lowQualScore : 4 2 4
lowQualScore : 3 666 333 2 1 33 11 11 11 99 0 1111 1 0 2 0 0 0 00 11111 0 1 1 0 0 33333333333 0 0 0 11111 0 0 11 11 0 111 11 11 0 0 0 00 00 0 22 2222 1 0 999 33 8888 66 0 3 0
lowQualScore : . ... ... . . .. .. .. .. .. . .... . . . . . . .. ..... . . . . . ........... . . . ..... . . .. .. . ... .. .. . . . .. .. . .. .... . . ... .. .... .. . . .
lowQualScore : 2 000 777 1 5 00 55 00 55 99 4 3333 2 4 0 4 4 4 66 00000 4 2 2 8 8 11111111111 8 4 4 88888 8 4 44 00 4 777 00 00 4 8 4 66 99 6 88 5555 3 6 666 11 9999 55 0 7 0
consensus : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AAG---T--TA--T-CACTNNTACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTGA-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
Reference ( gi|3358 ) : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AAA---T--TA--T-CACTGATACTTATGGTACTGAAACTTTACACAAGATCTGAATCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAATTTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3356 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T----TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AAAA--T--TA--T-CACTGATACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTGA-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3355 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T----TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AAAA--T--TA--T-CACTGATACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTGA-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3357 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T----TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A----C-TCC----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AAA---T--TA--T-CACTGATACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTGAATCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3359 : AAGCTACTATT---CTTTGCATAAAA-------A-G-TAAT--GTTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-TAATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-AA--T--TT-T---A--CT--TG-C-AAA-C--T--A-A--A----TA-A-AAA---T--
gi|3369 : TTTACCACGAAC--A---A-T-T--GGAATTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-CG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--AA-C-AAA-C--
gi|3373 : TTA-GTCAAAG--T---G-T-T--T--ACTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTTTTAT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3377 : ACGTTAA----C---G-T-T--T--ACTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-AAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TC-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3378 : GTTAGAT--T---A-T-T--C--CCTA--------A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T----A--A----TA-A-AA
gi|3382 : CAAAT--TGGAA-T-T--T----TA-A--GA--A--T-TTTAAAAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-------------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3385 : AAACAGT---A-T-T--T--ACTATA--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AAA-CA-----TT-T---A--CT--CA-CAAAA-C--T--G----A----TA-A-AA
gi|3392 : AAC--T---AATGT--T--ATTATG--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------T-AA-C-TC-----A-GGA-CA--A--TT-T---A--CT--CA-T-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3394 : AT--T---A-T-T--T--ACTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TCT----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3404 : --T---A-T-T--C--ATTATA--GG--A--T-C----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-CG-TT-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGG-CA--T--TT-T---A--TT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----
gi|3402 : --T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---------ATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AAAC-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3405 : --T---A-T-T--T--ATTATA--GT--A--T------AAA-CATT-C-TTGT----AA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CTCACA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-ATAAA---
gi|3415 : ---A-T-T--T--ACTATA--AG--A--T-T----ATA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTG--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3418 : ---A-T-T--T--ACTATA--AGGAA--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA--AATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-TAGAA--CT--CA-C-AAA-C--T--A-A--A----TA-A-AAG---T--T
gi|3417 : ---A-T-T--T--AT-ATA--GG--A--T-TT---AAA-CAT--C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T--GA-CG--T--TC-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3390 : ---A-T-TA-T--ATTAAA--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TGTT-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3411 : a-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3380 : a-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3412 : ttaaa-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT---T-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3361 : a-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-T-CTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3414 : ctattacaattttatcagg-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-T-TC-----T-GGT-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3387 : a-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-T-A-TG-TG-TGAATAAAATATA-AA-T-GC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3434 : aaa-T--T--ATTA----GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-
gi|3372 : -T--C--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-C-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--A--TT-T---A--CC--NA-
gi|3403 : tttttgtcaaga--T--ACTATA--GG--A--T-T----AT--CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3413 : ta--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-TA--A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3391 : a--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATGT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TA-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--T-A--A----CATA-AAA---T--T
gi|3406 : aaca--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-A-TTTT-T-GAC-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TT-T-----------A-AT-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3407 : ta--T--ATTATACCGG--A--T-T----AAA-CATT-T-TTTTTT-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-TA----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CAC-T--TT-T---AACCC--CA-C-AAA-C--T--GAA--A----TA-A-AAG---T--
gi|3370 : --ATTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-CG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--AA-C-AAA-C--
gi|3371 : tttaccatgaacaattgga--ATTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--TT--AA-C-AAA-C--
gi|3379 : tttaccatgaacaattgga--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-AG--T--TT-
gi|3374 : gtgaaatac--ATTATA--AG--AAGT-T----AAA-CAGT-T-CTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-TA----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT--------CT--CA-C-AAA-C--
gi|3368 : ttacagtgcaaattga--ATTATA--AG--AA-T-T----AAA--ATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----CAG-A-TG-TG-TA----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--G--TT-T---AT-CT--CA-C-AAA-C--
gi|3448 : tttacagtgacaaattggaTTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AAG---T--
gi|3437 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--C--G-A--A----TA-A-AAgcgaagcaattctgctgactactaaagataaaatttagtgacaaaaagac
gi|3443 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-GGA-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-A
gi|3446 : TTGTA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----A-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3450 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-A-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-A-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-
gi|3435 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GGA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--A-A--A----TA-A-AAG---T--
gi|3459 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--A-AC-A----TA-A-AAG---T--
gi|3447 : TTGTA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----A-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C--AA-C--T--G-A--A----TA-A-gcttcgcacttttattcattttgtgagtaaaaa
gi|3451 : TTATA--AGC-A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--T-AACA----TA-A-AAA---
gi|3456 : TTATA--GG--A--T-T----AAC-CATT-C-TTTA-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----TGGGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAG-C--T--G-A--A----TT-A-AAA---at
gi|3444 : TTATA--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A--G-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3463 : TTATA--AG--AA-TAT----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AGA-CA------T-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3458 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-T-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3442 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-T-CTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----TGGGA-CA--T--TTAT---A--CT---A-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AAA---
gi|3452 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-CTTTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TGATG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--TTCTT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--gt
gi|3464 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-CC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3460 : TTATAT-GG--A--T------AAA-C--T-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CAT-T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-A--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3474 : TTATA--AG--AA-T-T----AAG-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-TGA-CA--T--AT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--T-A--A----CA-T-AAA---T--T
gi|3439 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-ATTG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-ACA-C--
gi|3438 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-ATTG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-ACA-C--
gi|3445 : TTATG--AG-----T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-C-TG-TG-T-------------AA-C-T------T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3436 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GGA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A---T--CA-C-AAA-C--
gi|3469 : TTATA--AG--AA-C-G----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-AAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3467 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GTA-GAATT---AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3466 : TTATA--AG--A--A-T----TAA-CGTT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3441 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-G-A-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TGTT-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3453 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAAAGAATTT--AT-----C-GGA-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C--AA-C--T--C-AC-A----TA-A-AAA---
gi|3462 : TTATA--GG--A--T-T----AAAACATT-CCTTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-AG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CACC-AAA-C--
gi|3477 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---C--TT--CA-A-AAA-C--T--T-A--A----CATA-AAA---G--TACTT-CAC
gi|3471 : TTATA--AG--A--A-T----AAAACATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-A-A-TG-CA-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3468 : TTATA--AG--AA-T-T----ATA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AA
gi|3472 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-T-TG-AG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AGA-CATTT--TT-T---T--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3455 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CTTA-T-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-G-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3476 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAA-TT--AT-----C-G-A-TGTTG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--TC-TT-T---A--CT--CA-C-AA
gi|3475 : TTATA--AGGAA--T-T----ATA-CATTTC-TTTT-T-GAA-AAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA-----TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3479 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA--A--T--TT-T---C--TC--CA-C-AAG-C--
gi|3461 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-AAA-GAATTT--AT-----T-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAAGCA--T--CT-T---A--TT--CA-C-AAG-C--
gi|3496 : TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AAg
gi|3501 : TATA--CG--A--T-T----AAA-CAAT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AC-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3500 : TATA--G---A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-CCAT--G-A--A----TA-A-AA
gi|3499 : TATA--AG--AA-T-T----AAA-TATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3425 : TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-CTTTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C---A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-CAAAA-C--T--A-A--G----TA-A-AAG---T--
gi|3498 : tcTATG--AG--T--T-C----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-ACTG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA-----TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3502 : TATA--AG--A--A-T----AAAACATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TA-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3506 : TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT---TTTT-T-GAA-GAATTT---T-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C--A-----T-GGA--A--T--TT-TTA-A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3508 : TATA--AG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------ATAA-CGTC-----T-GGA-AA--T--TT-T---A--TC--CT-C-AAA-C--
gi|3504 : TATA--GG--A--T------AAA-C--T-C-TTTT---GAA-GAATT---AT-----C-GGA-TG-TG-------------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C-----G-A--A----TA-A-AA
gi|3426 : ATA--GG--A--T------AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3514 : ttaATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-CGTTTT-T-GAA-GAATGT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--A-A--A----TA-A-AAG---T--
gi|3516 : ATA--GG--A--T-T----AAC-CATT-C-TTTT-T-GAA-GATTTT--AT-----C-G-A-TG-AG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3517 : ATG--GG--A--C-T----AGG-CATT-C-TTTT-T-AAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------ACAA-C-TC-----T-AGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-
gi|3518 : ATA--AG--A--T-A----AAA-CATT-G-TTTT-T-GAA-GAATTC--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TCTGTAGT-GGA-CA--T--TT-C---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3427 : ATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--ATATTATC-G-A-TG-TG-T-----------A-A--C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-G--TGCG-A--AGCACTT-A-AAA---T--TA--T-
gi|3522 : ttaTA--GG--A--A-T----AAA-CATT-C-TCTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-C-----------A-AA-C-TC-----T-GCA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-A
gi|3520 : TA--AA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-T-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--GT-T---A--CTC-CA-C-AAA-C--T--T-A--ACAC-TA-A-AAG---TGCTT--TGCACTTTTATTCATGGT
gi|3524 : A--GA--A--T-T----CAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----T-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AAttg
gi|3523 : A--GA--A--T-T----CAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----T-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
gi|3527 : A--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--TA-C-AAATT--T--G-AC-A----TA-A-AAGTGCT--TA--G-CACTTTTATTTA
gi|3528 : A--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-TCGAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--TA-C--AA-T--T--G-A--C----TA-A-AAGTGCT--TA--G-CACTTTTATTTA
gi|3530 : A--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TATT-T-GAA-GAGTTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TT-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AA
gi|3536 : --A--T-T----AAA-CATT-CATTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-T-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3539 : ----AAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-CG-TG-C-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--A--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--G-A--A----TA-A-AA
Alignments
lowQualScore : 111 111 1
lowQualScore : 0 444 333 2 1 22 11 11 11 99 0 1111 1 0 2 0 0 0 00 11111 0 1 1 0 0 33333333333 0 0 0 11111 0 0 11 00 0 111 11 11 0 0 0 00 0 33 111 1 0 111 33 5 22 6 111 0
lowQualScore : . ... ... . . .. .. .. .. .. . .... . . . . . . .. ..... . . . . . ........... . . . ..... . . .. .. . ... .. .. . . . .. . .. ... . . ... .. . .. . ... .
lowQualScore : 8 888 555 0 4 99 44 00 55 88 4 2222 2 4 0 4 4 4 55 00000 4 2 2 8 8 11111111111 8 4 4 88888 8 4 44 99 4 777 00 00 4 8 4 66 6 77 777 3 6 777 11 0 00 7 000 0
consensus : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAG---T--TAT-CACTNNTACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-A-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
Reference ( family-152 ) : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAG---T--TAT-CACTNNTACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-A-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3355 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T----TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C--TTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---TAA-AAAA---T--TAT-CACTGATACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-A-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3356 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T----TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C--TTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---TAA-AAAA---T--TAT-CACTGATACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-A-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3357 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T----TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A----C-TCC----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAA---T--TAT-CACTGATACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-AATCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3358 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAA---T--TAT-CACTGATACTTATGGTACTGAAACTTTACACAAGATCTGAA-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAATTTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3359 : AAGCTACTATT---CTTTGCATAAAA-------A-G-TAAT--GTTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-TAATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-AA--T--TT-T---A--CT--TG-C-AAA-C--TA-A--A---T-A-AAAA---T--
gi|3361 : -T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-T-CTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3368 : ctattacaattttatcagg--ATTATA--AG--AA-T-T----AAA--ATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----CAG-A-TG-TG-TA----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--G--TT-T---AT-CT--CA-C-AAA-C--
gi|3369 : tttacagtgacaaattggaTTTACCACGAAC--A---A-T-T--GGAATTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-CG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--AA-C-AAA-C--
gi|3370 : --ATTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-CG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--AA-C-AAA-C--
gi|3371 : tttaccatgaacaattgga--ATTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--TT--AA-C-AAA-C--
gi|3372 : tttaccatgaacaattgga-T--C--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-C-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--A--TT-T---A--CC--NA-
gi|3373 : tttttgtcaagaTTA-GTCAAAG--T---G-T-T--T--ACTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTTTTAT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3374 : --ATTATA--AG--AAGT-T----AAA-CAGT-T-CTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-TA----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT--------CT--CA-C-AAA-C--
gi|3377 : ttacagtgcaaattgaACGTTAA----C---G-T-T--T--ACTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-AAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TC-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3378 : GTTAGAT--T---A-T-T--C--CCTA--------A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--A--A---T-A-AAA
gi|3379 : --ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-AG--T--TT-
gi|3380 : gtgaaatac-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3382 : ttaaaCAAAT--TGGAA-T-T--T----TA-A--GA--A--T-TTTAAAAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-------------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3385 : AAACAGT---A-T-T--T--ACTATA--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AAA-CA-----TT-T---A--CT--CA-CAAAA-C--TG----A---T-A-AAA
gi|3387 : -T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-T-A-TG-TG-TGAATAAAATATA-AA-T-GC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3390 : aaa---A-T-TA-T--ATTAAA--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TGTT-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3391 : a--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATGT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TA-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TT-A--A---C-ATAAAA---T--T
gi|3392 : aacaAAC--T---AATGT--T--ATTATG--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------T-AA-C-TC-----A-GGA-CA--A--TT-T---A--CT--CA-T-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3394 : AT--T---A-T-T--T--ACTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TCT----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3402 : --T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---------ATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AAAC-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3403 : --T--ACTATA--GG--A--T-T----AT--CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3404 : ta--T---A-T-T--C--ATTATA--GG--A--T-C----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-CG-TT-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGG-CA--T--TT-T---A--TT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---
gi|3405 : --T---A-T-T--T--ATTATA--GT--A--T------AAA-CATT-C-TTGT----AA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CTCACA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-A
gi|3406 : --T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-A-TTTT-T-GAC-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TT-T-----------A-AT-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--taaa
gi|3407 : ta--T--ATTATACCGG--A--T-T----AAA-CATT-T-TTTTTT-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-TA----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CAC-T--TT-T---AACCC--CA-C-AAA-C--TGAA--A---T-A-AAAG---T--
gi|3411 : -T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3412 : a-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT---T-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3413 : a--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-TA--A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3414 : a-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-T-TC-----T-GGT-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3415 : a---A-T-T--T--ACTATA--AG--A--T-T----ATA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTG--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3417 : ---A-T-T--T--AT-ATA--GG--A--T-TT---AAA-CAT--C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T--GA-CG--T--TC-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3418 : ---A-T-T--T--ACTATA--AGGAA--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA--AATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-TAGAA--CT--CA-C-AAA-C--TA-A--A---T-A-AAAG---T--T
gi|3425 : TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-CTTTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C---A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-CAAAA-C--TA-A--G---T-A-AAAG---T--
gi|3426 : tcATA--GG--A--T------AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3427 : ttaATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--ATATTATC-G-A-TG-TG-T-----------A-A--C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-G--TG-
gi|3434 : tta-T--T--ATTA----GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-cgaagcacttaaaattat
gi|3435 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GGA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TA-A--A---T-A-AAAG---T--
gi|3436 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GGA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A---T--CA-C-AAA-C--
gi|3437 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--CG-A--A---T-A-AAA
gi|3438 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-ATTG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-ACA-C--
gi|3439 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-ATTG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-ACA-C--
gi|3441 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-G-A-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TGTT-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3442 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-T-CTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----TGGGA-CA--T--TTAT---A--CT---A-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3443 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-GGA-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAagt
gi|3444 : TTATA--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A--G-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3445 : TTATG--AG-----T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-C-TG-TG-T-------------AA-C-T------T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3446 : TTGTA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----A-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3447 : TTGTA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----A-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C--AA-C--TG-A--A---T-A-A
gi|3448 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAG---T--
gi|3450 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-A-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-A-AAA-C--TG-A--A---T-A-Agcgaagcaattctgctgactactaaagataaaatttagtgacaaaaagac
gi|3451 : TTATA--AGC-A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TT-AACA---T-A-AAA
gi|3452 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-CTTTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TGATG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--TTCTT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--aat
gi|3453 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAAAGAATTT--AT-----C-GGA-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C--AA-C--TC-AC-A---T-A-AAA
gi|3455 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CTTA-T-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-G-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--a
gi|3456 : TTATA--GG--A--T-T----AAC-CATT-C-TTTA-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----TGGGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAG-C--TG-A--AT--T-A-AAA
gi|3458 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-T-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3459 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TA-AC-A---T-A-AAAGTGCT--TCG-CACTTTTATTCATTTTG-TGA
gi|3460 : TTATAT-GG--A--T------AAA-C--T-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CAT-T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-A--TG-A--A---T-A-AAAgtaaaaa
gi|3461 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-AAA-GAATTT--AT-----T-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAAGCA--T--CT-T---A--TT--CA-C-AAG-C--
gi|3462 : TTATA--GG--A--T-T----AAAACATT-CCTTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-AG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CACC-AAA-C--g
gi|3463 : TTATA--AG--AA-TAT----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AGA-CA------T-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3464 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-CC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3466 : TTATA--AG--A--A-T----TAA-CGTT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3467 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GTA-GAATT---AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3468 : TTATA--AG--AA-T-T----ATA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AA
gi|3469 : TTATA--AG--AA-C-G----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-AAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3471 : TTATA--AG--A--A-T----AAAACATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-A-A-TG-CA-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3472 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-T-TG-AG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AGA-CATTT--TT-T---T--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3474 : TTATA--AG--AA-T-T----AAG-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-TGA-CA--T--AT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TT-A--A---C-A-TAAA---T--T
gi|3475 : TTATA--AGGAA--T-T----ATA-CATTTC-TTTT-T-GAA-AAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA-----TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3476 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAA-TT--AT-----C-G-A-TGTTG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--TC-TT-T---A--CT--CA-C-AA
gi|3477 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---C--TT--CA-A-AAA-C--TT-AACA---T-A-AAAG---T--
gi|3479 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA--A--T--TT-T---C--TC--CA-C-AAG-C--acttcac
gi|3496 : TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3498 : TATG--AG--T--T-C----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-ACTG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA-----TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3499 : TATA--AG--AA-T-T----AAA-TATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3500 : TATA--G---A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-CCATG-A--A---T-A-AAA
gi|3501 : TATA--CG--A--T-T----AAA-CAAT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AC-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3502 : TATA--AG--A--A-T----AAAACATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TA-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3504 : TATA--GG--A--T------AAA-C--T-C-TTTT---GAA-GAATT---AT-----C-GGA-TG-TG-------------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C---G-A--A---T-A-AAA
gi|3506 : TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT---TTTT-T-GAA-GAATTT---T-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C--A-----T-GGA--A--T--TT-TTA-A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3508 : TATA--AG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------ATAA-CGTC-----T-GGA-AA--T--TT-T---A--TC--CT-C-AAA-C--
gi|3514 : ATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-CGTTTT-T-GAA-GAATGT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TA-A--A---T-A-AAAG---T--
gi|3516 : ATA--GG--A--T-T----AAC-CATT-C-TTTT-T-GAA-GATTTT--AT-----C-G-A-TG-AG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3517 : ATG--GG--A--C-T----AGG-CATT-C-TTTT-T-AAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------ACAA-C-TC-----T-AGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-A
gi|3518 : ATA--AG--A--T-A----AAA-CATT-G-TTTT-T-GAA-GAATTC--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TCTGTAGT-GGA-CA--T--TT-C---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3520 : TA--AA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-T-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--GT-T---A--CTC-CA-C-AAA-C--TT-A--ACACT-A-AAAG---TGCTTTGCACTTTTATTCATGGTT-TG
gi|3522 : TA--GG--A--A-T----AAA-CATT-C-TCTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-C-----------A-AA-C-TC-----T-GCA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AA
gi|3523 : A--GA--A--T-T----CAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----T-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3524 : A--GA--A--T-T----CAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----T-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3527 : A--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--TA-C-AAATT--TG-AC-A---T-A-AAAGTGCT--TAG-CACTTTTATTTA
gi|3528 : A--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-TCGAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--TA-C--AA-T--TG-A--C---T-A-AAAGTGCT--TAG-CACTTTTATTTA
gi|3530 : A--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TATT-T-GAA-GAGTTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TT-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AA
gi|3536 : --A--T-T----AAA-CATT-CATTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-T-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3539 : ----AAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-CG-TG-C-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--A--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
Alignments
lowQualScore : 111 111 1
lowQualScore : 0 444 333 2 1 22 11 11 11 99 0 1111 1 0 2 0 0 0 00 11111 0 1 1 0 0 33333333333 0 0 0 11111 0 0 11 00 0 111 11 11 0 0 0 00 0 33 111 1 0 111 33 5 22 6 111 0
lowQualScore : . ... ... . . .. .. .. .. .. . .... . . . . . . .. ..... . . . . . ........... . . . ..... . . .. .. . ... .. .. . . . .. . .. ... . . ... .. . .. . ... .
lowQualScore : 8 888 555 0 4 99 44 00 55 88 4 2222 2 4 0 4 4 4 55 00000 4 2 2 8 8 11111111111 8 4 4 88888 8 4 44 99 4 777 00 00 4 8 4 66 6 77 777 3 6 777 11 0 00 7 000 0
consensus : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAG---T--TAT-CACTNNTACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-A-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
Reference ( family-152 ) : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAG---T--TAT-CACTNNTACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-A-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3355 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T----TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C--TTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---TAA-AAAA---T--TAT-CACTGATACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-A-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3356 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T----TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C--TTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---TAA-AAAA---T--TAT-CACTGATACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-A-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3357 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T----TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A----C-TCC----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAA---T--TAT-CACTGATACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-AATCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3358 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAA---T--TAT-CACTGATACTTATGGTACTGAAACTTTACACAAGATCTGAA-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAATTTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3359 : AAGCTACTATT---CTTTGCATAAAA-------A-G-TAAT--GTTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-TAATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-AA--T--TT-T---A--CT--TG-C-AAA-C--TA-A--A---T-A-AAAA---T--
gi|3361 : -T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-T-CTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3368 : ctattacaattttatcagg--ATTATA--AG--AA-T-T----AAA--ATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----CAG-A-TG-TG-TA----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--G--TT-T---AT-CT--CA-C-AAA-C--
gi|3369 : tttacagtgacaaattggaTTTACCACGAAC--A---A-T-T--GGAATTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-CG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--AA-C-AAA-C--
gi|3370 : --ATTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-CG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--AA-C-AAA-C--
gi|3371 : tttaccatgaacaattgga--ATTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--TT--AA-C-AAA-C--
gi|3372 : tttaccatgaacaattgga-T--C--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-C-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--A--TT-T---A--CC--NA-
gi|3373 : tttttgtcaagaTTA-GTCAAAG--T---G-T-T--T--ACTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTTTTAT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3374 : --ATTATA--AG--AAGT-T----AAA-CAGT-T-CTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-TA----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT--------CT--CA-C-AAA-C--
gi|3377 : ttacagtgcaaattgaACGTTAA----C---G-T-T--T--ACTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-AAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TC-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3378 : GTTAGAT--T---A-T-T--C--CCTA--------A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--A--A---T-A-AAA
gi|3379 : --ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-AG--T--TT-
gi|3380 : gtgaaatac-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3382 : ttaaaCAAAT--TGGAA-T-T--T----TA-A--GA--A--T-TTTAAAAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-------------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3385 : AAACAGT---A-T-T--T--ACTATA--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AAA-CA-----TT-T---A--CT--CA-CAAAA-C--TG----A---T-A-AAA
gi|3387 : -T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-T-A-TG-TG-TGAATAAAATATA-AA-T-GC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3390 : aaa---A-T-TA-T--ATTAAA--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TGTT-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3391 : a--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATGT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TA-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TT-A--A---C-ATAAAA---T--T
gi|3392 : aacaAAC--T---AATGT--T--ATTATG--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------T-AA-C-TC-----A-GGA-CA--A--TT-T---A--CT--CA-T-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3394 : AT--T---A-T-T--T--ACTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TCT----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3402 : --T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---------ATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AAAC-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3403 : --T--ACTATA--GG--A--T-T----AT--CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3404 : ta--T---A-T-T--C--ATTATA--GG--A--T-C----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-CG-TT-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGG-CA--T--TT-T---A--TT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---
gi|3405 : --T---A-T-T--T--ATTATA--GT--A--T------AAA-CATT-C-TTGT----AA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CTCACA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-A
gi|3406 : --T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-A-TTTT-T-GAC-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TT-T-----------A-AT-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--taaa
gi|3407 : ta--T--ATTATACCGG--A--T-T----AAA-CATT-T-TTTTTT-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-TA----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CAC-T--TT-T---AACCC--CA-C-AAA-C--TGAA--A---T-A-AAAG---T--
gi|3411 : -T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3412 : a-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT---T-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3413 : a--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-TA--A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3414 : a-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-T-TC-----T-GGT-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3415 : a---A-T-T--T--ACTATA--AG--A--T-T----ATA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTG--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3417 : ---A-T-T--T--AT-ATA--GG--A--T-TT---AAA-CAT--C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T--GA-CG--T--TC-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3418 : ---A-T-T--T--ACTATA--AGGAA--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA--AATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-TAGAA--CT--CA-C-AAA-C--TA-A--A---T-A-AAAG---T--T
gi|3425 : TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-CTTTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C---A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-CAAAA-C--TA-A--G---T-A-AAAG---T--
gi|3426 : tcATA--GG--A--T------AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3427 : ttaATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--ATATTATC-G-A-TG-TG-T-----------A-A--C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-G--TG-
gi|3434 : tta-T--T--ATTA----GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-cgaagcacttaaaattat
gi|3435 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GGA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TA-A--A---T-A-AAAG---T--
gi|3436 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GGA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A---T--CA-C-AAA-C--
gi|3437 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--CG-A--A---T-A-AAA
gi|3438 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-ATTG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-ACA-C--
gi|3439 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-ATTG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-ACA-C--
gi|3441 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-G-A-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TGTT-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3442 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-T-CTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----TGGGA-CA--T--TTAT---A--CT---A-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3443 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-GGA-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAagt
gi|3444 : TTATA--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A--G-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3445 : TTATG--AG-----T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-C-TG-TG-T-------------AA-C-T------T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3446 : TTGTA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----A-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3447 : TTGTA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----A-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C--AA-C--TG-A--A---T-A-A
gi|3448 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAG---T--
gi|3450 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-A-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-A-AAA-C--TG-A--A---T-A-Agcgaagcaattctgctgactactaaagataaaatttagtgacaaaaagac
gi|3451 : TTATA--AGC-A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TT-AACA---T-A-AAA
gi|3452 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-CTTTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TGATG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--TTCTT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--aat
gi|3453 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAAAGAATTT--AT-----C-GGA-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C--AA-C--TC-AC-A---T-A-AAA
gi|3455 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CTTA-T-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-G-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--a
gi|3456 : TTATA--GG--A--T-T----AAC-CATT-C-TTTA-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----TGGGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAG-C--TG-A--AT--T-A-AAA
gi|3458 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-T-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3459 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TA-AC-A---T-A-AAAGTGCT--TCG-CACTTTTATTCATTTTG-TGA
gi|3460 : TTATAT-GG--A--T------AAA-C--T-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CAT-T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-A--TG-A--A---T-A-AAAgtaaaaa
gi|3461 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-AAA-GAATTT--AT-----T-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAAGCA--T--CT-T---A--TT--CA-C-AAG-C--
gi|3462 : TTATA--GG--A--T-T----AAAACATT-CCTTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-AG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CACC-AAA-C--g
gi|3463 : TTATA--AG--AA-TAT----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AGA-CA------T-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3464 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-CC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3466 : TTATA--AG--A--A-T----TAA-CGTT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3467 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GTA-GAATT---AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3468 : TTATA--AG--AA-T-T----ATA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AA
gi|3469 : TTATA--AG--AA-C-G----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-AAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3471 : TTATA--AG--A--A-T----AAAACATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-A-A-TG-CA-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3472 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-T-TG-AG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AGA-CATTT--TT-T---T--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3474 : TTATA--AG--AA-T-T----AAG-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-TGA-CA--T--AT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TT-A--A---C-A-TAAA---T--T
gi|3475 : TTATA--AGGAA--T-T----ATA-CATTTC-TTTT-T-GAA-AAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA-----TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3476 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAA-TT--AT-----C-G-A-TGTTG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--TC-TT-T---A--CT--CA-C-AA
gi|3477 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---C--TT--CA-A-AAA-C--TT-AACA---T-A-AAAG---T--
gi|3479 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA--A--T--TT-T---C--TC--CA-C-AAG-C--acttcac
gi|3496 : TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3498 : TATG--AG--T--T-C----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-ACTG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA-----TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3499 : TATA--AG--AA-T-T----AAA-TATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3500 : TATA--G---A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-CCATG-A--A---T-A-AAA
gi|3501 : TATA--CG--A--T-T----AAA-CAAT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AC-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3502 : TATA--AG--A--A-T----AAAACATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TA-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3504 : TATA--GG--A--T------AAA-C--T-C-TTTT---GAA-GAATT---AT-----C-GGA-TG-TG-------------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C---G-A--A---T-A-AAA
gi|3506 : TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT---TTTT-T-GAA-GAATTT---T-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C--A-----T-GGA--A--T--TT-TTA-A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3508 : TATA--AG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------ATAA-CGTC-----T-GGA-AA--T--TT-T---A--TC--CT-C-AAA-C--
gi|3514 : ATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-CGTTTT-T-GAA-GAATGT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TA-A--A---T-A-AAAG---T--
gi|3516 : ATA--GG--A--T-T----AAC-CATT-C-TTTT-T-GAA-GATTTT--AT-----C-G-A-TG-AG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3517 : ATG--GG--A--C-T----AGG-CATT-C-TTTT-T-AAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------ACAA-C-TC-----T-AGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-A
gi|3518 : ATA--AG--A--T-A----AAA-CATT-G-TTTT-T-GAA-GAATTC--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TCTGTAGT-GGA-CA--T--TT-C---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3520 : TA--AA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-T-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--GT-T---A--CTC-CA-C-AAA-C--TT-A--ACACT-A-AAAG---TGCTTTGCACTTTTATTCATGGTT-TG
gi|3522 : TA--GG--A--A-T----AAA-CATT-C-TCTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-C-----------A-AA-C-TC-----T-GCA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AA
gi|3523 : A--GA--A--T-T----CAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----T-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3524 : A--GA--A--T-T----CAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----T-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3527 : A--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--TA-C-AAATT--TG-AC-A---T-A-AAAGTGCT--TAG-CACTTTTATTTA
gi|3528 : A--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-TCGAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--TA-C--AA-T--TG-A--C---T-A-AAAGTGCT--TAG-CACTTTTATTTA
gi|3530 : A--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TATT-T-GAA-GAGTTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TT-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AA
gi|3536 : --A--T-T----AAA-CATT-CATTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-T-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3539 : ----AAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-CG-TG-C-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--A--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
blockSeqs : CAG GGA A G AA GA GA AG TTAA A T G T GAATAAAATAT TGTAG TT AGA AC CAC A TGC GC G GA C AA T
blockSeqs : C . . . A . GA A T A T G T A C C TA AC T . TGC . . GA . AA .
blockSeqs : C . . . . . C A . A C G C A T T A C . . TGC . . GA . A .
blockSeqs : C . . . . . . A . . G . . A . . . C . . . . . TT .
blockSeqs : C . . . . . . A . . A . . . . . . C . . . . . TT .
blockSeqs : G . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . TT
blockSeqs : T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . TT
blockSeqs : T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAG---T--TAT-CACTNNTACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-A-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
finalCons : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAG---T--TAT-CACTNNTACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-A-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
Alignments
lowQualScore : 111 111 1
lowQualScore : 0 444 333 2 1 22 11 11 11 99 0 1111 1 0 2 0 0 0 00 11111 0 1 1 0 0 33333333333 0 0 0 11111 0 0 11 00 0 111 11 11 0 0 0 00 0 33 111 1 0 111 33 5 22 6 111 0
lowQualScore : . ... ... . . .. .. .. .. .. . .... . . . . . . .. ..... . . . . . ........... . . . ..... . . .. .. . ... .. .. . . . .. . .. ... . . ... .. . .. . ... .
lowQualScore : 8 888 555 0 4 99 44 00 55 88 4 2222 2 4 0 4 4 4 55 00000 4 2 2 8 8 11111111111 8 4 4 88888 8 4 44 99 4 777 00 00 4 8 4 66 6 77 777 3 6 777 11 0 00 7 000 0
consensus : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAG---T--TAT-CACTNNTACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-A-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
Reference ( family-152 ) : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAG---T--TAT-CACTNNTACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-A-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3355 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T----TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C--TTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---TAA-AAAA---T--TAT-CACTGATACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-A-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3356 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T----TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C--TTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---TAA-AAAA---T--TAT-CACTGATACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-A-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3357 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T----TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A----C-TCC----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAA---T--TAT-CACTGATACTTATGGTA-TGAAACTTTACACAAGATCTG-AATCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAA-TTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3358 : AAACTACTAACACACTTTACGTCAAAC--T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAA---T--TAT-CACTGATACTTATGGTACTGAAACTTTACACAAGATCTGAA-TCCCCAAAAGGAAAAGGGAACACATTGTGTGTCAATCAGTAAAAAATTAAAAATAGAATGTAATTTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTGCAGATGGTGGAGCTAATGCCAAAAACGTCAGTTTATATTTACCCGAAAGA
gi|3359 : AAGCTACTATT---CTTTGCATAAAA-------A-G-TAAT--GTTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-TAATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-AA--T--TT-T---A--CT--TG-C-AAA-C--TA-A--A---T-A-AAAA---T--
gi|3361 : -T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-T-CTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3368 : ctattacaattttatcagg--ATTATA--AG--AA-T-T----AAA--ATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----CAG-A-TG-TG-TA----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--G--TT-T---AT-CT--CA-C-AAA-C--
gi|3369 : tttacagtgacaaattggaTTTACCACGAAC--A---A-T-T--GGAATTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-CG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--AA-C-AAA-C--
gi|3370 : --ATTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-CG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--AA-C-AAA-C--
gi|3371 : tttaccatgaacaattgga--ATTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--TT--AA-C-AAA-C--
gi|3372 : tttaccatgaacaattgga-T--C--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-C-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--A--TT-T---A--CC--NA-
gi|3373 : tttttgtcaagaTTA-GTCAAAG--T---G-T-T--T--ACTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTTTTAT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3374 : --ATTATA--AG--AAGT-T----AAA-CAGT-T-CTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-TA----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT--------CT--CA-C-AAA-C--
gi|3377 : ttacagtgcaaattgaACGTTAA----C---G-T-T--T--ACTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-AAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TC-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3378 : GTTAGAT--T---A-T-T--C--CCTA--------A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--T--A--A---T-A-AAA
gi|3379 : --ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-AG--T--TT-
gi|3380 : gtgaaatac-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3382 : ttaaaCAAAT--TGGAA-T-T--T----TA-A--GA--A--T-TTTAAAAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-------------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3385 : AAACAGT---A-T-T--T--ACTATA--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AAA-CA-----TT-T---A--CT--CA-CAAAA-C--TG----A---T-A-AAA
gi|3387 : -T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-T-A-TG-TG-TGAATAAAATATA-AA-T-GC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3390 : aaa---A-T-TA-T--ATTAAA--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TGTT-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3391 : a--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATGT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TA-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TT-A--A---C-ATAAAA---T--T
gi|3392 : aacaAAC--T---AATGT--T--ATTATG--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------T-AA-C-TC-----A-GGA-CA--A--TT-T---A--CT--CA-T-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3394 : AT--T---A-T-T--T--ACTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TCT----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3402 : --T---A-T-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---------ATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AAAC-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3403 : --T--ACTATA--GG--A--T-T----AT--CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3404 : ta--T---A-T-T--C--ATTATA--GG--A--T-C----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-CG-TT-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGG-CA--T--TT-T---A--TT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---
gi|3405 : --T---A-T-T--T--ATTATA--GT--A--T------AAA-CATT-C-TTGT----AA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CTCACA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-A
gi|3406 : --T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-A-TTTT-T-GAC-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TT-T-----------A-AT-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--taaa
gi|3407 : ta--T--ATTATACCGG--A--T-T----AAA-CATT-T-TTTTTT-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-TA----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CAC-T--TT-T---AACCC--CA-C-AAA-C--TGAA--A---T-A-AAAG---T--
gi|3411 : -T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3412 : a-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT---T-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3413 : a--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-TA--A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3414 : a-T--T--ATTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-T-TC-----T-GGT-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3415 : a---A-T-T--T--ACTATA--AG--A--T-T----ATA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTG--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3417 : ---A-T-T--T--AT-ATA--GG--A--T-TT---AAA-CAT--C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T--GA-CG--T--TC-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3418 : ---A-T-T--T--ACTATA--AGGAA--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA--AATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-TAGAA--CT--CA-C-AAA-C--TA-A--A---T-A-AAAG---T--T
gi|3425 : TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-CTTTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C---A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-CAAAA-C--TA-A--G---T-A-AAAG---T--
gi|3426 : tcATA--GG--A--T------AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3427 : ttaATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GAA-GAATTT--ATATTATC-G-A-TG-TG-T-----------A-A--C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-G--TG-
gi|3434 : tta-T--T--ATTA----GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-cgaagcacttaaaattat
gi|3435 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT---GGA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TA-A--A---T-A-AAAG---T--
gi|3436 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GGA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A---T--CA-C-AAA-C--
gi|3437 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--CG-A--A---T-A-AAA
gi|3438 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-ATTG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-ACA-C--
gi|3439 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-ATTG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-ACA-C--
gi|3441 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-G-A-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TGTT-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3442 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-T-CTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----TGGGA-CA--T--TTAT---A--CT---A-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3443 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-GGA-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAagt
gi|3444 : TTATA--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A--G-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3445 : TTATG--AG-----T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-C-TG-TG-T-------------AA-C-T------T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3446 : TTGTA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----A-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3447 : TTGTA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----A-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C--AA-C--TG-A--A---T-A-A
gi|3448 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAAG---T--
gi|3450 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-A-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-A-AAA-C--TG-A--A---T-A-Agcgaagcaattctgctgactactaaagataaaatttagtgacaaaaagac
gi|3451 : TTATA--AGC-A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TT-AACA---T-A-AAA
gi|3452 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-CTTTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TGATG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--TTCTT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--aat
gi|3453 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAAAGAATTT--AT-----C-GGA-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C--AA-C--TC-AC-A---T-A-AAA
gi|3455 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CTTA-T-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-G-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--a
gi|3456 : TTATA--GG--A--T-T----AAC-CATT-C-TTTA-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----TGGGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAG-C--TG-A--AT--T-A-AAA
gi|3458 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-T-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3459 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TA-AC-A---T-A-AAAGTGCT--TCG-CACTTTTATTCATTTTG-TGA
gi|3460 : TTATAT-GG--A--T------AAA-C--T-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CAT-T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-A--TG-A--A---T-A-AAAgtaaaaa
gi|3461 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-AAA-GAATTT--AT-----T-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAAGCA--T--CT-T---A--TT--CA-C-AAG-C--
gi|3462 : TTATA--GG--A--T-T----AAAACATT-CCTTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-AG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CACC-AAA-C--g
gi|3463 : TTATA--AG--AA-TAT----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AGA-CA------T-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3464 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-CC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3466 : TTATA--AG--A--A-T----TAA-CGTT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3467 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GTA-GAATT---AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3468 : TTATA--AG--AA-T-T----ATA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AA
gi|3469 : TTATA--AG--AA-C-G----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-AAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3471 : TTATA--AG--A--A-T----AAAACATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-A-A-TG-CA-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3472 : TTATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-T-TG-AG-T-----------A-AA-C-TC-----T-AGA-CATTT--TT-T---T--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3474 : TTATA--AG--AA-T-T----AAG-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-TGA-CA--T--AT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TT-A--A---C-A-TAAA---T--T
gi|3475 : TTATA--AGGAA--T-T----ATA-CATTTC-TTTT-T-GAA-AAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA-----TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3476 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAA-TT--AT-----C-G-A-TGTTG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--TC-TT-T---A--CT--CA-C-AA
gi|3477 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---C--TT--CA-A-AAA-C--TT-AACA---T-A-AAAG---T--
gi|3479 : TTATA--AG--AA-T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA--A--T--TT-T---C--TC--CA-C-AAG-C--acttcac
gi|3496 : TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3498 : TATG--AG--T--T-C----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-ACTG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA-----TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3499 : TATA--AG--AA-T-T----AAA-TATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3500 : TATA--G---A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-TAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-CCATG-A--A---T-A-AAA
gi|3501 : TATA--CG--A--T-T----AAA-CAAT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AC-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3502 : TATA--AG--A--A-T----AAAACATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TA-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3504 : TATA--GG--A--T------AAA-C--T-C-TTTT---GAA-GAATT---AT-----C-GGA-TG-TG-------------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C---G-A--A---T-A-AAA
gi|3506 : TATA--GG--A--T-T----AAA-CATT---TTTT-T-GAA-GAATTT---T-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C--A-----T-GGA--A--T--TT-TTA-A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3508 : TATA--AG--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------ATAA-CGTC-----T-GGA-AA--T--TT-T---A--TC--CT-C-AAA-C--
gi|3514 : ATA--GG--A--T-T----AAA-CATT-CGTTTT-T-GAA-GAATGT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TA-A--A---T-A-AAAG---T--
gi|3516 : ATA--GG--A--T-T----AAC-CATT-C-TTTT-T-GAA-GATTTT--AT-----C-G-A-TG-AG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3517 : ATG--GG--A--C-T----AGG-CATT-C-TTTT-T-AAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------ACAA-C-TC-----T-AGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-A
gi|3518 : ATA--AG--A--T-A----AAA-CATT-G-TTTT-T-GAA-GAATTC--AT-----C-A-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TCTGTAGT-GGA-CA--T--TT-C---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3520 : TA--AA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-T-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--GT-T---A--CTC-CA-C-AAA-C--TT-A--ACACT-A-AAAG---TGCTTTGCACTTTTATTCATGGTT-TG
gi|3522 : TA--GG--A--A-T----AAA-CATT-C-TCTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-C-----------A-AA-C-TC-----T-GCA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AA
gi|3523 : A--GA--A--T-T----CAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----T-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3524 : A--GA--A--T-T----CAA-CATT-C-TTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----T-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA
gi|3527 : A--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-C-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--TA-C-AAATT--TG-AC-A---T-A-AAAGTGCT--TAG-CACTTTTATTTA
gi|3528 : A--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TTTT-TCGAA-GAATTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--TA-C--AA-T--TG-A--C---T-A-AAAGTGCT--TAG-CACTTTTATTTA
gi|3530 : A--GA--A--T-T----AAA-CATT-C-TATT-T-GAA-GAGTTT--AT-----C-G-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TT-----T-GGA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AA
gi|3536 : --A--T-T----AAA-CATT-CATTTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-T-A-TG-TG-T-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--T--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--
gi|3539 : ----AAA-CATT-C-ATTT-T-GAA-GAATTT--AT-----C-G-A-CG-TG-C-----------A-AA-C-TC-----T-GAA-CA--A--TT-T---A--CT--CA-C-AAA-C--TG-A--A---T-A-AAA