lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                    22          1            1       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                  2  2 99 2  2              22  22  55   2  66  1            7       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                  .  . .. .  .              ..  ..  ..   .  ..  .            .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                  1  1 22 1  0              99  99  11   9  99  4            0       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACA-TT-T-TC-TT-AAGTTTTACTTAAA--TA--CT-TAAA-AC--TT-AACTTAATTTTGACTGGTTA
Reference ( gi|10 )           :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACA-TT-T-CC-TT-AAGTTTTACTTAAA--TA--CTCTAAA-AC--TT-AACTTAATTTTGTCTGGTTATTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACA-TTAT-TT-TT-AAATTTTACTTAAA--TA--TTT--AA-ACTTTT-AACTTAATTTTGACTGGT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCCCCAACA-TT-T-TC-TT-AAGTTTTACTCAAA--TA--CTTAAAA-AC--aaatttaatattcatttcttacaatgccaatgaaaccagatgcatatttgtctaaaaccagaaaccaggtgcatatttttctacaaccagaccaaatcattatcacttaaacaatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                    cTGTTTCACTGACAGTT-T-AC-TT-GAAT---ACTTAAAATTA------AAA-AC--TT-AACTTAATTTTGACTGGTTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                             ctggcatcTGTTTCACCAGCA-TT-T-TC-TT-ATGTTTTACTTAAA--TA--CTcatttctatatgtatcatgaatgtcaatg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                             ttggcttcTGTTTCACCAACA-TT-TTCC-TT-AAATTTTGTTAAGA--TA--CT-TAAA-AT--TTTAACTTAATTta
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                 tttcTGTTACACTAACA-TT-T-CC-TT-ATGTTTTACTTAAA--TA--CTTCAAgggattgatagtgta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                               ggcttcTGTTGCACCAACA-TT-T-TC-TT-AAGTTGTACTTAAA--TA--CT-TAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                gcttcTGTTTTACCAACA-TT-T-TC-TT-AAGTTTTACTTAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                gttccTGTTTCATCAACA-TT-T-TC-TT-AAGTTGTACTTACA--TA--CT-TAAA-Act
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                gtttcTATTTCACCAACA-TT-T-TC-TT-AAGTTTTCCATAAA--TA--CT-TAAA-Aa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                gcctcTGTTTCACCAACA-TT-T-TC-TG-GAGTTTTACTAAAA--T----TCT-AA-AC--TT-AATTTGA
gi|23                         : gatgatttttatctttcaacaaatgccttatttgaggatgtgggatgatgtgcttttatctttattttaatagaaacttaacaaggcttctttttcttgaaatacatcagaaaagaaaagttaaattcacaaacaacaaaaataaaaatttagatatttggtaaatttgttgttcgacaaatacatcaactattgattgactgactgacattTGTTTTACCAACA-TT-T-TC-TT-AAGTTTTTCTTAAG--TA--C
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                               ggcctcTGATTGACCAACA-TT-T-TC-TT-AAGTTTTACTTAAA--TG--CT-TAAA-
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                    aTGTTTCACCAATA-TT-T-TCACC-AAGTTTTGGTTGAA--TA--CT-TAAA-A
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                               ggctccTGTTTCGCCAGCA-T------------GTT--ACTTAAA--TAAACTCAAAA-AC--TT-AACTgct
gi|22                         :                                                                                                                                                                                            aatagagcattattcaacctggcgtcGTTTTACCAACA-TT-T-TC-TT-AAGTTTTACTTAAA--TA--AT-TAAA-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                   tcaGTTTCACAAACA-TT-T-TC-TT-AAGTTTTACTTAAC--TA--CT-TAAA-A
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                 attcaGTTTCACCAATA-TT-T-TC-TT-ATGTTTTACTTAAA--TA--TT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                 cttccGTTTCACAAACA-TT-T----TTAAAGTTTTAC-TAAA--TA--TTTAAAA-AC--TTCAATTTGAtataa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                             -AAGTTT-ACTAAAA--TA--CT-TAAACAG--TT-AACTTAATTTTGATTGGTatatcgaatattcattaattaatgtcagtgacaccagctgcagtgttt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): GTTGTTCAGCAAATACGAATTAACTTTTAAGATTTATTTGGAGTTTTCATGAATGTCCGTGTCCTGTTGCAGAATTTAAATTCTTGACGACTTTTTTCTTTTTTTAAAATCTCGTTTATTTGAAGATATGGAATGGTGTGCTTTTTGCGCTCATACATTTCAATGAAAACATGTTGACATGTTTTTCATGTAAACATATATTTTTGTTCAATTGGGGTAATCAACCTTTAATCACATCGGAAATGAAAAATTGGACTAACAAACAACTAAGATAAGAATTTATGGAAACACTTGCAAATTTGTCGTTCGGCAACTTACTATTGATTTGCGCCTTATAAAATTGTTTTATGCCTCACTGAAGCGTTGCTGATTTTCTAGATCTAAT
Unaligned ( gi|3 ): TCGTTCGGAAAATCAAATGGAAATTAACCATTAATTATTTTCAAGAAAATTCCTCGTCAAGTTGCAGTATTGATATTATTGACGATTTTGAGCATTTCTGTGATTTACACAATTTCCTTTATTAAGGATGTAGGACGATGCGCCTTTTATTCTTCGTATGTTTTTCTTCTAAAAACGTGTTTGTTTATATGTA
Unaligned ( gi|5 ): TTATTTGAAGAAGTGGGATGGTGCGATTTATGTTTTGTTTTTTAAAGAAGACAAATTGACAAGTGTTTTTGTTGTTGTAGGAATGTTTTTTTTTTCAATTAGGACCATCAACATTAAAAACATCAGACAAAATGAATTTACGAACACATTGAGATTAAAA
Unaligned ( gi|6 ): GTAAGATTATTTCCTTTCAAGAAATTCCCACTTCCAGTTGCAGAATTTATCTTATGGATCTTTAGCTCCATCAAAAATACCTTTCATTCGAGAATGTGGATTGGTGCGTCT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                       1111                      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                    2  2 4                  22  2    2 0000                      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  ..  .    . ....                      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                    0  0 0                  88  1    4 8888                      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAAATA--CT-TAAA-A-C--TTAACTTAATTTTGACTGGTTA
Reference ( family-738 )      :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAAATA--CT-TAAA-A-C--TTAACTTAATTTTGACTGGTTA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACATT-TC-C-TTAAGTTTTACTTAAATA--CTCTAAA-A-C--TTAACTTAATTTTGTCTGGTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCGCCAGCAT-----------GTT--ACTTAAATAAACT-CAAA-AAC--TTAACTttt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                  aatagagcattattcaacctggcgtcAAGTTT-ACTAAAATA--CT-TAAACA-G--TTAACTTAATTTTGATTGGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                               taatatcttctgtttcacataaTGTTTCACCAATATT-TT-CACCAAGTTTTGGTTGAATA--CT-TAAA-A-
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                               ggctccTGTTTCATCAACATT-TT-C-TTAAGTTGTACTTACATA--CT-TAAA-A-gct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                gtttcTGTTACACTAACATT-TC-C-TTATGTTTTACTTAAATA--CT-TCAA-a
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                               ggcttcTGTTTCACCAGCATT-TT-C-TTATGTTTTACTTAAATA--CT-TA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                             ttggcttcTATTTCACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTCCATAAATA--CT-TAAA-A-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                 gcctcGTTTCACAAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAACTA--CT-TAAA-A-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                 attcaGTTTCACCAATATT-TT-C-TTATGTTTTACTTAAATA--TT-TATA-A-
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                cttccTGTTTCACCAACATT-TT-C-TGGAGTTTTACTAAAATT--CT---AA-A-C--TTAATTTGA
gi|20                         : gatgatttttatctttcaacaaatgccttatttgaggatgtgggatgatgtgcttttatctttattttaatagaaacttaacaaggcttctttttcttgaaatacatcagaaaagaaaagttaaattcacaaacaacaaaaataaaaatttagatatttggtaaatttgttgttcgacaaatacatcaactattgattgactgactgacattTGTTTCCCCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTCAAATA--CT-TAAA-A-
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                    cTGTTGCACCAACATT-TT-C-TTAAGTTGTACTTAAATA--CT-TAAac
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                 gcttcGTTTTACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAAATA--AT-TAAA-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                  tcaTGTTTTACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTTCTTAAGTA--C
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                               ggcctcTGATTGACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAAATG--CT-TAAA-
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                    aTGTTTTACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                gttccTGTTTCACCAACATTATT-T-TTAAATTTTACTTAAATA--TT-T-AA-A-CTTTTAACTTAATTTTGACTGGTct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACTGACAGT-TTAC-TTGAAT---ACTTAAA-A--TT-AAAA-A-C--TTAACTTAATTTTGACTGGTTAaaatttaatattcatttcttacaatgccaatgaaaccagatgcatatttgtctaaaaccagaaaccaggtgcatatttttctacaaccagaccaaatcattatcacttaaacaatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                              ctggcatcGTTTCACAAACATT-TT---TAAAGTTTTAC-TAAATA--TT-TAAA--------AACTTCAATTTGAcatttctatatgtatcatgaatgtcaatg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACATT-TT-CCTTAAATTTTGTTAAGATA--CT-TAAA-ATT--TTAACTTAATTGGGATTGATatatcgaatattcattaattaatgtcagtgacaccagctgcagtgttt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): GTTGTTCAGCAAATACGAATTAACTTTTAAGATTTATTTGGAGTTTTCATGAATGTCCGTGTCCTGTTGCAGAATTTAAATTCTTGACGACTTTTTTCTTTTTTTAAAATCTCGTTTATTTGAAGATATGGAATGGTGTGCTTTTTGCGCTCATACATTTCAATGAAAACATGTTGACATGTTTTTCATGTAAACATATATTTTTGTTCAATTGGGGTAATCAACCTTTAATCACATCGGAAATGAAAAATTGGACTAACAAACAACTAAGATAAGAATTTATGGAAACACTTGCAAATTTGTCGTTCGGCAACTTACTATTGATTTGCGCCTTATAAAATTGTTTTATGCCTCACTGAAGCGTTGCTGATTTTCTAGATCTAAT
Unaligned ( gi|3 ): TCGTTCGGAAAATCAAATGGAAATTAACCATTAATTATTTTCAAGAAAATTCCTCGTCAAGTTGCAGTATTGATATTATTGACGATTTTGAGCATTTCTGTGATTTACACAATTTCCTTTATTAAGGATGTAGGACGATGCGCCTTTTATTCTTCGTATGTTTTTCTTCTAAAAACGTGTTTGTTTATATGTA
Unaligned ( gi|5 ): TTATTTGAAGAAGTGGGATGGTGCGATTTATGTTTTGTTTTTTAAAGAAGACAAATTGACAAGTGTTTTTGTTGTTGTAGGAATGTTTTTTTTTTCAATTAGGACCATCAACATTAAAAACATCAGACAAAATGAATTTACGAACACATTGAGATTAAAA
Unaligned ( gi|6 ): GTAAGATTATTTCCTTTCAAGAAATTCCCACTTCCAGTTGCAGAATTTATCTTATGGATCTTTAGCTCCATCAAAAATACCTTTCATTCGAGAATGTGGATTGGTGCGTCT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                       1111                      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                    2  2 4                  22  2    2 0000                      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  ..  .    . ....                      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                    0  0 0                  88  1    4 8888                      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAAATA--CT-TAAA-A-C--TTAACTTAATTTTGACTGGTTA
Reference ( family-738 )      :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAAATA--CT-TAAA-A-C--TTAACTTAATTTTGACTGGTTA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACATT-TC-C-TTAAGTTTTACTTAAATA--CTCTAAA-A-C--TTAACTTAATTTTGTCTGGTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCGCCAGCAT-----------GTT--ACTTAAATAAACT-CAAA-AAC--TTAACTttt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                  aatagagcattattcaacctggcgtcAAGTTT-ACTAAAATA--CT-TAAACA-G--TTAACTTAATTTTGATTGGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                               taatatcttctgtttcacataaTGTTTCACCAATATT-TT-CACCAAGTTTTGGTTGAATA--CT-TAAA-A-
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                               ggctccTGTTTCATCAACATT-TT-C-TTAAGTTGTACTTACATA--CT-TAAA-A-gct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                gtttcTGTTACACTAACATT-TC-C-TTATGTTTTACTTAAATA--CT-TCAA-a
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                               ggcttcTGTTTCACCAGCATT-TT-C-TTATGTTTTACTTAAATA--CT-TA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                             ttggcttcTATTTCACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTCCATAAATA--CT-TAAA-A-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                 gcctcGTTTCACAAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAACTA--CT-TAAA-A-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                 attcaGTTTCACCAATATT-TT-C-TTATGTTTTACTTAAATA--TT-TATA-A-
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                cttccTGTTTCACCAACATT-TT-C-TGGAGTTTTACTAAAATT--CT---AA-A-C--TTAATTTGA
gi|20                         : gatgatttttatctttcaacaaatgccttatttgaggatgtgggatgatgtgcttttatctttattttaatagaaacttaacaaggcttctttttcttgaaatacatcagaaaagaaaagttaaattcacaaacaacaaaaataaaaatttagatatttggtaaatttgttgttcgacaaatacatcaactattgattgactgactgacattTGTTTCCCCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTCAAATA--CT-TAAA-A-
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                    cTGTTGCACCAACATT-TT-C-TTAAGTTGTACTTAAATA--CT-TAAac
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                 gcttcGTTTTACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAAATA--AT-TAAA-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                  tcaTGTTTTACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTTCTTAAGTA--C
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                               ggcctcTGATTGACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAAATG--CT-TAAA-
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                    aTGTTTTACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                gttccTGTTTCACCAACATTATT-T-TTAAATTTTACTTAAATA--TT-T-AA-A-CTTTTAACTTAATTTTGACTGGTct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACTGACAGT-TTAC-TTGAAT---ACTTAAA-A--TT-AAAA-A-C--TTAACTTAATTTTGACTGGTTAaaatttaatattcatttcttacaatgccaatgaaaccagatgcatatttgtctaaaaccagaaaccaggtgcatatttttctacaaccagaccaaatcattatcacttaaacaatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                              ctggcatcGTTTCACAAACATT-TT---TAAAGTTTTAC-TAAATA--TT-TAAA--------AACTTCAATTTGAcatttctatatgtatcatgaatgtcaatg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACATT-TT-CCTTAAATTTTGTTAAGATA--CT-TAAA-ATT--TTAACTTAATTGGGATTGATatatcgaatattcattaattaatgtcagtgacaccagctgcagtgttt


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    A  A A                  AA  .    C CTT 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . C                  .   .    . AC  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .    . TT  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .    . G   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .    . C   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .    . C   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .    . .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .    .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .    .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .    .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .    .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .    .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .    .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .    .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .    .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .    .     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .   .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  .              


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                     
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAAATA--CT-TAAA-A-C--TTAACTTAATTTTGACTGGTTA
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAAATA--CT-TAAA-A-C--TTAACTTAATTTTGACTGGTTA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): GTTGTTCAGCAAATACGAATTAACTTTTAAGATTTATTTGGAGTTTTCATGAATGTCCGTGTCCTGTTGCAGAATTTAAATTCTTGACGACTTTTTTCTTTTTTTAAAATCTCGTTTATTTGAAGATATGGAATGGTGTGCTTTTTGCGCTCATACATTTCAATGAAAACATGTTGACATGTTTTTCATGTAAACATATATTTTTGTTCAATTGGGGTAATCAACCTTTAATCACATCGGAAATGAAAAATTGGACTAACAAACAACTAAGATAAGAATTTATGGAAACACTTGCAAATTTGTCGTTCGGCAACTTACTATTGATTTGCGCCTTATAAAATTGTTTTATGCCTCACTGAAGCGTTGCTGATTTTCTAGATCTAAT
Unaligned ( gi|3 ): TCGTTCGGAAAATCAAATGGAAATTAACCATTAATTATTTTCAAGAAAATTCCTCGTCAAGTTGCAGTATTGATATTATTGACGATTTTGAGCATTTCTGTGATTTACACAATTTCCTTTATTAAGGATGTAGGACGATGCGCCTTTTATTCTTCGTATGTTTTTCTTCTAAAAACGTGTTTGTTTATATGTA
Unaligned ( gi|5 ): TTATTTGAAGAAGTGGGATGGTGCGATTTATGTTTTGTTTTTTAAAGAAGACAAATTGACAAGTGTTTTTGTTGTTGTAGGAATGTTTTTTTTTTCAATTAGGACCATCAACATTAAAAACATCAGACAAAATGAATTTACGAACACATTGAGATTAAAA
Unaligned ( gi|6 ): GTAAGATTATTTCCTTTCAAGAAATTCCCACTTCCAGTTGCAGAATTTATCTTATGGATCTTTAGCTCCATCAAAAATACCTTTCATTCGAGAATGTGGATTGGTGCGTCT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                       1111                      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                    2  2 4                  22  2    2 0000                      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                    .  . .                  ..  .    . ....                      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                    0  0 0                  88  1    4 8888                      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAAATA--CT-TAAA-A-C--TTAACTTAATTTTGACTGGTTA
Reference ( family-738 )      :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAAATA--CT-TAAA-A-C--TTAACTTAATTTTGACTGGTTA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACATT-TC-C-TTAAGTTTTACTTAAATA--CTCTAAA-A-C--TTAACTTAATTTTGTCTGGTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCGCCAGCAT-----------GTT--ACTTAAATAAACT-CAAA-AAC--TTAACTttt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                  aatagagcattattcaacctggcgtcAAGTTT-ACTAAAATA--CT-TAAACA-G--TTAACTTAATTTTGATTGGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                               taatatcttctgtttcacataaTGTTTCACCAATATT-TT-CACCAAGTTTTGGTTGAATA--CT-TAAA-A-
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                               ggctccTGTTTCATCAACATT-TT-C-TTAAGTTGTACTTACATA--CT-TAAA-A-gct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                gtttcTGTTACACTAACATT-TC-C-TTATGTTTTACTTAAATA--CT-TCAA-a
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                               ggcttcTGTTTCACCAGCATT-TT-C-TTATGTTTTACTTAAATA--CT-TA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                             ttggcttcTATTTCACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTCCATAAATA--CT-TAAA-A-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                 gcctcGTTTCACAAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAACTA--CT-TAAA-A-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                 attcaGTTTCACCAATATT-TT-C-TTATGTTTTACTTAAATA--TT-TATA-A-
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                cttccTGTTTCACCAACATT-TT-C-TGGAGTTTTACTAAAATT--CT---AA-A-C--TTAATTTGA
gi|20                         : gatgatttttatctttcaacaaatgccttatttgaggatgtgggatgatgtgcttttatctttattttaatagaaacttaacaaggcttctttttcttgaaatacatcagaaaagaaaagttaaattcacaaacaacaaaaataaaaatttagatatttggtaaatttgttgttcgacaaatacatcaactattgattgactgactgacattTGTTTCCCCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTCAAATA--CT-TAAA-A-
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                    cTGTTGCACCAACATT-TT-C-TTAAGTTGTACTTAAATA--CT-TAAac
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                 gcttcGTTTTACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAAATA--AT-TAAA-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                  tcaTGTTTTACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTTCTTAAGTA--C
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                               ggcctcTGATTGACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAAATG--CT-TAAA-
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                    aTGTTTTACCAACATT-TT-C-TTAAGTTTTACTTAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                gttccTGTTTCACCAACATTATT-T-TTAAATTTTACTTAAATA--TT-T-AA-A-CTTTTAACTTAATTTTGACTGGTct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACTGACAGT-TTAC-TTGAAT---ACTTAAA-A--TT-AAAA-A-C--TTAACTTAATTTTGACTGGTTAaaatttaatattcatttcttacaatgccaatgaaaccagatgcatatttgtctaaaaccagaaaccaggtgcatatttttctacaaccagaccaaatcattatcacttaaacaatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                              ctggcatcGTTTCACAAACATT-TT---TAAAGTTTTAC-TAAATA--TT-TAAA--------AACTTCAATTTGAcatttctatatgtatcatgaatgtcaatg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                     TGTTTCACCAACATT-TT-CCTTAAATTTTGTTAAGATA--CT-TAAA-ATT--TTAACTTAATTGGGATTGATatatcgaatattcattaattaatgtcagtgacaccagctgcagtgttt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): GTTGTTCAGCAAATACGAATTAACTTTTAAGATTTATTTGGAGTTTTCATGAATGTCCGTGTCCTGTTGCAGAATTTAAATTCTTGACGACTTTTTTCTTTTTTTAAAATCTCGTTTATTTGAAGATATGGAATGGTGTGCTTTTTGCGCTCATACATTTCAATGAAAACATGTTGACATGTTTTTCATGTAAACATATATTTTTGTTCAATTGGGGTAATCAACCTTTAATCACATCGGAAATGAAAAATTGGACTAACAAACAACTAAGATAAGAATTTATGGAAACACTTGCAAATTTGTCGTTCGGCAACTTACTATTGATTTGCGCCTTATAAAATTGTTTTATGCCTCACTGAAGCGTTGCTGATTTTCTAGATCTAAT
Unaligned ( gi|3 ): TCGTTCGGAAAATCAAATGGAAATTAACCATTAATTATTTTCAAGAAAATTCCTCGTCAAGTTGCAGTATTGATATTATTGACGATTTTGAGCATTTCTGTGATTTACACAATTTCCTTTATTAAGGATGTAGGACGATGCGCCTTTTATTCTTCGTATGTTTTTCTTCTAAAAACGTGTTTGTTTATATGTA
Unaligned ( gi|5 ): TTATTTGAAGAAGTGGGATGGTGCGATTTATGTTTTGTTTTTTAAAGAAGACAAATTGACAAGTGTTTTTGTTGTTGTAGGAATGTTTTTTTTTTCAATTAGGACCATCAACATTAAAAACATCAGACAAAATGAATTTACGAACACATTGAGATTAAAA
Unaligned ( gi|6 ): GTAAGATTATTTCCTTTCAAGAAATTCCCACTTCCAGTTGCAGAATTTATCTTATGGATCTTTAGCTCCATCAAAAATACCTTTCATTCGAGAATGTGGATTGGTGCGTCT