lowQualScore : 22 111 11111 111111 1 111 11111 11111111 1111111 1 1 1 1 11 222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222 1 1 11 1 111111 333333 2 1 1111111 2222 1111111111111 6666666666666666666666666666666666 22222222
lowQualScore : 4 66 88 0 4 22 777 7 66 9 4 4 1 4 444 7 11111 66 666666 66 4 66 8 5 1 000 66 11111 66666666 777 4444444 2 2 0 5 0 5 4 0 777 4 22 0 777 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 77777777777 88 3 1 0 0 4 11 0 000000 000000 3 0 3 7 7 7 1111111 0000 7777 555 8888888888888 3 6 3 3 44 33 2 0 777777 33 2 1 55 2 0000000000000000000000000000000000 55555 5555 999 2 5555 88888888 444 0 2 1 22222222 2 666 2 33 3
lowQualScore : . .. .. . . .. ... . .. . . . . . ... . ..... .. ...... .. . .. . . . ... .. ..... ........ ... ....... . . . . . . . . ... . .. . ... . ................................................................. . ........... .. . . . . . .. . ...... ...... . . . . . . ....... .... .... ... ............. . . . . .. .. . . ...... .. . . .. . .................................. ..... .... ... . .... ........ ... . . . ........ . ... . .. .
lowQualScore : 4 11 00 5 0 00 000 4 11 7 4 4 8 7 444 0 11111 11 222222 11 4 11 1 0 9 999 11 11111 11111111 888 4444444 4 0 4 5 0 3 0 6 888 4 22 8 888 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 11111111111 44 2 5 9 5 0 00 0 555555 555555 3 0 6 3 3 7 7777777 8888 1111 888 3333333333333 3 7 1 1 66 99 5 9 222222 44 5 9 99 5 3333333333333333333333333333333333 99999 3333 777 4 0000 55555555 111 6 2 5 99999999 5 999 5 11 1
consensus : NTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAA-CA-TA---TTCCATGGTTCTTNT--TATANTT-G-CAGATTTATT-ACAGGAT-----AC--TCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTC---ACT-------ATTAACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCCGATCAANTAA---A-TA--AAACTTTGCAGTTTTATTATNNTTGCCTGGAGTAT--GA--TATAA----AT---ATAC---T---ANT--AT----AT--A-A-TATTN--------A-GTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGAAAGAATGCTGTAGATTG-----------TTAGTTTGGGGATAAGGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCAC-TTGCCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAG------TTCAC------AT-ATATACAA-AACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TACTATTT--TGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
Reference ( gi|5 ) : GTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAA-CA--A---TTCCATGGTTCTTGT--TATAATT-G-CAGATTTATT-ACAGTAT-----AC--TCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACAGTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTC---ATT-------ATCAACGCGGCTCTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAAGATATTCTGATCAAATAA---A-TA--AAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTGGAGTGT--GA--CA-AA----AT---ATAC---T---AAT--A-----AT----A-TATTT--------A-GTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGGAAGAATGCTGTAGATTG-----------TTAGTTTGGGGATAAGGATATGCATGCAGTGCTGGTTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAAATACTAACTCACATCGCTCAC-TTGCCAATC--TGTCATGCCCAAGCTAACTCAG------TTCACA-----AT-ATATAC-A-AACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TACTATGT--TGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|4 : TGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAA-CA--A---TTCCATGGTTCTTGT--TATAATT-G-CAAATTTATT-ACAGTAT-----AC--TCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTC---ATT-------ATCAACGCGGCTCTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAAGATATTCTGATCAAATAA---A-TA--AAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTGGAGTGT--GA--CA-AA----AT---ATAC---T---ATT--A-----AT----A-TATTT--------A-GTGTTTTTGTCGATGTCTAGAGGAAGAATGCTGTAGATTG-----------TTAGTTTGGGGATAAGGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAAATACTAACTCACATCGCTCAC-TTGCCAATC--TGTCATGCCCAAGCTAACTCAG------TTCACA-----AT-ATATAC-A-AACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TACTATTT--TGT----A---CTATTCAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTT-A--TGT-A-----------A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACTATAAA-ATGCTGGAACTA---TAA-AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|6 : tcTGTAGCCGGGGTTG-GA--AAGTAT---GAAATAA-CA--A---TTCCATTGCTCTTTT--TATATTTTG-CAGATTTATA-ACAGGAT-----AC--TCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAATATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATT-A-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTC---ATT-------ATTAACGCGACTTTTTAAA-TAAATAAAAT-CAATATCACAGATCTAACCAGGATATTCCGATCAA-TAA---A-TATAAAACTTTGCAGTTTTTTTATGATTGCTTGGAGTAT---A--TATAA----AT---ATACATGT---ACT--ATTTGGAT----G-GATTC--------AAGTGTCTTTGTCGATGTCTAAAGAAAGAATGCTGTAGACTG-----------TTAGTGCGGGGATAAGGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGC-----TTGCATCACTCACTTGTCAATCAGTGTCACTCCTAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCGC-TTGCCAATC--TGTCATTCCCAATCTAACTCAG------TTCAC------AT-ATATACAA-AACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------CACTATTC--TAT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTA-TTTTCC-AATA-CTTT-ACCGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---A-----------A----------AT-----AATT----ATAG---A-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTGGAAC-----------------TA---T---AAA-A---ACTGAAT-TA--CAACAC-TGGGTGac
gi|3 : TGTAGCCGGGGTTG-GA--AAGTAT---G-AATAA-CA--AGTATTCCATGTTTTTTTT--AATATTT-G-CAGAGTAATTTACAGGAT-----AT--TCAT----GGTCAAAGAGCCTGTAATAT--ATA-AT--AAAACATTCAGGTACACATTAAAACAAAAA-GAACATT-A-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAGTTA--------CTGTATTTC---ACT-------ATTAACGCAGCATTTTGAAATAAATAAAAA-TAATGTCACAGATCTTACCAGGATATTC-GACCAA-TAA---A-TATAAAACTTTGCAGCTTTATAATAAATGCCTGGAGTATATGA--T---------T---ATAC---T---ATTTGG-----AT----G-GATTC--------AAGTGCCTTTGTCTATGTCTAGAAAAAGAANNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTA---CACATCGCTCAC-TTGCCAATA--TGTCATTTCCAAGCTAACTCAG------TTCAC------AT-ATATACAA-AACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------T-CTATTTC-TGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CATT-ACAGTTAG--AA-TGTAC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---AAAATGATGC--G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCCGGAACTA---T---AAA-A---TATAAAT-AAG-CAACAC-TGGGTac
gi|2 : aTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTTGATAATTA-CATTA---TTCAATTGTTATTTT--TATATTT-G-CAGATTTATTTACAGGAT-----AC--TCAG----GGTCAAAGAGCCTGAAATAC--ATA-AC--ATAAGATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-TAACA-TTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTC---ACT-------ATTAACGCGGCTTTTTAAAATAAAT-AAAAACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCCGATCAAATAT---A-TA--AAACTTTGCAAATTTATTATAGTTGCCTGGAGTAT--AATTTATAA----AT---ATAC---TATAAAT--AT----ATAAAAA-TATCA--------A-GTGTCTTTGTCGATG
gi|1 : caTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTTGATAATTA-CATTA---TTCTATGGTTATTTT--TATATTT-G-CAGATTTATTTACAGGAT-----AC--TCAG----GGTCAAAGAGCCTGAAATAC--ATA-AC--ATAAGATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-TAACA-TTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTC---ACT-------ATTAACGCGGCTTTTTAAAATAAAT-AAAACCAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCCGATCAAATAT---A-TA--AAACTTTGCAAATTTATTATAGTTGCCTGGAGTAT--AATTTATAA----AT---ATAC---TATAAAT--AT----ATAAAAA-TATCA--------A-GTGTCTTTGTCGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtattgagaaagaatgctgtagattgttagtttggggataagggtatgcatgcagtgctgggtgtggcctaacttgcatcattcacttgtcaatcaatgtcactcccatactaattactaacacacatcgctcacttaccaatttgttatttccttgctaactcatttcacatatatacaaaacaaaacaacatgtacaataaaccagtttgggtttactattctgtactatacaagtaattaattgttttccaattattcagttaggatgtacctgtatgactttcatgtataaatttgatataattataggttaagacagtgtagtctcccttgaaccataaaatacagggactattaaaatgaataagtaacactggatgaca
gi|10 : caTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGATATAAA-CA--A---TTCCATGGTTCTTGT--TATGGTT-G-CAGATTTATT-ACAGTAT-----AC--TCA----------AAGAGCCAGTAATAC--ATA-GC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAC-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTC---ATT-------ATTAACGCGGCTCTTTAAAATAAAT-AAAAACAATATCACAGATCAAACCAGGATATTCTGATCAAATAA---A-TA--AAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTAGAGTGT--GA--CA-AA----AT---ATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttggggataagggtatgcatgcagtgctgggtgtggcctaacttgcattattcacttgtcaatcaatgtcactcccatactaattactaacacacatcgctcacttaccaatttgttatttccttgctaactcatttcacatatatacaaaacaaaacaacatgtacaataaaccagtttgggtttactattctgtactatacaagtaattaattgttttccaatacttcagttaggatgtacctgtatgactttcatgtataaattttatataattataggttaagacagtgttgtctcccttgaacaataaaatgcagggactattaaaatgaataagtaacactggatgaca
gi|9 : aTGTAGCCGGGGTTTCGA--AAGTAGTTAACAGCAA-CACTA---TTCCATGGTTCTTATCTTATA-TT-GACAGAGT-ATT-AC----T-----GA--TCA-------TCAAAGAGCCTGTAATAT--GTA-AC--AATACGTTCAGACACACA-CAATACAAAAAAGATCAT--AGCACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTT---ACTATTTACAATTAACGTGGCTTTTTAAATTAAAT-AAAAACAATTTCACAGATCTTACCAGGATATTC-GATCAATCAA---A-TA--AAACGTCACAGTTTTATAA----CGCCTGGAGTAT---A--TA-AAT---ATGAAATAC---T---A
gi|25 : taTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAA-CA--A---TTCCATGGTTC
gi|16 : TGTAACCGGGATTT-GATAAGATA---AATATTAGTCT--A---TTCCGAGTTTCTTCT--TTTAATT-G---GGTTGA---------------------AG--------AAAAAGCCTTTAATATGTATA-AC--AATACAATTAAACAAACATTAAAACATAAA-TAACATT-A-CACAACATTTCACAAT--ACAATTAAAATTA--------CAATTTTTCCAAATT-------TACAACGCGACT
gi|22 : ATTAGTTAACAA-CATTA---TTCCATGGTTCTTAT--T-TAA-T-G-CAGA---A---AGAGTATCAAAGACCATCAAAGATGGTCAAAGAGCCTGTAATAT--ATATACCAATAATAT
gi|17 : TTT--CACAATAAATAACAATTAAC-----AA-TTAATCTTTCTCAATAATTA---ACA-------ATTAACGCGGCTTTTTTAAATAAATAAAAC-CAATATCACAGATCATACCACGATACTTCAATCAATCAATCTATTA--AAACTTTTCAGTTTTAT
gi|7 : cAACGATATCACAGATCTTACCAGGATATTC-GATCTATCAA---A-TA--AAACTTCACAGTTTTATAAC----GCTTGGAGTAT---A--TA-AATATGATT--ATAC---T---ATT--C-----AG----ACTATTTTTTAACCAA-GTGTCT--GTCAATGTCTTTAGGAAGAATGCTATAGATTG-----------TTAGTTTGGGTATTAG----TGTATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCTCAAACTAATTACTAGCTCACATCACTTAC-TTGTCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAG------TTCACATATATAT-ATATACAA-AACAAAACAAA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TACCATGTTCTGT----A---CTATACAAGTT-------------ATT-AAATGTTTTTCC-AATATTTTT-ACAGTTAT--GA-TTTTC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---AAAAT-------G----------ATGAGAAAATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCTTTGAACCATAAA-ATGCTGAAACTA---T----AA-A---AATGAAT-aaagtcaagtatataaatacgataactatt
gi|13 : ---AAT--G-----ATTTA-A-CATGT--------A-GTGGTTTGGTCGATGTCTAGAGATAGAAAACAG-AAATTGCTATTTTTTTTTTAATTTTGGG---------TGCATGCATTGCTTGGTGTGTCCAAACTCATATCATTCACTTTTCAAACATTGTCACTCCCAAACTAAgacaagtacacaagttgaaaa
gi|8 : attatagaacttaccaggatatgcccttgtcatttcaaactatgtattttgatacaacgacctactcaactttatttgatttattttggac--------A-GTGTCTTTGTCAATGTCTTGAGAAAGAACGCCGTAGATTG-----------TTAGTTTGGAAATAAGGGTATGAATGCTGTGCAGGGTGTGGCCTAACTTGCATCAC----TTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAGCTTACATCGTTCAC-TTGTCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCGG------TTCAC------AT-ATATACAA-AACAAAACAAA-AATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TACTATGTTCTGT----G---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTATTTTTCC-AATA----------TTAG--GA-TTTAT------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---A-----------A----------A--------------ATAGGT-G-TTAA----A--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAACAT-CTGAAACTA---T----AA-A---AATGAAT-AAA-CAACAC-TGt
gi|2 : GAGAAAGAATGCTGTAGATTG-----------TTAGTTTGGGGATAAGGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCATTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCATACTAATTACTAACACACATCGCTCAC-TTACCAATT--TGTTATTTCCTTGCTAACTCAT------TTCAC------AT-ATATACAA-AACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TACTATTC--TGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATT-ATT---CAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------AATTTGAT---AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTAGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATACAGGGACTA---T----TA-A---AATGAAT-AAG-TAACAC-TGGATGaacactgggtgac
gi|1 : catgtagccggggttggaaggtatttgataattacattattcaattgttatttttatatttgcagatttatttacaggatactcagggtcaaagagcctgaaatacataacataagattcagatacacattaaaacaaaaataacattacacaatacttcacaatacaaattacagtatttcactattaacgcggctttttaaaataaataaaaacaatatcacagatcttaccaggatattccgatcaaatatataaaactttgcaaatttattatagttgcctggagtataatttataaatatactataaatatataaaaatatcaagtgtctttgtcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtattGTTTGGGGATAAGGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATTATTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCATACTAATTACTAACACACATCGCTCAC-TTACCAATT--TGTTATTTCCTTGCTAACTCAT------TTCAC------AT-ATATACAA-AACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TACTATTC--TGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTT---CAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------AATTTTAT---AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACAATAAA-ATGCAGGGACTA---T----TA-A---AATGAAT-AAG-TAACAC-TGGATGaca
gi|11 : catgtagccggggttggaaggtatttgataattacattattctatggttatttttatatttgcagatttatttacaggatactcagggtcaaagagcctgaaatacataacataagattcagatacacattaaaacaaaaataacattacacaatacttcacaatacaaattacagtatttcactattaacgcggctttttaaaataaataaaaccaatatcacagatcttaccaggatattccgatcaaatatataaaactttgcaaatttattatagttgcctggagtataatttataaatatactataaatatataaaaatatcaagtgtctttgtcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCACTTACTTGTCAATCACTGTCACTTCCAA-------GCTAACTCACTTCACTCATATAACGAAAC--AAACATGTGCAA--TAAATCAGTTTGGTTTTACT-----AT-ATGTAC-aca
gi|11 : ttaATCACTTAC-TTGTCAATCACTGTCACTTCCAAGCTAACTCAC------TTCAC-------TCATATA-----ACGAAAC-AAACATGTGCAATAAATCAGTTT-GGTTT------TACTATA---TGT----A---CTGT----GTA-------------GTT-A------TTACCAAATA-CTTT-ACAGTTTT--CATTCTAC------CTG--TATG-AA-TACAACTGT---------T---A-----------G----------AT-----AAtgtgtagttattaccaaatactttacagttttcattctacctgtatgaatacaactgttagataaaaccagaaacatagaaacatctacatctatgtctttgataaaactactacagtatattaaagctgttatctcccttggtccataaaatgctgtaatgaaactaaattatcaacacatggcga
gi|12 : ttaCACTCAT-TTGTCCATCGATGTCATTCCCCAGTCCACTCAC------TTCACG------T-ACATA---------AAC-AT-CATGTACAATAAACATGTTTTGATATGATGACTAATATGT--TAT----AGATCTATATACATATGCAAAACTTATCATTCAATTG-TTT----AAC--CTAC-ATAGATAG--TA-TGTACACATTACAGACTACGCATTTTCAT-TGTCA-------TTCCA-----------G--------------------T----AT-------TTGA----A--------ACT---GTATTCCCTCCCTTG-AC-----A-AT-TT--AACCAAAGT---AAA-AAGTAATGAATCTAGTTAACAaaccagaaacatagaaacatctacatctatgtctttgataaaactactacagtatattaaagctgttatctcccttggtccataaaatgctgtaatgaaactaaattatcaacacatggcga
gi|14 : CGAGCTTACTCAG------TTCACA-----AT-ATATAC-A-AACAAAAC-AA-CATGAACAATAAACCAGTTTGGGTTT-------ACTATTC--TGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGCAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AAGT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGAAACTA---TAAAAAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|15 : T-ATATAC-ATAACAAAAC-AAACATATACGATAAACCTGTTTGGATGT-------ACTGTTT--TGTGTATA---TAATACAAGTA-------------ACT-AATTA-TTGTCG-AATA-CTTTTACAG------GA-TTTAC------CTG--AATA-AATGTTA--TGT-A-------T---ACAATGATTG--G----------AT-----AATT----ACAT---T-TTAA----G--------ACT---TTGTTGTCTTCCGTGAACCATATA-ATGCTGAAACTA---T-----A-A---ATTAGAT-TAT-CAACTC-TGac
gi|18 : --TGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TCT-A-------T---A-----------AATTTGATGATAT-----AATT----ATAG---GTTTAA----G--------ACA---GTGTTATCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AGA-A---AATGAAT-TGG-TAGCAC-TGGGTGactgaca
gi|20 : acC-AACA-CTTT-ACAGTTAGAAGA-TCTAC------CTG--TATA-AATGATA--TGT-AAACATTCT---A-----------G----------AT-----AACTGATGATAG---A-TTAA----AGCTGTAACACAACTGTGTTGCTTCCCTTGAACCAGATA-AAGTTATAACTAAATT---AAATAT--AATATAT-CAA-TAACAa
gi|19 : TAG--GA-TGTAC------CTG--TTTG-ACTTGCA--TGT-A-------T---AAATACAATGTAG----------AT-----AATT----TTAG---G-TTAA----G--------AAA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAGCTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTgt
gi|11 : tataccatactgtatctttttatacacagtctttagtctaA-TCTAC------ATC--TATG-TCTTTGA--TA--------------A-----------A----------AC-----TACT----ACAGTATA-TTAA----A--------GC-----TGTTATCTCCCTTGGTCCATAAA-ATGCTGTAAT----------GA-A---ACTAAAT-TAT-CAACACATGGaac
gi|21 : ttaatcacttacttgtcaatcactgtcacttccaagctaactcacttcactcatataacgaaacaaacatgtgcaataaatcagtttggttttactatatgtactgtgtagttattaccaaatactttacagttttcattctacctgtatgaatacaactgttagataaaaccagaaacatagaaacA-TTTAC------CTG--TAT--ACAATGA--TG--------------G-----------G----------AC-----AATT----ACAT---G-TTAA----G--------ACT---GTGTTGTCTCCCTTGAACAATATA-ATGCTGAAACTA---T-----A-A---CTTGTAA-TAT-CAACAA-TGGGTGcga
gi|23 : atataccaataat----------AT-----CATT----ATATT--A-TTAA----A--------CCT---GTGTTGTCTCCCTTGAACCACATA-ATACAGAAATTA---aca
gi|26 : tatatatatatatatatatttgt---G-TTAATCCTG--------ACA---GAGTTATCTCCCTTGAACGATAAA-ATGCatttgagtat
gi|24 : CCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---TAA-AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGG
Alignments
lowQualScore : 3333 1 11111 11111 11111111 1111111 1 111 111 2222222 44444444444444444444444444444444444444 11 111111 1 1111111 1111111111111 5555555555555555555555555555555555 22222222
lowQualScore : 4 55 55 2222 1 55 1 4 777 3 2 22222 55 4 55 4 0 8 4 55 00000 44444444 3333333 777 2 5 4 11 555 4 555 1 2222222 7 22222222222222222222222222222222222222 4 9999 0 0 0 11 55 777777 3 2 6 3 5 0000000 44 44 33 6666 555 6666666666666 3 6 2 2 33 33 2 0 666666 33 2 1 55 2 5555555555555555555555555555555555 55555 5555 999 2 4444 88888888 333 2 00000000 2 666 2 2 2
lowQualScore : . .. .. .... . .. . . ... . . ..... .. . .. . . . . .. ..... ........ ....... ... . . . .. ... . ... . ....... . ...................................... . .... . . . .. .. ...... . . . . . ....... .. .. .. .... ... ............. . . . . .. .. . . ...... .. . . .. . .................................. ..... .... ... . .... ........ ... . ........ . ... . . .
lowQualScore : 0 55 55 8888 0 55 0 0 000 4 0 66666 55 0 55 4 8 1 0 55 00000 55555555 0000000 000 8 6 8 77 000 0 222 4 9999999 3 66666666666666666666666666666666666666 4 4444 2 9 5 00 00 777777 3 4 7 3 5 0000000 66 66 77 5555 444 9999999999999 1 2 9 9 66 77 4 3 888888 22 4 2 66 4 2222222222222222222222222222222222 66666 0000 222 2 7777 11111111 999 1 55555555 4 555 4 5 9
consensus : NTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA--T-ATTCCATGGTTCTTNT--TATANTT-GCAGA---TTTATT-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCCGATCAANTAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATNNCTGCCTGGAGTATG---A--TATAAATATAC---T---ANT---ATAT---A-AT--ATCN--------A-GTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--TTC-TGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
Reference ( family-865 ) : NTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA--T-ATTCCATGGTTCTTNT--TATANTT-GCAGA---TTTATT-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCCGATCAANTAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATNNTTGCCTGGAGTATG---A--TATAAATATAC---T---ANT---ATAT---A-AT--ATTN--------A-GTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--TTT-TGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|1 : TGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTTGATAATTACA--TTATTCTATGGTTATTTT--TATATTT-GCAGA---TTTATTTACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGAAATAC--ATA-AC--ATAAGATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-TAACA-TTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAAT-AAAACCAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCCGATCAAATAT---A-TAAAACTTTGCAAATTTATTATAGTTGCCTGGAGTATA---ATTTATAAATATAC---TATAAAT---ATATAAAA-AT--ATCA--------A-GTGTCTTTGTCGATG
gi|1 : caGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATTATTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCATACTAATTACTAACACACATCGCTCACTTACCAATT--TGTTATTTCCTTGCTAACTCATTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--TTC-TGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTT---CAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------AATTTTAT---AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACAATAAA-ATGCAGGGACTA---T----TA-A---AATGAAT-AAG-TAACAC-TGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttggggataagggtatgcatgcagtgctgggtgtggcctaacttgcattattcacttgtcaatcaatgtcactcccatactaattactaacacacatcgctcacttaccaatttgttatttccttgctaactcatttcacatatatacaaaacaaaacaacatgtacaataaaccagtttgggtttactattctgtactatacaagtaattaattgttttccaatacttcagttaggatgtacctgtatgactttcatgtataaattttatataattataggttaagacagtgttgtctcccttgaacaataaaatgcagggactattaaaatgaataagtaacactggatgaca
gi|10 : catgtagccggggttggaaggtatttgataattacattattctatggttatttttatatttgcagatttatttacaggatactcagggtcaaagagcctgaaatacataacataagattcagatacacattaaaacaaaaataacattacacaatacttcacaatacaaattacagtatttcactattaacgcggctttttaaaataaataaaaccaatatcacagatcttaccaggatattccgatcaaatatataaaactttgcaaatttattatagttgcctggagtataatttataaatatactataaatatataaaaatatcaagtgtctttgtcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGATATAAACA----ATTCCATGGTTCTTGT--TATGGTT-GCAGA---TTTATT-ACAGTATACTCA----------AAGAGCCAGTAATAC--ATA-GC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAC-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATT---AACGCGGCTCTTTAAAATAAAT-AAAAACAATATCACAGATCAAACCAGGATATTCTGATCAAATAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTAGAGTGTG---A--CA-AAATATAaca
gi|11 : aATCACTTACTTGTCAATCACTGTCACTTCCAAGCTAACTCACTTCACTC------A-TATA-ACGAAACA-----AA-CATGTGCAATAAATCAGTTT-GGTTT------TAC--TA---TA-TGT----A---CTGT----GTA-------------GTT-A------TTACCAAATA-CTTT-ACAGTTTT--CATTCTAC------CTG--TATG-AA-TACAACTGT---------T---A-----------G----------AT-----AA
gi|11 : ttaA-TCTAC------ATC--TATG-TCTTTGA--TA--------------A-----------A----------AC-----TACT----ACAGTATA-TTAA----A--------GC-----TGTTATCTCCCTTGGTCCATAAA-ATGCTGTAAT----------GA-A---ACTAAAT-TAT-CAACACATGGaaccagaaacatagaaacatctacatctatgtctttgataaaactactacagtatattaaagctgttatctcccttggtccataaaatgctgtaatgaaactaaattatcaacacatggcga
gi|12 : ttaatcacttacttgtcaatcactgtcacttccaagctaactcacttcactcatataacgaaacaaacatgtgcaataaatcagtttggttttactatatgtactgtgtagttattaccaaatactttacagttttcattctacctgtatgaatacaactgttagataaaaccagaaacatagaaacCACTCATTTGTCCATCGATGTCATTCCCCAGTCCACTCACTTCA--C------G-TACAT--------AAAC-AT-CATGTACAATAAACATGTTTTGATATGATGACTAA--TA--TGT-TAT----AGATCTATATACATATGCAAAACTTATCATTCAATTG-TTT----AAC--CTAC-ATAGATAG--TA-TGTACACATTACAGACTACGCATTTTCAT-TGTCA-------TTCCA-----------G--------------------T----AT-------TTGA----A--------ACT---GTATTCCCTCCCTTG-AC-----A-AT-TT--AACCAAAGT---AAA-AAGTAATGAATCTAGTTAACAcga
gi|13 : ---ATTT---A-AC--ATGT--------A-GTGGTTTGGTCGATGTCTAGAGATAGAAAACAG-AAATTGCTATTTTTTTTTTAATTTTGGGT--GCATGCATTGCTTGGTGTGTCCAAACTCATATCATTCACTTTTCAAACATTGTCACTCCCAAACTAAT
gi|14 : attatagaacttaccaggatatgcccttgtcatttcaaactatgtattttgatacaacgacctactcaactttatttgatttattttggacaatgCGAGCTTACTCAGTTCA--C------AATATATACAAA-CAAAAC-AA-CATGAACAATAAACCAGTTTGGGTTT-------AC--TA--TTC-TGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGCAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AAGT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGAAACTA---TAAAAAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|15 : -TATATACATAACAAAAC-AAACATATACGATAAACCTGTTTGGATGT-------AC--TG--TTT-TGTGTATA---TAATACAAGTA-------------ACT-AATTA-TTGTCG-AATA-CTTTTACAG------GA-TTTAC------CTG--AATA-AATGTTA--TGT-A-------T---ACAATGATTG--G----------AT-----AATT----ACAT---T-TTAA----G--------ACT---TTGTTGTCTTCCGTGAACCATATA-ATGCTGAAACTA---T-----A-A---ATTAGAT-TAT-CAACTC-TGac
gi|16 : TGTAACCGGGATTT-GATAAGATA---AATATTAGTC--T-ATTCCGAGTTTCTTCT--TTTAATT-G--GG---TT---------GA-----AG--------AAAAAGCCTTTAATATGTATA-AC--AATACAATTAAACAAACATTAAAACATAAA-TAACA-TTA-CACAACATTTCACAAT--ACAATTAAAATTA--------CAATTTTTCCAA-------ATTTACAACGCGACTactgaca
gi|17 : TTT--CACAATAAATAACAATTAAC-----AA-TTAATCTTTCTCAATAATTAACA-------ATT---AACGCGGCTTTTTTAAATAAAT-AAAACCAATATCACAGATCATACCACGATACTTCAATCAATCAATCTATTAAAACTTTTCAGTTTTAT
gi|18 : c-TGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TCT-A-------T---A-----------AATTTGATGATAT-----AATT----ATAG---GTTTAA----G--------ACA---GTGTTATCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AGA-A---AATGAAT-TGG-TAGCAC-TGGGTGaaagtcaagtatataaatacgataactatt
gi|19 : acTAG--GA-TGTAC------CTG--TTTG-ACTTGCA--TGT-A-------T---AAATACAATGTAG----------AT-----AATT----TTAG---G-TTAA----G--------AAA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAGCTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTa
gi|2 : tataccatactgtatctttttatacacagtctttagtctaTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTTGATAATTACA--TTATTCAATTGTTATTTT--TATATTT-GCAGA---TTTATTTACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGAAATAC--ATA-AC--ATAAGATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-TAACATT-A-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAA-ACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCCGATCAAATAT---A-TAAAACTTTGCAAATTTATTATAGTTGCCTGGAGTATA---ATTTATAAATATAC---TATAAAT---ATATAAAA-AT--ATCA--------A-GTGTCTTTGTCGATGaac
gi|2 : caGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCATTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCATACTAATTACTAACACACATCGCTCACTTACCAATT--TGTTATTTCCTTGCTAACTCATTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--TTC-TGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATT-ATT---CAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------AATTTGAT---AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTAGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATACAGGGACTA---T----TA-A---AATGAAT-AAG-TAACAC-TGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtattgagaaagaatgctgtagattgttagtttggggataagggtatgcatgcagtgctgggtgtggcctaacttgcatcattcacttgtcaatcaatgtcactcccatactaattactaacacacatcgctcacttaccaatttgttatttccttgctaactcatttcacatatatacaaaacaaaacaacatgtacaataaaccagtttgggtttactattctgtactatacaagtaattaattgttttccaattattcagttaggatgtacctgtatgactttcatgtataaatttgatataattataggttaagacagtgtagtctcccttgaaccataaaatacagggactattaaaatgaataagtaacactggatgaca
gi|20 : catgtagccggggttggaaggtatttgataattacattattcaattgttatttttatatttgcagatttatttacaggatactcagggtcaaagagcctgaaatacataacataagattcagatacacattaaaacaaaaataacattacacaatacttcacaatacaaattacagtatttcactattaacgcggctttttaaaataaataaaaacaatatcacagatcttaccaggatattccgatcaaatatataaaactttgcaaatttattatagttgcctggagtataatttataaatatactataaatatataaaaatatcaagtgtctttgtcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtattC-AACA-CTTT-ACAGTTAGAAGA-TCTAC------CTG--TATA-AATGATA--TGT-AAACATTCT---A-----------G----------AT-----AACTGATGATAG---A-TTAA----AGCTGTAACACAACTGTGTTGCTTCCCTTGAACCAGATA-AAGTTATAACTAAATT---AAATAT--AATATAT-CAA-TAACAaca
gi|21 : A-TTTAC------CTG--TAT--ACAATGA--TG--------------G-----------G----------AC-----AATT----ACAT---G-TTAA----G--------ACT---GTGTTGTCTCCCTTGAACAATATA-ATGCTGAAACTA---T-----A-A---CTTGTAA-TAT-CAACAA-TGGGTGgt
gi|22 : atataccaataatATTAGTTAACAACA--TTATTCCATGGTTCTTAT--T-TAA-T-GCAGAAAGAGTATC-A-AAGACCATCAAAGATGGTCAAAGAGCCTGTAATAT--ATATACCAATAATATaca
gi|23 : ----------AT-----CATT----ATATT--A-TTAA----A--------CCT---GTGTTGTCTCCCTTGAACCACATA-ATACAGAAATTA---
gi|24 : tatatatatatatatatatttgtCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---TAA-AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGatttgagtat
gi|25 : TGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA----ATTCCATGGTTC
gi|26 : ---G-TTAATCCTG--------ACA---GAGTTATCTCCCTTGAACGATAAA-ATGC
gi|3 : TGTAGCCGGGGTTG-GA--AAGTAT---G-AATAACAAGT-ATTCCATGTTTTTTTT--AATATTT-GCAGA---GTAATTTACAGGATATTCAT----GGTCAAAGAGCCTGTAATAT--ATA-AT--AAAACATTCAGGTACACATTAAAACAAAAA-GAACATT-A-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAGTTA--------CTGTATTTCACT-------ATT---AACGCAGCATTTTGAAATAAATAAAAA-TAATGTCACAGATCTTACCAGGATATTC-GACCAATAAAT--A-TAAAACTTTGCAGCTTTATAATAAATGCCTGGAGTAT--------ATGATTATAC---T---ATTTGGATG----G-AT---TCA--------A-GTGCCTTTGTCTATGTCTAGAAAAAGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTA---CACATCGCTCACTTGCCAATA--TGTCATTTCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------T-C--TA--TTTCTGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CATT-ACAGTTAG--AA-TGTAC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---AAAATGATGC--G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCCGGAACTA---T---AAA-A---TATAAAT-AAG-CAACAC-TGGGT
gi|4 : aTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA----ATTCCATGGTTCTTGT--TATAATT-GCAAA---TTTATT-ACAGTATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATC---AACGCGGCTCTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAAGATATTCTGATCAAATAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTGGAGTGTG---A--CA-AAATATAC---T---ATT---A-AT-----AT--ATTT--------A-GTGTTTTTGTCGATGTCTAGAGGAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAAATACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATGCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CA-----A-TATATAC-AAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--TTT-TGT----A---CTATTCAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTT-A--TGT-A-----------A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACTATAAA-ATGCTGGAACTA---TAA-AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|5 : tcTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA----ATTCCATGGTTCTTGT--TATAATT-GCAGA---TTTATT-ACAGTATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACAGTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATC---AACGCGGCTCTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAAGATATTCTGATCAAATAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTGGAGTGTG---A--CA-AAATATAC---T---AAT---A-AT---A--T--ATTT--------A-GTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGGAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGATATGCATGCAGTGCTGGTTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAAATACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATGCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CA-----A-TATATAC-AAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--TGT-TGT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTGac
gi|6 : gTGTAGCCGGGGTTG-GA--AAGTAT---GAAATAACA----ATTCCATTGCTCTTTT--TATATTTTGCAGA---TTTATA-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAATATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATT-A-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCATT-------ATT---AACGCGACTTTTTAAA-TAAATAAAAT-CAATATCACAGATCTAACCAGGATATTCCGATCAATAAAT--A-TAAAACTTTGCAGTTTTTTTATGATTGCTTGGAGTAT----A--TATAAATATACATGT---ACT---ATTT---GGATGGATTC--------AAGTGTCTTTGTCGATGTCTAAAGAAAGAATGCTGTAGACTGTTAGTGCGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGC-----TTGCATCACTCACTTGTCAATCAGTGTCACTCCTAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCGCTTGCCAATC--TGTCATTCCCAATCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------CAC--TA--TTC-TAT----A---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTA-TTTTCC-AATA-CTTT-ACCGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---A-----------A----------AT-----AATT----ATAG---A-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCC-----------------CTGGAACTA---T---AAA-A---ACTGAAT-TA--CAACAC-TGGGTG
gi|7 : AACGATATCACAGATCTTACCAGGATATTC-GATCTATCAA---A-TAAAACTTCACAGTTTTATAAC----GCTTGGAGTATATAAA--TATGATTATAC---T---ATT----CAG---A-CT--ATTTTTTAACCAA-GTGTCT--GTCAATGTCTTTAGGAAGAATGCTATAGATTGTTAGTTTGGGTATTA----G----TGTATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCTCAAACTAATTACTAGCTCACATCACTTACTTGTCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CATATATA-TATATACAAAACAAAACAAA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TACCATG--TTC-TGT----A---CTATACAAGTT-------------ATT-AAATGTTTTTCC-AATATTTTT-ACAGTTAT--GA-TTTTC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---AAAAT-------G----------ATGAGAAAATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCTTTGAACCATAAA-ATGCTGAAACTA---T----AA-A---AATGAAT-ac
gi|8 : --------A-GTGTCTTTGTCAATGTCTTGAGAAAGAACGCCGTAGATTGTTAGTTTGGAAATAA----GGGTATGAATGCTGTGCAGGGTGTGGCCTAACTTGCATCAC----TTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAGCTTACATCGTTCACTTGTCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCGGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAACAAA-AATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TATGTTC-TGT----G---CTATACAAGTA-------------ATT-AATTATTTTTCC-AATA----------TTAG--GA-TTTAT------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---A-----------A----------A--------------ATAGGT-G-TTAA----A--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAACAT-CTGAAACTA---T----AA-A---AATGAAT-AAA-CAACAC-TGgacaagtacacaagttgaaaa
gi|9 : TGTAGCCGGGGTTTCGA--AAGTAGTTAACAGCAACAC-T-ATTCCATGGTTCTTATCTTATATTG-ACAGA---GT-ATT-AC----TGATCA-------TCAAAGAGCCTGTAATAT--GTA-AC--AATACGTTCAGACACACAC-AATACAAAAAAGATCAT--AGCACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTTACTATTTACAATT---AACGTGGCTTTTTAAATTAAAT-AAAAACAATTTCACAGATCTTACCAGGATATT-CGATCAATCAA---A-TAAAACGTCACAGTTTTATAA----CGCCTGGAGT------A--TATAAATATaacactgggtgac
Alignments
lowQualScore : 3333 1 11111 11111 11111111 1111111 1 111 222222222 55555555555555555555555555555555555 11 111111 1 1111111 11111111111 5555555555555555555555555555555555 22222222
lowQualScore : 4 55 55 2222 1 55 1 4 777 3 2 22222 55 4 55 4 5 3 4 55 00000 44444444 3333333 777 8 0 0 666 1 333 3 0 22 6 666 7777 111111111 4 777 77777777777777777777777777777777777 1 9999 0 0 0 11 55 777777 3 2 6 3 5 0000000 44 55555555555 6666 555 555 44 3 6 2 2 33 33 2 0 666666 33 2 1 55 2 5555555555555555555555555555555555 55555 5555 999 2 4444 88888888 333 2 00000000 2 666 2 2 2
lowQualScore : . .. .. .... . .. . . ... . . ..... .. . .. . . . . .. ..... ........ ....... ... . . . ... . ... . . .. . ... .... ......... . ... ................................... . .... . . . .. .. ...... . . . . . ....... .. ........... .... ... ... .. . . . . .. .. . . ...... .. . . .. . .................................. ..... .... ... . .... ........ ... . ........ . ... . . .
lowQualScore : 0 55 55 8888 0 55 0 0 000 4 0 66666 55 0 55 4 7 2 0 55 00000 55555555 0000000 000 2 7 5 444 0 666 6 2 00 5 444 7777 555555555 4 000 55555555555555555555555555555555555 0 4444 2 9 5 00 00 777777 3 4 7 3 5 0000000 66 11111111111 5555 444 444 22 1 2 9 9 66 77 4 3 888888 22 4 2 66 4 2222222222222222222222222222222222 66666 0000 222 2 7777 11111111 999 1 55555555 4 555 4 5 9
consensus : NTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA--T-ATTCCATGGTTCTTNT--TATANTT-GCAGA---TTTATT-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAANTAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATANCTGCCTG---GA----GTGTG---A--TATAAATAT---AC---T---ANT---AT----AT---A-AT------ATCAAGTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
Reference ( family-865 ) : NTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA--T-ATTCCATGGTTCTTNT--TATANTT-GCAGA---TTTATT-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAANTAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATNNCTGCCTG---GA----GTATG---A--TATAAATAT---AC---T---ANT---AT----AT---A-AT------ATCNAGTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|1 : TGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTTGATAATTACA--TTATTCTATGGTTATTTT--TATATTT-GCAGA---TTTATTTACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGAAATAC--ATA-AC--ATAAGATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-TAACA-TTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAAT-AAAACCAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAAATAT---A-TAAAACTTTGCAAATTTATTATAGTTGCCTG---GA----GTATA---ATTTATAAATAT---AC---TATAAAT---AT----ATAAAA-AT------ATCAAGTGTCTTTGTCGATG
gi|1 : caGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATTATTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCATACTAATTACTAACACACATCGCTCACTTACCAATT--TGTTATTTCCTTGCTAACTCATTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTT---CAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------AATTTTAT---AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACAATAAA-ATGCAGGGACTA---T----TA-A---AATGAAT-AAG-TAACAC-TGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttggggataagggtatgcatgcagtgctgggtgtggcctaacttgcattattcacttgtcaatcaatgtcactcccatactaattactaacacacatcgctcacttaccaatttgttatttccttgctaactcatttcacatatatacaaaacaaaacaacatgtacaataaaccagtttgggtttactattctgtactatacaagtaattaattgttttccaatacttcagttaggatgtacctgtatgactttcatgtataaattttatataattataggttaagacagtgttgtctcccttgaacaataaaatgcagggactattaaaatgaataagtaacactggatgaca
gi|10 : catgtagccggggttggaaggtatttgataattacattattctatggttatttttatatttgcagatttatttacaggatactcagggtcaaagagcctgaaatacataacataagattcagatacacattaaaacaaaaataacattacacaatacttcacaatacaaattacagtatttcactattaacgcggctttttaaaataaataaaaccaatatcacagatcttaccaggatattccgatcaaatatataaaactttgcaaatttattatagttgcctggagtataatttataaatatactataaatatataaaaatatcaagtgtctttgtcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGATATAAACA----ATTCCATGGTTCTTGT--TATGGTT-GCAGA---TTTATT-ACAGTATACTCA----------AAGAGCCAGTAATAC--ATA-GC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAC-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATT---AACGCGGCTCTTTAAAATAAAT-AAAAACAATATCACAGATCAAACCAGGATATTCT---GATCAAATAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTA---GA----GTGTG---A--CA-AAATAT---Aaca
gi|11 : aATCACTTACTTGTCAATCACTGTCACTTCCAAGCTAACTCACTTCACTC------A-TATA-ACGAAACA-----AA-CATGTGCAATAAATCAGTTT-GGTTT------TAC--TA-----------TATGT----AC---TGT----G---TA--GTT-A------TTACCAAATA-CTTT-ACAGTTTT--CATTCTAC------CTG--TATG-AA-TACAACTGT---------T---A-----------G----------AT-----AA
gi|11 : ttaA-TCTAC------ATC--TATG-TCTTTGA--TA--------------A-----------A----------AC-----TACT----ACAGTATA-TTAA----A--------GC-----TGTTATCTCCCTTGGTCCATAAA-ATGCTGTAAT----------GA-A---ACTAAAT-TAT-CAACACATGGaaccagaaacatagaaacatctacatctatgtctttgataaaactactacagtatattaaagctgttatctcccttggtccataaaatgctgtaatgaaactaaattatcaacacatggcga
gi|12 : ttaatcacttacttgtcaatcactgtcacttccaagctaactcacttcactcatataacgaaacaaacatgtgcaataaatcagtttggttttactatatgtactgtgtagttattaccaaatactttacagttttcattctacctgtatgaatacaactgttagataaaaccagaaacatagaaacCACTCATTTGTCCATCGATGTCATTCCCCAGTCCACTCACTTCA--C------G-TACAT--------AAAC-AT-CATGTACAATAAACATGTTTTGATATGATGACTAA--TA--TGTTATAGATCTAT----ATACATATGCAAAACTTATCATTCAATTG-TTT----AAC--CTAC-ATAGATAG--TA-TGTACACATTACAGACTACGCATTTTCAT-TGTCA-------TTCCA-----------G--------------------T----AT-------TTGA----A--------ACT---GTATTCCCTCCCTTG-AC-----A-AT-TT--AACCAAAGT---AAA-AAGTAATGAATCTAGTTAACAcga
gi|13 : ATTATAGAACTTACCAGGATATGCCCTTG-TCA-TT-------TCAAACTATGTA-TTTTGATACAACGACCTACTCAACTTTATTTG---A--TTTA--TTTTGGAC---A---ATG---AT----TT---A-AC------ATGTAGTGGTTTGGTCGATGTCTAGAGATAGAAAACAG-AAATTGCTATTTTTTTTTTAATTTTGGGT--GCATGCATTGCTTGGTGTGTCCAAACTCATATCATTCACTTTTCAAACATTGTCACTCCCAAACTAAT
gi|14 : CGAGCTTACTCAGTTCA--C------AATATATACAAA-CAAAAC-AA-CATGAACAATAAACCAGTTTGGGTTT-------AC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGCAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AAGT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGAAACTA---TAAAAAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|15 : -TATATACATAACAAAAC-AAACATATACGATAAACCTGTTTGGATGT-------AC--TG--T--------TTTGTGTATAT---AATACAAG---TA--ACT-AATTA-TTGTCG-AATA-CTTTTACAG------GA-TTTAC------CTG--AATA-AATGTTA--TGT-A-------T---ACAATGATTG--G----------AT-----AATT----ACAT---T-TTAA----G--------ACT---TTGTTGTCTTCCGTGAACCATATA-ATGCTGAAACTA---T-----A-A---ATTAGAT-TAT-CAACTC-TGac
gi|16 : TGTAACCGGGATTT-GATAAGATA---AATATTAGTC--T-ATTCCGAGTTTCTTCT--TTTAATT-G--GG---TT---------GA-----AG--------AAAAAGCCTTTAATATGTATA-AC--AATACAATTAAACAAACATTAAAACATAAA-TAACA-TTA-CACAACATTTCACAAT--ACAATTAAAATTA--------CAATTTTTCCAA-------ATTTACAACGCGACTactgaca
gi|17 : TTT--CACAATAAATAACAATTAAC-----AA-TTAATCTTTCTCAATAATTAACA-------ATT---AACGCGGCTTTTTTAAATAAAT-AAAACCAATATCACAGATCATACCACGATACTTC---AATCAATCAATCTATTAAAACTTTTCAGTTTTATAAAGTC---------AA----GT------A--TATAAATA
gi|18 : cCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TCT-A-------T---A-----------AATTTGATGATAT-----AATT----ATAG---GTTTAA----G--------ACA---GTGTTATCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AGA-A---AATGAAT-TGG-TAGCAC-TGGGTGcgataactatt
gi|19 : aTAG--GA-TGTAC------CTG--TTTG-ACTTGCA--TGT-A-------T---AAATACAATGTAG----------AT-----AATT----TTAG---G-TTAA----G--------AAA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAGCTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTa
gi|2 : tataccatactgtatctttttatacacagtctttagtctaTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTTGATAATTACA--TTATTCAATTGTTATTTT--TATATTT-GCAGA---TTTATTTACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGAAATAC--ATA-AC--ATAAGATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-TAACATT-A-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAA-ACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAAATAT---A-TAAAACTTTGCAAATTTATTATAGTTGCCTG---GA----GTATA---ATTTATAAATAT---AC---TATAAAT---AT----ATAAAA-AT------ATCAAGTGTCTTTGTCGATGaac
gi|2 : caGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCATTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCATACTAATTACTAACACACATCGCTCACTTACCAATT--TGTTATTTCCTTGCTAACTCATTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATT-ATT---CAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------AATTTGAT---AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTAGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATACAGGGACTA---T----TA-A---AATGAAT-AAG-TAACAC-TGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtattgagaaagaatgctgtagattgttagtttggggataagggtatgcatgcagtgctgggtgtggcctaacttgcatcattcacttgtcaatcaatgtcactcccatactaattactaacacacatcgctcacttaccaatttgttatttccttgctaactcatttcacatatatacaaaacaaaacaacatgtacaataaaccagtttgggtttactattctgtactatacaagtaattaattgttttccaattattcagttaggatgtacctgtatgactttcatgtataaatttgatataattataggttaagacagtgtagtctcccttgaaccataaaatacagggactattaaaatgaataagtaacactggatgaca
gi|20 : catgtagccggggttggaaggtatttgataattacattattcaattgttatttttatatttgcagatttatttacaggatactcagggtcaaagagcctgaaatacataacataagattcagatacacattaaaacaaaaataacattacacaatacttcacaatacaaattacagtatttcactattaacgcggctttttaaaataaataaaaacaatatcacagatcttaccaggatattccgatcaaatatataaaactttgcaaatttattatagttgcctggagtataatttataaatatactataaatatataaaaatatcaagtgtctttgtcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtattC-AACA-CTTT-ACAGTTAGAAGA-TCTAC------CTG--TATA-AATGATA--TGT-AAACATTCT---A-----------G----------AT-----AACTGATGATAG---A-TTAA----AGCTGTAACACAACTGTGTTGCTTCCCTTGAACCAGATA-AAGTTATAACTAAATT---AAATAT--AATATAT-CAA-TAACAaca
gi|21 : A-TTTAC------CTG--TAT--ACAATGA--TG--------------G-----------G----------AC-----AATT----ACAT---G-TTAA----G--------ACT---GTGTTGTCTCCCTTGAACAATATA-ATGCTGAAACTA---T-----A-A---CTTGTAA-TAT-CAACAA-TGGGTGgt
gi|22 : atataccaataatATTAGTTAACAACA--TTATTCCATGGTTCTTAT--T-TAA-T-GCAGAAAGAGTATC-A-AAGACCATCAAAGATGGTCAAAGAGCCTGTAATAT--ATATACCAATAATATaca
gi|23 : ----------AT-----CATT----ATATT--A-TTAA----A--------CCT---GTGTTGTCTCCCTTGAACCACATA-ATACAGAAATTA---
gi|24 : tatatatatatatatatatttgtCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---TAA-AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGatttgagtat
gi|25 : TGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA----ATTCCATGGTTC
gi|26 : ---G-TTAATCCTG--------ACA---GAGTTATCTCCCTTGAACGATAAA-ATGC
gi|3 : TGTAGCCGGGGTTG-GA--AAGTAT---G-AATAACAAGT-ATTCCATGTTTTTTTT--AATATTT-GCAGA---GTAATTTACAGGATATTCAT----GGTCAAAGAGCCTGTAATAT--ATA-AT--AAAACATTCAGGTACACATTAAAACAAAAA-GAACA-TTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAGTTA--------CTGTATTTCACT-------ATT---AACGCAGCATTTTGAAATAAAT-AAAAATAATGTCACAGATCTTACCAGGATATT-C---GACCAATAAAT--A-TAAAACTTTGCAGCTTTATAATAAATGCCTG---GA----GT------A--TATGATTAT---AC---T---ATTTGGAT----G----G-AT-------TCAAGTGCCTTTGTCTATGTCTAGAAAAAGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTA---CACATCGCTCACTTGCCAATA--TGTCATTTCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------T-C--TAT-T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CATT-ACAGTTAG--AA-TGTAC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---AAAATGATGC--G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCCGGAACTA---T---AAA-A---TATAAAT-AAG-CAACAC-TGGGT
gi|4 : aTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA----ATTCCATGGTTCTTGT--TATAATT-GCAAA---TTTATT-ACAGTATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATC---AACGCGGCTCTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAAGATATTCT---GATCAAATAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTG---GA----GTGTG---A--CA-AAATAT---AC---T---ATT---A-----AT-----AT------ATTTAGTGTTTTTGTCGATGTCTAGAGGAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAAATACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATGCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CA-----A-TATATAC-AAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--T--------TTTGT----AC---TATTCAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTT-A--TGT-A-----------A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACTATAAA-ATGCTGGAACTA---TAA-AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|5 : tcTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA----ATTCCATGGTTCTTGT--TATAATT-GCAGA---TTTATT-ACAGTATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACAGTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATC---AACGCGGCTCTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAAGATATTCT---GATCAAATAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTG---GA----GTGTG---A--CA-AAATAT---AC---T---AAT---A-----AT---A--T------ATTTAGTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGGAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGATATGCATGCAGTGCTGGTTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAAATACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATGCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CA-----A-TATATAC-AAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--T--------GTTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTGac
gi|6 : gTGTAGCCGGGGTTG-GA--AAGTAT---GAAATAACA----ATTCCATTGCTCTTTT--TATATTTTGCAGA---TTTATA-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAATATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATT-A-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCATT-------ATT---AACGCGACTTTTTAAA-TAAATAAAAT-CAATATCACAGATCTAACCAGGATATTCC---GATCAATAAAT--A-TAAAACTTTGCAGTTTTTTTATGATTGCTTG---GA----GTAT----A--TATAAATAT---ACATGT---ACT---ATTTGGAT---GGAT-------TCAAGTGTCTTTGTCGATGTCTAAAGAAAGAATGCTGTAGACTGTTAGTGCGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGC-----TTGCATCACTCACTTGTCAATCAGTGTCACTCCTAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCGCTTGCCAATC--TGTCATTCCCAATCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------CAC--TA--T--------TCTAT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTA-TTTTCC-AATA-CTTT-ACCGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---A-----------A----------AT-----AATT----ATAG---A-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCC-----------------CTGGAACTA---T---AAA-A---ACTGAAT-TA--CAACAC-TGGGTG
gi|7 : AACGATATCACAGATCTTACCAGGATATTC----GATCTATCAA---A-TAAAACTTCACAGTTTTAT---AAC-GCTTG---GA----GTATATAAA--TATGATTAT---AC---T---ATTC--AG----AC---T-ATTTTTTAACCAAGTGTCT--GTCAATGTCTTTAGGAAGAATGCTATAGATTGTTAGTTTGGGTATTA----G----TGTATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCTCAAACTAATTACTAGCTCACATCACTTACTTGTCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CATATATA-TATATACAAAACAAAACAAA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TACCATG--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TT--ATT-AAATGTTTTTCC-AATATTTTT-ACAGTTAT--GA-TTTTC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---AAAAT-------G----------ATGAGAAAATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCTTTGAACCATAAA-ATGCTGAAACTA---T----AA-A---AATGAAT-ac
gi|8 : AGTGTCTTTGTCAATGTCTTGAGAAAGAACGCCGTAGATTGTTAGTTTGGAAATAA----GGGTATGAATGCTGTGCAGGGTGTGGCCTAACTTGCATCAC----TTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAGCTTACATCGTTCACTTGTCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCGGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAACAAA-AATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TATGT--------TCTGT----GC---TATACAAG---TA--ATT-AATTATTTTTCC-AATA----------TTAG--GA-TTTAT------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---A-----------A----------A--------------ATAGGT-G-TTAA----A--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAACAT-CTGAAACTA---T----AA-A---AATGAAT-AAA-CAACAC-TGgacaagtacacaagttgaaaa
gi|9 : TGTAGCCGGGGTTTCGA--AAGTAGTTAACAGCAACAC-T-ATTCCATGGTTCTTATCTTATATTG-ACAGA---GT-ATT-AC----TGATCA-------TCAAAGAGCCTGTAATAT--GTA-AC--AATACGTTCAGACACACAC-AATACAAAAAAGATCAT--AGCACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTTACTATTTACAATT---AACGTGGCTTTTTAAATTAAAT-AAAAACAATTTCACAGATCTTACCAGGATATT-C---GATCAATCAA---A-TAAAACGTCACAGTT---TTATAAC-GCCTG---GA----GT------A--TATAAATAT---aacactgggtgac
Alignments
lowQualScore : 3333 1 11111 11111 11111111 1111111 1 111 222222222 55555555555555555555555555555555555 11 111111 1 1111111 11111111111 5555555555555555555555555555555555 22222222
lowQualScore : 4 55 55 2222 1 55 1 4 777 3 2 22222 55 4 55 4 5 3 4 55 00000 44444444 3333333 777 2 44 0 666 1 333 3 0 11 6 666 7777 222222222 4 777 77777777777777777777777777777777777 0 9999 0 0 0 11 55 777777 3 2 6 3 5 0000000 44 55555555555 6666 555 555 44 3 6 2 2 33 33 2 0 666666 33 2 1 55 2 5555555555555555555555555555555555 55555 5555 999 2 4444 88888888 333 2 00000000 2 666 2 2 2
lowQualScore : . .. .. .... . .. . . ... . . ..... .. . .. . . . . .. ..... ........ ....... ... . .. . ... . ... . . .. . ... .... ......... . ... ................................... . .... . . . .. .. ...... . . . . . ....... .. ........... .... ... ... .. . . . . .. .. . . ...... .. . . .. . .................................. ..... .... ... . .... ........ ... . ........ . ... . . .
lowQualScore : 0 55 55 8888 0 55 0 0 000 4 0 66666 55 0 55 4 7 2 0 55 00000 55555555 0000000 000 8 11 5 444 0 666 6 2 88 5 444 7777 444444444 4 000 55555555555555555555555555555555555 8 4444 2 9 5 00 00 777777 3 4 7 3 5 0000000 66 11111111111 5555 444 444 22 1 2 9 9 66 77 4 3 888888 22 4 2 66 4 2222222222222222222222222222222222 66666 0000 222 2 7777 11111111 999 1 55555555 4 555 4 5 9
consensus : NTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA--T-ATTCCATGGTTCTTNT--TATANTT-GCAGA---TTTATT-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAANTAA---AT-AAAACTTTGCAGTTTTATTATANCTGCCTG---GA----GTGTG---A--TATAAATAT---AC---T---ANT---AT----AT---A-AT------ATCAAGTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
Reference ( family-865 ) : NTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA--T-ATTCCATGGTTCTTNT--TATANTT-GCAGA---TTTATT-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAANTAA---AT-AAAACTTTGCAGTTTTATTATANCTGCCTG---GA----GTGTG---A--TATAAATAT---AC---T---ANT---AT----AT---A-AT------ATCAAGTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|1 : TGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTTGATAATTACA--TTATTCTATGGTTATTTT--TATATTT-GCAGA---TTTATTTACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGAAATAC--ATA-AC--ATAAGATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-TAACA-TTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAAT-AAAACCAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAAATAT---AT-AAAACTTTGCAAATTTATTATAGTTGCCTG---GA----GTATA---ATTTATAAATAT---AC---TATAAAT---AT----ATAAAA-AT------ATCAAGTGTCTTTGTCGATG
gi|1 : caGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATTATTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCATACTAATTACTAACACACATCGCTCACTTACCAATT--TGTTATTTCCTTGCTAACTCATTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTT---CAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------AATTTTAT---AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACAATAAA-ATGCAGGGACTA---T----TA-A---AATGAAT-AAG-TAACAC-TGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttggggataagggtatgcatgcagtgctgggtgtggcctaacttgcattattcacttgtcaatcaatgtcactcccatactaattactaacacacatcgctcacttaccaatttgttatttccttgctaactcatttcacatatatacaaaacaaaacaacatgtacaataaaccagtttgggtttactattctgtactatacaagtaattaattgttttccaatacttcagttaggatgtacctgtatgactttcatgtataaattttatataattataggttaagacagtgttgtctcccttgaacaataaaatgcagggactattaaaatgaataagtaacactggatgaca
gi|10 : catgtagccggggttggaaggtatttgataattacattattctatggttatttttatatttgcagatttatttacaggatactcagggtcaaagagcctgaaatacataacataagattcagatacacattaaaacaaaaataacattacacaatacttcacaatacaaattacagtatttcactattaacgcggctttttaaaataaataaaaccaatatcacagatcttaccaggatattccgatcaaatatataaaactttgcaaatttattatagttgcctggagtataatttataaatatactataaatatataaaaatatcaagtgtctttgtcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGATATAAACA----ATTCCATGGTTCTTGT--TATGGTT-GCAGA---TTTATT-ACAGTATACTCA----------AAGAGCCAGTAATAC--ATA-GC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAC-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATT---AACGCGGCTCTTTAAAATAAAT-AAAAACAATATCACAGATCAAACCAGGATATTCT---GATCAAATAA---AT-AAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTA---GA----GTGTG---A--CA-AAATAT---Aaca
gi|11 : aATCACTTACTTGTCAATCACTGTCACTTCCAAGCTAACTCACTTCACTC------A-TATA-ACGAAACA-----AA-CATGTGCAATAAATCAGTTT-GGTTT------TAC--TA-----------TATGT----AC---TGT----G---TA--GTT-A------TTACCAAATA-CTTT-ACAGTTTT--CATTCTAC------CTG--TATG-AA-TACAACTGT---------T---A-----------G----------AT-----AA
gi|11 : ttaA-TCTAC------ATC--TATG-TCTTTGA--TA--------------A-----------A----------AC-----TACT----ACAGTATA-TTAA----A--------GC-----TGTTATCTCCCTTGGTCCATAAA-ATGCTGTAAT----------GA-A---ACTAAAT-TAT-CAACACATGGaaccagaaacatagaaacatctacatctatgtctttgataaaactactacagtatattaaagctgttatctcccttggtccataaaatgctgtaatgaaactaaattatcaacacatggcga
gi|12 : ttaatcacttacttgtcaatcactgtcacttccaagctaactcacttcactcatataacgaaacaaacatgtgcaataaatcagtttggttttactatatgtactgtgtagttattaccaaatactttacagttttcattctacctgtatgaatacaactgttagataaaaccagaaacatagaaacCACTCATTTGTCCATCGATGTCATTCCCCAGTCCACTCACTTCA--C------G-TACAT--------AAAC-AT-CATGTACAATAAACATGTTTTGATATGATGACTAA--TA--TGTTATAGATCTAT----ATACATATGCAAAACTTATCATTCAATTG-TTT----AAC--CTAC-ATAGATAG--TA-TGTACACATTACAGACTACGCATTTTCAT-TGTCA-------TTCCA-----------G--------------------T----AT-------TTGA----A--------ACT---GTATTCCCTCCCTTG-AC-----A-AT-TT--AACCAAAGT---AAA-AAGTAATGAATCTAGTTAACAcga
gi|13 : ATTATAGAACTTACCAGGATATGCCCTTG-TCA-TT------T-CAAACTATGTA-TTTTGATACAACGACCTACTCAACTTTATTTG---A--TTTA--TTTTGGAC---A---ATG---AT----TT---A-AC------ATGTAGTGGTTTGGTCGATGTCTAGAGATAGAAAACAG-AAATTGCTATTTTTTTTTTAATTTTGGGT--GCATGCATTGCTTGGTGTGTCCAAACTCATATCATTCACTTTTCAAACATTGTCACTCCCAAACTAAT
gi|14 : CGAGCTTACTCAGTTCA--C------AATATATACAAA-CAAAAC-AA-CATGAACAATAAACCAGTTTGGGTTT-------AC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGCAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AAGT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGAAACTA---TAAAAAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|15 : -TATATACATAACAAAAC-AAACATATACGATAAACCTGTTTGGATGT-------AC--TG--T--------TTTGTGTATAT---AATACAAG---TA--ACT-AATTA-TTGTCG-AATA-CTTTTACAG------GA-TTTAC------CTG--AATA-AATGTTA--TGT-A-------T---ACAATGATTG--G----------AT-----AATT----ACAT---T-TTAA----G--------ACT---TTGTTGTCTTCCGTGAACCATATA-ATGCTGAAACTA---T-----A-A---ATTAGAT-TAT-CAACTC-TGac
gi|16 : TGTAACCGGGATTT-GATAAGATA---AATATTAGTC--T-ATTCCGAGTTTCTTCT--TTTAATT-G--GG---TT---------GA-----AG--------AAAAAGCCTTTAATATGTATA-AC--AATACAATTAAACAAACATTAAAACATAAA-TAACA-TTA-CACAACATTTCACAAT--ACAATTAAAATTA--------CAATTTTTCCAA-------ATTTACAACGCGACTactgaca
gi|17 : TTT--CACAATAAATAACAATTAAC-----AA-TTAATCTTTCTCAATAATTAACA-------ATT---AACGCGGCTTTTTTAAATAAATAAAAC-CAATATCACAGATCATACCACGATACTTC---AATCAATCAATCTATTAAAACTTTTCAGTTTTATAAAGTC---------AA----GT------A--TATAAATA
gi|18 : cCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TCT-A-------T---A-----------AATTTGATGATAT-----AATT----ATAG---GTTTAA----G--------ACA---GTGTTATCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AGA-A---AATGAAT-TGG-TAGCAC-TGGGTGcgataactatt
gi|19 : aTAG--GA-TGTAC------CTG--TTTG-ACTTGCA--TGT-A-------T---AAATACAATGTAG----------AT-----AATT----TTAG---G-TTAA----G--------AAA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAGCTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTa
gi|2 : tataccatactgtatctttttatacacagtctttagtctaTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTTGATAATTACA--TTATTCAATTGTTATTTT--TATATTT-GCAGA---TTTATTTACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGAAATAC--ATA-AC--ATAAGATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-TAACATT-A-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAA-ACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAAATAT---AT-AAAACTTTGCAAATTTATTATAGTTGCCTG---GA----GTATA---ATTTATAAATAT---AC---TATAAAT---AT----ATAAAA-AT------ATCAAGTGTCTTTGTCGATGaac
gi|2 : caGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCATTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCATACTAATTACTAACACACATCGCTCACTTACCAATT--TGTTATTTCCTTGCTAACTCATTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATT-ATT---CAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------AATTTGAT---AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTAGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATACAGGGACTA---T----TA-A---AATGAAT-AAG-TAACAC-TGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtattgagaaagaatgctgtagattgttagtttggggataagggtatgcatgcagtgctgggtgtggcctaacttgcatcattcacttgtcaatcaatgtcactcccatactaattactaacacacatcgctcacttaccaatttgttatttccttgctaactcatttcacatatatacaaaacaaaacaacatgtacaataaaccagtttgggtttactattctgtactatacaagtaattaattgttttccaattattcagttaggatgtacctgtatgactttcatgtataaatttgatataattataggttaagacagtgtagtctcccttgaaccataaaatacagggactattaaaatgaataagtaacactggatgaca
gi|20 : catgtagccggggttggaaggtatttgataattacattattcaattgttatttttatatttgcagatttatttacaggatactcagggtcaaagagcctgaaatacataacataagattcagatacacattaaaacaaaaataacattacacaatacttcacaatacaaattacagtatttcactattaacgcggctttttaaaataaataaaaacaatatcacagatcttaccaggatattccgatcaaatatataaaactttgcaaatttattatagttgcctggagtataatttataaatatactataaatatataaaaatatcaagtgtctttgtcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtattC-AACA-CTTT-ACAGTTAGAAGA-TCTAC------CTG--TATA-AATGATA--TGT-AAACATTCT---A-----------G----------AT-----AACTGATGATAG---A-TTAA----AGCTGTAACACAACTGTGTTGCTTCCCTTGAACCAGATA-AAGTTATAACTAAATT---AAATAT--AATATAT-CAA-TAACAaca
gi|21 : A-TTTAC------CTG--TAT--ACAATGA--TG--------------G-----------G----------AC-----AATT----ACAT---G-TTAA----G--------ACT---GTGTTGTCTCCCTTGAACAATATA-ATGCTGAAACTA---T-----A-A---CTTGTAA-TAT-CAACAA-TGGGTGgt
gi|22 : atataccaataatATTAGTTAACAACA--TTATTCCATGGTTCTTAT--T-TAA-T-GCAGAAAGAGTATC-A-AAGACCATCAAAGATGGTCAAAGAGCCTGTAATAT--ATATACCAATAATATaca
gi|23 : ----------AT-----CATT----ATATT--A-TTAA----A--------CCT---GTGTTGTCTCCCTTGAACCACATA-ATACAGAAATTA---
gi|24 : tatatatatatatatatatttgtCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---TAA-AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGatttgagtat
gi|25 : TGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA----ATTCCATGGTTC
gi|26 : ---G-TTAATCCTG--------ACA---GAGTTATCTCCCTTGAACGATAAA-ATGC
gi|3 : TGTAGCCGGGGTTG-GA--AAGTAT---G-AATAACAAGT-ATTCCATGTTTTTTTT--AATATTT-GCAGA---GTAATTTACAGGATATTCAT----GGTCAAAGAGCCTGTAATAT--ATA-AT--AAAACATTCAGGTACACATTAAAACAAAAA-GAACA-TTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAGTTA--------CTGTATTTCACT-------ATT---AACGCAGCATTTTGAAATAAAT-AAAAATAATGTCACAGATCTTACCAGGATATT-C---GACCAATAAAT--AT-AAAACTTTGCAGCTTTATAATAAATGCCTG---GA----GT------A--TATGATTAT---AC---T---ATTTGGAT----G----G-AT-------TCAAGTGCCTTTGTCTATGTCTAGAAAAAGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTA---CACATCGCTCACTTGCCAATA--TGTCATTTCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------T-C--TAT-T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CATT-ACAGTTAG--AA-TGTAC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---AAAATGATGC--G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCCGGAACTA---T---AAA-A---TATAAAT-AAG-CAACAC-TGGGT
gi|4 : aTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA----ATTCCATGGTTCTTGT--TATAATT-GCAAA---TTTATT-ACAGTATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATC---AACGCGGCTCTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAAGATATTCT---GATCAAATAA---AT-AAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTG---GA----GTGTG---A--CA-AAATAT---AC---T---ATT---A-----AT-----AT------ATTTAGTGTTTTTGTCGATGTCTAGAGGAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAAATACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATGCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CA-----A-TATATAC-AAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--T--------TTTGT----AC---TATTCAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTT-A--TGT-A-----------A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACTATAAA-ATGCTGGAACTA---TAA-AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|5 : tcTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA----ATTCCATGGTTCTTGT--TATAATT-GCAGA---TTTATT-ACAGTATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACAGTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATC---AACGCGGCTCTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAAGATATTCT---GATCAAATAA---AT-AAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTG---GA----GTGTG---A--CA-AAATAT---AC---T---AAT---A-----AT---A--T------ATTTAGTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGGAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGATATGCATGCAGTGCTGGTTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAAATACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATGCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CA-----A-TATATAC-AAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--T--------GTTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTGac
gi|6 : gTGTAGCCGGGGTTG-GA--AAGTAT---GAAATAACA----ATTCCATTGCTCTTTT--TATATTTTGCAGA---TTTATA-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAATATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATT-A-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCATT-------ATT---AACGCGACTTTTTAAA-TAAATAAAAT-CAATATCACAGATCTAACCAGGATATTCC---GATCAATAAAT--AT-AAAACTTTGCAGTTTTTTTATGATTGCTTG---GA----GTAT----A--TATAAATAT---ACATGT---ACT---ATTTGGAT---GGAT-------TCAAGTGTCTTTGTCGATGTCTAAAGAAAGAATGCTGTAGACTGTTAGTGCGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGC-----TTGCATCACTCACTTGTCAATCAGTGTCACTCCTAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCGCTTGCCAATC--TGTCATTCCCAATCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------CAC--TA--T--------TCTAT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTA-TTTTCC-AATA-CTTT-ACCGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---A-----------A----------AT-----AATT----ATAG---A-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCC-----------------CTGGAACTA---T---AAA-A---ACTGAAT-TA--CAACAC-TGGGTG
gi|7 : AACGATATCACAGATCTTACCAGGATATTC----GATCTATCAA---AT-AAAACTTCACAGTTTTAT---AAC-GCTTG---GA----GTATATAAA--TATGATTAT---AC---T---ATTC--AG----AC---T-ATTTTTTAACCAAGTGTCT--GTCAATGTCTTTAGGAAGAATGCTATAGATTGTTAGTTTGGGTATTA----G----TGTATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCTCAAACTAATTACTAGCTCACATCACTTACTTGTCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CATATATA-TATATACAAAACAAAACAAA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TACCATG--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TT--ATT-AAATGTTTTTCC-AATATTTTT-ACAGTTAT--GA-TTTTC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---AAAAT-------G----------ATGAGAAAATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCTTTGAACCATAAA-ATGCTGAAACTA---T----AA-A---AATGAAT-ac
gi|8 : AGTGTCTTTGTCAATGTCTTGAGAAAGAACGCCGTAGATTGTTAGTTTGGAAATAA----GGGTATGAATGCTGTGCAGGGTGTGGCCTAACTTGCATCAC----TTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAGCTTACATCGTTCACTTGTCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCGGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAACAAA-AATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TATGT--------TCTGT----GC---TATACAAG---TA--ATT-AATTATTTTTCC-AATA----------TTAG--GA-TTTAT------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---A-----------A----------A--------------ATAGGT-G-TTAA----A--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAACAT-CTGAAACTA---T----AA-A---AATGAAT-AAA-CAACAC-TGgacaagtacacaagttgaaaa
gi|9 : TGTAGCCGGGGTTTCGA--AAGTAGTTAACAGCAACAC-T-ATTCCATGGTTCTTATCTTATATTG-ACAGA---GT-ATT-AC----TGATCA-------TCAAAGAGCCTGTAATAT--GTA-AC--AATACGTTCAGACACACAC-AATACAAAAAAGATCAT--AGCACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTTACTATTTACAATT---AACGTGGCTTTTTAAATTAAAT-AAAAACAATTTCACAGATCTTACCAGGATATT-C---GATCAATCAA---AT-AAAACGTCACAGTT---TTATAAC-GCCTG---GA----GT------A--TATAAATAT---aacactgggtgac
Alignments
lowQualScore : 3333 1 11111 11111 11111111 1111111 1 111 222222222 55555555555555555555555555555555555 11 111111 1 1111111 11111111111 5555555555555555555555555555555555 22222222
lowQualScore : 4 55 55 2222 1 55 1 4 777 3 2 22222 55 4 55 4 5 3 4 55 00000 44444444 3333333 777 2 44 0 666 1 333 3 0 11 6 666 7777 222222222 4 777 77777777777777777777777777777777777 0 9999 0 0 0 11 55 777777 3 2 6 3 5 0000000 44 55555555555 6666 555 555 44 3 6 2 2 33 33 2 0 666666 33 2 1 55 2 5555555555555555555555555555555555 55555 5555 999 2 4444 88888888 333 2 00000000 2 666 2 2 2
lowQualScore : . .. .. .... . .. . . ... . . ..... .. . .. . . . . .. ..... ........ ....... ... . .. . ... . ... . . .. . ... .... ......... . ... ................................... . .... . . . .. .. ...... . . . . . ....... .. ........... .... ... ... .. . . . . .. .. . . ...... .. . . .. . .................................. ..... .... ... . .... ........ ... . ........ . ... . . .
lowQualScore : 0 55 55 8888 0 55 0 0 000 4 0 66666 55 0 55 4 7 2 0 55 00000 55555555 0000000 000 8 11 5 444 0 666 6 2 88 5 444 7777 444444444 4 000 55555555555555555555555555555555555 8 4444 2 9 5 00 00 777777 3 4 7 3 5 0000000 66 11111111111 5555 444 444 22 1 2 9 9 66 77 4 3 888888 22 4 2 66 4 2222222222222222222222222222222222 66666 0000 222 2 7777 11111111 999 1 55555555 4 555 4 5 9
consensus : NTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA--T-ATTCCATGGTTCTTNT--TATANTT-GCAGA---TTTATT-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAANTAA---AT-AAAACTTTGCAGTTTTATTATANCTGCCTG---GA----GTGTG---A--TATAAATAT---AC---T---ANT---AT----AT---A-AT------ATCAAGTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
Reference ( family-865 ) : NTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA--T-ATTCCATGGTTCTTNT--TATANTT-GCAGA---TTTATT-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAANTAA---AT-AAAACTTTGCAGTTTTATTATANCTGCCTG---GA----GTGTG---A--TATAAATAT---AC---T---ANT---AT----AT---A-AT------ATCAAGTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|1 : TGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTTGATAATTACA--TTATTCTATGGTTATTTT--TATATTT-GCAGA---TTTATTTACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGAAATAC--ATA-AC--ATAAGATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-TAACA-TTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAAT-AAAACCAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAAATAT---AT-AAAACTTTGCAAATTTATTATAGTTGCCTG---GA----GTATA---ATTTATAAATAT---AC---TATAAAT---AT----ATAAAA-AT------ATCAAGTGTCTTTGTCGATG
gi|1 : caGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATTATTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCATACTAATTACTAACACACATCGCTCACTTACCAATT--TGTTATTTCCTTGCTAACTCATTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTT---CAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------AATTTTAT---AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACAATAAA-ATGCAGGGACTA---T----TA-A---AATGAAT-AAG-TAACAC-TGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttggggataagggtatgcatgcagtgctgggtgtggcctaacttgcattattcacttgtcaatcaatgtcactcccatactaattactaacacacatcgctcacttaccaatttgttatttccttgctaactcatttcacatatatacaaaacaaaacaacatgtacaataaaccagtttgggtttactattctgtactatacaagtaattaattgttttccaatacttcagttaggatgtacctgtatgactttcatgtataaattttatataattataggttaagacagtgttgtctcccttgaacaataaaatgcagggactattaaaatgaataagtaacactggatgaca
gi|10 : catgtagccggggttggaaggtatttgataattacattattctatggttatttttatatttgcagatttatttacaggatactcagggtcaaagagcctgaaatacataacataagattcagatacacattaaaacaaaaataacattacacaatacttcacaatacaaattacagtatttcactattaacgcggctttttaaaataaataaaaccaatatcacagatcttaccaggatattccgatcaaatatataaaactttgcaaatttattatagttgcctggagtataatttataaatatactataaatatataaaaatatcaagtgtctttgtcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGATATAAACA----ATTCCATGGTTCTTGT--TATGGTT-GCAGA---TTTATT-ACAGTATACTCA----------AAGAGCCAGTAATAC--ATA-GC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAC-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATT---AACGCGGCTCTTTAAAATAAAT-AAAAACAATATCACAGATCAAACCAGGATATTCT---GATCAAATAA---AT-AAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTA---GA----GTGTG---A--CA-AAATAT---Aaca
gi|11 : aATCACTTACTTGTCAATCACTGTCACTTCCAAGCTAACTCACTTCACTC------A-TATA-ACGAAACA-----AA-CATGTGCAATAAATCAGTTT-GGTTT------TAC--TA-----------TATGT----AC---TGT----G---TA--GTT-A------TTACCAAATA-CTTT-ACAGTTTT--CATTCTAC------CTG--TATG-AA-TACAACTGT---------T---A-----------G----------AT-----AA
gi|11 : ttaA-TCTAC------ATC--TATG-TCTTTGA--TA--------------A-----------A----------AC-----TACT----ACAGTATA-TTAA----A--------GC-----TGTTATCTCCCTTGGTCCATAAA-ATGCTGTAAT----------GA-A---ACTAAAT-TAT-CAACACATGGaaccagaaacatagaaacatctacatctatgtctttgataaaactactacagtatattaaagctgttatctcccttggtccataaaatgctgtaatgaaactaaattatcaacacatggcga
gi|12 : ttaatcacttacttgtcaatcactgtcacttccaagctaactcacttcactcatataacgaaacaaacatgtgcaataaatcagtttggttttactatatgtactgtgtagttattaccaaatactttacagttttcattctacctgtatgaatacaactgttagataaaaccagaaacatagaaacCACTCATTTGTCCATCGATGTCATTCCCCAGTCCACTCACTTCA--C------G-TACAT--------AAAC-AT-CATGTACAATAAACATGTTTTGATATGATGACTAA--TA--TGTTATAGATCTAT----ATACATATGCAAAACTTATCATTCAATTG-TTT----AAC--CTAC-ATAGATAG--TA-TGTACACATTACAGACTACGCATTTTCAT-TGTCA-------TTCCA-----------G--------------------T----AT-------TTGA----A--------ACT---GTATTCCCTCCCTTG-AC-----A-AT-TT--AACCAAAGT---AAA-AAGTAATGAATCTAGTTAACAcga
gi|13 : ATTATAGAACTTACCAGGATATGCCCTTG-TCA-TT------T-CAAACTATGTA-TTTTGATACAACGACCTACTCAACTTTATTTG---A--TTTA--TTTTGGAC---A---ATG---AT----TT---A-AC------ATGTAGTGGTTTGGTCGATGTCTAGAGATAGAAAACAG-AAATTGCTATTTTTTTTTTAATTTTGGGT--GCATGCATTGCTTGGTGTGTCCAAACTCATATCATTCACTTTTCAAACATTGTCACTCCCAAACTAAT
gi|14 : CGAGCTTACTCAGTTCA--C------AATATATACAAA-CAAAAC-AA-CATGAACAATAAACCAGTTTGGGTTT-------AC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGCAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AAGT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGAAACTA---TAAAAAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|15 : -TATATACATAACAAAAC-AAACATATACGATAAACCTGTTTGGATGT-------AC--TG--T--------TTTGTGTATAT---AATACAAG---TA--ACT-AATTA-TTGTCG-AATA-CTTTTACAG------GA-TTTAC------CTG--AATA-AATGTTA--TGT-A-------T---ACAATGATTG--G----------AT-----AATT----ACAT---T-TTAA----G--------ACT---TTGTTGTCTTCCGTGAACCATATA-ATGCTGAAACTA---T-----A-A---ATTAGAT-TAT-CAACTC-TGac
gi|16 : TGTAACCGGGATTT-GATAAGATA---AATATTAGTC--T-ATTCCGAGTTTCTTCT--TTTAATT-G--GG---TT---------GA-----AG--------AAAAAGCCTTTAATATGTATA-AC--AATACAATTAAACAAACATTAAAACATAAA-TAACA-TTA-CACAACATTTCACAAT--ACAATTAAAATTA--------CAATTTTTCCAA-------ATTTACAACGCGACTactgaca
gi|17 : TTT--CACAATAAATAACAATTAAC-----AA-TTAATCTTTCTCAATAATTAACA-------ATT---AACGCGGCTTTTTTAAATAAATAAAAC-CAATATCACAGATCATACCACGATACTTC---AATCAATCAATCTATTAAAACTTTTCAGTTTTATAAAGTC---------AA----GT------A--TATAAATA
gi|18 : cCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TCT-A-------T---A-----------AATTTGATGATAT-----AATT----ATAG---GTTTAA----G--------ACA---GTGTTATCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AGA-A---AATGAAT-TGG-TAGCAC-TGGGTGcgataactatt
gi|19 : aTAG--GA-TGTAC------CTG--TTTG-ACTTGCA--TGT-A-------T---AAATACAATGTAG----------AT-----AATT----TTAG---G-TTAA----G--------AAA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAGCTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTa
gi|2 : tataccatactgtatctttttatacacagtctttagtctaTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTTGATAATTACA--TTATTCAATTGTTATTTT--TATATTT-GCAGA---TTTATTTACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGAAATAC--ATA-AC--ATAAGATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-TAACATT-A-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAA-ACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAAATAT---AT-AAAACTTTGCAAATTTATTATAGTTGCCTG---GA----GTATA---ATTTATAAATAT---AC---TATAAAT---AT----ATAAAA-AT------ATCAAGTGTCTTTGTCGATGaac
gi|2 : caGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCATTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCATACTAATTACTAACACACATCGCTCACTTACCAATT--TGTTATTTCCTTGCTAACTCATTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATT-ATT---CAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------AATTTGAT---AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTAGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATACAGGGACTA---T----TA-A---AATGAAT-AAG-TAACAC-TGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtattgagaaagaatgctgtagattgttagtttggggataagggtatgcatgcagtgctgggtgtggcctaacttgcatcattcacttgtcaatcaatgtcactcccatactaattactaacacacatcgctcacttaccaatttgttatttccttgctaactcatttcacatatatacaaaacaaaacaacatgtacaataaaccagtttgggtttactattctgtactatacaagtaattaattgttttccaattattcagttaggatgtacctgtatgactttcatgtataaatttgatataattataggttaagacagtgtagtctcccttgaaccataaaatacagggactattaaaatgaataagtaacactggatgaca
gi|20 : catgtagccggggttggaaggtatttgataattacattattcaattgttatttttatatttgcagatttatttacaggatactcagggtcaaagagcctgaaatacataacataagattcagatacacattaaaacaaaaataacattacacaatacttcacaatacaaattacagtatttcactattaacgcggctttttaaaataaataaaaacaatatcacagatcttaccaggatattccgatcaaatatataaaactttgcaaatttattatagttgcctggagtataatttataaatatactataaatatataaaaatatcaagtgtctttgtcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtattC-AACA-CTTT-ACAGTTAGAAGA-TCTAC------CTG--TATA-AATGATA--TGT-AAACATTCT---A-----------G----------AT-----AACTGATGATAG---A-TTAA----AGCTGTAACACAACTGTGTTGCTTCCCTTGAACCAGATA-AAGTTATAACTAAATT---AAATAT--AATATAT-CAA-TAACAaca
gi|21 : A-TTTAC------CTG--TAT--ACAATGA--TG--------------G-----------G----------AC-----AATT----ACAT---G-TTAA----G--------ACT---GTGTTGTCTCCCTTGAACAATATA-ATGCTGAAACTA---T-----A-A---CTTGTAA-TAT-CAACAA-TGGGTGgt
gi|22 : atataccaataatATTAGTTAACAACA--TTATTCCATGGTTCTTAT--T-TAA-T-GCAGAAAGAGTATC-A-AAGACCATCAAAGATGGTCAAAGAGCCTGTAATAT--ATATACCAATAATATaca
gi|23 : ----------AT-----CATT----ATATT--A-TTAA----A--------CCT---GTGTTGTCTCCCTTGAACCACATA-ATACAGAAATTA---
gi|24 : tatatatatatatatatatttgtCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---TAA-AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGatttgagtat
gi|25 : TGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA----ATTCCATGGTTC
gi|26 : ---G-TTAATCCTG--------ACA---GAGTTATCTCCCTTGAACGATAAA-ATGC
gi|3 : TGTAGCCGGGGTTG-GA--AAGTAT---G-AATAACAAGT-ATTCCATGTTTTTTTT--AATATTT-GCAGA---GTAATTTACAGGATATTCAT----GGTCAAAGAGCCTGTAATAT--ATA-AT--AAAACATTCAGGTACACATTAAAACAAAAA-GAACA-TTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAGTTA--------CTGTATTTCACT-------ATT---AACGCAGCATTTTGAAATAAAT-AAAAATAATGTCACAGATCTTACCAGGATATT-C---GACCAATAAAT--AT-AAAACTTTGCAGCTTTATAATAAATGCCTG---GA----GT------A--TATGATTAT---AC---T---ATTTGGAT----G----G-AT-------TCAAGTGCCTTTGTCTATGTCTAGAAAAAGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTA---CACATCGCTCACTTGCCAATA--TGTCATTTCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------T-C--TAT-T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CATT-ACAGTTAG--AA-TGTAC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---AAAATGATGC--G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCCGGAACTA---T---AAA-A---TATAAAT-AAG-CAACAC-TGGGT
gi|4 : aTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA----ATTCCATGGTTCTTGT--TATAATT-GCAAA---TTTATT-ACAGTATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATC---AACGCGGCTCTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAAGATATTCT---GATCAAATAA---AT-AAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTG---GA----GTGTG---A--CA-AAATAT---AC---T---ATT---A-----AT-----AT------ATTTAGTGTTTTTGTCGATGTCTAGAGGAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAAATACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATGCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CA-----A-TATATAC-AAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--T--------TTTGT----AC---TATTCAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTT-A--TGT-A-----------A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACTATAAA-ATGCTGGAACTA---TAA-AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|5 : tcTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA----ATTCCATGGTTCTTGT--TATAATT-GCAGA---TTTATT-ACAGTATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACAGTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATC---AACGCGGCTCTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAAGATATTCT---GATCAAATAA---AT-AAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTG---GA----GTGTG---A--CA-AAATAT---AC---T---AAT---A-----AT---A--T------ATTTAGTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGGAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGATATGCATGCAGTGCTGGTTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAAATACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATGCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CA-----A-TATATAC-AAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--T--------GTTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTGac
gi|6 : gTGTAGCCGGGGTTG-GA--AAGTAT---GAAATAACA----ATTCCATTGCTCTTTT--TATATTTTGCAGA---TTTATA-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAATATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATT-A-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCATT-------ATT---AACGCGACTTTTTAAA-TAAATAAAAT-CAATATCACAGATCTAACCAGGATATTCC---GATCAATAAAT--AT-AAAACTTTGCAGTTTTTTTATGATTGCTTG---GA----GTAT----A--TATAAATAT---ACATGT---ACT---ATTTGGAT---GGAT-------TCAAGTGTCTTTGTCGATGTCTAAAGAAAGAATGCTGTAGACTGTTAGTGCGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGC-----TTGCATCACTCACTTGTCAATCAGTGTCACTCCTAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCGCTTGCCAATC--TGTCATTCCCAATCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------CAC--TA--T--------TCTAT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTA-TTTTCC-AATA-CTTT-ACCGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---A-----------A----------AT-----AATT----ATAG---A-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCC-----------------CTGGAACTA---T---AAA-A---ACTGAAT-TA--CAACAC-TGGGTG
gi|7 : AACGATATCACAGATCTTACCAGGATATTC----GATCTATCAA---AT-AAAACTTCACAGTTTTAT---AAC-GCTTG---GA----GTATATAAA--TATGATTAT---AC---T---ATTC--AG----AC---T-ATTTTTTAACCAAGTGTCT--GTCAATGTCTTTAGGAAGAATGCTATAGATTGTTAGTTTGGGTATTA----G----TGTATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCTCAAACTAATTACTAGCTCACATCACTTACTTGTCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CATATATA-TATATACAAAACAAAACAAA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TACCATG--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TT--ATT-AAATGTTTTTCC-AATATTTTT-ACAGTTAT--GA-TTTTC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---AAAAT-------G----------ATGAGAAAATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCTTTGAACCATAAA-ATGCTGAAACTA---T----AA-A---AATGAAT-ac
gi|8 : AGTGTCTTTGTCAATGTCTTGAGAAAGAACGCCGTAGATTGTTAGTTTGGAAATAA----GGGTATGAATGCTGTGCAGGGTGTGGCCTAACTTGCATCAC----TTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAGCTTACATCGTTCACTTGTCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCGGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAACAAA-AATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TATGT--------TCTGT----GC---TATACAAG---TA--ATT-AATTATTTTTCC-AATA----------TTAG--GA-TTTAT------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---A-----------A----------A--------------ATAGGT-G-TTAA----A--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAACAT-CTGAAACTA---T----AA-A---AATGAAT-AAA-CAACAC-TGgacaagtacacaagttgaaaa
gi|9 : TGTAGCCGGGGTTTCGA--AAGTAGTTAACAGCAACAC-T-ATTCCATGGTTCTTATCTTATATTG-ACAGA---GT-ATT-AC----TGATCA-------TCAAAGAGCCTGTAATAT--GTA-AC--AATACGTTCAGACACACAC-AATACAAAAAAGATCAT--AGCACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTTACTATTTACAATT---AACGTGGCTTTTTAAATTAAAT-AAAAACAATTTCACAGATCTTACCAGGATATT-C---GATCAATCAA---AT-AAAACGTCACAGTT---TTATAAC-GCCTG---GA----GT------A--TATAAATAT---aacactgggtgac
blockSeqs : C TA TC AGT G CT G T AAG T T AAGAT GT T CA A T T G TA AATTA ATCTTTCT ATTTACA TAC A AA CTT A TCT T TT T CTC CTTT ATATAAA T TGG ATGTACTATTTGGATGGAT TTTT AC CT ATATAT A G A A T GATGACT CA TGTTATAGA GTAT ACA ACT TC C T A T TT AA T ACATTA AC C A AC C TAAATACAATGTAG GAGAA GATG TAT T TCCT GCTGTAAC ACT C AAGTA T AGT C T A
blockSeqs : . . TT TT C . A . . T T G . . . . T T . . . . . . A AA . T T . AA G . . ATAATT T . TATTCAGACTATTTTTTAA . GA . A . A A . T T . TGT . . . . . T . . T . . . . . C T . TAAATTTGATGAT . . GT . . . . . TAAAA . T . . .
blockSeqs : . . TA TT T . T . . T . G . . . . T T . . . . . . A AA . T T . GT T . . GTGA T . TATAAATATATAAAAATA . . . A . A . . T T . TT . . . . . . . . C . . . . . T . . TACAATGATTGG . . T . . . . . AATTA . . . . .
blockSeqs : . . TC CT A . A . . A . T . . . . T T . . . . . . A AA . A . . AG T . . TTGA T . TATTTGGATGGAT . . . . . A . . T T . T . . . . . . . . T . . . . . C . . TAAAATGATGCG . . . . . . . . TAAA . . . . .
blockSeqs : . . TC T T . T . . T . G . . . . T T . . . . . . A AA . T . . AA T . . GTGA T . AATGATTTAACA . . . . . A . . T T . T . . . . . . . . T . . . . . A . . TAAATTTGAT . . . . . . . . TAAA . . . . .
blockSeqs : . . TC . G . A . . T . G . . . . T T . . . . . . . AA . A . . TT T . . GTGA T . TATTAATATA . . . . . A . . T T . T . . . . . . . . T . . . . . C . . AACATTCTAG . . . . . . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . TT . G . A . . T . G . . . . T . . . . . . . . C . A . . TT T . . ATA T . TAATAATATA . . . . . A . . . C . T . . . . . . . . T . . . . . C . . TAAAATG . . . . . . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . GA . . . A . . . . . . . A . . . T . T . . . . . . . . T . . . . . C . . TTCCAG . . . . . . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . AA . . . A . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . T . . . . . A . . TAG . . . . . . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . . T . . AA . . . A . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . C . . TAG . . . . . . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . TAG . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . TAA . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . TAA . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . AA . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . A . . GG . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . A . . AG . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : **** ATGA***** TATTAATATA************************* T* TAG*******************************
originalCons : NTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA--T-ATTCCATGGTTCTTNT--TATANTT-GCAGA---TTTATT-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAANTAA---AT-AAAACTTTGCAGTTTTATTATANCTGCCTG---GA----GTGTG---A--TATAAATAT---AC---T---ANT---AT----AT---A-AT------ATCAAGTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
finalCons : NTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAACA----ATTCCATGGTTCTTNT--TATANTT-GCAGA---TTTATT-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAANTAA---AT-AAAACTTTGCAGTTTTATTATANCTGCCTG---GA----GTATGA-----TATAAATAT---ACTATTAATATA-------------------------TCAAGTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-ATAG-------------------------------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
Alignments
lowQualScore : 222 11111 11111 11111111 1111111 1 111 222222222 11111111 111111 444444444444444444444444 11 111111 1 1111111 11111111111 5555555555555555555555555555555555 22222222
lowQualScore : 4 55 55 4 3 666 1 55 1 4 777 3 4 8 22222 55 4 55 4 5 3 4 55 00000 44444444 3333333 777 2 44 0 666 1 333 3 0 11 6 666 7777 111111111 4 33333333 3 7777 222222 555555555555555555555555 5 555 9999 0 0 0 11 55 777777 3 2 6 3 5 0000000 44 55555555555 6666 555 555 44 3 6 2 2 33 33 2 0 666666 33 2 1 55 2 5555555555555555555555555555555555 55555 5555 999 2 4444 88888888 333 2 00000000 2 666 2 2 2
lowQualScore : . .. .. . . ... . .. . . ... . . . ..... .. . .. . . . . .. ..... ........ ....... ... . .. . ... . ... . . .. . ... .... ......... . ........ . .... ...... ........................ . ... .... . . . .. .. ...... . . . . . ....... .. ........... .... ... ... .. . . . . .. .. . . ...... .. . . .. . .................................. ..... .... ... . .... ........ ... . ........ . ... . . .
lowQualScore : 0 55 55 1 6 444 0 55 0 0 000 4 0 0 66666 55 0 55 4 7 2 0 55 00000 55555555 0000000 000 8 11 5 444 0 666 6 2 88 5 444 7777 555555555 4 22222222 6 7777 888888 000000000000000000000000 0 888 4444 2 9 5 00 00 777777 3 4 7 3 5 0000000 66 11111111111 5555 444 444 22 1 2 9 9 66 77 4 3 888888 22 4 2 66 4 2222222222222222222222222222222222 66666 0000 222 2 7777 11111111 999 1 55555555 4 555 4 5 9
consensus : NTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAA-CA---ATTCCATGGTTCTTNT--TATANTT-GCAGA---TTTA-TT-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAANTAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATANCTGCCTG---GA----GTGTG---A--TATA--------AAT-AT----AC------TATT--AA---T--------AT------A-T-CAAGTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
Reference ( family-865 ) : NTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAA-CA---ATTCCATGGTTCTTNT--TATANTT-GCAGA---TTTA-TT-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAANTAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATANCTGCCTG---GA----GTATG---A--TATA--------AAT-AT----AC------TATT--AA---T--------AT------A-T-CAAGTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|1 : TGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTTGATAATTA-CATT-ATTCTATGGTTATTTT--TATATTT-GCAGA---TTTA-TTTACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGAAATAC--ATA-AC--ATAAGATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-TAACA-TTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAAT-AAAACCAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAAATAT---A-TAAAACTTTGCAAATTTATTATAGTTGCCTG---GA----GTATA---ATTTATA--------AAT-AT----AC------TATA--AA---TATATAAAAAT------A-T-CAAGTGTCTTTGTCGATG
gi|1 : caGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATTATTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCATACTAATTACTAACACACATCGCTCACTTACCAATT--TGTTATTTCCTTGCTAACTCATTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTT---CAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------AATTTTAT---AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACAATAAA-ATGCAGGGACTA---T----TA-A---AATGAAT-AAG-TAACAC-TGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttggggataagggtatgcatgcagtgctgggtgtggcctaacttgcattattcacttgtcaatcaatgtcactcccatactaattactaacacacatcgctcacttaccaatttgttatttccttgctaactcatttcacatatatacaaaacaaaacaacatgtacaataaaccagtttgggtttactattctgtactatacaagtaattaattgttttccaatacttcagttaggatgtacctgtatgactttcatgtataaattttatataattataggttaagacagtgttgtctcccttgaacaataaaatgcagggactattaaaatgaataagtaacactggatgaca
gi|10 : catgtagccggggttggaaggtatttgataattacattattctatggttatttttatatttgcagatttatttacaggatactcagggtcaaagagcctgaaatacataacataagattcagatacacattaaaacaaaaataacattacacaatacttcacaatacaaattacagtatttcactattaacgcggctttttaaaataaataaaaccaatatcacagatcttaccaggatattccgatcaaatatataaaactttgcaaatttattatagttgcctggagtataatttataaatatactataaatatataaaaatatcaagtgtctttgtcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGATATAAA-CA---ATTCCATGGTTCTTGT--TATGGTT-GCAGA---TTTA-TT-ACAGTATACTCA----------AAGAGCCAGTAATAC--ATA-GC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAC-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATT---AACGCGGCTCTTTAAAATAAAT-AAAAACAATATCACAGATCAAACCAGGATATTCT---GATCAAATAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTA---GA----GTGTG---A--CA-A--------AAT-AT----Aaca
gi|11 : aATCACTTACTTGTCAATCACTGTCACTTCCAAGCTAACTCACTTCACTC------A-TATA-ACGAAACA-----AA-CATGTGCAATAAATCAGTTT-GGTTT------TAC--TA-----------TATGT----AC---TGT----G---TA--GTT-A------TTACCAAATA-CTTT-ACAGTTTT--CATTCTAC------CTG--TATG-AA-TACAACTGT---------T---A-----------G----------AT-----AA
gi|11 : ttaA-TCTAC------ATC--TATG-TCTTTGA--TA--------------A-----------A----------AC-----TACT----ACAGTATA-TTAA----A--------GC-----TGTTATCTCCCTTGGTCCATAAA-ATGCTGTAAT----------GA-A---ACTAAAT-TAT-CAACACATGGaaccagaaacatagaaacatctacatctatgtctttgataaaactactacagtatattaaagctgttatctcccttggtccataaaatgctgtaatgaaactaaattatcaacacatggcga
gi|12 : ttaatcacttacttgtcaatcactgtcacttccaagctaactcacttcactcatataacgaaacaaacatgtgcaataaatcagtttggttttactatatgtactgtgtagttattaccaaatactttacagttttcattctacctgtatgaatacaactgttagataaaaccagaaacatagaaacCACTCATTTGTCCATCGATGTCATTCCCCAGTCCACTCACTTCA--C------G-TACAT--------AAAC-AT-CATGTACAATAAACATGTTTTGATATGATGACTAA--TA--TGTTATAGATCTAT----ATACATATGCAAAACTTATCATTCAATTG-TTT----AAC--CTAC-ATAGATAG--TA-TGTACACATTACAGACTACGCATTTTCAT-TGTCA-------TTCCA-----------G--------------------T----AT-------TTGA----A--------ACT---GTATTCCCTCCCTTG-AC-----A-AT-TT--AACCAAAGT---AAA-AAGTAATGAATCTAGTTAACAcga
gi|13 : ATTATAGAACTTACCAGGATATGCCCTTG-TCA-TT-------TCAAACTATGTA-TTTTGATACAACGACCTACTCAACTTTATTTG---A--TTTATTTTGGACAATGAT--------------TT--AA---C--------AT------G-T---AGTGGTTTGGTCGATGTCTAGAGATAGAAAACAG-AAATTGCTATTTTTTTTTTAATTTTGGGT--GCATGCATTGCTTGGTGTGTCCAAACTCATATCATTCACTTTTCAAACATTGTCACTCCCAAACTAAT
gi|14 : CGAGCTTACTCAGTTCA--C------AATATATACAAA-CAAAAC-AA-CATGAACAATAAACCAGTTTGGGTTT-------AC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGCAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AAGT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGAAACTA---TAAAAAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|15 : -TATATACATAACAAAAC-AAACATATACGATAAACCTGTTTGGATGT-------AC--TG--T--------TTTGTGTATAT---AATACAAG---TA--ACT-AATTA-TTGTCG-AATA-CTTTTACAG------GA-TTTAC------CTG--AATA-AATGTTA--TGT-A-------T---ACAATGATTG--G----------AT-----AATT----ACAT---T-TTAA----G--------ACT---TTGTTGTCTTCCGTGAACCATATA-ATGCTGAAACTA---T-----A-A---ATTAGAT-TAT-CAACTC-TGac
gi|16 : TGTAACCGGGATTT-GATAAGATA---AATATTAGTCT---ATTCCGAGTTTCTTCT--TTTAATT-G--GG---TT----------GA-----AG--------AAAAAGCCTTTAATATGTATA-AC--AATACAATTAAACAAACATTAAAACATAAA-TAACA-TTA-CACAACATTTCACAAT--ACAATTAAAATTA--------CAATTTTTCCAA-------ATTTACAACGCGACTactgaca
gi|17 : TTT--CACAATAAATAACAATTAAC-----AA-TTAATCTTTCTCAATAATTAACA-------ATT---AACGCGGCTTTTTTAAATAAATAAAAC-CAATATCACAGATCATACCACGATACTTC---AATCAATCAATCTATTAAAACTTTTCAGTTTTATAAAGTC---------AA----GT------A--TATA--------AAT-ACGATAAC------TATT--
gi|18 : cCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TCT-A-------T---A-----------AATTTGATGATAT-----AATT----ATAG---GTTTAA----G--------ACA---GTGTTATCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AGA-A---AATGAAT-TGG-TAGCAC-TGGGTG
gi|19 : aTAG--GA-TGTAC------CTG--TTTG-ACTTGCA--TGT-A-------T---AAATACAATGTAG----------AT-----AATT----TTAG---G-TTAA----G--------AAA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAGCTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTa
gi|2 : tataccatactgtatctttttatacacagtctttagtctaTGTAGCCGGGGTTG-GA--AGGTATTTGATAATTA-CATT-ATTCAATTGTTATTTT--TATATTT-GCAGA---TTTA-TTTACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGAAATAC--ATA-AC--ATAAGATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-TAACATT-A-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCACT-------ATT---AACGCGGCTTTTTAAAATAAATAAAA-ACAATATCACAGATCTTACCAGGATATTCC---GATCAAATAT---A-TAAAACTTTGCAAATTTATTATAGTTGCCTG---GA----GTATA---ATTTATA--------AAT-AT----AC------TATA--AA---TATATAAAAAT------A-T-CAAGTGTCTTTGTCGATGaac
gi|2 : caGAGAAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCATTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCATACTAATTACTAACACACATCGCTCACTTACCAATT--TGTTATTTCCTTGCTAACTCATTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATT-ATT---CAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------AATTTGAT---AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTAGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATACAGGGACTA---T----TA-A---AATGAAT-AAG-TAACAC-TGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtattgagaaagaatgctgtagattgttagtttggggataagggtatgcatgcagtgctgggtgtggcctaacttgcatcattcacttgtcaatcaatgtcactcccatactaattactaacacacatcgctcacttaccaatttgttatttccttgctaactcatttcacatatatacaaaacaaaacaacatgtacaataaaccagtttgggtttactattctgtactatacaagtaattaattgttttccaattattcagttaggatgtacctgtatgactttcatgtataaatttgatataattataggttaagacagtgtagtctcccttgaaccataaaatacagggactattaaaatgaataagtaacactggatgaca
gi|20 : catgtagccggggttggaaggtatttgataattacattattcaattgttatttttatatttgcagatttatttacaggatactcagggtcaaagagcctgaaatacataacataagattcagatacacattaaaacaaaaataacattacacaatacttcacaatacaaattacagtatttcactattaacgcggctttttaaaataaataaaaacaatatcacagatcttaccaggatattccgatcaaatatataaaactttgcaaatttattatagttgcctggagtataatttataaatatactataaatatataaaaatatcaagtgtctttgtcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtattC-AACA-CTTT-ACAGTTAGAAGA-TCTAC------CTG--TATA-AATGATA--TGT-AAACATTCT---A-----------G----------AT-----AACTGATGATAG---A-TTAA----AGCTGTAACACAACTGTGTTGCTTCCCTTGAACCAGATA-AAGTTATAACTAAATT---AAATAT--AATATAT-CAA-TAACAaca
gi|21 : A-TTTAC------CTG--TAT--ACAATGA--TG--------------G-----------G----------AC-----AATT----ACAT---G-TTAA----G--------ACT---GTGTTGTCTCCCTTGAACAATATA-ATGCTGAAACTA---T-----A-A---CTTGTAA-TAT-CAACAA-TGGGTGgt
gi|22 : atataccaataatATTAGTTAACAA-CATT-ATTCCATGGTTCTTAT--T-TAA-T-GCAGAAAGAGTA-TC-A-AAGACCATCAAAGATGGTCAAAGAGCCTGTAATAT--ATATACCAATAATATaca
gi|23 : ----------AT-----CATT----ATATT--A-TTAA----A--------CCT---GTGTTGTCTCCCTTGAACCACATA-ATACAGAAATTA---
gi|24 : tatatatatatatatatatttgtCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---TAA-AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGatttgagtat
gi|25 : TGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAA-CA---ATTCCATGGTTC
gi|26 : ---G-TTAATCCTG--------ACA---GAGTTATCTCCCTTGAACGATAAA-ATGC
gi|3 : TGTAGCCGGGGTTG-GA--AAGTAT--G--AATAA-CAAGTATTCCATGTTTTTTTT--AATATTT-GCAGA---GTAATTT-ACAGGATATTCAT----GGTCAAAGAGCCTGTAATAT--ATA-AT--AAAACATTCAGGTACACATTAAAACAAAAA-GAACA-TTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAGTTA--------CTGTATTTCACT-------ATT---AACGCAGCATTTTGAAATAAAT-AAAAATAATGTCACAGATCTTACCAGGATATT-C---GACCAATAAAT--A-TAAAACTTTGCAGCTTTATAATAAATGCCTG---GA----GT------A--TATG--------ATT-AT----AC------TATTTGGA---T--------GG------ATT-CAAGTGCCTTTGTCTATGTCTAGAAAAAGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTA---CACATCGCTCACTTGCCAATA--TGTCATTTCCAAGCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------T-C--TAT-T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CATT-ACAGTTAG--AA-TGTAC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---AAAATGATGC--G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCCGGAACTA---T---AAA-A---TATAAAT-AAG-CAACAC-TGGGT
gi|4 : aTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAA-CA---ATTCCATGGTTCTTGT--TATAATT-GCAAA---TTTA-TT-ACAGTATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATC---AACGCGGCTCTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAAGATATTCT---GATCAAATAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTG---GA----GTGTG---A--CA-A--------AAT-AT----AC------TATT--AA---T--------AT------A-T-TTAGTGTTTTTGTCGATGTCTAGAGGAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAAATACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATGCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CA-----A-TATATAC-AAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TA--T--------TTTGT----AC---TATTCAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTT-A--TGT-A-----------A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACTATAAA-ATGCTGGAACTA---TAA-AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTG
gi|5 : tcTGTAACCGGGGTTG-GA--AGGTATTCGGTAATAA-CA---ATTCCATGGTTCTTGT--TATAATT-GCAGA---TTTA-TT-ACAGTATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAACATTCAGATACACAGTAAAACAAAAA-GAACATTTA-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAATATTTCATT-------ATC---AACGCGGCTCTTTAAAATAAATAAAAAACAATATCACAGATCTTACCAAGATATTCT---GATCAAATAA---A-TAAAACTTTGCAGTTTTATTATTTCTGCCTG---GA----GTGTG---A--CA-A--------AAT-AT----AC------TAAT--AA---T--------AT------A-T-TTAGTGTCTTTGTCGATGTCTAGAGGAAGAATGCTGTAGATTGTTAGTTTGGGGATAA----GGATATGCATGCAGTGCTGGTTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAAATACTAACTCACATCGCTCACTTGCCAATC--TGTCATGCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CA-----A-TATATAC-AAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGGTTT------TAC--TA--T--------GTTGT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTG-TTTTCC-AATA-CTTT-ACAGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-ACTTTCA--TGT-A-------T---A-----------G----------AT-----AATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAA-ATGCTGGAACTA---T---AAA-A---AATGAAT-TAG-TAACAC-TGGGTGac
gi|6 : gTGTAGCCGGGGTTG-GA--AAGTAT---GAAATAA-CA---ATTCCATTGCTCTTTT--TATATTTTGCAGA---TTTA-TA-ACAGGATACTCAG----GGTCAAAGAGCCTGTAATAC--ATA-AC--ATAATATTCAGATACACATTAAAACAAAAA-GAACATT-A-CACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTCATT-------ATT---AACGCGACTTTTTAAA-TAAATAAAAT-CAATATCACAGATCTAACCAGGATATTCC---GATCAATAAAT--A-TAAAACTTTGCAGTTTTTTTATGATTGCTTG---GA----GTAT----A--TATA--------AAT-AT----ACATGTACTATTTGGA---T--------GG------A-TTCAAGTGTCTTTGTCGATGTCTAAAGAAAGAATGCTGTAGACTGTTAGTGCGGGGATAA----GGGTATGCATGCAGTGCTGGGTGTGGC-----TTGCATCACTCACTTGTCAATCAGTGTCACTCCTAAACTAATTACTAACTCACATCGCTCGCTTGCCAATC--TGTCATTCCCAATCTAACTCAGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAAC-AA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------CAC--TA--T--------TCTAT----AC---TATACAAG---TA--ATT-AATTA-TTTTCC-AATA-CTTT-ACCGTTAG--GA-TGTAC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---A-----------A----------AT-----AATT----ATAG---A-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCC-----------------CTGGAACTA---T---AAA-A---ACTGAAT-TA--CAACAC-TGGGTG
gi|7 : AACGATATCACAGATCTTACCAGGATATTC----GATCTATCAA---A-TAAAACTTCACAGTTTTAT---AAC-GCTTG---GA----GTATATAAA--TATG--------ATT-AT----AC------TATT--CAGACT--------ATTTTTTAA-C-CAAGTGTCT--GTCAATGTCTTTAGGAAGAATGCTATAGATTGTTAGTTTGGGTATTA----G----TGTATGCAGTGCTGGGTGTGGCCTAACTTGCATCACTCACTTGTCAATCAATGTCACTCTCAAACTAATTACTAGCTCACATCACTTACTTGTCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCAGTTCA--CATATATA-TATATACAAAACAAAACAAA-CATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TACCATG--T--------TCTGT----AC---TATACAAG---TT--ATT-AAATGTTTTTCC-AATATTTTT-ACAGTTAT--GA-TTTTC------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---AAAAT-------G----------ATGAGAAAATT----ATAG---G-TTAA----G--------ACA---GTGTTGTCTCCTTTGAACCATAAA-ATGCTGAAACTA---T----AA-A---AATGAAT-ac
gi|8 : AGTGTCTTTGTCAATGTCTTGAGAAAGAACGCCGTAGATTGTTAGTTTGGAAATAA----GGGTATGAATGCTGTGCAGGGTGTGGCCTAACTTGCATCAC----TTGTCAATCAATGTCACTCCCAAACTAATTACTAGCTTACATCGTTCACTTGTCAATC--TGTCATTCCCAAGCTAACTCGGTTCA--C------A-TATATACAAAACAAAACAAA-AATGTACAATAAACCAGTTTGGG-TT------TAC--TATGT--------TCTGT----GC---TATACAAG---TA--ATT-AATTATTTTTCC-AATA----------TTAG--GA-TTTAT------CTG--TATG-AATTTCA--TGT-A-------T---A-----------A----------A--------------ATAGGT-G-TTAA----A--------ACA---GTGTTGTCTCCCTTGAACCATAAACAT-CTGAAACTA---T----AA-A---AATGAAT-AAA-CAACAC-TGgacaagtacacaagttgaaaa
gi|9 : TGTAGCCGGGGTTTCGA--AAGTAGTTAACAGCAA-CACT-ATTCCATGGTTCTTATCTTATATTG-ACAGA---GT-A-TT-AC----TGATCA-------TCAAAGAGCCTGTAATAT--GTA-AC--AATACGTTCAGACACACAC-AATACAAAAAAGATCAT--AGCACAATACTTCACAAT--AC-----AAATTA--------CAGTATTTTACTATTTACAATT---AACGTGGCTTTTTAAATTAAAT-AAAAACAATTTCACAGATCTTACCAGGATATT-C---GATCAATCAA---A-TAAAACGTCACAGTT---TTATAAC-GCCTG---GA----GT------A--TATA--------AAT-AT----aacactgggtgac