lowQualScore                  :                                              1                            111       1               
lowQualScore                  :                           4              2   0       2     33             777   77  3 4             
lowQualScore                  :                           .              .   .       .     ..             ...   ..  . .             
lowQualScore                  :                           3              1   8       3     11             999   22  2 1             
consensus                     :                AAGAATATAAANATTTAACAATTAAG-AAANCCCGGTCGCTCCC--TGCGGTCGCTCCC--TTTG-GGTTTCTTAATTGTTGAAT
Reference ( gi|9 )            :                AAGAATATAAATATTTAACAATTAAG-AAAGCCCGGTCACTCCC--TGCGGTCGCTCCC--ATTG-AGTATTTTAATTGTTGAAT
gi|10                         :                AAGAATATAAATATTTAACAATTAAG-AAAGCCCGGTCACTCCC--TGCGGTCGCTCCC--ATTG-AGTATTTTAATTGTTGAAT
gi|8                          :                AAGAATATAAATATTTAACAATTAAA-AAAGCCCAGTCACTCCC--TGCGGTCGCTCCC--ATTG-AGTATTTTAATTGTTGAAT
gi|4                          :               tAAAAGTAAAAAAAT--AACAATTAAG-AAAACAGGGTCGCTCTC--TGCGATATCTCCC--TCTG-GATCTCTTAATTGTT
gi|14                         :     tcattaagaaaAAAAATAACAATAATTATTA-TTAAG-AAAACCTGGTCGCTCCC--TTCGATCGCCCCacatat
gi|2                          :     agtaaaaagtaAAGAGTAAAAACAT--AACAATTATG-AAAACCCGGTCGCTCTCTTTG-GGTTGCT
gi|13                         :    ttagtgtccattaagtaTGTATATATTTAACAATTAAG-AAACCCCGGTCGCTCCC--TGTGGGCGGTCCT--TTTG-GGTTTCTTAATTGtgtttcatacttacttaataaacactt
gi|3                          :                       TAAAAATTTAACAATTAAG-AAACTCCGATCGCTCCC--TACGGTCGCTCCC---TTG-
gi|6                          :      agttagcgattatttggTAAAAAATTAACAATTAAG-AAAGTCCGATCGCTCCC--TACGTTCGCCCCCTTGTTG-ATT-TCTTACTTAATGAAttgatttcttactaaatgaac
gi|11                         :            cgatcatttagTAAAAATTAAACAATTAAG-AAAACCCAGTCACTCAC--T---------------TTG-GGTTTCTTAATAGTTAAAT
gi|23                         :          tagtttccactgagAAACATTTAACAATTAAG-AAATCCAGGTCGCTCCC--TGt
gi|17                         :                        AAATATT-AACAATTGAG-AAACCCCGGTGACTCCC--TGC
gi|5                          :      gttagcgtgcatttagtaAAAAAATTAACATTTACG-AAA----------TCCC--TG---TCGCTCCC--TTTG-TGTTTCTTAATTGTTGGA
gi|20                         :          agttagtgttcattaaagATTGAACAGTTAAG-AAACCCCGGTCACTCCagcttccagt
gi|19                         :        gtaagtgttcattaagtaacaTTTAATAATTAAG-AAACTCTGGTCGCTCCC--TGt
gi|1                          :         gttagggttcattaagtaacagTAGCAATTTAG-AAAACCCGGTCGCTCCC--TGCGGTCGCTCCT--TTTG-GATTTGTTAATTG
gi|7                          : agtgttcatttagtaaaaagtaaacaaaaaTAATAATTAAG-AAA-CCCGGGTGCTCAC--TGCGGTCGATATC--CTTGTGGTGTCTTAATTGTTAAAatacatactt
gi|18                         :             ttccattaagtaaaaaaaTAATCATTAAA-AAATCCCGGTCGCTCCC--Tc
gi|16                         :            gttagtgttcattaagtagaaaaaATTAAGTAAAAATTGCTCA-TC-----GCGGTCGTTCCC--TTTG-TGTTCCTTAATTGTTa
gi|22                         :                           gttagtgttcTTAAG-AAACCCAGGTCTCTCCG--TGCAGTTGCTCAT--TTTG-GGTTTCTTA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GTTAGTGTGTATTAAGTAAAAATGAACAATTAAGAAACACCGTGTGGTCGTTATTTAACCCGGTCGTTCCCT
Unaligned ( gi|15 ): TTAATGTTCATTAAGTAAAAAGTAAAATAAAATAGCAATTATGAAAACCGGGTCGCTCCTTGC
Unaligned ( gi|21 ): AGTTAGTGTTCATTAAGTAAAAAGTAAAGTAATAGCAATTAAGAAAACTC






Alignments
lowQualScore                  :                     4        1  77          1   2  55555          22  333             6  3                   
lowQualScore                  :                     .        .  ..          .   .  .....          ..  ...             .  .                   
lowQualScore                  :                     4        0  77          8   8  55555          66  555             2  1                   
consensus                     :                  AAG-AATATAAAAATTTAACAATTAAG-AAANCCC----GGTCGCTCCC--TG---CGGTCGCTCCCTT-TG-GGTTTCTTAATTGTTGAAT
Reference ( family-694 )      :                  AAG-AATATAAANATTTAACAATTAAG-AAANCCC----GGTCGCTCCC--TG---CGGTCGCTCCCTT-TG-GGTTTCTTAATTGTTGAAT
gi|1                          :                  AAG-TAAACAAAAAT--AGCAATTTAG-AAAACCC----GGTCGCTCCC--TG---CGGTCGCTCCTTT-TG-GATTTGTTAATTG
gi|10                         : agtgttcatttagtaaaAAG-AATATAAATATTTAACAATTAAG-AAAGCCC----GGTCACTCCC--TG---CGGTCGCTCCCAT-TG-AGTATTTTAATTGTTGAATatacatactt
gi|11                         :                          TAAAAATTAAACAATTAAG-AAAACC----------------------CAGTCACTCACTT-TG-GGTTTCTTAATAGTTAAAT
gi|12                         :            tagtttccactgagTAAAAATG-AACAATTAAG-AAACACCGTGTGGTCGTTATT--TAACCCGGTCGTTCCCTt
gi|13                         :        gttagtgtgtattaagTGTATATATTTAACAATTAAG-AAACCCC----GGTCGCTCCC--TG---TGGGCGGTCCTTT-TG-GGTTTCTTAATTG
gi|14                         :                  AAA-AATAACAATAATTATTA-TTAAG-AAAACCT----GGTCGCTCCC--TT---CGATCGCCCC
gi|15                         :       agtaaaaagtaAAGTAAAATAAAA---TAGCAATTATG-AAAACCG----GGTCGCTCCT--TG---C
gi|16                         :                    ttaatgttcattaagtaaaATTAAGTAAAA--------ATTGCTCAT--CG---CGGTCGTTCCCTT-TG-TGTTCCTTAATTGTT
gi|17                         :                 gttagtgttcAAATATT-AACAATTGAG-AAACCCC----GGTGACTCCC--TG---C
gi|18                         :   gttagcgtgcatttagta-AGTAGAAAAAT--AATCATTAAA-AAATCCC----GGTCGCTCCC--T
gi|19                         :            gttagtgttcattaTAACAGTTTAATAATTAAG-AAACTCT----GGTCGCTCCC--TG---a
gi|2                          :  gttagggttcattaagAAG-AGTAAAAACAT--AACAATTATG-AAAACCC----GGTCGCTCTCTTTG----GGTTGCT
gi|20                         :         ttagtgtccattaagtaTAACAATTGAACAGTTAAG-AAACCCC----GGTCACTCCtgtttcatacttacttaataaacactt
gi|22                         :                        gtaagtgttcattaagTTAAG-AAACCCA----GGTCTCTCCG--TG---CAGTTGCTCATTT-TG-GGTTTCTTAt
gi|23                         :                           AAACATTTAACAATTAAG-AAATCCA----GGTCGCTCCC--TG---
gi|3                          :                          TAAAAATTTAACAATTAAG-AAACTCC----GATCGCTCCC--TA---CGGTCGCTCCCTTGTT-GATTTCTTA
gi|4                          : agttagcgattatttggAAA-AGTAAAAAAAT--AACAATTAAG-AAAACAG----GGTCGCTCTC--TG---CGATATCTCCCTC-TG-GATCTCTTAATTGTTctaaatgaac
gi|5                          :                tcattaagaaaAAAAAATTAACATTTACG-AAA--------------TCCC--TG------TCGCTCCCTT-TG-TGTTTCTTAATTGTTGGAacatat
gi|6                          :        agttagtgttcattaaagTAAAAAATTAACAATTAAG-AAAGTCC----GATCGCTCCC--TA---CGTTCGCCCCCTTGTT-GATTTCTTACTTAATGAAagcttccagt
gi|7                          :               cgatcatttagTAAAAAAATAATAATTAAG-AAACCCG----GGT-GCTCAC--TG---CGGTCGATATCCT-TGTGGTGTCTTAATTGTTAAA
gi|8                          :        ttccattaagAAG-AATATAAATATTTAACAATTAAA-AAAGCCC----AGTCACTCCC--TG---CGGTCGCTCCCAT-TG-AGTATTTTAATTGTTGAATc
gi|9                          :                 tAAG-AATATAAATATTTAACAATTAAG-AAAGCCC----GGTCACTCCC--TG---CGGTCGCTCCCAT-TG-AGTATTTTAATTGTTGAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGTTAGTGTTCATTAAGTAAAAAGTAAAGTAATAGCAATTAAGAAAACTC






Alignments
lowQualScore                  :                     4    2       777          1   2  55555          22  333             6  3                   
lowQualScore                  :                     .    .       ...          .   .  .....          ..  ...             .  .                   
lowQualScore                  :                     4    5       333          8   8  55555          66  555             2  1                   
consensus                     :                  AAG-AATA-TAAAAAT-TTAACAATTAAG-AAANCCC----GGTCGCTCCC--TG---CGGTCGCTCCCTT-TG-GGTTTCTTAATTGTTGAAT
Reference ( family-694 )      :                  AAG-AATA-TAAAAAT-TTAACAATTAAG-AAANCCC----GGTCGCTCCC--TG---CGGTCGCTCCCTT-TG-GGTTTCTTAATTGTTGAAT
gi|1                          :                  AAG-TAAA-CAAAAAT---AGCAATTTAG-AAAACCC----GGTCGCTCCC--TG---CGGTCGCTCCTTT-TG-GATTTGTTAATTG
gi|10                         : agtgttcatttagtaaaAAG-AATA-TAAATAT-TTAACAATTAAG-AAAGCCC----GGTCACTCCC--TG---CGGTCGCTCCCAT-TG-AGTATTTTAATTGTTGAATatacatactt
gi|11                         :                          -TAAAAAT-TAAACAATTAAG-AAAACC----------------------CAGTCACTCACTT-TG-GGTTTCTTAATAGTTAAAT
gi|12                         :            tagtttccactgag-TAAAAAT-G-AACAATTAAG-AAACACCGTGTGGTCGTTATT--TAACCCGGTCGTTCCCTt
gi|13                         :                gttagtgtgtattaagAT-TTAACAATTAAG-AAACCCC----GGTCGCTCCC--TG---TGGGCGGTCCTTT-TG-GGTTTCTTAATTG
gi|14                         :           tgtatatAAA-AATAACAATAAT-T--ATTATTAAG-AAAACCT----GGTCGCTCCC--TT---CGATCGCCCC
gi|15                         :       agtaaaaagtaAAGTAAAA-TAAAA----TAGCAATTATG-AAAACCG----GGTCGCTCCT--TG---C
gi|16                         :                      ttaatgttcattaagtaaaATTAAGTAAAA--------ATTGCTCAT--CG---CGGTCGTTCCCTT-TG-TGTTCCTTAATTGTT
gi|17                         :                   gttagtgttcAAAATATTAACAATTGAG-AAACCCC----GGTGACTCCC--TG---C
gi|18                         :    gttagcgtgcatttagt-AGTA-GAAAAAT---AATCATTAAA-AAATCCC----GGTCGCTCCC--T
gi|19                         :            gttagtgttcatta-TAACAGT-TTAATAATTAAG-AAACTCT----GGTCGCTCCC--TG---a
gi|2                          :  gttagggttcattaagAAG-AGTA---AAAAC-ATAACAATTATG-AAAACCC----GGTCGCTCTCTTTG----GGTTGCT
gi|20                         :         ttagtgtccattaagta-TAACAAT-TGAACAGTTAAG-AAACCCC----GGTCACTCCtgtttcatacttacttaataaacactt
gi|22                         :                          gtaagtgttcattaagTTAAG-AAACCCA----GGTCTCTCCG--TG---CAGTTGCTCATTT-TG-GGTTTCTTAt
gi|23                         :                            AAACAT-TTAACAATTAAG-AAATCCA----GGTCGCTCCC--TG---
gi|3                          :                          -TAAAAAT-TTAACAATTAAG-AAACTCC----GATCGCTCCC--TA---CGGTCGCTCCCTTGTT-GATTTCTTA
gi|4                          : agttagcgattatttggAAA-AGTA-AAAAAAT---AACAATTAAG-AAAACAG----GGTCGCTCTC--TG---CGATATCTCCCTC-TG-GATCTCTTAATTGTTctaaatgaac
gi|5                          :                 tcattaagaaaAAAAAA-TTAACATTTACG-AAA--------------TCCC--TG------TCGCTCCCTT-TG-TGTTTCTTAATTGTTGGAacatat
gi|6                          :        agttagtgttcattaaag-TAAAAAA-TTAACAATTAAG-AAAGTCC----GATCGCTCCC--TA---CGTTCGCCCCCTTGTT-GATTTCTTACTTAATGAAagcttccagt
gi|7                          :               cgatcatttag-TAAAAAA-ATAATAATTAAG-AAACCCG----GGT-GCTCAC--TG---CGGTCGATATCCT-TGTGGTGTCTTAATTGTTAAA
gi|8                          :        ttccattaagAAG-AATA-TAAATAT-TTAACAATTAAA-AAAGCCC----AGTCACTCCC--TG---CGGTCGCTCCCAT-TG-AGTATTTTAATTGTTGAATc
gi|9                          :                 tAAG-AATA-TAAATAT-TTAACAATTAAG-AAAGCCC----GGTCACTCCC--TG---CGGTCGCTCCCAT-TG-AGTATTTTAATTGTTGAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGTTAGTGTTCATTAAGTAAAAAGTAAAGTAATAGCAATTAAGAAAACTC






Alignments
lowQualScore                  :                     4    2       777          1   2  55555          22  333             6  3                   
lowQualScore                  :                     .    .       ...          .   .  .....          ..  ...             .  .                   
lowQualScore                  :                     4    5       333          8   8  55555          66  555             2  1                   
consensus                     :                  AAG-AATA-TAAAAAT-TTAACAATTAAG-AAANCCC----GGTCGCTCCC--TG---CGGTCGCTCCCTT-TG-GGTTTCTTAATTGTTGAAT
Reference ( family-694 )      :                  AAG-AATA-TAAAAAT-TTAACAATTAAG-AAANCCC----GGTCGCTCCC--TG---CGGTCGCTCCCTT-TG-GGTTTCTTAATTGTTGAAT
gi|1                          :                  AAG-TAAA-CAAAAAT---AGCAATTTAG-AAAACCC----GGTCGCTCCC--TG---CGGTCGCTCCTTT-TG-GATTTGTTAATTG
gi|10                         : agtgttcatttagtaaaAAG-AATA-TAAATAT-TTAACAATTAAG-AAAGCCC----GGTCACTCCC--TG---CGGTCGCTCCCAT-TG-AGTATTTTAATTGTTGAATatacatactt
gi|11                         :                          -TAAAAAT-TAAACAATTAAG-AAAACC----------------------CAGTCACTCACTT-TG-GGTTTCTTAATAGTTAAAT
gi|12                         :            tagtttccactgag-TAAAAAT-G-AACAATTAAG-AAACACCGTGTGGTCGTTATT--TAACCCGGTCGTTCCCTt
gi|13                         :                gttagtgtgtattaagAT-TTAACAATTAAG-AAACCCC----GGTCGCTCCC--TG---TGGGCGGTCCTTT-TG-GGTTTCTTAATTG
gi|14                         :           tgtatatAAA-AATAACAATAAT-T--ATTATTAAG-AAAACCT----GGTCGCTCCC--TT---CGATCGCCCC
gi|15                         :       agtaaaaagtaAAGTAAAA-TAAAA----TAGCAATTATG-AAAACCG----GGTCGCTCCT--TG---C
gi|16                         :                      ttaatgttcattaagtaaaATTAAGTAAAA--------ATTGCTCAT--CG---CGGTCGTTCCCTT-TG-TGTTCCTTAATTGTT
gi|17                         :                   gttagtgttcAAAATATTAACAATTGAG-AAACCCC----GGTGACTCCC--TG---C
gi|18                         :    gttagcgtgcatttagt-AGTA-GAAAAAT---AATCATTAAA-AAATCCC----GGTCGCTCCC--T
gi|19                         :            gttagtgttcatta-TAACAGT-TTAATAATTAAG-AAACTCT----GGTCGCTCCC--TG---a
gi|2                          :  gttagggttcattaagAAG-AGTA---AAAAC-ATAACAATTATG-AAAACCC----GGTCGCTCTCTTTG----GGTTGCT
gi|20                         :         ttagtgtccattaagta-TAACAAT-TGAACAGTTAAG-AAACCCC----GGTCACTCCtgtttcatacttacttaataaacactt
gi|22                         :                          gtaagtgttcattaagTTAAG-AAACCCA----GGTCTCTCCG--TG---CAGTTGCTCATTT-TG-GGTTTCTTAt
gi|23                         :                            AAACAT-TTAACAATTAAG-AAATCCA----GGTCGCTCCC--TG---
gi|3                          :                          -TAAAAAT-TTAACAATTAAG-AAACTCC----GATCGCTCCC--TA---CGGTCGCTCCCTTGTT-GATTTCTTA
gi|4                          : agttagcgattatttggAAA-AGTA-AAAAAAT---AACAATTAAG-AAAACAG----GGTCGCTCTC--TG---CGATATCTCCCTC-TG-GATCTCTTAATTGTTctaaatgaac
gi|5                          :                 tcattaagaaaAAAAAA-TTAACATTTACG-AAA--------------TCCC--TG------TCGCTCCCTT-TG-TGTTTCTTAATTGTTGGAacatat
gi|6                          :        agttagtgttcattaaag-TAAAAAA-TTAACAATTAAG-AAAGTCC----GATCGCTCCC--TA---CGTTCGCCCCCTTGTT-GATTTCTTACTTAATGAAagcttccagt
gi|7                          :               cgatcatttag-TAAAAAA-ATAATAATTAAG-AAACCCG----GGT-GCTCAC--TG---CGGTCGATATCCT-TGTGGTGTCTTAATTGTTAAA
gi|8                          :        ttccattaagAAG-AATA-TAAATAT-TTAACAATTAAA-AAAGCCC----AGTCACTCCC--TG---CGGTCGCTCCCAT-TG-AGTATTTTAATTGTTGAATc
gi|9                          :                 tAAG-AATA-TAAATAT-TTAACAATTAAG-AAAGCCC----GGTCACTCCC--TG---CGGTCGCTCCCAT-TG-AGTATTTTAATTGTTGAAT


blockSeqs                     :                     T    A       ATT          T   G  CGTGT          TT  ACC             G  T
blockSeqs                     :                     .    .       TT           .   A  C              .   .               G  .
blockSeqs                     :                     .    .       TA           .   C  C              .   .               .  .
blockSeqs                     :                     .    .       TT           .   C  T              .   .               .  .
blockSeqs                     :                     .    .       TT           .   A  G              .   .               .  .
blockSeqs                     :                     .    .       AT           .   A  C              .   .               .  .
blockSeqs                     :                     .    .       TG           .   A  C              .   .               .  .
blockSeqs                     :                     .    .       TT           .   C  T              .   .               .  .
blockSeqs                     :                          .       TT           .   T  C              .   .               .  .
blockSeqs                     :                          .       TT           .   C  C              .   .               .  .
blockSeqs                     :                          .       TT           .   A  A              .   .               .  .
blockSeqs                     :                          .       AT           .   C  A              .   .               .  .
blockSeqs                     :                          .       TT           .   C  C              .   .                   
blockSeqs                     :                          .       TT           .   T  G              .   .                   
blockSeqs                     :                          .       G            .   C  C              .   .                   
blockSeqs                     :                                  T            .   A  G              .   .                   
blockSeqs                     :                                  T            .   G  C              .   .                   
blockSeqs                     :                                  .            .   C  C              .   .                   
blockSeqs                     :                                  .            .   G  .              .   .                   
blockSeqs                     :                                               .   G  .              .                       
blockSeqs                     :                                               .   .  .                                      


blockSeqCons                  :                                  TT*
originalCons                  :                  AAG-AATA-TAAAAAT-TTAACAATTAAG-AAANCCC----GGTCGCTCCC--TG---CGGTCGCTCCCTT-TG-GGTTTCTTAATTGTTGAAT
finalCons                     :                  AAG-AATA-TAAAAATTT-AACAATTAAG-AAANCCC----GGTCGCTCCC--TG---CGGTCGCTCCCTT-TG-GGTTTCTTAATTGTTGAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGTTAGTGTTCATTAAGTAAAAAGTAAAGTAATAGCAATTAAGAAAACTC






Alignments
lowQualScore                  :                     4    2       777          1   2  55555          22  333             6  3                   
lowQualScore                  :                     .    .       ...          .   .  .....          ..  ...             .  .                   
lowQualScore                  :                     4    5       333          8   8  55555          66  555             2  1                   
consensus                     :                  AAG-AATA-TAAAAAT-TTAACAATTAAG-AAANCCC----GGTCGCTCCC--TG---CGGTCGCTCCCTT-TG-GGTTTCTTAATTGTTGAAT
Reference ( family-694 )      :                  AAG-AATA-TAAAAAT-TTAACAATTAAG-AAANCCC----GGTCGCTCCC--TG---CGGTCGCTCCCTT-TG-GGTTTCTTAATTGTTGAAT
gi|1                          :                  AAG-TAAA-CAAAAAT---AGCAATTTAG-AAAACCC----GGTCGCTCCC--TG---CGGTCGCTCCTTT-TG-GATTTGTTAATTG
gi|10                         : agtgttcatttagtaaaAAG-AATA-TAAATAT-TTAACAATTAAG-AAAGCCC----GGTCACTCCC--TG---CGGTCGCTCCCAT-TG-AGTATTTTAATTGTTGAATatacatactt
gi|11                         :                          -TAAAAAT-TAAACAATTAAG-AAAACC----------------------CAGTCACTCACTT-TG-GGTTTCTTAATAGTTAAAT
gi|12                         :            tagtttccactgag-TAAAAAT-G-AACAATTAAG-AAACACCGTGTGGTCGTTATT--TAACCCGGTCGTTCCCTt
gi|13                         :                gttagtgtgtattaagAT-TTAACAATTAAG-AAACCCC----GGTCGCTCCC--TG---TGGGCGGTCCTTT-TG-GGTTTCTTAATTG
gi|14                         :           tgtatatAAA-AATAACAATAAT-T--ATTATTAAG-AAAACCT----GGTCGCTCCC--TT---CGATCGCCCC
gi|15                         :       agtaaaaagtaAAGTAAAA-TAAAA----TAGCAATTATG-AAAACCG----GGTCGCTCCT--TG---C
gi|16                         :                      ttaatgttcattaagtaaaATTAAGTAAAA--------ATTGCTCAT--CG---CGGTCGTTCCCTT-TG-TGTTCCTTAATTGTT
gi|17                         :                   gttagtgttcAAAATATTAACAATTGAG-AAACCCC----GGTGACTCCC--TG---C
gi|18                         :    gttagcgtgcatttagt-AGTA-GAAAAAT---AATCATTAAA-AAATCCC----GGTCGCTCCC--T
gi|19                         :            gttagtgttcatta-TAACAGT-TTAATAATTAAG-AAACTCT----GGTCGCTCCC--TG---a
gi|2                          :  gttagggttcattaagAAG-AGTA---AAAAC-ATAACAATTATG-AAAACCC----GGTCGCTCTCTTTG----GGTTGCT
gi|20                         :         ttagtgtccattaagta-TAACAAT-TGAACAGTTAAG-AAACCCC----GGTCACTCCtgtttcatacttacttaataaacactt
gi|22                         :                          gtaagtgttcattaagTTAAG-AAACCCA----GGTCTCTCCG--TG---CAGTTGCTCATTT-TG-GGTTTCTTAt
gi|23                         :                            AAACAT-TTAACAATTAAG-AAATCCA----GGTCGCTCCC--TG---
gi|3                          :                          -TAAAAAT-TTAACAATTAAG-AAACTCC----GATCGCTCCC--TA---CGGTCGCTCCCTTGTT-GATTTCTTA
gi|4                          : agttagcgattatttggAAA-AGTA-AAAAAAT---AACAATTAAG-AAAACAG----GGTCGCTCTC--TG---CGATATCTCCCTC-TG-GATCTCTTAATTGTTctaaatgaac
gi|5                          :                 tcattaagaaaAAAAAA-TTAACATTTACG-AAA--------------TCCC--TG------TCGCTCCCTT-TG-TGTTTCTTAATTGTTGGAacatat
gi|6                          :        agttagtgttcattaaag-TAAAAAA-TTAACAATTAAG-AAAGTCC----GATCGCTCCC--TA---CGTTCGCCCCCTTGTT-GATTTCTTACTTAATGAAagcttccagt
gi|7                          :               cgatcatttag-TAAAAAA-ATAATAATTAAG-AAACCCG----GGT-GCTCAC--TG---CGGTCGATATCCT-TGTGGTGTCTTAATTGTTAAA
gi|8                          :        ttccattaagAAG-AATA-TAAATAT-TTAACAATTAAA-AAAGCCC----AGTCACTCCC--TG---CGGTCGCTCCCAT-TG-AGTATTTTAATTGTTGAATc
gi|9                          :                 tAAG-AATA-TAAATAT-TTAACAATTAAG-AAAGCCC----GGTCACTCCC--TG---CGGTCGCTCCCAT-TG-AGTATTTTAATTGTTGAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGTTAGTGTTCATTAAGTAAAAAGTAAAGTAATAGCAATTAAGAAAACTC