lowQualScore : 1
lowQualScore : 0 3 33 4 2 3 33
lowQualScore : . . .. . . . ..
lowQualScore : 9 1 99 7 4 2 22
consensus : GGTGG-GGG-G--GTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
Reference ( gi|4 ) : GGTGG-GGG-G--GTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCATTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
gi|2 : GGGGA-GGG-G--GT-AAAATAAAA-ATTC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
gi|1 : agggagGGGGG-GGG-GTTGTCAACATAAAAAAATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAT--GTTTAGGTCATCGGGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATATAC
gi|19 : tgggggggGATGGTGGA-G--GTCAAAATAACA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCG
gi|18 : GATGGTGGA-G--GTCAAAATAACA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGg
gi|3 : GATGGTAGG-G--ATCAAAATAAAT-AATC-ACAAACTATTTGGCACTCGTTATATAAC--GTGTATGTCACTGGGTTTg
gi|20 : aGGTGG-GGGAG--GTTAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACactcttgcgttattttttgtcaa
gi|14 : aggGGTAG-AAG-G------AAA-AACA-AATC-ACAAAATATCATACATTAATTATGTAACTAGTTTA
gi|10 : ttGA-GGG-G--GTTAAAA-------ATC-ACCAACTATAAGACACTCGTTATATAAC--GTTTAGGTCACCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAatgcagaatctgtcaccta
gi|5 : gg-GGG-G--GTCAAAACAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCATTATGTAAA--GTTTTGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCT
gi|8 : ggtt-GGA-G--GTCAAAATAAAA-AATC-AAAAACTATCAGACACTCGCTATGTAAT--GTTTACGTCATGGAGTTCGAGTAAGATTTTGTCAATCTtc
gi|6 : ggt-GGA-G--GTCAAAATAAAA-AATC-AAAAACTATCAGACACTCGCTATGTAAT--GTTTACGTCATGGAGTTCGAGTAAGATTTTGTCAATCT
gi|7 : cggtGA-G--GTCAAAATAAAAAAATC-ACAAAGTATCAGACACTCAGTATGTAAC--GTTTAGGTCATCAAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
gi|13 : tG-A--GTCAAAAACACA-CACA-AAAAAATATCAGACACTTGTTATGTAAC--GTTAAGGTCATCGAGTTTAAGTCAGATTTTGTCA
gi|9 : --GTTAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAAGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
gi|12 : gtTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTACCAGGCACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAc
gi|11 : AATATAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATTGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATt
gi|15 : tgtggtgttAAAA-CATCTACAAAATATCAGTCGCTCGT-ATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTCAGAATTTGCCA
gi|17 : gggggTAAC--GTTTAGATCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGGCAATTTA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGGGTGGGTGTGTGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTACCCCCAAAAAAAAAACCACCGCACCTTGTTTTTGTTTGGG
Alignments
lowQualScore : 1
lowQualScore : 0 2 33 4 2 33
lowQualScore : . . .. . . ..
lowQualScore : 0 9 77 4 2 11
consensus : GGTGG-GGG-G--GTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
Reference ( family-950 ) : GGTGG-GGG-G--GTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
gi|1 : GGGGG-GGG-GTTGTCAACATAAAAAAATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAT--GTTTAGGTCATCGGGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATATAC
gi|10 : tgggggggGA-GGG-G--GTTAAAA-------ATC-ACCAACTATAAGACACTCGTTATATAAC--GTTTAGGTCACCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTA
gi|11 : ggAATATAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATTGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAAT
gi|12 : tgtggtgttTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTACCAGGCACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTA
gi|13 : G-A--GTCAAAAACACA-CACA-AAAAAATATCAGACACTTGTTATGTAAC--GTTAAGGTCATCGAGTTTAAGTCAGATTTTGTCAt
gi|14 : GGTAG-AAG-G------AAA-AACA-AATC-ACAAAATATCATACATTAATTATGTAACTAGTTTA
gi|15 : ttAAAA-CATCTACAAAATATCAGTCGCTCGT-ATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTCAGAATTTGCCAatgcagaatctgtcaccta
gi|17 : gggggTAAC--GTTTAGATCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGGCAATTTA
gi|18 : ggtgtaaaaacaacaacaacaaacaaacGATGGTGGA-G--GTCAAAATAACA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCG
gi|19 : GATGGTGGA-G--GTCAAAATAACA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGg
gi|2 : GGGGA-GGG-G--GT-AAAATAAAA-ATTC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTACg
gi|20 : agggagGGTGG-GGGAG--GTTAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACAC
gi|3 : aggGATGGTAGG-G--ATCAAAATAAAT-AATC-ACAAACTATTTGGCACTCGTTATATAAC--GTGTATGTCACTGGGTTT
gi|4 : aGGTGG-GGG-G--GTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCATTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTACactcttgcgttattttttgtcaa
gi|5 : -GGG-G--GTCAAAACAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCATTATGTAAA--GTTTTGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCT
gi|6 : ggtt-GGA-G--GTCAAAATAAAA-AATC-AAAAACTATCAGACACTCGCTATGTAAT--GTTTACGTCATGGAGTTCGAGTAAGATTTTGTCAATCTtc
gi|7 : cggtGA-G--GTCAAAATAAAAAAATC-ACAAAGTATCAGACACTCAGTATGTAAC--GTTTAGGTCATCAAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
gi|8 : t-GGA-G--GTCAAAATAAAA-AATC-AAAAACTATCAGACACTCGCTATGTAAT--GTTTACGTCATGGAGTTCGAGTAAGATTTTGTCAATCT
gi|9 : ggt--GTTAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAAGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGGGTGGGTGTGTGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTACCCCCAAAAAAAAAACCACCGCACCTTGTTTTTGTTTGGG
Alignments
lowQualScore : 1
lowQualScore : 0 2 33 4 2 33
lowQualScore : . . .. . . ..
lowQualScore : 0 9 77 4 2 11
consensus : GGTGG-GGG-G--GTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
Reference ( family-950 ) : GGTGG-GGG-G--GTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
gi|1 : GGGGG-GGG-GTTGTCAACATAAAAAAATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAT--GTTTAGGTCATCGGGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATATAC
gi|10 : tgggggggGA-GGG-G--GTTAAAA-------ATC-ACCAACTATAAGACACTCGTTATATAAC--GTTTAGGTCACCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTA
gi|11 : ggAATATAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATTGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAAT
gi|12 : tgtggtgttTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTACCAGGCACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTA
gi|13 : G-A--GTCAAAAACACA-CACA-AAAAAATATCAGACACTTGTTATGTAAC--GTTAAGGTCATCGAGTTTAAGTCAGATTTTGTCAt
gi|14 : GGTAG-AAG-G------AAA-AACA-AATC-ACAAAATATCATACATTAATTATGTAACTAGTTTA
gi|15 : ttAAAA-CATCTACAAAATATCAGTCGCTCGT-ATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTCAGAATTTGCCAatgcagaatctgtcaccta
gi|17 : gggggTAAC--GTTTAGATCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGGCAATTTA
gi|18 : ggtgtaaaaacaacaacaacaaacaaacGATGGTGGA-G--GTCAAAATAACA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCG
gi|19 : GATGGTGGA-G--GTCAAAATAACA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGg
gi|2 : GGGGA-GGG-G--GT-AAAATAAAA-ATTC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTACg
gi|20 : agggagGGTGG-GGGAG--GTTAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACAC
gi|3 : aggGATGGTAGG-G--ATCAAAATAAAT-AATC-ACAAACTATTTGGCACTCGTTATATAAC--GTGTATGTCACTGGGTTT
gi|4 : aGGTGG-GGG-G--GTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCATTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTACactcttgcgttattttttgtcaa
gi|5 : -GGG-G--GTCAAAACAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCATTATGTAAA--GTTTTGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCT
gi|6 : ggtt-GGA-G--GTCAAAATAAAA-AATC-AAAAACTATCAGACACTCGCTATGTAAT--GTTTACGTCATGGAGTTCGAGTAAGATTTTGTCAATCTtc
gi|7 : cggtGA-G--GTCAAAATAAAAAAATC-ACAAAGTATCAGACACTCAGTATGTAAC--GTTTAGGTCATCAAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
gi|8 : t-GGA-G--GTCAAAATAAAA-AATC-AAAAACTATCAGACACTCGCTATGTAAT--GTTTACGTCATGGAGTTCGAGTAAGATTTTGTCAATCT
gi|9 : ggt--GTTAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAAGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
blockSeqs : T A . A T TA
blockSeqs : T . . . . .
blockSeqs : T . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : **
originalCons : GGTGG-GGG-G--GTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
finalCons : GGTGG-GGG-G--GTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGGGTGGGTGTGTGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTACCCCCAAAAAAAAAACCACCGCACCTTGTTTTTGTTTGGG
Alignments
lowQualScore : 1
lowQualScore : 0 2 33 4 2 33
lowQualScore : . . .. . . ..
lowQualScore : 0 9 77 4 2 11
consensus : GGTGG-GGG-G--GTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
Reference ( family-950 ) : GGTGG-GGG-G--GTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
gi|1 : GGGGG-GGG-GTTGTCAACATAAAAAAATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAT--GTTTAGGTCATCGGGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATATAC
gi|10 : tgggggggGA-GGG-G--GTTAAAA-------ATC-ACCAACTATAAGACACTCGTTATATAAC--GTTTAGGTCACCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTA
gi|11 : ggAATATAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATTGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAAT
gi|12 : tgtggtgttTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTACCAGGCACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTA
gi|13 : G-A--GTCAAAAACACA-CACA-AAAAAATATCAGACACTTGTTATGTAAC--GTTAAGGTCATCGAGTTTAAGTCAGATTTTGTCAt
gi|14 : GGTAG-AAG-G------AAA-AACA-AATC-ACAAAATATCATACATTAATTATGTAACTAGTTTA
gi|15 : ttAAAA-CATCTACAAAATATCAGTCGCTCGT-ATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTCAGAATTTGCCAatgcagaatctgtcaccta
gi|17 : gggggTAAC--GTTTAGATCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGGCAATTTA
gi|18 : ggtgtaaaaacaacaacaacaaacaaacGATGGTGGA-G--GTCAAAATAACA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCG
gi|19 : GATGGTGGA-G--GTCAAAATAACA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGg
gi|2 : GGGGA-GGG-G--GT-AAAATAAAA-ATTC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTACg
gi|20 : agggagGGTGG-GGGAG--GTTAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACAC
gi|3 : aggGATGGTAGG-G--ATCAAAATAAAT-AATC-ACAAACTATTTGGCACTCGTTATATAAC--GTGTATGTCACTGGGTTT
gi|4 : aGGTGG-GGG-G--GTCAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCATTATGTAAC--GTTTAGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTACactcttgcgttattttttgtcaa
gi|5 : -GGG-G--GTCAAAACAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCATTATGTAAA--GTTTTGGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCT
gi|6 : ggtt-GGA-G--GTCAAAATAAAA-AATC-AAAAACTATCAGACACTCGCTATGTAAT--GTTTACGTCATGGAGTTCGAGTAAGATTTTGTCAATCTtc
gi|7 : cggtGA-G--GTCAAAATAAAAAAATC-ACAAAGTATCAGACACTCAGTATGTAAC--GTTTAGGTCATCAAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
gi|8 : t-GGA-G--GTCAAAATAAAA-AATC-AAAAACTATCAGACACTCGCTATGTAAT--GTTTACGTCATGGAGTTCGAGTAAGATTTTGTCAATCT
gi|9 : ggt--GTTAAAATAAAA-AATC-ACAAACTATCAGACACTCGTTATGTAAC--GTTTAAGTCATCGAGTTTGAGTAAGAATTTGTCAATCTAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGGGTGGGTGTGTGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTACCCCCAAAAAAAAAACCACCGCACCTTGTTTTTGTTTGGG