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lowQualScore                  :             3333       55   3        33333      1    55555      3333  2   222222222222222222222222222222222222222222222222222222  000000000  0000000000000000000000000000000000000000000000             9       
lowQualScore                  :             ....       ..   .        .....      .    .....      ....  .   ......................................................  .........  ..............................................             .       
lowQualScore                  :             3333       99   8        66666      4    00000      0000  9   888888888888888888888888888888888888888888888888888888  444444444  9999999999999999999999999999999999999999999999             4       
consensus                     :   TTGTCATTGC----ATTGATG-GATAAATGTTATA-----ATTCAT-TTTA-----TTTTGT----TC-TTG---------T-TG------------T-T------------T-------------TG---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
Reference ( gi|15 )           :   TTGTCATTGC----ATTGATG-AATAGATGTTATA-----ATTCAT-TTTA-----TTTTGT----TC-TTG---------T-TG------------T-T------------T-------------TG---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTACGTTTCTT
gi|18                         :   TTGTCATCGC----ATTGGTG-GACAGATGTTATA-----ATTAAT-TTTA-----TTTTGT----TC-TTG---------T-TG------------T-T------------T-------------TG---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATGCCATGTACTTTTCTT
gi|14                         :   TTGTCATTCA----ATTGATG-GATCGATGTTTTA-----ATTAAT-TTGA-----TTTTGT----TC-TTG---------T-TG------------T-T------------T-------------TG---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTACGTTTCTT
gi|19                         :   TTGCCATTGC----ATTGATG-GATAGATGTAATA-----ATTCAT-TATA-----TTTTGT----TC-TTG---------T-TG------------T-T------------T-------------TA---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATG-CATGCACGTTCCTTt
gi|17                         :  tTTGTCATTCC----ATTGATG-GATTGATGTTAAA-----ATTAAT-TTTC-----TTTCAT----TC-TTT---------T-CA------------T-T------------T-------------TG---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATATCATGTAAGTTTCTT
gi|12                         :   TTTTCATTGC----TTTGTTT-AATAAATGTTATA--------TAT-TTTA-----TTTTGT----TG-CTGT--------T-TG------------TAT------------TCCA----------TG---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATGTCATGTA
gi|16                         : tttTGTCATTGC----ATTGATG-AATAACTGTTATA-----ATTCAT-TTTA-----TTTTGT----TC-TGG---------T-TG------------T-T------------T-------------TG---------TT----------------------G-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTTattttactctt
gi|22                         :   cTGTCATTGC----ATTGATG-GGTAGATGTTTTA-----ATTCAT-TTTA-----GTTTTT----TC-TTG---------T-TG------------T-T------------T-------------AG---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
gi|28                         :    TGTCATTGC----ATTGATG-GATATATGTT-TA-----ATTCAT-TTGA-----TTTTGT----T----A---------T-TA------------T-T------------T-------------TG---------TG----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCT
gi|21                         :     GTCATTGC----ATTAATG-GATAGATGTTATA-----ATTCAT-TTTA-----TTTTGT----TCTTTG---------T-CA------------T-T------------T-------------TG---------TT----------------------A-----A-----------------ATTATATCAAGTAAATTTCTT
gi|30                         :      TCATTAC----ATTAATG-GATATCTGTTAT--------TCGT-TTTA-----TTTTGT----TC-TTG---------T-TG------------T-T------------T-------------TG---------TT----------------------A-----A-----------------ATACCGTCATGT
gi|25                         :     ttCATTGC----AGTGATG-GATAGATTTTATA-----ATTCAT-TTTG-----TTTTGT----TC-TTA-----------TG------------T-T------------T-------------TG---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAATTTCTTct
gi|24                         :      cCATTGC----ATTGATG-GATAGATGTTATT-----ATACATGTTCA-----TTTTGT----TC-TTG---------T-TG------------T-T------------T-------------TG---------AT----------------------A-----A-----------------ATAAT-TCATGTACGTTTCTT
gi|26                         :       CATTTC----ATTGATG-GATAAATGTTATA-----ACTCGT-TTTA-----TTATGT----TC-------------C-TG------------A-T------------T-------------TG---------TT----------------------A-----A-----------------ATAACGACATGTATGTTTC
gi|23                         :      taATTGCTTTGATTGATA-AATA-ATG--ATA-----ATTCTT-TTTA-----TTTTGT----TC-AGG---------T-TG------------T-T------------T-------------TG---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTTATGTAAGTTTCTTat
gi|1                          :       aATTGC----ATTCATG-GATAAATGTTACA-----ATTCAT-TTTA-----TTTTGT----TG-TTGTTTTTAGCTT-TG------------T-T------------T-------------TG---------TTTTTGTCTTCG------------ATGTTTA-----------------ATAATGCCATGTAAGCTTCTa
gi|20                         :        ATTGC----ATTGATG-GATAAATGTTA-A-----AT--AC-GTTG-----TTTTGT----TT-TTT---------T-TC------------T-T------------TTCATCGA------TG---------TT----------------------T-----G-----------------ATAATATCATCTACGTTTCTT
gi|11                         :        ATTAC----GTTGATG-TATACATGTTACA-----ATTCTT-TTTA-----TTTTAT----TT-TTG---------T-TGGTTGTTTCT---T-T------------TGTCTTCGA-----TG---------TT----------------------A-----G-----------------ATACTGTCATGAAAGTTTC
gi|10                         :        ATTGC----ATTGATG-GATAAATGTTATATTTTTATT-AT-TTTG-----TTCTTT----TC-TTT---------T-TC------------T-T------------TTTTTTGTCTTCGATG---------TT----------------------A-----A-----------------ACAATGTCATATAAGTATC
gi|13                         :        ATTGC----ATTGATG-GATATTTGTTTTA-----ATTAAT-TTTAG----TTGTTT----TCTTTA---------TGTG------------T-C------------TACGA---------TG---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATGTCTTGTAAGGTTCTT
gi|5                          :         TTGC----ATTGTTG-GATAAATGATATA-----ATTCA---TTG-----TTTCGT----TC-TTG---------T-TG------------T-T------------T-------------TG---------
gi|4                          :         TTGC----ATTGTTG-GATAAATGATATA-----ATTCA---TTG-----TTTCGT----TC-TTG---------T-TG------------T-T------------T-------------TG---------gttttcttttctttttctttgatgttagataatgttacataagtttc
gi|3                          :            C----ATTGATG-AATAAACGTTACA-----ATTCAT-TTTATTTATTTTCGTTTTATC-TTGTGTTTTTTTT-TG------------T-C------------TTCGA---------TG---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTATCTTgttttcttttctttttctttgatgttagataatgttacataagtttct
gi|8                          :          ttC----ATTAATG-TATAAATACTATA-----ATTCTT-TTTA-----TTTTGT----TC-TTGACGTT----T-TGGTAATC------T-TTTTTTGTGTTTAT-------------TG---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAATTTTC
gi|7                          :            C----ATTAATG-GATAAATGTTTCA-----ATAGAT-TTTA-----TTTTGT----TC-TTA---------T-TG------------T-C------------T-------------TGGTGTTCT--TT----------------------G-----ATTTGTATTCAATGTTCGATAATGTCATGTAAGTTT
gi|2                          :            C----ATTGATGGAAAAAAAATT-TA-----ATTAAT-TTTA-----TTTTGT----TC-TTGTT-------T-TGGTTTCCTTTTTTT-T------------T-------------TGTCTTCGAGTTT----------------------A-----A-----------------ATAATGCAATGTAAATTTCTT
gi|9                          :            a----ATTAATG-TATAAATACTATA-----ATTATT-TTTA-----TTTTGT----TC-TTGACGTT----T-TGGTAATC------T-TTTTTTGTGTTTAT-------------TG---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAATTTTCt
gi|31                         :                                    TA-----ATTCAT-GTTA-----TGTTGT----TC-TTA---------T-TG------------T-T------------T-------------TG---------TG----------------------G-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
gi|29                         :                                   tTA-----ATTCAC-TTTA-----TTTTGT----TC-TTG---------T-TG------------T-TG-----------T-------------TG---------TTTTCTTTTTTTGTCTTTGATGTCA-----A-----------------ATAATGCCATGTAAGTTTCT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ATTAATTGATAAAATTATTGTTATTATTCATTTTATTTCGTTGTTGTTATTATTGTTGTCTTCTTTTGTCTTATTTTAAATAATGTCATGTAATTTT
Unaligned ( gi|27 ): AATTTTATAATTCATTTCATTTTGTTCTCGTTCAGAACAGTTCTTTTTTGTTTTTGATGTTAACTAATGCCATGTAAGC






Alignments
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lowQualScore                  :                         33333  1     33333      1    1 33333      2222 2  2222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333 99999999999999999                     
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lowQualScore                  :                         44444  4     22222      3    3 22222      7777 6  7777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222 00000000000000000                     
consensus                     :  TTGTCATTGCATTGATGGATAAA-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
Reference ( family-825 )      :  TTGTCATTGCATTGATGGATAAA-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
gi|1                          :       ATTGCATTCATGGATAAA-----TG-TTACA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----G-TT----GTTTTTAGCT--------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TTTTTGTCTTCG------------ATGTTTA-----------------ATAATGCCATGTAAGCTTCT
gi|10                         :       ATTGCATTGATGGATAAA-----TG-TTATATTTTTATT-AT-TTTG-T-----TCTTTT----C-TT----T-----------------T---------T---------C------------T-T-TTTTTTGTCTTCGAT------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ACAATGTCATATAAGTATC
gi|11                         :       ATTACGTTGATGTATACA-----TG-TTACA-----ATTCTT-TTTA-T-----TTTATT----T-TTGTTGG-----------------T---------T---------G------------T-T-TCTTTTGTCTTCGAT------------------------G---------TT----------------------A-----G-----------------ATACTGTCATGAAAGTTTC
gi|12                         :  TTTTCATTGCTTTGTTTAATAAA-----TG-TTATA--------TAT-TTTA-T-----TTTGTT----G-CT----G-----------------T---------TT--------G------------TAT-TCCA----------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATGTCATGTAATTTT
gi|13                         :    tttATTGCATTGATGGATATT-----TG-TTTTA-----ATTAAT-TTTAGT-----TGTTTT----CTTT----A-----------------TG--------T---------G------------T-C-TACGA---------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATGTCTTGTAAGGTTCTTactctt
gi|14                         :  TTGTCATTCAATTGATGGATCGA-----TG-TTTTA-----ATTAAT-TTGA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTACGTTTCTT
gi|15                         :  TTGTCATTGCATTGATGAATAGA-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTACGTTTCTTt
gi|16                         :   TGTCATTGCATTGATGAATAAC-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TG----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------G-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
gi|17                         : cTTGTCATTCCATTGATGGATTGA-----TG-TTAAA-----ATTAAT-TTTC-T-----TTCATT----C-TT----T-----------------T---------C---------A------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATATCATGTAAGTTTCTT
gi|18                         :  TTGTCATCGCATTGGTGGACAGA-----TG-TTATA-----ATTAAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATGCCATGTACTTTTCTT
gi|19                         :  TTGCCATTGCATTGATGGATAGA-----TG-TAATA-----ATTCAT-TATA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------A---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATG-CATGCACGTTCCTT
gi|2                          :          tCATTGATGGAAAAA-----AA-ATTTA-----ATTAAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----GTT---------------T---------T---------GGTTTCCTTTTTTT-T-T-------------T------------------------GTCTTCGAGTTT----------------------A-----A-----------------ATAATGCAATGTAAATTTCTT
gi|20                         :      aATTGCATTGATGGATAAA-----TG-TTA-A-----AT--AC-GTTG-T-----TTTGTT----T-TT----T-----------------T---------T---------C------------T-T-TTCATCGA------T------------------------G---------TT----------------------T-----G-----------------ATAATATCATCTACGTTTCTTt
gi|21                         :    GTCATTGCATTAATGGATAGA-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----CTTT----G-----------------T---------C---------A------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATTATATCAAGTAAATTTCTT
gi|22                         :   TGTCATTGCATTGATGGGTAGA-----TG-TTTTA-----ATTCAT-TTTA-G-----TTTTTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------A------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
gi|23                         :       ATTGCTTTGATTGATAAA-----TAATGATA-----ATTCTT-TTTA-T-----TTTGTT----C-AG----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTTATGTAAGTTTCTT
gi|24                         :     aCATTGCATTGATGGATAGA-----TG-TTATT-----ATACATGTTCA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------AT----------------------A-----A-----------------ATAAT-TCATGTACGTTTCTTa
gi|25                         :      CATTGCAGTGATGGATAGA-----TT-TTATA-----ATTCAT-TTTG-T-----TTTGTT----C-TT----A---------------------------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAATTTCTT
gi|26                         :     cCATTTCATTGATGGATAAA-----TG-TTATA-----ACTCGT-TTTA-T-----TATGTT----C-------------------------C---------T---------G------------A-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAACGACATGTATGTTTC
gi|27                         :                     taAA-----TT-TTATA-----ATTCAT-TTCA-T-----TTTGTT----C-TC----GTTCAGAACAGTTCTTTTT---------T---------G------------T-T-TTTGA---------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------CTAATGCCATGTAAGat
gi|28                         :   TGTCATTGCATTGATGGATATA-----TG-TT-TA-----ATTCAT-TTGA-T-----TTTGTT------------A-----------------T---------T---------A------------T-T-T-------------T------------------------G---------TG----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTc
gi|29                         :                                    TA-----ATTCAC-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-TGT-------------T------------------------G---------TTTTCTTTTTTTGTCTTTGATGTCA-----A-----------------ATAATGCCATGTAAGTTTCT
gi|3                          :           CATTGATGAATAAA-----CG-TTACA-----ATTCAT-TTTA-TTTATTTTCGTTTTATC-TT----G-----------------TGTTTTTTTTT---------G------------T-C-T-------------TCGAT--------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTATCTT
gi|30                         :   ttTCATTACATTAATGGATATC-----TG-TTAT--------TCGT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATACCGTCATGT
gi|31                         :                                  ttTA-----ATTCAT-GTTA-T-----GTTGTT----C-TT----A-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TG----------------------G-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTTct
gi|4                          :       tTTGCATTGTTGGATAAA-----TG-ATATA-----ATTCA---TTG-T-----TTCGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------TGGTTTTCTTTTCTTTTTCTTTGATG---------TT----------------------A-----G-----------------ATAATGTTACATAAGTTTCT
gi|5                          :        TTGCATTGTTGGATAAA-----TG-ATATA-----ATTCA---TTG-T-----TTCGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------TGGTTTTCTTTTCTTTTTCTTTGATG---------TT----------------------A-----G-----------------ATAATGTTACATAAGTTTC
gi|6                          :            ATTAATTGATAAAATTATTG-TTATT-----ATTCAT-TTTA-T-----TTCGTT----G-TT----G-----------------T---------TATTATTGTTGTCTTC-------T-T-T-------------T------------------------GTCTTATT--TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAATTTT
gi|7                          :           CATTAATGGATAAA-----TG-TTTCA-----ATAGAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----A-----------------T---------T---------G------------T-C-T-------------T------------------------GGTGTTCT--TT----------------------G-----ATTTGTATTCAATGTTCGATAATGTCATGTAAGTTT
gi|8                          :           CATTAATGTATAAA-----TA-CTATA-----ATTCTT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----GACGTT------------T---------T---------GGTAATCTTT---T-T-T-------------T------------------------GTGTTTATTGTT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAATTTTC
gi|9                          :            ATTAATGTATAAA-----TA-CTATA-----ATTATT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----GACGTT------------T---------T---------GGTAATCTTT---T-T-T-------------T------------------------GTGTTTATTGTT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAATTTTC





Alignments
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lowQualScore                  :                         33333  1     33333      1    1 33333      2222 2  2222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333 99999999999999999                     
lowQualScore                  :                         .....  .     .....      .    . .....      .... .  .... ............................................................................................................................... ..... .................                     
lowQualScore                  :                         44444  4     22222      3    3 22222      7777 6  7777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222 00000000000000000                     
consensus                     :  TTGTCATTGCATTGATGGATAAA-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
Reference ( family-825 )      :  TTGTCATTGCATTGATGGATAAA-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
gi|1                          :       ATTGCATTCATGGATAAA-----TG-TTACA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----G-TT----GTTTTTAGCT--------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TTTTTGTCTTCG------------ATGTTTA-----------------ATAATGCCATGTAAGCTTCT
gi|10                         :       ATTGCATTGATGGATAAA-----TG-TTATATTTTTATT-AT-TTTG-T-----TCTTTT----C-TT----T-----------------T---------T---------C------------T-T-TTTTTTGTCTTCGAT------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ACAATGTCATATAAGTATC
gi|11                         :       ATTACGTTGATGTATACA-----TG-TTACA-----ATTCTT-TTTA-T-----TTTATT----T-TTGTTGG-----------------T---------T---------G------------T-T-TCTTTTGTCTTCGAT------------------------G---------TT----------------------A-----G-----------------ATACTGTCATGAAAGTTTC
gi|12                         :  TTTTCATTGCTTTGTTTAATAAA-----TG-TTATA--------TAT-TTTA-T-----TTTGTT----G-CT----G-----------------T---------TT--------G------------TAT-TCCA----------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATGTCATGTAATTTT
gi|13                         :    tttATTGCATTGATGGATATT-----TG-TTTTA-----ATTAAT-TTTAGT-----TGTTTT----CTTT----A-----------------TG--------T---------G------------T-C-TACGA---------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATGTCTTGTAAGGTTCTTactctt
gi|14                         :  TTGTCATTCAATTGATGGATCGA-----TG-TTTTA-----ATTAAT-TTGA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTACGTTTCTT
gi|15                         :  TTGTCATTGCATTGATGAATAGA-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTACGTTTCTTt
gi|16                         :   TGTCATTGCATTGATGAATAAC-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TG----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------G-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
gi|17                         : cTTGTCATTCCATTGATGGATTGA-----TG-TTAAA-----ATTAAT-TTTC-T-----TTCATT----C-TT----T-----------------T---------C---------A------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATATCATGTAAGTTTCTT
gi|18                         :  TTGTCATCGCATTGGTGGACAGA-----TG-TTATA-----ATTAAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATGCCATGTACTTTTCTT
gi|19                         :  TTGCCATTGCATTGATGGATAGA-----TG-TAATA-----ATTCAT-TATA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------A---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATG-CATGCACGTTCCTT
gi|2                          :          tCATTGATGGAAAAA-----AA-ATTTA-----ATTAAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----GTT---------------T---------T---------GGTTTCCTTTTTTT-T-T-------------T------------------------GTCTTCGAGTTT----------------------A-----A-----------------ATAATGCAATGTAAATTTCTT
gi|20                         :      aATTGCATTGATGGATAAA-----TG-TTA-A-----AT--AC-GTTG-T-----TTTGTT----T-TT----T-----------------T---------T---------C------------T-T-TTCATCGA------T------------------------G---------TT----------------------T-----G-----------------ATAATATCATCTACGTTTCTTt
gi|21                         :    GTCATTGCATTAATGGATAGA-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----CTTT----G-----------------T---------C---------A------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATTATATCAAGTAAATTTCTT
gi|22                         :   TGTCATTGCATTGATGGGTAGA-----TG-TTTTA-----ATTCAT-TTTA-G-----TTTTTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------A------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
gi|23                         :       ATTGCTTTGATTGATAAA-----TAATGATA-----ATTCTT-TTTA-T-----TTTGTT----C-AG----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTTATGTAAGTTTCTT
gi|24                         :     aCATTGCATTGATGGATAGA-----TG-TTATT-----ATACATGTTCA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------AT----------------------A-----A-----------------ATAAT-TCATGTACGTTTCTTa
gi|25                         :      CATTGCAGTGATGGATAGA-----TT-TTATA-----ATTCAT-TTTG-T-----TTTGTT----C-TT----A---------------------------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAATTTCTT
gi|26                         :     cCATTTCATTGATGGATAAA-----TG-TTATA-----ACTCGT-TTTA-T-----TATGTT----C-------------------------C---------T---------G------------A-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAACGACATGTATGTTTC
gi|27                         :                     taAA-----TT-TTATA-----ATTCAT-TTCA-T-----TTTGTT----C-TC----GTTCAGAACAGTTCTTTTT---------T---------G------------T-T-TTTGA---------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------CTAATGCCATGTAAGat
gi|28                         :   TGTCATTGCATTGATGGATATA-----TG-TT-TA-----ATTCAT-TTGA-T-----TTTGTT------------A-----------------T---------T---------A------------T-T-T-------------T------------------------G---------TG----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTc
gi|29                         :                                    TA-----ATTCAC-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-TGT-------------T------------------------G---------TTTTCTTTTTTTGTCTTTGATGTCA-----A-----------------ATAATGCCATGTAAGTTTCT
gi|3                          :           CATTGATGAATAAA-----CG-TTACA-----ATTCAT-TTTA-TTTATTTTCGTTTTATC-TT----G-----------------TGTTTTTTTTT---------G------------T-C-T-------------TCGAT--------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTATCTT
gi|30                         :   ttTCATTACATTAATGGATATC-----TG-TTAT--------TCGT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATACCGTCATGT
gi|31                         :                                  ttTA-----ATTCAT-GTTA-T-----GTTGTT----C-TT----A-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TG----------------------G-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTTct
gi|4                          :       tTTGCATTGTTGGATAAA-----TG-ATATA-----ATTCA---TTG-T-----TTCGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------TGGTTTTCTTTTCTTTTTCTTTGATG---------TT----------------------A-----G-----------------ATAATGTTACATAAGTTTCT
gi|5                          :        TTGCATTGTTGGATAAA-----TG-ATATA-----ATTCA---TTG-T-----TTCGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------TGGTTTTCTTTTCTTTTTCTTTGATG---------TT----------------------A-----G-----------------ATAATGTTACATAAGTTTC
gi|6                          :            ATTAATTGATAAAATTATTG-TTATT-----ATTCAT-TTTA-T-----TTCGTT----G-TT----G-----------------T---------TATTATTGTTGTCTTC-------T-T-T-------------T------------------------GTCTTATT--TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAATTTT
gi|7                          :           CATTAATGGATAAA-----TG-TTTCA-----ATAGAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----A-----------------T---------T---------G------------T-C-T-------------T------------------------GGTGTTCT--TT----------------------G-----ATTTGTATTCAATGTTCGATAATGTCATGTAAGTTT
gi|8                          :           CATTAATGTATAAA-----TA-CTATA-----ATTCTT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----GACGTT------------T---------T---------GGTAATCTTT---T-T-T-------------T------------------------GTGTTTATTGTT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAATTTTC
gi|9                          :            ATTAATGTATAAA-----TA-CTATA-----ATTATT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----GACGTT------------T---------T---------GGTAATCTTT---T-T-T-------------T------------------------GTGTTTATTGTT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAATTTTC


blockSeqs                     :                         ATTAT  A     TTTTT      G    G TTATT      TTAT T  GTTG TTGTTTTGGTTTTCTTTTCTTTTTCTTTGATGTT                                                                                              .     TTTGTATTCAATGTTCG
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    T  .    TTGTTTTGGTTTTCTTTTCTTTTTCTTTGATGTT                                                                                              .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTTTGGTTTCCTTTTTTTTTTGTCTTCGAGTTT                                                                                               .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTGTTGTTGTTTTCTTTTTTTGTCTTTGATGTC                                                                                               .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    ACGTTTTGGTAATCTTTTTTTGTGTTTATTGTT                                                                                               .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    ACGTTTTGGTAATCTTTTTTTGTGTTTATTGTT                                                                                               .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTCAGAACAGTTCTTTTTTGTTTTTGATGTT                                                                                                 .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTATTATTGTTGTCTTCTTTTGTCTTATTTT                                                                                                 .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTCTTTTTTTTGTCTTCGATGTT                                                                                                         .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTGTTTCTTTTGTCTTCGATGTT                                                                                                         .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TGTTTTTTTTTGTCTTCGATGTT                                                                                                         .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTCTTTTCATCGATGTT                                                                                                               .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTGTCTTGGTGTTCTTT                                                                                                               .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTTGTATTCCATGTT                                                                                                                 .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TGTGTCTACGATGTT                                                                                                                 .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTGTTTTGTT                                                                                                                      .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTGTTTTGTT                                                                                                                      .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTGTTTTGTT                                                                                                                      .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TCATTTTGTT                                                                                                                      .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTGTTTTGTT                                                                                                                      .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTGTTTTATT                                                                                                                      .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TCATTTTGTT                                                                                                                      .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTGTTTAGTT                                                                                                                      .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTGTTTTGTT                                                                                                                      .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTGTTTTGAT                                                                                                                      .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    CTGATTTGTT                                                                                                                      .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTATTTTGTG                                                                                                                      .     .                
blockSeqs                     :                         .      .     .          .    . .          .    .  .    TTGTTTTGTT                                                                                                                      .     .                
blockSeqs                     :                                      .          .    . .          .    .  .    TTGTTTTGTG                                                                                                                      .     .                
blockSeqs                     :                                      .          .    . .          .    .  .    TGTTTTGTT                                                                                                                       .     .                


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                *****
originalCons                  :  TTGTCATTGCATTGATGGATAAA-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
finalCons                     :  TTGTCATTGCATTGATGGATAAA-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT





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lowQualScore                  :                         33333  1     33333      1    1 33333      2222 2  2222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333 99999999999999999                     
lowQualScore                  :                         .....  .     .....      .    . .....      .... .  .... ............................................................................................................................... ..... .................                     
lowQualScore                  :                         44444  4     22222      3    3 22222      7777 6  7777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222 00000000000000000                     
consensus                     :  TTGTCATTGCATTGATGGATAAA-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
Reference ( family-825 )      :  TTGTCATTGCATTGATGGATAAA-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
gi|1                          :       ATTGCATTCATGGATAAA-----TG-TTACA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----G-TT----GTTTTTAGCT--------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TTTTTGTCTTCG------------ATGTTTA-----------------ATAATGCCATGTAAGCTTCT
gi|10                         :       ATTGCATTGATGGATAAA-----TG-TTATATTTTTATT-AT-TTTG-T-----TCTTTT----C-TT----T-----------------T---------T---------C------------T-T-TTTTTTGTCTTCGAT------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ACAATGTCATATAAGTATC
gi|11                         :       ATTACGTTGATGTATACA-----TG-TTACA-----ATTCTT-TTTA-T-----TTTATT----T-TTGTTGG-----------------T---------T---------G------------T-T-TCTTTTGTCTTCGAT------------------------G---------TT----------------------A-----G-----------------ATACTGTCATGAAAGTTTC
gi|12                         :  TTTTCATTGCTTTGTTTAATAAA-----TG-TTATA--------TAT-TTTA-T-----TTTGTT----G-CT----G-----------------T---------TT--------G------------TAT-TCCA----------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATGTCATGTAATTTT
gi|13                         :    tttATTGCATTGATGGATATT-----TG-TTTTA-----ATTAAT-TTTAGT-----TGTTTT----CTTT----A-----------------TG--------T---------G------------T-C-TACGA---------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATGTCTTGTAAGGTTCTTactctt
gi|14                         :  TTGTCATTCAATTGATGGATCGA-----TG-TTTTA-----ATTAAT-TTGA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTACGTTTCTT
gi|15                         :  TTGTCATTGCATTGATGAATAGA-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTACGTTTCTTt
gi|16                         :   TGTCATTGCATTGATGAATAAC-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TG----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------G-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
gi|17                         : cTTGTCATTCCATTGATGGATTGA-----TG-TTAAA-----ATTAAT-TTTC-T-----TTCATT----C-TT----T-----------------T---------C---------A------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATATCATGTAAGTTTCTT
gi|18                         :  TTGTCATCGCATTGGTGGACAGA-----TG-TTATA-----ATTAAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATGCCATGTACTTTTCTT
gi|19                         :  TTGCCATTGCATTGATGGATAGA-----TG-TAATA-----ATTCAT-TATA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------A---------TT----------------------A-----A-----------------AAAATG-CATGCACGTTCCTT
gi|2                          :          tCATTGATGGAAAAA-----AA-ATTTA-----ATTAAT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----GTT---------------T---------T---------GGTTTCCTTTTTTT-T-T-------------T------------------------GTCTTCGAGTTT----------------------A-----A-----------------ATAATGCAATGTAAATTTCTT
gi|20                         :      aATTGCATTGATGGATAAA-----TG-TTA-A-----AT--AC-GTTG-T-----TTTGTT----T-TT----T-----------------T---------T---------C------------T-T-TTCATCGA------T------------------------G---------TT----------------------T-----G-----------------ATAATATCATCTACGTTTCTTt
gi|21                         :    GTCATTGCATTAATGGATAGA-----TG-TTATA-----ATTCAT-TTTA-T-----TTTGTT----CTTT----G-----------------T---------C---------A------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATTATATCAAGTAAATTTCTT
gi|22                         :   TGTCATTGCATTGATGGGTAGA-----TG-TTTTA-----ATTCAT-TTTA-G-----TTTTTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------A------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTT
gi|23                         :       ATTGCTTTGATTGATAAA-----TAATGATA-----ATTCTT-TTTA-T-----TTTGTT----C-AG----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTTATGTAAGTTTCTT
gi|24                         :     aCATTGCATTGATGGATAGA-----TG-TTATT-----ATACATGTTCA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------AT----------------------A-----A-----------------ATAAT-TCATGTACGTTTCTTa
gi|25                         :      CATTGCAGTGATGGATAGA-----TT-TTATA-----ATTCAT-TTTG-T-----TTTGTT----C-TT----A---------------------------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAATTTCTT
gi|26                         :     cCATTTCATTGATGGATAAA-----TG-TTATA-----ACTCGT-TTTA-T-----TATGTT----C-------------------------C---------T---------G------------A-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAACGACATGTATGTTTC
gi|27                         :                     taAA-----TT-TTATA-----ATTCAT-TTCA-T-----TTTGTT----C-TC----GTTCAGAACAGTTCTTTTT---------T---------G------------T-T-TTTGA---------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------CTAATGCCATGTAAGat
gi|28                         :   TGTCATTGCATTGATGGATATA-----TG-TT-TA-----ATTCAT-TTGA-T-----TTTGTT------------A-----------------T---------T---------A------------T-T-T-------------T------------------------G---------TG----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTTTCTc
gi|29                         :                                    TA-----ATTCAC-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-TGT-------------T------------------------G---------TTTTCTTTTTTTGTCTTTGATGTCA-----A-----------------ATAATGCCATGTAAGTTTCT
gi|3                          :           CATTGATGAATAAA-----CG-TTACA-----ATTCAT-TTTA-TTTATTTTCGTTTTATC-TT----G-----------------TGTTTTTTTTT---------G------------T-C-T-------------TCGAT--------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAAGTATCTT
gi|30                         :   ttTCATTACATTAATGGATATC-----TG-TTAT--------TCGT-TTTA-T-----TTTGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------T------------------------G---------TT----------------------A-----A-----------------ATACCGTCATGT
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gi|4                          :       tTTGCATTGTTGGATAAA-----TG-ATATA-----ATTCA---TTG-T-----TTCGTT----C-TT----G-----------------T---------T---------G------------T-T-T-------------TGGTTTTCTTTTCTTTTTCTTTGATG---------TT----------------------A-----G-----------------ATAATGTTACATAAGTTTCT
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gi|6                          :            ATTAATTGATAAAATTATTG-TTATT-----ATTCAT-TTTA-T-----TTCGTT----G-TT----G-----------------T---------TATTATTGTTGTCTTC-------T-T-T-------------T------------------------GTCTTATT--TT----------------------A-----A-----------------ATAATGTCATGTAATTTT
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