lowQualScore : 11 33333333333333333333333333 111 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11111 11111 22222222222222 11111 111 7777777777777777777777 66666666666666666666666 888888888888888888888888888888888888 1
lowQualScore : 4 2 5555555 333 1 11 1 55555555555555555555555555 222 222 1 5555 66666 1 11 11 8 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33333 22222 2 4444444 33333333 2 333 1 1111 1 3333 2 0 44444444444 3333333 11 11 6666 6 444444 55555 222 33333 11 1 88888888888888 1 00000 111 1 11 11 9 11 333 66 111 8888888888888888888888 3333 1 444444 33333333333333333333333 22 333 4 777777777777777777777777777777777777 4 66 6 55 444 5 0
lowQualScore : . . ....... ... . .. . .......................... ... ... . .... ..... . .. .. . .. ........................................................ ..... ..... . ....... ........ . ... . .... . .... . . ........... ....... .. .. .... . ...... ..... ... ..... .. . .............. . ..... ... . .. .. . .. ... .. ... ...................... .... . ...... ....................... .. ... . .................................... . .. . .. ... . .
lowQualScore : 5 1 7777777 000 7 88 7 55555555555555555555555555 666 111 5 7777 00000 2 77 77 2 77 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99999 77777 7 3333333 55555555 9 000 0 9999 4 4444 6 9 00000000000 0000000 33 33 4444 1 666666 22222 111 55555 77 2 44444444444444 3 00000 888 0 66 66 2 77 444 77 222 0000000000000000000000 0000 4 888888 44444444444444444444444 66 333 1 444444444444444444444444444444444444 6 88 4 55 333 6 1
consensus : CATAATGTAAAGTGA-CCACA-------TCA---G-AATG-TAA-AN--------T------GA--CC----AC---AN--CAGAAT-G-A-CATCG--AACCA-CA--T--CAGAA--TG--A-AAAGTAACC-ACA------T------------G-------------ACA---TCA----TA-----ATGTAAA------GT--------GA-CCACATCAG---AAT-G-N--AAAGT--G-A-C-CA-----------CA-------TCA--G--AATG-T-AAANTG------A---CCAC---AT---CAGA--A-T-N--A-------C-A-TCG---A---AC-CACA--T--CAGA--ATG---AAAAGTAAC--CACA------TG----------ACATCA----TAATGT-AA--AG--TGACCACATCAGAAT-NACA-CG-AACTA----CATCAGA--AT---GAAAAGTAACCACA-------------G--A-CAT-----AC------TGTNANGTGACCACATCAGAATG-NAAATTAACCACAGCAG
Reference ( gi|2 ) : CATAATATAAAGTGA-CCACA-------TCA---G-AATG-TAA-AT--------T------GA--TA----AC---AC--CAGAAT-G-A-CAGCA--AACCA-CA--T--CCGAA--TG--A-ATAGTAACT-ACA------T------------G---T---------ACA---TCA----TA-----ATGTAAA------GT--------GA-CCACATCAG---AAT-G-T--AAAGT--G-A-C-CA-----------CA-------TCA--G--AATG-T-AAATTG------A---TTAC---AC---TAGA--A-T-T--A-------C-A-TCA---A---AC-CACA--T--CCGA--ATG---AAAAGTAAC--TACA------TGT---------ACATCA----TAATGT-AA--AG--TGACCACATCAGAAT-TACACCG-AACTT----CATCCGA--AT---GAAAAGTAACTATA-T-----------GTAATCAT-----AC------TGTCAAGTGACCACACCAGAATG-TAAATTGATCACACCAG
gi|11 : CATAATGTATAGTAA-CCACA-------TCA---G-AATG-AAA-A
gi|17 : tccacatcagaatgacatcggactatatcagaatgaaaaacaaccatatCATAATGTAAAGTGA-CCACA-------TCC---G-AATG-AAA-AG--------T------AA--CC----AC---AG--CAGACT-G-T-CATCT--GACCA-CA--T--CAGAA--TGTAA-ATA--AACC-Agtaaccatggc
gi|23 : tCATAAAGTAAAGTGA-CCTCG-------TCA---G-AATG-GAA-----------T------G---TA----ACCATAA--CAAAAT-G-tca
gi|24 : cacatCATAATGTAAAGTGA-CCACG-------TCA---G-AA---TAATAT--------C------GAACT-----AC---AT--CATAAT-G-taaaatg
gi|14 : acaaCATAATGTAAAGTGA-CC-CA-------TCG---G-AATA--AA-AC-------------------------AC---ACA-TAGAAT-G-A-taaaatg
gi|6 : cacgtggccaaatgaaacgaaattgaaccacatCATAATGTAAAGTTT-CCACT-------TCA---C-AATG-TAA-CG--------T------GA--CC----AC---AA--CAGAAA-GAA-TATCC--A--CA-CA--C--CAGAA--TG--A-AAAG-AAC------------------------G---C---------AGA---GAA----CA-----ATGTAAA------AT--------GG-CGA-GTCAGAT-AAT-G-----AAGT--A-A-T-CA-----------TA-------TTA--T--AATG-T-AATATG------A---TCAG---AA---TGAA--A-A-TGAA-------CGA-CCA---A---AG-TACA--T--aaattgacca
gi|16 : cacaatgacgttgtcaagatgacaagtaacgaattATAATGTAAAGTGA-CCACA-------TCC---G-AATG-AAA-A-----------------G--TA----AC----C-----------A-CAGCA--AACTGTCA--T--CAGAA--TGTAA-ATA--AACC-A
gi|1 : TGATGTCACGTGA-CCACA-------TCA---G-ACTA-TAC-ACAGGGGTCAC------GA--TACAGTAA---AG--TAGTAT-A-ATCAG-ATTGACCC-CA--T--CAAAA--TGT-A-AAAATTACC-ACA------T----------------C---------AGA---TTA----TA-----AAGAAAA------GT--------GA-CCACAGCAT---A-T-G-TGGAAAGT--G-A-C-CA-----------CA-------TTA--G--AATG-A-AAAtcaaagtcttgtttggc
gi|1 : acaacagaatataaagtaacacatataacgtcatgtacagagatgaagtcaaataaaaaaaactcataatgaaagagaatgcaaatataaaataaaaaggcatcacatcataatgtacagtggctacaatagaatataaaggaactatatcgtaatgtgaagggactacatcattatattgagttattctgcaatcacatctatatagtaaagttgccgcagcataatgttaaccgactaccgaacctcaattAATAAAAAGGCA-TCACA-------TCA---T-AATG-TAC-AG--------T------GG--CT----AC---AA--TAGAAT-ATA-AAG-G--AACTA-TA--T--CGTAA--TG--T-GAAGGGACT-ACA------T---------------------------CA---TTA----TA-----TTG---A------GTTATTCTGCAA-TCACATCTA---TATAG-T--AAAGT--T-G-C-CG-----------CA-------GCA--T--AATG-T-TAACCG------A---CTACCGAAC---CTCA--A-T-TTGA-------T-G-TCACGTG---AC-CACA--T--CAGACTATACACAGGGGTCACGATACA-------GT---------AAA--G----TAGTAT-AATCAGATTGACCCCATCAAAATGTA----A-AAATTACCACATCAGATTATAAAGAAAAGTGACCACA-------------G----CAT-----ATG-----TGGAAAGTGACCACATTAGAATG-AAAAagtaaccagttgtgttttggcgttct
gi|15 : acaacagaatataaagtaacacatataacgtcatgtacagagatgaagtcaaataaaaaaaactcataatgaaagagaatgcaaatataaATGTAAAGTGA-CCACA-------TCC---G-AATGATAA-A---------T------AA--CC----AC---AG--CAGAAT-G-T-CATTG--GACCA-CA--T--Cagtaaccagttgtgttttggcgttct
gi|20 : TAAAGTGA-CCACA-------TCC---G-AATGATAA-GT--------T-------A--CC----AC---AG--CAGACT-G-T-CATTG--GACCA-CA--T--CATAA--TG--A-AAATTGACC-Aatttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|10 : AAAGTGA-CCACA-------TCC---G-AATG-AAA-AG--------T------AA--CC----AC---AG--CAGACT-G-T-CATCT--GAACA-CA--T--CAGAATTTA--A-AT--TAACC-ACtcaaagt
gi|14 : AAATTGAACCACA-------TCA---T-AATG-TAA-AG--------T------GA--C-----CC---AT--CGGAAT-A-A--AACA-----CA-CA--T---AGAA--TG--A-AAATTGACC-Acaaagtcatgtttggcgtt
gi|12 : cacgtggccaaatgaaacgAAAGTGA-CCACA-------TCC---G-ATTG--AA-AA--------T------AA--CC----AC---AG--CAGACT-G-T-CATAT--GACCA-CA--T--CAGAA--CGTAA-ATA--AACC-AC
gi|9 : AAAGTAA-CCACAGCGTAATTTACTGGTAATG-TAA-AA--------T------GA--TC----AC---AT--TAGAAT-G-A-AAACG--AACCA-TAATT--CTGAcaaagtcgtgttttgcg
gi|13 : agcacatcaaattgaAAAGTGA-CCACA-------TAT---G-AATG-AAA-AG--------T------AA--CC----AC---AG--CATAAT-G-T-CATCG--GACCA-CA--T--CATAA--TAC-A-AT--TAACC-Atttcaatgtcgttttttgcgtt
gi|3 : TGA-CCACA-------TCA---G-AATG--AC-AT--------C------GA---A----CC---ACAACAGAAT-G-A-CATCG--AACCA-CA--A--CAGAA--TG--ACATCG-AACT-ACA------T---------------------------------CA----TT-----ATGTAAA------GT--------GA-CCACATCAG---AAT-G-A--AAAGT--A-A-C-TA-----------CA-------ACA--G--ACTG-T-CATCTG------A---CCAC---AT---CATA--A-TGT--AAATATCCC-A-TCA---A---Atcaaagtcgtgtttggcg
gi|5 : acaacataatgtaaagttaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaannnnnnnnnntgataA-CCACA-------ACG---T-AATG-TAA-AT--------TTAATGTGA--CA----CC---AT--CATAATTG-A-AATCA--A--CA-CA--T--CAGAA----------AG------ACA------T------------T---T---------A-A---TCA----TACGAAAATG-AAA------TC--------GAACTACATCAA---AAT-T-T--AAAAG--G-A-C-CA-----------TA-------TCA--T--TATA-T-AAAGTG------A---------------------------------------------------C-CATA--T--CAGA--GAG---AAAAGT-------CA-------GC---------ACAGCA----TAAGGT-AA--TT--TAACCACATCAGATT-AAAACTG-AACgtcgtgtttggcgtt
gi|11 : t-CCACA-------TCA---G-AATG--AC-AT--------CG-----GA--CT----AT---AT--CAGAAT-G-A-AAAAC--AACCA-TA--T--CATAA--TG--T-ATAGTAAC----------------------------C---------ACA---TCA----GA-----ATGAAAA------GT--------AA-CCAcgtcaaagt
gi|4 : tACG-------TCA---A-AATG-TAA-AA--------T------GA--TC----AT---AT--CAGAAT-G-A-TATCG--ATCCA-AA--T--CAGAA--TG--ACATCG-AACC-A-A-----------------------------------A---TCA----GA-----ATG-ACA------TC--------GAGCCAAATCAG---AAT-G-A--CATCC--A-A-C-TA-----------CA-------CCA--A--AATG-TAAAAATG------A---CTGC---AT---CAGA--A-T-G--A-------C-A-TCG---A---AC-CACA--A--CAGA--ATG---ACAACGAAC--TACA------TA---------------A----TAATGT-AA--AG--TGACCACATCTGA-----------------------------AT---GAAAAGTAACCACG-------------G----CAT-----AA------TGTCATCGGACCACATCATAATG-AATATTAACCAtggc
gi|24 : gACA-------ACA---T-AATG-TAA-AG--------T------GA--CC----AC---GT--CAGAAT-A-A-TATCG--AACTA-CA--T--CATAA--TG--tcaaagtcgtgtgtggcg
gi|7 : CA-------TTA---G-AATG--AC-AT--------C------GA---A----CC---ACAACAGAAT-G-A-CATCG--AACTA-CA--A--CCTAA--TG--T-TAAGTGACC-ACA------TCAGAATAACAACGAACT---------ACA---TCA----AA-----ATGTAAG------GT--------GA-CCACATCCG---AAT-G-A--AAAGT--A-A-C-CA-----------CA-------GCA--G--ACTG-T-CATCTG------A---CGAC---AT---CAGA--A-TGT--A-------A-A-T-A---A---AC-CACtaaaatg
gi|17 : -------TCA---T-AATG-TAA-AG--------T------GA--CC----AC---AT--CCGAAT-G-A-AAAGT--AACCA-CA--G--CAGAC--TG-----TCAT--CTGAC------------------------C---------ACA---TCA----GA-----ATGTAAA-------T--------AA-AC-CATCAcaaagtcgtgtt
gi|8 : ------GA--TN----NN---NN--NNNNNT-G-A-CATCG--AACCA-CA--A--CAGAA--TG--ACATCG-AACT-ACA---------------------------------------TCA----TA-----ATGTAAA------GT--------GA-CCACATCCG---AAT-G-A--AAAGT--A-A-C-CA-----------CA-------GCA--G--ACTG-T-CATCTG------A---CCAC---AT---CAGA--A-TGT--A-------A-A-T-A---A---AC-CA
gi|11 : aatcttattttagta----AC---AT--CAGAAT-G-A-CATCG--GACTA-TA--T--CAGAA--TG--A-AAAACAAC---CA------T----------------------------A---TCA----TA-----ATGTATA------GT--------AA-CCACATCAG---AAT-G-A--AAAGT--A-A-C-CA-----------tcaaagtcgtatttggcgttcca
gi|24 : tcc----AC---AA--CATAAT-GTA-AAGTG--A-CCA-CG--T--CAGAA--T---A-ATATCGA---AC------------------------T---------ACA---TCA----TA-----ATGTAAA------AT--------Gtggc
gi|19 : ----AC---AC--TATTAT-G-T-AAGTA--GACTG-GG--T--CAGAA--TG--A-A-AATAACT-GCA------T---------------------------CA---ATA----TA-----ATGATAT------GT--------GA-CCACATCAC---AAT-A-C--AA
gi|7 : accC---AT--TAGAAT-G-A-CATCG--AACCA-CA--A--CAGAA--TG--A------------------------------------------------CA---TCG----------------------------------AA-CTACAACCT---AAT-G-T--TAAGT--G-A-C-CA-----------CA-------TCA--G--AATA-A-CAACGA------A---CTAC---AT---CAAA--A-TGT--A---------A-GGT---G---AC-CACA--T--CCGA--ATG---AAAAGTAAC--CACA-------G--------------CA----GACTGT-CA--TC--TGACGACATCAGAAT-
gi|17 : ACCA-CA--T--CCGAA--TG--A-AAAGTAACC-ACA-------------------G--------------------CA----GA-----CTGTCAT------CT--------GA-CCACATCAG---AAT-G-T--AAA-T--A-A-A-C------------CA-------TCA--gtaaataaaccaccaaagtcgtgtt
gi|16 : tcataatgtaaagtgACCA-CA--T--CCGAA--TG--A-AAAGTAACC-ACAGCAAACT------------G---T----------CA---TCA----GA-----ATGTAAA-------T--------AA-AC-CATCAA---AGT-
gi|10 : ataatgtaaagtgACCA-CA--T--CCGAA--TG--A-AAAGTAACC-ACA-------------------G--------------------CA----GA-----CTGTCAT------CT--------GA-ACACATCAG---AAT-T-T--AAATT--A-A-C-CA-----------Ccttgtttggc
gi|15 : aaagtgACCA-CA--T--CCGAA--TG--A-TAAATAACC-ACA-------------------G--------------------CA----GA-----ATGTCAT------TG--------GA-CCACATCAcaaagtcatgtttggcgtt
gi|12 : atgtaaagtgACCA-CA--T--CCGAT--TG--A-A-AATAACC-ACA-------------------G--------------------CA----GA-----CTGTCAT------AT--------GA-CCACATCAG---AAC-G-T--AAATA--A-A-C-CA-----------Ctttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|20 : aaagtgACCA-CA--T--CCGAA--TG--A-TAAGTTACC-ACA-------------------G---C---------AGACTGTCA----T-------TG--------------------GA-CCACATCAT---AAT-G-A--AAATT--G-A-C--------------CA-------TCA--A--AGTcaaagtcgtgttttgcg
gi|13 : taaagtgACCA-CA--T--ATGAA--TG--A-AAAGTAACC-ACA-------------------G--------------------CA----TA-----ATGTCAT------CG--------GA-CCACATCAT---AAT-A-C---AATT--A-A-C--------------CA-------TCA--A--AGT
gi|14 : aaagtgCA-CG--TGGCCAAA--TG--A-AACGAAATT-GAA------C----------------C---------ACA---TCA----TA-----ATGTAAA------GT--------GA-CC-CATCGG---AA----T--AAA------A-CACA-----------CA-------T-A--G--AATG-A-AAATTG------A---cgtgtttggcg
gi|9 : CA-CA--T--CAAAT--TG--A-AAAGTAACC-ACAG-----C------------G---T---------AAT---TTACTGGTA-----ATGTAAA------AT--------GA-TCACATTAG---AAT-G----AAAAC--GAA-C-CA-----------TA-------cca
gi|6 : agA--TG--A-CAAGTAACG-A-A------T--------------------------------TCA----TA-----ATGTAAA------GT--------TT-CCACTTCAC---AAT-G-T--AACGT--G-A-C-CA-----------CA-------ACA--G--AA----------------------------------AGA--A-T--------------A-TCC---A------CACA--C--CAGA--ATG---AAAAG-AAC-------------GC---------AGAGAA----CAATGT-AA--AA--TGGCGA-GTCAGAattctgatttcaatgtcgttttttgcgtt
gi|21 : cacaatgacgttgtcaagAGTAACC-ACA-------------------G--------------------CA----TA-----ATGTCAT------CT--------GA-CCACACCAT---AAT-A-A--AAAAT--A-A-A-C------------CA-------TCA--A--AATtaatgaagtaatcatattataatgtaatatgatcagaatgaaaatgaacgaccaaagtacat
gi|18 : T-ACA------T------------G---TATACGAACCACA---CCA----TT-----GTGTATA------GT--------GA-CAACAACAG---AAT-A-T--AAAGT--A-A---CA-----------CA-------Tcgtgtttggc
gi|22 : accgcatcagcata---T---------ACA---GCA----TA-----ATGTCAT------CG--------GA-TCACATCAT---AAT-G-A--AAATT--A-A-C--------------CA-------TCA--A--AGTataacgtca
gi|4 : ac---------ACG---TCA----AA-----ATGTAAA------AT--------GA-TCATATCAG---AAT-G----ATATC--G-ATC-CA-----------AA-------TCA--G--AATG---ACATCGA-----A---CCAA---AT---CAGA--A-T-G--A-------C-A-TCG---A---GC-CAAA--T--CAGA--ATG---ACATCCAAC--------------T---------ACACCA----AAATGTAAA--AA--TGACTGCATCAGAAT-GACATCG-AACCA----CAACAGA--AT---GACAACGAACTACA-T-----------A-----AT-----AA------TGTAAAGTGACCACATCTGAATG-AAAAGTAACCACcgtgtttggcg
gi|3 : g---------ACA---TCA----GA-----ATG-ACA------TC--------GAACCACAACAG---AAT-G----ACATC--G-AAC-CA-----------CA-------ACA--G--AATG---ACATCG------A----------AC---TACATCA-T-T--A-------T-G-TAA---AGTGAC-CACA--T--CAGA--ATG---AAAAGTAAC--TACAACAGACTGTCATCTGACCACATCA----TAATGT-AA--A---T-ATCCCATCAAAGT-ggcataatgtcatcggaccacatcataatgaatattaaccatcaaagtcgtgtgtggcg
gi|5 : acaacataatgtaaagttaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaannnnnnnnnntgatatgacc---------ACA---ACG----TA-----ATGTAAATTTAATGT--------GA-CACCATCAT---AAT---T--GAAAT--C-A-A-CA-----------CA-------TCA--G--AAAG-A-CATTTA------A---TCAT---AC---GAAA--A-T-G--A-------A-A-TCG---A---AC-TACA--T--CAAA--ATTT--AAAAG-GAC----CA------T-------------ATCA----TTATAT-AA--AG--TGACCATATCAGAcgtgtttggcgtt
gi|23 : tacc---------ACA---TCA----TA-----AAGTAAA------GT--------GA-CCTCGTCAG---AAT-G-G--AATGT--A-A-C-CA-----------TA-------ACA--A--AATG-T-AAAATG------gagaaaagtcagcacagcataaggtaatttaaccacatcagattaaaactgaaccgtcaaagt
gi|24 : c---------ACA---ACA----TA-----ATGTAAA------GT--------GA-CCACGTCAG---AA----T--AATATCGA-A-C-TA-----------CA-------TCA--T--AATG-T-AAAATG------
gi|12 : ---------ACA---TCC----GA-----TTG-AAA------AT--------AA-CCACAGCAG---ACT-G-T--CATAT--G-A-C-CA-----------CA-------TCA--G--AACG-T-AAAT
gi|17 : aaagtgacc---TCA----TA-----ATGTAAA------GT--------GA-CCACATCCG---AAT-G-A--AAAGT--A-A-C-CA-----------CA-------GCA--G--ACTG-T-CATCTG------A---CCAC---AT---CAGA--A-TGT--A-------A-A-T-A---A---AC-CAaaaccaccaaagtcgtgttttgcg
gi|19 : ---TCA----GA-----ATG-AAA------AT--------AA-CTGCATCAATATAAT-G-A--TATGT--G-A-C-CA-----------CA-------TCA--C--AATA-C-AAtca
gi|16 : accacactattatgtaagtagactgggA----TA-----ATGTAAA------GT--------GA-CCACATCCG---AAT-G-A--AAAGT--A-A-C-CACAGCAAACTGTCA-------TCA--G--AATG-T-AAAT
gi|15 : -----ATGTAAA------GT--------GA-CCACATCCG---AAT-GAT--AAA-T--A-A-C-CA-----------CA-------GCA--G--AATG-T-CATTGG------A---CCAC---Aaaaccatcaaagtcttgtttggc
gi|20 : TAAA------GT--------GA-CCACATCCG---AAT-G-A--TAAGT--T-A-C-CA-----------CA-------GCA--G--ACTG-T-CATTGG------A---CCAC---AT---CATA--A-T-tcatttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|10 : AAA------GT--------GA-CCACATCCG---AAT-G-A--AAAGT--A-A-C-CA-----------CA-------GCA--G--ACTG-T-CATCTG------A---ACAC---AT---CAGA--ATT-T--A-------A-A-TT----A---AC-CACgaaaattgaccatcaaagt
gi|12 : AAA------GT--------GA-CCACATCCG---ATT-G----AAAAT--A-A-C-CA-----------CA-------GCA--G--ACTG-T-CATATG------A---CCAC---AT---CAGA--A-CGT--A-------A-A-T-A---A---AC-CACcaaagtcatgtttggcgtt
gi|13 : AAA------GT--------GA-CCACATATG---AAT-G-A--AAAGT--A-A-C-CA-----------CA-------GCA--T--AATG-T--CATCGGACCACA---TCAT---AA---TACA--A-T-T--AAC-----C-A-TCA---A---Acaaagtcgtgttttgcg
gi|14 : ------GT--------GG-CCAAATGA----AAC-G----AAATT--G-AAC-CA-----------CA-------TCA--T--AATG-T-AAAGTG------A---CC-C---AT---CGGA--A-T--------------A---A---A---ACACACA--T--A-GA--ATG---AAAATTGAC--CAgtcgtgtttggcg
gi|11 : cac-CCACATCAG---AAT-G-----ACATCGG-A-C-TA-----------TA-------TCA--G--AATG-A-AAAACA------A---CCAT---AT---CATA--A-TGT--A-------T-AGT-----A---AC-CACA--T--CAGA--ATG---AAAAGTAAC----CA------TG
gi|9 : tCACATCAA---ATT-G-A--AAAGT--A-A-C-CA-----------CAGCGTAATTTACTGGTAATG-T-AAAATG------A---TCAC---AT---TAGA--A-T-G--A-------A-A-ACG---A---AC-CATAATT--CTGA--gc
gi|17 : agTCAT---AAT-G-T--AAAGT--G-A-C-CA-----------CA-------TCC--G--AATG-A-AAAGTA------A---CCAC---AG---CAGA--C-T-G--T-------C-A-TCT---G---AC-CACA--T--CAGA--ATG---TAAA-TAAtttcaatgtcgttttttgcgtt
gi|15 : AT-G-T--AAAGT--G-A-C-CA-----------CA-------TCC--G--AATGAT-AAA-TA------A---CCAC---AG---CAGA--A-T-G--T-------C-A-TTG---G---AC-CACA--T--Caccatca
gi|20 : -T--AAAGT--G-A-C-CA-----------CA-------TCC--G--AATGAT-AAGTT-------A---CCAC---AG---CAGA--C-T-G--T-------C-A-TTG---G---AC-CACA--T--CATA--ATG---AAAATTGAC--CAatttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|10 : --AAAGT--G-A-C-CA-----------CA-------TCC--G--AATG-A-AAAGTA------A---CCAC---AG---CAGA--C-T-G--T-------C-A-TCT---G---AA-CACA--T--CAGA--ATT---TAAATTAAC--CACtcaaagt
gi|12 : --AAAGT--G-A-C-CA-----------CA-------TCC--G--ATTG---AAAATA------A---CCAC---AG---CAGA--C-T-G--T-------C-A-TAT---G---AC-CACA--T--CAGA--ACG---TAAATAAAC--CACcaaagtcatgtttggcgtt
gi|13 : --AAAGT--G-A-C-CA-----------CA-------TAT--G--AATG-A-AAAGTA------A---CCAC---AG---CATA--A-T-G--T-------C-A-TCG---G---AC-CACA--T--CATA--AT----ACAATTAAC--CAcaaagtcgtgttttgcg
gi|3 : T--G-A-C-CA-----------CA-------TCA--G--AATG---ACATCG------AA--CCAC---AA---CAGA--A-T-G--A-------C-A-TCG---A---AC-CACA--A--CAGA--ATG---ACATCGAAC--TACA------T---------------CA----TTATGT-AA--AG--TGACCACATCA---------------------------GA--AT---GAAAAGTAACTACA----------------A-CAG-----AC------TGTCATCTGACCACATCATAATG-TAAAT--ATCCCATCAtcaaagtcgtgtttggcg
gi|5 : acaacataatgtaaagttaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaannnnnnnnnntgata-A-C-CA-----------CA-------ACG--T--AATG-T-AAATTT------AATGTGAC---ACCATCATA--A-T-TG-A-------A-A-TCA---A------CACA--T--CAG----------AAAG-------ACA------TTT---------A-ATCA----T-ACG--AA--AA--TGA--A-ATC-GAAC-TACATCA-AAATT----T--------------AAAAG-GACCATA--------------TCATTAT-----A---------TAAAGTGACCATATCAGAGAG-AAAAGTCAGCACAGCAaagtcgtgtttggcgtt
gi|24 : tA-----------CA-------ACA--T--AATG-T-AAAGTG------A---CCAC---GT---CAGA--A-T-A--A-------T-A-TCG---A---AC-TACA--T--CATA--ATG---TAAAATtaaggtaatttaaccacatcagattaaaactgaaccgtcaaagt
gi|8 : G------A---TNNN---NN---NNNN--N-T-G--A-------C-A-TCG---A---AC-CACA--A--CAGA--ATG---ACATCGAAC--TACA------T---------------CA----TAATGT-AA--AG--TGACCACA---------------------------TCCGA--AT---GAAAAGTAACCACA-------------G----CAG-----AC------TGTCATCTGACCACATCAGAATG-TAAATg
gi|11 : aatcttattttagtaAC---AT---CAGA--A-T-G--A-------C-A-TCG---G---AC-TATA--T--CAGA--ATG---AAAAACAAC----CA------T-------------ATCA----TAATGT-AT--AG--TAACCACATCAGAAT-aaaccatcaaagtcgtatttggcgttcca
gi|7 : tccC---AT---TAGA--A-T-G--A-------C-A-TCG---A---AC-CACA--A--CAGA--ATG---ACATCGAAC--TACA--------------------ACC-----TAATGT-TA--AG--TGACCACATCAGAAT-AACAACG-AACTA----CATCAAA--AT---GTAAGGTGACCACA-TCCGAATGAAAAGTAACCACAGCAGAC------TGTCATCTGACGACATCAGAATG-TAAATAAACCACgaaaagtaaccatggc
gi|17 : ---AC-CACA--T--CCGA--ATG---AAAAGTAAC--CACA-------G--------------CA----GACTGT-CA--TC--TGACCACATCAGAAT-caaagtcgtgtt
gi|16 : tcataatgtaaagtg---AC-CACA--T--CCGA--ATG---AAAAGTAAC--CACAGCAAACTGT----------CATCA----GAATGT-AA--A---TAAAC-CATCAAAGT-gtaaataaaccatca
gi|10 : ataatgtaaagtg---AC-CACA--T--CCGA--ATG---AAAAGTAAC--CACA-------G--------------CA----GACTGT-CA--TC--TGAACACATCAGAAT-Tcttgtttggc
gi|15 : aaagtg---AC-CACA--T--CCGA--ATG---ATAAATAAC--CACA-------G--------------CA----GAATGT-CA--TT--GGACCACATCAtaaattaaccaccaaagtcatgtttggcgtt
gi|12 : atgtaaagtg---AC-CACA--T--CCGA--TTG---AAAA-TAAC--CACA-------G--------------CA----GACTGT-CA--TA--TGACCACATCAGAAtttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|20 : aaagtg---AC-CACA--T--CCGA--ATG---ATAAGTTAC--CACAGCAGACTGTCATTGGACCACATCA----TAATGA-AA--AT--TGAC--CATCAAAGT-cgtaaataaaccaccaaagtcgtgttttgcg
gi|13 : taaagtg---AC-CACA--T--ATGA--ATG---AAAAGTAAC--CACA-------G--------------CA----TAATGT-CA--TC--GGACCACATCATAA--TACA
gi|11 : aaagtgC-CACA--T--CAGA--ATG---ACATCGGAC--------------T---------ATATCA----GAATGA-AA--AA--CAACCATATCATAATGTATA--GTAACCA----CATCAGA--AT---GAAAAGTAACCATattaaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|14 : t-CACG--TGGCCAA--ATG---AAACGAAAT--TGAA------C-C---------ACATCA----TAATGT-AA--AG--TGACC-CATCGGAAT-AAAAC----AC-A----CAT-AGA--AT---GAAAATTGACCAggc
gi|9 : -CACA--T--CAAA--TTG---AAAAGTAAC--CACAG-----CGT---------AATTTACTGGTAATGT-AA--AA--TGATCACATTAGAAT-GAAAACG-AAC
gi|19 : ag--T--CAGA--ATG---AAAA-TAAC--TGCA------T------------CAATA----TAATGA-TA--TG--TGACCACATCACAA--TACAcataattctgatttcaatgtcgttttttgcgtt
gi|23 : accacactattatgtaagtagactggg---------ACATCA----TAAAGT-AA--AG--TGACCTCGTCAGAAT-a
gi|24 : c---------ACAACA----TAATGT-AA--AG--TGACCACGTCAGAAT-AATATCG-AACTA----CATCATA--AT---GTAAAATggaatgtaaccataacaaaatgtaaaatg
gi|17 : TCA----TAATGT-AA--AG--TGACCACA---------------------------TCCGA--AT---GAAAAGTAACCACA-------------G----CAG-----AC------TGTCATCTGACCACATCAGAATG-TAAATg
gi|16 : A----TAATGT-AA--AG--TGACCACATC---------------------------CGA--AT---GAAAAGTAACCACA-------------GCAA---------AC------TGT----------CATCAGAATG-TAAATaaaccatca
gi|15 : ATGT-AA--AG--TGACCACATCCGAAT-GATAAAT-AACCA----CAGCAGA--AT---Gaaaccatcaaagtcttgtttggc
gi|11 : CCACATCAGAAT-GACATCG-GACTA----TATCAGA--AT---GAAAAACAACCAT-----------------ATCAT-----AA------TGTATAGTAACCACATCAGAATG-AAAAGTAACCAtcattggaccacatcatttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|10 : t----CATCCGA--AT---GAAAAGTAACCACA-------------G----CAG-----AC------TGTCATCTGAACACATCAGAATT-TAAATTAACCACtggc
gi|12 : aaagtgacca----CATCCGA--TT---GAAAA-TAACCACA-------------G----CAG-----AC------TGTCATATGACCACATCAGAACG-TAAATAAACCACcaaagtcatgtttggcgtt
gi|9 : aaagtgacca----CATCAAA--TT---GAAAAGTAACCACAGC-----------GTAATT-T-----ACTGGTAATGTAAAATGATCACATTAGAATG-AAAAcaaagtcgtgttttgcg
gi|20 : agca----CATCCGA--AT---GATAAGTTACCACA-------------G----CAG-----AC------TGTCATTGGACCACATCATAATG-AAAATTGACCAcgaaccataattctgatttcaatgtcgttttttgcgtt
gi|13 : taaagtgacca----CATATGA--AT---GAAAAGTAACCACA-------------G----CAT-----AA------TGTCATCGGACCACATCATAATA-C-AATTAACCAtcaaagt
gi|19 : aaagtgaccaTCAGA--AT---GAAAA-TAACTGCA-T------------CAAT-AT-----AA------TGATATGTGACCACATCACAATA-CAAtcaaagtcgtgtttggcg
gi|6 : accacactattatgtaagtagactggg--AT---GACAAGTAACGA-A-T---------------TCAT-----AA------TGTAAAGTTTCCACTTCACAATG-TAACGTGACCACAACAG
gi|17 : cacaatgacgttgtcaagTCAT-----AA------TGTAAAGTGACCACATCCGAATG-AAAAGTAACCACAGCAGaaagaatatccacacaccagaatgaaaagaacgcagagaacaatgtaaaatggcgagtcagataatgaagtaatcatattataatgtaatatgatcagaatgaaaatgaacgaccaaagtacat
gi|16 : AT-----AA------TGTAAAGTGACCACATCCGAATG-AAAAGTAACCACAGCAactgtcatctgaccacatcagaatgtaaataaaccatca
gi|15 : ------TGTAAAGTGACCACATCCGAATGATAAA-TAACCACAGCAGaactgtcatcagaatgtaaataaaccatcaaagtcttgtttggc
gi|21 : aAGTAACCACAGCATAATG-TCATCTGACCACACCAaatgtcattggaccacatcatttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): GCCACTTCAGAATGAAATGAACGACCAAAGTCGTGTCTGGTGTTCC
Unaligned ( gi|26 ): ACATCAGAATGAAAATGAACTATCAATGTCATATTTGGCGTTC
Unaligned ( gi|27 ): AAATGAAAACGAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCATT
Unaligned ( gi|28 ): AGTGAAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCGTTTCATA
Unaligned ( gi|29 ): CAGAATGAAAATGAACCATCAAAATCGTGTTTGG
Alignments
lowQualScore : 11 11111111 44444444444444 11111111111 1111 3333333333333333 444444444444 6666666666666666666666 333333 11 1111 1
lowQualScore : 1 00 4 11111111 2 1 2 33 0 2 2 2 6666 88 33 22222222222222 2 2 2 5 33 0 2 33 5 0 2 2 11111111111 33 444 3333 2 22 1 0 8888888888888888 55 2 0 2 4 6666 0 333333333333 5 0 1 7777777777777777777777 3 1 4 111111 00 1 55 66 3333 5
lowQualScore : . .. . ........ . . . .. . . . . .... .. .. .............. . . . . .. . . .. . . . . ........... .. ... .... . .. . . ................ .. . . . . .... . ............ . . . ...................... . . . ...... .. . .. .. .... .
lowQualScore : 0 77 0 33333333 5 0 5 22 2 4 5 5 1111 77 44 00000000000000 7 4 5 0 44 4 5 44 9 4 1 5 99999999999 77 777 5555 9 33 2 2 2222222222222222 88 0 9 6 4 9999 9 333333333333 0 2 7 6666666666666666666666 0 6 4 888888 11 0 77 99 0000 0
consensus : CATAATGTAAAGTGACCACATCAGAATG-TAAANT------G-A-CCACANCAGAAT-G-ACATCGGACCACAT-CAGA-ATG-AA---AANTAA--CCAC-A-------T--ACATC-ATAATGTAAAGT-GA-C--CACAT-CAG--AATGAAAAGTAA-CCA-----------C--A---TCAN---AATGT-AAAGTGACCACATCAGAAT-N-ACAT-----C--GAAC-CACATCAGAATGNAA-AG--TGACCACA-TG-A---CATCATAATGT-AAAGTGACCACATCAG-AATNA-----CA-C-GAACTACATCAGAATGAAAAGTAAC-CACA---G--CATAA-TGTCANNTGACCACATCAG--AAT-G-NAAATTAACCACACCAG
Reference ( family-984 ) : CATAATGTAAAGTGACCACATCAGAATG-TAAANT------G-A-CCACANCAGAAT-G-ACATCGAACCACAT-CAGA-ATG-AA---AAGTAA--CCAC-A-------TG-ACATC-ATAATGTAAAGT-GA-C--CACAT-CAG--AATGNAAAGTGA-CCA-----------C--A---TCAG---AATGT-AAANTGACCACATCAGAAT-N-ACAT-----C--GAAC-CACATCAGAATGAAA-AG--TAACCACA-TG-A---CATCATAATGT-AAAGTGACCACATCAG-AATNA-----CA-C-GAACTACATCAGAATGAAAAGTAAC-CACA---GA-CATAC-TGTNANGTGACCACATCAG--AAT-G-NAAATTAACCACAGCAG
gi|1 : ACAACAGAATA-TAAAGT------A-A-C-ACAT----AT-A-ACGTC-----ATGTACAGAGATG-AAGTCAAATAA----AA-A-------AA-AC-TC-ATAATG-AAAGA-GA-ATGCAAATATAA--AATAAAAAGGCA-TCA-----------C--A---TCAT---AATGT-ACAGTGGCTACAATAGAAT-A-TAAA-----G--GAAC-TATATCGTAATGTGA-AG--GGACTACA-T------CATTATATTG----AGTTAT----TCTGCAATCA-----CA-T----CTATAT---AGT--AAAGTTGC-CGCA---G--CATAA-TGTTAACCGACTAC
gi|1 : CATAATGTACAGTGGCTACAATAGAATA-TAAAGG------A-A-CTATATCGTAAT-G-TGAAGGGACTACAT-CATT-ATA-TT---GAGTTATTCTGCAA-------TC-ACATCTATATAGTAAAGT-TG-C--CGCAG-CAT--AATGTTAACCGA-CTA-----------CCGAACCTCAATTTGATGT-CACGTGACCACATCAGACTAT-ACA------CAGGGGT-CACGATACAGTAAAGTAGTATAATCAGATTG-ACCCCATCAAAATGTAAAAATTACCACATCAG-----------------------ATTATAAAGAAAAGTGAC-CACA---G--CATATGTGGAAAGTGACCACATTAG--AAT-GAAAAAGTAACCAcgaacctcaatttgatgtcacgtgaccacatcagactatacacaggggtcacgatacagtaaagtagtataatcagattgaccccatcaaaatgtaaaaattaccacatcagattataaagaaaagtgaccacagcatatgtggaaagtgaccacattagaatgaaaaagtaaccagttgtgttttggcgttct
gi|10 : acaacagaatataaagtaacacatataacgtcatgtacagagatgaagtcaaataaaaaaaactcataatgaaagagaatgcaaatataaaataaaaaggcatcacatACCACATCCGAATGAAAAGTAAC-CACA---G--CAGAC-TGTCATCTGAACACATCAG--AAT-T-TAAATTAACCACgttgtgttttggcgttct
gi|11 : aaagtg-CCACATCAGAAT-G-ACATCGGACTATAT-CAGA-ATG-AA---AAACAA--CC--------------ATATC-ATAATGTATAGT-AA-C--CACAT-CAG--AATGAAAAGTAA-CCA-----------caaagtcatgtttggcgtt
gi|12 : tACCACATCCGATTGAAAA-TAAC-CACA---G--CAGAC-TGTCATATGACCACATCAG--AAC-G-TAAATAAACCACtggc
gi|13 : aaagtgAAAGTGACCACATATGAATG-AAAAGT------A-A-CCACAGCATAAT-G-TCATCGGACCACAT-CATA-AT--AC---AATTAA--CCAcaaagtcgtgttttgcg
gi|14 : GT-GG-C--CAAAT-GA---AACG-AAATTGAACCA-----------C--A---TCAT---AATGT-AAAGTGACC-CATCGGAAT-A-A------------AACACACAT-AGAATGAAA-AT--TGACCAtcaaagtcgtgtttggcg
gi|15 : cacATGTAAAGTGACCACATCCGAATGATAAA-T------A-A-CCACAGCAGAAT-G-TCATTGGACCACAT-CA
gi|16 : -ATAATGTAAAGT-GA-C--CACAT-CCG--AATGAAAAGTAA-CCACAGCAAACTGTC--A---TCAG---AATGT-AAATAAAC--CATCAAAGT-tttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|17 : CATAATGTAAAGTGACCACATCCGAATG-AAAAGT------A-A-CCACAGCAGACT-G-TCATCTGACCACAT-CAGA-ATG-TA---AATAAA--CCActtgtttggc
gi|18 : tACCGCATCAGCAT-ATACATGTATAC--GAAC-CACACCATTGTGTAT-AG--TGAC------A-A---CAACAGAATAT-AAAGTAA-CACATtca
gi|19 : -ACACT-ATTATGTAA-GTAGA-C--TGGGT-CAG--AATGAAAA-TAA-CTG-----------C--A---TCAATATAATGA-TATGTGACCACATCACAAT---ACAataacgtca
gi|19 : accACTGGGTCAGAATGAAAA-TAAC-TGCATC-AA-TATAA-TGATATGTGACCACATCAC--AAT-A-CAAa
gi|2 : accacactattatgtaagtagCATAATATAAAGTGACCACATCAGAATG-TAAATT------G-A-TAACACCAGAAT-G-ACAGCAAACCACAT-CCGA-ATG-AA---TAGTAA--CTAC-A-------TGTACATC-ATAATGTAAAGT-GA-C--CACAT-CAG--AATGTAAAGTGA-CCA-----------C--A---TCAG---AATGT-AAATTGATTACACTAGAAT-T-ACAT-----C--AAAC-CACATCCGAATGAAA-AG--TAACTACA-TGTA---CATCATAATGT-AAAGTGACCACATCAG-AATTA-----CACC-GAACTTCATCCGAATGAAAAGTAAC-TATATGTAATCATAC-TGTCAAGTGACCACACCAG--AAT-G-TAAATTGATCACACCAG
gi|20 : TAAAGTGACCACATCCGAATGATAAGTT--------A-CCACAGCAGACT-G-TCATTGGACCACAT-CATA-ATG-AA---AATTGA--CCA
gi|21 : AGTAAC-CACA---G--CATAA-TGTCATCTGACCACACCAT--AATAA-AAAATAAACCAtcaaagt
gi|22 : -A-CTACAGCATAAT-G-TCATCGGATCACAT-CATA-ATG-AA---AATTAA--CCAtcaaaatcgtgtttggc
gi|23 : -ACATC-ATAAAGTAAAGT-GA-C--CTCGT-CAG--AATGGAATGTAA-CCA-----------T--A---ACAA---AATGT-AAAATGtcaaagtcgtgtttggcg
gi|24 : c-A---CAACATAATGT-AAAGTGACCACGTCAG-AATAA-----TATC-GAACTACATCATAATGTAAAAT
gi|3 : TGACCACATCAGAATG--ACATC------GAA-CCACAACAGAAT-G-ACATCGAACCACAA-CAGA-ATG-AC---ATCGAA--CT--------------ACATC-ATTATGTAAAGT-GA-C--CACAT-CAG--AATGAAAAGTAA-CTA-----------C--A---ACAG---ACTGT-CATCTGACCACATCATAATGT-AAAT----------AT-CCCATCAAAGTg
gi|4 : acaacataatgtaaagttaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaannnnnnnnnntgataACGTCAAAATG-TAAAAT------G-A-TCATATCAGAAT-G-ATATCGATCCAAAT-CAGA-ATG-AC---ATCGAA--CCA--A------------ATC-AGAATG-ACATC-GAGC--CAAAT-CAG--AATGACATCCAA-CTA-----------C--A---CCAA---AATGTAAAAATGACTGCATCAGAAT-G-ACAT-----C--GAAC-CACAACAGAATGACA-AC--GAACTACA-TA---------ATAATGT-AAAGTGACCACATC-----T-----------------------GAATGAAAAGTAAC-CAC----GG-CATAA-TGTCATCGGACCACATCAT--AAT-G-AATATTAACCAcgtgtttggcgtt
gi|5 : gACCACAACGTAATG-TAAATTTAATGTG-A-CACCATCATAATTG-AAATCAA--CACAT-CAGA-AAG-AC---ATTTAA--TCAT-A-------CG-A-----A-AATG-AAATC-GAAC--TACAT-CAA--AATTTAAAAGGA-CCA-----------T--A---TCAT---TATAT-AAAGTGACCATATCAGA-----------------------------GA--GAAA-AG--TCAGCACA--G--------CATAAGGT-AATTTAACCACATCAG-ATTAA-----AA-CTGAAC--CGTCAAAGTtcaaagtcgtgtgtggcg
gi|5 : tCATAAT-TGAAATCAACACATCAGAAAG-ACATTT------A-A-TCATACGAAAAT-G-AAATCGAACTACAT-CAAA-ATTTAA---AAG-GA--CCAT-A-------T---CATT-ATA---TAAAGT-GA-C--CATAT-CAG--AGAGAAAAGTCA-GCA-----------C--A---GCAT---AAGGT-AATTTAACCACATCAGATT-A-AAAC-----T--GAAC-C
gi|6 : taccacaacgtaatgtaaatttaatgtgacaccatAATGACGTTGTCAAGAT-G-ACAA-----G--TAAC-GAATTCATAATGTAA-AG--TTTCCAC--T--------TCACAATGT-AACGTGACCACAACAG-AAAGAATATCCA-C------ACACCAGAATGAAAAG-AACGCAGA---GA--ACAA-TGTAAAATGGCGA-GTCAGATAAT-G---AAGTAATCATAgtcaaagt
gi|6 : cacCATAATGTAAAGTTTCCACTTCACAATG-TAACGT------G-A-CCACAACAGAAA-GAATATCCA--CACAC-CAGA-ATG-AA---AAG-AA---CGC-A--------G-AGA---ACAATGTAAAAT-GG-C--GA-GT-CAGATAATG--AAGTAA-TCA-----------T--A---TTAT---AATGT-AATATG-----ATCAGAAT-G-AAAA-----T--GAAC-GACttataatgtaatatgatcagaatgaaaatgaacgaccaaagtacat
gi|7 : cacaatgacgttgtcaagatgacaagtaacgaattCATTAGAATG--ACATC------G-AACCACAACAGAAT-G-ACATCGAACTACAA-CCTA-ATG-TT---AAGTGA--CCAC-A-------T---CAGA-ATAAC--AACG--AA-C--TACAT-CAA--AATGTAAGGTGA-CCA-----------C--A---TCCG---AATGA-AAAGTAACCACAGCAGACT-G-TCAT-----C--TGAC-GACATCAGAATGTAA-AT--AAACCACcaaagtacat
gi|8 : ------G-A-TNNNNNNNNNNT-G-ACATCGAACCACAA-CAGA-ATG-AC---ATCGAA--CT--------------ACATC-ATAATGTAAAGT-GA-C--CACAT-CCG--AATGAAAAGTAA-CCA-----------C--A---GCAG---ACTGT-CATCTGACCACATCAGAATGT-AAAT--------AAAC---CATCAAAGTcaaagtcgtgtt
gi|9 : aatcttattttagtaCACAT-CAAA-TTG-AA---AAGTAA--CCAC-AGCGTAATTT-AC-TG-GTAATGTAAAAT-GA-T--CACAT-TAG--AATGAAAACGAA-CCA-----------T--A---cgtatttggcgttcca
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): GCCACTTCAGAATGAAATGAACGACCAAAGTCGTGTCTGGTGTTCC
Unaligned ( gi|26 ): ACATCAGAATGAAAATGAACTATCAATGTCATATTTGGCGTTC
Unaligned ( gi|27 ): AAATGAAAACGAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCATT
Unaligned ( gi|28 ): AGTGAAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCGTTTCATA
Unaligned ( gi|29 ): CAGAATGAAAATGAACCATCAAAATCGTGTTTGG
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333333333333 11111111 33333333 33333333333333 111111 333333333333
lowQualScore : 3 77 5555555 3 1 2 2 55 2 2 2 66666 5 444 99 0000000000000000 11 3 00000000 2 2 33 2 33 2 2 0 2 444 1 33 55 555 33 6666 2 11111111 77 1 55 1 1 4 44444444444444 222222 999 999999999999 8 88 66 777 4 8888 4 22 1 6666
lowQualScore : . .. ....... . . . . .. . . . ..... . ... .. ................ .. . ........ . . .. . .. . . . . ... . .. .. ... .. .... . ........ .. . .. . . . .............. ...... ... ............ . .. .. ... . .... . .. . ....
lowQualScore : 7 55 0000000 1 0 9 9 99 7 5 5 77777 3 777 22 2222222222222222 33 2 99999999 4 4 22 4 22 4 4 4 8 444 0 44 55 000 99 1111 9 22222222 11 2 00 0 4 0 77777777777777 000000 777 888888888888 4 33 11 888 0 5555 0 00 1 2222
consensus : CATAATGTAAAGTGACCACATCAGAATG-TAAA------GTGA-CCACANCAGAA-TG-ACATCGGA-C-CACAT-CAG-----A-ATGAA---AANGAACCACA--------T--ACATCATAATGTAAAGT--------G-A-C--CACAT-CAG--AA-T-GAAAAGTAACCACANC---ANAATGT-AAAGTGACCAC---A--TCA----GA-AT-NAAAT-GAAC-CACATCAGA--ATGNAAAGTGACCAC-ATG-ACATCA---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAG-AATNACA-C-G-A--ACCACATCCGA--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATA-ATGTCATCTGACCACATCAGAAT-G-NAAATTAACCACACCAG
Reference ( family-984 ) : CATAATGTAAAGTGACCACATCAGAATG-TAAA------NTGA-CCACANCAGAA-TG-ACATCGGA-C-CACAT-CAG-----A-ATGAA---AANTAACCACA--------T--ACATCATAATGTAAAGT--------G-A-C--CACAT-CAG--AA-T-GAAAAGTAACCACATC---ANAATGT-AAAGTGACCAC---A--TCA----GA-AT-NACATCGAAC-CACATCAGA--ATGNAAAGTGACCAC-ATG-ACATCA---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAG-AATNACA-C-G-A--ACTACATCAGA--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATA-ATGTCANNTGACCACATCAGAAT-G-NAAATTAACCACACCAG
gi|1 : ACAACAGAATA-TAAA------GTAA-C-ACAT----A-TA-ACGTC-------ATGTACAG-----AGATGAAGTCAAATAAAAAAA-----------AC-TCATAATG-AAAGA--------G-A-ATGCAAATATAA--AA-T-AAAAAGGCATCACATC---ATAATGT-ACAGTGGCTAC---A--ATA----GA-AT-ATAAAGGAAC-TATATCGTA--ATGTGAAGGGACTAC-AT---CATTA---TATTG-----AG--TTAT----TCTGCAATCACA-T-------CTATAT---A--GT-----AAAGTTGCCGCA-G----CATA-ATGTTAACCGACTAC
gi|1 : AATAAAAAGGCATCACATCATAATG-TACA------GTGG-CTACAATAGAA-T--ATAAAGGAAC-TATAT-CGT-----A-ATGTG---AAGGGACTACA--------T---CATTATATTG---AGTTATTCTGCA-A-T--CACAT-CTA--TA-TAGTAAAGTTGCCGCAGC---ATAATGT-TAACCGACTACCGAACCTCAATTTGATGT-CACGT--GAC-CACATCAGACTATACACAGGGGTCACGAT--ACAGTAAAGTAGTATAATCAGATTGACCCCATCAA-AATGTAA-A-A-ATTACCACATCAGATTATAAAGAAAAGTGACCACA-G----CATATGTGGAAAGTGACCACATTAGAAT-GAAAAAGTAACCAcgaacctcaatttgatgtcacgtgaccacatcagactatacacaggggtcacgatacagtaaagtagtataatcagattgaccccatcaaaatgtaaaaattaccacatcagattataaagaaaagtgaccacagcatatgtggaaagtgaccacattagaatgaaaaagtaaccagttgtgttttggcgttct
gi|10 : acaacagaatataaagtaacacatataacgtcatgtacagagatgaagtcaaataaaaaaaactcataatgaaagagaatgcaaatataa--ACCACATCCGA--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CAGA-CTGTCATCTGAACACATCAGAAT-T-TAAATTAACCACgttgtgttttggcgttct
gi|11 : aaagtg-CCACATCAGAA-TG-ACATCGGA-C-TATAT-CAG-----A-ATGAA---AAACAACC--------------ATATCATAATGTATAGT--------A-A-C--CACAT-CAG--AA-T-GAAAAGTAACCAcaaagtcatgtttggcgtt
gi|12 : t--ACCACATCCGA--TT---GAAAA-TAACCACA-G----CAGA-CTGTCATATGACCACATCAGAAC-G-TAAATAAACCACtggc
gi|13 : aaagtg--ACCACATATGA--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATA-ATGTCATCGGACCACATCATAAT-A-C-AATTAACCAcaaagtcgtgttttgcg
gi|14 : aaagtgGT--------G-G-C--CAAAT-GA---AA-C-GAAATTGAACCACATC---ATAATGT-AAAGTGACC-C---A--TCG----GA-AT-AA-----AACACACAT-AGA--ATGAAAATTGACCAtcaaagtcgtgtttggcg
gi|15 : cacATGTAAAGTGACCACATCCGAATGATAAA-------TAA-CCACAGCAGAA-TG-TCATTGGA-C-CACAT-CA
gi|16 : ATAATGTAAAGT--------G-A-C--CACAT-CCG--AA-T-GAAAAGTAACCACAGC---AAACTGT-----------C---A--TCA----GA-ATGTAAAT-AAAC---CATCAAA--GTtttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|17 : CATAATGTAAAGTGACCACATCCGAATG-AAAA------GTAA-CCACAGCAGAC-TG-TCATCTGA-C-CACAT-CAG-----A-ATGTA---AATAAACCActtgtttggc
gi|18 : tA-C-CGCAT-CAGCATATACATGTA---TACGAACCACA--------C------CATTGTGTATAGT--------G-A-C--AACAA-CAG--AA-T-ATAAAGTAA-CACAT----ATAACGT-tca
gi|19 : --ACACTATTATGTAA-GTA-------G-A-C--TGGGT-CAG--AA-T-GAAAA-TAACTGCATCAATATAATGA-TATGTGACCAC---A--TCA----CA-AT--ACAca
gi|2 : accCATAATATAAAGTGACCACATCAGAATG-TAAA------TTGA-TAACACCAGAA-TG-ACAGCAAA-C-CACAT-CCG-----A-ATGAA---TAGTAACTACA--------TGTACATCATAATGTAAAGT--------G-A-C--CACAT-CAG--AA-T-GTAAAGTGACCACATC---AGAATGT-AAATTGATTAC---A--CTA----GA-AT-TACATCAAAC-CACATCCGA--ATGAAAAGTAACTAC-ATGTACATCA---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAG-AATTACACC-G-A--ACTTCATCCGA--AT---GAAAAGTAACTATATGTAATCATA-CTGTCAAGTGACCACACCAGAAT-G-TAAATTGATCACACCAGa
gi|20 : TAAAGTGACCACATCCGAATGATAAG------TT-A-CCACAGCAGAC-TG-TCATTGGA-C-CACAT-CAT-----A-ATGAA---AATTGACCA
gi|21 : AGTAACCACA-G----CATA-ATGTCATCTGACCACACCATAATAA-AAAATAAACCAtcaaagt
gi|22 : ACTACA-G----CATA-ATGTCATCGGATCACATCATAAT-G-AAAATTAACCAtcaaaatcgtgtttggc
gi|23 : --ACATCATAAAGTAAAGT--------G-A-C--CTCGT-CAG--AA-T-GGAATGTAACCATAAC---AAAATGT-AAAATGtcaaagtcgtgtttggcg
gi|24 : cACAAC---ATAATGT-AAAGTGACCAC---G--TCA----GA-AT-AATATCGAAC-TACATCATA--ATGTAAAATG
gi|3 : TGACCACATCAGAATG--ACA------TCGAACCACAACAGAA-TG-ACATCGAA-C-CACAA-CAG-----A-ATGAC---ATCGAAC------------T--ACATCATTATGTAAAGT--------G-A-C--CACAT-CAG--AA-T-GAAAAGTAACTACAAC---AGACTGT-CATCTGACCAC---A--TCA----TA-ATGTAAAT---AT-CCCATCAAA--GT
gi|4 : acaacataatgtaaagttaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaannnnnnnnnntgataACGTCAAAATG-TAAA------ATGA-TCATATCAGAA-TG-ATATCGAT-C-CAAAT-CAG-----A-ATGAC---ATCGAACCA-A-------------ATCAGAATG-ACATC--------G-AGC--CAAAT-CAG--AA-T-GACATCCAACTACACC---AAAATGTAAAAATGACTGC---A--TCA----GA-AT-GACATCGAAC-CACAACAGA--ATGACAACGAACTAC-ATA------A---TAATGTAA--AG--TGACCACATC-----T---------------------GA--AT---GAAAAGTAACCACG-G----CATA-ATGTCATCGGACCACATCATAAT-G-AATATTAACCAcgtgtttggcgtt
gi|5 : gACCACAACGTAATG-TAAATTTAATGTGA-CACCATCATAATTG-AAATC--A-A-CACAT-CAG-----A-AAGAC---ATTTAAT--CA--------T--ACG--AAAATG-AAATC--------GAA-C--TACAT-CAA--AATT-TAAAAG-GACCATATC---ATTATAT-AAAGTGACCAT---A--TCA----GA----------GA----------------GAAAAGTCAGCAC-A-G-----CA---TAAGGTAA--TT--TAACCACATCAG-ATTAAAA-CTG-A--AC--CGTCAAA--GT---tcaaagtcgtgtgtggcg
gi|5 : tCATAAT-TGAAATCAACACATCAGAAAG-ACAT------TTAA-TCATACGAAAA-TG-AAATCGAA-C-TACAT-CAA-----A-ATTTA---AAAGGACCATA--------T---CATTATA---TAAAGT--------G-A-C--CATAT-CAG--AG-A-GAAAAGTCAGCACAGC---ATAAGGT-AATTTAACCAC---A--TCA----GA-TT-AAAACTGAAC-C
gi|6 : taccacaacgtaatgtaaatttaatgtgacaccatTCAA-GATGACA-A-GTA--ACGAATTCATA--AT---GTAAAGTTTCCACT-T----CACA-ATGTAACGTGACCACAACAGAAA-G-AATATCCA-CACACCAGgtcaaagt
gi|6 : cacaatgacgttgCATAATGTAAAGTTTCCACTTCACAATG-TAAC------GTGA-CCACAACAGAA-AGAATATC----CACACAC-CAG-----A-ATGAA---AAG-AA-CGCA--------G--AGA--ACAATGTAAAAT--------G-G-C--GA-GT-CAGATAA-T-G--AAGTAATCATATT---ATAATGT-AATATG--------A--TCA----GA-AT-GAAAATGAAC-GACaatgaaaagaacgcagagaacaatgtaaaatggcgagtcagataatgaagtaatcatattataatgtaatatgatcagaatgaaaatgaacgaccaaagtacat
gi|7 : cacaatgacgttgtcaagatgacaagtaacgaattCATTAGAA-TG-ACATCGAA-C-CACAA-CAG-----A-ATGAC---ATCGAACTACA-------------ACC-TAATGTTAAGT--------G-A-C--CACAT-CAG--AA-T-AACAACGAACTACATC---AAAATGT-AAGGTGACCAC---A--TCC----GA-AT-GAAAAGTAAC-CACAGCAGA--CTGTCATCTGAC------G-ACATCA---GAATGTAA--AT--AAACCACcaaagtacat
gi|8 : GA-TNNNNNNNNNN-TG-ACATCGAA-C-CACAA-CAG-----A-ATGAC---ATCGAAC------------T--ACATCATAATGTAAAGT--------G-A-C--CACAT-CCG--AA-T-GAAAAGTAACCACAGC---AGACTGT-CATCTGACCAC---A--TCA----GA-ATGTAAAT-AAAC---CATCAAA--GTcaaagtcgtgtt
gi|9 : aatcttattttagta-CACAT-CAA-----A-TTGAA---AAGTAACCACAGCGTAATTT--AC-TGGTAATGTAAAAT--------G-A-T--CACAT-TAG--AA-T-GAAAACGAACCATAcgtatttggcgttcca
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): GCCACTTCAGAATGAAATGAACGACCAAAGTCGTGTCTGGTGTTCC
Unaligned ( gi|26 ): ACATCAGAATGAAAATGAACTATCAATGTCATATTTGGCGTTC
Unaligned ( gi|27 ): AAATGAAAACGAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCATT
Unaligned ( gi|28 ): AGTGAAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCGTTTCATA
Unaligned ( gi|29 ): CAGAATGAAAATGAACCATCAAAATCGTGTTTGG
Alignments
lowQualScore : 111111111111 22222222222 11111111 11111111111 11 11111111 3333333333333333333333 111 555555555555555 11111
lowQualScore : 6 0 66 4 4 3 3 666666666666 3 3 1 3 3 77777 77777 3 44 77777777777 0 22222222 2 33 2 1 1 66666666666 1 33 66 444 77 2 77777777 2 1 55 11 9999999999999999999999 5 000 77 77 0 0 1 999999999999999 4 00000 777 3 7777 0 33 2 0 4444
lowQualScore : . . .. . . . . ............ . . . . . ..... ..... . .. ........... . ........ . .. . . . ........... . .. .. ... .. . ........ . . .. .. ...................... . ... .. .. . . . ............... . ..... ... . .... . .. . . ....
lowQualScore : 4 7 77 1 0 6 6 888888888888 3 3 4 1 1 11111 77777 1 22 11111111111 2 33333333 7 44 5 5 0 22222222222 0 44 55 777 00 7 88888888 1 2 00 22 7777777777777777777777 7 000 99 99 1 7 3 888888888888888 0 99999 000 3 1111 4 66 5 4 9999
consensus : CATAATGTAAAGTGACCACATCAGAATG-TAAAGT-GA-C-CACAN-----------CAGA-ATG-ACATCGAA-C-CACA-----TCAG-----A-ATGAAAACGAAC-CA-CAT--ACATCATAATGTAAAGT--------GA-CCACATCAG--AAT-GAAAAGTAACCACANC-----------ANAATGT-AAANTGACCAC---ATCAGAATGNAAA-T-G------AACCACATCAGA--ATGNAAA------GTGA--CTAC-ATG-ACATC-A---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATGACA-NN-A--ACC-ACATCCG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATA-ATGTCATNTGACCACATCAGAAT-G-NAAATTAACCACACCAG
Reference ( family-984 ) : CATAATGTAAAGTGACCACATCAGAATG-TAAAGT-GA-C-CACAN-----------CAGA-ATG-ACATCGGA-C-CACA-----TCAG-----A-ATGAAAANGAAC-CA-CAT--ACATCATAATGTAAAGT--------GA-CCACATCAG--AAT-GAAAAGTAACCACANC-----------ANAATGT-AAAGTGACCAC---ATCAGAAT-NAAA-T-G------AACCACATCAGA--ATGNAAA------GTGA--CCAC-ATG-ACATC-A---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATNACA-CG-A--ACC-ACATCCG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATA-ATGTCATCTGACCACATCAGAAT-G-NAAATTAACCACACCAG
gi|1 : ACAACAGAATA-TAAAGT-AA-CACATATAACGTCATGTACAGAGATG-AAGTCAAA-T-AAAAAAAACTCAT-----A-ATGAAAGAGAATGCA-AAT--ATAAAATAA---AAAGG--------CA-TCACATCAT--AAT-GTACAGTGGCTACAAT-----------AGAATAT-AAAGGAACTAT---ATCGTAATGTGAA-G-G------GACTACATCATT--ATATTGA------GTTATTCTGCAATC-ACATCTA---TATAGTAA--AG--TTGCCGCAGCATAATG----TT-A--ACCGACTACCG-----------------AACCTCA-A----TTTG-ATGTCACGTGACCACATCAGA
gi|1 : AATAAAAAGGCATCACATCATAATG-TACAGT-GG-C-TACAA-----------TAGA-AT--ATAAAGGAAC-TATA-----TCGT-----A-ATGTGAAGGGAC-TA-CAT---CATTATATTG---AGTTATTCTGCAA-TCACATCTA--TATAGTAAAGTTGCCGCAGC-----------ATAATGT-TAACCGACTACCGAACCTCAAT-TTGA-T-GTCACGTGACCACATCAGACTATACACA------GGGG--TCACGAT--ACAGT-AAAGTAGTATAATCAGATTGACCCCATCAAAATGTAA-AA-ATTACC-ACATCAG--ATTATAAAGAAAAGTGACCACA-G----CATATGTGGAAAGTGACCACATTAGAAT-GAAAAAGTAACCActatacacaggggtcacgatacagtaaagtagtataatcagattgaccccatcaaaatgtaaaaattaccacatcagattataaagaaaagtgaccacagcatatgtggaaagtgaccacattagaatgaaaaagtaaccagttgtgttttggcgttct
gi|10 : acaacagaatataaagtaacacatataacgtcatgtacagagatgaagtcaaataaaaaaaactcataatgaaagagaatgcaaatataa--ACC-ACATCCG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CAGA-CTGTCATCTGAACACATCAGAAT-T-TAAATTAACCACgttgtgttttggcgttct
gi|11 : aaagtg-C-CACAT-----------CAGA-ATG-ACATCGGA-C-TATA-----TCAG-----A-ATGAAAAACAAC-C-------ATATCATAATGTATAGT--------AA-CCACATCAG--AAT-GAAAAGTAACCAcaaagtcatgtttggcgtt
gi|12 : t--ACC-ACATCCG--A--TT---GAAAA-TAACCACA-G----CAGA-CTGTCATATGACCACATCAGAAC-G-TAAATAAACCACtggc
gi|13 : aaagtg--ACC-ACATATG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATA-ATGTCATCGGACCACATCATAAT-A-C-AATTAACCAcaaagtcgtgttttgcg
gi|14 : aaagtgGT--------GG-CCAAATGA---AAC-GAAATTGAACCACATC-----------ATAATGT-AAAGTGACC-C---ATCGGAAT-AAAA-C-A---------CACAT-AGA--ATGAAAA------TTGA--CCAtcaaagtcgtgtttggcg
gi|15 : cacATGTAAAGTGACCACATCCGAATGATAAA-T-AA-C-CACAG-----------CAGA-ATG-TCATTGGA-C-CACA-----TCA
gi|16 : ATAATGTAAAGT--------GA-CCACATCCG--AAT-GAAAAGTAACCACAGC-----------AAACTGT-----------C---ATCAGAATGTAAA-T-A------AAC--CATCAAA--GTtttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|17 : TC-A---TAATGTAA--AG--TGACCA-------------------------CATCCG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CAGA-CTGTCATCTGACCACATCAGAAT-G-TAAATAAACCActtgtttggc
gi|18 : A-C-CGCA-----TCAGCATATACATGTATACGAAC-CA-CAC------CATTGTGTATAGT--------GA-CAACAACAG--AAT-ATAAAGTAA-CACAT------------ATAACGT-tca
gi|19 : --ACACTATTATGTAA-GTA-------GA-CTGGGTCAG--AAT-GAAAA-TAACTGCATCAAT--------ATAATGA-TATGTGACCAC---ATCACAAT-ACAA-ca
gi|2 : accCATAATATAAAGTGACCACATCAGAATG-TAAATT-GA-T-AACAC-----------CAGA-ATG-ACAGCAAA-C-CACA-----TCCG-----A-ATGAATAGTAAC-TA-CATGTACATCATAATGTAAAGT--------GA-CCACATCAG--AAT-GTAAAGTGACCACATC-----------AGAATGT-AAATTGATTAC---ACTAGAAT-TACA-TCA------AACCACATCCGA--ATGAAAA------GTAA--CTAC-ATGTACATC-A---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATTACACCG-A--ACT-TCATCCG--A--AT---GAAAAGTAACTATATGTAATCATA-CTGTCAAGTGACCACACCAGAAT-G-TAAATTGATCACACCAG
gi|20 : TAAAGTGACCACATCCGAATG-ATAAGT-TA-C-CACAG-----------CAGA-CTG-TCATTGGA-C-CACA-----TCAT-----A-ATGAAAATTGAC-CA-
gi|21 : AGTAACCACA-G----CATA-ATGTCATCTGACCACACCATAATAA-AAAATAAACCAtcaaagt
gi|22 : ACTACA-G----CATA-ATGTCATCGGATCACATCATAAT-G-AAAATTAACCAtcaaaatcgtgtttggc
gi|23 : --ACATCATAAAGTAAAGT--------GA-CCTCGTCAG--AAT-GGAATGTAACCATAAC-----------AAAATGT-AAAATGtcaaagtcgtgtttggcg
gi|24 : cACAAC-----------ATAATGT-AAAGTGACCAC---GTCAGAAT-AATA-TCG------AACTACATCATA--ATGTAAA------ATG
gi|25 : CCAC---TTCAGAAT-GAAA-T-G------AACGAC
gi|26 : gACA-----TCAG-----A-ATGAAAATGAAC-TATCA---ATGTCATAcaaagtcgtgtctggtgttcc
gi|3 : TGACCACATCAGAATG--ACATC-GAAC-CACAA-----------CAGA-ATG-ACATCGAA-C-CACA-----ACAG-----A-ATGACATCGAAC------T--ACATCATTATGTAAAGT--------GA-CCACATCAG--AAT-GAAAAGTAACTACAAC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC---ATCATAATGTAAA-T---------ATCCCATCAAA--GTtttggcgttc
gi|4 : acaacataatgtaaagttaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaannnnnnnnnntgataACGTCAAAATG-TAAAAT-GA-T-CATAT-----------CAGA-ATG-ATATCGAT-C-CAAA-----TCAG-----A-ATGACATCGAAC-CA--A-----ATCAGAATG-ACATC--------GAGCCAAATCAG--AAT-GACATCCAACTACACC-----------AAAATGTAAAAATGACTGC---ATCAGAAT-GACA-TCG------AACCACAACAGA--ATGACAA------CGAA--CTAC-ATA-------A---TAATGTAA--AG--TG------------------------ACC-ACATCTG--A--AT---GAAAAGTAACCACG-G----CATA-ATGTCATCGGACCACATCATAAT-G-AATATTAACCAcgtgtttggcgtt
gi|5 : gACCACAACGTA--ATGTAAATTTAATGTGA--C-AC------CATC-A---TAAT-TGA--AA--TCAACACATCAGAAAGACATTT-A--ATC-ATA--CGAAA--AT---GAAATCGAACTACA-T----CAAA-ATTTAAAAGGACCATATCATTAT-A-TAAAGTGACCATATCAGtcaaagtcgtgtgtggcg
gi|5 : tCATAAT-TGAAATCAACACATCAGAAAG-ACATTT-AA-T-CATAC-----------GAAA-ATG-AAATCGAA-C-TACA-----TCAA-----A-ATTTAAAAGGAC-CA-TAT---CATTATA---TAAAGT--------GA-CCATATCAG--AGA-GAAAAGTCAGCACAGC-----------ATAAGGT-AATTTAACCAC---ATCAGATT-AAAACT-G------AACCagagaaaagtcagcacagcataaggtaatttaaccacatcagattaaaactgaaccgtcaaagt
gi|6 : taccacaacgtaatgtaaatttaatgtgacaccatTCAAGATGACA-AGTA--ACG-A-ATTCAT-A--AT---GTAAAGTTTCCACT-T----CACA-ATGTAACGTGACCACAACAGAAA-G-AATATCCA-CACACCAGgtcaaagt
gi|6 : cacaatgacgttgCATAATGTAAAGTTTCCACTTCACAATG-TAACGT-GA-C-CACAA-----------CAGA-AAGAATATC----CACACA-----CCAG-----A-ATGAAAA-GAA--CG-CAG--AGA--ACAATGTAAAAT--------GG-CGA-GTCAGATAAT-G--AAGTAATCATATT-----------ATAATGT-AATATG--------ATCAGAATGAAAA-T-G------AACGACaatgaaaagaacgcagagaacaatgtaaaatggcgagtcagataatgaagtaatcatattataatgtaatatgatcagaatgaaaatgaacgaccaaagtacat
gi|7 : cacaatgacgttgtcaagatgacaagtaacgaattCAT-----------TAGA-ATG-ACATCGAA-C-CACA-----ACAG-----A-ATGACATCGAAC-TA-CA-----ACC-TAATGTTAAGT--------GA-CCACATCAG--AAT-AACAACGAACTACATC-----------AAAATGT-AAGGTGACCAC---ATCCGAAT-GAAA-A-GT-----AACCACAGCAGA--CTGTCAT------CTGA--C------G-ACATC-A---GAATGTAA--AT--AAACCACcaaagtacat
gi|8 : AGTAGA-T-NNNNN-----------NNNN-NTG-ACATCGAA-C-CACA-----ACAG-----A-ATGACATCGAAC------T--ACATCATAATGTAAAGT--------GA-CCACATCCG--AAT-GAAAAGTAACCACAGC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC---ATCAGAATGTAAA-T-A------AAC--CATCAAA--GTcaaagtcgtgtt
gi|9 : aatcttattttCACATCAA--ATT-GAAAAGTAACCACAGCGTAATTTACTGGTAATGT-AAAATGATCAC---ATTAGAATGAAAA-C-G------AACCATAcgtatttggcgttcca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AAATGAAAACGAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCATT
Unaligned ( gi|28 ): AGTGAAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCGTTTCATA
Unaligned ( gi|29 ): CAGAATGAAAATGAACCATCAAAATCGTGTTTGG
Alignments
lowQualScore : 3333333333 11111111111 111111 333333333 33333333333 111
lowQualScore : 6 2 0 4 4 4 3 1 3 2 77777 6 3 55 1111111111 2 0 99999999 2 33 2 33 2 1 1 11111111111 33 44 11 33 444 444 44 88 33 6666 44 11 111111 7 888888888 888 888888 1 22222222222 3 3 55 55 000 3 3 6666 1 3 555 999 3 77 0
lowQualScore : . . . . . . . . . . ..... . . .. .......... . . ........ . .. . .. . . . ........... .. .. .. .. ... ... .. .. .. .... .. .. ...... . ......... ... ...... . ........... . . .. .. ... . . .... . . ... ... . .. .
lowQualScore : 4 5 1 4 1 0 6 0 3 9 77777 2 1 00 0000000000 7 8 11111111 5 22 4 22 4 0 0 22222222222 22 22 66 44 444 444 44 11 77 9999 22 99 555555 8 999999999 888 111111 4 55555555555 6 6 00 00 000 1 1 5555 5 1 222 222 3 66 7
consensus : CATAATGTAAAGTNACCACATCAGAATG-TAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAACCACAT-CAG-----A-ATG-AAAACGAACCA-CAT--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACCACANCANAAT-----------GT-AANNTGACCAC--A---TCAG---AATG-NAAAT-GAAC-CACATCAG---A--ATGNAAA------GTGACCAC-A---T--ACATCA---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATG--ACA-GTGACCACAT-CC-G--A--AT---GAAAAGTAAC-CACA-G----CATA-ATGTCATCNGACCACATCAT--AAT-G-NAAATTAACCACATCAG
Reference ( family-984 ) : CATAATGTAAAGTGACCACATCAGAATG-TAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAACCACAT-CAG-----A-ATG-AAAACGAACCA-CAT--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACCACANCANAAT-----------GT-AAANTGACCAC--A---TCAG---AATG-NAAAT-GAAC-CACATCAG---A--ATGNAAA------GTGACTAC-A---TG-ACATCA---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATG--ACA-NNAACCACAT-CC-G--A--AT---GAAAAGTAAC-CACA-G----CATA-ATGTCATNTGACCACATCAG--AAT-G-NAAATTAACCACACCAG
gi|1 : ACAACAGAATA-TAAAGT-AA-C-ACAT----ATA-ACGTC-----ATGTACAG-----AGATG-AAGTCAAATAA-AAA--AAACTCATAATG-AAAGA--------GA-ATGCAAATATAA--AAT-AAAAAGGCATCACATCATAAT-----------GT-ACAGTGGCTAC--A---ATAG---AATA-TAAAG-GAAC-TATATCGT---A--ATGTGAA------GGGACTAC-A---T---CATTA---TATTG-----AG--TTAT----TC----TG-------CAATCACAT-CT-A--T--ATA--GTAAAGTTGC-CGCA-G----CATA-ATGTTAACCGACTAC
gi|1 : AATAAAAAGGCATCACATCATAATG-TACAGT-GG-CTACAATAGAATA-TAAAGGAACTATAT-CGT-----A-ATG-TGAAGGGACTA-CAT---CA-TTATATTG---AGTTATTCTGCAA-T--CACAT-CTA--TATAGTAAAGTTGCCGCAGCATAAT-----------GT-TAACCGACTACCGAACCTCAATTTGATGTCACGT-G-AC-CACATCAG---ACTATACACA------GGGGTCACGA---T--ACAGTAAAGTAGTATAATCAGATTGACCCCATCAAAATGTAAAA-ATTACCACAT-CA-G--ATTATAAAGAAAAGTGAC-CACA-G----CATATGTGGAAAGTGACCACATTAG--AAT-GAAAAAGTAACCAcgaacctcaatttgatgtcacgtgaccacatcagactatacacaggggtcacgatacagtaaagtagtataatcagattgaccccatcaaaatgtaaaaattaccacatcagattataaagaaaagtgaccacagcatatgtggaaagtgaccacattagaatgaaaaagtaaccagttgtgttttggcgttct
gi|10 : acaacagaatataaagtaacacatataacgtcatgtacagagatgaagtcaaataaaaaaaactcataatgaaagagaatgcaaatataaA-GTGACCACAT-CC-G--A--AT---GAAAAGTAAC-CACA-G----CAGA-CTGTCATCTGAACACATCAG--AAT-T-TAAATTAACCACgttgtgttttggcgttct
gi|11 : aa-CCACATCAGAATG-ACATCGGACTATAT-CAG-----A-ATG-AAAAACAACC-------ATA-TCATAATGTATAGT--------AA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACCAcaaagtcatgtttggcgtt
gi|12 : tA-GTGACCACAT-CC-G--A--TT---GAAAA-TAAC-CACA-G----CAGA-CTGTCATATGACCACATCAG--AAC-G-TAAATAAACCACtggc
gi|13 : aaA-GTGACCACAT-AT-G--A--AT---GAAAAGTAAC-CACA-G----CATA-ATGTCATCGGACCACATCAT--AAT-A-C-AATTAACCAcaaagtcgtgttttgcg
gi|14 : aaGT--------GG-C--CAAAT-GA---AAC-GAAATTGAACCACATCATAAT-----------GT-AAAGTGACC-C--A---TCGG---AAT---AA----AACACACAT-AG---A--ATGAAAA------TTGACCAtcaaagtcgtgtttggcg
gi|15 : cacATGTAAAGTGACCACATCCGAATGATAAA-T-AA-CCACAGCAGAATG-TCATTGGACCACAT-CA
gi|16 : ATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAACCACAGCAAACT-----------GT-----------C--A---TCAG---AATG-TAAAT-AAAC---CATCAA---A--GTtttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|17 : -TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAACCACAGCAGACT-----------GT-CATCTGACCAC--A---TCAG---AATG-TAAAT-AAAC-CActtgtttggc
gi|18 : ACCGCAT-CAGCATATACATG-TATACGAACCA-CAC-------CATTGTGTATAGT--------GA-C--AACAA-CAG--AAT-ATAAAGTAA-CACAT-ATAAC-----------GT-tca
gi|19 : ACCACACTATTAT-----------GT-AAGTAGACTGG--G---TCAG---AATG-AAAAT--AAC-TGCATCAATATA--ATGATAT------GTGACCAC-A---TC-ACAca
gi|2 : CATAATATAAAGTGACCACATCAGAATG-TAAATT-GA-TAACACCAGAATG-ACAGCAAACCACAT-CCG-----A-ATG-AATAGTAACTA-CATGTACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GTAAAGTGACCACATCAGAAT-----------GT-AAATTGATTAC--A---CTAG---AAT--TACATCAAAC-CACATCCG---A--ATGAAAA------GTAACTAC-A---TGTACATCA---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATT--ACACCGAACTTCAT-CC-G--A--AT---GAAAAGTAAC-TATATGTAATCATA-CTGTCAAGTGACCACACCAG--AAT-G-TAAATTGATCACACCAGatacaa
gi|20 : A-GTGACCACAT-CC-G--A--AT---GATAAGTTAC-CACA-G----CAGA-CTGTCATTGGACCACATCAT--AAT-G-AAAATTGACCA
gi|21 : taaAGTAAC-CACA-G----CATA-ATGTCATCTGACCACACCAT--AATAA-AAAATAAACCAtcaaagt
gi|22 : AC-TACA-G----CATA-ATGTCATCGGATCACATCAT--AAT-G-AAAATTAACCAtcaaaatcgtgtttggc
gi|23 : --ACA-TCATAAAGTAAAGT--------GA-C--CTCGT-CAG--AAT-GGAATGTAACCATAACAAAAT-----------GT-AAAATGtcaaagtcgtgtttggcg
gi|24 : cACAACATAATG-TAAAGT-GA-CCACGTCAGAATA-ATATCGAACTACAT-CAT-----A-ATGTAAAATG
gi|26 : ACAT-CAG-----A-ATG-AAAATGAACTATCA---ATG-TCATA
gi|3 : --ACA-ACATAATGTAAAGT--------TA-C--CNNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------NN-NNNNNNNNNNN--N---NNNN---NNNN-NNNNN-NNNN-NNNNNNNN---N--NNNNNNN------NNNNNNNN-NNNNTA-ANNNNN---NNNNNTGA--TA--TGACCACATCAGAATG--ACATCGAACCACAA-CA-G--A--AT---GACATCGAAC-CACA-A----CAGA-ATGACATCGAACTACATCAT--TAT-G-TAAAGTGACCACATCAGtttggcgttc
gi|3 : TGACCACATCAGAATG--ACATC-GAACCACAACAGAATG-ACATCGAACCACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAAC-----T--ACA-TCATTATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACTACAACAGACT-----------GT-CATCTGACCAC--A---TCAT---AATG-TAAAT---AT-CCCATCAA---A--GTaatgaaaagtaactacaacagactgtcatctgaccacatcataatgtaaatatcccatcaaagtcgtgtttggcgtt
gi|4 : acaacataatgtaaagttaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaannnnnnnnnntgataACGTCAAAATG-TAAAAT-GA-TCATATCAGAATG-ATATCGATCCAAAT-CAG-----A-ATG-ACATCGAACCA--A-----A-TCAGAATG-ACATC--------GAGC--CAAAT-CAG--AAT-GACATCCAACTACACCAAAAT-----------GTAAAAATGACTGC--A---TCAG---AATG-ACATC-GAAC-CACAACAG---A--ATGACAA------CGAACTAC-A---TA------A---TAATGTAA--AG--TG-----------------------ACCACAT-CT-G--A--AT---GAAAAGTAAC-CACG-G----CATA-ATGTCATCGGACCACATCAT--AAT-G-AATATTAACCAcgtgtttggcgtt
gi|5 : gAC-CACAACGT---A--ATGTAAATTTAATGTGAC-AC---------CATCA---TAAT-TGA--AA--TCAACACATCAGAAAG--ACATTTAATCATA---C-GAAA--AT---GAAATCGAAC-TACA-T----CAAA-ATTTAAAAGGACCATATCAT--TAT-A-TAAAGTGACCATATCAGtcaaagtcgtgtgtggcg
gi|5 : tCATAAT-TGAAATCAACACATCAGAAAG-ACATTT-AA-TCATACGAAAATG-AAATCGAACTACAT-CAA-----A-ATT-TAAAAGGACCA-TAT---CA-TTATA---TAAAGT--------GA-C--CATAT-CAG--AGA-GAAAAGTCAGCACAGCATAAG-----------GT-AATTTAACCAC--A---TCAG---ATTA-AAACT-GAAC-Cagagaaaagtcagcacagcataaggtaatttaaccacatcagattaaaactgaaccgtcaaagt
gi|6 : taccacaacgtaatgtaaatttaatgtgacaccatAATGACGTT--G---TCAA---GATG-ACAAG-TAAC-GAATTCAT---A--ATGTAAA------GTTTCCAC-----T-----TCA---CAATGTAA--CG--TGACCACAACAGAA----AGA-ATATCCACACACCAG--A--AT---GAAAAG-AACGCAGA-G----AACA-ATGTAAAATGGCGA-GTCAGATAAT-G---AAGTAATCATAgtcaaagt
gi|6 : cacCATAATGTAAAGTTTCCACTTCACAATG-TAACGT-GA-CCACAACAGAAAGAATATCCA--CACAC-CAG-----A-ATG-AAAA-GAA-CG-CAG--AGA---ACAATGTAAAAT--------GG-C--GA-GT-CAGATAAT-G--AAGTAATCATATTATAAT-----------GT-AATATG-------A---TCAG---AATG-AAAAT-GAAC-GACttataatgtaatatgatcagaatgaaaatgaacgaccaaagtacat
gi|7 : cacaatgacgttgtcaagatgacaagtaacgaattCATTAGAATG-ACATCGAACCACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAACTA-CA-----A-CC-TAATGTTAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-AACAACGAACTACATCAAAAT-----------GT-AAGGTGACCAC--A---TCCG---AATG-AAAAG-TAAC-CACAGCAG---A--CTGTCAT------CTGAC---------G-ACATCA---GAATGTAA--AT--AAACCACcaaagtacat
gi|8 : AGTAGA-TNNNNNNNNNNTG-ACATCGAACCACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAAC-----T--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAACCACAGCAGACT-----------GT-CATCTGACCAC--A---TCAG---AATG-TAAAT-AAAC---CATCAA---A--GTcaaagtcgtgtt
gi|9 : aatcttatttt--CACAT-CAA--ATT-GAAAAGTAACCACAGCGTAATTTACTGGTAATGT-AAAATGATCAC--A---TTAG---AATG-AAAAC-GAAC-CATAcgtatttggcgttcca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): GCCACTTCAGAATGAAATGAACGACCAAAGTCGTGTCTGGTGTTCC
Unaligned ( gi|27 ): AAATGAAAACGAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCATT
Unaligned ( gi|28 ): AGTGAAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCGTTTCATA
Unaligned ( gi|29 ): CAGAATGAAAATGAACCATCAAAATCGTGTTTGG
Alignments
lowQualScore : 1 2222222222222 11111111 11111111111 3333333333333 111 333333333333 11111111111 111111
lowQualScore : 0 1 1 0 0 4 4 0 11 3 2 77777 5 2 66 2222222222222 00000000 2 22 2 22 2 33 44444444444 1 55 33 444 33 444 1 2 44 0 66 44 77 4444444444444 000 333333333333 99 11111111111 3 3 3 2 3 44 999 1 2 5555 0 2 111111 1 444 33 4444 33 1 0
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . ..... . . .. ............. ........ . .. . .. . .. ........... . .. .. ... .. ... . . .. . .. .. .. ............. ... ............ .. ........... . . . . . .. ... . . .... . . ...... . ... .. .... .. . .
lowQualScore : 5 0 4 4 1 4 0 2 77 6 9 11111 7 9 33 4444444444444 33333333 2 99 1 99 1 22 44444444444 0 44 66 777 77 777 0 7 77 9 11 22 55 6666666666666 000 333333333333 00 44444444444 3 3 3 3 3 66 222 3 7 7777 1 7 333333 0 777 77 8888 99 6 1
consensus : CATAATATAAAGTNACCACATCAGAATGTAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAACCACAT-CAG-----A-ATG-AAANCGAACCA-CAT--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACCACA-NC-----------ANAATGT-AANNTGACCAC---A--TCAG---AATGTAA-AT-GAACCACATCAGA--GTGNNAAGNGACTAC-A--T----ACATCA---TAATGTAA--A------G--TGACCACATCAGAA-TG--ACA-GTG-A-CCACATCCG-A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATA-ATGTCA------TCNGACCAC---A--TCA---TAATG-NAAATTGACCACATCAG
Reference ( family-984 ) : CATAATGTAAAGTNACCACATCAGAATGTAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAACCACAT-CAG-----A-ATG-AAAACGAACCA-CAT--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACCACA-NC-----------ANAATGT-AANNTGACCAC---A--TCAG---AATGNAA-AT-GAACCACATCAGA--ATGNAAAGTGACCAC-A--T----ACATCA---TAATGTAA--A------G--TGACCACATCAGAA-TG--ACA-GTG-A-CCACATCCG-A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATA-ATGTCA------TCNGACCAC---A--TCA---TAATG-NAAATTAACCACATCAG
gi|1 : ACAACAGAATATAAAGT-AA-C-ACAT----ATA-ACGTC-----ATGTACAG-----AGATG-AAGTCAAATAA-AAA--AAACTCATAATG-AAAGA--------GA-ATGCAAATATAA--AAT-AAAAAGGCATCACA-TC-----------ATAATGT-ACAGTGGCTAC---A--ATAG---AATATAA-AG-GAACTATATCGTA--ATGTGAAGGGACTAC-A--T-----CATTA---TATTG-----A------G--TTAT----TC-----TG---CA-AT-----CACATCTA-T--ATA--GTAAAGTTGCCGCA-G----CATA-ATGTTA------ACCGACTACCGAACCTCAATTTGATG-TCACGTGACCACATCAG
gi|1 : AATAAAAAGGCATCACATCATAATGTACAGT-GG-CTACAATAGAATA-TAAAGGAACTATAT-CGT-----A-ATG-TGAAGGGACTA-CAT---CA-TTATATTG---AGTTATTCTGCAA-T--CACAT-CTA--TATAGTAAAGTTGCCGCA-GC-----------ATAATGT-TAACCGACTACCGAACCTCAATTTGATGTCACGT-GA-CCACATCAGACTATACACAGGGGTCACGA--T----ACAGTAAAGTAGTATAATCA------GATTGACCCCATCAAAA-TGTAAAA-ATT-A-CCACATCAG-ATTATAAAGAAAAGTGACCACA-G----CATATGTGGAA------AGTGACCAC---A--TTA---GAATGAAAAAGTAACCAactatacacaggggtcacgatacagtaaagtagtataatcagattgaccccatcaaaatgtaaaaattaccacatcagattataaagaaaagtgaccacagcatatgtggaaagtgaccacattagaatgaaaaagtaaccagttgtgttttggcgttct
gi|10 : acaacagaatataaagtaacacatataacgtcatgtacagagatgaagtcaaataaaaaaaactcataatgaaagagaatgcaaatataaA-GTG-A-CCACATCCG-A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CAGA-CTGTCA------TCTGAACAC---A--TCA---GAATT-TAAATTAACCACgttgtgttttggcgttct
gi|11 : aa-CCACATCAGAATG-ACATCGGACTATAT-CAG-----A-ATG-AAAAACAACCA-TAT-------CATAATGTATAGT--------AA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACCAcaaagtcatgtttggcgtt
gi|12 : tAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--ATT-GAAAA-TAACCACA-GC-----------AGACTGT-CATATGACCAC---A--TCAG---AACGTAA-AT-AAACCACtggc
gi|13 : A-GTG-A-CCACATATG-A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATA-ATGTCA------TCGGACCAC---A--TCA---TAATA-C-AATTAACCAcaaagtcgtgttttgcg
gi|14 : aaCCAAAT-GA------A-ACG-AAATTGAACCA-CAT-------CATAATGTAAAGT--------GA-C--C-CAT-CGG--AAT-AAAA------CACACAT-----------AGAATGA-AAATTGACCAtcaaagtcgtgtttggcg
gi|15 : cacgtggA-GTG-A-CCACATCCG-A--AT---GATAAATAACCACA-G----CAGA-ATGTCA------TTGGACCAC---A--TCA---T
gi|16 : atgtaaATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAACCACA-GC-----------AAACTGT-----------C---A--TCAG---AATGTAA-AT-AAAC--CATCAAA--GTttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|17 : -TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAACCACA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC---A--TCAG---AATGTAA-AT-AAACCActtgtttggc
gi|18 : ACCGCAT-CAGCATATACATG-TATACGAACCA-CAC-------CATTGTGTATAGT--------GA-C--AACAA-CAG--AAT-ATAAAGTAA-CACA-T------------ATAACGT-tca
gi|19 : --ACA-CTATTATGTAA-GTA-------GA-C--TGGGT-CAG--AAT-GAAAA-TAACTGCA-TCAAT--------ATAATGA-TATGTGACCAC---A--TCAC---AATACAA-ca
gi|2 : accCATAATATAAAGTGACCACATCAGAATGTAAATT-GA-TAACACCAGAATG-ACAGCAAACCACAT-CCG-----A-ATG-AATAGTAACTA-CATGTACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GTAAAGTGACCACA-TC-----------AGAATGT-AAATTGATTAC---A--CTAG---AAT-TAC-ATCAAACCACATCCGA--ATGAAAAGTAACTAC-ATGT----ACATCA---TAATGTAA--A------G--TGACCACATCAGAA-TT--ACA-CCGAA-CTTCATCCG-A--AT---GAAAAGTAACTATATGTAATCATA-CTGTCA------AGTGACCAC---A--CCA---GAATG-TAAATTGATCACACCAG
gi|20 : A-GTG-A-CCACATCCG-A--AT---GATAAGTTACCACA-G----CAGA-CTGTCA------TTGGACCAC---A--TCA---TAATG-AAAATTGACCA
gi|21 : taaAGTAACCACA-G----CATA-ATGTCA------TCTGACCAC---A--CCA---TAATA-AAAAATAAAC-CATCAtcaaagt
gi|22 : ACTACA-G----CATA-ATGTCA------TCGGATCAC---A--TCA---TAATG-AAAATTAACCAaaatcgtgtttggc
gi|23 : --ACA-TCATAAAGTAAAGT--------GA-C--CTCGT-CAG--AAT-GGAATGTAACCATA-AC-----------AAAATGT-AAAATGtcaaagtcgtgtttggcg
gi|24 : cACAACATAATGTAAAGT-GA-CCACGTCAGAATA-ATATCGAACTACAT-CAT-----A-ATGTAAAATG
gi|26 : ACAT-CAG-----A-ATG-AAAATGAACTATCA---ATG-TCATA
gi|3 : --ACA-ACATAATGTAAAGT--------TA-C--CNNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNNNNNNN-NN-----------NNNNNNN-NNNNNNNNNNN---N--NNNN---NNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNTAANNNNN---NNNNNTGA--T------A--TGACCACATCAGAA-TG--ACA-TCG-AACCACAACAG-A--AT---GACATCGAACCACA-A----CAGA-ATGACA------TCGAACTAC---A--TCA---TTATG-TAAAGTGACCACATCAGtttggcgttc
gi|3 : TGACCACATCAGAATG-ACATC-GAACCACAACAGAATG-ACATCGAACCACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAAC-----T--ACA-TCATTATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACTACA-AC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC---A--TCAT---AATGTAA-AT---ATCCCATCAAA--GTaatgaaaagtaactacaacagactgtcatctgaccacatcataatgtaaatatcccatcaaagtcgtgtttggcgtt
gi|4 : acaacataatgtaaagttaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaannnnnnnnnntgataACGTCAAAATGTAAAAT-GA-TCATATCAGAATG-ATATCGATCCAAAT-CAG-----A-ATG-ACATCGAACCA--A-----A-TCAGAATG-ACATC--------GAGC--CAAAT-CAG--AAT-GACATCCAACTACA-CC-----------AAAATGTAAAAATGACTGC---A--TCAG---AATGACA-TC-GAACCACAACAGA--ATGACAA-CGA--AC----T----ACATAA---TAATGTAA---------------------------------A-GTG-A-CCACATCTG-A--AT---GAAAAGTAACCACG-G----CATA-ATGTCA------TCGGACCAC---A--TCA---TAATG-AATATTAACCAcgtgtttggcgtt
gi|5 : gACCACA-A----CGTA-ATGTAAATTTAATGTGACACC---A--TCA---TAATT-GAAATCAA-CACATCAGtcaaagtcgtgtgtggcg
gi|5 : t----ACAACG---TAATGTAA--ATTTAATG--TGACACCATCATAATTG--A-A-ATC-A-ACACATCAG-A--AA---GACATTTAATCATA-C----GAAA-ATGAAA------TCGAACTAC---A--TCA---AAATT-TAAAAGGACCATATCAaaagacatttaatcatacgaaaatgaaatcgaactacatcaaaatttaaaaggaccatatcattatataaagtgaccatatcagagagaaaagtcagcacagcataaggtaatttaaccacatcagattaaaactgaaccgtcaaagt
gi|5 : taccCATAAT-TGAAATCAACACATCAGAAAGACATTT-AA-TCATACGAAAATG-AAATCGAACTACAT-CAA-----A-ATT-TAAAAGGACCA-TAT---CA-TTATA---TAAAGT--------GA-C--CATAT-CAG--AGA-GAAAAGTCAGCACA-GC-----------ATAAGGT-AATTTAACCAC---A--TCAG---ATTAAAA-CT-GAACCttatataaagtgaccatatcagagagaaaagtcagcacagcataaggtaatttaaccacatcagattaaaactgaaccgtcaaagt
gi|6 : taccacaacgtaatgtaaatttaatgtgacaccat--ACA-ATG-A-CGTTGTCAA-G--AT---GACAAGTAACGAAT-T----CATA-ATGTAAAG----TTT--CCAC---T--TCA---CAATG-TAACGTGACCACAACAGgtcaaagt
gi|6 : cTCAAGA-TG--ACAAGTA-A-CGA-ATTCATA--AT---GTAAAGTTTCCACT-T----CACA-ATGTAA------CGTGACCAC---A--ACA---GAAAG-AATATCCA-CACACCAGaaagaatatccacacaccagaatgaaaagaacgcagagaacaatgtaaaatggcgagtcagataatgaagtaatcatattataatgtaatatgatcagaatgaaaatgaacgaccaaagtacat
gi|6 : cacaatgacgttgCATAATGTAAAGTTTCCACTTCACAATGTAACGT-GA-CCACAACAGAAAGAATATCCA--CACAC-CAG-----A-ATG-AAAA-GAA-CG-CAG--AGA---ACAATGTAAAAT--------GG-C--GA-GT-CAGATAAT-G--AAGTAATCATA-TT-----------ATAATGT-AATATG--------A--TCAG---AATGAAA-AT-GAACGACaatgaaaagaacgcagagaacaatgtaaaatggcgagtcagataatgaagtaatcatattataatgtaatatgatcagaatgaaaatgaacgaccaaagtacat
gi|7 : cacaatgacgttgtcaagatgacaagtaacgaattCATTAGAATG-ACATCGAACCACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAACTA-CA-----A-CC-TAATGTTAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-AACAACGAACTACA-TC-----------AAAATGT-AAGGTGACCAC---A--TCCG---AATGAAA-AG-TAACCACAGCAGA--CTGTCATCTGAC-------G----ACATCA---GAATGTAA--A------T--AAACCACcaaagtacat
gi|8 : AGTAGA-TNNNNNNNNNNTG-ACATCGAACCACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAAC-----T--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAACCACA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC---A--TCAG---AATGTAA-AT-AAAC--CATCAAA--GTcaaagtcgtgtt
gi|9 : aatcttatttt--CACAT-CAA--ATT-GAAAAGTAACCACA-GCGTAATTTACTGGTAATGT-AAAATGATCAC---A--TTAG---AATGAAA-AC-GAACCATAcgtatttggcgttcca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): GCCACTTCAGAATGAAATGAACGACCAAAGTCGTGTCTGGTGTTCC
Unaligned ( gi|27 ): AAATGAAAACGAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCATT
Unaligned ( gi|28 ): AGTGAAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCGTTTCATA
Unaligned ( gi|29 ): CAGAATGAAAATGAACCATCAAAATCGTGTTTGG
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111111 11111111111 222222222222222222222 333333333333333333333333333333333 111
lowQualScore : 7 1 1 0 0 4 4 0 11 3 3 77777 6 3 55 444444444 33 00000000 2 22 2 22 2 33 44444444444 1 55 33 33 444 444 55 77 4 0 1 44 22 1 444444444444444444444 111111111111111111111111111111111 2 3 3 3 55 000 0 3 7777 1 3 1 44 555 555 55 1
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . ..... . . .. ......... .. ........ . .. . .. . .. ........... . .. .. .. ... ... .. .. . . . .. .. . ..................... ................................. . . . . .. ... . . .... . . . .. ... ... .. .
lowQualScore : 0 0 4 4 1 4 0 2 77 6 1 77777 2 1 00 222222222 11 33333333 2 99 1 99 1 22 44444444444 0 44 66 77 777 777 55 66 4 5 4 22 00 0 222222222222222222222 555555555555555555555555555555555 0 6 6 5 00 000 1 1 1111 2 3 0 66 888 888 55 3
consensus : CATAATATAAAGTNACCACATCAGAATGTAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAACCACAT-CAG-----A-ATG-AAANCGAACCACAT--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACCACA-NC-----------ANAATGT-AANNTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-GAACCACATCAAA--GTGNNAAGNGACTAC-A--T----ACATCA---TAATGTAA--A------G--TGACCACATCANAA-TG--ACAGTG-A-CCACATCCGA--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATA-ATGTCATCGGACCAC--A---TCA---TAATG-NAAATTGACCACATCAG
Reference ( family-984 ) : CATAATATAAAGTNACCACATCAGAATGTAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAACCACAT-CAG-----A-ATG-AAANCGAACCACAT--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACCACA-NC-----------ANAATGT-AANNTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-GAACCACATCAGA--GTGNNAAGNGACTAC-A--T----ACATCA---TAATGTAA--A------G--TGACCACATCAGAA-TG--ACAGTG-A-CCACATCCGA--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATA-ATGTCATCNGACCAC--A---TCA---TAATG-NAAATTGACCACATCAG
gi|1 : ACAACAGAATATAAAGT-AA-C-ACAT----ATA-ACGTC-----ATGTACAG-----AGATG-AAGTCAAATAAAAA--AAACTCATAATG-AAAGA--------GA-ATGCAAATATAA--AAT-AAAAAGGCATCACA-TC-----------ATAATGT-ACAGTGGCTAC--A---ATAG---AATAT-AAAG-GAACTATATCGTA--ATGTGAAGGGACTAC-A--T-----CATTA---TATTG-----A------G--TTAT----TC-----TG---CA----A-TCACATCTAT--ATA--GTAAAGTTGCCGCA-G----CATA-ATGTTAACCGACTACCGAACCTCAATTTGATG-TCACGTGACCACATCAG
gi|1 : AATAAAAAGGCATCACATCATAATGTACAGT-GG-CTACAATAGAATA-TAAAGGAACTATAT-CGT-----A-ATG-TGAAGGGACTACAT---CA-TTATATTG---AGTTATTCTGCAA-T--CACAT-CTA--TATAGTAAAGTTGCCGCA-GC-----------ATAATGT-TAACCGACTACCGAACCTCAATTTGATGTCACGT-G-ACCACATCAGACTATACACAGGGGTCACGA--T----ACAGTAAAGTAGTATAATCA------GATTGACCCCATCAAAA-TGTAAAAATT-A-CCACATCAGATTATAAAGAAAAGTGACCACA-G----CATATGTGGAAAGTGACCAC--A---TTA---GAATGAAAAAGTAACCAactatacacaggggtcacgatacagtaaagtagtataatcagattgaccccatcaaaatgtaaaaattaccacatcagattataaagaaaagtgaccacagcatatgtggaaagtgaccacattagaatgaaaaagtaaccagttgtgttttggcgttct
gi|10 : acaacagaatataaagtaacacatataacgtcatgtacagagatgaagtcaaataaaaaaaactcataatgaaagagaatgcaaatataaAGTG-A-CCACATCCGA--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CAGA-CTGTCATCTGAACAC--A---TCA---GAATT-TAAATTAACCACgttgtgttttggcgttct
gi|11 : aa-CCACATCAGAATG-ACATCGGACTATAT-CAG-----A-ATG-AAAAACAACC------ATA-TCATAATGTATAGT--------AA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACCAcaaagtcatgtttggcgtt
gi|12 : tAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--ATT-GAAAA-TAACCACA-GC-----------AGACTGT-CATATGACCAC--A---TCAG---AACGT-AAAT-AAACCAC--CAAA--GTtggc
gi|13 : AGTG-A-CCACATATGA--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATA-ATGTCATCGGACCAC--A---TCA---TAATA-C-AATTAACCAcgtgttttgcg
gi|14 : aaCCAAAT-GA------A-ACG-AAATTGAACCACAT-------CATAATGTAAAGT--------GA-C--C-CAT-CGG--AAT-AAAA------CACACAT-----------AGAATGA-AAATTGACCAtcaaagtcgtgtttggcg
gi|15 : cacgtggAGTG-A-CCACATCCGA--AT---GATAAATAACCACA-G----CAGA-ATGTCATTGGACCAC--A---TCA---T---------TTGACCA
gi|16 : atgtaaATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAACCACA-GC-----------AAACTGT-----------C--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAAC--CATCAAA--GTtcaaagtcgtgtttggcg
gi|17 : -TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAACCACA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAACCActtgtttggc
gi|18 : ACCGCAT-CAGCATATACATG-TATACGAACCACAC-------CATTGTGTATAGT--------GA-C--AACAA-CAG--AAT-ATAAAGTAA-CACA-T------------ATAACGT-tca
gi|19 : --ACA-CTATTATGTAA-GTA-------GA-C--TGGGT-CAG--AAT-GAAAA-TAACTGCA-TCAAT--------ATAATGA-TATGTGACCAC--A---TCAC---AATAC-AAca
gi|2 : accCATAATATAAAGTGACCACATCAGAATGTAAATT-GA-TAACACCAGAATG-ACAGCAAACCACAT-CCG-----A-ATG-AATAGTAACTACATGTACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GTAAAGTGACCACA-TC-----------AGAATGT-AAATTGATTAC--A---CTAG---AAT-T-ACATCAAACCACATCCGA--ATGAAAAGTAACTAC-ATGT----ACATCA---TAATGTAA--A------G--TGACCACATCAGAA-TT--ACACCGAA-CTTCATCCGA--AT---GAAAAGTAACTATATGTAATCATA-CTGTCAAGTGACCAC--A---CCA---GAATG-TAAATTGATCACACCAG
gi|20 : AGTG-A-CCACATCCGA--AT---GATAAGTTACCACA-G----CAGA-CTGTCATTGGACCAC--A---TCA---TAATG-AAAATTGACCA
gi|21 : taaAGTAACCACA-G----CATA-ATGTCATCTGACCAC--A---CCA---TAATA-AAAAATAAAC-CATCAtcaaagt
gi|22 : ACTACA-G----CATA-ATGTCATCGGATCAC--A---TCA---TAATG-AAAATTAACCAaaatcgtgtttggc
gi|23 : --ACA-TCATAAAGTAAAGT--------GA-C--CTCGT-CAG--AAT-GGAATGTAACCATA-AC-----------AAAATGT-AAAATGtcaaagtcgtgtttggcg
gi|24 : cACAACATAATGTAAAGT-GA-CCACGTCAGAATA-ATATCGAACTACAT-CAT-----A-ATGTAAAATG
gi|3 : --ACA-ACATAATGTAAAGT--------TA-C--CNNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNNNNNNN-NN-----------NNNNNNN-NNNNNNNNNNN--N---NNNN---NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNTAANNNNN---NNNNNTGA--T------A--TGACCACATCAGAA-TG--ACATCG-AACCACAACAGA--AT---GACATCGAACCACA-A----CAGA-ATGACATCGAACTAC--A---TCA---TTATG-TAAAGTGACCACATCAG
gi|3 : TGACCACATCAGAATG-ACATC-GAACCACAACAGAATG-ACATCGAACCACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAAC----T--ACA-TCATTATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACTACA-AC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAT---AATGT-AAAT---ATCCCATCAAA--GTaatgaaaagtaactacaacagactgtcatctgaccacatcataatgtaaatatcccatcaaagtcgtgtttggcgtt
gi|4 : acaacataatgtaaagttaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaannnnnnnnnntgataACGTCAAAATGTAAAAT-GA-TCATATCAGAATG-ATATCGATCCAAAT-CAG-----A-ATG-ACATCGAACCA-A-----A-TCAGAATG-ACATC--------GAGC--CAAAT-CAG--AAT-GACATCCAACTACA-CC-----------AAAATGTAAAAATGACTGC--A---TCAG---AATG--ACATCGAACCACAACAGA--ATGACAACGAACTAC-A--T----A----A---TAATGTAA---------------------------------AGTG-A-CCACATCTGA--AT---GAAAAGTAACCACG-G----CATA-ATGTCATCGGACCAC--A---TCA---TAATG-AATATTAACCAcgtgtttggcgtt
gi|5 : g----ACAACG---TAATGTAA--ATTTAATG--TGACACCATCATAATTG--A-AATC-A-ACACATCAGA--AA---GACATTTAATCATA-C----GAAA-ATGAAATCGAACTAC--A---TCA---AAATT-TAAAAGGACCATATCAtcaaagtcgtgtgtggcg
gi|5 : taccCATAAT-TGAAATCAACACATCAGAAAGACATTT-AA-TCATACGAAAATG-AAATCGAACTACAT-CAA-----A-ATT-TAAAAGGACCATAT---CA-TTATA---TAAAGT--------GA-C--CATAT-CAG--AGA-GAAAAGTCAGCACA-GC-----------ATAAGGT-AATTTAACCAC--A---TCAG---ATTAA-AACT-GAAC--CGTCAAA--GTttatataaagtgaccatatcagagagaaaagtcagcacagcataaggtaatttaaccacatcagattaaaactgaaccgtcaaagt
gi|6 : taccacaacgtaatgtaaatttaatgtgacaccatTCAAG--ATGACAAGTAACGA--A--T-------TCA---TAATGTAA--A------G--TTTCCACTTCACAA-TGTAAC-GTG-A-CCACAACAGA--AA---GAA---TATCCACA-
gi|6 : cacaatgacgttgCATAATGTAAAGTTTCCACTTCACAATGTAACGT-GA-CCACAACAGAAAGAATATCCA--CACAC-CAG-----A-ATG-AAAA-GAA-CGCAG--AGA---ACAATGTAAAAT--------GG-C--GA-GT-CAGATAAT-G--AAGTAATCATA-TT-----------ATAATGT-AATATG-------A---TCAG---AATGA-AAAT-GAACGAC--CAAA--GTcaccagaatgaaaagaacgcagagaacaatgtaaaatggcgagtcagataatgaagtaatcatattataatgtaatatgatcagaatgaaaatgaacgaccaaagtacat
gi|7 : cacaatgacgttgtcaagatgacaagtaacgaattCATTAGAATG-ACATCGAACCACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAACTACA-----A-CC-TAATGTTAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-AACAACGAACTACA-TC-----------AAAATGT-AAGGTGACCAC--A---TCCG---AATGA-AAAG-TAACCACAGCAGA--CTGTCATCTGAC-------G----ACATCA---GAATGTAA--A------T--AAACCACacat
gi|8 : AGTAGA-TNNNNNNNNNNTG-ACATCGAACCACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAAC----T--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAACCACA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAAC--CATCAAA--GTcaaagtcgtgtt
gi|9 : aatcttatttt--CACAT-CAA--ATT-GAAAAGTAACCACA-GCGTAATTTACTGGTAATGT-AAAATGATCAC--A---TTAG---AATGA-AAAC-GAACCATAcgtatttggcgttcca
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): GCCACTTCAGAATGAAATGAACGACCAAAGTCGTGTCTGGTGTTCC
Unaligned ( gi|26 ): ACATCAGAATGAAAATGAACTATCAATGTCATATTTGGCGTTC
Unaligned ( gi|27 ): AAATGAAAACGAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCATT
Unaligned ( gi|28 ): AGTGAAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCGTTTCATA
Unaligned ( gi|29 ): CAGAATGAAAATGAACCATCAAAATCGTGTTTGG
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 22222222 11111111111 11 111111 333333333333333333 111111 1111111 111
lowQualScore : 7 1 0 4 1 4 7 1 3 666666666666666666666 3 77777 6 3 55 66666666 2 99999999 2 22 2 0 22 2 33 33333333333 1 0 77 33 33 444 444 55 66 3 00 33 22 666666 1 5 222222222222222222 1 555555 4 22 1 66 8888888 4 4 1 2 55 55 111 3 7777 3 0 3 55 666 666 1 55 2
lowQualScore : . . . . . . . . . ..................... . ..... . . .. ........ . ........ . .. . . .. . .. ........... . . .. .. .. ... ... .. .. . .. .. .. ...... . . .................. . ...... . .. . .. ....... . . . . .. .. ... . .... . . . .. ... ... . .. .
lowQualScore : 0 0 1 8 6 0 3 0 6 222222222222222222222 1 77777 2 1 00 33333333 5 77777777 1 88 0 8 88 0 11 77777777777 0 4 33 66 22 111 111 22 44 4 22 44 00 444444 0 0 444444444444444444 0 666666 3 00 6 44 3333333 0 0 1 3 55 55 000 3 7777 6 5 6 00 444 444 5 99 1
consensus : CATAATATAAAGTNACCACATCAGAATGTAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAAC---------------------CACAT-CAG-----A-ATG-AAAACGAACCACAT--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACCACA-GC-----------ANAATGT-NANNTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-GAACCACATCAAA--GTGNNAA------GNGACTAC-A--T----ACATCA---TAATGTAA--AG--TNACCACATCAGAATG--ACA-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATAATGT-CATCG-GACCAC--A---TCA---TAATG-NAAANTGACCACATCAG
Reference ( family-984 ) : CATAATATAAAGTNACCACATCAGAATGTAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAAC---------------------CACAT-CAG-----A-ATG-AAANCGAACCACAT--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACCACA-NC-----------ANAATGT-AANNTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-GAACCACATCAAA--GTGNNAA------GNGACTAC-A--T----ACATCA---TAATGTAA--AG--TGACCACATCANAATG--ACA-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATAATGT-CATCG-GACCAC--A---TCA---TAATG-NAAATTGACCACATCAG
gi|1 : ACAACAGAATATAAAGT-AA-C-ACAT----ATA-ACGTC--------------------------ATGTACAG-----AGATG-AAGTCAAATAAAAA--AAACTCATAATG-AAAGA--------GA-ATGCAAATATAA--AAT-AAAAAGGCATCACA-TC-----------ATAATGT-ACAGTGGCTAC--A---ATAG---AATAT-AAAG-GAACTATATCGTA--ATGTGAA------GGGACTAC-A--T-----CATTA---TATTG-----AG--TTAT----TC----TG---CA-----A-TCACATCTA--T--ATA--GTAAAGTTGCCGCA-G----CATAATGT-TAACC-GACTACCGAACCTCAATTTGATG-TCACGTGACCACATCAG
gi|1 : AATAAAAAGGCATCACATCATAATGTACAGT-GG-CTACAATAGAATA-TAAAGGAAC---------------------TATAT-CGT-----A-ATG-TGAAGGGACTACAT---CA-TTATATTG---AGTTATTCTGCAA-T--CACAT-CTA--TATAGTAAAGTTGCCGCA-GC-----------ATAATGT-TAACCGACTACCGAACCTCAATTTGATGTCACGT-G-ACCACATCAGACTATACACA------GGGGTCACGA--T----ACAGTAAAGTAGTATAATCAGATTGACCCCATCAAAATGTAAAA-ATT-A-CCACATCAG--ATTATAAAGAAAAGTGACCACA-G----CAT-ATGTGGAAAGTGACCAC--A---TTA---GAATGAAAAAGTAACCAactatacacaggggtcacgatacagtaaagtagtataatcagattgaccccatcaaaatgtaaaaattaccacatcagattataaagaaaagtgaccacagcatatgtggaaagtgaccacattagaatgaaaaagtaaccagttgtgttttggcgttct
gi|10 : acaacagaatataaagtaacacatataacgtcatgtacagagatgaagtcaaataaaaaaaactcataatgaaagagaatgcaaatataaAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAACCACA-GC-----------AGACTGT-CATCTGAACAC--A---TCAG---AATTT-AAAT-TAACCAC--CAAA--GTgttgtgttttggcgttct
gi|11 : -CCACATCAGAATG-ACATCGGAC---------------------TATAT-CAG-----A-ATG-AAAAACAACC------ATA-TCATAATGTATAGT--------AA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACCAcatgtttggcgtt
gi|12 : tAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--ATT-GAAAA-TAACCACA-GC-----------AGACTGT-CATATGACCAC--A---TCAG---AACGT-AAAT-AAACCAC--CAAA--GTtggc
gi|13 : A-GTG-A-CCACATATG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATAATGT-CATCG-GACCAC--A---TCA---TAATA-C-AATTAACCAcgtgttttgcg
gi|14 : aaC---------------------CAAAT-GA------A-ACG-AAATTGAACCACAT-------CATAATGTAAAGT--------GA-C--C-CAT-CGG--AAT-AAAA------CACACAT-----------AGAATGA-AAATTGACCAtcaaagtcgtgtttggcg
gi|15 : cacgtggA-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GATAAATAACCACA-G----CAGAATGT-CATTG-GACCAC--A---TCA---T---------TTGACCA
gi|16 : atgtaaATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAACCACA-GC-----------AAACTGT-----------C--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAAC--CATCAAA--GTtcaaagtcgtgtttggcg
gi|17 : -TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAACCACA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAACCActtgtttggc
gi|18 : AC---------------------CGCAT-CAGCATATACATG-TATACGAACCACAC-------CATTGTGTATAGT--------GA-C--AACAA-CAG--AAT-ATAAAGTAA-CACA-T------------ATAACGT-tca
gi|19 : --ACA-CTATTATGTAA-GTA-------GA-C--TGGGT-CAG--AAT-GAAAA-TAACTGCA-TCAAT--------ATAATGA-TATGTGACCAC--A---TCAC---AATAC-AAca
gi|2 : accCATAATATAAAGTGACCACATCAGAATGTAAATT-GA-TAACACCAGAATG-ACAGCAAAC---------------------CACAT-CCG-----A-ATG-AATAGTAACTACATGTACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GTAAAGTGACCACA-TC-----------AGAATGT-AAATTGATTAC--A---CTAG---AAT-T-ACATCAAACCACATCCGA--ATGAAAA------GTAACTAC-ATGT----ACATCA---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATT--ACA-CCGAA-CTTCATCCG--A--AT---GAAAAGTAACTATATGTAATCATACTGT-CAAGT-GACCAC--A---CCA---GAATG-TAAATTGATCACACCAG
gi|20 : A-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GATAAGTTACCACA-G----CAGACTGT-CATTG-GACCAC--A---TCA---TAATG-AAAATTGACCA
gi|21 : taaAGTAACCACA-G----CATAATGT-CATCT-GACCAC--A---CCA---TAATA-AAAAATAAAC-CATCAtcaaagt
gi|22 : ACTACA-G----CATAATGT-CATCG-GATCAC--A---TCA---TAATG-AAAATTAACCAaaatcgtgtttggc
gi|23 : --ACA-TCATAAAGTAAAGT--------GA-C--CTCGT-CAG--AAT-GGAATGTAACCATA-AC-----------AAAATGT-AAAATGtcaaagtcgtgtttggcg
gi|24 : cACAACATAATGTAAAGT-GA-CCACGTCAGAATA-ATATCGAAC---------------------TACAT-CAT-----A-ATGTAAAATG
gi|25 : CCAC--T---TCAG---AATG--AAAT-GAACGAC--CAAA--GT
gi|3 : g--ACA-ACATAATGTAAAGT--------TA-C--CNNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNNNNNNN-NN-----------NNNNNNN-NNNNNNNNNNN--N---NNNN---NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN------NNNNNNNN-N--NNNTAANNNNN---NNNNNTGA--TA--TGACCACATCAGAATG--ACA-TCG-AACCACAACAG--A--AT---GACATCGAACCACA-A----CAGAATGA-CATCG-AACTAC--A---TCA---TTATG-TAAAGTGACCACATCAGcgtgtctggtgttcc
gi|3 : TGACCACATCAGAATG-ACATC-GAACCACAACAGAATG-ACATCGAAC---------------------CACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAAC----T--ACA-TCATTATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAACTACA-AC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAT---AATGT-AAAT---ATCCCATCAAA--GTaatgaaaagtaactacaacagactgtcatctgaccacatcataatgtaaatatcccatcaaagtcgtgtttggcgtt
gi|4 : acaacataatgtaaagttaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaannnnnnnnnntgataACGTCAAAATGTAAAAT-GA-TCATATCAGAATG-ATATCGATC---------------------CAAAT-CAG-----A-ATG-ACATCGAACCA-A-----A-TCAGAATG-ACATC--------GAGC--CAAAT-CAG--AAT-GACATCCAACTACA-CC-----------AAAATGTAAAAATGACTGC--A---TCAG---AATG--ACATCGAACCACAACAGA--ATGACAA------CGAACTAC-A--T----A----A---TAATGTAA--------------------------A-GTG-A-CCACATCTG--A--AT---GAAAAGTAACCACG-G----CATAATGT-CATCG-GACCAC--A---TCA---TAATG-AATATTAACCAcgtgtttggcgtt
gi|5 : gACCACAACGTA--ATGTAAATTTAATGTGAC-AC----------CATCA---TAAT-TGA--AA--TCAACACATCAGAAAG--ACATTTA-A-TCATA--CGAAA--AT---GAAATCGAACTACA-T----CAAAATTT-AAAAG-GACCAT--A---TCA---TTATA-TAAAGTGACCATATCAGtcaaagtcgtgtgtggcg
gi|5 : tCATAAT-TGAAATCAACACATCAGAAAGACATTT-AA-TCATACGAAAATG-AAATCGAAC---------------------TACAT-CAA-----A-ATT-TAAAAGGACCATAT---CA-TTATA---TAAAGT--------GA-C--CATAT-CAG--AGA-GAAAAGTCAGCACA-GC-----------ATAAGGT-AATTTAACCAC--A---TCAG---ATTAA-AACT-GAAC--CGTCAAA--GTagagaaaagtcagcacagcataaggtaatttaaccacatcagattaaaactgaaccgtcaaagt
gi|6 : taccacaacgtaatgtaaatttaatgtgacaccatTCAAG--ATGACAA------GTAACGA--A--T-------TCA---TAATGTAA--AG--TTTCCACTTCACAATGTAAC--GTG-A-CCACAACAG--A--AA---GAA---TATCCACA-
gi|6 : cacaatgacgttgCATAATGTAAAGTTTCCACTTCACAATGTAACGT-GA-CCACAACAGAAAGAATATCCA-----------------------CACAC-CAG-----A-ATG-AAAA-GAA-CGCAG--AGA---ACAATGTAAAAT--------GG-C--GA-GT-CAGATAAT-G--AAGTAATCATA-TT-----------ATAATGT-AATATG-------A---TCAG---AATGA-AAAT-GAACGAC--CAAA--GTcaccagaatgaaaagaacgcagagaacaatgtaaaatggcgagtcagataatgaagtaatcatattataatgtaatatgatcagaatgaaaatgaacgaccaaagtacat
gi|7 : cacaatgacgttgtcaagatgacaagtaacgaattCATTAGAATG-ACATC-GAACCACAACAGAATG-ACATCGAACTACAACCTAATGTTAAGTGACCACAT-CAG-----A-ATA-ACAACGAAC----T--ACA-TCAAAATGTAAGGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAACCACA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACGAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAACCAC--CAAA--GTacat
gi|8 : AGTAGA-TNNNNNNNNNNTG-ACATCGAAC---------------------CACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAAC----T--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAACCACA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAAC--CATCAAA--GTcgtgtt
gi|9 : aatcttatttt--CACAT-CAA--ATT-GAAAAGTAACCACA-GCGTAATTTACTGGTAATGT-AAAATGATCAC--A---TTAG---AATGA-AAAC-GAACCATAcgtatttggcgttcca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ACATCAGAATGAAAATGAACTATCAATGTCATATTTGGCGTTC
Unaligned ( gi|27 ): AAATGAAAACGAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCATT
Unaligned ( gi|28 ): AGTGAAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCGTTTCATA
Unaligned ( gi|29 ): CAGAATGAAAATGAACCATCAAAATCGTGTTTGG
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 2222222222 11 111111 333333333333333333 222222 111
lowQualScore : 7 1 1 3 0 3 6 1 3 2 777777777777777777777 2 66666 5 2 4 1111111111 22 99999999 2 22 2 0 22 2 22 2 33 99999999999 1 0 55 33 33 444 444 55 66 3 11 33 22 999999 1 3 333333333333333333 2 111111 3 666 44 999 99 4 4 2 66666 111 1 3 7777 3 9999999 44 555 555 44 1
lowQualScore : . . . . . . . . . . ..................... . ..... . . . .......... .. ........ . .. . . .. . .. . .. ........... . . .. .. .. ... ... .. .. . .. .. .. ...... . . .................. . ...... . ... .. ... .. . . . ..... ... . . .... . ....... .. ... ... .. .
lowQualScore : 0 0 6 4 5 6 7 0 3 3 111111111111111111111 7 77777 3 7 3 7777777777 99 77777777 1 88 0 8 88 0 88 0 22 55555555555 0 4 22 66 22 111 111 22 44 4 00 77 00 222222 0 3 888888888888888888 8 333333 3 555 22 333 77 0 0 3 11111 000 0 3 1111 3 5555555 66 888 888 66 0
consensus : CATAATATAAAGTNACCACATCAGAATGTAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAAC---------------------CACAT-CAG-----A-ATG-AAAACGAACCA-CAT--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------ANAATGT-NANNTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-GAACCACATCAAA--GTGNAAA------GGGACTAC-A--T----ACATCA---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATG--ACA-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATAATGT-CA---TCG-GACCAC--A---TCA---TAATG-NAAANTGACCACATCAG
Reference ( family-984 ) : CATAATATAAAGTNACCACATCAGAATGTAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAAC---------------------CACAT-CAG-----A-ATG-AAAACGAACCA-CAT--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------ANAATGT-NANNTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-GAACCACATCAAA--GTGNNAA------GNGACTAC-A--T----ACATCA---TAATGTAA--AG--TNACCACATCAGAATG--ACA-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATAATGT-CA---TCG-GACCAC--A---TCA---TAATG-NAAANTGACCACATCAG
gi|1 : ACAACAGAATATAAAGT-AA-C-ACAT----ATA-ACGTC--------------------------ATGTACAG-----AGATG-AAGTCAAATAA-AAA--AAACTCATAATG-AAAGA--------GA-ATGCAAATATAA--AAT-AAAAAGGCAT--CA-CA-TC-----------ATAATGT-ACAGTGGCTAC--A---ATAG---AATAT-AAAG-GAACTATATCGTA--ATGTGAA------GGGACTAC-A--T-----CATTA---TATTG-----AG--TTAT----TC----TG---CA-----A-TCACATCTA--T--ATA--GTAAAGTTGCCGCA-G----CATAATGT-TA---ACC-GACTACCGAACCTCAATTTGATG-TCACGTGACCACATCAG
gi|1 : AATAAAAAGGCATCACATCATAATGTACAGT-GG-CTACAATAGAATA-TAAAGGAAC---------------------TATAT-CGT-----A-ATG-TGAAGGGACTA-CAT---CA-TTATATTG---AGTTATTCTGCAA-T--CACAT-CTA--TATAGTAAAGTTGC--CG-CA-GC-----------ATAATGT-TAACCGACTACCGAACCTCAATTTGATGTCACGT-G-ACCACATCAGACTATACACA------GGGGTCACGA--T----ACAGTAAAGTAGTATAATCAGATTGACCCCATCAAAATGTAAAA-ATT-A-CCACATCAG--ATTATAAAGAAAAGTGACCACA-G----CAT-ATGTGGA---AAGTGACCAC--A---TTA---GAATGAAAAAGTAACCAactatacacaggggtcacgatacagtaaagtagtataatcagattgaccccatcaaaatgtaaaaattaccacatcagattataaagaaaagtgaccacagcatatgtggaaagtgaccacattagaatgaaaaagtaaccagttgtgttttggcgttct
gi|10 : acaacagaatataaagtaacacatataacgtcatgtacagagatgaagtcaaataaaaaaaactcataatgaaagagaatgcaaatataaAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATCTGAACAC--A---TCAG---AATTT-AAAT-TAACCAC--CAAA--GTgttgtgttttggcgttct
gi|11 : -CCACATCAGAATG-ACATCGGAC---------------------TATAT-CAG-----A-ATG-AAAAACAACCA-TAT-------CATAATGTATAGT--------AA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-TG-GC-----------catgtttggcgtt
gi|12 : tAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--ATT-GAAAA-TAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATATGACCAC--A---TCAG---AACGT-AAAT-AAACCAC--CAAA--GT
gi|13 : A-GTG-A-CCACATATG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATAATGT-CA---TCG-GACCAC--A---TCA---TAATA-C-AATTAACCAcgtgttttgcg
gi|14 : aaC---------------------CAAAT-GA------A-ACG-AAATTGAACCA-CAT-------CATAATGTAAAGT--------GA-C--C-CAT-CGG--AAT-AAAA--------CA-CACAT-----------AGAATGA-AAATTGACCAtcaaagtcgtgtttggcg
gi|14 : cacgtggACCACATCATAATGTAAAGT-GA-CC-CATCGGAATA-A-----AACA--------------------CACAT--AG-----A-ATG-AAAATTGACCA-
gi|15 : cacgtggccaaatgaaacgaaattgaA-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GATAAATAACCACA-G----CAGAATGT-CA---TTG-GACCAC--A---TCA---T
gi|16 : atgtaaATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AAACTGT-----------C--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAAC--CATCAAA--GTttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|17 : -TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAACCActtgtttggc
gi|18 : AC---------------------CGCAT-CAGCATATACATG-TATACGAACCA-CAC-------CATTGTGTATAGT--------GA-C--AACAA-CAG--AAT-ATAAAGTAA---CA-CA--T-----------ATAACGT-CAtca
gi|19 : --ACA-CTATTATGTAA-GTA-------GA-C--TGGGT-CAG--AAT-GAAAA-TAACTGCATCA-AT-----------ATAATGA-TATGTGACCAC--A---TCAC---AATAC-AA
gi|2 : accCATAATATAAAGTGACCACATCAGAATGTAAATT-GA-TAACACCAGAATG-ACAGCAAAC---------------------CACAT-CCG-----A-ATG-AATAGTAACTA-CATGTACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GTAAAGTGAC--CA-CA-TC-----------AGAATGT-AAATTGATTAC--A---CTAG---AAT-T-ACATCAAACCACATCCGA--ATGAAAA------GTAACTAC-ATGT----ACATCA---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATT--ACA-CCGAA-CTTCATCCG--A--AT---GAAAAGTAACTATATGTAATCATACTGT-CA---AGT-GACCAC--A---CCA---GAATG-TAAATTGATCACACCAG
gi|20 : A-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GATAAGTTACCACA-G----CAGACTGT-CA---TTG-GACCAC--A---TCA---TAATG-AAAATTGACCA
gi|21 : taaAGTAACCACA-G----CATAATGT-CA---TCT-GACCAC--A---CCA---TAATA-AAAAATAAAC-CATCAtcaaagt
gi|22 : ACTACA-G----CATAATGT-CA---TCG-GATCAC--A---TCA---TAATG-AAAATTAACCAaaatcgtgtttggc
gi|23 : --ACA-TCATAAAGTAAAGT--------GA-C--CTCGT-CAG--AAT-GGAATGTAAC--CA-TA-AC-----------AAAATGT-AAAATGtcaaagtcgtgtttggcg
gi|24 : cACAACATAATGTAAAGT-GA-CCACGTCAGAATA-ATATCGAAC---------------------TACAT-CAT-----A-ATGTAAAATG
gi|25 : CCAC--T---TCAG---AATG--AAAT-GAACGAC--CAAA--GT
gi|26 : gACAT-CAG-----A-ATG-AAAATGAACTATCA---ATG-TCATAcgtgtctggtgttcc
gi|3 : --ACA-ACATAATGTAAAGT--------TA-C--CNNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNNN--NN-NN-NN-----------NNNNNNN-NNNNNNNNNNN--N---NNNN---NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN------NNNNNNNN-N--NNNTAANNNNN---NNNNNTGA--TA--TGACCACATCAGAATG--ACA-TCG-AACCACAACAG--A--AT---GACATCGAACCACA-A----CAGAATGA-CA---TCG-AACTAC--A---TCA---TTATG-TAAAGTGACCACATCAGtttggcgttc
gi|3 : TGACCACATCAGAATG-ACATC-GAACCACAACAGAATG-ACATCGAAC---------------------CACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAAC-----T--ACA-TCATTATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAAC--TA-CA-AC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAT---AATGT-AAAT---ATCCCATCAAA--GTaatgaaaagtaactacaacagactgtcatctgaccacatcataatgtaaatatcccatcaaagtcgtgtttggcgtt
gi|4 : acaacataatgtaaagttaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaannnnnnnnnntgataACGTCAAAATGTAAAAT-GA-TCATATCAGAATG-ATATCGATC---------------------CAAAT-CAG-----A-ATG-ACATCGAACCA--A-----A-TCAGAATG-ACATC--------GAGC--CAAAT-CAG--AAT-GACATCCAAC--TA-CA-CC-----------AAAATGTAAAAATGACTGC--A---TCAG---AATG--ACATCGAACCACAACAGA--ATGACAA------CGAACTAC-A--T----A----A---TAATGTAA--------------------------A-GTG-A-CCACATCTG--A--AT---GAAAAGTAACCACG-G----CATAATGT-CA---TCG-GACCAC--A---TCA---TAATG-AATATTAACCAcgtgtttggcgtt
gi|5 : gACCACAACGTA--ATGTAAATTTAATGTGAC-AC----------CATCA---TAAT-TGA--AA--TCAACACATCAGAAAG--ACATTTA-A-TCATA--CGAAA--AT---GAAATCGAACTACA-T----CAAAATTT-AA---AAG-GACCAT--A---TCA---TTATA-TAAAGTGACCATATCAGtcaaagtcgtgtgtggcg
gi|5 : tCATAAT-TGAAATCAACACATCAGAAAGACATTT-AA-TCATACGAAAATG-AAATCGAAC---------------------TACAT-CAA-----A-ATT-TAAAAGGACCA-TAT---CA-TTATA---TAAAGT--------GA-C--CATAT-CAG--AGA-GAAAAGTCAG--CA-CA-GC-----------ATAAGGT-AATTTAACCAC--A---TCAG---ATTAA-AACT-GAAC--CGTCAAA--GTagagaaaagtcagcacagcataaggtaatttaaccacatcagattaaaactgaaccgtcaaagt
gi|6 : taccacaacgtaatgtaaatttaatgtgacaccat--ACA-ATG-A-CGTTGTCAA--G--AT---GACAAGTAACGAAT-T----CATAATGT-AAAGTTT----CCAC--T---TCA---CAATG-TAACGTGACCACAACAG
gi|6 : cCATAATGTAAAGTTTCCACTTCACAATGTAACGT-GA-CCACAACAGAAAGAATATCCA-----------------------CACAC-CAG-----A-ATG-AAAA-GAA-CG-CAG--AGA---ACAATGTAAAAT--------GG-C--GA-GT-CAGATAAT-G--AAGTAAT--CA-TA-TT-----------ATAATGT-AATATG-------A---TCAG---AATGA-AAAT-GAACGAC--CAAA--GTaaagaatatccacacaccagaatgaaaagaacgcagagaacaatgtaaaatggcgagtcagataatgaagtaatcatattataatgtaatatgatcagaatgaaaatgaacgaccaaagtacat
gi|7 : cacaatgacgttgtcaagatgacaagtaacgaattCATTAGAATG-ACATC-GAACCACAACAGAATG-ACATCGAACTACAACCTAATGTTAAGTGACCACAT-CAG-----A-ATA-ACAACGAAC-----T--ACA-TCAAAATGTAAGGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACGAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAACCAC--CAAA--GTacat
gi|8 : AGTAGA-TNNNNNNNNNNTG-ACATCGAAC---------------------CACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAAC-----T--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAAC--CATCAAA--GTcgtgtt
gi|9 : aatcttatttt--CACAT-CAA--ATT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GCGTAATTTACTGGTAATGT-AAAATGATCAC--A---TTAG---AATGA-AAAC-GAACCATAcgtatttggcgttcca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AAATGAAAACGAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCATT
Unaligned ( gi|28 ): AGTGAAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCGTTTCATA
Unaligned ( gi|29 ): CAGAATGAAAATGAACCATCAAAATCGTGTTTGG
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 2222222222 11 2222222222222222 222222 111
lowQualScore : 7 1 1 3 0 3 6 1 3 2 777777777777777777777 2 66666 5 2 4 1111111111 22 99999999 2 22 2 0 22 2 22 2 33 99999999999 1 0 55 33 33 333 333 44 88 4 00 33 888 111 6 9999999999999999 2 111111 2 666 44 999 99 4 4 2 66666 111 1 3 7777 3 9999999 44 555 555 44 1
lowQualScore : . . . . . . . . . . ..................... . ..... . . . .......... .. ........ . .. . . .. . .. . .. ........... . . .. .. .. ... ... .. .. . .. .. ... ... . ................ . ...... . ... .. ... .. . . . ..... ... . . .... . ....... .. ... ... .. .
lowQualScore : 0 0 6 4 5 6 7 0 3 3 111111111111111111111 7 77777 3 7 3 7777777777 99 77777777 1 88 0 8 88 0 88 0 22 55555555555 0 4 22 66 11 999 999 44 44 8 88 77 777 777 7 0000000000000000 8 333333 5 555 22 333 77 0 0 3 11111 000 0 3 1111 3 5555555 66 888 888 66 0
consensus : CATAATATAAAGTNACCACATCAGAATGTAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAAC---------------------CACAT-CAG-----A-ATG-AAAACGAACCA-CAT--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------ANAATGT-NANNTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-GAACCACATCAAA--GTGNAAAGGGACTAC-A--T----ACATCA---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATG--ACA-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATAATGT-CA---TCG-GACCAC--A---TCA---TAATG-NAAANTGACCACATCAG
Reference ( family-984 ) : CATAATATAAAGTNACCACATCAGAATGTAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAAC---------------------CACAT-CAG-----A-ATG-AAAACGAACCA-CAT--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------ANAATGT-NANNTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-GAACCACATCAAA--GTGNAAAGGGACTAC-A--T----ACATCA---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATG--ACA-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATAATGT-CA---TCG-GACCAC--A---TCA---TAATG-NAAANTGACCACATCAG
gi|1 : ACAACAGAATATAAAGT-AA-C-ACAT----ATA-ACGTC--------------------------ATGTACAG-----AGATG-AAGTCAAATAA-AAA--AAACTCATAATG-AAAGA--------GA-ATGCAAATATAA--AAT-AAAAAGGCAT--CA-CA-TC-----------ATAATGT-ACAGTGGCTAC--A---ATAG---AATAT-AAAG-GAACTATATCGTA--ATGTGAAGGGACTAC-A--T-----CATTA---TATTG-----AG--TTAT----TC----TG---CA-----A-TCACATCTA--T--ATA--GTAAAGTTGCCGCA-G----CATAATGT-TA---ACC-GACTACCGAACCTCAATTTGATG-TCACGTGACCACATCAG
gi|1 : AATAAAAAGGCATCACATCATAATGTACAGT-GG-CTACAATAGAATA-TAAAGGAAC---------------------TATAT-CGT-----A-ATG-TGAAGGGACTA-CAT---CA-TTATATTG---AGTTATTCTGCAA-T--CACAT-CTA--TATAGTAAAGTTGC--CG-CA-GC-----------ATAATGT-TAACCGACTACCGAACCTCAATTTGATGTCACGT-G-ACCACATCAGACTATACACAGGGGTCACGA--T----ACAGTAAAGTAGTATAATCAGATTGACCCCATCAAAATGTAAAA-ATT-A-CCACATCAG--ATTATAAAGAAAAGTGACCACA-G----CAT-ATGTGGA---AAGTGACCAC--A---TTA---GAATGAAAAAGTAACCAactatacacaggggtcacgatacagtaaagtagtataatcagattgaccccatcaaaatgtaaaaattaccacatcagattataaagaaaagtgaccacagcatatgtggaaagtgaccacattagaatgaaaaagtaaccagttgtgttttggcgttct
gi|10 : acaacagaatataaagtaacacatataacgtcatgtacagagatgaagtcaaataaaaaaaactcataatgaaagagaatgcaaatataaAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATCTGAACAC--A---TCAG---AATTT-AAAT-TAACCAC--CAAA--GTgttgtgttttggcgttct
gi|11 : -CCACATCAGAATG-ACATCGGAC---------------------TATAT-CAG-----A-ATG-AAAAACAACCA-TAT-------CATAATGTATAGT--------AA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-TG-GC-----------catgtttggcgtt
gi|12 : tAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--ATT-GAAAA-TAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATATGACCAC--A---TCAG---AACGT-AAAT-AAACCAC--CAAA--GT
gi|13 : A-GTG-A-CCACATATG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATAATGT-CA---TCG-GACCAC--A---TCA---TAATA-C-AATTAACCAcgtgttttgcg
gi|14 : aaC---------------------CAAAT-GA------A-ACG-AAATTGAACCA-CAT-------CATAATGTAAAGT--------GA-C--C-CAT-CGG--AAT-AAAA--------CA-CACAT-----------AGAATGA-AAATTGACCAtcaaagtcgtgtttggcg
gi|14 : cacgtggACCACATCATAATGTAAAGT-GA-CC-CATCGGAATA-A-----AACA--------------------CACAT--AG-----A-ATG-AAAATTGACCA-
gi|15 : cacgtggccaaatgaaacgaaattgaA-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GATAAATAACCACA-G----CAGAATGT-CA---TTG-GACCAC--A---TCA---T
gi|16 : atgtaaATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AAACTGT-----------C--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAAC--CATCAAA--GTttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|17 : -TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAACCActtgtttggc
gi|18 : AC---------------------CGCAT-CAGCATATACATG-TATACGAACCA-CAC-------CATTGTGTATAGT--------GA-C--AACAA-CAG--AAT-ATAAAGTAA---CA-CA--T-----------ATAACGT-CAtca
gi|19 : --ACA-CTATTATGTAA-GTA-------GA-C--TGGGT-CAG--AAT-GAAAA-TAACTGCATCA-AT-----------ATAATGA-TATGTGACCAC--A---TCAC---AATAC-AA
gi|2 : accCATAATATAAAGTGACCACATCAGAATGTAAATT-GA-TAACACCAGAATG-ACAGCAAAC---------------------CACAT-CCG-----A-ATG-AATAGTAACTA-CATGTACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GTAAAGTGAC--CA-CA-TC-----------AGAATGT-AAATTGATTAC--A---CTAG---AAT-T-ACATCAAACCACATCCGA--ATGAAAAGTAACTAC-ATGT----ACATCA---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATT--ACA-CCGAA-CTTCATCCG--A--AT---GAAAAGTAACTATATGTAATCATACTGT-CA---AGT-GACCAC--A---CCA---GAATG-TAAATTGATCACACCAG
gi|20 : A-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GATAAGTTACCACA-G----CAGACTGT-CA---TTG-GACCAC--A---TCA---TAATG-AAAATTGACCA
gi|21 : taaAGTAACCACA-G----CATAATGT-CA---TCT-GACCAC--A---CCA---TAATA-AAAAATAAAC-CATCAtcaaagt
gi|22 : ACTACA-G----CATAATGT-CA---TCG-GATCAC--A---TCA---TAATG-AAAATTAACCAaaatcgtgtttggc
gi|23 : --ACA-TCATAAAGTAAAGT--------GA-C--CTCGT-CAG--AAT-GGAATGTAAC--CA-TA-AC-----------AAAATGT-AAAATGtcaaagtcgtgtttggcg
gi|24 : cACAACATAATGTAAAGT-GA-CCACGTCAGAATA-ATATCGAAC---------------------TACAT-CAT-----A-ATGTAAAATG
gi|25 : CCAC--T---TCAG---AATG--AAAT-GAACGAC--CAAA--GT
gi|26 : gACAT-CAG-----A-ATG-AAAATGAACTATCA---ATG-TCATAcgtgtctggtgttcc
gi|3 : --ACA-ACATAATGTAAAGT--------TA-C--CNNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNNN--NN-NN-NN-----------NNNNNNN-NNNNNNNNNNN--N---NNNN---NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNTAANNNNN---NNNNNTGA--TA--TGACCACATCAGAATG--ACA-TCG-AACCACAACAG--A--AT---GACATCGAACCACA-A----CAGAATGA-CA---TCG-AACTAC--A---TCA---TTATG-TAAAGTGACCACATCAGtttggcgttc
gi|3 : TGACCACATCAGAATG-ACATC-GAACCACAACAGAATG-ACATCGAAC---------------------CACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAAC-----T--ACA-TCATTATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAAC--TA-CA-AC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAT---AATGT-AAAT---ATCCCATCAAA--GTaatgaaaagtaactacaacagactgtcatctgaccacatcataatgtaaatatcccatcaaagtcgtgtttggcgtt
gi|4 : acaacataatgtaaagttaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaannnnnnnnnntgataACGTCAAAATGTAAAAT-GA-TCATATCAGAATG-ATATCGATC---------------------CAAAT-CAG-----A-ATG-ACATCGAACCA--A-----A-TCAGAATG-ACATC--------GAGC--CAAAT-CAG--AAT-GACATCCAAC--TA-CA-CC-----------AAAATGTAAAAATGACTGC--A---TCAG---AATG--ACATCGAACCACAACAGA--ATGACAACGAACTAC-A--T----A----A---TAATGTAA--------------------------A-GTG-A-CCACATCTG--A--AT---GAAAAGTAACCACG-G----CATAATGT-CA---TCG-GACCAC--A---TCA---TAATG-AATATTAACCAcgtgtttggcgtt
gi|5 : gACCAC--A---ACGT---AATGT-AAAT---------TTAAT--GTG----------AC-A--C-----CATCA---TAAT-TGA--AA--TCAACACATCAGAAAG--ACATTTA-A-TCATA--CGAAA--AT---GAAATCGAACTACA-T----CAAAATTT-AA---AAG-GACCAT--A---TCA---TTATA-TAAAGTGACCATATCAGtcaaagtcgtgtgtggcg
gi|5 : tCATAAT-TGAAATCAACACATCAGAAAGACATTT-AA-TCATACGAAAATG-AAATCGAAC---------------------TACAT-CAA-----A-ATT-TAAAAGGACCA-TAT---CA-TTATA---TAAAGT--------GA-C--CATAT-CAG--AGA-GAAAAGTCAG--CA-CA-GC-----------ATAAGGT-AATTTAACCAC--A---TCAG---ATTAA-AACT-GAAC--CGTCAAA--GTagagaaaagtcagcacagcataaggtaatttaaccacatcagattaaaactgaaccgtcaaagt
gi|6 : taccacaacgtaatgtaaatttaatgtgacaccat--ACA-ATG-A-CGTTGTCAA--G--AT---GACAAGTAACGAAT-T----CATAATGT-AAAGTTT----CCAC--T---TCA---CAATG-TAACGTGACCACAACAG
gi|6 : cCATAATGTAAAGTTTCCACTTCACAATGTAACGT-GA-CCACAACAGAAAGAATATCCA-----------------------CACAC-CAG-----A-ATG-AAAA-GAA-CG-CAG--AGA---ACAATGTAAAAT--------GG-C--GA-GT-CAGATAAT-G--AAGTAAT--CA-TA-TT-----------ATAATGT-AATATG-------A---TCAG---AATGA-AAAT-GAACGAC--CAAA--GTACAaaagaatatccacacaccagaatgaaaagaacgcagagaacaatgtaaaatggcgagtcagataatgaagtaatcatattataatgtaatatgatcagaatgaaaatgaacgaccaaagtacat
gi|7 : cacaatgacgttgtcaagatgacaagtaacgaattCATTAGAATG-ACATC-GAACCACAACAGAATG-ACATCGAACTACAACCTAATGTTAAGTGACCACAT-CAG-----A-ATA-ACAACGAAC-----T--ACA-TCAAAATGTAAGGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACGAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAACCAC--CAAA--GTt
gi|8 : AGTAGA-TNNNNNNNNNNTG-ACATCGAAC---------------------CACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAAC-----T--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAAC--CATCAAA--GTcgtgtt
gi|9 : aatcttatttt--CACAT-CAA--ATT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GCGTAATTTACTGGTAATGT-AAAATGATCAC--A---TTAG---AATGA-AAAC-GAACCATAcgtatttggcgttcca
blockSeqs : A G T T A A A A A TACAACCTAATGTTAAGTGAC . CATAT C T G TACATGTAC T TATTCTGC G . . AT A TG T CA GTAATTTACTG T AA AC CG ACC TTT TC CA C AT CT CAC GGG G NNNTAANNNNN A TCAGAT G CCC AA TAA TT A A A ATT AAA A T TAAT G AGTTT . . . AA G
blockSeqs : G G T T . A T . C A . . . . A TATCAAT T A . . . . . . . G . G T TC . . . T CG C AT . AAA GTA . TACAGTAAAG G AG G CCA AG A A . . T AAA . A . . . AAGT . . . C T
blockSeqs : . C G T . . T . C . . . . . T CGCAGAG C . . . . . . . . G . G C TA . . . T G C AT . NNN NNN . TGTACATCA N TA G CCA AG A G . . C A . T . . . TCG . . . T T
blockSeqs : T T T . . C . T . . . . . T TACATC T . . . . . . . . G . G C AT . . . T T C NN . ACA CGA . CCATCA G AA C ACA AG A G . . C A . A . . . TTG . . . A T
blockSeqs : G T . . T . C . . . . . C CATATC T . . . . . . . . G . A A TC . . . T A C AT . . . . TAA . . . . . A C . . C A . T . . . AGT . . . A A
blockSeqs : A A . . A . T . . . . . G CATAT T . . . . . . . . G . G C TG . . . C A G AA . . G . . A A . C . . . TTG . . . A T
blockSeqs : G T . . T . A . . . . . T CACAT A . . . . . . . . G . T C AT . . . T A N GT . T . . T A . A . . . TCT . . . T G
blockSeqs : C . . . C . T . . . . . T CACAC T . . . . . . . . A . T T AA . . . N G C AT . G . . C A . A . . . TCG . . . A T
blockSeqs : G . . . A . C . . . . . C TAC T . . . . . . . . T . G A NN . . . T N C T . A . . A G . C . . . TCG . . . T G
blockSeqs : . . A . C . . . . . C CAA T . . . . . . . . A . A A TC . . . T G G . . . . . TCG . . . T G
blockSeqs : . N . . . . . . . A TAC T . . . . . . . . N . N N AA . . . A G C . . . . . AAG . . .
blockSeqs : . . . . . C TAC T . . . . . . . . A . G C TT . . . A A C . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . . C . A A TA . . . T A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . T A TC . . . T G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T C TC . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . G C AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . G A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . T .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : CACAT***** T* ** CGTANATCA******* CCA AG A** G* *** ** *** ***
originalCons : CATAATATAAAGTNACCACATCAGAATGTAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAAC---------------------CACAT-CAG-----A-ATG-AAAACGAACCA-CAT--ACA-TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------ANAATGT-NANNTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-GAACCACATCAAA--GTGNAAAGGGACTAC-A--T----ACATCA---TAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATG--ACA-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATAATGT-CA---TCG-GACCAC--A---TCA---TAATG-NAAANTGACCACATCAG
finalCons : CATAATATAAAGTNACCACATCAGAATGTAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAAC---------------------CACAT-CAG-----A-ATG-AAAACGAACCACAT-----AT-CATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------ANAATGT-NANNTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-GAACCACATCAAA--GTGNAAAGGGACTAC-ACGTANATCA-------TAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATGA--CAG-TG-A-CCACATCCG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATAATGT-CA---TCG-GACCAC--A---TCA---TAATG-NAAANTGACCACATCAG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AAATGAAAACGAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCATT
Unaligned ( gi|28 ): AGTGAAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCGTTTCATA
Unaligned ( gi|29 ): CAGAATGAAAATGAACCATCAAAATCGTGTTTGG
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222 22222222222222 11 1111111111 55555555555 222222 111
lowQualScore : 7 1 1 3 0 3 6 1 3 2 777777777777777777777 2 66666 5 2 4 33333333333333 99999999 2 22 2 0 22 2 22 2 33 99999999999 1 0 55 33 33 333 333 44 88 4 00 33 8888888888 0 00000000000 5 0 111111 2 666 44 999 66 4 4 2 66666 111 1 3 7777 3 9999999 44 555 555 44 1
lowQualScore : . . . . . . . . . . ..................... . ..... . . . .............. ........ . .. . . .. . .. . .. ........... . . .. .. .. ... ... .. .. . .. .. .......... . ........... . . ...... . ... .. ... .. . . . ..... ... . . .... . ....... .. ... ... .. .
lowQualScore : 0 0 6 4 5 6 7 0 3 3 111111111111111111111 7 77777 3 7 3 99999999999999 77777777 1 88 0 8 88 0 88 0 22 55555555555 0 4 22 66 11 999 999 44 44 8 88 77 7777777777 7 77777777777 5 3 333333 5 555 22 333 33 0 0 3 11111 000 0 3 1111 3 5555555 66 888 888 66 0
consensus : CATAATATAAAGTNACCACATCAGAATGTAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAAC---------------------CACAT-CAG-----A-ATG-AAAACGAACCAC--A-T----A---TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------ANAATGT-NANNTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-GAACCACATCAAA--GTGNAAAGGG---ACTACAC-GT--ACATCATAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATG--ACA-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATAATGT-CA---TCG-GACCAC--A---TCA---TAATG-NAAANTGACCACATCAG
Reference ( family-984 ) : CATAATATAAAGTNACCACATCAGAATGTAAAGT-GA-CCACANCAGAATG-ACATCGAAC---------------------CACAT-CAG-----A-ATG-AAAACGAACCAC--A-T----A---TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------ANAATGT-NANNTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-GAACCACATCAAA--GTGNAAAGGG---ACTACAC-GT--ANATCATAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATG--ACA-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATAATGT-CA---TCG-GACCAC--A---TCA---TAATG-NAAANTGACCACATCAG
gi|1 : ACAACAGAATATAAAGT-AA-C-ACAT----ATA-ACGTC--------------------------ATGTACAG-----AGATG-AAGTCAAATAAA--A-A----AAACTCATAATG-AAAGA--------GA-ATGCAAATATAA--AAT-AAAAAGGCAT--CA-CA-TC-----------ATAATGT-ACAGTGGCTAC--A---ATAG---AATAT-AAAG-GAACTATATCGTA--ATGTGAAGGG---ACTACA---------TCATTATATTG--AG--TTAT----TC----TG---CA-AT-----CACATCTA--T--ATA--GTAAAGTTGCCGCA-G----CATAATGT-TA---ACC-GACTACCGAACCTCAATTTGATG-TCACGTGACCACATCAG
gi|1 : AATAAAAAGGCATCACATCATAATGTACAGT-GG-CTACAATAGAATA-TAAAGGAAC---------------------TATAT-CGT-----A-ATG-TGAAGGGACTAC--A-TC---A---TTATATTG---AGTTATTCTGCAA-T--CACAT-CTA--TATAGTAAAGTTGC--CG-CA-GC-----------ATAATGT-TAACCGACTACCGAACCTCAATTTGATGTCACGT-G-ACCACATCAGACTATACACAGGGGTCACGATACAGT--AAA--GTAGTATAATCAGATTGACCCCATCAAAATGTAAAA-ATT-A-CCACATCAG--ATTATAAAGAAAAGTGACCACA-G----CAT-ATGTGGA---AAGTGACCAC--A---TTA---GAATGAAAAAGTAACCAactatacacaggggtcacgatacagtaaagtagtataatcagattgaccccatcaaaatgtaaaaattaccacatcagattataaagaaaagtgaccacagcatatgtggaaagtgaccacattagaatgaaaaagtaaccagttgtgttttggcgttct
gi|10 : acaacagaatataaagtaacacatataacgtcatgtacagagatgaagtcaaataaaaaaaactcataatgaaagagaatgcaaatataaAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATCTGAACAC--A---TCAG---AATTT-AAAT-TAACCAC--CAAA--GTgttgtgttttggcgttct
gi|11 : -CCACATCAGAATG-ACATCGGAC---------------------TATAT-CAG-----A-ATG-AAAAACAACCA-----T----A---TCATAATGTATAGT--------AA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-TG-GC-----------catgtttggcgtt
gi|12 : tAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--ATT-GAAAA-TAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATATGACCAC--A---TCAG---AACGT-AAAT-AAACCAC--CAAA--GT
gi|13 : A-GTG-A-CCACATATG--A--AT---GAAAAGTAACCACA-G----CATAATGT-CA---TCG-GACCAC--A---TCA---TAATA-C-AATTAACCAcgtgttttgcg
gi|14 : aaC---------------------CAAAT-GA------A-ACG-AAATTGAACCAC--A-T---------CATAATGTAAAGT--------GA-C--C-CAT-CGG--AAT-AAAA--------CA-CACAT-----------AGAATGA-AAATTGACCAtcaaagtcgtgtttggcg
gi|14 : cacgtggACCACATCATAATGTAAAGT-GA-CC-CATCGGAATA-A-----AACA--------------------CACAT--AG-----A-ATG-AAAATTGACCA
gi|15 : cacgtggccaaatgaaacgaaattgaA-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GATAAATAACCACA-G----CAGAATGT-CA---TTG-GACCAC--A---TCA---T
gi|16 : atgtaaATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AAACTGT-----------C--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAAC--CATCAAA--GTttgaccatcaaagtcgtgtttggcg
gi|17 : ---TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAACCActtgtttggc
gi|18 : AC---------------------CGCAT-CAGCATATACATG-TATACGAACCAC--A-C---------CATTGTGTATAGT--------GA-C--AACAA-CAG--AAT-ATAAAGTAA---CA-CA--T-----------ATAACGT-CAtca
gi|19 : ACCAC--ACT----A---TTAT---GTAA-GTA-------GA-C--TGGGT-CAG--AAT-GAAAA-TAACTGCATCA-AT-----------ATAATGA-TATGTGACCAC--A---TCAC---AATAC-AA
gi|2 : CATAATATAAAGTGACCACATCAGAATGTAAATT-GA-TAACACCAGAATG-ACAGCAAAC---------------------CACAT-CCG-----A-ATG-AATAGTAACTAC--A-TGTACA---TCATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GTAAAGTGAC--CA-CA-TC-----------AGAATGT-AAATTGATTAC--A---CTAG---AAT-T-ACATCAAACCACATCCGA--ATGAAAAGTA---ACTACAT-GT--ACATCATAATGTAA--AG--TGACCACATCAGAATT--ACA-CCGAA-CTTCATCCG--A--AT---GAAAAGTAACTATATGTAATCATACTGT-CA---AGT-GACCAC--A---CCA---GAATG-TAAATTGATCACACCAG
gi|20 : A-GTG-A-CCACATCCG--A--AT---GATAAGTTACCACA-G----CAGACTGT-CA---TTG-GACCAC--A---TCA---TAATG-AAAATTGACCA
gi|21 : taaAGTAACCACA-G----CATAATGT-CA---TCT-GACCAC--A---CCA---TAATA-AAAAATAAAC-CATCAtcaaagt
gi|22 : ACTACA-G----CATAATGT-CA---TCG-GATCAC--A---TCA---TAATG-AAAATTAACCAaaatcgtgtttggc
gi|23 : C--A-C----A---TCATAAAGTAAAGT--------GA-C--CTCGT-CAG--AAT-GGAATGTAAC--CA-TA-AC-----------AAAATGT-AAAATGtcaaagtcgtgtttggcg
gi|24 : ACAACATAATGTAAAGT-GA-CCACGTCAGAATA-ATATCGAAC---------------------TACAT-CAT-----A-ATGTAAAATG
gi|25 : CCAC--T---TCAG---AATG--AAAT-GAACGAC--CAAA--GT
gi|26 : gACAT-CAG-----A-ATG-AAAATGAACTATCAA-T----G---TCATAcgtgtctggtgttcc
gi|3 : CATAATGTAAAGT--------TA-C--CNNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNNN--NN-NN-NN-----------NNNNNNN-NNNNNNNNNNN--N---NNNN---NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNN-NNTAANNNNNNNNNNTGA--TA--TGACCACATCAGAATG--ACA-TCG-AACCACAACAG--A--AT---GACATCGAACCACA-A----CAGAATGA-CA---TCG-AACTAC--A---TCA---TTATG-TAAAGTGACCACATCAGtttggcgttc
gi|3 : acaaTGACCACATCAGAATG-ACATC-GAACCACAACAGAATG-ACATCGAAC---------------------CACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAACTAC--A-T---------CATTATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CAG--AAT-GAAAAGTAAC--TA-CA-AC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAT---AATGT-AAAT---ATCCCATCAAA--GTaatgaaaagtaactacaacagactgtcatctgaccacatcataatgtaaatatcccatcaaagtcgtgtttggcgtt
gi|4 : acaacataatgtaaagttaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaannnnnnnnnntgataACGTCAAAATGTAAAAT-GA-TCATATCAGAATG-ATATCGATC---------------------CAAAT-CAG-----A-ATG-ACATCGAACCA---A------A---TCAGAATG-ACATC--------GAGC--CAAAT-CAG--AAT-GACATCCAAC--TA-CA-CC-----------AAAATGTAAAAATGACTGC--A---TCAG---AATG--ACATCGAACCACAACAGA--ATGACAACGA---ACTACA---T--A----ATAATGTAA--------------------------A-GTG-A-CCACATCTG--A--AT---GAAAAGTAACCACG-G----CATAATGT-CA---TCG-GACCAC--A---TCA---TAATG-AATATTAACCAcgtgtttggcgtt
gi|5 : gACCAC--A---ACGT---AATGT-AAAT---------TTAAT--GTG-------------ACAC------CATCATAAT-TGA--AA--TCAACACATCAGAAAG--ACATTTA-A-TCATA--CGAAA--AT---GAAATCGAACTACA-T----CAAAATTT-AA---AAG-GACCAT--A---TCA---TTATA-TAAAGTGACCATATCAGtcaaagtcgtgtgtggcg
gi|5 : tCATAAT-TGAAATCAACACATCAGAAAGACATTT-AA-TCATACGAAAATG-AAATCGAAC---------------------TACAT-CAA-----A-ATT-TAAAAGGACCA-----T----A---TCATTATATAAAGT--------GA-C--CATAT-CAG--AGA-GAAAAGTCAG--CA-CA-GC-----------ATAAGGT-AATTTAACCAC--A---TCAG---ATTAA-AACT-GAAC--CGTCAAA--GTagagaaaagtcagcacagcataaggtaatttaaccacatcagattaaaactgaaccgtcaaagt
gi|6 : taccacaacgtaatgtaaatttaatgtgacaccat--ACA-ATG-A-CGTTGTCAA--G--AT---GACAAGTAACGAAT-T----CATAATGT-AAAGTTT----CCAC--T---TCA---CAATG-TAACGTGACCACAACAG
gi|6 : cCATAATGTAAAGTTTCCACTTCACAATGTAACGT-GA-CCACAACAGAAAGAATATCCA-----------------------CACAC-CAG-----A-ATG-AAAA-GAA-CGC--A-G----A---GAACAATGTAAAAT--------GG-C--GA-GT-CAGATAAT-G--AAGTAAT--CA-TA-TT-----------ATAATGT-AATATG-------A---TCAG---AATGA-AAAT-GAACGAC--CAAA--GTACAaaagaatatccacacaccagaatgaaaagaacgcagagaacaatgtaaaatggcgagtcagataatgaagtaatcatattataatgtaatatgatcagaatgaaaatgaacgaccaaagtacat
gi|7 : cacaatgacgttgtcaagatgacaagtaacgaattCATTAGAATG-ACATC-GAACCACAACAGAATG-ACATCGAACTACAACCTAATGTTAAGTGACCACAT-CAG-----A-ATA-ACAACGAACTAC--A-T---------CAAAATGTAAGGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACGAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAACCAC--CAAA--GTt
gi|8 : AGTAGA-TNNNNNNNNNNTG-ACATCGAAC---------------------CACAA-CAG-----A-ATG-ACATCGAACTAC--A-T---------CATAATGTAAAGT--------GA-C--CACAT-CCG--AAT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GC-----------AGACTGT-CATCTGACCAC--A---TCAG---AATGT-AAAT-AAAC--CATCAAA--GTcgtgtt
gi|9 : aatcttatttt--CACAT-CAA--ATT-GAAAAGTAAC--CA-CA-GCGTAATTTACTGGTAATGT-AAAATGATCAC--A---TTAG---AATGA-AAAC-GAACCATAcgtatttggcgttcca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AAATGAAAACGAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCATT
Unaligned ( gi|28 ): AGTGAAACCATCAAAGTCGTGTTTGGCGTTTCATA
Unaligned ( gi|29 ): CAGAATGAAAATGAACCATCAAAATCGTGTTTGG