAA--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AT----GATATA-AGGTA
gi|88525 : CAAAGAAAC--ACAA-ATCTTGTTA-GAAAATG--A-GT--T-TT-AA--GAT-GG--C--T-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---T-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----AG---GGCC--AG-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-CAAAAA---A---TT--C---GT-C--G-AA-AG-T-----GG-G-G--TTAC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCTGC--CCG-A-C-T-------------T-A-T-ATCCG-----AA----TATATA-CGGTA
gi|88526 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATA--G-AT-------AA--GAT-GG--T--G-A--AC-TAT-T-T-GA-C--A-A---------------------------------TT--T---A-----T---ATC----AG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-GA-AA-G-----AG-GAG--TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCAGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGAG-----AG----TATATG-CGATA
gi|88527 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-G-AAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GT-------G--AC-AAT---T-GA-C--A-AAA-A----T---C-CTATAGT----C---CGA-CG--T---A-----T---ATATGCTCG---GTTCAAAA-T-GTT-T-A-------AAT-T-T-T-T-T-C--AGA---A---TT--T---CTGC--C----GA-A-----TG-T-G--TTCC----------CAAG---AAC--TTA--T-A-C-ACTGG--TGA-A-C-C-------------TAA-T-AGGTGGATATAA----TGTATA-CGGTA
gi|88528 : CAAAGAA-C--AAAA-GTCTTGCTA-GGAAATG--G-AT--T-TT-GA--GGT-TG--C--G-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---T-C---AGT----C---CGA-CC--T---A-----T---ATG----AG---GGTC--AA-T-G-T-T-G-------AA--------------------------T--T---AT-C--C----------------G-A--T----------------------C--TTA--T-A-T-GCGGG--CCG-A-C-CGATATGAAAATAGT-A-T-GTGCA-----AA----TATATA-CGGTA
gi|88529 : AAAGAAAC--ACAA-TTCTTGTTA-GAAAATG--G-AT--A-TT-GA--TAT-GG--C--G-G--AA-AAT-T-T-GT-C--A-AAA-AT---T---T-C---AGT----C---CGA-C
gi|88530 : AAAGAAAC--ACAA-CTCTTGCTAGGAAAATG--GCAT--TATTAAA--GTT-GA--C--G-T--AC-AA--TCA-GATT--A-AAA-A----T---T-C---AGT----C---TGA-CA--T---A-----T---GAA----AA---GGTC--AA-C-G-T-C-A-------TA--T-T-C-C-T-A--AAA---A---
gi|88531 : AAAAAACCCACAA-TTCTTCTTA-GAAA-------------TT-----GAT-GG--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA------C---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AG--T-T-C-T-T-C--GA------------------------AA-GA-G-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATGTA-CAGTA
gi|88532 : AAGAAAT--ACAA-CTCTCACTA-GAAAATG--A-AT--A-TC-AA--GAT-GG--C--A-G-----GATATTT-GA-T--A-AAA-A----T---T-C---AGT----C---TGA-CT--T---A-----A---AAG----AG---GG-------T-G-T-T-A-------GA--T-T-G-C-T-C--AAA---A---AT--A---CT-C--T-GA-AA-G-----AG-G-G--GTTA----------T------GGA--CTA--T-A--------------A-T-T-------------T-------GCA-----AG----TATATG-CAATA
gi|88533 : AAAAAT--GCGA-ATCTCTCTA-CAAAATG--G-ATATT-TT-AAAAGAT-GG--G--T-G--AG-TAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----AAAAC-C---A-T----C---CGA-TT--T---A-----T---ATG-----G---GGT---GA-T-G-T-T-A-------GA--T-T-T-T-T-C--AAA---A---AT--T---CT-C--C-AA-AG-A-----AG-G-GG-TTGT----------C------CAC--TTA--T-A-T-GCGGG--CCG-A-T-G-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TGAATA-CGGTA
gi|88534 : AAAC--ACA---TCTTGTTA-AAA---------------------GCT-GT--T--G-G--AC-AAT--CT-GA-T--A-AAA-A----T---TTC---ACT----C---CAA-CT--A---A-----A---AAA----TG-----TC--AA-T-G-T-C-A-------GT--T-C-T-T-T-G--AAA---A---AC--T---CT-T--TTAA-AA-AT----AA-G-G--T-CA----------TT-----GAC--TTA--T-A-T-GTGGG--TAG-A-A-T-------------A-A-T-AGGTG-----AG----TATATA-CAATA
gi|88536 : --G-AT--T-TG-AA--AATTGT--CTCA-A--A--GAT-TCTTGG-C--A-AAA-AGTTAT---C-T---GCTA---C---CGA-CT--T---AATACAT---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAAAT-C-C-T-TTC--AAA---A---AT--GAGGCT-T--A-AA-AA-C-----A--------CCA----------CAACACCGAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AGC---TATATACCGGTA
gi|88537 : caacttcttTTGCTA-GAAAATAGCG-AT--T-TT-AA--GAT-GCCGC--A-GCCAC-AAT-T-T-GA-C--A-AAACG----T---C-C----TT----C---CG--CT------------T---AAG----CG---GG
gi|88538 : AACATT--G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--T--A-A--CC-AAT-TCT-GA-T--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TG--A---C--C--T-AA-AA-A-----AA-A------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----CATATA-CGGTA
gi|88539 : AAATGT-G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--C-A--ACTGAT-TCT-GT-C--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT--T---A-----T---AGGG---CG---GGTC--A--T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAATGAA---TC--T---C-------AA-AA-A-----A--------CCA----------CATCC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAATACCG-ATC-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88540 : TG--G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-AAT-TCT-GA-T--A-AAA-AGT--T---T-T---A------C---CGA-CT--T---A-----T---ACG----CG---AGTG--AATT-G-C-A-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---T
gi|88541 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-AGT--T---T-T---A------C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A----T--G---AT-C--T-AA-AA-A-----AA-------CCACATC------C------GAC--CTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-T-T-------------T-A-T-AGCCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88542 : --G-AT--C-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-AG---T---T-G---AAC----A---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---AGTC--AA-T-G-G-C-A-------AA--AAC-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-C-----A-AA-A-----A--------TCA----------CAACC--GAC--TTA--A-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88543 : --G-AT--C-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-T--A-AAA-A----G---T-T---GAA----C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AA--AAC-C-T-T-C--CAA---A---TGA-T---CT------AA-AA-A-----AA--------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88544 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TAT-GG-C--A-AAA-AGTTGT---A-C---CGT----GG--CGT-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-G-T-T-C--AAA---A---GT--A---TT-A--C-AC-AA-----------------C-----------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CAGTA
gi|88545 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAAGG----T---T------GTA---C---CGA-CT--A---A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C---AA---A---TTGAT---CT----C-AA-AA-A--------------TCACAAC------C------GAC--TTA--T-A-G-TCCAA--TCG-A-T-TTA-----------T-A-T-AGGCG-----AG----TAAATA-CGGTA
gi|88546 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-G----T----------GTGTA-C---CGA-CTAATTTAA-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C---AA---A---TTGAT---CT-C--A-AA-AA-C-----A---------CAAC--------C------GAC--TTA--T-A-G-TCCAA--TCG-A-T-TTA-----------T-A-T-AGGCG-----AG----TAAATA-CGGTA
gi|88547 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--ACA--ACTAAT-TCT-GG-C--A-AAA-AGT--T---C-T---GA---------CGA-CT--A---A-----T---AGG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-A-C--AAA---A---TGA-T---CT-CAAC-AT-AA-A---------------CA----------C------------------A-G-G--------G-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88548 : --G-GT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C----AAA-A----T---G-T---TGTA---C---CGA-TT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-A-CAA-------AA--T-A-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT----C-AA-AA-A-----A---------CA----------C------AA---------------------CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88549 : --G-GT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C----AAA-A----T---G-T---TGTA---C---CGA-TT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-A-CAA-------AA--T-A-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT----C-AA-AA-A-----A---------CA----------C------AA---------------------CCG-A-CTT-------------T-A-T-AGGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88550 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--C-AAA-A--------------AGTTGTAC---CGA-CC--T---A-----T---AGG----TG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T------------------------CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--C-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-C-AGACG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88551 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A--------------------------G---T--T---A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-A-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-T-----A-AA-A-----AG--------CAAAAC------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CTG-A-C-T-------------T-A-T-A
gi|88552 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GGT-TCT-GA-C--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT--T---G-----T---ACG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-------GA---A---TC--T---------C-AA-AA-A-----A---------CA----------C-------------------------AG--CCA-G-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGATA
gi|88553 : -AT--T-TT-AA--TTT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-G--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GATC--AT-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAC--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88554 : --T-TT-GA--AATAGT--C--A-A--TC-GAT-TCT-GG-C--A-AAACG----T---T------GTA---C---CGA-CT--T---A-----A---AGG----CG---AGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--G-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--A---TT-T--C-AA-AA-A-----A-------CTCAAC--------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-
gi|88555 : --T-TT-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-AAT-TCT-GG-C--A-AAA-T----G---T-T---ATA----C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----CG---G--C--GA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-T--T-AA-AA-A-----A---------CA----------T------AAC--T-------------------G-A-CTT-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88556 : -TT-AA--GAT-GT--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAC-A----T---C-C---AGT----C---AGA-C-------A-----T---ATG----CG---GGTC--
gi|88557 : --GGT-GG--T--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-G----G---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----AG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--G-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-
gi|88558 : AT-TCT-GG-C--A-AAA-A--------------AGTTGTAC---CGAACT--T---A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-TTG-G-C-A-------AAA-T-C-C-TCT-C--AAA--------T--G---AT-C--T-AA-AA-ACACAAAC-G-A--CT-------------------GAC--TTA--TTA-G-GCGAG--GTT-A-T-A-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88559 : acC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A---------------GT----TGAACGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---AGTC--AA-T-G-G-C-A-------AA--AAC-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-C-----A-AA-A-----A--------TCA----------CAAC---GAC--TTA--A-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-AAT-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88560 : C-GAT--CT-GG-CTAA-AAA-A----C---T-T---GATA---C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-AGC-A-------AAA-T-C-CGT-T-C--AAA---C---TGA-T---CT-G--C-AA-AA-T-----A---------CA----------CCGCC--GAC--TTA--T-AAG-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88561 : C-GAT-TCT-GG-C--A-AAA------T---A-C---TGTA---C---CAA-CT------G-----T---ATG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C-GC------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGGA--CTA-A-C-A-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATAAA-CGGTA
gi|88562 : -TTT-GA-C--A-AAA-AA---T---C-C---TGT----C---CGG-CT--T---A-----T---ATG----TG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAAT--G---TT--T---CT-C--TGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--C-A-C-GCTGG--TCG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----AATATA-CGG
gi|88563 : aa-TTT-GG-C--A-AAA-A----G---T-T---GGT----TA--CGA-CT--T---A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-C-A-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAATG-A---TT------------C-AA-AA-ACACACAC-G-GACTTTATAGGCCGAACC------GACT-TTA--T-A-A-GCGAA--C-G-A-T-T-------------T-A-TGGGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88564 : aa-TTT-GG-C--A-AAA-A----G---T-T---ATA----C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-C-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGTG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88565 : -TCT-GG-C--A-AAA-AG---T---T------GTA---C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT----C-AA-AA-A-----AC-A-C--ATCA-----------------AAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGACG-----AG----TATATA-CGGT
gi|88566 : -TCT-GG-C--A-AAA-A----G---C-----AGT----AG--CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-C-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-C-----A---------CAAC--------C------GAC--TTA--T-A-GAGCGAA--C-G-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88567 : -TCT-GG-C--A-AAA-A----G---T-C---GAA----C---CGA-CT--A---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--A-G-C-T-T-C--AAA---C---TGA-T---CT----C-AA-AA-A-----A---------CACAAC------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88568 : -TCT-GG-C--A-AAA-A----G---T-T---ATA----C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAC-T-C-C-T-T-C--AAA---A----T--G---AT-C--T-AA-AA-A-----AA--------CA----------T------AAC--T-------------------G-A-C-T-------------C-A-A-AAGCG-----AGTA--TATATA-CGGTA
gi|88569 : G-C--A-AAA-C----T---T------GTA---C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----CG---AGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-T-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-A-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGAG-----AG----TATATA-CGGTAcatatacggt
gi|88570 : tt--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T--------------------------------A-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--C---CT-C--C-GA-GA-G-----AG-G-G--GCCA----------C------GAC--TTATGT-A-C-GCGGT--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88571 : ----C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TAA-T---CT-C--A-AA-AA-C-----A---------CAAC--------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCA-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88572 : aaagttcta----C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---ACGATT--T-----------AA-AA-A-----A--------CCA----------CATCC--GAA--TTA--T-A-G-GCAAA--TCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88573 : ----C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-A-C-AAAATATTAA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-T--T-AA-AA-A-----AA-A-A----CC----------C------GAC--TTA--T-A-G-GTGAA--CTG-A-C-TAA-----------T-A-T-AGGCG-----AGTATATATATA-CGGTA
gi|88574 : ----C---CGA-CT--A---A-----T---AGA----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C--G-AA-AA-----------------CA----------CATCT--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--GCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATAAA-CGGTA
gi|88575 : ----C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-A-A-------AA--T-CAC-T-T-C--AAA--------T--G---AT-C--T-AA-AA-A-----AC-ACA--TCCG----------T------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A---AGGCG-----AG----TA-ATA-CGGTA
gi|88576 : ----C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-A-T-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---AGGATA--T---C-------AA-AA-C-----A---------CA----------C------AAC---------------------CG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TAGAT
gi|88577 : ----C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----CG---GATC--AA-T-G-G-C-A-------AA--A-T-C-T-T-C--AAA---A---TG--A---TC-C--C-AA-AA-A-----A----------A----------C------AA---------------------CCA-A-C-A-------------T-A-T-A-GCG-----AG----TATATA-CGccacatac
gi|88578 : ----C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----CG---GGTT--AA-T-----------------------C-T-T----AAA---A-------------------AA-AA-A-----AC-T-A--CCCA----------CAACC--GAC--TTA--G-A-G-GCGAA--TCG-A-C-T-------------T-A-T-AGACG-----AG----TACAT
gi|88579 : G----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAC---A---TT--T---GT-C--A-GA-AA-T-----AGAG-G--CTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGGG-----AG----TA
gi|88580 : ----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------TA--T-T-C-T-T-C--AAA---A----T--T---CT-C--C-AA-AAGA-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--C-A-C-GTGGG--TTG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TTTATA-CGGTA
gi|88581 : --T-T-C-T-T-C--AAA---A---AT--T---CT-C--G-GA-AA-A-----GG-G-G--GTTA----------CC-----AAC--TTA--C-A-A-GCGGG--TCG-A-C-T-------------C-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CAGT
gi|88582 : -T-T-C--AAA---A---TT--T---TT-C--C-GA-AA-G-----AG-G-GG-TTCC----------C------GAT--ATA--TTA-C-GCGGA--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGGG-----AG----TATATA-CGGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|88535 ): ATACAATTGTTTTTAGCAAAGTGTTAAGTTGATGGACAATTTGGTAAAACAGTCAATCCAACTTATGAAAGGTTCCATATCAATTCTAAAGAAATTTTCTGGAAACAATAGCATTATACATGGGTTGACATCTGTGA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 11 1111111111111111111 6666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 22 1 1 22 1 11 1 44 11 1 1 333 11 33333 1 0 9 0 0 11 0 2 666666666666666666666 333 0 00 111 11111 111 1 1111 111 00 0 0 222 7 2222222 00 1 0 0 0 0 11 222 9999999999999999999 0 0 2222222222222222222222222222222222 11 00 1 555 3333 0 0 1 6666666666666 0 0 0 0 11111 3333 0
lowQualScore : .. . . .. . .. . .. .. . . ... .. ..... . . . . . .. . . ..................... ... . .. ... ..... ... . .... ... .. . . ... . ....... .. . . . . . .. ... ................... . . .................................. .. .. . ... .... . . . ............. . . . . ..... .... .
lowQualScore : 66 9 8 55 0 33 0 44 33 0 9 333 33 44444 7 7 4 7 7 00 7 1 888888888888888888888 000 6 99 777 66666 111 2 9999 111 99 6 6 555 0 7777777 99 9 6 6 6 6 55 555 0000000000000000000 6 6 9999999999999999999999999999999999 55 99 3 444 3333 6 6 3 2222222222222 6 6 6 5 66666 9999 7
consensus : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GNT-GT--C--A-G--AC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ANG----CG---GGTC--AA-T-G-N-C-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AA-AA-A-----AG-G-G--TTCA----------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGGG--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
Reference ( family-307 ) : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GNT-GT--C--A-G--AC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ANG----CG---GGTC--AA-T-G-N-C-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AA-AA-A-----AG-G-G--TTCA----------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGGG--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88514 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--GC-AAT-T-T-GC-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---AT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------AAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCA-A-C-C-------------T-A-T-ATGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88515 : CAAAGAA-C--ACAA-ATCT-GCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--GC-AAT-T-T-GC-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----TC---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---AT-C--C----GA-A-----AG-G-G--TTCC----------C------GACTATTA--T-A---GCGGG--TCA-A-C-C-------------T-A-T-ATGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88516 : CAAAGAAAT--GTAA-TTATTGCTA-CAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TC--T---CT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------AAC--TTA--T-A-C-ATGGG--TCG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CAGTA
gi|88517 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGTTA-GAAAGTG--A-AT--T-TT-AA--GAC-GA--C--A-A--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---C-C---AAT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AA-AA-G-----AG-GTG--TTCA----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88518 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATA--G-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--T-G--AC-AAT-TT-----C--ACAAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----AGTAGGGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT------CT-C--C-GA-AA-G-----GG-G-GG-TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88519 : CAAGGAAAC--ACAG-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-GT--A-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--TA--A-----TTAAATG----CG---GGTC--AA-A-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCT-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AGTA--TATATA-CGGTA
gi|88520 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGC-A-GAAAATG--G-AT--T-TA-AA--GAT-GG--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT------A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-CA-AAA---A---TT--T---CT-C--CGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------TAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCGAA-C-T-------------T-A-T---GCT-----AG----T-TATA-CGGTA
gi|88521 : CAAAGAAAC--GTAA-TT---GCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GG------C--A-G--AC-AAA-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-T--AAA---AA--TT--T---TC-C--C-AA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------T------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88522 : CAAAGAAAC--ACAG-TTCTTGCTA-GAGAATG--A-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--AT-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---T-C---AAT----C---CGA-AT--T---A-----T---ATG----CG---GATC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AACAG-A-----GG-G-G--TTTC----------C------GAC--TTA--T-A-C-ACCGG--TTA-A-G-C-------------T-A-T-ATTCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88523 : CAATGAAAT--GCAAGTTCTTGCTA-GAAA-TG--G-AT--T-T--AA--GAT-GG--C--A-C--AC-AAA-TTG-GA-C--A-AAC-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--CGAA-GA-A-----AG-G-G--TTC-----------C------GAC--TTA--T-A-T-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-TG
gi|88524 : CAAATAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-AAAATTG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GT--C--A-A--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---C-C---TGT----C---TGA-CT--T---A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-T-T-C-A-------AA--T-T-A-T-T-C--AAA---G---TT--T---CT-C--C--A-AG-A-----GG-G-A--TTCC----------A------GAA--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AT----GATATA-AGGTA
gi|88525 : CAAAGAAAC--ACAA-ATCTTGTTA-GAAAATG--A-GT--T-TT-AA--GAT-GG--C--T-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---T-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----AG---GGCC--AG-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-CAAAAA---A---TT--C---GT-C--G-AA-AG-T-----GG-G-G--TTAC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCTGC--CCG-A-C-T-------------T-A-T-ATCCG-----AA----TATATA-CGGTA
gi|88526 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATA--G-AT-------AA--GAT-GG--T--G-A--AC-TAT-T-T-GA-C--A-A---------------------------------TT--T---A-----T---ATC----AG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-GA-AA-G-----AG-GAG--TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCAGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGAG-----AG----TATATG-CGATA
gi|88527 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-G-AAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GT-------G--AC-AAT---T-GA-C--A-AAA-A----T---C-CTATAGT----C---CGA-CG--T---A-----T---ATATGCTCG---GTTCAAAA-T-GTT-T-A-------AAT-T-T-T-T-T-C--AGA---A---TT--T---CTGC--C----GA-A-----TG-T-G--TTCC----------CAAG---AAC--TTA--T-A-C-ACTGG--TGA-A-C-C-------------TAA-T-AGGTGGATATAA----TGTATA-CGGTA
gi|88528 : CAAAGAA-C--AAAA-GTCTTGCTA-GGAAATG--G-AT--T-TT-GA--GGT-TG--C--G-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---T-C---AGT----C---CGA-CC--T---A-----T---ATG----AG---GGTC--AA-T-G-T-T-G-------AA--------------------------T--T---AT-C--C----------------G-A--T----------------------C--TTA--T-A-T-GCGGG--CCG-A-C-CGATATGAAAATAGT-A-T-GTGCA-----AA----TATATA-CGGTA
gi|88529 : AAAGAAAC--ACAA-TTCTTGTTA-GAAAATG--G-AT--A-TT-GA--TAT-GG--C--G-G--AA-AAT-T-T-GT-C--A-AAA-AT---T---T-C---AGT----C---CGA-C
gi|88530 : AAAGAAAC--ACAA-CTCTTGCTAGGAAAATG--GCAT--TATTAAA--GTT-GA--C--G-T--AC-AA--TCA-GATT--A-AAA-A----T---T-C---AGT----C---TGA-CA--T---A-----T---GAA----AA---GGTC--AA-C-G-T-C-A-------TA--T-T-C-C-T-A--AAA---A---
gi|88531 : AAAAAACCCACAA-TTCTTCTTA-GAAA-------------TT-----GAT-GG--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA------C---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AG--T-T-C-T-T-C--GA------------------------AA-GA-G-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATGTA-CAGTA
gi|88532 : AAGAAAT--ACAA-CTCTCACTA-GAAAATG--A-AT--A-TC-AA--GAT-GG--C--A-G-----GATATTT-GA-T--A-AAA-A----T---T-C---AGT----C---TGA-CT--T---A-----A---AAG----AG---GG-------T-G-T-T-A-------GA--T-T-G-C-T-C--AAA---A---AT--A---CT-C--T-GA-AA-G-----AG-G-G--GTTA----------T------GGA--CTA--T-A--------------A-T-T-------------T-------GCA-----AG----TATATG-CAATA
gi|88533 : AAAAAT--GCGA-ATCTCTCTA-CAAAATG--G-ATATT-TT-AAAAGAT-GG--G--T-G--AG-TAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----AAAAC-C---A-T----C---CGA-TT--T---A-----T---ATG-----G---GGT---GA-T-G-T-T-A-------GA--T-T-T-T-T-C--AAA---A---AT--T---CT-C--C-AA-AG-A-----AG-G-GG-TTGT----------C------CAC--TTA--T-A-T-GCGGG--CCG-A-T-G-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TGAATA-CGGTA
gi|88534 : AAAC--ACA---TCTTGTTA-AAA---------------------GCT-GT--T--G-G--AC-AAT--CT-GA-T--A-AAA-A----T---TTC---ACT----C---CAA-CT--A---A-----A---AAA----TG-----TC--AA-T-G-T-C-A-------GT--T-C-T-T-T-G--AAA---A---AC--T---CT-T--TTAA-AA-AT----AA-G-G--T-CA----------TT-----GAC--TTA--T-A-T-GTGGG--TAG-A-A-T-------------A-A-T-AGGTG-----AG----TATATA-CAATA
gi|88536 : --G-AT--T-TG-AA--AATTGT--CTCA-A--A--GAT-TCTTGG-C--A-AAA-AGTTAT---C-T---GCTA---C---CGA-CT--T---AATACAT---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAAAT-C-C-T-TTC--AAA---A---AT--GAGGCT-T--A-AA-AA-C-----A--------CCA----------CAACACCGAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AGC---TATATACCGGTA
gi|88537 : caacttcttTTGCTA-GAAAATAGCG-AT--T-TT-AA--GAT-GCCGC--A-GCCAC-AAT-T-T-GA-C--A-AAACG----T---C-C----TT----C---CG--CT------------T---AAG----CG---GG
gi|88538 : AACATT--G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--T--A-A--CC-AAT-TCT-GA-T--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TG--A---C--C--T-AA-AA-A-----AA-A------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----CATATA-CGGTA
gi|88539 : AAATGT-G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--C-A--ACTGAT-TCT-GT-C--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT--T---A-----T---AGGG---CG---GGTC--A--T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAATGAA---TC--T---C-------AA-AA-A-----A--------CCA----------CATCC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAATACCG-ATC-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88540 : TG--G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-AAT-TCT-GA-T--A-AAA-AGT--T---T-T---A------C---CGA-CT--T---A-----T---ACG----CG---AGTG--AATT-G-C-A-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---T
gi|88541 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-AGT--T---T-T---A------C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A----T--G---AT-C--T-AA-AA-A-----AA-------CCACATC------C------GAC--CTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-T-T-------------T-A-T-AGCCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88542 : --G-AT--C-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-AG---T---T-G---AAC----A---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---AGTC--AA-T-G-G-C-A-------AA--AAC-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-C-----A-AA-A-----A--------TCA----------CAACC--GAC--TTA--A-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88543 : --G-AT--C-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-T--A-AAA-A----G---T-T---GAA----C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AA--AAC-C-T-T-C--CAA---A---TGA-T---CT------AA-AA-A-----AA--------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88544 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TAT-GG-C--A-AAA-AGTTGT---A-C---CGT----GG--CGT-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-G-T-T-C--AAA---A---GT--A---TT-A--C-AC-AA-----------------C-----------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CAGTA
gi|88545 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAAGG----T---T------GTA---C---CGA-CT--A---A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C---AA---A---TTGAT---CT----C-AA-AA-A--------------TCACAAC------C------GAC--TTA--T-A-G-TCCAA--TCG-A-T-TTA-----------T-A-T-AGGCG-----AG----TAAATA-CGGTA
gi|88546 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-G----T----------GTGTA-C---CGA-CTAATTTAA-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C---AA---A---TTGAT---CT-C--A-AA-AA-C-----A---------CAAC--------C------GAC--TTA--T-A-G-TCCAA--TCG-A-T-TTA-----------T-A-T-AGGCG-----AG----TAAATA-CGGTA
gi|88547 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--ACA--ACTAAT-TCT-GG-C--A-AAA-AGT--T---C-T---GA---------CGA-CT--A---A-----T---AGG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-A-C--AAA---A---TGA-T---CT-CAAC-AT-AA-A---------------CA----------C------------------A-G-G--------G-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88548 : --G-GT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C----AAA-A----T---G-T---TGTA---C---CGA-TT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-A-CAA-------AA--T-A-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT----C-AA-AA-A-----A---------CA----------C------AA---------------------CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88549 : --G-GT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C----AAA-A----T---G-T---TGTA---C---CGA-TT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-A-CAA-------AA--T-A-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT----C-AA-AA-A-----A---------CA----------C------AA---------------------CCG-A-CTT-------------T-A-T-AGGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88550 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--C-AAA-A--------------AGTTGTAC---CGA-CC--T---A-----T---AGG----TG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T------------------------CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--C-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-C-AGACG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88551 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A--------------------------G---T--T---A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-A-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-T-----A-AA-A-----AG--------CAAAAC------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CTG-A-C-T-------------T-A-T-A
gi|88552 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GGT-TCT-GA-C--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT--T---G-----T---ACG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-------GA---A---TC--T---------C-AA-AA-A-----A---------CA----------C-------------------------AG--CCA-G-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGATA
gi|88553 : -AT--T-TT-AA--TTT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-G--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GATC--AT-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAC--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88554 : --T-TT-GA--AATAGT--C--A-A--TC-GAT-TCT-GG-C--A-AAACG----T---T------GTA---C---CGA-CT--T---A-----A---AGG----CG---AGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--G-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--A---TT-T--C-AA-AA-A-----A-------CTCAAC--------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-
gi|88555 : --T-TT-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-AAT-TCT-GG-C--A-AAA-T----G---T-T---ATA----C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----CG---G--C--GA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-T--T-AA-AA-A-----A---------CA----------T------AAC--T-------------------G-A-CTT-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88556 : -TT-AA--GAT-GT--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAC-A----T---C-C---AGT----C---AGA-C-------A-----T---ATG----CG---GGTC--
gi|88557 : --GGT-GG--T--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-G----G---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ATG----AG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--G-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-
gi|88558 : AT-TCT-GG-C--A-AAA-A--------------AGTTGTAC---CGAACT--T---A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-TTG-G-C-A-------AAA-T-C-C-TCT-C--AAA--------T--G---AT-C--T-AA-AA-ACACAAAC-G-A--CT-------------------GAC--TTA--TTA-G-GCGAG--GTT-A-T-A-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88559 : acC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A---------------GT----TGAACGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---AGTC--AA-T-G-G-C-A-------AA--AAC-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-C-----A-AA-A-----A--------TCA----------CAAC---GAC--TTA--A-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-AAT-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88560 : C-GAT--CT-GG-CTAA-AAA-A----C---T-T---GATA---C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-AGC-A-------AAA-T-C-CGT-T-C--AAA---C---TGA-T---CT-G--C-AA-AA-T-----A---------CA----------CCGCC--GAC--TTA--T-AAG-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88561 : C-GAT-TCT-GG-C--A-AAA------T---A-C---TGTA---C---CAA-CT------G-----T---ATG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C-GC------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGGA--CTA-A-C-A-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATAAA-CGGTA
gi|88562 : -TTT-GA-C--A-AAA-AA---T---C-C---TGT----C---CGG-CT--T---A-----T---ATG----TG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAAT--G---TT--T---CT-C--TGAA-AG-A-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--C-A-C-GCTGG--TCG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----AATATA-CGG
gi|88563 : aa-TTT-GG-C--A-AAA-A----G---T-T---GGT----TA--CGA-CT--T---A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-C-A-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAATG-A---TT------------C-AA-AA-ACACACAC-G-GACTTTATAGGCCGAACC------GACT-TTA--T-A-A-GCGAA--C-G-A-T-T-------------T-A-TGGGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88564 : aa-TTT-GG-C--A-AAA-A----G---T-T---ATA----C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-C-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGTG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88565 : -TCT-GG-C--A-AAA-AG---T---T------GTA---C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT----C-AA-AA-A-----AC-A-C--ATCA-----------------AAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGACG-----AG----TATATA-CGGT
gi|88566 : -TCT-GG-C--A-AAA-A----G---C-----AGT----AG--CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-C-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-C-----A---------CAAC--------C------GAC--TTA--T-A-GAGCGAA--C-G-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88567 : -TCT-GG-C--A-AAA-A----G---T-C---GAA----C---CGA-CT--A---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAA-------AA--A-G-C-T-T-C--AAA---C---TGA-T---CT----C-AA-AA-A-----A---------CACAAC------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88568 : -TCT-GG-C--A-AAA-A----G---T-T---ATA----C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAC-T-C-C-T-T-C--AAA---A----T--G---AT-C--T-AA-AA-A-----AA--------CA----------T------AAC--T-------------------G-A-C-T-------------C-A-A-AAGCG-----AGTA--TATATA-CGGTA
gi|88569 : G-C--A-AAA-C----T---T------GTA---C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----CG---AGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-T-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C----AA-AA-A-----A---------CA----------CAACC--GAC--TTA--T-A-A-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGAG-----AG----TATATA-CGGTAcatatacggt
gi|88570 : tt--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T--------------------------------A-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAA---A---TT--C---CT-C--C-GA-GA-G-----AG-G-G--GCCA----------C------GAC--TTATGT-A-C-GCGGT--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88571 : ----C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TAA-T---CT-C--A-AA-AA-C-----A---------CAAC--------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCA-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88572 : aaagttcta----C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---ACGATT--T-----------AA-AA-A-----A--------CCA----------CATCC--GAA--TTA--T-A-G-GCAAA--TCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88573 : ----C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-A-C-AAAATATTAA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TTA-T---CT-T--T-AA-AA-A-----AA-A-A----CC----------C------GAC--TTA--T-A-G-GTGAA--CTG-A-C-TAA-----------T-A-T-AGGCG-----AGTATATATATA-CGGTA
gi|88574 : ----C---CGA-CT--A---A-----T---AGA----CG---GGTC--AA-T-G-G-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---A---TGA-T---CT-C--G-AA-AA-----------------CA----------CATCT--GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--GCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATAAA-CGGTA
gi|88575 : ----C---CGA-CT--T---A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-A-A-------AA--T-CAC-T-T-C--AAA--------T--G---AT-C--T-AA-AA-A-----AC-ACA--TCCG----------T------GAC--TTA--T-A-G-GCGAA--CCG-A-C-T-------------T-A---AGGCG-----AG----TA-ATA-CGGTA
gi|88576 : ----C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-A-T-C-A-------AAA-T-C-C-T-T-C--AAA---AGGATA--T---C-------AA-AA-C-----A---------CA----------C------AAC---------------------CG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TAGAT
gi|88577 : ----C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----CG---GATC--AA-T-G-G-C-A-------AA--A-T-C-T-T-C--AAA---A---TG--A---TC-C--C-AA-AA-A-----A----------A----------C------AA---------------------CCA-A-C-A-------------T-A-T-A-GCG-----AG----TATATA-CGccacatac
gi|88578 : ----C---CGA-CT--T---A-----T---AAG----CG---GGTT--AA-T-----------------------C-T-T----AAA---A-------------------AA-AA-A-----AC-T-A--CCCA----------CAACC--GAC--TTA--G-A-G-GCGAA--TCG-A-C-T-------------T-A-T-AGACG-----AG----TACAT
gi|88579 : G----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------AA--T-T-C-T-T-C--AAC---A---TT--T---GT-C--A-GA-AA-T-----AGAG-G--CTCC----------C------GAC--TTA--T-A-C-GCGGG--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGGG-----AG----TA
gi|88580 : ----CG---GGTC--AA-T-G-T-T-A-------TA--T-T-C-T-T-C--AAA---A----T--T---CT-C--C-AA-AAGA-----GG-G-G--TTCC----------C------GAC--TTA--C-A-C-GTGGG--TTG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TTTATA-CGGTA
gi|88581 : --T-T-C-T-T-C--AAA---A---AT--T---CT-C--G-GA-AA-A-----GG-G-G--GTTA----------CC-----AAC--TTA--C-A-A-GCGGG--TCG-A-C-T-------------C-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CAGT
gi|88582 : -T-T-C--AAA---A---TT--T---TT-C--C-GA-AA-G-----AG-G-GG-TTCC----------C------GAT--ATA--TTA-C-GCGGA--TCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGGG-----AG----TATATA-CGGTA
blockSeqs : CC G G GC C AT TA AA A T CCG TC GCCA T T C GTTATCTGCTA GAA TTA ATACA TAA T TGCT TAG TT A AAATATT AA A AA TGA ATGAGGCTTA CACACACGGACTTTATAGGCCGAACC TA T AG AATA T GATATGAAAATAG GATAT TATA
blockSeqs : . . . T . . T . A A G . CAA T T G GTTGTACCGT G A . . T G . AG A C T A A TG TGATCTCAAC ACTACCCACAACC T T GA GG T TA . TA
blockSeqs : . . . . . . T . A . G . GG . C C TCCTATAGT A . . . T . . T A . A A . T TTGATCTCA TGTGTTCCCAAG . . C GG . TA . TA
blockSeqs : . . . . . . T . A . A . GA . T . AAAACCAT G . . . T . . T A . A . . . TCTCTCCG ACCACAACACC . . C GG . AA . C
blockSeqs : . . . . . . T . A . G . AA . C . TTTCAGT . . . . T . . T A . A . . . TTTCTCCG CACAAACGACT . . C GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . A . G . GA . C . TTTCACT . . . . T . . T A . A . . . TTTCTCCG AGGTGTTCAC . . C GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . G . G . GA . C . GTTGAAC . . . . T . . T A . A . . . ATTTTCCC GGGGGTTCCC . . C GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . A . G . GA . C . GTTCTGA . . . . T . . T A . A . . . TTTCTCCG AGGAGTTCCC . . C GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . A . G . GA . C . TGTTGTA . . . . T . . T A . A . . . TTTCTGCC AGGGGTTGTC . . C GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . A . T . GA . C . TGTTGTA . . . . T . . T A . A . . . ACTCTTTT TAAGGTCATT . . T GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . A . G . CA . C . AGTTGTA . . . . A . . T A . A . . . TTGATCTC AAACACAACC . . C GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . A . G . AA . C . AGTTGTA . . . . T . . T . . C . . . TGATCTTT AACCACATCC . . C GC . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . A . T . GA . A . CTTGATA . . . . T . . T . . A . . . TGATCTGC ACACATCCGT . . C GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . G . G . AA . C . TACTGTA . . . . T . . T . . A . . . TTTCTCTG AGAGGCTCCC . . C GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . A . G . GA . C . ATCCTGT . . . . A . . T . . A . . . TAATCTCA GGGGGTTACC . . T GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . T . A . GA . C . TCCAGT . . . . T . . T . . A . . . TTATCTTT AGGGGTTCCC . . C GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . A . G . GA . C . TCCAGT . . . . A . . T . . A . . . TGATCTCG AGGGTTCCC . . T GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . A . G . TA . C . TCCAAT . . . . T . . T . . . . . . TTTATCC GGGGTTCCC . . T GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . A . G . GA . C . TCCAGT . . . . A . . T . . . . . . TTTCTCC GGGGTTCCC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . C . T . GA . C . TCCAGT . . . . G . . T . . . . . . TTTCTCC GGGGTTCCC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . . G . A . T . GA . C . TCCAGT . . . . A . . G . . . . . . TTTCTCC GGGGTTCCT . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . G . A . T . AA . C . TCCAGT . . . . G . . G . . . . . . TTCGTCG GGGGTTTCC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . G . T . T . AC . C . TTCAAT . . . . G . . G . . . . . . TTTCTCC GGGATTCCA . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . G . T . T . AA . C . TCCAGT . . . . C . . C . . . . . . ATACTCT GGGGTTACC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . G . T . T . AC . C . TCCTGT . . . . G . . G . . . . . . ATTCTCC GGGGTTCCC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . G . T . T . AC . C . TTCAGT . . . . G . . G . . . . . . TTATCTC AGGGGTTAT . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . G . T . T . AC . C . TTCAGT . . . . G . . G . . . . . . GTATTAC ACCACATCC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . G . T . T . AC . C . TTCAGT . . . . G . . G . . . . . . TGATCTC ATCACAACC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . G . T . T . AC . T . CCCAGT . . . . A . . G . . . . . . TGATCTC AACACAACC . . G AG . . . .
blockSeqs : . . . G . T . T . AC . T . TTCAGT . . . . A . . G . . . . . . TGATCTT AGCAAAACC . . G AC . . . .
blockSeqs : . . . G . T . T . AC . T . GTTGTA . . . . G . . G . . . . . . TGATCTC GGGGTTCCC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . G . T . T . AC . C . GTTGTA . . . . G . . A . . . . . . TTATTTC AGGGGCCAC . . G AG . . . .
blockSeqs : . . . G . T . T . AC . C . GTTTTA . . . . G . . A . . . . . . TTATCTC ACCACATCC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . G . T . T . AC . C . GTTTTA . . . . G . . G . . . . . . TGATCTC GGGGTTCCC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . T . T . T . AC . C . GTTGAA . . . . A . . A . . . . . . TGATCTC AGGGTTCC . . G GA . . . .
blockSeqs : . . . T . T . T . AC . . . TGTGTA . . . . C . . G . . . . . . TGATCTC TCACAACC . . C GG . . . .
blockSeqs : . . . T . T . T . AC . . . GTTGTA . . . . G . . G . . . . . . TGATCTC ACACAACC . . A AA . . . .
blockSeqs : . . T . T . T . AT . . . GTTGTA . . . . G . . G . . . . . . TGATCTC ACACAACC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . A . T . AC . . . GTTATA . . . . A . . G . . . . . . TGATCTC ACTCAACC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . T . T . GA . . . TCCAGT . . . . T . . T . . . . . . TTCCTCC ATCACAAC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . A . G . GA . . . GCCAGT . . . . T . . G . . . . . . GGATATC ACACCGCC . . A AA . . . .
blockSeqs : . G . . . G . . . GTTGGT . . . . A . . G . . . . . . TGATCCC ACACAACC . . C AA . . . .
blockSeqs : . . . GTTATA . . . . G . . G . . . . . . TTTGTCA ACACAACC . . G GT . . . .
blockSeqs : . . . GTTGTA . . . . G . . T . . . . . . ATTCTCG ACACATCA . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . GTCGAA . . . . T . . C . . . . . . TTTTTCC ACACAACC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . GTTATA . . . . T . . G . . . . . . TTCTCC ACACAACC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . TCCAGT . . . . A . . G . . . . . . TTATCC AAAACCC . . G AA . . . .
blockSeqs : . . TCCTT . . . . A . . G . . . . . . TGACCT CACATCT . . G AA . . . .
blockSeqs : . . TTGTA . . . . G . . G . . . . . . TGATCT ACAACC . . C AA . . . .
blockSeqs : . . TTGTA . . . . G . . G . . . . . . TGATCT ACAACC . . C GG . . . .
blockSeqs : . . GCAGT . . . . G . . G . . . . . . TGATCT ACAACC . . A GG . . . .
blockSeqs : . . TTGTA . . . . A . . T . . . . . . TGATCT AACAT . . C GG . . . .
blockSeqs : . . GT . . . . A . . G . . . . . . CGATTT ACAC . . . GA . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . G . . . . . . TGATCT ACAC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . A . . . . . . TTCTCC ACAC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . G . . . . . . TCTC ACAT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . G . . . . . . TCTC ACAC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . T . . . . . . CTC GAT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . G . . . . . . TTC CAC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . T . . . . . . . AAC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . T . . . . . . . CC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : TGATCTC************
originalCons : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GNT-GT--C--A-G--AC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ANG----CG---GGTC--AA-T-G-N-C-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---A---TT--T---CT-C--C-AA-AA-A-----AG-G-G--TTCA----------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGGG--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
finalCons : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GNT-GT--C--A-G--AC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT--T---A-----T---ANG----CG---GGTC--AA-T-G-N-C-A-------AA--T-C-C-T-T-C--AAA---ATGATCTC------------AA-AA-A-----AG-G-G--TTCA----------C------GAC--TTA--T-A-G-GCGGG--CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|88535 ): ATACAATTGTTTTTAGCAAAGTGTTAAGTTGATGGACAATTTGGTAAAACAGTCAATCCAACTTATGAAAGGTTCCATATCAATTCTAAAGAAATTTTCTGGAAACAATAGCATTATACATGGGTTGACATCTGTGA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 1 111111 66666666666666666666666666666666
lowQualScore : 22 1 1 22 1 11 1 44 11 1 1 333 11 33333 1 0 9 0 0 11 0 2 666666666666666666666 333 0 1111 0 22222 111 1 1111 111 00 0 0 222 66 2222222 1 1 1 0 00 3 111111 22 1 9999 111 1111 77777777777777777777777777777777 0 11 00 1 555 2222 0 0 1 6666666666666 0 0 0 0 11111 3333 0
lowQualScore : .. . . .. . .. . .. .. . . ... .. ..... . . . . . .. . . ..................... ... . .... . ..... ... . .... ... .. . . ... .. ....... . . . . .. . ...... .. . .... ... .... ................................ . .. .. . ... .... . . . ............. . . . . ..... .... .
lowQualScore : 66 9 8 55 0 33 0 44 33 0 9 333 33 44444 7 7 4 7 7 00 7 1 888888888888888888888 000 6 3333 6 22222 111 2 9999 111 99 6 6 555 66 7777777 2 9 2 6 88 1 666666 88 9 4444 888 4444 66666666666666666666666666666666 6 55 99 3 000 7777 7 7 3 3333333333333 7 7 7 7 77777 9999 7
consensus : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GNT-GT--C--A-G--AC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ANG----CG---GGTC--AA-T-G-N-C--A-------AA-T-C-C-TTC--AAAA-TG-A---TC--T-C----AA---AA----A-----AG-G-G--TTCA----------C----GA-C--TTA--T-A-G-GCGG--GCCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
Reference ( family-307 ) : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GNT-GT--C--A-G--AC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ANG----CG---GGTC--AA-T-G-N-C--A-------AA-T-C-C-TTC--AAAA-TG-A---TC--T-C----AA---AA----A-----AG-G-G--TTCA----------C----GA-C--TTA--T-A-G-GCGG--GCCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88514 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--GC-AAT-T-T-GC-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTC--AAAATTT-A---TC--C-G----AA---AG----A-----GG-G-G--TTCC----------C----AA-C--TTA--T-A-C-GCGG--GTCA-A-C-C-------------T-A-T-ATGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88515 : CAAAGAA-C--ACAA-ATCT-GCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--GC-AAT-T-T-GC-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----TC---GGTC--AA-T-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTC--AAAATTT-A---TC--C-----------GA----A-----AG-G-G--TTCC----------C----GA-CTATTA--T-A---GCGG--GTCA-A-C-C-------------T-A-T-ATGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88516 : CAAAGAAAT--GTAA-TTATTGCTA-CAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTC--AAAA-T--C---TC--T-CCG--AA---AG----A-----GG-G-G--TTCC----------C----AA-C--TTA--T-A-C-ATGG--GTCG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CAGTA
gi|88517 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGTTA-GAAAGTG--A-AT--T-TT-AA--GAC-GA--C--A-A--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---C-C---AAT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTC--AAAA-TT-----TC--TCC----AA---AA----G-----AG-GTG--TTCA----------C----GA-C--TTA--T-A-C-GCGG--GTCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88518 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATA--G-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--T-G--AC-AAT-TT-----C--ACAAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----AGTAGGGTC--AA-T-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTC--AAAA-T------TC--T-CCG--AA---AG----G-----GG-G-G--TTCC----------C----GA-C--TTA--T-A-C-GCGG--GTCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88519 : CAAGGAAAC--ACAG-TTCTTGCTA-GAAAATG--G-GT--A-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----TAA-----TTAAATG----CG---GGTC--AA-A-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTC--AAAA-TT-----TC--T-CCG--AA---AG----A-----GG-G-G--TTCC----------C----GA-C--TTA--T-A-C-GCGG--GTCT-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AGTA--TATATA-CGGTA
gi|88520 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGC-A-GAAAATG--G-AT--T-TA-AA--GAT-GG--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT------A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTC--AAAA----A---TT--T-CTCCGAA---AG----A-----GG-G-G--TTCC----------C----TA-C--TTA--T-A-C-GCGG--GTCGAA-C-T-------------T-A-T---GCT-----AG----T-TATA-CGGTA
gi|88521 : CAAAGAAAC--GTAA-TT---GCTA-GAAAATG--G-AT--T-TT-AA--GG------C--A-G--AC-AAA-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTT--AAAAATT-T---TC--C-C----AA---AG----A-----GG-G-G--TTCC----------T----GA-C--TTA--T-A-C-GCGG--GTCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88522 : CAAAGAAAC--ACAG-TTCTTGCTA-GAGAATG--A-AT--T-TT-AA--GAT-GG--C--A-G--AT-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---T-C---AAT----C---CGA-AT----T-A-----T---ATG----CG---GATC--AA-T-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTC--AAAA-TT-----TC--TCC----AAC--AG----A-----GG-G-G--TTTC----------C----GA-C--TTA--T-A-C-ACCG--GTTA-A-G-C-------------T-A-T-ATTCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88523 : CAATGAAAT--GCAAGTTCTTGCTA-GAAA-TG--G-AT--T-T--AA--GAT-GG--C--A-C--AC-AAA-TTG-GA-C--A-AAC-C----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTC--AAAA-TT-----TC--T-CCG--AA---GA----A-----AG-G-G--TTC-----------C----GA-C--TTA--T-A-T-GCGG--GTCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-TG
gi|88524 : CAAATAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-AAAATTG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GT--C--A-A--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---C-C---TGT----C---TGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-T-T-C--A-------AA-T-T-A-TTC--AAAG-TT-----TC--T-C----CA---AG----A-----GG-G-A--TTCC----------A----GA-A--TTA--T-A-C-GCGG--GTCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AT----GATATA-AGGTA
gi|88525 : CAAAGAAAC--ACAA-ATCTTGTTA-GAAAATG--A-GT--T-TT-AA--GAT-GG--C--T-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----T---T-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----AG---GGCC--AG-T-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTC--AAAA-AA-T---TCG-T-C----GA---AA----GT----GG-G-G--TTAC----------C----GA-C--TTA--T-A-C-GCTG--CCCG-A-C-T-------------T-A-T-ATCCG-----AA----TATATA-CGGTA
gi|88526 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-GAAAATA--G-AT-------AA--GAT-GG--T--G-A--AC-TAT-T-T-GA-C--A-A---------------------------------TT----T-A-----T---ATC----AG---GGTC--AA-T-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTC--AAAA-TT-----TC--T-CCG--AA---AG----A-----GG-A-G--TTCC----------C----GA-C--TTA--T-A-C-GCAG--GTCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGAG-----AG----TATATG-CGATA
gi|88527 : CAAAGAAAC--ACAA-TTCTTGCTA-G-AAATG--G-AT--T-TT-AA--GAT-GT-------G--AC-AAT---T-GA-C--A-AAA-A----T---C-CTATAGT----C---CGA-CG----T-A-----T---ATATGCTCG---GTTCAAAA-T-GTT-T--A-------AATT-T-T-TTC--AGAA-TT-----TC--T-G----CC---GA----A-----TG-T-G--TTCC----------CAAG-AA-C--TTA--T-A-C-ACTG--GTGA-A-C-C-------------TAA-T-AGGTGGATATAA----TGTATA-CGGTA
gi|88528 : CAAAGAA-C--AAAA-GTCTTGCTA-GGAAATG--G-AT--T-TT-GA--GGT-TG--C--G-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-C----T---T-C---AGT----C---CGA-CC----T-A-----T---ATG----AG---GGTC--AA-T-G-T-T--G-------AA-T-T----------------A---TC------------------------------------------------C----GATC--TTA--T-A-T-GCGG--GCCG-A-C-CGATATGAAAATAGT-A-T-GTGCA-----AA----TATATA-CGGTA
gi|88529 : AAAGAAAC--ACAA-TTCTTGTTA-GAAAATG--G-AT--A-TT-GA--TAT-GG--C--G-G--AA-AAT-T-T-GT-C--A-AAA-AT---T---T-C---AGT----C---CGA-C
gi|88530 : AAAGAAAC--ACAA-CTCTTGCTAGGAAAATG--GCAT--TATTAAA--GTT-GA--C--G-T--AC-AA--TCA-GATT--A-AAA-A----T---T-C---AGT----C---TGA-CA----T-A-----T---GAA----AA---GGTC--AA-C-G-T-C--A-------TA-T-T-C-CTA--AAAA-
gi|88531 : AAAAAACCCACAA-TTCTTCTTA-GAAA-------------TT-----GAT-GG--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA------C---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----CG---GGTC--AA-T-G-T-T--A-------AG-T-T-C-TTC--GA---------------------AA---GA----G-----GG-G-G--TTCC----------C----GA-C--TTA--T-A-C-GCGG--GTCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATGTA-CAGTA
gi|88532 : AAGAAAT--ACAA-CTCTCACTA-GAAAATG--A-AT--A-TC-AA--GAT-GG--C--A-G-----GATATTT-GA-T--A-AAA-A----T---T-C---AGT----C---TGA-CT----T-A-----A---AAG----AG---GG-------T-G-T-T--A-------GA-T-TGC-TCA--AAAA-TA-C---TC--T-G----AA---AG----A-----GG-G-G--TT-A----------T----GG-A--CTA--T-A--------------A-T-T-------------T-------GCA-----AG----TATATG-CAATA
gi|88533 : AAAAAT--GCGA-ATCTCTCTA-CAAAATG--G-ATATT-TT-AAAAGAT-GG--G--T-G--AG-TAT-T-T-GA-C--A-AAA-A----AAAAC-C---A-T----C---CGA-TT----T-A-----T---ATG-----G---GGT---GA-T-G-T-T--A-------GA-T-T-T-TTC--AAAAAT------TC--T-CCA--AA---GA----A-----GG-G-G--TTGT----------C----CA-C--TTA--T-A-T-GCGG--GCCG-A-T-G-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TGAATA-CGGTA
gi|88534 : AAAC--ACA---TCTTGTTA-AAA---------------------GCT-GT--T--G-G--AC-AAT--CT-GA-T--A-AAA-A----T---TTC---ACT----C---CAA-CT----A-A-----A---AAA----TG-----TC--AA-T-G-T-C--A-------GT-T-C-T-TTG--AAAA----ACTCTT--T-T----AA---AA----AT----AA-G-G--T-CA----------TT---GA-C--TTA--T-A-T-GTGG--GTAG-A-A-T-------------A-A-T-AGGTG-----AG----TATATA-CAATA
gi|88536 : --G-AT--T-TG-AA--AATTGT--CTCA-A--A--GAT-TCTTGG-C--A-AAA-AGTTAT---C-T---GCTA---C---CGA-CT----T-AATACAT---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CAAA-------AA-T-C-C-TTTCAAAAA-TG-AG--GC--T-T----AA---AA----AC----A--------CCACAACAC----C----GA-C--TTA--T-A-G-GCGA--ACCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AGC---TATATACCGGTA
gi|88537 : caacttcttTTGCTA-GAAAATAGCG-AT--T-TT-AA--GAT-GCCGC--A-GCCAC-AAT-T-T-GA-C--A-AAACG----T---C-C----TT----C---CG--CT------------T---AAG----CG---GG
gi|88538 : AACATT--G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--T--A-A--CC-AAT-TCT-GA-T--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C--A-------AA-T-C-C-TTC--AAAA-TG-A---CC--T-A----AA---AA----A-----AA--------CACAAC------C----GA-C--TTA--T-A-G-GCGA--ACCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----CATATA-CGGTA
gi|88539 : AAATGT-G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--C-A--ACTGAT-TCT-GT-C--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGGG---CG---GGTC--A--T-G-G-C--A-------AAAT-C-C-TTC--AAA--TG-AA--TC--T-C----AA---AA----A-----A--------CCA----------CATCCGA-C--TTA--T-A-G-GCGAATACCG-ATC-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88540 : TG--G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-AAT-TCT-GA-T--A-AAA-AGT--T---T-T---A------C---CGA-CT----T-A-----T---ACG----CG---AGTG--AATT-G-C-A--A-------AA-T-C-C-TTC--AAAA-T
gi|88541 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-AGT--T---T-T---A------C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C--A-------AAAT-C-C-TTC--AAAA-TG-A---TC--T-A----AA---AA----A-----A--------CCACATC------C----GA-C--CTA--T-A-G-GCGA--ACCG-A-T-T-------------T-A-T-AGCCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88542 : --G-AT--C-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-AG---T---T-G---AAC----A---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---AGTC--AA-T-G-G-C--A-------AA-AAC-C-TTC--AAAA-TT-A---TC--T-C----AA---AA----A--------------TCA----------CAACCGA-C--TTA--A-A-G-GCGA--ACCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88543 : --G-AT--C-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-T--A-AAA-A----G---T-T---GAA----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C--A-------AA-AAC-C-TTC--CAAA-TG-A---TC--T-A----AA---AA----A-----A---------CA----------CAACCGA-C--TTA--T-A-G-GCGA--ACCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88544 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TAT-GG-C--A-AAA-AGTTGT---A-C---CGT----GG--CGT-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C--A-------AAAT-C-G-TTC--AAAA-GT-A---TT--A-C----AC---AA--------------------C-----------C----GA-C--TTA--T-A-G-GCGA--ACCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CAGTA
gi|88545 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAAGG----T---T------GTA---C---CGA-CT----A-A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CA-A-------AA-T-C-C-TTC--AAAT-TG-A---TC--T-C----AA---AA----A--------------TCACAAC------C----GA-C--TTA--T-A-G-TCCA--ATCG-A-T-TTA-----------T-A-T-AGGCG-----AG----TAAATA-CGGTA
gi|88546 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-G----T----------GTGTA-C---CGA-CTAATTT-AA----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C--A-------AAAT-C-C-TTC--AAAT-TG-A---TC--T-C----AA---AA----A---------------CACAAC------C----GA-C--TTA--T-A-G-TCCA--ATCG-A-T-TTA-----------T-A-T-AGGCG-----AG----TAAATA-CGGTA
gi|88547 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--ACA--ACTAAT-TCT-GG-C--A-AAA-AGT--T---C-T---GA---------CGA-CT----A-A-----T---AGG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C--A-------AAAT-C-C-TAC--AAAA-TG-A---TC--T-C----AACATAA----A---------------CA----------C-----------------A-G-G--------G-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88548 : --G-GT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C----AAA-A----T---G-T---TGTA---C---CGA-TT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-A-CA-A-------AA-T-A-C-TTC--AAAA-TG-A---TC--T-C----AA---AA----A-----A---------CA----------C----AA----------------------CCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88549 : --G-GT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C----AAA-A----T---G-T---TGTA---C---CGA-TT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-A-CA-A-------AA-T-A-C-TTC--AAAA-TG-A---TC--T-C----AA---AA----A-----A---------CA----------C----AA----------------------CCG-A-CTT-------------T-A-T-AGGCA-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88550 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--C-AAA-A--------------AGTTGTAC---CGA-CC----T-A-----T---AGG----TG---GGTC--AA-T-G-G-C--A-------AAAT-C-C-T-----------------C--T-C----AA---AA----A-----A---------CA----------CAACCGA-C--TTA--C-A-G-GCGA--ACCG-A-C-T-------------T-A-C-AGACG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88551 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A--------------------------G---T----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-A-CA-A-------AA-T-C-C-TTC--AAAA-TG-A---TC--T-T----AA---AA----A-----G---------CAAAAC------C----GA-C--TTA--T-A-G-GCGA--ACTG-A-C-T-------------T-A-T-A
gi|88552 : --G-AT--T-TG-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-GGT-TCT-GA-C--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT----T-G-----T---ACG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CA-A-------AA-T-C-C-T----GA------A---TC--T-C----AA---AA----A-----A---------CA----------C------------------------A--GCCA-G-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGATA
gi|88553 : -AT--T-TT-AA--TTT-GT--C--A-A--CC-GAT-TCT-GG-G--A-AAA-A----G---T-T----GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GATC--AT-T-G-G-C--A-------AAAT-C-C-TTC--AAAA-TG-A---TC--T-C----AA---AA----A-----A---------CA----------CAACCGA-C--TTA--T-A-G-GCGA--CCCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88554 : --T-TT-GA--AATAGT--C--A-A--TC-GAT-TCT-GG-C--A-AAACG----T---T------GTA---C---CGA-CT----T-A-----A---AGG----CG---AGTC--AA-T-G-G-CA-A-------AA-G-C-C-TTC--AAAA-TT-A---TT--T-C----AA---AA----A-----A-------CTCAAC--------C----GA-C--TTA--T-A-G-GCGA--ACCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-
gi|88555 : --T-TT-AA--ATT-GT--C--A-A--CC-AAT-TCT-GG-C--A-AAA-T----G---T-T---ATA----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---G--C--GA-T-G-G-CA-A-------AA-T-C-C-TTC--AAAA-TG-A---TCT-T-T----AA---AA----A-----A---------CA----------T----AA-C--T-------------------G-A-CTT-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88556 : -TT-AA--GAT-GT--C--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAC-A----T---C-C---AGT----C---AGA-C-------A-----T---ATG----CG---GGTC--
gi|88557 : --GGT-GG--T--A-G--AC-AAT-T-T-GA-C--A-AAA-G----G---C-C---AGT----C---CGA-CT----T-A-----T---ATG----AG---GGTC--AA-T-G-T-T--A-------AA-G-T-C-TTC--AAAA-T
gi|88558 : AT-TCT-GG-C--A-AAA-A--------------AGTTGTAC---CGAACT----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-TTG-G-C--A-------AAAT-C-C-TCT--CAAA-TG-A---TC--T-A----AA---AACACAA-----AC-G-A--CT-----------------GA-C--TTA--TTA-G-GCGA--GGTT-A-T-A-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTAttct
gi|88559 : acC-GAT-TCT-GG-C--A-AAA-A---------------GT----TGAACGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---AGTC--AA-T-G-G-C--A-------AA-AAC-C-TTC--AAAA-TT-A---TC--T-C----AA---AA----A--------------TCA----------CAAC-GA-C--TTA--A-A-G-GCGA--ACCG-A-C-T-------------T-AAT-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88560 : C-GAT--CT-GG-CTAA-AAA-A----C---T-T---GATA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-AGC--A-------AAAT-C-CGTTC--AAAC-TG-A---TC--TGC----AA---AA----T-----A---------CA----------CCGCCGA-C--TTA--T-AAG-GCGA--ACCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88561 : C-GAT-TCT-GG-C--A-AAA------T---A-C---TGTA---C---CAA-CT------G-----T---ATG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C--GC------AA-T-C-C-TTC--AAAA-TG-A---TC--T-C----AA---AA----A-----A---------CA----------CAACCGA-C--TTA--T-A-G-GCGG--ACTA-A-C-A-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATAAA-CGGTA
gi|88562 : -TTT-GA-C--A-AAA-AA---T---C-C---TGT----C---CGG-CT----T-A-----T---ATG----TG---GGTC--AA-T-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTC---AAA-TGTT---TC--T-CTG--AA---AG----A-----GG-G-G--TTCC----------C----GA-C--TTA--C-A-C-GCTG--GTCG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----AATATA-CGG
gi|88563 : aa-TTT-GG-C--A-AAA-A----G---T-T---GGT----TA--CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-G-C-A--A-------AA-T-C-C-TTC---AAA-TG-A---T---T-C----AA---AA----ACACACAC-G-GACTTTATAGGCCGAACC----GA-CT-TTA--T-A-A-GCGA--AC-G-A-T-T-------------T-A-TGGGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88564 : aa-TTT-GG-C--A-AAA-A----G---T-T---ATA----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-C-G-G-C--A-------AAAT-C-C-TTC--AAAA-TG-A---TC--T-C----AA---AA----A-----A---------CA----------CAACCGA-C--TTA--T-A-G-GCGA--ACCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGTG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88565 : -TCT-GG-C--A-AAA-AG---T---T------GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CA-A-------AA-T-C-C-TTC--AAAA-TG-A---TC--T-C----AA---AA----A-----AC-A-C--ATCA---------------AA-C--TTA--T-A-G-GCGA--ACCG-A-C-T-------------T-A-T-AGACG-----AG----TATATA-CGGT
gi|88566 : -TCT-GG-C--A-AAA-A----G---C-----AGT----AG--CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C--A-------AAAT-C-C-TCC--AAAA-TG-A---TC--T-C----AA---AA----C-----A---------CAAC--------C----GA-C--TTA--T-A-GAGCGA--AC-G-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88567 : -TCT-GG-C--A-AAA-A----G---T-C---GAA----C---CGA-CT----A-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-CA-A-------AA-A-G-C-TTC--AAAC-TG-A---TC--T-C----AA---AA----A-----A---------CACAAC------C----GA-C--TTA--T-A-G-GCGA--ACCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88568 : -TCT-GG-C--A-AAA-A----G---T-T---ATA----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C--A-------AACT-C-C-TTC--AAAA-TG-A---TC--T-A----AA---AA----A-----A---------CA----------T----AA-C--T-------------------G-A-C-T-------------C-A-A-AAGCG-----AGTA--TATATA-CGGTA
gi|88569 : G-C--A-AAA-C----T---T------GTA---C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---AGTC--AA-T-G-G-C--A-------AAAT-T-C-TTC--AAAA-TG-A---TC--T-C----AA---AA----A-----A---------CA----------CAACCGA-C--TTA--T-A-A-GCGA--ACCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGAG-----AG----TATATA-CGGTAcatatacggt
gi|88570 : tt--A-AAA-A----T---C-C---AGT----C---CGA-CT----T------------------------------A-T-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTC--AAAA-T------TCCTC-C----GA---GA----G-----AG-G-G--GCCA----------C----GA-C--TTATGT-A-C-GCGG--TTCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88571 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-C--A-------AAAT-C-C-TTC--AAAA-TA-A---TC--T-C----AA---AA----A---------------CA----------CAACCGA-C--TTA--T-A-G-GCGA--ACCA-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-TGGTA
gi|88572 : aaagttcta----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CA---GGTC--AA-T-G-G-C--A-------AAAT-C-C-TTC--AAAA-CG-A---TT--T------AA---AA----A-----A--------CCA----------CATCCGA-A--TTA--T-A-G-GCAA--ATCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATATA-CGGTA
gi|88573 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-A-C--AAAATATTAA-T-C-C-TTC--AAAA-TT-A---TCT-T-T----AA---AA----A-----AA-A-A----CC----------C----GA-C--TTA--T-A-G-GTGA--ACTG-A-C-TAA-----------T-A-T-AGGCG-----AGTATATATATA-CGGTA
gi|88574 : ----C---CGA-CT----A-A-----T---AGA----CG---GGTC--AA-T-G-G-C--A-------AAAT-C-C-TTC--AAAA-TG-A---TC--T-C----GA---AA----A---------------CA----------CATCTGA-C--TTA--T-A-G-GCGA--AGCG-A-C-T-------------T-A-T-AGGCG-----AG----TATAAA-CGGTA
gi|88575 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AGG----CG---GGTC--AA-T-G-G-A--A-------AA-T-CAC-TTC--AAA--TG-A---TC--T-A----AA---AA----A-----CA-C-A--TCCG----------T----GA-C--TTA--T-A-G-GCGA--ACCG-A-C-T-------------T-A---AGGCG-----AG----TA-ATA-CGGTA
gi|88576 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GGTC--AA-T-A-T-C--A-------AAAT-C-C-TTC--AAAA-GG-A---TA--T-C----AA---AA----C-----A---------CA----------CAACCGA-C--TTA--T-A-G-GCGA--G
gi|88577 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GATC--AA-T-G-G-C--A-------AA-A-T-C-TTC--AAAA-TG-A---TC--C-C----AA---AA----A-----A----------A----------C----AA----------------------CCA-A-C-A-------------T-A-T-A-GCG-----AG----TATATA-CGtagatccacatac
gi|88578 : ----C---CGA-CT----T-A-----T---AAG----CG---GGTT--AA-T-----------------------C-TT---AAAA-------------------AA---AA----A-----AC-T-A--CCCA----------CAACCGA-C--TTA--G-A-G-GCGA--ATCG-A-C-T-------------T-A-T-AGACG-----AG----TACAT
gi|88579 : G----CG---GGTC--AA-T-G-T-T--A-------AA-T-T-C-TTC--AACA-TT-----TG--T-C----AG---AA----AT----AGAG-G--CTCC----------C----GA-C--TTA--T-A-C-GCGG--GTCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGGG-----AG----TA
gi|88580 : ----CG---GGTC--AA-T-G-T-T--A-------TA-T-T-C-TTC--AAAA-T------TC--T-CCA--AA---AG----A-----GG-G-G--TTCC----------C----GA-C--TTA--C-A-C-GTGG--GTTG-A-T-C-------------T-A-T-ATGCG-----AG----TTTATA-CGGTA
gi|88581 : -T-T-C-TTC--AAAAAT------TC--T-C----GG---AA----A-----AG-G-GGGTTAC----------C----AA-C--TTA--C-A-A-GCGG--GTCG-A-C-T-------------C-A-T-ATGCG-----AG----TATATA-CAGT
gi|88582 : -TTC--AAAA-TT-----TT--T-CCG--AA---AG----A-----GG-G-G--TTCC----------C----GA-T--ATA--TTA-C-GCGG--ATCG-A-C-C-------------T-A-T-ATGGG-----AG----TATATA-CGGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|88535 ): ATACAATTGTTTTTAGCAAAGTGTTAAGTTGATGGACAATTTGGTAAAACAGTCAATCCAACTTATGAAAGGTTCCATATCAATTCTAAAGAAATTTTCTGGAAACAATAGCATTATACATGGGTTGACATCTGTGA