lowQualScore : 111111 11111111111 11111111111
lowQualScore : 333333 55555555555 0 22222222222 11 1111 00 0 1111 111 000 11 555 00 1 11 00 11111 0 11 6666 0000 000 00 33 0 0 0 00 333333 1111 1 11 000 0 000 00 00 000 0 000 000 0
lowQualScore : ...... ........... . ........... .. .... .. . .... ... ... .. ... .. . .. .. ..... . .. .... .... ... .. .. . . . .. ...... .... . .. ... . ... .. .. ... . ... ... .
lowQualScore : 777777 88888888888 7 77777777777 66 0000 66 5 0000 222 888 22 555 66 3 22 66 11111 9 22 2222 9999 888 66 88 4 4 4 66 111111 4444 3 00 888 9 888 66 66 888 4 888 888 4
consensus : NNTGTTTTTGCAT-T-CTAT-G--TTT---TTTGTA-GT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
Reference ( gi|100021 ) : TCTGTTTTTGCAT-T-CTAT-G--TTT---TTTGTA-GT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|99973 : TGTTGTTG-ATAT-CTAT-A--TAG---TTAGAA-TTCA--GC--A--TAA----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAA-T--GAGC-A--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC------------A-AT--A-------AAA----A-CAAAA--T---T-TG---G--GGTA--AC---A-CGGA---C---CCC-CGGATATA
gi|99997 : aaaatgtcctgaaaaacttcacctagatgaaatataaacttagtatgctgttgataaaaggacacttggagtttgcgctttaatttgtTTTTCACGT-T-CTGTTG--ACT---TATGTA-CTT---AC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TAGACACA
gi|99993 : gtccattatTTTTTG--T-TACTAT-T--ATT---ATCATA-GT-----C--A---------AA--GGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAA-A--G--TGA-----T-C-A--TC----T----CG---A--AAGTCCCAAAT--A-G-G-AT--ACAA----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACA
gi|100026 : gataaagaacatttttgtgattttTTTTATAT-G-CTAT-A--AAT---ACTGTA--T----G---A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---C-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACA
gi|99984 : ttattgttgTTGGAG-T-CTGC-GCTTTT---TTTGTT-GT----TT--AT-TATACAAAA--AGGCG-A----A---GT---T--AA---C----ACTT--G--TG------T-CAA--ACGTAAT----CA---T--AA-TCC-AAAA--A-C-ATAT--AC-A----AAAT---G-CGAGT--G---T-AG---G--GC-A--AC---A-CGGA---C---CTC-CG
gi|100003 : aaatgtcctgaaactcttcaccacgttgaaataccggtataactttgtatgctgttgataaaaggacacGCAT---CTAT-C--TTT--------A-GT----CA--A--TGT----AATTAAGCG-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----C-CAA--TCT---T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--ACAA--AA---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100004 : tgttgtttatgtttacgAT-C-CTAT-A--TAT---TTAGAA-TTCA--GC--A--TAA----AA--AGGGA-C----A-----------AA---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--CC----TTCATCG---T--AAATCAGAAAT--A-C-A-AA--AC-A----AAA----A--------G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---CTCTCTC-TGGA
gi|100006 : cttgtgttgttgttggagtcaT-T-TTTT-G--GTT---GTTGTT-GC----ATTCA--TGT----AA--AGGCA-A----A---GC---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTACAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACAgat
gi|100007 : c-T-CAAT-A--TTTAC-TTT-CA-CT----GA--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-T-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100055 : cttttgatattgtttgagttaTAT-A--TTG---TTCATATGTACCGGT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--ATGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AA-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100086 : tatg-G--TTTGCATTCATA-GC----AT--AAATGT----AA--AGGCA-A----T---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGCACATA
gi|100001 : ---TTTGCA-GTAACTGA--A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---T--AA---T--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCTCAAAT--A-G-A-AT--AC------AGA----A-CAGGA--G---T-TG---G--GCGA--AC---G-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|100069 : cttcctttttggctgttgctaagcctca---TTTATA-AA----GC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---TA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGT-----T-CGA--TC----T----CG---T--AAGTCCT-AAT--AGG-A-AT--AA-A----AAA----A-GAAAA--G---T-TT---G--AGAA--AC---A-CGGG---C---CTC-TGGACATA
gi|100038 : ctataaTTATA-GT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100008 : tgttgcatgttatcatagttatgatgagTTATA--T----AC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-ATA-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGA
gi|100002 : tttgtttgttgtaaaaatgtaaataTGTA-G-----G---A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---A--AA---G--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--AC----T----CG---T--AAGTCCCAAAG--A-G-A-AT--AC------AAA----A-TAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGAA---C---CCC-TGGACACA
gi|100075 : tgctttaacttttgtttatatttgaggcgtgttataaaTA-GT-----C--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|99969 : atatagattA-GC----AT--A--TTT----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAA-C--GAAC-A--GAGCGA-----T------TCA---T----CG---T--AAATC--------A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|100042 : aaaatgtcctgaaactcatcaccactttgaaatataaactttgtatgctgttgataaaacgacacttggagtctgcgcttttttgttgttgatatctatttagttagaattcT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-G----A---AA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---G-CGGA---C---TCC-TGGACACA
gi|99992 : ttagtatttatataattcatT----GC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----TG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AT-A----AAA----ATCAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-TGAA---C---CTC-TGAACACA
gi|100085 : ctgtcgaaggccatgtcgagtattttttttctgttgtatggtgtctattactcgcagtaattcaccT----GC--A--TGA----AA--AGGTG-A----A---GA---T--AA---T-------A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CA---T--AAGTCCTAATT--A-G-A-AT--A--A----AAA----A-CAAGT--G---T-TG---G--GTAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100068 : aattagaacct----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-T--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100080 : ctatatatta----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CGA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-T-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100132 : tagcaagaatttc----GC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---T--AAGTCCAGAAT--A-G-A-AC--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TAGACACA
gi|100083 : ----GT--A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---T--TA---A--GAAC-A--G--TGA-----T-CTA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---G-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100107 : agccaaagttaa----GC--A--TGA----AA--ATGCA-A----A---AA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAATCCTAAAT--C-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-TAGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100048 : ttc----GC--A--TGA----AA--AGGCA-T----A---GA---CCAAA---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--TC----T----CG---T------CATAAATC-A-A-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|99994 : ggtatctatatagttagaattaa----GT--A--TGA----AA--AAGCG-A----A---GA---T--AAAA-T--GTAC-A--G--TGA-----C-CTA--GC----T----CA---T--AGGTCCCAAAC--A-G-A--T--A--------------A-TGAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CAGA---G---CCC-TGGATATA
gi|100011 : aaagaacaccagctttttttttaaaatttagatagtaaaatttaT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CTC-TGGACA
gi|100025 : tttttgttgtaaaacagagttatttctctatT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGATA
gi|100010 : ttgttgatgatgtcttgtactatcatttagaatT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAG-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CA---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GC-A--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACAt
gi|100094 : ttttttgctattcatatatatatatatatatcgccacatcatT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---C--AA---C--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AA-A----AAA----A-CAAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100060 : agacattcagaT--G--TGA----AA--AGGCA-A----A---GA---A--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAA--A-T-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGAACACA
gi|99979 : atttatatagtcagaaacgcattatttagtatgtgagtttT--A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAA-C--GAAC-A--G--TGG-----C-CGA--TC----T----T---------GTCCTAAATC-A-G-A-AT--AC-AAAACAAA----A-CAAAG--G---TGTA---G----AA--AC---A-TGGA---T---CCC-TAGATATA
gi|99988 : aaaatgtcctgaaactattcaccgcgttgaaatataaactttgtatatgttgataaagacagtagtcgccattattattttggaattatggtaaaagacaccctactttttctttctttttaaaaaaaaatatctatatacatgtagttacatatgtagaattcaaT--A--AGC----AA--AAGCG-A----A---GACAAT--AA---C--AGAC-G--G--TGA-----G-CGA--TC----------A---T--A--TCATAAA---A-C-G-AT--AC-A----AA-------CAAAA--G---T-TG---G--GGAA--AC-----CGGG---A---CCC-TGGATATA
gi|100145 : aattcctaaacctctcactcacttgataatataaacctttgttatagctgtgataaaagggacacttggattagat--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100144 : c--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100110 : c--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAGAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100133 : ttca--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100040 : gcataata--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TA----T----CG---T--AAGTCCTCAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100009 : gttaatgctgtatggttca--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-T-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100033 : ttattttgttaacgatatcggtaataaatacttag--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---TA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100043 : ttgtagatatgcatattgccaggatagaagg--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--ACAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100067 : ttgatatttacattgactaaag--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CGA--TC----T----CA---T--AAGTTCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGG---C---CCC-TGGACACA
gi|100088 : ctatgattgttagacaaatctagataa--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GGAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAC--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GTAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100030 : ttgaaactctac--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAATA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGA
gi|100097 : ttgtttataacaatttgattgttaaagtatcagcata--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--C-G-A-AC--AC------AAA----A-CAAAA--G---T-TA---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100031 : gaatcacaac--A--TAT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--CGA-----T-CAA--CA----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100059 : ttgtggatatttaatttaagttaa--A--TAT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAT-A--G--TGA-----T-CAA--TC----A----TG---T--AAATCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCT-TGGACACA
gi|99991 : atcttatcgtgaaagattcacaac--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----GG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--A--A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--ACAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100105 : tgaaatacgcagaatttatagttatgctttaattttaggttttgttttcatatcttgtatttatctaaataaaaatatattca--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T----------GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC-A----AAA----ATCAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGAACACA
gi|100058 : ttcattata--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCCATT--A-G-A-AC--AC-A----AAA----AGCAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CAGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100005 : atttatagtattttgtattcaatgacata--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---TG---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-ATAAAT-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-TGGA---C---CCC-TGGA
gi|100013 : cttattattgccttgttgtataagttatacattaagca--A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-T--G--TGA-----T-CAA--TC----T----TG---T--AAGTCTCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAACA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGG
gi|100032 : ttttatttatcgatatgattaaacctatatac--A--TGA----AA--AGGTG-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CGA--TC----T----CG---C--AAGTCCAAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GTGA--AC---A-CGGA---G---CCC-TGAATATAgta
gi|99999 : ttgtcgatatctgctctaaaggcaac--A--TGA----AA--AAGTG-A----A---AA---T--AC---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCT-AAC--G-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CAGG---C---CCC-TGGATATA
gi|100084 : tctgcattggaatttcatagttcatatatacaataacc--TGT----AA--ATGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100041 : agttaaatatcagcactc--TAT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100170 : gttaaaattaccatatatagaactatc--TAT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-GT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|99970 : T----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAAAC--GAAC-A--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--------A-G-A-TC--AC-A----AAA------CAAGA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATA
gi|100050 : aaaatgtcctgaaactcttcaccacgttgaaatataaacatttatctgttgataaaagaagcttggagtctgcgctttttgtttgttgatatcatatatagttagaattcagcaT----AA--GGGCA-C----A---GA---C--AAAA-C--GAAC-A--G--TGA-----A-CAGATTCA---T----CG---T--AAATCCCAGA-------A-GT--AC------AAA----C-CAAGA--ACGCT-TG---G--GGAA--ACACAA-CGGAGACC---CTC-TGt
gi|100193 : gatatataatagtatagaatcagcca----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACAtatata
gi|100192 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100191 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100190 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100185 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100184 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100201 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-AAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100189 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAATCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---G-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100197 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AA-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100200 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-A-A-AC--AC-A----AAA----A-TAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100186 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAATCCTAAAC--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGA
gi|100195 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----C----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AA--GC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---ACC-TGGACATA
gi|100169 : ----AA--AGGCA-A----A---AA---T--AA---G--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---C--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGAATACA
gi|100159 : taa----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---T--AAGTCCCTAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAAT--G---C-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100125 : ataa----AA--AGGCG-A----C---GA---T--AA---T--GAAC-A--G--TGA-----T-CAG--TC----T----CG---T--AAGTTCCAAAC--A-G-A-AT--A--A----AAA----A-CAGTA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100188 : aggataa----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTA---------------AC-A----AAA----------A--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100056 : ----AA--AGGCA-A----A---GG---T--AA---C--AAAA-G--G--TGA-----C-CAA--TC----T----CG---C--AAATCACAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-TAAAG--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGAA---C---CCT-TGGATACA
gi|100071 : tattttatatttagttcacttggacga----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAA-C--GAAT-A--G--TGA-----G-CGA--T-----T----CG---T------CGTAAATC-A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--G-AA--AC---A-CAGA---C---CTC-TGGATATA
gi|99982 : tatatagttaaaattcagcataa----AA--AGGCG-A----A---GA---T--AA---AAGGAAC-A--G--TGA-----G-CGA--T---------------T--AA-TCGTAATC--A-G-A-AT--AC-G----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--G-GA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|99974 : aaatgtcctgaaaactttttcaccacgttgaaatataaactttgtaatgcgtttgataaaagagacacttggagtctgcgctttttttgttgctaatatctatatagtgaaattcagcataa----AA--AGGCA-A----AA--GA---C--AAAC-C--AAACGA--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--------A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--G-AA--AC---A-CGGA---C---CCC-TG
gi|99972 : aaaatgtcctgaaactcttcacatgtttaaatataagctttgtaatgctgttgataaagacacttggagtctgcgctttttttgttgttgatagtctatagatagtagtagaattcagcataa----AA--CGACA-A----A---AA-------A---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--TTCA--T----CG-----------CTAAATC-A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--AGAA--AC---A-CGGA-------CCC-TGGATATAatata
gi|99975 : aaaatgtccttgaaactcttcaccgacgttgaaatataaactttgtatggctgttgataaaaggacacttggagatctgcgctttgtttttttgatatctatatagttagaattcagcataaaaaaggccg----AA--AGGAA-A----ACAAGA---C--AAA--C--GAAC----G--TGA-----T-C----------T----CGATTC--AA--CGTAAATC-A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAAAC-G---T-TG---G----AA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|99996 : aaaatgtctgaaactcttcaccacgttgaaataaaactttgtatgctgttgaaaaaggacacttggaaggtctgcttttttttgtttttatctatctatacattagaattcagcataa----AA--AGGCGGA----A---GA---CGAAA---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--AGA-------A-AT--AC------AAA----A-CAA-A--G---T-TG---G--GGAATCAC---AGCGGA---A---CCC-TGG
gi|99977 : gggccctcttgtttgtttgttgatataattataagttagaattcagcataa----AA--GGGCG-A----A---GA---C--AA-------AAC-GACG--TGA-----CGCGA--T-----T----CA---T-----TCGTAAATC-A-G-A-AT--ACCA----AAA----G-CAAAAAAG---C-TG---GCGGGAA--AC---A-CGGA---C---CCT-TGGATAgggatata
gi|99971 : aaaagtccttgaaatcttcatcacgtgatataaattttgttatgctggtttgaaaaaaaagaaacttggtctgagtcttcttttgttgttgatatctatatagttagatcagcatca----AA--AGGCG-ATACGA---AA---A--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----G-TGAGTTCA---T----CG---T--A------AAATGCA-G-A-AT--AC------AAA----A-C-AGA--G---TGTG---G--G--A--AC---A-CGGT---A---CCC-TGt
gi|99978 : agaatggtcctgaaacctatctcatccacgttgaatataaacatttagctgttgataaaagcagactgggagtctgcgcttttttgtgtgttgatacttatatagttatgaattccataca----AA--AGGCG-G----A---CC---A--AA---C--GAAC-AAGG--TGAACGAGT-GGA--TT----C----CG---TGTAAATTCGAAAT--A---------AC-A----AA-------CAAAA--G---T-TG---T--GGAA--AC---A-CGGA---C---GCC-TGatata
gi|100108 : aaaagtactgaaactttcactcacgttgtaaatgtagaactttgtaaatgctgttgatgaaaggacacttggagttcctgcgtttttttctatttttcatatttagtatagtgttagaattgcagcaacaA--AAACA-A----A---AA-------A---C--GAAC-A--G--AGA-----T-CAA--TC----T----CA---C--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-TAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AT---A-CGGA---C---CCC-TGGATACAtatgata
gi|99987 : tttaacataaaaaggaaac---T--AG---T--GAACTA--G--CGA-----TTCAA--TC-----------------AAAC----AATCGA-G-A-AT--AC-A----AAGGACCA-CAAGA--G---T-TGTGAG--G-AA--AC---A-CAGA---C---CCCTTGGA
gi|100271 : aatgtcctgaaacttttaccaatcatgaaataatttaaagctcttgcctgctgttgattaacaaggaactggtaagtctgcgcctattgtttattgttgatatggctgattatagtgtataaatttcagcattgaaaaaaggcgacgacaatcgaacccaggtttacatgtcaccc--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-GAA--TC----T----CA---T--AAATCCTAAAT--G-G-A-AT--AA-A----AAA----A-TAAAA--G---T-TG---G--GAAA--AC---A-CGGA---C---CGC-TGGATATA
gi|100274 : --GAAC-A--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--------A-G-A-TC--AC-A----AAA------CAAGA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|100275 : AAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|99976 ): AAAATGTCCTGAAAATCTTCACGACGTTGAAATGTAAACTTTGTATGCTGTTGATATAAGGACACTTGGAGTCTGCGCTTTTTGTTGTTGATATCTATATAGTTAGAATTCAGCATAAAAAGGCGAACACAAAACGGACAGTGAGCGAT
Unaligned ( gi|99980 ): AAAATGTCCTGAAACTCTTCACCACGTTGAAATATAAACTTTGTATGCTGTTGATAAAAGGACACTTGGAGTCTACGGTTTTGTTTTTTTTTGGGTTTTTTTTTTATATCTACA
Unaligned ( gi|99985 ): AAATGGTCCTGAAAACTCTTCACTTACGATTGAAATACATAAACTTTGTACTGTTCGAATGTGATACTATAAAGCGCACTACTTTGTTAGTCTGTCTGCTTTCGTCTTTTTGATAATGTATCTATAATATCTTAAATTCAGCATAAAGACAAAACGAAACAAAAGTTGAGCGTTAGCACGTAAAATTTCAGCAATACAAAAAAAAAAGGAGACAACAACTACGGTACCCTACCTGAGATATA
Unaligned ( gi|99983 ): AAATATGGTACTGAAACTCTTCACCCACGTTGAAAAATAAACTCTGTAGCTGTTGATAAAAGGAACACTTGGAGTTGCGCCTTTTTTGCT
Unaligned ( gi|99981 ): AAAATGTCCATGAAACTCTTCACGTTGAAAATTACAACTTTTTATGCTGTTTGATAAAAAGGACACTTATGAGTCTCGCGCTTTT
Unaligned ( gi|100049 ): GATATATATCAGTTAGAAATTCTGCATAAAAAGGTGAAAAGACAAAAACGAAAGTGAGCGGATTTCACGTAATCACGATTCAAAAAAAAACAGTTGGGAGAAACACAGACCCGGGATA
Unaligned ( gi|99986 ): AAATGTCCTGAACTGTTAACCACTTTCAAATATAAGCTTTGTATGCTGTTGATAAAGACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111
lowQualScore : 7 666 5555555555 0 33 1111 111 11 1111 00 0 1111 111 000 11 555 00 1 11 00 11111 1 11 5555 0000 000 00 33 0 0 0 00 222222 1111 1 11 000 0 000 00 00 000 0 000 000 0
lowQualScore : . ... .......... . .. .... ... .. .... .. . .... ... ... .. ... .. . .. .. ..... . .. .... .... ... .. .. . . . .. ...... .... . .. ... . ... .. .. ... . ... ... .
lowQualScore : 6 333 7777777777 1 55 0000 999 66 0000 66 4 0000 222 888 22 444 66 3 22 66 11111 3 22 8888 9999 888 66 88 4 4 4 66 999999 3333 3 00 888 9 888 66 66 888 4 888 888 4
consensus : NNTGTTTTTGCAT-T-CTAT-G--TTT--TTTGTA-GT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
Reference ( family-102 ) : NNTGTTTTTGCAT-T-CTAT-G--TTT--TTTGTA-GT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100001 : --TTTGCA-GTAACTGA--A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---T--AA---T--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCTCAAAT--A-G-A-AT--AC------AGA----A-CAGGA--G---T-TG---G--GCGA--AC---G-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|100002 : cttcctttttggctgttgctaagcctcaTGTA-G-----G---A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---A--AA---G--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--AC----T----CG---T--AAGTCCCAAAG--A-G-A-AT--AC------AAA----A-TAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGAA---C---CCC-TGGACACA
gi|100003 : tgctttaacttttgtttatatttgaggcgtgttataaaGCAT---CTAT-C--TTT-------A-GT----CA--A--TGT----AATTAAGCG-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----C-CAA--TCT---T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--ACAA--AA---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100004 : tgttgtttatgtttacgAT-C-CTAT-A--TAT--TTAGAA-TTCA--GC--A--TAA----AA--AGGGA-C----A-----------AA---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--CC----TTCATCG---T--AAATCAGAAAT--A-C-A-AA--AC-A----AAA----A--------G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---CTCTCTC-TGGA
gi|100005 : cttgtgttgttgttggagtca--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---TG---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-ATAAAT-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-TGGA---C---CCC-TGGAgat
gi|100006 : cttattattgccttgttgtataagttatacattaagcaT-T-TTTT-G--GTT--GTTGTT-GC----ATTCA--TGT----AA--AGGCA-A----A---GC---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTACAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100007 : c-T-CAAT-A--TTTACTTT-CA-CT----GA--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-T-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100008 : cttttgatattgtttgagttaTTATA--T----AC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-ATA-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGA
gi|100009 : tttgtttgttgtaaaaatgtaaata--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-T-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100010 : ttattttgttaacgatatcggtaataaatacttagT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAG-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CA---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GC-A--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100011 : ttttttgctattcatatatatatatatatatcgccacatcatT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CTC-TGGACA
gi|100013 : tttttgttgtaaaacagagttatttctctat--A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-T--G--TGA-----T-CAA--TC----T----TG---T--AAGTCTCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAACA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGG
gi|100021 : ttttatttatcgatatgattaaacctatatacTGTTTTTGCAT-T-CTAT-G--TTT--TTTGTA-GT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACAgta
gi|100025 : tcT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGATA
gi|100026 : ttgttgatgatgtcttgtactatcatttagaatTTTTATAT-G-CTAT-A--AAT--ACTGTA--T----G---A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---C-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACAt
gi|100030 : ttattgttg--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAATA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGA
gi|100031 : ttgtttataacaatttgattgttaaagtatcagcata--A--TAT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--CGA-----T-CAA--CA----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100032 : ttgtggatatttaatttaagttaa--A--TGA----AA--AGGTG-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CGA--TC----T----CG---C--AAGTCCAAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GTGA--AC---A-CGGA---G---CCC-TGAATATA
gi|100033 : ttgtcgatatctgctctaaaggcaac--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---TA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100038 : ttgtagatatgcatattgccaggatagaaggTTATA-GT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100040 : tgttgcatgttatcatagttatgatgag--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TA----T----CG---T--AAGTCCTCAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100041 : gttaatgctgtatggttca--TAT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100042 : gttaaaattaccatatatagaactatcT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-G----A---AA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---G-CGGA---C---TCC-TGGACACA
gi|100043 : ttagtatttatataattcat--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--ACAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100048 : ttgatatttacattgactaaag----GC--A--TGA----AA--AGGCA-T----A---GA---CCAAA---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--TC----T----CG---T------CATAAATC-A-A-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|100050 : ggtatctatatagttagaattaaT----AA--GGGCA-C----A---GA---C--AAAA-C--GAAC-A--G--TGA-----A-CAGATTCA---T----CG---T--AAATCCCAGA-------A-GT--AC------AAA----C-CAAGA--ACGCT-TG---G--GGAA--ACACAA-CGGAGACC---CTC-TG
gi|100055 : gatatataatagtatagaatcagccaTAT-A--TTG--TTCATATGTACCGGT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--ATGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AA-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACAtatata
gi|100056 : tatg----AA--AGGCA-A----A---GG---T--AA---C--AAAA-G--G--TGA-----C-CAA--TC----T----CG---C--AAATCACAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-TAAAG--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGAA---C---CCT-TGGATACA
gi|100058 : tattttatatttagttcacttggacga--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCCATT--A-G-A-AC--AC-A----AAA----AGCAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CAGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100059 : atttatagtattttgtattcaatgacata--A--TAT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAT-A--G--TGA-----T-CAA--TC----A----TG---T--AAATCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCT-TGGACACA
gi|100060 : atcttatcgtgaaagattcacaacT--G--TGA----AA--AGGCA-A----A---GA---A--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAA--A-T-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGAACACA
gi|100067 : atttatatagtcagaaacgcattatttagtatgtgagttt--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CGA--TC----T----CA---T--AAGTTCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGG---C---CCC-TGGACACA
gi|100068 : ctatgattgttagacaaatctagataa----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-T--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100069 : ctatatatta--TTTATA-AA----GC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---TA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGT-----T-CGA--TC----T----CG---T--AAGTCCT-AAT--AGG-A-AT--AA-A----AAA----A-GAAAA--G---T-TT---G--AGAA--AC---A-CGGG---C---CTC-TGGACATA
gi|100071 : ctataa----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAA-C--GAAT-A--G--TGA-----G-CGA--T-----T----CG---T------CGTAAATC-A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--G-AA--AC---A-CAGA---C---CTC-TGGATATA
gi|100075 : tatatagttaaaattcagcataaTA-GT-----C--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100080 : atatagatt----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CGA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-T-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100083 : tagcaagaatttc----GT--A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---T--TA---A--GAAC-A--G--TGA-----T-CTA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---G-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100084 : agccaaagttaa--TGT----AA--ATGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100085 : agttaaatatcagcactcT----GC--A--TGA----AA--AGGTG-A----A---GA---T--AA---T-------A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CA---T--AAGTCCTAATT--A-G-A-AT--A--A----AAA----A-CAAGT--G---T-TG---G--GTAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100086 : aattagaacctTTTGCAT-T-C---------------ATA-GC----AT--AAATGT----AA--AGGCA-A----T---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGCACATA
gi|100088 : g--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GGAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAC--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GTAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100094 : ttgaaactctacT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---C--AA---C--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AA-A----AAA----A-CAAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100097 : agacattcaga--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--C-G-A-AC--AC------AAA----A-CAAAA--G---T-TA---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100105 : gaatcacaac--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T----------GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC-A----AAA----ATCAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGAACACA
gi|100107 : ttcattata----GC--A--TGA----AA--ATGCA-A----A---AA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAATCCTAAAT--C-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-TAGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100108 : ttcA--AAACA-A----A---AA-------A---C--GAAC-A--G--AGA-----T-CAA--TC----T----CA---C--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-TAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AT---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100110 : tttaacataaaaaggaaac--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAGAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100125 : ttca----AA--AGGCG-A----C---GA---T--AA---T--GAAC-A--G--TGA-----T-CAG--TC----T----CG---T--AAGTTCCAAAC--A-G-A-AT--A--A----AAA----A-CAGTA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100132 : aggataa----GC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---T--AAGTCCAGAAT--A-G-A-AC--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TAGACACA
gi|100133 : --A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100144 : gcataata--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100145 : c--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100159 : c----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---T--AAGTCCCTAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAAT--G---C-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100169 : ataa----AA--AGGCA-A----A---AA---T--AA---G--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---C--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGAATACA
gi|100170 : taa--TAT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-GT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100184 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100185 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100186 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAATCCTAAAC--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGA
gi|100188 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTA---------------AC-A----AAA----------A--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100189 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAATCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---G-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100190 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100191 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100192 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100193 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100195 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----C----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AA--GC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---ACC-TGGACATA
gi|100197 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AA-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100200 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-A-A-AC--AC-A----AAA----A-TAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100201 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-AAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100271 : --AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-GAA--TC----T----CA---T--AAATCCTAAAT--G-G-A-AT--AA-A----AAA----A-TAAAA--G---T-TG---G--GAAA--AC---A-CGGA---C---CGC-TGGATATA
gi|100274 : --GAAC-A--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--------A-G-A-TC--AC-A----AAA------CAAGA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|100275 : AAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|99969 : A-GC----AT--A--TTT----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAA-C--GAAC-A--GAGCGA-----TTCA---------T----CG---T--AAATC--------A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|99970 : aaaatgtcctgaaactcatcaccactttgaaatataaactttgtatgctgttgataaaacgacacttggagtctgcgcttttttgttgttgatatctatttagttagaattcT----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAAAC--GAAC-A--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--------A-G-A-TC--AC-A----AAA------CAAGA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATA
gi|99971 : aaaatgtcctgaaactcttcaccacgttgaaatataaacatttatctgttgataaaagaagcttggagtctgcgctttttgtttgttgatatcatatatagttagaattcagca----AA--AGGCG-ATACGA---AA---A--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----G-TGAGTTCA---T----CG---T--A------AAATGCA-G-A-AT--AC------AAA----A-C-AGA--G---TGTG---G--G--A--AC---A-CGGT---A---CCC-TGt
gi|99972 : agaatggtcctgaaacctatctcatccacgttgaatataaacatttagctgttgataaaagcagactgggagtctgcgcttttttgtgtgttgatacttatatagttatgaattccataca----AA--CGACA-A----A---AA-------A---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--TTCA--T----CG-----------CTAAATC-A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--AGAA--AC---A-CGGA-------CCC-TGGATATAatata
gi|99973 : aaaatgtccttgaaactcttcaccgacgttgaaatataaactttgtatggctgttgataaaaggacacttggagatctgcgctttgtttttttgatatctatatagttagaattcagcataaaaaaggccgTGTTGTTG-ATAT-CTAT-A--TAG--TTAGAA-TTCA--GC--A--TAA----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAA-T--GAGC-A--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC------------A-AT--A-------AAA----A-CAAAA--T---T-TG---G--GGTA--AC---A-CGGA---C---CCC-CGGATATA
gi|99974 : aaaatgtcctgaaaaacttcacctagatgaaatataaacttagtatgctgttgataaaaggacacttggagtttgcgctttaatttgt----AA--AGGCA-A----AA--GA---C--AAAC-C--AAACGA--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--------A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--G-AA--AC---A-CGGA---C---CCC-TG
gi|99975 : aaaatgtcctgaaactcttcacatgtttaaatataagctttgtaatgctgttgataaagacacttggagtctgcgctttttttgttgttgatagtctatagatagtagtagaattcagcataa----AA--AGGAA-A----ACAAGA---C--AAA--C--GAAC----G--TGA-----T-C----------T----CGATTC--AA--CGTAAATC-A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAAAC-G---T-TG---G----AA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATAatata
gi|99977 : aaaatgtctgaaactcttcaccacgttgaaataaaactttgtatgctgttgaaaaaggacacttggaaggtctgcttttttttgtttttatctatctatacattagaattcagcataa----AA--GGGCG-A----A---GA---C--AA-------AAC-GACG--TGA-----CGCGA--T-----T----CA---T-----TCGTAAATC-A-G-A-AT--ACCA----AAA----G-CAAAAAAG---C-TG---GCGGGAA--AC---A-CGGA---C---CCT-TGGATA
gi|99978 : aaaagtccttgaaatcttcatcacgtgatataaattttgttatgctggtttgaaaaaaaagaaacttggtctgagtcttcttttgttgttgatatctatatagttagatcagcatca----AA--AGGCG-G----A---CC---A--AA---C--GAAC-AAGG--TGAACGAGT-GGA--TT----C----CG---TGTAAATTCGAAAT--A---------AC-A----AA-------CAAAA--G---T-TG---T--GGAA--AC---A-CGGA---C---GCC-TGt
gi|99979 : aaaagtactgaaactttcactcacgttgtaaatgtagaactttgtaaatgctgttgatgaaaggacacttggagttcctgcgtttttttctatttttcatatttagtatagtgttagaattgcagcaacaT--A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAA-C--GAAC-A--G--TGG-----C-CGA--TC----T----T---------GTCCTAAATC-A-G-A-AT--AC-AAAACAAA----A-CAAAG--G---TGTA---G----AA--AC---A-TGGA---T---CCC-TAGATATAtatgata
gi|99982 : aaaatgtcctgaaactattcaccgcgttgaaatataaactttgtatatgttgataaagacagtagtcgccattattattttggaattatggtaaaagacaccctactttttctttctttttaaaaaaaaatatctatatacatgtagttacatatgtagaattcaa----AA--AGGCG-A----A---GA---T--AA---AAGGAAC-A--G--TGA-----G-CGA--T---------------T--AA-TCGTAATC--A-G-A-AT--AC-G----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--G-GA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|99984 : aaatgtcctgaaaactttttcaccacgttgaaatataaactttgtaatgcgtttgataaaagagacacttggagtctgcgctttttttgttgctaatatctatatagtgaaattcagcataaTTGGAG-T-CTGC-GCTTTT--TTTGTT-GT----TT--AT-TATACAAAA--AGGCG-A----A---GT---T--AA---C----ACTT--G--TG------T-CAA--ACGTAAT----CA---T--AA-TCC-AAAA--A-C-ATAT--AC-A----AAAT---G-CGAGT--G---T-AG---G--GC-A--AC---A-CGGA---C---CTC-CG
gi|99987 : aaatgtcctgaaactcttcaccacgttgaaataccggtataactttgtatgctgttgataaaaggacac---T--AG---T--GAACTA--G--CGA-----TTCAA--TC-----------------AAAC----AATCGA-G-A-AT--AC-A----AAGGACCA-CAAGA--G---T-TGTGAG--G-AA--AC---A-CAGA---C---CCCTTGGA
gi|99988 : aatgtcctgaaacttttaccaatcatgaaataatttaaagctcttgcctgctgttgattaacaaggaactggtaagtctgcgcctattgtttattgttgatatggctgattatagtgtataaatttcagcattgaaaaaaggcgacgacaatcgaacccaggtttacatgtcacccT--A--AGC----AA--AAGCG-A----A---GACAAT--AA---C--AGAC-G--G--TGA-----G-CGA--TC----------A---T--A--TCATAAA---A-C-G-AT--AC-A----AA-------CAAAA--G---T-TG---G--GGAA--AC-----CGGG---A---CCC-TGGATATA
gi|99991 : aattcctaaacctctcactcacttgataatataaacctttgttatagctgtgataaaagggacacttggattagat--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----GG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--A--A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--ACAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|99992 : tgaaatacgcagaatttatagttatgctttaattttaggttttgttttcatatcttgtatttatctaaataaaaatatattcaT----GC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----TG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AT-A----AAA----ATCAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-TGAA---C---CTC-TGAACACA
gi|99993 : ctgtcgaaggccatgtcgagtattttttttctgttgtatggtgtctattactcgcagtaattcaccTTTTTG--T-TACTAT-T--ATT--ATCATA-GT-----C--A---------AA--GGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAA-A--G--TGA-----T-C-A--TC----T----CG---A--AAGTCCCAAAT--A-G-G-AT--ACAA----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACA
gi|99994 : gataaagaacatttttgtgatttt----GT--A--TGA----AA--AAGCG-A----A---GA---T--AAAA-T--GTAC-A--G--TGA-----C-CTA--GC----T----CA---T--AGGTCCCAAAC--A-G-A--T--A--------------A-TGAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CAGA---G---CCC-TGGATATA
gi|99996 : aaagaacaccagctttttttttaaaatttagatagtaaaattta----AA--AGGCGGA----A---GA---CGAAA---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--AGA-------A-AT--AC------AAA----A-CAA-A--G---T-TG---G--GGAATCAC---AGCGGA---A---CCC-TGG
gi|99997 : gggccctcttgtttgtttgttgatataattataagttagaattcagcataaTTTTCACGT-T-CTGTTG--ACT--TATGTA-CTT---AC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TAGACACAgggatata
gi|99999 : gtccattat--A--TGA----AA--AAGTG-A----A---AA---T--AC---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCT-AAC--G-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CAGG---C---CCC-TGGATATA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|99976 ): AAAATGTCCTGAAAATCTTCACGACGTTGAAATGTAAACTTTGTATGCTGTTGATATAAGGACACTTGGAGTCTGCGCTTTTTGTTGTTGATATCTATATAGTTAGAATTCAGCATAAAAAGGCGAACACAAAACGGACAGTGAGCGAT
Unaligned ( gi|99980 ): AAAATGTCCTGAAACTCTTCACCACGTTGAAATATAAACTTTGTATGCTGTTGATAAAAGGACACTTGGAGTCTACGGTTTTGTTTTTTTTTGGGTTTTTTTTTTATATCTACA
Unaligned ( gi|99985 ): AAATGGTCCTGAAAACTCTTCACTTACGATTGAAATACATAAACTTTGTACTGTTCGAATGTGATACTATAAAGCGCACTACTTTGTTAGTCTGTCTGCTTTCGTCTTTTTGATAATGTATCTATAATATCTTAAATTCAGCATAAAGACAAAACGAAACAAAAGTTGAGCGTTAGCACGTAAAATTTCAGCAATACAAAAAAAAAAGGAGACAACAACTACGGTACCCTACCTGAGATATA
Unaligned ( gi|99983 ): AAATATGGTACTGAAACTCTTCACCCACGTTGAAAAATAAACTCTGTAGCTGTTGATAAAAGGAACACTTGGAGTTGCGCCTTTTTTGCT
Unaligned ( gi|99981 ): AAAATGTCCATGAAACTCTTCACGTTGAAAATTACAACTTTTTATGCTGTTTGATAAAAAGGACACTTATGAGTCTCGCGCTTTT
Unaligned ( gi|100049 ): GATATATATCAGTTAGAAATTCTGCATAAAAAGGTGAAAAGACAAAAACGAAAGTGAGCGGATTTCACGTAATCACGATTCAAAAAAAAACAGTTGGGAGAAACACAGACCCGGGATA
Unaligned ( gi|99986 ): AAATGTCCTGAACTGTTAACCACTTTCAAATATAAGCTTTGTATGCTGTTGATAAAGACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111
lowQualScore : 7 666 5555555555 0 33 1111 111 11 1111 00 0 1111 111 000 11 555 00 1 11 00 11111 1 11 5555 0000 000 00 33 0 0 0 00 222222 1111 1 11 000 0 000 00 00 000 0 000 000 0
lowQualScore : . ... .......... . .. .... ... .. .... .. . .... ... ... .. ... .. . .. .. ..... . .. .... .... ... .. .. . . . .. ...... .... . .. ... . ... .. .. ... . ... ... .
lowQualScore : 6 333 7777777777 1 55 0000 999 66 0000 66 4 0000 222 888 22 444 66 3 22 66 11111 3 22 8888 9999 888 66 88 4 4 4 66 999999 3333 3 00 888 9 888 66 66 888 4 888 888 4
consensus : NNTGTTTTTGCAT-T-CTAT-G--TTT--TTTGTA-GT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
Reference ( family-102 ) : NNTGTTTTTGCAT-T-CTAT-G--TTT--TTTGTA-GT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100001 : --TTTGCA-GTAACTGA--A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---T--AA---T--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCTCAAAT--A-G-A-AT--AC------AGA----A-CAGGA--G---T-TG---G--GCGA--AC---G-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|100002 : cttcctttttggctgttgctaagcctcaTGTA-G-----G---A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---A--AA---G--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--AC----T----CG---T--AAGTCCCAAAG--A-G-A-AT--AC------AAA----A-TAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGAA---C---CCC-TGGACACA
gi|100003 : tgctttaacttttgtttatatttgaggcgtgttataaaGCAT---CTAT-C--TTT-------A-GT----CA--A--TGT----AATTAAGCG-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----C-CAA--TCT---T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--ACAA--AA---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100004 : tgttgtttatgtttacgAT-C-CTAT-A--TAT--TTAGAA-TTCA--GC--A--TAA----AA--AGGGA-C----A-----------AA---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--CC----TTCATCG---T--AAATCAGAAAT--A-C-A-AA--AC-A----AAA----A--------G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---CTCTCTC-TGGA
gi|100005 : cttgtgttgttgttggagtca--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---TG---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-ATAAAT-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-TGGA---C---CCC-TGGAgat
gi|100006 : cttattattgccttgttgtataagttatacattaagcaT-T-TTTT-G--GTT--GTTGTT-GC----ATTCA--TGT----AA--AGGCA-A----A---GC---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTACAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100007 : c-T-CAAT-A--TTTACTTT-CA-CT----GA--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-T-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100008 : cttttgatattgtttgagttaTTATA--T----AC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-ATA-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGA
gi|100009 : tttgtttgttgtaaaaatgtaaata--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-T-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100010 : ttattttgttaacgatatcggtaataaatacttagT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAG-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CA---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GC-A--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100011 : ttttttgctattcatatatatatatatatatcgccacatcatT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CTC-TGGACA
gi|100013 : tttttgttgtaaaacagagttatttctctat--A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-T--G--TGA-----T-CAA--TC----T----TG---T--AAGTCTCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAACA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGG
gi|100021 : ttttatttatcgatatgattaaacctatatacTGTTTTTGCAT-T-CTAT-G--TTT--TTTGTA-GT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACAgta
gi|100025 : tcT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGATA
gi|100026 : ttgttgatgatgtcttgtactatcatttagaatTTTTATAT-G-CTAT-A--AAT--ACTGTA--T----G---A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---C-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACAt
gi|100030 : ttattgttg--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAATA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGA
gi|100031 : ttgtttataacaatttgattgttaaagtatcagcata--A--TAT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--CGA-----T-CAA--CA----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100032 : ttgtggatatttaatttaagttaa--A--TGA----AA--AGGTG-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CGA--TC----T----CG---C--AAGTCCAAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GTGA--AC---A-CGGA---G---CCC-TGAATATA
gi|100033 : ttgtcgatatctgctctaaaggcaac--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---TA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100038 : ttgtagatatgcatattgccaggatagaaggTTATA-GT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100040 : tgttgcatgttatcatagttatgatgag--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TA----T----CG---T--AAGTCCTCAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100041 : gttaatgctgtatggttca--TAT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100042 : gttaaaattaccatatatagaactatcT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-G----A---AA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---G-CGGA---C---TCC-TGGACACA
gi|100043 : ttagtatttatataattcat--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--ACAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100048 : ttgatatttacattgactaaag----GC--A--TGA----AA--AGGCA-T----A---GA---CCAAA---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--TC----T----CG---T------CATAAATC-A-A-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|100050 : ggtatctatatagttagaattaaT----AA--GGGCA-C----A---GA---C--AAAA-C--GAAC-A--G--TGA-----A-CAGATTCA---T----CG---T--AAATCCCAGA-------A-GT--AC------AAA----C-CAAGA--ACGCT-TG---G--GGAA--ACACAA-CGGAGACC---CTC-TG
gi|100055 : gatatataatagtatagaatcagccaTAT-A--TTG--TTCATATGTACCGGT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--ATGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AA-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACAtatata
gi|100056 : tatg----AA--AGGCA-A----A---GG---T--AA---C--AAAA-G--G--TGA-----C-CAA--TC----T----CG---C--AAATCACAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-TAAAG--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGAA---C---CCT-TGGATACA
gi|100058 : tattttatatttagttcacttggacga--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCCATT--A-G-A-AC--AC-A----AAA----AGCAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CAGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100059 : atttatagtattttgtattcaatgacata--A--TAT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAT-A--G--TGA-----T-CAA--TC----A----TG---T--AAATCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCT-TGGACACA
gi|100060 : atcttatcgtgaaagattcacaacT--G--TGA----AA--AGGCA-A----A---GA---A--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAA--A-T-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGAACACA
gi|100067 : atttatatagtcagaaacgcattatttagtatgtgagttt--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CGA--TC----T----CA---T--AAGTTCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGG---C---CCC-TGGACACA
gi|100068 : ctatgattgttagacaaatctagataa----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-T--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100069 : ctatatatta--TTTATA-AA----GC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---TA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGT-----T-CGA--TC----T----CG---T--AAGTCCT-AAT--AGG-A-AT--AA-A----AAA----A-GAAAA--G---T-TT---G--AGAA--AC---A-CGGG---C---CTC-TGGACATA
gi|100071 : ctataa----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAA-C--GAAT-A--G--TGA-----G-CGA--T-----T----CG---T------CGTAAATC-A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--G-AA--AC---A-CAGA---C---CTC-TGGATATA
gi|100075 : tatatagttaaaattcagcataaTA-GT-----C--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100080 : atatagatt----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CGA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-T-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100083 : tagcaagaatttc----GT--A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---T--TA---A--GAAC-A--G--TGA-----T-CTA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---G-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100084 : agccaaagttaa--TGT----AA--ATGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100085 : agttaaatatcagcactcT----GC--A--TGA----AA--AGGTG-A----A---GA---T--AA---T-------A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CA---T--AAGTCCTAATT--A-G-A-AT--A--A----AAA----A-CAAGT--G---T-TG---G--GTAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100086 : aattagaacctTTTGCAT-T-C---------------ATA-GC----AT--AAATGT----AA--AGGCA-A----T---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGCACATA
gi|100088 : g--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GGAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAC--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GTAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100094 : ttgaaactctacT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---C--AA---C--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AA-A----AAA----A-CAAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100097 : agacattcaga--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--C-G-A-AC--AC------AAA----A-CAAAA--G---T-TA---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100105 : gaatcacaac--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T----------GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC-A----AAA----ATCAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGAACACA
gi|100107 : ttcattata----GC--A--TGA----AA--ATGCA-A----A---AA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAATCCTAAAT--C-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-TAGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100108 : ttcA--AAACA-A----A---AA-------A---C--GAAC-A--G--AGA-----T-CAA--TC----T----CA---C--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-TAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AT---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100110 : tttaacataaaaaggaaac--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAGAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100125 : ttca----AA--AGGCG-A----C---GA---T--AA---T--GAAC-A--G--TGA-----T-CAG--TC----T----CG---T--AAGTTCCAAAC--A-G-A-AT--A--A----AAA----A-CAGTA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100132 : aggataa----GC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---T--AAGTCCAGAAT--A-G-A-AC--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TAGACACA
gi|100133 : --A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100144 : gcataata--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100145 : c--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100159 : c----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---T--AAGTCCCTAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAAT--G---C-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100169 : ataa----AA--AGGCA-A----A---AA---T--AA---G--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---C--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGAATACA
gi|100170 : taa--TAT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-GT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100184 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100185 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100186 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAATCCTAAAC--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGA
gi|100188 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTA---------------AC-A----AAA----------A--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100189 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAATCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---G-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100190 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100191 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100192 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100193 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100195 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----C----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AA--GC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---ACC-TGGACATA
gi|100197 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AA-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100200 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-A-A-AC--AC-A----AAA----A-TAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100201 : ----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-AAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100271 : --AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-GAA--TC----T----CA---T--AAATCCTAAAT--G-G-A-AT--AA-A----AAA----A-TAAAA--G---T-TG---G--GAAA--AC---A-CGGA---C---CGC-TGGATATA
gi|100274 : --GAAC-A--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--------A-G-A-TC--AC-A----AAA------CAAGA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|100275 : AAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|99969 : A-GC----AT--A--TTT----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAA-C--GAAC-A--GAGCGA-----TTCA---------T----CG---T--AAATC--------A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|99970 : aaaatgtcctgaaactcatcaccactttgaaatataaactttgtatgctgttgataaaacgacacttggagtctgcgcttttttgttgttgatatctatttagttagaattcT----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAAAC--GAAC-A--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--------A-G-A-TC--AC-A----AAA------CAAGA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATA
gi|99971 : aaaatgtcctgaaactcttcaccacgttgaaatataaacatttatctgttgataaaagaagcttggagtctgcgctttttgtttgttgatatcatatatagttagaattcagca----AA--AGGCG-ATACGA---AA---A--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----G-TGAGTTCA---T----CG---T--A------AAATGCA-G-A-AT--AC------AAA----A-C-AGA--G---TGTG---G--G--A--AC---A-CGGT---A---CCC-TGt
gi|99972 : agaatggtcctgaaacctatctcatccacgttgaatataaacatttagctgttgataaaagcagactgggagtctgcgcttttttgtgtgttgatacttatatagttatgaattccataca----AA--CGACA-A----A---AA-------A---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--TTCA--T----CG-----------CTAAATC-A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--AGAA--AC---A-CGGA-------CCC-TGGATATAatata
gi|99973 : aaaatgtccttgaaactcttcaccgacgttgaaatataaactttgtatggctgttgataaaaggacacttggagatctgcgctttgtttttttgatatctatatagttagaattcagcataaaaaaggccgTGTTGTTG-ATAT-CTAT-A--TAG--TTAGAA-TTCA--GC--A--TAA----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAA-T--GAGC-A--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC------------A-AT--A-------AAA----A-CAAAA--T---T-TG---G--GGTA--AC---A-CGGA---C---CCC-CGGATATA
gi|99974 : aaaatgtcctgaaaaacttcacctagatgaaatataaacttagtatgctgttgataaaaggacacttggagtttgcgctttaatttgt----AA--AGGCA-A----AA--GA---C--AAAC-C--AAACGA--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--------A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--G-AA--AC---A-CGGA---C---CCC-TG
gi|99975 : aaaatgtcctgaaactcttcacatgtttaaatataagctttgtaatgctgttgataaagacacttggagtctgcgctttttttgttgttgatagtctatagatagtagtagaattcagcataa----AA--AGGAA-A----ACAAGA---C--AAA--C--GAAC----G--TGA-----T-C----------T----CGATTC--AA--CGTAAATC-A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAAAC-G---T-TG---G----AA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATAatata
gi|99977 : aaaatgtctgaaactcttcaccacgttgaaataaaactttgtatgctgttgaaaaaggacacttggaaggtctgcttttttttgtttttatctatctatacattagaattcagcataa----AA--GGGCG-A----A---GA---C--AA-------AAC-GACG--TGA-----CGCGA--T-----T----CA---T-----TCGTAAATC-A-G-A-AT--ACCA----AAA----G-CAAAAAAG---C-TG---GCGGGAA--AC---A-CGGA---C---CCT-TGGATA
gi|99978 : aaaagtccttgaaatcttcatcacgtgatataaattttgttatgctggtttgaaaaaaaagaaacttggtctgagtcttcttttgttgttgatatctatatagttagatcagcatca----AA--AGGCG-G----A---CC---A--AA---C--GAAC-AAGG--TGAACGAGT-GGA--TT----C----CG---TGTAAATTCGAAAT--A---------AC-A----AA-------CAAAA--G---T-TG---T--GGAA--AC---A-CGGA---C---GCC-TGt
gi|99979 : aaaagtactgaaactttcactcacgttgtaaatgtagaactttgtaaatgctgttgatgaaaggacacttggagttcctgcgtttttttctatttttcatatttagtatagtgttagaattgcagcaacaT--A--TGA----AA--AGGCG-A----A---GA---C--AAAA-C--GAAC-A--G--TGG-----C-CGA--TC----T----T---------GTCCTAAATC-A-G-A-AT--AC-AAAACAAA----A-CAAAG--G---TGTA---G----AA--AC---A-TGGA---T---CCC-TAGATATAtatgata
gi|99982 : aaaatgtcctgaaactattcaccgcgttgaaatataaactttgtatatgttgataaagacagtagtcgccattattattttggaattatggtaaaagacaccctactttttctttctttttaaaaaaaaatatctatatacatgtagttacatatgtagaattcaa----AA--AGGCG-A----A---GA---T--AA---AAGGAAC-A--G--TGA-----G-CGA--T---------------T--AA-TCGTAATC--A-G-A-AT--AC-G----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--G-GA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|99984 : aaatgtcctgaaaactttttcaccacgttgaaatataaactttgtaatgcgtttgataaaagagacacttggagtctgcgctttttttgttgctaatatctatatagtgaaattcagcataaTTGGAG-T-CTGC-GCTTTT--TTTGTT-GT----TT--AT-TATACAAAA--AGGCG-A----A---GT---T--AA---C----ACTT--G--TG------T-CAA--ACGTAAT----CA---T--AA-TCC-AAAA--A-C-ATAT--AC-A----AAAT---G-CGAGT--G---T-AG---G--GC-A--AC---A-CGGA---C---CTC-CG
gi|99987 : aaatgtcctgaaactcttcaccacgttgaaataccggtataactttgtatgctgttgataaaaggacac---T--AG---T--GAACTA--G--CGA-----TTCAA--TC-----------------AAAC----AATCGA-G-A-AT--AC-A----AAGGACCA-CAAGA--G---T-TGTGAG--G-AA--AC---A-CAGA---C---CCCTTGGA
gi|99988 : aatgtcctgaaacttttaccaatcatgaaataatttaaagctcttgcctgctgttgattaacaaggaactggtaagtctgcgcctattgtttattgttgatatggctgattatagtgtataaatttcagcattgaaaaaaggcgacgacaatcgaacccaggtttacatgtcacccT--A--AGC----AA--AAGCG-A----A---GACAAT--AA---C--AGAC-G--G--TGA-----G-CGA--TC----------A---T--A--TCATAAA---A-C-G-AT--AC-A----AA-------CAAAA--G---T-TG---G--GGAA--AC-----CGGG---A---CCC-TGGATATA
gi|99991 : aattcctaaacctctcactcacttgataatataaacctttgttatagctgtgataaaagggacacttggattagat--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----GG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--A--A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--ACAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|99992 : tgaaatacgcagaatttatagttatgctttaattttaggttttgttttcatatcttgtatttatctaaataaaaatatattcaT----GC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----TG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AT-A----AAA----ATCAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-TGAA---C---CTC-TGAACACA
gi|99993 : ctgtcgaaggccatgtcgagtattttttttctgttgtatggtgtctattactcgcagtaattcaccTTTTTG--T-TACTAT-T--ATT--ATCATA-GT-----C--A---------AA--GGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAA-A--G--TGA-----T-C-A--TC----T----CG---A--AAGTCCCAAAT--A-G-G-AT--ACAA----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACA
gi|99994 : gataaagaacatttttgtgatttt----GT--A--TGA----AA--AAGCG-A----A---GA---T--AAAA-T--GTAC-A--G--TGA-----C-CTA--GC----T----CA---T--AGGTCCCAAAC--A-G-A--T--A--------------A-TGAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CAGA---G---CCC-TGGATATA
gi|99996 : aaagaacaccagctttttttttaaaatttagatagtaaaattta----AA--AGGCGGA----A---GA---CGAAA---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--AGA-------A-AT--AC------AAA----A-CAA-A--G---T-TG---G--GGAATCAC---AGCGGA---A---CCC-TGG
gi|99997 : gggccctcttgtttgtttgttgatataattataagttagaattcagcataaTTTTCACGT-T-CTGTTG--ACT--TATGTA-CTT---AC--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TAGACACAgggatata
gi|99999 : gtccattat--A--TGA----AA--AAGTG-A----A---AA---T--AC---C--GAAC-A--G--TGA-----G-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCT-AAC--G-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CAGG---C---CCC-TGGATATA
blockSeqs : C AT ATTTACT TG ACCG TTC AA CAA CA AAA G AC ACGAG T AT GTAA GC AAAAC GACC G AA
blockSeqs : T TA GCTTTTT G CA A T A GA AA T AG . G GT CA CG CA T T C
blockSeqs : C C TGACTT G CA C . . . AA T . . T . CA C AA . T .
blockSeqs : G T ATATT T T A . . . AA . . . . . CA C A . . .
blockSeqs : C T GGTTG G . C . . . AA . . . . . CA C A . . .
blockSeqs : . T GTTTT C . T . . . AC . . . . . CA C A . . .
blockSeqs : . G AAATA G . T . . . AA . . . . . CA C A . . .
blockSeqs : T ATTGT G . T . . . AA . . . . . T C A . . .
blockSeqs : T ATAGT A . T . . . A . . . . . A . A . . .
blockSeqs : T TATTA G . T . . . . . . . . . A . A . . .
blockSeqs : . G . T . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : G . C . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : T . T . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : G . T . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : G . T . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : C . C . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : T** ATNTT***** **** A*****
originalCons : NNTGTTTTTGCAT-T-CTAT-G--TTT--TTTGTA-GT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
finalCons : NNTGTTTTTGCATT--CTATATNTT-----TTGTA-GT----GT--A--TGT----AA--AGGCA-A----A---GA---T--AA---C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--ACA-----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|99976 ): AAAATGTCCTGAAAATCTTCACGACGTTGAAATGTAAACTTTGTATGCTGTTGATATAAGGACACTTGGAGTCTGCGCTTTTTGTTGTTGATATCTATATAGTTAGAATTCAGCATAAAAAGGCGAACACAAAACGGACAGTGAGCGAT
Unaligned ( gi|99980 ): AAAATGTCCTGAAACTCTTCACCACGTTGAAATATAAACTTTGTATGCTGTTGATAAAAGGACACTTGGAGTCTACGGTTTTGTTTTTTTTTGGGTTTTTTTTTTATATCTACA
Unaligned ( gi|99985 ): AAATGGTCCTGAAAACTCTTCACTTACGATTGAAATACATAAACTTTGTACTGTTCGAATGTGATACTATAAAGCGCACTACTTTGTTAGTCTGTCTGCTTTCGTCTTTTTGATAATGTATCTATAATATCTTAAATTCAGCATAAAGACAAAACGAAACAAAAGTTGAGCGTTAGCACGTAAAATTTCAGCAATACAAAAAAAAAAGGAGACAACAACTACGGTACCCTACCTGAGATATA
Unaligned ( gi|99983 ): AAATATGGTACTGAAACTCTTCACCCACGTTGAAAAATAAACTCTGTAGCTGTTGATAAAAGGAACACTTGGAGTTGCGCCTTTTTTGCT
Unaligned ( gi|99981 ): AAAATGTCCATGAAACTCTTCACGTTGAAAATTACAACTTTTTATGCTGTTTGATAAAAAGGACACTTATGAGTCTCGCGCTTTT
Unaligned ( gi|100049 ): GATATATATCAGTTAGAAATTCTGCATAAAAAGGTGAAAAGACAAAAACGAAAGTGAGCGGATTTCACGTAATCACGATTCAAAAAAAAACAGTTGGGAGAAACACAGACCCGGGATA
Unaligned ( gi|99986 ): AAATGTCCTGAACTGTTAACCACTTTCAAATATAAGCTTTGTATGCTGTTGATAAAGACA
Alignments
lowQualScore : 11 1 4444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 66 0 2 333 1 6666 4444 2222222222222222222222222222222222 1 1111 1111 1111 00 0 1111 111 000 11 6666 00 1 11 00 11111 1 11 5555 0000 000 00 33 0 0 0 00 333333 1111 1 11 000 0 000 00 00 000 0 000 000 0
lowQualScore : .. . . ... . .... .... .................................. . .... .... .... .. . .... ... ... .. .... .. . .. .. ..... . .. .... .... ... .. .. . . . .. ...... .... . .. ... . ... .. .. ... . ... ... .
lowQualScore : 11 5 0 222 5 1111 2222 7777777777777777777777777777777777 2 3333 0000 6666 66 4 0000 222 888 22 4444 66 3 22 66 11111 3 22 8888 9999 888 66 88 4 4 4 66 555555 3333 3 00 888 9 888 66 66 888 4 888 888 4
consensus : NNTGTTTTTGC-AT-T-C---TATA-TAT--T----T----TGTA----G-T----G---------C----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
Reference ( family-102 ) : NNTGTTTTTGC-AT-T-C---TATA-TNT--T----T----TGTA----G-T----G---------T----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100001 : --T----T----TGCA----G-TAACTG---------A----A-T----GA----AA----AGGC--G-A----A---GA---T--AA----T--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCTCAAAT--A-G-A-AT--AC------AGA----A-CAGGA--G---T-TG---G--GCGA--AC---G-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|100002 : cttcctttttggctgttgctaagcctca----TGTA----G------G--------------A-T----GA----AA----AGGC--G-A----A---GA---A--AA----G--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--AC----T----CG---T--AAGTCCCAAAG--A-G-A-AT--AC------AAA----A-TAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGAA---C---CCC-TGGACACA
gi|100003 : tgctttaacttttgtttatatttgaggcgtgttataaaTA-TCT--T----T-------A----G-T----C---------A----A-T----GT----AATT--AAGC--G-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----C-CAA--TCT---T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--ACAA--AA---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100004 : tgttgtttatgtttacggcatc-AT-C-C---TATA-TAT--T----T----AGAA----T-TCA--G---------C----A-T----AA----AA----AGGG--A-C----A-----------AA----C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--CC----TTCATCG---T--AAATCAGAAAT--A-C-A-AA--AC-A----AAA----A--------G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---CTCTCTC-TGGA
gi|100005 : cttgtgttgttgttggagtca----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---TG---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-ATAAAT-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-TGGA---C---CCC-TGGAgat
gi|100006 : cttattattgccttgttgtataagttatacattaagca----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GC---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTACAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100007 : cttttttggttgttgttgcattc-T-C---AATA-TTTACT----T----T-CA----C-T----G---------A----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-T-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100008 : cttttgatattgtttgagtta----T----TATA------T----A---------C----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-ATA-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGA
gi|100009 : tttgtttgttgtaaaaatgtaaata----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-T-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100010 : ttattttgttaacgatatcggtaataaatacttagTTTTTGCTAT-T-CATATATA-TAT--A----TA---TATA----T-C----GCCACATCATT----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAG-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CA---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GC-A--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100011 : t---------T----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CTC-TGGACA
gi|100013 : tttttgttgtaaaacagagttatttctctat----A-T----GA----AA----AGGC--G-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-T--G--TGA-----T-CAA--TC----T----TG---T--AAGTCTCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAACA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGG
gi|100021 : ttttatttatcgatatgattaaacctatatacTGTTTTTGC-AT-T-C---TATG-TTT--T----T----TGTA----G-T----G---------T----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACAgta
gi|100025 : tcTA-TCA--T----T----TAGA----A-T--------------T----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGATA
gi|100026 : ttgttgatgatgtcttgtacTTTTAT-AT-G-C---TATA-AAT--A----C----TGTA------T----G--------------A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---C-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACAt
gi|100030 : ttattgttg----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAATA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGA
gi|100031 : ttgtttataacaatttgattgttaaagtatcagcata----A-T----AT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--CGA-----T-CAA--CA----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100032 : ttgtggatatttaatttaagttaa----A-T----GA----AA----AGGT--G-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CGA--TC----T----CG---C--AAGTCCAAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GTGA--AC---A-CGGA---G---CCC-TGAATATA
gi|100033 : ttgtcgatatctgctctaaaggcaac----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---TA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100038 : ttgtagatatgcatattgccaggatagaagg----T----TATA----G-T----G---------T----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100040 : tgttgcatgttatcatagttatgatgag----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TA----T----CG---T--AAGTCCTCAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100041 : gttaatgctgtatggttca-T----AT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100042 : gttaaaattaccatatatagaactatcTTAGT-AT-T-----TATA-TAA--T----T----CAT-------T----G---------T----A-T----GT----AA----AGGC--A-G----A---AA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---G-CGGA---C---TCC-TGGACACA
gi|100043 : ----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--ACAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100048 : ttgatatttacattgactaaag-T-C---TATA-TAG--T----T----AGAA----T-TAA--G---------C----A-T----GA----AA----AGGC--A-T----A---GA---CCAAA----C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--TC----T----C---------GTCATAAATC-A-A-A-AT--AC------AAA----A-CAAAA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|100050 : ggtaT----AA----GGGC--A-C----A---GA---C--AAAA--C--GAAC-A--G--TGA-----A-CAGATTCA---T----CG---T--AAATCCCAGA-------A-GT--AC------AAA----C-CAAGA--ACGCT-TG---G--GGAA--ACACAA-CGGAGACC---CTC-TG
gi|100055 : gatatataatagtatagaatcagcca---TATA-TTG--T----T----CATAT---G-TACCGG---------T----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--ATGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AA-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACAtatata
gi|100056 : tatg-AT-T-T---TATA-TTTAGT----T----CAC-----T-T----G---------G----A-C----GA----AA----AGGC--A-A----A---GG---T--AA----C--AAAA-G--G--TGA-----C-CAA--TC----T----CG---C--AAATCACAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-TAAAG--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGAA---C---CCT-TGGATACA
gi|100058 : t-T-T---TATAGTAT--T----T----TGTATTCAA-T----GACA------T----AAT----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCCATT--A-G-A-AC--AC-A----AAA----AGCAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CAGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100059 : a----A-T----AT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAT-A--G--TGA-----T-CAA--TC----A----TG---T--AAATCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCT-TGGACACA
gi|100060 : atcttatcgtgaaagattcacaac-TAT--T----T----AGTAT---G-T----GAGTTT----T----G-T----GA----AA----AGGC--A-A----A---GA---A--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAA--A-T-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGAACACA
gi|100067 : atttatatagtcagaaacgcat----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CGA--TC----T----CA---T--AAGTTCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGG---C---CCC-TGGACACA
gi|100068 : ctatgattgttagacaaatctagataa-C---TATA-TAT--T------------A----G-T-------------------A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-T--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100069 : TA-TAA--T----T----TATA----A-A----G---------C----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---TA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGT-----T-CGA--TC----T----CG---T--AAGTCCT-AAT--AGG-A-AT--AA-A----AAA----A-GAAAA--G---T-TT---G--AGAA--AC---A-CGGG---C---CTC-TGGACATA
gi|100071 : c----AA----AGGC--G-A----A---GA---C--AAAA--C--GAAT-A--G--TGA-----G-CGA--T-----T----CG---T------CGTAAATC-A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--G-AA--AC---A-CAGA---C---CTC-TGGATATA
gi|100075 : tatatagttaaaattcagcataa---TATA-GAT--T----T-------A----G-T--------------C----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100080 : a----G---------T----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CGA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-T-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100083 : tagcaagaatttc----G---------T----A-T----GA----AA----AGGC--G-A----A---GA---T--TA----A--GAAC-A--G--TGA-----T-CTA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---G-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100084 : agccaaagttaa-T----GT----AA----ATGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100085 : agttaaatatcagcactc-T----G---------C----A-T----GA----AA----AGGT--G-A----A---GA---T--AA----T-------A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CA---T--AAGTCCTAATT--A-G-A-AT--A--A----AAA----A-CAAGT--G---T-TG---G--GTAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100086 : aattagaacctTTTGC-AT-T-C----ATA-----------------GCA------T----A---------A----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----T---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGCACATA
gi|100088 : g----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GGAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAC--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GTAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100094 : ttgaaactctac---------T----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---C--AA----C--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AA-A----AAA----A-CAAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100097 : agacattcaga----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--C-G-A-AC--AC------AAA----A-CAAAA--G---T-TA---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100105 : gaatcacaac----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T-----------GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC-A----AAA----ATCAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGAACACA
gi|100107 : ttcattata----G---------C----A-T----GA----AA----ATGC--A-A----A---AA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAATCCTAAAT--C-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-TAGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100108 : ttcA----AAAC--A-A----A---AA-------A----C--GAAC-A--G--AGA-----T-CAA--TC----T----CA---C--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-TAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AT---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100110 : tttaacataaaaaggaaac----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAGAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100125 : ttca----AA----AGGC--G-A----C---GA---T--AA----T--GAAC-A--G--TGA-----T-CAG--TC----T----CG---T--AAGTTCCAAAC--A-G-A-AT--A--A----AAA----A-CAGTA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100132 : aggataa----G---------C----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---T--AAGTCCAGAAT--A-G-A-AC--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TAGACACA
gi|100133 : ----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100144 : gcataata----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100145 : c----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100159 : c----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---T--AAGTCCCTAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAAT--G---C-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATACA
gi|100169 : ataa----AA----AGGC--A-A----A---AA---T--AA----G--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---C--AAGTCCCAAAC--A-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGAATACA
gi|100170 : taa-T----AT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAC--A-G-A-GT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100184 : ----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100185 : ----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TT----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100186 : ----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAATCCTAAAC--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGA
gi|100188 : ----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTA---------------AC-A----AAA----------A--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100189 : ----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAATCCCAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---G-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100190 : ----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100191 : ----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100192 : ----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100193 : ----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100195 : ----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----C----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AA--GC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---ACC-TGGACATA
gi|100197 : ----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AA-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100200 : ----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCCAAAT--A-A-A-AC--AC-A----AAA----A-TAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACACA
gi|100201 : ----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-AAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|100271 : --AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-GAA--TC----T----CA---T--AAATCCTAAAT--G-G-A-AT--AA-A----AAA----A-TAAAA--G---T-TG---G--GAAA--AC---A-CGGA---C---CGC-TGGATATA
gi|100274 : --GAAC-A--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--------A-G-A-TC--AC-A----AAA------CAAGA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|100275 : AAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|99969 : TGTTGTTG--ATAT-C---TATT-TAG--T----TAGAATTCA----G-C----A---------T----A-T----TT----AA----AGGC--G-A----A---GA---C--AAAA--C--GAAC-A--GAGCGA-----TTCA---------T----CG---T--AAATC--------A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|99970 : aaaatgtcctgaaactcatcaccactttgaaatataaactttgtatgctgttgataaaacgacacttggagtctgcgctttttT----AA----AGGC--G-A----A---GA---C--AAAAA-C--GAAC-A--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--------A-G-A-TC--AC-A----AAA------CAAGA--G---T-TG---G--GGAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATA
gi|99971 : aaaatgtcctgaaactcttcaccacgttgaaatataaacatttatctgttgataaaagaagcttggagtctgcgctttttgtttgttgatatcatatatagttagaattcagca----AA----AGGC--G-ATACGA---AA---A--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----G-TGAGTTCA---T----CG---T--A------AAATGCA-G-A-AT--AC------AAA----A-C-AGA--G---TGTG---G--G--A--AC---A-CGGT---A---CCC-TGt
gi|99972 : agaatggtcctgaaacctatctcatccacgttgaatataaacatttagctgttgataaaagcagactgggagtctgcgcttttttgtgtgttgatacttatatagttatgaattccatacaTTTTTG--ATAT-C---TATA-TAG--T----TAGAATTCA----G-C----A---------T----A-A----A-----AA----AGGCCGA-A----C---GA---C--AAAAAAC--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--TTCA--T----CG-----------CTAAATC-A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--AGAA--AC---A-CGGA-------CCC-TGGATATAatata
gi|99973 : aaaatgtccttgaaactcttcaccgacgttgaaatataaactttgtatggctgttgataaaaggacacttggagatctgcgctttgttTGTTGTTG--ATAT-C---TATA-TAG--T----T----AGAA----T-TCA--G---------C----A-T----AA----AA----AGGC--G-A----A---GA---C--AAAA--T--GAGC-A--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC------------A-AT--A-------AAA----A-CAAAA--T---T-TG---G--GGTA--AC---A-CGGA---C---CCC-CGGATATA
gi|99974 : aaaatgtcctgaaaaacttcacctagatgaaatataaacttagtatgctgttgataaaaggacacttggagtttgcgctttaatttgt----AA----AGGC--A-A----AA--GA---C--AAAC--C--AAACGA--G--TGA-----G-TGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--------A-G-A-AT--AC-A----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--G-AA--AC---A-CGGA---C---CCC-TG
gi|99975 : aaaatgtcctgaaactcttcacatgtttaaatataagctttgtaatgctgttgataaagacacttggagtctgcgctttttttgttgttgatagtctatagatagtagtagaattcagcataaTGTTTTTAT-CTAT-C---TATA-CAT--TAGAAT----T-CA----G-C----A---------T----A-A----------AA----AGGA--A-A----ACAAGA---C--AAA---C--GAAC----G--TGA-----T-C----------T----CGATTC--AA--CGTAAATC-A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAAAC-G---T-TG---G----AA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATAatata
gi|99977 : aaaatgtctgaaactcttcaccacgttgaaataaaactttgtatgctgttgaaaaaggacacttggaaggtctgctttttttTGTTGTTG--ATAT-C---TATA-TAG--T----T-------A----GATCA--G---------C----A-T----CA----AA----GGGC--G-A----A---GA---C--AA--------AAC-GACG--TGA-----CGCGA--T-----T----CA---T-----TCGTAAATC-A-G-A-AT--ACCA----AAA----G-CAAAAAAG---C-TG---GCGGGAA--AC---A-CGGA---C---CCT-TGGATA
gi|99978 : aaaagtccttgaaatcttcatcacgtgatataaattttgttatgctggtttgaaaaaaaagaaacttggtctgagtcttctttTTTTTCT-AT-T-T---TTCA-TAT--T----TAG--TATA----G-T----G---------TTAGAA-TTGCAGC----AACAAAAGGC--G-G----A---CC---A--AA----C--GAAC-AAGG--TGAACGAGT-GGA--TT----C----CG---TGTAAATTCGAAAT--A---------AC-A----AA-------CAAAA--G---T-TG---T--GGAA--AC---A-CGGA---C---GCC-TGt
gi|99979 : aaaagtactgaaactttcactcacgttgtaaatgtagaactttgtaaatgctgttgatgaaaggacacttggagttcctgcgtt---------T----A-T----GA----AA----AGGC--G-A----A---GA---C--AAAA--C--GAAC-A--G--TGG-----C-CGA--TC----T----T---------GTCCTAAATC-A-G-A-AT--AC-AAAACAAA----A-CAAAG--G---TGTA---G----AA--AC---A-TGGA---T---CCC-TAGATATAtatgata
gi|99982 : aaaatgtcctgaaactattcaccgcgttgaaatataaactttgtatatgttgataaagacagtagtcgccattattattttggaattatggtaaaagacaccctactttttctttctttttaaaaaaaaatatctatatacatgtagttacatatgtagaattcaaTTTTTGT--T-G-C---TA-A-TAT--C----TA---TATA----G-T----GAAATTCAG-C----A-T----AA----AA----AGGC--G-A----A---GA---T--AA----AAGGAAC-A--G--TGA-----G-CGA--T---------------T--AA-TCGTAATC--A-G-A-AT--AC-G----AAA------CAAAA--G---T-TG---G--G-GA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGATATA
gi|99984 : aaatgtcctgaaaactttttcaccacgttgaaatataaactttgtaatgcgtttgataaaagagacacttggagtctgcgctt-TTT--T----T----TGTT----G-T----T---------T----ATT----ATACAAAA----AGGC--G-A----A---GT---T--AA----C----ACTT--G--TG------T-CAA--ACGTAAT----CA---T--AA-TCC-AAAA--A-C-ATAT--AC-A----AAAT---G-CGAGT--G---T-AG---G--GC-A--AC---A-CGGA---C---CTC-CG
gi|99987 : aaatgtcctgaaactcttcaccacgttgaaataccggtataactttgtatgctgttgataaaaggacacttggagtctgcgct---T--AG----T--GAACTA--G--CGA-----TTCAA--TC-----------------AAAC----AATCGA-G-A-AT--AC-A----AAGGACCA-CAAGA--G---T-TGTGAG--G-AA--AC---A-CAGA---C---CCCTTGGA
gi|99988 : aatgtcctgaaacttttaccaatcatgaaataatttaaagctcttgcctgctgttgattaacaaggaactggtaagtctgcgcctattgtttattgttgatatggctgattatagtgtataaatttcagcattgaaaaaaggcgacgacaatcgaacccaggtttacatgtcaccc---------T----A-A----GC----AA----AAGC--G-A----A---GACAAT--AA----C--AGAC-G--G--TGA-----G-CGA--TC----------A---T--A--TCATAAA---A-C-G-AT--AC-A----AA-------CAAAA--G---T-TG---G--GGAA--AC-----CGGG---A---CCC-TGGATATA
gi|99991 : aattcctaaacctctcactcacttgataatataaacctttgttatagctgtgataaaagggacacttggattagat----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--AAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----GG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--A--A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--ACAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACATA
gi|99992 : tgaaatacgcagaatttatagttatgctttaattttaggttttgttttcatatcttgtatttatctaaataaaaatatattca-T----G---------C----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----TG---T--AAGTCCCAAAT--A-G-A-AT--AT-A----AAA----ATCAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-TGAA---C---CTC-TGAACACA
gi|99993 : ctgtcgaaggccatgtcgagtattttttttctgttgtatggtgtctattactcgcagtaattcaccTTTTTG---T-TAC---TAT--TAT--TA---T----CATA----G-T--------------C----A------------AA----GGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAA-A--G--TGA-----T-C-A--TC----T----CG---A--AAGTCCCAAAT--A-G-G-AT--ACAA----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CGGA---C---CCC-TGGACA
gi|99994 : gataaagaacatttttgtgatttt----G---------T----A-T----GA----AA----AAGC--G-A----A---GA---T--AAAA--T--GTAC-A--G--TGA-----C-CTA--GC----T----CA---T--AGGTCCCAAAC--A-G-A--T--A--------------A-TGAAA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CAGA---G---CCC-TGGATATA
gi|99996 : aaagaacaccagctttttttttaaaatttagatagtaaaattta----AA----AGGC--GGA----A---GA---CGAAA----C--GAAC-A--G--TGA-----G-CGA--TTCA--T----CG---T--AAATC--AGA-------A-AT--AC------AAA----A-CAA-A--G---T-TG---G--GGAATCAC---AGCGGA---A---CCC-TGG
gi|99997 : gggccctcttgtttgtttgttgatataattataagttagaattcagcataaTTTTCAC-GT-T-C---TGTT-GAC--T----TA---TGTA----C-TT---A---------C----A-T----GT----AA----AGGC--A-A----A---GA---T--AA----C--GAAC-A--G--TGA-----T-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCTAAAT--A-G-A-AT--AC-A----AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--TC---A-CGGA---C---CCC-TAGACACAgggatata
gi|99999 : gtccattat----A-T----GA----AA----AAGT--G-A----A---AA---T--AC----C--GAAC-A--G--TGA-----G-CAA--TC----T----CG---T--AAGTCCT-AAC--G-G-A-AT--AC------AAA----A-CAAGA--G---T-TG---G--GCAA--AC---A-CAGG---C---CCC-TGGATATA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|99976 ): AAAATGTCCTGAAAATCTTCACGACGTTGAAATGTAAACTTTGTATGCTGTTGATATAAGGACACTTGGAGTCTGCGCTTTTTGTTGTTGATATCTATATAGTTAGAATTCAGCATAAAAAGGCGAACACAAAACGGACAGTGAGCGAT
Unaligned ( gi|99980 ): AAAATGTCCTGAAACTCTTCACCACGTTGAAATATAAACTTTGTATGCTGTTGATAAAAGGACACTTGGAGTCTACGGTTTTGTTTTTTTTTGGGTTTTTTTTTTATATCTACA
Unaligned ( gi|99985 ): AAATGGTCCTGAAAACTCTTCACTTACGATTGAAATACATAAACTTTGTACTGTTCGAATGTGATACTATAAAGCGCACTACTTTGTTAGTCTGTCTGCTTTCGTCTTTTTGATAATGTATCTATAATATCTTAAATTCAGCATAAAGACAAAACGAAACAAAAGTTGAGCGTTAGCACGTAAAATTTCAGCAATACAAAAAAAAAAGGAGACAACAACTACGGTACCCTACCTGAGATATA
Unaligned ( gi|99983 ): AAATATGGTACTGAAACTCTTCACCCACGTTGAAAAATAAACTCTGTAGCTGTTGATAAAAGGAACACTTGGAGTTGCGCCTTTTTTGCT
Unaligned ( gi|99981 ): AAAATGTCCATGAAACTCTTCACGTTGAAAATTACAACTTTTTATGCTGTTTGATAAAAAGGACACTTATGAGTCTCGCGCTTTT
Unaligned ( gi|100049 ): GATATATATCAGTTAGAAATTCTGCATAAAAAGGTGAAAAGACAAAAACGAAAGTGAGCGGATTTCACGTAATCACGATTCAAAAAAAAACAGTTGGGAGAAACACAGACCCGGGATA
Unaligned ( gi|99986 ): AAATGTCCTGAACTGTTAACCACTTTCAAATATAAGCTTTGTATGCTGTTGATAAAGACA