lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                     11111111111111111111111111111111111111                                           
lowQualScore                  :                                11        11       111              444444444444444  111111111      1  1    222222        1111111               22222222                888888888888888888888                                7777777777777     1                777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777                                               11       555555555555       22222     33333333333333333333333333333333333333                      1           1        
lowQualScore                  :                        9   888 44        11  66   222      11    4 555555555555555  000000000      6  2    222222  4     1111111  5  3 4 3  44 11111111 0 4    55      222222222222222222222    8  3    9   3 444  4  1     5555555555555     2 2       5  3   666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1  55  1 55  44      55       5       55      11       555555555555    6  88888     77777777777777777777777777777777777777    3         2       5    4 2  3 5        
lowQualScore                  :                        .   ... ..        ..  ..   ...      ..    . ...............  .........      .  .    ......  .     .......  .  . . .  .. ........ . .    ..      .....................    .  .    .   . ...  .  .     .............     . .       .  .   ............................................................................................................................................................... .  ..  . ..  ..      ..       .       ..      ..       ............    .  .....     ......................................    .         .       .    . .  . .        
lowQualScore                  :                        2   888 00        00  11   222      99    4 666666666666666  888888888      6  5    444444  5     8888888  2  6 9 6  00 55555555 9 0    55      888888888888888888888    2  6    7   6 555  0  4     5555555555555     7 5       0  6   111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2  00  6 00  55      00       0       55      88       999999999999    7  00000     88888888888888888888888888888888888888    0         5       5    0 5  0 5        
consensus                     :                ACATCAGTCAGT---TG-TAACCCCTGCAC--CCC---CAGGCCGGGACA-TACAGCAGGGGCATG-GA---CT----TTTCTCTCTGCAGA--GCCCAGNTAAAG-------GCNCT-GCC-CTG-CAGAGAC--ACT-TTGC--TGGTAA--C-A-CATG---GCT----AAAAACCT-TTTGCCCC-CCG-GG-ACCATGTTGTTG-T---GT--CTGACATATTGTCCCNCT-GTT--G----TTTTTC--T----C----TT--T---C----TT-TC---A-GNT-A--T-GT--AA--N-A--------CC----CCG-----G-T-AGAA----TA--N-GG---G-AAA-------T--CACTGCACAAGA----TNAGATACTCC--CCGGCA--AGAG--GCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGCAN-GAAGTAA-CA-G-A-----TGCACTT--AGGACACT---GC----------TCTGTAAAAGCCCGGTACATTAGCCCCNCTGTCCTCTNCCATGTCACCAANTNAGNGTAAAATGTG
Reference ( gi|3 )            :                ACATCAGTAAGT---TT-TAACCCCTGAAC--CCC---CAGGCCAGGACA-TACAGCAATAGCATG-GA---TT----TTTCTCACTTCAGA--TCTGAGATAAAG-------GCTCT-GTC-CTG-CAGAAAA--ATT-TTGC--TGGTAA--CCA-CATG---GCT----AAAAATCT-TTTGTCCC-CTG-GG-ACTATGTT-TTG-TG--GTAACTGACCTGTTGTCCCACT-GTT--G----TTGTTC--T----C----TT--T---C----TT-TC---A-GAT-A--T-GT--AA--G-A--------CT----CTG-----G-T-AGAA----TA--A-GG---G-AAA-------T--TATTACCCAAGA----TGAGATAATCA--CAGGCA--AGAG--GCACCACTAT--AATCCCAAACTATTT--TTGGCAG-GAAATAA-CA-GGA-----TGCAGTT--AGAACACT---GC----------TCTGTAA----------------TCCCTCTGTTCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
gi|2                          :                ACATCAGTAAGT---TT-TAACCCCTGAAC--CCC---CAGGCCAGGACA-TACAGCAATAGCATG-GA---TT----TTTCTCACTTCAGA--TCTGAGATAAAG-------GCTCT-GTC-CTG-CAGAAAA--ATT-TTGC--TGGTAA--CCA-CATG---GCT----AAAAATCT-TTTGTCCC-CTG-GG-ACTATGTT-TTG-TG--GTAACTGACCTGTTGTCCCACT-GTT--G----TTGTTC--T----C----TT--T---C----TT-TC---A-GAT-A--T-GT--AA--G-A--------CT----CTG-----G-T-AGAA----TA--A-GG---G-AAA-------T--TATTACCCAAGA----TGAGATAATCA--CAGGCA--AGAG--GCACCACTAT--AATCCCAAACTATTT--TTGGCAG-GAAATAA-CA-GGA-----TGCAGTT--AGAACACT---GC----------TCTGTAA----------------TCCCTCTGTTCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
gi|12                         :                 CACCTGTCAGT---TG-TTACTCCTGCAC--AATA--CAGGCTTGGACA-TATCCCAGGGACTTG-GA---CTACGTTTTCTCTCTGCAGA--GCCCAGTTAAAG---------------C-CCA-C----------T-TTGC--TGGTAA----A--ATA---GCTACTAAAAAGCCT-TTTAGCCC-C-G-GG-ACCATGTTGTTG---------CTGAAGTATTGTCCCCCT-GTT--GAATTTTGTTCGGT----C----TT--TAAAT----TC-TCGCGA-GGT-A--TCGT------T-G--------CT----CTG-----T-T-AGAA----GA--ATGG---GTAAA-------
gi|16                         :         gcattatgCATCAGTTAGT---TG-TAACCCCTGCAC--TCC---CTGACTGGCACATTGCTGCGTGGGCTTT-GA---TT----TTTTTTTCTGCAAA--GCCCAGGTAAAAAGCCTTCACTCA-GCC-TTG-TAGAGAC--ACT-TTAC--TAGTAAAGCC--CATGGTAGCT-----AAAACCT-TTTGCCCC-C
gi|9                          :                atgTCAGTCACT---TG-TAACCCCT--AC--CCC---CAGGCCAAGACT-TACAG--GGGACTTT-GA---CT----TTTCTTTCTGCATA--ACCCAGATGAAT-------GCCTT-GTT-CTT-C--AAAC--ACC-TTGC----------------------------AAAAA-------G--CC-CTT-AG-A--AAGCT-TTT-TG--G---------TGTTGT--TACTGGTT--A----TT-TTT--T----CCGTATT--T---T----TT-TC---A-TTTGA--T-GC--AA--A-A--------ATTCCACTGTCCAAGTT-TGAA----TA--T-GG---G-AAA-------A--CACT------------TCAGATACTTC--CCGTCA--AGAG--ATGTCACAAT--ACTCCTTGACTATTTACTTAGCAggtg
gi|17                         :   atgtataatgtactagTCAGTCATT---TG-TAACCACT------CCC---TATACCTGGACA-TAC--------CAGG-GACTGTC----CTTTTCTCTGCACA--GCCCAGGTTGAG-------GCCCT-GCC-CTA-CAG
gi|20                         : tgtacctattaagcactggCAGTCAGT---TG-TAACTCCTGACCTCCCC---CTGGCCAGGACA-TAGAGtgacacttcaaagccttgtt
gi|1                          :   acacgtatcgttaatgcgcGTAAGTCATTTGTAACCTCTGCAT--CCCGCTCAGATTGGGACT-T-CAACAA-AGAATTTGA---CT----TTCCTC--TACAGA--GACCAGTTAAAG-------G----------------GGAC--ATT-TTGC--TGGTAA--C------------------AATACCTGTTTGTGCC-CTG-TG-ATTATATT-TTT-TATTGTTGCTGACATATTGTCTCCCT-GTCA-G----CT-TAC--T----C----TG--T---C----TT-TC---A--AT-ACTT-GT--GG--G-ATTCCAACGCC----CTG-----G-TAAAAA----TA--T-GG---G-TAA-------A--CACTA--CAGGG----TCTGATACTCC--CCAACA--AGAA--GCATCACTTT--AA--CCAAAaggattttgactgttttcttatgttcatgactatgaatg
gi|7                          :     ttataatacacatgtttGTCAGT---TG-TAAACCCTGCAT--CCA---CAGGCTGTGACG-TA--GCTGAGACA-G-GT---TT----TTTCTCTGTGCAGAGCCCTG-GTTAC---------GTTCTTGCCTCTG-AAGGATACGATCCTTGC--TAGAAG--TCA-TA-----GC-----------CT-TCTG-CCC-CTT-GG-ACTATGTTGTTGCTG--GT-GCTG------TGTTCTTCT-GTTCAC----TTTTTG--T----C----TT--C---C----CT-TT-------T-A--T-AT--AA--T-ATTCCATTGCC----CTG-----G-T-AAAA----TA--T-GGTTAG-ACA----------CACTGCACA---------AGATACTCC--C---------TG--GTATCACTGT--TATTTCAGGCTATTT--CTgattcaagttgaaatgacactcccacacttctatggcactgcaaggaaaattatgcagcatactctttcgccctgttgatttctctgctatgtcccggccctgagggagctggtgttataaataactggggcataaaaatgcaaatgaaaaaata
gi|4                          :                                catgACTCCTGTAC--CCC---CATACCA----A-TCCA--------ATG-AC---CT----TTGCTCTCTACAGA--ACCCGGATAAAG-------GCACT-GCA-CTGACGGGGA----TT-TTAC--TG------------------TT----AAAAGCCT-TTTGCACT-CGA-GG-ATCATGTTGTTG---------CTGACGTATCGTCCTGCC-ATT--GAA--CTGTTG--C----C----TT--T---CAGT-TC-TCCCGA-GAT-C--CCGT------T-G--------CC----CCG-----G-A-AGAC----TA--T-GG---G-AAAAAAACGCT--GATTA----AGA----TTCGATAACCCTTC-GGCA--TGGG--TCATCACTAT--AATGCCAGACTATCT--ATGGCAATAAAATAA-tttatggaaagtagaattc
gi|5                          :                                                                                      tcttgtgtattacactgggtcagatgatatcTAAAT-------GCTCT-GCC-CTG-CAGAGAC--ACT-TTGCAGTGGTAA--AAACCCTG-----T----AAAAATCC-TTTAGCCC-CAG-GA-ACCATGTTATTG---------CTGACATGTTGTCCCATT-ATTTAC----TTTTCC--TGTCAC----TT--T---T----TG-TG---A-G-T-T--T-CT--AT--A-G--------CC----CCA-----G-T-AAAA----TAT-A-G--------A-------T--TAAAACACTACA----TAAG---ACC-------CA--ATAC--TCCCCACTAC--AATCCCAGACTATAC--TTGGCAaatcccgaactttcgcggttctgcggggacgttaaatacggtaa
gi|11                         :                            ctatagtcagttgtaaccgcagtgaaaatgtaccccgagactggaacattgctctgactttgacttattattctaaagggtctgtcctgccAAG-------GCACT-GCC-CTA-CATATAC--ACT-TTGC--TGGTAA--AGG-CGCT---GCC----------CT-GTT-TCCC-CTG-GGGATCATGTT---------GTTACTGATATATTGTCCCTCT-GTT--GAC--TTTTTT--T----C----TC--A---G----TTATC---ATGGT-A--T-TT--CATTG-C--------CA----C-G-----G-T-AGAA----TATGA-GT---G-AA-----------CACTGCACAAGA----CCCAGTATTCC--CTGGCAATAAAG--GC----CTAT--A---CTA----ATTT--TTGtagagtcccgcacttctactacactgcagggcattg
gi|24                         :                                                                                                                       AAG-------GCACT-GCC-CTA-CATATAC--ACT-TTGC--TGGTAA--aatgaagttaaactcccacactttcatggcactgcgagtatgatagata
gi|10                         :                                                                                                                                                                                       T----ATAAACCT-TTTGCCCC-GCG-GG-ACTATGTTGTTG---------CTGACATACTGTCCTACT-GTT--GAC--TT-TTC--TGT--C----TT--T---CA---TT-TCTTGA-GAA-A----GTCCAT--T-G--------CT----CAG-----G-T-CAAA----TA--T---------AA-------T--TTGTAT---AGAATCCTG---TACTCC--TTGACA--GGTG--GTGTCACTGG--AATTC--AACTATTT--TTGGCAG-AAAGTAA-agg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                 agT-TTTACCCCACCGAGG-GCCATGTT-TT-------TA-CTGGCATATTTTGTCGCT-GCT--G----ACTTTC--T----G----TTCTT---CAAAGTT-TC---ACGCG-A--T-TC--AA--TTA--------TT----TCA-----G-T-AGAAAATGTA--A-AA---A-CAA-------CAACACTGCACAAGA----TGAGATACTCC--CCGGAA--AGAG--GCA-CA-TGTGAAATCCCAGAC-ATTT--CTGGCGT-GAGATAA------ACCTCTTGCACTTCCAGGACACTTAGGCATTTGGAGAATCTGTAAAAGCCCGGTACATTAGCCCCGCTGTCCTCTTCTATGTC-CCAATTAAGCG-AAAATATgactcgcacttccatggaaactgcaggagtattgatacgataatagctcagccccagctttctcctcaatg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                  atatCCATGTTGTTG-TT--G---CTGACATATTGTCGCCCT-GTT--A----ACTTTT--C----C----TG--G---T----TT-TC---A-ATT-A--TTGT--GA--G-A---------------------------------------------------------T--TATTGCCC--------CGATTTAAT-A--TAGACA--AACACTGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGCAT-GATGTAA-AACTCA-----TGCACTT-----ACACA---GC----------ACTGTa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tttagcccGGCA--AGTG--GCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGTGT-GAAGTAATCA-Ggggaacattgatgtggtaaaaccccagcactttatcctttctgtcatcctctatgttccaacctggttgggcaggataacaaatgatgcataacaatgacagcaatgcagtgaatcagatggatctgattcatacatgcaaatattttcatcaatta
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TACTCACTGGCAATAGAGAGCATTTCAACCTAGACTATTTTCATTGTGAAGTAAAACTCCCACACTTCCATGGCACTGTGAGGGATTTGATGCAATCAGAAACTGGCACTTTATCCCCACTGTTCTGCACTTTGTGCCAGTCTTGTGGAGCCAGGGTAACAAATAACTGGTACATTAGGTAAAGATGTTTCCATTTTCAGTTGCTGTTCAGCTTATAGTTGATAC
Unaligned ( gi|14 ): AAGCTTCTAAATTTCTATGGCACTGCAGGGACATTGATGTAGTAAGATCCTCGGACTTCGACCCCGCTGTCCTCTGCCACTACAGACCTTACAAGCCTGTTGGGACCTGGGGTACAAATAACTGGTTCATGATAAAACATTTAAAAAACTATTCTATTGGCTAGTTGTATATTGTTGATTAC
Unaligned ( gi|18 ): TTATCCACCAGTAAGTTGTAACCCTTGCACATAGCAAGGACTTATGACTTTTCTCTCTGTTGAGCCCAGGATAAAACACCTGCTTTTAGCCTTTTGCCCTAATGGACCATGTGGTGCCTGCAATA
Unaligned ( gi|19 ): ATTAAGTCACTACTGACGCAATGTCCCGCTGTTGACTTTCCCTGGCTTTCAATCATCGCGAAAGTATCAGAAGAATATTGGCGAACACTGCACAATGTCCAATGTTCCCC
Unaligned ( gi|21 ): CTGATACACATAATGTATTGGTCAGTTGTAACCATTCCCCTACCTAGGTTGGGACTTAATAGGGGATTTGACCTTCCCCTATGCAGAGG
Unaligned ( gi|22 ): TAATGCACCCATTAATTGTAACCCGTCCTCGCTAGACCGGGACATAGGGGACACTTTGACTTATCTCTCTGCATAACCCTGAGGTAAA
Unaligned ( gi|23 ): CTGGACCGGGACATGTCGAGGACATTAACTTTTCTCTCTGCAATGTATCCCTG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                          2222222222222222                                                                                          55555555555555555555555                               11111   555555                     222222                      1111     66666666666666666666666666666666666666       11111111        2222222222222222222                                                                                1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                      1                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                          2  33     99999999 555 0  33  777    2        2 5555555555555555 3    5555       0       77777   44 3 1 3   0  3  888888   3  3333333   7777      55      99999999999999999999999      3   444   77777          00000   888888     1         2     222222     44 6666 555  44  5555  3  22222222222222222222222222222222222222       11111111     1  2222222222222222222  3     0  99   2      1 0  44444    3      44               44     3 1     55  7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    1         1       5    1 1  1 7        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                          .  ..     ........ ... .  ..  ...    .        . ................ .    ....       .       .....   .. . . .   .  .  ......   .  .......   ....      ..      .......................      .   ...   .....          .....   ......     .         .     ......     .. .... ...  ..  ....  .  ......................................       ........     .  ...................  .     .  ..   .      . .  .....    .      ..               ..     . .     ..  ................................................................................................................    .         .       .    . .  . .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                          7  77     77777777 333 9  77  333    5        5 9999999999999999 3    7777       7       77777   66 3 0 3   2  2  888888   3  9999999   1111      00      11111111111111111111111      3   666   00000          22222   666666     2         1     999999     22 5555 444  22  0000  1  77777777777777777777777777777777777777       44444444     0  2222222222222222222  3     8  11   9      7 2  55555    8      22               66     6 0     55  7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    0         0       5    0 0  0 3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                            ACATCAGTCAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACC--CC---CAGG-CCGGGACA-TACAGCAGGGAC--N--TNGACT----TTTCTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GNT-AAAGGCCCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGC--TGGTAA--C-A--CATG---GCT----AAAAACCT-TTT-GCCCC-CCG-GGACCATGTT----GTTGT-----CTGACGTATTGTCCCNCTGTT--G--TTTTTC--T----C---TT--TC----TT-TC---A-GNT-A--T-GT--------AA-N-G--------CCCCGGT--A-----GAATATGG---G---AAAACA------CTGCACAAGATCCGAT-ACTCCCCGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-GTGAAGT--AA--CA--N------------------NT---GCA-CT--T-CA-------------GG-ACACT---GC----------T-CT-G------TAAGANCC-C--GGCACTTTANCCCCNCTGTCCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
Reference ( family-70 )       :                                                                                                                                                                                            ACATCAGTCAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACC--CC---CAGG-CCGGGACA-TACAGCAGGGGC--A--TGGACT----TTTCTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GNT-AAAGGCNCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGC--TGGTAA--C-A--CATG---GCT----AAAAACCT-TTT-GCCCC-CCG-GGACCATGTT----GTTGTG-T--CTGACATATTGTCCCNCTGTT--G--TTTTTC--T----C---TT--TC----TT-TC---A-GNT-A--T-GT--------AA-N-A--------CCCCGGT--A-----GAATANGG---G---AAATCA------CTGCACAAGATNAGAT-ACTCCCCGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-ANGAAGT--AA--CA--G------------------AT---GCA-CT--T--A-------------GG-ACACT---GC----------T-CT-G------TAAAAGCC-C--GGTACATTAGCCCCNCTGTCCTCTNCCATGTCACCAANTNAGNGTAAAATGTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                 AGTCATTTG-TA--ACCTC--------TG--CATC--CCGCTCAGA-TTGGGACT-T-CAACAAAGAA--T--TTGACT----TTCCTCT--ACAGAG-----ACC--A-GTT-AAAGG---------------------GGACA----TTTTGC--TGGTAA--C-A---AT---------------ACCTGTTT-GTGCC-CTG-TGATTATATTTTTTATTGTT-G--CTGACATATTGTCTCCCTGTC--A--GCTTAC--T----C---TG--TC----TT-TC---A--AT-ACTT-GTGGGATTCCAA-C-G--------CCCTGGTA-A-----AAATATGG---G---TAAACA------CT--ACAGGGTCTGAT-ACTCCCCAACA--AGAAGCATCACTTT--AACCAAAGATT
gi|1                          :                                                                                                                                                                            ttataatacacatgtttgtaCAGTTATTTA-TA--ACACC--------AG--CTCC--CT---CAGGGCCGGGACA-T--AGCAGAGcaagttgaaatgacactcccacacttctatggcactgcaaggaaaattatgcagcatactctttcgccctgttgatttctctgctatgtcccggccctgagggagctggtgttataaataactggggcataaaaatgcaaatgaaaaaata
gi|10                         : ttataatacacatgtttgtaagtcatttgtaacctctgcatcccgctcagattgggacttcaacaaagaatttgactttcctctacagagaccagttaaaggggacattttgctggtaacaatacctgtttgtgccctgtgattatattttttattgttgctgacatattgtctccctgtcagcttactctgtctttcaatacttgtgggattccaacgccctggtaaaaatatgggtaaacactacagggtctgatactccccaacaagaagcatcactttaaccaaagattcaagttgaaatgacactcccacacttctatggcactgcaaggaaaattatgcagcatactctttcgccctgttgatttT----ATAAACCT-TTT-GCCCC-GCG-GGACTATGTT----GTTG------CTGACATACTGTCCTACTGTT--GA-CTTTTCTGT----C---TT--TCA---TT-TCTTGA-GA--A--A-GTCC------AT-T-G--------CTCAGGT--C-----AAATAT----------AAT--------TTGTATAGAATCCTGT-ACTCCTTGACA--GGTGGTGTCACTGG--AATTC--AACTATTT--TTGGC-AGAAAGT--AA--GA--C------------------TC---GCA-CT--TCCAT------------GG-AAACT---GC----------gggcataaaaatgcaaatgaaaaaata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  agAAGGCACT------GCC-CTA-CATATACA----CTTTGC--TGGTAA--------AGGC--GCT-------GCCCT-GTT-TCCCC-TGG-GGATCATGTT----GTTA------CTGATATATTGTCCCTCTGTT--GACTTTTTT--T----C---TC--AG----TTATC---ATGGT-A--T-TT--------CATT-G--------CCACGGT--A-----GAATATGA---G---TGAACA------CTGCACAAGACCCAGT-ATTCCCTGGCAATAAAGGC----CTAT--A---CTA----ATTT--TTGA--ATGAAGTTAAA--CT--C------------------CC---ACA-CT--TTCA-------------TG-GCACT---GC----------aggagtattgatacgataatagctcagccccagctttctcctcaatg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                             CACCTGTCAGTTG-TT--ACTCC--------TG--CACA--ATA--CAGG-CTTGGACA-TATCCCAGGGAC--T--TGGACTACGTTTTCTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GTT-AAA------------GCC-----------CA----CTTTGC--TGGTAA----A---ATA---GCTACTAAAAAGCCT-TTTAG--CC-CCG-GGACCATGTT----GTTG------CTGAAGTATTGTCCCCCTGTT--GAATTTTGT--T----C---GG--TC----TT-Tgagtatgatagata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gcattatgT-ACTCACTGGCA--ATAGAGAGCATTTC--AA-CCTAGACTATTT--TCATT-GTGAAGT--AA---A--A------------------CTCCCACA-CT--TCCA-------------TG-GCACT---GTGAGGGA----T-TT-GATGCAATCAGAAAC-T--GGCACTTTATCCCCACTGTTCTaaattctcgcgaggtatcgttgctctgttagaagaatgggtaaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ---GCA-CTG-C--A-------------GGGACATT---GA----------T-GTAG------TAAGATCCTC--GG-ACTTCGACCCCGCTGTCCTCTGCCAgcactttgtgccagtcttgtggagccagggtaacaaataactggtacattaggtaaagatgtttccattttcagttgctgttcagcttatagttgatac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aagcttctaaatttctatgCA------CTGCATAAGATCCTGT-TCTTCTCGGCA--AGTGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGT-GTGAAGT--AAT-CA--GCTATTACCCTTTCAAGGTAT---GCAGCA--T----------------GG-ACTTT---AA----------TGTT-G------TAAGAGCC-TCAGGCACGTATGCCCCACAGTCCTCctacagaccttacaagcctgttgggacctggggtacaaataactggttcatgataaaacatttaaaaaactattctattggctagttgtatattgttgattac
gi|16                         :                                                                                                                                                                                           aaCATCAGTTAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACT--CC---CTGA-CTGGCACATTGCTGCGTGGGC--T--TTGATT----TTTTTTTCTGCAAAG-----CCC--A-GGTAAAAAGCCTTCACTCAGCC-TTG-TAGAGACA----CTTTAC--TAGTAAAGC-C--CATGGTAGCT-----AAAACCT-TTT-GCCCC-Cagctaattcccgtccagttgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                            atgTCAGTCATTTG-TA--ACCAC--------T------C--CC---TATA-CCTGGACA-TAC--CAGGGAC-----TGTCCT----TTTCTCT--GCACAG-----CCC--A-GGT-TGAGGCCCT------GCC-CTA-CAGTGACA----CTTggtg
gi|18                         :                                                                                                                                                                          tgtacctattaagcactggCACCAGTAAGTTG-TA--ACCCT--------TG--CAC-----------------------ATAGCAAGGACTTA--TG-ACT----TTTCTCTCTGTTGAG-----CCC--AGGAT-AAAACACCT------GCcaaagccttgtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttatc--CTGACGCAATGTCCCGCTGTT--G--ACTTTC--C----C---TG--GC----TT-TC---A-ATC-A--TCGCG-------AA-A-G--------TATCAGA--A-----GAATATTG---G---CGAACA------CTGCACAATGTCCAAT-GTTCCCCttttagccttttgccctaatggaccatgtggtgcctgcaata
gi|2                          :                                                                                                                                                                                attaagtcactaACATCAGTAAGTTT-TA--ACCCC--------TG--AACC--CC---CAGG-CCAGGACA-TACAGCAATAGC--A--TGGATT----TTTCTCACTTCAGAT-----CTG--A-GAT-AAAGGCTCT------GTC-CTG-CAGAAAAA----TTTTGC--TGGTAA--CCA--CATG---GCT----AAAAATCT-TTT-GTCCC-CTG-GGACTATGTT-----TTGTGGTAACTGACCTGTTGTCCCACTGTT--G--TTGTTC--T----C---TT--TC----TT-TC---A-GAT-A--T-GT--------AA-G-A--------CTCTGGT--A-----GAATAAGG---G---AAATTA------TTACCCAAGATGAGAT-AATCACAGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAAACTATTT--TTGGC-AGGAAAT--AA--CAG-G------------------AT---GCA-GT--T--A-------------GA-ACACT---GC----------T-CT-G------TAA-------------------TCCCTCTGTTCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                CAGTCAGTTG-TA--ACTCC--------TGACCTCC--CC---CTGG-CCAGGACA-TAGAG--AGGAT--T--TTGACT----GTTTTCT
gi|21                         :                                                                                                                                                                           acacgtatcgttaatgcgcATTGGTCAGTTG-TA--ACCAT--------T---CCCCTACC---TAGG-TTGGGACT-T--AATAGGGGA--T--TTGACC----TTCCCCTATGCAGAG-----tatgttcatgactatgaatg
gi|22                         :                                                                                                                                                                             ctgatacacataatgtCACCCATTAATTG-TA--ACCCG--------TC--C-TC--GC---TAGA-CCGGGACA-TA----GGGGAC--ACTTTGACT----TATCTCTCTGCATAA-----CCCTGA-GGT-AAAg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                        taatgGA-CCGGGACA-TGT--CGAGGAC--A--TTAACT----TTTCTCTCTGCA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ctgAAGGCACT------GCC-CTA-CATATACA----CTTTGC--TGGTAA--atgtatccctg
gi|3                          :                                                                                                                                                                                            ACATCAGTAAGTTT-TA--ACCCC--------TG--AACC--CC---CAGG-CCAGGACA-TACAGCAATAGC--A--TGGATT----TTTCTCACTTCAGAT-----CTG--A-GAT-AAAGGCTCT------GTC-CTG-CAGAAAAA----TTTTGC--TGGTAA--CCA--CATG---GCT----AAAAATCT-TTT-GTCCC-CTG-GGACTATGTT-----TTGTGGTAACTGACCTGTTGTCCCACTGTT--G--TTGTTC--T----C---TT--TC----TT-TC---A-GAT-A--T-GT--------AA-G-A--------CTCTGGT--A-----GAATAAGG---G---AAATTA------TTACCCAAGATGAGAT-AATCACAGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAAACTATTT--TTGGC-AGGAAAT--AA--CAG-G------------------AT---GCA-GT--T--A-------------GA-ACACT---GC----------T-CT-G------TAA-------------------TCCCTCTGTTCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTGagg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                  GTCAGATGATATCACTCC--------TG--TACC--CC---CATA-CCA----A-TCCA----------A--TGACCT----TTGCTCTCTACAGAA-----CCC--G-GAT-AAAGGCACT------GCA-CTGACGGGG--A----TTTTAC--T-------------------GTT----AAAAGCCT-TTT-GCACT-CGA-GGATCATGTT----GTTG------CTGACGTATCGTCCTGCCATT--GAACTGTTG--C----C---TT--TCAGT-TC-TCCCGA-GATCC--C-GT-----------T-G--------CCCCGGA--A-----GACTATGG---GAAAAAAACG------CTGATTAAGATTCGATAACCCTTCGGCA--TGGGTCATCACTAT--AATGCCAGACTATCT--ATGGCAATAAAAT--AA--
gi|5                          :                                                                                                                                                                               tcttgtgtattacactggAGTCAGTTG-TA--ACCGCAGTGAAAATG--TACC--CC---GAGA-CTGGAACA-TT--GCTCTGAC--T--TTGACT----TATTATTCTAAAGGGTCTGTCCT--G-CCT-AAATGCTCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGCAGTGGTAA--A-AACCCTG-----T----AAAAATCC-TTT-AGCCC-CAG-GAACCATGTT----ATTG------CTGACATGTTGTCCCATTATTTAC--TTTTCC--TGTCAC---TT--TT----TG-TG---A-GTT----T-CT--------AT-A-G--------CCCCAGT--A-----AAATATAG---ATT-AAAACA------CTACATAAGACCCAAT-ACTCC---------------CCACTAC--AATCCCAGACTATAC--TTGGC-ATAGAGT--CC--C---------------------------GCA-CTTCT--A-------------CT-ACACT---GC----------aatcccgaactttcgcggttctgcggggacgttaaatacggtaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ctatCCATGTT----GTTGTT-G--CTGACATATTGTCGCCCTGTT--A--ACTTTT--C----C---TG--GT----TT-TC---A-ATT-A--TTGT--------GA-G-ATTATTG--CCCCGAT--T-----TAATATAG-----------------------ACAA------AC-ACT--------------GCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-ATGATGT--AA--AACTC------------------AT---GCA-CT--T--ACACAGCACTGTGGGA-ACATT---GA----------T-GTGG------TAAAACCC-C--AGCACTTTATCCTTTCTGTCATCCTCTATGTT-CCAAagggcattg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                          tttagcccGTCAGTTG-TA--AACCC--------TG--CATC--CA---CAGG-CTGTGACG-T--AGCTGAGAC--A---GGTTT----TTTCTCTGTGCAGAG-----CCC--T-GGT-TACGTTCTT------GCCTCTG-AAG-GATACGATCCTTGC--TAG-AA--G-T--CATA---G-----------CCT-TCT-GCCCC-TT--GGACTATGTT----GTTG------CTGGTGCTGTGTTCTTCTGTTCAC--TTTTTG--T----C---TT--CC----CT-T-------TT-A--T-AT--------AA-T-ATTCCATTGCCCTGGT--A-----AAATATGGTTAG---ACA-CA------CTGCACA-----AGAT-ACTCCCT---------GGTATCACTGT--TATTTCAGGCTATTT--CTcctggttgggcaggataacaaatgatgcataacaatgacagcaatgcagtgaatcagatggatctgattcatacatgcaaatattttcatcaatta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            catgT-TTT-ACCCCACCGAGGGCCATGTT----TTTA------CTGGCATATTTTGTCGCTGCT--G--ACTTTC--T----G---TTCTTCAAAGTT-TC---ACGCG-A--T-TC--------AA-TTA--------TTTCAGT--A-----GAAAATGT---A---AAAACAACAACACTGCACAAGATGAGAT-ACTCCCCGGAA--AGAGGCA-CA-TGTGAAATCCCAGAC-ATTT--CTGGC-GTGAGAT--AAACCT--C------------------TT---GCA-CT--TCCA-------------GG-ACACTTAGGCATTTGGAGAAT-CT-G------TAAAAGCC-C--GGTACATTAGCCCCGCTGTCCTCTTCTATGTC-CCAATTAAGCG-AAAATATtttatggaaagtagaattc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                           atatTCAGTCACTTG-TA--ACCCC--------T----ACC--CC---CAGG-CCAAGACT-TACAG--GGGAC--T--TTGACT----TTTCTTTCTGCATAA-----CCC--A-GAT-GAATGCCTT------GTT-CTT-C--AAACA----CCTTGC--AAAAAG--C-C--C-------TT----AGAAAGCT-TTT-----------------TGGT----GTTGT-----------TACTG-------GTT--A--TTTTTT--C----CGTATT--TT----TT-TC---A-TTTGA--T-GC--------AA-A-AATT-----CCACTGTCCAAGTTTGAATATGG---G---AAAACA------CT--------TCAGAT-ACTTCCCGTCA--AGAGATGTCACAAT--ACTCCTTGACTATTTACTTAGC-Aa





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   1111111    111111                                                                                        55555555555555555555555                11111          11111   444444                     222222          1111      11111111111     777777777777777777777777777777777777777777                    1111111                                                                                           999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                        1                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                   2  33     99999999 555 0  33  777    2        2 9999999    000000    5555               77777   44 3 1 3      3  888888   3  3333333   7777      55      66666666666666666666666      3   3     33333          00000   333333     3         2     222222  44   44 0000 555  99999999999  3  444444444444444444444444444444444444444444       3     3 3    7777777     888888  3     2  33   2      1 0  44444    3      44               44     88      55  666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666    1   66 2            5           7        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                   .  ..     ........ ... .  ..  ...    .        . .......    ......    ....               .....   .. . . .      .  ......   .  .......   ....      ..      .......................      .   .     .....          .....   ......     .         .     ......  ..   .. .... ...  ...........  .  ..........................................       .     . .    .......     ......  .     .  ..   .      . .  .....    .      ..               ..     ..      ..  ..................................................................................................................    .   .. .            .           .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                   7  77     77777777 333 9  77  333    5        5 9999999    888888    7777               77777   66 3 0 3      3  888888   3  9999999   1111      00      00000000000000000000000      3   3     44444          22222   444444     2         1     999999  22   22 8888 444  33333333333  1  111111111111111111111111111111111111111111       1     1 1    0000000     888888  3     8  66   9      7 2  55555    8      22               22     11      00  777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    0   99 2            5           3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                     ACATCAGTCAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACC--CC---CAGG-CCGGGACA-TACAGCAGGGACT--TT-GACT----TTTCTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GNT-AAAGGCCCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGC--TGGTAA--C-A--CATG---GCTA----AAAACCT-TTT-GCCCC-CCG-GGACCATGTT----GTTGT-----CTGACGTATTGTCCCNCTGTT--G--TTT--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GNT-A--T-GT--------AA---------T------GCCCCGG-TAGAA-T-ATGG--G---AAAACA------CTGCACAAGATCCGAT-ACTCCCCGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-GTGAAGT--AA--CA--CC-CG-CAC---TT-C-A-----------GG-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAAG---ANCC---C--GGCA----CTTTNGCCCCGCTG--TCCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
Reference ( family-70 )       :                                                                                                                                                                                     ACATCAGTCAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACC--CC---CAGG-CCGGGACA-TACAGCAGGGACN--TN-GACT----TTTCTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GNT-AAAGGCCCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGC--TGGTAA--C-A--CATG---GCTA----AAAACCT-TTT-GCCCC-CCG-GGACCATGTT----GTTGT-----CTGACGTATTGTCCCNCTGTT--G--TTT--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GNT-A--T-GT--------AA---------N------GCCCCGG-TAGAA-T-ATGG--G---AAAACA------CTGCACAAGATCCGAT-ACTCCCCGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-GTGAAGT--AA--CA--NN-TG-CAC---TT-C-A-----------GG-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAAG---ANCC---C--GGCA----CTTTANCCCCNCTG--TCCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                          AGTCATTTG-TA--ACCTC--------TG--CATC--CCGCTCAGA-TTGGGACT-T-CAACAAAGAAT--TT-GACT----TTCCTCT--ACAGAG-----ACC--A-GTT-AAAGG---------------------GGACA----TTTTGC--TGGTAA--C-A---AT---------------ACCTGTTT-GTGCC-CTG-TGATTATATTTTTTATTGTTG---CTGACATATTGTCTCCCTGTC--A--GCT--TAC--T----C---TG--T---C----TT-TC---A--AT-ACTT-GTGGGATTCCAA---------C------GCCCTGG-TAAAAAT-ATGG--G---TAAACA------CT--ACAGGGTCTGAT-ACTCCCCAACA--AGAAGCATCACTTT--AACCAAAGA----TT--CAAGT--TGAAAT--GA--CACTCC-CA-CAC---TT-CTA-----------TG-GCAC------T---G--C----------------------------AAGGAAAATTATGC--AGCATACTCTTTCGCCCTGTTGATTTCTCTGCTATGTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                     ttataatacacatgtttgtaCAGTTATTTA-TA--ACACC--------AG--CTCC--CT---CAGGGCCGGGACA-T--AGCAGAGAAA--TC-AACccggccctgagggagctggtgttataaataactggggcataaaaatgcaaatgaaaaaata
gi|10                         : ttataatacacatgtttgtaagtcatttgtaacctctgcatcccgctcagattgggacttcaacaaagaatttgactttcctctacagagaccagttaaaggggacattttgctggtaacaatacctgtttgtgccctgtgattatattttttattgttgctgacatattgtctccctgtcagcttactctgtctttcaatacttgtgggattccaacgccctggtaaaaatatgggtaaacactacagggtctgatactccccaacaagaagcatcactttaaccaaagattcaagttgaaatgacactcccacacttctatggcactgcaaggaaaattatgcagcatactctttcgccctTA----TAAACCT-TTT-GCCCC-GCG-GGACTATGTT----GTTG------CTGACATACTGTCCTACTGTT--GA-CTT--TTC--TGT--C---TT--T---CA---TT-TCTTGA-GAA-A----GTCC------AT---------T------GCTCAGG-TCAAA-T-AT----------AAT-------TTGTATAGAATCCTGT-ACTCCTTGACA--GGTGGTGTCACTGG--AATTC--AACTATTT--TTGGC-AGAAAGT--AA--GA--CT-CG-CAC---TTCC-AT----------GG-AAAC------T---G--C----------gggcataaaaatgcaaatgaaaaaata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          agAAGGCACT------GCC-CTA-CATATACA----CTTTGC--TGGTAA--------AGGC--GCTG----C---CCT-GTT-TCCCC-TGG-GGATCATGTT----GTTA------CTGATATATTGTCCCTCTGTT--GACTTT--TTT--T----C---TC--A---G----TTATC---ATGGT-A--T-TT--------CA---------TT-----GCCACGG-TAGAA-T-ATGA--G---TGAACA------CTGCACAAGACCCAGT-ATTCCCTGGCAATAAAGGC----CTAT--A---CTA----ATTT--TTGA--ATGAAGTTAAA--CT--CC-CA-CACT--TT-C-A-----------TG-GCAC------T---G--C----------aggagtattgatacgataatagctcagccccagctttctcctcaatg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                      CACCTGTCAGTTG-TT--ACTCC--------TG--CACA--ATA--CAGG-CTTGGACA-TATCCCAGGGACT--TG-GACTACGTTTTCTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GTT-AAAG-------------C-C---------CA----CTTTGC--TGGTAA----A---ATA---GCTACTAAAAAGCCT-TTTAGCCCC---G-GGACCATGTT----GTTG------CTGAAGTATTGTCCCCCTGTT--GAATTTTGTTCGGT----C---TT--TAAAT----TC-TCGCGA-GGT-A--TCGT-------------------T------GCTCTGT-TAGAA-GAATGG--G---TAAAgagtatgatagata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gcattatgT-ACTCACTGGCA--ATAGAGAGCATTTC--AA-CCTAGACTATTT--TCATT-GTGAAGT--AA--AACTCC-CA-CAC---TTCC-A-----------TG-GCAC------T---G--TGAGGGA----T------TT-GATGCAATCAG---AAAC---T--GGCA----CTTTATCCCCACTG--T--TCTGC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         G-CAC---TG-C-A-----------GGGACAT------T---G--A----------T------GTAG------TAAG---ATCCT--C--GG-A----CTTCGACCCCGCTG--TCCTCTGCCAactttgtgccagtcttgtggagccagggtaacaaataactggtacattaggtaaagatgtttccattttcagttgctgttcagcttatagttgatac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aagcttctaaatttctatgAACA------CTGCATAAGATCCTGT-TCTTCTCGGCA--AGTGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGT-GTGAAGT--AAT-CA--GC-TATTACCCTTT-C-A-----------AG-GTATGCAGCAT---GGAC----------TTTAATGTT-G------TAAG---AGCC---TCAGGCA----CGTATGCCCCACAG--TCCTCAGCTActacagaccttacaagcctgttgggacctggggtacaaataactggttcatgataaaacatttaaaaaactattctattggctagttgtatattgttgattac
gi|16                         :                                                                                                                                                                                      CATCAGTTAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACT--CC---CTGA-CTGGCACATTGCTGCGTGGGCT--TT-GATT----TTTTTTTCTGCAAAG-----CCC--A-GGTAAAAAGCCTTCACTCAGCC-TTG-TAGAGACA----CTTTAC--TAGTAAAGC-C--CATGGTAGCT-----AAAACCT-TTT-GCCCC-Cattcccgtccagttgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                     atgTCAGTCATTTG-TA--ACCAC--------T------C--CC---TATA-CCTGGACA-TAC--CAGGGACT-----GTCC----TTT-TCTCTGCACAG-----CCC--A-GGT-TGAGGCCCT------GCC-CTA-CAGTGACA----CTTggtg
gi|18                         :                                                                                                                                                                   tgtacctattaagcactggCACCAGTAAGTTG-TA--ACCCT--------TG--CAC-----------------------ATAGCAAGGACT--TATGACT----TTTCTCTCTGTTGAG-----CCC--AGGAT-AAAACACCT------GCcaaagccttgtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttatc-----CTGACGCAATGTCCCGCTGTT--G--ACT--TTC--C----C---TG--G---C----TT-TC---A-ATC-A--TCGCG-------AA---------A------GTATCAG-AAGAA-T-ATTG--G---CGAACA------CTGCACAATGTCCAAT-GTTCCCCttttagccttttgccctaatggaccatgtggtgcctgcaata
gi|2                          :                                                                                                                                                                         attaagtcactaACATCAGTAAGTTT-TA--ACCCC--------TG--AACC--CC---CAGG-CCAGGACA-TACAGCAATAGCA--TG-GATT----TTTCTCACTTCAGAT-----CTG--A-GAT-AAAGGCTCT------GTC-CTG-CAGAAAAA----TTTTGC--TGGTAA--CCA--CATG---GCTA----AAAATCT-TTT-GTCCC-CTG-GGACTATGTT-----TTGTGGTAACTGACCTGTTGTCCCACTGTT--G--TTG--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GAT-A--T-GT--------AA---------G------ACTCTGG-TAGAA-T-AAGG--G---AAATTA------TTACCCAAGATGAGAT-AATCACAGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAAACTATTT--TTGGC-AGGAAAT--AA--CA--GGATG-CAG---TT---A-----------GA-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAA----------------------------TCCCTCTG--TTCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                         CAGTCAGTTG-TA--ACTCC--------TGACCTCC--CC---CTGG-CCAGGACA-TAGAG--AGGATT--TT-GACT----GTTTTCT
gi|21                         :                                                                                                                                                                    acacgtatcgttaatgcgcATTGGTCAGTTG-TA--ACCAT--------T---CCCCTACC---TAGG-TTGGGACT-T--AATAGGGGAT--TT-GACC----TTCCCCTATGCAGAG-----tatgttcatgactatgaatg
gi|22                         :                                                                                                                                                                      ctgatacacataatgtCACCCATTAATTG-TA--ACCCG--------TC--C-TC--GC---TAGA-CCGGGACA-TA----GGGGACACTTT-GACT----TATCTCTCTGCATAA-----CCCTGA-GGT-AAAg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                 taatgGA-CCGGGACA-TGT--CGAGGACA--TT-AACT----TTTCTCTCTGCA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ctgAAGGCACT------GCC-CTA-CATATACA----CTTTGC--TGGTAA--atgtatccctg
gi|3                          :                                                                                                                                                                                     ACATCAGTAAGTTT-TA--ACCCC--------TG--AACC--CC---CAGG-CCAGGACA-TACAGCAATAGCA--TG-GATT----TTTCTCACTTCAGAT-----CTG--A-GAT-AAAGGCTCT------GTC-CTG-CAGAAAAA----TTTTGC--TGGTAA--CCA--CATG---GCTA----AAAATCT-TTT-GTCCC-CTG-GGACTATGTT-----TTGTGGTAACTGACCTGTTGTCCCACTGTT--G--TTG--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GAT-A--T-GT--------AA---------G------ACTCTGG-TAGAA-T-AAGG--G---AAATTA------TTACCCAAGATGAGAT-AATCACAGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAAACTATTT--TTGGC-AGGAAAT--AA--CA--GGATG-CAG---TT---A-----------GA-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAA----------------------------TCCCTCTG--TTCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTGagg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                           GTCAGATGATATCACTCC--------TG--TACC--CC---CATA-CCA----A-TCCAAT---GAC--------CT----TTGCTCTCTACAGAA-----CCC--G-GAT-AAAGGCACT------GCA-CTGACGGGG--A----TTTTAC--T-------------------GTTA----AAAGCCT-TTT-GCACT-CGA-GGATCATGTT----GTTG------CTGACGTATCGTCCTGCCATT--GAACTG--TTG--C----C---TT--T---CAGT-TC-TCCCGA-GATCC--C-GT-------------------T------GCCCCGG-AAGAC-T-ATGG--GAAAAAAACG------CTGATTAAGATTCGATAACCCTTCGGCA--TGGGTCATCACTAT--AATGCCAGACTATCT--ATGGCAATAAAAT--AA--
gi|5                          :                                                                                                                                                                        tcttgtgtattacactggAGTCAGTTG-TA--ACCGCAGTGAAAATG--TACC--CC---GAGA-CTGGAACA-TT--GCTCTGACT--TT-GACT----TATTATTCTAAAGGGTCTGTCCT--G-CCT-AAATGCTCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGCAGTGGTAA--A-AACCCTG-----TA----AAAATCC-TTT-AGCCC-CAG-GAACCATGTT----ATTG------CTGACATGTTGTCCCATTATTTAC--TTT--TCC--TGTCAC---TT--T---T----TG-TG---A-GTT----T-CT--------AT---------A------GCCCCAG-TAAAA-T-ATAG--ATT-AAAACA------CTACATAAGACCCAAT-ACTCC---------------CCACTAC--AATCCCAGACTATAC--TTGGC-ATAGAGT----------CC-CG-CAC---TT-CTA-----------CT-ACAC------T---G--C----------aatcccgaactttcgcggttctgcggggacgttaaatacggtaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ctatCCATGTT----GTTGTTG---CTGACATATTGTCGCCCTGTT--A--ACT--TTT--C----C---TG--G---T----TT-TC---A-ATT-A--TTGT--------GA---------GATTATTGCCCCGA-TTTAA-T-ATAG----------------------ACAA------AC-ACT--------------GCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-ATGATGT--AA--AACTCA-TG-CAC---TTAC-ACAGCACTGTGGGA-ACAT------T---G--A----------T------GTGG------TAAA---ACCC---C--AGCA----CTTTATCCTTTCTG--TCATCCTCTATGTT-CCAAagggcattg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                   tttagcccGTCAGTTG-TA--AACCC--------TG--CATC--CA---CAGG-CTGTGACG-T--AGCTGAGACA---G-GTTT----TTTCTCTGTGCAGAG-----CCC--T-GGT-TACGTTCTT------GCCTCTG-AAG-GATACGATCCTTGC--TAG-AA--G-T--CATA---G-----------CCT-TCT-GCCCC-TT--GGACTATGTT----GTTG------CTGGTGCTGTGTTCTTCTGTTCAC--TTT--TTG--T----C---TT--C---C----CT-T-------TT-A--T-AT--------AATATTCCAT-T------GCCCTGG-TAAAA-T-ATGGTTA---GACACA------CTGCACAA-----GAT-ACTCCCT---------GGTATCACTGT--TATTTCAGGCTATTT--CTcctggttgggcaggataacaaatgatgcataacaatgacagcaatgcagtgaatcagatggatctgattcatacatgcaaatattttcatcaatta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    catgT-TTT-ACCCCACCGAGGGCCATGTT----TTTA------CTGGCATATTTTGTCGCTGCT--G--ACT--TTC--T----G---TTCTT---CAAAGTT-TC---ACGCG-A--T-TC--------AA---------TT-----ATTTCAG-TAGAA-A-ATGT--A---AAAACAACAACACTGCACAAGATGAGAT-ACTCCCCGGAA--AGAGGCA-CA-TGTGAAATCCCAGAC-ATTT--CTGGC-GTGAGAT--AAACCT--CT-TG-CAC---TTCC-A-----------GG-ACAC------TTAGG--CATTTGGAGAAT------CT-G------TAAA---AGCC---C--GGTA----CATTAGCCCCGCTG--TCCTCTTCTATGTC-CCAATTAAGCG-AAAATATtttatggaaagtagaattc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                    atatTCAGTCACTTG-TA--ACCCC--------T----ACC--CC---CAGG-CCAAGACT-TACAG--GGGACT--TT-GACT----TTTCTTTCTGCATAA-----CCC--A-GAT-GAATGCCTT------GTT-CTT-C--AAACA----CCTTGC--AAAAAG--C-C--C-------TTA----GAAAGCT-TTT-----------------TGGT----GTTGT-----------TACTG-------GTT--A--TTT--TTT--C----CGTATT--T---T----TT-TC---A-TTTGA--T-GC--------AAAAATTCCACT------GTCCAAGTTTGAA-T-ATGG--G---AAAACA------CT--------TCAGAT-ACTTCCCGTCA--AGAGATGTCACAAT--ACTCCTTGACTATTTACTTAGC-a





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                        2222222                                                                                                    55555555555555555555555                11111          11111   444444                     222222          1111      11111111111     7777777777777777777777777777777777777                    1111111                                                                                           9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                        1                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                        2  33     99999999  5555  33  777    2        2 0000000    888  2     5555   2            77777   44 3 1 3      3  888888   3  3333333   7777      55      66666666666666666666666      3   3     33333          00000   333333     3         2     222222  44   44 0000 555  99999999999  3  2222222222222222222222222222222222222       3     3 3    7777777     888888  3     2  33   2      1 0  44444    3      44               44     88      55  4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    3   66 2            5           7        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                        .  ..     ........  ....  ..  ...    .        . .......    ...  .     ....   .            .....   .. . . .      .  ......   .  .......   ....      ..      .......................      .   .     .....          .....   ......     .         .     ......  ..   .. .... ...  ...........  .  .....................................       .     . .    .......     ......  .     .  ..   .      . .  .....    .      ..               ..     ..      ..  .........................................................................................................................    .   .. .            .           .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                        7  77     77777777  1111  77  333    5        5 4444444    333  7     7777   7            77777   66 3 0 3      3  888888   3  9999999   1111      00      00000000000000000000000      3   3     44444          22222   444444     2         1     999999  22   22 8888 444  33333333333  1  9999999999999999999999999999999999999       1     1 1    0000000     888888  3     8  66   9      7 2  55555    8      22               22     11      00  5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555    4   99 2            5           3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                          ACATCAGTCAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACC--CC---CAGG-CCGGGACA-TACAGCAGGGAC---TT-TGACT----TTT-CTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GNT-AAAGGCCCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGC--TGGTAA--C-A--CATG---GCTA----AAAACCT-TTT-GCCCC-CCG-GGACCATGTT----GTTGT-----CTGACGTATTGTCCCNCTGTT--G--TTT--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GNT-A--T-GT--------AA---------T-GCCCCGG-TAGAA-T-ATGG--G---AAAACA------CTGCACAAGATCCGAT-ACTCCCCGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-GTGAAGT--AA--------NA--CC---C--GCAC-TT-C-A-----------GG-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAAG---ANCC---C--GGCA----CTTTNGCCCCGCTG--TCCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
Reference ( family-70 )       :                                                                                                                                                                                          ACATCAGTCAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACC--CC---CAGG-CCGGGACA-TACAGCAGGGAC---TT-TGACT----TTT-CTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GNT-AAAGGCCCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGC--TGGTAA--C-A--CATG---GCTA----AAAACCT-TTT-GCCCC-CCG-GGACCATGTT----GTTGT-----CTGACGTATTGTCCCNCTGTT--G--TTT--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GNT-A--T-GT--------AA---------T-GCCCCGG-TAGAA-T-ATGG--G---AAAACA------CTGCACAAGATCCGAT-ACTCCCCGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-GTGAAGT--AA--------CA--CC---C--GCAC-TT-C-A-----------GG-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAAG---ANCC---C--GGCA----CTTTNGCCCCGCTG--TCCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                               AGTCATTTG-TA--ACCTC--------TG--CATC--CCGCTCAGA-TTGGGACT-T-CAACAAAGAA---TT-TGACT----TTC-CTCT--ACAGAG-----ACC--A-GTT-AAAGG---------------------GGACA----TTTTGC--TGGTAA--C-A---AT---------------ACCTGTTT-GTGCC-CTG-TGATTATATTTTTTATTGTTG---CTGACATATTGTCTCCCTGTC--A--GCT--TAC--T----C---TG--T---C----TT-TC---A--AT-ACTT-GTGGGATTCCAA---------C-GCCCTGG-TAAAAAT-ATGG--G---TAAACA------CT--ACAGGGTCTGAT-ACTCCCCAACA--AGAAGCATCACTTT--AACCAAAGA----TT--CAAGT--TGAAAT--GA--------CACTCC---C--ACAC-TT-CTA-----------TG-GCAC------T---G--C----------------------------AAGGAAAATTATGC--AGCATACTCTTTCGCCCTGTTGATTTCTCTGCTATGTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                          ttataatacacatgtttgtaCAGTTATTTA-TA--ACACC--------AG--CTCC--CT---CAGGGCCGGGACA-T--AGCAGAGAccggccctgagggagctggtgttataaataactggggcataaaaatgcaaatgaaaaaata
gi|10                         : ttataatacacatgtttgtaagtcatttgtaacctctgcatcccgctcagattgggacttcaacaaagaatttgactttcctctacagagaccagttaaaggggacattttgctggtaacaatacctgtttgtgccctgtgattatattttttattgttgctgacatattgtctccctgtcagcttactctgtctttcaatacttgtgggattccaacgccctggtaaaaatatgggtaaacactacagggtctgatactccccaacaagaagcatcactttaaccaaagattcaagttgaaatgacactcccacacttctatggcactgcaaggaaaattatgcagcatactctttcgccctgttgattTA----TAAACCT-TTT-GCCCC-GCG-GGACTATGTT----GTTG------CTGACATACTGTCCTACTGTT--GA-CTT--TTC--TGT--C---TT--T---CA---TT-TCTTGA-GAA-A----GTCC------AT---------T-GCTCAGG-TCAAA-T-AT----------AAT-------TTGTATAGAATCCTGT-ACTCCTTGACA--GGTGGTGTCACTGG--AATTC--AACTATTT--TTGGC-AGAAAGT--AA--------GA--CT---C--GCAC-TTCC-AT----------GG-AAAC------T---G--C----------gggcataaaaatgcaaatgaaaaaata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agAAGGCACT------GCC-CTA-CATATACA----CTTTGC--TGGTAA--------AGGC--GCTG----C---CCT-GTT-TCCCC-TGG-GGATCATGTT----GTTA------CTGATATATTGTCCCTCTGTT--GACTTT--TTT--T----C---TC--A---G----TTATC---ATGGT-A--T-TT--------CA---------TTGCCACGG-TAGAA-T-ATGA--G---TGAACA------CTGCACAAGACCCAGT-ATTCCCTGGCAATAAAGGC----CTAT--A---CTA----ATTT--TTGA--ATGAAGTTAAA--------CT--CC---C--ACACTTT-C-A-----------TG-GCAC------T---G--C----------aggagtattgatacgataatagctcagccccagctttctcctcaatg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                           CACCTGTCAGTTG-TT--ACTCC--------TG--CACA--ATA--CAGG-CTTGGACA-TATCCCAGGGAC---TT-GGACTACGTTTT-CTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GTT-AAAG-------------C-C---------CA----CTTTGC--TGGTAA----A---ATA---GCTACTAAAAAGCCT-TTTAGCCCC---G-GGACCATGTT----GTTG------CTGAAGTATTGTCCCCCTGTT--GAATTTTGTTCGGT----C---TT--TAAAT----TC-TCGCGA-GGT-A--TCGT-------------------T-GCTCTGT-TAGAA-GAATGG--G---TAAAgagtatgatagata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gcattatgT-ACTCACTGGCA--ATAGAGAGCATTTC--AA-CCTAGACTATTT--TCATT-GTGAAGT--AA--------AACTCC---C--ACAC-TTCC-A-----------TG-GCAC------T---G--TGAGGGA----T------TT-GATGCAATCAG---AAAC---T--GGCA----CTTTATCCCCACTG--T--TCTGC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   --GCAC-TG-C-A-----------GGGACAT------T---G--A----------T------GTAG------TAAG---ATCCT--C--GG-A----CTTCGACCCCGCTG--TCCTCTGCCAactttgtgccagtcttgtggagccagggtaacaaataactggtacattaggtaaagatgtttccattttcagttgctgttcagcttatagttgatac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aagcttctaaatttctatgAACA------CTGCATAAGATCCTGT-TCTTCTCGGCA--AGTGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGT-GTGAAGT--AATCAGCTATTA--CC---C-----T-TT-C-A-----------AG-GTATGCAGCAT---GGAC----------TTTAATGTT-G------TAAG---AGCC---TCAGGCA----CGTATGCCCCACAG--TCCTCAGCTActacagaccttacaagcctgttgggacctggggtacaaataactggttcatgataaaacatttaaaaaactattctattggctagttgtatattgttgattac
gi|16                         :                                                                                                                                                                                           CATCAGTTAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACT--CC---CTGA-CTGGCACATTGCTGCGTGGGC---TT-TGATT----TTT-TTTTCTGCAAAG-----CCC--A-GGTAAAAAGCCTTCACTCAGCC-TTG-TAGAGACA----CTTTAC--TAGTAAAGC-C--CATGGTAGCT-----AAAACCT-TTT-GCCCC-Cattcccgtccagttgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                          atgTCAGTCATTTG-TA--ACCAC--------T------C--CC---TATA-CCTGGACA-TAC--CAGGGAC---TG-T--CC----TTT--TCTCTGCACAG-----CCC--A-GGT-TGAGGCCCT------GCC-CTA-CAGTGACA----CTTggtg
gi|18                         :                                                                                                                                                                        tgtacctattaagcactggCACCAGTAAGTTG-TA--ACCCT--------TG--CAC-----------------------ATAGCAAGGAC---TTATGACT----TTT-CTCTCTGTTGAG-----CCC--AGGAT-AAAACACCT------GCcaaagccttgtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttatc-----CTGACGCAATGTCCCGCTGTT--G--ACT--TTC--C----C---TG--G---C----TT-TC---A-ATC-A--TCGCG-------AA---------A-GTATCAG-AAGAA-T-ATTG--G---CGAACA------CTGCACAATGTCCAAT-GTTCCCCttttagccttttgccctaatggaccatgtggtgcctgcaata
gi|2                          :                                                                                                                                                                              attaagtcactaACATCAGTAAGTTT-TA--ACCCC--------TG--AACC--CC---CAGG-CCAGGACA-TACAGCAATAGC---AT-GGATT----TTT-CTCACTTCAGAT-----CTG--A-GAT-AAAGGCTCT------GTC-CTG-CAGAAAAA----TTTTGC--TGGTAA--CCA--CATG---GCTA----AAAATCT-TTT-GTCCC-CTG-GGACTATGTT-----TTGTGGTAACTGACCTGTTGTCCCACTGTT--G--TTG--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GAT-A--T-GT--------AA---------G-ACTCTGG-TAGAA-T-AAGG--G---AAATTA------TTACCCAAGATGAGAT-AATCACAGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAAACTATTT--TTGGC-AGGAAAT--AA--------CAG-GA---T--GCAG-TT---A-----------GA-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAA----------------------------TCCCTCTG--TTCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                              CAGTCAGTTG-TA--ACTCC--------TGACCTCC--CC---CTGG-CCAGGACA-TAGAG--AGGAT---TT-TGACT----GTT-TTCT
gi|21                         :                                                                                                                                                                         acacgtatcgttaatgcgcATTGGTCAGTTG-TA--ACCAT--------TC--C-CCTACC---TAGG-TTGGGACT-TA--ATAGGGGA---TT-TGACC----TTC-CCCTATGCAGAG-----tatgttcatgactatgaatg
gi|22                         :                                                                                                                                                                           ctgatacacataatgtCACCCATTAATTG-TA--ACCCG--------TC--C-TC--GC---TAGA-CCGGGACA-TA----GGGGACAC-TT-TGACT----TAT-CTCTCTGCATAA-----CCCTGA-GGT-AAAg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                      taatgGA-CCGGGACA-TGT--CGAGGAC---AT-TAACT----TTT-CTCTCTGCA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ctgAAGGCACT------GCC-CTA-CATATACA----CTTTGC--TGGTAA--atgtatccctg
gi|3                          :                                                                                                                                                                                          ACATCAGTAAGTTT-TA--ACCCC--------TG--AACC--CC---CAGG-CCAGGACA-TACAGCAATAGC---AT-GGATT----TTT-CTCACTTCAGAT-----CTG--A-GAT-AAAGGCTCT------GTC-CTG-CAGAAAAA----TTTTGC--TGGTAA--CCA--CATG---GCTA----AAAATCT-TTT-GTCCC-CTG-GGACTATGTT-----TTGTGGTAACTGACCTGTTGTCCCACTGTT--G--TTG--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GAT-A--T-GT--------AA---------G-ACTCTGG-TAGAA-T-AAGG--G---AAATTA------TTACCCAAGATGAGAT-AATCACAGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAAACTATTT--TTGGC-AGGAAAT--AA--------CAG-GA---T--GCAG-TT---A-----------GA-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAA----------------------------TCCCTCTG--TTCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTGagg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                GTCAGATGATATCACTCC--------TG--TACC--CC---CATA-CCA----A-TCCAA-------------TGACC----TTTGCTCTCTACAGAA-----CCC--G-GAT-AAAGGCACT------GCA-CTGACGGGG--A----TTTTAC--T-------------------GTTA----AAAGCCT-TTT-GCACT-CGA-GGATCATGTT----GTTG------CTGACGTATCGTCCTGCCATT--GAACTG--TTG--C----C---TT--T---CAGT-TC-TCCCGA-GATCC--C-GT-------------------T-GCCCCGG-AAGAC-T-ATGG--GAAAAAAACG------CTGATTAAGATTCGATAACCCTTCGGCA--TGGGTCATCACTAT--AATGCCAGACTATCT--ATGGCAATAAAAT--AA--------AAT-CC---C--GAAC-TT-
gi|5                          :                                                                                                                                                                             tcttgtgtattacactggAGTCAGTTG-TA--ACCGCAGTGAAAATG--TACC--CC---GAGA-CTGGAACA-TT--GCTCTGAC---TT-TGACT----TAT-TATTCTAAAGGGTCTGTCCT--G-CCT-AAATGCTCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGCAGTGGTAA--A-AACCCTG-----TA----AAAATCC-TTT-AGCCC-CAG-GAACCATGTT----ATTG------CTGACATGTTGTCCCATTATTTAC--TTT--TCC--TGTCAC---TT--T---T----TG-TG---A-GTT----T-CT--------AT---------A-GCCCCAG-TAAAA-T-ATAG--ATT-AAAACA------CTACATAAGACCCAAT-ACTCC---------------CCACTAC--AATCCCAGACTATAC--TTGGC-ATAGAGT----------------CC---C--GCAC-TT-CTA-----------CT-ACAC------T---G--C----------tcgcggttctgcggggacgttaaatacggtaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ctatCCATGTT----GTTGTTG---CTGACATATTGTCGCCCTGTT--A--ACT--TTT--C----C---TG--G---T----TT-TC---A-ATT-A--TTGT--------GAGATTAT---T-GCCCCGA-TTTAA-T-ATAG----------------------ACAA------AC-ACT--------------GCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-ATGATGT--AA--------AA--CT---CATGCAC-TTAC-ACAGCACTGTGGGA-ACAT------T---G--A----------T------GTGG------TAAA---ACCC---C--AGCA----CTTTATCCTTTCTG--TCATCCTCTATGTT-CCAAagggcattg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                        tttagcccGTCAGTTG-TA--AACCC--------TG--CATC--CA---CAGG-CTGTGACG-T--AGCTGAGACAGGTT-----T----TTT-CTCTGTGCAGAG-----CCC--T-GGT-TACGTTCTT------GCCTCTG-AAG-GATACGATCCTTGC--TAG-AA--G-T--CATA---G-----------CCT-TCT-GCCCC-TT--GGACTATGTT----GTTG------CTGGTGCTGTGTTCTTCTGTTCAC--TTT--TTG--T----C---TT--C---C----CT-T-------TT-A--T-AT--------AATATTCCAT-T-GCCCTGG-TAAAA-T-ATGGTTA---GACACA------CTGCACAA-----GAT-ACTCCCT---------GGTATCACTGT--TATTTCAGGCTATTT--CTcctggttgggcaggataacaaatgatgcataacaatgacagcaatgcagtgaatcagatggatctgattcatacatgcaaatattttcatcaatta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           catgT-TTT-ACCCCACCGAGGGCCATGTT----TTTA------CTGGCATATTTTGTCGCTGCT--G--ACT--TTC--T----G---TTCTT---CAAAGTT-TC---ACGCG-A--T-TC--------AA---------TTATTTCAG-TAGAA-A-ATGT--A---AAAACAACAACACTGCACAAGATGAGAT-ACTCCCCGGAA--AGAGGCA-CA-TGTGAAATCCCAGAC-ATTT--CTGGC-GTGAGAT--AA---------A--CCTCTT--GCAC-TTCC-A-----------GG-ACAC------TTAGG--CATTTGGAGAAT------CT-G------TAAA---AGCC---C--GGTA----CATTAGCCCCGCTG--TCCTCTTCTATGTC-CCAATTAAGCG-AAAATATtttatggaaagtagaattc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                         atatTCAGTCACTTG-TA--ACCCC--------T----ACC--CC---CAGG-CCAAGACT-TACAG--GGGAC---TT-TGACT----TTT-CTTTCTGCATAA-----CCC--A-GAT-GAATGCCTT------GTT-CTT-C--AAACA----CCTTGC--AAAAAG--C-C--C-------TTA----GAAAGCT-TTT-----------------TGGT----GTTGT-----------TACTG-------GTT--A--TTT--TTT--C----CGTATT--T---T----TT-TC---A-TTTGA--T-GC--------AAAAATTCCACT-GTCCAAGTTTGAA-T-ATGG--G---AAAACA------CT--------TCAGAT-ACTTCCCGTCA--AGAGATGTCACAAT--ACTCCTTGACTATTTACTTAGC-a





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                        2222222                                                                                                    55555555555555555555555                11111          11111   444444                     222222          1111      11111111111     7777777777777777777777777777777777777                    1111111                                                                                           333333333333            9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                        1                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                        2  33     99999999  5555  33  777    2        2 0000000    888  2     5555   2            77777   44 3 1 3      3  888888   3  3333333   7777      55      66666666666666666666666      3   3     33333          00000   333333     3         2     222222  44   44 0000 555  99999999999  3  2222222222222222222222222222222222222       3     3 3    7777777     888888  3     2  33   2      1 0  44444    3      44               44     88      55  444444444444   99    3  2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222    3   66 2            5           7        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                        .  ..     ........  ....  ..  ...    .        . .......    ...  .     ....   .            .....   .. . . .      .  ......   .  .......   ....      ..      .......................      .   .     .....          .....   ......     .         .     ......  ..   .. .... ...  ...........  .  .....................................       .     . .    .......     ......  .     .  ..   .      . .  .....    .      ..               ..     ..      ..  ............   ..    .  ..............................................................................................    .   .. .            .           .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                        7  77     77777777  1111  77  333    5        5 4444444    333  7     7777   7            77777   66 3 0 3      3  888888   3  9999999   1111      00      00000000000000000000000      3   3     44444          22222   444444     2         1     999999  22   22 8888 444  33333333333  1  9999999999999999999999999999999999999       1     1 1    0000000     888888  3     8  66   9      7 2  55555    8      22               22     11      00  111111111111   22    3  0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    4   99 2            5           3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                          ACATCAGTCAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACC--CC---CAGG-CCGGGACA-TACAGCAGGGAC---TT-TGACT----TTT-CTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GNT-AAAGGCCCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGC--TGGTAA--C-A--CATG---GCTA----AAAACCT-TTT-GCCCC-CCG-GGACCATGTT----GTTGT-----CTGACGTATTGTCCCNCTGTT--G--TTT--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GNT-A--T-GT--------AA---------T-GCCCCGG-TAGAA-T-ATGG--G---AAAACA------CTGCACAAGATCCGAT-ACTCCCCGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-GTGAAGT--AA--------NA--CCC--GCAC-TT-C-A-----------GG-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAAG---ANCC---C--GGCA----CTTTNGCCCCGCTG--TCCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
Reference ( family-70 )       :                                                                                                                                                                                          ACATCAGTCAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACC--CC---CAGG-CCGGGACA-TACAGCAGGGAC---TT-TGACT----TTT-CTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GNT-AAAGGCCCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGC--TGGTAA--C-A--CATG---GCTA----AAAACCT-TTT-GCCCC-CCG-GGACCATGTT----GTTGT-----CTGACGTATTGTCCCNCTGTT--G--TTT--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GNT-A--T-GT--------AA---------T-GCCCCGG-TAGAA-T-ATGG--G---AAAACA------CTGCACAAGATCCGAT-ACTCCCCGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-GTGAAGT--AA--------NA--CCC--GCAC-TT-C-A-----------GG-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAAG---ANCC---C--GGCA----CTTTNGCCCCGCTG--TCCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                               AGTCATTTG-TA--ACCTC--------TG--CATC--CCGCTCAGA-TTGGGACT-T-CAACAAAGAA---TT-TGACT----TTC-CTCT--ACAGAG-----ACC--A-GTT-AAAGG---------------------GGACA----TTTTGC--TGGTAA--C-A---AT---------------ACCTGTTT-GTGCC-CTG-TGATTATATTTTTTATTGTTG---CTGACATATTGTCTCCCTGTC--A--GCT--TAC--T----C---TG--T---C----TT-TC---A--AT-ACTT-GTGGGATTCCAA---------C-GCCCTGG-TAAAAAT-ATGG--G---TAAACA------CT--ACAGGGTCTGAT-ACTCCCCAACA--AGAAGCATCACTTT--AACCAAAGA----TT--CAAGT--TGAAAT--GA--------CACTCCC--ACAC-TT-CTA-----------TG-GCAC------T---G--C----------------------------AAGGAAAATTATGC--AGCATACTCTTTCGCCCTGTTGATTTCTCTGCTATGTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                          ttataatacacatgtttgtaCAGTTATTTA-TA--ACACC--------AG--CTCC--CT---CAGGGCCGGGACA-T--AGCAGAGAccggccctgagggagctggtgttataaataactggggcataaaaatgcaaatgaaaaaata
gi|10                         : ttataatacacatgtttgtaagtcatttgtaacctctgcatcccgctcagattgggacttcaacaaagaatttgactttcctctacagagaccagttaaaggggacattttgctggtaacaatacctgtttgtgccctgtgattatattttttattgttgctgacatattgtctccctgtcagcttactctgtctttcaatacttgtgggattccaacgccctggtaaaaatatgggtaaacactacagggtctgatactccccaacaagaagcatcactttaaccaaagattcaagttgaaatgacactcccacacttctatggcactgcaaggaaaattatgcagcatactctttcgccctgttgattTA----TAAACCT-TTT-GCCCC-GCG-GGACTATGTT----GTTG------CTGACATACTGTCCTACTGTT--GA-CTT--TTC--TGT--C---TT--T---CA---TT-TCTTGA-GAA-A----GTCC------AT---------T-GCTCAGG-TCAAA-T-AT----------AAT-------TTGTATAGAATCCTGT-ACTCCTTGACA--GGTGGTGTCACTGG--AATTC--AACTATTT--TTGGC-AGAAAGT--AA--------GA--CTC--GCAC-TTCC-AT----------GG-AAAC------T---G--C----------gggcataaaaatgcaaatgaaaaaata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agAAGGCACT------GCC-CTA-CATATACA----CTTTGC--TGGTAA--------AGGC--GCTG----C---CCT-GTT-TCCCC-TGG-GGATCATGTT----GTTA------CTGATATATTGTCCCTCTGTT--GACTTT--TTT--T----C---TC--A---G----TTATC---ATGGT-A--T-TT--------CA---------TTGCCACGG-TAGAA-T-ATGA--G---TGAACA------CTGCACAAGACCCAGT-ATTCCCTGGCAATAAAGGC----CTAT--A---CTA----ATTT--TTGA--ATGAAGTTAAA--------CT--CCC--ACACTTT-C-A-----------TG-GCAC------T---G--C----------aggagtattgatacgataatagctcagccccagctttctcctcaatg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                           CACCTGTCAGTTG-TT--ACTCC--------TG--CACA--ATA--CAGG-CTTGGACA-TATCCCAGGGAC---TT-GGACTACGTTTT-CTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GTT-AAAG-------------C-C---------CA----CTTTGC--TGGTAA----A---ATA---GCTACTAAAAAGCCT-TTTAGCCCC---G-GGACCATGTT----GTTG------CTGAAGTATTGTCCCCCTGTT--GAATTTTGTTCGGT----C---TT--TAAAT----TC-TCGCGA-GGT-A--TCGT-------------------T-GCTCTGT-TAGAA-GAATGG--G---TAAAgagtatgatagata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gcattatgT-ACTCACTGGCA--ATAGAGAGCATTTC--AA-CCTAGACTATTT--TCATT-GTGAAGT--AA--------AACTCCC--ACAC-TTCC-A-----------TG-GCAC------T---G--TGAGGGA----T------TT-GATGCAATCAG---AAAC---T--GGCA----CTTTATCCCCACTG--T--TCTGC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --GCAC-TG-C-A-----------GGGACAT------T---G--A----------T------GTAG------TAAG---ATCCT--C--GG-A----CTTCGACCCCGCTG--TCCTCTGCCAactttgtgccagtcttgtggagccagggtaacaaataactggtacattaggtaaagatgtttccattttcagttgctgttcagcttatagttgatac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aagcttctaaatttctatgAACA------CTGCATAAGATCCTGT-TCTTCTCGGCA--AGTGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGT-GTGAAGT--AATCAGCTATTA--CCC-----T-TT-C-A-----------AG-GTATGCAGCAT---GGAC----------TTTAATGTT-G------TAAG---AGCC---TCAGGCA----CGTATGCCCCACAG--TCCTCAGCTActacagaccttacaagcctgttgggacctggggtacaaataactggttcatgataaaacatttaaaaaactattctattggctagttgtatattgttgattac
gi|16                         :                                                                                                                                                                                           CATCAGTTAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACT--CC---CTGA-CTGGCACATTGCTGCGTGGGC---TT-TGATT----TTT-TTTTCTGCAAAG-----CCC--A-GGTAAAAAGCCTTCACTCAGCC-TTG-TAGAGACA----CTTTAC--TAGTAAAGC-C--CATGGTAGCT-----AAAACCT-TTT-GCCCC-Cattcccgtccagttgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                          atgTCAGTCATTTG-TA--ACCAC--------T------C--CC---TATA-CCTGGACA-TAC--CAGGGAC---TG-T--CC----TTT--TCTCTGCACAG-----CCC--A-GGT-TGAGGCCCT------GCC-CTA-CAGTGACA----CTTggtg
gi|18                         :                                                                                                                                                                        tgtacctattaagcactggCACCAGTAAGTTG-TA--ACCCT--------TG--CAC-----------------------ATAGCAAGGAC---TTATGACT----TTT-CTCTCTGTTGAG-----CCC--AGGAT-AAAACACCT------GCcaaagccttgtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttatc-----CTGACGCAATGTCCCGCTGTT--G--ACT--TTC--C----C---TG--G---C----TT-TC---A-ATC-A--TCGCG-------AA---------A-GTATCAG-AAGAA-T-ATTG--G---CGAACA------CTGCACAATGTCCAAT-GTTCCCCttttagccttttgccctaatggaccatgtggtgcctgcaata
gi|2                          :                                                                                                                                                                              attaagtcactaACATCAGTAAGTTT-TA--ACCCC--------TG--AACC--CC---CAGG-CCAGGACA-TACAGCAATAGC---AT-GGATT----TTT-CTCACTTCAGAT-----CTG--A-GAT-AAAGGCTCT------GTC-CTG-CAGAAAAA----TTTTGC--TGGTAA--CCA--CATG---GCTA----AAAATCT-TTT-GTCCC-CTG-GGACTATGTT-----TTGTGGTAACTGACCTGTTGTCCCACTGTT--G--TTG--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GAT-A--T-GT--------AA---------G-ACTCTGG-TAGAA-T-AAGG--G---AAATTA------TTACCCAAGATGAGAT-AATCACAGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAAACTATTT--TTGGC-AGGAAAT--AA--------CAG-GAT--GCAG-TT---A-----------GA-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAA----------------------------TCCCTCTG--TTCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                              CAGTCAGTTG-TA--ACTCC--------TGACCTCC--CC---CTGG-CCAGGACA-TAGAG--AGGAT---TT-TGACT----GTT-TTCT
gi|21                         :                                                                                                                                                                         acacgtatcgttaatgcgcATTGGTCAGTTG-TA--ACCAT--------TC--C-CCTACC---TAGG-TTGGGACT-TA--ATAGGGGA---TT-TGACC----TTC-CCCTATGCAGAG-----tatgttcatgactatgaatg
gi|22                         :                                                                                                                                                                           ctgatacacataatgtCACCCATTAATTG-TA--ACCCG--------TC--C-TC--GC---TAGA-CCGGGACA-TA----GGGGACAC-TT-TGACT----TAT-CTCTCTGCATAA-----CCCTGA-GGT-AAAg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                      taatgGA-CCGGGACA-TGT--CGAGGAC---AT-TAACT----TTT-CTCTCTGCA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ctgAAGGCACT------GCC-CTA-CATATACA----CTTTGC--TGGTAA--atgtatccctg
gi|3                          :                                                                                                                                                                                          ACATCAGTAAGTTT-TA--ACCCC--------TG--AACC--CC---CAGG-CCAGGACA-TACAGCAATAGC---AT-GGATT----TTT-CTCACTTCAGAT-----CTG--A-GAT-AAAGGCTCT------GTC-CTG-CAGAAAAA----TTTTGC--TGGTAA--CCA--CATG---GCTA----AAAATCT-TTT-GTCCC-CTG-GGACTATGTT-----TTGTGGTAACTGACCTGTTGTCCCACTGTT--G--TTG--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GAT-A--T-GT--------AA---------G-ACTCTGG-TAGAA-T-AAGG--G---AAATTA------TTACCCAAGATGAGAT-AATCACAGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAAACTATTT--TTGGC-AGGAAAT--AA--------CAG-GAT--GCAG-TT---A-----------GA-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAA----------------------------TCCCTCTG--TTCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTGagg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                GTCAGATGATATCACTCC--------TG--TACC--CC---CATA-CCA----A-TCCAA-------------TGACC----TTTGCTCTCTACAGAA-----CCC--G-GAT-AAAGGCACT------GCA-CTGACGGGG--A----TTTTAC--T-------------------GTTA----AAAGCCT-TTT-GCACT-CGA-GGATCATGTT----GTTG------CTGACGTATCGTCCTGCCATT--GAACTG--TTG--C----C---TT--T---CAGT-TC-TCCCGA-GATCC--C-GT-------------------T-GCCCCGG-AAGAC-T-ATGG--GAAAAAAACG------CTGATTAAGATTCGATAACCCTTCGGCA--TGGGTCATCACTAT--AATGCCAGACTATCT--ATGGCAATAAAAT--AA--------AAT-CCC--GAAC-TT-
gi|5                          :                                                                                                                                                                             tcttgtgtattacactggAGTCAGTTG-TA--ACCGCAGTGAAAATG--TACC--CC---GAGA-CTGGAACA-TT--GCTCTGAC---TT-TGACT----TAT-TATTCTAAAGGGTCTGTCCT--G-CCT-AAATGCTCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGCAGTGGTAA--A-AACCCTG-----TA----AAAATCC-TTT-AGCCC-CAG-GAACCATGTT----ATTG------CTGACATGTTGTCCCATTATTTAC--TTT--TCC--TGTCAC---TT--T---T----TG-TG---A-GTT----T-CT--------AT---------A-GCCCCAG-TAAAA-T-ATAG--ATT-AAAACA------CTACATAAGACCCAAT-ACTCC---------------CCACTAC--AATCCCAGACTATAC--TTGGC-ATAGAGT----------------CCC--GCAC-TT-CTA-----------CT-ACAC------T---G--C----------tcgcggttctgcggggacgttaaatacggtaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ctatCCATGTT----GTTGTTG---CTGACATATTGTCGCCCTGTT--A--ACT--TTT--C----C---TG--G---T----TT-TC---A-ATT-A--TTGT--------GAGATTAT---T-GCCCCGA-TTTAA-T-ATAG----------------------ACAA------AC-ACT--------------GCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-ATGATGT--AA--------AA--CTCATGCAC-TTAC-ACAGCACTGTGGGA-ACAT------T---G--A----------T------GTGG------TAAA---ACCC---C--AGCA----CTTTATCCTTTCTG--TCATCCTCTATGTT-CCAAagggcattg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                        tttagcccGTCAGTTG-TA--AACCC--------TG--CATC--CA---CAGG-CTGTGACG-T--AGCTGAGACAGGTT-----T----TTT-CTCTGTGCAGAG-----CCC--T-GGT-TACGTTCTT------GCCTCTG-AAG-GATACGATCCTTGC--TAG-AA--G-T--CATA---G-----------CCT-TCT-GCCCC-TT--GGACTATGTT----GTTG------CTGGTGCTGTGTTCTTCTGTTCAC--TTT--TTG--T----C---TT--C---C----CT-T-------TT-A--T-AT--------AATATTCCAT-T-GCCCTGG-TAAAA-T-ATGGTTA---GACACA------CTGCACAA-----GAT-ACTCCCT---------GGTATCACTGT--TATTTCAGGCTATTT--CTcctggttgggcaggataacaaatgatgcataacaatgacagcaatgcagtgaatcagatggatctgattcatacatgcaaatattttcatcaatta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           catgT-TTT-ACCCCACCGAGGGCCATGTT----TTTA------CTGGCATATTTTGTCGCTGCT--G--ACT--TTC--T----G---TTCTT---CAAAGTT-TC---ACGCG-A--T-TC--------AA---------TTATTTCAG-TAGAA-A-ATGT--A---AAAACAACAACACTGCACAAGATGAGAT-ACTCCCCGGAA--AGAGGCA-CA-TGTGAAATCCCAGAC-ATTT--CTGGC-GTGAGAT--AA--------AC--CTCTTGCAC-TTCC-A-----------GG-ACAC------TTAGG--CATTTGGAGAAT------CT-G------TAAA---AGCC---C--GGTA----CATTAGCCCCGCTG--TCCTCTTCTATGTC-CCAATTAAGCG-AAAATATtttatggaaagtagaattc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                         atatTCAGTCACTTG-TA--ACCCC--------T----ACC--CC---CAGG-CCAAGACT-TACAG--GGGAC---TT-TGACT----TTT-CTTTCTGCATAA-----CCC--A-GAT-GAATGCCTT------GTT-CTT-C--AAACA----CCTTGC--AAAAAG--C-C--C-------TTA----GAAAGCT-TTT-----------------TGGT----GTTGT-----------TACTG-------GTT--A--TTT--TTT--C----CGTATT--T---T----TT-TC---A-TTTGA--T-GC--------AAAAATTCCACT-GTCCAAGTTTGAA-T-ATGG--G---AAAACA------CT--------TCAGAT-ACTTCCCGTCA--AGAGATGTCACAAT--ACTCCTTGACTATTTACTTAGC-a





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                        2222222                                                                                                    55555555555555555555555                11111          11111   444444                     222222          1111      11111111111     7777777777777777777777777777777777777                    1111111                                                                                           333333333333            9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                        1                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                        2  33     99999999  5555  33  777    2        2 0000000    888  2     5555   2            77777   44 3 1 3      3  888888   3  3333333   7777      55      66666666666666666666666      3   3     33333          00000   333333     3         2     222222  44   44 0000 555  99999999999  3  2222222222222222222222222222222222222       3     3 3    7777777     888888  3     2  33   2      1 0  44444    3      44               44     88      55  444444444444   99    3  2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222    3   66 2            5           7        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                        .  ..     ........  ....  ..  ...    .        . .......    ...  .     ....   .            .....   .. . . .      .  ......   .  .......   ....      ..      .......................      .   .     .....          .....   ......     .         .     ......  ..   .. .... ...  ...........  .  .....................................       .     . .    .......     ......  .     .  ..   .      . .  .....    .      ..               ..     ..      ..  ............   ..    .  ..............................................................................................    .   .. .            .           .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                        7  77     77777777  1111  77  333    5        5 4444444    333  7     7777   7            77777   66 3 0 3      3  888888   3  9999999   1111      00      00000000000000000000000      3   3     44444          22222   444444     2         1     999999  22   22 8888 444  33333333333  1  9999999999999999999999999999999999999       1     1 1    0000000     888888  3     8  66   9      7 2  55555    8      22               22     11      00  111111111111   22    3  0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    4   99 2            5           3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                          ACATCAGTCAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACC--CC---CAGG-CCGGGACA-TACAGCAGGGAC---TT-TGACT----TTT-CTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GNT-AAAGGCCCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGC--TGGTAA--C-A--CATG---GCTA----AAAACCT-TTT-GCCCC-CCG-GGACCATGTT----GTTGT-----CTGACGTATTGTCCCNCTGTT--G--TTT--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GNT-A--T-GT--------AA---------T-GCCCCGG-TAGAA-T-ATGG--G---AAAACA------CTGCACAAGATCCGAT-ACTCCCCGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-GTGAAGT--AA--------NA--CCC--GCAC-TT-C-A-----------GG-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAAG---ANCC---C--GGCA----CTTTNGCCCCGCTG--TCCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
Reference ( family-70 )       :                                                                                                                                                                                          ACATCAGTCAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACC--CC---CAGG-CCGGGACA-TACAGCAGGGAC---TT-TGACT----TTT-CTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GNT-AAAGGCCCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGC--TGGTAA--C-A--CATG---GCTA----AAAACCT-TTT-GCCCC-CCG-GGACCATGTT----GTTGT-----CTGACGTATTGTCCCNCTGTT--G--TTT--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GNT-A--T-GT--------AA---------T-GCCCCGG-TAGAA-T-ATGG--G---AAAACA------CTGCACAAGATCCGAT-ACTCCCCGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-GTGAAGT--AA--------NA--CCC--GCAC-TT-C-A-----------GG-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAAG---ANCC---C--GGCA----CTTTNGCCCCGCTG--TCCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                               AGTCATTTG-TA--ACCTC--------TG--CATC--CCGCTCAGA-TTGGGACT-T-CAACAAAGAA---TT-TGACT----TTC-CTCT--ACAGAG-----ACC--A-GTT-AAAGG---------------------GGACA----TTTTGC--TGGTAA--C-A---AT---------------ACCTGTTT-GTGCC-CTG-TGATTATATTTTTTATTGTTG---CTGACATATTGTCTCCCTGTC--A--GCT--TAC--T----C---TG--T---C----TT-TC---A--AT-ACTT-GTGGGATTCCAA---------C-GCCCTGG-TAAAAAT-ATGG--G---TAAACA------CT--ACAGGGTCTGAT-ACTCCCCAACA--AGAAGCATCACTTT--AACCAAAGA----TT--CAAGT--TGAAAT--GA--------CACTCCC--ACAC-TT-CTA-----------TG-GCAC------T---G--C----------------------------AAGGAAAATTATGC--AGCATACTCTTTCGCCCTGTTGATTTCTCTGCTATGTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                          ttataatacacatgtttgtaCAGTTATTTA-TA--ACACC--------AG--CTCC--CT---CAGGGCCGGGACA-T--AGCAGAGAccggccctgagggagctggtgttataaataactggggcataaaaatgcaaatgaaaaaata
gi|10                         : ttataatacacatgtttgtaagtcatttgtaacctctgcatcccgctcagattgggacttcaacaaagaatttgactttcctctacagagaccagttaaaggggacattttgctggtaacaatacctgtttgtgccctgtgattatattttttattgttgctgacatattgtctccctgtcagcttactctgtctttcaatacttgtgggattccaacgccctggtaaaaatatgggtaaacactacagggtctgatactccccaacaagaagcatcactttaaccaaagattcaagttgaaatgacactcccacacttctatggcactgcaaggaaaattatgcagcatactctttcgccctgttgattTA----TAAACCT-TTT-GCCCC-GCG-GGACTATGTT----GTTG------CTGACATACTGTCCTACTGTT--GA-CTT--TTC--TGT--C---TT--T---CA---TT-TCTTGA-GAA-A----GTCC------AT---------T-GCTCAGG-TCAAA-T-AT----------AAT-------TTGTATAGAATCCTGT-ACTCCTTGACA--GGTGGTGTCACTGG--AATTC--AACTATTT--TTGGC-AGAAAGT--AA--------GA--CTC--GCAC-TTCC-AT----------GG-AAAC------T---G--C----------gggcataaaaatgcaaatgaaaaaata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agAAGGCACT------GCC-CTA-CATATACA----CTTTGC--TGGTAA--------AGGC--GCTG----C---CCT-GTT-TCCCC-TGG-GGATCATGTT----GTTA------CTGATATATTGTCCCTCTGTT--GACTTT--TTT--T----C---TC--A---G----TTATC---ATGGT-A--T-TT--------CA---------TTGCCACGG-TAGAA-T-ATGA--G---TGAACA------CTGCACAAGACCCAGT-ATTCCCTGGCAATAAAGGC----CTAT--A---CTA----ATTT--TTGA--ATGAAGTTAAA--------CT--CCC--ACACTTT-C-A-----------TG-GCAC------T---G--C----------aggagtattgatacgataatagctcagccccagctttctcctcaatg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                           CACCTGTCAGTTG-TT--ACTCC--------TG--CACA--ATA--CAGG-CTTGGACA-TATCCCAGGGAC---TT-GGACTACGTTTT-CTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GTT-AAAG-------------C-C---------CA----CTTTGC--TGGTAA----A---ATA---GCTACTAAAAAGCCT-TTTAGCCCC---G-GGACCATGTT----GTTG------CTGAAGTATTGTCCCCCTGTT--GAATTTTGTTCGGT----C---TT--TAAAT----TC-TCGCGA-GGT-A--TCGT-------------------T-GCTCTGT-TAGAA-GAATGG--G---TAAAgagtatgatagata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gcattatgT-ACTCACTGGCA--ATAGAGAGCATTTC--AA-CCTAGACTATTT--TCATT-GTGAAGT--AA--------AACTCCC--ACAC-TTCC-A-----------TG-GCAC------T---G--TGAGGGA----T------TT-GATGCAATCAG---AAAC---T--GGCA----CTTTATCCCCACTG--T--TCTGC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --GCAC-TG-C-A-----------GGGACAT------T---G--A----------T------GTAG------TAAG---ATCCT--C--GG-A----CTTCGACCCCGCTG--TCCTCTGCCAactttgtgccagtcttgtggagccagggtaacaaataactggtacattaggtaaagatgtttccattttcagttgctgttcagcttatagttgatac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aagcttctaaatttctatgAACA------CTGCATAAGATCCTGT-TCTTCTCGGCA--AGTGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGT-GTGAAGT--AATCAGCTATTA--CCC-----T-TT-C-A-----------AG-GTATGCAGCAT---GGAC----------TTTAATGTT-G------TAAG---AGCC---TCAGGCA----CGTATGCCCCACAG--TCCTCAGCTActacagaccttacaagcctgttgggacctggggtacaaataactggttcatgataaaacatttaaaaaactattctattggctagttgtatattgttgattac
gi|16                         :                                                                                                                                                                                           CATCAGTTAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACT--CC---CTGA-CTGGCACATTGCTGCGTGGGC---TT-TGATT----TTT-TTTTCTGCAAAG-----CCC--A-GGTAAAAAGCCTTCACTCAGCC-TTG-TAGAGACA----CTTTAC--TAGTAAAGC-C--CATGGTAGCT-----AAAACCT-TTT-GCCCC-Cattcccgtccagttgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                          atgTCAGTCATTTG-TA--ACCAC--------T------C--CC---TATA-CCTGGACA-TAC--CAGGGAC---TG-T--CC----TTT--TCTCTGCACAG-----CCC--A-GGT-TGAGGCCCT------GCC-CTA-CAGTGACA----CTTggtg
gi|18                         :                                                                                                                                                                        tgtacctattaagcactggCACCAGTAAGTTG-TA--ACCCT--------TG--CAC-----------------------ATAGCAAGGAC---TTATGACT----TTT-CTCTCTGTTGAG-----CCC--AGGAT-AAAACACCT------GCcaaagccttgtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttatc-----CTGACGCAATGTCCCGCTGTT--G--ACT--TTC--C----C---TG--G---C----TT-TC---A-ATC-A--TCGCG-------AA---------A-GTATCAG-AAGAA-T-ATTG--G---CGAACA------CTGCACAATGTCCAAT-GTTCCCCttttagccttttgccctaatggaccatgtggtgcctgcaata
gi|2                          :                                                                                                                                                                              attaagtcactaACATCAGTAAGTTT-TA--ACCCC--------TG--AACC--CC---CAGG-CCAGGACA-TACAGCAATAGC---AT-GGATT----TTT-CTCACTTCAGAT-----CTG--A-GAT-AAAGGCTCT------GTC-CTG-CAGAAAAA----TTTTGC--TGGTAA--CCA--CATG---GCTA----AAAATCT-TTT-GTCCC-CTG-GGACTATGTT-----TTGTGGTAACTGACCTGTTGTCCCACTGTT--G--TTG--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GAT-A--T-GT--------AA---------G-ACTCTGG-TAGAA-T-AAGG--G---AAATTA------TTACCCAAGATGAGAT-AATCACAGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAAACTATTT--TTGGC-AGGAAAT--AA--------CAG-GAT--GCAG-TT---A-----------GA-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAA----------------------------TCCCTCTG--TTCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                              CAGTCAGTTG-TA--ACTCC--------TGACCTCC--CC---CTGG-CCAGGACA-TAGAG--AGGAT---TT-TGACT----GTT-TTCT
gi|21                         :                                                                                                                                                                         acacgtatcgttaatgcgcATTGGTCAGTTG-TA--ACCAT--------TC--C-CCTACC---TAGG-TTGGGACT-TA--ATAGGGGA---TT-TGACC----TTC-CCCTATGCAGAG-----tatgttcatgactatgaatg
gi|22                         :                                                                                                                                                                           ctgatacacataatgtCACCCATTAATTG-TA--ACCCG--------TC--C-TC--GC---TAGA-CCGGGACA-TA----GGGGACAC-TT-TGACT----TAT-CTCTCTGCATAA-----CCCTGA-GGT-AAAg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                      taatgGA-CCGGGACA-TGT--CGAGGAC---AT-TAACT----TTT-CTCTCTGCA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ctgAAGGCACT------GCC-CTA-CATATACA----CTTTGC--TGGTAA--atgtatccctg
gi|3                          :                                                                                                                                                                                          ACATCAGTAAGTTT-TA--ACCCC--------TG--AACC--CC---CAGG-CCAGGACA-TACAGCAATAGC---AT-GGATT----TTT-CTCACTTCAGAT-----CTG--A-GAT-AAAGGCTCT------GTC-CTG-CAGAAAAA----TTTTGC--TGGTAA--CCA--CATG---GCTA----AAAATCT-TTT-GTCCC-CTG-GGACTATGTT-----TTGTGGTAACTGACCTGTTGTCCCACTGTT--G--TTG--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GAT-A--T-GT--------AA---------G-ACTCTGG-TAGAA-T-AAGG--G---AAATTA------TTACCCAAGATGAGAT-AATCACAGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAAACTATTT--TTGGC-AGGAAAT--AA--------CAG-GAT--GCAG-TT---A-----------GA-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAA----------------------------TCCCTCTG--TTCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTGagg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                GTCAGATGATATCACTCC--------TG--TACC--CC---CATA-CCA----A-TCCAA-------------TGACC----TTTGCTCTCTACAGAA-----CCC--G-GAT-AAAGGCACT------GCA-CTGACGGGG--A----TTTTAC--T-------------------GTTA----AAAGCCT-TTT-GCACT-CGA-GGATCATGTT----GTTG------CTGACGTATCGTCCTGCCATT--GAACTG--TTG--C----C---TT--T---CAGT-TC-TCCCGA-GATCC--C-GT-------------------T-GCCCCGG-AAGAC-T-ATGG--GAAAAAAACG------CTGATTAAGATTCGATAACCCTTCGGCA--TGGGTCATCACTAT--AATGCCAGACTATCT--ATGGCAATAAAAT--AA--------AAT-CCC--GAAC-TT-
gi|5                          :                                                                                                                                                                             tcttgtgtattacactggAGTCAGTTG-TA--ACCGCAGTGAAAATG--TACC--CC---GAGA-CTGGAACA-TT--GCTCTGAC---TT-TGACT----TAT-TATTCTAAAGGGTCTGTCCT--G-CCT-AAATGCTCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGCAGTGGTAA--A-AACCCTG-----TA----AAAATCC-TTT-AGCCC-CAG-GAACCATGTT----ATTG------CTGACATGTTGTCCCATTATTTAC--TTT--TCC--TGTCAC---TT--T---T----TG-TG---A-GTT----T-CT--------AT---------A-GCCCCAG-TAAAA-T-ATAG--ATT-AAAACA------CTACATAAGACCCAAT-ACTCC---------------CCACTAC--AATCCCAGACTATAC--TTGGC-ATAGAGT----------------CCC--GCAC-TT-CTA-----------CT-ACAC------T---G--C----------tcgcggttctgcggggacgttaaatacggtaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ctatCCATGTT----GTTGTTG---CTGACATATTGTCGCCCTGTT--A--ACT--TTT--C----C---TG--G---T----TT-TC---A-ATT-A--TTGT--------GAGATTAT---T-GCCCCGA-TTTAA-T-ATAG----------------------ACAA------AC-ACT--------------GCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-ATGATGT--AA--------AA--CTCATGCAC-TTAC-ACAGCACTGTGGGA-ACAT------T---G--A----------T------GTGG------TAAA---ACCC---C--AGCA----CTTTATCCTTTCTG--TCATCCTCTATGTT-CCAAagggcattg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                        tttagcccGTCAGTTG-TA--AACCC--------TG--CATC--CA---CAGG-CTGTGACG-T--AGCTGAGACAGGTT-----T----TTT-CTCTGTGCAGAG-----CCC--T-GGT-TACGTTCTT------GCCTCTG-AAG-GATACGATCCTTGC--TAG-AA--G-T--CATA---G-----------CCT-TCT-GCCCC-TT--GGACTATGTT----GTTG------CTGGTGCTGTGTTCTTCTGTTCAC--TTT--TTG--T----C---TT--C---C----CT-T-------TT-A--T-AT--------AATATTCCAT-T-GCCCTGG-TAAAA-T-ATGGTTA---GACACA------CTGCACAA-----GAT-ACTCCCT---------GGTATCACTGT--TATTTCAGGCTATTT--CTcctggttgggcaggataacaaatgatgcataacaatgacagcaatgcagtgaatcagatggatctgattcatacatgcaaatattttcatcaatta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           catgT-TTT-ACCCCACCGAGGGCCATGTT----TTTA------CTGGCATATTTTGTCGCTGCT--G--ACT--TTC--T----G---TTCTT---CAAAGTT-TC---ACGCG-A--T-TC--------AA---------TTATTTCAG-TAGAA-A-ATGT--A---AAAACAACAACACTGCACAAGATGAGAT-ACTCCCCGGAA--AGAGGCA-CA-TGTGAAATCCCAGAC-ATTT--CTGGC-GTGAGAT--AA--------AC--CTCTTGCAC-TTCC-A-----------GG-ACAC------TTAGG--CATTTGGAGAAT------CT-G------TAAA---AGCC---C--GGTA----CATTAGCCCCGCTG--TCCTCTTCTATGTC-CCAATTAAGCG-AAAATATtttatggaaagtagaattc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                         atatTCAGTCACTTG-TA--ACCCC--------T----ACC--CC---CAGG-CCAAGACT-TACAG--GGGAC---TT-TGACT----TTT-CTTTCTGCATAA-----CCC--A-GAT-GAATGCCTT------GTT-CTT-C--AAACA----CCTTGC--AAAAAG--C-C--C-------TTA----GAAAGCT-TTT-----------------TGGT----GTTGT-----------TACTG-------GTT--A--TTT--TTT--C----CGTATT--T---T----TT-TC---A-TTTGA--T-GC--------AAAAATTCCACT-GTCCAAGTTTGAA-T-ATGG--G---AAAACA------CT--------TCAGAT-ACTTCCCGTCA--AGAGATGTCACAAT--ACTCCTTGACTATTTACTTAGC-a


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        A  TC     AGTGAAAA  ACCT  TA  A      G        T ATCCCAG    AGG  A     ACGT   G            TCTGT   TG G T A      A  CACTCA   T  GACGGGG   CGAT      AG      AGCCCATGGTAGCTA              .   A     ACCGA          G       TGGTAA     A         A     GACT    TG   GG GTCA GTA  CTTCAAAG     A  ATTTGATGCAAAAATTCCACT                       T     . A    GAAAA       ACAACA  G     A  CC   A      T    ATAAA    T      GA               AC     AA      TA  TCAGCTATTA     AT    T  CAAGGTATGCAGCATGGACTTTAATGTTGTAAGAGCCTCAGGCACGTATG                                                A   .  C            A           T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .  .      .         CT    .   .      .        . GCTGCGT    AC   .     .      .            .       .  . G .      C  .        .  ACATAT    .         .       AATAGCTACTAAA                .   .     GCG            G       TGGTAA     A         T     GAAT    .    .  GT   .    TAAAT        .  AATTATTGTGAGATTATT                          .     . .    ATTA        .       G     G  CC   .      T    GGT      G      .                .      A       .   AACT           TT    .  CCAGGACACTTAGGCATTTGGAGAATCTGTAAAAGCCCGGTACATTAG                                                  G   .  C            .           .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .  .      .         CA    .   .      .        . ATAGCAA    .    .     .      .            .       .  . G .      C  .        .  GTAGAG    .         .       CCACATGGCTAA                 .   .     TGG            G       TTG        G         C     GAAC    .    .  .    .    TCAGT        .  TTATATAATATTCCATT                           .     . .    TTAG        .       G     G  CC   .      T    ATA      C      .                .      A       .   CAG            .     .  CCATGGCACTGTGAGGGATTTGATGCAATCAGAAACTGGCACTTTAT                                                   A   .  T            .            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .  .      .         CA    .   .      .        . ACAGCAA    .    .     .      .            .       .  . A .      C  .        .  ACAGTG    .         .       CCACATGGCTAA                 .   .     CTG            G       T          G         G     TACT    .    .  .    .    TCA          .  TTGAGAAAGTCCATT                             .     . .    GT          .       G     T  CC   .      C    AGT      C      .                .      G       .   CAG            .     .  ACACAGCACTGTGGGAACATTGATGTGGTAAAACCCCAGCACTTTAT                                                   T   .  T                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .  .      .         CA    .   .      .        . ACAGCAA    .    .     .      .            .       .  . A .      T  .        .  GCAGAA    .         .       AAACCCTGTAA                  .   .     CTG            A       .          C         A     CACT    .    .  .    .    AG           .  ATGGTATTTCATT                               .     . .    GT          .       A     G  GA   .      C    AGA      C      .                .      G       .   AAT            .     .  CAGGGACATTGATGTAGTAAGATCCTCGGACTTCGA                                                              T   .  C                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .  .      .         AA    .   .      .        . AGCAG      .    .     .      .            .       .  . G .      A  .        .  ACATAT    .         .       AGGCGCTGC                    .   .     CGA            G       .          C         A     GAC     .    .  .    .    GC           .  GCGAGGTATCGTT                               .     . .    GC          .       A     G  GA   .      A    AGA      T      .                .      A       .   GA             .     .  AGAACACTGCTCTGTAA                                                                                 T   .  C                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .  .      .         AA    .   .      .        . ACCAG      .    .     .      .            .       .  . A .      T  .        .  GCAGAA    .         .       GTCATAG                      .   .     CAG            G       .          G         G     GA      .    .  .    .    TC           .  AATCATCGCGAAA                               .     . .    GA          .       G     G  TC   .      A    TGG      C      .                .      A       .   CT             .     .  AGAACACTGCTCTGTAA                                                                                 G   .  .                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .  .      .         TA    .   .      .        . AGAGA      .    .     .      .            .       .  . A .      A  .        .  GCAGAG    .         .       CCCTTAG                      .   .     TT             T       .          A         A     GT      .    .  .    .    TC           .  CCGAGATCCCGTT                               .     . .    GA          .       A     G  CC   .      C    AGA      C      .                .      A       .   AA             .     .                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .  .      .         TA    .   .      .        . AATAG      .    .     .      .            .       .  . C .      T  .        .  GAAGG     .         .       GTTAA                        .   .     G              G       .          A         C     GT      .    .  .    .    TT           .  ACGCGATTCAATT                               .     . .    AA          .       G     G  GA   .      T    AGA      T      .                .      A       .   AC             .     .                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .  .      .         CA    .   .      .        . GTCGA      .    .     .      .            .       .  . G .      C  .        .  TCAA      .         .                                    .   .     .              .       .          G         T     AA      .    .  .    .    GT           .  AGATATGTAAG                                 .     . .    GA          .       G     .  CA   .      C    .        T      .                .      G       .   .              .     .                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .  .      .         C     .   .      .        . TGCTC      .    .     .      .            .       .  . A .      C  .        .  .         .                                              .   .                    .       .          A         G     GA      .    .  .    .    CC           .  AGATATGTAAG                                 .     . .    .           .       .     .  .    .      C    .        .      .                .                                 .     .                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .  .      .         C     .   .      .        . AGCTG      .    .     .      .            .                     .  .                                                                                                                .         .     AT      .    .  .    .    TT           .  AGTTTCTATA                                  .     . .    .           .       .     .  .    .      .    .        .      .                .                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .  .      .         A     .   .      .        . ACAGG      .    .     .      .                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .      .                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .  .      .         .     .   .      .        . CCAA       .    .     .      .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                             .        . AGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                      ***               AGCGG**                                                                        GCAGAG*                     CCACATGCTAA************                               G****   ******                                                               ACGATATTCCATT************************                                                                                                          A*          AA**********                                                                                                                  **
originalCons                  :                                                                                                                                                                                          ACATCAGTCAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACC--CC---CAGG-CCGGGACA-TACAGCAGGGAC---TT-TGACT----TTT-CTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GNT-AAAGGCCCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGC--TGGTAA--C-A--CATG---GCTA----AAAACCT-TTT-GCCCC-CCG-GGACCATGTT----GTTGT-----CTGACGTATTGTCCCNCTGTT--G--TTT--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TC---A-GNT-A--T-GT--------AA---------T-GCCCCGG-TAGAA-T-ATGG--G---AAAACA------CTGCACAAGATCCGAT-ACTCCCCGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-GTGAAGT--AA--------NA--CCC--GCAC-TT-C-A-----------GG-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAAG---ANCC---C--GGCA----CTTTNGCCCCGCTG--TCCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
finalCons                     :                                                                                                                                                                                          ACATCAGTCAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACC--CC---CAGG-CCGGGACA-TAGCGG--GGAC---TT-TGACT----TTT-CTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GNT-AAAGGCCCT------GCC-CTGCAGAG-ACA----CTTTGC--TGGTAACCACATGCTAA------------AAACCT-TTT-GCCCC-CCG-GGACCATGTTG----TTG------CTGACGTATTGTCCCNCTGTT--G--TTT--TTC--T----C---TT--T---C----TT-TCACGATATTCCATT------------------------GCCCCGG-TAGAA-T-ATGG--G---AAAACA------CTGCACAAGATCCGAT-ACTCCCCGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGCA-TGAAGT--AAAA----------CCC--GCAC-TT-C-A-----------GG-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAAG---ANCC---C--GGCA----CTTTNGCCCCGCTG--TCCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                      1111111111111                                                                                                   5555555555555                       11111          11111111   111111                      222222       11111   33333333333333333333333333333333333                                   1111111                                                                                           333333333333            9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                        1                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                       2  33     99999999  5555  33  777    2         4444444444444   444  2     5555   2            77777   44 3 1 3      3  888888   3  3333333   7777      55      4444444444444  666    3   3   3     33333    0     22222222   777777     5         1   3  444444  44   33333   77777777777777777777777777777777777  44  1  6  888888    3 3     3    7777777     888888  3     2  33   2      1 0  44444    3      44               44     3   44      111111111111   99    3  2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222    3   66 2            5           7        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                       .  ..     ........  ....  ..  ...    .         .............   ...  .     ....   .            .....   .. . . .      .  ......   .  .......   ....      ..      .............  ...    .   .   .     .....    .     ........   ......     .         .   .  ......  ..   .....   ...................................  ..  .  .  ......    . .     .    .......     ......  .     .  ..   .      . .  .....    .      ..               ..     .   ..      ............   ..    .  ..............................................................................................    .   .. .            .           .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                       7  77     77777777  1111  77  333    5         6666666666666   777  7     7777   7            77777   66 3 0 3      3  888888   3  9999999   1111      00      4444444444444  444    6   1   1     33333    8     11111111   777777     1         0   1  000000  22   55555   55555555555555555555555555555555555  88  7  2  888888    1 1     1    0000000     888888  3     8  66   9      7 2  55555    8      22               22     1   66      777777777777   22    3  0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    4   99 2            5           3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                         ACATCAGTCAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACC--CC---CAGG-CCGGGACAT---A--GC--GGGGAC---TT-TGACT----TTT-CTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GNT-AAAGGCCCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGC--TGGTAA--CCACA--TG-CTA---AAAA-CCT-TTT-GCCCC-CCG-GGACCATGTT-------GTTG------CTGACGTATTGTCCCNCTG-TT--GA-TTT--TTC--T--CTT--T---CA---TT-T---C--G-------CGA--NATTCCATTG-CC------CCGG-T-AGAAT-ATGG--G---AAAACA------CTGCACAAGATCCGAT-ACTCCCCGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-ATG--AAGTAA--A------A--CCC--GCAC-TT-C-A-----------GG-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAAG---ANCC---C--GGCA----CTTTNGCCCCGCTG--TCCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
Reference ( family-70 )       :                                                                                                                                                                                         ACATCAGTCAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACC--CC---CAGG-CCGGGACAT---A--GC--GGGGAC---TT-TGACT----TTT-CTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GNT-AAAGGCCCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGC--TGGTAA--CCACA--TG-CTA---AAAA-CCT-TTT-GCCCC-CCG-GGACCATGTT-------GTTG------CTGACGTATTGTCCCNCTG-TT--G--TTT--TTC--T--CTT--T---C----TT-T---C--A-------CGA--TATTCCATTG-CC------CCGG-T-AGAAT-ATGG--G---AAAACA------CTGCACAAGATCCGAT-ACTCCCCGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-ATG--AAGTAA--A------A--CCC--GCAC-TT-C-A-----------GG-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAAG---ANCC---C--GGCA----CTTTNGCCCCGCTG--TCCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                              AGTCATTTG-TA--ACCTC--------TG--CATC--CCGCTCAGA-TTGGGACTTC--A--AC--AAAGAA---TT-TGACT----TTC-CTCT--ACAGAG-----ACC--A-GTT-AAAGG---------------------GGACA----TTTTGC--TGGTAA--C---------------AATA-CCTGTTT-GTGCC-CTG-TGATTATATTTTTTATTGTTG------CTGACATATTGTCTCCCTG-TC--A--GCT--TAC--T--CTG--T---C----TT-T---C--AATACTTGTGG--GATTCCAACG-CC------CTGG-TAAAAAT-ATGG--G---TAAACA------CT--ACAGGGTCTGAT-ACTCCCCAACA--AGAAGCATCACTTT--AACCAAAGA----TT--CAAGT--TG--AAATGA--C------ACTCCC--ACAC-TT-CTA-----------TG-GCAC------T---G--C----------------------------AAGGAAAATTATGC--AGCATACTCTTTCGCCCTGTTGATTTCTCTGCTATGTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                         ttataatacacatgtttgtaCAGTTATTTA-TA--ACACC--------AG--CTCC--CT---CAGGGCCGGGACAT---A--GC--AGAGAccggccctgagggagctggtgttataaataactggggcataaaaatgcaaatgaaaaaata
gi|10                         : ttataatacacatgtttgtaagtcatttgtaacctctgcatcccgctcagattgggacttcaacaaagaatttgactttcctctacagagaccagttaaaggggacattttgctggtaacaatacctgtttgtgccctgtgattatattttttattgttgctgacatattgtctccctgtcagcttactctgtctttcaatacttgtgggattccaacgccctggtaaaaatatgggtaaacactacagggtctgatactccccaacaagaagcatcactttaaccaaagattcaagttgaaatgacactcccacacttctatggcactgcaaggaaaattatgcagcatactctttcgccctgttgattTA---TAAA-CCT-TTT-GCCCC-GCG-GGACTATGTT-------GTTG------CTGACATACTGTCCTACTG-TT--GA-CTT--TTCTGT--CTT--T---CA---TT-T---CTTG-------AGA--AAGTCCATTG-CT------CAGG-T-CAAAT-AT----------AAT-------TTGTATAGAATCCTGT-ACTCCTTGACA--GGTGGTGTCACTGG--AATTC--AACTATTT--TTGGC-AGA--AAGTAA--G------A--CTC--GCAC-TTCC-AT----------GG-AAAC------T---G--C----------gggcataaaaatgcaaatgaaaaaata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    agAAGGCACT------GCC-CTA-CATATACA----CTTTGC--TGGTAA----AGG--CG-CTG---C----CCT-GTT-TCCCC-TGG-GGATCATGTT-------GTTA------CTGATATATTGTCCCTCTG-TT--GACTTT--TTT--T--CTC--A---G----TTAT---C--A-------TGG--TATTTCATTG-CC------ACGG-T-AGAAT-ATGA--G---TGAACA------CTGCACAAGACCCAGT-ATTCCCTGGCAATAAAGGC----CTAT--A---CTA----ATTT--TTGA--ATG--AAGTTA--A------ACTCCC--ACACTTT-C-A-----------TG-GCAC------T---G--C----------aggagtattgatacgataatagctcagccccagctttctcctcaatg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                          CACCTGTCAGTTG-TT--ACTCC--------TG--CACA--ATA--CAGG-CTTGGACAT---A--TCCCAGGGAC---TT-GGACTACGTTTT-CTCTCTGCAGAG-----CCC--A-GTT-AAAG-------------C-C---------CA----CTTTGC--TGGTAA--A-ATAGCTA-CTA---AAAAGCCT-TTTAGCCCC---G-GGACCATGTT-------GTTG------CTGAAGTATTGTCCCCCTG-TT--GAATTTTGTTCGGT--CTT--TAAAT----TC-T---C--G-------CGAGGTAT--CGTTG-CT------CTGT-T-AGAAGAATGG--G---TAAAgagtatgatagata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gcattatgT-ACTCACTGGCA--ATAGAGAGCATTTC--AA-CCTAGACTATTT--TCATT-GTG--AAGTAA--A------ACTCCC--ACAC-TTCC-A-----------TG-GCAC------T---G--TGAGGGA----T------TT-GATGCAATCAG---AAAC---T--GGCA----CTTTATCCCCACTG--T--TCTGC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --GCAC-TG-C-A-----------GGGACAT------T---G--A----------T------GTAG------TAAG---ATCCT--C--GG-A----CTTCGACCCCGCTG--TCCTCTGCCAactttgtgccagtcttgtggagccagggtaacaaataactggtacattaggtaaagatgtttccattttcagttgctgttcagcttatagttgatac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aagcttctaaatttctatgAACA------CTGCATAAGATCCTGT-TCTTCTCGGCA--AGTGGCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGT-GTG--AAGTAATCAGCTATTA--CCC-----T-TT-C-A-----------AG-GTATGCAGCAT---GGAC----------TTTAATGTT-G------TAAG---AGCC---TCAGGCA----CGTATGCCCCACAG--TCCTCAGCTActacagaccttacaagcctgttgggacctggggtacaaataactggttcatgataaaacatttaaaaaactattctattggctagttgtatattgttgattac
gi|16                         :                                                                                                                                                                                          CATCAGTTAGTTG-TA--ACCCC--------TG--CACT--CC---CTGA-CTGGCACATTGCT--GC--GTGGGC---TT-TGATT----TTT-TTTTCTGCAAAG-----CCC--A-GGTAAAAAGCCTTCACTCAGCC-TTG-TAGAGACA----CTTTAC--TAGTAAAGCC-CA--TG-GTAGCTAAAA-CCT-TTT-GCCCC-Cattcccgtccagttgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                         atgTCAGTCATTTG-TA--ACCAC--------T------C--CC---TATA-CCTGGACAT---A--CC--AGGGAC---TG-T--CC----TTT--TCTCTGCACAG-----CCC--A-GGT-TGAGGCCCT------GCC-CTA-CAGTGACA----CTTggtg
gi|18                         :                                                                                                                                                                       tgtacctattaagcactggCACCAGTAAGTTG-TA--ACCCT--------TG--CAC--------------------AT---A--GC--AAGGAC---TTATGACT----TTT-CTCTCTGTTGAG-----CCC--AGGAT-AAAACACCT------GCcaaagccttgtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttatcGTC-------ACTA------CTGACGCAATGTCCCGCTG-TT--G--ACT--TTC--C--CTG--G---C----TT-T---C--A-------------AT--CATCG-CGAAAGTATCAG-A-AGAAT-ATTG--G---CGAACA------CTGCACAATGTCCAAT-GTTCCCCttttagccttttgccctaatggaccatgtggtgcctgcaata
gi|2                          :                                                                                                                                                                                    attaaACATCAGTAAGTTT-TA--ACCCC--------TG--AACC--CC---CAGG-CCAGGACAT---ACAGC--AATAGC---AT-GGATT----TTT-CTCACTTCAGAT-----CTG--A-GAT-AAAGGCTCT------GTC-CTG-CAGAAAAA----TTTTGC--TGGTAA--CCACA--TGGCTA---AAAA-TCT-TTT-GTCCC-CTG-GGACTATGTT--------TTGTGGTAACTGACCTGTTGTCCCACTG-TT--G--TTG--TTC--T--CTT--T---C----TT-T---C--A--------GA--TATGTAA--GACT------CTGG-T-AGAAT-AAGG--G---AAATTA------TTACCCAAGATGAGAT-AATCACAGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAAACTATTT--TTGGC-AGG--AAATAAC-A------G--GAT--GCAG-TT---A-----------GA-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAA----------------------------TCCCTCTG--TTCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                             CAGTCAGTTG-TA--ACTCC--------TGACCTCC--CC---CTGG-CCAGGACAT---A--GA--GAGGAT---TT-TGACT----GTT-TTCT
gi|21                         :                                                                                                                                                                        acacgtatcgttaatgcgcATTGGTCAGTTG-TA--ACCAT--------TC--C-CCTACC---TAGG-TTGGGACTT---A--AT--AGGGGA---TT-TGACC----TTC-CCCTATGCAGAG-----tatgttcatgactatgaatg
gi|22                         :                                                                                                                                                                          ctgatacacataatgtCACCCATTAATTG-TA--ACCCG--------TC--C-TC--GC---TAGA-CCGGGACAT---A--GG--GGACAC---TT-TGACT----TAT-CTCTCTGCATAA-----CCCTGA-GGT-AAAg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                     taatgGA-CCGGGACAT---G--TC--GAGGAC---AT-TAACT----TTT-CTCTCTGCA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ctgAAGGCACT------GCC-CTA-CATATACA----CTTTGC--TGGTAA--atgtatccctg
gi|3                          :                                                                                                                                                                                         ACATCAGTAAGTTT-TA--ACCCC--------TG--AACC--CC---CAGG-CCAGGACAT---ACAGC--AATAGC---AT-GGATT----TTT-CTCACTTCAGAT-----CTG--A-GAT-AAAGGCTCT------GTC-CTG-CAGAAAAA----TTTTGC--TGGTAA--CCACA--TGGCTA---AAAA-TCT-TTT-GTCCC-CTG-GGACTATGTT--------TTGTGGTAACTGACCTGTTGTCCCACTG-TT--G--TTG--TTC--T--CTT--T---C----TT-T---C--A--------GA--TATGTAA--GACT------CTGG-T-AGAAT-AAGG--G---AAATTA------TTACCCAAGATGAGAT-AATCACAGGCA--AGAGGCACCACTAT--AATCCCAAACTATTT--TTGGC-AGG--AAATAAC-A------G--GAT--GCAG-TT---A-----------GA-ACAC------T---G--C----------T------CT-G------TAA----------------------------TCCCTCTG--TTCTCTGCCATGTCACCAAATCAGAGTAAAATGTGagg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                               GTCAGATGATATCACTCC--------TG--TACC--CC---CATA-CCAATCCA---------------A-------TGACC----TTTGCTCTCTACAGAA-----CCC--G-GAT-AAAGGCACT------GCA-CTGACGGGG--A----TTTTAC-----------------TG-TTA---AAAG-CCT-TTT-GCACT-CGA-GGATCATGTT-------GTTG------CTGACGTATCGTCCTGCCA-TT--GAACTG--TTG--C--CTT--T---CAGT-TC-T---C--C-------CGA--GATCCCGTTG-CC------CCGG-A-AGACT-ATGG--GAAAAAAACG------CTGATTAAGATTCGATAACCCTTCGGCA--TGGGTCATCACTAT--AATGCCAGACTATCT--ATGGCAATA--AAATAA--A------AT-CCC--GAAC-TT-
gi|5                          :                                                                                                                                                                            tcttgtgtattacactggAGTCAGTTG-TA--ACCGCAGTGAAAATG--TACC--CC---GAGA-CTGGAACAT---T--GC--TCTGAC---TT-TGACT----TAT-TATTCTAAAGGGTCTGTCCT--G-CCT-AAATGCTCT------GCC-CTG-CAGAGACA----CTTTGCAGTGGTAA--AAACCC-TG--TA---AAAA-TCC-TTT-AGCCC-CAG-GAACCATGTT-------ATTG------CTGACATGTTGTCCCATTATTT--A--CTT--TTC-----CTG--T---CACT-TT-T---T--G-------TGA--GTTTCTATAG-CC------CCAG-T-AAAAT-ATAG--ATT-AAAACA------CTACATAAGACCCAAT-ACTCC---------------CCACTAC--AATCCCAGACTATAC--TTGGC-ATA--GAGT--------------CCC--GCAC-TT-CTA-----------CT-ACAC------T---G--C----------tcgcggttctgcggggacgttaaatacggtaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ctatT-TTA-GCCCC-C-----ATGTTGTT-------GTTG------CTGACATATTGTCGCCCTG-TT--AACTTT--TCC--TGGTTT--T---CAA--TTAT---T--G-------TGA--GATT--ATTG-CC------CCGA-T-TTAAT-ATAG----------------------ACAA------AC-ACT--------------GCACCACTAT--AATCCCAGACTATTT--TTGGC-ATG--ATGTAA--A------A--CTCATGCAC-TTAC-ACAGCACTGTGGGA-ACAT------T---G--A----------T------GTGG------TAAA---ACCC---C--AGCA----CTTTATCCTTTCTG--TCATCCTCTATGTT-CCAAagggcattg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                               GTCAGTTG-TA--AACCC--------TG--CATC--CA---CAGG-CTGTGACGT---A--GC--TGAGACAGGTT-----T----TTT-CTCTGTGCAGAG-----CCC--T-GGT-TACGTTCTT------GCCTCTG-AAG-GATACGATCCTTGC--TAGAAG--TCAT--------------AG-CCT-TCT-GCCCC-TT--GGACTATGTT-------GTTG------CTGGTGCTGTGTTCTTCTG-TTCAC--TTT--TTG--T--CTT--C---C----CT-TTTAT--A-------TAA--TATTCCATTG-CC------CTGG-T-AAAAT-ATGGTTA---GACACA------CTGCACAA-----GAT-ACTCCCT---------GGTATCACTGT--TATTTCAGGCTATTT--CTTTT-ATGGAAAGTAG--A------A--cctggttgggcaggataacaaatgatgcataacaatgacagcaatgcagtgaatcagatggatctgattcatacatgcaaatattttcatcaatta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           catgT-TTT-ACCCCACCGAGGGCCATGTT-------TTTA------CTGGCATATTTTGTCGCTG-CT--G--ACT--TTC--T--GTTCTT---CAAAGTT-T---C--A-------CGC--GATTCAATTA-TT------TCAG-T-AGAAA-ATGT--A---AAAACAACAACACTGCACAAGATGAGAT-ACTCCCCGGAA--AGAGGCA-CA-TGTGAAATCCCAGAC-ATTT--CTGGC-GTG--AGATAA--A------C--CTCTTGCAC-TTCC-A-----------GG-ACAC------TTAGG--CATTTGGAGAAT------CT-G------TAAA---AGCC---C--GGTA----CATTAGCCCCGCTG--TCCTCTTCTATGTC-CCAATTAAGCG-AAAATATttc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                        atatTCAGTCACTTG-TA--ACCCC--------T----ACC--CC---CAGG-CCAAGACTT---A--CA--GGGGAC---TT-TGACT----TTT-CTTTCTGCATAA-----CCC--A-GAT-GAATGCCTT------GTT-CTT-C--AAACA----CCTTGC--AAAAAG--CC-C------TTA---GAAA-GCT-TTT--------TG-G-----TGTT-------GTTA------CTGGT-TATTTTTTCCGTA-TT-----TTT--TTC-----ATT--T---G----AT-G---C--A-------AAA---ATTCCACTG-TC------CAAGTT-TGAAT-ATGG--G---AAAACA------CT--------TCAGAT-ACTTCCCGTCA--AGAGATGTCACAAT--ACTCCTTGACTATTTACTTAGC-Aa