lowQualScore : 111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 000000000000 1 1 2222 22 1 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222 3333333 111 11111111111 11111111 11111111 1 22222222 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222 1 444444444 11111 1111 3 111 1 44444444 11 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 4
lowQualScore : 6 999999999999 7 5 8888 44 6 1 7 7777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 7777777777777777777777 1 3333333 000 8 3 00 55555555555 66666666 5 77 55555555 77 3 77 7 99 44444444 1 2 6 4 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 3 22222222 1 9 1 0 6 888888888 1 6 88888 99 5555 4 1 444 3 77777777 88 8 5 66 2 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55555 0
lowQualScore : . ............ . . .... .. . . . .... ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . ...................... . ....... ... . . .. ........... ........ . .. ........ .. . .. . .. ........ . . . . . ................................................................................................................................................................ . . ........ . . . . . ......... . . ..... .. .... . . ... . ........ .. . . .. . . ................................................................................ ..... .
lowQualScore : 0 000000000000 0 0 3333 77 0 0 0 3333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 7 3333333333333333333333 4 4444444 000 6 7 44 00000000000 33333333 3 99 33333333 99 7 99 1 22 55555555 5 5 0 8 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 5 00000000 7 6 0 0 0 000000000 2 0 22222 00 7777 0 7 000 3 33333333 33 3 0 00 5 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555 0
consensus : NTTTGTA-ATATCTTAAGGCGTTATATAGACAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGNATATATATATA-AT-ATACACGTATATTTTAA-CAAA-GC--AAT-TN-TGAAAAA------CAG---A----AT-TN--AA--A--TG-ATCATTT---ATCTAA------AATAANTATTG----AT-AT----AATAT-----T------TTCTT-TG-ACAT------CACA-GAATGTCATTATAA--------TCACAAAATTTCAG-TAC-CTTATCACA----GAATTAATC--ATTAC------AAATTGAGTACCTTAT-T----TTACTTGAA-ACTTA----TTA------TTCAT-----AN-------GTTGAAA-------AA------ATAAGC-T---NAA-AATGAAATAAAAGT--AATCTTAAAGTGAC-------NTGAAA--NG--CTTGGAAAGGCCGA-G-TAAAGTCNGAGGAC-TATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACGCGATTAAA----A--------------A----NT-----TANAT--------A--A--AA-------------TN----AAATG----AA-----TAA-AAT-A---ATNAAA--T-AA-CA----TATTTCACAAN-T--ATT---ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTNA--TT----A---TA--TATTA--TACAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATG----TGCN-TTGNACTGTA-TAG-T----NATCCGCA-GAT-------TGTAGTGCANANAC--TACCAAAN--CCATAAAGNTTAN----TTNTNCAAATTTAGAA--AGT----GTTTCCTA------ACTTCCT--TTC--TTATGAAC--NT-ATCATGATT-----TTTAATTGTTTTG-ACTTTCTCAGGAA-A--G--CATTCCATGTGACTATACTATTGNAGTAAAAAGTTGCCG-ATGACACNTTGTTGACTTT-GGA-ACATAA-AAATTN-------AAT--TTACTTTACCGTGTCCTANNANAGTGAACATCNGACCGCTACGTGCACTCTNTCTATAATGTATGACGGCCGCGTTCCATAATACATTTAATGCACATGGTTCGTTTCTAATGATGTTCAACCTTGTCATAATA
Reference ( gi|1 ) : TTTTGCACATAT-----GTCGTTAAATAGATAGTT----TTATGTAACATATATGACATACATTATATATATATAAATTATATATATATGTTTTAA-CAAA-G---AAT-TC-TGAAAAA------CAG---A----AT-TT--AA--A--TG-ATCGTTT---ATCTGA------AATAATTATTG----AA-AT----AATAT-----T------TTCTT-TGTACGT------CATA-GAATGTCATTATAAATGTT---TCACAAAATTTCAG-TAG-CTTATCACA----GCATTAATC--CTTAC------AAATTGTGTATCTTAT-T----TTACTCGAAAACTTA----TTG------TTCAT-----AT-------GTTGAAA-------AA------ATAAGC-T---ACA-AATGAAATAGAAGT-GAACCTTAAAGTGAC-------TTGAAA--AA--CTTGGAAAAACCAA-G-TAAGGTCAGGGGACTTATTTCCACTGGGGTCA-ATATAACGTGATTAAA----A--------------A----CT-----TAAAT--------A--A--AA-------------TA----AGATG----AA-----TAA-AAT-A---ATCAAA--T-AA-CA----TATTTCACAAC-T--TTT---ATGAATTGCTTTGAT------G----TATTT-----AATTGA--TT----A---TA--TAGTA--TACAATCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATAAATCAAGTTAAATTAATG----TGTT-TTGCACTCTA-TAA-T----TATTTACA-AAT-------TGCAGACCAAAAAT--TACCAAAA--CCGTAAAGGTTAG----TTATACAAGTTTAGAA--AAT----GTTTCTTA------ATTTCCT-ATTC--TTATGAAC--AT-ATCATGCTT-----TTTAATTGTCTTG-ATTTTCTCAGGTA-A--G--CATTCCATGTGATTATACCATTGTCGTTAAACGTTGTCG-ATGACACATTGTTGACTTTTGGA-ATATAA-AAATTA-------AAT--TTACTTTTCCATGTCGTAAAAGAGTGAACATCTGG---------ACACT-TGTC-ATAAT-----------ATTTTTC------------ATGCACATGATTCATTTCTAAT--TGTTTGACTCTGTCA-AATAAGACGAAAAGCATAGTCAAACTGCCATTGAATGATGGAATTTCAAAGCATTTTTCTAATATTAAACTCAAGAACACTATT
gi|3 : TTTGTA-ATATCTTAAGGCGTTATATAGATAGTTGGTTTTAATCAGCATATATGTCATACAGAATATATAAATAAAT-------ATTTATTTT---CAAA------ATCTA-TGAAAAAGCTAATTAT---A----ATATT--AATAAGTTG-ATCATTT---ATCTAA------AATAATTATT--------------AATCT-----G------TTCGT-TA-ACATGAATAATACA-GAATGTCATTATAA---------CACAAAATGCAAG-TAC-CTTTTGACA----GCATTAATT--ATTAC------AAAATGAGTAC----------------------CTTA----TT-------TTC-----------------TTGAA-----------------TA--C-T---TCA-AAATTAGTAAAAGT----TC-----GTCAG-------TTGAAA--AA---------AGACCA--G-TAAAGTCCGAAGAC--------A--GGGACCA-TCA-AGCGCGATTAAACAGAG--------------A----CA-----TATATTATCCTTTA--A--AA-------------TGTATCAAATT----AA-----TAA-AAA-A---ATAAAAA-T-AA-AA----ATTTTCATA-------TT---ATAAATTACTTTGAT------G----TATTT-----A----A--TT----A---TA--TATTA--TCCAAACAA--AGATAT-AGAA--ATATTGCTTGAGATTACATTACTCATGTTANNNNNNNN----NNNN-NNNNNNNNNN-NNN-N----NNNNNNNN-NNN-------NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNCGTTTCCTA------ACTTCT---TTC--TTA--AAC--TT-ATCTTGATT-----TTTAATTGT-TTG-A
gi|8 : ccgtagTAGACA-TT----TTATTCAGTTTACATATCATACAGTATATATATATA---TATA----------------AAATG---AAT-TTATG-AAAA------CAG---ATTACAT-TA--AA--A--TG-ATCATTT---A----A------AATAACCATTG----AC-ATATACAATATCACAAT------TTGTTATGAACAT------CACA-GAATATCATTATA---------TCACAATAGTATAC-TTGCCTTATCACA----CTTTTAATCTATTTAA------AAATTGAGTACCTTAT-A----TTACTTGCATACTTA----CT---------------------------TTG-AA-------AA------ATAAGT-T---TAA-AATG-AATA-------------AAAGTGAC-------ATGAAA--TG--GTTGG-AAAGCCAA-G-TGAAGTCGTCGGACTCATTGTCACTGGGGGTACATATAACGCAATTCAA----A--------------A----actt
gi|2 : tggcatcagt----TTATCAAGCATACATGTCATA--TCGTATATATTTACAT-ATTTACA-ATATTT--A-CGAA-ACCTATC-TC-TTA----------CA----------T-TA--AA--A--TG-ATCAAAT---ATCTAACAAAAAAACAAC-ATCGGTCTAT-AC----AATAT-----T------ATCTT-T-----T------CATA-TA-------TATAA----T---TCACACAGTGTCCG-TAT-CTTATCACA----GAACAAATC--ATTATTTCAAGAAATTGAGTACCATATAT----TTACTT-------------CCA------TTCGT-----AG-------TTTGATA-------AA------TTTAGC-T---AAA-AATAAAATAAAAGT-GAATCTTAAAGTGACA------TTGAAA--GT--C---------CC---G-TATGGTCCGAGGGTGCATTTCCACCGGGGTTC-ATATAACGCAATTAAA----T--------------A----TTATTTGTAAAC--------ACTATCAA-------------TA----ATATG----TA-----TAA-CATTA---ATAGAG--TTAA-CAAGTCTGTTTCACAAA-A--ATT---ATAAATCACTTTGAT------G----TATGT-----GTGTAA--TT----A---TA--TATTA--TACAAGCAC--AGGTG--A-GACTATATTGGTTAAGGTTACATTATTCAAGTGAAATAANNN----NNNN-NNNNNNNNNN-NNN-N----NNNNNNNN-NNN-------NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNN--NNN----NNNNNNNAATGTTTATTTACT-CCTT--TTTTGAAC--CT-GTCATGA-A-----TTTAATTGTTTGG-ACTTTCCCAGG-A-AGGG--TATTTCATGTGCCTATACTTTTATTGTGAAAAGTTGTCG-AAGACACATTGTTGACTTTGGGA-AAATAA-AAATTAGAAAGTTAATTATTATTTTTCtatcagacatattagacattagcaataat
gi|7 : agACATGTATGTATTAAACACA-GCT-AAT-T-----------------G---C----AT-TTTAAA--A--CG-ATGATTT---ATCTAA------AATAGTGATTG----AT-CT----ACTAT-----T------TTCTA-TGAACAT------CACA-GAATGTCATAATAAATGTA---TCGCAACA-TTCAG-TAC-ATTATCATG----G-A-------------------AAACTGAGTATCTAAT-TTAGGTTACTTGAAAACTTA----TTA------TTAATAAAACAT-------GCTAAAACATCTTGAACTATCCATAAGCATGAAACACAATGCCATAGA-----AAGCTCAAACTGACAGACAAGTTGAAATCAA--TATGCAAAAA-------TAAA--CATGAAA--TAT----A-TGA----A-ATATA-----ATTAAA----A--------------AAAAGGT-----TAGATGCCTGA--A--A--AA-------------TA----AAAAA----AA-----CAA-AAC-AGGTATTAGC--T-AA-TAC---TATTTT-CAACGTTATTC---AT--ATTG---TGAT------G----T
gi|4 : ATATTTAAA-CAAC-------T-TA-TGAAAAA------CAGCTTATT--ATATT--AA--A--AGTATCCTTT---ATCTAA------AATTAATATAG----A-------------------------TTCTT-ACTA-G-------CATATGAACATCAC-ATAA-TGTCATATCACAAACTTTCAG-TAC-CTTATAGCA----GAACAAATC--ATTAC------AAATTGAGTA----AT-TA---TTA-----------A----TTG------TTTAT-----AA-------CTTGAAA-------A-------ATAAGC-T---AAT-AATGAAATAAAAGTAAAATCTTAGATTGAC-------ATGAAA--TA--CTTGG-AAAGCCGA-G-TAAAGTCAGAGGACTTATTTCCTCTGGATTC--ATATAACGCGATAAAA----ACACTATCCTTAGACA----CT-----AAAAT--------A--A--AATATAGTATACGTTTA----AAATGTATCAAATACATAA-AAT-A---ATCAAAG-T-TA-CA----TATTTCATAAA-T--ATA---ATATATTATTTTGATATAACAG----TATGT-----AATTAACTTT----GTATTA--TAATATTTACAAGCAC--ACATGTGA-AA--ATAGTGATTTAGATTATATTAATCAAGTAAAATAATTG----TACA-TTAAGCTGTAGTAAGTCACATATCTGTA-GGT-------TGCA---CAGACAC--TACCAAAC--CCATAAAGG-TAGATTTTTATCCA--TTTAGAAGGAAT----A---CCTA------CGTCCATCATTTAATTATG-AT--GT-GTC---CTT-----TTTAAT
gi|15 : AAAA------CAATT-AC---AT-TG--AA--A--TG-ATCATTTATAATCTAA------GATAAGCATTGCTC-AATAC----AATAT-----CACAATATGCTC-TGGGCAT------CACA-GAAGGTCAATATA---------TCTTAGAATTTCAGTTAC-CTTGGCACA----G
gi|11 : aatgAA------CAT---A----A------AA--A--TG-ATCATTT---TCCTAA------AACAGTTATTG----AT-AT----GA------------------------ACAT------CATA-GAATGTCATTATA---------TCAGAAACTTCCAG-TAC-CTTATCACAATATGAATTAACC--ATTAC------AAATTGAATACCTTAT-T----TTACCTGAAATCTTAACATTTATGATATTTCAT-----AA-------GTTG-AA-------AA------ATAAGC-T---TAA-AATGAAATAAAAGT-
gi|12 : aaatttaagagaaaacagcgtatAATTGAGTACATTAT-T----TTACTCAAATACTTC----TTA------TTAAA-----ATTTTACAAGTTGAAA-------A---------AAG--------A-AATGAAATAAAATT-----CTGAAAGTGAC-------ATGGAA--TG--CTTAG-AAAGCCCA-G-TAAAGTC------C------------GGGCCC-ATATAACGCGATTAAA----A--------------A----t
gi|9 : ttaccatag-------GTTGAAA-------AT------A-AAAC-T---A-A-AGT-AAACAAAAGT-GAATCTTAAAGAGAC-------ATGAAA--TG--CTTGTAAAGCTC---GCTGAAGTCGGAGGATATATTTTTACTGGGACCA-ATATAACGCGATTAAA----A--------------A----AC-----TATCT-----------------------------TT----AGAT-----AC-----TAGCAAT-A---A-CGTG--T-TA-TA----TATT----AGT-C--TTTAAAATGAATTACATCGAT------GAAAATAATTAATACAATTCA--TTTCACA---TA--TATCA--TA-AATTACTTTGATGC-A-AA--CTATTGCTT-----------AATCAAGTGAAACAAATGGACATGTT-----AC-----TAG-------ATCT-----AT-------TGTAGTGCAAAGATCCTACCAAAATTCC-TAA---TT-G----TTCTA-AAATTCACAA--Aagcatcattcgacattagcaatag
gi|20 : agAA--AATGCTTAGAAAGCCCGGTG-TAAAGTCCGAGGACTTATTCCC
gi|5 : gccac-ATATA--GTCTTTAAA----A--------------------------TGTAT--------C--A--AA-------------TT----AAATA----TA-----TGA-AAT-A---CTGAAAATC-AA-CA----TATTTCACAAG-T--ATT---ATAAATCACTTTGAT------G----TTTCT-----GTGTCA--TT----A---TACATATTA--CACAACCAC--AAA-------------------AAGGTCACACTTATCATATCTAATCAAAG----CACA-TGGTACT--A-TAG-T----AAATCACATAATGATAAGGTGTA---CATATCC--TACCAAAA--TT-TA----TCAT----TT---CAAATTTA-------T----GTTTCTTA------ACT-CCT--TTC--TT--GATC--CT-ATGATGATT-----TTTAATT-TTTTGAACGTTCTCAGGAAGA--G--CATCCAATGTGACTATACTATTGTAGTAAAAACTTGCCG-AT
gi|10 : atcacggtatcaataattgtctattaactgactaccatagtttcactaaaatacctattatagtttataggttgacataatatgctaaaataaaataaaagtggcatgaattgctcgaaaagtcctgcaaatccgggtccatttacggcgaattaagaaactatccataaaaaatagtagtaattgattat--AA-------------TC----AGAAG----AA-----TAA-AAT-A----TCAAA--A-AAACA----TATTTCACAAA-T--ATT---ATAAATCACC----T------G----TATTT-----AATTGA--TT----A---TG--TATTA--TACAATag
gi|18 : atcattcacgatttaaaggagtaatatcattctataacactgagaaataatcggataatggagcgtaagatgtgtttttataagtataaatgacatgaaagtgacatgaaatgcttggatagcccagtaacatccgggcacatataaagcgattaaaaaaaagcatccttcgacactaacaatagaaaatggtattattcagttaacactgTTGAT------G----TATTT-----AATTGA--TT----A---TG--TATAA--TACAAGCAT--AGATGC-A-AAC-ATACTGCTTAAGGTTACATGAATCAAGTTAAACT--------TGTTGTTG-ACTgagtata
gi|17 : AAAC--TATAAAAT--TAATAAAGTTTAT----TTGTGCAAGATTAGAA--AGT----GTTTCTCG------ATTT--T-TTTC--T--TGACCCTATAATCATGATT-----TTTTGTTGACTT
gi|6 : T-ATCATGATTAATAATTTA-TTGTTTAA-ACTTTCTCAGGAATA--G--CATACCATATTATAATACTACTGAAGTAAAAAATTGTCGTAT-ACACTTTGTTGACTTT-GGATACATGATAAAATC-------AAT--TTACTTTACCATGTCTTACAAGAGTGAACATCAGA---------ACACTCTGT---TAA------------GTGTTCC------------AT-TATATAAT--ATT----ATGATGTTC-ACT-TGTCATAATA
gi|19 : ccTTCTCCGG-A-A--GAACATTCCTTGTGATTATACTATTGAAATAAAACGTTGCCG-Atatttcatgcacatgatttattttttaattggttagccctttttaatataccaagtttttgaaagtcacgacatttaattggtgttcttggtggaccaataaaaataaatctgataaccttgatttttatcagttgcagtttagattttagtgttatgttaagggcgatacatcaagctgaacaagctaggtaaactgggataagggaattgcaaattacctaata
gi|14 : TGTTGACTTT-GGA-ACAAAC-ATATTG-------AAT--TTACTTTACCGTGTCCTAACATAGTGAACATCTGACCGCTACGTGCATT-TTTCTATAATGTATGACGGCCACTTTTCATAATACATTTAATGCACATGGTTCG-TTCTAAT--TATTTAACCTTG
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GAACATGTAACATTAAAATGAGCATTTGTGTAAAACCTCATTGATCATCTACAATATCATATGCTATGACAATCACAGAACATTTCAGTACCTTTCAGTATTTATCACTATTTAAAAATTATGCACCTTATTTCTACTTTCAATAATATTTATT
Unaligned ( gi|16 ): TTTTATTCAGCATACATGTCATGCAGCATATTATACGCATAATTATATACATAATATAGATTGACAGAATTTATAAAAAATAGCTAATTCACATTAAAATGAAGATGACCATTGGCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 22222 1111 11 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 6666666666666666666666666666666666666 111111 222222222 11111111111111111111 1111 555555555555555555555555555 1 333333333 11 111 333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 11111 44444444444444444444 1111 1111 11111111111 11111 1111 1111111 11111111 3333333333333333333333333333333333 11 22222222222222 1111 3333333333333 222 111 11111 3 1 1 1 1 555555555555555555555555 444444444444444 1111111111 222 55 33
lowQualScore : 0 77777 7 0 6 7777 1 8 11 88 999 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 4 55 777 222222 55 4444444444444444444444444444444444444 222222 1 2 444444444 4 66 4 8888 5 1 99999999999999999999 4 4 4 2222 33 111111111111111111111111111 1 888 66 2 1 1 4 1 222222222 1 6 1 44 666 1 3 333333333333 0 88 777 777 9999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 6666666 1 5 55555 44444444444444444444 2222 1 77 3 2222 55555555555 22222 3 2 0000 66 6666666 1 77 55555555 22 0 1 1 22 1 333 2222222222222222222222222222222222 1 1 55 55555555555555 1 1 1 888 3 0 7777 1 8888888888888 8 666 1 1 111 66666 3 3 6 2 22 0 8 6 1 0 0 0 0 0 1 0 3 22 1 1 111111111111111111111111 222222222222222 6 1111111111 0 111 55 6 1 11
lowQualScore : . ..... . . . .... . . .. .. ... .............................................................. . . .. ... ...... .. ..................................... ...... . . ......... . .. . .... . . .................... . . . .... .. ........................... . ... .. . . . . . ......... . . . .. ... . . ............ . .. ... ... .... ......................................................................... . . ....... . . ..... .................... .... . .. . .... ........... ..... . . .... .. ....... . .. ........ .. . . . .. . ... .................................. . . .. .............. . . . ... . . .... . ............. . ... . . ... ..... . . . . .. . . . . . . . . . . . . .. . . ........................ ............... . .......... . ... .. . . ..
lowQualScore : 0 00000 7 7 7 0000 0 0 00 88 888 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 0 55 888 888888 11 8888888888888888888888888888888888888 888888 1 0 111111111 4 11 4 5555 0 1 88888888888888888888 0 0 0 5555 88 222222222222222222222222222 4 444 44 3 6 9 9 6 888888888 0 3 6 88 999 0 7 000000000000 9 99 888 888 4444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 1 9999999 6 7 99999 66666666666666666666 1111 7 99 0 1111 00000000000 55555 6 8 6666 99 2222222 0 99 77777777 11 3 0 0 55 0 888 3333333333333333333333333333333333 0 0 77 00000000000000 0 0 0 777 9 5 0000 8 4444444444444 0 666 0 0 777 77777 2 3 7 0 00 6 0 7 0 0 0 0 2 0 0 7 7 00 0 0 333333333333333333333333 000000000000000 0 0000000000 7 333 00 0 0 00
consensus : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA-A--TATACATAT-ATAT--TTTAA-C-AAA-C-AA-T-TATGAAAAA--------CAG------A----ATTAA-AA--TGATCATTT---ATCTAA------AATAATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-T-G-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-AA--TTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAAATGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCTTGGAAAGNCCNA-GTAAAGTCCGAGGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG---CGAT---TAA----AA--------------A-------------CT-----TANA--------TA--A--A----A-------------TAAGATG-----AATAAAAT-A-AT-AAAAT----------A---------ACA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTA-------TACAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAACCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTNG-ACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCTGA-CGCT-CGT---GCGCTCCGTC-TATAATA-TATGACG-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAAT--TGTTTAACCCTGTCATAATA
Reference ( family-4464 ) : NTTTGTA-ATATCTTAAGGCGTTATATAGACAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGNATA-TATA--TATA-A--TATACACGT-ATAT--TTTAA-C-AAAGC-AA-T-TNTGAAAAA--------CAG------A----ATTNA-AA--TGATCATTT---ATCTAA------AATAANTATTG----ATATAATAT-----T------TTCTT-T-G-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-AA--TTTCAG-TACCTTATCACA----GAATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTTGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATANGTTGAAAAAATAAGCTNAAAATGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACNTGAAANGCTTGGAAAGGCCGA-GTAAAGTCNGAGGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG---CGAT---TAA----AA--------------A-------------NT-----TANA--------TA--A--A----A-------------TNAAATG-----AATAAAAT-A-AT-NAAAT----------A---------ACA----TATTTCACA--ANTATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTNATT----AT--ATATTA-------TACAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTGCNTTGNACTGTATAGTNATCCGCAGAT-TG-TA--G--TG--CANANA--CTACCAAANCCATAAAGNT---TANTTNTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCCTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACNT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTTG-ACTTTCTCAGGAA-AGCATTCCATGTGACTATACTATTGNAGTAAAAAGTTGCCG-ATGACACNTTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTNAATTTACTTTACCGTGTCCTANNANAGTGAACATCNGACCGCTACGT---GCACTCTNTC-TATAATG-TATGACGGCCGCGTTCCATAATACATTTAATGCACATGGTTCG-TTTCTAATGATGTTCAACCTTGTCATAATA
gi|1 : TTTGCACATAT-----GTCGTTAAATAGATAGTT----TTATGTAACATATATGACATACATTATA-TATA--TATA-AATTATATATAT-ATGT--TTTAA-C-AAAG--AA-T-TCTGAAAAA--------CAG------A----ATTTA-AA--TGATCGTTT---ATCTGA------AATAATTATTG----AAATAATAT-----T------TTCTT-T-GTA-CGT------CATAGAATGTCATTATAAATGTTT-CACAA-AA--TTTCAG-TAGCTTATCACA----GCATTAATC-C----TT----AC------AAATTGTGTATCTTA-T-T-T----TACTCGAA-AACTT---A----TTG------T---TCATATGTTGAAAAAATAAGCTACAAATGAAATAGAAGTGAA--CCTTAAAGTGACTTGAAAAACTTGGAAAAACCAA-GTAAGGTCAGGGGAC-TTATTTCCACTGGGGTCA-ATATAACG---TGAT---TAA----AA--------------A-------------CT-----TAAA--------TA--A--A----A-------------TAAGATG-----AATAAAAT-A-AT-CAAAT----------A---------ACA----TATTTCACA--ACTTTT----ATGAATTGCTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATAGTA-------TACAATCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATAAATCAAGTTAAATTAATGTGTTTTGCACTCTATAATTATTTACAAAT-TG-CA--G--AC--CAAAAA--TTACCAAAACCGTAAAGGT---TAGTTATAC--AAGTTTAGAAAAT----GTTTCTTAAT-TT--------CCTATTCTTATGAACAT---ATCATGCTT-----TTTAATTGTCTTG-ATTTTCTCAGGTA-AGCATTCCATGTGATTATACCATTGTCGTTAAACGTTGTCG-ATGACACATTGTTGACTTTT-GGA-ATATAA-AAATTAAATTTACTTTTCCATGTCGTAAAAGAGTGAACATCTGG------------ACACT-TGTC--ATAATA-T-T----------TTTCAT------------GCACATGATTCA-TTTCTAAT--TGTTTGACTCTGTCA-AATA
gi|10 : tAAGTATAAAT-GA--CATGAAAGTGACATGAAATGCTTGGATA-GCCCA-GTAACATCCGGG-----------CAC---------ATATAAAG---CGAT---TAA----AA--------------A-------------agacgaaaagcatagtcaaactgccattgaatgatggaatttcaaagcatttttctaatattaaactcaagaacactatt
gi|10 : atcattcacgatttaaaggagtaatatcattctataacactgagaaataatcggataatggagcgtaagatgtgtttttat--A----A-------------TCAGAAG-----AATAAAAT-A-TC-AAAAA----------A---------ACA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACC----T------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATTA-------TACAAaaagcatccttcgacactaacaatagaaaatggtattattcagttaacactgaatcagaagaataaaatatcaaaaaaacatatttcacaaatattataaatcacctgtatttaattgattatgtattatacaatgagtata
gi|11 : atcattcacgatttaaaggagtaatatcattctataacactgagaaataatcggataatggagcgtaagatgtgtttttataagtataaatgacatgaaagtgacatgaaatgcttggatagcccagtaacatccgggcacatataaagcgattaaaaaaaagcatccttcgacactaacaatagaaaatggtattattcagttaacactgAA--------CAT------A----A---A-AA--TGATCATTT---TCCTAA------AACAGTTATTG----ATATGA-------------------------A-CAT------CATAGAATGTCATTATA------T-CAGAA-AC--TTCCAG-TACCTTATCACAATATGAATTAACC-A----TT----AC------AAATTGAATACCTTA-T-T-T----TACCTGAA-ATCTT---AACATTTATGATATT---TCATAAGTTG-AAAAATAAGCTTAAAATGAAATAAAAGT-tgagtata
gi|12 : aaatttaagagaaaacagcgtatAATTGAGTACATTA-T-T-T----TACTCAAATA-CTTCTTA----TTAAAAT--T---TTACAAGTTGAAAAAA-------GAAATGAAATAAAA-T-----TCTGAAAGTGACATGGAATGCTTAGAAA-GCCCA-GTAAAGTCC-------------------GGGCCC-ATATAACG---CGAT---TAA----AA--------------A-------------t
gi|13 : ttaccatag----ATTAA-AA--TGAGCATTT---GTGTAA------AACC-TCATTG----AT----CAT-----C------TAC-----A-A-TAT------CATA---TGCTATGACAA-----T-CACAG-AACATTTCAG-TACCTT-T--CA----GTATTTATC-ACTATTT----AA------AAATTATGCACCTTA-T-T-TC---TACTTTCA-A---T---A----ATA------T---TTATagcatcattcgacattagcaatag
gi|14 : gaacatgtaacTGTTGAC-TTT-GGA-ACAAAC-ATATTGAATTTACTTTACCGTGTCCTAACATAGTGAACATCTGACCGCTACGT---GCA-TTTTTC-TATAATG-TATGACGGCCACTTTTCATAATACATTTAATGCACATGGTTCG--TTCTAAT--TATTTAACCTTGt
gi|15 : AAAA--------CAATT----AC---ATTGA-AA--TGATCATTTATAATCTAA------GATAAGCATTGCTCAATACAATAT-----CACAATATGCTC-TGG-G-CAT------CACAGAAGGTCAATAT-A-----T-CTTAG-AA--TTTCAGTTACCTTGGCACA----G
gi|16 : aatgTT----TTATTCAGCATACATGTCATGCAGCATATTATACGCATA-AT-TATATACATAATATAGATTGA-C-AGA---AT-T-TATAAAAAA--------TAGCT----A----ATTCA-CA--T
gi|17 : AAA--CTATAAAATTAATAAAGTT---TATTTGTGC--AAGATTAGAAAGT----GTTTCTCGA--TT--------TTT-TTCT--TGACCCTATAATCATGATT-----TT---TTG--TTG-ACTTtaaaatgaagatgaccattggca
gi|18 : TTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATAA-------TACAAGCAT--AGATGC-A-AAC-ATACTGCTTAAGGTTACATGAATCAAGTTAAA
gi|19 : TTCTCCGGAAGAACATTCCTTGTGATTATACTATTGAAATAAAACGTTGCCG-Acttgttgttgact
gi|2 : ----TTATCAAGCATACATGTCATATCGTATA-TATT--TACATA--TTTACA----ATAT--TT--A-CGAAACC-TA-TCTCTTA------------CA-------------TTAA-AA--TGATCAAAT---ATCTAACAAAAAAACAAC-ATCGGTCTATACAATAT-----T------ATCTT-T-------T------CATATA-------TATAA-----TTCACAC-AG--TGTCCG-TATCTTATCACA----GAACAAATC-A----TT----ATTTCAAGAAATTGAGTACCATA-TAT-T----TACTT-----------------CCA------T---TCGTAGTTTGATAAATTTAGCTAAAAATAAAATAAAAGTGAA--TCTTAAAGTGACAT--------TG-AAAGTCCC--GTATGGTCCGAGGGTGC-ATTTCCACCGGGGTTC-ATATAACG---CAAT---TAA----AT--------------A-------------TTATTTGTAAA--------CACTATCA----A-------------TAATATG-----TATAACATTA-AT-AGAGTT---------A---------ACAAGTCTGTTTCACA--AAAATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATGT-----GTGTAATT----AT--ATATTA-------TACAAGCAC--AGGTG--A-GACTATATTGGTTAAGGTTACATTATTCAAGTGAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNAATGTTTATTTACTCCT-TTTT--TGAACCT---GTCATGA-A-----TTTAATTGTTTGG-ACTTTCCCAGGAAGGGTATTTCATGTGCCTATACTTTTATTGTGAAAAGTTGTCG-AAGACACATTGTTGAC-TTTGGGA-AAATAA-AAATTAGA
gi|20 : agAAATGCTTAGAAAGCCCGGTGTAAAGTCCGAGGACTT-ATTCCCaagttaattattatttttc
gi|3 : gccacaTTTGTA-ATATCTTAAGGCGTTATATAGATAGTTGGTTTTAATCAGCATATATGTCATACAGAATA-TATA--AATA-A---ATA----T-TTAT--TTT---C-AAA----A-TCTATGAAAAAGCTAATTATAA------T----ATTAATAAGTTGATCATTT---ATCTAA------AATAATTATT---------AATCT-----G------TTCGT-T-A-A-CATGAATAATACAGAATGTCATTATAA-------CACAA-AA--TGCAAG-TACCTTTTGACA----GCATTAATT-A----TT----AC------AAAATGAGTACCTTA-T-T-T----T-CTTGAA-----T---A----CT-----------TCA----------AAATTAG------------TAAAAGT-----TC-----GTCAGTTGAAA-------AAAGACC-A-GTAAAGTCCGAAGAC---------A--GGGACCA-TCA-AGCG---CGAT---TAAACAGAG--------------A-------------CA-----TATATTATCCTTTA--A--AATGTA-------------TCAAATT-----AATAAAAA-A-ATAAAAAT----------A---------AAA----ATTTTCA------TATT----ATAAATTACTTTGAT------G----TATTT-----A----ATT----AT--ATATTA-------TCCAAACAA--AGATAT-AGAA--ATATTGCTTGAGATTACATTACTCATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNCGTTTCCTAAC-TT---------CT-TTCTTA--AACTT---ATCTTGATT-----TTTAATTGTTTGA-ACTT
gi|4 : ccgtag-ATAT--TTAAA-C-AA--C----T-TATGAAAAA--------CAGCTTATTAT---ATTAA-AA--GTATCCTTT---ATCTAA------AATTAATATAG----AT-TCTTAC-----T------AGCATAT-G-AACAT------CACATAATGTCAT----A-----T-CACAA-AC--TTTCAG-TACCTTATAGCA----GAACAAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTA----A-T-TAT----TA---------------A----TTG------T---TTATAACTTGAAAAA-TAAGCTAATAATGAAATAAAAGT-AAAATCTTAGATTGACATGAAATACTTGGAAAG-CCGA-GTAAAGTCAGAGGACTT-ATTTCCTCTGGATTC--ATATAACG---CGAT---AAA----AACACTATCCTTAGACA-------------CT-----AAAA--------TA--A--A----ATATAGTATACGTTTAAAATG-----TATCAAAT-ACAT-AAAAT----------AATCAAAGTTACA----TATTTCATA--AATATA----ATATATTATTTTGATATAACAG----TATGT-----AATTAACT----TT--GTATTATAATATTTACAAGCAC--ACATGTGA-AA--ATAGTGATTTAGATTATATTAATCAAGTAAAATAATTGTACATTAAGCTG--TAGTAAGTCACATATCTG-TA--GGTTGCACAGACA--CTACCAAACCCATAAAGGTAGATTTTTATCC----ATTTAGAAGG
gi|5 : ATCACG----GTATCAATA-A----TTGTCTAT------TAACTGACTACCATAGT-T-T----CACTAAAATA-CCT---A----TTA------TAGTTTATAGGTTGACATAATATGCT-AAAATAAAATA--------------AAAGTGGCATGAATTGCTCGAAAAGTCCT--GCAAA-TCCG-GGTC-C-ATTT--AC---GGCGA-AT-TAA-GAAACTATCCATAA----AA--------------AATAGTAGTAATTGAT-----TATA--------TA--T--A----GTCTT---------TAAAATGTATCAAATTAAAT-ATAT-GAAATACTGAAAATCA---------ACA----TATTTCACA--AGTATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TTTCT-----GTGTCATT----ATACATATTA-------CACAACCAC--AAA-------------------AAGGTCACACTTATCATATCTAATCAAAGCACATGGTAC--TATAGTAAATCACATAA-TGATAAGG--TG--TACATATCCTACCAAAA--------TT---TATCATTTC--AAATTTA-----T----GTTTCTTAAC--T--------CCT-TTCT--TGATCCT---ATGATGATT-----TTTAATT-TTTTGAACGTTCTCAGGAAGAGCATCCAATGTGACTATACTATTGTAGTAAAAACTTGCCG-ATaatacctacgtccatcatttaattatgatgtgtcctttttaat
gi|6 : CCT---ATCATGATTAATAATTTA-TTGTTTAA-ACTTTCTCAGGAATAGCATACCATATTATAATACTACTGAAGTAAAAAATTGTCGTAT-ACACTTTGTTGAC-TTT-GGATACATGATAAAATCAATTTACTTTACCATGTCTTACAAGAGTGAACATCAGAACACTCTGTTAAGTGTTCCATTATATAATATTATGATGTTCACTTGTCATAATATATTTCATGCACATGATTTATTTTTTAAT--TGGTTAGCCCTTTT-TAATAag
gi|7 : ACATGT-ATGT--ATTAAAC-ACAGCTAA-T-TG---------------CAT------T-----TTAA-AA--CGATGATTT---ATCTAA------AATAGTGATTG----ATCTACTAT-----T------TTCTA-T-G-AACAT------CACAGAATGTCATAATAAATGTAT-CGCAA-CA--TT-CAG-TACATTATCATG----GAA---------------------------AACTGAGTATCTAA-T-T-TAGGTTACTTGAA-AACTT---A----TTA------T---TAAT--------AAAACATGCTAAAAtaccaagtttttgaaagtcacgacatttaattggtgttcttggtggaccaataaaaataaatctgataaccttgatttttatcagttgcagtttagattttagtgttatgttaagggcgatacatcaagctgaacaagctaggtaaactgggataagggaattgcaaattacctaata
gi|8 : GGCATCAGTTAGACA-TT----TTATTCAGTTTACATATCATACAGTATA-TATA--TAT--A--TATA--------------------AAATG-AATT-TATG-AAAA--------CAG------ATTACATTAA-AA--TGATCATT-------TAA------AATAACCATTGACATATACAATATCACAAT------TTGTTAT-GAA-CAT------CACAGAATATCATTAT-A-----T-CACAATAG--TATACT-TGCCTTATCACA----CTTTTAATCTAT---TT----AA------AAATTGAGTACCTTA-T-A-T----TACTTGCATA-CTT---A----CT------------------TTG-AAAAATAAGTTTAAAATG-AATA--------------AAAGTGACATGAAATGGTTGGAAA-GCCAA-GTGAAGTCGTCGGAC-TCATTGTCACTGGGGGTACATATAACG---CAAT---TCA----AA--------------A-------------catcttgaactatccataagcatgaaacacaatgccatagaaagctcaaactgacagacaagttgaaatcaatatgcaaaaataaacatgaaatatatgaaatataattaaaaaaaaggttagatgcctgaaaaataaaaaaaacaaaacaggtattagctaatactattttcaacgttattcatattgtgatgt
gi|9 : tAGGTTGAAAATA-AAACT-AAAGT-AAACAAAAGTGAA--TCTTAAAGAGACATGAAATGCTTGTAAAGCTCGC--TGAAGTCGGAGGATAT-ATTTTTACTGGGACCA-ATATAACG---CGAT---TAA----AA--------------A-------------AC-----TATC--------T-------------------------TTAGAT-----------ACT-A-GC---AAT----------A---------ACG----TGTTATATATTAGTCTTTAAAATGAATTACATCGAT------GAAAATAATTAATACAATTCATTTCACAT--ATATCA-------TA-AATTACTTTGATGC-A-AA--CTATTGC-----------TTAATCAAGTGAAACAAATGGACATGTTAC----TAG--ATCT----AT-TG-TA--G--TG--CAAAGATCCTACCAAAATT------CC---TAATTGTTCTAAAATTCACAAAtatcagacatattagacattagcaataat
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 1111 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 66666666666666666666666666666666666 111111 22222222222222 11111111111111111111 1111 55555555555555555555555555555555 22222 1 111 333333333333 1111111 22222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 33333333333333333333333 1111 1111 11111111111 11111 1111 1111111 11111111 2222 111111111 11 2222222222222222 1111 3333333333333 222 111 11111 1 1 1 1 22222 9999999999999999999 44444444444 222222222222 222 33
lowQualScore : 5 77777 1 6 7777 8 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 55 777 222222 4 44 33333333333333333333333333333333333 4 222222 2 44444444444444 4 66 4 8888 1 1 99999999999999999999 4 4 2222 4 55555555555555555555555555555555 1 888 66 2 5 1 4 1 88888 1 0 1 6 333 3 333333333333 0 4 4444444 66666666666666 9999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 5 1 5 66666666666666666666666 2222 1 77 2 2222 55555555555 22222 3 3 0000 66 6666666 1 77 55555555 22 0 1 1 0 222 5555 0 1 2 6 6 777777777 0 1 55 6666666666666666 11 1 1 888 3 0 7777 8888888888888 8 666 1 111 66666 3 3 5 22 0 8 6 0 0 0 0 0 0 0 1 11111 0 2222222222222222222 00000000000 888888888888 111 11
lowQualScore : . ..... . . .... . .. ....................................................................... . .. ... ...... . .. ................................... . ...... . .............. . .. . .... . . .................... . . .... . ................................ . ... .. . . . . . ..... . . . . ... . ............ . . ....... .............. .... ..................................................................... . . . . ....................... .... . .. . .... ........... ..... . . .... .. ....... . .. ........ .. . . . . ... .... . . . . . ......... . . .. ................ .. . . ... . . .... ............. . ... . ... ..... . . . .. . . . . . . . . . . . ..... . ................... ........... ............ ... ..
lowQualScore : 0 00000 0 7 0000 0 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 55 888 888888 4 44 00000000000000000000000000000000000 4 888888 0 11111111111111 4 11 4 5555 0 1 88888888888888888888 0 0 5555 0 44444444444444444444444444444444 4 000 44 3 9 9 9 6 77777 7 9 6 6 666 7 000000000000 9 4 4444444 11111111111111 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 9 7 4 7 00000000000000000000000 1111 7 99 1 1111 00000000000 55555 6 4 6666 99 2222222 0 99 77777777 11 3 0 0 8 555 2222 5 0 5 7 7 777777777 8 0 77 9999999999999999 77 3 0 777 9 5 0000 4444444444444 0 666 0 777 77777 2 3 0 44 6 0 7 0 0 0 2 0 8 7 0 00000 7 0000000000000000000 33333333333 777777777777 333 00
consensus : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACAT-ATATATTTT-AC-AAACAA-T-TATGA-AAAA--------CAGC-----A------ATTAA-AA--TGATCATTT---ATCTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-T-G-A-CAT------CACAGAATGTCATTATA-----A-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T----T-TACTCG-AA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAAATGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCTTGGAAAG-CCNA-GTAAAGTCCGAGGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGAT--------------TAAA----AAC------------T-----TANAT--------A--A--AA----TA-------------AAATG-----AATAAAAT-A-ATAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC-TC-TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
Reference ( family-4464 ) : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACAT-ATATATTTTAAC-AAACAA-T-TATGA-AAAA--------CAG------A------ATTAA-AA--TGATCATTT---ATCTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-T-G-A-CAT------CACAGAATGTCATTATA-----A-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T----T-TACTCG-AA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAAATGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCTTGGAAAGNCCNA-GTAAAGTCCGAGGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGAT--------------TAAA----AAC------------T-----TANAT--------A--A--AA----TA-------------AGATG-----AATAAAAT-A-ATAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTNGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGCTCCGTC-TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
gi|1 : TTTGCACATAT-----GTCGTTAAATAGATAGTT----TTATGTAACATATATGACATACATTATA-TATA--TATA---AATTATATAT-ATATGTTTTAAC-AAAGAA-T-TCTGA-AAAA--------CAG------A------ATTTA-AA--TGATCGTTT---ATCTGA------AAT-AATTATTG----AAATAATAT-----T------TTCTT-T-GTA-CGT------CATAGAATGTCATTATA-----AATGTTT-CACAA-A--ATTTCAG-TAGCTTATCACA----GCATTAATC-C----TT----AC------AAATTGTGTATCTTA-T-T----T-TACTCG-AA-AACTT---A----TTG------T---TCATATGTTGAAAAAATAAGCTACAAATGAAATAGAAGTGAA--CCTTAAAGTGACTTGAAAAACTTGGAAAAACCAA-GTAAGGTCAGGGGAC-TTATTTCCACTGGGGTCA-ATATAACG-------TGAT--------------TAAA----AAC------------T-----TAAAT--------A--A--AA----TA-------------AGATG-----AATAAAAT-A-ATCA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--ACTTTT----ATGAATTGCTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATAGTATA-------CAATCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATAAATCAAGTTAAATTAATGTGTTTTGCACTCTATAATTATTTACAAAT-TG-CA--G--AC--CAAAAA--TTACCAAAA--CCGTAAAGGT---TAGTTATAC--AAGTTTAGAAAAT----GTTTCTTAAT-TT--------CCTATTCTTATGAACAT---ATCATGCTT-----TTTAATTGTCTTGATTTTCTCAGGTA-AGCATTCCATGTGATTATACCATTGTCGTTAAACGTTGTCG-ATGACACATTGTTGACTTTT-GGA-ATATAA-AAATTAAATTTACTTTTCCATGTCGTAAAAGAGTGAACATCTGG-A-CACT-T-GT--------------CATAATA-T------------TTTTC------------ATGCACATGATTCA-TTTCTAATTGTTTGACTCTGTCA-AATA
gi|10 : tAAGTATAAAT-GA--CATGAAAGTGACATGAAATGCTTGGATAG-CCCA-GTAACATCCGGG-----------CAC---------ATATAAAG-------CGAT--------------TAAA----AAagacgaaaagcatagtcaaactgccattgaatgatggaatttcaaagcatttttctaatattaaactcaagaacactatt
gi|10 : atcattcacgatttaaaggagtaatatcattctataacactgagaaataatcggataatggagcgtaagatgtgtttttat--AA----TC-------------AGAAG-----AATAAAAT-A-TCAA-AA-A----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACC----T------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATTATA-------CAAaaagcatccttcgacactaacaatagaaaatggtattattcagttaacactgaatcagaagaataaaatatcaaaaaaacatatttcacaaatattataaatcacctgtatttaattgattatgtattatacaatgagtata
gi|11 : atcattcacgatttaaaggagtaatatcattctataacactgagaaataatcggataatggagcgtaagatgtgtttttataagtataaatgacatgaaagtgacatgaaatgcttggatagcccagtaacatccgggcacatataaagcgattaaaaaaaagcatccttcgacactaacaatagaaaatggtattattcagttaacactg-T-TAAGAGAAAA--------CAGCGTATAAC-----ATAAA-AA--TGATCATTT---TCCTAA------AAC-AGTTATTG----ATATGA-------------------------A-CAT------CATAGAATGTCATTAT------A-----T-CAGAA-A--CTTCCAG-TACCTTATCACAATATGAATTAACC-A----TT----AC------AAATTGAATACCTTA-T-T----T-TACCTG-AA-ATCTT---AACATTTATGATATT---TCATAAGTTG-AAAAATAAGCTTAAAATGAAATAAAAGT-tgagtata
gi|12 : aaatAATTGAGTACATTA-T-T----T-TACTCA-AATA-CTTCTTA----TTAAAAT--T---TTACAAGTTGAAAAAA-------GAAATGAAATAAAA-T-----TCTGAAAGTGACATGGAATGCTTAGAAAG-CCCA-GTAAAGTCC-------------------GGGCCC-ATATAACG-------CGAT--------------TAAA----AAt
gi|13 : ttaccatag------ATTAA-AA--TGAGCATTT---GTGTAA------AAC--CTCATTG----AT-CA-----------------TCTA-C-A-A-TAT------CAT---ATGCTATGACA-----A-----T-CACAG-AACATTTCAG-TACCTT-T--CA----GTATTTATC-ACTATTT----AA------AAATTATGCACCTTA-T-T----TCTACTTT-CA-A---T---A----ATA------T---TTATagcatcattcgacattagcaatag
gi|14 : gaacatgtaacTGTTGAC-TTT-GGA-ACAAAC-ATATTGAATTTACTTTACCGTGTCCTAACATAGTGAACATCT-G-ACCGCTAC-GT---GCATTTT-TC-TATAATG-TATGACGG-CCACTTTTCATAATACATTTAATGCACATGGTTCG--TTCTAATTATTTAACCTTGt
gi|15 : -AAACAA-T-TAC-------------------------------ATTGA-AA--TGATCATTTATAATCTAA------GAT-AAGCATTGCTCAATACAATAT-----CACAATATGCTC-TGG-G-CAT------CACAGAAGGTCAATAT------A-----T-CTTAG-A--ATTTCAGTTACCTTGGCACA----G
gi|16 : aatgaTT----TTATTCAGCATACATGTCATGCAGCATATTATACGCATAATTA--TATACATAATATAGATTGAC-AGA-AT-T-TATAA-AAAA--------TAGCT----AATTCACATTAA-AA--TGA
gi|17 : AAA--CTATAAAAT--TAATAAAGTT---TATTTGTGC--AAGATTAGAAAGT----GTTTCTCGA--TT--------TTT-TTCT--TGACCCTATAATCATGATT-----TT---TTGTT--GACTTagatgaccattggca
gi|18 : TTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATAATA-------CAAGCAT--AGATGC-A-AAC-ATACTGCTTAAGGTTACATGAATCAAGTTAAA
gi|19 : TTCTCCGGAAGAACATTCCTTGTGATTATACTATTGAAATAAAACGTTGCCG-Acttgttgttgact
gi|2 : ----TTATCAAGCATACATGTCATATCGTATA-TATT--TACAT--A--TTTACA----ATATTT--ACGAAAC---C-TATCT-CTTA--------CA---------------TTAA-AA--TGATCAAAT---ATCTAACAAAAAAAC-AA-CATCGGTCTATACAATAT-----T------ATCTT-T-------T------CATATA-------TATA-----A-----TTCACAC-A--GTGTCCG-TATCTTATCACA----GAACAAATC-A----TT----ATTTCAAGAAATTGAGTACCATA-TAT----T-TACTT------------------CCA------T---TCGTAGTTTGATAAATTTAGCTAAAAATAAAATAAAAGTGAA--TCTTAAAGTGACAT--------TG-AAAGTCCC--GTATGGTCCGAGGGTGC-ATTTCCACCGGGGTTC-ATATAACG-------CAAT--------------TAAA----TAT------------TATTTGTAAAC--------ACTATCAA----TA-------------ATATG-----TATAACATTA-ATAG-AG-TT---------AA---------CAAGTCTGTTTCACA--AAAATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATGT-----GTGTAATT----AT--ATATTATA-------CAAGCAC--AGGTG--A-GACTATATTGGTTAAGGTTACATTATTCAAGTGAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNAATGTTTATTTACTCCT-TTTT--TGAACCT---GTCATGA-A-----TTTAATTGTTTGGACTTTCCCAGGAAGGGTATTTCATGTGCCTATACTTTTATTGTGAAAAGTTGTCG-AAGACACATTGTTGAC-TTTGGGA-AAATAA-AAATTAGA
gi|20 : agCACAAAATGCTTAGAAAGCCCGGTGTAAAGTCCGAGGACTT-ATTCCCaagttaattattatttttc
gi|3 : gcTTTGTA-ATATCTTAAGGCGTTATATAGATAGTTGGTTTTAATCAGCATATATGTCATACAGAATA-TATA--AATA---A-------AT-ATTTATTTT--C-AAA--A-TCTATGA-AAAAGCTAATTATAA------T------ATTAATAAGTTGATCATTT---ATCTAA------AAT-AATTATT---------AATCT-----G------TTCGT-T-A-A-CATGAATAATACAGAATGTCATTATA-----A-------CACAA-A--ATGCAAG-TACCTTTTGACA----GCATTAATT-A----TT----AC------AAAATGAGTACCTTA-T-T----T-T-CTTG-AA-----T---A----CT-----------TCA----------AAATTAG------------TAAAAGT-----TCGTCA-GT----TGAAA-------AAAGACC-A-GTAAAGTCCGAAGAC---------A--GGGACCA-TCA-AGCG-------CGAT--------------TAAACAGAGAC------------A-----TATATTATCCTTTA--A--AA----TGTATC---------AAATT-----AATAAAAA-A-ATAA-AAAT----------AA---------AA----ATTTTCA------TATT----ATAAATTACTTTGAT------G----TATTT-----A----ATT----AT--ATATTATC-------CAAACAA--AGATAT-AGAA--ATATTGCTTGAGATTACATTACTCATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNCGTTTCCTAAC-TT---------CT-TTCTTA--AACTT---ATCTTGATT-----TTTAATTGTTTGAACTT
gi|4 : ccgtagATATTT-----AAACAACT-TATGA-AAAA--------CAGCTTATTAT-----ATTAA-AA--GTATCCTTT---ATCTAA------AATTAAT-ATAG----ATTCT-TAC-----T------AGCATAT-G-AACAT------CACATAATGTCAT---------A-----T-CACAA-A--CTTTCAG-TACCTTATAGCA----GAACAAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTA----A-T-TA---T-TA----------------A----TTG------T---TTATAACTTGAAAAA-TAAGCTAATAATGAAATAAAAGT-AAAATCTTAGATTGACATGAAATACTTGGAAAG-CCGA-GTAAAGTCAGAGGAC-TTATTTCCTCTGGATTCA--TATAACG-------CGATAAAAACACTATCCTTAGA----CAC------------T-----AAAAT--------A--A--AA----TATAGTATACGTTTAAAATG-----TATCAAAT-ACATAA-AA-T----------AATCAAAGTTACA----TATTTCATA--AATATA----ATATATTATTTTGATATAACAG----TATGT-----AATTAACT----TT--GTATTATAATATTTACAAGCAC--ACATGTGA-AA--ATAGTGATTTAGATTATATTAATCAAGTAAAATAATTGTACATTAAGCTG--TAGTAAGTCACATATCTG-TA--GGTTGCACAGACA--CTACCAAAC--CCATAAAGGTAGATTTTTATCC----ATTTAGAAGG
gi|5 : ATCACG----GTATCAATA-A----TTGTCTAT------TAACTGACTACCATAGT-T----T-CACTAA-AATA-CCT---A----TTA------TAGTTTATAGGTTGACATAATATGCT-AAAATAAAATA--------------AAAGTGGCATGAATTGCTCGAAAAGTCCT--GCAAA-TCCG-GGTC-C-ATTT--AC---GGCGA-AT-TAA-GAAACTATCCAT--------------AAAA----AATAGTAGTAATTGAT-----TATAT--------A--T--AGTCTTTA-------------AAATGTATCAAATTAAAT-ATATGA-AA-TACTGAAAATCAA---------CA----TATTTCACA--AGTATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TTTCT-----GTGTCATT----ATACATATTACA-------CAACCAC--AAA-------------------AAGGTCACACTTATCATATCTAATCAAAGCACATGGTAC--TATAGTAAATCACATAA-TGATAAGG--TG--TACATATCCTACCAAAA----------TT---TATCATTTC--AAATTTA-----T----GTTTCTTAAC--T--------CCT-TTCT--TGATCCT---ATGATGATT-----TTTAATTTTTTGAACGTTCTCAGGAAGAGCATCCAATGTGACTATACTATTGTAGTAAAAACTTGCCG-ATaatacctacgtccatcatttaattatgatgtgtcctttttaat
gi|6 : CCT---ATCATGATTAATAATTTA-TTGTTTAAACTTTCTCAGGAATAGCATACCATATTATAATACTACTGAAGTAAAAAATTGTCGTAT-ACACTTTGTTGAC-TTT-GGATACATGATAAAATCAATTTACTTTACCATGTCTTACAAGAGTGAACATCA-GAA-CACT-CTGTTAAGTGTTCCATTATATAATATTATGAT-GTTCACTTGTCATAATATATTTCATGCACATGATTTATTTTTTAATTGGTTAGCCCTTTT-TAATAag
gi|7 : TTAA-AA--CGATGATTT---ATCTAA------AAT-AGTGATTG----ATCTACTAT-----T------TTCTA-T-GAA-CAT------CACAGAATGTCATAATAAATGTA-----T-CGCAA-C--A-TTCAG-TACATTATCATG----GA---------------------------AAACTGAGTATCTAA-T-TTAGGT-TACTTGAAA-A-CTT---A----TTA------T---TAAT--------AAAACATGCTAAAAtaccaagtttttgaaagtcacgacatttaattggtgttcttggtggaccaataaaaataaatctgataaccttgatttttatcagttgcagtttagattttagtgttatgttaagggcgatacatcaagctgaacaagctaggtaaactgggataagggaattgcaaattacctaata
gi|8 : acatgtatgtattaaacacagctaattgcattGGCATCAGTTAGACA-TT----TTATTCAGTTTACATATCATACAGTATA-TATA--TAT----A--TATAAA--ATGAAT--------------T-TATG--AAAA--------CAG------ATTAC--ATTAA-AA--TGATCATT-------TAA------AAT-AACCATTGACATATACAATATCACAAT------TTGTTAT-GAA-CAT------CACAGAATATCATTAT------A-----T-CACAATA--GTATACT-TGCCTTATCACA----CTTTTAATCTAT---TT----AA------AAATTGAGTACCTTA-T-A----T-TACTTG-CATA-CTT---A----CT------------------TTG-AAAAATAAGTTTAAAATG-AATA--------------AAAGTGACATGAAATGGTTGGAAAG-CCAA-GTGAAGTCGTCGGAC-TCATTGTCACTGGGGGTACATATAACG-------CAAT--------------TCAA----AAcatcttgaactatccataagcatgaaacacaatgccatagaaagctcaaactgacagacaagttgaaatcaatatgcaaaaataaacatgaaatatatgaaatataattaaaaaaaaggttagatgcctgaaaaataaaaaaaacaaaacaggtattagctaatactattttcaacgttattcatattgtgatgt
gi|9 : tAGGTTGAAAATA-AAACTAAAG-T-AAACAAAAGTGAA--TCTTAAAGAGACATGAAATGCTTGTAAAGCTCGC--TGAAGTCGGAGGATAT-ATTTTTACTGGGACCA-ATATAACG-------CGAT--------------TAAA----AAA------------C-----TATCT-----------------------------------------------TTAGAT-A-CTAGCAA-T----------AA---------CG----TGTTATATATTAGTCTTTAAAATGAATTACATCGAT------GAAAATAATTAATACAATTCATTTCACAT--ATATCATA--------AATTACTTTGATGC-A-AA--CTATTGC-----------TTAATCAAGTGAAACAAATGGACATGTTAC-------TAGATC---TAT-TG-TA--G--TG--CAAAGATCCTACCAAAATTCC-TAA----------TTGTTCTAAAATTCACAAAtatcagacatattagacattagcaataat
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111 11111111111 111111 6666666666666666666666666666666666666 111111 222222222 11111111111111111111 1111 5555555555555555555555555555555 22222 333333333333 1111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 1111 11111111111 11111 1111 1111111 11111111 2222 111111111 11 2222222222222222 1111 3333333333333 222 111 11111 1 1 1 1 22222 6666666666666666666 44444444444 222222222222 222 33
lowQualScore : 5 77777 1 6 7777 8 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6666666666666 99999999999 777 222222 4 44 2222222222222222222222222222222222222 222222 2 444444444 4 66 4 8888 1 1 99999999999999999999 4 4 4 2222 5555555555555555555555555555555 1 888 66 2 5 1 4 1 88888 1 0 1 4 1 55 3 333333333333 0 4 4444444 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222 1 77 2 2222 55555555555 22222 3 3 0000 66 6666666 1 77 55555555 22 0 1 1 0 222 5555 0 1 2 6 6 777777777 0 1 55 6666666666666666 11 1 1 888 3 0 7777 8888888888888 8 666 1 111 66666 3 1 5 22 0 8 6 0 0 0 0 0 0 0 1 11111 0 9999999999999999999 00000000000 888888888888 111 11
lowQualScore : . ..... . . .... . ........................................................................ ............. ........... ... ...... . .. ..................................... ...... . ......... . .. . .... . . .................... . . . .... ............................... . ... .. . . . . . ..... . . . . . .. . ............ . . ....... .................................................................................................................................................................... .... . .. . .... ........... ..... . . .... .. ....... . .. ........ .. . . . . ... .... . . . . . ......... . . .. ................ .. . . ... . . .... ............. . ... . ... ..... . . . .. . . . . . . . . . . . ..... . ................... ........... ............ ... ..
lowQualScore : 0 00000 0 7 0000 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666666666666 00000000000 888 888888 4 44 8888888888888888888888888888888888888 888888 0 111111111 4 11 4 5555 0 1 88888888888888888888 0 0 0 5555 4444444444444444444444444444444 4 000 44 3 9 9 9 6 77777 7 9 6 0 0 55 7 000000000000 9 4 4444444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 7 99 1 1111 00000000000 55555 6 4 6666 99 2222222 0 99 77777777 11 3 0 0 8 555 2222 5 0 5 7 7 777777777 8 0 77 9999999999999999 77 3 0 777 9 5 0000 4444444444444 0 666 0 777 77777 2 0 0 44 6 0 7 0 0 0 2 0 8 7 0 00000 7 7777777777777777777 33333333333 777777777777 333 00
consensus : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACATATATAT---TTTA-CAAA-AA-T-TATGA-AAAACAG--CT----A------ATT-------A-----AAAT-----------GATCATTT---ATCTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-T-G-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAAATGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCTTGGAAAG-CCCA--GTAAAGTCCGAGGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-ATAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC--T-TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
Reference ( family-4464 ) : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACATATATAT---TTTA-CAAACAA-T-TATGA-AAAACAG--C-----A------ATT-------A-----AAAT-----------GATCATTT---ATCTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-T-G-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAAATGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCTTGGAAAG-CCNA--GTAAAGTCCGAGGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-ATAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC--TCTATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
gi|1 : TTTGCACATAT-----GTCGTTAAATAGATAGTT----TTATGTAACATATATGACATACATTATA-TATA--TATA---AATTATATATATATGT---TTTAACAAAGAA-T-TCTGA-AAAACAG--------A------ATT-------T-----AAAT-----------GATCGTTT---ATCTGA------AAT-AATTATTG----AAATAATAT-----T------TTCTT-T-GTA-CGT------CATAGAATGTCATTATAAATGTTT-CACAA-A--ATTTCAG-TAGCTTATCACA----GCATTAATC-C----TT----AC------AAATTGTGTATCTTA-T-T-T----TACTCGAA-AACTT---A----TTG------T---TCATATGTTGAAAAAATAAGCTACAAATGAAATAGAAGTGAA--CCTTAAAGTGACTTGAAAAACTTGGAAAAACCAA--GTAAGGTCAGGGGAC-TTATTTCCACTGGGGTCA-ATATAACG-------TGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--AAA-T--------A--A--AA----TA-------------AGA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-ATCA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--ACTTTT----ATGAATTGCTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATAGTATA-------CAATCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATAAATCAAGTTAAATTAATGTGTTTTGCACTCTATAATTATTTACAAAT-TG-CA--G--AC--CAAAAA--TTACCAAAA--CCGTAAAGGT---TAGTTATAC--AAGTTTAGAAAAT----GTTTCTTAAT-TT--------CCTATTCTTATGAACAT---ATCATGCTT-----TTTAATTGTCTTGATTTTCTCAGGTA-AGCATTCCATGTGATTATACCATTGTCGTTAAACGTTGTCG-ATGACACATTGTTGACTTTT-GGA-ATATAA-AAATTAAATTTACTTTTCCATGTCGTAAAAGAGTGAACATCTGG-A-CACT-T-GT--------------CATAATA-T------------TTTTC------------ATGCACATGATTCA-TTTCTAATTGTTTGACTCTGTCA-AATA
gi|10 : tAAGTATAAAT-GA--CATGAAAGTGACATGAAATGCTTGGATAG-CCCA--GTAACATCCGGG-----------CAC---------ATATAAAG-------CGATTAAA----A--------------AAAAGCATCC------------T-----TCGACACT--------A--AC-AA----TA-------------GAAAATGGTATTATTCAGTTAACACTG-----AATCAGAAG-A-ATAA-AA-TATCAAAAA--AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACC----T------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATTATA-------CAAagacgaaaagcatagtcaaactgccattgaatgatggaatttcaaagcatttttctaatattaaactcaagaacactatt
gi|11 : atcattcacgatttaaaggagtaatatcattctataacactgagaaataatcggataatggagcgtaagatgtgtttttat-T-TAAGAGAAAACAG--C-----GTATAACATA-------A-----AAAT-----------GATCATTT---TCCTAA------AAC-AGTTATTG----ATATGA-------------------------A-CAT------CATAGAATGTCATTAT-A-----T-CAGAA-A--CTTCCAG-TACCTTATCACAATATGAATTAACC-A----TT----AC------AAATTGAATACCTTA-T-T-T----TACCTGAA-ATCTT---AACATTTATGATATT---TCATAAGTTG-AAAAATAAGCTTAAAATGAAATAAAAGT-tgagtata
gi|12 : aaatAATTGAGTACATTA-T-T-T----TACTCAAATA-CTTCTTA----TTAAAAT--T---TTACAAGTTGAAAAAA-------GAAATGAAATAAAA-T-----TCTGAAAGTGACATGGAATGCTTAGAAAG-CCCA--GTAAAGTCC-------------------GGGCCC-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------t
gi|13 : ttaccatag------ATT-------A-----AAAT-----------GAGCATTT---GTGTAA------AAC--CTCATTG----AT-CA-----------------TCTA-C-A-A-TAT------CAT---ATGCTATGACAA-----T-CACAG-AACATTTCAG-TACCTT-T--CA----GTATTTATC-ACTATTT----AA------AAATTATGCACCTTA-T-T-TC---TACTTTCA-A---T---A----ATA------T---TTATagcatcattcgacattagcaatag
gi|14 : gaacatgtaacTGTTGAC-TTT-GGA-ACAAAC-ATATTGAATTTACTTTACCGTGTCCTAACATAGTGAACATCT-G-ACCGCTAC-GT---GCATTTT--TCTATAATG-TATGACGG-CCACTTTTCATAATACATTTAATGCACATGGTTCG--TTCTAATTATTTAACCTTGt
gi|15 : ATGA-AAA------C-----A------ATT-------ACATTGAAAT-----------GATCATTTATAATCTAA------GAT-AAGCATTGCTCAATACAATAT-----CACAATATGCTC-TGG-G-CAT------CACAGAAGGTCAATAT-A-----T-CTTAG-A--ATTTCAGTTACCTTGGCACA----G
gi|16 : aTT----TTATTCAGCATACATGTCATGCAGCATATTATACGCATAATTA--TATACATA-ATATAGATTGA-CAGA-AT-T-TATAA-AAAATAG--CT----AATTCACATT-------A-----AAAT-----------GA
gi|17 : AAA--CTATAAAAT--TAATAAAGTT---TATTTGTGC--AAGATTAGAAAGT----GTTTCTCGA--TT--------TTT-TTCT--TGACCCTATAATCATGATT-----TT---TTGTT--GACTTagatgaccattggca
gi|18 : TTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATAATA-------CAAGCAT--AGATGC-A-AAC-ATACTGCTTAAGGTTACATGAATCAAGTTAAA
gi|19 : TTCTCCGGAAGAACATTCCTTGTGATTATACTATTGAAATAAAACGTTGCCG-Acttgttgttgact
gi|2 : ----TTATCAAGCATACATGTCATATCGTATA-TAT-------------T-TACATAT--------TTA-CAA-TAT-T-TACGA-AACCTAT--CTCTT-AC-----ATT-------A-----AAAT-----------GATCAAAT---ATCTAACAAAAAAAC-AA-CATCGGTCTATACAATAT-----T------ATCTT-T-------T------CATATA-------TATAA-----TTCACAC-A--GTGTCCG-TATCTTATCACA----GAACAAATC-A----TT----ATTTCAAGAAATTGAGTACCATA-TAT-T----TACTT-----------------CCA------T---TCGTAGTTTGATAAATTTAGCTAAAAATAAAATAAAAGTGAA--TCTTAAAGTGACAT--------TG-AAAG-TCCC--GTATGGTCCGAGGGTGC-ATTTCCACCGGGGTTC-ATATAACG-------CAATTAAA----T--------------A--------T------------TATTTGT--AAA-C--------ACTATCAA----TA-------------ATA----------------------TG-----TAT-AACATTA-ATAG-AG-TT---------AA---------CAAGTCTGTTTCACA--AAAATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATGT-----GTGTAATT----AT--ATATTATA-------CAAGCAC--AGGTG--A-GACTATATTGGTTAAGGTTACATTATTCAAGTGAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNAATGTTTATTTACTCCT-TTTT--TGAACCT---GTCATGA-A-----TTTAATTGTTTGGACTTTCCCAGGAAGGGTATTTCATGTGCCTATACTTTTATTGTGAAAAGTTGTCG-AAGACACATTGTTGAC-TTTGGGA-AAATAA-AAATTAGA
gi|20 : agCACAAAATGCTTAGAAAG-CCCGGTGTAAAGTCCGAGGACTT-ATTCCCaagttaattattatttttc
gi|3 : gcTTTGTA-ATATCTTAAGGCGTTATATAGATAGTTGGTTTTAATCAGCATATATGTCATACAGAATA-TATA--AATA---A-------ATATTTAT---TTT--CAAA--A-TCTATGA-AAAA--G--CT----A------ATT-------A-----TAATATTAATAAGTTGATCATTT---ATCTAA------AAT-AATTATT---------AATCT-----G------TTCGT-T-A-A-CATGAATAATACAGAATGTCATTATAA-------CACAA-A--ATGCAAG-TACCTTTTGACA----GCATTAATT-A----TT----AC------AAAATGAGTACCTTA-T-T-T----T-CTTGAA-----T---A----CT-----------TCA----------AAATTAG------------TAAAAGT-----TCGTCA-GT----TGAAA-------AAAG-ACCA--GTAAAGTCCGAAGAC---------A--GGGACCA-TCA-AGCG-------CGATTAAACAGAG--------------A--------C------------A-----T--ATA-TTATCCTTTA--A--AA----TGTATC---------AAA----------------------TT-----AAT-AAAAA-A-ATAA-AAAT----------AA---------AA----ATTTTCA------TATT----ATAAATTACTTTGAT------G----TATTT-----A----ATT----AT--ATATTATC-------CAAACAA--AGATAT-AGAA--ATATTGCTTGAGATTACATTACTCATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNCGTTTCCTAAC-TT---------CT-TTCTTA--AACTT---ATCTTGATT-----TTTAATTGTTTGAACTT
gi|4 : ccgtagATAT---TT----AAACAACT-TATGA-AAAACAG--CTTATTAT-----ATT-------A-----AAAG-----------TATCCTTT---ATCTAA------AATTAAT-ATAG----ATTCT-TAC-----T------AGCATAT-G-AACAT------CACATAATGTCAT----A-----T-CACAA-A--CTTTCAG-TACCTTATAGCA----GAACAAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTA----A-T-TAT----TA---------------A----TTG------T---TTATAACTTGAAAAA-TAAGCTAATAATGAAATAAAAGT-AAAATCTTAGATTGACATGAAATACTTGGAAAG-CCGA--GTAAAGTCAGAGGAC-TTATTTCCTCTGGATTCA--TATAACG-------CGATAAAA----ACACTATCCTTAGACA--------C------------T-----A--AAA-T--------A--A--AA----TATAGTATACGTTTAAAA----------------------TG-----TAT-CAAAT-ACATAA-AA-T----------AATCAAAGTTACA----TATTTCATA--AATATA----ATATATTATTTTGATATAACAG----TATGT-----AATTAACT----TT--GTATTATAATATTTACAAGCAC--ACATGTGA-AA--ATAGTGATTTAGATTATATTAATCAAGTAAAATAATTGTACATTAAGCTG--TAGTAAGTCACATATCTG-TA--GGTTGCACAGACA--CTACCAAAC--CCATAAAGGTAGATTTTTATCC----ATTTAGAAGG
gi|5 : ATCACG----GTATCAATA-A----TTGTCTAT------TAACTGACTACCATAGT-T-T----CACTAAAATA-CCT---A----TTA------TAGTTTATAGGTTGACATAATATGCT-AAAATAAAATA--------------AAAGTGGCATGAATTGCTCGAAAAG-TCCT--GCAAA-TCCG-GGTC-C-ATTT--AC---GGCGA-AT-TAA-GAAACTATCCATAAAA----A--------------A--------TAGTAGTAATTGAT-----T--ATA-T--------A--T--AGTCTTTA-------------AAA----------------------TGTATCAAAT-TAAAT-ATATGA-AA-TACTGAAAATCAA---------CA----TATTTCACA--AGTATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TTTCT-----GTGTCATT----ATACATATTACA-------CAACCAC--AAA-------------------AAGGTCACACTTATCATATCTAATCAAAGCACATGGTAC--TATAGTAAATCACATAA-TGATAAGG--TG--TACATATCCTACCAAAA----------TT---TATCATTTC--AAATTTA-----T----GTTTCTTAAC--T--------CCT-TTCT--TGATCCT---ATGATGATT-----TTTAATTTTTTGAACGTTCTCAGGAAGAGCATCCAATGTGACTATACTATTGTAGTAAAAACTTGCCG-ATaatacctacgtccatcatttaattatgatgtgtcctttttaat
gi|6 : CCT---ATCATGATTAATAATTTA-TTGTTTAAACTTTCTCAGGAATAGCATACCATATTATAATACTACTGAAGTAAAAAATTGTCGTAT-ACACTTTGTTGAC-TTT-GGATACATGATAAAATCAATTTACTTTACCATGTCTTACAAGAGTGAACATCA-GAA-CACT-CTGTTAAGTGTTCCATTATATAATATTATGAT-GTTCACTTGTCATAATATATTTCATGCACATGATTTATTTTTTAATTGGTTAGCCCTTTT-TAATAag
gi|7 : -TATTA-AACACAG--CT----A------ATTGCATTTTA-----AAAC-----------GATGATTT---ATCTAA------AAT-AGTGATTG----ATCTACTAT-----T------TTCTA-T-G-AACAT------CACAGAATGTCATAATAAATGTAT-CGCAA-C--ATT-CAG-TACATTATCATG----GAA---------------------------AACTGAGTATCTAA-T-T-TAGGTTACTTGAA-AACTT---A----TTA------T---TAAT--------AAAACATGCTAAAAtaccaagtttttgaaagtcacgacatttaattggtgttcttggtggaccaataaaaataaatctgataaccttgatttttatcagttgcagtttagattttagtgttatgttaagggcgatacatcaagctgaacaagctaggtaaactgggataagggaattgcaaattacctaata
gi|8 : acatgtatgGGCATCAGTTAGACA-TT----TTATTCAGTTTACATATCATACAGTATA-TATA--TAT----A--TATAAA-ATGAAT----------------T-TATG--AAAACAGATT-----AC-----ATT-------A-----AAAT-----------GATCATT-------TAA------AAT-AACCATTGACATATACAATATCACAAT------TTGTTAT-GAA-CAT------CACAGAATATCATTAT-A-----T-CACAATA--GTATACT-TGCCTTATCACA----CTTTTAATCTAT---TT----AA------AAATTGAGTACCTTA-T-A-T----TACTTGCATA-CTT---A----CT------------------TTG-AAAAATAAGTTTAAAATG-AATA--------------AAAGTGACATGAAATGGTTGGAAAG-CCAA--GTGAAGTCGTCGGAC-TCATTGTCACTGGGGGTACATATAACG-------CAATTCAA----A--------------A--------catcttgaactatccataagcatgaaacacaatgccatagaaagctcaaactgacagacaagttgaaatcaatatgcaaaaataaacatgaaatatatgaaatataattaaaaaaaaggttagatgcctgaaaaataaaaaaaacaaaacaggtattagctaatactattttcaacgttattcatattgtgatgt
gi|9 : tAGGTTGAAAATA-AAACTAAAG-T-AAACAAAAGTGAA--TCTTAAAGAGACATGAAATGCTTGTAAAG-CTCG--CTGAAGTCGGAGGATAT-ATTTTTACTGGGACCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------A------------C-----T--ATC-T---------------------------------------------------------------------T-TAGAT-A-CTAGCAA-T----------AA---------CG----TGTTATATATTAGTCTTTAAAATGAATTACATCGAT------GAAAATAATTAATACAATTCATTTCACAT--ATATCATA--------AATTACTTTGATGC-A-AA--CTATTGC-----------TTAATCAAGTGAAACAAATGGACATGTTAC-------TAGATC---TAT-TG-TA--G--TG--CAAAGATCCTACCAAAATTCC-TAA----------TTGTTCTAAAATTCACAAAtatcagacatattagacattagcaataat
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 1111 11 4444444444444444444444444444 1 33333333333333333 1111111 11111111111 111111 666666666666666666666666666666666666 111111 222222222 11111111111111111111 1111 5555555555555555555555555555555 222222 333333333333 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1111 11111111111 11111 1111 1111111 11111111 2222 111111111 11 2222222222222222 1111 3333333333333 222 111 11111 1 1 1 1 22222 8888888888888888888 44444444444 222222222222 222 33
lowQualScore : 5 77777 1 6 7777 8 11 2222222222222222222222222222 5 2 0 4 44444444444444444 55 3333333 99999999999 777 222222 4 44 222222222222222222222222222222222222 222222 2 444444444 4 66 4 8888 1 1 99999999999999999999 4 4 4 2222 5555555555555555555555555555555 1 888 66 2 5 99999 0 6 2 555555 11 0 3 0 88 0 0 66 999999999999 1 4 3333333 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222 1 77 2 2222 55555555555 22222 3 3 0000 66 6666666 1 77 55555555 22 0 1 1 0 222 5555 0 1 2 6 6 777777777 0 1 55 6666666666666666 11 1 1 888 3 0 7777 8888888888888 8 666 1 111 66666 3 1 5 22 0 8 6 0 0 0 0 0 0 0 1 11111 0 9999999999999999999 00000000000 888888888888 111 11
lowQualScore : . ..... . . .... . .. ............................ . . . . ................. .. ....... ........... ... ...... . .. .................................... ...... . ......... . .. . .... . . .................... . . . .... ............................... . ... .. . . ..... . . . ...... .. . . . .. . . .. ............ . . ....... . ..................................................................................................................................................................... .... . .. . .... ........... ..... . . .... .. ....... . .. ........ .. . . . . ... .... . . . . . ......... . . .. ................ .. . . ... . . .... ............. . ... . ... ..... . . . .. . . . . . . . . . . . ..... . ................... ........... ............ ... ..
lowQualScore : 0 00000 0 7 0000 0 00 2222222222222222222222222222 7 7 1 4 77777777777777777 55 0000000 00000000000 888 888888 4 44 888888888888888888888888888888888888 888888 0 111111111 4 11 4 5555 0 1 88888888888888888888 0 0 0 5555 4444444444444444444444444444444 4 000 44 3 9 33333 7 0 0 333333 44 5 6 5 66 4 5 22 777777777777 4 0 0000000 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 7 99 1 1111 00000000000 55555 6 4 6666 99 2222222 0 99 77777777 11 3 0 0 8 555 2222 5 0 5 7 7 777777777 8 0 77 9999999999999999 77 3 0 777 9 5 0000 4444444444444 0 666 0 777 77777 2 0 0 44 6 0 7 0 0 0 2 0 8 7 0 00000 7 7777777777777777777 33333333333 777777777777 333 00
consensus : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACATATATAT---TT-A-CAAA-ATTTATGA-AAAACAG-C---T----A------A--TT-------AAAAT-----------GATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC-TC-TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
Reference ( family-4464 ) : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACATATATAT---TTTA-CAAA-AATTATGA-AAAACAG-C---T----A------A--TT-------AAAAT-----------GATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC-T--TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
gi|1 : TTTGCACATAT-----GTCGTTAAATAGATAGTT----TTATGTAACATATATGACATACATTATA-TATA--TATA---AATTATATATATATGT---TTTAACAAAGAATTCTGA-AAAACAG----------A------A--TT-------TAAAT-----------GATCGTTTAT---CTGA------AAT-AATTATTG----AAATAATAT-----T------TTCTT-TGTA-CGT------CATAGAATGTCATTATAAATGTTT-CACAA-A--ATTTCAG-TAGCTTATCACA----GCATTAATC-C----TT----AC------AAATTGTGTATCTTA-T-T-T----TACTCGAA-AACTT---A----TTG------T---TCATATGTTGAAAAAATAAGCTACAA-A---TGAAATAGAAGTGAA--CCTTAAAGTGACTTGAAAAACT-TGGAAAAACCAA-GTAAGGTCAGG-GGAC-TTATTTCCACTGGGGTCA-ATATAACG-------TGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--AAA-T--------A--A--AA----TA-------------AGA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TCA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--ACTTTT----ATGAATTGCTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATAGTATA-------CAATCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATAAATCAAGTTAAATTAATGTGTTTTGCACTCTATAATTATTTACAAAT-TG-CA--G--AC--CAAAAA--TTACCAAAA--CCGTAAAGGT---TAGTTATAC--AAGTTTAGAAAAT----GTTTCTTAAT-TT--------CCTATTCTTATGAACAT---ATCATGCTT-----TTTAATTGTCTTGATTTTCTCAGGTA-AGCATTCCATGTGATTATACCATTGTCGTTAAACGTTGTCG-ATGACACATTGTTGACTTTT-GGA-ATATAA-AAATTAAATTTACTTTTCCATGTCGTAAAAGAGTGAACATCTGG-A-CACT-T-G------------T--CATAATA-T------------TTTTC------------ATGCACATGATTCA-TTTCTAATTGTTTGACTCTGTCA-AATA
gi|10 : tAAGTATAAAT-GA--CATGAAAGTGACATGAAATGCT-TGGATAGCCCA--GTAACATCCGG-G-----------CAC---------ATATAAAG-------CGATTAAA----A--------------AAAAGCATCC------------T-----TCGACACT--------A--AC-AA----TA-------------GAAAATGGTATTATTCAGTTAACACTG-----AATCAGAAG-A-A-TAA-AA-TATCAAAAA--AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACC----T------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATTATA-------CAAagacgaaaagcatagtcaaactgccattgaatgatggaatttcaaagcatttttctaatattaaactcaagaacactatt
gi|11 : atcattcacgatttaaaggagtaatatcattctataacactgagaaataatcggataatggagcgtaagatgtgtttttatAA-ATTTAAGAGAAAACAG-CGTAT----A------ACATA-------AAAAT-----------GATCATTTTC---CTAA------AAC-AGTTATTG----ATATGA------------------------A-CAT------CATAGAATGTCATTAT-A-----T-CAGAA-A--CTTCCAG-TACCTTATCACAATATGAATTAACC-A----TT----AC------AAATTGAATACCTTA-T-T-T----TACCTGAA-ATCTT---AACATTTATGATATT---TCATAAGTTG-AAAAATAAGCTTAAA-A---TGAAATAAAAGT-tgagtata
gi|12 : AATTGAGTACATTA-T-T-T----TACTCAAATA-CTTCTTA----TTAAAAT--T---TTACAAGTTGAAAAAA-------GAA-A---TGAAATAAAA-T-----TCTGAAAGTGACATGGAATGCT-TAGAAAGCCCA--GTAAAGTCC--------------------GGGCCC-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------t
gi|13 : ttaccatag------A--TT-------AAAAT-----------GAGCATTTGT---GTAA------AAC--CTCATTG----AT-CA-----------------TCTA-CA-A-TAT------CAT---ATGCTATGACAA-----T-CACAG-AACATTTCAG-TACCTT-T--CA----GTATTTATC-ACTATTT----AA------AAATTATGCACCTTA-T-T-TC---TACTTTCA-A---T---A----ATA------T---TTATagcatcattcgacattagcaatag
gi|14 : gaacatgtaacTGTTGAC-TTT-GGA-ACAAAC-ATATTGAATTTACTTTACCGTGTCCTAACATAGTGAACATCT-G-ACCGCTAC-GT---GCATTTT-TC-TATAATG-TATGACGG-CCACTTTTCATAATACATTTAATGCACATGGTTCG--TTCTAATTATTTAACCTTGt
gi|15 : ATGA-AAA-CAA-T---T----AC-----A--TT-------GAAAT-----------GATCATTTATAATCTAA------GAT-AAGCATTGCTCAATACAATAT-----CACAATATGCTC-TG-GGCAT------CACAGAAGGTCAATAT-A-----T-CTTAG-A--ATTTCAGTTACCTTGGCACA----G
gi|16 : aTT----TTATTCAGCATACATGTCATGCAGCATATTATACGCATAATTA--TATACATA-ATATAGATTGA-CAGA-ATTTATAA-AAAATAG-C---T----AATTCACA--TT-------AAAAT-----------GA
gi|17 : AAA--CTATAAAAT--TAATAAAGTT---TATTTGTGC--AAGATTAGAAAGT----GTTTCTCGA--TT--------TTT-TTCT--TGACCCTATAATCATGATT-----TT---TTGTT--GACTTagatgaccattggca
gi|18 : TTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATAATA-------CAAGCAT--AGATGC-A-AAC-ATACTGCTTAAGGTTACATGAATCAAGTTAAA
gi|19 : TTCTCCGGAAGAACATTCCTTGTGATTATACTATTGAAATAAAACGTTGCCG-Acttgttgttgact
gi|2 : ----TTATCAAGCATACATGTCATATCGTATA-TATT--TACAT--A--TTTACA---ATAT---TT-A-CGAA-ACCTAT-------CTC-T---T----AC-----A--TT-------AAAAT-----------GATCAAATAT---CTAACAAAAAAAC-AA-CATCGGTCTATACAATAT-----T------ATCTT-T------T------CATATA-------TATAA-----TTCACAC-A--GTGTCCG-TATCTTATCACA----GAACAAATC-A----TT----ATTTCAAGAAATTGAGTACCATA-TAT-T----TACTT-----------------CCA------T---TCGTAGTTTGATAAATTTAGCTAAAA-A---TAAAATAAAAGTGAA--TCTTAAAGTGACAT---------TG-AAAGTCCC--GTATGGTCCGA-GGGTGC-ATTTCCACCGGGGTTC-ATATAACG-------CAATTAAA----T--------------A--------T------------TATTTGT--AAA-C--------ACTATCAA----TA-------------ATA----------------------TG-----TAT-AACATTA-A-TAG-AG-TT---------AA---------CAAGTCTGTTTCACA--AAAATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATGT-----GTGTAATT----AT--ATATTATA-------CAAGCAC--AGGTG--A-GACTATATTGGTTAAGGTTACATTATTCAAGTGAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNAATGTTTATTTACTCCT-TTTT--TGAACCT---GTCATGA-A-----TTTAATTGTTTGGACTTTCCCAGGAAGGGTATTTCATGTGCCTATACTTTTATTGTGAAAAGTTGTCG-AAGACACATTGTTGAC-TTTGGGA-AAATAA-AAATTAGA
gi|20 : agCACAAAATGCT-TAGAAAGCCCGGTGTAAAGTCCGA-GGACTT-ATTCCCaagttaattattatttttc
gi|3 : gcTTTGTA-ATATCTTAAGGCGTTATATAGATAGTTGGTTTTAATCAGCATATATGTCATACAGAATA-TATA--AATA---A-------ATATTTAT---TTT--CAAA-ATCTATGA-AAAA--G-C---T----A------A--TT-------ATAATATTAATAAGTTGATCATTTAT---CTAA------AAT-AATTATT---------AATCT-----G------TTCGT-TA-A-CATGAATAATACAGAATGTCATTATAA-------CACAA-A--ATGCAAG-TACCTTTTGACA----GCATTAATT-A----TT----AC------AAAATGAGTACCTTA-T-T-T----T-CTTGAA-----T---A----CT-----------TCA----------AAATTAG----------------TAAAAGT-----TCGTCA-GT----TGAAA--------AAAGACCA--GTAAAGTCCGA-AGAC---------A--GGGACCA-TCA-AGCG-------CGATTAAACAGAG--------------A--------C------------A-----T--ATA-TTATCCTTTA--A--AA----TGTATC---------AAA----------------------TT-----AAT-AAAAA-A-A-TAA-AAAT----------AA---------AA----ATTTTCA------TATT----ATAAATTACTTTGAT------G----TATTT-----A----ATT----AT--ATATTATC-------CAAACAA--AGATAT-AGAA--ATATTGCTTGAGATTACATTACTCATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNCGTTTCCTAAC-TT---------CT-TTCTTA--AACTT---ATCTTGATT-----TTTAATTGTTTGAACTT
gi|4 : ccgtagATAT---TT-A-AACA-ACTTATGA-AAAACAG-C---TTATTAT-----A--TT-------AAAAG-----------TATCCTTTAT---CTAA------AATTAAT-ATAG----ATTCT-TAC-----T------AGCATATG-AACAT------CACATAATGTCAT----A-----T-CACAA-A--CTTTCAG-TACCTTATAGCA----GAACAAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTA----A-T-TAT----TA---------------A----TTG------T---TTATAACTTGAAAAA-TAAGCTAATA-A---TGAAATAAAAGT-AAAATCTTAGATTGACATGAAATACT-TGGAAAGCCGA--GTAAAGTCAGA-GGAC-TTATTTCCTCTGGATTCA--TATAACG-------CGATAAAA----ACACTATCCTTAGACA--------C------------T-----A--AAA-T--------A--A--AA----TATAGTATACGTTTAAAA----------------------TG-----TAT-CAAAT-ACA-TAA-AA-T----------AATCAAAGTTACA----TATTTCATA--AATATA----ATATATTATTTTGATATAACAG----TATGT-----AATTAACT----TT--GTATTATAATATTTACAAGCAC--ACATGTGA-AA--ATAGTGATTTAGATTATATTAATCAAGTAAAATAATTGTACATTAAGCTG--TAGTAAGTCACATATCTG-TA--GGTTGCACAGACA--CTACCAAAC--CCATAAAGGTAGATTTTTATCC----ATTTAGAAGG
gi|5 : ATCACG----GTATCAATA-A----TTGTCTAT------TAACTGACTACCATAGT-T-T----CACTAAAATA-CCT---A----TTA------TAGTTTATAGGTTGACATAATATGCT-AAA-A---TAAAATA--------------AAAGTGGCATGAATTGCT-CGAAAAGTCCT--GCAAA-TCCG--GGTC-C-ATTT--AC---GGCGA-AT-TAA-GAAACTATCCATAAAA----A--------------A--------TAGTAGTAATTGAT-----T--ATA-T--------A--T--AGTCTTTA-------------AAA----------------------TGTATCAAAT-TAAAT-ATA-TGA-AA-TACTGAAAATCAA---------CA----TATTTCACA--AGTATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TTTCT-----GTGTCATT----ATACATATTACA-------CAACCAC--AAA-------------------AAGGTCACACTTATCATATCTAATCAAAGCACATGGTAC--TATAGTAAATCACATAA-TGATAAGG--TG--TACATATCCTACCAAAA----------TT---TATCATTTC--AAATTTA-----T----GTTTCTTAAC--T--------CCT-TTCT--TGATCCT---ATGATGATT-----TTTAATTTTTTGAACGTTCTCAGGAAGAGCATCCAATGTGACTATACTATTGTAGTAAAAACTTGCCG-ATaatacctacgtccatcatttaattatgatgtgtcctttttaat
gi|6 : CCT---ATCATGATTAATAATTTA-TTGTTTAAACTTTCTCAGGAATAGCATACCATATTATAATACTACTGAAGTAAAAAATTGTCGTAT-ACACTTTGTTGAC-TTT-GGATACATGATAAAATCAATTTACTTTACCATGTCTTACAAGAGTGAACATCA-GAA-CACT-CTGTTAAGTGTTCCATTATATAATATTATGAT-GTTCACTTGTCATAATATATTTCATGCACATGATTTATTTTTTAATTGGTTAGCCCTTTT-TAATAag
gi|7 : TATTA-AACACAG-C---T----A------A--TTGCATTTTAAAAC-----------GATGATTTAT---CTAA------AAT-AGTGATTG----ATCTACTAT-----T------TTCTA-TG-AACAT------CACAGAATGTCATAATAAATGTAT-CGCAA-C--ATT-CAG-TACATTATCATG----GAA---------------------------AACTGAGTATCTAA-T-T-TAGGTTACTTGAA-AACTT---A----TTA------T---TAAT--------AAAACATGCTAAAACATCTTGAACTATCCAT-AA--GCATGAA---ACAC--AATGCCATAGAAAGCTCA----AA---CTGACAGAC-A-AGT-----TGAAATCA-ATAT---G-------C----AAA----A--------------A--------T------------A-----A--ACA-T--------G--A--AA----T--------------ATA----------------------TG-----A---AATAT-A-ATTAA-AA-A----------AA---------taccaagtttttgaaagtcacgacatttaattggtgttcttggtggaccaataaaaataaatctgataaccttgatttttatcagttgcagtttagattttagtgttatgttaagggcgatacatcaagctgaacaagctaggtaaactgggataagggaattgcaaattacctaata
gi|8 : acatgtatgGGCATCAGTTAGACA-TT----TTATTCAGTTTACATATCATACAGTATA-TATA--TAT----A--TATAAA-AT--------------GA-ATTTATG--AAAACAGAT---T----AC-----A--TT-------AAAAT-----------GATCATT-------TAA------AAT-AACCATTGACATATACAATATCACAAT------TTGTTATGAA-CAT------CACAGAATATCATTAT-A-----T-CACAATA--GTATACT-TGCCTTATCACA----CTTTTAATCTAT---TT----AA------AAATTGAGTACCTTA-T-A-T----TACTTGCATA-CTT---A----CT------------------TTG-AAAAATAAGTTTAAA-A---TG-AATA--------------AAAGTGACATGAAATGGT-TGGAAAGCCAA--GTGAAGTCGTC-GGAC-TCATTGTCACTGGGGGTACATATAACG-------CAATTCAA----A--------------A--------aggttagatgcctgaaaaataaaaaaaacaaaacaggtattagctaatactattttcaacgttattcatattgtgatgt
gi|9 : tAGGTTGAAAATA-AAACTAAAG-----T-AAACAAAAGTGAA--TCTTAAAGAGACATGAAATGCT-TGTAAAGCTCG--CTGAAGTCGGA-GGATAT-ATTTTTACTGGGACCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------A------------C-----T--ATC-T---------------------------------------------------------------------T-TAGAT-A-C-TAGCAA-T----------AA---------CG----TGTTATATATTAGTCTTTAAAATGAATTACATCGAT------GAAAATAATTAATACAATTCATTTCACAT--ATATCATA--------AATTACTTTGATGC-A-AA--CTATTGC-----------TTAATCAAGTGAAACAAATGGACATGTTAC-------TAGATC---TAT-TG-TA--G--TG--CAAAGATCCTACCAAAATTCC-TAA----------TTGTTCTAAAATTCACAAAtatcagacatattagacattagcaataat
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 1111 11 333333333333333 33333333333333333 1111111 11111111111 111111 666666666666666666666666666666666666 111111 222222222 11111111111111111111 1111 5555555555555555555555555555555 222222 333333333333 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1111 11111111111 11111 1111 1111111 11111111 2222 111111111 11 2222222222222222 1111 3333333333333 222 111 11111 1 1 1 1 22222 6666666666666666666 44444444444 222222222222 222 33
lowQualScore : 5 77777 1 6 7777 8 11 111111111111111 3 99 99 5 0 4 44444444444444444 55 3333333 99999999999 777 222222 4 44 222222222222222222222222222222222222 222222 2 444444444 4 66 4 8888 1 1 99999999999999999999 4 4 4 2222 5555555555555555555555555555555 1 888 66 2 5 99999 0 6 2 555555 11 0 3 0 88 0 0 66 999999999999 1 4 3333333 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222 1 77 2 2222 55555555555 22222 3 3 0000 66 6666666 1 77 55555555 22 0 1 1 0 222 5555 0 1 2 6 6 777777777 0 1 55 6666666666666666 11 1 1 888 3 0 7777 8888888888888 8 666 1 111 66666 3 1 5 22 0 8 6 0 0 0 0 0 0 0 1 11111 0 9999999999999999999 00000000000 888888888888 111 11
lowQualScore : . ..... . . .... . .. ............... . .. .. . . . ................. .. ....... ........... ... ...... . .. .................................... ...... . ......... . .. . .... . . .................... . . . .... ............................... . ... .. . . ..... . . . ...... .. . . . .. . . .. ............ . . ....... . ..................................................................................................................................................................... .... . .. . .... ........... ..... . . .... .. ....... . .. ........ .. . . . . ... .... . . . . . ......... . . .. ................ .. . . ... . . .... ............. . ... . ... ..... . . . .. . . . . . . . . . . . ..... . ................... ........... ............ ... ..
lowQualScore : 0 00000 0 7 0000 0 00 000000000000000 5 22 22 0 1 4 77777777777777777 55 0000000 00000000000 888 888888 4 44 888888888888888888888888888888888888 888888 0 111111111 4 11 4 5555 0 1 88888888888888888888 0 0 0 5555 4444444444444444444444444444444 4 000 44 3 9 33333 7 0 0 333333 44 5 6 5 66 4 5 22 777777777777 4 0 0000000 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 7 99 1 1111 00000000000 55555 6 4 6666 99 2222222 0 99 77777777 11 3 0 0 8 555 2222 5 0 5 7 7 777777777 8 0 77 9999999999999999 77 3 0 777 9 5 0000 4444444444444 0 666 0 777 77777 2 0 0 44 6 0 7 0 0 0 2 0 8 7 0 00000 7 7777777777777777777 33333333333 777777777777 333 00
consensus : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACAT-ATAT--ATTT--ACAAA-ATTTATGA-AAAACAG-C---T----A------A--TT-------AAAAT-----------GATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC--T-TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
Reference ( family-4464 ) : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACAT-ATAT--ATTT--ACAAA-ATTTATGA-AAAACAG-C---T----A------A--TT-------AAAAT-----------GATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC--TCTATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
gi|1 : TTTGCACATAT-----GTCGTTAAATAGATAGTT----TTATGTAACATATATGACATACATTATA-TATA--TATA---AATTATATAT-ATAT--GTTTTAACAAAGAATTCTGA-AAAACAG----------A------A--TT-------TAAAT-----------GATCGTTTAT---CTGA------AAT-AATTATTG----AAATAATAT-----T------TTCTT-TGTA-CGT------CATAGAATGTCATTATAAATGTTT-CACAA-A--ATTTCAG-TAGCTTATCACA----GCATTAATC-C----TT----AC------AAATTGTGTATCTTA-T-T-T----TACTCGAA-AACTT---A----TTG------T---TCATATGTTGAAAAAATAAGCTACAA-A---TGAAATAGAAGTGAA--CCTTAAAGTGACTTGAAAAACT-TGGAAAAACCAA-GTAAGGTCAGG-GGAC-TTATTTCCACTGGGGTCA-ATATAACG-------TGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--AAA-T--------A--A--AA----TA-------------AGA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TCA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--ACTTTT----ATGAATTGCTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATAGTATA-------CAATCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATAAATCAAGTTAAATTAATGTGTTTTGCACTCTATAATTATTTACAAAT-TG-CA--G--AC--CAAAAA--TTACCAAAA--CCGTAAAGGT---TAGTTATAC--AAGTTTAGAAAAT----GTTTCTTAAT-TT--------CCTATTCTTATGAACAT---ATCATGCTT-----TTTAATTGTCTTGATTTTCTCAGGTA-AGCATTCCATGTGATTATACCATTGTCGTTAAACGTTGTCG-ATGACACATTGTTGACTTTT-GGA-ATATAA-AAATTAAATTTACTTTTCCATGTCGTAAAAGAGTGAACATCTGG-A-CACT-T-GT--------------CATAATA-T------------TTTTC------------ATGCACATGATTCA-TTTCTAATTGTTTGACTCTGTCA-AATA
gi|10 : tAAGTATAAAT-GA--CATGAAAGTGACATGAAATGCT-TGGATAGCCCA--GTAACATCCGG-G-----------CAC---------ATATAAAG-------CGATTAAA----A--------------AAAAGCATCC------------T-----TCGACACT--------A--AC-AA----TA-------------GAAAATGGTATTATTCAGTTAACACTG-----AATCAGAAG-A-A-TAA-AA-TATCAAAAA--AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACC----T------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATTATA-------CAAagacgaaaagcatagtcaaactgccattgaatgatggaatttcaaagcatttttctaatattaaactcaagaacactatt
gi|11 : atcattcacgatttaaaggagtaatatcattctataacactgagaaataatcggataatggagcgtaagatgtgtttttatAA-ATTTAAGAGAAAACAG-CGTAT----A------ACATA-------AAAAT-----------GATCATTTTC---CTAA------AAC-AGTTATTG----ATATGA------------------------A-CAT------CATAGAATGTCATTAT-A-----T-CAGAA-A--CTTCCAG-TACCTTATCACAATATGAATTAACC-A----TT----AC------AAATTGAATACCTTA-T-T-T----TACCTGAA-ATCTT---AACATTTATGATATT---TCATAAGTTG-AAAAATAAGCTTAAA-A---TGAAATAAAAGT-tgagtata
gi|12 : AATTGAGTACATTA-T-T-T----TACTCAAATA-CTTCTTA----TTAAAAT--T---TTACAAGTTGAAAAAA-------GAA-A---TGAAATAAAA-T-----TCTGAAAGTGACATGGAATGCT-TAGAAAGCCCA--GTAAAGTCC--------------------GGGCCC-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------t
gi|13 : ttaccatag------A--TT-------AAAAT-----------GAGCATTTGT---GTAA------AAC--CTCATTG----AT-CA-----------------TCTA-CA-A-TAT------CAT---ATGCTATGACAA-----T-CACAG-AACATTTCAG-TACCTT-T--CA----GTATTTATC-ACTATTT----AA------AAATTATGCACCTTA-T-T-TC---TACTTTCA-A---T---A----ATA------T---TTATagcatcattcgacattagcaatag
gi|14 : gaacatgtaacTGTTGAC-TTT-GGA-ACAAAC-ATATTGAATTTACTTTACCGTGTCCTAACATAGTGAACATCT-G-ACCGCTAC-GT---GCATTTT--TCTATAATG-TATGACGG-CCACTTTTCATAATACATTTAATGCACATGGTTCG--TTCTAATTATTTAACCTTGt
gi|15 : ATGA-AAA-CAA-T---T----AC-----A--TT-------GAAAT-----------GATCATTTATAATCTAA------GAT-AAGCATTGCTCAATACAATAT-----CACAATATGCTC-TG-GGCAT------CACAGAAGGTCAATAT-A-----T-CTTAG-A--ATTTCAGTTACCTTGGCACA----G
gi|16 : aTT----TTATTCAGCATACATGTCATGCAGCATATTATACGCATAATTA--TATACATAATATAGATTG--ACAGA-ATTTATAA-AAAATAG-C---T----AATTCACA--TT-------AAAAT-----------GA
gi|17 : AAA--CTATAAAAT--TAATAAAGTT---TATTTGTGC--AAGATTAGAAAGT----GTTTCTCGA--TT--------TTT-TTCT--TGACCCTATAATCATGATT-----TT---TTGTT--GACTTagatgaccattggca
gi|18 : TTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATAATA-------CAAGCAT--AGATGC-A-AAC-ATACTGCTTAAGGTTACATGAATCAAGTTAAA
gi|19 : TTCTCCGGAAGAACATTCCTTGTGATTATACTATTGAAATAAAACGTTGCCG-Acttgttgttgact
gi|2 : ----TTATCAAGCATACATGTCATATCGTATA-TATT--TACAT--A--TTTACA----AT--ATTT--ACGAA-ACCTAT-------CTC-T---T----AC-----A--TT-------AAAAT-----------GATCAAATAT---CTAACAAAAAAAC-AA-CATCGGTCTATACAATAT-----T------ATCTT-T------T------CATATA-------TATAA-----TTCACAC-A--GTGTCCG-TATCTTATCACA----GAACAAATC-A----TT----ATTTCAAGAAATTGAGTACCATA-TAT-T----TACTT-----------------CCA------T---TCGTAGTTTGATAAATTTAGCTAAAA-A---TAAAATAAAAGTGAA--TCTTAAAGTGACAT---------TG-AAAGTCCC--GTATGGTCCGA-GGGTGC-ATTTCCACCGGGGTTC-ATATAACG-------CAATTAAA----T--------------A--------T------------TATTTGT--AAA-C--------ACTATCAA----TA-------------ATA----------------------TG-----TAT-AACATTA-A-TAG-AG-TT---------AA---------CAAGTCTGTTTCACA--AAAATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATGT-----GTGTAATT----AT--ATATTATA-------CAAGCAC--AGGTG--A-GACTATATTGGTTAAGGTTACATTATTCAAGTGAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNAATGTTTATTTACTCCT-TTTT--TGAACCT---GTCATGA-A-----TTTAATTGTTTGGACTTTCCCAGGAAGGGTATTTCATGTGCCTATACTTTTATTGTGAAAAGTTGTCG-AAGACACATTGTTGAC-TTTGGGA-AAATAA-AAATTAGA
gi|20 : agCACAAAATGCT-TAGAAAGCCCGGTGTAAAGTCCGA-GGACTT-ATTCCCaagttaattattatttttc
gi|3 : gcTTTGTA-ATATCTTAAGGCGTTATATAGATAGTTGGTTTTAATCAGCATATATGTCATACAGAATA-TATA--AATA---A-------AT-ATTT--ATTT--TCAAA-ATCTATGA-AAAA--G-C---T----A------A--TT-------ATAATATTAATAAGTTGATCATTTAT---CTAA------AAT-AATTATT---------AATCT-----G------TTCGT-TA-A-CATGAATAATACAGAATGTCATTATAA-------CACAA-A--ATGCAAG-TACCTTTTGACA----GCATTAATT-A----TT----AC------AAAATGAGTACCTTA-T-T-T----T-CTTGAA-----T---A----CT-----------TCA----------AAATTAG----------------TAAAAGT-----TCGTCA-GT----TGAAA--------AAAGACCA--GTAAAGTCCGA-AGAC---------A--GGGACCA-TCA-AGCG-------CGATTAAACAGAG--------------A--------C------------A-----T--ATA-TTATCCTTTA--A--AA----TGTATC---------AAA----------------------TT-----AAT-AAAAA-A-A-TAA-AAAT----------AA---------AA----ATTTTCA------TATT----ATAAATTACTTTGAT------G----TATTT-----A----ATT----AT--ATATTATC-------CAAACAA--AGATAT-AGAA--ATATTGCTTGAGATTACATTACTCATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNCGTTTCCTAAC-TT---------CT-TTCTTA--AACTT---ATCTTGATT-----TTTAATTGTTTGAACTT
gi|4 : ccgtagAT--ATTT--AAACA-ACTTATGA-AAAACAG-C---TTATTAT-----A--TT-------AAAAG-----------TATCCTTTAT---CTAA------AATTAAT-ATAG----ATTCT-TAC-----T------AGCATATG-AACAT------CACATAATGTCAT----A-----T-CACAA-A--CTTTCAG-TACCTTATAGCA----GAACAAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTA----A-T-TAT----TA---------------A----TTG------T---TTATAACTTGAAAAA-TAAGCTAATA-A---TGAAATAAAAGT-AAAATCTTAGATTGACATGAAATACT-TGGAAAGCCGA--GTAAAGTCAGA-GGAC-TTATTTCCTCTGGATTCA--TATAACG-------CGATAAAA----ACACTATCCTTAGACA--------C------------T-----A--AAA-T--------A--A--AA----TATAGTATACGTTTAAAA----------------------TG-----TAT-CAAAT-ACA-TAA-AA-T----------AATCAAAGTTACA----TATTTCATA--AATATA----ATATATTATTTTGATATAACAG----TATGT-----AATTAACT----TT--GTATTATAATATTTACAAGCAC--ACATGTGA-AA--ATAGTGATTTAGATTATATTAATCAAGTAAAATAATTGTACATTAAGCTG--TAGTAAGTCACATATCTG-TA--GGTTGCACAGACA--CTACCAAAC--CCATAAAGGTAGATTTTTATCC----ATTTAGAAGG
gi|5 : ATCACG----GTATCAATA-A----TTGTCTAT------TAACTGACTACCATAGT-T-T----CACTAAAATA-CCT---A----TTA------TAGTTTATAGGTTGACATAATATGCT-AAA-A---TAAAATA--------------AAAGTGGCATGAATTGCT-CGAAAAGTCCT--GCAAA-TCCG--GGTC-C-ATTT--AC---GGCGA-AT-TAA-GAAACTATCCATAAAA----A--------------A--------TAGTAGTAATTGAT-----T--ATA-T--------A--T--AGTCTTTA-------------AAA----------------------TGTATCAAAT-TAAAT-ATA-TGA-AA-TACTGAAAATCAA---------CA----TATTTCACA--AGTATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TTTCT-----GTGTCATT----ATACATATTACA-------CAACCAC--AAA-------------------AAGGTCACACTTATCATATCTAATCAAAGCACATGGTAC--TATAGTAAATCACATAA-TGATAAGG--TG--TACATATCCTACCAAAA----------TT---TATCATTTC--AAATTTA-----T----GTTTCTTAAC--T--------CCT-TTCT--TGATCCT---ATGATGATT-----TTTAATTTTTTGAACGTTCTCAGGAAGAGCATCCAATGTGACTATACTATTGTAGTAAAAACTTGCCG-ATaatacctacgtccatcatttaattatgatgtgtcctttttaat
gi|6 : CCT---ATCATGATTAATAATTTA-TTGTTTAAACTTTCTCAGGAATAGCATACCATATTATAATACTACTGAAGTAAAAAATTGTCGTAT-ACACTTTGTTGAC-TTT-GGATACATGATAAAATCAATTTACTTTACCATGTCTTACAAGAGTGAACATCA-GAA-CACT-CTGTTAAGTGTTCCATTATATAATATTATGAT-GTTCACTTGTCATAATATATTTCATGCACATGATTTATTTTTTAATTGGTTAGCCCTTTT-TAATAag
gi|7 : -ATGTATTA-AACACAG-C---T----A------A--TTGCATTTTAAAAC-----------GATGATTTAT---CTAA------AAT-AGTGATTG----ATCTACTAT-----T------TTCTA-TG-AACAT------CACAGAATGTCATAATAAATGTAT-CGCAA-C--ATT-CAG-TACATTATCATG----GAA---------------------------AACTGAGTATCTAA-T-T-TAGGTTACTTGAA-AACTT---A----TTA------T---TAAT--------AAAACATGCTAAAACATCTTGAACTATCCAT-AA--GCATGAA---ACAC--AATGCCATAGAAAGCTCA----AA---CTGACAGAC-A-AGT-----TGAAATCA-ATAT---G-------C----AAA----A--------------A--------T------------A-----A--ACA-T--------G--A--AA----T--------------ATA----------------------TG-----A---AATAT-A-ATTAA-AA-A----------AA---------taccaagtttttgaaagtcacgacatttaattggtgttcttggtggaccaataaaaataaatctgataaccttgatttttatcagttgcagtttagattttagtgttatgttaagggcgatacatcaagctgaacaagctaggtaaactgggataagggaattgcaaattacctaata
gi|8 : acatgtGGCATCAGTTAGACA-TT----TTATTCAGTTTACATATCATACAGTATA-TATA--TAT----A--TATAAA--AT-------------GA-ATTTATG--AAAACAGAT---T----AC-----A--TT-------AAAAT-----------GATCATT-------TAA------AAT-AACCATTGACATATACAATATCACAAT------TTGTTATGAA-CAT------CACAGAATATCATTAT-A-----T-CACAATA--GTATACT-TGCCTTATCACA----CTTTTAATCTAT---TT----AA------AAATTGAGTACCTTA-T-A-T----TACTTGCATA-CTT---A----CT------------------TTG-AAAAATAAGTTTAAA-A---TG-AATA--------------AAAGTGACATGAAATGGT-TGGAAAGCCAA--GTGAAGTCGTC-GGAC-TCATTGTCACTGGGGGTACATATAACG-------CAATTCAA----A--------------A--------aggttagatgcctgaaaaataaaaaaaacaaaacaggtattagctaatactattttcaacgttattcatattgtgatgt
gi|9 : tAGGTTGAAAATA-AAACTAAAG-----T-AAACAAAAGTGAA--TCTTAAAGAGACATGAAATGCT-TGTAAAGCTCG--CTGAAGTCGGA-GGATAT-ATTTTTACTGGGACCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------A------------C-----T--ATC-T---------------------------------------------------------------------T-TAGAT-A-C-TAGCAA-T----------AA---------CG----TGTTATATATTAGTCTTTAAAATGAATTACATCGAT------GAAAATAATTAATACAATTCATTTCACAT--ATATCATA--------AATTACTTTGATGC-A-AA--CTATTGC-----------TTAATCAAGTGAAACAAATGGACATGTTAC-------TAGATC---TAT-TG-TA--G--TG--CAAAGATCCTACCAAAATTCC-TAA----------TTGTTCTAAAATTCACAAAtatcagacatattagacattagcaataat
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 1111 11 333333333333333 33333333333333333 1111111 11111111111 111111 666666666666666666666666666666666666 111111 222222222 11111111111111111111 1111 5555555555555555555555555555555 222222 333333333333 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1111 11111111111 11111 1111 1111111 11111111 2222 111111111 11 2222222222222222 1111 3333333333333 222 111 11111 1 1 1 1 22222 8888888888888888888 44444444444 222222222222 222 33
lowQualScore : 5 77777 1 6 7777 8 11 111111111111111 3 99 99 5 0 4 44444444444444444 55 3333333 99999999999 777 222222 4 44 222222222222222222222222222222222222 222222 2 444444444 4 66 4 8888 1 1 99999999999999999999 4 4 4 2222 5555555555555555555555555555555 1 888 66 2 5 99999 0 6 2 555555 11 0 3 0 88 0 0 66 999999999999 1 4 3333333 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222 1 77 2 2222 55555555555 22222 3 3 0000 66 6666666 1 77 55555555 22 0 1 1 0 222 5555 0 1 2 6 6 777777777 0 1 55 6666666666666666 11 1 1 888 3 0 7777 8888888888888 8 666 1 111 66666 3 1 5 22 0 8 6 0 0 0 0 0 0 0 1 11111 0 9999999999999999999 00000000000 888888888888 111 11
lowQualScore : . ..... . . .... . .. ............... . .. .. . . . ................. .. ....... ........... ... ...... . .. .................................... ...... . ......... . .. . .... . . .................... . . . .... ............................... . ... .. . . ..... . . . ...... .. . . . .. . . .. ............ . . ....... . ..................................................................................................................................................................... .... . .. . .... ........... ..... . . .... .. ....... . .. ........ .. . . . . ... .... . . . . . ......... . . .. ................ .. . . ... . . .... ............. . ... . ... ..... . . . .. . . . . . . . . . . . ..... . ................... ........... ............ ... ..
lowQualScore : 0 00000 0 7 0000 0 00 000000000000000 5 22 22 0 1 4 77777777777777777 55 0000000 00000000000 888 888888 4 44 888888888888888888888888888888888888 888888 0 111111111 4 11 4 5555 0 1 88888888888888888888 0 0 0 5555 4444444444444444444444444444444 4 000 44 3 9 33333 7 0 0 333333 44 5 6 5 66 4 5 22 777777777777 4 0 0000000 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 7 99 1 1111 00000000000 55555 6 4 6666 99 2222222 0 99 77777777 11 3 0 0 8 555 2222 5 0 5 7 7 777777777 8 0 77 9999999999999999 77 3 0 777 9 5 0000 4444444444444 0 666 0 777 77777 2 0 0 44 6 0 7 0 0 0 2 0 8 7 0 00000 7 7777777777777777777 33333333333 777777777777 333 00
consensus : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACAT-ATAT--ATTT--ACAAA-ATTTATGA-AAAACAG-C---T----A------A--TT-------AAAAT-----------GATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC-TC-TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
Reference ( family-4464 ) : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACAT-ATAT--ATTT--ACAAA-ATTTATGA-AAAACAG-C---T----A------A--TT-------AAAAT-----------GATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC-T--TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
gi|1 : TTTGCACATAT-----GTCGTTAAATAGATAGTT----TTATGTAACATATATGACATACATTATA-TATA--TATA---AATTATATAT-ATAT--GTTTTAACAAAGAATTCTGA-AAAACAG----------A------A--TT-------TAAAT-----------GATCGTTTAT---CTGA------AAT-AATTATTG----AAATAATAT-----T------TTCTT-TGTA-CGT------CATAGAATGTCATTATAAATGTTT-CACAA-A--ATTTCAG-TAGCTTATCACA----GCATTAATC-C----TT----AC------AAATTGTGTATCTTA-T-T-T----TACTCGAA-AACTT---A----TTG------T---TCATATGTTGAAAAAATAAGCTACAA-A---TGAAATAGAAGTGAA--CCTTAAAGTGACTTGAAAAACT-TGGAAAAACCAA-GTAAGGTCAGG-GGAC-TTATTTCCACTGGGGTCA-ATATAACG-------TGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--AAA-T--------A--A--AA----TA-------------AGA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TCA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--ACTTTT----ATGAATTGCTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATAGTATA-------CAATCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATAAATCAAGTTAAATTAATGTGTTTTGCACTCTATAATTATTTACAAAT-TG-CA--G--AC--CAAAAA--TTACCAAAA--CCGTAAAGGT---TAGTTATAC--AAGTTTAGAAAAT----GTTTCTTAAT-TT--------CCTATTCTTATGAACAT---ATCATGCTT-----TTTAATTGTCTTGATTTTCTCAGGTA-AGCATTCCATGTGATTATACCATTGTCGTTAAACGTTGTCG-ATGACACATTGTTGACTTTT-GGA-ATATAA-AAATTAAATTTACTTTTCCATGTCGTAAAAGAGTGAACATCTGG-A-CACT-T-G------------T--CATAATA-T------------TTTTC------------ATGCACATGATTCA-TTTCTAATTGTTTGACTCTGTCA-AATA
gi|10 : tAAGTATAAAT-GA--CATGAAAGTGACATGAAATGCT-TGGATAGCCCA--GTAACATCCGG-G-----------CAC---------ATATAAAG-------CGATTAAA----A--------------AAAAGCATCC------------T-----TCGACACT--------A--AC-AA----TA-------------GAAAATGGTATTATTCAGTTAACACTG-----AATCAGAAG-A-A-TAA-AA-TATCAAAAA--AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACC----T------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATTATA-------CAAagacgaaaagcatagtcaaactgccattgaatgatggaatttcaaagcatttttctaatattaaactcaagaacactatt
gi|11 : atcattcacgatttaaaggagtaatatcattctataacactgagaaataatcggataatggagcgtaagatgtgtttttatAA-ATTTAAGAGAAAACAG-CGTAT----A------ACATA-------AAAAT-----------GATCATTTTC---CTAA------AAC-AGTTATTG----ATATGA------------------------A-CAT------CATAGAATGTCATTAT-A-----T-CAGAA-A--CTTCCAG-TACCTTATCACAATATGAATTAACC-A----TT----AC------AAATTGAATACCTTA-T-T-T----TACCTGAA-ATCTT---AACATTTATGATATT---TCATAAGTTG-AAAAATAAGCTTAAA-A---TGAAATAAAAGT-tgagtata
gi|12 : AATTGAGTACATTA-T-T-T----TACTCAAATA-CTTCTTA----TTAAAAT--T---TTACAAGTTGAAAAAA-------GAA-A---TGAAATAAAA-T-----TCTGAAAGTGACATGGAATGCT-TAGAAAGCCCA--GTAAAGTCC--------------------GGGCCC-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------t
gi|13 : ttaccatag------A--TT-------AAAAT-----------GAGCATTTGT---GTAA------AAC--CTCATTG----AT-CA-----------------TCTA-CA-A-TAT------CAT---ATGCTATGACAA-----T-CACAG-AACATTTCAG-TACCTT-T--CA----GTATTTATC-ACTATTT----AA------AAATTATGCACCTTA-T-T-TC---TACTTTCA-A---T---A----ATA------T---TTATagcatcattcgacattagcaatag
gi|14 : gaacatgtaacTGTTGAC-TTT-GGA-ACAAAC-ATATTGAATTTACTTTACCGTGTCCTAACATAGTGAACATCT-G-ACCGCTAC-GT---GCATTTT-TC-TATAATG-TATGACGG-CCACTTTTCATAATACATTTAATGCACATGGTTCG--TTCTAATTATTTAACCTTGt
gi|15 : ATGA-AAA-CAA-T---T----AC-----A--TT-------GAAAT-----------GATCATTTATAATCTAA------GAT-AAGCATTGCTCAATACAATAT-----CACAATATGCTC-TG-GGCAT------CACAGAAGGTCAATAT-A-----T-CTTAG-A--ATTTCAGTTACCTTGGCACA----G
gi|16 : aTT----TTATTCAGCATACATGTCATGCAGCATATTATACGCATAATTA--TATACATAATATAGATTG--ACAGA-ATTTATAA-AAAATAG-C---T----AATTCACA--TT-------AAAAT-----------GA
gi|17 : AAA--CTATAAAAT--TAATAAAGTT---TATTTGTGC--AAGATTAGAAAGT----GTTTCTCGA--TT--------TTT-TTCT--TGACCCTATAATCATGATT-----TT---TTGTT--GACTTagatgaccattggca
gi|18 : TTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATAATA-------CAAGCAT--AGATGC-A-AAC-ATACTGCTTAAGGTTACATGAATCAAGTTAAA
gi|19 : TTCTCCGGAAGAACATTCCTTGTGATTATACTATTGAAATAAAACGTTGCCG-Acttgttgttgact
gi|2 : ----TTATCAAGCATACATGTCATATCGTATA-TATT--TACAT--A--TTTACA----AT--ATTT--ACGAA-ACCTAT-------CTC-T---T----AC-----A--TT-------AAAAT-----------GATCAAATAT---CTAACAAAAAAAC-AA-CATCGGTCTATACAATAT-----T------ATCTT-T------T------CATATA-------TATAA-----TTCACAC-A--GTGTCCG-TATCTTATCACA----GAACAAATC-A----TT----ATTTCAAGAAATTGAGTACCATA-TAT-T----TACTT-----------------CCA------T---TCGTAGTTTGATAAATTTAGCTAAAA-A---TAAAATAAAAGTGAA--TCTTAAAGTGACAT---------TG-AAAGTCCC--GTATGGTCCGA-GGGTGC-ATTTCCACCGGGGTTC-ATATAACG-------CAATTAAA----T--------------A--------T------------TATTTGT--AAA-C--------ACTATCAA----TA-------------ATA----------------------TG-----TAT-AACATTA-A-TAG-AG-TT---------AA---------CAAGTCTGTTTCACA--AAAATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATGT-----GTGTAATT----AT--ATATTATA-------CAAGCAC--AGGTG--A-GACTATATTGGTTAAGGTTACATTATTCAAGTGAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNAATGTTTATTTACTCCT-TTTT--TGAACCT---GTCATGA-A-----TTTAATTGTTTGGACTTTCCCAGGAAGGGTATTTCATGTGCCTATACTTTTATTGTGAAAAGTTGTCG-AAGACACATTGTTGAC-TTTGGGA-AAATAA-AAATTAGA
gi|20 : agCACAAAATGCT-TAGAAAGCCCGGTGTAAAGTCCGA-GGACTT-ATTCCCaagttaattattatttttc
gi|3 : gcTTTGTA-ATATCTTAAGGCGTTATATAGATAGTTGGTTTTAATCAGCATATATGTCATACAGAATA-TATA--AATA---A-------AT-ATTT--ATTT--TCAAA-ATCTATGA-AAAA--G-C---T----A------A--TT-------ATAATATTAATAAGTTGATCATTTAT---CTAA------AAT-AATTATT---------AATCT-----G------TTCGT-TA-A-CATGAATAATACAGAATGTCATTATAA-------CACAA-A--ATGCAAG-TACCTTTTGACA----GCATTAATT-A----TT----AC------AAAATGAGTACCTTA-T-T-T----T-CTTGAA-----T---A----CT-----------TCA----------AAATTAG----------------TAAAAGT-----TCGTCA-GT----TGAAA--------AAAGACCA--GTAAAGTCCGA-AGAC---------A--GGGACCA-TCA-AGCG-------CGATTAAACAGAG--------------A--------C------------A-----T--ATA-TTATCCTTTA--A--AA----TGTATC---------AAA----------------------TT-----AAT-AAAAA-A-A-TAA-AAAT----------AA---------AA----ATTTTCA------TATT----ATAAATTACTTTGAT------G----TATTT-----A----ATT----AT--ATATTATC-------CAAACAA--AGATAT-AGAA--ATATTGCTTGAGATTACATTACTCATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNCGTTTCCTAAC-TT---------CT-TTCTTA--AACTT---ATCTTGATT-----TTTAATTGTTTGAACTT
gi|4 : ccgtagAT--ATTT--AAACA-ACTTATGA-AAAACAG-C---TTATTAT-----A--TT-------AAAAG-----------TATCCTTTAT---CTAA------AATTAAT-ATAG----ATTCT-TAC-----T------AGCATATG-AACAT------CACATAATGTCAT----A-----T-CACAA-A--CTTTCAG-TACCTTATAGCA----GAACAAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTA----A-T-TAT----TA---------------A----TTG------T---TTATAACTTGAAAAA-TAAGCTAATA-A---TGAAATAAAAGT-AAAATCTTAGATTGACATGAAATACT-TGGAAAGCCGA--GTAAAGTCAGA-GGAC-TTATTTCCTCTGGATTCA--TATAACG-------CGATAAAA----ACACTATCCTTAGACA--------C------------T-----A--AAA-T--------A--A--AA----TATAGTATACGTTTAAAA----------------------TG-----TAT-CAAAT-ACA-TAA-AA-T----------AATCAAAGTTACA----TATTTCATA--AATATA----ATATATTATTTTGATATAACAG----TATGT-----AATTAACT----TT--GTATTATAATATTTACAAGCAC--ACATGTGA-AA--ATAGTGATTTAGATTATATTAATCAAGTAAAATAATTGTACATTAAGCTG--TAGTAAGTCACATATCTG-TA--GGTTGCACAGACA--CTACCAAAC--CCATAAAGGTAGATTTTTATCC----ATTTAGAAGG
gi|5 : ATCACG----GTATCAATA-A----TTGTCTAT------TAACTGACTACCATAGT-T-T----CACTAAAATA-CCT---A----TTA------TAGTTTATAGGTTGACATAATATGCT-AAA-A---TAAAATA--------------AAAGTGGCATGAATTGCT-CGAAAAGTCCT--GCAAA-TCCG--GGTC-C-ATTT--AC---GGCGA-AT-TAA-GAAACTATCCATAAAA----A--------------A--------TAGTAGTAATTGAT-----T--ATA-T--------A--T--AGTCTTTA-------------AAA----------------------TGTATCAAAT-TAAAT-ATA-TGA-AA-TACTGAAAATCAA---------CA----TATTTCACA--AGTATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TTTCT-----GTGTCATT----ATACATATTACA-------CAACCAC--AAA-------------------AAGGTCACACTTATCATATCTAATCAAAGCACATGGTAC--TATAGTAAATCACATAA-TGATAAGG--TG--TACATATCCTACCAAAA----------TT---TATCATTTC--AAATTTA-----T----GTTTCTTAAC--T--------CCT-TTCT--TGATCCT---ATGATGATT-----TTTAATTTTTTGAACGTTCTCAGGAAGAGCATCCAATGTGACTATACTATTGTAGTAAAAACTTGCCG-ATaatacctacgtccatcatttaattatgatgtgtcctttttaat
gi|6 : CCT---ATCATGATTAATAATTTA-TTGTTTAAACTTTCTCAGGAATAGCATACCATATTATAATACTACTGAAGTAAAAAATTGTCGTAT-ACACTTTGTTGAC-TTT-GGATACATGATAAAATCAATTTACTTTACCATGTCTTACAAGAGTGAACATCA-GAA-CACT-CTGTTAAGTGTTCCATTATATAATATTATGAT-GTTCACTTGTCATAATATATTTCATGCACATGATTTATTTTTTAATTGGTTAGCCCTTTT-TAATAag
gi|7 : -ATGTATTA-AACACAG-C---T----A------A--TTGCATTTTAAAAC-----------GATGATTTAT---CTAA------AAT-AGTGATTG----ATCTACTAT-----T------TTCTA-TG-AACAT------CACAGAATGTCATAATAAATGTAT-CGCAA-C--ATT-CAG-TACATTATCATG----GAA---------------------------AACTGAGTATCTAA-T-T-TAGGTTACTTGAA-AACTT---A----TTA------T---TAAT--------AAAACATGCTAAAACATCTTGAACTATCCAT-AA--GCATGAA---ACAC--AATGCCATAGAAAGCTCA----AA---CTGACAGAC-A-AGT-----TGAAATCA-ATAT---G-------C----AAA----A--------------A--------T------------A-----A--ACA-T--------G--A--AA----T--------------ATA----------------------TG-----A---AATAT-A-ATTAA-AA-A----------AA---------taccaagtttttgaaagtcacgacatttaattggtgttcttggtggaccaataaaaataaatctgataaccttgatttttatcagttgcagtttagattttagtgttatgttaagggcgatacatcaagctgaacaagctaggtaaactgggataagggaattgcaaattacctaata
gi|8 : acatgtGGCATCAGTTAGACA-TT----TTATTCAGTTTACATATCATACAGTATA-TATA--TAT----A--TATAAA--AT-------------GA-ATTTATG--AAAACAGAT---T----AC-----A--TT-------AAAAT-----------GATCATT-------TAA------AAT-AACCATTGACATATACAATATCACAAT------TTGTTATGAA-CAT------CACAGAATATCATTAT-A-----T-CACAATA--GTATACT-TGCCTTATCACA----CTTTTAATCTAT---TT----AA------AAATTGAGTACCTTA-T-A-T----TACTTGCATA-CTT---A----CT------------------TTG-AAAAATAAGTTTAAA-A---TG-AATA--------------AAAGTGACATGAAATGGT-TGGAAAGCCAA--GTGAAGTCGTC-GGAC-TCATTGTCACTGGGGGTACATATAACG-------CAATTCAA----A--------------A--------aggttagatgcctgaaaaataaaaaaaacaaaacaggtattagctaatactattttcaacgttattcatattgtgatgt
gi|9 : tAGGTTGAAAATA-AAACTAAAG-----T-AAACAAAAGTGAA--TCTTAAAGAGACATGAAATGCT-TGTAAAGCTCG--CTGAAGTCGGA-GGATAT-ATTTTTACTGGGACCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------A------------C-----T--ATC-T---------------------------------------------------------------------T-TAGAT-A-C-TAGCAA-T----------AA---------CG----TGTTATATATTAGTCTTTAAAATGAATTACATCGAT------GAAAATAATTAATACAATTCATTTCACAT--ATATCATA--------AATTACTTTGATGC-A-AA--CTATTGC-----------TTAATCAAGTGAAACAAATGGACATGTTAC-------TAGATC---TAT-TG-TA--G--TG--CAAAGATCCTACCAAAATTCC-TAA----------TTGTTCTAAAATTCACAAAtatcagacatattagacattagcaataat
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 1111 11 333333333333333 33333333333333333 1111111 11111111111 111111 666666666666666666666666666666666666 111111 222222222 11111111111111111111 1111 5555555555555555555555555555555 222222 333333333333 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1111 11111111111 11111 1111 1111111 11111111 2222 111111111 11 2222222222222222 1111 3333333333333 222 111 11111 1 1 1 1 22222 6666666666666666666 44444444444 222222222222 222 33
lowQualScore : 5 77777 1 6 7777 8 11 111111111111111 3 99 99 5 0 4 44444444444444444 55 3333333 99999999999 777 222222 4 44 222222222222222222222222222222222222 222222 2 444444444 4 66 4 8888 1 1 99999999999999999999 4 4 4 2222 5555555555555555555555555555555 1 888 66 2 5 99999 0 6 2 555555 11 0 3 0 88 0 0 66 999999999999 1 4 3333333 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222 1 77 2 2222 55555555555 22222 3 3 0000 66 6666666 1 77 55555555 22 0 1 1 0 222 5555 0 1 2 6 6 777777777 0 1 55 6666666666666666 11 1 1 888 3 0 7777 8888888888888 8 666 1 111 66666 3 1 5 22 0 8 6 0 0 0 0 0 0 0 1 11111 0 9999999999999999999 00000000000 888888888888 111 11
lowQualScore : . ..... . . .... . .. ............... . .. .. . . . ................. .. ....... ........... ... ...... . .. .................................... ...... . ......... . .. . .... . . .................... . . . .... ............................... . ... .. . . ..... . . . ...... .. . . . .. . . .. ............ . . ....... . ..................................................................................................................................................................... .... . .. . .... ........... ..... . . .... .. ....... . .. ........ .. . . . . ... .... . . . . . ......... . . .. ................ .. . . ... . . .... ............. . ... . ... ..... . . . .. . . . . . . . . . . . ..... . ................... ........... ............ ... ..
lowQualScore : 0 00000 0 7 0000 0 00 000000000000000 5 22 22 0 1 4 77777777777777777 55 0000000 00000000000 888 888888 4 44 888888888888888888888888888888888888 888888 0 111111111 4 11 4 5555 0 1 88888888888888888888 0 0 0 5555 4444444444444444444444444444444 4 000 44 3 9 33333 7 0 0 333333 44 5 6 5 66 4 5 22 777777777777 4 0 0000000 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 7 99 1 1111 00000000000 55555 6 4 6666 99 2222222 0 99 77777777 11 3 0 0 8 555 2222 5 0 5 7 7 777777777 8 0 77 9999999999999999 77 3 0 777 9 5 0000 4444444444444 0 666 0 777 77777 2 0 0 44 6 0 7 0 0 0 2 0 8 7 0 00000 7 7777777777777777777 33333333333 777777777777 333 00
consensus : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACAT-ATAT--ATTT--ACAAA-ATTTATGA-AAAACAG-C---T----A------A--TT-------AAAAT-----------GATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC--T-TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
Reference ( family-4464 ) : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACAT-ATAT--ATTT--ACAAA-ATTTATGA-AAAACAG-C---T----A------A--TT-------AAAAT-----------GATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC--TCTATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
gi|1 : TTTGCACATAT-----GTCGTTAAATAGATAGTT----TTATGTAACATATATGACATACATTATA-TATA--TATA---AATTATATAT-ATAT--GTTTTAACAAAGAATTCTGA-AAAACAG----------A------A--TT-------TAAAT-----------GATCGTTTAT---CTGA------AAT-AATTATTG----AAATAATAT-----T------TTCTT-TGTA-CGT------CATAGAATGTCATTATAAATGTTT-CACAA-A--ATTTCAG-TAGCTTATCACA----GCATTAATC-C----TT----AC------AAATTGTGTATCTTA-T-T-T----TACTCGAA-AACTT---A----TTG------T---TCATATGTTGAAAAAATAAGCTACAA-A---TGAAATAGAAGTGAA--CCTTAAAGTGACTTGAAAAACT-TGGAAAAACCAA-GTAAGGTCAGG-GGAC-TTATTTCCACTGGGGTCA-ATATAACG-------TGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--AAA-T--------A--A--AA----TA-------------AGA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TCA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--ACTTTT----ATGAATTGCTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATAGTATA-------CAATCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATAAATCAAGTTAAATTAATGTGTTTTGCACTCTATAATTATTTACAAAT-TG-CA--G--AC--CAAAAA--TTACCAAAA--CCGTAAAGGT---TAGTTATAC--AAGTTTAGAAAAT----GTTTCTTAAT-TT--------CCTATTCTTATGAACAT---ATCATGCTT-----TTTAATTGTCTTGATTTTCTCAGGTA-AGCATTCCATGTGATTATACCATTGTCGTTAAACGTTGTCG-ATGACACATTGTTGACTTTT-GGA-ATATAA-AAATTAAATTTACTTTTCCATGTCGTAAAAGAGTGAACATCTGG-A-CACT-T-GT--------------CATAATA-T------------TTTTC------------ATGCACATGATTCA-TTTCTAATTGTTTGACTCTGTCA-AATA
gi|10 : tAAGTATAAAT-GA--CATGAAAGTGACATGAAATGCT-TGGATAGCCCA--GTAACATCCGG-G-----------CAC---------ATATAAAG-------CGATTAAA----A--------------AAAAGCATCC------------T-----TCGACACT--------A--AC-AA----TA-------------GAAAATGGTATTATTCAGTTAACACTG-----AATCAGAAG-A-A-TAA-AA-TATCAAAAA--AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACC----T------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATTATA-------CAAagacgaaaagcatagtcaaactgccattgaatgatggaatttcaaagcatttttctaatattaaactcaagaacactatt
gi|11 : atcattcacgatttaaaggagtaatatcattctataacactgagaaataatcggataatggagcgtaagatgtgtttttatAA-ATTTAAGAGAAAACAG-CGTAT----A------ACATA-------AAAAT-----------GATCATTTTC---CTAA------AAC-AGTTATTG----ATATGA------------------------A-CAT------CATAGAATGTCATTAT-A-----T-CAGAA-A--CTTCCAG-TACCTTATCACAATATGAATTAACC-A----TT----AC------AAATTGAATACCTTA-T-T-T----TACCTGAA-ATCTT---AACATTTATGATATT---TCATAAGTTG-AAAAATAAGCTTAAA-A---TGAAATAAAAGT-tgagtata
gi|12 : AATTGAGTACATTA-T-T-T----TACTCAAATA-CTTCTTA----TTAAAAT--T---TTACAAGTTGAAAAAA-------GAA-A---TGAAATAAAA-T-----TCTGAAAGTGACATGGAATGCT-TAGAAAGCCCA--GTAAAGTCC--------------------GGGCCC-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------t
gi|13 : ttaccatag------A--TT-------AAAAT-----------GAGCATTTGT---GTAA------AAC--CTCATTG----AT-CA-----------------TCTA-CA-A-TAT------CAT---ATGCTATGACAA-----T-CACAG-AACATTTCAG-TACCTT-T--CA----GTATTTATC-ACTATTT----AA------AAATTATGCACCTTA-T-T-TC---TACTTTCA-A---T---A----ATA------T---TTATagcatcattcgacattagcaatag
gi|14 : gaacatgtaacTGTTGAC-TTT-GGA-ACAAAC-ATATTGAATTTACTTTACCGTGTCCTAACATAGTGAACATCT-G-ACCGCTAC-GT---GCATTTT--TCTATAATG-TATGACGG-CCACTTTTCATAATACATTTAATGCACATGGTTCG--TTCTAATTATTTAACCTTGt
gi|15 : ATGA-AAA-CAA-T---T----AC-----A--TT-------GAAAT-----------GATCATTTATAATCTAA------GAT-AAGCATTGCTCAATACAATAT-----CACAATATGCTC-TG-GGCAT------CACAGAAGGTCAATAT-A-----T-CTTAG-A--ATTTCAGTTACCTTGGCACA----G
gi|16 : aTT----TTATTCAGCATACATGTCATGCAGCATATTATACGCATAATTA--TATACATAATATAGATTG--ACAGA-ATTTATAA-AAAATAG-C---T----AATTCACA--TT-------AAAAT-----------GA
gi|17 : AAA--CTATAAAAT--TAATAAAGTT---TATTTGTGC--AAGATTAGAAAGT----GTTTCTCGA--TT--------TTT-TTCT--TGACCCTATAATCATGATT-----TT---TTGTT--GACTTagatgaccattggca
gi|18 : TTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATAATA-------CAAGCAT--AGATGC-A-AAC-ATACTGCTTAAGGTTACATGAATCAAGTTAAA
gi|19 : TTCTCCGGAAGAACATTCCTTGTGATTATACTATTGAAATAAAACGTTGCCG-Acttgttgttgact
gi|2 : ----TTATCAAGCATACATGTCATATCGTATA-TATT--TACAT--A--TTTACA----AT--ATTT--ACGAA-ACCTAT-------CTC-T---T----AC-----A--TT-------AAAAT-----------GATCAAATAT---CTAACAAAAAAAC-AA-CATCGGTCTATACAATAT-----T------ATCTT-T------T------CATATA-------TATAA-----TTCACAC-A--GTGTCCG-TATCTTATCACA----GAACAAATC-A----TT----ATTTCAAGAAATTGAGTACCATA-TAT-T----TACTT-----------------CCA------T---TCGTAGTTTGATAAATTTAGCTAAAA-A---TAAAATAAAAGTGAA--TCTTAAAGTGACAT---------TG-AAAGTCCC--GTATGGTCCGA-GGGTGC-ATTTCCACCGGGGTTC-ATATAACG-------CAATTAAA----T--------------A--------T------------TATTTGT--AAA-C--------ACTATCAA----TA-------------ATA----------------------TG-----TAT-AACATTA-A-TAG-AG-TT---------AA---------CAAGTCTGTTTCACA--AAAATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATGT-----GTGTAATT----AT--ATATTATA-------CAAGCAC--AGGTG--A-GACTATATTGGTTAAGGTTACATTATTCAAGTGAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNAATGTTTATTTACTCCT-TTTT--TGAACCT---GTCATGA-A-----TTTAATTGTTTGGACTTTCCCAGGAAGGGTATTTCATGTGCCTATACTTTTATTGTGAAAAGTTGTCG-AAGACACATTGTTGAC-TTTGGGA-AAATAA-AAATTAGA
gi|20 : agCACAAAATGCT-TAGAAAGCCCGGTGTAAAGTCCGA-GGACTT-ATTCCCaagttaattattatttttc
gi|3 : gcTTTGTA-ATATCTTAAGGCGTTATATAGATAGTTGGTTTTAATCAGCATATATGTCATACAGAATA-TATA--AATA---A-------AT-ATTT--ATTT--TCAAA-ATCTATGA-AAAA--G-C---T----A------A--TT-------ATAATATTAATAAGTTGATCATTTAT---CTAA------AAT-AATTATT---------AATCT-----G------TTCGT-TA-A-CATGAATAATACAGAATGTCATTATAA-------CACAA-A--ATGCAAG-TACCTTTTGACA----GCATTAATT-A----TT----AC------AAAATGAGTACCTTA-T-T-T----T-CTTGAA-----T---A----CT-----------TCA----------AAATTAG----------------TAAAAGT-----TCGTCA-GT----TGAAA--------AAAGACCA--GTAAAGTCCGA-AGAC---------A--GGGACCA-TCA-AGCG-------CGATTAAACAGAG--------------A--------C------------A-----T--ATA-TTATCCTTTA--A--AA----TGTATC---------AAA----------------------TT-----AAT-AAAAA-A-A-TAA-AAAT----------AA---------AA----ATTTTCA------TATT----ATAAATTACTTTGAT------G----TATTT-----A----ATT----AT--ATATTATC-------CAAACAA--AGATAT-AGAA--ATATTGCTTGAGATTACATTACTCATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNCGTTTCCTAAC-TT---------CT-TTCTTA--AACTT---ATCTTGATT-----TTTAATTGTTTGAACTT
gi|4 : ccgtagAT--ATTT--AAACA-ACTTATGA-AAAACAG-C---TTATTAT-----A--TT-------AAAAG-----------TATCCTTTAT---CTAA------AATTAAT-ATAG----ATTCT-TAC-----T------AGCATATG-AACAT------CACATAATGTCAT----A-----T-CACAA-A--CTTTCAG-TACCTTATAGCA----GAACAAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTA----A-T-TAT----TA---------------A----TTG------T---TTATAACTTGAAAAA-TAAGCTAATA-A---TGAAATAAAAGT-AAAATCTTAGATTGACATGAAATACT-TGGAAAGCCGA--GTAAAGTCAGA-GGAC-TTATTTCCTCTGGATTCA--TATAACG-------CGATAAAA----ACACTATCCTTAGACA--------C------------T-----A--AAA-T--------A--A--AA----TATAGTATACGTTTAAAA----------------------TG-----TAT-CAAAT-ACA-TAA-AA-T----------AATCAAAGTTACA----TATTTCATA--AATATA----ATATATTATTTTGATATAACAG----TATGT-----AATTAACT----TT--GTATTATAATATTTACAAGCAC--ACATGTGA-AA--ATAGTGATTTAGATTATATTAATCAAGTAAAATAATTGTACATTAAGCTG--TAGTAAGTCACATATCTG-TA--GGTTGCACAGACA--CTACCAAAC--CCATAAAGGTAGATTTTTATCC----ATTTAGAAGG
gi|5 : ATCACG----GTATCAATA-A----TTGTCTAT------TAACTGACTACCATAGT-T-T----CACTAAAATA-CCT---A----TTA------TAGTTTATAGGTTGACATAATATGCT-AAA-A---TAAAATA--------------AAAGTGGCATGAATTGCT-CGAAAAGTCCT--GCAAA-TCCG--GGTC-C-ATTT--AC---GGCGA-AT-TAA-GAAACTATCCATAAAA----A--------------A--------TAGTAGTAATTGAT-----T--ATA-T--------A--T--AGTCTTTA-------------AAA----------------------TGTATCAAAT-TAAAT-ATA-TGA-AA-TACTGAAAATCAA---------CA----TATTTCACA--AGTATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TTTCT-----GTGTCATT----ATACATATTACA-------CAACCAC--AAA-------------------AAGGTCACACTTATCATATCTAATCAAAGCACATGGTAC--TATAGTAAATCACATAA-TGATAAGG--TG--TACATATCCTACCAAAA----------TT---TATCATTTC--AAATTTA-----T----GTTTCTTAAC--T--------CCT-TTCT--TGATCCT---ATGATGATT-----TTTAATTTTTTGAACGTTCTCAGGAAGAGCATCCAATGTGACTATACTATTGTAGTAAAAACTTGCCG-ATaatacctacgtccatcatttaattatgatgtgtcctttttaat
gi|6 : CCT---ATCATGATTAATAATTTA-TTGTTTAAACTTTCTCAGGAATAGCATACCATATTATAATACTACTGAAGTAAAAAATTGTCGTAT-ACACTTTGTTGAC-TTT-GGATACATGATAAAATCAATTTACTTTACCATGTCTTACAAGAGTGAACATCA-GAA-CACT-CTGTTAAGTGTTCCATTATATAATATTATGAT-GTTCACTTGTCATAATATATTTCATGCACATGATTTATTTTTTAATTGGTTAGCCCTTTT-TAATAag
gi|7 : -ATGTATTA-AACACAG-C---T----A------A--TTGCATTTTAAAAC-----------GATGATTTAT---CTAA------AAT-AGTGATTG----ATCTACTAT-----T------TTCTA-TG-AACAT------CACAGAATGTCATAATAAATGTAT-CGCAA-C--ATT-CAG-TACATTATCATG----GAA---------------------------AACTGAGTATCTAA-T-T-TAGGTTACTTGAA-AACTT---A----TTA------T---TAAT--------AAAACATGCTAAAACATCTTGAACTATCCAT-AA--GCATGAA---ACAC--AATGCCATAGAAAGCTCA----AA---CTGACAGAC-A-AGT-----TGAAATCA-ATAT---G-------C----AAA----A--------------A--------T------------A-----A--ACA-T--------G--A--AA----T--------------ATA----------------------TG-----A---AATAT-A-ATTAA-AA-A----------AA---------taccaagtttttgaaagtcacgacatttaattggtgttcttggtggaccaataaaaataaatctgataaccttgatttttatcagttgcagtttagattttagtgttatgttaagggcgatacatcaagctgaacaagctaggtaaactgggataagggaattgcaaattacctaata
gi|8 : acatgtGGCATCAGTTAGACA-TT----TTATTCAGTTTACATATCATACAGTATA-TATA--TAT----A--TATAAA--AT-------------GA-ATTTATG--AAAACAGAT---T----AC-----A--TT-------AAAAT-----------GATCATT-------TAA------AAT-AACCATTGACATATACAATATCACAAT------TTGTTATGAA-CAT------CACAGAATATCATTAT-A-----T-CACAATA--GTATACT-TGCCTTATCACA----CTTTTAATCTAT---TT----AA------AAATTGAGTACCTTA-T-A-T----TACTTGCATA-CTT---A----CT------------------TTG-AAAAATAAGTTTAAA-A---TG-AATA--------------AAAGTGACATGAAATGGT-TGGAAAGCCAA--GTGAAGTCGTC-GGAC-TCATTGTCACTGGGGGTACATATAACG-------CAATTCAA----A--------------A--------aggttagatgcctgaaaaataaaaaaaacaaaacaggtattagctaatactattttcaacgttattcatattgtgatgt
gi|9 : tAGGTTGAAAATA-AAACTAAAG-----T-AAACAAAAGTGAA--TCTTAAAGAGACATGAAATGCT-TGTAAAGCTCG--CTGAAGTCGGA-GGATAT-ATTTTTACTGGGACCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------A------------C-----T--ATC-T---------------------------------------------------------------------T-TAGAT-A-C-TAGCAA-T----------AA---------CG----TGTTATATATTAGTCTTTAAAATGAATTACATCGAT------GAAAATAATTAATACAATTCATTTCACAT--ATATCATA--------AATTACTTTGATGC-A-AA--CTATTGC-----------TTAATCAAGTGAAACAAATGGACATGTTAC-------TAGATC---TAT-TG-TA--G--TG--CAAAGATCCTACCAAAATTCC-TAA----------TTGTTCTAAAATTCACAAAtatcagacatattagacattagcaataat
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 1111 11 333333333333333 33333333333333333 1111111 11111111111 111111 666666666666666666666666666666666666 111111 222222222 11111111111111111111 1111 5555555555555555555555555555555 222222 333333333333 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1111 11111111111 11111 1111 1111111 11111111 2222 111111111 11 2222222222222222 1111 3333333333333 222 111 11111 1 1 1 1 22222 8888888888888888888 44444444444 222222222222 222 33
lowQualScore : 5 77777 1 6 7777 8 11 111111111111111 3 99 99 5 0 4 44444444444444444 55 3333333 99999999999 777 222222 4 44 222222222222222222222222222222222222 222222 2 444444444 4 66 4 8888 1 1 99999999999999999999 4 4 4 2222 5555555555555555555555555555555 1 888 66 2 5 99999 0 6 2 555555 11 0 3 0 88 0 0 66 999999999999 1 4 3333333 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222 1 77 2 2222 55555555555 22222 3 3 0000 66 6666666 1 77 55555555 22 0 1 1 0 222 5555 0 1 2 6 6 777777777 0 1 55 6666666666666666 11 1 1 888 3 0 7777 8888888888888 8 666 1 111 66666 3 1 5 22 0 8 6 0 0 0 0 0 0 0 1 11111 0 9999999999999999999 00000000000 888888888888 111 11
lowQualScore : . ..... . . .... . .. ............... . .. .. . . . ................. .. ....... ........... ... ...... . .. .................................... ...... . ......... . .. . .... . . .................... . . . .... ............................... . ... .. . . ..... . . . ...... .. . . . .. . . .. ............ . . ....... . ..................................................................................................................................................................... .... . .. . .... ........... ..... . . .... .. ....... . .. ........ .. . . . . ... .... . . . . . ......... . . .. ................ .. . . ... . . .... ............. . ... . ... ..... . . . .. . . . . . . . . . . . ..... . ................... ........... ............ ... ..
lowQualScore : 0 00000 0 7 0000 0 00 000000000000000 5 22 22 0 1 4 77777777777777777 55 0000000 00000000000 888 888888 4 44 888888888888888888888888888888888888 888888 0 111111111 4 11 4 5555 0 1 88888888888888888888 0 0 0 5555 4444444444444444444444444444444 4 000 44 3 9 33333 7 0 0 333333 44 5 6 5 66 4 5 22 777777777777 4 0 0000000 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 7 99 1 1111 00000000000 55555 6 4 6666 99 2222222 0 99 77777777 11 3 0 0 8 555 2222 5 0 5 7 7 777777777 8 0 77 9999999999999999 77 3 0 777 9 5 0000 4444444444444 0 666 0 777 77777 2 0 0 44 6 0 7 0 0 0 2 0 8 7 0 00000 7 7777777777777777777 33333333333 777777777777 333 00
consensus : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACAT-ATAT--ATTT--ACAAA-ATTTATGA-AAAACAG-C---T----A------A--TT-------AAAAT-----------GATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC-TC-TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
Reference ( family-4464 ) : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACAT-ATAT--ATTT--ACAAA-ATTTATGA-AAAACAG-C---T----A------A--TT-------AAAAT-----------GATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC-T--TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
gi|1 : TTTGCACATAT-----GTCGTTAAATAGATAGTT----TTATGTAACATATATGACATACATTATA-TATA--TATA---AATTATATAT-ATAT--GTTTTAACAAAGAATTCTGA-AAAACAG----------A------A--TT-------TAAAT-----------GATCGTTTAT---CTGA------AAT-AATTATTG----AAATAATAT-----T------TTCTT-TGTA-CGT------CATAGAATGTCATTATAAATGTTT-CACAA-A--ATTTCAG-TAGCTTATCACA----GCATTAATC-C----TT----AC------AAATTGTGTATCTTA-T-T-T----TACTCGAA-AACTT---A----TTG------T---TCATATGTTGAAAAAATAAGCTACAA-A---TGAAATAGAAGTGAA--CCTTAAAGTGACTTGAAAAACT-TGGAAAAACCAA-GTAAGGTCAGG-GGAC-TTATTTCCACTGGGGTCA-ATATAACG-------TGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--AAA-T--------A--A--AA----TA-------------AGA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TCA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--ACTTTT----ATGAATTGCTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATAGTATA-------CAATCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATAAATCAAGTTAAATTAATGTGTTTTGCACTCTATAATTATTTACAAAT-TG-CA--G--AC--CAAAAA--TTACCAAAA--CCGTAAAGGT---TAGTTATAC--AAGTTTAGAAAAT----GTTTCTTAAT-TT--------CCTATTCTTATGAACAT---ATCATGCTT-----TTTAATTGTCTTGATTTTCTCAGGTA-AGCATTCCATGTGATTATACCATTGTCGTTAAACGTTGTCG-ATGACACATTGTTGACTTTT-GGA-ATATAA-AAATTAAATTTACTTTTCCATGTCGTAAAAGAGTGAACATCTGG-A-CACT-T-G------------T--CATAATA-T------------TTTTC------------ATGCACATGATTCA-TTTCTAATTGTTTGACTCTGTCA-AATA
gi|10 : tAAGTATAAAT-GA--CATGAAAGTGACATGAAATGCT-TGGATAGCCCA--GTAACATCCGG-G-----------CAC---------ATATAAAG-------CGATTAAA----A--------------AAAAGCATCC------------T-----TCGACACT--------A--AC-AA----TA-------------GAAAATGGTATTATTCAGTTAACACTG-----AATCAGAAG-A-A-TAA-AA-TATCAAAAA--AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACC----T------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATTATA-------CAAagacgaaaagcatagtcaaactgccattgaatgatggaatttcaaagcatttttctaatattaaactcaagaacactatt
gi|11 : atcattcacgatttaaaggagtaatatcattctataacactgagaaataatcggataatggagcgtaagatgtgtttttatAA-ATTTAAGAGAAAACAG-CGTAT----A------ACATA-------AAAAT-----------GATCATTTTC---CTAA------AAC-AGTTATTG----ATATGA------------------------A-CAT------CATAGAATGTCATTAT-A-----T-CAGAA-A--CTTCCAG-TACCTTATCACAATATGAATTAACC-A----TT----AC------AAATTGAATACCTTA-T-T-T----TACCTGAA-ATCTT---AACATTTATGATATT---TCATAAGTTG-AAAAATAAGCTTAAA-A---TGAAATAAAAGT-tgagtata
gi|12 : AATTGAGTACATTA-T-T-T----TACTCAAATA-CTTCTTA----TTAAAAT--T---TTACAAGTTGAAAAAA-------GAA-A---TGAAATAAAA-T-----TCTGAAAGTGACATGGAATGCT-TAGAAAGCCCA--GTAAAGTCC--------------------GGGCCC-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------t
gi|13 : ttaccatag------A--TT-------AAAAT-----------GAGCATTTGT---GTAA------AAC--CTCATTG----AT-CA-----------------TCTA-CA-A-TAT------CAT---ATGCTATGACAA-----T-CACAG-AACATTTCAG-TACCTT-T--CA----GTATTTATC-ACTATTT----AA------AAATTATGCACCTTA-T-T-TC---TACTTTCA-A---T---A----ATA------T---TTATagcatcattcgacattagcaatag
gi|14 : gaacatgtaacTGTTGAC-TTT-GGA-ACAAAC-ATATTGAATTTACTTTACCGTGTCCTAACATAGTGAACATCT-G-ACCGCTAC-GT---GCATTTT-TC-TATAATG-TATGACGG-CCACTTTTCATAATACATTTAATGCACATGGTTCG--TTCTAATTATTTAACCTTGt
gi|15 : ATGA-AAA-CAA-T---T----AC-----A--TT-------GAAAT-----------GATCATTTATAATCTAA------GAT-AAGCATTGCTCAATACAATAT-----CACAATATGCTC-TG-GGCAT------CACAGAAGGTCAATAT-A-----T-CTTAG-A--ATTTCAGTTACCTTGGCACA----G
gi|16 : aTT----TTATTCAGCATACATGTCATGCAGCATATTATACGCATAATTA--TATACATAATATAGATTG--ACAGA-ATTTATAA-AAAATAG-C---T----AATTCACA--TT-------AAAAT-----------GA
gi|17 : AAA--CTATAAAAT--TAATAAAGTT---TATTTGTGC--AAGATTAGAAAGT----GTTTCTCGA--TT--------TTT-TTCT--TGACCCTATAATCATGATT-----TT---TTGTT--GACTTagatgaccattggca
gi|18 : TTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATAATA-------CAAGCAT--AGATGC-A-AAC-ATACTGCTTAAGGTTACATGAATCAAGTTAAA
gi|19 : TTCTCCGGAAGAACATTCCTTGTGATTATACTATTGAAATAAAACGTTGCCG-Acttgttgttgact
gi|2 : ----TTATCAAGCATACATGTCATATCGTATA-TATT--TACAT--A--TTTACA----AT--ATTT--ACGAA-ACCTAT-------CTC-T---T----AC-----A--TT-------AAAAT-----------GATCAAATAT---CTAACAAAAAAAC-AA-CATCGGTCTATACAATAT-----T------ATCTT-T------T------CATATA-------TATAA-----TTCACAC-A--GTGTCCG-TATCTTATCACA----GAACAAATC-A----TT----ATTTCAAGAAATTGAGTACCATA-TAT-T----TACTT-----------------CCA------T---TCGTAGTTTGATAAATTTAGCTAAAA-A---TAAAATAAAAGTGAA--TCTTAAAGTGACAT---------TG-AAAGTCCC--GTATGGTCCGA-GGGTGC-ATTTCCACCGGGGTTC-ATATAACG-------CAATTAAA----T--------------A--------T------------TATTTGT--AAA-C--------ACTATCAA----TA-------------ATA----------------------TG-----TAT-AACATTA-A-TAG-AG-TT---------AA---------CAAGTCTGTTTCACA--AAAATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATGT-----GTGTAATT----AT--ATATTATA-------CAAGCAC--AGGTG--A-GACTATATTGGTTAAGGTTACATTATTCAAGTGAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNAATGTTTATTTACTCCT-TTTT--TGAACCT---GTCATGA-A-----TTTAATTGTTTGGACTTTCCCAGGAAGGGTATTTCATGTGCCTATACTTTTATTGTGAAAAGTTGTCG-AAGACACATTGTTGAC-TTTGGGA-AAATAA-AAATTAGA
gi|20 : agCACAAAATGCT-TAGAAAGCCCGGTGTAAAGTCCGA-GGACTT-ATTCCCaagttaattattatttttc
gi|3 : gcTTTGTA-ATATCTTAAGGCGTTATATAGATAGTTGGTTTTAATCAGCATATATGTCATACAGAATA-TATA--AATA---A-------AT-ATTT--ATTT--TCAAA-ATCTATGA-AAAA--G-C---T----A------A--TT-------ATAATATTAATAAGTTGATCATTTAT---CTAA------AAT-AATTATT---------AATCT-----G------TTCGT-TA-A-CATGAATAATACAGAATGTCATTATAA-------CACAA-A--ATGCAAG-TACCTTTTGACA----GCATTAATT-A----TT----AC------AAAATGAGTACCTTA-T-T-T----T-CTTGAA-----T---A----CT-----------TCA----------AAATTAG----------------TAAAAGT-----TCGTCA-GT----TGAAA--------AAAGACCA--GTAAAGTCCGA-AGAC---------A--GGGACCA-TCA-AGCG-------CGATTAAACAGAG--------------A--------C------------A-----T--ATA-TTATCCTTTA--A--AA----TGTATC---------AAA----------------------TT-----AAT-AAAAA-A-A-TAA-AAAT----------AA---------AA----ATTTTCA------TATT----ATAAATTACTTTGAT------G----TATTT-----A----ATT----AT--ATATTATC-------CAAACAA--AGATAT-AGAA--ATATTGCTTGAGATTACATTACTCATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNCGTTTCCTAAC-TT---------CT-TTCTTA--AACTT---ATCTTGATT-----TTTAATTGTTTGAACTT
gi|4 : ccgtagAT--ATTT--AAACA-ACTTATGA-AAAACAG-C---TTATTAT-----A--TT-------AAAAG-----------TATCCTTTAT---CTAA------AATTAAT-ATAG----ATTCT-TAC-----T------AGCATATG-AACAT------CACATAATGTCAT----A-----T-CACAA-A--CTTTCAG-TACCTTATAGCA----GAACAAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTA----A-T-TAT----TA---------------A----TTG------T---TTATAACTTGAAAAA-TAAGCTAATA-A---TGAAATAAAAGT-AAAATCTTAGATTGACATGAAATACT-TGGAAAGCCGA--GTAAAGTCAGA-GGAC-TTATTTCCTCTGGATTCA--TATAACG-------CGATAAAA----ACACTATCCTTAGACA--------C------------T-----A--AAA-T--------A--A--AA----TATAGTATACGTTTAAAA----------------------TG-----TAT-CAAAT-ACA-TAA-AA-T----------AATCAAAGTTACA----TATTTCATA--AATATA----ATATATTATTTTGATATAACAG----TATGT-----AATTAACT----TT--GTATTATAATATTTACAAGCAC--ACATGTGA-AA--ATAGTGATTTAGATTATATTAATCAAGTAAAATAATTGTACATTAAGCTG--TAGTAAGTCACATATCTG-TA--GGTTGCACAGACA--CTACCAAAC--CCATAAAGGTAGATTTTTATCC----ATTTAGAAGG
gi|5 : ATCACG----GTATCAATA-A----TTGTCTAT------TAACTGACTACCATAGT-T-T----CACTAAAATA-CCT---A----TTA------TAGTTTATAGGTTGACATAATATGCT-AAA-A---TAAAATA--------------AAAGTGGCATGAATTGCT-CGAAAAGTCCT--GCAAA-TCCG--GGTC-C-ATTT--AC---GGCGA-AT-TAA-GAAACTATCCATAAAA----A--------------A--------TAGTAGTAATTGAT-----T--ATA-T--------A--T--AGTCTTTA-------------AAA----------------------TGTATCAAAT-TAAAT-ATA-TGA-AA-TACTGAAAATCAA---------CA----TATTTCACA--AGTATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TTTCT-----GTGTCATT----ATACATATTACA-------CAACCAC--AAA-------------------AAGGTCACACTTATCATATCTAATCAAAGCACATGGTAC--TATAGTAAATCACATAA-TGATAAGG--TG--TACATATCCTACCAAAA----------TT---TATCATTTC--AAATTTA-----T----GTTTCTTAAC--T--------CCT-TTCT--TGATCCT---ATGATGATT-----TTTAATTTTTTGAACGTTCTCAGGAAGAGCATCCAATGTGACTATACTATTGTAGTAAAAACTTGCCG-ATaatacctacgtccatcatttaattatgatgtgtcctttttaat
gi|6 : CCT---ATCATGATTAATAATTTA-TTGTTTAAACTTTCTCAGGAATAGCATACCATATTATAATACTACTGAAGTAAAAAATTGTCGTAT-ACACTTTGTTGAC-TTT-GGATACATGATAAAATCAATTTACTTTACCATGTCTTACAAGAGTGAACATCA-GAA-CACT-CTGTTAAGTGTTCCATTATATAATATTATGAT-GTTCACTTGTCATAATATATTTCATGCACATGATTTATTTTTTAATTGGTTAGCCCTTTT-TAATAag
gi|7 : -ATGTATTA-AACACAG-C---T----A------A--TTGCATTTTAAAAC-----------GATGATTTAT---CTAA------AAT-AGTGATTG----ATCTACTAT-----T------TTCTA-TG-AACAT------CACAGAATGTCATAATAAATGTAT-CGCAA-C--ATT-CAG-TACATTATCATG----GAA---------------------------AACTGAGTATCTAA-T-T-TAGGTTACTTGAA-AACTT---A----TTA------T---TAAT--------AAAACATGCTAAAACATCTTGAACTATCCAT-AA--GCATGAA---ACAC--AATGCCATAGAAAGCTCA----AA---CTGACAGAC-A-AGT-----TGAAATCA-ATAT---G-------C----AAA----A--------------A--------T------------A-----A--ACA-T--------G--A--AA----T--------------ATA----------------------TG-----A---AATAT-A-ATTAA-AA-A----------AA---------taccaagtttttgaaagtcacgacatttaattggtgttcttggtggaccaataaaaataaatctgataaccttgatttttatcagttgcagtttagattttagtgttatgttaagggcgatacatcaagctgaacaagctaggtaaactgggataagggaattgcaaattacctaata
gi|8 : acatgtGGCATCAGTTAGACA-TT----TTATTCAGTTTACATATCATACAGTATA-TATA--TAT----A--TATAAA--AT-------------GA-ATTTATG--AAAACAGAT---T----AC-----A--TT-------AAAAT-----------GATCATT-------TAA------AAT-AACCATTGACATATACAATATCACAAT------TTGTTATGAA-CAT------CACAGAATATCATTAT-A-----T-CACAATA--GTATACT-TGCCTTATCACA----CTTTTAATCTAT---TT----AA------AAATTGAGTACCTTA-T-A-T----TACTTGCATA-CTT---A----CT------------------TTG-AAAAATAAGTTTAAA-A---TG-AATA--------------AAAGTGACATGAAATGGT-TGGAAAGCCAA--GTGAAGTCGTC-GGAC-TCATTGTCACTGGGGGTACATATAACG-------CAATTCAA----A--------------A--------aggttagatgcctgaaaaataaaaaaaacaaaacaggtattagctaatactattttcaacgttattcatattgtgatgt
gi|9 : tAGGTTGAAAATA-AAACTAAAG-----T-AAACAAAAGTGAA--TCTTAAAGAGACATGAAATGCT-TGTAAAGCTCG--CTGAAGTCGGA-GGATAT-ATTTTTACTGGGACCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------A------------C-----T--ATC-T---------------------------------------------------------------------T-TAGAT-A-C-TAGCAA-T----------AA---------CG----TGTTATATATTAGTCTTTAAAATGAATTACATCGAT------GAAAATAATTAATACAATTCATTTCACAT--ATATCATA--------AATTACTTTGATGC-A-AA--CTATTGC-----------TTAATCAAGTGAAACAAATGGACATGTTAC-------TAGATC---TAT-TG-TA--G--TG--CAAAGATCCTACCAAAATTCC-TAA----------TTGTTCTAAAATTCACAAAtatcagacatattagacattagcaataat
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 1111 11 333333333333333 33333333333333333 1111111 11111111111 111111 666666666666666666666666666666666666 111111 222222222 11111111111111111111 1111 5555555555555555555555555555555 222222 333333333333 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1111 11111111111 11111 1111 1111111 11111111 2222 111111111 11 2222222222222222 1111 3333333333333 222 111 11111 1 1 1 1 22222 6666666666666666666 44444444444 222222222222 222 33
lowQualScore : 5 77777 1 6 7777 8 11 111111111111111 3 99 99 5 0 4 44444444444444444 55 3333333 99999999999 777 222222 4 44 222222222222222222222222222222222222 222222 2 444444444 4 66 4 8888 1 1 99999999999999999999 4 4 4 2222 5555555555555555555555555555555 1 888 66 2 5 99999 0 6 2 555555 11 0 3 0 88 0 0 66 999999999999 1 4 3333333 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222 1 77 2 2222 55555555555 22222 3 3 0000 66 6666666 1 77 55555555 22 0 1 1 0 222 5555 0 1 2 6 6 777777777 0 1 55 6666666666666666 11 1 1 888 3 0 7777 8888888888888 8 666 1 111 66666 3 1 5 22 0 8 6 0 0 0 0 0 0 0 1 11111 0 9999999999999999999 00000000000 888888888888 111 11
lowQualScore : . ..... . . .... . .. ............... . .. .. . . . ................. .. ....... ........... ... ...... . .. .................................... ...... . ......... . .. . .... . . .................... . . . .... ............................... . ... .. . . ..... . . . ...... .. . . . .. . . .. ............ . . ....... . ..................................................................................................................................................................... .... . .. . .... ........... ..... . . .... .. ....... . .. ........ .. . . . . ... .... . . . . . ......... . . .. ................ .. . . ... . . .... ............. . ... . ... ..... . . . .. . . . . . . . . . . . ..... . ................... ........... ............ ... ..
lowQualScore : 0 00000 0 7 0000 0 00 000000000000000 5 22 22 0 1 4 77777777777777777 55 0000000 00000000000 888 888888 4 44 888888888888888888888888888888888888 888888 0 111111111 4 11 4 5555 0 1 88888888888888888888 0 0 0 5555 4444444444444444444444444444444 4 000 44 3 9 33333 7 0 0 333333 44 5 6 5 66 4 5 22 777777777777 4 0 0000000 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 7 99 1 1111 00000000000 55555 6 4 6666 99 2222222 0 99 77777777 11 3 0 0 8 555 2222 5 0 5 7 7 777777777 8 0 77 9999999999999999 77 3 0 777 9 5 0000 4444444444444 0 666 0 777 77777 2 0 0 44 6 0 7 0 0 0 2 0 8 7 0 00000 7 7777777777777777777 33333333333 777777777777 333 00
consensus : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACAT-ATAT--ATTT--ACAAA-ATTTATGA-AAAACAG-C---T----A------A--TT-------AAAAT-----------GATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC--T-TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
Reference ( family-4464 ) : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACAT-ATAT--ATTT--ACAAA-ATTTATGA-AAAACAG-C---T----A------A--TT-------AAAAT-----------GATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC--TCTATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
gi|1 : TTTGCACATAT-----GTCGTTAAATAGATAGTT----TTATGTAACATATATGACATACATTATA-TATA--TATA---AATTATATAT-ATAT--GTTTTAACAAAGAATTCTGA-AAAACAG----------A------A--TT-------TAAAT-----------GATCGTTTAT---CTGA------AAT-AATTATTG----AAATAATAT-----T------TTCTT-TGTA-CGT------CATAGAATGTCATTATAAATGTTT-CACAA-A--ATTTCAG-TAGCTTATCACA----GCATTAATC-C----TT----AC------AAATTGTGTATCTTA-T-T-T----TACTCGAA-AACTT---A----TTG------T---TCATATGTTGAAAAAATAAGCTACAA-A---TGAAATAGAAGTGAA--CCTTAAAGTGACTTGAAAAACT-TGGAAAAACCAA-GTAAGGTCAGG-GGAC-TTATTTCCACTGGGGTCA-ATATAACG-------TGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--AAA-T--------A--A--AA----TA-------------AGA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TCA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--ACTTTT----ATGAATTGCTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATAGTATA-------CAATCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATAAATCAAGTTAAATTAATGTGTTTTGCACTCTATAATTATTTACAAAT-TG-CA--G--AC--CAAAAA--TTACCAAAA--CCGTAAAGGT---TAGTTATAC--AAGTTTAGAAAAT----GTTTCTTAAT-TT--------CCTATTCTTATGAACAT---ATCATGCTT-----TTTAATTGTCTTGATTTTCTCAGGTA-AGCATTCCATGTGATTATACCATTGTCGTTAAACGTTGTCG-ATGACACATTGTTGACTTTT-GGA-ATATAA-AAATTAAATTTACTTTTCCATGTCGTAAAAGAGTGAACATCTGG-A-CACT-T-GT--------------CATAATA-T------------TTTTC------------ATGCACATGATTCA-TTTCTAATTGTTTGACTCTGTCA-AATA
gi|10 : tAAGTATAAAT-GA--CATGAAAGTGACATGAAATGCT-TGGATAGCCCA--GTAACATCCGG-G-----------CAC---------ATATAAAG-------CGATTAAA----A--------------AAAAGCATCC------------T-----TCGACACT--------A--AC-AA----TA-------------GAAAATGGTATTATTCAGTTAACACTG-----AATCAGAAG-A-A-TAA-AA-TATCAAAAA--AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACC----T------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATTATA-------CAAagacgaaaagcatagtcaaactgccattgaatgatggaatttcaaagcatttttctaatattaaactcaagaacactatt
gi|11 : atcattcacgatttaaaggagtaatatcattctataacactgagaaataatcggataatggagcgtaagatgtgtttttatAA-ATTTAAGAGAAAACAG-CGTAT----A------ACATA-------AAAAT-----------GATCATTTTC---CTAA------AAC-AGTTATTG----ATATGA------------------------A-CAT------CATAGAATGTCATTAT-A-----T-CAGAA-A--CTTCCAG-TACCTTATCACAATATGAATTAACC-A----TT----AC------AAATTGAATACCTTA-T-T-T----TACCTGAA-ATCTT---AACATTTATGATATT---TCATAAGTTG-AAAAATAAGCTTAAA-A---TGAAATAAAAGT-tgagtata
gi|12 : AATTGAGTACATTA-T-T-T----TACTCAAATA-CTTCTTA----TTAAAAT--T---TTACAAGTTGAAAAAA-------GAA-A---TGAAATAAAA-T-----TCTGAAAGTGACATGGAATGCT-TAGAAAGCCCA--GTAAAGTCC--------------------GGGCCC-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------t
gi|13 : ttaccatag------A--TT-------AAAAT-----------GAGCATTTGT---GTAA------AAC--CTCATTG----AT-CA-----------------TCTA-CA-A-TAT------CAT---ATGCTATGACAA-----T-CACAG-AACATTTCAG-TACCTT-T--CA----GTATTTATC-ACTATTT----AA------AAATTATGCACCTTA-T-T-TC---TACTTTCA-A---T---A----ATA------T---TTATagcatcattcgacattagcaatag
gi|14 : gaacatgtaacTGTTGAC-TTT-GGA-ACAAAC-ATATTGAATTTACTTTACCGTGTCCTAACATAGTGAACATCT-G-ACCGCTAC-GT---GCATTTT--TCTATAATG-TATGACGG-CCACTTTTCATAATACATTTAATGCACATGGTTCG--TTCTAATTATTTAACCTTGt
gi|15 : ATGA-AAA-CAA-T---T----AC-----A--TT-------GAAAT-----------GATCATTTATAATCTAA------GAT-AAGCATTGCTCAATACAATAT-----CACAATATGCTC-TG-GGCAT------CACAGAAGGTCAATAT-A-----T-CTTAG-A--ATTTCAGTTACCTTGGCACA----G
gi|16 : aTT----TTATTCAGCATACATGTCATGCAGCATATTATACGCATAATTA--TATACATAATATAGATTG--ACAGA-ATTTATAA-AAAATAG-C---T----AATTCACA--TT-------AAAAT-----------GA
gi|17 : AAA--CTATAAAAT--TAATAAAGTT---TATTTGTGC--AAGATTAGAAAGT----GTTTCTCGA--TT--------TTT-TTCT--TGACCCTATAATCATGATT-----TT---TTGTT--GACTTagatgaccattggca
gi|18 : TTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATAATA-------CAAGCAT--AGATGC-A-AAC-ATACTGCTTAAGGTTACATGAATCAAGTTAAA
gi|19 : TTCTCCGGAAGAACATTCCTTGTGATTATACTATTGAAATAAAACGTTGCCG-Acttgttgttgact
gi|2 : ----TTATCAAGCATACATGTCATATCGTATA-TATT--TACAT--A--TTTACA----AT--ATTT--ACGAA-ACCTAT-------CTC-T---T----AC-----A--TT-------AAAAT-----------GATCAAATAT---CTAACAAAAAAAC-AA-CATCGGTCTATACAATAT-----T------ATCTT-T------T------CATATA-------TATAA-----TTCACAC-A--GTGTCCG-TATCTTATCACA----GAACAAATC-A----TT----ATTTCAAGAAATTGAGTACCATA-TAT-T----TACTT-----------------CCA------T---TCGTAGTTTGATAAATTTAGCTAAAA-A---TAAAATAAAAGTGAA--TCTTAAAGTGACAT---------TG-AAAGTCCC--GTATGGTCCGA-GGGTGC-ATTTCCACCGGGGTTC-ATATAACG-------CAATTAAA----T--------------A--------T------------TATTTGT--AAA-C--------ACTATCAA----TA-------------ATA----------------------TG-----TAT-AACATTA-A-TAG-AG-TT---------AA---------CAAGTCTGTTTCACA--AAAATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATGT-----GTGTAATT----AT--ATATTATA-------CAAGCAC--AGGTG--A-GACTATATTGGTTAAGGTTACATTATTCAAGTGAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNAATGTTTATTTACTCCT-TTTT--TGAACCT---GTCATGA-A-----TTTAATTGTTTGGACTTTCCCAGGAAGGGTATTTCATGTGCCTATACTTTTATTGTGAAAAGTTGTCG-AAGACACATTGTTGAC-TTTGGGA-AAATAA-AAATTAGA
gi|20 : agCACAAAATGCT-TAGAAAGCCCGGTGTAAAGTCCGA-GGACTT-ATTCCCaagttaattattatttttc
gi|3 : gcTTTGTA-ATATCTTAAGGCGTTATATAGATAGTTGGTTTTAATCAGCATATATGTCATACAGAATA-TATA--AATA---A-------AT-ATTT--ATTT--TCAAA-ATCTATGA-AAAA--G-C---T----A------A--TT-------ATAATATTAATAAGTTGATCATTTAT---CTAA------AAT-AATTATT---------AATCT-----G------TTCGT-TA-A-CATGAATAATACAGAATGTCATTATAA-------CACAA-A--ATGCAAG-TACCTTTTGACA----GCATTAATT-A----TT----AC------AAAATGAGTACCTTA-T-T-T----T-CTTGAA-----T---A----CT-----------TCA----------AAATTAG----------------TAAAAGT-----TCGTCA-GT----TGAAA--------AAAGACCA--GTAAAGTCCGA-AGAC---------A--GGGACCA-TCA-AGCG-------CGATTAAACAGAG--------------A--------C------------A-----T--ATA-TTATCCTTTA--A--AA----TGTATC---------AAA----------------------TT-----AAT-AAAAA-A-A-TAA-AAAT----------AA---------AA----ATTTTCA------TATT----ATAAATTACTTTGAT------G----TATTT-----A----ATT----AT--ATATTATC-------CAAACAA--AGATAT-AGAA--ATATTGCTTGAGATTACATTACTCATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNCGTTTCCTAAC-TT---------CT-TTCTTA--AACTT---ATCTTGATT-----TTTAATTGTTTGAACTT
gi|4 : ccgtagAT--ATTT--AAACA-ACTTATGA-AAAACAG-C---TTATTAT-----A--TT-------AAAAG-----------TATCCTTTAT---CTAA------AATTAAT-ATAG----ATTCT-TAC-----T------AGCATATG-AACAT------CACATAATGTCAT----A-----T-CACAA-A--CTTTCAG-TACCTTATAGCA----GAACAAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTA----A-T-TAT----TA---------------A----TTG------T---TTATAACTTGAAAAA-TAAGCTAATA-A---TGAAATAAAAGT-AAAATCTTAGATTGACATGAAATACT-TGGAAAGCCGA--GTAAAGTCAGA-GGAC-TTATTTCCTCTGGATTCA--TATAACG-------CGATAAAA----ACACTATCCTTAGACA--------C------------T-----A--AAA-T--------A--A--AA----TATAGTATACGTTTAAAA----------------------TG-----TAT-CAAAT-ACA-TAA-AA-T----------AATCAAAGTTACA----TATTTCATA--AATATA----ATATATTATTTTGATATAACAG----TATGT-----AATTAACT----TT--GTATTATAATATTTACAAGCAC--ACATGTGA-AA--ATAGTGATTTAGATTATATTAATCAAGTAAAATAATTGTACATTAAGCTG--TAGTAAGTCACATATCTG-TA--GGTTGCACAGACA--CTACCAAAC--CCATAAAGGTAGATTTTTATCC----ATTTAGAAGG
gi|5 : ATCACG----GTATCAATA-A----TTGTCTAT------TAACTGACTACCATAGT-T-T----CACTAAAATA-CCT---A----TTA------TAGTTTATAGGTTGACATAATATGCT-AAA-A---TAAAATA--------------AAAGTGGCATGAATTGCT-CGAAAAGTCCT--GCAAA-TCCG--GGTC-C-ATTT--AC---GGCGA-AT-TAA-GAAACTATCCATAAAA----A--------------A--------TAGTAGTAATTGAT-----T--ATA-T--------A--T--AGTCTTTA-------------AAA----------------------TGTATCAAAT-TAAAT-ATA-TGA-AA-TACTGAAAATCAA---------CA----TATTTCACA--AGTATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TTTCT-----GTGTCATT----ATACATATTACA-------CAACCAC--AAA-------------------AAGGTCACACTTATCATATCTAATCAAAGCACATGGTAC--TATAGTAAATCACATAA-TGATAAGG--TG--TACATATCCTACCAAAA----------TT---TATCATTTC--AAATTTA-----T----GTTTCTTAAC--T--------CCT-TTCT--TGATCCT---ATGATGATT-----TTTAATTTTTTGAACGTTCTCAGGAAGAGCATCCAATGTGACTATACTATTGTAGTAAAAACTTGCCG-ATaatacctacgtccatcatttaattatgatgtgtcctttttaat
gi|6 : CCT---ATCATGATTAATAATTTA-TTGTTTAAACTTTCTCAGGAATAGCATACCATATTATAATACTACTGAAGTAAAAAATTGTCGTAT-ACACTTTGTTGAC-TTT-GGATACATGATAAAATCAATTTACTTTACCATGTCTTACAAGAGTGAACATCA-GAA-CACT-CTGTTAAGTGTTCCATTATATAATATTATGAT-GTTCACTTGTCATAATATATTTCATGCACATGATTTATTTTTTAATTGGTTAGCCCTTTT-TAATAag
gi|7 : -ATGTATTA-AACACAG-C---T----A------A--TTGCATTTTAAAAC-----------GATGATTTAT---CTAA------AAT-AGTGATTG----ATCTACTAT-----T------TTCTA-TG-AACAT------CACAGAATGTCATAATAAATGTAT-CGCAA-C--ATT-CAG-TACATTATCATG----GAA---------------------------AACTGAGTATCTAA-T-T-TAGGTTACTTGAA-AACTT---A----TTA------T---TAAT--------AAAACATGCTAAAACATCTTGAACTATCCAT-AA--GCATGAA---ACAC--AATGCCATAGAAAGCTCA----AA---CTGACAGAC-A-AGT-----TGAAATCA-ATAT---G-------C----AAA----A--------------A--------T------------A-----A--ACA-T--------G--A--AA----T--------------ATA----------------------TG-----A---AATAT-A-ATTAA-AA-A----------AA---------taccaagtttttgaaagtcacgacatttaattggtgttcttggtggaccaataaaaataaatctgataaccttgatttttatcagttgcagtttagattttagtgttatgttaagggcgatacatcaagctgaacaagctaggtaaactgggataagggaattgcaaattacctaata
gi|8 : acatgtGGCATCAGTTAGACA-TT----TTATTCAGTTTACATATCATACAGTATA-TATA--TAT----A--TATAAA--AT-------------GA-ATTTATG--AAAACAGAT---T----AC-----A--TT-------AAAAT-----------GATCATT-------TAA------AAT-AACCATTGACATATACAATATCACAAT------TTGTTATGAA-CAT------CACAGAATATCATTAT-A-----T-CACAATA--GTATACT-TGCCTTATCACA----CTTTTAATCTAT---TT----AA------AAATTGAGTACCTTA-T-A-T----TACTTGCATA-CTT---A----CT------------------TTG-AAAAATAAGTTTAAA-A---TG-AATA--------------AAAGTGACATGAAATGGT-TGGAAAGCCAA--GTGAAGTCGTC-GGAC-TCATTGTCACTGGGGGTACATATAACG-------CAATTCAA----A--------------A--------aggttagatgcctgaaaaataaaaaaaacaaaacaggtattagctaatactattttcaacgttattcatattgtgatgt
gi|9 : tAGGTTGAAAATA-AAACTAAAG-----T-AAACAAAAGTGAA--TCTTAAAGAGACATGAAATGCT-TGTAAAGCTCG--CTGAAGTCGGA-GGATAT-ATTTTTACTGGGACCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------A------------C-----T--ATC-T---------------------------------------------------------------------T-TAGAT-A-C-TAGCAA-T----------AA---------CG----TGTTATATATTAGTCTTTAAAATGAATTACATCGAT------GAAAATAATTAATACAATTCATTTCACAT--ATATCATA--------AATTACTTTGATGC-A-AA--CTATTGC-----------TTAATCAAGTGAAACAAATGGACATGTTAC-------TAGATC---TAT-TG-TA--G--TG--CAAAGATCCTACCAAAATTCC-TAA----------TTGTTCTAAAATTCACAAAtatcagacatattagacattagcaataat
blockSeqs : . CTTAA T G GGTT T CG AATTATATACATA A AG . . G CTAATTCAC CA GCATTTT ATTAATAAGTT AAT CAAAAA T TT CTCAATACAATATCACAATATGCTCTGGG GAATAA T AAATGTAT T AC T ATAT A T ATTATTTCAAG G A A AGGT TGAAATCTTAACATTTATGATATT C AAG AA T T CATCT T A AAAAT TG A GT AC GCATTTCCACC C C AAACTAT AAAAAGCATCCTTCGACACTAACAATAGAAAATGGTATTATTCAGTTAACACTGAATCAGAAGAATAAAATATCAAAAAAA AGTC C TT A TAAA ATAACAG AATAC A G TCAC AC ATATTTA G TT CAAAC CT T A NNN NNNN N N C A GGTTGCA A TC CCCATAAAGGTAGA AT G G TAA G NNNC TGTTTATTTACTC . TA C ATA AATAA A G G AA T G . G T T C GAC CTGTTAAGTGTTCCATTA TTATGATGTT ATAATACATTTA ATT T
blockSeqs : G . . . . ATATTTACA A . . . . CTTATTAT . . . . . . TC ACATATACAATATCACAATTTGTTATGAA . G AATT . . . . T T ACTATTTAA . . . C CAAATACTTCTTATTAAAATT T AAG AT T A A A G GAAT TG . . G TTATTTCCTCT T . . ACACTATCCTTAGACACTAAAATAAAATATAGTATACGTTTAAAATGTATCAAATACATAAAATAATCAAAGTTA . C . A . GAAAA . A G . . . G . AGACT GT G N NNN NNNN N N . . AGGTG N TC TTAATAAAGTT NN N N A N . TTT . T A . . A G G TT . . . . . . T GAA ACGTGCATTTTTC TATGACGGC ATAATATATTTC G
blockSeqs : . . . ATATAAA T . . . . CGTATA . . . . . . GC GTCTATACAATATTATCTTT . T AAT . . . . A A ATTGTCTAT . . . . AAAATACCTATTATAGT T AGT AA T A A A G GAAT TT . . A TCATTGTCACT C . . AATAGTAGTAATTGATTATATATAGTCTTTAAAATGTATCAAATTAAATATATGAAATACTGAAAATCAA . T . A . G . T A . . . A . TAGAA CT T A TAA TG G A . . NNN N . NNNNNNNNNNN NN N N N N . CTT . T A . . A G G TA . . . . .
blockSeqs : . . . AAAT A . . . . ATTAC . . . . . . TT ATTCTTACTAGCATATGAA . T AT . . . . C T TATTTAA . . . . TGAAAACTTATTAT C AAC AC T A A A G GAC GT . . A ATATTTTTACT T . . CAGAGACATATATTATCCTTTAAAATGTATCAAATTAATAAAAAAATAAAAATAA . C . G . G . A A . . . G . TGAAA AT A C GGT TA A A . . NNN C . NNNNNNNNNNN TT A C N G . CTC . T T . . . A T AA .
blockSeqs : . . . . . TTAC . . . . . . TG ATCTACTATTTTCTATGAA . T AT . . . . A A ATTAC . . . . TGCATACTTACT C AGG AA T T A A G AAG TT . . A CATTTAC C . . TATTATTTGTAAACACTATCAATAATATGTATAACATTAATAGAGTTAA . T . G . G . T C . . . C . CAAA C C A GTT . A . . . GTG T . ATTCCTAA AT T T A C . . . .
blockSeqs : . . TTAC . . . . . . CC AATCTGTTCGTTAA . A AA . . . . T C ATTAC . . . . TTCAATAATAT T AGG A C A A A A T AT . . A AAGTT T . . AATAAACATGAAATATATGAAATATAATTAAAAAAA . . . . . G . A C . . . T . . . G G . ATT . G T . .
blockSeqs : . . CTA . . . . . . C ATCATCTACAA . T AT . . . . A T ATTAC . . . . TGAATACT T . A T . A T G T TT . . C CAC G . . AAACTATCTTTAGATACTAGCAATAA G . . . . . .
blockSeqs : . CTA . . . . . . T ATATGAA . . AT . . . . T . . . . . . TCCAT A . . . . . A . . . . . A A C . .
blockSeqs : . . . . . . . . ATTGT . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ATATAA********* ** CTAC************* AT******* TGAATACTTATTAT***************** AAT*** ** CGAAN*** CTT********** T**
originalCons : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATA---A--TATACAT-ATAT--ATTT--ACAAA-ATTTATGA-AAAACAG-C---T----A------A--TT-------AAAAT-----------GATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAA-----T-CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTCGAA-A-CTT---A----TTA------T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT-AA--TCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGC-A-AA--ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAAC-TT--------CCT-TTCTTATGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC--T-TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
finalCons : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--TATATATAA---------ATAT--ATTT--ACAAA-ATTTATGA-AAAACAGCTAC-------------A--TT-------AAAAT-----------GATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCATTATAT-------CACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T-T----TACTTGAATACTTATTAT-----------------TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGTAAT---CTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----TA-------------AAA----------------------TG-----AAT-AAAAT-A-A-TAA-AA-T----------AA---------CA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTATA-------CAANCAC--AGATGCGAAN---ATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAACTT----------CT-TTCTT--GAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC--T-TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 1111 33333333333333333333333333333333333 4444444444444444444 111111 666666666666666666666666666666666666 111111 11111111111111111 11111111111111111111 1111 333333333333333333333333333333333333 11 22222 333333333333 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 1111 11111111111 11111 1111 1111111 2222 111111111 11 2222222222222222 1111 3333333333 11 11 111 11111 1 1 1 1 22222 8888888888888888888 44444444444 222222222222 222 33
lowQualScore : 5 77777 1 6 7777 8 99999999999999999999999999999999999 5 4 7777777777777777777 55 4 55 777 222222 4 44 222222222222222222222222222222222222 222222 1 99999999999999999 4 66 4 8888 1 1 99999999999999999999 4 4 2222 4 333333333333333333333333333333333333 0 8888 11 2 5 99999 0 6 2 44444 11 0 3 88 0 0 66 999999999999 1 77 3333333 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222 1 77 2 2222 55555555555 22222 6 0000 66 6666666 1 77 99 44 22 0 1 1 0 222 5555 0 1 2 6 6 777777777 0 1 55 6666666666666666 11 1 1 888 3 0 7777 5555555555 11 11 1 111 66666 3 1 5 22 0 8 6 0 0 0 0 0 0 0 1 11111 0 9999999999999999999 00000000000 888888888888 111 11
lowQualScore : . ..... . . .... . ................................... . . ................... .. . .. ... ...... . .. .................................... ...... . ................. . .. . .... . . .................... . . .... . .................................... . .... .. . . ..... . . . ..... .. . . .. . . .. ............ . .. ....... . ........................................................................................................................................................................ .... . .. . .... ........... ..... . .... .. ....... . .. .. .. .. . . . . ... .... . . . . . ......... . . .. ................ .. . . ... . . .... .......... .. .. . ... ..... . . . .. . . . . . . . . . . . ..... . ................... ........... ............ ... ..
lowQualScore : 0 00000 0 7 0000 0 55555555555555555555555555555555555 0 4 0000000000000000000 55 0 55 888 888888 4 44 888888888888888888888888888888888888 888888 1 11111111111111111 4 11 4 5555 0 1 88888888888888888888 0 0 5555 0 222222222222222222222222222222222222 9 8888 33 3 9 33333 7 0 0 88888 44 5 6 66 4 5 22 777777777777 4 11 0000000 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 7 99 1 1111 00000000000 55555 5 6666 99 2222222 0 99 33 44 11 3 0 0 8 555 2222 5 0 5 7 7 777777777 8 0 77 9999999999999999 77 3 0 777 9 5 0000 0000000000 00 00 0 777 77777 2 0 0 44 6 0 7 0 0 0 2 0 8 7 0 00000 7 7777777777777777777 33333333333 777777777777 333 00
consensus : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--------TATA-----TATA-AATAT--ATTT--ACAAA-ATTTATGA-AAAACAG-C---T-----A-------CATT--AA-AA--TGATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCAT------TAT-A------TCACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T----T-TACTC----G-------AATACTT---AT--TA----T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT--AATCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----T-------------A----AAA----------------------TG-----AAT-AAAA-TA-A-TAA-AA-T----------A---------ACA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTA-------TACAANCAC--AGATGCGAANATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAA----------CTTCT--TTCT--TGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC-TC-TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
Reference ( family-4464 ) : NTTTGCACATATCTTAAGGCGTTANATAGATAGTT----TTATTCAGCATACATGTCATACAGTATA-TATA--------TATA-----TATA-AATAT--ATTT--ACAAA-ATTTATGA-AAAACAG-C---T-----A-------CATT--AA-AA--TGATCATTTAT---CTAA------AAT-AATCATTG----ATACAATAT-----T------TTCTT-TG-A-CAT------CACAGAATGTCAT------TAT-A------TCACAA-A--ATTTCAG-TACCTTATCACA----GNATTAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTACCTTA-T-T----T-TACTT----G-------AATACTT---AT--TA----T---TCATAGGTTGAAAAAATAAGCTAAAA-A---TGAAATAAAAGT--AATCTTAAAGTGACATGAAATGCT-TGGAAAGCCCA--GTAAAGTCCGA-GGAC-T-ATTTCCACTGGGGCCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--ANA-T--------A--A--AA----T-------------A----AAA----------------------TG-----AAT-AAAA-TA-A-TAA-AA-T----------A---------ACA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATATTA-------TACAANCAC--AGATGCGAANATATTGCTTAAGGTTACATTAATCAAGTNAAATAAATGTACATNGNACTNTATAGTAANTCACATAT-TG-TA--G--TG--CAAANA--CTACCAAAA--CCGTAAAGNT---TATTTGTNC--AAATTTAGAAAGT----GTTTCTTAA----------CTTCT--TTCT--TGAACCT---ATCATGATT-----TTTAATTGTTTGGACTTTCTCAGGAAGAGCATTCCATGTGATTATACTATTGTAGTAAAAAGTTGTCG-ATGACACATTGTTGAC-TTT-GGA-ACATAA-AAATTAAATTTACTTTACCGTGTCNTAAAAGAGTGAACATCT-G-A-CGCT-C-GT---GCGTTCC-T--TATAATA-TATGAC-G-CCACTTTTCATAATACATTT-ATGCACATGATTCG-TTTCTAATTGTTTAACCCTGTCATAATA
gi|1 : TTTGCACATAT-----GTCGTTAAATAGATAGTT----TTATGTAACATATATGACATACATTATA-TATA--------TATAAATTATATA-TATAT--GTTTTAACAAAGAATTCTGA-AAAACAG-----------A--------ATT--TA-AA--TGATCGTTTAT---CTGA------AAT-AATTATTG----AAATAATAT-----T------TTCTT-TGTA-CGT------CATAGAATGTCAT------TAT-AAATGTTTCACAA-A--ATTTCAG-TAGCTTATCACA----GCATTAATC-C----TT----AC------AAATTGTGTATCTTA-T-T----T-TACTC----G-------AAAACTT---AT--TG----T---TCATATGTTGAAAAAATAAGCTACAA-A---TGAAATAGAAGTG-AACCTTAAAGTGACTTGAAAAACT-TGGAAAAACCAA-GTAAGGTCAGG-GGAC-TTATTTCCACTGGGGTCA-ATATAACG-------TGATTAAA----A--------------A--------C------------T-----T--AAA-T--------A--A--AA----T-------------A----AGA----------------------TG-----AAT-AAAA-TA-A-TCA-AA-T----------A---------ACA----TATTTCACA--ACTTTT----ATGAATTGCTTTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--ATAGTA-------TACAATCAC--AGATGC-AAAATATTGCTTAAGGTTACATAAATCAAGTTAAATTAATGTGTTTTGCACTCTATAATTATTTACAAAT-TG-CA--G--AC--CAAAAA--TTACCAAAA--CCGTAAAGGT---TAGTTATAC--AAGTTTAGAAAAT----GTTTCTTAA----------TTTCCTATTCTTATGAACAT---ATCATGCTT-----TTTAATTGTCTTGATTTTCTCAGGTA-AGCATTCCATGTGATTATACCATTGTCGTTAAACGTTGTCG-ATGACACATTGTTGACTTTT-GGA-ATATAA-AAATTAAATTTACTTTTCCATGTCGTAAAAGAGTGAACATCTGG-A-CACT-T-G------------T--CATAATA-T------------TTTTC------------ATGCACATGATTCA-TTTCTAATTGTTTGACTCTGTCA-AATA
gi|10 : tAAGTATAAAT--GACATGAAAGTGACATGAAATGCT-TGGATAGCCCA--GTAACATCCGG-G-----------CAC---------ATATAAAG-------CGATTAAA----A--------------AAAAGCATCC------------T-----TCGACACT--------A--AC-AA----T-------------A----GAAAATGGTATTATTCAGTTAACACTG-----AATCAGAA-GA-A-TAA-AA-TATCAAAAA--A---------ACA----TATTTCACA--AATATT----ATAAATCACC----T------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATTA-------TACAAagacgaaaagcatagtcaaactgccattgaatgatggaatttcaaagcatttttctaatattaaactcaagaacactatt
gi|11 : atcattcacgatttaaaggagtaatatcattctataacactgagaaataatcggataatggagcgtaagatgtgtttttatAA-ATTTAAGAGAAAACAG-CGTAT-----AA------CATA--AA-AA--TGATCATTTTC---CTAA------AAC-AGTTATTG----ATATGA------------------------A-CAT------CATAGAATGTCAT------TAT-A------TCAGAA-A--CTTCCAG-TACCTTATCACAATATGAATTAACC-A----TT----AC------AAATTGAATACCTTA-T-T----T-TACCT----GAAATCTTAACATTT---ATGATAT---T---TCATAAGTTG-AAAAATAAGCTTAAA-A---TGAAATAAAAGT--tgagtata
gi|12 : AATTGAGTACATTA-T-T----T-TACTC----A-------AATACTTCTTAT--TAAAATT---TTACAAGTTGAAAAAA-------GAA-A---TGAAATAAAA-T----TCTGAAAGTGACATGGAATGCT-TAGAAAGCCCA--GTAAAGTCC--------------------GGGCCC-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------t
gi|13 : ttaccatag-----A-------CATT--AA-AA--TGAGCATTTGT---GTAA------AAC--CTCATTG----AT-CA-----------------TCTA-CA-A-TAT------CAT---ATGCTAT------GACAA------TCACAG-AACATTTCAG-TACCTT-T--CA----GTATTTATC-ACTATTT----AA------AAATTATGCACCTTA-T-T----TCTACTTTCAAT-------AATATTT---AT--Tagcatcattcgacattagcaatag
gi|14 : gaacatgtaTGTTGAC-TTT-GGA-ACAAAC-ATATTGAATTTACTTTACCGTGTCCTAACATAGTGAACATCT-G-ACCGCTAC-GT---GCATTTT-TC-TATAATG-TATGACGG-CCACTTTTCATAATACATTTAATGCACATGGTTCG--TTCTAATTATTTAACCTTG
gi|15 : ATGA-AAA-CAA-T---T-----A-------CATT--GA-AA--TGATCATTTATAATCTAA------GAT-AAGCATTGCTCAATACAATAT-----CACAATATGCTC-TG-GGCAT------CACAGAAGGTCAA------TAT-A------TCTTAG-A--ATTTCAGTTACCTTGGCACA----G
gi|16 : aTT----TTATTCAGCATACATGTCATGCAGCATATTATACGCATAATTATA-----TACATAATATAGATTG--ACAGA-ATTTATAA-AAAATAG-C---TAATTCA-------CATT--AA-AA--TGA
gi|17 : AAA--CTATAAAAT--TAATAAAGTT---TATTTGTGC--AAGATTAGAAAGT----GTTTCTCGA----------TTTTT--TTCT--TGACCCTATAATCATGATT-----TT---TTGTT--GACTTagatgaccattggca
gi|18 : TTGAT------G----TATTT-----AATTGATT----AT--GTATAA-------TACAAGCAT--AGATGCAAACATACTGCTTAAGGTTACATGAATCAAGTTAAA
gi|19 : TTCTCCGGAAGAACATTCCTTGTGATTATACTATTGAAATAAAACGTTGCCG-Acttgttgttgact
gi|2 : ----TTATCAAGCATACATGTCATATCGTATA-TATT--------TACA-----TAT-----------TT--ACAAT-ATTTACGA-AACCTAT-C---TCTT--A-------CATT--AA-AA--TGATCAAATAT---CTAACAAAAAAAC-AA-CATCGGTCTATACAATAT-----T------ATCTT-T------T------CATA---TAT-AT------AAT--------TCACAC-A--GTGTCCG-TATCTTATCACA----GAACAAATC-A----TT----ATTTCAAGAAATTGAGTACCATA-TAT----T-TACTT-----------------------C--CA----T---TCGTAGTTTGATAAATTTAGCTAAAA-A---TAAAATAAAAGTG-AATCTTAAAGTGACAT----T------GAAAGTCCC--GTATGGTCCGA-GGGTGC-ATTTCCACCGGGGTTC-ATATAACG-------CAATTAAA----T--------------A--------T------------TATTTGT--AAA-C--------ACTATCAA----T-------------A----ATA----------------------TG-----TAT-AACATTA-A-TAG-AGTT----------A---------ACAAGTCTGTTTCACA--AAAATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TATGT-----GTGTAATT----AT--ATATTA-------TACAAGCAC--AGGTGAGACTATATTGGTTAAGGTTACATTATTCAAGTGAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNAATGTTTATTTACTCCT--TTTT--TGAACCT---GTCATGA-A-----TTTAATTGTTTGGACTTTCCCAGGAAGGGTATTTCATGTGCCTATACTTTTATTGTGAAAAGTTGTCG-AAGACACATTGTTGAC-TTTGGGA-AAATAA-AAATTAGA
gi|20 : agCACAAAATGCT-TAGAAAGCCCGGTGTAAAGTCCGA-GGACTT-ATTCCCaagttaattattatttttc
gi|3 : gcTTTGTA-ATATCTTAAGGCGTTATATAGATAGTTGGTTTTAATCAGCATATATGTCATACAGAATA-TATA--------AATA-----AATA---TTT--ATTT--TCAAA-ATCTATGA-AAAA--G-C---T-----AATTATAATATT--AATAAGTTGATCATTTAT---CTAA------AAT-AATTATT---------AATCT-----G------TTCGT-TA-A-CATGAATAATACAGAATGTCAT------TAT-A------ACACAA-A--ATGCAAG-TACCTTTTGACA----GCATTAATT-A----TT----AC------AAAATGAGTACCTTA-T-T----T-T-CTT----G-------AATACT------------------TCA----------AAATTAG----------------TAAAAGT----TCGTCA-GT----TGAAA--------AAAGACCA--GTAAAGTCCGA-AGAC---------A--GGGACCA-TCA-AGCG-------CGATTAAACAGAG--------------A--------C------------A-----T--ATA-TTATCCTTTA--A--AA----T-------------GTATCAAA----------------------TT-----AAT-AAAA-AA-A-TAA-AAAT----------A---------AAA----ATTTTCA------TATT----ATAAATTACTTTGAT------G----TATTT-----AATT--------AT--ATATTA-------TCCAAACAA--AGATATAGAAATATTGCTTGAGATTACATTACTCATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN--N--NN--NNNNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNCGTTTCCTAA----------CTTCT--TTCT--TAAACTT---ATCTTGATT-----TTTAATTGTTTGAACTT
gi|4 : ccgtagAT--ATTT--AAACA-ACTTATGA-AAAACAG-C---TTATT-A-------TATT--AA-AA--GTATCCTTTAT---CTAA------AATTAAT-ATAG----ATTCT-TAC-----T------AGCATATG-AACAT------CACATAATGTCAT----------A------TCACAA-A--CTTTCAG-TACCTTATAGCA----GAACAAATC-A----TT----AC------AAATTGAGTA----A-T-TA---T-TA-------------------------AT--TG----T---TTATAACTTG-AAAAATAAGCTAATA-A---TGAAATAAAAGTAAAATCTTAGATTGACATGAAATACT-TGGAAAGCCGA--GTAAAGTCAGA-GGACTT-ATTTCCTCTGGATTC--ATATAACG-------CGATAAAA----ACACTATCCTTAGACA--------C------------T-----A--AAA-T--------A--A--AA----TATAGTATACGTTTA----AAA----------------------TG-----TAT-CAAA-TACA-TAA-AA-T----------AATCAAAGTTACA----TATTTCATA--AATATA----ATATATTATTTTGATATAACAG----TATGT-----AATTAACT----TT--GTATTATAATATTTACAAGCAC--ACATGTGAAAATAGTGATTTAGATTATATTAATCAAGTAAAATAATTGTACATTAAGCTG--TAGTAAGTCACATATCTG-TA--GGTTGCACAGACA--CTACCAAAC--CCATAAAGGTAGATTTTTATCC----ATTTAGAAGG
gi|5 : ATCACG----GTATCAATA-A----TTGTCTAT------TAACTGACTACCATAGT-T----T-CACTA----A-------AATACCT---AT--TA----TAGTTTATAGGTTGACATAATATGCT-AAA-A---TAAAATA-------------AAAGTGGCATGAATTGCT-CGAAAAGTCCT--GCAAA-TCCG--GGTC-C-ATTT--AC---GGCGA-AT-TAA-GAAACTATCCATAAAA----A--------------A--------TAGTAGTAATTGAT-----T--ATA-T--------A--T--AGTCTTT-------------A----AAA----------------------TGTATCAAAT-TAAA-TATA-TGA-AA-TACTGAAAATCA---------ACA----TATTTCACA--AGTATT----ATAAATCACTTTGAT------G----TTTCT-----GTGTCATT----ATACATATTA-------CACAACCAC--AAA----------------AAGGTCACACTTATCATATCTAATCAAAGCACATGGTAC--TATAGTAAATCACATAA-TGATAAGG--TG--TACATATCCTACCAAAA----------TT---TATCATTTC--AAATTTA-----T----GTTTCTTAA----------CTCCT--TTCT--TGATCCT---ATGATGATT-----TTTAATTTTTTGAACGTTCTCAGGAAGAGCATCCAATGTGACTATACTATTGTAGTAAAAACTTGCCG-ATaatacctacgtccatcatttaattatgatgtgtcctttttaat
gi|6 : CCT---ATCATGATTAATAATTTA-TTGTTTAAACTTTCTCAGGAATAGCATACCATATTATAATACTACTGAAGTAAAAAATTGTCGTAT-ACACTTTGTTGAC-TTT-GGATACATGATAAAATCAATTTACTTTACCATGTCTTACAAGAGTGAACATCA-GAA-CACT-CTGTTAAGTGTTCCATTATATAATATTATGAT-GTTCACTTGTCATAATATATTTCATGCACATGATTTATTTTTTAATTGGTTAGCCCTTTT-TAATAag
gi|7 : -ATGTATTA-AACACAG-C---T-----AATTG---CATTTTAA-AA--CGATGATTTAT---CTAA------AAT-AGTGATTG----ATCTACTAT-----T------TTCTA-TGAA-CAT------CACAGAATGTCATAATAAATGT-A------TCGCAA-C--A-TTCAG-TACATTATCATG----GA---------------------------AAACTGAGTATCTAA-T-TTAGGT-TACTT----G-------AAAACTT---AT--TA----T---TAAT--------AAAACATGCTAAAACATCTTGAACTATCCAT--AAGCATGAA---ACAC--AATGCCATAGAAAGCTCA----AA---CTGACAGAC-A-AGT-----TGAAATCA-ATAT---G-------C----AAA----A--------------A--------T------------A-----A--ACA-T--------G--A--AA----T------------------ATA----------------------TG-----A---AATA-TA-ATTAA-AA-A----------A---------Ataccaagtttttgaaagtcacgacatttaattggtgttcttggtggaccaataaaaataaatctgataaccttgatttttatcagttgcagtttagattttagtgttatgttaagggcgatacatcaagctgaacaagctaggtaaactgggataagggaattgcaaattacctaata
gi|8 : acatgtGGCATCAGTTAGACA-TT----TTATTCAGTTTACATATCATACAGTATA-TATA--------TATA-----TATA-AA-AT-----------GA-ATTTATG--AAAACAGAT---T-----A-------CATT--AA-AA--TGATCATT-------TAA------AAT-AACCATTGACATATACAATATCACAAT------TTGTTATGAA-CAT------CACAGAATATCAT------TAT-A------TCACAATA--GTATACT-TGCCTTATCACA----CTTTTAATCTAT---TT----AA------AAATTGAGTACCTTA-T-A----T-TACTT----G-------CATACTT---AC--T----------------TTG-AAAAATAAGTTTAAA-A---TG-AATA-------------AAAGTGACATGAAATGGT-TGGAAAGCCAA--GTGAAGTCGTC-GGAC-TCATTGTCACTGGGGGTACATATAACG-------CAATTCAA----A--------------A--------aggttagatgcctgaaaaataaaaaaaacaaaacaggtattagctaatactattttcaacgttattcatattgtgatgt
gi|9 : tAGGTTGAAAATA-AAACTAAAG-----T-AAACAAAAGTG-AATCTTAAAGAGACATGAAATGCT-TGTAAAGCTCG--CTGAAGTCGGA-GGATAT-ATTTTTACTGGGACCA-ATATAACG-------CGATTAAA----A--------------A--------A------------C-----T--ATC-T-------------------------------------------------------------------------T-TAGA-TA-C-TAGCAA-T----------A---------ACG----TGTTATATATTAGTCTTTAAAATGAATTACATCGAT------GAAAATAATTAATACAATTCATTTCACAT--ATATCA-------TA-AATTACTTTGATGCAAAC-TATTGC-----------TTAATCAAGTGAAACAAATGGACATGTTAC-------TAGATC---TAT-TG-TA--G--TG--CAAAGATCCTACCAAAATTCC-TAA----------TTGTTCTAAAATTCACAAAtatcagacatattagacattagcaataat