lowQualScore                  :    0    0    00 00  0000       0    6 0000   0  5   0  0     0 0      
lowQualScore                  :    .    .    .. ..  ....       .    . ....   .  .   .  .     . .      
lowQualScore                  :    4    4    66 66  9999       4    1 9999   4  4   4  2     4 4      
consensus                     : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCGC-A-AATTTA
Reference ( gi|78089 )        : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGATGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78090                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGCGA-AGTACCAC-A-AACTTA
gi|78093                      : TTT-CACC-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTATCAC-A-AATTTA
gi|78094                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGAAGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78095                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGTCGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAT-A-AATTTA
gi|78096                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTATTAC-A-AATTCA
gi|78097                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ATCAGT----TAT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78099                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-A
gi|78098                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGCTGTATGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78100                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCAGT----TGT-AGGCTA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78101                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGAAGTC-ACCAAT----TGT-AGGTGA-AATACCAC-A-AATTTA
gi|78110                      : TTT-CACC-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGC----TGT-AGATGA-AGTACTAC-A-AA
gi|78103                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGG----TGT-AGGTGA-AGTATCAC-C-AATTTA
gi|78104                      : TTTACACT-CATA--T--TG----AGACATC-AACAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78106                      : TTT-CACC-CATA--C--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AATACCAC-A-ATTTTA
gi|78116                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGATATC-GCCAGA----TGT-AGATCA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78108                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----TGGCGTC-ACCAGT----TGT-AAGTGA-AATACCAC-A-AATT
gi|78126                      : TTT-CACT-TATA--T--TG----AGACATC-GCCAGT----TGT-AGATGA-AGTATCAC-A-
gi|78109                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AAAC-TC-ACAAGT----TGC-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78119                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACAAAT----T-T-AG-TGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78111                      : TTT-TACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCAAT----TGT-AGGTAA-AGTAACAC-A-AATTTA
gi|78115                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACAAC-ACCAGT----TGT-GGTTAA-AGTACCAC-A-AATCTA
gi|78112                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACACC-GCCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-----TTTA
gi|78130                      : TTG-CACT-CAGA--T--TG----AGACATC-ACCAGC----TGC-TGATGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78132                      : TTG-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGATGA-AG-ACCA
gi|78135                      : TTT-CACT-CATA--TATTG----ATACGTC-ATCAGC----TGT-AAATGA-AGTGCCAC-A-AATTT
gi|78114                      : TTC-CACT-TATA--T--TG----GGACGTC-ACCAGT----TGT-ACGTGA-ACTACCAT-A-AATTTA
gi|78118                      : TTC-CACT-CCTA--T--TG----AGACGCT-ACCAGT----TGT-AGGTAA-AGTATCAC-A-AATCTA
gi|78117                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGT-CGGTGA-AGGACTGC-A-AATTTA
gi|78120                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT------A-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATATA
gi|78133                      : TTC-CACT-TATA--T--TG----AGACATC-ACCATT----TGT-A---GA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78121                      : TTT-CACT-CATA--A--TG----AGACGTC-ACCTGT----TGA-AGGTGA-AGTATCAC-A-ATTTTA
gi|78173                      : TTT-CACT-CATA------G----AGACTAC-ACCGGT----TGT-AGATGA-AGTACCAA-A-AATTTA
gi|78122                      : TTT-CACT-CCTA--T--TC----AGACAAC-ACCAGT----TGT-GGGTGA-AATACCAC-A-AATTTA
gi|78123                      : TTT-CACT-CATT--T--TG----AGTCGTC-ATCAGT----TGT-AGGTGA-AGTGCAAC-A-AATTCA
gi|78171                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----GGACGTC-ACCA-T----TGC-AGATGA-AGGACTGC-A-AATTCA
gi|78125                      : TTT-CACT-TATA--T--TG----ATACGTA-ACCAGA----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AA
gi|78124                      : TTT-CACT---TA--T--TG----CGACGTC-ACCAGT----TGT-ATGTGA-AGTACCAC-A-AAATTA
gi|78127                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----ATACGTC-ACCAGT----TGT-AAGTGA-AGTATC
gi|78163                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AATCGTC-ATCAGT----TAT-AGTTGA-AATACCAC-A-AA
gi|78128                      : TTT-CACT-CAAA--T--TG----AGACCTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACTGC-A-TTTTTA
gi|78129                      : TTT-CACT-CACA--A---G----AGATGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC----ATTTA
gi|78131                      : TTT-CACT-CACA--C--TG----AGAC--C-ACCAGT----TGT-AGGTGA-CGTACCAC-A-AA
gi|78134                      : TTT-GACT-CATA--T--TG----AGATATC-A---GT----TGT-AAGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78136                      : TTT-CACT-AATA--T--TC----AGGCGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTAAAAC-A-AATATA
gi|78107                      : TTT-CACC-CATA--C--TG----AGACGTC-ACCAGT----TG--AGGTGA-AATA-CAC-A-ATTTTA
gi|78138                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78150                      : TTT-TAGT-CGTA--T--TG----AGACGTC-ACAAAC----TGT-AGGTGA-TGTACCAC-A-AATTT
gi|78149                      : TTT-CACT-CATC--T--TT----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGAGGGGACCAC-AGAATTT
gi|78164                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGAAATC-AGCACA----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AACTTA
gi|78161                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78160                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78159                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78157                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78155                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78154                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78153                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78151                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78148                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78147                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78145                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78142                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGTGCTGC-A-AATTTA
gi|78140                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78162                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGATGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78166                      : TTT-CACT-CTTA--T--TG----AGA-GTT-A--AGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AACTTA
gi|78165                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-TGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78167                      : TTT-CACT-CATAATT--TG----AGACGTC--TCAAT----TGTTAGGTGA-AGTACCAC-A-AA
gi|78170                      : TTT-CACT-TATA--T--TA----AGACGTC-ACCAGT----CAT-AGGTCA-AGTAGCAC-A-A
gi|78174                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGT-CGGTGA-AGGGCTACAA-AATTTA
gi|78177                      : TTT-CATA-CATA--T--TG----AGACGCT-ATCAGT----TAT-TGGTGA-AGTACCAC-A-AAT
gi|78179                      : TTT-CACT-GTTA--T--TG----AGACATC-ATCAGT----TGG-AGGTGA-AGGACCAC-C-AATTTA
gi|78178                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGT-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATCT
gi|78175                      : TTT-CACT-CATA--T--CG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTT
gi|78102                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGCGCTGC-A-AATTTA
gi|78141                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AG-GCTGC-A-AATTTA
gi|78143                      : TTT-CATT-TATA--T--TG----AGACGTC-ACC-----------AGGTGA-AGTGCCAC-A-AATTTA
gi|78180                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCA-T----TGT-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78152                      : TTT-CAAT-CATA--C--TG----AGAGGTC-ACCAGT----TGT-AGGCAA-AATACCAC-A-
gi|78187                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78185                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78183                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78181                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCA-T----TGG-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78188                      : TTG-CACT-CATA--G--TA----GGACGTC-AACAGT----TGT-AGGTGC-AATGCCAC-A-AATTTA
gi|78182                      : TTT-CACT-CATT--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78189                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTCA
gi|78357                      :  TT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-GGTACCAC-A-AA
gi|78358                      :  TT-CACT-CGTA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTAA-AGTACCAA-A-AA
gi|78359                      :  TT-CACT-CATA--C--TG----AGAC------CAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78360                      :  TT-CATT-CATA--T--TG----AGATATC-ACCAGT----TGT-AGGTAA-AGAACCAT-G-AATTTA
gi|78361                      :  TT-CACT-CATA--C--TG----AGTCGTC-ACTAAG----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-A
gi|78362                      :  TT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-AGGTGA-ATGGCTGC-A-AATTTA
gi|78378                      :   T-TACT-CGTA--T--TG----AGACGTC-ACGAGC----TGT-AAGTGA-AGTACCAC-T-AATTTA
gi|78379                      :   T-CATT-CATA--T--TG----AGACGTG-ACCAGT----TGT-TAGTGA-AGTACCAC-A-TATCTA
gi|78383                      :    -CACTGCATA--T--TGCTCAAGACGTC-TCCAGT----TGT-AGGTGA-AGTTCCAC-A-AATTT
gi|78387                      :      ACT-CATA--T--TG----AGATGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACTAC-A-AATTTA
gi|78390                      :       CT-CATA--T--TG----AGACGTT-ACCCGC----TAT-AGGTAA-AGTACCAC-A-GATTTA
gi|78392                      :        T-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGAATCAT-A-AACTTA
gi|78394                      :        T-CATA--C--TG----AGACGTC-A---GT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78393                      :        T-CATA--T--TG----AGACGTCCACCAGT----TGT-AGGTGA-AGAATCAT-A-AACTTA
gi|78397                      :              --T--TG----AGACATC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTTCCAC-A-AATTCA





Alignments
lowQualScore                  :    0    0    00 00  0000       0    6 0000   0      0  0   1 0 0      
lowQualScore                  :    .    .    .. ..  ....       .    . ....   .      .  .   . . .      
lowQualScore                  :    4    4    66 66  9999       4    0 9999   4      4  1   8 4 4      
consensus                     : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCGC-A-AATTTA
Reference ( family-101 )      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCGC-A-AATTTA
gi|78089                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGATGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78090                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGCGA-AGTACCAC-A-AACTTA
gi|78093                      : TTT-CACC-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTATCAC-A-AATTTA
gi|78094                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGAAGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78095                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGTCGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAT-A-AATTTA
gi|78096                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTATTAC-A-AATTCA
gi|78097                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ATCAGT----TAT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78098                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGCTGTATGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78099                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-A
gi|78100                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCAGT----TGT-AGGCTA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78101                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGAAGTC-ACCAAT----TGT-AGGTGA-AATACCAC-A-AATTTA
gi|78102                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGCGCTGC-A-AATTTA
gi|78103                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGG----TGT-AGGTGA-AGTATCAC-C-AATTTA
gi|78104                      : TTTACACT-CATA--T--TG----AGACATC-AACAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78106                      : TTT-CACC-CATA--C--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AATACCAC-A-ATTTTA
gi|78107                      : TTT-CACC-CATA--C--TG----AGACGTC-ACCAGT----TG--AGGTGA-AATA-CAC-A-ATTTTA
gi|78108                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----TGGCGTC-ACCAGT----TGT-AAGTGA-AATACCAC-A-AATT
gi|78109                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AAAC-TC-ACAAGT----TGC-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78110                      : TTT-CACC-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGC----TGT-AGATGA-AGTACTAC-A-AA
gi|78111                      : TTT-TACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCAAT----TGT-AGGTAA-AGTAACAC-A-AATTTA
gi|78112                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACACC-GCCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-----TTTA
gi|78114                      : TTC-CACT-TATA--T--TG----GGACGTC-ACCAGT----TGT-ACGTGA-ACTACCAT-A-AATTTA
gi|78115                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACAAC-ACCAGT----TGT-GGTTAA-AGTACCAC-A-AATCTA
gi|78116                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGATATC-GCCAGA----TGT-AGATCA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78117                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGT-CGGTGA-AGGACTGC-A-AATTTA
gi|78118                      : TTC-CACT-CCTA--T--TG----AGACGCT-ACCAGT----TGT-AGGTAA-AGTATCAC-A-AATCTA
gi|78119                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACAAAT----T-T-A-GTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78120                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT------A-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATATA
gi|78121                      : TTT-CACT-CATA--A--TG----AGACGTC-ACCTGT----TGA-AGGTGA-AGTATCAC-A-ATTTTA
gi|78122                      : TTT-CACT-CCTA--T--TC----AGACAAC-ACCAGT----TGT-GGGTGA-AATACCAC-A-AATTTA
gi|78123                      : TTT-CACT-CATT--T--TG----AGTCGTC-ATCAGT----TGT-AGGTGA-AGTGCAAC-A-AATTCA
gi|78124                      : TTT-CACT---TA--T--TG----CGACGTC-ACCAGT----TGT-ATGTGA-AGTACCAC-A-AAATTA
gi|78125                      : TTT-CACT-TATA--T--TG----ATACGTA-ACCAGA----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AA
gi|78126                      : TTT-CACT-TATA--T--TG----AGACATC-GCCAGT----TGT-AGATGA-AGTATCAC-A-
gi|78127                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----ATACGTC-ACCAGT----TGT-AAGTGA-AGTATC
gi|78128                      : TTT-CACT-CAAA--T--TG----AGACCTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACTGC-A-TTTTTA
gi|78129                      : TTT-CACT-CACA--A---G----AGATGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC----ATTTA
gi|78130                      : TTG-CACT-CAGA--T--TG----AGACATC-ACCAGC----TGC-TGATGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78131                      : TTT-CACT-CACA--C--TG----AGAC--C-ACCAGT----TGT-AGGTGA-CGTACCAC-A-AA
gi|78132                      : TTG-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGATGA-AG-ACC
gi|78133                      : TTC-CACT-TATA--T--TG----AGACATC-ACCATT----TGT-A---GA-AGTACCAC-A-AATTTAa
gi|78134                      : TTT-GACT-CATA--T--TG----AGATATC-A---GT----TGT-AAGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78135                      : TTT-CACT-CATA--TATTG----ATACGTC-ATCAGC----TGT-AAATGA-AGTGCCAC-A-AATTT
gi|78136                      : TTT-CACT-AATA--T--TC----AGGCGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTAAAAC-A-AATATA
gi|78138                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78140                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78141                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AG-GCTGC-A-AATTTA
gi|78142                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGTGCTGC-A-AATTTA
gi|78143                      : TTT-CATT-TATA--T--TG----AGACGTC-ACC-----------AGGTGA-AGTGCCAC-A-AATTTA
gi|78145                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78147                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78148                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78149                      : TTT-CACT-CATC--T--TT----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGAGGGGACCAC-AGAATTT
gi|78150                      : TTT-TAGT-CGTA--T--TG----AGACGTC-ACAAAC----TGT-AGGTGA-TGTACCAC-A-AATTT
gi|78151                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78152                      : TTT-CAAT-CATA--C--TG----AGAGGTC-ACCAGT----TGT-AGGCAA-AATACCAC-A-
gi|78153                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78154                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78155                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78157                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78159                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78160                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78161                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78162                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGATGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78163                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AATCGTC-ATCAGT----TAT-AGTTGA-AATACCAC-A-AA
gi|78164                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGAAATC-AGCACA----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AACTTA
gi|78165                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-TGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78166                      : TTT-CACT-CTTA--T--TG----AGA-GTT-A--AGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AACTTA
gi|78167                      : TTT-CACT-CATAATT--TG----AGACGTC--TCAAT----TGTTAGGTGA-AGTACCAC-A-AA
gi|78170                      : TTT-CACT-TATA--T--TA----AGACGTC-ACCAGT----CAT-AGGTCA-AGTAGCAC-A-A
gi|78171                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----GGACGTC-ACCA-T----TGC-AGATGA-AGGACTGC-A-AATTCA
gi|78173                      : TTT-CACT-CATA------G----AGACTAC-ACCGGT----TGT-AGATGA-AGTACCAA-A-AATTTA
gi|78174                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGT-CGGTGA-AGGGCTACAA-AATTTA
gi|78175                      : TTT-CACT-CATA--T--CG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTT
gi|78177                      : TTT-CATA-CATA--T--TG----AGACGCT-ATCAGT----TAT-TGGTGA-AGTACCAC-A-AAT
gi|78178                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGT-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATCT
gi|78179                      : TTT-CACT-GTTA--T--TG----AGACATC-ATCAGT----TGG-AGGTGA-AGGACCAC-C-AATTTA
gi|78180                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCA-T----TGT-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78181                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCA-T----TGG-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78182                      : TTT-CACT-CATT--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78183                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78185                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78187                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78188                      : TTG-CACT-CATA--G--TA----GGACGTC-AACAGT----TGT-AGGTGC-AATGCCAC-A-AATTTA
gi|78189                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTCA
gi|78357                      :  TT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-GGTACCAC-A-AA
gi|78358                      :  TT-CACT-CGTA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTAA-AGTACCAA-A-AA
gi|78359                      :  TT-CACT-CATA--C--TG----AGAC------CAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78360                      :  TT-CATT-CATA--T--TG----AGATATC-ACCAGT----TGT-AGGTAA-AGAACCAT-G-AATTTA
gi|78361                      :  TT-CACT-CATA--C--TG----AGTCGTC-ACTAAG----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-A
gi|78362                      :  TT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-AGGTGA-ATGGCTGC-A-AATTTA
gi|78378                      :   T-TACT-CGTA--T--TG----AGACGTC-ACGAGC----TGT-AAGTGA-AGTACCAC-T-AATTTA
gi|78379                      :   T-CATT-CATA--T--TG----AGACGTG-ACCAGT----TGT-TAGTGA-AGTACCAC-A-TATCTA
gi|78383                      :    -CACTGCATA--T--TGCTCAAGACGTC-TCCAGT----TGT-AGGTGA-AGTTCCAC-A-AATTT
gi|78387                      :      ACT-CATA--T--TG----AGATGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACTAC-A-AATTTA
gi|78390                      :       CT-CATA--T--TG----AGACGTT-ACCCGC----TAT-AGGTAA-AGTACCAC-A-GATTTA
gi|78392                      :        T-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGAATCAT-A-AACTTA
gi|78393                      :        T-CATA--T--TG----AGACGTCCACCAGT----TGT-AGGTGA-AGAATCAT-A-AACTTA
gi|78394                      :        T-CATA--C--TG----AGACGTC-A---GT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78397                      :              --T--TG----AGACATC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTTCCAC-A-AATTCA





Alignments
lowQualScore                  :    0    0    00 00  0000       0    6 0000   0      0  0   1 0 0      
lowQualScore                  :    .    .    .. ..  ....       .    . ....   .      .  .   . . .      
lowQualScore                  :    4    4    66 66  9999       4    0 9999   4      4  1   8 4 4      
consensus                     : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCGC-A-AATTTA
Reference ( family-101 )      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCGC-A-AATTTA
gi|78089                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGATGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78090                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGCGA-AGTACCAC-A-AACTTA
gi|78093                      : TTT-CACC-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTATCAC-A-AATTTA
gi|78094                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGAAGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78095                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGTCGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAT-A-AATTTA
gi|78096                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTATTAC-A-AATTCA
gi|78097                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ATCAGT----TAT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78098                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGCTGTATGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78099                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-A
gi|78100                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCAGT----TGT-AGGCTA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78101                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGAAGTC-ACCAAT----TGT-AGGTGA-AATACCAC-A-AATTTA
gi|78102                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGCGCTGC-A-AATTTA
gi|78103                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGG----TGT-AGGTGA-AGTATCAC-C-AATTTA
gi|78104                      : TTTACACT-CATA--T--TG----AGACATC-AACAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78106                      : TTT-CACC-CATA--C--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AATACCAC-A-ATTTTA
gi|78107                      : TTT-CACC-CATA--C--TG----AGACGTC-ACCAGT----TG--AGGTGA-AATA-CAC-A-ATTTTA
gi|78108                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----TGGCGTC-ACCAGT----TGT-AAGTGA-AATACCAC-A-AATT
gi|78109                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AAAC-TC-ACAAGT----TGC-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78110                      : TTT-CACC-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGC----TGT-AGATGA-AGTACTAC-A-AA
gi|78111                      : TTT-TACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCAAT----TGT-AGGTAA-AGTAACAC-A-AATTTA
gi|78112                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACACC-GCCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-----TTTA
gi|78114                      : TTC-CACT-TATA--T--TG----GGACGTC-ACCAGT----TGT-ACGTGA-ACTACCAT-A-AATTTA
gi|78115                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACAAC-ACCAGT----TGT-GGTTAA-AGTACCAC-A-AATCTA
gi|78116                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGATATC-GCCAGA----TGT-AGATCA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78117                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGT-CGGTGA-AGGACTGC-A-AATTTA
gi|78118                      : TTC-CACT-CCTA--T--TG----AGACGCT-ACCAGT----TGT-AGGTAA-AGTATCAC-A-AATCTA
gi|78119                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACAAAT----T-T-A-GTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78120                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT------A-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATATA
gi|78121                      : TTT-CACT-CATA--A--TG----AGACGTC-ACCTGT----TGA-AGGTGA-AGTATCAC-A-ATTTTA
gi|78122                      : TTT-CACT-CCTA--T--TC----AGACAAC-ACCAGT----TGT-GGGTGA-AATACCAC-A-AATTTA
gi|78123                      : TTT-CACT-CATT--T--TG----AGTCGTC-ATCAGT----TGT-AGGTGA-AGTGCAAC-A-AATTCA
gi|78124                      : TTT-CACT---TA--T--TG----CGACGTC-ACCAGT----TGT-ATGTGA-AGTACCAC-A-AAATTA
gi|78125                      : TTT-CACT-TATA--T--TG----ATACGTA-ACCAGA----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AA
gi|78126                      : TTT-CACT-TATA--T--TG----AGACATC-GCCAGT----TGT-AGATGA-AGTATCAC-A-
gi|78127                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----ATACGTC-ACCAGT----TGT-AAGTGA-AGTATC
gi|78128                      : TTT-CACT-CAAA--T--TG----AGACCTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACTGC-A-TTTTTA
gi|78129                      : TTT-CACT-CACA--A---G----AGATGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC----ATTTA
gi|78130                      : TTG-CACT-CAGA--T--TG----AGACATC-ACCAGC----TGC-TGATGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78131                      : TTT-CACT-CACA--C--TG----AGAC--C-ACCAGT----TGT-AGGTGA-CGTACCAC-A-AA
gi|78132                      : TTG-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGATGA-AG-ACC
gi|78133                      : TTC-CACT-TATA--T--TG----AGACATC-ACCATT----TGT-A---GA-AGTACCAC-A-AATTTAa
gi|78134                      : TTT-GACT-CATA--T--TG----AGATATC-A---GT----TGT-AAGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78135                      : TTT-CACT-CATA--TATTG----ATACGTC-ATCAGC----TGT-AAATGA-AGTGCCAC-A-AATTT
gi|78136                      : TTT-CACT-AATA--T--TC----AGGCGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTAAAAC-A-AATATA
gi|78138                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78140                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78141                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AG-GCTGC-A-AATTTA
gi|78142                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGTGCTGC-A-AATTTA
gi|78143                      : TTT-CATT-TATA--T--TG----AGACGTC-ACC-----------AGGTGA-AGTGCCAC-A-AATTTA
gi|78145                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78147                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78148                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78149                      : TTT-CACT-CATC--T--TT----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGAGGGGACCAC-AGAATTT
gi|78150                      : TTT-TAGT-CGTA--T--TG----AGACGTC-ACAAAC----TGT-AGGTGA-TGTACCAC-A-AATTT
gi|78151                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78152                      : TTT-CAAT-CATA--C--TG----AGAGGTC-ACCAGT----TGT-AGGCAA-AATACCAC-A-
gi|78153                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78154                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78155                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78157                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78159                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78160                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78161                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78162                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGATGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78163                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AATCGTC-ATCAGT----TAT-AGTTGA-AATACCAC-A-AA
gi|78164                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGAAATC-AGCACA----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AACTTA
gi|78165                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-TGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78166                      : TTT-CACT-CTTA--T--TG----AGA-GTT-A--AGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AACTTA
gi|78167                      : TTT-CACT-CATAATT--TG----AGACGTC--TCAAT----TGTTAGGTGA-AGTACCAC-A-AA
gi|78170                      : TTT-CACT-TATA--T--TA----AGACGTC-ACCAGT----CAT-AGGTCA-AGTAGCAC-A-A
gi|78171                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----GGACGTC-ACCA-T----TGC-AGATGA-AGGACTGC-A-AATTCA
gi|78173                      : TTT-CACT-CATA------G----AGACTAC-ACCGGT----TGT-AGATGA-AGTACCAA-A-AATTTA
gi|78174                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGT-CGGTGA-AGGGCTACAA-AATTTA
gi|78175                      : TTT-CACT-CATA--T--CG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTT
gi|78177                      : TTT-CATA-CATA--T--TG----AGACGCT-ATCAGT----TAT-TGGTGA-AGTACCAC-A-AAT
gi|78178                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGT-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATCT
gi|78179                      : TTT-CACT-GTTA--T--TG----AGACATC-ATCAGT----TGG-AGGTGA-AGGACCAC-C-AATTTA
gi|78180                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCA-T----TGT-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78181                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCA-T----TGG-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78182                      : TTT-CACT-CATT--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78183                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78185                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78187                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78188                      : TTG-CACT-CATA--G--TA----GGACGTC-AACAGT----TGT-AGGTGC-AATGCCAC-A-AATTTA
gi|78189                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTCA
gi|78357                      :  TT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-GGTACCAC-A-AA
gi|78358                      :  TT-CACT-CGTA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTAA-AGTACCAA-A-AA
gi|78359                      :  TT-CACT-CATA--C--TG----AGAC------CAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78360                      :  TT-CATT-CATA--T--TG----AGATATC-ACCAGT----TGT-AGGTAA-AGAACCAT-G-AATTTA
gi|78361                      :  TT-CACT-CATA--C--TG----AGTCGTC-ACTAAG----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-A
gi|78362                      :  TT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-AGGTGA-ATGGCTGC-A-AATTTA
gi|78378                      :   T-TACT-CGTA--T--TG----AGACGTC-ACGAGC----TGT-AAGTGA-AGTACCAC-T-AATTTA
gi|78379                      :   T-CATT-CATA--T--TG----AGACGTG-ACCAGT----TGT-TAGTGA-AGTACCAC-A-TATCTA
gi|78383                      :    -CACTGCATA--T--TGCTCAAGACGTC-TCCAGT----TGT-AGGTGA-AGTTCCAC-A-AATTT
gi|78387                      :      ACT-CATA--T--TG----AGATGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACTAC-A-AATTTA
gi|78390                      :       CT-CATA--T--TG----AGACGTT-ACCCGC----TAT-AGGTAA-AGTACCAC-A-GATTTA
gi|78392                      :        T-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGAATCAT-A-AACTTA
gi|78393                      :        T-CATA--T--TG----AGACGTCCACCAGT----TGT-AGGTGA-AGAATCAT-A-AACTTA
gi|78394                      :        T-CATA--C--TG----AGACGTC-A---GT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78397                      :              --T--TG----AGACATC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTTCCAC-A-AATTCA


blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     A                      A
blockSeqs                     :                                     G                      G
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     A                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     A                      G
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      G
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     T                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     T                      A
blockSeqs                     :                                     G                      G
blockSeqs                     :                                     A                      G
blockSeqs                     :                                     G                      G
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     C                      G
blockSeqs                     :                                     G                      G
blockSeqs                     :                                     A                      G
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     T                      G
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      G
blockSeqs                     :                                     T                      G
blockSeqs                     :                                     T                      G
blockSeqs                     :                                     T                      G
blockSeqs                     :                                     G                      G
blockSeqs                     :                                     G                      G
blockSeqs                     :                                     G                      G
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     A                      A
blockSeqs                     :                                     G                      G
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      G
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     G                      A
blockSeqs                     :                                     .                      G
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      G
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      G
blockSeqs                     :                                     .                      G
blockSeqs                     :                                     .                      G
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      G
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      G
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                      A
blockSeqs                     :                                     .                       
blockSeqs                     :                                     .                       


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCGC-A-AATTTA
finalCons                     : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCGC-A-AATTTA





Alignments
lowQualScore                  :    0    0    00 00  0000       0    6 0000   0      0  0   1 0 0      
lowQualScore                  :    .    .    .. ..  ....       .    . ....   .      .  .   . . .      
lowQualScore                  :    4    4    66 66  9999       4    0 9999   4      4  1   8 4 4      
consensus                     : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCGC-A-AATTTA
Reference ( family-101 )      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCGC-A-AATTTA
gi|78089                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGATGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78090                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGCGA-AGTACCAC-A-AACTTA
gi|78093                      : TTT-CACC-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTATCAC-A-AATTTA
gi|78094                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGAAGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78095                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGTCGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAT-A-AATTTA
gi|78096                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTATTAC-A-AATTCA
gi|78097                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ATCAGT----TAT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78098                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGCTGTATGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78099                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-A
gi|78100                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCAGT----TGT-AGGCTA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78101                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGAAGTC-ACCAAT----TGT-AGGTGA-AATACCAC-A-AATTTA
gi|78102                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGCGCTGC-A-AATTTA
gi|78103                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGG----TGT-AGGTGA-AGTATCAC-C-AATTTA
gi|78104                      : TTTACACT-CATA--T--TG----AGACATC-AACAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78106                      : TTT-CACC-CATA--C--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AATACCAC-A-ATTTTA
gi|78107                      : TTT-CACC-CATA--C--TG----AGACGTC-ACCAGT----TG--AGGTGA-AATA-CAC-A-ATTTTA
gi|78108                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----TGGCGTC-ACCAGT----TGT-AAGTGA-AATACCAC-A-AATT
gi|78109                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AAAC-TC-ACAAGT----TGC-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78110                      : TTT-CACC-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGC----TGT-AGATGA-AGTACTAC-A-AA
gi|78111                      : TTT-TACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCAAT----TGT-AGGTAA-AGTAACAC-A-AATTTA
gi|78112                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACACC-GCCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-----TTTA
gi|78114                      : TTC-CACT-TATA--T--TG----GGACGTC-ACCAGT----TGT-ACGTGA-ACTACCAT-A-AATTTA
gi|78115                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACAAC-ACCAGT----TGT-GGTTAA-AGTACCAC-A-AATCTA
gi|78116                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGATATC-GCCAGA----TGT-AGATCA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78117                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGT-CGGTGA-AGGACTGC-A-AATTTA
gi|78118                      : TTC-CACT-CCTA--T--TG----AGACGCT-ACCAGT----TGT-AGGTAA-AGTATCAC-A-AATCTA
gi|78119                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACAAAT----T-T-A-GTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78120                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT------A-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATATA
gi|78121                      : TTT-CACT-CATA--A--TG----AGACGTC-ACCTGT----TGA-AGGTGA-AGTATCAC-A-ATTTTA
gi|78122                      : TTT-CACT-CCTA--T--TC----AGACAAC-ACCAGT----TGT-GGGTGA-AATACCAC-A-AATTTA
gi|78123                      : TTT-CACT-CATT--T--TG----AGTCGTC-ATCAGT----TGT-AGGTGA-AGTGCAAC-A-AATTCA
gi|78124                      : TTT-CACT---TA--T--TG----CGACGTC-ACCAGT----TGT-ATGTGA-AGTACCAC-A-AAATTA
gi|78125                      : TTT-CACT-TATA--T--TG----ATACGTA-ACCAGA----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AA
gi|78126                      : TTT-CACT-TATA--T--TG----AGACATC-GCCAGT----TGT-AGATGA-AGTATCAC-A-
gi|78127                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----ATACGTC-ACCAGT----TGT-AAGTGA-AGTATC
gi|78128                      : TTT-CACT-CAAA--T--TG----AGACCTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACTGC-A-TTTTTA
gi|78129                      : TTT-CACT-CACA--A---G----AGATGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC----ATTTA
gi|78130                      : TTG-CACT-CAGA--T--TG----AGACATC-ACCAGC----TGC-TGATGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78131                      : TTT-CACT-CACA--C--TG----AGAC--C-ACCAGT----TGT-AGGTGA-CGTACCAC-A-AA
gi|78132                      : TTG-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGATGA-AG-ACC
gi|78133                      : TTC-CACT-TATA--T--TG----AGACATC-ACCATT----TGT-A---GA-AGTACCAC-A-AATTTAa
gi|78134                      : TTT-GACT-CATA--T--TG----AGATATC-A---GT----TGT-AAGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78135                      : TTT-CACT-CATA--TATTG----ATACGTC-ATCAGC----TGT-AAATGA-AGTGCCAC-A-AATTT
gi|78136                      : TTT-CACT-AATA--T--TC----AGGCGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTAAAAC-A-AATATA
gi|78138                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78140                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78141                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AG-GCTGC-A-AATTTA
gi|78142                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGTGCTGC-A-AATTTA
gi|78143                      : TTT-CATT-TATA--T--TG----AGACGTC-ACC-----------AGGTGA-AGTGCCAC-A-AATTTA
gi|78145                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78147                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78148                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78149                      : TTT-CACT-CATC--T--TT----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGAGGGGACCAC-AGAATTT
gi|78150                      : TTT-TAGT-CGTA--T--TG----AGACGTC-ACAAAC----TGT-AGGTGA-TGTACCAC-A-AATTT
gi|78151                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78152                      : TTT-CAAT-CATA--C--TG----AGAGGTC-ACCAGT----TGT-AGGCAA-AATACCAC-A-
gi|78153                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78154                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78155                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78157                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78159                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78160                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78161                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78162                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGATGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78163                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AATCGTC-ATCAGT----TAT-AGTTGA-AATACCAC-A-AA
gi|78164                      : TTT-TACT-CATA--T--TG----AGAAATC-AGCACA----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AACTTA
gi|78165                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-TGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78166                      : TTT-CACT-CTTA--T--TG----AGA-GTT-A--AGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AACTTA
gi|78167                      : TTT-CACT-CATAATT--TG----AGACGTC--TCAAT----TGTTAGGTGA-AGTACCAC-A-AA
gi|78170                      : TTT-CACT-TATA--T--TA----AGACGTC-ACCAGT----CAT-AGGTCA-AGTAGCAC-A-A
gi|78171                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----GGACGTC-ACCA-T----TGC-AGATGA-AGGACTGC-A-AATTCA
gi|78173                      : TTT-CACT-CATA------G----AGACTAC-ACCGGT----TGT-AGATGA-AGTACCAA-A-AATTTA
gi|78174                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGT-CGGTGA-AGGGCTACAA-AATTTA
gi|78175                      : TTT-CACT-CATA--T--CG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTT
gi|78177                      : TTT-CATA-CATA--T--TG----AGACGCT-ATCAGT----TAT-TGGTGA-AGTACCAC-A-AAT
gi|78178                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGT-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATCT
gi|78179                      : TTT-CACT-GTTA--T--TG----AGACATC-ATCAGT----TGG-AGGTGA-AGGACCAC-C-AATTTA
gi|78180                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCA-T----TGT-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78181                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCA-T----TGG-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78182                      : TTT-CACT-CATT--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTAC-A-AATTTA
gi|78183                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78185                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78187                      : TTT-CACT-CATA--T--GG----AGACGTC-ACCATT----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTTA
gi|78188                      : TTG-CACT-CATA--G--TA----GGACGTC-AACAGT----TGT-AGGTGC-AATGCCAC-A-AATTTA
gi|78189                      : TTT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-CGGTGA-AGGGCTGC-A-AATTCA
gi|78357                      :  TT-CACT-CATA--T--TG----AGACATC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-GGTACCAC-A-AA
gi|78358                      :  TT-CACT-CGTA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTAA-AGTACCAA-A-AA
gi|78359                      :  TT-CACT-CATA--C--TG----AGAC------CAGT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78360                      :  TT-CATT-CATA--T--TG----AGATATC-ACCAGT----TGT-AGGTAA-AGAACCAT-G-AATTTA
gi|78361                      :  TT-CACT-CATA--C--TG----AGTCGTC-ACTAAG----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-A
gi|78362                      :  TT-CACT-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCA-T----TGC-AGGTGA-ATGGCTGC-A-AATTTA
gi|78378                      :   T-TACT-CGTA--T--TG----AGACGTC-ACGAGC----TGT-AAGTGA-AGTACCAC-T-AATTTA
gi|78379                      :   T-CATT-CATA--T--TG----AGACGTG-ACCAGT----TGT-TAGTGA-AGTACCAC-A-TATCTA
gi|78383                      :    -CACTGCATA--T--TGCTCAAGACGTC-TCCAGT----TGT-AGGTGA-AGTTCCAC-A-AATTT
gi|78387                      :      ACT-CATA--T--TG----AGATGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTACTAC-A-AATTTA
gi|78390                      :       CT-CATA--T--TG----AGACGTT-ACCCGC----TAT-AGGTAA-AGTACCAC-A-GATTTA
gi|78392                      :        T-CATA--T--TG----AGACGTC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGAATCAT-A-AACTTA
gi|78393                      :        T-CATA--T--TG----AGACGTCCACCAGT----TGT-AGGTGA-AGAATCAT-A-AACTTA
gi|78394                      :        T-CATA--C--TG----AGACGTC-A---GT----TGT-AGGTGA-AGTACCAC-A-AATTTA
gi|78397                      :              --T--TG----AGACATC-ACCAGT----TGT-AGGTGA-AGTTCCAC-A-AATTCA