lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2222 22 1 2222 222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 11 11111111111 6666666 1 1
lowQualScore : 88 8888 6 11 6 5 4444 4 999999999999999999999999999999999999999999999 4 5 3 3 5 5 00 2 3 3 99999999999 66 3333333 7 4 4 999 9
lowQualScore : .. .... . .. . . .... . ............................................. . . . . . . .. . . . ........... .. ....... . . . ... .
lowQualScore : 33 3333 7 00 0 0 8888 0 555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 8 2 6 3 00 6 6 6 99999999999 11 5555555 0 2 5 888 7
consensus : NNNNNNNNNNNACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTATTTTATGTNAAAATCAGTTATG-AAAAACCTNCGTTTGCAATAATGTGATTAGACGTTAGCTATTNGCACGCCTGCGACTTTTTTGTCCGCTTGGCGCTTTTTGTTCGC--AACGC-TTTTT-ATCCACA--G----G---AAA--TAGA---NATACGTCGATTTTTGTCNANATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
Reference ( gi|3 ) : AGTTTACTCATACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAGCTATTACCATTATTTTATGTAAAAATCAGTTAGGTGAAAACCTGCATTTTCAATAATGTA--TAAA----------TTGCACGCCTGTGACTTTTTTGTCCTCTTGGTGCTTTTTGTTCGC--AACGC-TTTTT-ATCCACA--G----G---AAA--TACT---CCTACGACGACTTCTGTCAAGATGCGGACAAAAGTCTTCATTGTCCTAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
gi|1 : ACATTTTAATTTGATAATATT-TCTATGAAATGTCACCAGTATT--ATGTAAAAATCAATT-----------TTCATT---AAT-ATGTAATTAGACGTTAGCTATTTGCACGCCTGCTAC-TTTTTGTCCACTT
gi|13 : T--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTA--TTATGTTAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|15 : caT--ATTTC----TATTCTCTATGGAATATCACCAGTATTgggtaactttaat
gi|11 : ttaattactcgAAATCAGTTATG-AAAAACCTGCGTTTGCAATAATATG--TAAA----------TAG-ATGTCTGTG-CGTTTTTGTTTGCTTGGa
gi|4 : CTTGCAGCTTTTTTGTCAGCTTTGCACTTTATGTTCGC--AAC-C-TTTTT-ATATACT--G----G---AAA--
gi|8 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGACTTTTTTGTCCGCTTGGTGCGTTTTGCTCGC--AACGC-TTTTT-ATCCAAAATA----G---AAA--TACaaatagaaattaggcgtcatgttggcaaaatttgacgtatatctattttttttctgcataaaaaaagcgacaagtggacaaaaagcacct
gi|2 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactttTGACTTATT-GTCCGCTTGGAGCTTTTTGTTCGT--AACAC-TTTTT-AACCACA--A----GTAAAAA--TAGA---AATGCGTCGATTTTTGTCgtcgac
gi|10 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTTTGTCCAATTGACGCTTTTTGTCCAC--CGAGC-TAAT--ATCTACA--G--------AAA--TAATAGATATACGTCAATTT-TGTCCACATGCGGATTTAAGTCTTCATTGTACTAAAtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : TTTTTGTCCGCTTGACGCTTTTTGTTCGC--AACAC-TTTTT-ATCCGCA--G----A---A
gi|9 : gtgtgtgcatgcgcCTTGGCACTTTTTGTTTGC--AACGC-TTTTT-ATCCAAA--G----G---AAA--
gi|6 : gCTTGGAGCTTTTTGTTCGC--AACTC-TCTTT-ATCTACA-------T---AAA--TAatatagaaacccgttgtctcgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgGGCGCTTTTTGTTCGC--AACAC-TTTTTTATCCACA--G----G---AAAAATAGA---AATACGTTGACACTTGTCTTGTTGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAAtagaaatacatcaacttt
gi|4 : GGTGCTTTTTGTCCACTTGTCGC-TTTTT-TTATGCA--GAAAAA---AAA--TAGA---TATACGTCAAATTTTGCCAACATGccgcataaaggccaaatagcaaaaggcttcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|16 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttgcagcttttttgtcagctttgcactttatgttcgcaacctttttatatactggaaaaaatagaaattaggcgtGGCGCTTTTTGTCCGCTTGACGC-TTTTT-GTCt
gi|14 : cgtttgtgcaGCGCTTTTTGTTCGC--AACACTTTTTT-ATCCACA--G----G---AAA--
gi|5 : cgtatttctattGATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCATAA
Alignments
lowQualScore : 11 2222 11 33333 11 4444444444444444 111 111
lowQualScore : 33 1111 2 88 1 00000 1 0 44 7 8888888888888888 1 6 3 7 2 4 3 3 777 666 55 1 777 4 1 1 0
lowQualScore : .. .... . .. . ..... . . .. . ................ . . . . . . . . ... ... .. . ... . . . .
lowQualScore : 88 2222 5 55 0 00000 0 7 00 3 0000000000000000 0 7 2 1 0 9 6 6 777 555 55 0 000 6 0 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-G-GAAAACCTGCGTTT-CAATAATGTA--TAAA---TAG-TGTTTGCACGCCTGCGACTTTTTTGTCCGCTTGGCGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACTTTTGTCAANATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
Reference ( family-9782 ) : NNNNNNNNNNNACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTATTTTATGTNAAAATCAGTTATG-AAAAACCTNCGTTTGCAATAATGTGATTAGACGTTAGCTATTNGCACGCCTGCGACTTTTTTGTCCGCTTGGCGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TAGANAT---ACGTCGATTTTTGTCNANATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
gi|1 : ACATTTTAATTTGATAATATT-TCTATGAAATGTCACCAGTA--TTATGTAAAAATCAATT-----------TTCATT---AAT-ATGTAATTAGACGTTAGCTATTTGCACGCCTGCTAC-TTTTTGTCCACTT
gi|10 : TTTTTTGTCCAATTGACGCTTTTTGTCCACCGAGC-TAAT--ATCTACAGA---AATA-A--TAGATAT---ACGTCAATTTT-GTCCACATGCGGATTTAAGTCTTCATTGTACTAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|11 : AAATCAGTTATG-AAAAACCTGCGTTTGCAATAATATG--TAAA---TAGATGTCTG------TGCG---TTTTTGTTTGCTTGG
gi|12 : GCATGCG--CTTTTTGTCCGCTTGACGCTTTTTGTTCGCAACAC-TTTTT-ATCCGCAGA---A
gi|13 : gtgtgtT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTA--TTATGTTAAA
gi|14 : caGCGCTTTTTGTTCGCAACACTTTTTT-ATCCACAGGAA-AA---A--TAGAAAT---ACGgggtaactttaat
gi|15 : T--ATTTC----TATTCTCTATGGAATATCACCAGTATT
gi|16 : ttaattactcgTTTTTGTCCGCTTGACGCTTTTTGTa
gi|2 : cgtttgtgcaggcgcGACTTATT-GTCCGCTTGGAGCTTTTTGTTCGTAACAC-TTTTT-AACCACAAGTAAAA---A--TAGAAAT---GCGTCGATTTTTGTCc
gi|3 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAGCTATTACCATTATTTTATGTAAAAATCAGTTAGGTGAAAACCTGCATTTTCAATAATGTA--TAAA----------TTGCACGCCTGTGACTTTTTTGTCCTCTTGGTGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TACTCCT---ACGACGACTTCTGTCAAGATGCGGACAAAAGTCTTCATTGTCCTAAAtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4 : agtttactcatCTTGCAGCTTTTTTGTCAGCTTTGCACTTTATGTTCGCAAC-C-TTTTT-ATATACTGGAAAAA---A--TAGAAATTAGGCGTCA--TGTTGGCAAAATttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTTGTCCACTTGTCGCTTTTTTTATGCAG--------------AAAAA---AA---A--TAGATAT---ACGTCAAATTTTGCCAACATGttgacgtatatctattttttttctgcataaaaaaagcgacaagtggacaaaaagcacct
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttgcagcttttttgtcagctttgcactttatgttcgcaacctttttatatactggaaaaaatagaaattaggcgtATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCATAAgcacct
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttggcattttatatttctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgCTGCTTGGAGCTTTTTGTTCGCAACTC-TCTTT-ATCTACATA---AAT--A--TAGAAAT---ACATCAACTTT
gi|7 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCGCTTTTTGTTCGCAACAC-TTTTTTATCCACAGG---AA---AAATAGAAAT---ACGTTGACACTTGTCTTGTTGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
gi|8 : GACTTTTTTGTCCGCTTGGTGCGTTTTGCTCGCAACGC-TTTTT-ATCCA-------AA---A--TAGAAAT---ACGTCGAccgcataaaggccaaatagcaaaaggcttcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttttGCTTGGCACTTTTTGTTTGCAACGC-TTTTT-ATCCAAAGG---AAAATA--TAGAAAC---CCGTTGc
Alignments
lowQualScore : 11 2222 11 4444444 2 55555555555555 111 111
lowQualScore : 33 1111 2 88 0000000 3 6 0 1 00000000000000 2 0 8 6666 4 3 3 777 666 55 777 2 1 1 0
lowQualScore : .. .... . .. ....... . . . . .............. . . . .... . . . ... ... .. ... . . . .
lowQualScore : 88 2222 5 55 0000000 7 7 7 0 88888888888888 5 2 2 8888 9 6 6 777 555 55 000 9 0 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-GG--AAAACCTGCGTTT-CAATAATATGTAAATAGA-------TGTNTGCACGCCTGCGACTTTTTTGTCCGCTTGGCGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACTTTTGTCAANATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
Reference ( family-9782 ) : NNNNNNNNNNNACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-GG--AAAACCTGCGTTT-CAATAATGTATAAATAG--------TGTTTGCACGCCTGCGACTTTTTTGTCCGCTTGGCGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACTTTTGTCAANATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
gi|1 : ACATTTTAATTTGATAATATT-TCTATGAAATGTCACCAGTA--TTATGTAAAAATCAAT-----------------TTT-CATTAATATGTAATTAGACGTTAGCTATTTGCACGCCTGCTAC-TTTTTGTCCACTT
gi|10 : TTTTTTGTCCAATTGACGCTTTTTGTCCACCGAGC-TAAT--ATCTACAGA---AATA-A--TAGATAT---ACGTCAA-TTTTGTCCACATGCGGATTTAAGTCTTCATTGTACTAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|11 : AAATCAGTTATGA--AAAACCTGCGTTTGCAATAATATGTAAATAGA-------TGTCTG------TGCG---TTTTTGTTTGCTTGG
gi|12 : G--------TGTGTGCATGC--GC----TTTTTGTCCGCTTGACGCTTTTTGTTCGCAACAC-TTTTT-ATCCGCAGA---A
gi|13 : T--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTA--TTATGTTAAA
gi|14 : caGCGCTTTTTGTTCGCAACACTTTTTT-ATCCACAGGAA-AA---A--TAGAAAT---ACGgggtaactttaat
gi|15 : T--ATTTC----TATTCTCTATGGAATATCACCAGTATT
gi|16 : ttaattactcgTTTTTGTCCGCTTGACGCTTTTTGTa
gi|2 : cgtttgtgcaggcgcGACTTATT-GTCCGCTTGGAGCTTTTTGTTCGTAACAC-TTTTT-AACCACAAGTAAAA---A--TAGAAAT---GCGTCGATTTTTGTCc
gi|3 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAGCTATTACCATTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-GGTGAAAACCTGCATTTTCAATAATGTATAAAT--------------TGCACGCCTGTGACTTTTTTGTCCTCTTGGTGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TACTCCT---ACGACGACTTCTGTCAAGATGCGGACAAAAGTCTTCATTGTCCTAAAtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4 : agtttactcatCTTGCAGCTTTTTTGTCAGCTTTGCACTTTATGTTCGCAAC-C-TTTTT-ATATACTGGAAAAA---A--TAGAAATTAGGCGTCA--TGTTGGCAAAATttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTTGTCCACTTGTCGCTTTTTTTATGCAG--------------AAAAA---AA---A--TAGATAT---ACGTCAAATTTTGCCAACATGttgacgtatatctattttttttctgcataaaaaaagcgacaagtggacaaaaagcacct
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttgcagcttttttgtcagctttgcactttatgttcgcaacctttttatatactggaaaaaatagaaattaggcgtATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCATAAgcacct
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttggcattttatatttctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgCTGCTTGGAGCTTTTTGTTCGCAACTC-TCTTT-ATCTACATA---AAT--A--TAGAAAT---ACATCAACTTT
gi|7 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCGCTTTTTGTTCGCAACAC-TTTTTTATCCACAGG---AA---AAATAGAAAT---ACGTTGACACTTGTCTTGTTGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
gi|8 : GACTTTTTTGTCCGCTTGGTGCGTTTTGCTCGCAACGC-TTTTT-ATCCA-------AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACccgcataaaggccaaatagcaaaaggcttcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttttGCTTGGCACTTTTTGTTTGCAACGC-TTTTT-ATCCAAAGG---AAAATA--TAGAAAC---CCGTTGTCT
Alignments
lowQualScore : 11 2222 11 4444444 2 222222222222 1 1111 111 111
lowQualScore : 33 1111 2 88 0000000 3 6 777777777777 3 3 3 6666 4 3 3 777 666 55 777 2 1 1 0
lowQualScore : .. .... . .. ....... . . ............ . . . .... . . . ... ... .. ... . . . .
lowQualScore : 88 2222 5 55 0000000 7 7 777777777777 8 2 5 4444 9 6 6 777 555 55 000 9 0 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-GG--AAAACCTGCGTTT-CAATAATATGTAAATAGACG-------TNTGCACGCCTGCGACTTTTTTGTCCGCTTGGCGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACTTTTGTCAANATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
Reference ( family-9782 ) : NNNNNNNNNNNACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-GG--AAAACCTGCGTTT-CAATAATATGTAAATAGATG-------TNTGCACGCCTGCGACTTTTTTGTCCGCTTGGCGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACTTTTGTCAANATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
gi|1 : ACATTTTAATTTGATAATATT-TCTATGAAATGTCACCAGTA--TTATGTAAAAATCAAT-----------------TTT-CATTAATATGTAATTAGACGTTAGCTATTTGCACGCCTGCTAC-TTTTTGTCCACTT
gi|10 : TTTTTTGTCCAATTGACGCTTTTTGTCCACCGAGC-TAAT--ATCTACAGA---AATA-A--TAGATAT---ACGTCAA-TTTTGTCCACATGCGGATTTAAGTCTTCATTGTACTAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|11 : AAATCAGTTATGA--AAAACCTGCGTTTGCAATAATATGTAAATAGATG-------TCTG------TGCG---TTTTTGTTTGCTTGG
gi|12 : TG-------TGTGCATGC--GC----TTTTTGTCCGCTTGACGCTTTTTGTTCGCAACAC-TTTTT-ATCCGCAGA---A
gi|13 : gT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTA--TTATGTTAAA
gi|14 : caGCGCTTTTTGTTCGCAACACTTTTTT-ATCCACAGGAA-AA---A--TAGAAAT---ACGgggtaactttaat
gi|15 : T--ATTTC----TATTCTCTATGGAATATCACCAGTATT
gi|16 : ttaattactcg-------TGTGCAGGC--GC----TTTTTGTCCGCTTGACGCTTTTTGTa
gi|2 : cgttGACTTATT-GTCCGCTTGGAGCTTTTTGTTCGTAACAC-TTTTT-AACCACAAGTAAAA---A--TAGAAAT---GCGTCGATTTTTGTCc
gi|3 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAGCTATTACCATTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-GGTGAAAACCTGCATTTTCAATAATGTATAAAT--------------TGCACGCCTGTGACTTTTTTGTCCTCTTGGTGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TACTCCT---ACGACGACTTCTGTCAAGATGCGGACAAAAGTCTTCATTGTCCTAAAtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4 : agtttactcatCTTGCAGCTTTTTTGTCAGCTTTGCACTTTATGTTCGCAAC-C-TTTTT-ATATACTGGAAAAA---A--TAGAAATTAGGCGTCA--TGTTGGCAAAATttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTTGTCCACTTGTCGCTTTTTTTATGCAG--------------AAAAA---AA---A--TAGATAT---ACGTCAAATTTTGCCAACATGttgacgtatatctattttttttctgcataaaaaaagcgacaagtggacaaaaagcacct
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttgcagcttttttgtcagctttgcactttatgttcgcaacctttttatatactggaaaaaatagaaattaggcgtATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCATAAgcacct
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttggcattttatatttctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgCTGCTTGGAGCTTTTTGTTCGCAACTC-TCTTT-ATCTACATA---AAT--A--TAGAAAT---ACATCAACTTT
gi|7 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCGCTTTTTGTTCGCAACAC-TTTTTTATCCACAGG---AA---AAATAGAAAT---ACGTTGACACTTGTCTTGTTGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
gi|8 : GACTTTTTTGTCCGCTTGGTGCGTTTTGCTCGCAACGC-TTTTT-ATCCA-------AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACccgcataaaggccaaatagcaaaaggcttcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttttGCTTGGCACTTTTTGTTTGCAACGC-TTTTT-ATCCAAAGG---AAAATA--TAGAAAC---CCGTTGTCT
Alignments
lowQualScore : 11 2222 11 4444444 2 333333333333 1 1111 111 111
lowQualScore : 33 1111 2 88 0000000 3 6 000000000000 3 3 3 6666 4 3 3 777 666 55 777 2 1 1 0
lowQualScore : .. .... . .. ....... . . ............ . . . .... . . . ... ... .. ... . . . .
lowQualScore : 88 2222 5 55 0000000 7 7 666666666666 8 2 5 4444 9 6 6 777 555 55 000 9 0 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-GG--AAAACCTGCGTTT-CAATAATATGTAAATAGACG-------TNTGCACGCCTGCGACTTTTTTGTCCGCTTGGCGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACTTTTGTCAANATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
Reference ( family-9782 ) : NNNNNNNNNNNACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-GG--AAAACCTGCGTTT-CAATAATATGTAAATAGACG-------TNTGCACGCCTGCGACTTTTTTGTCCGCTTGGCGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACTTTTGTCAANATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
gi|1 : ACATTTTAATTTGATAATATT-TCTATGAAATGTCACCAGTA--TTATGTAAAAATCAAT-----------------TTT-CATTAATATGTAATTAGACGTTAGCTATTTGCACGCCTGCTAC-TTTTTGTCCACTT
gi|10 : TTTTTTGTCCAATTGACGCTTTTTGTCCACCGAGC-TAAT--ATCTACAGA---AATA-A--TAGATAT---ACGTCAA-TTTTGTCCACATGCGGATTTAAGTCTTCATTGTACTAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|11 : AAATCAGTTATGA--AAAACCTGCGTTTGCAATAATATGTAAATAGATG-------TCTG------TGCG---TTTTTGTTTGCTTGG
gi|12 : G-------TGTGCATGC--GC----TTTTTGTCCGCTTGACGCTTTTTGTTCGCAACAC-TTTTT-ATCCGCAGA---A
gi|13 : gtT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTA--TTATGTTAAA
gi|14 : caGCGCTTTTTGTTCGCAACACTTTTTT-ATCCACAGGAA-AA---A--TAGAAAT---ACGgggtaactttaat
gi|15 : T--ATTTC----TATTCTCTATGGAATATCACCAGTATT
gi|16 : ttaattactcg-------TGTGCAGGC--GC----TTTTTGTCCGCTTGACGCTTTTTGTa
gi|2 : cgttGACTTATT-GTCCGCTTGGAGCTTTTTGTTCGTAACAC-TTTTT-AACCACAAGTAAAA---A--TAGAAAT---GCGTCGATTTTTGTCc
gi|3 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAGCTATTACCATTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-GGTGAAAACCTGCATTTTCAATAATGTATAAAT--------------TGCACGCCTGTGACTTTTTTGTCCTCTTGGTGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TACTCCT---ACGACGACTTCTGTCAAGATGCGGACAAAAGTCTTCATTGTCCTAAAtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4 : agtttactcatCTTGCAGCTTTTTTGTCAGCTTTGCACTTTATGTTCGCAAC-C-TTTTT-ATATACTGGAAAAA---A--TAGAAATTAGGCGTCA--TGTTGGCAAAATttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTTGTCCACTTGTCGCTTTTTTTATGCAG--------------AAAAA---AA---A--TAGATAT---ACGTCAAATTTTGCCAACATGttgacgtatatctattttttttctgcataaaaaaagcgacaagtggacaaaaagcacct
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttgcagcttttttgtcagctttgcactttatgttcgcaacctttttatatactggaaaaaatagaaattaggcgtATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCATAAgcacct
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttggcattttatatttctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgCTGCTTGGAGCTTTTTGTTCGCAACTC-TCTTT-ATCTACATA---AAT--A--TAGAAAT---ACATCAACTTT
gi|7 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCGCTTTTTGTTCGCAACAC-TTTTTTATCCACAGG---AA---AAATAGAAAT---ACGTTGACACTTGTCTTGTTGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
gi|8 : GACTTTTTTGTCCGCTTGGTGCGTTTTGCTCGCAACGC-TTTTT-ATCCA-------AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACccgcataaaggccaaatagcaaaaggcttcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttttGCTTGGCACTTTTTGTTTGCAACGC-TTTTT-ATCCAAAGG---AAAATA--TAGAAAC---CCGTTGTCT
blockSeqs : . . C TT TAGGTG G G AGATG C T C GACT A T T TAA AAT AA TAG T A G
blockSeqs : . . C TT TATGA A T . G G T GACT A . . AAA T . . C A A
blockSeqs : . . C . G C . AGCT A . . AA . . . A A C
blockSeqs : . . . GACT G . . . . . . C T G
blockSeqs : . G T . . . . . . C
blockSeqs : . A . . . . . . C
blockSeqs : . G . . . . . . C
blockSeqs : G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : GACT ***
originalCons : NNNNNNNNNNNACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-GG--AAAACCTGCGTTT-CAATAATATGTAAATAGACG-------TNTGCACGCCTGCGACTTTTTTGTCCGCTTGGCGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACTTTTGTCAANATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
finalCons : NNNNNNNNNNNACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-GG--AAAACCTGCGTTT-CAATAATATGTAAATAGACG-------TNTGCACGCCTGCGACTTTTTTGTCCGCTTGGCGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACTTTTGTCAANATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
Alignments
lowQualScore : 11 2222 11 4444444 2 333333333333 1 1111 111 111
lowQualScore : 33 1111 2 88 0000000 3 6 000000000000 3 3 3 6666 4 3 3 777 666 55 777 2 1 1 0
lowQualScore : .. .... . .. ....... . . ............ . . . .... . . . ... ... .. ... . . . .
lowQualScore : 88 2222 5 55 0000000 7 7 666666666666 8 2 5 4444 9 6 6 777 555 55 000 9 0 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-GG--AAAACCTGCGTTT-CAATAATATGTAAATAGACG-------TNTGCACGCCTGCGACTTTTTTGTCCGCTTGGCGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACTTTTGTCAANATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
Reference ( family-9782 ) : NNNNNNNNNNNACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-GG--AAAACCTGCGTTT-CAATAATATGTAAATAGACG-------TNTGCACGCCTGCGACTTTTTTGTCCGCTTGGCGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACTTTTGTCAANATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
gi|1 : ACATTTTAATTTGATAATATT-TCTATGAAATGTCACCAGTA--TTATGTAAAAATCAAT-----------------TTT-CATTAATATGTAATTAGACGTTAGCTATTTGCACGCCTGCTAC-TTTTTGTCCACTT
gi|10 : TTTTTTGTCCAATTGACGCTTTTTGTCCACCGAGC-TAAT--ATCTACAGA---AATA-A--TAGATAT---ACGTCAA-TTTTGTCCACATGCGGATTTAAGTCTTCATTGTACTAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|11 : AAATCAGTTATGA--AAAACCTGCGTTTGCAATAATATGTAAATAGATG-------TCTG------TGCG---TTTTTGTTTGCTTGG
gi|12 : G-------TGTGCATGC--GC----TTTTTGTCCGCTTGACGCTTTTTGTTCGCAACAC-TTTTT-ATCCGCAGA---A
gi|13 : gtT--ATTTC----TATTCTCTATGAAATATCACCAGTA--TTATGTTAAA
gi|14 : caGCGCTTTTTGTTCGCAACACTTTTTT-ATCCACAGGAA-AA---A--TAGAAAT---ACGgggtaactttaat
gi|15 : T--ATTTC----TATTCTCTATGGAATATCACCAGTATT
gi|16 : ttaattactcg-------TGTGCAGGC--GC----TTTTTGTCCGCTTGACGCTTTTTGTa
gi|2 : cgttGACTTATT-GTCCGCTTGGAGCTTTTTGTTCGTAACAC-TTTTT-AACCACAAGTAAAA---A--TAGAAAT---GCGTCGATTTTTGTCc
gi|3 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACATTT--ATTTC----TATTCTCTATGAGCTATTACCATTATTTTATGTAAAAATCAGTTA-GGTGAAAACCTGCATTTTCAATAATGTATAAAT--------------TGCACGCCTGTGACTTTTTTGTCCTCTTGGTGCTTTTTGTTCGCAACGC-TTTTT-ATCCACAGG---AA---A--TACTCCT---ACGACGACTTCTGTCAAGATGCGGACAAAAGTCTTCATTGTCCTAAAtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4 : agtttactcatCTTGCAGCTTTTTTGTCAGCTTTGCACTTTATGTTCGCAAC-C-TTTTT-ATATACTGGAAAAA---A--TAGAAATTAGGCGTCA--TGTTGGCAAAATttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTTGTCCACTTGTCGCTTTTTTTATGCAG--------------AAAAA---AA---A--TAGATAT---ACGTCAAATTTTGCCAACATGttgacgtatatctattttttttctgcataaaaaaagcgacaagtggacaaaaagcacct
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttgcagcttttttgtcagctttgcactttatgttcgcaacctttttatatactggaaaaaatagaaattaggcgtATGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCATAAgcacct
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttggcattttatatttctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgCTGCTTGGAGCTTTTTGTTCGCAACTC-TCTTT-ATCTACATA---AAT--A--TAGAAAT---ACATCAACTTT
gi|7 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCGCTTTTTGTTCGCAACAC-TTTTTTATCCACAGG---AA---AAATAGAAAT---ACGTTGACACTTGTCTTGTTGCGGACAGAAGTCTTCATTGTCCTAAA
gi|8 : GACTTTTTTGTCCGCTTGGTGCGTTTTGCTCGCAACGC-TTTTT-ATCCA-------AA---A--TAGAAAT---ACGTCGACccgcataaaggccaaatagcaaaaggcttcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttttGCTTGGCACTTTTTGTTTGCAACGC-TTTTT-ATCCAAAGG---AAAATA--TAGAAAC---CCGTTGTCT