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Reference ( gi|6484 )         :      AGAA-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-A--C-G--CA----------A--AGCT----------G--TC-A---T--G-GA-CC-GTTCTA-A-TGAACTT--GGAGC-A--T-CA-T-AGAGCTG
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gi|6547                       :      AGAG-CTGTTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-tcaaggagcagctctagagcagtcagcagaactgctctaa
gi|6505                       :     aAGAG-CTGTCC--TA------AAT------T-AA-C--------T------TA--GAGCGG-T--T-G--TA----------G--AGCA----------G--TT-C---T--A-GAGCA-GCTCTA-gctgactgctctagaactgttcta
gi|6490                       :      AAAA-CTGTTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TC--GAGCGG-
gi|6515                       :      AGAG-CTGTTC--TA------AGT------T-AA-C--------G------TC--GAGCGG-tcatagaacagctcta
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gi|6540                       :        AA-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCGG-T--C-A--TA----------A--AGCA----------A--TC-A---TA-G-AA-CT-GTTCTA-A-ttaaagcag
gi|6542                       :        AG-CTGTTC--TA------CGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-A--C-G--CG----------A--AGCG----------G--TC-A---T--
gi|6543                       :        AA-CTGCTC--TA------CGT------T-AA-C--------T------TA--CAGCAA-A--C-G--TA----------A--AGCG----------G--TC-A---T--aagcag
gi|6544                       :        AA-TTGGTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-A--C-G--C-----------A--AGCG----------G--TC-A---aaagcag
gi|6546                       :        AG-CTGTTC--TA------AGT------G-AA-C--------T------TAGAGAGCAG-T--C-G--TG----------G--AGCA----------G--TC-A---GCAG-AA-CT-GTTCTA-A-caaagcag
gi|6541                       :        AG-CTGTTC--TA------AGT------T-AA-C--------G------TG--GAGCAG-C--T-C--TA----------G--AGCA----------G--TC-A---GCAG-AA-CT-GCTCTA-A-T
gi|6545                       :        AG-CTGTTC--TA------AGT------G-AA-C--------T------TA--GAGCAGCAGTC-G--T-----------G--AGCA----------G--TC-A---GCAG-AA-CT-GTTCTA-A-
gi|6505                       :        AA-CCGCTC--TA------AGT------T-AA-T--------T------TA--GGACAG-
gi|6540                       :     agagA-CCGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-gtagagcagttctagagcagctcta
gi|6487                       :       aaA-CTGCTC--TA------ATT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-cataaagcaatcatagaactgttctaa
gi|6511                       :     agagA-CTGATC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-cgtagagcagtcattagaactgctcta
gi|6500                       :     aaaaA-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-cataaagcaattatagaactgttctaa
gi|6524                       :     agaaA-CTGCTC--CA------AGT------T-CA-C--------T------TA--GAACAG-cattagagctgctttacgactgctttaa
gi|6535                       :     agagA-CTGCTC--TA------AGT------T-CA-C--------T------TA--GAACAG-cgtagagcagtcagcagagctgttctaa
gi|6519                       :      gagA-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-cgtggagcagtcagcagagctgttctaa
gi|6483                       :     agagA-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-cgcggagcagttctagagcag
gi|6529                       :     agagA-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-cgtagaacagttctagagcagctcta
gi|6528                       :     agaaA-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-cattagaactgctcta
gi|6531                       :     agaaA-CTGCTC--TA------AGT------T-CA-C--------T------TA--GAACAG-cattagaactgctcta
gi|6525                       :     agagA-CTGATC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-cgtagagcagttctatagcag
gi|6467                       :     agagA-CCGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-cataaagcagttctagagcag
gi|6546                       :     agaaA-CTGCTCTCTA------AGT------T-CA-C--------T------TA--GAACAG-catagaacagttcta
gi|6548                       :       agA-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-cgtggagcagtcagcagaactgttctaa
gi|6475                       :         A-CTGTTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-ctctgttgactgctctagagctgctct
gi|6530                       :     agagA-CTGCTC--CA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-cgtagaacaagttctggagcag
gi|6503                       :     agagA-CTGCTC--CA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-catggagcagctctagagcag
gi|6476                       :     agagA-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAcatggagcagctctagagcag
gi|6501                       :    agaggA-CTGCTC--CA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-cgtagaacagttctatagcagtcagcagaacagttctaa
gi|6547                       :     agagA-CTGTTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-caaggagcagctctagagcagtcagcagaactgctctaa
gi|6539                       :         A-CTGCTC--CA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-ctctgctgactgctctagaactgttcta
gi|6490                       :      gagA-CCGCTC--GA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-catggagcagctctagagcag
gi|6515                       :     aaaaA-CCGCTC--GA------CGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-catagaacagctcta
gi|6517                       :     agagA-CCGCTC--GA------CGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-catagattaaaacagctcta
gi|6502                       :      agac-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-catagattagaacagctctataactgttcttgtctagagc
gi|6498                       :      agaa-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-acgcaaagctgtcatggacctgttctaa
gi|6527                       :      agaa-CTGCTC--TA--------T------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-acgcaaagctgtcatggacctgttctaa
gi|6496                       :      agaa-CTGCTC--CA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-acgcaaagctgtcatggacctgttctaa
gi|6516                       :      agaa-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-acgcaaagctgtcatagagctgttcta
gi|6494                       :      agaa-CTGCTT--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-acgcaaagctgtcataagcag
gi|6479                       :      agaa-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-acacaatgcggtcatagaactgttctaa
gi|6506                       :      agaa-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-acgtaaagcggtcataaagcag
gi|6491                       :      agaa-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-acgcaaagcggtcgcaaagcag
gi|6508                       :      agaa-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TG--GAGCAG-acgtaaggggtcataagcagtcatagagctgttctaa
gi|6489                       :      aaaa-CTGATC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--TAGCAG-acgcaaagcggtcataaagcag
gi|6466                       :      aaaa-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-acgtaaagcggtcataaaactgttctaa
gi|6492                       :      agaa-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-acgtaaaccggtcataagcagtcatagagctgttctaa
gi|6486                       :      aaaa-CTGCTC--TA------AGT------T--A-C--------T------TA--GAGCAG-atgtaaagcggtcataaagcag
gi|6480                       :      agaa-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-T--------T------TA--GAACAG-acgcaaagcggtcgcaagcagtcatgagaactgctctaa
gi|6521                       :      agaa-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TG--GAGCAG-acataaagcggtcataaaattattctaa
gi|6495                       :      agaa-CTGCTC--TA------AGA------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-acgcaaatagcggtcacaaagcag
gi|6512                       :      agaa-CTGCTT--TA------AGT------T-AA-C--------T------TG--GAGCAG-acgtaaagcggtcataagcag
gi|6461                       :      agaa-CTGTTC--TA------AGT------A-AA-C--------T------TA--GAACAG-acgtaaagcggtcctaaagcagtaat
gi|6510                       :      agaa-CTGCTC--TA-------GT------T-AA-C--------T------TG--GAACAG-acgttgagcggtcatagaacagctctaatccccttgtataaagctg
gi|6485                       :      agaa-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------G------TA--GAACAG-acgcaaagcggtcataaagcag
gi|6537                       :      agag-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-acgcgaagcggtcataagcag
gi|6536                       :       gac-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-actaaagcagtcatagaac
gi|6534                       :       gac-CTGTTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAGCAG-actaaagcagtcatagaac
gi|6464                       :       gaa-CTGTTC--TA------GGT------T-AA-C--------T------TA--AAACAG-atgtaaagcggtc
gi|6518                       :      agaa-CTGCTC--TA------AAT------T-AA-C--------TTAAGCGTA--GAGCAG-acgtagagcggtaatagaacagctctaatccccctgtatacagctg
gi|6478                       :      agaa-CTGTTC--TA------AGT------T-AG-C--------T------TA--GAACGG-acgcaaagcggtcacaaagcag
gi|6497                       :      agaa-CTGCTT--TA------AAT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-acgtaaagcggtcataaagcag
gi|6520                       :      agaa-CTGCTC--TT------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-acataaagcggtcataaatcagc
gi|6513                       :      agac-CTGCTC--TA------AGT------T-GA-C--------T------TA--GAACAG-atgcgaagcggtcataagcagttcaaa
gi|6542                       :      agaa-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------G------TA--GAACAG-acatagagctgt
gi|6472                       :        ag-CTGTTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACacgcgaagcggtcataagcag
gi|6477                       :    agaaca-CTGTTC--CA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-acgtaaagtggtcataaagcagtct
gi|6514                       :      aaag-CTGCTC--TA------TGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-acgccgagcggtcatagaacagctcta
gi|6493                       :      agag-CTGCTC--TA------GGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-acgtaaatcggtcataaacag
gi|6481                       :      agag-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAacataaagcgatcataagcagc
gi|6471                       :  aaaattat-CTGTTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAacatttaaagcagtcttagaactgttctaa
gi|6482                       :     agaag-CTGCTC--TC------AGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-acgttgagcggtcaaagaacagctctaaaccacttatacatgtatatagctg
gi|6544                       :      agaa-CTGCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--GACCAacataaagtggtcacaaagcag
gi|6538                       :       aat-CTCCTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------AA--GAACAG-acgcaagcggtcacaaagcag
gi|6465                       :       gaa-CTGTTC--TA------AAT------T-AA-C--------T------TA--GAACAacgtaaagtggtcataagcagtcatagagctgttctaa
gi|6488                       :     aaaat-CTGCTT--TA------TGT------T-AA-C--------T------TA--GAACAG-atttcgagcggtcatagaacagctctaatcaccttgtatatagctg
gi|6474                       :      agaa-CTGTTC--TA------AGT------T-AA-C--------T------TA--AAACAG-atgtaaagggtcataagcagtcatagagctgctctaa
gi|6545                       :      agaa-CTGCTC--TA------AGT------T-CA-C--------T------TA--GAACAG-acgtcgagcggtcttaaagcag
gi|6509                       :          agTGCTC--CA------AGT------T-AA-C--------T------TG--GAACAG-cagtcgtgagcagtcagcagaactgttctaa
gi|6522                       :        agaaTGCTC--TA------AGT------TTAA-C--------T------TA--GAGCAG-aacgtaaagcggccataggctgttctaa
gi|6543                       :        agaaTGCTG--TA------AGT------T-AA-C--------G------TA--GAGCAG-tacgcaaatctgtcgtaagcagtcatagacctgttctaa
gi|6504                       :           aaGCTC--TA------AGT------C-AA-C--------T------TA--GAACAG-aacgtaaagcggtcataaagcag
gi|6470                       :                 agaa------AGT------T-------------T------TA--GAGCAG-T--CAG--CA----------G--AGCT-------------------------------GTTCTA-AGTTAACTT--AGAGC-A--cctagcggtcgtagaacagttcta
gi|6548                       :                                                     agaacA--GAGCAG-C--T-C--TA----------G--AGCA----------G--TCAA---C--A-GAGCT-GTTCTA-AGTTAACTT--AGAGC-A--gttcta
gi|6469                       :                                                                           acA----------A--AGCT----------G--TT-C---T--ATGA-CC-GTTCGACA-TTAACTT--AGAAC-A--
gi|6513                       :                                                                                                               agagc--G-AA-CT-GTTCTA-AGTCAACTT--AGAGC-A--GACA-T-AGAGCTGa
gi|6500                       :                                                                                                                   a--G-AA-CT-GCTCTA-AGTTAACTT--AGAGC-AG-T-CA-TTAGAGCTGt
gi|6499                       :                                                                                                                   a--G-AA-CT-GCTCTA-AGTTAACTT--GGAGC-AGCT-C--T-AGAGCctttacgactgctttaa
gi|6529                       :                                                                                                                   a--G-AA-CT-GTTCTA-AGTTAACTT--AGAGC-AG-T-CATT-AGAACTGagtcaagcagaactgctctaa
gi|6528                       :                                                                                                                   a--G-AA-CT-GTTCTA-AGTTAACTT--AGAGC-AG-T-CATT-AGAACTGctcta
gi|6467                       :                                                                                                                   a--G-AA-CT-GTTCTA-AGTTAACTT--AGAGCGG--T-CA-T-AGAACctcta
gi|6490                       :                                                                                                                        aA-CT-GTTCTA-AGTTAACTT--CGAGCGG--T-CA-T-AGAACagttcta
gi|6524                       :                                                                                                                       aaa-CT-GTTCTA-AGTGAACTT--GGAGC-AG-T-CG-T-AGAGCagctcta
gi|6535                       :                                                                                                                      agag-CT-GTTCTA-AGTGAACTT--AGAGC-AG-T-CG-T-GGAGCagtcagcagagctgttctaa
gi|6507                       :                                                                                                                       gag-CT-GTTCTA-AGTTAACTT--GGAGC-AGCT-C--T-AGAGCagtcagcagagctgttctaa
gi|6531                       :                                                                                                                      agag-CT-GTTCTA-AGTGAACTT--AGAGC-AG-T-CG-T-AGAGCagtcagcagaactgctctaa
gi|6546                       :                                                                                                                      agag-CT-GTTCTA-AGTGAACTTAGAGAGC-AG-T-CG-T-GGAGCagttctatagcag
gi|6530                       :                                                                                                                        ag-CT-GTTCTA-AGTTAACTT--GGAGC-AG-T-CA-T-GGAGCagtcagcagaactgttctaa
gi|6503                       :                                                                                                                      agag-CT-GTTCTA-AGTTAACTT--GGAGC-AG-T-CA-T-GGAGCagctctagagcag
gi|6501                       :                                                                                                                      agag-CT-GTTCTA-AGTTAACTT--GGAGC-AG-T-CA-A-GGAGCagctctagagcag
gi|6545                       :                                                                                                                      agag-CT-GTTCTA-AGTGAACTT--AGAGC-A--G-CA-agctctagagcagtcagcagaactgctctaa
gi|6539                       :                                                                                                                        ag-CT-GTTCTA-AGTTAACTT--GGAGC-AG-T-CA-T-GGAGCgtcgtgagcagtcagcagaactgttctaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6532 ): GAACTGTTCTAATTTACCTTAGAACATACGCAGAGCGGTCATAGAACTGTTTTAA
Unaligned ( gi|6523 ): AGAGCTGTTCTAAGTTAACAACGAGAGGTCATAAAACAGCTCTA






Alignments
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lowQualScore                  :          0   0    111111   222222 0     11111111 00      0 00  33333333333  4444444444 00   0  0  11 777777777777777 11 7                 3     1    4        
lowQualScore                  :          .   .    ......   ...... .     ........ ..      . ..  ...........  .......... ..   .  .  .. ............... .. .                 .     .    .        
lowQualScore                  :          5   9    666666   111111 5     99999999 77      5 77  11111111111  3333333333 77   5  5  22 888888888888888 66 9                 5     6    2        
consensus                     :      AGAA-CTGTTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------TA----------A--AGC-GG-TC--A---T-----------G-AA-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCA-GTCA-TAGAGCTG
Reference ( family-251 )      :      AGAA-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------TA----------A--AGC-GG-TC--A---T-----------G-GA-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCA-GTCA-TAGAGCTG
gi|6461                       :      AGAA-CTGTTCTA------AGT------T-TACTT--------A--GAACAG-A--CG-----------TT----------G--AGC-GG-TC--A---TA----------G-AA-CAGCTCTAA
gi|6462                       :      AGAA-CTGTTCTA------AGTG-----T-TACTT--------A--GAA-AG-A--CG-----------TT----------G--AGC--G-TC--A---TA----------G-AA-CAGCTCTAAtccccttgtataaagctg
gi|6463                       :      AGAA-CTGTTCCT------AAT------T-TACTT--------A--GAACAG-A--CG-----------TT----------G--AGC--G-TC--A---TA----------G-AA-CAGCTCTAGATCCCCTTG--------TA-TAAAGCTGtccccttgtataaagctg
gi|6464                       :      AGAA-CTGTTTTA------AGT------T-AACCT--------A--GAACAG-A--CG-----------TA----------G--AGC-GG-TA--A---TA----------G-AA-CAGCTCTAA
gi|6465                       :      AAAA-TTGTTCTA------AGT------T-AATTT--------A--GAACAG-A--TT-----------TC----------G--AGC-GG-TC--A---TA----------G-AA-CAGCTCTAA-TCACCTTGtccccctgtatacagctg
gi|6466                       :      AGAA-CTGTTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------TA----------A--ACC-GG-TC--A---T----------------------------------AAGCA-GTCA-TAGAGCTGtatatagctg
gi|6467                       :                                                                                                          -----------G-AA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCG-GTCA-TAGAACttctaa
gi|6468                       :     aAGAG-CTGTTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-T--TC-----------TA----------G--AGC-AG-TC--AAC-A-----------G-AA-CTGTTCTAAagttcta
gi|6469                       :                                                                                                                         -CTGTTCTAAGTTAATGTCGAACG-GTCA-TAGAAC
gi|6470                       :                                    agagT--------A--GAACAG-T--TT-----------TA----------G--AGC-AG-TC--AG--C-----------A-GAGCTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCA-GTagcttta
gi|6471                       :   agaAGAA-GTGTTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAACAG-A--CG-----------TT----------G--AGC-GG-TCA-A---A-----------G-AA-CAGCTCTAAACC-ACTTATA-CATGT-A-TATAGCTG
gi|6472                       :      AGAA-CAGTTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAACAG-A--CG-----------TA----------A--AGT-GG-TC--A---T-----------
gi|6473                       :      AGAA-CTGTTCTA------AATCACTAGT-AACTT--------A--GAACAG-A---G-----------TC----------G--AGC-GG-TC--A---TA----------G-AA-CAGCTCTAA-TCCCCTTGTAACA-Gaaagcagtct
gi|6474                       :      AGAA-CTGTTTTA------AGT------T-AACTT--------A--GAACAG-A--CG-----------TC----------G--AGC-GG-TC--ct
gi|6475                       :      AGAG-CTGTTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAACAG-T--CG-----------TA----------G--AACAAG-TT--C---T-----------G-GA-ttaaagcag
gi|6475                       :                                                                                                                         -CTGTTCTAAGTTAACTTAGAACA-GTCG-TAGAACgcag
gi|6476                       :                                                                                                                       agagTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCA-GTCG-TAGAACaagttctggagcag
gi|6476                       : agaggAGAA-CTGTTCT--------GC------T-GACT--------------GC------TA-----------TA----------G--AAC-TG-TT--C---T-----------ACGA-CTGCTCTAAGTTAACTTAGAACA-agttctatagcagtcagcagaacagttctaa
gi|6477                       : agaggAAAG-CTGTTCTA------AGT------T-AACTT--------G--GAACAG-A--CG-----------CC----------G--AGC-GG-TC--A---TA----------G-AA-CAGCTCTAaa
gi|6478                       :      AGAA-CCGTTCTA------AGC------T-AACTT--------A--GAACAG-A--CG-----------TA----------A--AGC-GG-TC--A---T-----------
gi|6479                       :      AGAA-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------TA----------A--AGC-GG-TC--A---T-----------aaagcag
gi|6480                       :      AGAA-CTGTTCTA------AAT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CA-----------TA----------A--AGC-GG-TC--A---TA----------A-AA-TTATTCTAAaaagcag
gi|6481                       :      AAAA-TTATTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CATT---------TA----------A--AGC-AG-TC--T---TA----------G-AA-CTGTTCTAA
gi|6482                       :      AGAA-CTGTTCTA------AGT------T-AACTG--------A--GAGCAG-A--CA-----------TA----------A--AGT-GG-TC--A---
gi|6483                       :      AGAG-CTGTTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-T--CG-----------TA----------G--AAC-AG-TT--C---T-----------A-GAGCAGCTCTAcaaagcag
gi|6484                       :      AGAA-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------CA----------A--AGC-TG-TC--A---T-----------G-GA-CCGTTCTAA-TGAACTTGGAGCA--TCA-TAGAGCTG
gi|6485                       :      AGAG-CTGTTCTA------CGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------CG----------A--AGC-GG-TC--A---T-----------
gi|6486                       :      AGAA-CTGCTCTA------AGT--------AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------CA----------A--AGC-GG-TC--aagcag
gi|6487                       :      AGAG-CTGTTCTA------AGT------T-AAATT--------A--GAGCAG-T--CG-----------TA----------G--AGC-AG-TC--A---TTA---------G-AA-CTGCTCTAgcaagcagtcatgagaactgctctaa
gi|6488                       :      AGAA-CTGTTCTA------AGT------T-AACAT--------A--AAGCAG-A--TG-----------TA----------A--AG--GG-TC--A---T----------------------------------AAGCA-GTCA-TAGAGCTG
gi|6489                       :      AAAA-CTGCTATA------AGT------T-AACTT--------A--GATCAG-A--CG-----------TA----------A--AGC-GG-TC--A---TA----------A-AA-CTGTTCTAActctaa
gi|6490                       :                                                                                                                        A-CTGTTCTAAGTTAACTTCGAGCG-GTCA-TAGAAC
gi|6491                       :   aaaAGAA-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------TAAGGGGTCAT-A--AGC-AG-TC--A---T-----------A-GAGCTGTTCTAAagctcta
gi|6492                       :      AAAA-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--TG-----------TA----------A--AGC-GG-TC--A---T-----------
gi|6493                       :      AGAG-CTGTTCTA------AGT------T-AACCT--------A--GAGCAG-A--CA-----------TA----------A--AGC-GA-TC--A---T-----------aaagcag
gi|6494                       :      AGAA-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------A--AAGCAG-A--CA-----------CA----------A--TGC-GG-TC--A---TA----------G-AA-CTGTTCTAAaagcagc
gi|6495                       :      AGAA-CTGTTCTA------AGT------T-ATCTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------TA----------A--AGC-GG-TC--A---T-----------
gi|6496                       :      AGAA-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------G--GAGCAG-A--CG-----------CA----------A--AGC-TG-TC--A---T-----------A-GAGCTGTTCTAaagcag
gi|6497                       :      AGAA-CTGTTCTA------AGT------T-AATTT--------A--AAGCAG-A--CA-----------TA----------A--AGC-GG-TC--A---T-----------
gi|6498                       :      AGAA-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------CA----------A--AGC-TG-TC--A---T-----------G-GACCTGTTCTAAaaatcagc
gi|6499                       :      AGAA-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------G--GAGCAG-C--TC-----------TA----------G--AGC-AG-TC--AAGCA-----------G-AA-CTGCTCTAA
gi|6500                       :                                       TT--------A--AAGCAG-T--CG-----------TA----------A--AGC-AGCTCTAA---T-----------G--A-CTGCTCTAAGTTAACTTAGAGCA-GT
gi|6501                       :   agaAGAG-CTGTTCTA------AGT------T-AACTT--------G--GAGCAG-T--CAAGGAGCAGCTCTA----------G--AGC-AG-TC--A---GCA---------G-AA-CTGCTCTAA
gi|6501                       :                                                                                                                         -CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCA-GTCA-AGGAGC
gi|6502                       :  agagAGAA-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------CA----------A--AGC-TG-TC--A---T-----------G-GACCTGTTCTAAagctctagagcagtcagcagaactgctctaa
gi|6503                       :                                                                                                                         -CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCA-GTCA-TGGAGC
gi|6504                       :  agagAGAA-CTGTTCTA------AGT------T-GACTT--------A--GAGC------CC-----------T--------------AGC-GG-TC--G---TA----------G-AA-CAGTTCTAagctctagagcag
gi|6505                       :      AGAG-CTGTCCTA------AAT------T-AACTT--------A--GAGCGG-T--TG-----------TA----------G--AGC-AG-TT--C---T-----------A-GAGCAGCTCTA
gi|6506                       :      AGAA-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------CA----------A--AGC-GG-TC--
gi|6507                       :      AGAG-CTGTTCTA------AGT------T-AACTT--------G--GAGCAG-C--TC-----------TA----------G--AGC-AG-TC--A---GCA---------G-AA-CTGCTCTAAgcaaagcag
gi|6508                       :      AAAA-CTGCTCCA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------CA----------A--AGC-GG-TC--A---T-----------
gi|6509                       :      AGAA-CTGTTCCA------AGT------T-AACTT--------G--GAGCAA-A--CG-----------TA----------A--AGC-GG-CC--A---T-----------A-GG-CTGTTCTAAaaagcag
gi|6510                       :      AGAA-CTGTTCCA------AGT------T-AACT---------A--GAGCAG-A--CG-----------CA----------A--AGC-GG-TC--A---T-----------
gi|6511                       :      AAAA-CTGTTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GATCAG-T--CA-----------TA----------A--AGC-AA-TT--A---TA----------G-AA-CTGTTCTAAaaagcag
gi|6512                       :      AGAA-CTGCTCCA------AGT------T-AACTT--------A--AAGCAG-A--CG-----------TA----------A--AGC-GG-TC--
gi|6513                       :      AGAA-CTGTTCTA------AGT------C-AACTT--------A--GAGCAG-A--CA-----------TA----------G--AGC-TG-Tctaaagcagtaat
gi|6514                       :      AGAG-CTGTTCTA------AGT------T-AACAT--------A--GAGCAG-A--CG-----------TA----------A--ATC-GG-TC--A---T-----------A-AA-C
gi|6515                       :                                                                                                                         -CTGTTCTAAGTTAACGTCGAGCG-GTCA-TAGAag
gi|6516                       :  agagAGAA-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------CA----------A--AGC-TG-TC--A---T-----------ttaaaacagctcta
gi|6517                       :      AGAC-CTGTTCTA------AGT------T-AACGT--------C--GAGCGG-T--CA-----------TA-----------------GA-TT--A---------------G-AA-CAGCTCTA---TAACTaagcag
gi|6517                       :                                                                                                                         -CTGTTCTAAGTTAACGTCGAGCG-GTCA-TAGAgttcttgtctagagc
gi|6518                       :  agacAGAA-CTGCTCTACGCTTAAGT------T-AATTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------CA----------A--AGC-GG-TC--A---ttagaacagctctataactgttcttgtctagagc
gi|6519                       :      AGAG-CTGTTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-T--CG-----------CG----------G--AGC-AG-TT--C---T-----------A-GA-caaagcag
gi|6520                       :      AGAC-CTGTTCTA------AGT------T-AACTA--------A--GAGCAG-A--TG-----------CG----------A--AGC-GG-TC--A---T-----------A-AG-CAGTTCAAAgcag
gi|6521                       :      AGAA-CTGCTCCA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------CA----------AATAGC-GG-TC--A---
gi|6522                       :      AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAAACTT--------A--GAGCAT-A--CG-----------CAAATCTGTCGTA--AGC-AG-TC--A---T-----------A-GACCTGTTCTAAcaaagcag
gi|6523                       :                                                                                                                         -CTGTTCTAAGTTAACAACGAGAG-GTCA-TAAAAC
gi|6524                       :  agagAGAG-CTGTTCTA------AGT------G-AACTT--------G--GAGCAG-T--CG-----------TA----------G--AGC-AG-TC--AG--C-----------A-GAGCTGTTCTAAagctcta
gi|6525                       :      AGAG-CTGTTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GATCAG-T--CA-----------TA----------A--AGC-AG-TT--C---T-----------A-GA-
gi|6526                       :      AGAAGCTGTTCTA------AGT------T-AACTT-----------GAGCAG-C--TC-----------TA----------G--AGC-AG-TC--A---CCA---------G-AA-CTGCTCTAAgcag
gi|6527                       :      AGAA-CTGCTCTA------AGT------T-AA--T--------A--GAGCAG-A--CG-----------CA----------A--AGC-TG-TC--A---T-----------G-GACCTGTTCTAA
gi|6528                       :                                                                                                          -----------G-AA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCA-GTCATTAGAACTG
gi|6529                       :                                                                                                         a-----------G-AA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCA-GTCATTAGAACTGctcta
gi|6530                       :                                                                                                                        a-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCA-GTCA-TGGAGCctcta
gi|6531                       :  agagAGAG-CTGTTCTA------AGT------G-AACTT--------A--GAGCAG-T--CG-----------TA----------G--AGC-AG-Tagctctagagcag
gi|6532                       :       GAA-CTGTTCTA------ATT------T-ACCTT--------A--GAACAT-A--CG-----------CA----------G--AGC-GG-TC--A---TA----------G-AA-CTGTTTTAAtctatagcag
gi|6533                       :       GAA-CTGTTCTA------TGT------T-AACTTTTATAATTA--GAACAG-A--CG-----------TA----------A--AGT-GG-TC--
gi|6534                       :       GAA-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAACAG-A--TG-----------TA----------A--AGC-GG-TC--ttaaagcag
gi|6535                       :       GAG-CTGTTCTA------AGT------G-AACTT--------A--GAGCAG-T--CG-----------TG----------G--AGC-AG-TC--AG--C-----------A-GAGCTGTTCTAA
gi|6536                       :       GAC-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--C------------TA----------A--AGC-AG-TC--A---T-----------A-GA-
gi|6537                       :       GAC-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--C------------TA----------A--AGC-AG-TC--A---T-----------A-GA-ac
gi|6538                       :       GAA-CTGTTCTT------AGT------T-AACTT--------A--GAGGAG-A--CG-----------TA----------A--AGT-GG-TC--A---TAAGCAGTCATAG-AG-CTGTTCTAAac
gi|6539                       :                                                                                                                         -CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCA-GTCA-TGGAGC
gi|6540                       :     gagAA-CTGCTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCGG-T--CA-----------TA----------A--AGC-AA-TC--A---TA----------G-AA-CTGTTCTAAagctctagagcag
gi|6541                       :        AG-CTGTTCTA------AGT------T-AACGT--------G--GAGCAG-C--TC-----------TA----------G--AGC-AG-TC--A---GCA---------G-AA-CTGCTCTAA
gi|6542                       :        AG-CTGTTCTA------CGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------CG----------A--AGC-GG-TC--A---T-----------t
gi|6543                       :        AA-CTGCTCTA------CGT------T-AACTT--------A--CAGCAA-A--CG-----------TA----------A--AGC-GG-TC--A---T-----------aagcag
gi|6544                       :        AA-TTGGTCTA------AGT------T-AACTT--------A--GAGCAG-A--CG-----------C-----------A--AGC-GG-TC--A---aaagcag
gi|6545                       :        AG-CTGTTCTA------AGT------G-AACTT--------A--GAGCAGCAGTCG-----------T-----------G--AGC-AG-TC--A---GCA---------G-AA-CTGTTCTAAcaaagcag
gi|6546                       :        AG-CTGTTCTA------AGT------G-AACTT--------AGAGAGCAG-T--CG-----------TG----------G--AGC-AG-TC--A---GCA---------G-AA-CTGTTCTAA
gi|6547                       :                                        T--------A--GAACAG-T--TC-----------TA----------G--AGC-AG-TC--AG--C-----------A-GAGCTGTTCTAAGTTAACTTAGAACA-GT
gi|6548                       :                                         --------A--GAGCAG-C--TC-----------TA----------G--AGC-AG-TC--AA--C-----------A-GAGCTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCA-GT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                        22222222222                                         
lowQualScore                  :        0        111111   222222   0   22222222       0 00  33333333333  5555555555555555555555    2222222222 0  11 111 44444444444   1                 2     1    4        
lowQualScore                  :        .        ......   ......   .   ........       . ..  ...........  ......................    .......... .  .. ... ...........   .                 .     .    .        
lowQualScore                  :        5        666666   111111   5   66666666       5 77  11111111111  4444444444444444444444    2222222222 5  33 777 66666666666   4                 8     8    7        
consensus                     :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCG-GTCA-TAGAGCTG
Reference ( family-251 )      :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCA-GTCA-TAGAGCTG
gi|6461                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TTA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TT----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAA
gi|6462                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGTG-----TTA-CTT--------AGAA-AG-A--CG-----------TT----------G-----------AGC-----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAAtccccttgtataaagctg
gi|6463                       :    AGAA-CTGTTCCT------AAT------TTA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TT----------G-----------AGC-----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAGATCCCCTTG--------TA-TAAAGCTGtccccttgtataaagctg
gi|6464                       :    AGAA-CTGTTTTA------AGT------TAA-CCT--------AGAACAG-A--CG-----------TA----------G-----------AGCG----------G-TA--A---TA----------GAA-CAGCTCTAA
gi|6465                       :    AAAA-TTGTTCTA------AGT------TAA-TTT--------AGAACAG-A--TT-----------TC----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAA-TCACCTTGtccccctgtatacagctg
gi|6466                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------ACCG----------G-TC--A---TAAGCAGTCATAGAG-CTGTTCTAAtatatagctg
gi|6467                       :                                                                                                                        -----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCG-GTCA-TAGAAC
gi|6468                       :   aAGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--AAC-A-----------GAA-CTGTTCTAAagttcta
gi|6469                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAATGTCGAACG-GTCA-TAGAAC
gi|6470                       :                                     aT--------AGAACAG-T--TT-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCA-GTagcttta
gi|6471                       : agaAGAA-GTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TT----------G-----------AGCG----------G-TCA-A---A-----------GAA-CAGCTCTAAACC-ACTTATA-CATGT-A-TATAGCTG
gi|6472                       :    AGAA-CAGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6473                       :    AGAA-CTGTTCTA------AATCACTAGTAA-CTT--------AGAACAG-A---G-----------TC----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAA-TCCCCTTGTAACA-Ggcagtct
gi|6474                       :    AGAA-CTGTTTTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TC----------G-----------AGCG----------G-TC--T---T-----------AAA-ct
gi|6475                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAACA-GTCG-TAGAACgcag
gi|6476                       :   aAGAG-GTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------GAACAGTTCTATAGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CAGTTCTAAaagttctggagcag
gi|6477                       :    AAAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAACAG-A--CG-----------CC----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTA
gi|6478                       :    AGAA-CCGTTCTA------AGC------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6479                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-gcag
gi|6480                       :    AGAA-CTGTTCTA------AAT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------AAA-TTATTCTAAgcag
gi|6481                       :    AAAA-TTATTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CATT---------TA----------A-----------AGCA----------G-TC--T---TA----------GAA-CTGTTCTAA
gi|6482                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTG--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--A---C-----------AAA-
gi|6483                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AACA----------G-TT--C---TA----------GAG-CAGCTCTAgcag
gi|6484                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGA-CCGTTCTAA-TGAACTTGGAGCA--TCA-TAGAGCTG
gi|6485                       :    AGAG-CTGTTCTA------CGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CG----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-C
gi|6486                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT-------AA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCGGTCGCAAGCAG-TC--A---TGA---------GAA-CTGCTCTAAag
gi|6487                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-ATT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---TTA---------GAA-CTGCTCTA
gi|6488                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CAT--------AAAGCAG-A--TG-----------TA----------A-----------AG-G----------G-TC--A---T---------------------------------AAGCA-GTCA-TAGAGCTG
gi|6489                       :    AAAA-CTGCTATA------AGT------TAA-CTT--------AGATCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------AAA-CTGTTCTAActctaa
gi|6490                       :    AAAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT-------------------CG-----------------------------------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTA
gi|6490                       :                                                                                                                                    AA-CTGTTCTAAGTTAACTTCGAGCG-GTCA-TAGAAC
gi|6491                       :  aaAGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TAAGGGGTCAT-A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAG-CTGTTCTAAagctcta
gi|6492                       :    AAAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--TG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6493                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CCT--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGCG----------A-TC--A---T-----------AAG-Cgcag
gi|6494                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AAAGCAG-A--CA-----------CA----------A-----------TGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CTGTTCTAAagc
gi|6495                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAT-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-C
gi|6496                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---TA----------GAG-CTGTTCTAag
gi|6497                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-TTT--------AAAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6498                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGACCTGTTCTAAtcagc
gi|6499                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--AAGCA-----------GAA-CTGCTCTAA
gi|6500                       :                                     TT--------AAAGCAG-T--CG-----------TA----------A-----------AGCA----------GCTCTAA---T-----------GA--CTGCTCTAAGTTAACTTAGAGCA-GT
gi|6501                       : agaAGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-T--CAAGGAGCAGCTCTA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGCTCTAA
gi|6501                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCA-GTCA-AGGAGC
gi|6502                       :   aAGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGACCTGTTCTAAagctctagagcagtcagcagaactgctctaa
gi|6503                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCA-GTCA-TGGAGC
gi|6504                       :   aAGAA-CTGTTCTA------AGT------TGA-CTT--------AGAGC------CC-----------T-----------------------AGCG----------G-TC--G---TA----------GAA-CAGTTCTAagctctagagcag
gi|6505                       :    AGAG-CTGTCCTA------AAT------TAA-CTT--------AGAGCGG-T--TG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TT--C---TA----------GAG-CAGCTCTA
gi|6506                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--
gi|6507                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGCTCTAAgcaaagcag
gi|6508                       :    AAAA-CTGCTCCA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6509                       :    AGAA-CTGTTCCA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAA-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-CC--A---T-----------AGG-CTGTTCTAAgcag
gi|6510                       :    AGAA-CTGTTCCA------AGT------TAA-CT---------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6511                       :    AAAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGATCAG-T--CA-----------TA----------A-----------AGCA----------A-TT--A---TA----------GAA-CTGTTCTAAgcag
gi|6512                       :    AGAA-CTGCTCCA------AGT------TAA-CTT--------AAAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--C---T-----------AAA-
gi|6513                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------CAA-CTT--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------G-----------AGCT----------G-Tgcagtaat
gi|6514                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CAT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------ATCG----------G-TC--A---T-----------AAA-C
gi|6515                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACGTCGAGCG-GTCA-TAGAag
gi|6516                       :   aAGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------AAG-Cttaaaacagctcta
gi|6517                       :    AGAC-CTGTTCTA------AGT------TAA-CGT--------CGAGCGG-T--CA-----------TA-------------------------G----------A-TT--A---------------GAA-CAGCTCTA---TAACTag
gi|6517                       :                                                                                                                        -----------GAC-CTGTTCTAAGTTAACGTCGAGCG-GTCA-TAGAgttcttgtctagagc
gi|6518                       :   aAGAA-CTGCTCTACGCTTAAGT------TAA-TTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---C-----------AAA-ttagaacagctctataactgttcttgtctagagc
gi|6519                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------CG----------G-----------AGCA----------G-Tgcag
gi|6520                       :    AGAC-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTA--------AGAGCAG-A--TG-----------CG----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-CAGTTCAAAtctagagcag
gi|6521                       :    AGAA-CTGCTCCA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------AAT---------AGCG----------G-TC--A---C-----------AAA-
gi|6522                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAAACTT--------AGAGCAT-A--CG-----------CAAATCTGTCGTA-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAC-CTGTTCTAAgcag
gi|6523                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACAACGAGAG-GTCA-TAAAAC
gi|6524                       :   aAGAG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------GGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAAagctcta
gi|6525                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGATCAG-T--CA-----------TA----------A-----------AGCA----------G-T
gi|6526                       :    AGAAGCTGTTCTA------AGT------TAA-CTT---------GAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---CCA---------GAA-CTGCTCTAAtctagagcag
gi|6527                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA---T--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGACCTGTTCTAA
gi|6528                       :                                                                                                                        -----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCA-GTCATTAGAACTG
gi|6529                       :                                                                                                                       a-----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCA-GTCATTAGAACTGctcta
gi|6530                       :                                                                                                                       a-----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCA-GTCA-TGGAGCctcta
gi|6531                       :   aAGAG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-Tagctctagagcag
gi|6532                       :     GAA-CTGTTCTA------ATT------TAC-CTT--------AGAACAT-A--CG-----------CA----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CTGTTTTAAtctatagcag
gi|6533                       :     GAA-CTGTTCTA------TGT------TAA-CTTTTATAATTAGAACAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--T---T-----------AAA-
gi|6534                       :     GAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--TG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--gcag
gi|6535                       :     GAG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TG----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAA
gi|6536                       :     GAC-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--C------------TA----------A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAA-C
gi|6537                       :     GAC-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--C------------TA----------A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAA-C
gi|6538                       :     GAA-CTGTTCTT------AGT------TAA-CTT--------AGAGGAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--A---TAAGCAGTCATAGAG-CTGTTCTAA
gi|6539                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCA-GTCA-TGGAGC
gi|6540                       :      AA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCGG-T--CA-----------TA----------A-----------AGCA----------A-TC--A---TA----------GAA-CTGTTCTAAagctctagagcag
gi|6541                       :      AG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CGT--------GGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGCTCTAA
gi|6542                       :      AG-CTGTTCTA------CGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CG----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-Ct
gi|6543                       :      AA-CTGCTCTA------CGT------TAA-CTT--------ACAGCAA-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-ag
gi|6544                       :      AA-TTGGTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------C-----------A-----------AGCG----------G-TC--A---C-----------AAA-gcag
gi|6545                       :      AG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------AGAGCAGCAGTCG-----------T-----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGTTCTAAgcag
gi|6546                       :      AG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTTAG------AGAGCAG-T--CG-----------TG----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGTTCTAA
gi|6547                       :                                      T--------AGAACAG-T--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAACA-GT
gi|6548                       :                                       --------AGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---ACA---------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCA-GT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                        22222222222                                        
lowQualScore                  :        0        111111   222222   0   22222222       0 00  33333333333  7777777777777777777777    2222222222 0  11 111 55555555555   1                 3    2    6        
lowQualScore                  :        .        ......   ......   .   ........       . ..  ...........  ......................    .......... .  .. ... ...........   .                 .    .    .        
lowQualScore                  :        5        555555   111111   5   55555555       5 77  11111111111  5555555555555555555555    2222222222 5  33 777 77777777777   4                 2    9    2        
consensus                     :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTNGAGCGGTCA-TAGAGCTG
Reference ( family-251 )      :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCGGTCA-TAGAGCTG
gi|6461                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TTA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TT----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAA
gi|6462                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGTG-----TTA-CTT--------AGAA-AG-A--CG-----------TT----------G-----------AGC-----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAAtccccttgtataaagctg
gi|6463                       :    AGAA-CTGTTCCT------AAT------TTA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TT----------G-----------AGC-----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAGATCCCCTTG-------TA-TAAAGCTGtccccttgtataaagctg
gi|6464                       :    AGAA-CTGTTTTA------AGT------TAA-CCT--------AGAACAG-A--CG-----------TA----------G-----------AGCG----------G-TA--A---TA----------GAA-CAGCTCTAA
gi|6465                       :    AAAA-TTGTTCTA------AGT------TAA-TTT--------AGAACAG-A--TT-----------TC----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAA-TCACCTTGtccccctgtatacagctg
gi|6466                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------ACCG----------G-TC--A---TAAGCAGTCATAGAG-CTGTTCTAAtatatagctg
gi|6467                       :                                                                                                                        -----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCGGTCA-TAGAAC
gi|6468                       :   aAGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--AAC-A-----------GAA-CTGTTCTAAagttcta
gi|6469                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAATGTCGAACGGTCA-TAGAAC
gi|6470                       :                                     aT--------AGAACAG-T--TT-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCAGTagcttta
gi|6471                       : agaAGAA-GTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TT----------G-----------AGCG----------G-TCA-A---A-----------GAA-CAGCTCTAA
gi|6472                       :    AGAA-CAGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--A---T-----------AAA-accacttatacatgtatatagctg
gi|6473                       :    AGAA-CTGTTCTA------AATCACTAGTAA-CTT--------AGAACAG-A---G-----------TC----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAAgcagtct
gi|6474                       :    AGAA-CTGTTTTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TC----------G-----------AGCG----------G-TC--T---T-----------AAA-tccccttgtaacagct
gi|6475                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-T--CG-----------TA----------G-----------AACgcag
gi|6476                       :    AGAG-GTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------GAACAGTTCTATAGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CAGTTCTAAaagttctggagcag
gi|6477                       :    AAAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAACAG-A--CG-----------CC----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTA
gi|6478                       :    AGAA-CCGTTCTA------AGC------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6479                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-gcag
gi|6480                       :    AGAA-CTGTTCTA------AAT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------AAA-TTATTCTAAgcag
gi|6481                       :    AAAA-TTATTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CATT---------TA----------A-----------AGCA----------G-TC--T---TA----------GAA-CTGTTCTAA
gi|6482                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTG--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--A---C-----------AAA-
gi|6483                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AACA----------G-TT--C---TA----------GAG-CAGCTCTAgcag
gi|6484                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGA-CCGTTCTAA-TGAACTTGGAGC-ATCA-TAGAGCTG
gi|6485                       :    AGAG-CTGTTCTA------CGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CG----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-C
gi|6486                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT-------AA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCGGTCGCAAGCAG-TC--A---TGA---------GAA-CTGCTCTAAag
gi|6487                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-ATT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---TTA---------GAA-CTGCTCTA
gi|6488                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CAT--------AAAGCAG-A--TG-----------TAAAGGGTCAT-A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAG-CTGCTCTAA
gi|6489                       :    AAAA-CTGCTATA------AGT------TAA-CTT--------AGATCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------AAA-CTGTTCTAA
gi|6490                       :    AAAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT-------------------CG-----------------------------------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTA
gi|6490                       :                                                                                                                                    AA-CTGTTCTAAGTTAACTTCGAGCGGTCA-TAGAAC
gi|6491                       :  aaAGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TAAGGGGTCAT-A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAG-CTGTTCTAAagctcta
gi|6492                       :    AAAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--TG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6493                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CCT--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGCG----------A-TC--A---T-----------AAG-Cgcag
gi|6494                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AAAGCAG-A--CA-----------CA----------A-----------TGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CTGTTCTAAagc
gi|6495                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAT-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-C
gi|6496                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---TA----------GAG-CTGTTCTAag
gi|6497                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-TTT--------AAAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6498                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGACCTGTTCTAAtcagc
gi|6499                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--AAGCA-----------GAA-CTGCTCTAA
gi|6500                       :                                     TT--------AAAGCAG-T--CG-----------TA----------A-----------AGCA----------GCTCTAA---T-----------GA--CTGCTCTAAGTTAACTTAGAGCAGT
gi|6501                       : agaAGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-T--CAAGGAGCAGCTCTA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGCTCTAA
gi|6502                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGACCTGTTCTAA
gi|6503                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCAGTCA-TGGAGC
gi|6504                       :   aAGAA-CTGTTCTA------AGT------TGA-CTT--------AGAGC------CC-----------T-----------------------AGCG----------G-TC--G---TA----------GAA-CAGTTCTAagctctagagcag
gi|6505                       :    AGAG-CTGTCCTA------AAT------TAA-CTT--------AGAGCGG-T--TG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TT--C---TA----------GAG-CAGCTCTA
gi|6506                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--
gi|6507                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGCTCTAAgcaaagcag
gi|6508                       :    AAAA-CTGCTCCA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6509                       :    AGAA-CTGTTCCA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAA-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-CC--A---T-----------AGG-CTGTTCTAAgcag
gi|6510                       :    AGAA-CTGTTCCA------AGT------TAA-CT---------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6511                       :    AAAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGATCAG-T--CA-----------TA----------A-----------AGCA----------A-TT--A---TA----------GAA-CTGTTCTAAgcag
gi|6512                       :    AGAA-CTGCTCCA------AGT------TAA-CTT--------AAAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--C---T-----------AAA-
gi|6513                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------CAA-CTT--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------G-----------AGCT----------G-Tgcagtaat
gi|6514                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CAT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------ATCG----------G-TC--A---T-----------AAA-C
gi|6515                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACGTCGAGCGGTCA-TAGAag
gi|6516                       :   aAGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------AAG-Cttaaaacagctcta
gi|6517                       :    AGAC-CTGTTCTA------AGT------TAA-CGT--------CGAGCGG-T--CA-----------TA-------------------------G----------A-TT--A---------------GAA-CAGCTCTA---TAACTag
gi|6517                       :                                                                                                                        -----------GAC-CTGTTCTAAGTTAACGTCGAGCGGTCA-TAGAgttcttgtctagagc
gi|6518                       :   aAGAA-CTGCTCTACGCTTAAGT------TAA-TTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---C-----------AAA-ttagaacagctctataactgttcttgtctagagc
gi|6519                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------CG----------G-----------AGCA----------G-Tgcag
gi|6520                       :    AGAC-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTA--------AGAGCAG-A--TG-----------CG----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-CAGTTCAAAtctagagcag
gi|6521                       :    AGAA-CTGCTCCA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------AAT---------AGCG----------G-TC--A---C-----------AAA-
gi|6522                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAAACTT--------AGAGCAT-A--CG-----------CAAATCTGTCGTA-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAC-CTGTTCTAAgcag
gi|6523                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACAACGAGAGGTCA-TAAAAC
gi|6524                       :   aAGAG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------GGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAAagctcta
gi|6525                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGATCAG-T--CA-----------TA----------A-----------AGCA----------G-T
gi|6526                       :    AGAAGCTGTTCTA------AGT------TAA-CTT---------GAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---CCA---------GAA-CTGCTCTAAtctagagcag
gi|6527                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA---T--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGACCTGTTCTAA
gi|6528                       :                                                                                                                        -----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCAGTCATTAGAACTG
gi|6529                       :                                                                                                                       a-----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCAGTCATTAGAACTGctcta
gi|6530                       :                                                                                                                       a-----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCAGTCA-TGGAGCctcta
gi|6531                       :   aAGAG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-Tagctctagagcag
gi|6532                       :     GAA-CTGTTCTA------ATT------TAC-CTT--------AGAACAT-A--CG-----------CA----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CTGTTTTAAtctatagcag
gi|6533                       :     GAA-CTGTTCTA------TGT------TAA-CTTTTATAATTAGAACAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--T---T-----------AAA-
gi|6534                       :     GAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--TG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--gcag
gi|6535                       :     GAG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TG----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAA
gi|6536                       :     GAC-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--C------------TA----------A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAA-C
gi|6537                       :     GAC-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--C------------TA----------A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAA-C
gi|6538                       :     GAA-CTGTTCTT------AGT------TAA-CTT--------AGAGGAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--A---TAAGCAGTCATAGAG-CTGTTCTAA
gi|6539                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCAGTCA-TGGAGC
gi|6540                       :      AA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCGG-T--CA-----------TA----------A-----------AGCA----------A-TC--A---TA----------GAA-CTGTTCTAAagctctagagcag
gi|6541                       :      AG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CGT--------GGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGCTCTAA
gi|6542                       :      AG-CTGTTCTA------CGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CG----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-Ct
gi|6543                       :      AA-CTGCTCTA------CGT------TAA-CTT--------ACAGCAA-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-ag
gi|6544                       :      AA-TTGGTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------C-----------A-----------AGCG----------G-TC--A---C-----------AAA-gcag
gi|6545                       :      AG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------AGAGCAGCAGTCG-----------T-----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGTTCTAAgcag
gi|6546                       :      AG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTTAG------AGAGCAG-T--CG-----------TG----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGTTCTAA
gi|6547                       :                                      T--------AGAACAG-T--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAACAGT
gi|6548                       :                                       --------AGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---ACA---------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCAGT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                        22222222222                                        
lowQualScore                  :        0        111111   222222   0   22222222       0 00  33333333333  7777777777777777777777    2222222222 0  11 111 55555555555   1                 5    3    5        
lowQualScore                  :        .        ......   ......   .   ........       . ..  ...........  ......................    .......... .  .. ... ...........   .                 .    .    .        
lowQualScore                  :        5        555555   111111   5   55555555       5 77  11111111111  5555555555555555555555    2222222222 5  33 777 77777777777   4                 3    6    7        
consensus                     :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTNGAGCGGTCA-TAGAGCTG
Reference ( family-251 )      :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTNGAGCGGTCA-TAGAGCTG
gi|6461                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TTA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TT----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAA
gi|6462                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGTG-----TTA-CTT--------AGAA-AG-A--CG-----------TT----------G-----------AGC-----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAAtccccttgtataaagctg
gi|6463                       :    AGAA-CTGTTCCT------AAT------TTA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TT----------G-----------AGC-----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAGATCCCCTT------GT-A-TAAAGCTGtccccttgtataaagctg
gi|6464                       :    AGAA-CTGTTTTA------AGT------TAA-CCT--------AGAACAG-A--CG-----------TA----------G-----------AGCG----------G-TA--A---TA----------GAA-CAGCTCTAA
gi|6465                       :    AAAA-TTGTTCTA------AGT------TAA-TTT--------AGAACAG-A--TT-----------TC----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAA-TCACCTT------GT-A-TATAGCTGtccccctgtatacagctg
gi|6466                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------ACCG----------G-TC--A---TAAGCAGTCATAGAG-CTGTTCTAA
gi|6467                       :                                                                                                                        -----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCGGTCA-TAGAAC
gi|6468                       :   aAGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--AAC-A-----------GAA-CTGTTCTAAagttcta
gi|6469                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAATGTCGAACGGTCA-TAGAAC
gi|6470                       :                                     aT--------AGAACAG-T--TT-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCAGTagcttta
gi|6471                       : agaAGAA-GTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TT----------G-----------AGCG----------G-TCA-A---A-----------GAA-CAGCTCTAA
gi|6472                       :    AGAA-CAGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--A---T-----------AAA-accacttatacatgtatatagctg
gi|6473                       :    AGAA-CTGTTCTA------AATCACTAGTAA-CTT--------AGAACAG-A---G-----------TC----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAAgcagtct
gi|6474                       :    AGAA-CTGTTTTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TC----------G-----------AGCG----------G-TC--T---T-----------AAA-tccccttgtaacagct
gi|6475                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-T--CG-----------TA----------G-----------AACgcag
gi|6476                       :    AGAG-GTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------GAACAGTTCTATAGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CAGTTCTAAaagttctggagcag
gi|6477                       :    AAAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAACAG-A--CG-----------CC----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTA
gi|6478                       :    AGAA-CCGTTCTA------AGC------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6479                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-gcag
gi|6480                       :    AGAA-CTGTTCTA------AAT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------AAA-TTATTCTAAgcag
gi|6481                       :    AAAA-TTATTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CATT---------TA----------A-----------AGCA----------G-TC--T---TA----------GAA-CTGTTCTAA
gi|6482                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTG--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--A---C-----------AAA-
gi|6483                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AACA----------G-TT--C---TA----------GAG-CAGCTCTAgcag
gi|6484                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGA-CCGTTCTAA-TGAACTTGGAGC-ATCA-TAGAGCTG
gi|6485                       :    AGAG-CTGTTCTA------CGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CG----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-C
gi|6486                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT-------AA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCGGTCGCAAGCAG-TC--A---TGA---------GAA-CTGCTCTAAag
gi|6487                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-ATT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---TTA---------GAA-CTGCTCTA
gi|6488                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CAT--------AAAGCAG-A--TG-----------TAAAGGGTCAT-A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAG-CTGCTCTAA
gi|6489                       :    AAAA-CTGCTATA------AGT------TAA-CTT--------AGATCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------AAA-CTGTTCTAA
gi|6490                       :    AAAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT-------------------CG-----------------------------------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTA
gi|6490                       :                                                                                                                                    AA-CTGTTCTAAGTTAACTTCGAGCGGTCA-TAGAAC
gi|6491                       :  aaAGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TAAGGGGTCAT-A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAG-CTGTTCTAAagctcta
gi|6492                       :    AAAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--TG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6493                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CCT--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGCG----------A-TC--A---T-----------AAG-Cgcag
gi|6494                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AAAGCAG-A--CA-----------CA----------A-----------TGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CTGTTCTAAagc
gi|6495                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAT-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-C
gi|6496                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---TA----------GAG-CTGTTCTAag
gi|6497                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-TTT--------AAAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6498                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGACCTGTTCTAAtcagc
gi|6499                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--AAGCA-----------GAA-CTGCTCTAA
gi|6500                       :                                     TT--------AAAGCAG-T--CG-----------TA----------A-----------AGCA----------GCTCTAA---T-----------GA--CTGCTCTAAGTTAACTTAGAGCAGT
gi|6501                       : agaAGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-T--CAAGGAGCAGCTCTA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGCTCTAA
gi|6502                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGACCTGTTCTAA
gi|6503                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCAGTCA-TGGAGC
gi|6504                       :   aAGAA-CTGTTCTA------AGT------TGA-CTT--------AGAGC------CC-----------T-----------------------AGCG----------G-TC--G---TA----------GAA-CAGTTCTAagctctagagcag
gi|6505                       :    AGAG-CTGTCCTA------AAT------TAA-CTT--------AGAGCGG-T--TG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TT--C---TA----------GAG-CAGCTCTA
gi|6506                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--
gi|6507                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGCTCTAAgcaaagcag
gi|6508                       :    AAAA-CTGCTCCA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6509                       :    AGAA-CTGTTCCA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAA-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-CC--A---T-----------AGG-CTGTTCTAAgcag
gi|6510                       :    AGAA-CTGTTCCA------AGT------TAA-CT---------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6511                       :    AAAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGATCAG-T--CA-----------TA----------A-----------AGCA----------A-TT--A---TA----------GAA-CTGTTCTAAgcag
gi|6512                       :    AGAA-CTGCTCCA------AGT------TAA-CTT--------AAAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--C---T-----------AAA-
gi|6513                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------CAA-CTT--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------G-----------AGCT----------G-Tgcagtaat
gi|6514                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CAT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------ATCG----------G-TC--A---T-----------AAA-C
gi|6515                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACGTCGAGCGGTCA-TAGAag
gi|6516                       :   aAGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------AAG-Cttaaaacagctcta
gi|6517                       :    AGAC-CTGTTCTA------AGT------TAA-CGT--------CGAGCGG-T--CA-----------TA-------------------------G----------A-TT--A---------------GAA-CAGCTCTA---TAACTag
gi|6517                       :                                                                                                                        -----------GAC-CTGTTCTAAGTTAACGTCGAGCGGTCA-TAGAgttcttgtctagagc
gi|6518                       :   aAGAA-CTGCTCTACGCTTAAGT------TAA-TTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---C-----------AAA-ttagaacagctctataactgttcttgtctagagc
gi|6519                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------CG----------G-----------AGCA----------G-Tgcag
gi|6520                       :    AGAC-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTA--------AGAGCAG-A--TG-----------CG----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-CAGTTCAAAtctagagcag
gi|6521                       :    AGAA-CTGCTCCA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------AAT---------AGCG----------G-TC--A---C-----------AAA-
gi|6522                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAAACTT--------AGAGCAT-A--CG-----------CAAATCTGTCGTA-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAC-CTGTTCTAAgcag
gi|6523                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACAACGAGAGGTCA-TAAAAC
gi|6524                       :   aAGAG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------GGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAAagctcta
gi|6525                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGATCAG-T--CA-----------TA----------A-----------AGCA----------G-T
gi|6526                       :    AGAAGCTGTTCTA------AGT------TAA-CTT---------GAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---CCA---------GAA-CTGCTCTAAtctagagcag
gi|6527                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA---T--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGACCTGTTCTAA
gi|6528                       :                                                                                                                        -----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCAGTCATTAGAACTG
gi|6529                       :                                                                                                                       a-----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCAGTCATTAGAACTGctcta
gi|6530                       :                                                                                                                       a-----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCAGTCA-TGGAGCctcta
gi|6531                       :   aAGAG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-Tagctctagagcag
gi|6532                       :     GAA-CTGTTCTA------ATT------TAC-CTT--------AGAACAT-A--CG-----------CA----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CTGTTTTAAtctatagcag
gi|6533                       :     GAA-CTGTTCTA------TGT------TAA-CTTTTATAATTAGAACAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--T---T-----------AAA-
gi|6534                       :     GAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--TG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--gcag
gi|6535                       :     GAG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TG----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAA
gi|6536                       :     GAC-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--C------------TA----------A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAA-C
gi|6537                       :     GAC-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--C------------TA----------A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAA-C
gi|6538                       :     GAA-CTGTTCTT------AGT------TAA-CTT--------AGAGGAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--A---TAAGCAGTCATAGAG-CTGTTCTAA
gi|6539                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCAGTCA-TGGAGC
gi|6540                       :      AA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCGG-T--CA-----------TA----------A-----------AGCA----------A-TC--A---TA----------GAA-CTGTTCTAAagctctagagcag
gi|6541                       :      AG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CGT--------GGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGCTCTAA
gi|6542                       :      AG-CTGTTCTA------CGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CG----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-Ct
gi|6543                       :      AA-CTGCTCTA------CGT------TAA-CTT--------ACAGCAA-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-ag
gi|6544                       :      AA-TTGGTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------C-----------A-----------AGCG----------G-TC--A---C-----------AAA-gcag
gi|6545                       :      AG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------AGAGCAGCAGTCG-----------T-----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGTTCTAAgcag
gi|6546                       :      AG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTTAG------AGAGCAG-T--CG-----------TG----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGTTCTAA
gi|6547                       :                                      T--------AGAACAG-T--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAACAGT
gi|6548                       :                                       --------AGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---ACA---------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCAGT


blockSeqs                     :                 CGCTTA   CACTAG       TTATAATT             AGGAGCAGCTC  GAACAGTTCTAT              GTCGCAAGCA    TA AGC AAGCAGTCATA   C                 A    G    T
blockSeqs                     :                 .        G            AG                   TT           AATCTGTCGTA               .             A  AC  AAGCAGTCATA   C                 C    G    T
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            AAGGGTCATA                .             .  .   CA            C                 A    A    .
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            AGGGGTCATA                .             .  .   CA            .                 G    G    .
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            AAT                       .             .  .   GA            .                 C    A    .
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   TA            .                 A    A    .
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   CA            .                 G    G    .
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   CA            .                 C    G    .
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   CA            .                 C    G    .
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   CA            .                 C    A    .
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   CA            .                 A    A    .
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   CA            .                 A    A    .
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   CA            .                 G    A    .
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   CA            .                 G    A     
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   CA            .                 A    A     
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   CA            .                 A    .     
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   A             .                 .    .     
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   A             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   .             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   .             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   .             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   .             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   .             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   .             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   .             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   .             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   .             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   .             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   .             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   .             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   .             .                            
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blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   .             .                            
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blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   .             .                            
blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            G                         .             .  .   .             .                            
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blockSeqs                     :                 .        .            .                    .            A                         .             .  .   .             .                            
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blockSeqCons                  :                                                                                                                        ***********
originalCons                  :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTNGAGCGGTCA-TAGAGCTG
finalCons                     :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTNGAGCGGTCA-TAGAGCTG





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lowQualScore                  :        .        ......   ......   .   ........       . ..  ...........  ......................    .......... .  .. ... ...........   .                 .    .    .        
lowQualScore                  :        5        555555   111111   5   55555555       5 77  11111111111  5555555555555555555555    2222222222 5  33 777 77777777777   4                 3    6    7        
consensus                     :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTNGAGCGGTCA-TAGAGCTG
Reference ( family-251 )      :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTNGAGCGGTCA-TAGAGCTG
gi|6461                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TTA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TT----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAA
gi|6462                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGTG-----TTA-CTT--------AGAA-AG-A--CG-----------TT----------G-----------AGC-----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAAtccccttgtataaagctg
gi|6463                       :    AGAA-CTGTTCCT------AAT------TTA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TT----------G-----------AGC-----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAGATCCCCTT------GT-A-TAAAGCTGtccccttgtataaagctg
gi|6464                       :    AGAA-CTGTTTTA------AGT------TAA-CCT--------AGAACAG-A--CG-----------TA----------G-----------AGCG----------G-TA--A---TA----------GAA-CAGCTCTAA
gi|6465                       :    AAAA-TTGTTCTA------AGT------TAA-TTT--------AGAACAG-A--TT-----------TC----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAA-TCACCTT------GT-A-TATAGCTGtccccctgtatacagctg
gi|6466                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------ACCG----------G-TC--A---TAAGCAGTCATAGAG-CTGTTCTAA
gi|6467                       :                                                                                                                        -----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCGGTCA-TAGAAC
gi|6468                       :   aAGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--AAC-A-----------GAA-CTGTTCTAAagttcta
gi|6469                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAATGTCGAACGGTCA-TAGAAC
gi|6470                       :                                     aT--------AGAACAG-T--TT-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCAGTagcttta
gi|6471                       : agaAGAA-GTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TT----------G-----------AGCG----------G-TCA-A---A-----------GAA-CAGCTCTAA
gi|6472                       :    AGAA-CAGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--A---T-----------AAA-accacttatacatgtatatagctg
gi|6473                       :    AGAA-CTGTTCTA------AATCACTAGTAA-CTT--------AGAACAG-A---G-----------TC----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTAAgcagtct
gi|6474                       :    AGAA-CTGTTTTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TC----------G-----------AGCG----------G-TC--T---T-----------AAA-tccccttgtaacagct
gi|6475                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-T--CG-----------TA----------G-----------AACgcag
gi|6476                       :    AGAG-GTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------GAACAGTTCTATAGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CAGTTCTAAaagttctggagcag
gi|6477                       :    AAAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAACAG-A--CG-----------CC----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTA
gi|6478                       :    AGAA-CCGTTCTA------AGC------TAA-CTT--------AGAACAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6479                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-gcag
gi|6480                       :    AGAA-CTGTTCTA------AAT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------AAA-TTATTCTAAgcag
gi|6481                       :    AAAA-TTATTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CATT---------TA----------A-----------AGCA----------G-TC--T---TA----------GAA-CTGTTCTAA
gi|6482                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTG--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--A---C-----------AAA-
gi|6483                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AACA----------G-TT--C---TA----------GAG-CAGCTCTAgcag
gi|6484                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGA-CCGTTCTAA-TGAACTTGGAGC-ATCA-TAGAGCTG
gi|6485                       :    AGAG-CTGTTCTA------CGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CG----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-C
gi|6486                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT-------AA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCGGTCGCAAGCAG-TC--A---TGA---------GAA-CTGCTCTAAag
gi|6487                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-ATT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---TTA---------GAA-CTGCTCTA
gi|6488                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CAT--------AAAGCAG-A--TG-----------TAAAGGGTCAT-A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAG-CTGCTCTAA
gi|6489                       :    AAAA-CTGCTATA------AGT------TAA-CTT--------AGATCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------AAA-CTGTTCTAA
gi|6490                       :    AAAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT-------------------CG-----------------------------------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CAGCTCTA
gi|6490                       :                                                                                                                                    AA-CTGTTCTAAGTTAACTTCGAGCGGTCA-TAGAAC
gi|6491                       :  aaAGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TAAGGGGTCAT-A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAG-CTGTTCTAAagctcta
gi|6492                       :    AAAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--TG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6493                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CCT--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGCG----------A-TC--A---T-----------AAG-Cgcag
gi|6494                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AAAGCAG-A--CA-----------CA----------A-----------TGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CTGTTCTAAagc
gi|6495                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAT-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-C
gi|6496                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---TA----------GAG-CTGTTCTAag
gi|6497                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-TTT--------AAAGCAG-A--CA-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6498                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGACCTGTTCTAAtcagc
gi|6499                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--AAGCA-----------GAA-CTGCTCTAA
gi|6500                       :                                     TT--------AAAGCAG-T--CG-----------TA----------A-----------AGCA----------GCTCTAA---T-----------GA--CTGCTCTAAGTTAACTTAGAGCAGT
gi|6501                       : agaAGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-T--CAAGGAGCAGCTCTA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGCTCTAA
gi|6502                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGACCTGTTCTAA
gi|6503                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCAGTCA-TGGAGC
gi|6504                       :   aAGAA-CTGTTCTA------AGT------TGA-CTT--------AGAGC------CC-----------T-----------------------AGCG----------G-TC--G---TA----------GAA-CAGTTCTAagctctagagcag
gi|6505                       :    AGAG-CTGTCCTA------AAT------TAA-CTT--------AGAGCGG-T--TG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TT--C---TA----------GAG-CAGCTCTA
gi|6506                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--
gi|6507                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGCTCTAAgcaaagcag
gi|6508                       :    AAAA-CTGCTCCA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6509                       :    AGAA-CTGTTCCA------AGT------TAA-CTT--------GGAGCAA-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-CC--A---T-----------AGG-CTGTTCTAAgcag
gi|6510                       :    AGAA-CTGTTCCA------AGT------TAA-CT---------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-
gi|6511                       :    AAAA-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGATCAG-T--CA-----------TA----------A-----------AGCA----------A-TT--A---TA----------GAA-CTGTTCTAAgcag
gi|6512                       :    AGAA-CTGCTCCA------AGT------TAA-CTT--------AAAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--C---T-----------AAA-
gi|6513                       :    AGAA-CTGTTCTA------AGT------CAA-CTT--------AGAGCAG-A--CA-----------TA----------G-----------AGCT----------G-Tgcagtaat
gi|6514                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CAT--------AGAGCAG-A--CG-----------TA----------A-----------ATCG----------G-TC--A---T-----------AAA-C
gi|6515                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACGTCGAGCGGTCA-TAGAag
gi|6516                       :   aAGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------AAG-Cttaaaacagctcta
gi|6517                       :    AGAC-CTGTTCTA------AGT------TAA-CGT--------CGAGCGG-T--CA-----------TA-------------------------G----------A-TT--A---------------GAA-CAGCTCTA---TAACTag
gi|6517                       :                                                                                                                        -----------GAC-CTGTTCTAAGTTAACGTCGAGCGGTCA-TAGAgttcttgtctagagc
gi|6518                       :   aAGAA-CTGCTCTACGCTTAAGT------TAA-TTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---C-----------AAA-ttagaacagctctataactgttcttgtctagagc
gi|6519                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------CG----------G-----------AGCA----------G-Tgcag
gi|6520                       :    AGAC-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTA--------AGAGCAG-A--TG-----------CG----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-CAGTTCAAAtctagagcag
gi|6521                       :    AGAA-CTGCTCCA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------AAT---------AGCG----------G-TC--A---C-----------AAA-
gi|6522                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAAACTT--------AGAGCAT-A--CG-----------CAAATCTGTCGTA-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAC-CTGTTCTAAgcag
gi|6523                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACAACGAGAGGTCA-TAAAAC
gi|6524                       :   aAGAG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------GGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAAagctcta
gi|6525                       :    AGAG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGATCAG-T--CA-----------TA----------A-----------AGCA----------G-T
gi|6526                       :    AGAAGCTGTTCTA------AGT------TAA-CTT---------GAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---CCA---------GAA-CTGCTCTAAtctagagcag
gi|6527                       :    AGAA-CTGCTCTA------AGT------TAA---T--------AGAGCAG-A--CG-----------CA----------A-----------AGCT----------G-TC--A---T-----------GGACCTGTTCTAA
gi|6528                       :                                                                                                                        -----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCAGTCATTAGAACTG
gi|6529                       :                                                                                                                       a-----------GAA-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCAGTCATTAGAACTGctcta
gi|6530                       :                                                                                                                       a-----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCAGTCA-TGGAGCctcta
gi|6531                       :   aAGAG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TA----------G-----------AGCA----------G-Tagctctagagcag
gi|6532                       :     GAA-CTGTTCTA------ATT------TAC-CTT--------AGAACAT-A--CG-----------CA----------G-----------AGCG----------G-TC--A---TA----------GAA-CTGTTTTAAtctatagcag
gi|6533                       :     GAA-CTGTTCTA------TGT------TAA-CTTTTATAATTAGAACAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--T---T-----------AAA-
gi|6534                       :     GAA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAACAG-A--TG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--gcag
gi|6535                       :     GAG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------AGAGCAG-T--CG-----------TG----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAA
gi|6536                       :     GAC-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--C------------TA----------A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAA-C
gi|6537                       :     GAC-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--C------------TA----------A-----------AGCA----------G-TC--A---TA----------GAA-C
gi|6538                       :     GAA-CTGTTCTT------AGT------TAA-CTT--------AGAGGAG-A--CG-----------TA----------A-----------AGTG----------G-TC--A---TAAGCAGTCATAGAG-CTGTTCTAA
gi|6539                       :                                                                                                                        -----------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTGGAGCAGTCA-TGGAGC
gi|6540                       :      AA-CTGCTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCGG-T--CA-----------TA----------A-----------AGCA----------A-TC--A---TA----------GAA-CTGTTCTAAagctctagagcag
gi|6541                       :      AG-CTGTTCTA------AGT------TAA-CGT--------GGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGCTCTAA
gi|6542                       :      AG-CTGTTCTA------CGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------CG----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAG-Ct
gi|6543                       :      AA-CTGCTCTA------CGT------TAA-CTT--------ACAGCAA-A--CG-----------TA----------A-----------AGCG----------G-TC--A---T-----------AAA-ag
gi|6544                       :      AA-TTGGTCTA------AGT------TAA-CTT--------AGAGCAG-A--CG-----------C-----------A-----------AGCG----------G-TC--A---C-----------AAA-gcag
gi|6545                       :      AG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTT--------AGAGCAGCAGTCG-----------T-----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGTTCTAAgcag
gi|6546                       :      AG-CTGTTCTA------AGT------GAA-CTTAG------AGAGCAG-T--CG-----------TG----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAA-CTGTTCTAA
gi|6547                       :                                      T--------AGAACAG-T--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---GCA---------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAACAGT
gi|6548                       :                                       --------AGAGCAG-C--TC-----------TA----------G-----------AGCA----------G-TC--A---ACA---------GAG-CTGTTCTAAGTTAACTTAGAGCAGT