lowQualScore                  :                                                                                                    11111111                                                                                                                                                                      11111111111111111111111111                                                                                                            
lowQualScore                  :     1  6666           3333     7777777    1            55  1                       1     1         44444444        444444              111111                 22222222222222222        11111     1     22222222222222         22                        1         1              99999999999999999999999999      11      1                     22            1     33333333333333333     1           22         1      
lowQualScore                  :     5  2222   6       8888     6666666    5     6  6   77  5     6                 5     5         55555555  3  3  888888   0   3 777  111111 66              88888888888888888        22222     0     99999999999999         55     2  1     5   0     5  3 8    5              66666666666666666666666666    4 00      3   0 7       4       44     8    6 7   6 44444444444444444     7      7    33         2    6 
lowQualScore                  :     .  ....   .       ....     .......    .     .  .   ..  .     .                 .     .         ........  .  .  ......   .   . ...  ...... ..              .................        .....     .     ..............         ..     .  .     .   .     .  . .    .              ..........................    . ..      .   . .       .       ..     .    . .   . .................     .      .    ..         .    . 
lowQualScore                  :     0  0000   0       0000     0000000    0     0  0   00  0     0                 0     0         00000000  0  0  222222   4   9 888  444444 11              66666666666666666        55555     8     55555555555555         11     2  7     7   8     0  2 8    0              22222222222222222222222222    0 88      3   7 3       7       33     3    0 0   0 00000000000000000     3      3    33         0    0 
consensus                     : AAGTTTGAG--ACTGTCAGAATACATTACGT-A-ATCAATCACCGAATCTTAGAAA-CTTACCACCACTGTTAACAACGAATACATGTAATACAATAAA--------TANAANACAA-ATACAAGATACA---AAC--TTNT--ATTTATAGTCGGCATGA-------------GATATAACA-----CAATAAACATTAGC-------TATGTATAGCTATTGACCGACATTTACATAAATAAGCAAGTTATAAATACAAGTCATTTCATGAGTTAT---------CANATAAATCAGTGACNCNATTACAA-TTGTAACAACGCANTATTACACCAAGCAAGTTATATACATGAAA-TAAA-AAAACTAGAAAAATGATGTTAATCGTGACCATTGGCCTAAAAA
Reference ( gi|1 )            : AAGTGTGTGTCACTATCAGAATCAAATACGTTATATTTATCAACGAATTTTGGAATTCTGACCACTACTGTTAACAACGAATAAATGTACTACAATAAACATGATTGTAAAAAACAATATGCAAAATACA---AAC--TTAT--ATTTATAGTCGGCAGGA-------------GATATAACA-----CAATACACATTCGC-------TATTTATAGCTATATACCGATATTTACATAAATAAGCAACTTATCAATAAAAGTCATTTCATGA--------------C-----------TGACTCCTTTACAA-TTGCAACAACACAATATTACATGAAGCATGTTACAAACACGAAATTAAATAAAATTGAAAAAACGATGTTAATCGATACCATTGGCATAAAGAT
gi|9                          : AAGTTTGAG--ACTGTCAGAATACATTACGT-A-ATCAATCACCGAATCTTAGAAA-CTTACCACCACTGTTAACAACGAATACATGTAATACAATAAA--------TACAAAAC------CTAAATAAA---AGC--ATAT--ATTT
gi|3                          :                                                                                                             AAAACACAA-ATATTAAATG-A---ATCG-CTGT--ATTTATGGTCCGCATGA-------------AGTATAACA-----TCATAAACATTAGC-------TGTGTATAGCTATTAACTGACATTTACATCAATAAGCAAATTATCAATACAAGTCATATCATGAGTTAT---------CACATAAATCAGTGACACCATTACAT-TTGTAACAACGTAGAATTACACCAAGCAAAGTATATATATG-----AAATACAACTG-ATAAATAATGTTAATCGTGACCATTGGCGTAcat
gi|18                         :                                                                                                                       ATACAAGATACA---AAC--TTAT--ATTTGTAGTCGGCATGA-------------GATATAttaaaaaagagaa
gi|12                         :                                                                                                                      aATACAAGATAAA---AAAAGTTGTTTATTGAAAATCGGCACGA-------------ATTATAACA-----CAATGTATATTCGA-------CATGTATAGATATTAACCGACATt
gi|8                          :                                                                                                                         gCAAGATAAA---GAA--TTTT--ATTTATAGTCGACATGA-------------GATATAACA-----CAATAAACAGTTGT-------TATGTATAGCTATTGAACGACAT---GATAAAT
gi|7                          :                                                                                                                          CAAGAAACA---AAC--AT-T--ATTTATAGTCTGCATAA-------------GATATAACATAACGCAATAAGCATCGGT-------TATGTATAGCTATTGACCGGCATACACAT-AATAATCAcatggtcgtacgtttctatgcagatcctttttccttaaatta
gi|2                          :                                                                                                                          aAAGACACA---AAC--TTTT--AGTTATAGTCGGCATGATATATAACGCAATAATATAACG-----CAATAAACATTAGC-------TATGTTTAGCTATTGACTGACACTTACATAAATAAGCAAGTT-TAAATACAAGTCATTTTATGA--------------ttgtgttaaatgtgtctatgtacttttcaaataaatta
gi|6                          :                                                                                                                         caagAATACACAAAAT--TTTT--ATTTATAGTCGGCATGA-------------TATAAAACA-----CAATAAACATAAGT-------TTTGTGTGGCTATTGGCCAATATTTATATGAATAAGCAAGTTATAAATACAAATCACTTCATGA--------------gttatcacataaatcagtgatttcattaacaccgttttcacctatttttaaatatgtaataccttgaaatgaaaacgttatacaaaataagcataatgtaactttttacataaaaaataagaaaat
gi|14                         :                                                                                                                              ATACA---ACA--TTTT--ATTTATAGTCGG-------------------ATATAACA-----CAAAACACATTAGCTACAATGTATGTATGGCTATgttatctcataaaacag
gi|15                         :                                                                                                                                                      acGTTGACATGA-------------GATAAAACG-----TAATAAACATT-----------------AGCTATGTACCACTATTTAtggcctaca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                         AGCTATTTACTGACATTTATGTAAGT--------TATAAATACAAGTCATTTTATGAGTTATCACATAAATCAG---------TGACTCAATTACAA-ATGTAATATCACAATATTACATCAAGCAAGTTATATGCATGAAA-TAA--AAACTTAGAAAAA-GATGTT-ATCGTGACCTTTGGTCTAAAAgcgacaataga
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aTTTACAAATTGCA-CAACACTTTATTACAC----CATGTTATATACATGAAAATAAA--ACACTAAGAAAATGATGTTAATCGAGAATATTGACCTAAAgtattaaaaaa
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CAGAAAAAAATATTATTTTTATCTGTGTTTTAACTTATTTTTATCTACTGCTTAAACAAGTAAATTTGTATTTACAAAAACATTTTATCAGCTTTATTACGA
Unaligned ( gi|11 ): TGATAGAGCTGCCATAAATATACCTATATACTGGATTAATGGTATACGGTATAACGGTACGAGGTATAATACGGCTGTTTTCAGATGTAACAATCAATGTCT
Unaligned ( gi|13 ): ATACAGATACAAAATTTTATTCATTGATGATCACATATAAAACAGAGATACATGTAATGCTAGCTATATATAGCTATTAACTGACA
Unaligned ( gi|16 ): GAATACTGTATATTGTTTTGTTCCTTATAAATAAATGCCTTCATGGTGTCACA
Unaligned ( gi|17 ): GGTTATATAAAGTAGATGTAAATTTAATATTTGATAATAACATAAA






Alignments
lowQualScore                  :          22                    333                     22                                          77777777        11                     11111                      22222222222222        11111        11111         1111111                                          1111                                                    111           111        2222222                     222222                                       1111      
lowQualScore                  :     3  4 77           55 4     111   4    2            44  3                       2     3         22222222  1  1  88  6       3   0 666  11111 4 4                  11111111111111        00000  777   00000         3333333              1        1     7         1  3333                    6 2     66             1 1  0   000    0  1   000        6666666   3 6       3       777777  0  8 55 8    3  0  8 0    1    1     7777      
lowQualScore                  :     .  . ..           .. .     ...   .    .            ..  .                       .     .         ........  .  .  ..  .       .   . ...  ..... . .                  ..............        .....  ...   .....         .......              .        .     .         .  ....                    . .     ..             . .  .   ...    .  .   ...        .......   . .       .       ......  .  . .. .    .  .  . .    .    .     ....      
lowQualScore                  :     0  0 55           55 0     000   0    5            00  0                       5     0         55555555  0  0  33  7       6   5 444  77777 0 9                  22222222222222        00000  000   00000         0000000              2        7     0         0  3333                    7 5     88             0 0  8   000    8  0   888        0000000   2 2       8       444444  6  0 22 0    8  8  0 8    4    4     2222      
consensus                     : AAGTNTGNGTCACTGTCAGAATNNANTACGTTATATCNATCANCGAATCTTGGAANTCTNACCACCACTGTTAACAACGAATANATGTANTACAATAAACATGATTGTAAAAAAC--AA-ATACAAG-ATACA---AA---C-T-TTTATTTATAGTCGGCATGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTATAGCTATTGACCGACATTTACATAAATAAGCAAGTTA---TAAATACAAGTCATTTCATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACTCCATTACAA-TTGTAACAACGCAATATTACACC-------AAGCANGTTATATACATGAAA-T-AA-AAAAC-TAGA-AAAATGATGT-TAATCGTGACCATTGGC---NTAAAAA
Reference ( family-6116 )     : AAGTTTGAG--ACTGTCAGAATACATTACGT-A-ATCAATCACCGAATCTTAGAAA-CTTACCACCACTGTTAACAACGAATACATGTAATACAATAAA--------TANAANAC--AA-ATACAAG-ATACA---AA---C-T-TNTATTTATAGTCGGCATGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTATAGCTATTGACCGACATTTACATAAATAAGCAAGTTA---TAAATACAAGTCATTTCATG-AGTTATCANATAAATCAGTGACNCNATTACAA-TTGTAACAACGCANTATTACACC-------AAGCAAGTTATATACATGAAA-TAAA-AAAAC-TAGA-AAAATGATGT-TAATCGTGACCATTGGC---CTAAAAA
gi|1                          : AAGTGTGTGTCACTATCAGAATCAAATACGTTATATTTATCAACGAATTTTGGAATTCTGACCACTACTGTTAACAACGAATAAATGTACTACAATAAACATGATTGTAAAAAAC--AATATGCAAA-ATACA---AA---C-T-TATATTTATAGTCGGCAGGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----CACATTCGC-------TATTTATAGCTATATACCGATATTTACATAAATAAGCAACTTA---TCAATAAAAGTCATTTCATG-A-----C-----------TGACTCCTTTACAA-TTGCAACAACACAATATTACATG-------AAGCATGTTACAAACACGAAATTAAATAAAAT-TGAA-AAAACGATGT-TAATCGATACCATTGGC---ATAAAGA
gi|12                         :                                                                                                                        -ATACAAG-ATAAA---AAAAGT-TGTTTATTGAAAATCGGCACGA-------------ATTATAACA-----CA---ATG-----TATATTCGA-------CATGTATAGATATTAACCGACATt
gi|13                         :                                                                                                                       g-ATACA-G-ATACA---AA---A-T-TTTATTCATTGATG--ATCA-------------CATATAAAA-----CAGAGATACATGTAATGCTAGC-------TATATATAGCTATTAACTGACA
gi|14                         :                                                                                                                                -ATACA---AC---A-T-TTTATTTATAGTCGG-------------------ATATAACA-----CA---AAA-----CACATTAGCTACAATGTATGTATGGCTATTGGCCTACA
gi|15                         :                                                                                                                                                          acGTTGACATGA-------------GATAAAACG-----TA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTACCACTATTTAGCGACA
gi|18                         :                                                                                                                       A-ATACAAG-ATACA---AA---C-T-TATATTTGTAGTCGGCATGA-------------GATATAataga
gi|2                          :                                                                                                                             AAG-ACACA---AA---C-T-TTTAGTTATAGTCGGCATGATATATAACGCAATAATATAACG-----CA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTTTAGCTATTGACTGACACTTACATAAATAAGCAAGTT----TAAATACAAGTCATTTTATG-AGTTATCACATAAATCAGTGATTTCAT---------TAACACCGT----TTTCACCTATTTTTAAATATGTAATAC-CTTGAAA-TGAA-AACGT-TATACAAAATAA-GCATAAT-GTAACTTTTTAC---ATAAAAAt
gi|3                          :                                                                                                         caagAAAACAC--AA-ATATTAA-ATG-A---AT---CGC-TGTATTTATGGTCCGCATGA-------------AGTATAACA-----TC---ATA-----AACATTAGC-------TGTGTATAGCTATTAACTGACATTTACATCAATAAGCAAATTA---TCAATACAAGTCATATCATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACACCATTACAT-TTGTAACAACGTAGAATTACACC-------AAGCAAAGTATATATATGAAA-T----ACAAC-T-GA-TAAATAATGT-TAATCGTGACCATTGGCGTATTAAAAAataagaaaat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTACAAATTGCA-CAACACTTTATTACACC-------ATG----TTATATACATGAAA-ATAA-AACAC-TAAG-AAAATGATGT-TAATCGAGAATATTGAC---CTAAAAagagaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                    tAGCTATTTACTGACATTTAT--------GTAAGTTA---TAAATACAAGTCATTTTATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACTCAATTACAA-ATGTAATATCACAATATTACATC-------AAGCAAGTTATATGCATGAAA-T--A-AAAACTTAGA-AAAA-GATGT-T-ATCGTGACCTTTGGT---CTAAAAAtaatataaaaaggcattgtaaaaaatctgagatgcaaaacagacactagtttgtataattaaaaaagtaaaacctctatcacatcgaatcagatgtgaacctaataatattttcttctcagacgcaataaaacgagcacaatgt
gi|6                          :                                                                                                                               a-ATACACAAAA---T-T-TTTATTTATAGTCGGCATGA-------------TATAAAACA-----CA---ATA-----AACATAAGT-------TTTGTGTGGCTATTGGCCAATATTTATATGAATAAGCAAGTTA---TAAATACAAATCACTTCATG-AGTTATCTCATAAAACAGgtattaaaaaa
gi|7                          :                                                                                                                          aACAAG-AAACA---AA---C-A-T-TATTTATAGTCTGCATAA-------------GATATAACATAACGCA---ATA-----AGCATCGGT-------TATGTATAGCTATTGACCGGCATACACAT-AATAATCA--TTGTGTTAAATGT--GTC----TATGTACTTTTCAAATAAATTA
gi|8                          :                                                                                                                            CAAG-ATAAA---GA---A-T-TTTATTTATAGTCGACATGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----AACAGTTGT-------TATGTATAGCTATTGAACGACAT---GATAAAT
gi|9                          : AAGTTTGAG--ACTGTCAGAATACATTACGT-A-ATCAATCACCGAATCTTAGAAA-CTTACCACCACTGTTAACAACGAATACATGTAATACAATAAA--------TACAAAACCTAA-ATAAAAGCATATA---catggtcgtacgtttctatgcagatcctttttccttaaatta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CAGAAAAAAATATTATTTTTATCTGTGTTTTAACTTATTTTTATCTACTGCTTAAACAAGTAAATTTGTATTTACAAAAACATTTTATCAGCTTTATTACGA
Unaligned ( gi|11 ): TGATAGAGCTGCCATAAATATACCTATATACTGGATTAATGGTATACGGTATAACGGTACGAGGTATAATACGGCTGTTTTCAGATGTAACAATCAATGTCT
Unaligned ( gi|16 ): GAATACTGTATATTGTTTTGTTCCTTATAAATAAATGCCTTCATGGTGTCACA
Unaligned ( gi|17 ): GGTTATATAAAGTAGATGTAAATTTAATATTTGATAATAACATAAA






Alignments
lowQualScore                  :          11                    222                     11                                          33333333        11                                                22222222222222        11111        11111         1111111                                          1111                                                    111           111        2222222                     111111                                          11    
lowQualScore                  :     1  1 88           22 1     222   1    1            66  1                       1     1         55555555        88  6       3   0 999999999 3  3                  11111111111111        00000  777   00000         3333333              1        1     7         1  3333                    6 2     3                   0   000    0  1   111        6666666 0   1       3       777777   8   55 8    3  0  8 0    1    1     1  11    
lowQualScore                  :     .  . ..           .. .     ...   .    .            ..  .                       .     .         ........        ..  .       .   . ......... .  .                  ..............        .....  ...   .....         .......              .        .     .         .  ....                    . .     .                   .   ...    .  .   ...        ....... .   .       .       ......   .   .. .    .  .  . .    .    .     .  ..    
lowQualScore                  :     0  0 00           00 0     000   0    0            55  0                       0     0         00000000        33  7       6   5 333333333 6  6                  22222222222222        00000  000   00000         0000000              2        7     0         0  3333                    7 5     5                   8   000    8  0   000        0000000 8   0       8       666666   0   22 0    8  8  0 8    4    4     0  00    
consensus                     : AAGTNTGNGTCACTGTCAGAATNNANTACGTTATATCNATCANCGAATCTTGGAANTCTNACCACCACTGTTAACAACGAATANATGTANTACAATAAACATGATTGTAAAAAAC--AA-ATACAAG-ATACA---AA---CT-TT-TATTTATAGTCGGCATGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTATAGCTATTGACCGACATTTACATAAATAAGCAAGTTA---TAAATACAAGTCATTTCATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACTCCATTACAA-TTGTAACAACGCAATATTACACC-------AAGCATGTTATATACATGAAA-TAA--AAA-ATTAGA-AAAATGATGT-TAATCGTGACCATTGGCGTA--AAAA
Reference ( family-6116 )     : AAGTNTGNGTCACTGTCAGAATNNANTACGTTATATCNATCANCGAATCTTGGAANTCTNACCACCACTGTTAACAACGAATANATGTANTACAATAAACATGATTGTAAAAAAC--AA-ATACAAG-ATACA---AA---CT-TT-TATTTATAGTCGGCATGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTATAGCTATTGACCGACATTTACATAAATAAGCAAGTTA---TAAATACAAGTCATTTCATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACTCCATTACAA-TTGTAACAACGCAATATTACACC-------AAGCANGTTATATACATGAAA-TAA--AAA-ACTAGA-AAAATGATGT-TAATCGTGACCATTGGCNTA--AAAA
gi|1                          : AAGTGTGTGTCACTATCAGAATCAAATACGTTATATTTATCAACGAATTTTGGAATTCTGACCACTACTGTTAACAACGAATAAATGTACTACAATAAACATGATTGTAAAAAAC--AATATGCAAA-ATACA---AA---CT-TA-TATTTATAGTCGGCAGGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----CACATTCGC-------TATTTATAGCTATATACCGATATTTACATAAATAAGCAACTTA---TCAATAAAAGTCATTTCATG-A-----C-----------TGACTCCTTTACAA-TTGCAACAACACAATATTACATG-------AAGCATGTTACAAACACGAAATTAAATAAA-ATTGAA-AAAACGATGT-TAATCGATACCATTGGCATA--AAGA
gi|12                         :                                                                                                                        -ATACAAG-ATAAA---AAAAGTTGTT-TATTGAAAATCGGCACGA-------------ATTATAACA-----CA---ATG-----TATATTCGA-------CATGTATAGATATTAACCGACATt
gi|13                         :                                                                                                                       g-ATACA-G-ATACA---AA---AT-TT-TATTCATTGATG--ATCA-------------CATATAAAA-----CAGAGATACATGTAATGCTAGC-------TATATATAGCTATTAACTGACA
gi|14                         :                                                                                                                                -ATACA---AC---AT-TT-TATTTATAGTCGG-------------------ATATAACA-----CA---AAA-----CACATTAGCTACAATGTATGTATGGCTATTGGCCTACA
gi|15                         :                                                                                                                                                          acGTTGACATGA-------------GATAAAACG-----TA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTACCACTATTTAGCGACA
gi|18                         :                                                                                                                       A-ATACAAG-ATACA---AA---CT-TA-TATTTGTAGTCGGCATGA-------------GATATAataga
gi|2                          :                                                                                                                             AAG-ACACA---AA---CT-TT-TAGTTATAGTCGGCATGATATATAACGCAATAATATAACG-----CA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTTTAGCTATTGACTGACACTTACATAAATAAGCAAGTT----TAAATACAAGTCATTTTATG-AGTTATCACATAAATCAGTGATTTCAT---------TAACACCGT----TTTCACCTATTTTTAAATATGTAATAC-CTTGAAA-TGA--AAACGTTATACAAAATAA-GCATAAT-GTAACTTTTTACATA--AAAAt
gi|3                          :                                                                                                         caagAAAACAC--AA-ATATTAA-ATG-A---AT---CG-CTGTATTTATGGTCCGCATGA-------------AGTATAACA-----TC---ATA-----AACATTAGC-------TGTGTATAGCTATTAACTGACATTTACATCAATAAGCAAATTA---TCAATACAAGTCATATCATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACACCATTACAT-TTGTAACAACGTAGAATTACACC-------AAGCAAAGTATATATATGAAA-T----ACA-ACT-GA-TAAATAATGT-TAATCGTGACCATTGGCGTATTAAAAataagaaaat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTACAAATTGCA-CAACACTTTATTACACC-------A----TGTTATATACATGAAAATAA--AAC-ACTAAG-AAAATGATGT-TAATCGAGAATATTGACCTA--AAAaagagaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                    tAGCTATTTACTGACATTTAT--------GTAAGTTA---TAAATACAAGTCATTTTATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACTCAATTACAA-ATGTAATATCACAATATTACATC-------AAGCAAGTTATATGCATGAAA-TAA--AAA-CTTAGA-AAAA-GATGT-T-ATCGTGACCTTTGGTCTA--AAAAtaatataaaaaggcattgtaaaaaatctgagatgcaaaacagacactagtttgtataattaaaaaagtaaaacctctatcacatcgaatcagatgtgaacctaataatattttcttctcagacgcaataaaacgagcacaatgt
gi|6                          :                                                                                                                               a-ATACACAAAA---TT-TT-TATTTATAGTCGGCATGA-------------TATAAAACA-----CA---ATA-----AACATAAGT-------TTTGTGTGGCTATTGGCCAATATTTATATGAATAAGCAAGTTA---TAAATACAAATCACTTCATG-AGTTATCTCATAAAACAGgtattaaaaaa
gi|7                          :                                                                                                                          aACAAG-AAACA---AA---CA-TT--ATTTATAGTCTGCATAA-------------GATATAACATAACGCA---ATA-----AGCATCGGT-------TATGTATAGCTATTGACCGGCATACACAT-AATAATCA--TTGTGTTAAATGT--GTC----TATGTACTTTTCAAATAAATTA
gi|8                          :                                                                                                                            CAAG-ATAAA---GA---AT-TT-TATTTATAGTCGACATGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----AACAGTTGT-------TATGTATAGCTATTGAACGACAT---GATAAAT
gi|9                          : AAGTTTGAG--ACTGTCAGAATACATTACGT-A-ATCAATCACCGAATCTTAGAAA-CTTACCACCACTGTTAACAACGAATACATGTAATACAATAAA--------TACAAAACCTAA-ATAAAAGCATATA---------T-TT-CATcatggtcgtacgtttctatgcagatcctttttccttaaatta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CAGAAAAAAATATTATTTTTATCTGTGTTTTAACTTATTTTTATCTACTGCTTAAACAAGTAAATTTGTATTTACAAAAACATTTTATCAGCTTTATTACGA
Unaligned ( gi|11 ): TGATAGAGCTGCCATAAATATACCTATATACTGGATTAATGGTATACGGTATAACGGTACGAGGTATAATACGGCTGTTTTCAGATGTAACAATCAATGTCT
Unaligned ( gi|16 ): GAATACTGTATATTGTTTTGTTCCTTATAAATAAATGCCTTCATGGTGTCACA
Unaligned ( gi|17 ): GGTTATATAAAGTAGATGTAAATTTAATATTTGATAATAACATAAA






Alignments
lowQualScore                  :          11                    222                     11                                          33333333        11                                                22222222222222        11111        11111         1111111                                          1111                                                    111           111        2222222                     111111                                          11    
lowQualScore                  :     1  1 88           22 1     222   1    1            66  1                       1     1         55555555        88  6       3   0 999999999 3  3                  11111111111111        00000  777   00000         3333333              1        1     7         1  3333                    6 2     3                   0   000    0  1   111        6666666 0   1       3       777777   8   55 8    3  0  8 0    1    1     6  11    
lowQualScore                  :     .  . ..           .. .     ...   .    .            ..  .                       .     .         ........        ..  .       .   . ......... .  .                  ..............        .....  ...   .....         .......              .        .     .         .  ....                    . .     .                   .   ...    .  .   ...        ....... .   .       .       ......   .   .. .    .  .  . .    .    .     .  ..    
lowQualScore                  :     0  0 00           00 0     000   0    0            55  0                       0     0         00000000        33  7       6   5 333333333 6  6                  22222222222222        00000  000   00000         0000000              2        7     0         0  3333                    7 5     5                   8   000    8  0   000        0000000 8   4       8       666666   0   22 0    8  8  0 8    4    4     4  00    
consensus                     : AAGTNTGNGTCACTGTCAGAATNNANTACGTTATATCNATCANCGAATCTTGGAANTCTNACCACCACTGTTAACAACGAATANATGTANTACAATAAACATGATTGTAAAAAAC--AA-ATACAAG-ATACA---AA---CT-TT-TATTTATAGTCGGCATGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTATAGCTATTGACCGACATTTACATAAATAAGCAAGTTA---TAAATACAAGTCATTTCATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACTCCATTACAA-TTGTAACAACGCAATATTACACC-------AAGCATGTTATATACATGAAA-TAA--AAA-ATTAGA-AAAATGATGT-TAATCGTGACCATTGGCGTA--AAAA
Reference ( family-6116 )     : AAGTNTGNGTCACTGTCAGAATNNANTACGTTATATCNATCANCGAATCTTGGAANTCTNACCACCACTGTTAACAACGAATANATGTANTACAATAAACATGATTGTAAAAAAC--AA-ATACAAG-ATACA---AA---CT-TT-TATTTATAGTCGGCATGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTATAGCTATTGACCGACATTTACATAAATAAGCAAGTTA---TAAATACAAGTCATTTCATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACTCCATTACAA-TTGTAACAACGCAATATTACACC-------AAGCATGTTATATACATGAAA-TAA--AAA-ATTAGA-AAAATGATGT-TAATCGTGACCATTGGCGTA--AAAA
gi|1                          : AAGTGTGTGTCACTATCAGAATCAAATACGTTATATTTATCAACGAATTTTGGAATTCTGACCACTACTGTTAACAACGAATAAATGTACTACAATAAACATGATTGTAAAAAAC--AATATGCAAA-ATACA---AA---CT-TA-TATTTATAGTCGGCAGGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----CACATTCGC-------TATTTATAGCTATATACCGATATTTACATAAATAAGCAACTTA---TCAATAAAAGTCATTTCATG-A-----C-----------TGACTCCTTTACAA-TTGCAACAACACAATATTACATG-------AAGCATGTTACAAACACGAAATTAAATAAA-ATTGAA-AAAACGATGT-TAATCGATACCATTGGCATA--AAGA
gi|12                         :                                                                                                                        -ATACAAG-ATAAA---AAAAGTTGTT-TATTGAAAATCGGCACGA-------------ATTATAACA-----CA---ATG-----TATATTCGA-------CATGTATAGATATTAACCGACATt
gi|13                         :                                                                                                                       g-ATACA-G-ATACA---AA---AT-TT-TATTCATTGATG--ATCA-------------CATATAAAA-----CAGAGATACATGTAATGCTAGC-------TATATATAGCTATTAACTGACA
gi|14                         :                                                                                                                                -ATACA---AC---AT-TT-TATTTATAGTCGG-------------------ATATAACA-----CA---AAA-----CACATTAGCTACAATGTATGTATGGCTATTGGCCTACA
gi|15                         :                                                                                                                                                          acGTTGACATGA-------------GATAAAACG-----TA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTACCACTATTTAGCGACA
gi|18                         :                                                                                                                       A-ATACAAG-ATACA---AA---CT-TA-TATTTGTAGTCGGCATGA-------------GATATAataga
gi|2                          :                                                                                                                             AAG-ACACA---AA---CT-TT-TAGTTATAGTCGGCATGATATATAACGCAATAATATAACG-----CA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTTTAGCTATTGACTGACACTTACATAAATAAGCAAGTT----TAAATACAAGTCATTTTATG-AGTTATCACATAAATCAGTGATTTCAT---------TAACACCGT----TTTCACCTATTTTTAAATATGTAATAC-CTTGAAA-TGA--AAACGTTATACAAAATAA-GCATAAT-GTAACTTTTTACATA--AAAAt
gi|3                          :                                                                                                         caagAAAACAC--AA-ATATTAA-ATG-A---AT---CG-CTGTATTTATGGTCCGCATGA-------------AGTATAACA-----TC---ATA-----AACATTAGC-------TGTGTATAGCTATTAACTGACATTTACATCAATAAGCAAATTA---TCAATACAAGTCATATCATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACACCATTACAT-TTGTAACAACGTAGAATTACACC-------AAGCAAAGTATATATATGAAA-T----ACA-ACT-GA-TAAATAATGT-TAATCGTGACCATTGGCGTATTAAAAataagaaaat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTACAAATTGCA-CAACACTTTATTACACC-------A----TGTTATATACATGAAAATAA--AAC-ACTAAG-AAAATGATGT-TAATCGAGAATATTGACCTA--AAAaagagaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                    tAGCTATTTACTGACATTTAT--------GTAAGTTA---TAAATACAAGTCATTTTATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACTCAATTACAA-ATGTAATATCACAATATTACATC-------AAGCAAGTTATATGCATGAAA-TAA--AAA-CTTAGA-AAAA-GATGT-T-ATCGTGACCTTTGGTCTA--AAAAtaatataaaaaggcattgtaaaaaatctgagatgcaaaacagacactagtttgtataattaaaaaagtaaaacctctatcacatcgaatcagatgtgaacctaataatattttcttctcagacgcaataaaacgagcacaatgt
gi|6                          :                                                                                                                               a-ATACACAAAA---TT-TT-TATTTATAGTCGGCATGA-------------TATAAAACA-----CA---ATA-----AACATAAGT-------TTTGTGTGGCTATTGGCCAATATTTATATGAATAAGCAAGTTA---TAAATACAAATCACTTCATG-AGTTATCTCATAAAACAGgtattaaaaaa
gi|7                          :                                                                                                                          aACAAG-AAACA---AA---CA-TT--ATTTATAGTCTGCATAA-------------GATATAACATAACGCA---ATA-----AGCATCGGT-------TATGTATAGCTATTGACCGGCATACACAT-AATAATCA--TTGTGTTAAATGT--GTC----TATGTACTTTTCAAATAAATTA
gi|8                          :                                                                                                                            CAAG-ATAAA---GA---AT-TT-TATTTATAGTCGACATGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----AACAGTTGT-------TATGTATAGCTATTGAACGACAT---GATAAAT
gi|9                          : AAGTTTGAG--ACTGTCAGAATACATTACGT-A-ATCAATCACCGAATCTTAGAAA-CTTACCACCACTGTTAACAACGAATACATGTAATACAATAAA--------TACAAAACCTAA-ATAAAAGCATATA---------T-TT-CATcatggtcgtacgtttctatgcagatcctttttccttaaatta


blockSeqs                     :     T  A .            AC T     A     A    C            A   T                       C     A         .               CT  .       C     AAAAGT    G  G                  TATATAACGCAATA        TAACG  GAG   CATGT         TACAATG              A        T     A         G  GTGT                    T G     A                       AAT       C   AGA        TATTTTT     T       A       ATAA     C   AT C    T     A      T    T     A  TT
blockSeqs                     :                                                                                                                    .   .       .     CAAAAT    .  .                  A                     .      .     .             .                    A        T     C         A  A                       . G     A                       TT        A   TTT        .           A       A       TGA      .   AA .    T     .      T    A     G  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                        .       .     AAA       .  .                  C                     .      .     .             .                    G        T     G         G  A                       . G     A                       AA        A   AAT        .           T       G       TAA      .   AG .    T     .      A    A     C  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                        .       .     ACA       .  .                  G                     .      .     .             .                    T        T     A         G  A                       . G     T                       .         T   .          .           A       .       T        .   G  .    .     .      T    T     C  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                        .       .     AAC       .  .                  G                     .      .     .             .                    G        A     .         .  .                       . C     A                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                .     AAC       .  .                  A                     .      .     .             .                    A        .     .                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                .     ATC       .  .                  T                     .      .     .             .                    T                                                                                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                .     AAC       .  .                  G                     .      .     .             .                    G                                                                                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                .     GAA       .  .                  G                     .      .     .             .                    G                                                                                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                .     .         .  .                  .                                                                     G                                                                                                                                                                                          


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGA***
originalCons                  : AAGTNTGNGTCACTGTCAGAATNNANTACGTTATATCNATCANCGAATCTTGGAANTCTNACCACCACTGTTAACAACGAATANATGTANTACAATAAACATGATTGTAAAAAAC--AA-ATACAAG-ATACA---AA---CT-TT-TATTTATAGTCGGCATGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTATAGCTATTGACCGACATTTACATAAATAAGCAAGTTA---TAAATACAAGTCATTTCATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACTCCATTACAA-TTGTAACAACGCAATATTACACC-------AAGCATGTTATATACATGAAA-TAA--AAA-ATTAGA-AAAATGATGT-TAATCGTGACCATTGGCGTA--AAAA
finalCons                     : AAGTNTGNGTCACTGTCAGAATNNANTACGTTATATCNATCANCGAATCTTGGAANTCTNACCACCACTGTTAACAACGAATANATGTANTACAATAAACATGATTGTAAAAAAC--AA-ATACAAG-ATACA---AA---CT-TT-TATTTATAGTCGGCATGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTATAGCTATTGACCGACATTTACATAAATAAGCAAGTTA---TAAATACAAGTCATTTCATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACTCCATTACAA-TTGTAACAACGCAATATTACACC-------AAGCATGTTATATACATGAAATGA---AAA-ATTAGA-AAAATGATGT-TAATCGTGACCATTGGCGTA--AAAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CAGAAAAAAATATTATTTTTATCTGTGTTTTAACTTATTTTTATCTACTGCTTAAACAAGTAAATTTGTATTTACAAAAACATTTTATCAGCTTTATTACGA
Unaligned ( gi|11 ): TGATAGAGCTGCCATAAATATACCTATATACTGGATTAATGGTATACGGTATAACGGTACGAGGTATAATACGGCTGTTTTCAGATGTAACAATCAATGTCT
Unaligned ( gi|16 ): GAATACTGTATATTGTTTTGTTCCTTATAAATAAATGCCTTCATGGTGTCACA
Unaligned ( gi|17 ): GGTTATATAAAGTAGATGTAAATTTAATATTTGATAATAACATAAA






Alignments
lowQualScore                  :          11                    222                     11                                          33333333        11                                                22222222222222        11111        11111         1111111                                          1111                                                    111           111        2222222                       22222                                          11    
lowQualScore                  :     1  1 88           22 1     222   1    1            66  1                       1     1         55555555        88  6       3   0 999999999 3  3                  11111111111111        00000  777   00000         3333333              1        1     7         1  3333                    6 2     3                       000  1 0  1   111        6666666 0   1       3       8 11111   8   55 8    3  0  8 0    1    1     6  11    
lowQualScore                  :     .  . ..           .. .     ...   .    .            ..  .                       .     .         ........        ..  .       .   . ......... .  .                  ..............        .....  ...   .....         .......              .        .     .         .  ....                    . .     .                       ...  . .  .   ...        ....... .   .       .       . .....   .   .. .    .  .  . .    .    .     .  ..    
lowQualScore                  :     0  0 00           00 0     000   0    0            55  0                       0     0         00000000        33  7       6   5 333333333 6  6                  22222222222222        00000  000   00000         0000000              2        7     0         0  3333                    7 5     5                       000  8 8  0   000        0000000 8   4       8       0 22222   0   22 0    8  8  0 8    4    4     4  00    
consensus                     : AAGTNTGNGTCACTGTCAGAATNNANTACGTTATATCNATCANCGAATCTTGGAANTCTNACCACCACTGTTAACAACGAATANATGTANTACAATAAACATGATTGTAAAAAAC--AA-ATACAAG-ATACA---AA---CT-TT-TATTTATAGTCGGCATGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTATAGCTATTGACCGACATTTACATAAATAAGCAAGTTA---TAAATACAAGTCATTTCATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACTCCATTACAA-TTGCAACAACGCAATATTACACC-------AAGCATGTTATATACATGAAA-TAA---AAA-ATTAGA-AAAATGATGT-TAATCGTGACCATTGGCGTA--AAAA
Reference ( family-6116 )     : AAGTNTGNGTCACTGTCAGAATNNANTACGTTATATCNATCANCGAATCTTGGAANTCTNACCACCACTGTTAACAACGAATANATGTANTACAATAAACATGATTGTAAAAAAC--AA-ATACAAG-ATACA---AA---CT-TT-TATTTATAGTCGGCATGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTATAGCTATTGACCGACATTTACATAAATAAGCAAGTTA---TAAATACAAGTCATTTCATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACTCCATTACAA-TTGTAACAACGCAATATTACACC-------AAGCATGTTATATACATGAAA-TGA---AAA-ATTAGA-AAAATGATGT-TAATCGTGACCATTGGCGTA--AAAA
gi|1                          : AAGTGTGTGTCACTATCAGAATCAAATACGTTATATTTATCAACGAATTTTGGAATTCTGACCACTACTGTTAACAACGAATAAATGTACTACAATAAACATGATTGTAAAAAAC--AATATGCAAA-ATACA---AA---CT-TA-TATTTATAGTCGGCAGGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----CACATTCGC-------TATTTATAGCTATATACCGATATTTACATAAATAAGCAACTTA---TCAATAAAAGTCATTTCATG-A-----C-----------TGACTCCTTTACAA-TTGCAACAACACAATATTACATG-------AAGCATGTTACAAACACGAAA-TTAAATAAA-ATTGAA-AAAACGATGT-TAATCGATACCATTGGCATA--AAGA
gi|12                         :                                                                                                                        -ATACAAG-ATAAA---AAAAGTTGTT-TATTGAAAATCGGCACGA-------------ATTATAACA-----CA---ATG-----TATATTCGA-------CATGTATAGATATTAACCGACATt
gi|13                         :                                                                                                                       g-ATACA-G-ATACA---AA---AT-TT-TATTCATTGATG--ATCA-------------CATATAAAA-----CAGAGATACATGTAATGCTAGC-------TATATATAGCTATTAACTGACA
gi|14                         :                                                                                                                                -ATACA---AC---AT-TT-TATTTATAGTCGG-------------------ATATAACA-----CA---AAA-----CACATTAGCTACAATGTATGTATGGCTATTGGCCTACA
gi|15                         :                                                                                                                                                          acGTTGACATGA-------------GATAAAACG-----TA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTACCACTATTTAGCGACA
gi|18                         :                                                                                                                       A-ATACAAG-ATACA---AA---CT-TA-TATTTGTAGTCGGCATGA-------------GATATAataga
gi|2                          :                                                                                                                             AAG-ACACA---AA---CT-TT-TAGTTATAGTCGGCATGATATATAACGCAATAATATAACG-----CA---ATA-----AACATTAGC-------TATGTTTAGCTATTGACTGACACTTACATAAATAAGCAAGTT----TAAATACAAGTCATTTTATG-AGTTATCACATAAATCAGTGATTTCATTA---------ACACCGT----TTTCACCTATTTTTAAATATGTAATAC-CTTGAAA-TGA---AAACGTTATACAAAATAA-GCATAAT-GTAACTTTTTACATA--AAAAt
gi|3                          :                                                                                                         caagAAAACAC--AA-ATATTAA-ATG-A---AT---CG-CTGTATTTATGGTCCGCATGA-------------AGTATAACA-----TC---ATA-----AACATTAGC-------TGTGTATAGCTATTAACTGACATTTACATCAATAAGCAAATTA---TCAATACAAGTCATATCATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACACCATTACAT-TTGTAACAACGTAGAATTACACC-------AAGCAAAGTATATATATGAAA-T-----ACA-ACT-GA-TAAATAATGT-TAATCGTGACCATTGGCGTATTAAAAataagaaaat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTACAAATTGCA-CAACACTTTATTACACC-------A----TGTTATATACATGAAAATAA---AAC-ACTAAG-AAAATGATGT-TAATCGAGAATATTGACCTA--AAAaagagaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                    tAGCTATTTACTGACATTTAT--------GTAAGTTA---TAAATACAAGTCATTTTATG-AGTTATCACATAAATCAGTGACTCAATTACAA-ATGTAATATCACAATATTACATC-------AAGCAAGTTATATGCATGAAA-TAA---AAA-CTTAGA-AAAA-GATGT-T-ATCGTGACCTTTGGTCTA--AAAAtaatataaaaaggcattgtaaaaaatctgagatgcaaaacagacactagtttgtataattaaaaaagtaaaacctctatcacatcgaatcagatgtgaacctaataatattttcttctcagacgcaataaaacgagcacaatgt
gi|6                          :                                                                                                                               a-ATACACAAAA---TT-TT-TATTTATAGTCGGCATGA-------------TATAAAACA-----CA---ATA-----AACATAAGT-------TTTGTGTGGCTATTGGCCAATATTTATATGAATAAGCAAGTTA---TAAATACAAATCACTTCATG-AGTTATCTCATAAAACAGgtattaaaaaa
gi|7                          :                                                                                                                          aACAAG-AAACA---AA---CA-TT--ATTTATAGTCTGCATAA-------------GATATAACATAACGCA---ATA-----AGCATCGGT-------TATGTATAGCTATTGACCGGCATACACAT-AATAATCA--TTGTGTTAAATGT--GTC----TATGTACTTTTCAAATAAATTA
gi|8                          :                                                                                                                            CAAG-ATAAA---GA---AT-TT-TATTTATAGTCGACATGA-------------GATATAACA-----CA---ATA-----AACAGTTGT-------TATGTATAGCTATTGAACGACAT---GATAAAT
gi|9                          : AAGTTTGAG--ACTGTCAGAATACATTACGT-A-ATCAATCACCGAATCTTAGAAA-CTTACCACCACTGTTAACAACGAATACATGTAATACAATAAA--------TACAAAACCTAA-ATAAAAGCATATA---------T-TT-CATcatggtcgtacgtttctatgcagatcctttttccttaaatta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CAGAAAAAAATATTATTTTTATCTGTGTTTTAACTTATTTTTATCTACTGCTTAAACAAGTAAATTTGTATTTACAAAAACATTTTATCAGCTTTATTACGA
Unaligned ( gi|11 ): TGATAGAGCTGCCATAAATATACCTATATACTGGATTAATGGTATACGGTATAACGGTACGAGGTATAATACGGCTGTTTTCAGATGTAACAATCAATGTCT
Unaligned ( gi|16 ): GAATACTGTATATTGTTTTGTTCCTTATAAATAAATGCCTTCATGGTGTCACA
Unaligned ( gi|17 ): GGTTATATAAAGTAGATGTAAATTTAATATTTGATAATAACATAAA