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gi|3931 : GC-AAC-TT----C------A-GAA---GT---AG-T-T---G--T--AAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3932 : GC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TGTAAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGTAG-T-A-AC-A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3933 : GC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-CAACA--ACA-T--A---A-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-T--A-TC-AA-A-TG-T-G--AATT
gi|3934 : GC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---T--T-T---G--TG-CAACC--AAA-T--A---T-GC-CA-T----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-G-A--GATT
gi|3935 : GC-AGC-TT----C------A-GATCATGT---A--T-C---G--TG-CAACA--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-CG-T-G--GA
gi|3940 : C-AAC-TT----C------A-GAAA--GT---A--T-T---G--TG-ATACT--ACAAT--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3941 : C-AAC-TT----C------A-GAA---GTG--A--T-T---G--TG-AA-CT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--ATTC-AC-A-TG-TGG--GATT
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gi|3946 : -AAC-TT----C------A-GAA---GT---A--T-TC--G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GCTCA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TGTT-G--GATT
gi|3947 : -AAC-TT----C------A-GAC---AT---A--T-T---G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-TA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TA-T-G--GACT
gi|3948 : -AAC-TT----A------A-GAC---GC---A--T-T---G--TG-AAACA--ACA-T--A---T-GC-CG-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TA-T-G--GATT
gi|3956 : AC-TT----C------A-GAA---GA---A--T-C---G--TG-CAACA--ACA-C--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GGTT
gi|3957 : AC-TT----C------A-GTC---GT---A--T-T---G--TG-CAACA--GCA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-C-G--GATT
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Reference ( family-153 ) : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
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gi|3889 : AGC-AAC-TT----CGAATTCA-GAC---TT---A--T-T---G--TG-CAACA--ACA-T--A---T-AT-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3890 : AGC-AAC-TT----A------A-GAC---GT---A--T-T---GAATA-AGA----ACA-T--A---T-GC-CT-G----A-AG--TAGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3891 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--A-T---G--TG-AAACA--ACA-A--A---T-GG-CT-G----A-AG--TGAT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TT-T-G--GATT
gi|3892 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---AT---A--T-T---C--TG-CAACA--GCA-T--A---T-TC-TA-G----A-AT--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3893 : AGC-AAC-TT----C------A-GACA--GT---A--T-T---G--TGAAAACT--ACA-T--AAATT-GC-CA-GGA--A-GG--TGGT-T-T-A-A--A-TC--A-A-TGTT-G--GATT
gi|3931 : GC-AAC-TT----C------A-GAA---GT---AG-T-T---G--T--AAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3932 : GC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TGTAAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGTAG-T-A-AC-A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3933 : GC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-CAACA--ACA-T--A---A-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-T--A-TC-AA-A-TG-T-G--AATT
gi|3934 : GC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---T--T-T---G--TG-CAACC--AAA-T--A---T-GC-CA-T----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-G-A--GATT
gi|3935 : GC-AGC-TT----C------A-GATCATGT---A--T-C---G--TG-CAACA--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-CG-T-G--GA
gi|3940 : C-AAC-TT----C------A-GAAA--GT---A--T-T---G--TG-ATACT--ACAAT--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3941 : C-AAC-TT----C------A-GAA---GTG--A--T-T---G--TG-AA-CT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--ATTC-AC-A-TG-TGG--GATT
gi|3942 : C-AAC-TTA---C------AAGAA---GT---A--T-TT--A--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-CAGG----A-AG--TGGTGG-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T----GATT
gi|3945 : -AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-AAACT--ACATT--AT--T-GC-CA-G----A-AG--TGGA-G-T-A-A--A-TC-AA-ATTG-T-G--GATT
gi|3946 : -AAC-TT----C------A-GAA---GT---A--T-TC--G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GCTCA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TGTT-G--GATT
gi|3947 : -AAC-TT----C------A-GAC---AT---A--T-T---G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-TA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TA-T-G--GACT
gi|3948 : -AAC-TT----A------A-GAC---GC---A--T-T---G--TG-AAACA--ACA-T--A---T-GC-CG-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TA-T-G--GATT
gi|3956 : AC-TT----C------A-GAA---GA---A--T-C---G--TG-CAACA--ACA-C--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GGTT
gi|3957 : AC-TT----C------A-GTC---GT---A--T-T---G--TG-CAACA--GCA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-C-G--GATT
gi|3958 : AC-TT----C------A-GAC---GC---A--T-T---G--TG-AAACA--ACA-T--A---T-GC-AA-G----A-AG--TGGT-T-T-A-T--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3992 : ------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-AA-CT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-T-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
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blockSeqs : . . A AA . . C . . . T . A G . T
blockSeqs : . . A A . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
finalCons : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
Alignments
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lowQualScore : 4 4 7777 666666 0 4444 555 44 4 999 33 2 33 6 66 111 4 8 4 2222 4 99 6 4 4 4 44 4 8 4 4 6 4 66
consensus : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
Reference ( family-153 ) : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3807 : AGC-AAC-TT----C------A-GAA---GT---A--T-T---G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
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gi|3852 : AGC-AAT-TT----T------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-AC-CA-G----G-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TA-T-G--GATT
gi|3853 : AGC-AGC-TG----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-AAACT--GCA-T--A---T-GC-CA-A----A-TG--TGGT-G-C-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3854 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-AAATT--GCA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGTT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-T--GATT
gi|3855 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---AT---A--T-T---G--TG-ATAGT--ACA-T--A---T-AC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3856 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---AT---A--T-T---G--TG-ATAGT--ACA-T--A---T-AC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3857 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC----T---A--T-T---G--TG-AAACA--ACA-T--A---T-GA-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3858 : AGT-AAC-TT----C------A-GAT---GT---A--T-T---G--TG-CAACA--ACA-T--A---T-GC-CA-A----A-AG--TGGT-G-C-A-A--A-TCAAA-A-TG-T-G--GATT
gi|3859 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC----T---A--T-T---G--TG-AA-CT--ACA-T--A---TTGA-CA-A----A-AG--TCGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3860 : AGC-AAC-TT----C------A-GGC---AT---A--T-T---G--TG-CAACA--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TA-T-G--GATT
gi|3861 : AGA-AAC-TT----C------A-AAC---GT---A--T-T---G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGAT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TA-T-C--GATT
gi|3862 : AGC-AAC-AT----C------A-AAA---GT---A--T-T---G--TA-AAACA--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-GG--TGGT-G-T-C-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3863 : AAC-AAC-TT----C------C-GAC---GT---A--T-----G--TG-AAACT--ACA-T--A---A-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3864 : AAC-AAC-TT----C------C-GAC---GT---A--T-----G--TG-AAACT--ACA-T--A---A-GC-CA-C----A-AG--TGGT-G-T-A-AATA-TC-AA-A-TG-T-GATGATT
gi|3865 : AGT-AAC-TT----C------A-GAA---GT---A--T-T---G--TG-AAACTA-ACATT--A---T-GC-CA-G----ACAG--T-GT-GAT-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3866 : AGC-AAC-TT----T------AAGAA---GT---A--TGT---A--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--T-GT---T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3867 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-AAACTAAACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AA--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AACA-TG-T-G--
gi|3868 : AGA-AAC-TT----C------A-GAC---TT---A--T-T---G--TG-CAACA--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GAT
gi|3869 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---TC---A--T-T---G--TG-AAACT--ACG-TGTA---T-GC-CA-ATTCTA-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3870 : AGC-AAC-TT----T------A-GAC---GT---G--T-T---G--TG-AAACA--ACA-T--A---T-AT-TA-G----A-AG--TGAT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3871 : AGC-AAC-TT----C------A-GAA---GT---A--T-TT--G--TG-AAAGT--ACA-T------T--C-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--G-TC-AG-A-TG-T-G--GATT
gi|3872 : AGC-AAC-TT----C------A-GAG---GT---G--T-T---G--TG-AAACT--GCA-T--G---T-GC-CA-G----G-AG--TGGT-G-T-A-G--G-TC-GG-G-TG-T-G--GATT
gi|3873 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-TATTG--TG-AAACT--ACA-T--A---C-GC-CA-G----A-AG---GGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-A-G--GA
gi|3874 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---TT---A--T-T---G--TG-AAATC--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGTT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-
gi|3875 : AGT-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-----G--TG-AA-CT--ATA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T---A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3876 : AGC-AAC-TT----C------A-GAA---GT---A--T-T---G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-A----A-AA--T
gi|3877 : AGC-AAC-TT----C------A-GAA---GT---A--T-T---G--TG-AACTT--A-A-T--A---T-G--CA-G----A-AAGTTGGTGG-T-A-A--A-TC-AA-A-TGTT-G--GATTt
gi|3878 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---GC---A--T-T---G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGAT-G-T-A-A--A-TA-AA-A-
gi|3879 : AGC-AAC-TT----C------AAGAC---GT---A--T-T---G--TG--AACTG-ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-AT-A-TC--A-A-TG-T-G--GATT
gi|3880 : AGC-AAC-TG----C------A-GAG---G----A--T-T---G--TA-AAACT--ACATT--A---T-GT-CA------A-AG--TTGT-G-T-ACA--A-TC-AA-A-TG-T-G--AATT
gi|3881 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---GA---T--T-T---G--TG-TAACT--ACA-T--A---T-GT-CA-A----A-AG--TGGT-G-T-A-T--A-TC-AA-A-TG-T-A--GA
gi|3882 : AGC-AAC-TC----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TA-CAACA--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TAGT-G----------TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3883 : AGC-GAC-TT----C------A-GAA---GT---A--T-T---G--TG-CAACA--GCA-T--------GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-T--A-TC-AA-A-AG-T-G--GATT
gi|3884 : AGA-AAC-TT----C------A-GAG---AT---G--T-T---G--CG-CAACA--ACA-A--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TA-T-G--GATT
gi|3885 : AGC-AGC-TT----A------A-GATA--GT---A--T-T---G--TGAAAACT--A-A-T--A---T-GC-AA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--G
gi|3886 : AGC-ATC-TT----C------A-CTT---GT---A--T-T---A--TG-AAACA--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-TG--TTGC-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-A--GATT
gi|3887 : AGC-AAC-TT----C------A-GA----GT---A--T-T---GA-TG-AAACT--ACA-T--A---T-TG-CA-A----G-AT--TGGT-G-T---A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GA
gi|3888 : AGC-AAC-TTT---C------A-GAA---GTCACA--G-T---G--TG-AA-CT---CA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-TAA-A--A-TCAAA-A-TG-T-G--GATT
gi|3889 : AGC-AAC-TT----CGAATTCA-GAC---TT---A--T-T---G--TG-CAACA--ACA-T--A---T-AT-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3890 : AGC-AAC-TT----A------A-GAC---GT---A--T-T---GAATA-AGA----ACA-T--A---T-GC-CT-G----A-AG--TAGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3891 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--A-T---G--TG-AAACA--ACA-A--A---T-GG-CT-G----A-AG--TGAT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TT-T-G--GATT
gi|3892 : AGC-AAC-TT----C------A-GAC---AT---A--T-T---C--TG-CAACA--GCA-T--A---T-TC-TA-G----A-AT--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3893 : AGC-AAC-TT----C------A-GACA--GT---A--T-T---G--TGAAAACT--ACA-T--AAATT-GC-CA-GGA--A-GG--TGGT-T-T-A-A--A-TC--A-A-TGTT-G--GATT
gi|3931 : GC-AAC-TT----C------A-GAA---GT---AG-T-T---G--T--AAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3932 : GC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TGTAAACT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGTAG-T-A-AC-A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3933 : GC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-CAACA--ACA-T--A---A-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-T--A-TC-AA-A-TG-T-G--AATT
gi|3934 : GC-AAC-TT----C------A-GAC---GT---T--T-T---G--TG-CAACC--AAA-T--A---T-GC-CA-T----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-G-A--GATT
gi|3935 : GC-AGC-TT----C------A-GATCATGT---A--T-C---G--TG-CAACA--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-CG-T-G--GA
gi|3940 : C-AAC-TT----C------A-GAAA--GT---A--T-T---G--TG-ATACT--ACAAT--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3941 : C-AAC-TT----C------A-GAA---GTG--A--T-T---G--TG-AA-CT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--ATTC-AC-A-TG-TGG--GATT
gi|3942 : C-AAC-TTA---C------AAGAA---GT---A--T-TT--A--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-CAGG----A-AG--TGGTGG-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T----GATT
gi|3945 : -AAC-TT----C------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-AAACT--ACATT--AT--T-GC-CA-G----A-AG--TGGA-G-T-A-A--A-TC-AA-ATTG-T-G--GATT
gi|3946 : -AAC-TT----C------A-GAA---GT---A--T-TC--G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GCTCA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TGTT-G--GATT
gi|3947 : -AAC-TT----C------A-GAC---AT---A--T-T---G--TG-AAACT--ACA-T--A---T-GC-TA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TA-T-G--GACT
gi|3948 : -AAC-TT----A------A-GAC---GC---A--T-T---G--TG-AAACA--ACA-T--A---T-GC-CG-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TA-T-G--GATT
gi|3956 : AC-TT----C------A-GAA---GA---A--T-C---G--TG-CAACA--ACA-C--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GGTT
gi|3957 : AC-TT----C------A-GTC---GT---A--T-T---G--TG-CAACA--GCA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-A-A--A-TC-AA-A-TG-C-G--GATT
gi|3958 : AC-TT----C------A-GAC---GC---A--T-T---G--TG-AAACA--ACA-T--A---T-GC-AA-G----A-AG--TGGT-T-T-A-T--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT
gi|3992 : ------A-GAC---GT---A--T-T---G--TG-AA-CT--ACA-T--A---T-GC-CA-G----A-AG--TGGT-G-T-T-A--A-TC-AA-A-TG-T-G--GATT