lowQualScore                  :                                 11111111        11111                                                                   
lowQualScore                  :            2             55     55555555   33   77777       66      33              3                    4    5      6  
lowQualScore                  :            .             ..     ........   ..   .....       ..      ..              .                    .    .      .  
lowQualScore                  :            7             66     55555555   44   88888       99      77              9                    9    6      0  
consensus                     : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-------GTAG--TTAGT---GTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
Reference ( gi|2 )            : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACA-TACAC-------ATAG--TTACT---GTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGATGACATAAGATTTGCAGTGCTATGAAAAAAATATG
gi|10                         : GTTTACAGGTA-AGACTT-GTTAACA-TACAC-------ATAG--TTAGT---ATTTTGA--AGGACT--TATT-CTGTAAATGGTGACGTAAGATTTGCAGTGCTATGAGAAAAAT
gi|9                          : GTTTACGGGTA-GGAATTTGTTAACT-TACAC-------CTAG--T-------GTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGATATAAGATTTGCAGTGCCATAACAAAAATG
gi|3                          : GTTTACAGGTA-GGATTTTGTTAAAG-TACAA-------TTAG--TTAAT---GTTTTGG--TGGACT--AGTTTCTGTAAATGGTGACAAAAGAATTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
gi|7                          : GTTTGCAGGTA-GTACTTTGTTAACG-TACAT-------GCAG--TCAATAGCGTTTTGA--AGGACT--TATTTCTGTAAATGGTG-CATAAGATTTGCACTGCCACGAGAA
gi|6                          :  TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACC-TACAC-------ATAG--CTAGT---GTTTTGC--AGGACT--TGTTTTTGTAAATGATGACATAAGCTTTGCAGTGCCATAAGAAAAA
gi|5                          :  TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAGCG-TACAC-------GTTG--TTAGT---GTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTATGAATGGTGACAAAAGATTTGCAGTGCCATGAAAAAAGTGgg
gi|4                          :  TTTACAGGTAAGGACTTTGTTAACG-CACAC-------GTAG--TAAGT---GTTTTAA--AGGACTGTTGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGCGCCATGAGAAAAAT
gi|8                          :  TTTACAGGTA-GGA--TTGTTAATG-TACAC-------ATAA--TTG-T---GTTTTGA--TGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACACAAGATTTGTAGTACCATGAGAAAAATG
gi|1                          :  TTTACATGTA-GGACTTGGTTAACA-TTCACCCAGTGTATAACATTAAT---GTTTTTA--AGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAA
gi|13                         :  TTTACGGGTA-GGACTTTGTTAAGGGTACAT-------GTAC--TTAGT---GTTTTGA--AGGACT--TGTTCCTGTAAATGGTGACATAAGATcg
gi|12                         :  TTTACAGATA-TGACT--GTTAATG-TACAG-------GTAG--TTA----------------G-----TGTTTCTGTAAACGATGAAATAAGATTTG-AGTGCCATGAGAAAAAT
gi|18                         :  TTTGCAGGTA-GGAATTTGTTAACA-tt
gi|14                         :   TTACATGTA-GGACTCTGTTAACG-TACAC-------ATAG--TAAGT---GTTTTGA--AGGAgatccagattgttt
gi|11                         :    TACAGGTA-GGAC--------------AT-------GTAG--TTAGT---GTGTTGA--AGGACT--TGTTTCTATAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATCAGAACAATGactgcagtgccatgagaaaaatgtg
gi|17                         :       AGGTA-AAACTTTGTAAAGG-TA------------AA--TT-TT---GTTTTGA--AGGACT--AGTCTCTGTAAA
gi|16                         :                        ACA-TGCAC-------------TTAAC---GTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAAatagaaatat
gi|15                         :                     tgtACA-TGCAC-------------TTAAC---GTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAAttgt
gi|14                         :                                                                                               tgtTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTGttgt





Alignments
lowQualScore                  :            2              2     777777  5555  444           66      33                                                  
lowQualScore                  :            .              .     ......  ....  ...           ..      ..                                                  
lowQualScore                  :            5              4     999999  0000  111           55      22                                                  
consensus                     : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-----GTA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
Reference ( family-9716 )     : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-----GTA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
gi|1                          :  TTTACATGTA-GGACTTGGTTAACA-TTCACCCAGTGTATAACAT---TAATGTTTTTA--AGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAACG
gi|10                         : GTTTACAGGTA-AGACTT-GTTAACA-TACAC-----ATA----GT---TAGTATTTTGA--AGGACT--TATT-CTGTAAATGGTGACGTAAGATTTGCAGTGCTATGAGAAAAAT
gi|11                         :    TACAGGTA-GGAC--------------AT-----GTA----GT---TAGTGTGTTGA--AGGACT--TGTTTCTATAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATCAGAACAATGT
gi|12                         :  TTTACAGATA-TGACT--GTTAATG-TACAG-----GTA----GT---TAGTGTT------------------TCTGTAAACGATGAAATAAGATTTG-AGTGCCATGAGAAAAAT
gi|13                         :  TTTACGGGTA-GGACTTTGTTAAGGGTACAT-----GTA----CT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTCCTGTAAATGGTGACATAAGATtt
gi|14                         :   TTACATGTA-GGACTCTGTTAACG-TACAC-----ATA----GT---AAGTGTTTTGA--AGGAA--------CTGCA----GTG-----------------CCATGAGAAAAATGTG
gi|15                         :                          G-TACAT-----GCA----CT---TAACGTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAATTGT
gi|16                         :                         tG-TACAT-----GCA----CT---TAACGTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAATTGT
gi|17                         :      tAGGTA-AAACTTTGTAAAGG-TAAAT-------------T---T--TGTTTTGA--AGGACT--AGTCTCTGTAAA
gi|18                         :  TTTGCAGGTA-GGAATTTGTTAACatagaaatat
gi|2                          : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACA-TACAC-----ATA----GT---TACTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGATGACATAAGATTTGCAGTGCTATGAAAAAAATATGagatccagattgttt
gi|3                          : GTTTACAGGTA-GGATTTTGTTAAAG-TACAA-----TTA----GT---TAATGTTTTGG--TGGACT--AGTTTCTGTAAATGGTGACAAAAGAATTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
gi|4                          :  TTTACAGGTAAGGACTTTGTTAACG-CACAC-----GTA----GT---AAGTGTTTTAA--AGGACTGTTGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGCGCCATGAGAAAAAT
gi|5                          :  TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAGCG-TACAC-----GTT----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTATGAATGGTGACAAAAGATTTGCAGTGCCATGAAAAAAGTGT
gi|6                          :  TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACC-TACAC-----ATA----GC---TAGTGTTTTGC--AGGACT--TGTTTTTGTAAATGATGACATAAGCTTTGCAGTGCCATAAGAAAAA
gi|7                          : GTTTGCAGGTA-GTACTTTGTTAACG-TACAT-----GCA----GTCAATAGCGTTTTGA--AGGACT--TATTTCTGTAAATGGTG-CATAAGATTTGCACTGCCACGAGAAgg
gi|8                          :  TTTACAGGTA-GGA--TTGTTAATG-TACAC-----ATA----AT---T-GTGTTTTGA--TGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACACAAGATTTGTAGTACCATGAGAAAAATGT
gi|9                          : GTTTACGGGTA-GGAATTTGTTAACT-TACAC-------------C---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGATATAAGATTTGCAGTGCCATAACAAAAATGT





Alignments
lowQualScore                  :            2              2     777777  5555  444           66      33                                                  
lowQualScore                  :            .              .     ......  ....  ...           ..      ..                                                  
lowQualScore                  :            5              4     999999  0000  111           55      22                                                  
consensus                     : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-----GTA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
Reference ( family-9716 )     : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-----GTA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
gi|1                          :  TTTACATGTA-GGACTTGGTTAACA-TTCACCCAGTGTATAACAT---TAATGTTTTTA--AGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAACG
gi|10                         : GTTTACAGGTA-AGACTT-GTTAACA-TACAC-----ATA----GT---TAGTATTTTGA--AGGACT--TATT-CTGTAAATGGTGACGTAAGATTTGCAGTGCTATGAGAAAAAT
gi|11                         :    TACAGGTA-GGAC--------------AT-----GTA----GT---TAGTGTGTTGA--AGGACT--TGTTTCTATAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATCAGAACAATGT
gi|12                         :  TTTACAGATA-TGACT--GTTAATG-TACAG-----GTA----GT---TAGTGTT------------------TCTGTAAACGATGAAATAAGATTTG-AGTGCCATGAGAAAAAT
gi|13                         :  TTTACGGGTA-GGACTTTGTTAAGGGTACAT-----GTA----CT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTCCTGTAAATGGTGACATAAGATtt
gi|14                         :   TTACATGTA-GGACTCTGTTAACG-TACAC-----ATA----GT---AAGTGTTTTGA--AGGAA--------CTGCA----GTG-----------------CCATGAGAAAAATGTG
gi|15                         :                          G-TACAT-----GCA----CT---TAACGTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAATTGT
gi|16                         :                         tG-TACAT-----GCA----CT---TAACGTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAATTGT
gi|17                         :      tAGGTA-AAACTTTGTAAAGG-TAAAT-------------T---T--TGTTTTGA--AGGACT--AGTCTCTGTAAA
gi|18                         :  TTTGCAGGTA-GGAATTTGTTAACatagaaatat
gi|2                          : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACA-TACAC-----ATA----GT---TACTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGATGACATAAGATTTGCAGTGCTATGAAAAAAATATGagatccagattgttt
gi|3                          : GTTTACAGGTA-GGATTTTGTTAAAG-TACAA-----TTA----GT---TAATGTTTTGG--TGGACT--AGTTTCTGTAAATGGTGACAAAAGAATTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
gi|4                          :  TTTACAGGTAAGGACTTTGTTAACG-CACAC-----GTA----GT---AAGTGTTTTAA--AGGACTGTTGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGCGCCATGAGAAAAAT
gi|5                          :  TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAGCG-TACAC-----GTT----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTATGAATGGTGACAAAAGATTTGCAGTGCCATGAAAAAAGTGT
gi|6                          :  TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACC-TACAC-----ATA----GC---TAGTGTTTTGC--AGGACT--TGTTTTTGTAAATGATGACATAAGCTTTGCAGTGCCATAAGAAAAA
gi|7                          : GTTTGCAGGTA-GTACTTTGTTAACG-TACAT-----GCA----GTCAATAGCGTTTTGA--AGGACT--TATTTCTGTAAATGGTG-CATAAGATTTGCACTGCCACGAGAAgg
gi|8                          :  TTTACAGGTA-GGA--TTGTTAATG-TACAC-----ATA----AT---T-GTGTTTTGA--TGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACACAAGATTTGTAGTACCATGAGAAAAATGT
gi|9                          : GTTTACGGGTA-GGAATTTGTTAACT-TACAC-------------C---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGATATAAGATTTGCAGTGCCATAACAAAAATGT


blockSeqs                     :            A              G     A       .     CAA           TT      GT
blockSeqs                     :            .              .     G       .     .             TT      . 
blockSeqs                     :            .              .     G       .     .             .       . 
blockSeqs                     :            .              .     G       .     .             .       . 
blockSeqs                     :            .              .     A       .     .             .       . 
blockSeqs                     :            .              .     G       .     .             .       . 
blockSeqs                     :            .              .     G       .     .             .       . 
blockSeqs                     :            .              .     A       .     .             .       . 
blockSeqs                     :            .              .     T       .     .             .       . 
blockSeqs                     :            .              .     G       .     .             .       . 
blockSeqs                     :            .              .     G       .     .             .       . 
blockSeqs                     :            .              .     A       .     .             .       . 
blockSeqs                     :            .              .     G       .     .             .       . 
blockSeqs                     :            .              .     A       .     .             .       . 
blockSeqs                     :            .              .     .       .     .             .       . 
blockSeqs                     :                           .     .       .     .             .       . 


blockSeqCons                  :                                 G*****  ****
originalCons                  : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-----GTA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
finalCons                     : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACACG-----TA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG





Alignments
lowQualScore                  :            2              2     777777  5555  444           66      33                                                  
lowQualScore                  :            .              .     ......  ....  ...           ..      ..                                                  
lowQualScore                  :            5              4     999999  0000  111           55      22                                                  
consensus                     : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-----GTA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
Reference ( family-9716 )     : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACG-TACAC-----GTA----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
gi|1                          :  TTTACATGTA-GGACTTGGTTAACA-TTCACCCAGTGTATAACAT---TAATGTTTTTA--AGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATGAGAAAAACG
gi|10                         : GTTTACAGGTA-AGACTT-GTTAACA-TACAC-----ATA----GT---TAGTATTTTGA--AGGACT--TATT-CTGTAAATGGTGACGTAAGATTTGCAGTGCTATGAGAAAAAT
gi|11                         :    TACAGGTA-GGAC--------------AT-----GTA----GT---TAGTGTGTTGA--AGGACT--TGTTTCTATAAATGGTGACATAAGATTTGCAGTGCCATCAGAACAATGT
gi|12                         :  TTTACAGATA-TGACT--GTTAATG-TACAG-----GTA----GT---TAGTGTT------------------TCTGTAAACGATGAAATAAGATTTG-AGTGCCATGAGAAAAAT
gi|13                         :  TTTACGGGTA-GGACTTTGTTAAGGGTACAT-----GTA----CT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTCCTGTAAATGGTGACATAAGATtt
gi|14                         :   TTACATGTA-GGACTCTGTTAACG-TACAC-----ATA----GT---AAGTGTTTTGA--AGGAA--------CTGCA----GTG-----------------CCATGAGAAAAATGTG
gi|15                         :                          G-TACAT-----GCA----CT---TAACGTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAATTGT
gi|16                         :                         tG-TACAT-----GCA----CT---TAACGTTT-GATTAGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGGCATA-----------GCCATGAGAAAATTGT
gi|17                         :      tAGGTA-AAACTTTGTAAAGG-TAAAT-------------T---T--TGTTTTGA--AGGACT--AGTCTCTGTAAA
gi|18                         :  TTTGCAGGTA-GGAATTTGTTAACatagaaatat
gi|2                          : GTTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACA-TACAC-----ATA----GT---TACTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGATGACATAAGATTTGCAGTGCTATGAAAAAAATATGagatccagattgttt
gi|3                          : GTTTACAGGTA-GGATTTTGTTAAAG-TACAA-----TTA----GT---TAATGTTTTGG--TGGACT--AGTTTCTGTAAATGGTGACAAAAGAATTGCAGTGCCATGAGAAAAATGTG
gi|4                          :  TTTACAGGTAAGGACTTTGTTAACG-CACAC-----GTA----GT---AAGTGTTTTAA--AGGACTGTTGTTTCTGTAAATGGTGACATAAGATTTGCAGCGCCATGAGAAAAAT
gi|5                          :  TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAGCG-TACAC-----GTT----GT---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTATGAATGGTGACAAAAGATTTGCAGTGCCATGAAAAAAGTGT
gi|6                          :  TTTACAGGTA-GGACTTTGTTAACC-TACAC-----ATA----GC---TAGTGTTTTGC--AGGACT--TGTTTTTGTAAATGATGACATAAGCTTTGCAGTGCCATAAGAAAAA
gi|7                          : GTTTGCAGGTA-GTACTTTGTTAACG-TACAT-----GCA----GTCAATAGCGTTTTGA--AGGACT--TATTTCTGTAAATGGTG-CATAAGATTTGCACTGCCACGAGAAgg
gi|8                          :  TTTACAGGTA-GGA--TTGTTAATG-TACAC-----ATA----AT---T-GTGTTTTGA--TGGATT--TGTTTCTGTAAATGGTGACACAAGATTTGTAGTACCATGAGAAAAATGT
gi|9                          : GTTTACGGGTA-GGAATTTGTTAACT-TACAC-------------C---TAGTGTTTTGA--AGGACT--TGTTTCTGTAAATGGTGATATAAGATTTGCAGTGCCATAACAAAAATGT