lowQualScore : 11 1 11111111
lowQualScore : 22 0 1111 2 0 0 11111 0 1111 55555 111 0 00 00 0 0 00 111 222222 6666 1 111 11111 00 8888888888 1111 111 00 11111 00 00000000 1111
lowQualScore : .. . .... . . . ..... . .... ..... ... . .. .. . . .. ... ...... .... . ... ..... .. .......... .... ... .. ..... .. ........ ....
lowQualScore : 44 5 1111 7 5 5 22222 9 9999 99999 777 9 66 66 9 5 66 444 111111 6666 3 222 11111 66 1111111111 4444 222 66 11111 66 88888888 0000
consensus : TTTTT-GCCT-T----TGA-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---G-----A--T--A-------G----CCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GC--G-C--TG----CAGTTGTGAA
Reference ( gi|11365 ) : TTTTG-GCCT-T----TTA-T-A-----T-C----T-C---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---GA-T---G-----A--T--G-------G----CCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GT--A-T--TG----CAGTTGTGAA
gi|11370 : TTTTA-GCCT-T----TGA-T-A-----T-C----T-C---T---A-C--A--T-A-T--T---G------T---GA-T---G-----A--T--A-------A----CCAT---TTCCT--CACGA-----AC--GC--A-C--TG----CAGTTGTAAA
gi|11364 : tTCTTT-GCCT-T----TGA-T-A-----T-T----T-T---T---A-C--G--A-A-T--T---G------T---AT-T---G-----A--T--A-------T----CCAT---TTCCT--CATGA-----ATACGT--A-T--TG----CAGTTGTGAA
gi|11378 : TTTTT-GCCT-G----T-A-T-A-----TTC----T-T---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AG-T---G-----A--T--G-------G----CCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GC--A-C--TGTACATAGTTGTAAA
gi|11363 : TTTTT-GTCT-T----TAA-T-A-----T-C----T-C---T---A-C--C--A-A-T--T---G------T---AA-T---G-----T--T--A-------C----TCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GT--G-A--TG----TAGTTGTAAA
gi|11366 : TTTTT-GCCT-T----TGA-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---A-----A------------------CCAT---TTCCT--CATAA-----AC--GC--G-C--TG----CGGTTGTAAA
gi|11372 : TTTTC-GCAT-T----TGA-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---G-----A--A--A-------G----CCAG---TGCCT--TATGA-----AT--GT--G-C--TG----CAGTTGT
gi|11405 : TTTTG---CC-T----TTA-T-A-----T-C----C-T---T---A-C--A--A-T-T--T---G------T---AA-T---G-----A--T--A-------G----CCAT---CTCCT--CATGA-----AC--AC--A-G--TG----CAGCTGTAAA
gi|11383 : TTTTT-GTCT-T----TCA-T-A-----T-C----T-C---T---A-T--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---G-----A--C--A-------G----TCAT---TTCCT--TGTCA-----TT--AC--A-T--TG----CAG-TGTGA
gi|11373 : TTTTT-GCCT-T----TGA-T-A-----G-T----T-----T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---G-----A--T--A-------G----TCAT---TTTCT--CATGA-----AT--GC--A-C--TG----CAAT
gi|11368 : TTTTC-GTCT-T----TGG-T-G-----T-C----T-T---T---A-T--G--A-A-T--T----------T---AA-T---G-----A--C--A-------G----TCAT---TTCCT--CATTA-----AT--GT--G-C--TG----CAGTTGTGAA
gi|11367 : TTTTT-GCCT-T----TGA-T-A-----T-C----T-T---T---A-A--A--T-A-T--T---G------T----A-T---G-----A--T--A-------A----CCAT---TTCCC--CATGA-----AT--GC--G-A--TG----TAGTTGCG
gi|11402 : TTTTG-GCCT-TAGACCTG-T-A-----T-C----T-T---C---A-C--A--A-A-T--T---G------C---AG-T---G-----A--C--G-------G----CCAT---TTCCT--TATGA-----AC--GC--A-----A----CAACTGTAAA
gi|11381 : TTTTT-GCCT-T----AGA-T-T-----G-C----A-C---T---A-T--A--G-A-T--T---G------T---AA-C---G-----A--C--A-------G----GCAT---TTCCT--CATGA-----AC--GT--G-C--TG----CAGTTGTGAA
gi|11380 : TTTCT-GCCT-T----TAA-T-A-----C-T----T-T---T---A-T--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---G-----A--A--A-------G----ACAT---TTTCT--CATGA-----AT--GT--G-C--TG----TTGCTGTGAA
gi|11386 : TTTTT-GCCT-T----TGA-T-A-----T-T----T-----T---A-G--A--A-A-G--T---G------T---GT-T---G-----A--T--ACATTGTAG----TCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GC--A-C--AG----CAGTTGTGAA
gi|11369 : TTTTT-GTCT-T----TGA-T-A-----T-CG---TAT---T---A-A--A--ATA-T--T---G------T---AA-A---G-----A--T--A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAATAAGAT--GC--A----TG----CAGTTGTGAA
gi|11371 : TCTTT-GCCT-T----TGA-T-A-----T-C----T-G---T---A-C-----------------------T---CACT---G-----A--C--A-------G----CCAT---TTCCT--CATGA-----AC--GC--G-C--TG----CAGTTGTGAA
gi|11374 : TTTCT-GCCT-T----TGA-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--C--A-A-T--TTTTG------T---AA-T---G-----A--T--ATA-----G----ACAT---TTCGT--CATGA-----A------------TG----CAGTTGTGAA
gi|11388 : TTTTC-ACCT-G----TAA-T-A-----T-C----T-T---T---A-T--A--A-A-T--T---G------C---GA-T---G-----A--T--A-------G----GCAT---TTCGT--CATGA-----AC--GC--G-C--TG----CA
gi|11384 : TTTTT-GCTT-T----TGG-T-G-----G-C----T-T---T---A-C--A--ATA-T--T---G------T---AG-T---G-----A--C--A-------G----CCAT---TTCCC--CATGA-----CT--GT--G-C--TG----CAGGTGTAA
gi|11399 : TTTTT-ACCT-T----TCA-T-AGCTTGT-CAATAT-T---TG--A-C--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---G-----A--T--A-------G----ACAA---TTCCT--CATGA-----AT--GTTAA-TTCTG----TAGTTGTGA
gi|11377 : TTTTT-GTCT-T----CGA-T-A-----A-C----G-T---T---A-C--G--T-A-T--T---G------T---GA-T---A-----G--T--A-------A----CCAT---TTCCT--CGTGA-----AT--GA--A-A--TG----CAGCTGTG
gi|11375 : TTTTT-GCCT-T----TGA-T---------C----T-T---T---A-G--T--A-A-T--T---G------T---AA-T---C-----A--T--A-------G----CTAT---TTCCT--CGTGA-----AT--GT----T--TG----CAAT
gi|11394 : TTTTT-GCCT-G----TGA-T-A-----T-T----T-C-------A-C--A--A-A-T------G------T---AA-T---G-----C--G--A-------A----CCAT---ATTCT--CATGA-----AT--GT--G-C--GG----CAGTTATGAAgcatgtatgaa
gi|11389 : TTTTC-ACCT-T----TGA-T-A-----T-C----T-T---T---AAC--C--A-A-T--T---G------A---AA-T---G-----C--T--G-------G----ACAT---TTCCT--CGTGA-----AT--GT--
gi|11400 : TTTCT-GCCT-T----TGA-T-A-----T-T----T-G---T---A-C--A--A-A-A--T---G------T---AG-T---G-----A--C--A-------G----CCAT---TTCCT--CATGT-----AT--ga
gi|11391 : TTTTT-GCCT-C----CGA-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--A--------------------T---CA-----------A--T--A-------G----CCAT---TTTCT--CATGA-----TT--GT--G-T--TA----CCGTTGTGAA
gi|11407 : TTTTG-TCTTGT----TTGCT-A-----T-A----T-T---T---A-C--C--A-A-A--T---G------T---GA-T---G-----T--T--A-------T----CCAT---TTTCT--CATGA-----AT--GC--C-A--TG----CGGTTGTGA
gi|11392 : TTTTT-GCCT-T----TGA-C-A-----T-T----T-T---T---AGC--A--A-A-T--TTT-A------T---AA-T---G-----A--T--A-------ATTATCCAT---TTCCT--CATGA-----AT--G
gi|11398 : TTTTT-GTCT-T----TAG-T-A-----T-C----T-T---C---A-C--A--A-A-T--T---GTTC---T---AA-C---G-----A--C--A-------T----CCAT---TTCCT--CA----------------------G----CAGTTGTAAAc
gi|11393 : TTTTA-ATCT-C----CAA-T-A-----T-C----T-T---G---A-C--C--A-A-T--C---A------A---AA-T---A-----A--T--A-------G----CCAT---TTCCC--CATGA-----AT--GT--G-TA-TG----AAGCT-TGAA
gi|11396 : tTTTTG-GC-T-T----TGA-T-G-----T-G----T-A---G---A-T--GTTA-A-T--T---G------T---AA-T---A-----G--T--A--------------AT---TTCCT--CATGA-----AT--AC--A-T--TG----CAGTTGTTAA
gi|11376 : tTTTTT-GTCA-T----TGA-A-A-----T-C----T-T---T---A-C--A--A---T--T---G------T---AA-T---C-----A--T--A-------G----CCATT--TTTTT--CATGA-----AT--GC--G-C--GA----TAGGTGTGAA
gi|11395 : TTTTT-GTCT-T----CGA-T-A-----T-C----T-T---T---A------------------------------A-T---A-----A--T--A-------G----TTAT---TTCCT--TGTGA-----AT--GC--A-T--TG----CAG
gi|11404 : TTTG-GCCT-T----TGA-T-A-----T-C----T-G---T---A-C--A--C-A-T--T---G------T---AA-C---G-----A--T--A-------G----CCAT---TTCCT--CATGA-----CT--GT--G-C--TG----CGGTTGTGAA
gi|11417 : TTTGTACCT-T----TGA-T-A-----TTC----T-C---T---A-C--A--G-G-T--T---G------T---AA-T---G-----A--T--G------------TCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GC--A-T--TG----CAGTTATAAA
gi|11379 : TTTGTGCCT-T----TGT-T-A-----T-C----T-C---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AA-A---A-----G--T--A-------G----GCAT---TTCTT--CATGA-----AT--GC--C-T--TG----CAGTTGTAAA
gi|11410 : TTTT-GCCT-T----TGA-T-A-----T-C----T-C---A---A-C--A--A-AGT--T---A------T---AA-G---G-----GATT--A-------G----CCAT---TCCCT--CGTGA-----AT--GC--G-T--TG----CAGTTG
gi|11403 : TTTT-GTCT-T----CGA-T-A-----T-T----T-T---T---A-C--C--A-A-C--T---G------T---AA-T---G-----A--C--A-------G----TCAT---TTCCT--CATGG-----CT--GC--G-A--TG----CAGACGTGAA
gi|11412 : TTTT-ACCT-T----CGA-T-A-----C-C----T-T---T---A-C--A--A-A-T--G---T------T---AA-T---A-----G--T--C-------G----TCAT---TTCCT--CATTA-----AT--GC--A-C--TG----TATTTGTAAA
gi|11409 : TTTT-GTCT-T----CGA-A-A-----T-T----T-C---T---A-C--C--A-G-T--T---G------A---AA-T---G-----A--T--A-------A----CCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GT--
gi|11413 : TTTA-GTCT-T----TGG-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--A--A-C-T--T---G------T---AT-T---G-----A--T--A-------A----CCAT---TTCCA--CTAGA-----AC--GC--A-T--TG----CAga
gi|11408 : TTTC-GCTT-T----TGA-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--C--T-A-G--T---G------T---AA-C---A-----A--T--A-------G----TCAT---TTTCT--AGTGA-----AT--GTG-A-T--T-----CAGTTGTAAA
gi|11411 : TTTT-GCCT-T----TGA-T-A-----T-A----T-T---C---A-T--A--A-T-C--T---G------T---AAAT---G-----A--T--A-------A----ACAT---TTCTT--CATGA-----AT---T--AGC--TG----CAGTTGTAA
gi|11416 : TTC-GCCT-T----TGA-T-A-----T-C----T-T---C---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AT-T---G-----A--T--A-------A----GCAT---TCCCT--CATGA-----AT--AT--G-C--TG----CAGTTGTGA
gi|11414 : TTT-GCCT-T----TGC-T-A-----T-C----T-T---T---A-T--A--A-A-A--T---G------C---AA-T---G-----A--T--A-------G----TTAT---TTCCT--CGTGA-----AT--GC--G-C--TG----CAGTTGTGAA
gi|11418 : TTT-GCCT-T----TGG-T-A-----A-C----T-A---T---A-C--A--A-A-T--T---G------C---AT-T---G-----C--T--A-------G----CCAT---TTACT--CATGA-----AC--GC--G-T--TG----CAGTTGTAAA
gi|11424 : TTT-GCCT-T----TGA-T-A-----T-C----T-C---T---G-C--A--A-A-T--T---GCAACATT---GT-T---G-----A--T--G-------GA---CAATATATTCCTTATATGA-----AT--GT--G-C--TG----CAGTTGTGAA
gi|11415 : TTT-GCCT-T----TGA-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--C--A-A-C--T---G------T---GA-T---G-----T--T--A-------G----ACAT---TTTCT--CATAA-----AT--GC--G-A--TG----CAG
gi|11423 : TTT-GTCT-T----CAA-T-A-----T-C----G-C---T---A-C--A--A---T--T---G------T---AA-T---G-----T--T--A-------G----CCAT---T-CCT--CATGA-----AT--
gi|11421 : TTT-GCAT-T----TGA-T-A-----T-T----T-T---T---A-------A-T-T--T---G------T---AA-T---G-----A--T--A-------G----TCAT---TTTCT--CATGA-----AT--GT--
gi|11426 : TTT-GCCT-T----TGA-T-A-----C-A----T-T---A---A-A--A--A-A-T--T---G------T---AA-A---A-----A--T--T-------G----CCAT---TTTTT--CATGA-----AT--GC--A-G--TA----CA-TTGTAAAga
gi|11431 : -GCCT-T----TGT-T-G-----T-C----T-T---T---A-T--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---G-----T--T--A-------G----TCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GT--G-T--TG----CAGCTGAGAA
gi|11428 : t-GCCT-T----TGA-T-A-----T-C----G-T---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---G-----C--A--A-------G----CCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GC--A-A--TG----CCGATGTGA
gi|11432 : t-GCCT-T----TTA-T-A-----T-T----T-T---T---A-C--A--A-A-C--T---G------T---AA-T---G-----G--C--A-------G----CCAT---TTACT--CATGG-----AT--G
gi|11406 : t-GCCT-T----TGA-T-A-----T-C----T-G---T---A-C-----------------------T---CACT---G-----A--C--A-------G----CCAT---TTCCT--CATGA-----AC--GC--G-C--TG----CAGTTGTGAAcg
gi|11427 : tctt-GTCT-G----TGA-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--A--A-A-T--C---A------T---AA-T---G-----A--T--A-------C----ACAT---TTCCT--TACGA-----GT--GT--G-T--AG----TAGTTGTAAA
gi|11397 : tt-GCCC-T----CGA-T-A-----C-CC---T-T---T---A-C--C--A-G-T--T---G------A---GA-T---G-----A--T--G-------A----CCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GT--
gi|11433 : ttgtt-GCCC-T----TGA-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--A--A-A-T--A---A------T---AT-T---C-----A--A--A-------G----C-AT---TTCCT--CATGA-----AT--AT--G-C--TG----CAGTTGCAAAga
gi|11385 : t-GTCT-C----TGA-T-A-----T-C----T-A---T---A-C--A--T-A-T--T---A------T---AG-T---G-----A--T--G-------A----T-AT---TTCCT--CATGA-----AT--GC--A-A--TG----CATGTATGAA
gi|11429 : ttgtt-GCCT-T----TGA-A-A-----T-C----C-T---T---A-C--A--A-A-T--A---G------T----A-TTTAA-----A--TTAA-------G----TCAT---TTCCA--CATGA-----AT--GCG-A-T--T-----CAGTTGTGAA
gi|11440 : tCT-T----CAA-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---T-----A--T--A-------A----CCCT---TTCCT--CATGA-----AC--AT--T-T--TG----TAGTTGTAAA
gi|11439 : CT-T----CGA-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---G-----A--G--G-------G----TCAT---TTACT--CATGA-----AT--AC--T-T--TG----CAATTAAGAA
gi|11443 : CT-T----TCA-T--------------T-T---T-----C--A--A-A-T--T---T------T---AA-T---G-----A--T--A-------C----TCAT---TTCTT--CATGA-----AC--GT--A-C--TG----CAGTTGTGAA
gi|11438 : tttgagatCT-T----TAA-C-A-----T-C----C-T---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---G-----A--T--A-------T----TTAT---TCCCT--TATGA-----AA--GC--G-T--TG----CAGTTCTGAA
gi|11437 : CT-T----TGA-T-A-----T-T----T-T---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---GCTAATA--T--A-------A----CCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GC--A-G--TA----TCACTGTGAA
gi|11430 : CT-T----TGA-C-A-----T-C----T-T---T---A-C--C--A-G-A--T---A------T---AA-C---G-----A--T--A-------G----CCAT---TTCCA--GATGA-----AT--CC--G-A--TG----TAGTTGTGAA
gi|11390 : tgaCT-T----TGA-T-G-----T-C----T-T---T---A-C--A--A-A-T--C---A------TACTGA-T---A-----A--T--AAA-----G----TGAC---TTCCT--CATGA-----AT--GC--C-A--TG----CCATGGTGAA
gi|11434 : tttttaaT-T----TTC-TGA-----T-A----T-T---T---A-C--A--A-G-T--T---G------T---GA-A---G-----A--T--A-------G----TTAT---TTCCT--CATGG-----AT--TT--G-T--CG----CAGTTGTAAA
gi|11442 : tgT-T----TGA-T-A-----T-C----T-T---T---G-G----------------G------T---AA-T---G-----A--T--A-------C----TCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GC--G-T--TG----CAGT
gi|11444 : T-T----TGA-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--C--A-A--------------------A-T---G-----A--T--C-------A----CTAT---TTCCT--CATGA-----AT--GT--
gi|11435 : T-T----TGA-T-A-----T-C----T-T---TT--A-CCAG--A-A-T--G---G------C---AA-T---G-----A--T--A-------A----CCAT---TTCCT--CATga
gi|11446 : gtt-T----TTA-T-A-----T-T----T-CCGTT---A-T--A--A-A-A--T---A------T---AA-T---G-----A--T--A-------G----CCAT---TTCCT--CATGA-----AC--GC--G-T--TG----CGGTCGTGAtcaatggtgatgtacatggtgaa
gi|11445 : -T----TGA-T-A-----T-C----T-C---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T----A-TG--G-----A--C--A-------G----CCAT---TTCCT--AATGA-----TT--GT--G-C--TG----CGGTTGTAA
gi|11436 : -T----TTA-T-A-----T-T----T-T---TTAGA-C--C--A-G-T--T---G------T---AA-T---G-----A--C--A-------A----CTGT---TTCCT--CATAA-----AT--GT--G-A--TG----CAGTTGTGAA
gi|11387 : c----TTG-T-T-----T-C----T-T---T---A-C--A--A-C-TAGT---A------T---AA-T---G-----A--A--A-------A----CCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GC--A-T--TG----CAGTTGTGAA
gi|11447 : tttttaA-C-A-----T-T----T-C---T---A-C--G--C-A-T--T---G------T---AA-T---G-----A--T--A------------CCAT---TTCCT--CGTGA-----AT--GC--G-T--TA----CATTTGTAAA
gi|11422 : A-T-G-----T-C----T-T---T---A-C--A--A-T-T--T---G------T---AG-A---G-----A--T--A-------G----TCAT---TTCCT--TATAA-----TT--GT--G-C--TG----CAGTTGTAA
gi|11441 : tttgtctaA-T-A-----T-T----G-T---T---A-C--A--A-T-T--T---G------T---AA-T---A-----A--T--A-------T----GCAT---TTCCT--CATGA-----AC--GC--G-C--TA----CACTTGTAAA
gi|11382 : ctgta-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--A--A-A-C--T---G------T---AA-T---A-----A--T--A-------G----CAAT---TTCTT--CGAAA-----AT--GT--G-T--TG----CAGTTGTGA
gi|11448 : tttatgcatgtgg-T-A-----T-C----T-T---T---A-C--A--G-A-T--T---G------T---AG-T---G-----G--C--A-------T----CCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GC--A-C--GG----CAGTTGTAA
gi|11449 : -A-----T-T----T-T---T---A-T--A--A-A-T--C---G------T---AA-T---G-----A--T--G-------G----TCAT---TTCCT--CATGA-----AC--GC--G-C--TA----AACTTGTAAA
gi|11451 : -----T-C----T-C---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---G-----A--A--A-------A----CCAT---TTCCC--CCTGA-----AT--AC--A-T--TA----CAGTTGTGAA
gi|11450 : -----T-C----T-C---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---G-----A--A--A-------A----CCAT---TTCCC--CCTGA-----AT--AC--A-T--TA----CAGTTGTGAA
gi|11453 : -----T-C----T-G---T---A-C--A--A-A-T--T---G------T---AA-T---G-----A--T--T-------G----C-AT---TTCCT--TATGG-----AT--GC--G-T--TG----CAGGTGTAAA
gi|11455 : ----T-T---T---A-C--C--A-A-T--T---G------C---AA-T---G-----A--T--A-------G----TCAT---TTCCT--CATGA-----AT--G
gi|11454 : ---A-C--C--A-A-T--T---A------A---AA-T---G-----A--T--A-------G----CCAT---TTTCT--CATGA-----AT--G--------TG----CAGaggacgatgcgcatatgaa
gi|11452 : cttg-T--T---G------T---AA-T---G-----A--T--A-------G----TCAT---TTCCT--TGTGA-----AC--GC--G-C--TG----CGGTTGTAAA
gi|11456 : ttttttttat------T---AA-C---G-----A--T--A-------G----CTAT---TTCCT--CAAGA-----AC--GC--G-A--TG----TAAATGTGAA
gi|11458 : A-T---G-----A--T--A-------T----CCAT---TTCCT--CATAA-----AT--AC--A-A--CG----TAGTTGTAAA
gi|11457 : aA-T---G-----A--T--A-------G----CCAT---GTCTT---ATAA-----AT--GC--G-A--TG----TAGTTGTGA
gi|11459 : a--T--A-------G----CCAT---TTCCT--CATGA-----AT--GC--G-A--TG----CAATTGTG
gi|11460 : AT---TTCCT--CATGA-----AT--GC--G-A--TG----CTGTTGTGAA
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11419 ): TTTGCCTTTGATATCGTTACCAATTGTATCAATAGTCATTTTTTCATTAATGCAATGCAAATGTGGA
Unaligned ( gi|11420 ): TTTGCCTTTGATACTTTCACAAATGGTAATGACACTCATTTCTTTGTGAATGCACTGTAGCTGTGAA
Unaligned ( gi|11425 ): TTTGCCTTTGATAATTTACAAACTGTAATAGCAGCCGATTCCTCGTGAATGCGCTGTA
Unaligned ( gi|11401 ): TTTTTGTCATCGATATCTTTACCAATTGAAATGACTACCTTTCTCATAAATGTGA
Alignments
lowQualScore : 0 0 000 1111 11111 0 1111 22222 222 1111 00 0 111 00 00 000 111111 00 11111 00 11111 1111111 1111 000 11 000 0000 3333 1111
lowQualScore : . . ... .... ..... . .... ..... ... .... .. . ... .. .. ... ...... .. ..... .. ..... ....... .... ... .. ... .... .... ....
lowQualScore : 6 6 888 0000 11111 9 8888 33333 111 8888 66 9 222 66 66 777 666666 66 66666 66 66666 3333333 3333 777 00 777 9999 5555 0000
consensus : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
Reference ( family-235 ) : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11363 : TTTTT-G-TCTT---TAA----TA-----T-C----T-----CT---A----C--CA-A---T--T--G---TAA------T--G-----T--T-----A-------C----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--A-TG----TAGTTGTAAA
gi|11364 : TCTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-T----T-----TT---A----C--GA-A---T--T--G---TAT------T--G-----A--T-----A-------T----CCAT---TTCCT--CATGAAT---A----CGTAT-TG----CAGTTGTGAA
gi|11365 : TTTTG-G-CCTT---TTA----TA-----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TGA------T--G-----A--T-----G-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TA--T-TG----CAGTTGTGAA
gi|11366 : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TA----------------A--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CATAAAC---G----CG--C-TG----CGGTTGTAAA
gi|11367 : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----A--AT-A---T--T--G---TA-------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCC--CATGAAT---G----CG--A-TG----TAGTTGCG
gi|11368 : TTTTC-G-TCTT---TGG----TG-----T-C----T-----TT---A----T--GA-A---T--T------TAA------T--G-----A--C-----A-------G----TCAT---TTCCT--CATTAAT---G----TG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11369 : TTTTT-G-TCTT---TGA----TA-----T-CG---TA----TT---A----A--AATA---T--T--G---TAA------A--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAATAAGA----TG--CATG----CAGTTGTGAA
gi|11370 : TTTTTAG-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----CT---A----C--AT-A---T--T--G---TGA------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CACGAAC---G----CA--C-TG----CAGTTGTAAA
gi|11371 : TCTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----GT---A----C------------T------CAC------T--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11372 : TTTTC-G-CATT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--A-----A-------G----CCAG---TGCCT--TATGAAT---G----TG--C-TG----CAGTTGT
gi|11373 : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----G------T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTTCT--CATGAAT---G----CA--C-TG----CAAT
gi|11374 : TTTCT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-ATTTT--T--G---TAA------T--GAT---A--T-----A-------G----ACAT---TTCGT--CATGAA---------------TG----CAGTTGTGAA
gi|11375 : TTTTT-G-CCTT---TGA----T--------C----T-----TT---A----G--TA-A---T--T--G---TAA------T--C-----A--T-----A-------G----CTAT---TTCCT--CGTGAAT---G----T---T-TG----CAAT
gi|11376 : TTTTT-G-TCAT---TGA----AA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-----T--T--G---TAA------T--C-----A--T-----A-------G----CCAT---TTTTTT-CATGAAT---G----CG--C-GA----TAGGTGTGAAgcatgtatgaa
gi|11377 : TTTTT-G-TCTT---CGA----TA-----A-C----G-----TT---A----C--GT-A---T--T--G---TGA------T--A-----G--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CGTGAAT---G----AA--A-TG----CAGCTGTG
gi|11378 : TTTTT-G-CCTG---T-A----TA-----TTC----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAG------T--G-----A--T-----G-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--C-TGTACATAGTTGTAAA
gi|11379 : TTTGT-G-CCTT---TGT----TA-----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------A--A-----G--T-----A-------G----GCAT---TTCTT--CATGAAT---G----CC--T-TG----CAGTTGTAAA
gi|11380 : TTTCT-G-CCTT---TAA----TA-----C-T----T-----TT---A----T--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--A-----A-------G----ACAT---TTTCT--CATGAAT---G----TG--C-TG----TTGCTGTGAA
gi|11381 : TTTTT-G-CCTT---AGA----TT-----G-C----A-----CT---A----T--AG-A---T--T--G---TAA------C--G-----A--C-----A-------G----GCAT---TTCCT--CATGAAC---G----TG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11382 : TTTAT-G-CATG---TGG----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---C--T--G---TAA------T--A-----A--T-----A-------G----CAAT---TTCTT--CGAAAAT---G----TG--T-TG----CAGTTGTGA
gi|11383 : TTTTT-G-TCTT---TCA----TA-----T-C----T-----CT---A----T--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--C-----A-------G----TCAT---TTCCT--TGTCATT---A----CA--T-TG----CAG-TGTGA
gi|11384 : TTTTT-G-CTTT---TGG----TG-----G-C----T-----TT---A----C--AATA---T--T--G---TAG------T--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCC--CATGACT---G----TG--C-TG----CAGGTGTAA
gi|11385 : TTGTT-G-TCTC---TGA----TA-----T-C----T-----AT---A----C--AT-A---T--T--A---TAG------T--G-----A--T-------------G----ATAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--A-TG----CATGTATGAA
gi|11386 : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T------T-----TT---A----G--AA-A---G--T--G---TGT------T--G-----A--T-----ACATTGTAG----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--C-AG----CAGTTGTGAA
gi|11387 : -----T-C----T-----TT---A----C--AA-C---TAGT--A---TAA------T--G-----A--A-----A-------A----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--T-TG----CAGTTGTGAA
gi|11388 : tttttattgttTTTTC-A-CCTG---TAA----TA-----T-C----T-----TT---A----T--AA-A---T--T--G---CGA------T--G-----A--T-----A-------G----GCAT---TTCGT--CATGAAC---G----CG--C-TG----CA
gi|11389 : TTTTC-A-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---AA---C--CA-A---T--T--G---AAA------T--G-----C--T-----G-------G----ACAT---TTCCT--CGTGAAT---G----TG--
gi|11390 : TTTTT-A-ACTT---TGA----TG-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--C--A---TAC------T--G-----A--TAATAAA-------G----TGAC---TTCCT--CATGAAT---G----CC--A-TG----CCATGGTGAAa
gi|11391 : TTTTT-G-CCTC---CGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--A----------------TCA---------------A--T-----A-------G----CCAT---TTTCT--CATGATT---G----TG--T-TA----CCGTTGTGAA
gi|11392 : TTTTT-G-CCTT---TGA----CA-----T-T----T-----TT---AG---C--AA-A---T--TTTA---TAA------T--G-----A--T-----A-------ATTATCCAT---TTCCT--CATGAAT---G----C
gi|11393 : TTTTT-AATCTC---CAA----TA-----T-C----T-----TG---A----C--CA-A---T--C--A---AAA------T--A-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCC--CATGAAT---G----TG--TATG----AAGCT-TGAA
gi|11394 : TTTTT-G-CCTG---TGA----TA-----T------T-----TC---A----C--AA-A---T-----G---TAA------T--G-----C--G-----A-------A----CCAT---ATTCT--CATGAAT---G----TG--C-GG----CAGTTATGAA
gi|11395 : TTTTT-G-TCTT---CGA----TA-----T-C----T-----TT---A--------------------------A------T--A-----A--T-----A-------G----TTAT---TTCCT--TGTGAAT---G----CA--T-TG----CAG
gi|11396 : TTTTT-G-GCTT---TGA----TG-----T-G----TAGATGTT---A----------A---T--T--G---TAA------T--A-----G--T-----A--------------AT---TTCCT--CATGAAT---A----CA--T-TG----CAGTTGTTAA
gi|11397 : TTGTT-G-CCCT---CGA----TA-----C-CC---T-----TT---A----C--CA-G---T--T--G---AGA------T--G-----A--T-----G-------A----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--
gi|11398 : TTTTT-G-TCTT---TAG----TA-----T-C----T-----TC---A----C--AA-A---T--T--GTTCTAA------C--G-----A--C-----A-------T----CCAT---TTCCT--CA--------------------G----CAGTTGTAAAa
gi|11399 : TTTTT-A-CCTT---TCA----TAGCTTGT-CAATAT-----TTG--A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----ACAA---TTCCT--CATGAAT---GTTAATT--C-TG----TAGTTGTGA
gi|11400 : TTTCT-G-CCTT---TGA----TA-----T-T----T-----GT---A----C--AA-A---A--T--G---TAG------T--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGTAT---
gi|11401 : TTTTT-G-TCAT---CGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-A---T--T--G---AAA------T--G-----A--C-----T-------A----CC-----TTTCT--CATAAAT---G----TG--
gi|11402 : TTTTG-G-CCTT---AGACCTGTA-----T-C----T-----TC---A----C--AA-A---T--T--G---CAG------T--G-----A--C-----G-------G----CCAT---TTCCT--TATGAA---------CG--C-AA----CAACTGTAAAa
gi|11403 : TTTT-G-TCTT---CGA----TA-----T-T----T-----TT---A----C--CA-A---C--T--G---TAA------T--G-----A--C-----A-------G----TCAT---TTCCT--CATGGCT---G----CG--A-TG----CAGACGTGAA
gi|11404 : TTTG-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----GT---A----C--AC-A---T--T--G---TAA------C--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGACT---G----TG--C-TG----CGGTTGTGAA
gi|11405 : TTTT-G-CCTT---T-A----TA-----T-C----C-----TT---A----C--AA-T---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---CTCCT--CATGAAC---A----CA--G-TG----CAGCTGTAAA
gi|11406 : TCTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----GT---A----C------------T------CAC------T--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11407 : TTTT-G-TCTTGTTTGC----TA-----T-A----T-----TT---A----C--CA-A---A--T--G---TGA------T--G-----T--T-----A-------T----CCAT---TTTCT--CATGAAT---G----CC--A-TG----CGGTTGTGA
gi|11408 : TTTC-G-CTTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CT-A---G--T--G---TAA------C--A-----A--T-----A-------G----TCAT---TTTCT--AGTGAAT---G----TG--A-TT----CAGTTGTAAA
gi|11409 : TTTT-G-TCTT---CGA----AA-----T-T----T-----CT---A----C--CA-G---T--T--G---AAA------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--
gi|11410 : TTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----CA---A----C--AA-AG--T--T--A---TAA------G--G-----GATT-----A-------G----CCAT---TCCCT--CGTGAAT---G----CG--T-TG----CAGTTGa
gi|11411 : TTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-A----T-----TC---A----T--AA-T---C--T--G---TAAA-----T--G-----A--T-----A-------A----ACAT---TTCTT--CATGAAT---T----AG--C-TG----CAGTTGTAA
gi|11412 : TTTT-A-CCTT---CGA----TA-----C-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--G--T---TAA------T--A-----G--T-----C-------G----TCAT---TTCCT--CATTAAT---G----CA--C-TG----TATTTGTAAA
gi|11413 : TTTA-G-TCTT---TGG----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-C---T--T--G---TAT------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCA--CTAGAAC---G----CA--T-TG----CA
gi|11414 : TTT-G-CCTT---TGC----TA-----T-C----T-----TT---A----T--AA-A---A--T--G---CAA------T--G-----A--T-----A-------G----TTAT---TTCCT--CGTGAAT---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11415 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-A---C--T--G---TGA------T--G-----T--T-----A-------G----ACAT---TTTCT--CATAAAT---G----CG--A-TG----CAG
gi|11416 : TTC-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TC---A----C--AA-A---T--T--G---TAT------T--G-----A--T-----A-------A----GCAT---TCCCT--CATGAAT---A----TG--C-TG----CAGTTGTGA
gi|11417 : TTTGT-A-CCTT---TGA----TA-----TTC----T-----CT---A----C--AG-G---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-------------G----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--T-TG----CAGTTATAAA
gi|11418 : TTT-G-CCTT---TGG----TA-----A-C----T-----AT---A----C--AA-A---T--T--G---CAT------T--G-----C--T-----A-------G----CCAT---TTACT--CATGAAC---G----CG--T-TG----CAGTTGTAAA
gi|11419 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----G-----TT---A----C--CA-A---T--T--G---TAT------C--A-----A--T-----A-------G----TCAT---TTTTT--CATTAAT---G----CA--A-TG----CAAATGTGGA
gi|11420 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----C-T----T-----TC---A----C--AA-A---T--G--G---TAA------T--G-----A--C-----A-------C----TCAT---TTCTT--TGTGAAT---G----CA--C-TG----TAGCTGTGAA
gi|11421 : TTT-G-CATT---TGA----TA-----T-T----T-----TT---A--------A-T---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTTCT--CATGAAT---G----TG--
gi|11422 : TTT-G-TCT-----AA----TG-----T-C----T-----TT---A----C--AA-T---T--T--G---TAG------A--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTCCT--TATAATT---G----TG--C-TG----CAGTTGTAAa
gi|11423 : TTT-G-TCTT---CAA----TA-----T-C----G-----CT---A----C--AA-----T--T--G---TAA------T--G-----T--T-----A-------G----CCA----TTCCT--CATGAAT---
gi|11424 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----CT---G----C--AA-A---T--T--G---CAACATTGTT--G-----A--T-----G-------GA---CAATATATTCCTTATATGAAT---G----TG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11425 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-------A----T-----TT---A----C--AA-A---C--T--G---TAA------T--A-----G--C-----A-------G----CCGA---TTCCT--CGTGAAT---G----CG--C-TG----TA
gi|11426 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----C-A----T-----TA---A----A--AA-A---T--T--G---TAA------A--A-----A--T-----T-------G----CCAT---TTTTT--CATGAAT---G----CA--G-TA----CA-TTGTAAA
gi|11427 : TT-G-TCTG---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--C--A---TAA------T--G-----A--T-----A-------C----ACAT---TTCCT--TACGAGT---G----TG--T-AG----TAGTTGTAAA
gi|11428 : T-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----G-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----C--A-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--A-TG----CCGATGTGA
gi|11429 : T-G-CCTT---TGA----AA-----T-C----C-----TT---A----C--AA-A---T--A--G---TAT------TTAA-----A--TTA---A-------G----TCAT---TTCCA--CATGAAT---G----CG--A-TT----CAGTTGTGAA
gi|11430 : T-G-ACTT---TGA----CA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-G---A--T--A---TAA------C--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCA--GATGAAT---C----CG--A-TG----TAGTTGTGAA
gi|11431 : T-G-CCTT---TGT----TG-----T-C----T-----TT---A----T--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----T--T-----A-------G----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--T-TG----CAGCTGAGAA
gi|11432 : T-G-CCTT---TTA----TA-----T-T----T-----TT---A----C--AA-A---C--T--G---TAA------T--G-----G--C-----A-------G----CCAT---TTACT--CATGGAT---G----CG--
gi|11433 : T-G-CCCT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--A--A---TAT------T--C-----A--A-----A-------G----C-AT---TTCCT--CATGAAT---A----TG--C-TG----CAGTTGCAAA
gi|11434 : TC---TGA----TA-----T------------TT---A----C--AA-G---T--T--G---TGA------A--G-----A--T-----A-------G----TTAT---TTCCT--CATGGAT---T----TG--T-CG----CAGTTGTAAA
gi|11435 : tgtttTT---TGA----TA-----T-C----T-----TTT--A----CCAGA-A---T--G--G---CAA------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CAT
gi|11436 : gttCTT---T-A----TA-----T-T----T-----TTTAGA----C--CA-G---T--T--G---TAA------T--G-----A--C-----A-------A----CTGT---TTCCT--CATAAAT---G----TG--A-TG----CAGTTGTGAAtcaatggtgatgtacatggtgaa
gi|11437 : CTT---TGA----TA-----T-T----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--GCTAATA--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--G-TA----TCACTGTGAA
gi|11438 : CTT---TAA----CA-----T-C----C-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------T----TTAT---TCCCT--TATGAAA---G----CG--T-TG----CAGTTCTGAA
gi|11439 : CTT---CGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--G-----G-------G----TCAT---TTACT--CATGAAT---A----CT--T-TG----CAATTAAGAA
gi|11440 : CTT---CAA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--T-----A--T-----A-------A----CCCT---TTCCT--CATGAAC---A----TT--T-TG----TAGTTGTAAA
gi|11441 : CTG---TAA----TA-----T-T----G-----TT---A----C--AA-T---T--T--G---TAA------T--A-----A--T-----A-------T----GCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--C-TA----CACTTGTAAA
gi|11442 : TT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---G----G---------------G---TAA------T--G-----A--T-----A-------C----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--T-TG----CAGT
gi|11443 : TT---TGA----GA-----T-C----T-----TTC--ATTTTC--AA-A---T--T--T---TAA------T--G-----A--T-----A-------C----TCAT---TTCTT--CATGAAC---G----TA--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11444 : TT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-A---------------A------T--G-----A--T-----C-------A----CTAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--
gi|11445 : T---TGA----TA-----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TAT------G--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCT--AATGATT---G----TG--C-TG----CGGTTGTAAa
gi|11446 : T---TTA----TA-----T-T----TCCG--TT---A----T--AA-A---A--T--A---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--T-TG----CGGTCGTGA
gi|11447 : A----CA-----T-T----T-----CT---A----C--GC-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A------------CCAT---TTCCT--CGTGAAT---G----CG--T-TA----CATTTGTAAA
gi|11448 : ----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AG-A---T--T--G---TAG------T--G-----G--C-----A-------T----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--C-GG----CAGTTGTAA
gi|11449 : A-----T-T----T-----TT---A----T--AA-A---T--C--G---TAA------T--G-----A--T-----G-------G----TCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--C-TA----AACTTGTAAA
gi|11450 : -----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--A-----A-------A----CCAT---TTCCC--CCTGAAT---A----CA--T-TA----CAGTTGTGAA
gi|11451 : -----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--A-----A-------A----CCAT---TTCCC--CCTGAAT---A----CA--T-TA----CAGTTGTGAA
gi|11452 : ---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTCCT--TGTGAAC---G----CG--C-TG----CGGTTGTAAA
gi|11453 : ttttttttat-----T-C----T-----GT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----T-------G----C-AT---TTCCT--TATGGAT---G----CG--T-TG----CAGGTGTAAA
gi|11454 : -C----T-----TG---A----C--CA-A---T--T--A---AAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTTCT--CATGAAT---G----TG--C-
gi|11455 : ----T-----TT---A----C--CA-A---T--T--G---CAA------T--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----ag
gi|11456 : ---TAA------C--G-----A--T-----A-------G----CTAT---TTCCT--CAAGAAC---G----CG--A-TG----TAAATGTGAAaggacgatgcgcatatgaa
gi|11457 : AA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---GTCTT---ATAAAT---G----CG--A-TG----TAGTTGTGA
gi|11458 : AA------T--G-----A--T-----A-------T----CCAT---TTCCT--CATAAAT---A----CA--A-CG----TAGTTGTAAA
gi|11459 : --T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--A-TG----CAATTGTG
gi|11460 : AT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--A-TG----CTGTTGTGAA
Alignments
lowQualScore : 0 0 000 1111 11111 0 1111 22222 222 1111 00 0 111 00 00 000 111111 00 11111 00 11111 1111111 1111 000 11 000 0000 3333 1111
lowQualScore : . . ... .... ..... . .... ..... ... .... .. . ... .. .. ... ...... .. ..... .. ..... ....... .... ... .. ... .... .... ....
lowQualScore : 6 6 888 0000 11111 9 8888 33333 111 8888 66 9 222 66 66 777 666666 66 66666 66 66666 3333333 3333 777 00 777 9999 5555 0000
consensus : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
Reference ( family-235 ) : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11363 : TTTTT-G-TCTT---TAA----TA-----T-C----T-----CT---A----C--CA-A---T--T--G---TAA------T--G-----T--T-----A-------C----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--A-TG----TAGTTGTAAA
gi|11364 : TCTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-T----T-----TT---A----C--GA-A---T--T--G---TAT------T--G-----A--T-----A-------T----CCAT---TTCCT--CATGAAT---A----CGTAT-TG----CAGTTGTGAA
gi|11365 : TTTTG-G-CCTT---TTA----TA-----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TGA------T--G-----A--T-----G-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TA--T-TG----CAGTTGTGAA
gi|11366 : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TA----------------A--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CATAAAC---G----CG--C-TG----CGGTTGTAAA
gi|11367 : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----A--AT-A---T--T--G---TA-------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCC--CATGAAT---G----CG--A-TG----TAGTTGCG
gi|11368 : TTTTC-G-TCTT---TGG----TG-----T-C----T-----TT---A----T--GA-A---T--T------TAA------T--G-----A--C-----A-------G----TCAT---TTCCT--CATTAAT---G----TG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11369 : TTTTT-G-TCTT---TGA----TA-----T-CG---TA----TT---A----A--AATA---T--T--G---TAA------A--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAATAAGA----TG--CATG----CAGTTGTGAA
gi|11370 : TTTTTAG-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----CT---A----C--AT-A---T--T--G---TGA------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CACGAAC---G----CA--C-TG----CAGTTGTAAA
gi|11371 : TCTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----GT---A----C------------T------CAC------T--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11372 : TTTTC-G-CATT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--A-----A-------G----CCAG---TGCCT--TATGAAT---G----TG--C-TG----CAGTTGT
gi|11373 : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----G------T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTTCT--CATGAAT---G----CA--C-TG----CAAT
gi|11374 : TTTCT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-ATTTT--T--G---TAA------T--GAT---A--T-----A-------G----ACAT---TTCGT--CATGAA---------------TG----CAGTTGTGAA
gi|11375 : TTTTT-G-CCTT---TGA----T--------C----T-----TT---A----G--TA-A---T--T--G---TAA------T--C-----A--T-----A-------G----CTAT---TTCCT--CGTGAAT---G----T---T-TG----CAAT
gi|11376 : TTTTT-G-TCAT---TGA----AA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-----T--T--G---TAA------T--C-----A--T-----A-------G----CCAT---TTTTTT-CATGAAT---G----CG--C-GA----TAGGTGTGAAgcatgtatgaa
gi|11377 : TTTTT-G-TCTT---CGA----TA-----A-C----G-----TT---A----C--GT-A---T--T--G---TGA------T--A-----G--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CGTGAAT---G----AA--A-TG----CAGCTGTG
gi|11378 : TTTTT-G-CCTG---T-A----TA-----TTC----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAG------T--G-----A--T-----G-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--C-TGTACATAGTTGTAAA
gi|11379 : TTTGT-G-CCTT---TGT----TA-----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------A--A-----G--T-----A-------G----GCAT---TTCTT--CATGAAT---G----CC--T-TG----CAGTTGTAAA
gi|11380 : TTTCT-G-CCTT---TAA----TA-----C-T----T-----TT---A----T--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--A-----A-------G----ACAT---TTTCT--CATGAAT---G----TG--C-TG----TTGCTGTGAA
gi|11381 : TTTTT-G-CCTT---AGA----TT-----G-C----A-----CT---A----T--AG-A---T--T--G---TAA------C--G-----A--C-----A-------G----GCAT---TTCCT--CATGAAC---G----TG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11382 : TTTAT-G-CATG---TGG----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---C--T--G---TAA------T--A-----A--T-----A-------G----CAAT---TTCTT--CGAAAAT---G----TG--T-TG----CAGTTGTGA
gi|11383 : TTTTT-G-TCTT---TCA----TA-----T-C----T-----CT---A----T--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--C-----A-------G----TCAT---TTCCT--TGTCATT---A----CA--T-TG----CAG-TGTGA
gi|11384 : TTTTT-G-CTTT---TGG----TG-----G-C----T-----TT---A----C--AATA---T--T--G---TAG------T--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCC--CATGACT---G----TG--C-TG----CAGGTGTAA
gi|11385 : TTGTT-G-TCTC---TGA----TA-----T-C----T-----AT---A----C--AT-A---T--T--A---TAG------T--G-----A--T-------------G----ATAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--A-TG----CATGTATGAA
gi|11386 : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T------T-----TT---A----G--AA-A---G--T--G---TGT------T--G-----A--T-----ACATTGTAG----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--C-AG----CAGTTGTGAA
gi|11387 : -----T-C----T-----TT---A----C--AA-C---TAGT--A---TAA------T--G-----A--A-----A-------A----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--T-TG----CAGTTGTGAA
gi|11388 : tttttattgttTTTTC-A-CCTG---TAA----TA-----T-C----T-----TT---A----T--AA-A---T--T--G---CGA------T--G-----A--T-----A-------G----GCAT---TTCGT--CATGAAC---G----CG--C-TG----CA
gi|11389 : TTTTC-A-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---AA---C--CA-A---T--T--G---AAA------T--G-----C--T-----G-------G----ACAT---TTCCT--CGTGAAT---G----TG--
gi|11390 : TTTTT-A-ACTT---TGA----TG-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--C--A---TAC------T--G-----A--TAATAAA-------G----TGAC---TTCCT--CATGAAT---G----CC--A-TG----CCATGGTGAAa
gi|11391 : TTTTT-G-CCTC---CGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--A----------------TCA---------------A--T-----A-------G----CCAT---TTTCT--CATGATT---G----TG--T-TA----CCGTTGTGAA
gi|11392 : TTTTT-G-CCTT---TGA----CA-----T-T----T-----TT---AG---C--AA-A---T--TTTA---TAA------T--G-----A--T-----A-------ATTATCCAT---TTCCT--CATGAAT---G----C
gi|11393 : TTTTT-AATCTC---CAA----TA-----T-C----T-----TG---A----C--CA-A---T--C--A---AAA------T--A-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCC--CATGAAT---G----TG--TATG----AAGCT-TGAA
gi|11394 : TTTTT-G-CCTG---TGA----TA-----T------T-----TC---A----C--AA-A---T-----G---TAA------T--G-----C--G-----A-------A----CCAT---ATTCT--CATGAAT---G----TG--C-GG----CAGTTATGAA
gi|11395 : TTTTT-G-TCTT---CGA----TA-----T-C----T-----TT---A--------------------------A------T--A-----A--T-----A-------G----TTAT---TTCCT--TGTGAAT---G----CA--T-TG----CAG
gi|11396 : TTTTT-G-GCTT---TGA----TG-----T-G----TAGATGTT---A----------A---T--T--G---TAA------T--A-----G--T-----A--------------AT---TTCCT--CATGAAT---A----CA--T-TG----CAGTTGTTAA
gi|11397 : TTGTT-G-CCCT---CGA----TA-----C-CC---T-----TT---A----C--CA-G---T--T--G---AGA------T--G-----A--T-----G-------A----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--
gi|11398 : TTTTT-G-TCTT---TAG----TA-----T-C----T-----TC---A----C--AA-A---T--T--GTTCTAA------C--G-----A--C-----A-------T----CCAT---TTCCT--CA--------------------G----CAGTTGTAAAa
gi|11399 : TTTTT-A-CCTT---TCA----TAGCTTGT-CAATAT-----TTG--A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----ACAA---TTCCT--CATGAAT---GTTAATT--C-TG----TAGTTGTGA
gi|11400 : TTTCT-G-CCTT---TGA----TA-----T-T----T-----GT---A----C--AA-A---A--T--G---TAG------T--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGTAT---
gi|11401 : TTTTT-G-TCAT---CGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-A---T--T--G---AAA------T--G-----A--C-----T-------A----CC-----TTTCT--CATAAAT---G----TG--
gi|11402 : TTTTG-G-CCTT---AGACCTGTA-----T-C----T-----TC---A----C--AA-A---T--T--G---CAG------T--G-----A--C-----G-------G----CCAT---TTCCT--TATGAA---------CG--C-AA----CAACTGTAAAa
gi|11403 : TTTT-G-TCTT---CGA----TA-----T-T----T-----TT---A----C--CA-A---C--T--G---TAA------T--G-----A--C-----A-------G----TCAT---TTCCT--CATGGCT---G----CG--A-TG----CAGACGTGAA
gi|11404 : TTTG-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----GT---A----C--AC-A---T--T--G---TAA------C--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGACT---G----TG--C-TG----CGGTTGTGAA
gi|11405 : TTTT-G-CCTT---T-A----TA-----T-C----C-----TT---A----C--AA-T---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---CTCCT--CATGAAC---A----CA--G-TG----CAGCTGTAAA
gi|11406 : TCTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----GT---A----C------------T------CAC------T--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11407 : TTTT-G-TCTTGTTTGC----TA-----T-A----T-----TT---A----C--CA-A---A--T--G---TGA------T--G-----T--T-----A-------T----CCAT---TTTCT--CATGAAT---G----CC--A-TG----CGGTTGTGA
gi|11408 : TTTC-G-CTTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CT-A---G--T--G---TAA------C--A-----A--T-----A-------G----TCAT---TTTCT--AGTGAAT---G----TG--A-TT----CAGTTGTAAA
gi|11409 : TTTT-G-TCTT---CGA----AA-----T-T----T-----CT---A----C--CA-G---T--T--G---AAA------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--
gi|11410 : TTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----CA---A----C--AA-AG--T--T--A---TAA------G--G-----GATT-----A-------G----CCAT---TCCCT--CGTGAAT---G----CG--T-TG----CAGTTGa
gi|11411 : TTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-A----T-----TC---A----T--AA-T---C--T--G---TAAA-----T--G-----A--T-----A-------A----ACAT---TTCTT--CATGAAT---T----AG--C-TG----CAGTTGTAA
gi|11412 : TTTT-A-CCTT---CGA----TA-----C-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--G--T---TAA------T--A-----G--T-----C-------G----TCAT---TTCCT--CATTAAT---G----CA--C-TG----TATTTGTAAA
gi|11413 : TTTA-G-TCTT---TGG----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-C---T--T--G---TAT------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCA--CTAGAAC---G----CA--T-TG----CA
gi|11414 : TTT-G-CCTT---TGC----TA-----T-C----T-----TT---A----T--AA-A---A--T--G---CAA------T--G-----A--T-----A-------G----TTAT---TTCCT--CGTGAAT---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11415 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-A---C--T--G---TGA------T--G-----T--T-----A-------G----ACAT---TTTCT--CATAAAT---G----CG--A-TG----CAG
gi|11416 : TTC-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TC---A----C--AA-A---T--T--G---TAT------T--G-----A--T-----A-------A----GCAT---TCCCT--CATGAAT---A----TG--C-TG----CAGTTGTGA
gi|11417 : TTTGT-A-CCTT---TGA----TA-----TTC----T-----CT---A----C--AG-G---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-------------G----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--T-TG----CAGTTATAAA
gi|11418 : TTT-G-CCTT---TGG----TA-----A-C----T-----AT---A----C--AA-A---T--T--G---CAT------T--G-----C--T-----A-------G----CCAT---TTACT--CATGAAC---G----CG--T-TG----CAGTTGTAAA
gi|11419 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----G-----TT---A----C--CA-A---T--T--G---TAT------C--A-----A--T-----A-------G----TCAT---TTTTT--CATTAAT---G----CA--A-TG----CAAATGTGGA
gi|11420 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----C-T----T-----TC---A----C--AA-A---T--G--G---TAA------T--G-----A--C-----A-------C----TCAT---TTCTT--TGTGAAT---G----CA--C-TG----TAGCTGTGAA
gi|11421 : TTT-G-CATT---TGA----TA-----T-T----T-----TT---A--------A-T---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTTCT--CATGAAT---G----TG--
gi|11422 : TTT-G-TCT-----AA----TG-----T-C----T-----TT---A----C--AA-T---T--T--G---TAG------A--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTCCT--TATAATT---G----TG--C-TG----CAGTTGTAAa
gi|11423 : TTT-G-TCTT---CAA----TA-----T-C----G-----CT---A----C--AA-----T--T--G---TAA------T--G-----T--T-----A-------G----CCA----TTCCT--CATGAAT---
gi|11424 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----CT---G----C--AA-A---T--T--G---CAACATTGTT--G-----A--T-----G-------GA---CAATATATTCCTTATATGAAT---G----TG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11425 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-------A----T-----TT---A----C--AA-A---C--T--G---TAA------T--A-----G--C-----A-------G----CCGA---TTCCT--CGTGAAT---G----CG--C-TG----TA
gi|11426 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----C-A----T-----TA---A----A--AA-A---T--T--G---TAA------A--A-----A--T-----T-------G----CCAT---TTTTT--CATGAAT---G----CA--G-TA----CA-TTGTAAA
gi|11427 : TT-G-TCTG---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--C--A---TAA------T--G-----A--T-----A-------C----ACAT---TTCCT--TACGAGT---G----TG--T-AG----TAGTTGTAAA
gi|11428 : T-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----G-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----C--A-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--A-TG----CCGATGTGA
gi|11429 : T-G-CCTT---TGA----AA-----T-C----C-----TT---A----C--AA-A---T--A--G---TAT------TTAA-----A--TTA---A-------G----TCAT---TTCCA--CATGAAT---G----CG--A-TT----CAGTTGTGAA
gi|11430 : T-G-ACTT---TGA----CA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-G---A--T--A---TAA------C--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCA--GATGAAT---C----CG--A-TG----TAGTTGTGAA
gi|11431 : T-G-CCTT---TGT----TG-----T-C----T-----TT---A----T--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----T--T-----A-------G----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--T-TG----CAGCTGAGAA
gi|11432 : T-G-CCTT---TTA----TA-----T-T----T-----TT---A----C--AA-A---C--T--G---TAA------T--G-----G--C-----A-------G----CCAT---TTACT--CATGGAT---G----CG--
gi|11433 : T-G-CCCT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--A--A---TAT------T--C-----A--A-----A-------G----C-AT---TTCCT--CATGAAT---A----TG--C-TG----CAGTTGCAAA
gi|11434 : TC---TGA----TA-----T------------TT---A----C--AA-G---T--T--G---TGA------A--G-----A--T-----A-------G----TTAT---TTCCT--CATGGAT---T----TG--T-CG----CAGTTGTAAA
gi|11435 : tgtttTT---TGA----TA-----T-C----T-----TTT--A----CCAGA-A---T--G--G---CAA------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CAT
gi|11436 : gttCTT---T-A----TA-----T-T----T-----TTTAGA----C--CA-G---T--T--G---TAA------T--G-----A--C-----A-------A----CTGT---TTCCT--CATAAAT---G----TG--A-TG----CAGTTGTGAAtcaatggtgatgtacatggtgaa
gi|11437 : CTT---TGA----TA-----T-T----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--GCTAATA--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--G-TA----TCACTGTGAA
gi|11438 : CTT---TAA----CA-----T-C----C-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------T----TTAT---TCCCT--TATGAAA---G----CG--T-TG----CAGTTCTGAA
gi|11439 : CTT---CGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--G-----G-------G----TCAT---TTACT--CATGAAT---A----CT--T-TG----CAATTAAGAA
gi|11440 : CTT---CAA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--T-----A--T-----A-------A----CCCT---TTCCT--CATGAAC---A----TT--T-TG----TAGTTGTAAA
gi|11441 : CTG---TAA----TA-----T-T----G-----TT---A----C--AA-T---T--T--G---TAA------T--A-----A--T-----A-------T----GCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--C-TA----CACTTGTAAA
gi|11442 : TT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---G----G---------------G---TAA------T--G-----A--T-----A-------C----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--T-TG----CAGT
gi|11443 : TT---TGA----GA-----T-C----T-----TTC--ATTTTC--AA-A---T--T--T---TAA------T--G-----A--T-----A-------C----TCAT---TTCTT--CATGAAC---G----TA--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11444 : TT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-A---------------A------T--G-----A--T-----C-------A----CTAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--
gi|11445 : T---TGA----TA-----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TAT------G--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCT--AATGATT---G----TG--C-TG----CGGTTGTAAa
gi|11446 : T---TTA----TA-----T-T----TCCG--TT---A----T--AA-A---A--T--A---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--T-TG----CGGTCGTGA
gi|11447 : A----CA-----T-T----T-----CT---A----C--GC-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A------------CCAT---TTCCT--CGTGAAT---G----CG--T-TA----CATTTGTAAA
gi|11448 : ----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AG-A---T--T--G---TAG------T--G-----G--C-----A-------T----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--C-GG----CAGTTGTAA
gi|11449 : A-----T-T----T-----TT---A----T--AA-A---T--C--G---TAA------T--G-----A--T-----G-------G----TCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--C-TA----AACTTGTAAA
gi|11450 : -----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--A-----A-------A----CCAT---TTCCC--CCTGAAT---A----CA--T-TA----CAGTTGTGAA
gi|11451 : -----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--A-----A-------A----CCAT---TTCCC--CCTGAAT---A----CA--T-TA----CAGTTGTGAA
gi|11452 : ---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTCCT--TGTGAAC---G----CG--C-TG----CGGTTGTAAA
gi|11453 : ttttttttat-----T-C----T-----GT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----T-------G----C-AT---TTCCT--TATGGAT---G----CG--T-TG----CAGGTGTAAA
gi|11454 : -C----T-----TG---A----C--CA-A---T--T--A---AAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTTCT--CATGAAT---G----TG--C-
gi|11455 : ----T-----TT---A----C--CA-A---T--T--G---CAA------T--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----ag
gi|11456 : ---TAA------C--G-----A--T-----A-------G----CTAT---TTCCT--CAAGAAC---G----CG--A-TG----TAAATGTGAAaggacgatgcgcatatgaa
gi|11457 : AA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---GTCTT---ATAAAT---G----CG--A-TG----TAGTTGTGA
gi|11458 : AA------T--G-----A--T-----A-------T----CCAT---TTCCT--CATAAAT---A----CA--A-CG----TAGTTGTAAA
gi|11459 : --T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--A-TG----CAATTGTG
gi|11460 : AT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--A-TG----CTGTTGTGAA
blockSeqs : GCTTG AATA AGATG TAG TTTT TTT CATTGT CTAAT AATAA CATTGTA TTAT TAT TACA
blockSeqs : . G CCG G A G A AT TA . A CA .
blockSeqs : . C A T G . . . . . . TA .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
finalCons : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
Alignments
lowQualScore : 0 0 000 1111 11111 0 1111 22222 222 1111 00 0 111 00 00 000 111111 00 11111 00 11111 1111111 1111 000 11 000 0000 3333 1111
lowQualScore : . . ... .... ..... . .... ..... ... .... .. . ... .. .. ... ...... .. ..... .. ..... ....... .... ... .. ... .... .... ....
lowQualScore : 6 6 888 0000 11111 9 8888 33333 111 8888 66 9 222 66 66 777 666666 66 66666 66 66666 3333333 3333 777 00 777 9999 5555 0000
consensus : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
Reference ( family-235 ) : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11363 : TTTTT-G-TCTT---TAA----TA-----T-C----T-----CT---A----C--CA-A---T--T--G---TAA------T--G-----T--T-----A-------C----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--A-TG----TAGTTGTAAA
gi|11364 : TCTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-T----T-----TT---A----C--GA-A---T--T--G---TAT------T--G-----A--T-----A-------T----CCAT---TTCCT--CATGAAT---A----CGTAT-TG----CAGTTGTGAA
gi|11365 : TTTTG-G-CCTT---TTA----TA-----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TGA------T--G-----A--T-----G-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TA--T-TG----CAGTTGTGAA
gi|11366 : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TA----------------A--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CATAAAC---G----CG--C-TG----CGGTTGTAAA
gi|11367 : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----A--AT-A---T--T--G---TA-------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCC--CATGAAT---G----CG--A-TG----TAGTTGCG
gi|11368 : TTTTC-G-TCTT---TGG----TG-----T-C----T-----TT---A----T--GA-A---T--T------TAA------T--G-----A--C-----A-------G----TCAT---TTCCT--CATTAAT---G----TG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11369 : TTTTT-G-TCTT---TGA----TA-----T-CG---TA----TT---A----A--AATA---T--T--G---TAA------A--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAATAAGA----TG--CATG----CAGTTGTGAA
gi|11370 : TTTTTAG-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----CT---A----C--AT-A---T--T--G---TGA------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CACGAAC---G----CA--C-TG----CAGTTGTAAA
gi|11371 : TCTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----GT---A----C------------T------CAC------T--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11372 : TTTTC-G-CATT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--A-----A-------G----CCAG---TGCCT--TATGAAT---G----TG--C-TG----CAGTTGT
gi|11373 : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----G------T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTTCT--CATGAAT---G----CA--C-TG----CAAT
gi|11374 : TTTCT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-ATTTT--T--G---TAA------T--GAT---A--T-----A-------G----ACAT---TTCGT--CATGAA---------------TG----CAGTTGTGAA
gi|11375 : TTTTT-G-CCTT---TGA----T--------C----T-----TT---A----G--TA-A---T--T--G---TAA------T--C-----A--T-----A-------G----CTAT---TTCCT--CGTGAAT---G----T---T-TG----CAAT
gi|11376 : TTTTT-G-TCAT---TGA----AA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-----T--T--G---TAA------T--C-----A--T-----A-------G----CCAT---TTTTTT-CATGAAT---G----CG--C-GA----TAGGTGTGAAgcatgtatgaa
gi|11377 : TTTTT-G-TCTT---CGA----TA-----A-C----G-----TT---A----C--GT-A---T--T--G---TGA------T--A-----G--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CGTGAAT---G----AA--A-TG----CAGCTGTG
gi|11378 : TTTTT-G-CCTG---T-A----TA-----TTC----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAG------T--G-----A--T-----G-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--C-TGTACATAGTTGTAAA
gi|11379 : TTTGT-G-CCTT---TGT----TA-----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------A--A-----G--T-----A-------G----GCAT---TTCTT--CATGAAT---G----CC--T-TG----CAGTTGTAAA
gi|11380 : TTTCT-G-CCTT---TAA----TA-----C-T----T-----TT---A----T--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--A-----A-------G----ACAT---TTTCT--CATGAAT---G----TG--C-TG----TTGCTGTGAA
gi|11381 : TTTTT-G-CCTT---AGA----TT-----G-C----A-----CT---A----T--AG-A---T--T--G---TAA------C--G-----A--C-----A-------G----GCAT---TTCCT--CATGAAC---G----TG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11382 : TTTAT-G-CATG---TGG----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---C--T--G---TAA------T--A-----A--T-----A-------G----CAAT---TTCTT--CGAAAAT---G----TG--T-TG----CAGTTGTGA
gi|11383 : TTTTT-G-TCTT---TCA----TA-----T-C----T-----CT---A----T--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--C-----A-------G----TCAT---TTCCT--TGTCATT---A----CA--T-TG----CAG-TGTGA
gi|11384 : TTTTT-G-CTTT---TGG----TG-----G-C----T-----TT---A----C--AATA---T--T--G---TAG------T--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCC--CATGACT---G----TG--C-TG----CAGGTGTAA
gi|11385 : TTGTT-G-TCTC---TGA----TA-----T-C----T-----AT---A----C--AT-A---T--T--A---TAG------T--G-----A--T-------------G----ATAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--A-TG----CATGTATGAA
gi|11386 : TTTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T------T-----TT---A----G--AA-A---G--T--G---TGT------T--G-----A--T-----ACATTGTAG----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--C-AG----CAGTTGTGAA
gi|11387 : -----T-C----T-----TT---A----C--AA-C---TAGT--A---TAA------T--G-----A--A-----A-------A----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--T-TG----CAGTTGTGAA
gi|11388 : tttttattgttTTTTC-A-CCTG---TAA----TA-----T-C----T-----TT---A----T--AA-A---T--T--G---CGA------T--G-----A--T-----A-------G----GCAT---TTCGT--CATGAAC---G----CG--C-TG----CA
gi|11389 : TTTTC-A-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---AA---C--CA-A---T--T--G---AAA------T--G-----C--T-----G-------G----ACAT---TTCCT--CGTGAAT---G----TG--
gi|11390 : TTTTT-A-ACTT---TGA----TG-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--C--A---TAC------T--G-----A--TAATAAA-------G----TGAC---TTCCT--CATGAAT---G----CC--A-TG----CCATGGTGAAa
gi|11391 : TTTTT-G-CCTC---CGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--A----------------TCA---------------A--T-----A-------G----CCAT---TTTCT--CATGATT---G----TG--T-TA----CCGTTGTGAA
gi|11392 : TTTTT-G-CCTT---TGA----CA-----T-T----T-----TT---AG---C--AA-A---T--TTTA---TAA------T--G-----A--T-----A-------ATTATCCAT---TTCCT--CATGAAT---G----C
gi|11393 : TTTTT-AATCTC---CAA----TA-----T-C----T-----TG---A----C--CA-A---T--C--A---AAA------T--A-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCC--CATGAAT---G----TG--TATG----AAGCT-TGAA
gi|11394 : TTTTT-G-CCTG---TGA----TA-----T------T-----TC---A----C--AA-A---T-----G---TAA------T--G-----C--G-----A-------A----CCAT---ATTCT--CATGAAT---G----TG--C-GG----CAGTTATGAA
gi|11395 : TTTTT-G-TCTT---CGA----TA-----T-C----T-----TT---A--------------------------A------T--A-----A--T-----A-------G----TTAT---TTCCT--TGTGAAT---G----CA--T-TG----CAG
gi|11396 : TTTTT-G-GCTT---TGA----TG-----T-G----TAGATGTT---A----------A---T--T--G---TAA------T--A-----G--T-----A--------------AT---TTCCT--CATGAAT---A----CA--T-TG----CAGTTGTTAA
gi|11397 : TTGTT-G-CCCT---CGA----TA-----C-CC---T-----TT---A----C--CA-G---T--T--G---AGA------T--G-----A--T-----G-------A----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--
gi|11398 : TTTTT-G-TCTT---TAG----TA-----T-C----T-----TC---A----C--AA-A---T--T--GTTCTAA------C--G-----A--C-----A-------T----CCAT---TTCCT--CA--------------------G----CAGTTGTAAAa
gi|11399 : TTTTT-A-CCTT---TCA----TAGCTTGT-CAATAT-----TTG--A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----ACAA---TTCCT--CATGAAT---GTTAATT--C-TG----TAGTTGTGA
gi|11400 : TTTCT-G-CCTT---TGA----TA-----T-T----T-----GT---A----C--AA-A---A--T--G---TAG------T--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGTAT---
gi|11401 : TTTTT-G-TCAT---CGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-A---T--T--G---AAA------T--G-----A--C-----T-------A----CC-----TTTCT--CATAAAT---G----TG--
gi|11402 : TTTTG-G-CCTT---AGACCTGTA-----T-C----T-----TC---A----C--AA-A---T--T--G---CAG------T--G-----A--C-----G-------G----CCAT---TTCCT--TATGAA---------CG--C-AA----CAACTGTAAAa
gi|11403 : TTTT-G-TCTT---CGA----TA-----T-T----T-----TT---A----C--CA-A---C--T--G---TAA------T--G-----A--C-----A-------G----TCAT---TTCCT--CATGGCT---G----CG--A-TG----CAGACGTGAA
gi|11404 : TTTG-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----GT---A----C--AC-A---T--T--G---TAA------C--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGACT---G----TG--C-TG----CGGTTGTGAA
gi|11405 : TTTT-G-CCTT---T-A----TA-----T-C----C-----TT---A----C--AA-T---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---CTCCT--CATGAAC---A----CA--G-TG----CAGCTGTAAA
gi|11406 : TCTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----GT---A----C------------T------CAC------T--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11407 : TTTT-G-TCTTGTTTGC----TA-----T-A----T-----TT---A----C--CA-A---A--T--G---TGA------T--G-----T--T-----A-------T----CCAT---TTTCT--CATGAAT---G----CC--A-TG----CGGTTGTGA
gi|11408 : TTTC-G-CTTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CT-A---G--T--G---TAA------C--A-----A--T-----A-------G----TCAT---TTTCT--AGTGAAT---G----TG--A-TT----CAGTTGTAAA
gi|11409 : TTTT-G-TCTT---CGA----AA-----T-T----T-----CT---A----C--CA-G---T--T--G---AAA------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--
gi|11410 : TTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----CA---A----C--AA-AG--T--T--A---TAA------G--G-----GATT-----A-------G----CCAT---TCCCT--CGTGAAT---G----CG--T-TG----CAGTTGa
gi|11411 : TTTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-A----T-----TC---A----T--AA-T---C--T--G---TAAA-----T--G-----A--T-----A-------A----ACAT---TTCTT--CATGAAT---T----AG--C-TG----CAGTTGTAA
gi|11412 : TTTT-A-CCTT---CGA----TA-----C-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--G--T---TAA------T--A-----G--T-----C-------G----TCAT---TTCCT--CATTAAT---G----CA--C-TG----TATTTGTAAA
gi|11413 : TTTA-G-TCTT---TGG----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-C---T--T--G---TAT------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCA--CTAGAAC---G----CA--T-TG----CA
gi|11414 : TTT-G-CCTT---TGC----TA-----T-C----T-----TT---A----T--AA-A---A--T--G---CAA------T--G-----A--T-----A-------G----TTAT---TTCCT--CGTGAAT---G----CG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11415 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-A---C--T--G---TGA------T--G-----T--T-----A-------G----ACAT---TTTCT--CATAAAT---G----CG--A-TG----CAG
gi|11416 : TTC-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----TC---A----C--AA-A---T--T--G---TAT------T--G-----A--T-----A-------A----GCAT---TCCCT--CATGAAT---A----TG--C-TG----CAGTTGTGA
gi|11417 : TTTGT-A-CCTT---TGA----TA-----TTC----T-----CT---A----C--AG-G---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-------------G----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--T-TG----CAGTTATAAA
gi|11418 : TTT-G-CCTT---TGG----TA-----A-C----T-----AT---A----C--AA-A---T--T--G---CAT------T--G-----C--T-----A-------G----CCAT---TTACT--CATGAAC---G----CG--T-TG----CAGTTGTAAA
gi|11419 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----G-----TT---A----C--CA-A---T--T--G---TAT------C--A-----A--T-----A-------G----TCAT---TTTTT--CATTAAT---G----CA--A-TG----CAAATGTGGA
gi|11420 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----C-T----T-----TC---A----C--AA-A---T--G--G---TAA------T--G-----A--C-----A-------C----TCAT---TTCTT--TGTGAAT---G----CA--C-TG----TAGCTGTGAA
gi|11421 : TTT-G-CATT---TGA----TA-----T-T----T-----TT---A--------A-T---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTTCT--CATGAAT---G----TG--
gi|11422 : TTT-G-TCT-----AA----TG-----T-C----T-----TT---A----C--AA-T---T--T--G---TAG------A--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTCCT--TATAATT---G----TG--C-TG----CAGTTGTAAa
gi|11423 : TTT-G-TCTT---CAA----TA-----T-C----G-----CT---A----C--AA-----T--T--G---TAA------T--G-----T--T-----A-------G----CCA----TTCCT--CATGAAT---
gi|11424 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----T-----CT---G----C--AA-A---T--T--G---CAACATTGTT--G-----A--T-----G-------GA---CAATATATTCCTTATATGAAT---G----TG--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11425 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-------A----T-----TT---A----C--AA-A---C--T--G---TAA------T--A-----G--C-----A-------G----CCGA---TTCCT--CGTGAAT---G----CG--C-TG----TA
gi|11426 : TTT-G-CCTT---TGA----TA-----C-A----T-----TA---A----A--AA-A---T--T--G---TAA------A--A-----A--T-----T-------G----CCAT---TTTTT--CATGAAT---G----CA--G-TA----CA-TTGTAAA
gi|11427 : TT-G-TCTG---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--C--A---TAA------T--G-----A--T-----A-------C----ACAT---TTCCT--TACGAGT---G----TG--T-AG----TAGTTGTAAA
gi|11428 : T-G-CCTT---TGA----TA-----T-C----G-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----C--A-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--A-TG----CCGATGTGA
gi|11429 : T-G-CCTT---TGA----AA-----T-C----C-----TT---A----C--AA-A---T--A--G---TAT------TTAA-----A--TTA---A-------G----TCAT---TTCCA--CATGAAT---G----CG--A-TT----CAGTTGTGAA
gi|11430 : T-G-ACTT---TGA----CA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-G---A--T--A---TAA------C--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCA--GATGAAT---C----CG--A-TG----TAGTTGTGAA
gi|11431 : T-G-CCTT---TGT----TG-----T-C----T-----TT---A----T--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----T--T-----A-------G----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--T-TG----CAGCTGAGAA
gi|11432 : T-G-CCTT---TTA----TA-----T-T----T-----TT---A----C--AA-A---C--T--G---TAA------T--G-----G--C-----A-------G----CCAT---TTACT--CATGGAT---G----CG--
gi|11433 : T-G-CCCT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--A--A---TAT------T--C-----A--A-----A-------G----C-AT---TTCCT--CATGAAT---A----TG--C-TG----CAGTTGCAAA
gi|11434 : TC---TGA----TA-----T------------TT---A----C--AA-G---T--T--G---TGA------A--G-----A--T-----A-------G----TTAT---TTCCT--CATGGAT---T----TG--T-CG----CAGTTGTAAA
gi|11435 : tgtttTT---TGA----TA-----T-C----T-----TTT--A----CCAGA-A---T--G--G---CAA------T--G-----A--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CAT
gi|11436 : gttCTT---T-A----TA-----T-T----T-----TTTAGA----C--CA-G---T--T--G---TAA------T--G-----A--C-----A-------A----CTGT---TTCCT--CATAAAT---G----TG--A-TG----CAGTTGTGAAtcaatggtgatgtacatggtgaa
gi|11437 : CTT---TGA----TA-----T-T----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--GCTAATA--T-----A-------A----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--G-TA----TCACTGTGAA
gi|11438 : CTT---TAA----CA-----T-C----C-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------T----TTAT---TCCCT--TATGAAA---G----CG--T-TG----CAGTTCTGAA
gi|11439 : CTT---CGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--G-----G-------G----TCAT---TTACT--CATGAAT---A----CT--T-TG----CAATTAAGAA
gi|11440 : CTT---CAA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--T-----A--T-----A-------A----CCCT---TTCCT--CATGAAC---A----TT--T-TG----TAGTTGTAAA
gi|11441 : CTG---TAA----TA-----T-T----G-----TT---A----C--AA-T---T--T--G---TAA------T--A-----A--T-----A-------T----GCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--C-TA----CACTTGTAAA
gi|11442 : TT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---G----G---------------G---TAA------T--G-----A--T-----A-------C----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--T-TG----CAGT
gi|11443 : TT---TGA----GA-----T-C----T-----TTC--ATTTTC--AA-A---T--T--T---TAA------T--G-----A--T-----A-------C----TCAT---TTCTT--CATGAAC---G----TA--C-TG----CAGTTGTGAA
gi|11444 : TT---TGA----TA-----T-C----T-----TT---A----C--CA-A---------------A------T--G-----A--T-----C-------A----CTAT---TTCCT--CATGAAT---G----TG--
gi|11445 : T---TGA----TA-----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TAT------G--G-----A--C-----A-------G----CCAT---TTCCT--AATGATT---G----TG--C-TG----CGGTTGTAAa
gi|11446 : T---TTA----TA-----T-T----TCCG--TT---A----T--AA-A---A--T--A---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--T-TG----CGGTCGTGA
gi|11447 : A----CA-----T-T----T-----CT---A----C--GC-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A------------CCAT---TTCCT--CGTGAAT---G----CG--T-TA----CATTTGTAAA
gi|11448 : ----TA-----T-C----T-----TT---A----C--AG-A---T--T--G---TAG------T--G-----G--C-----A-------T----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CA--C-GG----CAGTTGTAA
gi|11449 : A-----T-T----T-----TT---A----T--AA-A---T--C--G---TAA------T--G-----A--T-----G-------G----TCAT---TTCCT--CATGAAC---G----CG--C-TA----AACTTGTAAA
gi|11450 : -----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--A-----A-------A----CCAT---TTCCC--CCTGAAT---A----CA--T-TA----CAGTTGTGAA
gi|11451 : -----T-C----T-----CT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--A-----A-------A----CCAT---TTCCC--CCTGAAT---A----CA--T-TA----CAGTTGTGAA
gi|11452 : ---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTCCT--TGTGAAC---G----CG--C-TG----CGGTTGTAAA
gi|11453 : ttttttttat-----T-C----T-----GT---A----C--AA-A---T--T--G---TAA------T--G-----A--T-----T-------G----C-AT---TTCCT--TATGGAT---G----CG--T-TG----CAGGTGTAAA
gi|11454 : -C----T-----TG---A----C--CA-A---T--T--A---AAA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---TTTCT--CATGAAT---G----TG--C-
gi|11455 : ----T-----TT---A----C--CA-A---T--T--G---CAA------T--G-----A--T-----A-------G----TCAT---TTCCT--CATGAAT---G----ag
gi|11456 : ---TAA------C--G-----A--T-----A-------G----CTAT---TTCCT--CAAGAAC---G----CG--A-TG----TAAATGTGAAaggacgatgcgcatatgaa
gi|11457 : AA------T--G-----A--T-----A-------G----CCAT---GTCTT---ATAAAT---G----CG--A-TG----TAGTTGTGA
gi|11458 : AA------T--G-----A--T-----A-------T----CCAT---TTCCT--CATAAAT---A----CA--A-CG----TAGTTGTAAA
gi|11459 : --T-----A-------G----CCAT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--A-TG----CAATTGTG
gi|11460 : AT---TTCCT--CATGAAT---G----CG--A-TG----CTGTTGTGAA