lowQualScore : 111 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 777 33 4 0 333 2 4 777777777 2222 33333333333333333333333333333333333333333333333333 111 4444444 666 0 0
lowQualScore : ... .. . . ... . . ......... .... .................................................. ... ....... ... . .
lowQualScore : 555 66 0 1 999 0 0 777777777 3333 00000000000000000000000000000000000000000000000000 000 3333333 333 4 4
consensus : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
Reference ( gi|28134 ) : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28136 : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28135 : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28138 : AATAGTGTGTGTGTGTGTGC--GTGTGCGTGCATT---TAA--------------T-C--AAGCCT-TC---------T--TC---TCT---A-G-------T-----C---T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28140 : TAATG---GCGTATGTAT--TTA-ACGGAAATT---TGA-G-CG------AACT-T--AA-TTTTGC----G-GA-T--TA---T-T---C-C-------G-----CACTT---A-A-----G---TATAAACATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28141 : TGTATTTATAAGTA-AAATGT-TT---CAA-ATCA---------T-T--AA-CCC-CC-----------------T-T---C-C-------------C---C---A-C-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28142 : TATTTACA-GTG-TAGTAGATT---CAG-G---------AA-T-C--A-------------------------T-T---A-T-------G---------T---A-TGG---A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28143 : TTTGG--GTG-AAAT-TATTTTGCAA-A-CT------AA-C-A--AG-TTT-TC----A-AAGTAATA---T-TG--A-C-------A-----C---T---A-C-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATC-AACGTA
gi|28146 : G-AATTATA-----CAC-A-CA------AA-T-T--AT-CGT-AC----A-A-----CA---T-C---A-C-------AAGATTC---T---G-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28147 : G-AAACAT-TT---CAA-AACA------AG-T-C--CA-G-T-AC----A-GG-G--TG---T-T-----------------------T-----T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAATATCAAACGTA
gi|28148 : -AATTAAATT---TAA-A-CG------A----T--AA-TTT-AC----A-CA-T--TA---A-T---A-A-------A---------T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28149 : AGTATGTA---TAG-A-TA---------T-C--AG-CC--------A-TA-T--TG---G-T-------------------C---T---A-TTC---A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28150 : GTGTATT---CAT-A-CACTGTACAA-T-A--GA-TTT-GT----G-A--T--TG---C-T---A-TAT-----G-----T---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28151 : TGTC---CAA-A---------AG-T-C--AA-CA--AT----A-AA-T---G---T-T---ATC-------A-----C-------A-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28152 : ACT---CAA-A-CA------CA-T-T--AA-C---------A-AG-T--TGCGTT-T---A-TCTTTT--A-----T---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28153 : TT---CAA-A-CA-----------C--AA-G---GG----ATAA-C--TG---T-T---A-CTGGCATAG-----C---T---G-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACATA
gi|28154 : T---CAA-A-CA------AG-C-C--AA-CT-----------A-T--T----T-T---A-C-------A---------T---A-G-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAATGTA
gi|28155 : T---CAATG-CA------TA-T-C--AA-TCT-GA----A-AA-TG-TG---TGC---A-T-------T-----T---T---A-G-----A---TATAAA-ATG-CGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28156 : T---TAA-A-AA------AA-TAT--AT-CTT-AC----A-AA-A---G---A-T---A-T-------G-----T---T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28158 : A-A-CA------AA-T-A--AA-ATT-------A-AA-T--TA---T-T---A-T-----------------------C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28159 : A-A-CA------CA-T-TTTAA-CCA-GA----A-AA-----G---T-T-----C-------A-----C---TTCAG-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28162 : A------AT-T-C--AA-ACT-GC----C-GT-T--TG---T-TCAAA-T-------G-----C-------A-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28164 : ------AA-T-C--AA-ATT--C----A-CA-T--CG---T-T---A-T-----------------C---A-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28165 : ------AA-T-T--AA-GCT-GT----G-AAGT--TT---T-T---G-GA------G-----C---T---T-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28166 : ------AA-T-C--AA-TTTTGT----T-AC-T--TG---G-T---A-C-------------T---T---A-TC----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28167 : --AA-CCT-GCTTCCA-TT-T--TG---TAT---A-C-------G---------------------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28168 : -CCT-GA----A-AA-T--TG---G-T---A-C-----------------------C-----G---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGCATCAAACATA
gi|28171 : ----A-AA-A--TG---T-T-----------------------T---G-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGT
gi|28172 : -AA-T--TGG--T-T---A-G-------G-----G---T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28173 : -AA-C--TA---T-C---A-C-------G---------------T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28176 : A-T--TG---T-T---A---------A-----T---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGTATTAAACGTA
gi|28178 : -T--TG---T-T---G-A-------G-----T---T---A-C-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28179 : -T--TG---A-T---A-T-------GA----T---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGTATCAAACGTA
gi|28180 : -T--TG---T-T-----------------------T---A-T-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28181 : -T--TA---T-T---A-C-------C-----C---T---G-C-----AA--TTTAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28185 : --TA---T-T---A-T-------G-----C---T---A-T-----A-----TAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAA
gi|28186 : --TG---T-T---A-C---------------------A-A-----A---TACAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28187 : G---T-T---A-C-------G---------------------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAACCGTA
gi|28188 : ---T-T---T-C-------G-----A---T---G-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28192 : -T---A-T-------A-----C---T---AGT-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGT-TCAAACGTA
gi|28193 : ---A-T-------G-----C---T---G-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28194 : ---A-C-------A-----T---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28195 : -C-------G-----C---T---A-TTAGAAA---TATATA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28196 : -------G-----C---T---G-G-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28197 : -------G-----C---T-----T-----A---TATAAA-ATGACGAAGT-AACAAAGTATCAAACG
gi|28198 : -------G-----T---T---A-T-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGTAAACAAAGTATCAAACGTA
gi|28199 : -----C---T---A-T-----AGCATATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28200 : -----C---T---C-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28201 : -----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATC
gi|28206 : ---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28205 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGCA
gi|28204 : ---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28203 : ---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28207 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACATA
gi|28208 : ---T---A-G-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28211 : ---T---A-T-----AG--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28210 : ---T---A-T-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28209 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28215 : ---T---A-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28214 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGTATCAAACGTA
gi|28213 : ---T---A-T-----A---TAAAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28212 : ---T---A-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28217 : ---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AGCAAAGTATCAAACGTA
gi|28216 : ---T---A-C-----G---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28218 : ---T---A-G-----A---TATAAA-ATGGCGGAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28219 : ---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAAGGTA
gi|28229 : ---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28230 : ---A-T-----A---TATAAA-ACGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28232 : ---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAGGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28236 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28235 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28237 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGCA
gi|28238 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28239 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28260 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28259 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28258 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28256 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28255 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28254 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28253 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28252 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28251 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28250 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28249 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28248 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28247 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28246 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28245 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28244 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28243 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28266 : -----A---TGTAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28265 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGCA
gi|28264 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAGAGTATCAAACGTA
gi|28263 : -----A---TATAAA-GTGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28262 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAGGTATCAAACGTA
gi|28269 : -----A---TATAAA-ATGGCAAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28268 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACATA
gi|28267 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AATAAAGTATCAAACGTA
gi|28298 : ---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
Alignments
lowQualScore : 111 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 444 11 3 333 1 3 666666666 1 22 77777777777777777777777777777777777777777777777777 111 4444444 666 0 0
lowQualScore : ... .. . ... . . ......... . .. .................................................. ... ....... ... . .
lowQualScore : 000 99 6 777 9 8 666666666 6 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333 000 1111111 222 4 4
consensus : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
Reference ( family-160 ) : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28134 : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28135 : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28136 : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28138 : AATAGTGTGTGTGTGTGTGC--GTGTGCGTGCATT---TAA--------------T-C--AAGCCT-TC---------T--TC---TCT---A-G-------T-----C---T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28140 : TAATG---GCGTATGTAT--TTA-ACGGAAATT---TGA-G-CG------AACT-T--AA-TTTTGC----G-GA-T--TA---T-T---C-C-------G-----CACTT---A-A-----G---TATAAACATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28141 : TGTATTTATAAGTA-AAATGT-TT---CAA-ATCA---------T-T--AA-CCC-CC-----------------T-T---C-C-------------C---C---A-C-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28142 : TATTTACA-GTG-TAGTAGATT---CAG-G---------AA-T-C--A-------------------------T-T---A-T-------G---------T---A-TGG---A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28143 : TTTGG--GTG-AAAT-TATTTTGCAA-A-CT------AA-C-A--AG-TTT-TC----A-AAGTAATA---T-TG--A-C-------A-----C---T---A-C-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATC-AACGTA
gi|28146 : G-AATTATA-----CAC-A-CA------AA-T-T--AT-CGT-AC----A-A-----CA---T-C---A-C-------AAGATTC---T---G-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28147 : G-AAACAT-TT---CAA-AACA------AG-T-C--CA-G-T-AC----A-GG-G--TG---T-T-----------------------T-----T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAATATCAAACGTA
gi|28148 : -AATTAAATT---TAA-A-CG------A----T--AA-TTT-AC----A-CA-T--TA---A-T---A-A-------A---------T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28149 : AGTATGTA---TAG-A-TA---------T-C--AG-CC--------A-TA-T--TG---G-T-------------------C---T---A-TTC---A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28150 : GTGTATT---CAT-A-CACTGTACAA-T-A--GA-TTT-GT----G-A--T--TG---C-T---A-TAT-----G-----T---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28151 : TGTC---CAA-A---------AG-T-C--AA-CA--AT----A-AA-T---G---T-T---ATC-------A-----C-------A-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28152 : ACT---CAA-A-CA------CA-T-T--AA-C---------A-AG-T--TGCGTT-T---A-TCTTTT--A-----T---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28153 : TT---CAA-A-CA-----------C--AA-G---GG----ATAA-C--TG---T-T---A-CTGGCATAG-----C---T---G-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACATA
gi|28154 : T---CAA-A-CA------AG-C-C--AA-CT-----------A-T--T----T-T---A-C-------A---------T---A-G-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAATGTA
gi|28155 : T---CAATG-CA------TA-T-C--AA-TCT-GA----A-AA-TG-TG---TGC---A-T-------T-----T---T---A-G-----A---TATAAA-ATG-CGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28156 : T---TAA-A-AA------AA-TAT--AT-CTT-AC----A-AA-A---G---A-T---A-T-------G-----T---T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28158 : A-A-CA------AA-T-A--AA-ATT-------A-AA-T--TA---T-T---A-T-----------------------C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28159 : A-A-CA------CA-T-TTTAA-CCA-GA----A-AA-----G---T-T-----C-------A-----C---TTCAG-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28162 : A------AT-T-C--AA-ACT-GC----C-GT-T--TG---T-TCAAA-T-------G-----C-------A-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28164 : ------AA-T-C--AA-ATT--C----A-CA-T--CG---T-T---A-T-----------------C---A-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28165 : ------AA-T-T--AA-GCT-GT----G-AAGT--TT---T-T---G-GA------G-----C---T---T-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28166 : ------AA-T-C--AA-TTTTGT----T-AC-T--TG---G-T---A-C-------------T---T---A-TC----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28167 : --AA-CCT-GCTTCCA-TT-T--TG---TAT---A-C-------G---------------------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28168 : -CCT-GA----A-AA-T--TG---G-T---A-C-----------------------C-----G---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGCATCAAACATA
gi|28171 : ----A-AA-A--TG---T-T-----------------------T---G-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGT
gi|28172 : -AA-T--TGG--T-T---A-G-------G-----G---T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28173 : -AA-C--TA---T-C---A-C-------G---------------T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28176 : A-T--TG---T-T---A---------A-----T---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGTATTAAACGTA
gi|28178 : -T--TG---T-T---G-A-------G-----T---T---A-C-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28179 : -T--TG---A-T---A-T-------GA----T---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGTATCAAACGTA
gi|28180 : -T--TG---T-T-----------------------T---A-T-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28181 : -T--TA---T-T---A-C-------C-----C---T---G-C-----AA--TTTAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28185 : --TA---T-T---A-T-------G-----C---T---A-T-----A-----TAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAA
gi|28186 : --TG---T-T---A-C---------------------A-A-----A---TACAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28187 : G---T-T---A-C-------G---------------------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAACCGTA
gi|28188 : ---T-T---T-C-------G-----A---T---G-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28192 : -T---A-T-------A-----C---T---AGT-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGT-TCAAACGTA
gi|28193 : ---A-T-------G-----C---T---G-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28194 : ---A-C-------A-----T---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28195 : -C-------G-----C---T---A-TTAGAAA---TATATA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28196 : -------G-----C---T---G-G-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28197 : -------G-----C---T-----T-----A---TATAAA-ATGACGAAGT-AACAAAGTATCAAACG
gi|28198 : -------G-----T---T---A-T-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGTAAACAAAGTATCAAACGTA
gi|28199 : -----C---T---A-T-----AGCATATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28200 : -----C---T---C-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28201 : -----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATC
gi|28203 : ---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28204 : ---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28205 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGCA
gi|28206 : ---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28207 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACATA
gi|28208 : ---T---A-G-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28209 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28210 : ---T---A-T-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28211 : ---T---A-T-----AG--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28212 : ---T---A-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28213 : ---T---A-T-----A---TAAAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28214 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGTATCAAACGTA
gi|28215 : ---T---A-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28216 : ---T---A-C-----G---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28217 : ---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AGCAAAGTATCAAACGTA
gi|28218 : ---T---A-G-----A---TATAAA-ATGGCGGAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28219 : ---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAAGGTA
gi|28229 : ---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28230 : ---A-T-----A---TATAAA-ACGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28232 : ---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAGGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28235 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28236 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28237 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGCA
gi|28238 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28239 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28243 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28244 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28245 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28246 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28247 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28248 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28249 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28250 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28251 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28252 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28253 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28254 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28255 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28256 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28258 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28259 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28260 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28262 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAGGTATCAAACGTA
gi|28263 : -----A---TATAAA-GTGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28264 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAGAGTATCAAACGTA
gi|28265 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGCA
gi|28266 : -----A---TGTAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28267 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AATAAAGTATCAAACGTA
gi|28268 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACATA
gi|28269 : -----A---TATAAA-ATGGCAAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28298 : ---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
Alignments
lowQualScore : 111 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 444 11 3 333 1 3 666666666 1 22 77777777777777777777777777777777777777777777777777 111 4444444 666 0 0
lowQualScore : ... .. . ... . . ......... . .. .................................................. ... ....... ... . .
lowQualScore : 000 99 6 777 9 8 666666666 6 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333 000 1111111 222 4 4
consensus : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
Reference ( family-160 ) : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28134 : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28135 : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28136 : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28138 : AATAGTGTGTGTGTGTGTGC--GTGTGCGTGCATT---TAA--------------T-C--AAGCCT-TC---------T--TC---TCT---A-G-------T-----C---T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28140 : TAATG---GCGTATGTAT--TTA-ACGGAAATT---TGA-G-CG------AACT-T--AA-TTTTGC----G-GA-T--TA---T-T---C-C-------G-----CACTT---A-A-----G---TATAAACATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28141 : TGTATTTATAAGTA-AAATGT-TT---CAA-ATCA---------T-T--AA-CCC-CC-----------------T-T---C-C-------------C---C---A-C-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28142 : TATTTACA-GTG-TAGTAGATT---CAG-G---------AA-T-C--A-------------------------T-T---A-T-------G---------T---A-TGG---A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28143 : TTTGG--GTG-AAAT-TATTTTGCAA-A-CT------AA-C-A--AG-TTT-TC----A-AAGTAATA---T-TG--A-C-------A-----C---T---A-C-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATC-AACGTA
gi|28146 : G-AATTATA-----CAC-A-CA------AA-T-T--AT-CGT-AC----A-A-----CA---T-C---A-C-------AAGATTC---T---G-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28147 : G-AAACAT-TT---CAA-AACA------AG-T-C--CA-G-T-AC----A-GG-G--TG---T-T-----------------------T-----T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAATATCAAACGTA
gi|28148 : -AATTAAATT---TAA-A-CG------A----T--AA-TTT-AC----A-CA-T--TA---A-T---A-A-------A---------T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28149 : AGTATGTA---TAG-A-TA---------T-C--AG-CC--------A-TA-T--TG---G-T-------------------C---T---A-TTC---A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28150 : GTGTATT---CAT-A-CACTGTACAA-T-A--GA-TTT-GT----G-A--T--TG---C-T---A-TAT-----G-----T---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28151 : TGTC---CAA-A---------AG-T-C--AA-CA--AT----A-AA-T---G---T-T---ATC-------A-----C-------A-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28152 : ACT---CAA-A-CA------CA-T-T--AA-C---------A-AG-T--TGCGTT-T---A-TCTTTT--A-----T---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28153 : TT---CAA-A-CA-----------C--AA-G---GG----ATAA-C--TG---T-T---A-CTGGCATAG-----C---T---G-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACATA
gi|28154 : T---CAA-A-CA------AG-C-C--AA-CT-----------A-T--T----T-T---A-C-------A---------T---A-G-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAATGTA
gi|28155 : T---CAATG-CA------TA-T-C--AA-TCT-GA----A-AA-TG-TG---TGC---A-T-------T-----T---T---A-G-----A---TATAAA-ATG-CGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28156 : T---TAA-A-AA------AA-TAT--AT-CTT-AC----A-AA-A---G---A-T---A-T-------G-----T---T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28158 : A-A-CA------AA-T-A--AA-ATT-------A-AA-T--TA---T-T---A-T-----------------------C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28159 : A-A-CA------CA-T-TTTAA-CCA-GA----A-AA-----G---T-T-----C-------A-----C---TTCAG-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28162 : A------AT-T-C--AA-ACT-GC----C-GT-T--TG---T-TCAAA-T-------G-----C-------A-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28164 : ------AA-T-C--AA-ATT--C----A-CA-T--CG---T-T---A-T-----------------C---A-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28165 : ------AA-T-T--AA-GCT-GT----G-AAGT--TT---T-T---G-GA------G-----C---T---T-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28166 : ------AA-T-C--AA-TTTTGT----T-AC-T--TG---G-T---A-C-------------T---T---A-TC----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28167 : --AA-CCT-GCTTCCA-TT-T--TG---TAT---A-C-------G---------------------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28168 : -CCT-GA----A-AA-T--TG---G-T---A-C-----------------------C-----G---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGCATCAAACATA
gi|28171 : ----A-AA-A--TG---T-T-----------------------T---G-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGT
gi|28172 : -AA-T--TGG--T-T---A-G-------G-----G---T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28173 : -AA-C--TA---T-C---A-C-------G---------------T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28176 : A-T--TG---T-T---A---------A-----T---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGTATTAAACGTA
gi|28178 : -T--TG---T-T---G-A-------G-----T---T---A-C-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28179 : -T--TG---A-T---A-T-------GA----T---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGTATCAAACGTA
gi|28180 : -T--TG---T-T-----------------------T---A-T-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28181 : -T--TA---T-T---A-C-------C-----C---T---G-C-----AA--TTTAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28185 : --TA---T-T---A-T-------G-----C---T---A-T-----A-----TAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAA
gi|28186 : --TG---T-T---A-C---------------------A-A-----A---TACAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28187 : G---T-T---A-C-------G---------------------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAACCGTA
gi|28188 : ---T-T---T-C-------G-----A---T---G-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28192 : -T---A-T-------A-----C---T---AGT-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGT-TCAAACGTA
gi|28193 : ---A-T-------G-----C---T---G-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28194 : ---A-C-------A-----T---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28195 : -C-------G-----C---T---A-TTAGAAA---TATATA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28196 : -------G-----C---T---G-G-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28197 : -------G-----C---T-----T-----A---TATAAA-ATGACGAAGT-AACAAAGTATCAAACG
gi|28198 : -------G-----T---T---A-T-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGTAAACAAAGTATCAAACGTA
gi|28199 : -----C---T---A-T-----AGCATATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28200 : -----C---T---C-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28201 : -----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATC
gi|28203 : ---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28204 : ---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28205 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGCA
gi|28206 : ---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28207 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACATA
gi|28208 : ---T---A-G-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28209 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28210 : ---T---A-T-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28211 : ---T---A-T-----AG--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28212 : ---T---A-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28213 : ---T---A-T-----A---TAAAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28214 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGTATCAAACGTA
gi|28215 : ---T---A-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28216 : ---T---A-C-----G---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28217 : ---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AGCAAAGTATCAAACGTA
gi|28218 : ---T---A-G-----A---TATAAA-ATGGCGGAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28219 : ---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAAGGTA
gi|28229 : ---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28230 : ---A-T-----A---TATAAA-ACGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28232 : ---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAGGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28235 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28236 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28237 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGCA
gi|28238 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28239 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28243 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28244 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28245 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28246 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28247 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28248 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28249 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28250 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28251 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28252 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28253 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28254 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28255 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28256 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28258 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28259 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28260 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28262 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAGGTATCAAACGTA
gi|28263 : -----A---TATAAA-GTGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28264 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAGAGTATCAAACGTA
gi|28265 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGCA
gi|28266 : -----A---TGTAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28267 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AATAAAGTATCAAACGTA
gi|28268 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACATA
gi|28269 : -----A---TATAAA-ATGGCAAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28298 : ---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
blockSeqs : TGT AA T TTG T T CTGTACAA A TT GGGATAACTGTTACTGGCATAGC TCA TTAGAA GCA
blockSeqs : . A . . . A AAC . . TTTTGCGGATTATTCCGCACT . TGG AA
blockSeqs : . . . . . . AA . . TTTTCAAAGTAATATTGACAC . TTC AA
blockSeqs : . . . . . . AA . . CAAGTTGCGTTTATCTTTTAT . TC AA
blockSeqs : . . . . . AA . . CCTGCTTCCATTTTGTATACG . GT AA
blockSeqs : . . . . . AA . . CGTACAACATCACAAGATTC . T AA
blockSeqs : . . . . . AA . . ACTGCCGTTTGTTCAAATGC . T A
blockSeqs : . . . . AG . . TCTGAAAATGTGTGCATTT . T A
blockSeqs : . . . . AG . . GCTGTGAAGTTTTTGGAGC . A A
blockSeqs : . . . . CA . . TTTGTGATTGCTATATGT . C A
blockSeqs : . . . AG . . CCTGCAAATTGTTACGC . C A
blockSeqs : . . . TA . . CCTGCAAATTGTTACGC . A A
blockSeqs : . . . AA . . TTTTGTTACTTGGTACT . T G
blockSeqs : . . . AA . . GCCTTCTTCTCTAGTC . T .
blockSeqs : . . . CA . . TTTACACATTAATAAA . C .
blockSeqs : . . . AT . . CAATAAATGTTATCAC . T .
blockSeqs : . . . AA . . CTTACAAAAGATATGT . G .
blockSeqs : . . . AA . . CCTGAAAATTGGTAC . G .
blockSeqs : . . AA . . CCAGAAAAGTTCAC . T .
blockSeqs : . . A . . ATTCACATCGTTAT . C .
blockSeqs : . . . ATTAAATTATTAT . T .
blockSeqs : . . . GTACAGGGTGTT . C .
blockSeqs : . . . CCATATTGGTC . C .
blockSeqs : . . . CCCCCTTCCC . C .
blockSeqs : . CTATTTTACA . T .
blockSeqs : TTATG . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . C .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . C .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . C .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . C .
blockSeqs : . G .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . C .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . G .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . C .
blockSeqs : . C .
blockSeqs : . G .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . C .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : CCTGCAAATTGTTACGC*********************************
originalCons : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
finalCons : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AACCTGCAAATTGTTACGC---------------------------------T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
Alignments
lowQualScore : 111 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 444 11 3 333 1 3 666666666 1 22 77777777777777777777777777777777777777777777777777 111 4444444 666 0 0
lowQualScore : ... .. . ... . . ......... . .. .................................................. ... ....... ... . .
lowQualScore : 000 99 6 777 9 8 666666666 6 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333 000 1111111 222 4 4
consensus : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
Reference ( family-160 ) : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28134 : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28135 : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28136 : AAACAAATAATG---GTGTATTTGC--GTG-AAGTATATT---CAA-A-CA------AA-T-C--AA-CCT-GC----A-AA-T--TG---T-T---A-C-------G-----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28138 : AATAGTGTGTGTGTGTGTGC--GTGTGCGTGCATT---TAA--------------T-C--AAGCCT-TC---------T--TC---TCT---A-G-------T-----C---T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28140 : TAATG---GCGTATGTAT--TTA-ACGGAAATT---TGA-G-CG------AACT-T--AA-TTTTGC----G-GA-T--TA---T-T---C-C-------G-----CACTT---A-A-----G---TATAAACATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28141 : TGTATTTATAAGTA-AAATGT-TT---CAA-ATCA---------T-T--AA-CCC-CC-----------------T-T---C-C-------------C---C---A-C-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28142 : TATTTACA-GTG-TAGTAGATT---CAG-G---------AA-T-C--A-------------------------T-T---A-T-------G---------T---A-TGG---A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28143 : TTTGG--GTG-AAAT-TATTTTGCAA-A-CT------AA-C-A--AG-TTT-TC----A-AAGTAATA---T-TG--A-C-------A-----C---T---A-C-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATC-AACGTA
gi|28146 : G-AATTATA-----CAC-A-CA------AA-T-T--AT-CGT-AC----A-A-----CA---T-C---A-C-------AAGATTC---T---G-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28147 : G-AAACAT-TT---CAA-AACA------AG-T-C--CA-G-T-AC----A-GG-G--TG---T-T-----------------------T-----T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAATATCAAACGTA
gi|28148 : -AATTAAATT---TAA-A-CG------A----T--AA-TTT-AC----A-CA-T--TA---A-T---A-A-------A---------T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28149 : AGTATGTA---TAG-A-TA---------T-C--AG-CC--------A-TA-T--TG---G-T-------------------C---T---A-TTC---A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28150 : GTGTATT---CAT-A-CACTGTACAA-T-A--GA-TTT-GT----G-A--T--TG---C-T---A-TAT-----G-----T---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28151 : TGTC---CAA-A---------AG-T-C--AA-CA--AT----A-AA-T---G---T-T---ATC-------A-----C-------A-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28152 : ACT---CAA-A-CA------CA-T-T--AA-C---------A-AG-T--TGCGTT-T---A-TCTTTT--A-----T---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28153 : TT---CAA-A-CA-----------C--AA-G---GG----ATAA-C--TG---T-T---A-CTGGCATAG-----C---T---G-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACATA
gi|28154 : T---CAA-A-CA------AG-C-C--AA-CT-----------A-T--T----T-T---A-C-------A---------T---A-G-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAATGTA
gi|28155 : T---CAATG-CA------TA-T-C--AA-TCT-GA----A-AA-TG-TG---TGC---A-T-------T-----T---T---A-G-----A---TATAAA-ATG-CGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28156 : T---TAA-A-AA------AA-TAT--AT-CTT-AC----A-AA-A---G---A-T---A-T-------G-----T---T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28158 : A-A-CA------AA-T-A--AA-ATT-------A-AA-T--TA---T-T---A-T-----------------------C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28159 : A-A-CA------CA-T-TTTAA-CCA-GA----A-AA-----G---T-T-----C-------A-----C---TTCAG-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28162 : A------AT-T-C--AA-ACT-GC----C-GT-T--TG---T-TCAAA-T-------G-----C-------A-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28164 : ------AA-T-C--AA-ATT--C----A-CA-T--CG---T-T---A-T-----------------C---A-------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28165 : ------AA-T-T--AA-GCT-GT----G-AAGT--TT---T-T---G-GA------G-----C---T---T-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28166 : ------AA-T-C--AA-TTTTGT----T-AC-T--TG---G-T---A-C-------------T---T---A-TC----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28167 : --AA-CCT-GCTTCCA-TT-T--TG---TAT---A-C-------G---------------------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28168 : -CCT-GA----A-AA-T--TG---G-T---A-C-----------------------C-----G---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGCATCAAACATA
gi|28171 : ----A-AA-A--TG---T-T-----------------------T---G-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGT
gi|28172 : -AA-T--TGG--T-T---A-G-------G-----G---T---A-T-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28173 : -AA-C--TA---T-C---A-C-------G---------------T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28176 : A-T--TG---T-T---A---------A-----T---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGTATTAAACGTA
gi|28178 : -T--TG---T-T---G-A-------G-----T---T---A-C-----AAA-TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28179 : -T--TG---A-T---A-T-------GA----T---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGTATCAAACGTA
gi|28180 : -T--TG---T-T-----------------------T---A-T-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28181 : -T--TA---T-T---A-C-------C-----C---T---G-C-----AA--TTTAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28185 : --TA---T-T---A-T-------G-----C---T---A-T-----A-----TAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAA
gi|28186 : --TG---T-T---A-C---------------------A-A-----A---TACAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28187 : G---T-T---A-C-------G---------------------A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAACCGTA
gi|28188 : ---T-T---T-C-------G-----A---T---G-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28192 : -T---A-T-------A-----C---T---AGT-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGT-TCAAACGTA
gi|28193 : ---A-T-------G-----C---T---G-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28194 : ---A-C-------A-----T---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28195 : -C-------G-----C---T---A-TTAGAAA---TATATA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28196 : -------G-----C---T---G-G-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28197 : -------G-----C---T-----T-----A---TATAAA-ATGACGAAGT-AACAAAGTATCAAACG
gi|28198 : -------G-----T---T---A-T-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGTAAACAAAGTATCAAACGTA
gi|28199 : -----C---T---A-T-----AGCATATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28200 : -----C---T---C-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28201 : -----C---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATC
gi|28203 : ---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28204 : ---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28205 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGCA
gi|28206 : ---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28207 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACATA
gi|28208 : ---T---A-G-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28209 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28210 : ---T---A-T-----AA--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28211 : ---T---A-T-----AG--TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28212 : ---T---A-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28213 : ---T---A-T-----A---TAAAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28214 : ---T---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAATGTATCAAACGTA
gi|28215 : ---T---A-A-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28216 : ---T---A-C-----G---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28217 : ---T---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AGCAAAGTATCAAACGTA
gi|28218 : ---T---A-G-----A---TATAAA-ATGGCGGAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28219 : ---T---G-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAAGGTA
gi|28229 : ---A-T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28230 : ---A-T-----A---TATAAA-ACGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28232 : ---A-C-----A---TATAAA-ATGGCGAGGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28235 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28236 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28237 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGCA
gi|28238 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATTAAACGTA
gi|28239 : -T-----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATGAAACGTA
gi|28243 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28244 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28245 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28246 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28247 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28248 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28249 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28250 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28251 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28252 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28253 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28254 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28255 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28256 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28258 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28259 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28260 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28262 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAGGTATCAAACGTA
gi|28263 : -----A---TATAAA-GTGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28264 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAGAGTATCAAACGTA
gi|28265 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGCA
gi|28266 : -----A---TGTAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28267 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AATAAAGTATCAAACGTA
gi|28268 : -----A---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACATA
gi|28269 : -----A---TATAAA-ATGGCAAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA
gi|28298 : ---TATAAA-ATGGCGAAGT-AACAAAGTATCAAACGTA