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lowQualScore                  :            .. .. .     ..    .  ..  .  .  ...........     . ...  .... .. . ....  ...... ........ ...... . . ... ..... .  . .   ...  . . ...  ......  ... .... ... . .. . ..... .. .... .... .......... .  ..       .    
lowQualScore                  :            88 66 5     77    5  77  0  5  33333333333     4 222  9999 66 9 8888  555555 11111111 666666 9 5 888 11111 5  0 0   444  0 5 999  444444  444 2222 777 6 55 3 66666 99 4444 1111 1111111111 9  11       5    
consensus                     :       ATACA--T-CT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----T----CC----ACAA--ACAAATAAATAA
Reference ( gi|49887 )        :       ATACA--T-AT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-A----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----T----CC----ATAA--ACAAATATATAA
gi|49893                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------C-T-T---T-----T-T--C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----G--A----A----C----CC----ACAA--ACAAA-AT
gi|49888                      :       ATACA--T-TT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGCT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-G---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----C----T----AA----ATAA--ACaa
gi|49898                      :       ATACA--T-CT-GTATA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GTGAT-C---TT----A--C-C----AT------T--------A------G-T-TA--T-----T-TG-C-ATG---AA-G-C---TG-G----TA---A----C---A-A--A-C-----A--AATATA----T----CC----ACAA--ACAAATA
gi|49891                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--TCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGGT-C---TG----A--C-T----GT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----a
gi|49895                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-AAA---AA-G-T---TG-C----CA---A----C---A-G--A-C-----T--A----A----T----
gi|49901                      :       ATACA--C-CT-GCGTA--CTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------A-T-T---G-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--T----A----C----CC----ACCA--ACAGATGAATAaatatgatcacattcaaat
gi|49889                      :       ATACA--A-CT-GTGTT--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAA-C---CG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TA-C-ATA---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----T----AA----ATAA--ATAAACAAATAA
gi|49902                      :       ATAGA--T-TT-GTGTT--TTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-T---TG----A--C-C----AT------T--------A--------C-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C--------A----A----T----CC----ACAA--ACAAATAAATA
gi|49890                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--CCAA-CT--TT-CA-AA-----------ACAAC-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------T-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-C---TG-C----CA---A----C---A-G--A-CAAAT-A--A----A----T----CC----ACAA--ATAAACA
gi|49908                      :       ATACA--T-GT-CTGTA--CCAA-TT--CT-TA-AA-----------GCAAT-C---GG----G--G-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-A-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----T----CC----ACAA--A-AAATAAACAA
gi|49903                      :       ATAGA--T-CT-GTGTA--CAAA-TT--TT-CA-AA-----------GAAAT-C---TA----A--C-C----TT------T--------A------G-A-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----G----T----CC----AAAA--ACAAAT
gi|49897                      :       ATACA--C-CT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------ATGAT-C---TG----A--T-G----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TA-C-ACG---AT-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-CAAAT-A--A----A----T----CC----ACAA--ACAAATtaacaaataaa
gi|49892                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--CCAA-TT--AT-CA-AA-----------GAGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-AG-C-ATG---AA-G-G---TG-C----AA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----T----AA----ATAA--Agaatga
gi|49899                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--ACAA-TC--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TA----A--A-C----AT------T--------A------G-A-T---T-----T-TG-C-ATA---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----AG---TTAA-CC----ACAA--CCAAATGAATAA
gi|49894                      :       ATACA--T-CT-GTATA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCAAT-C---TG----A--C-A----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-AAG---AA-G-TTTCTA-A----TAC--A----C---A-A--A-T-----A--A----A----T----AT----ATAA--ATAAACA
gi|49906                      :       ATGCA--T-CT-TTGTA--CCAATTT--TT-C---A-----------GCCAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-TGT---T-----T-TG-C-ATG---GA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-CACAT-A--A----A----T----CC----ATAA--ATAGAT
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gi|49913                      :       ATACA--T-CTCGTGCA--ACAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----G--C-C----AT------T--------A------G---T---T-----T-TG-C-ATG---AG-T-T---TG-C----TA---A----C---A-G--ACC-----AGTA----A----T----CC-----CAA--ACAA
gi|49912                      :       ATAGA--T-CT-GTGTA--TTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--A-C----AT------T--------A------G-T-T---G-----G-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A----A-T-----A--A----A----T----taagta
gi|49914                      :       ATATA--T-CT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCATT-C---TA----G--C-C----AT------C--------C------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TC-C----T----A----C---A-G--A-C-----A--A----A----
gi|49919                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--CAAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAC-C---TT----A--T-T----AT------T--------A------G-C-TAAAA-----A-TG-C-ATG---AA-A-A---TG-T----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----ACAAGT----CC----ACAA--ACAAATA
gi|49923                      :       ATACA--T-A--G-GTA--CTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-T---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-CAATG---AATGTT---TG-T----TA---A----C---A-AATA-C-----A--A----A----T----a
gi|49916                      :       ATACA--T-CT-GTGTC--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GAGAT-C---TG----G--C-C----GT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-A-----------------------A---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----T----AG----ATAA--ACaatatggaataaa
gi|49915                      :       ATATA--T-CT-AAGTA--CCAA-TT--TG-TA-AA-----------GCGGT-C---TG----A--C-C----AC------C--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATA---AA-G-T---TG-C----TA---G----C---A-G--T-C-----A--A----A----T----
gi|49896                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--CTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-T----ATTTGA--T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATT---AG-G-T---Ta
gi|49920                      :       ATACA--T-AT-GTGTA--AATA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAC-CC--TG----A--T-C----AT------T--------A------C-T-T---T-----T-TG-C-AAG---AA-A-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A--------------------------C----ATGA--AAAAATA-ATAAac
gi|49917                      :       ATACT--T-CT-GTGTA--TCAA-TT--TTGCA-AA-----------GCGCT-C---AC----A--C-T----GT------T--------A------G-T-T---T-----A-GG-C-GTG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-A-----A--A----A----T----GC----ACAA--ATAAATAtagataaat
gi|49904                      :       ATACA--T----GTATA--CCAA-TT--TT-CA-TT-----------GCAAG-C---TG----A--C-C----ATTA----T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-A-T---TG-C----TAT--A----C---A-G--A-C-----A--G----A----T----AG----AT-A--ATGAATAAATAAaagaaacaaataa
gi|49926                      :       ATACA--G-CT-GTGTA--TTAA-TT--TT-CT-AA-----------GCAAT-C---TG----A--CAC----TT------T--------C------A-T-A---T-----G-TA---ATG---AA-G-T---TG-T----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----T----CC----ACAC--ACAAATAAATAA
gi|49910                      :       ATACA--T-CT-GTGCA--CTTA-TT--TT-CG-AA-----------GCAAT-C---TG----A--A-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-GCG---AG-G-T---T
gi|49922                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--CTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGGT-C---TG----T--C-C----AT------T--------A------G-T-G---T-----G-TC-T-ATG---AA---T---TG-C----CA---A----T---A-C--A-T-----A--A----ac
gi|49929                      :       ATACA--T-TT-GTGTA--CCAA-TT--TC-TA-CA-----------GCGGT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-A-T---T-----T-TG-ctagataa
gi|49928                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--CCAT-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-T---TG----A--T-G----AT------T--------A------G-T-G---T-----T-TC-C-AT
gi|49921                      :       ACACA--T-CT-GTGTT--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GTAAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-------------T-TG-C------------------------TA---A----C---A-G--A-A-----A--A----A----T----GA----ATAA--GGGAATAAATAAccacaaacaaataaagtacatgtaacaagtaaaca
gi|49930                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--CCAA-TT--GT-CA-AA-----------GCGAT-C---GG----A--C-A----AT------T--------A------G-T-
gi|49909                      :       ACACA--C-CT-GTGTA--TAAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---T--------CTT----AT------TACA-----A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---T
gi|49907                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--CCAC-TT--TT-CA-AA-----------GCGAA-C---TG----A--T-A----TT------T--------A------G-A-T---T-----T-TA-A-ATG---TA-G-T---Tac
gi|49918                      :       ATCCA--T-TT-GTATG--C-AA-TT--TGGCA-AA-----------GCGAT-C---TA----A--T-T----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AG-G-T---TG-ac
gi|49936                      :       ATATA--C-TT-GTGTT--TTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCAAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----c
gi|49927                      :       ATATA--T-CT-GTGTA--TGAA-AT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A---------A----------------------------------------G-C-ATG---AA-G-T---TA-C----TA---ATAGTC---A-A--A-T-----A--A----A----T----CC----A-AA--ATAAATAGATA
gi|49931                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-CA-----------GCGAT-C---TG----
gi|49933                      :       ACACG--T-CT-GTGTA--CCAA-AT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TA----A--C-C----A-------C--------G------G-G-G---A-----T-TG-C-ATG-------------------------A----C---A-A--A-T-----A--A----A----T----AC----ACAA--ATAGATA
gi|49935                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--TCAA-TT--TT-CACAA-----------GCGAT-CG--TGAA--A--C-C----AT------T--------A------G-A-T---T-----a
gi|49934                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--TTAA-TT--TT-CA-AA-----------ACGAT-T---TG----A--T-C----TT------T--------A------G----------------G-C-----------------G-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----G---------CT----ATAATCACAAACAGAT
gi|49924                      :       ATACC--T-CT-ATGTA--CCAA-CT--TT-CA-AT-----------ACCAT-C---TG-------T-C----AT------T--------A------G-T-T---CA----T-TC-C-ATG---AA-G-T---T
gi|49925                      :       ATACA--TTCT-ATGTA--CCAA-CT--TT-CA-AT-----------ACCAT-C---TG-------T-C----AT------T--------A------G-T-T---CA----T-TC-C-ATG---AA-G-T---Tac
gi|49932                      :       ATACA--C-CT-GTGTA--TCAA-TT--TT-CA-AA-----------GGTAT-C---TG----G--C-C----AA------T--------A------C-T-T---T-----T-Tac
gi|49938                      :       ATACA--G-CT-GTGTA--CCAA-AT--TT-CA-AA-----------GTGAT-C---TG----A--CTT----AT------T--------A------
gi|49937                      :       ATACA--T-CT-GTGTA--CTAA-TA--TT-CA-AGATTCTATATTGGTGAT-T---TA----A--C-C----AA------T--------A------G-T-A---T-----T-TG-C-ATA---AA-A-T---TG-
gi|49941                      :        TACA--T-CT-GTGCA--CCAA-TT--TT-CA-CA-----------GCAAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---Tcttac
gi|49940                      :        TACA--T-CT-GTGTA--TCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-----TG----A--C-C----AT------T--------G------G-T-T---G-----C-TG-C-ATG---AA-A-C---TG-C----TG---A----A---A-A--A-T-----A--A--------------------ATAA--ACAac
gi|49939                      :        TACA--T-CT-GTGTT--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-T---TG----A--T-C----AT------TTAATCATCA------G-T-G---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-
gi|49942                      :        TACACTT-GT-ATGTA--ACAA-TT--TT-CA-AA-----------GCAAT-A---CG----A--C-CATA-AT------T--------A------G-A-A---T-----T-TG-C-ATA---AG-T-T---TG-C----TA---A----CAATA-G--A-T-----A--A----A----T----CC----AAAA--TTAAATA
gi|49943                      :         ACA--T-AT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------GTT-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-A----TA---A----C---ACG--ACC-----A--A----A----T----CC----ATAA--ACAAATAa
gi|49946                      :         ACA--T-AT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GATAT-T---TG----A--C-A----AT------T--------A------G-T-T---T-----G-TG---ATG---AA-G-T---TG-C----TA---G----C---A-G--A-CAAAG-A--A----A----T----CC----ACAA--ACAAAT
gi|49945                      :         ACA--T-CT-GTGTG--CCAA-TTCATA-TA-AA-----------GCGAG-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-A-TG--TG-C----TA---A----A---A-G--A-CAAAT-A--A----A----T----CC----ACAA--ACAAATAAATAA
gi|49944                      :         ACA--TCGT-GTGTAACCCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGATCC---TG----A--C-C----AT------T--------A------G---T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--G----C----T----AA----ATAA--A
gi|49947                      :         ACA--C-CT-GTGTA--TCAA-TT--TT-CA-TA-----------CTGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------T------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-
gi|49950                      :         ACA--T-CT-GGATA--C--A-CT--CT-CA-A------------GCGATTC---TG----A--C-C----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG------------------TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A--------------------ATAA--ATAAATAc
gi|49951                      :          CA--T-CT-GTGCA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TT-C-ATG---AA-A-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----gaca
gi|49952                      :          CA--T-CT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-AT-----------GGGAT-C---TG----A--C-A----AT------T--------T------GTT-T---T-----T-TG-C-ACA---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----
gi|49953                      :           A--T-TT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GTGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-A-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A--------------------ATAA--ATAGATATATAAgtaaa
gi|49954                      :           A--T-CT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-T---TG----A--C-C----TA------T--------A------G-T-A---T-----T-TG-C-AAG---AA-G-T---TA-ATTGCTA---ATT--C---A-G--A-CAAAT-A--A----A----T----CC----ACAA--ACAAATAata
gi|49956                      :           A--T-CT-GTCTA--CCAA-TT--TC-TA-AA-----------GCGGT-C---TG----A--C-C----ATTTCGTGT--------A------T-T-TA--T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-CTGACAA--A----G----TTAA-CC----ACAA--ACAa
gi|49955                      :           A--T-CT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------ACAAT-C---TT----A--C-T----GC------T--------A------G-T-G---TAAAAAC-TG-T-ATG---AA-G-T---TG-T----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----T----
gi|49957                      :           A--T-TT-GTGCA--CAAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---T-----------------------------------------------------T-TG-C-ATG---AT-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----T----AA----ATGA--ATAAAaaatcctaaaatgaataaat
gi|49958                      :           A--T-CT-GTGTA--CCAA-TT--TT-TA-AA-----------GCTAA-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-C---T-----T-TG-C-
gi|49911                      :               -AT-GCGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-CATCTG----A--C-C----AT------T--------ACATGTAG-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--
gi|49959                      : atacatctgtgtgtgcT-GTGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------C-A-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-A--A-
gi|49960                      :                cT-GTGTA--ACAA-TT--TT-CA-AA-----------GCAAT-C---CG----A--T-C----AT------T--------A------G-T-C---T-----T-TG-C-CTGTTAAA-G-T---T
gi|49962                      :                  -GTATA--CCAA-TT--TT-TA-AA-----------GTGAT-C---T-----A--C-TATTAAT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---CA-G-C---Tagttaa
gi|49961                      :                  -GTATA--CCAA-TT--TT-TA-AA-----------GTGAT-C---T-----A--C-TATTAAT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---CA-G-C---Tac
gi|49963                      :                    TGTA--CCA--TT--GT-CA-AA-----------GCGATTC---TG----C--C-C----AT------T--------AA-----G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TGCA----AAGGTA----C---A-GA-A-CTA---A--A----A----T----CT----GCAA--ACAAATAac
gi|49964                      :                      TA--CCA--TT--TA-CA-AA-----------GCGAT-C---TG---------C----AT------TTAAATAG-ATCT---G-T-T---T-----G-TGGC-ATG---AC-G-T----G-C----CA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----TAAATCT----ACAA--ACAAATAAATAAaa
gi|49965                      :                       A--CCAA-TT--CT-AA-GA-----------TACAT-C---TGTGT-A--C-C----A----------------A----------T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TT-T----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----T----CC----GCAA--ACAAATAAATAA
gi|49966                      :                           CAA-GT--TT-CA-AA-----------GCAAT-C---TG----AAGT-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-T-ATG---AA-C-TG--TG-C----TA---A----TG--A-G--A-C-----A--A----A----G----TC----ACAA--ACAAAT
gi|49967                      :                            AA-TT--TT-CA-AA-----------GCCAT-C---TCT---A--C-C----TT------T--------T------T-T-T---T-----T-TA-C-ATG---AC-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----C----CC----TTAA--ACAACTTTGTAAtagaataa
gi|49968                      :                             A-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-A----G----G--T-C----AT------T--------A------C-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---Ttaagtaaataa
gi|49969                      :                                T--CT-CA-AA-----------GCTAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----T----CCACAGATAA--ACAAATAacattaac
gi|49970                      :                                    T-CA-AA-----------GCTAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----TTTG-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----T----CCACAGATAA--ACAAATAaagtaa
gi|49948                      :                                        -AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TGTT-ATGA--AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----T----------A-AA--GTAAATAaagtaa
gi|49949                      :                        acatctgatacatctc-AA-----------GCGAT-C---GA----A--CTC----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-TTATG---AAAG-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A--------------------ATAA--ATAAATAgaca
gi|49971                      :                            acatctatacatctc-----------GCAAC-T---TG----A--C-C----AC------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-C-CTG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-A--G-C-----A--A----A----T----CC----ACAA--ATAAATAgaca
gi|49972                      :                                                       CGAT-TA--CG----A--C-C----ATA-----T--------G------T-T-T---T-----T-TG-C-ATA---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-CAT---A--A----A----T----AG----ATAA--AGCAATAa
gi|49973                      :                                                                 G----A--C-T----AT------T--------A------C-T-T---T-----T-TC-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----T---A-G--T-C-----A--A----A----T-----A----ATAG--ATAAATAaaca
gi|49974                      :                                                                                                  ------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G-T---TG-C----TA---A----C---A-G--A-C-----A--A----A----A----CC----ACAA--ACAAATA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                              11111              11111                                  
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lowQualScore                  :       . . .  ..  .......... ..    .  ..  .  .  ...........     . ...  .... .. . ....  ...... ........ ...... . . ... ..... .  . .   ...  . .... . .  ..  .... .... ... . . . ..... .. .... .... .....  . .   . ....... .  .... ...     
lowQualScore                  :       5 5 5  77  2222222222 77    5  77  0  5  22222222222     4 222  1111 66 9 8888  444444 00000000 666666 9 5 888 11111 5  0 0   444  0 6666 0 5  77  8888 1111 666 6 6 2 66666 99 5555 8888 22222  2 5   8 7777777 8  8888 666     
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Reference ( family-249 )      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCACA-AAC-A-------A-AT----A---AATAA
gi|49887                      : ATACAT-A-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GA--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCATA-AAC-A-------A-AT----A---TATAA
gi|49888                      : ATACAT-T-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGCT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-G---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----C----T----AAATA-AAC-
gi|49889                      : ATACAA-C-T-GT--GT----------T--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAA-C---CG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TA-C-ATA---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----AAATA-AAT-A-------A-AC----A---AATAA
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gi|49904                      : ATACAT-----GT--AT----------A--CCAA-TT--TT-CA-TT-----------GCAAG-C---TG----A--C-C----ATTA----T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-A----T-T-GC--TAT---A----C---A-G-A-C-----A--G----A----T------AGATAAT-G-------A-AT----A---AATAAa
gi|49905                      : ATACAT-C-T-GT--AT----------A--CCAA-TT--TG-CG-AA-----------GCGAT-C---CGTCGGA--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-T-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----T----C---A-G-A-C-----A--A----A----
gi|49906                      : ATGCAT-C-T-TT--GT----------A--CCAATTT--TT-C---A-----------GCCAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-TGT---T-----T-TG-C-ATG---GA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-CACAT-A--A----A----T----CCATA-AAT-A-------G-AT----
gi|49907                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CCAC-TT--TT-CA-AA-----------GCGAA-C---TG----A--T-A----TT------T--------A------G-A-T---T-----T-TA-A-ATG---TA-G----T-T-AC--
gi|49908                      : ATACAT-G-T-CT--GT----------A--CCAA-TT--CT-TA-AA-----------GCAAT-C---GG----G--G-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-A----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCACA-AA--A-------A-AT----A---AACAA
gi|49909                      : ACACAC-C-T-GT--GT----------A--TAAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---T--------CTT----AT------TACA-----A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-AC--
gi|49910                      : ATACAT-C-T-GT--GC----------A--CTTA-TT--TT-CG-AA-----------GCAAT-C---TG----A--A-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-GCG---AG-G----T-T-AC--
gi|49911                      : ATACAT-C-T-GT--GTGTGCATGCGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-CATCTG----A--C-C----AT------T--------ACATGTAG-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--
gi|49912                      : ATAGAT-C-T-GT--GT----------A--TTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--A-C----AT------T--------A------G-T-T---G-----G-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A---A-T-----A--A----A----T----
gi|49913                      : ATACAT-C-TCGT--GC----------A--ACAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----G--C-C----AT------T--------A------G---T---T-----T-TG-C-ATG---AG-T----T-T-GC--TA----A----C---A-G-ACC-----AGTA----A----T----CC-CA-AAC---------A-AT----A---AGTA
gi|49914                      : ATATAT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCATT-C---TA----G--C-C----AT------C--------C------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-CC--T-----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----
gi|49915                      : ATATAT-C-T-AA--GT----------A--CCAA-TT--TG-TA-AA-----------GCGGT-C---TG----A--C-C----AC------C--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATA---AA-G----T-T-GC--TA----G----C---A-G-T-C-----A--A----A----T----
gi|49916                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------C--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GAGAT-C---TG----G--C-C----GT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-A----------------------A----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----AGATA-AAC-a
gi|49917                      : ATACTT-C-T-GT--GT----------A--TCAA-TT--TTGCA-AA-----------GCGCT-C---AC----A--C-T----GT------T--------A------G-T-T---T-----A-GG-C-GTG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-A-----A--A----A----T----GCACA-AAT-A-------A-AT----A---AAGAA
gi|49918                      : ATCCAT-T-T-GT--AT----------G--C-AA-TT--TGGCA-AA-----------GCGAT-C---TA----A--T-T----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AG-G----T-T-GC--acaaataa
gi|49919                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CAAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAC-C---TT----A--T-T----AT------T--------A------G-C-TAAAA-----A-TG-C-ATG---AA-A----A-T-GT--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----ACAAGT----CCACA-AAC-A-------A-AT----A---
gi|49920                      : ATACAT-A-T-GT--GT----------A--AATA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAC-CC--TG----A--T-C----AT------T--------A------C-T-T---T-----T-TG-C-AAG---AA-A----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-------------A----T----GAAAA-AAT-AAT-----A-AT----A---GATAA
gi|49921                      : ACACAT-C-T-GT--GT----------T--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GTAAT-C---TG----A--C-C----AT------T-------------------------------------------A-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-A-----A--A----A----T----GAATA-AGG-G-------A-AT----A---AATAAat
gi|49922                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGGT-C---TG----T--C-C----AT------T--------A------G-T-G---T-----G-TC-T-ATG---AA------T-T-GC--CA----A----T---A-C-A-T-----A--A----
gi|49923                      : ATACAT-----AG--GT----------A--CTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-T---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-CAATG---AATGT---T-T-GT--TA-----------------A-C-----A--A----A----T------ACA-AAT-A-------ATATG---G---AATAActagataa
gi|49924                      : ATACCT-C-T-AT--GT----------A--CCAA-CT--TT-CA-AT-----------ACCAT-C---TG-------T-C----AT------T--------A------G-T-T---CA----T-TC-C-ATG---AA-G----T-T-AC--a
gi|49925                      : ATACATTC-T-AT--GT----------A--CCAA-CT--TT-CA-AT-----------ACCAT-C---TG-------T-C----AT------T--------A------G-T-T---CA----T-TC-C-ATG---AA-G----T-T-AC--
gi|49926                      : ATACAG-C-T-GT--GT----------A--TTAA-TT--TT-CT-AA-----------GCAAT-C---TG----A--CAC----TT------T--------C------A-T-A---T-----G-TA---ATG---AA-G----T-T-GT--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCACA-CAC-A-------A-AT----A---AATAA
gi|49927                      : ATATAT-C-T-GT--GT----------A--TGAA-AT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A---------A----------------------------------------G-C-ATG---AA-G----T-T-AC--TA----ATAGTC---A-A-A-T-----A--A----A----T----CCA-A-AAT-A-------A-AT----A---GATA
gi|49928                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CCAT-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-T---TG----A--T-G----AT------T--------A------G-T-G---T-----T-TC-C-AT------------C-C-AC--AA----A----C---A-A-A-T-----A--A----AG---T----ACATGTAAC-A-------A-GT----A---AACA
gi|49929                      : ATACAT-T-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TC-TA-CA-----------GCGGT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-A-T---T-----T-TG-
gi|49930                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--GT-CA-AA-----------GCGAT-C---GG----A--C-A----AT------T--------A------G-T-
gi|49931                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-CA-----------GCGAT-C---TG----
gi|49932                      : ATACAC-C-T-GT--GT----------A--TCAA-TT--TT-CA-AA-----------GGTAT-C---TG----G--C-C----AA------T--------A------C-T-T---T-----T-T
gi|49933                      : ACACGT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-AT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TA----A--C-C----A-------C--------G------G-G-G---A-----T-TG-C-ATG-------------------------A----C---A-A-A-T-----A--A----A----T----ACACA-AAT-A-------G-AT----A---
gi|49934                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--TTAA-TT--TT-CA-AA-----------ACGAT-T---TG----A--T-C----TT------T--------A------G----------------G-C-------------------GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--AGCT-A----TAA--TCACA-AAC-A-------G-AT----
gi|49935                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--TCAA-TT--TT-CACAA-----------GCGAT-CG--TGAA--A--C-C----AT------T--------A------G-A-T---T-----
gi|49936                      : ATATAC-T-T-GT--GT----------T--TTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCAAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----
gi|49937                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CTAA-TA--TT-CA-AGATTCTATATTGGTGAT-T---TA----A--C-C----AA------T--------A------G-T-A---T-----T-TG-C-ATA---AA-A----T-T-GC--TT----A----C---
gi|49938                      : ATACAG-C-T-GT--GT----------A--CCAA-AT--TT-CA-AA-----------GTGAT-C---TG----A--CTT----AT------T--------A------
gi|49939                      :  TACAT-C-T-GT--GT----------T--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-T---TG----A--T-C----AT------TTAATCATCA------G-T-G---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----
gi|49940                      :  TACAT-C-T-GT--GT----------A--TCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-----TG----A--C-C----AT------T--------G------G-T-T---G-----C-TG-C-ATG---AA-A----C-T-GC--TG----A----A---A-A-A-T-----A--A----A----T--------A-AAC-A-------
gi|49941                      :  TACAT-C-T-GT--GC----------A--CCAA-TT--TT-CA-CA-----------GCAAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-AC--
gi|49942                      :  TACAC-T-T-GTATGT----------A--ACAA-TT--TT-CA-AA-----------GCAAT-A---CG----A--C-CATA-AT------T--------A------G-A-A---T-----T-TG-C-ATA---AG-T----T-T-GC--TA----A----CAATA-G-A-T-----A--A----A----T----CCAAA-ATT-A-------A-AT----A---
gi|49943                      :   ACAT-A-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------GTT-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GA--TA----A----C---ACG-ACC-----A--A----A----T----CCATA-AAC-A-------A-AT----A---
gi|49944                      :   ACAT-CGT-GT--GT----------AACCCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGATCC---TG----A--C-C----AT------T--------A------G---T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--
gi|49945                      :   ACAT-C-T-GT--GT----------G--CCAA-TTCATA-TA-AA-----------GCGAG-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-A----TGT-GC--TA----A----A---A-G-A-CAAAT-A--A----A----T----CCACA-AAC-A-------A-AT----A---AATAAgctaaataaa
gi|49946                      :   ACAT-A-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GATAT-T---TG----A--C-A----AT------T--------A------G-T-T---T-----G-TG---ATG---AA-G----T-T-GC--TA----G----C---A-G-A-CAAAG-A--A----A----T----CCACA-AAC-A-------A-AT----
gi|49947                      :   ACAC-C-T-GT--GT----------A--TCAA-TT--TT-CA-TA-----------CTGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------T------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--
gi|49948                      :   ACAT-C-T-G---AT----------A--C--A-TC--TC----AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TGTT-ATGA--AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T------A-A-AGT-A-------A-AT----A---GACA
gi|49949                      :   ACAT-C-T-AT--AC----------A--TC--------T-CA-A------------GCGAT-C---GA----A--CTC----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-TTATG---AAAG----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T--------A-AAT-A-------A-AT----A---GACA
gi|49950                      :   ACAT-C-T-GG--AT----------A--C--A-CT--CT-CA-A------------GCGATTC---TG----A--C-C----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-------------------T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T--------A-AAT-A-------A-AT----A---GACA
gi|49951                      :    CAT-C-T-GT--GC----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TT-C-ATG---AA-A----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----
gi|49952                      :    CAT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AT-----------GGGAT-C---TG----A--C-A----AT------T--------T------GTT-T---T-----T-TG-C-ACA---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----
gi|49953                      :     AT-T-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GTGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-A----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----AAATA-GAT-A-------T-AT----A---AATAgtaaa
gi|49954                      :     AT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-T---TG----A--C-C----TA------T--------A------G-T-A---T-----T-TG-C-AAG---AA-GTTAAT-T-GC--TA----ATT--C---A-G-A-CAAAT-A--A----A----T----CCACA-AAC-A-------A-AT----A---
gi|49955                      :     AT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------ACAAT-C---TT----A--C-T----GC------T--------A------G-T-G---TAAAAAC-TG-T-ATG---AA-G----T-T-GT--TA----A----C---A-G-A-CAAAT-A--A----A----T----CCTAA-AAT-G-------A-AT----A---AAT
gi|49956                      :     AT-C-T-GT--CT----------A--CCAA-TT--TC-TA-AA-----------GCGGT-C---TG----A--C-C----ATTTCGTGT--------A------T-T-TA--T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-CTGACAA--A----G----TTAA-CCACA-AAC-A-------
gi|49957                      :     AT-T-T-GT--GC----------A--CAAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---T-----------------------------------------------------T-TG-C-ATG---AT-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T--------A-AAT-G-------A-AT----A---AA
gi|49958                      :     AT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-TA-AA-----------GCTAA-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-C---T-----T-TG-C-
gi|49959                      :       -C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------C-A-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-A-A-
gi|49960                      :         -T-GT--GT----------A--ACAA-TT--TT-CA-AA-----------GCAAT-C---CG----A--T-C----AT------T--------A------G-T-C---T-----T-TG-C-CTGTTAAA-G----T-TAGT--TA----A----
gi|49961                      :           -GT--AT----------A--CCAA-TT--TT-TA-AA-----------GTGAT-C---T-----A--C-TATTAAT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---CA-G----C-T-AC--
gi|49962                      :           -GT--AT----------A--CCAA-TT--TT-TA-AA-----------GTGAT-C---T-----A--C-TATTAAT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---CA-G----C-T-AC--
gi|49963                      :             T--GT----------A--CCA--TT--GT-CA-AA-----------GCGATTC---TG----C--C-C----AT------T--------AA-----G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--AAAGGTA----C---A-GAA-CTA---A--A----A----T----CTGCA-AAC-A-------A-AT----A---AA
gi|49964                      :                 T----------A--CCA--TT--TA-CA-AA-----------GCGAT-C---TG---------C----AT------TTAAATAG-ATCT---G-T-T---T-----G-TGGC-ATG---AC-G----T---GC--CA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----TAAATCTACA-AAC-A-------A-AT----A---AATAA
gi|49965                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CCAA------------------------------------------------------------------------------T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-TT--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCGCA-AAC-A-------A-AT----A---AATAA
gi|49966                      :                    accaattctaagCAA-GT--TT-CA-AA-----------GCAAT-C---TG----AAGT-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-T-ATG---AA-C----TGT-GC--TA----A----TG--A-G-A-C-----A--A----A----G----TCACA-AAC-A-------A-ATTA--G---AATAA
gi|49967                      :                                 AA-TT--TT-CA-AA-----------GCCAT-C---TCT---A--C-C----TT------T--------T------T-T-T---T-----T-TA-C-ATG---AC-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----C----CCTTA-AAC-AACTTTGTA-AT----A---AGTAA
gi|49968                      :                                  A-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-A----G----G--T-C----AT------T--------A------C-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-ACATTA----A----C---ataa
gi|49969                      :                                     T--CT-CA-AA-----------GCTAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCACA-GAT-A-------A-AC----A---AATAA
gi|49970                      :                                         T-CA-AA-----------GCTAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----TTTG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCACA-GAT-A-------A-AC----A---AATAAagtaa
gi|49971                      :                                                -----------GCAAC-T---TG----A--C-C----AC------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-C-CTG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-A-G-C-----A--A----A----T----CCACA-AAT-A-------A-AT----A---agtaa
gi|49972                      :                                                            CGAT-TA--CG----A--C-C----ATA-----T--------G------T-T-T---T-----T-TG-C-ATA---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-CAT---A--A----A----T----AGATA-AAG-C-------A-AT----A---AACA
gi|49973                      :                                                                      G----A--C-T----AT------T--------A------C-T-T---T-----T-TC-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----T---A-G-T-C-----A--A----A----T----------AAT-A-------G-AT----A---AATA
gi|49974                      :                                                                                                       ------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----A----CCACA-AAC-A-------A-AT----AATGAATAA

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Reference ( family-249 )      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCACA-AAC-A-------A-AT----A---AATAA
gi|49887                      : ATACAT-A-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GA--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCATA-AAC-A-------A-AT----A---TATAA
gi|49888                      : ATACAT-T-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGCT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-G---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----C----T----AAATA-AAC-
gi|49889                      : ATACAA-C-T-GT--GT----------T--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAA-C---CG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TA-C-ATA---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----AAATA-AAT-A-------A-AC----A---AATAA
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gi|49908                      : ATACAT-G-T-CT--GT----------A--CCAA-TT--CT-TA-AA-----------GCAAT-C---GG----G--G-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-A----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCACA-AA--A-------A-AT----A---AACAA
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gi|49911                      : ATACAT-C-T-GT--GTGTGCATGCGTA--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-CATCTG----A--C-C----AT------T--------ACATGTAG-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--
gi|49912                      : ATAGAT-C-T-GT--GT----------A--TTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--A-C----AT------T--------A------G-T-T---G-----G-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A---A-T-----A--A----A----T----
gi|49913                      : ATACAT-C-TCGT--GC----------A--ACAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----G--C-C----AT------T--------A------G---T---T-----T-TG-C-ATG---AG-T----T-T-GC--TA----A----C---A-G-ACC-----AGTA----A----T----CC-CA-AAC---------A-AT----A---AGTA
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gi|49915                      : ATATAT-C-T-AA--GT----------A--CCAA-TT--TG-TA-AA-----------GCGGT-C---TG----A--C-C----AC------C--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATA---AA-G----T-T-GC--TA----G----C---A-G-T-C-----A--A----A----T----
gi|49916                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------C--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GAGAT-C---TG----G--C-C----GT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-A----------------------A----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----AGATA-AAC-a
gi|49917                      : ATACTT-C-T-GT--GT----------A--TCAA-TT--TTGCA-AA-----------GCGCT-C---AC----A--C-T----GT------T--------A------G-T-T---T-----A-GG-C-GTG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-A-----A--A----A----T----GCACA-AAT-A-------A-AT----A---AAGAA
gi|49918                      : ATCCAT-T-T-GT--AT----------G--C-AA-TT--TGGCA-AA-----------GCGAT-C---TA----A--T-T----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AG-G----T-T-GC--acaaataa
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gi|49920                      : ATACAT-A-T-GT--GT----------A--AATA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAC-CC--TG----A--T-C----AT------T--------A------C-T-T---T-----T-TG-C-AAG---AA-A----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-------------A----T----GAAAA-AAT-AAT-----A-AT----A---GATAA
gi|49921                      : ACACAT-C-T-GT--GT----------T--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GTAAT-C---TG----A--C-C----AT------T-------------------------------------------A-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-A-----A--A----A----T----GAATA-AGG-G-------A-AT----A---AATAAat
gi|49922                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGGT-C---TG----T--C-C----AT------T--------A------G-T-G---T-----G-TC-T-ATG---AA------T-T-GC--CA----A----T---A-C-A-T-----A--A----
gi|49923                      : ATACAT-----AG--GT----------A--CTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-T---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-CAATG---AATGT---T-T-GT--TA-----------------A-C-----A--A----A----T------ACA-AAT-A-------ATATG---G---AATAActagataa
gi|49924                      : ATACCT-C-T-AT--GT----------A--CCAA-CT--TT-CA-AT-----------ACCAT-C---TG-------T-C----AT------T--------A------G-T-T---CA----T-TC-C-ATG---AA-G----T-T-AC--a
gi|49925                      : ATACATTC-T-AT--GT----------A--CCAA-CT--TT-CA-AT-----------ACCAT-C---TG-------T-C----AT------T--------A------G-T-T---CA----T-TC-C-ATG---AA-G----T-T-AC--
gi|49926                      : ATACAG-C-T-GT--GT----------A--TTAA-TT--TT-CT-AA-----------GCAAT-C---TG----A--CAC----TT------T--------C------A-T-A---T-----G-TA---ATG---AA-G----T-T-GT--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCACA-CAC-A-------A-AT----A---AATAA
gi|49927                      : ATATAT-C-T-GT--GT----------A--TGAA-AT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A---------A----------------------------------------G-C-ATG---AA-G----T-T-AC--TA----ATAGTC---A-A-A-T-----A--A----A----T----CCA-A-AAT-A-------A-AT----A---GATA
gi|49928                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CCAT-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-T---TG----A--T-G----AT------T--------A------G-T-G---T-----T-TC-C-AT------------C-C-AC--AA----A----C---A-A-A-T-----A--A----AG---T----ACATGTAAC-A-------A-GT----A---AACA
gi|49929                      : ATACAT-T-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TC-TA-CA-----------GCGGT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-A-T---T-----T-TG-
gi|49930                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--GT-CA-AA-----------GCGAT-C---GG----A--C-A----AT------T--------A------G-T-
gi|49931                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-CA-----------GCGAT-C---TG----
gi|49932                      : ATACAC-C-T-GT--GT----------A--TCAA-TT--TT-CA-AA-----------GGTAT-C---TG----G--C-C----AA------T--------A------C-T-T---T-----T-T
gi|49933                      : ACACGT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-AT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TA----A--C-C----A-------C--------G------G-G-G---A-----T-TG-C-ATG-------------------------A----C---A-A-A-T-----A--A----A----T----ACACA-AAT-A-------G-AT----A---
gi|49934                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--TTAA-TT--TT-CA-AA-----------ACGAT-T---TG----A--T-C----TT------T--------A------G----------------G-C-------------------GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--AGCT-A----TAA--TCACA-AAC-A-------G-AT----
gi|49935                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--TCAA-TT--TT-CACAA-----------GCGAT-CG--TGAA--A--C-C----AT------T--------A------G-A-T---T-----
gi|49936                      : ATATAC-T-T-GT--GT----------T--TTAA-TT--TT-CA-AA-----------GCAAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----
gi|49937                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CTAA-TA--TT-CA-AGATTCTATATTGGTGAT-T---TA----A--C-C----AA------T--------A------G-T-A---T-----T-TG-C-ATA---AA-A----T-T-GC--TT----A----C---
gi|49938                      : ATACAG-C-T-GT--GT----------A--CCAA-AT--TT-CA-AA-----------GTGAT-C---TG----A--CTT----AT------T--------A------
gi|49939                      :  TACAT-C-T-GT--GT----------T--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-T---TG----A--T-C----AT------TTAATCATCA------G-T-G---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----
gi|49940                      :  TACAT-C-T-GT--GT----------A--TCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-----TG----A--C-C----AT------T--------G------G-T-T---G-----C-TG-C-ATG---AA-A----C-T-GC--TG----A----A---A-A-A-T-----A--A----A----T--------A-AAC-A-------
gi|49941                      :  TACAT-C-T-GT--GC----------A--CCAA-TT--TT-CA-CA-----------GCAAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-AC--
gi|49942                      :  TACAC-T-T-GTATGT----------A--ACAA-TT--TT-CA-AA-----------GCAAT-A---CG----A--C-CATA-AT------T--------A------G-A-A---T-----T-TG-C-ATA---AG-T----T-T-GC--TA----A----CAATA-G-A-T-----A--A----A----T----CCAAA-ATT-A-------A-AT----A---
gi|49943                      :   ACAT-A-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------GTT-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GA--TA----A----C---ACG-ACC-----A--A----A----T----CCATA-AAC-A-------A-AT----A---
gi|49944                      :   ACAT-CGT-GT--GT----------AACCCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGATCC---TG----A--C-C----AT------T--------A------G---T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--
gi|49945                      :   ACAT-C-T-GT--GT----------G--CCAA-TTCATA-TA-AA-----------GCGAG-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-A----TGT-GC--TA----A----A---A-G-A-CAAAT-A--A----A----T----CCACA-AAC-A-------A-AT----A---AATAAgctaaataaa
gi|49946                      :   ACAT-A-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GATAT-T---TG----A--C-A----AT------T--------A------G-T-T---T-----G-TG---ATG---AA-G----T-T-GC--TA----G----C---A-G-A-CAAAG-A--A----A----T----CCACA-AAC-A-------A-AT----
gi|49947                      :   ACAC-C-T-GT--GT----------A--TCAA-TT--TT-CA-TA-----------CTGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------T------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--
gi|49948                      :   ACAT-C-T-G---AT----------A--C--A-TC--TC----AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TGTT-ATGA--AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T------A-A-AGT-A-------A-AT----A---GACA
gi|49949                      :   ACAT-C-T-AT--AC----------A--TC--------T-CA-A------------GCGAT-C---GA----A--CTC----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-TTATG---AAAG----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T--------A-AAT-A-------A-AT----A---GACA
gi|49950                      :   ACAT-C-T-GG--AT----------A--C--A-CT--CT-CA-A------------GCGATTC---TG----A--C-C----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-------------------T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T--------A-AAT-A-------A-AT----A---GACA
gi|49951                      :    CAT-C-T-GT--GC----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TT-C-ATG---AA-A----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----
gi|49952                      :    CAT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AT-----------GGGAT-C---TG----A--C-A----AT------T--------T------GTT-T---T-----T-TG-C-ACA---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----
gi|49953                      :     AT-T-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GTGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-A----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----AAATA-GAT-A-------T-AT----A---AATAgtaaa
gi|49954                      :     AT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-T---TG----A--C-C----TA------T--------A------G-T-A---T-----T-TG-C-AAG---AA-GTTAAT-T-GC--TA----ATT--C---A-G-A-CAAAT-A--A----A----T----CCACA-AAC-A-------A-AT----A---
gi|49955                      :     AT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------ACAAT-C---TT----A--C-T----GC------T--------A------G-T-G---TAAAAAC-TG-T-ATG---AA-G----T-T-GT--TA----A----C---A-G-A-CAAAT-A--A----A----T----CCTAA-AAT-G-------A-AT----A---AAT
gi|49956                      :     AT-C-T-GT--CT----------A--CCAA-TT--TC-TA-AA-----------GCGGT-C---TG----A--C-C----ATTTCGTGT--------A------T-T-TA--T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-CTGACAA--A----G----TTAA-CCACA-AAC-A-------
gi|49957                      :     AT-T-T-GT--GC----------A--CAAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---T-----------------------------------------------------T-TG-C-ATG---AT-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T--------A-AAT-G-------A-AT----A---AA
gi|49958                      :     AT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-TA-AA-----------GCTAA-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-C---T-----T-TG-C-
gi|49959                      :       -C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------C-A-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-A-A-
gi|49960                      :         -T-GT--GT----------A--ACAA-TT--TT-CA-AA-----------GCAAT-C---CG----A--T-C----AT------T--------A------G-T-C---T-----T-TG-C-CTGTTAAA-G----T-TAGT--TA----A----
gi|49961                      :           -GT--AT----------A--CCAA-TT--TT-TA-AA-----------GTGAT-C---T-----A--C-TATTAAT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---CA-G----C-T-AC--
gi|49962                      :           -GT--AT----------A--CCAA-TT--TT-TA-AA-----------GTGAT-C---T-----A--C-TATTAAT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---CA-G----C-T-AC--
gi|49963                      :             T--GT----------A--CCA--TT--GT-CA-AA-----------GCGATTC---TG----C--C-C----AT------T--------AA-----G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--AAAGGTA----C---A-GAA-CTA---A--A----A----T----CTGCA-AAC-A-------A-AT----A---AA
gi|49964                      :                 T----------A--CCA--TT--TA-CA-AA-----------GCGAT-C---TG---------C----AT------TTAAATAG-ATCT---G-T-T---T-----G-TGGC-ATG---AC-G----T---GC--CA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----TAAATCTACA-AAC-A-------A-AT----A---AATAA
gi|49965                      : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CCAA------------------------------------------------------------------------------T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-TT--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCGCA-AAC-A-------A-AT----A---AATAA
gi|49966                      :                    accaattctaagCAA-GT--TT-CA-AA-----------GCAAT-C---TG----AAGT-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-T-ATG---AA-C----TGT-GC--TA----A----TG--A-G-A-C-----A--A----A----G----TCACA-AAC-A-------A-ATTA--G---AATAA
gi|49967                      :                                 AA-TT--TT-CA-AA-----------GCCAT-C---TCT---A--C-C----TT------T--------T------T-T-T---T-----T-TA-C-ATG---AC-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----C----CCTTA-AAC-AACTTTGTA-AT----A---AGTAA
gi|49968                      :                                  A-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-A----G----G--T-C----AT------T--------A------C-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-ACATTA----A----C---ataa
gi|49969                      :                                     T--CT-CA-AA-----------GCTAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCACA-GAT-A-------A-AC----A---AATAA
gi|49970                      :                                         T-CA-AA-----------GCTAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----TTTG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCACA-GAT-A-------A-AC----A---AATAAagtaa
gi|49971                      :                                                -----------GCAAC-T---TG----A--C-C----AC------T--------A------A-T-T---T-----T-TG-C-CTG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-A-G-C-----A--A----A----T----CCACA-AAT-A-------A-AT----A---agtaa
gi|49972                      :                                                            CGAT-TA--CG----A--C-C----ATA-----T--------G------T-T-T---T-----T-TG-C-ATA---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-CAT---A--A----A----T----AGATA-AAG-C-------A-AT----A---AACA
gi|49973                      :                                                                      G----A--C-T----AT------T--------A------C-T-T---T-----T-TC-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----T---A-G-T-C-----A--A----A----T----------AAT-A-------G-AT----A---AATA
gi|49974                      :                                                                                                       ------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----A----CCACA-AAC-A-------A-AT----AATGAATAA


blockSeqs                     :                  GTGCATGCGT                    ATTCTATATTG     C ATC  TCGG    T ATTA  TTCGTG TAATCATC CATGTA     AAA AAAAA          TTA  T TTAA G        AGGT TAGT AAT     C TGACA    ATAT CAAG AAATC  T T     ACTTTGT    TAAC ATG
blockSeqs                     :                  .                             .               T C    AA      A ATTA  TTGA   TAAATAG  TCT        A   A              A    A T    G        T    TT   G       C AAAT     GCT  G    TAAC   T T     AT         TA   .  
blockSeqs                     :                  .                             .               T G    T       T ATA   TA     ACA      A          A   A              .    . .    .        .    .    .       . AAAT     .    G    TAAC   C .     .          G    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . A    .       T .     A      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . ACAT     .    .    AAT    C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . AAAT     .    .    A      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . AAAG     .    .    A      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . AAAT     .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . AAAT     .    .    C      T .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . TA       .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . AT       .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    A      A .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      G .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      T .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      T .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    A      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    G      A .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      T .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    G      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    G      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      T .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    A      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    A      A .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      T .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      T .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    A      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      A .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    T      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      T .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    A      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    C      T .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    .      C .     .          .    .  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    .      . .     .          .       
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    .      . .     .          .       
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    .      . .     .          .       
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    .      . .     .                  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    .      . .     .                  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    .      . .     .                  
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    .      . .                        
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    .      . .                        
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .    .      . .                        
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .                                      
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .                                      
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .                                      
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .                                      
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .                                      
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .                                      
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .    .                                      
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .                                           
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .        .                                           
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .                                                    
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       . .                                                    
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .       .                                                      
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .                                                              
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .    .                                                              
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .        .    .                                                                   
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .                                                                                 
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .                                                                                 
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .                                                                                 
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .                                                                                 
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .                                                                                 
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .                                                                                 
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .                                                                                 
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .                                                                                 
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .                                                                                 
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .                                                                                 
blockSeqs                     :                  .                             .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .    .                                                                                 
blockSeqs                     :                                                .               . .    .       . .     .      .        .          .   .              .    . .                                                                                      
blockSeqs                     :                                                .               . .    .       . .     .      .        .          .   .                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                .               . .    .       . .     .      .        .          .   .                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                .               . .    .       . .     .      .        .          .   .                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                .               . .    .       . .     .      .        .          .   .                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                .               . .    .       . .     .      .        .          .   .                                                                                                            
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blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCACA-AAC-A-------A-AT----A---AATAA
finalCons                     : ATACAT-C-T-GT--GT----------A--CCAA-TT--TT-CA-AA-----------GCGAT-C---TG----A--C-C----AT------T--------A------G-T-T---T-----T-TG-C-ATG---AA-G----T-T-GC--TA----A----C---A-G-A-C-----A--A----A----T----CCACA-AAC-A-------A-AT----A---AATAA