lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111
lowQualScore : 555555555 33 1111111111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 11 111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 4 55 11111111111111 1 22 222222
lowQualScore : 6 6 6 111111111 55 8 7777777777 2 2 2 0 66 8888888888 2 00 333 555555 4444 0 6666 22222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222 222 444444 222 6666666 33333333 999999999999 44444444 1 1 3 555555 4444 22 2 888888888 2222 1 555555 444444444444444444444444444 5555 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888888888 22222 2222 444 4 222 444 444 5555555 6666666666 1 0 2 2 2 2 55 7777 1 0 88888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 0 55 3 6 3 88 6 99999999999999 5 33 111111
lowQualScore : . . . ......... .. . .......... . . . . .. .......... . .. ... ...... .... . .... ..... .................................................................................................................................. ... ... ...... ... ....... ........ ............ ........ . . . ...... .... .. . ......... .... . ...... ........................... .... . ................................................................................................. ......... ..... .... ... . ... ... ... ....... .......... . . . . . . .. .... . . ..... ...................................................................................................................................................................... . . .. . . . .. . .............. . .. ......
lowQualScore : 0 0 0 555555555 00 0 0000000000 8 4 2 1 66 7777777777 0 00 222 222222 7777 1 7777 88888 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444 333 888888 333 1111111 77777777 888888888888 44444444 2 2 9 111111 2222 66 2 888888888 3333 2 555555 666666666666666666666666666 0000 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333 77777 8888 777 5 333 333 777 9999999 2222222222 3 1 9 1 6 0 00 1111 5 6 22222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 00 0 0 0 00 0 55555555555555 5 00 555555
consensus : NNNNNNNNNNTCACAATATCACAGGCAGNCA-ACAACACAAC-A--CGTCC-GCATCANCATCAGC-ATCATCA---------TCATCANCAGCAG---C------AG---CATCA---TCA--GC-A--------A-CAA-TATA---T-C---T-----AC----TCACCTT--T--CACCN-T----CAG---CA-TC-A-C---------CAT------C---A---------ACAG----CATC----A---TC---A---TCA--T---C---A---A---CATCA--N-----CAT------------CA----T---CA-GC-ANCA-----GCA---GCANCAGCA------G--CA---GC-A-GC---AT------C--A---T---C---A-----AT----AA-CA--ANC----AC--AT-C--T--T-----AC----T-CATCNT-T--CACATT----CAG---T-A-TCA---N---------C--------------ATCA--A------CAN---CAT----C---ANCA---TC---AT---CA---A---CA---------TCATC-ATCAGCANCAGCAGCAGCA-NCAG---CA-TCA-T---CA-----ATA--------ACA--ANCAT--A---T--CT-----AC-TTACC-T--T------CACCNT----C---AG-C-AT---CA-----CCAN-CA--ACAGCAT-CATC-A-CA---A-----TCATCATCAGTATCA-GTCNCC-ATATCTTTGTTA----TCATCAA-TCATCATTA--TCANTATTANCANNATCATCATCATCTCCAACA----CTTATATCGNTCANCNNNNTCGTCGTCATCATCATCATCATC
Reference ( gi|1 ) : TTATGACCCTTCACAGTATTATAA--AGATATGCAAC-CAAC-A--TGTTC-TTATCATCATCAGC-ATCATTA---------TCATCATTAGCAG---C------AG---CATTA---TCA--AT-A--------A-CAAGTATA---T-CT--T-----AC----TTACCTT--T--CACCT-T----CAG---TA-TC-A-C---------CAT------C---A---------ACAG----TATT----A---TC---A---TCA--T---C---A---A---CATCA--C-----CAT------------CA----T---CA-GC-AGCA-----GCA---GCAGAAGCA------G--CA---GC-A-GT---AT------T--A---T---C---A-----AT----AA-CA--AGT----AT--AT-C--T--T-----AC----T-TATCTT-T--CACATT----CAG---T-A-TCA---C---------C--------------ATCA--A------CAG---TAT----C---ATCA---TC---AT---CA---A---CA---------TCATC-ATCAGCAGCAGCAGCAGCA-GCAG---CA-TTA-T---CA-----ATA--------ACA--AGTAT--A---T--CT--T--AC-TTACC-TT-T------CACCTT----C---AG-T-AT---CA-----CCAT-CA--ACAGTAT-CATC-A-TA---A-----TTATCATCAGTATCA-GTTACTGATATCTTATTTACCTTTCATAAAATCATCATTAAATCATTGTTATCATAATCATCATTATCTTCAATATTTTTTTATATC-ATCACTAGAATCATCATCATCATCATCATCATCTTTTTCTTTGAAATCATTACATCATAATTATTATTATCAATAATATTTTTATCATATTTACATTTCATTTATATAATAATAATCATCATCACCATCAATTTCACTATCAGTTGTACCATTTTTACATTTCATCATTATCATCATATTTTATCAATAATACTTAATTTATAATAACCTGTCATCAATATCATTATTATCTTAGTTATCATTATTATTAATAACATTATAATATTATCATCACCATAATCAACATTTTCATCAAAATCATTATTATCAATACTAGCATATAACATTTACATTTCATCAATTATATCATCAGCAGCAGAGACACTATGACTGCTATTAG
gi|4 : TCACAATATCACAAGCAGCCA--CAAC--AAC-A--GATCA-GCAGTATCATCAAC-ATCAAAA---------TAATCAACGGCAG---C------AA----AGTA-----A--AT-A--------A-CAAA-ATA---A-C---------AC----CAACCT------CATCA-T----AAG-------C-A-C---------CAT------C---A---------CAAG----CATC----A---GC---A---CCA--G---C---A---AAAGCATCA--T-----CAT------------CA----T---CA-TC-ATCA-----TCA---ACAG
gi|10 : tatcagcagcatcaacagcaacatcagcagcagcataaacccatgactttccacagcatcaatatcaatactgacagaatcatcaaaagaagtatctttagcaaggacaatagattcttcacttaacaAG--AGATA-ACAACACAAAGA--TGATC---ATGACCTTGACC-ACCATCA---------TCATCAGCAGCAA---T------AG---CATCA---TCA--c
gi|12 : tcaacatcatcagtagcaagagcaatggaagcagcattatccacactgtcattacaaatgtaccacaactacctaatgcAAC-AATTATCC-TCACCCACATCACC-ATCATCA---------TCATCATCATCAC---C------AG---GAGCA---GCA--GT-A--------A-Cccttaaaataa
gi|5 : cattattcttaataacagtgaaaacatccgtAAC-A--GATTCAGTGTCTTCATCATC-ATCATCA---------TCATCAGAAGTAG---CCGCAAAAA---CATCA---TCA--GT-A--------G-AAATAATAGACT-CT--TCA---ACA---TCAGCTT--C--CATGT-TTGTACAGA--CG-CC-A-C---------CGT------T---GACCTC----ACAA----TATC----A--------A---GTG--C---C---AGACA---TATCA--C-----TGT------------CA----C---CA-GA-AACA-----TCA---CCAGCATCA------A--CG---CC-A-GTAACAT------C--A---T---CGCTA-----GT----AA-CA--CCTG---GT--AT-C--T--CAAG--AC----T-T-TCAT-T--TACA------CAG---T-tgcagtagtacactatagcggtatcatgtaaatgt
gi|3 : tcatcatcattatcgtcatcatcaagcca-A--CGTCA-TTAACAGTATCAGC-AACAACA---------GCAGCATCGGCAG---C------AA---CATTA---TCATCGTCA--------A-CA--T-TA---C-CG--T-----GT----TCGTCATAGT--TAATG-T----CAA---TG-TA-A-T---------CA-------A---A---------ATAA----TCTTA---A---TC---G---TCA--T---A---G---A---CAT----------CGT------------CA----T---CA-AC-ATCA-----GC---------ATCA------T--TA---TC-A-TT---GT------T--A---T---C---ACCACGAG----AA-TG--ATT----AT--AT-A--TAAT-----AT----T-CA-CTA-T--TGTCTT----TAA---T-A-TCA-------------C--------------GTCT--C------CAT---CTT----T---GTTA---TC---AT---CA---AT--CA---------TCATT-ATCAGTATTATCAAAATCA-TCAT---CACTTATT---CG-----AT----------CA--A-TAT--A---T--ca
gi|2 : -TTATCATCA-CAGCTGTCATTG---------ACACCATTAGTAT---C------CT---CATTG---TCA--CC---------------GT-TA---T-C---------A-----TCACCAT--TGCCAC---------AG---AA-AC-AAC---------CATTGGAAAC---A---------ACAG----ATTT----A---CC---A---CCA--C---C---A---ATTTCATCA--A-----CTTA-----------CA----TTT-CA-CC-ACCA-----ACA---ACAGAAACG------A--AA---ATGA-AA---AC------T--A---TGT-C---A-----AA----AA-CA--A-------T--AT-CA-T--T-----AC----C-G------T--CA---T----CAG---T-A-TCA---T---------C--------------ATTA--C------CGT---CAT----C---ATCA---TC---AT---TACGGC---CA---------TCATC-ATTATTAGCACCAATAGCA-CCAGGCTCA-TTA-----CA-----ACA--------G-A--AGTtcgtcgtcttcatcatac
gi|3 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttacagatgaatca-TCATCAACATCAGC-ATCATTA---------TCATTGTTATCAC---C------A-------------CG--AG-A--------A-TGATTATA---T-ATAAT-----AT----TCA-CTA--T--TGTCT-T----TAA---TA-TC-A-----------CGT------C---T---------CCAT----CTTT----G---TT---A---TCA--T---C---A--------ATCA--T-----CAT------------TA----T-------C-AGTA-----TTA---TCAAAATCA------T--CA---TC-ACTT---AT------TCGA---T---C---A-----AT----Acgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgaacactttattagcattatcatcatcatctccaacagcagtagtagcatatc
gi|15 : acgtcattaacagtatcagcaacaacagcagcatcggcagcaacattatcatcgtcaacattaccgtgttcgtcatagttaatgtcaatgtaatcaaaataatcttaatcgtcatagacatcg-TCATCAGCACCAGC-AGCATCA---------GCATTATCAGCAG---C------AG---CATCACACTCA--AC-A--------T-CAtattcgtcgtcttcatcatac
gi|11 : cagcagcagcataacatcacca-TTATTTTCATCATT-ATCATTA---------TTATCAT-AACAA---C------AA---CAATA---ATG--AT-A--------A-TAA--------------T-----A-------ACC--------AACA-T----CAG---TA-TC-A-T---------TAT------C---A-----------------------------TC---G---TCA--T---T---A---A---CATCA--A-----CAA------------CAAAAGT---AG-GC-AGCAATGCTGCA---GCA-AGGAA------A--CA---GC-A-AT----T------T--A---T---T---A-----GT----tcagcaaca
gi|12 : aATCACCATCATC-ATCATCA---------TCATCACCAGGAG---C------AG---CAGTA---
gi|7 : cattattcttaataacagtgaaaacatccgtaacaattatcctcacccacCATCATCAGC-AGCA--------------A-CATCAGCAG---C------AG---CAACA---TCA--GC-A--------A-C---TTCA---T-CA--T-----CA----TCAGCAT--C--CACCT-C----CAC---C--TC-C-C---------CCT------C---A---------TCCA----CATC----A---TCTGCA---TCA--TGCTC---A---A---CACCA--A-----CAA------------CA----G---CA-GC-AGCA-----GCA---ACAACAACA------G--CA---GC-A-actgcagtagtacactatagcggtatcatgtaaatgt
gi|4 : tcaacaacagcaaccacaacaacagCAGCATCAAT-ATCAATACTGACAGAATCATCAAAAGAAG---T------AT---CTTTA---GCA--AG-G--------A-CAA-TAGA---TTCT--TC----AC----TTAACAT-----CAC---------AA---TA-TC-A-CAAGCAGCCACAA------C---A---------ACAG-----ATC----A---GC---AGTATCA--T---C---A---A---CATCA--A-----AAT------------AA----T---CA-AC-GGCA-----GCA-------AAGTA------AA-TA---AC-A-AA---AT---------------------A-----AC----AC-CA--ACC----TC--AT-C--A--T-----AA----G-CACCAT----CACA-------AG---C-A-TCA---G---------C--------------ACCA--G------CAA---AAG----C---ATCA---TC---AT---CA---T---CA---------TCATC-ATCAACAGCcatgactgctttaccacatcagtcatcgttgtcaggacaatctcaccacacccatttca
gi|10 : tatcagcagcatcaacagcaacatcagcagcagcataaacccatgactttccaCATCATCAGT-AGCAAGA---------GCA--AT-GGAAG---C------AG---CATTA---TCC--AC-ACTGTCATTA-CAAATGTA---C-CA--C-----AA----CTACCT-------AA-T-G----CAGAGATA-AC-A-A---------CA-------C---A---------A-AG-----ATG----A---TC---A---TGA--C---CTTGA---C---CACCA--T-----CAT------------CA----T---CA-GC-AGCA-----ATA---GCA
gi|9 : tcaaCAACAAC-AGCAACA---------TCAACAATAGCAA---C------AT---CATAA---ACA--AT-A--------G-CAA---CA---T-CA--T-----NN----NNNNNNN--N--AAC---------------A-TC-A-A---------TAT------C---A---------ACAA----TA------A-------------CA--G---C---C---A---CATCA---------AT------------AA----T----A-CC-AACA-----GCA---ACATAAACA------A--TA---GC-A-AC---AT------C--A---TAGAC---A-----AT----AA-CA--tcatcaccttaaaataa
gi|15 : aacagcaacattagcatcaacaataagaacaacctgaaCATCACC-ATCATCA---------GCACCAGCAGCAT---C------AG---CATTA---TCA--GC-A--------G-C-AGCA--------------------------------T--CACAC-T----CAA---CA-TC-A-T---------CAG------C---A---------ACAtcaa
gi|6 : cagcagcagcataaCAGC-AACAACA---------GCAACAACGGCAG---C------AG---CAATA---TAA--GT-A--------GTCACGC-TA---T-CT--TCGTGGGCATCGTCATCTT------GTTT-T----C-G---TAATC-A-T---------GAT------C---A---------AAGA----CGTT----AGTTTC---G---ACA--T---C---T---G----ATCG--G-----CAT------------CA----T---CA-GT-AAGA-----GCA---GCAGCACCA------T--CA---TG-A-GC---AT------TC-A---G---C---AT----GT----GA-CA----T-----T--AT-C--A--T------C----G-CATCTT------CATT----CA----T-A-ACA---A---------T--------------ATAA--A-------AG---TATACATC---ATCA---TC---AT---CA---G---CA---------TTATC-AT
gi|17 : C-ATCAGTA---------TCAACATCAGCAGCAAC------AA---CATTG---TCA--A
gi|13 : aacaacatcagcaaactcaaaat-ATCACCA---------GCATAATCAGCAG---C------AGAATCATCA---TTA--AT-A--------A-CAACTAct
gi|12 : gcatcatatttttcttcttctcctttctttatatatttCATTA---------TTCTTAATAACAG---T------GA---AAACA---TCC--GT-A--------A-CAA-T-TA---T-C----------C----TCACC-------CAC---------------A-TC-A-C---------CAT------C---A-----------------------------TC---A---TCA--T---C---A---T---CATCA--C-----CAG------------GA----G---CA-GC-AGTA-----ACT---GCAGTAGTACACT--A--TA---GC-G-GT---AT------C--A---T---actacaacaaaaaacaacaacagt
gi|14 : A---------TCATCAACAACAC---C------AG---CATCA---TCA--AC-A--------A--AACCATG---------------AC----------------CATCTAT----CAG-------C-A-T---------CAT------C---A---------GCAG----CACC----A---GC---A---TCA--T---C---A---A---CAAAA--C-----CATGAC---------CA----T---CA-GT-ATCA-----TCA---GCAgtaaatgt
gi|7 : cCATCATCAGCAG---C------AA---CATCA---GCA--GC-A--------G-CAA---CA---T-C---------AG----CAACTTCA-T--CATCA-T----CAG---CA-TCCA-C---------CTC------C---A---------CC--------TC----C---CC---C---TCA--T---C---C---A---CATCA--T-----CTG------------CA----T---CATGC--TCA-----ACA---CCAACAACA------G--CA---GC-A-GC---AG------C--A---A---C---A-----AC----AA-CAGCAGC----AC--A-----T--G-----AC----T---GCTT-TACCACA-T----CAG---TCA-TCG---T---------T--------------GTCAGGA------CAA---TCT----C---ACCA---
gi|9 : tcaacaacagcaaccacaacaacagAACAG---C------AA---CATTAGCATCA--AC-A--------A-TAAGAACA-----------------------ACCTG------AACA-A----CAA---CA-GC-A-A---------CAT------C---A---------ACAA----TAGC----A---AC---A---TCA--T---A---A---A---CA------------AT-------------A----G---CA-AC-ATCA-----TNN---NNNNNNNNA------A--CA---TC-A-AT---AT------C--A---A---C---A-----AT----AA-CA--GCC----AC--AT-C-----------AA----T-AAT--------AC-------CAA---C-A-GCA---A---------C--------------ATAA--A------CAA---TAG----C---AACA---TC---ATAGACA---A---TA---------ACATC-Acacccatttca
gi|5 : --T--CATCA-T----CAT---TA-TC-G-T---------CAT------C---ATCAAGCCAAACAG-----ATTCAGTG---TC---T---TCA--T---C---A---T---CATCA--T-----CAT------------CA----T---CA-GA-AGTA-----GCC---GCAAAAACA------T--CA---TC-A-GT---A-------G--A-----------A-----AT----AA-TA--GAC---------T-C--T--TCA---ACA---T-CAGCTT-C--CATGTTTGTACAGA--C-G-CCA---C---------CGTTGACCTCACAATATCA--AGTGC--CAGACATAT----C---ACTG---TC---AC---CA---G---AA---------ACATC-ACCAGCATCAACGCCAGTA-ACAT---CA-TCG-C---TA-----GTA--------ACA--a
gi|8 : CCA-T----CAG---CA-TC-A-C---------CACTA----C---A---------ACCGCCGCCACC----A---CC---A---CCA--C---C---A---A---CAACA--A-----CAA------------CA----G---CA-AC-AACA-----CCA---ACACAAGAA------GAAAA---AC-A--T---AT------T--T---A---A---A-----ATAA--AA-CA--ACA----AC--AT-C--A--T-----CA----T-TATCAA-C--CACA-G----CAA---C-C-CCA---C---------C--------------ACCA--A------AAG---CAA----C---AACA---AT---AC---TA---A---CA---------ACAAC-ATTATCAACTACAACAGCA-ACAA---CA-CCA-C---CA-----AAA--------ACA--Acctggtatctcaagactttcatttacacagtca
gi|4 : -T----CAG-------C-A-G---------CAT------C---A---------ACAG----CAAC----A---TC---A---GCA--G---C---A---G---CATAAACC-----CATGACTTTCCACAGCA----T---CA-AT-ATCA-----ATACTGACAGAATCA------T--CAAAAGA-A-GT---ATCTT---T--A---G---C---A-----AG----GA-CA--A-T----AG--ATTC--T--TC----AC----T-TA---------ACATCA---CAA---T-A-TCA---CAAGCAGCCAC--------------AACA--A------CAG----AT----C---AGCAGTATC---AT---CA---A---CA---------TCAAA-ATAATCAACGGCAGCAA-----AG---TA----------A-----ATA--------ACA--AA-AT--A---A--C------AC-CAACC-TCATCATAAGCACCAT----CACAAG-C-ATCAGCA-----CCAG-CA--AAAGCAT-CATC-A-TC---A-----TCATCATCAcaacaaaaaca
gi|15 : taA-TC-A-C---------CAT------C---A---------TCAG-----------------C---A---CCA--G---C---A---G---CATCA--G-----CAT------------TA----T---CA-GC-AGCA-----GCA---TCACACTCA------A--C--------------AT------C--A---T---C---A-----GC----AA-CA--tcaacagc
gi|14 : cagcagcagcataacC-A-T---------CAT------C---A---------ACAA----CACC----A---GC---A---TCA--T---C---A---A---CAAAA--C-----CAT------------GA----C---CA-TCTATCA-----GCA---TCATCAGCA------G--CA---CC-A-GC---AT------C--A---T---C---A-----AC----AA-
gi|7 : ---------CAA------C---A---------ACAG----CA------A---CC---A----CA--A---C---A---A---CAGCA--T-----CAT------------CA----G---CA-GC-AACATCA--GCA---GCAGCAACA------T--CA---GC-A-AC---TT------C--A---T---C---------AT----CA-TC--AGC----ATCCAC-C--TC-C-----AC----C-TCCCCC-T----CATC----CA---------CA---T---------C--------------ATCT--G------CAT---CAT----G---CTCA---AC---AC---CA---A---CA---------ACAGC-AGCAGCAGCAACAACAACA-GCAG---CA-aaccatgaccatcagtatcatcagca
gi|12 : t---------CAT------CCGTA---------ACA------ATT----A---TC---C---TCA--C---C---C---A---CATCA--C-----CAT------------CA----T---CA-TC-ATCA-----TCA---TCACCAGGA------G--CA---GC-A-GT---Acatgactgctttaccacatcagtcatcgttgtcaggacaatctcaccacacccatttca
gi|9 : cattattcttaataacagtgaaaa------C---A---------GCAA----CATT----A---GC---A---TCA--A---C---A---A---TAAGA--A-----CAA------------CC----TGAACA-AC-AACA-----GCA---ACATCAACA------A--TA---GC-A-AC---AT------C--A---TAAAC---A-----AT----AG-CA--A-------C--AT-C--A--T-----NN----N-NNNNNN-N--AACAT-----CAA---T-A-TCA----------------------------------A------CAA---TAA----C---AGCC---AC---AT---CA---A---TA---------ATACC-AACAGCAACATAAACAATA-GCAA---CA-TCA-TAGACA-----ATA--------ACA--actgcagtagtacactatagcggtatcatgtaaatgt
gi|16 : aaATT----A---TC---A---TCACAT---C---A---T---GATCA--CAAAGGCAA------------TA----T---CG-GC-AGCA-----GCA---ACAACAACA------G--CA---GC-A-tcaa
gi|12 : actttttccatc----A---TC---A---CCA--T---C---A---T---CATCA--T-----CAT------------CA----T---CA-CC-AGGA-----GCA---GCAGTAACT------G--CA---GT-A-GT---Actgac
gi|3 : cattattcttaataacagtgaaaacatccgtaacaattatcctcacccacC---G---TCA--T---T---A---A---CAGTA----------T------------CA----G---CA-AC-AACA-----GCA---GCATCGGCA------G--CA---AC-A-TT---AT------C--A---T---C---G-----TC----AA-CA-------------------T--T-----AC----CGTGTTCG-T--CATAGT----TAA---T-G-TCAATGT---------A--------------ATCA--A------AAT---AAT----CTTAATCG---TC---AT---AG---A---CA---------TCGTC-ATCAACATCAGCATCATTA-TCAT---TG-TTA-T---CACCACGAGA--------ATG--ATTAT--A---T--ATAAT--AT-TCA-C-TA-T------TGTCTT----T---AA-T-AT---CACGTCTCCAT-CT--TTGTTAT-CATCAA-TC---A-----TCATTATCAGTATTA-cactatagcggtatcatgtaaatgt
gi|12 : aC---A---TCA--C---C---A---T---CATCA--T-----CAT------------CA----T---CA-TC-ACCA-----GGA---GCAGCAGTA------A--CT---GC-A-GT---AG------T--A-------C---ACT---AT----AG-C---GGT----AT--tcaaaatcatcatcacttattcgatcaatatattcgtcgtcttcatcatac
gi|15 : cattattcttaataacagtgaaaacatccgtaacaattatcctcacccaC---A---GCA--T-------A---A---CATCA--C-----CAT------------CA----T---CA-GC-ACCA-----GCA---GCATCAGCATTATCAG--CA---GC-A-GC---AT------C--ACACT---C---A-----AC----AT-CA--catgtaaatgt
gi|17 : cagcagC---A---TCA--G---C---A---A---ACTCA--A-----AAT------------CA----T---CA-GT-ATCA-----ACA---TC---AGCA------G--CA---AC-A-AC---AT------T--G---T---C---A-----Atcagcaaca
gi|7 : aacaa---TCA--A---C---A---A---CAGCA---------AC------------CA--------CA-AC-AACA-----GCA---TCATCAGCA------G--CA---AC-A-TC---AG------C--A---G---C---A-----GC----AA-CATCAGC----A---AC-T--T--C-----A-----T-CATCAT-C--AGCATC----CAC---C-T-CCA---C---------C---------------TCC--C------CCT---CAT----C---CACA---TC---AT---CT---G---CA---------TCATG-CTCAACACCAACAACAGCA-GCAG---CA-GCA-A---CA-----ACA--------ACAGCAGCAC--A---TGACT--G--CT-TTAC------------CACA-T----C---AG-TCAT---CG-----TTGT-CAGGACAATCT-CACC-A-CA---ct
gi|3 : ---CATTA--A-----CAG------------TA----T---CA-GC-AACA-----ACA---GCAGCATCG------G--CA---GC-A-AC---AT------T--A---T---C---------ATCGTCAA-CA-------------------T--T-----AC----CGTGTTCG-T--CATAGT----TAA---T-G-TCA---A---------TGTA-----------ATCA--A------AAT---AAT----CTTAATCG---TC---AT---AG---A---CA---------TCGTC-ATCAACATCAGCATCA--------------TTA-T---CA------------------------------------T--T--G--TTA------T------CACCAC----G---AG-A-AT---GA-----TTAT-AT--ATAATAT---TC-A-CT---A-----TTGTCTTTAATATCACGTCTCC---ATCTTTGTTA----TCATCAA-TCATCATTA--TCAGTATTATCAAAATCATCATCA-------------CTTAT-TCGATCAATATATTCGTCGTCTTCATCATcccatttca
gi|10 : acgtTCA--A-----CAT------------CA----T---CA-GT-AGCA-----AGA---GCAATGGAA------G--CA---GC-A-TT---ATCCACACT--G---T---C---A-----TT----A--CA--AAT----GT--AC-C--A--C-----AA----C-TACCT------A-ATG----CAGAGAT-A-ACA---A---------C--------------ACAA--A------GAT---GAT----C---ATGA---CCTTGAC---CA---C---CA---------TCATC-ATCAGCAGCAATAGCATCA-TCA----CC-TTA-----AA-----ATA--------Aac
gi|6 : ---CA-GC-AACA-----ACA---GCAACAACG------G--CA---GC-A-GC---AA------T--A---T---A---A-----GT----AGTCA--CGC-----T--AT-C--T--TCGTGGGCATCGT-CATCTTGT--T---TT----C-G---T-AATCA---T---------G--------------ATCA--AAGACGTTAG---TTT----C---GACA---TCTG-AT---CG---G---CA---------TCATC-A---GTAAGAGCAGCAGCA-CCAT---CA-TGA-G---CA-----TT----------C---AGCAT--G-------T--G--ACATTATCATC-G------CATCTT----C---AT-TCAT---AA-----CAATATA--AAAGTATACATC-A-TC---A-----TCATCAGCATTATCA-
gi|13 : CA-----CCA---GCATAATCA------G--CA---GC-A-GA---AT------C--A---T---CATTA-----AT----AA-CA--ACT----At
gi|14 : gcatcatatttttcttcttctcctttctttatatatttatAACA------A--CA---CC-A-GC---AT------C--A---T---C---A-----AC----AA--A--ACC----AT--G--------------AC----C--ATCT--------AT-----CAG--------CA---T---------C--------------ATCA--G------CAG---CAC----C---AGCA---TC---AT---CA---A---CA---------AAACC-ATGACCATCAGTATCATCA-GCAactacaacaaaaaacaacaacagt
gi|9 : catcatcAACA------G--CA---AC-A-TT---AG------C--A---T---C---A-----AC----AA-TA--AGA----AC--AA-C------------C----T-GA---------ACAA-----CAA---C-A-GCA---A---------C--------------ATCA--A------CAA---TAG----C---AACA---TC---ATAAACA---A---TA---------GCAAC-ATCATNNNNNNNNNNAACA-TCAA---TA-TCA-A---CA-----ATA--------ACA--GCCAC--A---T--C------AA-TAA-------------TACCAA----C---AG-C-AA---CA-----TAAA-CA--ATAGCAA-CATC-A-TAGACA-----ATAACATCA
gi|12 : C-A-TT---AT------T--C---T---T---A-----AT----AA-CA---GTGAAAAC--AT-CCGT--A-----ACAA--T-TATCCT------CACC----CA----C-A-TCA---C---------C--------------ATCA--T------CA------T----C---ATCA---T------------------CA---------TCACC-AGGAGCAGCAGTAACTGCA-GTAGTA-CA-CTA-T---a
gi|17 : T----CAG---T-A-TCA---A---------C--------------ATCA--G------CAG---CAA----C---AACA---TT---GT---CA---A---Cagcggtatcatgtaaatgt
gi|7 : aacaacatcagcaaactcaaaatca----CAG---C-A---A---C---------C--------------A-CA--A------CAA----------C---AGCA---TC---AT---CA---G---CA---------GCAAC-ATCAGCAGCAGCAACATCA-GCAA---CT-TCA-T---C------ATC--------ATC--AGCATCCA---C--CTC-C--AC-CTCCC-CC-T------CATCCA----C---AT-C-AT---CT-----GCAT-CA--t
gi|9 : tcaacaa----CAA---C-A-TTA---G---------C--------------ATCA--A------CAA---TAA----G---AACA---AC---CT---GA---A---CA---------ACAAC-AGCAACATCAACAATAGCA-ACAT---CA-TAA-A---CA-----ATA--------GCA-----AC--A---T--CA--T--NN-NNNNN-NN-N------AACA-T----C---AA-T-AT---CA-----ACAA-TA--ACAGCCA-CATCAA-TA---A------TACCAACAGCAACA-tgctcaacaccaacaacagcagcagcagcaacaacaacagcagcacatgactgctttaccacatcagtcatcgttgtcaggacaatctcaccacacccatttca
gi|12 : aacag---T-A-TCC---T---------C--------------ACCC--A------CAT---CAC----C---ATCA---TC---AT---CA---T---CA---------TCATC-ACCAGGAGCAGCAGTAACT-GCAG---TA-GTA-----CACT---ATA--------GC---GGTAT--taaacaatagcaacatcatagacaataacatcaa
gi|15 : cattattcttaataacagtgaaaacatccgtaacaat-A-TCA---C---------C--------------ATCA--T------CAG---CAC----C---AGCA---GC---AT---CA---G---------------CATT-ATCAGCAGCAGCATCA-CACTCAA---CA-TCA-T---CA-----GCA--------ACA--catgtaaatgt
gi|11 : cagcagcagcataac-A-TAA---C---------C--------------AACA--T------CAG---TAT----C---ATTA---TC---AT---CG---T---CA---------TTAAC-ATCAACAACAAAAGTAG---GCAG---CA-
gi|16 : attattttcatcattatcattattatcataacaacaacaataatgataata-A-TCA---T---------T--------------ATCA--T------CA----CAT----C---ATGA---TC---A----CA---AAGGCA---------ATATC-GGCAGCAGCAACAACAACA-GCAG---CA-CTatgctgcagcaaggaaacagcaatttattagt
gi|14 : actttttccCA---T---------C--------------ATCA--A------CAA---CAC----C---AGCA---TC---AT---CA---A---CAAAACCATGACCATCTATCAGCATCATCAGCAGCA-CCAG---CA-TCA-T---CA-----ACA--------A-A--ACCAT--G---------------------------------ACCAT----C---AG-T-AT---CA-----TCAG-CA--gac
gi|17 : A--A------CAA---CAT----C---AGCA---AA---CT---CA---A---AA---------TCATC-AGTATCAACATCAGCAGCA-ACAA---CA-TTG-T---CA-----A
gi|5 : ------CAG---TGT----C---TTCA---TC---AT---CA---T---CA---------TCATC-ATCAGAAGTAGC--C-GCA-AAAA---CA-TCA-T---CA-----GTA--------GAA--ATAAT--AGACT--CT--TCAACATCAGC-TT-C------CATGTTTGTAC---AGAC-GC---CA-----CCGT-TG--AC------C-TC-A-CA---A------TATCA--AGTGCCA-G--AC--ATATCct
gi|15 : tcatcatcattatcgtcatcatcaagccaaacagatt----C---AGCA---GC---AT----A---A---CA---------TCACC-ATCATCAGCACCAGCAGCA-TCAG---CA-TTA-T---CA-----GCA--------GC---AGCA-----------------------------T------CACACT----C---AA-C-AT---CA-----TCAG-CA--ACAactgtcaccagaaacatcaccagcatcaacgccagtaacatcatcgctagtaacacctggtatctcaagactttcatttacacagtca
gi|10 : cagT---CA---A---CA---------TCATC-AGTAGCAAGAGCAATGGAA-GCAG---CA-TTA-T---CC-----ACACTGTCATTACA--AATGT--A---C--CA--C--AA-CTACC-T
gi|13 : ---------TTATC-ACCAGCATAATCAGCAGCA-GAAT---CA-TCA-T---TA-----ATA--------ACA--ACTAaatgcagagataacaacacaaagatgatcatgaccttgaccaccatcatcatcagcagcaatagcatcatcaccttaaaataa
gi|14 : gcatcatatttttcttcttctcctttctttatatatCATCATCAACAACA-CCAG---CA-TCA-T---CA-----ACA--------A-A--ACCAT--G-------------AC-C-ATC-TA-T------CAGCAT----C---A-----T---CA-----GCAG-CA--CCAGCAT-CATC-AACA---AAACCATGACCATCAGTATCA-actacaacaaaaaacaacaacagt
gi|2 : TTATTAGCATTATCATCATCATCTCCAACAtcagca
gi|12 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttacagatgaatcattatcatcacagctgtcattgacaccattagtatcctcattgtcaccgttatcatcaccattgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgaacactTATC-CTCACCCACATCACCATCATCATCATCATCATCgcagtagtagcatatc
gi|5 : cattattcttaataacagtgaaaacatccgtaacaatTCATCATCATCATCATCATCAaccaggagcagcagtaactgcagtagtacactatagcggtatcatgtaaatgt
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 666 2 1 22222222 1 2222222222222222222222222 6666666666666666666666666666666666666 222222222222 22222222222222222222222222222222 111111111 111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111 11111111 99999999999999999999999999 2222222222 666666666666666666666666666666 11 111 11111 1111 9999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 6 6 6 111 77 0 5 22222222 1 9 0 5 1 5 7777777777777777777777777 0 5 6666666666666666666666666666666666666 55 111111111111 0 5555 44444444444444444444444444444444 3 33 3 888 55 000000000 33 1 99999999 66 000000000 33 6666 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 555 777 44 555 1 44 6666 9999999999999 2 4 4 77777777 2 888888 1 3 555 5555 00000000000000000000000000 666 88 5 5 9999999999 0 22 6 44 888888888888888888888888888888 88 66 666 2 1 0 7 33333 1 4444 1 1111111111111111111111111111111111111 2 6
lowQualScore : . . . ... .. . . ........ . . . . . . ......................... . . ..................................... .. ............ . .... ................................ . .. . ... .. ......... .. . ........ .. ......... .. .... .......................................................................................... . ... ... .. ... . .. .... ............. . . . ........ . ...... . . ... .... .......................... ... .. . . .......... . .. . .. .............................. .. .. ... . . . . ..... . .... . ..................................... . .
lowQualScore : 0 0 0 000 00 0 5 55555555 0 8 2 0 0 4 6666666666666666666666666 4 7 4444444444444444444444444444444444444 77 666666666666 6 5555 77777777777777777777777777777777 8 77 9 888 99 000000000 44 0 11111111 99 000000000 99 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 888 555 11 444 0 22 7777 2222222222222 9 0 0 77777777 6 888888 0 1 444 6666 88888888888888888888888888 999 44 1 9 9999999999 3 11 0 22 999999999999999999999999999999 00 88 555 5 0 3 5 77777 0 0000 8 0000000000000000000000000000000000000 8 4
consensus : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAA--AGATATGCAACACAACANGTNATCATCATCATCANCATCATCATCATCANCAGCAGC------AGC----ATCA--------TCAGCAACAA-T-A-T-A---TCT---AC-TCAC-CT-TCATCGT----CAG-CATCACCAT--CAACAG----CATCAT--CATCA----T------CA---A---CA---T------CANCATC--ANCAG---CA-NCAGC---------A--GCANCAG--------CA--GCAG---------CAG-C----ATCA--------TCA-----A---TAACAAN-----CA-C-----AT-C-TT---A--------C-TCATC-T--T-CA----CATTCAG---TATCANC---ATCAA--CAN-CATC---ANCA--TCATCA---ACA---------T---CATC-ATCANCANCA-------NCAGCAG------CANC-AGCATCAT---CAATA--ACA--ANCAT-AT--C-TAC-TTACC--TCACCATCAG-NATCATCATCA--ACAGTATCATCACAATCATCATCAGTA---TCA-GTNAC--ATATCTTTGTTA----TCAT-NAATCATCATT--ATCANTATTATCA---NAATCATCATCATC-CCAACA----NTT--A-T-ATCG-----ATC--ANTATNNT--CATCGTCATCATCATCATCATC
Reference ( family-677 ) : NNNNNNNNNNTCACAATATCACAGGCAGNCA-ACAACACAACACGTCCGCATCANCATCAGCATCATCATCATCANCAGCAGC------AGC----ATCA--------TCAGCAACAA-T-A-T-A---TCT---AC-TCAC-CTTTCACCNT----CAG-CATCACCAT--CAACAG----CATCAT--CATCA----T------CA---A---CA---T------CANCATC--ATCAG---CA-NCAGC---------A--GCANCAG--------CA--GCAG---------CAG-C----ATCA--------TCA-----A---TAACAAN-----CA-C-----AT-C-TT---A--------C-TCATCNT--T-CA----CATTCAG---TATCANC---ATCAA--CAN-CATC---ANCA--TCATCA---ACA---------T---CATC-ATCAGCANCA-------GCAGCAG------CANC-AGCATCAT---CAATA--ACA--ANCAT-AT--C-TAC-TTACC-TTCACCNTCAG-CATCACCANCA--ACAGCATCATCACAATCATCATCAGTA---TCA-GTCNCC-ATATCTTTGTTA----TCAT-CAATCATCATT--ATCANTATTANCA---NNATCATCATCATCTCCAACA----CTT--A-T-ATCG-----NTC--ANCNNNNT--CGTCGTCATCATCATCATCATC
gi|1 : TCACAGTATTATAA--AGATATGCAAC-CAACATGTTCTTATCATCATCAGCATCATTATCATCATTAGCAGC------AGC----ATTA--------TCAATAACAAGT-A-T-A---TCTT--AC-TTAC-CTTTCACCTT----CAG-TATCACCAT--CAACAG----TATTAT--CATCA----T------CA---A---CA---T------CACCATC--ATCAG---CA-GCAGC---------A--GCAGAAG--------CA--GCAG---------CAG-T----ATTA--------TCA-----A---TAACAAG-----TA-T-----AT-C-TT---A--------C-TTATCTT--T-CA----CATTCAG---TATCACC---ATCAA--CAG-TATC---ATCA--TCATCA---ACA---------T---CATC-ATCAGCAGCA-------GCAGCAG------CAGC-AGCATTAT---CAATA--ACA--AGTAT-AT--CTTAC-TTACCTTTCACCTTCAG-TATCACCATCA--ACAGTATCATCATAATTATCATCAGTA---TCA-GTTACTGATATCTTATTTACCTTTCATAAAATCATCATTAAATCATTGTTATCA---TAATCATCATTATCTTCAATATTTTTTT--A-T-ATC------ATC--ACTAGAAT--CATCATCATCATCATCATCATC
gi|1 : ttatgaccct-----AT-C-TT---A--------T-TTACCTT--T-CA----TA---AA----ATCATC---ATTAA---AT-CATT---GTTA--TCATAA---TCA---------T---CATT-ATCTTCAATATTTTTTTATATCAT------CACT-AGAATCAT---CA-TC--ATC--ATCATCAT--C-------ATC-TTTTTCTTTGA-AATCATTA------------CATCATAATTATTAT---TA---TCA-ATA----ATATTTTT---A----TCAT--ATTTA-CATT---TCATTTATATAA---TAATAATCATCATCACCATCA----ATTTCACT-ATCA-----GTTGTACCATTTTTACATT-TCATCATTATCATCATtttttctttgaaatcattacatcataattattattatcaataatatttttatcatatttacatttcatttatataataataatcatcatcaccatcaatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtattatcatcatcaacatcaccatcatcagcagcagcagcagaagcagcagcagtattatcaataacaagtatatcttacttatctttcacattcagtatcaccatcaacagtatcatcatcatcaacatcatcatcagcagcagcagcagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtatcatcataattatcatcagtatcagttactgat---T------CAACATC--ATCAG---TA-GCAAG---------A--GCAATGG--------AA--GCAG---------CAT-T----ATCC--------ACACTGTCA---TTACAAATGTACCA-C-----AA-C-T----A--------C-CTA---------------ATGCAGAGATAACAAC---ACAAA--GAT-GATC---ATGA--CCTTGA---CCA---------C---CATC-ATCATCA-------------GCAG------CAAT-AGCATCAT---CAattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : AGATA-ACAACACAA-AGATGATCATGACCTTGACCACCATCATCATCAGCAGCAAT------AGC----ATCA--------TCAccttaaaataa
gi|11 : tcaacatcatcagtagcaagagcaatggaagcagcattatccacactgtcattacaaatgtaccacaactacctaatgcagTCATCATTATCATTATTATC------A-T----AACA--------ACAACAATAA-TGA-T-A----AT---AA-TAAC-----CAACAT----CAG-TATCAT---------------TATCAT--CGTCA----T------TA---A---CA---T------CAACAAC--AAAAG---TAGGCAGC---------AATGCTGCAG--------CAAGGAAA---------CAG-C----Accttaaaataa
gi|12 : attatttCATTATTCTTAATAACAGT------GAA----AACA--------TCCGTAACAA-T---T-A---TC-----C-TCAC-C-------------CA--CATCACCAT------------CATCAT--CATCA----T------CA---T---CA---C------CAGGAGC--AGCAG---TA-ACTGC---------A--GTAGTA---------CACTATAG---------CGG-T----ATCA--------Tatttattagt
gi|12 : ATTATCCT--CACCCA----CATCAC--CATCA----T------CA---T---CA---T------CATCATC--ACCAG---GA-GCAGC---------A--GTAACTG--------CA--GTAG---------TAgtaaatgt
gi|13 : cattattcttaataacagtgaaaacatccgtaaca---------T---TATC-ACCAGCATAA-------TCAGCAG------CAGA-ATCATCAT---TAATA--ACA--AC--T-AA--C-TAC-cactatagcggtatcatgtaaatgt
gi|14 : gcatcatatttttcttcttctcctttctttatatatCATC---ATCAA--CAA-CACC---AGCA--TCATCA---ACAAAACCATGAC---CATCTATCAGCATCA-------TCAGCAG------CACC-AGCATCAT---CAACA--A-A--ACCAT-G------------------ACCATCAG-TATCATCAGCA--aacaaaaaacaacaacagt
gi|15 : --CAGCAG----CAGCATAACATCA----C------CA---T---CA---T------CAGCACC--AGCAG---CA-TCAGC---------A--TTATCAG--------CA--GCAGCATCACACTCAA-C----ATCA--------TCA-----G---CAACA
gi|16 : -CATCATTAT--CATCA-----CATCAT--GATCA-----------CA---A---AG---G------CA--AT---ATCGG---CA-GCAGC---------A--ACAACAA--------CA--GCAG---------CA
gi|17 : actttttcAA--CAA-CATC---AGCA--AACTCA---AAA---------T---CATC-AGTATCAACA-------TCAGCAG------CAAC-AACATTGT---CAActgac
gi|2 : ---CA-GCAGT---------A--GCACCAA--------CA--GCAA---------CAG-C----ATCG--------TCA-----AAC-TCGCCAT-----CGTC-----ATTC-TT---ATTCTCTTTC-TCATC-T--T-CA----TATCCAC---CATCGCC---ATCCT--TAT-CATC---ATCT--CCATCA---GTA---------C---CATA-TTCATCACCA-------ct
gi|2 : cT--ATGAATGTTA-CAGATGAATCATTATCATC----ACA----GCT--G-TCATTGACACCATT--AGTATCCT--CATTGTCACCGTTATCATCACCtatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttacagatgaatcattatcatcacagctgtcattgacaccattagtatcctcattgtcaccgttatcatcaccattgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgaacactttattagcattatcatcatcatctccaacagcagtagtagcatatc
gi|2 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagcATCATTATCATCA-CAGC------TG------TCA--------TTGACACCAT-T-AGT-A---TC-----C-TCAT--TGTCACCGT----TAT-CATCACCATTGCCACAG----AAACA----ACCA----TTGGAAACA---A---CAGATT------TACCACC--ACCAATTTCA-TCAACTTACATTTCA--CCACCAA--------CA--ACAG---------AAA-CGAAAATGAAAACTATGTCA-----A---AAACAAT--------------AT-CATT---A--------C--CGTCAT--------------CAG---TATCATC---ATTAC--CGT-CATC---ATCA--TCATTACGGCCA---------T---CATC-ATTATTAGCA-------CCAATAG------CACC-AGGCTCAT---T-ACA--ACA--GAAGT---------------C-GTCAAAATCAG-AATTAACACCA------CAT-ATGAC-ATCAAC-TC-GTA---TT---TC------ATCTTCG-------TCAG-AAACGAACACT------TTATTAGCA---TTATCATCATCATCTCCAACA----attgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgaacactttattagcattatcatcatcatctccaacagcagtagtagcatatc
gi|2 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttacagatgaCATCAAC-TTA-CATT-TCACCACCAACAACAGA------AACGAAAATGAAAACTATGTCAAAAACAA-T-A-TCA---T-T---AC----------CGTCAT----CAG-TATCATCAT--TACCGT----CATCAT--CATCA----T------TA---CGGCCA---T------CATCATT--ATTAG---CA-CCAAT---------A--GCACCAGGCTCATTACA--ACAG---------AAGTC----GTCAAAA-----TCA-----GAATTAACA-C-----CA-C-----AT-A-TG---A--------CATCAAC----T-CG----TATTT-----CATCTTC---GTCAG--AAA-CG-----AACACTTTATTA---GCA---------TTATCATC-ATCATCTCCA-------ACAGCAG------TAGT-AGCAT-AT---Cgcagtagtagcatatc
gi|3 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttacagatgaatcattatcatcacagctgtcattgacaccattagtatcctcattgtcaccgttatcatcaccattgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaattt--CGTCA----T------TA---A---CA------------GTATC--AGCAA---CA-ACAGC---------A--GCATCGG--------CA--GCAA---------CAT-T----ATCA--------TCG-----T---CAACA---------------------TT---A--------C--CGTGTTCGT-CA----TAGTTAA---TGTCAATGTAATCAA--AAT-AATCTTAATCG--TCATAG---ACA---------T---CGTC-ATCAACATCA-------GCA------------TC-ATTATCAT---TG--------------------------TTA----TCACCACGAG-AATGATTATAT--ATAATAT--TCACTATTGTCTTTAATA---TCACGTCTCC-AT--CTTTGTTA----TCAT-CAATCATCATT--ATCAGTATTATCA---AAATCATCAT---------CA----CTT--A-T--TCG-----ATC--AATATATT--CGTCGTCTTCATCAT
gi|4 : aATC--AGCAG---CA-TCAAC---------A--GCAACAT--------CA--GCAG---------CAG-C----AT--------------------------AAA-----CC-C-----AT-G------A--------C-T-----T--T-C-----CA--CAG---CATCAAT---ATCAA--TAC-TGAC---AGAA--TCATCA---AAA---------GAAGTATC-TTTAGCAAGG-------ACAATAGATTCTTCACTTAACATCA----CAATATCACA--AGCAG-----C-CAC---AAC-AACAG-ATCAG-CAGTATCATCA--ACA---TCAAAATAATCAACGGCAGCAAAGTAA-ATAACA-AAAT-------A----ACAC-CAACC-TCATC--ATAAGCACCATCA---CAAGCATCAGCA---CCAGCA---------------------------AA-AGCAT--CATCATCATCATCATCATCAac
gi|5 : tCA-------TCATCAT------TATC-GTCATCAT---CAA-G--CCA--AACAG-AT--T-CAG-T-GTC-TTCATCATCAT-CATCATCATCA--GAAGTAGCCGCAAAAACATCATCAGTA---acagc
gi|5 : tTCAGTGTCTTCATCATCATCATCATCATCAGAAGTAGCCGCAAAAAC----ATCA--------TCAGTAGAAA-T-AAT-AGACTCTTCAACATCAG-CTTCCATGTTTGTACAGACGCCACCGT--TGACCT----CACAAT---ATCAAGTGC------CAGACA---TA---T------CACTGTC--ACCAGAAACA-TCACC---------A--GCATCAA--------CG--CCAG---------TAA-C----ATCA--------TCG-----C---TAGTAA------CA-CCTGGTAT-C-TCAAGA--------C-TT-TCAT--T-TA----CA--CAG---Tgaaataatagactcttcaacatcagcttccatgtttgtacagacgccaccgttgacctcacaatatcaagtgccagacatatcactgtcaccagaaacatcaccagcatcaacgccagtaacatcatcgctagtaacacctggtatctcaagactttcatttacacagtca
gi|6 : tcatcatcattatcgtcatcatcaagccaaacagatCAGCAACAACAGC------AAC----AACG--------GCAGCAGCAA-T-A-T-A---AGT---AG-TCACGCTATCTTCGT----GGG-CATCGTCAT--C--TTGTTTTCGTAAT--CATGA----T------CA---AAGACG---TTAGTTTCGACATCTGATCGG---CA-TCATC---------A--GTAAGAG--------CA--GCAG---------CAC-C----ATCA--------TGA-----G------CATT-----CAGC-----AT-G-TG---A--------CATTATCAT--CGCATCTTCATTCA----TAACAAT---ATAAAAGTATACATC---ATCA--TCATCA---GCA---------T---TATC-ATca
gi|7 : T--CAACAA----CAGCA----ACCA-----------CA---A---CA---A------CAGCATC--ATCAG---CA----GC---------A--ACATCAG--------CA--GCAG---------CAA-C----ATCA--------GCA-----A---------------------------C-TT---C--------A-TCATCAT--C-AG----CATCCAC---CTCCACC----TCCC--CCT-CATC---CACA--TCATCT---GCA---------T---CATG-CTCAACACCA-------ACAACAG------CAGC-AGCAGCAA---CAACA--ACAGCAGCAC-ATGAC-TGCTTTAC----CA-CATCAGTCATCGTTGTCAGGACAATCTCACCACACCCAT
gi|9 : AACAG----CAACAT--TAGCA----T------CA---A---CAA--TAAGAA-CAACCTG--AACAA---CA-ACAGC---------A--ACATCAA--------CA--ATAG---------CAA-C----ATCA--------TAA-----A---CAATAGC-----AA-C-----AT-C-AT---N--------N-NNNNNNN--N-AA----CAT----------CAAT---ATCAA--CAA-TAAC---AGCC--ACATCA---ATA---------A---TACC-AACAGCAACA-------TAAACAA------TAGC-AACATCATAGACAATA--ACA--ttca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CCATCAGCATCACCACTACAACCGCCGCCACCACCACCACCAACAACAACAACAGCAACAACACCAACACAAGAAGAAAAACATATTTAAAATAAAACAACAACATCATCATTATCAACCACAGCAACCCCACCACCAAAAGCAACAACAATACTAACAACAACATTATCAACTACAACAGCAACAACACCACCAAAAACAACAACAAAAACA
Alignments
lowQualScore : 1 1 11111111 222222222 777777777777777777777777777777777777 222222222222 11111111111 1111111 1111111111 1111111111111111 111111111 11111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 111111111 111111111 11111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111111111111 333333333333333 2222222222 222222222 111 1111 666666666666666666666666666666666666 11
lowQualScore : 5 5 6 11 77777777 0 1 1 4 111111111 44 6 111111111111111111111111111111111111 5 111111111111 88888 22 555 55555555555 2222222 3 9999999999 1 33 1 6666666666666666 000000000 33 1 1 77 2 2 6666 22222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222 666 44 44 1 555 1 222222222 3 1 333333333 11111111 5555 44 0 3 555 555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888888888888888888888 55 44 888 000000000000000 6 2222222222 0 111111111 3 8 111 1 2 0 5555 777777777777777777777777777777777777 1 22 11 6
lowQualScore : . . . .. ........ . . . . ......... .. . .................................... . ............ ..... .. ... ........... ....... . .......... . .. . ................ ......... .. . . .. . . .... ........ .............................................................................. ........ ... .. .. . ... . ......... . . ......... ........ .... .. . . ... ... ..................................................................... ..................... .. .. ... ............... . .......... . ......... . . ... . . . .... .................................... . .. .. .
lowQualScore : 5 5 7 77 88888888 2 0 0 0 666666666 33 7 000000000000000000000000000000000000 0 222222222222 33333 55 444 22222222222 5555555 1 5555555555 0 99 0 5555555555555555 777777777 77 0 4 33 7 9 1111 11111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88888888 999 33 66 0 888 2 333333333 1 0 111111111 00000000 5555 11 7 1 444 444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 444444444444444444444 44 55 888 222222222222222 7 2222222222 8 555555555 2 0 888 0 2 8 0000 444444444444444444444444444444444444 0 00 00 4
consensus : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAGATTATCA---TCATCATCATCATCATCATCATCANCAGCAGC------AGCATCATCAGTAACAA-TA-TA---TCT---AC-TCAC-CT-T-C-AT---CGT-CAG-CATCACCAT--CAACAG----CAT-----CATCA---TCA----T------CA---A---C-A---T------CANCATC--ANCA--G---CA-N------CAGC---------A--GCANCAGCA--GCA-GCANC----ATCA--------TCA-----AC--AACA-AN------AC-----ATC-TTA-----C-----------TCATC-TTCA-CATT-CAG---TATCAN-------CATCAA--CA-NCA--TCANCA---TCATCAACA---------TCATC-ATCANCA--------NCA-------TCAGCA--G-CAN-CAGCA-TC---AT---CA--ACA--ACA--ACCAT-AT--C-TAC-T--TACC--TCA---C---C---ATCAG------------CATCA------TCA------TCA--GCAGTATCATCATAATCAT---CATCAGTATCA-G-----TNAC--ATA-TCTTCGTTA----TCAT-NAAT----CATCA-TT--ATCATTGTTATCA---TAATCATCATCATC-CCAA----CA----NTT--A-TATC-AT--CANTATNTT--CATCGTCATCATCATCATCATC
Reference ( family-677 ) : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAAAGATATGCAACACAACANGTNATCA---TCATCATCANCATCATCATCATCANCAGCAGC------AGCATCATCAGCAACAA-TA-TA---TCT---AC-TCAC-CT-T-C-AT---CGT-CAG-CATCACCAT--CAACAG----CAT-----CATCA---TCA----T------CA---A---C-A---T------CANCATC--ANCA--G---CA-N------CAGC---------A--GCANCAGCA--GCA-GCAGC----ATCA--------TCA-----AT--AACA-AN-----CAC-----ATC-TTA-----C-----------TCATC-TTCA-CATT-CAG---TATCAN-------CATCAA--CA-NCA--TCANCA---TCATCAACA---------TCATC-ATCANCA--------NCA-------NCAGCA--G-CAN-CAGCA-TC---AT---CA--ATA--ACA--ANCAT-AT--C-TAC-T--TACC--TCA---C---C---ATCAG------------NATCA------TCA------TCA--ACAGTATCATCACAATCAT---CATCAGTATCA-G-----TNAC--ATA-TCTTTGTTA----TCAT-NAAT----CATCA-TT--ATCANTATTATCA---NAATCATCATCATC-CCAA----CA----NTT--A-TATCGAT--CANTATNNT--CATCGTCATCATCATCATCATC
gi|1 : TCACAGTATTATAAAGATATGCAAC-CAACATGTTCTTA---TCATCATCAGCATCATTATCATCATTAGCAGC------AGCATTATCAATAACAAGTA-TA---TCTT--AC-TTAC-CT-TTC-AC---CTT-CAG-TATCACCAT--CAACAG----TAT-----TATCA---TCA----T------CA---A---C-A---T------CACCATC--ATCA--G---CA-G------CAGC---------A--GCAGAAGCA--GCA-GCAGT----ATTA--------TCA-----AT--AACA-AG-----TAT-----ATC-TTA-----C-----------TTATCTTTCA-CATT-CAG---TATCAC-------CATCAA--CA-GTA--TCATCA---TCATCAACA---------TCATC-ATCAGCA--------GCA-------GCAGCA--G-CAG-CAGCA-TT---AT---CA--ATA--ACA--AGTAT-AT--CTTAC-T--TACCTTTCA---C---C---TTCAG------------TATCA------CCA------TCA--ACAGTATCATCATAATTAT---CATCAGTATCA-G-----TTACTGATA-TCTTATTTACCTTTCATAAAAT----CATCA-TTAAATCATTGTTATCA---TAATCATCATTATCTTCAA----TATTTTTTT--A-TATC-AT--CACTAGAAT--CATCATCATCATCATCATCATC
gi|1 : ttatgaccctAT-----ATC-TTA-----T-----------TTACC-TTT--CAT---AA---AATCAT-------CATTAA---A-TCA--TTGTTA---TCATAATCA---------TCATT-ATCTTCA--------ATATTTTTTTATATCA--T-CAC-TAGAA-TC---AT---CATCATC--ATC--ATCATCAT--C-T---T--TTTC--T--------------TTGA------------AATCA------TTA------------------CATCATAATTAT---TAT---TATCA-A-----TA----ATA-TTT---TTA----TCAT--ATT----TA-CA-TT---TCATTTATATAA---TAATAATCATCATCACCAT----CA----ATTTCACTATCAGTTGTACCATTTTTACATT-TCATCATTATCATCATtttttctttgaaatcattacatcataattattattatcaataatatttttatcatatttacatttcatttatataataataatcatcatcaccatcaatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtattatcatcatcaacatcaccatcatcagcagcagcagcagaagcagcagcagtattatcaataacaagtatatcttacttatctttcacattcagtatcaccatcaacagtatcatcatcatcaacatcatcatcagcagcagcagcagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtatcatcataattatcatcagtatcagttactg---T------CAACATC--ATCA--G---TA-G------CAAG---------A--GCAATGGAA--GCA-GCATT----ATCC--------ACACTGTCAT--TACA-AATGTACCAC-----A-----A-----C-----------T-ACC-T--A--ATG-CAGAGATAACAA-------CACAAA--GA-TGA--TCATGA---CC-TTGAC--------------C-ACCATCA--------TCA-------TCAGCA--G-CAA-TAGCA-TC---AT---CA--attttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : AGAGATA-ACAACACAA-AGATGATCA---TGACCTTGACCACCATCATCATCAGCAGCAAT------AGCATCATCAccttaaaataa
gi|11 : tcaacatcatcagtagcaagagcaatggaagcagcattatccacactgtcattacaaatgtaccacaactacctaatgcTTATTT---TCATCATTATCATTATTATCAT-AACAACAAC------A--ATAATGA-TAATAA-TA------------AC-----------C-AA---CAT-CAG-TATCAT---------------TAT-----CATCG---TCA----T------TA---A---C-A---T------CAACAAC--AAAA--G---TAGG------CAGC---------AATGCTGCAGCAAGGAA-ACAGC----Accttaaaataa
gi|12 : aCATTATTCTTAATAACAGT------GAAAACATCCGTAACAA-T--TA---TC-----C-TCAC-C---------------CA--CATCACCAT------------CAT-----CATCA---TCA----T------CA---T---C-A---C------CAGGAGC--AGCA--G---TA-A------CTGC---------A--GTAGTA-CACTATA-GCGGT----ATCA--------Tatttattagt
gi|12 : ATTATCCT--CACCCA----CAT-----CACCA---TCA----T------CA---T---C-A---T------CATCATC--ACCA--G---GA-G------CAGC---------A--GTAACTGCA--GTA-GTAgtaaatgt
gi|13 : cattattcttaataacagtgaaaacatccgtaaca---------TTATC-ACCAGCA--------TAA-------TCAGCA--G-CAG-AATCA-TC---AT---TA--ATA--ACA--AC--T-AA--C-TAC-cactatagcggtatcatgtaaatgt
gi|14 : gcatcatatttttcttcttctcctttctttatatatCAT-------CATCAA--CA-ACA--CCAGCA---TCATCAACAAAACCATGACCATCTATCAGCA--------TCA-------TCAGCA--G-CAC-CAGCA-TC---AT---CA--ACA--A-A--ACCAT-G--------------------A---C---C---ATCAG------------TATCA------TCA------GCA--aacaaaaaacaacaacagt
gi|15 : -CAG-CAGCAGCAT---AACAT----CAC-----CATCA---TCA----G------CA---C---C-A---G------CAGCATC--AGCA--T---TA-T------CAGC---------A--GCAGCATCA---CACTCAAC----ATCA--------TCA-----GC--AACA-
gi|16 : ----CAT-----CATTA---TCA----T------CA-------C-A---T------CATGATC--ACAAAGG---CA-ATATCGGCAGC---------A--GCAACAACA--ACA-GCAGC----A
gi|17 : actttttcAA--CA-ACA--TCAGCA---AACTCAAAA---------TCATC-AGTATCA--------ACA-------TCAGCA--G-CAA-CAACA-TT---GT---CA--Actgac
gi|2 : ---CA-G------CAGT---------A--GCACCAACA--GCA-ACAGC----ATCG--------TCA-----A----ACT-CG-----C-C-----ATCGTCA-----T-----------TCTTA-TTCT-CTTT-C-------TCAT-------CTTCA---TA-TC----CACCA---TCGCCATCC---------TTATC-ATCATCT--------CCA-------TCAGTA--C-CAT-----ATTC---AT---C-------------ACCAT-AT--T-TGA-T--TATT--TCA---C---CTTTATCAGGTTTCTTTCATCCATC-------TCT------TCT--GCAG--TCATCATATTCATACATATCACTTTCA-ACAATTTCAC--A-A-ACTTCATT-----TC-T-TAATTCGGCTTTAGCT--ATGAATGTTA-CAGATGAATCATTATCATC-ACAGCTGTCA----TTG--A-CACC-AT--TAGTATCCT--CATTGTCACCGTTATCATCACCct
gi|2 : cATCATTATCATCA-CAGC------TG--TCATTGACACCAT-TAGTA---TC-----C-TCAT-TG-T-C-AC---CGT-TAT-CATCACCATTGCCACAG----AAA-----CA--A---CCA----TTGGAAACA---A---C-AGATT------TACCACC--ACCA--ATTTCA-T------CAACTTACATTTCA--CCACCAACA--ACA-GAAACGAAAATGAAAACTATGTCA-----AA--AACA-AT-------------ATCATTA-----CCGTCATCAGTATCATC-ATTA-CCGT-CAT---CATCAT-------CATTAC--GG-CCA--TCATCA---TTATTAGCA---------CCAAT-AGCACCAGGCTCATTACA-------ACAGAA--GTCGT-CAAAA-TCAGAAT---TA--ACACCACAT-ATGAC-AT--C-AAC-TCGTATT--TCATCTT---C---GTCAG------------AAACGAACACTTTA------TTA--GCATTATCATCATCATCTC---CAACAGCAGTA-G-----TAGC--ATA-TCattgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgaacactttattagcattatcatcatcatctccaacagcagtagtagcatatc
gi|3 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttacagatgaCG---TCA----T------TA---A---C-A------------GTATC--AGCA--A---CA-A------CAGC---------A--GCATCGGCA--GCA-ACATT----ATCA--------TCG-----TC--AACA--------------------TTA-----C------------CGTG-TTCGTCAT---AG---T--TAA-------TGTCAA--TG-TAA--TCAAAA---TAATCTTAA---------TCGTC-ATAGACA--------TCG-------TCATCA--A-CAT-CAGCA-TC---AT---TA-------------TCAT-------TG--T--TA----TCA---C---C---ACGAG------------AATGA------TTA------TAT--ATAATAT--TCACTATTGT---CTTTAATATCACG-----TCTC---CA-TCTTTGTTA----TCAT-CAAT----CATCA-TT--ATCAGTATTATCA---AAATCATCAT-------------CA----CTT--A-T-TCGAT--CAATATATT--CGTCGTCTTCATCAT
gi|4 : a-C-AT---CAA-CAG-CAACATCAG--CAGCAG----CATAAACCCATGACTTTCC----A------CA---G---C-A---T------CAATATC--AATA--C---TG-A------CAGA---------A--TCATCAAAA--GAA-GTATC----TTTA--------GCA-----AG--GACA-AT------AG-----ATT-CT------------------TCA-C-TTAA-CATCACAA---TATCACAAGCAGCCA-CAA--CA-ACAGATCAGCAGTATCATCAACA---------TCAAA-ATAATCA--------ACG-------GCAGCAAAG-TAAATAACA-AA---AT----A--ACA--CCA--ACCTC-AT--CATAA-G--CACCA-TCA---CAAGC---ATCAG------------CACCA------GCAAAAGCATCA--TCATCATCATC---ATCAT---CAACAGac
gi|5 : tatcagcag-TC--ATCATCATTATCG---TCATCATCA--AGC-CAAA----CA----G-------AT---T--CAGTGTCTT--CATCATCATCATCATCATCAc
gi|5 : CA-------TCATCA--T-TAT-CGTCA-TC---AT---CA--A-G--CCA--AACAG-AT--T-CAG-T--GTCT--TCA---T---C---ATCAT------------CATCA------TCA------TCA--GAAGTAGCCGCAAAAACAT---CATCAGTAGAA-A-----TAAT--AGACTCTTCAACA----TCAgaagtagccgcaaaaacatcatcagtagaaataatagactcttcaacatcagcttccatgtttgtacagacgccaccgttgacctcacaatatcaagtgccagacatatcactgtcaccagaaacatcaccagcatcaacgccagtaacatcatcgctagtaacacctggtatctcaagactttcatttacacagtca
gi|5 : tAACAGAT--TCAGTGTCTTCATCATCATCATCATCATCAGAAGTAGCCGCAAAAACATCATCAGTAGAAA-TAATAGACTCTTCAACATCAG-CT-T-CCATGTTTGTACAGACGCCACCGT--TGACCT----CAC-----AAT-A---TCAAGTGC------CAGACA---T-A---T------CACTGTC--ACCA--GAAACA-T------CACC---------A--GCATCAACG--CCA-GTAAC----ATCA--------TCG-----CT--AGTA-A------CACCTGGTATC-TCAAGACTT-----------TCATT-TACA-CAGT-CAgcttccatgtttgtacagacgccaccgttgacctcacaatatcaagtgccagacatatcactgtcaccagaaacatcaccagcatcaacgccagtaacatcatcgctagtaacacctggtatctcaagactttcatttacacagtca
gi|6 : tcatcatcattatcgtcatcatcaagccaCAGCAACAACAGC------AACAACGGCAGCAGCAA-TA-TA---AGT---AG-TCACGCTAT-C-TT---CGT-GGG-CATCGTCAT--C--TTGTTTTCGT-----AATCA---TGA----T------CA---AAGAC-G---TTAGTTTCGACATCTGATCG--G---CA-T------CATC---------A--GTAAGAGCA--GCA-GCACC----ATCA--------TGAGC---ATTCAGCATGT-----GAC-----ATTATCAT----C-----------GCATC-TT---CATT-CA----TAACAA-------TATAAAAGTATACA--TCATCA---TCATCAGCA---------TTATC-AT
gi|7 : T--CAACAA----CAG-----CA--A---CCA-----------CA---A---C-A---A------CAGCATC--ATCA--G-------------CAGC---------A--ACATCAGCA--GCA-GCAAC----ATCA--------GCA-----A-------------------------C-TTC-----A-----------TCATC-ATCAGCATC-CAC---CTCCAC-------C-TCCC--CC-TCA--TCCACA---TCATCTGCA---------TCATG-CTCAACA--------CCA-------ACAACA--G-CAG-CAGCA-GC---AA---CA--ACA--ACAGCAGCAC-ATGAC-TGCTT--TAC----CA-------C---ATCAGT-----------CATCG------TTG------TCAGGACAATCTCACCACACCCAT---
gi|9 : AACAG----CAA-----CATTA---GCA----T------CA---A---CAA---TAAGAA-CAACCTG--AACA--A---CA-A------CAGC---------A--ACATCAACA--ATA-GCAAC----ATCA--------TAA-----AC--AATA-GC-----AAC-----A-----------------------TCATN-NNNN-NNNN-NAA---CATCAA-------TATCAA--CA-ATA--ACAGCC---ACATCAATA---------ATACC-AACAGCA--------ACA-------TAAACA--A-TAG-CAACA-TC---ATAGACA--ATA--ACA--ttca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CCATCAGCATCACCACTACAACCGCCGCCACCACCACCACCAACAACAACAACAGCAACAACACCAACACAAGAAGAAAAACATATTTAAAATAAAACAACAACATCATCATTATCAACCACAGCAACCCCACCACCAAAAGCAACAACAATACTAACAACAACATTATCAACTACAACAGCAACAACACCACCAAAAACAACAACAAAAACA
Alignments
lowQualScore : 1 1 2222222222 88888888888888888888888888888888888888 222222222222222222 111 22222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222 6666666666666666666666666666666666666 1111 333333333333 11 111 333333333333 11111 222222 11
lowQualScore : 5 5 8888888888 1 5 88 2 1 2 1 888 6 55555555555555555555555555555555555555 4 1 4 444444444444444444 3 99999 111 99999 7777777 33333333 2 44 1 555 3 1 2 2 1 3 999999 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 44 44 1 555 77777777777777777 2 2 1 1 888888 9999999 555 33 0 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 66666666666 1 777 66 33 0000000000000000000000000000000000000 77 7777 7 222222222222 3 3 55 6 111 99 5 999999999999 55555 1 0 8 1 333333 1 11 6
lowQualScore : . . .......... . . .. . . . . ... . ...................................... . . . .................. . ..... ... ..... ....... ........ . .. . ... . . . . . . ...... ................................................................................ .. .. .. . ... ................. . . . . ...... ....... ... .. . . ............................................................ . ........... . ... .. .. ..................................... .. .... . ............ . . .. . ... .. . ............ ..... . . . . ...... . .. .
lowQualScore : 5 5 5555555555 7 7 88 8 1 2 4 999 7 66666666666666666666666666666666666666 4 1 4 333333333333333333 6 11111 777 55555 1111111 00000000 1 22 0 000 8 0 2 9 0 1 666666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 11 22 0 444 77777777777777777 9 9 0 0 222222 3333333 111 99 6 9 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 66666666666 0 888 99 11 3333333333333333333333333333333333333 99 0000 5 222222222222 7 2 88 7 777 22 2 000000000000 22222 0 8 0 0 000000 0 00 4
consensus : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAGATT---A------TCATCATCATCATCATCATC-ATCATCAGCAGCAGCAGCATCATCA--GTAACAA-T-ATA---TC-T---AC-TCAC-C-T-T-CA---TCGT-CAG-CATCA-CCAT------CAACAG------C-AT-----CATCA---TCA----TCA---A---CA-T------CANCATC--AGCAG---CANCAGCAGCANCAGCAGCA-GCANC-ATC------ATCA--ACA------A---CAN-CA-C-----ATC-TTA-----CTCATC-TTCA-CATT-CAGTATC-------AN-------CATCAA--CA-NCA--TCANCA---TCATCA--N---CA---------TC-ATC-ATCATCANC------AT-------CAGCA--GCAN-CAGCA-TCATCAA-CAACA--AC-CAT-ATC-TG--TTACC--TCAC---C---ATCAG------------CATCATCATCAG--CAGTATCATCATAATCAT---CA--TCAGTATCA-A-----TCAC--A-TA-TC--TT----CGTTA----T--CAT-AAATCATCATT--ATC-AT----TNTTATC--AT-AA---TCA--TCATCAT--C-CCAN----CA----TTTATATC-ATCANT------ATNTT--CGTCGTCATCATTATCATCATC
Reference ( family-677 ) : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAGATT---A------TCATCATCATCATCATCATC-ATCATCANCAGCAGCAGCATCATCA--GTAACAA-T-ATA---TC-T---AC-TCAC-C-T-T-CA---TCGT-CAG-CATCA-CCAT------CAACAG------C-AT-----CATCA---TCA----TCA---A---CA-T------CANCATC--ANCAG---CANCAGCAGCANCAGCAGCA-GCANC-ATC------ATCA--ACA------A---CAA-NA-C-----ATC-TTA-----CTCATC-TTCA-CATT-CAGTATC-------AN-------CATCAA--CA-NCA--TCANCA---TCATCA--A---CA---------TC-ATC-ATCANCANC------AT-------CAGCA--GCAN-CAGCA-TCATCAA-CAACA--AC-CAT-ATC-TAC-TTACC--TCAC---C---ATCAG------------CATCATCATCAG--CAGTATCATCATAATCAT---CA--TCAGTATCA-G-----TNAC--A-TA-TC--TT----CGTTA----T--CAT-NAATCATCATT--ATC-AT----TGTTATC--AT-AA---TCA--TCATCAT--C-CCAA----CA----NTTATATC-ATCANT------ATNTT--CATCGTCATCATCATCATCATC
gi|1 : TCACAGTATTATAAAGATATGCAAC-CAACATGTTCTTA------TCATCATCAGCATCATTATC-ATCAT---TAGCAGCAGCATTATCA--ATAACAAGT-ATA---TCTT---AC-TTAC-CTT-T-CA---CCTT-CAG-TATCA-CCAT------CAACAG------T-AT-----TATCA---TCA----TCA---A---CA-T------CACCATC--ATCAG---CAGCAGCAGCAGAAGCAGCA-GCAGT-ATT------ATCA--ATA------A---CAAGTA-T-----ATC-TTA-----CTTATCTTTCA-CATT-CAGTATC-------AC-------CATCAA--CA-GTA--TCATCA---TCATCA--A---CA---------TC-ATC-ATCAGCAGC------AG-------CAGCA--GCAG-CAGCA-TTATCAA-TAACA--AG-TAT-ATCTTAC-TTACCTTTCAC---C---TTCAG------------TATCACCATCAA--CAGTATCATCATAATTAT---CA--TCAGTATCA-G-----TTACTGA-TA-TC--TT----ATTTACCTTT--CATAAAATCATCATTAAATC-AT----TGTTATC--AT-AA---TCA--TCATTAT--CTTCAA----TATTTTTTTATATC-ATCACT------AGAAT--CATCATCATCATCATCATCATC
gi|1 : ttatgaccctA-T-----ATC-TTA-----TTTACC-TTT--CAT---AAAATC-------AT-------CATTAA---A-TCA--TTGTTA---TCATAA--T---CA---------TC-ATT-ATCTTCAAT------ATTTTTTTATATCA--TCAC-TAGAA-TCATCAT-CATCATCAT-CATCATC-T---TTTTC--T-----------TTGA------------AATCATTA------------CATCATAATTAT---TA--T---TATCA-A-----TA----A-TA-TT--T-------TTA----T--CAT--ATTTA-CATT---TC-AT----TTATATA--AT-AA---TAA--TCATCAT--CACCAT----CA----ATTTCACT-ATCAGTTGTACCATTTTTACATT-TCATCATTATCATCATtttttctttgaaatcattacatcataattattattatcaataatatttttatcatatttacatttcatttatataataataatcatcatcaccatcaatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|1 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtattatcatcatcaacatcaccatcatcagcagcagcagcagaagcagcagcagtattatcaataacaagtatatcttacttatctttcacattcagtatcaccatcaacagtatcatcatcatcaacatcatcatcagcagcagcagcagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtatcatcataattatcatcagtatcagttactgATC-ATC------ATTA--A-A------T---CAT-TG-TT----ATC-ATA-----ATCATC-ATTA-TCTT-CAATATTTTTTTATAT-------CATCAC--TA-GAA--TCATCA---TCATCA--T---CA---------TC-ATC-ATCTTTTTCTTTGAAAT-------CATTA---CAT-CATAA-TTATTAT-TATCA--AT-AAT-ATT-T---TTA----TCAT-------ATTTA------------CATT-TCATT----TA-TATAATAATAATCAT---CA--TCACCATCA-A-----TTTC--ACTA-TCAGTTGTACCATTT----TTACAT-T--TCATCATT--ATC-ATCATATTTTATCA-AT-AATACTTAATTTATAATAAC-CTGT----CA----TCAATATC-ATTATT------ATCTT--AGTTATCATTATTATTAattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtattatcatcatcaacatcaccatcatcagcagcagcagcagaagcagcagcagtattatcaataacaagtatatcttacttatctttcacattcagtatcaccatcaacagtatcatcatcatcaacatcatcatcagcagcagcagcagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtatcatcataattatcatcagtatcagttactgatatcttatttacctttcataaa----TCA---A---CA-T---------CATC--AGTAG---CA--AG-AGCAATGGAAGCA-GCATT-ATCCACACTGTCATTACA------AATGTAC-CA-C-----A-----A-----CT-ACC-T--A--ATG-CAG-----------AG--------AT-AA--CA-ACA--CAAAGA---TGATCATGA---CC---------TTGACC-ACCATCATC------AT-------CAGCA--GCAA-TAGCA-TCATCAataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : AGAGATA-ACAACACAA-AGATG---A------TCATGACCTTGACCACCATC-ATCATCAGCAGCAATAGCATCATCA--ccttaaaataa
gi|11 : tcaacatcatcagtagcaagagcaatggaagcagcattatccacactgtcattacaaatgtaccacaactacctaatgcATT---A------TTTTCATCATTATCATTATT-ATCAT-AACAACAACA--ATAATGA---TAATAA-T-A------------AC------------CA---ACAT-CAG-TATCA-T---------------------T-AT-----CATCG---TCA----TTA---A---CA-T------CAACAAC--AAAAG---TAG--GCAGCAAT-GCTGCA-GCAccttaaaataa
gi|12 : CATT-ATTCTTAATAACAGTGAAAACATCC--GTAACAA-T--TA---TC------C-TCAC-C---------------CA--CATCA-CCAT------CATCAT------C-AT-----CATCA---TCA----CCA---G---GA-G------CAGCAGT--AACTG---CAGTAGTA-CACTA-TAGCG-GTATC-ATaggaaacagcaatttattagt
gi|13 : ---------TT-ATC-ACCAGCATA------AT-------CAGCA--GCAG-AATCA-TCATTAA-TAACA--AC---T-AAC-TAC-gtaaatgt
gi|14 : gcatcatatttttcttcttctcctttctttatatatC-------AT-------CATCAA--CA-ACA--CCAGCA---TCATCA--A---CAAAACCATGACC-ATCTATCAGCATC------AT-------CAGCA--GCAC-CAGCA-TCATCAA-CAA-A--AC-CAT-G----------------AC---C---ATCAG------------TATCATCAGCAaacaaaaaacaacaacagt
gi|15 : -CAG-CAGCA-GCAT-------AACAT------C-AC-----CATCA---TCA----GCA---C---CA-G------CAGCATC--AGCAT---TATCAGCAGCAGCATCA-CACTCAAC-ATC------ATCA--GCA------A---CA
gi|16 : -CATCA-TTAT------CATCA-------C-AT-----CATGA---TCA-----CA---A---AG-G------CAATATC--GGCAG---CAGCAACAACAACAGCAGCA-
gi|17 : actttttcAA--CA-ACA--TCAGCA---AACTCA--A---AA---------TC-ATC-AGTATCAAC------AT-------CAGCA--GCAA-CAACA-TTGTCAA-Cctgac
gi|2 : ---CAGCAGTAGCACCAACAGCA-ACAGC-ATC------GTCA--A--------A---CTC-GC-C-----ATCGTCA-----TTCTTA-TTCT-CTTT-C----TC-------AT-------CTTCA---TA-TC----CACCA---TCGCCA--T---CC---------TT-ATC-ATCATCTCC------AT-------CAGTA--CCAT-----ATTCATC----------AC-CAT-ATT-TGA-TTATT--TCAC---CTTTATCAGGTTTCTTTCATCCATC-TCTTCTG--CAG--TCATCATATTCATACATA--TCACTTTCA-ACAATTTCAC--A--A-AC--TT----CATT-----T--CTT-AATTCGGCTTT--AGCTATGAA-TGTTA-CAGATGAA---TCA--TTATCAT--C-ACAGCTGTCA----TTGACACC-ATTAGT------ATCCT--CATTGTCACCGTTATCATCACCt
gi|2 : cACAGATG---A--------ATCATTATCATCA-CAGCTGTCATTGACACCATTAGTATCCTCATTGTCACCG-T--TA---TC-----A--TCAC-C-A-T-TG---CCA--CAG-AAACAACCATTGGAAACAACAGATTTACC-AC-----CACCAATTTCA----TCA---A---CT-TA-----CATT-TC--ACCAC---CAACAACAGAAACGAAAATG-AAAACTAT-------GTCA--AAA------A---CAA-TATC-----AT---TA-----C----C-GTCA----T-CAGTATC-------AT-------CATTAC--CG-TCA--TCATCA---TCATTA--CGGCCA---------TC-ATC-ATTATTAGC------AC-------CAATA--GCAC-CAGGC-TCATTA--CAACA--G---AA-GTC-G----------TCAA---A---ATCAG------------AATTAACACCA---------CAT-ATGA-CAT---CAACTC-GTATT--------TCA--------TC--TT----CG-------T--CAG-AAACGAACACT-------T----TATTAGC--AT-TA---TCA--TCATCAT--CTCCAA----CA----attgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgaacactttattagcattatcatcatcatctccaacagcagtagtagcatatc
gi|2 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttAACACTTT---A------TTAGCATTATCATCATCATC-TCCAACAGCAGTAGTAGCAT-ATCgcagtagtagcatatc
gi|3 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttacagatgaatcattatcatcacagctgtcattgacaccattagtatcctcattgtcaccgttatcatcaccattgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgCG---TCA----TTA---A---CA----------GTATC--AGCAA---CAACAGCAGCATCGGCAGCA-ACATT-ATC------ATCG--TCA------A---CA---------------TTA-----C-CGTG-TTCGTCAT---AGT--T-------AA-------TGTCAA--TG-TAA--TCAAAA---TAATCT--T---AA---------TC-GTC-ATAGACATC------GT-------CATCA--ACAT-CAGCA-TCATTA----------T-CAT-----TG--TTA----TCAC---C---ACGAG------------AATGATTATATA--TAATAT--TCACTATTGT---CT--TTAATATCACG-----TCTC----CA-TC--TT----TGTTA----T--CAT-CAATCATCATT--ATC-AG----TATTATC--AA-AA---TCA--TCAT---------------CA----CTTAT-TCGATCAAT------ATATT--CGTCGTCTTCATCAT
gi|4 : a-CA---TCAA-CAG-CAACA-TCAG------CAGCAG------C-ATAAACCCATGACTTTCC----ACA---G---CA-T------CAATATC--AATAC---TGACAGAATCATCAAAAGAA-GTATC-TTT------AGCA--AGG------A---CAA-TA-G-----ATT-CT-------TCA-C-TTAA-CATCACAATATC-------ACAAGCAGCCA-CAA--CA-ACAGATCAGCAGTATCATCA--A---CA---------TC-AAA-ATAATCAAC------GG-------CAGCAAAGTAAATAACA-AAAT-AA-CACCA--AC-CTC-ATCATAA-GCACCA-TCACAAGC---ATCAG------------CACCAGCAAAAG--CATCATCATCATCATCAT---CA--TCAac
gi|5 : tatcagcagC------AT-------CATCA--TTAT-CGTCA-TCATCAAGC--CA--AA-CAG-ATT-CAG-TGTCT--TCAT---C---ATCAT------------CATCATCATCAG--AAGTAGCCGCAAAAACAT---CA--TCAGTAGAA-A-----TAAT--A-GACTC--TT----CAACA----T--CAacagc
gi|5 : tAACAGATTC--AGTGTCTTCATCATCATCATCATCATC-AGAAGTAGCCGCAAAAACATCATCA--GTAGAAA-TAATAGACTC-TTCAACATCAG-C-T-TCCATGTTTGTACAGACGCCA-CCGT------TGACCT------C-AC-----AAT-A---TCAAGTGCCAGACA---TA-T------CACTGTC--ACCAGAAACATCACCAGCATCAACGCCA-GTAAC-ATC------ATCG--CTA------G---TAA-CA-CCTGGTATC-TCAAGACTTTCATT-TACA-CAGT-CAgcttccatgtttgtacagacgccaccgttgacctcacaatatcaagtgccagacatatcactgtcaccagaaacatcaccagcatcaacgccagtaacatcatcgctagtaacacctggtatctcaagactttcatttacacagtca
gi|6 : tcatcatcattatcgtcatcatcaagccaCAGCAACAACAGCAACAACGGCA--GCAGCAA-T-ATA---AG-T---AG-TCACGC-TAT-CT---TCGT-GGG-CATCG-TCAT------C--TTGTTTT--C-GT-----AATCA---TGA----TCA---AAGACG-TTAGTTTCGACATCTGATCGG---CATCATCAGTAAGAGCAGCA-GCACC-ATC------ATGA--GCATTCAGCA---TGT-GA-C-----ATTATCAT----CGCATC-TT---CATT-CA-TAAC-------AA-------TATAAAAGTATACA--TCATCA---TCATCA--G---CA---------TT-ATC-AT
gi|7 : CAA------CAACAG------CAAC-----CA-CA---ACA----ACA---G---CA-T------CATCAGC--AGCAA---CATCAGCAGCAGCAACATCA-GCAAC-TTC------ATCA--TCA------T---CA---G-C-----ATC-----------CACC-TCCA-CCTC-C----CC-------CT-------CATCCA--CA-TCA--TCTGCA---TCAT----G---C--------------TC-AACACCAAC------AA-------CAGCA--GCAG-CAGCA-ACAACAA-CAGCA--GCACAT-GAC-TGCTTTAC----CA----C---ATCAGT-----------CATCGTTGTCAGGACAATCTCACCACACCCAT---
gi|9 : tAACAG------C-AA-----CATTA---GCA----TCA---A---CAATAAGAA-CAACCTG--AACAA---CAACAGCAACATCAACAATA-GCAAC-ATC------ATAA--ACA------A---TAG-CAAC-----ATC------------ATN-NNNN-NNNN-NAACATC-------AA-------TATCAA--CA-ATA--ACAGCC---ACATCA--A---TA---------AT-ACC-AACAGCAAC------AT-------AAACA--ATAG-CAACA-TCATAGA-CAATA--AC-ttca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CCATCAGCATCACCACTACAACCGCCGCCACCACCACCACCAACAACAACAACAGCAACAACACCAACACAAGAAGAAAAACATATTTAAAATAAAACAACAACATCATCATTATCAACCACAGCAACCCCACCACCAAAAGCAACAACAATACTAACAACAACATTATCAACTACAACAGCAACAACACCACCAAAAACAACAACAAAAACA
Alignments
lowQualScore : 1 1 111 22222222222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666 222222222222222222 111111 111 1111111 11111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 22222222222222222222222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 222222222222 111 22222222222 555555555555555555555555555555555555 333333333333 1111 111 333333333333333333 222222 11
lowQualScore : 5 5 5 333 0 1 4 2 22222222222222222222 1 666 66 7777777777777777777777777777777777777777777 5 5 111111111111111111 000000 44 000 6666 0000000 88888888 1 33 5 444 1 1 33 2 2 777777 2 555 777777 77777 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0000000 1 555 444 555 1 77 66666666666666666666666666666666666 2 1 888888 4 1 44 1 1 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 2222222222 222222222222 1 333 66 11111111111 555555555555555555555555555555555555 99 4 7 222222222222 1 3 6 1111 111 99 5 444444444444444444 1 0 8 1 333333 1 11 6
lowQualScore : . . . ... . . . . .................... . ... .. ........................................... . . .................. ...... .. ... .... ....... ........ . .. . ... . . .. . . ...... . ... ...... ..... . .............................................................. ....... . ... ... ... . .. ................................... . . ...... . . .. . . . ................................................................... . .......... ............ . ... .. ........... .................................... .. . . ............ . . . .... ... .. . .................. . . . . ...... . .. .
lowQualScore : 5 5 7 888 1 4 0 0 44444444444444444444 2 444 11 9999999999999999999999999999999999999999999 0 0 444444444444444444 111111 22 888 5555 7777777 44444444 0 99 9 777 0 0 77 0 7 777777 7 000 666666 22222 9 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8888888 0 888 222 444 0 33 22222222222222222222222222222222222 9 0 888888 0 4 22 0 5 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 8888888888 888888888888 0 999 99 66666666666 888888888888888888888888888888888888 88 0 5 222222222222 0 2 7 2222 777 22 2 000000000000000000 0 8 0 0 000000 0 00 4
consensus : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAG-ATT---ATCATCATCATCATCATCATC-ATCATCAGCAGCA------------GC------AGCATCATCA--GTA--ACAA-TA-TA---TC-T---AC-TCAC-C-T-T---C-AT---CGT-CAG-CATCA-CCAT------CAACAG------CAT-----CAT--CA---TCA----TCA---A---CA-T------CANCATC--ANCAG---CAGCAGCAGCANCGGCA--GCAGCANC-ATC------A-TC---A--A---CA-A---C-AN-C--A-T----AT--C----TTA-----C---TCATC-TTCA-------CATT--CAG---TATC-------ANCATCAA--CA-NCATC---ANCA--TCATCA---NCA---------TC------------------ATC-ATCATCANC------ATCAGCAGC--ANCAGCAT-CATCAACAACAAC-CATATCT--G--TT-AC---TCA---------CC---ATCA---G------------CATCATCATCAG--CAGTATCATCAT------------AATCAT---CA--TC---------ANTATCA-A-----TCAC--ANA-TC--TT----CGTTA----TCAT-AANTCATCATT--ATC-AT----TNTTATC-A--T-AA---TCA--TCATCAT--C-CCANC----A----TTTATATC-ATCANT------ATNTT--CGTCGTCATCATCATCATCATC
Reference ( family-677 ) : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAG-ATT---ATCATCATCATCATCATCATC-ATCATCAGCAGCA------------GC------AGCATCATCA--GTA--ACAA-TA-TA---TC-T---AC-TCAC-C-T-T---C-AT---CGT-CAG-CATCA-CCAT------CAACAG------CAT-----CAT--CA---TCA----TCA---A---CA-T------CANCATC--AGCAG---CANCAGCAGCANCAGCA--GCAGCANC-ATC------A-TC---A--A---CA-A---C-AN-C--A-C----AT--C----TTA-----C---TCATC-TTCA-------CATT--CAG---TATC-------ANCATCAA--CA-NCATC---ANCA--TCATCA---NCA---------TC------------------ATC-ATCATCANC------ATCAGCAGC--ANCAGCAT-CATCAACAACAAC-CATATCT--G--TT-ACC--TCA---------CC---ATCA---G------------CATCATCATCAG--CAGTATCATCAT------------AATCAT---CA--TC---------AGTATCA-A-----TCAC--ATA-TC--TT----CGTTA----TCAT-AAATCATCATT--ATC-AT----TNTTATC-A--T-AA---TCA--TCATCAT--C-CCANC----A----TTTATATC-ATCANT------ATNTT--CGTCGTCATCATTATCATCATC
gi|1 : TCACAGTATTATAAAGATATGCAAC-CAACAT-GTTCTTATCATCATCAGCATCATTATC-ATCAT---TAGCA------------GC------AGCATTATCA--ATA--ACAAGTA-TA---TCTT---AC-TTAC-CTT-T---C-AC---CTT-CAG-TATCA-CCAT------CAACAG------TAT-----TAT--CA---TCA----TCA---A---CA-T------CACCATC--ATCAG---CAGCAGCAGCAGAAGCA--GCAGCAGT-ATT------A-TC---A--A---TA-A---CAAG-T--A-T----AT--C----TTA-----C---TTATCTTTCA-------CATT--CAG---TATC-------ACCATCAA--CA-GTATC---ATCA--TCATCA---ACA---------TC------------------ATC-ATCAGCAGC------AGCAGCAGC--AGCAGCAT-TATCAATAACAAG-TATATCTTAC--TT-ACCTTTCA---------CC---TTCA---G------------TATCACCATCAA--CAGTATCATCAT------------AATTAT---CA--TC---------AGTATCA-G-----TTACTGATA-TC--TT----ATTTACCTTTCATAAAATCATCATTAAATC-AT----TGTTATC-A--T-AA---TCA--TCATTAT--CTTCAAT----ATTTTTTTATATC-ATCACT------AGAAT--CATCATCATCATCATCATCATC
gi|1 : ttatgaccctCAACAGTATT---ATCATCATCAACATCACCATC-ATCAGCAGCAGCAGCAGAAGCAGCAGC------AGTATTATCA--ATA--ACAAGTA-TA---TC-TT--AC-TTAT-C-T-TTCAC-AT-----T-CAG-TATCA-CCAT------CAACAG------TAT-----CAT--CA---TCA----TCA---A---CA-T------CATCATC--AGCAG---CAGCAGCAGCAGCAGCA------------TT------A-TC---A--A---TA-A---C-AAGT--A-T----AT--CTTACTTA-----CCTTTCACC-TTCAGTATCACCATCAACAG---TATC-------ATCATAAT--TA-TCATCAGTATCAG-TTACTG---ATA---------TCTTATTTACCTTTCATAAAATC-ATCATTAA-------ATCATTGTT--ATCATAAT-CATCATTATCTTC-AATATTT--T--TTTATA--TCA---------TC---ACTA---G------------AATCATCATCAT--CATCATCATCATCTTTTTCTTTGAAATCATTA-CA--TCATAATTATTATTATCA-A-----T-A---ATA-TT--T-------TTA----TCAT--ATTTA-CATT---TC-AT----TTATATA-A--T-AA---TAA--TCATCAT--CACCATC----A----ATTTCACT-ATCAGTTGTACCATTTTTACATT-TCATCATTATCATCATtttttctttgaaatcattacatcataattattattatcaataatatttttatcatatttacatttcatttatataataataatcatcatcaccatcaatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|1 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccat-ATC------A-TC---A--T---TA-A-----AT-C--A-TTGTTAT--C----ATA-----A---TCATC-ATTA-------TCTT--CAA---TATTTTTTTATATCATCAC--TA-GAATC---ATCA--TCATCA---TCA---------TC------------------ATC-ATCTTTTTCTTTGAAATCATTA-C--ATCATAAT-TATTATTATCAAT-AATATTT-----TT-A----TCA----------T---ATTT---A------------CATT-TCATT----TA-TATAATAAT------------AATCAT---CA--TC---------ACCATCA-ATT---TCAC---TA-TCAGTTGTACCATTT----TTAC-ATTTCATCATT--ATC-ATCATATTTTATCAA--T-AATACTTAATTTATAATAAC-CTGTC----A----TCAATATC-ATTATT------ATCTT--AGTTATCATTATTATTAattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtattatcatcatcaacatcaccatcatcagcagcagcagcagaagcagcagcagtattatcaataacaagtatatcttacttatctttcacattcagtatcaccatcaacagtatcatcatcatcaacatcatcatcagcagcagcagcagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtatcatcataattatcatcagtatcagttactgatatcttatttacctttcataaa-T------CAACATC--ATCAG---TAGCAAGAGCAATGGAA--GCAGCATT-ATCCACACTG-TC---ATTA---CA-AATGT-AC-C--A-C----A----------A-----C---T-ACC-T--A--------ATG--CAGAGATAAC-------AACA-CAA---A-G-------ATGA--TCATGA---CCT---------TG------------------ACC-ACCATCATC------ATCAGCAGC--AATAGCAT-CATCAataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : AGAGATA-ACAACACAA-AG-ATG---ATCATGACCTTGACCACCATC-ATCATCAGCAGCA------------AT------AGCATCATCA--ccttaaaataa
gi|11 : tcaacatcatcagtagcaagagcaatggaagcagcattatccacactgtcattacaaatgtaccacaactacctaatgc-ATT---ATTTTCATCATTATCATTATT-ATCAT-AACAACA------------AC------A--ATAATGA---TA--ATAA-TA-------------AC--------------C-AA---CAT-CAG-TATCA-T---------------------TAT-----CAT--CG---TCA----TTA---A---CA-T------CAACAAC--AAAAG---TAG--GCAGCAAT-GCT--GCAGCAccttaaaataa
gi|12 : CATT-ATTCTTAATAACA------------GT------GAAAACATCC--GTA--ACAA-T--TA---TC------C-TCAC-C------------------CA--CATCA-CCAT------------------CAT-----CAT--CA---TCA----TCA---T---CA-C------CAGGAGC--AGCAG---TAACTGCAGTAGTA-CACTATAGCGGT-ATC------A-Taggaaacagcaatttattagt
gi|12 : ---ATCACCATCATCATCATCATC-ATCACCAGGAGCA------------GC------AGTAACTGCA--GTAGTACAC-TA-TA---gtaaatgt
gi|13 : cattattcttaataacagtgaaaacatccgtaacaattatcctcacccacTTATCACCAGC-ATAATCAGCAGCA------------GA------ATCATCATTA--ATA--ACAA-C--TA---AC-T---AC-gcggtatcatgtaaatgt
gi|14 : gcatcatatttttcttcttctcctttctttatatatC-------ATCATCAA--CA-ACACC---AGCA--TCATCA---ACAAAACCATGACC------------------ATCTATCAGCATC------ATCAGCAGC--ACCAGCAT-CATCAACAA-AAC-CATG------------------A---------CC---ATCA---G------------TATCATCAGCAaacaaaaaacaacaacagt
gi|15 : ------CAGCAG------CAG-----CATAACA---TCA----CCA---T---CA-T------CAGCACC--AGCAG---CATCAGCATTATCAGCA--GCAGCATC-A-C------ACTC---A--A---CA-T---C-AT-C--A-
gi|16 : ------CAT-----CAT--TA---TCA----TCA-------CA-T------CATGATC--A-------CAAAGGCAATATCGGCA--GCAGCAAC-A--------A--C---A--A---CA-G---C-AG-C--A-C----gcaaca
gi|17 : actttttcAA--CA-ACATC---AGCA--AACTCA---AAA---------TC------------------ATC-AGTATCAAC------ATCAGCAGC--AACAACAT-TGTCAACtgac
gi|2 : ---CAGCAGTAGCACCAACA--GCAACAGC-ATC------G-TC---A--AACTCG-C---C-AT-C--GTC----ATT-C----TTA-----T---TC-TC-TT------------T--C-------TC-------ATCTTCA---TA-TC--C---ACCA--TCGCCA---TCC---------TT------------------ATC-ATCATCTCC------ATCAGTACC--AT----ATTCATCA-------C-CATATTT--GA-TT-ATT--TCA---------CCTTTATCA---GGTTTCTTTCATCCATC-TCTTCTG--CAGT--CATCAT------------ATTCATACATA--TC---------ACTTTCA-ACAATTTCAC--AAA--C--TT----CATT-----TCTT-AATTCGGCTTT--AGCTATGAA-TGTTA-C-AGATGAA---TCA--TTATCAT--C-ACAGCTGTCA----TTGACACC-ATTAGT------ATCCT--CATTGTCAt
gi|2 : cACAG-ATG---A--ATCATTATCATCA-CAGCTGTCATTGACACCA------------TT------AGTATCCTCATTGTC--ACCG-T--TA---TC-----A--TCAC-C-A-T---T-GC---CA--CAG-AAACAACCATTGGAAACAACAGATTTACCAC-----CAC--CAATTTCA----TCA---A---CT-TA-----CATT-TC--ACCAC---CAACAACAGAAACGAAA--ATGAAAACTAT-------G-TC---A--A---AA-A---C-A-----A-T----AT--CA---TTA-----C-------C-GTCA----------T--CAG---TATC-------ATCATTAC--CG-TCATC---ATCA--TCATTACGGCCA---------TC------------------ATC-ATTATTAGC------ACCAATAGC--ACCAGGCT-CATT-ACAACAG---AAGTC---G----------TCA---------AA---ATCA---G------------AATTAACACCA---------CAT-AT------------GA-CAT---CAACTC----------GTATT--------TC------A-TC--TT----CG-------TCAG-AAACGAACACT-------T----TATTAGC-A--T-TA---TCA--TCATCAT--CTCCAAC----A----ccgttatcatcaccattgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgaacactttattagcattatcatcatcatctccaacagcagtagtagcatatc
gi|2 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttAACAC-TTT---ATTAGCATTATCATCATCATC-TCCAACAGCAGTA------------GT------AGCAT-ATCgcagtagtagcatatc
gi|3 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttacagatgaatcattatcatcacagctgtcattgacaccattagtatcctcattgtcaccgttatcatcaccattgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacg--CG---TCA----TTA---A---CA----------GTATC--AGCAA---CAACAGCAGCATCGGCA--GCAACATT-ATC------A-TC---G--T---CA-A---C-A---------------------TTA-----C----CGTG-TTCGT------CAT----AG---T--T-------AATGTCAA--TG-TAATC---AAAA--TAATCT---TAA---------TC------------------GTC-ATAGACATC------GTCATCAAC--ATCAGCAT-CATTA-------T-CAT---T--G--TT-A----TCA---------CC---ACGA---G------------AATGATTATATA--TAATAT--TCAC------------TATTGT---CT--TT---------AATATCACG-----TCTC---CA-TC--TT----TGTTA----TCAT-CAATCATCATT--ATC-AG----TATTATC-A--A-AA---TCA--TCAT-----------C----A----CTTAT-TCGATCAAT------ATATT--CGTCGTCTTCATCAT
gi|4 : a---C-AT---CAA-CAG-CAACA-TCAG------CAGCAG------CATAAACCCAT--GACTTTCC----ACA---G---CA-T------CAATATC--AATAC---TGACAGAATCATCAAAA--GAAGTATC-TTT------A-GC---A--A---GG-A---C-AA-T--A-G----AT--T----CT----------TCA-C-TTAA-------CATCA-CAA---TATC-------ACAAGCAG--CC-ACAAC---AACAGATCAGCA---GTA---------TC------------------ATC-AACATCAAA------ATAATCAAC--GGCAGCAA-AGTAAATAACAAA--ATAACA--C--CA-ACC--TCATCATAAGCACC---ATCACAAG------------CATCAGCACCAG--CAAAAGCATCAT------------CATCAT---CA--TC---------ATCATCA-A-----ac
gi|5 : tatcagcagTCA---TCA---------TC------------------ATT-ATCGTCATC------ATCA--AGCCAAACAG-AT---TCAG--------------T--G--T---CT--TCA---------TC---ATCA---T------------CATCATCATCAG--AAGTAGCCGCAA------------AAACAT---CA--TC---------AGTAGAA-A-----TAAT--AGACTC--TT----CAACA----TCAcagc
gi|5 : AACAG-ATTC--AGTGTCTTCATCATCATCATC-ATCATCAGAAGTA------------GCCGCAAAAACATCATCA--GTA--GAAA-TAATAGACTC-TTCAACATCAG-C-T-T---CCATGTTTGTACAGACGCCA-CCGT------TGACCT------CAC-----AAT---A---TCAAGTGCCAGACA---TA-T------CACTGTC--ACCAGAAACATCACCAGCATCAACG--CCAGTAAC-ATC------A-TCGCTA--G---TA-A---C-AC-CTGG-T----AT--C----TCAAGACTT---TCATT-TACA-------CAGT--CAgcttccatgtttgtacagacgccaccgttgacctcacaatatcaagtgccagacatatcactgtcaccagaaacatcaccagcatcaacgccagtaacatcatcgctagtaacacctggtatctcaagactttcatttacacagtca
gi|6 : tcatcatcattatcgtcatcatcaagccaCAGCAACAACA------------GC------AACAACGGCA--GCA--GCAA-TA-TA---AG-T---AG-TCACGC-TAT---C-TT---CGT-GGG-CATCG-TCAT------C--TTGTTTT--CGT-----AAT--CA---TGA----TCA---AAGACG-TTAGTTTCGACATCTGATCGG---CATCATCAGTAAGAGCA--GCAGCACC-ATC------A-TG---A--G---CATT---C-AG-C--A-T----GTGACA---TTATCAT-C---GCATC-TT---------CATT--CA----TAAC-------AATATAAAAGTATACATC---ATCA--TCATCA---GCA---------TT------------------ATC-AT
gi|7 : CAA------CAACAG------CA-------AC--CA----CA----ACA---A---CA-G------CATCATC--AGCAG---CAACATCAGCAGCAGCA--ACATCAGC-AAC------T-TC---A--T---CA-T---C-AT-C--AGC----AT--C-----------------CACC-TCCA-------CCTC--C-------CC-------CTCATCCA--CA-TCATC---TGCA--TCAT-----GC-------------------------------TC-AACACCAAC------AACAGCAGC--AGCAGCAA-CAACAACAGCAGCACATGACT--GCTTT-AC----CA----------C---ATCA---GT-----------CATCGTTGTCAGGACAATCTCACCAC------------ACCCAT---
gi|9 : tAACAG------CAA-----CAT--TA---GCA----TCA---A---CAATAAGAA-CAACCTG--AACAA---CAACAGCAACATCAACA--ATAGCAAC-ATC------A-TA---A--A---CA-A---T-AG-C--A-----------------A-----CA--TCATN-NNNN-------NNNN--NAA---CATC-------AATATCAA--CA-ATAAC---AGCC--ACATCA---ATA---------AT------------------ACC-AACAGCAAC------ATAAACAAT--AGCAACAT-CATAGACAATAAC-ttca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CCATCAGCATCACCACTACAACCGCCGCCACCACCACCACCAACAACAACAACAGCAACAACACCAACACAAGAAGAAAAACATATTTAAAATAAAACAACAACATCATCATTATCAACCACAGCAACCCCACCACCAAAAGCAACAACAATACTAACAACAACATTATCAACTACAACAGCAACAACACCACCAAAAACAACAACAAAAACA
Alignments
lowQualScore : 1 1111 222222222222 222222222222222222222222 111 6666666666666666666666666666666666666666666 111111 111111 111111 1111 22222222 11111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111111 222222222222 777777777777777777777777777777777777 2222222222222222 333333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666 222222222222 22 111 444444444444444444 111
lowQualScore : 5 7 8 5 5555 5 444444444444 0 888888888888888888888888 1 000 4444444444444444444444444444444444444444444 66 5 111111 0 666666 000000 0 1111 6666 9999999 00000000 2 33 1 1 00000 3 2 777777 444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 11 1 44 333333333333333 2 2 6666 444444444444 2 444 1 3 888 1 999999999999999999999999999999999999 99999 8888888888888888 2 222222222222222222 777 2 888 77 1 66666666666666666666666666666666666666666 8888 666666666666 1 3 22 6 111 1 99 7 666666666666666666 1 111 8 1 55 1
lowQualScore : . . . . .... . ............ . ........................ . ... ........................................... .. . ...... . ...... ...... . .... .... ....... ........ . .. . . ..... . . ...... ... ........................................................................ . . .. . .. ............... . . .... ............ . ... . . ... . .................................... ..... ................ . .................. ... . ... .. . ......................................... .... ............ . . .. . ... . .. . .................. . ... . . .. .
lowQualScore : 5 3 0 0 6666 0 555555555555 5 000000000000000000000000 9 999 9999999999999999999999999999999999999999999 11 0 555555 3 777777 111111 2 2222 1111 1111111 99999999 0 99 0 5 55555 8 7 777777 777 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 4 77 0 22 666666666666666 9 9 0000 666666666666 1 999 0 1 555 4 222222222222222222222222222222222222 33333 1111111111111111 3 111111111111111111 888 2 888 99 0 77777777777777777777777777777777777777777 8888 777777777777 0 2 55 7 777 0 22 8 555555555555555555 0 888 0 0 44 4
consensus : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACAC-AACAG-ATT---ATCATCATCATCATCATCATC------------ATCATCAGCAGCAGC------AGC---------------ATCATCA--GTAACAA-TA-TA---TC-T---AC-TCAC-C-T-T---C-AT---CGT-CAG-CATCA-CCAT------CAACAG------CAT-----CATCA---TCA----TCA---A---CA-T------CANCATC--ANCAGCAGCAGCAGCANCG--GCAGCAGCAGC-ATC------A---TCA--A------C------AA---C-ANC--AT----AT--C-TTA-----C-TCATC-TTCA-CATT-CAG---TATCANCATCAACANCATCANCA--TCATCA---NCA---------TCATC-ATCA-TCA---NCATC------------AGCA--GCANC-AGCA---TCATCAACAA--------CAAC-CA-TGTCT--G--TTA-----TCACC---ATCA---G------------CATCATCATCAG--C---A-------GTATCATCAT---AATCAT---CA--TCANTATCA-A-----TCAC--ANA-TC---TT----CGTT---A----TCAT-AAATCATCATT--ATC-AT----TATTATCA-AT-AA---TCA--TCATCAT--C-CCG----ACA----TTTATA--TC-ATTANTATANTCGTCGTCATCATCATCATCACC
Reference ( family-677 ) : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACAC-AACAG-ATT---ATCATCATCATCATCATCATC------------ATCATCAGCAGCAGC------AGC---------------ATCATCA--GTAACAA-TA-TA---TC-T---AC-TCAC-C-T-T---C-AT---CGT-CAG-CATCA-CCAT------CAACAG------CAT-----CATCA---TCA----TCA---A---CA-T------CANCATC--ANCAGCAGCAGCAGCANCG--GCAGCAGCANC-ATC------A---TCA--A------C------AA---C-ANC--AT----AT--C-TTA-----C-TCATC-TTCA-CATT-CAG---TATCANCATCAACANCATCANCA--TCATCA---NCA---------TCATC-ATCA-TCA---NCATC------------AGCA--GCANC-AGCA---TCATCAACAA--------CAAC-CA-TATCT--G--TTA-C---TCACC---ATCA---G------------CATCATCATCAG--C---A-------GTATCATCAT---AATCAT---CA--TCANTATCA-A-----TCAC--ANA-TC---TT----CGTT---A----TCAT-AANTCATCATT--ATC-AT----TNTTATC--AT-AA---TCA--TCATCAT--C-CCA----NCA----TTTATA--TC-ATCANTATNTTCGTCGTCATCATCATCATCATC
gi|1 : TCACAGTATTATAAAGATATGCAAC-C-AACAT-GTTCTTATCATCATCAGCATCATTATC------------ATCAT---TAGCAGC------AGC---------------ATTATCA--ATAACAAGTA-TA---TCTT---AC-TTAC-CTT-T---C-AC---CTT-CAG-TATCA-CCAT------CAACAG------TAT-----TATCA---TCA----TCA---A---CA-T------CACCATC--ATCAGCAGCAGCAGCAGAA--GCAGCAGCAGT-ATT------A---TCA--A------T------AA---CAAGT--AT----AT--C-TTA-----C-TTATCTTTCA-CATT-CAG---TATCACCATCAACAGTATCATCA--TCATCA---ACA---------TCATC-ATCA-GCA---GCAGC------------AGCA--GCAGC-AGCA---TTATCAATAA--------CAAG-TA-TATCTTAC--TTA-CCTTTCACC---TTCA---G------------TATCACCATCAA--C---A-------GTATCATCAT---AATTAT---CA--TCAGTATCA-G-----TTACTGATA-TC---TT----ATTT---ACCTTTCATAAAATCATCATTAAATC-AT----TGTTATC--AT-AA---TCA--TCATTAT--CTTCA----ATATTTTTTTATA--TC-ATCACTAGAATCATCATCATCATCATCATCATC
gi|1 : ttatgaccctCAGTATC---ACCATCAACAGTATTATCATCATCAACATCACCATCATCAGCAGCAGC------AGCAGAAGCAGCAGCAGTATTATCA--ATAACAAGTA-TA---TCTT---AC-TTAT-C-T-TTCAC-AT-----T-CAG-TATCA-CCAT------CAACAG------TAT-----CATCA---TCA----TCA---A---CA-T------CATCATC--AGCAGCAGCA-----------GCAGCAGCAGC-ATT------A---TCA--A------T------AA---CAAGT--AT----AT--C-TTA-----C-TTACCTTTCA-CCTT-CAG---TATCACCATCAACAGTATCATCA--TAATTA---TCA---------TCAGT-ATCAGTTACTGATATCTTATTT------ACCT--TTCAT-AAAA---TCATCATTA----------AAT-CA-T---T--G--TTA-----TCATA---ATCA---T------------CATTATCTTCAA--T---ATTTTTTTATATCATCACTAGAATCAT---CA--TCATCATC--A-----TCAT---CA-TCTTTTT----CTTTGAAA----TCAT-TA--CATCATA--ATT-AT----TATTATCA-AT-AA---T-A--TTTTTAT--C--------ATA----TTTACATTTC-ATTTATATAATAATAATCATCATCACCATCAtttttctttgaaatcattacatcataattattattatcaataatatttttatcatatttacatttcatttatataataataatcatcatcaccatcaatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|1 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcacctt-ATC------A---TCA--T------T------AA-----ATC--ATTGTTAT--C-ATA-----A-TCATC-ATTA-TCTT-CAA---TATTTTTTT--ATATCATCACTA--GAATCA---TCA---------TCATC-ATCA-TCA---TCATCTTTTTCTTTGAAATCATTACATC-ATAA---TTATTATTAT--------CAAT-AA-TATTT-----TTA-----TCA-T---ATTT---A------------CATT-TCATT----T---A--------TATAATAAT---AATCAT---CA--TCACCATCA-ATT---TCAC---TA-TCAG-TTGTACCATT---T----TTAC-ATTTCATCATT--ATC-ATCATATTTTATCA-AT-AATACTTAATTTATAATAAC-CTG----TCA----TCAATA--TC-ATTATTATCTTAGTTATCATTATTATTAatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtattatcatcatcaacatcaccatcatcagcagcagcagcagaagcagcagcagtattatcaataacaagtatatcttacttatctttcacattcagtatcaccatcaacagtatcatcatcatcaacatcatcatcagcagcagcagcagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtatcatcataattatcatcagtatcagttactgatatcttatttacctttcataaa----TCA---A---CA-------------TC--ATCAGTAGCAAGAGCAATG--GAAGCAGCATT-ATCCACACTG---TCATTA------C------AAATGT-ACC--AC----A-------A-----C-T-ACC-T--A--ATG-CAGAGATAACAACA-CAA-AG----ATGA--TCATGA---CCT---------TGACC-ACCA-TCA---TCATC------------AGCA--GCAAT-AGCA---TCATCAataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : AGAGATA-ACAACAC-AA-AG-ATG---ATCATGACCTTGACCACCATC------------ATCATCAGCAGCAAT------AGC---------------ATCATCA--ccttaaaataa
gi|11 : tcaacatcatcagtagcaagagcaatggaagcagcattatccacactgtcattacaaatgtaccacaactacctaatgc-ATT---ATTTTCATCATTATCATTATT------------ATCAT-AACAACAAC------A-----------------ATAATGA---TAATAA-TA-------------AC--------------C-AA---CAT-CAG-TATCA-T---------------------TAT-----CATCG---TCA----TTA---A---CA-T------CAACAAC--AAAAGTAG--GCAGCAATGCTGCAGCAccttaaaataa
gi|12 : ATTA-TCCT------CACCCA------CAT-----CACCA---TCA----TCA---T---CA-T------CATCATC--ACCAGGAGCAGCAGTAACT--GCAGTAGTA-C-ACT------A---T-A--G------C------GG---T-ATC--AT----GT--aggaaacagcaatttattagt
gi|13 : cattattcttaataacagtgaaaacatccgtaacaTTATCACCAGC------------ATAATCAGCAGCAGA------ATC---------------ATCATTA--ATAACAA-C--TA---AC-T---AC-aaatgt
gi|14 : gcatcatatttttcttcttctcctttctttatatatCATCATCAACAACACCAGCA--TCATCA---ACAAAACCATGACCATCTATCA-GCA---TCATC------------AGCA--GCACC-AGCA---TCATCAACAA---------AAC-CA-TG------------------ACC---ATCA---G------------TATCATCAGCAaacaaaaaacaacaacagt
gi|15 : ------CAGCAG------CAG-----CATAA----CA----TCA---C---CA-T------CATCAGC--ACCAGCAGCATCAGCATTA--TCAGCAGCAGC-ATC------ACACTCA--A------C------AT---C-ATC--A
gi|16 : ------CAT-----CATTA---TCA----TCA-------CA-T------CATGATC--ACAA--AG--GCAATATCG--GCAGCAGCAAC-A--------A----CA--A------C------AG---C-AGC--Agcaaca
gi|17 : actttttcAACAACATCAGCA--AACTCA---AAA---------TCATC-AGTA-TCA---ACATC------------AGCA--GCAAC-AACA---TTGTCAACctgac
gi|2 : CAGCAGTAGCACCA--ACAGCAACAGC-ATC------G---TCA--AACTCGCC------AT---C-GTC--AT-----T--C-TTA-----T-TC-TC-TT------T-C-------TCATCTTCA-TATC--CACCA--TCGCCA---TCC---------TTATC-ATCA-TCT---CCATC------------AGTA--CCAT-----AT--TCATC---------------AC-CA-TATTT--GA-TTATT---TCACCTTTATCA---GGTTTCTTTCATCCATC-TCTTCTG--C---A-------G--TCATCAT---ATTCATACATA--TCACTTTCA-ACAATTTCAC--AAA--C---TT----CATT--------TCTT-AATTCGGCTTT--AGCTATGAA-TGTTA-CAGATGAA---TCA--TTATCAT--C-ACAGCTGTCA----TTGACA--CC-ATTAGTATCCTCATTGTCACCGTTATCATCACCt
gi|2 : cACAG-ATG---A--ATCATTATCATCA-CAGCT-----------GTCATTGACACCATT------AGT---------------ATCCTCATTGTCACCG-T--TA---TC-----A--TCAC-C-A-T---T-GC---CA--CAG-AAACAACCATTGGAAACAACAGATTTACCAC-----CACCAATTTCA----TCA---A---CT-TA-----CATT-TC--ACCACCAACAACAGAAACG--AAAATGAAAACTAT-------G---TCA--A------A------AA---C-A----AT----AT--CATTA-----C-----C-GTCA----T-CAG---TATCATCATTACCGTCATCATCA--TCATTACGGCCA---------TCATC-ATTA-TTA---GCACC------------AATA--GCACC-AGGC---TCATT-ACAA--------CAG---A-AGTC---G----------TCAAA---ATCA---G------------AATTAACACCA-------------------CAT-AT---GA-CAT---CAACTC-GTATT--------TC------A-TC---TT----CG----------TCAG-AAACGAACACT-------T----TATTAGC--AT-TA---TCA--TCATCAT--CTCCA----ACA----attgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgaacactttattagcattatcatcatcatctccaacagcagtagtagcatatc
gi|2 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgtt-AACAC-TTT---ATTAGCATTATCATCATCATC------------TCCAACAGCAGTAGT------AGC---------------AT-ATCgcagtagtagcatatc
gi|3 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttacagatgaatcattatcatcacagctgtcattgacaccattagtatcctcattgtcaccgttatcatcaccattgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgCG---TCA----TTA---A---CA----------GTATC--AGCAACAACAGCAGCATCG--GCAGCAACATT-ATC------A---TCG--T------C------AA---C-A----------------TTA-----C--CGTG-TTCGTCAT---AG---T--TAATGTCAATGTAATCAAAA--TAATCT---TAA---------TCGTC-ATAG-ACA---TCGTC------------ATCA--ACATC-AGCA---TCATTA---------------T-CA-T---T--G--TTA-----TCACC---ACGA---G------------AATGATTATATA--T---A-------ATAT--TCAC---TATTGT---CT--TTAATATCACG-----TCTC---CA-TC---TT----TGTT---A----TCAT-CAATCATCATT--ATC-AG----TATTATC--AA-AA---TCA--TCAT---------------CA----CTTAT---TCGATCAATATATTCGTCGTCTTCATCAT
gi|4 : a---C-AT---CAA-CAG-CAACA-TCAG------CAGCAG------CATAAACCCATGACTTTCC----ACA---G---CA-T------CAATATC--AATACTGACAGAATCATCA--AAAGAAGTATC-TTT------A---GCA--A------G------GA---C-AAT--AG----AT--T-CT--------TCA-C-TTAA-CATCACAA---TATCACAAGCAGCCACAACAACAGATCAGCA---GTA---------TCATC-AACA-TCA---AAATA------------ATCA--ACGGC-AGCAAAGTAAATAACAAAATAACACCAAC-CT-CATCA------TA-A---GCACC---ATCACAAG------------CATCAGCACCAG--CAAAA-------GCATCATCAT---ac
gi|4 : tatcagcagCAGCACCAGCAA-A-----AGCATCATCATCATCATCATC------------ATCAACAGCcatcatcatcatcaacagc
gi|4 : tatcagcagcatcaacagcaacatcagcagcagcataaacccatgactttccacagcatcaatatcaatactgacagaatcatcaaaagaagtatctttagcaaggacaatagattcttcacttaacatcacaatatcacaagcagccacaacaacagatcagcagtatcatcaacatcaaaataatcaacggcagcaaagtaaataacaaaataacaccaacctcatcataagcaccatcacaagcatCATCATCATCATCATC------------ATCATCAACAGC
gi|5 : tatcagcagcatcaacagcaacatcagcagcagcataaacccatgactttccacagcatcaatatcaatactgacagaatcatcaaaagaagtatctttagcaaggacaatagattcttcacttaacatcacaatatcacaagcagccacaacaacagatcagcagtatcatcaacatcaaaataatcaacggcagcaaagtaaataacaaaataacaccaacctcatcataagcaccatcacaagcatcagcaccagcaaaagTC-ATCA-TCA---TTATC------------GTCA--TCATCAAGC-----CA--AACAG---------ATT-CAGTGTCT-------------TCATC---ATCA---T------------CATCATCATCAG--A---A-------GTAGCCGCAA---AAACAT---CA--TCAGTAGAA-A-----TAAT--AGACTC---TT----CAAC---A----TCA
gi|5 : -AACAG-ATTC--AGTGTCTTCATCATCATCATC------------ATCATCAGAAGTAGCCGCAAAAAC---------------ATCATCA--GTAGAAA-TAATAGACTC-TTCAACATCAG-C-T-T---CCATGTTTGTACAGACGCCA-CCGT------TGACCT------CAC-----AAT-A---TCAAGTGCCAGACA---TA-T------CACTGTC--ACCAGAAACATCACCAGCA--TCAACGCCAGT-AAC------A---TCA--T------CGCTAGTAA---C-ACCTGGT----AT--C-TCAAGACTT-TCATT-TACA-CAGT-CAgcttccatgtttgtacagacgccaccgttgacctcacaatatcaagtgccagacatatcactgtcaccagaaacatcaccagcatcaacgccagtaacatcatcgctagtaacacctggtatctcaagactttcatttacacagtca
gi|6 : tcatcatcattatcgtcatcatcaagccaCAGCAACAACAGC------AAC---------------AACGGCA--GCAGCAA-TA-TA---AG-T---AG-TCACGC-TAT---C-TT---CGT-GGG-CATCG-TCAT------C--TTGTTTT--CGT-----AATCA---TGA----TCA---AAGACG-TTAGTTTCGACATCTGATCGGCATCATCAGTAAGA--GCAGCAGCACC-ATC------A---TGA--G------C------ATT--C-AGC--AT----GTGACATTATCAT-C-GCATC-TTCA---TT-CA----TAACAATATAAA-AGTAT--ACA--TCATCA---TCA---------TCAGC-ATTA-TCA---
gi|7 : CAA------CAACAG------CA-------ACCA-----------CA---A---CA-A------CAGCATC--ATCAGCAGCAACATCA-----GCAGCAGCAAC-ATC------A---GCA--A------C------TT---C-ATC--ATC---AT--CAGCA-----T-CCACC-TCCA-CCTC-C-------CCCTCATCCACATCATCTGCA--TCAT-----GC-------------TC-AACA-CCA---ACAAC------------AGCA--GCAGC-AGCA---ACAACAACAG--------CAGCACA-TGACT--GCTTTA-C----CA-C---ATCA---GT-----------CATCGTTGTCAGGAC---A-------ATCTCACCAC---ACCCAT---t
gi|9 : tAACAG------CAA-----CATTA---GCA----TCA---A---CAATAAGAA-CAACCTG--AACAACAACAGCAACATCA--ACAATAGCAAC-ATC------A---TAA--A------C------AA---T-AGC--A-------------A-----CATCATN-NNNN-NNNN-NAA---CATCAATATCAACAATAACAGCC--ACATCA---ATA---------ATACC-AACA-GCA---ACATA------------AACA--ATAGC-AACA---TCATAGACAA--------TAAC-ttca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CCATCAGCATCACCACTACAACCGCCGCCACCACCACCACCAACAACAACAACAGCAACAACACCAACACAAGAAGAAAAACATATTTAAAATAAAACAACAACATCATCATTATCAACCACAGCAACCCCACCACCAAAAGCAACAACAATACTAACAACAACATTATCAACTACAACAGCAACAACACCACCAAAAACAACAACAAAAACA
Alignments
lowQualScore : 1 222 1111 333333333333333333333333333 11111111 111 888888888888888888888888888888888888888888 111111 1111111 111 1111 11111 11111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111 6666666666666666666666666666666666666 2222222222222222 33333333333333333333333333 11111 6666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111 111 44444444444444444 111
lowQualScore : 5 7 5 111 3 888 999 0000 5 4 999999999999999999999999999 0 88888888 333 666666666666666666666666666666666666666666 88 5 222222 1111111 99999 1 111 7777 2222 3 00000 1 1 0 44444444444444 44 2 6666 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 22 1 3 1 77 1 33 000000000 444 2 2 5555 777777 777777 1 2 1 2 2 2 4444444444444444444444444444444444444 1 555 6666666666666666 2 555 55 44444444444444444444444444 00000 777 22 1111111111111111111111111111111111111111111 9999 66666666666666666 9 6 111 1 99 7 77777777777777777 1 111 8 1 11 1
lowQualScore : . . . ... . ... ... .... . . ........................... . ........ ... .......................................... .. . ...... ....... ..... . ... .... .... . ..... . . . .............. .. . .... ......................................................................................... . .. . . . .. . .. ......... ... . . .... ...... ...... . . . . . . ..................................... . ... ................ . ... .. .......................... ..... ... .. ........................................... .... ................. . . ... . .. . ................. . ... . . .. .
lowQualScore : 5 3 7 444 6 888 666 6666 0 5 555555555555555555555555555 2 11111111 222 999999999999999999999999999999999999999999 44 0 888888 2222222 11111 0 777 1111 2222 1 88888 0 0 6 00000000000000 66 7 7777 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 99 0 5 0 33 0 77 777777777 444 5 5 4444 222222 222222 4 4 0 5 5 1 1111111111111111111111111111111111111 6 888 4444444444444444 6 888 00 00000000000000000000000000 88888 000 44 7777777777777777777777777777777777777777777 2222 22222222222222222 8 7 777 0 22 8 55555555555555555 0 888 0 0 66 4
consensus : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAG-ATT---ATCATCATCA---TCATCA--CCA----TC-ATCATCAGCAGCA------------GC------AGC----ATCA--------TCA--ATAACAA-TA-T-A---TC-T---AC-TCACC-TT---C-GT---CAT-CAG-TATCA-CCAT------CAACAG------CAT-----CATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CANCATCANCAGCAGCAGCAGCANCG--G--------CAGCAGCAG-C-ATC---ATCAA------C------AAC-ANC--AT-----ATCTT-----A-----C----T-CATC-TTCA-C---ATT-CAG---TA-TC-------ANCATCAACANCATCANCA--TCATCANC--A---------TCA---TC-ATCA-TCA---NC------ATC------AGCAGCANC-AGCA-TCATCAACAGCAA-------C-CA-TGTCT--G--TTA----T---CACC---ATCA---G------------CATCATCAT---CAG--CA-------A------TAT---------CATCAT---AATCAT---CATCANTATCA-A-----TCAC--A---CA-TC---TT----CGTT---A----TCAT-AAATCATCATT--ATC-AT---TA----TTATCAAT-AA---TCA--TCATCAT--C----CCGACA----TTTATA--TC-ATTANTATANTCGTCGTCATCATCATCATCACC
Reference ( family-677 ) : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAG-ATT---ATCATCATCA---TCATCA--TCA----TC-ATCATCAGCAGCA------------GC------AGC----ATCA--------TCA--GTAACAA-TA-T-A---TC-T---AC-TCACC-TT---C-AT---CGT-CAG-CATCA-CCAT------CAACAG------CAT-----CATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CANCATCANCAGCAGCAGCAGCANCG--G--------CAGCAGCAG-C-ATC---ATCAA------C------AAC-ANC--AT-----ATCTT-----A-----C----T-CATC-TTCA-C---ATT-CAG---TA-TC-------ANCATCAACANCATCANCA--TCATCANC--A---------TCA---TC-ATCA-TCA---NC------ATC------AGCAGCANC-AGCA-TCATCAACAACAA-------C-CA-TGTCT--G--TTA----T---CACC---ATCA---G------------CATCATCAT---CAG--CA-------G------TAT---------CATCAT---AATCAT---CATCANTATCA-A-----TCAC--A---NA-TC---TT----CGTT---A----TCAT-AAATCATCATT--ATC-AT---TA----TTATCAAT-AA---TCA--TCATCAT--C----CCGACA----TTTATA--TC-ATTANTATANTCGTCGTCATCATCATCATCACC
gi|1 : TCACAGTATTATAAAGATATGCAAC-CAACAT-GTTCTTATCATCATCA---GCATCA--TTA----TC-ATCAT---TAGCA------------GC------AGC----ATTA--------TCA--ATAACAAGTA-T-A---TCTT---AC-TTACCTTT---C-AC---CTT-CAG-TATCA-CCAT------CAACAG------TAT-----TATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CACCATCATCAGCAGCAGCAGCAGAA--G--------CAGCAGCAG-T-ATT---ATCAA------T------AACAAGT--AT-----ATCTT-----A-----C----T-TATCTTTCA-C---ATT-CAG---TA-TC-------ACCATCAACAGTATCATCA--TCATCAAC--A---------TCA---TC-ATCA-GCA---GC------AGC------AGCAGCAGC-AGCA-TTATCAATAACAA-------G-TA-TATCTTAC--TTACCTTT---CACC---TTCA---G------------TATCACCAT---CAA--CA-------G------TAT---------CATCAT---AATTAT---CATCAGTATCA-G-----TTACTGA---TA-TC---TT----ATTT---ACCTTTCATAAAATCATCATTAAATC-AT---TG----TTATC-AT-AA---TCA--TCATTAT--CT---TCAATATTTTTTTATA--TC-ATCACTAGAATCATCATCATCATCATCATCATC
gi|1 : ttatgaccctCAACAGTATT---ATCATCATCA---ACATCA--CCA----TC-ATCAGCAGCAGCAGCAGAAGCAGCAGC------AGT----ATTA--------TCA--ATAACAAGTA-T-A---TC-TT--AC-TTATC-TTTCAC-AT-----T-CAG-TATCA-CCAT------CAACAG------TAT-----CATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CATCATCAGCAGCAGCA-----------G--------CAGCAGCAG-C-ATT---ATCAA------T------AACAAGT--AT-----ATCTT-----A-----C----T-TACCTTTCA-C---CTT-CAG---TA-TC-------ACCATCAACAGTATCATCA--TAATTATC--A---------TCA---GT-ATCAGTTACTGAT------ATCTTATTTACCTTTCAT-AAAA-TCATCATTA--AA-------T-CA-T---T--G--TTA----T---CATA---ATCA---T------------CATTATCTT---CAA--TATTTTTTTA------TAT---------CATCACTAGAATCAT---CATCATCATC--A-----TCAT------CA-TCTTTTT----CTTTGAAA----TCAT-TA--CATCATA--ATT-AT---TA----TTATCAAT-AA---T-A--TTTTTAT--C-------ATA----TTTACATTTC-ATTTATATAATAATAATCATCATCACCATCAtttttctttgaaatcattacatcataattattattatcaataatatttttatcatatttacatttcatttatataataataatcatcatcaccatcaatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|1 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccat-ATC---ATCAT------T------AA--ATC--ATTGTT-ATCAT-----A-----A----T-CATC-ATTA-T---CTT-CAA---TA-TTTTTTTATATCATCACTAGAATCATCA--TCATCATC--A---------TCA---TC-ATCT-TTT---TCTTTGAAATC------ATTA-CATC-ATAA-TTATTATTATCAA-------T-AA-TATTT-----TTA----T---CAT----ATTT---A------------CATT-TCAT---T----TA--------------TAT---------AATAAT---AATCAT---CATCACCATCA-ATT---TCAC------TA-TCAG-TTGTACCATT---T----TTAC-ATTTCATCATT--ATC-AT---CATATTTTATCAAT-AATACTTAATTTATAATAAC----CTGTCA----TCAATA--TC-ATTATTATCTTAGTTATCATTATTATTAatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtattatcatcatcaacatcaccatcatcagcagcagcagcagaagcagcagcagtattatcaataacaagtatatcttacttatctttcacattcagtatcaccatcaacagtatcatcatcatcaacatcatcatcagcagcagcagcagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtatcatcataattatcatcagtatcagttactgatatcttatttacctttcataaa-T-----CAACATCATCAGTAGCAAGAGCAATG--G---------A--AGCAG-C-ATT---ATCCA------C------ACT-GTC--ATTACAAATGT------A-----C----CACAAC-T--A-CCTAATG-CAGAGATA-AC-------AACA-CAA-AG----ATGA--TCATGACC--T---------TGA---CC-ACCA-TCA---TC------ATC------AGCAGCAAT-AGCA-TCATCAataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : AGAGATA-ACAACACAA-AG-ATG---ATCATGACCT---TGACCA--CCA----TC-ATCATCAGCAGCA------------AT------AGC----ATCA--------TCA--ccttaaaataa
gi|11 : tcaacatcatcagtagcaagagcaatggaagcagcattatccacactgtcattacaaatgtaccacaactacctaatgc-ATT---ATTTTCATCA---TTATCA--TTA----TT-ATCAT-AACAACA------------AC------A------ATAA--------TGA---TAATAA-TA--------------AC------------C-AA---CAT-CAG-TATCA-T---------------------TAT-----CATCG---TCA----TTA---ACA-T-----CAACAACAAAAGTAG--GCAGCAATGCTG--------CAGCAccttaaaataa
gi|12 : ATTA-TCCT------CACCCA------CAT-----CACCA---TCA----TCA---TCA-T-----CATCATCACCAGGAGCAGCAGTAACT--G--------CAGTAGTA--C-ACT---AT-AG------C------GGT-ATC--AT-----GTaggaaacagcaatttattagt
gi|13 : cattattcttaataacagtgaaaacatccgtaaca---TTATCA--CCA----GC-ATAATCAGCAGCA------------GA------ATC----ATCA--------TTA--ATAACAA-C--T-A---AC-T---AC-aaatgt
gi|14 : gcatcatatttttcttcttctcctttctttatatatC-------ATCATCAACAACACCAGCA--TCATCAAC--AAAACCATGACCA---TCTATCA-GCA---TC------ATC------AGCAGCACC-AGCA-TCATCAACAA-AA-------C-CA-TG--------------------ACC---ATCA---G------------TATCATCAG---CAaacaaaaaacaacaacagt
gi|15 : CAGCAGCA--GCAT-AAC--A---------TCA---CC-ATCA-TCA---GC------ACC------AGCAGCATC-AGCA-TTATCAGCAGCAG-------C----------------A----T---CACA---CTCA---A------------CATCATCAG---CAA--CA-------
gi|16 : ------CAT-----CATTA---TCA----TCA----CA-T-----CATGATCACAA--AG--GCAATATCG--G--------CAGCAGCAA-C-A-----A-CAA------C------AGC-AGC--A
gi|17 : actttttcAACAACATCAGCA--AACTCAAA--A---------TCA---TC-AGTA-TCA---AC------ATC------AGCAGCAAC-AACA-TTGTCAACctgac
gi|2 : CAGCAGTAGCACCA--A--------CAGCAACAG-C-ATC---GTCAAACTCGCC------ATC-GTC--AT------TCTT-----A-----T----T-C-TC-TT---------T-C--------TC-------ATCTTCA-TATC--CACCA--TCGCCATC--C---------TTA---TC-ATCA-TCT---CC------ATC------AGTACCAT-----ATTCATC-------A-------C-CA-TATTT--GA-TTATT--T---CACCTTTATCA---GGTTTCTTTCATCCATC-TCTT---CTG--CA-------G--------T---------CATCAT---ATTCATACATATCACTTTCA-ACAATTTCAC--A---AA--C---TT----CATT--------TCTT-AATTCGGCTTT--AGCTATGAATG----TTACAGATGAA---TCA--TTATCAT--CACAGCTGTCA----TTGACA--CC-ATTAGTATCCTCATTGTCACCGTTATCATCACCt
gi|2 : cACAG-ATG---A--ATCATTA---TCATCA---CA----GCTGTCATTGACACCA------------TT------AGT----ATCC--------TCATTGTCACCG-T--T-A---TC-----A--TCACC-AT---T-GC---CA--CAG-AAACAACCATTGGAAACAACAGATTTACCAC-----CACCAATTTCA----TCA---ACT-TA----CATT-TCACCACCAACAACAGAAACG--A--------AAATGAAAA-CTAT----GTCAA------A------AAC-A----AT-----ATC----------------------------------ATT--------A-CC-------GTCATCAGTATCATCATTA--CCGTCATC--A---------TCA---TC-ATTA-CGG---CC------ATC------ATCATTATT-AG----CACCAATAGC-A-------C-CA-GGCTC--A--TTA--------CAAC---AGAA---GT-----------CGTCAAAAT---CAG--AA-------T------TAA---------CACCA-------CAT----ATGAC-ATCA-AC----TCGT--ATTTCA-TC---TT----CG----------TCAG-AAACGAACACT-------T---TA----TTAGC-AT-TA---TCA--TCATCAT--CT---CCAACA----attgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgaacactttattagcattatcatcatcatctccaacagcagtagtagcatatc
gi|2 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttACAACAG-ATTT--ACCACCACCAATTTCATCAACTTACATTTC-ACCACCAACAACA------------GA------AACGAAAATGAAAACTATGTCA--AAAACAA-TA-TCA---T--T---AC------------C-GT---CAT-CAG-TATCA-TCAT------TACCGT------CAT-----CATCA---TCA----TTACGGCCA-T-----CATCATTATTAGCACCAATAGCACCA--GGCTCATTACAACAGAAGTC-GTCAAAATCAGAAT---T------AAC-ACC--AC-----ATATG-----A-----CA---T-CAAC--TCG-T---ATT-T-----CA-TC-------TTCGTCAGAAACG--AACACTTTATTAGC--A---------TTA---TC-ATCA-TCA---TC------TCC------AACAGCAGT-AGTA-GCATgcagtagtagcatatc
gi|3 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttacagatgaatcattatcatcacagctgtcattgacaccattagtatcctcattgtcaccgttatcatcaccattgccacagaaacaaccattggaaCG---TCA----TTA---ACA---------GTATCAGCAACAACAGCAGCATCG--G--------CAGCAACAT-T-ATC---ATCGT------C------AAC-A--------------TT-----A-----C------CGTG-TTCGTC---AT---AG---T---T-------AATGTCAATGTAATCAAAA--TAATCTTA--A---------TCG---TC-ATAG-ACA---TC------GTC------ATCAACATC-AGCA-TCATTA--------------T-CA-T---T--G--TTA----T---CACC---ACGA---G------------AATGATTAT---ATA--TA-------A------TAT-----------TCAC---TATTGT---CTTTAATATCACG-----TCTC------CA-TC---TT----TGTT---A----TCAT-CAATCATCATT--ATC-AG---TA----TTATCAA--AA---TCA--TCAT--------------CA----CTTAT---TCGATCAATATATTCGTCGTCTTCATCATatc
gi|4 : a---C-AT---CAA-CAG-CAACA-TCAG------CAGCAG------CATAAACCCATGACTTTCC----ACA---GCA-T-----CAATATCAATACTGACAGAATCATCA--A--------AAGAAGTAT-C-TTT---AGCAA------G------GAC-AAT--AG-----ATTCT----------------T-CA-C-TTAA-C---ATCACAA---TA-TC-------ACAAGCAGCCACAACAACAGATCAGCAGT--A---------TCA---TC-AACA-TCA---AA------ATA------ATCAACGGC-AGCA-AAGTAAATAACAAAATAACAC-CA--ACCTC-A--TCA----TAAGCACC---ATCACAAG------------CATCAGCAC---CAG--CA-------AAAGCATCAT---------CATCAT---CATCAT---CATCAACAac
gi|5 : tatcagcag---TC-ATCA-TCA---TT------ATC------GTCATCATCAAGC---CA--AACAG-AT-------T-CAGTGTCT------------T---CATC---ATCA---T------------CATCATCAT---CAG--AA-------G------TAG---------CCGCAA---AAACAT---CATCAGTAGAA-A-----TAAT--A---GACTC---TT----CAAC---A----TCAgc
gi|5 : AACAG-ATTC--AGTGTCTTCA---TCATCA--TCA----TC-ATCATCAGAAGTA------------GCCGCAAAAAC----ATCA--------TCA--GTAGAAA-TAAT-AGACTC-TTCAACATCAGC-TT---CCATGTTTGTACAGACGCCA-CCGT------TGACCT------CAC-----AAT-A---TCAAGTGCCAGACATA-T-----CACTGTCACCAGAAACATCACCAGCA--T--------CAACGCCAG-T-AAC---ATCAT------CGCTAGTAAC-ACCTGGT-----ATCTC-----AAGACTT----T-CATT-TACA-C---AGT-CAgcttccatgtttgtacagacgccaccgttgacctcacaatatcaagtgccagacatatcactgtcaccagaaacatcaccagcatcaacgccagtaacatcatcgctagtaacacctggtatctcaagactttcatttacacagtca
gi|6 : tcatcatcattatcgtcatcatcaagccaCAGCAACAACAGCAACAACG--G--------CAGCAGCAA-T-ATA---AGTAG------T------CAC-GC----T-----ATCTTCGTGGG-----CATCGT-CATC-TT-G-T---TTT-C-G---TAATC-------ATGATCAAAGACGTTAGTT--TCGACATCTGA---------TCG---GC-ATCA-TCA---GT------AAG------AGCAGCAGC-ACCA-TCATGAGCATTCA-------G-CA-TG--T--G--ACA----T---TATC---ATC----G------------CATCTTCATTCATAA--CA-------A------TATAAAAGTATACATCAT---CATCAT---CAGCATTATCA-
gi|7 : T------CAACAA------CAG-----CA--A---CCA-----CA---ACA-A-----CAGCATCATCAGCAGCAACATCA----------------GCAGCAG-C-AAC---ATCAG------C------AAC-TTC--A---------------------------T-CATC-ATCAGC---ATC-CAC---CT-CC-------ACC-TCCCCCTCATCCACA--TCATCTGC--A---------TCATGCTC-AACA-CCA---AC------AAC------AGCAGCAGC-AGCA-ACAACAACAGCAG-------CACA-TGACT--GCTTTA----C---CA-C---ATCA---GT-----------CATCGTTGT---CAGGACA-------A------TCT---------CACCAC---ACCCAT---t
gi|9 : AACAG------CAA-----CATTA---GCA----TCA---ACAATAAGAACAACCTGAACAACAACAGCAACATCA--A--------CAATAGCAA-C-ATC---ATAAA------C------AAT-AGC--A----------------A-----CA---T-CATN-NNNN-N---NNN-NAA---CA-TC-------AATATCAACAATAACAGCC--ACATCAAT--A---------ATA---CC-AACA-GCA---AC------ATA------AACAATAGC-AACA-TCATAGACAATAA-------C-ttca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CCATCAGCATCACCACTACAACCGCCGCCACCACCACCACCAACAACAACAACAGCAACAACACCAACACAAGAAGAAAAACATATTTAAAATAAAACAACAACATCATCATTATCAACCACAGCAACCCCACCACCAAAAGCAACAACAATACTAACAACAACATTATCAACTACAACAGCAACAACACCACCAAAAACAACAACAAAAACA
Alignments
lowQualScore : 1 1 2222222222 22222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888 1111 111111 111111 11111111111 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111 66666666666666666666666666 2222222222222222 3333333333333333333333333333333 666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111 111 44444444444444444 111
lowQualScore : 5 5 5 3333333333 6 33333333333333 1 1 66 6666666666666666666666666666666666666666666 5 0000 5 222222 000000 2 88888 33333333333 7777 555 2222222 1 1 5555 66666 2 2 444 2 555 888888 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 33 1 555 0 22222222222222222 2 2 5555 777777 777777 0 444 44 2 444 2 33333333333333333333333333 77777 3333333333333333 2 555 7777777777777777777777777777777 777 777 66 1 111111111111111111111111111111111111111111 9999 66666666666666666 9 6 111 1 99 7 77777777777777777 1 111 8 1 11 1
lowQualScore : . . . .......... . .............. . . .. ........................................... . .... . ...... ...... . ..... ........... .... ... ....... . . .... ..... . . ... . ... ...... . ................................................................................ .. .. . ... . ................. . . .... ...... ...... . ... .. . ... . .......................... ..... ................ . ... ............................... ... ... .. . .......................................... .... ................. . . ... . .. . ................. . ... . . .. .
lowQualScore : 5 5 7 1111111111 4 66666666666666 9 9 99 4444444444444444444444444444444444444444444 0 6666 0 888888 555555 7 33333 77777777777 1111 888 3333333 0 0 2222 77777 9 7 777 0 000 222222 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 99 0 000 5 00000000000000000 7 7 7777 777777 777777 5 111 66 7 111 1 33333333333333333333333333 88888 1111111111111111 6 888 5555555555555555555555555555555 000 000 11 0 111111111111111111111111111111111111111111 2222 22222222222222222 8 7 777 0 22 8 55555555555555555 0 888 0 0 66 4
consensus : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAG-ATT---A------TCATCATCATCATCACCATCATCATCAGCAGCA------------GCAGCATCATCA--GTAACAA-T-ATA---TC-T---AC-TCACC-TTC-CCA---T-------CAG-CA----TCA-CCAT------CAACAG------CATCAT-----CA---T-------CA----TCA---ACA-T-----CANCATCANCAG---CAGCAGCAGCANCG--GCAGCAGCAGC-A---TCATC---AA------CAAC-ANC--AT-----ATC-TT-----A-----C----T-CATC-TTCA-C---NTT-CAG---TA-TC-------AT-------CATCAACANCA--TCAGCA---TCATCA---NC--A---------TCATC-ATCA-TCA---NC------ATC------AGCA--GCAN-CAGCA-TCAT--CAACAGCAAC-CA-TGTCT--G--TTA----TCACC---ATCA---G------------CATCATCAT---CAG--CA-------A------TAT---------CATCAT---AATCAT---CA--TCANTATCA-A-----TCAC--AC-A-TC---TT----CGTT---A----TCAT-AAATCATCATT--ATC-AT---TA----TTATCAAT-AA---TCA--TCATCAT--C----CCGACA----TTTATA--TC-ATTANTATANTCGTCGTCATCATCATCATCACC
Reference ( family-677 ) : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAG-ATT---A------TCATCATCATCATCACCATCATCATCAGCAGCA------------GCAGCATCATCA--ATAACAA-T-ATA---TC-T---AC-TCACC-TTCGTCA---T-------CAG-TA----TCA-CCAT------CAACAG------CATCAT-----CA---T-------CA----TCA---ACA-T-----CANCATCANCAG---CAGCAGCAGCANCG--GCAGCAGCAGC-A---TCATC---AA------CAAC-ANC--AT-----ATC-TT-----A-----C----T-CATC-TTCA-C---ATT-CAG---TA-TC-------AN-------CATCAACANCA--TCANCA---TCATCA---NC--A---------TCATC-ATCA-TCA---NC------ATC------AGCA--GCAN-CAGCA-TCAT--CAACAGCAAC-CA-TGTCT--G--TTA----TCACC---ATCA---G------------CATCATCAT---CAG--CA-------A------TAT---------CATCAT---AATCAT---CA--TCANTATCA-A-----TCAC--AC-A-TC---TT----CGTT---A----TCAT-AAATCATCATT--ATC-AT---TA----TTATCAAT-AA---TCA--TCATCAT--C----CCGACA----TTTATA--TC-ATTANTATANTCGTCGTCATCATCATCATCACC
gi|1 : TCACAGTATTATAAAGATATGCAAC-CAACAT-GTTCTTA------TCATCATCAGCATCATTATCATCAT---TAGCA------------GCAGCATTATCA--ATAACAAGT-ATA---TCTT---AC-TTACCTTTCACCT---T-------CAG-TA----TCA-CCAT------CAACAG------TATTAT-----CA---T-------CA----TCA---ACA-T-----CACCATCATCAG---CAGCAGCAGCAGAA--GCAGCAGCAGT-A---TTATC---AA------TAACAAGT--AT-----ATC-TT-----A-----C----T-TATCTTTCA-C---ATT-CAG---TA-TC-------AC-------CATCAACAGTA--TCATCA---TCATCA---AC--A---------TCATC-ATCA-GCA---GC------AGC------AGCA--GCAG-CAGCA-TTAT--CAATAACAAG-TA-TATCTTAC--TTACCTTTCACC---TTCA---G------------TATCACCAT---CAA--CA-------G------TAT---------CATCAT---AATTAT---CA--TCAGTATCA-G-----TTACTGAT-A-TC---TT----ATTT---ACCTTTCATAAAATCATCATTAAATC-AT---TG----TTATC-AT-AA---TCA--TCATTAT--CT---TCAATATTTTTTTATA--TC-ATCACTAGAATCATCATCATCATCATCATCATC
gi|1 : ttatgaccctCAACAGTATT---A------TCATCATCAACATCACCATCATCAGCAGCAGCAGCAGAAGCAGCAGCAGTATTATCA--ATAACAAGT-ATA---TC-TT--AC-TTATC-TT--TCACATT-------CAG-TA----TCA-CCAT------CAACAG------TATCAT-----CA---T-------CA----TCA---ACA-T-----CATCATCAGCAG---CAGCA-----------GCAGCAGCAGC-A---TTATC---AA------TAACAAGT--AT-----ATC-TT-----A-----C----T-TACCTTTCA-C---CTT-CAG---TA-TC-------AC-------CATCAACAGTA--TCATCA---TAATTA---TC--A---------TCAGT-ATCAGTTACTGAT------ATCTTATTTACCT--TTCA-TAAAA-TCAT--CATTA--AAT-CA-T---T--G--TTA----TCATA---ATCA---T------------CATTATCTT---CAA--TATTTTTTTA------TAT---------CATCACTAGAATCAT---CA--TCATCATC--A-----TCAT---C-A-TCTTTTT----CTTTGAAA----TCAT-TA--CATCATA--ATT-AT---TA----TTATCAAT-AA---T-A--TTTTTAT--C-------ATA----TTTACATTTC-ATTTATATAATAATAATCATCATCACCATCAtttttctttgaaatcattacatcataattattattatcaataatatttttatcatatttacatttcatttatataataataatcatcatcaccatcaatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|1 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccat-A---TCATC---AT------TAA--ATC--ATTGTT-ATC-AT-----A-----A----T-CATC-ATTA-T---CTT-CAA---TA-TTTTTTTATAT-------CATCACTAGAA--TCATCA---TCATCA---TC--A---------TCATC-ATCT-TTT---TCTTTGAAATC------ATTA---CAT-CATAA-TTAT--TATTATCAAT-AA-TATTT-----TTA----TCAT----ATTT---A------------CATT-TCAT---TT------------A------TAT---------AATAAT---AATCAT---CA--TCACCATCA-A-----TTTC--ACTA-TCAG-TTGTACCATT---T----TTAC-ATTTCATCATT--ATC-AT---CATATTTTATCAAT-AATACTTAATTTATAATAAC----CTGTCA----TCAATA--TC-ATTATTATCTTAGTTATCATTATTATTAatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtattatcatcatcaacatcaccatcatcagcagcagcagcagaagcagcagcagtattatcaataacaagtatatcttacttatctttcacattcagtatcaccatcaacagtatcatcatcatcaacatcatcatcagcagcagcagcagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtatcatcataattatcatcagtatcagttactgatatcttatttacctttcataaa-T-----CAACATCATCAG---TAGCAAGAGCAATG--G-A--AGCAGC-A---TTATC---CA------CACT-GTC--ATTACAAATG-T------A-----C----CACAAC-T--A-CCTAATG-CAGAGATA-AC-------AA-------CA-CAA-AG------ATGA---TCATGA---CC--T---------TGACC-ACCA-TCA---TC------ATC------AGCA--GCAA-TAGCA-TCAT--CAataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : AGAGATA-ACAACACAA-AG-ATG---A------TCATGACCTTGACCACCATCATCATCAGCAGCA------------ATAGCATCATCA--ccttaaaataa
gi|11 : tcaacatcatcagtagcaagagcaatggaagcagcattatccacactgtcattacaaatgtaccacaactacctaatgc-ATT---A------TTTTCATCATTATCATTATTATCAT-AACAACA------------ACA--ATAAT-G--ATAATAA-T-A------------AC-CAA--------CA---T-------CAG-TA----TCA-T---------------------TATCAT-----CG---T-------CA----TTA---ACA-T-----CAACAACAAAAG---TAG--GCAGCAATGCTGCAGCAccttaaaataa
gi|12 : CATTATTCTTAATAACA------------GTGAAAACATCC--GTAACAA-T--TA---TC------C-TCACC-------------------CA--CA----TCA-CCAT------CATCAT------CATCAT-----CA---T-------CA----CCA---GGA-G-----CAGCAGTAACTG---CAGTAGTA-CA------CTATAGCGGT-A---TCATaggaaacagcaatttattagt
gi|12 : CA---T-------CCG-TAACAATTA-TCCT------CACCCA------CATCAC-----CA---T-------CA----TCA---TCA-T-----CATCATCACCAG---GAGCAGCAGTAACT--GCAGTAGTA-C-A---CTAT----AG------CGGT-ATC--AT-----GTgtaaatgt
gi|13 : cattattcttaataacagtgaaaaTTATCACCAGCATAATCAGCAGCA------------GAATCATCATTA--ATAACAA-C--TA---AC-T---AC-aaatgt
gi|14 : gcatcatatttttcttcttctcctttctttatatatC-------AT-------CATCAACAACA--CCAGCA---TCATCA---AC--AAAACCATGACCATCTATCA-GCA---TC------ATC------AGCA--GCAC-CAGCA-TCAT--CAACAA-AAC-CA-TG-----------------ACC---ATCA---G------------TATCATCAG---CAaacaaaaaacaacaacagt
gi|15 : CA--GCAGCA---GCAT-A---AC--A---------TCACC-ATCA-TCA---GC------ACC------AGCA--GCAT-CAGCA-TTAT--CAGCAGCAGC----------------A----TCACA---CTCA---A------------CATCATCAG---CAA--CA-------
gi|16 : ------CATCAT-----TA---T-------CA----TCA----CA-T-----CATGATCACAA-----AG--GCAATATCG--GCAGCAGCAAC-A-----A-C---AA------CAGC-AGC--A
gi|17 : actttttcAACAACA--TCAGCA---AACTCA---AA--A---------TCATC-AGTA-TCA---AC------ATC------AGCA--GCAA-CAACA-TTGT--CAACctgac
gi|2 : ---CAGCAGTAGCACCA--ACAGCAACAGC-A---TCGTC---AAACTCGCCATC-GTC--AT------TC-TT-----A-----T----T-C-TC-TT---------T-C--------TC-------AT-------CTTCA-TATC----CACCA---TCGCCA---TC--C---------TTATC-ATCA-TCT---CC------ATC------AGTA--CCAT-----ATTCAT--C-------AC-CA-TATTT--GA-TTATT--TCACCTTTATCA---GGTTTCTTTCATCCATC-TCTT---CTG--CA---------------GT---------CATCAT---ATTCATACATA--TCACTTTCA-ACAATTTCAC--AA-A--C---TT----CATT--------TCTT-AATTCGGCTTT--AGCTATGAATG----TTACAGATGAA---TCA--TTATCAT--CACAGCTGTCA----TTGACA--CC-ATTAGTATCCTCATTGTCACCGTTATCATCACCt
gi|2 : cACAG-ATG---A--------ATCATTATCATCACAGCTGTCATTGACACCA------------TTAGTATCCTCATTGTCACCG-T--TA---TC-----A--TCACC-ATTGCCA-----------CAG-AA----ACAACCATTGGAAACAACAGATTTACCACCAC-----CAATTT-------CA----TCA---ACT-TA----CATT-TCACCAC---CAACAACAGAAACG--AAAATGAAAACTA---T-GTC---AA------AAAC-A----AT-----ATCATT-----A-----C---------C-GTCA-------T-CAG---TA-TC-------AT-------CATTACCGTCA--TCATCA---TCATTACGGCC--A---------TCATC-ATTA-TTA---GC------ACC------AATA--GCAC-CAGGC-TCATTACAACAG-AA------------G--TCG----TCAAA---ATCA---G------------AATTAACAC---CA-------------------------------CAT-AT---GA-CAT---CAACTC-GTATT--------T------C-A-TC---TT----CG----------TCAG-AAACGAACACT-------T---TA----TTAGC-AT-TA---TCA--TCATCAT--CT---CCAACA----attgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgaacactttattagcattatcatcatcatctccaacagcagtagtagcatatc
gi|2 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttAACAC-TTT---A------TTAGCATTATCATCATCATCTCCAACAGCAGTA------------GTAGCAT-ATCgcagtagtagcatatc
gi|3 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttacagatgaatcattatcatcacagctgtcattgacaccattagtatcctcattgtcaccgttatcatcaccattgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacg-----CG---T-------CA----TTA---ACA---------GTATCAGCAA---CAACAGCAGCATCG--GCAGCAACATT-A---TCATC---GT------CAAC-A---------------TT-----A-----C------CGTG-TTCGTC---AT---AG---T---T-------AA-------TGTCAATGTAA--TCAAAA---TAATCT---TA--A---------TCGTC-ATAG-ACA---TC------GTC------ATCA--ACAT-CAGCA-TCAT--TA-------T-CA-T---T--G--TTA----TCACC---ACGA---G------------AATGATTAT---ATA--TA-------A------TAT-----------TCAC---TATTGT---CT--TTAATATCACG-----TCTC---C-A-TC---TT----TGTT---A----TCAT-CAATCATCATT--ATC-AG---TA----TTATCAA--AA---TCA--TCAT--------------CA----CTTAT---TCGATCAATATATTCGTCGTCTTCATCAT
gi|4 : aCA---T-------CAA-CA----GCA-ACAT------CAGCAG------CAGCATAAACCCA---TGACTTTCCA-----CA---GCA-T-----CAATATCAATAC---TGACAGAATCATCA--AAAGAAGTATC-T---TTAGC---AA------GGAC-AAT--AG-----ATT-CT----------------T-CA-C-TTAA-C---ATCACAA---TA-TC-------ACAAGCAGCCA-CAACAACAGATCAGCAGTATCATCA---AC--A---------TCAAA-ATAA-TCA---AC------GGC------AGCAAAGTAAATAACA-AAAT---AACACCAAC-CT-CATC---A--TAA----GCACC---ATCACAAG------------CATCAGCAC---CAG--CA-------AAAGCATCAT---------CATCAT---CATCAT---CA--TCAACAac
gi|5 : tatcagcagTCA---TC--A---------TCATT-ATCG-TCA---TC------ATC------A-----------AGC---CA----AACAG-ATT-CAGTGTCT------------TCATC---ATCA---T------------CATCATCAT---CAG--AA-------G------TAG---------CCGCAA---AAACAT---CA--TCAGTAGAA-A-----TAAT--AG-ACTC---TT----CAAC---A----TCAgc
gi|5 : AACAG-ATTC--AGTGTCTTCATCATCATCATCATCATCAGAAGTAGCCGCA------------AAAACATCATCA--GTAGAAA-TAATAGACTC-TTCAACATCAGC-TTC--CA---TGTTTGTACAGACG----CCA-CCGT------TGACCT------CACAAT------A---T-------CAAGTGCCAGACATA-T-----CACTGTCACCAGAAACATCACCAGCATCA--ACGCCAGTAAC-A---TCATCGCTAG------TAAC-ACCTGGT-----ATC-TC-----AAGACTT----T-CATT-TACA-C---AGT-CAgcttccatgtttgtacagacgccaccgttgacctcacaatatcaagtgccagacatatcactgtcaccagaaacatcaccagcatcaacgccagtaacatcatcgctagtaacacctggtatctcaagactttcatttacacagtca
gi|6 : tcatcatcattatcgtcatcatcaagccaCAGCAA---CAACAGCAACAACG--GCAGCAGCAAT-A---TAAGT---AG------TCAC-GC----T-----ATC-TTCGTGGG-----CATCGT-CATC-TT-G-T---TTT-C-G---TAATC-------AT-------GATCAAAGACG--TTAGTT---TCGACA---TCTGA---------TCGGC-ATCA-TCA---GT------AAG------AGCA--GCAG-CACCA-TCAT--GAGCATTCAG-CA-TG--T--G--ACA----TTATC---ATC----G------------CATCTTCATTCATAA--CA-------A------TATAAAAGTATACATCAT---CATCAT---CA--GCATTATCA-
gi|7 : CAA------CAACAG------CA--AC-----CA-----------CA----ACA---ACA-G-----CATCATCAGCAG---CAACATCAGCAGCA--GCAACATCAGC-AACTTCATC---AT------CATC-AGC--AT---------------------------C-CACC-TCCA-C---CTC-C--------CC-------CT-------CATCCACATCA--TCTGCA---TCAT-----GC---------------TC-AACA-CCA---AC------AAC------AGCA--GCAG-CAGCA-ACAA--CAACAGCAGCACA-TGACT--GCTTTA----CCA-C---ATCA---GT-----------CATCGTTGT---CAGGACA-------A------TCT---------CACCAC---ACCCAT---t
gi|9 : tAACAG------CAACAT-----TA---G-------CA----TCA---ACAATAAGAACAACCTGAACAA---CAACAGCAACATCA--ACAATAGCAAC-A---TCATA---AA------CAAT-AGC--A-----------------A-----CA---T-CATN-NNNN-N---NNN-NAA---CA-TC-------AA-------TATCAACAATA--ACAGCC---ACATCA---AT--A---------ATACC-AACA-GCA---AC------ATA------AACA--ATAG-CAACA-TCAT--AGACAATAAC-ttca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CCATCAGCATCACCACTACAACCGCCGCCACCACCACCACCAACAACAACAACAGCAACAACACCAACACAAGAAGAAAAACATATTTAAAATAAAACAACAACATCATCATTATCAACCACAGCAACCCCACCACCAAAAGCAACAACAATACTAACAACAACATTATCAACTACAACAGCAACAACACCACCAAAAACAACAACAAAAACA
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 22222222222222222222 777777777777777777777777777777777777777777 111111 1111111111 1111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111111 5555555555555555555555555 2222222222222222 222222222222222222222222222222 55555555555555555555555555555555555555555 1111 111111111 111 44444444444444444 111
lowQualScore : 5 5 0 5 11 777 33333333333333333333 1 888 777777777777777777777777777777777777777777 4 4 111111 7777777777 1 555 99999 555 6666666 2 1 444 0 0 99999 777777 888888 5 3 0 3 555 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44 3 555 444 2 777777 1 777777777777777777 2 2 99999999999 0 888888 33 33 2 33 2 9999999999999999999999999 88888 3333333333333333 3 999999999999999999999999999999 9999 777 66 1 88888888888888888888888888888888888888888 1 7777 77 5 222222222 7 6 111 1 99 7 77777777777777777 1 111 8 1 11 1
lowQualScore : . . . . .. ... .................... . ... .......................................... . . ...... .......... . ... ..... ... ....... . . ... . . ..... ...... ...... . . . . ... ............................................................................ .. . ... ... . ...... . .................. . . ........... . ...... .. .. . .. . ......................... ..... ................ . .............................. .... ... .. . ......................................... . .... .. . ......... . . ... . .. . ................. . ... . . .. .
lowQualScore : 5 5 0 0 22 888 88888888888888888888 2 222 222222222222222222222222222222222222222222 4 4 555555 6666666666 8 888 55555 888 2222222 1 0 777 9 9 33333 777777 888888 1 1 7 1 444 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 3 888 999 6 222222 2 333333333333333333 9 9 88888888888 3 222222 99 99 9 99 9 9999999999999999999999999 99999 8888888888888888 6 666666666666666666666666666666 3333 000 11 0 77777777777777777777777777777777777777777 7 9999 99 7 777777777 1 7 777 0 22 8 55555555555555555 0 888 0 0 66 4
consensus : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAG-ATT-ATCATCATCA---TCATCACCATCATCATCAGCAGCA------------GC------AGCATCATCA--GTAACAA-TA-TA---TCTT--AC-TCAC--C-TTTCA-CAT-------CAG-CATCA-CCAT------CAACAG------CANCATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CANCATCANCAG---CAGCAGCAGCANCG--GCAGC------AGC------AAC-ATCA-TC---AA------CAAC-ATC--AT----ATC-TT-----A-----C----TCATC-T-TCACNTTCAGT-AT----------C--AT-CAT---CAACAN--CATCA-----GCATCATCA---NC---A---------TCATC-ATCA-TC------A---NCATC------AGCA--GCAN-CAGCA-TCAT--CAACANCAAC-CATG--T--G--TTA----TCACC---ATCA---G------------CATCATCAT---CAA--CA-------ATAT---------CATCAT---NATCAT---CA--TCANCATCA-A-----TCAC--AC-ATC---TT----CGTT---A----TCAT-AAATCATCATT--ATC-AT---TA----TTATCAAT-AA---TCA--TCATCAT--C----CCGACA----TTTATA--TC-ATTANTATANTCGTCGTCATCATCATCATCACC
Reference ( family-677 ) : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAG-ATT-ATCATCATCA---TCATCACCATCATCATCAGCAGCA------------GC------AGCATCATCA--GTAACAA-TA-TA---TCT---AC-TCAC--C-TTCC--CAT-------CAG-CATCA-CCAT------CAACAG------CATCATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CANCATCANCAG---CAGCAGCAGCANCG--GCAGC------AGC------AGC-ATCA-TC---AA------CAAC-ANC--AT----ATC-TT-----A-----C----TCATC-T-TCACNTTCAGT-AT----------C--AT-CAT---CAACAN--CATCA-----GCATCATCA---NC---A---------TCATC-ATCA-TC------A---NCATC------AGCA--GCAN-CAGCA-TCAT--CAACAGCAAC-CATGTCT--G--TTA----TCACC---ATCA---G------------CATCATCAT---CAG--CA-------ATAT---------CATCAT---AATCAT---CA--TCANTATCA-A-----TCAC--AC-ATC---TT----CGTT---A----TCAT-AAATCATCATT--ATC-AT---TA----TTATCAAT-AA---TCA--TCATCAT--C----CCGACA----TTTATA--TC-ATTANTATANTCGTCGTCATCATCATCATCACC
gi|1 : TCACAGTATTATAAAGATATGCAAC-CAACAT-GTT-CTTATCATCA---TCAGCATCATTATCATCATTAGCA------------GC------AGCATTATCA--ATAACAAGTA-TA---TCTT--AC-TTAC--C-TTTCACCTT-------CAG-TATCA-CCAT------CAACAG------TATTATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CACCATCATCAG---CAGCAGCAGCAGAA--GCAGC------AGC------AGT-ATTA-TC---AA------TAACAAGT--AT----ATC-TT-----A-----C----TTATCTT-TCACATTCAGT-AT----------C--AC-CAT---CAACAG--TATCA-----TCATCATCA---AC---A---------TCATC-ATCA-GC------A---GCAGC------AGCA--GCAG-CAGCA-TTAT--CAATAACAAG-TATATCTTAC--TTACCTTTCACC---TTCA---G------------TATCACCAT---CAA--CA-------GTAT---------CATCAT---AATTAT---CA--TCAGTATCA-G-----TTACTGAT-ATC---TT----ATTT---ACCTTTCATAAAATCATCATTAAATC-AT---TG----TTATC-AT-AA---TCA--TCATTAT--CT---TCAATATTTTTTTATA--TC-ATCACTAGAATCATCATCATCATCATCATCATC
gi|1 : ttatgaccctCAACAGTATT-ATCATCATCA---ACATCACCATCATCAGCAGCAGCAGCAGAAGCAGCAGC------AGTATTATCA--ATAACAAGTA-TA---TCTT--AC-TTAT--C-TTTCA-CATT------CAG-TATCA-CCAT------CAACAG------TATCATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CATCATCAGCAG---CAGCA-----------GCAGC------AGC------AGC-ATTA-TC---AA------TAACAAGT--AT----ATC-TT-----A-----C----TTACCTT-TCACCTTCAGT-AT----------C--AC-CAT---CAACAG--TATCA-----TCATAATTA---TC---A---------TCAGT-ATCAGTT------ACTGATATCTTATTTACCT--TTCA-TAAAA-TCAT--CATTA--AAT-CAT---T--G--TTA----TCATA---ATCA---T------------CATTATCTT---CAA--TATTTTTTTATAT---------CATCACTAGAATCAT---CA--TCATCATC--A-----TCAT---C-ATCTTTTT----CTTTGAAA----TCAT-TA--CATCATA--ATT-AT---TA----TTATCAAT-AA---T-A--TTTTTAT--C-------ATA----TTTACATTTC-ATTTATATAATAATAATCATCATCACCATCAtttttctttgaaatcattacatcataattattattatcaataatatttttatcatatttacatttcatttatataataataatcatcatcaccatcaatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|1 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatCAACAGTATC-ATCATCATCAACATCATCATCAGCAGCAGCAGCAGCA------------GC------AGCATTATCA--ATAACAAGTA-TA---TCTT--AC-TTAC--C-TTTCACCTT-------CAG-TATCA-CCAT------CAACAG------TATCATCA---TAA----TTA------------------TCATCAG---TATCAGT--TACTG--ATATCTTATTTACCTTTCATAAA-ATCA-TC---AT------TAA--ATC--ATTGTTATC-AT-----A-----A----TCATC-A-TTATCTTCAAT-ATTTTTTTATATC--AT-CAC---TAGAAT--CATCA-----TCATCATCA---TC---A---------TCATC-TTTT-TCTTTGAAA---TCATT------A------CAT-CATAA-TTAT--TATTATCAAT-AATATTT-----TTA----TCA-T---ATTT---A------------CATT-TCAT--------TT-------ATAT---------AATAAT---AATCAT---CA--TCACCATCA-A-----TTTC--ACTATCAG-TTGTACCATT---T----TTAC-ATTTCATCATT--ATC-AT---CATATTTTATCAAT-AATACTTAATTTATAATAAC----CTGTCA----TCAATA--TC-ATTATTATCTTAGTTATCATTATTATTAatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtattatcatcatcaacatcaccatcatcagcagcagcagcagaagcagcagcagtattatcaataacaagtatatcttacttatctttcacattcagtatcaccat-T-----CAACATCATCAG---TAGCAAGAGCAATG--G-A--------AGC------AGC-ATTA-TC---CA------CACT-GTC--AT---------T-----A-----C----AAATG-TACCACA---ACT-AC----------CTAATGCAGAGATAACAA--CA-CAAAGATG-ATCATGA---CCTTGA---------CCACC-ATCA-T------------CATC------AGCA--GCAA-TAGCA-TCAT--CAataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : AGAGATA-ACAACACAA-AG-ATG-ATCATGACCT---TGACCACCATCATCATCAGCAGCA------------AT------AGCATCATCA--ccttaaaataa
gi|11 : tcaacatcatcagtagcaagagcaatggaagcagcattatccacactgtcattacaaatgtaccacaactacctaatgc-ATT-ATTTTCATCA---TTATCATTATTATCAT-AACAACA------------AC------A--ATAATGA---TAATAA-TA------------AC-CAAC-----------AT-------CAG-TATCA-TTAT------CA---------------TCG---TCA----TTA---ACA-T-----CAACAACAAAAG---TAG--GCAGCAATGCTGCAGC------Accttaaaataa
gi|12 : CATTATTCTTAATAACA------------GT------GAAAACATCC--GTAACAA-T--TA---TC-----C-TCAC--C-----------------CA--CATCA-CCAT------C---------------ATCA---T-------------CA-T-----CATCATCACCAG---GAGCAGCAGTAACT--GCAGT------AGT------A-C-ACTA-T----AG------CGGT-ATC--AT----GTaggaaacagcaatttattagt
gi|13 : ---TTATCACCAGCATAATCAGCAGCA------------GA------ATCATCATTA--ATAACAA-C--TA---ACT---AC-aaatgt
gi|14 : gcatcatatttttcttcttctcctttctttatatat----------C--AT-CAT---CAACAA--CACCA-----GCATCATCA---AC---AAAACCATGACCATCTATCA-GC------A---TCATC------AGCA--GCAC-CAGCA-TCAT--CAACAA-AAC-CATG-----------------ACC---ATCA---G------------TATCATCAG---CAaacaaaaaacaacaacagt
gi|15 : --CAGCA-----GCAGCAT-A---AC---A---------TCACC-ATCA-TC------A---GCACC------AGCA--GCAT-CAGCA-TTAT--CAGCAGCAGC---------------A----TCACA---CTCA---A------------CATCATCAG---CAA--CA-------
gi|16 : -CATCA-TTAT------CATCA-------CATCATGA---TCA-----CA---AAG-G-----CAATATCGGCAG---CAGCAACAACAACA--GCAGC------A
gi|17 : actttttcAACAA--CATCA-----GCAAACTCA---AA---A---------TCATC-AGTA-TC------A---ACATC------AGCA--GCAA-CAACA-TTGT--CAACctgac
gi|2 : ---CAGCAGTAGCACCA--ACAGC------AAC------AGC-ATCG-TC---AAACTCGCCATC-GTC--AT-----TC-TT-----A-----T----TC-TC-T-T-----TC-----T----------C--AT-CTT---CA-TAT--C--CA-----CCATCGCCA---TC---C---------TTATC-ATCA-TC------T---CCATC------AGTA--CCAT-----ATTCAT--C-------AC-CATATTT--GA-TTATT--TCACCTTTATCA---GGTTTCTTTCATCCATC-TCTT---CTG--CA---------GT---------CATCAT---ATTCATACATA--TCACTTTCA-ACAATTTCAC--AA-A-C---TT----CATT--------TCTT-AATTCGGCTTT--AGCTATGAATG----TTACAGATGAA---TCA--TTATCAT--CACAGCTGTCA----TTGACA--CC-ATTAGTATCCTCATTGTCACCGTTATCATCACCt
gi|2 : cACAG-ATG-A--ATCATTA---TCATCACAGCTGTCATTGACACCA------------TT------AGTATCCTCATTGTCACCG-T--TA---TC----A--TCAC--CATTGC--CA--------CAG-AAACAACCATTGGAAACAACAGATTTACCACCACCAATTTCA----TCA---ACT-TA----CATT-TCACCAC---CAACAACAGAAACG--AAAAT------GAA------AACTAT-G-TC---AA------AAAC-A----AT----ATCATT-----A-----C--------C-G-TCA---TCAGT-AT----------C--AT-CAT---TACCGT--CATCA-----TCATCATTACGGCC---A---------TCATC-ATTA-TT------A---GCACC------AATA--GCAC-CAGGC-TCATTACAACAG-AA-----------G--TCG----TCAAA---ATCA---G------------AATTAACAC---CA-------------------------CAT-AT---GA-CAT---CAACTC-GTATT--------T------C-ATC---TT----CG----------TCAG-AAACGAACACT-------T---TA----TTAGC-AT-TA---TCA--TCATCAT--CT---CCAACA----attgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgaacactttattagcattatcatcatcatctccaacagcagtagtagcatatc
gi|2 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttAACAC-TTT-ATTAGCATTA---TCATCATCATCTCCAACAGCAGTA------------GT------AGCAT-ATCgcagtagtagcatatc
gi|3 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttacagatgaatcattatcatcacagctgtcattgacaccattagtatcctcattgtcaccgttatcatcaccattgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgCG---TCA----TTA---ACA---------GTATCAGCAA---CAACAGCAGCATCG--GCAGC------AAC------ATT-ATCA-TC---GT------CAAC-AT----T----ACC-GT-----G-----T----TCGTC-A-T-------AGT--T----------A--AT--GT---CAATGT--AATCA-----AAATAATCT---TA---A---------TCGTC-ATAG-AC------A---TCGTC------ATCA--ACAT-CAGCA-TCAT--TA-------T-CAT---T--G--TTA----TCACC---ACGA---G------------AATGATTAT---ATA--TA-------ATAT-----------TCAC---TATTGT---CT--TTAATATCACG-----TCTC---C-ATC---TT----TGTT---A----TCAT-CAATCATCATT--ATC-AG---TA----TTATCAA--AA---TCA--TCAT--------------CA----CTTAT---TCGATCAATATATTCGTCGTCTTCATCAT
gi|4 : aATCAGCAGCATCA------------AC------AGCAACATCA--GCAGCAG-CA-TA---A-----AC-CCATGAC-TTTC--CA--------CAG-CATCA-ATAT------CAATAC------TGACAGAA---TCA----TCA---AAA-G-----AAGTATCTTTAG---CA-----AG----G--ACAAT------AGA------TTC-TTCACTT---AA------CATC-ACA--AT----ATC-----------------------------ACAAGCAGC-------------C--A--CAA---CAACAGATCAGCA-----GTATCATCA---AC---A---------TCAAA-ATAA-TC------A---ACGGC------AGCAAAGTAAATAACA-AAAT---AACACCAAC-CTCATC---A--TAA----GCACC---ATCACAAG------------CATCAGCAC---CAG--CA-------AAAG---------CATCAT---CATCAT---CA--TCATCATCA-A-----ac
gi|5 : tT---------CATCAT---CATTAT---CG--TCATCATCA-AG----CCAA--AC-AGA---TT----CAGT---G----TC-T----TCATCATC--ATC-AT---CA----TCATCAcagc
gi|5 : AACAG-ATTCAGTGTCTTCA---TCATCATCATCATCATCAGAAGTA------------GCCGCAAAAACATCATCA--GTAGAAA-TAATAGACTCTTCAACATCAG--C-TTCC---ATGTTTGTACAGACGCCA-CCGT------TGACCT------CACAAT-A---TCAAGTGCCAGACATA-T-----CACTGTCACCAGAAACATCACCAGCATCA--ACGCC------AGT------AAC-ATCA-TCGCTAG------TAAC-ACCTGGT----ATC-TC-----AAGACTT----TCATT-T-ACACAGTCAgaagtagccgcaaaaacatcatcagtagaaataatagactcttcaacatcagcttccatgtttgtacagacgccaccgttgacctcacaatatcaagtgccagacatatcactgtcaccagaaacatcaccagcatcaacgccagtaacatcatcgctagtaacacctggtatctcaagactttcatttacacagtca
gi|6 : tcatcatcattatcgtcatcatcaagccaCAGCAA---CAACAGCAACAACG--GCAGC------AGC------AAT-ATAA-GT---AG------TCAC-GC----T----ATC-TTCGTGGG-----CATCGTCATC-T-T-GTTTTC-GTAAT----------C--AT-GAT---CAAAGA--CGTTA-----GTTTCGACA---TCTG-A---------TCGGC-ATCA-TC------A---GTAAG------AGCA--GCAG-CACCA-TCAT--GAGCATTCAG-CATG--T--G--ACA----TTATC---ATC----G------------CATCTTCATTCATAA--CA-------ATATAAAAGTATACATCAT---CATCAT---CA--GCATTATCA-
gi|7 : T------CAACAA------CAGCA--A---CCA-----CA---ACA-A-----CAGCATCATCAG---CAGCAACATCA-----GCAGC------AGC------AAC-ATCA-GC---AA------CTTC-ATC--ATC---ATCAGC-----A-----T----CCACC-T-CCACCTCC-----C----------C--CT-CAT---CCACAT--CATCT-----GCATCAT-----GC----------------TC-AACA-CC------A---ACAAC------AGCA--GCAG-CAGCA-ACAA--CAACAGCAGCACATGACT--GCTTTA----CCA-C---ATCA---GT-----------CATCGTTGT---CAGGACA-------ATCT---------CACCAC---ACCCAT---t
gi|9 : AACAG------CAACATTA---GCA----TCA---ACAATAAGAACAACCTGAACAA---CAACAGCAACATCA--ACAAT------AGC------AAC-ATCA-TA---AA------CAAT-AGC--A----------------A-----CA---TCATN-N-NNNNNNNNAAC-AT----------C--AA-TAT---CAACAA--TAACA-----GCCACATCA---AT---A---------ATACC-AACA-GC------A---ACATA------AACA--ATAG-CAACA-TCAT--AGACAATAAC-ttca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CCATCAGCATCACCACTACAACCGCCGCCACCACCACCACCAACAACAACAACAGCAACAACACCAACACAAGAAGAAAAACATATTTAAAATAAAACAACAACATCATCATTATCAACCACAGCAACCCCACCACCAAAAGCAACAACAATACTAACAACAACATTATCAACTACAACAGCAACAACACCACCAAAAACAACAACAAAAACA
Alignments
lowQualScore : 1 1 11111111 22222222222222 111 5555555555555555555555555555555555555555 111111 1111111 1111111 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111111 111111111111111 55555555555555555555555555555 2222222222222222 222222222222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 1111111111 11 111 44444444444444444 111
lowQualScore : 5 5 5 66666666 0 1 33333333333333 0 1 000 0000000000000000000000000000000000000000 6 0 444444 3333333 2 33 666 7777 666 4444444 1 1 555 000 0 2 1 555 999999999 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 3 555 777 4 77777 3 888888888888888888 2 888888 2 0 33 6666 33 777777777777777 33 3 33333333333333333333333333333 88888 3333333333333333 3 888888888888888888888888 99999 3 8888 777 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 5 000000000 9999999999 5 00 000 77 5 77777777777777777 1 111 8 1 11 1
lowQualScore : . . . ........ . . .............. . . ... ........................................ . . ...... ....... . .. ... .... ... ....... . . ... ... . . . ... ......... . ................................................................... .. . ... ... . ..... . .................. . ...... . . .. .... .. ............... .. . ............................. ..... ................ . ........................ ..... . .... ... . .................................................... .. . ......... .......... . .. ... .. . ................. . ... . . .. .
lowQualScore : 5 5 7 66666666 4 9 66666666666666 1 9 999 6666666666666666666666666666666666666666 7 1 444444 4444444 4 33 444 7777 444 2222222 0 0 000 555 6 9 1 000 666666666 9 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 3 888 999 3 11111 6 333333333333333333 9 222222 0 3 99 1111 99 999999999999999 99 1 99999999999999999999999999999 99999 8888888888888888 6 777777777777777777777777 11111 6 0000 000 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 0 888888888 0000000000 1 77 000 99 3 55555555555555555 0 888 0 0 66 4
consensus : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAG-ATT-A------TCATCATCATCATCACCATCATCATCAGCAGCA------------GCAGCATCATCA--GTAACAA-T-ATA---TCTT--AC-TCAC--CTTT--CACATT----CAG-CATCACCAT------CAACAG------CANCATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CANCATCANCAG---CAGCAGCAGCANCGGCAGCAGCAAC-ATCATC---AA------C--AAC-A--TC--AT----ATC-TT-----A-----C----TCATC-T-T-CACNTTCAGT-AT----------C--AT-CAT---CAACAN--CATCA-----GCATCATCA---NC---A---------TCATC-ATCATC------AGCATCAGCA--GC----AN-C---------------AGCATCAT--CAACANCAAC-C--AT---TG--TTA--------TCACC---ATCA---G------------CATCATCAT---CA--ACA-------A------TAT-----CAT-CAT---NATCAT---CATCANCATCA-A-----TCAC--A---C-ATC---TT----CGTT---A----TCAT-AA-TCATCATT--ATC-AT---TA----TTA----T-----CAAT-AA---TCA--TCATCAT--C----CCGACA----TTTATA--TC-ATTANTATANTCGTCGTCATCATCATCATCACC
Reference ( family-677 ) : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAG-ATT-A------TCATCATCATCATCACCATCATCATCAGCAGCA------------GCAGCATCATCA--GTAACAA-T-ATA---TCTT--AC-TCAC--CTTT--CACAT-----CAG-CATCACCAT------CAACAG------CANCATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CANCATCANCAG---CAGCAGCAGCANCGGCAGCAGCAAC-ATCATC---AA------C--AAC-A--TC--AT----ATC-TT-----A-----C----TCATC-T-T-CACNTTCAGT-AT----------C--AT-CAT---CAACAN--CATCA-----GCATCATCA---NC---A---------TCATC-ATCATC------ANCATCAGCA--GC----AN-C---------------AGCATCAT--CAACANCAAC-C--ATG--TG--TTA--------TCACC---ATCA---G------------CATCATCAT---CA--ACA-------A------TAT-----CAT-CAT---NATCAT---CATCANCATCA-A-----TCAC--A---C-ATC---TT----CGTT---A----TCAT-AAATCATCATT--ATC-AT---TA----TTA----T-----CAAT-AA---TCA--TCATCAT--C----CCGACA----TTTATA--TC-ATTANTATANTCGTCGTCATCATCATCATCACC
gi|1 : TCACAGTATTATAAAGATATGCAAC-CAACAT-GTT-C------TTATCATCATCAGCATCATTATCATCATTAGCA------------GCAGCATTATCA--ATAACAAGT-ATA---TCTT--AC-TTAC--CTTT--CACCTT----CAG-TATCACCAT------CAACAG------TATTATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CACCATCATCAG---CAGCAGCAGCAGAAGCAGCAGCAGT-ATTATC---AA------T--AACAA--GT--AT----ATC-TT-----A-----C----TTATCTT-T-CACATTCAGT-AT----------C--AC-CAT---CAACAG--TATCA-----TCATCATCA---AC---A---------TCATC-ATCAGC------AGCAGCAGCA--GC----AG-C---------------AGCATTAT--CAATAACAAG-T--ATA--TC--TTACTTACCTTTCACC---TTCA---G------------TATCACCAT---CA--ACA-------G------TAT-----CAT-CAT---AATTAT---CATCAGTATCA-G-----TTACTGA---T-ATC---TT----ATTT---ACCTTTCATAAAATCATCATTAAATC-AT---TG----TTA----T-----C-AT-AA---TCA--TCATTAT--CT---TCAATATTTTTTTATA--TC-ATCACTAGAATCATCATCATCATCATCATCATC
gi|1 : ttatgaccctCAACAGTATT-A------TCATCATCAACATCACCATCATCAGCAGCAGCAGCAGAAGCAGCAGCAGTATTATCA--ATAACAAGT-ATA---TCTT--AC-TTAT--CTTT--CACATT----CAG-TATCACCAT------CAACAG------TATCATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CATCATCAGCAG---CAGCAGCAGCA---------GCAGC-ATTATC---AA------T--AAC-AAGT---AT----ATC-TT-----A-----C----TTACC-T-TTCACCTTCAGT-AT----------C--AC-CAT---CAACA-------------GTATCAT------C---A---------TAATT-ATCATC------AGTATCAGTT--ACTGATAT-CTTATTTACCTTTCATAAAATCAT--CATTA--AAT-C--AT---TG--TTA--------TCATA---ATCA---T------------CATTATCTT---CA--ATATTTTTTTA------TAT-----CAT-CACTAGAATCAT---CATCATCATC--A-----TCAT------C-ATCTTTTT----CTTTGAAA----TCAT-TA--CATCATA--ATT-AT---TA----TTA----T-----CAAT-AA---T-A--TTTTTAT--C-------ATA----TTTACATTTC-ATTTATATAATAATAATCATCATCACCATCAtttttctttgaaatcattacatcataattattattatcaataatatttttatcatatttacatttcatttatataataataatcatcatcaccatcaatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|1 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatAAA-ATCATC---AT------T--AA--A--TC--ATTGTTATC-AT-----A-----A----TCATC-A-T-TATCTTCAAT-ATTTTTTTATATC--AT-CAC---TAGAAT--CATCA-----TCATCATCA---TC---A---------TCATC-TTTTTCTTTGAAATCATTA------C----AT-C---------------ATAATTAT--TATTATCAAT-A--ATAT-TT--TTA--------TCA-T---ATTT---A------------CATT-TCAT--------TT-------A------TAT-----AAT-AAT---AATCAT---CATCACCATCA-A-----TTTC--A---CTATCAG-TTGTACCATT---T----TTAC-ATTTCATCATT--ATC-AT---CATATTTTA----T-----CAAT-AATACTTAATTTATAATAAC----CTGTCA----TCAATA--TC-ATTATTATCTTAGTTATCATTATTATTAatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtattatcatcatcaacatcaccatcatcagcagcagcagcagaagcagcagcagtattatcaataacaagtatatcttacttatctttcacattcagtatcaccatcaacagtatcatcatcatcaacatcatcatcagcagcagcagcagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtatcatcataattatcatcagtatcagttactgatatcttatttacctttcat-T-----CAACATCATCAG---TAGCAAGAGCAATGGAAGCAGCA----TTATC---CA------C--ACT-G--TC--AT---------T-----A-----C----AAATG-TAC-CACA---ACT-AC----------CTAATGCAGAGATAACAA--CA-CAAAGATG-ATCATGA---CCTTGA---------CCACC-ATCAT---------CATCAGCA--GC----AA-T---------------AGCATCAT--CAataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : AGAGATA-ACAACACAA-AG-ATG-A------TCATGACCTTGACCACCATCATCATCAGCAGCA------------ATAGCATCATCA--ccttaaaataa
gi|11 : tcaacatcatcagtagcaagagcaatggaagcagcattatccacactgtcattacaaatgtaccacaactacctaatgc-ATT-A------TTTTCATCATTATCATTATTATCAT-AACAACA------------ACA--ATAATGA---TAATAA-T-A-----------AC--CA----------ACAT-----CAG-TATCATTAT---------------------CATCG---TCA----TTA---ACA-T-----CAACAACAAAAG---TAG--GCAGCAAT-GCTGCAGCAAccttaaaataa
gi|12 : ATTATCCT------CACCCA------CATCACCA---TCA----TCA---TCA-T-----CATCATCACCAG---GAGCAGCAGTAACTGCAGTAGT-AC-ACTAT----AG------C--GGT-A--TC--AT----GTggaaacagcaatttattagt
gi|13 : cattattcttaataacagtgaaaacatccgtaacaTTATCACCAGCATAATCAGCAGCA------------GAATCATCATTA--ATAACAA-aaatgt
gi|14 : gcatcatatttttcttcttctcctttctttatatat----------C--AT-CAT---CAACAA--CACCA-----GCATCATCA---AC---AAAACCATGACCATCTATCAGC------ATCATCAGCA--GC----AC-C---------------AGCATCAT--CAACAA-AAC-C--ATG-------------------ACC---ATCA---G------------TATCATCAG---CA--ctaactacaacaaaaaacaacaacagt
gi|15 : --CAGCA-----GCAGCAT-A---AC---A---------TCACC-ATCATC------AGCACCAGCA--GC----AT-C---------------AGCATTAT--CAGCAGCAGC---------------A--------TCACA---CTCA---A------------CATCATCAG---CA--ACA-------
gi|16 : ------CATCATTA---TCA----TCA----CA-T-----CATGATCACAA-----AG--GCAATATCGGCAGCAGCAAC-AACAAC---AG------C--AGC-A--
gi|17 : actttttcAACAA--CATCA-----GCAAACTCA---AA---A---------TCATC-AGTATC------AACATCAGCA--GC----AA-C---------------AACATTGT--CAACctgac
gi|2 : ---CAGCAGTAGCACCAACAGCAACAGC-ATCGTC---AAACTCGCC--ATC-G--TC--AT-----TC-TT-----A-----T----TC-TC-T-T------TC-----T----------C--AT-CTT---CA-TAT--C--CA-----CCATCGCCA---TC---C---------TTATC-ATCATC------TCCATCAGTA--CC----AT--------------------AT--T--CATCACCA---T--ATT--TGA-TTATT------TCACCTTTATCA---GGTTTCTTTCATCCATC-TCTT---CT--GCA---------------GT-----CAT-CAT---ATTCATACATATCACTTTCA-ACAATTTCAC--A---A-A-C---TT----CATT--------TCTT-AATTCGGCTTT--AGCTATGAATG----TTA----C-----AGATGAA---TCA--TTATCAT--CACAGCTGTCA----TTGACA--CC-ATTAGTATCCTCATTGTCACCGTTATCATCACCt
gi|2 : cACAG-ATG-A--------ATCATTATCATCACAGCTGTCATTGACACCA------------TTAGTATCCTCATTGTCACCG-T--TA---TC----A--TCAC--CATTGCCACAG-----AAA-CA--ACCATTGGAAACAACAGATTTACCACCACCAATTTCA----TCA---ACT-TA----CATT-TCACCAC---CAACAACAGAAACGAAAATGAAAACTAT-GTC---AA------A--AAC-A------AT----ATCATT-----A-----C--------C-G-T-CA---TCAGT-AT----------C--AT-CAT---TACCGT--CATCA-----TCATCATTACGGCC---A---------TCATC-ATTATT------AGCACCAATA--GC----AC-C---------------AGGCTCATTACAACAG-AA-----------G--TCG--------TCAAA---ATCA---G------------AATTAACAC---CA---------------------------CAT--AT---GA-------CATCAAC-----------TCGT--ATTTC-ATC---TT----CG----------TCAG-AAACGAACACT-------T---TA----TTA----G-----C-AT-TA---TCA--TCATCAT--CT---CCAACA----attgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgaacactttattagcattatcatcatcatctccaacagcagtagtagcatatc
gi|2 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttAACAC-TTT-A------TTAGCATTATCATCATCATCTCCAACAGCAGTA------------GTAGCAT-ATCgcagtagtagcatatc
gi|3 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttacagatgaatcattatcatcacagctgtcattgacaccattagtatcctcattgtcaccgttatcatcaccattgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgCG---TCA----TTA---ACA---------GTATCAGCAA---CAACAGCAGCATCGGCAGCAACATT-ATCATC---GT------C--AAC-A--T----T----ACC-GT-----G-----T----TCGTC-A-T--------AGT--T----------A--AT--GT---CAATGT--AATCA-----AAATAATCT---TA---A---------TCGTC-ATAGAC------ATCGTCATCA--AC----AT-C---------------AGCATCAT--TA-------T-C--AT---TG--TTA--------TCACC---ACGA---G------------AATGATTAT---AT--ATA-------A------TAT-------T-CAC---TATTGT---CTTTAATATCACG-----TCTC------C-ATC---TT----TGTT---A----TCAT-CAATCATCATT--ATC-AG---TA----TTA----T-----CAA--AA---TCA--TCAT--------------CA----CTTAT---TCGATCAATATATTCGTCGTCTTCATCAT
gi|4 : aATCAGCAGCATCA------------ACAGCAACATCA--GCAGCAG-C-ATA---A-----AC-CCATGACTTT--C-CA------CAG-CATCAATAT------CAATAC------TGACAGAA---TCA----TCA---AAA-G-----AAGTATCTTTAG---CA-----AG----GACAATAG-----ATTCTT---CA------CTTAAC-A--TC--AC----A-----------------------ATA-T---CACAAGCAGC-------------C--A--CAA---CAACAGATCAGCA-----GTATCATCA---AC---A---------TCAAA-ATAATC------AACGGCAGCAAAGT----AAAT---------------AACAAAAT---AACACCAAC-CTCAT---CA--TAA--------GCACC---ATCACAAG------------CATCAGCAC---CA--GCA-------AAAGCATCAT-----CAT-CAT---CATCAT---CATCAACAac
gi|5 : tT-----CAT-CAT---CATTAT---CGTCATCATCA-AG----CCAA--A---C-AGA---TT----CAGT---G----TCTT-CA-TCATCATC--ATC-AT---CA----TCAGAAGTAGCCGCAA--AA---ACA--TCATCAgc
gi|5 : AT-----CAT-CAT---TATCGT---CATCATCA--A-G-----CCAA--A---C-AGA---TT----CAGT---G----TC-T----TCATCATC--ATC-AT---CA----TCA----T-----CAgtagaaataatagactcttcaacatcagcttccatgtttgtacagacgccaccgttgacctcacaatatcaagtgccagacatatcactgtcaccagaaacatcaccagcatcaacgccagtaacatcatcgctagtaacacctggtatctcaagactttcatttacacagtca
gi|5 : tcAACAG-ATTCAGTGTCTTCATCATCATCATCATCATCAGAAGTAGCCGCA------------AAAACATCATCA--GTAGAAA-TAATAGACTCTTCAACATCAG--CTTC--CATGTTTGTACAGACGCCACCGT------TGACCT------CACAAT-A---TCAAGTGCCAGACATA-T-----CACTGTCACCAGAAACATCACCAGCATCAACGCCAGTAAC-ATCATCGCTAG------T--AAC-A--CCTGGT----ATC-TC-----AAGACTT----TCATT-T-A-CACAGTCAgaagtagccgcaaaaacatcatcagtagaaataatagactcttcaacatcagcttccatgtttgtacagacgccaccgttgacctcacaatatcaagtgccagacatatcactgtcaccagaaacatcaccagcatcaacgccagtaacatcatcgctagtaacacctggtatctcaagactttcatttacacagtca
gi|6 : tcatcatcattatcgtcatcatcaagccaCAGCAA---CAACAGCAACAACGGCAGCAGCAAT-ATAAGT---AG------T--CAC-G--C----T----ATC-TTCGTGGG-----CATCGTCATC-T-T--GTTTTC-GTAAT----------C--AT-GAT---CAAAGA--CGTTA-----GTTTCGACA---TCTG-A---------TCGGC-ATCATC------AGTAAGAGCA--GC----AG-C---------------ACCATCAT--GAGCATTCAG-C--ATG--TG--ACA--------TTATC---ATC----G------------CATCTTCATTCATA--ACA-------A------TATAAAAGTATACAT---CATCAT---CATCAGCATT--A-----TCA
gi|7 : T------CAACAA------CAGCA--A---CCA-----CA---ACA-A-----CAGCATCATCAG---CAGCAACATCA---GCAGCAGCAAC-ATCAGC---AA------C--TTC-A--TC--ATC---ATCAGC-----A-----T----CCACC-T-C-CACCTCC-----C----------C--CT-CAT---CCACAT--CATCT-----GCATCAT-----GC----------------TC-AACACC------AACAACAGCA--GC----AG-C---------------AGCAACAA--CAACAGCAGCAC--ATGACTGCTTTA--------CCA-C---ATCA---GT-----------CATCGTTGT---CAGGACA-------A------TCT-----CAC-CAt
gi|9 : AACAG------CAACATTA---GCA----TCA---ACAATAAGAACAACCTGAACAA---CAACAGCAACATCAACAATAGCAAC-ATCATA---AA------C--AAT-A--GC--A----------------A-----CA---TCATN-N-N-NNNNNNNAAC-AT----------C--AA-TAT---CAACAA--TAACA-----GCCACATCA---AT---A---------ATACC-AACAGC------AACATAAACA--AT----AG-C---------------AACATCAT--AGACAATAAC-cacccatttca
blockSeqs : . A T CAGTGTCT G GCAGAAGCAGCAGC T TTG TAATAGACTCTTCAACATCAGCTTCCATGTTTGTA A TGGAAA GATTTAC T TC ATT AGTG GAC ATAAGAA T G AAA ATG T T GCT ACTCGCC . TCATTGTTATCATAATCATCATTATCTTCAATATTTTTTTATAT TA G AGA GAT T AAGAT C ACAAAACCATGA T TTTGAA G AA TGAT AA TTATTTACCTTTCAT TA T GCAGCACATGACTGCTTTA CCTTT GGTTTCTTTCATC A CAATATTTTTTTA AAAAG A TAGA ACA T AATTTCACTATCAGTTGTACCATTTTTACATT . T CATATT GAAGTAGCCG A TG TAC AT T CACAGCTGTCA T ATT G A AA A
blockSeqs : . A T AT C A GTATATCTTACTTATCTTTCACATT . . G T TC . . . TA A T . ACT . C . CTT . CTATCTTCGTGGGCATCGTCATCTTGTTTTCGTAAT . . . T C . G CCTTGA . . T . . T . . T TCAATAATATTTTTA TA CAAG A CAGCAAAAGCAT . . A . C ATCATCATCTTTTTCTTTGAAATCATTA . . GAATG T A T . . A AACCTGTCA A A . T CT T
blockSeqs : . A T AC A A TTATCATCACCATTGCCACAG . . A T CC . . . T A A . TCG . T . T . AGTATATCTTACTTACCTTTCACCTTCAGTAT . . . A G . C CGGCCA . . T . . T . . A CCATATTTGATTATT CC GT A TCATAACAA . . A . C AACAATTTCACAAACTTCATTTCTTAAT . . TA T G T . . C CTCCAACA G A . G CC T
blockSeqs : . A T GA C G CATAAACCCATGACTTTCCA . . C C TT . . . T T C . CCA . T . T . TCATCATCAGCATCCACCTCCACCTCCC . . . A T . C TCTGA . . G . . A . . G CCAACCTCATCATAA CA T A CAGGACAA . . G . A ACGTCTCCATCTTTGTTATCATCAA . . TA C A T . . C CATA T . . A AT C
blockSeqs : . A T TT C G TAACCAACAT . . T A CC . . . T T C . ACG . C . C . GCAACATCATNNNNNNNNNNAACAT . . . A T . C TCA . . A . . C . . A TTCAGCATGTGACA AA A A ATATAA . . T . A AAGCCAAACAGATTCAGTGTCTTCA . . TA G A . . . C CA
blockSeqs : . A A GT C . . A C GA . . . T T C . TCG . C . C . TCATTACAAATGTACCACAACTAC . . . T T . T ACA . . C . . T . . T AATCATTGTTA CC G A CTGCA . . C . A TCGTATTTCATCTTCGTCAGAAA . . CA T A . . . .
blockSeqs : G AC C . G G TT . . . T G G . TCA . C . C . ATATCATTACCGTCATCAGTAT . . . T G . C AAA . . G . . A . . A TCATTGTTA CC A T TTA . . C . T AGCCAAACAGATTCAGTGTCT . . CA T .
blockSeqs : G AA . . A T . . . G G T . ACG . T . A . TTACCGTGTTCGTCATAGTT . . . T T . C TCC . . T . . T . . A AAACCATG TC G G CA . . T . T
blockSeqs : . . . . . T C C . TCA . C . C . TCATTCTTATTCTCTTTCT . . . A T . C TAA . . A . . C . . G GAAGTCG T G . . . C . G
blockSeqs : . . . A G G . AT . A . T . TCACAATATCACAAGCAGC . . . T A . C ACA . . G . . T . . A GCAGCA C G . . .
blockSeqs : . A T . G . C . T . . . . A . . . ATA . . A . . G . . A
blockSeqs : A . . . C . C . . . . . CA . . A . . G . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . GC . . . . . G . .
blockSeqCons : NCATTGTTA******************** CAACAA****************** ** CACCA************
originalCons : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAG-ATT-A------TCATCATCATCATCACCATCATCATCAGCAGCA------------GCAGCATCATCA--GTAACAA-T-ATA---TCTT--AC-TCAC--CTTT--CACATT----CAG-CATCACCAT------CAACAG------CANCATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CANCATCANCAG---CAGCAGCAGCANCGGCAGCAGCAAC-ATCATC---AA------C--AAC-A--TC--AT----ATC-TT-----A-----C----TCATC-T-T-CACNTTCAGT-AT----------C--AT-CAT---CAACAN--CATCA-----GCATCATCA---NC---A---------TCATC-ATCATC------AGCATCAGCA--GC----AN-C---------------AGCATCAT--CAACANCAAC-C--AT---TG--TTA--------TCACC---ATCA---G------------CATCATCAT---CA--ACA-------A------TAT-----CAT-CAT---NATCAT---CATCANCATCA-A-----TCAC--A---C-ATC---TT----CGTT---A----TCAT-AA-TCATCATT--ATC-AT---TA----TTA----T-----CAAT-AA---TCA--TCATCAT--C----CCGACA----TTTATA--TC-ATTANTATANTCGTCGTCATCATCATCATCACC
finalCons : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAG-ATT-A------TCATCATCATCATCACCATCATCATCAGCAGCA------------GCAGCATCATCA--GTAACAA-T-ATA---TCTT--AC-TCAC--CTTT--CACATT----CAG-CATCACCAT------CAACAG------CANCATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CANCATCANCAG---CAGCAGCAGCANCGGCAGCAGCAAC-ATCATC---AA------C--AAC-A--TC--AT----ATC-TT-----A-----C----TCATC-T-T-CACNTTCAGT-AT----------C--AT-CAT---CAACAN--CATCA-----GCATCATCA---NC---A---------TCATC-ATCATC------AGCATCAGCA--GC----AN-C---------------AGCATCAT--CAACANCATTGTTA--------------------TCACC---ATCA---G------------CATCATCATCAACAA------------------TAT-----CAT-CAT---NATCAT---CATCANCATCA-A-----TCAC--A---C-ATC---TT----CGTT---A----TCAT-AA-TCATCATT--ATC-AT---TA----TTA----T-----CAAT-AA---TCA--TCATCATCACCA------------TTTATA--TC-ATTANTATANTCGTCGTCATCATCATCATCACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CCATCAGCATCACCACTACAACCGCCGCCACCACCACCACCAACAACAACAACAGCAACAACACCAACACAAGAAGAAAAACATATTTAAAATAAAACAACAACATCATCATTATCAACCACAGCAACCCCACCACCAAAAGCAACAACAATACTAACAACAACATTATCAACTACAACAGCAACAACACCACCAAAAACAACAACAAAAACA
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 11111111 222222222222 111 111111111111111 111 22222222222222 111111 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 11111111111111 2222222222222222222222222222 2222222222222222 33333333333333333333333333333333333333333 1111 44444444444444444444444444444444444444444 111111111 1111111 11111111 11111111111 3333333333333333333 111111 11
lowQualScore : 5 5 1 66666666 888 1 222222222222 0 000 999999999999999 5 000 22222222222222 66 4 888888 999999 2 555 6666 5555 4444444 2 1 444 0 5 777777 777777 0 2 0 444 8888888888 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 555 444 2 6666666 444 444 666666666666 6666 444 7777777777 0 00000000000000 1 777777 1 33 33 777 99 2222222222222222222222222222 77777 4444444444444444 1 99999999999999999999999999999999999999999 0000 666 666 1 33333333333333333333333333333333333333333 444444444 5 5 3333333 66666666 66 8888 5 88888888888 888 888 22 8888888888888888888 111111 5 1 8 1 11 2 1
lowQualScore : . . . ........ ... . ............ . ... ............... . ... .............. .. . ...... ...... . ... .... .... ....... . . ... . . ...... ...... . . . ... .......... . .............................................................. . ... ... . ....... ... ... ............ .... ... .......... . .............. . ...... . .. .. ... .. ............................ ..... ................ . ......................................... .... ... ... . ......................................... ......... . . ....... ........ .. .... . ........... ... ... .. ................... ...... . . . . .. . .
lowQualScore : 5 5 4 66666666 888 7 888888888888 1 444 777777777777777 0 222 55555555555555 11 4 555555 666666 2 444 5555 9999 5555555 0 0 777 9 5 777777 777777 6 7 3 777 5555555555 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 444 777 1 5555555 777 777 333333333333 7777 777 6666666666 2 22222222222222 0 222222 7 44 44 888 44 7777777777777777777777777777 66666 4444444444444444 7 88888888888888888888888888888888888888888 9999 444 444 0 33333333333333333333333333333333333333333 444444444 0 0 6666666 88888888 99 4444 0 44444444444 888 888 44 2222222222222222222 111111 7 0 0 0 00 8 4
consensus : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAG-ATT-A------TCATCATCA---TCATCACCATCATCATCAGCAGCA------------GCAGCATCATCA--GTAACAAGT-ATA---TCTT--AC-TCAC--CTTTC-----ACATT----CAG-CATCA-CCAT------CAACAG------CANCATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CANCATCANCAG---CAGCAGCAGCANCGGCAGC------AGC------AAC-ATCATC---AA------C--AAC-ATC--AT----ATC-TT-----A-----C----TCATC-T-TCACNTTCAGTA-TC-------AT-CAT---CAACAN--CATCAGCATCATCAN---C--A---TCAT---CATC------------ATCA--G-C---A-----TC---AGCAG------C------ANC------AGC--AT--CAT---CA--ACAN----CA--------T-TG--TCA----TCACC---ATCA---G------------CATCATCATC-----A--ACA-------A------TA-T------------CATCAT---CATCAT---CA---TCANCATCA-G-----TCAC--A---C-ATC---TT--CGTT---A----TCAT--AAT----C-ATCA-T----T--ATCA-------TTA--TTANCA-AT-AA----TC-----AT---CA---TCATCAT------CA-------T-TTA--CA--TC-ATCAGTAT-AAT--CATCGTCATCATCATCATCACC
Reference ( family-677 ) : NNNNNNNNNNTCACAGTATTATAGAGATATGCAACACAACAG-ATT-A------TCATCATCA---TCATCACCATCATCATCAGCAGCA------------GCAGCATCATCA--GTAACAA-T-ATA---TCTT--AC-TCAC--CTTTC-----ACATT----CAG-CATCA-CCAT------CAACAG------CANCATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CANCATCANCAG---CAGCAGCAGCANCGGCAGC------AGC------AAC-ATCATC---AA------C--AAC-ATC--AT----ATC-TT-----A-----C----TCATC-T-TCACNTTCAGTA-TC-------AT-CAT---CAACAN--CATCAGCATCATCAN---C--A---TCAT---CATC------------ATCA--G-C---A-----TC---AGCAG------C------ANC------AGC--AT--CAT---CA--ACAN----CA--------T-TG--TTA----TCACC---ATCA---G------------CATCATCATC-----A--ACA-------A------TA-T------------CATCAT---NATCAT---CA---TCANCATCA-A-----TCAC--A---C-ATC---TT--CGTT---A----TCAT--AAT----C-ATCA-T----T--ATCA-------TTA--TTATCA-AT-AA----TC-----AT---CA---TCATCAC------CA-------T-TTA--TA--TC-ATTANTAT-ANT--CGTCGTCATCATCATCATCACC
gi|1 : TCACAGTATTATAAAGATATGCAAC-CAACAT-GTT-C------TTATCATCA---TCAGCATCATTATCATCATTAGCA------------GCAGCATTATCA--ATAACAAGT-ATA---TCTT--AC-TTAC--CTTTC-----ACCTT----CAG-TATCA-CCAT------CAACAG------TATTATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CACCATCATCAG---CAGCAGCAGCAGAAGCAGC------AGC------AGT-ATTATC---AA------T--AACAAGT--AT----ATC-TT-----A-----C----TTATCTT-TCACATTCAGTA-TC-------AC-CAT---CAACAG--TATCATCATCATCAA---C--A---TCAT---CATC------------AGCA--G-C---A-----GC---AGCAG------C------AGC------AGC--AT--TAT---CA--ATAA----CAAGTATATCT-TAC-TTACCTTTCACC---TTCA---G------------TATCACCATC-----A--ACA-------G------TA-T------------CATCAT---AATTAT---CA---TCAGTATCA-G-----TTACTGA---T-ATC---TT--ATTT---ACCTTTCATAAAAT----C-ATCA-T----TAAATCA-------TTG--TTATC--AT-AA----TC-----AT---CA---TTATCTT------CAATATTTTT-TTA--TA--TC-ATCACTAG-AAT--CATCATCATCATCATCATCATC
gi|1 : ttatgaccctCAACAGTATT-A------TCATCATCA---ACATCACCATCATCAGCAGCAGCAGCAGAAGCAGCAGCAGTATTATCA--ATAACAAGT-ATA---TCTT--AC-TTAT--CTTTC-----ACATT----CAG-TATCA-CCAT------CAACAG------TATCATCA---TCA----TCA---ACA-T-----CATCATCAGCAG---CAGCA---------GCAGC------AGC------AGC-ATTATC---AA------T--AACAAGT--AT----ATC-TT-----A-----C----TTACCTT-TCACCTTCAGTA-TC-------AC-CAT---CAACAG--TAT---CATCATAAT---T--A---TCAT---CAGT------------ATCA--GTT---A-----CT---GATAT------CTTATTTACCTTTCATAAA--AT--CAT---CATTAAAT----CA--------T-TG--TTA----TCATA---ATCA---T------------CATTATCTTC-----A--ATATTTTTTTA------TA-T------------CATCACTAGAATCAT---CA---TCATCATC--A-----TCAT------C-ATCTTTTT--CTTTGAAA----TCAT--TA-----C-ATCA-T----A--ATTA-------TTA--TTATCA-AT-AA----T------AT---TT---TTATCA-------TA-------T-TTA--CATTTC-ATTTATAT-AAT--AATAATCATCATCACCATCAtttttctttgaaatcattacatcataattattattatcaataatatttttatcatatttacatttcatttatataataataatcatcatcaccatcaatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|1 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatCAACAGTATC-A------TCATCATCAACATCATCATCAGCAGCAGCAGCAGCA------------GCAGCATTATCA--ATAACAAGT-ATA---TCTT--AC-TTAC--CTTTC-----ACCTT----CAG-TATCA-CCAT------CAACAG------TATCATCA---TAA----TTA------------------TCATCAG---TATCAGT--TACTGATATCTTATTTACCTTTCATAAA-ATCATC---AT------T--AA--ATC--ATTGTTATC-AT-----A-----A----TCATC-A-TTATCTTCAATA-TTTTTTTATAT-CAT---CACTAG--AATCATCATCATCAT---C--A---TCAT---CATCTTTTTCTTTGAAATCATTA-C---A-----TC---A-TA--------------ATT------ATT--AT--TAT---CA--ATAA----TA--------T-TT--TTA----TCAT----ATTT---A------------CATT-TCATTTATATA--ATA-------A------TAAT------------CATCAT---CACCAT---CAATTTCACTATCA-G-----TTGT--A---CCATT---TTTACATTTC-A----TCAT--TAT----C-ATCA-TATTTT--ATCAATAATACTTAATTTAT-A-AT-AACCTGTC-----AT---CAATATCATTAT------TA-------TCTTAGTTA--TC-ATTATTATTAATAACATTATAAT-ATTATCATCACCatttcactatcagttgtaccatttttacatttcatcattatcatcatattttatcaataatacttaatttataataacctgtcatcaatatcattattatcttagttatcattattattaataacattataatattatcatcaccataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|1 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtattatcatcatcaacatcaccatcatcagcagcagcagcagaagcagcagcagtattatcaataacaagtatatcttacttatctttcacattcagtatcaccat-ATCATC---AT------C--ACC-ATC--A-----ATT-TC-----A-----C----T-A-----TCA-GTT--GTA-CC-------AT-T-T---TTACAT--T-TCATCATTATCAT---C--A---T-AT---T-TT------------ATCA--A-T---AATACTTA---ATTTA------T------AAT------AACCTGT--CAT---CA--ATAT----CA--------T-TA--TTA----TCTTA---GTTA---T------------CATTATTATT-----A--ATA-------A------CA-T------------TATAAT----ATTAT---CA---TCACCAT-A-A-----TCA---A---C-ATT---TT--C------A----TCAA--AAT----C-ATTA-T----T--ATCA-------ATA--CTAGCATAT-AA-----C-----ATTTACA---TT-TCAT------CA-------A-TTA--TA--TC-ATCAGCAataatcaacattttcatcaaaatcattattatcaatactagcatataacatttacatttcatcaattatatcatcagcagcagagacactatgactgctattag
gi|10 : ttatgacccttcacagtattataaagatatgcaaccaacatgttcttatcatcatcagcatcattatcatcattagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtattatcatcatcaacatcaccatcatcagcagcagcagcagaagcagcagcagtattatcaataacaagtatatcttacttatctttcacattcagtatcaccatcaacagtatcatcatcatcaacatcatcatcagcagcagcagcagcagcagcattatcaataacaagtatatcttacttacctttcaccttcagtatcaccatcaacagtatcatcataattatcatcagtatcagttactgatatcttatttacctttcataaaatcatcattaaatcattgttatcataatcatcattatcttcaatatttttttatatcatcactagaatcatcatcatcatcatcatcatctttttctttgaaatcattacatcataattattattatcaataatatttttatcatatttacatttcatttatataataata-T-----CAACATCATCAG---TAGCAAGAGCAATGGAAGC------AGC------A----TTATC---CA------C--ACT-GTC--AT---------T-----A-----C----AAATG-TACCACA---ACTA-CCTA-----ATGCAGAGATAACAA--CACAAAGATGATCAT---G--A---CCTT---GACC------------ACCA--T-C---A-----TCATCAGCAG------C------AAT------AGC--AT--CAT---CA--gcagagacactatgactgctattag
gi|10 : AGAGATA-ACAACACAA-AG-ATG-A------TCATGACCT---TGACCACCATCATCATCAGCAGCA------------ATAGCATCATCA--ccttaaaataa
gi|11 : tcaacatcatcagtagcaagagcaatggaagcagcattatccacactgtcattacaaatgtaccacaactacctaatgc-ATT-A------TTTTCATCA---TTATCATTATTATCAT-AACAACA------------ACA--ATAATGA---TAATAA-T-A-----------AC--CA-------------ACAT-----CAG-TATCA-TTAT------CA---------------TCG---TCA----TTA---ACA-T-----CAACAACAAAAG---TAG--GCAGCAATG-CTGC------AGC------AAccttaaaataa
gi|12 : ---AACAG------T------GAA------AAC--AT--CCG---TA--ACA------A--------T-TA--TCC----TCACC-----CA----------------CATCACCATC-----A--TCA-----------------T------------CATCAT---CATCAC---CA---GGAGCAGCA-G-----TAAC--ggaaacagcaatttattagt
gi|12 : cattattcttaatATTA-TCCT------CACCCA------CATCACCA---TCA----TCA---TCA-T-----CATCATCACCAG---GAGCAGCAGTAACTGCAGT------AGT-------AC-ACTAT----AG------C--GGT-ATC--AT----GTtgcagtagtacactatagcggtatcatgtaaatgt
gi|13 : cattattcttaataacagtgaaaacatccgtaaca---TCTT--CT-TCTC--CTTTCTTTATATATT----TAT-CACCA-GCATAAT---CAGCAG------CAGAATCA---TCA----TTA---ATA-A-----CAACaaatgt
gi|13 : gcatcatatttt---TTATCACCAGCATAATCAGCAGCA------------GAATCATCATTA--ATAACAA-taactacaacaaaaaacaacaacagt
gi|14 : gcatcatatttttcttcttctcctttctttatatatC-------AT-CAT---CAACAA--CACCAGCATCATCAA---C--AAAACCATGACCATCT-----------ATCA--G-CATCA-----TC---AGCAG------C------ACC------AGC--AT--CAT---CA--ACAA----AA--------------CCA----TGACC---ATCA---G------------TATCATCAGC-----A--ctaactacaacaaaaaacaacaacagt
gi|15 : --CAGCAGCAGCAT-AA---C--A---TCAC---CATC------------ATCA--G-C---A-----CC---AGCAG------C------ATC------AGC--AT--TAT---CA--GCAG----CA-----------G---CA----TCACA---CTCA---A------------CATCATCAGC-----A--ACA-------
gi|16 : ------CATCATTA---TCA----TCA----CA-T-----CATGATCACAA-----AG--GCAATATCGGCAGC------AGC------AAC-AACAAC---AG------C--AGC-A
gi|17 : actttttcAACAA--CATCAGCAAACTCAA---A--A---TCAT---CAGT------------ATCA--A-C---A-----TC---AGCAG------C------AAC------AAC--AT--TGT---CA--ACctgac
gi|2 : ---CAGCAGTAGCACCAACAGC------AAC------AGC-ATCGTC---AAACTCGCC--ATC-GTC--AT-----TC-TT-----A-----T----TC-TC-T-T-----TC-----TC-------AT-CTT---CA-TAT--C--CACCATCGCCAT---C--C---TTAT---CATC------------ATCT--C-C---A-----TC---AGTAC------C------ATA------TTC--AT--CAC---CAT-ATTT----GA--------T-TA--TT-----TCACCTTTATCA---GGTTTCTTTCATCCATC-TCTTC-----T--GCA---------------G-T------------CATCAT---ATTCATACATA---TCACTTTCA-ACAATTTCAC--A---A-A-C---TT--CATT--------TCTT--AATTCGGC-TTTAGC----T--ATGA-------ATG--TTACAG-ATGAA----TC-----AT---TA---TCATCACAGCTGTCA-------T-TGA--CA--CC-ATTAGTAT-CCT--CATTGTCACCGTTATCATCACCt
gi|2 : cACAG-ATG-A--------ATCATTA---TCATCACAGCTGTCATTGACACCA------------TTAGTATCCTCATTGTCACCG-T--TA---TC----A--TCAC--CATTG-----CCA------CAG-AAACAACCATTGGAAACAACAGATTTACCACCACCAATTTCA----TCA---ACT-TA----CATT-TCACCAC---CAACAACAGAAACGAAAAT------GAA------AACTAT-GTC---AA------A--AAC-A----AT----ATCATT-----A-----C--------C-G-TCA---TCAGTA-TC-------AT-CAT---TACCGT--CATCATCATCATTACGGCC--A---TCAT---CATT------------ATTA--G-C---A-----CC---AATAG------C------ACC------AGG--CT--CATTA-CA--ACAG----AA-----------G--TCG----TCAAA---ATCA---G------------AATTAACACC-----A-----------------------------------CAT-AT---GA-------CA---TCAAC-----------TCGT--ATTTC-ATC---TT--CGT----------CAG--AAA----CGAACA-C----T-------------TTA--TTAGCA-TT-A-----TC-----AT---CA---TCATCTC------CA-----------A--CA--GC-AGTAGTAattgccacagaaacaaccattggaaacaacagatttaccaccaccaatttcatcaacttacatttcaccaccaacaacagaaacgaaaatgaaaactatgtcaaaaacaatatcattaccgtcatcagtatcatcattaccgtcatcatcatcattacggccatcatcattattagcaccaatagcaccaggctcattacaacagaagtcgtcaaaatcagaattaacaccacatatgacatcaactcgtatttcatcttcgtcagaaacgaacactttattagcattatcatcatcatctccaacagcagtagtagcatatc
gi|3 : ccagcagtagcaccaacagcaacagcatcgtcaaactcgccatcgtcattcttattctctttctcatcttcatatccaccatcgccatccttatcatcatctccatcagtaccatattcatcaccatatttgattatttcacctttatcaggtttctttcatccatctcttctgcagtcatcatattcatacatatcactttcaacaatttcacaaacttcatttcttaattcggctttagctatgaatgttCG---TCA----TTA---ACA---------GTATCAGCAA---CAACAGCAGCATCGGCAGC------AAC------ATT-ATCATC---GT------C--AAC-AT----T----ACC-GT-----G-----T----TCGTC-A-T-------AGT--TA-------AT--GT---CAATGT--AATCAAAATAATCTT---A--A---TCGT---CATA------------GACA--T-C---G-----TC---ATCAA------C------ATC------AGC--AT--CAT--------TAT----CA--------T-TG--TTA----TCACC---ACGA---G------------AATGATTATA-----T--ATA-------A------TA-T--------------TCAC---TATTGT---CT---TTAATATCACG-----TCTC------C-ATC---TT--TGTT---A----TCATC-AAT----C-ATCA-T----T--ATCA-------GTA--TTATCA-A--AA----TC-----AT---CA---T------------CA-------C-TTA--T---TCGATCAATAT-ATT--CGTCGTCTTCATCATgcatatc
gi|4 : aATCAGCAGCATCA------------ACAGCAACATCA--GCAGCAG-C-ATA---A-----AC-CCATGACTTTC------CA------CAG-CATCA-ATAT------CAATAC------TGACAGAA---TCA----TCA---AAA-G-----AAGTATCTTTAG---CA-----AG----GACAAT------AG-----------ATTCTT---CA------CTTAAC-ATC--AC----A-----------------------ATA-T--CACAAGCAGC---C-------A--CAA---CAACAGATCAGCAGTATCATCAA---C--A---TCAA---AATA------------ATCA--A-C---G-----GC---AGCAAAGTAAAT------AAC------AAA--ATAACAC---CA--ACCT----CA--------T-CA--TAA----GCACC---ATCACAAG------------CATCAGCACC-----A--GCA-------AAAGCATCA-T------------CATCAT---CATCAT---CA---TCAACAac
gi|5 : t-T------------CATCAT---CATTAT---CG---TCATCATCA-AG----CCAA--A---C-AGA---TT--CAGT---G----TCTT--CAT----C-ATCA-T----C--ATCA-------TCA--TCAGAA-GT-AG----CCGCAAAAA---CA---TCATCAgc
gi|5 : AACAG-ATTCAGTGTCTTCATCATCA---TCATCATCATCAGAAGTAGCCGCA------------AAAACATCATCA--GTAGAAA-TAATAGACTCTTCAACATCAG--CTTCC-----ATGTTTGTACAGACGCCA-CCGT------TGACCT------CACAAT-A---TCAAGTGCCAGACATA-T-----CACTGTCACCAGAAACATCACCAGCATCAACGCC------AGT------AAC-ATCATCGCTAG------T--AAC-ACCTGGT----ATC-TC-----AAGACTT----TCATT-T-ACACAGTCAgtagaaataatagactcttcaacatcagcttccatgtttgtacagacgccaccgttgacctcacaatatcaagtgccagacatatcactgtcaccagaaacatcaccagcatcaacgccagtaacatcatcgctagtaacacctggtatctcaagactttcatttacacagtca
gi|6 : tcatcatcattatcgtcatcatcaagccaCAGCAA---CAACAGCAACAACGGCAGC------AGC------AAT-ATAAGT---AG------T--CAC-GC----T----ATC-TTCGTGGG-----CATCGTCATC-T-T-GTTTTC-GTAATC-------AT-GAT---CAAAGA--CGTTAGTTTCGACAT---CTGA---TCGG---CATC------------ATCA--G-T---A-----AG---AGCAG------C------AGC------ACC--AT--CAT---GA--GCATTCAGCA--------TGTG--ACA----TTATC---ATC----G------------CATCTTCATTCAT--A--ACA-------A------TA-TAAAAGTATACATCATCAT---CATCAG---CA---TTATCAT
gi|7 : CAA------CAACAG------CAAC--CA-----------CA---ACA-A-----CAGCATCATCAG---CAGCAACATCA---GCAGC------AGC------AAC-ATCAGC---AA------C--TTC-ATC--ATC---ATCAGC-----A-----T----CCACC-T-CCACCTCC-----CC-------CT-CAT---CCACAT--CATCTGCATCATGCT---C--A---ACAC---CAAC------------AACA--G-C---A-----GC---AGCAG------C------AAC------AAC--AA--CAG---CAGCACAT----GA--------C-TGCTTTA----CCA-C---ATCA---GT-----------CATCGTTGTC-----AGGACA-------A------TC-T------------CACCA
gi|9 : tAACAG------CAACATTA---GCA----TCA---ACAATAAGAACAACCTGAACAA---CAACAGCAACATCAACAAT------AGC------AAC-ATCATA---AA------C--AAT-AGC--A----------------A-----CA---TCATN-N-NNNNNNNNAACA-TC-------AA-TAT---CAACAA--TAACAGCCACATCAA---T--A---ATAC---CAAC------------AGCA--A-C---A-----TA---AACAA------T------AGC------AAC--AT--CATAGACA--ATAA----CA--------T-cacccatttca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CCATCAGCATCACCACTACAACCGCCGCCACCACCACCACCAACAACAACAACAGCAACAACACCAACACAAGAAGAAAAACATATTTAAAATAAAACAACAACATCATCATTATCAACCACAGCAACCCCACCACCAAAAGCAACAACAATACTAACAACAACATTATCAACTACAACAGCAACAACACCACCAAAAACAACAACAAAAACA