lowQualScore : 11111111 11111
lowQualScore : 2 55 55555555 33 77777 66 33 3 4 5 6
lowQualScore : . .. ........ .. ..... .. .. . . . .
lowQualScore : 7 66 55555555 44 88888 99 77 9 9 6 0
consensus : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-------GTAG--TTAGT---GTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
Reference ( gi|2 ) : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACA-TACAC-------ATAG--TTACT---GTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGATGACATAAGATTTGCAGTGCTATGAAAAAAATATG
gi|10 : GTTTACAGGTA-AGACTT-GTTAACA-TACAC-------ATAG--TTAGT---ATTTTGA--AGGACT--TATT-CTGTAAATGGTGACGTAAGATTTGCAGTGCTATGAGAAAAAT
gi|9 : GTTTACGGGTA-GGAATTTGTTAACT-TACAC-------CTAG--T-------GTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGATATAAGATTTGCAGTGCCATAACAAAAATG
gi|3 : GTTTACAGGTA-GGATTTTGTTAAAG-TACAA-------TTAG--TTAAT---GTTTTGG--TGGACT--AGTTTCTGTAAATGGTGACAAAAGAATTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
gi|7 : GTTTGCAGGTA-GTACTTTGTTAACG-TACAT-------GCAG--TCAATAGCGTTTTGA--AGGACT--TATTTCTGTAAATGGTG-CATAAGATTTGCACTGCCACGAGAA
gi|6 : TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACC-TACAC-------ATAG--CTAGT---GTTTTGC--AGGACT--TGTTTTTGTAAATGATGACATAAGCTTTGCAGTGCCATAAGAAAAA
gi|5 : TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAGCG-TACAC-------GTTG--TTAGT---GTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTATGAATGGTGACAAAAGATTTGCAGTGCCATGAAAAAAGTGgg
gi|4 : TTTACAGGTAAGGACTTTGTTAACG-CACAC-------GTAG--TAAGT---GTTTTAA--AGGACTGTTGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGCGCCATGAGAAAAAT
gi|8 : TTTACAGGTA-GGA--TTGTTAATG-TACAC-------ATAA--TTG-T---GTTTTGA--TGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACACAAGATTTGTAGTACCATGAGAAAAATG
gi|1 : TTTACATGTA-GGACTTGGTTAACA-TTCACCCAGTGTATAACATTAAT---GTTTTTA--AGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAA
gi|13 : TTTACGGGTA-GGACTTTGTTAAGGGTACAT-------GTAC--TTAGT---GTTTTGA--AGGACT--TGTTCCTGTAAATGGTGACATAAGATcg
gi|12 : TTTACAGATA-TGACT--GTTAATG-TACAG-------GTAG--TTA----------------G-----TGTTTCTGTAAACGATGAAATAAGATTTG-AGTGCCATGAGAAAAAT
gi|18 : TTTGCAGGTA-GGAATTTGTTAACA-tt
gi|14 : TTACATGTA-GGACTCTGTTAACG-TACAC-------ATAG--TAAGT---GTTTTGA--AGGAgatccagattgttt
gi|11 : TACAGGTA-GGAC--------------AT-------GTAG--TTAGT---GTGTTGA--AGGACT--TGTTTCTATAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATCAGAACAATGactgcagtgccatgagaaaaatgtg
gi|17 : AGGTA-AAACTTTGTAAAGG-TA------------AA--TT-TT---GTTTTGA--AGGACT--AGTCTCTGTAAA
gi|16 : ACA-TGCAC-------------TTAAC---GTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAAatagaaatat
gi|15 : tgtACA-TGCAC-------------TTAAC---GTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAAttgt
gi|14 : tgtTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTGttgt
Alignments
lowQualScore : 2 2 777777 5555 444 66 33
lowQualScore : . . ...... .... ... .. ..
lowQualScore : 5 4 999999 0000 111 55 22
consensus : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-----GTA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
Reference ( family-9716 ) : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-----GTA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
gi|1 : TTTACATGTA-GGACTTGGTTAACA-TTCACCCAGTGTATAACAT---TAATGTTTTTA--AGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAACG
gi|10 : GTTTACAGGTA-AGACTT-GTTAACA-TACAC-----ATA----GT---TAGTATTTTGA--AGGACT--TATT-CTGTAAATGGTGACGTAAGATTTGCAGTGCTATGAGAAAAAT
gi|11 : TACAGGTA-GGAC--------------AT-----GTA----GT---TAGTGTGTTGA--AGGACT--TGTTTCTATAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATCAGAACAATGT
gi|12 : TTTACAGATA-TGACT--GTTAATG-TACAG-----GTA----GT---TAGTGTT------------------TCTGTAAACGATGAAATAAGATTTG-AGTGCCATGAGAAAAAT
gi|13 : TTTACGGGTA-GGACTTTGTTAAGGGTACAT-----GTA----CT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTCCTGTAAATGGTGACATAAGATtt
gi|14 : TTACATGTA-GGACTCTGTTAACG-TACAC-----ATA----GT---AAGTGTTTTGA--AGGAA--------CTGCA----GTG-----------------CCATGAGAAAAATGTG
gi|15 : G-TACAT-----GCA----CT---TAACGTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAATTGT
gi|16 : tG-TACAT-----GCA----CT---TAACGTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAATTGT
gi|17 : tAGGTA-AAACTTTGTAAAGG-TAAAT-------------T---T--TGTTTTGA--AGGACT--AGTCTCTGTAAA
gi|18 : TTTGCAGGTA-GGAATTTGTTAACatagaaatat
gi|2 : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACA-TACAC-----ATA----GT---TACTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGATGACATAAGATTTGCAGTGCTATGAAAAAAATATGagatccagattgttt
gi|3 : GTTTACAGGTA-GGATTTTGTTAAAG-TACAA-----TTA----GT---TAATGTTTTGG--TGGACT--AGTTTCTGTAAATGGTGACAAAAGAATTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
gi|4 : TTTACAGGTAAGGACTTTGTTAACG-CACAC-----GTA----GT---AAGTGTTTTAA--AGGACTGTTGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGCGCCATGAGAAAAAT
gi|5 : TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAGCG-TACAC-----GTT----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTATGAATGGTGACAAAAGATTTGCAGTGCCATGAAAAAAGTGT
gi|6 : TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACC-TACAC-----ATA----GC---TAGTGTTTTGC--AGGACT--TGTTTTTGTAAATGATGACATAAGCTTTGCAGTGCCATAAGAAAAA
gi|7 : GTTTGCAGGTA-GTACTTTGTTAACG-TACAT-----GCA----GTCAATAGCGTTTTGA--AGGACT--TATTTCTGTAAATGGTG-CATAAGATTTGCACTGCCACGAGAAgg
gi|8 : TTTACAGGTA-GGA--TTGTTAATG-TACAC-----ATA----AT---T-GTGTTTTGA--TGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACACAAGATTTGTAGTACCATGAGAAAAATGT
gi|9 : GTTTACGGGTA-GGAATTTGTTAACT-TACAC-------------C---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGATATAAGATTTGCAGTGCCATAACAAAAATGT
Alignments
lowQualScore : 2 2 777777 5555 444 66 33
lowQualScore : . . ...... .... ... .. ..
lowQualScore : 5 4 999999 0000 111 55 22
consensus : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-----GTA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
Reference ( family-9716 ) : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-----GTA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
gi|1 : TTTACATGTA-GGACTTGGTTAACA-TTCACCCAGTGTATAACAT---TAATGTTTTTA--AGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAACG
gi|10 : GTTTACAGGTA-AGACTT-GTTAACA-TACAC-----ATA----GT---TAGTATTTTGA--AGGACT--TATT-CTGTAAATGGTGACGTAAGATTTGCAGTGCTATGAGAAAAAT
gi|11 : TACAGGTA-GGAC--------------AT-----GTA----GT---TAGTGTGTTGA--AGGACT--TGTTTCTATAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATCAGAACAATGT
gi|12 : TTTACAGATA-TGACT--GTTAATG-TACAG-----GTA----GT---TAGTGTT------------------TCTGTAAACGATGAAATAAGATTTG-AGTGCCATGAGAAAAAT
gi|13 : TTTACGGGTA-GGACTTTGTTAAGGGTACAT-----GTA----CT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTCCTGTAAATGGTGACATAAGATtt
gi|14 : TTACATGTA-GGACTCTGTTAACG-TACAC-----ATA----GT---AAGTGTTTTGA--AGGAA--------CTGCA----GTG-----------------CCATGAGAAAAATGTG
gi|15 : G-TACAT-----GCA----CT---TAACGTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAATTGT
gi|16 : tG-TACAT-----GCA----CT---TAACGTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAATTGT
gi|17 : tAGGTA-AAACTTTGTAAAGG-TAAAT-------------T---T--TGTTTTGA--AGGACT--AGTCTCTGTAAA
gi|18 : TTTGCAGGTA-GGAATTTGTTAACatagaaatat
gi|2 : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACA-TACAC-----ATA----GT---TACTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGATGACATAAGATTTGCAGTGCTATGAAAAAAATATGagatccagattgttt
gi|3 : GTTTACAGGTA-GGATTTTGTTAAAG-TACAA-----TTA----GT---TAATGTTTTGG--TGGACT--AGTTTCTGTAAATGGTGACAAAAGAATTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
gi|4 : TTTACAGGTAAGGACTTTGTTAACG-CACAC-----GTA----GT---AAGTGTTTTAA--AGGACTGTTGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGCGCCATGAGAAAAAT
gi|5 : TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAGCG-TACAC-----GTT----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTATGAATGGTGACAAAAGATTTGCAGTGCCATGAAAAAAGTGT
gi|6 : TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACC-TACAC-----ATA----GC---TAGTGTTTTGC--AGGACT--TGTTTTTGTAAATGATGACATAAGCTTTGCAGTGCCATAAGAAAAA
gi|7 : GTTTGCAGGTA-GTACTTTGTTAACG-TACAT-----GCA----GTCAATAGCGTTTTGA--AGGACT--TATTTCTGTAAATGGTG-CATAAGATTTGCACTGCCACGAGAAgg
gi|8 : TTTACAGGTA-GGA--TTGTTAATG-TACAC-----ATA----AT---T-GTGTTTTGA--TGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACACAAGATTTGTAGTACCATGAGAAAAATGT
gi|9 : GTTTACGGGTA-GGAATTTGTTAACT-TACAC-------------C---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGATATAAGATTTGCAGTGCCATAACAAAAATGT
blockSeqs : A G A . CAA TT GT
blockSeqs : . . G . . TT .
blockSeqs : . . G . . . .
blockSeqs : . . G . . . .
blockSeqs : . . A . . . .
blockSeqs : . . G . . . .
blockSeqs : . . G . . . .
blockSeqs : . . A . . . .
blockSeqs : . . T . . . .
blockSeqs : . . G . . . .
blockSeqs : . . G . . . .
blockSeqs : . . A . . . .
blockSeqs : . . G . . . .
blockSeqs : . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : G***** ****
originalCons : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-----GTA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
finalCons : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACACG-----TA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
Alignments
lowQualScore : 2 2 777777 5555 444 66 33
lowQualScore : . . ...... .... ... .. ..
lowQualScore : 5 4 999999 0000 111 55 22
consensus : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-----GTA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
Reference ( family-9716 ) : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-----GTA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
gi|1 : TTTACATGTA-GGACTTGGTTAACA-TTCACCCAGTGTATAACAT---TAATGTTTTTA--AGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAACG
gi|10 : GTTTACAGGTA-AGACTT-GTTAACA-TACAC-----ATA----GT---TAGTATTTTGA--AGGACT--TATT-CTGTAAATGGTGACGTAAGATTTGCAGTGCTATGAGAAAAAT
gi|11 : TACAGGTA-GGAC--------------AT-----GTA----GT---TAGTGTGTTGA--AGGACT--TGTTTCTATAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATCAGAACAATGT
gi|12 : TTTACAGATA-TGACT--GTTAATG-TACAG-----GTA----GT---TAGTGTT------------------TCTGTAAACGATGAAATAAGATTTG-AGTGCCATGAGAAAAAT
gi|13 : TTTACGGGTA-GGACTTTGTTAAGGGTACAT-----GTA----CT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTCCTGTAAATGGTGACATAAGATtt
gi|14 : TTACATGTA-GGACTCTGTTAACG-TACAC-----ATA----GT---AAGTGTTTTGA--AGGAA--------CTGCA----GTG-----------------CCATGAGAAAAATGTG
gi|15 : G-TACAT-----GCA----CT---TAACGTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAATTGT
gi|16 : tG-TACAT-----GCA----CT---TAACGTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAATTGT
gi|17 : tAGGTA-AAACTTTGTAAAGG-TAAAT-------------T---T--TGTTTTGA--AGGACT--AGTCTCTGTAAA
gi|18 : TTTGCAGGTA-GGAATTTGTTAACatagaaatat
gi|2 : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACA-TACAC-----ATA----GT---TACTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGATGACATAAGATTTGCAGTGCTATGAAAAAAATATGagatccagattgttt
gi|3 : GTTTACAGGTA-GGATTTTGTTAAAG-TACAA-----TTA----GT---TAATGTTTTGG--TGGACT--AGTTTCTGTAAATGGTGACAAAAGAATTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
gi|4 : TTTACAGGTAAGGACTTTGTTAACG-CACAC-----GTA----GT---AAGTGTTTTAA--AGGACTGTTGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGCGCCATGAGAAAAAT
gi|5 : TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAGCG-TACAC-----GTT----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTATGAATGGTGACAAAAGATTTGCAGTGCCATGAAAAAAGTGT
gi|6 : TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACC-TACAC-----ATA----GC---TAGTGTTTTGC--AGGACT--TGTTTTTGTAAATGATGACATAAGCTTTGCAGTGCCATAAGAAAAA
gi|7 : GTTTGCAGGTA-GTACTTTGTTAACG-TACAT-----GCA----GTCAATAGCGTTTTGA--AGGACT--TATTTCTGTAAATGGTG-CATAAGATTTGCACTGCCACGAGAAgg
gi|8 : TTTACAGGTA-GGA--TTGTTAATG-TACAC-----ATA----AT---T-GTGTTTTGA--TGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACACAAGATTTGTAGTACCATGAGAAAAATGT
gi|9 : GTTTACGGGTA-GGAATTTGTTAACT-TACAC-------------C---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGATATAAGATTTGCAGTGCCATAACAAAAATGT