lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 11 444444444444444444444 1111111 222222222
lowQualScore : 0 44 3 33 66 2222 1 33333 333333 1 55 1 11 999999999 11 33 1 5555 1 1 2222 33 222 22 22 9 22 6666 22 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 666666 8888 44 333 666666 555 4 22 22 55555 2222 333 0 4 00 0 2 55 6666 0 2 0 66666 888888888888888888888 1111111 2 0 777777777 3 4 2
lowQualScore : . .. . .. .. .... . ..... ...... . .. . .. ......... .. .. . .... . . .... .. ... .. .. . .. .... .. ..................................................................................................................................... . ...... .... .. ... ...... ... . .. .. ..... .... ... . . .. . . .. .... . . . ..... ..................... ....... . . ......... . . .
lowQualScore : 5 44 7 11 99 8888 3 33333 888888 3 22 3 88 999999999 77 55 3 8888 4 4 3333 33 444 00 11 1 22 1111 33 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 888888 2222 99 777 111111 555 9 99 99 33333 1111 777 6 4 11 6 2 55 3333 6 5 1 22222 999999999999999999999 8888888 6 2 555555555 6 4 2
consensus : TACTATACTGGCATGTTAAGATT-TACAACT----TTTA-TATTAACAAGT-----GCA------TTCAGACTA-TN-TT-T--A-T-------ATA--T--T-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--C-GTTCACAATA--A---TG--A-AATTT--CT---T--TT--CTA---A-AT--A--A-----T-------------AA-GNTA-----T--------A---A-A--------A--AAT-AAAGC-NA-------AAAAA---AACAA--CA-----------------A---AACAAACAACA------TAAT---AA-TTATTTGTTTGTTTTGCA---TTC------TA--CTNA--TATA--T-----TTACTTTCTTTTAAT---TA---AGCAATGTCACAATGTGTTATATAAATA-ATAAATA-C-CTTTATGTATAAA-ATGAAAAA-----TAAGT--G-----TTAT-----G--TAG-------AGTGTANAGAAA-----GNGTA-GTAGATAAGAG
Reference ( gi|6 ) : TACTATACTAACATGTTGAGATT-TACAACT----TTTA-TATTAACAAGT-----ACA------TTCAGACTA-TT-TT-T--A-A-------ATA--T--T-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--T-GTTCACAATA--A---TG--A-AACTT--CT---T--TT--CTA---A-AG--A--A-----T-------------AA-GATA-----T--------A---A-A--------A--AAT-AAAGC-CA-------AAAAA---AACCC--CA-----------------A---AACAAACAACA------TAAT---AA-TTATTTGTTTGTTTTGCA---TTC------TA--CTAA--TATA--T-----TTACTTTCTTTTAAT---GA---AACAATGCCACAATGTGCTATATAAATA-ATAAATA-T-TTTTATGTATAAA-ATGAAAAA-----TAAG---------TTAA-----A--TAG-------AGTGTAAAAATA-----GAGTA-GTAGATAAAAGT
gi|1 : TACTATATTGACATGTTGAAATT-TACAACT----TAT--TATTAACAAGT-----ACA------TTCAGACTA-TC-TT-T--A-T-------ATA--T--T-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--T-GTTCACAATA--A---TG--A-AAATT--CT---T--T---CTA---A-AT--A--A-----T-------------AA-GTTT-----TTT------A---A-A--------A--AA--ACAGT--A-------AAAAATTCAACAA--CA-----------------AGCAAACAAACATTA------TAGT---AA-TTATTTGTTTGTTTTGTA---TTC------TA--CTTA--TATA--T-----TTACTTTCTTTTAAT---GA---AACAATGCTACAATGTGTTATATAAATA-ATACATA-T-TTTTATGTATTAA-ATGAAAAA-----TAAGTTCGC----TTAA-----A--TAG-------AGTGTAAAGAAA-----GAGTT-GTAGATAAA
gi|15 : TACTATACTGACATGTTAAAATT-TACAACT----TTTA-TATTAACAAGT-----ACA------TTCAGACTA-CT-TT-T--A-T-------ATA--T--T-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--T-GTTCACAATA--A---TG--A-ACTTT--CT---T--TT--T-----A-AT--A--A-----T-------------AA-GTTA-----TTA------A---A-A--------A--AAC-ACAGC------------AAA---AACTCAACAAC---------------A---AACAAACAACA------TAGT---AA-TTATTTGTTTGTTTTGCA---TTC------TA--CTTA--TATA--T-----TTACATTCTTTTAAT---GA---GACAATGTCACAATGTGTTAAATAAATA-ATACATA-T-TTCTATGTATAAA-ATGAAAAA-----TAAG---------TTgtaggagggttaagataaagaaaagaagaaattaacact
gi|13 : ttaTACTATGCTGACATGTTGAGATT-AACAACT----TTTG-TATTAACAAGT-----ATA------TTCAGACTA-TC-TT-T--A-T-------ATA--T--T-CTTATAATGATTATT--G-A-AA-C--T-GTTCACAGTA--A---TG--A-AAATT--C----T--TT--CTA---A-AT--A--A-----TTTAGA--------AA-GTTA-----T--------A---A-AAAAAAACGA--AAC-AAAGCACA-------AAAAA---AACAA--CAGCAAAAAAATCAACAACA---AACAAACAACATACCGGTAGT---AA-TTATTTGTTTGTTTTGCA---TTC------TA--CTTA--TATA--T-----TTACTTTCTTTAAAT---GA---AATAATGCCACAATGTTTTATATAAATA-ATAAATA-cgc
gi|7 : TACTATACTTGCATGTTAATATT-TACAACT----TTTA-TATTA-CAAGT-----ACA------TTCAGATTA-TT-TT----A-T-------ATA--T--T-CTAACAATAACTATT--G-A-AG-T--T-GTTTTCAATA--A---TG--A-AATTT--CT---T---T--CGA---A--------A-----T-------------AA-TGTT-----T--------A---A-----------------------------------------ATC---------------------------ATAAACAA-A------TAAT---A-------TGTTTGTTTTGCA---TTC------TT--CTAA--TATA--T-----TTACTTTCTTTTAAT---TA---AACAATGTCACAATGTGTTATATAAATA-ATTAATA-C-CTTTTTGTATAAA-ATAAAGAA-----TAAGTTGGT----TTAT-----G--TAG-------AGGGTACAAA-A-----CCGTA-GTAG-TAAGAG
gi|24 : taTACTATACTGACATGTTGAAATT-TACAACT----TTTA-TAATAACAAGT-----ACA------TTCAGACTA-TC-TT-T--A-T-------ATA--T--T-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--T-GTTCACAATA--A---TG--A-AATTT--C----T--TT--CT----A-AT--A--A-----T-------------TA-GTTATTAATT--------A---A-A--------A--ACTCACAGC-AA-------AAAAATC-AACAA--C------------------A---AATAAACAACA------TAGT---AA-TTATTTGTTTGTTTTGCA---TTC------TA--CTTA--TATA--T-----TTACTTTCTTTatgggaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|20 : aTACTATACTGACATGTTGAGATT-TACAACT----TTTA-TAATAGCAAGT-----ACA------TTCAGACTA-TC-TT-T--A-T-------ATA--T--T-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--T-GTTCACAATA--A---TG--A-AATTT--C----T--TT--CT----A-AT--A--A-----T-------------AA-GTTA-----TTAATTAAAA---A-A--------A--AAC-ACAGC-AA-------AAAAATC-AACAA--C------------------A---AACAAACAACA------TAGT---AA-TTATTTG
gi|4 : ttaTACTATACTTGCATGTTAATATT-TACAACT----TTTA-TATTA-CAAGT-----ACA------TTCAGATTA-TT-TT----A-T-------ATA--T--T-CTAAC----AATA---------A-C--T-ATT--------------G--A-AG-TT--GT---T--TT--C-----A-AT--A--A-----T-------------GA-AATT-----T--------CTTTC-G--------A--AAT-AATGT-TT-------AGA---------T--CA-----------------------TAAACAA--------TAAT---A-------TGTTTGTTTTGCA---TTC------TA--CTTA--TATA--T-----TTACTTTCTTTTAAT---TA---AACAATGTCACAATGTGTTATATAAATA-ATTAATA-C-CTTTTTGTATAAA-ATAAAGAA-----TTAGTTGGT----TTAT-----G--TAG-------AGGGTACAAA-A-----CCGTA-GTAG-TAAGAGagacaatgccacaatgtgttaaatagataatatatatttctatttgtaaaatgaaaaataagttcgctta
gi|19 : aTACTATAATGGCATGTTAAAATT-TACAACT----TGTA-TATAAACAAGT-----ATA------TTCAGACTATTT-TT-T--A-T-------ATA--T-----TAACAATAATTATT--G-A-AG-T--T-GTTCACAATA--A---TG----AACTT---T---T--TT--CTA---A-TC--A--A-----TTTTTTTTAATTTAAA-GTTA-----T--------A---A-A--------A--AAT-atgggagtaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|16 : taTATA-TGGCATGCTAAGATG-T------------TA-TACTCAAAAGT-----ATA------TTCAGGTTA-TT-TTAT--A-T-------ATA--G--T-CTGATAATAAACATT--G-A-AA------ACTCACAATA--A---TA--A-GATTT--CT---T--AG--TTA---ATAGTTT--T-----T-------------AA-AATA-----T--------A---A-G--------A--AAT-Agtttgtttgttttgcattctacttatatatttattttcttttaattaaacaaggtctcactgtgatagtgatagtaaataagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|34 : taTATACCGACATGCTAAGATT-TACATAT----TTTA-TATTAACATAT-----ATA------TTCAGACTA-TT-TT-T--A-T-------ACA--T--C-CTAACAATAACTATC--GAA-AA-C--A-GTTCGCAATA--A---TG--A-AAtctgtttgttttgcattcttctaatatatttactttcttttaattaagcaatgtcacaatgtgttatattaattaatacttttatgtatataattgaaaataagtttatgtagaatgtgcgaaagagtagtagataagagaagggagttaagataaaga
gi|14 : tTATACCGGCATGCTAAGATC-TACATCT----TTAA-TATCAACAAGT-----ATA------TTCAGACTA-TT-GC-T--A-T-------ATA--C--T-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--T-TTT--CAATA--A---TG--A-CATTT--CC---T--Tgg
gi|26 : taTATA-TGGCATGCTAAGATT-T------------TA-TATTAGTAATT-----GTA------TTCAGACTA-TT-T-------A-------ATA--TAGT-CCAATAATAAAGATT--GAA-AA-T--T-TTTCACATTA--A---TA--A-AATTT--CTTAAT--TT--ATA---A-TT--T--T-----T-------------AA-AATA-----T--------A---A-A--------A--AAT-Aataccggtacataattttttaattttaaattataaaattatttgtttgttttacattatattcttttatgtttactttctttaaattaagcaatatcacaatgtgttatagataattaatacctttatgtatgaaataaacaagtcgttattttatgtagaatgtaaagaaagggtagtatat
gi|11 : aataTATGCTACCATGCTTAAGTT-TACAATTAACGTTGA-TATCAACAAAT-----ATA------TTCAGACTT-TG-TT-T--A-GTTTGTTTATA--TCTT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--T-GGTCACAATAATA---TG--A-AATTtttgtttgttttgcattcttctaatatattgactttctgttaattaatcaatgtcacaatgtg
gi|3 : attaTATATTAGCATGCTAAGATA-TATAACT----TTTA-TATTAACAAGT-----GTA------TTAAGGCTA-AG-TC-T--A-T-------ATA--T--T-CTTACAATAATTATT--G-T-AG-C--A-CTTTACAAGA--G---TG--A-AAGTG--CT---T--Taataaagtattactttgcttagcaatgttcttaatatatatttactactttcttttaattaaacattgtcacaatgtcgtatataaatatttacttttcatgtatcaatgaaacataagatggttcacttagacagtaaagaaagtgtgaaatgtagtagataagggatgggaga
gi|33 : aTATACTGGCATGCTAAGATC-TACAACT----TCTA-TACTAAAAAGT-----ATA------TTTAGACT--TA-TT-C--A-T-------ATA--T--T-CTAACAAataaatcatttttaatctggactgtataaataatttgtttgttttgcattctataaatacattaattttgcttccatctagatttagcattgtcacaatatgttatatacatattaaatacctctatgtatgaaatgagaaatatgtttgtttatatagacagaagaggaaggttagaagataagataaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|21 : TAGCATACTAAGATA-T-CTATT----TTT--TATTAACAAGTGCCTAACAAGTGCTTTCAGATT---------------------ATA--T--T-TCAAAAATATATAAT--A-A-AA-T--C-GTTCACAATA--A---TG--A-TATTG--CT---T--TT--TTA---A-AT--A--ATT---T-------------AA-AATA-----T--------G---ACA--------AT-AAT-AAatgcattcttgtttttaaatgtattcaggaacttcattgaaat
gi|25 : tagcaacacattattcataacacaataataagtataagAGCATGTTAATACT-T-----T----TTTA-CA--AACAGGT-----GGT------TTCGGGCT--TG-TT-T--ATA-------AC---T--T-CTAACGGTAACTATT--A-A-AA-A--TCATTCGTAATA--A---TG--A-TACTA--CT---T--TT--T-------AG--A--A-----T-------------TA-TTTA-----T--------A---A-cattatttgtttgtaacgtttgttatattacacaatatatacatgtatctttatatatagaatagagacattacaagtattgtat
gi|37 : ACATGTTAAGATG-TACA--T----TTTAACATTAA---GT-----GCC------TTCAGAC-A-TTGTT-C--A-T-------ATA--T--T-CTAATGATATATATT--G-A-AA-C--C-GTTTACAAGAT-A---TG--A-tctgaacataatcacattattcgtctgttatacaaacactttctaagcttactttttacaactaagtgttttcaataattgaaaaataaaaaa
gi|36 : CATGTTAAGATG-TACA-CG----TGTA-TATTAGCAAGT-----GCC------TTCAGACTA-TG-TA-T--A-A-------ATA--tg
gi|38 : gCATGTTAACATG-TACA--T----TTTA-TATTAATAAGT-----GTC------TTCATACTA-TG-TT-T--A-T-------ATA--T--CACTAAaagacattaaagtcgtaaagaggaaaacatttgacacttt
gi|8 : gTGTTAAGATG-TACATTT----TTTA-TATTAACAAGT-----GCC------TTTATACTA-TA-TT-T--A-T-------ATA--T--T-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--C-GTTCACAATA--A---CG--A-TATATGACA---T--TT---TA---A-AT--ACTA-----T-------------AG-AATA-----T------------G-A--------A--AAT-AAAaacttt
gi|12 : GTTAAGATG-TACA-TT----TTTA-TATTAACAAAT-----GTC------TTCATACTA-TG-TT-T--A-T-------ATA--T--T-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--A-GTTCACAATA--A---TG--A-TATGA--CT---T--TT--TGA---A-TG--G--T-----T-------------AATAATA-----T------------G-A--------A--AAT-AAtacatcgtttaagtgatacatatacaacttataagtttactatttatagctaagtgtactcacaatgtgtaatataaatgtatgtatgtataacataagaaataagattgtgtatgtagagagttaagaaggaatatagtataaagaaagttttagtgttaaagaggaaacgtacttgacactct
gi|22 : GTTAATATG-TACAACT----TT-A-TATTAACAAGT-----GCC------TTCAAACTA-TG-TT-T--A-T-------ATA--T--T-CTAACAATAAATATT--A-A-AG-C--C-GTTCGCAATA--A---TGCTATGACTT--TT---T------------A-AG-----------T-------------AG-TTTA-----T--------------------------AAT-A-----TG-------AAAAT---AATC----------------------------------ACA------T--T---AT-TTGTTTGTTAGAT----A---TAC------TA--CTTA--TACG--T-----TGATTTTGTATTACT----A---AGTGTTGTCACAATGTGAATTATAAA-A-AAAAATG-A-CTGTATGCATAA----CAGAAA-----TAAG---------TTtcatagtatgtgtttgttacctatacaactgataagttaactatttagaactaagtgttgaaatgtctgtatgtataacataagcaataagtttgcgtgtgaagagattagagaagagatattataacgaaagacgttaaagtgatagagagaagaagtactggacactcta
gi|29 : TTAAGATTATATAATT----TGTT-CAATGACAAGT-----GCA------TTCAGACAA-TT-TT-TTTA-T-------ATA--T--T--TAACGATACATGTG--A-A-AA-C--C-GTTCACAATA--A---TG--A-TA-TA--TT---T--TT--ATA---A-AT--A--A-----tgtgtatgtagaca
gi|2 : tcaaaAAATG-TACA-TT----TTTA-TATCAACACGT-----GCA------TTCAGAGTA-TG-TT-T--A-T-------TCA--T--T-TTAACAATAAATTTT--A-A-AA-C--A-GTTAAAAAAA--AAAGTG--A-TA-TT--AC---T--TT--CTA---A-AT--A--GTT---T-------------AG-AATA-----T--------G---A-A--------ATTAAT-CACAT-TATTTGTGTGATAA---TGC---------------------------AACAAACAG-A------TAATGTGAA--TA---------TTCGCA-----C------AA--CTTA--TAAG--C-----TTACTTT-TTATATC---TA---AGCGCTGTCACAATGTGTAATATAAATA-TGAAATG-C-CTGTATGTATAAC-ATAAGAAA-----TAAG---------TTattgaaatctcaacagtcaattatttgtttattt
gi|10 : T-TACATAT----TTTA-TA--AACAGGC-----GTG------CTCAGACTA-TG-TG-T--A-G-------ATA--T--G-TTAACGTTAAATATTAAA-A-AA-CAAT-TTTTACGATA--A---TG--C-TATTT--AT---T--TT---TA---A-tgtgtttgtggagtagagaatgaatctcataaagaaagacgttaccatggtaacaaagaggagtacttgacattctt
gi|5 : ATT----TTTA-TACTAGCAAGT-----GCC------TTCAGATAA-TG-TT-T--A-T-------ATA--T--T-ACAACAATAAATATT--A-A-AA-C--C-GCTCACAATA--A---TG--A-TATTA--CTA--T--TTAACTAGTTA-AG--A--A-----T-------------AT-G-----------------------A--------A--AAT-AAtagtttaacatctgaacataatcacattatttgttttgttatacatacttgtgcaacttataagcttaagttttataaacgtgtgttgtcacagtgtataatatagatatgtaatacccgtatgcatataacaagaaataagtcggtacatgtggagagcagagatgagaaagtaggtaaaagaaaacagttattgtaaagtgg
gi|17 : acATT----TTTA-TA--AGCCGGT-----GTA------TTCAGACT------T-T--A-ATT-----ATAACT--T-CTAACGATAAATATT--GAA-AA-C--C-GTTTGTAATA--A---Ttcccattatttgtttgttacatacataacgtataacgtataagtttactttttataacttagtgttgtcacagcgtatatatatgtgtgtgtatatgaaaaaagcccaaatgtaaaatataagaataagctggtgtatgtagagaatagagaagggatagcataaagaaaaacgttagagtgataaagaggagaagtacttggcactc
gi|9 : gcT----TTTA-TATTAATAAGT-----ATA------TTCAGATCA--T-TT-T--A-T-------ATA--G--T-CCAATAATAAACATT--G-ATAA-C--T-TTTCACAATA--A---TA--A-AATTT--CT---TAATT--T-------AT--A--ATTTTTT-------------AA-AATA-----T--------A---A-A--------A--AAT-Atatatcactgtttaaatagtttataatctgaacatttccgcagtatttatttgttatacatacagctgataagcttacgttttatgcatttatgccacaatgtgtaatgcaaatatgaaatgcctgtatgtgtagaataagaaatacgttatacggtgtatgtagagagaagaagaaaagggacagtagataagagaaaa
gi|18 : acatatggcatgcttaga----TTTA-TATTAACAAGT-----TTA------TTCAGACTA-TT-TT-T--A-T-------ATA--T--T-TTAACAATAAATATT--GAA-AA-C--T-GTTCTAAATA--A---TG--A-AATTT--Ctatgtttgttttgcattcttctaatatatttactttcttttaattaagcaatgtcacaatgtgttatattaattattactgttatgtataaaatggaaaataagttagcttatgtagaatgtaaagaaagggtagtagataagagaagggagttaggataaagagaagaaggaacttaacac
gi|28 : ACTA-TT-TT-T--A-T-------ATA--T--T-CTAAAAATGAATATT--G-A-AA-C--T-GTTCACAATA--A---T-----AATTT--C----C--TT--CTT---A-AT--A--A-----T-------------AA-GTAA-----T--------A---A-A--------A--AAC-AAAGC-CA-------AAACA---Aggtattgataatttttaattttaaaattacttgtttgtcttgtattcttctgatatatcatctttctatcaatcaagctatgtcacagtgtgttaaataaatataacgtttaggtataaaataaaaaataagtcagtttatgtagaatgtaaagaaaatgcagtagataaagagaagaagaaact
gi|31 : aactattatactat-------ATA--T--T-CTATTAAACAACATT--G-A-AAAC--T-GTTCACAATA--A---TG--A-AATTT--CT---T--Tcatgtatgatatttattgcatgtgttatatatatagtat
gi|9 : tAATA------TAAA---AA-ATATATGTTTGTTTTGCA---TTC------TT--CTAA--TATA--T-----TTACTTTCTTTTAAT---TA---AGCAATGTCACAATGTGTTATAT---TA-ATTATTA-C-TGTTATGTATAAA-ATGGAAAA-----TAAG---------TTAGCTTATG--TAG-------AATGTAAAGAAA-----GGGTA-GTAGATAAGAGatgatttttatatttaaaaattatttgtttgttttgcgttcttctaaaatatttactttcttttaattaagttg
gi|16 : acatatggcatgcttagattttatattaataagtatattcagatcattttatatagtccaataataaacattgataacttttcacaataataaaatttcttaatttataattttttaaAATA------TAAG---AA-ATATCTGTTTGTTTTGCA---TTC------TT--CTAA--TATA--T-----TTACTTTCTTTTAAT---TA---AGCAATGTCACAATGTGTTATAT---TA-ATTAATA-C-TTTTATGTATATA-ATTGAAAA-----TAAGT--------TTAT-----G--TAG-------AATGTGCGAA-A-----GAGTA-GTAGATAAGAGaagggagttaggataaagagaagaaggaacttaacac
gi|26 : tatatatggcatgctaagatgttatactcaaaagtatattcaggttattttatatatagtctgataataaacattgaaaactcacaataataagatttcttagttaatagtttttaaAATA------TAAA---AA-ATATTTGTTTGTTTTGCA---TTC------TT--CTAA--TATA--T-----TGACTTTCTGTTAAT---TA---ATCAATGTCACAATGTGaagggagttaagataaaga
gi|19 : aatatatatggcatgctaagattttatattagtaattgtattcagactatttaatatagtccaataataaagattgaaaatttttcacattaataaaatttcttaatttataatttttaaA------TAAA---AA-ATGTTTGTTTGTTTTGCA---TTC------TA--CTTA--TATA--T-----TTATTTTCTTTTAAT---TA---AACAAGGTCTCACTGTG--ATAGTGATA-GTAAATA-
gi|14 : tatactataatggcatgttaaaatttacaacttgtatataaacaagtatattcagactattttttatatattaacaataattattgaagttgttcacaataatgaacttttttctaatcaattttttttaatttaaagttA------TAA----AA-TTATTTGTTTGTTTTACA---TTA------TATTCTTT--TATG--T-----TTACTTTCTTTAAAT---TA---AGCAATATCACAATGTGT--TATAGATA-ATTAATA-C-CTTTATGTATGAA-ATAAACAAGTCGTTATT---------TTAT-----G--TAG-------AATGTAAAGAAA-----GGGTA-GTATATagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|18 : tatataccggcatgctaagatctacatctttaatatcaacaagtatattcagactattgctatatactcttacaatgaatattgaaacttttcaataatgacatttccttataccggtacataattttttaattttaaatt------TAA----AA-TTACTTGTTTGTCTTGTA---TTC------TT--CTGA--TATA--T-----CATCTTTCTATCAAT---CA---AGCTATGTCACAGTGTGTTAAATAAAT--ATA---A-C-GTTTAGGTATAAA-ATAAAAAA-----TAAGTCAGT----TTAT-----G--TAG-------AATGTAAAGAAA-----ATGCA-GTAGATAAA
gi|11 : tttatattaacaagtttattcagactatttttatatattttaacaataaatattgaaaactgttctaaataatgaaatttcggtattgataatttttaattt------TAAT---AAAGTATTACTTTGCTTAGCAATGTTC------T----TAA--TATA--TATTTACTACTTTCTTTTAAT---TA---AACATTGTCACAATGTCGTATATAAATA-TT---TACT-TTTCATGTAT-CA-ATGAAACA-----TAAGATGGTTCACTTAG-----A--CAGTAAAGAAAGTGT-GAAAT--------GTA-GTAGATAAgagaagaagaaact
gi|31 : attatatgctaccatgcttaagtttacaattaacgttgatatcaacaaatatattcagactttgtttagtttgtttatatcttctaacaataaatattgaaactggtcacaataatatgaaat------TAAA---AA-TTATTTGTTTGTTTTGCG---TTC------TT--CTAA--AATA--T-----TTACTTTCTTTTAAT---TA---Agggatgggaga
gi|3 : tatattctattaaacaacattgaaaactgttcacaataatgaaatttctttatgatttttatatt---AA-TAATTTGTTTGTTTTGCA---TTC------TA--TAAA--TACA--T-----TAATTTTGCTTCCATCTAGATTTAGCATTGTCACAATATGTTATATACATA-TTAAATA-C-CTCTATGTATGAA-ATGAGAAA-----TATGTTTGT----TTAT-----A--TAG-------ACAGAAGAGGAA-----GGTTA-GAAGATAAGgttg
gi|5 : atatattagcatgctaagatatataacttttatattaacaagtgtattaaggctaagtctatatattcttacaataattattgtagcactttacaagagtgaaagtgctttataaatcatttttaatctggactgtataA-TTATTTGTTTG--TTACA---TACATAACGTA---TAACGTATAAGT-----TTACTTT-TTATAAC---TT---AGTGTTGTCACAGCG---TATAT----------ATA-T-GTGTGTGTAT----ATGAAAA-------AAGC--------CCAA-----ATGTAA-------AATATAAGAATAAGCTGGTGTATGTAGAGAATAGtaaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|17 : acatttttatactagcaagtgccttcagataatgtttatatattacaacaataaatattaaaaccgctcacaataatgatattactatttaactagttaagaatatgaaaataatcccTATTTATTTGTTATACA---TAC------AG--CTGA--TAAG--C-----TTACGTTTT----AT---GC---ATTTATGCCACAATGTGTAATGCAAATA-TGAAATG-C-CTGTATGTGTAGA-ATAAGAAA-----TACG---------TT-------A--TAC-------GGTGTATGTAGA-----GAGAA-GAAG--AAAAGagaagggatagcataaagaaaaacgttagagtgataaagaggagaagtacttggcactc
gi|20 : gcatttttataagccggtgtattcagactttaattataacttctaacgataaatattgaaaaccgtttgtaataattatatcactgtttaaatagtttataatctgaacatttccgcagT---GA---GACAATGCCACAATGTGTTAAATAGATA-ATATATA-T-TTCTATTTGTAAA-ATGAAAAA-----TAAG---------TTggacagtagataagagaaaa
gi|30 : ttatactatactgacatgttgagatttacaacttttataatagcaagtacattcagactatctttatatattcttataatgaatatttaaactgttcacaataatgaaatttctttctaataataagttattaattaaaaaaaaacacagcaaaaaaatcaacaacaaacaaacaacatagtaattattCAATG--ACAATGTGTGGTATAAATATGT-AATA-TCTTTTATGTCTAAATTTAAAAAA-----TAAG---------TTcgctta
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): AAGTTTTATATCTCATTACACAAACACGAAAATAGCAATACATTGTTCGTAACACAGCAATGATCTATCGCATGTTTAGACGTGCATTTGTATATCAACAAATGCCTCCAGTCTAAATCGTTCACAATAATTATGTTTCGTGGCGGAGTTTAGAATATGAAACTAATCACATTATTTATATATTACATATTAAACTCATAACCTTACTTTACAATGTATTTCAAAATGTGTACTATAAA
Unaligned ( gi|27 ): TTTTATAATTAAGTGTTTTCATAATGTGTAATATAAATATAAAATGCATGTATGTATACTATAAGAAAAAAGCTTGTGTATGTAGAGAGTAAAGAAGGGATAGTATAAAGAAAGACGTTTTATTGGTAAAGAGGAAACGTACTTGACACTC
Unaligned ( gi|32 ): TATGTTCTGTATCTCTTTTCCTTTTCCACATAACGCATATAAATAAGTAGCAACACATTGTTCATAACACAATAATAAGGACCAGTAGCATGCAAGGATGTGTATTTTTATATTAA
Unaligned ( gi|35 ): ATATTTTATTTCTCATTATACACATACACGTATGAAAATAAGTTAGTTTATGTAGAATGTAAAAAAAGGGTAGTTATGTTAAAGAGAAGAAGAAATGTAACAC
Unaligned ( gi|39 ): AACAAAACAGAGTTCGTAACACAATGATAAAGACC
Alignments
lowQualScore : 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 66666666666666666 11111111
lowQualScore : 2 1 22 77 2222 1 333333 222 333333 222 6 1 22 1 6666 1 1 444 33 222 1 22 7777 44 666 222 3333 5555555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 55555555 1 7777777 1 22 22 333 5555 1 000000000 2 44444 333 2 1 1 333 333 7777777777 22 4444 0 55 1 0 1 2 2 4 4444 11111111111111111 88 33 2 33 11111111 2 2
lowQualScore : . . .. .. .... . ...... ... ...... ... . . .. . .... . . ... .. ... . .. .... .. ... ... .... ....... ........................................................................................................... . ........ . ....... . .. .. ... .... . ......... . ..... ... . . . ... ... .......... .. .... . .. . . . . . . .... ................. .. .. . .. ........ . .
lowQualScore : 2 5 77 33 7777 2 666666 222 555555 111 2 2 99 2 6666 3 3 111 22 333 3 00 5555 22 000 999 5555 4444444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 77777777 9 0000000 7 55 55 222 7777 8 111111111 8 55555 222 7 7 7 000 000 6666666666 44 5555 9 22 8 1 8 0 0 7 2222 11111111111111111 11 44 4 44 66666666 7 7
consensus : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CT---T--TTCTAA---A----T-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------A---A-A--------A--AAT-AAAGC-NA-------AAAA--A--AACAACA--A---AA---------------CA-AACAACA------T-AATA--A-TTATTTG-TTT--GTTT--TGCA---T----T-CT------A--CTTATATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATTAAG-CG---ATGT---CACA----------ATGTG--T---TATATAAATAATA-AATA-CCTNT-ATGTATAAA-ATGAAAAATAA----G--T------G-----T-TATGTAGAGNGTA-AAGA-AA--G-------NGTAGTAG-AT-AAGAG
Reference ( family-715 ) : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CT---T--TTCTAA---A----T-------AA-----T-----AAGNTA-----T--------A---A-A--------A--AAT-AAAGC-NA-------AAAA--A--AACAACA--A---AA---------------CA-AACAACA------T-AATA--A-TTATTTG-TTT--GTTT--TGCA---T----T-CT------A--CTNATATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATTAAG-CA---ATGT---CACA----------ATGTG--T---TATATAAATAATA-AATA-CCTTT-ATGTATAAA-ATGAAAAATAA----G--T------G-----T-TATGTAGAGTGTA-NAGA-AA--G-------NGTAGTAG-AT-AAGAG
gi|1 : TACTATATTGACATG-TTGAAATT-TACAACT----TAT--T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAAATT--CT---T--T-CTAA---A----T-------AA-----T-----AAGTTT-----TTT------A---A-A--------A--AA--ACAGT-AA-------AAAATTC--AACAACA--AGCAAA---------------CA-AACATTA------T-AGTA--A-TTATTTG-TTT--GTTT--TGTA---T----T-CT------A--CTTATATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATGAAA-CA---ATGC---TACA----------ATGTG--T---TATATAAATAATA-CATA-TTTTT-ATGTATTAA-ATGAAAAATAA----G--TTC----GC----T-TAAATAGAGTGTA-AAGA-AA--G-------AGTTGTAG-AT-AA
gi|10 : T-TACATAT----TTTA-T------A-----AACAGGCGTGCTCAGACT------A---TGTG-T--AGATATG-TTAACGTTAAATATTAAA-A-AA-CAATTTTTACGATA--A---TGCTATTT--AT---T--TT------------T-------AA-----T-----AGTTT-------------------------------------------------------------AACATCT--G---AA---------------CATAATCACA----------------TTATTTGTTTT--GTTA--TACA---T----A-CTTGTGCAA--CTTATAAGCT-----TAAG---TT-TTATA-AACGTG-TG---TTGT---CACA----------GTGTA--T---AATATAGAT-ATGTAATA-CCCGT-ATGCATATA-ACAAGAAATAA----G--TCG----G-----TACATGTGGAGAGCA-GAGATGA--G-------AA-AGTAG-GT-AAAAGagtaggagggttaagataaagaaaagaagaaattaacact
gi|11 : TATGCTACCATGCTTAAG-TT-TACAATTAACGTTGA-T------AT---CAACAAATATATTCAGACTTTGTTTAGTTTGTT-T--ATATCTT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--TGGTCACAATAATA---TGAAATTaaaacagttattgtaaagtgg
gi|11 : atta------T-AATA--AAGTATTAC-TTT--GCTT--AGCAATGT----T-CTT-----A--AT-ATATATT-----TACTACTTTCTTTTA-ATTAAA-CA---TTGT---CACA----------ATGTC--G---TATATAAATATT----TA-CTTTTCATGTAT-CA-ATGAAACATAA----GA-T------GGT---T-CACTTAGACAGTA-AAGA-AA--GTGTGAAATGTAGTAG-AT-AAGGGaataaagtattactttgcttagcaatgttcttaatatatatttactactttcttttaattaaacattgtcacaatgtcgtatataaatatttacttttcatgtatcaatgaaacataagatggttcacttagacagtaaagaaagtgtgaaatgtagtagataagggatgggaga
gi|12 : attatatgctaccatgcttaagtttacaattaacgttgatatcaacaaatatattcagactttgtttagtttgtttatatcttctaacaataaatattgaaactggtcacaataatatgaaatG-TTAAGATG-TACA-TT----TTTA-T------AT---TAACAAATGTCTTCATACT------A---TGTT-T--ATATATT-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--AGTTCACAATA--A---TGATATGA--CT---T--TT-TGA---ATGGTT-------AA-----T-----AA--TA-----T------------G-A--------A--AAT-AAatgggaga
gi|13 : TACTATGCTGACATG-TTGAGATT-AACAACT----TTTG-T------AT---TAACAAGTATATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGATTATT--G-A-AA-C--TGTTCACAGTA--A---TGAAAATT--C----T--TTCTAA---A----T-------AA-----TTTAGAAAGTTA-----T--------A---A-AAAAAAACGA--AAC-AAAGCACA-------AAAA--A--AACAACAGCA---AAAAAATCAACAACAAACA-AACAACATACCGGT-AGTA--A-TTATTTG-TTT--GTTT--TGCA---T----T-CT------A--CTTATATATT-----TACT---TTCTTTAA-ATGAAA-TA---ATGC---CACA----------ATGTT--T---TATATAAATAATA-AATA-tcatagtatgtgtttgttacctatacaactgataagttaactatttagaactaagtgttgaaatgtctgtatgtataacataagcaataagtttgcgtgtgaagagattagagaagagatattataacgaaagacgttaaagtgatagagagaagaagtactggacactcta
gi|14 : TATACCGGCATG-CTAAGATC-TACATCT----TTAA-T------AT---CAACAAGTATATTCAGACT------A---TTGC-T--ATATACT-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--TTTT--CAATA--A---TGACATTT--CC---T--T
gi|14 : taA------T-AA-A--A-TTATTTG-TTT--GTTT--TACA---T----T-AT------ATTCTTTTATGTT-----TACT---TTCTTTAA-ATTAAG-CA---ATAT---CACA----------ATGTG--T-----TATAGATAATT-AATA-CCTTT-ATGTATGAA-AT---AAACAA----G--TC-----GTTATTT-TATGTAGAATGTA-AAGA-AA--G-------GGTAGTAT-AT-ataccggtacataattttttaattttaaattataaaattatttgtttgttttacattatattcttttatgtttactttctttaaattaagcaatatcacaatgtgttatagataattaatacctttatgtatgaaataaacaagtcgttattttatgtagaatgtaaagaaagggtagtatat
gi|15 : tatataccggcatgctaagatctacatctttaatatcaacaagtatattcagactattgctatatactcttacaatgaatattgaaacttttcaataatgacatttccttataccggtacataattttttaattttaaattTACTATACTGACATG-TTAAAATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---CTTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAACTTT--CT---T--TTT--A---A----T-------AA-----T-----AAGTTA-----TTA------A---A-A--------A--AAC-ACAGC-AA-------AAACT-C--AACAAC---A---AA---------------CA-AACAACA------T-AGTA--A-TTATTTG-TTT--GTTT--TGCA---T----T-CT------A--CTTATATATT-----TACA---TTCTTTTA-ATGAGA-CA---ATGT---CACA----------ATGTG--T---TAAATAAATAATA-CATA-TTTCT-ATGTATAAA-ATGAAAAATAA----G--T------
gi|16 : ttaTATA-TGGCATG-CTAAGATG-T------------TA-T------AC---TCAAAAGTATATTCAGGTT------A---TTTTAT--ATATAGT-CTGATAATAAACATT--G-A-AA-A--C--TCACAATA--A---TAAGATTT--CT---TAGTT---A---A----T-------AGTTTT-T-----AAAATA-----T--------A---A-G--------A--AAT-Atcgc
gi|16 : taAATA------T-AAGA--A-ATATCTG-TTT--GTTT--TGCA---T----T-CT------T--CTAATATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATTAAG-CA---ATGT---CACA----------ATGTG--T---TATAT---TAATT-AATA-CTTTT-ATGTATATA-ATTGAAAATAA----G--T------------T-TATGTAGAATGTG-C-GA-AA--G-------AGTAGTAG-AT-AAGAGtctgtttgttttgcattcttctaatatatttactttcttttaattaagcaatgtcacaatgtgttatattaattaatacttttatgtatataattgaaaataagtttatgtagaatgtgcgaaagagtagtagataagagaagggagttaagataaaga
gi|17 : tatatatggcatgctaagatgttatactcaaaagtatattcaggttattttatatatagtctgataataaacattgaaaactcacaataataagatttcttagttaatagtttttaaATT----TTTA-T------A-----AGCCGGTGTATTCAGACT------T---TAAT-T--ATAACTT-CTAACGATAAATATT--GAA-AA-C--CGTTTGTAATA--A---TTATATCA--CT---G--TT-TAA---A----T-------AG-----T--------TTA-----T--------A---A-aagggagttaagataaaga
gi|17 : gcTATTTA-TTT--GTTA--TACA---T----A-CA------G--CTGATAAGCT-----TACG---TT--------TTATG-CATTTATGC---CACA----------ATGTG--T---AATGCAAATATGA-AATG-CCTGT-ATGTGTAGA-ATAAGAAATAC----G--TTATACGG-----TGTATGTAGAGAGAAGAAGA-AAAGG-------GACAGTAG-AT-AAGAGtctgaacatttccgcagtatttatttgttatacatacagctgataagcttacgttttatgcatttatgccacaatgtgtaatgcaaatatgaaatgcctgtatgtgtagaataagaaatacgttatacggtgtatgtagagagaagaagaaaagggacagtagataagagaaaa
gi|18 : gcatttttataagccggtgtattcagactttaattataacttctaacgataaatattgaaaaccgtttgtaataattatatcactgtttaaatagtttataatctgaacatttccgcag----TTTA-T------AT---TAACAAGTTTATTCAGACT------A---TTTT-T--ATATATT-TTAACAATAAATATT--GAA-AA-C--TGTTCTAAATA--A---TGAAATTT--Caaaa
gi|18 : ------T-AA-A--A-TTACTTG-TTT--GTCT--TGTA---T----T-CT------T--CTGATATATC-----ATCT---TTCTATCA-ATCAAG-CT---ATGT---CACA----------GTGTG--T---TAAATAAAT-ATA----A-CGTTT-AGGTATAAA-ATAAAAAATAA----G--TCA----GT----T-TATGTAGAATGTA-AAGA-AA--A-------TGCAGTAG-ATAAAGAGggtattgataatttttaattttaaaattacttgtttgtcttgtattcttctgatatatcatctttctatcaatcaagctatgtcacagtgtgttaaataaatataacgtttaggtataaaataaaaaataagtcagtttatgtagaatgtaaagaaaatgcagtagataaagagaagaagaaact
gi|19 : tttatattaacaagtttattcagactatttttatatattttaacaataaatattgaaaactgttctaaataatgaaatttcggtattgataatttttaatttTACTATAATGGCATG-TTAAAATT-TACAACT----TGTA-T------AT---AAACAAGTATATTCAGACT------A---TTTT-TT-ATATATT---AACAATAATTATT--G-A-AG-T--TGTTCACAATA--A---TGAACTTT-------T--TTCTAATCAA----TTTTTTTTAA-----TTTA--AAGTTA-----T--------A---A-A--------A--AAT-aagaagaaact
gi|19 : taA------T-AAAA--A-ATGTTTG-TTT--GTTT--TGCA---T----T-CT------A--CTTATATATT-----TATT---TTCTTTTA-ATTAAA-CA---AGGT---CTCA----------CTGTG-------ATAGTGATAGTA-AATA-gtttgtttgttttgcattctacttatatatttattttcttttaattaaacaaggtctcactgtgatagtgatagtaaataagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|2 : tatactataatggcatgttaaaatttacaacttgtatataaacaagtatattcagactattttttatatattaacaataattattgaagttgttcacaataatgaacttttttctaatcaattttttttaatttaaagttAAATG-TACA-TT----TTTA-T------AT---CAACACGTGCATTCAGAGT------A---TGTT-T--ATTCATT-TTAACAATAAATTTT--A-A-AA-C--AGTTAAAAAAA--AAAGTGATATTA--C----T--TTCTAA---A----T-------AGTT---T-----AGAATA-----T--------G---A-A--------ATTAAT-CACAT-TATTTGTGTGATA--A--TGCAAC---A---AA---------------CA-GATAATG------TGAATA-------------------TT--CGCA----------CA------A--CTTATAAGCT-----TACT---TT-TTATA-TCTAAG-CG---CTGT---CACA----------ATGTG--T---AATATAAATATGA-AATG-CCTGT-ATGTATAAC-ATAAGAAATAAGTTTG--T------G-----T-T-TGTGGA--GTA-GAGA-Aagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|20 : TACTATACTGACATG-TTGAGATT-TACAACT----TTTA-T------AA---TAGCAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--C----T--TTCT-A---A----T-------AA-----T-----AAGTTA-----TTAATTAAAA---A-A--------A--AAC-ACAGC-AA-------AAAA--ATCAACAAC---A---AA---------------CA-AACAACA------T-AGTA--A-TTATTTG-tgaatctcataaagaaagacgttaccatggtaacaaagaggagtacttgacattctt
gi|20 : ttaTTA-TTTGAGACA---ATGC---CACA----------ATGTG--T---TAAATAGATAATA-TATA-TTTCT-ATTTGTAAA-ATGAAAAATAA----G--T------agacaatgccacaatgtgttaaatagataatatatatttctatttgtaaaatgaaaaataagttcgctta
gi|21 : ttatactatactgacatgttgagatttacaacttttataatagcaagtacattcagactatctttatatattcttataatgaatatttaaactgttcacaataatgaaatttctttctaataataagttattaattaaaaaaaaacacagcaaaaaaatcaacaacaaacaaacaacatagtaaTAGCATA-CTAAGATA-TCTATTT----TTTA-TTAACAAGTGCCTAACAAGTGCTTTCAGA---------------T-T--ATAT-TT-C-AAAAATATATAAT--A-A-AA-T--CGTTCACAATA--A---TGATATTG--CT---T--TTTTAA---A----T-------AATT---T-----AAAATA-----T--------G---ACA--------AT-AAT-AAtcgctta
gi|22 : tagcaacacattattcataacacaataataagtataagG-TTAATATG-TACAACT----TT-A-T------AT---TAACAAGTGCCTTCAAACT------A---TGTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--A-A-AG-C--CGTTCGCAATA--A---TGCTATGA--CT---T--TT-TAA---G----T-------AG-----T--------TTA-----T--------A------------------AT-A-----TG-------AAAA--T--AATCACA-------------------------------------------------TTATTTG-TTT--GTTA--GATA---T----A-CT------A--CTTATACGTT-----GATT---TTGTATT--ACTAAG-TG---TTGT---CACA----------ATGTGAAT---TATA-AAA-AA-A-AATG-ACTGT-ATGCATAA----CAGAAATAA----GTTT------G-----TGTATGTAGAcattatttgtttgtaacgtttgttatattacacaatatatacatgtatctttatatatagaatagagacattacaagtattgtat
gi|23 : GCATG-TTTAGACG-TGC-ATT----TGTA-T------AT---CAACAAATGCCTCCAGTCT------A---AAT--------CGTT-C--ACAATAATTATca
gi|24 : aagttttatatctcattacacaaacacgaaaatagcaatacattgttcgtaacacagcaatgatctatcTACTATACTGACATG-TTGAAATT-TACAACT----TTTA-T------AA---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--C----T--TTCT-A---A----T-------AA-----T-----TAGTTATTAATT--------A---A-A--------A--ACTCACAGC-AA-------AAAA--ATCAACAAC---A---AA---------------TA-AACAACA------T-AGTA--A-TTATTTG-TTT--GTTT--TGCA---T----T-CT------A--CTTATATATT-----TACT---TTCTTTgtttcgtggcggagtttagaatatgaaactaatcacattatttatatattacatattaaactcataaccttactttacaatgtatttcaaaatgtgtactataaa
gi|25 : aGCATG-TTAATACT-T-----T----TTTA-C------A-----AACAGGTGGTTTCGGGCT----------TGTT-T--ATAACTT-CTAACGGTAACTATTA-A-A-AA-T--CATTCGTAATA--A---TGATACTA--CT---T--TTTAGA---A----T-------TA-----T--------TTA-----T--------A---A-
gi|26 : aTATA-TGGCATG-CTAAGATT-T------------TA-T------AT---TAGTAATTGTATTCAGACT------A---T-TT-A--ATATAGT-CCAATAATAAAGATT--GAA-AA-T--TTTTCACATTA--A---TAAAATTT--CTTAAT--TTATAA---T----T-------TT-----T-----AAAATA-----T--------A---A-A--------A--AAT-Atctgaacataatcacattattcgtctgttatacaaacactttctaagcttactttttacaactaagtgttttcaataattgaaaaataaaaaa
gi|26 : aataAATA------T-AAAA--A-ATATTTG-TTT--GTTT--TGCA---T----T-CT------T--CTAATATATT-----GACT---TTCTGTTA-ATTAAT-CA---ATGT---CACA----------ATGTG--tttgtttgttttgcattcttctaatatattgactttctgttaattaatcaatgtcacaatgtg
gi|27 : aatatatatggcatgctaagattttatattagtaattgtattcagactatttaatatagtccaataataaagattgaaaatttttcacattaataaaatttcttaatttataatttttaaTTTTATA-ATTAAG-TG---TTTT---CATA----------ATGTG--T---AATATAAATATAA-AATG-CATGT-ATGTATACT-ATAAGAAAAAA----GCTT------G-----TGTATGTAGAGAGTA-AAGA-AG--G-------GATAGTAT-A--AAGA
gi|28 : ACT------A---TTTT-T--ATATATT-CTAAAAATGAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---T--AATTT--C----C--TTCTTA---A----T-------AA-----T-----AAGTAA-----T--------A---A-A--------A--AAC-AAAGC-C-----------A--A--AACAACA--aagacgttttattggtaaagaggaaacgtacttgacactc
gi|29 : aactattatactat-TTAAGATTATATAATT----TGTT-C------AA---TGACAAGTGCATTCAGACA------A---TTTT-TTTATATATT--TAACGATACATGTG--A-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGATATAT---T---T--TTATAA---A----T-------AA-----tgtatgatatttattgcatgtgttatatatatagtat
gi|3 : tcaaaTATATTAGCATG-CTAAGATA-TATAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGTATTAAGGCT------A---AGTC-T--ATATATT-CTTACAATAATTATT--G-T-AG-C--ACTTTACAAGA--G---TGAAAGTG--C----T--TTATAA---A----T-------CA-----T-----attgaaatctcaacagtcaattatttgtttattt
gi|3 : aA--A-TAATTTG-TTT--GTTT--TGCA---T----T-CT------A--TAAATACATTAATTTTGCT---TCCATCTAGATTTAG-CA---TTGT---CACA----------ATATG--T---TATATACATATTA-AATA-CCTCT-ATGTATGAA-ATGAGAAATAT----GTTT------GT----T-TATATAGACAGAA-GAGG-AA--G-------GTTAGAAG-AT-AAGAttttaatctggactgtataaataatttgtttgttttgcattctataaatacattaattttgcttccatctagatttagcattgtcacaatatgttatatacatattaaatacctctatgtatgaaatgagaaatatgtttgtttatatagacagaagaggaaggttagaagataagataaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|30 : atatattagcatgctaagatatataacttttatattaacaagtgtattaaggctaagtctatatattcttacaataattattgtagcactttacaagagtgaaagtgctttataaatcatttttaatctggactgtata-CA---ATG-----ACA----------ATGTG--T---GGTATAAAT-ATGTAATATCTTTT-ATGTCTAAATTTAAAAAATAA----G--TTCAC--GTGGT-T-TATGTAGAAAGTA-AAGA-AG--GT------TGTAGTtaaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|31 : tttattTATATT-CTATTAAACAACATT--G-A-AAAC--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CT---T--Tttaaaaaggaagttataatgatgagaagaagaactg
gi|31 : ------T-AAAA--A-TTATTTG-TTT--GTTT--TGCG---T----T-CT------T--CTAAAATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATTAAG-atgatttttatatttaaaaattatttgtttgttttgcgttcttctaaaatatttactttcttttaattaagttg
gi|33 : tatattctattaaacaacattgaaaactgttcacaataatgaaatttctttatgatttttatattTATACTGGCATG-CTAAGATC-TACAACT----TCTA-T------AC---TAAAAAGTATATTTAGACT----------TATT-C--ATATATT-CTAACAAttg
gi|34 : TATACCGACATG-CTAAGATT-TACATAT----TTTA-T------AT---TAACATATATATTCAGACT------A---TTTT-T--ATACATC-CTAACAATAACTATC--GAA-AA-C--AGTTCGCAATA--A---TGAAAatgcattcttgtttttaaatgtattcaggaacttcattgaaat
gi|36 : tGCATG-TTAAGATG-TACA-CG----TGTA-T------AT---TAGCAAGTGCCTTCAGACT------A---TG---T--ATA-------AATAA-AGACATT--A-A-AG-T--CGTgg
gi|37 : CATG-TTAAGATG-TACA--T----TTTAAC------AT---TAA---GTGCCTTCAGACA------T---TGTT-C--ATATATT-CTAATGATATATATT--G-A-AA-C--CGTTTACAAGAT-A---TGAaaagaggaaaacatttgacacttt
gi|38 : aGCATG-TTAACATG-TACA--T----TTTA-T------AT---TAATAAGTGTCTTCATACT------A---TGTT-T--ATATATCACTAAtg
gi|4 : TACTATACTTGCATG-TTAATATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TA-CAAGTACATTCAGATT------A---T-TT-T--ATATATT-CTAAC----AATA-------------------ACTAT-------TGAAGTTG---T---T--TTC--A---A----T-------AA-----T-----GAAATT-----T--------CTTTC-G--------A--AAT-AATGT-TT-------AGAT----------CA-----------------------TA-AACAA--------T-AATA---------TG-TTT--GTTT--TGCA---T----T-CT------A--CTTATATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATTAAA-CA---ATGT---CACA----------ATGTG--T---TATATAAATAATT-AATA-CCTTT-TTGTATAAA-ATAAAGAATTA----GT-T------GGT---T-TATGTAGAGGGTA-CA-A-AA--C-------CGTAGTAG--T-AAGAGaacttt
gi|5 : aATT----TTTA-T------AC---TAGCAAGTGCCTTCAGATA------A---TGTT-T--ATATATT-ACAACAATAAATATT--A-A-AA-C--CGCTCACAATA--A---TGATATTA--CT---A--TT------------T-------AA-----C-----TAGTTA--------------------A--------G--AAT-A-----TG-------AAAA---------------------------------------------------T-AATCCCA-TTATTTG-TTT--GTTACATACA---TAACGT-AT------AA-CGTATAAGTT-----TACT---TT-TTATA-ACTTAG-TG---TTGT---CACAGCGTATATATATGTG--TGTGTATATGAA----A-AAAG-CCCAA-ATGTAAAAT-AT-AAGAATAA----G--CTG----G-----TGTATGTAGAGAATA-GAGA-AG--G-------GATAGCAT-A--AAGAatgggagtaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|6 : acTACTATACTAACATG-TTGAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TTTT-T--AAATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAACTT--CT---T--TTCTAA---A----G-------AA-----T-----AAGATA-----T--------A---A-A--------A--AAT-AAAGC-CA-------AAAA--A--AACCCCA--A---AA---------------CA-AACAACA------T-AATA--A-TTATTTG-TTT--GTTT--TGCA---T----T-CT------A--CTAATATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATGAAA-CA---ATGC---CACA----------ATGTG--C---TATATAAATAATA-AATA-TTTTT-ATGTATAAA-ATGAAAAATAA--------------G-----T-TAAATAGAGTGTA-AAAA-TA--G-------AGTAGTAG-AT-AAAAGaaaacgttagagtgataaagaggagaagtacttggcactc
gi|7 : TACTATACTTGCATG-TTAATATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TA-CAAGTACATTCAGATT------A---T-TT-T--ATATATT-CTAACAATAACTATT--G-A-AG-T--TGTTTTCAATA--A---TGAAATTT--CT---T--T-CGAA---A----T-------AA-----T-------GTT-----------------------------------T-AAATC---------------------------------A---------------TA-AACAA-A------T-AATA---------TG-TTT--GTTT--TGCA---T----T-CT------T--CTAATATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATTAAA-CA---ATGT---CACA----------ATGTG--T---TATATAAATAATT-AATA-CCTTT-TTGTATAAA-ATAAAGAATAA----GT-T------GGT---T-TATGTAGAGGGTA-CA-A-AA--C-------CGTAGTAG--T-AAGAGt
gi|8 : taTG-TTAAGATG-TACATTT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCCTTTATACT------A---TATT-T--ATATATT-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--CGTTCACAATA--A---CGATATATGACA---T--TT-TAA---A----T-------A---------------CTA-----T--------A---G-A--------A--TAT-GA-------------------------------A---AA---------------TA-AATA-CA------T--------------CG-TTTAAGTGA--TACA---TA---TACA------A--CTTATAAGTT-----TACT---AT-TTATA-GCTAAG-------TGTACTCACA----------ATGTG--T---AATATAAATG------TA---TGT-ATGTATAAC-ATAAGAAATAA----GATT------G-----TGTATGTAGAGAGTT-AAGA-AG--G-------AATA-TAGTAT-AAatgggaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|9 : ATA-TGGCATG-CTTAGATT-T------------TA-T------AT---TAATAAGTATATTCAGATC------A---T-TT-T--ATATAGT-CCAATAATAAACATT--G-ATAA-C--TTTTCACAATA--A---TAAAATTT--CT---TAATTT------A----T-------AATTTTTT-----AAAATA-----T--------A---A-A--------A--AAT-Aagaaagttttagtgttaaagaggaaacgtacttgacactct
gi|9 : acAATA------T-AAAA--A-ATATATG-TTT--GTTT--TGCA---T----T-CT------T--CTAATATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATTAAG-CA---ATGT---CACA----------ATGTG--T---TATAT---TAATT-ATTA-CTGTT-ATGTATAAA-ATGGAAAATAA----G--TTA----GC----T-TATGTAGAATGTA-AAGA-AA--G-------GGTAGTAG-AT-AAGAGtatgtttgttttgcattcttctaatatatttactttcttttaattaagcaatgtcacaatgtgttatattaattattactgttatgtataaaatggaaaataagttagcttatgtagaatgtaaagaaagggtagtagataagagaagggagttaggataaagagaagaaggaacttaacac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TATGTTCTGTATCTCTTTTCCTTTTCCACATAACGCATATAAATAAGTAGCAACACATTGTTCATAACACAATAATAAGGACCAGTAGCATGCAAGGATGTGTATTTTTATATTAA
Unaligned ( gi|35 ): ATATTTTATTTCTCATTATACACATACACGTATGAAAATAAGTTAGTTTATGTAGAATGTAAAAAAAGGGTAGTTATGTTAAAGAGAAGAAGAAATGTAACAC
Unaligned ( gi|39 ): AACAAAACAGAGTTCGTAACACAATGATAAAGACC
Alignments
lowQualScore : 1111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555555555555555555 11111111
lowQualScore : 2 1 22 66 2222 1 333333 222 5 1 33 1 5555 1 1 444 33 222 0 22 4444 22 4444 333 5555555 44444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 2 88888888888 1 6666 22 3 1 22 3333 999999999 1 333 22 22 44444 333 22 1 1 1 1 44 7777777777 22 4444 1 333 0 1 1 1 88 4444 333333333333333333 2 22 2 2 33 11111111 2
lowQualScore : . . .. .. .... . ...... ... . . .. . .... . . ... .. ... . .. .... .. .... ... ....... ..... .............................................................................................. . . ........... . .... .. . . .. .... ......... . ... .. .. ..... ... .. . . . . .. .......... .. .... . ... . . . . .. .... .................. . .. . . .. ........ .
lowQualScore : 2 5 11 88 7777 3 666666 222 9 2 00 2 8888 3 3 222 33 444 8 11 2222 22 6666 000 7777777 33333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 5 99999999999 9 8888 55 6 7 55 9999 555555555 5 222 55 55 55555 222 44 7 7 7 7 33 6666666666 44 5555 8 777 9 0 9 9 77 0000 111111111111111111 1 77 2 2 22 00000000 9
consensus : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-TATTAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CT---T--TTCTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------A-AAAAA--------T-AAAGCN-AAAAA--A--A-----------ACAAC----G-------------AACA-AAC-AACA---------TA-AT---A--A-TTATTTG-TTTGTTT--TGCAT----TCT------A--CTTA---TA--TA--TT-----TACT---TTC--T-TTTA-AT-TAAG-CG-ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATA-A-ATACCTNT-ATGTAT-AAAAT-GAAAAATAA----G--T-------G-----T-T-ATGTAGAGNGTA-AAGA-AA--G-------GGTAGTAGAT-AAGAG
Reference ( family-715 ) : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-TATTAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CT---T--TTCTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------A-AAAAA--------T-AAAGCN-AAAAA--A--A-----------ACAACA---A-------------AACA-AAC-AACA---------TA-AT---A--A-TTATTTG-TTTGTTT--TGCAT----TCT------A--CTTA---TA--TA--TT-----TACT---TTC--T-TTTA-AT-TAAG-CG-ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATA-A-ATACCTNT-ATGTAT-AAAAT-GAAAAATAA----G--T-------G-----T-T-ATGTAGAGNGTA-AAGA-AA--G-------NGTAGTAGAT-AAGAG
gi|1 : TACTATATTGACATG-TTGAAATT-TACAACT----TAT--TATTAACAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAAATT--CT---T--T-CTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTT-----TTT------A-AAAAA----------ACAGTA-AAAAATTC--A-----------ACAACA---AGCA----------AACA-AAC-ATTA---------TA-GT---A--A-TTATTTG-TTTGTTT--TGTAT----TCT------A--CTTA---TA--TA--TT-----TACT---TTC--T-TTTA-AT-GAAA-CA-ATGCTACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATA-C-ATATTTTT-ATGTAT-TAAAT-GAAAAATAA----G--TTC-----GC----T-T-AAATAGAGTGTA-AAGA-AA--G-------AGTTGTAGAT-AA
gi|10 : T-TACATAT----TTTA-TA--AACAGGCGTGCTCAGACT------A---TGTG-T--AGATATG-TTAACGTTAAATATTAAA-A-AA-CAATTTTTACGATA--A---TGCTATTT--AT---T--TT--------T-------AA-----T-----AGTTT-------------------------------------------------A-----------ACATCT---G-------------AACATAAT-CAC---------------------A-TTATTTGTTTTGTTA--TACAT----ACTTGTGCAA--CTTA---TA--AG--CT-----TAAG---TT---T-TATA-AA-CGTG-TG-TTGTCACA----------GTGTA--T---AATATAGAT--ATGTA-ATACCCGT-ATGCAT-ATAAC-AAGAAATAA----G--TCG-----G-----TAC-ATGTGGAGAGCA-GAGATGA--G-------AA-AGTAGGT-AAAAGagtaggagggttaagataaagaaaagaagaaattaacact
gi|11 : TATGCTACCATGCTTAAG-TT-TACAATTAACGTTGA-TATCAACAAATATATTCAGACTTTGTTTAGTTTGTT-T--ATATCTT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--TGGTCACAATAATA---TGAAATTaaaacagttattgtaaagtgg
gi|11 : atta---------TA-AT---A--AAGTATTAC-TTTGCTT--AGCAA----TGT------T--CTTAATATA--TA--TT-----TACTACTTTC--T-TTTA-AT-TAAA-CA-TTGTCACA----------ATGTC--G---TATATAAATA-TT-----TACTTTTCATGTAT--CAAT-GAAACATAA----GA-T-------GGT---T-C-ACTTAGACAGTA-AAGA-AA--GTGTGAAATGTAGTAGAT-AAGGGaataaagtattactttgcttagcaatgttcttaatatatatttactactttcttttaattaaacattgtcacaatgtcgtatataaatatttacttttcatgtatcaatgaaacataagatggttcacttagacagtaaagaaagtgtgaaatgtagtagataagggatgggaga
gi|12 : attatatgctaccatgcttaagtttacaattaacgttgatatcaacaaatatattcagactttgtttagtttgtttatatcttctaacaataaatattgaaactggtcacaataatatgaaatG-TTAAGATG-TACA-TT----TTTA-TATTAACAAATGTCTTCATACT------A---TGTT-T--ATATATT-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--AGTTCACAATA--A---TGATATGA--CT---T--TT-TGA---AT-------GG-----T-----TAATAA-----T--------ATGAAAA--------T-AAatgggaga
gi|13 : TACTATGCTGACATG-TTGAGATT-AACAACT----TTTG-TATTAACAAGTATATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGATTATT--G-A-AA-C--TGTTCACAGTA--A---TGAAAATT--CT---T--T-CTAA---AT-------AA-----TTTAGAAAGTTA-----T--------A-AAAAAAAACGAAAC-AAAGCACAAAAA--A--A-----------ACAACA---GCAAAAAAATCAACAACA-AACAAACAACATACCGGTA-GT---A--A-TTATTTG-TTTGTTT--TGCAT----TCT------A--CTTA---TA--TA--TT-----TACT---TTC--T-TTAA-AT-GAAA-TA-ATGCCACA----------ATGTT--T---TATATAAATA-ATA-A-ATAtcatagtatgtgtttgttacctatacaactgataagttaactatttagaactaagtgttgaaatgtctgtatgtataacataagcaataagtttgcgtgtgaagagattagagaagagatattataacgaaagacgttaaagtgatagagagaagaagtactggacactcta
gi|14 : TATACCGGCATG-CTAAGATC-TACATCT----TTAA-TATCAACAAGTATATTCAGACT------A---TTGC-T--ATATACT-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--TTTT--CAATA--A---TGACATTT--CC---T--T
gi|14 : taA---------TA-A----A--A-TTATTTG-TTTGTTT--TACAT----TAT------ATTCTTT---TA--TG--TT-----TACT---TTC--T-TTAA-AT-TAAG-CA-ATATCACA----------ATGTG--T-----TATAGATA-ATT-A-ATACCTTT-ATGTAT-GAAAT----AAACAA----G--TC------GTTATTT-T-ATGTAGAATGTA-AAGA-AA--G-------GGTAGTATAT-ataccggtacataattttttaattttaaattataaaattatttgtttgttttacattatattcttttatgtttactttctttaaattaagcaatatcacaatgtgttatagataattaatacctttatgtatgaaataaacaagtcgttattttatgtagaatgtaaagaaagggtagtatat
gi|15 : tatataccggcatgctaagatctacatctttaatatcaacaagtatattcagactattgctatatactcttacaatgaatattgaaacttttcaataatgacatttccttataccggtacataattttttaattttaaattTACTATACTGACATG-TTAAAATT-TACAACT----TTTA-TATTAACAAGTACATTCAGACT------A---CTTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAACTTT--CT---T--TTT--A---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----TTA------A-AAAAA--------C-ACAGCA-AAAACT-C--A-----------ACAAC----A-------------AACA-AAC-AACA---------TA-GT---A--A-TTATTTG-TTTGTTT--TGCAT----TCT------A--CTTA---TA--TA--TT-----TACA---TTC--T-TTTA-AT-GAGA-CA-ATGTCACA----------ATGTG--T---TAAATAAATA-ATA-C-ATATTTCT-ATGTAT-AAAAT-GAAAAATAA----G--T-------
gi|16 : ttaTATA-TGGCATG-CTAAGATG-T------------TA-TACTCAAAAGTATATTCAGGTT------A---TTTTAT--ATATAGT-CTGATAATAAACATT--G-A-AA-A--C--TCACAATA--A---TAAGATTT--CT---------TAG---TT-------AA-----T-----AGTTTT-----T--------A-AAATA--------T-AAtcgc
gi|16 : ta-AATA---------TA-AG---A--A-ATATCTG-TTTGTTT--TGCAT----TCT------T--CTAA---TA--TA--TT-----TACT---TTC--T-TTTA-AT-TAAG-CA-ATGTCACA----------ATGTG--T---TATAT---TA-ATT-A-ATACTTTT-ATGTAT-ATAAT-TGAAAATAA----G--T-------------T-T-ATGTAGAATGT--GCGA-AA--G-------AGTAGTAGAT-AAGAGgaaatatctgtttgttttgcattcttctaatatatttactttcttttaattaagcaatgtcacaatgtgttatattaattaatacttttatgtatataattgaaaataagtttatgtagaatgtgcgaaagagtagtagataagagaagggagttaagataaaga
gi|17 : tatatatggcatgctaagatgttatactcaaaagtatattcaggttattttatatatagtctgataataaacattgaaaactcacaataataagatttcttagttaatagtttttaaATT----TTTA-TA--AGCCGGTGTATTCAGACT------T---TAAT-T--ATAACTT-CTAACGATAAATATT--GAA-AA-C--CGTTTGTAATA--A---TTATATCA--CT---G--TT-TAA---AT-------AG-----T--------TTA-----T--------A-Aaagggagttaagataaaga
gi|17 : gcTATTTA-TTTGTTA--TACAT----ACA------G--CTGA---TA--AG--CT-----TACG---TTT--T-ATGC-AT-T-----T-ATGCCACA----------ATGTG--T---AATGCAAATA-TGA-A-ATGCCTGT-ATGTGT-AGAAT-AAGAAATAC----G--TTATACG-G-----TGT-ATGTAGAGAGAAGAAGA-AAAGG-------GACAGTAGAT-AAGAGtctgaacatttccgcagtatttatttgttatacatacagctgataagcttacgttttatgcatttatgccacaatgtgtaatgcaaatatgaaatgcctgtatgtgtagaataagaaatacgttatacggtgtatgtagagagaagaagaaaagggacagtagataagagaaaa
gi|18 : gcatttttataagccggtgtattcagactttaattataacttctaacgataaatattgaaaaccgtttgtaataattatatcactgtttaaatagtttataatctgaacatttccgcag----TTTA-TATTAACAAGTTTATTCAGACT------A---TTTT-T--ATATATT-TTAACAATAAATATT--GAA-AA-C--TGTTCTAAATA--A---TGAAATTT--Caaaa
gi|18 : ---------TA-A----A--A-TTACTTG-TTTGTCT--TGTAT----TCT------T--CTGA---TA--TA--TC-----ATCT---TTC--T-ATCA-AT-CAAG-CT-ATGTCACA----------GTGTG--T---TAAATAAAT--ATA-----ACGTTT-AGGTAT-AAAAT-AAAAAATAA----G--TCA-----GT----T-T-ATGTAGAATGTA-AAGA-AA--A-------TGCAGTAGATAAAGAGggtattgataatttttaattttaaaattacttgtttgtcttgtattcttctgatatatcatctttctatcaatcaagctatgtcacagtgtgttaaataaatataacgtttaggtataaaataaaaaataagtcagtttatgtagaatgtaaagaaaatgcagtagataaagagaagaagaaact
gi|19 : tttatattaacaagtttattcagactatttttatatattttaacaataaatattgaaaactgttctaaataatgaaatttcggtattgataatttttaatttTACTATAATGGCATG-TTAAAATT-TACAACT----TGTA-TATAAACAAGTATATTCAGACT------A---TTTT-TT-ATATATT---AACAATAATTATT--G-A-AG-T--TGTTCACAATA--A---TGAACTTT-------T--TTCTAATCAATTTTTTTTAA-----TTTA--AAGTTA-----T--------A-AAAAA--------T-aagaagaaact
gi|19 : taA---------TA-AA---A--A-ATGTTTG-TTTGTTT--TGCAT----TCT------A--CTTA---TA--TA--TT-----TATT---TTC--T-TTTA-AT-TAAA-CA-AGGTCTCA----------CTGTG-------ATAGTGATA-GTA-A-ATAgtttgtttgttttgcattctacttatatatttattttcttttaattaaacaaggtctcactgtgatagtgatagtaaataagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|2 : tatactataatggcatgttaaaatttacaacttgtatataaacaagtatattcagactattttttatatattaacaataattattgaagttgttcacaataatgaacttttttctaatcaattttttttaatttaaagttAAATG-TACA-TT----TTTA-TATCAACACGTGCATTCAGAGT------A---TGTT-T--ATTCATT-TTAACAATAAATTTT--A-A-AA-C--AGTTAAAAAAA--AAAGTGATATTA--CT---T--T-CTAA---AT-------A--------------GTT------T--------A-GAATA--------T-GAAATT-AATCA--C--ATTATTTGTGTGATAATG---C-------------AACA-AAC-AG-A---------TA-ATGTGA--A-T-ATTCG------------CA------CA------A--CTTA---TA--AG--CT-----TACT---TT---T-TATA-TC-TAAG-CG-CTGTCACA----------ATGTG--T---AATATAAATA-TGA-A-ATGCCTGT-ATGTAT-AACAT-AAGAAATAAGTTTG--T-------G-----T-T--TGTGGA--GTA-GAGA-Aagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|20 : TACTATACTGACATG-TTGAGATT-TACAACT----TTTA-TAATAGCAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--C----T--TTCT-A---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----TTAATTAAAA-AAAAA--------C-ACAGCA-AAAAA--ATCA-----------ACAAC----A-------------AACA-AAC-AACA---------TA-GT---A--A-TTATTTG-tgaatctcataaagaaagacgttaccatggtaacaaagaggagtacttgacattctt
gi|20 : ttaTTA-TT-TGAGACA-ATGCCACA----------ATGTG--T---TAAATAGATA-ATA-T-ATATTTCT-ATTTGT-AAAAT-GAAAAATAA----G--T-------agacaatgccacaatgtgttaaatagataatatatatttctatttgtaaaatgaaaaataagttcgctta
gi|22 : ttatactatactgacatgttgagatttacaacttttataatagcaagtacattcagactatctttatatattcttataatgaatatttaaactgttcacaataatgaaatttctttctaataataagttattaattaaaaaaaaacacagcaaaaaaatcaacaacaaacaaacaacatagtaaG-TTAATATG-TACAACT----TT-A-TATTAACAAGTGCCTTCAAACT------A---TGTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--A-A-AG-C--CGTTCGCAATA--A---TGCTATGA--CT---T--TT-TAA---GT-------AG-----T--------TTA-----T-------------AA--------T-A---TG-AAAAT--A--A-----------TC-------------------------------ACA---------T---T---A--T-TTGTTTG-TTAGAT------AT----ACT------A--CTTA---TA--CG--TT-----GATT---TTG--T-ATT--AC-TAAG-TG-TTGTCACA----------ATGTGAAT---TATA-AAA-A-A-A-A-ATGACTGT-ATGCAT-AA----CAGAAATAA----GTTT-------G-----TGT-ATGTAGAtcgctta
gi|23 : GCATG-TTTAGACG-TGC-ATT----TGTA-TATCAACAAATGCCTCCAGTCT------A---AAT--------CGTT-C--ACAATAATTATca
gi|24 : aagttttatatctcattacacaaacacgaaaatagcaatacattgttcgtaacacagcaatgatctatcTACTATACTGACATG-TTGAAATT-TACAACT----TTTA-TAATAACAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--C----T--TTCT-A---AT-------AA-----T-----TAGTTATTAATT--------A-AAAAC--------TCACAGCA-AAAAA--ATCA-----------ACAAC----A-------------AATA-AAC-AACA---------TA-GT---A--A-TTATTTG-TTTGTTT--TGCAT----TCT------A--CTTA---TA--TA--TT-----TACT---TTC--T-TTgtttcgtggcggagtttagaatatgaaactaatcacattatttatatattacatattaaactcataaccttactttacaatgtatttcaaaatgtgtactataaa
gi|25 : aGCATG-TTAATACT-T-----T----TTTA-CA--AACAGGTGGTTTCGGGCT----------TGTT-T--ATAACTT-CTAACGGTAACTATTA-A-A-AA-T--CATTCGTAATA--A---TGATACTA--CT---T--TTTAGA---AT-------TA-----T--------TTA-----T--------A-A
gi|26 : aTATA-TGGCATG-CTAAGATT-T------------TA-TATTAGTAATTGTATTCAGACT------A---T-TT-A--ATATAGT-CCAATAATAAAGATT--GAA-AA-T--TTTTCACATTA--A---TAAAATTT--CTTAAT--TTATAA---TT-------TT-----T-----AAAATA-----T--------A-AAAAA--------T-Atctgaacataatcacattattcgtctgttatacaaacactttctaagcttactttttacaactaagtgttttcaataattgaaaaataaaaaa
gi|26 : aata-AATA---------TA-AA---A--A-ATATTTG-TTTGTTT--TGCAT----TCT------T--CTAA---TA--TA--TT-----GACT---TTC--T-GTTA-AT-TAAT-CA-ATGTCACA----------ATGTG--tttgtttgttttgcattcttctaatatattgactttctgttaattaatcaatgtcacaatgtg
gi|27 : aatatatatggcatgctaagattttatattagtaattgtattcagactatttaatatagtccaataataaagattgaaaatttttcacattaataaaatttcttaatttataatttttaaTT--T-TATA-AT-TAAG-TG-TTTTCATA----------ATGTG--T---AATATAAATA-TAA-A-ATGCATGT-ATGTAT-ACTAT-AAGAAAAAA----GCTT-------G-----TGT-ATGTAGAGAGTA-AAGA-AG--G-------GATAGTATA--AAGA
gi|28 : ACT------A---TTTT-T--ATATATT-CTAAAAATGAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---T--AATTT--C----C--TTCTTA---AT-------AA-----T-----AAGTAA-----T--------A-AAAAA--------C-AAAGCC-----A--A--A-----------ACAACA---aagacgttttattggtaaagaggaaacgtacttgacactc
gi|29 : aactattatactat-TTAAGATTATATAATT----TGTT-CAATGACAAGTGCATTCAGACA------A---TTTT-TTTATATATT--TAACGATACATGTG--A-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGATATAT---T---T--TTATAA---AT-------AA-----tgtatgatatttattgcatgtgttatatatatagtat
gi|3 : tcaaaTATATTAGCATG-CTAAGATA-TATAACT----TTTA-TATTAACAAGTGTATTAAGGCT------A---AGTC-T--ATATATT-CTTACAATAATTATT--G-T-AG-C--ACTTTACAAGA--G---TGAAAGTG--C----T--TTATAA---AT-------CA-----T-----attgaaatctcaacagtcaattatttgtttattt
gi|3 : a---A--A-TAATTTG-TTTGTTT--TGCAT----TCT------A--TAAA---TA--CA--TTAATTTTGCT---TCC--A-TCTAGAT-TTAG-CA-TTGTCACA----------ATATG--T---TATATACATA-TTA-A-ATACCTCT-ATGTAT-GAAAT-GAGAAATAT----GTTT-------GT----T-T-ATATAGACAGAA-GAGG-AA--G-------GTTAGAAGAT-AAGAttttaatctggactgtataaataatttgtttgttttgcattctataaatacattaattttgcttccatctagatttagcattgtcacaatatgttatatacatattaaatacctctatgtatgaaatgagaaatatgtttgtttatatagacagaagaggaaggttagaagataagataaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|30 : atatattagcatgctaagatatataacttttatattaacaagtgtattaaggctaagtctatatattcttacaataattattgtagcactttacaagagtgaaagtgctttataaatcatttttaatctggactgtata-CA-ATG--ACA----------ATGTG--T---GGTATAAATATGTA-ATAT-CTTTT-ATGTCT-AAATTTAAAAAATAA----G--TTCACGTGG-----T-TTATGTAGAAAGTA-AAGA-AG--GT------TGTAGTtaaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|31 : tttattTATATT-CTATTAAACAACATT--G-A-AAAC--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CT---T--Tttaaaaaggaagttataatgatgagaagaagaactg
gi|31 : ---------TA-AA---A--A-TTATTTG-TTTGTTT--TGCGT----TCT------T--CTAA---AA--TA--TT-----TACT---TTC--T-TTTA-AT-TAAG-atgatttttatatttaaaaattatttgtttgttttgcgttcttctaaaatatttactttcttttaattaagttg
gi|33 : tatattctattaaacaacattgaaaactgttcacaataatgaaatttctttatgatttttatattTATACTGGCATG-CTAAGATC-TACAACT----TCTA-TACTAAAAAGTATATTTAGACT----------TATT-C--ATATATT-CTAACAAttg
gi|34 : TATACCGACATG-CTAAGATT-TACATAT----TTTA-TATTAACATATATATTCAGACT------A---TTTT-T--ATACATC-CTAACAATAACTATC--GAA-AA-C--AGTTCGCAATA--A---TGAAAatgcattcttgtttttaaatgtattcaggaacttcattgaaat
gi|35 : tTA-T-ACACATAC-ACGTATGAAAAT----AAGTTA----G--T-------------T-T-ATGTAGAATGTA-AAAA-AA--G-------GGTAGTgg
gi|36 : atattttatttctcatGCATG-TTAAGATG-TACA-CG----TGTA-TATTAGCAAGTGCCTTCAGACT------A---TG---T--ATA-------AATAA-AGACATT--A-A-AG-T--CGTtatgttaaagagaagaagaaatgtaacac
gi|37 : CATG-TTAAGATG-TACA--T----TTTAACATTAA---GTGCCTTCAGACA------T---TGTT-C--ATATATT-CTAATGATATATATT--G-A-AA-C--CGTTTACAAGAT-A---TGAaaagaggaaaacatttgacacttt
gi|38 : aGCATG-TTAACATG-TACA--T----TTTA-TATTAATAAGTGTCTTCATACT------A---TGTT-T--ATATATCACTAAtg
gi|4 : TACTATACTTGCATG-TTAATATT-TACAACT----TTTA-TATTA-CAAGTACATTCAGATT------A---T-TT-T--ATATATT-CTAACAATAACTATT--G-A-AG-T--TGTTTTCAATA--A---TGAAATTT--CT---T--T-CGAA---AT-------AA-----T-------GTT------------------------------T-AGATC------------------------------------------------ATA-AAC-AA-----------TA-AT---A---------TG-TTTGTTT--TGCAT----TCT------A--CTTA---TA--TA--TT-----TACT---TTC--T-TTTA-AT-TAAA-CA-ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATT-A-ATACCTTT-TTGTAT-AAAAT-AAAGAATTA----GT-T-------GGT---T-T-ATGTAGAGGGTA-CA-A-AA--C-------CGTAGTAG-T-AAGAGaacttt
gi|5 : aATT----TTTA-TACTAGCAAGTGCCTTCAGATA------A---TGTT-T--ATATATT-ACAACAATAAATATT--A-A-AA-C--CGCTCACAATA--A---TGATATTA--CT---A--TT--------T-------AA-----C-----TAGTTA-----------------AGAA--------T-A----T-GAAAA--------------------------------------------------------------TA-AT---CCCA-TTATTTG-TTTGTTACATACATAACGTAT------AA-CGTA---TA--AG--TT-----TACT---TT---T-TATA-AC-TTAG-TG-TTGTCACAGCGTATATATATGTG--TGTGTATATGAA-----A-A-AAGCCCAA-ATGTAA-AATAT--AAGAATAA----G--CTG-----G-----TGT-ATGTAGAGAATA-GAGA-AG--G-------GATAGCATA--AAGAatgggagtaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|6 : acTACTATACTAACATG-TTGAGATT-TACAACT----TTTA-TATTAACAAGTACATTCAGACT------A---TTTT-T--AAATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAACTT--CT---T--TTCTAA---AG-------AA-----T-----AAGATA-----T--------A-AAAAA--------T-AAAGCC-AAAAA--A--A-----------ACCCCA---A-------------AACA-AAC-AACA---------TA-AT---A--A-TTATTTG-TTTGTTT--TGCAT----TCT------A--CTAA---TA--TA--TT-----TACT---TTC--T-TTTA-AT-GAAA-CA-ATGCCACA----------ATGTG--C---TATATAAATA-ATA-A-ATATTTTT-ATGTAT-AAAAT-GAAAAATAA---------------G-----T-T-AAATAGAGTGTA-AAAA-TA--G-------AGTAGTAGAT-AAAAGaaaacgttagagtgataaagaggagaagtacttggcactc
gi|7 : TACTATACTTGCATG-TTAATATT-TACAACT----TTTA-TATTA-CAAGTACATTCAGATT------A---T-TT-T--ATATATT-CTAACAATAACTATT--G-A-AG-T--TGTTTTCAATA--A---TGAAATTT--CT---T--T-CGAA---AT-------AA-----T-------GTT------------------------------T-AAATC------------------------------------------------ATA-AAC-AA-A---------TA-AT---A---------TG-TTTGTTT--TGCAT----TCT------T--CTAA---TA--TA--TT-----TACT---TTC--T-TTTA-AT-TAAA-CA-ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATT-A-ATACCTTT-TTGTAT-AAAAT-AAAGAATAA----GT-T-------GGT---T-T-ATGTAGAGGGTA-CA-A-AA--C-------CGTAGTAG-T-AAGAGt
gi|8 : taTG-TTAAGATG-TACATTT----TTTA-TATTAACAAGTGCCTTTATACT------A---TATT-T--ATATATT-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--CGTTCACAATA--A---CGATATATGACA---T--TT-TAA---AT-------A---------------CTA-----T--------A-GAATA--------T-GAA----AATAA--A--T-----------ACATCGTTTA-------------AGTG-A---TACA---------TATAC---A--ACTTATAAG-TTTA---------------CT------A--TTTA---TAGCTAAGTG-----TACT---CACAATGTGTA-ATATAAA-TGTATGT--------------ATGTA--T---AACATAAGAA-ATA-AGAT-TGTGT-ATGTAG-AGAGT-TAAGAAGGA----A--T-------A-----T---------AGTATA-AAGA-AA--G-------atgggaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|9 : ATA-TGGCATG-CTTAGATT-T------------TA-TATTAATAAGTATATTCAGATC------A---T-TT-T--ATATAGT-CCAATAATAAACATT--G-ATAA-C--TTTTCACAATA--A---TAAAATTT--CT---TAATTT------AT-------AATTTTTT-----AAAATA-----T--------A-AAAAA--------T-Attttagtgttaaagaggaaacgtacttgacactct
gi|9 : ac-AATA---------TA-AA---A--A-ATATATG-TTTGTTT--TGCAT----TCT------T--CTAA---TA--TA--TT-----TACT---TTC--T-TTTA-AT-TAAG-CA-ATGTCACA----------ATGTG--T---TATAT---TA-ATT-A-TTACTGTT-ATGTAT-AAAAT-GGAAAATAA----G--TTA-----GC----T-T-ATGTAGAATGTA-AAGA-AA--G-------GGTAGTAGAT-AAGAGtatgtttgttttgcattcttctaatatatttactttcttttaattaagcaatgtcacaatgtgttatattaattattactgttatgtataaaatggaaaataagttagcttatgtagaatgtaaagaaagggtagtagataagagaagggagttaggataaagagaagaaggaacttaacac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TAGCAACACATTATTCATAACACAATAATAAGTATAAGTAGCATACTAAGATATCTATTTTTTATTAACAAGTGCCTAACAAGTGCTTTCAGATTATATTTCAAAAATATATAATAAAATCGTTCACAATAATGATATTGCTTTTTTAAATAATTTAAAATATGACAATAATAACATTATTTGTTTGTAACGTTTGTTATATTACACAATATATACATGTATCTTTATATATAGAATAGAGACATTACAAGTATTGTAT
Unaligned ( gi|32 ): TATGTTCTGTATCTCTTTTCCTTTTCCACATAACGCATATAAATAAGTAGCAACACATTGTTCATAACACAATAATAAGGACCAGTAGCATGCAAGGATGTGTATTTTTATATTAA
Unaligned ( gi|39 ): AACAAAACAGAGTTCGTAACACAATGATAAAGACC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555555555555555
lowQualScore : 2 1 22 66 2222 1 333333 222 5 1 33 1 4444 1 2 444 33 222 0 22 3 22 3333 333 5555555 44444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 22 3333 999999999 2 333 44444 333 0 1 1 33 1 7777777777 22 4444 11 333 0 1 1 1 88 3333 77777777777777777777 2 22 2 33 2 666666 2 2
lowQualScore : . . .. .. .... . ...... ... . . .. . .... . . ... .. ... . .. . .. .... ... ....... ..... ................................................................................................................................... . .. .... ......... . ... ..... ... . . . .. . .......... .. .... .. ... . . . . .. .... .................... . .. . .. . ...... . .
lowQualScore : 2 5 11 88 7777 3 666666 222 9 2 00 2 5555 3 7 222 33 444 8 11 4 22 5555 000 7777777 33333 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 55 9999 555555555 5 222 55555 222 1 7 7 66 7 6666666666 44 5555 99 666 4 0 8 8 22 9999 77777777777777777777 0 11 1 11 2 444444 5 7
consensus : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-TATTAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--TTCTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------A-AA--------A--AAT-AAAGC--A-------AAAA--A--AA---CA------------------AC-GAACA-AACA--A----CA------T-A-ATAA-TTATTTG-TTTGTT--TTGCAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATTAAG-CGATG-TCACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATA-A-ATACCTNT-ATGTAT-AAAAT-AAAAAATAA----G--T-------G-----T---T-ATGTAGAGNGTA-AAGAAA--G-G------GTAGTAG-AT-AAGAG
Reference ( family-715 ) : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-TATTAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--TTCTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------A-AA--------A--AAT-AAAGC-NA-------AAAA--A--AA---CA------------------AC-GAACA-AACA--A----CA------T-A-ATAA-TTATTTG-TTTGTT--TTGCAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATTAAG-CGATG-TCACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATA-A-ATACCTNT-ATGTAT-AAAAT-GAAAAATAA----G--T-------G-----T---T-ATGTAGAGNGTA-AAGAAA--G-G------GTAGTAG-AT-AAGAG
gi|1 : TACTATATTGACATG-TTGAAATT-TACAACT----TAT--TATTAACAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAAATT--CTT--T-CTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTT-----TTT------A-AA--------A--AA--ACAGT-AA-------AAAATTC--AA---CA------------------AC-AAGCA-AACA--AACATTA------T-A-GTAA-TTATTTG-TTTGTT--TTGTAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATGAAA-CAATG-CTACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATA-C-ATATTTTT-ATGTAT-TAAAT-GAAAAATAA----G--TTC-----GC----T---T-AAATAGAGTGTA-AAGAAA--G-A------GTTGTAG-AT-AA
gi|10 : T-TACATAT----TTTA-TA--AACAGGCGTGCTCAGACT------A---TGTG-T--AGATATG-TTAACGTTAAATATTAAA-A-AA-CAATTTTTACGATA--A---TGCTATTT--ATT--TT--------T-------AA-----T-----AGTTT----------------------------------------------------------AA---CA------------------TCTGAACATAATC--A----C--------------A-TTATTTGTTTTGTT--ATACAT----ACTTGTGCAA--CTTA---TAAGCT-----TAAG---TT-TTATA-AACGTG-TGTTG-TCACA----------GTGTA--T---AATATAGAT--ATGTA-ATACCCGT-ATGCAT-ATAAC-AAGAAATAA----G--TCG-----G-----TA--C-ATGTGGAGAGCA-GAGATG--A-G------AAAGTAG-GT-AAAAGagtaggagggttaagataaagaaaagaagaaattaacact
gi|11 : TATGCTACCATGCTTAAG-TT-TACAATTAACGTTGA-TATCAACAAATATATTCAGACTTTGTTTAGTTTGTT-T--ATATCTT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--TGGTCACAATAATA---TGAAATTaaaacagttattgtaaagtgg
gi|11 : atta------T-A-ATAAAGTATTAC-TTTGCT--TAGCAA----TGT------T--CTTAATATATATT-----TACTACTTTCTTTTA-ATTAAA-CATTG-TCACA----------ATGTC--G---TATATAAATA-TT-----TACTTTTCATGTAT--CAAT-GAAACATAA----GA-T-------GGT---T---C-ACTTAGACAGTA-AAGAAA--GTGTGAAATGTAGTAG-AT-AAGGGaataaagtattactttgcttagcaatgttcttaatatatatttactactttcttttaattaaacattgtcacaatgtcgtatataaatatttacttttcatgtatcaatgaaacataagatggttcacttagacagtaaagaaagtgtgaaatgtagtagataagggatgggaga
gi|12 : attatatgctaccatgcttaagtttacaattaacgttgatatcaacaaatatattcagactttgtttagtttgtttatatcttctaacaataaatattgaaactggtcacaataatatgaaatG-TTAAGATG-TACA-TT----TTTA-TATTAACAAATGTCTTCATACT------A---TGTT-T--ATATATT-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--AGTTCACAATA--A---TGATATGA--CTT--TT-TGA---AT-------GG-----T-----TAATAA-----T--------ATGA--------A--AAT-AAatgggaga
gi|12 : A-A-ATGTCTGT-ATGTAT-AACAT-AAGCAATAA----G--T-------T-----TGCGT-GTGAAGAGATTA-GAGAAG--A-G------ATATTAtcatagtatgtgtttgttacctatacaactgataagttaactatttagaactaagtgttgaaatgtctgtatgtataacataagcaataagtttgcgtgtgaagagattagagaagagatattataacgaaagacgttaaagtgatagagagaagaagtactggacactcta
gi|13 : gttaagatgtacatttttatattaacaaatgtcttcatactatgtttatatattctaacaatatatattaaagcagttcacaataatgatatgactttttgaatggttaataatatgaaaataatcatagtatgtgtttgttacctatacaactgataagttaactatttagaactaagtgttgTACTATGCTGACATG-TTGAGATT-AACAACT----TTTG-TATTAACAAGTATATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGATTATT--G-A-AA-C--TGTTCACAGTA--A---TGAAAATT--C-T--TTCTAA---AT-------AA-----TTTAGAAAGTTA-----T--------A-AAAAAAAACGA--AAC-AAAGCACA-------AAAA--A--AA---CAACAGCAAAAAAATCAACAAC-AAACA-AACA--A----CATACCGGT-A-GTAA-TTATTTG-TTTGTT--TTGCAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TACT---TTCTTTAA-ATGAAA-TAATG-CCACA----------ATGTT--T---TATATAAATA-ATA-A-ATAtaacgaaagacgttaaagtgatagagagaagaagtactggacactcta
gi|14 : TATACCGGCATG-CTAAGATC-TACATCT----TTAA-TATCAACAAGTATATTCAGACT------A---TTGC-T--ATATACT-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--TTTT--CAATA--A---TGACATTT--CCT--T
gi|14 : taA------T-A-A-AA-TTATTTG-TTTGTT--TTACAT----TAT------ATTCTTT---TATGTT-----TACT---TTCTTTAA-ATTAAG-CAATA-TCACA----------ATGTG--T-----TATAGATA-ATT-A-ATACCTTT-ATGTAT-GAAAT----AAACAA----G--TC------GTTATTT---T-ATGTAGAATGTA-AAGAAA--G-G------GTAGTAT-AT-ataccggtacataattttttaattttaaattataaaattatttgtttgttttacattatattcttttatgtttactttctttaaattaagcaatatcacaatgtgttatagataattaatacctttatgtatgaaataaacaagtcgttattttatgtagaatgtaaagaaagggtagtatat
gi|15 : tatataccggcatgctaagatctacatctttaatatcaacaagtatattcagactattgctatatactcttacaatgaatattgaaacttttcaataatgacatttccttataccggtacataattttttaattttaaattTACTATACTGACATG-TTAAAATT-TACAACT----TTTA-TATTAACAAGTACATTCAGACT------A---CTTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAACTTT--CTT--TTT--A---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----TTA------A-AA--------A--AAC-ACAGC-AA-------AAACT-C--AA---CA------------------AC-AAACA-AACA--A----CA------T-A-GTAA-TTATTTG-TTTGTT--TTGCAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TACA---TTCTTTTA-ATGAGA-CAATG-TCACA----------ATGTG--T---TAAATAAATA-ATA-C-ATATTTCT-ATGTAT-AAAAT-GAAAAATAA----G--T-------
gi|16 : ttaTATA-TGGCATG-CTAAGATG-T------------TA-TACTCAAAAGTATATTCAGGTT------A---TTTTAT--ATATAGT-CTGATAATAAACATT--G-A-AA-A--C--TCACAATA--A---TAAGATTT--CT------TAG---TT-------AA-----T-----AGTTTT-----T--------A-AA--------A--TAT-AA--------------------------------------------------GAA--------------------------ATAT-CTGTTTG-----TT--TTGCAT----TCT------T--CTAA---TATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATTAAG-CAATG-TCACA----------ATGTG--T---TATAT---TA-ATT-A-ATACTTTT-ATGTAT-ATAAT-TGAAAATAA----G--T-------------T---T-ATGTAGAATGT--GCGAAA--G-A------GTAGTAG-AT-AAGAGtcgc
gi|17 : taATT----TTTA-TA--AGCCGGTGTATTCAGACT------T---TAAT-T--ATAACTT-CTAACGATAAATATT--GAA-AA-C--CGTTTGTAATA--A---TTATATCA--CTG--TT-TAA---AT-------AG-----T--------TTA-----T--------A-Aaagggagttaagataaaga
gi|17 : gcTATTTA-TTTGTT--ATACAT----ACA------G--CTGA---TAAGCT-----TACG---TTTTATGC-ATT-----TATG-CCACA----------ATGTG--T---AATGCAAATA-TGA-A-ATGCCTGT-ATGTGT-AGAAT-AAGAAATAC----G--TTATACG-G-----TG--T-ATGTAGAGAGAAGAAGAAAAGG-G------ACAGTAG-AT-AAGAGtctgaacatttccgcagtatttatttgttatacatacagctgataagcttacgttttatgcatttatgccacaatgtgtaatgcaaatatgaaatgcctgtatgtgtagaataagaaatacgttatacggtgtatgtagagagaagaagaaaagggacagtagataagagaaaa
gi|18 : gcatttttataagccggtgtattcagactttaattataacttctaacgataaatattgaaaaccgtttgtaataattatatcactgtttaaatagtttataatctgaacatttccgcag----TTTA-TATTAACAAGTTTATTCAGACT------A---TTTT-T--ATATATT-TTAACAATAAATATT--GAA-AA-C--TGTTCTAAATA--A---TGAAATTT--Caaaa
gi|18 : ------T-A-A-AA-TTACTTG-TTTGTC--TTGTAT----TCT------T--CTGA---TATATC-----ATCT---TTCTATCA-ATCAAG-CTATG-TCACA----------GTGTG--T---TAAATAAAT--ATA-----ACGTTT-AGGTAT-AAAAT-AAAAAATAA----G--TCA-----GT----T---T-ATGTAGAATGTA-AAGAAA--A-T------GCAGTAG-ATAAAGAGggtattgataatttttaattttaaaattacttgtttgtcttgtattcttctgatatatcatctttctatcaatcaagctatgtcacagtgtgttaaataaatataacgtttaggtataaaataaaaaataagtcagtttatgtagaatgtaaagaaaatgcagtagataaagagaagaagaaact
gi|19 : tttatattaacaagtttattcagactatttttatatattttaacaataaatattgaaaactgttctaaataatgaaatttcggtattgataatttttaatttTACTATAATGGCATG-TTAAAATT-TACAACT----TGTA-TATAAACAAGTATATTCAGACT------A---TTTT-TT-ATATATT---AACAATAATTATT--G-A-AG-T--TGTTCACAATA--A---TGAACTTT----T--TTCTAATCAATTTTTTTTAA-----TTTA--AAGTTA-----T--------A-AA--------A--AAT-aagaagaaact
gi|19 : taA------T-A-AAAA-ATGTTTG-TTTGTT--TTGCAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TATT---TTCTTTTA-ATTAAA-CAAGG-TCTCA----------CTGTG-------ATAGTGATA-GTA-A-ATAgtttgtttgttttgcattctacttatatatttattttcttttaattaaacaaggtctcactgtgatagtgatagtaaataagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|2 : tatactataatggcatgttaaaatttacaacttgtatataaacaagtatattcagactattttttatatattaacaataattattgaagttgttcacaataatgaacttttttctaatcaattttttttaatttaaagttAAATG-TACA-TT----TTTA-TATCAACACGTGCATTCAGAGT------A---TGTT-T--ATTCATT-TTAACAATAAATTTT--A-A-AA-C--AGTTAAAAAAA--AAAGTGATATTA--CTT--T-CTAA---AT-------AG-----TTT---AGAATA-----T--------G-AA--------ATTAAT-CACAT-TATTTGTGTGATA--A--TG---CA------------------AC-AAACA-GATA--A----TG------TGA-ATA---------------T--TCGCA------CA------A--CTTA---TAAGCT-----TACT---TT-TTATA-TCTAAG-CGCTG-TCACA----------ATGTG--T---AATATAAATA-TGA-A-ATGCCTGT-ATGTAT-AACAT-AAGAAATAAGTTTG--T-------G-----T---T--TGTGGA--GTA-GAGAAagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|20 : TACTATACTGACATG-TTGAGATT-TACAACT----TTTA-TAATAGCAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--C-T--TTCT-A---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----TTAATTAAAA-AA--------A--AAC-ACAGC-AA-------AAAA--ATCAA---CA------------------AC-AAACA-AACA--A----CA------T-A-GTAA-TTATTTG-tgaatctcataaagaaagacgttaccatggtaacaaagaggagtacttgacattctt
gi|20 : ttaTTA-TTTGAGACAATG-CCACA----------ATGTG--T---TAAATAGATA-ATA-T-ATATTTCT-ATTTGT-AAAAT-GAAAAATAA----G--T-------agacaatgccacaatgtgttaaatagataatatatatttctatttgtaaaatgaaaaataagttcgctta
gi|22 : ttatactatactgacatgttgagatttacaacttttataatagcaagtacattcagactatctttatatattcttataatgaatatttaaactgttcacaataatgaaatttctttctaataataagttattaattaaaaaaaaacacagcaaaaaaatcaacaacaaacaaacaacatagtaaG-TTAATATG-TACAACT----TT-A-TATTAACAAGTGCCTTCAAACT------A---TGTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--A-A-AG-C--CGTTCGCAATA--A---TGCTATGA--CTT--TT-TAA---GT-------AG-----T--------TTA-----T-----------------------AAT-A---T-GA-------AAAT--A--AT---C----------------------------------A----CA------T---------TATTTG-TTTGTT--AGATAT----ACT------A--CTTA---TACGTT-----GATT---TTGTATT--ACTAAG-TGTTG-TCACA----------ATGTGAAT---TATA-AAA-A-A-A-A-ATGACTGT-ATGCAT-AA----CAGAAATAA----GTTT-------G-----TG--T-ATGTAGAtcgctta
gi|23 : GCATG-TTTAGACG-TGC-ATT----TGTA-TATCAACAAATGCCTCCAGTCT------A---AAT--------CGTT-C--ACAATAATTATca
gi|24 : aagttttatatctcattacacaaacacgaaaatagcaatacattgttcgtaacacagcaatgatctatcTACTATACTGACATG-TTGAAATT-TACAACT----TTTA-TAATAACAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--C-T--TTCT-A---AT-------AA-----T-----TAGTTATTAATT--------A-AA--------A--ACTCACAGC-AA-------AAAA--ATCAA---CA------------------AC-AAATA-AACA--A----CA------T-A-GTAA-TTATTTG-TTTGTT--TTGCAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TACT---TTCTTTgtttcgtggcggagtttagaatatgaaactaatcacattatttatatattacatattaaactcataaccttactttacaatgtatttcaaaatgtgtactataaa
gi|25 : aGCATG-TTAATACT-T-----T----TTTA-CA--AACAGGTGGTTTCGGGCT----------TGTT-T--ATAACTT-CTAACGGTAACTATTA-A-A-AA-T--CATTCGTAATA--A---TGATACTA--CTT--TTTAGA---AT-------TA-----T--------TTA-----T--------A-A
gi|26 : aTATA-TGGCATG-CTAAGATT-T------------TA-TATTAGTAATTGTATTCAGACT------A---T-TT-A--ATATAGT-CCAATAATAAAGATT--G-A-AAAT--TTTTCACATTA--A---TAAAATTT--CT------TAA---TT-------TA-----T-----AATTTT-----T--------A-----------A--AAT-A-----TA-------AAAA--A-----------------------------------------------------------------TATTTG-TTTGTT--TTGCAT----TCT------T--CTAA---TATATT-----GACT---TTCTGTTA-ATTAAT-CAATG-TCACA----------ATGTG--tctgaacataatcacattattcgtctgttatacaaacactttctaagcttactttttacaactaagtgttttcaataattgaaaaataaaaaa
gi|27 : aataTTTTATA-ATTAAG-TGTTT-TCATA----------ATGTG--T---AATATAAATA-TAA-A-ATGCATGT-ATGTAT-ACTAT-AAGAAAAAA----GCTT-------G-----TG--T-ATGTAGAGAGTA-AAGAAG--G-G------ATAGTAT-A--AAGA
gi|28 : ACT------A---TTTT-T--ATATATT-CTAAAAATGAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---T--AATTT--C-C--TTCTTA---AT-------AA-----T-----AAGTAA-----T--------A-AA--------A--AAC-AAAGC-CA-------AAAC--A--Aaagacgttttattggtaaagaggaaacgtacttgacactc
gi|29 : aactattatactat-TTAAGATTATATAATT----TGTT-CAATGACAAGTGCATTCAGACA------A---TTTT-TTTATATATT--TAACGATACATGTG--A-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGATATAT---TT--TTATAA---AT-------AA-----catgtatgatatttattgcatgtgttatatatatagtat
gi|3 : tcaaaTATATTAGCATG-CTAAGATA-TATAACT----TTTA-TATTAACAAGTGTATTAAGGCT------A---AGTC-T--ATATATT-CTTACAATAATTATT--G-T-AG-C--ACTTTACAAGA--G---TGAAAGTG--C-T--TTATAA---AT-------CA-----T-----attgaaatctcaacagtcaattatttgtttattt
gi|3 : aAA-TAATTTG-TTTGTT--TTGCAT----TCT------A--TAAA---TACATTAATTTTGCT---TCCATCTAGATTTAG-CATTG-TCACA----------ATATG--T---TATATACATA-TTA-A-ATACCTCT-ATGTAT-GAAAT-GAGAAATAT----GTTT-------GT----T---T-ATATAGACAGAA-GAGGAA--G-G------TTAGAAG-AT-AAGAttttaatctggactgtataaataatttgtttgttttgcattctataaatacattaattttgcttccatctagatttagcattgtcacaatatgttatatacatattaaatacctctatgtatgaaatgagaaatatgtttgtttatatagacagaagaggaaggttagaagataagataaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|30 : atatattagcatgctaagatatataacttttatattaacaagtgtattaaggctaagtctatatattcttacaataattattgtagcactttacaagagtgaaagtgctttataaatcatttttaatctggactgtata-CAATG---ACA----------ATGTG--T---GGTATAAATATGTA-ATAT-CTTTT-ATGTCT-AAATTTAAAAAATAA----G--TTCACGTGG-----T---TTATGTAGAAAGTA-AAGAA-----G------GTTGTAG-taaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|31 : tttattTATATT-CTATTAAACAACATT--G-A-AAAC--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--Ttttaaaaaggaagttataatgatgagaagaagaactg
gi|31 : ------T-A-AAAA-TTATTTG-TTTGTT--TTGCGT----TCT------T--CTAA---AATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATTAAG-atgatttttatatttaaaaattatttgtttgttttgcgttcttctaaaatatttactttcttttaattaagttg
gi|33 : tatattctattaaacaacattgaaaactgttcacaataatgaaatttctttatgatttttatattTATACTGGCATG-CTAAGATC-TACAACT----TCTA-TACTAAAAAGTATATTTAGACT----------TATT-C--ATATATT-CTAACAAttg
gi|34 : TATACCGACATG-CTAAGATT-TACATAT----TTTA-TATTAACATATATATTCAGACT------A---TTTT-T--ATACATC-CTAACAATAACTATC--GAA-AA-C--AGTTCGCAATA--A---TGAAAatgcattcttgtttttaaatgtattcaggaacttcattgaaat
gi|35 : tTA-T-ACACATAC-ACGTATGAAAAT----AAGTTA----G--T-------------T---T-ATGTAGAATGTA-AAAAAA--G-G------GTAGTgg
gi|36 : atattttatttctcatGCATG-TTAAGATG-TACA-CG----TGTA-TATTAGCAAGTGCCTTCAGACT------A---TG---T--ATA-------AATAA-AGACATT--A-A-AG-T--CGTtatgttaaagagaagaagaaatgtaacac
gi|37 : CATG-TTAAGATG-TACA--T----TTTAACATTAA---GTGCCTTCAGACA------T---TGTT-C--ATATATT-CTAATGATATATATT--G-A-AA-C--CGTTTACAAGAT-A---TGAaaagaggaaaacatttgacacttt
gi|38 : aGCATG-TTAACATG-TACA--T----TTTA-TATTAATAAGTGTCTTCATACT------A---TGTT-T--ATATATCACTAAtg
gi|4 : TACTATACTTGCATG-TTAATATT-TACAACT----TTTA-TATTA-CAAGTACATTCAGATT------A---T-TT-T--ATATATT-CTAACAATAACTATT--G-A-AG-T--TGTTTTCAATA--A---TGAAATTT--CTT--T-CGAA---AT-------AA-----T-------GTT--------------------------------T-AGATC-------------------------------------------------ATA-AACA--A------------T-A-ATA-------TG-TTTGTT--TTGCAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATTAAA-CAATG-TCACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATT-A-ATACCTTT-TTGTAT-AAAAT-AAAGAATTA----GT-T-------GGT---T---T-ATGTAGAGGGTA-CA-AAA--C-C------GTAGTAG--T-AAGAGaacttt
gi|5 : aATT----TTTA-TACTAGCAAGTGCCTTCAGATA------A---TGTT-T--ATATATT-ACAACAATAAATATT--A-A-AA-C--CGCTCACAATA--A---TGATATTA--CTA--TT--------T-------AA-----C-----TAGTT-----------------AA--------G--AAT-A---T-GA-------AAAT--A--AT---C--------------------C------------------CA------T---------TATTTG-TTTGTTACATACATAACGTATA-----A--CGTA---TAAGTT-----TACT---TT-TTATA-ACTTAG-TGTTG-TCACAGCGTATATATATGTG--TGTGTATATGAA-----A-A-AAGCCCAA-ATGTAA-AATAT--AAGAATAA----G--CTG-----G-----TG--T-ATGTAGAGAATA-GAGAAG--G-G------ATAGCAT-A--AAGAatgggagtaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|6 : acTACTATACTAACATG-TTGAGATT-TACAACT----TTTA-TATTAACAAGTACATTCAGACT------A---TTTT-T--AAATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAACTT--CTT--TTCTAA---AG-------AA-----T-----AAGATA-----T--------A-AA--------A--AAT-AAAGC-CA-------AAAA--A--AACCCCA------------------A---AACA-AACA--A----CA------T-A-ATAA-TTATTTG-TTTGTT--TTGCAT----TCT------A--CTAA---TATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATGAAA-CAATG-CCACA----------ATGTG--C---TATATAAATA-ATA-A-ATATTTTT-ATGTAT-AAAAT-GAAAAATAA---------------G-----T---T-AAATAGAGTGTA-AAAATA--G-A------GTAGTAG-AT-AAAAGaaaacgttagagtgataaagaggagaagtacttggcactc
gi|7 : TACTATACTTGCATG-TTAATATT-TACAACT----TTTA-TATTA-CAAGTACATTCAGATT------A---T-TT-T--ATATATT-CTAACAATAACTATT--G-A-AG-T--TGTTTTCAATA--A---TGAAATTT--CTT--T-CGAA---AT-------AA-----T-------GTT--------------------------------T-AAATC-------------------------------------------------ATA-AACA--A-----A------T-A-ATA-------TG-TTTGTT--TTGCAT----TCT------T--CTAA---TATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATTAAA-CAATG-TCACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATT-A-ATACCTTT-TTGTAT-AAAAT-AAAGAATAA----GT-T-------GGT---T---T-ATGTAGAGGGTA-CA-AAA--C-C------GTAGTAG--T-AAGAGt
gi|8 : taTG-TTAAGATG-TACATTT----TTTA-TATTAACAAGTGCCTTTATACT------A---TATT-T--ATATATT-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--CGTTCACAATA--A---CGATATATGACAT--TT-TAA---AT-------A---------------CTA-----T--------A-GA--------A--TAT-GAA----A-------ATAA--A--TA---CA------------------TC-GTTTA-AGTGATA----CA------T-ATACAACTTATAAG-TT------------------T------A--C--------TATT-----TA-----------TA-GCTAAG-TG-TACTCACA----------ATGTG--T---AATATAAAT--GTA--------TGT-ATGTAT-AACAT-AAGAAATAA----GATT-------G-----TG--T-ATGTAGAGAGTT-AAGAAG--G-A------ATA-TAGTAT-AAatgggaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|9 : ATA-TGGCATG-CTTAGATT-T------------TA-TATTAATAAGTATATTCAGATC------A---T-TT-T--ATATAGT-CCAATAATAAACATT--G-ATAA-C--TTTTCACAATA--A---TAAAATTT--CTTAATTT------AT-------AATTTTTT-----AAAATA-----T--------A-AA--------A--AAT-Aagaaagttttagtgttaaagaggaaacgtacttgacactct
gi|9 : acA--A----TA------T-A-AAAA-ATATATG-TTTGTT--TTGCAT----TCT------T--CTAA---TATATT-----TACT---TTCTTTTA-ATTAAG-CAATG-TCACA----------ATGTG--T---TATAT---TA-ATT-A-TTACTGTT-ATGTAT-AAAAT-GGAAAATAA----G--TTA-----GC----T---T-ATGTAGAATGTA-AAGAAA--G-G------GTAGTAG-AT-AAGAGtatgtttgttttgcattcttctaatatatttactttcttttaattaagcaatgtcacaatgtgttatattaattattactgttatgtataaaatggaaaataagttagcttatgtagaatgtaaagaaagggtagtagataagagaagggagttaggataaagagaagaaggaacttaacac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TAGCAACACATTATTCATAACACAATAATAAGTATAAGTAGCATACTAAGATATCTATTTTTTATTAACAAGTGCCTAACAAGTGCTTTCAGATTATATTTCAAAAATATATAATAAAATCGTTCACAATAATGATATTGCTTTTTTAAATAATTTAAAATATGACAATAATAACATTATTTGTTTGTAACGTTTGTTATATTACACAATATATACATGTATCTTTATATATAGAATAGAGACATTACAAGTATTGTAT
Unaligned ( gi|32 ): TATGTTCTGTATCTCTTTTCCTTTTCCACATAACGCATATAAATAAGTAGCAACACATTGTTCATAACACAATAATAAGGACCAGTAGCATGCAAGGATGTGTATTTTTATATTAA
Unaligned ( gi|39 ): AACAAAACAGAGTTCGTAACACAATGATAAAGACC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555555555555555
lowQualScore : 2 1 22 77 2222 1 333333 222 333333 222 6 1 22 1 4444 1 2 333 33 222 1 22 2 22 2222 222 5555555 44444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 3333 22 1 3333 888888888 2 333 44444 333 333 1 1 3333 1 22 1 7777777777 22 3333 11 333 0 1 1 1 1 1 44444 3333 22222222222222222 2 22 2 33 2 666666 2 2
lowQualScore : . . .. .. .... . ...... ... ...... ... . . .. . .... . . ... .. ... . .. . .. .... ... ....... ..... ........................................................................................................................................ . .... .. . .... ......... . ... ..... ... ... . . .... . .. . .......... .. .... .. ... . . . . . . ..... .... ................. . .. . .. . ...... . .
lowQualScore : 2 5 77 33 7777 2 666666 222 555555 111 2 2 99 2 5555 3 6 888 22 333 3 00 9 11 1111 999 4444444 22222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7777 44 7 7777 777777777 7 000 33333 000 000 6 7 5555 6 66 7 3333333333 33 9999 99 666 4 0 8 8 8 8 55555 9999 11111111111111111 0 11 1 11 2 444444 5 7
consensus : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--TTCTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------A-A---A--------AAAT-AAAG--CA------------AAAAA---AA---CA------------------AC-GAACA-AACA--A----CA------T-A-ATAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CAT----TCT------A--CTNA---TATATT-----TAC---T---TTCTTT-TA-ATTA----AG-CGATG-TCACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATA-A-ATACCTNT-ATGTAT-AAAAT-A-AAAAA-----TAA----G--T-------G--T---T-ATGTAGAGNGTA-AAGAAA--G-G------GTAGTAG-AT-AAGAG
Reference ( family-715 ) : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--TTCTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------A-A---A--------AAAT-AAAG--CA------------AAAAA---AA---CA------------------AC-GAACA-AACA--A----CA------T-A-ATAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TAC---T---TTCTTT-TA-ATTA----AG-CGATG-TCACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATA-A-ATACCTNT-ATGTAT-AAAAT-A-AAAAA-----TAA----G--T-------G--T---T-ATGTAGAGNGTA-AAGAAA--G-G------GTAGTAG-AT-AAGAG
gi|1 : TACTATATTGACATG-TTGAAATT-TACAACT----TAT--T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAAATT--CTT--T-CTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTT-----TTT------A-A---A--------AAA--ACAG--TA------------AAAAATTCAA---CA------------------AC-AAGCA-AACA--AACATTA------T-A-GTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-TAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TAC---T---TTCTTT-TA-ATGA----AA-CAATG-CTACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATA-C-ATATTTTT-ATGTAT-TAAAT-G-AAAAA-----TAA----G--TTC-----GC-T---T-AAATAGAGTGTA-AAGAAA--G-A------GTTGTAG-AT-AA
gi|10 : T-TACATAT----TTTA-T------A-----AACAGGCGTGCTCAGACT------A---TGTG-T--AGATATG-TTAACGTTAAATATTAAA-A-AA-CAATTTTTACGATA--A---TGCTATTT--ATT--TT--------T-------AA-----T-----AGTTT---------------------------------------------------------------AA---CA------------------TCTGAACATAATC--A----C--------------A-TTATTTGTTTTGT----T--ATA-CAT----ACTTGTGCAA--CTTA---TAAGCT-----TAA---G---TT-TTA-TA-AACG----TG-TGTTG-TCACA----------GTGTA--T---AATATAGAT--ATGTA-ATACCCGT-ATGCAT-ATAAC-A-AGAAA-----TAA----G--TCG-----G--TA--C-ATGTGGAGAGCA-GAGATG--A-G------AAAGTAG-GT-AAAAGagtaggagggttaagataaagaaaagaagaaattaacact
gi|11 : TATGCTACCATGCTTAAG-TT-TACAATTAACGTTGA-T------AT---CAACAAATATATTCAGACTTTGTTTAGTTTGTT-T--ATATCTT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--TGGTCACAATAATA---TGAAATTaaaacagttattgtaaagtgg
gi|11 : atta------T-A-ATAAAGTATTAC-TTTGC----T--TAG-CAA----TGT------T--CTTAATATATATT-----TAC---TACTTTCTTT-TA-ATTA----AA-CATTG-TCACA----------ATGTC--G---TATATAAATA-TT-----TACTTTTCATGTAT--CAAT-G-AAACA-----TAA----GA-T-------GGTT---C-ACTTAGACAGTA-AAGAAA--GTGTGAAATGTAGTAG-AT-AAGGGaataaagtattactttgcttagcaatgttcttaatatatatttactactttcttttaattaaacattgtcacaatgtcgtatataaatatttacttttcatgtatcaatgaaacataagatggttcacttagacagtaaagaaagtgtgaaatgtagtagataagggatgggaga
gi|12 : attatatgctaccatgcttaagtttacaattaacgttgatatcaacaaatatattcagactttgtttagtttgtttatatcttctaacaataaatattgaaactggtcacaataatatgaaatG-TTAAGATG-TACA-TT----TTTA-T------AT---TAACAAATGTCTTCATACT------A---TGTT-T--ATATATT-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--AGTTCACAATA--A---TGATATGA--CTT--TT-TGA---AT-------GG-----T-----TAATAA-----T--------ATG---A--------AAAT-AAatgggaga
gi|12 : A-A-ATGTCTGT-ATGTAT-AACAT-A-AGCAA-----TAA----G--T-------T--TGCGT-GTGAAGAGATTA-GAGAAG--A-G------ATATTAtcatagtatgtgtttgttacctatacaactgataagttaactatttagaactaagtgttgaaatgtctgtatgtataacataagcaataagtttgcgtgtgaagagattagagaagagatattataacgaaagacgttaaagtgatagagagaagaagtactggacactcta
gi|13 : gttaagatgtacatttttatattaacaaatgtcttcatactatgtttatatattctaacaatatatattaaagcagttcacaataatgatatgactttttgaatggttaataatatgaaaataatcatagtatgtgtttgttacctatacaactgataagttaactatttagaactaagtgttgTACTATGCTGACATG-TTGAGATT-AACAACT----TTTG-T------AT---TAACAAGTATATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGATTATT--G-A-AA-C--TGTTCACAGTA--A---TGAAAATT--C-T--TTCTAA---AT-------AA-----TTTAGAAAGTTA-----T--------A-A---AAAAAAACGAAAC-AAAGCACA------------AAAAA---AA---CAACAGCAAAAAAATCAACAAC-AAACA-AACA--A----CATACCGGT-A-GTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TAC---T---TTCTTT-AA-ATGA----AA-TAATG-CCACA----------ATGTT--T---TATATAAATA-ATA-A-ATAtaacgaaagacgttaaagtgatagagagaagaagtactggacactcta
gi|14 : TATACCGGCATG-CTAAGATC-TACATCT----TTAA-T------AT---CAACAAGTATATTCAGACT------A---TTGC-T--ATATACT-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--TTTT--CAATA--A---TGACATTT--CCT--T
gi|14 : taA------T-A-A-AA-TTATTTG-TTTGT----T--TTA-CAT----TAT------ATTCTTT---TATGTT-----TAC---T---TTCTTT-AA-ATTA----AG-CAATA-TCACA----------ATGTG--T-----TATAGATA-ATT-A-ATACCTTT-ATGTAT-GAAAT-A-AACAAGTCGTTA--------T-------T--T---T-ATGTAGAATGTA-AAGAAA--G-G------GTAGTAT-AT-ataccggtacataattttttaattttaaattataaaattatttgtttgttttacattatattcttttatgtttactttctttaaattaagcaatatcacaatgtgttatagataattaatacctttatgtatgaaataaacaagtcgttattttatgtagaatgtaaagaaagggtagtatat
gi|15 : tatataccggcatgctaagatctacatctttaatatcaacaagtatattcagactattgctatatactcttacaatgaatattgaaacttttcaataatgacatttccttataccggtacataattttttaattttaaattTACTATACTGACATG-TTAAAATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---CTTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAACTTT--CTT--TTT--A---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----TTA------A-A---A--------AAAC-ACAG--CA------------AAAACTC-AA---CA------------------AC-AAACA-AACA--A----CA------T-A-GTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TAC---A---TTCTTT-TA-ATGA----GA-CAATG-TCACA----------ATGTG--T---TAAATAAATA-ATA-C-ATATTTCT-ATGTAT-AAAAT-G-AAAAA-----TAA----G--T-------
gi|16 : ttaTATA-TGGCATG-CTAAGATG-T------------TA-T------AC---TCAAAAGTATATTCAGGTT------A---TTTTAT--ATATAGT-CTGATAATAAACATT--G-A-AA-A--C--TCACAATA--A---TAAGATTT--CT------TAG---TT-------AA-----T-----AGTTTT-----T--------A-A---A--------ATAT-AA------------------------------------------------------GAA--------------------------ATAT-CTGTTT-----GT----T--TTG-CAT----TCT------T--CTAA---TATATT-----TAC---T---TTCTTT-TA-ATTA----AG-CAATG-TCACA----------ATGTG--T---TATAT---TA-ATT-A-ATACTTTT-ATGTAT-ATAAT-T-GAAAA-----TAA----G--T----------T---T-ATGTAGAATGT--GCGAAA--G-A------GTAGTAG-AT-AAGAGtcgc
gi|17 : taATT----TTTA-T------A-----AGCCGGTGTATTCAGACT------T---TAAT-T--ATAACTT-CTAACGATAAATATT--GAA-AA-C--CGTTTGTAATA--A---TTATATCA--CTG--TT-TAA---AT-------AG-----T--------TTA-----T--------A-A---aagggagttaagataaaga
gi|17 : gcTATTTA-TTTGT----T--ATA-CAT----ACA------G--CTGA---TAAGCT-----TAC---G---TTTTAT-GC-ATT---------TATG-CCACA----------ATGTG--T---AATGCAAATA-TGA-A-ATGCCTGT-ATGTGT-AGAAT-A-AGAAA-----TAC----G--TTATACG-G--TG--T-ATGTAGAGAGAAGAAGAAAAGG-G------ACAGTAG-AT-AAGAGtctgaacatttccgcagtatttatttgttatacatacagctgataagcttacgttttatgcatttatgccacaatgtgtaatgcaaatatgaaatgcctgtatgtgtagaataagaaatacgttatacggtgtatgtagagagaagaagaaaagggacagtagataagagaaaa
gi|18 : gcatttttataagccggtgtattcagactttaattataacttctaacgataaatattgaaaaccgtttgtaataattatatcactgtttaaatagtttataatctgaacatttccgcag----TTTA-T------AT---TAACAAGTTTATTCAGACT------A---TTTT-T--ATATATT-TTAACAATAAATATT--GAA-AA-C--TGTTCTAAATA--A---TGAAATTT--Caaaa
gi|18 : ------T-A-A-AA-TTACTTG-TTTGT----C--TTG-TAT----TCT------T--CTGA---TATATC-----ATC---T---TTCTAT-CA-ATCA----AG-CTATG-TCACA----------GTGTG--T---TAAATAAAT--ATA-----ACGTTT-AGGTAT-AAAAT-A-AAAAA-----TAA----G--TCA-----GT-T---T-ATGTAGAATGTA-AAGAAA--A-T------GCAGTAG-ATAAAGAGggtattgataatttttaattttaaaattacttgtttgtcttgtattcttctgatatatcatctttctatcaatcaagctatgtcacagtgtgttaaataaatataacgtttaggtataaaataaaaaataagtcagtttatgtagaatgtaaagaaaatgcagtagataaagagaagaagaaact
gi|19 : tttatattaacaagtttattcagactatttttatatattttaacaataaatattgaaaactgttctaaataatgaaatttcggtattgataatttttaatttTACTATAATGGCATG-TTAAAATT-TACAACT----TGTA-T------AT---AAACAAGTATATTCAGACT------A---TTTT-TT-ATATATT---AACAATAATTATT--G-A-AG-T--TGTTCACAATA--A---TGAACTTT----T--TTCTAATCAATTTTTTTTAA-----TTTA--AAGTTA-----T--------A-A---A--------AAAT-aagaagaaact
gi|19 : taA------T-A-AAAA-ATGTTTG-TTTGT----T--TTG-CAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TAT---T---TTCTTT-TA-ATTA----AA-CAAGG-TCTCA----------CTGTG-------ATAGTGATA-GTA-A-ATAgtttgtttgttttgcattctacttatatatttattttcttttaattaaacaaggtctcactgtgatagtgatagtaaataagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|2 : tatactataatggcatgttaaaatttacaacttgtatataaacaagtatattcagactattttttatatattaacaataattattgaagttgttcacaataatgaacttttttctaatcaattttttttaatttaaagttAAATG-TACA-TT----TTTA-T------AT---CAACACGTGCATTCAGAGT------A---TGTT-T--ATTCATT-TTAACAATAAATTTT--A-A-AA-C--AGTTAAAAAAA--AAAGTGATATTA--CTT--T-CTAA---AT-------AG-----T--------TTA-----G--------A-ATATG--------AAAT-TAAT--CACATTATTTGTGTGATAA---TG---CA------------------AC-AAACA-GATA--A----TG------TGA-ATA-------------------T--TCG-CA------CA------A--CTTA---TAAGCT-----TAC---T---TT-TTA-TA-TCTA----AG-CGCTG-TCACA----------ATGTG--T---AATATAAATA-TGA-A-ATGCCTGT-ATGTAT-AACAT-A-AGAAA-----TAAGTTTG--T-------G--T---T--TGTGGA--GTA-GAGAAagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|20 : TACTATACTGACATG-TTGAGATT-TACAACT----TTTA-T------AA---TAGCAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--C-T--TTCT-A---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----TTAATTAAAA-A---A--------AAAC-ACAG--CA------------AAAAAATCAA---CA------------------AC-AAACA-AACA--A----CA------T-A-GTAA-TTATTTG-tgaatctcataaagaaagacgttaccatggtaacaaagaggagtacttgacattctt
gi|20 : ttaT-TA-TTTG----AGACAATG-CCACA----------ATGTG--T---TAAATAGATA-ATA-T-ATATTTCT-ATTTGT-AAAAT-G-AAAAA-----TAA----G--T-------agacaatgccacaatgtgttaaatagataatatatatttctatttgtaaaatgaaaaataagttcgctta
gi|21 : ttatactatactgacatgttgagatttacaacttttataatagcaagtacattcagactatctttatatattcttataatgaatatttaaactgttcacaataatgaaatttctttctaataataagttattaattaaaaaaaaacacagcaaaaaaatcaacaacaaacaaacaacatagtaaTAGCATA-CTAAGATA-TCTATTT----TTTA-TTAACAAGTGCCTAACAAGTGCTTTCAGA---------------T-T--ATAT-TT-C-AAAAATATATAAT--A-A-AA-T--CGTTCACAATA--A---TGATATTG--CTT--TTTTAA---AT-------AA-----T--------TT---------------------A--------AAAT-ATGA--CA------------ATAAT---AA---C------------------------------------------------------A-TTATTTG-TTTGTAACGT--TTGTTAT----ATT------A--CACA----ATATA-----TACATGT---ATCTTTATA-TATAGAATAG-AGACA-TTACA----------A-GTA--T---TGTATtcgctta
gi|22 : tagcaacacattattcataacacaataataagtataagG-TTAATATG-TACAACT----TT-A-T------AT---TAACAAGTGCCTTCAAACT------A---TGTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--A-A-AG-C--CGTTCGCAATA--A---TGCTATGA--CTT--TT-TAA---GT-------AG-----T--------TTA-----T--------------A--------ATAT-GAA------------------------------------------------------AATA-ATC---A----CA------T---------TATTTG-TTTGT----T--AGA-TAT----ACT------A--CTTA---TACGTT-----GAT---T---TTGTAT-T--ACTA----AG-TGTTG-TCACA----------ATGTGAAT---TATA-AAA-A-A-A-A-ATGACTGT-ATGCAT-AA----C-AGAAA-----TAA----GTTT-------G--TG--T-ATGTAGA
gi|23 : GCATG-TTTAGACG-TGC-ATT----TGTA-T------AT---CAACAAATGCCTCCAGTCT------A---AAT--------CGTT-C--ACAATAATTATca
gi|24 : aagttttatatctcattacacaaacacgaaaatagcaatacattgttcgtaacacagcaatgatctatcTACTATACTGACATG-TTGAAATT-TACAACT----TTTA-T------AA---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--C-T--TTCT-A---AT-------AA-----T-----TAGTTATTAATT--------A-A---A--------AACTCACAG--CA------------AAAAAATCAA---CA------------------AC-AAATA-AACA--A----CA------T-A-GTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TAC---T---TTCTTT-gtttcgtggcggagtttagaatatgaaactaatcacattatttatatattacatattaaactcataaccttactttacaatgtatttcaaaatgtgtactataaa
gi|25 : aGCATG-TTAATACT-T-----T----TTTA-C------A-----AACAGGTGGTTTCGGGCT----------TGTT-T--ATAACTT-CTAACGGTAACTATTA-A-A-AA-T--CATTCGTAATA--A---TGATACTA--CTT--TTTAGA---AT-------TA-----T--------TTA-----T--------A-A---
gi|26 : aTATA-TGGCATG-CTAAGATT-T------------TA-T------AT---TAGTAATTGTATTCAGACT------A---T-TT-A--ATATAGT-CCAATAATAAAGATT--G-A-AAAT--TTTTCACATTA--A---TAAAATTT--CT------TAA---TT-------TA-----T-----AATTTT-----T--------A--------------AAAT-A-----TA------------AAAAA------------------------------------------------------------------TATTTG-TTTGT----T--TTG-CAT----TCT------T--CTAA---TATATT-----GAC---T---TTCTGT-TA-ATTA----AT-CAATG-TCACA----------ATGTG--tctgaacataatcacattattcgtctgttatacaaacactttctaagcttactttttacaactaagtgttttcaataattgaaaaataaaaaa
gi|27 : aataTTTTA-TA-ATTA----AG-TGTTT-TCATA----------ATGTG--T---AATATAAATA-TAA-A-ATGCATGT-ATGTAT-ACTAT-A-AGAAA-----AAA----GCTT-------G--TG--T-ATGTAGAGAGTA-AAGAAG--G-G------ATAGTAT-A--AAGA
gi|28 : ACT------A---TTTT-T--ATATATT-CTAAAAATGAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---T--AATTT--C-C--TTCTTA---AT-------AA-----T-----AAGTAA-----T--------A-A---A--------AAAC-AAAG--CC------------AAAAC---AA---CA------------------aagacgttttattggtaaagaggaaacgtacttgacactc
gi|29 : aactattatactat-TTAAGATTATATAATT----TGTT-C------AA---TGACAAGTGCATTCAGACA------A---TTTT-TTTATATATT--TAACGATACATGTG--A-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGATATAT---TT--TTATAA---AT-------AA-----tgtatgatatttattgcatgtgttatatatatagtat
gi|3 : tcaaaTATATTAGCATG-CTAAGATA-TATAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGTATTAAGGCT------A---AGTC-T--ATATATT-CTTACAATAATTATT--G-T-AG-C--ACTTTACAAGA--G---TGAAAGTG--C-T--TTATAA---AT-------CA-----T-----attgaaatctcaacagtcaattatttgtttattt
gi|3 : aAA-TAATTTG-TTTGT----T--TTG-CAT----TCT------A--TAAA---TACATTAATTTTGC---T---TCCATC-TAGATTT----AG-CATTG-TCACA----------ATATG--T---TATATACATA-TTA-A-ATACCTCT-ATGTAT-GAAAT-G-AGAAA-----TAT----GTTT-------GT-T---T-ATATAGACAGAA-GAGGAA--G-G------TTAGAAG-AT-AAGAttttaatctggactgtataaataatttgtttgttttgcattctataaatacattaattttgcttccatctagatttagcattgtcacaatatgttatatacatattaaatacctctatgtatgaaatgagaaatatgtttgtttatatagacagaagaggaaggttagaagataagataaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|30 : atatattagcatgctaagatatataacttttatattaacaagtgtattaaggctaagtctatatattcttacaataattattgtagcactttacaagagtgaaagtgctttataaatcatttttaatctggactgtata-CAATG---ACA----------ATGTG--T---GGTATAAATATGTA-ATAT-CTTTT-ATGTCT-AAATTTA-AAAAA-----TAA----G--TTCACGTGG--T---TTATGTAGAAAGTA-AAGAA-----G------GTTGTAG-taaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|31 : tttattTATATT-CTATTAAACAACATT--G-A-AAAC--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--Ttttaaaaaggaagttataatgatgagaagaagaactg
gi|31 : ------T-A-AAAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CGT----TCT------T--CTAA---AATATT-----TAC---T---TTCTTT-TA-ATTA----AG-atgatttttatatttaaaaattatttgtttgttttgcgttcttctaaaatatttactttcttttaattaagttg
gi|33 : tatattctattaaacaacattgaaaactgttcacaataatgaaatttctttatgatttttatattTATACTGGCATG-CTAAGATC-TACAACT----TCTA-T------AC---TAAAAAGTATATTTAGACT----------TATT-C--ATATATT-CTAACAAttg
gi|34 : TATACCGACATG-CTAAGATT-TACATAT----TTTA-T------AT---TAACATATATATTCAGACT------A---TTTT-T--ATACATC-CTAACAATAACTATC--GAA-AA-C--AGTTCGCAATA--A---TGAAAatgcattcttgtttttaaatgtattcaggaacttcattgaaat
gi|35 : tTA-T-ACACATAC-ACGTATGAAAAT-A-AG--------TTA----G--T----------T---T-ATGTAGAATGTA-AAAAAA--G-G------GTAGTgg
gi|36 : atattttatttctcatGCATG-TTAAGATG-TACA-CG----TGTA-T------AT---TAGCAAGTGCCTTCAGACT------A---TG---T--ATA-------AATAA-AGACATT--A-A-AG-T--CGTtatgttaaagagaagaagaaatgtaacac
gi|37 : CATG-TTAAGATG-TACA--T----TTTAAC------AT---TAA---GTGCCTTCAGACA------T---TGTT-C--ATATATT-CTAATGATATATATT--G-A-AA-C--CGTTTACAAGAT-A---TGAaaagaggaaaacatttgacacttt
gi|38 : aGCATG-TTAACATG-TACA--T----TTTA-T------AT---TAATAAGTGTCTTCATACT------A---TGTT-T--ATATATCACTAAtg
gi|4 : TACTATACTTGCATG-TTAATATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TA-CAAGTACATTCAGATT------A---T-TT-T--ATATATT-CTAACAATAACTATT--G-A-AG-T--TGTTTTCAATA--A---TGAAATTT--CTT--T-CGAA---AT-------AA-----T-------GTT---------------------------------T-AGAT--CA---------------------------------------------------TA-AACA--A------------T-A-ATA-------TG-TTTGT----T--TTG-CAT----TCT------A--CTTA---TATATT-----TAC---T---TTCTTT-TA-ATTA----AA-CAATG-TCACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATT-A-ATACCTTT-TTGTAT-AAAAT-A-AAGAA-----TTA----GT-T-------GGTT---T-ATGTAGAGGGTA-CA-AAA--C-C------GTAGTAG--T-AAGAGaacttt
gi|5 : aATT----TTTA-T------AC---TAGCAAGTGCCTTCAGATA------A---TGTT-T--ATATATT-ACAACAATAAATATT--A-A-AA-C--CGCTCACAATA--A---TGATATTA--CTA--TT--------T-------AA-----C-----TAGTT-----------------A---A--------GAAT------------------------------------------------------AT-GA--A-AATA--A----TC------C-C-ATTA-TT---TG-TTTGT----TACATA-CATAACGTAT------AA-CGTA---TAAGTT-----TAC---T---TT-TTA-TA-ACTT----AG-TGTTG-TCACAGCGTATATATATGTG--TGTGTATATGAA-----A-A-AAGCCCAA-ATG--T-AAAAT-ATAAGAA-----TAA----G--CTG-----G--TG--T-ATGTAGAGAATA-GAGAAG--G-G------ATAGCAT-A--AAGAatgggagtaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|6 : acTACTATACTAACATG-TTGAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TTTT-T--AAATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAACTT--CTT--TTCTAA---AG-------AA-----T-----AAGATA-----T--------A-A---A--------AAAT-AAAGC-CA------------AAAAA---AACCCCA------------------A---AACA-AACA--A----CA------T-A-ATAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CAT----TCT------A--CTAA---TATATT-----TAC---T---TTCTTT-TA-ATGA----AA-CAATG-CCACA----------ATGTG--C---TATATAAATA-ATA-A-ATATTTTT-ATGTAT-AAAAT-G-AAAAA-----TAA---------------G--T---T-AAATAGAGTGTA-AAAATA--G-A------GTAGTAG-AT-AAAAGaaaacgttagagtgataaagaggagaagtacttggcactc
gi|7 : TACTATACTTGCATG-TTAATATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TA-CAAGTACATTCAGATT------A---T-TT-T--ATATATT-CTAACAATAACTATT--G-A-AG-T--TGTTTTCAATA--A---TGAAATTT--CTT--T-CGAA---AT-------AA-----T-------GTT---------------------------------T-AAAT--CA---------------------------------------------------TA-AACA--A-----A------T-A-ATA-------TG-TTTGT----T--TTG-CAT----TCT------T--CTAA---TATATT-----TAC---T---TTCTTT-TA-ATTA----AA-CAATG-TCACA----------ATGTG--T---TATATAAATA-ATT-A-ATACCTTT-TTGTAT-AAAAT-A-AAGAA-----TAA----GT-T-------GGTT---T-ATGTAGAGGGTA-CA-AAA--C-C------GTAGTAG--T-AAGAGt
gi|8 : taTG-TTAAGATG-TACATTT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCCTTTATACT------A---TATT-T--ATATATT-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--CGTTCACAATA--A---CGATATATGACAT--TT-TAA---AT-------A---------------CTA-----T--------A-G---A--------ATAT-GAA----A------------ATAAA---TA---CA------------------TC-GTTTA-AGTGATA----CA------T-ATACAACTTATAAG-TT-----------------------T------A--C--------TATT-----TA---------------TA-GCTA----AG-TG-TACTCACA----------ATGTG--T---AATATAAAT--GTA--------TGT-ATGTAT-AACAT-A-AGAAA-----TAA----GATT-------G--TG--T-ATGTAGAGAGTT-AAGAAG--G-A------ATA-TAGTAT-AAatgggaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|9 : ATA-TGGCATG-CTTAGATT-T------------TA-T------AT---TAATAAGTATATTCAGATC------A---T-TT-T--ATATAGT-CCAATAATAAACATT--G-ATAA-C--TTTTCACAATA--A---TAAAATTT--CTTAATTT------AT-------AATTTTTT-----AAAATA-----T--------A-A---A--------AAAT-Aagaaagttttagtgttaaagaggaaacgtacttgacactct
gi|9 : acA--A----TA------T-A-AAAA-ATATATG-TTTGT----T--TTG-CAT----TCT------T--CTAA---TATATT-----TAC---T---TTCTTT-TA-ATTA----AG-CAATG-TCACA----------ATGTG--T---TATAT---TA-ATT-A-TTACTGTT-ATGTAT-AAAAT-G-GAAAA-----TAA----G--TTA-----GC-T---T-ATGTAGAATGTA-AAGAAA--G-G------GTAGTAG-AT-AAGAGtatgtttgttttgcattcttctaatatatttactttcttttaattaagcaatgtcacaatgtgttatattaattattactgttatgtataaaatggaaaataagttagcttatgtagaatgtaaagaaagggtagtagataagagaagggagttaggataaagagaagaaggaacttaacac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TATGTTCTGTATCTCTTTTCCTTTTCCACATAACGCATATAAATAAGTAGCAACACATTGTTCATAACACAATAATAAGGACCAGTAGCATGCAAGGATGTGTATTTTTATATTAA
Unaligned ( gi|39 ): AACAAAACAGAGTTCGTAACACAATGATAAAGACC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111 444444444444444
lowQualScore : 2 1 22 77 2222 1 333333 222 333333 222 6 1 22 1 5555 1 1 333 33 222 1 22 2 22 2222 222 5555555 44444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 3333 22 1 222 3333 888888888 1 2 44444 222 1 2 1 1 3333 1 777777 7777777777 22 4444 22222222222222222 1 1 1 3333 1 1 1 1 222 44444 3333 444444444444444 2 22 2 55555 33 88888888 2
lowQualScore : . . .. .. .... . ...... ... ...... ... . . .. . .... . . ... .. ... . .. . .. .... ... ....... ..... .................................................................................................................................... . .... .. . ... .... ......... . . ..... ... . . . . .... . ...... .......... .. .... ................. . . . .... . . . . ... ..... .... ............... . .. . ..... .. ........ .
lowQualScore : 2 5 77 33 7777 2 666666 222 555555 111 2 2 99 2 8888 3 3 888 22 333 3 00 9 11 1111 999 4444444 22222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 5555 33 7 999 5555 555555555 7 6 22222 999 6 3 5 6 4444 5 222222 0000000000 22 5555 22222222222222222 7 7 7 5555 5 0 8 8 999 55555 9999 555555555555555 0 99 1 33333 11 44444444 7
consensus : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--TTCTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------AA---A--------AAAT-AAAG--CA------------AAAAA---AA---CA------------------AC-GAACA-AACAA----CA------T-AATAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TNATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-CG-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATA-A-ATA----CCTNT-ATGTAT-AAAAT-A-AAAAA-----TAA----G--T-------G--T-T-ATGTAGAGNGTA-AAG-----AAA--G-G------GTAGTAGAT-AAGAG
Reference ( family-715 ) : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--TTCTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------AA---A--------AAAT-AAAG--CA------------AAAAA---AA---CA------------------AC-GAACA-AACAA----CA------T-AATAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TNATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-CG-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATA-A-ATA----CCTNT-ATGTAT-AAAAT-A-AAAAA-----TAA----G--T-------G--T-T-ATGTAGAGNGTA-AAG-----AAA--G-G------GTAGTAGAT-AAGAG
gi|1 : TACTATATTGACATG-TTGAAATT-TACAACT----TAT--T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAAATT--CTT--T-CTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTT-----TTT------AA---A--------AAA--ACAG--TA------------AAAAATTCAA---CA------------------AC-AAGCA-AACAAACATTA------T-AGTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-TA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATGA----AA-CA-----ATGCTACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATA-C-ATA----TTTTT-ATGTAT-TAAAT-G-AAAAA-----TAA----G--TTC-----GC-T-T-AAATAGAGTGTA-AAG-----AAA--G-A------GTTGTAGAT-AA
gi|10 : T-TACATAT----TTTA-T------A-----AACAGGCGTGCTCAGACT------A---TGTG-T--AGATATG-TTAACGTTAAATATTAAA-A-AA-CAATTTTTACGATA--A---TGCTATTT--ATT--TT--------T-------AA-----T-----AGTTT--------------------------------------------------------------AA---CA------------------TCTGAACATAATCA----C-------------A-TTATTTGTTTTGT----T--ATA-CA---T----ACTTGTGCAA--C-TTATAAGCT-----TAAG---T-T-TTA-TA-AACG----TG-TG-----TTGTCACA----------GTGTA--T---AATATAGA-----------------T--ATGTA-ATA----CCCGT-ATGCAT-ATAAC-A-AGAAA-----TAA----G--TCG-----G--TAC-ATGTGGAGAGCA-GAG-----ATG--A-G------AAAGTAGGT-AAAAGagtaggagggttaagataaagaaaagaagaaattaacact
gi|11 : TATGCTACCATGCTTAAG-TT-TACAATTAACGTTGA-T------AT---CAACAAATATATTCAGACTTTGTTTAGTTTGTT-T--ATATCTT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--TGGTCACAATAATA---TGAAATTaaaacagttattgtaaagtgg
gi|11 : atta------T-AATAAAGTATTAC-TTTGC----T--TAG-CAATGT----TCTT-----A--A-T-ATATATT-----TACTACTT-TCTTT-TA-ATTA----AA-CA-----TTGTCACA----------ATGTC--G---TATATAAA-----------------TA-TT-----TA----CTTTTCATGTAT--CAAT-G-AAACA-----TAA----GA-T-------GGTT-C-ACTTAGACAGTA-AAG-----AAA--GTGTGAAATGTAGTAGAT-AAGGGaataaagtattactttgcttagcaatgttcttaatatatatttactactttcttttaattaaacattgtcacaatgtcgtatataaatatttacttttcatgtatcaatgaaacataagatggttcacttagacagtaaagaaagtgtgaaatgtagtagataagggatgggaga
gi|12 : attatatgctaccatgcttaagtttacaattaacgttgatatcaacaaatatattcagactttgtttagtttgtttatatcttctaacaataaatattgaaactggtcacaataatatgaaatG-TTAAGATG-TACA-TT----TTTA-T------AT---TAACAAATGTCTTCATACT------A---TGTT-T--ATATATT-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--AGTTCACAATA--A---TGATATGA--CTT--TT-TGA---AT---------------------GGTT------------------------------AAT-AATA--TG------------AAAAT---AA---T-------------------------------------CA------T-AGT-----ATGTG-TTTGT----T--ACC-TA---T----ACA------A--C-TGATAAGTT-----AACT---A-T-TTA-GA-ACTA----AG-TGTTGAAATGTCTGT----------ATGTA--T---AACATAAG-----------------CA-ATA-A-GTT----TGCGT-GTGAAG-AGATT-A-GAGAA-----GAG----A--T-------A--T-T-AT----AACG-A-AAGACGTTAAA--GTG------ATAG-AGAG-AAGAatgggaga
gi|13 : TACTATGCTGACATG-TTGAGATT-AACAACT----TTTG-T------AT---TAACAAGTATATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGATTATT--G-A-AA-C--TGTTCACAGTA--A---TGAAAATT--C-T--TTCTAA---AT-------AA-----TTTAGAAAGTTA-----T--------AA---AAAAAAACGAAAC-AAAGCACA------------AAAAA---AA---CAACAGCAAAAAAATCAACAAC-AAACA-AACAA----CATACCGGT-AGTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACT---T-TCTTT-AA-ATGA----AA-TA-----ATGCCACA----------ATGTT--T---TATATAAA-----------------TA-ATA-A-ATA----agtactggacactcta
gi|14 : TATACCGGCATG-CTAAGATC-TACATCT----TTAA-T------AT---CAACAAGTATATTCAGACT------A---TTGC-T--ATATACT-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--TTTT--CAATA--A---TGACATTT--CCT--T
gi|14 : taA------T-AA-AA-TTATTTG-TTTGT----T--TTA-CA---T----TAT------ATTC-TTTTATGTT-----TACT---T-TCTTT-AA-ATTA----AG-CA-----ATATCACA----------ATGTG--T-----TATAGA-----------------TA-ATT-A-ATA----CCTTT-ATGTAT-GAAAT-A-AACAAGTCGTTA--------T-------T--T-T-ATGTAGAATGTA-AAG-----AAA--G-G------GTAGTATAT-ataccggtacataattttttaattttaaattataaaattatttgtttgttttacattatattcttttatgtttactttctttaaattaagcaatatcacaatgtgttatagataattaatacctttatgtatgaaataaacaagtcgttattttatgtagaatgtaaagaaagggtagtatat
gi|15 : tatataccggcatgctaagatctacatctttaatatcaacaagtatattcagactattgctatatactcttacaatgaatattgaaacttttcaataatgacatttccttataccggtacataattttttaattttaaattTACTATACTGACATG-TTAAAATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---CTTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAACTTT--CTT--TTT--A---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----TTA------AA---A--------AAAC-ACAG--CA------------AAAACTC-AA---CA------------------AC-AAACA-AACAA----CA------T-AGTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACA---T-TCTTT-TA-ATGA----GA-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TAAATAAA-----------------TA-ATA-C-ATA----TTTCT-ATGTAT-AAAAT-G-AAAAA-----TAA----G--T-------
gi|16 : ttaTATA-TGGCATG-CTAAGATG-T------------TA-T------AC---TCAAAAGTATATTCAGGTT------A---TTTTAT--ATATAGT-CTGATAATAAACATT--G-A-AA-A--C--TCACAATA--A---TAAGATTT--CT------TAG---TT-------AA-----T-----AGTTTT-----T--------AA---A--------ATAT-AA------------------------------------------------------GAA-----------------------ATAT-CTGTTT-----GT----T--TTG-CA---T----TCT------T--C-TAATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATAT--------------------TA-ATT-A-ATA----CTTTT-ATGTAT-ATAAT-T-GAAAA-----TAA----G--T----------T-T-ATGTAGAATGT--GCG-----AAA--G-A------GTAGTAGAT-AAGAGtcgc
gi|17 : taATT----TTTA-T------A-----AGCCGGTGTATTCAGACT------T---TAAT-T--ATAACTT-CTAACGATAAATATT--GAA-AA-C--CGTTTGTAATA--A---TTATATCA--CTG--TT-TAA---AT-------AG-----T--------TTA-----T--------AA---aagggagttaagataaaga
gi|17 : gcTATTTA-TTTGT----T--ATA-CA---T----ACA------G--C-TGATAAGCT-----TACG---T-TTTAT-GC-ATT---------T-----ATGCCACA----------ATGTG--T---AATGCAAA-----------------TA-TGA-A-ATG----CCTGT-ATGTGT-AGAAT-A-AGAAA-----TAC----G--TTATACG-G--TGT-ATGTAGAGAGAAGAAG-----AAAAGG-G------ACAGTAGAT-AAGAGtctgaacatttccgcagtatttatttgttatacatacagctgataagcttacgttttatgcatttatgccacaatgtgtaatgcaaatatgaaatgcctgtatgtgtagaataagaaatacgttatacggtgtatgtagagagaagaagaaaagggacagtagataagagaaaa
gi|18 : gcatttttataagccggtgtattcagactttaattataacttctaacgataaatattgaaaaccgtttgtaataattatatcactgtttaaatagtttataatctgaacatttccgcag----TTTA-T------AT---TAACAAGTTTATTCAGACT------A---TTTT-T--ATATATT-TTAACAATAAATATT--GAA-AA-C--TGTTCTAAATA--A---TGAAATTT--Caaaa
gi|18 : ------T-AA-AA-TTACTTG-TTTGT----C--TTG-TA---T----TCT------T--C-TGATATATC-----ATCT---T-TCTAT-CA-ATCA----AG-CT-----ATGTCACA----------GTGTG--T---TAAATAAA-----------------T--ATA-----A----CGTTT-AGGTAT-AAAAT-A-AAAAA-----TAA----G--TCA-----GT-T-T-ATGTAGAATGTA-AAG-----AAA--A-T------GCAGTAGATAAAGAGggtattgataatttttaattttaaaattacttgtttgtcttgtattcttctgatatatcatctttctatcaatcaagctatgtcacagtgtgttaaataaatataacgtttaggtataaaataaaaaataagtcagtttatgtagaatgtaaagaaaatgcagtagataaagagaagaagaaact
gi|19 : tttatattaacaagtttattcagactatttttatatattttaacaataaatattgaaaactgttctaaataatgaaatttcggtattgataatttttaatttTACTATAATGGCATG-TTAAAATT-TACAACT----TGTA-T------AT---AAACAAGTATATTCAGACT------A---TTTT-TT-ATATATT---AACAATAATTATT--G-A-AG-T--TGTTCACAATA--A---TGAACTTT----T--TTCTAATCAATTTTTTTTAA-----TTTA--AAGTTA-----T--------AA---A--------AAAT-aagaagaaact
gi|19 : taA------T-AAAAA-ATGTTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TATT---T-TCTTT-TA-ATTA----AA-CA-----AGGTCTCA----------CTGTG-------ATAGTGA-----------------TA-GTA-A-ATA----gtttgtttgttttgcattctacttatatatttattttcttttaattaaacaaggtctcactgtgatagtgatagtaaataagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|2 : tatactataatggcatgttaaaatttacaacttgtatataaacaagtatattcagactattttttatatattaacaataattattgaagttgttcacaataatgaacttttttctaatcaattttttttaatttaaagttAAATG-TACA-TT----TTTA-T------AT---CAACACGTGCATTCAGAGT------A---TGTT-T--ATTCATT-TTAACAATAAATTTT--A-A-AA-C--AGTTAAAAAAA--AAAGTGATATTA--CTT--T-CTAA---AT-------AG-----T--------TTA-----G--------AATATG--------AAAT-TAAT--CACATTATTTGTGTGATAA---TG---CA------------------AC-AAACA-GATAA----TG------TGAATA-------------------T--TCG-CA---------CA------A--C-TTATAAGCT-----TACT---T-T-TTA-TA-TCTA----AG-CG-----CTGTCACA----------ATGTG--T---AATATAAA-----------------TA-TGA-A-ATG----CCTGT-ATGTAT-AACAT-A-AGAAA-----TAAGTTTG--T-------G--T-T--TGTGGA--GTA-GAG-----AAagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|20 : TACTATACTGACATG-TTGAGATT-TACAACT----TTTA-T------AA---TAGCAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--C-T--TTCT-A---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----TTAATTAAAAA---A--------AAAC-ACAG--CA------------AAAAAATCAA---CA------------------AC-AAACA-AACAA----CA------T-AGTAA-TTATTTG-tgaatctcataaagaaagacgttaccatggtaacaaagaggagtacttgacattctt
gi|20 : ttaT-TA-TTTG----AGACA-----ATGCCACA----------ATGTG--T---TAAATAGA-----------------TA-ATA-T-ATA----TTTCT-ATTTGT-AAAAT-G-AAAAA-----TAA----G--T-------agacaatgccacaatgtgttaaatagataatatatatttctatttgtaaaatgaaaaataagttcgctta
gi|21 : ttatactatactgacatgttgagatttacaacttttataatagcaagtacattcagactatctttatatattcttataatgaatatttaaactgttcacaataatgaaatttctttctaataataagttattaattaaaaaaaaacacagcaaaaaaatcaacaacaaacaaacaacatagtaaTAGCATA-CTAAGATA-TCTATTT----TTTA-TTAACAAGTGCCTAACAAGTGCTTTCAGA---------------T-T--ATAT-TT-C-AAAAATATATAAT--A-A-AA-T--CGTTCACAATA--A---TGATATTG--CTT--TTTTAA---AT-------AA-----T--------TT--------------------A--------AAAT-ATGA--CA------------ATAAT---AA---C---------------------------------------------------A-TTATTTG-TTTGTAACGT--TTGTTA---T----ATT------A--CACAATATATA-----CATG---TATCTTTATA-TATAGAATAG-AG-----ACATTACA----------A-GTA--T---TGTATtcgctta
gi|22 : tagcaacacattattcataacacaataataagtataagG-TTAATATG-TACAACT----TT-A-T------AT---TAACAAGTGCCTTCAAACT------A---TGTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--A-A-AG-C--CGTTCGCAATA--A---TGCTATGA--CTT--TT-TAA---GT-------AG-----T--------TTA-----T-------------A--------ATAT-GAA------------------------------------------------------AATA-ATC-A----CA------T--------TATTTG-TTTGT----T--AGA-TA---T----ACT------A--C-TTATACGTT-----GATT---T-TGTAT-T--ACTA----AG-TG-----TTGTCACA----------ATGTGAAT---TATA-AAA------------------A-A-A-A-ATG----ACTGT-ATGCAT-AA----C-AGAAA-----TAA----GTTT-------G--TGT-ATGTAGA
gi|23 : GCATG-TTTAGACG-TGC-ATT----TGTA-T------AT---CAACAAATGCCTCCAGTCT------A---AAT--------CGTT-C--ACAATAATTATca
gi|24 : aagttttatatctcattacacaaacacgaaaatagcaatacattgttcgtaacacagcaatgatctatcTACTATACTGACATG-TTGAAATT-TACAACT----TTTA-T------AA---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--C-T--TTCT-A---AT-------AA-----T-----TAGTTATTAATT--------AA---A--------AACTCACAG--CA------------AAAAAATCAA---CA------------------AC-AAATA-AACAA----CA------T-AGTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACT---T-TCTTT-gtttcgtggcggagtttagaatatgaaactaatcacattatttatatattacatattaaactcataaccttactttacaatgtatttcaaaatgtgtactataaa
gi|25 : aGCATG-TTAATACT-T-----T----TTTA-C------A-----AACAGGTGGTTTCGGGCT----------TGTT-T--ATAACTT-CTAACGGTAACTATTA-A-A-AA-T--CATTCGTAATA--A---TGATACTA--CTT--TTTAGA---AT-------TA-----T--------TTA-----T--------AA---
gi|26 : aTATA-TGGCATG-CTAAGATT-T------------TA-T------AT---TAGTAATTGTATTCAGACT------A---T-TT-A--ATATAGT-CCAATAATAAAGATT--GAA-AA-T--TTTTCACATTA--A---TAAAATTT--CT------TAA---TT-------TA-----T-----AATTTT-----T--------AA---A--------ATAT-AAA----A------------AA-------------------------------------------------------------TAT-TTGTTTG-----T----T--TTG-CA---T----TCT------T--C-TAATATATT-----GACT---T-TCTGT-TA-ATTA----AT-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--tctgaacataatcacattattcgtctgttatacaaacactttctaagcttactttttacaactaagtgttttcaataattgaaaaataaaaaa
gi|27 : aata-TTTTA-TA-ATTA----AG-TG-----TTTTCATA----------ATGTG--T---AATATAAA-----------------TA-TAA-A-ATG----CATGT-ATGTAT-ACTAT-A-AGAAA-----AAA----GCTT-------G--TGT-ATGTAGAGAGTA-AAG-----AAG--G-G------ATAGTATA--AAGA
gi|28 : ACT------A---TTTT-T--ATATATT-CTAAAAATGAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---T--AATTT--C-C--TTCTTA---AT-------AA-----T-----AAGTAA-----T--------AA---A--------AAAC-AAAG--CC------------AAAAC---AA---CA------------------aagacgttttattggtaaagaggaaacgtacttgacactc
gi|29 : aactattatactat-TTAAGATTATATAATT----TGTT-C------AA---TGACAAGTGCATTCAGACA------A---TTTT-TTTATATATT--TAACGATACATGTG--A-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGATATAT---TT--TTATAA---AT-------AA-----tgtatgatatttattgcatgtgttatatatatagtat
gi|3 : tcaaaTATATTAGCATG-CTAAGATA-TATAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGTATTAAGGCT------A---AGTC-T--ATATATT-CTTACAATAATTATT--G-T-AG-C--ACTTTACAAGA--G---TGAAAGTG--C-T--TTATAA---AT-------CA-----T-----attgaaatctcaacagtcaattatttgtttattt
gi|3 : aAA-TAATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--T-AAATACATTAATTTTGCT---T-CCATC-TAGATTT----AG-CA-----TTGTCACA----------ATATG--T---TATATACA-----------------TA-TTA-A-ATA----CCTCT-ATGTAT-GAAAT-G-AGAAA-----TAT----GTTT-------GT-T-T-ATATAGACAGAA-GAG-----GAA--G-G------TTAGAAGAT-AAGAttttaatctggactgtataaataatttgtttgttttgcattctataaatacattaattttgcttccatctagatttagcattgtcacaatatgttatatacatattaaatacctctatgtatgaaatgagaaatatgtttgtttatatagacagaagaggaaggttagaagataagataaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|30 : atatattagcatgctaagatatataacttttatattaacaagtgtattaaggctaagtctatatattcttacaataattattgtagcactttacaagagtgaaagtgctttataaatcatttttaatctggactgtata-CA-----ATG--ACA----------ATGTG--T---GGTATAAA-----------------TATGTA-ATAT-----CTTTT-ATGTCT-AAATTTA-AAAAA-----TAA----G--TTCACGTGG--T-TTATGTAGAAAGTA-AAG-----AA-----G------GTTGTAGtaaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|31 : tttattTATATT-CTATTAAACAACATT--G-A-AAAC--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--Ttttaaaaaggaagttataatgatgagaagaagaactg
gi|31 : ------T-AAAAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CG---T----TCT------T--C-TAAAATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-atgatttttatatttaaaaattatttgtttgttttgcgttcttctaaaatatttactttcttttaattaagttg
gi|33 : tatattctattaaacaacattgaaaactgttcacaataatgaaatttctttatgatttttatattTATACTGGCATG-CTAAGATC-TACAACT----TCTA-T------AC---TAAAAAGTATATTTAGACT----------TATT-C--ATATATT-CTAACAAttg
gi|34 : TATACCGACATG-CTAAGATT-TACATAT----TTTA-T------AT---TAACATATATATTCAGACT------A---TTTT-T--ATACATC-CTAACAATAACTATC--GAA-AA-C--AGTTCGCAATA--A---TGAAAatgcattcttgtttttaaatgtattcaggaacttcattgaaat
gi|35 : tTA-T-ACA----CATAC-ACGTATGAAAAT-A-AG--------TTA----G--T----------T-T-ATGTAGAATGTA-AAA-----AAA--G-G------GTAGTgg
gi|36 : atattttatttctcatGCATG-TTAAGATG-TACA-CG----TGTA-T------AT---TAGCAAGTGCCTTCAGACT------A---TG---T--ATA-------AATAA-AGACATT--A-A-AG-T--CGTtatgttaaagagaagaagaaatgtaacac
gi|37 : CATG-TTAAGATG-TACA--T----TTTAAC------AT---TAA---GTGCCTTCAGACA------T---TGTT-C--ATATATT-CTAATGATATATATT--G-A-AA-C--CGTTTACAAGAT-A---TGAaaagaggaaaacatttgacacttt
gi|38 : aGCATG-TTAACATG-TACA--T----TTTA-T------AT---TAATAAGTGTCTTCATACT------A---TGTT-T--ATATATCACTAAtg
gi|4 : TACTATACTTGCATG-TTAATATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TA-CAAGTACATTCAGATT------A---T-TT-T--ATATATT-CTAACAATAACTATT--G-A-AG-T--TGTTTTCAATA--A---TGAAATTT--CTT--T-CGAA---AT-------AA-----T-------GTT--------------------------------T-AGAT--CA---------------------------------------------------TA-AACAA------------T-AATA-------TG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AA-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATT-A-ATA----CCTTT-TTGTAT-AAAAT-A-AAGAA-----TTA----GT-T-------GGTT-T-ATGTAGAGGGTA-CA------AAA--C-C------GTAGTAG-T-AAGAGaacttt
gi|5 : aATT----TTTA-T------AC---TAGCAAGTGCCTTCAGATA------A---TGTT-T--ATATATT-ACAACAATAAATATT--A-A-AA-C--CGCTCACAATA--A---TGATATTA--CTA--TT--------T-------AA-----C-----TAGTT----------------A---A--------GAAT------------------------------------------------------AT-GA--A-AATAA----TC------C-CATTA-TT---TG-TTTGT----TACATA-CA---TAACGTAT------AA-C-GTATAAGTT-----TACT---T-T-TTA-TA-ACTT----AG-TG-----TTGTCACAGCGTATATATATGTG--TGTGTATATGAA----------------------A-A-AAG----CCCAA-ATG--T-AAAAT-ATAAGAA-----TAA----G--CTG-----G--TGT-ATGTAGAGAATA-GAG-----AAG--G-G------ATAGCATA--AAGAatgggagtaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|6 : acTACTATACTAACATG-TTGAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TTTT-T--AAATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAACTT--CTT--TTCTAA---AG-------AA-----T-----AAGATA-----T--------AA---A--------AAAT-AAAGC-CA------------AAAAA---AACCCCA------------------A---AACA-AACAA----CA------T-AATAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TAATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATGA----AA-CA-----ATGCCACA----------ATGTG--C---TATATAAA-----------------TA-ATA-A-ATA----TTTTT-ATGTAT-AAAAT-G-AAAAA-----TAA---------------G--T-T-AAATAGAGTGTA-AAA-----ATA--G-A------GTAGTAGAT-AAAAGaaaacgttagagtgataaagaggagaagtacttggcactc
gi|7 : TACTATACTTGCATG-TTAATATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TA-CAAGTACATTCAGATT------A---T-TT-T--ATATATT-CTAACAATAACTATT--G-A-AG-T--TGTTTTCAATA--A---TGAAATTT--CTT--T-CGAA---AT-------AA-----T-------GTT--------------------------------T-AAAT--CA---------------------------------------------------TA-AACAA-----A------T-AATA-------TG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------T--C-TAATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AA-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATT-A-ATA----CCTTT-TTGTAT-AAAAT-A-AAGAA-----TAA----GT-T-------GGTT-T-ATGTAGAGGGTA-CA------AAA--C-C------GTAGTAG-T-AAGAGt
gi|8 : taTG-TTAAGATG-TACATTT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCCTTTATACT------A---TATT-T--ATATATT-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--CGTTCACAATA--A---CGATATATGACAT--TT-TAA---AT-------A---------------CTA-----T--------AG---A--------ATAT-GAA----A------------ATAAA---TA---CA------------------TC-GTTTA-AGTGA----TA------C-A------TAT------------------A-CA-----------------A--C-TTATAAGTT-----TACT---A-T-TTA-TA-GCTA----AG-TGT----AC-TCACA----------ATGTG--T---AATATAAATGTATGTATGTATAACATA-AGA-A-ATAAGATTGTGT-ATGTAG-AGAGT-T-AAGAA-----GGA----A--T-------A--T---------AGTATA-AAG-----AAA--G-atgggaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|9 : ATA-TGGCATG-CTTAGATT-T------------TA-T------AT---TAATAAGTATATTCAGATC------A---T-TT-T--ATATAGT-CCAATAATAAACATT--G-ATAA-C--TTTTCACAATA--A---TAAAATTT--CTTAATTT------AT-------AATTTTTT-----AAAATA-----T--------AA---A--------AAAT-Attttagtgttaaagaggaaacgtacttgacactct
gi|9 : acAA----TA------T-AAAAA-ATATATG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------T--C-TAATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATAT--------------------TA-ATT-A-TTA----CTGTT-ATGTAT-AAAAT-G-GAAAA-----TAA----G--TTA-----GC-T-T-ATGTAGAATGTA-AAG-----AAA--G-G------GTAGTAGAT-AAGAGtatgtttgttttgcattcttctaatatatttactttcttttaattaagcaatgtcacaatgtgttatattaattattactgttatgtataaaatggaaaataagttagcttatgtagaatgtaaagaaagggtagtagataagagaagggagttaggataaagagaagaaggaacttaacac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TATGTTCTGTATCTCTTTTCCTTTTCCACATAACGCATATAAATAAGTAGCAACACATTGTTCATAACACAATAATAAGGACCAGTAGCATGCAAGGATGTGTATTTTTATATTAA
Unaligned ( gi|39 ): AACAAAACAGAGTTCGTAACACAATGATAAAGACC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111 444444444444444
lowQualScore : 2 1 22 77 2222 1 333333 222 333333 222 6 1 22 1 5555 1 1 333 33 222 1 22 2 22 2222 222 5555555 44444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 3333 22 1 222 3333 888888888 1 2 44444 222 1 2 1 1 3333 1 777777 7777777777 22 4444 22222222222222222 1 1 1 3333 1 1 1 1 222 44444 3333 444444444444444 2 22 2 55555 33 88888888 2
lowQualScore : . . .. .. .... . ...... ... ...... ... . . .. . .... . . ... .. ... . .. . .. .... ... ....... ..... .................................................................................................................................... . .... .. . ... .... ......... . . ..... ... . . . . .... . ...... .......... .. .... ................. . . . .... . . . . ... ..... .... ............... . .. . ..... .. ........ .
lowQualScore : 2 5 77 33 7777 2 666666 222 555555 111 2 2 99 2 8888 3 3 888 22 333 3 00 9 11 1111 999 4444444 22222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 5555 33 7 999 5555 555555555 7 6 22222 999 6 3 5 6 4444 5 222222 0000000000 22 5555 22222222222222222 7 7 7 5555 5 0 8 8 999 55555 9999 555555555555555 0 99 1 33333 11 44444444 7
consensus : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--TTCTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------AA---A--------AAAT-AAAG--CA------------AAAAA---AA---CA------------------AC-GAACA-AACAA----CA------T-AATAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TNATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-CG-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATA-A-ATA----CCTNT-ATGTAT-AAAAT-A-AAAAA-----TAA----G--T-------G--T-T-ATGTAGAGNGTA-AAG-----AAA--G-G------GTAGTAGAT-AAGAG
Reference ( family-715 ) : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--TTCTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------AA---A--------AAAT-AAAG--CA------------AAAAA---AA---CA------------------AC-GAACA-AACAA----CA------T-AATAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TNATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-CG-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATA-A-ATA----CCTNT-ATGTAT-AAAAT-A-AAAAA-----TAA----G--T-------G--T-T-ATGTAGAGNGTA-AAG-----AAA--G-G------GTAGTAGAT-AAGAG
gi|1 : TACTATATTGACATG-TTGAAATT-TACAACT----TAT--T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAAATT--CTT--T-CTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTT-----TTT------AA---A--------AAA--ACAG--TA------------AAAAATTCAA---CA------------------AC-AAGCA-AACAAACATTA------T-AGTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-TA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATGA----AA-CA-----ATGCTACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATA-C-ATA----TTTTT-ATGTAT-TAAAT-G-AAAAA-----TAA----G--TTC-----GC-T-T-AAATAGAGTGTA-AAG-----AAA--G-A------GTTGTAGAT-AA
gi|10 : T-TACATAT----TTTA-T------A-----AACAGGCGTGCTCAGACT------A---TGTG-T--AGATATG-TTAACGTTAAATATTAAA-A-AA-CAATTTTTACGATA--A---TGCTATTT--ATT--TT--------T-------AA-----T-----AGTTT--------------------------------------------------------------AA---CA------------------TCTGAACATAATCA----C-------------A-TTATTTGTTTTGT----T--ATA-CA---T----ACTTGTGCAA--C-TTATAAGCT-----TAAG---T-T-TTA-TA-AACG----TG-TG-----TTGTCACA----------GTGTA--T---AATATAGA-----------------T--ATGTA-ATA----CCCGT-ATGCAT-ATAAC-A-AGAAA-----TAA----G--TCG-----G--TAC-ATGTGGAGAGCA-GAG-----ATG--A-G------AAAGTAGGT-AAAAGagtaggagggttaagataaagaaaagaagaaattaacact
gi|11 : TATGCTACCATGCTTAAG-TT-TACAATTAACGTTGA-T------AT---CAACAAATATATTCAGACTTTGTTTAGTTTGTT-T--ATATCTT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--TGGTCACAATAATA---TGAAATTaaaacagttattgtaaagtgg
gi|11 : atta------T-AATAAAGTATTAC-TTTGC----T--TAG-CAATGT----TCTT-----A--A-T-ATATATT-----TACTACTT-TCTTT-TA-ATTA----AA-CA-----TTGTCACA----------ATGTC--G---TATATAAA-----------------TA-TT-----TA----CTTTTCATGTAT--CAAT-G-AAACA-----TAA----GA-T-------GGTT-C-ACTTAGACAGTA-AAG-----AAA--GTGTGAAATGTAGTAGAT-AAGGGaataaagtattactttgcttagcaatgttcttaatatatatttactactttcttttaattaaacattgtcacaatgtcgtatataaatatttacttttcatgtatcaatgaaacataagatggttcacttagacagtaaagaaagtgtgaaatgtagtagataagggatgggaga
gi|12 : attatatgctaccatgcttaagtttacaattaacgttgatatcaacaaatatattcagactttgtttagtttgtttatatcttctaacaataaatattgaaactggtcacaataatatgaaatG-TTAAGATG-TACA-TT----TTTA-T------AT---TAACAAATGTCTTCATACT------A---TGTT-T--ATATATT-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--AGTTCACAATA--A---TGATATGA--CTT--TT-TGA---AT---------------------GGTT------------------------------AAT-AATA--TG------------AAAAT---AA---T-------------------------------------CA------T-AGT-----ATGTG-TTTGT----T--ACC-TA---T----ACA------A--C-TGATAAGTT-----AACT---A-T-TTA-GA-ACTA----AG-TGTTGAAATGTCTGT----------ATGTA--T---AACATAAG-----------------CA-ATA-A-GTT----TGCGT-GTGAAG-AGATT-A-GAGAA-----GAG----A--T-------A--T-T-AT----AACG-A-AAGACGTTAAA--GTG------ATAG-AGAG-AAGAatgggaga
gi|13 : TACTATGCTGACATG-TTGAGATT-AACAACT----TTTG-T------AT---TAACAAGTATATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGATTATT--G-A-AA-C--TGTTCACAGTA--A---TGAAAATT--C-T--TTCTAA---AT-------AA-----TTTAGAAAGTTA-----T--------AA---AAAAAAACGAAAC-AAAGCACA------------AAAAA---AA---CAACAGCAAAAAAATCAACAAC-AAACA-AACAA----CATACCGGT-AGTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACT---T-TCTTT-AA-ATGA----AA-TA-----ATGCCACA----------ATGTT--T---TATATAAA-----------------TA-ATA-A-ATA----agtactggacactcta
gi|14 : TATACCGGCATG-CTAAGATC-TACATCT----TTAA-T------AT---CAACAAGTATATTCAGACT------A---TTGC-T--ATATACT-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--TTTT--CAATA--A---TGACATTT--CCT--T
gi|14 : taA------T-AA-AA-TTATTTG-TTTGT----T--TTA-CA---T----TAT------ATTC-TTTTATGTT-----TACT---T-TCTTT-AA-ATTA----AG-CA-----ATATCACA----------ATGTG--T-----TATAGA-----------------TA-ATT-A-ATA----CCTTT-ATGTAT-GAAAT-A-AACAAGTCGTTA--------T-------T--T-T-ATGTAGAATGTA-AAG-----AAA--G-G------GTAGTATAT-ataccggtacataattttttaattttaaattataaaattatttgtttgttttacattatattcttttatgtttactttctttaaattaagcaatatcacaatgtgttatagataattaatacctttatgtatgaaataaacaagtcgttattttatgtagaatgtaaagaaagggtagtatat
gi|15 : tatataccggcatgctaagatctacatctttaatatcaacaagtatattcagactattgctatatactcttacaatgaatattgaaacttttcaataatgacatttccttataccggtacataattttttaattttaaattTACTATACTGACATG-TTAAAATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---CTTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAACTTT--CTT--TTT--A---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----TTA------AA---A--------AAAC-ACAG--CA------------AAAACTC-AA---CA------------------AC-AAACA-AACAA----CA------T-AGTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACA---T-TCTTT-TA-ATGA----GA-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TAAATAAA-----------------TA-ATA-C-ATA----TTTCT-ATGTAT-AAAAT-G-AAAAA-----TAA----G--T-------
gi|16 : ttaTATA-TGGCATG-CTAAGATG-T------------TA-T------AC---TCAAAAGTATATTCAGGTT------A---TTTTAT--ATATAGT-CTGATAATAAACATT--G-A-AA-A--C--TCACAATA--A---TAAGATTT--CT------TAG---TT-------AA-----T-----AGTTTT-----T--------AA---A--------ATAT-AA------------------------------------------------------GAA-----------------------ATAT-CTGTTT-----GT----T--TTG-CA---T----TCT------T--C-TAATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATAT--------------------TA-ATT-A-ATA----CTTTT-ATGTAT-ATAAT-T-GAAAA-----TAA----G--T----------T-T-ATGTAGAATGT--GCG-----AAA--G-A------GTAGTAGAT-AAGAGtcgc
gi|17 : taATT----TTTA-T------A-----AGCCGGTGTATTCAGACT------T---TAAT-T--ATAACTT-CTAACGATAAATATT--GAA-AA-C--CGTTTGTAATA--A---TTATATCA--CTG--TT-TAA---AT-------AG-----T--------TTA-----T--------AA---aagggagttaagataaaga
gi|17 : gcTATTTA-TTTGT----T--ATA-CA---T----ACA------G--C-TGATAAGCT-----TACG---T-TTTAT-GC-ATT---------T-----ATGCCACA----------ATGTG--T---AATGCAAA-----------------TA-TGA-A-ATG----CCTGT-ATGTGT-AGAAT-A-AGAAA-----TAC----G--TTATACG-G--TGT-ATGTAGAGAGAAGAAG-----AAAAGG-G------ACAGTAGAT-AAGAGtctgaacatttccgcagtatttatttgttatacatacagctgataagcttacgttttatgcatttatgccacaatgtgtaatgcaaatatgaaatgcctgtatgtgtagaataagaaatacgttatacggtgtatgtagagagaagaagaaaagggacagtagataagagaaaa
gi|18 : gcatttttataagccggtgtattcagactttaattataacttctaacgataaatattgaaaaccgtttgtaataattatatcactgtttaaatagtttataatctgaacatttccgcag----TTTA-T------AT---TAACAAGTTTATTCAGACT------A---TTTT-T--ATATATT-TTAACAATAAATATT--GAA-AA-C--TGTTCTAAATA--A---TGAAATTT--Caaaa
gi|18 : ------T-AA-AA-TTACTTG-TTTGT----C--TTG-TA---T----TCT------T--C-TGATATATC-----ATCT---T-TCTAT-CA-ATCA----AG-CT-----ATGTCACA----------GTGTG--T---TAAATAAA-----------------T--ATA-----A----CGTTT-AGGTAT-AAAAT-A-AAAAA-----TAA----G--TCA-----GT-T-T-ATGTAGAATGTA-AAG-----AAA--A-T------GCAGTAGATAAAGAGggtattgataatttttaattttaaaattacttgtttgtcttgtattcttctgatatatcatctttctatcaatcaagctatgtcacagtgtgttaaataaatataacgtttaggtataaaataaaaaataagtcagtttatgtagaatgtaaagaaaatgcagtagataaagagaagaagaaact
gi|19 : tttatattaacaagtttattcagactatttttatatattttaacaataaatattgaaaactgttctaaataatgaaatttcggtattgataatttttaatttTACTATAATGGCATG-TTAAAATT-TACAACT----TGTA-T------AT---AAACAAGTATATTCAGACT------A---TTTT-TT-ATATATT---AACAATAATTATT--G-A-AG-T--TGTTCACAATA--A---TGAACTTT----T--TTCTAATCAATTTTTTTTAA-----TTTA--AAGTTA-----T--------AA---A--------AAAT-aagaagaaact
gi|19 : taA------T-AAAAA-ATGTTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TATT---T-TCTTT-TA-ATTA----AA-CA-----AGGTCTCA----------CTGTG-------ATAGTGA-----------------TA-GTA-A-ATA----gtttgtttgttttgcattctacttatatatttattttcttttaattaaacaaggtctcactgtgatagtgatagtaaataagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|2 : tatactataatggcatgttaaaatttacaacttgtatataaacaagtatattcagactattttttatatattaacaataattattgaagttgttcacaataatgaacttttttctaatcaattttttttaatttaaagttAAATG-TACA-TT----TTTA-T------AT---CAACACGTGCATTCAGAGT------A---TGTT-T--ATTCATT-TTAACAATAAATTTT--A-A-AA-C--AGTTAAAAAAA--AAAGTGATATTA--CTT--T-CTAA---AT-------AG-----T--------TTA-----G--------AATATG--------AAAT-TAAT--CACATTATTTGTGTGATAA---TG---CA------------------AC-AAACA-GATAA----TG------TGAATA-------------------T--TCG-CA---------CA------A--C-TTATAAGCT-----TACT---T-T-TTA-TA-TCTA----AG-CG-----CTGTCACA----------ATGTG--T---AATATAAA-----------------TA-TGA-A-ATG----CCTGT-ATGTAT-AACAT-A-AGAAA-----TAAGTTTG--T-------G--T-T--TGTGGA--GTA-GAG-----AAagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|20 : TACTATACTGACATG-TTGAGATT-TACAACT----TTTA-T------AA---TAGCAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--C-T--TTCT-A---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----TTAATTAAAAA---A--------AAAC-ACAG--CA------------AAAAAATCAA---CA------------------AC-AAACA-AACAA----CA------T-AGTAA-TTATTTG-tgaatctcataaagaaagacgttaccatggtaacaaagaggagtacttgacattctt
gi|20 : ttaT-TA-TTTG----AGACA-----ATGCCACA----------ATGTG--T---TAAATAGA-----------------TA-ATA-T-ATA----TTTCT-ATTTGT-AAAAT-G-AAAAA-----TAA----G--T-------agacaatgccacaatgtgttaaatagataatatatatttctatttgtaaaatgaaaaataagttcgctta
gi|21 : ttatactatactgacatgttgagatttacaacttttataatagcaagtacattcagactatctttatatattcttataatgaatatttaaactgttcacaataatgaaatttctttctaataataagttattaattaaaaaaaaacacagcaaaaaaatcaacaacaaacaaacaacatagtaaTAGCATA-CTAAGATA-TCTATTT----TTTA-TTAACAAGTGCCTAACAAGTGCTTTCAGA---------------T-T--ATAT-TT-C-AAAAATATATAAT--A-A-AA-T--CGTTCACAATA--A---TGATATTG--CTT--TTTTAA---AT-------AA-----T--------TT--------------------A--------AAAT-ATGA--CA------------ATAAT---AA---C---------------------------------------------------A-TTATTTG-TTTGTAACGT--TTGTTA---T----ATT------A--CACAATATATA-----CATG---TATCTTTATA-TATAGAATAG-AG-----ACATTACA----------A-GTA--T---TGTATtcgctta
gi|22 : tagcaacacattattcataacacaataataagtataagG-TTAATATG-TACAACT----TT-A-T------AT---TAACAAGTGCCTTCAAACT------A---TGTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--A-A-AG-C--CGTTCGCAATA--A---TGCTATGA--CTT--TT-TAA---GT-------AG-----T--------TTA-----T-------------A--------ATAT-GAA------------------------------------------------------AATA-ATC-A----CA------T--------TATTTG-TTTGT----T--AGA-TA---T----ACT------A--C-TTATACGTT-----GATT---T-TGTAT-T--ACTA----AG-TG-----TTGTCACA----------ATGTGAAT---TATA-AAA------------------A-A-A-A-ATG----ACTGT-ATGCAT-AA----C-AGAAA-----TAA----GTTT-------G--TGT-ATGTAGA
gi|23 : GCATG-TTTAGACG-TGC-ATT----TGTA-T------AT---CAACAAATGCCTCCAGTCT------A---AAT--------CGTT-C--ACAATAATTATca
gi|24 : aagttttatatctcattacacaaacacgaaaatagcaatacattgttcgtaacacagcaatgatctatcTACTATACTGACATG-TTGAAATT-TACAACT----TTTA-T------AA---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--C-T--TTCT-A---AT-------AA-----T-----TAGTTATTAATT--------AA---A--------AACTCACAG--CA------------AAAAAATCAA---CA------------------AC-AAATA-AACAA----CA------T-AGTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACT---T-TCTTT-gtttcgtggcggagtttagaatatgaaactaatcacattatttatatattacatattaaactcataaccttactttacaatgtatttcaaaatgtgtactataaa
gi|25 : aGCATG-TTAATACT-T-----T----TTTA-C------A-----AACAGGTGGTTTCGGGCT----------TGTT-T--ATAACTT-CTAACGGTAACTATTA-A-A-AA-T--CATTCGTAATA--A---TGATACTA--CTT--TTTAGA---AT-------TA-----T--------TTA-----T--------AA---
gi|26 : aTATA-TGGCATG-CTAAGATT-T------------TA-T------AT---TAGTAATTGTATTCAGACT------A---T-TT-A--ATATAGT-CCAATAATAAAGATT--GAA-AA-T--TTTTCACATTA--A---TAAAATTT--CT------TAA---TT-------TA-----T-----AATTTT-----T--------AA---A--------ATAT-AAA----A------------AA-------------------------------------------------------------TAT-TTGTTTG-----T----T--TTG-CA---T----TCT------T--C-TAATATATT-----GACT---T-TCTGT-TA-ATTA----AT-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--tctgaacataatcacattattcgtctgttatacaaacactttctaagcttactttttacaactaagtgttttcaataattgaaaaataaaaaa
gi|27 : aata-TTTTA-TA-ATTA----AG-TG-----TTTTCATA----------ATGTG--T---AATATAAA-----------------TA-TAA-A-ATG----CATGT-ATGTAT-ACTAT-A-AGAAA-----AAA----GCTT-------G--TGT-ATGTAGAGAGTA-AAG-----AAG--G-G------ATAGTATA--AAGA
gi|28 : ACT------A---TTTT-T--ATATATT-CTAAAAATGAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---T--AATTT--C-C--TTCTTA---AT-------AA-----T-----AAGTAA-----T--------AA---A--------AAAC-AAAG--CC------------AAAAC---AA---CA------------------aagacgttttattggtaaagaggaaacgtacttgacactc
gi|29 : aactattatactat-TTAAGATTATATAATT----TGTT-C------AA---TGACAAGTGCATTCAGACA------A---TTTT-TTTATATATT--TAACGATACATGTG--A-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGATATAT---TT--TTATAA---AT-------AA-----tgtatgatatttattgcatgtgttatatatatagtat
gi|3 : tcaaaTATATTAGCATG-CTAAGATA-TATAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGTATTAAGGCT------A---AGTC-T--ATATATT-CTTACAATAATTATT--G-T-AG-C--ACTTTACAAGA--G---TGAAAGTG--C-T--TTATAA---AT-------CA-----T-----attgaaatctcaacagtcaattatttgtttattt
gi|3 : aAA-TAATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--T-AAATACATTAATTTTGCT---T-CCATC-TAGATTT----AG-CA-----TTGTCACA----------ATATG--T---TATATACA-----------------TA-TTA-A-ATA----CCTCT-ATGTAT-GAAAT-G-AGAAA-----TAT----GTTT-------GT-T-T-ATATAGACAGAA-GAG-----GAA--G-G------TTAGAAGAT-AAGAttttaatctggactgtataaataatttgtttgttttgcattctataaatacattaattttgcttccatctagatttagcattgtcacaatatgttatatacatattaaatacctctatgtatgaaatgagaaatatgtttgtttatatagacagaagaggaaggttagaagataagataaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|30 : atatattagcatgctaagatatataacttttatattaacaagtgtattaaggctaagtctatatattcttacaataattattgtagcactttacaagagtgaaagtgctttataaatcatttttaatctggactgtata-CA-----ATG--ACA----------ATGTG--T---GGTATAAA-----------------TATGTA-ATAT-----CTTTT-ATGTCT-AAATTTA-AAAAA-----TAA----G--TTCACGTGG--T-TTATGTAGAAAGTA-AAG-----AA-----G------GTTGTAGtaaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|31 : tttattTATATT-CTATTAAACAACATT--G-A-AAAC--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--Ttttaaaaaggaagttataatgatgagaagaagaactg
gi|31 : ------T-AAAAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CG---T----TCT------T--C-TAAAATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-atgatttttatatttaaaaattatttgtttgttttgcgttcttctaaaatatttactttcttttaattaagttg
gi|33 : tatattctattaaacaacattgaaaactgttcacaataatgaaatttctttatgatttttatattTATACTGGCATG-CTAAGATC-TACAACT----TCTA-T------AC---TAAAAAGTATATTTAGACT----------TATT-C--ATATATT-CTAACAAttg
gi|34 : TATACCGACATG-CTAAGATT-TACATAT----TTTA-T------AT---TAACATATATATTCAGACT------A---TTTT-T--ATACATC-CTAACAATAACTATC--GAA-AA-C--AGTTCGCAATA--A---TGAAAatgcattcttgtttttaaatgtattcaggaacttcattgaaat
gi|35 : tTA-T-ACA----CATAC-ACGTATGAAAAT-A-AG--------TTA----G--T----------T-T-ATGTAGAATGTA-AAA-----AAA--G-G------GTAGTgg
gi|36 : atattttatttctcatGCATG-TTAAGATG-TACA-CG----TGTA-T------AT---TAGCAAGTGCCTTCAGACT------A---TG---T--ATA-------AATAA-AGACATT--A-A-AG-T--CGTtatgttaaagagaagaagaaatgtaacac
gi|37 : CATG-TTAAGATG-TACA--T----TTTAAC------AT---TAA---GTGCCTTCAGACA------T---TGTT-C--ATATATT-CTAATGATATATATT--G-A-AA-C--CGTTTACAAGAT-A---TGAaaagaggaaaacatttgacacttt
gi|38 : aGCATG-TTAACATG-TACA--T----TTTA-T------AT---TAATAAGTGTCTTCATACT------A---TGTT-T--ATATATCACTAAtg
gi|4 : TACTATACTTGCATG-TTAATATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TA-CAAGTACATTCAGATT------A---T-TT-T--ATATATT-CTAACAATAACTATT--G-A-AG-T--TGTTTTCAATA--A---TGAAATTT--CTT--T-CGAA---AT-------AA-----T-------GTT--------------------------------T-AGAT--CA---------------------------------------------------TA-AACAA------------T-AATA-------TG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AA-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATT-A-ATA----CCTTT-TTGTAT-AAAAT-A-AAGAA-----TTA----GT-T-------GGTT-T-ATGTAGAGGGTA-CA------AAA--C-C------GTAGTAG-T-AAGAGaacttt
gi|5 : aATT----TTTA-T------AC---TAGCAAGTGCCTTCAGATA------A---TGTT-T--ATATATT-ACAACAATAAATATT--A-A-AA-C--CGCTCACAATA--A---TGATATTA--CTA--TT--------T-------AA-----C-----TAGTT----------------A---A--------GAAT------------------------------------------------------AT-GA--A-AATAA----TC------C-CATTA-TT---TG-TTTGT----TACATA-CA---TAACGTAT------AA-C-GTATAAGTT-----TACT---T-T-TTA-TA-ACTT----AG-TG-----TTGTCACAGCGTATATATATGTG--TGTGTATATGAA----------------------A-A-AAG----CCCAA-ATG--T-AAAAT-ATAAGAA-----TAA----G--CTG-----G--TGT-ATGTAGAGAATA-GAG-----AAG--G-G------ATAGCATA--AAGAatgggagtaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|6 : acTACTATACTAACATG-TTGAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TTTT-T--AAATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAACTT--CTT--TTCTAA---AG-------AA-----T-----AAGATA-----T--------AA---A--------AAAT-AAAGC-CA------------AAAAA---AACCCCA------------------A---AACA-AACAA----CA------T-AATAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TAATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATGA----AA-CA-----ATGCCACA----------ATGTG--C---TATATAAA-----------------TA-ATA-A-ATA----TTTTT-ATGTAT-AAAAT-G-AAAAA-----TAA---------------G--T-T-AAATAGAGTGTA-AAA-----ATA--G-A------GTAGTAGAT-AAAAGaaaacgttagagtgataaagaggagaagtacttggcactc
gi|7 : TACTATACTTGCATG-TTAATATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TA-CAAGTACATTCAGATT------A---T-TT-T--ATATATT-CTAACAATAACTATT--G-A-AG-T--TGTTTTCAATA--A---TGAAATTT--CTT--T-CGAA---AT-------AA-----T-------GTT--------------------------------T-AAAT--CA---------------------------------------------------TA-AACAA-----A------T-AATA-------TG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------T--C-TAATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AA-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATT-A-ATA----CCTTT-TTGTAT-AAAAT-A-AAGAA-----TAA----GT-T-------GGTT-T-ATGTAGAGGGTA-CA------AAA--C-C------GTAGTAG-T-AAGAGt
gi|8 : taTG-TTAAGATG-TACATTT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCCTTTATACT------A---TATT-T--ATATATT-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--CGTTCACAATA--A---CGATATATGACAT--TT-TAA---AT-------A---------------CTA-----T--------AG---A--------ATAT-GAA----A------------ATAAA---TA---CA------------------TC-GTTTA-AGTGA----TA------C-A------TAT------------------A-CA-----------------A--C-TTATAAGTT-----TACT---A-T-TTA-TA-GCTA----AG-TGT----AC-TCACA----------ATGTG--T---AATATAAATGTATGTATGTATAACATA-AGA-A-ATAAGATTGTGT-ATGTAG-AGAGT-T-AAGAA-----GGA----A--T-------A--T---------AGTATA-AAG-----AAA--G-atgggaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|9 : ATA-TGGCATG-CTTAGATT-T------------TA-T------AT---TAATAAGTATATTCAGATC------A---T-TT-T--ATATAGT-CCAATAATAAACATT--G-ATAA-C--TTTTCACAATA--A---TAAAATTT--CTTAATTT------AT-------AATTTTTT-----AAAATA-----T--------AA---A--------AAAT-Attttagtgttaaagaggaaacgtacttgacactct
gi|9 : acAA----TA------T-AAAAA-ATATATG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------T--C-TAATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATAT--------------------TA-ATT-A-TTA----CTGTT-ATGTAT-AAAAT-G-GAAAA-----TAA----G--TTA-----GC-T-T-ATGTAGAATGTA-AAG-----AAA--G-G------GTAGTAGAT-AAGAGtatgtttgttttgcattcttctaatatatttactttcttttaattaagcaatgtcacaatgtgttatattaattattactgttatgtataaaatggaaaataagttagcttatgtagaatgtaaagaaagggtagtagataagagaagggagttaggataaagagaagaaggaacttaacac
blockSeqs : C C TA TA AACG A TAACAA GCC TTGTTT GTT G A TT A AAA T A AAT AT AAG T GA T AA TCTA TCA TTTTTTT TTTTT TTAGAAAGTTATAAAAAAAAACGAAACAAAGCACAAAAAAAACAACAGCAAAAAAATCAACAACAAACAAACAACATACCGGTAGTAAT T AACG AC T ATG AACG TGTGCAA A T AATTT ACT A C A G GAAT A GTTGAA GCGTATATAT AA GTGT TGTATGTATGTATAACA T T T AGAT C G C G TA GTCGT GTTT TTATACGGTG T GA G ACGTT AG TGTGAAAT A
blockSeqs : C . T AT . . . . . . G . T . GA . . T T . A . T . TCTA . . . TTAGAATATGAAATTAATCACATTATTTGTGTGATAATGCAACAAACAGATAATGTGAATA . . . . . . ATT . G . . . C . . . . GT . . A . . . . . T T . . AT . . TTCACGTGGT . CA . . . TG .
blockSeqs : C . T AC . . . . . . G . . . GA . . A . . T . C . TTTA . . . AAGTTATTAATTAAAAAAAAACACAGCAAAAAAATCAACAACAAACAAACAACATAGTAAT . . . . . . TA . T . . . C . . . . G . . T . . . . . G G . . A . . TCGGTA . AC . . . G .
blockSeqs : C . G TC . . . . . . C . . . AA . . T . . A . T . TTAG . . . TAGTTATTAATTAAAAACTCACAGCAAAAAAATCAACAACAAATAAACAACATAGTAAT . . . . . . AA . T . . . C . . . . A . . A . . . . . C T . . G . . ATGGTT . AT . . . G .
blockSeqs : A . T AC . . . . . . T . . . GA . . T . . C . T . TCTT . . . AAGTTATTAAAAAAACACAGCAAAAACTCAACAACAAACAAACAACATAGTAAT . . . . . . A . T . . . C . . . . A . . T . . . . . T C . . A . . TCAGTT . AT . . . A .
blockSeqs : C . C AT . . . . . . T . . . GA . . T . . A . T . TATA . . . AAGATATAAAAAATAAAGCCAAAAAAAACCCCAAAACAAACAACATAATAAT . . . . . . A . A . . . T . . . . A . . T . . . . . T T . . A . . TTTGTG . GA . . . G .
blockSeqs : C . T AC . . . . . . T . . . G . . C . . G . T . TATA . . . CTATAGAATATGAAAATAAATACATCGTTTAAGTGATACA . . . . . . A . G . . . C . . . . A . . T . . . . . C G . . G . . CTTGTG . AT . . . T .
blockSeqs : T . G AC . . . . . . A . . . A . . C . . T . T . TCTA . . . TAGTTAAGAATATGAAAATAATCCCATTAT . . . . . . T . G . . . C . . . . A . . A . . . . . G T . . T . . TTTGTT . GA . . . G .
blockSeqs : C . T TT . . . . . . T . . . G . . T . . A . T . TTG . . . GGTTAATAATATGAAAATAATCATAGT . . . . . . G . T . . . C . . . . T . . T . . . . . C G . . A . . TTGGTT . CA . . . G .
blockSeqs : C . G AC . . . . . . T . . . G . . T . . A . T . TTA . . . AGTTTAACATCTGAACATAATCACAT . . . . . . T . T . . . G . . . . T . . A . . . . . T C . . A . . CTGGTG . AA . . . G .
blockSeqs : C . T AT . . . . . . G . . . T . . A . . T . T . CTA . . . AGTTTTTAAAATATAAGAAATATC . . . . . . A . A . . . C . . . . A . . T . . . . . C G . . A . . TTGGTT . AT . . . G .
blockSeqs : C . A AC . . . . . . C . . . G . . T . . A . T . TCT . . . AATTTTTAAAATATAAAAAATATT . . . . . . A . T . . . C . . . . G . . T . . . . . A G . . G . . TTAGCT . GG . . . C .
blockSeqs : C . G AT . . . . . . G . . . G . . C . . T . T . TTA . . . TTAAAATATGACAATAATAACAT . . . . . . A . T . . . T . . . . A . . T . . . . . C C . . C . . TAT . GA . . . G .
blockSeqs : . . G AC . . . . . . A . . . A . . C . . T . T . TCT . . . TTATAATATGAAAATAATCACAT . . . . . . A . A . . . C . . . . G . . A . . . . . T T . . A . . TTT . GT . . . A .
blockSeqs : . . T AC . . . . . . C . . . T . . T . . A . T . CGA . . . GTTTAAATCATAAACAAATAATA . . . . . . A . A . . . C . . . . G . . T . . . . . A A . . G . . TGT . GG . . . C
blockSeqs : . . T TA . . . . . . G . . . A . . C . . T . T . CGA . . . GTTTAGATCATAAACAATAATA . . . . . . T . A . . . C . . . . A . . G . . . . . C T . . A . . TAT . GT . . . G
blockSeqs : . T AC . . . . . . T . . . A . . T . . A . T . TTA . . . . . . . . . A . T . . . C . . . . G . . T . . . . . C A . . A . . TT . AT . . .
blockSeqs : . A AT . . . . . . T . . . T . . T . . A . A . TT . . . . . . . . . T . T . . . C . . . . A . . T . . . . . T T . . G . . TT . . . .
blockSeqs : . C AC . . . . . . G . . . G . . C . . T . T . TA . . . . . . . . . A . A . . . C . . . . A . . T . . . . . C T . . A . . GT .
blockSeqs : . T AC . . . . . . A . . . A . . A . . A . . . TA . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . A . . A . . . . . G G . . T . .
blockSeqs : . G TT . . . . . . T . . . G . . T . . A . . . TT . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . G . . T . . . . . T T . . G . .
blockSeqs : . G T . . . . . . G . . . G . . A . . A . . . T . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . G T . . . . . . G . . . A . . C . . A . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . T C . . . . . . G . . . G . . C . . T . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . T . . . . . . . G . . . G . . T . . A . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . T . . . A . . C . . A .
blockSeqs : G . . . . . . . A . . . G . . T . . T
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . G . . T . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--TTCTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------AA---A--------AAAT-AAAG--CA------------AAAAA---AA---CA------------------AC-GAACA-AACAA----CA------T-AATAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TNATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-CG-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATA-A-ATA----CCTNT-ATGTAT-AAAAT-A-AAAAA-----TAA----G--T-------G--T-T-ATGTAGAGNGTA-AAG-----AAA--G-G------GTAGTAGAT-AAGAG
finalCons : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--TTCTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------AA---A--------AAAT-AAAG--CA------------AAAAA---AA---CA------------------AC-GAACA-AACAA----CA------T-AATAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TNATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-CG-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATA-A-ATA----CCTNT-ATGTAT-AAAAT-A-AAAAA-----TAA----G--T-------G--T-T-ATGTAGAGNGTA-AAG-----AAA--G-G------GTAGTAGAT-AAGAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TATGTTCTGTATCTCTTTTCCTTTTCCACATAACGCATATAAATAAGTAGCAACACATTGTTCATAACACAATAATAAGGACCAGTAGCATGCAAGGATGTGTATTTTTATATTAA
Unaligned ( gi|39 ): AACAAAACAGAGTTCGTAACACAATGATAAAGACC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111 444444444444444
lowQualScore : 2 1 22 77 2222 1 333333 222 333333 222 6 1 22 1 5555 1 1 333 33 222 1 22 2 22 2222 222 5555555 44444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 3333 22 1 222 3333 888888888 1 2 44444 222 1 2 1 1 3333 1 777777 7777777777 22 4444 22222222222222222 1 1 1 3333 1 1 1 1 222 44444 3333 444444444444444 2 22 2 55555 33 88888888 2
lowQualScore : . . .. .. .... . ...... ... ...... ... . . .. . .... . . ... .. ... . .. . .. .... ... ....... ..... .................................................................................................................................... . .... .. . ... .... ......... . . ..... ... . . . . .... . ...... .......... .. .... ................. . . . .... . . . . ... ..... .... ............... . .. . ..... .. ........ .
lowQualScore : 2 5 77 33 7777 2 666666 222 555555 111 2 2 99 2 8888 3 3 888 22 333 3 00 9 11 1111 999 4444444 22222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 5555 33 7 999 5555 555555555 7 6 22222 999 6 3 5 6 4444 5 222222 0000000000 22 5555 22222222222222222 7 7 7 5555 5 0 8 8 999 55555 9999 555555555555555 0 99 1 33333 11 44444444 7
consensus : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--TTCTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------AA---A--------AAAT-AAAG--CA------------AAAAA---AA---CA------------------AC-GAACA-AACAA----CA------T-AATAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TNATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-CG-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATA-A-ATA----CCTNT-ATGTAT-AAAAT-A-AAAAA-----TAA----G--T-------G--T-T-ATGTAGAGNGTA-AAG-----AAA--G-G------GTAGTAGAT-AAGAG
Reference ( family-715 ) : TACTATACTGGCATG-TTAAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCATTCAGACT------A---TNTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--TTCTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----T--------AA---A--------AAAT-AAAG--CA------------AAAAA---AA---CA------------------AC-GAACA-AACAA----CA------T-AATAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TNATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-CG-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATA-A-ATA----CCTNT-ATGTAT-AAAAT-A-AAAAA-----TAA----G--T-------G--T-T-ATGTAGAGNGTA-AAG-----AAA--G-G------GTAGTAGAT-AAGAG
gi|1 : TACTATATTGACATG-TTGAAATT-TACAACT----TAT--T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAAATT--CTT--T-CTAA---AT-------AA-----T-----AAGTTT-----TTT------AA---A--------AAA--ACAG--TA------------AAAAATTCAA---CA------------------AC-AAGCA-AACAAACATTA------T-AGTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-TA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATGA----AA-CA-----ATGCTACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATA-C-ATA----TTTTT-ATGTAT-TAAAT-G-AAAAA-----TAA----G--TTC-----GC-T-T-AAATAGAGTGTA-AAG-----AAA--G-A------GTTGTAGAT-AA
gi|10 : T-TACATAT----TTTA-T------A-----AACAGGCGTGCTCAGACT------A---TGTG-T--AGATATG-TTAACGTTAAATATTAAA-A-AA-CAATTTTTACGATA--A---TGCTATTT--ATT--TT--------T-------AA-----T-----AGTTT--------------------------------------------------------------AA---CA------------------TCTGAACATAATCA----C-------------A-TTATTTGTTTTGT----T--ATA-CA---T----ACTTGTGCAA--C-TTATAAGCT-----TAAG---T-T-TTA-TA-AACG----TG-TG-----TTGTCACA----------GTGTA--T---AATATAGA-----------------T--ATGTA-ATA----CCCGT-ATGCAT-ATAAC-A-AGAAA-----TAA----G--TCG-----G--TAC-ATGTGGAGAGCA-GAG-----ATG--A-G------AAAGTAGGT-AAAAGagtaggagggttaagataaagaaaagaagaaattaacact
gi|11 : TATGCTACCATGCTTAAG-TT-TACAATTAACGTTGA-T------AT---CAACAAATATATTCAGACTTTGTTTAGTTTGTT-T--ATATCTT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--TGGTCACAATAATA---TGAAATTaaaacagttattgtaaagtgg
gi|11 : atta------T-AATAAAGTATTAC-TTTGC----T--TAG-CAATGT----TCTT-----A--A-T-ATATATT-----TACTACTT-TCTTT-TA-ATTA----AA-CA-----TTGTCACA----------ATGTC--G---TATATAAA-----------------TA-TT-----TA----CTTTTCATGTAT--CAAT-G-AAACA-----TAA----GA-T-------GGTT-C-ACTTAGACAGTA-AAG-----AAA--GTGTGAAATGTAGTAGAT-AAGGGaataaagtattactttgcttagcaatgttcttaatatatatttactactttcttttaattaaacattgtcacaatgtcgtatataaatatttacttttcatgtatcaatgaaacataagatggttcacttagacagtaaagaaagtgtgaaatgtagtagataagggatgggaga
gi|12 : attatatgctaccatgcttaagtttacaattaacgttgatatcaacaaatatattcagactttgtttagtttgtttatatcttctaacaataaatattgaaactggtcacaataatatgaaatG-TTAAGATG-TACA-TT----TTTA-T------AT---TAACAAATGTCTTCATACT------A---TGTT-T--ATATATT-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--AGTTCACAATA--A---TGATATGA--CTT--TT-TGA---AT---------------------GGTT------------------------------AAT-AATA--TG------------AAAAT---AA---T-------------------------------------CA------T-AGT-----ATGTG-TTTGT----T--ACC-TA---T----ACA------A--C-TGATAAGTT-----AACT---A-T-TTA-GA-ACTA----AG-TGTTGAAATGTCTGT----------ATGTA--T---AACATAAG-----------------CA-ATA-A-GTT----TGCGT-GTGAAG-AGATT-A-GAGAA-----GAG----A--T-------A--T-T-AT----AACG-A-AAGACGTTAAA--GTG------ATAG-AGAG-AAGAatgggaga
gi|13 : TACTATGCTGACATG-TTGAGATT-AACAACT----TTTG-T------AT---TAACAAGTATATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGATTATT--G-A-AA-C--TGTTCACAGTA--A---TGAAAATT--C-T--TTCTAA---AT-------AA-----TTTAGAAAGTTA-----T--------AA---AAAAAAACGAAAC-AAAGCACA------------AAAAA---AA---CAACAGCAAAAAAATCAACAAC-AAACA-AACAA----CATACCGGT-AGTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACT---T-TCTTT-AA-ATGA----AA-TA-----ATGCCACA----------ATGTT--T---TATATAAA-----------------TA-ATA-A-ATA----agtactggacactcta
gi|14 : TATACCGGCATG-CTAAGATC-TACATCT----TTAA-T------AT---CAACAAGTATATTCAGACT------A---TTGC-T--ATATACT-CTTACAATGAATATT--G-A-AA-C--TTTT--CAATA--A---TGACATTT--CCT--T
gi|14 : taA------T-AA-AA-TTATTTG-TTTGT----T--TTA-CA---T----TAT------ATTC-TTTTATGTT-----TACT---T-TCTTT-AA-ATTA----AG-CA-----ATATCACA----------ATGTG--T-----TATAGA-----------------TA-ATT-A-ATA----CCTTT-ATGTAT-GAAAT-A-AACAAGTCGTTA--------T-------T--T-T-ATGTAGAATGTA-AAG-----AAA--G-G------GTAGTATAT-ataccggtacataattttttaattttaaattataaaattatttgtttgttttacattatattcttttatgtttactttctttaaattaagcaatatcacaatgtgttatagataattaatacctttatgtatgaaataaacaagtcgttattttatgtagaatgtaaagaaagggtagtatat
gi|15 : tatataccggcatgctaagatctacatctttaatatcaacaagtatattcagactattgctatatactcttacaatgaatattgaaacttttcaataatgacatttccttataccggtacataattttttaattttaaattTACTATACTGACATG-TTAAAATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---CTTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAACTTT--CTT--TTT--A---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----TTA------AA---A--------AAAC-ACAG--CA------------AAAACTC-AA---CA------------------AC-AAACA-AACAA----CA------T-AGTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACA---T-TCTTT-TA-ATGA----GA-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TAAATAAA-----------------TA-ATA-C-ATA----TTTCT-ATGTAT-AAAAT-G-AAAAA-----TAA----G--T-------
gi|16 : ttaTATA-TGGCATG-CTAAGATG-T------------TA-T------AC---TCAAAAGTATATTCAGGTT------A---TTTTAT--ATATAGT-CTGATAATAAACATT--G-A-AA-A--C--TCACAATA--A---TAAGATTT--CT------TAG---TT-------AA-----T-----AGTTTT-----T--------AA---A--------ATAT-AA------------------------------------------------------GAA-----------------------ATAT-CTGTTT-----GT----T--TTG-CA---T----TCT------T--C-TAATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATAT--------------------TA-ATT-A-ATA----CTTTT-ATGTAT-ATAAT-T-GAAAA-----TAA----G--T----------T-T-ATGTAGAATGT--GCG-----AAA--G-A------GTAGTAGAT-AAGAGtcgc
gi|17 : taATT----TTTA-T------A-----AGCCGGTGTATTCAGACT------T---TAAT-T--ATAACTT-CTAACGATAAATATT--GAA-AA-C--CGTTTGTAATA--A---TTATATCA--CTG--TT-TAA---AT-------AG-----T--------TTA-----T--------AA---aagggagttaagataaaga
gi|17 : gcTATTTA-TTTGT----T--ATA-CA---T----ACA------G--C-TGATAAGCT-----TACG---T-TTTAT-GC-ATT---------T-----ATGCCACA----------ATGTG--T---AATGCAAA-----------------TA-TGA-A-ATG----CCTGT-ATGTGT-AGAAT-A-AGAAA-----TAC----G--TTATACG-G--TGT-ATGTAGAGAGAAGAAG-----AAAAGG-G------ACAGTAGAT-AAGAGtctgaacatttccgcagtatttatttgttatacatacagctgataagcttacgttttatgcatttatgccacaatgtgtaatgcaaatatgaaatgcctgtatgtgtagaataagaaatacgttatacggtgtatgtagagagaagaagaaaagggacagtagataagagaaaa
gi|18 : gcatttttataagccggtgtattcagactttaattataacttctaacgataaatattgaaaaccgtttgtaataattatatcactgtttaaatagtttataatctgaacatttccgcag----TTTA-T------AT---TAACAAGTTTATTCAGACT------A---TTTT-T--ATATATT-TTAACAATAAATATT--GAA-AA-C--TGTTCTAAATA--A---TGAAATTT--Caaaa
gi|18 : ------T-AA-AA-TTACTTG-TTTGT----C--TTG-TA---T----TCT------T--C-TGATATATC-----ATCT---T-TCTAT-CA-ATCA----AG-CT-----ATGTCACA----------GTGTG--T---TAAATAAA-----------------T--ATA-----A----CGTTT-AGGTAT-AAAAT-A-AAAAA-----TAA----G--TCA-----GT-T-T-ATGTAGAATGTA-AAG-----AAA--A-T------GCAGTAGATAAAGAGggtattgataatttttaattttaaaattacttgtttgtcttgtattcttctgatatatcatctttctatcaatcaagctatgtcacagtgtgttaaataaatataacgtttaggtataaaataaaaaataagtcagtttatgtagaatgtaaagaaaatgcagtagataaagagaagaagaaact
gi|19 : tttatattaacaagtttattcagactatttttatatattttaacaataaatattgaaaactgttctaaataatgaaatttcggtattgataatttttaatttTACTATAATGGCATG-TTAAAATT-TACAACT----TGTA-T------AT---AAACAAGTATATTCAGACT------A---TTTT-TT-ATATATT---AACAATAATTATT--G-A-AG-T--TGTTCACAATA--A---TGAACTTT----T--TTCTAATCAATTTTTTTTAA-----TTTA--AAGTTA-----T--------AA---A--------AAAT-aagaagaaact
gi|19 : taA------T-AAAAA-ATGTTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TATT---T-TCTTT-TA-ATTA----AA-CA-----AGGTCTCA----------CTGTG-------ATAGTGA-----------------TA-GTA-A-ATA----gtttgtttgttttgcattctacttatatatttattttcttttaattaaacaaggtctcactgtgatagtgatagtaaataagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|2 : tatactataatggcatgttaaaatttacaacttgtatataaacaagtatattcagactattttttatatattaacaataattattgaagttgttcacaataatgaacttttttctaatcaattttttttaatttaaagttAAATG-TACA-TT----TTTA-T------AT---CAACACGTGCATTCAGAGT------A---TGTT-T--ATTCATT-TTAACAATAAATTTT--A-A-AA-C--AGTTAAAAAAA--AAAGTGATATTA--CTT--T-CTAA---AT-------AG-----T--------TTA-----G--------AATATG--------AAAT-TAAT--CACATTATTTGTGTGATAA---TG---CA------------------AC-AAACA-GATAA----TG------TGAATA-------------------T--TCG-CA---------CA------A--C-TTATAAGCT-----TACT---T-T-TTA-TA-TCTA----AG-CG-----CTGTCACA----------ATGTG--T---AATATAAA-----------------TA-TGA-A-ATG----CCTGT-ATGTAT-AACAT-A-AGAAA-----TAAGTTTG--T-------G--T-T--TGTGGA--GTA-GAG-----AAagagtagggagttaggataaggagaataataa
gi|20 : TACTATACTGACATG-TTGAGATT-TACAACT----TTTA-T------AA---TAGCAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--C-T--TTCT-A---AT-------AA-----T-----AAGTTA-----TTAATTAAAAA---A--------AAAC-ACAG--CA------------AAAAAATCAA---CA------------------AC-AAACA-AACAA----CA------T-AGTAA-TTATTTG-tgaatctcataaagaaagacgttaccatggtaacaaagaggagtacttgacattctt
gi|20 : ttaT-TA-TTTG----AGACA-----ATGCCACA----------ATGTG--T---TAAATAGA-----------------TA-ATA-T-ATA----TTTCT-ATTTGT-AAAAT-G-AAAAA-----TAA----G--T-------agacaatgccacaatgtgttaaatagataatatatatttctatttgtaaaatgaaaaataagttcgctta
gi|21 : ttatactatactgacatgttgagatttacaacttttataatagcaagtacattcagactatctttatatattcttataatgaatatttaaactgttcacaataatgaaatttctttctaataataagttattaattaaaaaaaaacacagcaaaaaaatcaacaacaaacaaacaacatagtaaTAGCATA-CTAAGATA-TCTATTT----TTTA-TTAACAAGTGCCTAACAAGTGCTTTCAGA---------------T-T--ATAT-TT-C-AAAAATATATAAT--A-A-AA-T--CGTTCACAATA--A---TGATATTG--CTT--TTTTAA---AT-------AA-----T--------TT--------------------A--------AAAT-ATGA--CA------------ATAAT---AA---C---------------------------------------------------A-TTATTTG-TTTGTAACGT--TTGTTA---T----ATT------A--CACAATATATA-----CATG---TATCTTTATA-TATAGAATAG-AG-----ACATTACA----------A-GTA--T---TGTATtcgctta
gi|22 : tagcaacacattattcataacacaataataagtataagG-TTAATATG-TACAACT----TT-A-T------AT---TAACAAGTGCCTTCAAACT------A---TGTT-T--ATATATT-CTAACAATAAATATT--A-A-AG-C--CGTTCGCAATA--A---TGCTATGA--CTT--TT-TAA---GT-------AG-----T--------TTA-----T-------------A--------ATAT-GAA------------------------------------------------------AATA-ATC-A----CA------T--------TATTTG-TTTGT----T--AGA-TA---T----ACT------A--C-TTATACGTT-----GATT---T-TGTAT-T--ACTA----AG-TG-----TTGTCACA----------ATGTGAAT---TATA-AAA------------------A-A-A-A-ATG----ACTGT-ATGCAT-AA----C-AGAAA-----TAA----GTTT-------G--TGT-ATGTAGA
gi|23 : GCATG-TTTAGACG-TGC-ATT----TGTA-T------AT---CAACAAATGCCTCCAGTCT------A---AAT--------CGTT-C--ACAATAATTATca
gi|24 : aagttttatatctcattacacaaacacgaaaatagcaatacattgttcgtaacacagcaatgatctatcTACTATACTGACATG-TTGAAATT-TACAACT----TTTA-T------AA---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TCTT-T--ATATATT-CTTATAATGAATATT--T-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--C-T--TTCT-A---AT-------AA-----T-----TAGTTATTAATT--------AA---A--------AACTCACAG--CA------------AAAAAATCAA---CA------------------AC-AAATA-AACAA----CA------T-AGTAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACT---T-TCTTT-gtttcgtggcggagtttagaatatgaaactaatcacattatttatatattacatattaaactcataaccttactttacaatgtatttcaaaatgtgtactataaa
gi|25 : aGCATG-TTAATACT-T-----T----TTTA-C------A-----AACAGGTGGTTTCGGGCT----------TGTT-T--ATAACTT-CTAACGGTAACTATTA-A-A-AA-T--CATTCGTAATA--A---TGATACTA--CTT--TTTAGA---AT-------TA-----T--------TTA-----T--------AA---
gi|26 : aTATA-TGGCATG-CTAAGATT-T------------TA-T------AT---TAGTAATTGTATTCAGACT------A---T-TT-A--ATATAGT-CCAATAATAAAGATT--GAA-AA-T--TTTTCACATTA--A---TAAAATTT--CT------TAA---TT-------TA-----T-----AATTTT-----T--------AA---A--------ATAT-AAA----A------------AA-------------------------------------------------------------TAT-TTGTTTG-----T----T--TTG-CA---T----TCT------T--C-TAATATATT-----GACT---T-TCTGT-TA-ATTA----AT-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--tctgaacataatcacattattcgtctgttatacaaacactttctaagcttactttttacaactaagtgttttcaataattgaaaaataaaaaa
gi|27 : aata-TTTTA-TA-ATTA----AG-TG-----TTTTCATA----------ATGTG--T---AATATAAA-----------------TA-TAA-A-ATG----CATGT-ATGTAT-ACTAT-A-AGAAA-----AAA----GCTT-------G--TGT-ATGTAGAGAGTA-AAG-----AAG--G-G------ATAGTATA--AAGA
gi|28 : ACT------A---TTTT-T--ATATATT-CTAAAAATGAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---T--AATTT--C-C--TTCTTA---AT-------AA-----T-----AAGTAA-----T--------AA---A--------AAAC-AAAG--CC------------AAAAC---AA---CA------------------aagacgttttattggtaaagaggaaacgtacttgacactc
gi|29 : aactattatactat-TTAAGATTATATAATT----TGTT-C------AA---TGACAAGTGCATTCAGACA------A---TTTT-TTTATATATT--TAACGATACATGTG--A-A-AA-C--CGTTCACAATA--A---TGATATAT---TT--TTATAA---AT-------AA-----tgtatgatatttattgcatgtgttatatatatagtat
gi|3 : tcaaaTATATTAGCATG-CTAAGATA-TATAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGTATTAAGGCT------A---AGTC-T--ATATATT-CTTACAATAATTATT--G-T-AG-C--ACTTTACAAGA--G---TGAAAGTG--C-T--TTATAA---AT-------CA-----T-----attgaaatctcaacagtcaattatttgtttattt
gi|3 : aAA-TAATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--T-AAATACATTAATTTTGCT---T-CCATC-TAGATTT----AG-CA-----TTGTCACA----------ATATG--T---TATATACA-----------------TA-TTA-A-ATA----CCTCT-ATGTAT-GAAAT-G-AGAAA-----TAT----GTTT-------GT-T-T-ATATAGACAGAA-GAG-----GAA--G-G------TTAGAAGAT-AAGAttttaatctggactgtataaataatttgtttgttttgcattctataaatacattaattttgcttccatctagatttagcattgtcacaatatgttatatacatattaaatacctctatgtatgaaatgagaaatatgtttgtttatatagacagaagaggaaggttagaagataagataaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|30 : atatattagcatgctaagatatataacttttatattaacaagtgtattaaggctaagtctatatattcttacaataattattgtagcactttacaagagtgaaagtgctttataaatcatttttaatctggactgtata-CA-----ATG--ACA----------ATGTG--T---GGTATAAA-----------------TATGTA-ATAT-----CTTTT-ATGTCT-AAATTTA-AAAAA-----TAA----G--TTCACGTGG--T-TTATGTAGAAAGTA-AAG-----AA-----G------GTTGTAGtaaaaaagcaaaaataaagaggaacagaacttgacact
gi|31 : tttattTATATT-CTATTAAACAACATT--G-A-AAAC--TGTTCACAATA--A---TGAAATTT--CTT--Ttttaaaaaggaagttataatgatgagaagaagaactg
gi|31 : ------T-AAAAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CG---T----TCT------T--C-TAAAATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-atgatttttatatttaaaaattatttgtttgttttgcgttcttctaaaatatttactttcttttaattaagttg
gi|33 : tatattctattaaacaacattgaaaactgttcacaataatgaaatttctttatgatttttatattTATACTGGCATG-CTAAGATC-TACAACT----TCTA-T------AC---TAAAAAGTATATTTAGACT----------TATT-C--ATATATT-CTAACAAttg
gi|34 : TATACCGACATG-CTAAGATT-TACATAT----TTTA-T------AT---TAACATATATATTCAGACT------A---TTTT-T--ATACATC-CTAACAATAACTATC--GAA-AA-C--AGTTCGCAATA--A---TGAAAatgcattcttgtttttaaatgtattcaggaacttcattgaaat
gi|35 : tTA-T-ACA----CATAC-ACGTATGAAAAT-A-AG--------TTA----G--T----------T-T-ATGTAGAATGTA-AAA-----AAA--G-G------GTAGTgg
gi|36 : atattttatttctcatGCATG-TTAAGATG-TACA-CG----TGTA-T------AT---TAGCAAGTGCCTTCAGACT------A---TG---T--ATA-------AATAA-AGACATT--A-A-AG-T--CGTtatgttaaagagaagaagaaatgtaacac
gi|37 : CATG-TTAAGATG-TACA--T----TTTAAC------AT---TAA---GTGCCTTCAGACA------T---TGTT-C--ATATATT-CTAATGATATATATT--G-A-AA-C--CGTTTACAAGAT-A---TGAaaagaggaaaacatttgacacttt
gi|38 : aGCATG-TTAACATG-TACA--T----TTTA-T------AT---TAATAAGTGTCTTCATACT------A---TGTT-T--ATATATCACTAAtg
gi|4 : TACTATACTTGCATG-TTAATATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TA-CAAGTACATTCAGATT------A---T-TT-T--ATATATT-CTAACAATAACTATT--G-A-AG-T--TGTTTTCAATA--A---TGAAATTT--CTT--T-CGAA---AT-------AA-----T-------GTT--------------------------------T-AGAT--CA---------------------------------------------------TA-AACAA------------T-AATA-------TG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TTATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AA-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATT-A-ATA----CCTTT-TTGTAT-AAAAT-A-AAGAA-----TTA----GT-T-------GGTT-T-ATGTAGAGGGTA-CA------AAA--C-C------GTAGTAG-T-AAGAGaacttt
gi|5 : aATT----TTTA-T------AC---TAGCAAGTGCCTTCAGATA------A---TGTT-T--ATATATT-ACAACAATAAATATT--A-A-AA-C--CGCTCACAATA--A---TGATATTA--CTA--TT--------T-------AA-----C-----TAGTT----------------A---A--------GAAT------------------------------------------------------AT-GA--A-AATAA----TC------C-CATTA-TT---TG-TTTGT----TACATA-CA---TAACGTAT------AA-C-GTATAAGTT-----TACT---T-T-TTA-TA-ACTT----AG-TG-----TTGTCACAGCGTATATATATGTG--TGTGTATATGAA----------------------A-A-AAG----CCCAA-ATG--T-AAAAT-ATAAGAA-----TAA----G--CTG-----G--TGT-ATGTAGAGAATA-GAG-----AAG--G-G------ATAGCATA--AAGAatgggagtaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|6 : acTACTATACTAACATG-TTGAGATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TAACAAGTACATTCAGACT------A---TTTT-T--AAATATT-CTAACAATAAATATT--G-A-AA-C--TGTTCACAATA--A---TGAAACTT--CTT--TTCTAA---AG-------AA-----T-----AAGATA-----T--------AA---A--------AAAT-AAAGC-CA------------AAAAA---AACCCCA------------------A---AACA-AACAA----CA------T-AATAA-TTATTTG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------A--C-TAATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATGA----AA-CA-----ATGCCACA----------ATGTG--C---TATATAAA-----------------TA-ATA-A-ATA----TTTTT-ATGTAT-AAAAT-G-AAAAA-----TAA---------------G--T-T-AAATAGAGTGTA-AAA-----ATA--G-A------GTAGTAGAT-AAAAGaaaacgttagagtgataaagaggagaagtacttggcactc
gi|7 : TACTATACTTGCATG-TTAATATT-TACAACT----TTTA-T------AT---TA-CAAGTACATTCAGATT------A---T-TT-T--ATATATT-CTAACAATAACTATT--G-A-AG-T--TGTTTTCAATA--A---TGAAATTT--CTT--T-CGAA---AT-------AA-----T-------GTT--------------------------------T-AAAT--CA---------------------------------------------------TA-AACAA-----A------T-AATA-------TG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------T--C-TAATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AA-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATATAAA-----------------TA-ATT-A-ATA----CCTTT-TTGTAT-AAAAT-A-AAGAA-----TAA----GT-T-------GGTT-T-ATGTAGAGGGTA-CA------AAA--C-C------GTAGTAG-T-AAGAGt
gi|8 : taTG-TTAAGATG-TACATTT----TTTA-T------AT---TAACAAGTGCCTTTATACT------A---TATT-T--ATATATT-CTAACAATATATATT--A-A-AG-C--CGTTCACAATA--A---CGATATATGACAT--TT-TAA---AT-------A---------------CTA-----T--------AG---A--------ATAT-GAA----A------------ATAAA---TA---CA------------------TC-GTTTA-AGTGA----TA------C-A------TAT------------------A-CA-----------------A--C-TTATAAGTT-----TACT---A-T-TTA-TA-GCTA----AG-TGT----AC-TCACA----------ATGTG--T---AATATAAATGTATGTATGTATAACATA-AGA-A-ATAAGATTGTGT-ATGTAG-AGAGT-T-AAGAA-----GGA----A--T-------A--T---------AGTATA-AAG-----AAA--G-atgggaaagataaagagaagatgaacttaaca
gi|9 : ATA-TGGCATG-CTTAGATT-T------------TA-T------AT---TAATAAGTATATTCAGATC------A---T-TT-T--ATATAGT-CCAATAATAAACATT--G-ATAA-C--TTTTCACAATA--A---TAAAATTT--CTTAATTT------AT-------AATTTTTT-----AAAATA-----T--------AA---A--------AAAT-Attttagtgttaaagaggaaacgtacttgacactct
gi|9 : acAA----TA------T-AAAAA-ATATATG-TTTGT----T--TTG-CA---T----TCT------T--C-TAATATATT-----TACT---T-TCTTT-TA-ATTA----AG-CA-----ATGTCACA----------ATGTG--T---TATAT--------------------TA-ATT-A-TTA----CTGTT-ATGTAT-AAAAT-G-GAAAA-----TAA----G--TTA-----GC-T-T-ATGTAGAATGTA-AAG-----AAA--G-G------GTAGTAGAT-AAGAGtatgtttgttttgcattcttctaatatatttactttcttttaattaagcaatgtcacaatgtgttatattaattattactgttatgtataaaatggaaaataagttagcttatgtagaatgtaaagaaagggtagtagataagagaagggagttaggataaagagaagaaggaacttaacac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TATGTTCTGTATCTCTTTTCCTTTTCCACATAACGCATATAAATAAGTAGCAACACATTGTTCATAACACAATAATAAGGACCAGTAGCATGCAAGGATGTGTATTTTTATATTAA
Unaligned ( gi|39 ): AACAAAACAGAGTTCGTAACACAATGATAAAGACC