lowQualScore                  :    1  0 0 2  1  0 1 111  0 0 0  7777 000 1 11  1111 11111 0 33 00 1  22222222 0 0 0 444444444  1  55555555555 0 44444       
lowQualScore                  :    .  . . .  .  . . ...  . . .  .... ... . ..  .... ..... . .. .. .  ........ . . . .........  .  ........... . .....       
lowQualScore                  :    1  5 5 1  0  5 0 444  5 5 5  0000 888 0 66  0000 77777 5 33 88 7  11111111 6 6 6 111111111  2  33333333333 7 55555       
consensus                     : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------C--A-C--G--GACAGGC
Reference ( gi|6367 )         : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-C--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------C--A-C--A--GACAGGC
gi|6368                       : AGT-TT-T-G-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------C--A-C--G--GACAGGC
gi|6366                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-CCGC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------C--A-C--G--GACAGAC
gi|6372                       : AGT-TT-C-A-G---G-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------C--A-C--G--GACAGGC
gi|6370                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------C--A-C--G--GAC
gi|6379                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---CT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------G--A-C--A--GACA
gi|6378                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-A--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------G--A-C--G--GACGGGCtac
gi|6380                       : AGT-TT-T-AAGA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CAT-------C--A-C--G--GACAGGC
gi|6371                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--TA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GT-CA--------C--A-C--G--GACAGAC
gi|6383                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--T---A-C--AA----A-----C-C--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------C--A-C--G--GATGGGC
gi|6374                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------G--A-C--C--CACGGGC
gi|6384                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CAGATGGACCC--A-C--G--GACAGGCag
gi|6386                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------G--A-C--
gi|6385                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-------T-GT--------G-A-C-G---------GA-CC--------C--A-C--G--GACAGGC
gi|6373                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-A---TT-G-C-GT-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------T--A-C--G--GACAG
gi|6382                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------A-A-C-A---------GA-CA--------C--A-C--G--GACa
gi|6387                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----T-T--T--T-GC--------G-A-A-G---------TA-CA--------C--A-C--A--GACAGgccagac
gi|6375                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--GGGTA-T--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GACCA--------C--A-C--G--GACAGACa
gi|6381                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-G---TT-T-C-GC-T--G---A-C--AA----T-----T-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------C--A-C--G--GACAGAC
gi|6390                       : AGT-TT-C-AAGA-GG-AAG---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--TTGT--------G-A-C-G---------GA-CA--------C--A-C--G--GAAAGGC
gi|6391                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-T-AC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-T-T-G---------TA-CA--------C--A-C--A--GACAG
gi|6388                       : AGT-TT-C-AAGA-GG-A-G---TTTG-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------G--A-C--G--GACa
gi|6396                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-TC-T--G---A-A--AA----A-----T-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------G--A-C--A--GAC
gi|6392                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-AC-T--G---A-C--AA----G-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------
gi|6395                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---GT-G-C-GC-T--G---A-C--GA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------
gi|6397                       : AGT-GT-C-A-AA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------
gi|6398                       : AGTCTT-C-A-GC-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GTTGACGGCAG-A-C-G---------GA-CC--------C--A-C--G--GACAGGC
gi|6400                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-C-C-GC-CT-G---A-A--AA----A-----G-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------CGGA-C--A--GAC
gi|6394                       : AGT-TC-C-A-GA-GT-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-------T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------G--A-C--G--GAC
gi|6376                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G---GC-T--G---A-TAAAA----A-----C----T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------C--A-C--G--GACAGACccacggacagac
gi|6401                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-AA-T--G---A-C--AA----A-----C-TAAT--T-GG--------G-A-C-G---------GA-CG--------G--A-C--A--GACAGAC
gi|6404                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AA----G-----C-TCAT--T-GG--------G-A-C-G---------GA-CG--------G--A-C--A--GACAG
gi|6369                       : AGTATT-C-A-AA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--TAGT--------GAA-C-G---------GA-CA--------C----------GACAGGCa
gi|6402                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-A--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-G-C-G---------GA-CA--------
gi|6407                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--TA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-A---------GA-CA--------
gi|6403                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-C-G---TT-G-C-CC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-CGG---------GA-CA--------C--G-C--gggcaaa
gi|6405                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-ACG---TT-G-C-GC-T--G---ACC--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G---C-G---------GA-CA--------G--A-A--G--GACGGGC
gi|6409                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----CTT--T--T-GT----------A-C-G---------GA-C
gi|6408                       : AGT-TT-C-A-G---G-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-T--AA----T-----C-T--T--T-GT--------G-A-T-G---------GA-CA--------C--A-C--
gi|6389                       : AGT-TT-C-A-GA-GGGA-G---TT-G-C-GC-CTAG---A-C--AAATCGA-----C-T--T--T-GT----------A-C-G---------GA-CA--------G--A-C--G--GACAtgtcacacagac
gi|6411                       : AGT-TT-C-A-AA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----A-T--T--T-CA--------G-A-C-G---------GA-CA--------
gi|6393                       : AGT-TT-CGA-GAAGG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-------T--T--T-GT--------G-AGC-G---------GA-CA-----------A-C--G--GACGGAC
gi|6410                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AA----G-----C-TTAT--T-GG--------G-A-T-G---------GA-CA--------G--A-C--G--
gi|6414                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AA----G-----C-T--TAAT-GG--------G-A-C-G---------GA-CA--------
gi|6412                       : AAT-TT-C-T-GA-TG-A-GG--TT-G-T-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA-----------A-CT-G--GACA
gi|6415                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--
gi|6377                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-T-GC-T--G---A-C---A----A-----C-T--T--T-GT--------C-G-C-AC--------GA-CA--------C----C--G--GAC
gi|6416                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--
gi|6406                       : AGT-TTAT-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-ACTT--G---A-CA-AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A---G---------GA-TA--------C--A-G--ATGGACAG
gi|6413                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-GCC-GA-T--G---A-C--AA----G-----C-T--T----------------A-T-G---------GA-CA--------G--A-C--G--GACGG
gi|6399                       : AGT-TT-C-ATGA-GG-A-GAGGGT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----AA----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------Ga
gi|6418                       :  GT-TT-C-A-GA-TG-A-G---TT-G-T-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--TGGT--------G-A-T-G---------GA-CA--------G--A-C--A--GACAgactagacgacccacggaca
gi|6417                       :  GT-TT-C-A-GA-AA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----A-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------C--AGCTAG--GATAGGC
gi|6419                       :  GT-TT-C-A-GC-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------
gi|6421                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-C--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------
gi|6420                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C---A----G-----C-TTAT--T-GG--------G-A-C-G---------GA-CG--------G--A-C--A--GACAG
gi|6433                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--a
gi|6432                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--
gi|6431                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--
gi|6430                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--
gi|6429                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--
gi|6428                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--
gi|6427                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--
gi|6426                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--
gi|6425                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--
gi|6424                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--
gi|6423                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--
gi|6422                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--
gi|6435                       :   T-TT-C-A-GA-GG-G-A---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------G--A-C--G--GACGGGC
gi|6437                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GCAC--C---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-GT--------GA-CC--------C--A-C--G--GACAGGC
gi|6434                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C---A----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-C---------C--A-C--G--GACAG
gi|6436                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-T--AA----AAAAAAC-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------A--A-C--G--GACAGACa
gi|6438                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A----AA----A-----C-T--G--T-GT--------G-A-T-G---------GA-C
gi|6439                       :   T-TC-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AT----A-----C-TTAT--T-GG--------G-A-C-G---------GA-CG--------G--A-C--G--GA
gi|6440                       :    -TT-C-A-AA-GG-A-A---TT-G-C-GC-C--G---A-CC-AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------CATA-C--A--GAC
gi|6441                       :    -TT-C-A-GAAGG-A-A---TT-G-C-GC-T--G---AAC--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-GGCAGGGACGGA-CA--------C--A-C--G--AACAGGC
gi|6442                       :    -TT-T-A-GA-GG-A-A---T--G-C--C-T--G---A-A--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-GA--------GA-CA--------G--A-C--A--GACAGAC
gi|6443                       :      T-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-AC-A--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------G--A-C--T--GAC
gi|6444                       :             A-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-T---------AA-CA--------C--A-T--A--GAC
gi|6445                       :                 -A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--A-GT--------G-A-C-G---------GA-CA--------C--A-C--G--GAC
gi|6446                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CC--------C--A-C--A--GACAGGC
gi|6448                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-C---------C--A-C--A--GACAGGC
gi|6449                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----T-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CC--------C--A-C--A--GACAGGC
gi|6447                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GA-CC--------C--A-C--A--GACAG
gi|6450                       :                         T-G-C-GC-C--A---A-C--AA----A-----C-T--T--T-GT--------G-A-C-G---------GACCA--------C--A-C--G--GACGGAC





Alignments
lowQualScore                  :    1  0 0 2  1  0 1 111  0 0 0  1 00 000 0 11   22222  33 00 1  22222222 1 0  666666666  1  44444444444 0 11        
lowQualScore                  :    .  . . .  .  . . ...  . . .  . .. ... . ..   .....  .. .. .  ........ . .  .........  .  ........... . ..        
lowQualScore                  :    0  5 5 1  0  5 0 444  5 5 5  4 66 888 9 66   66666  22 88 7  00000000 1 6  333333333  1  77777777777 7 66        
consensus                     : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGGC
Reference ( family-261 )      : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6366                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-CCGC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6367                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-C--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--AGACAGGC
gi|6368                       : AGT-TT-T-G-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6369                       : AGTATT-C-A-AA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--TAGT--------GAA-CG---------GA-CA--------C--------GACAGGC
gi|6370                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGAC
gi|6371                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--TAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GT-CA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6372                       : AGT-TT-C-A-G---G-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6373                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-A---TT-G-C-GT-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------T--A-C--GGACAG
gi|6374                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CAGACC----C--A-C--GGGCAGa
gi|6375                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--GGGTA-T--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GACCA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6376                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G---GC-T--G---A-TAAAAA-----C---T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6377                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-T-GC-T--G---A-C---AA-----CT--T--T-GT--------C-G-CAC--------GA-CA--------C----C--GGAC
gi|6378                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-A--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGACGGGC
gi|6379                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---CT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--AGACA
gi|6380                       : AGT-TT-T-AAGA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CAT-------C--A-C--GGACAGGCtac
gi|6381                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-G---TT-T-C-GC-T--G---A-C--AAT-----TT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6382                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------A-A-CA---------GA-CA--------C--A-C--GGAC
gi|6383                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--T---A-C--AAA-----CC--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGATGGGCgccagac
gi|6384                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CAGATGGACCC--A-C--GGACAGGC
gi|6385                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----C------T-GT--------G-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6386                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--
gi|6387                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----TT--T--T-GC--------G-A-AG---------TA-CA--------C--A-C--AGACAG
gi|6388                       : AGT-TT-C-AAGA-GG-A-G---TTTG-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGACa
gi|6389                       : AGT-TT-C-A-GA-GGGA-G---TT-G-C-GC-CTAG---A-C--AAATCGA-CT--T--T-GT----------A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGACA
gi|6390                       : AGT-TT-C-AAGA-GG-AAG---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--TTGT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGAAAGGC
gi|6391                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-T-AC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-T-TG---------TA-CA--------C--A-C--AGACAG
gi|6392                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-AC-T--G---A-C--AAG-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------a
gi|6393                       : AGT-TT-CGA-GAAGG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA------T--T--T-GT--------G-AGCG---------GA-CA-----------A-C--GGACGGAC
gi|6394                       : AGT-TC-C-A-GA-GT-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA------T--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGAC
gi|6395                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---GT-G-C-GC-T--G---A-C--GAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------ccacggacagac
gi|6396                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-TC-T--G---A-A--AAA-----TT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--AGAC
gi|6397                       : AGT-GT-C-A-AA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------
gi|6398                       : AGTCTT-C-A-GC-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GTTGACGGCAG-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6399                       : AGT-TT-C-ATGA-GG-A-GAGGGT-G-C-GC-T--G---A-C--AAAA----CT--T--T-GT--------G-A-CGGGACTAGACGA-CC--------C--A-C--GGACA
gi|6400                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-C-C-GCCT--G---A-A--AAA-----GT--T--T-GT--------G-A-CG---------G---A--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6401                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-AA-T--G---A-C--AAA-----CTAAT--T-GG--------G-A-CG---------GA-CG--------G--A-C--AGACAGAC
gi|6402                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-A--AAA-----CT--T--T-GT--------G-G-CG---------GA-CA--------
gi|6403                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-C-G---TT-G-C-CC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GG--A--------C--A-C--
gi|6404                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AAG-----CTCAT--T-GG--------G-A-CG---------GA-CG--------G--A-C--AGACAGc
gi|6405                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-ACG---TT-G-C-GC-T--G---ACC--AAA-----CT--T--T-GT--------G---CG---------GA-CA--------G--A-A--GGACGGGCa
gi|6406                       : AGT-TTAT-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-ACTT--G---A-CA-AAA-----CT--T--T-GT--------G-A--G---------GA-TA--------CAGA-T--GGACAG
gi|6407                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--TAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CA---------GA-CA--------
gi|6408                       : AGT-TT-C-A-G---G-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-T--AAT-----CT--T--T-GT--------G-A-TG---------GA-CA--------C--A-C--gggcaaa
gi|6409                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T--T--------GTA-CG---------GA-Ctgtcacacagac
gi|6410                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AAG-----CTTAT--T-GG--------G-A-TG---------GA-CA--------G--A-C--GG
gi|6411                       : AGT-TT-C-A-AA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----AT--T--T-CA--------G-A-CG---------GA-CA--------
gi|6412                       : AAT-TT-C-T-GA-TG-A-GG--TT-G-T-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA-----------A-CT-GGACA
gi|6413                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-GCC-GA-T--G---A-C--AAG-----CT--T----------------A-TG---------GA-CA--------G--A-C--GGACGG
gi|6414                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AAG-----CT--TAAT-GG--------G-A-CG---------GA-CA--------a
gi|6415                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6416                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--
gi|6417                       :  GT-TT-C-A-GA-AA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----AT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--AGCTAGGATAGGC
gi|6418                       :  GT-TT-C-A-GA-TG-A-G---TT-G-T-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--TGGT--------G-A-TG---------GA-CA--------G--A-C--AGACA
gi|6419                       :  GT-TT-C-A-GC-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------
gi|6420                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C---AG-----CTTAT--T-GG--------G-A-CG---------GA-CG--------G--A-C--AGACAG
gi|6421                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-C--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------a
gi|6422                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6423                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6424                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6425                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6426                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6427                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6428                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6429                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6430                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6431                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6432                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6433                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6434                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C---AA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-C---------C--A-C--GGACAG
gi|6435                       :   T-TT-C-A-GA-GG-G-A---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGACGGGCa
gi|6436                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-T--AAAAAAAACT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------A--A-C--GGACAGAC
gi|6437                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GCAC--C---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CGT--------GA-CC--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6438                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A----AAA-----CT--G--T-GT--------G-A-TG---------GA-C
gi|6439                       :   T-TC-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--ATA-----CTTAT--T-GG--------G-A-CG---------GA-CG--------G--A-C--GGA
gi|6440                       :    -TT-C-A-AA-GG-A-A---TT-G-C-GC-C--G---A-CC-AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-T----ACAGAC
gi|6441                       :    -TT-C-A-GAAGG-A-A---TT-G-C-GC-T--G---AAC--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CGGCAGGGACGGA-CA--------C--A-C--GAACAGGC
gi|6442                       :    -TT-T-A-GA-GG-A-A---T--G-C--C-T--G---A-A--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CGA--------GA-CA--------G--A-C--AGACAGAC
gi|6443                       :      T-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-AC-A--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--TGAC
gi|6444                       :             A-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CT---------AA-CA--------C--A-T--AGAC
gi|6445                       :                 -A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--A-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGAC
gi|6446                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--AGACAGGC
gi|6447                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--AGACAG
gi|6448                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-C---------C--A-C--AGACAGGC
gi|6449                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----TT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--AGACAGGC
gi|6450                       :                         T-G-C-GC-C--A---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GACCA--------C--A-C--GGACGGAC





Alignments
lowQualScore                  :    1  0 0 2  1  0 1 111  0 0 0  1 00 000 0 11   22222  33 00 1  22222222 1 0  666666666  1  44444444444 0 11        
lowQualScore                  :    .  . . .  .  . . ...  . . .  . .. ... . ..   .....  .. .. .  ........ . .  .........  .  ........... . ..        
lowQualScore                  :    0  5 5 1  0  5 0 444  5 5 5  4 66 888 9 66   66666  22 88 7  00000000 1 6  333333333  1  77777777777 7 66        
consensus                     : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGGC
Reference ( family-261 )      : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6366                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-CCGC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6367                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-C--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--AGACAGGC
gi|6368                       : AGT-TT-T-G-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6369                       : AGTATT-C-A-AA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--TAGT--------GAA-CG---------GA-CA--------C--------GACAGGC
gi|6370                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGAC
gi|6371                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--TAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GT-CA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6372                       : AGT-TT-C-A-G---G-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6373                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-A---TT-G-C-GT-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------T--A-C--GGACAG
gi|6374                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CAGACC----C--A-C--GGGCAGa
gi|6375                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--GGGTA-T--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GACCA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6376                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G---GC-T--G---A-TAAAAA-----C---T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6377                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-T-GC-T--G---A-C---AA-----CT--T--T-GT--------C-G-CAC--------GA-CA--------C----C--GGAC
gi|6378                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-A--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGACGGGC
gi|6379                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---CT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--AGACA
gi|6380                       : AGT-TT-T-AAGA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CAT-------C--A-C--GGACAGGCtac
gi|6381                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-G---TT-T-C-GC-T--G---A-C--AAT-----TT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6382                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------A-A-CA---------GA-CA--------C--A-C--GGAC
gi|6383                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--T---A-C--AAA-----CC--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGATGGGCgccagac
gi|6384                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CAGATGGACCC--A-C--GGACAGGC
gi|6385                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----C------T-GT--------G-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6386                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--
gi|6387                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----TT--T--T-GC--------G-A-AG---------TA-CA--------C--A-C--AGACAG
gi|6388                       : AGT-TT-C-AAGA-GG-A-G---TTTG-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGACa
gi|6389                       : AGT-TT-C-A-GA-GGGA-G---TT-G-C-GC-CTAG---A-C--AAATCGA-CT--T--T-GT----------A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGACA
gi|6390                       : AGT-TT-C-AAGA-GG-AAG---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--TTGT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGAAAGGC
gi|6391                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-T-AC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-T-TG---------TA-CA--------C--A-C--AGACAG
gi|6392                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-AC-T--G---A-C--AAG-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------a
gi|6393                       : AGT-TT-CGA-GAAGG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA------T--T--T-GT--------G-AGCG---------GA-CA-----------A-C--GGACGGAC
gi|6394                       : AGT-TC-C-A-GA-GT-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA------T--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGAC
gi|6395                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---GT-G-C-GC-T--G---A-C--GAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------ccacggacagac
gi|6396                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-TC-T--G---A-A--AAA-----TT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--AGAC
gi|6397                       : AGT-GT-C-A-AA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------
gi|6398                       : AGTCTT-C-A-GC-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GTTGACGGCAG-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6399                       : AGT-TT-C-ATGA-GG-A-GAGGGT-G-C-GC-T--G---A-C--AAAA----CT--T--T-GT--------G-A-CGGGACTAGACGA-CC--------C--A-C--GGACA
gi|6400                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-C-C-GCCT--G---A-A--AAA-----GT--T--T-GT--------G-A-CG---------G---A--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6401                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-AA-T--G---A-C--AAA-----CTAAT--T-GG--------G-A-CG---------GA-CG--------G--A-C--AGACAGAC
gi|6402                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-A--AAA-----CT--T--T-GT--------G-G-CG---------GA-CA--------
gi|6403                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-C-G---TT-G-C-CC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GG--A--------C--A-C--
gi|6404                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AAG-----CTCAT--T-GG--------G-A-CG---------GA-CG--------G--A-C--AGACAGc
gi|6405                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-ACG---TT-G-C-GC-T--G---ACC--AAA-----CT--T--T-GT--------G---CG---------GA-CA--------G--A-A--GGACGGGCa
gi|6406                       : AGT-TTAT-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-ACTT--G---A-CA-AAA-----CT--T--T-GT--------G-A--G---------GA-TA--------CAGA-T--GGACAG
gi|6407                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--TAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CA---------GA-CA--------
gi|6408                       : AGT-TT-C-A-G---G-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-T--AAT-----CT--T--T-GT--------G-A-TG---------GA-CA--------C--A-C--gggcaaa
gi|6409                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T--T--------GTA-CG---------GA-Ctgtcacacagac
gi|6410                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AAG-----CTTAT--T-GG--------G-A-TG---------GA-CA--------G--A-C--GG
gi|6411                       : AGT-TT-C-A-AA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----AT--T--T-CA--------G-A-CG---------GA-CA--------
gi|6412                       : AAT-TT-C-T-GA-TG-A-GG--TT-G-T-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA-----------A-CT-GGACA
gi|6413                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-GCC-GA-T--G---A-C--AAG-----CT--T----------------A-TG---------GA-CA--------G--A-C--GGACGG
gi|6414                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AAG-----CT--TAAT-GG--------G-A-CG---------GA-CA--------a
gi|6415                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6416                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--
gi|6417                       :  GT-TT-C-A-GA-AA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----AT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--AGCTAGGATAGGC
gi|6418                       :  GT-TT-C-A-GA-TG-A-G---TT-G-T-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--TGGT--------G-A-TG---------GA-CA--------G--A-C--AGACA
gi|6419                       :  GT-TT-C-A-GC-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------
gi|6420                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C---AG-----CTTAT--T-GG--------G-A-CG---------GA-CG--------G--A-C--AGACAG
gi|6421                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-C--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------a
gi|6422                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6423                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6424                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6425                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6426                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6427                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6428                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6429                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6430                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6431                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6432                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6433                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6434                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C---AA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-C---------C--A-C--GGACAG
gi|6435                       :   T-TT-C-A-GA-GG-G-A---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGACGGGCa
gi|6436                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-T--AAAAAAAACT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------A--A-C--GGACAGAC
gi|6437                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GCAC--C---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CGT--------GA-CC--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6438                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A----AAA-----CT--G--T-GT--------G-A-TG---------GA-C
gi|6439                       :   T-TC-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--ATA-----CTTAT--T-GG--------G-A-CG---------GA-CG--------G--A-C--GGA
gi|6440                       :    -TT-C-A-AA-GG-A-A---TT-G-C-GC-C--G---A-CC-AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-T----ACAGAC
gi|6441                       :    -TT-C-A-GAAGG-A-A---TT-G-C-GC-T--G---AAC--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CGGCAGGGACGGA-CA--------C--A-C--GAACAGGC
gi|6442                       :    -TT-T-A-GA-GG-A-A---T--G-C--C-T--G---A-A--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CGA--------GA-CA--------G--A-C--AGACAGAC
gi|6443                       :      T-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-AC-A--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--TGAC
gi|6444                       :             A-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CT---------AA-CA--------C--A-T--AGAC
gi|6445                       :                 -A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--A-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGAC
gi|6446                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--AGACAGGC
gi|6447                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--AGACAG
gi|6448                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-C---------C--A-C--AGACAGGC
gi|6449                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----TT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--AGACAGGC
gi|6450                       :                         T-G-C-GC-C--A---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GACCA--------C--A-C--GGACGGAC


blockSeqs                     :    A      A  A    A AGG         C          AA   AAAAA  AA    A  TGACGGCA A    GGACTAGAC  C  GATGGACCC     TA
blockSeqs                     :    C      A  A    C G           T          A    TCGA   CA    T  .        T    GCAGGGACG  C  GACCC         T 
blockSeqs                     :    .      A  .    . .           A          C    A      TA    G  .        .    C          .  CAG           . 
blockSeqs                     :    .      T  .    . .           .          .    .      TA    .  .        .    T          .  TC            . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      TA    .  .        .    A          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  T             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  A             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  G             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  C             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  .             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .  .             . 
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .                  
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .                  
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .                  
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .                  
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .                  
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .                  
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .                  
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .                  
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .                  
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .        .    .          .                  
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .     .  .                                           
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .                                                    
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .                                                    
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .                                                    
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .                                                    
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .                                                    
blockSeqs                     :    .      .  .    . .           .          .    .      .                                                    
blockSeqs                     :           .  .    . .           .          .    .      .                                                    
blockSeqs                     :              .    . .           .          .    .      .                                                    
blockSeqs                     :                   . .           .          .    .      .                                                    
blockSeqs                     :                                 .          .    .      .                                                    
blockSeqs                     :                                 .          .    .      .                                                    
blockSeqs                     :                                 .          .    .      .                                                    
blockSeqs                     :                                 .          .    .      .                                                    
blockSeqs                     :                                 .          .    .      .                                                    


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGGC
finalCons                     : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGGC





Alignments
lowQualScore                  :    1  0 0 2  1  0 1 111  0 0 0  1 00 000 0 11   22222  33 00 1  22222222 1 0  666666666  1  44444444444 0 11        
lowQualScore                  :    .  . . .  .  . . ...  . . .  . .. ... . ..   .....  .. .. .  ........ . .  .........  .  ........... . ..        
lowQualScore                  :    0  5 5 1  0  5 0 444  5 5 5  4 66 888 9 66   66666  22 88 7  00000000 1 6  333333333  1  77777777777 7 66        
consensus                     : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGGC
Reference ( family-261 )      : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6366                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-CCGC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6367                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-C--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--AGACAGGC
gi|6368                       : AGT-TT-T-G-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6369                       : AGTATT-C-A-AA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--TAGT--------GAA-CG---------GA-CA--------C--------GACAGGC
gi|6370                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGAC
gi|6371                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--TAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GT-CA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6372                       : AGT-TT-C-A-G---G-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6373                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-A---TT-G-C-GT-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------T--A-C--GGACAG
gi|6374                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CAGACC----C--A-C--GGGCAGa
gi|6375                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--GGGTA-T--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GACCA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6376                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G---GC-T--G---A-TAAAAA-----C---T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6377                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-T-GC-T--G---A-C---AA-----CT--T--T-GT--------C-G-CAC--------GA-CA--------C----C--GGAC
gi|6378                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-A--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGACGGGC
gi|6379                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---CT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--AGACA
gi|6380                       : AGT-TT-T-AAGA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CAT-------C--A-C--GGACAGGCtac
gi|6381                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-G---TT-T-C-GC-T--G---A-C--AAT-----TT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6382                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------A-A-CA---------GA-CA--------C--A-C--GGAC
gi|6383                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--T---A-C--AAA-----CC--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGATGGGCgccagac
gi|6384                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CAGATGGACCC--A-C--GGACAGGC
gi|6385                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----C------T-GT--------G-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6386                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--
gi|6387                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----TT--T--T-GC--------G-A-AG---------TA-CA--------C--A-C--AGACAG
gi|6388                       : AGT-TT-C-AAGA-GG-A-G---TTTG-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGACa
gi|6389                       : AGT-TT-C-A-GA-GGGA-G---TT-G-C-GC-CTAG---A-C--AAATCGA-CT--T--T-GT----------A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGACA
gi|6390                       : AGT-TT-C-AAGA-GG-AAG---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--TTGT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGAAAGGC
gi|6391                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-T-AC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-T-TG---------TA-CA--------C--A-C--AGACAG
gi|6392                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-AC-T--G---A-C--AAG-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------a
gi|6393                       : AGT-TT-CGA-GAAGG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA------T--T--T-GT--------G-AGCG---------GA-CA-----------A-C--GGACGGAC
gi|6394                       : AGT-TC-C-A-GA-GT-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA------T--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGAC
gi|6395                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---GT-G-C-GC-T--G---A-C--GAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------ccacggacagac
gi|6396                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-TC-T--G---A-A--AAA-----TT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--AGAC
gi|6397                       : AGT-GT-C-A-AA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------
gi|6398                       : AGTCTT-C-A-GC-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GTTGACGGCAG-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6399                       : AGT-TT-C-ATGA-GG-A-GAGGGT-G-C-GC-T--G---A-C--AAAA----CT--T--T-GT--------G-A-CGGGACTAGACGA-CC--------C--A-C--GGACA
gi|6400                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-C-C-GCCT--G---A-A--AAA-----GT--T--T-GT--------G-A-CG---------G---A--------C--A-C--GGACAGAC
gi|6401                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-AA-T--G---A-C--AAA-----CTAAT--T-GG--------G-A-CG---------GA-CG--------G--A-C--AGACAGAC
gi|6402                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-A--AAA-----CT--T--T-GT--------G-G-CG---------GA-CA--------
gi|6403                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-C-G---TT-G-C-CC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GG--A--------C--A-C--
gi|6404                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AAG-----CTCAT--T-GG--------G-A-CG---------GA-CG--------G--A-C--AGACAGc
gi|6405                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-ACG---TT-G-C-GC-T--G---ACC--AAA-----CT--T--T-GT--------G---CG---------GA-CA--------G--A-A--GGACGGGCa
gi|6406                       : AGT-TTAT-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-ACTT--G---A-CA-AAA-----CT--T--T-GT--------G-A--G---------GA-TA--------CAGA-T--GGACAG
gi|6407                       : AGT-TT-T-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--TAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CA---------GA-CA--------
gi|6408                       : AGT-TT-C-A-G---G-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-T--AAT-----CT--T--T-GT--------G-A-TG---------GA-CA--------C--A-C--gggcaaa
gi|6409                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T--T--------GTA-CG---------GA-Ctgtcacacagac
gi|6410                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AAG-----CTTAT--T-GG--------G-A-TG---------GA-CA--------G--A-C--GG
gi|6411                       : AGT-TT-C-A-AA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----AT--T--T-CA--------G-A-CG---------GA-CA--------
gi|6412                       : AAT-TT-C-T-GA-TG-A-GG--TT-G-T-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA-----------A-CT-GGACA
gi|6413                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-GCC-GA-T--G---A-C--AAG-----CT--T----------------A-TG---------GA-CA--------G--A-C--GGACGG
gi|6414                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AAG-----CT--TAAT-GG--------G-A-CG---------GA-CA--------a
gi|6415                       : AGT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6416                       : AGT-TT-C-A-GA-GA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--
gi|6417                       :  GT-TT-C-A-GA-AA-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----AT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--AGCTAGGATAGGC
gi|6418                       :  GT-TT-C-A-GA-TG-A-G---TT-G-T-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--TGGT--------G-A-TG---------GA-CA--------G--A-C--AGACA
gi|6419                       :  GT-TT-C-A-GC-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------
gi|6420                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C---AG-----CTTAT--T-GG--------G-A-CG---------GA-CG--------G--A-C--AGACAG
gi|6421                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-C--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------a
gi|6422                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6423                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6424                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6425                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6426                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6427                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6428                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6429                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6430                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6431                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6432                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6433                       :  GT-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--
gi|6434                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C---AA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-C---------C--A-C--GGACAG
gi|6435                       :   T-TT-C-A-GA-GG-G-A---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--GGACGGGCa
gi|6436                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-T--AAAAAAAACT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------A--A-C--GGACAGAC
gi|6437                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GCAC--C---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CGT--------GA-CC--------C--A-C--GGACAGGC
gi|6438                       :   T-TT-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A----AAA-----CT--G--T-GT--------G-A-TG---------GA-C
gi|6439                       :   T-TC-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-GA-T--G---A-C--ATA-----CTTAT--T-GG--------G-A-CG---------GA-CG--------G--A-C--GGA
gi|6440                       :    -TT-C-A-AA-GG-A-A---TT-G-C-GC-C--G---A-CC-AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-T----ACAGAC
gi|6441                       :    -TT-C-A-GAAGG-A-A---TT-G-C-GC-T--G---AAC--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CGGCAGGGACGGA-CA--------C--A-C--GAACAGGC
gi|6442                       :    -TT-T-A-GA-GG-A-A---T--G-C--C-T--G---A-A--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CGA--------GA-CA--------G--A-C--AGACAGAC
gi|6443                       :      T-C-A-GA-GG-A-G---TT-G-C-AC-A--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------G--A-C--TGAC
gi|6444                       :             A-GG-A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CT---------AA-CA--------C--A-T--AGAC
gi|6445                       :                 -A-G---TT-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--A-GT--------G-A-CG---------GA-CA--------C--A-C--GGAC
gi|6446                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--AGACAGGC
gi|6447                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--AGACAG
gi|6448                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-C---------C--A-C--AGACAGGC
gi|6449                       :                         T-G-C-GC-T--G---A-C--AAA-----TT--T--T-GT--------G-A-CG---------GA-CC--------C--A-C--AGACAGGC
gi|6450                       :                         T-G-C-GC-C--A---A-C--AAA-----CT--T--T-GT--------G-A-CG---------GACCA--------C--A-C--GGACGGAC