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Reference ( gi|2 )            :                     TGATAATAATCAAACAGAGGTTTTT-TAACAGAAACTTACAGGTTAATTA--TTAAATATAGTTTTTTT-ATT----ATTTACAAACCTTTACAAAAACGTCACCCTTTTCATCTAAACGGGTATCGA-AAATTATTTAATTAAAGAAGATGTATG---ACAATGCTTATATTAAAATGTCAAAAATACTCTTCCCGGTAATGGAAGAGGGTCAGATTATTAGTATTTAAAATGCTC--AATCCATGTCGTATATGGCAATTGTGTCGAGACAGACCGGGTATCAGACCCCACTGCCAAACAGCAGTTT-TAGTTC-TTGCAAA-ATT---ATTT------AATCGT-----------------------CCGAA--AAT-A----TGTAA-ACAAATGTAACCAC-CTTGTTGAAA-AT--AAAGAATCTTCTCAAATACCGCAGCCGCAATAAATCATATTGTTCATA-TGTGTTCCGAAAATAATGCAATAC-AA-----AATCATCTCTGAACGACCGTTATTGATGG-CTTGGGACTCGAGGTGTTTCGTAAATATATGTCAAAAC-AAC---CAAA-GGCGCAAGCTTGCGATCTACTTGCAGGTTTAGGACAATACGTCACGG--ATGATG---ATGATCATC
gi|3                          :                     TGATGATAATCAAACACAGGGATTTATACCAGATACTTACAGGTTAATGA--TTAAAGATATTTTGTTTGATTGAATATTTACAGACCTATATAAAAACGTCAACCTTTCAATGTAAACAAGCATGGA-AAATTATTTTAAAAGAGAAGATATATGAACACAATTATAATATTCAAATGTCAAAAAGACTCTCCGTGGTGA-----------------------ATTCTAAAT---------CCATGCCGAATATGACATCTGTGTCAAAACAG-----------------ACTGTCAAACAGGCGTTT-TAGTTG-TTACAAATATTTAAGTTT------AGTCAT-----------------------CCAGA--AAT-A----TACAA-A-AAA-GTAACAAT-TTTGTTAAAA-A----------------AAATA-------------AAGTCA-----TTAATA-TGTATTCCGAAAACAATGCAATAC-GA-----AATCATCTTAGGGCAAGCGTTATTGATGG-CTTGGGTCTCGAGGTGTTTCGTAAATAAATGTCAAAAT-AAT---AAAA-TGTGCAA-----------ATTTGAATGTTTATGACTTTACGTCACGG--ATCAT
gi|1                          : gctaaacaaatatttactaaccgattattgtgttatttcaaTTTA-TACCCGATACTTTCATGTTAATAA--TTAAATATGATTTGTTTGATT----ATCTTCAGACCTTTGTAGAAAAAACACACTTTCCATCTAAACAAGCATGGA-CAATTATTTTAAAAGAGAAGCTATATG---AAAACAATTATATTCAAATGTTAGAAATACTCTTATCAGTAATGGAGGAAGGACAGA----TGG---TTAAGATTCTA--ATTCCCTGTCGTTCATGGCAGTTGTATCGAGACAGACCAGATATGAGATACCAATGTCAATCAGTCGTTT-TAGTTA-TTTC------C---GTTT------ATACGT-----------------------CCAGA--TAT-A----TGTAA-AATAATATAA-CACTCTTGATG-GA-AT--AAAG--TCGTC----ATA---------------------TTGTTTACA-TGTGTTCCGGAAGTAGTACGATGC-TA-----CAACA------AA-------TATTGATGG-CTTGGGTCTCGGGCTATTTCGTAAATACATGTCAAACC-AAC---CAAA-GGCGCACATTTGCGATATACTTACAGGTTTAGGACAATACGTCACGG--ATGATT---AGCATCATCtaacatagtgtacaaaatgataaca
gi|17                         :                                                       tggTACTGGTTCATCACTTTATATATAATTTGTTTGATT----CCTTGCAAAGCTTTATGGAAACGTCACGTTTTCCATCTAAACATGCAT-GATACATCATTTatttgttggtgacagtcatttgtatagtttacaaaatgataacatattaaagtttacagttatgtacatatcagtt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                            TACATTTAAATGTGCAAAAGATTCTCCTCAGTGATGGAAGAGCATCAGAGTATTAATATTTTAACT-CTCTAAAGCCATGTCG--CATGGCAATTGTGTGGAGACAGTCCGGATATGAGATTGTAATGTAAAACAGCCGTGTACA---C-TTG-AAA-ATT---ATTT--------TCGT-----------------------
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttacCAACTGTGTTGAGACAGACCAGATATGAGATCCCAACATCAAACAGCCATTT-TAGTCC-TTGCAAA-ATT---ATTTTCGTTTAGTCGT-----------------------CCAGAGTAAC-AAAGTTTTAA-A-AAATAAAG------TTGTTCATGTATCAAAAGAATCTTTGTAAATAT---AGTTGT------TCACATTGCTCAAAATGTGCGACGAAAATAATGCAATAT-TATATGCAATGATCTTAGAACAACCTTTATTGATGGGCTTGGGCCTTGAGGTGTTTCGCAAATATATGTCAAAAT-AACCTGCAAA-GGCGCAAA--------------------TTAGGGCAATACATCATGGCCAT--------TGATCATCttcctc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GACCTGGTATGAGATCCCAATGTCAAACCGCCATTT-AAGTTCATTGCAAC-ATT---ATTT--------TCGTTTCGGTTTTCAGAAGTATGTGTACCGAA--AATAA----TGCAACACAA----AATCAT-CTT-TTGACA-AT--AAagttttgctggtgaaattgtgtacaaaatgttatatttattgaacattttgttcttagttaatttaaatttttaatttaatatagaaatgtcagttgtataattcagttgcaggtgatttttttgttgttggtttttgtaagtgttt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   T------AGTCGT-----------------------CCAGA--TAT-A----TGTAT-G-AAATGTAACAAA-CTCGTCGAAA-AT--AAAGttattggtagtctgggtttcataaatacatgtcaaaacaaccacaggcgtacattggccattacatgcgtgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaaatgtttgcattaaaactaacattgtacgttttatttatctagat
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tagtttgaaaagagccgttatagtcgtccagatatatgtatgaaatgtaacaaactcgtcgaaCATATTGTCCATG-TGTATTATGAAGATAATGCAATAC-AA-----AGTCATCTCTGGACACCCATGATTGATGG-CTTGGGTCTCGAGGTGTTTTGTAAATACATGTCAAAAT-GAT---CAAAGGGGGCAAATTTGCAATCTATTTGCAGGTTTCAAACAATATGTCACAG--ATGACG---agttgctggtgacaaccattagtatagtgcacacaatgataacattaacaaagtttcactgtacgttttagtttaaagtaactataatgtatcggaagttaaataaatgcttacttattgtaatgttagttgtataattaagtttcatatgtttatttttttgt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tcTA-TGTGTACCGAAAATAATGCAACAC-AA-----AATCATCTTTTGACAATAATTATTGGTAG-TCTGG----------GTTTCATAAATACATGTCAAAAC-AAC---CACA-GGCGTACATTGGCCAT-TACATGCGTGTTTA
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gattgcttgggtctggagaACAACCAATAGTGATTG-CTTGGGTCTGGAGGTGTTTCGTAAATACATGT-AAAACAAAC---CAAA-GGCCTACATTTGTGATCTACTTGCAGGTTTGGGACAATACGTCACGG--ATGATG---ATAACCATtttgtgtttcatatcgacatatacatactgtatttatatattgttattattgttgtgtttttgtgtttcatatcgacatgtacatactgtatttataatttaatactatggtccgttgtcaattgtatatgttaatgctctcctataccactggaggaaatcaaatatcttatcgtatcgtaatgatgttaaatactataaaaatgttgtttttgtatttcatatcgacatatacatactgtatttataatttaatactatggtccgttgtcaattgtatatgttaatgttctcctataccactggaataaatcaaatatcttatcttatcgtaatgatgttaaataatataaacatgttttggtgttttt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gATGTCAAAAC-AAC---CAAA-TGCACACATTTGCGATTTACTTGCAAGTTTAGGGCAGTATGTCAGTG--ATAAGC---ATCATCATCtaattcctggtgacaatctttaatgtagtgtacaaaatggtgacataaaaaacgtattgcattgtacgttttagtttaaaattaatatcaattttatcaggtgttaagtaacccttaaatgtgatgtaagttgtataattaagtttcatatggttattattgttgtggttttgtgtttcatatcgacatgtacatactgtatttataatttaatactatggttcgttgtcaaattgtatatgttaatgctcgcctataccactggaggatatcaaatatcttatcttatcgttatgatgttaaatactataaaaaatgttgttgttgtttc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cAAAAC-AAC---AAAA-GGCGCACATTTGCGATGTAGTTGTAAGTTTAGGACAATACGTTATGA--ACGAatttagtggtgacaattattaatatagtgttcaaaattatagcataacaagttttaatttaaagtagatctaataatgttatctctaattataaatgtaag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgCTACTTGCAGGTTTAGGACAATACGTCACGG--ATAATGATTATGATCATCc
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4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|10 ): TGCTAAGCAATTATTTGTTAATCGTCTGTTAAGATATCTTAGTGATGATAAACAAACATTAGGTTTTATTCCTGACATCTATAGAATATAAACGAAGTATGATCTATTTAATTATGTGGTTTACTATTCTAAAACGGTAATATTTCCATCCAAGTATGCATGGAAATATATTCTTAGACAAAAAGTGCTAATACATTACTCAAATACAATATTAAT
Unaligned ( gi|16 ): GGGCGTTAAATAAAAACGACTTATTGTAATGTTAGTTGTATATTTGAATTTCATATGATTATATTGGGTTTTATGATATATAATCGTGATTTTTTTGCCATCGTCATATACATACTGTTTTTATAATATAATACTATGGTTTGCCAAATGATAT
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Reference ( family-6911 )     :   TGATGATAATCAAACACAGGGNTTNATACCNGATACTTACAGGTTAATNA--TTAAATATAATTTGTTTGATT----AT----TTNCAGACCTTTATAGAAACGTCACGCTTTCCATCTAAACAAGCATGGAAAATTATT-TTAAAAGAGAAGNTATATGAACANAACNATTATATTCAAATGTNAAAAAGACTCTCCTCGGTGATGGAGGA--GG--CAGA----T-----GG-ATTTTAAA--T-CT-----A---CCATGTCG--CAT--GGCAACTGTGTCGAGACAGACCGGATATGAGATCCCAATGTCAAACAGCCGTTT-TAGTTC-TTGCAAA-ATT---A------TTTAGTCG--------TCCAGA--AATA----TGT------AAA-A-AATGTAAC-------NATCTTGTTGANA-AT--AAAG-----TCT---CAAATA-------------AAG----TCA-ATTGTTC-ATATGTGTTCCGAAAATAATGCA-----ATACGAAA-TCATCTCTGGACAACCGTTATTGAT-GGCTTGGGTCTCGAGGTGTTTCGTAAATACATGTCAAAAC-AAC---CAAA-GGCGC-ACATTTGCGATCTACTTGCAGGTTTAGGACAATACGTCACGG--ATGATG---ATGATCATC
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gi|14                         :                                                                                                                                                                            ACTACATTTAAATGTGCAAAAGATTCTCCTCAGTGATGGAAGA--GCATCAGAGTATT-----AATATTTTAAC--T-CTCTAAAG---CCATGTCG--CAT--GGCAATTGTGTGGAGACAGTCCGGATATGAGATTGTAATGTAAAACAGCCGTGTACA---C-TTG-AAA-ATT---A------TTT--TCG--------Tatttagtggtgacaattattaatatagtgttcaaaattatagcataacaagttttaatttaaagtagatctaataatgttatctctaattataaatgtaag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tt-ATTGTCC-ATGTGTATTATGAAGATAATGCA-----ATACAAAG-TCATCTCTGGACACCCATGATTGAT-GGCTTGGGTCTCGAGGTGTTTTGTAAATACATGTCAAAAT-GAT---CAAAGGGGGC-AAATTTGCAATCTATTTGCAGGTTTCAAACAATATGTCACAG--ATGACG---ttcctc
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AAAAC-AAC---AAAA-GGCGC-ACATTTGCGATGTAGTTGTAAGTTTAGGACAATACGTTATGA--ACGA
gi|2                          : tgTGATAATAATCAAACAGAGGTTTTT-TAACAGAAACTTACAGGTTAATTA--TTAAATATAGTTTTTTT-ATT----AT----TTACAAACCTTTACAAAAACGTCACCCTTTTCATCTAAACGGGTATCGAAAATTATT-TAATTAAAGAAGATGTATGA---CAATGCTTATATTAAAATGTCAAAAATACTCTTCCCGGTAATGGAAGA--GGGTCAGA----TTATTAGT-ATTTAAAA--TGCTCA---AT--CCATGTCG--TATATGGCAATTGTGTCGAGACAGACCGGGTATCAGACCCCACTGCCAAACAGCAGTTT-TAGTTC-TTGCAAA-ATT---A------TTTAATCG--------TCCGAA--AATA----TGT------AAACA-AATGTAAC-------CACCTTGTTGAAA-AT--AAAGAATCTTCT---CAAATACCGCAGCCGCAATAAA----TCATATTGTTC-ATATGTGTTCCGAAAATAATGCA-----ATACAAAA-TCATCTCTGAACGACCGTTATTGAT-GGCTTGGGACTCGAGGTGTTTCGTAAATATATGTCAAAAC-AAC---CAAA-GGCGC-AAGCTTGCGATCTACTTGCAGGTTTAGGACAATACGTCACGG--ATGATG---ATGATCATCc
gi|3                          :   TGATGATAATCAAACACAGGGATTTATACCAGATACTTACAGGTTAATGA--TTAAAGATATTTTGTTTGATTGAATAT----TTACAGACCTATATAAAAACGTCAACCTTTCAATGTAAACAAGCATGGAAAATTATT-TTAAAAGAGAAGATATATGAACACAATTATAATATTCAAATGTCAAAAAGACTCTCCGTGGTGA------------------------------ATTCTAAA--T-C-----------CATGCCGAATAT--GACATCTGTGTCAAAACAGAC-----------------TGTCAAACAGGCGTTT-TAGTTG-TTACAAATATTTAAG------TTTAGTCA--------TCCAGA--AATA----TAC------AAA-A-AA-GTAAC-------AATTTTGTTAAAA-A-------------------AAATA-------------AAG----TCA-----TTA-ATATGTATTCCGAAAACAATGCA-----ATACGAAA-TCATCTTAGGGCAAGCGTTATTGAT-GGCTTGGGTCTCGAGGTGTTTCGTAAATAAATGTCAAAAT-AAT---AAAA-TGTGC-AAATTTG-AAT----------GTTTATGACTTTACGTCACGG--ATCAT
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGTTTCGTAAATAATGCA-----ATACGAAA-TTACCTCTGGACAACCAATAGTGAT-TGCTTGGGTCTTGAGGTGTTTCGTAAATACATGT-AAAACAAAC---CAAA-GGCCT-ACCTTTGTGATCTACTTaattacctctggacaaccaatagtgattgcttgggtcttgaggtgtttcgtaaatacatgtaaaacaaaccaaaggcctacctttgtgatctactttttgtgtttcatatcgacatatacatactgtatttatatattgttattattgttgtgtttttgtgtttcatatcgacatgtacatactgtatttataatttaatactatggtccgttgtcaattgtatatgttaatgctctcctataccactggaggaaatcaaatatcttatcgtatcgtaatgatgttaaatactataaaaatgttgtttttgtatttcatatcgacatatacatactgtatttataatttaatactatggtccgttgtcaattgtatatgttaatgttctcctataccactggaataaatcaaatatcttatcttatcgtaatgatgttaaataatataaacatgttttggtgttttt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                   gattgcttgggtctggagaCAACTGTGTTGAGACAGACCAGATATGAGATCCCAACATCAAACAGCCATTT-TAGTCC-TTGCAAA-ATT---ATTTTCGTTTAGTCG--------TCCAGAGTAACAAAGTTTT------AAA-A-AA--TAAA-------G---TTGTTCATGTATCAAAAGAA---TCTTTGTAAATA-------------TAGTTGTTCACATTGCTCAAAATGTGCGACGAAAATAATGCAATATTATATGCAA-TGATCTTAGAACAACCTTTATTGATGGGCTTGGGCCTTGAGGTGTTTCGCAAATATATGTCAAAAT-AACCTGCAAA-GGCGC-AAA--------------------TTAGGGCAATACATCATGGCCAT--------TGATCATCtttgtgtttcatatcgacatatacatactgtatttatatattgttattattgttgtgtttttgtgtttcatatcgacatgtacatactgtatttataatttaatactatggtccgttgtcaattgtatatgttaatgctctcctataccactggaggaaatcaaatatcttatcgtatcgtaatgatgttaaatactataaaaatgttgtttttgtatttcatatcgacatatacatactgtatttataatttaatactatggtccgttgtcaattgtatatgttaatgttctcctataccactggaataaatcaaatatcttatcttatcgtaatgatgttaaataatataaacatgttttggtgttttt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GACAACCAATAGTGAT-TGCTTGGGTCTGGAGGTGTTTCGTAAATACATGT-AAAACAAAC---CAAA-GGCCT-ACATTTGTGATCTACTTGCAGGTTTGGGACAATACGTCACGG--ATGATG---ATAACCATagttttgctggtgaaattgtgtacaaaatgttatatttattgaacattttgttcttagttaatttaaatttttaatttaatatagaaatgtcagttgtataattcagttgcaggtgatttttttgttgttggtttttgtaagtgttt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TAGTCG--------TCCAGA--TATA----TGT------ATG-A-AATGTAAC-------AAACTCGTCGAAA-AT--AAAG-----TC-------------------------------------GTTC-ATAT-TGTTCCAAAAATTATACA-----ATATGAAAACCCTCTCTAAACAACCGTTATTGGT-CGC--GGGTATCGAGGTGTTTCGTAA------GTCAAAAC-AAC---CAAA-GGCGCAACA-TTGCAATCAACATGCAGGTTTAGGACAATACGTCACGG--ATGATG---AGGATCACCtaattcctggtgacaatctttaatgtagtgtacaaaatggtgacataaaaaacgtattgcattgtacgttttagtttaaaattaatatcaattttatcaggtgttaagtaacccttaaatgtgatgtaagttgtataattaagtttcatatggttattattgttgtggttttgtgtttcatatcgacatgtacatactgtatttataatttaatactatggttcgttgtcaaattgtatatgttaatgctcgcctataccactggaggatatcaaatatcttatcttatcgttatgatgttaaatactataaaaaatgttgttgttgtttc
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-6911 )     :   TGATGATAATCAAACANAGGGNTTTATACCNGATACTTACAGGTTAATNA--TTAAATATAATTTGTTTGATT----AT----TTNCAGACCTTTATAGAAACGTCACNCTTTCCATCTAAACANGCATGGAAAATTATT-TTAAAAGAGAAGATATATGAACAACGATT---ATATTCAAATGTCAAAAANACTCTCCTCGGTGATGGAAGAGNGTCAGA----T-----G-----N-ATTTTAAAT-CTC----A--CCATGTCG--CAT--GGCAATTGTGTCGAGACAGACCGGATATGAGATCCCAATGTCAAACAGCCGTTT-TAGTTC-TTGCAAA-ATT---A------TTTAGTCG--------TCCAGA--AATA----TGT------AAA-A-AATGTAACA-------ATCTTGTTGANA-AT--AAAGAATC----T----AAATA-------------AAG----TCATATTGTTC-ATATGTGTTCCGAAAATAATGCA-----ATACGAAA-TCATCTCTGGACAACCGTTATTGAT-GGCTTGGGTCTCGAGGTGTTTCGTAAATACATGTCAAAAC-AAC---CAAA-GGCGC-ACATTTGCGATCTACTTGCAGGTTTAGGACAATACGTCACGG--ATGATG---ATGATCATC
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttCATATTGTCC-ATGTGTATTATGAAGATAATGCA-----ATACAAAG-TCATCTCTGGACACCCATGATTGAT-GGCTTGGGTCTCGAGGTGTTTTGTAAATACATGTCAAAAT-GAT---CAAAGGGGGC-AAATTTGCAATCTATTTGCAGGTTTCAAACAATATGTCACAG--ATGACG---ttcctc
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-6911 )     :   TGATGATAATCAAACANAGGGNTTTATACCNGATACTTACAGGTTAATNA--TTAAATATAATTTGTTTGATT----AT----TTNCAGACCTTTATAGAAACGTCACNCTTTCCATCTAAACANGCATGGAAAATTATT-TTAAAAGAGAAGATATATGAACAACGATT---ATATTCAAATGTCAAAAANACTCTCCTCGGTGATGGAAGAGGGTCAGA----T-----G-----N-ATTCTAANT-CTC----G--CCATGTCG--CAT--GGCAATTGTGTCGAGACAGACCGGATATGAGATCCCAATGTCAAACAGCCGTTT-TAGTTC-TTGCAAA-ATT---A------TTTAGTCG--------TCCAGA--AATA----TGT------AAA-A-AATGTAACA-------ANCTTGTTGANA-AT--AAAGAATC----T----AAATA-------------AAG----TCATATTGTTC-ATATGTGTTCCGAAAATAATGCA-----ATACGAAA-TCATCTCTGGACAACCGTTATTGAT-GGCTTGGGTCTCGAGGTGTTTCGTAAATACATGTCAAAAC-AAC---CAAA-GGCGC-ACATTTGCGATCTACTTGCAGGTTTAGGACAATACGTCACGG--ATGATG---ATGATCATC
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gi|3                          :   TGATGATAATCAAACACAGGGATTTATACCAGATACTTACAGGTTAATGA--TTAAAGATATTTTGTTTGATTGAATAT----TTACAGACCTATATAAAAACGTCAACCTTTCAATGTAAACAAGCATGGAAAATTATT-TTAAAAGAGAAGATATATGAAC-ACAATTATAATATTCAAATGTCAAAAAGACTCTCCGTGGTGA---------------------------------ATTCTAAAT-----------CCATGCCGAATAT--GACATCTGTGTCAAAACAGAC-----------------TGTCAAACAGGCGTTT-TAGTTG-TTACAAATATTTAAG------TTTAGTCA--------TCCAGA--AATA----TAC------AAA-A-AA-GTAACA-------ATTTTGTTAAAA-A--------------------AAATA-------------AAG----TCA-----TTA-ATATGTATTCCGAAAACAATGCA-----ATACGAAA-TCATCTTAGGGCAAGCGTTATTGAT-GGCTTGGGTCTCGAGGTGTTTCGTAAATAAATGTCAAAAT-AAT---AAAA-TGTGC-AAATTTG-AAT----------GTTTATGACTTTACGTCACGG--ATCAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gctaaacaaatatttactaaccgattattgtgttatttcaaGAT-TGCTTGGGTCTGGAGATGTTTCGTAAATA-ATG-CAATAC-GAtaacatagtgtacaaaatgataaca
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGTTTCGTAAATAATGCA-----ATACGAAA-TTACCTCTGGACAACCAATAGTGAT-TGCTTGGGTCTTGAGGTGTTTCGTAAATACATGT-AAAACAAAC---CAAA-GGCCT-ACCTTTGTGATCTACTTaattacctctggacaaccaatagtgattgcttgggtcttgaggtgtttcgtaaatacatgtaaaacaaaccaaaggcctacctttgtgatctactttttgtgtttcatatcgacatatacatactgtatttatatattgttattattgttgtgtttttgtgtttcatatcgacatgtacatactgtatttataatttaatactatggtccgttgtcaattgtatatgttaatgctctcctataccactggaggaaatcaaatatcttatcgtatcgtaatgatgttaaatactataaaaatgttgtttttgtatttcatatcgacatatacatactgtatttataatttaatactatggtccgttgtcaattgtatatgttaatgttctcctataccactggaataaatcaaatatcttatcttatcgtaatgatgttaaataatataaacatgttttggtgttttt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    gattgcttgggtctggagaCAACTGTGTTGAGACAGACCAGATATGAGATCCCAACATCAAACAGCCATTT-TAGTCC-TTGCAAA-ATT---ATTTTCGTTTAGTCG--------TCCAGAGTAACAAAGTTTT------AAA-A-AAT-----A-------AAGTTGTTCATGTATCAAAAGAATCTTTGT----AAATA-------------TAGTTGTTCACATTGCTCAAAATGTGCGACGAAAATAATGCAATATTATATGCAA-TGATCTTAGAACAACCTTTATTGATGGGCTTGGGCCTTGAGGTGTTTCGCAAATATATGTCAAAAT-AACCTGCAAA-GGCGC-AAA--------------------TTAGGGCAATACATCATGGCCAT--------TGATCATCtttgtgtttcatatcgacatatacatactgtatttatatattgttattattgttgtgtttttgtgtttcatatcgacatgtacatactgtatttataatttaatactatggtccgttgtcaattgtatatgttaatgctctcctataccactggaggaaatcaaatatcttatcgtatcgtaatgatgttaaatactataaaaatgttgtttttgtatttcatatcgacatatacatactgtatttataatttaatactatggtccgttgtcaattgtatatgttaatgttctcctataccactggaataaatcaaatatcttatcttatcgtaatgatgttaaataatataaacatgttttggtgttttt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GACAACCAATAGTGAT-TGCTTGGGTCTGGAGGTGTTTCGTAAATACATGT-AAAACAAAC---CAAA-GGCCT-ACATTTGTGATCTACTTGCAGGTTTGGGACAATACGTCACGG--ATGATG---ATAACCATagttttgctggtgaaattgtgtacaaaatgttatatttattgaacattttgttcttagttaatttaaatttttaatttaatatagaaatgtcagttgtataattcagttgcaggtgatttttttgttgttggtttttgtaagtgttt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TAGTCG--------TCCAGA--TATA----TGT------ATG-A-AATGTAACA-------AACTCGTCGA------------------------AAATA-------------AAG----TC-----GTTC-ATAT-TGTTCCAAAAATTATACA-----ATATGAAAACCCTCTCTAAACAACCGTTATTGGT-CGC--GGGTATCGAGGTGTTTCGTAA------GTCAAAAC-AAC---CAAA-GGCGCAACA-TTGCAATCAACATGCAGGTTTAGGACAATACGTCACGG--ATGATG---AGGATCACCtaattcctggtgacaatctttaatgtagtgtacaaaatggtgacataaaaaacgtattgcattgtacgttttagtttaaaattaatatcaattttatcaggtgttaagtaacccttaaatgtgatgtaagttgtataattaagtttcatatggttattattgttgtggttttgtgtttcatatcgacatgtacatactgtatttataatttaatactatggttcgttgtcaaattgtatatgttaatgctcgcctataccactggaggatatcaaatatcttatcttatcgttatgatgttaaatactataaaaaatgttgttgttgtttc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                   tagtttgaaaagagccgttaGACCTGGTATGAGATCCCAATGTCAAACCGCCATTT-AAGTTCATTGCAAC-ATT---A------TTT--TCGTTTCGGTTTTCAGA--AGTA----TGTGTACCGAAA-ATAATGCAACACAAAATCATCTT-TTGACA-AT--AAagttgctggtgacaaccattagtatagtgcacacaatgataacattaacaaagtttcactgtacgttttagtttaaagtaactataatgtatcggaagttaaataaatgcttacttattgtaatgttagttgtataattaagtttcatatgtttatttttttgt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TATGTGTACCGAAAATAATGCA-----ACACAAAA-TCATCTTTTGACAATAATTATTGGT-AGTCTGGGT----------TTCATAAATACATGTCAAAAC-AAC---CACA-GGCGT-ACATTGGCCAT-TACATGCGTGTTTAttattggtagtctgggtttcataaatacatgtcaaaacaaccacaggcgtacattggccattacatgcgtgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaaatgtttgcattaaaactaacattgtacgttttatttatctagat


blockSeqs                     :                   G    T   A    T  C              A CT                 A   ATGTGG      T  A         G     G   T               T               C   G                CA       ATA                  G              T      GCAT    GTATTAAT                 C CTCTAAAG           AA   AT                      G          T                    A      A       T   ATTTTCG      AA   TTTCGGTT      GT    AAGT   GTACCG   C T   G     CAAAATC C        AAATAAAGAATCTTCTCAAATACCGCAGCCGCAATAAA              T       A                       ATATT    A   A C              A        GG                            C          A   CTG    G     A   T       C                              CC  A   ATT
blockSeqs                     :                   C    T   A    A  A              C .                  G   GAATAT      G  A         A     T   G               T               .   T                AC       .                    T              T      GGGT    TTATTAGT                 A GCTCAAT            .    .                       G          C                    .      .       .   TAAG         AG   .             .     .      .        . .   G     .       T        TGTATCAAAAGAATCTTTGTAAATATAGTTGT                    T       .                       .        A   . C              G        G                             C          A   .      .     .   T       T                              .   A   .  
blockSeqs                     :                        A   .    A  T              T .                  G   CC          A  G         A     T   C               G               .   A                         .                    G              .      .       .                        A .                  .    .                       A          C                    .      .       .   A            AG   .             .     .      .        . .   G     .       A        AAAAAATAAAG                                         C       .                       .        G   . C              G        G                             T          .   .      .     .   T       C                              .   A   .  
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .          .                    .      .       .   A            .    .             .     .      .        . .   .     .       T                                                            .       .                       .        G   . G              T        T                             C          .   .      .     .   T       C                              .   G   .  
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TTTTTAAACTAACTTAACAACAGACGTAAATAAAGGTTAATTAATGTAATGTCAGTAGTACAATTAAGTTTCATATAATTATAATTTTGTTGTTGTTTTTAATATTGTCATGTGCATACTGTATTTATAAATTAATAAAATGGTTTGTCAAATTGTATATGTTTTTCATTTAAATGTATATCTGTTTCTGCTTTCCTATACCACTTCAGGAAATAAAATATCTTGTTTTATCTC
Unaligned ( gi|16 ): GGGCGTTAAATAAAAACGACTTATTGTAATGTTAGTTGTATATTTGAATTTCATATGATTATATTGGGTTTTATGATATATAATCGTGATTTTTTTGCCATCGTCATATACATACTGTTTTTATAATATAATACTATGGTTTGCCAAATGATAT
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Reference ( family-6911 )     :   TGATGATAATCAAACANAGGGNTTTATACCNGATACTTACAGGTTAATNA--TTAAATATAATTTGTTTGATT----AT----TTNCAGACCTTTATAGAAACGTCACNCTTTCCATCTAAACANGCATGGAAAATTATT-TTAAAAGAGAAGATATATGAACAACGATT---ATATTCAAATGTCAAAAANACTCTCCTCGGTGATGGAAGAGGGTCAGA----T-----G-----N-ATTCTAANT-CTC----G--CCATGTCG--CAT--GGCAATTGTGTCGAGACAGACCGGATATGAGATCCCAATGTCAAACAGCCGTTT-TAGTTC-TTGCAAA-ATT---A------TTTAGTCG--------TCCAGA--AATA----TGT------AAA-A-AATGTAACA-------ANCTTGTTGANA-AT--AAAGAATC----T----AAATA-------------AAG----TCATATTGTTC-ATATGTGTTCCGAAAATAATGCA-----ATACGAAA-TCATCTCTGGACAACCGTTATTGAT-GGCTTGGGTCTCGAGGTGTTTCGTAAATACATGTCAAAAC-AAC---CAAA-GGCGC-ACATTTGCGATCTACTTGCAGGTTTAGGACAATACGTCACGG--ATGATG---ATGATCATC
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgctaagcaattatttgttaatcgtctgttaagatatcttagCTACTTGCAGGTTTAGGACAATACGTCACGG--ATAATGATTATGATCATCtgctaatacattactcaaatacaatattaat
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttCATATTGTCC-ATGTGTATTATGAAGATAATGCA-----ATACAAAG-TCATCTCTGGACACCCATGATTGAT-GGCTTGGGTCTCGAGGTGTTTTGTAAATACATGTCAAAAT-GAT---CAAAGGGGGC-AAATTTGCAATCTATTTGCAGGTTTCAAACAATATGTCACAG--ATGACG---ttcctc
gi|17                         :                                      tcTACTGGTTCATCACTTTATATATAATTTGTTTGATT----CC----TTGCAAAGCTTTATGGAAACGTCACGTTTTCCATCTAAACATGCATGATACATCATT-T
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AAAAC-AAC---AAAA-GGCGC-ACATTTGCGATGTAGTTGTAAGTTTAGGACAATACGTTATGA--ACGA
gi|2                          : tgTGATAATAATCAAACAGAGGTTTTT-TAACAGAAACTTACAGGTTAATTA--TTAAATATAGTTTTTTT-ATT----AT----TTACAAACCTTTACAAAAACGTCACCCTTTTCATCTAAACGGGTATCGAAAATTATT-TAATTAAAGAAGATGTATGA-CAATGCTT---ATATTAAAATGTCAAAAATACTCTTCCCGGTAATGGAAGAGGGTCAGA----TTATTAG-----T-ATTTAAAATGCTC----AATCCATGTCG--TATATGGCAATTGTGTCGAGACAGACCGGGTATCAGACCCCACTGCCAAACAGCAGTTT-TAGTTC-TTGCAAA-ATT---A------TTTAATCG--------TCCGAA--AATA----TGT------AAACA-AATGTAACC-------ACCTTGTTGAAA-AT--AAAGAATC----TTCTCAAATACCGCAGCCGCAATAAA----TCATATTGTTC-ATATGTGTTCCGAAAATAATGCA-----ATACAAAA-TCATCTCTGAACGACCGTTATTGAT-GGCTTGGGACTCGAGGTGTTTCGTAAATATATGTCAAAAC-AAC---CAAA-GGCGC-AAGCTTGCGATCTACTTGCAGGTTTAGGACAATACGTCACGG--ATGATG---ATGATCATCc
gi|3                          :   TGATGATAATCAAACACAGGGATTTATACCAGATACTTACAGGTTAATGA--TTAAAGATATTTTGTTTGATTGAATAT----TTACAGACCTATATAAAAACGTCAACCTTTCAATGTAAACAAGCATGGAAAATTATT-TTAAAAGAGAAGATATATGAAC-ACAATTATAATATTCAAATGTCAAAAAGACTCTCCGTGGTGA---------------------------------ATTCTAAAT-----------CCATGCCGAATAT--GACATCTGTGTCAAAACAGAC-----------------TGTCAAACAGGCGTTT-TAGTTG-TTACAAATATTTAAG------TTTAGTCA--------TCCAGA--AATA----TAC------AAA-A-AA-GTAACA-------ATTTTGTTAAAA-A--------------------AAATA-------------AAG----TCA-----TTA-ATATGTATTCCGAAAACAATGCA-----ATACGAAA-TCATCTTAGGGCAAGCGTTATTGAT-GGCTTGGGTCTCGAGGTGTTTCGTAAATAAATGTCAAAAT-AAT---AAAA-TGTGC-AAATTTG-AAT----------GTTTATGACTTTACGTCACGG--ATCAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gctaaacaaatatttactaaccgattattgtgttatttcaaGAT-TGCTTGGGTCTGGAGATGTTTCGTAAATA-ATG-CAATAC-GAtaacatagtgtacaaaatgataaca
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGTTTCGTAAATAATGCA-----ATACGAAA-TTACCTCTGGACAACCAATAGTGAT-TGCTTGGGTCTTGAGGTGTTTCGTAAATACATGT-AAAACAAAC---CAAA-GGCCT-ACCTTTGTGATCTACTTaattacctctggacaaccaatagtgattgcttgggtcttgaggtgtttcgtaaatacatgtaaaacaaaccaaaggcctacctttgtgatctactttttgtgtttcatatcgacatatacatactgtatttatatattgttattattgttgtgtttttgtgtttcatatcgacatgtacatactgtatttataatttaatactatggtccgttgtcaattgtatatgttaatgctctcctataccactggaggaaatcaaatatcttatcgtatcgtaatgatgttaaatactataaaaatgttgtttttgtatttcatatcgacatatacatactgtatttataatttaatactatggtccgttgtcaattgtatatgttaatgttctcctataccactggaataaatcaaatatcttatcttatcgtaatgatgttaaataatataaacatgttttggtgttttt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    gattgcttgggtctggagaCAACTGTGTTGAGACAGACCAGATATGAGATCCCAACATCAAACAGCCATTT-TAGTCC-TTGCAAA-ATT---ATTTTCGTTTAGTCG--------TCCAGAGTAACAAAGTTTT------AAA-A-AAT-----A-------AAGTTGTTCATGTATCAAAAGAATCTTTGT----AAATA-------------TAGTTGTTCACATTGCTCAAAATGTGCGACGAAAATAATGCAATATTATATGCAA-TGATCTTAGAACAACCTTTATTGATGGGCTTGGGCCTTGAGGTGTTTCGCAAATATATGTCAAAAT-AACCTGCAAA-GGCGC-AAA--------------------TTAGGGCAATACATCATGGCCAT--------TGATCATCtttgtgtttcatatcgacatatacatactgtatttatatattgttattattgttgtgtttttgtgtttcatatcgacatgtacatactgtatttataatttaatactatggtccgttgtcaattgtatatgttaatgctctcctataccactggaggaaatcaaatatcttatcgtatcgtaatgatgttaaatactataaaaatgttgtttttgtatttcatatcgacatatacatactgtatttataatttaatactatggtccgttgtcaattgtatatgttaatgttctcctataccactggaataaatcaaatatcttatcttatcgtaatgatgttaaataatataaacatgttttggtgttttt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GACAACCAATAGTGAT-TGCTTGGGTCTGGAGGTGTTTCGTAAATACATGT-AAAACAAAC---CAAA-GGCCT-ACATTTGTGATCTACTTGCAGGTTTGGGACAATACGTCACGG--ATGATG---ATAACCATagttttgctggtgaaattgtgtacaaaatgttatatttattgaacattttgttcttagttaatttaaatttttaatttaatatagaaatgtcagttgtataattcagttgcaggtgatttttttgttgttggtttttgtaagtgttt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TAGTCG--------TCCAGA--TATA----TGT------ATG-A-AATGTAACA-------AACTCGTCGA------------------------AAATA-------------AAG----TC-----GTTC-ATAT-TGTTCCAAAAATTATACA-----ATATGAAAACCCTCTCTAAACAACCGTTATTGGT-CGC--GGGTATCGAGGTGTTTCGTAA------GTCAAAAC-AAC---CAAA-GGCGCAACA-TTGCAATCAACATGCAGGTTTAGGACAATACGTCACGG--ATGATG---AGGATCACCtaattcctggtgacaatctttaatgtagtgtacaaaatggtgacataaaaaacgtattgcattgtacgttttagtttaaaattaatatcaattttatcaggtgttaagtaacccttaaatgtgatgtaagttgtataattaagtttcatatggttattattgttgtggttttgtgtttcatatcgacatgtacatactgtatttataatttaatactatggttcgttgtcaaattgtatatgttaatgctcgcctataccactggaggatatcaaatatcttatcttatcgttatgatgttaaatactataaaaaatgttgttgttgtttc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                   tagtttgaaaagagccgttaGACCTGGTATGAGATCCCAATGTCAAACCGCCATTT-AAGTTCATTGCAAC-ATT---A------TTT--TCGTTTCGGTTTTCAGA--AGTA----TGTGTACCGAAA-ATAATGCAACACAAAATCATCTT-TTGACA-AT--AAagttgctggtgacaaccattagtatagtgcacacaatgataacattaacaaagtttcactgtacgttttagtttaaagtaactataatgtatcggaagttaaataaatgcttacttattgtaatgttagttgtataattaagtttcatatgtttatttttttgt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TATGTGTACCGAAAATAATGCA-----ACACAAAA-TCATCTTTTGACAATAATTATTGGT-AGTCTGGGT----------TTCATAAATACATGTCAAAAC-AAC---CACA-GGCGT-ACATTGGCCAT-TACATGCGTGTTTAttattggtagtctgggtttcataaatacatgtcaaaacaaccacaggcgtacattggccattacatgcgtgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaaatgtttgcattaaaactaacattgtacgttttatttatctagat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TTTTTAAACTAACTTAACAACAGACGTAAATAAAGGTTAATTAATGTAATGTCAGTAGTACAATTAAGTTTCATATAATTATAATTTTGTTGTTGTTTTTAATATTGTCATGTGCATACTGTATTTATAAATTAATAAAATGGTTTGTCAAATTGTATATGTTTTTCATTTAAATGTATATCTGTTTCTGCTTTCCTATACCACTTCAGGAAATAAAATATCTTGTTTTATCTC
Unaligned ( gi|16 ): GGGCGTTAAATAAAAACGACTTATTGTAATGTTAGTTGTATATTTGAATTTCATATGATTATATTGGGTTTTATGATATATAATCGTGATTTTTTTGCCATCGTCATATACATACTGTTTTTATAATATAATACTATGGTTTGCCAAATGATAT
Unaligned ( gi|19 ): GGACATTGCTCAATCGATAATGTTTGACACATAATCTCAAAATACTGTTC