lowQualScore : 111111111 4444444444444444444444444 111111 1111 11 1 111111111111
lowQualScore : 6 6 5 2 111111111 8 2 44 555 44 5555 2222222222222222222222222 22 1 44444 555555 2222 4 00 77777 1 333 555 0 111111111111 1 4
lowQualScore : . . . . ......... . . .. ... .. .... ......................... .. . ..... ...... .... . .. ..... . ... ... . ............ . .
lowQualScore : 0 0 0 2 444444444 6 9 66 000 77 7777 1111111111111111111111111 66 9 88888 222222 0000 6 33 99999 9 333 222 6 888888888888 9 0
consensus : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-T-CC-GTT---ACT-GAAAACA----GCAGT-------------------------AACTGTTAA--A-T-----GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGTGAAG----T-AAAACTGAC---ACTG---AAATAT-----CA--T-T-T-TTCAATGCAGAAATAG
Reference ( gi|3 ) : GTGGAGATTATT-CAACTGTTATT---------T-T-CT-GTT---ACT-AAAAACA----GCAGT-------------------------AACTGTTAA--A-T-----AAA-T-GT-TT---CATTACATTTTGTGCAG----T-AAAACTGAC---ACTG---AATTAT-----CA--T-T-T-TTCAATGCAGAAATAG
gi|1 : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------TCT-CC-GTT---ACT-GAAAACA----GCAGTCGTTACTGAAAACAGCAGTAGATCTAACTGTTAA--A-T-----GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGTGAAG----T-AAAACAGAC---ATCG---AATTATATTAATA--TGT-T-TTCAATGCAGAACTAG
gi|23 : tTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-TTCC-GTT---ACT-GAAAACA----GCAGT-------------------------AACa
gi|4 : gtaGATTATT-CAACTGTTATT---------T-T-TTTGTTTATACT-AAAAACA----ACAGT-------------------------AACTGTTAA--A-T-----TAA-T-GT-TT---CATTACCTTTCGTGCAG----T-AAAACTGAC---ACTG---AATTAT-----CA--T-T-T-TTCAATGCAGAAATA
gi|6 : GGTTATT-CAACTTTTGTT---------TGT-CC-GTT---ACT-GAAAACA----ACAGT-------------------------TACTGCTAA--A-T-----AAA-T-AT-TT---TATTATATTCCGTGAAA----TAAAAACTGAC---ACTA---AAATGT-----GA--T-T-T-TT-AATGCAGACATAG
gi|2 : ATTATT-CAACTGTTGTT---------TCT-CC-GTT---ACT-GAAAACA----GCAGTCGTTACTGAAAACAGCAGTAGATCTAACTGTTAA--A-T-----GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGTGAAG----T-AAAACAGAC---ATCG---AATTATATTAATA--TGT-T-TTCAATGCAGAACTAGat
gi|5 : TTATT-GAACTGTTGTT---------T-T-CC-TTT---ACT-GGATGCA----ACAAT-------------------------AACTGTTAA--A-T-----AAA-A-ATATT---CATTACAATTTGTTAAT----T-AAAACTGAC---ACTA---AAATAC-----CA--T-T-T-TTCAATGCTGACATA
gi|8 : tagcgTTATTTCAGCTGTTGTTGTTTTTTTAT-T-TT-GTT---ACTGAAAAACA----GCAAT-------------------------AACTATTAA--A-T-----GAT-T-TG-TT---CGTTACATTTTGTGAAG----T-AAAACTGAC---TCTG---AAATAC-----TA--C-T-T-TTCA
gi|14 : T-CAACTGACATT---------T-T-GC-ATT---ACT-GATAACA----GCA-------------------------------GTTGA--A-T-----AAACT-AT-TT----ATTACAATAT---CA-------AACACTGAC---ACTG---AA--AT------A--C-T-T-TTCAATGCt
gi|10 : aTT---------T-T-CT-GTT---ACT-AAAAACA----GCAGT-------------------------AACTGTTTA--A-T-----AAA-T-GT-TT---CATTACCTTTTGTGCAG----T-AAAACTGAC---ACTG---AATTAT-----CA--T-T-T-TTCGATGCAGAAATAGtaaa
gi|13 : atTT---------T-T-CC-GAT---ACT-GAAAA-A----GCAGT-------------------------AACTGTTAA--A-T-----AAA-T-TG-TT---CATTACATTTCGTGAAG----T-AAAACTGAC---ACTG---AAATAT-----AATTT-T-T-TTCAATGCAAAAATatc
gi|11 : TT---------T-T-CT-ATT---ACT-GAAAACA----GCTGT-------------------------AACTGTAAA--T-T-----AAA-T-TG-TT---CATTATATTTCGTGAAG----T-AAAACTGAC---ACTG---AAATAT-----CA----T-T-TTCATTGCAGAA
gi|9 : gttgtTT---------T-T-CC-GTT---ACT-GAAAAGA----GCAGT-------------------------ACTTTTCAA--A-T-----AAA-T-----TGAACATTACATTTCGTGAAG----T-AAAATTGAC---ACTA---AAATAT-----CA--T-T-T-TTCAATGCAGAAATA
gi|15 : gtattctgcTT---------T-T-CC-GTT---ATT-GAAAACA----GCAGT-------------------------AACTGTTAACTA-TCTAGAAAA------TT---CATTACAATTTGTTAAT----T-AAAATTGAC---ACTG---AAATAG-----CA--T-T-
gi|12 : ag---------T-T-CC-GTT---ACT-GAAAACA----GCAGT----------------------------TG--AA--A-------AAA-C-TA-TT---CATTACATTT--CGCAGAACAT-AAAAATGAC---ACCGTAAAAACA------CA--T-T-T-TTCAACGCTAAGATA
gi|7 : tgtg-AAGAACAAAGGGCAGT-------------------------GATGGTTCA--G-T-----AAA---GTACT---CATTACATTTCGTAAAG----T-ATAACTGAC---ACGGA--AATTA------CA--T-T-T-TTTAATTCTGAAA
gi|20 : atttaattattgattgatgtaaatgatg-------------------------AACAGTTAA--A-T-----GAACT-GT-TT----ATTATATTTCGTAAAT----T-AAAACTGAC---ACTG---AAATAT-----CAC-T-T-T-TTCAA
gi|17 : c-------------------------AACAGTTAA--A-T-----GAACT-GT-T----AATTATATTCCGTAAAT----T-AAAACTGAC---ACTG---AATTAC-----CA--C-TAT-TTCAACGCctct
gi|18 : ac-------------------------AACAGTTAA--A-T-----GAACT-GT-TT----ATTATATTCAGTAAAT----T-AAAACTGAC---ACTG---AAATAT-----CA--C-T-TATTCAACGCtaa
gi|19 : ac-------------------------AACAGTTAA--A-T-----GAACT-GT-TT----ATTAAATTTCGTAAAT----T-AAAACTCAC---ACTG---AAATAC-----CAC-T-T-T-TTCAATGta
gi|21 : cGTTAA--ACT-----GAA-TTGT-TT----ATTATATTCCGTAAAT----T-AAAACTGAC---ACTG---AAGTAC-----CAC-T-T-T-CTTAACGCtta
gi|22 : GTTAA--A-T-----GAGCT-GT-TT----ATTATATTTCGTAAAT----T-AAAACTGGC---ACTG---AAATAC-----TAC-C-T-T-TTCAtaaa
gi|16 : GTTAA--A-T-----GAACT-GT-TT----ATTATATTTCATTAAT----T-AAAACTGTCTGAACCA---AAATAC-----CA--C-T-TATTCAATGCccactaa
Alignments
lowQualScore : 111111111 4444444444444444444 111111 111 1111 111111
lowQualScore : 4 000000000 7 2 5 3333333333333333333 444 2 2 5555 111111 22 1 333 444 3 1111 1 1 44 1 333 333 55 1 3 333333 1 3
lowQualScore : . ......... . . . ................... ... . . .... ...... .. . ... ... . .... . . .. . ... ... .. . . ...... . .
lowQualScore : 0 000000000 5 5 0 1111111111111111111 444 5 5 3333 555555 55 8 222 111 6 0000 8 8 66 8 222 222 00 4 6 555555 8 8
consensus : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTAC-ATTTCGT-GAA-NT-AAAACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAG
Reference ( family-6092 ) : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTAC-ATTTCGT-GAA-GT-AAAACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAG
gi|1 : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------TCT-CC-GTTACTGAAAACAGCAGTCGTT---ACTGAA-AA-CA----GCAGTAGATCTAACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTAC-ATTTCGT-GAA-GT-AAAACAGAC---ATCG---AATTATATTAA--TATGT-T-TTCAATGCAGAACTAG
gi|10 : tTT---------T-T-CT-GT-------------------T---ACTAAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTTA--A-T---AAA-T-GT-TT---CATTAC-CTTTTGT-GCA-GT-AAAACTGAC---ACTG---AA--TTATC-A--T---T-T-TTCGATGCAGAAATAGa
gi|11 : atGTTGTT---------T-T-TCTAT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCTGTA------ACTGTAAA--T-T---AAA-T-TG-TT---CATTAT-ATTTCGT-GAA-GT-AAAACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A------T-T-TTCATTGCAGAAatc
gi|12 : TGTG---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGT---------TG--AA--A-----AAA-C-TA-TT---CATTAC-ATTTCGCAGAACAT-AAAAATGAC---ACCGTAAAA--ACA-C-A--T---T-T-TTCAACGCTAAGATA
gi|13 : TT---------T-T-CC-GA-------------------T---ACTGAA-AA--A----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---AAA-T-TG-TT---CATTAC-ATTTCGT-GAA-GT-AAAACTGAC---ACTG---AA--ATATA-ATTT---T-T-TTCAATGCAAAAAT
gi|14 : T-CAACTGACATT---------T-T-GC-AT-------------------T---ACTGAT-AA-CA----GCA------------GTTGA--A-T---AAACT-AT-TT----ATTACAATATCA---------AACACTGAC---ACTG---AA--AT----A--C---T-T-TTCAATGC
gi|15 : aGTT---------T-T-CC-GT-------------------T---ATTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAACTA-TCTAGAA---AA-TT---CATTAC-AATTTGT-TAA-TT-AAAATTGAC---ACTG---AA--ATAGC-A--T---T-taaa
gi|16 : aGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTAT-ATTTCAT-TAA-TT-AAAACTGTCTGAACCA---AA--ATACC-A--C---T-TATTCAATGC
gi|17 : acaataA------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-T----AATTAT-ATTCCGT-AAA-TT-AAAACTGAC---ACTG---AA--TTACC-A--C---TAT-TTCAACGCttaa
gi|18 : acA------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTAT-ATTCAGT-AAA-TT-AAAACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A--C---T-TATTCAACGCtaa
gi|19 : acA------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTAA-ATTTCGT-AAA-TT-AAAACTCAC---ACTG---AA--ATACC-AC-T---T-T-TTCAATGta
gi|2 : cATTATT-CAACTGTTGTT---------TCT-CC-GTTACTGAAAACAGCAGTCGTT---ACTGAA-AA-CA----GCAGTAGATCTAACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTAC-ATTTCGT-GAA-GT-AAAACAGAC---ATCG---AATTATATTAA--TATGT-T-TTCAATGCAGAACTAGtta
gi|20 : A------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTAT-ATTTCGT-AAA-TT-AAAACTGAC---ACTG---AA--ATATC-AC-T---T-T-TTCAA
gi|21 : cGTTAA--ACT---GAA-TTGT-TT----ATTAT-ATTCCGT-AAA-TT-AAAACTGAC---ACTG---AA--GTACC-AC-T---T-T-CTTAACGCctct
gi|22 : GTTAA--A-T---GAGCT-GT-TT----ATTAT-ATTTCGT-AAA-TT-AAAACTGGC---ACTG---AA--ATACT-AC-C---T-T-TTCAtaaa
gi|23 : TAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-TTCC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACccactaa
gi|3 : gtaGTGGAGATTATT-CAACTGTTATT---------T-T-CT-GT-------------------T---ACTAAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---AAA-T-GT-TT---CATTAC-ATTTTGT-GCA-GT-AAAACTGAC---ACTG---AA--TTATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAG
gi|4 : GATTATT-CAACTGTTATT---------T-T-TTTGT-------------------TTATACTAAA-AA-CA----ACAGTA------ACTGTTAA--A-T---TAA-T-GT-TT---CATTAC-CTTTCGT-GCA-GT-AAAACTGAC---ACTG---AA--TTATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATA
gi|5 : TTATT-GAACTGTTGTT---------T-T-CC-TT-------------------T---ACTGGA-TG-CA----ACAATA------ACTGTTAA--A-T---AAA-A-ATATT---CATTAC-AATTTGT-TAA-TT-AAAACTGAC---ACTA---AA--ATACC-A--T---T-T-TTCAATGCTGACATA
gi|6 : tagcgGGTTATT-CAACTTTTGTT---------TGT-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----ACAGTT------ACTGCTAA--A-T---AAA-T-AT-TT---TATTAT-ATTCCGT-GAA-ATAAAAACTGAC---ACTA---AA--ATGTG-A--T---T-T-TT-AATGCAGACATAG
gi|7 : ATT-TAATTATTGAT---------T-G-AT-GTAAA----------------T---GATGAAGAA-CAAAGGGCAGTG------ATGGTTCA--G-T---AAA---GTACT---CATTAC-ATTTCGT-AAA-GT-ATAACTGAC---ACGG---AA--ATTAC-A--T---T-T-TTTAATTCTGAAAat
gi|8 : TTATTTCAGCTGTTGTTGTTTTTTTAT-T-TT-GT-------------------T---ACTGAA-AAACA----GCAATA------ACTATTAA--A-T---GAT-T-TG-TT---CGTTAC-ATTTTGT-GAA-GT-AAAACTGAC---TCTG---AA--ATACT-A--C---T-T-TTCA
gi|9 : TT---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-GA----GCAGTA------CTTTTCAA--A-T---AAA------TTGAACATTAC-ATTTCGT-GAA-GT-AAAATTGAC---ACTA---AA--ATATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAt
Alignments
lowQualScore : 111111111 4444444444444444444 111111 111 1111 111111
lowQualScore : 4 000000000 7 2 5 3333333333333333333 444 2 2 5555 111111 22 1 333 444 3 1111 1 22 1 1 333 333 55 1 3 333333 1 3
lowQualScore : . ......... . . . ................... ... . . .... ...... .. . ... ... . .... . .. . . ... ... .. . . ...... . .
lowQualScore : 0 000000000 5 5 0 1111111111111111111 444 5 5 3333 555555 55 8 222 111 6 0000 8 88 8 8 222 222 00 4 6 555555 8 8
consensus : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGT-GAA-NT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAG
Reference ( family-6092 ) : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGT-GAA-NT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAG
gi|1 : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------TCT-CC-GTTACTGAAAACAGCAGTCGTT---ACTGAA-AA-CA----GCAGTAGATCTAACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGT-GAA-GT-AAA-ACAGAC---ATCG---AATTATATTAA--TATGT-T-TTCAATGCAGAACTAG
gi|10 : tTT---------T-T-CT-GT-------------------T---ACTAAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTTA--A-T---AAA-T-GT-TT---CATTACCTTTTGT-GCA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--TTATC-A--T---T-T-TTCGATGCAGAAATAGa
gi|11 : atGTTGTT---------T-T-TCTAT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCTGTA------ACTGTAAA--T-T---AAA-T-TG-TT---CATTATATTTCGT-GAA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A------T-T-TTCATTGCAGAAatc
gi|12 : TGTG---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGT---------TG--AA--A-----AAA-C-TA-TT---CATTACATTTCGCAGAACAT-AAA-AATGAC---ACCGTAAAA--ACA-C-A--T---T-T-TTCAACGCTAAGATA
gi|13 : TT---------T-T-CC-GA-------------------T---ACTGAA-AA--A----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---AAA-T-TG-TT---CATTACATTTCGT-GAA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATA-ATTT---T-T-TTCAATGCAAAAAT
gi|14 : T-CAACTGACATT---------T-T-GC-AT-------------------T---ACTGAT-AA-CA----GCA------------GTTGA--A-T---AAACT-AT-TT----ATTACAAT-------A-TC-AAACACTGAC---ACTG---AA--AT----A--C---T-T-TTCAATGC
gi|15 : aGTT---------T-T-CC-GT-------------------T---ATTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAACTA-TCTAGAA---AA-TT---CATTACAATTTGT-TAA-TT-AAA-ATTGAC---ACTG---AA--ATAGC-A--T---T-taaa
gi|16 : aGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTATATTTCAT-TAA-TT-AAA-ACTGTCTGAACCA---AA--ATACC-A--C---T-TATTCAATGC
gi|17 : acaataA------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-T----AATTATATTCCGT-AAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--TTACC-A--C---TAT-TTCAACGCttaa
gi|18 : acA------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTATATTCAGT-AAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A--C---T-TATTCAACGCtaa
gi|19 : acA------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTAAATTTCGT-AAA-TT-AAA-ACTCAC---ACTG---AA--ATACC-AC-T---T-T-TTCAATGta
gi|2 : cATTATT-CAACTGTTGTT---------TCT-CC-GTTACTGAAAACAGCAGTCGTT---ACTGAA-AA-CA----GCAGTAGATCTAACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGT-GAA-GT-AAA-ACAGAC---ATCG---AATTATATTAA--TATGT-T-TTCAATGCAGAACTAGtta
gi|20 : A------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTATATTTCGT-AAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-AC-T---T-T-TTCAA
gi|21 : cGTTAA--ACT---GAA-TTGT-TT----ATTATATTCCGT-AAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--GTACC-AC-T---T-T-CTTAACGCctct
gi|22 : GTTAA--A-T---GAGCT-GT-TT----ATTATATTTCGT-AAA-TT-AAA-ACTGGC---ACTG---AA--ATACT-AC-C---T-T-TTCAtaaa
gi|23 : TAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-TTCC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACccactaa
gi|3 : gtaGTGGAGATTATT-CAACTGTTATT---------T-T-CT-GT-------------------T---ACTAAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---AAA-T-GT-TT---CATTACATTTTGT-GCA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--TTATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAG
gi|4 : GATTATT-CAACTGTTATT---------T-T-TTTGT-------------------TTATACTAAA-AA-CA----ACAGTA------ACTGTTAA--A-T---TAA-T-GT-TT---CATTACCTTTCGT-GCA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--TTATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATA
gi|5 : TTATT-GAACTGTTGTT---------T-T-CC-TT-------------------T---ACTGGA-TG-CA----ACAATA------ACTGTTAA--A-T---AAA-A-ATATT---CATTACAATTTGT-TAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTA---AA--ATACC-A--T---T-T-TTCAATGCTGACATA
gi|6 : tagcgGGTTATT-CAACTTTTGTT---------TGT-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----ACAGTT------ACTGCTAA--A-T---AAA-T-AT-TT---TATTATATTCCGT-GAA-ATAAAA-ACTGAC---ACTA---AA--ATGTG-A--T---T-T-TT-AATGCAGACATAG
gi|7 : ATT-TAATTATTGAT---------T-G-AT-GTAAA----------------T---GATGAAGAA-CAAAGGGCAGTG------ATGGTTCA--G-T---AAA---GTACT---CATTACATTTCGT-AAA-GT-ATA-ACTGAC---ACGG---AA--ATTAC-A--T---T-T-TTTAATTCTGAAAat
gi|8 : TTATTTCAGCTGTTGTTGTTTTTTTAT-T-TT-GT-------------------T---ACTGAA-AAACA----GCAATA------ACTATTAA--A-T---GAT-T-TG-TT---CGTTACATTTTGT-GAA-GT-AAA-ACTGAC---TCTG---AA--ATACT-A--C---T-T-TTCA
gi|9 : TT---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-GA----GCAGTA------CTTTTCAA--A-T---AAA------TTGAACATTACATTTCGT-GAA-GT-AAA-ATTGAC---ACTA---AA--ATATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAt
Alignments
lowQualScore : 111111111 4444444444444444444 111111 111 1111 111111
lowQualScore : 4 000000000 7 2 5 3333333333333333333 444 2 2 5555 111111 22 1 333 444 3 1111 1 22 1 1 333 333 55 1 3 333333 1 3
lowQualScore : . ......... . . . ................... ... . . .... ...... .. . ... ... . .... . .. . . ... ... .. . . ...... . .
lowQualScore : 0 000000000 5 5 0 1111111111111111111 444 5 5 3333 555555 55 8 222 111 6 0000 8 88 8 8 222 222 00 4 6 555555 8 8
consensus : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGT-GAA-NT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAG
Reference ( family-6092 ) : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGT-GAA-NT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAG
gi|1 : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------TCT-CC-GTTACTGAAAACAGCAGTCGTT---ACTGAA-AA-CA----GCAGTAGATCTAACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGT-GAA-GT-AAA-ACAGAC---ATCG---AATTATATTAA--TATGT-T-TTCAATGCAGAACTAG
gi|10 : tTT---------T-T-CT-GT-------------------T---ACTAAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTTA--A-T---AAA-T-GT-TT---CATTACCTTTTGT-GCA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--TTATC-A--T---T-T-TTCGATGCAGAAATAGa
gi|11 : atGTTGTT---------T-T-TCTAT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCTGTA------ACTGTAAA--T-T---AAA-T-TG-TT---CATTATATTTCGT-GAA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A------T-T-TTCATTGCAGAAatc
gi|12 : TGTG---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGT---------TG--AA--A-----AAA-C-TA-TT---CATTACATTTCGCAGAACAT-AAA-AATGAC---ACCGTAAAA--ACA-C-A--T---T-T-TTCAACGCTAAGATA
gi|13 : TT---------T-T-CC-GA-------------------T---ACTGAA-AA--A----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---AAA-T-TG-TT---CATTACATTTCGT-GAA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATA-ATTT---T-T-TTCAATGCAAAAAT
gi|14 : T-CAACTGACATT---------T-T-GC-AT-------------------T---ACTGAT-AA-CA----GCA------------GTTGA--A-T---AAACT-AT-TT----ATTACAAT-------A-TC-AAACACTGAC---ACTG---AA--AT----A--C---T-T-TTCAATGC
gi|15 : aGTT---------T-T-CC-GT-------------------T---ATTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAACTA-TCTAGAA---AA-TT---CATTACAATTTGT-TAA-TT-AAA-ATTGAC---ACTG---AA--ATAGC-A--T---T-taaa
gi|16 : aGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTATATTTCAT-TAA-TT-AAA-ACTGTCTGAACCA---AA--ATACC-A--C---T-TATTCAATGC
gi|17 : acaataA------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-T----AATTATATTCCGT-AAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--TTACC-A--C---TAT-TTCAACGCttaa
gi|18 : acA------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTATATTCAGT-AAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A--C---T-TATTCAACGCtaa
gi|19 : acA------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTAAATTTCGT-AAA-TT-AAA-ACTCAC---ACTG---AA--ATACC-AC-T---T-T-TTCAATGta
gi|2 : cATTATT-CAACTGTTGTT---------TCT-CC-GTTACTGAAAACAGCAGTCGTT---ACTGAA-AA-CA----GCAGTAGATCTAACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGT-GAA-GT-AAA-ACAGAC---ATCG---AATTATATTAA--TATGT-T-TTCAATGCAGAACTAGtta
gi|20 : A------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTATATTTCGT-AAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-AC-T---T-T-TTCAA
gi|21 : cGTTAA--ACT---GAA-TTGT-TT----ATTATATTCCGT-AAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--GTACC-AC-T---T-T-CTTAACGCctct
gi|22 : GTTAA--A-T---GAGCT-GT-TT----ATTATATTTCGT-AAA-TT-AAA-ACTGGC---ACTG---AA--ATACT-AC-C---T-T-TTCAtaaa
gi|23 : TAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-TTCC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACccactaa
gi|3 : gtaGTGGAGATTATT-CAACTGTTATT---------T-T-CT-GT-------------------T---ACTAAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---AAA-T-GT-TT---CATTACATTTTGT-GCA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--TTATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAG
gi|4 : GATTATT-CAACTGTTATT---------T-T-TTTGT-------------------TTATACTAAA-AA-CA----ACAGTA------ACTGTTAA--A-T---TAA-T-GT-TT---CATTACCTTTCGT-GCA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--TTATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATA
gi|5 : TTATT-GAACTGTTGTT---------T-T-CC-TT-------------------T---ACTGGA-TG-CA----ACAATA------ACTGTTAA--A-T---AAA-A-ATATT---CATTACAATTTGT-TAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTA---AA--ATACC-A--T---T-T-TTCAATGCTGACATA
gi|6 : tagcgGGTTATT-CAACTTTTGTT---------TGT-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----ACAGTT------ACTGCTAA--A-T---AAA-T-AT-TT---TATTATATTCCGT-GAA-ATAAAA-ACTGAC---ACTA---AA--ATGTG-A--T---T-T-TT-AATGCAGACATAG
gi|7 : ATT-TAATTATTGAT---------T-G-AT-GTAAA----------------T---GATGAAGAA-CAAAGGGCAGTG------ATGGTTCA--G-T---AAA---GTACT---CATTACATTTCGT-AAA-GT-ATA-ACTGAC---ACGG---AA--ATTAC-A--T---T-T-TTTAATTCTGAAAat
gi|8 : TTATTTCAGCTGTTGTTGTTTTTTTAT-T-TT-GT-------------------T---ACTGAA-AAACA----GCAATA------ACTATTAA--A-T---GAT-T-TG-TT---CGTTACATTTTGT-GAA-GT-AAA-ACTGAC---TCTG---AA--ATACT-A--C---T-T-TTCA
gi|9 : TT---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-GA----GCAGTA------CTTTTCAA--A-T---AAA------TTGAACATTACATTTCGT-GAA-GT-AAA-ATTGAC---ACTA---AA--ATATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAt
blockSeqs : T GTTTTTTTA C T T TACTGAAAACAGCAGTCGT TAT G A AAGG GATCTA CT C CTA CT A GAAC A CA A C TGA TAA TT T A TATG A A
blockSeqs : . . G . T AAA . . . . . . . . CT A C . G . . . . . T . TTT . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . CT . C . G . . . . . T . CT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . CT . C . G . . . . . G . CT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . CT . C . T . . . . . C . CT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . CT . C . T . . . . . C . CC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TT . A . T . . . . . T . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . CT . C . T . . . . . C . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . C . T . . . . . T . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . C . T . . . . . T . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . C . G . . . . . C . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . T . T . . . . . C . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . C . T . . . . . T . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . C . T . . . . . T . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . G . . . . . C . T . .
blockSeqs : . . . . A . . . G . . . . . T . T . .
blockSeqs : . . . . T . . . T . . . . . A . T . .
blockSeqs : . . . . T . . . A . . . . . C . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . T . C . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqCons : ******************* ****** ** T*****
originalCons : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGT-GAA-NT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAG
finalCons : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGT-GAA-NT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-AT-----T-T-TTCAATGCAGAAATAG
Alignments
lowQualScore : 111111111 4444444444444444444 111111 111 1111 111111
lowQualScore : 4 000000000 7 2 5 3333333333333333333 444 2 2 5555 111111 22 1 333 444 3 1111 1 22 1 1 333 333 55 1 3 333333 1 3
lowQualScore : . ......... . . . ................... ... . . .... ...... .. . ... ... . .... . .. . . ... ... .. . . ...... . .
lowQualScore : 0 000000000 5 5 0 1111111111111111111 444 5 5 3333 555555 55 8 222 111 6 0000 8 88 8 8 222 222 00 4 6 555555 8 8
consensus : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGT-GAA-NT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAG
Reference ( family-6092 ) : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGT-GAA-NT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAG
gi|1 : GTAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------TCT-CC-GTTACTGAAAACAGCAGTCGTT---ACTGAA-AA-CA----GCAGTAGATCTAACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGT-GAA-GT-AAA-ACAGAC---ATCG---AATTATATTAA--TATGT-T-TTCAATGCAGAACTAG
gi|10 : tTT---------T-T-CT-GT-------------------T---ACTAAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTTA--A-T---AAA-T-GT-TT---CATTACCTTTTGT-GCA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--TTATC-A--T---T-T-TTCGATGCAGAAATAGa
gi|11 : atGTTGTT---------T-T-TCTAT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCTGTA------ACTGTAAA--T-T---AAA-T-TG-TT---CATTATATTTCGT-GAA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A------T-T-TTCATTGCAGAAatc
gi|12 : TGTG---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGT---------TG--AA--A-----AAA-C-TA-TT---CATTACATTTCGCAGAACAT-AAA-AATGAC---ACCGTAAAA--ACA-C-A--T---T-T-TTCAACGCTAAGATA
gi|13 : TT---------T-T-CC-GA-------------------T---ACTGAA-AA--A----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---AAA-T-TG-TT---CATTACATTTCGT-GAA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATA-ATTT---T-T-TTCAATGCAAAAAT
gi|14 : T-CAACTGACATT---------T-T-GC-AT-------------------T---ACTGAT-AA-CA----GCA------------GTTGA--A-T---AAACT-AT-TT----ATTACAAT-------A-TC-AAACACTGAC---ACTG---AA--AT----A--C---T-T-TTCAATGC
gi|15 : aGTT---------T-T-CC-GT-------------------T---ATTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAACTA-TCTAGAA---AA-TT---CATTACAATTTGT-TAA-TT-AAA-ATTGAC---ACTG---AA--ATAGC-A--T---T-taaa
gi|16 : aGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTATATTTCAT-TAA-TT-AAA-ACTGTCTGAACCA---AA--ATACC-A--C---T-TATTCAATGC
gi|17 : acaataA------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-T----AATTATATTCCGT-AAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--TTACC-A--C---TAT-TTCAACGCttaa
gi|18 : acA------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTATATTCAGT-AAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-A--C---T-TATTCAACGCtaa
gi|19 : acA------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTAAATTTCGT-AAA-TT-AAA-ACTCAC---ACTG---AA--ATACC-AC-T---T-T-TTCAATGta
gi|2 : cATTATT-CAACTGTTGTT---------TCT-CC-GTTACTGAAAACAGCAGTCGTT---ACTGAA-AA-CA----GCAGTAGATCTAACTGTTAA--A-T---GAA-T-GT-TT---CATTACATTTCGT-GAA-GT-AAA-ACAGAC---ATCG---AATTATATTAA--TATGT-T-TTCAATGCAGAACTAGtta
gi|20 : A------ACAGTTAA--A-T---GAACT-GT-TT----ATTATATTTCGT-AAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--ATATC-AC-T---T-T-TTCAA
gi|21 : cGTTAA--ACT---GAA-TTGT-TT----ATTATATTCCGT-AAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--GTACC-AC-T---T-T-CTTAACGCctct
gi|22 : GTTAA--A-T---GAGCT-GT-TT----ATTATATTTCGT-AAA-TT-AAA-ACTGGC---ACTG---AA--ATACT-AC-C---T-T-TTCAtaaa
gi|23 : TAGGGATTATT-CAACTGTTGTT---------T-TTCC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----GCAGTA------ACccactaa
gi|3 : gtaGTGGAGATTATT-CAACTGTTATT---------T-T-CT-GT-------------------T---ACTAAA-AA-CA----GCAGTA------ACTGTTAA--A-T---AAA-T-GT-TT---CATTACATTTTGT-GCA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--TTATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAG
gi|4 : GATTATT-CAACTGTTATT---------T-T-TTTGT-------------------TTATACTAAA-AA-CA----ACAGTA------ACTGTTAA--A-T---TAA-T-GT-TT---CATTACCTTTCGT-GCA-GT-AAA-ACTGAC---ACTG---AA--TTATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATA
gi|5 : TTATT-GAACTGTTGTT---------T-T-CC-TT-------------------T---ACTGGA-TG-CA----ACAATA------ACTGTTAA--A-T---AAA-A-ATATT---CATTACAATTTGT-TAA-TT-AAA-ACTGAC---ACTA---AA--ATACC-A--T---T-T-TTCAATGCTGACATA
gi|6 : tagcgGGTTATT-CAACTTTTGTT---------TGT-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-CA----ACAGTT------ACTGCTAA--A-T---AAA-T-AT-TT---TATTATATTCCGT-GAA-ATAAAA-ACTGAC---ACTA---AA--ATGTG-A--T---T-T-TT-AATGCAGACATAG
gi|7 : ATT-TAATTATTGAT---------T-G-AT-GTAAA----------------T---GATGAAGAA-CAAAGGGCAGTG------ATGGTTCA--G-T---AAA---GTACT---CATTACATTTCGT-AAA-GT-ATA-ACTGAC---ACGG---AA--ATTAC-A--T---T-T-TTTAATTCTGAAAat
gi|8 : TTATTTCAGCTGTTGTTGTTTTTTTAT-T-TT-GT-------------------T---ACTGAA-AAACA----GCAATA------ACTATTAA--A-T---GAT-T-TG-TT---CGTTACATTTTGT-GAA-GT-AAA-ACTGAC---TCTG---AA--ATACT-A--C---T-T-TTCA
gi|9 : TT---------T-T-CC-GT-------------------T---ACTGAA-AA-GA----GCAGTA------CTTTTCAA--A-T---AAA------TTGAACATTACATTTCGT-GAA-GT-AAA-ATTGAC---ACTA---AA--ATATC-A--T---T-T-TTCAATGCAGAAATAt