lowQualScore : 2222222222 111 111 222222222222 33333333333 33333333333333333333333333333 1111 4444444444444444444 1111 9999999999999999999999999999999999999 3333333333333 11111 33333333333
lowQualScore : 1111111111 6 666 5 3 555 333 3 666 7777 0 3 5 7 777 4 55 666 33 333333333333 3 44444444444 666 44444444444444444444444444444 0 5 1 0 7 0 4444 5 1 888 0 11 99 6666666666666666666 77 3333 7777777777777777777777777777777777777 6666666666666 6 88888 5 88888888888 3
lowQualScore : .......... . ... . . ... ... . ... .... . . . . ... . .. ... .. ............ . ........... ... ............................. . . . . . . .... . . ... . .. .. ................... .. .... ..................................... ............. . ..... . ........... .
lowQualScore : 9999999999 6 444 4 6 222 555 6 444 7777 4 6 1 3 999 0 55 555 88 222222222222 6 55555555555 444 33333333333333333333333333333 1 3 7 8 0 1 0000 8 4 888 8 66 66 2222222222222222222 33 3333 1111111111111111111111111111111111111 7777777777777 0 55555 0 88888888888 7
consensus : AGCGAGCGC----------AGCGAGCTCATATGGTAACAT---GCATGTTG-AAAAGAATTCAAAA--CACTAACGGATTG-AAA---AACATT----GGTTCCGGAA-ATNGTTTCA-TGGGG-AGT-CG--AACT--NCGGTAATT-TGAT----C--ACT-G----G----T-G---TTGTGA--------AAAT-A---AAA-T-----ACTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGAACATTAAGNTACCGGAA---AAATAATGAGAGGACGTT-TA----AAAT--ACTTT-AAAAACTTTCGTTT---TTCTACGC-T-AAAACA-G----------C-------------A-TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTCTGT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGT
Reference ( gi|3 ) : AGCGAGCAC----------AGCGAGCTGATATGGTAACAT---GCACGTTG-AAAAGAATTCAAAA--TACTAACATAATG-AAA---AACATT----GGTTCCGGAA-ATCGTTTCA-TGGAG-AGT-CG--AACT--ATGGTAATT-TGAT----T--ACT-G----G----T-G---TTGTAA--------AAAC-A---AAA-T-----ACTGCTGTTTATTAAAACAATCAATATGAACATTGACCTACTGGAA---AAATAATGAGAAGACGTT-TA----AAAT--GTTTTCAAAAACTTTTGTTT---TTCTACGC-T-AAAACA------------C-------------A-TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTTTAT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGT
gi|1 : AACGGGCGC----------AGCGAGCGGATATGTTAACAT---ACAAGTTG-AAAAGAATTCATAA--TACTAACAGAATG-ACA---AACATT----GGTTCCGAAA-ATCGTTTCA-TGGCG-AGT-CG--AACT--ACGG----T-TAGT----T--ACT-G----G----T-G---TTGTTG--------TAA--A---AAA-T-----ACTTCCGTTTATTAAAACAATTAATATGAACATTAACCTATTGAAA---AATTAATTAGAAGACCTTAAA----AAAT--ACTTT-AAAAACTTTCATTT---TTCTACGG-TAAAAACA------------CCTCGGTAATCTCTA-TTTG-------------CAGTATACCGTAAACCTGTCTAT--T--GACGGGA----ATT----GGCGGAATTGACCGAGTGT
gi|9 : atAGCGAGCTC----------AGCGGGCTGATATGGTAACAT---GCGCGTTG-AAAGGAAGTCAAAC--TACTTACAGAAAG-AAA---AATATT----TGTTCCGGAA-ATCGTTTCA-TGGAG-AGC-CG--AACT--ACGGTCATT-TGAA----T--ACT-G----G----T-G---TTGTTA--------TAA--A---AAC-T-----ACTGCCGTTTATTTAAACAACCAATATGTACATTAACCTatacgatacgattatttacgggttgttttttttgtaagtgtttaaataatttaattgtgcaagatttatcgacccgttctacaataaattactgactcatgtaaaaaagaaaaaaaaacgccggcgtct
gi|5 : atgtaatAGCGAGCGC----------AGTGAGTTCATATGGTAACAT---GTATGTTG-AAAATAATTCAAAAAGCACTAACGGATTGAAAA---AAAAAT----GATTTCGGAA-GTGGTTTCA-TGGGG-AGA-CG--AACT--TCGGTAATT-TAAT----C--ATT-GC---GGT--T-G---TTATGA--------AAAT-A---AAAGTAAAA-ACTGTCATGTATTAAAGCAACCACTATGAAAATTAAGATACCAGAACTTAAATGATAAGAA---GTT-T-------AT--TTTTT------CCTTTATT-------------------------------------------------TTTG-------------TAACATACTGTAATCCAGTCTATCCT--GACGtaaaa
gi|13 : ccttgttacAGCGAGCAA----------AGCAAGCTCATGCGGTAACAT---GCATGTAG-AAAATAAT--AAAA--CTCGAACAGATTG-AAAATCAAAAAT----GGTT---GAT-ATAG---CACTGGGGTTGT-TGTAAAATCAATGG---TT-TGGTATAGC--ACT-G----GGGT-T-G---TTGTAA--------AATC-A---Attgcctagttccctgacttacttgat
gi|11 : tgttatAGCGAGCACCAAAGGCCCAAGCGAGCTCACATGGTAACGT---GCATGTTT-ATATG-GT----AA--CATGAAAATATTT-CAA---AGCACTCCGAGGTTCCAGAG-GTTGTTTCATTGGA----------AACT---TGGTAACTAAGA--------AAT-G----GGGGTT-G---TTGTGAAAATACTGAAAC-A---AAA-T-----AC
gi|4 : GCAAGCGC----------AGCAAGCTGATATGGTAACAT---GCATGTTG-AAAAGAATTCAAAA--TACTAACAGAATG-AAA---AACATT----GGTTCCAGAA-ACCATTTCA-TGGGG-AGT-CG--AACT--ACGGTAATT-TGAT----T--ACT-GACCAG----G-G---TTATAA--------AAA--A---AAT-T-----ACTGCCGTTTACTAAAACAATCAATATGATCATTAACCTACTGGAA---AAATAATGAGAAGATGTT-TA----AAAA--ACTTTAAAAAAATGTCATTC---TTCTATGC-TAAAAACA------------C-------------A-TTTG-------------CAGCATACTGTAAACCTGTCTAT--T--GACAGGA----ATT----GACGGAGT
gi|16 : taattGCAAGCAA----------AGCAAACTCATATGGTAAAAT---GCATGTTG-AAAATAACTCAAAA--TACAGATGGATTG-AAA---AATCGT----CGTTCTTGAA-TTGATTTCA-g
gi|19 : ctcacaccttaaacGCGAGCAA----------ATCGAGCTCATATGGTAACAT---GCATGCTT-AAAAGAATTCAAA
gi|8 : ataatggcgagagcagaagctGAGCTTATTTGGTAACATCATGTATGTTG-TAAAGAGCTCAAAT--AACTGACGGATTG-AAA---ACCTTT----GGATCCGGAAGAGC-TTTCA-TTG-G-AATACG--AAC---------------------T--GCC-G----T----T-A---TTGT-A--------AAAT-A---AAA-------ACGTCCGTGTATTAAAACCATCACAATGAAAACTAAGATACCG--A---AAATGATt
gi|20 : aaaaaacagtcaacagtgagtgtagaataaattGAGTTAATATGGTAACAT---ACATGTTG-AAACGTGTTCAAAA--CACTAACAagg
gi|6 : AATAT---GCATATTGTAAAATAATTCAAAA--CGTTAACGGATTG-AAA---AACATT----AGTTTCGTGG-GTGGTTTTA-TGGGA-AGT--G--ATCT---TGGTAATT---AT----TGCACT-G----GCAT-C-G---TTGTGA--------AAATAA---AAA-TTAAAAACTACCGTGTATAAAACCAATCACTATGAATAT----------GAA---GAACAA----------TT-TA----AAATAAACTTT-ATAAACTTTCGTTT---TTCTACGCTT-AAAACGTGTTGGTAGTATC-------------ATTTTG-------------CAGCATTCCATAAACGTGTCTGTTCT--GA-AGGT----ACCAGAGGACGATATTGACGGAG
gi|14 : TTCAAAG--CACTAATGGACTG-AAA---AACCTT----GGTTCCAGAC-ATGGTTTCA-TTGGG-AGT-CG--AACT--TTGGTAATT-AAGT----C--ACTCA----GAT--T-G---TTGTA------------------------------------TTA--AAA-CAATCACCATAATCATTAAGATACTGGAA---TTTTAATGAGAGGAAATT-Tctcgca
gi|2 : TCAAAA--TGCTAACAGATTG-AAA---AACCTT----GGTTACAGAA-GTGGCTTCA-TGGGG-AGT-CA--ATCT--TTTGTAATT-AAGT----C--ACT-G----G----G-GTAATTGTGA--------AAAT-AAAGAAA-A-----ACTGTTATGTATTAAAACCATCACTATGAACATTAAGATAC---AA---AATTAATGAGAGGAC----------------GTTTTAAAAAACATACGTTT---TTCTACAC-C-AAAAt
gi|17 : aagaagattaatagtgagtgcagcaagtacagaatgtgtgcataacaccataaaaaaagcttgtatatggATA-TGAT-------ACT-G----G----TTG---TTGTTA--------AAAT-A---AAA-------ACTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGGAGATCAAGGTAACGGAA---TCAAAATGAGAatgctttaattctcttttttttcattacatcatcaacatgtctgttct
gi|7 : TAATGAGAGGACGTT-AAGAAAAAAC--GT----AAAAAATATT--TTGAATTCTATGC-A-AAAAAAAG----------C-------------G-TTTGTAATCTCATTTTACAGCATGCGGTAAACCTGTCTGT--T--
gi|12 : -TTTG-------------CAGCATACCATAAACCTATCTGT--TCAGAAGGTACCTTAT-----GATTGAATTGATTGAGtcatacctacccgttgttggaagtcactgagcgtgtacgattatgatcgtataaacatattaactgtgatttcgtctccaaaataatctagaactgctatattaagtaaaatgtgccagatagtcctgctctacaataggttatggactcgtacatattaaaacacttaaggaggaatgccgacacct
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATTGCTGGAAATGGCCAAGCAATGTTCCAACTGTAACTTGTTTACAGTGTTTTTTCTCCAAAATTGTTAAATTGAGTAAAAAGTGCAAAATGCACCACCGTTTTCTACAATAAATTATTGACCAATGTGTTAAAAAAAAAAGAAAGAAAAATATTGACATC
Unaligned ( gi|15 ): CGATTTATTTGCTGGTGTGCTATTTATCACTTTTTAAGTGTTTTAATAATTAAATTGTGCAAGATATATCGACTCATTGTACAATAAATTACTGACTTGAACTTTTTAAAAAAGGAAAAACTCCAGCATC
Unaligned ( gi|18 ): TGACCCAATGAATATCTTAGTATTAGTTATGCACCAGCGCTCGCCATATAGTTTTTACCTATTTCGTATTACATAGTATAGA
Unaligned ( gi|21 ): TACGGCCGATTTTTTTATTTTGATTTTTTAAGGGAATAAATGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111111111 11111111 1111111 22222222222 2222222 1111111111111111 111 111 88888888888888888888888888888 3333333333333 11 22222222222
lowQualScore : 0 7777777777 1 88888 3 555 6666666666666 3 0 11111111 33 44 0 5 3 555 1 1 3 3 3 44 1 44 2222222 88888888888 555 3 9 888888 8888888 3 33 5 0 777 1 1 5555555555555555 1 555 777 11111111111111111111111111111 1111111111111 55 77 2 55555555555 0
lowQualScore : . .......... . ..... . ... ............. . . ........ .. .. . . . ... . . . . . .. . .. ....... ........... ... . . ...... ....... . .. . . ... . . ................ . ... ... ............................. ............. .. .. . ........... .
lowQualScore : 5 5555555555 8 33333 3 444 9999999999999 1 8 22222222 99 22 1 0 3 888 2 0 3 6 6 55 2 66 0000000 88888888888 888 3 3 666666 3333333 0 77 4 1 888 1 4 4444444444444444 7 777 444 55555555555555555555555555555 4444444444444 77 99 5 44444444444 2
consensus : AGCGAGCGC----------AGCGAGCTCA-----TATG-GTAACAT---GCATGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--CACTAACGGANTG-AAA---AACATTGGTTCCGGAAGTGGTTTCA-TGGGG-AGTCG-AACTNCGGTAAT--TTGAT----CACTG----G----T-G---TTG-TGAAAAT-A---AAA-T-----ACTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGAACATTAAGNTACCGGAA---AAATAATGAGAGGACGTT--TAAAAT--ACTTT-AAAAACTTTCGTTT---TTCTACGC-T-AAAAC--------A--C------------A----TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTCTGT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGT
Reference ( family-739 ) : AGCGAGCGC----------AGCGAGCTCA-----TATG-GTAACAT---GCATGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--CACTAACGGATTG-AAA---AACATTGGTTCCGGAAATNGTTTCA-TGGGG-AGTCG-AACTNCGGTAAT--TTGAT----CACTG----G----T-G---TTG-TGAAAAT-A---AAA-T-----ACTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGAACATTAAGNTACCGGAA---AAATAATGAGAGGACGTT--TAAAAT--ACTTT-AAAAACTTTCGTTT---TTCTACGC-T-AAAAC--------A-GC------------A----TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTCTGT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGT
gi|1 : AACGGGCGC----------AGCGAGCGGA-----TATG-TTAACAT---ACAAGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCATAA--TACTAACAGAATG-ACA---AACATTGGTTCCGAAAATCGTTTCA-TGGCG-AGTCG-AACTACGG------TTAGT----TACTG----G----T-G---TTGTTGTAA---A---AAA-T-----ACTTCCGTTTATTAAAACAATTAATATGAACATTAACCTATTGAAA---AATTAATTAGAAGACCTTA-AAAAAT--ACTTT-AAAAACTTTCATTT---TTCTACGG-TAAAAAC--------A-CCTCGGTAATCTCTA----TTTG-------------CAGTATACCGTAAACCTGTCTAT--T--GACGGGA----ATT----GGCGGAATTGACCGAGTGT
gi|11 : atAGCGAGCACCAAAGGCCCAAGCGAGCTCA-----CATG-GTAACGT---GCATGTTTATATGGTAACATG-AAAATA--------TT--TCAAAG--CACT--CCGA----------------GGTTCCAGAGGTTGTTTCA-TTGG------A-AACTT-GGTAA---CTAAG----AAATG----GGGGTT-G---TTG-TGAAAAT-A---atacgatacgattatttacgggttgttttttttgtaagtgtttaaataatttaattgtgcaagatttatcgacccgttctacaataaattactgactcatgtaaaaaagaaaaaaaaacgccggcgtct
gi|12 : ----TTTG-------------CAGCATACCATAAACCTATCTGT--TCAGAAGGTACCTTAT-----GATTGAATTGATTGAGctgaaacaaaatac
gi|13 : aatatctcatAGCGAGCAA----------AGCAAGCTCA-----TGCG-GTAACAT---GCATGT-------------AG-AAAATA--------AT----AAAA--CTCGAACAGATTG-AAAATCAAAAATGGTT---GATATAG---CACTGGGGTTGTTGTAAAATCAATGGT--TTGGTATAGCACTG----GGGT-T-G---TTG-T-AAAAT-C---AAattgtatgattatgatcgtatgaactaattattagttctgcatctgtgctcactttataggttttacctttttcatattattcatatt
gi|14 : tgttatT--TCAAAG--CACTAATGGACTG-AAA---AACCTTGGTTCCAGACATGGTTTCA-TTGGG-AGTCG-AACTTTGGTAAT--TAAGT----CACTC----A----G-A---TTG-T-----------------------TG-----TATTAAAACAATCACCATAATCATTAAGATACTGGAA---TTTTAATGAGAGGAAATT--T
gi|16 : GCAAGCAA----------AGCAAACTCA-----TATG-GTAAAAT---GCATGT-------------TG-AAAATA--------AC--TCAAAA--TACAGATGGATTG-AAA---AATCGTCGTTCTTGAATTGATTTCA-t
gi|17 : ctcacaccttaaacAT--ATGAT-----ACTG----G----TTG---TTG-TTAAAAT-A---AAA-------ACTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGGAGATCAAGGTAACGGAA---TCAAAATGAGA
gi|19 : GCGAGCAA----------ATCGAGCTCA-----TATG-GTAACAT---GCATGC-------------TT-AAAAGA--------AT--TCAAA
gi|2 : ataatggcgagagcagaagctAGTGAGTGC----------AGCAAGTACAGAATGTGTGCATAACAC----CATA-----------------AAAAAAGCTTGTATATGGTCAAAA--TGCTAACAGATTG-AAA---AACCTTGGTTACAGAAGTGGCTTCA-TGGGG-AGTCA-ATCTTTTGTAAT--TAAGT----CACTG----G----G-GTAATTG-TGAAAAT-AAAGAAA-A-----ACTGTTATGTATTAAAACCATCACTATGAACATTAAGATAC---AA---AATTAATGAGAGGACGTT--T----T--A-----AAAAACATACGTTT---TTCTACAC-C-AAAAt
gi|20 : aagaagattaatGAGTTAA-----TATG-GTAACAT---ACATGT-------------TG-AAACGT--------GT--TCAAAA--CACTAACatgctttaattctcttttttttcattacatcatcaacatgtctgttct
gi|3 : AGCGAGCAC----------AGCGAGCTGA-----TATG-GTAACAT---GCACGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--TACTAACATAATG-AAA---AACATTGGTTCCGGAAATCGTTTCA-TGGAG-AGTCG-AACTATGGTAAT--TTGAT----TACTG----G----T-G---TTG-TAAAAAC-A---AAA-T-----ACTGCTGTTTATTAAAACAATCAATATGAACATTGACCTACTGGAA---AAATAATGAGAAGACGTT--TAAAAT--GTTTTCAAAAACTTTTGTTT---TTCTACGC-T-AAAAC--------A--C------------A----TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTTTAT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGTa
gi|4 : GCAAGCGC----------AGCAAGCTGA-----TATG-GTAACAT---GCATGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--TACTAACAGAATG-AAA---AACATTGGTTCCAGAAACCATTTCA-TGGGG-AGTCG-AACTACGGTAAT--TTGAT----TACTGACCAG----G-G---TTA-TAAAAA--A---AAT-T-----ACTGCCGTTTACTAAAACAATCAATATGATCATTAACCTACTGGAA---AAATAATGAGAAGATGTT--TAAAAA--ACTTTAAAAAAATGTCATTC---TTCTATGC-TAAAAAC--------A--C------------A----TTTG-------------CAGCATACTGTAAACCTGTCTAT--T--GACAGGA----ATT----GACGGAGT
gi|5 : taattAGCGAGCGC----------AGTGAGTTCA-----TATG-GTAACAT---GTATGT-------------TG-AAAATA--------AT--TCAAAAAGCACTAACGGATTGAAAA---AAAAATGATTTCGGAAGTGGTTTCA-TGGGG-AGACG-AACTTCGGTAAT--TTAAT----CATTGC---GGT--T-G---TTA-TGAAAAT-A---AAAGTAAAA-ACTGTCATGTATTAAAGCAACCACTATGAAAATTAAGATACCAGAACTTAAATGATAAGAA---GTT--TA--------TTT-------TTTCCTTTA--TT-------------------------------------------TTTG-------------TAACATACTGTAATCCAGTCTATCCT--GACGg
gi|6 : ccttgttacAATAT---GCATAT-------------TGTAAAATA--------AT--TCAAAA--CGTTAACGGATTG-AAA---AACATTAGTTTCGTGGGTGGTTTTA-TGGGA-AGT-G-ATCTT-GGTAATTATTG------CACTG----GCAT-C-G---TTG-TGAAAATAA---AAA-TTAAAAACTACCGTGTATAAAACCAATCACTATGAATAT----------GAA---GAACAA----------TT--TAAAATAAACTTT-ATAAACTTTCGTTT---TTCTACGCTT-AAAACGTGTTGGTA-GT------------ATCATTTTG-------------CAGCATTCCATAAACGTGTCTGTTCT--GA-AGGT----ACCAGAGGACGATATTGACGGAGttgcctagttccctgacttacttgat
gi|7 : TAATGAGAGGACGTTAAGAAAAA--ACGTA-AAAAATATT---TTGAATTCTATGC-A-AAAAA--------AAGC------------G----TTTGTAATCTCATTTTACAGCATGCGGTAAACCTGTCTGT--T--ctcgca
gi|8 : GAGCTTA-----TTTG-GTAACATCATGTATGT-------------TG-TAAAGA--------GC--TCAAAT--AACTGACGGATTG-AAA---ACCTTTGGATCCGGAAGAGCTTTCA-TTGGA-ATACG-AACTGCCGT----------------------------T-A---TTG-T-AAAAT-A---AAA-------ACGTCCGTGTATTAAAACCATCACAATGAAAACTAAGATACCG--A---AAATGATtcatacctacccgttgttggaagtcactgagcgtgtacgattatgatcgtataaacatattaactgtgatttcgtctccaaaataatctagaactgctatattaagtaaaatgtgccagatagtcctgctctacaataggttatggactcgtacatattaaaacacttaaggaggaatgccgacacct
gi|9 : aaaaaacagtcaacagtgagtgtagaataaattAGCGAGCTC----------AGCGGGCTGA-----TATG-GTAACAT---GCGCGT-------------TG-AAAGGA--------AG--TCAAAC--TACTTACAGAAAG-AAA---AATATTTGTTCCGGAAATCGTTTCA-TGGAG-AGCCG-AACTACGGTCAT--TTGAA----TACTG----G----T-G---TTG-TTATAA--A---AAC-T-----ACTGCCGTTTATTTAAACAACCAATATGTACATTAAagg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATTGCTGGAAATGGCCAAGCAATGTTCCAACTGTAACTTGTTTACAGTGTTTTTTCTCCAAAATTGTTAAATTGAGTAAAAAGTGCAAAATGCACCACCGTTTTCTACAATAAATTATTGACCAATGTGTTAAAAAAAAAAGAAAGAAAAATATTGACATC
Unaligned ( gi|15 ): CGATTTATTTGCTGGTGTGCTATTTATCACTTTTTAAGTGTTTTAATAATTAAATTGTGCAAGATATATCGACTCATTGTACAATAAATTACTGACTTGAACTTTTTAAAAAAGGAAAAACTCCAGCATC
Unaligned ( gi|18 ): TGACCCAATGAATATCTTAGTATTAGTTATGCACCAGCGCTCGCCATATAGTTTTTACCTATTTCGTATTACATAGTATAGA
Unaligned ( gi|21 ): TACGGCCGATTTTTTTATTTTGATTTTTTAAGGGAATAAATGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111111111 11111111 11111111111 2222222222222 222222222222 1111111111111111 111 111 7777777777777777777777777777 3333333333333 11 22222222222
lowQualScore : 0 7777777777 1 88888 3 555 6666666666666 3 0 11111111 33 44 0 4 3 555 1 0 1 3 3 3 44 1 22222222222 8888888888888 555 3 9 4 555 555555555555 3 33 5 0 777 1 1 5555555555555555 1 555 777 7777777777777777777777777777 1111111111111 55 77 2 55555555555 0
lowQualScore : . .......... . ..... . ... ............. . . ........ .. .. . . . ... . . . . . . .. . ........... ............. ... . . . ... ............ . .. . . ... . . ................ . ... ... ............................ ............. .. .. . ........... .
lowQualScore : 5 5555555555 8 33333 3 444 9999999999999 1 8 22222222 99 22 1 2 3 888 2 1 8 3 6 6 55 2 77777777777 7777777777777 888 3 3 4 888 777777777777 0 77 4 1 888 1 4 4444444444444444 7 777 444 4444444444444444444444444444 4444444444444 77 99 5 44444444444 2
consensus : AGCGAGCGC----------AGCGAGCTCA-----TATG-GTAACAT---GCATGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--CACTAACGGANTG-AAA---AACATTGGTTCCGGAAGTGGTTTCA-TGGGG-AGTCG-AACTNCGGTAATT--TGAT----CACTG----G----T---G---TTG-TGAAAATA---AAA--T----A----CTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGAACATTAAGNTACCGGAA---AAATAATGAGAGGACGTT--TAAAAT--ACTTT-AAAAACTTTCGTTT---TTCTACGC-T-AAAACA------------C-------------A-TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTCTGT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGT
Reference ( family-739 ) : AGCGAGCGC----------AGCGAGCTCA-----TATG-GTAACAT---GCATGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--CACTAACGGANTG-AAA---AACATTGGTTCCGGAAGTGGTTTCA-TGGGG-AGTCG-AACTNCGGTAATT--TGAT----CACTG----G----T---G---TTG-TGAAAATA---AAA--T----A----CTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGAACATTAAGNTACCGGAA---AAATAATGAGAGGACGTT--TAAAAT--ACTTT-AAAAACTTTCGTTT---TTCTACGC-T-AAAACA------------C-------------A-TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTCTGT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGT
gi|1 : AACGGGCGC----------AGCGAGCGGA-----TATG-TTAACAT---ACAAGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCATAA--TACTAACAGAATG-ACA---AACATTGGTTCCGAAAATCGTTTCA-TGGCG-AGTCG-AACTACGG----T--TAGT----TACTG----G----T---G---TTGTTGTAA--A---AAA--T----A----CTTCCGTTTATTAAAACAATTAATATGAACATTAACCTATTGAAA---AATTAATTAGAAGACCTTA-AAAAAT--ACTTT-AAAAACTTTCATTT---TTCTACGG-TAAAAACA------------CCTCGGTAATCTCTA-TTTG-------------CAGTATACCGTAAACCTGTCTAT--T--GACGGGA----ATT----GGCGGAATTGACCGAGTGT
gi|11 : atAGCGAGCACCAAAGGCCCAAGCGAGCTCA-----CATG-GTAACGT---GCATGTTTATATGGTAACATG-AAAATA--------TT--TCAAAG--CACT--CCGA----------------GGTTCCAGAGGTTGTTTCA-TTGG------A-AACTT-GGTAA-C--TAAG----AAATG----GGGGTT---G---TTG-TGAAAATA---atacgatacgattatttacgggttgttttttttgtaagtgtttaaataatttaattgtgcaagatttatcgacccgttctacaataaattactgactcatgtaaaaaagaaaaaaaaacgccggcgtct
gi|12 : -TTTG-------------CAGCATACCATAAACCTATCTGT--TCAGAAGGTACCTTAT-----GATTGAATTGATTGAGctgaaacaaaatac
gi|13 : aatatctcatAGCGAGCAA----------AGCAAGCTCA-----TGCG-GTAACAT---GCATGT-------------AG-AAAATA--------AT----AAAA--CTCGAACAGATTG-AAAATCAAAAATGGTT---GATATAG---CACTGGGGTTGTTGTAAAATCAATGGTT--TGGTATAGCACTG----GGGT-T---G---TTG-T-AAAATC---AAattgtatgattatgatcgtatgaactaattattagttctgcatctgtgctcactttataggttttacctttttcatattattcatatt
gi|14 : tgttatT--TCAAAG--CACTAATGGACTG-AAA---AACCTTGGTTCCAGACATGGTTTCA-TTGGG-AGTCG-AACTTTGGTAATT--AAGT----CACTC----A----G---A---TTG-T--------------------------TG-----TATTAAAACAATCACCATAATCATTAAGATACTGGAA---TTTTAATGAGAGGAAATT--T
gi|16 : GCAAGCAA----------AGCAAACTCA-----TATG-GTAAAAT---GCATGT-------------TG-AAAATA--------AC--TCAAAA--TACAGATGGATTG-AAA---AATCGTCGTTCTTGAATTGATTTCA-t
gi|17 : ctcacaccttaaacATA--TGAT-----ACTG----G----TT--G---TTG-TTAAAATA---AAA-------A----CTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGGAGATCAAGGTAACGGAA---TCAAAATGAGA
gi|19 : GCGAGCAA----------ATCGAGCTCA-----TATG-GTAACAT---GCATGC-------------TT-AAAAGA--------AT--TCAAA
gi|2 : ataatggcgagagcagaagctAGTGAGTGC----------AGCAAGTACAGAATGTGTGCATAACAC----CATA-----------------AAAAAAGCTTGTATATGGTCAAAA--TGCTAACAGATTG-AAA---AACCTTGGTTACAGAAGTGGCTTCA-TGGGG-AGTCA-ATCTTTTGTAATT--AAGT----CACTG----G----G---GTAATTG-TGAAAATAAAGAAA--A----A----CTGTTATGTATTAAAACCATCACTATGAACATTAAGATAC---AA---AATTAATGAGAGGACGTT--T----T--A-----AAAAACATACGTTT---TTCTACAC-C-AAAAt
gi|20 : aagaagattaatGAGTTAA-----TATG-GTAACAT---ACATGT-------------TG-AAACGT--------GT--TCAAAA--CACTAACatgctttaattctcttttttttcattacatcatcaacatgtctgttct
gi|3 : AGCGAGCAC----------AGCGAGCTGA-----TATG-GTAACAT---GCACGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--TACTAACATAATG-AAA---AACATTGGTTCCGGAAATCGTTTCA-TGGAG-AGTCG-AACTATGGTAATT--TGAT----TACTG----G----T---G---TTG-TAAAAACA---AAA--T----A----CTGCTGTTTATTAAAACAATCAATATGAACATTGACCTACTGGAA---AAATAATGAGAAGACGTT--TAAAAT--GTTTTCAAAAACTTTTGTTT---TTCTACGC-T-AAAACA------------C-------------A-TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTTTAT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGTa
gi|4 : GCAAGCGC----------AGCAAGCTGA-----TATG-GTAACAT---GCATGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--TACTAACAGAATG-AAA---AACATTGGTTCCAGAAACCATTTCA-TGGGG-AGTCG-AACTACGGTAATT--TGAT----TACTGACCAG----G---G---TTA-TAAAAA-A---AAT--T----A----CTGCCGTTTACTAAAACAATCAATATGATCATTAACCTACTGGAA---AAATAATGAGAAGATGTT--TAAAAA--ACTTTAAAAAAATGTCATTC---TTCTATGC-TAAAAACA------------C-------------A-TTTG-------------CAGCATACTGTAAACCTGTCTAT--T--GACAGGA----ATT----GACGGAGT
gi|5 : taattAGCGAGCGC----------AGTGAGTTCA-----TATG-GTAACAT---GTATGT-------------TG-AAAATA--------AT--TCAAAAAGCACTAACGGATTGAAAA---AAAAATGATTTCGGAAGTGGTTTCA-TGGGG-AGACG-AACTTCGGTAATT--TAAT----CATTGC---GGT--T---G---TTA-TGAAAATA---AAAG-TAAAAA----CTGTCATGTATTAAAGCAACCACTATGAAAATTAAGATACCAGAACTTAAATGATAAGAA---GTT--TA--------TTT-------TTTCCTTTA--TT-------------------------------------------TTTG-------------TAACATACTGTAATCCAGTCTATCCT--GACGg
gi|6 : ccttgttacAATAT---GCATAT-------------TGTAAAATA--------AT--TCAAAA--CGTTAACGGATTG-AAA---AACATTAGTTTCGTGGGTGGTTTTA-TGGGA-AGT-G-ATCTT-GGTAATTATTG------CACTG----G----CATCG---TTG-TGAAAATA---AAAATT----AAAAACTACCGTGTATAAAACCAATCACTATGAATAT----------GAA---GAACAA----------TT--TAAAATAAACTTT-ATAAACTTTCGTTT---TTCTACGCTT-AAAACGTGTTGGTAGTATC-------------ATTTTG-------------CAGCATTCCATAAACGTGTCTGTTCT--GA-AGGT----ACCAGAGGACGATATTGACGGAGttgcctagttccctgacttacttgat
gi|7 : TAATGAGAGGACGTTAAGAAAAA--ACGTA-AAAAATATT---TTGAATTCTATGC-A-AAAAAAAG----------C-------------G-TTTGTAATCTCATTTTACAGCATGCGGTAAACCTGTCTGT--T--ctcgca
gi|8 : GAGCTTA-----TTTG-GTAACATCATGTATGT-------------TG-TAAAGA--------GC--TCAAAT--AACTGACGGATTG-AAA---ACCTTTGGATCCGGAAGAGCTTTCA-TTGGA-ATACG-AACTGCCGT----------------------------T---A---TTG-T-AAAATA---AAA-------A----CGTCCGTGTATTAAAACCATCACAATGAAAACTAAGATACCG--A---AAATGATtcatacctacccgttgttggaagtcactgagcgtgtacgattatgatcgtataaacatattaactgtgatttcgtctccaaaataatctagaactgctatattaagtaaaatgtgccagatagtcctgctctacaataggttatggactcgtacatattaaaacacttaaggaggaatgccgacacct
gi|9 : aaaaaacagtcaacagtgagtgtagaataaattAGCGAGCTC----------AGCGGGCTGA-----TATG-GTAACAT---GCGCGT-------------TG-AAAGGA--------AG--TCAAAC--TACTTACAGAAAG-AAA---AATATTTGTTCCGGAAATCGTTTCA-TGGAG-AGCCG-AACTACGGTCATT--TGAA----TACTG----G----T---G---TTG-TTATAA-A---AAC--T----A----CTGCCGTTTATTTAAACAACCAATATGTACATTAAagg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATTGCTGGAAATGGCCAAGCAATGTTCCAACTGTAACTTGTTTACAGTGTTTTTTCTCCAAAATTGTTAAATTGAGTAAAAAGTGCAAAATGCACCACCGTTTTCTACAATAAATTATTGACCAATGTGTTAAAAAAAAAAGAAAGAAAAATATTGACATC
Unaligned ( gi|15 ): CGATTTATTTGCTGGTGTGCTATTTATCACTTTTTAAGTGTTTTAATAATTAAATTGTGCAAGATATATCGACTCATTGTACAATAAATTACTGACTTGAACTTTTTAAAAAAGGAAAAACTCCAGCATC
Unaligned ( gi|18 ): TGACCCAATGAATATCTTAGTATTAGTTATGCACCAGCGCTCGCCATATAGTTTTTACCTATTTCGTATTACATAGTATAGA
Unaligned ( gi|21 ): TACGGCCGATTTTTTTATTTTGATTTTTTAAGGGAATAAATGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111111111 11111111 11111111111 2222222222222 222222222222 1111111111111111 111 111 7777777777777777777777777777 3333333333333 11 22222222222
lowQualScore : 0 7777777777 1 88888 3 555 6666666666666 3 0 11111111 33 44 0 4 3 555 1 0 1 3 3 3 44 1 22222222222 8888888888888 555 3 9 4 555 555555555555 3 33 5 0 777 1 1 5555555555555555 1 555 777 7777777777777777777777777777 1111111111111 55 77 2 55555555555 0
lowQualScore : . .......... . ..... . ... ............. . . ........ .. .. . . . ... . . . . . . .. . ........... ............. ... . . . ... ............ . .. . . ... . . ................ . ... ... ............................ ............. .. .. . ........... .
lowQualScore : 5 5555555555 8 33333 3 444 9999999999999 1 8 22222222 99 22 1 2 3 888 2 1 8 3 6 6 55 2 77777777777 7777777777777 888 3 3 4 888 777777777777 0 77 4 1 888 1 4 4444444444444444 7 777 444 4444444444444444444444444444 4444444444444 77 99 5 44444444444 2
consensus : AGCGAGCGC----------AGCGAGCTCA-----TATG-GTAACAT---GCATGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--CACTAACGGANTG-AAA---AACATTGGTTCCGGAAGTGGTTTCA-TGGGG-AGTCG-AACTNCGGTAATT--TGAT----CACTG----G----T---G---TTG-TGAAAATA---AAA--T----A----CTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGAACATTAAGNTACCGGAA---AAATAATGAGAGGACGTT--TAAAAT--ACTTT-AAAAACTTTCGTTT---TTCTACGC-T-AAAACA------------C-------------A-TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTCTGT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGT
Reference ( family-739 ) : AGCGAGCGC----------AGCGAGCTCA-----TATG-GTAACAT---GCATGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--CACTAACGGANTG-AAA---AACATTGGTTCCGGAAGTGGTTTCA-TGGGG-AGTCG-AACTNCGGTAATT--TGAT----CACTG----G----T---G---TTG-TGAAAATA---AAA--T----A----CTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGAACATTAAGNTACCGGAA---AAATAATGAGAGGACGTT--TAAAAT--ACTTT-AAAAACTTTCGTTT---TTCTACGC-T-AAAACA------------C-------------A-TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTCTGT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGT
gi|1 : AACGGGCGC----------AGCGAGCGGA-----TATG-TTAACAT---ACAAGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCATAA--TACTAACAGAATG-ACA---AACATTGGTTCCGAAAATCGTTTCA-TGGCG-AGTCG-AACTACGG----T--TAGT----TACTG----G----T---G---TTGTTGTAA--A---AAA--T----A----CTTCCGTTTATTAAAACAATTAATATGAACATTAACCTATTGAAA---AATTAATTAGAAGACCTTA-AAAAAT--ACTTT-AAAAACTTTCATTT---TTCTACGG-TAAAAACA------------CCTCGGTAATCTCTA-TTTG-------------CAGTATACCGTAAACCTGTCTAT--T--GACGGGA----ATT----GGCGGAATTGACCGAGTGT
gi|11 : atAGCGAGCACCAAAGGCCCAAGCGAGCTCA-----CATG-GTAACGT---GCATGTTTATATGGTAACATG-AAAATA--------TT--TCAAAG--CACT--CCGA----------------GGTTCCAGAGGTTGTTTCA-TTGG------A-AACTT-GGTAA-C--TAAG----AAATG----GGGGTT---G---TTG-TGAAAATA---atacgatacgattatttacgggttgttttttttgtaagtgtttaaataatttaattgtgcaagatttatcgacccgttctacaataaattactgactcatgtaaaaaagaaaaaaaaacgccggcgtct
gi|12 : -TTTG-------------CAGCATACCATAAACCTATCTGT--TCAGAAGGTACCTTAT-----GATTGAATTGATTGAGctgaaacaaaatac
gi|13 : aatatctcatAGCGAGCAA----------AGCAAGCTCA-----TGCG-GTAACAT---GCATGT-------------AG-AAAATA--------AT----AAAA--CTCGAACAGATTG-AAAATCAAAAATGGTT---GATATAG---CACTGGGGTTGTTGTAAAATCAATGGTT--TGGTATAGCACTG----GGGT-T---G---TTG-T-AAAATC---AAattgtatgattatgatcgtatgaactaattattagttctgcatctgtgctcactttataggttttacctttttcatattattcatatt
gi|14 : tgttatT--TCAAAG--CACTAATGGACTG-AAA---AACCTTGGTTCCAGACATGGTTTCA-TTGGG-AGTCG-AACTTTGGTAATT--AAGT----CACTC----A----G---A---TTG-T--------------------------TG-----TATTAAAACAATCACCATAATCATTAAGATACTGGAA---TTTTAATGAGAGGAAATT--T
gi|16 : GCAAGCAA----------AGCAAACTCA-----TATG-GTAAAAT---GCATGT-------------TG-AAAATA--------AC--TCAAAA--TACAGATGGATTG-AAA---AATCGTCGTTCTTGAATTGATTTCA-t
gi|17 : ctcacaccttaaacATA--TGAT-----ACTG----G----TT--G---TTG-TTAAAATA---AAA-------A----CTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGGAGATCAAGGTAACGGAA---TCAAAATGAGA
gi|19 : GCGAGCAA----------ATCGAGCTCA-----TATG-GTAACAT---GCATGC-------------TT-AAAAGA--------AT--TCAAA
gi|2 : ataatggcgagagcagaagctAGTGAGTGC----------AGCAAGTACAGAATGTGTGCATAACAC----CATA-----------------AAAAAAGCTTGTATATGGTCAAAA--TGCTAACAGATTG-AAA---AACCTTGGTTACAGAAGTGGCTTCA-TGGGG-AGTCA-ATCTTTTGTAATT--AAGT----CACTG----G----G---GTAATTG-TGAAAATAAAGAAA--A----A----CTGTTATGTATTAAAACCATCACTATGAACATTAAGATAC---AA---AATTAATGAGAGGACGTT--T----T--A-----AAAAACATACGTTT---TTCTACAC-C-AAAAt
gi|20 : aagaagattaatGAGTTAA-----TATG-GTAACAT---ACATGT-------------TG-AAACGT--------GT--TCAAAA--CACTAACatgctttaattctcttttttttcattacatcatcaacatgtctgttct
gi|3 : AGCGAGCAC----------AGCGAGCTGA-----TATG-GTAACAT---GCACGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--TACTAACATAATG-AAA---AACATTGGTTCCGGAAATCGTTTCA-TGGAG-AGTCG-AACTATGGTAATT--TGAT----TACTG----G----T---G---TTG-TAAAAACA---AAA--T----A----CTGCTGTTTATTAAAACAATCAATATGAACATTGACCTACTGGAA---AAATAATGAGAAGACGTT--TAAAAT--GTTTTCAAAAACTTTTGTTT---TTCTACGC-T-AAAACA------------C-------------A-TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTTTAT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGTa
gi|4 : GCAAGCGC----------AGCAAGCTGA-----TATG-GTAACAT---GCATGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--TACTAACAGAATG-AAA---AACATTGGTTCCAGAAACCATTTCA-TGGGG-AGTCG-AACTACGGTAATT--TGAT----TACTGACCAG----G---G---TTA-TAAAAA-A---AAT--T----A----CTGCCGTTTACTAAAACAATCAATATGATCATTAACCTACTGGAA---AAATAATGAGAAGATGTT--TAAAAA--ACTTTAAAAAAATGTCATTC---TTCTATGC-TAAAAACA------------C-------------A-TTTG-------------CAGCATACTGTAAACCTGTCTAT--T--GACAGGA----ATT----GACGGAGT
gi|5 : taattAGCGAGCGC----------AGTGAGTTCA-----TATG-GTAACAT---GTATGT-------------TG-AAAATA--------AT--TCAAAAAGCACTAACGGATTGAAAA---AAAAATGATTTCGGAAGTGGTTTCA-TGGGG-AGACG-AACTTCGGTAATT--TAAT----CATTGC---GGT--T---G---TTA-TGAAAATA---AAAG-TAAAAA----CTGTCATGTATTAAAGCAACCACTATGAAAATTAAGATACCAGAACTTAAATGATAAGAA---GTT--TA--------TTT-------TTTCCTTTA--TT-------------------------------------------TTTG-------------TAACATACTGTAATCCAGTCTATCCT--GACGg
gi|6 : ccttgttacAATAT---GCATAT-------------TGTAAAATA--------AT--TCAAAA--CGTTAACGGATTG-AAA---AACATTAGTTTCGTGGGTGGTTTTA-TGGGA-AGT-G-ATCTT-GGTAATTATTG------CACTG----G----CATCG---TTG-TGAAAATA---AAAATT----AAAAACTACCGTGTATAAAACCAATCACTATGAATAT----------GAA---GAACAA----------TT--TAAAATAAACTTT-ATAAACTTTCGTTT---TTCTACGCTT-AAAACGTGTTGGTAGTATC-------------ATTTTG-------------CAGCATTCCATAAACGTGTCTGTTCT--GA-AGGT----ACCAGAGGACGATATTGACGGAGttgcctagttccctgacttacttgat
gi|7 : TAATGAGAGGACGTTAAGAAAAA--ACGTA-AAAAATATT---TTGAATTCTATGC-A-AAAAAAAG----------C-------------G-TTTGTAATCTCATTTTACAGCATGCGGTAAACCTGTCTGT--T--ctcgca
gi|8 : GAGCTTA-----TTTG-GTAACATCATGTATGT-------------TG-TAAAGA--------GC--TCAAAT--AACTGACGGATTG-AAA---ACCTTTGGATCCGGAAGAGCTTTCA-TTGGA-ATACG-AACTGCCGT----------------------------T---A---TTG-T-AAAATA---AAA-------A----CGTCCGTGTATTAAAACCATCACAATGAAAACTAAGATACCG--A---AAATGATtcatacctacccgttgttggaagtcactgagcgtgtacgattatgatcgtataaacatattaactgtgatttcgtctccaaaataatctagaactgctatattaagtaaaatgtgccagatagtcctgctctacaataggttatggactcgtacatattaaaacacttaaggaggaatgccgacacct
gi|9 : aaaaaacagtcaacagtgagtgtagaataaattAGCGAGCTC----------AGCGGGCTGA-----TATG-GTAACAT---GCGCGT-------------TG-AAAGGA--------AG--TCAAAC--TACTTACAGAAAG-AAA---AATATTTGTTCCGGAAATCGTTTCA-TGGAG-AGCCG-AACTACGGTCATT--TGAA----TACTG----G----T---G---TTG-TTATAA-A---AAC--T----A----CTGCCGTTTATTTAAACAACCAATATGTACATTAAagg
blockSeqs : CAAAGGCCCA C GAATG C CAT TTATATGGTAACA T GCTTGTAT GG AG T A ATC A T C T T TC A TGGTATAGC GGGGTT TAA . G T AAG ATTAAAAA T GA T CTT G A TAAAATAAACTTT G GAA TA TGTTGGTAGTATCAT TAATCTCATTTTA CC CA A ACCAGAG
blockSeqs : . C . . . . . . . . C . . C A . . . TT G TAAGA ACCAGG . . T T . GTAAAAA G GG C . G C AAGAAAAAACGTA G A TT AGCG . TC . C CCTTAT
blockSeqs : . C . . . . . . . . T . . C G . . . TT A AAGTC GGGTT . . G T . AA T GA T . A C TAAAATGTTTTC A . C CA . . . C ATC
blockSeqs : . C . . . . . . . . T . . C G . . . AT A AAGTC CGGTT . . A T . TA T CC T . A T TAAAAAACTTTA C . T CA . . . C ATT
blockSeqs : . C . . . . . . . . A . . A G . . . AC A TGATT GCATC . . A C . TA G CC C . A C TATTT G . A . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . A . . A C . . . TC A TGATT GTT . . G T . TA G GA C . G . TTA . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . T . . A C . . . GC A TAATC AG . . G T . A G GA . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . T . . A G . . . AC A ATTGC GG . . T T . A T . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . T . . T G . . . T C TGAAT GT . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . A . . A G . . . T . TGAT GT . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : T** GCG*************************
originalCons : AGCGAGCGC----------AGCGAGCTCA-----TATG-GTAACAT---GCATGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--CACTAACGGANTG-AAA---AACATTGGTTCCGGAAGTGGTTTCA-TGGGG-AGTCG-AACTNCGGTAATT--TGAT----CACTG----G----T---G---TTG-TGAAAATA---AAA--T----A----CTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGAACATTAAGNTACCGGAA---AAATAATGAGAGGACGTT--TAAAAT--ACTTT-AAAAACTTTCGTTT---TTCTACGC-T-AAAACA------------C-------------A-TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTCTGT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGT
finalCons : AGCGAGCGC----------AGCGAGCTCA-----TATG-GTAACAT---GCATGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--CACTAACGGANTG-AAA---AACATTGGTTCCGGAAGTGGTTTCA-TGGGG-AGTCG-AACTNCGGTAATT--TGAT----CACTG----G----T---G---TTG-TGAAAATA---AAA--T----A----CTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGAACATTAAGNTACCGGAA---AAATAATGAGAGGACGTT--TAAAAT--ACTTT-AAAAACTTTCGTTT---TTCTACGCT--AAAACAGCG-------------------------TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTCTGT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATTGCTGGAAATGGCCAAGCAATGTTCCAACTGTAACTTGTTTACAGTGTTTTTTCTCCAAAATTGTTAAATTGAGTAAAAAGTGCAAAATGCACCACCGTTTTCTACAATAAATTATTGACCAATGTGTTAAAAAAAAAAGAAAGAAAAATATTGACATC
Unaligned ( gi|15 ): CGATTTATTTGCTGGTGTGCTATTTATCACTTTTTAAGTGTTTTAATAATTAAATTGTGCAAGATATATCGACTCATTGTACAATAAATTACTGACTTGAACTTTTTAAAAAAGGAAAAACTCCAGCATC
Unaligned ( gi|18 ): TGACCCAATGAATATCTTAGTATTAGTTATGCACCAGCGCTCGCCATATAGTTTTTACCTATTTCGTATTACATAGTATAGA
Unaligned ( gi|21 ): TACGGCCGATTTTTTTATTTTGATTTTTTAAGGGAATAAATGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111111111 11111111 1111111 22222222222 2222222 1111111111111111 111 222 8888888888888888888888888888 3333333333333 11 22222222222
lowQualScore : 0 7777777777 1 88888 3 555 6666666666666 3 0 11111111 33 44 0 4 555 333 0 1 3 3 3 44 1 44 2222222 88888888888 555 3 9 888888 8888888 3 33 5 0 777 1 1 5555555555555555 1 1 555 333 2222222222222222222222222222 1111111111111 55 77 2 55555555555 0
lowQualScore : . .......... . ..... . ... ............. . . ........ .. .. . . ... ... . . . . . .. . .. ....... ........... ... . . ...... ....... . .. . . ... . . ................ . . ... ... ............................ ............. .. .. . ........... .
lowQualScore : 5 5555555555 8 33333 3 444 9999999999999 1 8 22222222 99 22 1 2 888 888 1 8 3 6 6 55 2 66 0000000 88888888888 888 3 3 666666 3333333 0 77 4 1 888 1 4 4444444444444444 7 7 777 111 1111111111111111111111111111 4444444444444 77 99 5 44444444444 2
consensus : AGCGAGCGC----------AGCGAGCTCA-----TATG-GTAACAT---GCATGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--CACTAACGGANTGAAA---AACAT-TGGTTCCGGAAGTGGTTTCA-TGGGG-AGTCG-AACTNCGGTAAT--TTGAT----CACTG----G----T-G---TTG-TGAAAAT-A---AAA-T-----ACTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGAACATTAAGNTACCGGAA---AAATAATGAGAGGACGTT--TAAAAT--ACTTT-AAAAACTTTCGTTT---TTCTACGC-T-AAAAC--------A-C------------A----TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTCTGT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGT
Reference ( family-739 ) : AGCGAGCGC----------AGCGAGCTCA-----TATG-GTAACAT---GCATGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--CACTAACGGANTGAAA---AACAT-TGGTTCCGGAAGTGGTTTCA-TGGGG-AGTCG-AACTNCGGTAAT--TTGAT----CACTG----G----T-G---TTG-TGAAAAT-A---AAA-T-----ACTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGAACATTAAGNTACCGGAA---AAATAATGAGAGGACGTT--TAAAAT--ACTTT-AAAAACTTTCGTTT---TTCTACGC-T-AAAAC--------AGC------------G----TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTCTGT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGT
gi|1 : AACGGGCGC----------AGCGAGCGGA-----TATG-TTAACAT---ACAAGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCATAA--TACTAACAGAATGACA---AACAT-TGGTTCCGAAAATCGTTTCA-TGGCG-AGTCG-AACTACGG------TTAGT----TACTG----G----T-G---TTGTTGTAA---A---AAA-T-----ACTTCCGTTTATTAAAACAATTAATATGAACATTAACCTATTGAAA---AATTAATTAGAAGACCTTA-AAAAAT--ACTTT-AAAAACTTTCATTT---TTCTACGG-TAAAAAC--------ACCTCGGTAATCTCTA----TTTG-------------CAGTATACCGTAAACCTGTCTAT--T--GACGGGA----ATT----GGCGGAATTGACCGAGTGT
gi|11 : atAGCGAGCACCAAAGGCCCAAGCGAGCTCA-----CATG-GTAACGT---GCATGTTTATATGGTAACATG-AAAATA--------TT--TCAAAG--CACT--CCGA----------------GGTTCCAGAGGTTGTTTCA-TTGG------A-AACTT-GGTAA---CTAAG----AAATG----GGGGTT-G---TTG-TGAAAAT-A---atacgatacgattatttacgggttgttttttttgtaagtgtttaaataatttaattgtgcaagatttatcgacccgttctacaataaattactgactcatgtaaaaaagaaaaaaaaacgccggcgtct
gi|12 : ----TTTG-------------CAGCATACCATAAACCTATCTGT--TCAGAAGGTACCTTAT-----GATTGAATTGATTGAGctgaaacaaaatac
gi|13 : aatatctcatAGCGAGCAA----------AGCAAGCTCA-----TGCG-GTAACAT---GCATGT-------------AG-AAAATA--------AT----AAAA--CTCGAACAGATTGAAAATCAAAAA-TGGTT---GATATAG---CACTGGGGTTGTTGTAAAATCAATGGT--TTGGTATAGCACTG----GGGT-T-G---TTG-T-AAAAT-C---AAattgtatgattatgatcgtatgaactaattattagttctgcatctgtgctcactttataggttttacctttttcatattattcatatt
gi|14 : tgttatT--TCAAAG--CACTAATGGACTGAAA---AACCT-TGGTTCCAGACATGGTTTCA-TTGGG-AGTCG-AACTTTGGTAAT--TAAGT----CACTC----A----G-A---TTG-T-----------------------TG-----TATTAAAACAATCACCATAATCATTAAGATACTGGAA---TTTTAATGAGAGGAAATT--T
gi|16 : GCAAGCAA----------AGCAAACTCA-----TATG-GTAAAAT---GCATGT-------------TG-AAAATA--------AC--TCAAAA--TACAGATGGATTGAAA---AATCG-TCGTTCTTGAATTGATTTCA-t
gi|17 : ctcacaccttaaacAT--ATGAT-----ACTG----G----TTG---TTG-TTAAAAT-A---AAA-------ACTGCCGTTTATTAAAACAATCACTATGGAGATCAAGGTAACGGAA---TCAAAATGAGA
gi|19 : GCGAGCAA----------ATCGAGCTCA-----TATG-GTAACAT---GCATGC-------------TT-AAAAGA--------AT--TCAAA
gi|2 : ataatggcgagagcagaagctAGTGAGTGC----------AGCAAGTACAGAATGTGTGCATAACAC----CATA-----------------AAAAAAGCTTGTATATGGTCAAAA--TGCTAACAGATTGAAA---AACCT-TGGTTACAGAAGTGGCTTCA-TGGGG-AGTCA-ATCTTTTGTAAT--TAAGT----CACTG----G----G-GTAATTG-TGAAAAT-AAAGAAA-A-----ACTGTTATGTATTAAAACCATCACTATGAACATTAAGATAC---AA---AATTAATGAGAGGACGTT--T----T--A-----AAAAACATACGTTT---TTCTACAC-C-AAAAt
gi|20 : aagaagattaatGAGTTAA-----TATG-GTAACAT---ACATGT-------------TG-AAACGT--------GT--TCAAAA--CACTAACatgctttaattctcttttttttcattacatcatcaacatgtctgttct
gi|3 : AGCGAGCAC----------AGCGAGCTGA-----TATG-GTAACAT---GCACGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--TACTAACATAATGAAA---AACAT-TGGTTCCGGAAATCGTTTCA-TGGAG-AGTCG-AACTATGGTAAT--TTGAT----TACTG----G----T-G---TTG-TAAAAAC-A---AAA-T-----ACTGCTGTTTATTAAAACAATCAATATGAACATTGACCTACTGGAA---AAATAATGAGAAGACGTT--TAAAAT--GTTTTCAAAAACTTTTGTTT---TTCTACGC-T-AAAAC--------A-C------------A----TTTG-------------CAGCATACCGTAAACCTGTTTAT--T--GACGGGA----ATC----GACGGAATTGACCGAGTGTa
gi|4 : GCAAGCGC----------AGCAAGCTGA-----TATG-GTAACAT---GCATGT-------------TG-AAAAGA--------AT--TCAAAA--TACTAACAGAATGAAA---AACAT-TGGTTCCAGAAACCATTTCA-TGGGG-AGTCG-AACTACGGTAAT--TTGAT----TACTGACCAG----G-G---TTA-TAAAAA--A---AAT-T-----ACTGCCGTTTACTAAAACAATCAATATGATCATTAACCTACTGGAA---AAATAATGAGAAGATGTT--TAAAAA--ACTTTAAAAAAATGTCATTC---TTCTATGC-TAAAAAC--------A-C------------A----TTTG-------------CAGCATACTGTAAACCTGTCTAT--T--GACAGGA----ATT----GACGGAGT
gi|5 : taattAGCGAGCGC----------AGTGAGTTCA-----TATG-GTAACAT---GTATGT-------------TG-AAAATA--------AT--TCAAAAAGCACTAACGGATTGAAA---AAAAAATGATTTCGGAAGTGGTTTCA-TGGGG-AGACG-AACTTCGGTAAT--TTAAT----CATTGC---GGT--T-G---TTA-TGAAAAT-A---AAAGTAAAA-ACTGTCATGTATTAAAGCAACCACTATGAAAATTAAGATACCAGAACTTAAATGATAAGAA---GTT--TA--------TTT-------TTTCCTTTA--TT------------------------------------------TTTG-------------TAACATACTGTAATCCAGTCTATCCT--GACGg
gi|6 : ccttgttacAATAT---GCATAT-------------TGTAAAATA--------AT--TCAAAA--CGTTAACGGATTGAAA---AACAT-TAGTTTCGTGGGTGGTTTTA-TGGGA-AGT-G-ATCTT-GGTAATTATTG------CACTG----GCAT-C-G---TTG-TGAAAATAA---AAA-TTAAAAACTACCGTGTATAAAACCAATCACTATGAATAT----------GAA---GAACAA----------TT--TAAAATAAACTTT-ATAAACTTTCGTTT---TTCTACGCTT-AAAACGTGTTGGTAGT------------ATCATTTTG-------------CAGCATTCCATAAACGTGTCTGTTCT--GA-AGGT----ACCAGAGGACGATATTGACGGAGttgcctagttccctgacttacttgat
gi|7 : TAATGAGAGGACGTTAAGAAAAA--ACGTA-AAAAATAT---TTTGAATTCTATGCAA-AAAAA--------AGC------------G----TTTGTAATCTCATTTTACAGCATGCGGTAAACCTGTCTGT--T--ctcgca
gi|8 : GAGCTTA-----TTTG-GTAACATCATGTATGT-------------TG-TAAAGA--------GC--TCAAAT--AACTGACGGATTGAAA---ACCTT-TGGATCCGGAAGAGCTTTCA-TTGGA-ATACG-AACTGCCGT----------------------------T-A---TTG-T-AAAAT-A---AAA-------ACGTCCGTGTATTAAAACCATCACAATGAAAACTAAGATACCG--A---AAATGATtcatacctacccgttgttggaagtcactgagcgtgtacgattatgatcgtataaacatattaactgtgatttcgtctccaaaataatctagaactgctatattaagtaaaatgtgccagatagtcctgctctacaataggttatggactcgtacatattaaaacacttaaggaggaatgccgacacct
gi|9 : aaaaaacagtcaacagtgagtgtagaataaattAGCGAGCTC----------AGCGGGCTGA-----TATG-GTAACAT---GCGCGT-------------TG-AAAGGA--------AG--TCAAAC--TACTTACAGAAAGAAA---AATAT-TTGTTCCGGAAATCGTTTCA-TGGAG-AGCCG-AACTACGGTCAT--TTGAA----TACTG----G----T-G---TTG-TTATAA--A---AAC-T-----ACTGCCGTTTATTTAAACAACCAATATGTACATTAAagg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATTGCTGGAAATGGCCAAGCAATGTTCCAACTGTAACTTGTTTACAGTGTTTTTTCTCCAAAATTGTTAAATTGAGTAAAAAGTGCAAAATGCACCACCGTTTTCTACAATAAATTATTGACCAATGTGTTAAAAAAAAAAGAAAGAAAAATATTGACATC
Unaligned ( gi|15 ): CGATTTATTTGCTGGTGTGCTATTTATCACTTTTTAAGTGTTTTAATAATTAAATTGTGCAAGATATATCGACTCATTGTACAATAAATTACTGACTTGAACTTTTTAAAAAAGGAAAAACTCCAGCATC
Unaligned ( gi|18 ): TGACCCAATGAATATCTTAGTATTAGTTATGCACCAGCGCTCGCCATATAGTTTTTACCTATTTCGTATTACATAGTATAGA
Unaligned ( gi|21 ): TACGGCCGATTTTTTTATTTTGATTTTTTAAGGGAATAAATGTTT