lowQualScore                  :                                                                                                       1111111                                    111        
lowQualScore                  :    0     1111 11 1  0  0 0 1 1  22222222222 22222 0  0  0  00 0 11111 1111111 00 1 1 22222 00 000 0 0 1111111      0  44444444444444  1  1 1 111 000   0    
lowQualScore                  :    .     .... .. .  .  . . . .  ........... ..... .  .  .  .. . ..... ....... .. . . ..... .. ... . . .......      .  ..............  .  . . ... ...   .    
lowQualScore                  :    9     9999 33 1  5  5 5 0 0  55555555555 33333 5  5  5  77 5 33333 7777777 77 0 6 99999 77 999 5 5 0000000      5  44444444444444  1  1 2 000 333   6    
consensus                     : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
Reference ( gi|18970 )        : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-A-GTT-TTCT
gi|18973                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--A-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-G-T--T-TA-TATCTA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-A-GTT-TTCT
gi|18974                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TATCGA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-A-GTG-TTCT
gi|18975                      : TAATATATA----G--G-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-A-GTT-TTCT
gi|18971                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TATCCA-GC----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|18972                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TATCCA-AT----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|18977                      : TAA-ATGTA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TGTCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|18979                      : TAT-ATGTA----G--G-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-C-----A--T---G-A-T--T-TA-TATCCA-AT----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TT
gi|18981                      : TAA-ATATA----G--G-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TA--A-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-GA-TATTCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-A-GTT-GTCT
gi|18978                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-CAC-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-AAT-----A--T---G-A-T--G-AT-TATCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|18983                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----G-T-----------------T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-C-ATT-TTCT
gi|18988                      : TAA-AAA-A----G--A-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--G-C-----T-------T--G-A-T-----A--C---G-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTG-TTCT
gi|18976                      : TAA-AAA-A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-AT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---A-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------T---CG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|18980                      : TAG-ATAGA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------A-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TATCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-A---T-TTCT
gi|18982                      : TAC-ATATA----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----TTTGGGTTT--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TATCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|18990                      : TAT-ATATA----G--G-AT-CT-C-T-T-AG-----------G-----G-TT-TG-TA--G-T-----G-------T--G-A-T-----A--T---A-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------G---AA-TT-G-C---G-T-GTT-TT
gi|18984                      : TAA-A---A----A--G-AT-GT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-GG--T-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--A-TA-TATCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TTC
gi|18989                      : TAA-ATGAA----G--G-AT-TT-C-T-T-AT-----------G-----G-TT-TA-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TATTCA-TC----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|18985                      : TAA-A---A----A--G-AT-CT-T-C-T-AT-----------G-----A-CA-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TATCCA-AC-----------------TC-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|18987                      : TGA-ATAAAAC--G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--GTT-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A----T-GA-TATCCA-AC----------T---CG-TT-G-T---G-T-GTT-T
gi|18986                      : TAA-A---A----A--G-AT-CT-T-C-T-AT-----------G-----A-CA-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TATCCA-AC-----------------TCAG-T---G-T-GTT-TTCT
gi|18993                      : TAA-AAATA---------AT-CT-T-C-C-AT-----------G-----C-AT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---A-T-T--T-CA-TATCAA-AC----------T---CG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|18991                      : TAA-ATTTA----G--G-AT-CT-C-T-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-
gi|18992                      : TAA-ACA-A----G--G-AT-TC-T-C-C-AT-----------G-------TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---GAA-T--G-GA-TAT-CA-AC----------T---CGTTT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|18994                      :  AA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---A-A-GTT-TTCT
gi|18996                      :  AA-ATATA----CATG-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------G---AG-TT-T-T---G-A-GTT-TCCT
gi|18999                      :  AA-ATATA----G--GCATACC-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-TT----A--T---G-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-A-GTT-TT
gi|18995                      :  AA-ACAGA----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---A-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------T---CG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|19000                      :  AA-ATATA----G----AT-CTTC-C-C-AT-----------GT----G-TT-TA-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-AAT--T-TAATATCCC-AC----------G---AG-TT-G-T---G-A-GTT-TTCT
gi|18997                      :  AA-ATATA----G--G-AT-CT-T-C-C-AT-----------G-----G-TC-CG-TG--G-C-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TATTGA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-A-GTT-TTCT
gi|18998                      :  AA-ATATA----G--G-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TGTCCA-AC----------G---AA-TT-G-T---G-T-GTT-TT
gi|19001                      :  AA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-AT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--------A-T--T-----------AT----------G---AT-TT-G-T---G-C-GTT-TTCT
gi|19002                      :   A-ATATA----G--G-AT-CT-C-CAC-AT-----------G-----G-TC-TG-T---G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TATCCA-AC----------G---AG-TT---T---G-T-ACT-TTCT
gi|19003                      :   A-ATATA----G--GGAT-CT-C-C-CCAT-----------G-----G-TT-TGATGAGG-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TATCCAGAC----------GA--AG-TT-G-T---G-T-GCT-TTCT
gi|19004                      :    -ATATA----G--G-AT-AT-C-C-G-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TATGCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|19005                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-CA-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-AT-TATCCA-TC----------G---AG-TT-G-T---G-C-GTT-TTCT
gi|19006                      :    -ATATA----G--G--T-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG--G--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T--A-TAGTCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-A-GTT-TTCT
gi|19007                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-T-TCCA-AC----------GTATAT-TTGG-T---G-A-GTT-TT
gi|19011                      :    -ATAAA----G--A-AT-GT-C-C-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------T---CG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|19008                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-G-T-----G--T---G-A-T--G-AT-TATCCA-AC----------G---AG-TT-
gi|19012                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G---------------------------------------T--T-TA-TATTCA-AT----------G---AG-TT-G-T---G-G-
gi|19013                      :    -ATATAAATTG--G-AT-CT-C-C---AT-----------G-----G-TC-TC-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----ATGT---G-A-T-------TATCTA-AT----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|19014                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------TTCG-A-TG----A--T---G-A-CGAT-TA-AGTCCA-AT----------G---A
gi|19015                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TT-GG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--------------------------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TTTT
gi|19010                      :    -ATATA----G----AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT----CG--G-T-----T-------T--GTG-T-----A--T---G-A-T-------TACCCA-AC----------G---AG-TT-
gi|19009                      :    -ATATA----G----AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT----CG--G-T-----T-------T--GTG-T-----A--T---G-A-T-------TACCCA-AC----------G---AG-TT-
gi|19016                      :      TATA----G--A-AT-AT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TATTTA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|19017                      :      TAT-----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GTGTG-TA--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-A--T-TA-TATCCA-AC----------A---AG-TT-G-T---G-A-GTT-CTC
gi|19018                      :      TATA----G--G-AT--T-C-C-C-AT-----------G-----T-AT-TG-TG--G-T-----C-------T--G-A-T--------T---G-A-T--TGTA-TATCCA-AC----------A---AG-TT-G-C---G-A-GTT-TTTT
gi|19020                      :       ATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----A-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TAAGCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-A-GTT-TTCT
gi|19019                      :       ATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TA--G-T-----T-------T--A-A-T-----A--T---G-A-T--A-TA-TATCCA-GC----------G---AG-TT-G-A---G-A-GTT-TTCT
gi|19021                      :       ATA----G--G-AT-GT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-GG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--A-TA-TATCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---
gi|19022                      :       ACA----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-A-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-TGAT-TA-TG-CCA-AC----------T---CG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|19023                      :       ATT----G--G-AT-CT-C-CGC-AT-----------G-----GGTT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-TT----A--T---G-A-TG-T-TA-TATCCA-ACCAAGATCGCGA---AGATT-G-T---GGA-GTT-TTCT
gi|19024                      :       ATA----GC-G-AT-CC-T-C-C-AT-----------G-----T-CT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-TGAGTGA--T---G-A-T-------TATCCA-AC----------G---AG-TT-GTT---G-T-GTTCTTCT
gi|19025                      :        TA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------GC----G-TT-TG--G--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-TGAT-TA--ATCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|19026                      :        TA----G--G-AT-CT-C-C---AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-AGT-----A--T---G-A-TGAT-TA--AT-CA-AC----------G---AG-TT-GCT---G-T-GTT-TTCT
gi|19027                      :        TA----G--G-AT-CT-C-C-C-ATTGGTTGGTGGGG-----G-TT-TG-TT--G-TGGATGT-------T--G-A-T-----A--T---G-A-TGAT-TA--ATCCA-AC----------G---AA-GT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|19033                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG----T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------T---AG-TT-G-T---G-A-GTT-TTCT
gi|19029                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---A-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------T---CG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|19035                      :         A----G--A-AT-TT-C-C-C-AT-----------G-----A-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---A-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------T---CG-TT-G-T---G-C-GTT-TTCT
gi|19036                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---A-A-T--T-TA-TATCCA-AC-----------------TC-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|19030                      :         A----G--A-AT-CC-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A----T-GA-TATCCA-AC----------T---CG-TT-G-T---G-GTGTT-TTCT
gi|19034                      :         A----G--G-AT-GT-C-T---AT-----------G-----G-TT-TG-GG--T-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--A-TA-TATCCA-AC----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TT
gi|19028                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------A--G-A-T-----A--T---A-A-T--T-TA-TAACCA-AC----------T---CG-TT-G-T---G-T-GAT-TTCT
gi|19031                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--A-G-T-----A--TGAGG-A-T-------TATCCA-AC----------T---CG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|19037                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TATCCA-AC----------T---CC-TT-A-T---A-T-GTT-TTCT
gi|19038                      :         A----G--A-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TGTCAA-AG----------G---AG-TT-G-T---G-T-GTT-TTTT
gi|19032                      :         A----G--A-AT-CT-T-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------C--G-ATT-----A--T---G-A-T--G-AT-TATCCA-AC-----------------TC-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|19041                      :         A----G--A-GT-CG-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------G--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-AT-TATCCA-AC----------
gi|19039                      :         A----G--A-AT-CT-C-T-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----C--T---G-A-T--A-TA-TATCTA-----------------AG-TT-G-TTGGG-T-GTT-TTCT
gi|19040                      :         A----G--A-AT-TT-C-C-T-AT-----------TATATCG-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--A-TA-TATCCA-AC----------
gi|19042                      :          ----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A----T-TA-TACGCA-A
gi|19043                      :                  -AT-CT-G-C-C-AT-----------G-----G-TT-AG-TG--A-T-----G-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TATCCA-AC----------T---CG-TT-G-T---G-A-GTT-TTCT
gi|19044                      :                  -AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-GA--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TATCCA-AC----------T---CG-TT-G-T---G-
gi|19045                      :                    T-CT-C-C-C-AC-----------G-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-AT-TATCCA-AT----------T---CG-TT-G-T---G-T-GTT-TTCT
gi|19046                      :                    T-CT-C-C-CTAT-----------G-----A-TT--G-TG----T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--G-TA-TATCCA-AC--------------CG-TT-G-T---G-T-GTT-T
gi|19047                      :                          -C-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--A-T-----T-------T--G-A-T-----A--T---G-A-T--T-TA-TATCCA-AC----------T---AG-AT-G-T-------GTT-TTCT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                      1111111                                   
lowQualScore                  :    0     1111 11 1  0  0 0 1 1  22222222222 22222 0  0  0  00 0 11111 1111111 00 1 2 22222  000 11 0 0000000      0  1111  0  1 1 111     0    
lowQualScore                  :    .     .... .. .  .  . . . .  ........... ..... .  .  .  .. . ..... ....... .. . . .....  ... .. . .......      .  ....  .  . . ...     .    
lowQualScore                  :    9     9999 33 1  5  5 5 0 0  44444444444 33333 5  5  5  77 5 33333 7777777 77 0 1 33333  999 22 5 2222222      5  9999  6  1 2 666     6    
consensus                     : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
Reference ( family-276 )      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18970                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|18971                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-GCG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18972                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ATG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18973                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--A-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--G-T--T-TA-TATCTA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|18974                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCGA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTG-TTCT
gi|18975                      : TAATATATA----G--G-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|18976                      : TAA-AAA-A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-AT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18977                      : TAA-ATGTA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TGTCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18978                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-CAC-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-AAT-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18979                      : TAT-ATGTA----G--G-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-C-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ATG---AG-TT-G-T---GTGTT-TT
gi|18980                      : TAG-ATAGA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------A-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---
gi|18981                      : TAA-ATATA----G--G-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TA--A-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-GA-TATTCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-GTCTatttct
gi|18982                      : TAC-ATATA----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----TTTGGGTTT--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18983                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----G-T-----------------T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GCATT-TTCT
gi|18984                      : TAA-A---A----A--G-AT-GT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-GG--T-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTC
gi|18985                      : TAA-A---A----A--G-AT-CT-T-C-T-AT-----------G-----A-CA-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-AC-------TC-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18986                      : TAA-A---A----A--G-AT-CT-T-C-T-AT-----------G-----A-CA-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-AC-------TCAG-T---GTGTT-TTCT
gi|18987                      : TGA-ATAAAAC--G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--GTT-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A----T-GA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-T
gi|18988                      : TAA-AAA-A----G--A-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--G-C-----T-------T--G-A-T-----AC---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTG-TTCT
gi|18989                      : TAA-ATGAA----G--G-AT-TT-C-T-T-AT-----------G-----G-TT-TA-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATTCA-TCG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18990                      : TAT-ATATA----G--G-AT-CT-C-T-T-AG-----------G-----G-TT-TG-TA--G-T-----G-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AA-TT-G-C---GTGTT-TT
gi|18991                      : TAA-ATTTA----G--G-AT-CT-C-T-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--
gi|18992                      : TAA-ACA-A----G--G-AT-TC-T-C-C-AT-----------G-------TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---GA-A-T--G-GA-TAT-CA-ACT---CGTTT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18993                      : TAA-AAATA---------AT-CT-T-C-C-AT-----------G-----C-AT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--T-T--T-CA-TATCAA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18994                      :  AA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---AAGTT-TTCT
gi|18995                      :  AA-ACAGA----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18996                      :  AA-ATATA----CATG-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-T-T---GAGTT-TCCT
gi|18997                      :  AA-ATATA----G--G-AT-CT-T-C-C-AT-----------G-----G-TC-CG-TG--G-C-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATTGA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|18998                      :  AA-ATATA----G--G-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TGTCCA-ACG---AA-TT-G-T---GTGTT-TT
gi|18999                      :  AA-ATATA----G--GCATACC-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-TT----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TT
gi|19000                      :  AA-ATATA----G----AT-CTTC-C-C-AT-----------GT----G-TT-TA-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--AAT--T-TAATATCCC-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19001                      :  AA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-AT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A-------A-T--T-----------ATG---AT-TT-G-T---GCGTT-TTCT
gi|19002                      :   A-ATATA----G--G-AT-CT-C-CAC-AT-----------G-----G-TC-TG-T---G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT---T---GTACT-TTCT
gi|19003                      :   A-ATATA----G--GGAT-CT-C-C-CCAT-----------G-----G-TT-TGATGAGG-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCAGACGA--AG-TT-G-T---GTGCT-TTCT
gi|19004                      :    -ATATA----G--G-AT-AT-C-C-G-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATGCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19005                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-CA-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-AT-TATCCA-TCG---AG-TT-G-T---GCGTT-TTCT
gi|19006                      :    -ATATA----G--G--T-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG--G--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T--A-TAGTCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19007                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-T-TCCA-ACGTATAT-TTGG-T---GAGTT-TT
gi|19008                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-G-T-----GT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT-
gi|19009                      :    -ATATA----G----AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT----CG--G-T-----T-------T--GTG-T-----AT---G--A-T-------TACCCA-ACG---AG-TT-
gi|19010                      :    -ATATA----G----AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT----CG--G-T-----T-------T--GTG-T-----AT---G--A-T-------TACCCA-ACG---AG-TT-
gi|19011                      :    -ATAAA----G--A-AT-GT-C-C-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19012                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G--------------------------------------T--T-TA-TATTCA-ATG---AG-TT-G-T---
gi|19013                      :    -ATATAAATTG--G-AT-CT-C-C---AT-----------G-----G-TC-TC-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---GTGA-T--T-----ATCTA-ATG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCTgg
gi|19014                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------TTCG-A-TG----AT---G--A-CGAT-TA-AGTCCA-ATG---A
gi|19015                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TT-GG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T----------------G---AG-TT-G-T---GTGTT-TTTT
gi|19016                      :      TATA----G--A-AT-AT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATTTA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19017                      :      TAT-----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GTGTG-TA--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-A--T-TA-TATCCA-ACA---AG-TT-G-T---GAGTT-CTC
gi|19018                      :      TATA----G--G-AT--T-C-C-C-AT-----------G-----T-AT-TG-TG--G-T-----C-------T--G-A-T------T---G--A-T--TGTA-TATCCA-ACA---AG-TT-G-C---GAGTT-TTTT
gi|19019                      :       ATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TA--G-T-----T-------T--A-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-GCG---AG-TT-G-A---GAGTT-TTCT
gi|19020                      :       ATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----A-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TAAGCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19021                      :       ATA----G--G-AT-GT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-GG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---
gi|19022                      :       ACA----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-A-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-TGAT-TA-TG-CCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19023                      :       ATT----G--G-AT-CT-C-CGC-AT-----------G-----GGTT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-ATT-----AT---G--A-TG-T-TA-TATCCA-AC
gi|19024                      :       ATA----GC-G-AT-CC-T-C-C-AT-----------G-----T-CT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-TGAGTGAT---G--A-T-------TATCCA-ACG---AG-TT-GTT---GTGTTCTTCTcaagatcgcgaagattgtggagttttct
gi|19025                      :        TA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------GC----G-TT-TG--G--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-TGAT-TA--ATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19026                      :        TA----G--G-AT-CT-C-C---AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-AGT-----AT---G--A-TGAT-TA--AT-CA-ACG---AG-TT-GCT---GTGTT-TTCT
gi|19027                      :        TA----G--G-AT-CT-C-C-C-ATTGGTTGGTGGGG-----G-TT-TG-TT--G-TGGATGT-------T--G-A-T-----AT---G--A-TGAT-TA--ATCCA-ACG---AA-GT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19028                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------A--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TAACCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGAT-TTCT
gi|19029                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19030                      :         A----G--A-AT-CC-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A----T-GA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-TG--GTGTT-TTCT
gi|19031                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--A-G-T-----ATGAGG--A-T-------TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19032                      :         A----G--A-AT-CT-T-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------C--G-ATT-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-AC-------TC-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19033                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG----T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19034                      :         A----G--G-AT-GT-C-T---AT-----------G-----G-TT-TG-GG--T-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TT
gi|19035                      :         A----G--A-AT-TT-C-C-C-AT-----------G-----A-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GCGTT-TTCT
gi|19036                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-AC-------TC-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19037                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACT---CC-TT-A-T---ATGTT-TTCT
gi|19038                      :         A----G--A-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TGTCAA-AGG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTTT
gi|19039                      :         A----G--A-AT-CT-C-T-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----CT---G--A-T--A-TA-TATCTA-------AG-TT-G-TTGGGTGTT-TTCT
gi|19040                      :         A----G--A-AT-TT-C-C-T-AT-----------TATATCG-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-AC
gi|19041                      :         A----G--A-GT-CG-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------G--G-A-T-----AT---G--A-T--T-AT-TATCCA-AC
gi|19042                      :          ----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A----T-TA-TACGCA-A
gi|19043                      :                  -AT-CT-G-C-C-AT-----------G-----G-TT-AG-TG--A-T-----G-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19044                      :                  -AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-GA--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---
gi|19045                      :                    T-CT-C-C-C-AC-----------G-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ATT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19046                      :                    T-CT-C-C-CTAT-----------G-----A-TT--G-TG----T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-TA-TATCCA-AC----CG-TT-G-T---GTGTT-T
gi|19047                      :                          -C-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--A-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---AG----A-T---GTGTT-TTCT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                      1111111                                   
lowQualScore                  :    0     1111 11 1  0  0 0 1 1  22222222222 22222 0  0  0  00 0 11111 1111111 00 1 2 22222  000 11 0 0000000      0  1111  0  1 1 111     0    
lowQualScore                  :    .     .... .. .  .  . . . .  ........... ..... .  .  .  .. . ..... ....... .. . . .....  ... .. . .......      .  ....  .  . . ...     .    
lowQualScore                  :    9     9999 33 1  5  5 5 0 0  44444444444 33333 5  5  5  77 5 33333 7777777 77 0 1 33333  999 22 5 2222222      5  9999  6  1 2 666     6    
consensus                     : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
Reference ( family-276 )      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18970                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|18971                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-GCG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18972                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ATG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18973                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--A-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--G-T--T-TA-TATCTA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|18974                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCGA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTG-TTCT
gi|18975                      : TAATATATA----G--G-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|18976                      : TAA-AAA-A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-AT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18977                      : TAA-ATGTA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TGTCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18978                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-CAC-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-AAT-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18979                      : TAT-ATGTA----G--G-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-C-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ATG---AG-TT-G-T---GTGTT-TT
gi|18980                      : TAG-ATAGA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------A-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---
gi|18981                      : TAA-ATATA----G--G-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TA--A-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-GA-TATTCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-GTCTatttct
gi|18982                      : TAC-ATATA----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----TTTGGGTTT--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18983                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----G-T-----------------T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GCATT-TTCT
gi|18984                      : TAA-A---A----A--G-AT-GT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-GG--T-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTC
gi|18985                      : TAA-A---A----A--G-AT-CT-T-C-T-AT-----------G-----A-CA-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-AC-------TC-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18986                      : TAA-A---A----A--G-AT-CT-T-C-T-AT-----------G-----A-CA-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-AC-------TCAG-T---GTGTT-TTCT
gi|18987                      : TGA-ATAAAAC--G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--GTT-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A----T-GA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-T
gi|18988                      : TAA-AAA-A----G--A-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--G-C-----T-------T--G-A-T-----AC---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTG-TTCT
gi|18989                      : TAA-ATGAA----G--G-AT-TT-C-T-T-AT-----------G-----G-TT-TA-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATTCA-TCG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18990                      : TAT-ATATA----G--G-AT-CT-C-T-T-AG-----------G-----G-TT-TG-TA--G-T-----G-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AA-TT-G-C---GTGTT-TT
gi|18991                      : TAA-ATTTA----G--G-AT-CT-C-T-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--
gi|18992                      : TAA-ACA-A----G--G-AT-TC-T-C-C-AT-----------G-------TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---GA-A-T--G-GA-TAT-CA-ACT---CGTTT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18993                      : TAA-AAATA---------AT-CT-T-C-C-AT-----------G-----C-AT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--T-T--T-CA-TATCAA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18994                      :  AA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---AAGTT-TTCT
gi|18995                      :  AA-ACAGA----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18996                      :  AA-ATATA----CATG-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-T-T---GAGTT-TCCT
gi|18997                      :  AA-ATATA----G--G-AT-CT-T-C-C-AT-----------G-----G-TC-CG-TG--G-C-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATTGA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|18998                      :  AA-ATATA----G--G-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TGTCCA-ACG---AA-TT-G-T---GTGTT-TT
gi|18999                      :  AA-ATATA----G--GCATACC-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-TT----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TT
gi|19000                      :  AA-ATATA----G----AT-CTTC-C-C-AT-----------GT----G-TT-TA-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--AAT--T-TAATATCCC-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19001                      :  AA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-AT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A-------A-T--T-----------ATG---AT-TT-G-T---GCGTT-TTCT
gi|19002                      :   A-ATATA----G--G-AT-CT-C-CAC-AT-----------G-----G-TC-TG-T---G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT---T---GTACT-TTCT
gi|19003                      :   A-ATATA----G--GGAT-CT-C-C-CCAT-----------G-----G-TT-TGATGAGG-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCAGACGA--AG-TT-G-T---GTGCT-TTCT
gi|19004                      :    -ATATA----G--G-AT-AT-C-C-G-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATGCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19005                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-CA-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-AT-TATCCA-TCG---AG-TT-G-T---GCGTT-TTCT
gi|19006                      :    -ATATA----G--G--T-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG--G--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T--A-TAGTCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19007                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-T-TCCA-ACGTATAT-TTGG-T---GAGTT-TT
gi|19008                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-G-T-----GT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT-
gi|19009                      :    -ATATA----G----AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT----CG--G-T-----T-------T--GTG-T-----AT---G--A-T-------TACCCA-ACG---AG-TT-
gi|19010                      :    -ATATA----G----AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT----CG--G-T-----T-------T--GTG-T-----AT---G--A-T-------TACCCA-ACG---AG-TT-
gi|19011                      :    -ATAAA----G--A-AT-GT-C-C-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19012                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G--------------------------------------T--T-TA-TATTCA-ATG---AG-TT-G-T---
gi|19013                      :    -ATATAAATTG--G-AT-CT-C-C---AT-----------G-----G-TC-TC-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---GTGA-T--T-----ATCTA-ATG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCTgg
gi|19014                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------TTCG-A-TG----AT---G--A-CGAT-TA-AGTCCA-ATG---A
gi|19015                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TT-GG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T----------------G---AG-TT-G-T---GTGTT-TTTT
gi|19016                      :      TATA----G--A-AT-AT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATTTA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19017                      :      TAT-----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GTGTG-TA--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-A--T-TA-TATCCA-ACA---AG-TT-G-T---GAGTT-CTC
gi|19018                      :      TATA----G--G-AT--T-C-C-C-AT-----------G-----T-AT-TG-TG--G-T-----C-------T--G-A-T------T---G--A-T--TGTA-TATCCA-ACA---AG-TT-G-C---GAGTT-TTTT
gi|19019                      :       ATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TA--G-T-----T-------T--A-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-GCG---AG-TT-G-A---GAGTT-TTCT
gi|19020                      :       ATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----A-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TAAGCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19021                      :       ATA----G--G-AT-GT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-GG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---
gi|19022                      :       ACA----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-A-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-TGAT-TA-TG-CCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19023                      :       ATT----G--G-AT-CT-C-CGC-AT-----------G-----GGTT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-ATT-----AT---G--A-TG-T-TA-TATCCA-AC
gi|19024                      :       ATA----GC-G-AT-CC-T-C-C-AT-----------G-----T-CT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-TGAGTGAT---G--A-T-------TATCCA-ACG---AG-TT-GTT---GTGTTCTTCTcaagatcgcgaagattgtggagttttct
gi|19025                      :        TA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------GC----G-TT-TG--G--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-TGAT-TA--ATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19026                      :        TA----G--G-AT-CT-C-C---AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-AGT-----AT---G--A-TGAT-TA--AT-CA-ACG---AG-TT-GCT---GTGTT-TTCT
gi|19027                      :        TA----G--G-AT-CT-C-C-C-ATTGGTTGGTGGGG-----G-TT-TG-TT--G-TGGATGT-------T--G-A-T-----AT---G--A-TGAT-TA--ATCCA-ACG---AA-GT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19028                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------A--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TAACCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGAT-TTCT
gi|19029                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19030                      :         A----G--A-AT-CC-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A----T-GA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-TG--GTGTT-TTCT
gi|19031                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--A-G-T-----ATGAGG--A-T-------TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19032                      :         A----G--A-AT-CT-T-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------C--G-ATT-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-AC-------TC-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19033                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG----T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19034                      :         A----G--G-AT-GT-C-T---AT-----------G-----G-TT-TG-GG--T-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TT
gi|19035                      :         A----G--A-AT-TT-C-C-C-AT-----------G-----A-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GCGTT-TTCT
gi|19036                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-AC-------TC-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19037                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACT---CC-TT-A-T---ATGTT-TTCT
gi|19038                      :         A----G--A-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TGTCAA-AGG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTTT
gi|19039                      :         A----G--A-AT-CT-C-T-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----CT---G--A-T--A-TA-TATCTA-------AG-TT-G-TTGGGTGTT-TTCT
gi|19040                      :         A----G--A-AT-TT-C-C-T-AT-----------TATATCG-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-AC
gi|19041                      :         A----G--A-GT-CG-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------G--G-A-T-----AT---G--A-T--T-AT-TATCCA-AC
gi|19042                      :          ----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A----T-TA-TACGCA-A
gi|19043                      :                  -AT-CT-G-C-C-AT-----------G-----G-TT-AG-TG--A-T-----G-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19044                      :                  -AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-GA--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---
gi|19045                      :                    T-CT-C-C-C-AC-----------G-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ATT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19046                      :                    T-CT-C-C-CTAT-----------G-----A-TT--G-TG----T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-TA-TATCCA-AC----CG-TT-G-T---GTGTT-T
gi|19047                      :                          -C-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--A-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---AG----A-T---GTGTT-TTCT


blockSeqs                     :          AATT AT C         A C  TGGTTGGTGGG ATATC               GGATG TTGGGTT    T A GAGTG      TG   GATTA           GTAT     A T TGG
blockSeqs                     :          AC   C  G         G T  .           T                   .     .          T T T          A    GATTA           GA       G C G  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           C                   .     .          . G G          .    GATTA           G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . T .          .    GATTA           G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GATTA           G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTAA            G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TGTA            G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GTTA            T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TGA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    ATA             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TGA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GGA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TCA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             A        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             A        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    ATA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    ATA             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TGA             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    ATA             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    ATA             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    ATA             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TAT             G        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GAT             T        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    GTA             .        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TTA             .        . . .  
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    TA              .        .      
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    T               .        .      
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    T               .        .      
blockSeqs                     :          .    .  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    .               .               
blockSeqs                     :                  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    .                               
blockSeqs                     :                  .         . .  .           .                   .     .          . . .          .    .                               
blockSeqs                     :                            . .  .           .                   .     .          . . .          .    .                               
blockSeqs                     :                            . .  .           .                   .     .          . . .          .    .                               
blockSeqs                     :                            . .  .           .                   .     .          . . .          .                                    


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
finalCons                     : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                      1111111                                   
lowQualScore                  :    0     1111 11 1  0  0 0 1 1  22222222222 22222 0  0  0  00 0 11111 1111111 00 1 2 22222  000 11 0 0000000      0  1111  0  1 1 111     0    
lowQualScore                  :    .     .... .. .  .  . . . .  ........... ..... .  .  .  .. . ..... ....... .. . . .....  ... .. . .......      .  ....  .  . . ...     .    
lowQualScore                  :    9     9999 33 1  5  5 5 0 0  44444444444 33333 5  5  5  77 5 33333 7777777 77 0 1 33333  999 22 5 2222222      5  9999  6  1 2 666     6    
consensus                     : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
Reference ( family-276 )      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18970                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|18971                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-GCG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18972                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ATG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18973                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--A-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--G-T--T-TA-TATCTA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|18974                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCGA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTG-TTCT
gi|18975                      : TAATATATA----G--G-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|18976                      : TAA-AAA-A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-AT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18977                      : TAA-ATGTA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TGTCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18978                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-CAC-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-AAT-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18979                      : TAT-ATGTA----G--G-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-C-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ATG---AG-TT-G-T---GTGTT-TT
gi|18980                      : TAG-ATAGA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------A-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---
gi|18981                      : TAA-ATATA----G--G-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TA--A-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-GA-TATTCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-GTCTatttct
gi|18982                      : TAC-ATATA----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----TTTGGGTTT--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18983                      : TAA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----G-T-----------------T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GCATT-TTCT
gi|18984                      : TAA-A---A----A--G-AT-GT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-GG--T-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTC
gi|18985                      : TAA-A---A----A--G-AT-CT-T-C-T-AT-----------G-----A-CA-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-AC-------TC-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18986                      : TAA-A---A----A--G-AT-CT-T-C-T-AT-----------G-----A-CA-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-AC-------TCAG-T---GTGTT-TTCT
gi|18987                      : TGA-ATAAAAC--G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--GTT-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A----T-GA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-T
gi|18988                      : TAA-AAA-A----G--A-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--G-C-----T-------T--G-A-T-----AC---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTG-TTCT
gi|18989                      : TAA-ATGAA----G--G-AT-TT-C-T-T-AT-----------G-----G-TT-TA-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATTCA-TCG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18990                      : TAT-ATATA----G--G-AT-CT-C-T-T-AG-----------G-----G-TT-TG-TA--G-T-----G-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AA-TT-G-C---GTGTT-TT
gi|18991                      : TAA-ATTTA----G--G-AT-CT-C-T-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--
gi|18992                      : TAA-ACA-A----G--G-AT-TC-T-C-C-AT-----------G-------TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---GA-A-T--G-GA-TAT-CA-ACT---CGTTT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18993                      : TAA-AAATA---------AT-CT-T-C-C-AT-----------G-----C-AT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--T-T--T-CA-TATCAA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18994                      :  AA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---AAGTT-TTCT
gi|18995                      :  AA-ACAGA----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|18996                      :  AA-ATATA----CATG-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-T-T---GAGTT-TCCT
gi|18997                      :  AA-ATATA----G--G-AT-CT-T-C-C-AT-----------G-----G-TC-CG-TG--G-C-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATTGA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|18998                      :  AA-ATATA----G--G-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TGTCCA-ACG---AA-TT-G-T---GTGTT-TT
gi|18999                      :  AA-ATATA----G--GCATACC-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-TT----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TT
gi|19000                      :  AA-ATATA----G----AT-CTTC-C-C-AT-----------GT----G-TT-TA-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--AAT--T-TAATATCCC-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19001                      :  AA-ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-AT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----A-------A-T--T-----------ATG---AT-TT-G-T---GCGTT-TTCT
gi|19002                      :   A-ATATA----G--G-AT-CT-C-CAC-AT-----------G-----G-TC-TG-T---G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT---T---GTACT-TTCT
gi|19003                      :   A-ATATA----G--GGAT-CT-C-C-CCAT-----------G-----G-TT-TGATGAGG-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCAGACGA--AG-TT-G-T---GTGCT-TTCT
gi|19004                      :    -ATATA----G--G-AT-AT-C-C-G-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATGCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19005                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-CA-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-AT-TATCCA-TCG---AG-TT-G-T---GCGTT-TTCT
gi|19006                      :    -ATATA----G--G--T-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG--G--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T--A-TAGTCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19007                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-T-TCCA-ACGTATAT-TTGG-T---GAGTT-TT
gi|19008                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-G-T-----GT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACG---AG-TT-
gi|19009                      :    -ATATA----G----AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT----CG--G-T-----T-------T--GTG-T-----AT---G--A-T-------TACCCA-ACG---AG-TT-
gi|19010                      :    -ATATA----G----AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT----CG--G-T-----T-------T--GTG-T-----AT---G--A-T-------TACCCA-ACG---AG-TT-
gi|19011                      :    -ATAAA----G--A-AT-GT-C-C-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19012                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G--------------------------------------T--T-TA-TATTCA-ATG---AG-TT-G-T---
gi|19013                      :    -ATATAAATTG--G-AT-CT-C-C---AT-----------G-----G-TC-TC-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---GTGA-T--T-----ATCTA-ATG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCTgg
gi|19014                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------TTCG-A-TG----AT---G--A-CGAT-TA-AGTCCA-ATG---A
gi|19015                      :    -ATATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TT-GG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T----------------G---AG-TT-G-T---GTGTT-TTTT
gi|19016                      :      TATA----G--A-AT-AT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATTTA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19017                      :      TAT-----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GTGTG-TA--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-A--T-TA-TATCCA-ACA---AG-TT-G-T---GAGTT-CTC
gi|19018                      :      TATA----G--G-AT--T-C-C-C-AT-----------G-----T-AT-TG-TG--G-T-----C-------T--G-A-T------T---G--A-T--TGTA-TATCCA-ACA---AG-TT-G-C---GAGTT-TTTT
gi|19019                      :       ATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TA--G-T-----T-------T--A-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-GCG---AG-TT-G-A---GAGTT-TTCT
gi|19020                      :       ATA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----A-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TAAGCA-ACG---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19021                      :       ATA----G--G-AT-GT-C-C-T-AT-----------G-----G-TT-TG-GG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---
gi|19022                      :       ACA----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-A-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-TGAT-TA-TG-CCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19023                      :       ATT----G--G-AT-CT-C-CGC-AT-----------G-----GGTT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-ATT-----AT---G--A-TG-T-TA-TATCCA-AC
gi|19024                      :       ATA----GC-G-AT-CC-T-C-C-AT-----------G-----T-CT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-TGAGTGAT---G--A-T-------TATCCA-ACG---AG-TT-GTT---GTGTTCTTCTcaagatcgcgaagattgtggagttttct
gi|19025                      :        TA----G--G-AT-CT-C-C-C-AT-----------GC----G-TT-TG--G--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-TGAT-TA--ATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19026                      :        TA----G--G-AT-CT-C-C---AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-AGT-----AT---G--A-TGAT-TA--AT-CA-ACG---AG-TT-GCT---GTGTT-TTCT
gi|19027                      :        TA----G--G-AT-CT-C-C-C-ATTGGTTGGTGGGG-----G-TT-TG-TT--G-TGGATGT-------T--G-A-T-----AT---G--A-TGAT-TA--ATCCA-ACG---AA-GT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19028                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------A--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TAACCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGAT-TTCT
gi|19029                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19030                      :         A----G--A-AT-CC-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A----T-GA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-TG--GTGTT-TTCT
gi|19031                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--A-G-T-----ATGAGG--A-T-------TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19032                      :         A----G--A-AT-CT-T-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------C--G-ATT-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-AC-------TC-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19033                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG----T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---AG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19034                      :         A----G--G-AT-GT-C-T---AT-----------G-----G-TT-TG-GG--T-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-ACG---AG-TT-G-T---GTGTT-TT
gi|19035                      :         A----G--A-AT-TT-C-C-C-AT-----------G-----A-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GCGTT-TTCT
gi|19036                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-GT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---A--A-T--T-TA-TATCCA-AC-------TC-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19037                      :         A----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACT---CC-TT-A-T---ATGTT-TTCT
gi|19038                      :         A----G--A-AT-AT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TGTCAA-AGG---AG-TT-G-T---GTGTT-TTTT
gi|19039                      :         A----G--A-AT-CT-C-T-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----CT---G--A-T--A-TA-TATCTA-------AG-TT-G-TTGGGTGTT-TTCT
gi|19040                      :         A----G--A-AT-TT-C-C-T-AT-----------TATATCG-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--A-TA-TATCCA-AC
gi|19041                      :         A----G--A-GT-CG-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------G--G-A-T-----AT---G--A-T--T-AT-TATCCA-AC
gi|19042                      :          ----G--A-AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A----T-TA-TACGCA-A
gi|19043                      :                  -AT-CT-G-C-C-AT-----------G-----G-TT-AG-TG--A-T-----G-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---GAGTT-TTCT
gi|19044                      :                  -AT-CT-C-C-C-AT-----------G-----G-TT-TG-GA--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ACT---CG-TT-G-T---
gi|19045                      :                    T-CT-C-C-C-AC-----------G-----G-TT-CG-TG--G-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-AT-TATCCA-ATT---CG-TT-G-T---GTGTT-TTCT
gi|19046                      :                    T-CT-C-C-CTAT-----------G-----A-TT--G-TG----T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--G-TA-TATCCA-AC----CG-TT-G-T---GTGTT-T
gi|19047                      :                          -C-T-AT-----------G-----A-TT-TG-TG--A-T-----T-------T--G-A-T-----AT---G--A-T--T-TA-TATCCA-ACT---AG----A-T---GTGTT-TTCT