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lowQualScore                  :         .... ....   .    ...       . . ..   .... ..  .. ......  .  ...     ..   .   .. .. ... .. ....... .   . . ..   .....  . . ......... .  ....  . .. .. . .....  .  . . .. ...... ..  .. . ........... . ............ .   ..   ....... .  .   .    
lowQualScore                  :         3333 2222   3    666       2 0 44   1111 44  44 111111  6  444     00   2   44 55 555 33 2222222 1   2 6 44   22222  2 6 111111111 6  5555  6 77 44 6 22222  6  6 2 88 777777 44  44 2 88888888888 6 777777777777 5   99   9999999 7  1   7    
consensus                     : TTGATCAA----A----ACA-GTTG--CATTAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---AT-GA---CATTC--AGT-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-NTGC-A---TGCA-A---G-N---G-AG----GG-TN-A--C-A--G--TG-GA-A-A--TT----NT--CA--C-C-----------C-C-----T-N----G-AAA--ACC-------A-TT-GTC-GACC
Reference ( gi|70207 )        : TTGATCAA----A----ACA-GTTG--GATTAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---AT-GA---CATTC--AGT-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-ATGC-C---TGCA-A---G-A---G-AG----GG-TT-A--C-A--G--TG-GA-A-A--TA----GT--CA--C-C-----------C-C-----T-T----G-AAA--ACC-------A-TT-GTT-GACC
gi|70206                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTG--CATTAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---AT-GA---CATTC--GGT-ATA--A--T---AT-G----A--T-AAA-C-A-ATGC-C---TGCA-A---G-A---G-AG----GG-TT-A--C-A--G--TG-GA-A-A--TA----GT--CA--C-C-----------C-C-----T-T----G-AAA--AAC-------A-TT-GTT-GACC
gi|70208                      : TTGATCGA----A----ACA-GTTG--CATTAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---AT-GA---CATTC--AGT-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-ATGC-C---TACA-A---G-A---G-AG----GG-TT-A--C-A--G--TG-GT-G-A--TA----GT--CA--C-C-----------T-C-----T-T----G-AAA--ACC-------A-TT-GTT-GACCtcgg
gi|70209                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTG--TGTTAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--A---AT-GA---CATTC--AGT-ATG--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-ATGT-C---TGCA-A---G-A---G-AG----GG-TT-A--C-ACTG--TG-GA-A-A--TA----GT--CA--C-C-----------C-C-----T-T----G-TAA--ACC-------A-TT-GTT-GACC
gi|70211                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTG--CATTAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---AT-GA---CATTC--AGT-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-ATGC-C---TGCA-A---G-A---G-AG----GG-TT-A--A-A--G--TG-GA-A-A--TT----GT--CA--C-C-----------C-C-----T-T----G-AAA--ACA-------A-TG-GTT-tcgg
gi|70210                      : TTGATCAA----A-----CA-GTTG--CATTAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--A---AT-GA---CATTC--AGT-ATA--A--T---ATAA----A--T-AAA-T-A-ATGC-C---TGCA-A-----A---G-AG----GG-TT-A--C-A--G--T--GA-A-A--TA----GT--CA--C-C-----------C-T-----T-T----G-AAA--ACC-------A-TT-GTT-GACCttctcgg
gi|70214                      : TTAATCAA----A----ATA--TTG--CATTATAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A--GA---CATTC--AGT-ATA--A------AT-A----A--T-AAA---A-CTGA-C---TGCA-A---G-A---G-AG----G--TT-A--C-A--T--GG-GA-A-A--TA----GT--CA--C-T-----------C-C-----T-T----G-AAA--ACC-------A-TT-GTT-GACCtcgg
gi|70215                      : TTGATCAA----A----ACATGTTGCAGAT-AGAA-T-T--CGT----A--TC--C--C---AT-GA---CATTC--AGTAATA--A--T---AT-A----ATCT-AAA-T-ACATGT-C---TGCA-A---G-A---G-AG----GGTTT-A--C-A--G--TG-GA-A-A--TT----GT--CA--C-C-----------C-C-----C-GA---G-AAA--ACC-------A-TT-GTT-GACtcgg
gi|70216                      : TTAATCAA----A----ACA-GTTG--CATTAGAAAT-T--TGT----A--AT--T--C---AT-GA-----TTC--AGT-ATA--A--T---AT-T----A--A-AAA-T-A-ATGC-C---TGTA-A---G-A---G-AG----GG-TT-A--C-A--G--TG-GA-A-ATTTG----AT--CA--C-CAAATATTTTTTC-C-----T-TATTGA-AAA--ACC-------A-TT-GTT-
gi|70212                      : TTGATCAA----A--------GTTG--CATTAGAA-T-C---GT----A--AT--C--CTACAT-GA---CATC----GT-ATA--AC-T---AT-A----A--T-AAA-T-A-ATGTTC---TGCA-C---A-A---G-AG----GT-TA-A--C-A--G--TG-GA-A-A--TA----GT--CA--C-C-----------C-T-----T-T----G-AAA--ATC-------A-TT-GTT-GACCagaacctc
gi|70213                      : TTGATCAA----A-----CA-GTTG--CATTAGAA-T-T--CGT----A--AT--C--C---AA-GA---CA-TC--GGT-ATA--AC-T---A--A----A--T-AAA-T-A-ATGT-C---T-CA-A-----A---G-AG----GT-TA-A--C-A--G--TG-GA-A-A--T-----GT--CA--C-C-----------C-T-----T-T----G-AAA--ATC-------A-TT--TT-GACCtcgg
gi|70218                      : TTGATCAA----A----ACA------------------T--TGT----A--AT--T--C---AT-GA---CATTC--AGT-ATA--A--T---GT-A----A--T-AAA-T-A-ATGC-C---TGCA-A---G-A---G-AA----AG-TT-A--C-A--G--TG-GA-GTT--TT----GT--CA--C-A-----------C-C-----T-T----G-AAA--tcgg
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gi|70219                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTG--GATTAGAG-T-T--TGT----A--AT--T--C---AT-GA---CACTC--AGT-ATA--A--T---AT-A----A--T-CAA-
gi|70220                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTA--GATTAGAG-T-T--TGT----A--AT--T--C---AT-GA---CATTC--AGT-ATA--A--T---AT-A----A--G-AAA-cccttaaaaaccattgttaacctcgg
gi|70221                      : TTAATCAA----A----ACA-GTTG--CATTAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---AT-GA---CATTC--AGT-
gi|70222                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTG--CATTAGAA-T-T--T---------------------T-G------TTC--AAT-ATA--A---------------------A-T-A-ATGA-C---TGCA-A---G-A---G-AG----GG-TT-A--C-
gi|70224                      : TTGATCAA----A----A-----------TTAGAA-T-T--GGT----A--AT--T--C---AT-GA---CATTC--AGT-ATA--A--T---AT-A----A--T-AA
gi|70223                      : TTGATCAA----A----GCA-TTTG--CATTAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---AT-GA---CAT
gi|70225                      : TTGATCAA----T-----CA-GTTG--CATCAGGA-T-T--TAT----A--AT--T--C---AT-GA---CTTTC--GGT-AGA--A--T---GT-A----A--
gi|70226                      :  TGATCAA----AGTCAACA-GACG--AA--ACGA-T-T--TGT----T--GT--T--TTT-AT-AA---CATTC--AGT-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-ATGC-A---TATC-A---T-T---A-AG----GG-TA-A--C-A--T--TG-AA-A-A--TT----TT--CA--C-C-----------C-C-----T-TG---G-AAA--ACC-------A-TT-GTC-AACC
gi|70228                      :  TGATCAACGTCA----ACA-GACG--AAATGG---T-T--TGT----T--GT--T--TTT-AT-AA---CATTC--AGT-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-TTGC-A---TATA-G---T-T---G-AG----GG-TA-A--C-A--T--TG-AA-A-A--TT----TT--CA--C-C-----------C-C-----T-C----GAAAA--ACC-------A-TT-GTC-AACCtcgg
gi|70227                      :  TGATCAA----AGTCAACA-GACG--AAATGG---T-T--TGT----A---T--T--C---TA-AA---CATTC--AGT-AT---A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-TTGC-A---TG---A---GTT---G-AG----GG-TA-A--C-A--G--TG-AA-A-A--TT----TT--CA----C-----------C-C-----T-C----G-AAA--ATC-------A-TT-GTC-AACC
gi|70229                      :  TGATCAA----AGTCAACA-GACG--CA--ACGG-T-T--TGT----T--AT--T--TTT-AT-AA---CATTC--AGT-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-TTGC-A---TATT-A---G-TT--G-AG----GG-CA-A--C-A--G--TG-AA-A-A--TT----TT--CA--C-C-----------C-C-----G-A----G-AAA--AAC-------A-TT-GTC-AACCtcgg
gi|70230                      :  TGATCAA----AGTCAACA-GACG--AA--AGGG-T-TGTTGT----A--TT--T--G---A--AA---CATTC--AGT-ATA--A--C---A--A----A--T-AAA-T---ATGC-A---TAT--A---G-CTT-G-AG----GG-TA-A--C-A--T--TA-AA-A-A--TG----TT--CA--C-C-----------C-C-----T-C----GAAAA--ACC-------A-CT-GTC-AACC
gi|70231                      :  TGATCAA----AGTCAATA-GATG--AA--ACAG-T-T--TGT----T--GT--T--TCT-AT-AA---CATTC--AGT-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-TTGC-A---TATA-G---T-T---G-AG----GG-TA-A--C-A--T--TG-AA-A-A--TT----TT--CA--C-C-----------T-T-----T-T----GAAAA--ACC-------G-TT-tcgg
gi|70232                      :      CAA----A----ACA-GTTG--CATTAGAA-T-T--TGT----A--AT--C--C---AT-GA---CATTC--AGT-ACA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-ATGC-A---TGCA-A---G-A---G-AGGCCAGG-TT-A--C-A--G--TG-GA-A-A--TA----GT--CA--C-C-----------C-C-----
gi|70233                      :      CAAT---A----ACA-GTTG--CATTAGAA-T-T--TGT----A--AT--C--C---ATGGA---CATTC--AG--AC---A--T---AT-A----A--TAAAA-T-A-ATGC-A---TGCA-A---G-A---G-AGGCCAGG-TT-A--C-A--G--TG-GACA-A--TA----GTC-CA--C-C-----------C-C-----T-T----
gi|70234                      :      CAA----A----ACA-GTTG--CAT-AGAA-T-T--CGT----A--ATAGC--C---AT-GAGT-CATTC--AGT-ATA--AG-T---AT-A----A--TGAAA-TCA-ATGG-C----GCA-A---A-A---G-------GG-TT-AG-C-A--G--TG-GA-A-A--TAT---GT--CC--CGC-----------C-C-----TAT----G-AAA--ACC-------A-TT-GTT-GAC
gi|70235                      :      CAA----G----ACA-GTGG--CATTAGAT-T-T--TGT----A--AT--T--C---AT-GA---CATTC--AAT-ATATCA--T---AT-actc
gi|70236                      :              ----ACA-ATTT--AATCAAAA-CAT--TGT----AC-AT--T--C---A--GA---CAT-C--AGT-ATA--A--TT--AT-A----A--T-AAAAT-A-ATGC-C---TGC--A---G-A---G-AG----GG-TT-A--C-A--GT-TG-GA-A-A--TA----GT--CA--C-C-----------C-C-----
gi|70238                      :                        TG--CATCAAAA-T-T--GGT----ACCGT--A--T---AT-GA-----TTT--A-T-ATAT-A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-ATGA-C---TACA-AA--G-A---G-AG----GG-TT-A--C-A--G--TG-GA-A-A--TT----GT--CA--C-C-----------C-C-----G-T----G-AAA--GCC-------A-TT-GTT-GACC
gi|70237                      :                             ATTATAA-T-T--TG---------------C---AT-GAAATCATT---AAT-AT------T---AT-A-------T-AAA-T-A-TTGC-A---TGTA-G---T-T---G-AG----GG-TA-A--C-A--T--TG-AA-A-A--TG----TT--CA--C-C-----------C-C-----G-A----C-AAA--AGC-------A-TT-GTC-AACC
gi|70239                      :                          ttatTTAGAAGT-T--TGT----T--GT--TTTC---AT-AA---CAATC--AAT-ATA--A--T---AA-A----A--C-AAA-T-A-TTGC-A---AGTA-G---T-G---G-AG----GG-TA-A--C-A--T--TG-AA-A-A--TT----CT--CA--C-C-----------C-C-----T-
gi|70240                      :                                AGAG-T-T--TGT----A--AT------------------ATTC--AGT-GTG--A--T---AT-A----A--T-GGT-T-A-TTGC-A---TGCA-A---G-C---A-AG----GA-TA-A--C-A--T--TG-GA-A-A--TT----AT--CA--T-C-----------
gi|70241                      :                                 GAA-T-T--T-T----A--AC------------GG---CATTC--AAT-GTG--A--T---ATTAT---A--T-AAA-T-A-TTAC-A---TGTA-G---A-T---G-AG----GG-TA-A--C-A--T--TG-AA-C-A--TT----TT--CA--T-C-----------C-C-----G-A----G-AAA--AAC-------A-TT-GTC-AATC
gi|70242                      :                                    -T-T--TGTCTTGA--AT--C--C---AC-AA---AATT-------ATA--T--T---AT-A-------T-AAA-T-A-TTGC-A---TGTA-G---T-T---G-AG----GG-TA-A--C-A--T--TG-AA-A-A--TT----TT--CA--C-C-----------C-C-----G-A----G-AAA--ATC-------A-TT-GTC-AACC
gi|70243                      :                                      -T--TGT----A--TT--TT-C---AT-AA---CATTC--AGT-ATA--A--C---AA-A----A--T-TAA-T-A-TTGC-A---TGT--A---G-G---G-AG----GG-TA-A--C-A--G--TG-AA-A-A---------T--TA--C-C-----------C-C-----T-C----G-AAA--ATCA------A-TT-GTC-AACC
gi|70244                      :                                      -T--TGT----G---T--C--T---AT-AA---CAGTC--AGT-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-TTGT-A---TATA-G---T-T---G-AG----GG-TA-A--C-A--T--TG-AA-A-A--TA----TT--CAT-C-C-----------C-C-----T-TC---A-AAA--ACC-------A-TT-GTC-AACCtcg
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gi|70251                      :                                                            ---AT-AA---CATTC--AGT-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-TTGC-A---TATA-G---T-T---G-AG----GG-TA-A--C-A--T--TG-AA-A-A--TT----GT--CA--C-C-----------C-C-----T-CA---A-AAA--ACC-------G-TTGGTT-GAC
gi|70248                      :                                                            ---AT-AA---CATTC--AGT-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-TTGC-A---TG-A-A---GTT---G-AG----GG-TA-A--C-A--T--TG-AA-A-A--TT----TT--CA--C-C-----------C-C-----T-C----GAAAA--ACC-------A-TT-GT
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|70260 ): ACATTTCAGATATAACAAATAAACATTGCATGATAGTTGAGGGTAACATTGAAAATGTCCACCTCGAAAAAACATTGTCAACC






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Reference ( family-273 )      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-N-TG--C---ATG-CAA-G--N-GAG----GG-T--NA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--NT----CA--C-C-----------C-C----T-N-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTC-GACC
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gi|70221                      : TTAATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-
gi|70222                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--T----------------------T-G------TT-C--AA-T-ATA--A------AT-A----A--T-GA------------C----TG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-
gi|70223                      : TTGATCAA----A----GCA-TTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CAT
gi|70224                      : TTGATCAA----A----A----------T-TAGAA-T-T--GGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-AA
gi|70225                      : TTGATCAA----T-----CA-GTTGC-AT-CAGGA-T-T--TAT----A--AT--T--C---A-T-GA---CTTT-C--GG-T-AGA--A--T---GT-A----A--
gi|70226                      :  TGATCAA----AGTCAACA-GACGA-A---ACGA-T-T--TGT----T--GT--T--TTT-A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---ATA-TCA-T--T-AAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-CT---T-G-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTC-AACC
gi|70227                      :  TGATCAA----AGTCAACA-GACGA-AA-TGG---T-T--TGT----A---T--T--C---T-A-AA---CATT-C--AG-T-ATA-----C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG---A-G--TTGAG----GG-T--AA-C-A--G--TG-AA-A-AT-T--TT----CA----C-----------C-C----T-C-G--AA---A----ATC-A-T--T-GTC-AACCtcgg
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gi|70229                      :  TGATCAA----AGTCAACA-GACGC-A---ACGG-T-T--TGT----T--AT--T--TTT-A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TTA-G--TTGAG----GG-C--AA-C-A--G--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----AAC-A-T--T-GTC-AACC
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gi|70231                      :  TGATCAA----AGTCAATA-GATGA-A---ACAG-T-T--TGT----T--GT--T--TCT-A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------T-T----T-T-GA-AA---A----ACC-G-T--T-tcgg
gi|70232                      :      CAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--C--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ACA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---ATG-CAA-G--A-GAGGCCAGG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-A--GT----CA--C-C-----------C-C----
gi|70233                      :      CAAT---A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--C--C---A-TGGA---CATT-C--AG---AC---A--T---AT-A----A--TAAAA-T-A-A-TG--C---ATG-CAA-G--A-GAGGCCAGG-T--TA-C-A--G--TG-GACA-AT-A--GTC---CA--C-C-----------C-C----T-
gi|70234                      :      CAA----A----ACA-GTTGC-AT--AGAA-T-T--CGT----A--ATAGC--C---A-T-GAGT-CATT-C--AG-T-ATA--AG-T---AT-A----A--TGAAA-TCA-A-TG------GCG-CAA-A-----AG----GG-T--TAGC-A--G--TG-GA-A-ATAT--GT----CC--CGC-----------C-C----T-ATG--AA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACt
gi|70235                      :      CAA----G----ACA-GTGGC-AT-TAGAT-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AA-T-ATATCA--T---AT-actc
gi|70236                      :              ----ACA-ATTTA-AT-CAAAA-CAT--TGT----AC-AT--T--C---A---GA---CAT--C--AG-T-ATA--A--TT--AT-A----A--TAAAA-T-A-A-TG--C---CTG-C-A-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--GT-TG-GA-A-AT-A--GT----CA--C-C-----------C-C----
gi|70237                      :                       TTAT-AT-TATAA-T-T--TG---------------C---A-T-GAAATCATT----AA-T-AT------T---AT-A-------T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-G--TT----CA--C-C-----------C-C----G-A-C--AA---A----AGC-A-T--T-GTC-AACC
gi|70238                      :                        TGC-AT-CAAAA-T-T--GGT----ACCGT--A--T---A-T-GA-----TT-T--A--T-ATAT-A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--A---CTA-CAAAG--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-C----G-T-G--AA---A----GCC-A-T--T-GTT-GACC
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gi|70240                      :                                AGAG-T-T--TGT----A--AT-------------------ATT-C--AG-T-GTG--A--T---AT-A----A--T-GGT-T-A-T-TG--C---ATG-CAA-G--C-AAG----GA-T--AA-C-A--T--TG-GA-A-AT-T--AT----CA--T-C-----------
gi|70241                      :                                 GAA-T-T--T-T----A--AC-------------GG---CATT-C--AA-T-GTG--A--T---ATTAT---A--T-AAA-T-A-T-TA--C---ATG-TAG-A--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-C-AT-T--TT----CA--T-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----AAC-A-T--T-GTC-AATC
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gi|70245                      :                                      -T--TGT--------T--T--T---A-T-AA---CAAT-C--AG-T-ATA--A--C---A--A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A-----TT-GA-A-AT-T--TT----CA--CTC-----------T-C----A-A-G--AA---A----GCC-A-T--T-GTC-AACCtcgg
gi|70246                      :                                            T----A--GT--T--C---A-T-AG---CATT-C--AG-T-ATG--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--T---ATG-TAA-G--C-AAG----GG-T--AA-T-A--cgg
gi|70247                      :                                                                                       A--A--T---ATTA----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA----C-----------C-C----G-A-G--AA---A----ACC-A-T--T-GT
gi|70248                      :                                         tccactggacctccaggtg---A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG--AA-GT-T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-C----T-C-GA-AA---A----ACC-A-T--T-GTC--ACCt
gi|70249                      :                                                            ---A-T-AA---CATT-C--A--T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-GA-A-AT-G--TT----CA--C-C-----------C-C----T-T-GA-AA---A----ACA-A-T--T-GTC-AACCtcgg
gi|70250                      :                                                            ---A-T-GA---TATG-C-----T-AT------T---AT-A-------T-AAA-T-A-A-TG--C---ATG-CAA-G--A-TAG----GG-T--GA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AACCGAGAACACC-A-T--T-GTT-GACCtcgg
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|70283 ): TGCACACAGTAGGGCAACAGGTGAAATTGTCACCTTTTGAAAATCATTGTTGACC






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Reference ( family-273 )      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-N-TG--C---ATG-CAA-G--N-GAG----GG-T--NA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--NT----CA--C-C-----------C-C----T-N-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTC-GACC
gi|70206                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--GG-T-ATA--A--T---AT-G----A--T-AAA-C-A-A-TG--C---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-A--GT----CA--C-C-----------C-C----T-T-G--AA---A----AAC-A-T--T-GTT-GACC
gi|70207                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGG-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-A--GT----CA--C-C-----------C-C----T-T-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACCtcgg
gi|70208                      : TTGATCGA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---CTA-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GT-G-AT-A--GT----CA--C-C-----------T-C----T-T-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACC
gi|70209                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGT-GT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--A---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATG--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--T---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-ACTG--TG-GA-A-AT-A--GT----CA--C-C-----------C-C----T-T-G--TA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACC
gi|70210                      : TTGATCAA----A-----CA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--A---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---ATAA----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---CTG-CAA----A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--T--GA-A-AT-A--GT----CA--C-C-----------C-T----T-T-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACCtcgg
gi|70211                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-A-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-C----T-T-G--AA---A----ACA-A-T--G-GTtcgg
gi|70212                      : TTGATCAA----A--------GTTGC-AT-TAGAA-T-C---GT----A--AT--C--CTACA-T-GA---CATC-----G-T-ATA--AC-T---AT-A----A--T-AAA-T-A-A-TGTTC----TG-CAC-A--A-GAG----GT-T--AA-C-A--G--TG-GA-A-AT-A--GT----CA--C-C-----------C-T----T-T-G--AA---A----ATC-A-T--T-GTT-GACCtttctcgg
gi|70213                      : TTGATCAA----A-----CA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--CGT----A--AT--C--C---A-A-GA---CA-T-C--GG-T-ATA--AC-T---A--A----A--T-AAA-T-A-A-TG--T---CT--CAA----A-GAG----GT-T--AA-C-A--G--TG-GA-A-A--T--GT----CA--C-C-----------C-T----T-T-G--AA---A----ATC-A-T--T--TT-GACCtcgg
gi|70214                      : TTAATCAA----A----ATA--TTGC-AT-TATAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A---GA---CATT-C--AG-T-ATA--A------AT-A----A--T-AAA---A-C-TG--A---CTG-CAA-G--A-GAG----G--T--TA-C-A--T--GG-GA-A-AT-A--GT----CA--C-T-----------C-C----T-T-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACCtcgg
gi|70215                      : TTGATCAA----A----ACATGTTGC-AGATAGAA-T-T--CGT----A--TC--C--C---A-T-GA---CATT-C--AG-TAATA--A--T---AT-A----ATCT-AAA-T-ACA-TG--T---CTG-CAA-G--A-GAG----GGTT--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-C----CGA-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACtcgg
gi|70216                      : TTAATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAAAT-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA-----TT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-T----A--A-AAA-T-A-A-TG--C---CTG-TAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-TTGAT----CA--C-CAAATATTTTTTC-CTTATT-G-A--AA---A----ACC-A-T--T-GT
gi|70217                      : TTGATCAA----A----ACA-GCTGCAAT-TAAAG-T-T--TGT----A--ATTGT--C---ATT-GA---CATT-C--AG-T-AGG--A--TCAAAT-G----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---ACA-CAAGG--A-GAA----GG-TTATA-C-A--T--TG-GA-A-AT-A--GT----GA--C-C-----------C-C----T-T-G--AA---A----ACT-A-T--tagaacctc
gi|70218                      : TTGATCAA----A----ACA------------------T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---GT-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---CTG-CAA-G--A-GAA----AG-T--TA-C-A--G--TG-GA-GTTT-T--GT----CA--C-A-----------C-C----T-T-G--AA---A----
gi|70219                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGG-AT-TAGAG-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CACT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-CAA-
gi|70220                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTAG-AT-TAGAG-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--G-AAA-cccttaaaaaccattgttaacctcgg
gi|70221                      : TTAATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-
gi|70222                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--T----------------------T-G------TT-C--AA-T-ATA--A------AT-A----A--T-GA------------C----TG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-
gi|70223                      : TTGATCAA----A----GCA-TTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CAT
gi|70224                      : TTGATCAA----A----A----------T-TAGAA-T-T--GGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-AA
gi|70225                      : TTGATCAA----T-----CA-GTTGC-AT-CAGGA-T-T--TAT----A--AT--T--C---A-T-GA---CTTT-C--GG-T-AGA--A--T---GT-A----A--
gi|70226                      :  TGATCAA----AGTCAACA-GACGA-A---ACGA-T-T--TGT----T--GT--T--TTT-A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---ATA-TCA-T--T-AAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-CT---T-G-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTC-AACC
gi|70227                      :  TGATCAA----AGTCAACA-GACGA-AA-TGG---T-T--TGT----A---T--T--C---T-A-AA---CATT-C--AG-T-ATA-----C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG---A-G--TTGAG----GG-T--AA-C-A--G--TG-AA-A-AT-T--TT----CA----C-----------C-C----T-C-G--AA---A----ATC-A-T--T-GTC-AACCtcgg
gi|70228                      :  TGATCAACGTCA----ACA-GACGA-AA-TGG---T-T--TGT----T--GT--T--TTT-A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-C----T-C-GA-AA---A----ACC-A-T--T-GTC-AACCtcgg
gi|70229                      :  TGATCAA----AGTCAACA-GACGC-A---ACGG-T-T--TGT----T--AT--T--TTT-A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TTA-G--TTGAG----GG-C--AA-C-A--G--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----AAC-A-T--T-GTC-AACC
gi|70230                      :  TGATCAA----AGTCAACA-GACGA-A---AGGG-T-TGTTGT----A--TT--T--G---A---AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---A--A----A--T-AAA-T-A---TG--C---ATA-T-A-GCTT-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TA-AA-A-AT-G--TT----CA--C-C-----------C-C----T-C-GA-AA---A----ACC-A-C--T-GTC-AACC
gi|70231                      :  TGATCAA----AGTCAATA-GATGA-A---ACAG-T-T--TGT----T--GT--T--TCT-A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------T-T----T-T-GA-AA---A----ACC-G-T--T-tcgg
gi|70232                      :      CAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--C--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ACA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---ATG-CAA-G--A-GAGGCCAGG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-A--GT----CA--C-C-----------C-C----
gi|70233                      :      CAAT---A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--C--C---A-TGGA---CATT-C--AG---AC---A--T---AT-A----A--TAAAA-T-A-A-TG--C---ATG-CAA-G--A-GAGGCCAGG-T--TA-C-A--G--TG-GACA-AT-A--GTC---CA--C-C-----------C-C----T-
gi|70234                      :      CAA----A----ACA-GTTGC-AT--AGAA-T-T--CGT----A--ATAGC--C---A-T-GAGT-CATT-C--AG-T-ATA--AG-T---AT-A----A--TGAAA-TCA-A-TG------GCG-CAA-A-----AG----GG-T--TAGC-A--G--TG-GA-A-ATAT--GT----CC--CGC-----------C-C----T-ATG--AA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACt
gi|70235                      :      CAA----G----ACA-GTGGC-AT-TAGAT-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AA-T-ATATCA--T---AT-actc
gi|70236                      :              ----ACA-ATTTA-AT-CAAAA-CAT--TGT----AC-AT--T--C---A---GA---CAT--C--AG-T-ATA--A--TT--AT-A----A--TAAAA-T-A-A-TG--C---CTG-C-A-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--GT-TG-GA-A-AT-A--GT----CA--C-C-----------C-C----
gi|70237                      :                       TTAT-AT-TATAA-T-T--TG---------------C---A-T-GAAATCATT----AA-T-AT------T---AT-A-------T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-G--TT----CA--C-C-----------C-C----G-A-C--AA---A----AGC-A-T--T-GTC-AACC
gi|70238                      :                        TGC-AT-CAAAA-T-T--GGT----ACCGT--A--T---A-T-GA-----TT-T--A--T-ATAT-A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--A---CTA-CAAAG--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-C----G-T-G--AA---A----GCC-A-T--T-GTT-GACC
gi|70239                      :                             T-TAGAAGT-T--TGT----T--GT--TTTC---A-T-AA---CAAT-C--AA-T-ATA--A--T---AA-A----A--C-AAA-T-A-T-TG--C---AAG-TAG-T--G-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--CT----CA--C-C-----------C-C----T-
gi|70240                      :                                AGAG-T-T--TGT----A--AT-------------------ATT-C--AG-T-GTG--A--T---AT-A----A--T-GGT-T-A-T-TG--C---ATG-CAA-G--C-AAG----GA-T--AA-C-A--T--TG-GA-A-AT-T--AT----CA--T-C-----------
gi|70241                      :                                 GAA-T-T--T-T----A--AC-------------GG---CATT-C--AA-T-GTG--A--T---ATTAT---A--T-AAA-T-A-T-TA--C---ATG-TAG-A--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-C-AT-T--TT----CA--T-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----AAC-A-T--T-GTC-AATC
gi|70242                      :                                    -T-T--TGTCTTGA--AT--C--C---A-C-AA---AATT---------ATA--T--T---AT-A-------T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----ATC-A-T--T-GTC-AACC
gi|70243                      :                                      -T--TGT----A--TT--TT-C---A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-TAA-T-A-T-TG--C---ATG-T-A-G--G-GAG----GG-T--AA-C-A--G--TG-AA-A-AT-T---------A--C-C-----------C-C----T-C-G--AA---A----ATCAA-T--T-GTC-AACC
gi|70244                      :                                      -T--TGT----G---T--C--T---A-T-AA---CAGT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--T---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-A--TT----CATCC-C-----------C-T----T-C-A--AA---A----ACC-A-T--T-GTC-AACCtcg
gi|70245                      :                                      -T--TGT--------T--T--T---A-T-AA---CAAT-C--AG-T-ATA--A--C---A--A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A-----TT-GA-A-AT-T--TT----CA--CTC-----------T-C----A-A-G--AA---A----GCC-A-T--T-GTC-AACCtcgg
gi|70246                      :                                            T----A--GT--T--C---A-T-AG---CATT-C--AG-T-ATG--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--T---ATG-TAA-G--C-AAG----GG-T--AA-T-A--cgg
gi|70247                      :                                                                                       A--A--T---ATTA----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA----C-----------C-C----G-A-G--AA---A----ACC-A-T--T-GT
gi|70248                      :                                         tccactggacctccaggtg---A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG--AA-GT-T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-C----T-C-GA-AA---A----ACC-A-T--T-GTC--ACCt
gi|70249                      :                                                            ---A-T-AA---CATT-C--A--T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-GA-A-AT-G--TT----CA--C-C-----------C-C----T-T-GA-AA---A----ACA-A-T--T-GTC-AACCtcgg
gi|70250                      :                                                            ---A-T-GA---TATG-C-----T-AT------T---AT-A-------T-AAA-T-A-A-TG--C---ATG-CAA-G--A-TAG----GG-T--GA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AACCGAGAACACC-A-T--T-GTT-GACCtcgg
gi|70251                      :                                                            ---A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-C----TCA-A--AA---A----ACC-G-T--TGGTT-GAC
gi|70252                      :                                                            ---A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TGG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--T-C-----------T-C----T-C-GA-AA---A----ACC-A-T--T-GTC-AGCC
gi|70253                      :                                                            ---A-T-AA---CATA-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CC--C-C-----------C-A----T-C-GA-AA---A----ACC-A-T--T-GTC-AACCtcgg
gi|70254                      :                                                            ---A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-C----T-C-G--AA---A----AAC-C-T--TGGTT-GACtcgg
gi|70255                      :                                                            ---A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---A-------A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--TA-A-A--A--TT-GA-A-AT-T--TT----CA--A-C-----------C-C----T-C-G--AA---A----AGC-C-T--T-GTC-AACC
gi|70256                      :                                                            ---A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T----T-A----AG-C-AAA-T-A-T-TG--C---ATG-TAG-T--T-GAA----AG-C--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--T-C-----------C-C----C-A-G--AA---A----ACT-A-T--T-GTtcag
gi|70257                      :                                                            ---A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAA-GT-T-GAG----GG-GA-TA-C-A--AATTGAAA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------CGC----T-C-GAAAA---A----AAC-A-TTCT-GTC-CACC
gi|70258                      :                                                                    A---CACT-CGTAG-T-CCA--A--T---AT-A-------T-AAA-T-A-A-TG--A---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------tcgg
gi|70259                      :                                                                    A---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---A--A----A----AAA-T-A-G-TA--C---ATGTTTA-G--T--AG----GG-T--TA-C-A-----TGTGA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------T-C----T-T-G--AA---A----ACT-A-T--T-GTT-GA
gi|70260                      :                                                                    A---CATTTC--AGAT-ATA--A--C---A--A----A--T-AAA-C-A-T-TG--C---ATG-ATA-G--TTGAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-G--TC----CA--C-C-----------T-C----G-A-A--AA---A----AC--A-T--T-GTC-AACC
gi|70261                      :                                                                         ATT-C--AA-T-AAA--ACTT---AT-ATCATA--T-AAA-T-A-T-TA--C---ATG-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--C--TG-AA-A-AT-G--TT----CA--C-C-----------C-C----A-A-G--AA---A----AAC-A-T--T-GTA-AACC
gi|70262                      :                                                                          TT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAT-T-A-T-TG--C---ATA-GAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--AT----CA--C-C-----------C-C----T-A-G--AA---A----A
gi|70263                      :                                                                           T-C--AA-TGATA--T--T---AT-A-------T-AAA-T-A-A-TG--T---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-G--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACCacctcggttgac
gi|70264                      :                                                                                 G-T-AAA--A--C---AT-T----A--T-AAAAT-A-A-TG--A---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----TA--T-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----ATC-A-T--C-TTT-GACC
gi|70265                      :                                                                                  -T-ATA--A--T---AT-A-------T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG-TAG-T--T-GAG----GA-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----AAC-A-T--T-GTC-AACC
gi|70266                      :                                                                                  -T-ACA--C--T---AT-A-------T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----AAC-A-T--T-GTC-AACCttgg
gi|70267                      :                                                                                  -T-ATA--A--T---AT-A-------T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----AAC-A-T--T-GTC-AACC
gi|70268                      :                                                                                    -ATA--A--T---AT-A-------T-AAA-T-A---TG--A---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--AT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----ACC-A-T--T-GT--GACC
gi|70269                      :                                                                                    -ATA--A--T---AT-A-------T-GAA-T-T-A-TG--C---TTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TA-GA-A-A
gi|70270                      :                                                                                    -ATA--A--T---AT-T----A--T-AAA-T-A-A-TG--A---CTG-CAA-G--A-C-G----GG-T---A-C-A--G--TG-GA-A-AA-T---T----CA--C-C-----------A-C----G-A-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTTGGACCgccattgttgaacgcctcgg
gi|70271                      :                                                                                    -ATA--T--T---AT-A-------T-AAA-T-A-C-TG--A---CTG-CAA-G--C-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-C----A-A-G--AA---A----ACC-A-T--C-GTT-GACC
gi|70272                      :                                                                                    -ATA--T--T---AT-A-------T-AAA-T-A-A-TG--A---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-T----G-A-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACC
gi|70273                      :                                                                                    -ATA--A--C---ATTAT---A--T-AAA-T-A-A-TG--A---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----ACC-A-T--T-
gi|70274                      :                                                                                    -ATA--A--T---AT-A-------T-AAA-T-A-C-TG--C---ATG-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-CAA--G--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----A-C-A-T--T-GTC-AACCtatgattgttgac
gi|70275                      :                                                                                      TA--A--T---AT-GT---A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG-TAG-T--T-GAA----GG-T--AA-C-A--G--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-C----T-C-G--AA---A----ATC-A-T--T-GTC-AAC
gi|70276                      :                                                                                      TA--A--G---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--CCACATG-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--G--TG-AA-A-AT-T--TT----CAACC-C-----------C-C----T-C-G--AA---A----CGC-A-T--T-GTC-AAtcgg
gi|70277                      :                                                                                       A--A--T---AT-A-------T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG--A-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----AAC-A-T--T-GTC-AACCacctcg
gi|70278                      :                                                                                        --A--T---AT-A----A-----AA-T-A-TATG--A---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--GC-TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-G------A-G--AA---A----ACC-A-T--G-TTT-GACC
gi|70279                      :                                                                                           --T---AT-A----A-----AA-T-A-A-TG--A---CTG--AA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-ACAC-T--CTGTCCCA--C-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----ACC-ATT--T-GGT-GACC
gi|70280                      :                                                                                           --T---AT-A-------T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG-TAG-T--T-GAG----GGCT--AA-C-A--G--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-T-----------C-C----GAT-G--AA---A----AAC-A-T--T-GTC-AACC
gi|70281                      :                                                                                                     ----A--T-AAA-T-A-C-TG--C---ATG-TAA-T--T-GGG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----TA--C-C-----------T-C----A-A-G--AA---A----ACC-A-A--T-GTC-AACC
gi|70282                      :                                                                                                                                 TG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-C--AT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----ACtacgg
gi|70284                      :                                                                                                                                          atgacG----AG-T--AA---A--A--TG-GA-A-A-----GT----CA--C-C-----------C-C----T---G--AA---A----ACC-A-T--T-GT--GACC


blockSeqs                     :         CGTC GTCA   T     A  A     A A GT   CTTG CC  TGT   TAC      AAT            A   TC CT CAA TA TCATA   A       CA      CACA      GCTT     GCCA  T TAT     CTG    A    T    TGA GTCC  TC G AAATATTTTTT   TTATTG   AA  CCG GAAC          G
blockSeqs                     :         T    GTCA   .     .  .     G . .    .    C   AGC   TT       GT             G   T  C  T   TT ATC     G       TA      C         GGA      GCCA  C AT      AAT    T    C    G   C     AC T .             CGA      A   .   .             G
blockSeqs                     :         .    GTCA   .     .  .     . . .    .    .   TTT   TT       .              .   .  C  .   TT TA      A       A       C         GTT      .     . T       GT     .    .    G   .     .  . .             TTG      A   .   .             .
blockSeqs                     :         .    GTCA   .     .  .     . . .    .    .   TT    TT       .              .   .  G  .   TT AG      .       A       C         GTT      .     . T       GC     .    .    G   .     .  . .             TAT      A   .   .             .
blockSeqs                     :         .    GTCA   .     .  .     . . .    .    .   T     CT       .              .   .  .  .   T  TA      .       A       C         AGA      .     . T       G      .    .    G   .     .  . .             TCA      A   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  TA      .       A       C         GTT      .     . T       G      .    .    G   .     .  . .             GAT      A   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       A       C         GTT      .     . T       G      .    .    G   .     .  . .             TT       A   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       A       C         GTT      .     . A       G      .    .    G   .     .  . .             TT       A   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       A       C         GA       .     . A       G      .    .    G   .     .  . .             TT       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   C     .        .              .   .  .  .   T  A       .       C       C         GA       .     . T       G      .    .    G   .     .  . .             TT       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   C     .        .              .   .  .  .   T  A       .       A       A         GA       .     . T       T      .    .    G   .     .  . .             TT       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       A       C         GA       .     . T       G      .    .    G   .     .  . .             TT       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   C     .        .              .   .  .  .   T  A       .       A       A         AA       .     . T       G      .    .    T   .     .  . .             TT       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       A       A         GA       .     . T       T      .    .    T   .     .  . .             TT       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         GA       .     . A       G      .    .    T   .     .  . .             TT       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         GA       .     . A       T      .    .    T   .     .  . .             TT       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         GA       .     . A       G      .    .    T   .     .  . .             TC       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         GA       .     . A       T      .    .    T   .     .  . .             TC       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       A       A         TT       .     . A       G      .    .    G   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   A  A       .       A       A         TT       .     . A       T      .    .    G   .     .  . .             TC       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   A  A       .       A       G         TT       .     . T       T      .    .    G   .     .  . .             TT       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   A  A       .       A       C         GA       .     . T       G      .    .    G   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   A  A       .       T       A         GA       .     . T       G      .    .    T   .     .  . .             GT       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   A  A       .       A       C         GA       .     . T       G      .    .    G   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         TT       .     . A       T      .    .    C   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         TG       .     . T       G      .    .    A   .     .  . .             TC       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         GC       .     . A       T      .    .    T   .     .  . .             TC       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   C     .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         AT       .     . A       T      .    .    T   .     .  . .             AA       .   .   .             .
blockSeqs                     :         .    .      .     .  .     . . .    .    .   C     .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         TT       .     . A       T      .    .    T   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :              .      .     .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         GG       .     . A       T      .    .    T   .     .  . .             TC       .   .   .             .
blockSeqs                     :                           .  .     . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         TT       .     . A       G      .    .    G   .     .  . .             TT       .   .   .             .
blockSeqs                     :                           .  .     . . .    .    .   A     .        .              .   .  .  .   A  A       .       T       A         TT       .     . A       T      .    .    T   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                              .     . . .    .    .   C     .        .              .   .  .  .   T  A       .       A       C         GC       .     . A       G      .    .    T   .     .  . .             TC       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                    . . .    .    .   C     .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         GA       .     . A       T      .    .    G   .     .  . .             TC       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                    . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   A  A       .       T       A         TT       .     . T       T      .    .    G   .     .  . .             TC       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                    . . .    .    .   T     .        .              .   .  .  .   A  A       .       A       A         GA       .     . A       G      .    .    T   .     .  . .             TC       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                      . .    .    .   .     .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         TT       .     . A       T      .    .    T   .     .  . .             CA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                      . .    .    .   .     .        .              .   .  .  .   A  A       .       T       A         TT       .     . G       T      .    .    T   .     .  . .             TC       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                      . .    .    .   .     .        .              .   .  .  .   A  A       .       T       A         TT       .     . A       T      .    .    T   .     .  . .             TT       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                             .    .   .     .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         TT       .     . A       T      .    .    T   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                            .        .              .   .  .  .   A  A       .       T       A         TT       .     . A       A      .    .    T   .     .  . .             AA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                            .        .              .   .  .  .   A  A       .       T       A         TT       .     . A       T      .    .    G   .     .  . .             TA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                            .        .              .   .  .  .   A  A       .       T       A         GA       .     . T       G      .    .    G   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                            .        .              .   .  .  .   A  A       .       A       C         GT       .     . A       T      .    .    T   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                            .        .              .   .  .  .   T  A       .       G       A         TT       .     . T       C      .    .    T   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                            .        .              .   .  .  .   A  A       .       T       A         TT       .     . T       T      .    .    A   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                            .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         GA       .     . A       G      .    .    G   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                            .        .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         GA       .     . A       G      .    .    G   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                            .        .              .   .  .  .   A  A       .       A       C         TT       .     . A       T      .    .    T   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                            .        .              .   .  .  .   T  A       .       A       C         TT       .     . T       T      .    .    T   .     .  . .             AA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                                     .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         TT       .     . T       T      .    .    T   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                                     .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         GA       .     . A       G      .    .    A   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                                     .              .   .  .  .   T  A       .       T       A         GA       .     . A       G      .    .    G   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                                                    .   .  .  .   T  A       .       A       C         GA       .     . A       G      .    .    G   .     .  . .             TC       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                                                    .   .  .  .   T  A       .       A       T         GC       .     . T       G      .    .    G   .     .  . .             TC       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                                                    .   .  .  .   T  A       .       C       C         GA       .     . T       G      .    .    T   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                                                    .   .  .  .   T  A       .       A       C         GA       .     . T       G      .    .    T   .     .  . .             GA       .   .   .             .
blockSeqs                     :                                                                                    .   .  .  .   T  .       .       A       C         TT       .     . T       G      .    .    T   .     .  . .             AA       .   .   .              
blockSeqs                     :                                                                                    .   .  .  .   T  .       .       C       C         TT       .     . T       G      .    .    T   .     .  . .             GA       .   .   .              
blockSeqs                     :                                                                                    .   .  .  .   T  .       .       T       A         TT       .     . A       G      .    .    G   .     .  . .             A        .   .   .              
blockSeqs                     :                                                                                    .   .  .  .   T  .       .       T       A         TT       .     . A       T      .    .    C   .     .  . .             T        .   .   .              
blockSeqs                     :                                                                                    .   .  .  .   A  .       .       T       A         GA       .     . A       G      .    .    T   .     .  . .                                             
blockSeqs                     :                                                                                    .   .  .  .   T  .       .       A       C         GA       .     . A       G      .    .    T   .     .  . .                                             
blockSeqs                     :                                                                                    .   .  .  .   T  .       .       T       C         TT       .     . T       T      .    .    A   .     .  . .                                             
blockSeqs                     :                                                                                    .   .  .  .   T  .       .       C       A         TT       .     . T       G      .    .    G   .     .  . .                                             
blockSeqs                     :                                                                                    .   .  .  .   T  .       .       .       A         GA       .     . A       A      .    .    .   .     .  . .                                             
blockSeqs                     :                                                                                        .  .  .   .  .       .       .       .         A        .     . A       .      .    .    .   .     .  . .                                             
blockSeqs                     :                                                                                        .  .  .   .  .       .       .       .         A        .     . T       .      .    .                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                        .  .  .   .  .       .                         A        .     . A                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                        .  .  .   .  .       .                                  .     . .                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                           .  .   .  .       .                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                           .  .   .  .                                                                                                                                        


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTGATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-N-TG--C---ATG-CAA-G--N-GAG----GG-T--NA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--NT----CA--C-C-----------C-C----T-N-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTC-GACC
finalCons                     : TTGATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-N-TG--C---ATG-CAA-G--N-GAG----GG-T--NA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--NT----CA--C-C-----------C-C----T-N-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTC-GACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|70283 ): TGCACACAGTAGGGCAACAGGTGAAATTGTCACCTTTTGAAAATCATTGTTGACC






Alignments
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lowQualScore                  :         .... ....   .     .  .     . . ..   .... ..  ..... ... . .  ...    . ..  . .   .. .. ... .. ....... .   . . ...  .. ....  ..  ......   ....  . ... . . .....  .  . .  . ... ....  .. . ........... . ........ ..  ... ....   . . .. .   .    
lowQualScore                  :         2222 7777   3     2  2     2 0 44   1111 33  11111 777 8 8  333    7 00  7 2   33 44 555 33 2222222 7   6 6 555  88 4444  00  777777   4444  1 999 6 6 77777  2  6 2  6 000 8888  66 2 88888888888 6 22222222 44  111 4444   7 7 99 4   8    
consensus                     : TTGATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-N-TG--C---ATG-CAA-G--N-GAG----GG-T--NA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--NT----CA--C-C-----------C-C----T-N-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTC-GACC
Reference ( family-273 )      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-N-TG--C---ATG-CAA-G--N-GAG----GG-T--NA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--NT----CA--C-C-----------C-C----T-N-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTC-GACC
gi|70206                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--GG-T-ATA--A--T---AT-G----A--T-AAA-C-A-A-TG--C---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-A--GT----CA--C-C-----------C-C----T-T-G--AA---A----AAC-A-T--T-GTT-GACC
gi|70207                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGG-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-A--GT----CA--C-C-----------C-C----T-T-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACCtcgg
gi|70208                      : TTGATCGA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---CTA-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GT-G-AT-A--GT----CA--C-C-----------T-C----T-T-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACC
gi|70209                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGT-GT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--A---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATG--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--T---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-ACTG--TG-GA-A-AT-A--GT----CA--C-C-----------C-C----T-T-G--TA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACC
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gi|70211                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ATA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-A-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-C----T-T-G--AA---A----ACA-A-T--G-GTtcgg
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gi|70215                      : TTGATCAA----A----ACATGTTGC-AGATAGAA-T-T--CGT----A--TC--C--C---A-T-GA---CATT-C--AG-TAATA--A--T---AT-A----ATCT-AAA-T-ACA-TG--T---CTG-CAA-G--A-GAG----GGTT--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-C----CGA-G--AA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACtcgg
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gi|70222                      : TTGATCAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--T----------------------T-G------TT-C--AA-T-ATA--A------AT-A----A--T-GA------------C----TG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-
gi|70223                      : TTGATCAA----A----GCA-TTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CAT
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gi|70225                      : TTGATCAA----T-----CA-GTTGC-AT-CAGGA-T-T--TAT----A--AT--T--C---A-T-GA---CTTT-C--GG-T-AGA--A--T---GT-A----A--
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gi|70231                      :  TGATCAA----AGTCAATA-GATGA-A---ACAG-T-T--TGT----T--GT--T--TCT-A-T-AA---CATT-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------T-T----T-T-GA-AA---A----ACC-G-T--T-tcgg
gi|70232                      :      CAA----A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--C--C---A-T-GA---CATT-C--AG-T-ACA--A--T---AT-A----A--T-AAA-T-A-A-TG--C---ATG-CAA-G--A-GAGGCCAGG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-A--GT----CA--C-C-----------C-C----
gi|70233                      :      CAAT---A----ACA-GTTGC-AT-TAGAA-T-T--TGT----A--AT--C--C---A-TGGA---CATT-C--AG---AC---A--T---AT-A----A--TAAAA-T-A-A-TG--C---ATG-CAA-G--A-GAGGCCAGG-T--TA-C-A--G--TG-GACA-AT-A--GTC---CA--C-C-----------C-C----T-
gi|70234                      :      CAA----A----ACA-GTTGC-AT--AGAA-T-T--CGT----A--ATAGC--C---A-T-GAGT-CATT-C--AG-T-ATA--AG-T---AT-A----A--TGAAA-TCA-A-TG------GCG-CAA-A-----AG----GG-T--TAGC-A--G--TG-GA-A-ATAT--GT----CC--CGC-----------C-C----T-ATG--AA---A----ACC-A-T--T-GTT-GACt
gi|70235                      :      CAA----G----ACA-GTGGC-AT-TAGAT-T-T--TGT----A--AT--T--C---A-T-GA---CATT-C--AA-T-ATATCA--T---AT-actc
gi|70236                      :              ----ACA-ATTTA-AT-CAAAA-CAT--TGT----AC-AT--T--C---A---GA---CAT--C--AG-T-ATA--A--TT--AT-A----A--TAAAA-T-A-A-TG--C---CTG-C-A-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--GT-TG-GA-A-AT-A--GT----CA--C-C-----------C-C----
gi|70237                      :                       TTAT-AT-TATAA-T-T--TG---------------C---A-T-GAAATCATT----AA-T-AT------T---AT-A-------T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-G--TT----CA--C-C-----------C-C----G-A-C--AA---A----AGC-A-T--T-GTC-AACC
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gi|70239                      :                             T-TAGAAGT-T--TGT----T--GT--TTTC---A-T-AA---CAAT-C--AA-T-ATA--A--T---AA-A----A--C-AAA-T-A-T-TG--C---AAG-TAG-T--G-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--CT----CA--C-C-----------C-C----T-
gi|70240                      :                                AGAG-T-T--TGT----A--AT-------------------ATT-C--AG-T-GTG--A--T---AT-A----A--T-GGT-T-A-T-TG--C---ATG-CAA-G--C-AAG----GA-T--AA-C-A--T--TG-GA-A-AT-T--AT----CA--T-C-----------
gi|70241                      :                                 GAA-T-T--T-T----A--AC-------------GG---CATT-C--AA-T-GTG--A--T---ATTAT---A--T-AAA-T-A-T-TA--C---ATG-TAG-A--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-C-AT-T--TT----CA--T-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----AAC-A-T--T-GTC-AATC
gi|70242                      :                                    -T-T--TGTCTTGA--AT--C--C---A-C-AA---AATT---------ATA--T--T---AT-A-------T-AAA-T-A-T-TG--C---ATG-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----ATC-A-T--T-GTC-AACC
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gi|70245                      :                                      -T--TGT--------T--T--T---A-T-AA---CAAT-C--AG-T-ATA--A--C---A--A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A-----TT-GA-A-AT-T--TT----CA--CTC-----------T-C----A-A-G--AA---A----GCC-A-T--T-GTC-AACCtcgg
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gi|70249                      :                                                            ---A-T-AA---CATT-C--A--T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-GA-A-AT-G--TT----CA--C-C-----------C-C----T-T-GA-AA---A----ACA-A-T--T-GTC-AACCtcgg
gi|70250                      :                                                            ---A-T-GA---TATG-C-----T-AT------T---AT-A-------T-AAA-T-A-A-TG--C---ATG-CAA-G--A-TAG----GG-T--GA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----CA--C-C-----------C-C----G-A-G--AACCGAGAACACC-A-T--T-GTT-GACCtcgg
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gi|70253                      :                                                            ---A-T-AA---CATA-C--AG-T-ATA--A--C---AA-A----A--T-AAA-T-A-T-TG--C---ATA-TAG-T--T-GAG----GG-T--AA-C-A--T--TG-AA-A-AT-T--TT----CC--C-C-----------C-A----T-C-GA-AA---A----ACC-A-T--T-GTC-AACCtcgg
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gi|70264                      :                                                                                 G-T-AAA--A--C---AT-T----A--T-AAAAT-A-A-TG--A---CTG-CAA-G--A-GAG----GG-T--TA-C-A--G--TG-GA-A-AT-T--GT----TA--T-C-----------C-C----G-A-G--AA---A----ATC-A-T--C-TTT-GACC
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|70283 ): TGCACACAGTAGGGCAACAGGTGAAATTGTCACCTTTTGAAAATCATTGTTGACC