lowQualScore : 1 11111111 333333333333333 3333333 111111
lowQualScore : 8 1 6 1 555 222 5 0 5555 111111 11111111 2222 22 0 1 0 0 0 0 0 000 00 1111 555555555555555 1111111 0 0 0 0 00 0 00 0 0 0 0 00 2222 000 99999999999 00 1111111 0 0 0 111 1111111 00 1 555555 000
lowQualScore : . . . . ... ... . . .... ...... ........ .... .. . . . . . . . ... .. .... ............... ....... . . . . .. . .. . . . . .. .... ... ........... .. ....... . . . ... ....... .. . ...... ...
lowQualScore : 0 4 7 4 000 888 2 9 8888 666666 55555555 0000 00 8 2 4 4 4 8 3 555 88 6666 222222222222222 1111111 2 5 7 7 33 2 33 3 7 2 5 99 6666 888 55555555555 99 3333333 3 5 5 333 7777777 77 0 999999 999
consensus : ATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCANC-AT----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----N-TG-N----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----N---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAT--TA-T---CTGACAA
Reference ( gi|3628 ) : ATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATC-AT----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----T-TG-T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C----AA-ACA--T-AAT--TT-T---CTGACAA
gi|3623 : ATGCCA-CTTACT-GC-CATTTAC---TT---G
gi|3621 : ATGCCA-CTAACT-GC-CATCTAC---TT---Gtaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattactttctgacaagtcgacataaagatctgacaagttgacataaatatctgacaa
gi|3613 : ATGGCA-CAAACT-GGGCATGGAC---TT---GTTTTC-ATGTTGA------A-----T--TT----TTT-A-A-C-AT-GT-G-AA-C---A--C----A--------------------------TG-A-C-A--G-GT--C-G-A-C-A--T----AAAGA----T---TTGA--TGAGGCAACTGA-C-AAG-T---C-----A-ACA--T-AAT--TA-T---CTGACAAtaacacgcgttagtaacaatataccgagttcctaatcatggtgattattttctgacaagttgacataaagatctggcaagttgacataaatatctgacaa
gi|3620 : tcaactggATGCCAACTAACTTGC-CATTTAC---TT---G
gi|3626 : ATGGCA-CAAACT-GGGCATGAACACGTT---TTCATC-ATG---A------A-----T---T----CTTGA-A-C-AC-GT---GA-----A--T----A----------------T-------C-TG-A---A--A-GT--C-G-A-C-A--A----A---A----G------A--T-------CTGA---AAG-T---C----GA-CCA--T-AAA--GA-T---CTGACAAtaacacgcattcatacaagtaacgagttcgctaatcataagtgattattttcctgacaagtccgaccataaagatctgacaagttgcacataaatatctgacaa
gi|3637 : tagT-GC-CATTTAC---TT---GACAAC-AT----A------T-----T--TT----TT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-------TG-A----A-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---C--A--T-------CTGC-C-AA
gi|3643 : atgaaaacgtgtccatgccaagttcg-CATCAAC---TT---GTCAAC-AT----ACATGTAA-----T--AT----CC--G-A-T-AA-GT-T-GA-C---A--T----AA-----T-T--T----T-------C-TG-A-C-A--C-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CAGA-C-AA
gi|3624 : tTTT-C---TT---GTCATG-GT----G------A-----TT-ATTTT-CT--G-G-C-AT-GT-C-GA-C---A--A----AA--------G-A----T-------T-TG-A-C-T--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---T--G--T-------CTGA-A-AA
gi|3635 : aattggatggcgttagtggaattaacaagatattaagTTCC---TG---GTCATG-ATGGGTA------T-----T--AC----CC--G-A-C-AA-AT-C-GA-C---A--T----AA-----TATA-A----T-------C-CG-A-A-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A--------A--A--T-------CTGA-C-A
gi|3634 : ggcttcaacacgcttaaataacaagatacggagTTCC---TG---GTCATG-ATGGGTA------T-----T--AC----CC--G-A-C-AA-AT-C-GA-C---A--T----AA-------TA-A----T-------C-TG-A-A-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A--------A--A--C-------CTGA-C-AA
gi|3638 : ggcttcaacacgcttaaataacaagatacggagTAC---TTTTCGTTATT-AT----A------A-----T--AT----TT--G-A-C-AG-GT-C-AA-C---A--T----AA-----T-TA-T------------C-TG-A-C-A--A-GT--A-A-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AAA-T---C-----G-ACA--T-AAT--TA-T---CTGGCAA
gi|3612 : aaC---TT---GACA-C-GTG---A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--A----AA----------A----T-------C-TG-A-C-AAGA-GT--C-G-A-A-A--TA---A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAT--TT-T---CTGACAA
gi|3607 : tccactggatggtataaactgtgccatgaacacgttttcatcacgaatt---TT---TTCATCGAT----G------A-----T---T----CTTGA-A-C-AC-GT---GA-----A--T----A----------------T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-GGA-C-A--A----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAA--TA-T---CTGACAA
gi|3609 : tcaactggatggcacaacgagggcatgaacacg---TT---TTCATT-ATG---A------A-----T---T----CTTGA-A-C-AC-GT---GA-----A--T----A----------------T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--A----A---A----A---G--A--T-------ATGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AA
gi|3632 : tcaactggatggtacaaactgggcatgaacacgT---GTGATT-AT-----------------T--TT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-------AG-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--TA---A---A----G---T--A--T-------CTGA-C-AAat
gi|3662 : ggcattaacatgcattataacaagataacgaattcctaatca---GTCAAC-AT----A------AG----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-A-AA-C---A--T----AA-----C-T--T----T-------C-TG-A-C-A--A-
gi|3692 : acataattatctggcaa---GTCAAC-AT----A------A-----TC-AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----CA-----T-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-
gi|3686 : tctgacaa---GTCA-C-AT----A------------T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----T-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-
gi|3622 : tatctgacaa---GTCGAC-AT----A------AA----G--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----T-TA------T-------C-TG-G-C-A--A-
gi|3630 : caagtagatggcagtttaatgggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattattttctgaacaa---GTCGAC-AT----A------AA----G--AT----CT--G-A-C-AA-GT-T-GA-C---A--T----AA-----A-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-
gi|3623 : ggcattaacaacgcattaataacaagataccgagttcctaatcaatggtgattattttctgacaa---GTCGAC-AT----A------AA----G--AT----CT--G-A-C-AA-GT-T-GA-C---A--T----AA-----A-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-
gi|3694 : caagtaaatggcagtaagtggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattactttctgacaa---GTCAAC-AT----A------A-----TC-AT----CT--G-A-CAAA-GT-C-GA-C---A--T----CA-----T-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-
gi|3690 : tctgacaa---GTCGAC-AT----A------AA----G--AT----TT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--A----AA-----T-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-
gi|3693 : tatatgacaa---GTCAAC-AT----A------A-----TC-AT----CT----A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----CA-----T-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-
gi|3699 : tctgacaa---GTCGAC-AT----A------AA----G--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----
gi|3642 : tgacaaTCATC-AT----A------A-----T--AT----TT--G-A-C-AA-GT-C-GA-T---A--T----CA-----T-T--T----T-------C-TG-A-C-A--A-AT--T-A-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAT--TT-T---CTGACAAat
gi|3697 : CATC-AT-----------------T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----CA-----T-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-
gi|3639 : tctgacaagtcgaCATC-ATG---A------A-----TTCAT----TG--A-A-C-AC-GT---GA-----A--T----A----------------T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--A----A---A----GA--T--A----------CTGA-C-AAG-TG--C----CG-ACA--T-AAA--TA-T---CTGACAA
gi|3649 : acgtttaATG-AT----A------A-----C--AT----CT--G-T-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----T-T--T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A-------A---A----A---C--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3620 : acatATC-AT----A------AGTGATT--ATTTTCCT--G-A-C-AA-GTCC-GACC---A--T----AA-------AG-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--T-GCA-C-A--T----A---A----A---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3667 : caagtaaatggcaagttagttggcattaacacgcattcatacaagtaacgagttcgctaC-AT----A------A-----TT-AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----T-T--T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----C---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3650 : aC-AT----A------A-----T--TTT---CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----T-T--T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-A-G-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3664 : acaC-AT----A------AA----G--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-AA-C---A--T----AA-----T-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3657 : aC-AT----A------AAG---T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-------AG-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---AC---T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3661 : aC-AT----A------A-----TT-AT----CT--G-A-C-AA-AT-C-GA-C---A--T----AA-----T-TA------T-------C-TG-G-C-A--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----G---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3665 : aC-AT----A------AA----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-------AG-A----C-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-T-A--T----A---A----T---T--A--C-------CTGA-C-AA
gi|3660 : aC-AT----A------A-----TT-AT----CT--G-A-C-AA-GT-CAAA-C---A--T----AA-----T-T--T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--T-A-A-C-A--T----A---A--------T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3656 : aC-AT----A------AA----G--AT----CT--G-G-C-AA-GT-T-GA-C---A--T----AA-----A-TA-T------------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3663 : aC-AT----A------AA----G--AT----CT--G-A-C-AA-GG-C-AA-C---A--T----AA-----A--G-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3652 : aC-AT----A------------T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----T-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-
gi|3666 : caC-AT----A------AA----G--AT----CT--G-A-C-AA-GT-T-GA-C---A--T----AA-----A-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--C-------CTGA-C-AA
gi|3669 : aC-AT----A------A-----A--AT----CT--G-A-C-AT-GT-G-GA-C---A--TT---GA-----T-CA-T----TAT-----C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---C--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3655 : aC-AT----A------AC----T--AT----TT--G-A-C-AA-GA-C-AA-C---A--T----CA-----T-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--C----C---A----A---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3659 : aC-AT----A------AA----T--AT----CT--G-A-C-AAAGT-C-GA-C---ACTT----AA-----A--G-A----T-------C-TG-A-C-C--A-AT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTAA-C-AA
gi|3654 : aC-AT----A------AA----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----A-AG------A-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-AAGT----A---A----T---TA-A--T-------CT-A-C-AA
gi|3653 : aC-AT----A------AA----G--AT----CT--G-A-C-AA-GT-T-GA-C---A--T----AA-----A-TA-T------------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---A--G--A-------CTGA-C-AA
gi|3658 : aC-AT----A------AA----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-------AG-A----T-------C-TGAA-C-A--A-GT--C-GAA-C-A--T----A---AAT--T---T--A--TC------CTGA-
gi|3651 : aC-AT----A------AA----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-AA-C---A--T----AA-------AG-A----T-------C-TG-A-CAA--A-GC--C-G-A-CAA--T----A---A--------T--A----------CTGA-C-AA
gi|3668 : caC-AT----A------AA----C--AT----AT--G-A-C-AA-GA-C-AA-C---A--T----AA-------AG-A----T-------A-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----G------------T--A--T-------TTGA-C-AA
gi|3676 : a----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----T-TG-T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3646 : ----A------A-----T--TT----CT--G-A-C-CA-GT-C-AA-C---A--T----AA-----T-TA-T------------C-TG-A-C-A--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----T---T--T--T-------CCGA-C-AAG-T---T-----A-ACA--T-AAT--CA-T---CTGACAA
gi|3679 : ----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---G--T----AA-----T-T--T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-A-A-C-A--T----G---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3673 : ----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----T-T-------T-------C-TG-A-C-C--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3678 : ----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----T-TT-T----T-------C--A-A-C-A--A-GT--T-A-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3682 : ----A------A-----T--AC----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----T-T--T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---A----T---T--T--T-------CTG
gi|3675 : ----A------A-----TC-AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----CA-----T-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----C---A----T---T--T--T-------CTGA-C-AA
gi|3606 : ----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--A----AA-----A--G-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3674 : tcaactggatggcacaacggggcatgaacacgttttcatcgatgaattcttgaacacgctg----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-CATAA--T----AA-----T-TG------T-------C-TG-A-C-C--A-GT--C-A-A-C----T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3610 : ----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-AA-C---A--A----AA-----A--G-A----T-------C-TG-A-A-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3608 : tcaactggatggcacaaacttggcatgatcacgtttttttatcaggaattcgtgaacacgtg----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A-------AA-----A-AG-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---T--A--C-------CTGA-C-A
gi|3607 : tcaactgagatggcacaaaatgggcattgaacacgttttcattaatgaattcttgaacacgtg----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-CGGA-C---A-------AA-----A-AG-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3639 : tcaactggatggcacaacgagggcatgaacacgttttcatcgatgattcttgaacacgtg----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--A----AA--------GAT----A-------C-TG-A-C-A--A-GTGCC-G-A-C-A--T----A---A----A---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3677 : acgtttacatcatgaattcattgaacacgtg----A------A-----TC-AT----CC--G-A-C-TA-GT-C-GG-C---A--T----AA-----A--G-T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A--------C--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3681 : ----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AAAGAC-T-TG--------------G-TA-A-CAA--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T--------TGA-C-A
gi|3611 : ----A------A-----T--AA----GT--G-A-A-AA-GT-C-GA-C---A--A----AA-----A--G-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-
gi|3680 : tcaactggatgacataaactgggcatgggcacgttttcatgttgaatttttaaacacaag----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----A-CA------T-------A-TG-A-C-A--A-GA--C-A-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------ATGA-C-AA
gi|3617 : ----A------A-----G--AT----CT--G-G-A-AA-GT-C-GA-C---A--TT---AA--------G-A----T-------C-TG-A-A-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---A----T---C--A--T-------CTGA-C-GA
gi|3625 : tcaagtaaatggcacgaacttggcatggacacgttttcattttgatttttttttaaa----A------A-----T--AA----GT--G-A-C-AA-GT-C-GA-G---A--A----AA--------A-A----T-------C-TG-A-C-A--G-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--G--T-------CTGA-C-AAG-----A----GG-ACA--T-AAA--GA-T---CTGACAA
gi|3614 : ctggatggcacaaactgtggcatggacacgttattgttaatttttaaacatatg----A------A-----T--AA----GT--G-A-C-AA-AT-C-GA-C---A--A----AA-----A--G-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GA--C-A-A-C-A--T----A---A----A---A--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3700 : tcaactggataacacacactatgcatggacactatctcatgttgaattcttcaacacgtg----A------A-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----
gi|3615 : taacaagtcaacgtttaca----A------A-----T--AT----CT--GCA-C-AA-AT-C-GA-C---A--A----AA--------G-A------------C-TG-A-C-G--A-GT--C-G-A-C-A--TA---A---A----A---T--AT-T-------TTGA-C-AAacatatgacaa
gi|3644 : tcaatggatggcacaaaatgggcaatgaatacgtttcatcattgaattctttgaaccgtga----A------A-----T--TT----CT--G-AAC-AG-GT-C-GA-C---A--T----AA-----A--G-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--
gi|3698 : caacaagacatcctccgtaaacgta----A------A-----G--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----
gi|3647 : tctgacaagttgacaaggaa----A------A-----A--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-------AG-A----T-------C-CG-A-C-A--A-caagagctg
gi|3683 : aattccataagtaagtgaaaagttgacaaaaacaaaa------A-----T--TT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--TT---AA-----A-GA-T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTAA-
gi|3684 : ------A-----T--AT----CT--GTA-C-CA-GT-T-GA-C---A--T----AA-------AG-A----T-------C-TG-A-C-C--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----
gi|3687 : -----T--AT----CT--G-A-C-AA-AT-C-GA-C---A--T----CA-----T-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----C---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AAagaatctga
gi|3686 : -----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C--A-C---A--T----A--------TA-T------------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3685 : -----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--C----CA-----A-TA-T------------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----C---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3690 : -----T--AT----AT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----A-GA-T----T---------TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--A----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3689 : -----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-T-GA-C---A--T----CA-----T-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-GA--T-G-A-C-A--T----A---A--------C--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3671 : -----T--AT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-T---A--A----AA-----T-TA------T-------A-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------TTGA-C-AA
gi|3688 : tgat-----T--AT----CT--G-A-C-AA-GA-T-GA-C---A--T----AA-----A-T---------------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---A--------C--A--T-------CTGA-C-A
gi|3691 : -----T--AC----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-------AG-A----T-------C-TG-G-C-G--A-AT--T-G-A-C-T--T----A---G----A---T--A--T-------CTGA-T-AA
gi|3641 : T----CT--G-T-C-AA-GT-C-AA-C---A--T----AA-----T-TA-T----T---------TG-A-C-A--A-GT--C-A-G-C-A--T----A---A----T---T--T--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----A-GCA--T-AAT--TA-T---CTGACAA
gi|3697 : tttT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----CA-----T-TA------T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----C---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3692 : T----CT--G-A-C-AA-GT-C-AA-C---A--T----AA-----T-CA------T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----C---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3622 : T----CT--G-AAC-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----A--G-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGG-C-AA
gi|3630 : caagtagatggcagtttaatgggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattatttT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-------AG-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---A----A---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3623 : ggcattaacaacgcattaataacaagataccgagttcctaatcaatggtgattatttT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-------AG-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---A----A---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3694 : caagtaaatggcagtaagtggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattacttT----CT--G-A-C-AA-GT-C-AA-C---A--T----AA-----T-CA------T-------C-TG-A-CAA--A-GT--C-G-A-C-A--T----C---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3693 : T----CT--G-A-C-AA-GT-C-AA-C---A--T----AA-----T-CA-T------------C-T--A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----C---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3621 : T----CT--G-A-C-AA-GT-T-GA-C---A--T----AA-------AG-A----T-------C-TG-G-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---A----A---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3670 : caagtagatggcagttagtggcattaacacgcgttagtaacaatataccgagttcctaatcatggtgattatttT----CT--G-G-C-AA-GT-T-GA-C---A--T-----------------------------T-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3695 : gtgattatttT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----C-GA-T----T---------TG-A-A-A--A-GT--C-A-A-T-A--T----A---A----T---C--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3633 : T----CT--G-AAC-AA-GT-C-GA-C---A--T----AAAAGATC-TG--------------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---A----A---T--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3645 : ggcattaacacgcattaataacacagataccaagtttcctaatcatggtgattattttT----CT--G-A-T-AA-GT-C-TA-C---A--T----AA-----A--G-C----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---C----A---T--A--T-------CTGA-C-
gi|3631 : gagttcctagtcatgctgattatttT----CT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----TA-----A-AG-A----T-------C-TG-A---A--A-GT--T-G-A-C-A--TA---A---A----T---T--ATTT-------CTGA-C-AA
gi|3696 : ggcattaacacgcattaataaagataccagtttcctaaatatgggtttgattatttT----CT--G-A-C-TA-AT-C-GG-C---A--T----AA--------G-G----A-------CATG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AA
gi|3698 : T----CT--G-A-C-AA-GT-T-GA-C---AAGG----AA-----A-AG-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----
gi|3613 : T--G-A-C-AG-GT-C-GA-C---A--T----AAAGAT-T-TG-A----TGAGGCAAC-TG-A-C-A--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AAcaagagctg
gi|3699 : tcaactggatggcacaaactgggcatggacttgttttcatgttgaattttttaacatgtgaacacaT--G-A-C-AA-GT-C-GA-C---A--T----AA-----A--G-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----
gi|3672 : T--G-A-C-AA-GT-T-GA-C---A--C----AA-----A-TG-T----C-------C--G-A-C-G--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAat
gi|3700 : gaatT--A-A-C-AA-GT-C-AA-C---G--TTTACAA-----A-TA-T------------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---C--A--T-------ATGA-C-AA
gi|3636 : T--G-G-C-AA-GT-C-GA-C---A--A----AA-----A-AA-T------------C-TC-A-T-A--A-GT--C-G-A-C-A--C----A---A----A---G--A--T-------CTGT-C-A
gi|3643 : catagacacgttttcatgttgaaatag-GT-C-AA-C---A--T----AC-----A-TG-TAATAT-------C-CG-A-T-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---A----T---T--T--T-------CTGA-C-ACG-T---C-----A-ACA--T-AAT--TA-T---CAGACAA
gi|3648 : tcatcaacttT-T-GA-C---A--C----AA-----A-TG-T----C-------C--G-A-C-G--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAT-T---T----GATACA--C-AGA--TG-T---CTGACAA
gi|3667 : A-C---A--T----AA-----T-TA-T------------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--T--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-CAT--TA-T---CTGACAA
gi|3650 : A-C---A--T----AA-----T-T--T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--T--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----A-GCA--T-AAT--TA-T---CTGACAA
gi|3664 : acA-C---A--T----AA-----A--G-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----A-ACA--T-AAT--TA-T---CTGACAA
gi|3657 : A-C---A--T----AA-----A--G-TA---T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAC--TTAT---CTGACAA
gi|3662 : A-C---A--T----AA-----T-TA-T------------C-TG-G-C-A--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----G---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T--------AA-ACA--T-AAC--TT-T---CTGACAA
gi|3661 : A-C---A--T----AA-----T-TA-T------------C-TG-A-C-A--A-AT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGG-C-AAG-T---C-----A-ACA--T-AAG--TA-T---CTGACAA
gi|3665 : A-C---A--T----AA-----A-TA-T------------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--C-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ATA--T-AAT--TA-C---CTGACAA
gi|3660 : A-C---A--T----AA-----T-TA-T------------C-TG-A-C-A--A-GT--C-A-AAC-A--T----A---A----T---T--T--T-------CTGA-C-AAG-T---T-----A-ACA--T-AA---TA-T---CTGACAA
gi|3656 : A-C---A--T----AA-----A--G-A----T-------C-TG-G-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---A----A---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---T-----G-ACA--T-AAT--TA-T---CTGACAA
gi|3663 : A-C---A--T----AA-----A--G-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GG--C-A-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----A-ACA--T-AAT--TA-T---CTGACAA
gi|3666 : A-C---A--T----AA-----A--G-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---A----A---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAA--GA-C---CTGACAA
gi|3669 : A-C---A--T----AA--------A-A----T-------C-TG-A-C-A--T-GT--G-G-A-C-A--TTG--ATC-A----T---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAA--CA-T---CTGACAA
gi|3655 : A-C---A--T----AA-----C-TA-T----T---------TG-A-C-A--A-GA--C-A-A-C-A--T----C---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--C-CAA--TA-T---CTGACAA
gi|3659 : A-C---A--T----AA-----A-TA-T------------C-TG-A-C-A--AAGT--C-G-A-C-ACTT----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-CAA-T---C----GA--CA--T-AAT--TA-T---CTAACAA
gi|3654 : A-C---A--T----AA-----A-TA-T------------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---A--G--A-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACAAGT-AAT--T
gi|3653 : A-C---A--T----AA-----A--G-A----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---A----A---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAaatctacaa
gi|3658 : A-C---A--T----AA-----A-TA-T------------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGAAC-AAG-T---C----GA-ACA--T-AAA--TT-TATCCTGAaagactgacaa
gi|3651 : A-C---A--T----AA-----A-TA-T------------C-TG-A-C-A--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-CAAAG-C---C----GA-CAA--T-AA----T-A---CTGACAA
gi|3644 : cA-C---G--T----AA-----A-T--T----T-------C-TG-AAC-A--G-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---
gi|3622 : caacaagacatcctccgtaa---A--T----TA-----T-T--T----T-------C-TG-AAC-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAT--TA-T---CTGGCAAtgaca
gi|3630 : caagtagatggcagtttaatgggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtg---A--T----TA-----T-T--T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---T-----G-ACA--T-AAA--TA-T---CTGACAA
gi|3632 : ggcattaacaacgcattaataacaagataccgagttcctaatcaatggtg---A--T----TA-----T-T--T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---T-----G-ACA--TAAAG--TA-T---CTGACAA
gi|3621 : ggcattaacatgcattataacaagataacgaattcctaatcatgtg---A--T----TA-----T-T--T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGG-C-AAG-T---T-----G-ACA--T-AAA--TA-T---CTGACAA
gi|3670 : caagtagatggcagttagtggcattaacacgcgttagtaacaatataccgagttcctaatcatggtg---A--T----TA-----T-T--T----T-------C-TG-G-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T-------------------------------TTGA-C-AAG-T---C----GA--CA--T-AAT--TA-T---CTGACAA
gi|3633 : gtg---A--T----TA-----T-TT-T----T-------C-TG-AAC-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---AAAGAT---C--T--G-------CTGA-C-AAG-T---T----GA--CA--T-AAA--TA-T---CTGACAA
gi|3645 : ggcattaacacgcattaataacacagataccaagtttcctaatcatggtg---A--T----TA-----T-T--T----T-------C-TG-A-T-A--A-GT--C-T-A-C-A--T----A---A----A---G--C--T-------CTGA-C-AAG-TTGAC----AT-ACA--T-A-------T---CTGAC
gi|3631 : gagttcctagtcatgctg---A--T----TA-----T-T--T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-AT-T----A---A----A---G--A--T-------CTGA---AAG-T---T-----G-ACA--TAAATTATT-T---CTGACAA
gi|3620 : ggcattaacacgcattaataaagataccagtttcctaaatatgggtttg---A--T----TA-----T-TT-T----C-------C-TG-A-C-A--A-GT--CCG-A-CCA--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---T----GC-ACA--T-AAA--TA-T---CTGACAA
gi|3623 : caagtaaatggcaagttagttggcattaacacgcattcatacaagtaacgagttcgctaatcataagtg-T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---T-----G-ACA--T-AAA--TA-T---CTGACAA
gi|3683 : caagtaaatggcagtaagtggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattact-T----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--TT---A---A----A---G--A--TT------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAT--TA-T---CTAA
gi|3676 : at----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--GT-T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAT--TA-T---CTGACAA
gi|3679 : aata----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-G--T----A---A----T---T--T--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----A-ACA--T-GAT--TA-T---CTGACAA
gi|3673 : aata----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T-----T-------CTGA-C-CAG-T---C----AA--CA--T-AAT--TA-T---CTGACAA
gi|3678 : aata----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--T--T-------TCAA-C-AAG-T---T-----A-ACA--T-AAT--TA-T---CTGACAA
gi|3697 : aata----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----C---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-CAT--TA-T---CTGACAA
gi|3692 : ----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----T---C--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-CAT--TA-T---CTGACAA
gi|3675 : ----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----C---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-CAT--TT-T---CTGACAA
gi|3606 : aatca----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--A----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAA--TA-T---CTGACAA
gi|3674 : tcaactggatggcacaacggggcatgaacacgttttcatcgatgaattcttgaacacgctgaata----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----TAATT--G--T-------CTGA-C-CAG-T---C----AA--C---T-AAT--TA-T---CTGACAA
gi|3649 : aata----T-------C-TG-T-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--T--T-------CTGA-C-AAG-T---CGACAAA-ACA------------T---CTGACAA
gi|3687 : acatatgataaca----T-------C-TG-A-C-A--A-AT--C-G-A-C-A--T----C---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---T-----G-ACA--T-CAT--TA-T---CTGACAA
gi|3686 : ta----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C---A-C-A--T----A------------T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C----GA--CA--T-AAT--TA-T---CTGACAA
gi|3685 : ta----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--C----C---A----A---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-CAT--TA-T---CTGACAA
gi|3610 : ta----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-A-A-C-A--A----A---A----A---G--A--T-------CTGA-A-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAT--TA-T---CTGACAA
gi|3694 : tcaactggatggcacaaacttggcatgatcacgtttttttatcaggaattcgtgaacacgtgaata----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----T---C--A--T-------CTGA-CAAAG-T---C-----G-ACA--T-CAT--TA-T---CTGACAA
gi|3608 : ----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--A----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAA--TA-C---CTGACA
gi|3693 : tcaactgagatggcacaaaatgggcattgaacacgttttcattaatgaattcttgaacacgtgaata----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-A-A-C-A--T----A---A----T---C--A--T-------CT-A-C-AAG-T---C----GA--CA--T-CAT--TA-T---CTGACAA
gi|3652 : ----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C----GA-
gi|3677 : cacatata----T-------C-CG-A-C-T--A-GT--C-G-G-C-A--T----A---A----A---G--T--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AA---CA-T---CTGACAAc
gi|3695 : aatca----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----C---G--A--T-------TTGA-A-AAG-T---C-----A-ATA--T-AAT--CA-T---CTGACAA
gi|3689 : ----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--T----C---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AAGAT---------G-ACA--T-AA---CA-T---CTGACAA
gi|3671 : ta----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-T-A--A----A---A----T---T--A--T-------ATGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAA--GA-T---TTGACAA
gi|3688 : tgatta----T-------C-TG-A-C-A--A-GA--T-G-A-C-A--T----A---A-----------A--T-------CTGA-C-AAG-T---T-----G-ACA--T-AA---CA-T---CTGACA
gi|3680 : ta----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---C--A--T-------ATGA-C-AAG-A---C-----A-ACA--T-AAA--GA-T---ATGACAA
gi|3617 : aata----T-------C-TG-G-A-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----T---A----A---G--A--T-------CTGA-A-AAG-T---T-----G-ACA--T-AAT--CA-T---CTGACGA
gi|3696 : tcaagtaaatggcacgaacttggcatggacacgttttcattttgatttttttttaaaaaga----T-------C-TG-A-C-T--A-AT--C-G-G-C-A--T----A---A----G---G--A--C-------ATGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAA--GA-T---CTGACAA
gi|3698 : ----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--AGGA-A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-
gi|3684 : ----T-------C-TGTA-C-C--A-GT--T-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-CAG-T---C-----A-ACA--T-AAcaagagctg
gi|3647 : ata----T-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CCGA-C-AAagaatctga
gi|3682 : aattccataagtaagtgaaaagttgacaaaaacaaaaaaaa-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---T--T--T-------CTGA-C-AAG-T---T-----G-ACA--T-AAT--TT-T---CTG
gi|3634 : aatac-------C-CG-A-C-A--A-AT--C-G-A-C-A--T----A---A----T---A--A--T-------CTGA-A-AAG-T---C-----G-ACA--T-AA---AA-C---CTGACAA
gi|3691 : ggcttcaacacgcttaaataacaagatacggagttcctggtcatgatgggtattac-------C-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGG-C-GAA-T---T-----G-ACT--T-AGA--TA-T---CTGATAA
gi|3690 : tac-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------TTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--A-AAT--TA-T---CTGACAA
gi|3611 : tata-TG-A-A-A--A-GT--C-G-A-C-A--A----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAT--TA-T---CTGAC
gi|3699 : tcaactggatgacataaactgggcatgggcacgttttcatgttgaatttttaaacacaagaataag-TG-A-C-A--A-GT--C-G-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AA
gi|3672 : -TG-A-C-A--A-GT--T-G-A-C-A--C----A---A----A---T--G--T-------CCGA-C-GAG-T---C-----A-ACA--T-AAA--GA-T---CTGACAAat
gi|3614 : gaat-TG-A-C-A--A-AT--C-G-A-C-A--A----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-A---C-----A-ACA--T-AAA--AA-T---CTGACAA
gi|3700 : tcaactggataacacacactatgcatggacactatctcatgttgaattcttcaacacgtgaataag-TA-A-C-A--A-GT--C-A-A-C-G--TTTACA---A----A---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C-----G-ACA--T-AAA--CA-T---ATGACAA
gi|3660 : -A-C-A--T----A---A----T---T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C----AA-ACA--T-AAT--TT-T---CTGACAA
gi|3652 : -A-C-A--T----A------------T--A--T-------CTGA-C-AAG-T---C----GA--CA--T-AAT--TA-T---CTGACAAgttaacataatatctgacaa
gi|3653 : c-A-C-A--T----A---A----A---G--A--T-------CTGA-C-AAG-T---T----GA--CA--T-AAA--TA-T---CTGACAAgtcgac
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3616 ): TCAACTGTGCACCAAACCGGGCATCGAACACTTTTCAAATCATCGAATTCTTGAACCACTGATACTGACAAGATACGACAAAAAAAGATTTGGGAAAGTCGACATAAATAATTGACAA
Unaligned ( gi|3640 ): ACGTTTTCATCATGAATTCTTAAACACCTGAATATCTGAAAAGTCGACAAAAAGATCTG
Unaligned ( gi|3618 ): TCAACTGATGCATAAACTGGGCGTGGACAATTTTCATGTTGAATTTTTAAACACGAGTGAACAAGCAACATGAAGAATCAACCATAATATCTGAC
Unaligned ( gi|3627 ): GGATGGGCACTGGCATAGGACTTTCATCAGAATCGGAACACTTAAATACTGACAAGGTCGACAAAAAAAGAGACTGAACAAGCTGAAACTAAAAGTATCTGGAACAA
Unaligned ( gi|3629 ): GCACAATTTGGGTATGGACACGTTTTCCTGTTGAATGATTTGCACGTGAATATTATAAATGACAAGCCAACATAAAG
Unaligned ( gi|3619 ): TCAAACCTGAATGGATAAAACTGGGCGTGGACATATTTTCATGTTGGGTTTTAACACCGTCGAACAAGCACAAGTCAGCAAAAAGATAGCAGGGAATCAACATAATTTATCTG
Alignments
lowQualScore : 2222222
lowQualScore : 8 6 5 555 555 4 2 444 555555 3 1 111 11 1 0 0 0 0 11 00 7777777 2222222 111 0 0 00 0 00 0 0 0 11 2222 444 1111111 0 0 0 0 22 0 0 333 11 0
lowQualScore : . . . ... ... . . ... ...... . . ... .. . . . . . .. .. ....... ....... ... . . .. . .. . . . .. .... ... ....... . . . . .. . . ... .. .
lowQualScore : 0 7 7 888 888 5 2 444 333333 2 1 666 22 8 9 9 9 9 55 88 5555555 0000000 666 9 9 66 9 66 4 4 9 77 7777 666 9999999 4 5 5 7 55 7 8 666 11 8
consensus : ATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCANCA-T---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A--AT-GAT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AAAT-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--TTA--T-CTGACAA
Reference ( family-240 ) : ATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCANCA-T---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A--NT-GNT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AANT-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--TTA--T-CTGACAA
gi|3606 : ---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--AA--A--A--GAT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AAAT-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3607 : tcaactggatggcacaacggggcatgaacacgttttcatcgatgaattcttgaacacgctg---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-CGGACA---A--A--AA-GAT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AAAT-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3608 : tcaactggatggcacaacgagggcatgaacacgttttcatcgatgattcttgaacacgtg---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA---A--A--AA-GAT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AAAT-A-------C-CTGA-C-A
gi|3609 : tcaactgagatggcacaaaatgggcattgaacacgttttcattaatgaattcttgaacacgtg---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA---A--A--AA-GAT-------ATG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AAAT-
gi|3610 : tcaactggatggtacaaactgggcatgaacacgttttcattatgaattcttgaacacgtg---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-AACA---A--A--AA-GAT-------CTG---A-A-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AATT-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3611 : tcaactggatggcacaaacttggcatgatcacgtttttttatcaggaattcgtgaacacgtgTG---A-A-A--A-GT--C-GA-C-A--A----AAAG-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--TTA--T-CTGAC
gi|3612 : tcaactggatgacataaactgggcatgggcacgttttcatgttgaatttttaaacacaagaataagC---TT---GACA-CG-TG--A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--AA--A------AT-------CTG---A-C-AAGA-GT--C-GA-A-A--TA---AAAG-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--TTT--T-CTGACAA
gi|3613 : tccactggatggtataaactgtgccatgaacacgttttcatcacgaattAT---TT---TTTAACA-TGTGA------A-C-AC---AT--G-A-CAGG-T-C-GACA--TA--A--A--GAT-------TTG---A-T-G--A-GG--C-AA-C-------------------------TGA-C-AAGTC-A--AC-AT-AA--TTA--T-CTGACAA
gi|3614 : tcaactggatggcacaaactgggcatggacttgttttcatgttgaTG---A-C-A--A-AT--C-GA-C-A--A----AAAG-A-------T-CTGA-C-AAGAC-A--AC-AT-AA--AAA--T-CTGACAA
gi|3615 : tcaactggataacacacactatgcatggacactatctcatgttgaattcttcaacacgtgaataag---A------A-T-AT---CT--GCA-CAAA-T-C-GACA--AA--A-----GA--------CTG---A-C-G--A-GT--C-GA-C-A--TA---AAAT-AT------T-TTGA-C-AA
gi|3616 : tcaatggatggcacaaaatgggcaatgaatacgtttcatcattgaattctttgaaccgtgaACCACT---G------A-T-A----CT--G-A-CAAGATAC-GACA--AA--A--AAAGAT-------TTG---G-G-A--AAGT--C-GA-C-A--T----AAAT-A-------A-TTGA-C-AA
gi|3617 : tcaactgtgcaccaaaccgggcatcgaacacttttcaaatcatcgaattcttga-GAT-------CTG---G-A-A--A-GT--C-GA-C-A--T----TAAG-A-------T-CTGA-A-AAGTT-G--AC-AT-AA--TCA--T-CTGACGA
gi|3620 : tcaagtaaatggcacgaacttggcatggacacgttttcattttgatttttttttaaaaaATGCCAACTAACTTGC-CATTTAC---TT---G
gi|3620 : CA--TA--A--GT-GATTATTTTCCTG---A-C-A--A-GT--CCGA-CCA--T----AAAG-A-------T-CTGA-C-AAGTT-GC-AC-AT-AA--ATA--T-CTGACAAtaacacgcattcatacaagtaacgagttcgctaatcataagtgattattttcctgacaagtccgaccataaagatctgacaagttgcacataaatatctgacaa
gi|3621 : caagtaaatggcaagttagttggcattaacacgcattcatacaagtaacgagttcgctaatATGCCA-CTAACT-GC-CATCTAC---TT---G
gi|3621 : T---CT--G-A-CAAG-T-T-GACA--TA--A--A--GAT-------CTG---G-C-A--A-GT--T-GA-C-A--T----AAAT-A-------T-CTGA-C-AAtaacacgcgttagtaacaatataccgagttcctaatcatggtgattattttctgacaagttgacataaagatctggcaagttgacataaatatctgacaa
gi|3622 : caagtagatggcagttagtggcattaacacgcgttagtaacaatataccgagttcctaatcatggtgattatttT-------CTG---AAC-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AAAG-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--TTA--T-CTGGCAA
gi|3623 : caagtagatggcagtttaatgggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattatttATGCCA-CTTACT-GC-CATTTAC---TT---G
gi|3623 : T---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A--A--GAT-------CTG---A-C-A--A-GT--T-GA-C-A--T----AAAT-A-------T-CTGA-C-AAtaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattactttctgacaagtcgacataaagatctgacaagttgacataaatatctgacaa
gi|3624 : caagtaaatggcagtaagtggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattacttTTT-C---TT---GTCATGG-T---G------A-TTATTTTCT--G-G-CATG-T-C-GACA--AA--A-----GAT-------TTG---A-C-T--A-GT--C-GA-C-A--T----AAAT-G-------T-CTGA-A-AA
gi|3625 : aattggatggcgttagtggaattaacaagatattaagTTAAT---TT---TTAAACA-T---ATGA---A-T-AA---GT--G-A-CAAG-T-C-GAGA--AA--A--A---AT-------CTG---A-C-A--G-GT--C-GA-C-A--T----AAAG-G-------T-CTGA-C-AAGAG-G--AC-AT-AA--AGA--T-CTGACAA
gi|3626 : ctggatggcacaaactgtggcatggacacgttattgATGGCA-CAAACT-GGGCATGAACACGTT---TTCATCA-TG--A------A-T--T---CTTGA-A-CACG-T---GA-A--TA----------T-------CTG---A---A--A-GT--C-GA-C-A-------AAAG-A-------T-CTGA---AAGTC-G--ACCAT-AA--AGA--T-CTGACAA
gi|3628 : tagATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATCA-T---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A--TT-GTT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AATT-A-------T-CTGA-C-AAGTCAA--AC-AT-AA--TTT--T-CTGACAA
gi|3630 : T---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A--A--GAT-------CTG---A-C-A--A-GT--T-GA-C-A--T----AAAT-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3631 : ggcattaacaacgcattaataacaagataccgagttcctaatcaatggtgattatttT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-AT-T----AAAG-A-------T-CTGA---AAGTT-G--AC-ATAAA--TTATTT-CTGACAA
gi|3632 : ggcattaacacgcattaataaagataccagtttcctaaatatgggtttgattatttT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A--A--GAT-------CTG---A-C-A--A-GT--T-GA-C-A--TA---AAGT-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3633 : ggcattaacatgcattataacaagataacgaattcctaatcatgtgattatttT---CT--G-AACAAG-T-C-GACA--TA--A--AA-GAT-------CTGCTGA-C-A--A-GT--T-GA-C-A--T----AAAT-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3634 : ggcattaacacgcattaataacacagataccaagtttcctaatcatggtgattatttt-T---A------T-T-AC---CC--G-A-CAAA-T-C-GACA--TA--A---T-AAT-------CTG---A-A-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AAA--A-------C-CTGA-C-AA
gi|3635 : ggcttcaacacgcttaaataacaagatacggagttcctggtcatgatggg-T---A------T-T-AC---CC--G-A-CAAA-T-C-GACA--TA--AT-AT-AAT-------CCG---A-A-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AAA--A-------T-CTGA-C-A
gi|3636 : ggcttcaacacgcttaaataacaagatacggagttcctggtcatgatgggTG---G-C-A--A-GT--C-GA-C-A--A----AAAA-A-------T-CTCA-T-AAGTC-G--AC-AC-AA--AGA--T-CTGTCA
gi|3637 : catagacacgttttcatgttgaaatagT-GC-CATTTAC---TT---GACAACA-T---A------T-T-TT---TT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A---T-GAA-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AATC-A-------T-CTGC-C-AA
gi|3638 : atgaaaacgtgtccatgccaagttcgTAC---TTTTCGTTATTA-T---A------A-T-AT---TT--G-A-CAGG-T-C-AACA--TA--A--TT--AT-------CTG---A-C-A--A-GT--A-AA-C-A--T----AATT-A-------T-CTGA-C-AAATC-G--AC-AT-AA--TTA--T-CTGGCAA
gi|3639 : aa---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--AA--A-----GATA------CTG---A-C-A--A-GTGCC-GA-C-A--T----AAAT-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3641 : acgtttacatcatgaattcattgaacacgtgT---CT--G-T-CAAG-T-C-AACA--TA--A--TT-ATT--------TG---A-C-A--A-GT--C-AG-C-A--T----AATT-T-------T-CTGA-C-AAGTC-A--GC-AT-AA--TTA--T-CTGACAA
gi|3642 : tttTCATCA-T---A------A-T-AT---TT--G-A-CAAG-T-C-GATA--TC--A--TT--TT-------CTG---A-C-A--A-AT--T-AA-C-A--T----AATT-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--TTT--T-CTGACAA
gi|3643 : -CATCAAC---TT---GTCAACA-T---ACATGTAA-T-AT---CC--G-A-TAAG-T-T-GACA--TA--A--TT--TT-------CTG---A-C-A--C-GT--C-AA-C-A--T----AATT-A-------T-CAGA-C-AA
gi|3644 : tACG--TA--A--AT--TT-------CTG---AAC-A--G-GT--C-GA-C-A--T----AAAG-A-------T-CTGA-C-AAGTT-G--AC-A
gi|3645 : caacaagacatcctccgtaaT-------CTG---A-T-A--A-GT--C-TA-C-A--T----AAAG-C-------T-CTGA-C-AAGTT-G--AC-AT-AC--ATA--T-CTGAC
gi|3646 : gagttcctagtcatgctgattattt---A------A-T-TT---CT--G-A-CCAG-T-C-AACA--TA--A--TT--AT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-AA-C-A--T----AATT-T-------T-CCGA-C-AAGTT-A--AC-AT-AA--TCA--T-CTGACAA
gi|3647 : CA--TA--A--GT-AAG--------TG---A-A-A--A-GT--T-GA-C-A--A----AAAC-AAAAAAAAT-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--AGA--T-CCGACAA
gi|3648 : aattc-T-T-GACA--CA--A--AT-G-T-------CCG---A-C-G--A-GT--C-AA-C-A--T----AAAG-A-------T-CTGA-C-AATTT-GATAC-AC-AG--ATG--T-CTGACAA
gi|3649 : A-T---A------A-C-AT---CT--G-T-CAAG-T-C-GACA--TA--A--TT--TT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A-------AAAC-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3650 : acatatgACA--TA--A--TT--TT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AATT-T-------T-CTGA-C-AAGTC-A--GC-AT-AA--TTA--T-CTGACAA
gi|3651 : acCA-T---A------AAT-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-AACA--TA--A--A--GAT-------CTG---A-CAA--A-GC--C-GA-CAA--T----AA-T-A---------CTGA-C-AA
gi|3652 : caT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AATT-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-
gi|3653 : cacatataACA--TA--A--A--GAT-------CTG---A-C-A--A-GT--T-GA-C-A--T----AAAT-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--AAG--A-CTGACAA
gi|3654 : CA-T---A------AAT-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A--AA-GA--------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-AAGT----AATTAA-------T-CT-A-C-AA
gi|3655 : aACA--TA--A--CT-ATT--------TG---A-C-A--A-GA--C-AA-C-A--T----CATT-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AC-CA--ATA--T-CTGACAA
gi|3656 : ACA--TA--A--A--GAT-------CTG---G-C-A--A-GT--T-GA-C-A--T----AAAT-A-------T-CTGA-C-AAGTT-G--AC-AT-AA--TTA--T-CTGACAA
gi|3657 : ACA--TA--A--AG-TAT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AAAG-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AAC-TTA--T-CTGACAA
gi|3658 : ACA--TA--A--AT--AT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AAAG-A-------T-CTGAAC-AAGTC-GA-AC-AT-AAATTTA--TCCTGA
gi|3659 : ACA--TA--A--AT--AT-------CTG---A-C-A--AAGT--C-GA-C-ACTT----AAAG-A-------T-CTGA-C-CAATC-G--AC-AT-AA--TTA--T-CTAACAA
gi|3660 : ACA--TA--A--TT--AT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-AAAC-A--T----AATT-T-------T-CTGA-C-AAGTT-A--AC-AT-AA---TA--T-CTGACAA
gi|3661 : ACA--TA--A--TT--AT-------CTG---A-C-A--A-AT--C-GA-C-A--T----AATT-A-------T-CTGG-C-AAGTC-A--AC-AT-AA--GTA--T-CTGACAA
gi|3662 : ACA--TA--A--TT--AT-------CTG---G-C-A--A-GT--C-AA-C-A--T----AAGT-A-------T-CTGA-C-AAGTA-A--AC-AT-AA--CTT--T-CTGACAA
gi|3663 : ACA--TA--A--A--GAT-------CTG---A-C-A--A-GG--C-AA-C-A--T----AAAG-A-------T-CTGA-C-AAGTC-A--AC-AT-AA--TTA--T-CTGACAA
gi|3664 : ACA--TA--A--A--GAT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-AA-C-A--T----AATT-A-------T-CTGA-C-AAGTC-A--AC-AT-AA--TTA--T-CTGACAA
gi|3665 : ACA--TA--A--AT--AT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AAAG-A-------C-CTGA-C-AAGTC-G--AT-AT-AA--TTA--C-CTGACAA
gi|3666 : ACA--TA--A--A--GAT-------CTG---A-C-A--A-GT--T-GA-C-A--T----AAAT-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--AGA--C-CTGACAA
gi|3667 : ACA--TA--A--TT--AT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AATT-T-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-CA--TTA--T-CTGACAA
gi|3668 : CA-T---A------AAC-AT---AT--G-A-CAAG-A-C-AACA--TA--A--A--GAT-------ATG---A-C-A--A-GT--T-GA-C-A--T------GT-A-------T-TTGA-C-AA
gi|3669 : aCA-T---A------A-A-AT---CT--G-A-CATG-T-G-GACAT-TG--ATCAT-TAT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AAAC-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3670 : aT-------CTG---G-C-A--A-GT--T-GA-C-A--T-------------------TTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--TTA--T-CTGACAA
gi|3671 : gtgattatttT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-T-A--A----AATT-A-------T-ATGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--AGA--T-TTGACAA
gi|3672 : tgattaT--G-A-CAAG-T-T-GACA--CA--A--AT-G-T-------CCG---A-C-G--A-GT--C-AA-C-A--T----AAAG-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3673 : gaat---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A--TT---T-------CTG---A-C-C--A-GT--C-AA-C-A--T----AATT-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3674 : ---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TAATA--AT-TGT-------CTG---A-C-C--A-GT--C-AA-C----T----AATT-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3675 : --A--AT-CAT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----CATT-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-CA--TTT--T-CTGACAA
gi|3676 : ---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A--TT-GTT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AATT-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3677 : --A--AT-CAT-------CCG---A-C-T--A-GT--C-GG-C-A--T----AAAG-T-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA---CA--T-CTGACAA
gi|3678 : ---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A--TT-TTT-------C-A---A-C-A--A-GT--T-AA-C-A--T----AATT-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3679 : ---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACG--TA--A--TT--TT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-AA-C-A--T----GATT-A-------T-CTGA-C-AA
gi|3680 : ---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A--AC--AT-------ATG---A-C-A--A-GA--C-AA-C-A--T----AAAG-A-------T-ATGA-C-AA
gi|3681 : ---A------A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A--A--GAC-------TTGGTAA-CAA--A-GT--C-GA-C-A--T----AATT-A-------T--TGA-C-A
gi|3682 : ---A------A-T-AC---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A--TT--TT-------CTG---A-C-A--A-GT--T-GA-C-A--T----AATT-T-------T-CTG
gi|3683 : T-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--TT---AAAG-A-------TTCTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--TTA--T-CTAA
gi|3684 : att------A-T-AT---CT--GTA-CCAG-T-T-GACA--TA--A--A--GAT-------CTG---A-C-C--A-GT--C-AA-C-A--T----AAAGAA-------T-CTGA-
gi|3685 : T-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--C----CAAT-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-CA--TTA--T-CTGACAA
gi|3686 : taT-------CTG---A-C-A--A-GT--C--A-C-A--T----A--T-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--TTA--T-CTGACAA
gi|3687 : taT-------CTG---A-C-A--A-AT--C-GA-C-A--T----CATT-A-------T-CTGA-C-AAGTT-G--AC-AT-CA--TTA--T-CTGACAA
gi|3688 : ta-T-AT---CT--G-A-CAAG-A-T-GACA--TA--A--AT-----------CTG---A-C-A--A-GT--T-GA-C-A--T----AAC--A-------T-CTGA-C-A
gi|3689 : T-------CTG---A-C-A--A-GT--T-GA-C-A--T----CATT-A-------T-CTGA-C-AAGAT-G--AC-AT-AA---CA--T-CTGACAA
gi|3690 : taTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AAAG-A-------T-TTGA-C-AAGTC-G--AC-AA-AA--TTA--T-CTGACAA
gi|3691 : tata-T-AC---CT--G-A-CAAG-T-C-GACA--TA--A--A--GAT-------CTG---G-C-G--A-AT--T-GA-C-T--T----AGAT-A-------T-CTGA-T-AA
gi|3692 : T-------CTG---A-C-A--A-GT--C-AA-C-A--T----AATC-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-CA--TTA--T-CTGACAA
gi|3693 : T-------CTG---A-C-A--A-GT--C-AA-C-A--T----AATC-A-------T-CT-A-C-AAGTC-G--AC-AT-CA--TTA--T-CTGACAA
gi|3694 : T-------CTG---A-C-A--A-GT--C-AA-C-A--T----AATC-A-------T-CTGA-CAAAGTC-G--AC-AT-CA--TTA--T-CTGACAA
gi|3695 : T-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AACG-A-------T-TTGA-A-AAGTC-A--AT-AT-AA--TCA--T-CTGACAA
gi|3696 : T-------CTG---A-C-T--A-AT--C-GG-C-A--T----AAGG-A-------C-ATGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--AGA--T-CTGACAA
gi|3697 : T-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----CATT-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-CA--TTA--T-CTGACAA
gi|3698 : T---CT--G-A-CAAG-T-T-GACAAGGA--A--AA-GAT-------CTG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----CAAG-A-------G-CTG
gi|3699 : TG---A-C-A--A-GT--C-GA-C-A--T----AAAG-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--
gi|3700 : TA---A-C-A--A-GT--C-AA-C-G--TTTACAAAT-A-------T-CTGA-C-AAGTC-G--AC-AT-AA--ACA--T-ATGACAAat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3640 ): ACGTTTTCATCATGAATTCTTAAACACCTGAATATCTGAAAAGTCGACAAAAAGATCTG
Unaligned ( gi|3618 ): TCAACTGATGCATAAACTGGGCGTGGACAATTTTCATGTTGAATTTTTAAACACGAGTGAACAAGCAACATGAAGAATCAACCATAATATCTGAC
Unaligned ( gi|3627 ): GGATGGGCACTGGCATAGGACTTTCATCAGAATCGGAACACTTAAATACTGACAAGGTCGACAAAAAAAGAGACTGAACAAGCTGAAACTAAAAGTATCTGGAACAA
Unaligned ( gi|3629 ): GCACAATTTGGGTATGGACACGTTTTCCTGTTGAATGATTTGCACGTGAATATTATAAATGACAAGCCAACATAAAG
Unaligned ( gi|3619 ): TCAAACCTGAATGGATAAAACTGGGCGTGGACATATTTTCATGTTGGGTTTTAACACCGTCGAACAAGCACAAGTCAGCAAAAAGATAGCAGGGAATCAACATAATTTATCTG
Alignments
lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 8 6 6 666 666 4 2 555 222 2 1 111 11 1 0 0 0 1 0 3333333 00 11 9999999 111111 1111111 000 0 00 0 00 0 0 0 0 00 1 333 11 0 000 0 1 0 22 1 11 11 0 0
lowQualScore : . . . ... ... . . ... ... . . ... .. . . . . . . ....... .. .. ....... ...... ....... ... . .. . .. . . . . .. . ... .. . ... . . . .. . .. .. . .
lowQualScore : 0 7 7 444 444 9 5 444 444 5 2 666 22 7 9 8 8 6 6 2222222 77 22 2222222 222222 8888888 888 9 66 9 66 4 4 4 9 66 3 888 11 4 888 4 4 7 55 5 00 88 8 8
consensus : ATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATCA-T---A---A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A--T----A--A--AT-G----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TAA--TT-AT-CTGACAA
Reference ( family-240 ) : ATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCANCA-T---A---A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A--T----A--A--AT-G----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TAA--TT-AT-CTGACAA
gi|3606 : ---A---A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A-------A--A--AA-G----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3607 : tcaactggatggcacaacggggcatgaacacgttttcatcgatgaattcttgaacacgctg---A---A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-CGGAC-A-------A--A--AA-G----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3608 : tcaactggatggcacaacgagggcatgaacacgttttcatcgatgattcttgaacacgtg---A---A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A-------A--A--AA-G----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-T-A--C-CTG---A-C-A
gi|3609 : tcaactgagatggcacaaaatgggcattgaacacgttttcattaatgaattcttgaacacgtg---A---A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A--A----A--A--A--G----A------T-------ATG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-T-
gi|3610 : tcaactggatggtacaaactgggcatgaacacgttttcattatgaattcttgaacacgtgAC-G--T----G--A--AT------A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-A-A-C-A--A-AAA-G-A--T-CTG---A-A-AAGTC-G--AC-A--TAA--TT-AT-CTGACAA
gi|3611 : tcaactggatggcacaaacttggcatgatcacgtttttttatcaggaattcgtgaacTG---A-AA--A-GT--C-G-A-C-A--A-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TAA--TT-AT-CTGAC
gi|3612 : tcaactggatgacataaactgggcatgggcacgttttcatgttgaatttttaaacacaagaataagC---TT---GACA-CG-TG--A---A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A-------A--A--A-------A------T-------CTG---A-CAAGA-GT--C-G-A-A-A--TAAAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TAA--TT-TT-CTGACAA
gi|3613 : tccactggatggtataaactgtgccatgaacacgttttcatcacgaattAT---TT---TTTAACA-TGTGA---A-C-AC---AT--G-A-CAGG-T-C-GAC-A--T----A--A--A--G----A------T-------TTG---A-TG--A-GG--C-A-A-C------------------TG---A-C-AAGTC-A--AC-A--TAA--TT-AT-CTGACAA
gi|3614 : tcaactggatggcacaaactgggcatggacttgttttcatgttgaAC-G--T----G--A--AT-A----A------G--------TG---A-CA--A-AT--C-G-A-C-A--A-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGAC-A--AC-A--TAA--AA-AT-CTGACAA
gi|3615 : tcaactggataacacacactatgcatggacactatctcatgttgaattcttcaac---A---A-T-AT---CT--GCA-CAAA-T-C-GAC-A-------A--A--A--G----A--------------CTG---A-CG--A-GT--C-G-A-C-A--TAAAA-T-AT-T-TTG---A-C-AA
gi|3616 : tcaatggatggcacaaaatgggcaatgaatacgtttcatcattgaattctttgaaccgtgaACCACT---G---A-T-A----CT--G-A-CAAGATAC-GAC-A--A----A--A--AAAG----A------T-------TTG---G-GA--AAGT--C-G-A-C-A--T-AAA-T-A--A-TTG---A-C-AA
gi|3617 : tcaactgtgcaccaaaccgggcatcgaacacttttcaaatcatcgaattcttga----A--A--AA-G----A------T-------CTG---G-AA--A-GT--C-G-A-C-A--T-TAA-G-A--T-CTG---A-A-AAGTT-G--AC-A--TAA--TC-AT-CTGACGA
gi|3620 : tcaagtaaatggcacgaacttggcatggacacgttttcattttgatttttttttaATGCCAACTAACTTGC-CATTTAC---TT---G
gi|3620 : C-A--T----A--A--GT-G----A------TTATTTTCCTG---A-CA--A-GT--CCG-A-CCA--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTT-GC-AC-A--TAA--AT-AT-CTGACAAtaacacgcattcatacaagtaacgagttcgctaatcataagtgattattttcctgacaagtccgaccataaagatctgacaagttgcacataaatatctgacaa
gi|3620 : caagtaaatggcaagttagttggcattaacacgcattcatacaagtaacgagttcgctaat---CT--G-A-CAAG-T-CCGACCA--T----A--A--A--G----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--T-GCA-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3621 : caagtaaatggcaagttagttggcattaacacgcattcatacaagtaacgagttcgctaatcataagtgattattttcATGCCA-CTAACT-GC-CATCTAC---TT---G
gi|3621 : T---CT--G-A-CAAG-T-T-GAC-A--T----A--A--A--G----A------T-------CTG---G-CA--A-GT--T-G-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAtaacacgcgttagtaacaatataccgagttcctaatcatggtgattattttctgacaagttgacataaagatctggcaagttgacataaatatctgacaa
gi|3622 : caagtagatggcagttagtggcattaacacgcgttagtaacaatataccgagttcctaatcatggtgattattt------T-------CTG---AACA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TAA--TT-AT-CTGGCAA
gi|3623 : caagtagatggcagtttaatgggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattatttATGCCA-CTTACT-GC-CATTTAC---TT---G
gi|3623 : T---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A--T----A--A--A--G----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--T-G-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAtaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattactttctgacaagtcgacataaagatctgacaagttgacataaatatctgacaa
gi|3624 : caagtaaatggcagtaagtggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattacttTTT-C---TT---GTCATGG-T---G---A-TTATTTTCT--G-G-CATG-T-C-GAC-A-------A--A--A--G----A------T-------TTG---A-CT--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-T-G--T-CTG---A-A-AA
gi|3625 : aattggatggcgttagtggaattaacaagatattaagTTAAT---TT---TTAAACA-T---ATGAA-T-AA---GT--G-A-CAAG-T-C-GAG-A--A----A--A--A-------A------T-------CTG---A-CA--G-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-G-G--T-CTG---A-C-AAGAG-G--AC-A--TAA--AG-AT-CTGACAA
gi|3626 : ctggatggcacaaactgtggcatggacacgttattgATGGCA-CAAACT-GGGCATGAACACGTT---TTCATCA-TG--A---A-T--T---CTTGA-A-CA---------C-G--T----G--A--AT------A------T-------CTG---A--A--A-GT--C-G-A-C-A----AAA-G-A--T-CTG---A---AAGTC-G--ACCA--TAA--AG-AT-CTGACAA
gi|3626 : tag---A---A-T-AT---CT--G-A--AAG-T-C-GAC-A-------A--A--A--G----A------T-------CTG---A--A--A-GT--C-G-A-CCA--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3628 : tagatggcacaaactgggcatgaacacgttttcatcatgaattcttgaacacgtgATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATCA-T---A---A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A--T----A--A--TT-G----T------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTCAA--AC-A--TAA--TT-TT-CTGACAA
gi|3630 : T---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A--T----A--A--A--G----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--T-G-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3631 : ggcattaacaacgcattaataacaagataccgagttcctaatcaatggtgattatttT---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A--T----T--A--AA-G----A------T-------CTG---A--A--A-GT--T-G-A-C-A--T-AAATT-ATTT-CTG---A-C-AA
gi|3632 : ggcattaacacgcattaataaagataccagtttcctaaatatgggtttgattatttT---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A--T----A--A--A--G----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--T-G-A-C-A--T-AAAGT-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3633 : ggcattaacatgcattataacaagataacgaattcctaatcatgtgattatttT---CT--G-AACAAG-T-C-GAC-A--T----A--A--AA-G----A------T-------CTGCTGA-CA--A-GT--T-G-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3634 : ggcattaacacgcattaataacacagataccaagtttcctaatcatggtgattatttt-T---A---T-T-AC---CC--G-A-CAAA-T-C-GAC-A--T----A--A---T-A----A------T-------CTG---A-AA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA---A--C-CTG---A-C-AA
gi|3635 : ggcttcaacacgcttaaataacaagatacggagttcctggtcatgatggg-T---A---T-T-AC---CC--G-A-CAAA-T-C-GAC-A--T----A--AT-AT-A----A------T-------CCG---A-AA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA---A--T-CTG---A-C-A
gi|3636 : ggcttcaacacgcttaaataacaagatacggagttcctggtcatgatgggT--G-G-CAAG-T-C-GAC-A--A----A--A--A--A----A------T-------CTC---A-TA--A-GT--C-G-A-C-A--C-AAA-G-A--T-CTG---T-C-A
gi|3637 : catagacacgttttcatgttgaaatagT-GC-CATTTAC---TT---GACAACA-T---A---T-T-TT---TT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A--T-------A--AT-G----A------A-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAT-C-A--T-CTG---C-C-AA
gi|3638 : atgaaaacgtgtccatgccaagttcgTAC---TTTTCGTTATTA-T---A---A-T-AT---TT--G-A-CAGG-T-C-AAC-A--T----A--A---T-T----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--A-A-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAATC-G--AC-A--TAA--TT-AT-CTGGCAA
gi|3639 : aa---A---A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A-------A--A--A--G----A------TA------CTG---A-CA--A-GTGCC-G-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3640 : acgtttacatcatgaattcattgaacacgtg---A---A-T-AT---CT--G-A-AAAG-T-C-GAC-A-------A--A--AA-G----A------T-------CTG---
gi|3641 : acgttttcatcatgaattcttaaacacctgT---CT--G-T-CAAG-T-C-AAC-A--T----A--A---T-T----A------T-------TTG---A-CA--A-GT--C-A-G-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTC-A--GC-A--TAA--TT-AT-CTGACAA
gi|3642 : tttTCATCA-T---A---A-T-AT---TT--G-A-CAAG-T-C-GAT-A--T----C--A--TT-T-----------T-------CTG---A-CA--A-AT--T-A-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TAA--TT-TT-CTGACAA
gi|3643 : G-T-C-AAC-A--T----A--C--AT-GTAATA------T-------CCG---A-TA--A-GT--T-G-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-ACGTC-A--AC-A--TAA--TT-AT-CAGACAA
gi|3644 : tcatcaacttAC-G--T----A--A--AT-T-----------T-------CTG---AACA--G-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTT-G--AC-A--
gi|3645 : caacaagacatcctccgtaaT---CT--G-A-TAAG-T-C-TAC-A--T----A--A--A--G----C------T-------CTG---A-CA--A-GT--T-G-A-C-A--T-ACA-T-A--T-CTG---A-C-
gi|3646 : gagttcctagtcatgctgattattt---A---A-T-TT---CT--G-A-CCAG-T-C-AAC-A--T----A--A---T-T----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-A-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CCG---A-C-AAGTT-A--AC-A--TAA--TC-AT-CTGACAA
gi|3647 : CA-T---A---AGT-AA---GT--G-A-AAAG-T-T-GAC-A--A----A--A--AC-A----AAAAAAAT-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CCG---A-C-AA
gi|3648 : aattc-T-T-GAC-A--C----A--A--AT-G-----------T-------CCG---A-CG--A-GT--C-A-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AATTT-GATAC-A--CAG--AT-GT-CTGACAA
gi|3649 : A-T---A---A-C-AT---CT--G-T-CAAG-T-C-GAC-A--T-------A--AT-T----T------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A----AAA-C-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3650 : acatatgAC-A--T----A--A--TT-T-----------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTC-A--GC-A--TAA--TT-AT-CTGACAA
gi|3651 : acAC-A--T----A--A--AT------A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-A-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-CAAAGCC-G--ACAA--TAA---T-A--CTGACAA
gi|3652 : c----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-
gi|3653 : cacatatAC-A--T----A--A--A--G----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--T-G-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TAA--AA-GA-CTGACAA
gi|3654 : AC-A--T----A--A--AT------A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-A-G--A-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-AAGTAA--TTAAT-CT-ACAA
gi|3655 : CA-T---A---ACT-AT---TT--G-A-CAAG-A-C-AAC-A--T-------C--AT-T----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--C-CAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3656 : aAC-A--T----A--A--A--G----A------T-------CTG---G-CA--A-GT--T-G-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTT-G--AC-A--TAA--TT-AT-CTGACAA
gi|3657 : AC-A--T----A--A--AG-T----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TAAC-TT-AT-CTGACAA
gi|3658 : AC-A--T----A--A--AT------A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---AAC-AAGTC-GA-AC-A--TAAATTT-ATCCTGA
gi|3659 : AC-A--T----A--A--AT------A------T-------CTG---A-CA--AAGT--C-G-A-C-ACTT-AAA-G-A--T-CTG---A-C-CAATC-G--AC-A--TAA--TT-AT-CTAACAA
gi|3660 : AC-A--T----A--A---T-T----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-A-AAC-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTT-A--AC-A--TAA---T-AT-CTGACAA
gi|3661 : AC-A--T----A--A---T-T----A------T-------CTG---A-CA--A-AT--C-G-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---G-C-AAGTC-A--AC-A--TAA--GT-AT-CTGACAA
gi|3662 : AC-A--T----A--A---T-T----A------T-------CTG---G-CA--A-GT--C-A-A-C-A--T-AAG-T-A--T-CTG---A-C-AAGTA-A--AC-A--TAA--CT-TT-CTGACAA
gi|3663 : AC-A--T----A--A--A--G----A------T-------CTG---A-CA--A-GG--C-A-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-A--AC-A--TAA--TT-AT-CTGACAA
gi|3664 : AC-A--T----A--A--A--G----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-A-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-A--AC-A--TAA--TT-AT-CTGACAA
gi|3665 : AC-A--T----A--A--AT------A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-G-A--C-CTG---A-C-AAGTC-G--AT-A--TAA--TT-AC-CTGACAA
gi|3666 : AC-A--T----A--A--A--G----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--T-G-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TAA--AG-AC-CTGACAA
gi|3667 : AC-A--T----A--A---T-T----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TCA--TT-AT-CTGACAA
gi|3668 : AC-A--T----A--A--AC------A------T-------ATG---A-CA--A-GA--C-A-A-C-A--T-AAA-G-A--T-ATG---A-C-AAGTT-G--AC-A--TG----T-AT-TTGACAA
gi|3669 : CA-T---A---A-A-AT---CT--G-A-CATG-T-G-GAC-A--TT---G--ATCAT-T----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-C-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3670 : a------T-------CTG---G-CA--A-GT--T-G-A-C-A--T------------TTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TAA--TT-AT-CTGACAA
gi|3671 : gtgattattt-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GAT-A-------A--A--AT-T----A------T-------ATG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-G-A--T-TTG---A-C-AA
gi|3672 : tgatT--G-A-CAAG-T-T-GAC-A--C----A--A--AT-G-----------T-------CCG---A-CG--A-GT--C-A-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3673 : gaat--A--AT------A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAT-T----T-CTG---A-C-CAGTC-A--AC-A--TAA--TT-AT-CTGACAA
gi|3674 : ---A---A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A--T----AATA--AT-T----G------T-------CTG---A-CC--A-GT--C-A-A-C----T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3675 : --A--AT-C----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-CAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TCA--TT-TT-CTGACAA
gi|3676 : ---A---A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A--T----A--A--TT-G----T------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3677 : --A--AT-C----A------T-------CCG---A-CT--A-GT--C-G-G-C-A--T-AAA-G-T--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TAA---C-AT-CTGACAA
gi|3678 : --A--AT------A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAT-T-T--T-TCA---A-C-AAGTT-A--AC-A--TAA--TT-AT-CTGACAA
gi|3679 : --A--AT------A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-G--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTC-A--AC-A--TGA--TT-AT-CTGACAA
gi|3680 : ---A---A-T-AT---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A--T----A--A--AC------A------T-------ATG---A-CA--A-GA--C-A-A-C-A--T-AAA-G-A--T-ATG---A-C-AA
gi|3681 : --A--AT------A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-G-A--C-TTGGTAA-CAAAGTC-G--AC-A--TAA--TT-AT--TGACA
gi|3682 : --A--AT------A------C-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTT-G--AC-A--TAA--TT-TT-CTG
gi|3683 : ------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--TTAAA-G-A--TTCTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TAA--TT-AT-CTAA
gi|3684 : att---A-T-AT---CT--GTA-CCAG-T-T-GAC-A--T----A--A--A--G----A------T-------CTG---A-CC--A-GT--C-A-A-C-A--T-AAA-GAA--T-CTG---A-
gi|3685 : ----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--C-CAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TCA--TT-AT-CTGACAA
gi|3686 : t----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C---A-C-A--T-A---T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TAA--TT-AT-CTGACAA
gi|3687 : t----A------T-------CTG---A-CA--A-AT--C-G-A-C-A--T-CAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTT-G--AC-A--TCA--TT-AT-CTGACAA
gi|3688 : t-T-AT---CT--G-A-CAAG-A-T-GAC-A--T----A--A----------A------T-------CTG---A-CA--A-GT--T-G-A-C-A--T--AA-C-A--T-CTG---A-C-A
gi|3689 : ----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--T-G-A-C-A--T-CAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGAT-G--AC-A--TAA---C-AT-CTGACAA
gi|3690 : t----A------T-------ATG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-G-A--T-TTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--AAA--TT-AT-CTGACAA
gi|3691 : t-T-AC---CT--G-A-CAAG-T-C-GAC-A--T----A--A--A--G----A------T-------CTG---G-CG--A-AT--T-G-A-C-T--T-AGA-T-A--T-CTG---A-T-AA
gi|3692 : ------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-A-A-C-A--T-AAT-C-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TCA--TT-AT-CTGACAA
gi|3693 : ------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-A-A-C-A--T-AAT-C-A--T-CT----A-C-AAGTC-G--AC-A--TCA--TT-AT-CTGACAA
gi|3694 : ------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-A-A-C-A--T-AAT-C-A--T-CTG---A-CAAAGTC-G--AC-A--TCA--TT-AT-CTGACAA
gi|3695 : ------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAC-G-A--T-TTG---A-A-AAGTC-A--AT-A--TAA--TC-AT-CTGACAA
gi|3696 : T---CT--G-A-CTAA-T-C-GGC-A--T----A--A--G--G----A------C-------ATG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3697 : ------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-CAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--TCA--TT-AT-CTGACAA
gi|3698 : T---CT--G-A-CAAG-T-T-GAC-AAGG----A--A--AA-G----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-CAA-G-A--G-CTG---
gi|3699 : T--G-A-CAAG-T-C-GAC-A--T----A--A--A--G----A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-T-
gi|3700 : T--A-A-CAAG-T-C-AAC-G--TTTACA--A--AT------A------T-------CTG---A-CA--A-GT--C-G-A-C-A--T-AAA-C-A--T-ATG---A-C-AA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3618 ): TCAACTGATGCATAAACTGGGCGTGGACAATTTTCATGTTGAATTTTTAAACACGAGTGAACAAGCAACATGAAGAATCAACCATAATATCTGAC
Unaligned ( gi|3627 ): GGATGGGCACTGGCATAGGACTTTCATCAGAATCGGAACACTTAAATACTGACAAGGTCGACAAAAAAAGAGACTGAACAAGCTGAAACTAAAAGTATCTGGAACAA
Unaligned ( gi|3629 ): GCACAATTTGGGTATGGACACGTTTTCCTGTTGAATGATTTGCACGTGAATATTATAAATGACAAGCCAACATAAAG
Unaligned ( gi|3619 ): TCAAACCTGAATGGATAAAACTGGGCGTGGACATATTTTCATGTTGGGTTTTAACACCGTCGAACAAGCACAAGTCAGCAAAAAGATAGCAGGGAATCAACATAATTTATCTG
Alignments
lowQualScore : 1111 2222222
lowQualScore : 8 6 6 555 555 1111 55555 1 3333 11 1 0 0 0 1 00 0 3333333 00 11 0000000 111111 0 111 0 00 0 00 0 0 0 00 1 333 11 0 000 0 1 0 11 1 11 0 11 0 0 0
lowQualScore : . . . ... ... .... ..... . .... .. . . . . . .. . ....... .. .. ....... ...... . ... . .. . .. . . . .. . ... .. . ... . . . .. . .. . .. . . .
lowQualScore : 0 7 7 444 000 5555 33333 2 6666 11 7 8 8 8 6 88 6 0000000 77 22 1111111 222222 4 222 9 66 9 66 4 4 4 66 3 888 00 4 888 4 3 7 77 4 00 7 88 7 7 7
consensus : ATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATCAT----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--AT-G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
Reference ( family-240 ) : ATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATCAT----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--AT-G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3606 : ----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A-------A--A--AA-G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3607 : tcaactggatggcacaacggggcatgaacacgttttcatcgatgaattcttgaacacgctg----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-CGGA--C-A-------A--A--AA-G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3608 : tcaactggatggcacaacgagggcatgaacacgttttcatcgatgattcttgaacacgtg----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A-------A--A--AA-G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-A--C-CTG---A-C-A
gi|3609 : tcaactgagatggcacaaaatgggcattgaacacgttttcattaatgaattcttgaacacgtg----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--A----A--A--A--G----A------T-ATG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-
gi|3610 : tcaactggatggtacaaactgggcatgaacacgttttcattatgaattcttgaacacgtgA--C-G--T----G--A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-A-C-A--A-AAA-G-A--T-CTG---A-A-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3611 : tcaactggatggcacaaacttggcatgatcacgtttttttatcaggaattcgtgaacTG---A-AA--A-GT--CG-A-C-A--A-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGAC
gi|3612 : tcaactggatgacataaactgggcatgggcacgttttcatgttgaatttttaaacacaagaataagC---TT---GACA-CGTG---AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A-------A--A--A-------A------T-CTG---A-CAAGA-GT--CG-A-A-A--TAAAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-T-T-CTGACAA
gi|3613 : tccactggatggtataaactgtgccatgaacacgttttcatcacgaattT--G-A-CAGG-T-C-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-TTG---A-TG--A-GG--CA-A-C------------------TG---A-C-AAGTC-A--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3614 : tcaactggatggcacaaactgggcatggacttgttttcatgttgaattttttaacatgtgaacacaA--C-G--T----G--A--AT-A----A------G--TG---A-CA--A-AT--CG-A-C-A--A-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGAC-A--AC-A--T-AA--AA-A-T-CTGACAA
gi|3615 : tcaactggataacacacactatgcatggacactatctcatgttgaattcttcaacTAC---GT---TTCATCATTG--AA-----T--T----CT-----------T-T-GAACC-G--TG---A--A--AT------A------T-CTGC--A-CA--A-AT--CG-A-C-A----AAA-G-A----CTG---A-C-GAGTC-G--AC-A--TAAA--AT-ATT-TTGACAA
gi|3615 : tcaatggatggcacaaaatgggcaatgaa----AA-----T-AT----CT--GCA-CAAA-T-C-GA--C-A-------A--A--A--G----A--------CTG---A-CG--A-GT--CG-A-C-A--TAAAA-T-AT-T-TTG---A-C-AA
gi|3616 : tcaatggatggcacaaaatgggcaatgaatacgtttcatcattgaattctttgaaccgtgaT----GA-----T-A-----CT--G-A-CAAGATAC-GA--C-A--A----A--A--AAAG----A------T-TTG---G-GA--AAGT--CG-A-C-A--T-AAA-T-A--A-TTG---A-C-AA
gi|3617 : tcaactgtgcaccaaaccgggcatcgaacacttttcaaatcatcgaattcttgaaccac----A--A--AA-G----A------T-CTG---G-AA--A-GT--CG-A-C-A--T-TAA-G-A--T-CTG---A-A-AAGTT-G--AC-A--T-AA--TC-A-T-CTGACGA
gi|3620 : tcaagtaaatggcacgaacttggcatggacacgttttcattttgatttttttttaATGCCAACTAACTTGC-CATTTAC---TT---G
gi|3620 : ATCAT----AAGTGATT-ATTTTCCT--G-A-CAAG-T-CCGA--CCA--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--TGCA-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAtaacacgcattcatacaagtaacgagttcgctaatcataagtgattattttcctgacaagtccgaccataaagatctgacaagttgcacataaatatctgacaa
gi|3621 : caagtaaatggcaagttagttggcattaacacgcattcatacaagtaacgagttcgctaATGCCA-CTAACT-GC-CATCTAC---TT---G
gi|3621 : T----CT--G-A-CAAG-T-T-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---G-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAtaacacgcgttagtaacaatataccgagttcctaatcatggtgattattttctgacaagttgacataaagatctggcaagttgacataaatatctgacaa
gi|3622 : caagtagatggcagttagtggcattaacacgcgttagtaacaatataccgagttcctaatcatggtgattattt------T-CTG---AACA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGGCAA
gi|3623 : caagtagatggcagtttaatgggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattatttATGCCA-CTTACT-GC-CATTTAC---TT---G
gi|3623 : T----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAtaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattactttctgacaagtcgacataaagatctgacaagttgacataaatatctgacaa
gi|3624 : caagtaaatggcagtaagtggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattacttTTT-C---TT---GTCATGGT----GA-----TTATTTT-CT--G-G-CATG-T-C-GA--C-A-------A--A--A--G----A------T-TTG---A-CT--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-G--T-CTG---A-A-AA
gi|3625 : aattggatggcgttagtggaattaacaagatattaag----AA-----T-AA----GT--G-A-CAAG-T-C-GA--G-A--A----A--A--A-------A------T-CTG---A-CA--G-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-G--T-CTG---A-C-AAGAG-G--AC-A--T-AA--AG-A-T-CTGACAA
gi|3626 : ctggatggcacaaactgtggcatggacacgttattgttaatttttaaacatatgATGGCA-CAAACT-GGGCATGAACACGTT---TTCATCATG---AA-----T--T----CTTGA-A-CA-----------C-G--T----G--A--AT------A------T-CTG---A--A--A-GT--CG-A-C-A----AAA-G-A--T-CTG---A---AAGTC-G--ACCA--T-AA--AG-A-T-CTGACAA
gi|3626 : tag----AA-----T-AT----CT--G-A--AAG-T-C-GA--C-A-------A--A--A--G----A------T-CTG---A--A--A-GT--CG-A-CCA--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3628 : tagatggcacaaactgggcatgaacacgttttcatcatgaattcttgaacacgtgATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATCAT----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--TT-G----T------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTCAA--AC-A--T-AA--TT-T-T-CTGACAA
gi|3630 : T----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3631 : ggcattaacaacgcattaataacaagataccgagttcctaatcaatggtgattatttT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----T--A--AA-G----A------T-CTG---A--A--A-GT--TG-A-C-A--T-AAATT-ATTT-CTG---A-C-AA
gi|3632 : ggcattaacacgcattaataaagataccagtttcctaaatatgggtttgattatttT---GTGATTAT-----------T-TT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAAGT-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3633 : ggcattaacatgcattataacaagataacgaattcctaatcaT----CT--G-AACAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--AA-G----A------T-CTGCTGA-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3634 : ggcattaacacgcattaataacacagataccaagtttcctaatcatggtgattattttTTCC---TG---GTCATGATGGGTAT-----T-AC----CC--G-A-CAAA-T-C-GA--C-A--T----A--A---T-A----A------T-CTG---A-AA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA---A--C-CTG---A-C-AA
gi|3635 : ggcttcaacacgcttaaataacaagatacggagTTCC---TG---GTCATGATGGGTAT-----T-AC----CC--G-A-CAAA-T-C-GA--C-A--T----A--AT-AT-A----A------T-CCG---A-AA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA---A--T-CTG---A-C-A
gi|3636 : ggcttcaacacgcttaaataacaagatacggagT--G-G-CAAG-T-C-GA--C-A--A----A--A--A--A----A------T-CTC---A-TA--A-GT--CG-A-C-A--C-AAA-G-A--T-CTG---T-C-A
gi|3637 : catagacacgttttcatgttgaaatagT-GC-CATTTAC---TT---GACAACAT----AT-----T-TT----TT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T-------A--AT-G----A------A-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-C-A--T-CTG---C-C-AA
gi|3638 : atgaaaacgtgtccatgccaagttcgTAC---TTTTCGTTATTAT----AA-----T-AT----TT--G-A-CAGG-T-C-AA--C-A--T----A--A---T-T----A------T-CTG---A-CA--A-GT--AA-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAATC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGGCAA
gi|3639 : aa----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A-------A--A--A--G----A------TACTG---A-CA--A-GTGCCG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3640 : acgtttacatcatgaattcattgaacacgtg---TT---TTCATCATG---AA-----T--T----CT--T-A--AA----C--A--C-C--T----G--A--AT------A------T-CTG---A-AA--A-GT--CG-A-C-A--A-AAA-G-A--T-CTG---
gi|3640 : acg-A-C-C--T-GAA-T-A--T-CTG---A-A-AAGTC-G--AC-A--A-AA--AG-A-T-CTG
gi|3641 : acgttttcatcatgaattcttaaacT----CT--G-T-CAAG-T-C-AA--C-A--T----A--A---T-T----A------T-TTG---A-CA--A-GT--CA-G-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTC-A--GC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3642 : tttTCATCAT----AA-----T-AT----TT--G-A-CAAG-T-C-GA--T-A--T----C--A--TT-T-----------T-CTG---A-CA--A-AT--TA-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-T-T-CTGACAA
gi|3643 : G-T-C-AA--C-A--T----A--C--AT-GTAATA------T-CCG---A-TA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-ACGTC-A--AC-A--T-AA--TT-A-T-CAGACAA
gi|3644 : tcatcaacttA--C-G--T----A--A--AT-T-----------T-CTG---AACA--G-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTT-G--AC-A--
gi|3645 : caacaagacatcctccgtaaT----CT--G-A-TAAG-T-C-TA--C-A--T----A--A--A--G----C------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-ACA-T-A--T-CTG---A-C-
gi|3646 : gagttcctagtcatgctgattattt----AA-----T-TT----CT--G-A-CCAG-T-C-AA--C-A--T----A--A---T-T----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CCG---A-C-AAGTT-A--AC-A--T-AA--TC-A-T-CTGACAA
gi|3647 : CAT----AAG----T-AA----GT--G-A-AAAG-T-T-GA--C-A--A----A--A--AC-A----AAAAAAAT-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CCG---A-C-AA
gi|3648 : aattc-T-T-GA--C-A--C----A--A--AT-G-----------T-CCG---A-CG--A-GT--CA-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AATTT-GATAC-A--C-AG--AT-G-T-CTGACAA
gi|3649 : ATGAT----AA-----C-AT----CT--G-T-CAAG-T-C-GA--C-A--T-------A--AT-T----T------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A----AAA-C-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3650 : acatA--C-A--T----A--A--TT-T-----------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTC-A--GC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3651 : acA--C-A--T----A--A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-CAAAGCC-G--ACAA--T-AA---T-A---CTGACAA
gi|3652 : c----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-
gi|3653 : cacatatA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--AA-G-A-CTGACAA
gi|3654 : A--C-A--T----A--A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-A-G--A-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-AAGT-AA--TTAA-T-CT-ACAA
gi|3655 : CAT----AAC----T-AT----TT--G-A-CAAG-A-C-AA--C-A--T-------C--AT-T----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--C-CAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3656 : aA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---G-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTT-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3657 : A--C-A--T----A--A--AG-T----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AAC-TT-A-T-CTGACAA
gi|3658 : A--C-A--T----A--A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---AAC-AAGTC-GA-AC-A--T-AAATTT-A-TCCTGA
gi|3659 : A--C-A--T----A--A--AT------A------T-CTG---A-CA--AAGT--CG-A-C-ACTT-AAA-G-A--T-CTG---A-C-CAATC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTAACAA
gi|3660 : A--C-A--T----A--A---T-T----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-AAC-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTT-A--AC-A--T-AA---T-A-T-CTGACAA
gi|3661 : A--C-A--T----A--A---T-T----A------T-CTG---A-CA--A-AT--CG-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---G-C-AAGTC-A--AC-A--T-AA--GT-A-T-CTGACAA
gi|3662 : A--C-A--T----A--A---T-T----A------T-CTG---G-CA--A-GT--CA-A-C-A--T-AAG-T-A--T-CTG---A-C-AAGTA-A--AC-A--T-AA--CT-T-T-CTGACAA
gi|3663 : A--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GG--CA-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-A--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3664 : A--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-A--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3665 : A--C-A--T----A--A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--C-CTG---A-C-AAGTC-G--AT-A--T-AA--TT-A-C-CTGACAA
gi|3666 : A--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--AG-A-C-CTGACAA
gi|3667 : A--C-A--T----A--A---T-T----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-CA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3668 : A--C-A--T----A--A--AC------A------T-ATG---A-CA--A-GA--CA-A-C-A--T-AAA-G-A--T-ATG---A-C-AAGTT-G--AC-A--T-G----T-A-T-TTGACAA
gi|3669 : CAT----AA-----A-AT----CT--G-A-CATG-T-G-GA--C-A--TT---G--ATCAT-T----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-C-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3670 : a------T-CTG---G-CA--A-GT--TG-A-C-A--T------------TTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3671 : gtgattattt-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--T-A-------A--A--AT-T----A------T-ATG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-TTG---A-C-AA
gi|3672 : tgatT--G-A-CAAG-T-T-GA--C-A--C----A--A--AT-G-----------T-CCG---A-CG--A-GT--CA-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3673 : gaat--A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T----T-CTG---A-C-CAGTC-A--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3674 : ----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----AATA--AT-T----G------T-CTG---A-CC--A-GT--CA-A-C----T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3675 : --A--AT-C----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-CAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-CA--TT-T-T-CTGACAA
gi|3676 : ----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--TT-G----T------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3677 : --A--AT-C----A------T-CCG---A-CT--A-GT--CG-G-C-A--T-AAA-G-T--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA---C-A-T-CTGACAA
gi|3678 : --A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T-T--T-TCA---A-C-AAGTT-A--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3679 : --A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-G--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTC-A--AC-A--T-GA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3680 : ----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--AC------A------T-ATG---A-CA--A-GA--CA-A-C-A--T-AAA-G-A--T-ATG---A-C-AA
gi|3681 : --A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--C-TTGGTAA-CAAAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T--TGACA
gi|3682 : --A--AT------A------C-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTT-G--AC-A--T-AA--TT-T-T-CTG
gi|3683 : ------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--TTAAA-G-A--TTCTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTAA
gi|3684 : attA-----T-AT----CT--GTA-CCAG-T-T-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CC--A-GT--CA-A-C-A--T-AAA-GAA--T-CTG---A-
gi|3685 : ----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--C-CAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-CA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3686 : t----A------T-CTG---A-CA--A-GT--C--A-C-A--T-A---T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3687 : t----A------T-CTG---A-CA--A-AT--CG-A-C-A--T-CAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTT-G--AC-A--T-CA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3688 : t-----T-AT----CT--G-A-CAAG-A-T-GA--C-A--T----A--A----------A------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T--AA-C-A--T-CTG---A-C-A
gi|3689 : ----A------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-CAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGAT-G--AC-A--T-AA---C-A-T-CTGACAA
gi|3690 : t----A------T-ATG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-TTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--A-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3691 : t-----T-AC----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---G-CG--A-AT--TG-A-C-T--T-AGA-T-A--T-CTG---A-T-AA
gi|3692 : ------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-A-C-A--T-AAT-C-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-CA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3693 : ------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-A-C-A--T-AAT-C-A--T-CT----A-C-AAGTC-G--AC-A--T-CA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3694 : ------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-A-C-A--T-AAT-C-A--T-CTG---A-CAAAGTC-G--AC-A--T-CA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3695 : ------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAC-G-A--T-TTG---A-A-AAGTC-A--AT-A--T-AA--TC-A-T-CTGACAA
gi|3696 : T----CT--G-A-CTAA-T-C-GG--C-A--T----A--A--G--G----A------C-ATG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3697 : ------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-CAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-CA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3698 : T----CT--G-A-CAAG-T-T-GA--C-AAGG----A--A--AA-G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-CAA-G-A--G-CTG---
gi|3699 : T--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-
gi|3700 : T--A-A-CAAG-T-C-AA--C-G--TTTACA--A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-C-A--T-ATG---A-C-AA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3618 ): TCAACTGATGCATAAACTGGGCGTGGACAATTTTCATGTTGAATTTTTAAACACGAGTGAACAAGCAACATGAAGAATCAACCATAATATCTGAC
Unaligned ( gi|3627 ): GGATGGGCACTGGCATAGGACTTTCATCAGAATCGGAACACTTAAATACTGACAAGGTCGACAAAAAAAGAGACTGAACAAGCTGAAACTAAAAGTATCTGGAACAA
Unaligned ( gi|3629 ): GCACAATTTGGGTATGGACACGTTTTCCTGTTGAATGATTTGCACGTGAATATTATAAATGACAAGCCAACATAAAG
Unaligned ( gi|3619 ): TCAAACCTGAATGGATAAAACTGGGCGTGGACATATTTTCATGTTGGGTTTTAACACCGTCGAACAAGCACAAGTCAGCAAAAAGATAGCAGGGAATCAACATAATTTATCTG
Alignments
lowQualScore : 1111 2222222
lowQualScore : 8 6 6 555 555 1111 55555 1 3333 11 1 0 0 0 1 00 0 3333333 00 11 0000000 111111 0 111 0 00 0 00 0 0 0 00 1 333 11 0 000 0 1 0 11 1 11 0 11 0 0 0
lowQualScore : . . . ... ... .... ..... . .... .. . . . . . .. . ....... .. .. ....... ...... . ... . .. . .. . . . .. . ... .. . ... . . . .. . .. . .. . . .
lowQualScore : 0 7 7 444 000 5555 33333 2 6666 11 7 8 8 8 6 88 6 0000000 77 22 1111111 222222 4 222 9 66 9 66 4 4 4 66 3 888 00 4 888 4 3 7 77 4 00 7 88 7 7 7
consensus : ATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATCAT----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--AT-G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
Reference ( family-240 ) : ATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATCAT----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--AT-G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3606 : ----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A-------A--A--AA-G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3607 : tcaactggatggcacaacggggcatgaacacgttttcatcgatgaattcttgaacacgctg----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-CGGA--C-A-------A--A--AA-G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3608 : tcaactggatggcacaacgagggcatgaacacgttttcatcgatgattcttgaacacgtg----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A-------A--A--AA-G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-A--C-CTG---A-C-A
gi|3609 : tcaactgagatggcacaaaatgggcattgaacacgttttcattaatgaattcttgaacacgtg----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--A----A--A--A--G----A------T-ATG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-
gi|3610 : tcaactggatggtacaaactgggcatgaacacgttttcattatgaattcttgaacacgtgA--C-G--T----G--A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-A-C-A--A-AAA-G-A--T-CTG---A-A-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3611 : tcaactggatggcacaaacttggcatgatcacgtttttttatcaggaattcgtgaacTG---A-AA--A-GT--CG-A-C-A--A-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGAC
gi|3612 : tcaactggatgacataaactgggcatgggcacgttttcatgttgaatttttaaacacaagaataagC---TT---GACA-CGTG---AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A-------A--A--A-------A------T-CTG---A-CAAGA-GT--CG-A-A-A--TAAAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-T-T-CTGACAA
gi|3613 : tccactggatggtataaactgtgccatgaacacgttttcatcacgaattT--G-A-CAGG-T-C-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-TTG---A-TG--A-GG--CA-A-C------------------TG---A-C-AAGTC-A--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3614 : tcaactggatggcacaaactgggcatggacttgttttcatgttgaattttttaacatgtgaacacaA--C-G--T----G--A--AT-A----A------G--TG---A-CA--A-AT--CG-A-C-A--A-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGAC-A--AC-A--T-AA--AA-A-T-CTGACAA
gi|3615 : tcaactggataacacacactatgcatggacactatctcatgttgaattcttcaacTAC---GT---TTCATCATTG--AA-----T--T----CT-----------T-T-GAACC-G--TG---A--A--AT------A------T-CTGC--A-CA--A-AT--CG-A-C-A----AAA-G-A----CTG---A-C-GAGTC-G--AC-A--TAAA--AT-ATT-TTGACAA
gi|3615 : tcaatggatggcacaaaatgggcaatgaa----AA-----T-AT----CT--GCA-CAAA-T-C-GA--C-A-------A--A--A--G----A--------CTG---A-CG--A-GT--CG-A-C-A--TAAAA-T-AT-T-TTG---A-C-AA
gi|3616 : tcaatggatggcacaaaatgggcaatgaatacgtttcatcattgaattctttgaaccgtgaT----GA-----T-A-----CT--G-A-CAAGATAC-GA--C-A--A----A--A--AAAG----A------T-TTG---G-GA--AAGT--CG-A-C-A--T-AAA-T-A--A-TTG---A-C-AA
gi|3617 : tcaactgtgcaccaaaccgggcatcgaacacttttcaaatcatcgaattcttgaaccac----A--A--AA-G----A------T-CTG---G-AA--A-GT--CG-A-C-A--T-TAA-G-A--T-CTG---A-A-AAGTT-G--AC-A--T-AA--TC-A-T-CTGACGA
gi|3620 : tcaagtaaatggcacgaacttggcatggacacgttttcattttgatttttttttaATGCCAACTAACTTGC-CATTTAC---TT---G
gi|3620 : ATCAT----AAGTGATT-ATTTTCCT--G-A-CAAG-T-CCGA--CCA--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--TGCA-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAtaacacgcattcatacaagtaacgagttcgctaatcataagtgattattttcctgacaagtccgaccataaagatctgacaagttgcacataaatatctgacaa
gi|3621 : caagtaaatggcaagttagttggcattaacacgcattcatacaagtaacgagttcgctaATGCCA-CTAACT-GC-CATCTAC---TT---G
gi|3621 : T----CT--G-A-CAAG-T-T-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---G-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAtaacacgcgttagtaacaatataccgagttcctaatcatggtgattattttctgacaagttgacataaagatctggcaagttgacataaatatctgacaa
gi|3622 : caagtagatggcagttagtggcattaacacgcgttagtaacaatataccgagttcctaatcatggtgattattt------T-CTG---AACA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGGCAA
gi|3623 : caagtagatggcagtttaatgggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattatttATGCCA-CTTACT-GC-CATTTAC---TT---G
gi|3623 : T----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAtaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattactttctgacaagtcgacataaagatctgacaagttgacataaatatctgacaa
gi|3624 : caagtaaatggcagtaagtggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattacttTTT-C---TT---GTCATGGT----GA-----TTATTTT-CT--G-G-CATG-T-C-GA--C-A-------A--A--A--G----A------T-TTG---A-CT--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-G--T-CTG---A-A-AA
gi|3625 : aattggatggcgttagtggaattaacaagatattaag----AA-----T-AA----GT--G-A-CAAG-T-C-GA--G-A--A----A--A--A-------A------T-CTG---A-CA--G-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-G--T-CTG---A-C-AAGAG-G--AC-A--T-AA--AG-A-T-CTGACAA
gi|3626 : ctggatggcacaaactgtggcatggacacgttattgttaatttttaaacatatgATGGCA-CAAACT-GGGCATGAACACGTT---TTCATCATG---AA-----T--T----CTTGA-A-CA-----------C-G--T----G--A--AT------A------T-CTG---A--A--A-GT--CG-A-C-A----AAA-G-A--T-CTG---A---AAGTC-G--ACCA--T-AA--AG-A-T-CTGACAA
gi|3626 : tag----AA-----T-AT----CT--G-A--AAG-T-C-GA--C-A-------A--A--A--G----A------T-CTG---A--A--A-GT--CG-A-CCA--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3628 : tagatggcacaaactgggcatgaacacgttttcatcatgaattcttgaacacgtgATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATCAT----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--TT-G----T------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTCAA--AC-A--T-AA--TT-T-T-CTGACAA
gi|3630 : T----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3631 : ggcattaacaacgcattaataacaagataccgagttcctaatcaatggtgattatttT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----T--A--AA-G----A------T-CTG---A--A--A-GT--TG-A-C-A--T-AAATT-ATTT-CTG---A-C-AA
gi|3632 : ggcattaacacgcattaataaagataccagtttcctaaatatgggtttgattatttT---GTGATTAT-----------T-TT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAAGT-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3633 : ggcattaacatgcattataacaagataacgaattcctaatcaT----CT--G-AACAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--AA-G----A------T-CTGCTGA-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3634 : ggcattaacacgcattaataacacagataccaagtttcctaatcatggtgattattttTTCC---TG---GTCATGATGGGTAT-----T-AC----CC--G-A-CAAA-T-C-GA--C-A--T----A--A---T-A----A------T-CTG---A-AA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA---A--C-CTG---A-C-AA
gi|3635 : ggcttcaacacgcttaaataacaagatacggagTTCC---TG---GTCATGATGGGTAT-----T-AC----CC--G-A-CAAA-T-C-GA--C-A--T----A--AT-AT-A----A------T-CCG---A-AA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA---A--T-CTG---A-C-A
gi|3636 : ggcttcaacacgcttaaataacaagatacggagT--G-G-CAAG-T-C-GA--C-A--A----A--A--A--A----A------T-CTC---A-TA--A-GT--CG-A-C-A--C-AAA-G-A--T-CTG---T-C-A
gi|3637 : catagacacgttttcatgttgaaatagT-GC-CATTTAC---TT---GACAACAT----AT-----T-TT----TT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T-------A--AT-G----A------A-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-C-A--T-CTG---C-C-AA
gi|3638 : atgaaaacgtgtccatgccaagttcgTAC---TTTTCGTTATTAT----AA-----T-AT----TT--G-A-CAGG-T-C-AA--C-A--T----A--A---T-T----A------T-CTG---A-CA--A-GT--AA-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAATC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGGCAA
gi|3639 : aa----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A-------A--A--A--G----A------TACTG---A-CA--A-GTGCCG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3640 : acgtttacatcatgaattcattgaacacgtg---TT---TTCATCATG---AA-----T--T----CT--T-A--AA----C--A--C-C--T----G--A--AT------A------T-CTG---A-AA--A-GT--CG-A-C-A--A-AAA-G-A--T-CTG---
gi|3640 : acg-A-C-C--T-GAA-T-A--T-CTG---A-A-AAGTC-G--AC-A--A-AA--AG-A-T-CTG
gi|3641 : acgttttcatcatgaattcttaaacT----CT--G-T-CAAG-T-C-AA--C-A--T----A--A---T-T----A------T-TTG---A-CA--A-GT--CA-G-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTC-A--GC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3642 : tttTCATCAT----AA-----T-AT----TT--G-A-CAAG-T-C-GA--T-A--T----C--A--TT-T-----------T-CTG---A-CA--A-AT--TA-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-T-T-CTGACAA
gi|3643 : G-T-C-AA--C-A--T----A--C--AT-GTAATA------T-CCG---A-TA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-ACGTC-A--AC-A--T-AA--TT-A-T-CAGACAA
gi|3644 : tcatcaacttA--C-G--T----A--A--AT-T-----------T-CTG---AACA--G-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTT-G--AC-A--
gi|3645 : caacaagacatcctccgtaaT----CT--G-A-TAAG-T-C-TA--C-A--T----A--A--A--G----C------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-ACA-T-A--T-CTG---A-C-
gi|3646 : gagttcctagtcatgctgattattt----AA-----T-TT----CT--G-A-CCAG-T-C-AA--C-A--T----A--A---T-T----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CCG---A-C-AAGTT-A--AC-A--T-AA--TC-A-T-CTGACAA
gi|3647 : CAT----AAG----T-AA----GT--G-A-AAAG-T-T-GA--C-A--A----A--A--AC-A----AAAAAAAT-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CCG---A-C-AA
gi|3648 : aattc-T-T-GA--C-A--C----A--A--AT-G-----------T-CCG---A-CG--A-GT--CA-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AATTT-GATAC-A--C-AG--AT-G-T-CTGACAA
gi|3649 : ATGAT----AA-----C-AT----CT--G-T-CAAG-T-C-GA--C-A--T-------A--AT-T----T------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A----AAA-C-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3650 : acatA--C-A--T----A--A--TT-T-----------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTC-A--GC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3651 : acA--C-A--T----A--A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-CAAAGCC-G--ACAA--T-AA---T-A---CTGACAA
gi|3652 : c----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-
gi|3653 : cacatatA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--AA-G-A-CTGACAA
gi|3654 : A--C-A--T----A--A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-A-G--A-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-AAGT-AA--TTAA-T-CT-ACAA
gi|3655 : CAT----AAC----T-AT----TT--G-A-CAAG-A-C-AA--C-A--T-------C--AT-T----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--C-CAA-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3656 : aA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---G-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTT-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3657 : A--C-A--T----A--A--AG-T----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AAC-TT-A-T-CTGACAA
gi|3658 : A--C-A--T----A--A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---AAC-AAGTC-GA-AC-A--T-AAATTT-A-TCCTGA
gi|3659 : A--C-A--T----A--A--AT------A------T-CTG---A-CA--AAGT--CG-A-C-ACTT-AAA-G-A--T-CTG---A-C-CAATC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTAACAA
gi|3660 : A--C-A--T----A--A---T-T----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-AAC-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTT-A--AC-A--T-AA---T-A-T-CTGACAA
gi|3661 : A--C-A--T----A--A---T-T----A------T-CTG---A-CA--A-AT--CG-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---G-C-AAGTC-A--AC-A--T-AA--GT-A-T-CTGACAA
gi|3662 : A--C-A--T----A--A---T-T----A------T-CTG---G-CA--A-GT--CA-A-C-A--T-AAG-T-A--T-CTG---A-C-AAGTA-A--AC-A--T-AA--CT-T-T-CTGACAA
gi|3663 : A--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GG--CA-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AAGTC-A--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3664 : A--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-A--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3665 : A--C-A--T----A--A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--C-CTG---A-C-AAGTC-G--AT-A--T-AA--TT-A-C-CTGACAA
gi|3666 : A--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--AG-A-C-CTGACAA
gi|3667 : A--C-A--T----A--A---T-T----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-CA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3668 : A--C-A--T----A--A--AC------A------T-ATG---A-CA--A-GA--CA-A-C-A--T-AAA-G-A--T-ATG---A-C-AAGTT-G--AC-A--T-G----T-A-T-TTGACAA
gi|3669 : CAT----AA-----A-AT----CT--G-A-CATG-T-G-GA--C-A--TT---G--ATCAT-T----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-C-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3670 : a------T-CTG---G-CA--A-GT--TG-A-C-A--T------------TTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3671 : gtgattattt-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--T-A-------A--A--AT-T----A------T-ATG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-TTG---A-C-AA
gi|3672 : tgatT--G-A-CAAG-T-T-GA--C-A--C----A--A--AT-G-----------T-CCG---A-CG--A-GT--CA-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3673 : gaat--A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T----T-CTG---A-C-CAGTC-A--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3674 : ----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----AATA--AT-T----G------T-CTG---A-CC--A-GT--CA-A-C----T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3675 : --A--AT-C----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-CAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-CA--TT-T-T-CTGACAA
gi|3676 : ----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--TT-G----T------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3677 : --A--AT-C----A------T-CCG---A-CT--A-GT--CG-G-C-A--T-AAA-G-T--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA---C-A-T-CTGACAA
gi|3678 : --A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T-T--T-TCA---A-C-AAGTT-A--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3679 : --A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-G--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTC-A--AC-A--T-GA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3680 : ----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--AC------A------T-ATG---A-CA--A-GA--CA-A-C-A--T-AAA-G-A--T-ATG---A-C-AA
gi|3681 : --A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--C-TTGGTAA-CAAAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T--TGACA
gi|3682 : --A--AT------A------C-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAT-T-T--T-CTG---A-C-AAGTT-G--AC-A--T-AA--TT-T-T-CTG
gi|3683 : ------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--TTAAA-G-A--TTCTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTAA
gi|3684 : attA-----T-AT----CT--GTA-CCAG-T-T-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CC--A-GT--CA-A-C-A--T-AAA-GAA--T-CTG---A-
gi|3685 : ----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--C-CAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-CA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3686 : t----A------T-CTG---A-CA--A-GT--C--A-C-A--T-A---T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3687 : t----A------T-CTG---A-CA--A-AT--CG-A-C-A--T-CAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTT-G--AC-A--T-CA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3688 : t-----T-AT----CT--G-A-CAAG-A-T-GA--C-A--T----A--A----------A------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T--AA-C-A--T-CTG---A-C-A
gi|3689 : ----A------T-CTG---A-CA--A-GT--TG-A-C-A--T-CAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGAT-G--AC-A--T-AA---C-A-T-CTGACAA
gi|3690 : t----A------T-ATG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-TTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--A-AA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3691 : t-----T-AC----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---G-CG--A-AT--TG-A-C-T--T-AGA-T-A--T-CTG---A-T-AA
gi|3692 : ------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-A-C-A--T-AAT-C-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-CA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3693 : ------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-A-C-A--T-AAT-C-A--T-CT----A-C-AAGTC-G--AC-A--T-CA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3694 : ------T-CTG---A-CA--A-GT--CA-A-C-A--T-AAT-C-A--T-CTG---A-CAAAGTC-G--AC-A--T-CA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3695 : ------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAC-G-A--T-TTG---A-A-AAGTC-A--AT-A--T-AA--TC-A-T-CTGACAA
gi|3696 : T----CT--G-A-CTAA-T-C-GG--C-A--T----A--A--G--G----A------C-ATG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-G-A--T-CTG---A-C-AA
gi|3697 : ------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-CAT-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-CA--TT-A-T-CTGACAA
gi|3698 : T----CT--G-A-CAAG-T-T-GA--C-AAGG----A--A--AA-G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-CAA-G-A--G-CTG---
gi|3699 : T--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--A--G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-
gi|3700 : T--A-A-CAAG-T-C-AA--C-G--TTTACA--A--AT------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-C-A--T-ATG---A-C-AA
blockSeqs : . . G ACG TTC GGGT GTGAT T TTTC TG C G TTTAC TC TGTAAT AAAAAA CTG A TT TT A AT C AG AT
blockSeqs : . . . . . GGGT G . TTT . T C AGG T AAG . C A GT T A A A . C
blockSeqs : . . . . . TG C . . . . . TG . AG . . T GA . A . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . TT . AG . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . A . TA . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . T . AG . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . TG . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . AG . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . AG . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . TA . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . TA . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . TG . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . TT . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . TT . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . TT . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . TT . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . TT . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . CA . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . TG . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . TT . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . TT . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . TT . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . GT . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . TT . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . TT . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . TT . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . TT . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . TT . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . TT . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . TG . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . TT . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . TC . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . TG . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . TC . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . AG . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . G . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . G . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . T . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . G . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . G . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . G . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . T . G . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . T . G . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . T . T . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . T . G . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . T . G . . . T . . . . . .
blockSeqs : . T . G . . . G . . . . . .
blockSeqs : . T . A . . . G . . . . . .
blockSeqs : T . G . . . G . . . . . .
blockSeqs : T . T . . . T . . . . . .
blockSeqs : T . G . . . T . . . . . .
blockSeqs : C . T . . . T . . . . . .
blockSeqs : T . G . . . G . . . . .
blockSeqs : T . T . . . T . . . .
blockSeqs : T . G . . . G . .
blockSeqs : T . T . . . T . .
blockSeqs : T . T . . . T . .
blockSeqs : T . G . . . G . .
blockSeqs : T . G . . . C . .
blockSeqs : T . T . . . G . .
blockSeqs : . . G . . . G . .
blockSeqs : . . C . . . T . .
blockSeqs : . . T . . . T . .
blockSeqs : . . T . . . T . .
blockSeqs : . . T . . . T . .
blockSeqs : . . C . . . G . .
blockSeqs : . . T . . . T . .
blockSeqs : . . T . . . T . .
blockSeqs : . G . . . G . .
blockSeqs : . G . . . G . .
blockSeqs : . G . . . T . .
blockSeqs : . G . . . G . .
blockSeqs : . T . . . T . .
blockSeqs : . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . C . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . G . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . C . .
blockSeqs : . . . C . .
blockSeqs : . . . C . .
blockSeqs : . . . G . .
blockSeqs : . . . G . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . G . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . C .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : T****** G******
originalCons : ATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATCAT----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-A--T----A--A--AT-G----A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
finalCons : ATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATCAT----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GA--C-AT------A--A--AG------A------T-CTG---A-CA--A-GT--CG-A-C-A--T-AAA-T-A--T-CTG---A-C-AAGTC-G--AC-A--T-AA--TT-A-T-CTGACAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3618 ): TCAACTGATGCATAAACTGGGCGTGGACAATTTTCATGTTGAATTTTTAAACACGAGTGAACAAGCAACATGAAGAATCAACCATAATATCTGAC
Unaligned ( gi|3627 ): GGATGGGCACTGGCATAGGACTTTCATCAGAATCGGAACACTTAAATACTGACAAGGTCGACAAAAAAAGAGACTGAACAAGCTGAAACTAAAAGTATCTGGAACAA
Unaligned ( gi|3629 ): GCACAATTTGGGTATGGACACGTTTTCCTGTTGAATGATTTGCACGTGAATATTATAAATGACAAGCCAACATAAAG
Unaligned ( gi|3619 ): TCAAACCTGAATGGATAAAACTGGGCGTGGACATATTTTCATGTTGGGTTTTAACACCGTCGAACAAGCACAAGTCAGCAAAAAGATAGCAGGGAATCAACATAATTTATCTG
Alignments
lowQualScore : 8 6 6 555 555 9999 77777 1 3333 11 1 1 0 0 0 0 00 0 0 2222 11111 1 555555555 0 222 0 0 0 00 00 11 0 00 0 5555555555 11 1 0 0 0 11 0 0 0 0
lowQualScore : . . . ... ... .... ..... . .... .. . . . . . . .. . . .... ..... . ......... . ... . . . .. .. .. . .. . .......... .. . . . . .. . . . .
lowQualScore : 0 7 7 444 000 1111 00000 9 0000 00 4 4 7 7 7 5 77 5 5 6666 22222 0 222222222 4 333 4 9 9 66 66 55 9 66 9 0000000000 11 3 5 8 8 22 9 9 9 9
consensus : ATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATCAT----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--T----A--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-AA-TT-A-TCTGACAA
Reference ( family-240 ) : ATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATCAT----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--T----A--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-AA-TT-A-TCTGACAA
gi|3606 : ----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-A----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--T----A--T-CTGAC-AA
gi|3607 : tcaactggatggcacaacggggcatgaacacgttttcatcgatgaattcttgaacacgctg----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-GGA--C-A-A----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--T----A--T-CTGAC-AA
gi|3608 : tcaactggatggcacaacgagggcatgaacacgttttcatcgatgattcttgaacacgtg----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-A----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--T----A--C-CTGAC-A
gi|3609 : tcaactgagatggcacaaaatgggcattgaacacgttttcattaatgaattcttgaacacgtg----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-A----A-----A-A-------G-AT-ATG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--T----
gi|3610 : tcaactggatggtacaaactgggcatgaacacgttttcattatgaattcttgaacacgtg-A--C-G-T----G-----A-A-------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CA--A-CA--A-AA--A--G----A--T-CTGAA-AAGTC-GAC-A--T-AA-TT-A-TCTGACAA
gi|3611 : tcaactggatggcacaaacttggcatgatcacgtttttttatcaggaattcgtgaac----AA-----T-AA----GT--G-A-AAAG-T-C-G-A--C-A-A----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--T--T----A--T-CTGAC-
gi|3612 : tcaactggatgacataaactgggcatgggcacgttttcatgttgaatttttaaacacaagC---TT---GACA-CGTG---AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A------------A-A-------A-AT-CTG---A-C-AA-GAGT--CG--A-AA--T-AA--AA-G----A--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-AA-TT-T-TCTGACAA
gi|3613 : tccactggatggtataaactgtgccatgaacacgttttcatcacgaattT--G-A-CAGG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-TTG---A-T-GA-G--G--CA--A-C-----------------------TGAC-AAGTC-AAC-A--T-AA-TT-A-TCTGACAA
gi|3614 : tcaactggatggcacaaactgggcatggacttgttttcatgttgaattttttaacatgtgaacaca----AA-----T-AA----GT--G-A-CAAA-T-C-G-A--C-A-A----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--A--CA--A-CA--T-AA--A--A----A--T-CTGAC-AA
gi|3615 : tcaactggataacacacactatgcatggacactatctcatgttgaattcttcaacacgtgTAC---GT---TTCATCATTG--AA-----T--T----CT-----------T-T-G-AACC-G-TG---A-----A-A-------T-AT-CTGC--A-C-AA-A--T--CG--A-CA----AA--A--G----A----CTGAC-GAGTC-GAC-A--TAAA-AT-ATTTTGACAA
gi|3615 : tcaatggatggcacaaaatgggcaatgaa----AA-----T-AT----CT--GCA-CAAA-T-C-G-A--C-A------A-----A-A-------G-A--CTG---A-C-GA-G--T--CG--A-CA--TAAA--A--T----AT-T-TTGAC-AA
gi|3616 : tcaatggatggcacaaaatgggcaatgaatacgtttcatcattgaattctttgaaccgtgaT----GA-----T-A-----CT--G-A-CAAGATAC-G-A--C-A-A----A-----A-AAA-----G-AT-TTG---G-G-AAAG--T--CG--A-CA--T-AA--A--T----A--A-TTGAC-AA
gi|3617 : tcaactgtgcaccaaaccgggcatcgaacacttttcaaatcatcgaattcttgaaccac----A-----A-A-------G-AT-CTG---G-A-AA-G--T--CG--A-CA--T-TA--A--G----A--T-CTGAA-AAGTT-GAC-A--T-AA-TC-A-TCTGACGA
gi|3620 : tcaagtaaatggcacgaacttggcatggacacgttttcattttgatttttttttaaATGCCAACTAACTTGC-CATTTAC---TT---G
gi|3620 : ATCAT----AAGTGATT-ATTTTCCT--G-A-CAAG-T-CCG-A--CCA-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--TGC-A-CA--T-AA--A--T----A--T-CTGAC-AAtaacacgcattcatacaagtaacgagttcgctaatcataagtgattattttcctgacaagtccgaccataaagatctgacaagttgcacataaatatctgacaa
gi|3621 : caagtaaatggcaagttagttggcattaacacgcattcatacaagtaacgagttcgctaATGCCA-CTAACT-GC-CATCTAC---TT---G
gi|3621 : T----CT--G-A-CAAG-T-T-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---G-C-AA-G--T--TG--A-CA--T-AA--A--T----A--T-CTGAC-AAtaacacgcgttagtaacaatataccgagttcctaatcatggtgattattttctgacaagttgacataaagatctggcaagttgacataaatatctgacaa
gi|3622 : caagtagatggcagttagtggcattaacacgcgttagtaacaatataccgagttcctaatcatggtgattatttT-CTG---AAC-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--G----A--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-AA-TT-A-TCTGGCAA
gi|3623 : caagtagatggcagtttaatgggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattatttATGCCA-CTTACT-GC-CATTTAC---TT---G
gi|3623 : T----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--TG--A-CA--T-AA--A--T----A--T-CTGAC-AAtaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattactttctgacaagtcgacataaagatctgacaagttgacataaatatctgacaa
gi|3624 : caagtaaatggcagtaagtggcattaacacgcattaataacaagataccgagttcctaatcatggtgattacttTTT-C---TT---GTCATGGT----GA-----TTATTTT-CT--G-G-CATG-T-C-G-A--C-A------A-----A-A-------G-AT-TTG---A-C-TA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--T----G--T-CTGAA-AA
gi|3625 : aattggatggcgttagtggaattaacaagatattaag----AA-----T-AA----GT--G-A-CAAG-T-C-G-A--G-A------A-----A-A-------A-AT-CTG---A-C-AG-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--G----G--T-CTGAC-AAGAG-GAC-A--T-AA-AG-A-TCTGACAA
gi|3626 : ctggatggcacaaactgtggcatggacacgttattgttaatttttaaacatatgATGGCA-CAAACT-GGGCATGAACACGTT---TTCATCATG---AA-----T--T----CTTGA-A-CA------------C-G-T----G-----A-A-------T-AT-CTG---A---AA-G--T--CG--A-CA----AA--A--G----A--T-CTGA--AAGTC-GACCA--T-AA-AG-A-TCTGACAA
gi|3626 : tag----AA-----T-AT----CT--G-A--AAG-T-C-G-A--C-A------A-----A-A-------G-AT-CTG---A---AA-G--T--CG--ACCA--T-AA--A--G----A--T-CTGAC-AA
gi|3628 : tagatggcacaaactgggcatgaacacgttttcatcatgaattcttgaacacgtgATGCCA-CTAACT-GC-CATTTAC---TT---GTCATCAT----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----ATT-------G-TT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--T--T----A--T-CTGAC-AAGTCAAAC-A--T-AA-TT-T-TCTGACAA
gi|3630 : T----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--TG--A-CA--T-AA--A--T----A--T-CTGAC-AA
gi|3631 : ggcattaacaacgcattaataacaagataccgagttcctaatcaatggtgattatttT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-ATT----A-----A-A-------G-AT-CTG---A---AA-G--T--TG--A-CA--T-AA--AT-T----ATTT-CTGAC-AA
gi|3632 : ggcattaacacgcattaataaagataccagtttcctaaatatgggtttgattatttT---GTGATTAT-----------T-TT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--TG--A-CA--T-AA--AG-T----A--T-CTGAC-AA
gi|3633 : ggcattaacatgcattataacaagataacgaattcctaatcaT----CT--G-AACAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-AA------G-AT-CTGCTGA-C-AA-G--T--TG--A-CA--T-AA--A--T----A--T-CTGAC-AA
gi|3634 : ggcattaacacgcattaataacacagataccaagtttcctaatcatggtgattattttTTCC---TG---GTCATGATGGGTAT-----T-AC----CC--G-A-CAAA-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-T-------A-AT-CTG---A-A-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A-------A--C-CTGAC-AA
gi|3635 : ggcttcaacacgcttaaataacaagatacggagTTCC---TG---GTCATGATGGGTAT-----T-AC----CC--G-A-CAAA-T-C-G-A--C-A-T----A-----ATAT------A-AT-CCG---A-A-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A-------A--T-CTGAC-A
gi|3636 : ggcttcaacacgcttaaataacaagatacggagT--G-G-CAAG-T-C-G-A--C-A-A----A-----A-A-------A-AT-CTC---A-T-AA-G--T--CG--A-CA--C-AA--A--G----A--T-CTGTC-A
gi|3637 : catagacacgttttcatgttgaaatagT-GC-CATTTAC---TT---GACAACAT----AT-----T-TT----TT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-T-------G-AA-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--T--C----A--T-CTGCC-AA
gi|3638 : atgaaaacgtgtccatgccaagttcgTAC---TTTTCGTTATTAT----AA-----T-AT----TT--G-A-CAGG-T-C-A-A--C-A-T----A-----A-T-------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--AA--A-CA--T-AA--T--T----A--T-CTGAC-AAATC-GAC-A--T-AA-TT-A-TCTGGCAA
gi|3639 : aa----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A------A-----A-A-------G-ATACTG---A-C-AA-G--TGCCG--A-CA--T-AA--A--T----A--T-CTGAC-AA
gi|3640 : acgtttacatcatgaattcattgaacacgtg---TT---TTCATCATG---AA-----T--T----CT--T-A--AA----C---A--C-C-T----G-----A-A-------T-AT-CTG---A-A-AA-G--T--CG--A-CA--A-AA--A--G----A--T-CTG
gi|3640 : acg----AA-----T-AT----CT--G-A-AAAG-T-C-G-A--C-A-A----A-----A-A-------G-AT-CTG---
gi|3641 : acgttttcatcatgaattcttaaacacctgT----CT--G-T-CAAG-T-C-A-A--C-A-T----A-----A-T-------T-AT-TTG---A-C-AA-G--T--CA--G-CA--T-AA--T--T----T--T-CTGAC-AAGTC-AGC-A--T-AA-TT-A-TCTGACAA
gi|3642 : tttTCATCAT----AA-----T-AT----TT--G-A-CAAG-T-C-G-A--T-A-T----C-----A-T-------T-TT-CTG---A-C-AA-A--T--TA--A-CA--T-AA--T--T----A--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-AA-TT-T-TCTGACAA
gi|3643 : G-T-C-A-A--C-A-T----ACATGTA-A-------T-AT-CCG---A-T-AA-G--T--TG--A-CA--T-AA--T--T----T--T-CTGAC-ACGTC-AAC-A--T-AA-TT-A-TCAGACAA
gi|3644 : tcatcaactt----AA-----T-TT----CT--G-AACAGG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--TG--A-CA--
gi|3645 : caacaagacatcctccgtaaacgtaT----CT--G-A-TAAG-T-C-T-A--C-A-T----A-----A-A-------G-CT-CTG---A-C-AA-G--T--TG--A-CA--T-AC--A--T----A--T-CTGAC-
gi|3646 : gagttcctagtcatgctgattattt----AA-----T-TT----CT--G-A-CCAG-T-C-A-A--C-A-T----A-----A-T-------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CA--A-CA--T-AA--T--T----T--T-CCGAC-AAGTT-AAC-A--T-AA-TC-A-TCTGACAA
gi|3647 : CAT----AAG----T-AA----GT--G-A-AAAG-T-T-G-A--C-A-A----A-----A-ACAAAAAAA-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--G----A--T-CCGAC-AA
gi|3647 : aattc----AA-----A-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CCG---A-C-AA-
gi|3648 : aattccataagtaagtgaaaagttgacaaaaacaaaa----AA-----T-GT----CC--G-A-CGAG-T-C-A-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-T--T--TGATA-CA--C-AG--A--T----G--T-CTGAC-AA
gi|3649 : ttgacacaATGAT----AA-----C-AT----CT--G-T-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-T-------T-TT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA----AA--A--C----A--T-CTGAC-AA
gi|3650 : acat-A--C-A-T----A-----A-T-------T-TT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--T--T----T--T-CTGAC-AAGTC-AGC-A--T-AA-TT-A-TCTGACAA
gi|3651 : acCAT----AAA----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-A-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-CAAA-G--C--CG--A-CA--A-TA--A--T----A----CTGAC-AA
gi|3652 : ca-A--C-A-T----A---------------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--T--T----A--T-CTGAC-AAGTC-GAC-
gi|3653 : c-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--TG--A-CA--T-AA--A--T----A--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-AA-AA-G-ACTGACAA
gi|3654 : -A--C-A-T----A-----A-A-------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--A----G--A-CTGAC-AAGTC-GAC-AAGT-AA-TTAA-TCT-ACAA
gi|3655 : CAT----AAC----T-AT----TT--G-A-CAAG-A-C-A-A--C-A-T----C-----A-T-------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--C-CA--A--T----A--T-CTGAC-AA
gi|3656 : a-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---G-C-AA-G--T--TG--A-CA--T-AA--A--T----A--T-CTGAC-AAGTT-GAC-A--T-AA-TT-A-TCTGACAA
gi|3657 : -A--C-A-T----A-----A-A-------GTAT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--G----A--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-AACTT-A-TCTGACAA
gi|3658 : CAT----AAA----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTGA--A-C-AA-G--T--CGA-A-CA--T-AA--ATTT----A--TCCTGA
gi|3659 : a-A--C-A-T----A-----A-A-------T-AT-CTG---A-C-AAAG--T--CG--A-CACTT-AA--A--G----A--T-CTGAC-CAATC-GAC-A--T-AA-TT-A-TCTAACAA
gi|3660 : -A--C-A-T----A-----A-T-------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CA--AACA--T-AA--T--T----T--T-CTGAC-AAGTT-AAC-A--T-AA--T-A-TCTGACAA
gi|3661 : -A--C-A-T----A-----A-T-------T-AT-CTG---A-C-AA-A--T--CG--A-CA--T-AA--T--T----A--T-CTGGC-AAGTC-AAC-A--T-AA-GT-A-TCTGACAA
gi|3662 : -A--C-A-T----A-----A-T-------T-AT-CTG---G-C-AA-G--T--CA--A-CA--T-AA--G--T----A--T-CTGAC-AAGTA-AAC-A--T-AA-CT-T-TCTGACAA
gi|3663 : -A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--G--CA--A-CA--T-AA--A--G----A--T-CTGAC-AAGTC-AAC-A--T-AA-TT-A-TCTGACAA
gi|3664 : -A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CA--A-CA--T-AA--T--T----A--T-CTGAC-AAGTC-AAC-A--T-AA-TT-A-TCTGACAA
gi|3665 : -A--C-A-T----A-----A-A-------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--G----A--C-CTGAC-AAGTC-GAT-A--T-AA-TT-A-CCTGACAA
gi|3666 : -A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--TG--A-CA--T-AA--A--T----A--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-AA-AG-A-CCTGACAA
gi|3667 : -A--C-A-T----A-----A-T-------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--T--T----T--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-CA-TT-A-TCTGACAA
gi|3668 : CAT----AAA----C-AT----AT--G-A-CAAG-A-C-A-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-ATG---A-C-AA-G--T--TG--A-CA--T-----G--T----A--T-TTGAC-AA
gi|3669 : a-A--C-A-T----A-----A-A---------AT-CTG---A-C-AT-G--T--GG--A-CA--T-TG--A--TCATTA--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-AA-AC-A-TCTGACAA
gi|3670 : T-CTG---G-C-AA-G--T--TG--A-CA--T------------------TTGAC-AAGTC-GAC-A--T-AA-TT-A-TCTGACAA
gi|3671 : gtgattattt-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--T-A-A----A-----A-T-------T-AT-ATG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--G----A--T-TTGAC-AA
gi|3672 : tgatT--G-A-CAAG-T-T-G-A--C-A-C----A-----A-A-------T-GT-CCG---A-C-GA-G--T--CA--A-CA--T-AA--A--G----A--T-CTGAC-AA
gi|3673 : gaat-----A-A-------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--T--T-------T-CTGAC-CAGTC-AAC-A--T-AA-TT-A-TCTGACAA
gi|3674 : -----A-A-------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AATAA--TT---G--T-CTGAC-CAGTC-AAC----T-AA-TT-A-TCTGACAA
gi|3675 : -AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-CA--T--T----A--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-CA-TT-T-TCTGACAA
gi|3676 : aatc-----A-A-------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--T--T----G--TTCTGAC-AAGTC-GAC-A--T-AA-TT-A-TCTGACAA
gi|3677 : ----AA-----TCAT----CC--G-A-CTAG-T-C-G-G--C-A-T----A-----A-A-------G-TT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T--A--A--C----A--T-CTGAC-AA
gi|3678 : -----A-A-------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--T--T----T--T-TCAAC-AAGTT-AAC-A--T-AA-TT-A-TCTGACAA
gi|3679 : -----A-A-------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CG--T-AA--T--T----T--T-CTGAC-AAGTC-AAC-A--T-GA-TT-A-TCTGACAA
gi|3680 : ----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-A-------C-AT-ATG---A-C-AA-G--A--CA--A-CA--T-AA--A--G----A--T-ATGAC-AA
gi|3681 : ----AA-----T-AT----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AC-TTGGTAA-CAAA-G--T--CG--A-CA--T-AA--T--T----A--T--TGAC-A
gi|3682 : -----A-A-------T-AC-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--T--T----T--T-CTGAC-AAGTT-GAC-A--T-AA-TT-T-TCTG
gi|3683 : T-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--TTAA--A--G----A--TTCTGAC-AAGTC-GAC-A--T-AA-TT-A-TCTAA
gi|3684 : attA-----T-AT----CT--GTA-CCAG-T-T-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-CA-G--T--CA--A-CA--T-AA--A--GA---A--T-CTGA
gi|3685 : -AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--C-CA--A--T----A--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-CA-TT-A-TCTGACAA
gi|3686 : t-AT-CTG---A-C-AA-G--T--C---A-CA--T-A------T----A--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-AA-TT-A-TCTGACAA
gi|3687 : t-AT-CTG---A-C-AA-A--T--CG--A-CA--T-CA--T--T----A--T-CTGAC-AAGTT-GAC-A--T-CA-TT-A-TCTGACAA
gi|3688 : t-----T-AT----CT--G-A-CAAG-A-T-G-A--C-A-T----A-----A-A----------T-CTG---A-C-AA-G--T--TG--A-CA--T--A--A--C----A--T-CTGAC-A
gi|3689 : -AT-CTG---A-C-AA-G--T--TG--A-CA--T-CA--T--T----A--T-CTGAC-AAGAT-GAC-A--T-AA--C-A-TCTGACAA
gi|3690 : t-----T-AT----AT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-TTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--A-AA--T--T----A--T-CTGAC-AA
gi|3691 : -----T-AC----CT--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---G-C-GA-A--T--TG--A-CT--T-AG--A--T----A--T-CTGAT-AA
gi|3692 : T-CTG---A-C-AA-G--T--CA--A-CA--T-AA--T--C----A--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-CA-TT-A-TCTGACAA
gi|3693 : T-CTG---A-C-AA-G--T--CA--A-CA--T-AA--T--C----A--T-CT-AC-AAGTC-GAC-A--T-CA-TT-A-TCTGACAA
gi|3694 : T-CTG---A-C-AA-G--T--CA--A-CA--T-AA--T--C----A--T-CTGACAAAGTC-GAC-A--T-CA-TT-A-TCTGACAA
gi|3695 : T-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--C--G----A--T-TTGAA-AAGTC-AAT-A--T-AA-TC-A-TCTGACAA
gi|3696 : T----CT--G-A-CTAA-T-C-G-G--C-A-T----A-----A-G-------G-AC-ATG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--G----A--T-CTGAC-AA
gi|3697 : T-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-CA--T--T----A--T-CTGAC-AAGTC-GAC-A--T-CA-TT-A-TCTGACAA
gi|3698 : T----CT--G-A-CAAG-T-T-G-A--C-A-AGGA-A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-CA--A--G----A--G-CTG
gi|3699 : T--G-A-CAAG-T-C-G-A--C-A-T----A-----A-A-------G-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--T----
gi|3700 : T--A-A-CAAG-T-C-A-A--C-G-TTTACA-----A-A-------T-AT-CTG---A-C-AA-G--T--CG--A-CA--T-AA--A--C----A--T-ATGAC-AA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3618 ): TCAACTGATGCATAAACTGGGCGTGGACAATTTTCATGTTGAATTTTTAAACACGAGTGAACAAGCAACATGAAGAATCAACCATAATATCTGAC
Unaligned ( gi|3627 ): GGATGGGCACTGGCATAGGACTTTCATCAGAATCGGAACACTTAAATACTGACAAGGTCGACAAAAAAAGAGACTGAACAAGCTGAAACTAAAAGTATCTGGAACAA
Unaligned ( gi|3629 ): GCACAATTTGGGTATGGACACGTTTTCCTGTTGAATGATTTGCACGTGAATATTATAAATGACAAGCCAACATAAAG
Unaligned ( gi|3619 ): TCAAACCTGAATGGATAAAACTGGGCGTGGACATATTTTCATGTTGGGTTTTAACACCGTCGAACAAGCACAAGTCAGCAAAAAGATAGCAGGGAATCAACATAATTTATCTG