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lowQualScore : . . ...... ... . . .. . . ... . ... .. . . . . . .. .................... . .. .............................. . . . .. . . . . . . .... .. ... ......... .. .. ... . . .. .. . . ..... . . . ... . . .
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Reference ( gi|1 ) : ACT-TTTGGAAATAA---TAATCTAAAATTGGATGAAAA-CGTCCACATTTTT-CAAGCTGTCCAGGAC-TA---TATCAAAAGA--ACAAAGTCGGTTTTCAAATTAAGTTGT--TTT--------------------ACATTCCGAGAACATTTGATAAGCTTTCC--AA----T--AT-------G-------T-----ACATGTATGATGTGGTAAA--TAACC-AAATAAACTTATGCAAAGT----TA-T---TATAT----GT-AATTAT-TTTTTTATAGTCG-GTCAATCTCGAACGTTTATCCATAT--TTTATCACGGGATCACACGGTCGTCTTCTTAT----GAAA-AC-TCGTTCAATTAACT---AT-GTTAAACAAA-CATTTTAGTATT-TTTAAAG
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Alignments
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Reference ( family-615 ) : ACT-TTTGGAAAGAATAGTCTAACATTGGATGAAAA-CATTCACATTTTT-CAAGCTGTCCAGGACTATATTAAAAG-TACAAA-C-CGGTTTTCAAATTAAGT-TATCTT-ACATTCCGATAACAT-------------------TTGATAAGCTTTCC--AA----T--AT-------GT-----ACATGTATAATGTGATAAA--TAGCC-AAATAAACTTATGCAANGT----TAT---TATAT----GT-A-ATTAT-TTTTTTGTAGTCTGT--CAATCTNGAATGTTTATATATATTTAATCACGGGATCACACTGTCGTCTTCTTA-TAAAA----AC-TCGTTCAATTAACT---AT-GTTAAACAAA-CATTTTAGTATT-TTTAAAG
gi|1 : ACT-TTTGGAAATAATAATCTAAAATTGGATGAAAA-CGTCCACATTTTT-CAAGCTGTCCAGGACTATATCAAAAG-AACAAAGT-CGGTTTTCAAATTAAGT-TGTTTT-ACATTCCGAGAACAT-------------------TTGATAAGCTTTCC--AA----T--AT-------GT-----ACATGTATGATGTGGTAAA--TAACC-AAATAAACTTATGCAAAGT----TAT---TATAT----GT-A-ATTAT-TTTTTTATAGTCGGT--CAATCTCGAACGTTTATCCATATTTTATCACGGGATCACACGGTCGTCTTCTTA-TGAAA----AC-TCGTTCAATTAACT---AT-GTTAAACAAA-CATTTTAGTATT-TTTAAAG
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Reference ( family-615 ) : ACT-TTTGGAAAGAATAATCTAACATTGGATGAAAA-CATTCACATTTTT-CAAGCTGTCCAGGACTATATTAAAAG-TACAAA-C-CGGTTTTCAAATTAAGT-TATTTT-ACATTCCGANAACAT-------------------TTGATAAGCTTTCC--AA----T--AT-------GT-----ACATGTATAATGTGATAAA--TAGCC-AAATAAACTTATGCAANGT----TAT---TATAT----GT-A-ATTAT-TTTTTTGTAGTCTGT--CAATCTNGAATGTTTATATATATTTAATCACGGGATCACACTGTCGTCTTCTTA-TAAAA----AC-TCGTTCAATTAACT---AT-GTTAAACAAA-CATTTTAGTATT-TTTAAAG
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gi|4 : ttttgaaagaataatctaacattggatggatatatatatattttttcaagttgtccaggactatattaaaaattacaaaccggttttcaaattattatcttaacattccgataacatcttaacattccgataacatctgataagctttccaaatctgaggtaggcaacatgtttaatgtagaattagccaaatcaattgatgcagtgttctcatataaaattatatttttgtagtctatcaatctagaatgtaATGAAAA-CCTTCACCTTTTT-CACGCTGTCCATGACTAAATTTAAAG-TATAAA-CATGTTTTTCAAATTAAGT-TATTTT-ACATTCCGTTAGCAT-------------------ATGATAATCTTTCG--AA-------ATCTG----GTGA---ACATGTATTATGTAATTAA--TAGCT----T---TTTAAGTAATGT----TTT---TATATAACAGT-A-TCTTT-TTTTTTGTAGG-TAT--CAATCTAGACTGTTTAAATATAATTAACCCCGGAATCACAATGTCGTCTACTTA-TAAAC----ACATCGTT-ATTTAATT---AT-GTCAAACCAATCATTTTAGCATT-aagtc
gi|5 : AAAA-CCTTCACCTTTTT-CACGCTGTCCATGACTTAATTTAAAG-TATAAA-C-CTGTTTTCAAATTAAGT-TATTTT-ACATTCCGTTAGCAT-------------------ATGATAATCTTTCG--AAATCTT--GT-------GA-----ACATGTATTATGTAATTAA--TAGCT-AATTTAAGTTAT-----GT----TTT---TATATAACAGT----TTA--TTTTTTGTAGGCTAT--CAATCTAGACTGTTTAAATATAATTAACCCCGGAATCACAATGTCGTCTACTTA-TAAAC----ACATCGTT-ATTTAAAT---AT-GTAAAACCAATCATTTTAGCATT-gtaacatgtttgttat
gi|6 : AAAA-CATTAACATTTTT-CAAGCAGTCCAGGACTATATCAAAAG-TACAAA-C-CGGTTTTCAAATTAAGT-TATTTT-ACATTCCGAGATCAT-------------------TTGATAAGCTTTCC--AA----T--AT-------GT-----GCATGTATGCTGCGGTAAA--TAACC-AAGTAAACTTATGCAAAGT----TAT---TATAT----GT-A-ATTA--TTTTTTGTAGTCGGT--CAATCTCGAATGTTTATGTATATGTAATCACGGGATCACACGGTCGTCTTCTTA-TGAAA----AC-TCGTTCAATTAACT---AT-GTTAAACAAA-CATTTTAGTATT-TTTAAAGgtaacatgtttgttat
gi|7 : GAAAA-CAT--ATATTTT---AAGCTGTCCAGGACTTTATTAAAAG-TACAAA-C-CG-------------GT-TATTTT-ACATTCCGAAAACAT-------------------TTAATAAGCTTTCCA-AA----T--ATGACAAAGGT-----ACATGTATAATATGATTAA--TAGCC-AAATTAACTGATGCAATTT----TAT---TATAT----GG-A-ATTA--TCTTTTGTAGTCTGT--CAATCTCGAATGTTTATATATATTTAATCAGGAGATCATACTGTCA---TCTTA-AAAAA----AC-ACGTTTAATTAACT---AT-GTTAACCACA-CCTTTTAGTATT-TTTAAAG
gi|8 : TGTCCAGGACTATATTAAAAG-TACAAA-C-CGGTTTTCAAATTAAGC-TATCTT-ACGTTCCGAAAACAT-------------------TTGGTAAGCGTTCCA-AA----T--ATGACAAAGGT-----ACATGTATAATGTGACAAA--TAGCC-AAATAAACTCATGCAATGTAGAATGT---T-TAT----AT-ATATTAtttgt
gi|8 : at--CAATGTAGAATGTTTATATATATTAAATCACAGGATCACaatcacaggatcac
gi|9 : attgtccaggactatattaaaagtacaaaccggttttcaaattaagctatcttacgttccgaaaacatttggtaagcgttccaaatatgacaaaggtacatgtataatgtgacaaatagccaaataaactcatgAA--TAATC-AAATATA---ATGCAAAAT----TATGTTTATAT----TTCA-AATGTGTCTTTTGTAGTCTGT--CAATCTAGAATGTTTATAT-T-----ATCACGAGATCACACTGTCGTCTTCTTATTAAAT----AC-TTGTTTAA-AAACT----T-GTTAAACGAATCCTTTAAGCATTATTTAAAG
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originalCons : ACT-TTTGGAAAGAATAATCTAACATTGGATGAAAA-CATTCACATTTTT-CAAGCTGTCCAGGACTATATTAAAAG-TACAAA-C-CGGTTTTCAAATTAAGT-TATTTT-ACATTCCGANAACAT-------------------TTGATAAGCTTTCC--AA----T--AT-------GT-----ACATGTATAATGTGATAAA--TAGCC-AAATAAACTTATGCAANGT----TAT---TATAT----GT-A-ATTAT-TTTTTTGTAGTCTGT--CAATCTNGAATGTTTATATATATTTAATCACGGGATCACACTGTCGTCTTCTTA-TAAAA----AC-TCGTTCAATTAACT---AT-GTTAAACAAA-CATTTTAGTATT-TTTAAAG
finalCons : ACT-TTTGGAAAGAATAATCTAACATTGGATGAAAA-CATTCACATTTTT-CAAGCTGTCCAGGACTATATTAAAAG-TACAAAC--CGGTTTTCAAATTAAGT-TATTTT-ACATTCCGANAACAT-------------------TTGATAAGCTTTCC--AATATGAAGGT--------------ACATGTATAATGTGATAAA--TAGCC-AAATAAACTTATGCAANGT----TAT---TATAT----GT-A-ATTAT-TTTTTTGTAGTCTGT--CAATCTNGAATGTTTATATATATTTAATCACGGGATCACACTGTCGTCTTCTTA-TAAAA----AC-TCGTTCAATTAACT---AT-GTTAAACAAA-CATTTTAGTATT-TTTAAAG
Alignments
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Reference ( family-615 ) : ACT-TTTGGAAAGAATAATCTAACATTGGATGAAAA-CATTCACATTTTT-CAAGCTGTCCAGGACTATATTAAAAG-TACAAA-C-CGGTTTTCAAATTAAGT-TATTTT-ACATTCCGANAACAT-------------------TTGATAAGCTTTCC--AA----TATG---A---A--GGT-ACATGTATAATGTGATAAA--TAGCC-AAATAAACTTATGCAANGT----TAT---TATAT----GT-A-ATTAT-TTTTTTGTAGTCTGT--CAATCTNGAATGTTTATATATATTTAATCACGGGATCACACTGTCGTCTTCTTA-TAAAA----AC-TCGTTCAATTAACT---AT-GTTAAACAAA-CATTTTAGTATT-TTTAAAG
gi|1 : ACT-TTTGGAAATAATAATCTAAAATTGGATGAAAA-CGTCCACATTTTT-CAAGCTGTCCAGGACTATATCAAAAG-AACAAAGT-CGGTTTTCAAATTAAGT-TGTTTT-ACATTCCGAGAACAT-------------------TTGATAAGCTTTCC--AA----TATG------------T-ACATGTATGATGTGGTAAA--TAACC-AAATAAACTTATGCAAAGT----TAT---TATAT----GT-A-ATTAT-TTTTTTATAGTCGGT--CAATCTCGAACGTTTATCCATATTTTATCACGGGATCACACGGTCGTCTTCTTA-TGAAA----AC-TCGTTCAATTAACT---AT-GTTAAACAAA-CATTTTAGTATT-TTTAAAG
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gi|15 : ttATATATTTTATCAAGAGATCACACTGTCGTCTTttatcaagagatcacactgtcgtctt
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gi|17 : CAAATT-----TATCTT-GCATTCCAATAACAT-------------------TTGATGAGCTTTCCA-AA----CATG---AC--AATGGT-TCATTTATAATtt
gi|18 : tataataagcACACTGTCGTCTTCTTA-TAAAA----AA-TCTTTTATTTAACTAAAAT-GTTAAATCAA-CATTTTAGTATT-CTTAAAG
gi|2 : ATT-TTTGTAAAGAAGAGCCTAACATTGGATGAAAAACATTCAAATATTT-CAAGCTGTCCAGGACTATTTTAAAAG-TACAAA-C-CGGTTTTCAAATCAAGT-TGTATT-ACATTCCGATAATAT-------------------TTGATAAGCTGTCC--AA----TATG------------T-ACATGTATGATTTGATAAA--TAGCC-AAATAGACGTATGCAAAGT----TAT---TATAT----GA-A-ATTAT-ATTTT-GTAGTCGGT--CAATCTCGAATGTTTATCTATATTTAATCACGGGATCACACGGTCGTCTTCTTA-TAAAA----AC-TCGTTCAATTAACT---AT-GTTAAACAAA-CATTTTAGTATT-TTTAAAGtttg
gi|3 : -TTTTGAAAGAATAATCTAACATTGGATGGATA-TATATATATTTTTTCAAGTTGTCCAGGACTATATTAAAAATTACAAA-C-CGGTTTTCAAATTA--T-TATCTTAACATTCCGATAACATCTTAACATTCCGATAACATCTGATAAGCTTTCCA-AA----TCTG---AGGTA--GGCAACATGTTTAATGT-AGAAT--TAGCC-AAATCAATTGATGCAGTGT----TCT---CATAT----AA-A-ATTAT-ATTTTTGTAGTCTAT--CAATCTAGAATGTATATACAAACTTGCTCA
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gi|4 : ttttgaaagaataatctaacattggatggatatatatatattttttcaagttgtccaggactatattaaaaattacaaaccggttttcaaattattatcttaacattccgataacatcttaacattccgataacatctgataagctttccaaatctgaggtaggcaacatgtttaatgtagaattagccaaatcaattgatgcagtgttctcatataaaattatatttttgtagtctatcaatctagaatgtaATGAAAA-CCTTCACCTTTTT-CACGCTGTCCATGACTAAATTTAAAG-TATAAA-CATGTTTTTCAAATTAAGT-TATTTT-ACATTCCGTTAGCAT-------------------ATGATAATCTTTCG--AAA---TCTG---G---T--GA--ACATGTATTATGTAATTAA--TAGCT----T---TTTAAGTAATGT----TTT---TATATAACAGT-A-TCTTT-TTTTTTGTAGG-TAT--CAATCTAGACTGTTTAAATATAATTAACCCCGGAATCACAATGTCGTCTACTTA-TAAAC----ACATCGTT-ATTTAATT---AT-GTCAAACCAATCATTTTAGCATT-aagtc
gi|5 : AAAA-CCTTCACCTTTTT-CACGCTGTCCATGACTTAATTTAAAG-TATAAA-C-CTGTTTTCAAATTAAGT-TATTTT-ACATTCCGTTAGCAT-------------------ATGATAATCTTTCG--AAATCTTGTG---A----------ACATGTATTATGTAATTAA--TAGCT-AATTTAAGTTAT-----GT----TTT---TATATAACAGT----TTA--TTTTTTGTAGGCTAT--CAATCTAGACTGTTTAAATATAATTAACCCCGGAATCACAATGTCGTCTACTTA-TAAAC----ACATCGTT-ATTTAAAT---AT-GTAAAACCAATCATTTTAGCATT-gtaacatgtttgttat
gi|6 : AAAA-CATTAACATTTTT-CAAGCAGTCCAGGACTATATCAAAAG-TACAAA-C-CGGTTTTCAAATTAAGT-TATTTT-ACATTCCGAGATCAT-------------------TTGATAAGCTTTCC--AA----TATG------------T-GCATGTATGCTGCGGTAAA--TAACC-AAGTAAACTTATGCAAAGT----TAT---TATAT----GT-A-ATTAT-TTT-TTGTAGTCGGT--CAATCTCGAATGTTTATGTATATGTAATCACGGGATCACACGGTCGTCTTCTTA-TGAAA----AC-TCGTTCAATTAACT---AT-GTTAAACAAA-CATTTTAGTATT-TTTAAAGgtaacatgtttgttat
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