lowQualScore                  :                                                                    11111111                                                                                                                      111111                                                                                                                        
lowQualScore                  :        1         77       1   3 1    3  1    1 3                22 00000000  55555555   3333          5      3                                                                                   222222      1                       3333                           1             5        1                  5    4    5      
lowQualScore                  :        .         ..       .   . .    .  .    . .                .. ........  ........   ....          .      .                                                                                   ......      .                       ....                           .             .        .                  .    .    .      
lowQualScore                  :        7         77       6   2 6    2  5    5 0                11 00000000  66666666   3333          3      1                                                                                   777777      4                       0000                           4             2        3                  5    3    7      
consensus                     :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
Reference ( gi|11 )           :  AATAAC-CCACATATTC-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACAAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTAACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTACTTATGCACTGGCCAA
gi|6                          :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGTTGTGAGCAT--A--------TA--------AAG----AGTAATTGACAAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCGATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCAGCAGAGTAGATTGATTTCC----TCTCAGCTGAGTTG-TAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|9                          :  AATAAC-CGGCATATTT-GTGGAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATATGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGACAGAACTAC------TTTTTT-ATCAGTTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGTTTTTTAGT-AAAAGCGGCAGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTCACACACCGGCCAAa
gi|17                         : aAATAAC-CCACATATTT-GTGAAAA-AAA-T-GTTT-TC-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAC--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTGATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTATATTCAATTTTCAAACATATCCGATGGAACTAC------TTTTTT-ATTGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCGATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|16                         :  AATAAC-CCACATATTT-GTGAAAA-AAA-T-GTTT-TC-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAC--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTGATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTATATTCAATTTTCAAACATATCCGATGGAACTAC------TTTTTT-ATTGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCGATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|1                          :  AATAACACCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTAAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGATGAAGTTT-ATCATTTATTCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCCGGGGTCTCAGCTGAGTTGTTAGA-TTTTAGT-TAAAGCGAGAGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|8                          : aAATAAC-CCATATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TA-AAAAAA-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----AGTTATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTTAATTCGTTTTTCAAACATATTCGATAGAACTTC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TGTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT--AAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTATGTACCGGCCAAa
gi|10                         : aAATAAC-CAACGTATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-G-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGGGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGGTTTATAGCTAAATACGCTTAAATTAAGTTCAATTTTCAAACATATATGATGGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCCATAAGCAGTGTTTACTCACCGGCCAA
gi|4                          :  AATAAC-CAACATATTT-GTGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAA----ATTAATTGACGAGGTTT-ACCATGTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATCGAACTAT------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGATGAGTTGTTAGATTTTAAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTTCGCACCAGCAAA
gi|2                          : aAATAAC-CCATATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--AAAATTA--TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTTTATCTTTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGATAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC-------TTTTT-ATCGGTTGAGCAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT--AAAGCGAC-GGTAACTTC-AA-ATAACGGCTATAACCAGTGTTTACGCACCGGCCAAa
gi|3                          :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-AAGTTT-TT-AAAA-A-TTATTCCTTTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTTTATCTTTTTATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATACAATTCAATTTTCAAACATATTCGATATAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAATAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAATATA--GGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|18                         : aAATAAC-CCGCATATTT-GCGATAA-AAA-T-GTTT-TT-TAA----TTAT-GCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATT-AATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTTAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAATTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCCGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAACGAC-GGTGACTTCAAA-ATAATGGCTATAACTAGTGCTTACGCACCGGCa
gi|13                         : aAATAAC-CGACATATTTTGCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-GTATTGCTGTAAGCAT--G--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAAGACGCTTAAATTCAATTCATTTTTTAAACATATTTGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGAAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGGTGTTAGGTTTTTAGT-AAATGCGATGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTAAAACCAGTGCTTACGCACC
gi|15                         : aAATAAC-CCACATATTT-GCGAATA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGATCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCGATTGAATTATTGCTAAATACGCTAAAATTCAGTTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAAATAC------TTTTTT-ATTGACTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTCGGATTTAAGT-AAAAGCGACGGGTGA----AAA-ATAATGGTTATAACCAGTGCTTACGCACAGGCCAA
gi|7                          : aAATAAC-CCACATATTT-GCG-AAA-AAA-T-GTTT-TTAAAAA-A-CTATTAATGTTATTA---A--------T---------TAATGCTATTAATTGACGAGGCTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTGAATACACTTAAATTTAATTCAATTTTCAAACATATTCGGTAGAACTAC------TTATTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTGTAACCAGTGCTTACGCACCGGCCA
gi|22                         :  AATAAC-CAACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAC----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTAGAGCTAAATATGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACA-----TTTTAT-ATCTGCTGAGTAGATTAAATTCC----TCTCAGCTGAGTTATTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGATGTGTGACTTGAAA-ATAACGACTATA
gi|19                         : aAATAAC-CGACATACTT-GCGAAAA-AAAAT-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGATTT-ATCATTTAATCTATTATTCAATTGATTTACAGCTCAATACGCTTAAAGTCAATTCAATTTTCAAAC-TACT------------------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAACTGAGTTGTTAGG-TTTTAGT-AAAAGCGATGGCTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTCACGCACGGCCCAAtc
gi|21                         : aAATAAC-CGACATTTTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TGATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCGAAATACGCTTTAATTCAATTCAATGTTCAAAC-T---------AACTTC------TTTTTTAATCGGCTAAGTAGATTGAATTCC----TCTCATCTAAGTTGTTAGGTTTTTAAT-AAAAGCGAC------CTTCAAA-ATAACGGCTATAACCGATGCTTAGGCACCGGCCa
gi|30                         : aAATAAC-CCACATATTT-GCGAAAAAAAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--ATACATTTGTA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTcaa
gi|12                         :   ATGAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-T-ATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGGCGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTCAAGTTCAATTCAATTTTCTAACATATTTGATAGAACTAC------TTTTTT-TTCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGTCTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGACCAA
gi|5                          :   ATAAC-CAACATATTT-GCGAAAA-AAAAT-GTTT-T--AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCATTTA--------TA--------TAG----ATTAATTGACAAGGTTT-ATCATTTAATCTATAATTCAATTGATTGATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATT-AATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGTGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTGTAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|20                         :   ATAAC-TCACATATTT-GAGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-AACTATTGCTTTGAGCAT--A--------AA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCA---------TAGCTAAATATGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTC-ATCGGCTGAGTAGATTGAATACC----TCTCAGTTGAGTTGTTAGGTTTTAAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAC-ATAAATGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|25                         :   ATAAT-CCACATATTT-GCGAAAA-AA--T-GTTT-TT-AAAA-AACTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGACGTTT-ATCATTTAATCTATAATTCAATTGATTTATAGCTAAATACACTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCTGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTTAGTTATTATGTTTTTAGTAAAAAGCGACGGg
gi|33                         :    TAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTTGTT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCta
gi|14                         :    aatC-CGACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGATGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTGAGTACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGCAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGCGCTTACGCACCGGCCAA
gi|34                         :                     CGAAAA-AAA-T-GTTTGTT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAa
gi|23                         :                                        T-AAAA-A-ATATTGCCGTGAGCGT--A--------TA--------TAG----ATTGATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCCATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATT-T----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTT---T-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|24                         :                             ttacatatttgcagaAA-N-NNNNNNNNNTGAGCAT--A--------TACATTTGTATAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAACCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTTAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTAACTTCAAA-ATAACAGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|26                         :                                                                 --A--------TA--------TAG----ATTAATTGATTAGGTTT-ATCATTTCATCTATGATTCAGAGGATTTATAGCTAAATACGCATAAATTCAATTCAATTTTTAAACATATTCAATAGAACTACATGTAATTTTTT-TTAGGCTGAGTAGATTGTATTCC----TCTCAGCCGAGTTGTTAGGTGGTTAGT-AGAATCACCGGGTGACTTCAGA-ATAATGGATATAGACAGTGCTTACACACTga
gi|27                         :                                                                                                                                                                 AATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGCAGATCGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTCTCGCACCGGCCAAtgtc
gi|29                         :                                                                                                                                                                 AATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTTAGTACATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGATGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACAAGTGCTCATAAACCGGCCAAaa
gi|28                         :                                                                                                                                                                 AATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTTAGTACATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGATGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACAAGTGCTCATAAACCGGCCAA
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        AAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATTACGGCTATGACAAGTGCTTACGCACCAGCCAA
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           A-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCATCGGCCAA
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            -ATAACGGCTATAACCAGTACTTATGCACTGGCC
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            -ATAATGGCTAAAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CATTTATGACACTTGTTTTAATACACTACGGTAAATGGGATCAGTGCTACGGGTTTCAGAGAAATTCTGTC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                  111111                                                                                                                        
lowQualScore                  :        1          1       1   3 1    3  3    1 1                22 99999999  55555555   3333                 3                                                                                   222222      1                       2222                           1                      1                                   
lowQualScore                  :        .          .       .   . .    .  .    . .                .. ........  ........   ....                 .                                                                                   ......      .                       ....                           .                      .                                   
lowQualScore                  :        6          5       5   0 5    0  0    4 4                00 66666666  44444444   1111                 0                                                                                   222222      4                       9999                           4                      2                                   
consensus                     :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
Reference ( family-6649 )     :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|1                          :  AATAACACCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTAAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGATGAAGTTT-ATCATTTATTCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCCGGGGTCTCAGCTGAGTTGTTAGA-TTTTAGT-TAAAGCGAGAGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|10                         : aAATAAC-CAACGTATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-G-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGGGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGGTTTATAGCTAAATACGCTTAAATTAAGTTCAATTTTCAAACATATATGATGGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCCATAAGCAGTGTTTACTCACCGGCCAAa
gi|11                         :  AATAAC-CCACATATTC-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACAAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTAACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTACTTATGCACTGGCCAA
gi|12                         :   ATGAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-T-ATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGGCGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTCAAGTTCAATTCAATTTTCTAACATATTTGATAGAACTAC------TTTTTT-TTCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGTCTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGACCAA
gi|13                         :  AATAAC-CGACATATTTTGCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-GTATTGCTGTAAGCAT--G--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAAGACGCTTAAATTCAATTCATTTTTTAAACATATTTGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGAAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGGTGTTAGGTTTTTAGT-AAATGCGATGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTAAAACCAGTGCTTACGCACCG
gi|14                         :      aC-CGACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGATGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTGAGTACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGCAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGCGCTTACGCACCGGCCAA
gi|15                         :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAATA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGATCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCGATTGAATTATTGCTAAATACGCTAAAATTCAGTTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAAATAC------TTTTTT-ATTGACTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTCGGATTTAAGT-AAAAGCGACGGGTGA----AAA-ATAATGGTTATAACCAGTGCTTACGCACAGGCCAAa
gi|16                         : aAATAAC-CCACATATTT-GTGAAAA-AAA-T-GTTT-TC-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAC--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTGATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTATATTCAATTTTCAAACATATCCGATGGAACTAC------TTTTTT-ATTGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCGATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|17                         :  AATAAC-CCACATATTT-GTGAAAA-AAA-T-GTTT-TC-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAC--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTGATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTATATTCAATTTTCAAACATATCCGATGGAACTAC------TTTTTT-ATTGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCGATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|18                         :  AATAAC-CCGCATATTT-GCGATAA-AAA-T-GTTT-TT-TAA----TTAT-GCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATT-AATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTTAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAATTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCCGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAACGAC-GGTGACTTCAAA-ATAATGGCTATAACTAGTGCTTACGCACCGGC
gi|19                         : aAATAAC-CGACATACTT-GCGAAAA-AAAAT-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGATTT-ATCATTTAATCTATTATTCAATTGATTTACAGCTCAATACGCTTAAAGTCAATTCAATTTTCAAAC-TACT------------------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAACTGAGTTGTTAGGTTTT-AGT-AAAAGCGATGGCTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTCACGCACGGCCCAA
gi|2                          : aAATAAC-CCATATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--AAAATTA--TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTTTATCTTTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGATAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC-------TTTTT-ATCGGTTGAGCAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT--AAAGCGAC-GGTAACTTC-AA-ATAACGGCTATAACCAGTGTTTACGCACCGGCCAAa
gi|20                         :   ATAAC-TCACATATTT-GAGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-AACTATTGCTTTGAGCAT--A--------AA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTC---------ATAGCTAAATATGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTC-ATCGGCTGAGTAGATTGAATACC----TCTCAGTTGAGTTGTTAGGTTTTAAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAC-ATAAATGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|21                         :  AATAAC-CGACATTTTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TGATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCGAAATACGCTTTAATTCAATTCAATGTTCAAAC-T---------AACTTC------TTTTTTAATCGGCTAAGTAGATTGAATTCC----TCTCATCTAAGTTGTTAGGTTTTTAAT-AAAAGCGAC------CTTCAAA-ATAACGGCTATAACCGATGCTTAGGCACCGGCCg
gi|22                         : aAATAAC-CAACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAC----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTAGAGCTAAATATGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACA-----TTTTAT-ATCTGCTGAGTAGATTAAATTCC----TCTCAGCTGAGTTATTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGATGTGTGACTTGAAA-ATAACGACTATAcaa
gi|23                         :          aACATATTT-GCAGA---------------T-AAAA-A-ATATTGCCGTGAGCGT--A--------TA--------TAG----ATTGATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCCATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATT-T----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTT---T-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAAtc
gi|24                         :                                          ttAA-N-NNNNNNNNNTGAGCAT--A--------TACATTTGTATAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAACCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTTAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTAACTTCAAA-ATAACAGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|25                         :   ATAAT-CCACATATTT-GCG-AAA-AAA-T-GTTT-TTAAAAA-A-CTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGACGTTT-ATCATTTAATCTATAATTCAATTGATTTATAGCTAAATACACTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCTGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTTAGTTATTATGTTTTTAGTAAAAAGCGACGGga
gi|26                         :                                                                 --A--------TA--------TAG----ATTAATTGATTAGGTTT-ATCATTTCATCTATGATTCAGAGGATTTATAGCTAAATACGCATAAATTCAATTCAATTTTTAAACATATTCAATAGAACTACATGTAATTTTTT-TTAGGCTGAGTAGATTGTATTCC----TCTCAGCCGAGTTGTTAGGTGGTTAGT-AGAATCACCGGGTGACTTCAGA-ATAATGGATATAGACAGTGCTTACACACta
gi|27                         :                                                                                                                                                                 AATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGCAGATCGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTCTCGCACCGGCCAAttgtc
gi|28                         :                                                                                                                                                                 AATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTTAGTACATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGATGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACAAGTGCTCATAAACCGGCCAAaa
gi|29                         :                                                                                                                                                                 AATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTTAGTACATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGATGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACAAGTGCTCATAAACCGGCCAA
gi|3                          :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-AAGTTT-TT-AAAA-A-TTATTCCTTTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTTTATCTTTTTATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATACAATTCAATTTTCAAACATATTCGATATAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAATAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAATATA--GGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|30                         : aAATAAC-CCACATATTT-GCGAAAAAAAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--ATACATTTGTA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTa
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        AAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATTACGGCTATGACAAGTGCTTACGCACCAGCCAA
gi|33                         :    TAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTTGTT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGC
gi|34                         :                  aatCGAAAA-AAA-T-GTTTGTT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCA
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            -ATAATGGCTAAAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           A-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCATCGGCCAAa
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            -ATAACGGCTATAACCAGTACTTATGCACTGGCC
gi|4                          :  AATAAC-CAACATATTT-GTGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAA----ATTAATTGACGAGGTTT-ACCATGTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATCGAACTAT------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGATGAGTTGTTAGATTTTAAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTTCGCACCAGCAAA
gi|5                          :  aATAAC-CAACATATTT-GCGAAAA-AAAAT-GTTT-T--AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCATTTA--------TA--------TAG----ATTAATTGACAAGGTTT-ATCATTTAATCTATAATTCAATTGATTGATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATT-AATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGTGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTGTAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAAa
gi|6                          :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGTTGTGAGCAT--A--------TA--------AAG----AGTAATTGACAAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCGATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCAGCAGAGTAGATTGATTTCC----TCTCAGCTGAGTTG-TAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|7                          :  AATAAC-CCACATATTT-GCG-AAA-AAA-T-GTTT-TTAAAAA-A-CTATTAATGTTATTA---A--------T---------TAATGCTATTAATTGACGAGGCTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTGAATACACTTAAATTTAATTCAATTTTCAAACATATTCGGTAGAACTAC------TTATTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTGTAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAa
gi|8                          :  AATAAC-CCATATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TA-AAAAAA-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----AGTTATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTTAATTCGTTTTTCAAACATATTCGATAGAACTTC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TGTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT--AAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTATGTACCGGCCAA
gi|9                          : aAATAAC-CGGCATATTT-GTGGAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATATGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGACAGAACTAC------TTTTTT-ATCAGTTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGTTTTTTAGT-AAAAGCGGCAGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTCACACACCGGCCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CATTTATGACACTTGTTTTAATACACTACGGTAAATGGGATCAGTGCTACGGGTTTCAGAGAAATTCTGTC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                  111111                                                                                                                        
lowQualScore                  :        1          1       1   3 1    3  3    1 1                22 99999999  55555555   3333                 3                                                                                   222222      1                       2222                           1                      1                                   
lowQualScore                  :        .          .       .   . .    .  .    . .                .. ........  ........   ....                 .                                                                                   ......      .                       ....                           .                      .                                   
lowQualScore                  :        6          5       5   0 5    0  0    4 4                00 66666666  44444444   1111                 0                                                                                   222222      4                       9999                           4                      2                                   
consensus                     :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
Reference ( family-6649 )     :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|1                          :  AATAACACCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTAAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGATGAAGTTT-ATCATTTATTCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCCGGGGTCTCAGCTGAGTTGTTAGA-TTTTAGT-TAAAGCGAGAGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|10                         : aAATAAC-CAACGTATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-G-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGGGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGGTTTATAGCTAAATACGCTTAAATTAAGTTCAATTTTCAAACATATATGATGGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCCATAAGCAGTGTTTACTCACCGGCCAAa
gi|11                         :  AATAAC-CCACATATTC-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACAAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTAACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTACTTATGCACTGGCCAA
gi|12                         :   ATGAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-T-ATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGGCGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTCAAGTTCAATTCAATTTTCTAACATATTTGATAGAACTAC------TTTTTT-TTCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGTCTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGACCAA
gi|13                         :  AATAAC-CGACATATTTTGCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-GTATTGCTGTAAGCAT--G--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAAGACGCTTAAATTCAATTCATTTTTTAAACATATTTGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGAAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGGTGTTAGGTTTTTAGT-AAATGCGATGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTAAAACCAGTGCTTACGCACCG
gi|14                         :      aC-CGACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGATGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTGAGTACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGCAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGCGCTTACGCACCGGCCAA
gi|15                         :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAATA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGATCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCGATTGAATTATTGCTAAATACGCTAAAATTCAGTTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAAATAC------TTTTTT-ATTGACTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTCGGATTTAAGT-AAAAGCGACGGGTGA----AAA-ATAATGGTTATAACCAGTGCTTACGCACAGGCCAAa
gi|16                         : aAATAAC-CCACATATTT-GTGAAAA-AAA-T-GTTT-TC-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAC--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTGATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTATATTCAATTTTCAAACATATCCGATGGAACTAC------TTTTTT-ATTGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCGATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|17                         :  AATAAC-CCACATATTT-GTGAAAA-AAA-T-GTTT-TC-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAC--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTGATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTATATTCAATTTTCAAACATATCCGATGGAACTAC------TTTTTT-ATTGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCGATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|18                         :  AATAAC-CCGCATATTT-GCGATAA-AAA-T-GTTT-TT-TAA----TTAT-GCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATT-AATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTTAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAATTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCCGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAACGAC-GGTGACTTCAAA-ATAATGGCTATAACTAGTGCTTACGCACCGGC
gi|19                         : aAATAAC-CGACATACTT-GCGAAAA-AAAAT-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGATTT-ATCATTTAATCTATTATTCAATTGATTTACAGCTCAATACGCTTAAAGTCAATTCAATTTTCAAAC-TACT------------------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAACTGAGTTGTTAGGTTTT-AGT-AAAAGCGATGGCTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTCACGCACGGCCCAA
gi|2                          : aAATAAC-CCATATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--AAAATTA--TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTTTATCTTTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGATAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC-------TTTTT-ATCGGTTGAGCAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT--AAAGCGAC-GGTAACTTC-AA-ATAACGGCTATAACCAGTGTTTACGCACCGGCCAAa
gi|20                         :   ATAAC-TCACATATTT-GAGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-AACTATTGCTTTGAGCAT--A--------AA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTC---------ATAGCTAAATATGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTC-ATCGGCTGAGTAGATTGAATACC----TCTCAGTTGAGTTGTTAGGTTTTAAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAC-ATAAATGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|21                         :  AATAAC-CGACATTTTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TGATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCGAAATACGCTTTAATTCAATTCAATGTTCAAAC-T---------AACTTC------TTTTTTAATCGGCTAAGTAGATTGAATTCC----TCTCATCTAAGTTGTTAGGTTTTTAAT-AAAAGCGAC------CTTCAAA-ATAACGGCTATAACCGATGCTTAGGCACCGGCCg
gi|22                         : aAATAAC-CAACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAC----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTAGAGCTAAATATGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACA-----TTTTAT-ATCTGCTGAGTAGATTAAATTCC----TCTCAGCTGAGTTATTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGATGTGTGACTTGAAA-ATAACGACTATAcaa
gi|23                         :          aACATATTT-GCAGA---------------T-AAAA-A-ATATTGCCGTGAGCGT--A--------TA--------TAG----ATTGATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCCATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATT-T----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTT---T-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAAtc
gi|24                         :                                          ttAA-N-NNNNNNNNNTGAGCAT--A--------TACATTTGTATAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAACCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTTAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTAACTTCAAA-ATAACAGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|25                         :   ATAAT-CCACATATTT-GCG-AAA-AAA-T-GTTT-TTAAAAA-A-CTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGACGTTT-ATCATTTAATCTATAATTCAATTGATTTATAGCTAAATACACTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCTGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTTAGTTATTATGTTTTTAGTAAAAAGCGACGGga
gi|26                         :                                                                 --A--------TA--------TAG----ATTAATTGATTAGGTTT-ATCATTTCATCTATGATTCAGAGGATTTATAGCTAAATACGCATAAATTCAATTCAATTTTTAAACATATTCAATAGAACTACATGTAATTTTTT-TTAGGCTGAGTAGATTGTATTCC----TCTCAGCCGAGTTGTTAGGTGGTTAGT-AGAATCACCGGGTGACTTCAGA-ATAATGGATATAGACAGTGCTTACACACta
gi|27                         :                                                                                                                                                                 AATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGCAGATCGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTCTCGCACCGGCCAAttgtc
gi|28                         :                                                                                                                                                                 AATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTTAGTACATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGATGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACAAGTGCTCATAAACCGGCCAAaa
gi|29                         :                                                                                                                                                                 AATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTTAGTACATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGATGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACAAGTGCTCATAAACCGGCCAA
gi|3                          :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-AAGTTT-TT-AAAA-A-TTATTCCTTTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTTTATCTTTTTATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATACAATTCAATTTTCAAACATATTCGATATAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAATAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAATATA--GGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|30                         : aAATAAC-CCACATATTT-GCGAAAAAAAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--ATACATTTGTA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTa
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        AAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATTACGGCTATGACAAGTGCTTACGCACCAGCCAA
gi|33                         :    TAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTTGTT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGC
gi|34                         :                  aatCGAAAA-AAA-T-GTTTGTT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCA
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            -ATAATGGCTAAAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           A-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCATCGGCCAAa
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            -ATAACGGCTATAACCAGTACTTATGCACTGGCC
gi|4                          :  AATAAC-CAACATATTT-GTGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAA----ATTAATTGACGAGGTTT-ACCATGTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATCGAACTAT------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGATGAGTTGTTAGATTTTAAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTTCGCACCAGCAAA
gi|5                          :  aATAAC-CAACATATTT-GCGAAAA-AAAAT-GTTT-T--AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCATTTA--------TA--------TAG----ATTAATTGACAAGGTTT-ATCATTTAATCTATAATTCAATTGATTGATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATT-AATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGTGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTGTAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAAa
gi|6                          :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGTTGTGAGCAT--A--------TA--------AAG----AGTAATTGACAAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCGATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCAGCAGAGTAGATTGATTTCC----TCTCAGCTGAGTTG-TAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|7                          :  AATAAC-CCACATATTT-GCG-AAA-AAA-T-GTTT-TTAAAAA-A-CTATTAATGTTATTA---A--------T---------TAATGCTATTAATTGACGAGGCTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTGAATACACTTAAATTTAATTCAATTTTCAAACATATTCGGTAGAACTAC------TTATTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTGTAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAa
gi|8                          :  AATAAC-CCATATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TA-AAAAAA-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----AGTTATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTTAATTCGTTTTTCAAACATATTCGATAGAACTTC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TGTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT--AAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTATGTACCGGCCAA
gi|9                          : aAATAAC-CGGCATATTT-GTGGAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATATGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGACAGAACTAC------TTTTTT-ATCAGTTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGTTTTTTAGT-AAAAGCGGCAGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTCACACACCGGCCAA


blockSeqs                     :        .          T       A   A A    G  A    A A                TT TACATTTG  CATTTGTA   TGCT                 T                                                                                   ATGTAA      A                       .                              A                      T
blockSeqs                     :        .          .       .   A .    G  A    . .                .  AAATTA    .          .                    T                                                                                   T           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   A           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   T           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   T           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   T           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   T           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :        .          .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :                   .       .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :                           .   . .    .  .    . .                .  .         .          .                    .                                                                                   .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :                                              . .                                                                                                                                                 .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                  .           .                       .                              .                      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                            .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                            .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                            .


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                      ****
originalCons                  :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
finalCons                     :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CATTTATGACACTTGTTTTAATACACTACGGTAAATGGGATCAGTGCTACGGGTTTCAGAGAAATTCTGTC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                  111111                                                                                                                        
lowQualScore                  :        1          1       1   3 1    3  3    1 1                22 99999999  55555555   3333                 3                                                                                   222222      1                       2222                           1                      1                                   
lowQualScore                  :        .          .       .   . .    .  .    . .                .. ........  ........   ....                 .                                                                                   ......      .                       ....                           .                      .                                   
lowQualScore                  :        6          5       5   0 5    0  0    4 4                00 66666666  44444444   1111                 0                                                                                   222222      4                       9999                           4                      2                                   
consensus                     :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
Reference ( family-6649 )     :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|1                          :  AATAACACCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTAAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGATGAAGTTT-ATCATTTATTCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCCGGGGTCTCAGCTGAGTTGTTAGA-TTTTAGT-TAAAGCGAGAGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|10                         : aAATAAC-CAACGTATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-G-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGGGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGGTTTATAGCTAAATACGCTTAAATTAAGTTCAATTTTCAAACATATATGATGGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCCATAAGCAGTGTTTACTCACCGGCCAAa
gi|11                         :  AATAAC-CCACATATTC-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACAAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTAACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTACTTATGCACTGGCCAA
gi|12                         :   ATGAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-T-ATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGGCGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTCAAGTTCAATTCAATTTTCTAACATATTTGATAGAACTAC------TTTTTT-TTCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGTCTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGACCAA
gi|13                         :  AATAAC-CGACATATTTTGCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-GTATTGCTGTAAGCAT--G--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAAGACGCTTAAATTCAATTCATTTTTTAAACATATTTGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGAAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGGTGTTAGGTTTTTAGT-AAATGCGATGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTAAAACCAGTGCTTACGCACCG
gi|14                         :      aC-CGACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGATGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTGAGTACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGCAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGCGCTTACGCACCGGCCAA
gi|15                         :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAATA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGATCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCGATTGAATTATTGCTAAATACGCTAAAATTCAGTTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAAATAC------TTTTTT-ATTGACTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTCGGATTTAAGT-AAAAGCGACGGGTGA----AAA-ATAATGGTTATAACCAGTGCTTACGCACAGGCCAAa
gi|16                         : aAATAAC-CCACATATTT-GTGAAAA-AAA-T-GTTT-TC-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAC--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTGATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTATATTCAATTTTCAAACATATCCGATGGAACTAC------TTTTTT-ATTGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCGATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|17                         :  AATAAC-CCACATATTT-GTGAAAA-AAA-T-GTTT-TC-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAC--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTGATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTATATTCAATTTTCAAACATATCCGATGGAACTAC------TTTTTT-ATTGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCGATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|18                         :  AATAAC-CCGCATATTT-GCGATAA-AAA-T-GTTT-TT-TAA----TTAT-GCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATT-AATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTTAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAATTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCCGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAACGAC-GGTGACTTCAAA-ATAATGGCTATAACTAGTGCTTACGCACCGGC
gi|19                         : aAATAAC-CGACATACTT-GCGAAAA-AAAAT-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGATTT-ATCATTTAATCTATTATTCAATTGATTTACAGCTCAATACGCTTAAAGTCAATTCAATTTTCAAAC-TACT------------------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAACTGAGTTGTTAGGTTTT-AGT-AAAAGCGATGGCTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTCACGCACGGCCCAA
gi|2                          : aAATAAC-CCATATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--AAAATTA--TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTTTATCTTTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGATAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC-------TTTTT-ATCGGTTGAGCAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT--AAAGCGAC-GGTAACTTC-AA-ATAACGGCTATAACCAGTGTTTACGCACCGGCCAAa
gi|20                         :   ATAAC-TCACATATTT-GAGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-AACTATTGCTTTGAGCAT--A--------AA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTC---------ATAGCTAAATATGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTC-ATCGGCTGAGTAGATTGAATACC----TCTCAGTTGAGTTGTTAGGTTTTAAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAC-ATAAATGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|21                         :  AATAAC-CGACATTTTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TGATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCGAAATACGCTTTAATTCAATTCAATGTTCAAAC-T---------AACTTC------TTTTTTAATCGGCTAAGTAGATTGAATTCC----TCTCATCTAAGTTGTTAGGTTTTTAAT-AAAAGCGAC------CTTCAAA-ATAACGGCTATAACCGATGCTTAGGCACCGGCCg
gi|22                         : aAATAAC-CAACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAC----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTAGAGCTAAATATGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACA-----TTTTAT-ATCTGCTGAGTAGATTAAATTCC----TCTCAGCTGAGTTATTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGATGTGTGACTTGAAA-ATAACGACTATAcaa
gi|23                         :          aACATATTT-GCAGA---------------T-AAAA-A-ATATTGCCGTGAGCGT--A--------TA--------TAG----ATTGATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCCATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATT-T----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTT---T-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAAtc
gi|24                         :                                          ttAA-N-NNNNNNNNNTGAGCAT--A--------TACATTTGTATAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAACCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTTAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTAACTTCAAA-ATAACAGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGC
gi|25                         :   ATAAT-CCACATATTT-GCG-AAA-AAA-T-GTTT-TTAAAAA-A-CTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGACGTTT-ATCATTTAATCTATAATTCAATTGATTTATAGCTAAATACACTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCTGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTTAGTTATTATGTTTTTAGTAAAAAGCGACGGga
gi|26                         :                                                                 --A--------TA--------TAG----ATTAATTGATTAGGTTT-ATCATTTCATCTATGATTCAGAGGATTTATAGCTAAATACGCATAAATTCAATTCAATTTTTAAACATATTCAATAGAACTACATGTAATTTTTT-TTAGGCTGAGTAGATTGTATTCC----TCTCAGCCGAGTTGTTAGGTGGTTAGT-AGAATCACCGGGTGACTTCAGA-ATAATGGATATAGACAGTGCTTACACACta
gi|27                         :                                                                                                                                                                 AATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAGCAGATCGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTCTCGCACCGGCCAAttgtc
gi|28                         :                                                                                                                                                                 AATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTTAGTACATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGATGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACAAGTGCTCATAAACCGGCCAAaa
gi|29                         :                                                                                                                                                                 AATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTTAGTACATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAAGTTTTTAGT-AAAAGCGATGGATGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACAAGTGCTCATAAACCGGCCAA
gi|3                          :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-AAGTTT-TT-AAAA-A-TTATTCCTTTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTTTATCTTTTTATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATACAATTCAATTTTCAAACATATTCGATATAACTAC------TTTTTT-ATCGGCTGAATAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAATATA--GGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|30                         : aAATAAC-CCACATATTT-GCGAAAAAAAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--ATACATTTGTA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTa
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        AAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATTACGGCTATGACAAGTGCTTACGCACCAGCCAA
gi|33                         :    TAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTTGTT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGC
gi|34                         :                  aatCGAAAA-AAA-T-GTTTGTT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCA
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            -ATAATGGCTAAAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           A-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCATCGGCCAAa
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            -ATAACGGCTATAACCAGTACTTATGCACTGGCC
gi|4                          :  AATAAC-CAACATATTT-GTGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAA----ATTAATTGACGAGGTTT-ACCATGTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATCGAACTAT------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGATGAGTTGTTAGATTTTAAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTTCGCACCAGCAAA
gi|5                          :  aATAAC-CAACATATTT-GCGAAAA-AAAAT-GTTT-T--AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCATTTA--------TA--------TAG----ATTAATTGACAAGGTTT-ATCATTTAATCTATAATTCAATTGATTGATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATT-AATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGTGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTGTAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAAa
gi|6                          :  AATAAC-CCACATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGTTGTGAGCAT--A--------TA--------AAG----AGTAATTGACAAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCGATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGATAGAACTACT-----TTTTTT-ATCAGCAGAGTAGATTGATTTCC----TCTCAGCTGAGTTG-TAAGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAA
gi|7                          :  AATAAC-CCACATATTT-GCG-AAA-AAA-T-GTTT-TTAAAAA-A-CTATTAATGTTATTA---A--------T---------TAATGCTATTAATTGACGAGGCTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTGAATACACTTAAATTTAATTCAATTTTCAAACATATTCGGTAGAACTAC------TTATTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT-AAAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTGTAACCAGTGCTTACGCACCGGCCAa
gi|8                          :  AATAAC-CCATATATTT-GCGAAAA-AAA-T-GTTT-TA-AAAAAA-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----AGTTATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATACGCTTAAATTTAATTCGTTTTTCAAACATATTCGATAGAACTTC------TTTTTT-ATCGGCTGAGTAGATTGAATTCC----TGTCAGCTGAGTTGTTAGGTTTTTAGT--AAAGCGACGGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTTATGTACCGGCCAA
gi|9                          : aAATAAC-CGGCATATTT-GTGGAAA-AAA-T-GTTT-TT-AAAA-A-TTATTGCTGTGAGCAT--A--------TA--------TAG----ATTAATTGACGAGGTTT-ATCATTTAATCTATGATTCAATTGATTTATAGCTAAATATGCTTAAATTCAATTCAATTTTCAAACATATTCGACAGAACTAC------TTTTTT-ATCAGTTGAGTAGATTGAATTCC----TCTCAGCTGAGTTGTTAGTTTTTTAGT-AAAAGCGGCAGGTGACTTCAAA-ATAACGGCTATAACCAGTGCTCACACACCGGCCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CATTTATGACACTTGTTTTAATACACTACGGTAAATGGGATCAGTGCTACGGGTTTCAGAGAAATTCTGTC