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gi|59365                      :   AA-AT----G--T-T--TA--TG-C-T---T--G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------G-T-----G-CG-T--C----C----GG-T----A----T-T--G--T---A-C-GT------C-A-A----T----A--G--A-A--A-GC-T--T-T--C-C-A-T-
gi|59370                      :   AA-AT----C--T-T--TA--TG-T-T---T--G----ATG--T-A--A---------C-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-T--C-A--T----TC-T----A----T-T--A--T-G-A-T-TTC--A--C-A-A----T----T--G--G-A--A-GC-T--T-T--C-C-G-T-CT-CGTc
gi|59369                      :   AA-AT----G--A-T--AA--TG-C-T---C--G----ACG--T-TT-A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-C--C--C-A-------AC-C----A----T-T--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A----T----C--G--A-A-----T-T--T-C--C-CAA-T-CT-CGTTA
gi|59368                      :   AA-AT----G--A-T--AA--TG-C-T---C--G----ACG--T-TT-A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-C--C--C-A-------AC-C----A----T-T--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A----T----C--G--A-A-----T-T--T-C--C-CAA-T-CT-CGTTA
gi|59371                      :    A-AT----G--T-T--TA--TG-C-T---T--G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-------G-CG-T--C-A--C----AG-T----A----T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A----T----C--G--A-A--A-GC-T--T-T--C-C-A-T-CT-CGTTA
gi|59372                      :    A-AT----G--T-T--TA--TG-C-T---T--G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CA-T--C-A--C----AG-T----A----T-A--A--T-G-A-C-GTC--A--T-A-A----T----C--A--A-A--A-GC-T--
gi|59374                      :    A-AT----G--T-T--TA--TG-T-TCTTT--G----ACG--T-T--A---------T-GTTAT--T-T-------T-T-----GCCG-T----A--C----AA-G----A----T-A--G--T-GCA-C-GTC--A--C-A-A----TAA--G--G--AGA--A-GC-T--T-C--C-C-A-T-
gi|59375                      :    A-AT----G--T-C--TA--TG-C-T---G--A----ACG--T-T--ATTATTCTGCT-G---T--T-TG------T-T-----G-CG-T--C-A--C----GGAC----A------T--A--T-G-A-CAATA--A--C-A-AC---T----C--A--A-A--AGGC-TTCT-C--C-C-A-G-CT-CGTTAc
gi|59376                      :     -AT----A--T-A--TA--TG-C-A---T--G----ATG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-AG-T--C-A--C----AG-T----A----T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A-A----C----C--A--A-C--A-GC-T--T-C--C-C-A-T-CT-CGTT
gi|59378                      :     -AT----G--T-T--GA--TGGC-T---T--G----ACG--T-T--A---------TTG---T--T-T-------T-TC----G-CG-T--C-A--CCCCTGG-T----G----T-T--T--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A----T----CA-G--A-A--AGGC-T--T-C--C-C-A-T-TCACGTT
gi|59377                      :     -AT----A--T-A--TA--TA-T-A---T--G----ATGATT-T--A---------T-G---T--T-T-------T-------G-AG-T--C-A--C----A--T----A----T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A-A----G----C--C--A-AACA-GC-T--T-C--C-C-A---TC-CGTTA
gi|59379                      :       T----G--T-T--TA--TG-C-T---T--G----GCG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T--C-A--G----AG-T----A----T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A----T----C--G--A-A--T-GC-T--T-T--C-C-A-T-CT-CGTTA
gi|59366                      :       T----A--C-T--TA--TG-C-T---T--A----ACG--T-T--T---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T--C-A--T----TG-T----A----T-T--A--T-A-A-C-GTC--A--C-A-A----T----G--G--A-A--C-GT-T--T-T--C-C-G-T-CT-CCTTA
gi|59325                      :       agatgt--T-T--TAC-TG-C-T---T--G----ACA--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CA-T--C-A--C----AG-T----A----T-T--A--A-A-A-C-TTC--A--C-A-A----T----C--G--A-A--A-GC-T--T-T--C-C-A-T-CT-CGTTA
gi|59381                      :     tgcaatgt--T-C--TA--TG-C-T---T--G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----A-CG-TC-C-A--C----AG-T----A----T-TTAA--T-G-A-C-ATC--A--CTA-A----T----C--G--A-A--A-GC-T---------C-A-T-CT-CGTTA
gi|59373                      :             --T-T--TAC-TG-C-T---T--G----ACG--T-T--AA--------T-G---T--T-T-------T-TA----G-CG-T--C-AG-C----AG-T----A----T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--G-C-A----T----C--G--A-A--A-GC-T--T-T--C-C-A-TGCT-CGTTA
gi|59339                      :        aatgt--T-T--TA--TC-C-TA--T--GT---ACG--T-T--A---------T-G---T--T-----------------G-CG-T--C-AA-C----GG-C----A----T-TT-A--T-G-A---GTC--A--C-A-A----T----C--G--A-A--A-GC-T--C-C--C-C-A-T-CT-TGT
gi|59380                      :     tgaaaagt--T-T--TA---G-C-T---T--G----AC---T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----A-CG-TC-C-A--C----AGTC----GAT--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A----A-A----T----C--G--A-A--A-GC----T-C--T-C-A-T-CT-CGTTA
gi|59383                      :               g-T--TA--T--C-T---T--G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T---------------G-TA-T--CCA--C----AG-C----A----T----A--T-G-A-C-GTC--A--C-C-A----T----C--G--A-AG-A-GC-T--T-C--
gi|59382                      :                -T--CA--TG-C-T---T--G----ACG--T-T--A---------T-G---T--TGT-------G-T-----G-TG-T--C-A--C-----G-A----A----T-T--T--TAG-G-T-GTC--A--C-A-A----T----C--G----A--A-GC-T--T-TG-C-C-A-T-CT-CATTAtactcgtt
gi|59384                      :                     A--TG-C-T---T--G----ACG--T-T--A---------T-A---T--T-T-------G-T-----G-CG-T--T-A--C----AT-T----AC---C-T--A--T-G-A-CTGTC--A--C-A-A----T----C--G--A-A--A-GC-T--T-CT-C-C-A-T-CT-CGTTA
gi|59385                      :                                           G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T--C-A--C----GG-C----A----T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A----T----C--G--A-A--A-GC-T--T-C--C-C-A-T-CT-CGTTA
gi|59386                      :                                           G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T--C-A--C----GG-C----A----T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A----T----C--G--A-A--A-GCGT--T-C--C-C---T-CT-TGTTA
gi|59391                      :                                           G--T-T--A---------T--------T-T-------T-T-----G-CG-T--C-A--C----G-------A----T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A----T----C--G--A-A--A-GC-T--T-C--C-C-A-T-CT-CGTTA
gi|59389                      :                                           G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-TT----G-CC-T--C-A--C----GG-C----A----T-T--A----G-A-C-GTC--AA-C-A-G----T----C--G--A-A--A-GC-T--T-C--C-C-A-T-CT-CGTTA
gi|59388                      :                                           G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T--C-A--C----GG-C----ATT--T-T--A--T-G-A-C-GCC--A--C-A-A----T----C--GGAA-A--G-GC-T--T-C--C-C-A-TCCT-CGT
gi|59393                      :                                           G--T-T--A---------TTG---T--T-T-------T-T-----G-CC-T--C-A--C----GG-CC---A----T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A----T----C--G--A-A--A--C-T--T-C--C-C-A-T-CT-CCTTA
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gi|59390                      :                                           G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T--C-A--C----GG-C----A----T-T--A--T-G-A-C-GGCCAA--C-A-A----T----C--G--A-A--C-G--T--T-C--C-C-A---TC-CGTTA
gi|59387                      :                                           G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-------G-CG-T--C-A--C----GG-C----A----T-T--A--C-G-A-C-GTC--A--C-A-AGAAGT----C--G--A-A--
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gi|59396                      :                                            --T-T--G---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-TG-T--C-A--C----AA-T----A----T-T--A--T-G-G-A-GTA--A--C-A-G----T----C--G--A-A--A--C-T--T-T--C-C-A-T-CT-TGTTA
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|59346 ): TGCAATGTTTTTCGCCTTAATGATGTTTATGATTTTTACGTTTACACAGTATTAACTGACCGTCAACACATCGAAGCCTTCCATTCTCGTTA






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Reference ( family-243 )      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59311                      : TGAA-AT----AT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-TTCGTTA
gi|59312                      : TGAA-AT----GT-T---T-T--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CT-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-C--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59313                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------C-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCAT
gi|59314                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-G----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--T-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59315                      : TGAA-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-A---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--C--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59316                      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-A-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--A-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--T--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59317                      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-T-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GCGT--------T-C--C-C---T-CTTGTTA
gi|59318                      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----GCATGACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---A-C-C----A-T-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTT
gi|59319                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-T-C---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T---------------G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----A--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-TTCGTTA
gi|59320                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------A-T-----G-CG-T---C-A-T----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC-----C-A-G-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T----C-C-A-T-CTCGT
gi|59321                      : TGAA-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACT--T-T--A---------T-A---T--A-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----GAG-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC----------T-C--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59322                      : TGAA-AT----GT-TC--T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CGTT---C-A-C------G-C----A----T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--GA-A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59323                      : TGAA-A-----GT-T---T-A--T-T-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-G-------T-T-----GGCA-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGT
gi|59324                      : TGAA-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACA--T-T--A---------T-A---A--T-C---------------G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-TCCTTGTTA
gi|59325                      : TGCA-AT----GT-T---TTAC-T-G-C-T---T----G----ACA--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--A-A-A-C-TTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59326                      : TGAA-AT----ATAT---T-A--T-A-C-T---T----A----ATA--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A-A-T----T--A--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59327                      : TGAATAT----AT-TAT-T-A--T-A-C-T---G----G----ATA--T-TG-A---------T-G---T--T-T-------TAT-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--AT-T-GTA-C-ATCG-A--C-A-C-T----T--A--A-A--A-GC-T--------T-T--C-CGA-T-CT-GTTA
gi|59328                      : TGAA-AT----GT-T-----A--T-G-C-T---TT---G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-TA-A--TAG-A-C-GTC--A--C-T-A-T----CGGG--A-A--A-GC-T--------T-CCAC-C-A-T-CTCGTTA
gi|59329                      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-A-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------TGT-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-G-GTC--A--C-A-A-A----C--A--A-A--A-TC-T--------T-T--C-C-A-
gi|59330                      : TGAAGAT----AT-C---T-A--C-G-C-T--------G----ACG--T-T--A---------T-A---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C---T--A--C-A-A-T----C--GC-A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59331                      : TGAA-AA----GA-T---T-A--T-GAC-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---CAA-C----A-G-C----A--T-T--GTTT-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--ACA--A-GT-T--------T-C--C-C-ACT-CTC-TTA
gi|59332                      : TGAA-AT----GT-C---T-A--C-G-C-T--------G----ACG--T-T--A---------A-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---CAA-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G---C-GTC--A--C---A-T----C--G----A--A-GC-T--------T----C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59333                      : TGAA-AT----GG-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-A--A---------T-G---T--TAT-------T-T-----G-TG-T---CAA-CG---G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C--TC--A--C-A-A-T----C--A--A-AT-A-GC-T--------T-C--CGC-A-T-CTTGTTA
gi|59334                      : TGAA-AT----GG-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-A--A---------T-G---T--TAT-------T-T-----G-TG-T---CAA-CG---G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C--TC--A--C-A-A-T----C--A--A-AT-A-GC-T--------T-C--CGC-A-T-CTTGTTA
gi|59335                      : TGAA-AT----GA-T---T-A--T-G-A-T---TCG--G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-TTTGTGG-CC-T---C-AAC--------C----A--TAT--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-TT-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTT
gi|59336                      : TGAA-AT----GA-T---T-A--T-G-A-T---TCG--G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-TTTGTGG-CC-T---C-AAC--------C----A--TAT--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-TT-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTT
gi|59337                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-T-C---T----G----ACG--T-T--A---------A-G---T--G-A-------T-T-----A-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-
gi|59338                      : TGCA-AT----GT-T---T-AAAT-G-T-T---T----G----ACG--A-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-AT-T---C-A-C----A-G-CTAGTA--T-T--A--T-G-A-C-GTC--G--C-A-A-T----C--A--A-A--A-GC-T--------
gi|59339                      : TGAA-AA----GT-T---TTA--T-C-C-TA--T----GT---ACG--T-T--A---------T-G---T--T-----------------G-CG-T---C-AAC----G-G-C----A--T-TT-A--T-G-A---GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------C-C--C-C-A-T-CTTGT
gi|59340                      : TGAA-ATT---GT-T---TTA--T-G-C-T---T----G----ACG--TAT--AA--------T-G---G--T-T-------T-TA----G-CG-T---C-A-A----G-G-C----A--T-T--A--T-----C-GTC--A--C-A-A-T-------G--A-AGTA-GC-T--------T-C--T-C-A-T-CTTGTTA
gi|59341                      : TGAA-ATTCGTGC-T---T-A--T-A-T-T---T----G----ACA--T-C--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-TG-T---C-A-T----T-C-C----A--T-T--A--T-G-A-C-ATA--A--C-A-A-T----G--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-T-T-CT
gi|59342                      : TGAA-AT-----T-T---T-A--C-G-T-T---T----G----ACG--T----------------G---T--T-T-------T-T-----G-TC-T---C-A-T----T-C-T----A--T-T--A--G-G-A-C-GTC--A--C-A-A-TTAAAT--G--A-A--A-GC-T--------T-T--T-C-G-T-CTCGTT
gi|59343                      : TGAA-AC----GC-T---T-A--A-A-C-T---T----A----ACG--T-T--A---------T-G---A--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-G
gi|59344                      : TGCA-AT----GT-T---A-A--T-G-CATCA-T----GT---ACG--T-T--A---------T-G---T--T-TCACCATTT-T-----G-TG-TA--C-AAC----A-G-T----A--T-TT-A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-TA---CAGA--A-A--A-GC-T--------TAT--C-C-ATT-TTCGTTA
gi|59345                      : TGGA-AT----GT-T---T-A--C-G-C-T---T----G----ATG--G-T--G---------A-A---T--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-T----T-C-C----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--T---A-T----G--G--A-A--A-AT-T--------T-C--C-T-A-
gi|59346                      : TGCA-AT----GT-T---T-T--TCG-C-C---TTAATG----ATG--T-TT-A---------T-GA--T--T-T-------T-T-----A-CG-TTTAC-A-C----A-G-T----A--T-T--AACT-G-A-CCGTC--AA-C-ACA-T----C--G--A-A----GC-C--------T-T--C-C-A-TTCTCGTTA
gi|59347                      :  GAA-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-A---T--A-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-T-A-T-C-CGTTA
gi|59348                      :  GAA-AT----GT-T---T----------T---T----G----ATG--T-T--T---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-C-T----T-C-T----A--T-T--A--T-C-A-C-GTC--A--C-A-T-T----A--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-T-G-T-CTCATT
gi|59349                      :  GAC-AT----GT-T---C-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-TG-TGT-C-A-C----A-A-T----T--T-T--A--G-G-G-T-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCATTA
gi|59350                      :  GAA-AT----GT-T---T-A--C-G-T-T---T----A----ACG--T-T--G---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-T----T-A-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------
gi|59351                      :  GAA-AT----GG-T---C-A--T-A-A-T---T----A----ACG--T-T--A---------T-A---TGGC-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-A-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTT--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-AC-A--------T-T--C-C-A-T-CTCTTT
gi|59352                      :  GAA-AT----GG-T---C-A--T-G-A-T---T----A----ACG--T-TCCA---------T-GG--C--C-T-------T-T-----G-TG-T---C-A-C----A-A-T----A--T-T--A--T-G-A-CGGTT--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-AA-A--------T-T--T-C-A-T-CTCTTT
gi|59353                      :  GAA-AT----GT-T---T-A--T-G-T-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---C--T-T-------T-TTA---G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--TAT--A--G-A-A-A-GTC--A--C---A-T----C--G--AGA--A-GC-T--------T----C-C-A-T-CT
gi|59354                      :  GAA-AT----GT-T---A-A--C-A-C-C---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----A-TC-T---C-A-T----T-C-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GAC--A--C-A-A-T----T--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-G-T-CTCATT
gi|59355                      :  GAA-AT----GT-T---A-A--C-A-C-C---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-A-----G-C------T-A-C----T-T-CT---A--T-T--A--T-G-A-C-A-C--A--C---A-T----T--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-G-T--TCATT
gi|59356                      :  GAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---TT---G----ACA--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-G-----C-CG-T---C-ATC----C-A-T----A--T-T--A--T-G-A-T--TC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--G-GC-TTTGCGGTGT-T--C-C-A-T-CTCATT
gi|59357                      :  GAA-AT-----T-G---T-A--C-G-T-T---T----G----ACG--T-T--A---------A-G---T--T-T-------T-TT----G-CC-T---C-A-T----T-T-TT---A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A---T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-G-G-CTCGTT
gi|59358                      :  GAA-AT----CT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACA--T-T--------------G---T--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-T----T-T-T----A--T-T--T--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--A--A-
gi|59359                      :  GAA-AT----GT-T---T-A--C---C-T---C----G----ACG--T-T------------------T--T-T-------T-TA----G-CA-T---C-A-T----T-T-T----A--T-T--A--T-G-A-T-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-T--A-AC-T--------G-C--C-T-A-
gi|59360                      :  GAA-AT----GT-T----------G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------A-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-
gi|59361                      :  GAA-AT----TC-T---T-A--T-G-C-T---T----A----ACG--T-T---------------------------------------------------------------------T-T--A--T-G-A-C-TTT--A--C-A-G-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTCA
gi|59362                      :   AA-AT----GT-T---T-T--A-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-T----A--T-T--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----A--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CACGTTA
gi|59363                      :   AA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T--------G----ACA--TCT--A---------T-G---T--T-T-------T-TTG---G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-AAC-GTC--AAAC-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59364                      :   AA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--C-T--AA--------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--G--C-A-G-T----C--A--A-A--A-TC-T--------T-T--T-T-A-T-CTTATTA
gi|59365                      :   AA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------G-T-----G-CG-T---C---C----G-G-T----A--T-T--G--T---A-C-GT------C-A-A-T----A--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-
gi|59366                      :   AG-AT----GT-TACTT-A--T-G-C-T---T----A----ACG--T-T--T---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-T----T-G-T----A--T-T--A--T-A-A-C-GTC--A--C-A-A-T----G--G--A-A--C-GT-T--------T-T--C-C-G-T-CTCCTTA
gi|59367                      :   AA-AT----GA-T---T-A--T-G-C-T---C----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-C----A-C-C----A--T-T--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-
gi|59368                      :   AA-AT----GA-T---A-A--T-G-C-T---C----G----ACG--T-TT-A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-C---A-A-C--------C----A--T-T--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A-----T-T--------T-C--C-CAA-T-CTCGTTA
gi|59369                      :   AA-AT----GA-T---A-A--T-G-C-T---C----G----ACG--T-TT-A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-C---A-A-C--------C----A--T-T--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A-----T-T--------T-C--C-CAA-T-CTCGTTA
gi|59370                      :   AA-AT----CT-T---T-A--T-G-T-T---T----G----ATG--T-A--A---------C-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-T----T-C-T----A--T-T--A--T-G-A-T-TTC--A--C-A-A-T----T--G--G-A--A-GC-T--------T-T--C-C-G-T-CTCGT
gi|59371                      :    A-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-------G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59372                      :    A-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-C----A-G-T----A--T-A--A--T-G-A-C-GTC--A--T-A-A-T----C--A--A-A--A-GC-T--------
gi|59373                      :    A-AT----GT-T---TTAC-T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--AA--------T-G---T--T-T-------T-TA----G-CG-T---C-AGC----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--G-C-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-TGCTCGTTA
gi|59374                      :    A-AT----GT-T---T-A--T-G-T-TCTTT----G----ACG--T-T--A---------T-GTTAT--T-T-------T-T-----GCCG-T-----A-C----A-A-G----A--T-A--G--T-GCA-C-GTC--A--C-A-A-TAA--G--G--AGA--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-
gi|59375                      :    A-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---G----A----ACG--T-T--ATTATTCTGCT-G---T--T-TG------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-GAC----A----T--A--T-G-A-CAATA--A--C-A-ACT----C--A--A-A--AGGC-TTC------T-C--C-C-A-G-CTCGTTA
gi|59376                      :     -AT----AT-A---T-A--T-G-C-A---T----G----ATG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-AG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A-A-C----C--A--A-C--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTT
gi|59377                      :     -AT----AT-A---T-A--T-A-T-A---T----G----ATGATT-T--A---------T-G---T--T-T-------T-------G-AG-T---C-A-C----A---T----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A-A-G----C--C--A-AACA-GC-T--------T-C--C-C-A-T-C-CGTTA
gi|59378                      :     -AT----GT-T---G-A--T-GGC-T---T----G----ACG--T-T--A---------TTG---T--T-T-------T-TC----G-CG-T---C-A-CCCCTG-G-T----G--T-T--T--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----CA-G--A-A--AGGC-T--------T-C--C-C-ATT-CACGTT
gi|59379                      :       T----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----GCG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-G----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--T-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59380                      :        ----GT-T---T-A----G-C-T---T----G----AC---T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----A-CG-TC--C-A-C----A-GTC----GATT-T--A--T-G-A-C-ATC--A----A-A-T----C--G--A-A--A-GC----------T-C--T-C-A-T-CTCGTTA
gi|59381                      :             T-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----A-CG-TC--C-A-C----A-G-T----A--T-TTAA--T-G-A-C-ATC--A--CTA-A-T----C--G--A-A--A-GC-T---------------C-A-T-CTCGTTA
gi|59382                      :              -T---C-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-G-------TGT-----G-TG-T---C-A-C----G-A------A--T-T--T--TAG-G-T-GTC--A--C-A-A-T----C--G----A--A-GC-T--------T-TG-C-C-A-T-CTCATTA
gi|59383                      :              -T---T-A--T---C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T---------------G-TA-T---CCA-C----A-G-C----A--T----A--T-G-A-C-GTC--A--C-C-A-T----C--G--A-AG-A-GC-T--------T----C-T-A---CTCGTT
gi|59384                      :                    -A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-A---T--T-T-------G-T-----G-CG-T---T-A-C----A-T-T----AC-C-T--A--T-G-A-CTGTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-CT-C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59385                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59386                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GCGT--------T-C--C-C---T-CTTGTTA
gi|59387                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-------G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--C-G-A-C-GTC--A--C-A-A---------G--A-A--G-------------T-C--G-A-A-T-CTCGT
gi|59388                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----ATTT-T--A--T-G-A-C-GCC--A--C-A-A-T----C--GGAA-A--G-GC-T--------T-C--C-C-A-TCCTCGT
gi|59389                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-TT----G-CC-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A----G-A-C-GTC--AA-C-A-G-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59390                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GGCCAA--C-A-A-T----C--G--A-A--C-G--T--------T-C--C-C-A-T-C-CGTTA
gi|59391                      :                                              G--T-T--A---------T--------T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G--------A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59392                      :                                              G--T-T--A---------TTG---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-C----G-G-CC---A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A--C-T--------T-C--C-C-A-T-CTCCTTA
gi|59393                      :                                              G--T-T--A---------TTG---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-C----G-G-CC---A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A--C-T--------T-C--C-C-A-T-CTCCTTA
gi|59394                      :                                               --T-T--A---------T-A---T--A-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----
gi|59395                      :                                               --T-T--A---------T-A---T--T-T-------T-T-----G--G-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGT
gi|59396                      :                                               --T-T--G---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-TG-T---C-A-C----A-A-T----A--T-T--A--T-G-G-A-GTA--A--C-A-G-T----C--G--A-A--A--C-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59397                      :                                                    --A---------T-G---T--T-T-------T-T-----GGCG-T---C-A-C----G-G-C----AA-T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-AGA-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59398                      :                                                    --A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--
gi|59399                      :                                                       ---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-A-T----A--T-T--A--T-G-A-T-GT------C-A-G-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-T-A-T-CTCACTA
gi|59400                      :                                                                          -T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GCC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-CC-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59401                      :                                                                          -T-------T-T-----A-CG-T---C-A-A----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----T--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-A-ATCGTT
gi|59402                      :                                                                          -T-------T-T-----G-TG-T---C-A-C----A-A-T----A--C-T--C--T-G-G-T-ATC--A--C-A-A-T----C--A--G-A--A-GT-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59403                      :                                                                                                              -G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--A--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-A-CTCGTTA





Alignments
lowQualScore                  :     1  1111  0 222 2 11 0 1 0 222 3333 2222   00 0 22 333333333 1 111 00 0 1111111 1 66666 1  0 222 2 2 7777777777777 22 1 11 11 0 0 0 1   11 11 0 0 0 2222 11 11 1 22 0  0 22222222 1111 1 1 1 2       
lowQualScore                  :     .  ....  . ... . .. . . . ... .... ....   .. . .. ......... . ... .. . ....... . ..... .  . ... . . ............. .. . .. .. . . . .   .. .. . . . .... .. .. . .. .  . ........ .... . . . .       
lowQualScore                  :     2  8888  5 333 2 88 5 1 5 222 7777 2222   66 9 44 111111111 3 777 66 9 8888888 3 00000 3  4 777 2 6 5555555555555 00 3 99 66 9 9 4 7   00 55 4 9 4 0000 77 55 3 66 9  9 33333333 8888 0 4 4 0       
consensus                     : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
Reference ( family-243 )      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59311                      : TGAA-AT----AT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-TTCGTTA
gi|59312                      : TGAA-AT----GT-T---T-T--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CT-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-C--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59313                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------C-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCAT
gi|59314                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-G----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--T-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59315                      : TGAA-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-A---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--C--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59316                      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-A-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--A-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--T--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59317                      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-T-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GCGT--------T-C--C-C---T-CTTGTTA
gi|59318                      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----GCATGACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---A-C-C----A-T-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTT
gi|59319                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-T-C---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T---------------G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----A--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-TTCGTTA
gi|59320                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------A-T-----G-CG-T---C-A-T----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC-----C-A-G-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T----C-C-A-T-CTCGT
gi|59321                      : TGAA-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACT--T-T--A---------T-A---T--A-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----GAG-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC----------T-C--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59322                      : TGAA-AT----GT-TC--T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CGTT---C-A-C------G-C----A----T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--GA-A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59323                      : TGAA-A-----GT-T---T-A--T-T-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-G-------T-T-----GGCA-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGT
gi|59324                      : TGAA-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACA--T-T--A---------T-A---A--T-C---------------G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-TCCTTGTTA
gi|59325                      : TGCA-AT----GT-T---TTAC-T-G-C-T---T----G----ACA--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--A-A-A-C-TTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59326                      : TGAA-AT----ATAT---T-A--T-A-C-T---T----A----ATA--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A-A-T----T--A--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59327                      : TGAATAT----AT-TAT-T-A--T-A-C-T---G----G----ATA--T-TG-A---------T-G---T--T-T-------TAT-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--AT-T-GTA-C-ATCG-A--C-A-C-T----T--A--A-A--A-GC-T--------T-T--C-CGA-T-CT-GTTA
gi|59328                      : TGAA-AT----GT-T-----A--T-G-C-T---TT---G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-TA-A--TAG-A-C-GTC--A--C-T-A-T----CGGG--A-A--A-GC-T--------T-CCAC-C-A-T-CTCGTTA
gi|59329                      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-A-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------TGT-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-G-GTC--A--C-A-A-A----C--A--A-A--A-TC-T--------T-T--C-C-A-
gi|59330                      : TGAAGAT----AT-C---T-A--C-G-C-T--------G----ACG--T-T--A---------T-A---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C---T--A--C-A-A-T----C--GC-A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59331                      : TGAA-AA----GA-T---T-A--T-GAC-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---CAA-C----A-G-C----A--T-T--GTTT-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--ACA--A-GT-T--------T-C--C-C-ACT-CTC-TTA
gi|59332                      : TGAA-AT----GT-C---T-A--C-G-C-T--------G----ACG--T-T--A---------A-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---CAA-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G---C-GTC--A--C---A-T----C--G----A--A-GC-T--------T----C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59333                      : TGAA-AT----GG-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-A--A---------T-G---T--TAT-------T-T-----G-TG-T---CAA-CG---G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C--TC--A--C-A-A-T----C--A--A-AT-A-GC-T--------T-C--CGC-A-T-CTTGTTA
gi|59334                      : TGAA-AT----GG-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-A--A---------T-G---T--TAT-------T-T-----G-TG-T---CAA-CG---G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C--TC--A--C-A-A-T----C--A--A-AT-A-GC-T--------T-C--CGC-A-T-CTTGTTA
gi|59335                      : TGAA-AT----GA-T---T-A--T-G-A-T---TCG--G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-TTTGTGG-CC-T---C-AAC--------C----A--TAT--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-TT-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTT
gi|59336                      : TGAA-AT----GA-T---T-A--T-G-A-T---TCG--G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-TTTGTGG-CC-T---C-AAC--------C----A--TAT--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-TT-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTT
gi|59337                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-T-C---T----G----ACG--T-T--A---------A-G---T--G-A-------T-T-----A-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-
gi|59338                      : TGCA-AT----GT-T---T-AAAT-G-T-T---T----G----ACG--A-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-AT-T---C-A-C----A-G-CTAGTA--T-T--A--T-G-A-C-GTC--G--C-A-A-T----C--A--A-A--A-GC-T--------
gi|59339                      : TGAA-AA----GT-T---TTA--T-C-C-TA--T----GT---ACG--T-T--A---------T-G---T--T-----------------G-CG-T---C-AAC----G-G-C----A--T-TT-A--T-G-A---GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------C-C--C-C-A-T-CTTGT
gi|59340                      : TGAA-ATT---GT-T---TTA--T-G-C-T---T----G----ACG--TAT--AA--------T-G---G--T-T-------T-TA----G-CG-T---C-A-A----G-G-C----A--T-T--A--T-----C-GTC--A--C-A-A-T-------G--A-AGTA-GC-T--------T-C--T-C-A-T-CTTGTTA
gi|59341                      : TGAA-ATTCGTGC-T---T-A--T-A-T-T---T----G----ACA--T-C--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-TG-T---C-A-T----T-C-C----A--T-T--A--T-G-A-C-ATA--A--C-A-A-T----G--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-T-T-CT
gi|59342                      : TGAA-AT-----T-T---T-A--C-G-T-T---T----G----ACG--T----------------G---T--T-T-------T-T-----G-TC-T---C-A-T----T-C-T----A--T-T--A--G-G-A-C-GTC--A--C-A-A-TTAAAT--G--A-A--A-GC-T--------T-T--T-C-G-T-CTCGTT
gi|59343                      : TGAA-AC----GC-T---T-A--A-A-C-T---T----A----ACG--T-T--A---------T-G---A--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-G
gi|59344                      : TGCA-AT----GT-T---A-A--T-G-CATCA-T----GT---ACG--T-T--A---------T-G---T--T-TCACCATTT-T-----G-TG-TA--C-AAC----A-G-T----A--T-TT-A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-TA---CAGA--A-A--A-GC-T--------TAT--C-C-ATT-TTCGTTA
gi|59345                      : TGGA-AT----GT-T---T-A--C-G-C-T---T----G----ATG--G-T--G---------A-A---T--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-T----T-C-C----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--T---A-T----G--G--A-A--A-AT-T--------T-C--C-T-A-
gi|59346                      : TGCA-AT----GT-T---T-T--TCG-C-C---TTAATG----ATG--T-TT-A---------T-GA--T--T-T-------T-T-----A-CG-TTTAC-A-C----A-G-T----A--T-T--AACT-G-A-CCGTC--AA-C-ACA-T----C--G--A-A----GC-C--------T-T--C-C-A-TTCTCGTTA
gi|59347                      :  GAA-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-A---T--A-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-T-A-T-C-CGTTA
gi|59348                      :  GAA-AT----GT-T---T----------T---T----G----ATG--T-T--T---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-C-T----T-C-T----A--T-T--A--T-C-A-C-GTC--A--C-A-T-T----A--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-T-G-T-CTCATT
gi|59349                      :  GAC-AT----GT-T---C-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-TG-TGT-C-A-C----A-A-T----T--T-T--A--G-G-G-T-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCATTA
gi|59350                      :  GAA-AT----GT-T---T-A--C-G-T-T---T----A----ACG--T-T--G---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-T----T-A-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------
gi|59351                      :  GAA-AT----GG-T---C-A--T-A-A-T---T----A----ACG--T-T--A---------T-A---TGGC-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-A-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTT--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-AC-A--------T-T--C-C-A-T-CTCTTT
gi|59352                      :  GAA-AT----GG-T---C-A--T-G-A-T---T----A----ACG--T-TCCA---------T-GG--C--C-T-------T-T-----G-TG-T---C-A-C----A-A-T----A--T-T--A--T-G-A-CGGTT--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-AA-A--------T-T--T-C-A-T-CTCTTT
gi|59353                      :  GAA-AT----GT-T---T-A--T-G-T-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---C--T-T-------T-TTA---G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--TAT--A--G-A-A-A-GTC--A--C---A-T----C--G--AGA--A-GC-T--------T----C-C-A-T-CT
gi|59354                      :  GAA-AT----GT-T---A-A--C-A-C-C---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----A-TC-T---C-A-T----T-C-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GAC--A--C-A-A-T----T--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-G-T-CTCATT
gi|59355                      :  GAA-AT----GT-T---A-A--C-A-C-C---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-A-----G-C------T-A-C----T-T-CT---A--T-T--A--T-G-A-C-A-C--A--C---A-T----T--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-G-T--TCATT
gi|59356                      :  GAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---TT---G----ACA--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-G-----C-CG-T---C-ATC----C-A-T----A--T-T--A--T-G-A-T--TC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--G-GC-TTTGCGGTGT-T--C-C-A-T-CTCATT
gi|59357                      :  GAA-AT-----T-G---T-A--C-G-T-T---T----G----ACG--T-T--A---------A-G---T--T-T-------T-TT----G-CC-T---C-A-T----T-T-TT---A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A---T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-G-G-CTCGTT
gi|59358                      :  GAA-AT----CT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACA--T-T--------------G---T--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-T----T-T-T----A--T-T--T--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--A--A-
gi|59359                      :  GAA-AT----GT-T---T-A--C---C-T---C----G----ACG--T-T------------------T--T-T-------T-TA----G-CA-T---C-A-T----T-T-T----A--T-T--A--T-G-A-T-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-T--A-AC-T--------G-C--C-T-A-
gi|59360                      :  GAA-AT----GT-T----------G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------A-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-
gi|59361                      :  GAA-AT----TC-T---T-A--T-G-C-T---T----A----ACG--T-T---------------------------------------------------------------------T-T--A--T-G-A-C-TTT--A--C-A-G-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTCA
gi|59362                      :   AA-AT----GT-T---T-T--A-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-T----A--T-T--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----A--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CACGTTA
gi|59363                      :   AA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T--------G----ACA--TCT--A---------T-G---T--T-T-------T-TTG---G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-AAC-GTC--AAAC-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59364                      :   AA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--C-T--AA--------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--G--C-A-G-T----C--A--A-A--A-TC-T--------T-T--T-T-A-T-CTTATTA
gi|59365                      :   AA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------G-T-----G-CG-T---C---C----G-G-T----A--T-T--G--T---A-C-GT------C-A-A-T----A--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-
gi|59366                      :   AG-AT----GT-TACTT-A--T-G-C-T---T----A----ACG--T-T--T---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-T----T-G-T----A--T-T--A--T-A-A-C-GTC--A--C-A-A-T----G--G--A-A--C-GT-T--------T-T--C-C-G-T-CTCCTTA
gi|59367                      :   AA-AT----GA-T---T-A--T-G-C-T---C----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-C----A-C-C----A--T-T--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-
gi|59368                      :   AA-AT----GA-T---A-A--T-G-C-T---C----G----ACG--T-TT-A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-C---A-A-C--------C----A--T-T--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A-----T-T--------T-C--C-CAA-T-CTCGTTA
gi|59369                      :   AA-AT----GA-T---A-A--T-G-C-T---C----G----ACG--T-TT-A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-C---A-A-C--------C----A--T-T--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A-----T-T--------T-C--C-CAA-T-CTCGTTA
gi|59370                      :   AA-AT----CT-T---T-A--T-G-T-T---T----G----ATG--T-A--A---------C-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-T----T-C-T----A--T-T--A--T-G-A-T-TTC--A--C-A-A-T----T--G--G-A--A-GC-T--------T-T--C-C-G-T-CTCGT
gi|59371                      :    A-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-------G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59372                      :    A-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-C----A-G-T----A--T-A--A--T-G-A-C-GTC--A--T-A-A-T----C--A--A-A--A-GC-T--------
gi|59373                      :    A-AT----GT-T---TTAC-T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--AA--------T-G---T--T-T-------T-TA----G-CG-T---C-AGC----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--G-C-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-TGCTCGTTA
gi|59374                      :    A-AT----GT-T---T-A--T-G-T-TCTTT----G----ACG--T-T--A---------T-GTTAT--T-T-------T-T-----GCCG-T-----A-C----A-A-G----A--T-A--G--T-GCA-C-GTC--A--C-A-A-TAA--G--G--AGA--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-
gi|59375                      :    A-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---G----A----ACG--T-T--ATTATTCTGCT-G---T--T-TG------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-GAC----A----T--A--T-G-A-CAATA--A--C-A-ACT----C--A--A-A--AGGC-TTC------T-C--C-C-A-G-CTCGTTA
gi|59376                      :     -AT----AT-A---T-A--T-G-C-A---T----G----ATG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-AG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A-A-C----C--A--A-C--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTT
gi|59377                      :     -AT----AT-A---T-A--T-A-T-A---T----G----ATGATT-T--A---------T-G---T--T-T-------T-------G-AG-T---C-A-C----A---T----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A-A-G----C--C--A-AACA-GC-T--------T-C--C-C-A-T-C-CGTTA
gi|59378                      :     -AT----GT-T---G-A--T-GGC-T---T----G----ACG--T-T--A---------TTG---T--T-T-------T-TC----G-CG-T---C-A-CCCCTG-G-T----G--T-T--T--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----CA-G--A-A--AGGC-T--------T-C--C-C-ATT-CACGTT
gi|59379                      :       T----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----GCG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-G----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--T-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59380                      :        ----GT-T---T-A----G-C-T---T----G----AC---T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----A-CG-TC--C-A-C----A-GTC----GATT-T--A--T-G-A-C-ATC--A----A-A-T----C--G--A-A--A-GC----------T-C--T-C-A-T-CTCGTTA
gi|59381                      :             T-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----A-CG-TC--C-A-C----A-G-T----A--T-TTAA--T-G-A-C-ATC--A--CTA-A-T----C--G--A-A--A-GC-T---------------C-A-T-CTCGTTA
gi|59382                      :              -T---C-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-G-------TGT-----G-TG-T---C-A-C----G-A------A--T-T--T--TAG-G-T-GTC--A--C-A-A-T----C--G----A--A-GC-T--------T-TG-C-C-A-T-CTCATTA
gi|59383                      :              -T---T-A--T---C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T---------------G-TA-T---CCA-C----A-G-C----A--T----A--T-G-A-C-GTC--A--C-C-A-T----C--G--A-AG-A-GC-T--------T----C-T-A---CTCGTT
gi|59384                      :                    -A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-A---T--T-T-------G-T-----G-CG-T---T-A-C----A-T-T----AC-C-T--A--T-G-A-CTGTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-CT-C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59385                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59386                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GCGT--------T-C--C-C---T-CTTGTTA
gi|59387                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-------G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--C-G-A-C-GTC--A--C-A-A---------G--A-A--G-------------T-C--G-A-A-T-CTCGT
gi|59388                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----ATTT-T--A--T-G-A-C-GCC--A--C-A-A-T----C--GGAA-A--G-GC-T--------T-C--C-C-A-TCCTCGT
gi|59389                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-TT----G-CC-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A----G-A-C-GTC--AA-C-A-G-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59390                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GGCCAA--C-A-A-T----C--G--A-A--C-G--T--------T-C--C-C-A-T-C-CGTTA
gi|59391                      :                                              G--T-T--A---------T--------T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G--------A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59392                      :                                              G--T-T--A---------TTG---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-C----G-G-CC---A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A--C-T--------T-C--C-C-A-T-CTCCTTA
gi|59393                      :                                              G--T-T--A---------TTG---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-C----G-G-CC---A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A--C-T--------T-C--C-C-A-T-CTCCTTA
gi|59394                      :                                               --T-T--A---------T-A---T--A-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----
gi|59395                      :                                               --T-T--A---------T-A---T--T-T-------T-T-----G--G-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGT
gi|59396                      :                                               --T-T--G---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-TG-T---C-A-C----A-A-T----A--T-T--A--T-G-G-A-GTA--A--C-A-G-T----C--G--A-A--A--C-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59397                      :                                                    --A---------T-G---T--T-T-------T-T-----GGCG-T---C-A-C----G-G-C----AA-T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-AGA-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59398                      :                                                    --A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--
gi|59399                      :                                                       ---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-A-T----A--T-T--A--T-G-A-T-GT------C-A-G-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-T-A-T-CTCACTA
gi|59400                      :                                                                          -T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GCC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-CC-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59401                      :                                                                          -T-------T-T-----A-CG-T---C-A-A----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----T--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-A-ATCGTT
gi|59402                      :                                                                          -T-------T-T-----G-TG-T---C-A-C----A-A-T----A--C-T--C--T-G-G-T-ATC--A--C-A-A-T----C--A--G-A--A-GT-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59403                      :                                                                                                              -G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--A--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-A-CTCGTTA


blockSeqs                     :     T  TCGT    ACT T AA   A   CTT TAAT CATG        CC TTATTCTGC T TTA      CACCATT A TTGTG G    TTA A A AGCTAGT       AT A TA TT       C   CA AA       TAAA GG GA C GT      TTGCGGTG CCA    G C C
blockSeqs                     :     G  T       AT  T C    G   CA  CG   T           G  A         T A        G       G TTGTG C    GT  A A CCCTGGT       TT A A  AC       G   G  A        AA   AG A  G AC      TC       AT     A T T
blockSeqs                     :     .  .       C   T C    .   A   CG   T           T  A         T G        .       G TA    G    A   A A GAGC          C  A T  T        A   .  A        A    A  C  G T       .        TG     A T G
blockSeqs                     :     .  .       .   T .    .   .   T    .           T  A         . .        .       . TG    .    C   A A GGGC          A  . T  .        T   .  .        .    .  .  . T       .        CT     . . C
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   T    .           T  .         . .        .       . A     .    C   C T GGGC          .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . G       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . T     .    .   . G TTCT          .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . A     .    .   . . TTTT          .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . A     .    .   . . GGAC          .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . C     .    .   . . AGTC          .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . T     .    .   . . GGCC          .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGCC          .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . ATT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . TCC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . TCT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . TCC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . TCT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AAT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . TAT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AAT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AAT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . TCT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . CAT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . TTT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . TTT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . TGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . ACC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . TCT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AAG           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :     .  .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . ATT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :        .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :        .       .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :                .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :                .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :                .   . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :                    . .    .   .   .    .           .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :                                                    .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :                                                    .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :                                                    .  .         . .        .       . .     .    .   . . AAT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        T      . . .
blockSeqs                     :                                                    .  .         . .        .       . .     .    .   . . GGC           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        C      . . .
blockSeqs                     :                                                    .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        .      . . .
blockSeqs                     :                                                    .  .         . .        .       . .     .    .   . . AAT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        .      . . .
blockSeqs                     :                                                    .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        .      . .  
blockSeqs                     :                                                    .  .         . .        .       . .     .    .   . . AGT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        .      . .  
blockSeqs                     :                                                    .  .         . .        .       . .     .    .   . . AAT           .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .        .      . .  
blockSeqs                     :                                                    .  .         . .        .       . .     .    .   . . GC            .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .                    
blockSeqs                     :                                                    .  .         . .        .       . .     .    .   . . AT            .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .                    
blockSeqs                     :                                                    .  .         . .        .       . .     .    .   . . GA            .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .       .                    
blockSeqs                     :                                                    .  .         . .        .       . .     .    .   . . C             .  . .  .        .   .  .        .    .  .  . .                            
blockSeqs                     :                                                    .  .         . .        .       . .     .    .   . . C             .  . .  .        .   .  .        .    .  .  .                              
blockSeqs                     :                                                       .         . .        .       . .     .    .   . . C             .  . .  .        .   .  .        .    .  .  .                              
blockSeqs                     :                                                                            .       . .     .    .   . . C             .  . .  .        .   .  .        .                                         
blockSeqs                     :                                                                            .       . .     .    .   . . G             .  . .  .        .   .  .                                                  
blockSeqs                     :                                                                            .       . .     .    .   . . .             .  . .  .        .                                                         
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blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
finalCons                     : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA





Alignments
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lowQualScore                  :     .  ....  . ... . .. . . . ... .... ....   .. . .. ......... . ... .. . ....... . ..... .  . ... . . ............. .. . .. .. . . . .   .. .. . . . .... .. .. . .. .  . ........ .... . . . .       
lowQualScore                  :     2  8888  5 333 2 88 5 1 5 222 7777 2222   66 9 44 111111111 3 777 66 9 8888888 3 00000 3  4 777 2 6 5555555555555 00 3 99 66 9 9 4 7   00 55 4 9 4 0000 77 55 3 66 9  9 33333333 8888 0 4 4 0       
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Reference ( family-243 )      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59311                      : TGAA-AT----AT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-TTCGTTA
gi|59312                      : TGAA-AT----GT-T---T-T--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CT-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-C--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59313                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------C-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCAT
gi|59314                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-G----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--T-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59315                      : TGAA-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-A---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--C--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59316                      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-A-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--A-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--T--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59317                      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-T-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GCGT--------T-C--C-C---T-CTTGTTA
gi|59318                      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----GCATGACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---A-C-C----A-T-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTT
gi|59319                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-T-C---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T---------------G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----A--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-TTCGTTA
gi|59320                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------A-T-----G-CG-T---C-A-T----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC-----C-A-G-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T----C-C-A-T-CTCGT
gi|59321                      : TGAA-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACT--T-T--A---------T-A---T--A-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----GAG-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC----------T-C--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59322                      : TGAA-AT----GT-TC--T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CGTT---C-A-C------G-C----A----T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--GA-A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59323                      : TGAA-A-----GT-T---T-A--T-T-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-G-------T-T-----GGCA-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGT
gi|59324                      : TGAA-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACA--T-T--A---------T-A---A--T-C---------------G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-TCCTTGTTA
gi|59325                      : TGCA-AT----GT-T---TTAC-T-G-C-T---T----G----ACA--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--A-A-A-C-TTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59326                      : TGAA-AT----ATAT---T-A--T-A-C-T---T----A----ATA--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A-A-T----T--A--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59327                      : TGAATAT----AT-TAT-T-A--T-A-C-T---G----G----ATA--T-TG-A---------T-G---T--T-T-------TAT-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--AT-T-GTA-C-ATCG-A--C-A-C-T----T--A--A-A--A-GC-T--------T-T--C-CGA-T-CT-GTTA
gi|59328                      : TGAA-AT----GT-T-----A--T-G-C-T---TT---G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-TA-A--TAG-A-C-GTC--A--C-T-A-T----CGGG--A-A--A-GC-T--------T-CCAC-C-A-T-CTCGTTA
gi|59329                      : TGAA-AT----GT-T---T-A--T-A-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------TGT-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-G-GTC--A--C-A-A-A----C--A--A-A--A-TC-T--------T-T--C-C-A-
gi|59330                      : TGAAGAT----AT-C---T-A--C-G-C-T--------G----ACG--T-T--A---------T-A---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C---T--A--C-A-A-T----C--GC-A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59331                      : TGAA-AA----GA-T---T-A--T-GAC-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---CAA-C----A-G-C----A--T-T--GTTT-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--ACA--A-GT-T--------T-C--C-C-ACT-CTC-TTA
gi|59332                      : TGAA-AT----GT-C---T-A--C-G-C-T--------G----ACG--T-T--A---------A-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---CAA-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G---C-GTC--A--C---A-T----C--G----A--A-GC-T--------T----C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59333                      : TGAA-AT----GG-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-A--A---------T-G---T--TAT-------T-T-----G-TG-T---CAA-CG---G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C--TC--A--C-A-A-T----C--A--A-AT-A-GC-T--------T-C--CGC-A-T-CTTGTTA
gi|59334                      : TGAA-AT----GG-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-A--A---------T-G---T--TAT-------T-T-----G-TG-T---CAA-CG---G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C--TC--A--C-A-A-T----C--A--A-AT-A-GC-T--------T-C--CGC-A-T-CTTGTTA
gi|59335                      : TGAA-AT----GA-T---T-A--T-G-A-T---TCG--G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-TTTGTGG-CC-T---C-AAC--------C----A--TAT--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-TT-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTT
gi|59336                      : TGAA-AT----GA-T---T-A--T-G-A-T---TCG--G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-TTTGTGG-CC-T---C-AAC--------C----A--TAT--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-TT-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTT
gi|59337                      : TGCA-AT----GT-T---T-A--T-G-T-C---T----G----ACG--T-T--A---------A-G---T--G-A-------T-T-----A-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-
gi|59338                      : TGCA-AT----GT-T---T-AAAT-G-T-T---T----G----ACG--A-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-AT-T---C-A-C----A-G-CTAGTA--T-T--A--T-G-A-C-GTC--G--C-A-A-T----C--A--A-A--A-GC-T--------
gi|59339                      : TGAA-AA----GT-T---TTA--T-C-C-TA--T----GT---ACG--T-T--A---------T-G---T--T-----------------G-CG-T---C-AAC----G-G-C----A--T-TT-A--T-G-A---GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------C-C--C-C-A-T-CTTGT
gi|59340                      : TGAA-ATT---GT-T---TTA--T-G-C-T---T----G----ACG--TAT--AA--------T-G---G--T-T-------T-TA----G-CG-T---C-A-A----G-G-C----A--T-T--A--T-----C-GTC--A--C-A-A-T-------G--A-AGTA-GC-T--------T-C--T-C-A-T-CTTGTTA
gi|59341                      : TGAA-ATTCGTGC-T---T-A--T-A-T-T---T----G----ACA--T-C--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-TG-T---C-A-T----T-C-C----A--T-T--A--T-G-A-C-ATA--A--C-A-A-T----G--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-T-T-CT
gi|59342                      : TGAA-AT-----T-T---T-A--C-G-T-T---T----G----ACG--T----------------G---T--T-T-------T-T-----G-TC-T---C-A-T----T-C-T----A--T-T--A--G-G-A-C-GTC--A--C-A-A-TTAAAT--G--A-A--A-GC-T--------T-T--T-C-G-T-CTCGTT
gi|59343                      : TGAA-AC----GC-T---T-A--A-A-C-T---T----A----ACG--T-T--A---------T-G---A--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-G
gi|59344                      : TGCA-AT----GT-T---A-A--T-G-CATCA-T----GT---ACG--T-T--A---------T-G---T--T-TCACCATTT-T-----G-TG-TA--C-AAC----A-G-T----A--T-TT-A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-TA---CAGA--A-A--A-GC-T--------TAT--C-C-ATT-TTCGTTA
gi|59345                      : TGGA-AT----GT-T---T-A--C-G-C-T---T----G----ATG--G-T--G---------A-A---T--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-T----T-C-C----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--T---A-T----G--G--A-A--A-AT-T--------T-C--C-T-A-
gi|59346                      : TGCA-AT----GT-T---T-T--TCG-C-C---TTAATG----ATG--T-TT-A---------T-GA--T--T-T-------T-T-----A-CG-TTTAC-A-C----A-G-T----A--T-T--AACT-G-A-CCGTC--AA-C-ACA-T----C--G--A-A----GC-C--------T-T--C-C-A-TTCTCGTTA
gi|59347                      :  GAA-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-A---T--A-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-T-A-T-C-CGTTA
gi|59348                      :  GAA-AT----GT-T---T----------T---T----G----ATG--T-T--T---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-C-T----T-C-T----A--T-T--A--T-C-A-C-GTC--A--C-A-T-T----A--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-T-G-T-CTCATT
gi|59349                      :  GAC-AT----GT-T---C-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-TG-TGT-C-A-C----A-A-T----T--T-T--A--G-G-G-T-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCATTA
gi|59350                      :  GAA-AT----GT-T---T-A--C-G-T-T---T----A----ACG--T-T--G---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-T----T-A-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------
gi|59351                      :  GAA-AT----GG-T---C-A--T-A-A-T---T----A----ACG--T-T--A---------T-A---TGGC-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-A-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTT--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-AC-A--------T-T--C-C-A-T-CTCTTT
gi|59352                      :  GAA-AT----GG-T---C-A--T-G-A-T---T----A----ACG--T-TCCA---------T-GG--C--C-T-------T-T-----G-TG-T---C-A-C----A-A-T----A--T-T--A--T-G-A-CGGTT--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-AA-A--------T-T--T-C-A-T-CTCTTT
gi|59353                      :  GAA-AT----GT-T---T-A--T-G-T-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---C--T-T-------T-TTA---G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--TAT--A--G-A-A-A-GTC--A--C---A-T----C--G--AGA--A-GC-T--------T----C-C-A-T-CT
gi|59354                      :  GAA-AT----GT-T---A-A--C-A-C-C---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----A-TC-T---C-A-T----T-C-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GAC--A--C-A-A-T----T--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-G-T-CTCATT
gi|59355                      :  GAA-AT----GT-T---A-A--C-A-C-C---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-A-----G-C------T-A-C----T-T-CT---A--T-T--A--T-G-A-C-A-C--A--C---A-T----T--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-G-T--TCATT
gi|59356                      :  GAA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---TT---G----ACA--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-G-----C-CG-T---C-ATC----C-A-T----A--T-T--A--T-G-A-T--TC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--G-GC-TTTGCGGTGT-T--C-C-A-T-CTCATT
gi|59357                      :  GAA-AT-----T-G---T-A--C-G-T-T---T----G----ACG--T-T--A---------A-G---T--T-T-------T-TT----G-CC-T---C-A-T----T-T-TT---A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A---T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-G-G-CTCGTT
gi|59358                      :  GAA-AT----CT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACA--T-T--------------G---T--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-T----T-T-T----A--T-T--T--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--A--A-
gi|59359                      :  GAA-AT----GT-T---T-A--C---C-T---C----G----ACG--T-T------------------T--T-T-------T-TA----G-CA-T---C-A-T----T-T-T----A--T-T--A--T-G-A-T-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-T--A-AC-T--------G-C--C-T-A-
gi|59360                      :  GAA-AT----GT-T----------G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------A-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-
gi|59361                      :  GAA-AT----TC-T---T-A--T-G-C-T---T----A----ACG--T-T---------------------------------------------------------------------T-T--A--T-G-A-C-TTT--A--C-A-G-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTCA
gi|59362                      :   AA-AT----GT-T---T-T--A-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-T----A--T-T--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----A--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CACGTTA
gi|59363                      :   AA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T--------G----ACA--TCT--A---------T-G---T--T-T-------T-TTG---G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-AAC-GTC--AAAC-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59364                      :   AA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--C-T--AA--------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--G--C-A-G-T----C--A--A-A--A-TC-T--------T-T--T-T-A-T-CTTATTA
gi|59365                      :   AA-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------G-T-----G-CG-T---C---C----G-G-T----A--T-T--G--T---A-C-GT------C-A-A-T----A--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-
gi|59366                      :   AG-AT----GT-TACTT-A--T-G-C-T---T----A----ACG--T-T--T---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-T----T-G-T----A--T-T--A--T-A-A-C-GTC--A--C-A-A-T----G--G--A-A--C-GT-T--------T-T--C-C-G-T-CTCCTTA
gi|59367                      :   AA-AT----GA-T---T-A--T-G-C-T---C----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-C----A-C-C----A--T-T--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-
gi|59368                      :   AA-AT----GA-T---A-A--T-G-C-T---C----G----ACG--T-TT-A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-C---A-A-C--------C----A--T-T--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A-----T-T--------T-C--C-CAA-T-CTCGTTA
gi|59369                      :   AA-AT----GA-T---A-A--T-G-C-T---C----G----ACG--T-TT-A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-C---A-A-C--------C----A--T-T--G--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A-----T-T--------T-C--C-CAA-T-CTCGTTA
gi|59370                      :   AA-AT----CT-T---T-A--T-G-T-T---T----G----ATG--T-A--A---------C-G---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-T----T-C-T----A--T-T--A--T-G-A-T-TTC--A--C-A-A-T----T--G--G-A--A-GC-T--------T-T--C-C-G-T-CTCGT
gi|59371                      :    A-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-------G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59372                      :    A-AT----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CA-T---C-A-C----A-G-T----A--T-A--A--T-G-A-C-GTC--A--T-A-A-T----C--A--A-A--A-GC-T--------
gi|59373                      :    A-AT----GT-T---TTAC-T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--AA--------T-G---T--T-T-------T-TA----G-CG-T---C-AGC----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--G-C-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-TGCTCGTTA
gi|59374                      :    A-AT----GT-T---T-A--T-G-T-TCTTT----G----ACG--T-T--A---------T-GTTAT--T-T-------T-T-----GCCG-T-----A-C----A-A-G----A--T-A--G--T-GCA-C-GTC--A--C-A-A-TAA--G--G--AGA--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-
gi|59375                      :    A-AT----GT-C---T-A--T-G-C-T---G----A----ACG--T-T--ATTATTCTGCT-G---T--T-TG------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-GAC----A----T--A--T-G-A-CAATA--A--C-A-ACT----C--A--A-A--AGGC-TTC------T-C--C-C-A-G-CTCGTTA
gi|59376                      :     -AT----AT-A---T-A--T-G-C-A---T----G----ATG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-AG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A-A-C----C--A--A-C--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTT
gi|59377                      :     -AT----AT-A---T-A--T-A-T-A---T----G----ATGATT-T--A---------T-G---T--T-T-------T-------G-AG-T---C-A-C----A---T----A--T-T--A--T-G-A-C-ATC--A--C-A-A-G----C--C--A-AACA-GC-T--------T-C--C-C-A-T-C-CGTTA
gi|59378                      :     -AT----GT-T---G-A--T-GGC-T---T----G----ACG--T-T--A---------TTG---T--T-T-------T-TC----G-CG-T---C-A-CCCCTG-G-T----G--T-T--T--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----CA-G--A-A--AGGC-T--------T-C--C-C-ATT-CACGTT
gi|59379                      :       T----GT-T---T-A--T-G-C-T---T----G----GCG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-G----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--T-GC-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59380                      :        ----GT-T---T-A----G-C-T---T----G----AC---T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----A-CG-TC--C-A-C----A-GTC----GATT-T--A--T-G-A-C-ATC--A----A-A-T----C--G--A-A--A-GC----------T-C--T-C-A-T-CTCGTTA
gi|59381                      :             T-C---T-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----A-CG-TC--C-A-C----A-G-T----A--T-TTAA--T-G-A-C-ATC--A--CTA-A-T----C--G--A-A--A-GC-T---------------C-A-T-CTCGTTA
gi|59382                      :              -T---C-A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-G-------TGT-----G-TG-T---C-A-C----G-A------A--T-T--T--TAG-G-T-GTC--A--C-A-A-T----C--G----A--A-GC-T--------T-TG-C-C-A-T-CTCATTA
gi|59383                      :              -T---T-A--T---C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-G---T--T-T---------------G-TA-T---CCA-C----A-G-C----A--T----A--T-G-A-C-GTC--A--C-C-A-T----C--G--A-AG-A-GC-T--------T----C-T-A---CTCGTT
gi|59384                      :                    -A--T-G-C-T---T----G----ACG--T-T--A---------T-A---T--T-T-------G-T-----G-CG-T---T-A-C----A-T-T----AC-C-T--A--T-G-A-CTGTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-CT-C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59385                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59386                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GCGT--------T-C--C-C---T-CTTGTTA
gi|59387                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-------G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--C-G-A-C-GTC--A--C-A-A---------G--A-A--G-------------T-C--G-A-A-T-CTCGT
gi|59388                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----ATTT-T--A--T-G-A-C-GCC--A--C-A-A-T----C--GGAA-A--G-GC-T--------T-C--C-C-A-TCCTCGT
gi|59389                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-TT----G-CC-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A----G-A-C-GTC--AA-C-A-G-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59390                      :                                              G--T-T--A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GGCCAA--C-A-A-T----C--G--A-A--C-G--T--------T-C--C-C-A-T-C-CGTTA
gi|59391                      :                                              G--T-T--A---------T--------T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----G--------A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59392                      :                                              G--T-T--A---------TTG---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-C----G-G-CC---A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A--C-T--------T-C--C-C-A-T-CTCCTTA
gi|59393                      :                                              G--T-T--A---------TTG---T--T-T-------T-T-----G-CC-T---C-A-C----G-G-CC---A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A--C-T--------T-C--C-C-A-T-CTCCTTA
gi|59394                      :                                               --T-T--A---------T-A---T--A-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----
gi|59395                      :                                               --T-T--A---------T-A---T--T-T-------T-T-----G--G-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGT
gi|59396                      :                                               --T-T--G---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-TG-T---C-A-C----A-A-T----A--T-T--A--T-G-G-A-GTA--A--C-A-G-T----C--G--A-A--A--C-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59397                      :                                                    --A---------T-G---T--T-T-------T-T-----GGCG-T---C-A-C----G-G-C----AA-T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-AGA-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59398                      :                                                    --A---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--
gi|59399                      :                                                       ---------T-G---T--T-T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-A-T----A--T-T--A--T-G-A-T-GT------C-A-G-T----C--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-T-A-T-CTCACTA
gi|59400                      :                                                                          -T-------T-T-----G-CG-T---C-A-C----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GCC--A--C-A-A-T----C--G--A-A--A-CC-T--------T-T--C-C-A-T-CTTGTTA
gi|59401                      :                                                                          -T-------T-T-----A-CG-T---C-A-A----A-G-T----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----T--G--A-A--A-GC-T--------T-T--C-C-A-A-ATCGTT
gi|59402                      :                                                                          -T-------T-T-----G-TG-T---C-A-C----A-A-T----A--C-T--C--T-G-G-T-ATC--A--C-A-A-T----C--A--G-A--A-GT-T--------T-T--C-C-A-T-CTCGTTA
gi|59403                      :                                                                                                              -G-C----A--T-T--A--T-G-A-C-GTC--A--C-A-A-T----C--A--A-A--A-GC-T--------T-C--C-C-A-A-CTCGTTA