lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 1 333333
lowQualScore : 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 0 3 1 1 000000
lowQualScore : . .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .... . . . . ......
lowQualScore : 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000 0 0 0 4 222222
consensus : TGGGAGTG---GGGGGTGNCTTTTAACTTGTCCGTATAGCCCGTCTGTNTATATN--TACGTA-TGTCACGCTT--T----CTTGTCAN---CT-----------AAACTGATTTTCNA---C-A-A----------ACTT-----------GCTA--------GGGAGTAT------TG-----AAGTC---C---AGTTGCGCATATC---GT-C---ATT-G--CGTT-CNGGTN-CATCCGCNN---TTGGCTGAGTTATG--GCC-C-TTT-------T---T---TAATTTTAAG-----T-G-TA---A---ATC--T------C----A-C---ACT--TCCTCG-TCAG---------CTNTAC----TTC-AAACT----GA-----TTTTNGC----C------------------TT------GAATG--AGT---CCA----GTT----------GCG-----CGTAT-----T---GT---CATCG-----T--G------T--TC----TGN--TCCATTGA---CTTTTGG-CG--NAGTTATGG-CCCTTTAN--TTATTT------T-TA---ATGG--TAAA---TCTTGTCAG-------CA-C--------NGCTCCT----CT------A-AAC-TTCTAAACTG--ATTTTC-GCCA-A--ACTTGCTAGGGAG---TATTT--GAATGGAGTCCAGTT----NTG-CGT-AT--TG-TCATTGCGTTN---T---GCATCCATCG-GCTTTTGNCAAATTTACGGNCCTTTGATAATTTTAATTGTAACTCTCGTCAGTACTTCTCCATAACATCTTAACTGACTTCAGCCAGACTTGTTG-GGAATA---GTTAG----TATGAANTCCAGTTGCTCTTATCGTCATCACGT--TCTGCTCCA
Reference ( gi|1 ) : TGGGAGCGTATAGAGATGTCTTT--ATTTGTTGAT-----CCGTCCATATGCATG--CATGTA-TGCCACACTTGCT----CTTGTCAG---CT-----------AAACT-----TCTA---T-A-A----------ACTT-----------GCTA--------GGGAGTAT------TG-----AAGTC---T---TGTTACACATATT---GT-T---ACT-G--CATT-CTGGTC-CATCTACAA---TTAGCTGAATTATG--GTC-C-TTT-------T---T---TAGTTTTAAG-----T-G-TA---A---ATC--T------C----A-C---ACT--TCCTTG-TAAG---------CTGTAC----CTC-AAGC-----AA-----TTTTGGC----C------------------TT------GAA----AAT---CTA----GTT----------GGG-----CAAAT-----T---GT---CATCA-----T--T------T--TC----TGC--TCCATTGA---CTTTTGG-TG--CAGTTATGG-CCCTGTCT--TTATTT------T-TA---ATGG--TAAA---TCTTGTCAG-------CA-C--------AG---------CT------A-AACATTGCAA--TC--AGTTTT-GTCA-AGTACATGTTACGGAG---TA--T--G---GAAGTCCAGTT----TTG-TGT-AT--TC-TC---GTGATC---T---G--TCCATTG-GTTTTTACCATA-TTAAGGATCTTTGATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGAATATAAGTTAG----TATGAAGTCTAGTTGCTCTTATCATCATCATCC--TCTGCTCCA
gi|11 : TGGGAGTG---GGGGGTGACTT---AT--GTCCAT-----CTGTCTGTCCTTATG--TATGTACTGA-ACACTTTCTTTTCCTCGTTAAATTCTCAAC-------AAATT-----TTCA---TCA-A----------ACTT-----------GCAA--------GCGACTAT------TGGTATGAAGTT---C---AGTTGCACATATT---GT-C---ATT-AGTCATT-TTG
gi|5 : gGTCTTTTAACTT-TTGGTATAGCCCTTTTATGTACATAGTTATGTA-TGTCATGCTT--T----CTTGTCAC---CTCTACTTTTCTCAAACT-----TCTAAACT-G-ATTTTTGTCATACTT-----------TCTA--------CAGAATAT------CA------------------GTTGCACATGTT---GT-TGTCATC-A--CGTT-G-GGTC-CATCAACTT---TTGGCAAATTTATG--GCC-C-TTT-------A---A---TAATTTTTAG-----
gi|6 : ttcatttgctagggagcatggattctagttgcgcatatcatcgtcattgtcagATATATT--TACGTA-TTTCACACTT--T----CTTGTCAA---CT-----------CTACT-----TCTA---T-CTC----------ACTT-----------TTTA--------AGGGATTT------TGTCC--AAG-C---T---TGTCAGAAATAT
gi|3 : tttctactgaactttcgactgattttggccaaacttttcagtatgaagttgaattgtgcatataccgtcaatcgcattacggggccatcgaatattggctaactaatggccctttaattctttttaatggtaaT----CTTGTCAG---CA-----------CTGCT-----TCTAC--T-A-A----------ACTTTTCTGATTTTGGCCACAATTCATGGGAG-ATCTTGAATG-----AACTC---CAAATGTGA---ATATC---AT-C---ATT-G--CATT-CTGATT-CAT-TG-AA---TT--TTTAGTTACG--GAC-C--TT-------G---A---TAATTTTAAT-----T-G-TA---A---CTC--T------CGTCAG-T---ACT--TCTCCA-TAA-------------CAT----CTT-AACT-----GA-----CTTCAGC----C---------------------------AG----A-----CTT----GTT----------GGGAATATCAGAA-----TGAAGT---C--CAGGTGCT--T------TTATC----TGCATCCCGTTCAGCTCCTTTGA-TGATCAGTTACGG---TTATTTAATTATTT------T-TA---ATTA--TAAT---TTTTGTCc
gi|4 : tcattttctaatggtata----CTTTTCAT---CT-----------GA-TT-----TTTA---CCA-A----------ACTT-----------GTTA--------GGGAATAT------T-------AATC---C---AGTTGTTCTTATC---AT-T---ATA-G--TGTT-GTGCTT-CATTGACTT---TTAGCTTAGTTA-A--ATC----TT-------G---T---TAGTttctaaacttttccacttattatgatcaaacttgttagtcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|9 : ttagtatgaaatccagatatacatattgttattgcattccttaaacttttggcacagttttggcccttttttaattgaaaaaaacttgtgagcactcttccttataaa---CT-----------AAACTGATTTTCAC---C-A-A----------ACTT-----------GCTA--------GGGAGTATTTGAA-TG-----GAGTC---C---AGTTATGTGTATT---GT-C---ATT-G--TGTT--TG----CATCCATGAGCTTTTGCTGAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcactgtacaaatggcaaatgccattgctacaatatggtcagagcaaagcaggggcattcatgccaacaggcacattttta
gi|8 : catattgtcattgtgttcaggtacatttgcttttgacggaggagtggcccattatttattattagtggtaaatcagtcaaacttcctcatcagctcctcatcctatactt---CT-----------AAACTGATTTTCAC---C-A-A----------ACTT-----------GCTA--------GGGAGTATTTGAA-TG-----GAGTC---C---AGTTATGTGTATT---GT-C---ATT-G--TGTT--TG----CATCCATGAGCTTTTGCTGAATT
gi|7 : tcatattgtcatagtgttcaggtacatttgcttttgacagaggagtggcccattatttattattagtggtaaatcagtcaaacttcctcatcagctcctcatcctatactt---CT-----------AAACTGATTTTCAC---C-A-A----------ACTT-----------GCTA--------GGGAGTATTTGAA-TG-----GAGTC---C---AGTTATGTGTATT---GT-C---ATT-G--TGTT--TG----CATCCATGAGCTTTTGCTGAATT
gi|5 : tcatattgtcatagtgttcaggtacatttgcttttgacagaggagtggcccattatttattattagtggtaaatcagtcaaacttcctcatcagctcctcatcctatactt----------ATTT-----------GCTA--------GGGAGCAT-------G-----GATTC---T---AGTTGCGCATATCATCGT-C---ATT-G-----T-CAGGTC-T-TTTA-AC---TT--TTGG--TATA--GCC-C-TTT-------TATGTACATAGTT----A-----T-G-TA--------TG--T------C----A-T---GCT--TTCTTG-TCAC---------CTCTACTTTTCTC-AAACTTCTAAACTGATTTTTGTCATA-C------------------TTTCTACAGAA----TAT---C-A----GTT----------GCA-----CATGT-----T---GTTGTCATCA-----C--G------T--TG----GG---TCCATCAA---CTTTTGG-CA--AATTTATGG-CCCTTTAA--TAATTT------T-TA---
gi|4 : ttcAGTAT-------G-----AAATC---C---AGATATACATATT---GT-T---ATT-G--CATT-CC--TT-AAACTT------TTGGCACAGTTTTG--GCC-C-TTT-------T---T---TAATTGAAAAAAACTT-G-TG---A---G-----------C----A-C---TCT--TCCTTA-TAAA---------CTTTTC----ATC----T-----GA-----TTTTTACCAAAC------------------TTGTTAGGGAATATTAAT---CCA----GTT----------G-----------T-----T---CT---TATCA-----T--TATAGTGT--TG----TGC--TTCATTGA---CTTTTAG-CT--TAGTTAg
gi|6 : ttAGTAT-------G-----AAGTTGAAT---TGT-GCATATACC---GT-C---AATCG--CATTACGGGGC-CATCGAATA---TTGGCTAACTAATG--GCC-C-TTTAATTCTTT---T---TAATGGTAAA-----T-A-TATTTACGTATT--T------C----A-C---ACT--TTCTTG-TCAA---------CTCTAC----TTC-aatcttgttagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcactgtacaaatggcaaatgccattgctacaatatggtcagagcaaagcaggggcattcatgccaacaggcacattttta
gi|10 : tttctactgaactttcgactgattttggccaaacttttcAGTAT-------G-----AAGTC---C---AATTTTGCATATT---AT-T---GTT-G--TATG-TGGATA-CATTGATTG---TTGACTGAGTTTTG--GCC-C-TGT-------G---A---TAATTTTAAT-----T-G-TA---A---GTC--CTGCTAGC----A-CTTTACT--TCCTGG-Ttatctcactttttaagggattttgtccaagcttgtcagaaatatc
gi|13 : aatgtgtaGTAT-------G-----AAGTC---C---AACTACGCATATT---GTAT---ATT-G-----T-C--GTCGCAT-TCCGG---TTAATTGA--TAT---GTCGC-ATT-------T---TGA-TAATTTTAAT-----T-G-TA---A---ATC--gtctcgactgatcttgtcaaaacttattagga
gi|9 : aatgtcaaacgCATATT---GT-C---ATT-G--TGTT-CAGGTA-CATTTGCTT---TTGACGGAGGAGTG--GCC-CATTA-------T---T---TATTATT-AG-----TGG-TA---A---ATCAGT------C----A-A---ACT--TCCTCA-TCAGCTCCTCATCCTATAC----TTCTAAACT----GA-----TTTTCAC----CAAACTTGCTAGGGAGTATTT------GAATGG-AGT---CCA----GTT----------ATG-----TGTAT-----T---GT---CATTG-----T--G------T--T-----TGCA-TCCATGAG---CTTTTGC-TG--ctgtca
gi|8 : CATATT---GT-C---ATA-G--TGTT-CAGGTA-CATTTGCTT---TTGACAGAGGAGTG--GCC-CATTA-------T---T---TATTATT-AG-----TGG-TA---A---ATCAGT------C----A-A---ACT--TCCTCA-TCAGCTCCTCATCCTATAC----TTCTAAACT----GA-----TTTTCAC----CAAACTTGCTAGGGAGTATTT------GAATGG-AGT---CCA----GTT----------ATG-----TGTAT-----T---GT---CATTG-----T--G------T--T-----TGCA-TCCATGAG---CTTTTGC-TG--aat
gi|7 : tCATATT---GT-C---ATA-G--TGTT-CAGGTA-CATTTGCTT---TTGACAGAGGAGTG--GCC-CATTA-------T---T---TATTATT-AG-----TGG-TA---A---ATCAGT------C----A-A---ACT--TCCTCA-TCAGCTCCTCATCCTATAC----TTCTAAACT----GA-----TTTTCAC----CAAACTTGCTAGGGAGTATTT------GAATGG-AGT---CCA----GTT----------ATG-----TGTAT-----T---GT---CATTG-----T--G------T--T-----TGCA-TCCATGAG---CTTTTGC-TG--aatt
gi|2 : tTAGTTGACTTTTGTTGTC-C-TTT-------TA--G---TAATTTTCAA-----T-GATA---T---ATC--TTGT---C----AGC---ACTACTCCTAAATAA-----------TGTAA----C------C-----AA-----TTTTGGT----C----------------------------A----AATATACTAAGGAGTTTCAGTCTAAAGTC-----CATAT-----T---GC---CATAA-----TGGT------T--GCATTGTGC---CCGTTGA---TTTTTGG-CA--AATTTATGG-CCCTTTGA--TTATTT------T-aatt
gi|15 : atttgcgtatattg--T------C----A-C---ACT--TTCATA-TCAG---------CTTTACTT--TTC-AGAT-----GA-----TTTTGGC----C------------------gacactactcctaaacttcttgactggttttgaccaaacttgtttgggtataggtatgaatttcagctgctctcactatcaacacattcttctccatcaatttataatgtaattacagccctttatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcactagttgaagttgaatgacattgctacaataaggctacaggcacagcgtcgcctgtggagacatttatgtcaacaggcacatttc
gi|12 : tctcattaatggtaaatctttcctgtactTTGGC----A------------------T--------GA----AGT---CTA----GTA----------GGG-----CATAT-----T---GT---CATCT-----T--G------A--TT----GGG--GCAAGTGA---CTTTTGA-GG--TAGTTGAGG-CCCTTTAA--TTATTC------C-TA---ATGG--TAAA---CTTTGTaaacttttag
gi|4 : ttcctaaatttgacgaccatattggccaagggagtaA----AAT---CCA----GAT----------ATA-----CATAT-----T---GT---TAT--------------------------TGCATTCCTTAAA---CTTTTGG-CA--CAGTTTTGG-CCCT---------TTT------T-TA---ATTGAAAAAA---ACTTGTGAG-------CA-CTCTTCCTTA-----------T------A-AACTTTTC-A--TCTGATTTTT-ACCA-A--ACTTGTTAGGGAA---TA--T--T-----AATCCAGTTGTTCTTA-T-C-AT--TA-TA---GTGTTG---T---GC-TTCATTG-ACTTTTAGCTTAGTTAA--ATCTTaaatctgttatgtatt
gi|5 : ttagtatgT---CTA----GTT----------GCG-----CATAT-----C---AT---CGTCA-----T--T------G--TC----AGG--TCTTTTAA---CTTTTGG---------TATAG-CCCT---T--TTATGTACATAGT-TATGTATGT--CATGCTTTCTTGTCAC-------CT-C--------TA---------CTTTTCTCA-AAC-TTCTAAACTG--ATTTTT-GTCA---TACTTTCTACAGAA---TA--T------------CAGTT----GCA-CAT-GT--TG-TT---GTCATCACGTTGGG--TCCATCA-ACTTTTGGCAAATTTATGGCCCTTTAATAAgttagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcactgtacaaatggcaaatgccattgctacaatatggtcagagcaaagcaggggcattcatgccaacaggcacattttta
gi|9 : ttcatttgctagggagcatggat-----CATAT-----T---GT---CATTG-----T--G------T--TC----AGG--TACATTTG---CTTTTGA-CG--GAGGAGTGG-CCCATTAT--TTATTA------T-TA---GTGG--TAAA---TC-AGTCAAACTTCCTCATC--------AGCTCCTCATCCT------A-TAC-TTCTAAACTG--ATTTTC-ACCA-A--ACTTGCTAGGGAG---TATTT--GAATGGAGTCCAGTT----ATG-TGT-AT--TG-TCATTGTG-TT---T---GCATCCATGA-GCTTTTGCtttttag
gi|3 : -----CAAATGTGAAT---AT---CATCA-----T--TGCA---T--TC----TGA--TTCATTGA---ATTTT-------TAGTTACGGACCTTGA-----TAATT------T-TA---ATTG--TAAC---TCTCGTCAG-------TA-C--------TT---------CTCC----ATAACATCTTAA--CT--GACTTC-AGCC-AG-ACTTGTTG-GGAA---TA--TCAGAATGAAGTCCAGtgaat
gi|8 : tcattttctaatggtatatcttgtcagcactgcttctactaaacttttctgattttggccacaattcatgggagatcttgaatgaactc-----CATAT-----T---GT---CATAG-----T--G------T--TC----AGG--TACATTTG---CTTTTGA-CA--GAGGAGTGG-CCCATTAT--TTATTA------T-TA---GTGG--TAAA---TC-AGTCAAACTTCCTCATC--------AGCTCCTCATCCT------A-TAC-TTCTAAACTG--ATTTTC-ACCA-A--ACTTGCTAGGGAG---TATTT--GAATGGAGTCCAGTT----ATG-TGT-AT--TG-TCATTGTG-TT---T---GCATCCATGA-GCTTTTGCgtgcttttatctgcatcccgttcagctcctttgatgatcagttacggttatttaattatttttaattataatttttgtcttctaaacttttccacttattatgatcaaacttgttagtcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|7 : t-----CATAT-----T---GT---CATAG-----T--G------T--TC----AGG--TACATTTG---CTTTTGA-CA--GAGGAGTGG-CCCATTAT--TTATTA------T-TA---GTGG--TAAA---TC-AGTCAAACTTCCTCATC--------AGCTCCTCATCCT------A-TAC-TTCTAAACTG--ATTTTC-ACCA-A--ACTTGCTAGGGAG---TATTT--GAATGGAGTCCAGTT----ATG-TGT-AT--TG-TCATTGTG-TT---T---GCATCCATGA-GCTTTTGCtgaatt
gi|14 : t--TC----TGG--TCCACAGA---CATATGG-CA--GAGTTATGG------TCA--TTACTG------T-TA---ATAG--TTAA---TCTTGTCAG-------CA-C--------TACTC------CT------A-AACTTTTCAC--TC--AGTTGT-Gtgaatt
gi|6 : CCATCGA---ATATTGG-CT--AACTAATGG-CCCTTTAA--TTCTTT------T-TA---ATGG--TAAA---T
gi|10 : tttctactgaactttcgactgattttggccaaacttttcagtatgaagttgaattgtgcatataccgtcaatcgcattacggggCATTGA---TTGTTGACTG---AGTTTTGG-CCCTGTGA--TAATTT------T--A---ATTG--TAAG---TCCTGCTAG-------CA-C--------atatttacgtatttcacactttcttgtcaactctacttctatctcactttttaagggattttgtccaagcttgtcagaaatatc
gi|2 : aatgtgtaagtatgaagtccaattttgcatattattgttgtatgtggataTTGA---CTTTTG---------TTGT---CCTTTTAG--TAATTT------T-CA---ATGA--TATA---TCTTGTCAG-------CA-C--------TACTC------CT------A-AATAATGTAA--CC--AATTTTGGTCA-A--ATATACTAAGGAG---TT--TCAGTCTAAAGTCCA-TA----TTGCCATAAT--GG-TT---GCATTG---T---G--CCCGTTG-ATTTTTGGCAAATTTATGGCCCTTTGATtttacttcctggtgtctcgactgatcttgtcaaaacttattagga
gi|3 : atttgcgtatattgtag--TCATTT------TCTA---ATGG--TATA---TCTTGTCAG-------CA-C--------TGCTTCTA---CT------A-AACTTTTC----TG--ATTTTG-GCCACAATTCATG----GGAGATCT---T--GAATGAACTCCAAAT----GTG-AAT-ATCATCATT---GCATTC---T---GA-TTCATTGAATTTTTA----G-TTACGGA-CCTTGATAATTTTAATTGTAACTCTCGTCAGTACTTCTCCATAACATCTTAACTGACTTCAGCCAGACTTGTTG-GGAATA----TCAG----AATGAAGTCCAGGTGCTTTTATCTGCATC--CCGTTCAGCTCCtattttgacactactcctaaacttcttgactggttttgaccaaacttgtttgggtataggtatgaatttcagctgctctcactatcaacacattcttctccatcaatttataatgtaattacagccctttatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcactagttgaagttgaatgacattgctacaataaggctacaggcacagcgtcgcctgtggagacatttatgtcaacaggcacatttc
gi|4 : GTTAGGGAATATTAA-TCCAGTTGTTCTTATCATTATAGTGT--TGTGCTTCAtttgatgatcagttacggttatttaattatttttaattataatttttgtcttctaaacttttccacttattatgatcaaacttgttagtcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|11 : ttagtatgaaatccagatatacatattgttattgcattccttaaacttttggcacagttttggcccttttttaattgaaaaaaacttgtgagcactcttccttataaacttttcatctgatttttaccaaacttTTGG----TATGAAGTTCAGTTGCACATATTGTCATTAttgacttttagcttagttaaatcttgttagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcactgtacaaatggcaaatgccattgctacaatatggtcagagcaaagcaggggcattcatgccaacaggcacattttta
gi|5 : gtgggagtggggggtgacttatgtccatctgtctgtccttatgtatgtactgaacactttcttttcctcgttaaattctcaacaaattttcatcaaacttgcaagcgactaAG----CATGGATTCTAGTTGCGCATATCATCGTCATgtcattttg
gi|2 : ttcatttgctagggG----TATGAATTTCAGCTGCTCTCACTATCAACACAT--TCTTCTCCAtgtcaggtcttttaacttttggtatagcccttttatgtacatagttatgtatgtcatgctttcttgtcacctctacttttctcaaacttctaaactgatttttgtcatactttctacagaatatcagttgcacatgttgttgtcatcacgttgggtccatcaacttttggcaaatttatggccctttaataatttttag
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATCTAATGTCATTCTACAATAAGTCTACAAGGGCACAGAGAGGGCATTCATGTCTCAAGGAACATTTCT
Unaligned ( gi|17 ): AAATGGCATTGCTAATAATAGATAATAGGCATTAGTGGGGGCATTCCTGCCATCAGGCACGTTTTTA
Unaligned ( gi|18 ): CCAGCTCTTCTCCTAAACTTCTAATCCGATTTTCACCAAAGTTGCCACAGAGTATC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111
lowQualScore : 333 444444444444444444 1 22222 22 22 55555555 1111 33333 111 1 2 22222 1 6666666 6666666 11 444444444444444 99999999999999999 222 1 1111 22222222222 3333333333333333333333333333 11111 111111111111 1 11 1111111 1 55555555555555555555555555555555555 2222 111 2222222
lowQualScore : 555 1 000000000000000000 1 1 1 6 66666 6 77 2 44 77 55555555 88 4 9999 7 33333 44 0 999 3 6 0 1 44 11111 0 4 5555555 66 1111111 0 6 1 33 555555555555555 1 33333333333333333 3 888 1 6 6 2 0 0 2 2 0 5555 0 1 1 11111111111 1 3 55 0 5 9999999999999999999999999999 3 3 2 99999 2 3 55 44 66666 3 0 2 2 44 666666666666 33 5 11 44 2 44 3333333 1 55 3 66 1 0 99999999999999999999999999999999999 99 7777 8 1 2 000 2 6 6 6666666 1 4 9 3
lowQualScore : ... . .................. . . . . ..... . .. . .. .. ........ .. . .... . ..... .. . ... . . . . .. ..... . . ....... .. ....... . . . .. ............... . ................. . ... . . . . . . . . . .... . . . ........... . . .. . . ............................ . . . ..... . . .. .. ..... . . . . .. ............ .. . .. .. . .. ....... . .. . .. . . ................................... .. .... . . . ... . . . ....... . . . .
lowQualScore : 000 0 000000000000000000 0 5 0 0 55555 0 55 5 00 55 33333333 77 7 0000 3 33333 33 7 000 3 0 0 0 00 00000 5 0 0000000 00 0000000 7 0 0 88 888888888888888 0 33333333333333333 2 666 4 4 0 2 2 7 6 9 7 7777 6 1 2 66666666666 6 6 00 2 7 1111111111111111111111111111 3 3 3 99999 4 5 00 99 44444 5 5 2 9 66 555555555555 44 2 11 66 9 66 3333333 2 55 1 99 0 0 88888888888888888888888888888888888 22 8888 2 7 5 777 5 7 7 5555555 0 0 0 7
consensus : TGGGAGCGTATGGGGGTGNCTTT--ATTTGTCCAT-TGATCCGTCCGTNCGCATGCATGTACTGCNACACTTGCTCTTNTCNNCGTTAAACT-------GATTTTCGNCAAACTTGCNAG-GA-TATTG-----AAGTTNAGTTGCGCATAT--CGTCA-TTGCATTACNGGNCCATCNANNATTGGCTGANTNATGGCCCTTTAATTCTTTTTAGTNNTAAGTGTATTTACGTATCTCACACTTTCTTGTCAGCTCTAC--TTC----AAACT-----GATTTTGGCC-----------------TTGAATGA-A-TCTAGTTGNGCATATCGTCATCGCGTTCNGGTCCATTGACTTTTGGCGNAGTTGTGGCCCTTT---------ANTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CNGCTCCT-C----T---A-AAC-TTCTA----AACTGATTTTCGCCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGAAGTCCAGTTGTGCGTAT--TGT---C-A------TTG-CGTTGTGCATCCA--TCGGCT--TTTGNC-GA--ATT--TACG--GCCCTTTGA-TAATTTTAATTGTAA----------------------NTCTTGTCAG---TACTT--CT-CATAACTTCTCGACTGATTTTGNCCAAACTTG-TTA-GGAAT---AGTCAGTATGAAGTCCAGNTGCTCTTATCATCATCACGTTCTGCTCCA
Reference ( family-658 ) : TGGGAGTG---GGGGGTGNCTTTTAACTTGTCCGTATAGCCCGTCTGTNTATATNTACGTA-TGTCACGCTT--TCTTGTCANC--TAAACT-------GATTTTCNACAAACTTGCTAGGGAGTATTG-----AAGTCCAGTTGCGCATAT--CGTCA-TTGCGTT-CNGGTNCATCCGCNNTTGGCTGAGTTATGGCCCTTT-------TTTAATTTTAAGTGTA---A---ATCTCACACTTCCTCGTCAGCTNTAC--TTC----AAACT-----GATTTTNGCC-----------------TTGAATGA-G-TCCAGTTGCGCGTATTGTCATCGTGTTCTGNTCCATTGACTTTTGGCGNAGTTATGGCCCTTT---------ANTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CNGCTCCT-C----T---A-AAC-TTCTA----AACTGATTTTCGCCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCAGTTNTGCGTAT--TGT---C-A------TTG-CGTTNTGCATCCA--TCGGCT--TTTGNC-AA--ATT--TACG--GNCCTTTGA-TAATTTTAATTGTAA----------------------CTCTCGTCAG---TACTT--CTCCATAACATCTTAACTGACTTCAGCCAGACTTG-TTG-GGAAT---AGTTAGTATGAANTCCAGTTGCTCTTATCGTCATCACGTTCTGCTCCA
gi|1 : TGGGAGCGTATAGAGATGTCTTT--ATTTGT-----TGATCCGTCCATATGCATGCATGTA-TGCCACACTTGCTCTTGTCAGC--TAAACT------------TCTATAAACTTGCTAGGGAGTATTG-----AAGTCTTGTTACACATAT--TGTTA-CTGCATT-CTGGTCCATCTACAATTAGCTGAATTATGGTCCTTT-------TTTAGTTTTAAGTGTA---A---ATCTCACACTTCCTTGTAAGCTGTAC--CTC----AAGC------AATTTTGGCC-----------------TTGAA--A-A-TCTAGTTGGGCAAATTGTCATCATTTTCTGCTCCATTGACTTTTGGTGCAGTTATGGCCCTGT---------CTTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CAG------C----T---A-AACATTGCA----A--TCAGTTTTGTCAAGTACATGTTACGGAGTA---TG---GAAGTCCAGTTTTGTGTAT--TCT---C----------G-TGATCTG--TCCA--TTGGTT--TTTACC-AT--A-T--TAAG--GATCTTTGA-TAANNNNNNNNNNNN----------------------NNNNNNNNNN---NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNAAGAATATAAGTTAGTATGAAGTCTAGTTGCTCTTATCATCATCATCCTCTGCTCCA
gi|10 : ATGAAGTCCAATTTTGCATAT--TAT---T-G------TTG-TAT-GTGGATACA--TTGATT--GTTGACTGA--GTT--T-TG--GCCCTGTGA-TAATTTTAATTGTAA----------------------GTCCTGCTAG---CACTTTACTTCCTGGTGTCTCGACTGATCTTGTCAAAACTTA-TTA-GGA
gi|11 : aatgtgtaagtTGGGAGTG---GGGGGTGACTT---A--TGTCCAT-----CTGTCTGTCCTTATGTATGTACTG-AACACTT--TCTTTTCCTCGTTAAATTCTCAACAAATTTTCATCAAACTTGCAAGCGACTATTGGTATGAAGTTCAGTTGCACATAT--TGTCA-TT
gi|12 : gATGAAG-TCTAGTAGGGCATATTGTCATCTTGATTGGGGCAAGTGACTTTTGAGGTAGTTGAGGCCCTTT---------AATTATTCC-TA--ATGGTAAACTTTGTagtcattttg
gi|13 : ttcctaaatttgacgaccatattggccaagggagtattggcATGAAGTCCAACTACGCATAT--TGTA--T-A------TTGTCGTC--GCATTC----CGGTT----------A--ATTGATATGTCGCATTTTGA-TAATTTTAATTGTAA----------------------ATCCTGTCAaaatctgttatgtatt
gi|14 : aatgtcaaacggtTCTGGTCCACAGACATATGGCAGAGTTATGGTC--------------ATTACTGT-TA--ATAGTTAATCTTGTCAG-------CA-CTACTC---C----T---A-AAC-TTTT
gi|15 : TCACACTTTCATATCAGCTTTACTTTTC----AGA-T-----GATTTTGGCC-----------------cactcagttgtg
gi|18 : tctcattaatggtaaatctttcctgtact-CAGCTCTT-C----TCCTA-AAC-TTCTA----ATCCGATTTTCACCAA--AGTTGCCACAGAGTAT-aaacttttag
gi|2 : cTTGACTTTTG------TTGT--CCTTTT---------AGTAATTTT-CA--ATGATATATCTTGTCAG-------CA-CTACTC---C----T---A-AA-----TAATGTAACCAATTTTGGTCAA--ATATACTAAGGAGTTT-CAGTCTAAAGTCCA--------TAT--TGC---C-ATAATGGTTG-CATTGTGC--CCG--TTGATT--TTTGGC-AA--ATT--TATG--GCCCTTTGA-TTATTTTGA-----------------------------------CAC---TACTC--CT--A-AACTTCTTGACTGGTTTTGACCAAACTTGTTTG-GGTAT---AG---GTATGAATTTCAGCTGCTCTCACTATCAACACATTCTTCTCCAc
gi|3 : atttgcgtatattgtagTCATTTTCTA--ATGGTATATCTTGTCAG-------CA-CTGCTTCTAC----T---A-AAC-TTTT-------CTGATTTTGGCCAC--AATTCAT-GGGAG-ATCTTGAATGAACTCCAAATGTGAATAT--CAT---C-A------TTG-CATTCTG-ATTCA--TTGAAT--TTTT-------AGT--TACG--GACCTT-GA-TAATTTTAATTGTAA----------------------CTCTCGTCAG---TACTT--CTCCATAACATCTTAACTGACTTCAGCCAGACTTG-TTG-GGAAT---A-TCAGAATGAAGTCCAGGTGCTTTTATCTGCATCCCGTTCAGCTCCtcaatttataatgtaattacagccctttatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcactagttgaagttgaatgacattgctacaataaggctacaggcacagcgtcgcctgtggagacatttatgtcaacaggcacatttc
gi|3 : CTTGTCAGCACTGC--TTCTACTAAACTTTTCTGATTTTGGCCACAATTCATGGGAGATCTTGAATGA-ACTCCAAATGTGAATATCATCATTGCATTCTGATTCATTGAATTTT----TAGTTACGGACCTTG---------A--TAATTT-TA--ATTGTAACTCTCGTCAG-------TA----CTTCT-C----C---ATAAC-ATCTT----AACTGACTTCAGCCAG--ACTTGTT-GGGAATAT-CAGAATGAAGTCCAG--GTGCTT-T--TAT---C-----------------TGCATCCCGTTCAGCTCCTTTGAT-GATCAGT--TACG--GTTATTTAATTATTTTTAATTATAA----------------------TTTTTGT--------CTT--CT--A-AACTTTTCCACTTATTATGATCAAACTTG-TTA-Gtttgatgatcagttacggttatttaattatttttaattataatttttgtcttctaaacttttccacttattatgatcaaacttgttagtcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|4 : tcattttctaatggtatatATGA-AATCCAGATATACATATTGTTATTGCATTC-----CTTAAACTTTTGGCACAGTTTTGGCCCTTT----------TTTAATTG-AA--A----AAAACTTGTGAG-------CA-CTCTTCCT-TA---T---A-AAC-TTTTC----ATCTGATTTTTACCAA--ACTTGTTAGGGAATAT-T-------AATCCAGTTGTTCTTAT--CAT---T-A------TAG-TGTTGTGC-TTCA--TTGACT--TTTAGC-tcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|5 : ttagtGA-T-TCTAGTTGCGCATATCATCGTCATTGTCAGGTCTTTTAACTTTTGG------TATAGCCCTTTTATGTACATAGTTATGTA-TGTCATGCTT--TCTTGTCAC-------CT-CTACTTTT-C----TC--A-AAC-TTCTA----AACTGATTTTTGTCAT--ACTTTCTACAGAATAT-------------CAGTTGCACATGT--TGTTGTC-A------TCA-CGTTGGG--TCCA--TCAACT--TTTGGC-AA--ATT--TATG--GCCCTTTAA-TAATTTTttagttaaatcttgttagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcactgtacaaatggcaaatgccattgctacaatatggtcagagcaaagcaggggcattcatgccaacaggcacattttta
gi|6 : ttcatttgctagggagcatg-C----T---G-AAC-TT-TC----GACTGATTTTGGCCAA--ACTTTTC----AGT-------ATGAAGTTGAATTGTGCATATACCGT---CAA------TCG-CATTACGGGGCCA--TCGAAT--ATTGGC-TA--ACT--AATG--GCCCTTTAATTCTTTTTAATGGTAAATATATTTACGTATTTCACACTTTCTTGTCAACTCTACTT--CTATCTCACTTTTTAAGGGATTTTGTCCAAGCTTG-TCA-GAAAT---Atag
gi|6 : tttctaACT-------GATTTTGGCCAAACTTTTCAG----TAT-G-----AAGTTGAATTGTGCATATACCGTCAATCGCATTACGGGGCCATCGAATATTGGCTAACTAATGGCCCTTTAATTCTTTTTAATGGTAAATATATTTACGTATTTCACACTTTCTTGTCAACTCTAC--TTC----TATCT-----CACTTTtc
gi|7 : tttctactgaactttcgCATATTGTCATAGTGTTCAGGTACATTTGCTTTTGACAGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTA----AACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCAGTTATGTGTAT--TGT---C-A------TTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--ATT--ttaagggattttgtccaagcttgtcagaaatatc
gi|8 : tCATATTGTCATAGTGTTCAGGTACATTTGCTTTTGACAGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTA----AACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCAGTTATGTGTAT--TGT---C-A------TTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--ATT--
gi|9 : tCATATTGTCATTGTGTTCAGGTACATTTGCTTTTGACGGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTA----AACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCAGTTATGTGTAT--TGT---C-A------TTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATCTAATGTCATTCTACAATAAGTCTACAAGGGCACAGAGAGGGCATTCATGTCTCAAGGAACATTTCT
Unaligned ( gi|17 ): AAATGGCATTGCTAATAATAGATAATAGGCATTAGTGGGGGCATTCCTGCCATCAGGCACGTTTTTA
Alignments
lowQualScore : 222 1 11 44444444 1 11 11 11 55555555 555555555555555 111 111111 1 2222222 222222 11 444444444444444 777777777777777777 2 1111 22222222222 3333333333333333333333333333 11111 11111 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222
lowQualScore : 111 1 5 88 77777777 1 2 5 66 77 1 22 88 55555555 44 1 999999999999999 1 0 999 999999 5 1 1 1 22 1 1 1111111 0 22 0 3 888888 0 0 33 555555555555555 222222222222222222 0 4 8 1 1 2 2 22 1 2 0 4 5555 0 1 11111111111 1 3 55 0 5 9999999999999999999999999999 3 3 2 99999 2 3 55 44 66666 3 8888 44 3 55 33 11111 44 2 44 2222222 3 55 3 66 5 0 66 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 6 6666666 1 3
lowQualScore : ... . . .. ........ . . . .. .. . .. .. ........ .. . ............... . . ... ...... . . . . .. . . ....... . .. . . ...... . . .. ............... .................. . . . . . . . .. . . . . .... . . ........... . . .. . . ............................ . . . ..... . . .. .. ..... . .... .. . .. .. ..... .. . .. ....... . .. . .. . . .. . ................................................... . . . . ....... . .
lowQualScore : 555 0 5 55 55555555 0 5 0 00 55 0 00 00 33333333 77 0 333333333333333 0 7 000 000000 5 0 0 0 00 0 0 8888888 7 00 7 7 777777 7 2 88 888888888888888 555555555555555555 8 0 0 4 0 0 2 22 0 9 7 0 7777 6 2 66666666666 6 6 00 2 7 1111111111111111111111111111 3 3 3 99999 4 5 00 99 44444 3 0000 66 3 00 44 66666 66 9 66 9999999 6 55 1 99 0 5 99 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 3 0 7 2222222 0 7
consensus : TGGGAGCGTATGGGGGTGNCTTTATTTGTCCATTGATCCGTCCGTNCGCATGCATGTACTGCNACACTTGCTCTTNTCNNCGTTAAACT-------GATTTTCGNCAAACTTGCNAG-GG--TATTG-----AAGTTNAGTTGCGCATAT--CGTCA-TCG--CATTACNGGNCCATCNANNATTGGCTGANTNATGGCCCTTTAATTCTCTTTAATGGTAAATNTATTCACGTATTTCACACTTTCTTGTCAGCTCTAC--TTC----AAACT-----GATTTTGGCC-----------------TTGAATGAA-T-CTAGTTGNGCATATCGTCATCGCGTTCNGGTCCATTGA-CTTTTGGCGNAGTTGTGGCCCTTT---------ANTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CNGCTCCT-C----T---A-AAC-TTCTA----AACTGATTTTCGCCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGAAGTCCA-GTTGTGCG---TAT--TGT-C-ATTG-CGTTGTGCATCCA--TCGGCT--TTTGNC-GA--AT-T--TACG--GCCCTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------NTCTTGTCAG---TACTT---C--T-CATAACTTCTCGACTGATTTTGNCCAAACTTG-TTAGGAAT---AGTCAGTATGAAGTCCAGNTGCTCTTATCATCATCACGTTCTGCTCCA
Reference ( family-658 ) : TGGGAGCGTATGGGGGTGNCTTTATTTGTCCATTGATCCGTCCGTNCGCATGCATGTACTGCNACACTTGCTCTTNTCNNCGTTAAACT-------GATTTTCGNCAAACTTGCNAG-GA--TATTG-----AAGTTNAGTTGCGCATAT--CGTCA-TTG--CATTACNGGNCCATCNANNATTGGCTGANTNATGGCCCTTTAATTCTTTTTAGTNNTAAGTGTATTTACGTATCTCACACTTTCTTGTCAGCTCTAC--TTC----AAACT-----GATTTTGGCC-----------------TTGAATGAA-T-CTAGTTGNGCATATCGTCATCGCGTTCNGGTCCATTGA-CTTTTGGCGNAGTTGTGGCCCTTT---------ANTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CNGCTCCT-C----T---A-AAC-TTCTA----AACTGATTTTCGCCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGAAGTCCA-GTTGTGCG---TAT--TGT-C-ATTG-CGTTGTGCATCCA--TCGGCT--TTTGNC-GA--AT-T--TACG--GCCCTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------NTCTTGTCAG---TACTT---C--T-CATAACTTCTCGACTGATTTTGNCCAAACTTG-TTAGGAAT---AGTCAGTATGAAGTCCAGNTGCTCTTATCATCATCACGTTCTGCTCCA
gi|1 : TGGGAGCGTATAGAGATGTCTTTATTTGT----TGATCCGTCCATATGCATGCATGTA-TGCCACACTTGCTCTTGTCAGC--TAAACT------------TCTATAAACTTGCTAG-GGAGTATTG-----AAGTCTTGTTACACATAT--TGTTA-CTG--CATT-CTGGTCCATCTACAATTAGCTGAATTATGGTCCTTT-------TTTAGTTTTAAGTGTA---A---ATCTCACACTTCCTTGTAAGCTGTAC--CTC----AAGC------AATTTTGGCC-----------------TTGAA--AA-T-CTAGTTGGGCAAATTGTCATCATTTTCTGCTCCATTGA-CTTTTGGTGCAGTTATGGCCCTGT---------CTTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CAG------C----T---A-AACATTGCA----A--TCAGTTTTGTCAAGTACATGTTACGGAGTA---TG---GAAGTCCA-GTTTTGTG---TAT--TCT-C----G-TGATCTG--TCCA--TTGGTT--TTTACC-----ATAT--TAAG--GATCTTTGA-TAANNNNNN-NNNNNNNN----------------------NNNNNNNNNN---NNNNN---N--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNAAGAATATAAGTTAGTATGAAGTCTAGTTGCTCTTATCATCATCATCCTCTGCTCCA
gi|10 : ATGAAGTCCA-ATTTTGCA---TAT--TAT-T-GTTG-TAT-GTGGATACA--TTGATT--GTTGACTGA--GT-T--T-TG--GCCCTGTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------GTCCTGCTAG---CACTTTACT--T-CCTGGTGTCTCGACTGATCTTGTCAAAACTTA-TTAGGA
gi|11 : aatgtgtaagtTGGGAGTG---GGGGGTGACTT-AT--GTCCAT----CTGTCTGTCCTTATGTATGTACTG-AACACTT--TCTTTTCCTCGTTAAATTCTCAACAAATTTTCATCAAACTTGCAAGCGAC-TATTGGTATGAAGTTCAGTTGCACATAT--TGTCA-TTAGTCATT
gi|12 : gTTGGC----------------------ATGAAGT-CTAGTAGGGCATATTGTCATCTTGATTGGGGCAAGTGA-CTTTTGAGGTAGTTGAGGCCCTTT---------AATTATTCC-TA--ATGGTAAACTTTGTttg
gi|13 : ttcctaaatttgacgaccatattggccaagggagtaATGAAGTCCA-ACTACGCA---TAT--TGTAT-ATTGTCGTCG--CATTC----CGGTT----------A--AT-TGATATGTCGCATTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------ATCCTGTCAaaatctgttatgtatt
gi|14 : aatgtcaaacggtTCTGGTCCACAGA-CATATGGCAGAGTTATGGTC--------------ATTACTGT-TA--ATAGTTAATCTTGTCAG-------CA-CTACTC---C----T---A-AAC-TTTT
gi|15 : TCTCATTAATGGTAAATCT-TTCCTGTACTTCACACTTTCATATCAGCTTTACTTTTC----AGA-T-----GATTTTGGCC-----------------cactcagttgtg
gi|18 : -CAGCTCTT-C----TCCTA-AAC-TTCTA----ATCCGATTTTCACCAA--AGTTGCCACAGAGTAT-aaacttttag
gi|2 : cTTGA-CTTTTG------TTGT--CCTTTT---------AGTAATTTT-CA--ATGATATATCTTGTCAG-------CA-CTACTC---C----T---A-AA-----TAATGTAACCAATTTTGGTCAA--ATATACTAAGGAGTTT-CAGTCTAAAGTCCATATTGC-CA---TAA--TG----GTTG-CATTGTGC--CCG--TTGATT--TTTGGC-AA--AT-T--TATG--GCCCTTTGA-TTA--TTTT-GA-----------------------------------CAC---TACTC---C--T--A-AACTTCTTGACTGGTTTTGACCAAACTTGTTTGGGTAT---AG---GTATGAATTTCAGCTGCTCTCACTATCAACACATTCTTCTCCAc
gi|3 : atttgcgtatattgtagTCATTTTCTA--ATGGTATATCTTGTCAG-------CA-CTGCTTCTAC----T---A-AAC-TTTT-------CTGATTTTGGCCAC--AATTCAT-GGGAG-ATCTTGAATGAACTCCA-AATGTGAA---TAT--CAT-C-ATTG-CATTCTG-ATTCA--TTGAAT--TTTT-------AG-T--TACG--GACCTT-GA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------CTCTCGTCAG---TACTT---C--TCCATAACATCTTAACTGACTTCAGCCAGACTTG-TTGGGAAT---A-TCAGAATGAAGTCCAGGTGCTTTTATCTGCATCCCGTTCAGCTCCtcaatttataatgtaattacagccctttatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcactagttgaagttgaatgacattgctacaataaggctacaggcacagcgtcgcctgtggagacatttatgtcaacaggcacatttc
gi|3 : TCTTGTCAGCACTGC--TTCTACTAAACTTTTCTGATTTTGGCCACAATTCATGGGAGATCTTGAATGAACT-CCAAATGTGAATATCATCATTGCATTCTGATTCATTGA-ATTTT----TAGTTACGGACCTTG---------A--TAATTT-TA--ATTGTAACTCTCGTCAG-------TA-C---TTCT-C----C---ATAAC-ATCTT----AACTGACTTCAGCCAG--ACTTGTT-GGGAATAT-CAGAATGAAGTCCA-G--GTGCT---T-T--TAT-C-----------TGCATCCCGTTCAGCTCCTTTGAT-GATCAG-T--TACG--GTTATTTAA-TTA--TTTTTAATTATAA----------------------TTTTTGTC--------TT---C--T--A-AACTTTTCCACTTATTATGATCAAACTTG-TTAGtttgatgatcagttacggttatttaattatttttaattataatttttgtcttctaaacttttccacttattatgatcaaacttgttagtcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|4 : tcattttctaatggtataATGAAAT-CCAGATATACATATTGTTATTGCATTCC------TTAAACTTTTGGCACAGTTTTGGCCCTTT----------TTTAATTG-AA--A----AAAACTTGTGAG-------CA-CTCTTCCT-TA---T---A-AAC-TTTTC----ATCTGATTTTTACCAA--ACTTGTTAGGGAATAT-T-------AATCCA-GTTGTTCT---TAT--CAT-T-ATAG-TGTTGTGC-TTCA--TTGACT--TTTAGC-tcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|5 : ttagtATGGA-TTCTAGTTGCGCATATCATCGTCATTGTCAGGTCTTTTAA-CTTTTGG------TATAGCCCTTTTATGTACATAGTTATGTA-TGTCATGCTT--TCTTGTCAC-------CT-CTACTTTT-C----TC--A-AAC-TTCTA----AACTGATTTTTGTCAT--ACTTTCTACAGAATAT-------------CA-GTTGCACATGTTGT--TGT-C-ATCA-CGTTGGG--TCCA--TCAACT--TTTGGC-AA--AT-T--TATG--GCCCTTTAA-TAA--TTTT-ttagttaaatcttgttagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcactgtacaaatggcaaatgccattgctacaatatggtcagagcaaagcaggggcattcatgccaacaggcacattttta
gi|6 : ttcatttgctagggagc-C----T---G-AAC-TT-TC----GACTGATTTTGGCCAA--ACTTTTC----AGT-------ATGAAGTTGA-ATTGTGCA---TATACCGT-CAATCG-CATTACGGGGCCA--TCGAAT--ATTGGC-TA--AC-T--AATG--GCCCTTTAATTCT--TTTT-AATGGTAAATATATTTACGTATTTCACACTTTCTTGTCAACTCTACTT---CTAT-C-TCACTTTTTAAGGGATTTTGTCCAAGCTTG-TCAGAAAT---Atag
gi|6 : tttctaACT-------GATTTTGGCCAAACTTTTCAG-----TAT-G-----AAGTTGAATTGTGCATATACCGTCAATCG--CATTACGGGGCCATCGAATATTGGCTAACTAATGGCCCTTTAATTCTTTTTAATGGTAAATATATTTACGTATTTCACACTTTCTTGTCAACTCTAC--TTC----TATCT-----CACTTTtc
gi|7 : tttctactgaactttcgCATATTGTCATAGTGTTCAGGTACATTTG-CTTTTGACAGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTA----AACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCA-GTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-T--ttaagggattttgtccaagcttgtcagaaatatc
gi|8 : tCATATTGTCATAGTGTTCAGGTACATTTG-CTTTTGACAGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTA----AACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCA-GTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-T--
gi|9 : tCATATTGTCATTGTGTTCAGGTACATTTG-CTTTTGACGGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTA----AACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCA-GTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATCTAATGTCATTCTACAATAAGTCTACAAGGGCACAGAGAGGGCATTCATGTCTCAAGGAACATTTCT
Unaligned ( gi|17 ): AAATGGCATTGCTAATAATAGATAATAGGCATTAGTGGGGGCATTCCTGCCATCAGGCACGTTTTTA
Alignments
lowQualScore : 222 1 11 44444444 1 11 11 11 333333333 666666666666666666666 111 11 2 111 11 1 11 222222 11 444444444444444 777777777777777777 2 1111 22222222222 3333333 1 22222222 11111 11111 11111 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333333
lowQualScore : 111 1 5 88 77777777 1 2 5 66 77 1 22 88 999999999 777 1 222222222222222222222 1 4 555 11 3 1 1 1 555 11 3 1 1 55 3 1 888888 0 33 555555555555555 222222222222222222 0 4 8 1 1 2 2 22 1 2 0 4 5555 0 1 11111111111 1 3 55 0 5 9999999 0 4 3 88888888 3 3 2 2 00000 3 55 44 66666 3 8888 44 3 55 33 11111 44 2 44 2222222 3 55 3 66 5 0 66 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 6 888888888 1 2 1 3
lowQualScore : ... . . .. ........ . . . .. .. . .. .. ......... ... . ..................... . . ... .. . . . . ... .. . . . .. . . ...... . .. ............... .................. . . . . . . . .. . . . . .... . . ........... . . .. . . ....... . . . ........ . . . . ..... . .. .. ..... . .... .. . .. .. ..... .. . .. ....... . .. . .. . . .. . ................................................... . . . . ......... . . . .
lowQualScore : 555 0 5 55 55555555 0 5 0 00 55 0 00 00 888888888 888 0 222222222222222222222 0 2 888 22 7 0 0 0 333 00 3 0 0 00 7 0 333333 2 88 888888888888888 555555555555555555 8 0 0 4 0 0 2 22 0 9 7 0 7777 6 2 66666666666 6 6 00 2 7 0000000 9 5 3 00000000 3 3 3 2 11111 5 00 99 44444 3 0000 66 3 00 44 66666 66 9 66 9999999 6 55 1 99 0 5 99 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 3 0 7 111111111 2 5 0 7
consensus : TGGGAGCGTATGGGGGTGNCTTTATTTGTCCATTGATCCGTCCGTNCGCATGCATGTACTGCNACACTTGCTCTTNTCNNCGTTAAACT-------GATTTTCGCCAAACTTGCTAG--------GG--TAT-----TGAAGTTCAGTTGCGCATAT--TGTCA-TCGCATT-CTGGTCCATCGA-NTATTGGCTG-AATTACGGCCCTTTA-TTCTCTTTAATGGTAAATNTATTCACGTATTTCACACTTTCTTGTCAGCTCTAC--TTC----AAACT-----GATTTTGGCC-----------------TTGAATGAA-T-CTAGTTGNGCATATCGTCATCGCGTTCNGGTCCATTGA-CTTTTGGCGNAGTTGTGGCCCTTT---------ANTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CNGCTCCT-C----T---A-AAC-TTCTAA----ACTGATTTTCGCCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGAAGTCCA-GTTGTGCG---TAT--TGT-C-ATTG-CGTTGTGCATCCA--TCGGCT--TTTGNC-GA--AT-T--TACG--GCCCTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------NTCTTGTCAG---TACTT---C--T-CATAACTTCTCGACTGATTTTGNCCAAACTTGTTAGGA-AT---AGTCAGTATGAANTCCAGTTGCTCTTATCATCATCACGTTCTGCTCCA
Reference ( family-658 ) : TGGGAGCGTATGGGGGTGNCTTTATTTGTCCATTGATCCGTCCGTNCGCATGCATGTACTGCNACACTTGCTCTTNTCNNCGTTAAACT-------GATTTTCGNCAAACTTGCNAG--------GG--TAT-----TGAAGTTNAGTTGCGCATAT--CGTCA-TCGCATTACNGGNCCATCNA-NNATTGGCTG-ANTNATGGCCCTTTAATTCTCTTTAATGGTAAATNTATTCACGTATTTCACACTTTCTTGTCAGCTCTAC--TTC----AAACT-----GATTTTGGCC-----------------TTGAATGAA-T-CTAGTTGNGCATATCGTCATCGCGTTCNGGTCCATTGA-CTTTTGGCGNAGTTGTGGCCCTTT---------ANTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CNGCTCCT-C----T---A-AAC-TTCTAA----ACTGATTTTCGCCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGAAGTCCA-GTTGTGCG---TAT--TGT-C-ATTG-CGTTGTGCATCCA--TCGGCT--TTTGNC-GA--AT-T--TACG--GCCCTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------NTCTTGTCAG---TACTT---C--T-CATAACTTCTCGACTGATTTTGNCCAAACTTGTTAGGA-AT---AGTCAGTATGAAGTCCAGNTGCTCTTATCATCATCACGTTCTGCTCCA
gi|1 : TGGGAGCGTATAGAGATGTCTTTATTTGT----TGATCCGTCCATATGCATGCATGTA-TGCCACACTTGCTCTTGTCAGC--TAAACT------------TCTATAAACTTGCTAG--------GGAGTAT-----TGAAGTCTTGTTACACATAT--TGTTA-CTGCATT-CTGGTCCATCTA-CAATTAGCTG-AATTATGGTCCTTT-------TTTAGTTTTAAGTGTA---A---ATCTCACACTTCCTTGTAAGCTGTAC--CTC----AAGC------AATTTTGGCC-----------------TTGAA--AA-T-CTAGTTGGGCAAATTGTCATCATTTTCTGCTCCATTGA-CTTTTGGTGCAGTTATGGCCCTGT---------CTTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CAG------C----T---A-AACATTGCAA------TCAGTTTTGTCAAGTACATGTTACGGAGTA---TG---GAAGTCCA-GTTTTGTG---TAT--TCT-C----G-TGATCTG--TCCA--TTGGTT--TTTACC-----ATAT--TAAG--GATCTTTGA-TAANNNNNN-NNNNNNNN----------------------NNNNNNNNNN---NNNNN---N--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGA-ATATAAGTTAGTATGAAGTCTAGTTGCTCTTATCATCATCATCCTCTGCTCCA
gi|10 : ATGAAGTCCA-ATTTTGCA---TAT--TAT-T-GTTG-TAT-GTGGATACA--TTGATT--GTTGACTGA--GT-T--T-TG--GCCCTGTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------GTCCTGCTAG---CACTTTACT--T-CCTGGTGTCTCGACTGATCTTGTCAAAACTTATTAGGA-
gi|11 : aatgtgtaagtTGGGAGTG---GGGGGTGACTT-AT--GTCCAT----CTGTCTGTCCTTATGTATGTACTG-AACACTT--TCTTTTCCTCGTTAAATTCTCAACAAATTTTCATCAAACTTGCAAGCGACTATTGG--TAT------GAAGTTCAGTTGCACATAT--TGTCA-T
gi|12 : gTTGGC----------------------ATGAAGT-CTAGTAGGGCATATTGTCATCTTGATTGGGGCAAGTGA-CTTTTGAGGTAGTTGAGGCCCTTT---------AATTATTCC-TA--ATGGTAAACTTTGTtagtcattttg
gi|13 : ttcctaaatttgacgaccatattggccaagggagtaATGAAGTCCA-ACTACGCA---TAT--TGTAT-ATTGTCGTCG--CATTC----CGGTT----------A--AT-TGATATGTCGCATTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------ATCCTGTCAaaatctgttatgtatt
gi|14 : aatgtcaaacggtTCTGGTCCACAGA-CATATGGCAGAGTTATGGTC--------------ATTACTGT-TA--ATAGTTAATCTTGTCAG-------CA-CTACTC---C----T---A-AAC-TTTT
gi|15 : TCTCATTAATGGTAAATCT-TTCCTGTACTTCACACTTTCATATCAGCTTTACTTTTC----AGA-T-----GATTTTGGCC-----------------cactcagttgtg
gi|18 : -CAGCTCTT-C----TCCTA-AAC-TTCTAA----TCCGATTTTCACCAA--AGTTGCCACAGAGTAT-aaacttttag
gi|2 : cTTGA-CTTTTG------TTGT--CCTTTT---------AGTAATTTT-CA--ATGATATATCTTGTCAG-------CA-CTACTCCT----------A-AA-----TAATGTAACCAATTTTGGTCAA--ATATACTAAGGAGTTT-CAGTCTAAAGTCCATATTGC-CA---TAA--TG----GTTG-CATTGTGC--CCG--TTGATT--TTTGGC-AA--AT-T--TATG--GCCCTTTGA-TTA--TTTT-GA-----------------------------------CAC---TACTC---C--T--A-AACTTCTTGACTGGTTTTGACCAAACTTGTTTGGGTAT---AG---GTATGAATTTCAGCTGCTCTCACTATCAACACATTCTTCTCCAc
gi|2 : atttgcgtatattgtagACT-------GGTTTTGACCAAACTTGTTTG--------GG--TATAGGTATGAATTTCAGCTGCTCTCAC--TATCA-ACACATT-CTTCTCCATCAATTTAT--AATGTAATTACAGCCCTTTATTTtcaatttataatgtaattacagccctttatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcactagttgaagttgaatgacattgctacaataaggctacaggcacagcgtcgcctgtggagacatttatgtcaacaggcacatttc
gi|3 : atttgcgtatattgtagttgacttttgttgtccttttagtaattttcaatgatatatcttgtcagcactactcctaaataatgtaaccaattttggtcaaatatactaaggagtttcagtctaaagtccatattgccataatggttgcattgtgcccgttgatttttggcaaatttatggccctttgattattttgacactactcctaaacttcttgTCATTTTCTA--ATGGTATATCTTGTCAG-------CA-CTGCTTCTAC----T---A-AAC-TTTT-------CTGATTTTGGCCAC--AATTCAT-GGGAG-ATCTTGAATGAACTCCA-AATGTGAA---TAT--CAT-C-ATTG-CATTCTG-ATTCA--TTGAAT--TTTT-------AG-T--TACG--GACCTT-GA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------CTCTCGTCAG---TACTT---C--TCCATAACATCTTAACTGACTTCAGCCAGACTTGTTGGGA-AT---A-TCAGAATGAAGTCCAGGTGCTTTTATCTGCATCCCGTTCAGCTCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcactagttgaagttgaatgacattgctacaataaggctacaggcacagcgtcgcctgtggagacatttatgtcaacaggcacatttc
gi|3 : TCTTGTCAGCACTGC--TTCTACTAAACTTTTCTGATTTTGGCCACAATTCATGGGAGATCTTGAATGAACT-CCAAATGTGAATATCATCATTGCATTCTGATTCATTGA-ATTTT----TAGTTACGGACCTTG---------A--TAATTT-TA--ATTGTAACTCTCGTCAG-------TA-C---TTCT-C----C---ATAAC-ATCTTA----ACTGACTTCAGCCAG--ACTTGTT-GGGAATAT-CAGAATGAAGTCCA-G--GTGCT---T-T--TAT-C-----------TGCATCCCGTTCAGCTCCTTTGAT-GATCAG-T--TACG--GTTATTTAA-TTA--TTTTTAATTATAA----------------------TTTTTGTC--------TT---C--T--A-AACTTTTCCACTTATTATGATCAAACTTGTTAGtttgatgatcagttacggttatttaattatttttaattataatttttgtcttctaaacttttccacttattatgatcaaacttgttagtcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|4 : tcattttctaatggtataATGAAAT-CCAGATATACATATTGTTATTGCATTCC------TTAAACTTTTGGCACAGTTTTGGCCCTTT----------TTTAATTG-AA--A----AAAACTTGTGAG-------CA-CTCTTCCT-TA---T---A-AAC-TTTTCA----TCTGATTTTTACCAA--ACTTGTTAGGGAATAT-T-------AATCCA-GTTGTTCT---TAT--CAT-T-ATAG-TGTTGTGC-TTCA--TTGACT--TTTAGC-tcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|5 : ttagtATTTGCTAGGG-A---------GCATGGATTCTAGTTGCGCATATCATCGTCAttagttaaatcttgttagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcactgtacaaatggcaaatgccattgctacaatatggtcagagcaaagcaggggcattcatgccaacaggcacattttta
gi|5 : ttcATGGA-TTCTAGTTGCGCATATCATCGTCATTGTCAGGTCTTTTAA-CTTTTGG------TATAGCCCTTTTATGTACATAGTTATGTA-TGTCATGCTT--TCTTGTCAC-------CT-CTACTTTT-C----TC--A-AAC-TTCTAA----ACTGATTTTTGTCAT--ACTTTCTACAGAATAT-------------CA-GTTGCACATGTTGT--TGT-C-ATCA-CGTTGGG--TCCA--TCAACT--TTTGGC-AA--AT-T--TATG--GCCCTTTAA-TAA--TTTT-ttgtcaggtcttttaacttttggtatagcccttttatgtacatagttatgtatgtcatgctttcttgtcacctctacttttctcaaacttctaaactgatttttgtcatactttctacagaatatcagttgcacatgttgttgtcatcacgttgggtccatcaacttttggcaaatttatggccctttaataatttttag
gi|6 : ttcatttgctagggagc-C----T---G-AAC-TT-TCG----ACTGATTTTGGCCAA--ACTTTTC----AGT-------ATGAAGTTGA-ATTGTGCA---TATACCGT-CAATCG-CATTACGGGGCCA--TCGAAT--ATTGGC-TA--AC-T--AATG--GCCCTTTAATTCT--TTTT-AATGGTAAATATATTTACGTATTTCACACTTTCTTGTCAACTCTACTT---CTAT-C-TCACTTTTTAAGGGATTTTGTCCAAGCTTGTCAGAA-AT---Atag
gi|6 : tttctaACT-------GATTTTGGCCAAACTTTTCAG------------TAT------GAAGTTGAATTGTGCATATACCGTCAATCGCATTACGGGGCCATCGA-ATATTGGCTA-ACTAATGGCCCTTTAATTCTTTTTAATGGTAAATATATTTACGTATTTCACACTTTCTTGTCAACTCTAC--TTC----TATCT-----CACTTTtc
gi|7 : tttctactgaactttcgCATATTGTCATAGTGTTCAGGTACATTTG-CTTTTGACAGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTAA----ACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCA-GTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-T--ttaagggattttgtccaagcttgtcagaaatatc
gi|8 : tCATATTGTCATAGTGTTCAGGTACATTTG-CTTTTGACAGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTAA----ACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCA-GTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-T--
gi|9 : tCATATTGTCATTGTGTTCAGGTACATTTG-CTTTTGACGGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTAA----ACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCA-GTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATCTAATGTCATTCTACAATAAGTCTACAAGGGCACAGAGAGGGCATTCATGTCTCAAGGAACATTTCT
Unaligned ( gi|17 ): AAATGGCATTGCTAATAATAGATAATAGGCATTAGTGGGGGCATTCCTGCCATCAGGCACGTTTTTA
Alignments
lowQualScore : 222 1 11 44444444 1 11 11 11 333333333 666666666666666666666 11 222222 1 111 11 1 22 222222 11 444444444444444 777777777777777777 2 1111 22222222222 3333333333333333333333333333 11111 11111 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333333
lowQualScore : 111 1 5 88 77777777 1 2 5 66 77 1 22 88 999999999 777 1 222222222222222222222 0 4 33 111111 0 3 444 88 6 2 0 00 3 1 888888 0 33 555555555555555 222222222222222222 0 4 8 1 1 2 2 22 1 2 0 4 5555 0 1 11111111111 1 3 55 0 5 9999999999999999999999999999 3 3 2 99999 2 3 55 44 66666 3 8888 44 3 55 33 11111 44 2 44 2222222 3 55 3 66 5 0 66 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 5 888888888 1 1 0 3
lowQualScore : ... . . .. ........ . . . .. .. . .. .. ......... ... . ..................... . . .. ...... . . ... .. . . . .. . . ...... . .. ............... .................. . . . . . . . .. . . . . .... . . ........... . . .. . . ............................ . . . ..... . . .. .. ..... . .... .. . .. .. ..... .. . .. ....... . .. . .. . . .. . ................................................... . . . . ......... . . . .
lowQualScore : 555 0 5 55 55555555 0 5 0 00 55 0 00 00 888888888 000 2 222222222222222222222 2 2 88 000000 0 7 000 33 7 0 7 77 7 0 333333 2 88 888888888888888 555555555555555555 8 0 0 4 0 0 2 22 0 9 7 0 7777 6 2 66666666666 6 6 00 2 7 1111111111111111111111111111 3 3 3 99999 4 5 00 99 44444 3 0000 66 3 00 44 66666 66 9 66 9999999 6 55 1 99 0 5 99 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 3 0 7 111111111 2 0 8 7
consensus : TGGGAGCGTATGGGGGTGNCTTTATTTGTCCATTGATCCGTCCGTNCGCATGCATGTACTGCNACACTTGCTCTTNTCNNCGTTAAACT-------GATTTTCGCCAAACTTGCTAG--------GG--TAT-----TGAAGTTCAGTTGCGCATAT--TGTCA-TCG--CATT-CTGGTCCATCGANT-AT--TGGCTGAATTACGGCCCTTTA-TTCTCTTTAATGGTAAATNTATTCACGTATTTCACACTTTCTTGTCAGCTCTAC--TTC----AAACT-----GATTTTGGCC-----------------TTGAATGAA-T-CTAGTTGNGCATATCGTCATCGCGTTCNGGTCCATTGA-CTTTTGGCGNAGTTGTGGCCCTTT---------ANTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CNGCTCCT-C----T---A-AAC-TTCTA----AACTGATTTTCGCCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGAAGTCCA-GTTGTGCG---TAT--TGT-C-ATTG-CGTTGTGCATCCA--TCGGCT--TTTGNC-GA--AT-T--TACG--GCCCTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------NTCTTGTCAG---TACTT---C--T-CATAACTTCTCGACTGATTTTGNCCAAACTTG-TTAGGAAT---AGTCAGTATGAANTCCAGTTGCTCTTATCATCATCACGTTCTGCTCCA
Reference ( family-658 ) : TGGGAGCGTATGGGGGTGNCTTTATTTGTCCATTGATCCGTCCGTNCGCATGCATGTACTGCNACACTTGCTCTTNTCNNCGTTAAACT-------GATTTTCGCCAAACTTGCTAG--------GG--TAT-----TGAAGTTCAGTTGCGCATAT--TGTCA-TCG--CATT-CTGGTCCATCGANT-AT--TGGCTGAATTACGGCCCTTTA-TTCTCTTTAATGGTAAATNTATTCACGTATTTCACACTTTCTTGTCAGCTCTAC--TTC----AAACT-----GATTTTGGCC-----------------TTGAATGAA-T-CTAGTTGNGCATATCGTCATCGCGTTCNGGTCCATTGA-CTTTTGGCGNAGTTGTGGCCCTTT---------ANTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CNGCTCCT-C----T---A-AAC-TTCTA----AACTGATTTTCGCCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGAAGTCCA-GTTGTGCG---TAT--TGT-C-ATTG-CGTTGTGCATCCA--TCGGCT--TTTGNC-GA--AT-T--TACG--GCCCTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------NTCTTGTCAG---TACTT---C--T-CATAACTTCTCGACTGATTTTGNCCAAACTTG-TTAGGAAT---AGTCAGTATGAANTCCAGTTGCTCTTATCATCATCACGTTCTGCTCCA
gi|1 : TGGGAGCGTATAGAGATGTCTTTATTTGT----TGATCCGTCCATATGCATGCATGTA-TGCCACACTTGCTCTTGTCAGC--TAAACT------------TCTATAAACTTGCTAG--------GGAGTAT-----TGAAGTCTTGTTACACATAT--TGTTA-CTG--CATT-CTGGTCCATCTACA-AT--TAGCTGAATTATGGTCCTTT-------TTTAGTTTTAAGTGTA---A---ATCTCACACTTCCTTGTAAGCTGTAC--CTC----AAGC------AATTTTGGCC-----------------TTGAA--AA-T-CTAGTTGGGCAAATTGTCATCATTTTCTGCTCCATTGA-CTTTTGGTGCAGTTATGGCCCTGT---------CTTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CAG------C----T---A-AACATTGCA----A--TCAGTTTTGTCAAGTACATGTTACGGAGTA---TG---GAAGTCCA-GTTTTGTG---TAT--TCT-C----G-TGATCTG--TCCA--TTGGTT--TTTACC-----ATAT--TAAG--GATCTTTGA-TAANNNNNN-NNNNNNNN----------------------NNNNNNNNNN---NNNNN---N--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNAAGAATATAAGTTAGTATGAAGTCTAGTTGCTCTTATCATCATCATCCTCTGCTCCA
gi|10 : ATGAAGTCCA-ATTTTGCA---TAT--TAT-T-GTTG-TAT-GTGGATACA--TTGATT--GTTGACTGA--GT-T--T-TG--GCCCTGTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------GTCCTGCTAG---CACTTTACT--T-CCTGGTGTCTCGACTGATCTTGTCAAAACTTA-TTAGGA
gi|11 : aatgtgtaagtTGGGAGTG---GGGGGTGACTT-AT--GTCCAT----CTGTCTGTCCTTATGTATGTACTG-AACACTT--TCTTTTCCTCGTTAAATTCTCAACAAATTTTCATCAAACTTGCAAGCGACTATTGG--TAT------GAAGTTCAGTTGCACATAT--TGTCA-TTAGTCATT-TTG
gi|12 : gTTGGC----------------------ATGAAGT-CTAGTAGGGCATATTGTCATCTTGATTGGGGCAAGTGA-CTTTTGAGGTAGTTGAGGCCCTTT---------AATTATTCC-TA--ATGGTAAACTTTGT
gi|13 : ttcctaaatttgacgaccatattggccaagggagtaATGAAGTCCA-ACTACGCA---TAT--TGTAT-ATTGTCGTCG--CATTC----CGGTT----------A--AT-TGATATGTCGCATTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------ATCCTGTCAaaatctgttatgtatt
gi|14 : aatgtcaaacggtTCTGGTCCACAGA-CATATGGCAGAGTTATGGTC--------------ATTACTGT-TA--ATAGTTAATCTTGTCAG-------CA-CTACTC---C----T---A-AAC-TTTT
gi|15 : TCTCATTAATGGTAAATCT-TTCCTGTACTTCACACTTTCATATCAGCTTTACTTTTC----AGA-T-----GATTTTGGCC-----------------cactcagttgtg
gi|18 : -CAGCTCTT-C----TCCTA-AAC-TTCTA----ATCCGATTTTCACCAA--AGTTGCCACAGAGTAT-aaacttttag
gi|2 : cTTGA-CTTTTG------TTGT--CCTTTT---------AGTAATTTT-CA--ATGATATATCTTGTCAG-------CA-CTACTC---C----T---A-AA-----TAATGTAACCAATTTTGGTCAA--ATATACTAAGGAGTTT-CAGTCTAAAGTCCATATTGC-CA---TAA--TG----GTTG-CATTGTGC--CCG--TTGATT--TTTGGC-AA--AT-T--TATG--GCCCTTTGA-TTA--TTTT-GA-----------------------------------CAC---TACTC---C--T--A-AACTTCTTGACTGGTTTTGACCAAACTTGTTTGGGTAT---AG---GTATGAATTTCAGCTGCTCTCACTATCAACACATTCTTCTCCAc
gi|2 : atttgcgtatattgtagACT-------GGTTTTGACCAAACTTGTTTG--------GG--TATAGGTATGAATTTCAGCTGCTCTCAC--TATCA-ACA--CATT-CTTCTCCATCAATTTATAATG--T-AATTACAGCCCTTTA-TTtcaatttataatgtaattacagccctttatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcactagttgaagttgaatgacattgctacaataaggctacaggcacagcgtcgcctgtggagacatttatgtcaacaggcacatttc
gi|3 : atttgcgtatattgtagttgacttttgttgtccttttagtaattttcaatgatatatcttgtcagcactactcctaaataatgtaaccaattttggtcaaatatactaaggagtttcagtctaaagtccatattgccataatggttgcattgtgcccgttgatttttggcaaatttatggccctttgattattttgacactactcctaaacttcttgTCATTTTCTA--ATGGTATATCTTGTCAG-------CA-CTGCTTCTAC----T---A-AAC-TTTT-------CTGATTTTGGCCAC--AATTCAT-GGGAG-ATCTTGAATGAACTCCA-AATGTGAA---TAT--CAT-C-ATTG-CATTCTG-ATTCA--TTGAAT--TTTT-------AG-T--TACG--GACCTT-GA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------CTCTCGTCAG---TACTT---C--TCCATAACATCTTAACTGACTTCAGCCAGACTTG-TTGGGAAT---A-TCAGAATGAAGTCCAGGTGCTTTTATCTGCATCCCGTTCAGCTCCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcactagttgaagttgaatgacattgctacaataaggctacaggcacagcgtcgcctgtggagacatttatgtcaacaggcacatttc
gi|3 : TCTTGTCAGCACTGC--TTCTACTAAACTTTTCTGATTTTGGCCACAATTCATGGGAGATCTTGAATGAACT-CCAAATGTGAATATCATCATTGCATTCTGATTCATTGA-ATTTT----TAGTTACGGACCTTG---------A--TAATTT-TA--ATTGTAACTCTCGTCAG-------TA-C---TTCT-C----C---ATAAC-ATCTT----AACTGACTTCAGCCAG--ACTTGTT-GGGAATAT-CAGAATGAAGTCCA-G--GTGCT---T-T--TAT-C-----------TGCATCCCGTTCAGCTCCTTTGAT-GATCAG-T--TACG--GTTATTTAA-TTA--TTTTTAATTATAA----------------------TTTTTGTC--------TT---C--T--A-AACTTTTCCACTTATTATGATCAAACTTG-TTAGtttgatgatcagttacggttatttaattatttttaattataatttttgtcttctaaacttttccacttattatgatcaaacttgttagtcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|4 : tcattttctaatggtataATGAAAT-CCAGATATACATATTGTTATTGCATTCC------TTAAACTTTTGGCACAGTTTTGGCCCTTT----------TTTAATTG-AA--A----AAAACTTGTGAG-------CA-CTCTTCCT-TA---T---A-AAC-TTTTC----ATCTGATTTTTACCAA--ACTTGTTAGGGAATAT-T-------AATCCA-GTTGTTCT---TAT--CAT-T-ATAG-TGTTGTGC-TTCA--TTGACT--TTTAGC-tcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|5 : ttagtATTTG-CTAGGGA---------GCATGGATTCTAGTTGCGCATATCATCGTCAttagttaaatcttgttagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcactgtacaaatggcaaatgccattgctacaatatggtcagagcaaagcaggggcattcatgccaacaggcacattttta
gi|5 : ttcATGGA-TTCTAGTTGCGCATATCATCGTCATTGTCAGGTCTTTTAA-CTTTTGG------TATAGCCCTTTTATGTACATAGTTATGTA-TGTCATGCTT--TCTTGTCAC-------CT-CTACTTTT-C----TC--A-AAC-TTCTA----AACTGATTTTTGTCAT--ACTTTCTACAGAATAT-------------CA-GTTGCACATGTTGT--TGT-C-ATCA-CGTTGGG--TCCA--TCAACT--TTTGGC-AA--AT-T--TATG--GCCCTTTAA-TAA--TTTT-ttgtcaggtcttttaacttttggtatagcccttttatgtacatagttatgtatgtcatgctttcttgtcacctctacttttctcaaacttctaaactgatttttgtcatactttctacagaatatcagttgcacatgttgttgtcatcacgttgggtccatcaacttttggcaaatttatggccctttaataatttttag
gi|6 : ttcatttgctagggagc-C----T---G-AAC-TT-TC----GACTGATTTTGGCCAA--ACTTTTC----AGT-------ATGAAGTTGA-ATTGTGCA---TATACCGT-CAATCG-CATTACGGGGCCA--TCGAAT--ATTGGC-TA--AC-T--AATG--GCCCTTTAATTCT--TTTT-AATGGTAAATATATTTACGTATTTCACACTTTCTTGTCAACTCTACTT---CTAT-C-TCACTTTTTAAGGGATTTTGTCCAAGCTTG-TCAGAAAT---Atag
gi|6 : tttctaACT-------GATTTTGGCCAAACTTTTCAG------------TAT------GAAGTTGAATTGTGCATATACCGTCAATCG--CATTACGGGGCCATCGAAT-AT--TGGCTAACTAATGGCCCTTTAATTCTTTTTAATGGTAAATATATTTACGTATTTCACACTTTCTTGTCAACTCTAC--TTC----TATCT-----CACTTTtc
gi|7 : tttctactgaactttcgCATATTGTCATAGTGTTCAGGTACATTTG-CTTTTGACAGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTA----AACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCA-GTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-T--ttaagggattttgtccaagcttgtcagaaatatc
gi|8 : tCATATTGTCATAGTGTTCAGGTACATTTG-CTTTTGACAGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTA----AACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCA-GTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-T--
gi|9 : tCATATTGTCATTGTGTTCAGGTACATTTG-CTTTTGACGGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTA----AACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCA-GTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATCTAATGTCATTCTACAATAAGTCTACAAGGGCACAGAGAGGGCATTCATGTCTCAAGGAACATTTCT
Unaligned ( gi|17 ): AAATGGCATTGCTAATAATAGATAATAGGCATTAGTGGGGGCATTCCTGCCATCAGGCACGTTTTTA
Alignments
lowQualScore : 222 1 11 44444444 1 11 11 11 333333333 666666666666666666666 11 222222 1 111 11 1 22 222222 11 444444444444444 777777777777777777 2 1111 22222222222 3333333333333333333333333333 11111 11111 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333333
lowQualScore : 111 1 5 88 77777777 1 2 5 66 77 1 22 88 999999999 777 1 222222222222222222222 0 4 33 111111 0 3 444 88 6 2 0 00 3 1 888888 0 33 555555555555555 222222222222222222 0 4 8 1 1 2 2 22 1 2 0 4 5555 0 1 11111111111 1 3 55 0 5 9999999999999999999999999999 3 3 2 99999 2 3 55 44 66666 3 8888 44 3 55 33 11111 44 2 44 2222222 3 55 3 66 5 0 66 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 5 888888888 1 1 0 3
lowQualScore : ... . . .. ........ . . . .. .. . .. .. ......... ... . ..................... . . .. ...... . . ... .. . . . .. . . ...... . .. ............... .................. . . . . . . . .. . . . . .... . . ........... . . .. . . ............................ . . . ..... . . .. .. ..... . .... .. . .. .. ..... .. . .. ....... . .. . .. . . .. . ................................................... . . . . ......... . . . .
lowQualScore : 555 0 5 55 55555555 0 5 0 00 55 0 00 00 888888888 000 2 222222222222222222222 2 2 88 000000 0 7 000 33 7 0 7 77 7 0 333333 2 88 888888888888888 555555555555555555 8 0 0 4 0 0 2 22 0 9 7 0 7777 6 2 66666666666 6 6 00 2 7 1111111111111111111111111111 3 3 3 99999 4 5 00 99 44444 3 0000 66 3 00 44 66666 66 9 66 9999999 6 55 1 99 0 5 99 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 3 0 7 111111111 2 0 8 7
consensus : TGGGAGCGTATGGGGGTGNCTTTATTTGTCCATTGATCCGTCCGTNCGCATGCATGTACTGCNACACTTGCTCTTNTCNNCGTTAAACT-------GATTTTCGCCAAACTTGCTAG--------GG--TAT-----TGAAGTTCAGTTGCGCATAT--TGTCA-TCG--CATT-CTGGTCCATCGANT-AT--TGGCTGAATTACGGCCCTTTA-TTCTCTTTAATGGTAAATNTATTCACGTATTTCACACTTTCTTGTCAGCTCTAC--TTC----AAACT-----GATTTTGGCC-----------------TTGAATGAA-T-CTAGTTGNGCATATCGTCATCGCGTTCNGGTCCATTGA-CTTTTGGCGNAGTTGTGGCCCTTT---------ANTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CNGCTCCT-C----T---A-AAC-TTCTA----AACTGATTTTCGCCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGAAGTCCA-GTTGTGCG---TAT--TGT-C-ATTG-CGTTGTGCATCCA--TCGGCT--TTTGNC-GA--AT-T--TACG--GCCCTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------NTCTTGTCAG---TACTT---C--T-CATAACTTCTCGACTGATTTTGNCCAAACTTG-TTAGGAAT---AGTCAGTATGAANTCCAGTTGCTCTTATCATCATCACGTTCTGCTCCA
Reference ( family-658 ) : TGGGAGCGTATGGGGGTGNCTTTATTTGTCCATTGATCCGTCCGTNCGCATGCATGTACTGCNACACTTGCTCTTNTCNNCGTTAAACT-------GATTTTCGCCAAACTTGCTAG--------GG--TAT-----TGAAGTTCAGTTGCGCATAT--TGTCA-TCG--CATT-CTGGTCCATCGANT-AT--TGGCTGAATTACGGCCCTTTA-TTCTCTTTAATGGTAAATNTATTCACGTATTTCACACTTTCTTGTCAGCTCTAC--TTC----AAACT-----GATTTTGGCC-----------------TTGAATGAA-T-CTAGTTGNGCATATCGTCATCGCGTTCNGGTCCATTGA-CTTTTGGCGNAGTTGTGGCCCTTT---------ANTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CNGCTCCT-C----T---A-AAC-TTCTA----AACTGATTTTCGCCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGAAGTCCA-GTTGTGCG---TAT--TGT-C-ATTG-CGTTGTGCATCCA--TCGGCT--TTTGNC-GA--AT-T--TACG--GCCCTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------NTCTTGTCAG---TACTT---C--T-CATAACTTCTCGACTGATTTTGNCCAAACTTG-TTAGGAAT---AGTCAGTATGAANTCCAGTTGCTCTTATCATCATCACGTTCTGCTCCA
gi|1 : TGGGAGCGTATAGAGATGTCTTTATTTGT----TGATCCGTCCATATGCATGCATGTA-TGCCACACTTGCTCTTGTCAGC--TAAACT------------TCTATAAACTTGCTAG--------GGAGTAT-----TGAAGTCTTGTTACACATAT--TGTTA-CTG--CATT-CTGGTCCATCTACA-AT--TAGCTGAATTATGGTCCTTT-------TTTAGTTTTAAGTGTA---A---ATCTCACACTTCCTTGTAAGCTGTAC--CTC----AAGC------AATTTTGGCC-----------------TTGAA--AA-T-CTAGTTGGGCAAATTGTCATCATTTTCTGCTCCATTGA-CTTTTGGTGCAGTTATGGCCCTGT---------CTTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CAG------C----T---A-AACATTGCA----A--TCAGTTTTGTCAAGTACATGTTACGGAGTA---TG---GAAGTCCA-GTTTTGTG---TAT--TCT-C----G-TGATCTG--TCCA--TTGGTT--TTTACC-----ATAT--TAAG--GATCTTTGA-TAANNNNNN-NNNNNNNN----------------------NNNNNNNNNN---NNNNN---N--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNAAGAATATAAGTTAGTATGAAGTCTAGTTGCTCTTATCATCATCATCCTCTGCTCCA
gi|10 : ATGAAGTCCA-ATTTTGCA---TAT--TAT-T-GTTG-TAT-GTGGATACA--TTGATT--GTTGACTGA--GT-T--T-TG--GCCCTGTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------GTCCTGCTAG---CACTTTACT--T-CCTGGTGTCTCGACTGATCTTGTCAAAACTTA-TTAGGA
gi|11 : aatgtgtaagtTGGGAGTG---GGGGGTGACTT-AT--GTCCAT----CTGTCTGTCCTTATGTATGTACTG-AACACTT--TCTTTTCCTCGTTAAATTCTCAACAAATTTTCATCAAACTTGCAAGCGACTATTGG--TAT------GAAGTTCAGTTGCACATAT--TGTCA-TTAGTCATT-TTG
gi|12 : gTTGGC----------------------ATGAAGT-CTAGTAGGGCATATTGTCATCTTGATTGGGGCAAGTGA-CTTTTGAGGTAGTTGAGGCCCTTT---------AATTATTCC-TA--ATGGTAAACTTTGT
gi|13 : ttcctaaatttgacgaccatattggccaagggagtaATGAAGTCCA-ACTACGCA---TAT--TGTAT-ATTGTCGTCG--CATTC----CGGTT----------A--AT-TGATATGTCGCATTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------ATCCTGTCAaaatctgttatgtatt
gi|14 : aatgtcaaacggtTCTGGTCCACAGA-CATATGGCAGAGTTATGGTC--------------ATTACTGT-TA--ATAGTTAATCTTGTCAG-------CA-CTACTC---C----T---A-AAC-TTTT
gi|15 : TCTCATTAATGGTAAATCT-TTCCTGTACTTCACACTTTCATATCAGCTTTACTTTTC----AGA-T-----GATTTTGGCC-----------------cactcagttgtg
gi|18 : -CAGCTCTT-C----TCCTA-AAC-TTCTA----ATCCGATTTTCACCAA--AGTTGCCACAGAGTAT-aaacttttag
gi|2 : cTTGA-CTTTTG------TTGT--CCTTTT---------AGTAATTTT-CA--ATGATATATCTTGTCAG-------CA-CTACTC---C----T---A-AA-----TAATGTAACCAATTTTGGTCAA--ATATACTAAGGAGTTT-CAGTCTAAAGTCCATATTGC-CA---TAA--TG----GTTG-CATTGTGC--CCG--TTGATT--TTTGGC-AA--AT-T--TATG--GCCCTTTGA-TTA--TTTT-GA-----------------------------------CAC---TACTC---C--T--A-AACTTCTTGACTGGTTTTGACCAAACTTGTTTGGGTAT---AG---GTATGAATTTCAGCTGCTCTCACTATCAACACATTCTTCTCCAc
gi|2 : atttgcgtatattgtagACT-------GGTTTTGACCAAACTTGTTTG--------GG--TATAGGTATGAATTTCAGCTGCTCTCAC--TATCA-ACA--CATT-CTTCTCCATCAATTTATAATG--T-AATTACAGCCCTTTA-TTtcaatttataatgtaattacagccctttatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcactagttgaagttgaatgacattgctacaataaggctacaggcacagcgtcgcctgtggagacatttatgtcaacaggcacatttc
gi|3 : atttgcgtatattgtagttgacttttgttgtccttttagtaattttcaatgatatatcttgtcagcactactcctaaataatgtaaccaattttggtcaaatatactaaggagtttcagtctaaagtccatattgccataatggttgcattgtgcccgttgatttttggcaaatttatggccctttgattattttgacactactcctaaacttcttgTCATTTTCTA--ATGGTATATCTTGTCAG-------CA-CTGCTTCTAC----T---A-AAC-TTTT-------CTGATTTTGGCCAC--AATTCAT-GGGAG-ATCTTGAATGAACTCCA-AATGTGAA---TAT--CAT-C-ATTG-CATTCTG-ATTCA--TTGAAT--TTTT-------AG-T--TACG--GACCTT-GA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------CTCTCGTCAG---TACTT---C--TCCATAACATCTTAACTGACTTCAGCCAGACTTG-TTGGGAAT---A-TCAGAATGAAGTCCAGGTGCTTTTATCTGCATCCCGTTCAGCTCCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcactagttgaagttgaatgacattgctacaataaggctacaggcacagcgtcgcctgtggagacatttatgtcaacaggcacatttc
gi|3 : TCTTGTCAGCACTGC--TTCTACTAAACTTTTCTGATTTTGGCCACAATTCATGGGAGATCTTGAATGAACT-CCAAATGTGAATATCATCATTGCATTCTGATTCATTGA-ATTTT----TAGTTACGGACCTTG---------A--TAATTT-TA--ATTGTAACTCTCGTCAG-------TA-C---TTCT-C----C---ATAAC-ATCTT----AACTGACTTCAGCCAG--ACTTGTT-GGGAATAT-CAGAATGAAGTCCA-G--GTGCT---T-T--TAT-C-----------TGCATCCCGTTCAGCTCCTTTGAT-GATCAG-T--TACG--GTTATTTAA-TTA--TTTTTAATTATAA----------------------TTTTTGTC--------TT---C--T--A-AACTTTTCCACTTATTATGATCAAACTTG-TTAGtttgatgatcagttacggttatttaattatttttaattataatttttgtcttctaaacttttccacttattatgatcaaacttgttagtcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|4 : tcattttctaatggtataATGAAAT-CCAGATATACATATTGTTATTGCATTCC------TTAAACTTTTGGCACAGTTTTGGCCCTTT----------TTTAATTG-AA--A----AAAACTTGTGAG-------CA-CTCTTCCT-TA---T---A-AAC-TTTTC----ATCTGATTTTTACCAA--ACTTGTTAGGGAATAT-T-------AATCCA-GTTGTTCT---TAT--CAT-T-ATAG-TGTTGTGC-TTCA--TTGACT--TTTAGC-tcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|5 : ttagtATTTG-CTAGGGA---------GCATGGATTCTAGTTGCGCATATCATCGTCAttagttaaatcttgttagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcactgtacaaatggcaaatgccattgctacaatatggtcagagcaaagcaggggcattcatgccaacaggcacattttta
gi|5 : ttcATGGA-TTCTAGTTGCGCATATCATCGTCATTGTCAGGTCTTTTAA-CTTTTGG------TATAGCCCTTTTATGTACATAGTTATGTA-TGTCATGCTT--TCTTGTCAC-------CT-CTACTTTT-C----TC--A-AAC-TTCTA----AACTGATTTTTGTCAT--ACTTTCTACAGAATAT-------------CA-GTTGCACATGTTGT--TGT-C-ATCA-CGTTGGG--TCCA--TCAACT--TTTGGC-AA--AT-T--TATG--GCCCTTTAA-TAA--TTTT-ttgtcaggtcttttaacttttggtatagcccttttatgtacatagttatgtatgtcatgctttcttgtcacctctacttttctcaaacttctaaactgatttttgtcatactttctacagaatatcagttgcacatgttgttgtcatcacgttgggtccatcaacttttggcaaatttatggccctttaataatttttag
gi|6 : ttcatttgctagggagc-C----T---G-AAC-TT-TC----GACTGATTTTGGCCAA--ACTTTTC----AGT-------ATGAAGTTGA-ATTGTGCA---TATACCGT-CAATCG-CATTACGGGGCCA--TCGAAT--ATTGGC-TA--AC-T--AATG--GCCCTTTAATTCT--TTTT-AATGGTAAATATATTTACGTATTTCACACTTTCTTGTCAACTCTACTT---CTAT-C-TCACTTTTTAAGGGATTTTGTCCAAGCTTG-TCAGAAAT---Atag
gi|6 : tttctaACT-------GATTTTGGCCAAACTTTTCAG------------TAT------GAAGTTGAATTGTGCATATACCGTCAATCG--CATTACGGGGCCATCGAAT-AT--TGGCTAACTAATGGCCCTTTAATTCTTTTTAATGGTAAATATATTTACGTATTTCACACTTTCTTGTCAACTCTAC--TTC----TATCT-----CACTTTtc
gi|7 : tttctactgaactttcgCATATTGTCATAGTGTTCAGGTACATTTG-CTTTTGACAGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTA----AACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCA-GTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-T--ttaagggattttgtccaagcttgtcagaaatatc
gi|8 : tCATATTGTCATAGTGTTCAGGTACATTTG-CTTTTGACAGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTA----AACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCA-GTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-T--
gi|9 : tCATATTGTCATTGTGTTCAGGTACATTTG-CTTTTGACGGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAAACTTCCTCATCAGCTCCT-CATCCT---A-TAC-TTCTA----AACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCA-GTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCATCCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-
blockSeqs : . A . . CCAT C T C A . T CT GT CTCAACAAA CAT A CGACTATTGGTAT A AC TTAGT A A TTT AA G A AA C C ATTTAC TT TACTAAACTTTTCTG CACAATTCATGGGAGATC G T T G T C TG G C A AGGT T TATGTACATAG C C TC T ACTTCCTCATCAGCTCCTCATCCT T . T AATGT T C . AC CTTGA T ATGT AC A AA TC GTGGA GT T CC ATGATC . GA T TC T . T ATATATTTACGTATTTCACACTTTCTTGTCAACTCTACTTCTATCT G G T T TATCA T T A
blockSeqs : GG GAC T GGTATAGGTAT T . ATCG . G AT . . . A T A TTCCT . TATCTC C C . A T C T CA T C . GCAG T AA G . . T ACTTCCTCATCAGCTCCTCATCCT . . C A A G . AA CAGT . A . . G T ACGGG . C . ACTGA . . T . . . . GTCCTGCTAGCACTTTACTTCCT T G A . TAG A G G
blockSeqs : GA GGC C TAT G . ACA . . AGATG . A . A T T T CA T T . GCAC T AG T . . T ACTTCCTCATCAGCTCCTCATCCT . . T T A G . AG CAGA . A . . A C GTGC . T . GCAA . . T . . . . CTCTCGTCAGTACTTCTCCAT A A G . . C T
blockSeqs : . . T C C C TT C C . ACAG T AT T . . T CACTGCTTCTACT . . C C T A . AC TTGA . A . . G C CTGA . T . GCAA . . C . . . . TTTTTGTCTTCTA T C A .
blockSeqs : T A TG A A . ACAG T AT T . . C CACTCTTCCTTAT . . T A A T . AG TTGA . A . . A T TGCA . C . GCTA . . C . . . . CACTACTCCTA T A T .
blockSeqs : T A TG A A . ACGG A AT T . . T CTCTACTTTTCTC . . C C A T . AG TTGA . T . . A C GTGC . T . CTGA . . T . . . . .
blockSeqs : T T TG A A . T A A T . . T CACTACTCCT . . C A A G . AG T . T . . A C TGCA . C . CTGA . . T . . . .
blockSeqs : A . . G A A A . . . CACTACTCCT . . C A A C . G . . A . . A T TGCA . C . CTGA . .
blockSeqs : . . . T A . . . TACTTCTCC . . C A A C . G . . G . . A T TGCA . G . A . .
blockSeqs : A . . . . . . . . C . . . G . . A T GCA . G . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . GGG . G .
blockSeqCons : ACTTCCTCCAGCTNCTCATCCT****** ** TTGA* A* TGCA* NCGA*** **
originalCons : TGGGAGCGTATGGGGGTGNCTTTATTTGTCCATTGATCCGTCCGTNCGCATGCATGTACTGCNACACTTGCTCTTNTCNNCGTTAAACT-------GATTTTCGCCAAACTTGCTAG--------GG--TAT-----TGAAGTTCAGTTGCGCATAT--TGTCA-TCG--CATT-CTGGTCCATCGANT-AT--TGGCTGAATTACGGCCCTTTA-TTCTCTTTAATGGTAAATNTATTCACGTATTTCACACTTTCTTGTCAGCTCTAC--TTC----AAACT-----GATTTTGGCC-----------------TTGAATGAA-T-CTAGTTGNGCATATCGTCATCGCGTTCNGGTCCATTGA-CTTTTGGCGNAGTTGTGGCCCTTT---------ANTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-------CA-CNGCTCCT-C----T---A-AAC-TTCTA----AACTGATTTTCGCCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGAAGTCCA-GTTGTGCG---TAT--TGT-C-ATTG-CGTTGTGCATCCA--TCGGCT--TTTGNC-GA--AT-T--TACG--GCCCTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------NTCTTGTCAG---TACTT---C--T-CATAACTTCTCGACTGATTTTGNCCAAACTTG-TTAGGAAT---AGTCAGTATGAANTCCAGTTGCTCTTATCATCATCACGTTCTGCTCCA
finalCons : TGGGAGCGTATGGGGGTGNCTTTATTTGTCCATTGATCCGTCCGTNCGCATGCATGTACTGCNACACTTGCTCTTNTCNNCGTTAAACT-------GATTTTCGCCAAACTTGCTAG--------GG--TAT-----TGAAGTTCAGTTGCGCATAT--TGTCA-TCG--CATT-CTGGTCCATCGANT-AT--TGGCTGAATTACGGCCCTTTA-TTCTCTTTAATGGTAAATNTATTCACGTATTTCACACTTTCTTGTCAGCTCTAC--TTC----AAACT-----GATTTTGGCC-----------------TTGAATGAA-T-CTAGTTGNGCATATCGTCATCGCGTTCNGGTCCATTGA-CTTTTGGCGNAGTTGTGGCCCTTT---------ANTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAGACTTCCTCCAGCTNCTCATCCT------A-AAC-TTCTA----AACTGATTTTCGCCAA--ACTTGCTAGGGAGTATTTGA-ATGAAGTCCA-GTTGTGCG---TAT--TGT-CA-TTG-CGTTTGCA-TCCA--TCGGCT--TTTGNCGA---AT-T--TACG--GCCCTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------NTCTTGTCAG---TACTT---C--T-CATAACTTCTCGACTGATTTTGNCCAAACTTG-TTAGGAAT---AGTCAGTATGAANTCCAGTTGCTCTTATCATCATCACGTTCTGCTCCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATCTAATGTCATTCTACAATAAGTCTACAAGGGCACAGAGAGGGCATTCATGTCTCAAGGAACATTTCT
Unaligned ( gi|17 ): AAATGGCATTGCTAATAATAGATAATAGGCATTAGTGGGGGCATTCCTGCCATCAGGCACGTTTTTA
Alignments
lowQualScore : 222 1 11 44444444 1 11 11 11 22222222 444444444444444444444 11 111111 1 11 1 22 222222 11 444444444444444 777777777777777777 222 1111 11111111111 66666666666666666666666 11111 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444444
lowQualScore : 111 1 5 88 77777777 1 2 5 66 77 1 22 88 99999999 77 999999999999999999999 6 1 11 666666 8 2 0 1 0 33 2 2 0 0 00 3 1 888888 0 33 555555555555555 222222222222222222 3 111 1 1 1 3 1 1 0 8888 1 2 99999999999 2 4 55 1 7 99999999999999999999999 3 2 0 99999 3 55 77 11111 2 2 8888 44 3 3 8888888 6 88888 555 3 44 4444444 3 55 3 66 0 4 2 66 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 2 1 5 5 00000000 4 1 0
lowQualScore : ... . . .. ........ . . . .. .. . .. .. ........ .. ..................... . . .. ...... . . . . . .. . . . . .. . . ...... . .. ............... .................. . ... . . . . . . . .... . . ........... . . .. . . ....................... . . . ..... . .. .. ..... . . .... .. . . ....... . ..... ... . .. ....... . .. . .. . . . .. . ........................................................ . . . . . ........ . . .
lowQualScore : 555 0 5 55 55555555 0 5 0 00 55 0 00 00 22222222 88 666666666666666666666 4 4 00 000000 0 5 2 0 0 88 5 8 8 7 77 7 0 333333 2 88 888888888888888 555555555555555555 2 000 0 4 7 7 0 4 1 9999 7 3 44444444444 7 0 55 1 2 11111111111111111111111 6 0 9 44444 2 55 33 44444 7 9 0000 66 3 3 7777777 7 33333 111 7 66 2222222 3 00 4 11 9 4 1 11 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 0 0 0 0 99999999 0 0 2
consensus : TGGGAGCGTATGGGGGTGNCTTTATTTGTCCATTGATCCGTCCGTNCGCATGCATGTACTGCNACACTTGCTCTTNTCNNCGTTAAACT-------GATTTTNACCAAACTTGTTAG--------GGA-TAT-----TGAAGTTCAGTTGCGCATAT--CGTCA-TCG--CATT-CTGNTCCATCGACT-AT--TGGCTNAATTACGGCCCTTTA-TTCTCTTTAATGGTAAATNTATTCACGTATTTCACACTTTCTTGTCAGCTCTAC--TTC----AAACT-----GATTTTGGCC-----------------TTGAATGAA-T-CTAGTTGNGCATATCGTCATCGTGTTCNGGTCCATTGACTTTTGGCGGAGTTGTGGCCCTTT---------ANTTATTNT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-ACTTCCTCA-CAGCTCCTCATCCTAAAC-TTCTAA----ACTGATTTTCGCCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGAAGTCCAGTTGTGCG---TAT--TGT-C-ATTG-CGTT-TGCAT-----CCA--TCGGCT--TTTGNC-GA--AT-T--TATG--GCCCTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------NT--CTTGTCAG---TACTT---C--T-C---ATAA-CTTCTCGACTGATTTTGNCCAAACTTG-TTA-GGAAT---AGT-AGTATGAANTCCAGTTGCTCTTATCATCATCACGTTCTGCTCCA
Reference ( family-658 ) : TGGGAGCGTATGGGGGTGNCTTTATTTGTCCATTGATCCGTCCGTNCGCATGCATGTACTGCNACACTTGCTCTTNTCNNCGTTAAACT-------GATTTTCGCCAAACTTGCTAG--------GG--TAT-----TGAAGTTCAGTTGCGCATAT--TGTCA-TCG--CATT-CTGGTCCATCGANT-AT--TGGCTGAATTACGGCCCTTTA-TTCTCTTTAATGGTAAATNTATTCACGTATTTCACACTTTCTTGTCAGCTCTAC--TTC----AAACT-----GATTTTGGCC-----------------TTGAATGAA-T-CTAGTTGNGCATATCGTCATCGCGTTCNGGTCCATTGACTTTTGGCGNAGTTGTGGCCCTTT---------ANTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG-ACTTCCTC--CAGCTNCTCATCCTAAAC-TTCTAA----ACTGATTTTCGCCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGAAGTCCAGTTGTGCG---TAT--TGT-C-ATTG-CGTT-TGCAT-----CCA--TCGGCT--TTTGNC-GA--AT-T--TACG--GCCCTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------NT--CTTGTCAG---TACTT---C--T-C---ATAA-CTTCTCGACTGATTTTGNCCAAACTTG-TTA-GGAAT---AGTCAGTATGAANTCCAGTTGCTCTTATCATCATCACGTTCTGCTCCA
gi|1 : TGGGAGCGTATAGAGATGTCTTTATTTGT----TGATCCGTCCATATGCATGCATGTA-TGCCACACTTGCTCTTGTCAGC--TAAACT------------TCTATAAACTTGCTAG--------GGAGTAT-----TGAAGTCTTGTTACACATAT--TGTTA-CTG--CATT-CTGGTCCATCTACA-AT--TAGCTGAATTATGGTCCTTT-------TTTAGTTTTAAGTGTA---A---ATCTCACACTTCCTTGTAAGCTGTAC--CTC----AAGC------AATTTTGGCC-----------------TTGAA--AA-T-CTAGTTGGGCAAATTGTCATCATTTTCTGCTCCATTGACTTTTGGTGCAGTTATGGCCCTGT---------CTTTATTTT-TA--ATGGTAAATCTTGTCAG--------CA-CAG---------CTAAACATTGCAA------TCAGTTTTGTCAAGTACATGTTACGGAGTA---TG---GAAGTCCAGTTTTGTG---TAT--TCT-C-G-TG--ATC-TG--T-----CCA--TTGGTT--TTTACC-----ATAT--TAAG--GATCTTTGA-TAANNNNNN-NNNNNNNN----------------------NN--NNNNNNNN---NNNNN---N--N-N---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNA-AGAATATAAGTTAGTATGAAGTCTAGTTGCTCTTATCATCATCATCCTCTGCTCCA
gi|10 : ATGAAGTCCAATTTTGCA---TAT--TAT-T-GTTG-TATG-TGGAT-----ACA--TTGATT--GTTGACTGA--GT-T--T-TG--GCCCTGTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------GT--CCTGCTAG---CACTTTACT--T-C---CTGG-TGTCTCGACTGATCTTGTCAAAACTTA-TTA-GGA
gi|11 : aatgtgtaagtTGGGAGTG---GGGGGTGACTT-AT--GTCCAT----CTGTCTGTCCTTATGTATGTACTG-AACACTT--TCTTTTCCTCGTTAAATTCTCAACAAATTTTCATCAAACTTGCAAGCGACTATTGG--TAT------GAAGTTCAGTTGCACATAT--TGTCA-TTAGTCATT-TTG
gi|12 : gTTGGC----------------------ATGAAGT-CTAGTAGGGCATATTGTCATCTTGATTGGGGCAAGTGACTTTTGAGGTAGTTGAGGCCCTTT---------AATTATTCC-TA--ATGGTAAACTTTGT
gi|13 : ttcctaaatttgacgaccatattggccaagggagtaATGAAGTCCAACTACGCA---TAT--TGTAT-ATTGTCGTC--GCAT-----TC----CGGTT----------A--AT-TGATATGTCGCATTTTGA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------AT--CCTGTCAaaatctgttatgtatt
gi|14 : aatgtcaaacggtTCTGGTCCACAGACATATGGCAGAGTTATGGTC--------------ATTACTGT-TA--ATAGTTAATCTTGTCAG-----------CA-CTAC---TCCTAAAC-TTTT
gi|15 : TCTCATTAATGGTAAATCT-TTCCTGTACTTCACACTTTCATATCAGCTTTACTTTTC----AGA-T-----GATTTTGGCC-----------------cactcagttgtg
gi|18 : C--CAGCTCTTC-TCCTAAAC-TTCTAA----TCCGATTTTCACCAA--AGTTGCCACAGAGTAT-aaacttttag
gi|2 : TTGACTTTTG------TTGT--CCTTTT---------AGTAATTTT-CA--ATGATATATCTTGTCAG-----------CA-CTACTC---CTAAA-----TAATGTAACCAATTTTGGTCAA--ATATACTAAGGAGTTT-CAGTCTAAAGTCCA-----------TAT--TGC-C-ATAA-TGGT-TGCATTGTGCCCG--TTGATT--TTTGGC-AA--AT-T--TATG--GCCCTTTGA-TTA--TTTT-GA-------------------------------------CAC---TACTC---C--T-----A-AA-CTTCTTGACTGGTTTTGACCAAACTTGTTTG-GGTAT---AG---GTATGAATTTCAGCTGCTCTCACTATCAACACATTCTTCTCCAc
gi|2 : atttgcgtatattgtagACT-------GGTTTTGACCAAACTTGTTTG--------GG--TATAGGTATGAATTTCAGCTGCTCTCAC--TATCA-ACA--CATT-CTTCTCCATCAATTTATAATG--T-AATTACAGCCCTTTA-TTtcaatttataatgtaattacagccctttatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcactagttgaagttgaatgacattgctacaataaggctacaggcacagcgtcgcctgtggagacatttatgtcaacaggcacatttc
gi|3 : atttgcgtatattgtagttgacttttgttgtccttttagtaattttcaatgatatatcttgtcagcactactcctaaataatgtaaccaattttggtcaaatatactaaggagtttcagtctaaagtccatattgccataatggttgcattgtgcccgttgatttttggcaaatttatggccctttgattattttgacactactcctaaacttcttgTCATTTTCTA--ATGGTATATCTTGTCAGCACT---------GCTTCT-A--CTAAAC-TTTT-------CTGATTTTGGCCAC--AATTCAT-GGGAG-ATCTTGAATGAACTCCAAATGTGAA---TAT--CAT-C-ATTG-CATTCTG-AT-----TCA--TTGAAT--TTTT-------AG-T--TACG--GACCTT-GA-TAA--TTTT-AATTGTAA----------------------CT--CTCGTCAG---TACTT---C--TCC---ATAA-CATCTTAACTGACTTCAGCCAGACTTG-TTG-GGAAT---A-TCAGAATGAAGTCCAGGTGCTTTTATCTGCATCCCGTTCAGCTCCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcactagttgaagttgaatgacattgctacaataaggctacaggcacagcgtcgcctgtggagacatttatgtcaacaggcacatttc
gi|3 : TCTTGTCAGCACTGC--TTCTACTAAACTTTTCTGATTTTGGCCACAATTCATGGGAGATCTTGAATGAACT-CCAAATGTGAATATCATCATTGCATTCTGATTCATTGAATTTT----TAGTTACGGACCTTG---------A--TAATTT-TA--ATTGTAACTCTCGTCAGTACTTC-TC--CA-----------TAA-C-ATCTTA----ACTGACTTCAGCCAG--ACTTGTT-GGGAATAT-CAGAATGAAGTCCAG--GTGCT---T-T--TAT-C-----------TGCAT-----CCCGTTCAGCTCCTTTGAT-GATCAG-T--TACG--GTTATTTAA-TTA--TTTTTAATTATAA----------------------TT--TTTGTC--------TT---C--T-----A-AA-CTTTTCCACTTATTATGATCAAACTTG-TTA-Gtttgatgatcagttacggttatttaattatttttaattataatttttgtcttctaaacttttccacttattatgatcaaacttgttagtcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|4 : tcattttctaatggtataATGAAATCCAGATATACA---TAT--TGT-T-ATTG-CATT-----------CCT--TAAACT--TTTGGC-AC--AG-T--TTTG--GCCCTTT---------TTT-AATTGAAA----------------------AAAACTTGTGAG---CACTC---T--T-CCTTATAAACTTTTCATCTGATTTTTACCAAACTTG-TTAGGGAAT---ATT--------AATCCAGTTGTTCTTATCATTATAGTGTTGTGCTTCAtcaaatggcattgctacaataagctacaggcaca
gi|4 : ttagtCT-------GATTTTTACCAAACTTGTTAG--------GGAATAT-----T--AATCCAGTTGTTCTTAT--CATTA-TAG--TGTT-GTGCTTCATTGACT-TT--TAGCTTAGTTAttgacttttagcttagttaaatcttgttagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcactgtacaaatggcaaatgccattgctacaatatggtcagagcaaagcaggggcattcatgccaacaggcacattttta
gi|5 : ttagtatgaaatccagatatacatattgttattgcattccttaaacttttggcacagttttggcccttttttaattgaaaaaaacttgtgagcactcttccttataaacttttcatATTTG-CTA-GGGA---------GCATGGATTCTAGTTGCGCATATCATCGTCAaatcttgttagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcactgtacaaatggcaaatgccattgctacaatatggtcagagcaaagcaggggcattcatgccaacaggcacattttta
gi|5 : ttcATGGA-TTCTAGTTGCGCATATCATCGTCATTGTCAGGTCTTTTAACTTTTGG------TATAGCCCTTTTATGTACATAGTTATGTA-TGTCATGCTT--TCTTGTCA------CCTC--TA-CTTTTC-TC--AAAC-TTCTAA----ACTGATTTTTGTCAT--ACTTTCTACAGAATAT-------------CAGTTGCACATGTTGT--TGT-C-ATCA-CG-T-TGGGT-----CCA--TCAACT--TTTGGC-AA--AT-T--TATG--GCCCTTTAA-TAA--TTTT-ttgtcaggtcttttaacttttggtatagcccttttatgtacatagttatgtatgtcatgctttcttgtcacctctacttttctcaaacttctaaactgatttttgtcatactttctacagaatatcagttgcacatgttgttgtcatcacgttgggtccatcaacttttggcaaatttatggccctttaataatttttag
gi|6 : ttcatttgctagggagcCTGAAC-TT-TCG----ACTGATTTTGGCCAA--ACTTTTC----AGT-------ATGAAGTTGAATTGTGCA---TATACCGT-CAATCG-CATTACGGGG-----CCA--TCGAAT--ATTGGC-TA--AC-T--AATG--GCCCTTTAATTCT--TTTT-AATGGTAAATATATTTACGTATTTCACACTTT--CTTGTCAACTCTACTT---CTAT-C----TCA-CTTTTTAAGGGATTTTGTCCAAGCTTG-TCA-GAAAT---Atag
gi|6 : tttctaACT-------GATTTTGGCCAAACTTTTCAG------------TAT------GAAGTTGAATTGTGCATATACCGTCAATCG--CATTACGGGGCCATCGAAT-AT--TGGCTAACTAATGGCCCTTTAATTCTTTTTAATGGTAAATATATTTACGTATTTCACACTTTCTTGTCAACTCTAC--TTC----TATCT-----CACTTTtc
gi|7 : tttctactgaactttcgCATATTGTCATAGTGTTCAGGTACATTTGCTTTTGACAGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAA-ACTTCCTCATCAGCTCCTCATCCTATAC-TTCTAA----ACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCAGTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCAT-----CCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-T--ttaagggattttgtccaagcttgtcagaaatatc
gi|8 : tCATATTGTCATAGTGTTCAGGTACATTTGCTTTTGACAGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAA-ACTTCCTCATCAGCTCCTCATCCTATAC-TTCTAA----ACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCAGTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCAT-----CCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-T--
gi|9 : tCATATTGTCATTGTGTTCAGGTACATTTGCTTTTGACGGAGGAGTGGCCCATT---------ATTTATTAT-TA--GTGGTAAATCA-GTCAA-ACTTCCTCATCAGCTCCTCATCCTATAC-TTCTAA----ACTGATTTTCACCAA--ACTTGCTAGGGAGTAT-TTGAATGGAGTCCAGTTATGTG---TAT--TGT-C-ATTG-TGTT-TGCAT-----CCA--TGAGCT--TTTGCT-GA--AT-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATCTAATGTCATTCTACAATAAGTCTACAAGGGCACAGAGAGGGCATTCATGTCTCAAGGAACATTTCT
Unaligned ( gi|17 ): AAATGGCATTGCTAATAATAGATAATAGGCATTAGTGGGGGCATTCCTGCCATCAGGCACGTTTTTA