lowQualScore : 1 2222222222 1111111111 222222222222 22
lowQualScore : 1 22 1 44444 3333333 0 444 0 6 11 333333333 0 8 2 11 0 0 0 0 111 333333 11 11 11 111 0 111 111 111 6666 0 111 2222222222 1 0 22 3333333333 111 1 11 11 6 222 11 44444444444444444444 888888 111 1 1 1 33333333 4 33 0 111 222222222222 66666666 1 1 2 22222 1 22 222 11 888 22 44
lowQualScore : . .. . ..... ....... . ... . . .. ......... . . . .. . . . . ... ...... .. .. .. ... . ... ... ... .... . ... .......... . . .. .......... ... . .. .. . ... .. .................... ...... ... . . . ........ . .. . ... ............ ........ . . . ..... . .. ... .. ... .. ..
lowQualScore : 1 44 1 88888 4444444 8 666 8 6 11 555555555 8 8 4 99 8 8 8 8 555 555555 22 22 22 555 9 555 555 555 3333 9 555 8888888888 8 9 44 6666666666 777 0 44 33 4 333 33 66666666666666666666 666666 777 0 0 0 55555555 8 77 7 777 666666666666 33333333 1 1 2 99999 2 88 111 88 888 00 55
consensus : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGNTTG--AAATTA----GC---ACAGGACCACA-TGT-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGT-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---NTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGTAAA-TTTTTT
Reference ( gi|12 ) : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGTAAAGTTTTTT
gi|2 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGTA-AAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGTAA--TTTTTT
gi|10 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------TTAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---G--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGTAA--TTTTTTttgtaaaa
gi|14 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTTATTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTATT------ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGTAA--TTTTTTtta
gi|6 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATCAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AC-A--A---AAA--T---AAAA--AGTA---TTTTCT
gi|1 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTAACTAGT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGTA-GTAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATAAGAAGT--GGATAAC--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--AAA--T---A-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGTAAATTTTTTTtttaaaa
gi|9 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGGA-GAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGCTGAAAAGGTTTGTT------ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---A--TATAT-T-TAAA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGTAA--TTTTTTaaaa
gi|3 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATAA----GT---ACAGGACCATA-T-T-T--AAATGTA-AAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATG-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-TAA-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGTACATTTTTTT
gi|11 : AGTGACC-TTCTTATAG-TTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGAA-GAAT-GAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAAATATA--T---A-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGTAAATTTTTTaaaa
gi|8 : gAGTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATCAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---GG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAT--T-G-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T----AAT--AGTAAATTTTTTT
gi|16 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGCT------ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TAATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AC-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T------T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-------AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGTAAATTTTTTaaaa
gi|24 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATAAGAGGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATATAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TTAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---
gi|4 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATAAGAAAT--GGATAAG--A--A---A-AT---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTGTTTTTTATTAG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-T-----AA-A--A---AAA------AAAA--AGTA---TTTTTT
gi|25 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACATGAGTACA-T-T-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-A--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---------------TA---T---G--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTA-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-TGT-A-----AA-A--tttaaaa
gi|7 : AGTGGCC-TTCTTATAGATTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGAA-GAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATAAGAACT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATTAA--T-G-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---A--T---T-T-C-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-T-----TA-A--A---AAA--A---AAAA--TGTAA--TTTT
gi|17 : AGTGACC-TTCTTATAGTTTTTTTTTTTTTTAAA------A-A---C-TAGTTTG--AAATAA----GC---ACAGGGTCACA-TGT-T--AAATGTA-GAA---AAAACTAAGT-A---AACAGTT--AAAGGTTTGTT------ATAAGGAGT--GGATGAG--A--A---G-AG---G---TG---G---ATATATA-A-----G---ATGCA--TAA-ATAAAG--T----A-T--AC---A-AT---A--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---ATTT---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTATTTG---ATTACTATG---A--------T--------AT-C-T-T-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--atttaaaa
gi|22 : AGTGACC-TTCTTGTAGATTTTTTTTA----AAA------A-AAC-T--AGTTTG--AAATAA----GC---ACAGGGCCACA-T-GAT--AAATGTA-GAAT-AAACAT-AAGT-T---AACAGTT--AAAGGTTTGTT------ATAAGAAAT--GGATAGG--A--A---T-AG---T---TA---G---ATATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----A-T--AC---A-AT-AAA--AAAAGAA--ATA--T---A-----------CA---T---T--T---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTATTGG---GTTACTATGAT-A--------T--------TT-C-T-A-----AA-A--A---ttaga
gi|19 : AATGACC-TTCTTATAGACGTT---------AAGTAAAATA-A---T-GAGTTTG--AAATTA----GC---ACAGGGCCACA-TGT-T--AAATGTA-GAAT-ACAAAT-AAGT-A---AACAGGT--AAAGGTTTGTTAA----ATAAGAAGT--GGATGAG--A--A---G-AG---G---TG---G---ATATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----A-T--AC---A-AT-AAA--AA--AAG--ATA--C---A-----------TATTTT---T--T---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTAT-------TTACTATG---A--------T--------AT-T-T-T-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--ta
gi|13 : AGTGACC-TTCTTATAGATTCTTTTTT----AAA------A-A---T-AAGTTTG--AAATTA----GC---ACAGGACTAAA-TGT-T--AAATGTA-G----AAAAAC-AATT-AGGTAATACCTGAAAATGTTTGTT------ATAAGCAGT--GGATAAG-----A---G-GG---G---TT---G---ATATATA-AA---GATGCATA------A-ATAAAG--T----A-T--AA---A-AC--CA--AAATAAA--ATA--T---A-----------TA---T---T--T---TAT-T-AA--------ACTCAGTG-TTTTTATTTT---GTTACATTG---AT-------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--tt
gi|50 : AGTGACT-TTCTTATAGATCTTTTTTT----AAA------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ATAGGACCACA-T-C-T--TAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGC-actttttttagaaaat
gi|39 : tgAGTACCC-CTCTTATAGAAATTTGTT-----AAC------A-A---T-AAGTTTA--AAATCA----TT---ACAGGACCACA-TGT-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGT-A---AATAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATGTGA-----GGATA----------------------TG--------CATGTA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAGTTT----A----CATTTA-TT-TAA--AAAAATC--ATA--T---A-----------T-------------------------------A-TCAGTG-TTT
gi|48 : AGT-ACC-CTTTTATAGAAATTTGTTT----AAA------A-AA--T-GAGGTTG--AAATTA----TC---ACAGGACAGCA-TAT-T--AAATGTA-GAAT-GAAAAA-AAGT-A---ATTAATTAAAGAGGTTT-TT------ATAAAAAGC--TGAAAAG--gaat
gi|62 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-
gi|5 : cgGTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATAAGAAAT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-TAA-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGTAAATTTTTTT
gi|20 : GTGACC-TTCTTATAGATTTTTTTTT----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG----A--T---A-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCGGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---------------------------------------------AA--T---AAAA--AGTAAAATTTTTTaaaa
gi|32 : GACC-TTCTTACAGATTTTTAAC-----AAA------A-A---T-GAGTTTG--AAAATA----GC---ACAGGACAACA-T-T-T--AAATGTA-AAAT-AAAAAT-AAGT-A---AACAGTTAAACAAGTTTGTT------ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---ATATATA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAG--T----A-a
gi|21 : ACT-TTCTAATAGAAATTTGTTA----AAA------A-A---T-TAACTTA--AAATTA----TT---ACAGGACCATA-TGT-T--CAATGTA-GAAT-GAAAAT-AAGT-A---AATAGTTGAAAATATTTGTT------ATAAAAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---ATATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAGG--T----T-T--AA---A-AT-AAA--AAA------ATACCT---T-----------TT---T---T--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-GTACTAT------GTCATT------A--------T--------TT-T-C-A-----AA-AATA---AAA--TTTGAAAA--Ataagtgtttttttaagtgttaatatctttaaaaaaataaaattagaaacaata
gi|23 : aACCATTTTTATAGAAATTAATT-----AAC------A-A---TTGAGGTTG--AAATTA----TC---ACAGGTCTAAA-T-GAT--AAATGTA-GAAT-AAAGAT-AAAT-A---AATA-TTTCAAAGATTTGTT------ATAAGACGT--GGATACG--A--A-----AA---G---CG---G---GTATATA-GA----A---ATGCATTT-ATATACTT--T----A-A--TA---T-AT-ATA--AAA------AC------------------------T---A--T---T-T-T-TA--------A-TCAG-G-GTTTTATTTG---GTTACTGTGTCAA--------T--------TT-T-T-A-----TA-T--A---AAA--T---AAAA--Aaa
gi|44 : tCC-CTCTTATAGAAATTTGTTA----AAA------A-A---T-GAGTTTA--AAATCA----TT---ACAGGACCACA-TGT-T--AAATGTA-GAAT-GAAAAC-AAGT-A---AATAGTTGAAAAGGTTTGTT------ACAAGATGC--GAATAAG--G--ACGTG-AG---GATATG--------CATGTA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAG--T----aaa
gi|33 : atCT-TTCATATAGAAATTGGTTA----AAA------A-A---T-GAGTCTG--AAATTA----TC---ACAGAA----------------------GAT-AAAGGT-AAGT-A---AATAGTTGAAATGGTTTGTT------ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---A---TG---G---GTATATATAA---AA---ATGCAT-T-A-ATAAAA--T----T-T--AA---A-AT-ATA--AAA-AAA--AT-------------------TT---T---T--T---T-T-T-TA--------A-TCAGTG--TTTTAATTG---GTTACTATGTAAA--------T--------TT-T-T-
gi|18 : CC-TTCTTATAGAAATTTGTTA----AAA------A-A---T-GAGTGTG--AAATGA----TC---ACAGGACCATAATGT-T--AAATGTA-GAAT-AAAACT-AAGT-T---ATTAGTTGAAAAGTTTTGTT------ATAAGAAGC--AGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---GATATAATATA-AA---G----ATGCA--T----TAATG--C----A-GTTTA---C-AT-TAA--AA-------ATG--T---------------TA---T---A--T---T-------------------AGTG--TTTAAATTG---GTTACTATGTC-A--------TTATTTATATT-T-T-A-----AT-G--A---AAA--TTGGAAAA--ATTAAgtt
gi|49 : tacCC-CTCT-ATAGAAATTTGTTA----AAA------A-A---T-GAGTTTA--AAATCC----TT---ACAAGACCACA-TGT-T--AAATGTA-GAAT-GGAAAA-AAGT-A---AATAGTTGAAAAGGTTTGTT------AT
gi|58 : tacCC-TTCTTATAGAAATTTGTT-----AAA------A-A---T-GAGTTTG--AAATTA----TC---ACAGGACCAgtgagg
gi|52 : tacCC-TTCTTACAGAAATTTGTTA----AAA------A-A---T-GAGTTTG--AAAT---------------GATCACA-TGT-T--AAATGT--------AAAAT-AAGT-A---AAAAGTT
gi|59 : aacCC-TTCTTACCGATTTTTT-------AAA------A-AATAT-GTGTTTG--AAATTA----GC---ACAGGACC
gi|27 : gC-TTCTTATGGAATTTTGTTA----AAA------A-T---T-GAGTTTG--AAATGA----TC---ACAGGACTGTA-T-GAT--AAATGTA-GAAT-AAAAAT-AAGT-A---AATAGTTCAAA-GGTTTGTT------ATAAGAAGT--GGACACG--A--A---G-AG---A---TG---G---GTATATA-AA---G----ATACAT-T-G-ATAAAG--T--------------T-AT-AAA-----------GTA--T---A---------------------------------AA--------A-ACA-TT-TTTTTA-TTG---GTTAATATGTC-ATTT-----T--------TT-T-T-A-----AA-A--AATGAAA--T---AAGA--Ag
gi|15 : C-TTCTTATAGAAGTTGTTAC----AA-------A-A---T-GAGTTTG--AAATGC----TC---ACAGGGTCACA-TGT-C--AAATGCA-CAATGAAAAAT-TAGT-A---AATAGTTGAAAACGCTTGTT------ATAAGATTT--GGATAAGCTA--A---G-AATATG---TG---G---ATATATA-AA---GG---TGGAG--T-A-ATAAAG--T------T--CA---C-AT-TAA--AA-------ATA--T---ATTTTTTTCAATTA---T------T---T-T-T-CA--------A-TCAGT--TTTTTAATTT---GTTACTATGTTTATAGCT---T--------TT-T-T-A-----AA-A--G---AAA--T---AAAaaaa
gi|43 : TCTTATAGAAATTTGTTA----AAA------A-A---A-GAGTTTA--AAAATA----TT---ACAGGAACACA-TGT-C--AAATGTA-GAAT-GAAAAC-AAGT-A---AATAGTTGAAAAGGTTTGTT------AT-----GTCAGGATA----------------------TG--------CATGTA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAG--T----
gi|36 : cTATAGAAATTTATTA----AAGT-----A-A---T-GAGTTTG--AAATTA----TC---ACCGGATGACA-G-G-T--ACACTTAAGAAT-GAAAAT-GAGT-A---AATATATGAAAAGGTTTGTA------ATAGGAATT--TGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---ATATATA-GA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--TTT--A----CA---A--T-AAA--AAA--------------------------------T---A--T---T---------------A-TCAGTG-TTTTAATT-G---GTTACTATGTCAA--------T--------TT-T-ttacatggattaaaataaatc
gi|40 : TATAGAAATTCGTTT----AAA------A-A---T----ATTGTGAAATGA----TC---ACAGAACCATA-TGT-T--AAATGTA-GAAT-GAAAAT-AAGT-A---AATAGTTGAAAAGGTTTGTT-------------------ATAAG--A--A---G-AG---G---TC---G---ATATATA-AA---GATGCATAAA--T------AAG--T-----------------T-TAC--ATTTAAG--ATA------A-----------TC---TTG-A--T---T-T-T--A--------A-TCGGTG---TTAAATTG---GTTACTATG---
gi|53 : TTTTTTTT----AA-------A-A---T-GTGTTTG--AAATTA----GC---ACAGGGCCACA-TGT-T--AAATGTA-GAAT-AAAATA-AAGT-----AACAGTT
gi|35 : agTTCTTAT----AGG------A-A---T-GTGTTAA--AAATTA----GTTTGACATAATTATA-T-T-TTCAATTTTA-GAAT-GAAAAA-AGAT-A---AATAG------A----TGCC------A------GT--GGATAAG--A--A---ATAG---G----G---G---ATATATG-CA---GATGCAT-----T-G-ATAAAG--T------T--TA---T-AT-TAA--AAA-----------C---A-----------TA---T---A--T---T-T-T-TA--------A-TCAGTG--TTTTAATTA---GTTACTTTG---a
gi|37 : ccTT----AAA------A-T---T-GAGTTTG--AAATTA----TC---ACAGGGCCACA-TGT-T--AAATGTA-------AAAAT-GAAT---------TTTAAAAAGGTTTGTT------ATAAGAAGT--GAAAAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---ATATATA-AA---GA---TTCAT--T-T-ATAAAG--T------T--TA---C-AT-TAA--AACAAAA--A--------------------------------------T-T-AA--------A-TCAGTG--CTTTAATTG---GTTACTATGTC-A--------G--------TT-T-T-A-----GA-A--A---AAG--T---Atcaattatctttttattttaaa
gi|29 : taTT----AAA------A-AAT-T-GAGTTTG--AAATTA----TC---ACAGGATCACA-TGT-T--CAATGAA-GAAT-AAAAAT-AAGT-A---ACTAGTTGGAGTGGTTTG--------ATAAGAAAT--GGATAAG--A--T---G-A------------------TATATA-AT---GATGCAT-----T-A-ACAAAG--TTTACA-A--TA---ATAT-AAA--AAA-------------------------------------------------AA--------A-TTGGTG--TTTTAATTG---GTTACCATG---ttagaaaa
gi|28 : gtatctttcttaaaaaaaaaagg----AAG------A-A---T-GAGATTG--AAATTA----GT---ACAGGACCACA-T-T-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGC-A---AACAGTTGAAAAGGTTTGTT------ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---T--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGTAA--TTTTTTtaaaaccttttttttatat
gi|34 : ----AAG------A-A---T-GAGTTTG--AAATTA----TC---ACCGGATCACA-TGT-T--CAATGAA-GAAT-GAAAAT-GAGT-A---AATAGATGAAAAGGTTTGTA------ATAAGAATT--TGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---ATATATA-GA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----T-T--AA---A-AT-AAA--AA-------ATA------------------------------------T-T-AA--------A-TCAGTG--TTTTAATTG---GTTACTATGTCAA--------T--------TT-T-
gi|41 : tattgaaatgtattaa----AAG------ACA---T-G-GTTTG--AAATAA----AT---ACAGGATCATA-T-T-TT-AAATGTA-GAAT-AAAAAC-AAGT-A---AATAGTTGAATAAATTGAAT------GTAA--------GACAAA--AACA---G-AG---G---TG---T---ACAAATA-AA---Gg
gi|31 : tccacagcaattgtaa----AAA------A-A---T-GTGTTTT--AAAGTA----ATC--ACAGGAACACA-TGC-T--AAATTTA-GAAT-GAAAAT-AAGT-A-------GTTGAA----TTTTTTCTTTTTATAAGAAGT--GGATAAG--T--A---G-AA---G---TGAATA---TAATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAAGTTT----A-A--AA---T-AT-AAA--AAAAAAA--ATG--T---G-----------TT---C---A--T---T-TCT-AA--------A-TCAGTG-TTTAAATTT-----TT------------------T--------TTGT-T-A-----AATA--G---AAA--TCG-AAAA--Atttactttaaaatatgttgtttcttattttagttcagaaatttaattgtttact
gi|57 : ----AAA------A-A---C-GAGTTTG--AAATTA----TC---ACAGGACCACA-TGT-T--AAtt
gi|60 : ta---T-GAGCTTG--AAATGA----TC---ACAGGATTACA-TGT-T--AAATGTA-AAGT-Agaacgatttttataggtttttta
gi|26 : -GAGTTTG--AAATTA----GC---ACAGGGCCACA-TGT-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAT-ATGTTA---AACAGTT--AAAGGTTTGTT------ATAAGAAGT--TGACAGG--A--A---G-AG---G---TG---G---ATATATA-AT---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----ATA--CA---A-TT---A--AAACAAG--ATA--T---A-----------TATTTT---T--T---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTATTTA---GTTACTAAG---A--------TAA------TT-C-T-ATTTCTAA-A--A---AAA--T---AAAA--tgt
gi|54 : -GAGTTTG--AAATTA----TC---ATAGGACCACA-TGT-T--AAATGTA-GAAT-GAAAAT-AAGT-A---AATAGTTGAAAAGGTTTGttagaaaa
gi|30 : TTA----GG---ACAGAAGTCCA-TGT-T--AAATGTA-GAAT-AAAAAT-AGGT-G---AATTATTGAAAAGGTTTGTT------AT---AAGT--GGATAAG--A--A---G-CG---G---TG---G---ATATAT--AA---GG---ATACAT-T-A-ATAAAG--T-----------------T-TAA--AAAG--------------A-----------TC---T---T--T---T-T-T-AATTTTTTTTA-TCAGTG-TTTCCATT-----GTTTCTATAT--A--------TG-------TG-T-T-A-----AA-AT-A---AGA--TTACAAAA--A
gi|47 : accattcttacagaaatgtg-AAAT-A---AATAGTTGAAATGGTTTGAA------ATAAGAA-C--GAATAAA--A--A---G-A------------------TGCATA--------------------A-ATAAAG--T----A-T--AC---A-AT-GAA------AAC--ATA------A-----------TC---T---A--T---T-T-T-CA--------A-GTAGTG--TTTCATTTG---GTTAATATG---aat
gi|42 : tcgaaggaccacatgttgGTTGGAAAGGTTTGTT------ATAAGAAGT--GGATAAG--G--A---A-AG---G---TG---G---ATGCAT-------------TACC--T-A-ATGGAG--T------T--TA---A-AT-TAA--AAA-AAA--ATC--T---T-----------CT---T---T--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTATAA--TG---GTTACTATT---ACAATTATTT--------TT-T-T-G-----AT-A--A---AAT--T---AGAA--A--AAAATTta
gi|38 : tgtaatttatgGTTTATT------ATAAGAATT--AAGTAAG--A--A---G-AT---A---TG---G---TTATATA-A-----A---ATGCA--TGA-ATGAAG--T----------------TT-ACATTAAAGAAT--ATA--TTAAA-----------T----T---T--T---T-T-T-TA--------A-TCTGTG--TTTTAATTG---GTTGTTATGTC-A--------T--------TT-T---------AA-A--A---AAA--T---AAAATTAG-AAAATT
gi|45 : gtttattataagaattaaataagaagaggtggttatataaactTT------GTAAGAAGT--GGATAAG--A--A---A-AG---G---TG---A---ATATATA-AAACTGC---AT-----T-A-ATAAAG--T------T--TA---C-AT-TAA--AAA------ATA--T---A-----------TA---TTTGT--T---T-T-T-AA--------A-TCAATG-CTTTAAATTG---GTTACTATGTCAA--------T--------TT-T-T-
gi|46 : t------ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G---TG---G---TTATATA-AA---GA---TTAAA--T-A-ATAAAG--T----A-A--CA---A-AT-AAA--AAAGAAG--ATA--T---A-----------TA---T---T--T---T-T-T-AA--------A-CCAGTG-TTTATAATTG---GTTACTATG---CTTTT----T--------TT-T-T-A-----AA-A--G---AAAATT---AAAA--Attttatatagaattaaaaa
gi|32 : AGTG-TTTTT--TTAAGTGTTA--AT----A--------T--------CT-T-T-A-----AA-A------AAA--T---AAAA--
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|51 ): ATAGTCTAGAACTCGTATTTACAAGAAGTGAATAAGAAGAGTGGGTATATAAAATGCATTAATATAGTTTAAAACATAA
Unaligned ( gi|55 ): ATAAATCAATGTTTTAATTGGTTACTGTGTCATTATTTTAAAAATAAAATTAGAAAAATTAAAC
Unaligned ( gi|56 ): CATGTAAAGATGCATTAATAAAGTTTACATAAATTAAAAAAAATCTTTTACATCAGTGTTTTAA
Unaligned ( gi|61 ): TTTTTATAGAAATTTGTTAAAAAAAAAGAGTTTGAAAATGTT
Alignments
lowQualScore : 1 2222222222 1111111111 222222222222
lowQualScore : 1 11 22 66666 333333 0 444 0 1 3333333 0 0 0 0 0 0 0 111 111 222222 11 11 11 11 111 0 111 0 1 222 0 111 0000000000 1 0 22 3333333333 111 0 0 11 0 6 222 11 44444444444 444 888888 111 0 0 0 33333333 4 33 0 111 111111111111 66666666 1 1 2 22222 1 22 222 11 888 11 66 2
lowQualScore : . .. .. ..... ...... . ... . . ....... . . . . . . . ... ... ...... .. .. .. .. ... . ... . . ... . ... .......... . . .. .......... ... . . .. . . ... .. ........... ... ...... ... . . . ........ . .. . ... ............ ........ . . . ..... . .. ... .. ... .. .. .
lowQualScore : 1 99 44 88888 222222 8 555 8 0 4444444 8 9 8 8 8 8 8 444 555 444444 11 11 11 11 555 8 555 8 9 999 8 555 1111111111 7 9 33 1111111111 666 9 4 33 9 0 000 33 44444444444 999 222222 666 9 9 9 44444444 7 44 5 666 999999999999 22222222 0 0 2 99999 1 77 111 77 555 99 00 5
consensus : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGNTTGAAATTAG-C----ACAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-TA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGNT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTT
Reference ( family-634 ) : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGNTTGAAATTAG-C----ACAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-TA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGNT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTT
gi|1 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAA-CTAGTACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GTAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAC--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--AAA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTT
gi|10 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--TTAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---G--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AATTTT-TTTtaaaa
gi|11 : AGTGACC-TTCTTATAG-TTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGA-A-GAAT-GAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAAATATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTTta
gi|12 : gAGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAAGTT-TTT
gi|13 : AGTGACC-TTCTTATAGATTCTT-TTTT----AAA------A-A---T-AAGTTTGAAATTAG-C----ACAGGACTAAA-TGTTAAATGT-A-G----AAAAAC-AAT-TAGGTAATACCTG---AAAATGT------TTGTT--ATAAGCAGT--GGATAAG-----A---G-GG---G-TTGAT---ATATA-AA---GATGCATA------A-ATAAAG--T----A-T--AA---A-AC-CA--A-AATAAA--ATA--TA-----------TA---T---T--T---TAT-T-AA--------ACTCAGTG-TTTTTATTTT---GTTACATTG---AT-------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--t
gi|14 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-ATTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTATT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT--AATTT-TTTactttttttagaaaat
gi|15 : C-TTCTTATAGAAGTTG-TTAC----AA-------A-A---T-GAGTTTGAAATGCT-C----ACAGGGTCACA-TGTCAAATGC-A-CAATGAAAAAT-TAG-TA---AATAGTTG---AAAACGC------TTGTT--ATAAGATTT--GGATAAGCTA--A---G-AATATG-TGGAT---ATATA-AA---GG---TGGAG--T-A-ATAAAG--T------T--CA---C-ATTAA--A-A-------ATA--TATTTTTTTCAATTA---T------T---T-T-T-CA--------A-TCAGT--TTTTTAATTT---GTTACTATGTTTATAGCT---T--------TT-T-T-A-----AA-A--G---AAA--T---AAA
gi|16 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTT-----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGCT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTA---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ACAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T------T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-------AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTT
gi|17 : AGTGACC-TTCTTATAGTTTTTT-TTTTTTTTAAA------A-A---C-TAGTTTGAAATAAG-C----ACAGGGTCACA-TGTTAAATGT-A-GAA---AAAACTAAG-TA---AACAGTT-----AAAGGT------TTGTT--ATAAGGAGT--GGATGAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-A-----G---ATGCA--TAA-ATAAAG--T----A-T--AC---A-AT--A--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---ATTT---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTATTTG---ATTACTATG---A--------T--------AT-C-T-T-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--
gi|18 : CC-TTCTTATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTGTGAAATGAT-C----ACAGGACCATAATGTTAAATGT-A-GAAT-AAAACT-AAG-TT---ATTAGTTG---AAAAGTT------TTGTT--ATAAGAAGC--AGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGATATAATATA-AA---G----ATGCA--T----TAATG--C----A-GTTTA---C-ATTAA--A-A-------ATG--T------------TA---T---A--T---T-------------------AGTG--TTTAAATTG---GTTACTATGTC-A--------TTATTTATATT-T-T-A-----AT-G--A---AAA--TTGGAAAA--ATT-AAttaga
gi|19 : tacAATGACC-TTCTTATAGACGTT----------AAGTAAAATA-A---T-GAGTTTGAAATTAG-C----ACAGGGCCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-ACAAAT-AAG-TA---AACAGGT-----AAAGGT------TTGTTAAATAAGAAGT--GGATGAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----A-T--AC---A-ATAAA--A-A--AAG--ATA--CA-----------TATTTT---T--T---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTAT-------TTACTATG---A--------T--------AT-T-T-T-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--
gi|2 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-AAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AATTTT-TTTtt
gi|20 : GTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG----A--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCGGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---------------------------------------------AA--T---AAAA--AGTAAAATTT-TTTtgtaaaa
gi|21 : ACT-TTCTAATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-TAACTTAAAATTAT-T----ACAGGACCATA-TGTTCAATGT-A-GAAT-GAAAAT-AAG-TA---AATAGTTG---AAAATAT------TTGTT--ATAAAAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAGG--T----T-T--AA---A-ATAAA--A-AA------ATACCTT-----------TT---T---T--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-GTACTAT------GTCATT------A--------T--------TT-T-C-A-----AA-AATA---AAA--TTTGAAAA--Aa
gi|22 : aAGTGACC-TTCTTGTAGATTTTT-TTTA----AAA------A-AAC-T--AGTTTGAAATAAG-C----ACAGGGCCACA-TGATAAATGT-A-GAAT-AAACAT-AAG-TT---AACAGTT-----AAAGGT------TTGTT--ATAAGAAAT--GGATAGG--A--A---T-AG---T-TAGAT---ATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----A-T--AC---A-ATAAA--A-AAAGAA--ATA--TA-----------CA---T---T--T---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTATTGG---GTTACTATGAT-A--------T--------TT-C-T-A-----AA-A--A---aa
gi|23 : ACCATTTTTATAGAAATTA-ATT-----AAC------A-A---TTGAGGTTGAAATTAT-C----ACAGGTCTAAA-TGATAAATGT-A-GAAT-AAAGAT-AAA-TA---AATA-TTT---CAAAGAT------TTGTT--ATAAGACGT--GGATACG--A--A-----AA---G-CGGGT---ATATA-GA----A---ATGCATTT-ATATACTT--T----A-A--TA---T-ATATA--A-AA------AC---------------------T---A--T---T-T-T-TA--------A-TCAG-G-GTTTTATTTG---GTTACTGTGTCAA--------T--------TT-T-T-A-----TA-T--A---AAA--T---AAAA--Ata
gi|24 : tAGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAGGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATATAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TTAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---aaa
gi|25 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACATGAGTACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-A--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--T------------TA---T---G--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTA-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-TGT-A-----AA-A--
gi|26 : -GAGTTTGAAATTAG-C----ACAGGGCCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAT-ATGTTA---AACAGTT-----AAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--TGACAGG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AT---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----ATA--CA---A-TT--A--A-AACAAG--ATA--TA-----------TATTTT---T--T---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTATTTA---GTTACTAAG---A--------TAA------TT-C-T-ATTTCTAA-A--A---AAA--T---AAAA--
gi|27 : C-TTCTTATGGAATTTT-GTTA----AAA------A-T---T-GAGTTTGAAATGAT-C----ACAGGACTGTA-TGATAAATGT-A-GAAT-AAAAAT-AAG-TA---AATAGTT----CAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGACACG--A--A---G-AG---A-TGGGT---ATATA-AA---G----ATACAT-T-G-ATAAAG--T--------------T-ATAAA------------GTA--TA---------------------------------AA--------A-ACA-TT-TTTTTA-TTG---GTTAATATGTC-ATTT-----T--------TT-T-T-A-----AA-A--AATGAAA--T---AAGA--Attagaaaa
gi|28 : ----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---T--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT--AATTT-TTTaaaa
gi|29 : TT----AAA------A-AAT-T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACAGGATCACA-TGTTCAATGA-A-GAAT-AAAAAT-AAG-TA---ACTAGTTG---GAGTGGT------TTG----ATAAGAAAT--GGATAAG--A--T---G-A----------T---ATATA-AT---GATGCAT-----T-A-ACAAAG--TTTACA-A--TA---ATATAAA--A-AA----------------------------------------------AA--------A-TTGGTG--TTTTAATTG---GTTACCATG---
gi|3 : gtatctttcttaaaaaaaaaaggAGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATAAG-T----ACAGGACCATA-T-TTAAATGT-A-AAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATG-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-TAA-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-ACATTT-TTTtaaaaccttttttttatat
gi|30 : TTAG-G----ACAGAAGTCCA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAT-AGG-TG---AATTATTG---AAAAGGT------TTGTT--AT---AAGT--GGATAAG--A--A---G-CG---G-TGGAT---ATAT--AA---GG---ATACAT-T-A-ATAAAG--T-----------------TTAA--A-AAG-----------A-----------TC---T---T--T---T-T-T-AATTTTTTTTA-TCAGTG-TTTCCATT-----GTTTCTATAT--A--------TG-------TG-T-T-A-----AA-AT-A---AGA--TTACAAAA--Ataaaa
gi|31 : accattcttacagaaatgtg----AAA------A-A---T-GTGTTTTAAAGTAATC----ACAGGAACACA-TGCTAAATTT-A-GAAT-GAAAAT-AAG-T-------AGTTG---AA----TTTTTTCTTTTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--T--A---G-AA---G-TGAATATAATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAAGTTT----A-A--AA---T-ATAAA--A-AAAAAA--ATG--TG-----------TT---C---A--T---T-TCT-AA--------A-TCAGTG-TTTAAATTT-----TT------------------T--------TTGT-T-A-----AATA--G---AAA--TCG-AAAA--Aaat
gi|32 : GACC-TTCTTACAGATTTTT-AAC-----AAA------A-A---T-GAGTTTGAAAATAG-C----ACAGGACAACA-T-TTAAATGT-A-AAAT-AAAAAT-AAG-TA---AACAGTTA---AACAAGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAG--T----A-tt
gi|32 : AGTG-TTTTT--TTAAGTGTTA--AT----A--------T--------CT-T-T-A-----AA-A------AAA--T---AAAA--taagtgtttttttaagtgttaatatctttaaaaaaataaaattagaaacaata
gi|33 : gaccttcttacagatttttaacaaaaatgagtttgaaaatagcacaggacaacatttaaatgtaaaataaaaataagtaaacagttaaacaagtttgttataagaagtggataagaagaggtggatatataaagatgcactaataaagtataCT-TTCATATAGAAATTG-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTCTGAAATTAT-C----ACAG-------------------A-AGAT-AAAGGT-AAG-TA---AATAGTTG---AAATGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---A-TGGGT---ATATATAA---AA---ATGCAT-T-A-ATAAAA--T----T-T--AA---A-ATATA--A-AA-AAA--AT----------------TT---T---T--T---T-T-T-TA--------A-TCAGTG--TTTTAATTG---GTTACTATGTAAA--------T--------TT-T-T-ttagaaacaata
gi|34 : ----AAG------A-A---T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACCGGATCACA-TGTTCAATGA-A-GAAT-GAAAAT-GAG-TA---AATAGATG---AAAAGGT------TTGTA--ATAAGAATT--TGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-GA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----T-T--AA---A-ATAAA--A-A-------ATA---------------------------------T-T-AA--------A-TCAGTG--TTTTAATTG---GTTACTATGTCAA--------T--------TT-T-gtt
gi|35 : tattgaaatgtattaaTTC-TTAT----AGG------A-A---T-GTGTTAAAAATTAG-TTTG-ACATAATTATA-TTTTCAATTTTA-GAAT-GAAAAA-AGA-TA---AATAG---------A----------TGCC--A------GT--GGATAAG--A--A---ATAG---G--GGAT---ATATG-CA---GATGCAT-----T-G-ATAAAG--T------T--TA---T-ATTAA--A-AA-----------CA-----------TA---T---A--T---T-T-T-TA--------A-TCAGTG--TTTTAATTA---GTTACTTTG---g
gi|36 : ccTATAGAAATTT-ATTA----AAGT-----A-A---T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACCGGATGACA-GGT-ACACTT-AAGAAT-GAAAAT-GAG-TA---AATATATG---AAAAGGT------TTGTA--ATAGGAATT--TGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-GA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--TTT--A----CA---A--TAAA--A-AA-----------------------------T---A--T---T---------------A-TCAGTG-TTTTAATT-G---GTTACTATGTCAA--------T--------TT-T-tcaattatctttttattttaaa
gi|37 : TT----AAA------A-T---T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACAGGGCCACA-TGTTAAATGT-A-------AAAAT-GAA-T--------TTTA---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GAAAAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AA---GA---TTCAT--T-T-ATAAAG--T------T--TA---C-ATTAA--A-ACAAAA--A-----------------------------------T-T-AA--------A-TCAGTG--CTTTAATTG---GTTACTATGTC-A--------G--------TT-T-T-A-----GA-A--A---AAG--T---A
gi|38 : taAAT-AAGAAG-AGG-TG-------GTTATATAAACTGT------TTATT--ATAAGAATT--AAGTAAG--A--A---G-AT---A-TGGTT---ATATA-A-----A---ATGCA--TGA-ATGAAG--T----------------TTACATTA-AAGAAT--ATA--T------------TAAATT---T--T---T-T-T-TA--------A-TCTGTG--TTTTAATTG---GTTGTTATGTC-A--------T--------TT-T---------AA-A--A---AAA--T---AAAATTAGA-AAATTttagaaaa
gi|39 : gtttattataagaattaAGTACCC-CTCTTATAGAAATTT-GTT-----AAC------A-A---T-AAGTTTAAAATCAT-T----ACAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATGTGA-----GGATA--------------------TG--C---ATGTA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAGTTT----A----CATTTA-TTTAA--A-AAAATC--ATA--TA-----------T-------------------------------A-TCAGTG-TTT
gi|4 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAAT--GGATAAG--A--A---A-AT---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--AAAAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTGTTTTTTATTAG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-T-----AA-A--A---AAA------AAAA--AGT---ATTT-TTTgaat
gi|40 : TATAGAAATTC-GTTT----AAA------A-A---T--ATTGTGAAATGAT-C----ACAGAACCATA-TGTTAAATGT-A-GAAT-GAAAAT-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAA-------------G--A--A---G-AG---G-TCGAT---ATATA-AA---GATGCATAAA--T------AAG--T-----------------TTAC--A-TTTAAG--ATA---A-----------TC---TTG-A--T---T-T-T--A--------A-TCGGTG---TTAAATTG---GTTACTATG---tttaaaa
gi|41 : ----AAG------ACA---T-G-GTTTGAAATAAA-T----ACAGGATCATA-TTTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-TA---AATAGTTG---AATAAAT------TGAAT--GTAA--------GACAAA--AACA---G-AG---G-TGTAC---AAATA-AA---G
gi|42 : tccacagcaattgtaaGTTG---GAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--G--A---A-AG---G-TGGAT---GCAT-------------TACC--T-A-ATGGAG--T------T--TA---A-ATTAA--A-AA-AAA--ATC--TT-----------CT---T---T--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTATAA--TG---GTTACTATT---ACAATTATTT--------TT-T-T-G-----AT-A--A---AAT--T---AGAA--AA--AAATTtttactttaaaatatgttgtttcttattttagttcagaaatttaattgtttact
gi|43 : tgtaatttatgTCTTATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---A-GAGTTTAAAAATAT-T----ACAGGAACACA-TGTCAAATGT-A-GAAT-GAAAAC-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--AT-----GTCAGGATA--------------------TG--C---ATGTA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAG--T----
gi|44 : cCC-CTCTTATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTTTAAAATCAT-T----ACAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-GAAAAC-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ACAAGATGC--GAATAAG--G--ACGTG-AG---GATATGC---ATGTA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAG--T----ttacatggattaaaataaatc
gi|45 : atTT--GTAAGAAGT--GGATAAG--A--A---A-AG---G-TGAAT---ATATA-AAACTGC---AT-----T-A-ATAAAG--T------T--TA---C-ATTAA--A-AA------ATA--TA-----------TA---TTTGT--T---T-T-T-AA--------A-TCAATG-CTTTAAATTG---GTTACTATGTCAA--------T--------TT-T-T-
gi|46 : t--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---TTAAA--T-A-ATAAAG--T----A-A--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---T--T---T-T-T-AA--------A-CCAGTG-TTTATAATTG---GTTACTATG---CTTTT----T--------TT-T-T-A-----AA-A--G---AAAATT---AAAA--Attttatatagaattaaaaa
gi|47 : AGGACCACA-TGTTGAA--------------------A-TA---AATAGTTG---AAATGGT------TTGAA--ATAAGAA-C--GAATAAA--A--A---G-A------TGCAT---AAATA-AA---G-----TATA--C-A-ATGAA--------------------------------AAC--ATA---A-----------TC---T---A--T---T-T-T-CA--------A-GTAGTG--TTTCATTTG---GTTAATATG---
gi|48 : tcgaAGT-ACC-CTTTTATAGAAATTT-GTTT----AAA------A-AA--T-GAGGTTGAAATTAT-C----ACAGGACAGCA-TATTAAATGT-A-GAAT-GAAAAA-AAG-TA---ATTAATTA---AAGAGGT------TT-TT--ATAAAAAGC--TGAAAAG--ta
gi|49 : CC-CTCT-ATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTTTAAAATCCT-T----ACAAGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-GGAAAA-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--AT
gi|5 : tacGTGACC-TTCTTATAGATTTTTT-TTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAAT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-TAA-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTTgtgagg
gi|50 : AGTGACT-TTCTTATAGATCTTT-TTTT----AAA------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ATAGGACCACA-TCTT-AATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-taaaa
gi|51 : tgTT--ACAAGAAGT--GAATAAG--A--A---G-A----G-TGGGT---ATATA-A-----A---ATGCAT-T-A-ATATAG--T----c
gi|52 : atagtctagaactcgtatCC-TTCTTACAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTTTGAAAT-------------GATCACA-TGTTAAATGT---------AAAAT-AAG-TA---AAAAGTTttaaaacataa
gi|53 : aacTTTT-TTTT----AA-------A-A---T-GTGTTTGAAATTAG-C----ACAGGGCCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAATA-AAG-T----AACAGTT
gi|54 : ag-GAGTTTGAAATTAT-C----ATAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-GAAAAT-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGa
gi|57 : ----AAA------A-A---C-GAGTTTGAAATTAT-C----ACAGGACCACA-TGTTAA
gi|58 : taCC-TTCTTATAGAAATTT-GTT-----AAA------A-A---T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACAGGACCAgaacgatttttataggtttttta
gi|59 : tacCC-TTCTTACCGATTTTT-T-------AAA------A-AATAT-GTGTTTGAAATTAG-C----ACAGGACC
gi|6 : gAGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATCAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AC-A--A---AAA--T---AAAA--AGT---ATTT-TCTg
gi|60 : ---T-GAGCTTGAAATGAT-C----ACAGGATTACA-TGTTAAATGT-A-AAGT-Atttaaaa
gi|62 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-tgt
gi|7 : cgAGTGGCC-TTCTTATAGATTTTT-TTT-----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGA-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAACT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATTAA--T-G-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-C-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-T-----TA-A--A---AAA--A---AAAA--TGT-AATTTTATTT
gi|8 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATCAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-GGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAT--T-G-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T----AAT--AGT-AAATTT-TTTaaaa
gi|9 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGG-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGCTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--TATAT-T-TAAA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT--AATTT-TTTtaaaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|55 ): ATAAATCAATGTTTTAATTGGTTACTGTGTCATTATTTTAAAAATAAAATTAGAAAAATTAAAC
Unaligned ( gi|56 ): CATGTAAAGATGCATTAATAAAGTTTACATAAATTAAAAAAAATCTTTTACATCAGTGTTTTAA
Unaligned ( gi|61 ): TTTTTATAGAAATTTGTTAAAAAAAAAGAGTTTGAAAATGTT
Alignments
lowQualScore : 1 2222222222 1111111111 222222222222
lowQualScore : 1 11 22 66666 333333 0 444 0 1 3333333 0 0 0 0 0 0 0 111 111 222222 11 11 11 11 111 0 111 0 1 222 0 111 0000000000 1 0 22 3333333333 111 0 0 11 0 6 222 11 44444444444 444 888888 111 0 0 0 33333333 4 33 0 111 111111111111 66666666 1 1 2 22222 1 22 222 11 888 11 66 2
lowQualScore : . .. .. ..... ...... . ... . . ....... . . . . . . . ... ... ...... .. .. .. .. ... . ... . . ... . ... .......... . . .. .......... ... . . .. . . ... .. ........... ... ...... ... . . . ........ . .. . ... ............ ........ . . . ..... . .. ... .. ... .. .. .
lowQualScore : 1 99 44 88888 222222 8 555 8 0 4444444 8 9 8 8 8 8 8 444 555 444444 11 11 11 11 555 8 555 8 9 999 8 555 1111111111 7 9 33 1111111111 666 9 4 33 9 0 000 33 44444444444 999 222222 666 9 9 9 44444444 7 44 5 666 999999999999 22222222 0 0 2 99999 1 77 111 77 555 99 00 5
consensus : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGNTTGAAATTAG-C----ACAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-TA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGNT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTT
Reference ( family-634 ) : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGNTTGAAATTAG-C----ACAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-TA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGNT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTT
gi|1 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAA-CTAGTACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GTAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAC--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--AAA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTT
gi|10 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--TTAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---G--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AATTTT-TTTtaaaa
gi|11 : AGTGACC-TTCTTATAG-TTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGA-A-GAAT-GAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAAATATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTTta
gi|12 : gAGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAAGTT-TTT
gi|13 : AGTGACC-TTCTTATAGATTCTT-TTTT----AAA------A-A---T-AAGTTTGAAATTAG-C----ACAGGACTAAA-TGTTAAATGT-A-G----AAAAAC-AAT-TAGGTAATACCTG---AAAATGT------TTGTT--ATAAGCAGT--GGATAAG-----A---G-GG---G-TTGAT---ATATA-AA---GATGCATA------A-ATAAAG--T----A-T--AA---A-AC-CA--A-AATAAA--ATA--TA-----------TA---T---T--T---TAT-T-AA--------ACTCAGTG-TTTTTATTTT---GTTACATTG---AT-------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--t
gi|14 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-ATTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTATT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT--AATTT-TTTactttttttagaaaat
gi|15 : C-TTCTTATAGAAGTTG-TTAC----AA-------A-A---T-GAGTTTGAAATGCT-C----ACAGGGTCACA-TGTCAAATGC-A-CAATGAAAAAT-TAG-TA---AATAGTTG---AAAACGC------TTGTT--ATAAGATTT--GGATAAGCTA--A---G-AATATG-TGGAT---ATATA-AA---GG---TGGAG--T-A-ATAAAG--T------T--CA---C-ATTAA--A-A-------ATA--TATTTTTTTCAATTA---T------T---T-T-T-CA--------A-TCAGT--TTTTTAATTT---GTTACTATGTTTATAGCT---T--------TT-T-T-A-----AA-A--G---AAA--T---AAA
gi|16 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTT-----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGCT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTA---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ACAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T------T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-------AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTT
gi|17 : AGTGACC-TTCTTATAGTTTTTT-TTTTTTTTAAA------A-A---C-TAGTTTGAAATAAG-C----ACAGGGTCACA-TGTTAAATGT-A-GAA---AAAACTAAG-TA---AACAGTT-----AAAGGT------TTGTT--ATAAGGAGT--GGATGAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-A-----G---ATGCA--TAA-ATAAAG--T----A-T--AC---A-AT--A--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---ATTT---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTATTTG---ATTACTATG---A--------T--------AT-C-T-T-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--
gi|18 : CC-TTCTTATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTGTGAAATGAT-C----ACAGGACCATAATGTTAAATGT-A-GAAT-AAAACT-AAG-TT---ATTAGTTG---AAAAGTT------TTGTT--ATAAGAAGC--AGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGATATAATATA-AA---G----ATGCA--T----TAATG--C----A-GTTTA---C-ATTAA--A-A-------ATG--T------------TA---T---A--T---T-------------------AGTG--TTTAAATTG---GTTACTATGTC-A--------TTATTTATATT-T-T-A-----AT-G--A---AAA--TTGGAAAA--ATT-AAttaga
gi|19 : tacAATGACC-TTCTTATAGACGTT----------AAGTAAAATA-A---T-GAGTTTGAAATTAG-C----ACAGGGCCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-ACAAAT-AAG-TA---AACAGGT-----AAAGGT------TTGTTAAATAAGAAGT--GGATGAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----A-T--AC---A-ATAAA--A-A--AAG--ATA--CA-----------TATTTT---T--T---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTAT-------TTACTATG---A--------T--------AT-T-T-T-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--
gi|2 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-AAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AATTTT-TTTtt
gi|20 : GTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG----A--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCGGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---------------------------------------------AA--T---AAAA--AGTAAAATTT-TTTtgtaaaa
gi|21 : ACT-TTCTAATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-TAACTTAAAATTAT-T----ACAGGACCATA-TGTTCAATGT-A-GAAT-GAAAAT-AAG-TA---AATAGTTG---AAAATAT------TTGTT--ATAAAAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAGG--T----T-T--AA---A-ATAAA--A-AA------ATACCTT-----------TT---T---T--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-GTACTAT------GTCATT------A--------T--------TT-T-C-A-----AA-AATA---AAA--TTTGAAAA--Aa
gi|22 : aAGTGACC-TTCTTGTAGATTTTT-TTTA----AAA------A-AAC-T--AGTTTGAAATAAG-C----ACAGGGCCACA-TGATAAATGT-A-GAAT-AAACAT-AAG-TT---AACAGTT-----AAAGGT------TTGTT--ATAAGAAAT--GGATAGG--A--A---T-AG---T-TAGAT---ATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----A-T--AC---A-ATAAA--A-AAAGAA--ATA--TA-----------CA---T---T--T---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTATTGG---GTTACTATGAT-A--------T--------TT-C-T-A-----AA-A--A---aa
gi|23 : ACCATTTTTATAGAAATTA-ATT-----AAC------A-A---TTGAGGTTGAAATTAT-C----ACAGGTCTAAA-TGATAAATGT-A-GAAT-AAAGAT-AAA-TA---AATA-TTT---CAAAGAT------TTGTT--ATAAGACGT--GGATACG--A--A-----AA---G-CGGGT---ATATA-GA----A---ATGCATTT-ATATACTT--T----A-A--TA---T-ATATA--A-AA------AC---------------------T---A--T---T-T-T-TA--------A-TCAG-G-GTTTTATTTG---GTTACTGTGTCAA--------T--------TT-T-T-A-----TA-T--A---AAA--T---AAAA--Ata
gi|24 : tAGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAGGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATATAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TTAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---aaa
gi|25 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACATGAGTACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-A--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--T------------TA---T---G--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTA-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-TGT-A-----AA-A--
gi|26 : -GAGTTTGAAATTAG-C----ACAGGGCCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAT-ATGTTA---AACAGTT-----AAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--TGACAGG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AT---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----ATA--CA---A-TT--A--A-AACAAG--ATA--TA-----------TATTTT---T--T---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTATTTA---GTTACTAAG---A--------TAA------TT-C-T-ATTTCTAA-A--A---AAA--T---AAAA--
gi|27 : C-TTCTTATGGAATTTT-GTTA----AAA------A-T---T-GAGTTTGAAATGAT-C----ACAGGACTGTA-TGATAAATGT-A-GAAT-AAAAAT-AAG-TA---AATAGTT----CAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGACACG--A--A---G-AG---A-TGGGT---ATATA-AA---G----ATACAT-T-G-ATAAAG--T--------------T-ATAAA------------GTA--TA---------------------------------AA--------A-ACA-TT-TTTTTA-TTG---GTTAATATGTC-ATTT-----T--------TT-T-T-A-----AA-A--AATGAAA--T---AAGA--Attagaaaa
gi|28 : ----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---T--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT--AATTT-TTTaaaa
gi|29 : TT----AAA------A-AAT-T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACAGGATCACA-TGTTCAATGA-A-GAAT-AAAAAT-AAG-TA---ACTAGTTG---GAGTGGT------TTG----ATAAGAAAT--GGATAAG--A--T---G-A----------T---ATATA-AT---GATGCAT-----T-A-ACAAAG--TTTACA-A--TA---ATATAAA--A-AA----------------------------------------------AA--------A-TTGGTG--TTTTAATTG---GTTACCATG---
gi|3 : gtatctttcttaaaaaaaaaaggAGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATAAG-T----ACAGGACCATA-T-TTAAATGT-A-AAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATG-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-TAA-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-ACATTT-TTTtaaaaccttttttttatat
gi|30 : TTAG-G----ACAGAAGTCCA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAT-AGG-TG---AATTATTG---AAAAGGT------TTGTT--AT---AAGT--GGATAAG--A--A---G-CG---G-TGGAT---ATAT--AA---GG---ATACAT-T-A-ATAAAG--T-----------------TTAA--A-AAG-----------A-----------TC---T---T--T---T-T-T-AATTTTTTTTA-TCAGTG-TTTCCATT-----GTTTCTATAT--A--------TG-------TG-T-T-A-----AA-AT-A---AGA--TTACAAAA--Ataaaa
gi|31 : accattcttacagaaatgtg----AAA------A-A---T-GTGTTTTAAAGTAATC----ACAGGAACACA-TGCTAAATTT-A-GAAT-GAAAAT-AAG-T-------AGTTG---AA----TTTTTTCTTTTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--T--A---G-AA---G-TGAATATAATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAAGTTT----A-A--AA---T-ATAAA--A-AAAAAA--ATG--TG-----------TT---C---A--T---T-TCT-AA--------A-TCAGTG-TTTAAATTT-----TT------------------T--------TTGT-T-A-----AATA--G---AAA--TCG-AAAA--Aaat
gi|32 : GACC-TTCTTACAGATTTTT-AAC-----AAA------A-A---T-GAGTTTGAAAATAG-C----ACAGGACAACA-T-TTAAATGT-A-AAAT-AAAAAT-AAG-TA---AACAGTTA---AACAAGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAG--T----A-tt
gi|32 : AGTG-TTTTT--TTAAGTGTTA--AT----A--------T--------CT-T-T-A-----AA-A------AAA--T---AAAA--taagtgtttttttaagtgttaatatctttaaaaaaataaaattagaaacaata
gi|33 : gaccttcttacagatttttaacaaaaatgagtttgaaaatagcacaggacaacatttaaatgtaaaataaaaataagtaaacagttaaacaagtttgttataagaagtggataagaagaggtggatatataaagatgcactaataaagtataCT-TTCATATAGAAATTG-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTCTGAAATTAT-C----ACAG-------------------A-AGAT-AAAGGT-AAG-TA---AATAGTTG---AAATGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---A-TGGGT---ATATATAA---AA---ATGCAT-T-A-ATAAAA--T----T-T--AA---A-ATATA--A-AA-AAA--AT----------------TT---T---T--T---T-T-T-TA--------A-TCAGTG--TTTTAATTG---GTTACTATGTAAA--------T--------TT-T-T-ttagaaacaata
gi|34 : ----AAG------A-A---T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACCGGATCACA-TGTTCAATGA-A-GAAT-GAAAAT-GAG-TA---AATAGATG---AAAAGGT------TTGTA--ATAAGAATT--TGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-GA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----T-T--AA---A-ATAAA--A-A-------ATA---------------------------------T-T-AA--------A-TCAGTG--TTTTAATTG---GTTACTATGTCAA--------T--------TT-T-gtt
gi|35 : tattgaaatgtattaaTTC-TTAT----AGG------A-A---T-GTGTTAAAAATTAG-TTTG-ACATAATTATA-TTTTCAATTTTA-GAAT-GAAAAA-AGA-TA---AATAG---------A----------TGCC--A------GT--GGATAAG--A--A---ATAG---G--GGAT---ATATG-CA---GATGCAT-----T-G-ATAAAG--T------T--TA---T-ATTAA--A-AA-----------CA-----------TA---T---A--T---T-T-T-TA--------A-TCAGTG--TTTTAATTA---GTTACTTTG---g
gi|36 : ccTATAGAAATTT-ATTA----AAGT-----A-A---T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACCGGATGACA-GGT-ACACTT-AAGAAT-GAAAAT-GAG-TA---AATATATG---AAAAGGT------TTGTA--ATAGGAATT--TGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-GA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--TTT--A----CA---A--TAAA--A-AA-----------------------------T---A--T---T---------------A-TCAGTG-TTTTAATT-G---GTTACTATGTCAA--------T--------TT-T-tcaattatctttttattttaaa
gi|37 : TT----AAA------A-T---T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACAGGGCCACA-TGTTAAATGT-A-------AAAAT-GAA-T--------TTTA---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GAAAAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AA---GA---TTCAT--T-T-ATAAAG--T------T--TA---C-ATTAA--A-ACAAAA--A-----------------------------------T-T-AA--------A-TCAGTG--CTTTAATTG---GTTACTATGTC-A--------G--------TT-T-T-A-----GA-A--A---AAG--T---A
gi|38 : taAAT-AAGAAG-AGG-TG-------GTTATATAAACTGT------TTATT--ATAAGAATT--AAGTAAG--A--A---G-AT---A-TGGTT---ATATA-A-----A---ATGCA--TGA-ATGAAG--T----------------TTACATTA-AAGAAT--ATA--T------------TAAATT---T--T---T-T-T-TA--------A-TCTGTG--TTTTAATTG---GTTGTTATGTC-A--------T--------TT-T---------AA-A--A---AAA--T---AAAATTAGA-AAATTttagaaaa
gi|39 : gtttattataagaattaAGTACCC-CTCTTATAGAAATTT-GTT-----AAC------A-A---T-AAGTTTAAAATCAT-T----ACAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATGTGA-----GGATA--------------------TG--C---ATGTA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAGTTT----A----CATTTA-TTTAA--A-AAAATC--ATA--TA-----------T-------------------------------A-TCAGTG-TTT
gi|4 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAAT--GGATAAG--A--A---A-AT---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--AAAAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTGTTTTTTATTAG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-T-----AA-A--A---AAA------AAAA--AGT---ATTT-TTTgaat
gi|40 : TATAGAAATTC-GTTT----AAA------A-A---T--ATTGTGAAATGAT-C----ACAGAACCATA-TGTTAAATGT-A-GAAT-GAAAAT-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAA-------------G--A--A---G-AG---G-TCGAT---ATATA-AA---GATGCATAAA--T------AAG--T-----------------TTAC--A-TTTAAG--ATA---A-----------TC---TTG-A--T---T-T-T--A--------A-TCGGTG---TTAAATTG---GTTACTATG---tttaaaa
gi|41 : ----AAG------ACA---T-G-GTTTGAAATAAA-T----ACAGGATCATA-TTTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-TA---AATAGTTG---AATAAAT------TGAAT--GTAA--------GACAAA--AACA---G-AG---G-TGTAC---AAATA-AA---G
gi|42 : tccacagcaattgtaaGTTG---GAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--G--A---A-AG---G-TGGAT---GCAT-------------TACC--T-A-ATGGAG--T------T--TA---A-ATTAA--A-AA-AAA--ATC--TT-----------CT---T---T--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTATAA--TG---GTTACTATT---ACAATTATTT--------TT-T-T-G-----AT-A--A---AAT--T---AGAA--AA--AAATTtttactttaaaatatgttgtttcttattttagttcagaaatttaattgtttact
gi|43 : tgtaatttatgTCTTATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---A-GAGTTTAAAAATAT-T----ACAGGAACACA-TGTCAAATGT-A-GAAT-GAAAAC-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--AT-----GTCAGGATA--------------------TG--C---ATGTA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAG--T----
gi|44 : cCC-CTCTTATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTTTAAAATCAT-T----ACAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-GAAAAC-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ACAAGATGC--GAATAAG--G--ACGTG-AG---GATATGC---ATGTA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAG--T----ttacatggattaaaataaatc
gi|45 : atTT--GTAAGAAGT--GGATAAG--A--A---A-AG---G-TGAAT---ATATA-AAACTGC---AT-----T-A-ATAAAG--T------T--TA---C-ATTAA--A-AA------ATA--TA-----------TA---TTTGT--T---T-T-T-AA--------A-TCAATG-CTTTAAATTG---GTTACTATGTCAA--------T--------TT-T-T-
gi|46 : t--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---TTAAA--T-A-ATAAAG--T----A-A--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---T--T---T-T-T-AA--------A-CCAGTG-TTTATAATTG---GTTACTATG---CTTTT----T--------TT-T-T-A-----AA-A--G---AAAATT---AAAA--Attttatatagaattaaaaa
gi|47 : AGGACCACA-TGTTGAA--------------------A-TA---AATAGTTG---AAATGGT------TTGAA--ATAAGAA-C--GAATAAA--A--A---G-A------TGCAT---AAATA-AA---G-----TATA--C-A-ATGAA--------------------------------AAC--ATA---A-----------TC---T---A--T---T-T-T-CA--------A-GTAGTG--TTTCATTTG---GTTAATATG---
gi|48 : tcgaAGT-ACC-CTTTTATAGAAATTT-GTTT----AAA------A-AA--T-GAGGTTGAAATTAT-C----ACAGGACAGCA-TATTAAATGT-A-GAAT-GAAAAA-AAG-TA---ATTAATTA---AAGAGGT------TT-TT--ATAAAAAGC--TGAAAAG--ta
gi|49 : CC-CTCT-ATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTTTAAAATCCT-T----ACAAGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-GGAAAA-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--AT
gi|5 : tacGTGACC-TTCTTATAGATTTTTT-TTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAAT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-TAA-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTTgtgagg
gi|50 : AGTGACT-TTCTTATAGATCTTT-TTTT----AAA------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ATAGGACCACA-TCTT-AATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-taaaa
gi|51 : tgTT--ACAAGAAGT--GAATAAG--A--A---G-A----G-TGGGT---ATATA-A-----A---ATGCAT-T-A-ATATAG--T----c
gi|52 : atagtctagaactcgtatCC-TTCTTACAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTTTGAAAT-------------GATCACA-TGTTAAATGT---------AAAAT-AAG-TA---AAAAGTTttaaaacataa
gi|53 : aacTTTT-TTTT----AA-------A-A---T-GTGTTTGAAATTAG-C----ACAGGGCCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAATA-AAG-T----AACAGTT
gi|54 : ag-GAGTTTGAAATTAT-C----ATAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-GAAAAT-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGa
gi|57 : ----AAA------A-A---C-GAGTTTGAAATTAT-C----ACAGGACCACA-TGTTAA
gi|58 : taCC-TTCTTATAGAAATTT-GTT-----AAA------A-A---T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACAGGACCAgaacgatttttataggtttttta
gi|59 : tacCC-TTCTTACCGATTTTT-T-------AAA------A-AATAT-GTGTTTGAAATTAG-C----ACAGGACC
gi|6 : gAGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATCAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AC-A--A---AAA--T---AAAA--AGT---ATTT-TCTg
gi|60 : ---T-GAGCTTGAAATGAT-C----ACAGGATTACA-TGTTAAATGT-A-AAGT-Atttaaaa
gi|62 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-tgt
gi|7 : cgAGTGGCC-TTCTTATAGATTTTT-TTT-----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGA-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAACT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATTAA--T-G-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-C-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-T-----TA-A--A---AAA--A---AAAA--TGT-AATTTTATTT
gi|8 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATCAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-GGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAT--T-G-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T----AAT--AGT-AAATTT-TTTaaaa
gi|9 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGG-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGCTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--TATAT-T-TAAA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT--AATTT-TTTtaaaa
blockSeqs : A TT T TTTTT TAAAAT ATA A GTTTG G GGT TAT TTTTTC AA CA CT AC CGT TAT T ATA ACT TGCATAAA A TT TTACAAT TTT TT G AAT CC TTTTTTTCAAT TTT TTGT ATA TTTTTTTT C TT AGT TTTATAGCT TATTTATA G G A TTTCT T AT ATG AT TGG TT AA A
blockSeqs : . TT T T T AC A ATC G . . . . . . . . . T ATA . ATGCATT G TT AGTTT . . G G . . TTT ATT . . T T . ACAATTATT AA . . A . . T . . TTG . A .
blockSeqs : . TT T T . AT A GT G . . . . . . . . . T . . TGCATA . . ATAC . . G G . . AAT TGA . . T T . TCATTT G . . . . . . . . TAC . A .
blockSeqs : . TT T T . A T GT G . . . . . . . . . A . . ATACAT . . TTAC . . T A . . . G . . T T . CTTTT . . . . . . . . . CG . A .
blockSeqs : . TT A T . . A GT G . . . . . . . . . T . . ATACAT . . AGC . . G G . . . A . . T T . TCAA . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . AG T T . . T GC G . . . . . . . . . A . . ATGCAT . . AGC . . G G . . . A . . . T . TAAA . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . TT T C . . A GT G . . . . . . . . . T . . ATGCAT . . AGC . . G G . . . T . . . T . TCAA . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . TT T A . . T TC G . . . . . . . . . A . . ATAAA . . ATA . . G G . . . A . . . T . TCAA . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . AA G T . . T GT G . . . . . . . . . A . . ATAAA . . AGC . . G G . . . A . . . T . TCAA . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . CG T T . . T GC G . . . . . . . . . A . . ATAAA . . AGC . . A G . . . T . . . T . TCA . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . TT T A . . A TC G . . . . . . . . . T . . ATAAA . . ATA . . G A . . . A . . . T . ATA . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . TT G A . . A GC G . . . . . . . . . T . . TGGAG . . ATA . . G G . . . A . . . T . TCA . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . AA T T . . C GT G . . . . . . . . . A . . ATAAA . . AGC . . C G . . . T . . . G . TCA . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . TT A T . . T GT G . . . . . . . . . A . . ATGCA . . AGC . . G G . . . T . . . T . AT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA T A . . G TT T . . . . . . . . . G . . ATGCA . . TTA . . G G . . . A . . . G . TA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TT T T . . A GC G . . . . . . . . . T . . TGCAT . . ATA . . G G . . . A . . . T . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TT G T . . A TC G . . . . . . . . . T . . ATAAA . . AAT . . A A . . . G . . . T . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AT T A . . T GT G . . . . . . . . . A . . ATAAA . . AGC . . A A . . . T . . . T . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TT A T . . T GT G . . . . . . . . . G . . TGCAT . . AAC . . G A . . . T . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TT G A . . A GC T . . . . . . . . . T . . TGCAT . . AGC . . A T . . . A . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA T T . . T TC G . . . . . . . . . T . . ATAAA . . AGC . . G C . . . T . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA A T . . A GT G . . . . . . . . . A . . ATAAA . . AAA . . T G . . . A . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA G T . . T TC G . . . . . . . . . A . . TGCAT . . TTA . . G G . . . T . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TT T A . . T GT A . . . . . . . . . A . . ATAAA . . TTA . . G A . . . A . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA G A . . T GG G . . . . . . . . . G . . TGCAT . . AGC . . G G . . . A . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA G T . . T GC C . . . . . . . . . A . . ATAAA . . AAC . . G C . . . T . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA G A . . T TC G . . . . . . . . . A . . TGCAT . . AGC . . G G . . . A . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA G T . . T TC G . . . . . . . . . A . . TGCAC . . AGC . . G G . . . T . . . C . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA G T . . T TC G . . . . . . . . . A . . TGCAT . . AGC . . . G . . . T . . . T . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TT T A . . T TC G . . . . . . . . . T . . TGCAT . . AGC . . . G . . . A . . . T . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TC T T . . A TT G . . . . . . . . . T . . TGCAT . . AGC . . . G . . . A . . . T . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA G T . . T GT . . . . . . . . . . A . . TTCAT . . TC . . . . . . . A . . . T . A . . . . . . . .
blockSeqs : . AA T T . . T TC . . . . . . . . . . A . . ATGCA . . TT . . . . . . . A . . . T . A . . . . . . . .
blockSeqs : . TT G T . . T AT . . . . . . . . . . A . . TGCAC . . TT . . . . . . . A . . . T . A . . . . . . .
blockSeqs : . TT T T . . T TT . . . . . . . . . . G . . ATAAA . . AC . . . . . . . A . . . . . A . . . .
blockSeqs : . TT T . . . G TT . . . . . . . . . . A . . TGCAC . . TT . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : TT T . . . T TC . . . . . . . . . . T . . TGCAC . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TT T . . . A TT . . . . . . . . . . A . . TTAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TT T . . . A GT . . . . . . . . . . T . . ATAAA . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . T GT . . . . . . . . . . G . . ATAAA . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T GC . . . . . . . . . . T . . ATTAA . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T TC . . . . . . . . . . T . . ATAAT . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T TC . . . . . . . . . . T . . ATAAA . . .
blockSeqs : . . T TC . . . . . . . . . . T . . TACC . .
blockSeqs : . . T GC . . . . . . . . . . . . . TATA . .
blockSeqs : . . A GT . . . . . . . . . . . . . AT . .
blockSeqs : . . C TC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A GT . . . . .
blockSeqs : A GT . .
blockSeqs : A GT .
blockSeqs : .
blockSeqCons : GC*****
originalCons : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGNTTGAAATTAG-C----ACAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-TA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGNT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTT
finalCons : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGNTTGAAATTAGC-----ACAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-TA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGNT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|55 ): ATAAATCAATGTTTTAATTGGTTACTGTGTCATTATTTTAAAAATAAAATTAGAAAAATTAAAC
Unaligned ( gi|56 ): CATGTAAAGATGCATTAATAAAGTTTACATAAATTAAAAAAAATCTTTTACATCAGTGTTTTAA
Unaligned ( gi|61 ): TTTTTATAGAAATTTGTTAAAAAAAAAGAGTTTGAAAATGTT
Alignments
lowQualScore : 1 2222222222 1111111111 222222222222
lowQualScore : 1 11 22 66666 333333 0 444 0 1 3333333 0 0 0 0 0 0 0 111 111 222222 11 11 11 11 111 0 111 0 1 222 0 111 0000000000 1 0 22 3333333333 111 0 0 11 0 6 222 11 44444444444 444 888888 111 0 0 0 33333333 4 33 0 111 111111111111 66666666 1 1 2 22222 1 22 222 11 888 11 66 2
lowQualScore : . .. .. ..... ...... . ... . . ....... . . . . . . . ... ... ...... .. .. .. .. ... . ... . . ... . ... .......... . . .. .......... ... . . .. . . ... .. ........... ... ...... ... . . . ........ . .. . ... ............ ........ . . . ..... . .. ... .. ... .. .. .
lowQualScore : 1 99 44 88888 222222 8 555 8 0 4444444 8 9 8 8 8 8 8 444 555 444444 11 11 11 11 555 8 555 8 9 999 8 555 1111111111 7 9 33 1111111111 666 9 4 33 9 0 000 33 44444444444 999 222222 666 9 9 9 44444444 7 44 5 666 999999999999 22222222 0 0 2 99999 1 77 111 77 555 99 00 5
consensus : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGNTTGAAATTAG-C----ACAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-TA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGNT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTT
Reference ( family-634 ) : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGNTTGAAATTAG-C----ACAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-TA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGNT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTT
gi|1 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAA-CTAGTACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GTAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAC--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--AAA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTT
gi|10 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--TTAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---G--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AATTTT-TTTtaaaa
gi|11 : AGTGACC-TTCTTATAG-TTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGA-A-GAAT-GAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAAATATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTTta
gi|12 : gAGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAAGTT-TTT
gi|13 : AGTGACC-TTCTTATAGATTCTT-TTTT----AAA------A-A---T-AAGTTTGAAATTAG-C----ACAGGACTAAA-TGTTAAATGT-A-G----AAAAAC-AAT-TAGGTAATACCTG---AAAATGT------TTGTT--ATAAGCAGT--GGATAAG-----A---G-GG---G-TTGAT---ATATA-AA---GATGCATA------A-ATAAAG--T----A-T--AA---A-AC-CA--A-AATAAA--ATA--TA-----------TA---T---T--T---TAT-T-AA--------ACTCAGTG-TTTTTATTTT---GTTACATTG---AT-------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--t
gi|14 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-ATTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTATT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT--AATTT-TTTactttttttagaaaat
gi|15 : C-TTCTTATAGAAGTTG-TTAC----AA-------A-A---T-GAGTTTGAAATGCT-C----ACAGGGTCACA-TGTCAAATGC-A-CAATGAAAAAT-TAG-TA---AATAGTTG---AAAACGC------TTGTT--ATAAGATTT--GGATAAGCTA--A---G-AATATG-TGGAT---ATATA-AA---GG---TGGAG--T-A-ATAAAG--T------T--CA---C-ATTAA--A-A-------ATA--TATTTTTTTCAATTA---T------T---T-T-T-CA--------A-TCAGT--TTTTTAATTT---GTTACTATGTTTATAGCT---T--------TT-T-T-A-----AA-A--G---AAA--T---AAA
gi|16 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTT-----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGCT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTA---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ACAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T------T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-------AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTT
gi|17 : AGTGACC-TTCTTATAGTTTTTT-TTTTTTTTAAA------A-A---C-TAGTTTGAAATAAG-C----ACAGGGTCACA-TGTTAAATGT-A-GAA---AAAACTAAG-TA---AACAGTT-----AAAGGT------TTGTT--ATAAGGAGT--GGATGAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-A-----G---ATGCA--TAA-ATAAAG--T----A-T--AC---A-AT--A--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---ATTT---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTATTTG---ATTACTATG---A--------T--------AT-C-T-T-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--
gi|18 : CC-TTCTTATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTGTGAAATGAT-C----ACAGGACCATAATGTTAAATGT-A-GAAT-AAAACT-AAG-TT---ATTAGTTG---AAAAGTT------TTGTT--ATAAGAAGC--AGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGATATAATATA-AA---G----ATGCA--T----TAATG--C----A-GTTTA---C-ATTAA--A-A-------ATG--T------------TA---T---A--T---T-------------------AGTG--TTTAAATTG---GTTACTATGTC-A--------TTATTTATATT-T-T-A-----AT-G--A---AAA--TTGGAAAA--ATT-AAttaga
gi|19 : tacAATGACC-TTCTTATAGACGTT----------AAGTAAAATA-A---T-GAGTTTGAAATTAG-C----ACAGGGCCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-ACAAAT-AAG-TA---AACAGGT-----AAAGGT------TTGTTAAATAAGAAGT--GGATGAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----A-T--AC---A-ATAAA--A-A--AAG--ATA--CA-----------TATTTT---T--T---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTAT-------TTACTATG---A--------T--------AT-T-T-T-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--
gi|2 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-AAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AATTTT-TTTtt
gi|20 : GTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG----A--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCGGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---------------------------------------------AA--T---AAAA--AGTAAAATTT-TTTtgtaaaa
gi|21 : ACT-TTCTAATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-TAACTTAAAATTAT-T----ACAGGACCATA-TGTTCAATGT-A-GAAT-GAAAAT-AAG-TA---AATAGTTG---AAAATAT------TTGTT--ATAAAAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAGG--T----T-T--AA---A-ATAAA--A-AA------ATACCTT-----------TT---T---T--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-GTACTAT------GTCATT------A--------T--------TT-T-C-A-----AA-AATA---AAA--TTTGAAAA--Aa
gi|22 : aAGTGACC-TTCTTGTAGATTTTT-TTTA----AAA------A-AAC-T--AGTTTGAAATAAG-C----ACAGGGCCACA-TGATAAATGT-A-GAAT-AAACAT-AAG-TT---AACAGTT-----AAAGGT------TTGTT--ATAAGAAAT--GGATAGG--A--A---T-AG---T-TAGAT---ATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----A-T--AC---A-ATAAA--A-AAAGAA--ATA--TA-----------CA---T---T--T---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTATTGG---GTTACTATGAT-A--------T--------TT-C-T-A-----AA-A--A---aa
gi|23 : ACCATTTTTATAGAAATTA-ATT-----AAC------A-A---TTGAGGTTGAAATTAT-C----ACAGGTCTAAA-TGATAAATGT-A-GAAT-AAAGAT-AAA-TA---AATA-TTT---CAAAGAT------TTGTT--ATAAGACGT--GGATACG--A--A-----AA---G-CGGGT---ATATA-GA----A---ATGCATTT-ATATACTT--T----A-A--TA---T-ATATA--A-AA------AC---------------------T---A--T---T-T-T-TA--------A-TCAG-G-GTTTTATTTG---GTTACTGTGTCAA--------T--------TT-T-T-A-----TA-T--A---AAA--T---AAAA--Ata
gi|24 : tAGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAGGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATATAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TTAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---aaa
gi|25 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACATGAGTACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-A--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--T------------TA---T---G--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTA-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-TGT-A-----AA-A--
gi|26 : -GAGTTTGAAATTAG-C----ACAGGGCCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAT-ATGTTA---AACAGTT-----AAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--TGACAGG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AT---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----ATA--CA---A-TT--A--A-AACAAG--ATA--TA-----------TATTTT---T--T---T-T-T-AA--------ATTCAGTG-TTTTTATTTA---GTTACTAAG---A--------TAA------TT-C-T-ATTTCTAA-A--A---AAA--T---AAAA--
gi|27 : C-TTCTTATGGAATTTT-GTTA----AAA------A-T---T-GAGTTTGAAATGAT-C----ACAGGACTGTA-TGATAAATGT-A-GAAT-AAAAAT-AAG-TA---AATAGTT----CAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGACACG--A--A---G-AG---A-TGGGT---ATATA-AA---G----ATACAT-T-G-ATAAAG--T--------------T-ATAAA------------GTA--TA---------------------------------AA--------A-ACA-TT-TTTTTA-TTG---GTTAATATGTC-ATTT-----T--------TT-T-T-A-----AA-A--AATGAAA--T---AAGA--Attagaaaa
gi|28 : ----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---T--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT--AATTT-TTTaaaa
gi|29 : TT----AAA------A-AAT-T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACAGGATCACA-TGTTCAATGA-A-GAAT-AAAAAT-AAG-TA---ACTAGTTG---GAGTGGT------TTG----ATAAGAAAT--GGATAAG--A--T---G-A----------T---ATATA-AT---GATGCAT-----T-A-ACAAAG--TTTACA-A--TA---ATATAAA--A-AA----------------------------------------------AA--------A-TTGGTG--TTTTAATTG---GTTACCATG---
gi|3 : gtatctttcttaaaaaaaaaaggAGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATAAG-T----ACAGGACCATA-T-TTAAATGT-A-AAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATG-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-TAA-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-ACATTT-TTTtaaaaccttttttttatat
gi|30 : TTAG-G----ACAGAAGTCCA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAT-AGG-TG---AATTATTG---AAAAGGT------TTGTT--AT---AAGT--GGATAAG--A--A---G-CG---G-TGGAT---ATAT--AA---GG---ATACAT-T-A-ATAAAG--T-----------------TTAA--A-AAG-----------A-----------TC---T---T--T---T-T-T-AATTTTTTTTA-TCAGTG-TTTCCATT-----GTTTCTATAT--A--------TG-------TG-T-T-A-----AA-AT-A---AGA--TTACAAAA--Ataaaa
gi|31 : accattcttacagaaatgtg----AAA------A-A---T-GTGTTTTAAAGTAATC----ACAGGAACACA-TGCTAAATTT-A-GAAT-GAAAAT-AAG-T-------AGTTG---AA----TTTTTTCTTTTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--T--A---G-AA---G-TGAATATAATATA-AA---GATGCAT-----T-A-ATAAAGTTT----A-A--AA---T-ATAAA--A-AAAAAA--ATG--TG-----------TT---C---A--T---T-TCT-AA--------A-TCAGTG-TTTAAATTT-----TT------------------T--------TTGT-T-A-----AATA--G---AAA--TCG-AAAA--Aaat
gi|32 : GACC-TTCTTACAGATTTTT-AAC-----AAA------A-A---T-GAGTTTGAAAATAG-C----ACAGGACAACA-T-TTAAATGT-A-AAAT-AAAAAT-AAG-TA---AACAGTTA---AACAAGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAG--T----A-tt
gi|32 : AGTG-TTTTT--TTAAGTGTTA--AT----A--------T--------CT-T-T-A-----AA-A------AAA--T---AAAA--taagtgtttttttaagtgttaatatctttaaaaaaataaaattagaaacaata
gi|33 : gaccttcttacagatttttaacaaaaatgagtttgaaaatagcacaggacaacatttaaatgtaaaataaaaataagtaaacagttaaacaagtttgttataagaagtggataagaagaggtggatatataaagatgcactaataaagtataCT-TTCATATAGAAATTG-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTCTGAAATTAT-C----ACAG-------------------A-AGAT-AAAGGT-AAG-TA---AATAGTTG---AAATGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---A-TGGGT---ATATATAA---AA---ATGCAT-T-A-ATAAAA--T----T-T--AA---A-ATATA--A-AA-AAA--AT----------------TT---T---T--T---T-T-T-TA--------A-TCAGTG--TTTTAATTG---GTTACTATGTAAA--------T--------TT-T-T-ttagaaacaata
gi|34 : ----AAG------A-A---T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACCGGATCACA-TGTTCAATGA-A-GAAT-GAAAAT-GAG-TA---AATAGATG---AAAAGGT------TTGTA--ATAAGAATT--TGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-GA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--T----T-T--AA---A-ATAAA--A-A-------ATA---------------------------------T-T-AA--------A-TCAGTG--TTTTAATTG---GTTACTATGTCAA--------T--------TT-T-gtt
gi|35 : tattgaaatgtattaaTTC-TTAT----AGG------A-A---T-GTGTTAAAAATTAG-TTTG-ACATAATTATA-TTTTCAATTTTA-GAAT-GAAAAA-AGA-TA---AATAG---------A----------TGCC--A------GT--GGATAAG--A--A---ATAG---G--GGAT---ATATG-CA---GATGCAT-----T-G-ATAAAG--T------T--TA---T-ATTAA--A-AA-----------CA-----------TA---T---A--T---T-T-T-TA--------A-TCAGTG--TTTTAATTA---GTTACTTTG---g
gi|36 : ccTATAGAAATTT-ATTA----AAGT-----A-A---T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACCGGATGACA-GGT-ACACTT-AAGAAT-GAAAAT-GAG-TA---AATATATG---AAAAGGT------TTGTA--ATAGGAATT--TGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-GA---GATGCAT-----T-A-ATAAAG--TTT--A----CA---A--TAAA--A-AA-----------------------------T---A--T---T---------------A-TCAGTG-TTTTAATT-G---GTTACTATGTCAA--------T--------TT-T-tcaattatctttttattttaaa
gi|37 : TT----AAA------A-T---T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACAGGGCCACA-TGTTAAATGT-A-------AAAAT-GAA-T--------TTTA---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GAAAAAG--A--A---G-AG---G-TGGAT---ATATA-AA---GA---TTCAT--T-T-ATAAAG--T------T--TA---C-ATTAA--A-ACAAAA--A-----------------------------------T-T-AA--------A-TCAGTG--CTTTAATTG---GTTACTATGTC-A--------G--------TT-T-T-A-----GA-A--A---AAG--T---A
gi|38 : taAAT-AAGAAG-AGG-TG-------GTTATATAAACTGT------TTATT--ATAAGAATT--AAGTAAG--A--A---G-AT---A-TGGTT---ATATA-A-----A---ATGCA--TGA-ATGAAG--T----------------TTACATTA-AAGAAT--ATA--T------------TAAATT---T--T---T-T-T-TA--------A-TCTGTG--TTTTAATTG---GTTGTTATGTC-A--------T--------TT-T---------AA-A--A---AAA--T---AAAATTAGA-AAATTttagaaaa
gi|39 : gtttattataagaattaAGTACCC-CTCTTATAGAAATTT-GTT-----AAC------A-A---T-AAGTTTAAAATCAT-T----ACAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATGTGA-----GGATA--------------------TG--C---ATGTA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAGTTT----A----CATTTA-TTTAA--A-AAAATC--ATA--TA-----------T-------------------------------A-TCAGTG-TTT
gi|4 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAAT--GGATAAG--A--A---A-AT---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--AAAAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTGTTTTTTATTAG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-T-----AA-A--A---AAA------AAAA--AGT---ATTT-TTTgaat
gi|40 : TATAGAAATTC-GTTT----AAA------A-A---T--ATTGTGAAATGAT-C----ACAGAACCATA-TGTTAAATGT-A-GAAT-GAAAAT-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAA-------------G--A--A---G-AG---G-TCGAT---ATATA-AA---GATGCATAAA--T------AAG--T-----------------TTAC--A-TTTAAG--ATA---A-----------TC---TTG-A--T---T-T-T--A--------A-TCGGTG---TTAAATTG---GTTACTATG---tttaaaa
gi|41 : ----AAG------ACA---T-G-GTTTGAAATAAA-T----ACAGGATCATA-TTTTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-TA---AATAGTTG---AATAAAT------TGAAT--GTAA--------GACAAA--AACA---G-AG---G-TGTAC---AAATA-AA---G
gi|42 : tccacagcaattgtaaGTTG---GAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--G--A---A-AG---G-TGGAT---GCAT-------------TACC--T-A-ATGGAG--T------T--TA---A-ATTAA--A-AA-AAA--ATC--TT-----------CT---T---T--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTATAA--TG---GTTACTATT---ACAATTATTT--------TT-T-T-G-----AT-A--A---AAT--T---AGAA--AA--AAATTtttactttaaaatatgttgtttcttattttagttcagaaatttaattgtttact
gi|43 : tgtaatttatgTCTTATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---A-GAGTTTAAAAATAT-T----ACAGGAACACA-TGTCAAATGT-A-GAAT-GAAAAC-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--AT-----GTCAGGATA--------------------TG--C---ATGTA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAG--T----
gi|44 : cCC-CTCTTATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTTTAAAATCAT-T----ACAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-GAAAAC-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ACAAGATGC--GAATAAG--G--ACGTG-AG---GATATGC---ATGTA-AA---GA---TGCAC--T-A-ATAAAG--T----ttacatggattaaaataaatc
gi|45 : atTT--GTAAGAAGT--GGATAAG--A--A---A-AG---G-TGAAT---ATATA-AAACTGC---AT-----T-A-ATAAAG--T------T--TA---C-ATTAA--A-AA------ATA--TA-----------TA---TTTGT--T---T-T-T-AA--------A-TCAATG-CTTTAAATTG---GTTACTATGTCAA--------T--------TT-T-T-
gi|46 : t--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---TTAAA--T-A-ATAAAG--T----A-A--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---T--T---T-T-T-AA--------A-CCAGTG-TTTATAATTG---GTTACTATG---CTTTT----T--------TT-T-T-A-----AA-A--G---AAAATT---AAAA--Attttatatagaattaaaaa
gi|47 : AGGACCACA-TGTTGAA--------------------A-TA---AATAGTTG---AAATGGT------TTGAA--ATAAGAA-C--GAATAAA--A--A---G-A------TGCAT---AAATA-AA---G-----TATA--C-A-ATGAA--------------------------------AAC--ATA---A-----------TC---T---A--T---T-T-T-CA--------A-GTAGTG--TTTCATTTG---GTTAATATG---
gi|48 : tcgaAGT-ACC-CTTTTATAGAAATTT-GTTT----AAA------A-AA--T-GAGGTTGAAATTAT-C----ACAGGACAGCA-TATTAAATGT-A-GAAT-GAAAAA-AAG-TA---ATTAATTA---AAGAGGT------TT-TT--ATAAAAAGC--TGAAAAG--ta
gi|49 : CC-CTCT-ATAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTTTAAAATCCT-T----ACAAGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-GGAAAA-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--AT
gi|5 : tacGTGACC-TTCTTATAGATTTTTT-TTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAAT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-TAA-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT-AAATTT-TTTgtgagg
gi|50 : AGTGACT-TTCTTATAGATCTTT-TTTT----AAA------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ATAGGACCACA-TCTT-AATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-taaaa
gi|51 : tgTT--ACAAGAAGT--GAATAAG--A--A---G-A----G-TGGGT---ATATA-A-----A---ATGCAT-T-A-ATATAG--T----c
gi|52 : atagtctagaactcgtatCC-TTCTTACAGAAATTT-GTTA----AAA------A-A---T-GAGTTTGAAAT-------------GATCACA-TGTTAAATGT---------AAAAT-AAG-TA---AAAAGTTttaaaacataa
gi|53 : aacTTTT-TTTT----AA-------A-A---T-GTGTTTGAAATTAG-C----ACAGGGCCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-AAAATA-AAG-T----AACAGTT
gi|54 : ag-GAGTTTGAAATTAT-C----ATAGGACCACA-TGTTAAATGT-A-GAAT-GAAAAT-AAG-TA---AATAGTTG---AAAAGGT------TTGa
gi|57 : ----AAA------A-A---C-GAGTTTGAAATTAT-C----ACAGGACCACA-TGTTAA
gi|58 : taCC-TTCTTATAGAAATTT-GTT-----AAA------A-A---T-GAGTTTGAAATTAT-C----ACAGGACCAgaacgatttttataggtttttta
gi|59 : tacCC-TTCTTACCGATTTTT-T-------AAA------A-AATAT-GTGTTTGAAATTAG-C----ACAGGACC
gi|6 : gAGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATCAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AC-A--A---AAA--T---AAAA--AGT---ATTT-TCTg
gi|60 : ---T-GAGCTTGAAATGAT-C----ACAGGATTACA-TGTTAAATGT-A-AAGT-Atttaaaa
gi|62 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-tgt
gi|7 : cgAGTGGCC-TTCTTATAGATTTTT-TTT-----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGA-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAACT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATTAA--T-G-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-C-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-T-----TA-A--A---AAA--A---AAAA--TGT-AATTTTATTT
gi|8 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGT-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGTTG---AAAAGGT------TTGTT--ATCAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-GGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAT--T-G-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--T---T-T-T-AA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T----AAT--AGT-AAATTT-TTTaaaa
gi|9 : AGTGACC-TTCTTATAGATTTTT-TTTT----AAG------A-A---T-GAGATTGAAATTAG-T----ACAGGACCACA-T-TTAAATGG-A-GAAT-AAAAAC-AAG-CA---AACAGCTG---AAAAGGT------TTGTT--ATAAGAAGT--GGATAAG--A--A---G-AG---G-TGGTT---ATATA-AA---GA---ATAAA--T-A-ATAAAG--T----A-G--CA---A-ATAAA--A-AAGAAG--ATA--TA-----------TA---T---A--TATAT-T-TAAA--------A-TCAGTG-TTTTTATTTG---GTTACTATG---A--------T--------TT-T-T-A-----AA-A--A---AAA--T---AAAA--AGT--AATTT-TTTtaaaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|55 ): ATAAATCAATGTTTTAATTGGTTACTGTGTCATTATTTTAAAAATAAAATTAGAAAAATTAAAC
Unaligned ( gi|56 ): CATGTAAAGATGCATTAATAAAGTTTACATAAATTAAAAAAAATCTTTTACATCAGTGTTTTAA
Unaligned ( gi|61 ): TTTTTATAGAAATTTGTTAAAAAAAAAGAGTTTGAAAATGTT