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Reference ( gi|91159 )        :             AAGC-GTAAA----C-T-G--C----AC-C--AAGTTAGGT-T-----A-TA-T-C-G-T-ATAA------CCT-A-G-G--T--C---A--A-A-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91145                      :             AAGCTGTAAA----C-T-G--C----AC-C--AAGTTAGAT-T-----A-TA-T-C-G-T-ATAA------CCT-A-G-G--T--C---A--A-A-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91164                      :            aAAGC-GTAAA----C-T-G--C----AC-C--AAGTTAGAT-T-----A-TA-T-T-G-T-ATAA------CCT-A-G-G--T--C---A--A-A-AT-TAG---CT---TT-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91163                      :             AAGC-GTAAA----C-T-G--C----AC-A--AAGTTAGGT-T-----A-TA-T-C-G-T-ATAA------CCT-A-G-G--T--C---A--A-A-AT-AAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91129                      :             AAGC-GTAAA----C-T-G--C----AC-C--AAGTTAGAT-T-----A-TA-T-C-G-T-ATAA------CCT-A-G-G--T--C---A--A-A-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TTAAA-TAATT
gi|91162                      :           aaAAGC-GTAAA----C-T-G--C----AC-C--AAGTTAGAT-T-----A-TA-T-C-G-T-ATAA------CCT-A-A-G--T--C---A--A-A-AT-TAG---CT---TC-C-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91143                      :             AAGC-GTAAA----C-T-G--C----AC-C--AAGTTAGAT-T-----A-TA-T-C-G-T-ATAA------CCT-A-G-G--T--C---A--A-A-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--T-TAA
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gi|91131                      :             AAGC-GTAAA----C-T----T----ACTC--AAACCAGGT-T-----A-TACT-C-G-T-ATAA------TAT---G-C--C--C---A--A-A-ATATTG---AG---TC-A-TT-CT-TT--A-
gi|91134                      :            aAAAC-GTAAC----C-T-G--A----CC-C--AAAGCATGT-T-----A-TACT-T-G-T-ATAG------CAT-----G--C--CCGAA--A-A-AT-TAG---AG---GC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91125                      :            aAAGC-GTAAA----C-T-G--A----CC-C--AAACCATAT-T-----A-TGCT-CAG-T-ATAA------TAT-T-C-C--C--C---A--A-ATAT-TAGAAGCT----C-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
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gi|91138                      :            aAAGC-ATAAA----C-T-G--A----CC-C--AAACCAGGT-A-----A-CA-T-T-G-C-ATAA------
gi|91135                      :            aAAGC-GTAAATGACC-T-A--A----AC-A--AAGGTAACT-C-----A-TA-T-------ATTG------CC------------C---A--A-A-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-tatgcccccaaact
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gi|91177                      :              AGC-GTAAAA---C-T-G--T----AC-C--AAGTTAGAT-T-----A-TA-T-C-G-G-ATAA------CAT-A-G-G--T--C---A--A-A-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91179                      :              AGC-GTAAA----C-T-G--T----AC-C--AAGTT-GAT-T-----A-TA-T-C-G-T-ATAA------CAT-A-G-G--T--C---A--A-A-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CCTTT--A-TAATTT
gi|91176                      :              AGC--TAAA----C-T-G--T----AC-C--AAGTTAGAT-T-----A-TA-T-C-G-T-ATAA------CAT-A-G-G--T--CA--A--A-A-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91175                      :              AGC-GTAAA----C-T-G--T----AC-C--AAGTTAGAT-T-----A-TA-T-C-G-G-ATAA------CAT-A-G-G--T--C---A--A-A-AG-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAA
gi|91168                      :              AGC-GTAAA----C-T-G--A----CC-C--AAACCAGGT-T-----A-TACT-T-G-T-ATAA--------T-A-T-GCCC--C---A--A-A-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CA-TT--A-
gi|91132                      :               GT-GTAAA----C-T-G--G----CC-C--AAACCAAGT-T-----A-TACT-G-G-T-ATAA--------T-A-T-G--C--CCC-A--A-A-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-
gi|91181                      :              aac-GTAAA----C-T-G--T----AC-C--AAGTTAGAT-T-----A-TA-T-C-G-G-ATAA------CAT-A-G-G--T--C---A--A-A-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91182                      :                 -GTAAA----C-T-G--T----AC-C--AAGTTAGAT-T-----A-TA-T-C-G-G-ATAA------CAT-A-G-GT-T--C---A--A-A-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91119                      :                     AA----C-T-G--A----CC-C--AAACCAAGT-T-----A-TACT-C-G-T-ATAA--------T-A-T-G--C--CCC-A--A-A-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91184                      : aaaagcgtaaactaatcaaggA----C-T-G--A----CC-C--AAACCAGCT-T-----A-TACT-C-G-T-GTAA--------T-A-A-G--C--C---CCCA-A-AT-TAG---AG---TA-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91183                      :                                   ----AC-C--AAGTTAAAT-C-----A-TA-T-A-A-T-ATGC------CC------------C---A--A-A-AT-TAA---AT---TC-A-TA-TC-TT--G-TAA
gi|91186                      :                               taaactgtccactaaaGTTA----T-----A-TA-T-G-G-T-ATAA------AAT-G-C-C--T--C---A--A-A-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-AAAT
gi|91187                      :                                            aacctcAGGT-T-----A-TACT-C-G-T-ATGA--------T-A-T-G--T--CCC-A--A-A-AT-TAG--------TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91185                      :                                               accAGGT-T-----A-TACT-C-G-T-ATAA--------T-A-T-G--C--CCC-A--A-A-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-TGATTT
gi|91188                      :                                               aacgGGTAT-----A-TACT-C-G-T-ATAA--------T-A-T-G--CTCC---A--A-A-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|91180 ): GCGTAACTGACCCAAACCAGTGTTATTACTCGCTATAATATGCCCAACAATTAGAGTCTTCCTTA
Unaligned ( gi|91127 ): AAAAGCGTAACTGAAACCCAAACCAGGGTTTACTGATTAAATATGCCCCAAAATTAGAATTCTTTCTTATA
Unaligned ( gi|91136 ): AAAGTTTAAACAGACCCAATCAGTTATACTCGTATAATATGCACCAAAATTAAAGTAGTTCC
Unaligned ( gi|91128 ): AAAAGCGGTAAACTGCCAAACAGAGTCTCATACTCGTATAATAGATATGTCCCAAATATTAGAGTCGATTCCTTCATTAAATT
Unaligned ( gi|91189 ): TATACTCGTATAATATGCCCAAAATTAGAGTAATTCCATAAAT
Unaligned ( gi|91158 ): AAGCGTAGAAACTGACCCAACCAGGTAATACCTCGTTATTAATATGCCATTAGAGCTCATCTATTACAA






Alignments
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lowQualScore                  :                          .     . . . .......  .   ......        .....   . . . .     .. . .. .. .. ..... ..  .  .   ........  . .  .  .  .. .      
lowQualScore                  :                          7     4 7 4 9999999  4   999999        66666   4 3 3 6     00 6 77 33 55 33333 55  6  6   44444444  6 6  6  6  99 3      
consensus                     :                      AAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAACAT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
Reference ( family-293 )      :                      AAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAACNT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91118                      :                      AAGC-GTAAA-C-T-G--A----CC-CAA------ACCAGGCT-----ATACT-C-G-TAGAA--T-A-TG--C--CCA---A--AA-AT-TTG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
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gi|91120                      : aaaagcgtaaactaatcaaggAAGC-GTAAA-C-T-G--A----CC-CAA------ACCAGGTT-----ATACT-C-G-TAT---GT-A-TG--C--CCCA--A--AA-AT-TAG---A----TC-A-TT-CC-TT--ATTAATT
gi|91121                      :                    aaAAGC-GTAAA-C-T-G--A----CC-CAA------ACCAGGTT-----ATACT-C-G-TAT---GT-A-TG--C--CCCA--A--AA-AT-TAG---A----TC-A-TT-CC-TT--ATTAATT
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gi|91124                      :                    aaAAGC-GTAAA-C-TCA--C----CC-CAA------ACCAGGTT-----AAA-C-CCG-TATA--TT-A-TGCCT--C-----A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TTCCC-TT--A-TA
gi|91125                      :                    aaAAGC-GTAAA-C-T-G--A----CC-CAA------ACCATATT-----ATGCT-CAG-TATAATAT-T-CC--C--C-----A--AATAT-TAGAAGCT----C-A-TT-CC-TT--A-TAATTTcat
gi|91126                      :                    agAAGC-GTAAA-C-T-A-------ACTCAA------ACCATGTT-----ATA-T-C-A-CATA--TT-A-TG--C--C-----CC-AA-AT-TCA---AT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91129                      :                    aaAAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAACCT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TTAAA-TAATT
gi|91130                      :                    aaAAGC-GTAAA-C-T-G--A----CC-CAA------ACCAGGTT-----ATACT-C-G-TATAATAT-G-CC--C--C-----A--AA-AT-TAG---AG---TC-G-TT-CC-CT--A-
gi|91131                      :                     aAAGC-GTAAA-C-T----T----ACTCAA------ACCAGGTT-----ATACT-C-G-TATAATAT---GC--C--C-----A--AA-ATATTG---AG---TC-A-TT-CT-TT--A-
gi|91132                      :                       aGT-GTAAA-C-T-G--G----CC-CAA------ACCAAGTT-----ATACT-G-G-TATAATAT-G-CC--C--C-----A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-
gi|91133                      :                   aacAAGC-GTTAA-C-T-G--A----CC-CAA------ACCAGGTT-----ATACT-C-G-TATAACAT-ACCC--C--C-----C--AA-AC-TAG---AG---TC-A-CT-CC-TT--A-
gi|91134                      :                     aAAAC-GTAAC-C-T-G--A----CC-CAA------AGCATGTT-----ATACT-T-G-TATAGCAT----G--C--CCGA--A--AA-AT-TAG---AG---GC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91137                      :                     aAAGC-GTAAA-C-TAG--C-----C-CAA------ACCAAGTT-----ATA-A-C-G-CATAA--T-A-CGCCT--C-----A--AA-AT-TAT---AT---TA-A-TT-CC-TT--A--AAT
gi|91139                      :                     aAAGT-GCAAA-C-T-G--G----CT-CAA------ACCAGGTT-----ATA-T-C----ATGATAT-G-CT--C--C-----A--AA-AT-TAA---AT---TC-A-TT-CA-TT--A-aaatt
gi|91140                      :                     aAAGC-GTAAAAC-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAAGCT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-
gi|91141                      :                     aAAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAATCT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-
gi|91142                      :                     aAAGC-GTAAA-A-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-GATAACAT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---TT---TC-A-TT-CC-TT--A-
gi|91143                      :                     aAAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAACCT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--T-TAA
gi|91144                      :                     aAAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAGCCT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-a
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gi|91146                      :                     aAAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TACAACCT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CT-TT--A-
gi|91147                      :                     aAAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-GATAACA--A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-
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gi|91149                      :                     aAAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-T-G-GATAACAT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-
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gi|91152                      :                     aAAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAACCT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TTG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A--AAT
gi|91153                      :                     aAAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-AAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAACCT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---AT---TT-A-CT-CC-TTAAA-TAATTaaa
gi|91154                      :                     aAAGC-GAAAA-A-T-G--A----CC-CAA------ACCAGGTT-----ATACT-C-G-TATAATAT-G-CC--C--C-----A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TTAAA-TAATT
gi|91155                      :                      AAGT-GTATA-CAT-G--A----TC-CAA------ACCAGGTT-----ATACT-C-G-TATAATAT-G-CC--C--C-----A--AA-AT-TAG---CG---TC-A-TT-CC-TT--A-
gi|91156                      :                      AAGC-GTGAA-C-T-G--A----CC-CAA------ACCGGGTT-----ATA-TTC-G-TATAATAT-T-GC--CA-C-----A--CA-AT-TGG---AG---TC-A-TG-CC-TT--A-TAATTT
gi|91157                      :                      AAGC-ATAAA-C-T-GA-CTCAAAC-CAA------GTTACATCACTTAATA-T-C-G---TAACC--------C--C-----A--AA-AT-TAA---C----TC-A-TT-CC-TT--A-
gi|91159                      :                      AAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGGTT-----ATA-T-C-G-TATAACCT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91160                      :                      AAAC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAACAT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-
gi|91161                      :                      AAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAACCT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CG---TC-A-TT-CC-CT--C-TAATTT
gi|91162                      :                      AAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAACCT-A-AG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-C-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91163                      :                      AAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-AAA------GTTAGGTT-----ATA-T-C-G-TATAACCT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-AAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91164                      :                      AAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-T-G-TATAACCT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TT-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91165                      :                      AAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAACCT-A-GG--T--C-----G--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TTA-A-CAATT
gi|91166                      :                      AAGC-GGAAA-C-T-G--C----AC-CAA------ATTAGATT-----ATA-T-C-A-TATAACCT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAA---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91167                      :                      AAGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------ATTAGCTT-----ATA-T-C-A-TATAACCT-A-GA--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-TC-TT--C-TAA
gi|91168                      :                       AGC-GTAAA-C-T-G--A----CC-CAA------ACCAGGTT-----ATACT-T-G-TATAATAT-G-CC--C--C-----A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CA-TT--A-
gi|91169                      :                       AGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------ATTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAACAT-A-GA--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91170                      :                       AGC-GTAAA-C-T-G--T----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAACAT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAA
gi|91171                      :                       AGC-GTAAA-C-T-G--T----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAACAT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91172                      :                       AGC-GTAAA-C-T-G--T----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-GATAACAT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91173                      :                       AGC-GTAAA-C-T-G--C----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-TATAACCCGA-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-CT--A-TAATTT
gi|91174                      :                       AGC-GTAAA-C-T-G--T----AC-TAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-GATAACAT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91175                      :                       AGC-GTAAA-C-T-G--T----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-GATAACAT-A-GG--T--C-----A--AA-AG-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAA
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gi|91177                      :                       AGC-GTAAAAC-T-G--T----AC-CAA------GTTAGATT-----ATA-T-C-G-GATAACAT-A-GG--T--C-----A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
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gi|91185                      :                                                            AGGTT-----ATACT-C-G-TATAATAT-G-CC--C--C-----A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-TGATTT
gi|91186                      :                                               aacg------GTTA---T-----ATA-T-G-G-TATAAAAT-G-CC--T--C-----A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-AAAT
gi|91187                      :                                                      aacctcAGGTT-----ATACT-C-G-TATGA--T-A-TG--T--CCC---A--AA-AT-TAG--------TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91188                      :                                                             accT-----ATACT-C-G-TATAATAT-G-CT--C--C-----A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|91180 ): GCGTAACTGACCCAAACCAGTGTTATTACTCGCTATAATATGCCCAACAATTAGAGTCTTCCTTA
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Unaligned ( gi|91128 ): AAAAGCGGTAAACTGCCAAACAGAGTCTCATACTCGTATAATAGATATGTCCCAAATATTAGAGTCGATTCCTTCATTAAATT
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Reference ( family-293 )      :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--AT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
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gi|91129                      :                    aaAAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--CT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TTAAA-TAATTcattaaatt
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gi|91167                      :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAATTAGC---TT-----ATA-T-C-ATATAAC--CT-A-GA--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-TC-TT--C-TAA
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gi|91179                      :                       AGC-G-TAAA-C-T-G-T----AC-CAAGTT-GA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--AT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CCTTT--A-TAATTT
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9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-293 )      :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--AT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
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gi|91125                      :                    aaAAGC-G-TAAA-C-T-G-A----CC-CAAACCATA---TT-----ATGCT-CAGTATAAT--AT-T-CC--C--C---A--AATAT-TAGAAGCT----C-A-TT-CC-TT--A-TAATTTcat
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gi|91129                      :                    aaAAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--CT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TTAAA-TAATTcattaaatt
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gi|91162                      :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--CT-A-AG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-C-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91163                      :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-AAAGTTAGG---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--CT-A-GG--T--C---A--AA-AT-AAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91164                      :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-T-GTATAAC--CT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TT-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91165                      :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--CT-A-GG--T--C---G--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TTA-A-CAATT
gi|91166                      :                      AAGC-G-GAAA-C-T-G-C----AC-CAAATTAGA---TT-----ATA-T-C-ATATAAC--CT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAA---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91167                      :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAATTAGC---TT-----ATA-T-C-ATATAAC--CT-A-GA--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-TC-TT--C-TAA
gi|91168                      :                       AGC-G-TAAA-C-T-G-A----CC-CAAACCAGG---TT-----ATACT-T-GTATAAT--AT-G-CC--C--C---A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CA-TT--A-
gi|91169                      :                       AGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAATTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--AT-A-GA--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91170                      :                       AGC-G-TAAA-C-T-G-T----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--AT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAA
gi|91171                      :                       AGC-G-TAAA-C-T-G-T----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--AT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91172                      :                       AGC-G-TAAA-C-T-G-T----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GGATAAC--AT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91173                      :                       AGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--CCGA-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-CT--A-TAATTT
gi|91174                      :                       AGC-G-TAAA-C-T-G-T----AC-TAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GGATAAC--AT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91175                      :                       AGC-G-TAAA-C-T-G-T----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GGATAAC--AT-A-GG--T--C---A--AA-AG-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAA
gi|91176                      :                       AGC---TAAA-C-T-G-T----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--AT-A-GG--T--CA--A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91177                      :                       AGC-G-TAAAAC-T-G-T----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GGATAAC--AT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91178                      :                       AGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--CT-A-GG--T--C---A--AA-AT-CAG---CT---TT-A-TT-CC-TT--A-TAA
gi|91179                      :                       AGC-G-TAAA-C-T-G-T----AC-CAAGTT-GA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--AT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CCTTT--A-TAATTT
gi|91181                      :                          -G-TAAA-C-T-G-T----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GGATAAC--AT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91182                      :                          -G-TAAA-C-T-G-T----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GGATAAC--AT-A-GGT-T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91184                      :                                A-C-T-G-A----CC-CAAACCAGC---TT-----ATACT-C-GTGTAA----T-A-AG--C--C---CCCAA-AT-TAG---AG---TA-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91185                      :                                                      AGG---TT-----ATACT-C-GTATAAT--AT-G-CC--C--C---A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-TGATTT
gi|91186                      :                                               aacgGTTA------T-----ATA-T-G-GTATAAA--AT-G-CC--T--C---A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-AAAT
gi|91187                      :                                                aacctcAGG---TT-----ATACT-C-GTATGAT--AT----G--T--CCC-A--AA-AT-TAG--------TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91188                      :                                                          accT-----ATACT-C-GTATAAT--AT-G-CT--C--C---A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT


blockSeqs                     :                                 A   C ACTCAA  T         GTC  ACTTA   C A C       AGA ACC  CC CC CCA     T      AAGCT                AA T
blockSeqs                     :                                 A   A A       T         .    .       C T A       A   GAG  T  CC CCA     T      TAAA                 AA T
blockSeqs                     :                                 .   . A       .         .    .       C . .       G   GC   .  A  CGA     .      AG                   AA .
blockSeqs                     :                                 .   . A       .         .    .       C . .       G   AT   .  .  CC      .      AG                   A  .
blockSeqs                     :                                 .   . A       .         .    .       C . .       A   AT   .  .  A       .      AG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . A       .         .    .       C . .       A   TC   .  .  .       .      AT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       C . .       A   AT   .  .  .       .      AG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . A       .         .    .       C . .       A   GC   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       C . .       A   TC   .  .  .       .      AG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . A       .         .    .       C . .       C   AT   .  .  .       .      AG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . T       .         .    .       C . .       A   AG   .  .  .       .      AG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . G       .         .    .       C . .       A   GC   .  .  .       .      AG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . A       .         .    .       C . .       A   GC   .  .  .       .      AG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . A       .         .    .       C . .       A   GC   .  .  .       .      AT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       C . .       A   GC   .  .  .       .      AT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . G       .         .    .       C . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       C . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       C . .       C   AG   .  .  .       .      TT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       C   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       C   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       C   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       C   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       C   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      AT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       C   GC   .  .  .       .      AT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . A       .         .    .       . . .       C   GC   .  .  .       .      AG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . A       .         .    .       . . .       C   TG   .  .  .       .      CG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . A       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      AG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       C   AA   .  .  .       .      CG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       C   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       C   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       C   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       C   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       C   GC   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . A       .         .    .       . . .       C   AG   .  .  .       .      AG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       C   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . T       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . T       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . T       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . T       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . T       .         .    .       . . .       C   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . T       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . T       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . C       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . T       .         .    .       . . .       A   AG   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . T       .         .    .       . . .       C   AA   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . T       .         .    .       . . .       A   GC   .  .  .       .      CT                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . A       .         .    .       . . .       A   GC   .  .  .       .      AG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . .       .         .    .       . . .       A   GC   .  .  .       .      AG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . .       .         .    .       . . .       A   G    .  .  .       .      AG                   .  .
blockSeqs                     :                                 .   . .       .         .    .       . . .       A   G    .  .  .       .      AG                   .  .
blockSeqs                     :                                                         .    .       . . .       A   .    .  .  .       .      A                    .  .
blockSeqs                     :                                                         .    .       . . .       A   .    .  .  .       .      A                    .  .
blockSeqs                     :                                                         .    .       . . .       .   .    .  .  .       .      C                    .  .
blockSeqs                     :                                                              .       . . .       .   .    .  .  .       .      .                    .   


blockSeqCons                  :                                                                                      AG**       ***
originalCons                  :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--AT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
finalCons                     :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--ATAG--G--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|91180 ): GCGTAACTGACCCAAACCAGTGTTATTACTCGCTATAATATGCCCAACAATTAGAGTCTTCCTTA
Unaligned ( gi|91127 ): AAAAGCGTAACTGAAACCCAAACCAGGGTTTACTGATTAAATATGCCCCAAAATTAGAATTCTTTCTTATA
Unaligned ( gi|91136 ): AAAGTTTAAACAGACCCAATCAGTTATACTCGTATAATATGCACCAAAATTAAAGTAGTTCC
Unaligned ( gi|91135 ): AAAGCGTAAATGACCTAAACAAAGGTAACTCATATATTGCCCAAAATTAGAGTCATTCCTTA
Unaligned ( gi|91138 ): AAAGCATAAACTGACCCAAACCAGGTAACATTGCATAATATGCCCCCAAACT
Unaligned ( gi|91183 ): TAAACTGTCCACTAAAACCAAGTTAAATCATATAATATGCCCCAAAATTAAATTCATATCTTGTAA
Unaligned ( gi|91189 ): TATACTCGTATAATATGCCCAAAATTAGAGTAATTCCATAAAT
Unaligned ( gi|91158 ): AAGCGTAGAAACTGACCCAACCAGGTAATACCTCGTTATTAATATGCCATTAGAGCTCATCTATTACAA
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Alignments
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lowQualScore                  :                          7 7    4 7 4 888888  4         111  66666   1 3 3       111 4444 55 44 777 99  3  6   11111111  6 6  6  6  33 3      
consensus                     :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--AT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
Reference ( family-293 )      :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--AT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91118                      :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-A----CC-CAAACCAGG---CT-----ATACT-C-GTAGAAT--AT----G--C--CCA-A--AA-AT-TTG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91119                      :                             aaAA-C-T-G-A----CC-CAAACCAAG---TT-----ATACT-C-GTATAAT--AT-G-CC--C--C---A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91120                      : aaaagcgtaaactaatcaaggAAGC-G-TAAA-C-T-G-A----CC-CAAACCAGG---TT-----ATACT-C-GTAT-----GT-A-TG--C--CCCAA--AA-AT-TAG---A----TC-A-TT-CC-TT--ATTAATT
gi|91121                      :                    aaAAGC-G-TAAA-C-T-G-A----CC-CAAACCAGG---TT-----ATACT-C-GTAT-----GT-A-TG--C--CCCAA--AA-AT-TAG---A----TC-A-TT-CC-TT--ATTAATT
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gi|91125                      :                    aaAAGC-G-TAAA-C-T-G-A----CC-CAAACCATA---TT-----ATGCT-CAGTATAAT--AT-T-CC--C--C---A--AATAT-TAGAAGCT----C-A-TT-CC-TT--A-TAATTTcat
gi|91126                      :                    agAAGC-G-TAAA-C-T-A------ACTCAAACCATG---TT-----ATA-T-C-ACATATT--AT---GC--C--C---C--AA-AT-TCA---AT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
gi|91128                      :                    aaAAGC-GGTAAA-C-T-G-------C-CAAA-CAGAGTCTC-----ATACT-C-GTATAATAGAT-A-TG--TCCC---A--AATAT-TAG---AG---TCGA-TT-CC-TT--
gi|91129                      :                    aaAAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--CT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TTAAA-TAATTcattaaatt
gi|91130                      :                    aaAAGC-G-TAAA-C-T-G-A----CC-CAAACCAGG---TT-----ATACT-C-GTATAAT--AT-G-CC--C--C---A--AA-AT-TAG---AG---TC-G-TT-CC-CT--A-
gi|91131                      :                     aAAGC-G-TAAA-C-T---T----ACTCAAACCAGG---TT-----ATACT-C-GTATAAT--AT---GC--C--C---A--AA-ATATTG---AG---TC-A-TT-CT-TT--A-
gi|91132                      :                       aGT-G-TAAA-C-T-G-G----CC-CAAACCAAG---TT-----ATACT-G-GTATAAT--AT-G-CC--C--C---A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-
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gi|91153                      :                     aAAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-AAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--CT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---AT---TT-A-CT-CC-TTAAA-TAATTaaa
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gi|91156                      :                      AAGC-G-TGAA-C-T-G-A----CC-CAAACCGGG---TT-----ATA-TTC-GTATAAT--AT-T-GC--CA-C---A--CA-AT-TGG---AG---TC-A-TG-CC-TT--A-TAATTT
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gi|91159                      :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGG---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--CT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
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gi|91161                      :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--CT-A-GG--T--C---A--AA-AT-TAG---CG---TC-A-TT-CC-CT--C-TAATTT
gi|91162                      :                      AAGC-G-TAAA-C-T-G-C----AC-CAAGTTAGA---TT-----ATA-T-C-GTATAAC--CT-A-AG--T--C---A--AA-AT-TAG---CT---TC-C-TT-CC-TT--A-TAATTT
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gi|91185                      :                                                      AGG---TT-----ATACT-C-GTATAAT--AT-G-CC--C--C---A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-TGATTT
gi|91186                      :                                               aacgGTTA------T-----ATA-T-G-GTATAAA--AT-G-CC--T--C---A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-AAAT
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gi|91188                      :                                                          accT-----ATACT-C-GTATAAT--AT-G-CT--C--C---A--AA-AT-TAG---AG---TC-A-TT-CC-TT--A-TAATTT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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