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lowQualScore : . . ...... ... . . .. ...... . . . .. ...... . .. . ...... . .... ........................................................ . . ... . . . ........ .. . . . . .. . . . .... . . .. ...... ............................................................. ...... . . . . ... ..... . . . .. ... . . .. . . . . . . ... . . . . . . . . . . .. . ... . .. . .
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consensus : TACTCAAACGCAAAA-GAAAGTGTGCACA-----T---TTTT-AT-TT------TTT-GATTATTT-T--AATTCTACAAA------GTATAAAGTTGTCAAATTTGAAACATAAGAATATCGGTCGTTACGGTTTATAGCCACAACGAAAAATC------AGT----CA----------AA----------C----------TA----------T----------TA-CGTAATAGC---CCGAATTGCGATTTTGCAGGATTTCCACGTGGAACATG----TGTATACATAAGTACAAGTGGCCAAACTTGTTTTCTCTACATT--CTTTCACACATGTAT-AGTGCGAATATCACTGTAGATTTT-GAAAA--TTTATAA-CAGCGAATATGCCACGACTATCAGAACGTCAGCGTATTGACGCCTTAATG--ATGCTGGGCAGA------GGTA--------------CAA-CG-----TT----------------------AC-GT-------GCATT------CCA-TGCGGC-GACG--TATTTTAGAAGTTAT-----TAGACAGAATGGCGGTCATAACAGATATTAATGCAACATTTACATAATTTTGCAACAAATTACAG---TGAATCTACGC-AAGAAAACATCCCTTTGGCTATTTGTGTATTTT--TTA-TTTTGA-CCCCT-AATCCACGTAGACGCG--TCGTAC-G-TTTTATCCAAATTCAAAACAATAAAATAAACATATTGGTTAGAAAGGTAATTGAATAAGCTAAAAATTGATACCACACATGATAGTATTCCAT-CATTGGATTT-TCAGAA-AAT--CAAAA-A-T-ATAAAT-G-TGCACACTTTC-TTTTGCGTTTGAGTAT
Reference ( gi|4 ) : TACTCAAATGCAAAA-GAAAGTGTGCAC------T---TTTT-AT-TT------TTT-GATTATTT-T--AATTCTACAAA------GTATAAAGTTGTCAAATTTGAAACATAAGAAAATCGGTCGTATCGGTTTATAGCCACAACAAAAAATC------AAT----CA----------AA----------C----------TA----------T----------TA-CGTAATGGC---CCAAATTGTGACTTTGCAGGATTTCCACGTGGAACATGACATTGTATACATAAGTACAAGTGGCCAAACTTGTTTTCTCTACATT--CTTTCACACATGTAT-AGTGCAAATATCACTGTAGATTTT-G-AAA--TTTAT-A-CAGCCAATATGCCACGACTATCAAGATGTCAGCATATTGATGCCTTAATG--ATGCTGGGCAGA------GGTA--------------CAA-CG-----TT----------------------AT-GT-------GCATT------CCA-TGCGAC-AACA--TATTTTAGAAGTTAT-----TAGATAGAATGGCGGTCATAACAGATAGAAATGCAACATTTACATAATTTTGCAACAAATTACAG---TGAATCTATGC-AAGAAAACATCCCTTTGGCTATTTGTGTATTTT--TTA-TTTTGA-CCACT-AATCCACGTACACACG--GCATAC-G-TTTTATCAAAATTCAAAACATTAAAATAAACATATTGGTTAGAAAGGTAATTGAATGAGCTAAAAATTGATACCACACATGATAGAATTCCAT-CATTGGATTT-TCAGAA-AAT--CAAAA-A-T-ATAAAT-G-TGCACACTTTC-TTTTGCGTTTGAGTAT
gi|7 : TATTCAAATGCAAAA-GAAAGTGTGCAC------T---TTTT-AT-TT------TTT-GATTATTT-T--AATTCTACAAA------GTATAAAGTTGTCAAATTTGAAACATAAGAATATCGGTCGTTACGGTTTATAGCAACAATGAAAAA--------AAT----CA----------G----------------------TA----------T-----------A-CGTAATAGC---CCAAAT-GCGAGTTTGCAGGATTTCAACGTGGAACATG------TATACATAAGTACAAGTAGTCAAACTTATTTTCTCTACACTTACTTTCATACATGTAT-AGTGCAAATATCACTGTAGATTTT-G-AAAA-TTTAT-AACAACGAATATGCCAAGACTACCAGAACGTCAGTGTATTGACGCCTTAATG--ATGCTGGACAGA------GGTA--------------CAA-CA-----TT----------------------AC-GT-------GCATT------CCA-TGTGGC-GACG--TATTTTAGAAGTTAT-----TAGACAGAATGGTGGTCATAACAGATATTAATGCAACATTTACATAATATTGCAACAAATTACAG---TGAATCTACAC-AATAGAACATCCCTTTGGATATTTCTGTATTTC--TTA-TTTTGA-CCCCT-AATCCACGTATACACG--TCATAC-G-TTTTTTCCAAATTCAAAACAATAAAATAAACATATTGGTTTGAAAGGTAATTGAATAAGCTAAAAATTGATACCACACATGACAGTATTCCAT-CATTAGATTT-TCAAAA-AAT--CAAAA-A-T-ATAAAT-G-TGCACACTTTC-TTTTGCATTTGAGTA
gi|7 : TACTCAAATGCAAAA-GAAAGTGTGCACA-----T---TTAT-A--TT------TTT-GATT-TTT-TGAAAATCTA
gi|2 : tattcaaatgcaaaagaaagtgtgcactttttattttttgattattttaattctacaaagtataaagttgtcaaatttgaaacataagaatatcggtcgttacggtttatagcaacaatgaaaaaaatcagtatacgtaatagcccaaatgcgagtttgcaggatttcaacgtggaacatgtatacataagtacaagtagtcaaacttattttctctacacttactttcatacatgtatagtgcaaatatcactgtagattttgaaaatttataacaacgaatatgccaagactaccagaacgtcagtgtattgacgccttaatgatgctggacagaggtacaacattacgtgcattccatgtggcgacgtattttagaagttattagacagaatggtggtcataacagatattaatgcaacatttacataatattgcaacaaattacagtgaatctacacaatagaacatccctttggatatttctgtatttcttattttgacccctaatccacgtatacacgtcatacgttttttccaaattcaaaacaataaaataaacatattggtttgaaaggtaattgaataagctaaaaattgataccacacatgacagtattccatcatTACTGAAACGCAAAA-TATAGTGTGCACA-----T---TTGT-AT-TT-------TT-GATTTTCTGT--AAATCCA
gi|8 : actcaaacgcaaaagaaagtgtgcattttttattttttgattattttaattctacaaagtgtaaagttgtcaaatttgaaacataagaatatcggtcgttacggtttatagccacaacgaaaaaacagtaaaaccttggctagttattacgtaatagcccgaattgcgattttgcaggatttccacgtggagcatgtatacataattacaagtggccaaacttgttttctctacattctttcacacatgtatagtgcgaatgtcactgtagattttggaaaattataacagcgaatatgccacgactatcagagcgtcagcttattgacgccttaataatgctgggcagaggtgactcagtcgcttcagtttcactagcacttattttagaagttattagttacaatggcggtcatacaagatattaatgaaataattacatcattttgcaacaaattacagtgaatctacgcaagaaaatattcctttggctatttgtgtatttttgttattttgacccttaatccacgtagacgcgtcgtatgcagttttattcaaattcaaaacaatagaataaacatattggttataaaggtaattgaataagctacaaattgataccacacatgatagtattccatcatTACTCAAACGCAAAA-GAAAGTGTGCACA-----T---TTAT-AA-TT------TTT-GATTt
gi|3 : cccaagcgcaaaaagaatgtgtgcacttttttattattattattttaattctaccaagtataaagttatcggtcgtcacagtttatagtctcaacgtaaaatcagtcaaactatggctagttataacgtaatagcccgaattgagaatttgcaagatttccacgtggaacatgcatacataagtacaagtggccaaatctgttttctctacattctttcacacatgtaaagtgcgactatcactgtagattttgaaaatttataacgactatcagaacttcagcgtattgacgccttaatgatgctgggcagaggtacaacgttacgtgcatttcatgcggcgacgtattttagaagttattagacagaatggcggtcgtaacagatattaatgcaacatttacataattctgtagcaaagtatagtgaatttacgcaaaaaaattccctttggctatttgtgtattttttattttgaccccctaatcaacgtagacgcgccgtacgttttatccaaattcaaaacaataaaataaacatattggttagaaaggtaattgaataagctaattattgatataacacatgatagtattccatcattggattttcagaaTACCCAAACGCAAAA-GAAAGTGTGCACA-----T---TTAT-A--TT------TTT-GATTt
gi|1 : aacgcaaaagaaagtttgtacttttttattttttgattattttaattttaagtataaagatgtcaaatttgaaacatacgaatatcggtcgttacggtttataaccacaacgaaaaatcagtcaaactatggctagttattacgttatagcatgaattgcgattttgcaggatttcgacgtggaacatgtacacataagtacaagtggccaaacttgttttctctaaattctttcacacatgcatagtgcgaatatcactgttgattttgaaaatttataacagcgattatgcaacgactatcagaacgtcagcttattgacgccttaatgatgctgggcaaaggtgactcagtcgctgcagtttcactggcacttaattgccatagaaacactacaagttacgtggtaggatataccagatattaatgcaacatttacataattttgcaacaaattacagtgaatctacgcaaaaaaaacattcctttggctatttgtgtattttttattttgacccttaatccacgtagacgcgtggtacgtttagtcaaaatttaaaacaataaaataaacacattggttagaacggtaactgaataagcttaaaattgatactacacattataacattccatcattggattttcagaaTACTCAAACGCAAAA-GAAATTGTGCTT------T---TTTTTAT-TT------TTT-CATTATTT-T--AATTCTACAAA------GTCTAAAGTTGTCAA-------------GAATATCGGTCGTTACGGTTTATAGTCACAATCAAAAATC------AGT----CA----------AA----------C----------TG----------TGGCTAGTTAGTA-CGAAATAGC---CCGAATTGCGTTTTTGTAGGATCTCCACGTGGAACACG------TATACATAAGTACAAGTGGCCAAACGTGTTTTCTCTGCGTT--CTTTCACACGTGTAT-AGTGCGAATATCATTGTAGATTTT-GAAAA--TTTATAA-CAGCGAATATGCCACGACTATCAGAACGTCAGCGTATTGACGCCTTAATG--ATGCTGGGCACA------GGTGACTCGCTGCAGTTTCAC-TGGCAGTTT----------------------AT-G--------GCACTTAATTGCCATTGAAAC-AATA--TAATC---AAGTTAC-----GTGGTAG------GTTTATACCAGATATTAATGCAACATTTACATCATTTTGCAACAAATTACAG---TGAATCTACGC-AAGAAAACATCATATTGGCTATTTGTCTGTTTT--ATA-TTTTGA-CCCCT-AATCCACGTAGACGCG--TCTTAT-GTTTTTATCCAAATTCAAAACAATAAAATAAACATATTGTTTAGAAAGGTAATTAAATAAGCCAAAAATTGATACCACACATGATAGTATTCAAT-CAATGGATTC-ACAGAA-AAT--CAAAA-A-T-ATAAAT-G-TGCACACTTTC-TTTTGCGTTAGAGTATt
gi|1 : TACTCTAACGCAAAA-GAAAGTGTGCACA-----T---TTAT-A--TT------TTT-GATT
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gi|15 : TACTCAAACGCAAAA-GAAAGTGTGCACA-----T---ATAT-A--TT------TTT-GATT-TTT-T--GA
gi|13 : tatgtgcattccatgaggcgacgtattttagaagttattagacagagtgatggtcataacagatattaatgcaacatatacataatttttcaacaaattacaatgaatcaacgcaagaaaacatccctttgactgtttgtgtttttttattttgacccctaataaacgttgatgcgtcgtacgttttatccaaatttaaaacaatgaaataaacatattggttaaatatgtaattgaatcagctaaaaattgataccacacgtgatagtatttcatcattggatttTACTCAAACCCAAAA-GAAAATGTGCAC------T---TTTC-AT-TT------TCT-GATTAGTT-C--AATTCTACAAA------GTATAAAGTTGTCAAATTTGAAACATAAGAATATTGGTCATTACGGTTTATAGCCACAACAAAAAATC------AGT----CA----------AA----------CTATGGCTAGTTA----------T----------TA-AGTAATAGC---CCGAATTGCGATTTTACATGCTTTCCACATGGAA---GA---TGTATACATAAGTACAAGTGGCCAAACTTGTTTTCTCTACATT--CTTTCACACATGTTA-AGTGCGAATATCACTGTAGATTTT-A-AAA--TTTATAA-CAGGGAATATGCCATGAATACCTGAACGTCAGGGTATCTATGCCTAAATG--ATGCTGGGCAGA------GGT
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gi|10 : actctatgcaagaaaacatccctttggctatttgtatattttttattatgatcctgaatccacgtagatgcgtcatacattttatccaaattcaaaacaataaaataaacatattggttagaaaggtaactgaataagctaaaaattgataccacacatgatagtattccatccattggatttTACTCAAACGCTAAA-GAAAGTGTGCACAAATAAT---TTTTGAT-CT------TCT-GAt
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