lowQualScore                  :                                                 11111111111111                                                     11111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               11111111                                                      
lowQualScore                  :     1  11                          33     1     33333333333333   22      1    1      22    1               1  1    99999999999     4        22     55                  1    1       1      333333333    1               1       22     2222             1         22222    222222222               222222222            1              2222222      1111    333333333                          1       1    22    1111                        777777777777777777777777777777777            33333333333          111        111111    11                               22222222      11    33333333333        111        1        1                         2            5555555555555555555       1111                1111                 8888888888888888888888888888888888                 111  11      1          11111      4444444444                                    222     22           22222                444444          11              1             1           1  3333333         44444                  44444444       1                             6666666          
lowQualScore                  :     7  22    6           6         00     5     11111111111111   11      7  6 5      11    5               5  5    00000000000     0        11  6  55      6       6   5  6 7       5      333333333 6  5               7       77     3333      1      1     1   55555    111111111     5         111111111  77     1  2   6          5555555      3333    000000000     8 99     88  1   9   0 2  6  0    99    6666         6        2     333333333333333333333333333333333      8     88888888888          777   55   555555    11 4  2 1   4          0   1  8  33333333   8  11    55555555555        444     1  0        1       4     3  8        2 2          1111111111111111111   33  9999      444  9    8888    6       4    5555555555555555555555555555555555  3           3  666  33  2   0  4  3    11111  7   1111111111     7                 5    77  6   000  3  11  3        33333 3         8    444444          77        7     3   4 4  2    7   3  555  5  8888888         55555     6            55555555       5                             1111111          
lowQualScore                  :     .  ..    .           .         ..     .     ..............   ..      .  . .      ..    .               .  .    ...........     .        ..  .  ..      .       .   .  . .       .      ......... .  .               .       ..     ....      .      .     .   .....    .........     .         .........  ..     .  .   .          .......      ....    .........     . ..     ..  .   .   . .  .  .    ..    ....         .        .     .................................      .     ...........          ...   ..   ......    .. .  . .   .          .   .  .  ........   .  ..    ...........        ...     .  .        .       .     .  .        . .          ...................   ..  ....      ...  .    ....    .       .    ..................................  .           .  ...  ..  .   .  .  .    .....  .   ..........     .                 .    ..  .   ...  .  ..  .        ..... .         .    ......          ..        .     .   . .  .    .   .  ...  .  .......         .....     .            ........       .                             .......          
lowQualScore                  :     0  00    0           0         00     0     00000000000000   00      0  0 0      00    0               0  0    00000000000     0        00  0  00      0       0   0  0 0       0      000000000 0  0               0       55     5555      8      8     7   22222    333333333     7         777777777  99     0  7   7          3333333      8888    777777777     0 66     88  4   6   5 2  0  5    55    2222         0        2     555555555555555555555555555555555      0     00000000000          555   55   666666    00 0  0 4   6          8   4  2  44444444   0  22    00000000000        000     4  0        8       0     2  0        8 5          2222222222222222222   88  8888      222  2    2222    7       7    8888888888888888888888888888888888  2           2  222  88  0   0  2  2    00000  0   3333333333     3                 0    22  7   000  7  77  7        33333 7         3    777777          00        0     3   0 0  5    0   0  555  5  5555555         00000     0            00000000       0                             0000000          
consensus                     : NTATTATCTGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGGCTAATTGTGTATAT-TTACTCTAAGAATCGAAAAGGTTCGATCTGTACACTTTTCAAGTTAATGTTCGTATCTTCTAATTTCCATTTAATATGAG-TTTGATTATAATGTT--TTTGTGCGTTTTTAATTGGCTGTAGTATAAAAGTTTATATTAACTCATGAGTTTTCGGATTTGTTGCTATAAATTTTCGTTCNTTNATTATTGTCAGCTATATTGTTTG----CTTTC------AATTTTTG-TTTCCACACNTTT--GGNAT--GCTTTCAATTAA-AGTATAATATTT-----TAAAAAN---TCTG-ATTT-T--TTAAG-TGAGTACTT-AGCTTTTACAAACTGAAANGTATTNAATGTTT-TTTGTCTACTATCAAATATTTGTTCGACGTACTT-------GAT-CCTTT-TGAAA-CCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTATTTT-TA---TTTT--TNATATACGAATCGTTCCATAATATCTGGTTAT------TTA-ATG-TTTCNG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATACTTGACCATGATTGTANTATTTCTA-ATAAAAATTTNGGAATCTGGT--G-------GTTTTGT-GTTTTAGTANAGTCATTTTCGTTTGAAT-TA-CATTCAAATATTNATTGTCC-CCTG-ATTTA-CT--TTT---GTTNAT--GTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATTATT-TTTATTATCTGTTANTCGTTCGACCCAACCTGTTTTAATTGCTTTTATAAACATGTCTANATCTATCGTNTTNAGT-CCNCCGTTTTCG-TAATNTTGTATTATAGTTTATCCG-CTAATTTTGTNTGGTTTACCCTCCCA-TAGNTNATNGTGTTTACGTTNGNTGATTCAATGCACAATTGATTACGATTTTGGGTTTTCTAGGACT--------GTATATAAGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACA-TTATTTTTTCCAATAA
Reference ( gi|1 )            : GTATAATTCGCATTATATATTTGTATTGAAAAGCGCGTAATTTTGTATCTATTAGT-----GATCTGAAAGGTACGGTGTGTACAACTTTCCAGTTAATGTTCGTATGTTGTAAT-----------ATGAGGTTTGATTACCATATTATTTTGTGTGTTTTTAGTTGTCTATTGTATAAACGTTTATTTGGACTGTTAAGGTTTCGGATTTGTTGCAATAAATT--CGTTTCTTCATTATTATCAGCTTTATTGTTTG----ATTTC------AGGTTTTG-TTTCCACACCGTT--GTGAT--GCTTTCAAATAA-AGTATAATATGT-----TAAAAAA---TCTG-ATTT-T--TTAAG-TATGTACTT-AGCTTTAACATATTGGAAGGTATAGAATGTTT-TTTGTCTATCATCAAATACTTGTTTGATGTACTT-------GGTACCTTT-TGAAAGCCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATGTACGAGTTGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATG-CTTCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATCTTTGACCAAGATTGTAATATTTCTA-ATAAAAATATGGGAATCTGGT--G-------ATTTTAT-GTTTTAGTATATTCATTTTCATTTGAAT-TA-CATTGAAATATTAATTGTCCCCCTA-ATTTATCTAGTTT---GTTAAT--GTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATCATT-TTCATTATCTATTATTCTTTTAAGCCATCCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATATTTACATCGATCTTTTTCAGA-CCCCCATTTTCG-TAGTCTTGTATTATTGTTTTTTCGACTAATTTTGTCAGGTTTACCATCCCA-TAAATAATCGTATATACTTTTATTGATT-AA-AC-TAATTAATTCTGTATTTGGATTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATACGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTA-TATTTCCAATAA
gi|2                          :  TATTATCTGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGGCTAATTGTGTATAT-TTACTCTAAGAATCGAAAAGGTTCGATCTGTACACTTTTCAAGTTAATGTTCGTATCTTCTAATTTCCATTTAATATGAG-TTTGATTATAATGTT--TTTGTGCGTTTTTAATTGGCTGTAGTATAAAAGTTTATATTAACTCATGAGTTTTCGGATTTGTTGCTATAAATT--CATTCCTTCATTATTATCAGCTATACTGTTTG----CTTTC------AATTTTTG-TTTCAACACATTT--GGAAT--GCTTTTATTTAA-AGTATAATATTT-----TAAAAGT---TCTG-AATT-A--TTAAA-TGAGTACTT-ATATTTTACAAATTGAAATGTATA---TG-------GTTTATTATAAAATACTCGGTTGAATTAC---------------------------ATTC-GTTAA-----------AAAATAAAGC---TTAACTTTGTGGTTTTTT--TTATATTCTACTCGTTCAATCATATCTG----C------TTA-ATG-TTTCTG-----GTT-TATTTTCA---AAGTCTATACTTGACCATGATTGAAGTATTTCTA-ATAAAAATTTTGGAATCTGGT--C-------ATTTTGT-GTTTGGGTATAGTCATTT------GAAT-TT-TATTGAAATATTAATTG-ACACCTG-AT--ATCT--TTTAATGTACATTTGTATATATGTTTCCTATT-C-CC--ATTGTT-TTCATTATCTG--ACCCGTCT------TGCTGTTTT---TGCTTTTATAAACATGTTTACGTTGATCAAGTTTAGT-CATTCATTTTCG-CAATCCTGTATTATAGTTTATT-AACCAATTTTATCGTGTTTACTCTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTG-TT-AATAT-TAATTGATTACGATTTTGGGTTTTCTAGGACT--------GTATATAAGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACA-TTATTTTTTCCAATAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                           TAAATTTTCGTTTA--AATTAATCTCA--TTTGTTG---G----CTTTC------AATTTTTG-TTTCCACACTTTT--GGTAT--GCTTTCAATTA-----ATAAT---T-----TAAAAAA---TCTG-GTTTATTATTAAG-TGAGTAACT-GGCTTTTACAAACTGAAAAGTTTTTAATGTTTCTTTGTCTACTATCAAATATATGTATCA--TACTTTATTGTAGGTGATTTT-TG-----TGTTCTTTTATTTTTCAGACAAAAAATAAAATGAATTTAATTT-CA---TTTT--t
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                             TTATTATCAGCTAAGTTGCCCG----CTTTT------AATTTCTG-TTTTCACTC--TT--GTGGTAAGCTTTCAATTAA-AATAGAATAT-T-----TAAAAAGAATTCTGAATTG-T--TTGAA-TAAGTACTTAAGTTTTAAC
gi|22                         :                                                                                                                                                           cgttttctagtattgctatgttgtgaaaatgatcacataagttgtttgttacatatacaatcggcatgtttttatttgtgttTTATTGTCAGCTATATTGTTTG----CTTTT------AATTTTTG-TCTCCATACCTTT--GGAAT--GTTTtgacaagta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                             TTATTGTCAGCTATATTGTTTG----CTTTT------AATTTTTG-TCTCCATACCTTT--GGAAT--GTTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                          TATTGTTTGGTATATCTCATTCTTAAGTTTTGACTTCCATG-AGTTTAAT-AT--ACTTT-GAATAAGAATATAATATTT-----TAGAAAA---TCCGAATTA-T--TTAAGTTGTGTACC---GTTTAGATATGCTGAAAAGTATTAAATA-TT-TTTGTCTATTGTCAAAGAATTGTTCAACATATTT-------AATTCCTTT-T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        TTTC------AAGTTTTG-TTTCCATACTTTT--GGTAT--GCTTTCAATTAA-AGTATAATATTT-----TAAAAAA---TCTG-ACTT-A--TTAAtcgaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cTTCAATTAA-AGTATAATATATATTTTTAAAAAT---TCTG-A----------AG-TGTGTACTT-AGCTTTTACTAACTGAAATGTATTCAATGTTT-TTTACCTACTATCAATTATTTGTT---TGTA---------------CTTT-TGAATACCATAC-TTTAT-----------AAAAttgt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TTTGTCTACTAGCAAATACGTGTTTAATGTAATT-------GATACGTTT-TGAAAGCCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TCTTATTTGTATACGAATTGTTCTATAATATCTGGTTAT------TTA-ATG-CTTCTG-----GTT-TATTTTCA---AAGTTTATATTTGACCAAGATTGTAATATTTTTA-ATAAAAATTTGGAAATCTGGT--G-------GTTTT---------GTACATTCATTTTCATTTGTAT-TA-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TTTATCTCTTTTCAAAGATTTGTTCTACATATTC-------AATTTCTTTGTGGGA-CCAATG-CTTAT-----------AGATGAACGT---TTTCTTAT-TA---TTTC--TAATATTCGAATGACTCCGTGATATTTGTTTAT------TTATAT--TTTC--------AA-CATTTTCGTTTGAATTAATACTTGACCATGATTGCACAACTTCTG-ATAAAAAC-TTTGAATCTAGTTGA-------AGTGCATTATTTTAGT-----CATTCTTGTT--AATATAGCATTCAAATATTTATTGTCCTCCTATATTTG-CTAGTTG---CCCCAT--GTATATATGTTTCCAATTAC-CCGTATTACT-CTGATTagt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aTT-TA---TTTT--CAATGAAAGAATTATTCCATA-TATATTGTTTTACTAAATTA-ACATCGTCAA-----TAT-TAGTGTTA---AAATTAATCTTTGACCATGATTCTATTATGT-TACATAAAAAgataa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cTAAGAGTTGTTCCATAATAATTGATTGT------TTA-ATG-TTTCAGTTTCTGATGTATTTTCA---AAGTTTATGCTTGACCATGATTATAATATTTCTA-ATAAAATTTTGGGAAACGGGT--GTGTGTGTGTTTT-T-GTTTTAATAGGGTCATTTTCATTTGAAT-GG-CATTCAGATATTGATTGTC---------TTA-----TTT---GTTAAT--ATA-ATATGTTTGCAATC-A-CC--CTCATT-TTTATTATCAATTTTTCTTTTGACCTAACCAGTCTTAATTGCTTTTATAAACATGTTTAAATacgcgtttcgctgaacatagaataaccatcgaagttattctcaaagatgaagtttccgccatattttttaaactgaagacatatatataattatatattcttccattcgccattattgtttacatctgttagtcgttcaacccaacatgctttaattgaatgtataaaaagttctatatctatcatcttcataccaccgttgtcaatattttgtattatagtttacccttaactttgtttggtttaccctcccactagtttatagtgtttatgttaggtgattcaagcacaattaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aTAAT---TATATATTCTTCCA-TT-CGCC--ATTATTGTTTAC-ATCTGTTAGTCGTTCAACCCAACATGCTTTAATTGAATGTATAAAAAGTTCTATATCTATCATCTTCATA-CCACCGTTGTCAATA-TTTTGTATTATAGTTTACCC--TTAACTTTGTTTGGTTTACCCTCCCACTAGTTTATAGTGTTTATGTTAGGTGATTCAA-GCACAATTAATtnnnnnnnnnnaatcactcatctatctaaat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ctttattttcaatgaaagaattattccatatatattgttttactaaattaacatcgtcaatattagtgttaaaattaatctttgaccatgattctattatgttacataaaaaacgcgtttcgctgaacatagaataaccatcgaagttattctcaaagatgaagtttccgccatattttttaaactgaagacatatataACATATCCAACTCTATCGTTTCAAGTTCCCCCATTTTCA-TGATATTGTATTATTGTTTTTCTG-CTTATTTTGTATGGTTTTCCATCCCA-
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTATACTTTATGAAAGAATTATTCCATATGTACTTTTTTTACATGATTAATATCTTCAATATTAGAATTAGAATTCATTTTTGACCATGATTCTATTATGTTATTATGCTACATAAAACGACATTTCGCTGAACATAGAACAACCATCTTTGAAATTAAAATTACTCTCAAAGATGAAGTTTCCTCCATATTTTTCCAATGAAGACATGTATAAAAAGTATATACTTCCATTCGACATTATCAT
Unaligned ( gi|10 ): CTTTTAATGAAAGAATTATTCTAACTTCCCGGTTTATTATTTTACTAAATTAACCTCTTCAATATTAGTGTTGAAATCAATTTTTGACCATGATTCTATTATGTCACATAAAAAAGGCATTTCACTGAACATAGAATAACCATCTTTGCAATTAAAGTTATTCTCAAAAATGAAGTTTCTGCCATATTTTTCAACTGAA
Unaligned ( gi|13 ): TGTTTTATAAAATAATTATTCCACATGTACTGTTTTAGTAGATAATCATTTTGAATATTAGAGCTAAAATTAATTTTTGACCATGATTCAATTATGTTAAATAAAAACGGCGTTTCACTGAAGA
Unaligned ( gi|14 ): CGTTTGATAATTATTTTTTATGTTTGAATTATAACATAGTATTTGTTTGTTTATATTTTCAACATTTTAGTTTAAATCAATACTTGAACATGATTTTAC
Unaligned ( gi|15 ): TGTATTATTGTTTAGTATATTCTAACTCTTAAGTTAGGCTTCCATGAATTTGATATATTTTTTAATAAGAGTATAATATTTTAGAAAATCCGAATAAT
Unaligned ( gi|18 ): AAATTGACATCTTCAATATTAGAGTTTAATTTCATTTTCGCCAATGATTTTATTATGTTTCATAGCACCGACGTTTC
Unaligned ( gi|19 ): TATTATTGTTTGGTATTTTCTCATTTTTAAGTTTAGACTACTATGAATGTGATATACTTGGAATATAAAT
Unaligned ( gi|20 ): CATAAGATTTTTATTTTCATGTATCAGGTCATGAAAAAGTTATTGATAACTGTTAATTCATCATC
Unaligned ( gi|23 ): TTTTAATTCCATGTAACCATGATTTGTAAAAAACAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                   2     22222                                                44444444444          2               22             1    1                                                   1    1  5555555555      11111                                                                               11111               111111111                                              1                            5555555555555555555555555555555555555            33333333333          111        1111      11                                              22222       11                                                             2222222     1                             1111                  1 5555555555555555555555  1    11                   111  11                          1                                                                                            111                          1                               44444                               77777777                                     2   1            
lowQualScore                  :     4                              55     2     3 0   2 66666    2       4    2      2     3               2 44444444444 3        0          3    77             3  1 3     0 4           7    4 7     0    7             3    0  4444444444      00000         5  2      2  1        1     4         1     1        5     0          22222      66  1    888888888     5  4    1  1          99      1    99    0  5                  1    5 5555555555555555555555555555555555555      6     11111111111          444   1    7777 2    11 1    1   1 4               8  1    8       1 00000 1 8   11      0               1       1                  1           6666666 0   3   1 0    1     0    4  0    1111    2       1     0 0000000000000000000000  0  1 11 3  0           0  111  11      8  1  0     3  1  2 0 2 55 0 3  1    3                  1    1   2   3 1  1  99  1  2      22  1         4    4  666          44        2     0  11 1  1  0     6  222  7  3  44444    0   3  88                  22222222       3                             0   5 4          
lowQualScore                  :     .                              ..     .     . .   . .....    .       .    .      .     .               . ........... .        .          .    ..             .  . .     . .           .    . .     .    .             .    .  ..........      .....         .  .      .  .        .     .         .     .        .     .          .....      ..  .    .........     .  .    .  .          ..      .    ..    .  .                  .    . .....................................      .     ...........          ...   .    .... .    .. .    .   . .               .  .    .       . ..... . .   ..      .               .       .                  .           ....... .   .   . .    .     .    .  .    ....    .       .     . ......................  .  . .. .  .           .  ...  ..      .  .  .     .  .  . . . .. . .  .    .                  .    .   .   . .  .  ..  .  .      ..  .         .    .  ...          ..        .     .  .. .  .  .     .  ...  .  .  .....    .   .  ..                  ........       .                             .   . .          
lowQualScore                  :     0                              00     5     0 0   5 55555    5       0    5      5     0               5 00000000000 0        0          0    55             3  0 3     7 7           3    0 3     7    3             3    0  8888888888      22222         0  5      5  0        7     4         0     0        0     9          55555      99  0    222222222     7  0    7  0          22      0    88    6  7                  1    7 9999999999999999999999999999999999999      7     77777777777          000   8    0000 2    00 0    4   8 6               2  8    0       0 00000 4 0   00      8               4       0                  0           0000000 8   2   0 6    0     8    6  8    0000    5       0     0 8888888888888888888888  0  0 00 2  8           8  000  00      0  8  8     2  0  5 0 0 88 2 5  2    2                  4    0   6   6 0  0  44  0  0      55  0         0    0  888          55        5     0  77 0  0  7     7  777  3  7  00000    7   0  00                  55555555       0                             0   5 0          
consensus                     : NTATNATCCGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGNNTAATTNTGTATNTATTANTCTAAGGATCNGAAAGGTNCGGTNTGTACANCTTTCNAGTTAATGTTCGTATNTTCTAATTTCCATNTAATATGAGGTTTGATTACNATGTTATTTTGTGCGTTTT-TAGT-TGGCTATNGTATAAAAGTTTATATNAACTCATAAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------TTTCGTTTNTTCATTATTGTC-AGCTATATTGTTCGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACNTTTGGNATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAA--AAATCTG-ATTT-T--TTAAG-TGNGTACTTAGCTTTTACAAA--CTGAAANGTATTNAATGTTT-TTTGTCTACTATCAAATACTTGT-TCG-AC------GTANTTGA-T---C-TTT-TGAA-A-CCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT----TGTTTT--TTATATACGAGTCGTTCCATAATATCTGGTTGTTTA-ATGTTTCTG-----GAT-TAT--TTTCAAAGTTTATACTTGACCATGATTGTAATATTTCTAATAAAAATTTGGGAATCTGGTG-------GTTTTGTGTTTTAGTATAGTCATTTTCGTTTGAAT-TA-CATTNAAATATTAATTGT-CC-CCTA-ATTTA-CTA-TT---TG-TTAA--TGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATTATT-TTCATTATCTGTTATTCNT-TTGACCCAACCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATGTTTANATCGATCGTTTTCAGT-CCCCCATTTTCGCGATCTTGTATTATNGTTTNTCCG-CTAATTTTGTCNGGTTTACCNTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTGATTNAACGC-TAATTAATTNCGNNTTTGGGTTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATANGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTATTNTTTCCAATAA
Reference ( family-716 )      : NTATTATCTGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGGCTAATTGTGTATAT-TTACTCTAAGAATCGAAAAGGTTCGATCTGTACACTTTTCAAGTTAATGTTCGTATCTTCTAATTTCCATTTAATATGA-GTTTGATTATAATGT--TTTTGTGCGTTTT-TAAT-TGGCTGTAGTATAAAAGTTTATATTAACTCATGAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------TTTCGTTCNTTNATTATTGTC-AGCTATATTGTTTGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACNTTTGGNATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAA--AANTCTG-ATTT-T--TTAAG-TGAGTACTTAGCTTTTACAAA--CTGAAANGTATTNAATGTTT-TTTGTCTACTATCAAATATTTGT-TCG-AC------GTACTTGA-T-C-C-TTT-TGAA-A-CCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTATTTT----TATTTT--TNATATACGAATCGTTCCATAATATCTGGTTATTTA-ATGTTTCNG-----GAT-TAT--TTTCAAAGTTTATACTTGACCATGATTGTANTATTTCTAATAAAAATTTNGGAATCTGGTG-------GTTTTGTGTTTTAGTANAGTCATTTTCGTTTGAAT-TA-CATTCAAATATTNATTGT-CC-CCTG-ATTTA-CT--TT---TG-TTNA--TGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATTATT-TTTATTATCTGTTANTCGT-TCGACCCAACCTGTTTTAATTGCTTTTATAAACATGTCTANATCTATCGTNTTNAGT-CCNCCGTTTTCGTAATNTTGTATTATAGTTTATCCG-CTAATTTTGTNTGGTTTACCCTCCCA-TAGNTNATNGTGTTTACGTTNGNTGATTCAATGCACAATTGATTACGATTTTGGGTTTTCTAGGACT--------GTATATAAGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACA-TTATTTTTTCCAATAA
gi|1                          :  TATAATTCGCATTATATATTTGTATTGAAAAGCGCGTAATTTTGTATCTATTAGT-----GATCTGAAAGGTACGGTGTGTACAACTTTCCAGTTAATGTTCGTATGT-----------TGTAATATGAGGTTTGATTACCATATTATTTTGTGTGTTTT-TAGT-TGTCTATTGTATAAACGTTTATTTGGACTGTTAAGGTTTCGGATTTGTTGC-AATA-AA----------TTCGTTTCTTCATTATTATC-AGCTTTATTGTTTGATTTCAGGTTTTG-TTTCCACACCGTTGTGATGCTTTC-AAATAAAGTATAATAT-----GTTAAA--AAATCTG-ATTT-T--TTAAG-TATGTACTTAGCTTTAACATA--TTGGAAGGTATAGAATGTTT-TTTGTCTATCATCAAATACTTGT-TTG-AT------GTACTTGG-TAC-C-TTT-TGAA-AGCCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT----TGTTTT--TTATGTACGAGTTGTTCCATAATATCTGGTTGTTTA-ATGCTTCTG-----GAT-TAT--TTTCAAAGTTTATCTTTGACCAAGATTGTAATATTTCTAATAAAAATATGGGAATCTGGTG-------ATTTTATGTTTTAGTATATTCATTTTCATTTGAAT-TA-CATTGAAATATTAATTGTCCC-CCTA-ATTTATCTAGTT---TG-TTAA--TGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATCATT-TTCATTATCTATTATTCTT-TTAAGCCATCCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATATTTACATCGATCTTTTTCAGA-CCCCCATTTTCGTAGTCTTGTATTATTGTTTTTTCGACTAATTTTGTCAGGTTTACCATCCCA-TAAATAATCGTATATACTTTTATTGATTAAAC---TAATTAATTCTGTATTTGGATTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATACGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTA-TATTTCCAATAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                         gTATTGTT-TGGTATATC--TCATTCTTAAGTTTTGACTTCCATGAGTTTAATATACTTTG-AATAAGAATATAATAT-----TTTAGA--AAATCCGAATTA-T--TTAAGTTGTGTAC----CGTTTAGATATGCTGAAAAGTATTAAATA-TT-TTTGTCTATTGTCAAAGAATTGT-TCA-AC------ATATTTAATT-C-C-TTT-T
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTC-AATTAAAGTATAATATATATTTTTAAA--AATTCTG-A----------AG-TGTGTACTTAGCTTTTACTAA--CTGAAATGTATTCAATGTTT-TTTACCTACTATCAATTATTTGT-T----T------GTA----------C-TTT-TGAATA-CCATAC-TTTAT-----------AAAAtcgaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                        ATTATTGTTTAG-TATATT-CTAACTCTTAAGTTAGG-CTTCCATGAATTTGATATATTTTTTAATAAGAGTATAATAT-----TTTAGA--AAATCCG-A
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgtACATATCCAACTCTATCGTTTCAAGTTCCCCCATTTTCATGATATTGTATTATTGTTTTTCTG-CTTATTTTGTATGGTTTTCCATCCCA-ataat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                CTTTCAAGTTTTG-TTTCCATACTTTTGGTATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAA--AAATCTG-ACTT-A--TTAAT-TG
gi|2                          :  TATTATCTGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGGCTAATTGTGTATAT-TTACTCTAAGAATCGAAAAGGTTCGATCTGTACACTTTTCAAGTTAATGTTCGTATCTTCTAATTTCCATTTAATATGA-GTTTGATTATAATGT--TTTTGTGCGTTTT-TAAT-TGGCTGTAGTATAAAAGTTTATATTAACTCATGAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AA----------TTCATTCCTTCATTATTATC-AGCTATACTGTTTGCTTTCAATTTTTG-TTTCAACACATTTGGAATGCTTTT-ATTTAAAGTATAATAT-----TTTAAA--AGTTCTG-AATT-A--TTAAA-TGAGTACTTATATTTTACAAA--TTGAAATGTAT---ATG-------GTTTATTATAAAATACTCGG-TTG-AA------TTA------------------------CATTC-GTTAA-----------AAAATAAAGC---TTAACTTTGTGGTTTTTT--TTATATTCTACTCGTTCAATCATATCTG----CTTA-ATGTTTCTG-----GTT-TAT--TTTCAAAGTCTATACTTGACCATGATTGAAGTATTTCTAATAAAAATTTTGGAATCTGGTC-------ATTTTGTGTTTGGGTATAGTCA------TTTGAAT-TT-TATTGAAATATTAATTGA-CA-CCTG-ATAT--CT--TTTAATG-TACATTTGTATATATGTTTCCTATT-C-CC--ATTGTT-TTCATTATCTG--ACCCGTCTTG-------CTGTTT---TTGCTTTTATAAACATGTTTACGTTGATCAAGTTTAGT-CATTCATTTTCGCAATCCTGTATTATAGTTTATTAA-CCAATTTTATCGTGTTTACTCTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTG--TTAATAT-TAATTGATTACGATTTTGGGTTTTCTAGGACT--------GTATATAAGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACA-TTATTTTTTCCAATAAt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                         TTATTGTC-AGCTATATTGTTTGCTTTTAATTTTTG-TCTCCATACCTTTGGAATGTTTt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                         TTATTGTC-AGCTATATTGTTTGCTTTTAATTTTTG-TCTCCATACCTTTGGAATGTTT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAA--T-TATATATTCTTCCA-TT-CGCC--ATTATTGTTTAC-ATCTGTTAGTCGT-TCAACCCAACATGCTTTAATTGAATGTATAAAAAGTTCTATATCTATCATCTTCATA-CCACCGTTGTCAATATTTTGTATTATAGTTTACCC--TTAACTTTGTTTGGTTTACCCTCCCACTAGTTTATAGTGTTTATGTTAGGTGATTCAA-GCACAATTAAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                              ctttattttcaatgaaagaattattccatatatattgttttactaaattaacatcgtcaatattagtgttaaaattaatctttgaccatgattctattatgttacataaaaaacgcgtttcgctgaacatagaataaccatcgaagttattctcaaagatgaagtttccgccatattttttaaactgaagacatatata-TTTATCTCTTTTCAAAGATTTGT-TCT-AC------ATATTCAA-T-TTC-TTTGTGGG-A-CCAATG-CTTAT-----------AGATGAACGT---TTTCTTAT----TATTTC--TAATATTCGAATGACTCCGTGATATTTGTTTATTTATAT-TTTCAA-----CAT-TTTCGTTTGAA--TTAATACTTGACCATGATTGCACAACTTCTGATAAAAACTTT-GAATCTAGTT-------G--AAGTGCATTATTTTAGTCATTCTTGTT--AATATAGCATTCAAATATTTATTGT-CCTCCTATATTTG-CTA-GT---TGCCCCA--TGTATATATGTTTCCAATTAC-CCGTATTACT-CTGATT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aATAAGAGTTGTTCCATAATAATTGATTGTTTA-ATGTTTCAGTTTCTGATGTAT--TTTCAAAGTTTATGCTTGACCATGATTATAATATTTCTAATAAAATTTTGGGAAACGGGTGTGTGTGTGTTTT-TGTTTTAATAGGGTCATTTTCATTTGAAT-GG-CATTCAGATATTGATTGT-C---------TTA-----TT---TG-TTAA--TATA-ATATGTTTGCAATC-A-CC--CTCATT-TTTATTATCAATTTTTCTT-TTGACCTAACCAGTCTTAATTGCTTTTATAAACATGTTTAAATTNNNNNNNNNNAAT-Cgataa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                              TA-AAT--------TTTCGTTTA--AATTAATCTC-A----T-TTGTTGGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACTTTTGGTATGCTTTC-AATTA----ATAA--------TTTAAA--AAATCTG-GTTTATTATTAAG-TGAGTAACTGGCTTTTACAAA--CTGAAAAGTTTTTAATGTTTCTTTGTCTACTATCAAATATATGTATCATACTTTATTGTAGGTGA-T-----TTT-TG------TGTTCTTTTATTTTTCAGACAAAAAATAAAATGAATTTAATTT----CATTTT--actcatctatctaaat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TTTGTCTACTAGCAAATACGTGT-TTA-AT------GTAATTGA-T-A-CGTTT-TGAA-AGCCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT----TGTCTTATTTGTATACGAATTGTTCTATAATATCTGGTTATTTA-ATGCTTCTG-----GTT-TAT--TTTCAAAGTTTATATTTGACCAAGATTGTAATATTTTTAATAAAAATTTGGAAATCTGGTG-------GTTTT--------GTACATTCATTTTCATTTGTAT-TA-
gi|9                          :                                                                                                                                                            CGTTTTCTAGTATTGCTATGTTGTGAAAATG---ATCA---CATAAGTT-----GTTTGTTACATATACAATCGGCATGTTTTTATTTGTGTTTTATTATC-AGCTAAGTTGCCCGCTTTTAATTTCTG-TTTTCACTCTTGTGGTAAGCTTTC-AATTAAAATAGAATAT-----TTAAAAAGAATTCTGAATTG-T--TTGAA-TAAGTACTTAAGTTTT---AA--CTGACAAGTAagt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTATACTTTATGAAAGAATTATTCCATATGTACTTTTTTTACATGATTAATATCTTCAATATTAGAATTAGAATTCATTTTTGACCATGATTCTATTATGTTATTATGCTACATAAAACGACATTTCGCTGAACATAGAACAACCATCTTTGAAATTAAAATTACTCTCAAAGATGAAGTTTCCTCCATATTTTTCCAATGAAGACATGTATAAAAAGTATATACTTCCATTCGACATTATCAT
Unaligned ( gi|10 ): CTTTTAATGAAAGAATTATTCTAACTTCCCGGTTTATTATTTTACTAAATTAACCTCTTCAATATTAGTGTTGAAATCAATTTTTGACCATGATTCTATTATGTCACATAAAAAAGGCATTTCACTGAACATAGAATAACCATCTTTGCAATTAAAGTTATTCTCAAAAATGAAGTTTCTGCCATATTTTTCAACTGAA
Unaligned ( gi|13 ): TGTTTTATAAAATAATTATTCCACATGTACTGTTTTAGTAGATAATCATTTTGAATATTAGAGCTAAAATTAATTTTTGACCATGATTCAATTATGTTAAATAAAAACGGCGTTTCACTGAAGA
Unaligned ( gi|14 ): CGTTTGATAATTATTTTTTATGTTTGAATTATAACATAGTATTTGTTTGTTTATATTTTCAACATTTTAGTTTAAATCAATACTTGAACATGATTTTAC
Unaligned ( gi|18 ): AAATTGACATCTTCAATATTAGAGTTTAATTTCATTTTCGCCAATGATTTTATTATGTTTCATAGCACCGACGTTTC
Unaligned ( gi|19 ): TATTATTGTTTGGTATTTTCTCATTTTTAAGTTTAGACTACTATGAATGTGATATACTTGGAATATAAAT
Unaligned ( gi|20 ): CATAAGATTTTTATTTTCATGTATCAGGTCATGAAAAAGTTATTGATAACTGTTAATTCATCATC
Unaligned ( gi|23 ): TTTTAATTCCATGTAACCATGATTTGTAAAAAACAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                   1     22222                                                44444444444           1               11            1    1                                                   1    1  33333333333                                                                                         11111               111111111                                              1                            5555555555555555555555555555555555555            33333333333          111           111                                       111111            2222222            111                                                         2222222     1                             1111                  1 4444444444444444444  1    1                       111  11                          1                                                 111                                           111                          1                               4444                                33333333                                     1   1            
lowQualScore                  :     1                              22     1     1 5   1 66666    1       1    1      1     1               1 44444444444 1         5         1     88            3    3       1        6       1            7             3    0  99999999999      7777         5  2      2  4        1     4         1     1        5     0          22222         66    888888888     5  1    1  1          99      1    99    0  5                  0    5 7777777777777777777777777777777777777      6     11111111111          444   1    6  111    99 1        2 4               5  3 999999   6  1  6  1111111   6        111        1                1     1  6          5           6666666 0   3   1 0             0 4  5    1111    1       1     0 3333333333333333333  0    0  5  3  0           0  111  11      8  1  0     3  0  1 0   55 0 3  4     3                0   8  1   2   111   88  99            88  0         1    1  666          11        1     0                         7  1  1111         1  22                  44444444       1                             5   5 1          
lowQualScore                  :     .                              ..     .     . .   . .....    .       .    .      .     .               . ........... .         .         .     ..            .    .       .        .       .            .             .    .  ...........      ....         .  .      .  .        .     .         .     .        .     .          .....         ..    .........     .  .    .  .          ..      .    ..    .  .                  .    . .....................................      .     ...........          ...   .    .  ...    .. .        . .               .  . ......   .  .  .  .......   .        ...        .                .     .  .          .           ....... .   .   . .             . .  .    ....    .       .     . ...................  .    .  .  .  .           .  ...  ..      .  .  .     .  .  . .   .. . .  .     .                .   .  .   .   ...   ..  ..            ..  .         .    .  ...          ..        .     .                         .  .  ....         .  ..                  ........       .                             .   . .          
lowQualScore                  :     0                              00     0     0 5   0 55555    0       0    0      0     0               0 00000000000 0         0         0     55            3    3       0        7       0            3             3    0  88888888888      5555         0  5      5  2        7     4         0     0        0     9          55555         99    222222222     7  0    7  0          22      0    88    6  7                  4    7 9999999999999999999999999999999999999      7     77777777777          000   4    7  777    22 4        2 8               2  7 222222   7  0  7  3333333   7        777        5                8     0  7          0           0000000 8   2   0 6             8 6  6    0000    0       2     0 0000000000000000000  0    0  6  2  8           8  000  00      0  4  8     2  8  0 0   88 2 5  2     2                8   0  0   2   444   00  44            55  2         0    0  888          22        0     0                         3  0  0000         0  00                  55555555       0                             0   5 0          
consensus                     : NTATNATCCGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGNNTAATTNTGTATNTATTANTCTAAGGATCNGAAAGGTNCGGTNTGTACANCTTTCNAGTTAATGTTCGTATNTTCTAATTTCCATNTAATATGAGGTTTGATTACNATGTTATTTTGTGCGTTTT-TAGT-TGGCTATNGTATAAAAGTTTATATGAACTCATAAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------TTTCGTTTNTTCATTATTGTC-AGCTATATTGTTCGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACNTTTGGNATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAAA--TCTG-ATTT-T--TTAAG-TGNGTACTTAGCTTTTACAAA--CTGAAANGTATTNAATGTTT-TTTGTCTACTATCAAATACTTGT-TCG-AC------GTANTTG--AT--C-TTT-TGAA-A-CCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATATACGAATTGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATGTT-TCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATACTTGACCATGATTGTANTATTTCTA-ATAAAAATTTGGGAATCTGGTG-------GTTTTGTGTTTTAGTATAGTCATTTTCGTTTGAAT-TA-CATTNAAATATTAATTGT-CC-CCTA-AT-----TTA-CTA-TTCG-TTAATGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATTATT-TTCATTATCTGTTATTCNT-TTGACCCAACCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATGTT-TANATCGATC--GTTTTCAGT-CCCCCATTTTCGCGATCTTGTATTATNGTTTNTCCG-CTAATTTTGTCNGGTTTACCNTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTGATTNAA-GC-TAATTAATTNCGNNTTTGGGTTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATANGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTATTNTTTCCAATAA
Reference ( family-716 )      : NTATNATCCGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGNNTAATTNTGTATNTATTANTCTAAGGATCNGAAAGGTNCGGTNTGTACANCTTTCNAGTTAATGTTCGTATNTTCTAATTTCCATNTAATATGAGGTTTGATTACNATGTTATTTTGTGCGTTTT-TAGT-TGGCTATNGTATAAAAGTTTATATNAACTCATAAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------TTTCGTTTNTTCATTATTGTC-AGCTATATTGTTCGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACNTTTGGNATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAAA--TCTG-ATTT-T--TTAAG-TGNGTACTTAGCTTTTACAAA--CTGAAANGTATTNAATGTTT-TTTGTCTACTATCAAATACTTGT-TCG-AC------GTANTTG--AT--C-TTT-TGAA-A-CCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATATACGAGTCGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATGTT-TCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATACTTGACCATGATTGTAATATTTCTA-ATAAAAATTTGGGAATCTGGTG-------GTTTTGTGTTTTAGTATAGTCATTTTCGTTTGAAT-TA-CATTNAAATATTAATTGT-CC-CCTA-AT-----TTA-CTA-TTTG-TTAATGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATTATT-TTCATTATCTGTTATTCNT-TTGACCCAACCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATGTT-TANATCGATC--GTTTTCAGT-CCCCCATTTTCGCGATCTTGTATTATNGTTTNTCCG-CTAATTTTGTCNGGTTTACCNTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTGATTNAACGC-TAATTAATTNCGNNTTTGGGTTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATANGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTATTNTTTCCAATAA
gi|1                          :  TATAATTCGCATTATATATTTGTATTGAAAAGCGCGTAATTTTGTATCTATTAGT-----GATCTGAAAGGTACGGTGTGTACAACTTTCCAGTTAATGTTCGTATGT-----------TGTAATATGAGGTTTGATTACCATATTATTTTGTGTGTTTT-TAGT-TGTCTATTGTATAAACGTTTATTTGGACTGTTAAGGTTTCGGATTTGTTGC-AATA-AA----------TTCGTTTCTTCATTATTATC-AGCTTTATTGTTTGATTTCAGGTTTTG-TTTCCACACCGTTGTGATGCTTTC-AAATAAAGTATAATAT-----GTTAAAAAA--TCTG-ATTT-T--TTAAG-TATGTACTTAGCTTTAACATA--TTGGAAGGTATAGAATGTTT-TTTGTCTATCATCAAATACTTGT-TTG-AT------GTACTTGGTAC--C-TTT-TGAA-AGCCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATGTACGAGTTGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATGCT-TCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATCTTTGACCAAGATTGTAATATTTCTA-ATAAAAATATGGGAATCTGGTG-------ATTTTATGTTTTAGTATATTCATTTTCATTTGAAT-TA-CATTGAAATATTAATTGTCCC-CCTA-AT-----TTATCTAGTTTG-TTAATGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATCATT-TTCATTATCTATTATTCTT-TTAAGCCATCCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATATT-TACATCGATC--TTTTTCAGA-CCCCCATTTTCGTAGTCTTGTATTATTGTTTTTTCGACTAATTTTGTCAGGTTTACCATCCCA-TAAATAATCGTATATACTTTTATTGATTAAA--C-TAATTAATTCTGTATTTGGATTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATACGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTA-TATTTCCAATAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                         gTATTGTT-TGGTATATC--TCATTCTTAAGTTTTGACTTCCATGAGTTTAATATACTTTG-AATAAGAATATAATAT-----TTTAGAAAA--TCCGAATTA-T--TTAAGTTGTGTAC----CGTTTAGATATGCTGAAAAGTATTAAATA-TT-TTTGTCTATTGTCAAAGAATTGT-TCA-AC------ATATTTA--ATTCC-TTT-T
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTC-AATTAAAGTATAATATATATTTTTAAAAAT--TCTG-A----------AG-TGTGTACTTAGCTTTTACTAA--CTGAAATGTATTCAATGTTT-TTTACCTACTATCAATTATTTGT-T----T------GTA----------C-TTT-TGAATA-CCATAC-TTTAT-----------AAAAtcgaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                        ATTATTGTTTAG-TATATT-CTAACTCTTAAGTTAGG-CTTCCATGAATTTGATATATTTTTTAATAAGAGTATAATAT-----TTTAGAAAA--TCCG-A
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgtACATATC-CAACTCTATC--GTTTCAAGTTCCCCCATTTTCATGATATTGTATTATTGTTTTTCTG-CTTATTTTGTATGGTTTTCCATCCCA-ataat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                CTTTCAAGTTTTG-TTTCCATACTTTTGGTATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAAA--TCTG-ACTT-A--TTAAT-TG
gi|2                          :  TATTATCTGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGGCTAATTGTGTATAT-TTACTCTAAGAATCGAAAAGGTTCGATCTGTACACTTTTCAAGTTAATGTTCGTATCTTCTAATTTCCATTTAATATGAG-TTTGATTATAATGTT--TTTGTGCGTTTT-TAAT-TGGCTGTAGTATAAAAGTTTATATTAACTCATGAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------T--CATTCCTTCATTATTATC-AGCTATACTGTTTGCTTTCAATTTTTG-TTTCAACACATTTGGAATGCTTTT-ATTTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAGT--TCTG-AATT-A--TTAAA-TGAGTACTTATATTTTACAAA--TTGAAATGTAT---ATG-------GTTTATTATAAAATACTCGG-TTG-A----------ATTA--------------------CATTC-GTTAA-----------AAAATAAAGC---TTAACTTTGTGGTTTTTT--TTATATTCTACTCGTTCAATCATATCTG----C------TTA-ATGTT-TCTG-----GTT-TATTTTCA---AAGTCTATACTTGACCATGATTGAAGTATTTCTA-ATAAAAATTTTGGAATCTGGTC-------ATTTTGTGTTTGGGTATAGTCATTT------GAAT-TT-TATTGAAATATTAATTGA-CA-CCTG-ATATCTTTTA-ATG-TACA-TT--TGTATATATGTTTCCTATT-C-CC--ATTGTT-TTCATTATCTG--ACCCGTCTTG-------CTGTTTT---TGCTTTTATAAACATGTT-TACGTTGATCAAGTTT--AGT-CATTCATTTTCGCAATCCTGTATTATAGTTTATTAA-CCAATTTTATCGTGTTTACTCTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTG--TTAATAT-TAATTGATTACGATTTTGGGTTTTCTAGGACT--------GTATATAAGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACA-TTATTTTTTCCAATAAt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                         TTATTGTC-AGCTATATTGTTTGCTTTTAATTTTTG-TCTCCATACCTTTGGAATGTTTt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                         TTATTGTC-AGCTATATTGTTTGCTTTTAATTTTTG-TCTCCATACCTTTGGAATGTTT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TT-TA---TTTT--CAATGAAAGAATTATTCCATA-TATATTGTTTTACTAAATTA-ACATCGTCAA-----TAT-TAGTGTTA---AAATTAATCTTTGACCATGATTCTATTATGT-TACATAAAAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           cTAAT-TATATATTCTTCCA-TT-CGCC--ATTATTGTTTAC-ATCTGTTAGTCGT-TCAACCCAACATGCTTTAATTGAATGTATAAAAA-GTTCTATATCTATC--ATCTTCATA-CCACCGTTGTCAATATTTTGTATTATAGTTTACCC--TTAACTTTGTTTGGTTTACCCTCCCACTAGTTTATAGTGTTTATGTTAGGTGATTCAA-GCACAATTAATacgcgtttcgctgaacatagaataaccatcgaagttattctcaaagatgaagtttccgccatattttttaaactgaagacatatatataattatatattcttccattcgccattattgtttacatctgttagtcgttcaacccaacatgctttaattgaatgtataaaaagttctatatctatcatcttcataccaccgttgtcaatattttgtattatagtttacccttaactttgtttggtttaccctcccactagtttatagtgtttatgttaggtgattcaagcacaattaat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                              ctttattttcaatgaaagaattattccatatatattgttttactaaattaacatcgtcaatattagtgttaaaattaatctttgaccatgattctattatgttacataaaaaacgcgtttcgctgaacatagaataaccatcgaagttattctcaaagatgaagtttccgccatattttttaaactgaagacatatata-TTTATCTCTTTTCAAAGATTTGT-TCT-AC------ATATTCA--ATTTC-TTTGTGGG-A-CCAATG-CTTAT-----------AGATGAACGT---TTTCTTAT-TA---TTTC--TAATATTCGAATGACTCCGTGATATTTGTTTAT------TTATAT-TT-TC--------AA-CATTTTCGTTTGAATTAATACTTGACCATGATTGCACAACTTCTG-ATAAAAACTT-TGAATCTAGTT-------G--AAGTGCATTATTTTAGTCATTCTTGTT--AATATAGCATTCAAATATTTATTGT-CCTCCTATAT-----TTG-CTA-GTTGCCCCATGTATATATGTTTCCAATTAC-CCGTATTACT-CTGATT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aATAAGAGTTGTTCCATAATAATTGATTGT------TTA-ATGTT-TCAGTTTCTGATGTATTTTCA---AAGTTTATGCTTGACCATGATTATAATATTTCTA-ATAAAATTTTGGGAAACGGGTGTGTGTGTGTTTT-TGTTTTAATAGGGTCATTTTCATTTGAAT-GG-CATTCAGATATTGATTGT-CT------------------TA-TTTG-TTAATATA-ATATGTTTGCAATC-A-CC--CTCATT-TTTATTATCAATTTTTCTT-TTGACCTAACCAGTCTTAATTGCTTTTATAAACATGTT-TAAATTNNNN--NNNNNNAAT-CACTCATCTgataa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                              TA-AAT--------TTTCGTTTA--AATTAATCTC-A----T-TTGTTGGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACTTTTGGTATGCTTTC-AATTA----ATAA--------TTTAAAAAA--TCTG-GTTTATTATTAAG-TGAGTAACTGGCTTTTACAAA--CTGAAAAGTTTTTAATGTTTCTTTGTCTACTATCAAATATATGTATCATACTTTATTGTAGGTG--AT----TTT-TG------TGTTCTTTTATTTTTCAGACAAAAAATAAAATGAATTTAATTT-CA---TTTT--atctaaat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TTTGTCTACTAGCAAATACGTGT-TTA-AT------GTAATTG--ATA-CGTTT-TGAA-AGCCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TCTTATTTGTATACGAATTGTTCTATAATATCTGGTTAT------TTA-ATGCT-TCTG-----GTT-TATTTTCA---AAGTTTATATTTGACCAAGATTGTAATATTTTTA-ATAAAAATTTGGAAATCTGGTG-------GTTTT--------GTACATTCATTTTCATTTGTAT-TA-
gi|9                          :                                                                                                                                                            CGTTTTCTAGTATTGCTATGTTGTGAAA------ATGATCACATAAGTT-----GTTTGTTACATATACAATCGGCATGTTTTTATTTGTGTTTTATTATC-AGCTAAGTTGCCCGCTTTTAATTTCTG-TTTTCACTCTTGTGGTAAGCTTTC-AATTAAAATAGAATAT-----TTAAAAAGAATTCTGAATTG-T--TTGAA-TAAGTACTTAAGTTTT---AA--CTGACAAGTAagt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTATACTTTATGAAAGAATTATTCCATATGTACTTTTTTTACATGATTAATATCTTCAATATTAGAATTAGAATTCATTTTTGACCATGATTCTATTATGTTATTATGCTACATAAAACGACATTTCGCTGAACATAGAACAACCATCTTTGAAATTAAAATTACTCTCAAAGATGAAGTTTCCTCCATATTTTTCCAATGAAGACATGTATAAAAAGTATATACTTCCATTCGACATTATCAT
Unaligned ( gi|10 ): CTTTTAATGAAAGAATTATTCTAACTTCCCGGTTTATTATTTTACTAAATTAACCTCTTCAATATTAGTGTTGAAATCAATTTTTGACCATGATTCTATTATGTCACATAAAAAAGGCATTTCACTGAACATAGAATAACCATCTTTGCAATTAAAGTTATTCTCAAAAATGAAGTTTCTGCCATATTTTTCAACTGAA
Unaligned ( gi|13 ): TGTTTTATAAAATAATTATTCCACATGTACTGTTTTAGTAGATAATCATTTTGAATATTAGAGCTAAAATTAATTTTTGACCATGATTCAATTATGTTAAATAAAAACGGCGTTTCACTGAAGA
Unaligned ( gi|14 ): CGTTTGATAATTATTTTTTATGTTTGAATTATAACATAGTATTTGTTTGTTTATATTTTCAACATTTTAGTTTAAATCAATACTTGAACATGATTTTAC
Unaligned ( gi|18 ): AAATTGACATCTTCAATATTAGAGTTTAATTTCATTTTCGCCAATGATTTTATTATGTTTCATAGCACCGACGTTTC
Unaligned ( gi|19 ): TATTATTGTTTGGTATTTTCTCATTTTTAAGTTTAGACTACTATGAATGTGATATACTTGGAATATAAAT
Unaligned ( gi|20 ): CATAAGATTTTTATTTTCATGTATCAGGTCATGAAAAAGTTATTGATAACTGTTAATTCATCATC
Unaligned ( gi|23 ): TTTTAATTCCATGTAACCATGATTTGTAAAAAACAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                   1     22222                                                 444444444444         1               11            1    1                                                   1    1   44444444444                                                                                        11111               111111111                                              1                            55555555555555555555555555555555555            33333333333          111           111                                       111111            2222222            111                                                         2222222     1                             1111                  1 4444444444444444444444444   22222                    111  11                          1                                                 111                                           111                          1                               222                                33333333                                     1   1            
lowQualScore                  :     1                              22     1     1 5   1 66666    1       1    1      1     1               1  555555555555         5         1     88            3    3       1        6                    7             3    0   55555555555     7777         5  2      2  4        1     4         1     1        5     0          22222         66    888888888     5  1    1  1          99      1    99    0  5                  0    5 77777777777777777777777777777777777      6     11111111111          444   1    6  111    99 1                          5  3 999999   6  1  6  1111111   6        111        1                1     1  6          5           6666666 0   3   1 0             0 4  5    1111    1       1     0 9999999999999999999999999   00000  3  0           0  111  11      8  1  0     3  0  1 0   55 0 3  4     3                0   8  1   2   111   88  99            88  0         1    1  666          11        1     0                         7  1  000         1  22                  44444444       1                             5   5 1          
lowQualScore                  :     .                              ..     .     . .   . .....    .       .    .      .     .               .  ............         .         .     ..            .    .       .        .                    .             .    .   ...........     ....         .  .      .  .        .     .         .     .        .     .          .....         ..    .........     .  .    .  .          ..      .    ..    .  .                  .    . ...................................      .     ...........          ...   .    .  ...    .. .                          .  . ......   .  .  .  .......   .        ...        .                .     .  .          .           ....... .   .   . .             . .  .    ....    .       .     . .........................   .....  .  .           .  ...  ..      .  .  .     .  .  . .   .. . .  .     .                .   .  .   .   ...   ..  ..            ..  .         .    .  ...          ..        .     .                         .  .  ...         .  ..                  ........       .                             .   . .          
lowQualScore                  :     0                              00     0     0 5   0 55555    0       0    0      0     0               0  000000000000         0         0     55            3    3       0        7                    3             3    0   88888888888     5555         0  5      5  2        7     4         0     0        0     9          55555         99    222222222     7  0    7  0          22      0    88    6  7                  4    7 99999999999999999999999999999999999      7     77777777777          000   4    7  777    22 4                          2  7 222222   7  0  7  3333333   7        777        5                0     0  7          0           0000000 8   2   0 6             8 6  6    0000    0       2     0 8888888888888888888888888   88888  2  8           8  000  00      0  4  8     2  8  0 0   88 2 5  2     2                8   0  0   2   444   00  44            55  2         0    0  888          22        0     0                         3  0  777         0  00                  55555555       0                             0   5 0          
consensus                     : NTATNATCCGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGNNTAATTNTGTATNTATTANTCTAAGGATCNGAAAGGTNCGGTNTGTACANCTTTCNAGTTAATGTTCGTATNTTCTAATTTCCATNTAATATGAGGTTTGATTACNATGTTATTTTGTGCGTTTT-TAGT-TGGCTATNGTATAAAAGTTTATATGAACTCATAAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------TTTCGTTTNTTCATTATTGTC-AGCTATATTGTTCGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACNTTTGGNATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAAA--TCTG-ATTT-T--TTAAG-TGNGTACTTAGCTTTTACAAA--CTGAAANGTATTNAATGTTT-TTTGTCTACTATCAAATACTTGT-TCG-AC------GTANTTGAT--C-TTT-TGAA-A-CCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATATACGAATTGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATGTT-TCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATACTTGACCATGATTGTANTATTTCTA-ATAAAAATTTGGGAATCTGGTG-------GTTTTGTGTTTTAGTATAGTCATTTTCGTTTGAAT-TA-CATTNAAATATTAATTGT-CC-CCTA-AT-----TTA-CTA-TTCGTTA----ATGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATTATT-TTCATTATCTGTTATTCNT-TTGACCCAACCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATGTT-TANATCGATC--GTTTTCAGT-CCCCCATTTTCGCGATCTTGTATTATNGTTTNTCCG-CTAATTTTGTCNGGTTTACCNTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTGATTAAAGC-TAATTAATTNCGNNTTTGGGTTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATANGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTATTNTTTCCAATAA
Reference ( family-716 )      : NTATNATCCGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGNNTAATTNTGTATNTATTANTCTAAGGATCNGAAAGGTNCGGTNTGTACANCTTTCNAGTTAATGTTCGTATNTTCTAATTTCCATNTAATATGAGGTTTGATTACNATGTTATTTTGTGCGTTTT-TAGT-TGGCTATNGTATAAAAGTTTATATGAACTCATAAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------TTTCGTTTNTTCATTATTGTC-AGCTATATTGTTCGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACNTTTGGNATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAAA--TCTG-ATTT-T--TTAAG-TGNGTACTTAGCTTTTACAAA--CTGAAANGTATTNAATGTTT-TTTGTCTACTATCAAATACTTGT-TCG-AC------GTANTTGAT--C-TTT-TGAA-A-CCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATATACGAATTGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATGTT-TCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATACTTGACCATGATTGTANTATTTCTA-ATAAAAATTTGGGAATCTGGTG-------GTTTTGTGTTTTAGTATAGTCATTTTCGTTTGAAT-TA-CATTNAAATATTAATTGT-CC-CCTA-AT-----TTA-CTA-TTCGTTA----ATGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATTATT-TTCATTATCTGTTATTCNT-TTGACCCAACCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATGTT-TANATCGATC--GTTTTCAGT-CCCCCATTTTCGCGATCTTGTATTATNGTTTNTCCG-CTAATTTTGTCNGGTTTACCNTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTGATTNAAGC-TAATTAATTNCGNNTTTGGGTTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATANGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTATTNTTTCCAATAA
gi|1                          :  TATAATTCGCATTATATATTTGTATTGAAAAGCGCGTAATTTTGTATCTATTAGT-----GATCTGAAAGGTACGGTGTGTACAACTTTCCAGTTAATGTTCGTATGTT-----------GTAATATGAGGTTTGATTACCATATTATTTTGTGTGTTTT-TAGT-TGTCTATTGTATAAACGTTTATTTGGACTGTTAAGGTTTCGGATTTGTTGC-AATA-AAT--------T--CGTTTCTTCATTATTATC-AGCTTTATTGTTTGATTTCAGGTTTTG-TTTCCACACCGTTGTGATGCTTTC-AAATAAAGTATAATAT-----GTTAAAAAA--TCTG-ATTT-T--TTAAG-TATGTACTTAGCTTTAACATA--TTGGAAGGTATAGAATGTTT-TTTGTCTATCATCAAATACTTGT-TTG-AT------GTACTTGGTACC-TTT-TGAA-AGCCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATGTACGAGTTGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATGCT-TCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATCTTTGACCAAGATTGTAATATTTCTA-ATAAAAATATGGGAATCTGGTG-------ATTTTATGTTTTAGTATATTCATTTTCATTTGAAT-TA-CATTGAAATATTAATTGTCCC-CCTA-AT-----TTATCTAGTTTGTTA----ATGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATCATT-TTCATTATCTATTATTCTT-TTAAGCCATCCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATATT-TACATCGATC--TTTTTCAGA-CCCCCATTTTCGTAGTCTTGTATTATTGTTTTTTCGACTAATTTTGTCAGGTTTACCATCCCA-TAAATAATCGTATATACTTTTATTGATTAAA-C-TAATTAATTCTGTATTTGGATTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATACGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTA-TATTTCCAATAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                         gTATTGTT-TGGTATATC--TCATTCTTAAGTTTTGACTTCCATGAGTTTAATATACTTTG-AATAAGAATATAATAT-----TTTAGAAAA--TCCGAATTA-T--TTAAGTTGTGTAC----CGTTTAGATATGCTGAAAAGTATTAAATA-TT-TTTGTCTATTGTCAAAGAATTGT-TCA-AC------ATATTTAATTCC-TTT-T
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTC-AATTAAAGTATAATATATATTTTTAAAAAT--TCTG-A----------AG-TGTGTACTTAGCTTTTACTAA--CTGAAATGTATTCAATGTTT-TTTACCTACTATCAATTATTTGT-T----T------GTA--------C-TTT-TGAATA-CCATAC-TTTAT-----------AAAAtcgaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                        ATTATTGTTTAG-TATATT-CTAACTCTTAAGTTAGG-CTTCCATGAATTTGATATATTTTTTAATAAGAGTATAATAT-----TTTAGAAAA--TCCG-A
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgtACATATC-CAACTCTATC--GTTTCAAGTTCCCCCATTTTCATGATATTGTATTATTGTTTTTCTG-CTTATTTTGTATGGTTTTCCATCCCA-ataat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                CTTTCAAGTTTTG-TTTCCATACTTTTGGTATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAAA--TCTG-ACTT-A--TTAAT-TG
gi|2                          :  TATTATCTGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGGCTAATTGTGTATAT-TTACTCTAAGAATCGAAAAGGTTCGATCTGTACACTTTTCAAGTTAATGTTCGTATCTTCTAATTTCCATTTAATATGAG-TTTGATTATAATGTT--TTTGTGCGTTTT-TAAT-TGGCTGTAGTATAAAAGTTTATATTAACTCATGAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------T--CATTCCTTCATTATTATC-AGCTATACTGTTTGCTTTCAATTTTTG-TTTCAACACATTTGGAATGCTTTT-ATTTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAGT--TCTG-AATT-A--TTAAA-TGAGTACTTATATTTTACAAA--TTGAAATGTAT---ATG-------GTTTATTATAAAATACTCGG-TTG-A----------ATTA------------------CATTC-GTTAA-----------AAAATAAAGC---TTAACTTTGTGGTTTTTT--TTATATTCTACTCGTTCAATCATATCTG----C------TTA-ATGTT-TCTG-----GTT-TATTTTCA---AAGTCTATACTTGACCATGATTGAAGTATTTCTA-ATAAAAATTTTGGAATCTGGTC-------ATTTTGTGTTTGGGTATAGTCATTT------GAAT-TT-TATTGAAATATTAATTGA-CA-CCTG-ATATCTTTTA-ATG-TACATT------TGTATATATGTTTCCTATT-C-CC--ATTGTT-TTCATTATCTG--ACCCGTCTTG-------CTGTTTT---TGCTTTTATAAACATGTT-TACGTTGATCAAGTTT--AGT-CATTCATTTTCGCAATCCTGTATTATAGTTTATTAA-CCAATTTTATCGTGTTTACTCTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTG-TTAATAT-TAATTGATTACGATTTTGGGTTTTCTAGGACT--------GTATATAAGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACA-TTATTTTTTCCAATAAt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                         TTATTGTC-AGCTATATTGTTTGCTTTTAATTTTTG-TCTCCATACCTTTGGAATGTTTt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                         TTATTGTC-AGCTATATTGTTTGCTTTTAATTTTTG-TCTCCATACCTTTGGAATGTTT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TT-TA---TTTT--CAATGAAAGAATTATTCCATA-TATATTGTTTTACTAAATTA-ACATCGTCAA-----TAT-TAGTGTTA---AAATTAATCTTTGACCATGATTCTATTATGT-TACATAAAAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cTA----AT-TATATATTCTTCCA-TT-CGCC--ATTATTGTTTAC-ATCTGTTAGTCGT-TCAACCCAACATGCTTTAATTGAATGTATAAAAA-GTTCTATATCTATC--ATCTTCATA-CCACCGTTGTCAATATTTTGTATTATAGTTTACCC--TTAACTTTGTTTGGTTTACCCTCCCACTAGTTTATAGTGTTTATGTTAGGTGATTCAAGCACAATTAATacgcgtttcgctgaacatagaataaccatcgaagttattctcaaagatgaagtttccgccatattttttaaactgaagacatatatataattatatattcttccattcgccattattgtttacatctgttagtcgttcaacccaacatgctttaattgaatgtataaaaagttctatatctatcatcttcataccaccgttgtcaatattttgtattatagtttacccttaactttgtttggtttaccctcccactagtttatagtgtttatgttaggtgattcaagcacaattaat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                              ctttattttcaatgaaagaattattccatatatattgttttactaaattaacatcgtcaatattagtgttaaaattaatctttgaccatgattctattatgttacataaaaaacgcgtttcgctgaacatagaataaccatcgaagttattctcaaagatgaagtttccgccatattttttaaactgaagacatatata-TTTATCTCTTTTCAAAGATTTGT-TCT-AC------ATATTCAATTTC-TTTGTGGG-A-CCAATG-CTTAT-----------AGATGAACGT---TTTCTTAT-TA---TTTC--TAATATTCGAATGACTCCGTGATATTTGTTTAT------TTATAT-TT-TC--------AA-CATTTTCGTTTGAATTAATACTTGACCATGATTGCACAACTTCTG-ATAAAAACTT-TGAATCTAGTT-------G--AAGTGCATTATTTTAGTCATTCTTGTT--AATATAGCATTCAAATATTTATTGT-CCTCCTATAT-----TTG-CTA----GTTGCCCCATGTATATATGTTTCCAATTAC-CCGTATTACT-CTGATT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aATAAGAGTTGTTCCATAATAATTGATTGT------TTA-ATGTT-TCAGTTTCTGATGTATTTTCA---AAGTTTATGCTTGACCATGATTATAATATTTCTA-ATAAAATTTTGGGAAACGGGTGTGTGTGTGTTTT-TGTTTTAATAGGGTCATTTTCATTTGAAT-GG-CATTCAGATATTGATTGT-CT------------------TA-TTTGTTA----ATATA-ATATGTTTGCAATC-A-CC--CTCATT-TTTATTATCAATTTTTCTT-TTGACCTAACCAGTCTTAATTGCTTTTATAAACATGTT-TAAATTNNNN--NNNNNNAAT-CACTCATCTgataa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                              TA-AAT--------TTTCGTTTA--AATTAATCTC-A----T-TTGTTGGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACTTTTGGTATGCTTTC-AATTA----ATAA--------TTTAAAAAA--TCTG-GTTTATTATTAAG-TGAGTAACTGGCTTTTACAAA--CTGAAAAGTTTTTAATGTTTCTTTGTCTACTATCAAATATATGTATCATACTTTATTGTAGGTGAT----TTT-TG------TGTTCTTTTATTTTTCAGACAAAAAATAAAATGAATTTAATTT-CA---TTTT--atctaaat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TTTGTCTACTAGCAAATACGTGT-TTA-AT------GTAATTGATA-CGTTT-TGAA-AGCCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TCTTATTTGTATACGAATTGTTCTATAATATCTGGTTAT------TTA-ATGCT-TCTG-----GTT-TATTTTCA---AAGTTTATATTTGACCAAGATTGTAATATTTTTA-ATAAAAATTTGGAAATCTGGTG-------GTTTT--------GTACATTCATTTTCATTTGTAT-TA-
gi|9                          :                                                                                                                                                            CGTTTTCTAGTATTGCTATGTTGTGAAA------ATGATCACATAAGTT-----GTTTGTTACATATACAATCGGCATGTTTTTATTTGTGTTTTATTATC-AGCTAAGTTGCCCGCTTTTAATTTCTG-TTTTCACTCTTGTGGTAAGCTTTC-AATTAAAATAGAATAT-----TTAAAAAGAATTCTGAATTG-T--TTGAA-TAAGTACTTAAGTTTT---AA--CTGACAAGTAagt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTATACTTTATGAAAGAATTATTCCATATGTACTTTTTTTACATGATTAATATCTTCAATATTAGAATTAGAATTCATTTTTGACCATGATTCTATTATGTTATTATGCTACATAAAACGACATTTCGCTGAACATAGAACAACCATCTTTGAAATTAAAATTACTCTCAAAGATGAAGTTTCCTCCATATTTTTCCAATGAAGACATGTATAAAAAGTATATACTTCCATTCGACATTATCAT
Unaligned ( gi|10 ): CTTTTAATGAAAGAATTATTCTAACTTCCCGGTTTATTATTTTACTAAATTAACCTCTTCAATATTAGTGTTGAAATCAATTTTTGACCATGATTCTATTATGTCACATAAAAAAGGCATTTCACTGAACATAGAATAACCATCTTTGCAATTAAAGTTATTCTCAAAAATGAAGTTTCTGCCATATTTTTCAACTGAA
Unaligned ( gi|13 ): TGTTTTATAAAATAATTATTCCACATGTACTGTTTTAGTAGATAATCATTTTGAATATTAGAGCTAAAATTAATTTTTGACCATGATTCAATTATGTTAAATAAAAACGGCGTTTCACTGAAGA
Unaligned ( gi|14 ): CGTTTGATAATTATTTTTTATGTTTGAATTATAACATAGTATTTGTTTGTTTATATTTTCAACATTTTAGTTTAAATCAATACTTGAACATGATTTTAC
Unaligned ( gi|18 ): AAATTGACATCTTCAATATTAGAGTTTAATTTCATTTTCGCCAATGATTTTATTATGTTTCATAGCACCGACGTTTC
Unaligned ( gi|19 ): TATTATTGTTTGGTATTTTCTCATTTTTAAGTTTAGACTACTATGAATGTGATATACTTGGAATATAAAT
Unaligned ( gi|20 ): CATAAGATTTTTATTTTCATGTATCAGGTCATGAAAAAGTTATTGATAACTGTTAATTCATCATC
Unaligned ( gi|23 ): TTTTAATTCCATGTAACCATGATTTGTAAAAAACAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                   1     22222                                                 444444444444         1               11            1    1                                                   1    1   44444444444                                                                                        11111               111111111                                              1                            55555555555555555555555555555555555            33333333333          111           111                                       111111            2222222            111                                                         2222222     1                             1111                  1 4444444444444444444444444   22222                    111  11                          1                                                 111                                           111                          1                               222                                33333333                                     1   1            
lowQualScore                  :     1                              22     1     1 5   1 66666    1       1    1      1     1               1  555555555555         5         1     88            3    3       1        6                    7             3    0   55555555555     7777         5  2      2  4        1     4         1     1        5     0          22222         66    888888888     5  1    1  1          99      1    99    0  5                  0    5 77777777777777777777777777777777777      6     11111111111          444   1    6  111    99 1                          5  3 999999   6  1  6  1111111   6        111        1                1     1  6          5           6666666 0   3   1 0             0 4  5    1111    1       1     0 9999999999999999999999999   00000  3  0           0  111  11      8  1  0     3  0  1 0   55 0 3  4     3                0   8  1   2   111   88  99            88  0         1    1  666          11        1     0                         7     000         1  22                  44444444       1                             5   5 1          
lowQualScore                  :     .                              ..     .     . .   . .....    .       .    .      .     .               .  ............         .         .     ..            .    .       .        .                    .             .    .   ...........     ....         .  .      .  .        .     .         .     .        .     .          .....         ..    .........     .  .    .  .          ..      .    ..    .  .                  .    . ...................................      .     ...........          ...   .    .  ...    .. .                          .  . ......   .  .  .  .......   .        ...        .                .     .  .          .           ....... .   .   . .             . .  .    ....    .       .     . .........................   .....  .  .           .  ...  ..      .  .  .     .  .  . .   .. . .  .     .                .   .  .   .   ...   ..  ..            ..  .         .    .  ...          ..        .     .                         .     ...         .  ..                  ........       .                             .   . .          
lowQualScore                  :     0                              00     0     0 5   0 55555    0       0    0      0     0               0  000000000000         0         0     55            3    3       0        7                    3             3    0   88888888888     5555         0  5      5  2        7     4         0     0        0     9          55555         99    222222222     7  0    7  0          22      0    88    6  7                  4    7 99999999999999999999999999999999999      7     77777777777          000   4    7  777    22 4                          2  7 222222   7  0  7  3333333   7        777        5                0     0  7          0           0000000 8   2   0 6             8 6  6    0000    0       2     0 8888888888888888888888888   88888  2  8           8  000  00      0  4  8     2  8  0 0   88 2 5  2     2                8   0  0   2   444   00  44            55  2         0    0  888          22        0     0                         3     777         0  00                  55555555       0                             0   5 0          
consensus                     : NTATNATCCGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGNNTAATTNTGTATNTATTANTCTAAGGATCNGAAAGGTNCGGTNTGTACANCTTTCNAGTTAATGTTCGTATNTTCTAATTTCCATNTAATATGAGGTTTGATTACNATGTTATTTTGTGCGTTTT-TAGT-TGGCTATNGTATAAAAGTTTATATGAACTCATAAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------TTTCGTTTNTTCATTATTGTC-AGCTATATTGTTCGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACNTTTGGNATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAAA--TCTG-ATTT-T--TTAAG-TGNGTACTTAGCTTTTACAAA--CTGAAANGTATTNAATGTTT-TTTGTCTACTATCAAATACTTGT-TCG-AC------GTANTTGAT--C-TTT-TGAA-A-CCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATATACGAATTGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATGTT-TCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATACTTGACCATGATTGTANTATTTCTA-ATAAAAATTTGGGAATCTGGTG-------GTTTTGTGTTTTAGTATAGTCATTTTCGTTTGAAT-TA-CATTNAAATATTAATTGT-CC-CCTA-AT-----TTA-CTA-TTCGTTA----ATGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATTATT-TTCATTATCTGTTATTCNT-TTGACCCAACCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATGTT-TANATCGATC--GTTTTCAGT-CCCCCATTTTCGCGATCTTGTATTATNGTTTNTCCG-CTAATTTTGTCNGGTTTACCNTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTGATTAAAGC-TAATTAATTNCGNNTTTGGGTTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATANGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTATTNTTTCCAATAA
Reference ( family-716 )      : NTATNATCCGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGNNTAATTNTGTATNTATTANTCTAAGGATCNGAAAGGTNCGGTNTGTACANCTTTCNAGTTAATGTTCGTATNTTCTAATTTCCATNTAATATGAGGTTTGATTACNATGTTATTTTGTGCGTTTT-TAGT-TGGCTATNGTATAAAAGTTTATATGAACTCATAAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------TTTCGTTTNTTCATTATTGTC-AGCTATATTGTTCGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACNTTTGGNATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAAA--TCTG-ATTT-T--TTAAG-TGNGTACTTAGCTTTTACAAA--CTGAAANGTATTNAATGTTT-TTTGTCTACTATCAAATACTTGT-TCG-AC------GTANTTGAT--C-TTT-TGAA-A-CCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATATACGAATTGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATGTT-TCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATACTTGACCATGATTGTANTATTTCTA-ATAAAAATTTGGGAATCTGGTG-------GTTTTGTGTTTTAGTATAGTCATTTTCGTTTGAAT-TA-CATTNAAATATTAATTGT-CC-CCTA-AT-----TTA-CTA-TTCGTTA----ATGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATTATT-TTCATTATCTGTTATTCNT-TTGACCCAACCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATGTT-TANATCGATC--GTTTTCAGT-CCCCCATTTTCGCGATCTTGTATTATNGTTTNTCCG-CTAATTTTGTCNGGTTTACCNTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTGATTAAAGC-TAATTAATTNCGNNTTTGGGTTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATANGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTATTNTTTCCAATAA
gi|1                          :  TATAATTCGCATTATATATTTGTATTGAAAAGCGCGTAATTTTGTATCTATTAGT-----GATCTGAAAGGTACGGTGTGTACAACTTTCCAGTTAATGTTCGTATGTT-----------GTAATATGAGGTTTGATTACCATATTATTTTGTGTGTTTT-TAGT-TGTCTATTGTATAAACGTTTATTTGGACTGTTAAGGTTTCGGATTTGTTGC-AATA-AAT--------T--CGTTTCTTCATTATTATC-AGCTTTATTGTTTGATTTCAGGTTTTG-TTTCCACACCGTTGTGATGCTTTC-AAATAAAGTATAATAT-----GTTAAAAAA--TCTG-ATTT-T--TTAAG-TATGTACTTAGCTTTAACATA--TTGGAAGGTATAGAATGTTT-TTTGTCTATCATCAAATACTTGT-TTG-AT------GTACTTGGTACC-TTT-TGAA-AGCCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATGTACGAGTTGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATGCT-TCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATCTTTGACCAAGATTGTAATATTTCTA-ATAAAAATATGGGAATCTGGTG-------ATTTTATGTTTTAGTATATTCATTTTCATTTGAAT-TA-CATTGAAATATTAATTGTCCC-CCTA-AT-----TTATCTAGTTTGTTA----ATGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATCATT-TTCATTATCTATTATTCTT-TTAAGCCATCCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATATT-TACATCGATC--TTTTTCAGA-CCCCCATTTTCGTAGTCTTGTATTATTGTTTTTTCGACTAATTTTGTCAGGTTTACCATCCCA-TAAATAATCGTATATACTTTTATTGATTAAA-C-TAATTAATTCTGTATTTGGATTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATACGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTA-TATTTCCAATAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                         gTATTGTT-TGGTATATC--TCATTCTTAAGTTTTGACTTCCATGAGTTTAATATACTTTG-AATAAGAATATAATAT-----TTTAGAAAA--TCCGAATTA-T--TTAAGTTGTGTAC----CGTTTAGATATGCTGAAAAGTATTAAATA-TT-TTTGTCTATTGTCAAAGAATTGT-TCA-AC------ATATTTAATTCC-TTT-T
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTC-AATTAAAGTATAATATATATTTTTAAAAAT--TCTG-A----------AG-TGTGTACTTAGCTTTTACTAA--CTGAAATGTATTCAATGTTT-TTTACCTACTATCAATTATTTGT-T----T------GTA--------C-TTT-TGAATA-CCATAC-TTTAT-----------AAAAtcgaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                        ATTATTGTTTAG-TATATT-CTAACTCTTAAGTTAGG-CTTCCATGAATTTGATATATTTTTTAATAAGAGTATAATAT-----TTTAGAAAA--TCCG-A
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgtACATATC-CAACTCTATC--GTTTCAAGTTCCCCCATTTTCATGATATTGTATTATTGTTTTTCTG-CTTATTTTGTATGGTTTTCCATCCCA-ataat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                CTTTCAAGTTTTG-TTTCCATACTTTTGGTATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAAA--TCTG-ACTT-A--TTAAT-TG
gi|2                          :  TATTATCTGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGGCTAATTGTGTATAT-TTACTCTAAGAATCGAAAAGGTTCGATCTGTACACTTTTCAAGTTAATGTTCGTATCTTCTAATTTCCATTTAATATGAG-TTTGATTATAATGTT--TTTGTGCGTTTT-TAAT-TGGCTGTAGTATAAAAGTTTATATTAACTCATGAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------T--CATTCCTTCATTATTATC-AGCTATACTGTTTGCTTTCAATTTTTG-TTTCAACACATTTGGAATGCTTTT-ATTTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAGT--TCTG-AATT-A--TTAAA-TGAGTACTTATATTTTACAAA--TTGAAATGTAT---ATG-------GTTTATTATAAAATACTCGG-TTG-A----------ATTA------------------CATTC-GTTAA-----------AAAATAAAGC---TTAACTTTGTGGTTTTTT--TTATATTCTACTCGTTCAATCATATCTG----C------TTA-ATGTT-TCTG-----GTT-TATTTTCA---AAGTCTATACTTGACCATGATTGAAGTATTTCTA-ATAAAAATTTTGGAATCTGGTC-------ATTTTGTGTTTGGGTATAGTCATTT------GAAT-TT-TATTGAAATATTAATTGA-CA-CCTG-ATATCTTTTA-ATG-TACATT------TGTATATATGTTTCCTATT-C-CC--ATTGTT-TTCATTATCTG--ACCCGTCTTG-------CTGTTTT---TGCTTTTATAAACATGTT-TACGTTGATCAAGTTT--AGT-CATTCATTTTCGCAATCCTGTATTATAGTTTATTAA-CCAATTTTATCGTGTTTACTCTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTG-TTAATAT-TAATTGATTACGATTTTGGGTTTTCTAGGACT--------GTATATAAGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACA-TTATTTTTTCCAATAAt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                         TTATTGTC-AGCTATATTGTTTGCTTTTAATTTTTG-TCTCCATACCTTTGGAATGTTTt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                         TTATTGTC-AGCTATATTGTTTGCTTTTAATTTTTG-TCTCCATACCTTTGGAATGTTT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TT-TA---TTTT--CAATGAAAGAATTATTCCATA-TATATTGTTTTACTAAATTA-ACATCGTCAA-----TAT-TAGTGTTA---AAATTAATCTTTGACCATGATTCTATTATGT-TACATAAAAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cTA----AT-TATATATTCTTCCA-TT-CGCC--ATTATTGTTTAC-ATCTGTTAGTCGT-TCAACCCAACATGCTTTAATTGAATGTATAAAAA-GTTCTATATCTATC--ATCTTCATA-CCACCGTTGTCAATATTTTGTATTATAGTTTACCC--TTAACTTTGTTTGGTTTACCCTCCCACTAGTTTATAGTGTTTATGTTAGGTGATTCAAGCACAATTAATacgcgtttcgctgaacatagaataaccatcgaagttattctcaaagatgaagtttccgccatattttttaaactgaagacatatatataattatatattcttccattcgccattattgtttacatctgttagtcgttcaacccaacatgctttaattgaatgtataaaaagttctatatctatcatcttcataccaccgttgtcaatattttgtattatagtttacccttaactttgtttggtttaccctcccactagtttatagtgtttatgttaggtgattcaagcacaattaat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                              ctttattttcaatgaaagaattattccatatatattgttttactaaattaacatcgtcaatattagtgttaaaattaatctttgaccatgattctattatgttacataaaaaacgcgtttcgctgaacatagaataaccatcgaagttattctcaaagatgaagtttccgccatattttttaaactgaagacatatata-TTTATCTCTTTTCAAAGATTTGT-TCT-AC------ATATTCAATTTC-TTTGTGGG-A-CCAATG-CTTAT-----------AGATGAACGT---TTTCTTAT-TA---TTTC--TAATATTCGAATGACTCCGTGATATTTGTTTAT------TTATAT-TT-TC--------AA-CATTTTCGTTTGAATTAATACTTGACCATGATTGCACAACTTCTG-ATAAAAACTT-TGAATCTAGTT-------G--AAGTGCATTATTTTAGTCATTCTTGTT--AATATAGCATTCAAATATTTATTGT-CCTCCTATAT-----TTG-CTA----GTTGCCCCATGTATATATGTTTCCAATTAC-CCGTATTACT-CTGATT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aATAAGAGTTGTTCCATAATAATTGATTGT------TTA-ATGTT-TCAGTTTCTGATGTATTTTCA---AAGTTTATGCTTGACCATGATTATAATATTTCTA-ATAAAATTTTGGGAAACGGGTGTGTGTGTGTTTT-TGTTTTAATAGGGTCATTTTCATTTGAAT-GG-CATTCAGATATTGATTGT-CT------------------TA-TTTGTTA----ATATA-ATATGTTTGCAATC-A-CC--CTCATT-TTTATTATCAATTTTTCTT-TTGACCTAACCAGTCTTAATTGCTTTTATAAACATGTT-TAAATTNNNN--NNNNNNAAT-CACTCATCTgataa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                              TA-AAT--------TTTCGTTTA--AATTAATCTC-A----T-TTGTTGGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACTTTTGGTATGCTTTC-AATTA----ATAA--------TTTAAAAAA--TCTG-GTTTATTATTAAG-TGAGTAACTGGCTTTTACAAA--CTGAAAAGTTTTTAATGTTTCTTTGTCTACTATCAAATATATGTATCATACTTTATTGTAGGTGAT----TTT-TG------TGTTCTTTTATTTTTCAGACAAAAAATAAAATGAATTTAATTT-CA---TTTT--atctaaat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TTTGTCTACTAGCAAATACGTGT-TTA-AT------GTAATTGATA-CGTTT-TGAA-AGCCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TCTTATTTGTATACGAATTGTTCTATAATATCTGGTTAT------TTA-ATGCT-TCTG-----GTT-TATTTTCA---AAGTTTATATTTGACCAAGATTGTAATATTTTTA-ATAAAAATTTGGAAATCTGGTG-------GTTTT--------GTACATTCATTTTCATTTGTAT-TA-
gi|9                          :                                                                                                                                                            CGTTTTCTAGTATTGCTATGTTGTGAAA------ATGATCACATAAGTT-----GTTTGTTACATATACAATCGGCATGTTTTTATTTGTGTTTTATTATC-AGCTAAGTTGCCCGCTTTTAATTTCTG-TTTTCACTCTTGTGGTAAGCTTTC-AATTAAAATAGAATAT-----TTAAAAAGAATTCTGAATTG-T--TTGAA-TAAGTACTTAAGTTTT---AA--CTGACAAGTAagt


blockSeqs                     :     T                              GC     G     A .   C CTAAG    G       T    C      C     A               C  CTAATTTCCATT         .         A     .             C    A       A        G                    T             A    C   CGGCATGTTTT     CTTC         T  G      G  C        G     A         G     T        T                ATATT         AT    GTTTATTA      T  T    T  G          TG      A    TA    T  C                       A CTACATATTCAATTTCTTTGTGGGA                T     TTTTCAGACAA          GAA   A    G  GTT    AT T                          G  T ACTAAA   T  G  G  AGTTTCT   G        TTT        A                G     C  C          T           TGTGTGT     G   T                 G  T    ATAG    G       A     . ACCTGATATCTTTTAATGTAC       GCCCC  G                 CG   GT      G  C        T     G C   AC   A  T     A                    C  A   T   AAG   CA  TT            TG            T    T  TG           AT        A     C                         A     GCA         A  AT                  .              A                             .   T T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  .    .       G        .                    .             .    .   TTT             GTGT         .  C      G  A        G     .         A     T        .                .             .     AATTAT        .  T    T  T          .       T    TC    T  .                       . CATACTTTATTGTAGGTGATTTTTG                .     .                    .     C    .  .      .  A                          T  A .        .  A  .  TG        .        .          C                T     C  .          G           .           G   A                 A  T    TT      C       T     . CTCCTATATTTGCTA             A      G                 AC   .       .  T        T     G .   AC   A  T     A                    .  C   G   G     TC  T             CA            A    A  AA           CG        C     .                         .     AT                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                .   T               AA           .  C      G  T        G     .         T     T        .                .             .     AATTGT        .  A    C  G          .       T    TT    .  .                       . TAATGTAATTGATACGTTTTGAAAG                .     .                    .     A    .  .      .  A                          A  G .        .  G  .  AA        .        .          A                C     C  .          G           .           .   T                 A  .    GG      C       G     . TTATTT                      A      A                 C    .       .  G        .     T .   .    .  A     .                    .  T   T   A     NN  A             AT            A    A  C            TT        C     .                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                 .  C      G  T        T     .         A     A        .                .             .     ACTTA         .  A    T  A          .       A    .     .  .                       . TGTACTTTTGAATA                           .     .                    .     G    .  .      .  T                          G  A .        .  G  .  TG        .        .          G                A     T  .          .           .           .   .                 .  .    TA                                                  .      .                 A    .       .  T                                                       .  A   N   N     .   T                                                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                 .  C      G  T        T     .         C     A        .                .             .     AATTA         .  A    .  .          .       A             .                       . TGAATTA                                  .     .                               .  .      .                             .  . .        .  .  .  .         .        .          A                A     .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                 .  .      .  G        T     .         C     A        .                .             .     A             .                                           .                       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                 .  .      .  C        T     .         T     T        .                .             .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                       T     .         T     T                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   C**
originalCons                  : NTATNATCCGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGNNTAATTNTGTATNTATTANTCTAAGGATCNGAAAGGTNCGGTNTGTACANCTTTCNAGTTAATGTTCGTATNTTCTAATTTCCATNTAATATGAGGTTTGATTACNATGTTATTTTGTGCGTTTT-TAGT-TGGCTATNGTATAAAAGTTTATATGAACTCATAAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------TTTCGTTTNTTCATTATTGTC-AGCTATATTGTTCGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACNTTTGGNATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAAA--TCTG-ATTT-T--TTAAG-TGNGTACTTAGCTTTTACAAA--CTGAAANGTATTNAATGTTT-TTTGTCTACTATCAAATACTTGT-TCG-AC------GTANTTGAT--C-TTT-TGAA-A-CCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATATACGAATTGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATGTT-TCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATACTTGACCATGATTGTANTATTTCTA-ATAAAAATTTGGGAATCTGGTG-------GTTTTGTGTTTTAGTATAGTCATTTTCGTTTGAAT-TA-CATTNAAATATTAATTGT-CC-CCTA-AT-----TTA-CTA-TTCGTTA----ATGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATTATT-TTCATTATCTGTTATTCNT-TTGACCCAACCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATGTT-TANATCGATC--GTTTTCAGT-CCCCCATTTTCGCGATCTTGTATTATNGTTTNTCCG-CTAATTTTGTCNGGTTTACCNTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTGATTAAAGC-TAATTAATTNCGNNTTTGGGTTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATANGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTATTNTTTCCAATAA
finalCons                     : NTATNATCCGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGNNTAATTNTGTATNTATTANTCTAAGGATCNGAAAGGTNCGGTNTGTACANCTTTCNAGTTAATGTTCGTATNTTCTAATTTCCATNTAATATGAGGTTTGATTACNATGTTATTTTGTGCGTTTT-TAGT-TGGCTATNGTATAAAAGTTTATATGAACTCATAAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------TTTCGTTTNTTCATTATTGTC-AGCTATATTGTTCGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACNTTTGGNATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAAA--TCTG-ATTT-T--TTAAG-TGNGTACTTAGCTTTTACAAA--CTGAAANGTATTNAATGTTT-TTTGTCTACTATCAAATACTTGT-TCG-AC------GTANTTGAT--C-TTT-TGAA-A-CCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATATACGAATTGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATGTT-TCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATACTTGACCATGATTGTANTATTTCTA-ATAAAAATTTGGGAATCTGGTG-------GTTTTGTGTTTTAGTATAGTCATTTTCGTTTGAAT-TA-CATTNAAATATTAATTGT-CC-CCTA-AT-----TTA-CTA-TTCGTTA----ATGTATATATGTTTCCAATTC--CC--ATTATT-TTCATTATCTGTTATTCNT-TTGACCCAACCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATGTT-TANATCGATC--GTTTTCAGT-CCCCCATTTTCGCGATCTTGTATTATNGTTTNTCCG-CTAATTTTGTCNGGTTTACCNTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTGATTAAAGC-TAATTAATTNCGNNTTTGGGTTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATANGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTATTNTTTCCAATAA
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTATACTTTATGAAAGAATTATTCCATATGTACTTTTTTTACATGATTAATATCTTCAATATTAGAATTAGAATTCATTTTTGACCATGATTCTATTATGTTATTATGCTACATAAAACGACATTTCGCTGAACATAGAACAACCATCTTTGAAATTAAAATTACTCTCAAAGATGAAGTTTCCTCCATATTTTTCCAATGAAGACATGTATAAAAAGTATATACTTCCATTCGACATTATCAT
Unaligned ( gi|10 ): CTTTTAATGAAAGAATTATTCTAACTTCCCGGTTTATTATTTTACTAAATTAACCTCTTCAATATTAGTGTTGAAATCAATTTTTGACCATGATTCTATTATGTCACATAAAAAAGGCATTTCACTGAACATAGAATAACCATCTTTGCAATTAAAGTTATTCTCAAAAATGAAGTTTCTGCCATATTTTTCAACTGAA
Unaligned ( gi|13 ): TGTTTTATAAAATAATTATTCCACATGTACTGTTTTAGTAGATAATCATTTTGAATATTAGAGCTAAAATTAATTTTTGACCATGATTCAATTATGTTAAATAAAAACGGCGTTTCACTGAAGA
Unaligned ( gi|14 ): CGTTTGATAATTATTTTTTATGTTTGAATTATAACATAGTATTTGTTTGTTTATATTTTCAACATTTTAGTTTAAATCAATACTTGAACATGATTTTAC
Unaligned ( gi|18 ): AAATTGACATCTTCAATATTAGAGTTTAATTTCATTTTCGCCAATGATTTTATTATGTTTCATAGCACCGACGTTTC
Unaligned ( gi|19 ): TATTATTGTTTGGTATTTTCTCATTTTTAAGTTTAGACTACTATGAATGTGATATACTTGGAATATAAAT
Unaligned ( gi|20 ): CATAAGATTTTTATTTTCATGTATCAGGTCATGAAAAAGTTATTGATAACTGTTAATTCATCATC
Unaligned ( gi|23 ): TTTTAATTCCATGTAACCATGATTTGTAAAAAACAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                   1     22222                                                 444444444444         1               11            1    1                                                   1    1   44444444444                                                                                        11111               111111111                                              1                            55555555555555555555555555555555555            33333333333          111           111                                       111111            2222222            111                                                         2222222     1                             1111                  1 4444444444444444444444444   22222                    111  11                          1                                                 111                                           111                          1                               222                                33333333                                     1   1            
lowQualScore                  :     1                              22     1     1 5   1 66666    1       1    1      1     1               1  555555555555         5         1     88            3    3       1        6                    7             3    0   55555555555     7777         5  2      2  4        1     4         1     1        5     0          22222         66    888888888     5  1    1  1          99      1    99    0  5                  0    5 77777777777777777777777777777777777      6     11111111111          444   1    6  111    99 1                          5  3 999999   6  1  6  1111111   6        111        1                1     1  6          5           6666666 0   3   1 0             0 4  5    1111    1       1     0 9999999999999999999999999   00000  3  0           0  111  11      8  1  0     3  0  1 0   55 0 3  4     3                0   8  1   2   111   88  99            88  0         1    1  666          11        1     0                         7     000         1  22                  44444444       1                             5   5 1          
lowQualScore                  :     .                              ..     .     . .   . .....    .       .    .      .     .               .  ............         .         .     ..            .    .       .        .                    .             .    .   ...........     ....         .  .      .  .        .     .         .     .        .     .          .....         ..    .........     .  .    .  .          ..      .    ..    .  .                  .    . ...................................      .     ...........          ...   .    .  ...    .. .                          .  . ......   .  .  .  .......   .        ...        .                .     .  .          .           ....... .   .   . .             . .  .    ....    .       .     . .........................   .....  .  .           .  ...  ..      .  .  .     .  .  . .   .. . .  .     .                .   .  .   .   ...   ..  ..            ..  .         .    .  ...          ..        .     .                         .     ...         .  ..                  ........       .                             .   . .          
lowQualScore                  :     0                              00     0     0 5   0 55555    0       0    0      0     0               0  000000000000         0         0     55            3    3       0        7                    3             3    0   88888888888     5555         0  5      5  2        7     4         0     0        0     9          55555         99    222222222     7  0    7  0          22      0    88    6  7                  4    7 99999999999999999999999999999999999      7     77777777777          000   4    7  777    22 4                          2  7 222222   7  0  7  3333333   7        777        5                0     0  7          0           0000000 8   2   0 6             8 6  6    0000    0       2     0 8888888888888888888888888   88888  2  8           8  000  00      0  4  8     2  8  0 0   88 2 5  2     2                8   0  0   2   444   00  44            55  2         0    0  888          22        0     0                         3     777         0  00                  55555555       0                             0   5 0          
consensus                     : NTATNATCCGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGNNTAATTNTGTATNTATTANTCTAAGGATCNGAAAGGTNCGGTNTGTACANCTTTCNAGTTAATGTTCGTATNTTCTAATTTCCATNTAATATGAGGTTTGATTACNATGTTATTTTGTGCGTTTT-TAGT-TGGCTATNGTATAAAAGTTTATATGAACTCATAAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------TTTCGTTTNTTCATTATTGTC-AGCTATATTGTTCGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACNTTTGGNATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAAA--TCTG-ATTT-T--TTAAG-TGNGTACTTAGCTTTTACAAA--CTGAAANGTATTNAATGTTT-TTTGTCTACTATCAAATACTTGT-TCG-AC------GTANTTGAT--C-TTT-TGAA-A-CCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATATACGAATTGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATGTT-TCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATACTTGACCATGATTGTANTATTTCTA-ATAAAAATTTGGGAATCTGGTG-------GTTTTGTGTTTTAGTATAGTCATTTTCGTTTGAAT-TA-CATTNAAATATTAATTGT-CC-CCTA-AT-----TTA-CTA-TTCGTTA----ATGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATTATT-TTCATTATCTGTTATTCNT-TTGACCCAACCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATGTT-TANATCGATC--GTTTTCAGT-CCCCCATTTTCGCGATCTTGTATTATNGTTTNTCCG-CTAATTTTGTCNGGTTTACCNTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTGATTAAAGC-TAATTAATTNCGNNTTTGGGTTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATANGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTATTNTTTCCAATAA
Reference ( family-716 )      : NTATNATCCGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGNNTAATTNTGTATNTATTANTCTAAGGATCNGAAAGGTNCGGTNTGTACANCTTTCNAGTTAATGTTCGTATNTTCTAATTTCCATNTAATATGAGGTTTGATTACNATGTTATTTTGTGCGTTTT-TAGT-TGGCTATNGTATAAAAGTTTATATGAACTCATAAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------TTTCGTTTNTTCATTATTGTC-AGCTATATTGTTCGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACNTTTGGNATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAAA--TCTG-ATTT-T--TTAAG-TGNGTACTTAGCTTTTACAAA--CTGAAANGTATTNAATGTTT-TTTGTCTACTATCAAATACTTGT-TCG-AC------GTANTTGAT--C-TTT-TGAA-A-CCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATATACGAATTGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATGTT-TCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATACTTGACCATGATTGTANTATTTCTA-ATAAAAATTTGGGAATCTGGTG-------GTTTTGTGTTTTAGTATAGTCATTTTCGTTTGAAT-TA-CATTNAAATATTAATTGT-CC-CCTA-AT-----TTA-CTA-TTCGTTA----ATGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATTATT-TTCATTATCTGTTATTCNT-TTGACCCAACCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATGTT-TANATCGATC--GTTTTCAGT-CCCCCATTTTCGCGATCTTGTATTATNGTTTNTCCG-CTAATTTTGTCNGGTTTACCNTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTGATTAAAGC-TAATTAATTNCGNNTTTGGGTTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATANGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTATTNTTTCCAATAA
gi|1                          :  TATAATTCGCATTATATATTTGTATTGAAAAGCGCGTAATTTTGTATCTATTAGT-----GATCTGAAAGGTACGGTGTGTACAACTTTCCAGTTAATGTTCGTATGTT-----------GTAATATGAGGTTTGATTACCATATTATTTTGTGTGTTTT-TAGT-TGTCTATTGTATAAACGTTTATTTGGACTGTTAAGGTTTCGGATTTGTTGC-AATA-AAT--------T--CGTTTCTTCATTATTATC-AGCTTTATTGTTTGATTTCAGGTTTTG-TTTCCACACCGTTGTGATGCTTTC-AAATAAAGTATAATAT-----GTTAAAAAA--TCTG-ATTT-T--TTAAG-TATGTACTTAGCTTTAACATA--TTGGAAGGTATAGAATGTTT-TTTGTCTATCATCAAATACTTGT-TTG-AT------GTACTTGGTACC-TTT-TGAA-AGCCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TTTT--TTATGTACGAGTTGTTCCATAATATCTGGTTGT------TTA-ATGCT-TCTG-----GAT-TATTTTCA---AAGTTTATCTTTGACCAAGATTGTAATATTTCTA-ATAAAAATATGGGAATCTGGTG-------ATTTTATGTTTTAGTATATTCATTTTCATTTGAAT-TA-CATTGAAATATTAATTGTCCC-CCTA-AT-----TTATCTAGTTTGTTA----ATGTATATATGTTTCCAATT-C-CC--ATCATT-TTCATTATCTATTATTCTT-TTAAGCCATCCCGTTTTAATTGCTTTTATAAACATATT-TACATCGATC--TTTTTCAGA-CCCCCATTTTCGTAGTCTTGTATTATTGTTTTTTCGACTAATTTTGTCAGGTTTACCATCCCA-TAAATAATCGTATATACTTTTATTGATTAAA-C-TAATTAATTCTGTATTTGGATTTTCTAGGACTGTAAGAGGGTATATACGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACAGTTA-TATTTCCAATAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                         gTATTGTT-TGGTATATC--TCATTCTTAAGTTTTGACTTCCATGAGTTTAATATACTTTG-AATAAGAATATAATAT-----TTTAGAAAA--TCCGAATTA-T--TTAAGTTGTGTAC----CGTTTAGATATGCTGAAAAGTATTAAATA-TT-TTTGTCTATTGTCAAAGAATTGT-TCA-AC------ATATTTAATTCC-TTT-T
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTC-AATTAAAGTATAATATATATTTTTAAAAAT--TCTG-A----------AG-TGTGTACTTAGCTTTTACTAA--CTGAAATGTATTCAATGTTT-TTTACCTACTATCAATTATTTGT-T----T------GTA--------C-TTT-TGAATA-CCATAC-TTTAT-----------AAAAtcgaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                        ATTATTGTTTAG-TATATT-CTAACTCTTAAGTTAGG-CTTCCATGAATTTGATATATTTTTTAATAAGAGTATAATAT-----TTTAGAAAA--TCCG-A
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgtACATATC-CAACTCTATC--GTTTCAAGTTCCCCCATTTTCATGATATTGTATTATTGTTTTTCTG-CTTATTTTGTATGGTTTTCCATCCCA-ataat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                CTTTCAAGTTTTG-TTTCCATACTTTTGGTATGCTTTC-AATTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAAA--TCTG-ACTT-A--TTAAT-TG
gi|2                          :  TATTATCTGCATCATATATTTGTACTGAAAAGCGGCTAATTGTGTATAT-TTACTCTAAGAATCGAAAAGGTTCGATCTGTACACTTTTCAAGTTAATGTTCGTATCTTCTAATTTCCATTTAATATGAG-TTTGATTATAATGTT--TTTGTGCGTTTT-TAAT-TGGCTGTAGTATAAAAGTTTATATTAACTCATGAGTTTTCGGATTTGTTGC-TATA-AAT--------T--CATTCCTTCATTATTATC-AGCTATACTGTTTGCTTTCAATTTTTG-TTTCAACACATTTGGAATGCTTTT-ATTTAAAGTATAATAT-----TTTAAAAGT--TCTG-AATT-A--TTAAA-TGAGTACTTATATTTTACAAA--TTGAAATGTAT---ATG-------GTTTATTATAAAATACTCGG-TTG-A----------ATTA------------------CATTC-GTTAA-----------AAAATAAAGC---TTAACTTTGTGGTTTTTT--TTATATTCTACTCGTTCAATCATATCTG----C------TTA-ATGTT-TCTG-----GTT-TATTTTCA---AAGTCTATACTTGACCATGATTGAAGTATTTCTA-ATAAAAATTTTGGAATCTGGTC-------ATTTTGTGTTTGGGTATAGTCATTT------GAAT-TT-TATTGAAATATTAATTGA-CA-CCTG-ATATCTTTTA-ATG-TACATT------TGTATATATGTTTCCTATT-C-CC--ATTGTT-TTCATTATCTG--ACCCGTCTTG-------CTGTTTT---TGCTTTTATAAACATGTT-TACGTTGATCAAGTTT--AGT-CATTCATTTTCGCAATCCTGTATTATAGTTTATTAA-CCAATTTTATCGTGTTTACTCTCCCA-TAAATAATCGTATTTACTTTTATTG-TTAATAT-TAATTGATTACGATTTTGGGTTTTCTAGGACT--------GTATATAAGTTTTGGTAATGCAAATGTTTTGATAACA-TTATTTTTTCCAATAAt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                         TTATTGTC-AGCTATATTGTTTGCTTTTAATTTTTG-TCTCCATACCTTTGGAATGTTTt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                         TTATTGTC-AGCTATATTGTTTGCTTTTAATTTTTG-TCTCCATACCTTTGGAATGTTT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TT-TA---TTTT--CAATGAAAGAATTATTCCATA-TATATTGTTTTACTAAATTA-ACATCGTCAA-----TAT-TAGTGTTA---AAATTAATCTTTGACCATGATTCTATTATGT-TACATAAAAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cTA----AT-TATATATTCTTCCA-TT-CGCC--ATTATTGTTTAC-ATCTGTTAGTCGT-TCAACCCAACATGCTTTAATTGAATGTATAAAAA-GTTCTATATCTATC--ATCTTCATA-CCACCGTTGTCAATATTTTGTATTATAGTTTACCC--TTAACTTTGTTTGGTTTACCCTCCCACTAGTTTATAGTGTTTATGTTAGGTGATTCAAGCACAATTAATacgcgtttcgctgaacatagaataaccatcgaagttattctcaaagatgaagtttccgccatattttttaaactgaagacatatatataattatatattcttccattcgccattattgtttacatctgttagtcgttcaacccaacatgctttaattgaatgtataaaaagttctatatctatcatcttcataccaccgttgtcaatattttgtattatagtttacccttaactttgtttggtttaccctcccactagtttatagtgtttatgttaggtgattcaagcacaattaat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                              ctttattttcaatgaaagaattattccatatatattgttttactaaattaacatcgtcaatattagtgttaaaattaatctttgaccatgattctattatgttacataaaaaacgcgtttcgctgaacatagaataaccatcgaagttattctcaaagatgaagtttccgccatattttttaaactgaagacatatata-TTTATCTCTTTTCAAAGATTTGT-TCT-AC------ATATTCAATTTC-TTTGTGGG-A-CCAATG-CTTAT-----------AGATGAACGT---TTTCTTAT-TA---TTTC--TAATATTCGAATGACTCCGTGATATTTGTTTAT------TTATAT-TT-TC--------AA-CATTTTCGTTTGAATTAATACTTGACCATGATTGCACAACTTCTG-ATAAAAACTT-TGAATCTAGTT-------G--AAGTGCATTATTTTAGTCATTCTTGTT--AATATAGCATTCAAATATTTATTGT-CCTCCTATAT-----TTG-CTA----GTTGCCCCATGTATATATGTTTCCAATTAC-CCGTATTACT-CTGATT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aATAAGAGTTGTTCCATAATAATTGATTGT------TTA-ATGTT-TCAGTTTCTGATGTATTTTCA---AAGTTTATGCTTGACCATGATTATAATATTTCTA-ATAAAATTTTGGGAAACGGGTGTGTGTGTGTTTT-TGTTTTAATAGGGTCATTTTCATTTGAAT-GG-CATTCAGATATTGATTGT-CT------------------TA-TTTGTTA----ATATA-ATATGTTTGCAATC-A-CC--CTCATT-TTTATTATCAATTTTTCTT-TTGACCTAACCAGTCTTAATTGCTTTTATAAACATGTT-TAAATTNNNN--NNNNNNAAT-CACTCATCTgataa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                              TA-AAT--------TTTCGTTTA--AATTAATCTC-A----T-TTGTTGGCTTTCAATTTTTG-TTTCCACACTTTTGGTATGCTTTC-AATTA----ATAA--------TTTAAAAAA--TCTG-GTTTATTATTAAG-TGAGTAACTGGCTTTTACAAA--CTGAAAAGTTTTTAATGTTTCTTTGTCTACTATCAAATATATGTATCATACTTTATTGTAGGTGAT----TTT-TG------TGTTCTTTTATTTTTCAGACAAAAAATAAAATGAATTTAATTT-CA---TTTT--atctaaat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TTTGTCTACTAGCAAATACGTGT-TTA-AT------GTAATTGATA-CGTTT-TGAA-AGCCATTC-TTTAT-----------AAAATAAAGT---TTTGTTTT-TG---TCTTATTTGTATACGAATTGTTCTATAATATCTGGTTAT------TTA-ATGCT-TCTG-----GTT-TATTTTCA---AAGTTTATATTTGACCAAGATTGTAATATTTTTA-ATAAAAATTTGGAAATCTGGTG-------GTTTT--------GTACATTCATTTTCATTTGTAT-TA-
gi|9                          :                                                                                                                                                            CGTTTTCTAGTATTGCTATGTTGTGAAA------ATGATCACATAAGTT-----GTTTGTTACATATACAATCGGCATGTTTTTATTTGTGTTTTATTATC-AGCTAAGTTGCCCGCTTTTAATTTCTG-TTTTCACTCTTGTGGTAAGCTTTC-AATTAAAATAGAATAT-----TTAAAAAGAATTCTGAATTG-T--TTGAA-TAAGTACTTAAGTTTT---AA--CTGACAAGTAagt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTATACTTTATGAAAGAATTATTCCATATGTACTTTTTTTACATGATTAATATCTTCAATATTAGAATTAGAATTCATTTTTGACCATGATTCTATTATGTTATTATGCTACATAAAACGACATTTCGCTGAACATAGAACAACCATCTTTGAAATTAAAATTACTCTCAAAGATGAAGTTTCCTCCATATTTTTCCAATGAAGACATGTATAAAAAGTATATACTTCCATTCGACATTATCAT
Unaligned ( gi|10 ): CTTTTAATGAAAGAATTATTCTAACTTCCCGGTTTATTATTTTACTAAATTAACCTCTTCAATATTAGTGTTGAAATCAATTTTTGACCATGATTCTATTATGTCACATAAAAAAGGCATTTCACTGAACATAGAATAACCATCTTTGCAATTAAAGTTATTCTCAAAAATGAAGTTTCTGCCATATTTTTCAACTGAA
Unaligned ( gi|13 ): TGTTTTATAAAATAATTATTCCACATGTACTGTTTTAGTAGATAATCATTTTGAATATTAGAGCTAAAATTAATTTTTGACCATGATTCAATTATGTTAAATAAAAACGGCGTTTCACTGAAGA
Unaligned ( gi|14 ): CGTTTGATAATTATTTTTTATGTTTGAATTATAACATAGTATTTGTTTGTTTATATTTTCAACATTTTAGTTTAAATCAATACTTGAACATGATTTTAC
Unaligned ( gi|18 ): AAATTGACATCTTCAATATTAGAGTTTAATTTCATTTTCGCCAATGATTTTATTATGTTTCATAGCACCGACGTTTC
Unaligned ( gi|19 ): TATTATTGTTTGGTATTTTCTCATTTTTAAGTTTAGACTACTATGAATGTGATATACTTGGAATATAAAT
Unaligned ( gi|20 ): CATAAGATTTTTATTTTCATGTATCAGGTCATGAAAAAGTTATTGATAACTGTTAATTCATCATC
Unaligned ( gi|23 ): TTTTAATTCCATGTAACCATGATTTGTAAAAAACAAA