lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 1 222 1 1111 11111111 1 11 11111111 1111111 11 11111111 1 11111 22222222222 1 2222222 3 11111111 1 222
lowQualScore : 7 0 77 0 777 5 5 5 5 4 4 66 0000 88888888 66 0 2 7 6 0 33 88888888 4 1 7 6666666 44 7 99999999 0 2 1 66 7 0 5 11111 9999 888 66 2 4 4 99999999999 6 3 44 3 3 7 777 7777 1111111 4 0 55 4 55 44444444 4 777 1 55 000 55 4
lowQualScore : . . .. . ... . . . . . . .. .... ........ .. . . . . . .. ........ . . . ....... .. . ........ . . . .. . . . ..... .... ... .. . . . ........... . . .. . . . ... .... ....... . . .. . .. ........ . ... . .. ... .. .
lowQualScore : 0 7 99 1 777 0 0 4 0 4 4 99 6666 11111111 99 1 6 0 2 2 99 88888888 1 8 6 2222222 55 1 22222222 1 5 9 99 1 1 6 11111 4444 888 11 7 0 4 00000000000 8 6 99 6 6 1 000 7777 0000000 0 6 55 0 55 55555555 0 000 8 55 666 88 5
consensus : NNNNATAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACAC--TAGTGTGTATAT-TTGTAGT-TG-TATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTT-TATGTT-AACACTGCT--ATA----TA--------TAT--TCGGGTGNGTGGGACGACAAGGGACCGAACCCCC-------GTGGCATTCCCTCCT-------ATCCCCCACACCATCA-TGCT--GGAAAAATATCCTGGGTTAACC--TTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCT-----AATAATCAA----CACTTGA--CTGTTCA--AGGTAGACCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGT----ATT--TTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CA---AAACGT---TTTCTGTTAGTTTATTGATTTG-T-TTTTT--ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTT---CAGTGGGA--TGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
Reference ( gi|1 ) : ACCGATAACCATCAAGCGTCCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACAC--TAGTGTGTATATATTGTAGT-TG-TATGGATGTTTATGAGAGTCTGTGT-TTT-TATGTT-AACACTGCT--ATA----TA--------TAT--TCGGGTGAGTGCGACGACAAGGGACCGAGTCCCC-------GTGACATTCCTTGCT-------ATCCCCAACACCACCA-TGCT--AGAAAAATATCCTGGGTTACCC--TTTCGTTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCACT-----AATAATCAA----CACTTGA--TTGTTCA--AGGTAGATCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAGATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGTTTTCATTTTTTCATTATTGGGTAGCCTACGAATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAATCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CA---AAACGT---TGTCTGTTAGTTTATTGATTTG-TATTTTT--ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTT---CAGAGGGA--TGGATAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
gi|2 : ACAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCCCACAT--TAGTGTGTATAT--TGAAGT-TG-TATGGATGTTTATGAGAGTCTGGAT-TTT-TATGTT-AACACTGCT--ATA----TA--------TAT--TCGGGTAAGTGGGACGACAAAAGCCCAAACCCCA-------GTGACATTCCTTG-----------------------CA-------AGAAATATTTCCTGGGTTAACC--TTTCATTAAGATACACTTTCGATGCGACGCT-----AATAATCA-----CACTTGA--CTGTTCA--ATGTAGACCTAAACACATTATGTTGATATGGG-CCCAAAAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGTTTT--------CATTATTGGGTAGCCAACTTATGATA-TTTTAAGTGAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTGAAAAGTCCATCCACATTGTTTCCAAACCGA---CA---AAACTT---TTTCTGTTAGTTTATTGATTTGTTTTTTTT--GTGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTT---CAGTGGGA--GCGAAACAATGCTCAATACGTTTCGGTAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
gi|7 : ctaATAACCATCAAGCGACCACAAATTGTTCCCTGATCGAGTACAGACAC--TAGTGTGTGTAT--TGTAGT-TG-TATGGATGTTTATGATAGTCTGGGT-TTT-TATGTT-AACACTGCT--ATA----TA--------TATATTCGAGGGTGTG-GACGACAAGGGAGCGAACTCTA-------GTGGCATTCCCTCCT-------ATCCCACGCACCATCA-TGCT--GAAAAAATATCGTTGATTAACC--TTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCT-----AATAATCAA----CACTTGA--CTGTTTA--AAGTAGACCTAAACACATGCTGTTGATATGGGCCCCAATAAAATAAACAGGCCAGTTGAGTTCCGCATTGGACAGT----A----TTCATTATTGGCTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATCTAATTAAGGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTT
gi|6 : acttATAACCACCAAGCGATCACAAACTGTTCCCCGATCGCGTGAAGACACTGTAGT-TAAATATGTTGACAT-TGCTATATATATT
gi|14 : ctaATAACCATCAATCGACCACAAACTATTTACCGACCGAGTGCAGACAC---AGTGTGTATAC--TGTAGTGTG-TACGGATGTTTATGAGAGTCTG-GT-TTTCTATGTT-AACACTGCT--ATA----TA--------TAT--TTGGGTGTGTGGGCCGACAATGGATCCAACCTCC-------GCGGCATcgggtgggtccccgactaggcgccgaactccatggcattccctcctacccaccacacgatcataatggaaaaatatcctgggttaaccttttcgatgaggcgctaataatcaacactttactgttcaagttagacccaaacaaatgatgtttatattggtccaataaaataaataggccaattgagttccgcatcggacagtattcattatggggtagcctacgtataacattttaagttatgtaggcctatttcatttcagctaaaacgcccatccacatattcaaaccgacaaaacaatttctgttagtttatttatttgttttgttacgagaatgttgcggtattcaaactttcctgtggaatggaaacaacgcccaatacgtttcgacagtgcagttgtacacaactcgacataa
gi|9 : CGACCACAAATTGTTCCCCGATCGAGTGCACACAC--TAGTGTGT-T-TATTGTAGT-TA-TATTGATGTTTATGCA--TCTGTTTCTTT-TATGTTTAACACTGCT--ATA----TA--------TAT--TCTGGTGAGTGGGACGACAAGAGACCGAAACCCCCGTGGCTGTGGCATTCCTTGCT-------ATCCC-AACGCCATCA-TACT--GGGAAAATATCCTGGGTTAACC--TTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCT-----AACAATCAA----CACTTGA--CTGTTCA--AGGCAGGCCTCAACACATGATGTTGATATG
gi|16 : CTGTTCCCC-ATCGAGTGCAGACAC--TAGTGTGTATA--TTGTAGT-TG-TATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTT-AAT-TT-AATAatatatcatttattccgaaataccaataggccataagacccatgaggatacaacatagtatccatat
gi|3 : ctacattTATTCCCTGGTGGAGTGCACACAC--TAGTGTGTATAT--TGTAGT-TG-TATGGATACTTATGAGAGTCTGGGT-TTT-TATGTT-AACACTGAT--ATA----AA--------TAT--TCGGGTGAGTA-GACGACAAGAGACTGAACCACC-------GTGGCATTCTATCCT-------ATCCTCCACACCATCA-TATT--GGAAAA-TATCCTGGGTTAACC--TTTCATTAAGCTCAACTTTCTATGAGGTGCT-----AATAATCAA----CACTTGA--CTGTTCA--AGATAGACCTAAACACATAATATTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGATCCACATCGGACAGT----A----TTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGATAT-GTAGGT-CTATATCATTTAAGCGATAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CA---AAACGT---TTACTGTTAGTTTATTGATTTG----TTTT--AAGAGT-A--TGTTGT--------TGTA-TCAAAC-TTTT---CAGTGTGA--TGGAAACAATGCCCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTG----CAAGTTGACATAAGa
gi|5 : TTGTAGT-TG-TATTAATGTTTATGAGAGTCTAGGT-TTT-TATGTT-AACACTGCT--ATA----TAATTTATTATAT--TCAGGTGTGTGGGACGACAAGGGACCCAATCTC--------GCGGCATTCCCTACT-------ATCCCCCACACCATCG-TGCTGAAAAAAAATATC-TGGGTTAACC--TTTTATTAAGCTCCACTTTCGATTAGGCGCT-----AATAATCAA----CACTTGA--CTGTTCA--AGGAAGACCTAAACACATGATGTTGATATTTG-CCCAATAAGATAGGTAGGCCAGCTTAGTTCCGCATCGGACAGT----A----TTCATTATTGGATAGTCTACGTATGACA-TTTCAAGTTAT-GCAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTC------CGTTATTTTTAAACCGA---CA---AATCGT---TTTCTGTTAGTTTATTGATTTG-T-TTTTT--ACGAGT-C--TGGTGT--------GGTATTCAAAC-TTTT---CAGTGGGA--TGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGGCAGTGAAGTTGTACACAACTCGACATA
gi|4 : TTGATGAGGTTTCGAGT-TTT-TATTTT-TATATTGCTTTATACTGGTA--------TAT--TCGTA-GACTGTG-------GGGTCCAGATCCCC--------TGGGATTCCTCCCTTTCTTGGATCCCCCACACCATTAATG-T--AGGAAAAAATCCTGG---ACCCACCTACATTAAGGTCCATTTTTGA-----CATTTTTTTAATAAACAA----TAATGGACATTTTTCA----GCAGGT----ATGCACGATGTTGATTTGTA-CCAAATAAAATAAATAGGCCAATTGACCTCCTCATCGGACAAT----ACTT----ATTAATGGGTA---TAT--ATCACA---TTAAATTAT-GTA--------TTCCTT----CGAAAAATTCCATTCACACCATTTTCAAAAGGA---CATTTCATCATTTCTGTTTGTTTGTTT-TTTTTTTG-TTTTTTTTAACAAATCAATTCCTGTATTAAACCATTATTCAGAC--TTT---CAGAGTGA--TGAGAATCATGTGCAATATTTTTCAACAGTcgt
gi|6 : tgtggatcatatgtatgggtcttgaactc-TATGTT-GACATTGCT--ATA----TA--------TAT--TCGGGTGGGTCCC-CGACTAGGCGCCGAA-CTCC-------ATGGCATTCCCTCCT-------ACCCACCACACGATCA-TAAT--GGAAAAATATCCTGGGTTAACC--TTT---------------TCGATGAGGCGCT-----AATAATCAA----CACTTTA--CTGTTCA--AGTTAGACCCAAACAAATGATGTTTATATTGG-TCCAATAAAATAAATAGGCCAATTGAGTTCCGCATCGGACAGT----ATT----CATTATGGGGTAGCCTACGTATAACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTCAGCTAAAACGCCCATCCACAT-ATT--CAAACCGA---CA---AAACAA---TTTCTGTTAGTTTATTTATTTG-TTTTGTT--ACGAGA-A--TGTTGC--------GGTATTCAAAC-TTTC---CTGTGGAA--TGGAAACAACGCCCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAtttgttacattaaaatagatata
gi|8 : ctaataaccaccaagcgatcacaaactgttccccgatcgcgtgaagacactgtagttaaaCATTCCCTCCT-------ATCTCCCACACCATCA-CG----------------TGGGTTAACC--TTTCATTAAGCTCCACTTTCGATCAGGCGTT-----AATAATCAATCAACACTTGA--CTGTTCA--AGGTAGACCTATACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCACCTGAGGACCGCAGCGGACAGT----ATT----CATTATTGGGTAGCATACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGA-CTATTTCATTTAAGCTAAATAGTCTATCTGCATTATTTTCAAACCGA---CA---AAACGT---TTTCTGTTAGTTTATTGATTTG-T-TTTTT--ATGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTT---CAGAGGGT--TGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACACAACTCAACATA
gi|13 : CAATAAGGCTCC-----AATAGTCAA----CAAATGT--TTGTTCAGTAGGTAGATCTAGATACTTAATGATGATATGGA-CCAAATAAAATAAATAGGTCAGCTGAGTTCCACATCGGAAAGT----A----TTCATTATT-GGTAG-TTACGTATGACACTTTTAACTTAT-GTATGC-CTATTT
gi|11 : TGATATGGG-CCCAATAGAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGAGAGT----ATT----CATTATTGGGTAGCCTGCGTATGACA-TTTTA-----T-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CA---CAAC--------TTGTTAGTTTATTGATTTG-T-TTTTG--ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTT---TAGTAGGA--TGGAAAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACA-AAGT-GACATAg
gi|10 : cactcacacacattcatgcatatttcaTGATATAGG-CCCAATAGAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGAGAGT----ATTCTTT----ATTGGGTAGCCTGCGTATGACA-TTTTA-----T-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CA---AAAC--------TTGTTAGTTTATTGATTTG-T-TTTTG--ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTT---TAGTAGGA--TGGAAAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACA-AAGT-GACATA
gi|12 : tacactcacacacattcatgcatatttca-TTTTA---TATTGTAAGTATTATGT-ATTCAAGCTCAAAAGCACACCCCTAAGATTTTCAG--TGAGTTCA--------T---TATCTGTTCGATTATTTTTTTG-T-TTTCG--ATGAGT-C--GATTGT--------AGTATT-AAACATTCTGACTAGTGGGAGCCG-------TGCACAATACGTTTCGACAGT
gi|15 : ATTTTTAAACAGA---CA---AAACGT---TTTCTGTTAGTTTATTGGTTTG-T-TTTTT--ACGAGA-A--TTTTGT--------TACCTTCAAAC-TTTT---CAGTGGGA--TGGAAACAACGCTAAATACGTTTCGACAGTGATGGTGTAC---ACTCAACATAAGtgtgttacgcac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGTTTTGGGTAAACGAGACTATTATGTGTATTTAT
Alignments
lowQualScore : 2 22222222 111111 1111111 11 2222222222 11111111
lowQualScore : 3 4 3 4 1 4 4 66 55555555 66 4 1 55 99 111111 3 4444444 1 4 1 66 8888 55 11 3 8888888888 3 3 3 3 666 9999 666 55 3 3 666 3 55 33333333 3 3 2
lowQualScore : . . . . . . . .. ........ .. . . .. .. ...... . ....... . . . .. .... .. .. . .......... . . . . ... .... ... .. . . ... . .. ........ . . .
lowQualScore : 2 4 7 4 1 0 0 11 66666666 11 4 0 77 11 555555 9 4444444 1 4 9 11 5555 55 00 6 2222222222 3 2 3 3 444 3333 444 00 6 6 444 6 00 22222222 6 9 9
consensus : NNNNATAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATAT-T-GTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TCG-GGTGNGTGGGACGACAAGGGACCGAA-CCCCCGTGGC------ATTCCCTCCT-------ATCCCCCACACCATCA-TGCTG--GAAAAATATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGGTAGACCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGT----A--TTTTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
Reference ( family-674 ) : NNNNATAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATAT-TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TCG-GGTGNGTGGGACGACAAGGGACCGAA-CCCCCGTGGC------ATTCCCTCCT-------ATCCCCCACACCATCA-TGCTG--GAAAAATATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGGTAGACCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGT----A--TTTTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
gi|1 : ATAACCATCAAGCGTCCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATATATTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGTGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TCG-GGTGAGTGCGACGACAAGGGACCGAG-TCCCCGTGAC------ATTCCTTGCT-------ATCCCCAACACCACCA-TGCTA--GAAAAATATCCTGGGTTACCCTTTCGTTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCACTAATAATCAA----CACTTGAT--TGTTCA--AGGTAGATCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAGATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGTTTTCATTTTTTCATTATTGGGTAGCCTACGAATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAATCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TGTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--TATTT-TT---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGAGGGATGGATAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
gi|10 : accgTGATATAGG-CCCAATAGAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGAGAGT----A--TTCT--TTATTGGGTAGCCTGCGTATGACA-TTTTA-----T-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAAC-------TTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TG---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTTAGTAGGATGGAAAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACA-AAGT-GACATA
gi|11 : tacactcacacacattcatgcatatttcaTGATATGGG-CCCAATAGAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGAGAGT----A--TT--CATTATTGGGTAGCCTGCGTATGACA-TTTTA-----T-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CACAAC-------TTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TG---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTTAGTAGGATGGAAAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACA-AAGT-GACATA
gi|12 : cactcacacacattcatgcatatttca-TTTTA---TATTGTAAGTATTATGT-ATTCAAGCTCAAAAGCACACCCCTAAGATTTTCAG--TGAGTTCA-----T--TATCTGTTCGATTA---TTTTTTTG--T-TTT-CG---ATGAGT-C--GATTGT--------AGTATT-AAACATTCTGACTAG--TGGGAGCCGTGCACAATACGTTTCGACAGT
gi|13 : CAATAAGGCTCCAATAGTCAA----CAAATGTT--TGTTCAGTAGGTAGATCTAGATACTTAATGATGATATGGA-CCAAATAAAATAAATAGGTCAGCTGAGTTCCACATCGGAAAGT----A----TTCATTATT-GGTAG-TTACGTATGACACTTTTAACTTAT-GTATGC-CTATTTtgtgttacgcac
gi|14 : ATAACCATCAATCGACCACAAACTATTTACCGACCGAGTGCAGACAC-AGTGTGTATAC-T-GTAGTGTGTACGGATGTTTATGAGAGTCTGGTT-TTCTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TTG-GGTGTGTGGGCCGACAATGGATCCAA-CCTCCGCGGC------ATg
gi|15 : ATTTTTAAACAGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGGTTTG--T-TTT-TT---ACGAGA-A--TTTTGT--------TACCTTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAACGCTAAATACGTTTCGACAGTGATGGTGTAC---ACTCAACATAAG
gi|16 : CTGTTCCCC-ATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATAT-T-GTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTTAAT-TT-AATA
gi|2 : ctacattACAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCCCACATTAGTGTGTATAT-T-GAAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGAT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TCG-GGTAAGTGGGACGACAAAAGCCCAAA-CCCCAGTGAC------ATTCCTT----------------------------GCAA--GAAATATTTCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGATACACTTTCGATGCGACGCTAATAATCA-----CACTTGAC--TGTTCA--ATGTAGACCTAAACACATTATGTTGATATGGG-CCCAAAAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGT--------TTTCATTATTGGGTAGCCAACTTATGATA-TTTTAAGTGAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTGAAAAGTCCATCCACATTGTTTCCAAACCGA---CAAAACTT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTGTTT-TTT-TT---GTGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGAGCGAAACAATGCTCAATACGTTTCGGTAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAGa
gi|3 : ctaTATTCCCTGGTGGAGTGCACACACTAGTGTGTATAT-T-GTAGT-TGTATGGATACTTATGAGAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGAT--ATA--------AATAT--TCG-GGTGAGTAG-ACGACAAGAGACTGAA-CCACCGTGGC------ATTCTATCCT-------ATCCTCCACACCATCA-TATTG--GAAAA-TATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCAACTTTCTATGAGGTGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGATAGACCTAAACACATAATATTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGATCCACATCGGACAGT----A----TTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGATAT-GTAGGT-CTATATCATTTAAGCGATAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTACTGTTAGTTTA---TTGATTTG-----TT-TT---AAGAGT-A--TGTTGT--------TGTA-TCAAAC-TTTTCAGTGTGATGGAAACAATGCCCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTG----CAAGTTGACATAAG
gi|4 : TTGATGAGGTTTCGAGT-TTTTATTTT-TATATTGCTTTATACTGG----TATAT--TCGTAGACTGTGGG---------GTCCAGA-TCCCC-TGGG------ATTCCTCCCTTTCTTGGATCCCCCACACCATTAATGTAG--GAAAAA-ATCCTGGACCCACCTA-CATTAAGGTCCATTTTTGACATTTTTTTAATAAACAA----TAATGGACATTTTTCAGCAGGTA--------TGCACGATGTTGATTTGTA-CCAAATAAAATAAATAGGCCAATTGACCTCCTCATCGGACAAT----A--CTT--ATTAATGGGTA---TA--TATCACA---TTAAATTAT-GTA--------TTCCTT----CGAAAAATTCCATTCACACCATTTTCAAAAGGA---CATTTCATCATTTCTGTTTGTTTGTTTTTTTTTTG--T-TTT-TTTTAACAAATCAATTCCTGTATTAAACCATTATTCAGAC--TTTCAGAGTGATGAGAATCATGTGCAATATTTTTCAACAGT
gi|5 : tgtggatcatatgtatgggtcttgaactc-TTGTAGT-TGTATTAATGTTTATGAGAGTCTAGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATATAATTTATTATAT--TCA-GGTGTGTGGGACGACAAGGGACCCAA--TCTCGCGGC------ATTCCCTACT-------ATCCCCCACACCATCG-TGCTGAAAAAAAATAT-CTGGGTTAACCTTTTATTAAGCTCCACTTTCGATTAGGCGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGGAAGACCTAAACACATGATGTTGATATTTG-CCCAATAAGATAGGTAGGCCAGCTTAGTTCCGCATCGGACAGT----A----TTCATTATTGGATAGTCTACGTATGACA-TTTCAAGTTAT-GCAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTC------CGTTATTTTTAAACCGA---CAAATCGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ACGAGT-C--TGGTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGGCAGTGAAGTTGTACACAACTCGACATAtttgttacattaaaatagatata
gi|6 : ATAACCACCAAGCGATCACAAACTGTTCCCCGATCGCGTGAAGACAC--------------TGTAGT-TAAAT--ATGT---TGACA-------T-TGCTATA-----------T--ATA--------T------TCG-GGTGGGT-CCCCGACTAGGCGCCGAA--CTCCATGGC------ATTCCCTCCT-------ACCCACCACACGATCA-TAATG--GAAAAATATCCTGGGTTAACCT---------------TTTCGATGAGGCGCTAATAATCAA----CACTTTAC--TGTTCA--AGTTAGACCCAAACAAATGATGTTTATATTGG-TCCAATAAAATAAATAGGCCAATTGAGTTCCGCATCGGACAGT----A----TTCATTATGGGGTAGCCTACGTATAACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTCAGCTAAAACGCCCATCCACA-TA--TTCAAACCGA---CAAAACAA--TTTCTGTTAGTTTA---TTTATTTG--T-TTTGTT---ACGAGA-A--TGTTGC--------GGTATTCAAAC-TTTCCTGTGGAATGGAAACAACGCCCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAcgt
gi|7 : ctaATAACCATCAAGCGACCACAAATTGTTCCCTGATCGAGTACAGACACTAGTGTGTGTAT-T-GTAGT-TGTATGGATGTTTATGATAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATATATTCG-AGGGTGTGG-ACGACAAGGGAGCGAA-CTCTAGTGGC------ATTCCCTCCT-------ATCCCACGCACCATCA-TGCTG--AAAAAATATCGTTGATTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTTA--AAGTAGACCTAAACACATGCTGTTGATATGGGCCCCAATAAAATAAACAGGCCAGTTGAGTTCCGCATTGGACAGT----A----TTCATTATTGGCTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATCTAATTAAGGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTT
gi|8 : acttC------ATTCCCTCCT-------ATCTCCCACACCATCA-CG----------------TGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATCAGGCGTTAATAATCAATCAACACTTGAC--TGTTCA--AGGTAGACCTATACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCACCTGAGGACCGCAGCGGACAGT----A--TT--CATTATTGGGTAGCATACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGA-CTATTTCATTTAAGCTAAATAGTCTATCTGCATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ATGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGAGGGTTGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACACAACTCAACATA
gi|9 : CGACCACAAATTGTTCCCCGATCGAGTGCACACACTAGTGTGTTTAT-T-GTAGT-TATATTGATGTTTATGCA--TCTGTTTCTTTTATGTTTAACACTGCT--ATA--------TATAT--TCT-GGTGAGTGGGACGACAAGAGACCGAAACCCCCGTGGCTGTGGCATTCCTTGCT-------ATCCCA-ACGCCATCA-TACTG--GGAAAATATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAACAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGGCAGGCCTCAACACATGATGTTGATATG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGTTTTGGGTAAACGAGACTATTATGTGTATTTAT
Alignments
lowQualScore : 22222222 111111 1111111 11 2222222222 11111111
lowQualScore : 3 66 4 1 4 4 66 55555555 66 4 1 55 99 111111 3 4444444 1 4 1 66 8888 55 11 3 8888888888 3 3 3 3 666 9999 666 55 3 3 666 3 55 33333333 3 3 2
lowQualScore : . .. . . . . .. ........ .. . . .. .. ...... . ....... . . . .. .... .. .. . .......... . . . . ... .... ... .. . . ... . .. ........ . . .
lowQualScore : 2 11 4 1 0 0 11 66666666 11 4 0 77 11 555555 9 4444444 1 4 9 11 5555 55 00 6 2222222222 3 2 3 3 444 3333 444 00 6 6 444 6 00 22222222 6 9 9
consensus : NNNNATAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATA--TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TCG-GGTGNGTGGGACGACAAGGGACCGAA-CCCCCGTGGC------ATTCCCTCCT-------ATCCCCCACACCATCA-TGCTG--GAAAAATATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGGTAGACCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGT----A--TTTTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
Reference ( family-674 ) : NNNNATAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATA--TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TCG-GGTGNGTGGGACGACAAGGGACCGAA-CCCCCGTGGC------ATTCCCTCCT-------ATCCCCCACACCATCA-TGCTG--GAAAAATATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGGTAGACCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGT----A--TTTTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
gi|1 : ATAACCATCAAGCGTCCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATATATTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGTGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TCG-GGTGAGTGCGACGACAAGGGACCGAG-TCCCCGTGAC------ATTCCTTGCT-------ATCCCCAACACCACCA-TGCTA--GAAAAATATCCTGGGTTACCCTTTCGTTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCACTAATAATCAA----CACTTGAT--TGTTCA--AGGTAGATCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAGATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGTTTTCATTTTTTCATTATTGGGTAGCCTACGAATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAATCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TGTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--TATTT-TT---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGAGGGATGGATAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
gi|10 : accgTGATATAGG-CCCAATAGAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGAGAGT----A--TTCT--TTATTGGGTAGCCTGCGTATGACA-TTTTA-----T-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAAC-------TTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TG---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTTAGTAGGATGGAAAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACA-AAGT-GACATA
gi|11 : tacactcacacacattcatgcatatttcaTGATATGGG-CCCAATAGAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGAGAGT----A--TT--CATTATTGGGTAGCCTGCGTATGACA-TTTTA-----T-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CACAAC-------TTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TG---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTTAGTAGGATGGAAAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACA-AAGT-GACATA
gi|12 : cactcacacacattcatgcatatttca-TTTTA---TATTGTAAGTATTATGT-ATTCAAGCTCAAAAGCACACCCCTAAGATTTTCAG--TGAGTTCA-----T--TATCTGTTCGATTA---TTTTTTTG--T-TTT-CG---ATGAGT-C--GATTGT--------AGTATT-AAACATTCTGACTAG--TGGGAGCCGTGCACAATACGTTTCGACAGT
gi|13 : CAATAAGGCTCCAATAGTCAA----CAAATGTT--TGTTCAGTAGGTAGATCTAGATACTTAATGATGATATGGA-CCAAATAAAATAAATAGGTCAGCTGAGTTCCACATCGGAAAGT----A----TTCATTATT-GGTAG-TTACGTATGACACTTTTAACTTAT-GTATGC-CTATTTtgtgttacgcac
gi|14 : ATAACCATCAATCGACCACAAACTATTTACCGACCGAGTGCAGACAC-AGTGTGTATA--CTGTAGTGTGTACGGATGTTTATGAGAGTCTGGTT-TTCTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TTG-GGTGTGTGGGCCGACAATGGATCCAA-CCTCCGCGGC------ATg
gi|15 : ATTTTTAAACAGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGGTTTG--T-TTT-TT---ACGAGA-A--TTTTGT--------TACCTTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAACGCTAAATACGTTTCGACAGTGATGGTGTAC---ACTCAACATAAG
gi|16 : CTGTTCCCC-ATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATA--TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTTAAT-TT-AATA
gi|2 : ctacattACAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCCCACATTAGTGTGTATA--TTGAAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGAT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TCG-GGTAAGTGGGACGACAAAAGCCCAAA-CCCCAGTGAC------ATTCCTT----------------------------GCAA--GAAATATTTCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGATACACTTTCGATGCGACGCTAATAATCA-----CACTTGAC--TGTTCA--ATGTAGACCTAAACACATTATGTTGATATGGG-CCCAAAAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGT--------TTTCATTATTGGGTAGCCAACTTATGATA-TTTTAAGTGAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTGAAAAGTCCATCCACATTGTTTCCAAACCGA---CAAAACTT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTGTTT-TTT-TT---GTGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGAGCGAAACAATGCTCAATACGTTTCGGTAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAGa
gi|3 : ctaTATTCCCTGGTGGAGTGCACACACTAGTGTGTATA--TTGTAGT-TGTATGGATACTTATGAGAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGAT--ATA--------AATAT--TCG-GGTGAGTAG-ACGACAAGAGACTGAA-CCACCGTGGC------ATTCTATCCT-------ATCCTCCACACCATCA-TATTG--GAAAA-TATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCAACTTTCTATGAGGTGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGATAGACCTAAACACATAATATTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGATCCACATCGGACAGT----A----TTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGATAT-GTAGGT-CTATATCATTTAAGCGATAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTACTGTTAGTTTA---TTGATTTG-----TT-TT---AAGAGT-A--TGTTGT--------TGTA-TCAAAC-TTTTCAGTGTGATGGAAACAATGCCCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTG----CAAGTTGACATAAG
gi|4 : TTGATGAGGTTTCGAGT-TTTTATTTT-TATATTGCTTTATACTGG----TATAT--TCGTAGACTGTGGG---------GTCCAGA-TCCCC-TGGG------ATTCCTCCCTTTCTTGGATCCCCCACACCATTAATGTAG--GAAAAA-ATCCTGGACCCACCTA-CATTAAGGTCCATTTTTGACATTTTTTTAATAAACAA----TAATGGACATTTTTCAGCAGGTA--------TGCACGATGTTGATTTGTA-CCAAATAAAATAAATAGGCCAATTGACCTCCTCATCGGACAAT----A--CTT--ATTAATGGGTA---TA--TATCACA---TTAAATTAT-GTA--------TTCCTT----CGAAAAATTCCATTCACACCATTTTCAAAAGGA---CATTTCATCATTTCTGTTTGTTTGTTTTTTTTTTG--T-TTT-TTTTAACAAATCAATTCCTGTATTAAACCATTATTCAGAC--TTTCAGAGTGATGAGAATCATGTGCAATATTTTTCAACAGT
gi|5 : tgtggatcatatgtatgggtcttgaactc--TTGTAGT-TGTATTAATGTTTATGAGAGTCTAGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATATAATTTATTATAT--TCA-GGTGTGTGGGACGACAAGGGACCCAA--TCTCGCGGC------ATTCCCTACT-------ATCCCCCACACCATCG-TGCTGAAAAAAAATAT-CTGGGTTAACCTTTTATTAAGCTCCACTTTCGATTAGGCGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGGAAGACCTAAACACATGATGTTGATATTTG-CCCAATAAGATAGGTAGGCCAGCTTAGTTCCGCATCGGACAGT----A----TTCATTATTGGATAGTCTACGTATGACA-TTTCAAGTTAT-GCAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTC------CGTTATTTTTAAACCGA---CAAATCGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ACGAGT-C--TGGTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGGCAGTGAAGTTGTACACAACTCGACATAtttgttacattaaaatagatata
gi|6 : ATAACCACCAAGCGATCACAAACTGTTCCCCGATCGCGTGAAGACAC--------------TGTAGT-TAAAT--ATGT---TGACA-T------------TGCT-A-------T--ATA----------TAT--TCG-GGTGGGT-CCCCGACTAGGCGCCGAA--CTCCATGGC------ATTCCCTCCT-------ACCCACCACACGATCA-TAATG--GAAAAATATCCTGGGTTAACCT---------------TTTCGATGAGGCGCTAATAATCAA----CACTTTAC--TGTTCA--AGTTAGACCCAAACAAATGATGTTTATATTGG-TCCAATAAAATAAATAGGCCAATTGAGTTCCGCATCGGACAGT----A----TTCATTATGGGGTAGCCTACGTATAACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTCAGCTAAAACGCCCATCCACA-TA--TTCAAACCGA---CAAAACAA--TTTCTGTTAGTTTA---TTTATTTG--T-TTTGTT---ACGAGA-A--TGTTGC--------GGTATTCAAAC-TTTCCTGTGGAATGGAAACAACGCCCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAcgt
gi|7 : ctaATAACCATCAAGCGACCACAAATTGTTCCCTGATCGAGTACAGACACTAGTGTGTGTA--TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGATAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATATATTCG-AGGGTGTGG-ACGACAAGGGAGCGAA-CTCTAGTGGC------ATTCCCTCCT-------ATCCCACGCACCATCA-TGCTG--AAAAAATATCGTTGATTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTTA--AAGTAGACCTAAACACATGCTGTTGATATGGGCCCCAATAAAATAAACAGGCCAGTTGAGTTCCGCATTGGACAGT----A----TTCATTATTGGCTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATCTAATTAAGGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTT
gi|8 : acttC------ATTCCCTCCT-------ATCTCCCACACCATCA-CG----------------TGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATCAGGCGTTAATAATCAATCAACACTTGAC--TGTTCA--AGGTAGACCTATACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCACCTGAGGACCGCAGCGGACAGT----A--TT--CATTATTGGGTAGCATACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGA-CTATTTCATTTAAGCTAAATAGTCTATCTGCATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ATGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGAGGGTTGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACACAACTCAACATA
gi|9 : CGACCACAAATTGTTCCCCGATCGAGTGCACACACTAGTGTGTTTA--TTGTAGT-TATATTGATGTTTATGCA--TCTGTTTCTTTTATGTTTAACACTGCT--ATA--------TATAT--TCT-GGTGAGTGGGACGACAAGAGACCGAAACCCCCGTGGCTGTGGCATTCCTTGCT-------ATCCCA-ACGCCATCA-TACTG--GGAAAATATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAACAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGGCAGGCCTCAACACATGATGTTGATATG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGTTTTGGGTAAACGAGACTATTATGTGTATTTAT
Alignments
lowQualScore : 22222222 111111 1111111 11 2222222222 11111111
lowQualScore : 3 66 4 1 4 4 66 55555555 66 4 1 55 99 111111 3 4444444 1 4 1 66 8888 55 11 3 8888888888 3 3 3 3 666 9999 666 55 3 3 666 3 55 33333333 3 3 2
lowQualScore : . .. . . . . .. ........ .. . . .. .. ...... . ....... . . . .. .... .. .. . .......... . . . . ... .... ... .. . . ... . .. ........ . . .
lowQualScore : 2 11 4 1 0 0 11 66666666 11 4 0 77 11 555555 9 4444444 1 4 9 11 5555 55 00 6 2222222222 3 2 3 3 444 3333 444 00 6 6 444 6 00 22222222 6 9 9
consensus : NNNNATAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATA--TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TCG-GGTGNGTGGGACGACAAGGGACCGAA-CCCCCGTGGC------ATTCCCTCCT-------ATCCCCCACACCATCA-TGCTG--GAAAAATATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGGTAGACCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGT----A--TTTTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
Reference ( family-674 ) : NNNNATAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATA--TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TCG-GGTGNGTGGGACGACAAGGGACCGAA-CCCCCGTGGC------ATTCCCTCCT-------ATCCCCCACACCATCA-TGCTG--GAAAAATATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGGTAGACCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGT----A--TTTTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
gi|1 : ATAACCATCAAGCGTCCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATATATTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGTGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TCG-GGTGAGTGCGACGACAAGGGACCGAG-TCCCCGTGAC------ATTCCTTGCT-------ATCCCCAACACCACCA-TGCTA--GAAAAATATCCTGGGTTACCCTTTCGTTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCACTAATAATCAA----CACTTGAT--TGTTCA--AGGTAGATCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAGATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGTTTTCATTTTTTCATTATTGGGTAGCCTACGAATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAATCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TGTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--TATTT-TT---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGAGGGATGGATAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
gi|10 : accgTGATATAGG-CCCAATAGAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGAGAGT----A--TTCT--TTATTGGGTAGCCTGCGTATGACA-TTTTA-----T-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAAC-------TTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TG---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTTAGTAGGATGGAAAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACA-AAGT-GACATA
gi|11 : tacactcacacacattcatgcatatttcaTGATATGGG-CCCAATAGAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGAGAGT----A--TT--CATTATTGGGTAGCCTGCGTATGACA-TTTTA-----T-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CACAAC-------TTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TG---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTTAGTAGGATGGAAAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACA-AAGT-GACATA
gi|12 : cactcacacacattcatgcatatttca-TTTTA---TATTGTAAGTATTATGT-ATTCAAGCTCAAAAGCACACCCCTAAGATTTTCAG--TGAGTTCA-----T--TATCTGTTCGATTA---TTTTTTTG--T-TTT-CG---ATGAGT-C--GATTGT--------AGTATT-AAACATTCTGACTAG--TGGGAGCCGTGCACAATACGTTTCGACAGT
gi|13 : CAATAAGGCTCCAATAGTCAA----CAAATGTT--TGTTCAGTAGGTAGATCTAGATACTTAATGATGATATGGA-CCAAATAAAATAAATAGGTCAGCTGAGTTCCACATCGGAAAGT----A----TTCATTATT-GGTAG-TTACGTATGACACTTTTAACTTAT-GTATGC-CTATTTtgtgttacgcac
gi|14 : ATAACCATCAATCGACCACAAACTATTTACCGACCGAGTGCAGACAC-AGTGTGTATA--CTGTAGTGTGTACGGATGTTTATGAGAGTCTGGTT-TTCTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TTG-GGTGTGTGGGCCGACAATGGATCCAA-CCTCCGCGGC------ATg
gi|15 : ATTTTTAAACAGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGGTTTG--T-TTT-TT---ACGAGA-A--TTTTGT--------TACCTTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAACGCTAAATACGTTTCGACAGTGATGGTGTAC---ACTCAACATAAG
gi|16 : CTGTTCCCC-ATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATA--TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTTAAT-TT-AATA
gi|2 : ctacattACAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCCCACATTAGTGTGTATA--TTGAAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGAT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TCG-GGTAAGTGGGACGACAAAAGCCCAAA-CCCCAGTGAC------ATTCCTT----------------------------GCAA--GAAATATTTCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGATACACTTTCGATGCGACGCTAATAATCA-----CACTTGAC--TGTTCA--ATGTAGACCTAAACACATTATGTTGATATGGG-CCCAAAAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGT--------TTTCATTATTGGGTAGCCAACTTATGATA-TTTTAAGTGAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTGAAAAGTCCATCCACATTGTTTCCAAACCGA---CAAAACTT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTGTTT-TTT-TT---GTGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGAGCGAAACAATGCTCAATACGTTTCGGTAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAGa
gi|3 : ctaTATTCCCTGGTGGAGTGCACACACTAGTGTGTATA--TTGTAGT-TGTATGGATACTTATGAGAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGAT--ATA--------AATAT--TCG-GGTGAGTAG-ACGACAAGAGACTGAA-CCACCGTGGC------ATTCTATCCT-------ATCCTCCACACCATCA-TATTG--GAAAA-TATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCAACTTTCTATGAGGTGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGATAGACCTAAACACATAATATTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGATCCACATCGGACAGT----A----TTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGATAT-GTAGGT-CTATATCATTTAAGCGATAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTACTGTTAGTTTA---TTGATTTG-----TT-TT---AAGAGT-A--TGTTGT--------TGTA-TCAAAC-TTTTCAGTGTGATGGAAACAATGCCCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTG----CAAGTTGACATAAG
gi|4 : TTGATGAGGTTTCGAGT-TTTTATTTT-TATATTGCTTTATACTGG----TATAT--TCGTAGACTGTGGG---------GTCCAGA-TCCCC-TGGG------ATTCCTCCCTTTCTTGGATCCCCCACACCATTAATGTAG--GAAAAA-ATCCTGGACCCACCTA-CATTAAGGTCCATTTTTGACATTTTTTTAATAAACAA----TAATGGACATTTTTCAGCAGGTA--------TGCACGATGTTGATTTGTA-CCAAATAAAATAAATAGGCCAATTGACCTCCTCATCGGACAAT----A--CTT--ATTAATGGGTA---TA--TATCACA---TTAAATTAT-GTA--------TTCCTT----CGAAAAATTCCATTCACACCATTTTCAAAAGGA---CATTTCATCATTTCTGTTTGTTTGTTTTTTTTTTG--T-TTT-TTTTAACAAATCAATTCCTGTATTAAACCATTATTCAGAC--TTTCAGAGTGATGAGAATCATGTGCAATATTTTTCAACAGT
gi|5 : tgtggatcatatgtatgggtcttgaactc--TTGTAGT-TGTATTAATGTTTATGAGAGTCTAGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATATAATTTATTATAT--TCA-GGTGTGTGGGACGACAAGGGACCCAA--TCTCGCGGC------ATTCCCTACT-------ATCCCCCACACCATCG-TGCTGAAAAAAAATAT-CTGGGTTAACCTTTTATTAAGCTCCACTTTCGATTAGGCGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGGAAGACCTAAACACATGATGTTGATATTTG-CCCAATAAGATAGGTAGGCCAGCTTAGTTCCGCATCGGACAGT----A----TTCATTATTGGATAGTCTACGTATGACA-TTTCAAGTTAT-GCAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTC------CGTTATTTTTAAACCGA---CAAATCGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ACGAGT-C--TGGTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGGCAGTGAAGTTGTACACAACTCGACATAtttgttacattaaaatagatata
gi|6 : ATAACCACCAAGCGATCACAAACTGTTCCCCGATCGCGTGAAGACAC--------------TGTAGT-TAAAT--ATGT---TGACA-T------------TGCT-A-------T--ATA----------TAT--TCG-GGTGGGT-CCCCGACTAGGCGCCGAA--CTCCATGGC------ATTCCCTCCT-------ACCCACCACACGATCA-TAATG--GAAAAATATCCTGGGTTAACCT---------------TTTCGATGAGGCGCTAATAATCAA----CACTTTAC--TGTTCA--AGTTAGACCCAAACAAATGATGTTTATATTGG-TCCAATAAAATAAATAGGCCAATTGAGTTCCGCATCGGACAGT----A----TTCATTATGGGGTAGCCTACGTATAACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTCAGCTAAAACGCCCATCCACA-TA--TTCAAACCGA---CAAAACAA--TTTCTGTTAGTTTA---TTTATTTG--T-TTTGTT---ACGAGA-A--TGTTGC--------GGTATTCAAAC-TTTCCTGTGGAATGGAAACAACGCCCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAcgt
gi|7 : ctaATAACCATCAAGCGACCACAAATTGTTCCCTGATCGAGTACAGACACTAGTGTGTGTA--TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGATAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATATATTCG-AGGGTGTGG-ACGACAAGGGAGCGAA-CTCTAGTGGC------ATTCCCTCCT-------ATCCCACGCACCATCA-TGCTG--AAAAAATATCGTTGATTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTTA--AAGTAGACCTAAACACATGCTGTTGATATGGGCCCCAATAAAATAAACAGGCCAGTTGAGTTCCGCATTGGACAGT----A----TTCATTATTGGCTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATCTAATTAAGGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTT
gi|8 : acttC------ATTCCCTCCT-------ATCTCCCACACCATCA-CG----------------TGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATCAGGCGTTAATAATCAATCAACACTTGAC--TGTTCA--AGGTAGACCTATACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCACCTGAGGACCGCAGCGGACAGT----A--TT--CATTATTGGGTAGCATACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGA-CTATTTCATTTAAGCTAAATAGTCTATCTGCATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ATGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGAGGGTTGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACACAACTCAACATA
gi|9 : CGACCACAAATTGTTCCCCGATCGAGTGCACACACTAGTGTGTTTA--TTGTAGT-TATATTGATGTTTATGCA--TCTGTTTCTTTTATGTTTAACACTGCT--ATA--------TATAT--TCT-GGTGAGTGGGACGACAAGAGACCGAAACCCCCGTGGCTGTGGCATTCCTTGCT-------ATCCCA-ACGCCATCA-TACTG--GGAAAATATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAACAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGGCAGGCCTCAACACATGATGTTGATATG
blockSeqs : T . G G C T TT TAATTTAT AT T T GC AC TGTGGC C TTCTTGG C A C AA TCAA AT GT C ATTC C A T A GTT ATCA TTT TT . G TTA C AT ATTAAACC A C C
blockSeqs : T . . G . . . CTGG . . A GA C . C . C . T . . . GC . ACTT . A . . . GT . . . . . . . . . C C
blockSeqs : T . . G . . . . . . A GA C . A . C . T . . . . . ATT . A . . . TT . . . . . . . . . C T
blockSeqs : T . . G . . . . . . T CC C . C . C . C . . . . . ATT . A . . . GT . . . . . . . . . C C
blockSeqs : T . . T . . . . . . T GA T . C . C . A . . . . . AT . A . . . GT . . . . . . . . . C C
blockSeqs : . . . G . . . . . . G A C . C . C . C . . . . . TT . A . . . AA . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . T . . . . . . T G . . G . . . C . . . . . AT . A . . . GT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . AT . A . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ** AT********
originalCons : NNNNATAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATA--TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TCG-GGTGNGTGGGACGACAAGGGACCGAA-CCCCCGTGGC------ATTCCCTCCT-------ATCCCCCACACCATCA-TGCTG--GAAAAATATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGGTAGACCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGT----A--TTTTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
finalCons : NNNNATAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATA--TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA--------TATAT--TCG-GGTGNGTGGGACGACAAGGGACCGAA-CCCCCGTGGC------ATTCCCTCCT-------ATCCCCCACACCATCA-TGCTG--GAAAAATATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAATAATCAA----CACTTGAC--TGTTCA--AGGTAGACCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGTAT--------TCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGTTTTGGGTAAACGAGACTATTATGTGTATTTAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111 1111111 11 11111111
lowQualScore : 3 66 4 1 4 4 66 88888888888888 66 4 1 55 99 111111 3 4444444 1 4 1 66 8888 55 11 3 888888888 3 3 3 3 666 9999 666 55 3 3 666 3 55 33333333 3 3 2
lowQualScore : . .. . . . . .. .............. .. . . .. .. ...... . ....... . . . .. .... .. .. . ......... . . . . ... .... ... .. . . ... . .. ........ . . .
lowQualScore : 2 11 4 1 0 0 11 66666666666666 11 4 0 77 11 555555 9 4444444 1 4 9 11 5555 55 00 6 888888888 3 2 3 3 444 3333 444 00 6 6 444 6 00 22222222 6 9 9
consensus : NNNNATAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATA--TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA----TA--------TAT--TCG-GGTGNGTGGGACGACAAGGGACCGAA-CCCCCGTGGC------ATTCCCTCCT-------ATCCCCCACACCATCA-TGCTG--GAAAAATATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAATAATC----AACACTTGAC--TGTTCA--AGGTAGACCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGT----A----TTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
Reference ( family-674 ) : NNNNATAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATA--TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA----TA--------TAT--TCG-GGTGNGTGGGACGACAAGGGACCGAA-CCCCCGTGGC------ATTCCCTCCT-------ATCCCCCACACCATCA-TGCTG--GAAAAATATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAATAATC----AACACTTGAC--TGTTCA--AGGTAGACCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGT----A----TTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
gi|1 : ATAACCATCAAGCGTCCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATATATTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGTGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA----TA--------TAT--TCG-GGTGAGTGCGACGACAAGGGACCGAG-TCCCCGTGAC------ATTCCTTGCT-------ATCCCCAACACCACCA-TGCTA--GAAAAATATCCTGGGTTACCCTTTCGTTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCACTAATAATC----AACACTTGAT--TGTTCA--AGGTAGATCTAAACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAGATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGTTTTCATTTTTTCATTATTGGGTAGCCTACGAATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAATCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TGTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--TATTT-TT---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGAGGGATGGATAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAG
gi|10 : accgTGATATAGG-CCCAATAGAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGAGAGT----A----TTCTTTATTGGGTAGCCTGCGTATGACA-TTTTA-----T-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAAC-------TTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TG---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTTAGTAGGATGGAAAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACA-AAGT-GACATA
gi|11 : tacactcacacacattcatgcatatttcaTGATATGGG-CCCAATAGAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGAGAGT----A----TTCATTATTGGGTAGCCTGCGTATGACA-TTTTA-----T-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CACAAC-------TTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TG---ACGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTTAGTAGGATGGAAAAAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACA-AAGT-GACATA
gi|12 : cactcacacacattcatgcatatttca-TTTTA---TATTGTAAGTATTATGT-ATTCAAGCTCAAAAGCACACCCCTAAGATTTTCAG--TGAGTTCA-----T--TATCTGTTCGATTA---TTTTTTTG--T-TTT-CG---ATGAGT-C--GATTGT--------AGTATT-AAACATTCTGACTAG--TGGGAGCCGTGCACAATACGTTTCGACAGT
gi|13 : CAATAAGGCTCCAATAGTC----AACAAATGTT--TGTTCAGTAGGTAGATCTAGATACTTAATGATGATATGGA-CCAAATAAAATAAATAGGTCAGCTGAGTTCCACATCGGAAAGT----A----TTCATTATT-GGTAG-TTACGTATGACACTTTTAACTTAT-GTATGC-CTATTTtgtgttacgcac
gi|14 : ATAACCATCAATCGACCACAAACTATTTACCGACCGAGTGCAGACAC-AGTGTGTATA--CTGTAGTGTGTACGGATGTTTATGAGAGTCTGGTT-TTCTATGTT-AACACTGCT--ATA----TA--------TAT--TTG-GGTGTGTGGGCCGACAATGGATCCAA-CCTCCGCGGC------ATg
gi|15 : ATTTTTAAACAGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGGTTTG--T-TTT-TT---ACGAGA-A--TTTTGT--------TACCTTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAACGCTAAATACGTTTCGACAGTGATGGTGTAC---ACTCAACATAAG
gi|16 : CTGTTCCCC-ATCGAGTGCAGACACTAGTGTGTATA--TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGGT-TTTAAT-TT-AATA
gi|2 : ctacattACAACCATCAAGCGACCACAAACTGTTCCCCGATCGAGTGCCCACATTAGTGTGTATA--TTGAAGT-TGTATGGATGTTTATGAGAGTCTGGAT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA----TA--------TAT--TCG-GGTAAGTGGGACGACAAAAGCCCAAA-CCCCAGTGAC------ATTCCTT----------------------------GCAA--GAAATATTTCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGATACACTTTCGATGCGACGCTAATAATC----A-CACTTGAC--TGTTCA--ATGTAGACCTAAACACATTATGTTGATATGGG-CCCAAAAAAATAAATAGGCCAGCTGAGTTCCGCATCGGACAGT----T----TTCATTATTGGGTAGCCAACTTATGATA-TTTTAAGTGAT-GTAGGC-CTATTTCATTTAAGCTGAAAAGTCCATCCACATTGTTTCCAAACCGA---CAAAACTT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTGTTT-TTT-TT---GTGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGAGCGAAACAATGCTCAATACGTTTCGGTAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAGa
gi|3 : ctaTATTCCCTGGTGGAGTGCACACACTAGTGTGTATA--TTGTAGT-TGTATGGATACTTATGAGAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGAT--ATA----AA--------TAT--TCG-GGTGAGTAG-ACGACAAGAGACTGAA-CCACCGTGGC------ATTCTATCCT-------ATCCTCCACACCATCA-TATTG--GAAAA-TATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCAACTTTCTATGAGGTGCTAATAATC----AACACTTGAC--TGTTCA--AGATAGACCTAAACACATAATATTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCAGCTGAGATCCACATCGGACAGT----A----TTCATTATTGGGTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGATAT-GTAGGT-CTATATCATTTAAGCGATAAAGTCCATCCACATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTACTGTTAGTTTA---TTGATTTG-----TT-TT---AAGAGT-A--TGTTGT--------TGTA-TCAAAC-TTTTCAGTGTGATGGAAACAATGCCCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTG----CAAGTTGACATAAG
gi|4 : TTGATGAGGTTTCGAGT-TTTTATTTT-TATATTGCTTTATACTGGTA--------TAT--TCGTAGACTGTGGG---------GTCCAGA-TCCCC-TGGG------ATTCCTCCCTTTCTTGGATCCCCCACACCATTAATGTAG--GAAAAA-ATCCTGGACCCACCTA-CATTAAGGTCCATTTTTGACATTTTTTTAATAAAC----AATAATGGACATTTTTCAGCAGGTA--------TGCACGATGTTGATTTGTA-CCAAATAAAATAAATAGGCCAATTGACCTCCTCATCGGACAAT----A----CTTATTAATGGGTA---TA--TATCACA---TTAAATTAT-GTA--------TTCCTT----CGAAAAATTCCATTCACACCATTTTCAAAAGGA---CATTTCATCATTTCTGTTTGTTTGTTTTTTTTTTG--T-TTT-TTTTAACAAATCAATTCCTGTATTAAACCATTATTCAGAC--TTTCAGAGTGATGAGAATCATGTGCAATATTTTTCAACAGT
gi|5 : tgtggatcatatgtatgggtcttgaactc--TTGTAGT-TGTATTAATGTTTATGAGAGTCTAGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA----TAATTTATTATAT--TCA-GGTGTGTGGGACGACAAGGGACCCAA--TCTCGCGGC------ATTCCCTACT-------ATCCCCCACACCATCG-TGCTGAAAAAAAATAT-CTGGGTTAACCTTTTATTAAGCTCCACTTTCGATTAGGCGCTAATAATC----AACACTTGAC--TGTTCA--AGGAAGACCTAAACACATGATGTTGATATTTG-CCCAATAAGATAGGTAGGCCAGCTTAGTTCCGCATCGGACAGT----A----TTCATTATTGGATAGTCTACGTATGACA-TTTCAAGTTAT-GCAGGC-CTATTTCATTTAAGCTAAAAAGTC------CGTTATTTTTAAACCGA---CAAATCGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ACGAGT-C--TGGTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGTGGGATGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGGCAGTGAAGTTGTACACAACTCGACATAtttgttacattaaaatagatata
gi|6 : ATAACCACCAAGCGATCACAAACTGTTCCCCGATCGCGTGAAGACAC--------------TGTAGT-TAAAT--ATGT---TGACA-T------------TGCT-A-------T--ATA--------------TAT--TCG-GGTGGGT-CCCCGACTAGGCGCCGAA--CTCCATGGC------ATTCCCTCCT-------ACCCACCACACGATCA-TAATG--GAAAAATATCCTGGGTTAACCT---------------TTTCGATGAGGCGCTAATAATC----AACACTTTAC--TGTTCA--AGTTAGACCCAAACAAATGATGTTTATATTGG-TCCAATAAAATAAATAGGCCAATTGAGTTCCGCATCGGACAGT----A----TTCATTATGGGGTAGCCTACGTATAACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATTTCATTTCAGCTAAAACGCCCATCCACA-TA--TTCAAACCGA---CAAAACAA--TTTCTGTTAGTTTA---TTTATTTG--T-TTTGTT---ACGAGA-A--TGTTGC--------GGTATTCAAAC-TTTCCTGTGGAATGGAAACAACGCCCAATACGTTTCGACAGTGCAGTTGTACACAACTCGACATAAcgt
gi|7 : ctaATAACCATCAAGCGACCACAAATTGTTCCCTGATCGAGTACAGACACTAGTGTGTGTA--TTGTAGT-TGTATGGATGTTTATGATAGTCTGGGT-TTTTATGTT-AACACTGCT--ATA----TA--------TATATTCG-AGGGTGTGG-ACGACAAGGGAGCGAA-CTCTAGTGGC------ATTCCCTCCT-------ATCCCACGCACCATCA-TGCTG--AAAAAATATCGTTGATTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAATAATC----AACACTTGAC--TGTTTA--AAGTAGACCTAAACACATGCTGTTGATATGGGCCCCAATAAAATAAACAGGCCAGTTGAGTTCCGCATTGGACAGT----A----TTCATTATTGGCTAGCCTACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGC-CTATCTAATTAAGGCTAAAAAGTCCATCCACATTATTT
gi|8 : acttC------ATTCCCTCCT-------ATCTCCCACACCATCA-CG----------------TGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATCAGGCGTTAATAATCAATCAACACTTGAC--TGTTCA--AGGTAGACCTATACACATGATGTTGATATGGG-CCCAATAAAATAAATAGGCCACCTGAGGACCGCAGCGGACAGT----A----TTCATTATTGGGTAGCATACGTATGACA-TTTTAAGTTAT-GTAGGA-CTATTTCATTTAAGCTAAATAGTCTATCTGCATTATTTTCAAACCGA---CAAAACGT--TTTCTGTTAGTTTA---TTGATTTG--T-TTT-TT---ATGAGT-A--TGTTGT--------GGTATTCAAAC-TTTTCAGAGGGTTGGAAACAATGCTCAATACGTTTCGATAGTGCAGTTGTACACAACTCAACATA
gi|9 : CGACCACAAATTGTTCCCCGATCGAGTGCACACACTAGTGTGTTTA--TTGTAGT-TATATTGATGTTTATGCA--TCTGTTTCTTTTATGTTTAACACTGCT--ATA----TA--------TAT--TCT-GGTGAGTGGGACGACAAGAGACCGAAACCCCCGTGGCTGTGGCATTCCTTGCT-------ATCCCA-ACGCCATCA-TACTG--GGAAAATATCCTGGGTTAACCTTTCATTAAGCTCCACTTTCGATGAGGCGCTAACAATC----AACACTTGAC--TGTTCA--AGGCAGGCCTCAACACATGATGTTGATATG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGTTTTGGGTAAACGAGACTATTATGTGTATTTAT