lowQualScore : 11
lowQualScore : 0 0 66 4 6
lowQualScore : . . .. . .
lowQualScore : 3 2 77 7 0
consensus : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAAACAGCATATTTAATTT-AAAAAAAAT-AAAAACAACCG
Reference ( gi|1 ) : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAAACAACATATTTAATTT-TAAAAAAAT-AAAAACAATCG
gi|4 : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTCAGTGAAACAACATATTTAATTTAAAAAAAAAT-AAAAACAA
gi|2 : GAAACATGCTTGTTTATTGATGTTAAGATGCAAAATTTTAGTGAAACAGCATATTTAATTT-AAAAAAGAT-AAAAAAAAc
gi|6 : cGAAACATGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTATAGTCAAACAGCATATTTAATTT-AAGAAAGAT--AAAACAACCGac
gi|16 : GAAACATGCTTGTTAAATGGTGTAA-GATGCAATATTTGAGTGAA
gi|14 : AAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAATGAAACAACATATTTAATTA-AAAAAAAAC-AAtgtaggaaagataaaaataac
gi|5 : AATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTTAGTGAAACAACATATTTAATTT-TAAAACAATAAAAAACAACCG
gi|3 : AACAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTTAGTGAAACAACATATTTAAATT-TAAAACAATAAAAAACAACCG
gi|9 : AACATGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTTAGTCAAACAGCATA-TTAAATT-TAAGAAGAT-AAAAACAAC
gi|8 : AACAGGCTTGTTTATTGATGTAAAAATGTAAAATTTTAGTAAAACAGCATATTTATTTA-AAAAAAAAT-AAAAATAA
gi|26 : AACATGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGT-AAATTATAGTCAAACAGTATATATAc
gi|7 : ATAGTCTTGTTTATTGATGAAAAGATGCAAAATTTGAGTGAAACAACATATTTAATTT-AAAGACAAT-AAAAACAACCG
gi|12 : ATAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGGTAAACAACATATCTGATTTAAAAAAAAAT-AAAAACAA
gi|11 : ATAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGGTAAACAACATATCTGATTTAAAAAAAAAT-AAAAACAA
gi|30 : ATAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAAT
gi|17 : ATATGCTTGTTGAATGGTGTAAAG-TGCAATATTTGAGTGAA
gi|29 : TAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTtgcaggaaagataaaaaaacaac
gi|22 : TATGCTTGTTTAATGGTGCAA-GATGCAATATTTGAGT
gi|24 : GCTTGTTTATTGATGTAAATATGCAAAATTTGAGTGAAACAGCATATTTAATTT-atatgttggaaagataaaacaac
gi|10 : agcatGCTTGTTTATTGATGTAAAGGTGCAAAATTATAGTCAAACAGCATATTTAATTT-AAGACAGGT-AAAAACAACCGa
gi|19 : tcGCTTGTTTAGTGGTGTAA-GATGCAATATTTGAGTGA--------ATGTA------GGAAAGAT-AAAAACAAC
gi|23 : tgtGCTTGTTTAATGATGT-AAGATGCGATATTTGAATGG--------ATGTA------GGAAAAAT-AAAAACAA
gi|13 : gtTGTGTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAAACAACATATTTAATTT-CAAAAAAAT-AAAAACAACCGc
gi|15 : aTTTAT-GGTGTAA-GATGCAATATTTGAGCGAAAGGGCATATTTAATTT-AAGAAAGAT-ACAAACAA
gi|21 : tTGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAAACAACATATTTAATTT-TAAAAAAAT-AAAAACAACCGctg
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATATGCTTGTTTAACGGTGTAAGATGCAATATTTTGGTGAATGGTGGAAAGATAAAAACAACC
Unaligned ( gi|20 ): ACTTGCTTTATAGTGTTAGATGCAATATTTGAGTGAATGTAGGACAGATAAAAAAATAACC
Unaligned ( gi|25 ): CTATCCTATTTTAATGGTGTAAGATGCAATATATAAGCGAATGTAGGAAAGATAAAT
Unaligned ( gi|27 ): AGAGTCAAACAGCATATTCAAGTTAAGAAAGGTAAAAACAACTG
Unaligned ( gi|28 ): GTGCAATATATAAGTGAATGTAGGAAAGATAAAACAACTA
Alignments
lowQualScore : 0 0 1 0 1 5 1
lowQualScore : . . . . . . .
lowQualScore : 5 4 7 8 7 2 9
consensus : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAAAAAAAT-AAAAACAACCG
Reference ( family-698 ) : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAAAAAAAT-AAAAACAACCG
gi|1 : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-TAAAAAAAT-AAAAACAATCG
gi|10 : GCTTGTTTATTGATGTAAAGGTGCAAAATTATAGTCAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAGACAGGT-AAAAACAACCG
gi|11 : tcATAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGGTAA-ACAACATATCT-GATTTAAAAAAAAAT-AAAAACAA
gi|12 : ATAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGGTAA-ACAACATATCT-GATTTAAAAAAAAAT-AAAAACAA
gi|13 : TGTGTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-CAAAAAAAT-AAAAACAACCG
gi|14 : aAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAATGAA-ACAACATATTT-AATTA-AAAAAAAAC-AA
gi|15 : TTTAT-GGTGTAA-GATGCAATATTTGAGCGAA-AGGGCATATTT-AATTT-AAGAAAGAT-ACAAACAACTG
gi|16 : tGAAACATGCTTGTTAAATGGTGTAA-GATGCAATATTTGAGTG---------------AATGT-AGGAAAGAT-AAAAATAAC
gi|17 : ATATGCTTGTTGAATGGTGTAAAG-TGCAATATTTGAGTGAATGCAGGA------AAGAT-AAAAAAA
gi|18 : ATATGCTTGTTTAACGGTGTAA-GATGCAATATTTTGGTGAA-----------T-GGT----GGAAAGAT-AAAAACAACCcaac
gi|19 : GCTTGTTTAGTGGTGTAA-GATGCAATATTTGAGTG---------------AATGT-AGGAAAGAT-AAAAACAACC
gi|2 : tgtGAAACATGCTTGTTTATTGATGTTAAGATGCAAAATTTTAGTGAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAAAAAGAT-AAAAAAAA
gi|21 : cTGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-TAAAAAAAT-AAAAACAACCGac
gi|22 : TATGCTTGTTTAATGGTGCAA-GATGCAATATTTGAGT
gi|23 : GCTTGTTTAATGATGT-AAGATGCGATATTTGAATG---------------GATGT-AGGAAAAAT-AAAAACAACatatgttggaaagataaaacaac
gi|24 : gtGCTTGTTTATTGATGTAAATATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAGCATATTT-AATTT-A
gi|26 : agcatAACATGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGT-AAATTATAGTCAA-ACAGTATATAT-A
gi|27 : GAGTCAA-ACAGCATATTC-AAGTT-AAGAAAGGT-AAAAACAACTG
gi|29 : aTAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATT
gi|3 : AACAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTTAGTGAA-ACAACATATTTAAATTT-AAAACAATA-AAAAACAACCG
gi|30 : ATAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAAT
gi|4 : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTCAGTGAA-ACAACATATTT-AATTTAAAAAAAAAT-AAAAACAAC
gi|5 : AATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTTAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-TAAAACAATAAAAAACAACCG
gi|6 : GAAACATGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTATAGTCAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAGAAAGAT--AAAACAACCG
gi|7 : ATAGTCTTGTTTATTGATGAAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-AAAGACAAT-AAAAACAACCG
gi|8 : AACAGGCTTGTTTATTGATGTAAAAATGTAAAATTTTAGTAAA-ACAGCATATTT-ATTTA-AAAAAAAAT-AAAAATAAC
gi|9 : AACATGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTTAGTCAA-ACAGCATATTA-AATTT--AAGAAGAT-AAAAACAACC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACTTGCTTTATAGTGTTAGATGCAATATTTGAGTGAATGTAGGACAGATAAAAAAATAACC
Unaligned ( gi|25 ): CTATCCTATTTTAATGGTGTAAGATGCAATATATAAGCGAATGTAGGAAAGATAAAT
Unaligned ( gi|28 ): GTGCAATATATAAGTGAATGTAGGAAAGATAAAACAACTA
Alignments
lowQualScore : 0 0 1 0 1 5 1
lowQualScore : . . . . . . .
lowQualScore : 5 4 7 8 7 2 9
consensus : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAAAAAAAT-AAAAACAACCG
Reference ( family-698 ) : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAAAAAAAT-AAAAACAACCG
gi|1 : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-TAAAAAAAT-AAAAACAATCG
gi|10 : GCTTGTTTATTGATGTAAAGGTGCAAAATTATAGTCAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAGACAGGT-AAAAACAACCG
gi|11 : tcATAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGGTAA-ACAACATATCT-GATTTAAAAAAAAAT-AAAAACAA
gi|12 : ATAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGGTAA-ACAACATATCT-GATTTAAAAAAAAAT-AAAAACAA
gi|13 : TGTGTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-CAAAAAAAT-AAAAACAACCG
gi|14 : aAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAATGAA-ACAACATATTT-AATTA-AAAAAAAAC-AA
gi|15 : TTTAT-GGTGTAA-GATGCAATATTTGAGCGAA-AGGGCATATTT-AATTT-AAGAAAGAT-ACAAACAACTG
gi|16 : tGAAACATGCTTGTTAAATGGTGTAA-GATGCAATATTTGAGTG---------------AATGT-AGGAAAGAT-AAAAATAAC
gi|17 : ATATGCTTGTTGAATGGTGTAAAG-TGCAATATTTGAGTGAATGCAGGA------AAGAT-AAAAAAA
gi|18 : ATATGCTTGTTTAACGGTGTAA-GATGCAATATTTTGGTGAA-----------T-GGT----GGAAAGAT-AAAAACAACCcaac
gi|19 : GCTTGTTTAGTGGTGTAA-GATGCAATATTTGAGTG---------------AATGT-AGGAAAGAT-AAAAACAACC
gi|2 : tgtGAAACATGCTTGTTTATTGATGTTAAGATGCAAAATTTTAGTGAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAAAAAGAT-AAAAAAAA
gi|21 : cTGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-TAAAAAAAT-AAAAACAACCGac
gi|22 : TATGCTTGTTTAATGGTGCAA-GATGCAATATTTGAGT
gi|23 : GCTTGTTTAATGATGT-AAGATGCGATATTTGAATG---------------GATGT-AGGAAAAAT-AAAAACAACatatgttggaaagataaaacaac
gi|24 : gtGCTTGTTTATTGATGTAAATATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAGCATATTT-AATTT-A
gi|26 : agcatAACATGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGT-AAATTATAGTCAA-ACAGTATATAT-A
gi|27 : GAGTCAA-ACAGCATATTC-AAGTT-AAGAAAGGT-AAAAACAACTG
gi|29 : aTAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATT
gi|3 : AACAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTTAGTGAA-ACAACATATTTAAATTT-AAAACAATA-AAAAACAACCG
gi|30 : ATAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAAT
gi|4 : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTCAGTGAA-ACAACATATTT-AATTTAAAAAAAAAT-AAAAACAAC
gi|5 : AATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTTAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-TAAAACAATAAAAAACAACCG
gi|6 : GAAACATGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTATAGTCAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAGAAAGAT--AAAACAACCG
gi|7 : ATAGTCTTGTTTATTGATGAAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-AAAGACAAT-AAAAACAACCG
gi|8 : AACAGGCTTGTTTATTGATGTAAAAATGTAAAATTTTAGTAAA-ACAGCATATTT-ATTTA-AAAAAAAAT-AAAAATAAC
gi|9 : AACATGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTTAGTCAA-ACAGCATATTA-AATTT--AAGAAGAT-AAAAACAACC
blockSeqs : T A A A
blockSeqs : . . A .
blockSeqs : . . A .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAAAAAAAT-AAAAACAACCG
finalCons : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAAAAAAAT-AAAAACAACCG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACTTGCTTTATAGTGTTAGATGCAATATTTGAGTGAATGTAGGACAGATAAAAAAATAACC
Unaligned ( gi|25 ): CTATCCTATTTTAATGGTGTAAGATGCAATATATAAGCGAATGTAGGAAAGATAAAT
Unaligned ( gi|28 ): GTGCAATATATAAGTGAATGTAGGAAAGATAAAACAACTA
Alignments
lowQualScore : 0 0 1 0 1 5 1
lowQualScore : . . . . . . .
lowQualScore : 5 4 7 8 7 2 9
consensus : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAAAAAAAT-AAAAACAACCG
Reference ( family-698 ) : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAAAAAAAT-AAAAACAACCG
gi|1 : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-TAAAAAAAT-AAAAACAATCG
gi|10 : GCTTGTTTATTGATGTAAAGGTGCAAAATTATAGTCAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAGACAGGT-AAAAACAACCG
gi|11 : tcATAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGGTAA-ACAACATATCT-GATTTAAAAAAAAAT-AAAAACAA
gi|12 : ATAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGGTAA-ACAACATATCT-GATTTAAAAAAAAAT-AAAAACAA
gi|13 : TGTGTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-CAAAAAAAT-AAAAACAACCG
gi|14 : aAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTGAATGAA-ACAACATATTT-AATTA-AAAAAAAAC-AA
gi|15 : TTTAT-GGTGTAA-GATGCAATATTTGAGCGAA-AGGGCATATTT-AATTT-AAGAAAGAT-ACAAACAACTG
gi|16 : tGAAACATGCTTGTTAAATGGTGTAA-GATGCAATATTTGAGTG---------------AATGT-AGGAAAGAT-AAAAATAAC
gi|17 : ATATGCTTGTTGAATGGTGTAAAG-TGCAATATTTGAGTGAATGCAGGA------AAGAT-AAAAAAA
gi|18 : ATATGCTTGTTTAACGGTGTAA-GATGCAATATTTTGGTGAA-----------T-GGT----GGAAAGAT-AAAAACAACCcaac
gi|19 : GCTTGTTTAGTGGTGTAA-GATGCAATATTTGAGTG---------------AATGT-AGGAAAGAT-AAAAACAACC
gi|2 : tgtGAAACATGCTTGTTTATTGATGTTAAGATGCAAAATTTTAGTGAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAAAAAGAT-AAAAAAAA
gi|21 : cTGTAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-TAAAAAAAT-AAAAACAACCGac
gi|22 : TATGCTTGTTTAATGGTGCAA-GATGCAATATTTGAGT
gi|23 : GCTTGTTTAATGATGT-AAGATGCGATATTTGAATG---------------GATGT-AGGAAAAAT-AAAAACAACatatgttggaaagataaaacaac
gi|24 : gtGCTTGTTTATTGATGTAAATATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAGCATATTT-AATTT-A
gi|26 : agcatAACATGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGT-AAATTATAGTCAA-ACAGTATATAT-A
gi|27 : GAGTCAA-ACAGCATATTC-AAGTT-AAGAAAGGT-AAAAACAACTG
gi|29 : aTAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATT
gi|3 : AACAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTTAGTGAA-ACAACATATTTAAATTT-AAAACAATA-AAAAACAACCG
gi|30 : ATAGGTTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAAT
gi|4 : GAAATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTCAGTGAA-ACAACATATTT-AATTTAAAAAAAAAT-AAAAACAAC
gi|5 : AATAGGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTTAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-TAAAACAATAAAAAACAACCG
gi|6 : GAAACATGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTATAGTCAA-ACAGCATATTT-AATTT-AAGAAAGAT--AAAACAACCG
gi|7 : ATAGTCTTGTTTATTGATGAAAAGATGCAAAATTTGAGTGAA-ACAACATATTT-AATTT-AAAGACAAT-AAAAACAACCG
gi|8 : AACAGGCTTGTTTATTGATGTAAAAATGTAAAATTTTAGTAAA-ACAGCATATTT-ATTTA-AAAAAAAAT-AAAAATAAC
gi|9 : AACATGCTTGTTTATTGATGTAAAGATGCAAAATTTTAGTCAA-ACAGCATATTA-AATTT--AAGAAGAT-AAAAACAACC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACTTGCTTTATAGTGTTAGATGCAATATTTGAGTGAATGTAGGACAGATAAAAAAATAACC
Unaligned ( gi|25 ): CTATCCTATTTTAATGGTGTAAGATGCAATATATAAGCGAATGTAGGAAAGATAAAT
Unaligned ( gi|28 ): GTGCAATATATAAGTGAATGTAGGAAAGATAAAACAACTA