lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         1111111                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                     2                                444             2             1111                                                                                                                                                                   3                                               1          2222222         1                                                                                                                             1                                              444444                                                                          1                                                                                                                                                             1      2                 1                                                                        1                       11                                                               1           111111         1                      11         3333333                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                     7               0                          6   0 999   7    6    6             4444                               6                                                        6                        1                                              0  1                                               7          1111111 99      7                                               6                     0        6                                              7                                              333333              3    2       9  0                                           0                                                            2                        6                                                              6        5      1                 5                            6                           0               5                       00                                                               5           666666         5           1          22         0000000                                                                   6                          6          6                                    
lowQualScore                  :                     .               .                          .   . ...   .    .    .             ....                               .                                                        .                        .                                              .  .                                               .          ....... ..      .                                               .                     .        .                                              .                                              ......              .    .       .  .                                           .                                                            .                        .                                                              .        .      .                 .                            .                           .               .                       ..                                                               .           ......         .           .          ..         .......                                                                   .                          .          .                                    
lowQualScore                  :                     8               4                          0   8 000   5    7    7             2222                               0                                                        0                        0                                              7  7                                               0          7777777 22      0                                               0                     7        0                                              0                                              111111              2    2       0  2                                           5                                                            0                        0                                                              0        0      1                 0                            0                           7               0                       33                                                               0           444444         0           0          77         0000000                                                                   0                          0          0                                    
consensus                     :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAG-TTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTTTCTATTACATGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGGGTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAACGGACTAGAACGGCATTTACGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATAAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
Reference ( gi|1 )            :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTAAAACTGAGTTGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTACTAGGCATAAG-TTTT-CTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACACCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGGAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGAATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGGGGGAGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTATTATTTTGTAC-------C--ATGGATTAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAATGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATAAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTTCATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGTTTATTACTTAAAACAGCATTCTTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATAACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAACACATTATTTGTACATTCCTCATTGAATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTTCATGAATACTCTTAAAGTGTTCAGCCATTTTATATACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATAGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCGAATGGACTAGAACGGCATTTACGGCTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAAGAAGACAAGAAT------CTTTACCTAATGGTGGGTTTATGTAAACGTGACCAGTAAAGCTACTGCAGACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAATACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAATATTACCACAGTTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|5                          :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTCAAACTGAGTT-TTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAG-TTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCGACATGAAATCTTCTTTCCTAAATTGGATAGAATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTAGTGGGG-AGTGACTGCAGACTTGGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGAATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGGGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACGTGCACGTTTATTACTTAAAACAGCATTATTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATAACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTCAAAAACACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGAT
gi|7                          :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAG-TTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGAAGATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGT
gi|6                          : tTTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAG-TTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGAGG-AGTGACAGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAATTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACATATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGT
gi|8                          : tTTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTCGATGTGATTGTT-ACTTA---GGCCTAAG-TTTT-TCTTT---CCTATGAGGTGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTATATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTTATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGT
gi|16                         : tTTTTCTTTTGTGTTGCCTTGAAACTGGGTTGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTAACT---TAGGTGTAAGTTTTT-CTATTGTGT
gi|9                          :                                                                      tTAGGCGTAAG-TTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATGGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGAAGATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGT
gi|11                         :                                                                                                    ----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTCAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTTTTCCCTAAGCGGGATAGAATTAGAT--AGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGTACAGGATTATT-GGGGAGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACTAATAATATTTTGTACAGGGACACTAATGGATAATTGTGACCTTATCTGATTTCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTTTCTATTATTTGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTTTTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTTAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTATATACTTTACCACAGACCTTTTTTGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCTTCATTTGTTTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAACTGTTTGTATTGCCATTTTAATTCCATGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCA--TTATCTA--GTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAGCGGCATTTAAGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCT-----------------TTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAAT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTATGTAAACGTGATCAGTTAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAATcatcatcagaatcacgggtcattagaaatctgtatacatctttgtttgatatttctgacatctttgggagaaatgaaatgatgaggtttaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGCCAATTTTCGCTGAACCTTTTCTATTACATGCACATTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCACGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCATTTTATCTACTATCCTATACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAATGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTTTAACAGACTAGAACGGCATTTACGA------CTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAATAACACAAATAT------CTTTACCAACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATAAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTACTACATTCTGGTAAGAAAATgtggatacagtgacatcatcaactgcaatatcataatgacctcctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgctgatatgtaactgttttattcatcaacagtgatagtattaacaatattattatcattaccaccttgtgtaacaaaaatattacgcctgaaatgcctacttaaagcgactatacactcaaatccagcatatacaccatctaaacaacctgtttaaatcgtcattcattgatccttggataaagaaatcattgaaatcaacttcattttctctaatataagacac
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGCCAATTTTTGCTGAGCCTTTTCTATTACATGCACATTTAT-ACTTGAAACAGCCTTCCTAACATTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAACTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCAAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTCTATTGCCATTTCAGTTCCACGAATAGTCTTAAAGTGTTCAGTCATTTTATCTACTATCCTATACTTTTTAGAACAAGATGGTACACTGCAATGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTCTAACAGACTAGAACGGCATTTACGA------CTTTTCAAACTTTTCTTTAAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAACACAAATATCTTTTACTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATAAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTACCAAATGCTACTGATGGATCTTAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATAACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAATgttgatccagtgacatcatcaattgcaatatcataatgacctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgctgatatgtaactgttttgttcatcaacagtgatagtattaacaacattattatcattaccatcttgtgtaacaaaaatattacgcctgaaatgcctacttaaaacgactataaaatcaaatccagcatatacattatctaaagataaagaaatcattgaaatcatcttcatattccctaatataagacac
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAG-GTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCCAATGGACTAGAACGGCAATTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTgtggatccagtgacatcatcaattgcaataccataatgacctcctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgatgatatgtaactgttttgttcatcaacagtgatagtattaacaacattattatcattaccatcttgtgtgacaaaaatattatgcctgaaatgcctactgaaagcaactataaaatcaaatccagcatatacaccatctaaagataacgaaatcattgaaatcatcttcatattccctaatataagacac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAG-GTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAAAGGCATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTAAAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAG-GTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAACGGCATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTAAAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAG-GTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAACGGTATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATTACTGCCTCATTTTATTACCTGTAAACAACTACTCAAATTCAGAATTAACATCACCATAAATTACACATGCATATATATATTTT






Alignments
lowQualScore                  :                                     1                                111                          1111                                                                                                                                                                                                                              1111111                                                                                                                                                                                    555555                                                                                                                                                                                                                                                  1                                                                                                                                                                                              111111                                           3333333                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                     5                          3     000                          2222                                                                                                                                                                   5                                                          8888888 77                                                                                                                                                                                 333333                0                                                           1                                                                                                                                                                     2                                                                                            2                     2                                                                           444444                                 3         2222222                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                     .                          .     ...                          ....                                                                                                                                                                   .                                                          ....... ..                                                                                                                                                                                 ......                .                                                           .                                                                                                                                                                     .                                                                                            .                     .                                                                           ......                                 .         .......                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                     5                          5     000                          1111                                                                                                                                                                   7                                                          6666666 99                                                                                                                                                                                 000000                8                                                           4                                                                                                                                                                     2                                                                                            0                     5                                                                           444444                                 0         5555555                                                                                                                                              
consensus                     :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGGGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT----TTACATGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGGGTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAACGGACTAGAACGGCATTTACGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATNAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
Reference ( family-8163 )     :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTTTCTATTACATGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGGGTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAACGGACTAGAACGGCATTTACGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATAAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|1                          :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTAAAACTGAGTTGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTACTAGGCATAAGTTTT-CTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACACCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGGAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGAATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGGGGGAGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTATTATTTTGTAC-------C--ATGGATTAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAATGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATAAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTTCATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGTTTATTACTTAAAACAGCATTCTTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATAACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAACACATTATTTGTACATTCCTCATTGAATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTTCATGAATACTCTTAAAGTGTTCAGCCATTTTATATACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATAGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCGAATGGACTAGAACGGCATTTACGGCTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAAGAAGACAAGAAT------CTTTACCTAATGGTGGGTTTATGTAAACGTGACCAGTAAAGCTACTGCAGACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAATACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAATATTACCACAGTTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|11                         :                                                                                                   ----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTCAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTTTTCCCTAAGCGGGATAGAATTAGAT--AGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGTACAGGATTATTGGGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGgtggatccagtgacatcatcaactacaatatcataatgacctcctcctacacaggttgtatacaaaatatgaataggagctgctgatatgtaactgttttgttcatcaacagtgatagtattaacaatattattatcattaccaccttgtgtaacaaaaatattacgcctgaaatgcctacttaaagcgactatacactcaaatccagcatatacaccatataaagacaacctgtttaaatcgtcattcattgatccttggataaataaatcattgaaatcaacttcatttacctaatataagacac
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCCAATGGACTAGAACGGCAATTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTcatcatcagaatcacgggtcattagaaatctgtatacatctttgtttgatatttctgacatctttgggagaaatgaaatgatgaggtttaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAAAGGCATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTAAAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAACGGCATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTAAAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAACGGTATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------
gi|16                         :  TTTTCTTTTGTGTTGCCTTGAAACTGGGTTGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTAACTTA---GGTGTAAGTTTTTCTATTGTGT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tACTAATAATATTTTGTACAGGGACACTAATGGATAATTGTGACCTTATCTGATTTCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTTTCTATTATTTGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTTTTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTTAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTATATACTTTACCACAGACCTTTTTTGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCTTCATTTGTTTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAACTGTTTGTATTGCCATTTTAATTCCATGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCA--TTATCTA--GTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAGCGGCATTTAAGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCT-----------------TTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAAT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTATGTAAACGTGATCAGTTAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCCAATTTTTGCTGAGCCTTTTCTATTACATGCACATTTAT-ACTTGAAACAGCCTTCCTAACATTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAACTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCAAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTCTATTGCCATTTCAGTTCCACGAATAGTCTTAAAGTGTTCAGTCATTTTATCTACTATCCTATACTTTTTAGAACAAGATGGTACACTGCAATGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTCTAACAGACTAGAACGGCATTTACGA------CTTTTCAAACTTTTCTTTAAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAACACAAATATCTTTTACTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATAAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTACCAAATGCTACTGATGGATCTTAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATAACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAATgtggatacagtgacatcatcaactgcaatatcataatgacctcctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgctgatatgtaactgttttattcatcaacagtgatagtattaacaatattattatcattaccaccttgtgtaacaaaaatattacgcctgaaatgcctacttaaagcgactatacactcaaatccagcatatacaccatctaaacaacctgtttaaatcgtcattcattgatccttggataaagaaatcattgaaatcaacttcattttctctaatataagacac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCCAATTTTCGCTGAACCTTTTCTATTACATGCACATTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCACGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCATTTTATCTACTATCCTATACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAATGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTTTAACAGACTAGAACGGCATTTACGA------CTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAATAACACAAATAT------CTTTACCAACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATAAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTACTACATTCTGGTAAGAAAATgtggatccagtgacatcatcaattgcaataccataatgacctcctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgatgatatgtaactgttttgttcatcaacagtgatagtattaacaacattattatcattaccatcttgtgtgacaaaaatattatgcctgaaatgcctactgaaagcaactataaaatcaaatccagcatatacaccatctaaagataacgaaatcattgaaatcatcttcatattccctaatataagacac
gi|5                          :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTCAAACTGAGTT-TTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCGACATGAAATCTTCTTTCCTAAATTGGATAGAATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTAGTGGGG-AGTGACTGCAGACTTGGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGAATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGGGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCT------TTACGTGCACGTTTATTACTTAAAACAGCATTATTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATAACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTCAAAAACACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATgttgatccagtgacatcatcaattgcaatatcataatgacctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgctgatatgtaactgttttgttcatcaacagtgatagtattaacaacattattatcattaccatcttgtgtaacaaaaatattacgcctgaaatgcctacttaaaacgactataaaatcaaatccagcatatacattatctaaagataaagaaatcattgaaatcatcttcatattccctaatataagacac
gi|6                          :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGAGG-AGTGACAGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAATTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACATATTTTTGCTGAGCCT------TTACATGCACGT
gi|7                          : tTTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGAAGATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCT------TTACATGCACGT
gi|8                          : tTTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTCGATGTGATTGTT-ACTTA---GGCCTAAGTTTTTCT-TT---CCTATGAGGTGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTATATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTTATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCT------TTACATGCACGT
gi|9                          :                                                                   tTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATGGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGAAGATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCT------TTACATGCACGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATTACTGCCTCATTTTATTACCTGTAAACAACTACTCAAATTCAGAATTAACATCACCATAAATTACACATGCATATATATATTTT






Alignments
lowQualScore                  :                                     1                                111                          1111                                                                                                                                                                                                                              1111111                                                                                                                                                                                   33333333                                                                                                                                                                                                                                                 1                                                                                                                                                                                              111111                                           3333333                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                     5                          3     000                          2222                                                                                                                                                                   5                                                          8888888 77                                                                                                                                                                                88888888               0                                                           1                                                                                                                                                                     2                                                                                            2                     2                                                                           444444                                 1         2222222                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                     .                          .     ...                          ....                                                                                                                                                                   .                                                          ....... ..                                                                                                                                                                                ........               .                                                           .                                                                                                                                                                     .                                                                                            .                     .                                                                           ......                                 .         .......                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                     5                          5     000                          1111                                                                                                                                                                   7                                                          6666666 99                                                                                                                                                                                33333333               8                                                           4                                                                                                                                                                     2                                                                                            0                     5                                                                           444444                                 0         5555555                                                                                                                                              
consensus                     :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGGGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTTT----TACATGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGGGTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAACGGACTAGAACGGCATTTACGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATNAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
Reference ( family-8163 )     :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGGGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTTT----TACATGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGGGTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAACGGACTAGAACGGCATTTACGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATNAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|1                          :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTAAAACTGAGTTGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTACTAGGCATAAGTTTT-CTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACACCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGGAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGAATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGGGGGAGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTATTATTTTGTAC-------C--ATGGATTAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAATGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATAAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTTCATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGTTTATTACTTAAAACAGCATTCTTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATAACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAACACATTATTTGTACATTCCTCATTGAATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTTCATGAATACTCTTAAAGTGTTCAGCCATTTTATATACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATAGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCGAATGGACTAGAACGGCATTTACGGCTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAAGAAGACAAGAAT------CTTTACCTAATGGTGGGTTTATGTAAACGTGACCAGTAAAGCTACTGCAGACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAATACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAATATTACCACAGTTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|11                         :                                                                                                   ----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTCAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTTTTCCCTAAGCGGGATAGAATTAGAT--AGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGTACAGGATTATTGGGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGgtggatccagtgacatcatcaactacaatatcataatgacctcctcctacacaggttgtatacaaaatatgaataggagctgctgatatgtaactgttttgttcatcaacagtgatagtattaacaatattattatcattaccaccttgtgtaacaaaaatattacgcctgaaatgcctacttaaagcgactatacactcaaatccagcatatacaccatataaagacaacctgtttaaatcgtcattcattgatccttggataaataaatcattgaaatcaacttcatttacctaatataagacac
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCCAATGGACTAGAACGGCAATTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTcatcatcagaatcacgggtcattagaaatctgtatacatctttgtttgatatttctgacatctttgggagaaatgaaatgatgaggtttaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAAAGGCATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTAAAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAACGGCATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTAAAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAACGGTATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------
gi|16                         :  TTTTCTTTTGTGTTGCCTTGAAACTGGGTTGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTAACTTA---GGTGTAAGTTTTTCTATTGTGT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tACTAATAATATTTTGTACAGGGACACTAATGGATAATTGTGACCTTATCTGATTTCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTTTCTATTATTTGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTTTTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTTAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTATATACTTTACCACAGACCTTTTTTGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCTTCATTTGTTTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAACTGTTTGTATTGCCATTTTAATTCCATGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCA--TTATCTA--GTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAGCGGCATTTAAGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCT-----------------TTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAAT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTATGTAAACGTGATCAGTTAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCCAATTTTTGCTGAGCCTTTTCTATTACATGCACATTTAT-ACTTGAAACAGCCTTCCTAACATTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAACTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCAAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTCTATTGCCATTTCAGTTCCACGAATAGTCTTAAAGTGTTCAGTCATTTTATCTACTATCCTATACTTTTTAGAACAAGATGGTACACTGCAATGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTCTAACAGACTAGAACGGCATTTACGA------CTTTTCAAACTTTTCTTTAAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAACACAAATATCTTTTACTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATAAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTACCAAATGCTACTGATGGATCTTAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATAACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAATgtggatacagtgacatcatcaactgcaatatcataatgacctcctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgctgatatgtaactgttttattcatcaacagtgatagtattaacaatattattatcattaccaccttgtgtaacaaaaatattacgcctgaaatgcctacttaaagcgactatacactcaaatccagcatatacaccatctaaacaacctgtttaaatcgtcattcattgatccttggataaagaaatcattgaaatcaacttcattttctctaatataagacac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCCAATTTTCGCTGAACCTTTTCTATTACATGCACATTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCACGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCATTTTATCTACTATCCTATACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAATGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTTTAACAGACTAGAACGGCATTTACGA------CTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAATAACACAAATAT------CTTTACCAACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATAAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTACTACATTCTGGTAAGAAAATgtggatccagtgacatcatcaattgcaataccataatgacctcctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgatgatatgtaactgttttgttcatcaacagtgatagtattaacaacattattatcattaccatcttgtgtgacaaaaatattatgcctgaaatgcctactgaaagcaactataaaatcaaatccagcatatacaccatctaaagataacgaaatcattgaaatcatcttcatattccctaatataagacac
gi|5                          :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTCAAACTGAGTT-TTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCGACATGAAATCTTCTTTCCTAAATTGGATAGAATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTAGTGGGG-AGTGACTGCAGACTTGGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGAATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGGGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCC--TT----TACGTGCACGTTTATTACTTAAAACAGCATTATTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATAACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTCAAAAACACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATgttgatccagtgacatcatcaattgcaatatcataatgacctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgctgatatgtaactgttttgttcatcaacagtgatagtattaacaacattattatcattaccatcttgtgtaacaaaaatattacgcctgaaatgcctacttaaaacgactataaaatcaaatccagcatatacattatctaaagataaagaaatcattgaaatcatcttcatattccctaatataagacac
gi|6                          :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGAGG-AGTGACAGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAATTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACATATTTTTGCTGAGCC--TT----TACATGCACGT
gi|7                          : tTTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGAAGATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCC--TT----TACATGCACGT
gi|8                          : tTTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTCGATGTGATTGTT-ACTTA---GGCCTAAGTTTTTCT-TT---CCTATGAGGTGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTATATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTTATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCC--TT----TACATGCACGT
gi|9                          :                                                                   tTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATGGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGAAGATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCC--TT----TACATGCACGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATTACTGCCTCATTTTATTACCTGTAAACAACTACTCAAATTCAGAATTAACATCACCATAAATTACACATGCATATATATATTTT






Alignments
lowQualScore                  :                                     1                                111                          1111                                                                                                                                                                                                                              1111111                                                                                                                                                                                   33333333                                                                                                                                                                                                                                                 1                                                                                                                                                                                              111111                                           3333333                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                     5                          3     000                          2222                                                                                                                                                                   5                                                          8888888 77                                                                                                                                                                                88888888               0                                                           1                                                                                                                                                                     2                                                                                            2                     2                                                                           444444                                 1         2222222                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                     .                          .     ...                          ....                                                                                                                                                                   .                                                          ....... ..                                                                                                                                                                                ........               .                                                           .                                                                                                                                                                     .                                                                                            .                     .                                                                           ......                                 .         .......                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                     5                          5     000                          1111                                                                                                                                                                   7                                                          6666666 99                                                                                                                                                                                33333333               8                                                           4                                                                                                                                                                     2                                                                                            0                     5                                                                           444444                                 0         5555555                                                                                                                                              
consensus                     :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGGGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTTT----TACATGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGGGTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAACGGACTAGAACGGCATTTACGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATNAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
Reference ( family-8163 )     :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGGGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTTT----TACATGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGGGTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAACGGACTAGAACGGCATTTACGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATNAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|1                          :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTAAAACTGAGTTGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTACTAGGCATAAGTTTT-CTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACACCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGGAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGAATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGGGGGAGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTATTATTTTGTAC-------C--ATGGATTAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAATGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATAAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTTCATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGTTTATTACTTAAAACAGCATTCTTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATAACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAACACATTATTTGTACATTCCTCATTGAATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTTCATGAATACTCTTAAAGTGTTCAGCCATTTTATATACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATAGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCGAATGGACTAGAACGGCATTTACGGCTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAAGAAGACAAGAAT------CTTTACCTAATGGTGGGTTTATGTAAACGTGACCAGTAAAGCTACTGCAGACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAATACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAATATTACCACAGTTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|11                         :                                                                                                   ----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTCAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTTTTCCCTAAGCGGGATAGAATTAGAT--AGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGTACAGGATTATTGGGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGgtggatccagtgacatcatcaactacaatatcataatgacctcctcctacacaggttgtatacaaaatatgaataggagctgctgatatgtaactgttttgttcatcaacagtgatagtattaacaatattattatcattaccaccttgtgtaacaaaaatattacgcctgaaatgcctacttaaagcgactatacactcaaatccagcatatacaccatataaagacaacctgtttaaatcgtcattcattgatccttggataaataaatcattgaaatcaacttcatttacctaatataagacac
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCCAATGGACTAGAACGGCAATTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTcatcatcagaatcacgggtcattagaaatctgtatacatctttgtttgatatttctgacatctttgggagaaatgaaatgatgaggtttaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAAAGGCATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTAAAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAACGGCATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTAAAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAACGGTATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------
gi|16                         :  TTTTCTTTTGTGTTGCCTTGAAACTGGGTTGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTAACTTA---GGTGTAAGTTTTTCTATTGTGT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tACTAATAATATTTTGTACAGGGACACTAATGGATAATTGTGACCTTATCTGATTTCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTTTCTATTATTTGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTTTTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTTAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTATATACTTTACCACAGACCTTTTTTGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCTTCATTTGTTTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAACTGTTTGTATTGCCATTTTAATTCCATGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCA--TTATCTA--GTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAGCGGCATTTAAGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCT-----------------TTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAAT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTATGTAAACGTGATCAGTTAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCCAATTTTTGCTGAGCCTTTTCTATTACATGCACATTTAT-ACTTGAAACAGCCTTCCTAACATTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAACTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCAAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTCTATTGCCATTTCAGTTCCACGAATAGTCTTAAAGTGTTCAGTCATTTTATCTACTATCCTATACTTTTTAGAACAAGATGGTACACTGCAATGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTCTAACAGACTAGAACGGCATTTACGA------CTTTTCAAACTTTTCTTTAAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAACACAAATATCTTTTACTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATAAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTACCAAATGCTACTGATGGATCTTAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATAACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAATgtggatacagtgacatcatcaactgcaatatcataatgacctcctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgctgatatgtaactgttttattcatcaacagtgatagtattaacaatattattatcattaccaccttgtgtaacaaaaatattacgcctgaaatgcctacttaaagcgactatacactcaaatccagcatatacaccatctaaacaacctgtttaaatcgtcattcattgatccttggataaagaaatcattgaaatcaacttcattttctctaatataagacac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCCAATTTTCGCTGAACCTTTTCTATTACATGCACATTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCACGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCATTTTATCTACTATCCTATACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAATGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTTTAACAGACTAGAACGGCATTTACGA------CTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAATAACACAAATAT------CTTTACCAACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATAAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTACTACATTCTGGTAAGAAAATgtggatccagtgacatcatcaattgcaataccataatgacctcctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgatgatatgtaactgttttgttcatcaacagtgatagtattaacaacattattatcattaccatcttgtgtgacaaaaatattatgcctgaaatgcctactgaaagcaactataaaatcaaatccagcatatacaccatctaaagataacgaaatcattgaaatcatcttcatattccctaatataagacac
gi|5                          :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTCAAACTGAGTT-TTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCGACATGAAATCTTCTTTCCTAAATTGGATAGAATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTAGTGGGG-AGTGACTGCAGACTTGGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGAATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGGGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCC--TT----TACGTGCACGTTTATTACTTAAAACAGCATTATTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATAACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTCAAAAACACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATgttgatccagtgacatcatcaattgcaatatcataatgacctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgctgatatgtaactgttttgttcatcaacagtgatagtattaacaacattattatcattaccatcttgtgtaacaaaaatattacgcctgaaatgcctacttaaaacgactataaaatcaaatccagcatatacattatctaaagataaagaaatcattgaaatcatcttcatattccctaatataagacac
gi|6                          :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGAGG-AGTGACAGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAATTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACATATTTTTGCTGAGCC--TT----TACATGCACGT
gi|7                          : tTTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGAAGATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCC--TT----TACATGCACGT
gi|8                          : tTTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTCGATGTGATTGTT-ACTTA---GGCCTAAGTTTTTCT-TT---CCTATGAGGTGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTATATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTTATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCC--TT----TACATGCACGT
gi|9                          :                                                                   tTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATGGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGAAGATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCC--TT----TACATGCACGT


blockSeqs                     :                                     T                          A     .                            GAGG                                                                                                                                                                   .                                                          AGGGACA TA                                                                                                                                                                                TTTTCTAT                                                                           T                                                                                                                                                                     G                                                                                            T                     C                                                                           CTTTTA                                 C         .      
blockSeqs                     :                                     T                          T     .                            .                                                                                                                                                                      .                                                          .       .                                                                                                                                                                                 TTTTCTAT                                                                           T                                                                                                                                                                     G                                                                                            T                     C                                                                           .                                      A         .      
blockSeqs                     :                                     .                          T     .                            .                                                                                                                                                                      .                                                          .       .                                                                                                                                                                                 TTTTCTAT                                                                           T                                                                                                                                                                     G                                                                                            T                     C                                                                           .                                      A         .      
blockSeqs                     :                                     .                          T     .                            .                                                                                                                                                                      .                                                          .       .                                                                                                                                                                                 TT                                                                                 A                                                                                                                                                                     G                                                                                            T                     C                                                                           .                                                       
blockSeqs                     :                                     .                          .     .                            .                                                                                                                                                                      .                                                          .       .                                                                                                                                                                                 TT                                                                                                                                                                                                                                                       .                                                                                            T                     C                                                                           .                                                       
blockSeqs                     :                                                                      .                            .                                                                                                                                                                      .                                                          .       .                                                                                                                                                                                 TT                                                                                                                                                                                                                                                       .                                                                                            C                     .                                                                           .                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TT                                                                                                                                                                                                                                                       .                                                                                            C                     .                                                                           .                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TT                                                                                                                                                                                                                                                       .                                                                                                                                                                                                                                                      


blockSeqCons                  :                                                                      ***                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TT******
originalCons                  :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGGGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTTT----TACATGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGGGTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAACGGACTAGAACGGCATTTACGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATNAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
finalCons                     :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGGGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTT------TACATGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGGGTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAACGGACTAGAACGGCATTTACGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATNAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATTACTGCCTCATTTTATTACCTGTAAACAACTACTCAAATTCAGAATTAACATCACCATAAATTACACATGCATATATATATTTT






Alignments
lowQualScore                  :                                     1                                111                          1111                                                                                                                                                                                                                              1111111                                                                                                                                                                                      333333                                                                                                                                                                                                                                                1                                                                                                                                                                                              111111                                           3333333                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                     5                          3     000                          2222                                                                                                                                                                   5                                                          8888888 77                                                                                                                                                                                   888888              0                                                           1                                                                                                                                                                     2                                                                                            2                     2                                                                           444444                                 1         2222222                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                     .                          .     ...                          ....                                                                                                                                                                   .                                                          ....... ..                                                                                                                                                                                   ......              .                                                           .                                                                                                                                                                     .                                                                                            .                     .                                                                           ......                                 .         .......                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                     5                          5     000                          1111                                                                                                                                                                   7                                                          6666666 99                                                                                                                                                                                   333333              8                                                           4                                                                                                                                                                     2                                                                                            0                     5                                                                           444444                                 0         5555555                                                                                                                                              
consensus                     :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGGGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGGGTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAACGGACTAGAACGGCATTTACGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATNAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
Reference ( family-8163 )     :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGGGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGGGTGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAACGGACTAGAACGGCATTTACGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATNAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|1                          :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTAAAACTGAGTTGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTACTAGGCATAAGTTTT-CTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACACCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGGAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGAATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGGGGGAGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTATTATTTTGTAC-------C--ATGGATTAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAATGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATAAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTTCATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGTTTATTACTTAAAACAGCATTCTTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATAACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAACACATTATTTGTACATTCCTCATTGAATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTTCATGAATACTCTTAAAGTGTTCAGCCATTTTATATACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATAGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCGAATGGACTAGAACGGCATTTACGGCTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAAGAAGACAAGAAT------CTTTACCTAATGGTGGGTTTATGTAAACGTGACCAGTAAAGCTACTGCAGACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAATACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAATATTACCACAGTTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|11                         :                                                                                                   ----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTCAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTTTTCCCTAAGCGGGATAGAATTAGAT--AGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGTACAGGATTATTGGGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGgtggatccagtgacatcatcaactacaatatcataatgacctcctcctacacaggttgtatacaaaatatgaataggagctgctgatatgtaactgttttgttcatcaacagtgatagtattaacaatattattatcattaccaccttgtgtaacaaaaatattacgcctgaaatgcctacttaaagcgactatacactcaaatccagcatatacaccatataaagacaacctgtttaaatcgtcattcattgatccttggataaataaatcattgaaatcaacttcatttacctaatataagacac
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCCAATGGACTAGAACGGCAATTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTTcatcatcagaatcacgggtcattagaaatctgtatacatctttgtttgatatttctgacatctttgggagaaatgaaatgatgaggtttaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAAAGGCATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTAAAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------CTTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAACGGCATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTAAAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAGG-TGTTCAGCCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGGTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAACGGTATTTACAACTATGTCTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAGT------
gi|16                         :  TTTTCTTTTGTGTTGCCTTGAAACTGGGTTGTTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTAACTTA---GGTGTAAGTTTTTCTATTGTGT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tACTAATAATATTTTGTACAGGGACACTAATGGATAATTGTGACCTTATCTGATTTCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTTTCTATTATTTGCACGTTTATTACTTGAAACAGCCTTTTTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTTAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTATATACTTTACCACAGACCTTTTTTGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCTTCATTTGTTTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAACTGTTTGTATTGCCATTTTAATTCCATGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCA--TTATCTA--GTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAAGGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTCTAATGGACTAGAGCGGCATTTAAGACTATGTCTTTTCAAACTTTTCT-----------------TTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAAGACAAGAAT------CTTTACCTACTGGTGGGTTTATGTAAACGTGATCAGTTAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCCAATTTTTGCTGAGCCTTTTCTATTACATGCACATTTAT-ACTTGAAACAGCCTTCCTAACATTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAACTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCAAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTCTATTGCCATTTCAGTTCCACGAATAGTCTTAAAGTGTTCAGTCATTTTATCTACTATCCTATACTTTTTAGAACAAGATGGTACACTGCAATGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTCTAACAGACTAGAACGGCATTTACGA------CTTTTCAAACTTTTCTTTAAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAACAACACAAATATCTTTTACTTTACCTACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATAAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTACCAAATGCTACTGATGGATCTTAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATAACCACAATTAAGTAATTCATTTGCTACATTCTGGTAAGGAAATgtggatacagtgacatcatcaactgcaatatcataatgacctcctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgctgatatgtaactgttttattcatcaacagtgatagtattaacaatattattatcattaccaccttgtgtaacaaaaatattacgcctgaaatgcctacttaaagcgactatacactcaaatccagcatatacaccatctaaacaacctgtttaaatcgtcattcattgatccttggataaagaaatcattgaaatcaacttcattttctctaatataagacac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCCAATTTTCGCTGAACCTTTTCTATTACATGCACATTTATTACTTGAAACAGCCTTCTTAACGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATTACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTAAAAAATACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCACGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCATTTTATCTACTATCCTATACTTTTCAGAACAAGATGGTACACTGCAATGAATTGAAGTCAATGTTTTTTCCTTTTTGTTTAACAGACTAGAACGGCATTTACGA------CTTTTCAAACTTTTCTTTGAAGAGAAATACATATTGCAATGACTACAAACAGTTCCAATAACACAAATAT------CTTTACCAACTGGTGGGTTTACGTAAACGTGATAAGTAAAGCT-------ACTGCTACTACCAATGTTATCAAATGCTACTGATGGATCTGAAGTTATTACACTCTCGTTGAAAGAAGTACTTTTTAAATCATCTACAACAGAAGTATTACCACAATTAAGTAATTCATTTACTACATTCTGGTAAGAAAATgtggatccagtgacatcatcaattgcaataccataatgacctcctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgatgatatgtaactgttttgttcatcaacagtgatagtattaacaacattattatcattaccatcttgtgtgacaaaaatattatgcctgaaatgcctactgaaagcaactataaaatcaaatccagcatatacaccatctaaagataacgaaatcattgaaatcatcttcatattccctaatataagacac
gi|5                          :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTCAAACTGAGTT-TTTTTCTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCGACATGAAATCTTCTTTCCTAAATTGGATAGAATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTAGTGGGG-AGTGACTGCAGACTTGGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGAATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGCATGAAAATGGGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACGTGCACGTTTATTACTTAAAACAGCATTATTAATGTTATTACTATTTTCACTAAGTTTTGAACCACTACGATAACATATAAAGTTCTTGTATACTTTACCACAGACCTTTTTCGTAGCTAAGCACTTCAAAAACACATTATTTGTACATTCCTCATTGGATTTCCAACACATAAATTCCTGTTCAGTTTTAAAATTAAATGTTTGTATTGCCATTTCAGTTCCATGAATAGTCTTAAGGTGTTCAGTCATTTTATCTACTGTCCTAAACTTTTCAGAACAAGATgttgatccagtgacatcatcaattgcaatatcataatgacctcctacactggttgtatacaaaatatgaataggagctgctgatatgtaactgttttgttcatcaacagtgatagtattaacaacattattatcattaccatcttgtgtaacaaaaatattacgcctgaaatgcctacttaaaacgactataaaatcaaatccagcatatacattatctaaagataaagaaatcattgaaatcatcttcatattccctaatataagacac
gi|6                          :  TTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGAGG-AGTGACAGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAATTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACATATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGT
gi|7                          : tTTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTTGATGAGATTTTTTACTTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGAAGATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGT
gi|8                          : tTTTTCTTCTGTGTTGCCTTGAAACTGAGTCGTTTT-CTATTTTCTTGTTCGATGTGATTGTT-ACTTA---GGCCTAAGTTTTTCT-TT---CCTATGAGGTGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATAGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTATATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGATTATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTTATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGT
gi|9                          :                                                                   tTA---GGCGTAAGTTTTTCTATTGTGTTTAT----TGTGCCATGAGTAGAATCTATACATATAACATCAGGGGCATAATGTTTAAATTCTATGGCCTGTTCTTTGGTCATCAGAACCAACATGAAATCTTCTTTCCTAAGTTGGATAGGATTAGATTGTGTGTGTTGCTGCTTATATAACAGCACAGGAAGATTGAGG-AGTGACTGCAGACTTTGAACTCTTAAATGCACTGATGTTGACTACTAATATTTTGTAC-------C--ATGGATAAACGTGACCTAATCTGATTCCTTACAGATTCTGGGATAGGAAGGAAACGAGTTTGATTTAAACCAGTTGTATGAAAATGAGTCTGTATGTACTTCACAGAAACAACCCCAGAACTTTGCACTATTACATTCATTCTTGATGGGCAGATCTTACCTATTTTTGCTGAGCCTTT------ACATGCACGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATTACTGCCTCATTTTATTACCTGTAAACAACTACTCAAATTCAGAATTAACATCACCATAAATTACACATGCATATATATATTTT