lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333333 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 22 66666666666666666 1 333333333 1 1
lowQualScore : 888888 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 5 999999 55 333333333333333 55 0 0 00 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8888888 2 9 2 55 99999999999999999 5 88 5 333333333 2 3 3 4 7
lowQualScore : ...... .................................................................................. . . . ...... .. ............... .. . . .. ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ....... . . . .. ................. . .. . ......... . . . . .
lowQualScore : 222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 0 222222 11 555555555555555 66 4 4 44 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 0 0 5 77 22222222222222222 0 00 0 222222222 8 2 0 0 0
consensus : AACCAACAAA--TGTTT--NAC-A----ATTTTAT--TATA---TA--TAATAAGTA---TTCACTA--------------ATAA-AAT----------A-CAC-AA-TTAA-ATAAAAATAA-TGAA--T-------AG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGTATC-----CT-CGAG-GT-GTTC-----GC--TC-CAATATCCAAAT-TCCAAATG-TTATAATGTCC-AA-----AAA--CT-AAAA------TATANCCNAAGTC----TAAAA--A-TTAATAT--ATT--GATG-TCC-----ATATG------TTCA-AATAAAT-TG--ATA-G-TTTTAA---AGTATCC----GAT---ATAA-TAT-AT-AACTCTCA-----CTGAA---TAGCAA--A-----------TAACACAATAATATA----TC-----TCACAATAAACTANA-NNACAAATTCTTTATGATAAACA----------------AATAT-T--TT-------AC--------------------CATG--GTATGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACA--TTGTAGAACAATCATAATTAGCTTA--AAAT--ATTCGAGAAGATTCAAGTTTNGATNAATAGC
Reference ( gi|2 ) : AACCAAAACA--TGTTT--TAC-A----ATTTTAT--CATA---TA--TAATATTTA---TTCACTA--------------ATAA-GAT----------A-CAC-AA-TCAA-ATAAAAATAA-TGAA--T-------AG---AAGTAACTTGTGATATCCACCGTATA-----CT-CAAG-GA-ATCC-----GA--TC-CAATATCCAGAT-TCGATATG-TTATAAAGTCC-AA-----AAA--CT-AAAA------TATAACTTAAGTC----TAAACCCATTTGATATCCATTT-GATA-TCC-----ATATG------TTGA-GATAAGT-TG--ATA-A-TTTTGA---AATATCC----GAT---ATAATTAT-GTTAACTCTCA-----CTG-----TAGCA---------------TAACACAATGATATA----TC-----TTACAATAAACTACA-CGACAAACGCCTTATGGTAAACA----------------AATA--------------AC--------------------CATA--GCGCGCTCTGTAAGAATCTATTAAAGTCTAATACA--ATGAAGCACAATGACGATTAACTTA--AAAG--ATTGAAGAAGATTCAAGTTTTGATTAATTGC
gi|4 : AACCAACAAA--TGTTA--AGC-A----GTTTTAT--TCCC---TA--AAATAAGTA---TTTACTA---------------TAA---T----------A-CAC-AA-TTAA-ATAAAAAAAAATGAA--T-------AG---AAATAGCTTACAATATCCATTGTATT-----CT-GAAG-GT-TTTCATTGAGG--CC-C----TCTAGATGTTGTTATGACCA-AAAGTCC-A--------------AAAA------TATATCCCAAGTC----TAAAATTATATAATGTCCA----GATATTCC-----A----------------ATGAAC-TG--ATC-A-TTTTAA---AGTAGCCATTAGAA---ATA--TAT-ATTA--TTTCA-----CTGAATGATAGCAACCAAAGTCACATATTAACACAGCAATAAA----TC-----TCACAATAAACT
gi|5 : aaaagatgacgcaacagaaaaaaagcaaAATCAACAAA--TATTT---ATGA----ACTTT------TA---TA--TA-TATTTAGTTTTCATTA--------------A----AAC----------A-CAT-AA-TTAA-ATAAAAATAA-TGAA--T--------T---AAGTTACTTTCATTGTCGGCC----------CT-GGTG-GT-GTTC-----AC--TCTTAAAATTCAAAT-TCCAAATG-ATATAATGTCC-AA-----------T--AAA------TAT--CCTAAGAC----AAAA-----TTAAT---TAT-----TG-TCC-----AGATG------TTCC-AATAAGA-CG--ACA-G-ATATAA---AATATCC----A-------AAGTAT-----ATTCGCA-----TTT-----GAGGA---------------AAACACAGAAATACACAATTT-----TCATGATAAACTAAA-C--CAAA
gi|6 : gtgttactttaacaataaaacgcagacgaagcaacagaaaacgtgaAACCATCAAA--TGTTT--AAC-A-----CTTTAT--TAAA---TA--TGATAAGCA---TTTACTG--------------A----AAT----------A-CACGAA-TGGATATAAACATAA-TGAA--TGACGAATAG---AAATAACTTGCG-TA--CGGCGTATC-----CTGCAAG-----------------TC-TAA-----ACAT-TCTAAATG-TTCTATTGTCC-AG-----AAG--TTCAAAAATCTCGTATAGCCAAAGT-----TAA-----------------TT-AATG-TCA-----AGGTG------TTCT-AATAAAT-GG--ATACA-TTTTAA---ACTATAC----GAT---CGAATTAT-ATATCCTCTAA-----CTG--------------------------AATACAAT--T-TA----TCCAAAATCAC-GTAAA-TACA-CAATAAtatat
gi|3 : atacagtatcaaggagacgacgcaaaagaaaataaatgaACGAAAGCAAATGTTC--AAC-A----TTTCTATTACATAAATTA--TAATAAGTAA--TTCACTATATTGTGTGAATGCATAGCGATGTGTTTTTTAA-CAT-AA-TTAA-CTAAAAATAA-TTAT--T-------AT---ATTCATCTTGTAATGTCCGTCGTAT------CT-TGATTGT-GTCA-----AC--TC-CAATATTTGAAT-TCCTAATG-TTTTAATGTCC-AA-----A-----------------TGTC-CTTCA-TC----TAAA---ATTAAATAT--GTTCAGATG-TCCGAATAATATGATAGATTTGA-AATA--TCTA--ATA-G-CTTTCACTGAATA-AC----GATC--ATA--CAG-GT--ACT-TAA-----ATG-----AATCAGAAAT----------CAACACAATGATATA----TT-----TCACAATAAATTAAA-GCACAAATTCATTGTAATTAACA----------------AATA--------------
gi|10 : aaaagattacgcaaccgataagCCAACAAG--TGTTTAATAC-ATGTAATTTTGT--TATA---TT--TAAT---TA---GTGTTTA--------------ATAA-AAT----------A-CAA-AG-TTG---TACAAATA--TGGCCCT-------AGCCTAA---ACTTGTGATGTCTGTCGTGCATGTATCC-CAAA-GATGTCC-----AT--TC-CGATATCTAAAT-TCCCGCTT-TTACAATGGCT-AA-----AAAATCT-AAA-------TATATCCAAAGAC----TAAAATTAATTAATGTCAAT-----------------TATG------TTGATGATATATATT--ATA-G-CTTCAA---AGTATCC----AAT---ATAtcttctttatccaaa
gi|9 : gtgtaaaataaacaaatgaggcaacagaaaaggtaaacAAAACA--TTTTT--TTC-------TTTTTTG-CATA---TAATTAGTACTTA---CT---------------------AA-AAT----------A-CAC-AA-CC---------------GAA--T-------AG---AAGTAACTTGTGATATCCGTCGTATC-----CT-TAAG-TT-GTTC-----AC--TC-CAATGTCCGAAT-TCCAGATG-----AGTGTCC-GG-----AAA--TTGAAAA------TACAATTTAA-------------------ATA---ATTG-G----TCA-----GTGTG------TTCC-AGTAAAT-TG--ATA-CTTTTTTA---AGTATCC----AAT---ATAAATAT-A-TAATTTTCATCATCCTGAA---TAACAAT-------------TATTAC-ATGGTA-------------TCACAATAAtat
gi|1 : tgtacaataaaaaggtgatgaggcaaaggaaagaagtgA--TGTTT--GA--A----ATAGTAT--TACA---TA--TAATTAGCA---TTTACTA--------------A-----AT----------TTCAC-AGCTCAA-A-----ATAA-CGAA-----------------GTAACTTATTATGTCCTTCGTGTC-----C-----G-GA-ATGTAT---GAAGTC-CAATATCCAAAT-TCCAAATG-TTATAATGTCCTAAGGTGCAAA--CT----A------TGTACC--AAGTCAATATAAAAC-----AATATACA----GATA-TTCCA---ACATA------TCCA--ATA----TG--ATT-A-T---------ACATCC----CATTGAATAACAATCG--AAGCCATA-----C--------AGAT---------------TAACACAATAAAATA----TC-----TTACAATA---TAC--------ATATTTTATGATACACA----------------AATATATCATTATGAATTAC--------------------TATG--GTGTGCTCAGGAAGAATTCA-CGAATTCAAAAACT--TTTTAGGACAATTATGATAATCGTA--GAAC--TTTCAAGAAGAAGCAAGTTT
gi|20 : cgtgtacaataaaaataaaatgttgcaacaacaaaatcaattaA---TTCACTA--------------A----AAT----------A-TAC-AA-TTAA-ATGAAAATAA-TGAA--T-------GT---ACATAACTTGCGATGTCgtataatt
gi|16 : A-GAT--GT-TGCAATA-A-ATTTAA---AATATCCATAAGA----ATAA-TAT-ATC--CTCTCG-----CTGAA---TACCAATAAACACAGAG---TAACACAATAATGTA----TC-----TCGATATAAACCA
gi|7 : aaagccatttatcctgagtcaaagattaattaatgaccAACATAATGATGTA----TC-----TCCCAACAATCTAGA-GTACAAACTCTTTATGATGAACA----------------CATA--------------TCTTATTTATATAAAAAAGTGTCATG--GTACTTTCTGGAAGAATCTACAAAAGCCAAGTACACCAT--AGAACAATCATAATTAGCTT---AAAT--ATTCAGAAAAATTTTAATATGGATAAATAGC
gi|19 : ACACAGTAATACA----CA-----TTACAATTAACTATA-GCACAACTTCTTTATGATAAACACATGTCCTATATATATAAT---------------AT--------------------CATG--GTATGTTCTGTAA-AATCTAttgtttaccaataatgtccaaaactactttatcaacatacgatcgataacgtttaacatgacctcattgtaaaatcacaagtacacactaaccaaataatcaataataatgcaaaatattatgagtgaaagttatacgtat
gi|12 : TA----TC-----TCACAATAAACTATAGCAATAAAATTTGTATGATAAACA----------------AATATCTGGTTTAT----AT--------------------TATATGGAATGTTCTGGAAGAATCTATAAAAGT-----------TGTA--ACAATCATAATTAACTTACCAATACCATTAAAGAGAGTTCAAGTTTca
gi|13 : AAGTCAGATACA--TTGTAGAACAATTATAATTAGCTGA--ATAT--ATTTGAGAAGATTCAAG-TGTGATTgcataaaaagcttgtttaccaataaaaagaattttcagaattatgatcttccttctcaactctaaaatgatacaagtgaccacattatcaataatacacatgcatatgtgacaatttta
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTGTTTTGGCAAAATCCAATGTAAAAAAGTTAATGCTCTATCACAATGAAATATCCTATAATTGAAAAATGTGGTAACTTAAATGAAAAAAAGAACAACACAATTAAATAAGTGCTAAGAGATGACTGGATGACACGTGTACAATAACAATATGACACAGCAAAAACCTGAAACAATTAACGTTTAGCAATTAATTGCATATCATTAATTTCTACTAAGAAACACAGTCAAATAAAAAAAGTAGCCTACGCTGTCAAACGTATTCCGAAAATGACAACTCGAATATCAAAATTCCAAACATTAAAATGTCTA
Unaligned ( gi|11 ): ATGACGAAAACGAAAAAGTGAAACCAACAGATGCCCGCTAGTATTATTGCATACAATTAGTATTTCTAAAATACAAATTTAAATAAATAGATAAAGTAACGTGCGATGTCCTTATCCACTTCCATTTCAGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAACCGTCCAAAACCATATGTCATTTATCCAAAGTGTTAATATCCAGATGTTCTAATCACATGTAAGTGATAGTTTTTAAACATCCAATTTGTGGAAATAACCAAATACCAATGCAAAT
Unaligned ( gi|14 ): TGACAAAAGTCAAATACATTGTAGAGAAATGATAATAAACCTAGAAGATTCAATAAAATTTAATTTTGGATAAATAGTTTCGTCTACCAATTGAAAGAAAATGTAGAACATTAAAATACATGTACTTTCTCAACCTTGCAAAGCAACATGAGGCCCACATTTGCAAATATGACC
Unaligned ( gi|15 ): GAATCATCAAAAGGCAAATGCATCGTAAACGAATATAATAAACTTAGAATATTATATAAGTTCCATTCTATATGGTTTGTCAATTCCAAAACATTTGCCTACTACCTCAACTTTACAAAATACATCTGACCAATATCTGTAATAATG
Unaligned ( gi|17 ): TGCCCCATTTTCCAATCTCTGCAAAAATGCAAAATACCCACATTTGTAGACATTACCTCATTACAAAATAACTAGTGTACAGTAAGTGATCAATGAGCAATATATACTATTTTAATAACAATTATACA
Unaligned ( gi|18 ): TACTTCCTAAAGTCAACAAAAGTATTTGTTAAGCACATTTGTAAATATGACCTCATTGCACAGTCATTTGTACATACGACAATCCAATGATACATAATATCGTATGTGATGAAATAGCTTGCA
Unaligned ( gi|21 ): ATGACTATAGCAAAAACTCATGAATGGTTCTGAAATAATTTACAAAAGTCAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 11111 66666666666666666666666666666666 222222222222222 111111 33333333333333333 3333333333333333333333333 55555555555555555555555555 11 11 111 22222222222222 22222 11111 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222 11111111111111111111111111111111111111 1111 111
lowQualScore : 222 5555555 2 2 00000 6 3 3 00000000000000000000000000000000 3 0 3 2 55 777777777777777 1 1 44 111111 77777777777777777 4 0 11 1111111111111111111111111 1 2 4 33333333333333333333333333 11 11 88888 222 1 3 44444444444444 4 5 55555 77777 2222 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 0 7777 3 3 9999 3 00000000 66666666666666666666666666666666666666 1 2 0 0 3 2 6 3333 44 7 000
lowQualScore : ... ....... . . ..... . . . ................................ . . . . .. ............... . . .. ...... ................. . . .. ......................... . . . .......................... .. .. ..... ... . . .............. . . ..... ..... .... . ...................................................... .. . .... . . .... . ........ ...................................... . . . . . . . .... .. . ...
lowQualScore : 888 4444444 3 6 00000 6 6 3 88888888888888888888888888888888 6 4 6 2 66 999999999999999 2 2 77 555555 88888888888888888 0 9 11 9999999999999999999999999 0 4 0 55555555555555555555555555 88 11 00000 888 6 0 77777777777777 4 0 66666 55555 0000 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 5 7777 6 0 7777 2 88888888 66666666666666666666666666666666666666 0 5 4 1 7 2 7 2222 33 5 222
consensus : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACATA-----TAATTAGTA-TTTACTAA-A------AAAT--------------------ACAC-AATTAA-ATAAAAATAA-TGAA--T-------AG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCT-NAAG-GTGTCCAC--TC-CAATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCA-------AAAG--C-TAAA----ATATATCCTA-AGTC--TAAA---A-TTAATAT--A-TTGATGTCCA-GATGTTCC-AATA-AAT-TGATA-GTTTTAAAATATCC----GAT---AT-AA-TATA-TA--ACTCTCA-----CTGA---ATAGC----------------AA----------A------------T------------AA--CACAATGATATA----TCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACA-A------ATAT----C---------T----TAT-T--------------CATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
Reference ( family-842 ) : AACCAACAAATGTTTNACA------ATTTTATTATATA-----TAATAAGTA-TTCACTAATA------AAAT--------------------ACAC-AATTAA-ATAAAAATAA-TGAA--T-------AG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCT-CGAG-GTGTTCGC--TC-CAATATCCAAATTCCAAATGTTATAATGTCCA-------AAAA--C-TAAA----ATATANCCNA-AGTC--TAAA---AATTAATAT--A-TTGATGTCCA-TATGTTCA-AATA-AAT-TGATA-GTTTTAAAGTATCC----GAT---AT-AA-TATA-TA--ACTCTCA-----CTGA---ATAGC----------------AA----------A------------T------------AA--CACAATAATATA----TCT-CACAATAAACTANANNA-CAAATTCTTTATGATAAACA-A------ATAT----T---------T----TAC----------------CATGGTATGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATCATAATTAGCTTA-AAAT---ATTCGAGAAGATTCAAGTTTNGAT--NAATAGC
gi|1 : AATCAATTAATGTTTGA-A------ATAGTATTACATA-----TAATTAGCA-TTTACTAA---------ATT--------------------TCAC-AGCTCA-A----AATAA-CGAA-----------------GTAACTTATTATGTCCTTCGT------GTCC---GGA-ATGTATGAAGTC-CAATATCCAAATTCCAAATGTTATAATGTCCT-------AAGG--TGCAAA----CTATGTACCA-AGTCAATATA---AAACAATAT--A---------CA-GATATTCC-AACA--------------------TATCC----AAT---AT-GA-T-TA-TA--CATCCCA-----TTGA---ATAAC----------------AATCG-------AAGCCATACAGATT------------AA--CACAATAAAATA----TCT-TACAATA--------TA-CATAT--TTTATGATACACA-A------ATATA---TCATTATGAAT----TAC----------------TATGGTGTGCTCAGGAAGAATTCAC-GAATTCAAAAACTTTTTAGGACAATTATGATAATCGTA-GAAC---TTTCAAGAAGAAGCAAGTTTGTAT--A
gi|10 : cgtgtacaataaaaataaaatgttgcaacaacaaCCAACAAGTGTTTAATACATGTAATTTTGTTATATT-----TAATTAGTG-TT---TAATA------AAAT--------------------ACAA-AGTTG---TACAAATA--TGGCCCT-------AGCCTAA---ACTTGTGATGTCTGTCGTGCATGTATCCC-AAAG-ATGTCCAT--TC-CGATATCTAAATTCCCGCTTTTACAATGGCTA-------AAAAATC-TAAA-----TATATCCAA-AGAC--TAAA---A-TTA------A-TTAATGTCAATTATGTTGATGATA-TATATTATA-GCTTCAAAGTATCC----AAT---AT--A-TATtt
gi|11 : gtgtaaaataaacaaatgaggcaacagaaaaggtaaacAACCAACAGATGCCCGCTA------GTATTATTGCATA-----CAATTAGTA-TTT-CTAA---------AAT--------------------ACAA-ATTTAA-ATAAA------TAGA--T-------A----AAGTAACGTGCGATGTCC-T--T------ATCC-------------AC--TT-CCATTTCAGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAACCGTCCAAAA--C-CATATGTCATTTATCCAA-AGT-----------GTTAATAT--C-CAGATGTTC----TAATCA-CATGTAAG-TGATA-GTTTTTAAACATCC----AAT---
gi|12 : atgacgaaaacgaaaaagtgaTA----TCT-CACAATAAACTATAGCAATAAAATTTGTATGATAAACA-A------ATATCTGGT---------T----TATATTA------------TATGGAATGTTCTGGAAGAATCTATAAAAG---------TTGT--AACAATCATAATTAACTTACCAATACCATTAAAGAGAGTTCAAGTTTGCAT--AAAAAGCttgtggaaataaccaaataccaatgcaaat
gi|13 : CAGAAGTCAGATACATTGTAGAACAATTATAATTAGCTGA-ATAT---ATTTGAGAAGATTCAAGTGT-GATTCAAATAttgtttaccaataaaaagaattttcagaattatgatcttccttctcaactctaaaatgatacaagtgaccacattatcaataatacacatgcatatgtgacaatttta
gi|14 : aattgtACAAAAGTCAAATACATTGTAGAGAAATGATAATAAACCTA-GAAG---ATTCAATAAAATTTAATTTTGGAT--AAATAGcatgtatattactctggaaattcttttattatcagaacattgacctactttctcaactctacaaaaatatcactgacctacatttgtaaatatgaccacatttcacaatggctagtacgcaacaattaaataatcgatgatacccaatatacatgtgataatatcatgtataat
gi|16 : tg----ATTTATCCTG-AGTC---AAA---GATTAAT-------TAATGACCA-GATGTTGC-AATA-AAT-T---------TAAAATATCCATAAGA----AT-AA-TATA-TC---CTCTCG-----CTGA---ATACC----------------AATAAACACAGAG------------T------------AA--CACAATAATGTA----TCT-CGATATAAACCAtttcgtctaccaattgaaagaaaatgtagaacattaaaatacatgtactttctcaaccttgcaaagcaacatgaggcccacatttgcaaatatgacc
gi|19 : aaagccA--CACAGTAATACA----CAT-TACAATTAACTATAGCA-CAACTTCTTTATGATAAACACATGTCCTATAT----A---------TATAATAT----------------CATGGTATGTTCTGTAA-AATCTACA
gi|2 : AACCAAAACATGTTTTACA------ATTTTATCATATA-----TAATATTTA-TTCACTAATA------AGAT--------------------ACAC-AATCAA-ATAAAAATAA-TGAA--T-------AG---AAGTAACTTGTGATATCCACCGT------ATACT-CAAG-GAATCCGA--TC-CAATATCCAGATTCGATATGTTATAAAGTCCA-------AAAA--C-TAAA----ATATAACTTA-AGTC--TAAACCCATTTGATATCCATTTGATATCCA-TATGTTGA-GATA-AGT-TGATA-ATTTTGAAATATCC----GAT---AT-AATTATGTTA--ACTCTCA-----CTG-----TAGC----------------------------A------------T------------AA--CACAATGATATA----TCT-TACAATAAACTACACGA-CAAACGCCTTATGGTAAACA-A------ATA---------------------AC----------------CATAGCGCGCTCTGTAAGAATCTATTAAAGTCTAATACAATGAAGCACAATGACGATTAACTTA-AAAG---ATTGAAGAAGATTCAAGTTTTGAT--TAATTGC
gi|20 : A-TTCACTAA---------AAT--------------------ATAC-AATTAA-ATGAAAATAA-TGAA--T-------GT---ACATAACTTGCGATGTC
gi|21 : GTTCTGAAATAATTTACAAAAGTCAAA
gi|3 : atgactatagcaaaaactcatgaatgAGCAAATGTTCAACA------TTTCTATTACATAAATTATAATAAGTAATTCACT-ATATTGTGTGAATGCATAGCGATGTGTTTTTTAACAT-AATTAA-CTAAAAATAA-TTAT--T-------AT---ATTCATCTTGTAATGTCCGTCGT------ATCTT--GATTGTGTCAAC--TC-CAATATTTGAATTCCTAATGTTTTAATGTCCA-------AA-----------------TGTCCTT-CATC--TAAA---A-TTAA-----A-T--ATGTTCA-GATGTCCG-AATA-ATA-TGATA-GATTTGAAATATC-----------------TA-A-TA--GCTTTCA-----CTGA---ATAACGATCATACAGGTACTTAA----------A------------TGAATCAGAAATCAA--CACAATGATATA----TTT-CACAATAAATTAAAGCA-CAAATTCATTGTAATTAACA-A------ATAT----C---------T----T
gi|4 : aaaagattacgcaaccgataagacgaaAACCAACAAATGTTAAGCA------GTTTTATTCCCTA-----AAATAAGTA-TTTACTA-TA------A--T--------------------ACAC-AATTAA-ATAAAAAAAAATGAA--T-------AG---AAATAGCTTACAATATCCATTGT------ATTCT-GAAG-GTTTTCAT--T---GAGGCCC----TCTAGATGTTGTTATGACCA-------AAAGTCC-AAAA----ATATATCCCA-AGTC--TAAA---A-TTA-TAT--A----ATGTCCA-GATATTCC-AATG-AAC-TGATC-ATTTTAAAGTAGCC----ATT---AGAAA-TATA-TATTA-TTTCA-----CTGAATGATAGC----------------AACC--------AAAGTCACATAT-T------------AA--CACAGCAATAAA----TCT-CACAATAAACTctttatccaaa
gi|5 : aaaagatgacgcaacagaaaaaaagcaaAATCAACAAATATTTATGA------ACTTT--TATATA-----TATTTAGTT-TTCATTAA---------AAC--------------------ACAT-AATTAA-ATAAAAATAA-TGAA--T--------T---AAGTTACTTTCATTGTCGG-----------CCCT-GGTG-GTGTTCAC--TCTTAAAATTCAAATTCCAAATGATATAATGTCCA-------A-------TAA-------ATATCCTA-AGAC----AA---AATTAAT-T--A-T---TGTCCA-GATGTTCC-AATA-AGA-CGACA-GATATAAAATATCC----AA-------AG-TATA-T-----TCGCAT----TTG------AGG----------------AA------------------------------------AA--CACAGAAATACACAATTTT-CATGATAAACTAAAC---CAAAT
gi|6 : gtgttactttaacaataaaacgcagacgaagcaacagaaaacgtgaAACCATCAAATGTTTAACA-------CTTTATTAAATA-----TGATAAGCA-TTTACTGA---------AAT--------------------ACACGAATGGATATAAACATAA-TGAA--TGACGAATAG---AAATAACTTGC---GTACGGCGT------ATCCTGCAAG-----------TC-TAA-----ACATTCTAAATGTTCTATTGTCCA-------GAAG--T-TCAA----AAATCTCGTATAGCC----AA---AGTTA------A-TTAATGTCAA-GGTGTTCT-AATA-AAT-GGATACATTTTAAACTATAC----GATCGAAT-TA-TATA-T---CCTCTAA-----CTGA---ATA-C----------------AA----------T------------T------------TATCCAAAATCACGTA----AATACACAATAAatat
gi|7 : atacagtatcaaggagacgacgcaaaagaaaataaatga------------AA--CATAATGATGTA----TCT-CCCAACAATCTAGAGTA-CAAACTCTTTATGATGAACA-C------ATAT----C---------T----TATTTATATAAAAAAGTGTCATGGTACTTTCTGGAAGAATCTACAAAAGCCAAGTACACCATAGAACAATCATAATTAGCTT--AAAT---ATTCAGAAAAATTTTAATATGGAT--AAATAGC
gi|8 : AAACAATTAACGTTTAGCA------ATTA-ATTGCATA-----TCATTAATT-TCTACTAAGA------AA-----------------------CAC-AGTCAA-ATAAAAA-----------------------AAGTAGCCTACGCTGTCAAACGT------ATTCC-GAAA-ATGACAAC--TC-GAATATCAAAATTCCAAACATTAAAATGTCTA-------ttgtttaccaataatgtccaaaactactttatcaacatacgatcgataacgtttaacatgacctcattgtaaaatcacaagtacacactaaccaaataatcaataataatgcaaaatattatgagtgaaagttatacgtat
gi|9 : ttgttttggcaaaatccaatgtaaaaaagttaatgctctatcacaatgaaatatcctataattgaaaaatgtggtaacttaaatgaaaaaaagaacaacacaattaaataagtgctaagagatgactggatgacacgtgtacaataacaatatgacacagcaaaaacctgTTTT-TTGCATA-----TAATTAGTA-CTTACTAA---------AAT--------------------ACAC-AACC---------------GAA--T-------AG---AAGTAACTTGTGATATCCGTCGT------ATCCT-TAAG-TTGTTCAC--TC-CAATGTCCGAATTCCAGATG----AGTGTCCG-------GAAA--T-TGAA----A-ATAC-----AATT--TAAA------TA------A-TTG--GTCAG-TGTGTTCC-AGTA-AAT-TGATACTTTTTTAAGTATCC----AAT---ATAAA-TATA-TA--ATTTTCATCATCCTGA---ATAAC----------------AA----------T------------T------------AT--TAC-ATGGTA--------T-CACAATAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAATCATCAAAAGGCAAATGCATCGTAAACGAATATAATAAACTTAGAATATTATATAAGTTCCATTCTATATGGTTTGTCAATTCCAAAACATTTGCCTACTACCTCAACTTTACAAAATACATCTGACCAATATCTGTAATAATG
Unaligned ( gi|17 ): TGCCCCATTTTCCAATCTCTGCAAAAATGCAAAATACCCACATTTGTAGACATTACCTCATTACAAAATAACTAGTGTACAGTAAGTGATCAATGAGCAATATATACTATTTTAATAACAATTATACA
Unaligned ( gi|18 ): TACTTCCTAAAGTCAACAAAAGTATTTGTTAAGCACATTTGTAAATATGACCTCATTGCACAGTCATTTGTACATACGACAATCCAATGATACATAATATCGTATGTGATGAAATAGCTTGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 11111 44444444444444444444444444444444444 22222222222222222 111111 3333333333333333 11111 555555555555555555555555 111111111111111111 2222222222222222 22222 11111 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111111111111111111 1111
lowQualScore : 1 5555555 2 00000 1 3 3 88888888888888888888888888888888888 0 3 2 55 11111111111111111 1 1 33 111111 0 55 555 3 4 1 66 1111111111111111 44 1 00000 222222222222222222222222 3 4 0 777777777777777777 1 2222222222222222 5 11111 0 22222 0000 888 7 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 3 1 3 3 6666 3 111111111111111111111111111111111111 1 1 1 0 6 3333 1 2 99
lowQualScore : . ....... . ..... . . . ................................... . . . .. ................. . . .. ...... . .. ... . . . .. ................ .. . ..... ........................ . . . .................. . ................ . ..... . ..... .... ... . .................................................................. .. . . . . .... . .................................... . . . . . .... . . ..
lowQualScore : 9 4444444 3 00000 4 6 6 55555555555555555555555555555555555 4 6 2 66 55555555555555555 2 2 77 555555 7 00 999 2 0 5 22 7777777777777777 11 1 00000 222222222222222222222222 2 0 7 666666666666666666 6 2222222222222222 0 44444 2 55555 6666 888 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 9 4 6 0 1111 2 555555555555555555555555555555555555 7 7 0 3 7 2222 0 5 22
consensus : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACA-----TATAATTAGT-ATTTACTAA-A------A--TACA--------------------C-AATTAA-ATAAAAATAA-TG-------AA--TAG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCT-GAAGGTGTCCACTCC-AATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAAAAG--C-TAAA---ATATATCCTA-AGTC----TAAA---A-TTAAT--AT--A-T---TGATGTCCAG-ATGTTCCAAT-A-----AANTGATA-GTTTTAAAATATCC----GAT---AT-AA-TATA-TA--NCTCTCA-----CT----GAAT---AAC----------------A----------A------------A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACAAATATCT------TAT----------T---------------CATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
Reference ( family-842 ) : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACA-----TATAATTAGT-ATTTACTAA-A------AAATACA--------------------C-AATTAA-ATAAAAATAA-TG-------AA--TAG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCT-NAAGGTGTCCACTCC-AATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAAAAG--C-TAAA---ATATATCCTA-AGTC----TAAA---A-TTAAT--AT--A-T---TGATGTCCAG-ATGTTCCAAT-A-----AATTGATA-GTTTTAAAATATCC----GAT---AT-AA-TATA-TA--ACTCTCA-----CT----GAAT---AGC----------------A----------A------------A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACAAATATCT------TAT----------T---------------CATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
gi|1 : AATCAATTAATGTTTGA-A------ATAGTATTACA-----TATAATTAGC-ATTTACTAA-A------T--TTCA--------------------C-AGCTCA-A----AATAA-CG-------AA----------GTAACTTATTATGTCCTTCGT------GTCCG-GAATGTATGAAGTCC-AATATCCAAATTCCAAATGTTATAATGTCCTAAGG--TGCAAA---CTATGTACCA-AGTCAATATAAA---A--CAAT--AT--A------------CAG-ATATTCCAAC------------------------ATATCC----AAT---AT-GA-T-TA-TA--CATCCCA-----TT----GAAT---AAC----------------A----------ATCG---------AAGCCATACAGATT------------AA--CACAATAAAATATCT-TACAATA--------TA-CATAT--TTTATGATACACAAATATAT------CAT----------TATGAATTAC------TATGGTGTGCTCAGGAAGAATTCAC-GAATTCAAAAACTTTTTAGGACAATTATGATAATCGTA-GAAC---TTTCAAGAAGAAGCAAGTTTGTAT--AA
gi|10 : cgtgtacaataaaaataaaatgttgcaacaacaaCCAACAAGTGTTTAATACATGTAATTTTGTTATA-----TTTAATTAGT-GTTTAATAA-A------A--TACA--------------------A-AGTTG---TACAAATA--TG-------GCCCTAGCCTAA---ACTTGTGATGTCTGTCGTGCATGTATCCC-AAAGATGTCCATTCC-GATATCTAAATTCCCGCTTTTACAATGGCTAAAAAATC-TAAA----TATATCCAA-AGAC----TAAA---A-TTAATTAAT--G-TCAATTATGTT--G-ATGAT---AT-A-----TATT-ATA-GCTTCAAAGTATCC----AAT---AT--A-TATtt
gi|11 : gtgtaaaataaacaaatgaggcaacagaaaaggtaaacAACCAACAGATGCCCGCTA------GTATTATTGCA-----TACAATTAGT-ATTT-CTAA-A------A--TACA--------------------A-ATTTAA-ATAAA------TA-------GA--TA----AAGTAACGTGCGATGTCC---------------T-TA-----TCCACTTC-CATTTCAGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAACCGT-C-CAAAACCATATGTCATT-TATC----CAAA------------GT--G-T---TAATATCCAG-ATGTTCTAATCACATGTAAGTGATA-GTTTTTAAACATCC----AAT---
gi|12 : atgacgaaaacgaaaaagtgaTATCT-CACAATAAACTATAGCAATAAAATTTGTATGATAAACAAATATCTGGTTTATAT----------TA--------------TATGGAATGTTCTGGAAGAATCTATAAAAG---------TTGT--AACAATCATAATTAACTTACCAATACCATTAAAGAGAGTTCAAGTTTGCAT--AAAAAGCttgtggaaataaccaaataccaatgcaaat
gi|13 : CAGAAGTCAGATACATTGTAGAACAATTATAATTAGCTGA-ATAT---ATTTGAGAAGATTCAAGTGT-GATTCAAATAttgtttaccaataaaaagaattttcagaattatgatcttccttctcaactctaaaatgatacaagtgaccacattatcaataatacacatgcatatgtgacaatttta
gi|14 : aattgtACAAAAGTCAAATACATTGTAGAGAAATGATAATAAACCTA-GAAG---ATTCAATAAAATTTAATTTTGGAT--AAATAGcatgtatattactctggaaattcttttattatcagaacattgacctactttctcaactctacaaaaatatcactgacctacatttgtaaatatgaccacatttcacaatggctagtacgcaacaattaaataatcgatgatacccaatatacatgtgataatatcatgtataat
gi|16 : tgAAAG--C-CA------TTTATCCTG-AGTC----AAAG---A-TTAAT------------TAATGACCAG-ATGTTGCAAT-A-----AA---------TTTAAAATATCCATAAGA----AT-AA-TATA-T---CCTCTCG-----CT----GAAT---ACC----------------AATAAACACAGA------------G------------T------------AA--CACAATAATGTATCT-CGATATAAACCAtttcgtctaccaattgaaagaaaatgtagaacattaaaatacatgtactttctcaaccttgcaaagcaacatgaggcccacatttgcaaatatgacc
gi|19 : A--CACAGTAATACACAT-TACAATTAACTATAGCA-CAACTTCTTTATGATAAACACATGTCC------TATATATATAATAT---------------CATGGTATGTTCTGTAA-AATCTACA
gi|2 : AACCAAAACATGTTTTACA------ATTTTATCATA-----TATAATATTT-ATTCACTAATA------AGATACA--------------------C-AATCAA-ATAAAAATAA-TG-------AA--TAG---AAGTAACTTGTGATATCCACCGT------ATACT-CAAGGAATCCGATCC-AATATCCAGATTCGATATGTTATAAAGTCCAAAAA--C-TAAA---ATATAACTTA-AGTC----TAAACCCATTTGAT--ATCCATT---TGATATCCAT-ATGTTGAGAT-A-----AGTTGATA-ATTTTGAAATATCC----GAT---AT-AATTATGTTA--ACTCTCA-----CT----G--T---AGC----------------------------------------A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-TACAATAAACTACACGA-CAAACGCCTTATGGTAAACAAATAAC------------------------------------CATAGCGCGCTCTGTAAGAATCTATTAAAGTCTAATACAATGAAGCACAATGACGATTAACTTA-AAAG---ATTGAAGAAGATTCAAGTTTTGAT--TAATTGC
gi|20 : -ATTCACTAA-A------A--TATA--------------------C-AATTAA-ATGAAAATAA-TG-------AA--TGT---ACATAACTTGCGATGTC
gi|3 : AGCAAATGTTCAACA------TTTCTATTACATAAATTATAATAAGTAATTCACTAT-ATTGTGTGAATGCATAGCGATGTGTTTTTTAACAT-AATTAA-CTAAAAATAA-TT-------AT--TAT---ATTCATCTTGTAATGTCCGTCGT------ATCTT-GATTGTGTCAACTCC-AATATTTGAATTCCTAATGTTTTAATGTCCAA----------------ATGTCCTT-CATC----TAAA---A-TTAA---AT----------ATGTTCAG-ATGTCCGAAT-A-----ATATGATA-GATTTGAAATATC-------T---A--------A-TA--GCTTTCA-----CT----GAAT---AACGATCATACAGGTACTTA----------A------------A------------TGAATCAGAAATCAA--CACAATGATATATTT-CACAATAAATTAAAGCA-CAAATTCATTGTAATTAACAAATATCT------TCT----------T---------------TAT
gi|4 : aaaagattacgcaaccgataagacgaaAACCAACAAATGTTAAGCA------GTTTTATTCCC-----TAAAATAAGT-ATTTACTAT-A------A--TACA--------------------C-AATTAA-ATAAAAAAAAATG-------AA--TAG---AAATAGCTTACAATATCCATTGT------ATTCT-GAAGGTTTTCATT---GAGGCCC----TCTAGATGTTGTTATGACCAAAAGTCC-AAAA---ATATATCCCA-AGTC----TAAA---A-TTA-T--AT--A-------ATGTCCAG-ATATTCCAAT-G-----AACTGATC-ATTTTAAAGTAGCC----ATT---AG-AAATATA-TATTATT-TCA-----CT----GAATGATAGC----------------A----------ACCAAAGTCACATA------------TT-----------AA--CACAGCAATAAATCT-CACAATAAACTccaaa
gi|5 : aaaagatgacgcaacagaaaaaaagcaaAATCAACAAATATTTATGA------ACTTT--TATA-----TATATTTAGT-TTTCATTAA-A------A--CACA--------------------T-AATTAA-ATAAAAATAA-TG-------AA--T-T---AAGTTACTTTCATTGTCGGCC-----------CT-GGTGGTGTTCACTCTTAAAATTCAAATTCCAAATGATATAATGTCCAA-------TAAA------TATCCTA-AGAC-----AAA---A-TTAAT---T--A-T---TG---TCCAG-ATGTTCCAAT-A-----AGACGACA-GATATAAAATATCC----AA-------AG-TATA-T-----TCGCA-----TTTGAGGAA----AACACAG------------A----------A------------A------------T-------------A--CACAAT------TTT-CATGATAAACTAAA-C--CAAAT
gi|6 : gtgttactttaacaataaaacgcagacgaagcaacagaaaacgtgaAACCATCAAATGTTTAACA-------CTTTATTAAA-----TATGATAAGC-ATTTACTGA-A------A--TACA--------------------CGAATGGATATAAACATAA-TGAATGACGAA--TAG---AAATAACTTGC---GTACGGCGT------ATCCTGCAA---GTCTA-----AAC------ATTCTAAATGTTCTATTGTCCAGAAG--T-TCAA---AAATCTCGTATAG-C----CAAA---G-TTA--------A-T---TAATGTCAAG-GTGTTCTAAT-A-----AATGGATACATTTTAAACTATAC----GATCGAAT-TA-TATA-T---CCTCTAA-----CT----GAAT---A-C----------------A----------A------------T------------T------------TATCCAAAATCACGTAAATACACAATAAatat
gi|7 : atacagtatcaaggagacgacgcaaaagaaaataaatga------------AA--CATAATGATGTATCT-CCCAACAATCTAGAGTA-CAAACTCTTTATGATGAACACATATCT------TAT----------TTATATAAAAAAGTGTCATGGTACTTTCTGGAAGAATCTACAAAAGCCAAGTACACCATAGAACAATCATAATTAGCTT--AAAT---ATTCAGAAAAATTTTAATATGGAT--AAATAGC
gi|8 : AAACAATTAACGTTTAGCA------ATTA-ATTGCA-----TATCATTAAT-TTCTACTAA-G------AAA--CA--------------------C-AGTCAA-ATAAAAA-----------------------AAGTAGCCTACGCTGTCAAACGT------ATTCC-GAAAATGACAACTCG-AATATCAAAATTCCAAACATTAAAATGTCTAttgtttaccaataatgtccaaaactactttatcaacatacgatcgataacgtttaacatgacctcattgtaaaatcacaagtacacactaaccaaataatcaataataatgcaaaatattatgagtgaaagttatacgtat
gi|9 : ttgttttggcaaaatccaatgtaaaaaagttaatgctctatcacaatgaaatatcctataattgaaaaatgtggtaacttaaatgaaaaaaagaacaacacaattaaataagtgctaagagatgactggatgacacgtgtacaataacaatatgacacagcaaaaacctgTTTT-TTGCA-----TATAATTAGT-ACTTACTAA-A------A--TACA--------------------C-AACC---------------G-------AA--TAG---AAGTAACTTGTGATATCCGTCGT------ATCCT-TAAGTTGTTCACTCC-AATGTCCGAATTCCAGATG----AGTGTCCGGAAA--T-TGAA---A-ATAC-----AATT----TAAA------TA--------A-T---TGGT---CAGTGTGTTCCAGT-A-----AATTGATACTTTTTTAAGTATCC----AAT---ATAAA-TATA-TA--ATTTTCATCATCCT----GAAT---AAC----------------A----------A------------T------------T------------AT--TAC-ATGGTA----T-CACAATAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAATCATCAAAAGGCAAATGCATCGTAAACGAATATAATAAACTTAGAATATTATATAAGTTCCATTCTATATGGTTTGTCAATTCCAAAACATTTGCCTACTACCTCAACTTTACAAAATACATCTGACCAATATCTGTAATAATG
Unaligned ( gi|17 ): TGCCCCATTTTCCAATCTCTGCAAAAATGCAAAATACCCACATTTGTAGACATTACCTCATTACAAAATAACTAGTGTACAGTAAGTGATCAATGAGCAATATATACTATTTTAATAACAATTATACA
Unaligned ( gi|18 ): TACTTCCTAAAGTCAACAAAAGTATTTGTTAAGCACATTTGTAAATATGACCTCATTGCACAGTCATTTGTACATACGACAATCCAATGATACATAATATCGTATGTGATGAAATAGCTTGCA
Unaligned ( gi|21 ): ATGACTATAGCAAAAACTCATGAATGGTTCTGAAATAATTTACAAAAGTCAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 11111 111111111111 22222222222222222222 111111111111111111 111111 3333333333333333 11111 555555555555555555555555 111111111111111111 22222222222222 1111 11111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111 1111
lowQualScore : 1 5555555 2 00000 1 3 444444444444 3 99999999999999999999 0 3 3 2 2 777777777777777777 1 1 77 111111 55 44 3 4 1 66 4444444444444444 44 1 00000 999999999999999999999999 0 4 0 666666666666666666 1 22222222222222 4 5 7777 22222 0000 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 3 1 3 3 6666 3 111111111111111111111111111111111111 1 1 1 0 6 3333 1 2 99
lowQualScore : . ....... . ..... . . ............ . .................... . . . . . .................. . . .. ...... .. .. . . . .. ................ .. . ..... ........................ . . . .................. . .............. . . .... ..... .... ................................................................. .. . . . . .... . .................................... . . . . . .... . . ..
lowQualScore : 9 4444444 3 00000 4 6 333333333333 6 55555555555555555555 4 6 6 2 0 555555555555555555 2 2 11 555555 66 88 2 0 5 22 1111111111111111 11 1 00000 666666666666666666666666 7 0 7 555555555555555555 6 44444444444444 4 0 4444 55555 6666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 9 4 6 0 1111 2 555555555555555555555555555555555555 7 7 0 3 7 2222 0 5 22
consensus : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACA-----TATAATTAGT-ATTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ATTAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--TAG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCTG-AAGGTGTCCACTC-CAATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAAAAG--C-TAAA---ATATATCCTA-AGTC----TAAA---A-TTAAT--AT--A-T---T-ATGTCCAG-ATGTTCCAAT-A-----AANTGATA-GTTTTAAAATATCC----GAT---AT-AA-TATA-TANC-TCTCA-----CT----GAATA---------A-------C----------------AA---A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACAAATATCT------TAT----------T---------------CATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
Reference ( family-842 ) : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACA-----TATAATTAGT-ATTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ATTAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--TAG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCTG-AAGGTGTCCACTC-CAATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAAAAG--C-TAAA---ATATATCCTA-AGTC----TAAA---A-TTAAT--AT--A-T---TGATGTCCAG-ATGTTCCAAT-A-----AANTGATA-GTTTTAAAATATCC----GAT---AT-AA-TATA-TANC-TCTCA-----CT----GAATA---------A-------C----------------AA---A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACAAATATCT------TAT----------T---------------CATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
gi|1 : AATCAATTAATGTTTGA-A------ATAGTATTACA-----TATAATTAGC-ATTTACTA--------A---ATTTCAC-A--------------------GCTCA-A-----AATAAC-------GAA----------GTAACTTATTATGTCCTTCGT------GTCCGG-AATGTATGAAGTC-CAATATCCAAATTCCAAATGTTATAATGTCCTAAGG--TGCAAA---CTATGTACCA-AGTCAATATAAA---A--CAAT--AT--A------------CAG-ATATTCCAAC------------------------ATATCC----AAT---AT-GA-T-TA-TACA-TCCCA-----TT----GAATA---------A-------C----------------AATCGAAGCCATACAGATT------------AA--CACAATAAAATATCT-TACAATA--------TA-CATAT--TTTATGATACACAAATATAT------CAT----------TATGAATTAC------TATGGTGTGCTCAGGAAGAATTCAC-GAATTCAAAAACTTTTTAGGACAATTATGATAATCGTA-GAAC---TTTCAAGAAGAAGCAAGTTTGTAT--AA
gi|10 : cgtgtacaataaaaataaaatgttgcaacaacaaCCAACAAGTGTTTAATACATGTAATTTTGTTATA-----TTTAATTAGT-GTTTAATA--------A---AATACAA-A--------------------GTTG---T-ACAAATA-T-------GGCCCTAGCCTAA---ACTTGTGATGTCTGTCGTGCATGTATCCCA-AAGATGTCCATTC-CGATATCTAAATTCCCGCTTTTACAATGGCTAAAAAATC-TAAA----TATATCCAA-AGAC----TAAA---A-TTAATTAAT--G-TCAATTATGTT--G-ATGAT---AT-A-----TATT-ATA-GCTTCAAAGTATCC----AAT---AT--A-TATtt
gi|11 : gtgtaaaataaacaaatgaggcaacagaaaaggtaaacAACCAACAGATGCCCGCTA------GTATTATTGCA-----TACAATTAGT-ATTT-CTA--------A---AATACAA-A--------------------TTTAA-AT-AAA-----T-------AGA--TA----AAGTAACGTGCGATGTCC---------------T------TATCCACTT-CCATTTCAGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAACCGT-C-CAAAACCATATGTCATT-TATC----CAAA------------GT--G-T---TAATATCCAG-ATGTTCTAATCACATGTAAGTGATA-GTTTTTAAACATCC----AAT---
gi|12 : atgacgaaaacgaaaaagtgaTATCT-CACAATAAACTATAGCAATAAAATTTGTATGATAAACAAATATCTGGTTTATAT----------TA--------------TATGGAATGTTCTGGAAGAATCTATAAAAG---------TTGT--AACAATCATAATTAACTTACCAATACCATTAAAGAGAGTTCAAGTTTGCAT--AAAAAGCttgtggaaataaccaaataccaatgcaaat
gi|13 : CAGAAGTCAGATACATTGTAGAACAATTATAATTAGCTGA-ATAT---ATTTGAGAAGATTCAAGTGT-GATTCAAATAttgtttaccaataaaaagaattttcagaattatgatcttccttctcaactctaaaatgatacaagtgaccacattatcaataatacacatgcatatgtgacaatttta
gi|14 : aattgtACAAAAGTCAAATACATTGTAGAGAAATGATAATAAACCTA-GAAG---ATTCAATAAAATTTAATTTTGGAT--AAATAGcatgtatattactctggaaattcttttattatcagaacattgacctactttctcaactctacaaaaatatcactgacctacatttgtaaatatgaccacatttcacaatggctagtacgcaacaattaaataatcgatgatacccaatatacatgtgataatatcatgtataat
gi|16 : tgAAAG--C-CA------TTTATCCTG-AGTC----AAAG---A-TTAAT------------TAATGACCAG-ATGTTGCAAT-A-----AA---------TTTAAAATATCCATAAGA----AT-AA-TATA-T-CC-TCTCG-----CT----GAATACCAATAAACA-------C----------------AG---AG-----------T------------AA--CACAATAATGTATCT-CGATATAAACCAtttcgtctaccaattgaaagaaaatgtagaacattaaaatacatgtactttctcaaccttgcaaagcaacatgaggcccacatttgcaaatatgacc
gi|19 : A--CACAGTAATACACAT-TACAATTAACTATAGCA-CAACTTCTTTATGATAAACACATGTCC------TATATATATAATAT---------------CATGGTATGTTCTGTAA-AATCTACA
gi|2 : AACCAAAACATGTTTTACA------ATTTTATCATA-----TATAATATTT-ATTCACTA--------ATAAGATACAC-A--------------------ATCAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--TAG---AAGTAACTTGTGATATCCACCGT------ATACTC-AAGGAATCCGATC-CAATATCCAGATTCGATATGTTATAAAGTCCAAAAA--C-TAAA---ATATAACTTA-AGTC----TAAACCCATTTGAT--ATCCATT---TGATATCCAT-ATGTTGAGAT-A-----AGTTGATA-ATTTTGAAATATCC----GAT---AT-AATTATGTTAAC-TCTCA-----CT----G--TA---------G-------C---------------------A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-TACAATAAACTACACGA-CAAACGCCTTATGGTAAACAAATAAC------------------------------------CATAGCGCGCTCTGTAAGAATCTATTAAAGTCTAATACAATGAAGCACAATGACGATTAACTTA-AAAG---ATTGAAGAAGATTCAAGTTTTGAT--TAATTGC
gi|20 : -ATTCACTA--------A---AATATAC-A--------------------ATTAA-AT-GAAAATAAT-------GAA--TGT---ACATAACTTGCGATGTC
gi|3 : AGCAAATGTTCAACA------TTTCTATTACATAAATTATAATAAGTAATTCACTATATTGTGTG---AATGCAT-AGCGATGTGTTTTTTAACATAATTAA-CT-AAAAATAAT-------TAT--TAT---ATTCATCTTGTAATGTCCGTCGT------ATCTTG-ATTGTGTCAACTC-CAATATTTGAATTCCTAATGTTTTAATGTCCAA----------------ATGTCCTT-CATC----TAAA---A-TTAA---AT----------ATGTTCAG-ATGTCCGAAT-A-----ATATGATA-GATTTGAAATATC-------T---A--------A-TAGC-TTTCA-----CT----GAATA---------A-------CGATCATACAGGTACTTAA---A------------TGAATCAGAAATCAA--CACAATGATATATTT-CACAATAAATTAAAGCA-CAAATTCATTGTAATTAACAAATATCT------TCT----------T---------------TAT
gi|4 : aaaagattacgcaaccgataagacgaaAACCAACAAATGTTAAGCA------GTTTTATTCCC-----TAAAATAAGT-ATTTACTA--------T---AATACAC-A--------------------ATTAA-ATAAAAAAAAAT-------GAA--TAG---AAATAGCTTACAATATCCATTGT------ATTCTG-AAGGTTTTCATT---GAGGCCC----TCTAGATGTTGTTATGACCAAAAGTCC-AAAA---ATATATCCCA-AGTC----TAAA---A-TT-AT--AT--A-------ATGTCCAG-ATATTCCAAT-G-----AACTGATC-ATTTTAAAGTAGCC----ATT---AGAAA-TATA-TATTATTTCA-----CT----GAATG---------ATAGCAACC----------------AA---AGTCACATAT---T------------AA--CACAGCAATAAATCT-CACAATAAACTccaaa
gi|5 : aaaagatgacgcaacagaaaaaaagcaaAATCAACAAATATTTATGA------ACTTT--TATA-----TATATTTAGT-TTTCATTA--------A---AACACAT-A--------------------ATTAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--T-T---AAGTTACTTTCATTGTCGG-----------CCCTG-GTGGTGTTCACTCTTAAAATTCAAATTCCAAATGATATAATGTCCAA-------TAA------ATATCCTA-AGAC-----AAA---A-TTAAT---T--A-T------TGTCCAG-ATGTTCCAAT-A-----AGACGACA-GATATAAAATATCC----AA-------AG-TATA-T----TCGCA-----TTTGAGGAA-A---------A-------CACAG------------AA---A------------T-------------A--CACAAT------TTT-CATGATAAACTAAA-C--CAAAT
gi|6 : gtgttactttaacaataaaacgcagacgaagcaacagaaaacgtgaAACCATCAAATGTTTAACA-------CTTTATTAAA-----TATGATAAGC-ATTTACTG--------A---AATACACGA--------------------ATGGATAT-AAACATAATGAATGACGAA--TAG---AAATAACTTGC---GTACGGCGT------ATCCTGCAA---GTCTA-----AAC------ATTCTAAATGTTCTATTGTCCAGAAG--T-TCAA---AAATCTCGTATAG-C----CAAA---G-TTA--------A-T---TAATGTCAAG-GTGTTCTAAT-A-----AATGGATACATTTTAAACTATAC----GATCGAAT-TA-TATA-T-CC-TCTAA-----CT----GAAT----------A-------C----------------AA---T------------T------------TATCCAAAATCACGTAAATACACAATAAatat
gi|7 : atacagtatcaaggagacgacgcaaaagaaaataaatga------------AA--CATAATGATGTATCT-CCCAACAATCTAGAGTA-CAAACTCTTTATGATGAACACATATCT------TAT----------TTATATAAAAAAGTGTCATGGTACTTTCTGGAAGAATCTACAAAAGCCAAGTACACCATAGAACAATCATAATTAGCTT--AAAT---ATTCAGAAAAATTTTAATATGGAT--AAATAGC
gi|8 : AAACAATTAACGTTTAGCA------ATTA-ATTGCA-----TATCATTAAT-TTCTACTA--------A---GAAACAC-A--------------------GTCAA-AT-AAAAA----------------------AAGTAGCCTACGCTGTCAAACGT------ATTCCG-AAAATGACAACTC-GAATATCAAAATTCCAAACATTAAAATGTCTAttgtttaccaataatgtccaaaactactttatcaacatacgatcgataacgtttaacatgacctcattgtaaaatcacaagtacacactaaccaaataatcaataataatgcaaaatattatgagtgaaagttatacgtat
gi|9 : ttgttttggcaaaatccaatgtaaaaaagttaatgctctatcacaatgaaatatcctataattgaaaaatgtggtaacttaaatgaaaaaaagaacaacacaattaaataagtgctaagagatgactggatgacacgtgtacaataacaatatgacacagcaaaaacctgTTTT-TTGCA-----TATAATTAGT-ACTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ACC----------------------GAA--TAG---AAGTAACTTGTGATATCCGTCGT------ATCCTT-AAGTTGTTCACTC-CAATGTCCGAATTCCAGATG----AGTGTCCGGAAA--T-TGAA---A-ATAC-----AATT----TAAA------TA--------A-T---TGGT---CAGTGTGTTCCAGT-A-----AATTGATACTTTTTTAAGTATCC----AAT---ATAAA-TATA-TAAT-TTTCATCATCCT----GAATA---------A-------C----------------AA---T------------T------------AT--TAC-ATGGTA----T-CACAATAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAATCATCAAAAGGCAAATGCATCGTAAACGAATATAATAAACTTAGAATATTATATAAGTTCCATTCTATATGGTTTGTCAATTCCAAAACATTTGCCTACTACCTCAACTTTACAAAATACATCTGACCAATATCTGTAATAATG
Unaligned ( gi|17 ): TGCCCCATTTTCCAATCTCTGCAAAAATGCAAAATACCCACATTTGTAGACATTACCTCATTACAAAATAACTAGTGTACAGTAAGTGATCAATGAGCAATATATACTATTTTAATAACAATTATACA
Unaligned ( gi|18 ): TACTTCCTAAAGTCAACAAAAGTATTTGTTAAGCACATTTGTAAATATGACCTCATTGCACAGTCATTTGTACATACGACAATCCAATGATACATAATATCGTATGTGATGAAATAGCTTGCA
Unaligned ( gi|21 ): ATGACTATAGCAAAAACTCATGAATGGTTCTGAAATAATTTACAAAAGTCAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 11111 111111111111 22222222222222222222 111111111111111111 111111 3333333333333333 11111 11111 66666666666666 1111111111111111 22222222222222 1111 11111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111 1111
lowQualScore : 1 5555555 2 00000 1 3 444444444444 3 99999999999999999999 0 3 3 2 2 777777777777777777 1 1 77 111111 55 44 3 4 1 66 4444444444444444 44 1 00000 55555 55555555555555 4 0 4 7777777777777777 1 0 22222222222222 4 5 7777 22222 0000 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 3 1 3 3 6666 3 111111111111111111111111111111111111 1 1 1 0 6 3333 1 2 99
lowQualScore : . ....... . ..... . . ............ . .................... . . . . . .................. . . .. ...... .. .. . . . .. ................ .. . ..... ..... .............. . . . ................ . . .............. . . .... ..... .... ................................................................. .. . . . . .... . .................................... . . . . . .... . . ..
lowQualScore : 9 4444444 3 00000 4 6 333333333333 6 55555555555555555555 4 6 6 2 0 555555555555555555 2 2 11 555555 66 88 2 0 5 22 1111111111111111 11 1 00000 44444 77777777777777 0 7 0 6666666666666666 6 3 44444444444444 4 0 4444 55555 6666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 9 4 6 0 1111 2 555555555555555555555555555555555555 7 7 0 3 7 2222 0 5 22
consensus : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACA-----TATAATTAGT-ATTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ATTAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--TAG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCTG-AAGGTGTCCACTC-CAATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAAAAG--C-TAAA---ATATATCCTA-AGTC----TAAA---A-TTAAT--AT----A----ATGTCCAG-ATGTTCCAAT-A-----AANTGATA-GTTTTAAAATATCC----GAT---AT-AA-TATA-TANC-TCTCA-----CT----GAATA---------A-------C----------------AA---A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACAAATATCT------TAT----------T---------------CATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
Reference ( family-842 ) : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACA-----TATAATTAGT-ATTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ATTAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--TAG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCTG-AAGGTGTCCACTC-CAATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAAAAG--C-TAAA---ATATATCCTA-AGTC----TAAA---A-TTAAT--AT----ATT--ATGTCCAG-ATGTTCCAAT-A-----AANTGATA-GTTTTAAAATATCC----GAT---AT-AA-TATA-TANC-TCTCA-----CT----GAATA---------A-------C----------------AA---A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACAAATATCT------TAT----------T---------------CATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
gi|1 : AATCAATTAATGTTTGA-A------ATAGTATTACA-----TATAATTAGC-ATTTACTA--------A---ATTTCAC-A--------------------GCTCA-A-----AATAAC-------GAA----------GTAACTTATTATGTCCTTCGT------GTCCGG-AATGTATGAAGTC-CAATATCCAAATTCCAAATGTTATAATGTCCTAAGG--TGCAAA---CTATGTACCA-AGTCAATATAAA---A-C-AAT--AT----A---------CAG-ATATTCCAAC-A-----------------------TATCC----AAT---AT-GA-T-TA-TACA-TCCCA-----TT----GAATA---------A-------C----------------AATCGAAGCCATACAGATT------------AA--CACAATAAAATATCT-TACAATA--------TA-CATAT--TTTATGATACACAAATATAT------CAT----------TATGAATTAC------TATGGTGTGCTCAGGAAGAATTCAC-GAATTCAAAAACTTTTTAGGACAATTATGATAATCGTA-GAAC---TTTCAAGAAGAAGCAAGTTTGTAT--AA
gi|10 : cgtgtacaataaaaataaaatgttgcaacaacaaCCAACAAGTGTTTAATACATGTAATTTTGTTATA-----TTTAATTAGT-GTTTAATA--------A---AATACAA-A--------------------GTTG---T-ACAAATA-T-------GGCCCTAGCCTAA---ACTTGTGATGTCTGTCGTGCATGTATCCCA-AAGATGTCCATTC-CGATATCTAAATTCCCGCTTTTACAATGGCTAAAAAATC-TAAA----TATATCCAA-AGAC----TAAA---A-TTAATTAATGTCAATT--ATGTT--G-ATGAT---AT-A-----TATT-ATA-GCTTCAAAGTATCC----AAT---AT--A-TATtt
gi|11 : gtgtaaaataaacaaatgaggcaacagaaaaggtaaacAACCAACAGATGCCCGCTA------GTATTATTGCA-----TACAATTAGT-ATTT-CTA--------A---AATACAA-A--------------------TTTAA-AT-AAA-----T-------AGA--TA----AAGTAACGTGCGATGTCC---------------T------TATCCACTT-CCATTTCAGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAACCGT-C-CAAAACCATATGTCATT-TATC----CAAAGT-G-TTAAT--A-------------TCCAG-ATGTTCTAATCACATGTAAGTGATA-GTTTTTAAACATCC----AAT---
gi|12 : atgacgaaaacgaaaaagtgaTATCT-CACAATAAACTATAGCAATAAAATTTGTATGATAAACAAATATCTGGTTTATAT----------TA--------------TATGGAATGTTCTGGAAGAATCTATAAAAG---------TTGT--AACAATCATAATTAACTTACCAATACCATTAAAGAGAGTTCAAGTTTGCAT--AAAAAGCttgtggaaataaccaaataccaatgcaaat
gi|13 : CAGAAGTCAGATACATTGTAGAACAATTATAATTAGCTGA-ATAT---ATTTGAGAAGATTCAAGTGT-GATTCAAATAttgtttaccaataaaaagaattttcagaattatgatcttccttctcaactctaaaatgatacaagtgaccacattatcaataatacacatgcatatgtgacaatttta
gi|14 : aattgtACAAAAGTCAAATACATTGTAGAGAAATGATAATAAACCTA-GAAG---ATTCAATAAAATTTAATTTTGGAT--AAATAGcatgtatattactctggaaattcttttattatcagaacattgacctactttctcaactctacaaaaatatcactgacctacatttgtaaatatgaccacatttcacaatggctagtacgcaacaattaaataatcgatgatacccaatatacatgtgataatatcatgtataat
gi|16 : tgAAAG--C-CA------TTTATCCTG-AGTC----AAAG---A-TTAAT---T----A----ATGACCAG-ATGTTGCAAT-A-----AA---------TTTAAAATATCCATAAGA----AT-AA-TATA-T-CC-TCTCG-----CT----GAATACCAATAAACA-------C----------------AG---AG-----------T------------AA--CACAATAATGTATCT-CGATATAAACCAtttcgtctaccaattgaaagaaaatgtagaacattaaaatacatgtactttctcaaccttgcaaagcaacatgaggcccacatttgcaaatatgacc
gi|19 : A--CACAGTAATACACAT-TACAATTAACTATAGCA-CAACTTCTTTATGATAAACACATGTCC------TATATATATAATAT---------------CATGGTATGTTCTGTAA-AATCTACA
gi|2 : AACCAAAACATGTTTTACA------ATTTTATCATA-----TATAATATTT-ATTCACTA--------ATAAGATACAC-A--------------------ATCAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--TAG---AAGTAACTTGTGATATCCACCGT------ATACTC-AAGGAATCCGATC-CAATATCCAGATTCGATATGTTATAAAGTCCAAAAA--C-TAAA---ATATAACTTA-AGTC----TAAACCCATTTGAT--ATCC--ATTTGATATCCAT-ATGTTGAGAT-A-----AGTTGATA-ATTTTGAAATATCC----GAT---AT-AATTATGTTAAC-TCTCA-----CT----G--TA---------G-------C---------------------A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-TACAATAAACTACACGA-CAAACGCCTTATGGTAAACAAATAAC------------------------------------CATAGCGCGCTCTGTAAGAATCTATTAAAGTCTAATACAATGAAGCACAATGACGATTAACTTA-AAAG---ATTGAAGAAGATTCAAGTTTTGAT--TAATTGC
gi|20 : -ATTCACTA--------A---AATATAC-A--------------------ATTAA-AT-GAAAATAAT-------GAA--TGT---ACATAACTTGCGATGTC
gi|3 : AGCAAATGTTCAACA------TTTCTATTACATAAATTATAATAAGTAATTCACTATATTGTGTG---AATGCAT-AGCGATGTGTTTTTTAACATAATTAA-CT-AAAAATAAT-------TAT--TAT---ATTCATCTTGTAATGTCCGTCGT------ATCTTG-ATTGTGTCAACTC-CAATATTTGAATTCCTAATGTTTTAATGTCCAA----------------ATGTCCTT-CATC----TAAA---A-TTAA---A-------T--ATGTTCAG-ATGTCCGAAT-A-----ATATGATA-GATTTGAAATATC-------T---A--------A-TAGC-TTTCA-----CT----GAATA---------A-------CGATCATACAGGTACTTAA---A------------TGAATCAGAAATCAA--CACAATGATATATTT-CACAATAAATTAAAGCA-CAAATTCATTGTAATTAACAAATATCT------TCT----------T---------------TAT
gi|4 : aaaagattacgcaaccgataagacgaaAACCAACAAATGTTAAGCA------GTTTTATTCCC-----TAAAATAAGT-ATTTACTA--------T---AATACAC-A--------------------ATTAA-ATAAAAAAAAAT-------GAA--TAG---AAATAGCTTACAATATCCATTGT------ATTCTG-AAGGTTTTCATT---GAGGCCC----TCTAGATGTTGTTATGACCAAAAGTCC-AAAA---ATATATCCCA-AGTC----TAAA---A-TT-AT--AT----A----ATGTCCAG-ATATTCCAAT-G-----AACTGATC-ATTTTAAAGTAGCC----ATT---AGAAA-TATA-TATTATTTCA-----CT----GAATG---------ATAGCAACC----------------AA---AGTCACATAT---T------------AA--CACAGCAATAAATCT-CACAATAAACTccaaa
gi|5 : aaaagatgacgcaacagaaaaaaagcaaAATCAACAAATATTTATGA------ACTTT--TATA-----TATATTTAGT-TTTCATTA--------A---AACACAT-A--------------------ATTAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--T-T---AAGTTACTTTCATTGTCGG-----------CCCTG-GTGGTGTTCACTCTTAAAATTCAAATTCCAAATGATATAATGTCCAA-------TAA------ATATCCTA-AGAC-----AAA---A-TTAAT---T----AT----TGTCCAG-ATGTTCCAAT-A-----AGACGACA-GATATAAAATATCC----AA-------AG-TATA-T----TCGCA-----TTTGAGGAA-A---------A-------CACAG------------AA---A------------T-------------A--CACAAT------TTT-CATGATAAACTAAA-C--CAAAT
gi|6 : gtgttactttaacaataaaacgcagacgaagcaacagaaaacgtgaAACCATCAAATGTTTAACA-------CTTTATTAAA-----TATGATAAGC-ATTTACTG--------A---AATACACGA--------------------ATGGATAT-AAACATAATGAATGACGAA--TAG---AAATAACTTGC---GTACGGCGT------ATCCTGCAA---GTCTA-----AAC------ATTCTAAATGTTCTATTGTCCAGAAG--T-TCAA---AAATCTCGTATAG-C----CAAA---G-TTAAT---T----A----ATGTCAAG-GTGTTCTAAT-A-----AATGGATACATTTTAAACTATAC----GATCGAAT-TA-TATA-T-CC-TCTAA-----CT----GAAT----------A-------C----------------AA---T------------T------------TATCCAAAATCACGTAAATACACAATAAatat
gi|7 : atacagtatcaaggagacgacgcaaaagaaaataaatga------------AA--CATAATGATGTATCT-CCCAACAATCTAGAGTA-CAAACTCTTTATGATGAACACATATCT------TAT----------TTATATAAAAAAGTGTCATGGTACTTTCTGGAAGAATCTACAAAAGCCAAGTACACCATAGAACAATCATAATTAGCTT--AAAT---ATTCAGAAAAATTTTAATATGGAT--AAATAGC
gi|8 : AAACAATTAACGTTTAGCA------ATTA-ATTGCA-----TATCATTAAT-TTCTACTA--------A---GAAACAC-A--------------------GTCAA-AT-AAAAA----------------------AAGTAGCCTACGCTGTCAAACGT------ATTCCG-AAAATGACAACTC-GAATATCAAAATTCCAAACATTAAAATGTCTAttgtttaccaataatgtccaaaactactttatcaacatacgatcgataacgtttaacatgacctcattgtaaaatcacaagtacacactaaccaaataatcaataataatgcaaaatattatgagtgaaagttatacgtat
gi|9 : ttgttttggcaaaatccaatgtaaaaaagttaatgctctatcacaatgaaatatcctataattgaaaaatgtggtaacttaaatgaaaaaaagaacaacacaattaaataagtgctaagagatgactggatgacacgtgtacaataacaatatgacacagcaaaaacctgTTTT-TTGCA-----TATAATTAGT-ACTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ACC----------------------GAA--TAG---AAGTAACTTGTGATATCCGTCGT------ATCCTT-AAGTTGTTCACTC-CAATGTCCGAATTCCAGATG----AGTGTCCGGAAA--T-TGAA---A-ATAC-----AATT----TAAA------TAAT--------------TGGTCAGTGTGTTCCAGT-A-----AATTGATACTTTTTTAAGTATCC----AAT---ATAAA-TATA-TAAT-TTTCATCATCCT----GAATA---------A-------C----------------AA---T------------T------------AT--TAC-ATGGTA----T-CACAATAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAATCATCAAAAGGCAAATGCATCGTAAACGAATATAATAAACTTAGAATATTATATAAGTTCCATTCTATATGGTTTGTCAATTCCAAAACATTTGCCTACTACCTCAACTTTACAAAATACATCTGACCAATATCTGTAATAATG
Unaligned ( gi|17 ): TGCCCCATTTTCCAATCTCTGCAAAAATGCAAAATACCCACATTTGTAGACATTACCTCATTACAAAATAACTAGTGTACAGTAAGTGATCAATGAGCAATATATACTATTTTAATAACAATTATACA
Unaligned ( gi|18 ): TACTTCCTAAAGTCAACAAAAGTATTTGTTAAGCACATTTGTAAATATGACCTCATTGCACAGTCATTTGTACATACGACAATCCAATGATACATAATATCGTATGTGATGAAATAGCTTGCA
Unaligned ( gi|21 ): ATGACTATAGCAAAAACTCATGAATGGTTCTGAAATAATTTACAAAAGTCAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 11111 111111111111 22222222222222222222 111111111111111111 111111 3333333333333333 3333333 1111111 111111111111111111 22222222222222 1111 11111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111 1111
lowQualScore : 1 5555555 2 00000 1 3 444444444444 3 99999999999999999999 0 3 3 2 2 777777777777777777 1 1 77 111111 55 44 3 4 1 66 4444444444444444 44 1 6 99999 4 1111111 3333333 4 0 666666666666666666 1 22222222222222 4 5 7777 22222 0000 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 3 1 3 3 6666 3 111111111111111111111111111111111111 1 1 1 0 6 3333 1 2 99
lowQualScore : . ....... . ..... . . ............ . .................... . . . . . .................. . . .. ...... .. .. . . . .. ................ .. . . ..... . ....... ....... . . .................. . .............. . . .... ..... .... ................................................................. .. . . . . .... . .................................... . . . . . .... . . ..
lowQualScore : 9 4444444 3 00000 4 6 333333333333 6 55555555555555555555 4 6 6 2 0 555555555555555555 2 2 11 555555 66 88 2 0 5 22 1111111111111111 11 1 4 99999 0 9999999 0000000 0 7 555555555555555555 6 44444444444444 4 0 4444 55555 6666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 9 4 6 0 1111 2 555555555555555555555555555555555555 7 7 0 3 7 2222 0 5 22
consensus : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACA-----TATAATTAGT-ATTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ATTAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--TAG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCTG-AAGGTGTCCACTC-CAATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAAAAG--C-TAAA---ATATATCCTA-AGTCTAAA---A-T-TAATA------TAATGTCCA-------G-ATGTTCCAAT-A-----AANTGATA-GTTTTAAAATATCC----GAT---AT-AA-TATA-TANC-TCTCA-----CT----GAATA---------A-------C----------------AA---A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACAAATATCT------TAT----------T---------------CATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
Reference ( family-842 ) : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACA-----TATAATTAGT-ATTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ATTAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--TAG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCTG-AAGGTGTCCACTC-CAATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAAAAG--C-TAAA---ATATATCCTA-AGTCTAAA---A-T-TAATA------TAATGTCCA-------G-ATGTTCCAAT-A-----AANTGATA-GTTTTAAAATATCC----GAT---AT-AA-TATA-TANC-TCTCA-----CT----GAATA---------A-------C----------------AA---A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACAAATATCT------TAT----------T---------------CATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
gi|1 : AATCAATTAATGTTTGA-A------ATAGTATTACA-----TATAATTAGC-ATTTACTA--------A---ATTTCAC-A--------------------GCTCA-A-----AATAAC-------GAA----------GTAACTTATTATGTCCTTCGT------GTCCGG-AATGTATGAAGTC-CAATATCCAAATTCCAAATGTTATAATGTCCTAAGG--TGCAAA---CTATGTACCA-AGTC---A---A-TATAAAA------CAATATACA-------G-ATATTCCAAC------------------------ATATCC----AAT---AT-GA-T-TA-TACA-TCCCA-----TT----GAATA---------A-------C----------------AATCGAAGCCATACAGATT------------AA--CACAATAAAATATCT-TACAATA--------TA-CATAT--TTTATGATACACAAATATAT------CAT----------TATGAATTAC------TATGGTGTGCTCAGGAAGAATTCAC-GAATTCAAAAACTTTTTAGGACAATTATGATAATCGTA-GAAC---TTTCAAGAAGAAGCAAGTTTGTAT--AA
gi|10 : cgtgtacaataaaaataaaatgttgcaacaacaaCCAACAAGTGTTTAATACATGTAATTTTGTTATA-----TTTAATTAGT-GTTTAATA--------A---AATACAA-A--------------------GTTG---T-ACAAATA-T-------GGCCCTAGCCTAA---ACTTGTGATGTCTGTCGTGCATGTATCCCA-AAGATGTCCATTC-CGATATCTAAATTCCCGCTTTTACAATGGCTAAAAAATC-TAAA----TATATCCAA-AGACTAAA---A-T-TAAT-------TAATGTCAATTATGTTG-ATGAT---AT-A-----TATT-ATA-GCTTCAAAGTATCC----AAT---AT--A-TATtt
gi|11 : gtgtaaaataaacaaatgaggcaacagaaaaggtaaacAACCAACAGATGCCCGCTA------GTATTATTGCA-----TACAATTAGT-ATTT-CTA--------A---AATACAA-A--------------------TTTAA-AT-AAA-----T-------AGA--TA----AAGTAACGTGCGATGTCC---------------T------TATCCACTT-CCATTTCAGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAACCGT-C-CAAAACCATATGTCATT-TATCCAAA---G-T---GT-------TAATATCCA-------G-ATGTTCTAATCACATGTAAGTGATA-GTTTTTAAACATCC----AAT---
gi|12 : atgacgaaaacgaaaaagtgaTATCT-CACAATAAACTATAGCAATAAAATTTGTATGATAAACAAATATCTGGTTTATAT----------TA--------------TATGGAATGTTCTGGAAGAATCTATAAAAG---------TTGT--AACAATCATAATTAACTTACCAATACCATTAAAGAGAGTTCAAGTTTGCAT--AAAAAGCttgtggaaataaccaaataccaatgcaaat
gi|13 : CAGAAGTCAGATACATTGTAGAACAATTATAATTAGCTGA-ATAT---ATTTGAGAAGATTCAAGTGT-GATTCAAATAttgtttaccaataaaaagaattttcagaattatgatcttccttctcaactctaaaatgatacaagtgaccacattatcaataatacacatgcatatgtgacaatttta
gi|14 : aattgtACAAAAGTCAAATACATTGTAGAGAAATGATAATAAACCTA-GAAG---ATTCAATAAAATTTAATTTTGGAT--AAATAGcatgtatattactctggaaattcttttattatcagaacattgacctactttctcaactctacaaaaatatcactgacctacatttgtaaatatgaccacatttcacaatggctagtacgcaacaattaaataatcgatgatacccaatatacatgtgataatatcatgtataat
gi|16 : tgAAAG--C-CA------TTTATCCTG-AGTCAAAG---A-T-TAAT-------TAATGACCA-------G-ATGTTGCAAT-A-----AA---------TTTAAAATATCCATAAGA----AT-AA-TATA-T-CC-TCTCG-----CT----GAATACCAATAAACA-------C----------------AG---AG-----------T------------AA--CACAATAATGTATCT-CGATATAAACCAtttcgtctaccaattgaaagaaaatgtagaacattaaaatacatgtactttctcaaccttgcaaagcaacatgaggcccacatttgcaaatatgacc
gi|19 : A--CACAGTAATACACAT-TACAATTAACTATAGCA-CAACTTCTTTATGATAAACACATGTCC------TATATATATAATAT---------------CATGGTATGTTCTGTAA-AATCTACA
gi|2 : AACCAAAACATGTTTTACA------ATTTTATCATA-----TATAATATTT-ATTCACTA--------ATAAGATACAC-A--------------------ATCAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--TAG---AAGTAACTTGTGATATCCACCGT------ATACTC-AAGGAATCCGATC-CAATATCCAGATTCGATATGTTATAAAGTCCAAAAA--C-TAAA---ATATAACTTA-AGTCTAAACCCATT-TGATATCCATTTGATATCCA-------T-ATGTTGAGAT-A-----AGTTGATA-ATTTTGAAATATCC----GAT---AT-AATTATGTTAAC-TCTCA-----CT----G--TA---------G-------C---------------------A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-TACAATAAACTACACGA-CAAACGCCTTATGGTAAACAAATAAC------------------------------------CATAGCGCGCTCTGTAAGAATCTATTAAAGTCTAATACAATGAAGCACAATGACGATTAACTTA-AAAG---ATTGAAGAAGATTCAAGTTTTGAT--TAATTGC
gi|20 : -ATTCACTA--------A---AATATAC-A--------------------ATTAA-AT-GAAAATAAT-------GAA--TGT---ACATAACTTGCGATGTC
gi|3 : AGCAAATGTTCAACA------TTTCTATTACATAAATTATAATAAGTAATTCACTATATTGTGTG---AATGCAT-AGCGATGTGTTTTTTAACATAATTAA-CT-AAAAATAAT-------TAT--TAT---ATTCATCTTGTAATGTCCGTCGT------ATCTTG-ATTGTGTCAACTC-CAATATTTGAATTCCTAATGTTTTAATGTCCAA----------------ATGTCCTT-CATCTAAA---A-T-TAA-A------T-ATGTTCA-------G-ATGTCCGAAT-A-----ATATGATA-GATTTGAAATATC-------T---A--------A-TAGC-TTTCA-----CT----GAATA---------A-------CGATCATACAGGTACTTAA---A------------TGAATCAGAAATCAA--CACAATGATATATTT-CACAATAAATTAAAGCA-CAAATTCATTGTAATTAACAAATATCT------TCT----------T---------------TAT
gi|4 : aaaagattacgcaaccgataagacgaaAACCAACAAATGTTAAGCA------GTTTTATTCCC-----TAAAATAAGT-ATTTACTA--------T---AATACAC-A--------------------ATTAA-ATAAAAAAAAAT-------GAA--TAG---AAATAGCTTACAATATCCATTGT------ATTCTG-AAGGTTTTCATT---GAGGCCC----TCTAGATGTTGTTATGACCAAAAGTCC-AAAA---ATATATCCCA-AGTCTAAA---A-T-T-ATA------TAATGTCCA-------G-ATATTCCAAT-G-----AACTGATC-ATTTTAAAGTAGCC----ATT---AGAAA-TATA-TATTATTTCA-----CT----GAATG---------ATAGCAACC----------------AA---AGTCACATAT---T------------AA--CACAGCAATAAATCT-CACAATAAACTccaaa
gi|5 : aaaagatgacgcaacagaaaaaaagcaaAATCAACAAATATTTATGA------ACTTT--TATA-----TATATTTAGT-TTTCATTA--------A---AACACAT-A--------------------ATTAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--T-T---AAGTTACTTTCATTGTCGG-----------CCCTG-GTGGTGTTCACTCTTAAAATTCAAATTCCAAATGATATAATGTCCAA-------TAA------ATATCCTA-AGAC-AAA---A-T-TAAT-------TATTGTCCA-------G-ATGTTCCAAT-A-----AGACGACA-GATATAAAATATCC----AA-------AG-TATA-T----TCGCA-----TTTGAGGAA-A---------A-------CACAG------------AA---A------------T-------------A--CACAAT------TTT-CATGATAAACTAAA-C--CAAAT
gi|6 : gtgttactttaacaataaaacgcagacgaagcaacagaaaacgtgaAACCATCAAATGTTTAACA-------CTTTATTAAA-----TATGATAAGC-ATTTACTG--------A---AATACACGA--------------------ATGGATAT-AAACATAATGAATGACGAA--TAG---AAATAACTTGC---GTACGGCGT------ATCCTGCAA---GTCTA-----AAC------ATTCTAAATGTTCTATTGTCCAGAAG--T-TCAA---AAATCTCGTATAG-CCAAA---G-T-TAAT-------TAATGTCAA-------G-GTGTTCTAAT-A-----AATGGATACATTTTAAACTATAC----GATCGAAT-TA-TATA-T-CC-TCTAA-----CT----GAAT----------A-------C----------------AA---T------------T------------TATCCAAAATCACGTAAATACACAATAAatat
gi|7 : atacagtatcaaggagacgacgcaaaagaaaataaatga------------AA--CATAATGATGTATCT-CCCAACAATCTAGAGTA-CAAACTCTTTATGATGAACACATATCT------TAT----------TTATATAAAAAAGTGTCATGGTACTTTCTGGAAGAATCTACAAAAGCCAAGTACACCATAGAACAATCATAATTAGCTT--AAAT---ATTCAGAAAAATTTTAATATGGAT--AAATAGC
gi|8 : AAACAATTAACGTTTAGCA------ATTA-ATTGCA-----TATCATTAAT-TTCTACTA--------A---GAAACAC-A--------------------GTCAA-AT-AAAAA----------------------AAGTAGCCTACGCTGTCAAACGT------ATTCCG-AAAATGACAACTC-GAATATCAAAATTCCAAACATTAAAATGTCTAttgtttaccaataatgtccaaaactactttatcaacatacgatcgataacgtttaacatgacctcattgtaaaatcacaagtacacactaaccaaataatcaataataatgcaaaatattatgagtgaaagttatacgtat
gi|9 : ttgttttggcaaaatccaatgtaaaaaagttaatgctctatcacaatgaaatatcctataattgaaaaatgtggtaacttaaatgaaaaaaagaacaacacaattaaataagtgctaagagatgactggatgacacgtgtacaataacaatatgacacagcaaaaacctgTTTT-TTGCA-----TATAATTAGT-ACTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ACC----------------------GAA--TAG---AAGTAACTTGTGATATCCGTCGT------ATCCTT-AAGTTGTTCACTC-CAATGTCCGAATTCCAGATG----AGTGTCCGGAAA--T-TGAA---A-ATAC-----AATTTAAA-------TAAT----------TGGTCA-------GTGTGTTCCAGT-A-----AATTGATACTTTTTTAAGTATCC----AAT---ATAAA-TATA-TAAT-TTTCATCATCCT----GAATA---------A-------C----------------AA---T------------T------------AT--TAC-ATGGTA----T-CACAATAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAATCATCAAAAGGCAAATGCATCGTAAACGAATATAATAAACTTAGAATATTATATAAGTTCCATTCTATATGGTTTGTCAATTCCAAAACATTTGCCTACTACCTCAACTTTACAAAATACATCTGACCAATATCTGTAATAATG
Unaligned ( gi|17 ): TGCCCCATTTTCCAATCTCTGCAAAAATGCAAAATACCCACATTTGTAGACATTACCTCATTACAAAATAACTAGTGTACAGTAAGTGATCAATGAGCAATATATACTATTTTAATAACAATTATACA
Unaligned ( gi|18 ): TACTTCCTAAAGTCAACAAAAGTATTTGTTAAGCACATTTGTAAATATGACCTCATTGCACAGTCATTTGTACATACGACAATCCAATGATACATAATATCGTATGTGATGAAATAGCTTGCA
Unaligned ( gi|21 ): ATGACTATAGCAAAAACTCATGAATGGTTCTGAAATAATTTACAAAAGTCAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 11111 111111111111 22222222222222222222 111111111111111111 111111 3333333333333333 3333333 1111111 111111111111111111 22222222222222 1111 11111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111 1111
lowQualScore : 1 5555555 2 00000 1 3 444444444444 3 99999999999999999999 0 3 3 2 2 777777777777777777 1 1 77 111111 55 44 3 4 1 66 4444444444444444 44 1 6 99999 4 1111111 3333333 4 0 666666666666666666 1 22222222222222 4 5 7777 22222 0000 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 3 1 3 3 6666 3 111111111111111111111111111111111111 1 1 1 0 6 3333 1 2 99
lowQualScore : . ....... . ..... . . ............ . .................... . . . . . .................. . . .. ...... .. .. . . . .. ................ .. . . ..... . ....... ....... . . .................. . .............. . . .... ..... .... ................................................................. .. . . . . .... . .................................... . . . . . .... . . ..
lowQualScore : 9 4444444 3 00000 4 6 333333333333 6 55555555555555555555 4 6 6 2 0 555555555555555555 2 2 11 555555 66 88 2 0 5 22 1111111111111111 11 1 4 99999 0 9999999 0000000 0 7 555555555555555555 6 44444444444444 4 0 4444 55555 6666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 9 4 6 0 1111 2 555555555555555555555555555555555555 7 7 0 3 7 2222 0 5 22
consensus : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACA-----TATAATTAGT-ATTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ATTAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--TAG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCTG-AAGGTGTCCACTC-CAATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAAAAG--C-TAAA---ATATATCCTA-AGTCTAAA---A-T-TAATA------TAATGTCCA-------G-ATGTTCCAAT-A-----AANTGATA-GTTTTAAAATATCC----GAT---AT-AA-TATA-TANC-TCTCA-----CT----GAATA---------A-------C----------------AA---A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACAAATATCT------TAT----------T---------------CATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
Reference ( family-842 ) : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACA-----TATAATTAGT-ATTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ATTAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--TAG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCTG-AAGGTGTCCACTC-CAATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAAAAG--C-TAAA---ATATATCCTA-AGTCTAAA---A-T-TAATA------TAATGTCCA-------G-ATGTTCCAAT-A-----AANTGATA-GTTTTAAAATATCC----GAT---AT-AA-TATA-TANC-TCTCA-----CT----GAATA---------A-------C----------------AA---A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACAAATATCT------TAT----------T---------------CATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
gi|1 : AATCAATTAATGTTTGA-A------ATAGTATTACA-----TATAATTAGC-ATTTACTA--------A---ATTTCAC-A--------------------GCTCA-A-----AATAAC-------GAA----------GTAACTTATTATGTCCTTCGT------GTCCGG-AATGTATGAAGTC-CAATATCCAAATTCCAAATGTTATAATGTCCTAAGG--TGCAAA---CTATGTACCA-AGTC---A---A-TATAAAA------CAATATACA-------G-ATATTCCAAC------------------------ATATCC----AAT---AT-GA-T-TA-TACA-TCCCA-----TT----GAATA---------A-------C----------------AATCGAAGCCATACAGATT------------AA--CACAATAAAATATCT-TACAATA--------TA-CATAT--TTTATGATACACAAATATAT------CAT----------TATGAATTAC------TATGGTGTGCTCAGGAAGAATTCAC-GAATTCAAAAACTTTTTAGGACAATTATGATAATCGTA-GAAC---TTTCAAGAAGAAGCAAGTTTGTAT--AA
gi|10 : cgtgtacaataaaaataaaatgttgcaacaacaaCCAACAAGTGTTTAATACATGTAATTTTGTTATA-----TTTAATTAGT-GTTTAATA--------A---AATACAA-A--------------------GTTG---T-ACAAATA-T-------GGCCCTAGCCTAA---ACTTGTGATGTCTGTCGTGCATGTATCCCA-AAGATGTCCATTC-CGATATCTAAATTCCCGCTTTTACAATGGCTAAAAAATC-TAAA----TATATCCAA-AGACTAAA---A-T-TAAT-------TAATGTCAATTATGTTG-ATGAT---AT-A-----TATT-ATA-GCTTCAAAGTATCC----AAT---AT--A-TATtt
gi|11 : gtgtaaaataaacaaatgaggcaacagaaaaggtaaacAACCAACAGATGCCCGCTA------GTATTATTGCA-----TACAATTAGT-ATTT-CTA--------A---AATACAA-A--------------------TTTAA-AT-AAA-----T-------AGA--TA----AAGTAACGTGCGATGTCC---------------T------TATCCACTT-CCATTTCAGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAACCGT-C-CAAAACCATATGTCATT-TATCCAAA---G-T---GT-------TAATATCCA-------G-ATGTTCTAATCACATGTAAGTGATA-GTTTTTAAACATCC----AAT---
gi|12 : atgacgaaaacgaaaaagtgaTATCT-CACAATAAACTATAGCAATAAAATTTGTATGATAAACAAATATCTGGTTTATAT----------TA--------------TATGGAATGTTCTGGAAGAATCTATAAAAG---------TTGT--AACAATCATAATTAACTTACCAATACCATTAAAGAGAGTTCAAGTTTGCAT--AAAAAGCttgtggaaataaccaaataccaatgcaaat
gi|13 : CAGAAGTCAGATACATTGTAGAACAATTATAATTAGCTGA-ATAT---ATTTGAGAAGATTCAAGTGT-GATTCAAATAttgtttaccaataaaaagaattttcagaattatgatcttccttctcaactctaaaatgatacaagtgaccacattatcaataatacacatgcatatgtgacaatttta
gi|14 : aattgtACAAAAGTCAAATACATTGTAGAGAAATGATAATAAACCTA-GAAG---ATTCAATAAAATTTAATTTTGGAT--AAATAGcatgtatattactctggaaattcttttattatcagaacattgacctactttctcaactctacaaaaatatcactgacctacatttgtaaatatgaccacatttcacaatggctagtacgcaacaattaaataatcgatgatacccaatatacatgtgataatatcatgtataat
gi|16 : tgAAAG--C-CA------TTTATCCTG-AGTCAAAG---A-T-TAAT-------TAATGACCA-------G-ATGTTGCAAT-A-----AA---------TTTAAAATATCCATAAGA----AT-AA-TATA-T-CC-TCTCG-----CT----GAATACCAATAAACA-------C----------------AG---AG-----------T------------AA--CACAATAATGTATCT-CGATATAAACCAtttcgtctaccaattgaaagaaaatgtagaacattaaaatacatgtactttctcaaccttgcaaagcaacatgaggcccacatttgcaaatatgacc
gi|19 : A--CACAGTAATACACAT-TACAATTAACTATAGCA-CAACTTCTTTATGATAAACACATGTCC------TATATATATAATAT---------------CATGGTATGTTCTGTAA-AATCTACA
gi|2 : AACCAAAACATGTTTTACA------ATTTTATCATA-----TATAATATTT-ATTCACTA--------ATAAGATACAC-A--------------------ATCAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--TAG---AAGTAACTTGTGATATCCACCGT------ATACTC-AAGGAATCCGATC-CAATATCCAGATTCGATATGTTATAAAGTCCAAAAA--C-TAAA---ATATAACTTA-AGTCTAAACCCATT-TGATATCCATTTGATATCCA-------T-ATGTTGAGAT-A-----AGTTGATA-ATTTTGAAATATCC----GAT---AT-AATTATGTTAAC-TCTCA-----CT----G--TA---------G-------C---------------------A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-TACAATAAACTACACGA-CAAACGCCTTATGGTAAACAAATAAC------------------------------------CATAGCGCGCTCTGTAAGAATCTATTAAAGTCTAATACAATGAAGCACAATGACGATTAACTTA-AAAG---ATTGAAGAAGATTCAAGTTTTGAT--TAATTGC
gi|20 : -ATTCACTA--------A---AATATAC-A--------------------ATTAA-AT-GAAAATAAT-------GAA--TGT---ACATAACTTGCGATGTC
gi|3 : AGCAAATGTTCAACA------TTTCTATTACATAAATTATAATAAGTAATTCACTATATTGTGTG---AATGCAT-AGCGATGTGTTTTTTAACATAATTAA-CT-AAAAATAAT-------TAT--TAT---ATTCATCTTGTAATGTCCGTCGT------ATCTTG-ATTGTGTCAACTC-CAATATTTGAATTCCTAATGTTTTAATGTCCAA----------------ATGTCCTT-CATCTAAA---A-T-TAA-A------T-ATGTTCA-------G-ATGTCCGAAT-A-----ATATGATA-GATTTGAAATATC-------T---A--------A-TAGC-TTTCA-----CT----GAATA---------A-------CGATCATACAGGTACTTAA---A------------TGAATCAGAAATCAA--CACAATGATATATTT-CACAATAAATTAAAGCA-CAAATTCATTGTAATTAACAAATATCT------TCT----------T---------------TAT
gi|4 : aaaagattacgcaaccgataagacgaaAACCAACAAATGTTAAGCA------GTTTTATTCCC-----TAAAATAAGT-ATTTACTA--------T---AATACAC-A--------------------ATTAA-ATAAAAAAAAAT-------GAA--TAG---AAATAGCTTACAATATCCATTGT------ATTCTG-AAGGTTTTCATT---GAGGCCC----TCTAGATGTTGTTATGACCAAAAGTCC-AAAA---ATATATCCCA-AGTCTAAA---A-T-T-ATA------TAATGTCCA-------G-ATATTCCAAT-G-----AACTGATC-ATTTTAAAGTAGCC----ATT---AGAAA-TATA-TATTATTTCA-----CT----GAATG---------ATAGCAACC----------------AA---AGTCACATAT---T------------AA--CACAGCAATAAATCT-CACAATAAACTccaaa
gi|5 : aaaagatgacgcaacagaaaaaaagcaaAATCAACAAATATTTATGA------ACTTT--TATA-----TATATTTAGT-TTTCATTA--------A---AACACAT-A--------------------ATTAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--T-T---AAGTTACTTTCATTGTCGG-----------CCCTG-GTGGTGTTCACTCTTAAAATTCAAATTCCAAATGATATAATGTCCAA-------TAA------ATATCCTA-AGAC-AAA---A-T-TAAT-------TATTGTCCA-------G-ATGTTCCAAT-A-----AGACGACA-GATATAAAATATCC----AA-------AG-TATA-T----TCGCA-----TTTGAGGAA-A---------A-------CACAG------------AA---A------------T-------------A--CACAAT------TTT-CATGATAAACTAAA-C--CAAAT
gi|6 : gtgttactttaacaataaaacgcagacgaagcaacagaaaacgtgaAACCATCAAATGTTTAACA-------CTTTATTAAA-----TATGATAAGC-ATTTACTG--------A---AATACACGA--------------------ATGGATAT-AAACATAATGAATGACGAA--TAG---AAATAACTTGC---GTACGGCGT------ATCCTGCAA---GTCTA-----AAC------ATTCTAAATGTTCTATTGTCCAGAAG--T-TCAA---AAATCTCGTATAG-CCAAA---G-T-TAAT-------TAATGTCAA-------G-GTGTTCTAAT-A-----AATGGATACATTTTAAACTATAC----GATCGAAT-TA-TATA-T-CC-TCTAA-----CT----GAAT----------A-------C----------------AA---T------------T------------TATCCAAAATCACGTAAATACACAATAAatat
gi|7 : atacagtatcaaggagacgacgcaaaagaaaataaatga------------AA--CATAATGATGTATCT-CCCAACAATCTAGAGTA-CAAACTCTTTATGATGAACACATATCT------TAT----------TTATATAAAAAAGTGTCATGGTACTTTCTGGAAGAATCTACAAAAGCCAAGTACACCATAGAACAATCATAATTAGCTT--AAAT---ATTCAGAAAAATTTTAATATGGAT--AAATAGC
gi|8 : AAACAATTAACGTTTAGCA------ATTA-ATTGCA-----TATCATTAAT-TTCTACTA--------A---GAAACAC-A--------------------GTCAA-AT-AAAAA----------------------AAGTAGCCTACGCTGTCAAACGT------ATTCCG-AAAATGACAACTC-GAATATCAAAATTCCAAACATTAAAATGTCTAttgtttaccaataatgtccaaaactactttatcaacatacgatcgataacgtttaacatgacctcattgtaaaatcacaagtacacactaaccaaataatcaataataatgcaaaatattatgagtgaaagttatacgtat
gi|9 : ttgttttggcaaaatccaatgtaaaaaagttaatgctctatcacaatgaaatatcctataattgaaaaatgtggtaacttaaatgaaaaaaagaacaacacaattaaataagtgctaagagatgactggatgacacgtgtacaataacaatatgacacagcaaaaacctgTTTT-TTGCA-----TATAATTAGT-ACTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ACC----------------------GAA--TAG---AAGTAACTTGTGATATCCGTCGT------ATCCTT-AAGTTGTTCACTC-CAATGTCCGAATTCCAGATG----AGTGTCCGGAAA--T-TGAA---A-ATAC-----AATTTAAA-------TAAT----------TGGTCA-------GTGTGTTCCAGT-A-----AATTGATACTTTTTTAAGTATCC----AAT---ATAAA-TATA-TAAT-TTTCATCATCCT----GAATA---------A-------C----------------AA---T------------T------------AT--TAC-ATGGTA----T-CACAATAA
blockSeqs : T CATGTAA G TAAAT T A TATTGTGTG G GCGATGTGTTTTTTAACATA T A T A GAATGACGAATAG G G GT GCATGT GC GA T T A TA CCGTCCAAAACCAT AT A T CCCAT . ATCCATT TTATGTT T CACATGTAAGTGATAGT A ATAAGAATA T T ATTA TCATC TGAG ACGATCATACAGGTACTTAAATGAATCAGAAATC TC A T A T GCAA T TTATTTATATAAAAAAGTGT A T C C TACC A G TC
blockSeqs : T G A . T . ATAA . . . . T A GGCCCTAGCCT G G AC . A GG C . T AG AAGTCCAAAAAT A T C A . A . . AAATGGATACAT T GATCGAATT . . AAC . . ATAGCAACCAAAGTCACATATT . A T . T GCA T CTATATATATAATAT A T T . T T G .
blockSeqs : C A A . A . A . . . . T A GAATAG A G GT . C TG A . A CA AAAATCTAAAT T T A G . A . . AAATTGATACTT A ATTAGAA . . AGC . . CCAATAAACACAGAGT . G C . C CGA G TGGTTTATATTA A T G . G C T .
blockSeqs : C T A . A . A . . . . T A GAATGT T G AT . G GG C . A TG AAACTAAAAT G T T A . . . . AAGTTGATAAT G AATATAA . . AAT . . ACACAGAAAT . G T . A GCA T TTCTT A C G . G G G .
blockSeqs : C G A . A . A . . . . A A TATTAT A A GG . G GG T . G CA AAGTTCAAAA A T T A . . . . AATATGATAGA G GATATA . . CC . . ACAATT . A T . A GTA T . T . C . T C . .
blockSeqs : G A A . T . T . . . . T A GAATAG G A AA . G AA C . A AA AAATTGAAA T T T A . . . . GAACTGATCAT A AATAT . . CC . . ACAATT . C A . G C A
blockSeqs : C A A . A . A . . . . T . GAATAG A A GT . G GT C . A CG AAGCCAT A A C A . . . . AAGACGACAGA A AAA . . . . . GCAT . G T .
blockSeqs : C . . . T . A . . . . . . AGATA G G G . T . C . G C TAA A T T G . . . . ATATTATAGC A TA . . G T .
blockSeqs : . . T . A . . . . . . GAATT G G . . . . . . . . . . . . . . . . . AAA T . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : GAATAG************ AAGTCCAAAAAT**** ******* AAATTGATAGT******* AATANAA******* GCA* TTNTTTATATTGT***********************
originalCons : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACA-----TATAATTAGT-ATTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ATTAA-AT-AAAAATAAT-------GAA--TAG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCTG-AAGGTGTCCACTC-CAATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAAAAG--C-TAAA---ATATATCCTA-AGTCTAAA---A-T-TAATA------TAATGTCCA-------G-ATGTTCCAAT-A-----AANTGATA-GTTTTAAAATATCC----GAT---AT-AA-TATA-TANC-TCTCA-----CT----GAATA---------A-------C----------------AA---A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACAAATATCT------TAT----------T---------------CATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
finalCons : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACA-----TATAATTAGT-ATTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ATTAA-AT-AAAAATAATGAATAG------------AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCTG-AAGGTGTCCACTC-CAATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAAAAGTCCAAAAAT----ATATCCTA-AGTCTAAA---A-T-TAAT-------TAATGTCCA-------G-ATGTTCCAATAAATTGATAGT-------TTTAAAATATCCAATANAA-------A-TATA-TANC-TCTCA-----CT----GAATA---------A-------C----------------AA---A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACAAATATCTTNTTTATATTGT-----------------------CATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAATCATCAAAAGGCAAATGCATCGTAAACGAATATAATAAACTTAGAATATTATATAAGTTCCATTCTATATGGTTTGTCAATTCCAAAACATTTGCCTACTACCTCAACTTTACAAAATACATCTGACCAATATCTGTAATAATG
Unaligned ( gi|17 ): TGCCCCATTTTCCAATCTCTGCAAAAATGCAAAATACCCACATTTGTAGACATTACCTCATTACAAAATAACTAGTGTACAGTAAGTGATCAATGAGCAATATATACTATTTTAATAACAATTATACA
Unaligned ( gi|18 ): TACTTCCTAAAGTCAACAAAAGTATTTGTTAAGCACATTTGTAAATATGACCTCATTGCACAGTCATTTGTACATACGACAATCCAATGATACATAATATCGTATGTGATGAAATAGCTTGCA
Unaligned ( gi|21 ): ATGACTATAGCAAAAACTCATGAATGGTTCTGAAATAATTTACAAAAGTCAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 11111 111111111111 22222222222222222222 111111111111111111111 111111 11111 1111 11111111 1111111 111111111111111111 2222 11111 1111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444444444444444 1111
lowQualScore : 1 5555555 2 00000 1 3 444444444444 3 99999999999999999999 0 3 2 999999999999999999999 1 1 33 111111 0 55 44 3 4 1 66 0 11111 5555 1 4 1 8 777 44444444 3333333 0 777777777777777777 1 3 4 4 4 5 2222 22222 0000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 3 1 3 3 6666 3 9999 000000000000000 1 2 0 0 1 0 6 3333 1 2 99
lowQualScore : . ....... . ..... . . ............ . .................... . . . ..................... . . .. ...... . .. .. . . . .. . ..... .... . . . . ... ........ ....... . .................. . . . . . . .... ..... .... ................................................................... .. . . . . .... . .... ............... . . . . . . . .... . . ..
lowQualScore : 9 4444444 3 00000 4 6 333333333333 6 55555555555555555555 4 6 2 999999999999999999999 2 2 77 555555 7 66 88 2 0 5 22 9 00000 6666 5 0 1 8 000 55555555 0000000 7 666666666666666666 6 4 1 0 4 0 9999 55555 6666 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 9 4 6 0 1111 2 7777 222222222222222 0 5 4 1 0 3 7 2222 0 5 22
consensus : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACA-----TATAATTAGT-ATTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ATTAA-ATAAAAATAA-T-------GAA--TAG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCTG-AAGGTGTCCACTCC-AATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAAAAG-TCCAAAA--ATATATCCTA-AGTCTAAA---ATT--------AATTAATGTCCA-------GATGTTCCAAT-A-----AANTGATA-GTTTTAAAATATCCAATATAANT-ATA-TA-NC-TCTCA-----CT----GAAT-------AA-------C----------------A---A---A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACAAATATCTTATTTAT--ATAA-----TATCATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
Reference ( family-842 ) : AACCAACAAATGTTTAACA------ATTTTATTACA-----TATAATTAGT-ATTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ATTAA-ATAAAAATAA-T-------GAA--TAG---AAGTAACTTGCGATGTCCGTCGT------ATCCTG-AAGGTGTCCACTCC-AATATCCGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAAAAG-TCCAAAA--ATATATCCTA-AGTCTAAA---ATT--------AATTAATGTCCA-------GATGTTCCAAT-A-----AATTGATA-GTTTTAAAATATCCAATANAAAT-ATA-TA-NC-TCTCA-----CT----GAAT-------AA-------C----------------A---A---A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-CACAATAAACTANAGCA-CAAATTCTTTATGATAAACAAATATCTTNTTTAT--AT-------TGTCATGGTACGTTCTGGAAGAATCTACAAAAGTCAAATACATTGTAGAACAATNATAATTAACTTA-AAAT---ATTCAAGAAGATTCAAGTTTGGAT--AAATAGC
gi|1 : AATCAATTAATGTTTGA-A------ATAGTATTACA-----TATAATTAGC-ATTTACTA--------A---ATTTCAC-A--------------------GCTCA-A----AATAA-C-------GAA----------GTAACTTATTATGTCCTTCGT------GTCCGG-AATGTATGAAGTCC-AATATCCAAATTCCAAATGTTATAATGTCCTAAGG-TGC-AAA--CTATGTACCA-AGTC-AAT---ATA--------AAACAATATACA-------GATATTCCAAC------------------------ATATCCAATATGATT-ATA-CA----TCCCA-----TT----GAAT-------AA-------C----------------A---ATCGAAGCCATACAGATT------------AA--CACAATAAAATATCT-TACAATA--------TA-CATAT--TTTATGATACACAAATATATCA-TTATGAAT-------TACTATGGTGTGCTCAGGAAGAATTCAC-GAATTCAAAAACTTTTTAGGACAATTATGATAATCGTA-GAAC---TTTCAAGAAGAAGCAAGTTTGTAT--AA
gi|10 : cgtgtacaataaaaataaaatgttgcaacaacaaCCAACAAGTGTTTAATACATGTAATTTTGTTATA-----TTTAATTAGT-GTTTAATA--------A---AATACAA-A--------------------GTTG---TACAAATA--T-------GGCCCTAGCCTAA---ACTTGTGATGTCTGTCGTGCATGTATCCCA-AAGATGTCCATTCC-GATATCTAAATTCCCGCTTTTACAATGGCTAAAAAATCTAAA----TATATCCAA-AGACTAAA---ATT--------AATTAATGTCAATTATGTTGATGAT---AT-A-----TATT-ATA-GCTTCAAAGTATCCAATATATAT-tt
gi|11 : gtgtaaaataaacaaatgaggcaacagaaaaggtaaacAACCAACAGATGCCCGCTA------GTATTATTGCA-----TACAATTAGT-ATTT-CTA--------A---AATACAA-A--------------------TTTAA-ATAAA------T-------AGA--TA----AAGTAACGTGCGATGTCC---------------T------TATCCACTTC-CATTTCAGAATTCCAAATGTTATAATGTCCAACCG-TCCAAAACCATATGTCATT-TATCCAAA---GT----------GTTAATATCCA-------GATGTTCTAATCACATGTAAGTGATA-GTTTTTAAACATCCAAT
gi|12 : atgacgaaaacgaaaaagtgaTATCT-CACAATAAACTATAGCAATAAAATTTGTATGATAAACAAATATCTGGTTTAT--AT-------TAT-ATGGAATGTTCTGGAAGAATCTATAAAAG---------TTGT--AACAATCATAATTAACTTACCAATACCATTAAAGAGAGTTCAAGTTTGCAT--AAAAAGCttgtggaaataaccaaataccaatgcaaat
gi|13 : CAGAAGTCAGATACATTGTAGAACAATTATAATTAGCTGA-ATAT---ATTTGAGAAGATTCAAGTGT-GATTCAAATAttgtttaccaataaaaagaattttcagaattatgatcttccttctcaactctaaaatgatacaagtgaccacattatcaataatacacatgcatatgtgacaatttta
gi|14 : aattgtACAAAAGTCAAATACATTGTAGAGAAATGATAATAAACCTA-GAAG---ATTCAATAAAATTTAATTTTGGAT--AAATAGcatgtatattactctggaaattcttttattatcagaacattgacctactttctcaactctacaaaaatatcactgacctacatttgtaaatatgaccacatttcacaatggctagtacgcaacaattaaataatcgatgatacccaatatacatgtgataatatcatgtataat
gi|16 : tg--ATTTATCCTG-AGTCAAAG---ATT--------AATTAATGACCA-------GATGTTGCAAT-A-----AA---------TTTAAAATATCC-ATAAGAATAATA-TATCC-TCTCG-----CT----GAATACCAATAAA-------C----------------ACAGA---G------------T------------AA--CACAATAATGTATCT-CGATATAAACCAtttcgtctaccaattgaaagaaaatgtagaacattaaaatacatgtactttctcaaccttgcaaagcaacatgaggcccacatttgcaaatatgacc
gi|19 : aaagccA--CACAGTAATACACAT-TACAATTAACTATAGCA-CAACTTCTTTATGATAAACACATGTCCTATATAT--ATAA-----TATCATGGTATGTTCTGTAA-AATCTACA
gi|2 : AACCAAAACATGTTTTACA------ATTTTATCATA-----TATAATATTT-ATTCACTA--------ATAAGATACAC-A--------------------ATCAA-ATAAAAATAA-T-------GAA--TAG---AAGTAACTTGTGATATCCACCGT------ATACTC-AAGGAATCCGATCC-AATATCCAGATTCGATATGTTATAAAGTCCAAAAA---CTAAA--ATATAACTTA-AGTCTAAACCCATTTGATATCCATTTGATATCCA-------TATGTTGAGAT-A-----AGTTGATA-ATTTTGAAATATCCGATATAATT-ATGTTA-AC-TCTCA-----CT----G--T-------AG-------C------------------------A------------T------------AA--CACAATGATATATCT-TACAATAAACTACACGA-CAAACGCCTTATGGTAAACAAATAAC----------------------CATAGCGCGCTCTGTAAGAATCTATTAAAGTCTAATACAATGAAGCACAATGACGATTAACTTA-AAAG---ATTGAAGAAGATTCAAGTTTTGAT--TAATTGC
gi|20 : -ATTCACTA--------A---AATATAC-A--------------------ATTAA-ATGAAAATAA-T-------GAA--TGT---ACATAACTTGCGATGTC
gi|21 : GTTCTGAAATAATTTACAAAAGTCAAA
gi|3 : atgactatagcaaaaactcatgaatgAGCAAATGTTCAACA------TTTCTATTACATAAATTATAATAAGTAATTCACTATATTGTGTG---AATGCAT-AGCGATGTGTTTTTTAACATAATTAA-CTAAAAATAA-T-------TAT--TAT---ATTCATCTTGTAATGTCCGTCGT------ATCTTG-ATTGTGTCAACTCC-AATATTTGAATTCCTAATGTTTTAATGTCCAAATG-TCC-----------TTC----ATCTAAA---ATT--------AAAT-ATGTTCA-------GATGTCCGAAT-A-----ATATGATA-GATTTGAAATATCTA-----------A-TA-GC-TTTCA-----CT----GAAT-------AA-------CGATCATACAGGTACTTA---A---A------------TGAATCAGAAATCAA--CACAATGATATATTT-CACAATAAATTAAAGCA-CAAATTCATTGTAATTAACAAATATCTTCTTTAT--
gi|4 : aaaagattacgcaaccgataagacgaaAACCAACAAATGTTAAGCA------GTTTTATTCCC-----TAAAATAAGT-ATTTACTA--------T---AATACAC-A--------------------ATTAA-ATAAAAAAAAAT-------GAA--TAG---AAATAGCTTACAATATCCATTGT------ATTCTG-AAGGTTTTCATT---GAGGCCC----TCTAGATGTTGTTATGACCAAAAG-TCCAAAA--ATATATCCCA-AGTCTAAA---ATT--------ATATAATGTCCA-------GATATTCCAAT-G-----AACTGATC-ATTTTAAAGTAGCCATTAGAAAT-ATA-TA-TTATTTCA-----CT----GAAT-------GATAGCAACC----------------A---A---AGTCACATAT---T------------AA--CACAGCAATAAATCT-CACAATAAACTccaaa
gi|5 : aaaagatgacgcaacagaaaaaaagcaaAATCAACAAATATTTATGA------ACTTT--TATA-----TATATTTAGT-TTTCATTA--------A---AACACAT-A--------------------ATTAA-ATAAAAATAA-T-------GAA--T-T---AAGTTACTTTCATTGTCGGCC-----------CTG-GTGGTGTTCACTCTTAAAATTCAAATTCCAAATGATATAATGTCCAA------TAAA------TATCCTA-AGAC-AAA---ATT--------AATTATTGTCCA-------GATGTTCCAAT-A-----AGACGACA-GATATAAAATATCCA----AAGT-ATA-T-----TCGCA-----TTTGAGGAA--------AA-------CACAG------------A---A---A------------T-------------A--CACAAT------TTT-CATGATAAACTAAA-C--CAAAT
gi|6 : gtgttactttaacaataaaacgcagacgaagcaacagaaaacgtgaAACCATCAAATGTTTAACA-------CTTTATTAAA-----TATGATAAGC-ATTTACTG--------A---AATACACGA--------------------ATGGATATAAACATAA-TGAATGACGAA--TAG---AAATAACTTGC---GTACGGCGT------ATCCTGCAA---GTCTA-----AAC------ATTCTAAATGTTCTATTGTCCAGAAG-TTCAAAA----ATCTCGTATAG-CCAAA---GTT--------AATTAATGTCAA-------GGTGTTCTAAT-A-----AATGGATACATTTTAAACTATACGATCGAATT-ATA-TATCC-TCTAA-----CT----GAAT--------A-------C----------------A---A---T------------T------------TATCCAAAATCACGTAAATACACAATAAatat
gi|7 : atacagtatcaaggagacgacgcaaaagaaaataaatga------------AA--CATAATGATGTATCT-CCCAACAATCTAGAGTA-CAAACTCTTTATGATGAACACATATCTTATTTAT--ATAAAAAAGTGTCATGGTACTTTCTGGAAGAATCTACAAAAGCCAAGTACACCATAGAACAATCATAATTAGCTT--AAAT---ATTCAGAAAAATTTTAATATGGAT--AAATAGC
gi|8 : AAACAATTAACGTTTAGCA------ATTA-ATTGCA-----TATCATTAAT-TTCTACTA--------A---GAAACAC-A--------------------GTCAA-ATAAAAA-----------------------AAGTAGCCTACGCTGTCAAACGT------ATTCCG-AAAATGACAACTCG-AATATCAAAATTCCAAACATTAAAATGTCTAttgtttaccaataatgtccaaaactactttatcaacatacgatcgataacgtttaacatgacctcattgtaaaatcacaagtacacactaaccaaataatcaataataatgcaaaatattatgagtgaaagttatacgtat
gi|9 : ttgttttggcaaaatccaatgtaaaaaagttaatgctctatcacaatgaaatatcctataattgaaaaatgtggtaacttaaatgaaaaaaagaacaacacaattaaataagtgctaagagatgactggatgacacgtgtacaataacaatatgacacagcaaaaacctgTTTT-TTGCA-----TATAATTAGT-ACTTACTA--------A---AATACAC-A--------------------ACC----------------------GAA--TAG---AAGTAACTTGTGATATCCGTCGT------ATCCTT-AAGTTGTTCACTCC-AATGTCCGAATTCCAGATG----AGTGTCCGGAAA-T-TGAAA--ATACAATTTA-AAT----A---ATT--------GGTCAGTG-------------TGTTCCAGT-A-----AATTGATACTTTTTTAAGTATCCAATATAAAT-ATA-TA-AT-TTTCATCATCCT----GAAT-------AA-------C----------------A---A---T------------T------------AT--TAC-ATGGTA----T-CACAATAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAATCATCAAAAGGCAAATGCATCGTAAACGAATATAATAAACTTAGAATATTATATAAGTTCCATTCTATATGGTTTGTCAATTCCAAAACATTTGCCTACTACCTCAACTTTACAAAATACATCTGACCAATATCTGTAATAATG
Unaligned ( gi|17 ): TGCCCCATTTTCCAATCTCTGCAAAAATGCAAAATACCCACATTTGTAGACATTACCTCATTACAAAATAACTAGTGTACAGTAAGTGATCAATGAGCAATATATACTATTTTAATAACAATTATACA
Unaligned ( gi|18 ): TACTTCCTAAAGTCAACAAAAGTATTTGTTAAGCACATTTGTAAATATGACCTCATTGCACAGTCATTTGTACATACGACAATCCAATGATACATAATATCGTATGTGATGAAATAGCTTGCA