lowQualScore                  :          111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1                                                
lowQualScore                  :        1 000000 11 222222 33 0 2 0 0 1 11 2 0 0 22 44444 3 11 22 33 1 22222 0 3333 3 33 0 22 55555 0 333333 1 0 4 0 11111  33333 1 4444  33 1 22 333 3 777777777 0 4444 1 0 1 0 222 1 44444 666666 0 0 0 3333 22 2 3 111 0 1 1 777 1111 11 0 11 333 1 3333  555555555 22222 0 666666666  555555 22 2 11 222 1 22 22 22 11 4 0  1111 22222 1 0 11 777 0  1 00  1 00 2 11    
lowQualScore                  :        . ...... .. ...... .. . . . . . .. . . . .. ..... . .. .. .. . ..... . .... . .. . .. ..... . ...... . . . . .....  ..... . ....  .. . .. ... . ......... . .... . . . . ... . ..... ...... . . . .... .. . . ... . . . ... .... .. . .. ... . ....  ......... ..... . .........  ...... .. . .. ... . .. .. .. .. . .  .... ..... . . .. ... .  . ..  . .. . ..    
lowQualScore                  :        0 000000 33 777777 55 9 7 9 9 8 22 7 9 9 11 22222 5 22 99 11 7 99999 8 4444 3 66 8 00 22222 8 555555 6 8 9 8 99999  55555 6 3333  55 6 99 777 2 111111111 8 8888 6 8 6 8 666 6 77777 777777 8 8 8 3333 77 4 2 444 8 6 5 999 6666 88 7 00 222 3 7777  111111111 77777 6 222222222  000000 00 3 44 888 2 00 00 66 44 4 6  3333 11111 2 6 44 000 6  2 88  9 99 7 77    
consensus                     :  CCCCGG-A-A----G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
Reference ( gi|49419 )        :  CCCCGG-A-G----G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--ATT-TT----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49422                      :  CCCCGG-A-A----G--C------T--C-CCT-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---AAT----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----G------G-G-G-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----C--A-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--A-G-GGGGG
gi|49421                      :  CCCCGG-A-A----G--C------T--C-CCT-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---AAT----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----G------G-G-G-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----C--A-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--A-G-GGGGG
gi|49420                      :  CCCCGG-A-A----G--C------T--C-CCT-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---AAT----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----G------G-G-G-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----C--A-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--A-G-GGGGG
gi|49424                      :  CCCCCG-A-A----G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A---T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-A--------C--C-T--C---T-C----CA---------------G-G---------CC---------T-A--A---C-A--G--G--G--A---TT----C-----C-A-T--T--TG-AG-G--GT----G-G-TGGGG
gi|49423                      :  CCCCGG-A-G-------C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-A--C-----G-T--G--AA-T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---A-T----TA---A-G----C-C-C-T-C---A-T-----AG-----G-G-T-G----A--A-A-T---T-A-C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CCA-----G--T-A--A---C-CA-A--G--A--AAT-TT----C-----C-A-T--T--T--GG-G--GT-G--GCG-TGGGGg
gi|49425                      :  CCCCGG-A-A----G--C------TTTC-C-T-G-A-A--T-T-T----A-----G-T--G-----T-T-----G-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-C---AA-----C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-C---------CCT-----G--T-A--------C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T--TT-GG-G-----G--G-G-TGGGGtggg
gi|49427                      :  CCCCGG-A-A----G--C------T--C-A-T-G-A-A--T-T-T----A-----G----G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-----AA-----C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----C--C-T--C---T-T----CATC-------G-----G-GCGGGCGCGACC------G--TAA--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T--TG-GGTG--GT-G--G-G-GGGg
gi|49430                      :  CCCCGG-A-A----G--C------T--G-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-TT---A-G--G-A--G-----T-A------A-A----------------------------------------T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-T-----------C-A-T--T-----GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49426                      :  CCCCGA-A-G----C--C------T--C-T-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----A-A------A-A-A-T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---A-TTAA-T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-AAC-C----C--C-T--C---G-T----CA---------G-----G-AC--------CC------G--T-A--A---C-C--A--T--G--AAG-TT----C-----C-A--------G-GG-G--GG-G--G-G-AGGGG
gi|49428                      : cCCCCGG-A-A----G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----T-G--G--A--T-T-----T-TC---A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-G---AA-----C-T----ATG-A-T--G---A-T----T----A------C-C-C-C-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--G-C-T---T-A-C-A---C----C--C-T--T---A-C----C----------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----------C-A-T--T--TG-GG-GTTGT-G--G-G-GGGGG
gi|49429                      :  CCCCGG-A-A----G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-C--A-----G-T--GG-A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-----C-C----AT----T--A---A-TATTAT----A-G----C-C-C-T-T---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-ACT---T-A-C-A---C----C--CTT--C---T-CA---CA---------G-----G-GA--------CC------G--T-A--A---C-C--A--T--T--AAT-TT----C-----C-A--------G-GG-G--GG-A--G-G-GGGG
gi|49433                      :  CCGCGG-A-A----GAGC------T--C-C-A-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--TGT-----T-T----A-G----A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---A-TG---T----A-G----C-A-C-G-C---A-T-----A------G-T-T-G----A--A-G-T---T-A-C-----C----C--C-T--C---T-C----CAT--------G-----G-G---------CC------G--T-A--AA--C-C--A--G--G--AGAAGT----A-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGG
gi|49435                      :  CCCCGG-A-A----G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----T-T--A--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-G-A-T-T-T---AA-----C-CAT--AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----C--C-T--C---T-C----
gi|49431                      :  CCCCAG-A-A----G--C------T--C-C---G-A-A--T-T-T-C--A-----G-T--G--A--T-T-----T-TTTTTG-G--A-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AAA----C-C----AT--A-T-------------T----A-G----C-C-C-T-T---A-A-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----C--T-T--C---T-C----TA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--A--AAT-TT----C-----C-A--------G-GG-G--G
gi|49432                      :  CCCCGG-C-A----G--C------T--C---T-G-A----T-T-T-T--A-----GGT--G--A--T-T-----T-T----A-GT-G-A--GGTA--T-A------A-A-A-T-TAT---AA-----A-C----ATG-A-T--AGGAA-T----T----A-GA---C-C-C-C-C---A-TC----AT-----G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----C--C-T--T---G-C----CA---------A-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--GA-ATT-TT----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--TC-G--G-G-GGG
gi|49434                      :  CCCCGG-ACA----G--C------T--C-C-T-G-A-A--TAT-T-T--A-----G-T--G--A--A-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T--------A-A-A-T-T-T---AA-----C-CA---AT--A-T--A---ATT----T----A-G----C-C-CAT-C---A-T-----A------T-G-T------A--A-C-T---T---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA-----------------G---------CC------G--T-A--A-----C--A--T--G--AAG-TT----C-----C-A-T--------GG-G--GT-G--G-GATGGGG
gi|49437                      :  CTCCGG-A-G----G--CCAGGCGT--C-C-T-G-ATA--T-T-T-TTAA-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A---------------------------------------A-----C-A----AT--A-T--A---A-TC---T----A-G----C-C-C-T-C---ACT-----A------G-G-T-G----A--AAG-T---T-A-C-A---C----C--C-T--C---TTC----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-ATAA---C-C--A--G--G--AAT-TC----C-----C-A-T--T--T--GG-G--GT----G-G-TGGGGg
gi|49440                      :  CCCCGA-A-A----A--C------T--C-C-T-G-A-A--A-T-T-T--A-----GGT--G--A--T-T-----T-T----AGG--G-A--G-----T--------A-A-A-T-T-T----A-----C-A----ATC-A-T--A---A-T----T----A-G----CGC-A-T-C---A-TG----A------G-G-T-GC---A--C-GCT---T-A-C-A---C----C--C----C---T-CA---CAGTGCGGAGGG-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-CAGA--G--G--ATT-TTATTGC-----C-A-T--T--TG-GG-G--GTGG--G-G-TGGGtgg
gi|49436                      :  CCCCGG-A-AA---G--C------T--C-A---G-A-A--T-T-T-T--T-----G-TATG--A--T-T-----T--------G--G-A--A-----G-A------A-A-A-T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---T-T----T----A-GATCCC-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-G---T-A-T-A---CAGTAC--C-T--T---C-C----AA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--AG-G--G--AAT-TT----C-----C-A--------G-GG-G--GG-G--G-G-
gi|49441                      :  CTCCGG-A-A----G--C------T--C-C-C-G-A----T-T-T-C--A-----GGT--G--A--T-T-----T-T----G-G--A-A--G-----T-T------A-A-A-T-T-T---AACCATAC-C----AT--A-T--A---A------T----A-G----CTC-C-T-CAATA-T-----G------G-T-T-G----A--A-G-T---T-A-C-AT--T----C--C-T--C---T-C----AG---------G-----A-G---------CC------G--TAA--A---C-C--C--G--G--ATT-TC----C-----C-A-T--T--GG-AG-G--AT-G--g
gi|49438                      :  CCCCGG-A-TTATTG--C------T--C-T-A-G-A-A--T-A-G-T--A-----G-T--GG-A--T-T-----T-T----A-G--G-A--GT----T-A------ATA-A-TCT-T---AA-----C-C----GC--A-TTAA---A-TG---T----A-G----C-C-C-T-C---A-------A------T-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-AT--T----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-GTT-------CC------GT-T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----CAGATGA-G-T--T--TG-GG-G--GG-G--G-G-GGGG
gi|49444                      :  CCCCGG-A-AC---G--C------A--C-T-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-G-----T-T----A-G--G-A-------------------------------AA------------GT--A----A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-----A-T-----A------A-G-T-G----CC-A-G-T---T-A-C-A---C----C----T--C---T-C----CG---------G------------------C------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----T-----C-A-T--T--T--TG-G--GT-G--G-G-TGG
gi|49443                      :  CCCCGG-A-A----G--C------T--C-C-T-G-A------T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-GA-G-A--G-----T-A------G-A-ATT-T-T---CA-----C-C----AT--A-T--T---A-A----T----A--------C-C-T-C---A-T-----AT-----A-G-T-G----A--A-G-T---T-T-A-A---C----C--C-T--C---T-CAG--CA---------T-----T-G---------GC------G--T-AC-A---C-C--A--GTAG--AAT-TT----------C-A-T--T--TG-GT-A--GG-G--G-G-TGCGG
gi|49439                      :  CCCGGG-A-A----G--C------T--C-T-C-GCA-A--C-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-TA----T-T----ATG--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-TTAAAA-----C-C----AT--ATT--A---A-T----T----A-C----C-C-C-T-C---C-T-----ATCTAC-GCG-T-G----ACTACT-T---T-A-C-ATGCC----C--C-TTCC---T-C----CA---------------G-G---------CC------G--T-A--AATCC-C--A--GT-G--ATT-TT----C-----T---T--T--TG-GG-G--GT-G--gag
gi|49447                      :  CCCCGG-A-A----G--C------T--C---T-G-T-A--T-T-TAT--ATGCATA-C--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--GA----T-A------A-A-----T-T---AA-----C-C----AT--A-C--------T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G---------G-T---T-A-C-AG--C----C--C-T--C---T------TA---------G-----G-G---------T------------------------------G--GTT---------------A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGG
gi|49449                      :  CTCCGG-C-A----G--C------T--C-C-T-G-A----C-G-T-T--A-----G-T--G--C--C-T-----T-T----C-G--C-A--G-----T-T------C-ATA-T-T-T---AA-----C-CCACAGT--A-T--AC--A-T----T----C-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----AC-A-G-T---T-C-C-A---C----C----T--CGTGC-C----CA---------C-----G-G---------GC------G--C-T--A---C-C--C--G--G--ATT-GT----CT----C-A-TCTT--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49446                      :  CCCCGGCA-A----G--C------T--CGC-T-G-A-A--T-A-T-C--------G-T--G--A--T-T-----T-T------G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-----AA-----C-C----ATTTA-TC-A---A-T----T----A-A----C-C-CAT-C---A-T-----A------G-GAT-GC---G--A-A-T---T-A-CCA---C----C--C-T--CGTTC-C----CA---------G-----C-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--
gi|49448                      :  CCACGG-A-A----G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----A-T--G--A--T-------------------------------------------A-T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---A-A----T----A-A----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-G-C-A---A----C--T-T--C---T-
gi|49445                      :  CCCCGG-A-A-------C------T--C-C-T-G-T-A--TAT-T-T--AAC---G-T--GGGA--T-T-----T-T----ATG--G-A--G-----T-ACA----ATA-A-T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--AC--A-T----C----A------C-C-C-T-------T-----A------A-G-T------A--A-G-T---T-ATC-A---C----T--C-T--C---C-C----CC---------GTCCA-G-G---------CCAT----G--T-A--A---CTC--A--GT-G--AAT-TT----C-----CGA-T--T--AGTGG-G--GC-G--GCC-TGGGG
gi|49442                      :  CCGCGG-A-A----A--C------TT-C-C-T-G-G-AGAT-T-T-T--A-----G-T--G--A----T-----T-T----A-G--GCA--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---g
gi|49450                      :  CCCCTG-A-A----G--C------T--C-C-T-G-A-A----T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-GC-G-A--G-----A-G------A-A-A-T-T-A---AA-----C-C----
gi|49451                      :  CCCCTG-A-A----G--C------T--C-C-T-G-A-A----T-T-T--A-----GTT--G--A--TGT-----T-T----A-G--G-ACGG-----T--------A-A-A-T-T-T---AA-----C-C-----T--T-T--A---A-T----T----
gi|49452                      :   CCCGG-A-A----G--A------T--C-C-T-G-A-A--T-TAT-T--A-----G-T--G--A--A-T-----T-T----A-GTGG-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-A---AAA----C-C----AT--A-T--A---A-T---------A-GAC--T-C-C-TAC---A-C-----AATGTAAG-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----GAG---------CT------G--T-A--AC--C-C--A--G--A--ATT-T-----------C-A-T--T-----GT-G--GT-G--GTA-TGGGGcac
gi|49453                      :   CCCGA-A-AA---G--C------T--C-C-T-G-A-A--CAT-T-T--A-------T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-AA-G-----T-A------A-A----------------------------------------T----T----A-G----C-C-T-C-A---A-T-----A------G---T-G----A--A-G-T---C-ACC-AC--C----C--C-T--C---TCC----CA---------G-----G-GGC-------CC------G--T-A--A---G-C--A--GA-G--AAT-TT----C-----C-A-TC-T--TT-GT-G--GA-G--C-G-TGGGgg
gi|49454                      :    CCGG-A-A----G--C------T--C-C-C-A-A-A--A-T-T----A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----TTG--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-----C-CC---AT--A-T--A---A-T----T----T-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----T--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC------GA-TGA--A---C-C--C--G--G--A-A-TT----C-----C-A-T--T--GA-GA-G--GG-G--G-G-GGGGG
gi|49455                      :    CCAG-A-G----G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T---------------------------------------------AA-----C-C----AT--A-TATA---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------A-G-T-G----A--A-G-T---TAA-C-A--------C--C-T--C---T-C----CA---------G-----T-G---------TC------G--T-A--A---C-C--A--G--A--A-T-TT----C-----C-A-T--T--GG-G
gi|49456                      :     CGG-A-A----G--C------TTTC-T-T-G-AGA--A-T-T-T--A-----G-T--G--AATT-T-----T-T----A-G--G-A--T-----TCA------A-A-A-T-T-A---AA-----C-C----AA--T-T--A---A-T----TT---A-G----C-C-C---C---A-TCTGTTA------G-G-TTG----A--ATG-T---T-A-C-AGACC----T--C-T--C---T-CGTTACA---------G-----G-----------CC------G--T-A--AA--C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----CGA-T--T--TG-GC-A--GT-G--
gi|49458                      :       G-A-A----G--C------T--C-C-C-G-A-A--T-T-T-TC-A-----G-T--G--A--T-T-----T-C----T-G--A-C--G-----T-A------A-A---T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C---T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----C--C-T--C---T------CA---------A-----G-G---------CCTA----G--A-A--A---T-CG-A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--TGATG-GG-G--AG-G--G-G-GGGGtgg
gi|49459                      :       G-A-A----G--C------T--C---T-G-A----T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T------------------------A------A-C-A-T--------A-----T-T----AT--T-T--A---A-T----CG---A-G----C-CTC-T-C---A-T-----A------A-T-T-G----A--A-G-T---A-A-C-A---C----CG-C-T--T---T-C----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-A--C--GG-GG-G--GT-G--G-
gi|49461                      :        -A-G----T--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---A-T-----------G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G----------C------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAA-TT----A-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--T-G-TGGGG
gi|49462                      :           a----G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-T-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--ATT-TT----C-----C-A-T--T--TG-GGTG--GT-G--G-G-GGGAGggg
gi|49457                      :            ----G--C------T--C-C-T-G-T-A--T-T-T----A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G----A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---A------T----A-A----C-C-C-T-CAG-A-T-----A------G-G-T-G-------A-G-T---T-A-C-A---C----C--C-T--C---T-CA---CA---------GGTGCAG-A---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--A--A---TT----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49463                      :        gaat----G--C------T--C-C-CAG-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-TGTACATGT----A-G--G-A--------T-A------A-A-A-T-T-----AA-----C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G------C-A-T-C---A-T-----A------C-G-T-GGATTA--A-A-T---T-A-C-A---C----C--C-T--C---G-C----CG---------G-----G-G---------TCA-----G--T-A--A---CAC--A--G--GACATC-TT----C-----C-AGT--T--TG-GT-G--AG-G--G-G-TGGGG
gi|49460                      :                                -T-G-A-A--T-T-T-T--AA----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G----G-----T-A------A-A-----T-T---AA-----C------AT----T--A---A-T----T----A------C-C-C-T-C---A-T-----C------A-G-T-G----A--A-G-T-------C-A---C----C--C-T--C---T-C----AG---------A-----G-A---------GC------G--T-A--A---C-------G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T-----GG-G--GT-GATG-G-TGGGgg
gi|49464                      :                                gaagca-A--T-T-T-T--A-------T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-T-T-T-T---AT-----CAC----AC--A-T--A---T-G----T----A-G----C-----T-C---A-TTT---A------G-G-T-G----C----G-T---T-A-C-AAA-C----C--T-T--C---T-T----CA---------G-----G-G---------CC------G--TTA--A---C-C--G--G--A--ATT-TT----C-----C-A-T--T---G-GG-G--GTGG--G-G-TGG
gi|49465                      :                                                    -----G-T--G--ACGT-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T--------A-A-A-T-T-A---AA-----CTC----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-T-C-T---A-------A------G-G-T------A--A-G-TTGAT-G-C-A---C----C--C-T--CT--T-C----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-A--A--G--G--AAA-TT----A-----C-A-T--T--T--AC-A--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49466                      :                                                                  --T-T-----T-T----A-G--G-A--GCCCCAT-AAACACTA-A-A-T-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--A---A-T----TAAA-A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A--------G-T-G----A--A-GTT---T-A-C-A--------C--C-T--C---T-C----CAT--------G-----G-GC--------CC------GTTT-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T--TG-GA-G--GT-G--G-G-gg
gi|49467                      :                                                                  --T-T-----C-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-----C-C----AT--A-T--AC--A-TG---T----AAG----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-T---T-A-CAA---C----C--C-T--C---T-C----CAGC-------G-----G-G---------CC--------------A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----A-A--------G-GG-G--GG-G--G-gag
gi|49468                      :                                                                                                             -A-A-T-T-T---AA-----C-C----AT--AAT--A---A-T----TT---A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------T-G-T-G----A--A-G-T---T-A-C-A---T----C--T-T--C---T------CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--A-A-TT----C-----C-A-T--T--GG-AG-G--AT-G--
gi|49469                      :                                                                                                                     -T---AA-----T-C----AT--G-T--A---T-T----TGCGAA-A----C-C-T-T-T---A-T-----G------A-G-T-G----A--A-------T-A-C-A--------------------------------------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A----T--TG-GT-G--GT-G--
gi|49470                      :                                                                                                                       ---AA-----C-C----AA--A-T--A---A-T---------A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-GCT---T-A-C-----C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G----------C------G--T-G--A---C-C--AT-C--G--AAT-TT----C-----C-A-T--------GG-C--GT-G--G-G-
gi|49471                      :                                                                                                                                             -T--A---G-T----T----A-AGC--C-C-C-T-C---AGT-----A------G-G-T---------A-G-T---T-A-C-A---C----CCTC-T--C---T-C----CA---------G-----G-GA--------CC------G--T-A--A---C-C--CTTA--A--ATT-TC----C-----C-A-C--C--GG-GG-G--GG-G--G-G-gg
gi|49473                      :                                                                                                                                                                                     -T-----A------G-G-T-G----A--A-A-G---T-A-C-A---C----C--C-T--C---T-C----CC---------A-----G-G---------CCGACCCTG--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--C--TG-GG-G--
gi|49474                      :                                                                                                                                                                                                                      ---T-A-C-A---T----C--C-T--T---T-G----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TG----T-----C-A-T--A--GG-GG-G--GT-G--
gi|49475                      :                                                                                                                                                                                                                              -A---T----C--C-A--C---T-G----CA---------G-----G-G---------CC------G--C-A--G---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T-----GG-G--GT-G--
gi|49476                      :                                                                                                                                                                                                                                         --C-T--T---T-T----CA---------G-----G-G---------AC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----T-A-T--T--TT-GG-G--GT-G--cacccggggggg
gi|49477                      :                                                                                                                                                                                                                                            -T--C---T-G----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GG-G--G-G-GGGGG
gi|49478                      :                                                                                                                                                                                                                                            -T--C---T-T----CA---------G-----G-G---------CC------A--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GG-G--G-G-
gi|49479                      :                                                                                                                                                                                                                                            -T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CT------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAA-GT----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GT-G--g
gi|49480                      :                                                                                                                                                                                                                                            -T--T---T-T----CA---------T-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T--GG-AG-G--GT-G--
gi|49481                      :                                                                                                                                                                                                                                                     -C----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----T-----C-A-T--T--GG-GG-G--GTGG--G-G-TGGG
gi|49482                      :                                                                                                                                                                                                                                                     -C----CA---------G-----G-G---------CC------T--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GT-G--
gi|49483                      :                                                                                                                                                                                                                                                     -C----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A----T--AG-GG-G--GT-
gi|49486                      :                                                                                                                                                                                                                                                       ----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T--GG-GG-A--GT-G--
gi|49493                      :                                                                                                                                                                                                                                                       ----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AGT-TT----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--
gi|49487                      :                                                                                                                                                                                                                                                       ----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A----T--CG-GG-G--GT-G--
gi|49472                      :                                                                                                                                                                                                                                                       ----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-T-T--T--GG-GG-G--GT-G--
gi|49488                      :                                                                                                                                                                                                                                aacccctttggtgcaagcatact----CA---------G-----G-G---------TC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-C--T--GG-GG-G--GT-G--
gi|49489                      :                                                                                                                                                                                                                                                       ----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--A--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T--GG-GG-A--GT-G--
gi|49491                      :                                                                                                                                                                                                                                                       ----CA---------G-----G-G---------CC------T--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A----T--TG-GG-G--GT-G--
gi|49492                      :                                                                                                                                                                                                                                                       ----CA---------G-----G-G---------CC------G--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A----A--TG-GG-G--GT-G--
gi|49485                      :                                                                                                                                                                                                                                                       ----CA---------G-----G-G---------CC------A--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T---G-GG-G--GG-G--G-G-GGGG
gi|49484                      :                                                                                                                                                                                                                                                       ----CA---------G-----G-G---------CC------A--T-A--A---C-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T---G-GG-G--GG-G--G-G-GGGG
gi|49490                      :                                                                                                                                                                                                                                                       ----CA---------A-----G-G---------CC------G--T-A--A---T-C--A--G--G--AAT-TT----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GG-G--G-G-





Alignments
lowQualScore                  :       0 22 44 22 444444 22 0 2 0 0 1 11 2 0 0 22 55555 1 11 22 33 1 22222 0 3333 3 33 0 11 44444 1 333333 1 555 0 11111  1 1 4444  33 1 22 333 3 888888888 0 4444 1 0 1 0 222 1 44444 666666 0 0 0 3333 22 2 3   222 1 777 3333 11 0 00 222 2 3333  555555555 22222 0 666666666  33 333333 3 11 111 1 222 1 22  1 0 0  22222 22222 1 0 11 666 0  1 00  1 00 2 11    
lowQualScore                  :       . .. .. .. ...... .. . . . . . .. . . . .. ..... . .. .. .. . ..... . .... . .. . .. ..... . ...... . ... . .....  . . ....  .. . .. ... . ......... . .... . . . . ... . ..... ...... . . . .... .. . .   ... . ... .... .. . .. ... . ....  ......... ..... . .........  .. ...... . .. ... . ... . ..  . . .  ..... ..... . . .. ... .  . ..  . .. . ..    
lowQualScore                  :       9 22 88 11 777777 11 9 7 9 9 7 22 6 9 9 11 99999 7 22 99 11 6 99999 8 4444 3 66 8 99 33333 6 555555 6 444 8 66666  5 5 2222  44 5 99 777 1 555555555 8 7777 6 8 6 8 555 6 66666 666666 8 8 8 2222 66 4 1   999 5 000 1111 88 7 99 444 0 7777  000000000 66666 6 111111111  33 000000 4 44 666 1 111 1 55  2 6 6  00000 00000 2 6 44 888 6  2 88  8 99 6 44    
consensus                     : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
Reference ( family-282 )      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49419                      : CCCCGG-A--G--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-T-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49420                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-CCT-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---AAT----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----G------G-G-G-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--A-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--A-G-GGGGG
gi|49421                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-CCT-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---AAT----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----G------G-G-G-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--A-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--A-G-GGGGG
gi|49422                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-CCT-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---AAT----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----G------G-G-G-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--A-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--A-G-GGGGG
gi|49423                      : CCCCGG-A-----G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-A--C-----G-T--G--AA-T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----TA---A-G----C-C-C-T-C---A-T-----AG-----G-G-T-G----A--A-A-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CCA-G------T-A--A---C-CA--A-G--AA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--T--GG-G--GT-G--GCG-TGGGG
gi|49424                      : CCCCCG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A---T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A--------C--C-T--C---T-C----CA---------------G-G---------CC---------T-A--A-----C---A-G--GG-A---TT-----C-----C-A-T--T--TG-AG-G--GT----G-G-TGGGGtggg
gi|49425                      : CCCCGG-A--A--G--CTT----T--C-C-T-G-A-A----T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----G-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-C---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-C---------CCT-G------T-A--------C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TT-GG-G-----G--G-G-TGGGGg
gi|49426                      : CCCCCG-A--A--G--CC-----T--C-T-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----A-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-TTAA-T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-AAC-C----C--C-T--C---G-T----CA---------G-----G-AC--------CC--G------T-A--A---C-C---A-T--GA-A-G-TT-----C-----C-A--------G-GG-G--GG-G--G-G-AGGGGg
gi|49427                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-A-T-G-A-A--T-T-T----A-----G----G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-----AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-T----CATC-------G-----G-GCGGGCGCGACC--G------TAA--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GGTG--GT-G--G-G-GGG
gi|49428                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----T-G--G--A--T-T-----T-TC---A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-G---AA-C-T----ATG-A-T--G---A-T----T----A------C-C-C-C-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--G-C-TTA---C-A---C----C--C-T--T---A-C----C----------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----------C-A-T--T--TG-GG-GTTGT-G--G-G-GGGGG
gi|49429                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-C--A-----G-T--GG-A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT----T--A---A-TATTAT----A-G----C-C-C-T-T---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-ACTTA---C-A---C----C--CTT--C---T-CA---CA---------G-----G-GA--------CC--G------T-A--A---C-C---A-T--TA-A-T-TT-----C-----C-A--------G-GG-G--GG-A--G-G-GGGG
gi|49430                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--G-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-TT---A-G--G-A--G-----T-A------A-A------------------------------------T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-T------------C-A-T--T-----GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49431                      : CCCCAG-A--A--G--C------T--C-C---G-A-A--T-T-T-C--A-----G-T--G--A--T-T-----T-TTTTTG-G--A-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AAAC-C----AT--A-T-------------T----A-G----C-C-C-T-T---A-A-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--T-T--C---T-C----TA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--AA-A-T-TT-----C-----C-A--------G-GG-G--G
gi|49432                      : CCCCGG-C--A--G--C------T--C---T-G-A----T-T-T-T--A-----GGT--G--A--T-T-----T-T----A-GT-G-A--GGTA--T-A------A-A-A-T-TAT---AA-A-C----ATG-A-T--AGGAA-T----T----A-GA---C-C-C-C-C---A-TC----AT-----G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--T---G-C----CA---------A-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-ATT-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--TC-G--G-G-GGG
gi|49433                      : CCGCGG-A--A--GAGC------T--C-C-A-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--TGT-----T-T----A----G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-TG---T----A-G----C-A-C-G-C---A-T-----A------G-T-T-G----A--A-G-TTA---C-----C----C--C-T--C---T-C----CAT--------G-----G-G---------CC--G------TAA--A---C-C---A-G--GAGA-A-GT-----A-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGG
gi|49434                      : CCCCGG-AC-A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--TAT-T-T--A-----G-T--G--A--A-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T--------A-A-A-T-T-T---AA-C-CA---AT--A-T--A---ATT----T----A-G----C-C-CAT-C---A-T-----A------T-G-T------A--A-C-TT----C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA-----------------G---------CC--G------T-A--A-----C---A-T--GA-A-G-TT-----C-----C-A-T--------GG-G--GT-G--G-GATGGGG
gi|49435                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----T-T--A--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-G-A-T-T-T---AA-C-CAT--AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----g
gi|49436                      : CCCCGG-A--AA-G--C------T--C-A---G-A-A--T-T-T-T--T-----G-TATG--A--T-T-----T--------G--G-A--A-----G-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---T-T----T----A-GATCCC-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-GTA---T-A---CAGTAC--C-T--T---C-C----AA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---AGG--GA-A-T-TT-----C-----C-A--------G-GG-G--GG-G--G-G-
gi|49437                      : CTCCGG-A--G--G--CCAGGCGT--C-C-T-G-ATA--T-T-T-TTAA-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A---------------------------------------A-C-A----AT--A-T--A---A-TC---T----A-G----C-C-C-T-C---ACT-----A------G-G-T-G----A--AAG-TTA---C-A---C----C--C-T--C---TTC----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-ATAA---C-C---A-G--GA-A-T-TC-----C-----C-A-T--T--T--GG-G--GT----G-G-TGGGGg
gi|49438                      : CCCCGG-ATTATTG--C------T--C-T-A-G-A-A--T-A-G-T--A-----G-T--GG-A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----TTA------ATA-A-TCT-T---AA-C-C----GC--A-TTAA---A-TG---T----A-G----C-C-C-T-C---A-------A------T-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---TT---C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-GTT-------CC--G------TTA--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----CAGATGA-G-T--T--TG-GG-G--GG-G--G-G-GGGGtgg
gi|49439                      : CCCGGG-A--A--G--C------T--C-T-C-GCA-A--C-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-TA----T-T----ATG--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-TTAAAA-C-C----AT--ATT--A---A-T----T----A-C----C-C-C-T-C---C-T-----ATCTAC-GCG-T-G----ACTACT-TTA---C-ATGCC----C--C-TTCC---T-C----CA---------------G-G---------CC--G------T-A--AATCC-C---A-G--TG-A-T-TT-----T-----C-T-T--T--TG-GG-G--GT-G--
gi|49440                      : CCCCGA-A--A--A--C------T--C-C-T-G-A-A--A-T-T-T--AG----G-T--G--A--T-T-----T-T----AGG--G-A--G-----T--------A-A-A-T-T-T----A-C-A----ATC-A-T--A---A-T----T----A-G----CGC-A-T-C---A-TG----A------G-G-T-GC---A--C-GCTTA---C-A---C----C--C----C---T-CA---CAGTGCGGAGGG-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-GA-GG-A-T-TTTATTGC-----C-A-T--T--TG-GG-G--GTGG--G-G-TGGG
gi|49441                      : CTCCGG-A--A--G--C------T--C-C-C-G---A--T-T-T-C--AG----G-T--G--A--T-T-----T-T----G-G--A-A--G-----T-T------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-C--C---A-TATAAT----A-G----CTC-C-T-CAATA-T-----G------G-T-T-G----A--A-G-TTA---C-AT--T----C--C-T--C---T-C----AG---------G-----A-G---------CC--G------TAA--A---C-C---C-G--GA-T-T-TC-----C-----C-A-T--T--GG-AG-G--AT-G--
gi|49442                      : CCGCGG-A--A--A--C------TT-C-C-T-G-G-AGAT-T-T-T--A-----G-T--G--A----T-----T-T----A-G--GCA--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---
gi|49443                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A------T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-GA-G-A--G-----T-A------G-A-ATT-T-T---CA-C-C----AT--A-T--T---A-A----T----A--------C-C-T-C---A-T-----AT-----A-G-T-G----A--A-G-TTT---A-A---C----C--C-T--C---T-CAG--CA---------T-----T-G---------GC--G------T-AC-A---C-C---A-GTAGA-A-T-TT-----------C-A-T--T--TG-GT-A--GG-G--G-G-TGCGG
gi|49444                      : CCCCGG-A--AC-G--C------A--C-T-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-G-----T-T----A-G--G-A-------------------------------AA--------GT--A----A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-----A-T-----A------A-G-T-G----CC-A-G-TTA---C-A---C----C----T--C---T-C----CG---------G------------------C--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----T-----C-A-T--T--T--TG-G--GT-G--G-G-TGGgag
gi|49445                      : CCCCGG-A--A-----C------T--C-C-T-G-T-A--TAT-T-T--AAC---G-T--GGGA--T-T-----T-T----ATG--G-A--G-----T-ACA----ATA-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--AC--A-T----C----A------C-C-C-T-------T-----A------A-G-T------A--A-G-TTAT--C-A---C----T--C-T--C---C-C----CC---------GTCCA-G-G---------CCATG------T-A--A---CTC---A-GT-GA-A-T-TT-----C-----CGA-T--T--AGTGG-G--GC-G--GCC-TGGGG
gi|49446                      : CCCCGGCA--A--G--C------T--CGC-T-G-A-A--T-A-T-C--------G-T--G--A--T-T-----T-T------G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-----AA-C-C----ATTTA-TC-A---A-T----T----A-A----C-C-CAT-C---A-T-----A------G-GAT-GC---G--A-A-TTA---CCA---C----C--C-T--CGTTC-C----CA---------G-----C-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-g
gi|49447                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C---T-G-T-A--T-T-TAT--ATGCATA-C--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--GA----T-A------A-A-----T-T---AA-C-C----AT--A-C--------T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G---------G-TTA---C-AG--C----C--C-T--C---T------TA---------G-----G-G---------TG--G------T---------------------------------------T-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGG
gi|49448                      : CCACGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----A-T--G--A--T-------------------------------------------A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-A----T----A-A----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTG---C-A---A----C--T-T--C---T-
gi|49449                      : CTCCGG-C--A--G--C------T--C-C-T-G-A----C-G-T-T--A-----G-T--G--C--C-T-----T-T----C-G--C-A--G-----T-T------C-ATA-T-T-T---AA-C-CCACAGT--A-T--AC--A-T----T----C-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----AC-A-G-TTC---C-A---C----C----T--CGTGC-C----CA---------C-----G-G---------GC--G------C-T--A---C-C---C-G--GA-T-T-GT-----CT----C-A-TCTT--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49450                      : CCCCTG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A----T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-GC-G-A--G-----A-G------A-A-A-T-T-A---AA-C-C----
gi|49451                      : CCCCTG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A----T-T-T--A-----GTT--G--A--TGT-----T-T----A-G--G-ACGG-----T--------A-A-A-T-T-T---AA-C-C-----T--T-T--A---A-T----T----
gi|49452                      :  CCCGG-A--A--G--A------T--C-C-T-G-A-A--T-TAT-T--A-----G-T--G--A--A-T-----T-T----A-GTGG-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-A---AAAC-C----AT--A-T--A---A-T---------A-GAC--T-C-C-TAC---A-C-----AATGTAAG-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----GAG---------CT--G------T-A--A---C-C---C-A--GA-A-T-TT-----------C-A-T--T-----GT-G--GT-G--GTA-TGGGGcac
gi|49453                      :  CCCGA-A--AA-G--C------T--C-C-T-G-A-A--CAT-T-T--A-------T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-AA-G-----T-A------A-A------------------------------------T----T----A-G----C-C-T-C-A---A-T-----A------G---T-G----A--A-G-TCAC--C-AC--C----C--C-T--C---TCC----CA---------G-----G-GGC-------CC--G------T-A--A---G-C---A-GA-GA-A-T-TT-----C-----C-A-TC-T--TT-GT-G--GA-G--C-G-TGGGgg
gi|49454                      :   CCGG-A--A--G--C------T--C-C-C-A-A-A--A-T-T----A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----TTG--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-CC---AT--A-T--A---A-T----T----T-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----T--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--GA-----TGA--A---C-C---C-G--GA-A---TT-----C-----C-A-T--T--GA-GA-G--GG-G--G-G-GGGGG
gi|49455                      :   CCAG-A--G--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T---------------------------------------------AA-C-C----AT--A-TATA---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------A-G-T-G----A--A-G-TTA-----A---CA---C--C-T--C---T-C----CA---------G-----T-G---------TC--G------T-A--A---C-C---A----GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-G
gi|49456                      :    CGG-A--A--G--C------TTTC-T-T-G-AGA--A-T-T-T--A-----G-T--G--AATT-T-----T-T----A-G--G-A--T-----TCA------A-A-A-T-T-A---AA-C-C----AA--T-T--A---A-T----TT---A-G----C-C-C---C---A-TCTGTTA------G-G-TTG----A--ATG-TTA---C-AGACC----T--C-T--C---T-CGTTACA---------G-----G-----------CC--G------T-A--AA--C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----CGA-T--T--TG-GC-A--GT-G--
gi|49457                      :      G-A--AT-G--C------T--C-C-T-G-T-A--T-T-T----A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G----A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A------T----A-A----C-C-C-T-CAG-A-T-----A------G-G-T-G-------A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-CA---CA---------GGTGCAG-A---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--AA-----TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGGtgg
gi|49458                      :      G-A--A--G--C------T--C-C-C-G-A-A--T-T-T-TC-A-----G-T--G--A--T-T-----T-C----T-G--A-C--G-----T-A------A-A---T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C---T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T------CA---------A-----G-G---------CCTAG------A-A--A---T-CG--A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--TGATG-GG-G--AG-G--G-G-GGGG
gi|49459                      :      G-A--A--G--C------T--C---T-G-A----T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T----------------------------T-A------A-C-A-T--------A-T-T----AT--T-T--A---A-T----CG---A-G----C-CTC-T-C---A-T-----A------A-T-T-G----A--A-G-TAA---C-A---C----CG-C-T--T---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-A--C--GG-GG-G--GT-G--G-
gi|49460                      :      G-A--A--G--C-----------A-T-G-A-A--T-T-T-T--AA----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G----G-----T-A------A-A-----T-T---AA-C------AT----T--A---A-T----T----A------C-C-C-T-C---A-T-----C------A-G-T-G----A--A-G-T-----C-A---C----C--C-T--C---T-C----AG---------A-----G-A---------GC--G------T-A--A---C-------G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T-----GG-G--GT-GATG-G-TGGG
gi|49461                      :       -A--A--GT-C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T-----------G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G----------C--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-A-TT-----A-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--T-G-TGGGG
gi|49462                      :            --G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---T-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-T-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GGTG--GT-G--G-G-GGGAGggg
gi|49463                      :            --G--C------T--C-C-CAG-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-TGTACATGT----A-G--G-A--------T-A------A-A-A-T-T-----AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G------C-A-T-C---A-T-----A------C-G-T-GGATTA--A-A-TTA---C-A---C----C--C-T--C---G-C----CG---------G-----G-G---------TCA-G------T-A--A---CAC---A-G--GACA-TCTT-----C-----C-AGT--T--TG-GT-G--AG-G--G-G-TGGGG
gi|49464                      :                                    -A--T-T-T-T--A-------T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-T-T-T-T---AT-CAC----AC--A-T--A---T-G----T----A-G----C-----T-C---A-TTT---A------G-G-T-G----C----G-TTA---C-AAA-C----C--T-T--C---T-T----CA---------G-----G-G---------CC--G------TTA--A---C-C---G-G--AA-T-T-TT-----C-----C-A-T--T---G-GG-G--GTGG--G-G-TGGgg
gi|49465                      :                                                  -----G-T--G--ACGT-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A---T-T-A---AA-CTC----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-T-C-T---A-------A------G-G-T------A--A-G-TTGATGC-A---C----C--C-T--C---TTC----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-A---A-G--GA-A-A-TT-----A-----C-A-T--T--T--AC-A--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49466                      :                                                                --T-T-----T-T----A-G--G-A--GCCCCAT-AAACACTA-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----TAAA-A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A--------G-T-G----A--A-GTTTA---C-A--------C--C-T--C---T-C----CAT--------G-----G-GC--------CC--GTT----T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GA-G--GT-G--G-G-gg
gi|49467                      :                                                                --T-T-----C-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-C----AT--A-T--AC--A-TG---T----AAG----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---CAA---C----C--C-T--C---T-C----CAGC-------G-----G-G---------CC--------------A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----A-A--------G-GG-G--GG-G--G-gag
gi|49468                      :                                                                                                           -A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--AAT--A---A-T----TT---A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------T-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---T----C--T-T--C---T------CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A---TT-----C-----C-A-T--T--GG-AG-G--AT-G--
gi|49469                      :                                                                                                                   -T---AA-T-C----AT--G-T--A---T-T----TGCGAA-A----C-C-T-T-T---A-T-----G------A-G-T-G----A--A----TA---C-A--------------------------------------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----T--TG-GT-G--GT-G--
gi|49470                      :                                                                                                                     ---AA-C-C----AA--A-T--A---A-T---------A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-GCTTA---C-----C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G----------C--G------T-G--A---C-C---ATC--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--------GG-C--GT-G--G-G-
gi|49471                      :                                                                                                                                       -T--A---G-T----T----A-AGC--C-C-C-T-C---AGT-----A------G-G-T---------A-G-TTA---C-A---C----CCTC-T--C---T-C----CA---------G-----G-GA--------CC--G------T-A--A---C-CCTTA-----A-A-T-TTC----C-----C-A-C--C--GG-GG-G--GG-G--G-G-gg
gi|49472                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-T-T--T--GG-GG-G--GT-G--
gi|49473                      :                                                                                                                                                        aacccctttggtgcaagcatact-T-----A------G-G-T-G----A--A-A-GTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CC---------A-----G-G---------CC--GACCCTGT-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--C--TG-GG-G--
gi|49474                      :                                                                                                                                                                                                                TA---C-A---T----C--C-T--T---T-G----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TG-----T-----C-A-T--A--GG-GG-G--GT-G--
gi|49475                      :                                                                                                                                                                                                                      -A---T----C--C-A--C---T-G----CA---------G-----G-G---------CC--G------C-A--G---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T-----GG-G--GT-G--
gi|49476                      :                                                                                                                                                                                                                                 --C-T--T---T-T----CA---------G-----G-G---------AC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----T-A-T--T--TT-GG-G--GT-G--cacccggggggg
gi|49477                      :                                                                                                                                                                                                                                    -T--C---T-G----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GG-G--G-G-GGGGG
gi|49478                      :                                                                                                                                                                                                                                    -T--C---T-T----CA---------G-----G-G---------CC--A------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GG-G--G-G-
gi|49479                      :                                                                                                                                                                                                                                    -T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CT--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-A-GT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GT-G--g
gi|49480                      :                                                                                                                                                                                                                                    -T--T---T-T----CA---------T-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-AG-G--GT-G--
gi|49481                      :                                                                                                                                                                                                                                             -C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----T-----C-A-T--T--GG-GG-G--GTGG--G-G-TGGG
gi|49482                      :                                                                                                                                                                                                                                             -C----CA---------G-----G-G---------CC--T------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GT-G--
gi|49483                      :                                                                                                                                                                                                                                             -C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----T--AG-GG-G--GT-
gi|49484                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--A------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T---G-GG-G--GG-G--G-G-GGGG
gi|49485                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--A------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T---G-GG-G--GG-G--G-G-GGGG
gi|49486                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-A--GT-G--
gi|49487                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----T--CG-GG-G--GT-G--
gi|49488                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------TC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-C--T--GG-GG-G--GT-G--
gi|49489                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-A--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-A--GT-G--
gi|49490                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------A-----G-G---------CC--G------T-A--A---T-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GG-G--G-G-
gi|49491                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--T------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----T--TG-GG-G--GT-G--gg
gi|49492                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----A--TG-GG-G--GT-G--
gi|49493                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-G-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--





Alignments
lowQualScore                  :       0 22 44 22 444444 22 0 2 0 0 1 11 2 0 0 22 55555 1 11 22 33 1 22222 0 3333 3 33 0 11 44444 1 333333 1 555 0 11111  1 1 4444  33 1 22 333 3 888888888 0 4444 1 0 1 0 222 1 44444 666666 0 0 0 3333 22 2 3   222 1 777 3333 11 0 00 222 2 3333  555555555 22222 0 666666666  33 333333 3 11 111 1 222 1 22  1 0 0  22222 22222 1 0 11 666 0  1 00  1 00 2 11    
lowQualScore                  :       . .. .. .. ...... .. . . . . . .. . . . .. ..... . .. .. .. . ..... . .... . .. . .. ..... . ...... . ... . .....  . . ....  .. . .. ... . ......... . .... . . . . ... . ..... ...... . . . .... .. . .   ... . ... .... .. . .. ... . ....  ......... ..... . .........  .. ...... . .. ... . ... . ..  . . .  ..... ..... . . .. ... .  . ..  . .. . ..    
lowQualScore                  :       9 22 88 11 777777 11 9 7 9 9 7 22 6 9 9 11 99999 7 22 99 11 6 99999 8 4444 3 66 8 99 33333 6 555555 6 444 8 66666  5 5 2222  44 5 99 777 1 555555555 8 7777 6 8 6 8 555 6 66666 666666 8 8 8 2222 66 4 1   999 5 000 1111 88 7 99 444 0 7777  000000000 66666 6 111111111  33 000000 4 44 666 1 111 1 55  2 6 6  00000 00000 2 6 44 888 6  2 88  8 99 6 44    
consensus                     : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
Reference ( family-282 )      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49419                      : CCCCGG-A--G--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-T-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49420                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-CCT-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---AAT----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----G------G-G-G-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--A-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--A-G-GGGGG
gi|49421                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-CCT-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---AAT----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----G------G-G-G-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--A-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--A-G-GGGGG
gi|49422                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-CCT-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---AAT----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----G------G-G-G-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--A-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--A-G-GGGGG
gi|49423                      : CCCCGG-A-----G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-A--C-----G-T--G--AA-T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----TA---A-G----C-C-C-T-C---A-T-----AG-----G-G-T-G----A--A-A-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CCA-G------T-A--A---C-CA--A-G--AA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--T--GG-G--GT-G--GCG-TGGGG
gi|49424                      : CCCCCG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A---T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A--------C--C-T--C---T-C----CA---------------G-G---------CC---------T-A--A-----C---A-G--GG-A---TT-----C-----C-A-T--T--TG-AG-G--GT----G-G-TGGGGtggg
gi|49425                      : CCCCGG-A--A--G--CTT----T--C-C-T-G-A-A----T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----G-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-C---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-C---------CCT-G------T-A--------C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TT-GG-G-----G--G-G-TGGGGg
gi|49426                      : CCCCCG-A--A--G--CC-----T--C-T-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----A-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-TTAA-T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-AAC-C----C--C-T--C---G-T----CA---------G-----G-AC--------CC--G------T-A--A---C-C---A-T--GA-A-G-TT-----C-----C-A--------G-GG-G--GG-G--G-G-AGGGGg
gi|49427                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-A-T-G-A-A--T-T-T----A-----G----G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-----AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-T----CATC-------G-----G-GCGGGCGCGACC--G------TAA--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GGTG--GT-G--G-G-GGG
gi|49428                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----T-G--G--A--T-T-----T-TC---A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-G---AA-C-T----ATG-A-T--G---A-T----T----A------C-C-C-C-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--G-C-TTA---C-A---C----C--C-T--T---A-C----C----------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----------C-A-T--T--TG-GG-GTTGT-G--G-G-GGGGG
gi|49429                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-C--A-----G-T--GG-A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT----T--A---A-TATTAT----A-G----C-C-C-T-T---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-ACTTA---C-A---C----C--CTT--C---T-CA---CA---------G-----G-GA--------CC--G------T-A--A---C-C---A-T--TA-A-T-TT-----C-----C-A--------G-GG-G--GG-A--G-G-GGGG
gi|49430                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--G-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-TT---A-G--G-A--G-----T-A------A-A------------------------------------T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-T------------C-A-T--T-----GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49431                      : CCCCAG-A--A--G--C------T--C-C---G-A-A--T-T-T-C--A-----G-T--G--A--T-T-----T-TTTTTG-G--A-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AAAC-C----AT--A-T-------------T----A-G----C-C-C-T-T---A-A-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--T-T--C---T-C----TA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--AA-A-T-TT-----C-----C-A--------G-GG-G--G
gi|49432                      : CCCCGG-C--A--G--C------T--C---T-G-A----T-T-T-T--A-----GGT--G--A--T-T-----T-T----A-GT-G-A--GGTA--T-A------A-A-A-T-TAT---AA-A-C----ATG-A-T--AGGAA-T----T----A-GA---C-C-C-C-C---A-TC----AT-----G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--T---G-C----CA---------A-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-ATT-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--TC-G--G-G-GGG
gi|49433                      : CCGCGG-A--A--GAGC------T--C-C-A-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--TGT-----T-T----A----G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-TG---T----A-G----C-A-C-G-C---A-T-----A------G-T-T-G----A--A-G-TTA---C-----C----C--C-T--C---T-C----CAT--------G-----G-G---------CC--G------TAA--A---C-C---A-G--GAGA-A-GT-----A-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGG
gi|49434                      : CCCCGG-AC-A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--TAT-T-T--A-----G-T--G--A--A-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T--------A-A-A-T-T-T---AA-C-CA---AT--A-T--A---ATT----T----A-G----C-C-CAT-C---A-T-----A------T-G-T------A--A-C-TT----C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA-----------------G---------CC--G------T-A--A-----C---A-T--GA-A-G-TT-----C-----C-A-T--------GG-G--GT-G--G-GATGGGG
gi|49435                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----T-T--A--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-G-A-T-T-T---AA-C-CAT--AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----g
gi|49436                      : CCCCGG-A--AA-G--C------T--C-A---G-A-A--T-T-T-T--T-----G-TATG--A--T-T-----T--------G--G-A--A-----G-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---T-T----T----A-GATCCC-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-GTA---T-A---CAGTAC--C-T--T---C-C----AA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---AGG--GA-A-T-TT-----C-----C-A--------G-GG-G--GG-G--G-G-
gi|49437                      : CTCCGG-A--G--G--CCAGGCGT--C-C-T-G-ATA--T-T-T-TTAA-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A---------------------------------------A-C-A----AT--A-T--A---A-TC---T----A-G----C-C-C-T-C---ACT-----A------G-G-T-G----A--AAG-TTA---C-A---C----C--C-T--C---TTC----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-ATAA---C-C---A-G--GA-A-T-TC-----C-----C-A-T--T--T--GG-G--GT----G-G-TGGGGg
gi|49438                      : CCCCGG-ATTATTG--C------T--C-T-A-G-A-A--T-A-G-T--A-----G-T--GG-A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----TTA------ATA-A-TCT-T---AA-C-C----GC--A-TTAA---A-TG---T----A-G----C-C-C-T-C---A-------A------T-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---TT---C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-GTT-------CC--G------TTA--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----CAGATGA-G-T--T--TG-GG-G--GG-G--G-G-GGGGtgg
gi|49439                      : CCCGGG-A--A--G--C------T--C-T-C-GCA-A--C-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-TA----T-T----ATG--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-TTAAAA-C-C----AT--ATT--A---A-T----T----A-C----C-C-C-T-C---C-T-----ATCTAC-GCG-T-G----ACTACT-TTA---C-ATGCC----C--C-TTCC---T-C----CA---------------G-G---------CC--G------T-A--AATCC-C---A-G--TG-A-T-TT-----T-----C-T-T--T--TG-GG-G--GT-G--
gi|49440                      : CCCCGA-A--A--A--C------T--C-C-T-G-A-A--A-T-T-T--AG----G-T--G--A--T-T-----T-T----AGG--G-A--G-----T--------A-A-A-T-T-T----A-C-A----ATC-A-T--A---A-T----T----A-G----CGC-A-T-C---A-TG----A------G-G-T-GC---A--C-GCTTA---C-A---C----C--C----C---T-CA---CAGTGCGGAGGG-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-GA-GG-A-T-TTTATTGC-----C-A-T--T--TG-GG-G--GTGG--G-G-TGGG
gi|49441                      : CTCCGG-A--A--G--C------T--C-C-C-G---A--T-T-T-C--AG----G-T--G--A--T-T-----T-T----G-G--A-A--G-----T-T------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-C--C---A-TATAAT----A-G----CTC-C-T-CAATA-T-----G------G-T-T-G----A--A-G-TTA---C-AT--T----C--C-T--C---T-C----AG---------G-----A-G---------CC--G------TAA--A---C-C---C-G--GA-T-T-TC-----C-----C-A-T--T--GG-AG-G--AT-G--
gi|49442                      : CCGCGG-A--A--A--C------TT-C-C-T-G-G-AGAT-T-T-T--A-----G-T--G--A----T-----T-T----A-G--GCA--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---
gi|49443                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A------T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-GA-G-A--G-----T-A------G-A-ATT-T-T---CA-C-C----AT--A-T--T---A-A----T----A--------C-C-T-C---A-T-----AT-----A-G-T-G----A--A-G-TTT---A-A---C----C--C-T--C---T-CAG--CA---------T-----T-G---------GC--G------T-AC-A---C-C---A-GTAGA-A-T-TT-----------C-A-T--T--TG-GT-A--GG-G--G-G-TGCGG
gi|49444                      : CCCCGG-A--AC-G--C------A--C-T-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-G-----T-T----A-G--G-A-------------------------------AA--------GT--A----A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-----A-T-----A------A-G-T-G----CC-A-G-TTA---C-A---C----C----T--C---T-C----CG---------G------------------C--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----T-----C-A-T--T--T--TG-G--GT-G--G-G-TGGgag
gi|49445                      : CCCCGG-A--A-----C------T--C-C-T-G-T-A--TAT-T-T--AAC---G-T--GGGA--T-T-----T-T----ATG--G-A--G-----T-ACA----ATA-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--AC--A-T----C----A------C-C-C-T-------T-----A------A-G-T------A--A-G-TTAT--C-A---C----T--C-T--C---C-C----CC---------GTCCA-G-G---------CCATG------T-A--A---CTC---A-GT-GA-A-T-TT-----C-----CGA-T--T--AGTGG-G--GC-G--GCC-TGGGG
gi|49446                      : CCCCGGCA--A--G--C------T--CGC-T-G-A-A--T-A-T-C--------G-T--G--A--T-T-----T-T------G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-----AA-C-C----ATTTA-TC-A---A-T----T----A-A----C-C-CAT-C---A-T-----A------G-GAT-GC---G--A-A-TTA---CCA---C----C--C-T--CGTTC-C----CA---------G-----C-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-g
gi|49447                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C---T-G-T-A--T-T-TAT--ATGCATA-C--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--GA----T-A------A-A-----T-T---AA-C-C----AT--A-C--------T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G---------G-TTA---C-AG--C----C--C-T--C---T------TA---------G-----G-G---------TG--G------T---------------------------------------T-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGG
gi|49448                      : CCACGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----A-T--G--A--T-------------------------------------------A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-A----T----A-A----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTG---C-A---A----C--T-T--C---T-
gi|49449                      : CTCCGG-C--A--G--C------T--C-C-T-G-A----C-G-T-T--A-----G-T--G--C--C-T-----T-T----C-G--C-A--G-----T-T------C-ATA-T-T-T---AA-C-CCACAGT--A-T--AC--A-T----T----C-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----AC-A-G-TTC---C-A---C----C----T--CGTGC-C----CA---------C-----G-G---------GC--G------C-T--A---C-C---C-G--GA-T-T-GT-----CT----C-A-TCTT--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49450                      : CCCCTG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A----T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-GC-G-A--G-----A-G------A-A-A-T-T-A---AA-C-C----
gi|49451                      : CCCCTG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A----T-T-T--A-----GTT--G--A--TGT-----T-T----A-G--G-ACGG-----T--------A-A-A-T-T-T---AA-C-C-----T--T-T--A---A-T----T----
gi|49452                      :  CCCGG-A--A--G--A------T--C-C-T-G-A-A--T-TAT-T--A-----G-T--G--A--A-T-----T-T----A-GTGG-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-A---AAAC-C----AT--A-T--A---A-T---------A-GAC--T-C-C-TAC---A-C-----AATGTAAG-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----GAG---------CT--G------T-A--A---C-C---C-A--GA-A-T-TT-----------C-A-T--T-----GT-G--GT-G--GTA-TGGGGcac
gi|49453                      :  CCCGA-A--AA-G--C------T--C-C-T-G-A-A--CAT-T-T--A-------T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-AA-G-----T-A------A-A------------------------------------T----T----A-G----C-C-T-C-A---A-T-----A------G---T-G----A--A-G-TCAC--C-AC--C----C--C-T--C---TCC----CA---------G-----G-GGC-------CC--G------T-A--A---G-C---A-GA-GA-A-T-TT-----C-----C-A-TC-T--TT-GT-G--GA-G--C-G-TGGGgg
gi|49454                      :   CCGG-A--A--G--C------T--C-C-C-A-A-A--A-T-T----A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----TTG--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-CC---AT--A-T--A---A-T----T----T-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----T--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--GA-----TGA--A---C-C---C-G--GA-A---TT-----C-----C-A-T--T--GA-GA-G--GG-G--G-G-GGGGG
gi|49455                      :   CCAG-A--G--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T---------------------------------------------AA-C-C----AT--A-TATA---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------A-G-T-G----A--A-G-TTA-----A---CA---C--C-T--C---T-C----CA---------G-----T-G---------TC--G------T-A--A---C-C---A----GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-G
gi|49456                      :    CGG-A--A--G--C------TTTC-T-T-G-AGA--A-T-T-T--A-----G-T--G--AATT-T-----T-T----A-G--G-A--T-----TCA------A-A-A-T-T-A---AA-C-C----AA--T-T--A---A-T----TT---A-G----C-C-C---C---A-TCTGTTA------G-G-TTG----A--ATG-TTA---C-AGACC----T--C-T--C---T-CGTTACA---------G-----G-----------CC--G------T-A--AA--C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----CGA-T--T--TG-GC-A--GT-G--
gi|49457                      :      G-A--AT-G--C------T--C-C-T-G-T-A--T-T-T----A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G----A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A------T----A-A----C-C-C-T-CAG-A-T-----A------G-G-T-G-------A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-CA---CA---------GGTGCAG-A---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--AA-----TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGGtgg
gi|49458                      :      G-A--A--G--C------T--C-C-C-G-A-A--T-T-T-TC-A-----G-T--G--A--T-T-----T-C----T-G--A-C--G-----T-A------A-A---T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C---T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T------CA---------A-----G-G---------CCTAG------A-A--A---T-CG--A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--TGATG-GG-G--AG-G--G-G-GGGG
gi|49459                      :      G-A--A--G--C------T--C---T-G-A----T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T----------------------------T-A------A-C-A-T--------A-T-T----AT--T-T--A---A-T----CG---A-G----C-CTC-T-C---A-T-----A------A-T-T-G----A--A-G-TAA---C-A---C----CG-C-T--T---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-A--C--GG-GG-G--GT-G--G-
gi|49460                      :      G-A--A--G--C-----------A-T-G-A-A--T-T-T-T--AA----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G----G-----T-A------A-A-----T-T---AA-C------AT----T--A---A-T----T----A------C-C-C-T-C---A-T-----C------A-G-T-G----A--A-G-T-----C-A---C----C--C-T--C---T-C----AG---------A-----G-A---------GC--G------T-A--A---C-------G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T-----GG-G--GT-GATG-G-TGGG
gi|49461                      :       -A--A--GT-C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T-----------G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G----------C--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-A-TT-----A-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--T-G-TGGGG
gi|49462                      :            --G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---T-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-T-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GGTG--GT-G--G-G-GGGAGggg
gi|49463                      :            --G--C------T--C-C-CAG-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-TGTACATGT----A-G--G-A--------T-A------A-A-A-T-T-----AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G------C-A-T-C---A-T-----A------C-G-T-GGATTA--A-A-TTA---C-A---C----C--C-T--C---G-C----CG---------G-----G-G---------TCA-G------T-A--A---CAC---A-G--GACA-TCTT-----C-----C-AGT--T--TG-GT-G--AG-G--G-G-TGGGG
gi|49464                      :                                    -A--T-T-T-T--A-------T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-T-T-T-T---AT-CAC----AC--A-T--A---T-G----T----A-G----C-----T-C---A-TTT---A------G-G-T-G----C----G-TTA---C-AAA-C----C--T-T--C---T-T----CA---------G-----G-G---------CC--G------TTA--A---C-C---G-G--AA-T-T-TT-----C-----C-A-T--T---G-GG-G--GTGG--G-G-TGGgg
gi|49465                      :                                                  -----G-T--G--ACGT-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A---T-T-A---AA-CTC----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-T-C-T---A-------A------G-G-T------A--A-G-TTGATGC-A---C----C--C-T--C---TTC----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-A---A-G--GA-A-A-TT-----A-----C-A-T--T--T--AC-A--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49466                      :                                                                --T-T-----T-T----A-G--G-A--GCCCCAT-AAACACTA-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----TAAA-A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A--------G-T-G----A--A-GTTTA---C-A--------C--C-T--C---T-C----CAT--------G-----G-GC--------CC--GTT----T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GA-G--GT-G--G-G-gg
gi|49467                      :                                                                --T-T-----C-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-C----AT--A-T--AC--A-TG---T----AAG----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---CAA---C----C--C-T--C---T-C----CAGC-------G-----G-G---------CC--------------A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----A-A--------G-GG-G--GG-G--G-gag
gi|49468                      :                                                                                                           -A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--AAT--A---A-T----TT---A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------T-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---T----C--T-T--C---T------CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A---TT-----C-----C-A-T--T--GG-AG-G--AT-G--
gi|49469                      :                                                                                                                   -T---AA-T-C----AT--G-T--A---T-T----TGCGAA-A----C-C-T-T-T---A-T-----G------A-G-T-G----A--A----TA---C-A--------------------------------------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----T--TG-GT-G--GT-G--
gi|49470                      :                                                                                                                     ---AA-C-C----AA--A-T--A---A-T---------A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-GCTTA---C-----C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G----------C--G------T-G--A---C-C---ATC--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--------GG-C--GT-G--G-G-
gi|49471                      :                                                                                                                                       -T--A---G-T----T----A-AGC--C-C-C-T-C---AGT-----A------G-G-T---------A-G-TTA---C-A---C----CCTC-T--C---T-C----CA---------G-----G-GA--------CC--G------T-A--A---C-CCTTA-----A-A-T-TTC----C-----C-A-C--C--GG-GG-G--GG-G--G-G-gg
gi|49472                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-T-T--T--GG-GG-G--GT-G--
gi|49473                      :                                                                                                                                                        aacccctttggtgcaagcatact-T-----A------G-G-T-G----A--A-A-GTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CC---------A-----G-G---------CC--GACCCTGT-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--C--TG-GG-G--
gi|49474                      :                                                                                                                                                                                                                TA---C-A---T----C--C-T--T---T-G----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TG-----T-----C-A-T--A--GG-GG-G--GT-G--
gi|49475                      :                                                                                                                                                                                                                      -A---T----C--C-A--C---T-G----CA---------G-----G-G---------CC--G------C-A--G---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T-----GG-G--GT-G--
gi|49476                      :                                                                                                                                                                                                                                 --C-T--T---T-T----CA---------G-----G-G---------AC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----T-A-T--T--TT-GG-G--GT-G--cacccggggggg
gi|49477                      :                                                                                                                                                                                                                                    -T--C---T-G----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GG-G--G-G-GGGGG
gi|49478                      :                                                                                                                                                                                                                                    -T--C---T-T----CA---------G-----G-G---------CC--A------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GG-G--G-G-
gi|49479                      :                                                                                                                                                                                                                                    -T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CT--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-A-GT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GT-G--g
gi|49480                      :                                                                                                                                                                                                                                    -T--T---T-T----CA---------T-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-AG-G--GT-G--
gi|49481                      :                                                                                                                                                                                                                                             -C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----T-----C-A-T--T--GG-GG-G--GTGG--G-G-TGGG
gi|49482                      :                                                                                                                                                                                                                                             -C----CA---------G-----G-G---------CC--T------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GT-G--
gi|49483                      :                                                                                                                                                                                                                                             -C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----T--AG-GG-G--GT-
gi|49484                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--A------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T---G-GG-G--GG-G--G-G-GGGG
gi|49485                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--A------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T---G-GG-G--GG-G--G-G-GGGG
gi|49486                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-A--GT-G--
gi|49487                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----T--CG-GG-G--GT-G--
gi|49488                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------TC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-C--T--GG-GG-G--GT-G--
gi|49489                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-A--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-A--GT-G--
gi|49490                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------A-----G-G---------CC--G------T-A--A---T-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GG-G--G-G-
gi|49491                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--T------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----T--TG-GG-G--GT-G--gg
gi|49492                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----A--TG-GG-G--GT-G--
gi|49493                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-G-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--


blockSeqs                     :         TT TT AG CAGGCG TT   C     T GA A     TA TGCAT G AT GG AT G GTACA   TTTT T TG   CG CCCCA T AACACT T AA    TTAA   A A CACA  TT T TA GGA A ATTAT       ATCC G   A   AAT C CTGTT ATGTAA       GATT CT A C   ATG C TGC AGTA CT      GTT T GTTA  GTGCGGAGG GTGCA   CGGGCGCGA  AT ACCCTG A TA ATC T CTT G TA  G      TATTG AGATG G   CT GAT    T     G    C AT
blockSeqs                     :         C  A  T  TT     T    C     G .  A     C  AC    T .  G  CG G A       C    G T    A  GTA   C CA     T AA    AT     A T AT    G  A AT C   A ATAAT       AC   T   A   AG  G TT    TCTAC        C    C  C C   T   A GAC T    G       GTG C AG    TC        TCCA    TT         TA TT     A C  A   A A   T A   C      C     T     G   C  T      T     G    C G 
blockSeqs                     :         .  C  .  C      .    C     . .  A     .  G     . .  G  A  . .       T    T A    .  A     . .      . AA    T      . . A     G  . C  C   A TGCGA       GC   .   .   .   . C     G            C    C  T T   C   . AC  A    .       .   T A     GC        .       GC         A  A      T .  .   . G   . T   .      .     .     .   .  T      .     G    T G 
blockSeqs                     :         .  A  .  .      .    .     . .  .     .  G     . .  .  .  . .       .    T C    .  .     . .      . AT    T      . . C     C  . .  C   T TAAT        A    .   .   .   . G     T            .    .  . C   .   . AA  .    .       .   . A     T         .       C          T  .      A .  .   . .   . A   .      .     .     .   .  T      .     .    . G 
blockSeqs                     :         .  T  .  .      .    .     . .  .     .  A     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . TA    T      . . .     .  . .  .   . TAAA        .    .   .   .   . .     T            .    .  . .   .   . T   .    .       .   . A     T         .       A          A  .      G .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . AA    T      . . .     .  . .  .   . TA          .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . G   .    .       .   . .     .         .       C          .  .      T .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . AA    T      . . .     .  . .  .   . GT          .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . C   .    .       .   . .     .         .       A          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     C      . . .     .  . .  .   . CT          .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . A 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . GT          .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . G 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     G      . . .     .  . .  .   . TT          .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . G 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . CG          .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . G 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . GT          .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . TT          .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . G 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .    . G 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  A      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . G 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     A      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .    . G 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     A      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     A      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . G 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . C           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . G 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .    . T 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .    . G 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . T     A      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    . G 
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .    .   
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . A     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .    .   
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . .     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .    .   
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . .     T      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .    .   
blockSeqs                     :         .  .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . .     .      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .    .   
blockSeqs                     :            .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . .     .      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .    .   
blockSeqs                     :            .  .  .      .    .     . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . .     .      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .    .   
blockSeqs                     :                                    . .  .     .  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . .     .      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .    .   
blockSeqs                     :                                                  .     . .  .  .  . .       .    . .    .  .     . .      . .     .      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  A      .     .        
blockSeqs                     :                                                                .  . .       .    . .    .  .     . .      . .     .      . . .     .  . .  .   . T           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .        
blockSeqs                     :                                                                .  . .       .    . .    .  .     . .      . .     .      . . .     .  . .  .   . .           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  C      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                           . .     .      . . .     .  . .  .   . .           .    .   .   .   . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                   .      . . .     .  . .  .   . .                            . .     .            .    .  . .   .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                          . . .        . .  .                                                                     .   . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                      . .   .    .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                 .       .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  T      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                         .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  G      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                         .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  .      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                         .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  .      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                         .   . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  .      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                             . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  .      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                             . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  .      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                             . .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  .      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                               .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  .      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                               .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  .      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                               .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  .      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                               .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  .      .     .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                               .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  .      .              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                               .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  .      .              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                               .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  .      .              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                               .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   . .   .      .     .     .   .  .                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                               .     .         .       .          .  .      . .  .   . .   .                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                               .                                                                                                                 


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
finalCons                     : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG





Alignments
lowQualScore                  :       0 22 44 22 444444 22 0 2 0 0 1 11 2 0 0 22 55555 1 11 22 33 1 22222 0 3333 3 33 0 11 44444 1 333333 1 555 0 11111  1 1 4444  33 1 22 333 3 888888888 0 4444 1 0 1 0 222 1 44444 666666 0 0 0 3333 22 2 3   222 1 777 3333 11 0 00 222 2 3333  555555555 22222 0 666666666  33 333333 3 11 111 1 222 1 22  1 0 0  22222 22222 1 0 11 666 0  1 00  1 00 2 11    
lowQualScore                  :       . .. .. .. ...... .. . . . . . .. . . . .. ..... . .. .. .. . ..... . .... . .. . .. ..... . ...... . ... . .....  . . ....  .. . .. ... . ......... . .... . . . . ... . ..... ...... . . . .... .. . .   ... . ... .... .. . .. ... . ....  ......... ..... . .........  .. ...... . .. ... . ... . ..  . . .  ..... ..... . . .. ... .  . ..  . .. . ..    
lowQualScore                  :       9 22 88 11 777777 11 9 7 9 9 7 22 6 9 9 11 99999 7 22 99 11 6 99999 8 4444 3 66 8 99 33333 6 555555 6 444 8 66666  5 5 2222  44 5 99 777 1 555555555 8 7777 6 8 6 8 555 6 66666 666666 8 8 8 2222 66 4 1   999 5 000 1111 88 7 99 444 0 7777  000000000 66666 6 111111111  33 000000 4 44 666 1 111 1 55  2 6 6  00000 00000 2 6 44 888 6  2 88  8 99 6 44    
consensus                     : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
Reference ( family-282 )      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49419                      : CCCCGG-A--G--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-T-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49420                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-CCT-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---AAT----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----G------G-G-G-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--A-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--A-G-GGGGG
gi|49421                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-CCT-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---AAT----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----G------G-G-G-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--A-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--A-G-GGGGG
gi|49422                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-CCT-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---AAT----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----G------G-G-G-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--A-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--A-G-GGGGG
gi|49423                      : CCCCGG-A-----G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-A--C-----G-T--G--AA-T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----TA---A-G----C-C-C-T-C---A-T-----AG-----G-G-T-G----A--A-A-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CCA-G------T-A--A---C-CA--A-G--AA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--T--GG-G--GT-G--GCG-TGGGG
gi|49424                      : CCCCCG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A---T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A--------C--C-T--C---T-C----CA---------------G-G---------CC---------T-A--A-----C---A-G--GG-A---TT-----C-----C-A-T--T--TG-AG-G--GT----G-G-TGGGGtggg
gi|49425                      : CCCCGG-A--A--G--CTT----T--C-C-T-G-A-A----T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----G-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-C---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-C---------CCT-G------T-A--------C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TT-GG-G-----G--G-G-TGGGGg
gi|49426                      : CCCCCG-A--A--G--CC-----T--C-T-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----A-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-TTAA-T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-AAC-C----C--C-T--C---G-T----CA---------G-----G-AC--------CC--G------T-A--A---C-C---A-T--GA-A-G-TT-----C-----C-A--------G-GG-G--GG-G--G-G-AGGGGg
gi|49427                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-A-T-G-A-A--T-T-T----A-----G----G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-----AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-T----CATC-------G-----G-GCGGGCGCGACC--G------TAA--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GGTG--GT-G--G-G-GGG
gi|49428                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----T-G--G--A--T-T-----T-TC---A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-G---AA-C-T----ATG-A-T--G---A-T----T----A------C-C-C-C-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--G-C-TTA---C-A---C----C--C-T--T---A-C----C----------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----------C-A-T--T--TG-GG-GTTGT-G--G-G-GGGGG
gi|49429                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-C--A-----G-T--GG-A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT----T--A---A-TATTAT----A-G----C-C-C-T-T---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-ACTTA---C-A---C----C--CTT--C---T-CA---CA---------G-----G-GA--------CC--G------T-A--A---C-C---A-T--TA-A-T-TT-----C-----C-A--------G-GG-G--GG-A--G-G-GGGG
gi|49430                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--G-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-TT---A-G--G-A--G-----T-A------A-A------------------------------------T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-T------------C-A-T--T-----GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49431                      : CCCCAG-A--A--G--C------T--C-C---G-A-A--T-T-T-C--A-----G-T--G--A--T-T-----T-TTTTTG-G--A-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AAAC-C----AT--A-T-------------T----A-G----C-C-C-T-T---A-A-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--T-T--C---T-C----TA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--AA-A-T-TT-----C-----C-A--------G-GG-G--G
gi|49432                      : CCCCGG-C--A--G--C------T--C---T-G-A----T-T-T-T--A-----GGT--G--A--T-T-----T-T----A-GT-G-A--GGTA--T-A------A-A-A-T-TAT---AA-A-C----ATG-A-T--AGGAA-T----T----A-GA---C-C-C-C-C---A-TC----AT-----G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--T---G-C----CA---------A-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-ATT-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--TC-G--G-G-GGG
gi|49433                      : CCGCGG-A--A--GAGC------T--C-C-A-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--TGT-----T-T----A----G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-TG---T----A-G----C-A-C-G-C---A-T-----A------G-T-T-G----A--A-G-TTA---C-----C----C--C-T--C---T-C----CAT--------G-----G-G---------CC--G------TAA--A---C-C---A-G--GAGA-A-GT-----A-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGG
gi|49434                      : CCCCGG-AC-A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--TAT-T-T--A-----G-T--G--A--A-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T--------A-A-A-T-T-T---AA-C-CA---AT--A-T--A---ATT----T----A-G----C-C-CAT-C---A-T-----A------T-G-T------A--A-C-TT----C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA-----------------G---------CC--G------T-A--A-----C---A-T--GA-A-G-TT-----C-----C-A-T--------GG-G--GT-G--G-GATGGGG
gi|49435                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----T-T--A--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-G-A-T-T-T---AA-C-CAT--AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----g
gi|49436                      : CCCCGG-A--AA-G--C------T--C-A---G-A-A--T-T-T-T--T-----G-TATG--A--T-T-----T--------G--G-A--A-----G-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---T-T----T----A-GATCCC-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-GTA---T-A---CAGTAC--C-T--T---C-C----AA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---AGG--GA-A-T-TT-----C-----C-A--------G-GG-G--GG-G--G-G-
gi|49437                      : CTCCGG-A--G--G--CCAGGCGT--C-C-T-G-ATA--T-T-T-TTAA-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A---------------------------------------A-C-A----AT--A-T--A---A-TC---T----A-G----C-C-C-T-C---ACT-----A------G-G-T-G----A--AAG-TTA---C-A---C----C--C-T--C---TTC----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-ATAA---C-C---A-G--GA-A-T-TC-----C-----C-A-T--T--T--GG-G--GT----G-G-TGGGGg
gi|49438                      : CCCCGG-ATTATTG--C------T--C-T-A-G-A-A--T-A-G-T--A-----G-T--GG-A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----TTA------ATA-A-TCT-T---AA-C-C----GC--A-TTAA---A-TG---T----A-G----C-C-C-T-C---A-------A------T-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---TT---C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-GTT-------CC--G------TTA--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----CAGATGA-G-T--T--TG-GG-G--GG-G--G-G-GGGGtgg
gi|49439                      : CCCGGG-A--A--G--C------T--C-T-C-GCA-A--C-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-TA----T-T----ATG--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-TTAAAA-C-C----AT--ATT--A---A-T----T----A-C----C-C-C-T-C---C-T-----ATCTAC-GCG-T-G----ACTACT-TTA---C-ATGCC----C--C-TTCC---T-C----CA---------------G-G---------CC--G------T-A--AATCC-C---A-G--TG-A-T-TT-----T-----C-T-T--T--TG-GG-G--GT-G--
gi|49440                      : CCCCGA-A--A--A--C------T--C-C-T-G-A-A--A-T-T-T--AG----G-T--G--A--T-T-----T-T----AGG--G-A--G-----T--------A-A-A-T-T-T----A-C-A----ATC-A-T--A---A-T----T----A-G----CGC-A-T-C---A-TG----A------G-G-T-GC---A--C-GCTTA---C-A---C----C--C----C---T-CA---CAGTGCGGAGGG-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-GA-GG-A-T-TTTATTGC-----C-A-T--T--TG-GG-G--GTGG--G-G-TGGG
gi|49441                      : CTCCGG-A--A--G--C------T--C-C-C-G---A--T-T-T-C--AG----G-T--G--A--T-T-----T-T----G-G--A-A--G-----T-T------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-C--C---A-TATAAT----A-G----CTC-C-T-CAATA-T-----G------G-T-T-G----A--A-G-TTA---C-AT--T----C--C-T--C---T-C----AG---------G-----A-G---------CC--G------TAA--A---C-C---C-G--GA-T-T-TC-----C-----C-A-T--T--GG-AG-G--AT-G--
gi|49442                      : CCGCGG-A--A--A--C------TT-C-C-T-G-G-AGAT-T-T-T--A-----G-T--G--A----T-----T-T----A-G--GCA--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---
gi|49443                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A------T-T-T--A-----G-T--G-----T-T-----T-T----A-GA-G-A--G-----T-A------G-A-ATT-T-T---CA-C-C----AT--A-T--T---A-A----T----A--------C-C-T-C---A-T-----AT-----A-G-T-G----A--A-G-TTT---A-A---C----C--C-T--C---T-CAG--CA---------T-----T-G---------GC--G------T-AC-A---C-C---A-GTAGA-A-T-TT-----------C-A-T--T--TG-GT-A--GG-G--G-G-TGCGG
gi|49444                      : CCCCGG-A--AC-G--C------A--C-T-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-G-----T-T----A-G--G-A-------------------------------AA--------GT--A----A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-----A-T-----A------A-G-T-G----CC-A-G-TTA---C-A---C----C----T--C---T-C----CG---------G------------------C--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----T-----C-A-T--T--T--TG-G--GT-G--G-G-TGGgag
gi|49445                      : CCCCGG-A--A-----C------T--C-C-T-G-T-A--TAT-T-T--AAC---G-T--GGGA--T-T-----T-T----ATG--G-A--G-----T-ACA----ATA-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--AC--A-T----C----A------C-C-C-T-------T-----A------A-G-T------A--A-G-TTAT--C-A---C----T--C-T--C---C-C----CC---------GTCCA-G-G---------CCATG------T-A--A---CTC---A-GT-GA-A-T-TT-----C-----CGA-T--T--AGTGG-G--GC-G--GCC-TGGGG
gi|49446                      : CCCCGGCA--A--G--C------T--CGC-T-G-A-A--T-A-T-C--------G-T--G--A--T-T-----T-T------G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-----AA-C-C----ATTTA-TC-A---A-T----T----A-A----C-C-CAT-C---A-T-----A------G-GAT-GC---G--A-A-TTA---CCA---C----C--C-T--CGTTC-C----CA---------G-----C-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-g
gi|49447                      : CCCCGG-A--A--G--C------T--C---T-G-T-A--T-T-TAT--ATGCATA-C--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--GA----T-A------A-A-----T-T---AA-C-C----AT--A-C--------T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G---------G-TTA---C-AG--C----C--C-T--C---T------TA---------G-----G-G---------TG--G------T---------------------------------------T-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGG
gi|49448                      : CCACGG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----A-T--G--A--T-------------------------------------------A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-A----T----A-A----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTG---C-A---A----C--T-T--C---T-
gi|49449                      : CTCCGG-C--A--G--C------T--C-C-T-G-A----C-G-T-T--A-----G-T--G--C--C-T-----T-T----C-G--C-A--G-----T-T------C-ATA-T-T-T---AA-C-CCACAGT--A-T--AC--A-T----T----C-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----AC-A-G-TTC---C-A---C----C----T--CGTGC-C----CA---------C-----G-G---------GC--G------C-T--A---C-C---C-G--GA-T-T-GT-----CT----C-A-TCTT--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49450                      : CCCCTG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A----T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-GC-G-A--G-----A-G------A-A-A-T-T-A---AA-C-C----
gi|49451                      : CCCCTG-A--A--G--C------T--C-C-T-G-A-A----T-T-T--A-----GTT--G--A--TGT-----T-T----A-G--G-ACGG-----T--------A-A-A-T-T-T---AA-C-C-----T--T-T--A---A-T----T----
gi|49452                      :  CCCGG-A--A--G--A------T--C-C-T-G-A-A--T-TAT-T--A-----G-T--G--A--A-T-----T-T----A-GTGG-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-A---AAAC-C----AT--A-T--A---A-T---------A-GAC--T-C-C-TAC---A-C-----AATGTAAG-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----GAG---------CT--G------T-A--A---C-C---C-A--GA-A-T-TT-----------C-A-T--T-----GT-G--GT-G--GTA-TGGGGcac
gi|49453                      :  CCCGA-A--AA-G--C------T--C-C-T-G-A-A--CAT-T-T--A-------T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-AA-G-----T-A------A-A------------------------------------T----T----A-G----C-C-T-C-A---A-T-----A------G---T-G----A--A-G-TCAC--C-AC--C----C--C-T--C---TCC----CA---------G-----G-GGC-------CC--G------T-A--A---G-C---A-GA-GA-A-T-TT-----C-----C-A-TC-T--TT-GT-G--GA-G--C-G-TGGGgg
gi|49454                      :   CCGG-A--A--G--C------T--C-C-C-A-A-A--A-T-T----A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----TTG--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-CC---AT--A-T--A---A-T----T----T-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----T--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--GA-----TGA--A---C-C---C-G--GA-A---TT-----C-----C-A-T--T--GA-GA-G--GG-G--G-G-GGGGG
gi|49455                      :   CCAG-A--G--G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T---------------------------------------------AA-C-C----AT--A-TATA---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------A-G-T-G----A--A-G-TTA-----A---CA---C--C-T--C---T-C----CA---------G-----T-G---------TC--G------T-A--A---C-C---A----GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-G
gi|49456                      :    CGG-A--A--G--C------TTTC-T-T-G-AGA--A-T-T-T--A-----G-T--G--AATT-T-----T-T----A-G--G-A--T-----TCA------A-A-A-T-T-A---AA-C-C----AA--T-T--A---A-T----TT---A-G----C-C-C---C---A-TCTGTTA------G-G-TTG----A--ATG-TTA---C-AGACC----T--C-T--C---T-CGTTACA---------G-----G-----------CC--G------T-A--AA--C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----CGA-T--T--TG-GC-A--GT-G--
gi|49457                      :      G-A--AT-G--C------T--C-C-T-G-T-A--T-T-T----A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G----A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A------T----A-A----C-C-C-T-CAG-A-T-----A------G-G-T-G-------A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-CA---CA---------GGTGCAG-A---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--AA-----TT-----C-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--G-G-TGGGGtgg
gi|49458                      :      G-A--A--G--C------T--C-C-C-G-A-A--T-T-T-TC-A-----G-T--G--A--T-T-----T-C----T-G--A-C--G-----T-A------A-A---T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C---T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T------CA---------A-----G-G---------CCTAG------A-A--A---T-CG--A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--TGATG-GG-G--AG-G--G-G-GGGG
gi|49459                      :      G-A--A--G--C------T--C---T-G-A----T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T----------------------------T-A------A-C-A-T--------A-T-T----AT--T-T--A---A-T----CG---A-G----C-CTC-T-C---A-T-----A------A-T-T-G----A--A-G-TAA---C-A---C----CG-C-T--T---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-A--C--GG-GG-G--GT-G--G-
gi|49460                      :      G-A--A--G--C-----------A-T-G-A-A--T-T-T-T--AA----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G----G-----T-A------A-A-----T-T---AA-C------AT----T--A---A-T----T----A------C-C-C-T-C---A-T-----C------A-G-T-G----A--A-G-T-----C-A---C----C--C-T--C---T-C----AG---------A-----G-A---------GC--G------T-A--A---C-------G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T-----GG-G--GT-GATG-G-TGGG
gi|49461                      :       -A--A--GT-C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T-----------G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G----------C--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-A-TT-----A-----C-A-T--T--TG-GG-G--GT-G--T-G-TGGGG
gi|49462                      :            --G--C------T--C-C-T-G-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---T-A---C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-T-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GGTG--GT-G--G-G-GGGAGggg
gi|49463                      :            --G--C------T--C-C-CAG-A-A--T-T-T-T--A-----G-T--G--A--T-TGTACATGT----A-G--G-A--------T-A------A-A-A-T-T-----AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----T----A-G------C-A-T-C---A-T-----A------C-G-T-GGATTA--A-A-TTA---C-A---C----C--C-T--C---G-C----CG---------G-----G-G---------TCA-G------T-A--A---CAC---A-G--GACA-TCTT-----C-----C-AGT--T--TG-GT-G--AG-G--G-G-TGGGG
gi|49464                      :                                    -A--T-T-T-T--A-------T--G--A--T-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-T-T-T-T---AT-CAC----AC--A-T--A---T-G----T----A-G----C-----T-C---A-TTT---A------G-G-T-G----C----G-TTA---C-AAA-C----C--T-T--C---T-T----CA---------G-----G-G---------CC--G------TTA--A---C-C---G-G--AA-T-T-TT-----C-----C-A-T--T---G-GG-G--GTGG--G-G-TGGgg
gi|49465                      :                                                  -----G-T--G--ACGT-T-----T-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A---T-T-A---AA-CTC----AT--A-T--A---A-T----T----A-G----C-C-T-C-T---A-------A------G-G-T------A--A-G-TTGATGC-A---C----C--C-T--C---TTC----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-A---A-G--GA-A-A-TT-----A-----C-A-T--T--T--AC-A--GT-G--G-G-TGGGG
gi|49466                      :                                                                --T-T-----T-T----A-G--G-A--GCCCCAT-AAACACTA-A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--A-T--A---A-T----TAAA-A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A--------G-T-G----A--A-GTTTA---C-A--------C--C-T--C---T-C----CAT--------G-----G-GC--------CC--GTT----T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--TG-GA-G--GT-G--G-G-gg
gi|49467                      :                                                                --T-T-----C-T----A-G--G-A--G-----T-A------A-A-AAT-T-T---AA-C-C----AT--A-T--AC--A-TG---T----AAG----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-G-TTA---CAA---C----C--C-T--C---T-C----CAGC-------G-----G-G---------CC--------------A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----A-A--------G-GG-G--GG-G--G-gag
gi|49468                      :                                                                                                           -A-A-T-T-T---AA-C-C----AT--AAT--A---A-T----TT---A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------T-G-T-G----A--A-G-TTA---C-A---T----C--T-T--C---T------CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A---TT-----C-----C-A-T--T--GG-AG-G--AT-G--
gi|49469                      :                                                                                                                   -T---AA-T-C----AT--G-T--A---T-T----TGCGAA-A----C-C-T-T-T---A-T-----G------A-G-T-G----A--A----TA---C-A--------------------------------------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----T--TG-GT-G--GT-G--
gi|49470                      :                                                                                                                     ---AA-C-C----AA--A-T--A---A-T---------A-G----C-C-C-T-C---A-T-----A------G-G-T-G----A--A-GCTTA---C-----C----C--C-T--C---T-C----CA---------G-----G-G----------C--G------T-G--A---C-C---ATC--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--------GG-C--GT-G--G-G-
gi|49471                      :                                                                                                                                       -T--A---G-T----T----A-AGC--C-C-C-T-C---AGT-----A------G-G-T---------A-G-TTA---C-A---C----CCTC-T--C---T-C----CA---------G-----G-GA--------CC--G------T-A--A---C-CCTTA-----A-A-T-TTC----C-----C-A-C--C--GG-GG-G--GG-G--G-G-gg
gi|49472                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-T-T--T--GG-GG-G--GT-G--
gi|49473                      :                                                                                                                                                        aacccctttggtgcaagcatact-T-----A------G-G-T-G----A--A-A-GTA---C-A---C----C--C-T--C---T-C----CC---------A-----G-G---------CC--GACCCTGT-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--C--TG-GG-G--
gi|49474                      :                                                                                                                                                                                                                TA---C-A---T----C--C-T--T---T-G----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TG-----T-----C-A-T--A--GG-GG-G--GT-G--
gi|49475                      :                                                                                                                                                                                                                      -A---T----C--C-A--C---T-G----CA---------G-----G-G---------CC--G------C-A--G---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T-----GG-G--GT-G--
gi|49476                      :                                                                                                                                                                                                                                 --C-T--T---T-T----CA---------G-----G-G---------AC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----T-A-T--T--TT-GG-G--GT-G--cacccggggggg
gi|49477                      :                                                                                                                                                                                                                                    -T--C---T-G----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GG-G--G-G-GGGGG
gi|49478                      :                                                                                                                                                                                                                                    -T--C---T-T----CA---------G-----G-G---------CC--A------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GG-G--G-G-
gi|49479                      :                                                                                                                                                                                                                                    -T--C---T-C----CA---------G-----G-G---------CT--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-A-GT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GT-G--g
gi|49480                      :                                                                                                                                                                                                                                    -T--T---T-T----CA---------T-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-AG-G--GT-G--
gi|49481                      :                                                                                                                                                                                                                                             -C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----T-----C-A-T--T--GG-GG-G--GTGG--G-G-TGGG
gi|49482                      :                                                                                                                                                                                                                                             -C----CA---------G-----G-G---------CC--T------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GT-G--
gi|49483                      :                                                                                                                                                                                                                                             -C----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----T--AG-GG-G--GT-
gi|49484                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--A------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T---G-GG-G--GG-G--G-G-GGGG
gi|49485                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--A------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T---G-GG-G--GG-G--G-G-GGGG
gi|49486                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-A--GT-G--
gi|49487                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----T--CG-GG-G--GT-G--
gi|49488                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------TC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-C--T--GG-GG-G--GT-G--
gi|49489                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-A--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-A--GT-G--
gi|49490                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------A-----G-G---------CC--G------T-A--A---T-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--GG-G--G-G-
gi|49491                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--T------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----T--TG-GG-G--GT-G--gg
gi|49492                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-A-T-TT-----C-----C-A----A--TG-GG-G--GT-G--
gi|49493                      :                                                                                                                                                                                                                                               ----CA---------G-----G-G---------CC--G------T-A--A---C-C---A-G--GA-G-T-TT-----C-----C-A-T--T--GG-GG-G--