lowQualScore : 222222222222222222 111111 111111111111 2222222 1 2 11
lowQualScore : 7 222222222222222222 8 6 111111 8888 5 222 1 5 222 888888888888 22 5 2 666 1 0000000 1 2 88 5 3 1 55
lowQualScore : . .................. . . ...... .... . ... . . ... ............ .. . . ... . ....... . . .. . . . ..
lowQualScore : 1 777777777777777777 2 7 333333 5555 8 555 4 8 555 666666666666 00 5 4 333 4 1111111 5 7 77 0 2 5 33
consensus : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCACTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCAC---A-TNAT---CCTCG--CG----NN--AG--GGTGTTGCAGTATN--AG-T---A---AG-ATAGANAGGAA-NAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTTTTTTCCCTA-CTGCCTGA
Reference ( gi|1 ) : ATGTTGATAAGTGAAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTACAC---A-TTAT---CCTCG--GG----TT--AG--GGTGTTGCAATGTA--AG-T---A---AG-ATAGAAAGGAA-TACTTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTGTTTTTTTTCCCTT-CTGCCTGA
gi|3 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTACAC---A-TTAT---CCTCG--GG----TT--AG--GGTGTTGCAATGTA--AG-T---A---AG-ATAGAAAGGAA-GACTTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGAAGGCAACTG-TTTTTTTACCTT-CTGCCTG
gi|2 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------ACATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCGGATGGAGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTTTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCAC---A-TTAT---CCATG--GG----TT--AG--GGTGTTGCAGTGTA--AG-T---A---AG-ATAGAAAGGAA-GAAGTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTTTTTTCCCTA-CTGCCTG
gi|8 : ATGTTGATAGGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATACAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----AATATTTGTAAACATGTGCACTTCATGCCTGTAC---A-TTAT---CCTCG--GG----TT--AG--GGTGTTGCAGT------G-T---A---AG-ATAGAAAGGAA-TAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGATATGGCAACTGTTTCTTTT
gi|35 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------ACacttac
gi|5 : TGTTGATCAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCAC---A-TTAT---CCTCT--GG----TT--AG--GGTGTTGCAGTGTA--AG-T---A---AG-ATAGAAAGGAA-GAATTATAAGGGTTTACAATGCACCTGGAGATGGCAAC----TTTTTTCCCTA-CTGCCTG
gi|6 : TGTTGATAAGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATCCAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----CATATTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCAC---A-TTAT---CCTTG--GG----TT--AG--GGTGTTGCAGTGTA--AG-T---A---AG-ATAGAAAGGAA-TAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTGTTTTTTT--CCTTACTGCCTG
gi|7 : TGTTGATAAGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATCCAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----AATATTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCAC---A-TTAT---CCTCG--GG----TT--AG--GGTGTTGCAGTGTA--AG-T---A---AA-ATAGAAAGGAA-TAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGAAAC-GGTGTTTTTCTCTA-CTGCCT
gi|10 : TGTTGATAAGTGTAATAAGCTTACATC------------------GCACTTAAGAAGAATTTGAGTTCCCTACCTTATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG----TGCCTGTAAAATATCAGTGATTCCAATACTTGTAAACATGTGCACTTTTTGCATGCAC---A-TCAT---CCTCG--CG----AT--AG--GGTGTTGCAGTATC--AA-T---A---AT-ATAGATAGGAAGTA-TTATA
gi|12 : TGTTGATAAGTGGAATAAGCTTTCATCTCAGCGCCCTGTGTGAACGCGCTCAAGAAGAGTTTGAGATTCCGACCTGACGGTGAAGTTGATAATCCAGTAAGG----------TAAAGT
gi|4 : GTTGATCAGTGGAATAAGCTTCCATT------------------GCATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAATATGTGCACTTTGTGCCTGCAC---A-TTAT---CCTCT--GG----TT--AG--GGTGTTGCAGTGTA--AG-T---A---AG-ATAGAAAGGAA-GAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG---TTTTTCACTA-CTGCCTGAatccaagaatccagaaatatataaacg
gi|9 : CCATC------------------ACATTCATGAAGAGTTTGACATCTCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATGCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCAC---G-TTAT---CCTCG--GG----TT--AG--GGTGTTGCAGTGTA--AG-T---A---AC-ATAGAAAGGAA-AAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTTTTTTCCCTA-CTGCCTGt
gi|14 : C------------------GCGCTCAAGAAAAGTTCGAGATTCATGCCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAGTACGG-----TAAAGT
gi|27 : taagcttccatcaagcatgacctcaacactgccggcgaaC------------------GCACTCAA-AACA--TTGATATATCTACCTGATGGGGAAG
gi|11 : atctcagcaccgtcggtaaaTCAAGAAGAGTTTGAGATCCCTACCTGATAGCGTAGGGGATAATCCAGTAAAGTAAAG-----CAAAGTG
gi|13 : taatggaatatgcttccatcaagcatgatcttaacaccgtcggtgaacatgcA----AATGCCAATGAACCTGTACATTTTGTGTATGCTC---A-TTAT---CCTCG--CGAGTCTC--AGACGGTGTTACAGTATA--AGTT---A---AT-ATAaattatacagtacataatatatg
gi|15 : gcgatttGCAAACCTATGCACTTTGTGACTGCAC---A-TAAT---CCTCA--TG----AT--AG--GATGTTGTATTATC--AG-T---ATATAA-ATAGATAGGAA-CAtatttatagaaataaatgcagaggtta
gi|23 : GCACTTTGGGCCTGCAA---A-TGAT---CCTTC--CG----AT--AG--GGTGTTACAGTATC--AG-T-------AG-ATAGAa
gi|31 : GCACTTTGTGTCTCCAC---G-TACT---CCTCG--CG----AG--AG--GGGCTTGCAGTTTA--AA-T-------AG-ATta
gi|19 : CACTTTGTGCCTGCAC---A-TAAT---TCTCG--TG----AG--AG--GGTGTTGCAATATC--AT-T-------AG-ACTGAAAG
gi|32 : CACTTTGTGCCTGCAC---A-TAAT---CCTCG--CA----AG--AG--GCTGTTGCAGTATG--AG-T---at
gi|30 : CATTTCGTGCATGCAC---A-TAAT---CCTCG--TG----TT--------TGTTGCAGTATC--AG-T-------AG-ATAGAGAtgat
gi|25 : CACTTTGTGCCTGAAC---A-TAAT---CCTTG--CA----AG--AG--TGTGTTGCAATATG--AG-T---A---
gi|29 : CACATCGTGCCTGGAC---A-TAAG---CCTTGCCAG--------AG--AGTGTTGCAGTATA--AG-T---A---A--ATAGAgaaaccgat
gi|22 : CACTTTGTGCTAGAAC---G-TAAT---TCTCG--CA----AG--AG--GGTGTTGCAGTATG--AA-T---AGACAG-ATAGA
gi|24 : CACTTTGTGTCTGCACAAAA-TTAT---CACAA--GG----T-------GGCGTTGCA--GTAGCAG-T-------AG-ATAGATAG
gi|16 : ACTTTGTGCCTGCAC---A-TAAT---CCTC----G----TTAGAG--GGTGTTGCAGTATC--AG-T---AGTTAG-ATAAATAG
gi|20 : ACTTTGTGCCTGCGC---A-TAAT---CCTCG--CA----AG--AG--GGTGTGGCTGTGTC--AG-T---A---GGTATAGAGA
gi|17 : tACTTTGTGCTTGCAC---A-TGAG---CCTCG--CG----AG--AG--AGTGATGTAGTATA--AA-T-------AG-GTAGAt
gi|26 : ACGTTTTGCCTGTAC---G-TGGT---CATCG--CA----AG--AG--GGTGTTGCAGTATG--AG-T-------AG-ATAGACAGtatatat
gi|28 : CCTTGTGTCTGCAC---A-TAAT---CCTTG--TG----AG--AG--GGTGTTACAATATC--AA-T-------AG-ACAGA
gi|18 : CTTAGTGCTTGCAC---AGTCATAAACCTCG--TG----AG--AA--GGTGTTGCAGTATC--AG-T-------AG-ATAGATAGtct
gi|21 : TTGTTGCTGCAC---A-TTAT---CATCA--TG----AG--AG--GGTGTTGCAGCATC--AG-TTGGT---AG-ATAGA
gi|33 : aCCTGCAC---A-TAAT---CCTCGC-GG----C-------GGTGTTGCAGTAT------T---AT--AG-ATAGATAGtgg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): CATAATGAGGGTCAGACTCAGAAGTTCTGTGTAGCTG
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222 1111
lowQualScore : 111111111111111111 7 6 999999 7777 1 1 222 1 444444 11 1 1 7777 1 3333 1 1 4 4
lowQualScore : .................. . . ...... .... . . ... . ...... .. . . .... . .... . . . .
lowQualScore : 111111111111111111 6 2 888888 7777 4 0 444 6 999999 99 5 4 0000 5 3333 0 0 4 4
consensus : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCACTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TNAT---CCTCGCG----ANAG--GGTGTTGCAGTATNAG-TA---AG-ATA----GANAGGAANAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTGA
Reference ( family-6910 ) : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCACTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TNAT---CCTCGCG----NNAG--GGTGTTGCAGTATNAG-TA---AG-ATA----GANAGGAANAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTGA
gi|1 : ATGTTGATAAGTGAAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTACACA-TTAT---CCTCGGG----TTAG--GGTGTTGCAATGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAATACTTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTGTTTT-TTTTCCCTTCTGCCTGA
gi|10 : TGTTGATAAGTGTAATAAGCTTACATC------------------GCACTTAAGAAGAATTTGAGTTCCCTACCTTATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG----TGCCTGTAAAATATCAGTGATTCCAATACTTGTAAACATGTGCACTTTTTGCATGCACA-TCAT---CCTCGCG----ATAG--GGTGTTGCAGTATCAA-TA---AT-ATA----GATAGGAAGTATTATA
gi|11 : CTCAAGAAGAGTTTGAGATCCCTACCTGATAGCGTAGGGGATAATCCAGTAAAGTAAAG-----CAAAGTG
gi|12 : taatggaatatgcttccatcaagcatgatcttaacaccgtcggtgaacatgTGTTGATAAGTGGAATAAGCTTTCATCTCAGCGCCCTGTGTGAACGCGCTCAAGAAGAGTTTGAGATTCCGACCTGACGGTGAAGTTGATAATCCAGTAAGG----------TAAAGTaattatacagtacataatatatg
gi|13 : A----AATGCCAATGAACCTGTACATTTTGTGTATGCTCA-TTAT---CCTCGCGAGTCTCAGACGGTGTTACAGTATAAGTTA---AT-ATATATTTATAGAAATAAATGCAGAGGTTatccaagaatccagaaatatataaacg
gi|14 : gcgatttC------------------GCGCTCAAGAAAAGTTCGAGATTCATGCCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAGTACGG-----TAAAGTa
gi|15 : taagcttccatcaagcatgacctcaacactgccggcgaaGCAAACCTATGCACTTTGTGACTGCACA-TAAT---CCTCATG----ATAG--GATGTTGTATTATCAG-TATATAA-ATA----GATAGGAACAA
gi|16 : ACTTTGTGCCTGCACA-TAAT---CCTCGTT----AGAG--GGTGTTGCAGTATCAG-TAGTTAG-ATA----AATAG
gi|17 : ACTTTGTGCTTGCACA-TGAG---CCTCGCG----AGAG--AGTGATGTAGTATAAA-T----AG-GTA----GATA
gi|18 : CTTAGTGCTTGCACAGTCATAAACCTCGTG----AGAA--GGTGTTGCAGTATCAG-T----AG-ATA----GATAGtatat
gi|19 : CACTTTGTGCCTGCACA-TAAT---TCTCGTG----AGAG--GGTGTTGCAATATCAT-T----AG-ACT----GAAAG
gi|2 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------ACATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCGGATGGAGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTTTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCATGGG----TTAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGAAGTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTGat
gi|20 : ACTTTGTGCCTGCGCA-TAAT---CCTCGCA----AGAG--GGTGTGGCTGTGTCAG-TA---GGTATA----GAGA
gi|21 : tTTGTTGCTGCACA-TTAT---CATCATG----AGAG--GGTGTTGCAGCATCAG-T----TG-GTA----GATAGt
gi|22 : aCACTTTGTGCTAGAACG-TAAT---TCTCGCA----AGAG--GGTGTTGCAGTATGAA-T----AG-ACA----GATAGatgg
gi|23 : GCACTTTGGGCCTGCAAA-TGAT---CCTTCCG----ATAG--GGTGTTACAGTATCAG-T----AG-ATA----GATAa
gi|24 : CACTTTGTGTCTGCACA-AAAT---TATCACA----AGGT--GGCGTTGCAGTAGCAG-T----AG-ATA----GATAG
gi|25 : CACTTTGTGCCTGAACA-TAAT---CCTTGCA----AGAG--TGTGTTGCAATATGAG-TA---
gi|26 : ACGTTTTGCCTGTACG-TGGT---CATCGCA----AGAG--GGTGTTGCAGTATGAG-T----AG-ATA----GACAGgaaaccgat
gi|27 : C------------------GCACTCAA-AACA--TTGATATATCTACCTGATGGGGAAG
gi|28 : atctcagcaccgtcggtaaaCCTTGTGTCTGCACA-TAAT---CCTTGTG----AGAG--GGTGTTACAATATCAA-T----AG-ACA----GA
gi|29 : CACATCGTGCCTGGACA-TAAG---CCTTGCC----AGAG--AGTGTTGCAGTATAAG-TA---A--ATA----GAtct
gi|3 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTACACA-TTAT---CCTCGGG----TTAG--GGTGTTGCAATGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGACTTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGAAGGCAACTG-TTT-TTTTACCTTCTGCCTG
gi|30 : CATTTCGTGCATGCACA-TAAT---CCTCGTG----TT------TGTTGCAGTATCAG-T----AG-ATA----GAGA
gi|31 : GCACTTTGTGTCTCCACG-TACT---CCTCGCG----AGAG--GGGCTTGCAGTTTAAA-T----AG-AT
gi|32 : CACTTTGTGCCTGCACA-TAAT---CCTCGCA----AGAG--GCTGTTGCAGTATGAG-T
gi|33 : CCTGCACA-TAAT---CCTCGCG----GC----GGTGTTGCAGTATTA--T----AG-ATA----GATAGtgat
gi|35 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------ACatct
gi|4 : GTTGATCAGTGGAATAAGCTTCCATT------------------GCATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAATATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTCTGG----TTAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG---T-TTTTCACTACTGCCTGA
gi|5 : TGTTGATCAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTCTGG----TTAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGAATTATAAGGGTTTACAATGCACCTGGAGATGGCAAC----TT-TTTTCCCTACTGCCTGt
gi|6 : TGTTGATAAGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATCCAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----CATATTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTTGGG----TTAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAATAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCTTACTGCCTG
gi|7 : TGTTGATAAGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATCCAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----AATATTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTCGGG----TTAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AA-ATA----GAAAGGAATAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGAAACGG-TGT-TTTTCTCTACTGCCT
gi|8 : ATGTTGATAGGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATACAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----AATATTTGTAAACATGTGCACTTCATGCCTGTACA-TTAT---CCTCGGG----TTAG--GGTGTTGCAGT----G-TA---AG-ATA----GAAAGGAATAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGATATGGCAACTG-TTTCTTTTACTTAC
gi|9 : CCATC------------------ACATTCATGAAGAGTTTGACATCTCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATGCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACG-TTAT---CCTCGGG----TTAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AC-ATA----GAAAGGAAAAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): CATAATGAGGGTCAGACTCAGAAGTTCTGTGTAGCTG
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222 1111
lowQualScore : 111111111111111111 7 6 999999 7777 1 1 222 1 444444 11 1 1 7777 1 3333 1 1 4 4
lowQualScore : .................. . . ...... .... . . ... . ...... .. . . .... . .... . . . .
lowQualScore : 111111111111111111 6 2 888888 7777 4 0 444 6 444444 99 5 4 0000 5 3333 0 0 4 4
consensus : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCACTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TNAT---CCTCGCGA----NAG--GGTGTTGCAGTATNAG-TA---AG-ATA----GANAGGAANAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTGA
Reference ( family-6910 ) : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCACTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TNAT---CCTCGCGA----NAG--GGTGTTGCAGTATNAG-TA---AG-ATA----GANAGGAANAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTGA
gi|1 : ATGTTGATAAGTGAAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTACACA-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAATGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAATACTTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTGTTTT-TTTTCCCTTCTGCCTGA
gi|10 : TGTTGATAAGTGTAATAAGCTTACATC------------------GCACTTAAGAAGAATTTGAGTTCCCTACCTTATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG----TGCCTGTAAAATATCAGTGATTCCAATACTTGTAAACATGTGCACTTTTTGCATGCACA-TCAT---CCTCGCGA----TAG--GGTGTTGCAGTATCAA-TA---AT-ATA----GATAGGAAGTATTATA
gi|11 : CTCAAGAAGAGTTTGAGATCCCTACCTGATAGCGTAGGGGATAATCCAGTAAAGTAAAG-----CAAAGTG
gi|12 : taatggaatatgcttccatcaagcatgatcttaacaccgtcggtgaacatgTGTTGATAAGTGGAATAAGCTTTCATCTCAGCGCCCTGTGTGAACGCGCTCAAGAAGAGTTTGAGATTCCGACCTGACGGTGAAGTTGATAATCCAGTAAGG----------TAAAGTaattatacagtacataatatatg
gi|13 : A----AATGCCAATGAACCTGTACATTTTGTGTATGCTCA-TTAT---CCTCGCGAGTCTCAGACGGTGTTACAGTATAAGTTA---AT-ATATATTTATAGAAATAAATGCAGAGGTTatccaagaatccagaaatatataaacg
gi|14 : gcgatttC------------------GCGCTCAAGAAAAGTTCGAGATTCATGCCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAGTACGG-----TAAAGTa
gi|15 : taagcttccatcaagcatgacctcaacactgccggcgaaGCAAACCTATGCACTTTGTGACTGCACA-TAAT---CCTCATGA----TAG--GATGTTGTATTATCAG-TATATAA-ATA----GATAGGAACAA
gi|16 : ACTTTGTGCCTGCACA-TAAT---CCTCGTTA----GAG--GGTGTTGCAGTATCAG-TAGTTAG-ATA----AATAG
gi|17 : ACTTTGTGCTTGCACA-TGAG---CCTCGCGA----GAG--AGTGATGTAGTATAAA-T----AG-GTA----GATA
gi|18 : CTTAGTGCTTGCACAGTCATAAACCTCGTGA----GAA--GGTGTTGCAGTATCAG-T----AG-ATA----GATAGtatat
gi|19 : CACTTTGTGCCTGCACA-TAAT---TCTCGTGA----GAG--GGTGTTGCAATATCAT-T----AG-ACT----GAAAG
gi|2 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------ACATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCGGATGGAGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTTTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCATGGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGAAGTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTGat
gi|20 : ACTTTGTGCCTGCGCA-TAAT---CCTCGCAA----GAG--GGTGTGGCTGTGTCAG-TA---GGTATA----GAGA
gi|21 : tTTGTTGCTGCACA-TTAT---CATCATGA----GAG--GGTGTTGCAGCATCAG-T----TG-GTA----GATAGt
gi|22 : aCACTTTGTGCTAGAACG-TAAT---TCTCGCAA----GAG--GGTGTTGCAGTATGAA-T----AG-ACA----GATAGatgg
gi|23 : GCACTTTGGGCCTGCAAA-TGAT---CCTTCCGA----TAG--GGTGTTACAGTATCAG-T----AG-ATA----GATAa
gi|24 : CACTTTGTGTCTGCACA-AAAT---TATCACAA----GGT--GGCGTTGCAGTAGCAG-T----AG-ATA----GATAG
gi|25 : CACTTTGTGCCTGAACA-TAAT---CCTTGCAA----GAG--TGTGTTGCAATATGAG-TA---
gi|26 : ACGTTTTGCCTGTACG-TGGT---CATCGCAA----GAG--GGTGTTGCAGTATGAG-T----AG-ATA----GACAGgaaaccgat
gi|27 : C------------------GCACTCAA-AACA--TTGATATATCTACCTGATGGGGAAG
gi|28 : atctcagcaccgtcggtaaaCCTTGTGTCTGCACA-TAAT---CCTTGTGA----GAG--GGTGTTACAATATCAA-T----AG-ACA----GA
gi|29 : CACATCGTGCCTGGACA-TAAG---CCTTGCCA----GAG--AGTGTTGCAGTATAAG-TA---A--ATA----GAtct
gi|3 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTACACA-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAATGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGACTTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGAAGGCAACTG-TTT-TTTTACCTTCTGCCTG
gi|30 : CATTTCGTGCATGCACA-TAAT---CCTCGTGT----T------TGTTGCAGTATCAG-T----AG-ATA----GAGA
gi|31 : GCACTTTGTGTCTCCACG-TACT---CCTCGCGA----GAG--GGGCTTGCAGTTTAAA-T----AG-AT
gi|32 : CACTTTGTGCCTGCACA-TAAT---CCTCGCAA----GAG--GCTGTTGCAGTATGAG-T
gi|33 : CCTGCACA-TAAT---CCTCGCGG----C----GGTGTTGCAGTATTA--T----AG-ATA----GATAGtgat
gi|35 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------ACatct
gi|4 : GTTGATCAGTGGAATAAGCTTCCATT------------------GCATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAATATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTCTGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG---T-TTTTCACTACTGCCTGA
gi|5 : TGTTGATCAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTCTGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGAATTATAAGGGTTTACAATGCACCTGGAGATGGCAAC----TT-TTTTCCCTACTGCCTGt
gi|6 : TGTTGATAAGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATCCAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----CATATTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTTGGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAATAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCTTACTGCCTG
gi|7 : TGTTGATAAGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATCCAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----AATATTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AA-ATA----GAAAGGAATAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGAAACGG-TGT-TTTTCTCTACTGCCT
gi|8 : ATGTTGATAGGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATACAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----AATATTTGTAAACATGTGCACTTCATGCCTGTACA-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAGT----G-TA---AG-ATA----GAAAGGAATAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGATATGGCAACTG-TTTCTTTTACTTAC
gi|9 : CCATC------------------ACATTCATGAAGAGTTTGACATCTCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATGCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACG-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AC-ATA----GAAAGGAAAAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): CATAATGAGGGTCAGACTCAGAAGTTCTGTGTAGCTG
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222 1111
lowQualScore : 111111111111111111 7 6 999999 7777 1 1 222 1 444444 11 1 1 7777 1 3333 1 1 4 4
lowQualScore : .................. . . ...... .... . . ... . ...... .. . . .... . .... . . . .
lowQualScore : 111111111111111111 6 2 888888 7777 4 0 444 6 444444 99 5 4 0000 5 3333 0 0 4 4
consensus : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCACTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TNAT---CCTCGCGA----NAG--GGTGTTGCAGTATNAG-TA---AG-ATA----GANAGGAANAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTGA
Reference ( family-6910 ) : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCACTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TNAT---CCTCGCGA----NAG--GGTGTTGCAGTATNAG-TA---AG-ATA----GANAGGAANAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTGA
gi|1 : ATGTTGATAAGTGAAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTACACA-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAATGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAATACTTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTGTTTT-TTTTCCCTTCTGCCTGA
gi|10 : TGTTGATAAGTGTAATAAGCTTACATC------------------GCACTTAAGAAGAATTTGAGTTCCCTACCTTATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG----TGCCTGTAAAATATCAGTGATTCCAATACTTGTAAACATGTGCACTTTTTGCATGCACA-TCAT---CCTCGCGA----TAG--GGTGTTGCAGTATCAA-TA---AT-ATA----GATAGGAAGTATTATA
gi|11 : CTCAAGAAGAGTTTGAGATCCCTACCTGATAGCGTAGGGGATAATCCAGTAAAGTAAAG-----CAAAGTG
gi|12 : taatggaatatgcttccatcaagcatgatcttaacaccgtcggtgaacatgTGTTGATAAGTGGAATAAGCTTTCATCTCAGCGCCCTGTGTGAACGCGCTCAAGAAGAGTTTGAGATTCCGACCTGACGGTGAAGTTGATAATCCAGTAAGG----------TAAAGTaattatacagtacataatatatg
gi|13 : A----AATGCCAATGAACCTGTACATTTTGTGTATGCTCA-TTAT---CCTCGCGAGTCTCAGACGGTGTTACAGTATAAGTTA---AT-ATATATTTATAGAAATAAATGCAGAGGTTatccaagaatccagaaatatataaacg
gi|14 : gcgatttC------------------GCGCTCAAGAAAAGTTCGAGATTCATGCCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAGTACGG-----TAAAGTa
gi|15 : taagcttccatcaagcatgacctcaacactgccggcgaaGCAAACCTATGCACTTTGTGACTGCACA-TAAT---CCTCATGA----TAG--GATGTTGTATTATCAG-TATATAA-ATA----GATAGGAACAA
gi|16 : ACTTTGTGCCTGCACA-TAAT---CCTCGTTA----GAG--GGTGTTGCAGTATCAG-TAGTTAG-ATA----AATAG
gi|17 : ACTTTGTGCTTGCACA-TGAG---CCTCGCGA----GAG--AGTGATGTAGTATAAA-T----AG-GTA----GATA
gi|18 : CTTAGTGCTTGCACAGTCATAAACCTCGTGA----GAA--GGTGTTGCAGTATCAG-T----AG-ATA----GATAGtatat
gi|19 : CACTTTGTGCCTGCACA-TAAT---TCTCGTGA----GAG--GGTGTTGCAATATCAT-T----AG-ACT----GAAAG
gi|2 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------ACATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCGGATGGAGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTTTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCATGGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGAAGTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTGat
gi|20 : ACTTTGTGCCTGCGCA-TAAT---CCTCGCAA----GAG--GGTGTGGCTGTGTCAG-TA---GGTATA----GAGA
gi|21 : tTTGTTGCTGCACA-TTAT---CATCATGA----GAG--GGTGTTGCAGCATCAG-T----TG-GTA----GATAGt
gi|22 : aCACTTTGTGCTAGAACG-TAAT---TCTCGCAA----GAG--GGTGTTGCAGTATGAA-T----AG-ACA----GATAGatgg
gi|23 : GCACTTTGGGCCTGCAAA-TGAT---CCTTCCGA----TAG--GGTGTTACAGTATCAG-T----AG-ATA----GATAa
gi|24 : CACTTTGTGTCTGCACA-AAAT---TATCACAA----GGT--GGCGTTGCAGTAGCAG-T----AG-ATA----GATAG
gi|25 : CACTTTGTGCCTGAACA-TAAT---CCTTGCAA----GAG--TGTGTTGCAATATGAG-TA---
gi|26 : ACGTTTTGCCTGTACG-TGGT---CATCGCAA----GAG--GGTGTTGCAGTATGAG-T----AG-ATA----GACAGgaaaccgat
gi|27 : C------------------GCACTCAA-AACA--TTGATATATCTACCTGATGGGGAAG
gi|28 : atctcagcaccgtcggtaaaCCTTGTGTCTGCACA-TAAT---CCTTGTGA----GAG--GGTGTTACAATATCAA-T----AG-ACA----GA
gi|29 : CACATCGTGCCTGGACA-TAAG---CCTTGCCA----GAG--AGTGTTGCAGTATAAG-TA---A--ATA----GAtct
gi|3 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTACACA-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAATGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGACTTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGAAGGCAACTG-TTT-TTTTACCTTCTGCCTG
gi|30 : CATTTCGTGCATGCACA-TAAT---CCTCGTGT----T------TGTTGCAGTATCAG-T----AG-ATA----GAGA
gi|31 : GCACTTTGTGTCTCCACG-TACT---CCTCGCGA----GAG--GGGCTTGCAGTTTAAA-T----AG-AT
gi|32 : CACTTTGTGCCTGCACA-TAAT---CCTCGCAA----GAG--GCTGTTGCAGTATGAG-T
gi|33 : CCTGCACA-TAAT---CCTCGCGG----C----GGTGTTGCAGTATTA--T----AG-ATA----GATAGtgat
gi|35 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------ACatct
gi|4 : GTTGATCAGTGGAATAAGCTTCCATT------------------GCATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAATATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTCTGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG---T-TTTTCACTACTGCCTGA
gi|5 : TGTTGATCAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTCTGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGAATTATAAGGGTTTACAATGCACCTGGAGATGGCAAC----TT-TTTTCCCTACTGCCTGt
gi|6 : TGTTGATAAGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATCCAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----CATATTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTTGGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAATAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCTTACTGCCTG
gi|7 : TGTTGATAAGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATCCAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----AATATTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AA-ATA----GAAAGGAATAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGAAACGG-TGT-TTTTCTCTACTGCCT
gi|8 : ATGTTGATAGGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATACAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----AATATTTGTAAACATGTGCACTTCATGCCTGTACA-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAGT----G-TA---AG-ATA----GAAAGGAATAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGATATGGCAACTG-TTTCTTTTACTTAC
gi|9 : CCATC------------------ACATTCATGAAGAGTTTGACATCTCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATGCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACG-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AC-ATA----GAAAGGAAAAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTG
blockSeqs : TCAGCGCCCTGTGTGAAC C T TGCCTG TTCC G C AAA C AGTCTC AC C T ATAT T TATT T G . C
blockSeqs : . C T G . . T . C AT . A . AGTT . . T T . .
blockSeqs : . C . G . . A . T AT . C . A . . T C . .
blockSeqs : . C . T . . A . T AG . C . A . . T G . .
blockSeqs : . T . T . . G . C AG . A . A . . T G . .
blockSeqs : . C . T . . C . T AG . C . A . . T G . .
blockSeqs : . T . T . . A . T AG . C . A . . A G . .
blockSeqs : . T . G . . T . G TT . A . A . . A T . .
blockSeqs : . T . G . . A . C AG . C . A . . G T
blockSeqs : . T . G . . T . T AG . C . A . . T T
blockSeqs : . . . T . A . C AG . G . A . . T A
blockSeqs : . . . . . G . C AT . C . A . . T
blockSeqs : . . . A . C AG . C . A . . T
blockSeqs : . A . C AG . G . A . . C
blockSeqs : . G . C AG . G . A . . A
blockSeqs : . A . T AG . C . . . . G
blockSeqs : . A . C AG . A . . . . T
blockSeqs : . T . G TT . A . . . . A
blockSeqs : . A . T TT . C . . . . A
blockSeqs : . A . C AG . A . . . . A
blockSeqs : . A . C AG . G . . . . A
blockSeqs : . A . C GC . T . . . . A
blockSeqs : . T . G TT . A . . . . A
blockSeqs : . T . G TT . A . . . .
blockSeqs : . T . G TT . A . . . .
blockSeqs : . T . G TT . A . . .
blockSeqs : . T . G TT . A . .
blockSeqs : . T . G TT . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCACTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TNAT---CCTCGCGA----NAG--GGTGTTGCAGTATNAG-TA---AG-ATA----GANAGGAANAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTGA
finalCons : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCACTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TNAT---CCTCGCGA----NAG--GGTGTTGCAGTATNAG-TA---AG-ATA----GANAGGAANAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): CATAATGAGGGTCAGACTCAGAAGTTCTGTGTAGCTG
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222 1111
lowQualScore : 111111111111111111 7 6 999999 7777 1 1 222 1 444444 11 1 1 7777 1 3333 1 1 4 4
lowQualScore : .................. . . ...... .... . . ... . ...... .. . . .... . .... . . . .
lowQualScore : 111111111111111111 6 2 888888 7777 4 0 444 6 444444 99 5 4 0000 5 3333 0 0 4 4
consensus : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCACTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TNAT---CCTCGCGA----NAG--GGTGTTGCAGTATNAG-TA---AG-ATA----GANAGGAANAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTGA
Reference ( family-6910 ) : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCACTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TNAT---CCTCGCGA----NAG--GGTGTTGCAGTATNAG-TA---AG-ATA----GANAGGAANAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTGA
gi|1 : ATGTTGATAAGTGAAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTACACA-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAATGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAATACTTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTGTTTT-TTTTCCCTTCTGCCTGA
gi|10 : TGTTGATAAGTGTAATAAGCTTACATC------------------GCACTTAAGAAGAATTTGAGTTCCCTACCTTATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG----TGCCTGTAAAATATCAGTGATTCCAATACTTGTAAACATGTGCACTTTTTGCATGCACA-TCAT---CCTCGCGA----TAG--GGTGTTGCAGTATCAA-TA---AT-ATA----GATAGGAAGTATTATA
gi|11 : CTCAAGAAGAGTTTGAGATCCCTACCTGATAGCGTAGGGGATAATCCAGTAAAGTAAAG-----CAAAGTG
gi|12 : taatggaatatgcttccatcaagcatgatcttaacaccgtcggtgaacatgTGTTGATAAGTGGAATAAGCTTTCATCTCAGCGCCCTGTGTGAACGCGCTCAAGAAGAGTTTGAGATTCCGACCTGACGGTGAAGTTGATAATCCAGTAAGG----------TAAAGTaattatacagtacataatatatg
gi|13 : A----AATGCCAATGAACCTGTACATTTTGTGTATGCTCA-TTAT---CCTCGCGAGTCTCAGACGGTGTTACAGTATAAGTTA---AT-ATATATTTATAGAAATAAATGCAGAGGTTatccaagaatccagaaatatataaacg
gi|14 : gcgatttC------------------GCGCTCAAGAAAAGTTCGAGATTCATGCCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAGTACGG-----TAAAGTa
gi|15 : taagcttccatcaagcatgacctcaacactgccggcgaaGCAAACCTATGCACTTTGTGACTGCACA-TAAT---CCTCATGA----TAG--GATGTTGTATTATCAG-TATATAA-ATA----GATAGGAACAA
gi|16 : ACTTTGTGCCTGCACA-TAAT---CCTCGTTA----GAG--GGTGTTGCAGTATCAG-TAGTTAG-ATA----AATAG
gi|17 : ACTTTGTGCTTGCACA-TGAG---CCTCGCGA----GAG--AGTGATGTAGTATAAA-T----AG-GTA----GATA
gi|18 : CTTAGTGCTTGCACAGTCATAAACCTCGTGA----GAA--GGTGTTGCAGTATCAG-T----AG-ATA----GATAGtatat
gi|19 : CACTTTGTGCCTGCACA-TAAT---TCTCGTGA----GAG--GGTGTTGCAATATCAT-T----AG-ACT----GAAAG
gi|2 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------ACATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCGGATGGAGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTTTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCATGGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGAAGTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTGat
gi|20 : ACTTTGTGCCTGCGCA-TAAT---CCTCGCAA----GAG--GGTGTGGCTGTGTCAG-TA---GGTATA----GAGA
gi|21 : tTTGTTGCTGCACA-TTAT---CATCATGA----GAG--GGTGTTGCAGCATCAG-T----TG-GTA----GATAGt
gi|22 : aCACTTTGTGCTAGAACG-TAAT---TCTCGCAA----GAG--GGTGTTGCAGTATGAA-T----AG-ACA----GATAGatgg
gi|23 : GCACTTTGGGCCTGCAAA-TGAT---CCTTCCGA----TAG--GGTGTTACAGTATCAG-T----AG-ATA----GATAa
gi|24 : CACTTTGTGTCTGCACA-AAAT---TATCACAA----GGT--GGCGTTGCAGTAGCAG-T----AG-ATA----GATAG
gi|25 : CACTTTGTGCCTGAACA-TAAT---CCTTGCAA----GAG--TGTGTTGCAATATGAG-TA---
gi|26 : ACGTTTTGCCTGTACG-TGGT---CATCGCAA----GAG--GGTGTTGCAGTATGAG-T----AG-ATA----GACAGgaaaccgat
gi|27 : C------------------GCACTCAA-AACA--TTGATATATCTACCTGATGGGGAAG
gi|28 : atctcagcaccgtcggtaaaCCTTGTGTCTGCACA-TAAT---CCTTGTGA----GAG--GGTGTTACAATATCAA-T----AG-ACA----GA
gi|29 : CACATCGTGCCTGGACA-TAAG---CCTTGCCA----GAG--AGTGTTGCAGTATAAG-TA---A--ATA----GAtct
gi|3 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCAAGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTACACA-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAATGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGACTTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGAAGGCAACTG-TTT-TTTTACCTTCTGCCTG
gi|30 : CATTTCGTGCATGCACA-TAAT---CCTCGTGT----T------TGTTGCAGTATCAG-T----AG-ATA----GAGA
gi|31 : GCACTTTGTGTCTCCACG-TACT---CCTCGCGA----GAG--GGGCTTGCAGTTTAAA-T----AG-AT
gi|32 : CACTTTGTGCCTGCACA-TAAT---CCTCGCAA----GAG--GCTGTTGCAGTATGAG-T
gi|33 : CCTGCACA-TAAT---CCTCGCGG----C----GGTGTTGCAGTATTA--T----AG-ATA----GATAGtgat
gi|35 : ATGTTGATAAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------ACatct
gi|4 : GTTGATCAGTGGAATAAGCTTCCATT------------------GCATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAATATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTCTGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG---T-TTTTCACTACTGCCTGA
gi|5 : TGTTGATCAGTGGAATAAGCTTCCATC------------------GCATTCATGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATCCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTCTGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAAGAATTATAAGGGTTTACAATGCACCTGGAGATGGCAAC----TT-TTTTCCCTACTGCCTGt
gi|6 : TGTTGATAAGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATCCAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----CATATTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTTGGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AG-ATA----GAAAGGAATAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCTTACTGCCTG
gi|7 : TGTTGATAAGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATCCAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----AATATTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACA-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AA-ATA----GAAAGGAATAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGAAACGG-TGT-TTTTCTCTACTGCCT
gi|8 : ATGTTGATAGGTGGAATAACCTTCCATC------------------GCA----AGAAGAGTTTGACATCCCTACCTGATGGCGAAGGAGATAATACAGTAAAG-AAAG-----TAAAGTGCCTGTAA----AATATTTGTAAACATGTGCACTTCATGCCTGTACA-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAGT----G-TA---AG-ATA----GAAAGGAATAATTGTAAGGGTTTACAATGCGCCTGGATATGGCAACTG-TTTCTTTTACTTAC
gi|9 : CCATC------------------ACATTCATGAAGAGTTTGACATCTCTACCTGATGGCGAAGGGGATAATGCAGTAAAG-AAAT-----TAAAGTGCCTGTAA----AATACTTGTAAACATGTGCACTTTGTGCCTGCACG-TTAT---CCTCGGGT----TAG--GGTGTTGCAGTGTAAG-TA---AC-ATA----GAAAGGAAAAATTATAAGGGTTTACAATGCGCCTGGAGATGGCAACTG-TTT-TTTTCCCTACTGCCTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): CATAATGAGGGTCAGACTCAGAAGTTCTGTGTAGCTG