lowQualScore                  :                       22                                                                                                                                           
lowQualScore                  :       22 1  1 1   444 99 2   1   4444   22 1 1    1 00    0000    44  0 1 0 0 0  77777777777777777 0   0 33 1111  0 4444444444 1111 0  11  1  111 0  22222  11     
lowQualScore                  :       .. .  . .   ... .. .   .   ....   .. . .    . ..    ....    ..  . . . . .  ................. .   . .. ....  . .......... .... .  ..  .  ... .  .....  ..     
lowQualScore                  :       44 0  0 0   444 44 0   0   8888   33 0 0    4 66    9999    99  4 2 4 4 8  44444444444444444 8   4 55 3333  4 2222222222 3333 4  00  2  777 4  33333  00     
consensus                     : ACAAGA--G-CA-A-CGC-C-AA-C-GTA-GCA--A-TAT--A-C-GCCC-G--TCAT----GGCC-CGG-A-C-A-A-TG---------------N-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
Reference ( gi|4928 )         : ACAAGA--G-CA-A-CGC-C-A--C-GTA-GCA--A-TAT--A-C-GCCC-G--TCAT----GGCC-TAG-A-C-A-A-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4926                       : ACAAGA--G-CA-A-TGT-C-AA-C-GTA-GCA--A-TAT--A-C-GCCC-G--TCAT----GACC-CAG-A-C-A-A-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4925                       : ACAAGA--G-AA-A-CGC-A-AA-C-GTA-GCA--A-TAT--A-C-GCCC-G--TCAT----GGCC-CAG-A-C-A-G-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4934                       : ACAAGA--G-CA-A-TGC-C-AA-C-GTA-GCATTA-TAT--A-C-GCCC-G--TCAT----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------G-T-AAA-A--C----AA-C----------T----T-TG--CG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4929                       : ACAAGA--G-CT-A-CGC-T-AA-C-GTA-GCA--A-TAT--A-C-GTCC-G--TCAT----GGCC-CAG-A-C-A-G-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ATCTT
gi|4936                       : ACAAGA--G-CA-A-CAC-C-AA-T-GTA-GCA--T-TAT--A-T-GCCC-G--TCAT----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-AG--TG-CA---T-TG-----TG--ACC
gi|4927                       : ACAAGA--G-CA-A-CGC-A-AA-C-GTA-GCA--A-TAT--A-C-GCCC-G--TCAT----GGCC-CAG-A-C-A-G-TA---------------G-C-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TA-CA---T-TC-----TG--ACCTT
gi|4938                       : ACAAGA--G-CA-A-CGC-CAA--C-GTA-GC---A-TAT--A-C-GCCC-G--TCGA----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------G-T-AGA-A--C----GA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4939                       : ACAAGA--G-CA-A-CAC-C-AA-C-ATA-GCA--A-TAT--A-C-GCCT-G--TCAT----GGCC-CAG-A-T-A-A-TG---------------G-T-TAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ATCTT
gi|4930                       : ACAAGA--G-CA-A-CGC-A-AG-C-GTA-GCA--A-TAT--A-C-GCCC-G--TCAT----G-CC-CAG-A-C-A-G-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TA-CA---T-T------TG--ACCTT
gi|4943                       : ACAAGA--G-CA-A-TGC-C-A--AAGTA-ACA--T-TAT--A-T-GCTC-A--TCAT----GACC-CAG-A-C-A-A-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4944                       : ACATGA--G-CA-A-TGC-C-A--AAGTA-ACA--T-TAT--A-C-ACCC-G--TCAT----GGCC-CAG-A-C-A-G-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4945                       : ATAAGA--G-CA-G-TGC-C-AA-T-GTA-GCA--C-TAT--T-C-GCCC-A--TCAT----GGTC-CAG-A-C-A-A-TG---------------G-T-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4940                       : ACAAGA--G-CA-A-CAC-C-AA-T-GTA-GCA--A-TAT--A-C-ACCC-A--TCAT----GACC-CAA-A-C-A-A-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CAT--T-TG-----TG--ACC
gi|4931                       : ACAAGA--A-CA-A-CGC-A-AA-C-ATA-GCA--A-TGT--A-C-GCCC-G--TCAT----GGCC-TCC-A-C-G-G-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4942                       : ACAAGA--G-CA-A-CAT-C-AA-C-ATA-GCA--A-TAT--A-C-GCCC-A--TCGA----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------A-T-AAA-A--C----GA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4946                       : ACAAGA--G-CA-A-CGC-C-AA-C-GAA-GCA--T-TAT--A-C-GCCC-A--TTGT----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-C------TG-----TG--ACCTT
gi|4947                       : ACAAGA--G-CA-A-CGC-CAA--C-ATA-GCA--T-TAT--A-C--CCC-G--TCAT----GGCC-CAA-A-C-A-A-TG---------------G-T-AAA-A--C----TA-C----------T----A-TG--T---A---T-TG-----TA--ACCTT
gi|4935                       : ACAAGA--G-CA-A-CGC-A-AAAC-GTAAGCA--A-TAT--A-C--CCC-G--TCAT----GGCCGCAG-A-C-A-G-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TT-----TG--AC
gi|4932                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAA-A--C-GTA-GCA--A-TA---A-T-GTCC-G--CCAT----GGCT-CAG-A-C-A-G-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TA--ACC
gi|4933                       : ACAAGA--G-CA-A-CGC-A-AA-C-GT--GCA--ACTAT--A-C-GCCC-G--TCAT----GGCT-CAG-A-C-A-G-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-CTCACTACATGT----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4951                       : ACAAGA--G-CA-A-TGC-C-AA-T-GTA-GCA--T-TAC--A-C-ACCC-G--TCAT----AGCC-TGA-A-C-A-G-TG---------------T-T--AA-A--C----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4937                       : ACAAGA--G-CA-A-CGC-A-AA-C-GTA-GCA--A-AAT--A-C-GCCC-G--TCAT----GGCC-CAG-A-C-A-G-TG---------------G-T-AAA---------CA-C----------T----ATTG--TG-C----T-TT-----TGGCACCTT
gi|4941                       : ACAAGA--G-CA-A-CGC-A-AA-C-GTA-G-A--A-TAT--AAC-GCCCCG--TCAT----GGCC-CAG-A-C-A-G-TG---------------G-T-AAA-C--C----CA-C----------T----G-TG--TGCCA---T-TT-----TT--ACCTT
gi|4953                       : ACAAGA--A-CA-A-TGC-C-AA-T-GTA-GTA--T-TAT--A-C-GCCC-A--TCAT----AGCC-CTT-T-T-G-A-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4948                       : ACCAGA--G-CA-A-CAC-C-AA-C-GAA-GCA--T-TAT--A-C-ACCC-A--TCAT----GGCC-CTT-A-CTATA-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4949                       : ACAAGA--G-CA-A-CGC-A-AA-T-GTA-GCA-------------GCCC-G--TCAT----GGCC-CAG-A-C-A-G-TG---------------GAT-AAA-A--CT---CA-C----------T----A-CG--TG-TA---CATG-----TG--ACCTT
gi|4952                       : ACAAGACAG-CA-AACGC-A-A--C-GTA-GCA--A-TAT--A-CGGCCC-G--TCATTAGGGGCC---G-ACC-A-A-TG---------------G-T-A------------A-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4950                       : ACAAGA--G-CAGA-CGC-A-AA-C-GTA-GCA--A-TATG-A-C-GCCC-GTTTCAT----GGCC--AG-A-C-A-AGTG---------------G-A-AAA-A--C----CA------------T----A-TA--TGACA---T-T------TGA-ACCTT
gi|4955                       : ACAAGA--G-CA-C-C-C-A-A--C-GT--TTA--A-TAC--A-C----C-G--TCAC----AGCC-CAG-A-C-A-C-TG---------------G-T-TAA-A--C----CA-C----------TA---A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4954                       : ATAAGA--G-CA-A-TGC-C-AA-C-ATA-GCA--T-CAT--A-C-GCCC-C--TCTT----GACC-CGG-A-C-A-A-TGTTAAAACCATTATCTG-TTAAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACC
gi|4957                       : ACAAGA--G-CA-A-TGC-C-AA-T-GTA-GCA--A-TAT--A-C-GCCC-G--TCAT----GGCC-CA
gi|4959                       : ACAAGA--G-CA-A-CGC-CAA--C-GTC-G-A--T-TAT--A---GCCT-C--TCAT----GGTC-CGG-G-C-A-A-TG---------------T-T-AAATA--C----TA-C----------TAGAGA-TG--TG-CACATT-TGATTCTTG--ACCTT
gi|4958                       : ACAAGAA-G-CA-C-CGA-A-A--C-GTA-GCA--A-TAT--A-C-GCCG-T--TCAT----GGCA-CA--A-C-A-GCTG---------------G-T-AAA-CGTC----CA-A----------T----A-TGCATT-CA---T-TG-----AG---CCTT
gi|4956                       : ACAAGA--G-CA-A-CGA-A-AA-C-GTA-GCA--A-TAT--A-C-ACCC-G--TCAT----GGC
gi|4962                       :  CAAGA--G-TA-A-CGC-C-AT-C-GTA-GCA--T-TAT--A-T-GCCT-G--CCAT----GGCC-CAG-A-T-A-A-TG---------------G-T--AA-A--C----CA-C----------T----A-TG--CG-CA---T-TG-----TG--ACTTTtca
gi|4963                       :    AGA--G-CA-A-CGC-C-A--C-GTA-GCA--A-TAT--A-C-GCCC-G--TCAT----GGCC-TAG-A-C-A-A-TG---------------G-TAAAA-A--C----CA-C----------T----A-TGT-TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4965                       :    AGA--GATA-A-CGC-C-AA-C-GTA-GCA--T-TAT--A-C-GTCCTG--TCAT----GGCC-TGGGA-C-A-A-TG---------------G-T-AGA-A--C----CATC----------T----A-TT--TGTCA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4964                       :    AGA--G-CA-A-TGC-A-A--C-GTA-GCA----TATTAA-C-GCCCAG--CCAT----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------G-T-AAA-A--C----AA-C----------T----T-TG--CG-CA-----TG-----TG--AACTT
gi|4966                       :      A--G-CA-A-TGC-C-AA-C-ATA-GCA--T-CAT--A-C-ACCC-A--CCAT----GACC-CGG-A-C-A-A-TG---------------T-C-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AGCTT
gi|4967                       :      A--G-CA-A-CAT-C-AA-T-ATA-CCA--T-TAT--C-T-GTCC-A--TCAT----GACC-TGG-A-C-T-A-CA---------------A-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACTTT
gi|4969                       :                             A-ACA--A-TAT--A-C---CC-G--ACAT----GGCC-AAG-AAC-A-A-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTT
gi|4968                       :                      caacaaaA-ACA--A-TAT--A-C---CC-G--ACAT----GGCC-AAG-AAC-A-A-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTT
gi|4994                       :                                            caacaaa-G--TCAT----GGCC-TGG-A-C-A-A-TG---------------C-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTTT
gi|4993                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-TGG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4991                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CGG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5013                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-TGG-C-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4973                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CGG-A-C-A-A-TG---------------T-T-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5019                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-TGG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|4999                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4998                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4988                       :                                                   -G--TTAA----GGCC-TAG-A-C-A-A-AG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AACTT
gi|5005                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CGG-A-C-A-A-GG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4978                       :                                                   -G--TTAT----GGTC-TGG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TT--ACCTT
gi|4990                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-TGG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----T-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACC
gi|5008                       :                                                   -G--TTGT----GGCC-CGG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4989                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-TGG-A-C-A-A-TG---------------T-T-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TA-----TG--ACCTT
gi|5009                       :                                                   -G--TTAC----GGCC-AAG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----C-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5006                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CGG-A-C-A-A-GG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4987                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CGG-A-C-A-A-TG---------------T-C-AAA-AA-C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5015                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------T-T-GAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AACTT
gi|5014                       :                                                   -G--TTAT----GACC-CAG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TT-CA---C-TG-----TG--ACCTT
gi|5000                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CGG-A-A-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|5028                       :                                                   -G--CCAT----GGCC-TGG-A-C-A-A-TG---------------A-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---C-GA-----TG--ACCTT
gi|4979                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-TGG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-AA-C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TGT----TG--ACCCT
gi|5020                       :                                                   -G--TAAT----GGCT-CGG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TT-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5010                       :                                                   -G--TTAT----GGCC--AG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-G--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|5021                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CGA-A-C-A-A-TG---------------T-T-GAA-A--C----CC-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5016                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CGG-A-C-A-A-GA---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----G-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4992                       :                                                   -G--TTAT----GACC-CGG-A-C-A-A-GG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5022                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CGG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CG---T-AG-----TG--ACCTT
gi|5023                       :                                                   -G--TTGT----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-C--C----CA-C---------------A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5025                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CAG-G-C-A-A-TT---------------T-T-AAA-A--C----CA------------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4980                       :                                                   -G--TTAT----GGTC-CGG-A-C-A-A--A---------------G-T-AAA-AA-C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5002                       :                                                   -G--TTAT----AGCC-CAG-A-C-A-A-GG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TGT----TA--ACCTT
gi|4997                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CGG-A-C-A-A-TG---------------T-T-ATG-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5029                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-TTAATAAATTAT----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5030                       :                                                   -G--TTAT----GGCT-CAA-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--CAACTCA-C----------T----A-CG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4984                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------T-T-GAA-A--C----CA-G----------T----A-TG--TG-CA---T-TC-----TG--ACATT
gi|5007                       :                                                   -G--TTAT----GGTC-CAG-A-C-A-A--G---------------G-T-AAA-AA-C----CA-C----------T----G-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5024                       :                                                   -G--TTAT----TGCC-TGG-A-C-A-A-TG---------------C-T-AAA-AA-C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4975                       :                                                   -G--TTAT----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------T-T-TAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TA-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5027                       :                                                   -G--TAAT----GGTC-CGG-A-C-A-A--G---------------G-T-AAA-AA-C----CA-C----------T----T-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4976                       :                                                   -G--TTAT----GGTC-CGG-A-C-A-A--G---------------G-T-AAA-AA-C----CA------------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5055                       :                                                     --TTAT----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---A-TG-----TG--ACC
gi|5038                       :                                                     --TTAT----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TG-----T---ACCTT
gi|5044                       :                                                     --TTAT----GGTC-CGG-A-C-A-A-GG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5059                       :                                                     --TTAT----GGCC-CTA-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5052                       :                                                     --TTAT----GGTC-CAG-A-C-A-A-GG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5051                       :                                                     --TTAT----GGTC-CAG-A-C-A-A-GG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5050                       :                                                     --TTAT----GGTC-CAG-A-C-A-A-GG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5047                       :                                                     --TTAT----GGTC-CGG-A-C-A-A-GG---------------T-T-AAA-A--C----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5040                       :                                                     --TTAT----GGTC-CGG-A-C-A-A-GG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------G----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5063                       :                                                         AC----GGCC-TGG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5071                       :                                                         AT----GGTC-CAG-A-C-A-A-TG---------------T-C-AAA-A--T----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5070                       :                                                         AT----GGCC-TGG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--A----CA-CTA--------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5068                       :                                                         AT----GGCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TT--TG-CATT-T-TGT----TG--ACCTT
gi|5067                       :                                                         AC----GGGC-TGG-A-C-A-A-TA---------------T-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5079                       :                                                                GCC-CAG-A-C-A-G-TG---------------G-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5078                       :                                                                GCC-CAG-A-C-A-A-TG---------------C-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--AC

lowQualScore                  :       22 1  1 1   1  1    0   5555   22 0 0 0   1 00    000    0 00  0 0 0 0 0 1 0   0 11 1111  0 4444444444 1111 0  11  1  111 0  22222  11     
lowQualScore                  :       .. .  . .   .  .    .   ....   .. . . .   . ..    ...    . ..  . . . . . . .   . .. ....  . .......... .... .  ..  .  ... .  .....  ..     
lowQualScore                  :       33 0  0 0   4  0    9   7777   22 9 9 9   0 66    777    4 77  8 4 4 8 4 0 8   4 44 3333  4 1111111111 3333 4  00  2  777 4  33333  00     
consensus                     : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
Reference ( family-172 )      : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-T-GNT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4925                       : ACAAGA--G-AA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-T-GGT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4926                       : ACAAGA--G-CA-A-TGTCAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GACC-C-AGA-C-A-A-T-GGT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4927                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-T-AGC-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TA-CA---T-TC-----TG--ACCTT
gi|4928                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCA--CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-T-AGA-C-A-A-T-GGT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4929                       : ACAAGA--G-CT-A-CGCTAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-TCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-T-GGT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ATCTT
gi|4930                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAG-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT----GCC-C-AGA-C-A-G-T-GGT-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TA-CA---T-T------TG--ACCTT
gi|4931                       : ACAAGA--A-CA-A-CGCAAA-CATA-GCA--A-TGT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-T-CCA-C-G-G-T-GGT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4932                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TA---A-T-G-TCC-G--CCAT---GGCT-C-AGA-C-A-G-T-GGT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TA--ACC
gi|4933                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGT--GCA--ACTAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCT-C-AGA-C-A-G-T-GGT-AAA-A--C----CA-CTCACTACATGT----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4934                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-CGTA-GCATTA-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GGT-AAA-A--C----AA-C----------T----T-TG--CG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4935                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAAACGTAAGCA--A-TAT--A-C---CCC-G--TCAT---GGCCGC-AGA-C-A-G-T-GGT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TT-----TG--AC
gi|4936                       : ACAAGA--G-CA-A-CACCAA-TGTA-GCA--T-TAT--A-T-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GGT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-AG--TG-CA---T-TG-----TG--ACC
gi|4937                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-AAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-T-GGT-AAA---------CA-C----------T----ATTG--TG-C----T-TT-----TGGCACCTT
gi|4938                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTA-GCA----TAT--A-C-G-CCC-G--TCGA---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GGT-AGA-A--C----GA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4939                       : ACAAGA--G-CA-A-CACCAA-CATA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCT-G--TCAT---GGCC-C-AGA-T-A-A-T-GGT-TAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ATCTT
gi|4940                       : ACAAGA--G-CA-A-CACCAA-TGTA-GCA--A-TAT--A-C-A-CCC-A--TCAT---GACC-C-AAA-C-A-A-T-GGT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CAT--T-TG-----TG--ACC
gi|4941                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-G-A--A-TAT--AAC-G-CCCCG--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-T-GGT-AAA-C--C----CA-C----------T----G-TG--TGCCA---T-TT-----TT--ACCTT
gi|4942                       : ACAAGA--G-CA-A-CATCAA-CATA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-A--TCGA---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GAT-AAA-A--C----GA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4943                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-AGTA-ACA--T-TAT--A-T-G-CTC-A--TCAT---GACC-C-AGA-C-A-A-T-GGT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4944                       : ACATGA--G-CA-A-TGCCAA-AGTA-ACA--T-TAT--A-C-A-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-T-GGT-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4945                       : ATAAGA--G-CA-G-TGCCAA-TGTA-GCA--C-TAT--T-C-G-CCC-A--TCAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-T-GGT-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4946                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGAA-GCA--T-TAT--A-C-G-CCC-A--TTGT---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GGT-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-C------TG-----TG--ACCTT
gi|4947                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CATA-GCA--T-TAT--A-C---CCC-G--TCAT---GGCC-C-AAA-C-A-A-T-GGT-AAA-A--C----TA-C----------T----A-TG--T---A---T-TG-----TA--ACCTT
gi|4948                       : ACCAGA--G-CA-A-CACCAA-CGAA-GCA--T-TAT--A-C-A-CCC-A--TCAT---GGCC-C-TTA-CTATA-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4949                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-TGTA-GCA-------------G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGGAT-AAA-A--CT---CA-C----------T----A-CG--TG-TA---CATG-----TG--ACCTT
gi|4950                       : ACAAGA--G-CAGA-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TATG-A-C-G-CCC-GTTTCAT---GG-C-C-AGA-C-A-AGT-GGA-AAA-A--C----CA------------T----A-TA--TGACA---T-T------TGA-ACCTT
gi|4951                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-TGTA-GCA--T-TAC--A-C-A-CCC-G--TCAT---AGCC-T-GAA-C-A-G-T-GTT--AA-A--C----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4952                       : ACAAGACAG-CA-AACGC-AA-CGTA-GCA--A-TAT--A-CGG-CCC-G--TCATTAGGGGC-C-GAC-C-A-A-T-GGT-A------------A-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4953                       : ACAAGA--A-CA-A-TGCCAA-TGTA-GTA--T-TAT--A-C-G-CCC-A--TCAT---AGCC-C-TTT-T-G-A-T-GGT-AAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4954                       : ATAAGA--G-CA-A-TGCCAA-CATA-GCA--T-CAT--A-C-G-CCC-C--TCTT---GACC-C-GGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TC--TG-
gi|4955                       : ACAAGA--G-CA---C-CCAA-CGT--TTA--A-TAC--A-C-----C-G--TCAC---AGCC-C-AGA-C-A-C-T-GGT-TAA-A--C----CA-C----------TA---A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTTttaaaaccattatgtgcattttgacc
gi|4956                       : ACAAGA--G-CA-A-CGAAAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-A-CCC-G--TCAT---GGCT-C-
gi|4957                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-TGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-a
gi|4958                       : ACAAGAA-G-CA-C-CGA-AA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCG-T--TCAT---GGCA-C--AA-C-A-GCT-GGT-AAA-CGTC----CA-A----------T----A-TGCATT-CA---T-TG-----AG---CCTTa
gi|4959                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTC-G-A--T-TAT--A---G-CCT-C--TCAT---GGTC-C-GGG-C-A-A-T-GTT-AAATA--C----TA-C----------TAGAGA-TG--TG-CACATT-TGATTCTTG--ACCTT
gi|4962                       :  CAAGA--G-TA-A-CGCCAT-CGTA-GCA--T-TAT--A-T-G-CCT-G--CCAT---GGCC-C-AGA-T-A-A-T-GGT--AA-A--C----CA-C----------T----A-TG--CG-CA---T-TG-----TG--ACTTT
gi|4963                       :    AGA--G-CA-A-CGCCA--CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-T-AGA-C-A-A-T-GGTAAAA-A--C----CA-C----------T----A-TGT-TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4964                       :    AGA--G-CA-A-TGC-AA-CGTA-GCA----TATTAA-C-G-CCCAG--CCAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GGT-AAA-A--C----AA-C----------T----T-TG--CG-CA-----TG-----TG--AACTT
gi|4965                       :    AGA--GATA-A-CGCCAA-CGTA-GCA--T-TAT--A-C-GTCCT-G--TCAT---GGCC-TGGGA-C-A-A-T-GGT-AGA-A--C----CATC----------T----A-TT--TGTCA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4966                       :      A--G-CA-A-TGCCAA-CATA-GCA--T-CAT--A-C-A-CCC-A--CCAT---GACC-C-GGA-C-A-A-T-GTC-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AGCTT
gi|4967                       :      A--G-CA-A-CATCAA-TATA-CCA--T-TAT--C-T-G-TCC-A--TCAT---GACC-T-GGA-C-T-A-C-AAT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACTTT
gi|4968                       :                          A-ACA--A-TAT--A-C----CC-G--ACAT---GGCC-A-AGAAC-A-A-T-GGT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTT
gi|4969                       :                   caacaaaA-ACA--A-TAT--A-C----CC-G--ACAT---GGCC-A-AGAAC-A-A-T-GGT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTT
gi|4973                       :                                          caacaaa-G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-T-GTT-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4975                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GTT-TAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TA-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4976                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-G-GTA-AAA-A--C----CA------------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4978                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-T-GGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TT--ACCTT
gi|4979                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-T-GTTAAAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TGT----TG--ACCCT
gi|4980                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-A-GTA-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4984                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GTT-GAA-A--C----CA-G----------T----A-TG--TG-CA---T-TC-----TG--ACATT
gi|4987                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-T-GTC-AAA-AA-C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4988                       :                                                 -G--TTAA---GGCC-T-AGA-C-A-A-A-GGT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AACTT
gi|4989                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-T-GTT-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TA-----TG--ACCTT
gi|4990                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----T-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACC
gi|4991                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4992                       :                                                 -G--TTAT---GACC-C-GGA-C-A-A-G-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4993                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4994                       :                                                 -G--TCAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-T-GCT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTTT
gi|4997                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-T-GTT-ATG-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4998                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4999                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5000                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-A-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|5002                       :                                                 -G--TTAT---AGCC-C-AGA-C-A-A-G-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TGT----TA--ACCTT
gi|5005                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-G-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5006                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-G-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5007                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-G-GTA-AAA-A--C----CA-C----------T----G-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5008                       :                                                 -G--TTGT---GGCC-C-GGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5009                       :                                                 -G--TTAC---GGCC-A-AGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----C-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5010                       :                                                 -G--TTAT---GGCC---AGA-C-A-A-T-GTT-AAA-G--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|5013                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGC-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5014                       :                                                 -G--TTAT---GACC-C-AGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TT-CA---C-TG-----TG--ACCTT
gi|5015                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GTT-GAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AACTT
gi|5016                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-G-ATT-AAA-A--C----CA-C----------T----G-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5019                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|5020                       :                                                 -G--TAAT---GGCT-C-GGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TT-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5021                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GAA-C-A-A-T-GTT-GAA-A--C----CC-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5022                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CG---T-AG-----TG--ACCTT
gi|5023                       :                                                 -G--TTGT---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GTT-AAA-C--C----CA-C---------------A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5024                       :                                                 -G--TTAT---TGCC-T-GGA-C-A-A-T-GCT-AAA-AA-C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5025                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGG-C-A-A-T-TTT-AAA-A--C----CA------------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5027                       :                                                 -G--TAAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-G-GTA-AAA-A--C----CA-C----------T----T-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5028                       :                                                 -G--CCAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-T-GAT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---C-GA-----TG--ACCTT
gi|5029                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-TTAATAAATTAT----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5030                       :                                                 -G--TTAT---GGCT-C-AAA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--CAACTCA-C----------T----A-CG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5038                       :                                                   --TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TG-----T---ACCTT
gi|5040                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-G-GTT-AAA-A--C----CA-C----------G----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5044                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-G-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5047                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-G-GTT-AAA-A--C----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5050                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-G-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5051                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-G-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5052                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-G-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5055                       :                                                   --TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---A-TG-----TG--ACC
gi|5059                       :                                                   --TTAT---GGCC-C-TAA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5063                       :                                                       AC---GGCC-T-GGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5067                       :                                                       AC---GGGC-T-GGA-C-A-A-T-ATT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5068                       :                                                       AT---GGCC-C-AGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TT--TG-CATT-T-TGT----TG--ACCTT
gi|5070                       :                                                       AT---GGCC-T-GGA-C-A-A-T-GTT-AAA-A--A----CA-CTA--------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5071                       :                                                       AT---GGTC-C-AGA-C-A-A-T-GTC-AAA-A--T----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5078                       :                                                             GCC-C-AGA-C-A-A-T-GCT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--AC
gi|5079                       :                                                             GCC-C-AGA-C-A-G-T-GGT-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TG-----TG--ACCTT

lowQualScore                  :       22 1  1 1   1  1    0   5555   22 0 0 0   1 00    000    0 00  0 0 0 0  11 0   0 11 1111  0 4444444444 1111 0  11  1  111 0  22222  11     
lowQualScore                  :       .. .  . .   .  .    .   ....   .. . . .   . ..    ...    . ..  . . . .  .. .   . .. ....  . .......... .... .  ..  .  ... .  .....  ..     
lowQualScore                  :       33 0  0 0   4  0    9   7777   22 9 9 9   0 66    777    4 77  8 4 4 8  55 8   4 44 3333  4 1111111111 3333 4  00  2  777 4  33333  00     
consensus                     : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
Reference ( family-172 )      : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4925                       : ACAAGA--G-AA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4926                       : ACAAGA--G-CA-A-TGTCAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GACC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4927                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TAG-C-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TA-CA---T-TC-----TG--ACCTT
gi|4928                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCA--CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-T-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4929                       : ACAAGA--G-CT-A-CGCTAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-TCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ATCTT
gi|4930                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAG-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT----GCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TA-CA---T-T------TG--ACCTT
gi|4931                       : ACAAGA--A-CA-A-CGCAAA-CATA-GCA--A-TGT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-T-CCA-C-G-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4932                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TA---A-T-G-TCC-G--CCAT---GGCT-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TA--ACC
gi|4933                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGT--GCA--ACTAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCT-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-CTCACTACATGT----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4934                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-CGTA-GCATTA-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----AA-C----------T----T-TG--CG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4935                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAAACGTAAGCA--A-TAT--A-C---CCC-G--TCAT---GGCCGC-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TT-----TG--AC
gi|4936                       : ACAAGA--G-CA-A-CACCAA-TGTA-GCA--T-TAT--A-T-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-AG--TG-CA---T-TG-----TG--ACC
gi|4937                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-AAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA---------CA-C----------T----ATTG--TG-C----T-TT-----TGGCACCTT
gi|4938                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTA-GCA----TAT--A-C-G-CCC-G--TCGA---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AGA-A--C----GA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4939                       : ACAAGA--G-CA-A-CACCAA-CATA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCT-G--TCAT---GGCC-C-AGA-T-A-A-TGG-T-TAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ATCTT
gi|4940                       : ACAAGA--G-CA-A-CACCAA-TGTA-GCA--A-TAT--A-C-A-CCC-A--TCAT---GACC-C-AAA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CAT--T-TG-----TG--ACC
gi|4941                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-G-A--A-TAT--AAC-G-CCCCG--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-C--C----CA-C----------T----G-TG--TGCCA---T-TT-----TT--ACCTT
gi|4942                       : ACAAGA--G-CA-A-CATCAA-CATA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-A--TCGA---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGA-T-AAA-A--C----GA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4943                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-AGTA-ACA--T-TAT--A-T-G-CTC-A--TCAT---GACC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4944                       : ACATGA--G-CA-A-TGCCAA-AGTA-ACA--T-TAT--A-C-A-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4945                       : ATAAGA--G-CA-G-TGCCAA-TGTA-GCA--C-TAT--T-C-G-CCC-A--TCAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4946                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGAA-GCA--T-TAT--A-C-G-CCC-A--TTGT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-C------TG-----TG--ACCTT
gi|4947                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CATA-GCA--T-TAT--A-C---CCC-G--TCAT---GGCC-C-AAA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----TA-C----------T----A-TG--T---A---T-TG-----TA--ACCTT
gi|4948                       : ACCAGA--G-CA-A-CACCAA-CGAA-GCA--T-TAT--A-C-A-CCC-A--TCAT---GGCC-C-TTA-CTATA-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4949                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-TGTA-GCA-------------G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGGAT-AAA-A--CT---CA-C----------T----A-CG--TG-TA---CATG-----TG--ACCTT
gi|4950                       : ACAAGA--G-CAGA-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TATG-A-C-G-CCC-GTTTCAT---GG-C-C-AGA-C-A-AGTGG-A-AAA-A--C----CA------------T----A-TA--TGACA---T-T------TGA-ACCTT
gi|4951                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-TGTA-GCA--T-TAC--A-C-A-CCC-G--TCAT---AGCC-T-GAA-C-A-G-TGT-T--AA-A--C----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4952                       : ACAAGACAG-CA-AACGC-AA-CGTA-GCA--A-TAT--A-CGG-CCC-G--TCATTAGGGGC-C-GAC-C-A-A-TGG-T-A------------A-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4953                       : ACAAGA--A-CA-A-TGCCAA-TGTA-GTA--T-TAT--A-C-G-CCC-A--TCAT---AGCC-C-TTT-T-G-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4954                       : ATAAGA--G-CA-A-TGCCAA-CATA-GCA--T-CAT--A-C-G-CCC-C--TCTT---GACC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TC--TG-
gi|4955                       : ACAAGA--G-CA---C-CCAA-CGT--TTA--A-TAC--A-C-----C-G--TCAC---AGCC-C-AGA-C-A-C-TGG-T-TAA-A--C----CA-C----------TA---A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTTttaaaaccattatgtgcattttgacc
gi|4956                       : ACAAGA--G-CA-A-CGAAAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-A-CCC-G--TCAT---GGCT-C-
gi|4957                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-TGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-a
gi|4958                       : ACAAGAA-G-CA-C-CGA-AA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCG-T--TCAT---GGCA-C--AA-C-A-GCTGG-T-AAA-CGTC----CA-A----------T----A-TGCATT-CA---T-TG-----AG---CCTTa
gi|4959                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTC-G-A--T-TAT--A---G-CCT-C--TCAT---GGTC-C-GGG-C-A-A-TGT-T-AAATA--C----TA-C----------TAGAGA-TG--TG-CACATT-TGATTCTTG--ACCTT
gi|4962                       :  CAAGA--G-TA-A-CGCCAT-CGTA-GCA--T-TAT--A-T-G-CCT-G--CCAT---GGCC-C-AGA-T-A-A-TGG-T--AA-A--C----CA-C----------T----A-TG--CG-CA---T-TG-----TG--ACTTT
gi|4963                       :    AGA--G-CA-A-CGCCA--CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-T-AGA-C-A-A-TGG-TAAAA-A--C----CA-C----------T----A-TGT-TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4964                       :    AGA--G-CA-A-TGC-AA-CGTA-GCA----TATTAA-C-G-CCCAG--CCAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----AA-C----------T----T-TG--CG-CA-----TG-----TG--AACTT
gi|4965                       :    AGA--GATA-A-CGCCAA-CGTA-GCA--T-TAT--A-C-GTCCT-G--TCAT---GGCC-TGGGA-C-A-A-TGG-T-AGA-A--C----CATC----------T----A-TT--TGTCA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4966                       :      A--G-CA-A-TGCCAA-CATA-GCA--T-CAT--A-C-A-CCC-A--CCAT---GACC-C-GGA-C-A-A-TGT-C-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AGCTT
gi|4967                       :      A--G-CA-A-CATCAA-TATA-CCA--T-TAT--C-T-G-TCC-A--TCAT---GACC-T-GGA-C-T-A-CAA-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACTTT
gi|4968                       :                          A-ACA--A-TAT--A-C----CC-G--ACAT---GGCC-A-AGAAC-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTT
gi|4969                       :                   caacaaaA-ACA--A-TAT--A-C----CC-G--ACAT---GGCC-A-AGAAC-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTT
gi|4973                       :                                          caacaaa-G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4975                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-TAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TA-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4976                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-A-AAA-A--C----CA------------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4978                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TT--ACCTT
gi|4979                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-TAAAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TGT----TG--ACCCT
gi|4980                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-AGT-A-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4984                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CA-G----------T----A-TG--TG-CA---T-TC-----TG--ACATT
gi|4987                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-C-AAA-AA-C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4988                       :                                                 -G--TTAA---GGCC-T-AGA-C-A-A-AGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AACTT
gi|4989                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TA-----TG--ACCTT
gi|4990                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----T-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACC
gi|4991                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4992                       :                                                 -G--TTAT---GACC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4993                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4994                       :                                                 -G--TCAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGC-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTTT
gi|4997                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-ATG-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4998                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4999                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5000                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-A-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|5002                       :                                                 -G--TTAT---AGCC-C-AGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TGT----TA--ACCTT
gi|5005                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5006                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5007                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-GGT-A-AAA-A--C----CA-C----------T----G-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5008                       :                                                 -G--TTGT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5009                       :                                                 -G--TTAC---GGCC-A-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----C-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5010                       :                                                 -G--TTAT---GGCC---AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-G--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|5013                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGC-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5014                       :                                                 -G--TTAT---GACC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TT-CA---C-TG-----TG--ACCTT
gi|5015                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AACTT
gi|5016                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-GAT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----G-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5019                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|5020                       :                                                 -G--TAAT---GGCT-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TT-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5021                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GAA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CC-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5022                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CG---T-AG-----TG--ACCTT
gi|5023                       :                                                 -G--TTGT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-C--C----CA-C---------------A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5024                       :                                                 -G--TTAT---TGCC-T-GGA-C-A-A-TGC-T-AAA-AA-C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5025                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGG-C-A-A-TTT-T-AAA-A--C----CA------------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5027                       :                                                 -G--TAAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-A-AAA-A--C----CA-C----------T----T-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5028                       :                                                 -G--CCAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGA-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---C-GA-----TG--ACCTT
gi|5029                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-TTAATAAATTAT----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5030                       :                                                 -G--TTAT---GGCT-C-AAA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--CAACTCA-C----------T----A-CG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5038                       :                                                   --TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TG-----T---ACCTT
gi|5040                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------G----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5044                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5047                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5050                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5051                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5052                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5055                       :                                                   --TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---A-TG-----TG--ACC
gi|5059                       :                                                   --TTAT---GGCC-C-TAA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5063                       :                                                       AC---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5067                       :                                                       AC---GGGC-T-GGA-C-A-A-TAT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5068                       :                                                       AT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TT--TG-CATT-T-TGT----TG--ACCTT
gi|5070                       :                                                       AT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--A----CA-CTA--------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5071                       :                                                       AT---GGTC-C-AGA-C-A-A-TGT-C-AAA-A--T----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5078                       :                                                             GCC-C-AGA-C-A-A-TGC-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--AC
gi|5079                       :                                                             GCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TG-----TG--ACCTT

lowQualScore                  :       22 1  1 1   1  1    0   5555   22 0 0 0   1 00    000    0 00  0 0 0 0  11 0   0 11 1111  0 4444444444 1111 0  11  1  111 0  22222  11     
lowQualScore                  :       .. .  . .   .  .    .   ....   .. . . .   . ..    ...    . ..  . . . .  .. .   . .. ....  . .......... .... .  ..  .  ... .  .....  ..     
lowQualScore                  :       33 0  0 0   4  0    9   7777   22 9 9 9   0 66    777    4 77  8 4 4 8  55 8   4 44 3333  4 1111111111 3333 4  00  2  777 4  33333  00     
consensus                     : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
Reference ( family-172 )      : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4925                       : ACAAGA--G-AA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4926                       : ACAAGA--G-CA-A-TGTCAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GACC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4927                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TAG-C-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TA-CA---T-TC-----TG--ACCTT
gi|4928                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCA--CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-T-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4929                       : ACAAGA--G-CT-A-CGCTAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-TCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ATCTT
gi|4930                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAG-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT----GCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TA-CA---T-T------TG--ACCTT
gi|4931                       : ACAAGA--A-CA-A-CGCAAA-CATA-GCA--A-TGT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-T-CCA-C-G-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4932                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TA---A-T-G-TCC-G--CCAT---GGCT-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TA--ACC
gi|4933                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGT--GCA--ACTAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCT-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-CTCACTACATGT----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4934                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-CGTA-GCATTA-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----AA-C----------T----T-TG--CG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4935                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAAACGTAAGCA--A-TAT--A-C---CCC-G--TCAT---GGCCGC-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TT-----TG--AC
gi|4936                       : ACAAGA--G-CA-A-CACCAA-TGTA-GCA--T-TAT--A-T-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-AG--TG-CA---T-TG-----TG--ACC
gi|4937                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-AAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA---------CA-C----------T----ATTG--TG-C----T-TT-----TGGCACCTT
gi|4938                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTA-GCA----TAT--A-C-G-CCC-G--TCGA---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AGA-A--C----GA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4939                       : ACAAGA--G-CA-A-CACCAA-CATA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCT-G--TCAT---GGCC-C-AGA-T-A-A-TGG-T-TAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ATCTT
gi|4940                       : ACAAGA--G-CA-A-CACCAA-TGTA-GCA--A-TAT--A-C-A-CCC-A--TCAT---GACC-C-AAA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CAT--T-TG-----TG--ACC
gi|4941                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-G-A--A-TAT--AAC-G-CCCCG--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-C--C----CA-C----------T----G-TG--TGCCA---T-TT-----TT--ACCTT
gi|4942                       : ACAAGA--G-CA-A-CATCAA-CATA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-A--TCGA---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGA-T-AAA-A--C----GA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4943                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-AGTA-ACA--T-TAT--A-T-G-CTC-A--TCAT---GACC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4944                       : ACATGA--G-CA-A-TGCCAA-AGTA-ACA--T-TAT--A-C-A-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4945                       : ATAAGA--G-CA-G-TGCCAA-TGTA-GCA--C-TAT--T-C-G-CCC-A--TCAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4946                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGAA-GCA--T-TAT--A-C-G-CCC-A--TTGT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-C------TG-----TG--ACCTT
gi|4947                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CATA-GCA--T-TAT--A-C---CCC-G--TCAT---GGCC-C-AAA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----TA-C----------T----A-TG--T---A---T-TG-----TA--ACCTT
gi|4948                       : ACCAGA--G-CA-A-CACCAA-CGAA-GCA--T-TAT--A-C-A-CCC-A--TCAT---GGCC-C-TTA-CTATA-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4949                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-TGTA-GCA-------------G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGGAT-AAA-A--CT---CA-C----------T----A-CG--TG-TA---CATG-----TG--ACCTT
gi|4950                       : ACAAGA--G-CAGA-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TATG-A-C-G-CCC-GTTTCAT---GG-C-C-AGA-C-A-AGTGG-A-AAA-A--C----CA------------T----A-TA--TGACA---T-T------TGA-ACCTT
gi|4951                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-TGTA-GCA--T-TAC--A-C-A-CCC-G--TCAT---AGCC-T-GAA-C-A-G-TGT-T--AA-A--C----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4952                       : ACAAGACAG-CA-AACGC-AA-CGTA-GCA--A-TAT--A-CGG-CCC-G--TCATTAGGGGC-C-GAC-C-A-A-TGG-T-A------------A-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4953                       : ACAAGA--A-CA-A-TGCCAA-TGTA-GTA--T-TAT--A-C-G-CCC-A--TCAT---AGCC-C-TTT-T-G-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4954                       : ATAAGA--G-CA-A-TGCCAA-CATA-GCA--T-CAT--A-C-G-CCC-C--TCTT---GACC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TC--TG-
gi|4955                       : ACAAGA--G-CA---C-CCAA-CGT--TTA--A-TAC--A-C-----C-G--TCAC---AGCC-C-AGA-C-A-C-TGG-T-TAA-A--C----CA-C----------TA---A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTTttaaaaccattatgtgcattttgacc
gi|4956                       : ACAAGA--G-CA-A-CGAAAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-A-CCC-G--TCAT---GGCT-C-
gi|4957                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-TGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-a
gi|4958                       : ACAAGAA-G-CA-C-CGA-AA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCG-T--TCAT---GGCA-C--AA-C-A-GCTGG-T-AAA-CGTC----CA-A----------T----A-TGCATT-CA---T-TG-----AG---CCTTa
gi|4959                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTC-G-A--T-TAT--A---G-CCT-C--TCAT---GGTC-C-GGG-C-A-A-TGT-T-AAATA--C----TA-C----------TAGAGA-TG--TG-CACATT-TGATTCTTG--ACCTT
gi|4962                       :  CAAGA--G-TA-A-CGCCAT-CGTA-GCA--T-TAT--A-T-G-CCT-G--CCAT---GGCC-C-AGA-T-A-A-TGG-T--AA-A--C----CA-C----------T----A-TG--CG-CA---T-TG-----TG--ACTTT
gi|4963                       :    AGA--G-CA-A-CGCCA--CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-T-AGA-C-A-A-TGG-TAAAA-A--C----CA-C----------T----A-TGT-TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4964                       :    AGA--G-CA-A-TGC-AA-CGTA-GCA----TATTAA-C-G-CCCAG--CCAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----AA-C----------T----T-TG--CG-CA-----TG-----TG--AACTT
gi|4965                       :    AGA--GATA-A-CGCCAA-CGTA-GCA--T-TAT--A-C-GTCCT-G--TCAT---GGCC-TGGGA-C-A-A-TGG-T-AGA-A--C----CATC----------T----A-TT--TGTCA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4966                       :      A--G-CA-A-TGCCAA-CATA-GCA--T-CAT--A-C-A-CCC-A--CCAT---GACC-C-GGA-C-A-A-TGT-C-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AGCTT
gi|4967                       :      A--G-CA-A-CATCAA-TATA-CCA--T-TAT--C-T-G-TCC-A--TCAT---GACC-T-GGA-C-T-A-CAA-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACTTT
gi|4968                       :                          A-ACA--A-TAT--A-C----CC-G--ACAT---GGCC-A-AGAAC-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTT
gi|4969                       :                   caacaaaA-ACA--A-TAT--A-C----CC-G--ACAT---GGCC-A-AGAAC-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTT
gi|4973                       :                                          caacaaa-G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4975                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-TAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TA-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4976                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-A-AAA-A--C----CA------------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4978                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TT--ACCTT
gi|4979                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-TAAAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TGT----TG--ACCCT
gi|4980                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-AGT-A-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4984                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CA-G----------T----A-TG--TG-CA---T-TC-----TG--ACATT
gi|4987                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-C-AAA-AA-C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4988                       :                                                 -G--TTAA---GGCC-T-AGA-C-A-A-AGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AACTT
gi|4989                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TA-----TG--ACCTT
gi|4990                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----T-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACC
gi|4991                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4992                       :                                                 -G--TTAT---GACC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4993                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4994                       :                                                 -G--TCAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGC-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTTT
gi|4997                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-ATG-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4998                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4999                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5000                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-A-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|5002                       :                                                 -G--TTAT---AGCC-C-AGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TGT----TA--ACCTT
gi|5005                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5006                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5007                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-GGT-A-AAA-A--C----CA-C----------T----G-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5008                       :                                                 -G--TTGT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5009                       :                                                 -G--TTAC---GGCC-A-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----C-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5010                       :                                                 -G--TTAT---GGCC---AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-G--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|5013                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGC-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5014                       :                                                 -G--TTAT---GACC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TT-CA---C-TG-----TG--ACCTT
gi|5015                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AACTT
gi|5016                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-GAT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----G-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5019                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|5020                       :                                                 -G--TAAT---GGCT-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TT-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5021                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GAA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CC-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5022                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CG---T-AG-----TG--ACCTT
gi|5023                       :                                                 -G--TTGT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-C--C----CA-C---------------A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5024                       :                                                 -G--TTAT---TGCC-T-GGA-C-A-A-TGC-T-AAA-AA-C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5025                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGG-C-A-A-TTT-T-AAA-A--C----CA------------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5027                       :                                                 -G--TAAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-A-AAA-A--C----CA-C----------T----T-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5028                       :                                                 -G--CCAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGA-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---C-GA-----TG--ACCTT
gi|5029                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-TTAATAAATTAT----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5030                       :                                                 -G--TTAT---GGCT-C-AAA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--CAACTCA-C----------T----A-CG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5038                       :                                                   --TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TG-----T---ACCTT
gi|5040                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------G----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5044                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5047                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5050                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5051                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5052                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5055                       :                                                   --TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---A-TG-----TG--ACC
gi|5059                       :                                                   --TTAT---GGCC-C-TAA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5063                       :                                                       AC---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5067                       :                                                       AC---GGGC-T-GGA-C-A-A-TAT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5068                       :                                                       AT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TT--TG-CATT-T-TGT----TG--ACCTT
gi|5070                       :                                                       AT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--A----CA-CTA--------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5071                       :                                                       AT---GGTC-C-AGA-C-A-A-TGT-C-AAA-A--T----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5078                       :                                                             GCC-C-AGA-C-A-A-TGC-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--AC
gi|5079                       :                                                             GCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TG-----TG--ACCTT


blockSeqs                     :       CA          C           TTA    TA                                       GA       GT AACT    TCACTACATG AGAG        C  CAT    ATTCT
blockSeqs                     :       A           A           AC     G                                        G        A  T       TAATAAATTA A           A  TT     T    
blockSeqs                     :       .           C           A      .                                        G        A  .       TA         .           T  T      T    
blockSeqs                     :       .           T           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      T    
blockSeqs                     :       .           A           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           A           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           A           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           A           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           A           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           T      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           A           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           A           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           T      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           T      .                                        A        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           C      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           T      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           T      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           T      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           A           T      .                                        T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           A           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           T      .                                        T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           T      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           A      .                                        T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           A           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           T      .                                        T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           T      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           T      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           T      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           C           T      .                                        T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           .           A      .                                        A        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           .           A      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :       .           .           .      .                                        G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                               .      .                                        T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                               .      .                                        T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               G        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               C        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               C        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               A        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               T        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               C        .  .       .          .           .  .      .    
blockSeqs                     :                                                                               G        .  .       .          .           .              


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
finalCons                     : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT

lowQualScore                  :       22 1  1 1   1  1    0   5555   22 0 0 0   1 00    000    0 00  0 0 0 0  11 0   0 11 1111  0 4444444444 1111 0  11  1  111 0  22222  11     
lowQualScore                  :       .. .  . .   .  .    .   ....   .. . . .   . ..    ...    . ..  . . . .  .. .   . .. ....  . .......... .... .  ..  .  ... .  .....  ..     
lowQualScore                  :       33 0  0 0   4  0    9   7777   22 9 9 9   0 66    777    4 77  8 4 4 8  55 8   4 44 3333  4 1111111111 3333 4  00  2  777 4  33333  00     
consensus                     : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
Reference ( family-172 )      : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4925                       : ACAAGA--G-AA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4926                       : ACAAGA--G-CA-A-TGTCAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GACC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4927                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TAG-C-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TA-CA---T-TC-----TG--ACCTT
gi|4928                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCA--CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-T-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4929                       : ACAAGA--G-CT-A-CGCTAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-TCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ATCTT
gi|4930                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAG-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT----GCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TA-CA---T-T------TG--ACCTT
gi|4931                       : ACAAGA--A-CA-A-CGCAAA-CATA-GCA--A-TGT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-T-CCA-C-G-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4932                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TA---A-T-G-TCC-G--CCAT---GGCT-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TA--ACC
gi|4933                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGT--GCA--ACTAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCT-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-CTCACTACATGT----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4934                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-CGTA-GCATTA-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----AA-C----------T----T-TG--CG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4935                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAAACGTAAGCA--A-TAT--A-C---CCC-G--TCAT---GGCCGC-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TT-----TG--AC
gi|4936                       : ACAAGA--G-CA-A-CACCAA-TGTA-GCA--T-TAT--A-T-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-AG--TG-CA---T-TG-----TG--ACC
gi|4937                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-GCA--A-AAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA---------CA-C----------T----ATTG--TG-C----T-TT-----TGGCACCTT
gi|4938                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTA-GCA----TAT--A-C-G-CCC-G--TCGA---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AGA-A--C----GA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4939                       : ACAAGA--G-CA-A-CACCAA-CATA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCT-G--TCAT---GGCC-C-AGA-T-A-A-TGG-T-TAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ATCTT
gi|4940                       : ACAAGA--G-CA-A-CACCAA-TGTA-GCA--A-TAT--A-C-A-CCC-A--TCAT---GACC-C-AAA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CAT--T-TG-----TG--ACC
gi|4941                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-CGTA-G-A--A-TAT--AAC-G-CCCCG--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-C--C----CA-C----------T----G-TG--TGCCA---T-TT-----TT--ACCTT
gi|4942                       : ACAAGA--G-CA-A-CATCAA-CATA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-A--TCGA---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGA-T-AAA-A--C----GA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4943                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-AGTA-ACA--T-TAT--A-T-G-CTC-A--TCAT---GACC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4944                       : ACATGA--G-CA-A-TGCCAA-AGTA-ACA--T-TAT--A-C-A-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4945                       : ATAAGA--G-CA-G-TGCCAA-TGTA-GCA--C-TAT--T-C-G-CCC-A--TCAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4946                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGAA-GCA--T-TAT--A-C-G-CCC-A--TTGT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-C------TG-----TG--ACCTT
gi|4947                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CATA-GCA--T-TAT--A-C---CCC-G--TCAT---GGCC-C-AAA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----TA-C----------T----A-TG--T---A---T-TG-----TA--ACCTT
gi|4948                       : ACCAGA--G-CA-A-CACCAA-CGAA-GCA--T-TAT--A-C-A-CCC-A--TCAT---GGCC-C-TTA-CTATA-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4949                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCAAA-TGTA-GCA-------------G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-AGA-C-A-G-TGGAT-AAA-A--CT---CA-C----------T----A-CG--TG-TA---CATG-----TG--ACCTT
gi|4950                       : ACAAGA--G-CAGA-CGCAAA-CGTA-GCA--A-TATG-A-C-G-CCC-GTTTCAT---GG-C-C-AGA-C-A-AGTGG-A-AAA-A--C----CA------------T----A-TA--TGACA---T-T------TGA-ACCTT
gi|4951                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-TGTA-GCA--T-TAC--A-C-A-CCC-G--TCAT---AGCC-T-GAA-C-A-G-TGT-T--AA-A--C----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4952                       : ACAAGACAG-CA-AACGC-AA-CGTA-GCA--A-TAT--A-CGG-CCC-G--TCATTAGGGGC-C-GAC-C-A-A-TGG-T-A------------A-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4953                       : ACAAGA--A-CA-A-TGCCAA-TGTA-GTA--T-TAT--A-C-G-CCC-A--TCAT---AGCC-C-TTT-T-G-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4954                       : ATAAGA--G-CA-A-TGCCAA-CATA-GCA--T-CAT--A-C-G-CCC-C--TCTT---GACC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TC--TG-
gi|4955                       : ACAAGA--G-CA---C-CCAA-CGT--TTA--A-TAC--A-C-----C-G--TCAC---AGCC-C-AGA-C-A-C-TGG-T-TAA-A--C----CA-C----------TA---A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTTttaaaaccattatgtgcattttgacc
gi|4956                       : ACAAGA--G-CA-A-CGAAAA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-A-CCC-G--TCAT---GGCT-C-
gi|4957                       : ACAAGA--G-CA-A-TGCCAA-TGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-C-a
gi|4958                       : ACAAGAA-G-CA-C-CGA-AA-CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCG-T--TCAT---GGCA-C--AA-C-A-GCTGG-T-AAA-CGTC----CA-A----------T----A-TGCATT-CA---T-TG-----AG---CCTTa
gi|4959                       : ACAAGA--G-CA-A-CGCCAA-CGTC-G-A--T-TAT--A---G-CCT-C--TCAT---GGTC-C-GGG-C-A-A-TGT-T-AAATA--C----TA-C----------TAGAGA-TG--TG-CACATT-TGATTCTTG--ACCTT
gi|4962                       :  CAAGA--G-TA-A-CGCCAT-CGTA-GCA--T-TAT--A-T-G-CCT-G--CCAT---GGCC-C-AGA-T-A-A-TGG-T--AA-A--C----CA-C----------T----A-TG--CG-CA---T-TG-----TG--ACTTT
gi|4963                       :    AGA--G-CA-A-CGCCA--CGTA-GCA--A-TAT--A-C-G-CCC-G--TCAT---GGCC-T-AGA-C-A-A-TGG-TAAAA-A--C----CA-C----------T----A-TGT-TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4964                       :    AGA--G-CA-A-TGC-AA-CGTA-GCA----TATTAA-C-G-CCCAG--CCAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGG-T-AAA-A--C----AA-C----------T----T-TG--CG-CA-----TG-----TG--AACTT
gi|4965                       :    AGA--GATA-A-CGCCAA-CGTA-GCA--T-TAT--A-C-GTCCT-G--TCAT---GGCC-TGGGA-C-A-A-TGG-T-AGA-A--C----CATC----------T----A-TT--TGTCA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4966                       :      A--G-CA-A-TGCCAA-CATA-GCA--T-CAT--A-C-A-CCC-A--CCAT---GACC-C-GGA-C-A-A-TGT-C-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AGCTT
gi|4967                       :      A--G-CA-A-CATCAA-TATA-CCA--T-TAT--C-T-G-TCC-A--TCAT---GACC-T-GGA-C-T-A-CAA-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACTTT
gi|4968                       :                          A-ACA--A-TAT--A-C----CC-G--ACAT---GGCC-A-AGAAC-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTT
gi|4969                       :                   caacaaaA-ACA--A-TAT--A-C----CC-G--ACAT---GGCC-A-AGAAC-A-A-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTT
gi|4973                       :                                          caacaaa-G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4975                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-TAA-A--C----CA-C----------A----A-TG--TA-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4976                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-A-AAA-A--C----CA------------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4978                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TT--ACCTT
gi|4979                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-TAAAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TGT----TG--ACCCT
gi|4980                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-AGT-A-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4984                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CA-G----------T----A-TG--TG-CA---T-TC-----TG--ACATT
gi|4987                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-C-AAA-AA-C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4988                       :                                                 -G--TTAA---GGCC-T-AGA-C-A-A-AGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AACTT
gi|4989                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TA-----TG--ACCTT
gi|4990                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----T-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACC
gi|4991                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4992                       :                                                 -G--TTAT---GACC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4993                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4994                       :                                                 -G--TCAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGC-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACTTT
gi|4997                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-ATG-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|4998                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|4999                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5000                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-A-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|5002                       :                                                 -G--TTAT---AGCC-C-AGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TGT----TA--ACCTT
gi|5005                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5006                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-TA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5007                       :                                                 -G--TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-GGT-A-AAA-A--C----CA-C----------T----G-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5008                       :                                                 -G--TTGT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5009                       :                                                 -G--TTAC---GGCC-A-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----C-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5010                       :                                                 -G--TTAT---GGCC---AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-G--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|5013                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGC-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5014                       :                                                 -G--TTAT---GACC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TT-CA---C-TG-----TG--ACCTT
gi|5015                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--AACTT
gi|5016                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-GAT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----G-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5019                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--ACCTT
gi|5020                       :                                                 -G--TAAT---GGCT-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TT-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5021                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GAA-C-A-A-TGT-T-GAA-A--C----CC-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5022                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CG---T-AG-----TG--ACCTT
gi|5023                       :                                                 -G--TTGT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-C--C----CA-C---------------A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5024                       :                                                 -G--TTAT---TGCC-T-GGA-C-A-A-TGC-T-AAA-AA-C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5025                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGG-C-A-A-TTT-T-AAA-A--C----CA------------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5027                       :                                                 -G--TAAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-A-AAA-A--C----CA-C----------T----T-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5028                       :                                                 -G--CCAT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGA-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TA--TG-CA---C-GA-----TG--ACCTT
gi|5029                       :                                                 -G--TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-TTAATAAATTAT----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5030                       :                                                 -G--TTAT---GGCT-C-AAA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--CAACTCA-C----------T----A-CG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5038                       :                                                   --TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TG-----T---ACCTT
gi|5040                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------G----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5044                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5047                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-GGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5050                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5051                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5052                       :                                                   --TTAT---GGTC-C-AGA-C-A-A-GGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5055                       :                                                   --TTAT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---A-TG-----TG--ACC
gi|5059                       :                                                   --TTAT---GGCC-C-TAA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-T----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5063                       :                                                       AC---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5067                       :                                                       AC---GGGC-T-GGA-C-A-A-TAT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5068                       :                                                       AT---GGCC-C-AGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TT--TG-CATT-T-TGT----TG--ACCTT
gi|5070                       :                                                       AT---GGCC-T-GGA-C-A-A-TGT-T-AAA-A--A----CA-CTA--------T----A-TG--TG-CA---T-TT-----TG--ACCTT
gi|5071                       :                                                       AT---GGTC-C-AGA-C-A-A-TGT-C-AAA-A--T----TA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TG--ACCTT
gi|5078                       :                                                             GCC-C-AGA-C-A-A-TGC-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TG-CA---T-TG-----TA--AC
gi|5079                       :                                                             GCC-C-AGA-C-A-G-TGG-T-AAA-A--C----CA-C----------T----A-TG--TA-CA---T-TG-----TG--ACCTT