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lowQualScore : . . . . ....... . . . . . ... .. . . ... ...... .. . .. ........... .. ... . ... .. . .. ... .. ........... ... ....................... . ... .. . .. .. . .......... ... . .. .... .. .. .... ... . . ..... ...... . .. . .. .. .. ..... ....... .. . . . . . . . . .. ........ . . .... . .... .. .. . .
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Reference ( gi|3 ) : TATGTTAGAAAATACTTCTGGAAAATACACAA----TT-TGCTAAAATTTATCGATTTATTACAATCACGACATACATAAA---C--TGTAACA-CA---TCT------TGCTA--CAGA--C-----------ATATAT--A-A-AAGCTTTGAGAATAGA---AACAAAACATTATAAAATAGATAATCGAACATTCTT---C--T---TA---G--A---TTGATA-----------A-------GC--ATA-ACAA-A--T-GAT--AA--A-TTGATATT--A-A----ATTGTGTG-GAC-A--T----AT-TATTA--TAATAT----TTGA---TTATGGTGGCGAAA-GGAGTT-T--TTAAATAAGTGCAGATATGTATTAGTTTTATTACATGATA--CTTTTG-----ACATTATCTATTTTTGTG--TTGAGA-A-AAGTTGTA-TAATTATTACTGTATACTTTGTGT--T------GCGT-T-TG----AACTC-GTCATTGACATCTTATGTATGATT----GTATTGTAACATGTGTACTGATAGGC-TTTTT--GGTATTTTATAT
gi|2 : TATGTTAGAAAATACTTCTGGAAAATACACAA----TT-TGCTAAAATTTATCGATTTATTACAATCACGACATACATAAA---C--TGTAACA-CA---TCT------TGCTA--CAGA--C-----------ATATAT--A-A-AAGCTTTGAGAATAGA---AACAAAACATTATAAAATAGATAATCGAACATTCTT---C--T---TA---G--A---TTGATA-----------A-------GC--ATA-ACAA-A--T-GAT--AA--A-TTGATATT--A-A----ATTGTGTG-GAC-A--T----AT-TATTA--TAATAT----TTGA---TTATGGTGGCGAAA-GGAGTT-T--TTAAATAAGTGCAGATATGTATTAGTTTTATTACATGATA--CTTTTG-----ACATTATCTATTTTTGTG--TTGAGA-A-AAGTTGTA-TAATTATTACTGTATACTTTGTGT--T------GCGT-T-TG----AACTC-GTCATTGACATCTTATGTATGATT----GTATTGTAACATGTGTACTGATAGGC-TTTTT--GGTATTTTATAT
gi|5 : cTATATTAGAAAATACTTCTGGAAAAGACCCAA----TA-TGCTAAATGTTATTGAATTACTACAATCACAATATACAGAAA---C--TGTAACA-CA---TTT------AGCTA--CATA--C-----------ATATAT--A-A-AAGCTTTGAGATAAGA---AACGAAACATTACATTCTGGATAATCGAACATTCTT---C--T---TT---A--A---TTGATA-----------A----------------C------T-GAT--A-------GGTAT-------------------AAC-A--A----AT-GATCAACTGATAT----TTGA---TTGTG-TGCCGAAA-GGAGTT-A--TTAAATTAGTA---------ATTAGT---ATTACATGAAA--CTTT-G-----ACATTAT----TTTTGTG--TTGAGA-A----TTGGAATCATTATTACTGTACACTTTGTAC--T------ATGTAT-TG----TACTC-GTCATTGACATTTCATGTATGATT----GTATTGCAACATGTGGACTGATATGC-CTTTT--AGTCTTTTGTAT
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gi|10 : tttaaaaaagtcatcgagttA--C-----------ATGTATTTA-A-AAGCGATGAGTAAAAA---AACGAAATATTATATATTAGATAACCAAGCATTCTT---C--T---CA---A--A---TTGATA-----------ATTGATAGGT--ATA-AAAA-AAAT-GAT--AA--A-TTGATATT--T-G----ATTGTGTT-TAA-A--T----AT-GAT-A--TAACAT----TTGA---TCATGACGGCGAAA-TGAGAT-A--TTGAATTAGTACAGATATGTGTTAGTGATATTACATGGTA--CTTTTG-----ACAT----TATTTTTGTG--TTCAGA-A-AAGTGGAA-TAATTATTACTGTACACTTTGTAT--T------ATGT---------------GTCATTG-CAT
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gi|8 : gTATATAATAGATAATCGAATATTCTT---T--TAATTA---ATAA---TTGATA-----------G-------GT---TA-ACAA-A--T-GAT--AA--A-TTGATATT--T-G----ATTGTGTG-CAA-A--T----AT-TATGA--TAATAT----TTGA---TAATGGTTGCGA----------T--TT------GTACAGATATGTGGTAGTGATATTACATGATA--CTTTTG-----ACATTAT----TTTTGTG--ATAAGA-A-AAGTGGAA-TAATTGTTACTGTACACTTTGTAT--T------ATGTAT-TGAACTAACTC-GCCATTGACATCTTATGTATGACT----GTAT---------TGTACTGATAGAC-CTTTT--GGTTTTTTGTAT
gi|9 : --A---TTAATA-----------G-------GT--ATA-ACAA-A--T-GAT--AA--A-TTGATATTTCATATTTCATTGTGTT-CAC-A--T----AT-TATTA--TAATAT----TTAA---TAATGGTGGGGAAA-GAAGTT-A--TTAAATTTGTACAGATGTGTGTTAGTGGTATTACATGATGT-TTTTTT-----ACAT----TATTTTTGTG--TTGAGA-A-AAATTGAA-TGATTATTACTGTACACTTTGTAT--T------ATGTAT-TG----AAC----TCATTGAC-----ATGTATGCTT----GTATTGCAACATGTGTACTGATTGAC-CTTTT--GGtgaaaaaa
gi|14 : ta---TTGGTA-----------A-------GT--ATA-ACTA-T--T-GAT--CA--A-TAGATATT--T-G----ATTGTGT------A--T----AA-TATTA--TAACGG----TGGT---TTATGG----------------------AGTAAGTACAGATATGTGTAAGTAATATTACACAATA--CTTTTA-----ACAT----TACTTTTGTG--T--AGA-AGAAGTTGAA-TAATTATTACTG-ACAATTTGTAT--T------ATGCAT-TG----AACTC-ATCATTGACCTCTTATGTATGAacgtttgttttgagtaaagttct
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gi|7 : tagaaaaaaaTATTACATGATA--TTTATG-----TCCTTAC----TTTTGTG--TTG-TA-A-AAGTGGAA-CAATTATTGCTGTACGATTTGTAG--T------ATGTAT-TG----AATTC-GTCATTGGCATCTTATGTACAACT----GTATTGTAACATGTGTACTGATAGAT-CTTTT--GTTATTTTGTGTtcggacagtgacagtactta
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gi|20 : TTTTATA--TTGAGA-A-AAGTTGAA-TGATTATTACTGTACACTTTGTAT--T------ATGTAC-TG----AACTC-GTCATTGACAACTTATGTATGGTT----TTATTGTAACATGTGTACTGATAGAC--CTTT--GACATTTTATATtctattgaata
gi|18 : TTGCA-TGAT----ACTGTACAATTTGTAT--TAATTATGCAT-T--G----AACTT-GTCATTGACATCTTATATATGATT----GTATTGTAATATGTATACTGtgaataatt
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gi|25 : atTATT--TGTACGATTTGTAT--T------ATGCAT-TG----ATCTC-GTCATTGACATCTTATGTATGGTT----GAATTGTAACATGTATACTGATAGGT-GTTTT--TGTCTTTTGTATctaagtcttta
gi|28 : aCTTGGTAT--T------ATGTAT-TG----AAATTAGTCATCGACATCTTTTGTATGATT----GTATTTT--C-----TACTGATAGGT-CTTTT--GGGCTTTTGTATtgaata
gi|27 : TGTGT--T------ACGTCT-TG----AACTC-GTCAATGACCCCTTATGTATGATT----GTGTTGTAACATGTGTACTGATAGGC-ATTTCAAGGTCTTTTGTATtggatat
gi|29 : -TG----AACTT-GTCGTTGACATCTTACATATGATTCATTGTATTGTAACATTTATACTGATATGC-CTTGT--TGTATTCTATATtgaataa
gi|12 : cCATTGACAACTTATGTATGACT----GTATTGTAACATGTGCATATATCTGT-TTATT--TGTATTtgagtaa
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAATATAGTTTATATACTACAAGCACACTAAATAGTACACAGGATCAATATTCATTTTGATATAGTGCATAAGTTTTGTCTAGGGATATAACAAACTGCACGAGTAAGTACATGTGT
Unaligned ( gi|24 ): GTCCATTGTACAATATTTCAAAAGCTCTATTGAACAATACTACTGAAAAGACCAAGTATGTCGGAATTTCTGGAATTATAATGGCAATCATGGTATACGAAAATCG
Alignments
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Reference ( family-496 ) : TATATTAGAAAATACTNCTGGAAAATACCCAA-----TATGCCGAAAT-TTATTGAATTATTA---CAATCACGACATACGNAAACC-GT-----AAAA-CATCTTGC--TACATACATATAT--A-A-AAGCTTTGAGAAAAGAAACGAAACATTATATAATAGATAATCGAACATTCTT-CT---TAA---A-------TT---GATA----------A----------G---T-ATA-ACAA-A--T-GAT--AA--A-TTGAT-ATTNGAT-------TG-TG--T--A-C-A--TATTAT-TATAACATTTGATAATGGTGGCGAAA-GGAGTTAT---TAAATT-AGTACAGATATGTGTTAGTGATATTACATGATA--CTTTTGACATT--AT-TATTTTTGTGTTGAGA-A-AAGTT-GAATAATTATTACTGTACGNTTTGTATTA----TGTATTG----AACTC-GTCATTGACATCTTATGTATGATT----GTATTGTAACATGTGTACTGATAGGC-CTTTT--GG-----TATTTTGTAT
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gi|14 : -------TT---GGTA----------A----------G---T-ATA-ACTA-T--T-GAT--CA--A-TAGAT-ATTTGAT-------TG-TG--T--A------TAATAT-TATAAC----------GGTGGT---------TTAT---GGAGTA-AGTACAGATATGTGTAAGTAATATTACACAATA--CTTTTAACATT--AC-T---TTTGTGT--AGA-AGAAGTT-GAATAATTATTACTG-ACAATTTGTATTA----TGCATTG----AACTC-ATCATTGACCTCTTATGTATGAt
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Reference ( family-496 ) : TATATTAGAAAATACTNCTGGAAAATACCCAA-----TATGCCGAAAT-TTATTGAATTATTA---CAATCACGACATACGAAAACC-GT-----AAAA-CATCTTGC--TACATACATAT-AT--A-A-AAGCTTTGAGAAAAGAAACG-A------AACAT-TATATAATAGATA------------ATCGAACATTCT-T-CT---TAA--A-------TTGATA----------A----------G---T-ATA-ACAA-A--T-GAT--AA---A-TTGAT-A-TT---T--GA-T-------TG-TG--T--A-C-A--TATTAT-TATAACAT-TTGATAATGGTGGCGAAA-GGAGTTAT---TAAATT-AGTACAGATATGT--GTTAGTGATATTACATGATA--CTTTTGACATT--AT-TATTTTTGTGTTGAGA-A-AAGTT-GAATAATTATTACTGTACGNTTTGTATTA----TGTATTG----AACTC-GTCATTGACATCTTATGTATGATT----GTATTGTAACATGTGTACTGATAGGC-CTTTT--GG-----TATTTTGTAT
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gi|9 : A--A-------TTAATA----------G----------G---T-ATA-ACAA-A--T-GAT--AA---A-TTGAT-A-TT---T--CA-TATTTCATTG-TG--TTCA-C-A--TATTAT-TATAATAT-TTAATAATGGTGGGGAAA-GAAGTTAT---TAAATT-TGTACAGATGTGT--GTTAGTGGTATTACATGATG--TTTTT----TTACAT-TATTTTTGTGTTGAGA-A-AAATT-GAATGATTATTACTGTACACTTTGTATTA----TGTATTG----AAC----TCATTGAC-----ATGTATGCTT----GTATTGCAACATGTGTACTGATTGAC-CTTTT--GGACGTTTGTTTTGtgaaaaaa
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blockSeqs : . . A . . . . . . CG . . . GA . . . . . A . . . T . . . . . . . . T . . . . AACT . T . AG . . . C . . . . . . . . G A . . . . C . .
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blockSeqs : . . . .
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consensus : TATATTAGAAAATACTNCTGGAAAATACCCAA-----TATGCCGAAAT-TTATCGAATTATTA---CAATCACGACATACGAAAACC-GT-----AAAA-CATCTTGC--TACATACATAT-AT--A-A-AAGCTTTGAGAAAAGAAACG-A------AACAT-TATATAATAGATA------------ATCGAACATTCT-T-CT---TAA--A-------TTGATA----------A----------G---T-ATA-ACAA-A--T-GAT--AA---A-TTGAT-A-TT---T--GA-T-------TGTGTGCAAAT-ATTAT-TA--TAACAT-TTGATAATG-GTGGCGAAA-GGAGTTAT---TAAATT-AGTACAGATATGT--GTTAGTGATATTACATGATA--CTTTTGACATT--AT-TATTTTTGTGTTGAGA-A-AAGTT-GAATAATTATTACTGTACGNTTTGTATTA----TGTATTG----AACTC-GTCATTGACATCTTATGTATGATT----GTATTGTAACATGTGTACTGATAGGC-CTTTT--GG-----TATTTTGTAT
Reference ( family-496 ) : TATATTAGAAAATACTNCTGGAAAATACCCAA-----TATGCCGAAAT-TTATCGAATTATTA---CAATCACGACATACGAAAACC-GT-----AAAA-CATCTTGC--TACATACATAT-AT--A-A-AAGCTTTGAGAAAAGAAACG-A------AACAT-TATATAATAGATA------------ATCGAACATTCT-T-CT---TAA--A-------TTGATA----------A----------G---T-ATA-ACAA-A--T-GAT--AA---A-TTGAT-A-TT---T--GA-T-------TGTGTGNAAAT-ATTAT-TA--TAACAT-TTGATAATG-GTGGCGAAA-GGAGTTAT---TAAATT-AGTACAGATATGT--GTTAGTGATATTACATGATA--CTTTTGACATT--AT-TATTTTTGTGTTGAGA-A-AAGTT-GAATAATTATTACTGTACGNTTTGTATTA----TGTATTG----AACTC-GTCATTGACATCTTATGTATGATT----GTATTGTAACATGTGTACTGATAGGC-CTTTT--GG-----TATTTTGTAT
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gi|32 : AATACCCAACCCGTTATGCTGAAAT-GTATTGAATTATTA---CAATCACGtgaataaagt
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Unaligned ( gi|22 ): AAATATAGTTTATATACTACAAGCACACTAAATAGTACACAGGATCAATATTCATTTTGATATAGTGCATAAGTTTTGTCTAGGGATATAACAAACTGCACGAGTAAGTACATGTGT